CN108138243A - 用于hiv分析的试剂和方法 - Google Patents

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A.尤斯吉里斯
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Abstract

本发明部分基于本发明人的认识：HIV基因组内的某些序列更可能在广泛的HIV变体中成功检测到HIV。检测和/或定量对象中HIV的存在和/或载量的能力对于感染个体的诊断和治疗尤其重要。本发明部分基于寡核苷酸试剂的发现，所述寡核苷酸试剂比某些现有试剂可检测地扩增来自更大广度的HIV样品的序列和/或产生来自某些先前试剂不会产生扩增子的HIV基因组的扩增子。如本文所述的寡核苷酸试剂在检测和/或定量对象中HIV的存在和/或载量以及由此诊断和治疗HIV中提供预想不到的益处。

Description

用于HIV分析的试剂和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2015年9月18日提交的美国临时申请号62/220,508的权益，所述申请的完整内容通过引用并入本文。
背景
人类免疫缺陷病毒(HIV)是与获得性免疫缺陷综合征(AIDS)相关的传染性病毒。估计表明，大约3700万人目前携带HIV生活。进一步估计，每天超过5,000人感染HIV，而每年超过1,000,000人由于感染而死亡。检测和/或定量对象中HIV的存在和/或载量的能力对于感染个体的诊断和治疗尤其重要。本领域需要用于检测和/或定量HIV存在和/或载量的方法，其捕获各种各样的变体HIV序列。
概述
由于许多因素，检测和/或定量对象中的HIV的存在和/或载量已被证明是有挑战性的。检测和/或定量HIV中的一个有挑战性的因素是病毒的异质性。HIV可以被分为至少两种主要类型(全世界发现的HIV-1，和主要在西非发现的HIV-2)，而HIV-1已被进一步细分为三个亚组(M、N和O)，并且M还已被进一步细分为至少10个亚型(A-J)。亚型还能够在共感染后重组，导致又进一步的重组亚型。另一个有挑战性的因素是HIV的体内突变率非常高。根据一些研究，HIV的估计突变率使得赋予耐药性的任何单一突变可以在一天内发生。检测和/或定量具有与耐药性相关的突变的HIV的存在和/或载量的能力在感染个体的诊断和治疗中会是重要的。例如，HIV整合酶蛋白是HIV的成功复制所必需的关键逆转录病毒酶，并且因此是有吸引力的药物靶标。然而，整合酶基因对导致或促进对治疗的完全或部分抗性的基因突变高度敏感。尽管在一些患者中整合酶抑制剂的效力高，但对某些整合酶抑制剂的抗性，存在低的遗传屏障(例如，因为1或2个突变能够引起某些整合酶抑制剂的效力显著降低)，并且对任何给定整合酶抑制剂的抗性可以引起与一种或多种其它整合酶抑制剂的交叉抗性。尽管存在这些挑战，但整合酶抑制剂是许多患者的抗逆转录病毒治疗的重要组分。
本发明涵盖对以下问题的理解：用于检测和/或定量HIV的存在和/或载量的各种先前方法不能检测和/或定量足够或期望广度的HIV变体。例如，用于检测和/或定量HIV存在和/或载量的各种先前方法不能检测和/或定量在整合酶基因中具有某些突变的HIV变体。
VERSANT® HIV-1 RNA 1.0测定法(kPCR) (SIEMENS®)包括与HIV-1的整合酶基因杂交的引物和探针。在不否定VERSANT® HIV-1 RNA 1.0测定法(kPCR)的一般价值或效用的情况下，本发明人已经认识到VERSANT® HIV-1 RNA 1.0测定法(kPCR)利用的寡核苷酸引物与整合酶基因的杂交受到与对整合酶抑制剂的抗性相关的某些突变抑制。当存在此类突变时，检测和定量HIV存在和/或载量的灵敏度和准确性显著降低。另一种HIV-1测定法，ABBOT® HIV-1实时PCR测定法，也受到与对整合酶抑制剂的抗性相关的某些突变抑制，导致检测和定量HIV存在和/或载量的灵敏度和准确度的显著降低。
本发明至少部分基于全部或部分解决这种“广度问题”的某些寡核苷酸和试剂盒的发现和验证。本发明尤其包括用于杂交、扩增、定量、检测和/或测序HIV核酸的试剂、试剂盒和方法。本文描述的方法和组合物能够杂交、扩增、定量、检测和/或测序广泛范围的HIV核酸序列，包括在整合酶基因中具有广泛范围的突变的HIV核酸序列。
本发明的至少一个方面涉及组合物，其包括寡核苷酸引物对，所述寡核苷酸引物对包括正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物在与HIV核酸分子杂交后侧接于在所述HIV核酸分子的与SEQ ID NO:12-22之一具有至少80％序列同一性的区域中的，包括所述HIV核酸分子的至少20个核苷酸的扩增子序列，所述HIV核酸分子与SEQ ID NO:1-11之一具有至少80％序列同一性。在某些实施方案中，所述寡核苷酸引物对包括正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
本发明的至少一个方面涉及作为扩增反应混合物的组合物，所述组合物包括：HIV核酸分子，其包括与SEQ ID NO:1-11之一具有至少80％同一性的序列；正向寡核苷酸引物，其包括与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；反向寡核苷酸引物，其包括和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；扩增子分子，其具有衍生自所述HIV核酸分子序列的一部分的序列和正向寡核苷酸引物的序列或反向寡核苷酸引物的序列。在某些实施方案中，这种组合物还包括一种或多种探针，其包括与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，使得所述扩增子分子与所述探针中的一种或多种杂交。
任何上述方面或实施方案可进一步包括一种或多种探针，其包括与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
本发明的至少一个方面涉及试剂盒，其包括：正向寡核苷酸引物，其包括与SEQ IDNO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；反向寡核苷酸引物，其包括和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；一种或多种探针，其包括与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；和包括HIV核酸分子的阳性对照样品，所述HIV核酸分子在存在正向和反向寡核苷酸引物的情况下经历一个或多个扩增循环时，产生扩增子分子。
在任何上述试剂盒或组合物的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括SEQID NO 23的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括与具有SEQ ID NO:40的序列的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在任何上述试剂盒或组合物的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括SEQID NO 23的序列，并且所述反向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:40的序列互补的序列。
在上述试剂盒或组合物的各个实施方案中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:24具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:41具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:25具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:42具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:26具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:43具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:27具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:44具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:28具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:45具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:29具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:46具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:30具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:47具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:31具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:48具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:32具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:49具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:33具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:50具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:34具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:51具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在任何上述试剂盒或组合物的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:85-95之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:96-106之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在任何上述试剂盒或组合物的某些实施方案中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:85具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:96具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:86具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:97具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:87具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:98具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:88具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:99具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:89具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:100具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:90具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:101具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:91具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:102具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:92具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:103具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:93具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:104具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:94具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:105具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:95具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:106具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在任何上述试剂盒或组合物的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
在任何上述试剂盒或组合物的某些实施方案中，所述反向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
在上述试剂盒或组合物的各个实施方案中，所述试剂盒或组合物包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在上述试剂盒或组合物的各个实施方案中，所述组合物包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在上述试剂盒或组合物的各个实施方案中，所述组合物包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括SEQ ID NO:56的序列，并且所述第二探针包括SEQ ID NO:68的序列。在某些此类实施方案中：
a) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:57具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:69具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:58具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:70具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:59具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:71具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:60具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:72具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:61具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:73具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:62具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:74具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:63具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:75具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:64具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:76具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:65具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:77具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:66具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:78具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:67具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:79具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在上述试剂盒或组合物的各个实施方案中，所述第一探针包括与SEQ ID NO:107-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在上述试剂盒或组合物的各个实施方案中，所述第一探针包括与SEQ ID NO:107-117之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:118-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在上述试剂盒或组合物的各个实施方案中：
a) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:107具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:118具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:108具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:119具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:109具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:120具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:110具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:121具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:111具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:122具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:112具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:123具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:113具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:124具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:114具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:125具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:115具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:126具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:116具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:127具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:117具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:128具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在上述试剂盒或组合物的各个实施方案中，一种或多种探针，任选地第一探针和第二探针中的一者或两者，包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
本发明的至少一个方面涉及包括以下步骤的方法：提供来自具有HIV感染或怀疑具有HIV感染的个体的核酸样品，使得所述核酸样品包括HIV核酸分子；制备扩增反应混合物，所述扩增反应混合物包括所述HIV核酸分子、扩增依赖性可检测部分、正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；使所述扩增反应混合物经受一个或多个扩增循环，使得所述扩增反应混合物中的HIV核酸分子被扩增以产生扩增子分子；且在一个或多个扩增循环期间或之后检测所述扩增反应混合物中的扩增依赖性可检测部分。在某些实施方案中，所述方法进一步包括在一个或多个扩增循环期间或之后测量所述扩增反应混合物中的扩增依赖性可检测部分的水平；且基于所测量的水平定量所述个体的HIV病毒载量。在某些实施方案中，所述HIV核酸分子是HIVcDNA分子。在某些实施方案中，所述方法进一步包括通过逆转录产生HIV cDNA分子。在某些实施方案中，所述扩增反应混合物进一步包括一种或多种探针，其包括与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。在某些此类实施方案中，所述扩增反应混合物包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
本发明的至少一个方面涉及包括以下步骤的方法：提供来自具有HIV感染或怀疑具有HIV感染的个体的核酸样品，使得所述核酸样品包括HIV cDNA分子；制备扩增反应混合物，所述扩增反应混合物包括HIV cDNA分子和：正向寡核苷酸引物，其包括与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；反向寡核苷酸引物，其包括和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；和一种或多种探针，其包括与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，和可检测部分；使所述扩增反应混合物经受一个或多个扩增循环，使得所述扩增反应混合物中的HIV cDNA分子被扩增以产生扩增子分子；在一个或多个扩增循环期间或之后测量所述扩增反应混合物中的可检测部分的水平；且基于所测量的水平定量所述个体的HIV病毒载量。在某些实施方案中，所述可检测部分是荧光团，并且所述探针进一步包括能够猝灭来自所述荧光团的荧光的猝灭剂。在某些实施方案中，所述方法进一步包括通过逆转录产生HIV cDNA分子。在某些实施方案中，所述个体具有对HIV抗逆转录病毒药物(例如整合酶抑制剂)具有抗性的HIV感染或怀疑具有对HIV抗逆转录病毒药物(例如整合酶抑制剂)具有抗性的HIV感染，或HIV抗逆转录病毒药物选自拉替拉韦(raltegravir)、埃替拉韦、多替拉韦(dolutegravir)、globoidnan A、cabotegravir和BMS-707035。在某些实施方案中，如本文所述的方法用来自经受针对HIV感染的治疗的个体的至少两个不同的核酸样品进行，使得所述至少两个不同的核酸样品代表治疗期间不同的时间点，并且如果定量的HIV病毒载量随着时间推移而增加，则改变治疗。在某些实施方案中，所述治疗包括施用HIV抗逆转录病毒药物，并且治疗的改变涉及增加所述HIV抗逆转录病毒药物的剂量。在某些实施方案中，所述治疗包括施用HIV抗逆转录病毒药物，并且治疗的改变涉及使用不同的HIV抗逆转录病毒药物或HIV抗逆转录病毒药物的不同组合。在某些实施方案中，如本文所述的方法进一步包括用在治疗已经改变之后从所述个体获得的核酸样品进行该方法。在某些实施方案中，如本文所述的方法用来自经受针对HIV感染的治疗的个体的至少两个不同的核酸样品进行，使得所述至少两个不同的核酸样品代表治疗期间不同的时间点，并且如果定量的HIV病毒载量随着时间推移而稳定或减少，则继续相同的治疗。
在本文所述的方法的某些实施方案中，所述寡核苷酸引物对包含正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物包括SEQ ID NO 23的至少15个连续核苷酸，所述反向寡核苷酸引物包括与具有SEQ ID NO:40的序列的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法的某些实施方案中，所述寡核苷酸引物对包含正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物包括SEQ ID NO 23的序列，所述反向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:40的序列互补的序列。
在本文所述的方法的某些实施方案中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:24具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:41具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:25具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:42具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:26具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:43具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:27具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:44具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:28具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:45具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:29具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:46具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:30具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:47具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:31具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:48具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:32具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:49具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:33具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:50具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:34具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:51具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在本文所述方法的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:85-95之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:96-106之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法的某些实施方案中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:85具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:96具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:86具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:97具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:87具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:98具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:88具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:99具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:89具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:100具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:90具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:101具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸
g) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:91具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:102具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:92具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:103具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:93具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:104具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:94具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:105具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:95具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:106具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
在本文所述的方法的某些实施方案中，所述反向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
本发明的至少一个方面涉及一种或多种探针检测或定量来自具有HIV感染或怀疑具有HIV感染的个体的核酸样品中的HIV核酸分子的用途，所述一种或多种探针各自包括与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法或用途的某些实施方案中，所述一种或多种探针包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法或用途的某些实施方案中，所述一种或多种探针包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法或用途的某些实施方案中，所述一种或多种探针包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括SEQ ID NO:56的序列，并且所述第二探针包括SEQ ID NO:68的序列。
在本文所述的方法或用途的某些实施方案中：
a) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:57具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:69具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:58具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:70具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:59具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:71具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:60具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:72具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:61具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:73具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:62具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:74具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:63具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:75具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:64具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:76具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:65具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:77具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:66具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:78具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:67具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:79具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法或用途的某些实施方案中，第一探针包括与SEQ ID NO:107-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法或用途的某些实施方案中，第一探针包括与SEQ ID NO:107-117之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且第二探针包括与SEQ ID NO:118-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法或用途的某些实施方案中：
a) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:107具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:118具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:108具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:119具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:109具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:120具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:110具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:121具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:111具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:122具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:112具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:123具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:113具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:124具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:114具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:125具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:115具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:126具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:116具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:127具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:117具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:128具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的方法或用途的某些实施方案中，一种或多种探针，任选地第一探针和第二探针中的一者或两者，包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
本发明的至少一个方面涉及容器，其包括：正向寡核苷酸引物，其包括与SEQ IDNO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；反向寡核苷酸引物，其包括和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；和缓冲液。在某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括SEQ ID NO 23的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括与具有SEQ ID NO:40的序列的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。在某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括SEQID NO 23的序列，并且所述反向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:40的序列互补的序列。在某些实施方案中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:24具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:41具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:25具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:42具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:26具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:43具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:27具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:44具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:28具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:45具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:29具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:46具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:30具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:47具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:31具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:48具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:32具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:49具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:33具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:50具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:34具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:51具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的容器的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:85-95之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:96-106之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的容器的某些实施方案中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:85具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:96具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:86具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:97具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:87具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:98具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:88具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:99具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:89具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:100具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:90具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:101具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:91具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:102具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:92具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:103具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:93具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:104具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:94具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:105具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:95具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:106具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在某些实施方案中，本文所述的容器进一步包括第一探针，其包括与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在某些实施方案中，本文描述的容器进一步包括第二探针，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在某些实施方案中，本文描述的容器进一步包括第二探针，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的容器的某些实施方案中，所述组合物包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括SEQ ID NO:56的序列，并且所述第二探针包括SEQ ID NO:68的序列。
在本文所述的容器的某些实施方案中：
a) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:57具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:69具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:58具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:70具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:59具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:71具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:60具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:72具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:61具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:73具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:62具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:74具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:63具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:75具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:64具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:76具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:65具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:77具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:66具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:78具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:67具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:79具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的容器的某些实施方案中，所述第一探针包括与SEQ ID NO:107-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的容器的某些实施方案中，所述第一探针包括与SEQ ID NO:107-117之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:118-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的容器的某些实施方案中：
a) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:107具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:118具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:108具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:119具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:109具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:120具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:110具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:121具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:111具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:122具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:112具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:123具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:113具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:124具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:114具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:125具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:115具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:126具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:116具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:127具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包括与SEQ ID NO:117具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:128具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
在本文所述的容器的某些实施方案中，第一探针和第二探针中的一者或两者包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
本发明的至少一个方面涉及检测样品中的HIV核酸的方法，所述方法包括：提供来自具有HIV感染或怀疑具有HIV感染的个体的核酸样品，使得所述核酸样品包括HIV核酸分子；制备扩增反应混合物，所述扩增反应混合物包括所述HIV核酸分子、正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；使所述扩增反应混合物经受一个或多个扩增循环，使得所述HIV核酸分子被扩增以产生扩增子分子；且检测通过延伸产生的扩增子的存在。在某些实施方案中，所述HIV核酸分子是HIVcDNA分子。在某些实施方案中，所述方法进一步包括：通过逆转录产生HIV cDNA分子。在某些实施方案中，所述扩增反应混合物进一步包括一种或多种探针，其包括与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。在某些此类实施方案中，所述扩增反应混合物包括第一探针和第二探针，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。在某些此类实施方案中，所述第一探针包括与SEQ ID NO:56具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包括与SEQ ID NO:68具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。在某些此类实施方案中，所述第一探针包括SEQID NO:56的序列，并且所述第二探针包括SEQ ID NO:68的序列。在各个实施方案中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:24具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:41具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:25具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:42具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:26具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:43具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:27具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:44具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:28具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:45具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:29具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:46具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:30具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:47具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:31具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:48具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:32具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:49具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:33具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:50具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:34具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:51具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在如上所述的方法的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:85-95之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:96-106之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在如上所述的方法的某些实施方案中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:85具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:96具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:86具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:97具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:87具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:98具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:88具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:99具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:89具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:100具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:90具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:101具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸
g) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:91具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:102具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:92具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:103具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:93具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:104具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:94具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:105具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:95具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括和与SEQ ID NO:106具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
在如上所述的方法的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括SEQ ID NO 23的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包括与具有SEQ ID NO:40的序列的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。在某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括SEQID NO 23的序列，并且所述反向寡核苷酸引物包括与SEQ ID NO:40的序列互补的序列。
在如上所述的方法的某些实施方案中，所述正向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
在如上所述的方法的某些实施方案中，所述反向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
定义
如本文所用的引物或寡核苷酸引物是指核酸分子，其被用于、能够被用于或用于从模板核酸分子产生扩增子。如本文所用的寡核苷酸引物对是指两种寡核苷酸引物的集合，所述寡核苷酸引物分别与模板双链核酸分子的第一链和第二链互补。寡核苷酸引物对的第一和第二寡核苷酸引物可以就模板核酸链而言分别称为“正向”寡核苷酸引物和“反向”寡核苷酸引物，因为正向寡核苷酸引物能够和与模板核酸链互补的核酸链杂交，反向寡核苷酸引物能够与模板核酸链杂交，并且正向寡核苷酸引物就模板核酸链而言的位置是反向寡核苷酸引物序列就模板核酸链而言的位置的5'侧。本领域技术人员将理解，分别将第一和第二寡核苷酸引物鉴定为正向和反向寡核苷酸引物是任意的，因为这些标识符取决于给定核酸链或其互补序列是否被用作模板核酸分子。
如本文所用的扩增子或扩增子分子意指通过从模板核酸分子转录而产生的核酸分子或具有与之互补的序列的核酸分子或包括任何此类核酸分子的双链核酸。转录可以从引物起始。
如本文所用的HIV核酸分子是指编码人类免疫缺陷病毒的全部或部分基因组的核酸分子。HIV核酸分子可以例如长度为100或更多个核苷酸或碱基对，例如长度为至少150、200、250、500、1,000、2,000、3,000、4,000、5,000、6,000、7,000、8,000、9,000、10,000、11,000或更多个核苷酸或碱基对。HIV核酸分子可以是单链RNA分子或任何相应的双链RNA分子、单链DNA分子或双链DNA分子，其分别涵盖与单链RNA HIV核酸分子互补的DNA和RNA序列和/或与之互补的核酸分子。HIV核酸分子的任何链可以与任何已知或分离的HIV基因组序列或与之互补的核酸分子的全部或一部分具有至少40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或100％同一性，或能够与分离的HIV基因组序列或与之互补的核酸分子杂交。
如本文所用的逆转录意指从RNA模板产生DNA序列的过程。
如本文所用的cDNA意指从RNA模板产生的DNA核酸分子。
如本文所用的同一性意指参照核酸或氨基酸序列和一种或多种其它核酸或氨基酸序列之间的总体相关性。同一性可以表示为百分比。用于计算百分比同一性的方法是本领域已知的。同一性的计算不要求序列具有相同或相似的长度。为了最佳比较目的，可以通过比对两个序列来进行百分比同一性的计算(例如，为了最佳比对，可以在第一和第二核酸序列中的一个或两个中引入空位，并且为了比较目的，可以忽略不同的序列)，然后可以比较相应核苷酸位置处的核苷酸。当第一序列中的位置被与第二序列中相应位置相同的核苷酸占据时，则序列在该位置是相同的。两个序列之间的百分比同一性是序列共有的相同位置的数目的函数，其通常考虑例如为了序列的最佳比对而引入的任何空位的数目和/或长度。两个序列之间的序列比较和百分比同一性的确定可以使用数学算法诸如BLAST®来完成。
如本文所用的杂交意指通过在互补核苷酸之间形成氢键而从第一单链核酸分子和第二单链核酸分子形成双链核酸分子。通常，杂交可以发生在例如具有至少70％互补性、例如至少75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100％互补性的核苷酸序列之间。可以发生杂交的条件是本领域已知的。
如本文所用的治疗意指部分或完全减轻、改善、缓解、抑制、延迟特定疾病、病症和/或病况的一种或多种症状或特征的发作，降低特定疾病、病症和/或病况的一种或多种症状或特征的严重性和/或降低特定疾病、病症和/或病况的一种或多种症状或特征的发生率的治疗组合物的任何施用。此治疗可以是不表现出相关疾病、病症和/或病况的体征的对象和/或仅表现出疾病、病症和/或病况的早期体征的对象。可替代地或另外地，此治疗可以是表现出相关疾病、病症和/或病况的一种或多种确定体征的对象。
如本文所用的治疗有效量意指产生为其而施用的期望效果的量。在一些实施方案中，该术语是指当根据治疗给药方案施用于患有或易患疾病、病症和/或病况的群体时足以治疗该疾病、病症和/或病况的量。在一些实施方案中，治疗有效量是降低该疾病、病症和/或病况的一种或多种症状的发病率和/或严重度和/或延迟其发作的量。本领域普通技术人员将理解，术语“治疗有效量”实际上不需要在特定对象中实现成功的治疗。相反，治疗有效量可以是当施用于需要此治疗的对象时在相当数量的对象中提供特定期望的药理学反应的量。在一些实施方案中，提及治疗有效量可以是指如在一种或多种特定组织(例如，受疾病、病症或病况影响的组织)或流体(例如，血液、唾液、血清、汗水、眼泪、尿液等)中测量的量。本领域普通技术人员将理解，在一些实施方案中，可以以单剂量配制和/或施用治疗有效量。在一些实施方案中，治疗有效量可以以多个剂量，例如作为给药方案的一部分，配制和/或施用。
如本文所用的扩增是指使用模板核酸分子与各种试剂的组合以从模板核酸分子产生另外的核酸分子，所述另外的核酸分子可以与模板核酸分子的区段和/或与之互补的序列相同或相似(例如，具有至少70％同一性，例如至少75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100％同一性)。
如本文所用的扩增反应混合物或扩增反应意指模板核酸分子连同足以扩增模板核酸分子的试剂。
如本文所用的HIV病毒载量或HIV载量意指在单位样品中检测的HIV基因组或其代表性部分的存在、不存在或相对或绝对数量、量或水平。HIV病毒载量可以是定量的，半定量的，相对的或定性的。
附图简述
图1是显示整合酶基因的全局最小熵评分的图。
图2显示与某些引物和探针序列完美匹配的HIV-1基因组(和HIV-1基因组组群)的数量。
图3是显示本发明的某些引物和探针的序列的图。
图4是显示本发明的某些引物和探针对应的HIV-1基因组区域的示意图。
图5是显示市售HIV-1病毒载量测定的引物和探针的图。显示与某些HIV-1亚型相比错配的核苷酸。
图6是显示市售的HIV-1病毒载量测定的引物和探针与某些整合酶抗性突变具有潜在显著错配的图。
图7是比较本发明的引物和探针相比于市售的HIV-1病毒载量测定的引物和探针的某些突变整合酶基因转录物的扩增结果的图。
详述
本发明部分基于本发明人的认识：HIV基因组内的某些序列更可能在广泛的HIV变体中成功检测到HIV。如前所示，检测和/或定量对象中HIV的存在和/或载量的能力对于感染个体的诊断和治疗尤其重要。然而，由于许多因素，包括HIV异质性和高突变率，检测和/或定量对象中的HIV的存在和/或载量已被证明是有挑战性的。本发明部分基于本文所述的寡核苷酸试剂的发现，所述寡核苷酸试剂比某些现有试剂可检测地扩增来自更大广度的HIV样品的序列和/或产生来自某些先前试剂不会产生扩增子的HIV基因组的扩增子。因此，如本文所述的寡核苷酸试剂在检测和/或定量对象中HIV的存在和/或载量以及由此诊断和治疗HIV中提供预想不到的益处。
寡核苷酸
本发明尤其包括用于检测和/或定量HIV的方法和试剂。如上所讨论，能够检测和/或定量样品中的HIV且还能够在足够广度的HIV变体中这样做的方法和试剂的鉴定尤其需要鉴定功能性寡核苷酸序列。本发明涵盖此类寡核苷酸序列的鉴定。
在具体实施方案中，本发明尤其涵盖具有与选自SEQ ID NO:24-34中的任一者的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸和/或具有与选自SEQ ID NO:41-51中的任一者的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在具体实施方案中，本发明尤其涵盖具有与选自SEQ ID NO:85-95中的任一者的6至20个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸和/或具有与选自SEQ ID NO:96-106中的任一者的6至20个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6至40个核苷酸长度，8至35个核苷酸长度，10至30个核苷酸长度，12至28个核苷酸长度，14至26个核苷酸长度，16至26个核苷酸长度，或18至24个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在具体实施方案中，本发明尤其涵盖具有与选自包括对应于SEQ ID NO:35-39中的任一者的序列的SEQ ID NO:1-11中的任一者的40个碱基对区域的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸和/或具有与选自包括对应于SEQ ID NO:52-55中的任一者的序列的SEQ ID NO:1-11中的任一者的40个碱基对区域的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在具体实施方案中，本发明尤其涵盖具有与选自包括对应于SEQ ID NO:35-39中的任一者的序列的SEQ ID NO:1-11中的任一者的30个碱基对区域的6至30个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸和/或具有与选自包括对应于SEQID NO:52-55中的任一者的序列的SEQ ID NO:1-11中的任一者的30个碱基对区域的6至30个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在具体实施方案中，本发明尤其涵盖具有与选自SEQ ID NO:56-67中的任一者的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在具体实施方案中，本发明尤其涵盖具有与选自SEQ ID NO:107-117中的任一者的6至24个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6至40个核苷酸长度，8至35个核苷酸长度，10至30个核苷酸长度，12至28个核苷酸长度，14至26个核苷酸长度，16至26个核苷酸长度，或18至24个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在具体实施方案中，本发明尤其涵盖具有与选自SEQ ID NO:68-79中的任一者的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在具体实施方案中，本发明尤其涵盖具有与选自SEQ ID NO:118-128中的任一者的6至24个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6至40个核苷酸长度，8至35个核苷酸长度，10至30个核苷酸长度，12至28个核苷酸长度，14至26个核苷酸长度，16至26个核苷酸长度，或18至24个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在具体实施方案中，本发明尤其包括具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸。
在具体实施方案中，本发明尤其包括具有与SEQ ID NO:40互补的核酸序列的寡核苷酸。
在具体实施方案中，本发明尤其包括具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列的寡核苷酸。
在具体实施方案中，本发明尤其包括具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸。
在具体实施方案中，本发明尤其包括具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸，和具有与SEQ ID NO:40互补的核酸序列的寡核苷酸。
在具体实施方案中，本发明尤其包括具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列的寡核苷酸，和具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸。
在具体实施方案中，本发明尤其包括具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸，具有与SEQ ID NO:40互补的核酸序列的寡核苷酸，具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列的寡核苷酸，和具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸。
在本发明的各个实施方案中，如本文所述的一种或多种寡核苷酸中的任一者可以与如本文或其它方面所述的一种或多种其它寡核苷酸中的任一者一起利用，以扩增DNA和/或检测DNA的扩增。
引物
应当理解，单一核酸链的序列代表提供的该单一核酸链的序列，与该单一核酸链互补的核酸链的序列，以及包括具有该链的序列的第一链和具有与该链互补的序列的第二链的双链核酸分子的序列。
在各个实施方案中，寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物可以是具有与选自SEQ IDNO:24-34中的任一者或与之互补的序列的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物可以是具有与选自SEQ ID NO:85-95中的任一者的6至20个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物可以是6至40个核苷酸长度，8至35个核苷酸长度，10至30个核苷酸长度，12至28个核苷酸长度，14至26个核苷酸长度，16至26个核苷酸长度，或18至24个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在各个实施方案中，寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物可以是具有和与SEQ IDNO:41-51中的任一者互补的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物可以是具有和与SEQ ID NO:96-106中的任一者或与之互补的序列互补的6至20个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物可以是6至40个核苷酸长度，8至35个核苷酸长度，10至30个核苷酸长度，12至28个核苷酸长度，14至26个核苷酸长度，16至26个核苷酸长度，或18至24个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在各个实施方案中，寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物可以是具有与选自包括对应于SEQ ID NO:35-39中的任一者的序列的SEQ ID NO:1-11中的任一者的40个碱基对区域或与之互补的序列的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物可以是具有与选自包括对应于SEQ ID NO:35-39中的任一者的序列的SEQID NO:1-11中的任一者的30个碱基对区域的6至30个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在各个实施方案中，寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物可以是具有与选自与SEQID NO:1-11中的任一者互补的40个碱基对区域的6至40个碱基对的序列或与之互补的序列(其包括对应于SEQ ID NO:52-55中的任一者的序列或与之互补的序列)具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。在各个实施方案中，寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物可以是具有与选自与SEQ ID NO:1-11中的任一者互补的30个碱基对区域的6至30个碱基对的序列或与之互补的序列(其包括对应于SEQ IDNO:52-55中的任一者的序列或与之互补的序列)具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在某些实施方案中，包括正向引物和反向引物的寡核苷酸引物对选自以下，或选自与之互补的寡核苷酸引物对：
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:23-39中的任一者或SEQ ID NO:85-95中的任一者的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与选自SEQ ID NO:40-55中的任一者或SEQ ID NO:96-106中的任一者的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:23的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:40的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:24的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、24、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:41的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、41、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:25的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:42的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:26的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:43的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:27的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:44的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:28的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:45的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:29的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:46的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:30的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:47的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:31的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:48的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:32的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:49的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:33的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:50的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:34的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:51的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:85的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:96的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:86的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:97的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:87的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:98的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:88的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:99的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:89的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:100的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:90的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:101的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:91的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:102的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:92的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:103的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:93的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:104的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:94的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:105的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:95的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:106的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
在各个实施方案中，寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物可以是具有根据SEQ IDNO:23的核酸序列的寡核苷酸。
在各个实施方案中，寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物可以是具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的寡核苷酸。
在某些实施方案中，包括正向引物和反向引物的寡核苷酸引物对包括具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的正向寡核苷酸引物，和具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的反向寡核苷酸引物。
在各个实施方案中，参照核酸链是根据SEQ ID NO:1-11中的任一者的序列的核酸链或与SEQ ID NO:1-11中的任一者具有至少80％同一性(例如与之具有至少80％同一性，至少85％同一性，至少90％同一性，至少91％同一性，至少92％同一性，至少93％同一性，至少94％同一性，至少95％同一性，至少96％同一性，至少97％同一性，至少98％同一性，至少99％同一性或100％同一性)的HIV序列或与之互补的核酸序列。
本领域技术人员将理解，提及寡核苷酸引物可以是指单一寡核苷酸引物分子，并且在某些情况下也可以是指或反而是指存在于反应中的特定序列或类型的多个寡核苷酸引物分子。
本领域技术人员将理解，寡核苷酸引物不必与模板或扩增子具有100％序列同一性，以便与模板或扩增子杂交和/或参与用模板或扩增子的扩增反应的一个或多个步骤。在一些情况下，寡核苷酸引物可以和与之杂交的模板或扩增子具有一个或多个错配，例如1个错配、2个错配、3个错配、4个错配、5个错配、6个错配、7个错配、8个错配、9个错配、10个错配或更多个错配。因此，存在于用扩增子或模板的扩增反应中的寡核苷酸引物可以与扩增子或模板的任何部分具有不超过，例如，70％同一性，例如与模板或扩增子具有70％或更多同一性，75％或更多同一性，80%或更多同一性，85％或更多同一性，90％或更多同一性，95％或更多同一性，96％或更多同一性，97％或更多同一性，98％或更多同一性或99％或更多同一性。
在本文所述的任何不同的实施方案中，核酸分子的任何一个或多个核苷酸可以是天然核苷酸(A、C、G、T或U)、合成核苷酸或修饰核苷酸。
扩增子
在具体实施方案中，本发明尤其涵盖通过本文所述的任何寡核苷酸引物或寡核苷酸引物对扩增的与SEQ ID NO:1-11中的任一者的部分具有至少80％同一性的扩增子。在具体实施方案中，本发明尤其涵盖与选自SEQ ID NO:1-11中的任一者的参照链的序列的部分或与具有与SEQ ID NO:1-11中的任一者互补的序列的参照链的序列的部分具有至少80％同一性的扩增子，例如，使得扩增子包括SEQ ID NO:24-55中的任一者的序列的全部或部分或与SEQ ID NO 24-55中的任一者互补的序列的全部或部分。在各个实施方案中，扩增子具有与SEQ ID NO:12-22中的任一者的全部或部分具有至少80％同一性的序列或与之互补的序列，其中所述部分可以是40-800、40-700、40-600、40-500、40-400、40-300、40-200、40-175、40-150、40-125、40-100、40-75或40-50个核苷酸长度。
在某些实施方案中，扩增子是(a) SEQ ID NO:1-22中的任一者的部分，或与之互补的序列，其通过或能够通过选自以下的引物对扩增；(b) 与SEQ ID NO:1-22中的任一者的部分互补的核酸，其通过或能够通过选自以下的引物对扩增，或包含(a)或(b)的双链序列：
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:23-39中的任一者或SEQ ID NO:85-95中的任一者的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与选自SEQ ID NO:40-55中的任一者或SEQ ID NO:96-106中的任一者的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:23的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:40的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:24的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:41的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:25的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:42的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:26的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:43的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:27的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:44的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:28的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:45的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:29的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:46的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:30的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:47的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:31的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:48的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:32的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:49的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:33的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:50的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:34的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:51的序列互补的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:85的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:96的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:86的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:97的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:87的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:98的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:88的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:99的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:89的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:100的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:90的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:101的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:91的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:102的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:92的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:103的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:93的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:104的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:94的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:105的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-正向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:95的序列的6至20个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和反向寡核苷酸引物，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)与SEQ ID NO:106的序列互补的6至18个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
在各个实施方案中，寡核苷酸引物或正向寡核苷酸引物可以是具有根据SEQ IDNO:23的核酸序列的寡核苷酸。
在各个实施方案中，寡核苷酸引物或反向寡核苷酸引物可以是具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的寡核苷酸。
在某些实施方案中，包括正向引物和反向引物的寡核苷酸引物对包括具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的正向寡核苷酸引物，和具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的反向寡核苷酸引物。
在各个实施方案中，参照核酸链是根据SEQ ID NO:1-11中的任一者的序列的核酸链或与SEQ ID NO:1-11中的任一者具有至少80％同一性(例如与之具有至少80％同一性，至少85％同一性，至少90％同一性，至少91％同一性，至少92％同一性，至少93％同一性，至少94％同一性，至少95％同一性，至少96％同一性，至少97％同一性，至少98％同一性，至少99％同一性或100％同一性)的HIV序列或与之互补的核酸序列。
本领域技术人员将理解，提及寡核苷酸引物可以是指单一寡核苷酸引物分子，并且在某些情况下也可以是指或反而是指存在于反应中的特定序列或类型的多个寡核苷酸引物分子。
本领域技术人员将理解，寡核苷酸引物不必与模板或扩增子具有100％序列同一性，以便与模板或扩增子杂交和/或参与用模板或扩增子的扩增反应的一个或多个步骤。在一些情况下，寡核苷酸引物可以和与之杂交的模板或扩增子具有一个或多个错配，例如1个错配、2个错配、3个错配、4个错配、5个错配、6个错配、7个错配、8个错配、9个错配、10个错配或更多个错配。因此，存在于用扩增子或模板的扩增反应中的寡核苷酸引物可以与扩增子或模板的任何部分具有不超过，例如，70％同一性，例如与模板或扩增子具有70％或更多同一性，75％或更多同一性，80%或更多同一性，85％或更多同一性，90％或更多同一性，95％或更多同一性，96％或更多同一性，97％或更多同一性，98％或更多同一性或99％或更多同一性。
在本文所述的任何不同的实施方案中，核酸分子的任何一个或多个核苷酸可以是天然核苷酸(A、C、G、T或U)、合成核苷酸或修饰核苷酸。
探针
如本文所述的探针或寡核苷酸探针是能够与如本文所述的扩增子杂交的寡核苷酸。标记的探针或寡核苷酸探针是与可检测部分缔合的探针。
本发明的探针可以是与通过本文所述的任何寡核苷酸引物或寡核苷酸引物对扩增的与SEQ ID NO:1-11中的任一者的部分具有至少80％同一性的扩增子和/或与如上所述的任何扩增子杂交或能够与之杂交的核酸分子。
在各个实施方案中，如本文所述的探针是包括(或由其组成)具有与选自SEQ IDNO:56-67中的任一者或与之互补的序列的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸的核酸分子。在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6至40个核苷酸长度，8至35个核苷酸长度，10至30个核苷酸长度，12至28个核苷酸长度，14至26个核苷酸长度，16至26个核苷酸长度，或18至24个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在各个实施方案中，如本文所述的探针是包括(或由其组成)具有与选自SEQ IDNO:107-117中的任一者或与之互补的序列的6至24个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸的核酸分子。在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6至24个核苷酸长度，8至24个核苷酸长度，10至24个核苷酸长度，12至24个核苷酸长度，14至24个核苷酸长度，16至24个核苷酸长度，18至24个核苷酸长度，6至22个核苷酸长度，6至20个核苷酸长度，6至18个核苷酸长度，6至16个核苷酸长度，6至14个核苷酸长度，6至12个核苷酸长度，10至22个核苷酸长度，10至20个核苷酸长度，10至18个核苷酸长度，10至16个核苷酸长度，10至14个核苷酸长，或10至12个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸长度。
在各个实施方案中，如本文所述的探针是包括(或由其组成)具有与选自SEQ IDNO:68-84中的任一者或与之互补的序列的6至40个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸的核酸分子。在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6至40个核苷酸长度，8至35个核苷酸长度，10至30个核苷酸长度，12至28个核苷酸长度，14至26个核苷酸长度，16至26个核苷酸长度，或18至24个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸长度。
在各个实施方案中，如本文所述的探针是包括(或由其组成)具有与选自SEQ IDNO:118-128中的任一者或与之互补的序列的6至24个碱基对的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的核酸序列的寡核苷酸的核酸分子。在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6至24个核苷酸长度，8至24个核苷酸长度，10至24个核苷酸长度，12至24个核苷酸长度，14至24个核苷酸长度，16至24个核苷酸长度，18至24个核苷酸长度，6至22个核苷酸长度，6至20个核苷酸长度，6至18个核苷酸长度，6至16个核苷酸长度，6至14个核苷酸长度，6至12个核苷酸长度，10至22个核苷酸长度，10至20个核苷酸长度，10至18个核苷酸长度，10至16个核苷酸长度，10至14个核苷酸长，或10至12个核苷酸长度。因此，在各个实施方案中，一种或多种寡核苷酸中的任一者可以是6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸长度。
在各个实施方案中，如本文所述的探针是具有或包括SEQ ID NO:56或SEQ ID NO:68的序列或与之互补的序列的核酸分子。
在各种情况下，扩增反应混合物包括单一探针。
在各种情况下，扩增反应混合物包含两种探针。在此类情况下，扩增反应混合物可以包括根据以下的第一探针和第二探针：
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:57的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:69的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:58的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:70的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:59的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:71的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:60的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:72的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:61的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:73的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:62的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:74的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:63的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:75的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:64的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:76的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:65的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:77的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:66的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:78的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:67的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:79的序列的6至40个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:107的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:118的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:108的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:119的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:109的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:120的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:110的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:121的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:111的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:122的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:112的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:123的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:113的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:124的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:114的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:125的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:115的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:126的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:116的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:127的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
-第一探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:117的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列，和第二探针，其包括(或由其组成)与包括(或由其组成)选自SEQ ID NO:128的序列的6至24个连续核苷酸(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸)的序列具有至少80％同一性(例如至少80％、85％、90％、95％或100％同一性)的序列。
在各种情况下，扩增反应混合物包括具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列的寡核苷酸探针。
在各种情况下，扩增反应混合物包括具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸探针。
在各种情况下，扩增反应混合物包含两种探针：作为具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列的寡核苷酸探针的第一探针，和作为具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸探针的第二探针。
本领域技术人员将理解，提及寡核苷酸探针可以是指单一寡核苷酸探针分子，并且在某些情况下也可以是指或反而是指存在于反应中的特定序列或类型的多个寡核苷酸探针分子。
本领域技术人员将理解，寡核苷酸探针不必与模板或扩增子具有100％序列同一性，以便与模板或扩增子杂交和/或有助于扩增的检测。在一些情况下，寡核苷酸探针可以和与之杂交的模板或扩增子具有一个或多个错配，例如1个错配、2个错配、3个错配、4个错配、5个错配、6个错配、7个错配、8个错配、9个错配、10个错配或更多个错配。因此，存在于用扩增子或模板的扩增反应中的寡核苷酸探针可以与扩增子或模板的任何部分具有不超过，例如，70％同一性，例如与模板或扩增子具有70％或更多同一性，75％或更多同一性，80%或更多同一性，85％或更多同一性，90％或更多同一性，95％或更多同一性，96％或更多同一性，97％或更多同一性，98％或更多同一性或99％或更多同一性。
标记的探针
如本文所述的检测和/或定量存在于样品中的核酸序列的存在和/或水平的各种方法可以利用单一寡核苷酸引物或第一寡核苷酸引物连同第二寡核苷酸引物，其任选地与一种或多种探针，例如单一探针或第一探针连同第二探针组合。
在包括一种或多种探针的本发明的各种方法中，一种或多种探针与可检测部分缔合(例如用于定量或实时PCR)。寡核苷酸探针与可检测部分的缔合可以是直接的，间接的，共价的，非共价的，经由接头或经由与一个或多个中间分子的缔合。
如本文所述的用于与寡核苷酸探针缔合的示例性可检测部分包括，但不限于，FAM®、6-FAM (FLUORESCEIN)、6-FAM (NHS ESTER)、6-FAM (AZIDE)、FLUORESCEIN DT、YAKIMAYELLOW®、VIC®、ABY®、JUN®、TETTM、HEXTM、JOETM、JOETM (NHS ESTER)、CY®3、CY®3.5、CY®5、CY®5.5、TAMRATM、TAMRATM (NHS ESTER)、5-TAMRATM (AZIDE)、ROX TM、ROXTM (NHS ESTER)、LC RED610、TEXAS RED®、TEXAS RED®-X (NHS ESTER)、TEX 615、LC RED 640、FLUORESCEIN、BEBO、MAX、MAX (NHS ESTER)、OREGON GREEN 488、OREGON GREEN 514、ATTOTM 425、ATTOTM 465、ATTOTM 488、ATTOTM 520、ATTOTM 532、ATTOTM 550、ATTOTM 565、ATTOTM RHO101、ATTOTM 590、ATTOTM 594、ATTOTM 610、ATTOTM 633、ATTOTM 647N、ATTOTM 680、ATTOTM 700、ATTOTM 740、ATTOTM 532 (NHS ESTER)、ATTOTM 550 (NHS ESTER)、ATTOTM 565 (NHS ESTER)、ATTOTMRHO101 (NHS ESTER)、ATTOTM 590 (NHS ESTER)、ATTOTM 633 (NHS ESTER)、ATTOTM 647N(NHS ESTER)、TYETM 563、TYETM 665、TYETM 705、ALEXA FLUOR® 488 (NHS ESTER)、ALEXAFLUOR® 532 (NHS ESTER)、ALEXA FLUOR® 546 (NHS ESTER)、ALEXA FLUOR® 555、ALEXAFLUOR® 594 (NHS ESTER)、ALEXA FLUOR® 647 (NHS ESTER)、ALEXA FLUOR® 650 (NHSESTER)、ALEXA FLUOR® 750 (NHS ESTER)、5'IRDYE® 700、5'IRDYE® 800、5'IRDYE®800CW (NHS ESTER),RHODAMINE GREENTM-X (NHS ESTER)、RHODAMINE RED TM-X (NHSESTER)、WELLRED D2 DYE、WELLRED D3 DYE、WELLRED D4 DYE、LIGHTCYCLER® 610、LIGHTCYCLER® 640 (NHS ESTER)、DY 415、DY 480、DY 610、DY 649、DY 682、DY 782、DY750 (NHS ESTER)、PET®、BODIPY FL、BODIPY 530/550、BODIPY 630/650、BODIPY 650/665、BODIPY TRM-X、FITC、BODIPY R6G、CAL GOLD、CAL ORANGE、CAL RED、PULSAR-650、QUASAR-570、QUASAR 670和NEDTM。
在其中一种或多种探针包括可检测部分的各种情况下，相同的探针可以包括猝灭部分。示例性猝灭部分(例如，用于与qPCR结合使用)是本领域已知的。示例性猝灭部分包括Black Hole猝灭剂®(例如，BHQ®0、BHQ®1、BHQ®1-dt、BHQ®2、BHQ®3、BHQ®10)、BlackBerry猝灭剂BBQ 650、TAMRA、Dabcyl、Dabcyl-dT、Eclipse、非荧光猝灭剂(NFQ)、G核苷酸或多个G核苷酸、QSY 7、QSY 9、QSY 21、QSY 35、ELLEQUENCHER和IOWA BLACK。在各种情况下，如本文所述的探针是双重猝灭的。在各个实施方案中，如本文所述的标记的寡核苷酸探针包括在其5'末端的可检测部分和在其3'末端的猝灭部分。在各个实施方案中，如本文所述的标记的寡核苷酸探针包括在其3'末端的可检测部分和在其5'末端的猝灭部分。
在各个实施方案中，具有不同核酸序列的寡核苷酸探针对各自包括一个可检测部分和一个能够猝灭可检测部分的信号的猝灭部分，其中所述可检测部分和猝灭部分位于寡核苷酸探针对的单独探针上。
在各个实施方案中，具有不同核酸序列的寡核苷酸探针对可以各自包括可检测部分和猝灭部分，其中寡核苷酸探针对的探针包括能够产生不同可检测信号的不同可检测部分，且每种可检测探针的猝灭部分能够猝灭与另一探针缔合的可检测部分的可检测信号，但不能猝灭和与之缔合的探针缔合的可检测部分的可检测信号。
在各种情况下，扩增反应混合物包括具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列的标记的寡核苷酸探针。
在各种情况下，扩增反应混合物包括具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的标记的寡核苷酸探针。
在各种情况下，扩增反应混合物包括两种标记的寡核苷酸探针：具有根据SEQ IDNO:56的核酸序列的第一标记的寡核苷酸探针，和具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的第二标记的寡核苷酸探针。
如本领域技术人员所理解，可检测部分的具体选择、猝灭部分的具体选择和/或在测定法或探针中的可检测部分和猝灭部分的配对可以完全或部分取决于待使用的分析方法和/或待用于此分析的装置，和/或任何具体可检测部分与任何具体猝灭部分配对的适当性。本领域中发现关于使用可检测部分、猝灭部分、测定法和/或装置的重要指导。
样品
本发明包括分析样品以检测和/或定量样品中的核酸序列的存在和/或水平。具体而言，本发明包括分析样品以检测和/或定量样品中的HIV核酸序列的存在和/或水平。样品可以来自被诊断为具有HIV、怀疑具有HIV或处于具有HIV的风险中的对象，例如人类或其它灵长类动物。样品可以来自被诊断为携带HIV核酸、怀疑携带HIV核酸或处于携带HIV核酸的风险中的对象，例如人类或其它灵长类动物。样品可以来自已经暴露于HIV或HIV核酸或处于暴露于HIV或HIV核酸的风险中的对象，例如人类或其它灵长类动物。样品可以是组织或体液的样品，包括但不限于血液、血液级分、血清、血浆、尿液、唾液、口腔拭子(例如，来自脸颊、牙齿和/或牙龈)、宫颈涂片、精液、母乳、胎儿血液或胎儿组织。
如本文所述的任何样品可以在从对象收集后直接使用或可以在分析前处理。处理可以包括例如RNA的分离或纯化和/或RNA的逆转录，其方法是本领域已知的。从样品纯化RNA的方法包括但不限于有机RNA提取、基于滤膜的RNA提取、基于柱和/或离心的RNA提取、基于磁性颗粒的RNA提取、直接裂解RNA提取、基于阴离子交换的RNA提取和本领域已知的其它方法。
本文所述的任何扩增、杂交或测序的方法或步骤可以包括或前置这样的步骤，其中从样品分离或纯化的RNA被逆转录或以其它方式转化为cDNA。
如果样品直接取自对象或者如果样品是取自对象的样品的处理形式，例如，样品来源于对象并且已经经受例如RNA提取和/或RNA的逆转录，则样品可以被称为来自对象。
如本文所述的各种样品包括作为HIV RNA分子的HIV核酸。如本文所述的各种样品包括作为互补DNA(cDNA)分子的HIV核酸，其全部或部分通过HIV RNA分子的逆转录产生。包括从本文所述的样品分离或以其它方式衍生的核酸分子的任何溶液、混合物或物质可以被称为核酸样品。包括从本文所述的样品分离或以其它方式衍生的HIV核酸分子的任何溶液、混合物或物质可以被称为HIV核酸样品。
扩增和检测、定量和/或测序
检测和/或定量存在于样品中的核酸序列的存在和/或水平的各种方法是本领域已知的。此类技术可以包括，但不限于，包括核酸分子的扩增和/或测序的方法，在所述方法中，直接或间接检测扩增子的成功扩增和/或数量、浓度或水平和/或具有特定序列(例如，如本文所述的扩增子的序列)的核酸的数量、浓度、水平或存在。如本领域技术人员所理解，各种检测和/或定量方法提供半定量结果的定量。
在各种情况下，在样品中检测和/或定量HIV序列或扩增子的方法包括其中使用一种或多种寡核苷酸引物来从模板核酸分子(例如参照序列)扩增核酸序列的扩增反应(例如基于聚合酶链式反应(PCR)的扩增)。PCR的方法及其步骤是本领域众所周知的。在一些情况下，PCR的方法可以包括提供模板，使模板与至少(i)聚合酶、(ii)游离脱氧核苷酸和(iii)至少一种寡核苷酸引物接触和孵育反应的步骤。孵育可以包括扩增循环，其中每个循环包括(i)变性、(ii)退火和(iii)延伸的阶段。用于PCR的各种方案和试剂是本领域已知的。各种用于PCR的技术描述于，例如：PCR: A Practical Approach, M. J. McPherson, 等人,IRL Press (1991); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, Innis,等人, Academic Press (1990);和PCR Technology: Principals and Applications forDNA Amplification, H. A. Erlich, Stockton Press (1989); 美国专利号4,683,195;美国专利号4,683,202; 美国专利号4,800,159; 美国专利号4,965,188; 美国专利号4,889,818; 美国专利号5,075,216; 美国专利号5,079,352; 美国专利号5,104,792; 美国专利号5,023,171; 美国专利号5,091,310; 和美国专利号5,066,584，其各自通过引用并入本文。各种特定PCR扩增应用是本领域可得的(对于综述，参见例如，Erlich, 1999, RevImmunogenet., 1: 127-34; Prediger 2001, Methods Mol. Biol. 160: 49-63;Jurecic等人, 2000, Curr. Opin. Microbiol. 3: 316-21; Triglia, 2000, MethodsMol. Biol. 130: 79-83; MaClelland等人, 1994, PCR Methods Appl. 4: S66-81;Abramson和Myers, 1993, Current Opinion in Biotechnology 4: 41-47；其各自通过引用并入本文)。
在至少一些实例PCR反应中，变性包括将反应混合物孵育至94℃或更高持续15秒至2分钟；变性包括在约40-60℃下将反应混合物孵育约15-60秒；延伸包括在70-74℃范围内的温度下将反应混合物孵育约1-2分钟。一系列的变性、退火和延伸可以被称为扩增循环。扩增循环可以重复2至60个或更多个循环，例如至少10个循环、15个循环、20个循环、25个循环、30个循环、35个循环、40个循环、45个循环或50个循环或其之间的任何范围。
在某些情况下，扩增反应用能够或有助于检测一种或多种扩增子的扩增的试剂或在其存在的情况下进行。某些此类方法在本领域中被称为定量PCR (qPCR)。
在能够或有助于检测具有特定序列的核酸的扩增、扩增子或存在的试剂存在的情况下扩增的某些实例中，一种或多种寡核苷酸探针存在于扩增反应中并且用(a)可检测部分(例如荧光部分)和(b)能够猝灭(a)的可检测部分的信号的猝灭部分标记。在此扩增反应中，可检测部分的信号被猝灭部分猝灭，两者与相同的单一寡核苷酸探针分子(例如，与在探针的5'末端的荧光部分和在探针的3'末端的猝灭部分)缔合并且因此足够接近以允许猝灭。当可检测部分和猝灭部分在物理上彼此接近时，荧光输出的总体水平低。在扩增期间，聚合酶活性可以在新生扩增子的3'位置切割与模板核酸分子(例如原始核酸序列或由原始核酸序列产生的扩增子)杂交的探针，将可检测部分与猝灭部分分离。作为结果，可检测部分的可检测信号不再被与单一寡核苷酸探针分子缔合的猝灭部分猝灭或不再被其实质性猝灭。上面提供了可检测部分和猝灭部分的非限制性实例。此类扩增方式可以被称为基于探针的方法。基于探针的方法的使用不排除与其它方法(例如基于染料的方法)组合。
在能够或有助于检测具有特定序列的核酸的扩增、扩增子或存在的试剂存在的情况下扩增的某些实例中，嵌入染料存在于扩增反应中。此类嵌入染料可以被称为扩增依赖性可检测部分。嵌入染料是可检测部分，例如荧光部分，其当插入双链DNA或与双链DNA结合时变得可检测或变得更加可检测。在某些此类实例中，当染料嵌入双链DNA或与双链DNA结合时，信号(或信号水平)是可检测的。因此，由于扩增反应中的扩增子(和与之互补的核酸)的数量增加，所以荧光(例如瞬时、平均、中值、模式或最大荧光)可以增加。此类扩增方式可以被称为基于染料的方法。基于染料的方法的使用不排除与其它方法(例如基于探针的方法)组合。
嵌入染料或扩增依赖性可检测部分的实例包括，但不限于，溴化乙锭、原黄素、SYBR® Green (例如I或II)、SYBR® Gold、EVAGREEN®、YO(噁唑黄)和相关插入染料、TO(噻唑橙)和相关插入染料、PG (PicoGreen)和相关插入染料、吲哚类和相关插入染料、咪唑类和相关插入染料、花青染料、SYTO®-9、SYTO®-13、SYTO®-16、SYTO®-60、SYTO®-62、SYTO®-64、SYTO®-82、POPOTM-3、TOTO®-3、BOBO-3、PO-PROTM-3、TO-PROTM-3、YO-PROTM-1、SYTOX®、YOYOTM-1、YO-PROTM-1、BOXTOTM、BEBOTM、BETOTM以及本领域已知的其它物质。
在定量PCR (qPCR)或实时PCR (kPCR)的各种方法(包括基于染料和基于探针的方法或其组合)中，产生的信号可以用于定量或半定量测定一种或多种扩增子或核酸中的任一者的绝对或相对水平、量或浓度。在qPCR或kPCR的各种方法中，分析可以是非定量或定性的。绝对定量是一种严格的定量技术。绝对定量可以利用在每个反应中添加外部标准品以测定目标靶核酸的绝对量。定量可以利用外部标准稀释度的标准曲线，其可以被生成并用于测定目标浓度。相对定量需要计算样品中靶模板和参照模板的量之间的比率。一种方法是比较性Ct方法，其中在有或没有均一化的情况下，将包括目标样品的扩增反应的Ct值与对照进行比较。定性分析可以利用PCR已达到平台期之后获得的终点数据。终点分析可以是相对的，竞争性的或比较性的。
在本发明的各种情况下，例如在PCR的方法中，例如在qPCR或kPCR的方法中，制备包括各种试剂的反应混合物用于扩增。本发明涵盖反应混合物，所述反应混合物包括来自样品或来源于样品(例如通过逆转录)的核酸连同如本文所述的一种或多种引物或探针。
例如，反应混合物可以包括，但不限于，根据以下任一种的试剂的选择：
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物
- 如本文所述的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的两种寡核苷酸探针；
- 如本文所述的两种标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，和如本文所述的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，和如本文所述的标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，和如本文所述的至少两种寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，和如本文所述的至少两种标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的至少两种寡核苷酸探针，和插入染料；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的至少两种寡核苷酸探针，以及插入染料、PCR缓冲液、水、dNTPs和/或镁中的一种或多种；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的至少两种标记的寡核苷酸探针，以及PCR缓冲液、水、dNTPs和/或镁中的一种或多种。
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，和如本文所述的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，和如本文所述的标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，和如本文所述的至少两种寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，和如本文所述的至少两种标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，如本文所述的至少两种寡核苷酸探针，和插入染料；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的至少两种寡核苷酸探针，DNA聚合酶，以及插入染料、PCR缓冲液、水、dNTPs和/或镁中的一种或多种；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的至少两种标记的寡核苷酸探针，DNA聚合酶，以及PCR缓冲液、水、dNTPs和/或镁中的一种或多种。
在本文所述的各个实施方案中，多个相似但简并的寡核苷酸引物或探针可以存在于单一反应中。简并寡核苷酸引物或探针包括寡核苷酸引物或探针的混合物，其在一个或多个碱基对处不同，但彼此具有至少70％相似性，例如彼此具有至少75％、80％、85％、90％或95%相似性。在各种情况下，反应包括在给定位置处累积包括至少两个、至少三个或至少四个不同的核碱基的寡核苷酸引物和/或探针。简并寡核苷酸探针涵盖一个或多个核苷酸取代、插入或缺失。
在各个实施方案中，第一或正向寡核苷酸引物是具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸。
在各个实施方案中，第二或反向寡核苷酸引物是具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的寡核苷酸。
在各个实施方案中，第一或正向寡核苷酸引物是具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸，且第二或反向寡核苷酸引物是具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的寡核苷酸。
在各个实施方案中，寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列。
在各个实施方案中，寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列。
在各个实施方案中，两种寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针包括具有根据SEQID NO:56的核酸序列的寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针，和具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针。
在各个实施方案中，第一或正向寡核苷酸引物是具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸，第二或反向寡核苷酸引物是具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的寡核苷酸，且两种寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针包括具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列的寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针，和具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针。
本领域技术人员从本公开中将进一步认识到，本文所述的试剂的各种组合可以进一步包括一种或多种额外的寡核苷酸引物、寡核苷酸引物对或寡核苷酸探针中的任一种，所述进一步包括的试剂可以是本领域已知或未知的。
利用本文所述的一种或多种适当的寡核苷酸引物(具有或不具有基于探针的信号或基于染料的信号)的任何扩增反应可用于检测样品中HIV核酸的存在。在扩增反应后鉴定扩增子的存在的许多方法是本领域已知的。某些方法包括鉴定在扩增后存在扩增子和/或鉴定扩增后具有特定序列的核酸的存在，其中任何方法可以是定量的，半定量的，非定量的或定性的。
扩增后扩增子(具有或不具有基于探针的信号或基于染料的信号)的鉴定可以通过本领域已知的各种方法来实现，所述方法包括，例如，但不限于，凝胶电泳方法(包括但不限于，例如，放射自显影、溴化乙锭染色和银染色)，色谱分离，毛细管电泳杂交分析，比较杂交分析，显色杂交(例如，CISH)，寡核苷酸杂交分析，微阵列杂交分析，荧光杂交分析(例如FISH)，Southern印迹分析，杂双链体迁移测定(HMA)，限制性片段长度多态性(RFLP)分析，RNA酶错配分析，表面等离子体共振分析和单链构象多态性(SSCP)分析。鉴定扩增后扩增子(具有或不具有基于探针的信号或基于染料的信号)的方法可替代地或额外地包括，例如但不限于，利用质谱的步骤，例如串联质谱、基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF)质谱、电喷雾电离(ESI)质谱、表面增强激光解吸/电离-飞行时间(SELDI-TOF)质谱、四极-飞行时间(Q-TOF)质谱、大气压光电离质谱(APPI-MS)、傅里叶变换质谱(FTMS)、基质辅助激光解吸/电离-傅立叶变换离子回旋共振(MALDI-FT-ICR)质谱和二次离子质谱(SIMS))。
在某些实施方案中，基于与具有标签或其它可检测部分的寡核苷酸的杂交来检测和/或定量扩增子和/或核酸序列。在各种此类情况下，与具有标签或其它可检测部分的寡核苷酸杂交的核酸可以通过例如色谱或凝胶电泳从其它核酸分开、分离或纯化。在各种此类情况下，可以对分开、分离或纯化的核酸进行定量和/或测序。
扩增后具有特定序列的核酸的存在的鉴定可以包括一个或多个测序步骤。各种测序方法是本领域已知的，并且包括但不限于测序方法(包括但不限于高通量测序、深度测序、下一代测序、大规模平行DNA测序、循环测序、单碱基延伸测序、固体相测序、双链体测序、通过可逆染料终止子的测序、配对末端测序、近期测序、核酸外切酶测序、边连接边测序、短读测序、单分子测序、边合成边测序、实时测序、反向终止子测序、大规模平行标记测序(MPSS)、直接测序、随机鸟枪测序、Sanger测序、靶向测序、外显子测序、全基因组测序、边杂交边测序、焦磷酸测序、纳米孔测序、Illumina基因组分析仪平台、454测序、Solexa基因组分析仪测序、SOLiD®测序和MS-PET测序)，以及利用质谱的方法(例如，串联质谱、基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF)质谱、电喷雾电离(ESI)质谱、表面增强激光解吸/电离-飞行时间(SELDI-TOF)质谱、四极-飞行时间(Q-TOF)质谱、大气压光电离质谱(APPI-MS)、傅里叶变换质谱(FTMS)、基质辅助激光解吸/电离-傅立叶变换离子回旋共振(MALDI-FT-ICR)质谱和二次离子质谱(SIMS))。
因此，检测和/或定量存在于样品中的核酸序列的存在和/或水平的方法可以包括杂交分析、比较杂交分析、显色杂交(例如，CISH)、寡核苷酸杂交分析、微阵列杂交分析、荧光杂交分析(例如，FISH)、Southern印迹分析、杂双链体迁移测定(HMA)、限制性片段长度多态性(RFLP)分析、RNA酶错配分析、表面等离子体共振分析、单链构象多态性(SSCP)分析、基于聚合酶链式反应(PCR)的方法(包括但不限于定量PCR、实时PCR、逆转录酶-PCR分析(RT-PCR)、多重PCR、在较低变性温度下的共扩增-PCR (COLD-PCR)、多重连接依赖性探针扩增(MLPA)和乳液PCR)、测序方法(包括但不限于高通量测序、深度测序、下一代测序、大规模平行DNA测序、循环测序、单碱基延伸测序、固体相测序、双链体测序、通过可逆染料终止子的测序、配对末端测序、近期测序、核酸外切酶测序、边连接边测序、短读测序、单分子测序、边合成边测序、实时测序、反向终止子测序、大规模平行标记测序(MPSS)、直接测序、随机鸟枪测序、Sanger测序、靶向测序、外显子测序、全基因组测序、边杂交边测序、焦磷酸测序、纳米孔测序、Illumina基因组分析仪平台、454测序、Solexa基因组分析仪测序、SOLiD®测序和MS-PET测序)，以及利用质谱的方法(例如，串联质谱、基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF)质谱、电喷雾电离(ESI)质谱、表面增强激光解吸/电离-飞行时间(SELDI-TOF)质谱、四极-飞行时间(Q-TOF)质谱、大气压光电离质谱(APPI-MS)、傅里叶变换质谱(FTMS)、基质辅助激光解吸/电离-傅立叶变换离子回旋共振(MALDI-FT-ICR)质谱和二次离子质谱(SIMS))，其中任一种或全部可单独使用或与凝胶电泳方法(包括但不限于，例如，放射自显影、溴化乙锭染色和银染色)、色谱分离和/或毛细管电泳结合使用。
试剂盒
在各种情况下，本发明包括用于检测和/或定量存在于样品中的核酸序列的存在和/或水平的试剂盒。
试剂盒可以包括，例如，能够与HIV核酸杂交的引物，能够与HIV核酸杂交的两种引物，能够与HIV核酸杂交的三种或更多种引物(例如3、4、5、6、7或8种或更多种引物)，能够在与提供的寡核苷酸引物杂交的相同HIV核酸分子上的位置的3'位置处与HIV核酸分子杂交的标记的探针，各自能够在与提供的寡核苷酸引物杂交的相同HIV核酸分子上的位置的3'位置处与HIV核酸分子杂交的两种标记的探针，各自能够在与提供的寡核苷酸引物杂交的相同HIV核酸分子上的位置的3'位置处与HIV核酸分子杂交的三种或更多种标记的探针(例如3、4、5、6、7或8种或更多种探针)，嵌入染料，游离脱氧核苷酸(dNTP)，聚合酶，对照模板序列，水，缓冲液或已知用于扩增反应中的其它试剂(诸如镁、DMSO、甲酰胺、甘油、甜菜碱一水合物、Tween-20、牛血清白蛋白(BSA)或四甲基氯化铵)。
例如，试剂盒可以包括，但不限于，根据以下任一种的试剂的选择，所述试剂可以单独提供和/或是分开的溶液，和/或一起和/或以单一溶液提供，或以其组合提供：
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物；
- 如本文所述的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的两种寡核苷酸探针；
- 如本文所述的两种标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，和如本文所述的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，和如本文所述的标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，和如本文所述的两种寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，和如本文所述的两种标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的两种寡核苷酸探针，和插入染料；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的两种寡核苷酸探针，以及插入染料、PCR缓冲液、水、dNTPs和/或镁中的一种或多种；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的两种标记的寡核苷酸探针，以及PCR缓冲液、水、dNTPs和/或镁中的一种或多种。
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，和如本文所述的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，和如本文所述的标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，和如本文所述的至少两种寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，和如本文所述的至少两种标记的寡核苷酸探针；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，DNA聚合酶，如本文所述的至少两种寡核苷酸探针，和插入染料；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的至少两种寡核苷酸探针，DNA聚合酶，以及插入染料、PCR缓冲液、水、dNTPs和/或镁中的一种或多种；
- 如本文所述的第一寡核苷酸引物和如本文所述的第二寡核苷酸引物，例如正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，如本文所述的至少两种标记的寡核苷酸探针，DNA聚合酶，以及PCR缓冲液、水、dNTPs和/或镁中的一种或多种。
在本文所述的各个实施方案中，多个相似但简并的寡核苷酸引物或探针可以存在于单一试剂或试剂盒中。简并寡核苷酸引物或探针包括寡核苷酸引物或探针的混合物，其在一个或多个碱基对处不同，但彼此具有至少70％相似性，例如彼此具有至少75％、80％、85％、90％或95%相似性。在各种情况下，试剂或试剂盒包括在给定位置处累积包括至少两个、至少三个或至少四个不同的核碱基的寡核苷酸引物和/或探针。简并寡核苷酸探针涵盖一个或多个核苷酸取代、插入或缺失。
在各个实施方案中，第一或正向寡核苷酸引物是具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸。
在各个实施方案中，第二或反向寡核苷酸引物是具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的寡核苷酸。
在各个实施方案中，第一或正向寡核苷酸引物是具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸，且第二或反向寡核苷酸引物是具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的寡核苷酸。
在各个实施方案中，寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列。
在各个实施方案中，寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列。
在各个实施方案中，两种寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针包括具有根据SEQID NO:56的核酸序列的寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针，和具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针。
在各个实施方案中，第一或正向寡核苷酸引物是具有根据SEQ ID NO:23的核酸序列的寡核苷酸，第二或反向寡核苷酸引物是具有与SEQ ID NO:40的序列互补的核酸序列的寡核苷酸，且两种寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针包括具有根据SEQ ID NO:56的核酸序列的寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针，和具有根据SEQ ID NO:68的核酸序列的寡核苷酸探针或标记的寡核苷酸探针。
本领域技术人员从本公开中将进一步认识到，本发明的各种试剂或试剂盒可以包括本文所述的试剂的组合，并且可以进一步包括一种或多种额外的寡核苷酸引物、寡核苷酸引物对或寡核苷酸探针中的任一种，所述进一步包括的试剂可以是本领域已知或未知的。
在某些情况下，本发明的试剂盒是包括一种或多种如本文所述的分开包装的试剂(例如引物和/或探针)的试剂盒。
在某些情况下，本发明的试剂盒是包括单一溶液的试剂盒，所述单一溶液包括一种或多种如本文所述的试剂(例如引物和/或探针)。
在某些情况下，本发明的试剂盒是包括单一溶液的试剂盒，所述单一溶液包括一种或多种如本文所述的试剂(例如引物和/或探针)连同如本文所述的额外的分开包装的试剂(例如引物和/或探针)。因此，本发明的试剂盒可以是分开包装的试剂的集合或试剂的组合，其任选地提供在单个容纳容器(例如一个盒子)或多个容纳容器(例如多个盒子)中。
如本文所述的试剂盒可以进一步包括用于使用试剂盒的组分来检测和/或定量存在于样品中的核酸序列的存在和/或水平的说明书。
应用
本发明包括可用于检测和/或定量存在于样品中的核酸序列的存在和/或水平的方法、试剂和试剂盒。本发明的样品可以例如来自人类对象，诸如具有HIV、被诊断为具有HIV、怀疑具有HIV或处于具有HIV的风险中的人类对象。
在各种情况下，如本文所述的方法、试剂和/或试剂盒可用于确定样品是否含有HIV核酸，例如样品中HIV或HIV核酸的存在或不存在。
在各种情况下，如本文所述的方法、试剂和/或试剂盒可用于确定样品中HIV或HIV核酸的载量。在各种情况下，如本文所述的方法、试剂和/或试剂盒可用于确定样品中HIV或HIV核酸的序列或类型。在某些情况下，如本文所述的方法、试剂和/或试剂盒可用于随着时间推移监测对象中，例如来自对象的样品中，HIV或HIV核酸的存在或载量。在各种情况下，在第一时间和第二时间各自处测量HIV或HIV核酸的存在或载量。在一些情况下，第一时间在开始治疗之前，且第二时间在开始测量之后。在一些情况下，第一时间在开始治疗方案时，且第二时间在开始治疗之后，例如在治疗期间或结束治疗后。在一些情况下，第一时间和第二时间在治疗期间。在一些情况下，第一时间和第二时间相隔至少一天、两天、三天、四天、五天、六天、1周、2周、3周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、1年或超过一年。
在各种情况下，样品或对象中HIV核酸的序列或类型可用于优化治疗选择或治疗方案。HIV载量的第一量度和HIV载量的随后第二量度之间的HIV载量的下降可能表明治疗方案是成功的。在此类情况下，治疗可以保持或减少。HIV载量的增加，HIV载量的不足或临床无意义的下降，或HIV载量的第一量度和HIV载量的随后第二量度之间的未变化的HIV载量可表明治疗方案是不成功的。在此类情况下，治疗可以增加或以其它方式改变，例如通过向治疗方案中添加一种或多种治疗剂。在示例性情况下，添加至方案中的治疗剂在先前的治疗方案中具有与任何治疗剂不同的作用机制。在特定情况下，治疗方案的失败可能是由于或指示对一种或多种HIV治疗剂的抗性。本领域技术人员将认识到，治疗方案的修改通常由专业医师在患者特异性评估后确定。
在各种情况下，样品或对象中HIV核酸的序列或类型可用于鉴定具有与对一种或多种HIV治疗剂的抗性相关或指示对一种或多种HIV治疗剂的抗性的HIV核酸序列的对象。
在某些情况下，抗性可以涵盖与来自患者的相当的参照样品的HIV病毒载量相比，或与标准值相比，药物或治疗方案(例如，在一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月或更多个月的治疗后)降低HIV载量的失败，如从对象中的样品所测量。在某些情况下，抗性可以涵盖药物或治疗方案(例如，在一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月或更多个月的治疗后)将HIV病毒载量减少或维持低于200拷贝/ml的水平、低于300拷贝/ml的水平、低于400拷贝/ml的水平、低于500拷贝/ml的水平、低于750拷贝/ml的水平、低于1000拷贝/ml的水平或低于5,000拷贝/ml的水平的失败。
在某些情况下，抗性可以涵盖与来自患者的相当的参照样品的HIV RNA病毒载量相比，或与标准值相比，药物或治疗方案(例如，在一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月或更多个月的治疗后)降低HIV RNA载量的失败，如从对象中的样品所测量。在某些情况下，抗性可以涵盖药物或治疗方案(例如，在一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月或更多个月的治疗后)将HIV RNA载量减少或维持低于200拷贝/ml的水平、低于300拷贝/ml的水平、低于400拷贝/ml的水平、低于500拷贝/ml的水平、低于750拷贝/ml的水平、低于1000拷贝/ml的水平或低于5,000拷贝/ml的水平的失败。
在某些情况下，抗性可以涵盖与来自患者的相当的参照样品的CD4+细胞计数相比，或与标准值相比，药物或治疗方案(例如，在一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月或更多个月的治疗后)增加CD4+细胞计数的失败，如从对象中的样品所测量。在某些情况下，抗性可以涵盖药物或治疗方案(例如，在一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月或更多个月的治疗后)将CD4+细胞计数增加至或维持CD4+细胞计数高于50个CD4+细胞/μl、高于100个CD4+细胞/μl、高于150个CD4+细胞/μl或高于200个CD4+细胞/μl的失败。
在某些情况下，抗性可以涵盖通过具有本领域已知与对一种或多种药物或治疗方案的抗性相关的序列的HIV核酸表征的感染或HIV毒株。
在本文所述的任何不同的实施方案中，对药物或治疗方案的抗性可以是对整合酶抑制剂或包括至少一种整合酶抑制剂的治疗方案的抗性。整合酶抑制剂的实例包括，但不限于，在有或没有药代动力学(PK)促进剂的情况下，拉替拉韦、埃替拉韦、多替拉韦、MK-2048、GS 9137 (Gilead)、globoidnan A、L-000870812、S/GSK1349572和S/GSK1265744。已知与对一种或多种整合酶抑制剂的抗性相关的突变包括，但不限于，已知与对拉替拉韦的抗性相关的一种或多种蛋白突变、HIV核酸突变或编码蛋白突变的HIV核酸突变，例如，T66A、E92Q、E138K、E138A、G140S、G140A、Y143R、Y143C、Y143H、Q148H、Q148R、Q148K或N155H；已知与对埃替拉韦的抗性相关的一种或多种蛋白突变、HIV核酸突变或编码蛋白突变的HIV核酸突变，例如，T66I、T66A、T66K、E92Q、E138K、E138A、G140S、G140A、 S147G、Q148H、Q148R、Q148K或N155H；已知与对多替拉韦的抗性相关的一种或多种蛋白突变、HIV核酸突变或编码蛋白突变的HIV核酸突变，例如，E92Q、E138K、E138A、G140S、G140A、Q148H、Q148R或Q148K，和/或已知与对整合酶抑制剂的抗性相关的一种或多种蛋白突变、HIV核酸突变或编码蛋白突变的HIV核酸突变，包括但不限于E92G、E92V、Y143K、Y143S、Y143G、Y143A、N155S、N155T、G118R、F121Y、P145S、Q146P。在各种情况下，如上所述的此类突变可以被鉴定为整合酶抑制剂抗性发展中的初始、主要或主要初始突变。已知与对一种或多种整合酶抑制剂的抗性相关的突变包括，但不限于，一种或多种蛋白突变、HIV核酸突变或编码蛋白突变的HIV核酸突变，H51Y、V54I、L68V、L74M、Q95K、T97A、H114Y、A128T、E138K、E138A、G140S、G140A、G140C、V151I、V151L、V151A、S153Y、S153F、E157Q、G163R、G163K、S230R、R236K，其中的任一种在某些情况下可以被称为整合酶抑制剂抗性发展中的辅助或主要辅助突变。本文所述的一种或多种突变中的任一种可以指示特征在于或可特征在于对用整合酶抑制剂治疗的抗性的HIV感染，诊断特征在于或可特征在于对用整合酶抑制剂治疗的抗性的HIV感染或存在于特征在于或可特征在于对用整合酶抑制剂治疗的抗性的HIV感染中。本领域技术人员将理解，在鉴定上述突变中鉴定共有序列残基本身不是对任何核苷酸或氨基酸突变的鉴定实质性的，并且为了指示在假设的参照序列、例如衍生自亚型B序列的比对的亚型B HIV整合酶共有序列(SEQ ID NO:130)内的位置且与之对比的目的而包括在内。本领域技术人员将进一步理解，如上所述的多个此类突变的积累将典型地与对整合酶抑制剂的抗性的可能性或水平增加相关。
在各种情况下，样品或对象中一种或多种HIV核酸的序列或类型，和/或由其编码的蛋白的氨基酸序列可用于将对象鉴定为对一种或多种整合酶抑制剂具有抗性或可能对一种或多种整合酶抑制剂具有抗性。指示此类的突变是本领域已知的，并且在上文中关于可由HIV核酸编码的氨基酸序列突变进行描述。本领域技术人员将理解，将导致所述氨基酸突变的核酸突变也涵盖在本文中。可以相应地规定治疗方案。
在各种情况下，样品或对象中一种或多种HIV核酸的序列或类型，和/或由其编码的蛋白的氨基酸序列，可用于将对象鉴定为需要用治疗方案治疗，所述治疗方案排除或不仅仅依赖于拉替拉韦、埃替拉韦、多替拉韦、MK-2048, GS 9137 (Gilead)、globoidnan A、L-000870812、S/GSK1349572、S/GSK1265744、globoidnan A、cabotegravir和BMS-707035或任何整合酶抑制剂或所有整合酶抑制剂。指示此类的突变是本领域已知的，并且在上文中关于可由HIV核酸编码的氨基酸序列突变进行描述。本领域技术人员将理解，将导致所述氨基酸突变的核酸突变也涵盖在本文中。可以相应地规定治疗方案。
在各种情况下，样品或对象中一种或多种HIV核酸的序列或类型，和/或由其编码的蛋白的氨基酸序列，可用于将对象鉴定为其中感染可以通过施用治疗有效剂量或方案的一种或多种整合酶抑制剂来成功地治疗的对象，或鉴定为其中感染可能通过施用治疗有效剂量或方案的一种或多种整合酶抑制剂来成功地治疗的对象。可以确定与对整合酶抑制剂治疗的抗性相关的一种或多种突变的不存在，因为与对整合酶抑制剂治疗的抗性相关的突变是本领域已知的并且在上文中关于可由HIV编码的氨基酸序列突变进行描述。本领域技术人员将理解，将导致所述氨基酸突变的核酸突变也涵盖在本文中。可以相应地规定治疗方案。
在各种情况下，样品或对象中一种或多种HIV核酸的序列或类型，和/或由其编码的蛋白的氨基酸序列，可用于将对象鉴定为需要用治疗方案治疗，所述治疗方案包括或仅仅依赖于拉替拉韦、埃替拉韦、多替拉韦、MK-2048, GS 9137 (Gilead)、globoidnan A、L-000870812、S/GSK1349572、S/GSK1265744或任何整合酶抑制剂或所有整合酶抑制剂。可以确定与对整合酶抑制剂治疗的抗性相关的一种或多种突变的不存在，因为与对整合酶抑制剂治疗的抗性相关的突变是本领域已知的并且在上文中关于可由HIV编码的氨基酸序列突变进行描述。本领域技术人员将理解，将导致所述氨基酸突变的核酸突变也涵盖在本文中。可以相应地规定治疗方案。
在各种情况下，本文所述的任何方法、试剂盒和/或试剂可用于确定血液样品中HIV的载量的存在。在某些情况下，所述血液样品来自患者。在某些情况下，所述血液样品存在于血库中。
实施例
包括本实施例以说明本发明的各个实施方案中的至少一个。以下实施例不限于本文提供的任何实施方案或本发明的范围。
实施例1：用于HIV-1病毒载量测定的引物和探针的设计
利用总体HIV亚型的分析来确定HIV-1测定的理想杂交区域。基于由Siemens发明人所执行的分析，鉴定HIV-1基因组的总体最低熵区域(见图1)，用于选择用于最佳HIV-1病毒载量测定的引物和探针。与某些其它HIV-1病毒载量测定相比，鉴定单一最低熵区域用于设计来自不同HIV-1序列的引物和探针改善多种HIV-1序列的扩增且降低制造成本。
进一步分析靶向整合酶区域的本实施例的可能引物和探针序列的特定子集，以避免由于最近开发的新类别的整合酶抑制剂疗法而被鉴定为处于突变选择压力下的区域。分析源自经历整合酶抑制剂失败的第一患者的血浆的HIV序列。
优化引物和探针序列以使与引物和探针序列完全匹配的HIV-1基因组(和HIV-1基因组群)的数量最大化(图2)。
另外基于热力学寡核苷酸-模板杂交解链温度计算、针对发散序列的有利错配的位置比对以及被认为使测定性能最大化、同时使测定复杂性和制造成本最小化的其它特征来评估引物和探针序列。
基于上述，选择特定引物和探针。所选引物和探针的序列显示于图3中。这些引物和探针对应的基因组区域在图4中标识。
通过计算设计分析和实验室测试，证实了所选引物和探针与某些商业上可得的HIV-1病毒载量测定的引物和探针相比的优越性。例如，发现一种商业上可得的HIV-1测定法包括当与某些HIV-1亚型(特别是亚型A2和H1)相比，携带显著的核苷酸序列错配的引物和探针(图5)。此错配可导致某些患者中的不正确的病毒载量测定和/或不可报告的结果。
实施例2：所选的HIV-1测定引物和探针在患者样品中提供稳健的测定性能
为了证实用整合酶抑制剂选择的突变的测定的性能，通过DNA测序分析来自由Merck,Inc.发起的拉替拉韦临床试验的患者标本。使用与患者样本的病毒RNA序列匹配的体外转录物合成模板进行验证性实验。结果证实，整合酶基因抗性突变不会干扰新测定的性能。这些结果与某些商业上可得的测定(发现其具有有害地影响测定性能的显著错配)相反(图6)。
实施例3：所选的HIV-1测定引物和探针与两种商业上可得的HIV测定相比有利
在该实施例中，使用图3中鉴定的引物和探针来测定衍生自经历整合酶抑制剂的患者序列的突变HIV-1病毒的四种特定突变整合酶基因转录物。使用两种商业上可得的测定法(Siemens VERSANT® HIV-1 RNA 1.0 (kPCR)测定法和Abbott REALTIME HIV-1测定法)，测定相同的突变体转录物。通过定量实时逆转录酶PCR测定扩增。
结果显示于图7中。利用图3的本发明引物和探针的测定法被标记为“HIV 2.0”，而Siemens VERSANT® HIV-1 RNA 1.0 (kPCR)测定法和Abbott REALTIME HIV-1测定法分别被标记为“HIV 1.0”和“Abbott 1.0”。在每种情况下，以三种浓度测试样品：1.82e6 RNA拷贝/mL (INT2)、1.82e4 RNA拷贝/mL (SP4)和1.82e3 RNA拷贝/mL (SP5)。
结果表明，仅利用根据图3的本发明的引物和探针的测定用衍生自经历整合酶抑制剂的患者序列的所有四种突变体整合酶基因转录物都充分进行。相比之下，SiemensVERSANT® HIV-1 RNA 1.0 (kPCR)测定法用突变体1和2产生高Ct结果，而用突变体3没有产生结果(图7)。此外，Abbott REALTIME HIV-1测定法用突变体2和3没有产生结果。
序列
I. HIV序列的概述(序列的部分IV中的细节)
本部分提供代表已知和/或共有HIV基因组的所选HIV序列的概述。此类已知基因组可以是本发明所涵盖的模板或参照序列或代表本发明所涵盖的模板或参照序列。
II. 整合酶序列
这些序列代表已知的HIV整合酶序列。这种已知整合酶序列可以是本发明所涵盖的整合酶序列或代表本发明所涵盖的整合酶序列。
III. 寡核苷酸引物序列和寡核苷酸探针序列
这些序列代表本发明所涵盖的正向和反向寡核苷酸引物的实例以及本发明所涵盖的寡核苷酸探针的实例。
IV. HIV序列
这些序列代表所选的已知和/或共有的HIV基因组。此类已知和/或共有的基因组可以是本发明所涵盖的模板或参照序列或代表本发明所涵盖的模板或参照序列。亚型B HIV序列在某些情况下被称为或用作参照HIV序列，例如在突变的命名或鉴定中。
V. 图中显示的序列
其它实施方案
虽然本文描述了本发明的多个实施方案，但可以改变本公开和实施例以提供本发明的其它方法和组合物。因此，应当理解，除了已通过实施例表示的具体实施方案之外，本发明的范围将由所附权利要求限定。本文引用的所有参考文献都在此通过引用并入。

Claims (83)

1.组合物，其包含寡核苷酸引物对，所述寡核苷酸引物对包含正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物在与HIV核酸分子杂交后侧接包含所述HIV核酸分子的至少20个核苷酸的扩增子序列，所述HIV核酸分子与SEQ ID NO:1-11之一具有至少80％序列同一性，其中所述扩增子序列存在于所述HIV核酸分子的与SEQID NO:12-22之一具有至少80％序列同一性的区域中。
2.权利要求1的组合物，其中所述寡核苷酸引物对包含正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
3.作为扩增反应混合物的组合物，所述组合物包含：
HIV核酸分子，其包含与SEQ ID NO:1-11之一具有至少80％同一性的序列；
正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
反向寡核苷酸引物，其包含和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
扩增子分子，其具有衍生自所述HIV核酸分子序列的一部分的序列和正向寡核苷酸引物的序列或反向寡核苷酸引物的序列。
4.权利要求3的组合物，其进一步包含一种或多种探针，其包含与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，其中所述扩增子分子与所述探针中的一种或多种杂交。
5.权利要求1至3中任一项的组合物，其进一步包含一种或多种探针，其包含与SEQ IDNO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
6.试剂盒，其包含：
正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
反向寡核苷酸引物，其包含和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
一种或多种探针，其包含与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；和
包含HIV核酸分子的阳性对照样品，所述HIV核酸分子在存在所述正向和反向寡核苷酸引物的情况下经历一个或多个扩增循环时产生扩增子分子。
7.权利要求1至6中任一项的试剂盒或组合物，其中所述正向寡核苷酸引物包含SEQ IDNO 23的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含与具有SEQ ID NO:40的序列的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
8.权利要求1至7中任一项的试剂盒或组合物，其中所述正向寡核苷酸引物包含SEQ IDNO 23的序列，并且所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:40的序列互补的序列。
9.权利要求1至6中任一项的试剂盒或组合物，其中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:24具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:41具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:25具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:42具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:26具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:43具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:27具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:44具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:28具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:45具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:29具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:46具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:30具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:47具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:31具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:48具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:32具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:49具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:33具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:50具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:34具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:51具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
10.权利要求1至9中任一项的试剂盒或组合物，其中所述正向寡核苷酸引物包含与SEQID NO:85-95之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:96-106之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
11.权利要求1至10中任一项的试剂盒或组合物，其中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:85具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:96具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:86具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:97具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:87具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:98具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:88具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:99具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:89具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:100具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:90具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:101具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:91具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:102具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:92具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:103具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:93具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:104具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:94具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:105具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:95具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:106具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
12.权利要求1至11中任一项的试剂盒或组合物，其中所述正向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
13.权利要求1至12中任一项的试剂盒或组合物，其中所述反向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
14.权利要求4至13中任一项的试剂盒或组合物，其中所述试剂盒或组合物包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
15.权利要求4至14中任一项的试剂盒或组合物，其中所述组合物包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
16.权利要求4至15中任一项的试剂盒或组合物，其中所述组合物包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含SEQ ID NO:56的序列，并且所述第二探针包含SEQ ID NO:68的序列。
17.权利要求14的试剂盒或组合物，其中：
a) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:57具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:69具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:58具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:70具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:59具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:71具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:60具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:72具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:61具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:73具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:62具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:74具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:63具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:75具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:64具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:76具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:65具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:77具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:66具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:78具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:67具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:79具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
18.权利要求14至17中任一项的试剂盒或组合物，其中所述第一探针包含与SEQ IDNO:107-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
19.权利要求14至18中任一项的试剂盒或组合物，其中所述第一探针包含与SEQ IDNO:107-117之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，且所述第二探针包含与SEQ ID NO:118-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
20.权利要求14至19中任一项的试剂盒或组合物，其中：
a) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:107具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:118具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:108具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:119具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:109具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:120具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:110具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:121具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:111具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:122具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:112具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:123具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:113具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:124具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:114具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:125具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:115具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:126具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:116具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:127具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:117具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:128具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
21.权利要求14至20中任一项的试剂盒或组合物，其中一种或多种探针，任选地第一探针和第二探针中的一者或两者，包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
22.方法，所述方法包括以下步骤：
提供来自具有HIV感染或怀疑具有HIV感染的个体的核酸样品，其中所述核酸样品包含HIV核酸分子；
制备扩增反应混合物，所述扩增反应混合物包括所述HIV核酸分子、扩增依赖性可检测部分、正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，其中所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ IDNO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
使所述扩增反应混合物经受一个或多个扩增循环，其中所述扩增反应混合物中的HIV核酸分子被扩增以产生扩增子分子；且
在一个或多个扩增循环期间或之后检测所述扩增反应混合物中的扩增依赖性可检测部分。
23.权利要求22的方法，其进一步包括：
在一个或多个扩增循环期间或之后测量所述扩增反应混合物中的扩增依赖性可检测部分的水平；且
基于所测量的水平定量所述个体的HIV病毒载量。
24.权利要求22或23的方法，其中所述HIV核酸分子是HIV cDNA分子。
25.权利要求22至24中任一项的方法，其进一步包括：通过逆转录产生HIV cDNA分子。
26.权利要求22至25中任一项的方法，其中所述扩增反应混合物进一步包含一种或多种探针，所述探针包含与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
27.权利要求26的方法，其中所述扩增反应混合物包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
28.一种方法，其包括以下步骤：
提供来自具有HIV感染或怀疑具有HIV感染的个体的核酸样品，其中所述核酸样品包含HIV cDNA分子；
制备扩增反应混合物，所述扩增反应混合物包括所述HIV cDNA分子，和：
正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
反向寡核苷酸引物，其包含和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；和
一种或多种探针，其包含与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，和可检测部分；
使所述扩增反应混合物经受一个或多个扩增循环，其中所述扩增反应混合物中的HIVcDNA分子被扩增以产生扩增子分子；
在一个或多个扩增循环期间或之后测量所述扩增反应混合物中的可检测部分的水平；且
基于所测量的水平定量所述个体的HIV病毒载量。
29.权利要求28的方法，其中所述可检测部分是荧光团，并且所述探针进一步包含能够猝灭来自所述荧光团的荧光的猝灭剂。
30.权利要求28或29的方法，其进一步包括：通过逆转录产生HIV cDNA分子。
31.权利要求28至30中任一项的方法，其中所述个体具有对HIV抗逆转录病毒药物具有抗性的HIV感染或怀疑具有对HIV抗逆转录病毒药物具有抗性的HIV感染。
32.权利要求31的方法，其中所述HIV抗逆转录病毒药物是整合酶抑制剂。
33.权利要求31的方法，其中所述HIV抗逆转录病毒药物选自拉替拉韦、埃替拉韦、多替拉韦、globoidnan A、cabotegravir和BMS-707035。
34.一种方法，所述方法包括用来自经受针对HIV感染的治疗的个体的至少两个不同的核酸样品进行权利要求28至33中任一项的方法，其中所述至少两个不同的核酸样品代表治疗期间不同的时间点，并且如果定量的HIV病毒载量随着时间推移而增加，则改变治疗。
35.权利要求34的方法，其中所述治疗包括施用HIV抗逆转录病毒药物，并且治疗的改变涉及增加所述HIV抗逆转录病毒药物的剂量。
36.权利要求34的方法，其中所述治疗包括施用HIV抗逆转录病毒药物，并且治疗的改变涉及使用不同的HIV抗逆转录病毒药物或HIV抗逆转录病毒药物的不同组合。
37.权利要求34至36中任一项的方法，其进一步包括用在治疗已经改变之后从所述个体获得的核酸样品进行权利要求28的方法。
38.一种方法，所述方法包括用来自经受针对HIV感染的治疗的个体的至少两个不同的核酸样品进行权利要求28至33中任一项的方法，其中所述至少两个不同的核酸样品代表治疗期间不同的时间点，并且如果定量的HIV病毒载量随着时间推移而稳定或减少，则继续相同的治疗。
39.权利要求22至38中任一项的方法，其中所述寡核苷酸引物对包含正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO 23的至少15个连续核苷酸，所述反向寡核苷酸引物包含与具有SEQ ID NO:40的序列的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
40.权利要求22至39之一的方法，其中所述寡核苷酸引物对包含正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO 23的序列，所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:40的序列互补的序列。
41.权利要求22至38之一的方法，其中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:24具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:41具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:25具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:42具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:26具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:43具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:27具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:44具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:28具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:45具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:29具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:46具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:30具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:47具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:31具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:48具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:32具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:49具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:33具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:50具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:34具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:51具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
42.权利要求22至41中任一项的方法，其中所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:85-95之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:96-106之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
43.权利要求22至42中任一项的方法，其中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:85具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:96具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:86具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:97具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:87具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:98具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:88具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:99具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:89具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:100具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:90具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:101具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸
g) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:91具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:102具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:92具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:103具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:93具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:104具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:94具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:105具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:95具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:106具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
44.权利要求22至43中任一项的方法，其中所述正向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
45.权利要求22至44中任一项的方法，其中所述反向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
46.一种或多种探针用于检测或定量来自具有HIV感染或怀疑具有HIV感染的个体的核酸样品中的HIV核酸分子的用途，所述一种或多种探针各自包含与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
47.权利要求26至46中任一项的方法或用途，其中所述一种或多种探针包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
48.权利要求26至47中任一项的方法或用途，其中所述一种或多种探针包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
49.权利要求26至48中任一项的方法或用途，其中所述一种或多种探针包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含SEQ ID NO:56的序列，并且所述第二探针包含SEQ ID NO:68的序列。
50.权利要求47的方法或用途，其中：
a) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:57具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:69具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:58具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:70具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:59具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:71具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:60具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:72具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:61具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:73具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:62具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:74具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:63具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:75具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:64具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:76具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:65具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:77具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:66具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:78具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:67具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:79具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
51.权利要求47至50中任一项的方法或用途，其中第一探针包含与SEQ ID NO:107-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
52.权利要求47至51中任一项的方法或用途，其中第一探针包含与SEQ ID NO:107-117之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，且第二探针包含与SEQID NO:118-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
53.权利要求47至52中任一项的方法或用途，其中：
a) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:107具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:118具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:108具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:119具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:109具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:120具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:110具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:121具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:111具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:122具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:112具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:123具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:113具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:124具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:114具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:125具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:115具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:126具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:116具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:127具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:117具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:128具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
54.权利要求26至53中任一项的方法或用途，其中一种或多种探针，任选地第一探针和第二探针中的一者或两者，包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
55.一种容器，其包含：
正向寡核苷酸引物，其包含与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
反向寡核苷酸引物，其包含和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；和
缓冲液。
56.权利要求55的容器，其中所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO 23的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含与具有SEQ ID NO:40的序列的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
57.权利要求55或56的容器，其中所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO 23的序列，并且所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:40的序列互补的序列。
58.权利要求55的容器，其中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:24具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:41具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:25具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:42具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:26具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:43具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:27具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:44具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:28具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:45具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:29具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:46具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:30具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:47具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:31具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:48具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:32具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:49具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:33具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:50具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:34具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:51具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
59.权利要求55至58中任一项的容器，其中所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:85-95之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:96-106之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
60.权利要求55至59中任一项的容器，其中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:85具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:96具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:86具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:97具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:87具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:98具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:88具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:99具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:89具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:100具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:90具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:101具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:91具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:102具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:92具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:103具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:93具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:104具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:94具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:105具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:95具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:106具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
61.权利要求55至60中任一项的容器，其中所述容器进一步包含第一探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
62.权利要求55至61中任一项的容器，其中所述容器进一步包含第二探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
63.权利要求55至62中任一项的容器，其中所述容器进一步包含第二探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
64.权利要求55至63中任一项的容器，其中所述组合物包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含SEQ ID NO:56的序列，并且所述第二探针包含SEQ ID NO:68的序列。
65.权利要求62的容器，其中：
a) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:57具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:69具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:58具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:70具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:59具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:71具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:60具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:72具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:61具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:73具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:62具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:74具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:63具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:75具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:64具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:76具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:65具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:77具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:66具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:78具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:67具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:79具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
66.权利要求55至65中任一项的容器，其中所述第一探针包含与SEQ ID NO:107-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
67.权利要求62至66中任一项的容器，其中所述第一探针包含与SEQ ID NO:107-117之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，且所述第二探针包含与SEQ ID NO:118-128之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
68.权利要求62至67中任一项的容器，其中：
a) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:107具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:118具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
b) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:108具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:119具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
c) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:109具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:120具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
d) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:110具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:121具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
e) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:111具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:122具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
f) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:112具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:123具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
g) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:113具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:124具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
h) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:114具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:125具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
i) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:115具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:126具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；
j) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:116具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:127具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述第一探针包含与SEQ ID NO:117具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:128具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
69.权利要求55至68中任一项的容器，其中所述第一探针和所述第二探针中的一者或两者包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
70.检测样品中的HIV核酸的方法，所述方法包括：
提供来自具有HIV感染或怀疑具有HIV感染的个体的核酸样品，其中所述核酸样品包含HIV核酸分子；
制备扩增反应混合物，所述扩增反应混合物包括所述HIV核酸分子、正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，其中所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:23-39之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:40-55之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
使所述扩增反应混合物经受一个或多个扩增循环，其中所述HIV核酸分子被扩增以产生扩增子分子；且
检测通过所述延伸产生的扩增子的存在。
71.权利要求70的方法，其中所述HIV核酸分子是HIV cDNA分子。
72.权利要求70或71的方法，其进一步包括：通过逆转录产生HIV cDNA分子。
73.权利要求70至72中任一项的方法，其中所述扩增反应混合物进一步包含一种或多种探针，所述探针包含与SEQ ID NO:56-84之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
74.权利要求73的方法，其中所述扩增反应混合物包含第一探针和第二探针，所述第一探针包含与SEQ ID NO:56-67之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68-79之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
75.权利要求74的方法，其中所述第一探针包含与SEQ ID NO:56具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述第二探针包含与SEQ ID NO:68具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸。
76.权利要求75的方法，其中所述第一探针包含SEQ ID NO:56的序列，并且所述第二探针包含SEQ ID NO:68的序列。
77.权利要求70至76之一的方法，其中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:24具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:41具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:25具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:42具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:26具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:43具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:27具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:44具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:28具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:45具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:29具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:46具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
g) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:30具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:47具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:31具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:48具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:32具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:49具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:33具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:50具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:34具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:51具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
78.权利要求70至77中任一项的方法，其中所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:85-95之一具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:96-106之一具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
79.权利要求70至78中任一项的方法，其中：
a) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:85具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:96具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
b) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:86具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:97具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
c) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:87具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:98具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
d) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:88具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:99具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
e) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:89具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:100具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
f) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:90具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:101具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸
g) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:91具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:102具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
h) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:92具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:103具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
i) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:93具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:104具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；
j) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:94具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:105具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸；或
k) 所述正向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:95具有至少80％序列同一性的核酸序列的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含和与SEQ ID NO:106具有至少80％序列同一性的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
80.权利要求70至79中任一项的方法，其中所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO 23的至少15个连续核苷酸，并且所述反向寡核苷酸引物包含与具有SEQ ID NO:40的序列的核酸序列互补的至少15个连续核苷酸。
81.权利要求80的方法，其中所述正向寡核苷酸引物包含SEQ ID NO 23的序列，并且所述反向寡核苷酸引物包含与SEQ ID NO:40的序列互补的序列。
82.权利要求70至81中任一项的方法，其中所述正向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
83.权利要求70至82中任一项的方法，其中所述反向寡核苷酸引物包括不超过两个错配核苷酸，因为不超过两个核苷酸不同于所述HIV核酸分子的相应部分的序列。
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