CN107118264A - 一种水稻孕穗期耐冷性相关蛋白CTB4a及编码基因与应用 - Google Patents
一种水稻孕穗期耐冷性相关蛋白CTB4a及编码基因与应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种水稻孕穗期耐冷性相关蛋白CTB4a及编码基因与应用。本发明提供了一种蛋白,是如下1)或2):1)序列表中序列2所示的蛋白质;2)将序列表中序列2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有相同功能由序列2衍生的蛋白质。本发明的实验证明,本发明克隆了一个新的正向调控水稻孕穗期耐冷基因CTB4a,将其转入野生型水稻中,表现出孕穗期耐冷,为水稻的耐冷品种选育提供基因资源。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域,尤其涉及一种水稻孕穗期耐冷性相关蛋白CTB4a及编码基因与应用。
背景技术
非生物逆境是影响植物正常生长发育,限制着作物产量提高的主要胁迫因子之一。水稻是喜温植物,低温影响水稻高产、稳产、品质以及水稻复种面积的扩大。水稻低温冷害,通常指水稻遭遇连续或短期低温最低临界温度以下的低温影响,使作物生育延迟,甚至发生生理障碍,严重时还造成营养或生殖器官遭到破坏,从而导致水稻不能正常发育而造成减产。
按照冷害发生的时期,水稻冷害一般分为芽期冷害、苗期冷害、孕穗期冷害。水稻的花穗是低温的敏感部位,其中花药是直接感受低温影响结实的器官,孕穗期遭遇低温,会引起花粉败育,结实率降低,并会导致出穗延迟,器官发育发生异常,穗长变短,枝梗及颖花退化,最终影响水稻的产量。
因此,孕穗期冷害是影响水稻产量最严重的时期,对水稻孕穗期耐冷性研究具有十分重要的意义。但是利用传统育种方法培育耐冷水稻品种周期长,进展比较缓慢,而利用基因工程技术可以直接在基因水平上改造植物的遗传背景,定向改造植物的遗传性状。发掘水稻孕穗期耐冷基因对培育耐冷水稻新品种具有十分重要的理论和实践意义。
发明内容
本发明的一个目的是提供一种水稻孕穗期耐冷性相关蛋白CTB4a及编码基因。
本发明提供的蛋白,命名CTB4a,是如下1)或2):
1)序列表中序列2所示的蛋白质;
2)将序列表中序列2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有相同功能由序列2衍生的蛋白质。
上述一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加为不超过10个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加。
编码上述蛋白质的DNA分子也是本发明保护的范围。
上述DNA分子是如下1)-4)中任一种的DNA分子:
1)编码区为序列表中序列3所示的DNA分子;
2)编码区为序列表中序列1所示的DNA分子;
3)在严格条件下与1)或2)限定的DNA序列杂交且编码具有相同功能蛋白质的DNA分子;
4)与1)或2)限定的DNA序列至少具有70%、至少具有75%、至少具有80%、至少具有85%、至少具有90%、至少具有95%、至少具有96%、至少具有97%、至少具有98%或至少具有99%同源性且编码具有相同功能蛋白质的DNA分子。
序列1是cDNA,序列3是基因组。
上述严格条件可为在6×SSC,0.5%SDS的溶液中,在65℃下杂交,然后用2×SSC,0.1%SDS和1×SSC,0.1%SDS各洗膜一次。
含有上述DNA分子的重组载体、表达盒、转基因细胞系或重组菌也是本发明保护的范围。
上述重组载体为序列表序列3所示CTB4a基因的基因组DNA取代表达载体pMDC32上AscI和PacI酶切位点间的片段,得到重组载体35S::CTB4a(即为CTB4a过表达重组载体)。
扩增上述DNA分子全长或其任意片段的引物对也是本发明保护的范围。
上述蛋白、上述DNA分子或上述重组载体、表达盒、转基因细胞系或重组菌在调控植物抗逆性中的应用也是本发明保护的范围;
或上述蛋白、上述DNA分子或上述重组载体、表达盒、转基因细胞系或重组菌在培育抗逆性提高转基因植物中的应用也是本发明保护的范围。
上述应用中,所述抗逆性为抗低温;所述低温具体为15-18℃;
所述植物为单子叶植物或双子叶植物;
所述单子叶植物具体为水稻。
本发明另一个目的是提供一种培育抗逆性提高转基因植物的方法。
本发明提供的方法,包括如下步骤:为将编码上述蛋白的DNA分子导入目的植物,获得转基因植物,所述转基因植物的抗逆性高于所述目的植物。
上述方法中,所述抗逆性为抗低温。
上述方法中,所述转基因植物的抗逆性高于所述目的植物体现在孕穗期低温胁迫下所述转基因植物的结实率高于所述目的植物;
所述低温具体为15-18℃;
所述植物为单子叶植物或双子叶植物;
所述单子叶植物具体为水稻。
本发明的实验证明,本发明克隆了一个新的正向调控水稻孕穗期耐冷基因CTB4a,将其转入野生型水稻中,表现出孕穗期耐冷,为水稻的耐冷品种选育提供基因资源。
附图说明
图1为亲本KMXBG、Towada及近等基因系NIL1913在北京(正常温度)和云南(生育期低温)的表型图。
图2为亲本KMXBG、Towada及近等基因系NIL1913在北京(正常温度)和云南(生育期低温)的结实率统计图。
图3为CTB4a在亲本KMXBG和Towada不同组织中的表达模式分析图,内参为OsActin1基因。Stem为茎,Leaf为叶片,Sheath为叶鞘,Root为根,YP1为1cm穗,YP3为3cm穗,YP5为5cm穗,YP10为10cm穗,YP15为15cm穗,YP20为20cm穗。
图4为CTB4a在亲本KMXBG和Towada穗部冷诱导下表达模式分析图,内参为OsActin1基因。
图5为CTB4a过表达载体构建示意图。
图6为PCR鉴定T0代CTB4a过表达植株。
图7为CTB4a过表达植株不同转基因株系实时荧光定量PCR检测结果。
图8为不同的冷处理方式表示图。
图9为CTB4a过表达植株孕穗期冷处理后穗部表型图。
图10为CTB4a过表达植株及对照植株孕穗期冷水灌溉处理后结实率统计图。
图11为CTB4a过表达植株及对照植株孕穗期人工气候室冷处理后结实率统计图。
图12为CTB4a过表达植株及对照植株高海拔地区种植结实率统计图。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
水稻品种KMXBG:文献:戴陆园等.云南稻种昆明小白谷耐冷性指标性状的遗传分析.中国水稻科学,1999,13(2):73-76.公众可从中国农业大学获得。
水稻品种Towada:文献:戴陆园等.云南稻种昆明小白谷耐冷性指标性状的遗传分析.中国水稻科学,1999,13(2):73-76.公众可从中国农业大学获得。
水稻近等基因系NIL1913:本实验室构建和保存,公众可从中国农业大学获得。
过表达载体pMDC32:文献:Mark D.Curtis and Ueli Grossniklaus.A GatewayCloning Vector Set for High-Throughput.Plant Physiology,October 2003,Vol.133,pp.462–469.公众可从中国农业大学获得。
根癌农杆菌EHA105:文献:高世武等.影响根癌农杆菌EHA105感受态细胞转化效率因素的研究.热带生物学报.2012年3月第3卷第1期,公众可从中国农业大学获得。
实施例1、CTB4a基因的定位及克隆
1、CTB4a基因的获得
利用耐冷品种KMXBG和冷敏感品种Towada构建的分离群体,考察各个单株在昆明和阿子营的结实率,作为QTL定位的表型数据(图1,图2)。同时,运用BSA法从均匀分布在水稻12条染色体上的1513对SSR标记中筛选出的多态性标记,标记带型与KMXBG一致,记为A,与Towada一致,记为B,杂合记为H。利用Mapmaker3.0进行标记连锁作图,Group命令分组,Kosambi方法计算遗传距离。QTL扫描采用QTLIciMapping 3.0(王建康等,2009),以LOD值3.0作为QTL存在的阈值,同时计算加性和显性效应。QTL的命名原则采用McCouch等命名方法。最终在两个环境中均能检测到微效QTL qCTB4-1,该QTL位于RM518-RM6770之间,两个环境中的LOD值分别为14.81和4.15,解释表型的贡献率分别为0.9%和3.93%。然后利用qCTB4-1两侧标记RM2146和RM6770对3102个单株BC6F2群体筛选,获得6个纯合重组单株,并且利用F3家系进行表型确定。最终将目的基因定位在标记RM16349和STS12之间,物理距离为134.8kb。该区间内共有4个候选基因,其中基因Os04g0132500编码一个亮氨酸重复的跨膜蛋白激酶。该基因启动子及编码区序列在亲本KMXBG和Towada中均存在多处差异,是最有可能的候选基因,命名为CTB4a。
CTB4a基因的核苷酸序列为序列表中序列1,开放阅读框为序列1第1-3447位核苷酸,其编码的蛋白为CTB4a,该蛋白的氨基酸序列为序列表中序列2。
2、内源CTB4a基因的表达模式
正常处理:取KMXBG和Towada正常种植条件下不同组织的样品,包括根、茎、叶片、叶鞘、1cm穗、3cm穗、5cm穗、10cm穗、15cm穗和20cm穗。取样后用液氮速冻,-80℃保存备用。
低温胁迫处理:将正常条件下生长至孕穗期的KMXBG和Towada移栽至18度的人工气候室内,分别取处理1h、2h、4h、8h、12h、16h、24h、1d、2d、3d、4d、5d、6d、7d时叶片和穗部样品,液氮速冻,-80℃保存备用。
提取上述各种处理的样品取总RNA,利用反转录酶M-MLV反转录合成cDNA第一链,以该cDNA第一链为模板,采用引物进行实时定量分析,以OsActin1为内参基因;
CTB4a扩增引物:
CTB4a-RT1F:5-CGCCGGATCATATGGCTACATC-3
CTB4a-RT1R:5-CACGTCGCTCTTCTCCGTTA-3
OsActin1扩增引物:
Actin1-F:5-ACAGGTATTGTGTTGGACTCTGG-3
Actin1-R:5-AGTAACCACGCTCCGTCAGG-3
实时荧光定量PCR在实时荧光定量PCR仪Applied Biosystems 7500Real Time PCRsystem(ABI,USA)上进行,一次平行试验设3次重复。利用Livak KJ和SchmittgenTD(2001)报道的方法,即2-ΔΔCT计算相对表达量。
ΔΔCT=(CT.Target-CT.Actin)Time x-(CT.Target-CT.Actin)Time 0
Time x表示任意时间点,Time 0表示经actin1校正后1倍量的目标基因表达。
CTB4a组织表达模式如图3,可以看出,CTB4a基因是一个在不同组织中均表达的基因,尤其在茎、叶鞘和穗中表达丰度最高。
CTB4a冷诱导表达分析如图4,可以看出,在耐冷亲本KMXBG中被低温诱导的强度要显著高于冷敏感亲本Towada,说明CTB4a基因是一个与低温胁迫相关的基因。
实施例2、CTB4a基因的功能验证
一、CTB4a过表达重组载体的构建
提取水稻KMXBG的基因组DNA为模板,用Cb1F和Cb1R进行PCR扩增,得到4676bp的PCR产物,经过测序,该PCR产物为CTB4a基因的基因组DNA,为序列表序列3所示。
Cb1F:GCAACTAGTCTCCCATTGTCAGTGCCA(限制性内切酶AscI)
Cb1R:CCTTAATTAATTCACAACAAACTCGCATCA(限制性内切酶PacI)。
将上述序列表序列3所示CTB4a基因的基因组DNA取代表达载体pMDC32上AscI和PacI酶切位点间的片段,得到重组载体35S::CTB4a(即为CTB4a过表达重组载体,结构示意图如图5),其中CTB4a基因插入双烟草花叶病毒启动子35S下游。
二、转CTB4a水稻的获得
1、重组菌
将上述一制备的重组载体35S::CTB4a冻融法转化根癌农杆菌EHA105,得到重组菌EHA105/35S::CTB4a,用于侵染转基因受体品种的愈伤。
2、转CTB4a水稻
采取经典的农杆菌介导的愈伤侵染方法,具体步骤如下:
(1)胚性愈伤的获得:将成熟的Towada种子(以下也称为野生型水稻)去壳后用75%酒精消毒2min,再用20%NaClO消毒40min,无菌水漂洗3-5次,风干。接种于诱导培养基,28℃暗培养2周,将胚性愈伤剥下,继代至新的诱导培养基,继代培养2周(继代两次)。
(2)制备侵染液:吸取保存的农杆菌液20μl,涂布到YEP(含20mg/L利福平和相应抗生素)固体培养基上,28℃倒置暗培养2d,刮取少量农杆菌至AAM液体培养基中(含10mM乙酰丁香酮),菌液浓度OD600约为0.3。
(3)共培养:挑选自然分散、颜色鲜黄、直径约为3~5mm的颗粒状愈伤组织至三角瓶中,加入制备好的侵染液,侵染10min,用无菌滤纸吸取多余的侵染液,置于铺有一层滤纸的共培养培养基上,19℃共培养2-3d。
(4)抗性愈伤组织的筛选:将共培养后的愈伤组织取出,用无菌水快速摇动清洗5~6次,再用含250mg/L头孢霉素和250mg/L羧苄青霉素的无菌水清洗20min,最后置于无菌滤纸上沥干3h。然后移到筛选培养基上。两周一次,筛选两次。
(5)分化:将筛选获得的抗性愈伤组织接入预分化培养基中,26℃,暗培养2周,然后转移至分化培养基上,光照培养2-3周,得到再生转基因幼苗植株。
(6)将幼苗移至生根培养基上,待幼苗生根长成后,移出培养瓶,洗净根上的培养基,炼苗7d,移至大田栽种,直至成熟,得到T0代转CTB4a水稻。
上述转基因过程中所用培养基配方如下:
(1)胚性愈伤诱导及继代培养基:NB基本培养基(含2mg/L 2,4-D)。
(2)共培养培养基:NB基本培养基(含2mg/L 2,4-D,10g/L葡萄糖,10mM乙酰丁香酮,pH5.6)。
(3)筛选培养基:NB基本培养基(含2mg/L 2,4-D,400mg/L特美汀和50mg/L潮霉素,pH5.8)。
(4)预分化培养基:NB基本培养基(含1mg/L 6-BA,2mg/L NAA,5mg/L ABA,50mg/L潮霉素,pH 5.8)。
(5)分化培养基:NB基本培养基(含2mg/L 6-BA,1mg/L NAA,1mg/L KT,50mg/L潮霉素,pH 5.8)。
(6)生根培养基:1/2MS培养基基本成分(含0.5mg/L NAA,0.25mg/L多效唑,pH 5.8)。
(7)NB培养基基本成分包括N6大量元素,B5微量元素,B5有机成分,150mg/L肌醇,300mg/L水解酪蛋白,500mg/L谷氨酰胺,600mg/L脯氨酸,30g/L蔗糖,3g/L植物凝胶。
采用同样的方法将空载体pMDC32转入野生型水稻中,得到T3代转pMDC32水稻。
3、分子鉴定
提取T0代转CTB4a水稻基因组DNA,用引物为5′-AAAAGTTCGACAGCGTCTCCGACC-3′和5′-TCTACACAGCCATCGGTCCAGACG-3′进行PCR扩增,得到919bp的PCR产物(靶基因为Hyg)为阳性T0代转CTB4a水稻,不含有目的片段的植株为阴性,部分阳性样本的鉴定结果如图6所示(T-1、T-3、T-5、T-6、T-9、T-12)。
阳性T0代收种、播种,得到T3代。
提取T3代转CTB4a水稻株系T-1、T-5、T-9、T-12的RNA,反转录得到cDNA,以CTB4a扩增引物进行扩增,以OsActin1为内参基因。
CTB4a扩增引物:
CTB4a-RT2F:TCCGCAACCTCACCAAGC
CTB4a-RT2R:CGAGCCGGTTTCCTCCTAG
OsActin1扩增引物:
Actin1-F:5-ACAGGTATTGTGTTGGACTCTGG-3
Actin1-R:5-AGTAACCACGCTCCGTCAGG-3
结果如图7所示,可以看出,与野生型水稻(Towada)相比,T-1、T-5、T-9、T-12株系中CTB4a基因表达量均提高5倍以上。
采用同样的方法鉴定T3代转pMDC32水稻,结果与野生型水稻无显著差异。
后续选用表达较高的T3代转CTB4a水稻株系T-1和T-12进行进行耐冷鉴定实验。
三、转CTB4a水稻的耐冷性鉴定
耐冷性鉴定采用三种方法,分别是孕穗期大田50cm深冷水池(18℃)7天,孕穗期人工气候室18℃处理7天和云南自然鉴定等方法多方验证CTB4a的孕穗期耐冷功能(图8)。
选取NIL1913、野生型水稻(冷敏感品种Towada)、T3代转CTB4a水稻株系T-1、T3代转CTB4a水稻株系T-12、T3代转pMDC32水稻正处于孕穗期的主穗挂牌,做上记号。胁迫结束后,将参试材料复种到大田,恢复水稻生长,成熟后考察挂牌主穗的结实率,以正常生长的植株结实率为对照,计算相对结实率(相对结实率=处理后的结实率/正常条件下结实率*100%),作为耐冷性鉴定指标。云南自然鉴定则在云南黑龙潭地区,海拔1916米,常年气温19-22℃,从播种至孕穗期均处在自然低温状态下生长,成熟后考察主穗结实率。上述每个材料设置3个重复,每个重复10株。
孕穗期大田50cm深冷水池(18℃)7天结果如图9和10所示,可以看出,在大田冷水灌溉7天的胁迫下,在孕穗期处理的参试材料的农艺性状发生显著变化,T3代转CTB4a水稻株系T-1、T3代转CTB4a水稻株系T-12的生长显著好于野生型水稻;统计结实率如图10所示,Towada的相对结实率为50.40%,而NIL1913的相对结实率为77.72%,T-1和T-12的相对结实率为77.08%和87.27%,均显著高于Towada。
孕穗期人工气候室18℃处理7天结果如图11所示,Towada的相对结实率为55.40%,NIL1913的相对结实率为85.47%,T-1和T-12的相对结实率为73.80%和85.42%,也是显著高于Towada。
在云南全生育期的自然低温处理下结果如图12所示,NI1913L与过表达株系的结实率均显著超过Towada。
T3代转pMDC32水稻结果与野生型水稻无显著差异。
上述结果表明,孕穗期遭遇低温主要影响了结实率的高低,不同地点、不同方式处理方式下,NIL1913和过表达株系的主穗结实率都显著高于冷敏感亲本Towada,说明基因CBT4a具有孕穗期耐低温的功能,是一个起正向长效作用的基因,能够在低温胁迫下降低低温对结实率的影响。
Claims (10)
1.一种蛋白,是如下1)或2):
1)序列表中序列2所示的蛋白质;
2)将序列表中序列2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有相同功能由序列2衍生的蛋白质。
2.编码权利要求1所述蛋白质的DNA分子。
3.如权利要求2所述的DNA分子,其特征在于:所述DNA分子是如下1)-4)中任一种的DNA分子:
1)编码区为序列表中序列3所示的DNA分子;
2)编码区为序列表中序列1所示的DNA分子;
3)在严格条件下与1)或2)限定的DNA序列杂交且编码具有相同功能蛋白质的DNA分子;
4)与1)或2)限定的DNA序列至少具有70%、至少具有75%、至少具有80%、至少具有85%、至少具有90%、至少具有95%、至少具有96%、至少具有97%、至少具有98%或至少具有99%同源性且编码具有相同功能蛋白质的DNA分子。
4.含有权利要求2或3所述DNA分子的重组载体、表达盒、转基因细胞系或重组菌。
5.扩增权利要求2或3所述DNA分子全长或其任意片段的引物对。
6.权利要求1所述蛋白、权利要求2或3所述DNA分子或权利要求4所述重组载体、表达盒、转基因细胞系或重组菌在调控植物抗逆性中的应用;
或权利要求1所述蛋白、权利要求2或3所述DNA分子或权利要求4所述重组载体、表达盒、转基因细胞系或重组菌在培育抗逆性提高转基因植物中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于:
所述抗逆性为抗低温;所述低温具体为15-18℃;
所述植物为单子叶植物或双子叶植物;
所述单子叶植物具体为水稻。
8.一种培育抗逆性提高转基因植物的方法,为将编码权利要求1所述蛋白的DNA分子导入目的植物,获得转基因植物,
所述转基因植物的抗逆性高于所述目的植物。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于:
所述抗逆性为抗低温。
10.根据权利要求8或9所述的方法,其特征在于:
所述转基因植物的抗逆性高于所述目的植物体现在孕穗期低温胁迫下所述转基因植物的结实率高于所述目的植物;
所述低温具体为15-18℃;
所述植物为单子叶植物或双子叶植物;
所述单子叶植物具体为水稻。
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