CN107828805B - 水稻环氧类胡萝卜素双加氧酶OsNCED3基因编码序列及其应用 - Google Patents

水稻环氧类胡萝卜素双加氧酶OsNCED3基因编码序列及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明属于基因工程技术领域,具体为一种水稻环氧类胡萝卜素双加氧酶OsNCED3基因编码序列及其应用。本发明具体包括:OsNCED3基因的核苷酸编码序列的克隆,序列的同源比对,对水稻此基因内源的不同器官、组织的空间表达模式,干旱、高盐胁迫以及植物激素处理后的表达模式变化进行分析鉴定,以及基于水稻Zhonghua11获得Tilling突变体,进行分子鉴定和胁迫实验,检测其基因表达量变化及抗性改变等。该基因OsNCED3可用于植物品种改良,包括改善水稻抗衰老性能,提高水稻应对黑暗条件的能力,从而提高水稻产量。

Description

水稻环氧类胡萝卜素双加氧酶OsNCED3基因编码序列及其 应用
技术领域
本发明属于基因工程技术领域,具体涉及一种在水稻中表达的OsNCED3基因编码序列及其应用。具体包括:9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶OsNCED3基因的核苷酸编码序列的克隆,对水稻此基因内源的不同器官、组织的空间表达模式,干旱、高盐胁迫以及植物激素处理后的表达模式变化进行分析鉴定,以及在水稻Zhonghua11中获得Tilling突变体,进行分子鉴定和胁迫实验,检测其基因表达量变化及抗性改变等。
背景技术
高等植物中,植物激素ABA的含量由其合成和分解反应调控并达到平衡 (Nambaraand Marion-Poll, 2005)。调控ABA产量的关键酶包括参与清除叶黄素的9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶 (NCEDs) (Tan et al., 2003), 将玉米黄质通过花药黄质转变为紫黄质的玉米黄质环氧化酶(ZEP) (Oliver et al., 2007), 以及参与ABA合成最后一步的ABA醛氧化酶(AAO3) (Yang et al., 2014)。ABA 8’-羟化酶催化了将ABA氧化为红花菜豆酸(PA)的反应, 水稻中有三种基因编码该酶 (OsABA8ox1, 2 and 3) (Saika et al., 2007)。
ABA对于植物胁迫相应以及发育调控都有重要作用,包括种子休眠与成熟,器官脱落以及叶片衰老等 (Chandler and Robertson, 1994; Cutler et al., 2010;Beckerand Apel, 1993)。ABA 会诱导一些SAGs的表达, 如NYC1 (Kusaba et al., 2007), SGR(Park et al., 2007), PPH (Schelbert et al., 2009)以及PaO (Pruzinská et al.,2005), 从而促进植物衰老。 ABA处理后一些NAC转录因子有显著上调, 包括VNI2 (Yanget al., 2011), SNAC-As (Takasaki et al., 2015), ORE1 (Kim et al., 2011), 以及OsNAP(Liang et al., 2014),但其背后的分子机制尚不明确。AtNAP可以特异性地结合AAO3的启动子,从而促进叶绿素降解基因的转录(Yang et al., 2014)。尽管关于ABA的生物合成通路、下游信号机制以及对叶片衰老的诱导已经有许多研究,但上游的转录调控网络以及与叶片衰老联系的机制尚不明确。
NCED3是ABA合成通路中最重要的酶之一,目前已在拟南芥、水稻、玉米等多种植物中发现NCED基因家族成员。在双子叶植物拟南芥中异位表达单子叶植物水稻的基因OsNCED3,对拟南芥的生长有影响。结果表明OsNCED3在拟南芥中具有生物学功能,异位表达OsNCED3可以互补拟南芥129B08/nced3突变体的表型。另外,在野生型拟南芥中过量表达OsNCED3可以提高ABA 含量,降低相对失水量,延迟种子萌发,同时抗旱性比野生型提高。研究还发现野生型和129B08/nced3突变体的种子ABA含量和种子萌发很类似,说明NCED基因家族成员间具有功能冗余性,或者它们之间具有不同的空间表达特性。在野生型拟南芥中过量表达水稻OsNCED3基因引起叶片和叶脉变小且叶片圆化。这些结果表明水稻OsNCED3基因除了参与ABA的生物合成之外,在拟南芥可能还具有塑造叶片形态和影响维管束发育的额外功能(Zhu et al. 2009)。
发明内容
本发明的目的在于提出一种新的水稻基因,还提供该水稻基因的蛋白编码序列,并提供该水稻基因的应用。
本发明提供的水稻中表达的9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶编码基因OsNCED3的序列及其应用,具体包括:OsNCED3基因的核苷酸编码序列的克隆,序列的同源比对,对水稻此基因内源的不同器官、组织的空间表达模式,干旱、高盐胁迫以及植物激素处理后的表达模式变化进行分析鉴定,以及基于水稻Zhonghua11获得Tilling突变体,进行分子鉴定和胁迫实验,检测其基因表达量变化及抗性改变等。
本发明通过克隆水稻中编码环氧类胡萝卜素双加氧酶的基因OsNCED3,对其时空表达模式及胁迫响应方式进行确定,结果显示基因在各个器官中组成型表达。在接受ABA激素处理后,OsNCED3的表达量短时间内下降,后又上升,在12h达到最高,24h又显著降低;盐胁迫处理4h后,表达量降至最低,至12h又升高;干旱处理4h后,OsNCED3的表达量显著上升,此后有降低。在水稻Zhonghua11的OsNCED3突变体中,观察到突变体株系株高变高,以及对黑暗处理的敏感程度降低,衰老减缓,这为水稻在光照不足的环境下生存并最终为产量提高提供基因来源与技术支持。
本发明首先从水稻中克隆出一种编码环氧类胡萝卜素双加氧酶的基因,命名为OsNCED3。为具有特定序列的DNA分子,其中开放阅读框为1827bp,其核苷酸序列为SEQ IDNO.1所示。
本发明还提供这种水稻OsNCED3蛋白编码序列,该序列编码608个氨基酸残基,分子量65.66kDa,等电点为6.11,氨基酸序列为SEQ ID NO.2所示。
本发明还提供用于调取获得水稻样品中基因OsNCED3的一对核苷酸引物。该引物根据基因OsNCED3设计,使用此对引物对水稻样品cDNA进行PCR扩增可获得长1827bp的基因片段。具体的引物序列为:
Forward Primer:5' ATGGCGACGATCACGACGCCAGGAT 3' (SEQ ID NO.3)
Reverse Primer:5' TCAGGCCTGGGTGGTGAGCTCGT 3' (SEQ ID NO.4)。
本发明还提供检测水稻基因OsNCED3在不同器官表达模式的方法,即利用所述基因OsNCED3的核苷酸序列作为设计探针引物的保守区段,调取其序列的引物序列:
Forward Primer:5 CCCCTCCCAAACCATCCAAACCGA '3' (SEQ ID NO.5)
Reverse Primer:5' TGTGAGCATATCCTGGCGTCGTGA 3' (SEQ ID NO.6)。
对水稻cDNA样品进行Real-timePCR, 然后检测该基因在茎、叶、根中的表达;样品为水稻的RNA 经过逆转录后所得cDNA;其步骤如下:
(1)提取水稻器官的总RNA(Trizol,市售);
(2)利用反转录试剂盒(市售)将总RNA反转录成cDNA ,根据SEQ ID NO.5和SEQ IDNO.6设计引物,根据SEQ ID NO.1,跨越ORF区和3`UTR的182 bp作为PCR产物,进行实时定量PCR检测。
本发明还提供检测水稻基因OsNCED3在高盐、干旱胁迫以及激素处理下的表达模式变化的方法,即将水稻进行高盐、干旱胁迫以及激素处理后,提取水稻叶片中的RNA;利用反转录试剂盒将RNA反转录成cDNA,利用引物SEQ ID NO.5与SEQ ID NO.6,进行定量PCR检测。其步骤如下:
(1)将两周大的水稻苗置于150μM氯化钠溶液中,28℃培养高盐胁迫处理0、2、4、8、12以及24h;Dry air以进行干旱处理0、2、4、8、12以及24h;置于20µM ABA中,28℃分别培养0、2、4、8、12以及24h以进行激素处理;
(2)提取前述个处理的水稻苗的叶和根中的总RNA(Trizol,市售);
(3)利用反转录试剂盒(市售)将总RNA反转录成cDNA ,根据SEQ ID NO.5和SEQ IDNO.6设计引物,根据SEQ ID NO.1,跨越ORF区和3`UTR的182 bp作为PCR产物,进行实时定量PCR检测。
本发明还提供检测OsNCED3突变体的水稻与野生型水稻(Zhonghua11)对黑暗胁迫敏感程度、衰老速度以及产量差异的方法,其步骤如下:
(1)突变体株系与野生型的种子浸泡在水中24h,让种子充分吸涨。随后将种子玻璃培养皿内,放在水稻恒温培养箱内37℃催芽至露白,每天换水防止长霉。选取萌发一致的种子,将其转移至种子架上,置于基础营养液中,28℃培养箱培养;
(2)分别提取突变体以及野生型对照组中的总DNA,利用利用引物进行实时荧光定量PCR检测,确定突变位置以及筛选纯合株系。对应的引物序列为:
Forward Primer:5' CTCTCTCTCTCGGCAGAAACACAC 3' (SEQ ID NO.7)
Reverse Primer:5' GTACCACCACGTAGTTCTCGGTGA 3' (SEQ ID NO.8);
(3)剪取28℃培养两周大的突变体幼苗与野生型幼苗对照组叶片于培养皿中,分别放至正常光照以及黑暗中处理;
(4)上述实验进行5d后,观察处理组与对照组的表型差异,进行DAB、NBT染色,测量转基因幼苗与野生型幼苗在两种培养条件下的电导率(电导率仪:上海精科,雷磁DDS-307)以及叶绿素含量。
本发明还提供OsNCED3 tilling突变体水稻与野生型水稻在成熟期株高及产量改变的方法,其步骤如下:
(1)突变体株系与野生型的种子浸泡在水中24h,让种子充分吸涨。随后将种子玻璃培养皿内,放在水稻恒温培养箱内37℃催芽至露白,每天换水防止长霉;
(2)将催芽后的种子均匀地散在苗床上,表面不能积水,种子播撒后,用手抹平,让种子陷入泥中,不应太深;
(3)育苗3-4周后,苗呈三叶,根系发达方可移苗。过早会造成根部损伤,后期发育不良。移苗后1-2周可按每颗苗0.5g尿素少量施肥。浇水一般提前将水放在温室内1天温热后再浇;
(4)成熟期测量突变体与野生型水稻的株高,并统计千粒重与结实率。
可见,本发明提供的水稻基因OsNCED3可用于植物品种改良,如用于改善水稻抗衰老性能,提高水稻应对黑暗条件的能力,从而提高水稻产量。
附图说明
图1 为OsNCED3在水稻不同器官中的表达谱;其中,A为水稻根、茎、二叶、三叶、四叶、五叶、六叶的结构图;B为水稻二叶、三叶、四叶、五叶、六叶的代表图;C为各个器官中OsNCED3的表达量。
图2为野生型水稻经过高盐、干旱以及激素处理后,OsNCED3基因的表达量随时间的变化情况。其中,A是用150mM NaCl处理0-24h后水稻的OsNCED3基因表达量变化;B是在干燥空气中处理0-24h后水稻的OsNCED3基因表达量变化;C是用20µM ABA处理0-24h后水稻的OsNCED3基因表达量变化。
图3 为OsNCED3 tilling突变体水稻的分子鉴定。其中,N-0 为 WT,N-29是nced3-1, N-30是nced3-2
图4为突变体nced3-1nced3-2株系与野生型水稻在黑暗条件下衰老情况的表型对比图。
图5为突变体nced3-1nced3-2株系与野生型水稻在黑暗条件下衰老情况的比较。其中,A是DAB、NBT染色情况;B是黑暗处理5d后电导率变化;C是黑暗处理5d后叶绿素含量的对比图。
图6为突变体nced3和野生型Zhonghua11的株高、千粒重与结实率对比。其中,A为株高对比照相;B为千粒重统计;C为结实率对比。
具体实施方式
下面结合具体实施实例进一步阐释本发明。应理解,这些实例仅以用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实例中未注明具体的实验方法,均可按照常规方法进行。如Sambrook等分子克隆:实验手册(New York: Cold Spring Harbor LaboratoryPress, 1989)中所述条件,或按照制造生产厂商的使用说明。
实施例1,水稻基因OsNCED3的克隆
1. 水稻品种Zhonghua11在培养箱(SPX-250-GB,Shanghai,China) 中培养:生长条件为光周期16h /8h (L/D),28℃;
2. RNA提取。取100毫克左右新鲜的水稻植物组织材料,液氮充分研磨。加1 mlTrizol试剂,涡旋15 s后室温放置5 min。加0.2 ml氯仿,去蛋白,12000rpm离心10min后上清转移至新的离心管,加等体积异丙醇,充分混匀,室温放置10 min,12k rpm离心10min,弃上清,用DEPC处理过的水配制的75%乙醇1 ml洗涤沉淀,重复一次。室温干燥5-10 min,溶于20 µl DEPC水中,测OD值,电泳检测;
3. 基因的克隆。通过对应的拟南芥的AtNCED3基因进行生信分析与基因文库中比对与搜索,目标基因与拟南芥的基因AtNCED3同源性为80%以上。以逆转录的水稻cDNA第一链为模板,利用正向引物和反向引物进行PCR,获得基因全长,具体序列信息参见SEQ IDNO.1。
实施例 2,水稻OsNCED3基因器官表达模式分析
分别提取水稻茎、根、二叶、三叶、四叶、五叶、六叶(图1,A、B)中的总RNA,利用反转录试剂盒将总RNA反转录成cDNA,利用引物SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6,进行实时荧光定量PCR检测(图1,C)。结果显示,该基因为组成型表达,在二叶中表达量最高,根中表达量最少;茎、五叶、六叶中表达量没有明显差异。
实施例3,水稻基因OsNCED3在干旱、高盐胁迫以及植物激素处理下的表达模式分析
对两周大的水稻幼苗分别进行150mM NaCl、干旱以及20µM ABA处理24h,分别提取处理0、2、4、8、12、24h后的叶中的总RNA,利用反转录试剂盒将总RNA反转录成cDNA,利用引物SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6,进行实时荧光定量PCR检测。结果显示,NaCl处理12h后表达量显著升高(图2,A),干旱下4h表达量显著升高(图2,B),20μM ABA处理24h后表达量显著降低(图2,C)。
实施例4,OsNCED3 tilling突变体的分子鉴定
分别提取突变体以及野生型对照组中的总DNA,利用引物SEQ ID NO.7和SEQ IDNO.8,进行实时荧光定量PCR检测(图3)。结果显示,突变体nced3-1,nced3-2的601位的碱基G突变为A,密码子由GGG变为GAG,氨基酸由甘氨酸突变为谷氨酸,并且,791位碱基C发生缺失;突变体3-1的832位碱基G发生缺失。
实施例5 nced3突变体抗衰老能力检测
分别剪取nced3-1,nced3-2以及野生型对照组两周龄水稻苗的叶片,置于培养皿中,设置对照组和黑暗处理组,处理5d后拍照对比叶片衰老表型(图5)。分别选取典型表型的叶片,进行DAB、NBT染色,对比染色程度(图5,A)。选取典型表型的叶片,进行电导率(图5,B)和叶绿素含量的测定(图5,C)。结果表明,黑暗处理后,突变体衰老程度低于野生型,叶片黄化、过氧化氢积累、过氧化物酶积累都要少于野生型,电导率比野生型更低,叶绿素含量更高,都说明突变体具有更好的抗衰老能力。
实施例6 nced3突变体水稻株高和产量的改变
土培突变体株系nced3与野生型Zhonghua11对照组进行照相(图6,A)、千粒重统计(图6,B)以及结实率统计(图6,C)。结果显示,突变体水稻nced3与野生型Zhonghua11相比,其千粒重、结实率都更高。
参考文献
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序列表
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<160> 8
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 2671
<212> DNA
<213> Oryza sativa
<400> 1
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atcggctcgt gcatgacccc cgccgactcc atcttcaacg agtccgacga ccgcctcgag 1620
agcgtcctca ccgagatccg cctcaacacc cgcaccggcg agtcgacgcg gcgcgccatc 1680
ctgccgccgt cgagccaggt caacctcgag gtgggcatgg tcaaccgcaa cctcctcggc 1740
cgcaagacgc ggtacgccta cctcgccgtg gccgagccgt ggcccaaggt gtcgggcttc 1800
gccaaggtgg acctcgccac gggtgagctc accaagttcg agtacggcga gggccggttc 1860
ggcggcgagc cctgcttcgt ccccatggac gccgccgccg ccacgccccg cggcgaggac 1920
gacggctaca tcctgtcctt cgtccacgac gagcgcgccg ggacctccga gctcctcgtc 1980
gtcaatgccg ccgacatgcg ccttgaggcc accgtgcagc tgccgtcccg cgtgccgtac 2040
ggcttccacg gcacgttcat caccggcgac gagctcacca cccaggcctg atccatcgat 2100
cgaacacctc cacgtttctt ggggggggga ggaagtgacc agagggagcc tgaccgatag 2160
gtccccggat tccacccccc ccccccccct tcccttccag atacagttac agttacagtt 2220
acagttagta tagtagttag cctcggtctt ccaattttta gctcactcgc gtcagctgag 2280
tccacactag tccaatagag agagagatta ttagtccaag atagagagag agagggccca 2340
gctcgtagct tttgtgttgg gtgctcgctt tgcttccagt gagcaaccaa gaggtccaga 2400
gctcagccgg tgcctatcta ccagattact agtagtatat atgttttttt tttcatcttt 2460
ttcttccctt tttgtttgga ttagacaggg atatgccccc tgccccgggt tgtcgtcgtc 2520
accactgtgc agagtttggg attcttgctc cccacccagt tgctgctcct gctgctgagg 2580
tgttgttttg gcttatgcca ccctcccgag tgtgtacatt tgttcatagc ttgtataata 2640
aaatctgcct ctcccattgg tttccatgtc a 2671
<210> 2
<211> 608
<212> PRT
<213> Oryza sativa
<400> 2
Met Ala Thr Ile Thr Thr Pro Gly Tyr Ala His Ile Gln Arg Gln His
1 5 10 15
Gly Arg Cys Ser Thr Thr Ala Gly Arg Arg Gly Ala Ser Asn Ser Val
20 25 30
Arg Phe Ser Ala Arg Ala Val Ser Ser Val Pro His Ala Ala Ala Ala
35 40 45
Ser Ser Ala Pro Ala Phe Leu Pro Val Pro Phe Val Pro Gly Ala Asp
50 55 60
Ala Pro Ser Pro Ser Gly Lys Ser Ala Ile Gly Val Pro Lys Ala Pro
65 70 75 80
Arg Lys Gly Glu Glu Gly Lys Arg Leu Asn Phe Phe Gln Arg Ala Ala
85 90 95
Ala Met Ala Leu Asp Ala Phe Glu Glu Gly Phe Val Ala Asn Val Leu
100 105 110
Glu Arg Pro His Gly Leu Pro Ser Thr Ala Asp Pro Ala Val Gln Ile
115 120 125
Ala Gly Asn Phe Ala Pro Val Gly Glu Thr Pro Pro Ala Arg Ala Leu
130 135 140
Pro Val Ser Gly Arg Ile Pro Pro Phe Ile Asn Gly Val Tyr Ala Arg
145 150 155 160
Asn Gly Ala Asn Pro His Phe Asp Pro Val Ala Gly His His Leu Phe
165 170 175
Asp Gly Asp Gly Met Val His Ala Val Arg Ile Arg Asn Gly Ala Ala
180 185 190
Glu Ser Tyr Ala Cys Arg Phe Thr Glu Thr Ala Arg Leu Arg Gln Glu
195 200 205
Arg Ala Met Gly Arg Pro Met Phe Pro Lys Ala Ile Gly Glu Leu His
210 215 220
Gly His Ser Gly Ile Ala Arg Leu Ala Leu Phe Tyr Ala Arg Ala Ala
225 230 235 240
Cys Gly Leu Leu Asp Pro Ser His Gly Thr Gly Val Ala Asn Ala Gly
245 250 255
Leu Ile Tyr Phe Asn Gly Arg Leu Leu Ala Met Ser Glu Asp Asp Leu
260 265 270
Pro Tyr Gln Val Arg Val Thr Ala Asp Gly Asp Leu Glu Thr Val Gly
275 280 285
Arg Tyr Asp Phe Asp Gly Gln Leu Gly Cys Ala Met Ile Ala His Pro
290 295 300
Lys Leu Asp Pro Ala Thr Gly Glu Leu His Ala Leu Ser Tyr Asp Val
305 310 315 320
Ile Lys Lys Pro Tyr Leu Lys Tyr Phe Tyr Phe Ala Pro Asp Gly Thr
325 330 335
Lys Ser Ala Asp Val Glu Ile Pro Leu Asp Gln Pro Thr Met Ile His
340 345 350
Asp Phe Ala Ile Thr Glu Asn Tyr Val Val Val Pro Asp His Gln Val
355 360 365
Val Phe Lys Leu Gln Glu Met Leu Arg Gly Gly Ser Pro Val Val Leu
370 375 380
Asp Lys Glu Lys Thr Ser Arg Phe Gly Val Leu Pro Lys His Ala Ala
385 390 395 400
Asp Ala Ser Glu Met Val Trp Val Asp Val Pro Asp Cys Phe Cys Phe
405 410 415
His Leu Trp Asn Ala Trp Glu Glu Ala Asp Thr Asp Glu Val Val Val
420 425 430
Ile Gly Ser Cys Met Thr Pro Ala Asp Ser Ile Phe Asn Glu Ser Asp
435 440 445
Asp Arg Leu Glu Ser Val Leu Thr Glu Ile Arg Leu Asn Thr Arg Thr
450 455 460
Gly Glu Ser Thr Arg Arg Ala Ile Leu Pro Pro Ser Ser Gln Val Asn
465 470 475 480
Leu Glu Val Gly Met Val Asn Arg Asn Leu Leu Gly Arg Lys Thr Arg
485 490 495
Tyr Ala Tyr Leu Ala Val Ala Glu Pro Trp Pro Lys Val Ser Gly Phe
500 505 510
Ala Lys Val Asp Leu Ala Thr Gly Glu Leu Thr Lys Phe Glu Tyr Gly
515 520 525
Glu Gly Arg Phe Gly Gly Glu Pro Cys Phe Val Pro Met Asp Ala Ala
530 535 540
Ala Ala Thr Pro Arg Gly Glu Asp Asp Gly Tyr Ile Leu Ser Phe Val
545 550 555 560
His Asp Glu Arg Ala Gly Thr Ser Glu Leu Leu Val Val Asn Ala Ala
565 570 575
Asp Met Arg Leu Glu Ala Thr Val Gln Leu Pro Ser Arg Val Pro Tyr
580 585 590
Gly Phe His Gly Thr Phe Ile Thr Gly Asp Glu Leu Thr Thr Gln Ala
595 600 605
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> Oryza sativa
<400> 3
atggcgacga tcacgacgcc aggat 25
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> Oryza sativa
<400> 4
tcaggcctgg gtggtgagct cgt 23
<210> 5
<211> 24
<212> DNA
<213> Oryza sativa
<400> 5
cccctcccaa accatccaaa ccga 24
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<211> 24
<212> DNA
<213> Oryza sativa
<400> 6
tgtgagcata tcctggcgtc gtga 24
<210> 7
<211> 24
<212> DNA
<213> Oryza sativa
<400> 7
ctctctctct cggcagaaac acac 24
<210> 8
<211> 24
<212> DNA
<213> Oryza sativa
<400> 8
gtaccaccac gtagttctcg gtga 24

Claims (1)

1. 一种水稻基因OsNCED3在植物品种改良中的应用,所述植物品种改良为改善水稻抗衰老性能,提高水稻应对黑暗条件的能力,从而提高水稻产量;所述水稻基因OsNCED3全长2671bp,其中开放阅读框为1827bp,其核苷酸序列为SEQ ID NO.1。
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一个抗病性增强的水稻类病变突变体的蛋白质组学研究;韩雪颖等;《中国水稻科学》;20140630;第28卷(第6期);全文 *

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