CN108265119A - 上杭槐猪snp位点、snp芯片与其检测引物组合、检测试剂盒及其应用和种质鉴定方法 - Google Patents

上杭槐猪snp位点、snp芯片与其检测引物组合、检测试剂盒及其应用和种质鉴定方法 Download PDF

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Zhangzhou Aonong Modern Agriculture Development Co Ltd
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Abstract

本发明提供了上杭槐猪SNP位点及其建立方法与应用，属于动物分子生物技术及动物遗传育种领域。本发明提供上杭槐猪SNP位点，具有种属特异性，实用性较强，具备较好开发和应用前景，将上杭槐猪SNP位点及检测该SNP位点的检测引物应用于制备芯片或检测试剂盒，并应用上杭槐猪种质鉴定中，具有较好的检测结果，为种质鉴定提供较好的数据支撑，具有较好的社会价值和实际推广应用值。

Description

上杭槐猪SNP位点、SNP芯片与其检测引物组合、检测试剂盒及 其应用和种质鉴定方法
技术领域
本发明涉及动物分子生物技术及动物遗传育种领域，具体而言，涉及上杭槐猪SNP位点、SNP芯片与其检测引物组合、检测试剂盒及其应用和种质鉴定方法。
背景技术
我国国土幅员辽阔，地大物博，也是世界上养猪最早的国家之一，历史达几千年之久，猪在中国被誉为六畜之首。由于自然环境、经济条件和民俗文化的影响，我国拥有着丰富的、各具特色的地方猪种资源，是世界猪种基因库中的宝贵资源。
槐猪是福建省闽西南山区的一个分布较广的地方猪种。槐猪体短、胸宽、骨细、肉嫩、风味独特，具有母性好、繁殖性能强，耐粗饲，抗病力强，边吃边长、沉积脂肪能力强，肌纤维较细、肌内脂肪含量较高、胆固醇低等优势。
随着猪高密度SNP芯片的应用、全基因组测序技术的普及和发展，及基因分型、测序成本的不断下降，建立基于DNA标记或全基因组序列的个体追踪溯源技术和品种鉴定技术成为可能。
目前，还没针对槐猪特有种质鉴定的相关方法。
发明内容
本发明的第一目的在于提供上杭槐猪SNP位点，该上杭槐猪SNP位点，具有种属特异性，实用性较强，具备较好开发和应用前景。
本发明的第二目的在于提供上述的上杭槐猪SNP位点在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
本发明的第三目的在于提供一种上杭槐猪种质的鉴定方法，本方法通过鉴定上述的SNP位点，实现快速鉴定上杭槐猪，为种质鉴定和生产鉴定提供可靠依据。
本发明的第四目的在于提供一种用于猪品种鉴定的SNP芯片，该SNP芯片用于鉴定和分析上杭槐猪的SNP位点，方便快捷。
本发明的第五目的在于提供上述的SNP芯片在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
本发明的第六目的在于提供检测上述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合。
本发明的第七目的在于提供上述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
本发明的第八目的在于提供一种上杭槐猪SNP位点检测的检测试剂盒。
为了实现本发明的上述目的，采用以下技术方案：
上杭槐猪SNP位点，上杭槐猪SNP位点包括：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG。
上述的上杭槐猪SNP位点在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
一种上杭槐猪种质的鉴定方法，包括以下步骤：
提取待检猪的组织样本，提取组织样本的基因组DNA，通过扩增检测待检猪是否具有以下SNP位点：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG；
当待检猪的组织具有上述16个SNP位点，可以判定为上杭槐猪。
一种用于猪品种鉴定的SNP芯片，SNP芯片检测16个SNP位点，16个SNP位点如下所示：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG。
上述的SNP芯片在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
检测上述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合，检测引物组合包括对应检测H3GA0001754的SNP位点、MARC0110659的SNP位点、ASGA0012664的SNP位点、MARC0113860的SNP位点、ASGA0019081的SNP位点、M1GA0005902的SNP位点、ALGA0047880的SNP位点、ALGA0050422的SNP位点、MARC0020221的SNP位点、MARC0109383的SNP位点、MARC0049346的SNP位点、ASGA0064559的SNP位点、DRGA0015202的SNP位点、ALGA0086332的SNP位点、MARC0071437的SNP位点和ALGA0097306的SNP位点的第一引物对至第十六引物对，第一引物对至第十六引物对的碱基序列如序列SEQ ID NO.1-32所示。
上述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
一种上杭槐猪SNP位点检测的检测试剂盒，检测试剂盒包括上述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合。
与现有技术相比，本发明的有益效果为：本发明提供上杭槐猪SNP位点，具有种属特异性，实用性较强，具备较好开发和应用前景，将上杭槐猪SNP位点及检测该SNP位点的检测引物应用于制备芯片或检测试剂盒，并应用上杭槐猪种质鉴定中，具有较好的检测结果，为种质鉴定提供较好的数据支撑，具有较好的社会价值和实际推广应用值。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本发明的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
图1为本发明实验例提供的上杭槐猪以及其他品种猪的成分分析结果图。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本发明，而不应视为限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
下面对本发明实施例的上杭槐猪SNP位点、SNP芯片与其检测引物组合、检测试剂盒及其应用和种质鉴定方法进行具体说明。
上杭槐猪SNP位点，上杭槐猪SNP位点包括：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG。
上述的上杭槐猪SNP位点在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
一种上杭槐猪种质的鉴定方法，具体包括以下步骤：
提取待检猪的组织样本，提取组织样本的基因组DNA，通过扩增检测待检猪是否具有以下SNP位点：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG；
当待检猪的组织具有上述16个SNP位点，可以判定为上杭槐猪。
一种用于猪品种鉴定的SNP芯片，SNP芯片检测16个SNP位点，16个SNP位点如下所示：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG。
上述的SNP芯片在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
检测上述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合，检测引物组合包括对应检测H3GA0001754的SNP位点、MARC0110659的SNP位点、ASGA0012664的SNP位点、MARC0113860的SNP位点、ASGA0019081的SNP位点、M1GA0005902的SNP位点、ALGA0047880的SNP位点、ALGA0050422的SNP位点、MARC0020221的SNP位点、MARC0109383的SNP位点、MARC0049346的SNP位点、ASGA0064559的SNP位点、DRGA0015202的SNP位点、ALGA0086332的SNP位点、MARC0071437的SNP位点和ALGA0097306的SNP位点的第一引物对至第十六引物对，第一引物对至第十六引物对的碱基序列如序列SEQ ID NO.1-32所示。
上述的上杭槐猪SNP位点的引物组合在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
一种上杭槐猪SNP位点检测的检测试剂盒，检测试剂盒包括上述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合。
进一步地，在本发明的较佳实施例中，检测试剂盒还包括PCR反应缓冲液、Taq DNA聚合酶和dNTPs中的至少一种。
进一步地，在本发明的较佳实施例中，检测试剂盒还包括核酸提取试剂。
以下结合实施例对本发明的特征和性能作进一步的详细描述。
实施例1
本实施例提供一种上杭槐猪SNP位点，上杭槐猪SNP位点包括：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG。
由于上述上杭槐猪的SNP位点，全部针对上杭槐猪，种属特异性强，可以应用到上杭槐猪种质鉴定中。
另外还可以将上述上杭槐猪的SNP位点用于制备进行猪种质鉴定的SNP芯片，将SNP芯片用于猪种质鉴定。
实施例2
本实施例提供一种检测实施例1提供的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合，检测引物组合包括对应检测H3GA0001754的SNP位点、MARC0110659的SNP位点、ASGA0012664的SNP位点、MARC0113860的SNP位点、ASGA0019081的SNP位点、M1GA0005902的SNP位点、ALGA0047880的SNP位点、ALGA0050422的SNP位点、MARC0020221的SNP位点、MARC0109383的SNP位点、MARC0049346的SNP位点、ASGA0064559的SNP位点、DRGA0015202的SNP位点、ALGA0086332的SNP位点、MARC0071437的SNP位点和ALGA0097306的SNP位点的第一引物对至第十六引物对，第一引物对至第十六引物对的碱基序列如序列SEQ ID NO.1-32所示。
由于上述检测引物组合主要是针对实施例1提供的SNP位点，因此也可以将上述检测引物组合应用于上杭槐猪种质的检测中。
实施例3
本实施例提供一种上杭槐猪SNP位点检测的检测试剂盒，该试剂盒包实施例2提供的检测引物组合，检测引物组合包括对应检测H3GA0001754的SNP位点、MARC0110659的SNP位点、ASGA0012664的SNP位点、MARC0113860的SNP位点、ASGA0019081的SNP位点、M1GA0005902的SNP位点、ALGA0047880的SNP位点、ALGA0050422的SNP位点、MARC0020221的SNP位点、MARC0109383的SNP位点、MARC0049346的SNP位点、ASGA0064559的SNP位点、DRGA0015202的SNP位点、ALGA0086332的SNP位点、MARC0071437的SNP位点和ALGA0097306的SNP位点的第一引物对至第十六引物对，第一引物对至第十六引物对的碱基序列如序列SEQID NO.1-32所示。
当然，检测试剂盒还可以有就行PCR反应的相关试剂，包括PCR反应缓冲液、TaqDNA聚合酶和dNTPs中的至少一种。
当然检测试剂盒还可以包括核酸提取试剂。
实验例
以上杭槐猪及其他品种猪为研究材料，利用Illumina 60K SNP芯片对这些品种猪个体进行全基因组基因分型，分析并筛选出尽可能少的能够用于可用以区分上杭槐猪及其他品种猪的SNP标记组合。
实验猪群：本发明使用的材料来自57头上杭槐猪个体以及493头其他不同的品种猪个体。
猪全基因组60K SNP基因型检测：从上述群体中的每个个体采集一小块耳组织样，以标准酚氯仿方法提取基因组DNA，将DNA溶解于TE缓冲液中。用Nanodrop-1000核酸蛋白分析仪对提取出来的DNA进行质量检测和浓度测定，A260/280比值在1.8-2.0，A260/230比值在1.7-1.9判定为合格。合格的DNA样品统一稀释成50ng/μL，利用Illumina Infinium SNP分型平台，订购Porcine SNP60DNA Analysis Kit芯片，根据Illumina Infinium的使用说明和标准流程进行芯片杂交与结果扫描，通过GenomeStudio软件读取基因型数据。用PLINKv1.07对获得的基因型数据进行质量控制，剔除检出率<99.7％、次等位基因频率(minorallele frequency，MAF)<0.01或偏离哈代温伯格平衡(Hardy–Weinberg Equilibrium，HWE)P≤10-6的SNP标记，排除检出率<90％、家系孟德尔错误率高于0.1的个体，最后有8800个SNP和550个个体用于数据分析。
全基因组关联(GWAS)分析，使用plink软件对上杭槐猪及其他品种猪开展Case-Control分析，上杭槐猪为Case，其他品种猪为Control。采用Bonferroni法确定在上杭槐猪、其他品种猪中存在显著差异的SNP位点，基因组水平显著阈值为0.05除以有效SNP位点数量，即0.05/8800＝5.7e-6；GWAS结果显示，top16的SNP位点分别位于：SSC(猪染色体)1、2、4、6、7、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、20上，用于上杭槐猪跟其他品种猪的鉴别。16个SNP位点在上杭槐猪、其他品种猪中的基因型(部分)分布如表1所示，专利的最后附有全部的基因型。H开头的代表上杭槐猪，数字开头的代表不同品种的猪。以SNP位点H3GA0001754为例，在上杭槐猪个体中GG的比例很高，而在其他不同品种猪群体中CC的比例最高。每个SNP位点在上杭槐猪和其他不同的品种猪的主要基因型都不一样，因此通过16个点的组合，便可以达到区分上杭槐猪和其他品种的猪，已达到上杭槐猪品种特异性遗传标签的构建。
表1 16个SNP在上杭槐猪及其他品种猪中基因型情况
为了检验该16个SNP位点区分上杭槐猪与其他品种猪的准确性，本发明用这16个SNP位点在57头上杭槐猪、493头其他品种的猪个体中进行了验证。主要使用R软(全称：TheR Project for Statistical Computing)对上杭槐猪和其他不同品种的猪进行主成分分析。
结果如图1所示，图1中横坐标表示主成分1，纵坐标表示主成分2；由图1可以得知，16个SNP位点可以将上杭槐猪与其他不同品种的猪分开来。其横坐标大于0的点为上杭槐猪群体，横坐标小于0的点为其他品种猪群体，每个点代表1头猪的这16个SNP位点的信息，通过全基因组关联分析鉴别得到的这些点的信息。验证结果表明通过全基因组关联分析鉴别到的16个SNP位点可用于上杭槐猪与其他品种猪的鉴别，以达到构建上杭槐猪特异性遗传标签构建的目的。
利用上杭槐猪以及其他品种猪种的全基因组60K芯片信息，经过全基因组关联分析、筛选最后挑选出16个可用于对上杭槐猪品种特异性标签进行构建的SNP位点。
利用上杭槐猪与其他品种猪在不同染色体上的SNP位点的不同，对上杭槐猪与其他品种猪的SNP位点进行区分鉴别，SNP名称分别为：位于SSC1上的H3GA0001754，位于SSC2上的MARC0110659，位于SSC4上的ASGA0012664，位于SSC6上的MARC0113860，位于SSC7上的ASGA0019081，位于SSC9上的M1GA0005902，位于SSC10上的ALGA0047880，位于SSC11上的ALGA0050422，位于SSC12上的MARC0020221，位于SSC13上的MARC0109383，位于SSC14上的MARC0049346，位于SSC15上的ASGA0064559，位于SSC16上的DRGA0015202，位于SSC17上的ALGA0086332，位于SSC18上的MARC0071437，位于SSC20上的ALGA0097306共计16个SNP位点。
上杭槐猪与其他品种猪在不同染色体上的SNP位点的不同，具体为：
H3GA0001754位置的G或C、MARC0110659位置的A或T、ASGA0012664位置的A或G、MARC0113860位置的T或A、ASGA0019081位置的C或A、M1GA0005902位置的G或C、ALGA0047880位置的G或C、ALGA0050422位置的T或A、MARC0020221位置的A或T、MARC0109383位置的T或A、MARC0049346位置的A或T、ASGA0064559位置的C或G、DRGA0015202位置的C或G、ALGA0086332位置的C或G、MARC0071437位置的A或T、ALGA0097306位置的A或G，共计16个SNP位点。
这16个SNP位点的位置信息如下表2所示。
表2:16个SNP位点在染色体上的位置
综上所述，本发明提供的上杭槐猪的SNP位点及检测该SNP位点的检测引物组合具有较好的种属特异性，能应用于上杭槐猪的种质鉴定；将提供的上杭槐猪的SNP位点应用于制备猪品种鉴定的SNP芯片，可以方便上杭槐猪的种质鉴定；将检测引物组合用于制备上杭槐猪的种质鉴定，能方便检测；具有较好的实用性。
以上所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。本发明的实施例的详细描述并非旨在限制要求保护的本发明的范围，而是仅仅表示本发明的选定实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 上杭傲农槐猪产业发展有限公司 漳州傲农现代农业开发有限公司
福建傲农生物科技集团股份有限公司
<120> 上杭槐猪SNP位点、SNP芯片与其检测引物组合、检测试剂盒及其应用和种质
鉴定方法
<130> 11111
<160> 32
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
agtgtccttt gggaatacct t 21
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
actttctcct gcctgtcacc t 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
tgggaagcgg ggtttctgtt g 21
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
agaaggaacc tagttagtga c 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
tgagaatggt gctttgtagt a 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
ctgttcaagt aaatgggtag t 21
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
agccttccta cctacaaccg c 21
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
agtgcttgct ctcttctcta c 21
<210> 9
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
tcttcatcac tatctcctca g 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
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tcagagtttg attttaccac c 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
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<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
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ccacatacca aggctccaga t 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
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tttaggtgag ttctcctgtt g 21
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ctaagaagca gcctgtcgga t 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
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aaaaggatga acaggaagat g 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
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aaagtctcct actgccgtta t 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
actgggtgta gcaaagataa c 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 19
accctatctc ccagcattga c 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
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agagtagcag cgggtaaggt g 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 21
cttggagata agggagcgta a 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
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gatgagcaaa ccgaggtaaa g 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 23
aaacctttag ccagactcat c 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 24
gtagttttct ggtggcatct t 21
<210> 25
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 25
tggatagagg cagagtggga g 21
<210> 26
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 26
ctgttactca aaggaatcat c 21
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
gtctacttga atctcggtgg g 21
<210> 28
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
ttccgtgcca ctgtcatact c 21
<210> 29
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
tgagaaggac aacttgaggc t 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
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ttacaagacc ttccaagcag a 21
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<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 31
aaggtaactg gcacaggtag g 21
<210> 32
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
gttcggatta ccaagcctga c 21

Claims (10)

1.上杭槐猪SNP位点，其特征在于，所述上杭槐猪SNP位点包括：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG。
2.权利要求1所述的上杭槐猪SNP位点在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
3.一种上杭槐猪种质的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：
提取待检猪的组织样本，提取所述组织样本的基因组DNA，通过扩增检测待检猪是否具有以下SNP位点：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG；
当所述待检猪的组织具有上述16个SNP位点，可以判定为上杭槐猪。
4.一种用于猪品种鉴定的SNP芯片，其特征在于，所述SNP芯片检测16个SNP位点，16个SNP位点如下所示：
(1)H3GA0001754，SNP位点基因型：GG；
(2)MARC0110659，SNP位点基因型：AA；
(3)ASGA0012664，SNP位点基因型：GG；
(4)MARC0113860，SNP位点基因型：TT；
(5)ASGA0019081，SNP位点基因型：AA；
(6)M1GA0005902，SNP位点基因型：CC；
(7)ALGA0047880，SNP位点基因型：GG；
(8)ALGA0050422，SNP位点基因型：AA；
(9)MARC0020221，SNP位点基因型：AA；
(10)MARC0109383，SNP位点基因型：AA；
(11)MARC0049346，SNP位点基因型：AA；
(12)ASGA0064559，SNP位点基因型：CC；
(13)DRGA0015202，SNP位点基因型：CC；
(14)ALGA0086332，SNP位点基因型：CC；
(15)MARC0071437，SNP位点基因型：AA；
(16)ALGA0097306，SNP位点基因型：GG。
5.如权利要求4所述的SNP芯片在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
6.检测如权利要求1所述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合，其特征在于，所述检测引物组合包括对应检测所述H3GA0001754的SNP位点、所述MARC0110659的SNP位点、所述ASGA0012664的SNP位点、所述MARC0113860的SNP位点、所述ASGA0019081的SNP位点、所述M1GA0005902的SNP位点、所述ALGA0047880的SNP位点、所述ALGA0050422的SNP位点、所述MARC0020221的SNP位点、所述MARC0109383的SNP位点、所述MARC0049346的SNP位点、所述ASGA0064559的SNP位点、所述DRGA0015202的SNP位点、所述ALGA0086332的SNP位点、所述MARC0071437的SNP位点和所述ALGA0097306的SNP位点的第一引物对至第十六引物对，所述第一引物对至所述第十六引物对的碱基序列如序列SEQ ID NO.1-32所示。
7.如权利要求6所述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合在上杭槐猪种质鉴定中的应用。
8.一种上杭槐猪SNP位点检测的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包括权利要求6所述的上杭槐猪SNP位点的检测引物组合。
9.根据权利要求8所述的上杭槐猪SNP位点检测的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒还包括PCR反应缓冲液、Taq DNA聚合酶和dNTPs中的至少一种。
10.根据权利要求9所述的上杭槐猪SNP位点检测的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒还包括核酸提取试剂。
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