CN107849113A - 用于治疗具有rtk突变细胞的患者的组合物和方法 - Google Patents

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Abstract

本文公开了用于治疗癌症患者的组合物和方法，所述癌症患者先前已经用一种或多种化学治疗剂治疗并且已经对此类化学治疗剂显现至少部分抗性。还公开了用于选择适用于治疗已对受体酪氨酸激酶(RTK)抑制剂产生抗性的患者的癌症的化合物的方法。

Description

用于治疗具有RTK突变细胞的患者的组合物和方法
相关申请案
本申请要求于2015年5月29日提交的美国临时专利申请序列号62/168,237以及于2016年3月17日提交的美国临时专利申请序列号62/309,900的优先权。以上引用的申请的内容以引用的方式整体明确并入本文。
序列表的并入
随附的序列表中的物质由此以引用的方式并入本申请中。随附的序列表文本文件(命名为IGNYT.051WO_Sequence Listing)创建于2016年5月5日，并且为69KB。本文件可以在使用Windows OS的计算机上使用Microsoft Word进行评价。
技术领域
本公开涉及用于治疗癌症患者的组合物和方法，所述癌症患者例如先前已经用一种或多种化学治疗剂治疗并且已经对一种或多种化学治疗剂产生至少部分抗性的癌症患者。
发明背景
本章节中所描述的物质通过列入本章节中而不被认为是现有技术。
癌症化学疗法、特别是与抗癌剂的组合，已经越来越成为用手术或放射无法治疗的离域肿瘤的治疗选择。然而，在许多情况下，癌症对这些选择的化学治疗剂产生抗性，并最终变成难治性的。因此，一些患者甚至在短时间段后复发，并对第二个化学疗法过程没有响应。
进行性抗药性的根本原因通常与在所有活细胞中发生的自发基因突变有关，所述突变是可遗传的并且可以传递给后代。在任何细胞群体(包括癌细胞群体)中，对任何给定药物具有抗性的突变体以介于105之一与108之一细胞之间的某个频率出现。虽然这是一个非常罕见的事件，但对化学疗法的结果可能有很大的影响。
因此，需要确定这种抗性的根本原因，以便可以研发合适的诊断测试，并可以提供更有效的治疗。此外，需要能够治疗患者的新化合物，所述患者尽管对当前的酪氨酸激酶抑制剂起初始响应但仍显示癌症进展或复发。
发明概要
本章节提供本公开的总体总结，并且不包括其全部范畴或所有其特征。
在一个方面，本文公开了用于治疗患者的癌症的方法，其包括(a)获取来自患者的生物样品中存在一种或多种分子改变的知识，其中所述一种或多种分子改变包括一种或多种选自TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1的受体酪氨酸激酶多肽的一个或多个突变；(b)选择适合于治疗癌症的化学治疗剂；和(c)向患者施用治疗有效量的选择的化学治疗剂。
本文公开的方法的实现方式可以包括以下特征中的一个或多个。在一些实施方案中，一个或多个突变包括一种或多种受体酪氨酸激酶多肽的激酶催化结构域中的一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于选自图1和/或表1中标识为保守残基的氨基酸残基和其任一组合的氨基酸残基的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于选自以下各项的氨基酸残基的位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ IDNO:5的TrkC多肽的V603、F618、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和G1269；和SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和G2101。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:1的TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置的Val-Met取代(V573M)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:1的TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置的Phe-Leu取代(F589L)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:1的TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置的Gly-Arg取代(G595R)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:1的TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置的Gly-Cys取代(G667C)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置的Gly-Ala取代(G667A)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置的Gly-Ser取代(G667S)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:3的TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置的Val-Met取代(V619M)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:3的TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置的Phe-Leu取代(F633L)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:3的TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置的Gly-Arg取代(G639R)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:3的TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置的Gly-Cys取代(G709C)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置的Gly-Ala取代(G709A)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置的Gly-Ser取代(G709S)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置的Val-Met取代(V603M)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置的Phe-Leu取代(F617L)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置的Gly-Arg取代(G623R)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置的Gly-Cys取代(G696C)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G696的位置的Gly-Ala取代(G696A)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G696的位置的Gly-Ser取代(G696S)。
在一些实施方案中，患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对本文所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
在一些实施方案中，选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼(entrectinib)、NVP-TAE684、瑞巴替尼(rebastinib)、化合物2和其任何药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌和甲状腺乳头状癌，或其任一组合。在一些实施方案中，来自患者的生物样品包括痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
在一些实施方案中，存在一种或多种分子改变的知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)和激酶活性测定，或其任一组合。在一些实施方案中，分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于受体酪氨酸激酶基因中的突变的核酸区以及比较扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码突变的核酸序列。在一些实施方案中，分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。在一些实施方案中，分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
在一些实施方案中，存在一种或多种分子改变的知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法和多重检测测定，或其任一组合。在一些实施方案中，基于抗体的测定包括一种或多种特异性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
在一些实施方案中，选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗患者的癌症的方法，其包括(a)鉴别在选自以下各项的氨基酸位置具有一个或多个突变的患者：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ IDNO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；(b)选择适合于治疗具有所述一个或多个突变的所述患者的化学治疗剂；和(c)向患者施用治疗有效量的选择的化学治疗剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及选择患有癌症并且根据预测对用治疗方案治疗具有较高的无应答性风险的患者的方法，所述方法(a)获取来自所述患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中一个或多个突变在选自以下各项的氨基酸位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；和(b)如果在生物样品中检测到一个或多个所述突变，那么将所述患者选定为根据预测对用治疗方案治疗具有较高的无应答性风险，或者如果在生物样品中未检测到所述一个或多个突变中的任何一个，那么将患者选定为根据预测对用治疗方案治疗不具有较高的无应答性风险，其中治疗方案包括向所述选择的患者施用治疗有效量的一种或多种化学治疗剂。在一些实施方案中，一种或多种化学治疗剂是恩曲替尼、瑞巴替尼、NVP-TAE684、星形孢菌素或化合物2，或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述方法另外包括治疗被选定为对用治疗方案治疗具有较高的无应答性风险的患者。在一些实施方案中，治疗包括向患者施用适合于治疗具有一个或多个突变的患者的治疗剂。在一些实施方案中，治疗包括向所述患者施用针对多种受体酪氨酸激酶有效的治疗剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于鉴别适用于治疗患者的癌症的化合物的方法，所述患者由于受体酪氨酸激酶中的一个或多个突变而已对受体酪氨酸激酶的抑制剂产生抗性，所述方法包括(a)获取来自所述患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中一个或多个突变在选自以下各项的氨基酸位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；(b)测定化合物抑制具有一个或多个突变的受体酪氨酸激酶的能力；和(c)如果化合物抑制具有一个或多个突变的受体酪氨酸激酶，那么将化合物鉴别为适用于治疗患者。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于选择供患有癌症的患者用的治疗方案的方法，其包括(a)获取来自患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中一个或多个突变在选自以下各项的氨基酸位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；和(b)基于生物样品中是否存在一个或多个突变来选择适于患者的治疗方案。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于预测供患有癌症的患者用的治疗方案的结果的方法，其包括(a)获取来自患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中一个或多个突变在选自以下各项的氨基酸位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101，其中生物样品中存在一个或多个突变指示患者中对治疗方案具有较高的无应答性。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其包括(a)测定来自所述患者的肿瘤样品中编码突变Trk蛋白的核酸的存在，其中所述突变Trk蛋白突变在选自以下各项的氨基酸位置包含至少一个突变：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ IDNO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；(b)选择适合于治疗所述肿瘤的Trk抑制剂；和(c)向患者施用所述Trk抑制剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其中癌症肿瘤含有突变Trk基因，且其中癌症肿瘤内的突变Trk基因对Trk抑制剂治疗显示抗性或获得性抗性。所述方法包括向有需要的患者施用治疗有效量的针对由突变Trk基因编码的多肽有活性的Trk抑制剂、任选地与放射疗法、放射性免疫疗法和/或通过手术切除肿瘤组合。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗患者的癌症的方法，其包括以下步骤：(a)选择患有具有Trk突变的癌症的患者；和(b)向所述患者施用针对一个或多个所述Trk突变具有活性的抑制剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其包括(a)测定来自患者的肿瘤样品中编码Trk蛋白的DNA序列中的一个或多个突变的存在，所述一个或多个突变是在对应于选自以下各项的氨基酸残基的位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；(b)选择适合于治疗肿瘤的Trk抑制剂；和(c)向患者施用Trk抑制剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗带有Trk突变的患者的癌症的方法，其中所述受试者已对至少一种Trk抑制剂产生抗性，所述方法包括向所述患者施用有效量的一种或多种针对多种受体酪氨酸激酶有效的抑制剂。
前面的总结仅仅是说明性的，且并不打算以任何方式进行限制。除了上述说明性方面、替代方案和特征之外，根据图示和以下详细描述和权利要求书，将完全明了本公开的其他方面、替代方案、目的和特征。
图示简单说明
图1是来自人类受体酪氨酸激酶TrkA(NCBI登录号NP_002520.2；SEQ ID NO:1)、TrkB(NCBI登录号NP_006171.2；SEQ ID NO:3)、TrkC(NCBI登录号NP_001012338.1；SEQ IDNO:5)、ALK(NCBI登录号NM_004304.4；SEQ ID NO:7)和ROS(NCBI登录号NP_002935.2；SEQID NO:9)的激酶结构域的比对。图1的序列比对是使用程序CLUSTAL 2.1以默认设置生成的。每个比对序列的氨基酸编号参照由相应的SEQ ID NO所指示的全长多肽序列。在本文所示的比对图中，比对序列中的短划线表示缺口，即在这个位置缺少氨基酸。如下面详细讨论，从这个序列比较测定中已经鉴别了几个保守程度高的保守氨基酸残基和多肽基序。对应于每个比对序列的激酶结构域的氨基酸残基指示在括号之间。星号鉴别比对序列中的相同和保守氨基酸。加框字母鉴别比对序列内对应于TrkA的保守V573、F589、G595和G667残基的氨基酸残基。
图2是在实施例部分描述的实验中使用的一些细胞系的简要描述。
图3是用于产生抑制剂抗性细胞系的策略和随后的表征的示意图。
图4示出了恩曲替尼抗性KM12细胞的选择的实例性方案。
图5是从本文实施例部分中描述的生长抑制研究获得的结果的图解总结，其中在含有0-30nM恩替尼替尼的培养基中生长3天的组A的KM12细胞向上移动。
图6是从本文实施例部分中描述的生长抑制研究获得的结果的图解总结，其中KM12细胞在含有递增浓度的恩曲替尼的培养基中生长4周。
图7是测序结果，其显示发现实施例4中描述的组B的KM12细胞库在TrkA激酶结构域中的位置G595(G595R)和G667(G677C)具有两个点突变。
图8示出了恩曲替尼抗性BaF3-tel/trkA细胞的选择的实例性方案。
图9示出了在2周选择后对10nM恩曲替尼产生抗性的BaF3-tel/trkA细胞库的确立。
图10是如实施例4详细描述的组B的KM12细胞对恩曲替尼的敏感性降低的图解说明。
图11A和11B是从生长抑制研究获得的结果的图解说明，其显示与亲代细胞相比，10nM恩曲替尼抗性Baf3-trkA(A)细胞库展现高>100倍的IC50。
图12A-12E显示了10nM抗性Baf3-trkA细胞库停用恩曲替尼不影响抗性表型。在这个图中还显示了RTK抑制剂在这些细胞中的一些实例性抑制活性。
图13是如实施例4和5所描述的TrkA的激酶结构域的第一次RT-PCR和测序测定的结果的总结。
图14显示了在恩曲替尼-10nM抗性BaF3-tel/trkA细胞中TrkA激酶结构域(外显子14)中的G->A取代。作为对照，所述图还显示组A的100-nM恩曲替尼处理的KM12细胞库的TrkA序列具有野生型序列。指示(加圈)G->A单一碱基取代。
图15是序列测定实验的总结，其证实了在恩曲替尼抗性BaF3-tel/trkA-10nMA细胞中存在G595R突变。指示(加圈)G->A单一碱基取代。
图16显示了TrkA激酶结构域的三维建模，其示出了TrkA蛋白中的G595和G667C取代干扰恩曲替尼结合到Trk多肽的ATP袋。
图17显示了ALK激酶结构域的三维建模，其示出了G1202取代干扰恩曲替尼结合到ALK多肽的ATP袋，其类似于分别TrkA和ROS1中的G595R和G2032R取代。
图18是如实施例4和5所描述的KM12和BaF3-tel/TrkA细胞系中TrkA的激酶结构域的第二次RT-PCR和测序测定的结果的总结。
图19是从序列测定实验获得的结果的总结，其鉴别组B的KM12和BaF3-tel/trkA-12nM恩曲替尼抗性库中外显子15中的额外G667C突变。
图20是示出来自KM12细胞库的DNA样品显示G595R和G667C突变的清晰测序数据的测序色谱图，表明所述库源自克隆细胞。指示(加圈)G->T单一碱基取代。
图21是示出来自恩曲替尼-12nM恩曲替尼抗性BaF3-tel/trkA细胞的DNA样品含有用于G667C突变的G和T的混合物的测序色谱图。
图22示出了用于亚克隆BaF3-tel/trkA-12nMA2和12nMB3库的实例性方案。
图23是从上图22所描述的亚克隆实验得到的12个分离克隆的测序测定获得的结果的总结。
图24示出了实施例部分中描述的实验中使用的实例性筛选方案和细胞系。
图25是如实施例6详细描述的针对7种细胞系(包括恩曲替尼抗性BaF3-tel/trkA细胞)测试的多种化合物的IC50值的总结。
图26显示了候选化合物列表针对多种激酶的生物化学IC50。
图27示出了实施例部分中描述的实验中使用的另一筛选方案和细胞系。
图28是如实施例6详细描述的针对恩曲替尼抗性BaF3-Tel/TrkA细胞测试的多种化合物的IC50值的总结。
图29是研究恩曲替尼对下游信号转导路径中RTK和蛋白质效应的一般方案。
图30是通过使用蛋白质印迹测定表征含有G595R的恩曲替尼抗性突变体细胞系10nM BaF3-tel/trkA获得的结果的总结。
图31是通过蛋白质印迹测定从比较BaF3-Tel-TrkA和BaF3-Tel-TrkA-10nMA(G595R)细胞系中TrkA和下游信号分子的磷酸化水平的实验获得的结果的总结。
图32示出了鉴别点突变的一般方案作为对恩曲替尼具有抗性的组B的恩曲替尼抗性KM12细胞库中的主要抗性机制。
图33提供了实施例部分中进一步详细描述的细胞IC50测定程序的概述。
图34是由恩曲替尼对BaF3-TPM3-TrkA细胞和BaF3-TPM3-TrkA_G595R突变细胞的生长抑制的图解说明。
图35描绘了用恩曲替尼处理的BaF3-融合Trk细胞的蛋白质印迹测定的实例性实验设计。
图36是从对BaF3-TPM3-TrkA细胞和BaF3-TPM3-TrkA-G595R突变细胞执行的蛋白质印迹测定获得的结果的总结。
图37总结了从对BaF3-TPM3-TrkA细胞和BaF3-TPM3-TrkA-G595R突变细胞执行的蛋白质印迹测定获得的结果。
本公开的详细说明
在下面的详细描述中，参考形成其一部分的附图。在各图中，除非上下文另外指出，否则相似的符号通常标识相似的组件。在详细描述中描述的说明性的替代方案、图示和权利要求并不意味着具有限制性。可以使用其他替代方案，并且可以做出其他改变，而不脱离这里提出的标的物的精神或范围。将容易理解的是，如本文中大体描述的和在图中示出的方面可以以各种各样的不同配置来布置、取代、组合和设计，所有这些都被明确地考虑并且构成本公开的一部分。
除非另外定义，否则本文中使用的所有技术术语、符号和其他科学术语或术语学均打算具有本公开所属领域的技术人员通常理解的含义。在一些情况下，为了清楚和/或为了便于参考而在本文中定义了具有通常理解的含义的术语，并且在本文中包括这样的定义不一定被解释为表示与本领域中通常理解的显著差异。本领域技术人员可以充分理解本文所描述或提及的许多技术和程序，并且通常使用常规方法来采用。
一些定义
除非上下文另有明确规定，否则单数形式“一”(“a”、“an”)和“所述”包括复数个指示物。例如，术语“细胞”包括一个或多个细胞，包括其混合物。“A和/或B”在本文中用于包括所有以下替代方案：“A”、“B”、“A或B”和“A和B”。
“约”意指在所提供值的加或减10％以内，或四舍五入到最接近的有效数字，在所有情况下均包括所提供的值。若提供范围，则其包括边界值。
本文使用的术语“施用”(“administration”和“administering”)是指通过施用途径递送生物活性组合物或配制剂，所述施用途径包括但不限于口服、静脉内、动脉内、肌内、腹膜内、皮下、肌内和局部施用，或其组合。
如本文所用，退行发育性淋巴瘤激酶(ALK)是指ALK酪氨酸激酶受体或CD246(分化簇246)，例如由ALK基因编码的人类酶，并且具有UniProt鉴别的ALK_HUMAN。
如本文所用，术语“抗体”是指与另一分子的特定空间和极性组织特异性结合并由此被定义为与其互补的免疫球蛋白。抗体可以是单克隆的或多克隆的，并且可以通过本领域熟知的技术制备，例如免疫宿主和收集血清(多克隆)，或通过制备连续杂交细胞系并收集分泌蛋白(单克隆)，或通过克隆和表达至少编码天然抗体特异性结合所需的氨基酸序列的核苷酸序列或其诱变型式。抗体可以包括完整的免疫球蛋白或其片段，所述免疫球蛋白包括各种类型和同种型，例如IgA、IgD、IgE、IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3、IgM等。其片段可以包括Fab、Fv和F(ab′)2、Fab′等。另外，只要维持对特定靶标的结合亲和性，如果适当，可以使用免疫球蛋白或其片段的聚集体、聚合物和偶联物。
术语“单克隆抗体”、“mAb”和“MAB”是指通过仅识别抗原上的单一表位的淋巴细胞的单克隆产生的免疫球蛋白的抗体。例如，用于本文公开的方法的单克隆抗体展现对一种或多种酪氨酸激酶的特定表位的单一结合特异性和亲和性。
如本文所用的术语“多克隆抗体”是指不同抗体分子的组合物，其能够与相同或不同抗原上的若干不同特异性抗原决定簇结合或反应。多克隆抗体的抗原特异性的可变性位于构成多克隆抗体的各个抗体的可变区中，特别是在互补决定区(CDR)中。优选地，多克隆抗体是通过用靶酪氨酸激酶或其部分免疫动物来制备。或者，多克隆抗体可通过将对靶酪氨酸激酶具有所需特异性的多种单克隆抗体混合来制备。
如本文所用，术语“生物样品”涵盖从生物体获得的各种样品类型。在一些实施方案中，生物样品可以用于诊断或监测测定中。生物样品可以从健康组织、患病组织或怀疑是患病组织的组织获得或衍生。生物样品可以是从例如在手术程序期间进行的生检获得的样品。生物样品可以通过细针抽吸、刮擦或洗涤空腔以从中收集细胞或组织来收集。生物样品可以是肿瘤，例如实体和造血肿瘤以及邻近的健康组织。生物样品可以是个别细胞或组织切片的涂片。所述术语涵盖血液、包含血浆和其他生物来源的液体样品的血液组分、固体组织样品，例如生检样品或组织培养物或由其衍生的细胞以及其后代。所述术语涵盖在采购后以任何方式操作的样品，例如通过用试剂处理、溶解或富集某些组分。所述术语涵盖临床样品，并且还包括细胞培养物中的细胞、细胞上清液、细胞裂解物、细胞提取物、细胞匀浆、包含合成蛋白质的亚细胞组分、血清、血浆、体液和其他生物流体以及组织样品。生物样品可以含有不与天然细胞或组织天然混合的化合物，例如防腐剂、抗凝血剂、缓冲剂、固定剂、营养素、抗生素等。在一些实施方案中，生物样品保存为冷冻样品或甲醛固定或多聚甲醛固定的石蜡包埋(FFPE)组织制剂。例如，生物样品可以嵌入基质中，例如FFPE块或冷冻样品。
术语“癌症”或“肿瘤”在本文中可互换使用。这些术语是指存在具有典型致癌细胞特征的细胞，例如不受控的增殖、不死、转移潜能、快速生长和增殖速率以及某些特征性形态学特征。癌细胞通常呈肿瘤形式，但是所述细胞可以单独存在于动物内，或者可以是非致瘤性癌细胞，例如白血病细胞。这些术语包括实体瘤、软组织肿瘤或转移性病灶。如本文所使用的，术语“癌症”包括癌前以及恶性癌症。在一些实施方案中，癌症是实体瘤、软组织肿瘤或转移性病灶。
在本文中可互换使用的术语“化学治疗剂”和“治疗剂”是指用于治疗病况、特别是癌症的化学物质，例如细胞毒性即或细胞生长抑制剂。在一些实施方案中，化学治疗剂包括AZ-23、BMS-754807、伯舒替尼(bosutinib)、卡博替尼(cabozantinib)、色瑞替尼(ceritinib)、克唑替尼(crizotinib)、恩曲替尼、弗雷替尼(foretinib)、GNF 5837、GW441756、甲磺酸伊马替尼(imatinib mesylate)、K252a、LOXO-101、MGCD516、尼罗替尼盐酸盐一水合物(nilotinib hydrochloride monohydrate)、NVP-TAE684、PF-06463922、瑞巴替尼(rebastinib)、星形孢菌素、甲苯磺酸索拉菲尼(sorafenib tosylate)、苹果酸舒尼替尼(sunitinib malate)和TSR-011和其任何药学上可接受的盐。
如本文所用，术语“组合”和“与...组合”意指依序地或同时地将本文所述的治疗剂与至少一种额外药物或药剂(例如，抗癌剂)一起施用。例如，所述术语涵盖彼此同时或在几分钟或几小时内投用，或在同一天或在交替天投用，或以每日计或每周多天或每周计投用本文所述治疗剂，例如，在同一天或交替天或周或在与投用本文所述治疗剂期间的时间同时或并行或其至少一部分的时间期间以周期计施用另一化合物(例如化学治疗剂)。
如本文所用，关于特异性或特异性结合的“接触”意指两个分子足够接近，使得短程非共价化学相互作用(例如范德华力(Van der Waal force)、氢键结、疏水相互作用等)主导分子的相互作用。
如本文所用，术语“细胞系”是指衍生自克隆细胞的一代或多代细胞。术语“克隆”或“克隆细胞”是指扩增产生分离的表型相似细胞群体(即“克隆细胞群体”)的单个细胞。
如本文所用，术语“表达”是指通过转录(其通常由酶、RNA聚合酶催化)将多核苷酸的遗传信息转化成RNA并且在RNA编码多肽的情况下通过转译核糖体上的mRNA以产生编码的蛋白质而转化成蛋白质的过程。
如本文所用，术语“免疫组织化学法”是指利用特异性结合抗原的抗体的原理定位生物样品、细胞和/或组织切片的细胞中的抗原(例如蛋白质)的过程。免疫组织化学法染色广泛用于诊断异常细胞(例如癌症肿瘤中发现的异常细胞)。特定的分子标签是特定细胞事件(例如细胞增殖或细胞死亡)的特征。可视化抗体-抗原相互作用可以以多种方式完成。在最常见的情况下，抗体与能够催化显色反应的酶(如过氧化物酶)偶联。或者，抗体也可以被标记为荧光团，从而采用免疫荧光法的原理。也可使用免疫组织化学法来评估进行qPCR的样品中的肿瘤含量，以说明qPCR结果将受到存在肿瘤组织量的影响的事实。
如本文所用，术语“一种或多种分子改变”意指与相应野生型基因或蛋白质相比，患者的一种或多种细胞中的遗传或蛋白质序列的任何变化。一种或多种分子改变包括(但不限于)基因突变、基因扩增、剪接变体、缺失、插入/缺失、基因重排、单核苷酸变异(SNV)、插入和异常RNA/蛋白质表达。
如本文所用，“多重测定”是指其中多个测定反应(例如多个靶生物标记的同时测定)在单个反应室中进行和/或以单一分离和检测格式进行测定的测定。如本文所用，“多重鉴别”是指同时鉴别单一混合物中的一种或多种靶生物标记。例如，双路测定是指在单一反应混合物中同时鉴别两种不同的靶生物标签。
术语“核酸分子”和“多核苷酸”在本文中可互换使用，并且是指RNA和DNA分子或其混合物或杂交体。在一些实施方案中，核酸分子包括含有核酸类似物的cDNA、基因组DNA、合成DNA和DNA或RNA分子。核酸分子可以具有任何三维结构。核酸分子可以是双链或单链的(例如，有义链或反义链)。核酸分子的非限制性实例包括基因、基因片段、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、siRNA、微小RNA、tracrRNA、crRNA、向导RNA、核酶、cDNA、重组多核苷酸、分支的多核苷酸、核酸探针和核酸引物。核酸分子可以含有非常规或修饰的核苷酸。本文使用的术语“多核苷酸序列”和“核酸序列”可互换地指多核苷酸分子的序列。本文使用如37CFR§1.822中所阐述的核苷酸碱基的命名法。
如本文所用，“ROS1”是指ROS1受体酪氨酸-蛋白激酶，例如具有UniProt名称ROS1_HUMAN的ROS1受体酪氨酸-蛋白激酶。
“选择性结合”在本文中用于指如下情况：其中特定的物种内或物种间结合对的一个成员将不显示与除其特定的物种内或物种间结合伴侣以外的分子的任何显著结合(例如，小约50倍或更优选小100倍的亲和性)，这意味着仅发生最小的交叉反应性。
如本文所用的关于两个分子或一个分子与一个分子复合物的结合的“特异性”是指一者相对于另一者的特异性识别以及形成稳定的复合物，与之相比，其他分子的识别显著较少以及不与所述其他分子形成稳定的复合物。优选地，关于结合的“特异性”意指，如果分子与其他分子或复合物形成复合物，那么其与其具有特异性的分子或复合物形成至少50％的复合物。通常，分子或复合物在其表面或空腔中具有区域，从而在两个结合部分之间产生特异性识别。实例性特异性结合是抗体-抗原相互作用、酶-底物相互作用、多核苷酸杂交和/或双链体的形成、细胞受体-配体相互作用等等。
如本文所用，术语“原肌球蛋白受体激酶”是指由神经营养因子家族的肽激素激活的原肌球蛋白受体激酶家族的任何成员(Trk)。原肌球蛋白受体激酶的实例包括(但不限于)TrkA、TrkB和TrkC。如本文所用，术语“TrkA”是指具有UniProt标识符NTRK1_HUMAN的野生型原肌球蛋白受体激酶A。如本文所用，术语“TrkB”是指具有UniProt标识符NTRK2_HUMAN的野生型原肌球蛋白受体激酶B。如本文所用，术语“TrkC”是指具有UniProt标识符NTRK3_HUMAN的野生型原肌球蛋白受体激酶C。TrkA、TrkB和TrkC也分别由本领域技术人员称为Trk1、Trk2和Trk3。对TrkA的引用是对Trk1的引用。对TrkB的引用是对Trk2的引用。对TrkC的引用是对Trk3的引用。
如本领域普通技术人员将理解，为了任何和所有目的，例如在提供书面描述方面，本文公开的所有范围还涵盖任何和所有可能的子范围以及其子范围的组合。任何列出的范围都可以被容易地识别为足够描述并且使相同的范围被分解成至少相等的一半、三分之一、四分之一、五分之一、十分之一等。作为非限制性实例，本文讨论的每个范围可以容易地分解为下三分之一、中三分之一和上三分之一等。如本领域技术人员还将理解，诸如“至多”、“至少”、“大于”、“小于”等的所有语言都包括所列举的数字，并且是指可随后如上所讨论分解成子范围的范围。最后，如本领域技术人员将理解，范围包括每个个别成员。因此，例如，具有1-3个物件的组是指具有1、2或3个物件的组。类似地，具有1-5个物件的组是指具有1、2、3、4或5个物件的组，等等。
提供标题，例如(a)、(b)、(i)等仅仅是为了便于阅读说明书和权利要求书。说明书或权利要求书中标题的使用不要求以字母或数字顺序或其呈现顺序来执行步骤或要素。
受体酪氨酸激酶和与其相关的疾病
神经营养因子通过受体酪氨酸激酶(RTK)的trk家族的结合和信号传导来控制脊椎动物神经系统中神经元存活和分化的许多方面。已经显示编码在神经系统中具有基本作用的RTK的基因家族在整个进化过程中高度保守(Gad等，J.Neurobiol.Jul；60(1):12-20,2004)。受体酪氨酸激酶的实例包括(但不限于)表皮生长因子受体家族(EGFR)、血小板源生长因子受体(PDGFR)家族、血管内皮生长因子受体(VEGFR)家族、神经生长因子受体(NGFR)家族、成纤维细胞生长因子受体家族(FGFR)、胰岛素受体家族、ephrin受体家族、Met家族和Ror家族。每个家族可以包括一个或多个具有特征结构和/或功能相似性的家族成员。
人类Trk家族蛋白是由三个家族成员TrkA、TrkB和TrkC组成的受体酪氨酸激酶。这些蛋白以高亲和性结合并介导由其原型成员是神经生长因子(NGF)、脑源性神经营养因子(BDNF)和神经营养因子3-5(NT3-5)的配体的神经营养素家族诱导的信号转导。另外，已经鉴别出缺乏酶活性的辅受体p75，其以低亲和性结合所有神经营养因子(NT)并调节神经营养因子信号传导。Trk和其配体在中枢和外周神经系统发育期间的关键作用已通过小鼠基因破坏研究得以确立。特别地，TrkA-NGF相互作用显示为参与介导疼痛信号传导的某些外周神经元群体的存活需求。已显示，在胰腺癌的情况下，TrkA表达的增加也与疼痛水平的增加相关(Zhu等，Journal of Clinical Oncology,17:2419-2428(1999))。在人类骨关节炎软骨细胞中也观察到增加的NGF和TrkA的表达(Iannone等，Rheumatology 41:1413-1418(2002))。
尽管各种NTRK多肽的氨基酸序列的长度不同，但是根据本发明的方法受到分子改变和突变的残基的相对位置是保守的(参见例如Gad等，J.Neurobiol.Jul；60(1):12-20,2004；和表1和图1)。就氨基酸位置而言，本公开中描述的分子改变和突变对应于人类TrkA多肽(SEQ ID NO:1)的氨基酸残基编号。例如，人类TrkB(本文公开为SEQ ID NO:3)的残基639对应于人类TrkA多肽(SEQ ID NO:1)的残基595，其对应于人类TrkC多肽(SEQ ID NO:5)的残基623、人类ALK多肽(SEQ ID NO:7)的残基1202和人类ROS1多肽(SEQ ID NO:9)的残基2032。作为另一实例，人类TrkB(本文公开为SEQ ID NO:3)的残基709对应于人类TrkA多肽(SEQ ID NO:1)的残基667，其对应于人类TrkC多肽(SEQ ID NO:5)的残基696、人类ALK多肽(SEQ ID NO:7)的残基1269和人类ROS1多肽(SEQ ID NO:9)的残基2101。作为另一实例，人类TrkB(本文公开为SEQ ID NO:3)的残基619对应于人类TrkA多肽(SEQ ID NO:1)的残基573，其对应于人类TrkC多肽(SEQ ID NO:5)的残基603、人类ALK多肽(SEQ ID NO:7)的残基1182和人类ROS1多肽(SEQ ID NO:9)的残基2012。与本文公开的TrkA多肽序列中的一种或多种分子改变对应有关的保守残基、基序、结构域和区域的非限制性实例阐述于图1和表1中。基于所述对应，本领域技术人员可以容易地确定本文未具体公开的NRTK序列中的相应保守位置。
表1：人类TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中实例性保守氨基酸残基的一致位置。在整个本公开中，TrkA多肽通常用作比较序列测定中的参照序列，这是因为对该多肽的激酶活性和生理功能重要的结构特征和残基已被最广泛地表征。
因此，在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ IDNO:1的多肽的V573、F589、E590、M592、G595、D596、L597、K665、I666、G667、D668、F669和G670或其组合。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变可包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ ID NO:3的多肽的V619、F633、E634、M636、G639、D640、L641、K707、I708、G709、D710、F711、G712和其任一组合。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ ID NO:5的多肽的V603、F617、E618、M620、G623、D624、L625、K694、I695、G696、D697、F698、G699和其任一组合。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ ID NO:7的多肽的V1182、L1196、E1197、M1199、G1202、D1203、L1204、K61267、I1268、G1269、D1270、F1271、G1272和其任一组合。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ ID NO:9的多肽的L2012、L2026、E2027、M2029、G2032、D2033、L2034、K2019、I2100、G2101、D2102、F2103、G2104和其任一组合。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ ID NO:1的多肽的V573、F589、G595、G667和其组合。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：ID NO:3的多肽的V619、F633、G639、G709和其组合。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ ID NO:5的多肽的V603、F617、G623、G696和其组合。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ ID NO:7的多肽的V1182、L1196、G1202、G1269和其组合。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变包括在一个或多个对应于以下各项的保守氨基酸残基的位置的一个或多个氨基酸缺失、插入或取代：SEQ ID NO:9的多肽的L2012、L2026、G2032、G2101和其组合。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的保守氨基酸残基V573的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ IDNO:1的多肽的Val-Met取代V573M的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的保守氨基酸残基F589的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的Phe-Leu取代F589L的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的保守氨基酸残基G595的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的Gly-Arg取代G595R的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的保守氨基酸残基G667的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的Gly-Cys取代G667C的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的Gly-Ala取代G667A的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:1的多肽的Gly-Ser取代G667S的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的保守氨基酸残基V619的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ IDNO:3的多肽的Val-Met取代V619M的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的保守氨基酸残基F633的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的Phe-Leu取代F633L的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的保守氨基酸残基G639的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的Gly-Arg取代G639R的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的保守氨基酸残基G709的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的Gly-Cys取代G709C的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的Gly-Ala取代G709A的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:3的多肽的Gly-Ser取代G709S的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的保守氨基酸残基V603的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ IDNO:5的多肽的Val-Met取代V603M的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的保守氨基酸残基F617的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的Phe-Leu取代F617L的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的保守氨基酸残基G623的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的Gly-Arg取代G623R的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的保守氨基酸残基G696的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的Gly-Cys取代G696C的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的Gly-Ala取代G696A的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:5的多肽的Gly-Ser取代G696S的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:7的多肽的保守氨基酸残基V1182的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ IDNO:7的多肽的Val-Met取代V1182M的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:7的多肽的保守氨基酸残基L1196的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:7的多肽的保守氨基酸残基G1202的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:7的多肽的Gly-Arg取代G1202R的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:7的多肽的保守氨基酸残基G1269的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:7的多肽的Gly-Cys取代G1269C的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:7的多肽的Gly-Ala取代G1269A的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:7的多肽的Gly-Ser取代G1269S的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。
在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:9的多肽的保守氨基酸残基L2012的位置包括氨基酸缺失、插入或取代，在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ IDNO:9的多肽的Leu-Met取代L2012M的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:9的多肽的保守氨基酸残基L2026的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:9的多肽的保守氨基酸残基G2032的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:9的多肽的Gly-Arg取代G2032R的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:9的多肽的保守氨基酸残基G2101的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:9的多肽的Gly-Cys取代G2101C的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:9的多肽的Gly-Ala取代G2101A的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。在一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽序列中的一个或多个突变在对应于SEQ ID NO:9的多肽的Gly-Ser取代G2101S的位置包括氨基酸缺失、插入或取代。
关于基于核苷酸的测定，遗传密码的简并性提供了用不同碱基取代基因的蛋白质编码序列的至少一个碱基而不影响从待改变的突变基因产生的多肽的氨基酸序列的可能性。因此，在本文公开的方法中使用的探针、引物的多核苷酸序列还可以具有通过根据遗传密码的简并性进行取代而从本文所述的任何多核苷酸序列改变的任何碱基序列。描述密码子使用的参考对于所属领域技术人员是容易获得的。
进一步涵盖本文公开的受体酪氨酸激酶的多核苷酸和多肽序列可以通过各种方法经改变，并且这些改变可以阐述具有与本文公开的序列不同的一个或多个突变的多核苷酸和多肽序列。因此，本文公开的任何多核苷酸和多肽序列可以以各种方式改变，包括序列表中所阐述的多肽序列中的一个或多个氨基酸的氨基酸取代、缺失、截短和插入，包含至多约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约15、约20、约25、约30、约35、约40、约45、约50、约55、约60、约65、约70、约75、约80、约85、约90、约100、约105、约110、约115、约120、约125、约130或更多个氨基酸取代、缺失或插入。用于这种操作的方法通常是本领域已知的。
因此，基于NRTK多肽的激酶结构域中的氨基酸突变，其他可能的分子改变和突变对于所属领域技术人员将是显而易见的，所述NRTK多肽的激酶结构域已经在本文中经报道赋予对本文所述的一种或多种治疗剂的抗性。
选择/治疗癌症患者的方法和鉴别适合治疗癌症的化合物的方法
在一个方面，本文公开了用于治疗患者的癌症的方法，其包括(a)获取来自患者的生物样品中存在一种或多种分子改变的知识，其中所述一种或多种分子改变包括一种或多种受体酪氨酸激酶多肽的一个或多个突变，其中一种或多种受体酪氨酸激酶多肽是选自TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1；(b)选择适合于治疗癌症的化学治疗剂；和(c)向患者施用治疗有效量的选择的化学治疗剂。
在另一方面，本文公开的一些实施方案涉及用于选择供患有癌症的患者用的治疗方案的方法，其包括(a)获取来自患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中一个或多个突变在选自以下各项的氨基酸位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；和(b)基于生物样品中是否存在一个或多个突变来选择适于患者的治疗方案。
在另一方面，本文公开的一些实施方案涉及用于预测供患有癌症的患者用的治疗方案的结果的方法，其包括(a)获取来自患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中一个或多个突变在选自以下各项的氨基酸位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101，其中生物样品中存在一个或多个突变指示患者中对治疗方案具有较高的无应答性。
在另一方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其包括(a)测定来自所述患者的肿瘤样品中编码突变Trk蛋白的核酸的存在，其中所述突变Trk蛋白在选自以下各项的氨基酸位置包含至少一个突变：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；(b)选择适合于治疗所述肿瘤的Trk抑制剂；和(c)向患者施用所述Trk抑制剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其中癌症肿瘤含有突变Trk基因，且其中癌症肿瘤内的突变Trk基因对Trk抑制剂治疗显示抗性或获得性抗性。在一些实施方案中，所述方法包括向有需要的患者施用治疗有效量的针对由突变Trk基因编码的多肽有活性的Trk抑制剂、任选地与放射疗法、放射性免疫疗法和/或通过手术切除肿瘤组合。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗患者的癌症的方法，其包括以下步骤：(a)选择患有具有Trk突变的癌症的患者；和(b)向所述患者施用针对一个或多个所述Trk突变具有活性的抑制剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其包括(a)测定来自所述患者的肿瘤样品中突变Trk蛋白的存在，所述突变Trk蛋白在选自以下各项的氨基酸位置包含至少一个突变：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ IDNO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；(b)选择适合于治疗所述肿瘤的Trk抑制剂；和(c)向患者施用所述Trk抑制剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于治疗带有Trk突变的患者的癌症的方法，其中所述受试者已对至少一种Trk抑制剂产生抗性，所述方法包括向所述患者施用有效量的一种或多种针对多种受体酪氨酸激酶有效的抑制剂。
在一个方面，本文公开的一些实施方案涉及用于鉴别适用于治疗患者的癌症的化合物的方法，所述患者由于受体酪氨酸激酶中的一个或多个突变而已对受体酪氨酸激酶的抑制剂产生抗性，所述方法包括(a)获取来自所述患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中一个或多个突变在选自以下各项的氨基酸位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；(b)测定化合物抑制具有一个或多个突变的受体酪氨酸激酶的能力；和(c)如果化合物抑制具有一个或多个突变的受体酪氨酸激酶，那么将化合物鉴别为适用于治疗患者。
根据本公开的上述方面和其他方面中的一者或多者的方法的实现方式可以包括以下特征中的一者或多者。在一些实施方案中，本文所述的一个或多个突变包括受体酪氨酸激酶多肽的激酶催化结构域中的一个或多个氨基酸取代。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于选自由图1和/或表1中标识为保守残基的氨基酸残基和其任一组合组成的群组的氨基酸残基的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于选自以下各项的氨基酸残基的位置：SEQ ID NO:1的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；SEQ ID NO:3的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；SEQ ID NO:5的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；SEQ ID NO:7的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；以及SEQ ID NO:9的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101。
在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:1的TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置的Val-Met取代(V573M)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:1的TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置的Phe-Leu取代(F589L)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:1的TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置的Gly-Arg取代(G595R)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:1的TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置的Gly-Cys取代(G667C)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置的Gly-Ala取代(G667A)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置的Gly-Ser取代(G667S)。
在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:3的TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置的Val-Met取代(V619M)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:3的TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置的Phe-Leu取代(F633L)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:3的TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置的Gly-Arg取代(G639R)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:3的TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置的Gly-Cys取代(G709C)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置的Gly-Ala取代(G709A)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置的Gly-Ser取代(G709S)。
在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置的Val-Met取代(V603M)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkC多肽的氨基酸残基F623的位置的Phe-Leu取代(F623L)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置的Gly-Arg取代(G623R)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于SEQ ID NO:5的TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置的Gly-Cys取代(G696C)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置的Gly-Ala取代(G696A)。在一些实施方案中，一个或多个氨基酸取代是在对应于TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置的Gly-Ser取代(G696S)。
在一些实施方案中，本文公开的方法涉及治疗先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对一种或多种所述抑制剂产生至少部分抗性的患者的癌症病况、减轻其症状、改善其症状、延迟其发作或者以其他方式在药学上解决所述癌症病况。
在一些实施方案中，本文公开的方法涉及治疗先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对一种或多种所述抑制剂产生至少部分抗性的患者的癌症病况、减轻其症状、改善其症状、延迟其发作或者以其他方式在药学上解决所述癌症病况。所述受体酪氨酸激酶抑制剂的非限制性实例包括AZ-23、BMS-754807、伯舒替尼、卡博替尼、色瑞替尼、克唑替尼、恩曲替尼、弗雷替尼、GNF 5837、GW441756、甲磺酸伊马替尼、K252a、LOXO-101、MGCD516、尼罗替尼盐酸盐一水合物、NVP-TAE684、PF-06463922、瑞巴替尼、星形孢菌素、甲苯磺酸索拉菲尼、苹果酸舒尼替尼、TSR-011和其组合(表2)。在一些实施方案中，本文公开的方法涉及治疗先前已用恩曲替尼治疗的患者的癌症病况、减轻其症状、改善其症状、延迟其发作，或者以其他方式在药学上解决所述癌症病况。
表2.化学治疗剂的非限制性实例
在本文公开的方法的一些实施方案中，受体酪氨酸激酶多肽中的一个或多个突变赋予恩曲替尼、瑞巴替尼或其药学上可接受的盐的治疗抗性或天抗性。
本文公开的方法的一些实施例包括选择适合于治疗癌症的化学治疗剂，以及向患者施用治疗有效量的选择的化学治疗剂。所述化学治疗剂的非限制性实例包括表2中列出的那些或其任何药学上可接受的盐。在一些实施方案中，选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、NVP-TAE684、瑞巴替尼、化合物2和其任何药学上可接受的盐。
根据本公开的方法和化合物可以用于选择和/或治疗患有任何癌症的患者。待治疗的合适的癌症的非限制性实例包括间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
本文公开的方法的一些实施方案涉及治疗选自以下各项的癌症病况、减轻其症状、改善其症状、延迟其发作或以其他方式在药学上解决所述癌症病况：间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，其中选自TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1的受体酪氨酸激酶多肽中的一个或多个突变可能通过选择适合于治疗癌症病况的化学治疗剂以及向患者施用治疗有效量的选择的化学治疗剂而起作用。
适用于本文所述方法的生物样品的类型没有特别的限制。在一些实施方案中，生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。在一些实施方案中，生物样品包括全血和血液组分。在一些实施方案中，血液组分包含血浆。在其他实施方案中，生物样品包括细胞或组织。在一些实施方案中，组织是肿瘤或癌症组织。
在本文公开的方法的一些实施方案中，从获自患者的生物样品上执行的分析型测定获取一种或多种分子改变的知识。分析型测定通常可以是所属领域的技术人员已知的任何分析型测定，并且可以是(例如)基于抗体的测定、基于核苷酸的测定或酶活性测定。合适的分析型测定的非限制性实例包括核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)和激酶活性测定。合适的分析型测定的其他实例包括ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
在一些实施方案中，使用电泳迁移率测定以获取从患者获得的生物样品中的一种或多种分子改变的知识。例如，通过扩增对应于受体酪氨酸激酶基因中的一个或多个改变的核酸区并比较扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码突变的核酸序列。
在一些实施方案中，用于获取生物样品中的一种或多种分子改变的知识的分析型测定涉及聚合酶链式反应(PCR)或基于核酸扩增的测定。本领域已知的许多基于PCR的分析型测定适用于本文公开的方法，包括但不限于实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)和PCR-RFLP测定。
在一些实施方案中，用于获取生物样品中的一种或多种分子改变的知识的分析型测定涉及测定包含一种或多种分子改变的核酸序列和/或氨基酸序列。在一些实施方案中，对包含来自癌症患者的一种或多种分子改变的核酸序列进行测序。在一些实施方案中，通过下一代测序程序测定序列。如本文所用，“下一代测序”是指由于平行执行并读取数千到数百万个测序反应而能够以高于常规测序方法(例如Sanger测序)可能的速度对寡核苷酸进行测序的寡核苷酸测序技术。下一代测序方法/平台的非限制性实例包括大规模平行签名测序(Lynx Therapeutics)；固相可逆染料终止子测序(Solexa/Illumina)；DNA纳米球测序(Complete Genomics)；SOLiD技术(Applied Biosystems)；454焦磷酸测序(454LifeSciences/Roche Diagnostics)；离子半导体测序(ION Torrent)；以及可从PacificBiosciences、Intelligen Bio-systems、Oxford Nanopore Technologies和HelicosBiosciences获得的技术。
因此，在一些实施方案中，本文公开的方法中使用的NGS程序可以包括焦磷酸测序、合成测序、连接测序或其任何组合。在一些实施方案中，NGS程序是由选自以下的NGS平台执行：Illumina、Ion Torrent、Qiagen、Invitrogen、Applied Biosystem、Helicos、Oxford Nanopore、Pacific Biosciences和Complete Genomics。
在一些实施方案中，可以使用FISH测定来鉴别导致一种或多种分子改变的染色体突变，例如如本文所述的突变基因或突变基因产物(即多肽)。例如，为了执行FISH，可以设计至少第一个用第一个可检测标签标记的探针以靶向突变的多肽的突变基因，并且可以设计至少第二个用第二个可检测标签标记的第二个探针以靶向相应的野生型基因或野生型多肽，使得本领域普通技术人员观察探针可以确定样品中存在相关基因或基因产物。通常，使用放置在载玻片上的福尔马林固定的、石蜡包埋的组织切片执行FISH测定。例如，将来自生物样品的DNA变性成单链形式，并且随后与可使用本领域普通技术人员已知的方法和技术设计和制备的适当的DNA探针杂交。杂交后，可以通过一系列洗涤去除任何未结合的探针，并用DAPI(4’,6二甲脒基-2-苯基吲哚)(一种发荧光蓝色的DNA特异性染料)对细胞核进行反染色。使用配备有适当的激发和发射过滤器的荧光显微镜观察一个或多个探针的杂交，使荧光信号可视化。本领域已知的FISH方法的其他变化也适合于评估根据本文公开的方法选择的患者。
在一些实施方案中，用于获取生物样品中的一种或多种分子改变的知识的分析型测定涉及核酸杂交测定。本文所用的术语“杂交”通常是指核酸分子通过互补碱基链配对连接的能力。当在适当的条件和/或环境下接触核酸分子时，可发生这种杂交。如本文所用，如果两个核酸分子能够形成反平行的双链核酸结构，那么称所述两个分子能够彼此特异性杂交。如果核酸分子展现出完全的互补，则称其为另一种核酸分子的“补体”。如本文所用，当核酸分子之一的每个核苷酸与另一个分子的碱基配对伴侣核苷酸互补时，所述分子被认为展现“完全互补”。如果两个分子能够以足够的稳定性彼此杂交以允许其在至少常规的“低严格”条件下保持彼此退火，则称其是“最低限度互补的”。在一些情况下，如果分子能够以足够的稳定性彼此杂交以允许其在常规的“高严格”条件下保持相互退火，则称其是“互补的”。例如至少在低严格条件下与其他核酸分子杂交的核酸分子被认为是其他核酸分子的“可杂交的同源物”。常规严格条件由Sambrook等，Molecular Cloning,A LaboratoryHandbook,Cold Spring Harbor Laboratory Press,1989)以及Haymes于Nucleic AcidHybridization,A Practical Approach,IRL Press,Washington,D.C.(1985)中描述。因此，偏离完全互补是允许的，只要这种偏离不会完全排除分子形成双链结构的能力。因此，为了使核酸分子或其片段用作引物或探针，仅需要在序列上足够互补以便能够在所采用的特定溶剂和盐浓度下形成稳定的双链结构。
促进DNA杂交的适当的严格条件包括例如6.0×氯化钠/柠檬酸钠(SSC)在约45℃下，接着2.0×SSC洗涤在约50℃下。此外，洗涤步骤中的温度可以从室温(约22℃)下的低严格条件升高到约65℃下的高严格条件。温度和盐都可以改变，或者温度或盐浓度可以保持恒定，而另一个变量改变。这些条件是本领域技术人员已知的，或者可以在CurrentProtocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons,N.Y.(1989),6.3.1-6.3.6中找到。例如，可使用低严格条件来选择与靶核酸序列具有较低序列一致性的核酸序列。可能希望采用如约0.15M到约0.9M氯化钠、在约20℃到约55℃范围内的温度下等条件。可使用高严格条件来选择与公开的核酸序列具有更高一致性的核酸序列(Sambrook等，1989，同上)。在一个实施方案中，高严格条件涉及在约2×SSC到约10×SSC(从含有3M氯化钠和0.3M柠檬酸钠的20×SSC原液稀释，pH 7.0，于蒸馏水)、约2.5×到约5×Denhardt溶液(从含有1％(w/v)牛血清白蛋白、1％(w/v)聚蔗糖和1％(w/v)聚乙烯基吡咯烷酮的50×原液稀释，于蒸馏水中)、约10mg/mL到约100mg/mL的鱼精DNA、以及约0.02％(w/v)到约0.1％(w/v)SDS中核酸杂交，在约50℃到约70℃下孵育几个小时到过夜。高严格条件优选由6×SSC、5×Denhardt溶液、100mg/mL剪切并变性的鲑鱼精DNA和0.1％(w/v)SDS提供，在55×C下孵育几小时。通常在杂交之后进行几个洗涤步骤。洗涤组合物通常包含0.5×SSC到约10×SSC和0.01％(w/v)到约0.5％(w/v)SDS，在约20℃到约70℃下孵育15-min。优选地，于65℃下在0.1×SSC中洗涤至少一次后，核酸片段保持杂交。在一些情况下，可使用非常高的严格条件来选择与公开的核酸序列具有高得多的一致性程度的核酸序列。将非常高的严格条件定义为在42℃下在5×SSPE、0.3％SDS、200μg/mL剪切并变性的鲑鱼精DNA和50％甲酰胺中预杂交和杂交，并在70℃下使用2×SSC、0.2％SDS清洗三次，每次15分钟。
在一些实施方案中，用于获取生物样品中的一种或多种分子改变的知识的分析型测定涉及核酸杂交测定，其包括使衍生自生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含(1)与编码一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列且进一步包含(2)可检测标签。
在一些实施方案中，提供了这样的方法，其中一种或多种分子改变的存在的知识是从对多种生物样品同时执行的测定中获得的。在一些实施方案中，可以在多测试平台中测定多个生物样品。
如本文所用，术语“多测试平台”打算涵盖用于容纳一种或多种反应混合物、悬浮液或检测反应的任何合适的手段。因此，许多筛选事件的结果可以被组装到一个表面上，产生具有多个元件或部分或由其组成以同时进行超过一个实验的“多测试平台”。术语“多测试平台”打算涵盖蛋白质芯片、微量滴定板、多孔板、微型卡片、试管、培养皿、盘、载玻片等。在一些实施方案中，多重可以进一步包括在多个单独的生物样品中的每一个中同时实施多个筛选事件。例如，测定的生物样品的数量可以基于载玻片上的斑点数量和每个点上实施的测试的数量。在另一实例中，测定的生物样品的数量可以基于多孔板中的孔的数量和每个孔中实施的测试的数量。例如，在目前公开的方法中，可以使用6孔、12孔、24孔、48孔、96孔、384孔、1536孔或3456孔微量滴定板，尽管本领域技术人员可以理解，不是每个微量滴定仪都需要含有患者生物样品。根据微量滴定板的大小和每个孔中个别生物样品的数量，可以同时运行非常多的测试。在一些实施方案中，多个生物样品包括至少6、12、24、48、96、200、384、400、500、1000、1250、1500或3000个样品。
在一些实施方案中，知识是从基于抗体的测定获取，所述测定包括但不限于ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。在一些实施方案中，基于抗体的测定包括使用一种或多种选择性结合TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一种或多种的抗体。
在本文公开的方法的一些实施方案中，选择化学治疗剂或其药学上可接受的盐用于施用或将其施用于患有癌症的个体或患者，任选地与至少一种额外化学治疗剂组合。在一些实施方案中，恩曲替尼、瑞巴替尼、NVP-TAE684、星形孢菌素、化合物2或其药学上可接受的盐在本文公开的方法中用作适合于治疗癌症的化学治疗剂。
在一些实施方案中，本文所述的化学治疗剂或其药学上可接受的盐以治疗有效量施用于患者。如本文所用，术语“治疗有效量”是指将在某种程度上减轻所治疗病症的一种或多种症状的所施用的一种或多种化合物的量。在提及癌症的治疗时，治疗有效量是指具有以下效果的量：(1)减小癌症肿瘤的大小，(2)抑制(即，在一定程度上减缓，优选停止)癌症肿瘤转移，(3)在一定程度上抑制(即，在一定程度上减缓，优选停止)癌症肿瘤生长，和/或(4)在一定程度上减轻(或优选消除)一种或多种与癌症相关的症状。
该量将根据各种因素而变化，所述因素包括但不限于本文公开的生物活性组合物和配制剂的特征(包括其活性、药代动力学、药效学和生物利用度)、所治疗受试者的生理状况(包括年龄、性别、疾病类型和阶段、一般身体状况、对给定剂量的反应性和药物类型)或细胞、配制剂中药学上可接受的载体的性质以及施用途径。此外，有效或治疗有效量可以根据本文公开的一种或多种生物活性组合物和配制剂是单独施用还是与其他药物、其他疗法或其他治疗方法或形式/方式组合施用。临床和药理学领域的技术人员将能够通过常规实验、即通过监测细胞或受试者对本文公开的一种或多种生物活性组合物和配制剂的施用的响应并相应地调整剂量来确定有效量或治疗有效量。关于这方面的额外指导可以在例如Remington:The Science and Practice of Pharmacy，第21版，Univ.of Sciences inPhiladelphia(USIP),Lippincott Williams和Wilkins,Philadelphia,PA,2005中找到。
在本文公开的方法的一些实施方案中，选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐作为单一治疗剂或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
在本文公开的方法的一些实施方案中，选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是以如下量施用于患有或遭受癌症的患者：约200mg/m2到约1600mg/m2或约200mg/m2到约1200mg/m2或约200mg/m2到约1000mg/m2或约400mg/m2到约1200mg/m2或约400mg/m2到约1000mg/m2或约800mg/m2到约1000mg/m2或约800mg/m2到约1200mg/m2或约800mg/m2到约1200mg/m2或约800mg/m2到约1600mg/m2。在一些实施方案中，上述化学治疗剂是以如下量施用于患者：约200mg/m2、约300mg/m2、约400mg/m2、约500mg/m2、约600mg/m2、约700mg/m2、约800mg/m2、约900mg/m2、约1000mg/m2、约1100mg/m2、约1200mg/m2、约1300mg/m2、约1400mg/m2、约1500mg/m2、约1600mg/m2、约1700mg/m2、约1800mg/m2、约1900mg/m2或约2000mg/m2。在一些实施方案中，选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是以多个剂量施用于患有或遭受癌症的患者或个体达2到50天的治疗时段。在一些实施方案中，选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是在5到42的治疗时段内以每剂量约50mg/kg到约200mg/kg的多个剂量施用于患有或遭受癌症的患者或个体。在一些实施方案中，选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是以约约60mg/kg的口服剂量每天两次(BID)每周七次施用于患有或遭受癌症的患者。在一些实施方案中，选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是以约60mg/kg的口服剂量每天两次(BID)、每周七次持续六周、每隔一周(即一周服用，一周停用)施用于患有或遭受癌症的患者。
一些实施方案包括本文所述的任何方法，选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是以介于如下范围内的量施用于患有或遭受癌症的患者：约0.01mg/kg到约100mg/kg或约0.02mg/kg到约50mg/kg或约0.05mg/kg到约25mg/kg或约0.1mg/kg到约20mg/kg或约0.2mg/kg到约10mg/kg或约0.5mg/kg到约5mg/kg或约1mg/kg到约2mg/kg。
在本文公开的方法的一些实施方案中，本文所述的化学治疗剂可通过向患者施用包含一种或多种此类药剂的药物组合物而施用于有此需要的癌症患者。特别地，所述药物组合物可以包含一种或多种本文所述的化学治疗剂或其药学上可接受的盐和至少一种药学上可接受的赋形剂。
在一些实施方案中，所述药物组合物可以包含固体、液体或胶囊锭形式的各种成分的物理混合物。其他实施方案可以包括至少两种呈单一剂量单位或剂型的分离的成分，例如其中至少两种活性成分位于片剂的分开的层或区域中、任选地由第三种材料(例如糖层或其他惰性屏障)分开以防止前两种成分接触的两层或三层片剂。在其他实施方案中，将两种或更多种活性成分分别配制成单独的剂量单位，然后将其包装在一起以便于施用。一个实施方案包括含有多个单独剂量单位的包装。该实施例可以例如包括泡罩包装。在泡罩包装的一个实施方案中，多个泡罩堆叠的剂量单位存在于单个片上，并且将一起施用的那些单位包装在泡罩包装的相同或相邻的泡罩中。或者，可以使用任何其他包装，其中两种活性成分包装在一起用于同时或依序使用。
一些实施方案涉及如本文所述的任何化学治疗剂或其药学上可接受的盐在制造用于治疗哺乳动物异常细胞生长的药剂中的用途。本公开进一步涉及如本文所述的任何化学治疗剂或其药学上可接受的盐在制造用于治疗哺乳动物异常细胞生长的药剂中的用途，其中所述异常细胞生长是癌性或非癌性的。在一些实施方案中，异常细胞生长是癌性的。在另一实施方案中，异常细胞生长是非癌性的。
一些实施方案涉及药物组合物，其包含本文所述的化学治疗剂或其药学上可接受的盐、药学上可接受的载体和任选地至少一种额外药物或医药剂。在一些实施方案中，所述至少一种额外药物或医药剂是如下所述的抗癌剂。
药学上可接受的载体可以包括常规的药物载体或赋形剂。合适的药物载体包括惰性稀释剂或填充剂、水和各种有机溶剂(例如水合物和溶剂合物)。如果需要，药物组合物可以含有额外成分，例如矫味剂、粘合剂、赋形剂等。因此，对于口服施用，含有各种赋形剂(例如柠檬酸)的片剂可以与各种崩解剂(例如淀粉、海藻酸和某些复合硅酸盐)以及与粘合剂(例如蔗糖、明胶和阿拉伯胶)一起采用。此外，润滑剂(例如硬脂酸镁、月桂基硫酸钠和滑石)常常用于制片目的。类似类型的固体组合物也可用于软和硬填充的明胶胶囊中。因此，材料的非限制性实例包括乳糖(lactose或milk sugar)和高分子量聚乙二醇。当需要水性悬浮液或酏剂口服施用时，其中的活性化合物可以与各种甜味剂或矫味剂、着色剂或染料以及(如果需要)乳化剂或悬浮剂以及稀释剂(例如水、乙醇、丙二醇、甘油或其组合)组合。
例如，药物组合物可以呈适合口服施用的形式(例如片剂、胶囊、丸剂、粉剂、持续释放配制剂、溶液悬浮液)、适合局部施用的形式(例如软膏剂或乳霜)或适合直肠施用的形式(例如栓剂)。
实例性非经肠施用形式包括活性化合物在无菌水溶液中的溶液或悬浮液，例如丙二醇或右旋糖水溶液。如果需要，所述剂型可以被适当地缓冲。
药物组合物可以呈适合精确剂量单次施用的单位剂型。
在一些实施方案中，组合物包含治疗有效量的如本文公开的化合物和药学上可接受的载体。
本文所述的化合物可以本领域技术人员认为合适的任何药物形式配制成如下所述的药物组合物。本公开的药物组合物包含治疗有效量的至少一种本文公开的化合物和药学上可接受的惰性载体或稀释剂。
为了治疗或预防由本文公开的一种或多种突变的受体酪氨酸激酶介导的疾病或病况，将药物组合物以合适的配制剂施用，所述配制剂通过将治疗有效量的至少一种化合物(作为活性成分)与一种或多种药学上合适的载体组合来制备，所述载体可例如选自促进活性化合物加工成最终药物制剂的稀释剂、赋形剂和助剂。
所用的药物载体可以是固体或液体。实例性固体载体是乳糖、蔗糖、滑石、明胶、琼脂、果胶、阿拉伯胶、硬脂酸镁、硬脂酸等。实例性液体载体是糖浆、花生油、橄榄油、水等。类似地，本发明的组合物可以包括本领域已知的延时或时间释放材料，例如单独的单硬脂酸甘油酯或二硬脂酸甘油酯或与蜡、乙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、甲基丙烯酸甲酯等一起。可以添加其他添加剂或赋形剂以达成所需的配制剂性质。例如，可以添加生物利用度增强剂(例如Labrasol、Gelucire等)或配制物(例如CMC(羧甲基纤维素)、PG(丙二醇)或PEG(聚乙二醇))。例如，当制备胶囊配制剂时，可以添加一种保护活性成分免受光、潮湿和氧化的半固体媒剂。
如果使用固体载体，则制剂可以制成片剂，以粉末或小丸形式置于硬明胶胶囊中，或者制成糖片剂或菱形片剂。固体载体的量可以变化，但通常为约25mg到约1g。如果使用液体载体，制剂可以呈糖浆、乳液、软明胶胶囊、安瓿瓶或小瓶中的无菌注射溶液或悬浮液或非水液体悬浮液的形式。如果使用半固体载体，则制剂可以呈硬和软明胶胶囊配制剂的形式。本发明的组合物是以适合于施用模式(例如非经肠或口服施用)的单位剂型来制备。
为了获得稳定的水溶性剂型，可以将化合物的盐溶解在有机或无机酸的水溶液中，例如0.3M的琥珀酸或柠檬酸溶液。如果不存在可溶性盐形式，则可以将试剂溶解在合适的共溶剂或共溶剂的组合中。合适的共溶剂的实例包括浓度范围为总体积的0到60％的醇、丙二醇、聚乙二醇300、聚山梨醇酯80、甘油等。在实例性实施方案中，将化合物溶于DMSO中并用水稀释。组合物也可以呈活性成分的盐形式在适当的水性媒剂中的溶液形式，例如水或等渗盐水或右旋糖溶液。
适当的配制剂取决于所选的施用途径。为了注射，可将化合物的试剂配制成水溶液，优选生理相容的缓冲液(例如汉克氏溶液(Hanks solution)、林格氏溶液(Ringer'ssolution)或生理缓冲盐水)中。对于经粘膜施用，在配制剂中使用适合渗透屏障的渗透剂。所述渗透剂在本领域中通常是已知的。
对于口服施用，可以通过将活性化合物与本领域已知的药学上可接受的载体组合来配制化合物。所述载体使得本公开的化合物能够配制成用于由待治疗的受试者口服摄入的片剂、丸剂、糖衣片、胶囊、液体、凝胶、糖浆、浆剂、悬浮液等。口服使用的药物制剂可以使用固体赋形剂与活性成分(试剂)的混合物、任选研磨所得混合物、并且如果需要在添加合适的助剂后加工颗粒混合物以获得片剂或糖衣片核心来获得。合适的赋形剂包括：填充剂，例如糖、包括乳糖、蔗糖、甘露糖醇或山梨糖醇；和纤维素制剂，例如玉米淀粉、小麦淀粉、大米淀粉、马铃薯淀粉、明胶、树胶、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、羧甲基纤维素钠或聚乙烯吡咯烷酮(PVP)。如果需要，可以添加崩解剂，例如交联的聚乙烯吡咯烷酮、琼脂或海藻酸或其盐(例如海藻酸钠)。
糖衣片提供有合适的包衣。为此，可以使用浓缩的糖溶液，其可以任选地包含阿拉伯胶、聚乙烯吡咯烷酮、卡波普凝胶、聚乙二醇和/或二氧化钛、漆溶液以及合适的有机溶剂或溶剂混合物。可以将染料或颜料添加到片剂或糖衣片包衣中以鉴别或表征活性剂的不同组合。
可以口服使用的药物制剂包括由明胶制成的推入配合胶囊、以及由明胶和塑化剂(例如甘油或山梨醇)制成的软密封胶囊。推入配合胶囊可含有与填充剂(例如乳糖)、粘合剂(例如淀粉)和/或润滑剂(例如滑石或硬脂酸镁)以及任选地稳定剂混合的活性成分。在软胶囊中，可将活性剂溶解或悬浮于合适的液体(例如脂肪油、液体石蜡或液体聚乙二醇)中。另外，可以添加稳定剂。所有用于口服施用的配制剂应该呈适合于这种施用的剂量。对于经颊施用来说，组合物可采取以常规方式配制的片剂或菱形片剂的形式。
对于鼻内或通过吸入施用来说，根据本公开使用的化合物可以借助合适的推进剂(例如二氟二氯甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、二氧化碳或其他合适的气体)方便地以气溶胶喷雾形式由压力包或雾化器递送。在加压气溶胶的情况下，可通过提供阀门递送计量量来确定剂量单位。用于吸入器或吹入器等的明胶胶囊和药筒可以配制为含有化合物和合适的粉末基质(例如乳糖或淀粉)的粉末混合物。
化合物可经配制用于通过注射(例如，通过浓注或连续输注)的非经肠施用。注射用配制剂可以单位剂型(例如于安瓿瓶中或于多剂量容器中)呈递，并且添加防腐剂。组合物可采取诸如于油性或水性媒剂中的悬浮液、溶液或乳液的形式，并且可含有诸如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂等配制剂。
用于非经肠施用的药物配制剂包括水溶性形式的活性化合物的水溶液。另外，活性剂的悬浮液可以制备成适当的油性注射悬浮液。合适的亲脂性溶剂或媒剂包括脂肪油(例如芝麻油)或合成脂肪酸酯(例如油酸乙酯或三酸甘油酯)或脂质体。水性注射悬浮液可含有增加悬浮液的粘度的物质，例如羧甲基纤维素钠、山梨醇或聚葡醣。任选地，悬浮液还可含有合适的稳定剂或增加化合物的溶解度以容许制备高浓度溶液的试剂。
或者，活性成分可呈粉剂形式，以供在使用前用合适的媒剂(例如无菌无热原水)构造。
除上文所描述的配制剂外，化合物还可调配为储积制剂形式。可通过植入(例如经皮下或经肌内)或通过肌内注射施用所述长效配制剂。因此，举例来说，化合物可使用合适的聚合或疏水性材料(例如呈可接受油中的乳液形式)或离子交换树脂调配，或调配为难溶性衍生物，例如调配为难溶性盐。疏水化合物的药物载体是包含苯甲醇、非极性表面活性剂、水混溶性有机聚合物和水相的共溶剂体系。共溶剂体系可以是VPD共溶剂体系。VPD是3％w/v苄醇、8％w/v非极性表面活性剂聚山梨醇酯80和65％w/v聚乙二醇300的溶液，其余体积由无水乙醇补足。VPD共溶剂体系(VPD：5W)含有用5％右旋糖水溶液以1:1稀释的VPD。这种共溶剂体系很好地溶解了疏水性化合物，并且在全身施用时本身产生低毒性。共溶剂体系的比例可以适当改变而不破坏其溶解度和毒性特征。此外，共溶剂组分的属性可以改变：例如，可以使用其他低毒性非极性表面活性剂代替聚山梨醇酯80；可以改变聚乙二醇的分数大小；其他生物相容性聚合物可以代替聚乙二醇，例如聚乙烯吡咯烷酮；和其他糖或多糖可以取代右旋糖。
或者，可以采用疏水性药物化合物的其他递送系统。脂质体和乳液是疏水性药物的递送媒剂或载体的已知实例。也可以采用某些有机溶剂(例如二甲基亚砜)，但是由于DMSO的毒性，通常以更大的毒性为代价。另外，可以使用缓释体系递送化合物，例如含有治疗剂的固体疏水聚合物的半透性基质。各种缓释材料已经确立且为所属领域技术人员所知。缓释胶囊根据其化学性质可以释放化合物数周达100天以上。根据治疗剂的化学性质和生物学稳定性，可以采用用于蛋白质稳定的其他策略。
药物组合物还可以包含合适的固相或凝胶相载体或赋形剂。这些载体和赋形剂可以显著改善难溶药物的生物利用度。所述载体或赋形剂的实例包括(但不限于)碳酸钙、磷酸钙、各种糖、淀粉、纤维素衍生物、明胶和聚合物(例如聚乙二醇)。这种载体或赋形剂的实例包括碳酸钙、磷酸钙、糖、淀粉、纤维素衍生物、明胶和聚合物(例如聚乙二醇)。此外，可以使用添加剂或赋形剂，例如 等。
此外，药物组合物可以纳入到皮肤贴片中以将药物直接递送到皮肤上。
应了解，本公开的试剂的实际剂量将根据所使用的特定试剂、配制的特定组合物，施用模式以及所治疗的特定部位、宿主和疾病而变化。所属领域技术人员使用常规剂量测定测试鉴于给定化合物的实验数据可以确定给定条件组的最佳剂量。对于口服施用，通常采用的实例性日剂量将为约约0.001到约1000mg/kg体重，并以适当的间隔重复治疗过程。
此外，药学上可接受的配制剂可含有一种或多种化合物或其盐或溶剂合物，其量为约10mg到约2000mg或约10mg到约1500mg或约10mg到约1000mg或约10mg到约750mg或约10mg到约500mg或约25mg到约500mg或约50到约500mg或约100mg到约500mg。此外，药学上可接受的配制剂可含有化合物或其盐或溶剂合物，其量为约50mg、约100mg、约150mg、约200mg、约250mg、约300mg、约350mg、约400mg、约450mg或约500mg。
另外，药学上可接受的配制剂可含有化合物或其盐或溶剂合物，其量为约0.5w/w％到约95w/w％或约1w/w％到约95w/w％或约1w/w％到约75w/w％或约5w/w％到约75w/w％或约10w/w％到约75w/w％或约10w/w％到约50w/w％。
本文公开的化合物或其盐或溶剂化物可以单独或作为药学上可接受的配制剂的一部分施用于遭受异常细胞生长的哺乳动物(例如人类)，一周一次、一天一次、一天两次、一天三次或一天四次、甚至更频繁。
所属领域技术人员将会理解，关于化合物，对于需要这种治疗的哺乳动物，每天给予的具体药物配制剂、剂量和次数是在所属领域技术人员的知识范围内的所有选择，并且可以被确定而不需要过多的实验。
本文公开的化合物的施用可以通过能够将化合物递送到作用部位的任何方法实现。这些方法包括口服途径、十二指肠内途径、非经肠注射(包括静脉内、皮下、肌内、血管内或输注)、局部和直肠施用。可以使用浓注剂量，或者在1、2、3、4、5、10、15、20、30、60、90、120或更多分钟的时段或任何中间时间段内输注，如可持续3、4、5、6、7、8、9、10.12、14 16、20、24或更多小时或持续1-7天或更长时间的输注。输液可以通过滴注、连续输注、输液泵、计量泵、储积制剂或任何其他合适的手段施用。
可以调整剂量方案以提供最佳的所需响应。例如，可以施用单次浓注，可以随着时间的推移施用数个分开的剂量，或者可以按照治疗情况的紧急情况所指示按比例减少或增加剂量。尤其有利的是将非经肠组合物调配成剂量单位形式以便于施用和剂量均匀性。本文所用剂量单位形式是指合适的作为单式剂量用于要治疗的哺乳动物受试者的物理离散单位；各单位含有经计算可产生所需治疗效果的预定量的活性化合物以及所需药物载体。剂量单位形式的规格取决于(a)化学治疗剂的独特特征和待实现的特定治疗或预防效果，并且(b)混合用于治疗患者的敏感性的这样的活性化合物领域中固有的限制。
因此，本领域技术人员将基于本文提供的公开内容意识到，剂量和给药方案根据治疗领域中熟知的方法进行调整。也就是说，可以容易地确立最大可耐受剂量，并且还可以确定向患者提供可检测的治疗益处的有效量，还可以确立向患者施用每一试剂以提供可检测的治疗益处的时间要求。因此，尽管在本文中举例说明了某些剂量和施用方案，但这些实施例决不限制在实践本公开时可能提供给患者的剂量和施用方案。
应注意的是，剂量值可以随待缓解的病况的类型和严重程度而变化，并且可以包括单剂量或多剂量。应当进一步理解的是，对于任何具体的受试者，应根据个体需要和施用或监督组合物施用的人员的专业判断随时间调整具体的剂量方案，并且本文阐述的剂量范围是实例性的而并不打算限制所要求保护的组合物的范围或实践。例如，可以基于药代动力学或药效学参数来调整剂量，所述药代动力学或药效学参数可以包括诸如毒性效应和/或实验室值的临床效应。因此，本公开涵盖由技术人员确定的患者内剂量递增。确定用于施用化学治疗剂的适当剂量和方案在相关领域中是众所周知的，并且一旦提供了本文公开的教导，将被理解为由本领域技术人员所涵盖。
本文给出的一般方法的讨论仅用于说明的目的。本领域的技术人员在阅读本公开内容后将明白其他替代方法和替代方案，并且其将被包括在本申请的精神和范围内。
实施例
额外替代方案进一步详细公开于以下实施例中，其不打算以任何方式限制本公开或权利要求书的范围。
实施例1
抗恩曲替尼的KM12和Ba/F3-Tel/TrkA细胞系的生成
本实施例描述了恩曲替尼抗性KM12细胞系和恩曲替尼抗性BA/F3-TEL/TRKA细胞系的生成。
用于选择和表征恩曲替尼抗性KM12细胞的示意图示于图3和图4中。最初在两组独立烧瓶(标记为A和B)中在完全培养基(RPMI培养基+10％FBS(胎牛血清)+青霉素和链霉素)中用0nM、1nM、3nM、10nM恩曲替尼处理携带TrkA融合基因TPM3-TrkA的人类结肠直肠细胞系KM12的细胞。含有0.1％DMSO(即未处理的对照)或恩曲替尼的培养基每3-4天更换一次，并且培养的细胞大约每周分裂一次。在初始10nM恩曲替尼处理后，随后在30nM恩曲替尼存在下将10nM恩曲替尼处理的KM12细胞培养约2周。处理后约4周，依序用100nM恩曲替尼处理细胞，再过约4周时段后，用300nM恩曲替尼处理。在每个处理阶段结束时，使用CellTiter(Promega)测定细胞等分样品由恩曲替尼进行3天处理的生长抑制。从每个细胞样品中提取RNA/DNA。由BioSettia(San Diego,CA)执行RT-PCR和测序测定。
用于选择和表征恩曲替尼抗性Ba/F3-Tel/TrkA细胞的示意图示于图3和图8中。输入Ba/F3-Tel/TrkA细胞系是携带重组TrkA融合基因ETV6-TrkA的工程化细胞系。最初在两组独立烧瓶(标记为A和B)中在完全培养基(RPMI+10％FBS+青霉素和链霉素)中用0nM和3nM恩曲替尼处理Ba/F3-Tel/TrkA细胞。在初始处理后7天，随后将用3nM恩曲替尼处理的Ba/F3-Tel/TrkA细胞在10nM和30nM恩曲替尼中在两组独立(A和B)烧瓶中培养约2周。用台盼蓝(try pan blue)评估细胞存活率并每两天计数一次(图9)。在第24天，一式三份地设定在3nM恩曲替尼中培养的细胞(即来自组A的3个重复和来自组B的3个重复)并与6nM、12nM或24nM恩曲替尼一起孵育。使存活的细胞库(命名为Ba/F3-Tel/TrkA-10nMA、Ba/F3-Tel/TrkA-6nMA1、Ba/F3-Tel/TrkA-6nMA2、Ba/F3-Tel/TrkA-6nMA3、Ba/F3-Tel/TrkA-6nMB1、Ba/F3-Tel/TrkA-6nMB2、Ba/F3-Tel/TrkA-6nMB3、Ba/F3-Tel/TrkA-12nMA1、Ba/F3-Tel/TrkA-12nMA2、Ba/F3-Tel/TrkA-12nMA3、Ba/F3-Tel/TrkA-12nMB2和Ba/F3-Tel/TrkA-12nMB3)扩增并进一步特征。使用CellTiter Glo(Promega)测定亲代系细胞和恩曲替尼抗性细胞由恩曲替尼进行3天处理的生长抑制。从每个细胞样品中提取RNA/DNA。由BioSettia(SanDiego,CA)执行RT-PCR和测序测定。
实施例2
通过在KM12细胞和BA/F3-TEL/TRKA细胞中生长抑制研究测定的RTK抑制剂的细胞 IC50
本实施例描述了研发用于评估亲代KM12细胞和恩曲替尼抗性KM12细胞中RTK抑制剂(例如恩曲替尼)的抗增殖活性的一般程序。将亲代KM12系细胞和恩曲替尼抗性KM12系经胰蛋白酶化并以5,000个细胞/孔接种于96孔白色测定板(Costar编号3610)中，之后在无恩曲替尼的完全培养基中孵育过夜。次日，将不同浓度的每一RTK抑制剂(例如恩曲列尼(0到1μM))添加到孔中。每个处理条件一式两份执行。类似地，将Ba/F3-Tel/TrkA细胞以5,000个细胞/孔接种于无恩曲替尼的完全培养基中的96孔白色测定板(Costar编号3610)中，并且次日用不同浓度的每一RTK抑制剂(例如恩曲替尼(0到1μM))一式两份地处理。孵育后3天，通过基于荧光素酶的ATP含量检测使用试剂(Promega)测量细胞存活率并且通过具有可变斜率的4参数曲线拟合来测定IC50。
实例3
Ba/F3-TPM3和Ba/F3-TPM3-TrkA-G959R细胞系的生成
本实施例描述了为了生成表达野生型蛋白TPM3-TrkA或TPM3-TrkA-G595R融合蛋白的转基因Ba/F3细胞而执行的研究。通过基于PCR的技术从KM12亲代细胞系和恩曲替尼抗性细胞克隆编码TPM3-TrkA融合体的cDNA，并且随后将其插入到慢病毒载体pVL-EF1a-MCS-IRES-Puro(BioSettia,San Diego,CA)。在通过直接测序确认cDNA插入物后，用8μg/mL聚凝胺(EMD Millipore)以不同感染复数(MOI)将含有TPM3-TrkA cDNA或TPM3-TrkA-G595RcDNA的水疱性口炎病毒GP(VSVG)-假型慢病毒转导到鼠类IL-3依赖性原B细胞Ba/F3中。在补充有10％FBS和1μg/mL嘌呤霉素的含有鼠类IL-3的RPMI培养基中选择转导的Ba/F3细胞达2周。在补充有10％FBS(胎牛血清)并且没有鼠类IL-3的RPMI培养基中进一步选择稳定的细胞库达4周。
实施例4
恩曲替尼抗性KM12细胞的分离和表征
用0.01％DMSO(v/v)、1nM恩曲替尼、3nM恩曲替尼或10nM恩曲替尼处理亲代KM12细胞的6个样品约2周(每次处理一式两份样品)。观察到细胞形态和倍增时间没有明显变化。在两周处理结束时，将用10nM恩曲替尼处理的KM12细胞的一式两份样品在含有30nM恩曲替尼的生长培养基中培养。观察到这些KM12-10nM处理的细胞的生长速率略微降低。如图5所示，在3天生长抑制研究中，在DMSO(载体)和1-10nM恩曲替尼中培养的KM12细胞(组A)展现重叠的生长抑制曲线和相似的IC50值(表3和图5)。然而，KM12-30nM-A处理的细胞展现升高的生长曲线和IC50值增加约2倍(表3)，这指示对恩曲替尼的敏感性降低。
表3.亲代KM12细胞和恩曲替尼抗性细胞系中激酶抑制剂恩曲替尼的IC50值
当培养基中恩曲替尼的浓度从30μM增加到100μM约4周时，组A的KM12细胞对恩曲替尼甚至不太敏感，如通过底部平台期的升高(图6)和增加的IC50值(表4)所指示。
表4.亲代KM12细胞和恩曲替尼抗性细胞系中RTK抑制剂恩曲替尼的IC50值
还测试了组B的KM12细胞对恩曲替尼的敏感性(图10和表5)。如表5所示，当在30nM和更高浓度的恩曲替尼下培养这些细胞时，观察到组B细胞中IC50值急剧增加。此外，发现在含有100nM恩曲替尼的培养基中培养4周的细胞变化在遗传上是稳定的。这个结论来源于以下观察结果：在100nM恩曲替尼(KM12-100nM-B)存在下培养4周后，发现即使从细胞培养基停用恩曲替尼(KM12-100nM-B(无药物))后IC50值仍然稳定，表明这些细胞的变化在基因组水平。
表5.组B的KM12细胞对恩曲替尼的敏感性，如通过IC50值所测定
用300nM恩曲替尼处理四周后，从组A和组B的每个KM12细胞库中分离RNA，并且随后进行RT-PCR和测序测定。如图7和表6所示，在组A的细胞库中没有发现TrkA激酶结构域的突变，而发现组B的细胞在TrkA激酶结构域中的位置G595和G667具有两个点突变(表6)。特别地，在残基G595处鉴别了Gly-Arg取代(即，G595R)，并且在残基G667处鉴别了Gly-Cys取代(即，G667C)(图7)。
表6.来自组A和组B的恩曲替尼处理的细胞库的序列测定的结果
不受任何特定理论的束缚，两种抗性机制被认为是可能的。在组A中，KM12的抗性可能是其他信号转导路径受到影响的旁路机制。这种可能性得到TPM3-trkA基因中没有突变的观察结果的支持。在组B中，将核苷酸G改变为T(参见表6和图7)在30-100nM的恩曲替尼中培养的KM12细胞中的外显子15中导致误义突变(G667C)。然而，当细胞在浓度范围为100nM到300nM的恩曲替尼中再培养4周时，G到A的变化(图7)在外显子14中导致G595R，但是在这些细胞中没有观察到G667C突变。
发现携带G667C突变的KM12细胞(在100nM恩曲替尼中培养)具有遗传稳定性，这是因为停用100nM恩曲替尼达4周不会逆转G667C突变(表6)。在图1的序列比对中，TrkA的氨基酸编号参照GenBank登录号为NP_002520.2的TrkA的全长序列。TrkB和TrkC的相应氨基酸编号显示于表1和7中。
表7.人类TrkA、TrkB和TrkC多肽的激酶结构域中保守氨基酸残基的一致性位置
实施例5
恩曲替尼抗性Ba/F3-tel/trkA细胞的分离和表征
如上文实施例4中所述，用RTK抑制剂恩曲替尼在治疗方案中处理亲代Ba/F3-Tel/TrkA细胞。分离出恩曲替尼抗性Ba/F3-Tel/TrkA细胞，并且随后通过使用实施例4中所述的程序进行表征。2周选择后确立10nM恩曲替尼抗性Ba/F3-Tel/TrkA的细胞库(图9)。值得注意的是，如图11A和11B所示，10nM恩曲替尼抗性Ba/F3-Tel/TrkA-10nMA细胞库展现出比对照亲代系高>100倍的IC50，指示这些细胞对恩曲替尼的敏感性显著降低。如图15所示，发现这些恩曲替尼抗性Baf3-trkA(A)细胞携带与如上文实施例4中关于恩曲替尼抗性KM12细胞系所讨论相同的G667C和G595R突变。另外，如图19所示，以12nM恩曲替尼的Ba/F3-Tel/TrkA的不同处理导致多个克隆的G667C改变，这也是与上文实施例4中所讨论的恩曲替尼-KM12抗性细胞中鉴别的相同改变。
实施例6
能够抑制恩曲替尼抗性KM12细胞和恩曲替尼抗性Ba/F3-tel/trkA细胞生长的化 合物的鉴别
该实施例描述了使用上述实施例2中描述的实验程序筛选许多化合物抑制携带G595R或G667C突变的突变体KM12和Ba/F3-tel/trkA细胞增殖的能力所执行的研究。这些化合物一旦被鉴别，将用于治疗已对受体酪氨酸激酶抑制剂产生抗性的癌症患者。在这个实验中，针对许多化合物筛选每个下列细胞系：Ba/F3-tel/trkA、Ba/F3-tel/trkA-10nMA(G595R)、KM12-DMSO、KM12-30nM101-B(G667C)、KM12-100nM101-B(G667C)、KM12-300nM101-B(G595R)。这些化合物的例示列于表2和8-9中。
如图27和30以及下表8-9中所示，恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2各自显示出针对携带TrkA-G595C突变或TrkA-G667C突变的突变细胞的显著抑制活性。
表8.针对亲代KM12和Ba/F3-tel/trkA细胞系(WT)和携带RKA-G595C突变或G595R突变的相应突变细胞系测试的六种候选化合物的IC50值。
表9.针对亲代Ba/F3-tel/trkA、Ba/F3-tel/trkB、Ba/F3-tel/trkC细胞系(WT)和携带G595R突变的突变体BaF3-tel/trkA细胞系测试的四种候选化合物的IC50值。
实施例7
恩曲替尼和LOXO-101在抑制表达NTRK1野生型和各种突变体NTRK1的Ba/F3细胞系 生长中的活性
该实施例描述了使用上述实施例2中描述的实验程序研究恩曲替尼和LOXO-101化合物抑制携带各种突变的野生型和突变体Ba/F3-tel/trkA细胞增殖的能力所执行的研究。在这个实验中，针对表10中的突变体筛选恩曲替尼和LOXO-101中的每一者。
表10.针对表达NTRK1野生型和各种突变体NTRK1的Ba/F3细胞系测试的恩曲替尼和LOXO-101的IC50值
实施例8
恩曲替尼、LOXO-101和星形孢菌素在抑制表达NTRK1野生型和各种突变体NTRK1的 Ba/F3细胞系生长中的活性
该实施例描述了使用上述实施例2中描述的实验程序研究恩曲替尼、LOXO-101和星形孢菌素化合物抑制携带各种突变的野生型和突变体Ba/F3-tel/trkA细胞增殖的能力所执行的研究。在该实验中，针对表11中的突变体筛选恩曲替尼、LOXO-101和星形孢菌素中的每一者。
表11.针对表达NTRK1野生型和各种突变体NTRK1的Ba/F3细胞系测试的恩曲替尼、LOXO-101和星形孢菌素的IC50值
本文公开的所有参考文献(包括但不限于期刊文章、教科书、专利和专利申请)在此通过引用方式并入本文讨论的主题和其全部内容。然而，不承认在此引用的任何参考文献构成现有技术。在整个本公开中，各种信息来被引用并且通过引用方式并入。信息来源包括例如科学期刊文章、专利文献、教科书和万维网浏览器不活动页面地址。对这些信息来源的提及仅仅是为了提供提交时的一般技术状态的指示。虽然每个信息来源的内容和教导可以被本领域技术人员依赖和使用来制作和使用本文公开的实施方案，但是绝不应该考虑在特定信息来源中的任何讨论和评论作为承认这种评论被广泛接受为本领域的一般意见。
本文给出的一般方法的讨论仅用于说明的目的。其并不打算穷尽的或限制本公开。即使没有具体示出或描述，特定实施方案的各个方面或特征通常不限于所述特定实施方案，而是在可应用的情况下是可互换的并且可以在选定实施方案中使用。明确地预期，本公开的任何方面或特征可以与本文公开的任何其他方面、特征或方面与特征的组合相结合。在阅读本公开后，其他替代方法和实施方案对于本领域技术人员来说将是显而易见的，并且将被包括在本申请的精神和范围内。
序列表
<110> 韦革(WEI, GE)
<120> 用于治疗具有RTK突变细胞的患者的组合物和方法
<130> IGNYT.051WO
<150> 62/168,237
<151> 2015-05-29
<150> 62/309,900
<151> 2016-03-17
<160> 10
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 796
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> 原肌球蛋白受体激酶A，TrkA
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> NCBI登录号NP_002520.2
<400> 1
Met Leu Arg Gly Gly Arg Arg Gly Gln Leu Gly Trp His Ser Trp Ala
1 5 10 15
Ala Gly Pro Gly Ser Leu Leu Ala Trp Leu Ile Leu Ala Ser Ala Gly
20 25 30
Ala Ala Pro Cys Pro Asp Ala Cys Cys Pro His Gly Ser Ser Gly Leu
35 40 45
Arg Cys Thr Arg Asp Gly Ala Leu Asp Ser Leu His His Leu Pro Gly
50 55 60
Ala Glu Asn Leu Thr Glu Leu Tyr Ile Glu Asn Gln Gln His Leu Gln
65 70 75 80
His Leu Glu Leu Arg Asp Leu Arg Gly Leu Gly Glu Leu Arg Asn Leu
85 90 95
Thr Ile Val Lys Ser Gly Leu Arg Phe Val Ala Pro Asp Ala Phe His
100 105 110
Phe Thr Pro Arg Leu Ser Arg Leu Asn Leu Ser Phe Asn Ala Leu Glu
115 120 125
Ser Leu Ser Trp Lys Thr Val Gln Gly Leu Ser Leu Gln Glu Leu Val
130 135 140
Leu Ser Gly Asn Pro Leu His Cys Ser Cys Ala Leu Arg Trp Leu Gln
145 150 155 160
Arg Trp Glu Glu Glu Gly Leu Gly Gly Val Pro Glu Gln Lys Leu Gln
165 170 175
Cys His Gly Gln Gly Pro Leu Ala His Met Pro Asn Ala Ser Cys Gly
180 185 190
Val Pro Thr Leu Lys Val Gln Val Pro Asn Ala Ser Val Asp Val Gly
195 200 205
Asp Asp Val Leu Leu Arg Cys Gln Val Glu Gly Arg Gly Leu Glu Gln
210 215 220
Ala Gly Trp Ile Leu Thr Glu Leu Glu Gln Ser Ala Thr Val Met Lys
225 230 235 240
Ser Gly Gly Leu Pro Ser Leu Gly Leu Thr Leu Ala Asn Val Thr Ser
245 250 255
Asp Leu Asn Arg Lys Asn Val Thr Cys Trp Ala Glu Asn Asp Val Gly
260 265 270
Arg Ala Glu Val Ser Val Gln Val Asn Val Ser Phe Pro Ala Ser Val
275 280 285
Gln Leu His Thr Ala Val Glu Met His His Trp Cys Ile Pro Phe Ser
290 295 300
Val Asp Gly Gln Pro Ala Pro Ser Leu Arg Trp Leu Phe Asn Gly Ser
305 310 315 320
Val Leu Asn Glu Thr Ser Phe Ile Phe Thr Glu Phe Leu Glu Pro Ala
325 330 335
Ala Asn Glu Thr Val Arg His Gly Cys Leu Arg Leu Asn Gln Pro Thr
340 345 350
His Val Asn Asn Gly Asn Tyr Thr Leu Leu Ala Ala Asn Pro Phe Gly
355 360 365
Gln Ala Ser Ala Ser Ile Met Ala Ala Phe Met Asp Asn Pro Phe Glu
370 375 380
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Gly Val Ser Val Ala Val Gly Leu Ala Val Phe Ala Cys Leu Phe Leu
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Gly Ile Asn Arg Pro Ala Val Leu Ala Pro Glu Asp Gly Leu Ala Met
450 455 460
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465 470 475 480
Gly Lys Gly Ser Gly Leu Gln Gly His Ile Ile Glu Asn Pro Gln Tyr
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<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> 原肌球蛋白受体激酶A的激酶结构域
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> SEQ ID NO: 1的多肽序列的片段
<400> 2
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Ala Phe Gly Lys Val Phe Leu Ala Glu Cys His Asn Leu Leu Pro Glu
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130 135 140
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210 215 220
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225 230 235 240
Arg Glu Leu Glu Arg Pro Arg Ala Cys Pro Pro Glu Val Tyr Ala Ile
245 250 255
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Gly Phe Cys Trp Leu Val Val Gly Phe Trp Arg Ala Ala Phe Ala Cys
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Gly Ala Ile Leu Asn Glu Ser Lys Tyr Ile Cys Thr Lys Ile His Val
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<400> 4
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245 250 255
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770 775 780
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785 790 795 800
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<213> 智人(Homo sapiens)
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<222> ()..()
<223> 原肌球蛋白受体激酶C的激酶结构域
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> SEQ ID NO: 5的多肽序列的片段
<400> 6
His Ile Lys Arg Arg Asp Ile Val Leu Lys Arg Glu Leu Gly Glu Gly
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290
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<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> ALK酪氨酸激酶受体，ALK
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> NCBI登录号NP_004295
<400> 7
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Ala Ala Val Gly Leu Leu Gln Phe Asn Leu Ser Glu Leu Phe Ser Trp
165 170 175
Trp Ile Arg Gln Gly Glu Gly Arg Leu Arg Ile Arg Leu Met Pro Glu
180 185 190
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195 200 205
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Ser Ser Leu Glu Ser Pro Thr Asn Met Pro Ser Pro Ser Pro Asp Tyr
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Phe Thr Trp Asn Leu Thr Trp Ile Met Lys Asp Ser Phe Pro Phe Leu
245 250 255
Ser His Arg Ser Arg Tyr Gly Leu Glu Cys Ser Phe Asp Phe Pro Cys
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Glu Leu Glu Tyr Ser Pro Pro Leu His Asp Leu Arg Asn Gln Ser Trp
275 280 285
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Leu Leu Leu Asn Thr Ser Ala Asp Ser Lys His Thr Ile Leu Ser Pro
325 330 335
Trp Met Arg Ser Ser Ser Glu His Cys Thr Leu Ala Val Ser Val His
340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
Gly Trp Thr Val Leu Gln Gly Arg Ile Gly Arg Pro Asp Asn Pro Phe
385 390 395 400
Arg Val Ala Leu Glu Tyr Ile Ser Ser Gly Asn Arg Ser Leu Ser Ala
405 410 415
Val Asp Phe Phe Ala Leu Lys Asn Cys Ser Glu Gly Thr Ser Pro Gly
420 425 430
Ser Lys Met Ala Leu Gln Ser Ser Phe Thr Cys Trp Asn Gly Thr Val
435 440 445
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565 570 575
Gln Gly Arg Met Val Trp His Val Ala Ala Tyr Glu Gly Leu Ser Leu
580 585 590
Trp Gln Trp Met Val Leu Pro Leu Leu Asp Val Ser Asp Arg Phe Trp
595 600 605
Leu Gln Met Val Ala Trp Trp Gly Gln Gly Ser Arg Ala Ile Val Ala
610 615 620
Phe Asp Asn Ile Ser Ile Ser Leu Asp Cys Tyr Leu Thr Ile Ser Gly
625 630 635 640
Glu Asp Lys Ile Leu Gln Asn Thr Ala Pro Lys Ser Arg Asn Leu Phe
645 650 655
Glu Arg Asn Pro Asn Lys Glu Leu Lys Pro Gly Glu Asn Ser Pro Arg
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Gln Thr Pro Ile Phe Asp Pro Thr Val His Trp Leu Phe Thr Thr Cys
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Gly Ala Ser Gly Pro His Gly Pro Thr Gln Ala Gln Cys Asn Asn Ala
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Lys Gly Ile Gln Ile Trp Lys Val Pro Ala Thr Asp Thr Tyr Ser Ile
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Ser Gly Tyr Gly Ala Ala Gly Gly Lys Gly Gly Lys Asn Thr Met Met
740 745 750
Arg Ser His Gly Val Ser Val Leu Gly Ile Phe Asn Leu Glu Lys Asp
755 760 765
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Ser Thr Asn Gln Leu Ile Gln Lys Val Cys Ile Gly Glu Asn Asn Val
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Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ala Thr Tyr Val Phe Lys Met Lys Asp
820 825 830
Gly Val Pro Val Pro Leu Ile Ile Ala Ala Gly Gly Gly Gly Arg Ala
835 840 845
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850 855 860
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Leu Gln Ser Pro Glu Tyr Lys Leu Ser Lys Leu Arg Thr Ser Thr Ile
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Gly Leu Gly His Gly Ala Phe Gly Glu Val Tyr Glu Gly Gln Val Ser
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1155 1160 1165
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1235 1240 1245
Asp Ile Ala Ala Arg Asn Cys Leu Leu Thr Cys Pro Gly Pro Gly Arg
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Ser Tyr Tyr Arg Lys Gly Gly Cys Ala Met Leu Pro Val Lys Trp Met
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1540 1545 1550
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Val Pro Leu Phe Arg Leu Arg His Phe Pro Cys Gly Asn Val Asn Tyr
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<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> ALK酪氨酸激酶的激酶结构域
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> SEQ ID NO: 7的多肽序列的片段
<400> 8
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Arg
<210> 9
<211> 2347
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> 原癌基因酪氨酸-蛋白激酶ROS，ROS1
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> NCBI登录号NP_002935
<400> 9
Met Lys Asn Ile Tyr Cys Leu Ile Pro Lys Leu Val Asn Phe Ala Thr
1 5 10 15
Leu Gly Cys Leu Trp Ile Ser Val Val Gln Cys Thr Val Leu Asn Ser
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Cys Leu Lys Ser Cys Val Thr Asn Leu Gly Gln Gln Leu Asp Leu Gly
35 40 45
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Asn Ser Val Asp Gln Lys Asn Cys Ala Leu Lys Cys Arg Glu Ser Cys
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Glu Val Gly Cys Ser Ser Ala Glu Gly Ala Tyr Glu Glu Glu Val Leu
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Ile Ser Ser Ile Ser Ile Asp Trp Leu Tyr Gln Arg Met Tyr Phe Ile
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595 600 605
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Ser Glu Pro Pro Phe Ile Met Ala Val Lys Glu Asp Gly Leu Trp Ser
675 680 685
Lys Pro Leu Asn Ser Phe Gly Pro Gly Glu Phe Leu Ser Ser Asp Ile
690 695 700
Gly Asn Val Ser Asp Met Asp Trp Tyr Asn Asn Ser Leu Tyr Tyr Ser
705 710 715 720
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725 730 735
Ser Glu Asn Tyr His Leu Pro Ser Ile Ala Gly Ala Gly Ala Leu Ala
740 745 750
Phe Glu Trp Leu Gly His Phe Leu Tyr Trp Ala Gly Lys Thr Tyr Val
755 760 765
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770 775 780
Val Lys Leu Leu Val Asn Asp Met Val Val Asp Ser Val Gly Gly Tyr
785 790 795 800
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805 810 815
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Val Ile Ala Leu Thr Leu Asp Leu Ser Asp Gly Leu Leu Tyr Trp Leu
835 840 845
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850 855 860
Gln Ser Thr Gly Asp Thr Thr Ile Thr Glu Phe Ala Ala Trp Ser Thr
865 870 875 880
Ser Glu Ile Ser Gln Asn Ala Leu Met Tyr Tyr Ser Gly Arg Leu Phe
885 890 895
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Thr Ser Val Ser Val Leu Glu Pro Ala Arg Phe Asn Gln Phe Thr Ile
915 920 925
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930 935 940
Lys Val Ile Pro Asp Ser Val Gln Glu Ser Ser Phe Arg Ile Glu Gly
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Asn Ala Ser Ser Phe Gln Ile Leu Trp Asn Gly Pro Pro Ala Val Asp
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Trp Gly Val Val Phe Tyr Ser Val Glu Phe Ser Ala His Ser Lys Phe
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Pro Ala Met Leu Ala Gly Lys Thr Leu Val Ser Leu Thr Val Asp Gly
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2210 2215 2220
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2305 2310 2315 2320
Val Ala Tyr Cys Pro Ser Gly Lys Pro Glu Gly Leu Asn Tyr Ala Cys
2325 2330 2335
Leu Thr His Ser Gly Tyr Gly Asp Gly Ser Asp
2340 2345
<210> 10
<211> 276
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> ROS1的激酶结构域
<220>
<221> PEPTIDE
<222> ()..()
<223> SEQ ID NO: 9的多肽序列的片段
<400> 10
Ala Phe Pro Arg Glu Lys Leu Thr Leu Arg Leu Leu Leu Gly Ser Gly
1 5 10 15
Ala Phe Gly Glu Val Tyr Glu Gly Thr Ala Val Asp Ile Leu Gly Val
20 25 30
Gly Ser Gly Glu Ile Lys Val Ala Val Lys Thr Leu Lys Lys Gly Ser
35 40 45
Thr Asp Gln Glu Lys Ile Glu Phe Leu Lys Glu Ala His Leu Met Ser
50 55 60
Lys Phe Asn His Pro Asn Ile Leu Lys Gln Leu Gly Val Cys Leu Leu
65 70 75 80
Asn Glu Pro Gln Tyr Ile Ile Leu Glu Leu Met Glu Gly Gly Asp Leu
85 90 95
Leu Thr Tyr Leu Arg Lys Ala Arg Met Ala Thr Phe Tyr Gly Pro Leu
100 105 110
Leu Thr Leu Val Asp Leu Val Asp Leu Cys Val Asp Ile Ser Lys Gly
115 120 125
Cys Val Tyr Leu Glu Arg Met His Phe Ile His Arg Asp Leu Ala Ala
130 135 140
Arg Asn Cys Leu Val Ser Val Lys Asp Tyr Thr Ser Pro Arg Ile Val
145 150 155 160
Lys Ile Gly Asp Phe Gly Leu Ala Arg Asp Ile Tyr Lys Asn Asp Tyr
165 170 175
Tyr Arg Lys Arg Gly Glu Gly Leu Leu Pro Val Arg Trp Met Ala Pro
180 185 190
Glu Ser Leu Met Asp Gly Ile Phe Thr Thr Gln Ser Asp Val Trp Ser
195 200 205
Phe Gly Ile Leu Ile Trp Glu Ile Leu Thr Leu Gly His Gln Pro Tyr
210 215 220
Pro Ala His Ser Asn Leu Asp Val Leu Asn Tyr Val Gln Thr Gly Gly
225 230 235 240
Arg Leu Glu Pro Pro Arg Asn Cys Pro Asp Asp Leu Trp Asn Leu Met
245 250 255
Thr Gln Cys Trp Ala Gln Glu Pro Asp Gln Arg Pro Thr Phe His Arg
260 265 270
Ile Gln Asp Gln
275

Claims (396)

1.一种治疗患者的癌症的方法，其包括：
a)获取来自所述患者的生物样品中存在一种或多种分子改变的知识，其中所述一种或多种分子改变包括一种或多种受体酪氨酸激酶多肽中的一个或多个突变，其中所述一种或多种受体酪氨酸激酶多肽是选自TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1；
b)选择适合于治疗所述癌症的化学治疗剂；和
c)向所述患者施用治疗有效量的所述选择的化学治疗剂。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述一个或多个突变包括所述一种或多种受体酪氨酸激酶多肽的激酶催化结构域中的一个或多个氨基酸取代。
3.如权利要求1到2中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于选自图1和/或表1中标识为保守残基的氨基酸残基和其任一组合的氨基酸残基的位置。
4.如权利要求1到3中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于选自以下各项的氨基酸残基的位置：
a)如在SEQ ID NO:1中所示的所述TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
b)如在SEQ ID NO:3中所示的所述TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
c)如在SEQ ID NO:5中所示的所述TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
d)如在SEQ ID NO:7中所示的所述ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
e)如在SEQ ID NO:9中所示的的所述ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101。
5.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
7.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
9.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Arg取代(G595R)。
11.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Cys取代(G667C)。
13.如权利要求11所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
14.如权利要求11所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
15.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
17.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
19.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Arg取代(G639R)。
21.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
22.如权利要求21所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Cys取代(G709C)。
23.如权利要求21所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
24.如权利要求21所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
25.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
26.如权利要求25所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
27.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
28.如权利要求27所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
29.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
30.如权利要求29所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Arg取代(G623R)。
31.如权利要求1到4中任一项所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Cys取代(G696C)。
33.如权利要求31所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
34.如权利要求31所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
35.如权利要求1到34中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
36.如权利要求1到35中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
37.如权利要求1到36中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
38.如权利要求1到37中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
39.如权利要求1到38中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
40.如权利要求39所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
41.如权利要求39所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
42.如权利要求39所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
43.如权利要求1到38中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
44.如权利要求43所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
45.如权利要求1到44中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
46.一种治疗患者的癌症的方法，其包括：
a)鉴别在选自以下各项的氨基酸位置具有一个或多个突变的患者：
i.如在SEQ ID NO:1中所示的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
ii.如在SEQ ID NO:3中所示的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
iii.如在SEQ ID NO:5中所示的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
iv.如在SEQ ID NO:7中所示的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
v.如在SEQ ID NO:9中所示的的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；
b)选择适合于治疗具有所述一个或多个突变的所述患者的化学治疗剂；和
c)向所述患者施用治疗有效量的所述选择的化学治疗剂。
47.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
48.如权利要求47所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
49.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
50.如权利要求49所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
51.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
52.如权利要求51所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G595R)。
53.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
54.如权利要求53所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G667C)。
55.如权利要求53所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
56.如权利要求53所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
57.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
59.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
60.如权利要求59所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
61.如权利要求46所述的方法，所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
62.如权利要求55所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G639R)。
63.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
64.如权利要求63所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G709C)。
65.如权利要求63所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
66.如权利要求63所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
67.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
68.如权利要求67所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
69.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
71.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
72.如权利要求65所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G623R)。
73.如权利要求46所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
74.如权利要求73所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G696C)。
75.如权利要求73所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
76.如权利要求73所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
77.如权利要求46到74中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
78.如权利要求46到75中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
79.如权利要求46到78中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
80.如权利要求46到79中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
81.如权利要求46到80中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
82.如权利要求81所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
83.如权利要求81所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
84.如权利要求81所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
85.如权利要求46到80中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
87.如权利要求46到86中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
88.一种选择患有癌症并且根据预测对用治疗方案治疗具有较高的无应答性风险的患者的方法，所述方法包括：
a)获取来自所述患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中所述一个或多个突变是在选自以下各项的氨基酸位置：
i.如在SEQ ID NO:1中所示的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
ii.如在SEQ ID NO:3中所示的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
iii.如在SEQ ID NO:5中所示的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
iv.如在SEQ ID NO:7中所示的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
v.如在SEQ ID NO:9中所示的的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；和
b)如果在所述生物样品中检测到一个或多个所述突变，那么将所述患者选定为根据预测对用治疗方案治疗具有较高的无应答性风险；或者
如果在所述生物样品中未检测到所述一个或多个突变中的任何一个，那么将所述患者选定为根据预测对用治疗方案治疗不具有较高的无应答性风险，
其中所述治疗方案包含向所述选择的患者施用治疗有效量的一种或多种化学治疗剂。
89.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
90.如权利要求89所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
91.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
92.如权利要求91所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
93.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
94.如权利要求89所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G595R)。
95.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
96.如权利要求95所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G667C)。
97.如权利要求95所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
98.如权利要求95所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
99.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
100.如权利要求99所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
101.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
102.如权利要求101所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
103.如权利要求88所述的方法，所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
104.如权利要求97所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G639R)。
105.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
106.如权利要求105所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G709C)。
107.如权利要求105所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
108.如权利要求105所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
109.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
110.如权利要求109所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
111.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
112.如权利要求111所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
113.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
114.如权利要求107所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G623R)。
115.如权利要求88所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
116.如权利要求115所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G696C)。
117.如权利要求115所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
118.如权利要求115所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
119.如权利要求88到116中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
120.如权利要求88到117中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
121.如权利要求88到120中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
122.如权利要求88到121中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
123.如权利要求88到122中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
124.如权利要求123所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
125.如权利要求123所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
126.如权利要求123所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
127.如权利要求88到122中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
128.如权利要求127所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
129.如权利要求88到128中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
130.如权利要求129所述的方法，其中所述一种或多种化学治疗剂是恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
131.如权利要求88到130中任一项所述的方法，其另外包括治疗被选定为对用所述治疗方案治疗具有较高的无应答性风险的所述患者。
132.如权利要求131所述的方法，其中所述治疗包括向所述患者施用适合于治疗具有一个或多个所述突变的患者的治疗剂。
133.如权利要求131到132中任一项所述的方法，其中所述治疗包括向所述患者施用针对多种受体酪氨酸激酶有效的治疗剂。
134.一种鉴别适用于治疗患者的癌症的化合物的方法，所述患者由于受体酪氨酸激酶中的一个或多个突变而已对所述受体酪氨酸激酶的抑制剂产生抗性，所述方法包括：
a)获取来自所述患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中所述一个或多个突变是在选自以下各项的氨基酸位置：
i.如在SEQ ID NO:1中所示的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
ii.如在SEQ ID NO:3中所示的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
iii.如在SEQ ID NO:5中所示的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
iv.如在SEQ ID NO:7中所示的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
v.如在SEQ ID NO:9中所示的的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；
b)测定所述化合物抑制具有一个或多个所述突变的所述受体酪氨酸激酶的能力；和
c)如果所述化合物抑制具有一个或多个所述突变的所述受体酪氨酸激酶，那么将化合物鉴别为适用于治疗所述患者。
135.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
136.如权利要求135所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
137.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
138.如权利要求137所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
139.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
140.如权利要求135所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G595R)。
141.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
142.如权利要求141所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G667C)。
143.如权利要求141所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
144.如权利要求141所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
145.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
146.如权利要求145所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
147.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
148.如权利要求147所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
149.如权利要求134所述的方法，所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
150.如权利要求143所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G639R)。
151.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
152.如权利要求151所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G709C)。
153.如权利要求151所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
154.如权利要求151所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
155.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
156.如权利要求155所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
157.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
158.如权利要求157所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
159.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
160.如权利要求153所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G623R)。
161.如权利要求134所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
162.如权利要求161所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G696C)。
163.如权利要求161所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
164.如权利要求161所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
165.如权利要求134到162中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
166.如权利要求134到163中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
167.如权利要求134到166中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
168.如权利要求134到167中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
169.如权利要求134到168中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
170.如权利要求169所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
171.如权利要求169所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
172.如权利要求169所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
173.如权利要求134到168中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
174.如权利要求173所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
175.如权利要求134到174中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
176.如权利要求175所述的方法，其中所述一种或多种化学治疗剂是恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
177.如权利要求134到176所述的方法，其另外包括治疗被选定为对用所述治疗方案治疗具有较高的无应答性风险的所述患者。
178.如权利要求177所述的方法，其中所述治疗包括向所述患者施用适合于治疗具有一个或多个所述突变的患者的治疗剂。
179.如权利要求177到178中任一项所述的方法，其中所述治疗包括向所述患者施用针对多种受体酪氨酸激酶有效的治疗剂。
180.一种选择供患有癌症的患者用的治疗方案的方法，其包括：
a)获取来自所述患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中所述一个或多个突变是在选自以下各项的氨基酸位置：
i.如在SEQ ID NO:1中所示的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
ii.如在SEQ ID NO:3中所示的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
iii.如在SEQ ID NO:5中所示的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
iv.如在SEQ ID NO:7中所示的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
v.如在SEQ ID NO:9中所示的的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；
b)基于所述生物样品中是否存在一个或多个所述突变来选择适于所述患者的治疗方案。
181.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
182.如权利要求181所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
183.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
184.如权利要求183所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
185.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
186.如权利要求181所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G595R)。
187.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
188.如权利要求187所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G667C)。
189.如权利要求187所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
190.如权利要求187所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
191.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
192.如权利要求191所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
193.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
194.如权利要求193所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
195.如权利要求180所述的方法，所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
196.如权利要求189所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G639R)。
197.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
198.如权利要求197所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G709C)。
199.如权利要求197所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
200.如权利要求197所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
201.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
202.如权利要求201所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
203.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
204.如权利要求203所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
205.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
206.如权利要求199所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G623R)。
207.如权利要求180所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
208.如权利要求207所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G696C)。
209.如权利要求207所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
210.如权利要求207所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
211.如权利要求180到208中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
212.如权利要求180到209中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
213.如权利要求180到212中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
214.如权利要求180到213中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
215.如权利要求180到214中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
216.如权利要求215所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
217.如权利要求215所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
218.如权利要求215所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
219.如权利要求180到214中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
220.如权利要求219所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
221.如权利要求180到220中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
222.如权利要求221所述的方法，其中所述一种或多种化学治疗剂是恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
223.如权利要求180到221所述的方法，其另外包括治疗被选定为对用所述治疗方案治疗具有较高的无应答性风险的所述患者。
224.如权利要求223所述的方法，其中所述治疗包括向所述患者施用适合于治疗具有一个或多个所述突变的患者的治疗剂。
225.如权利要求223到224中任一项所述的方法，其中所述治疗包括向所述患者施用针对多种受体酪氨酸激酶有效的治疗剂。
226.一种预测供患有癌症的患者用的治疗方案的结果的方法，其包括获取来自所述患者的生物样品中存在一个或多个突变的知识，其中所述一个或多个突变是在选自以下各项的氨基酸位置：
i.如在SEQ ID NO:1中所示的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
ii.如在SEQ ID NO:3中所示的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
iii.如在SEQ ID NO:5中所示的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
iv.如在SEQ ID NO:7中所示的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
v.如在SEQ ID NO:9中所示的的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；
其中所述生物样品中存在一个或多个所述突变指示所述患者对所述治疗方案具有较高的无应答性。
227.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
228.如权利要求227所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
229.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
230.如权利要求229所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
231.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
232.如权利要求227所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G595R)。
233.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
234.如权利要求233所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G667C)。
235.如权利要求233所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
236.如权利要求233所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
237.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
238.如权利要求237所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
239.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
240.如权利要求239所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
241.如权利要求226所述的方法，所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
242.如权利要求235所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G639R)。
243.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
244.如权利要求243所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G709C)。
245.如权利要求243所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
246.如权利要求243所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
247.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
248.如权利要求247所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
249.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
250.如权利要求249所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
251.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
252.如权利要求245所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G623R)。
253.如权利要求226所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
254.如权利要求253所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G696C)。
255.如权利要求253所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
256.如权利要求253所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
257.如权利要求226到254中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
258.如权利要求226到255中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
259.如权利要求226到258中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
260.如权利要求226到259中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
261.如权利要求226到260中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
262.如权利要求261所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
263.如权利要求261所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
264.如权利要求261所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
265.如权利要求226到260中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
266.如权利要求265所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
267.如权利要求226到266中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
268.一种治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其包括：
a)测定来自所述患者的肿瘤样品中编码突变Trk蛋白的核酸的存在，其中所述突变Trk蛋白突变在选自以下各项的氨基酸位置包含至少一个突变：
i.如在SEQ ID NO:1中所示的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
ii.如在SEQ ID NO:3中所示的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
iii.如在SEQ ID NO:5中所示的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
iv.如在SEQ ID NO:7中所示的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
v.如在SEQ ID NO:9中所示的的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；
b)选择适合于治疗所述肿瘤的Trk抑制剂；和
c)向所述患者施用所述Trk抑制剂。
269.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
270.如权利要求269所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
271.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
272.如权利要求271所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
273.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
274.如权利要求269所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G595R)。
275.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
276.如权利要求275所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G667C)。
277.如权利要求275所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
278.如权利要求275所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
279.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
280.如权利要求279所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
281.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
282.如权利要求281所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
283.如权利要求268所述的方法，所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
284.如权利要求277所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G639R)。
285.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
286.如权利要求285所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G709C)。
287.如权利要求285所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
288.如权利要求285所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
289.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
290.如权利要求289所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
291.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
292.如权利要求291所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
293.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
294.如权利要求287所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G623R)。
295.如权利要求268所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
296.如权利要求295所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G696C)。
297.如权利要求295所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
298.如权利要求295所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
299.如权利要求268到296中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
300.如权利要求268到297中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
301.如权利要求268到300中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
302.如权利要求268到301中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
303.如权利要求268到296中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
304.如权利要求303所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
305.如权利要求303所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
306.如权利要求303所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
307.如权利要求268到296中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
308.如权利要求307所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
309.如权利要求268到308中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
310.一种治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其中所述癌症肿瘤含有突变Trk基因，并且其中所述癌症肿瘤内的所述突变Trk基因对用Trk抑制剂治疗显示抗性或获得性抗性，所述方法包括向有需要的患者施用治疗有效量的针对由所述突变Trk基因编码的多肽有活性的Trk抑制剂，任选地与放射疗法、放射性免疫疗法和/或通过手术切除肿瘤组合。
311.一种治疗患者的癌症的方法，其包括以下步骤：
a)选择患有具有Trk突变的癌症的患者；和
b)向所述患者施用针对一个或多个所述Trk突变具有活性的抑制剂。
312.一种治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其包括：
a)测定来自所述患者的肿瘤样品中突变Trk蛋白的存在，其中所述突变Trk蛋白突变在选自以下各项的氨基酸位置包含至少一个突变：
i.如在SEQ ID NO:1中所示的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
ii.如在SEQ ID NO:3中所示的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
iii.如在SEQ ID NO:5中所示的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
iv.如在SEQ ID NO:7中所示的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
v.如在SEQ ID NO:9中所示的的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；
b)选择适合于治疗所述肿瘤的Trk抑制剂；和
c)向所述患者施用所述Trk抑制剂。
313.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
314.如权利要求313所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
315.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
316.如权利要求315所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
317.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
318.如权利要求313所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G595R)。
319.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
320.如权利要求319所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G667C)。
321.如权利要求319所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
322.如权利要求319所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
323.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
324.如权利要求323所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
325.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
326.如权利要求325所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
327.如权利要求312所述的方法，所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
328.如权利要求321所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G639R)。
329.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
330.如权利要求329所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G709C)。
331.如权利要求329所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
332.如权利要求329所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
333.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
334.如权利要求333所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
335.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
336.如权利要求335所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
337.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
338.如权利要求331所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G623R)。
339.如权利要求312所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
340.如权利要求339所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G696C)。
341.如权利要求339所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
342.如权利要求339所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
343.如权利要求312到340中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
344.如权利要求312到341中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
345.如权利要求312到344中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
346.如权利要求312到345中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
347.如权利要求312到346中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
348.如权利要求347所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
349.如权利要求347所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
350.如权利要求347所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
351.如权利要求312到346中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
352.如权利要求351所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
353.如权利要求312到352中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
354.一种治疗具有癌症肿瘤的患者的方法，其包括：
a)测定来自所述患者的肿瘤样品中编码Trk蛋白的DNA序列中的一个或多个突变的存在，所述一个或多个突变是在对应于选自以下各项的氨基酸残基的位置：
i.如在SEQ ID NO:1中所示的TrkA多肽的V573、F589、G595和G667；
ii.如在SEQ ID NO:3中所示的TrkB多肽的V619、F633、G639和G709；
iii.如在SEQ ID NO:5中所示的TrkC多肽的V603、F617、G623和G696；
iv.如在SEQ ID NO:7中所示的ALK多肽的V1182、L1196、G1202和1269；和
v.如在SEQ ID NO:9中所示的的ROS1多肽的L2012、L2026、G2032和2101；
b)选择适合于治疗所述肿瘤的Trk抑制剂；和
c)向所述患者施用所述Trk抑制剂。
355.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基V573的位置。
356.如权利要求355所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V573M)。
357.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基F589的位置。
358.如权利要求357所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F598L)。
359.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G595的位置。
360.如权利要求355所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G595R)。
361.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkA多肽的氨基酸残基G667的位置。
362.如权利要求361所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G667C)。
363.如权利要求361所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G667A)。
364.如权利要求361所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G667S)。
365.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基V619的位置。
366.如权利要求365所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V619M)。
367.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基F633的位置。
368.如权利要求367所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F633L)。
369.如权利要求354所述的方法，所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G639的位置。
370.如权利要求363所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G639R)。
371.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkB多肽的氨基酸残基G709的位置。
372.如权利要求371所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G709C)。
373.如权利要求371所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G709A)。
374.如权利要求371所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G709S)。
375.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基V603的位置。
376.如权利要求375所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Val-Met取代(V603M)。
377.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基F617的位置。
378.如权利要求377所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Phe-Leu取代(F617L)。
379.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G623的位置。
380.如权利要求373所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Arg取代(G623R)。
381.如权利要求354所述的方法，其中所述一个或多个突变是在对应于所述TrkC多肽的氨基酸残基G696的位置。
382.如权利要求381所述的方法，其中所述一个或多个突变是Gly-Cys取代(G696C)。
383.如权利要求381所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ala取代(G696A)。
384.如权利要求381所述的方法，其中所述一个或多个氨基酸取代是Gly-Ser取代(G696S)。
385.如权利要求354到382中任一项所述的方法，其中所述患者先前已用一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂治疗并且已对所述一种或多种受体酪氨酸激酶抑制剂产生至少部分抗性。
386.如权利要求354到383中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂是选自由以下各项组成的组：恩曲替尼、瑞巴替尼、星形孢菌素、NVP-TAE684和化合物2，或其任何药学上可接受的盐。
387.如权利要求354到386中任一项所述的方法，其中所述癌症是选自间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、结肠直肠癌(CRC)、胆管癌、胃癌、成胶质细胞瘤(GBM)、平滑肌肉瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、鳞状细胞肺癌、成神经细胞瘤(NB)、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、甲状腺髓样癌、乳腺癌、甲状腺乳头状癌，或其任一组合。
388.如权利要求354到387中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含痰、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、组织、全血、血清、血浆、口腔刮取物、唾液、脑脊髓液、尿液、粪便、循环肿瘤细胞、循环核酸、骨髓，或其任一组合。
389.如权利要求354到388中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的分析型测定获取：核酸测序、多肽测序、限制性消化、毛细管电泳、基于核酸扩增的测定、核酸杂交测定、比较基因组杂交、实时PCR、定量逆转录PCR(qRT-PCR)、PCR-RFLP测定、HPLC、质谱基因分型、荧光原位杂交(FISH)、下一代测序(NGS)、激酶活性测定，或其任一组合。
390.如权利要求389所述的方法，其中所述分析型测定是电泳迁移率测定，其中通过扩增对应于所述受体酪氨酸激酶基因中的所述突变的核酸区以及比较所述扩增的核酸的电泳迁移率与野生型受体酪氨酸激酶基因中的相应区的电泳迁移率来检测编码所述一个或多个突变的核酸序列。
391.如权利要求389所述的方法，其中所述分析型测定是等位基因特异性聚合酶链式反应或下一代测序。
392.如权利要求389所述的方法，其中所述分析型测定是核酸杂交测定，其包括使来自所述生物样品的核酸与核酸探针接触，所述核酸探针包含与编码所述一个或多个突变的核酸序列互补的核酸序列并且另外包含可检测标签。
393.如权利要求354到388中任一项所述的方法，其中所述知识是从选自以下各项的基于抗体的测定获取：ELISA、免疫组织化学法、蛋白质印迹法、质谱分析法、流式细胞术、蛋白质微阵列、免疫荧光法、多重检测测定，或其任一组合。
394.如权利要求393所述的方法，其中所述测定包括一种或多种选择性结合到TrkA、TrkB、TrkC、ALK和ROS1多肽中的一者或多者的抗体。
395.如权利要求354到394中任一项所述的方法，其中所述选择的化学治疗剂或其药学上可接受的盐是作为单一治疗剂施用或与一种或多种额外治疗剂组合施用。
396.一种治疗带有Trk突变的患者的癌症的方法，其中所述患者已对至少一种Trk抑制剂产生抗性，所述方法包括向所述患者施用有效量的一种或多种针对多种受体酪氨酸激酶有效的抑制剂。
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