CN107844685A - 生物样本库管理系统 - Google Patents

Abstract

本发明公开一种生物样本库管理系统。所述生物样本库管理系统包括数据库、样本信息采集模块、知识库模块、样本入库管理模块、样本出库管理模块以及样本应用服务模块、临床样本信息采集模块、临床样本信息管理模块以及样本应用服务模块。本发明提供的生物样本库管理系统不仅能实现以药物分类或基因分类为中心的样本管理，而且在样本应用服务时能更好地满足临床药物基因组学临床试验的需求以及可结合疾病信息精准出库某一用药患者样本以提高科研效率；同时，通过所述知识库模块对临床试验信息进行标准化，不仅方便信息共享与传输利用，而且可以为临床试验的顺利推进及信息挖掘利用奠定了重要的基础，从而可以显著提升临床试验效率。

Description

生物样本库管理系统

技术领域

本发明涉及药物基因组学领域，具体涉及一种适用于药物基因组学临床试验的生物样本库管理系统。

背景技术

生物样本库(Biobank)又被称为生物银行，其作用在于对各类生物样本的收集、处理、存储和应用过程进行标准化管理，同时对与样本相关各类信息进行管理，如样本的临床信息、病人随访信息、样本质量管理信息等。上个世纪以来，越来越多的生物样本库被建立，这些生物样本库在基因组学研究和精准医疗研究红扮演着越来越重要的角色。

随着生物样本库的不断发展状态，对于生物样本的管理工作愈显繁重，传统的人工管理方式难以满足对当前生物样本库的管理工作。同时，样本库数据的传输和交流也是当前解决的问题，传统样本数据库分散在不同地区，研究者和管理者难以对样本的信息进行整合和汇总统计。

因此，需要提供一种生物样本库管理系统以解决上述问题。

发明内容

本发明的目的在于提供一种生物样本库管理系统，该系统能实现以药物分类或基因分类为中心的样本管理、在样本应用服务时能更好地满足临床药物基因组学临床试验的需求、以及可结合疾病信息精准出库某一用药患者样本以提高科研效率。

本发明的技术方案如下：

一种生物样本库管理系统，包括：

数据库，包括样本表型数据库、疾病分类数据库、药物分类数据库以及样本数据库；

样本信息采集模块，用于采集样本信息及样本扩展信息，所述样本信息包括样本基本信息以及与被采集样本对应的疾病信息和用药信息，所述样本扩展信息包括受试者的地址、姓名、性别及年龄；

知识库模块，包括基因本体单元、疾病ICD-10编码单元及药物 ATC编码单元，所述基因本体单元、所述疾病ICD-10编码单元及所述药物ATC编码单元分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述样本信息的标准命名；

样本入库管理模块，用于根据所述样本信息的标准命名生成入库管理信息，并将所述样本扩展信息、所述入库管理信息以及所述样本信息的标准命名关联后储存于所述样本数据库中，所述入库管理信息包括样本编号信息以及储存位置信息；

样本出库管理模块，用于生成样本出库信息以及修改样本出库后的样本状态；

临床信息采集模块，用于周期性采集临床试验入组样本的临床样本信息，所述临床试验入组样本为已入库样本中的一种，所述临床样本信息包括临床样本基本信息以及与被采集临床样本对应的采集周期内的临床疾病信息和临床用药信息；

所述基因本体单元、所述疾病ICD-10编码单元及所述药物ATC 编码单元还分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述临床样本信息的标准命名；

临床信息管理模块，用于将所述临床样本信息的标准命名和所述样本数据库中与所述临床试验入组样本相对应的所述样本扩展信息关联后储存至所述样本数据库中；

样本应用服务模块，用于访问所述样本数据库中的所述样本基本信息、所述疾病信息、所述用药信息、所述临床样本基本信息、所述临床疾病信息及所述临床用药信息中的至少一种，以获得目标数据，所述目标数据包括所述入库管理信息以及与所述入库管理信息关联后的其他数据。

优选地，所述生物样本库管理系统还包括样本质控管理模块，所述样本质控管理模块用于根据入库后样本的所述入库管理信息将样本质检信息与所述入库管理信息关联后录入至所述样本数据库中。

优选地，所述样本质检信息包括样本编号、检测类别、实验员信息、检测结果以及实验日期。

优选地，所述样本编号信息为数字、条码及二维码中的任意一种。

优选地，所述临床信息采集模块还用于采集临床治疗信息，所述临床信息管理模块还用于将所述临床治疗信息和所述样本数据库中所述临床样本信息的标准命名关联后储存至所述样本数据库中，所述临床治疗信息包括采集周期内的患者住院记录、检验主记录、检验结果、病案、医嘱及诊断记录。

优选地，所述样本信息采集模块还用于采集样本处理信息，所述样本入库管理模块还用于将所述样本处理信息与所述入库管理信息关联后储存至所述样本数据库中，所述样本处理信息包括取样方法、取样结果、样本处理时长、样本处理情况以及样本处理条件。

优选地，所述储存位置信息包括容器信息、冻存架信息、冻存盒信息以及样本盒信息。

优选地，所述储存位置信息以图形化的方式显示样本的储存位置。

优选地，所述样本出库信息包括出库单号、申请人信息、申请人部门、申请用途、申请日期、样本所属的项目信息及申请理由。

优选地，所述样本应用服务模块还用于导出从所述样本数据库查询得到的目标数据，所述目标数据包括所述入库管理信息以及与所述入库管理信息关联后的其他数据。

与相关技术相比，本发明提供的生物样本库管理系统的有益效果在于：所述生物样本库管理系统包括数据库、样本信息采集模块、知识库模块、样本入库管理模块、样本出库管理模块以及样本应用服务模块，所述数据库包括样本表型数据库、疾病分类数据库、药物分类数据库以及样本数据库，所述样本信息采集模块用于采集样本信息及样本扩展信息，所述样本信息包括样本基本信息以及与被采集样本对应的疾病信息和用药信息，所述样本扩展信息包括受试者的地址、姓名、性别及年龄，所述知识库模块包括基因本体单元、疾病ICD-10 编码单元及药物ATC编码单元，所述基因本体单元、所述疾病ICD-10 编码单元及所述药物ATC编码单元分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述样本信息的标准命名，所述样本入库管理模块，用于根据所述样本信息的标准命名生成入库管理信息，并将所述样本扩展信息、所述入库管理信息以及所述样本信息的标准命名关联后储存于所述样本数据库中，所述入库管理信息包括样本编号信息以及储存位置信息，所述样本出库管理模块用于生成样本出库信息以及修改样本出库后的样本状态，所述临床信息采集模块用于周期性采集临床试验入组样本的临床样本信息，所述临床试验入组样本为已入库样本中的一种，所述临床样本信息包括临床样本基本信息以及与被采集临床样本对应的采集周期内的临床疾病信息和临床用药信息，所述基因本体单元、所述疾病 ICD-10编码单元及所述药物ATC编码单元还分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述临床样本信息的标准命名，所述临床信息管理模块用于将所述临床样本信息的标准命名和所述样本数据库中与所述临床试验入组样本相对应的所述样本扩展信息关联后储存至所述样本数据库中，所述样本应用服务模块用于访问所述样本数据库中的所述样本基本信息、所述疾病信息、所述用药信息、所述临床样本基本信息、所述临床疾病信息及所述临床用药信息中的至少一种，以获得目标数据，所述目标数据包括所述入库管理信息以及与所述入库管理信息关联后的其他数据。不仅能实现以药物分类或基因分类为中心的样本管理，而且在样本应用服务时能更好地满足临床药物基因组学临床试验的需求以及可结合疾病信息精准出库某一用药患者样本以提高科研效率；同时，通过增加所述临床信息采集模块和所述临床信息管理模块并通过所述知识库模块对临床试验信息进行标准化，不仅方便信息共享与传输利用，而且可以为临床试验的顺利推进及信息挖掘利用奠定了重要的基础，从而可以显著提升临床试验效率。

附图说明

为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其它的附图，其中：

图1为本发明提供的生物样本库管理系统的结构框图。

具体实施方式

下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部份实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

请结合参阅图1，所述生物样本库管理系统包括数据库1、样本信息采集模块2、知识库模块3、样本入库管理模块4、样本出库管理模块5、临床样本信息采集模块6、临床样本信息管理模块7以及样本应用服务模块8。其中，所述知识库模块3分别与所述数据库1、所述样本信息采集模块2、所述样本入库管理模块4、所述临床样本信息采集模块6及所述临床样本信息管理模块7通信连接，所述样本入库管理模块4分别与所述数据库1和所述样本信息采集模块2通信连接，所述临床样本信息管理模块7分别与所述数据库1和所述临床样本信息采集模块6通信连接，所述样本出库管理模块5和所述样本应用服务模块8分别与所述数据库1通信连接。

所述数据库1可以设置于终端服务器、中转服务器及备份服务器的任一种。所述数据库1包括样本表型数据库11、疾病分类数据库 13、药物分类数据库15以及样本数据库17。其中，所述样本表型数据库11内储存有以基因表型分类的哺乳类动物(包括人)基因的表型数据，所述疾病分类数据库13内储存有以ICD-10分类的疾病信息，所述药物分类数据库15内储存有以ATC分类的药物信息。

所述样本信息采集模块2用于采集样本信息及样本扩展信息，所述样本信息包括样本基本信息以及与被采集样本对应的疾病信息和用药信息，所述样本扩展信息包括受试者的地址、姓名、性别及年龄。在本实施例中，所述样本信息采集模块2还用于采集样本处理信息，所述样本处理信息包括取样方法、取样结果、样本处理时长、样本处理情况以及样本处理条件。

所述样本信息采集模块2使用时，首先用户新建样本采集，并根据采集的样本录入所述样本信息；然后选择本次样本采集的受试者，并录入所述样本扩展信息；新建样本采集完成后，即可录入所述样本处理信息。在本实施例中，所述样本信息采集模块2还可以批量导入，所述批量导入的方式允许用户通过上传文件的形式对所述样本信息、所述样本扩展信息以及所述样本处理信息进行批量导入。

所述知识库模块3包括基因本体单元31、疾病ICD-10编码单元 33及药物ATC编码单元35，所述基因本体单元31、所述疾病ICD-10 编码单元33及所述药物ATC编码单元35分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述样本信息的标准命名。也就是说，所述基因本体单元31通过访问所述样本表型数据库11以获得所述样本基本信息的标准命名，所述疾病 ICD-10编码单元33通过访问所述疾病分类数据库13以获得所述疾病信息的标准命名，所述药物ATC编码单元35通过访问所述药物分类数据库15以获得所述用药信息的标准命名。

所述样本入库管理模块4用于根据所述样本信息的标准命名生成入库管理信息，并将所述样本扩展信息、所述入库管理信息以及所述样本信息的标准命名关联后储存于所述样本数据库17中，所述入库管理信息包括样本编号信息以及储存位置信息。其中，所述样本编号信息为数字、条码及二维码中的任意一种，所述样本编号信息包括采集流水号、脏器代码、取材部位代码和保存方式；所述储存位置信息包括容器信息、冻存架信息、冻存盒信息以及样本盒信息。在本实施例中，所述样本入库管理模块4还用于将所述样本处理信息与所述入库管理信息关联后储存至所述样本数据库17中。

作为本发明的一个实施例，所述储存位置信息以图形化的方式显示样本的储存位置。具体的，样本容器可以是立式冰箱、卧式冰箱、超大容器和液氮罐中的任意一种，样本容器包含一个冻存架，冻存架分为若干列和若干层，每一个格子存放一个冻存盒，冻存盒可以进一步划分为若干行和若干列，每一个格子存放一个样本盒；样本盒就是存放样本试管的盒子，样本盒同样也是网格的结构，每一个样本试管放在一个格子当中。用户新建容器时，首先新建一个容器，并划分冻存架的行列数；然后统一设定冻存盒的行列数，或者由用户选择某一个冻存盒进行行列数划分；最后，统一设定样本盒的行列数，或者由用户选择某一行样本盒进行行列数的划分。由于样本的种类不止一种，为了方便样本管理，还可以使用不同的颜色对不同种类的样本进行标识。颜色的设置也可以通过用户在新建容器的过程中自定义完成。此外，由于在实际中，样本存储容器的种类有很多，规格也各式各样，为了可以针对不同规格的容器进行灵活地管理，用户还可以对容器的规格进行自定义设置。

因此，用户新建容器时，需要录入的容器信息包括容器编号、容器说明、容器的样式等信息，冻存架信息包括冻存架的行数和列数、架的颜色、非空未满架的颜色、满架的颜色等信息，冻存盒信息包括冻存盒的行数和列数空盒的颜色、非空未满盒的颜色、满盒的颜色等信息，样本盒信息包括存放样本的类型以及样本盒的行数和列数等信息。

所述样本出库管理模块5用于生成样本出库信息以及修改样本出库后的样本状态。所述样本出库信息包括出库单号、申请人信息、申请人部门、申请用途、申请日期、样本所属的项目信息及申请理由，样本出库人员可以对上述信息进行增加、删除、修改和查询操作。

所述临床信息采集模块6用于周期性采集临床试验入组样本的临床样本信息，所述临床试验入组样本为已入库样本中的一种，所述临床样本信息包括临床样本基本信息以及与被采集临床样本对应的采集周期内的临床疾病信息和临床用药信息。需要说明的是，采集临床试验入组样本的所述临床样本信息的周期可以以患者治疗的周期划分，也可以以固定间隔时间划分，例如，一个采集周期为一周或一个月，但本发明的一个采集周期并不局限于此。

所述基因本体单元31、所述疾病ICD-10编码单元33及所述药物 ATC编码单元35还分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述临床样本信息的标准命名，也就是说，所述基因本体单元31通过访问所述样本表型数据库 11以获得所述临床样本基本信息的标准命名，所述疾病ICD-10编码单元33通过访问所述疾病分类数据库13以获得所述临床疾病信息的标准命名，所述药物ATC编码单元35通过访问所述药物分类数据库 15以获得所述临床用药信息的标准命名。

所述临床信息管理模块7用于将所述临床样本信息的标准命名和所述样本数据库中与所述临床试验入组样本相对应的所述样本扩展信息关联后储存至所述样本数据库中。

作为本发明的一个实施例，所述临床信息采集模块7还用于采集临床治疗信息，所述临床信息管理模块7还用于将所述临床治疗信息和所述样本数据库中所述临床样本信息的标准命名关联后储存至所述样本数据库中，所述临床治疗信息包括采集周期内的患者住院记录、检验主记录、检验结果、病案、医嘱及诊断记录。

作为本发明的一个实施例，所述生物样本库管理系统还包括样本质控管理模块9，所述样本质控管理模块9用于根据入库后样本的所述入库管理信息将样本质检信息与所述入库管理信息关联后录入至所述样本数据库17中，所述样本质检信息包括样本编号、检测类别、实验员信息、检测结果以及实验日期。

所述样本应用服务模块8用于访问所述样本数据库17中的所述样本基本信息、所述疾病信息、所述用药信息、所述临床样本基本信息、所述临床疾病信息及所述临床用药信息中的至少一种，以获得目标数据，所述目标数据包括所述入库管理信息以及与所述入库管理信息关联后的其他数据。在本实施例中，所述其他数据包括所述样本基本信息、所述疾病信息、所述用药信息、所述临床样本基本信息、所述临床疾病信息、所述临床用药信息、所述临床治疗信息、所述样本扩展信息、所述样本处理信息以及所述样本质检信息。

进一步地，所述样本应用服务模块8还用于导出所述目标数据。

本发明提供的生物样本库管理系统的有益效果在于：所述生物样本库管理系统包括数据库、样本信息采集模块、知识库模块、样本入库管理模块、样本出库管理模块以及样本应用服务模块，所述数据库包括样本表型数据库、疾病分类数据库、药物分类数据库以及样本数据库，所述样本信息采集模块用于采集样本信息及样本扩展信息，所述样本信息包括样本基本信息以及与被采集样本对应的疾病信息和用药信息，所述样本扩展信息包括受试者的地址、姓名、性别及年龄，所述知识库模块包括基因本体单元、疾病ICD-10编码单元及药物ATC 编码单元，所述基因本体单元、所述疾病ICD-10编码单元及所述药物ATC编码单元分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述样本信息的标准命名，所述样本入库管理模块，用于根据所述样本信息的标准命名生成入库管理信息，并将所述样本扩展信息、所述入库管理信息以及所述样本信息的标准命名关联后储存于所述样本数据库中，所述入库管理信息包括样本编号信息以及储存位置信息，所述样本出库管理模块用于生成样本出库信息以及修改样本出库后的样本状态，所述临床信息采集模块用于周期性采集临床试验入组样本的临床样本信息，所述临床试验入组样本为已入库样本中的一种，所述临床样本信息包括临床样本基本信息以及与被采集临床样本对应的采集周期内的临床疾病信息和临床用药信息，所述基因本体单元、所述疾病ICD-10编码单元及所述药物ATC编码单元还分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述临床样本信息的标准命名，所述临床信息管理模块用于将所述临床样本信息的标准命名和所述样本数据库中与所述临床试验入组样本相对应的所述样本扩展信息关联后储存至所述样本数据库中，所述样本应用服务模块用于访问所述样本数据库中的所述样本基本信息、所述疾病信息、所述用药信息、所述临床样本基本信息、所述临床疾病信息及所述临床用药信息中的至少一种，以获得目标数据，所述目标数据包括所述入库管理信息以及与所述入库管理信息关联后的其他数据。不仅能实现以药物分类或基因分类为中心的样本管理，而且在样本应用服务时能更好地满足临床药物基因组学临床试验的需求以及可结合疾病信息精准出库某一用药患者样本以提高科研效率；同时，通过增加所述临床信息采集模块和所述临床信息管理模块并通过所述知识库模块对临床试验信息进行标准化，不仅方便信息共享与传输利用，而且可以为临床试验的顺利推进及信息挖掘利用奠定了重要的基础，从而可以显著提升临床试验效率。

以上所述的仅是本发明的实施方式，在此应当指出，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明创造构思的前提下，还可以做出改进，但这些均属于本发明的保护范围。

Claims (10)

1.一种生物样本库管理系统，其特征在于，包括：

数据库，包括样本表型数据库、疾病分类数据库、药物分类数据库以及样本数据库；

样本信息采集模块，用于采集样本信息及样本扩展信息，所述样本信息包括样本基本信息以及与被采集样本对应的疾病信息和用药信息，所述样本扩展信息包括受试者的地址、姓名、性别及年龄；

知识库模块，包括基因本体单元、疾病ICD-10编码单元及药物ATC编码单元，所述基因本体单元、所述疾病ICD-10编码单元及所述药物ATC编码单元分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述样本信息的标准命名；

样本入库管理模块，用于根据所述样本信息的标准命名生成入库管理信息，并将所述样本扩展信息、所述入库管理信息以及所述样本信息的标准命名关联后储存于所述样本数据库中，所述入库管理信息包括样本编号信息以及储存位置信息；

样本出库管理模块，用于生成样本出库信息以及修改样本出库后的样本状态；

临床信息采集模块，用于周期性采集临床试验入组样本的临床样本信息，所述临床试验入组样本为已入库样本中的一种，所述临床样本信息包括临床样本基本信息以及与被采集临床样本对应的采集周期内的临床疾病信息和临床用药信息；

所述基因本体单元、所述疾病ICD-10编码单元及所述药物ATC编码单元还分别通过访问所述样本表型数据库、所述疾病分类数据库及所述药物分类数据库以获得所述临床样本信息的标准命名；

临床信息管理模块，用于将所述临床样本信息的标准命名和所述样本数据库中与所述临床试验入组样本相对应的所述样本扩展信息关联后储存至所述样本数据库中；

样本应用服务模块，用于访问所述样本数据库中的所述样本基本信息、所述疾病信息、所述用药信息、所述临床样本基本信息、所述临床疾病信息及所述临床用药信息中的至少一种，以获得目标数据，所述目标数据包括所述入库管理信息以及与所述入库管理信息关联后的其他数据。

2.根据权利要求1所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述生物样本库管理系统还包括样本质控管理模块，所述样本质控管理模块用于根据入库后样本的所述入库管理信息将样本质检信息与所述入库管理信息关联后录入至所述样本数据库中。

3.根据权利要求2所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述样本质检信息包括样本编号、检测类别、实验员信息、检测结果以及实验日期。

4.根据权利要求1或2或3所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述样本编号信息为数字、条码及二维码中的任意一种。

5.根据权利要求1所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述临床信息采集模块还用于采集临床治疗信息，所述临床信息管理模块还用于将所述临床治疗信息和所述样本数据库中所述临床样本信息的标准命名关联后储存至所述样本数据库中，所述临床治疗信息包括采集周期内的患者住院记录、检验主记录、检验结果、病案、医嘱及诊断记录。

6.根据权利要求1所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述样本信息采集模块还用于采集样本处理信息，所述样本入库管理模块还用于将所述样本处理信息与所述入库管理信息关联后储存至所述样本数据库中，所述样本处理信息包括取样方法、取样结果、样本处理时长、样本处理情况以及样本处理条件。

7.根据权利要求1所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述储存位置信息包括容器信息、冻存架信息、冻存盒信息以及样本盒信息。

8.根据权利要求1或7所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述储存位置信息以图形化的方式显示样本的储存位置。

9.根据权利要求1所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述样本出库信息包括出库单号、申请人信息、申请人部门、申请用途、申请日期、样本所属的项目信息及申请理由。

10.根据权利要求1所述的生物样本库管理系统，其特征在于，所述样本应用服务模块还用于导出所述目标数据。