CN114959059B - 一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的snp位点组合及其应用 - Google Patents

一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的snp位点组合及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN114959059B
CN114959059B CN202210602863.0A CN202210602863A CN114959059B CN 114959059 B CN114959059 B CN 114959059B CN 202210602863 A CN202210602863 A CN 202210602863A CN 114959059 B CN114959059 B CN 114959059B
Authority
CN
China
Prior art keywords
deoxynucleotide
wool
sheep
chr
variation coefficient
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202210602863.0A
Other languages
English (en)
Other versions
CN114959059A (zh
Inventor
郭婷婷
袁超
刘建斌
卢曾奎
岳耀敬
牛春娥
李建烨
孙晓萍
马炳洁
杨博辉
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Lanzhou Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine CAAS
Original Assignee
Lanzhou Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine CAAS
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Lanzhou Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine CAAS filed Critical Lanzhou Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine CAAS
Priority to CN202210602863.0A priority Critical patent/CN114959059B/zh
Publication of CN114959059A publication Critical patent/CN114959059A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN114959059B publication Critical patent/CN114959059B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6834Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02PCLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P60/00Technologies relating to agriculture, livestock or agroalimentary industries
    • Y02P60/80Food processing, e.g. use of renewable energies or variable speed drives in handling, conveying or stacking
    • Y02P60/87Re-use of by-products of food processing for fodder production

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明属于生物技术领域,具体涉及一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点组合及应用。本发明提供了与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合;本发明提供了检测SNP位点组合的基因型的试剂在检测细毛羊羊毛纤维直径变异系数或细毛羊分子标记辅助育种中的应用;以及基于该位点组合形成的分子探针组合、基因芯片、试剂盒,利用本发明提供的位点组合及分子探针组合、基因芯片、试剂盒能对细毛羊个体的羊毛纤维直径变异系数进行分析,对早期难以度量的细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状进行个体选择,缩短世代间隔,加速育种进程,节约育种成本,为今后细毛羊的鉴定、保种及遗传育种提供支撑。

Description

一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点组合及 其应用
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体涉及一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点组合及应用。
背景技术
绵羊(Ovis aries)是最有经济价值的驯化物种之一,可为人类社会提供肉、皮、毛以及奶,是全球农业经济的重要组成部分。除了能为人类社会提供必须的羊肉外,绵羊更是动物纤维产业的宝贵资源。相对于其他牲畜品种,主要为生产羊毛而饲养的细毛羊的遗传改良缓慢,在经济意义上重要的那些性状中,大多数具有中高遗传力,并且易于测量且成本低廉,达到足以精确用于动物遗传评估的水平。对于测量困难或昂贵的少数性状中,研究人员已证明羊毛纤维直径的变异系数可带来显著的收益。大多数国家都有高效的评估方法和完善的工具,如利用BLUP方法进行指数选择等。
在绵羊的众多分类中,细毛羊是毛用羊品种之一,其羊毛性状的选育提高和改良在羊毛加工产业中具有重要的意义。羊毛纤维的线密度与各项物理性能关系很大。一般羊毛越细,它的线密度就较均匀,强度较高,卷曲多,鳞片密,光泽柔和,油汗含量高,但长度偏短。因此线密度是决定羊毛品质好坏的重要指标。其中,常用的表示羊毛线密度的指标有平均直径、品质支数和特克斯数。如能求得纤维直径根数分布,可用纤维直径变异系数来表示一批羊毛的线密度不匀情况。
关于羊毛纤维及其变异系数改良的相关研究,表明一般通过以候选基因为遗传标记的分子标记辅助选择可加速进程。此外,分子标记,尤其是单核苷酸多态性(SNP)对群体遗传学研究很重要。SNP基因分型技术原理主要是PCR扩增含有SNP的基因组片段,主要特点是准确性高、灵活性强、通量大,主要方法是TapMan探针法。近几年,SNP基因分型技术广泛应用于家畜各重要经济性状相关的分子育种研究中。本申请则旨在对细毛羊的羊毛纤维直径变异系数进行SNP基因分型,由此加快其分子育种进程,达到加快对种质资源的保护与利用的目的。
本发明首先提供了与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合,所述SNP位点基于绵羊v4.0基因组序列比对确定;分别为:位于chr 1第217783263位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 5第93384120位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 5第93388756位,其脱氧核苷酸为C或C;位于chr 5第93404769位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 5第93406719位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 6第38408895位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 6第111748267位,其脱氧核苷酸为T或G;位于chr 6第111748269位,其脱氧核苷酸为T或A;位于chr 12第25149517位,其脱氧核苷酸为C或A;位于chr 13第76808776位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 14第7905177位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 17第66866538位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 17第66866548位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 17第66883407位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 18第29852011位,其脱氧核苷酸为A或T;位于chr 21第39681097位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 21第39681575位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39691901位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39712741位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39713282位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr21第39715270位,其脱氧核苷酸为G或A位于chr 1第46959081位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 1第49921099位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 2第45125479位,其脱氧核苷酸为C或A;位于chr 7第48114170位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 11第25845229位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 17第17696652位,其脱氧核苷酸为T或A;位于chr 17第56249564位,其脱氧核苷酸为G或T;位于chr 19第837291位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 21第39667311位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 21第39691339位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 23第34296893位,其脱氧核苷酸为C或A。其次,本发明通过GenoPlexs(基于多重PCR的靶向基因捕获技术方案)和GenoBaits(基于液相探针杂交的靶向基因捕获技术方案)技术,获得目标SNP的基因型,实现了细毛羊羊毛纤维直径变异系数的快速有效检测,对细毛羊的分子育种及种质资源的保护与利用均有着重要的意义。
发明内容
为满足我国当前育种生产上对羊毛纤维直径变异系数性状方向的SNP位点功能检测与研究方面的需求,本发明提供了一种中国四个代表性细毛羊品种(中国美利奴羊、高山美利奴羊、敖汉细毛羊和青海细毛羊)的高深度全基因组重测序数据,以绵羊v4.0基因组为参考,结合已有的与细毛羊生产性状相关的研究,获得了一种检测准确,使用方便,市场前景广阔的一种细毛羊羊毛毛纤维直径变异系数相关的SNP位点,所述位点能够用于绵羊品种的选育、物种资源的保护及改良。具体包括以下内容:
第一方面,本发明提供了一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合,所述21个SNP位点组合基于绵羊v4.0基因组序列比对确定;分别为:位于chr 1第217783263位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 5第93384120位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 5第93388756位,其脱氧核苷酸为C或C;位于chr 5第93404769位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 5第93406719位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 6第38408895位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 6第111748267位,其脱氧核苷酸为T或G;位于chr 6第111748269位,其脱氧核苷酸为T或A;位于chr 12第25149517位,其脱氧核苷酸为C或A;位于chr 13第76808776位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 14第7905177位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 17第66866538位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 17第66866548位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 17第66883407位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr18第29852011位,其脱氧核苷酸为A或T;位于chr 21第39681097位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 21第39681575位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39691901位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39712741位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39713282位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr21第39715270位,其脱氧核苷酸为G或A。
第二方面,本发明提供了检测上述第一方面所述与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合的试剂在检测与细毛羊羊毛纤维直径变异系数中的应用。
优选地,所述试剂包括用于检测所述SNP位点组合的引物,本领域技术人员根据本发明提供的细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点组合中的每一个位点的序列信息设计引物,可以在同一反应条件下实现检测目的的引物。其中,引物的设计为常规方法,根据本申请提供的细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点组合中的位点信息,不再需要付出创造性劳动的情况下就能获得,因此,根据本申请提供的细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关生物SNP位点组合获得引物也属于本发明的保护范围。
优选地,所述试剂包括用于检测所述SNP位点组合的分子探针组合。分子探针的设计为常规方法,根据本申请提供的细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点组合中的位点信息,不再需要付出创造性劳动的情况下就能获得,因此,根据本申请提供的细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关生物SNP位点组合获得分子探针也属于本发明的保护范围。
优选地,所述分子探针组合如表1所示。
表1与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点组合的分子探针组合
优选地,所述试剂包括基因芯片,所述基因芯片采用常规方法将获得的引物或探针固定在聚合物基片上,例如尼龙膜、硝酸纤维膜、塑料、硅胶晶片、微型磁珠等,或将探针固定在玻璃板上,或在玻璃等硬质表面上直接合成获得的引物或探针,本申请的SNP基因芯片的使用方法与常规方法相同。
第三方面,本发明提供了一种分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的分子探针组合,所述分子探针组合检测上述第一方面中所述的与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合。
优选地,所述分子探针组合如上表1所示。
第四方面,本发明提供了一种分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的基因芯片,所述基因芯片负载有上述第三方面所述的分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的分子探针组合。
第五方面,本发明提供了一种分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的试剂盒,所述试剂盒包括上述第三方面所述的分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的分子探针组合或第四方面所述的分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的基因芯片。
第六方面,本发明提供了上述第三方面所述的分子探针组合,或上述第四方面所述的基因芯片,或上述第五方面所述的试剂盒在细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状评价,或在细毛羊品种筛选,或在细毛羊品种鉴定,或在细毛羊分子标记辅助育种中的应用。
第七方面,本发明提供了一种分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的方法,所述方法为:检测待测细毛羊的基因组DNA中如上述第一方面所述的与细毛羊净毛率相关的21个SNP位点基因型;对照细毛羊基因组DNA的所述21个SNP位点基因型进行比较,根据基因型检测结果判断细毛羊的羊毛纤维直径变异系数性状。
本发明的有益效果是:本发明提供了与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合,所述SNP位点基于绵羊v4.0基因组序列比对确定;其次,本发明发现通过分子探针或基因芯片等方式待测细毛羊基因组DNA中的与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合的基因型,能够用于细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状分析,用于细毛羊早期育种选择,实现对早期难以度量的羊毛纤维直径变异系数性状进行个体选择,缩短世代间隔,加速育种进程,节约大量的育种成本,为今后细毛羊的鉴定、保种、以及遗传育种提供支撑;而且基于本发明提供的细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合形成的分子探针组合、基因芯片、试剂盒与现有的高密度芯片相比,通量小、成本低,分析更容易,普适性广,市场前景广阔。
附图说明
图1对与细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状相关的SNP数据进行GWAS中GLM模型下实施例1中计算获得的p值取-log10以后绘制的曼哈顿图;
图2对与细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状相关的SNP数据进行GWAS中GLM模型下实施例1中计算获得的p值取-log10以后绘制的Q-Q图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明的技术方案进行详细说明。需要指出的是以下实施例的给出仅是为了起到说明的目的,并不是用于对本发明的范围进行限制。本领域的技术人员在不背离本发明的宗旨和精神的情况下,可以对本发明进行各种修改和替换。
下述实施例中所有试验的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所有试验的实验条件如无特殊说明,均为常规条件,如Sambrook等分子克隆实验手册,或按照制造厂商说明书建议的条件。
本发明所述的SNP是单核苷酸多态性的简称,指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。
实施例1细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点
1、总SNP集合的获取
对我国具有代表性的四个细毛羊品种中的460个细毛羊个体进行了全基因组重测序,平均深度为5X,应用重测序分析流程,与2015年发布的绵羊v4.0参考基因组(从NCBI中获取)进行比对,两种方式比对获得的共同结果形成一个SNP集合。
具体而言,对多个细毛羊个体进行高深度重测序是由生物测序公司完成,生物测序公司完成的测序结果均能够实现本发明的技术目的,本发明不做限制。本申请将测序公司返回的Fastq文件通过BAM文件比对到参考基因组绵羊v4.0后的得到BAM文件,利用SAMtools和GATK软件对样本BAM文件分析得到的包含群体SNP分型信息的VCF文件,将两种方式获得的VCF文件结果合并,经过质量筛选后获得了包含21个SNP位点的SNP集合。
具体的,本发明所使用的细毛羊品种为中国四个代表性细毛羊品种,分别是中国美利奴羊、高山美利奴羊、敖汉细毛羊和青海细毛羊。
2、候选基因与所在功能区域的筛选
根据中国四大代表性细毛羊(中国美利奴羊、高山美利奴羊、敖汉细毛羊和青海细毛羊)在羊毛纤维直径变异系数上表现出来的显著性差异,首先利用自写的perl脚本对其进行标记质控,去除此等位基因频率小于0.05,缺失率大于20%,杂合比例大于80%以及非二等位的位点。其次借助五部分的群体分析,其中包括由MEGA-X软件完成的系统发育树的构建、由Admixture软件(v1.3)软件完成的群体结构分析、由gcta(v1.92.2)软件完成的PCA分析和亲缘关系分析以及由软件HaploviewLD完成的衰减分析,可以综合评判材料的遗传多样性以及遗传背景是否存在较大的差异,揭示非家系群体或系谱不明确的群体材料的遗传相似度以及各个亚群和整体材料的受选择程度,由此确定调整GWAS(全基因组关联分析)所采用的模型。最终通过GLM(简单线性模型),以曼哈顿图与QQ图定位到了与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的SNP位点以及候选基因,以阈值为0.01筛选出了其显著结果,确定了21个与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的,功能确定的候选基因WDR49、CAST、LCORL、TRNASTOP-UCA-3、LDB2、QDPR、CAPN2、DDX27、SDR42E1、CRYBA4、MN1、CRABP1、IREB2、FADS2和FADS3。
3、功能基因位点对应SNP位点的提取
利用GWAS模型的统一表达式:y=Xα+Qβ+Kμ+e,其中,y为表型向量,X为基因型矩阵,α为基因型效应向量,Q为固定效应矩阵(可以为群体结构/性别/地点/场次等信息),β为固定效应向量,K为随机效应矩阵,主要指亲缘关系矩阵,μ为随机效应向量,e为残差向量。针对每个SNP位点,都检验α是否为0,α为0的概率值p用于衡量标记基因型与表型的关联程度,p值越小,α为0的概率越小,该标记越可能与性状关联。从而有步骤2确定的候选基因所在的功能区域对应的SNP位点,得到WDR49、CAST、LCORL、TRNASTOP-UCA-3、LDB2、QDPR、CAPN2、DDX27、SDR42E1、CRYBA4、MN1、CRABP1、IREB2、FADS2和FADS3共15个与羊毛纤维直径变异系数相关联的功能基因,且仅包含21个SNP位点的位点组合。
所述21个SNP位点组合的物理信息具体如下表2所示。
表2细毛羊羊毛纤维直径变异系数SNP位点组合的物理信息
实施例2细毛羊羊毛毛纤维直径变异系数相关的SNP的panel制备
基于实施例1获得的SNP位点组合,本申请委托博瑞迪生物科技有限公司进行了纤维直径变异系数相关的SNP的panel制备。在定量质检合格的DNA中加入多重PCR Panel mix和多重PCR扩增酶体系,置于PCR仪上完成PCR反应。PCR产物利用羧基磁珠进行纯化后,再次计入带有Barcode的测序引物和高保真PCR反应体系进行PCR扩增,不同的Barcode用于区分不同的样品。经过羧基磁珠纯化后扩增产物,即完成多重PCR捕获及文库建库。本领域技术人员根据本发明提供的细毛羊净毛率相关的SNP位点组合中的每一个位点的序列信息设计引物,为常规方法,不再需要付出创造性劳动的情况下就能获得;而且,panel制备也是依据本发明提供的细毛羊净毛率相关的SNP位点组合能够常规制备的。
实施例3 437个细毛羊个体羊毛纤维直径变异系数的检测
基于实施例1获取到的SNP位点与实施例2的penal制备对细毛羊的毛样进行检测,在本发明的一个实施例中,选择了采用博瑞迪自主研发的GenoBaits(基于液相探针杂交的靶向基因捕获技术方案)对其个体进行羊毛纤维直径变异系数的检测。该技术的工作原理是基于目标探针与靶向序列互补结合进行定点捕获,对捕获的靶点序列进行洗脱、靶点扩增、建库和测序,最终获得目标SNP的基因型,在经济有效的条件下,所能检测的靶向位点及其标记数目在检测密度和通量上等同于高密度固相芯片。通过该技术从而获得目标样本的结果值。细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关位点多态性检测结果如表3所示。
表3细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关位点多态性
细毛羊不同基因型与羊毛纤维直径变异系数之间的相关分析结果如表4所示。
表4细毛羊不同基因型与毛纤维直径变异系数之间的相关分析
上述结果表明,通过检测本发明所述的21个细毛羊羊毛纤维直径变异系数SNP位点组合的基因型,可以对细毛羊羊毛纤维直径变异系数进行分析,其中21个SNP位点组合分别为:分别为:位于chr 1第217783263位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 5第93384120位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 5第93388756位,其脱氧核苷酸为G或C;位于chr 5第93404769位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 5第93406719位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 6第38408895位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 6第111748267位,其脱氧核苷酸为T或G;位于chr 6第111748269位,其脱氧核苷酸为T或A;位于chr 12第25149517位,其脱氧核苷酸为C或A;位于chr 13第76808776位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr14第7905177位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 17第66866538位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 17第66866548位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 17第66883407位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 18第29852011位,其脱氧核苷酸为A或T;位于chr 21第39681097位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 21第39681575位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39691901位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39712741位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39713282位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr21第39715270位,其脱氧核苷酸为G或A。
本领域技术人员基于本发明提供的仅由21个SNP位点组成的细毛羊羊毛纤维直径变异系数SNP位点组合可以制成的分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数的SNP探针组合、基因芯片和试剂盒,能够在基因组水平上对细毛羊羊毛纤维直径变异系数进行分析,或遗传评估、品种筛选、品种鉴定,以获得更高的育种值估计准确性,控制育种进程,还能够应用于绵羊系谱重构、绵羊品种溯源、种质资源保护和种质资源改良。由于与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的研究较为稀缺,因此本申请旨在加速细毛羊的分子育种进程,增强对该物种资源的保护与改良,节约大量的育种成本,由此提升细毛羊带来的毛用经济效益。
以上所述仅为帮助理解本发明的优选实例,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化,在不违背本发明的思想下,本领域技术人员在此基础上对本发明作出的各种改动或者修改,同样应属于本发明的范围。

Claims (6)

1.检测与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合的试剂在检测细毛羊羊毛纤维直径变异系数中的应用;所述21个SNP位点组合基于绵羊v4.0基因组序列比对确定;分别为:位于chr 1第217783263位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 5第93384120位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 5第93388756位,其脱氧核苷酸为G或C;位于chr 5第93404769位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 5第93406719位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 6第38408895位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 6第111748267位,其脱氧核苷酸为T或G;位于chr 6第111748269位,其脱氧核苷酸为T或A;位于chr 12第25149517位,其脱氧核苷酸为C或A;位于chr 13第76808776位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr14第7905177位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 17第66866538位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 17第66866548位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 17第66883407位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 18第29852011位,其脱氧核苷酸为A或T;位于chr 21第39681097位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 21第39681575位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39691901位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39712741位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39713282位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr21第39715270位,其脱氧核苷酸为G或A。
2.如权利要求1所述的应用,其特征在于,所述试剂包括用于检测所述SNP位点组合的分子探针组合。
3.一种分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的分子探针组合,其特征在于,所述分子探针组合检测与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的21个SNP位点组合;所述21个SNP位点组合基于绵羊v4.0基因组序列比对确定;分别为:位于chr 1第217783263位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 5第93384120位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 5第93388756位,其脱氧核苷酸为G或C;位于chr 5第93404769位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 5第93406719位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 6第38408895位,其脱氧核苷酸为G或A;位于chr 6第111748267位,其脱氧核苷酸为T或G;位于chr 6第111748269位,其脱氧核苷酸为T或A;位于chr 12第25149517位,其脱氧核苷酸为C或A;位于chr 13第76808776位,其脱氧核苷酸为T或C;位于chr 14第7905177位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 17第66866538位,其脱氧核苷酸为C或G;位于chr 17第66866548位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 17第66883407位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 18第29852011位,其脱氧核苷酸为A或T;位于chr 21第39681097位,其脱氧核苷酸为A或G;位于chr 21第39681575位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39691901位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39712741位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr 21第39713282位,其脱氧核苷酸为C或T;位于chr21第39715270位,其脱氧核苷酸为G或A。
4.一种分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的基因芯片,其特征在于,所述基因芯片负载有权利要求3所述的分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的分子探针组合。
5.一种分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求3所述的分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的分子探针组合或权利要求4所述的分析细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状的基因芯片。
6.如权利要求3所述的分子探针组合,或权利要求4所述的基因芯片,或权利要求5所述的试剂盒在细毛羊羊毛纤维直径变异系数性状评价,或在细毛羊品种筛选,或在细毛羊品种鉴定中的应用。
CN202210602863.0A 2022-05-30 2022-05-30 一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的snp位点组合及其应用 Active CN114959059B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210602863.0A CN114959059B (zh) 2022-05-30 2022-05-30 一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的snp位点组合及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202210602863.0A CN114959059B (zh) 2022-05-30 2022-05-30 一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的snp位点组合及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN114959059A CN114959059A (zh) 2022-08-30
CN114959059B true CN114959059B (zh) 2023-07-18

Family

ID=82956776

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202210602863.0A Active CN114959059B (zh) 2022-05-30 2022-05-30 一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的snp位点组合及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114959059B (zh)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN116377082B (zh) * 2023-03-09 2024-06-18 西北农林科技大学 绵羊lcorl基因单核苷酸多态性标记在生长性状选择中的应用
CN117025786B (zh) * 2023-08-18 2024-09-24 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所 一种基于靶向捕获测序的细毛羊50k snp液相芯片及其应用
CN117089633B (zh) * 2023-10-20 2023-12-29 中国农业大学 分析山羊绒毛有无的分子标记组合及应用

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111996265B (zh) * 2020-09-20 2021-07-06 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所 一种影响细毛羊羊毛纤维直径的snp分子标记及其应用
CN113278712B (zh) * 2021-07-23 2021-11-09 中国农业大学 分析绵羊毛色的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN114959059A (zh) 2022-08-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN114790483B (zh) 一种与细毛羊净毛率相关的snp位点组合及其应用
CN114959059B (zh) 一种与细毛羊羊毛纤维直径变异系数相关的snp位点组合及其应用
WO2023001211A1 (zh) 一种分析绵羊毛用性状的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用
CN115029451B (zh) 一种绵羊液相芯片及其应用
CN114990226B (zh) 一种与细毛羊羊毛纤维直径相关的snp位点组合及其应用
CN113265475B (zh) 分析绵羊脂尾的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用
CN115198023B (zh) 一种海南黄牛液相育种芯片及其应用
CN112695107A (zh) 一种肉用绵羊生长性能snp位点组合及其应用
CN113278712B (zh) 分析绵羊毛色的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用
CN113265476B (zh) 分析绵羊产奶性能的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用
CN110846429A (zh) 一种玉米全基因组InDel芯片及其应用
CN113718052B (zh) 5000个snp位点组合的应用及小麦品种真实性身份鉴定的方法
WO2021221383A1 (ko) 제주 흑우 친자 감별용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
CN118308474A (zh) 一种仿刺参性别特异性分子标记的筛选方法
CN105755129B (zh) 基于新一代测序的基因座d8s1179的str分型方法
CN116377082A (zh) 绵羊lcorl基因单核苷酸多态性标记在生长性状选择中的应用
CN113293220B (zh) 分析绵羊耳部大小的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用
CN106011250B (zh) 一种检测牛smc2基因隐性致死突变的方法
CN117106936B (zh) 分析山羊毛色性状的分子标记组合及应用
CN117106935B (zh) 分析山羊有无角性状的分子标记组合及应用
CN117089634B (zh) 分析山羊奶用性能的分子标记组合及应用
CN117089633B (zh) 分析山羊绒毛有无的分子标记组合及应用
CN117089636B (zh) 分析山羊肉用性能的分子标记组合及应用
CN117089635B (zh) 分析山羊繁殖性能的分子标记组合及应用
CN117025786B (zh) 一种基于靶向捕获测序的细毛羊50k snp液相芯片及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant