CN107365841A - 用于检测mpl基因w515突变的pcr扩增引物、试剂盒及检测方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物、试剂盒及检测方法。该用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示。本发明的用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物特异性强,可对待测基因组DNA的MPL基因外显子10区域进行特异性PCR扩增,之后通过对PCR扩增的产物进行检测分析,如进行测序检测分析等,可以检测该区域有无突变,得到的结果结合其他检测结果或表征可以用于辅助分析ET和PMF情况。
Description
技术领域
本发明涉及分子生物学领域,尤其是涉及一种用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物、试剂盒及检测方法。
背景技术
骨髓增殖性疾病(Myeloproliferative neoplasms,MPNs)是一系或多系分化相对成熟的骨髓细胞不断的克隆性增殖所致的一组肿瘤性疾病的统称。BCR-ABL1阴性的MPNs中以真性红细胞增多症(Polycythemia Vera,PV)、原发性血小板增多症(EssentialThrombocythemia,ET)、骨髓纤维化(Myelofibrosis,MF)最常见。
MPNs最常见的基因改变是JAK2V617F突变,见于95%真性红细胞增多症,50%~60%原发性血小板增多症或原发性骨髓纤维化(PMF)。JAK2第12和13外显子上基因突变及血小板生成素受体(MPL W515)基因突变见于另外5%~10%的患者。2013年,英国剑桥医学研究所的Nangalia等研究人员以及奥地利科学院Klampfl Thorsten等研究人员在对MPNs的研究过程中发现,在无JAK2或MPL突变的MPN患者中,大多数(70~84%)存在CALR的体细胞突变。因CALR和JAK2、MPL突变不能同时存在,因此,约97%的患者会存在CALR和JAK2、MPL基因突变中的一种。
MPL基因突变主要发生在外显子10第515位密码子上(W515L、W515K、W515R和W515A)。MPL基因W515突变发生于ET患者(约1%)和MF患者(约5~7%)中。数据表明,约8.5%的V617F突变阴性的ET和约15%的V617F突变阴性的PMF患者可检测到MPL基因突变。在PV患者中未发现MPL基因突变。
发明内容
基于此,有必要提供一种用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物、试剂盒及检测方法。
本发明解决上述技术问题的技术方案如下。
一种用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物,其上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示。
所述PCR扩增引物的详细信息见下表。
一种用于检测MPL基因W515突变的试剂盒,含有上述MPL基因W515突变检测用的PCR扩增引物。
在其中一个实施例中,所述PCR扩增引物在扩增体系中的使用浓度是10μM。
优选的,在其中一个实施例中,所述PCR扩增引物制成扩增引物试剂的形式,该扩增引物试剂中含有上、下游引物,浓度均为100μM(即100pmol/μl)。扩增引物试剂可存放于-20℃环境中,在使用时配制成引物浓度为10μM的溶液,于4℃保存即可。
在其中一个实施例中,所述用于检测MPL基因W515突变的试剂盒还包括PCR扩增试剂。
PCR扩增试剂含有热启动聚合酶、dNTPs、MgCl2等,可选用如NEB公司的Q5TM热启动超保真Master Mix(货号:M0494L)等。
在其中一个实施例中,所述用于检测MPL基因W515突变的试剂盒还包括电泳鉴定试剂。
电泳鉴定试剂包括琼脂糖、Marker、TAE缓冲液、丫啶橙等荧光色素等。50×TAE的配方如下:242g Tris、57.1ml冰乙酸、100ml 0.5mol/LEDTA(pH8.0),加ddH2O定容至1L。
在其中一个实施例中,所述用于检测MPL基因W515突变的试剂盒还包括含有MPL基因外显子10突变确定的阳性样本DNA的阳性对照试剂。
使用MPL基因外显子10突变确定的阳性样本DNA为模板,该阳性样本DNA应尽量覆盖所有已知突变位点,在不同突变位点间进行轮流质控,电泳检测时,如果条带清晰,即可判断为符合预期,也可以说明PCR扩增效率比较高。
在其中一个实施例中,所述用于检测MPL基因W515突变的试剂盒还包括测序引物,所述测序引物的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示。
测序引物的详细信息见下表。
引物名称 | 引物序列(5’→3’) | SEQ ID NO: |
M13F | TGTAAAACGACGGCCAGT | 3 |
M13R | CAGGAAACAGCTATGACC | 4 |
在其中一个实施例中,所述测序引物在扩增体系中的使用浓度是10μM。
优选的,在其中一个实施例中,测序引物制成测序引物试剂的形式,测序引物试剂可存放于-20℃环境中,在使用时配制成引物浓度为10μM的溶液,于4℃保存即可。
一种MPL基因W515突变的检测方法,包括如下步骤:
获取待测基因组DNA;
以所述待测基因组DNA为模板,以上述PCR扩增引物进行PCR扩增;
对PCR扩增的产物进行测序检测分析。
在其中一个实施例中,所述测序检测分析时使用Sanger测序法进行测序分析。
在其中一个实施例中,所述MPL基因W515突变的检测方法还包括在对PCR扩增的产物进行测序检测分析之前对PCR扩增的产物进行琼脂糖凝胶电泳检测分析的步骤。
在其中一个实施例中,所述待测基因组DNA为从外周血或骨髓样本中提取的基因组DNA。
在其中一个实施例中,PCR扩增引物的浓度控制在10μM。进一步,PCR扩增的反应体系可参见但不限于下表。
反应体系配制表
在其中一个实施例中,DNA模板的添加量是12.5~200ng/管,如可以向分装好的PCR反应管中加入2μl浓度为6.25~100ng/μl的样本DNA模板。
在其中一个实施例中,PCR反应的程序可控制但不限于如下:98℃、3min—98℃、10s,63℃、30s,72℃、1min,共30个循环—72℃,5min。PCR扩增的产物可于25℃保存。
上述用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物特异性强,可对待测基因组DNA的MPL基因外显子10区域进行特异性PCR扩增,之后通过对PCR扩增的产物进行检测分析,如进行测序检测分析等,可以检测该区域有无突变,得到的结果结合其他检测结果或表征可以用于辅助分析ET和PMF情况。
附图说明
图1为使用表1所示扩增引物的PCR扩增产物电泳结果示意图;
图2为使用表7所示扩增引物的PCR扩增产物电泳结果示意图;
图3和图4为使用表1所示扩增引物以及表2所述测序引物的Sanger测序结果。
具体实施方式
为了便于理解本发明,下面将参照相关附图对本发明进行更全面的描述。附图中给出了本发明的较佳实施例。但是,本发明可以以许多不同的形式来实现,并不限于本文所描述的实施例。相反地,提供这些实施例的目的是使对本发明的公开内容的理解更加透彻全面。
除非另有定义,本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的,不是旨在于限制本发明。本文所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。
一、样本
样本的类型:
EDTA抗凝骨髓样本1~3ml,最小标本量1ml;或者
EDTA抗凝外周血样本5~10ml,最小标本量2.5ml。
样本可于2~8℃下保存。
二、试剂
1.扩增引物试剂
储存浓度:100pmol/μl,于-20℃保存。
使用浓度:10pmol/μl,于4℃保存。
PCR扩增引物的序列等详细信息如下表1所示。
表1
2.测序引物试剂
储存浓度:100pmol/μl,于-20℃保存。
使用浓度:10pmol/μl,于4℃保存。
测序引物序列如下表2所示。
表2
引物名称 | 引物序列(5’→3’) | SEQ ID NO: |
M13F | TGTAAAACGACGGCCAGT | 3 |
M13R | CAGGAAACAGCTATGACC | 4 |
3.PCR扩增试剂
商品名:Q5TM热启动超保真2×Master Mix(货号:M0494L),生产商:NEB;
保存条件:-20℃。
4.电泳试剂
琼脂糖:REGULAR AGAROSE G-10(货号:111935),生产商:Biowest;保存条件:室温。
Marker:商品名:Mark II/I,生产商:TIANGEN,保存条件:4℃。
50×TAE:242g Tris、57.1ml冰乙酸、100ml 0.5mol/LEDTA(pH8.0),加ddH2O定容至1L,保存条件:室温。
丫啶橙:储存条件:室温,保质期:一年。
5.PCR质控试剂。
1)空白对照(No Template Control,NTC):为无模板对照,与样本DNA平行操作;
阳性对照(POS):可采用任一确定的MPL基因外显子10突变阳性样本DNA作为模板,质控样本应尽量覆盖所有已知突变位点,在不同突变位点间进行轮流质控;
2).质控结果判断,见下表3。
表3
3).常见失控的情形及处理,见下表4。
表4
三、仪器
见下表5。
表5
仪器 | 厂家 |
生物安全柜 | BioBase |
离心机5417R | Eppendorf |
200/100/20/10μl微量移液器 | Eppendorf |
200μl带滤芯tips | AxyGen |
10μl带滤芯tips | AxyGen |
PE 9700热循环仪 | Applied Biosystems |
Power300电泳仪 | BIO-RAD |
四、操作步骤
1.DNA提取或稀释
使用常规的DNA提取试剂盒从外周血或骨髓样本中提取基因组DNA,计算其浓度并最终稀释至6.25ng/μl~100ng/μl。
2.试剂准备
取出2×Master Mixers、ddH2O和引物工作液,室温融化后,低速离心10S。准备好合适数量的PCR反应管。
反应体系配制,见下表6。
表6反应体系配制表
终浓度 | 每管体积(μl) | |
ddH2O | NA | 7.75 |
2×Q5TM Master Mix | 1× | 12.5 |
DMSO | 10% | 0.75 |
上游引物 | 10pmol/μl | 1.0 |
下游引物 | 10pmol/μl | 1.0 |
总 | NA | 23.0 |
震荡混匀,短暂离心后,分装23.0μl至标记好的PCR反应管。
3.加样
若样品及质控品保存在-20℃,使用前置室温解冻,并短暂离心。
向分装好的PCR反应管中加入2μl浓度为6.25ng/μL~100ng/μL样本DNA模板。
盖好管盖后,震荡混匀,短暂离心,进行PCR扩增。
每一批次PCR扩增均需加入1个阳性对照以及1个NTC对照。
4.PCR扩增
将PCR管放于PCR仪上。PCR反应的程序控制如下:98℃、3min—98℃、10s,63℃、30s,72℃、1min,共30个循环—72℃,5min。PCR扩增的产物可于25℃保存。
5.凝胶电泳
5.1琼脂糖凝胶的配制:称取足量的琼脂糖,放入200ml的锥形瓶,加入一定量的1×TAE缓冲液,在微波炉(SMC,J180)中以中高火加热3min或煮沸后至溶液清亮,室温冷却至约65℃,倒入另一专用的100ml锥形瓶,加入3~5μl吖啶橙,倒胶,然后插入齿梳,室温冷却10-15min后即可使用。
5.2点样和电泳
吸取2μl扩增产物,混合1μl 6×Loading buffer。
盖上电泳槽盖,以150V电泳15min,进行凝胶成像分析。
6.测序及分析
使用Sanger测序法对PCR扩增的产物进行测序分析。
分析采用Sequencer软件进行初步分析。软件分析完毕后,审查样品测序图谱,最后确定突变类型和突变位点。
五、实验结果及验证
1.凝胶电泳检测结果及分析
琼脂糖凝胶电泳检测结果见附图1,由附图1可以看出,使用表1所示的PCR扩增引物,可以得到稳定、清晰的扩增条带,说明扩增正常。
此外,还使用了下表7所示的PCR扩增引物进行扩增,结果如图2所示,使用表7的PCR扩增引物,没有检测到目标条带,说明扩增失败。进一步,还使用了下表8所示的PCR扩增引物进行扩增,结果跟图2基本一致,扩增失败。
由上述扩增结果可以看出,使用表1所示PCR扩增引物,特异性强。
表7
引物 | 引物序列(5’→3’) | SEQ ID NO: |
MPL_X10_For1 | GACCTTGCGGGCCGAC | 5 |
MPL_X10_Rev1 | ATCTGGGGTCACAGAGCGA | 6 |
表8
引物 | 引物序列(5’→3’) | SEQ ID NO: |
MPL_X10_For2 | TGACCTTGCGGGCCGA | 7 |
MPL_X10_Rev2 | GATCTGGGGTCACAGAGCG | 8 |
2.测序结果
图3和图4为Sanger测序结果图,从图中可以看出,通过本实施例的PCR扩增引物配合测序引物对PCR扩增的产物进行Sanger测序,可以检测多种突变,如替换突变、缺失突变、插入突变等,并且与其他突变检测验证结果相符,说明使用本实施例表1的PCR扩增引物可以准确地检测MPL基因W515的突变。
以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合,为使描述简洁,未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述,然而,只要这些技术特征的组合不存在矛盾,都应当认为是本说明书记载的范围。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式,其描述较为具体和详细,但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明构思的前提下,还可以做出若干变形和改进,这些都属于本发明的保护范围。因此,本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
SEQUENCE LISTING
<110> 广州金域医学检验中心有限公司
<120> 用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物、试剂盒及检测方法
<160> 8
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
tgaccttgcg ggccgac 17
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
gatctggggt cacagagcga 20
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
tgtaaaacga cggccagt 18
<210> 4
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
caggaaacag ctatgacc 18
<210> 5
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
gaccttgcgg gccgac 16
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
atctggggtc acagagcga 19
<210> 7
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
tgaccttgcg ggccga 16
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
gatctggggt cacagagcg 19
Claims (10)
1.一种用于检测MPL基因W515突变的PCR扩增引物,其特征在于,其上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示。
2.一种用于检测MPL基因W515突变的试剂盒,其特征在于,含有如权利要求1所述的MPL基因W515突变检测用的PCR扩增引物。
3.如权利要求2所述的用于检测MPL基因W515突变的试剂盒,其特征在于,所述PCR扩增引物在扩增体系中的使用浓度是10μM。
4.如权利要求2所述的用于检测MPL基因W515突变的试剂盒,其特征在于,还包括PCR扩增试剂,所述PCR扩增试剂含有热启动聚合酶、dNTPs和Mg2+。
5.如权利要求2所述的用于检测MPL基因W515突变的试剂盒,其特征在于,还包括电泳鉴定试剂,所述电泳鉴定试剂包括琼脂糖、Marker、TAE缓冲液及荧光色素。
6.如权利要求2所述的用于检测MPL基因W515突变的试剂盒,其特征在于,还包括含有MPL基因外显子10突变确定的阳性样本DNA的阳性对照试剂。
7.如权利要求2~6中任一项所述的用于检测MPL基因W515突变的试剂盒,其特征在于,还包括测序引物,所述测序引物的上游引物和下游引物的序列分别如SEQ ID NO:3和SEQID NO:4所示。
8.如权利要求7所述的用于检测MPL基因W515突变的试剂盒,其特征在于,所述测序引物在扩增体系中的使用浓度是10μM。
9.一种MPL基因W515突变的检测方法,其特征在于,包括如下步骤:
获取待测基因组DNA;
以所述待测基因组DNA为模板,以权利要求1所述的PCR扩增引物进行PCR扩增;
对PCR扩增的产物进行测序检测分析。
10.如权利要求9所述的MPL基因W515突变的检测方法,其特征在于,还包括在对PCR扩增的产物进行测序检测分析之前对PCR扩增的产物进行琼脂糖凝胶电泳检测分析的步骤。
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Legal Events
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---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20171121 |
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