CN106456767A - 多细菌感染的治疗 - Google Patents
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Abstract
本文提供了预防和治疗多细菌感染的方法，这些方法包括给予有效量的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段特异性结合由多细菌感染中的至少一种细菌产生的表位。例如，可以向患有包含金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的多菌感染的患者给予特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体，以抑制铜绿假单胞菌的生长。
Description
领域
本技术涉及抗细菌抗体或其抗原结合片段用于治疗和预防包括多细菌感染在内的感染的用途。
背景
机会性感染是由于特别合适的环境(例如弱化的免疫系统)而更频繁和/或更严重的感染。它们经常存在于住院和/或免疫抑制的患者中。通常，机会性感染是多微生物的，即涉及多种感染媒介。两种重要的机会性细菌是金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。
金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus或S.Aureus)是一种革兰氏阳性、兼性好氧、结块的球菌，通常在健康人的鼻子和皮肤上定殖。在任何给定的时间，大约20％-30％的群体有金黄色葡萄球菌定殖。粘膜和表皮屏障(皮肤)通常保护免受金黄色葡萄球菌感染，但机会性金黄色葡萄球菌感染可以变得严重，引起多种疾病或病症，其非限制性实例包括菌血症、蜂窝组织炎、眼睑感染、食物中毒、关节感染、皮肤感染、烫伤样皮肤综合征、中毒性休克综合征、肺炎、骨髓炎、心内膜炎、脑膜炎和脓肿形成。
铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa或P.aeruginosa)是引起急性和慢性感染的革兰氏阴性细菌。铜绿假单胞菌是西方世界中医院获得性感染的常见原因。它是烧伤患者和免疫受损个体中菌血症的常见病原体。它也是医院革兰氏阴性肺炎的最常见的原因，特别是在机械通气患者中，并且是囊性纤维化个体的肺中最普遍的病原体。
细菌如金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的感染与增加的发病率和死亡率相关，并且金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌通常从相同的患者分离。鉴于此，以及多药耐药性日益增加的事实，需要用于预防和治疗细菌感染(包括多细菌感染)的新策略。
简要概述
本文提供了预防和治疗多细菌感染的方法，该方法包括给予有效量的抗体或其抗原结合片段，该抗体或其抗原结合片段特异性结合由多细菌感染中的至少一种细菌产生的表位。例如，可以向患有包含金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的多菌感染的患者给予特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体，以抑制铜绿假单胞菌的生长。
在某些方面，治疗或预防患者中的多细菌感染的方法包括给予特异性结合金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus或S.aureus)抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括金黄色葡萄球菌和至少一种其他细菌。在某些方面，金黄色葡萄球菌加强患者中至少一种其他细菌的生长。在某些方面，该给予抑制至少一种其他细菌的生长。在某些方面，该至少一种其他细菌是假单胞菌。在某些方面，该假单胞菌是铜绿假单胞菌。
在某些方面，治疗或预防患者中的多细菌感染的方法包括给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括铜绿假单胞菌和至少一种其他细菌。在某些方面，铜绿假单胞菌加强至少一种其他细菌的生长。在某些方面，该给予抑制至少一种其他细菌的生长。在某些方面，该至少一种其他细菌是葡萄球菌。在某些方面，该葡萄球菌是金黄色葡萄球菌。
在某些方面，抑制患者中铜绿假单胞菌生长的方法包括向该患者给予特异性结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，减少患者中金黄色葡萄球菌菌落形成单位(CFU)的方法包括向患者给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，抗体或其抗原结合片段特异性结合金黄色葡萄球菌抗原，并且金黄色葡萄球菌抗原是α毒素。在某些方面，结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NO：22和21；SEQ ID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ ID NO：28和27；SEQ ID NO：29和30；SEQ ID NO：31和32；SEQ ID NO：33和34；SEQ IDNO：35和36；SEQ ID NO：37和38；SEQ ID NO：39和40；SEQ ID NO：41和42；SEQ ID NO：43和44；SEQ ID NO：45和46；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：49和46；SEQ ID NO：50和46；SEQ IDNO：50和51；或SEQ ID NO：67和51的VH和VL序列的抗体相同的α毒素表位结合。在某些方面，结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段是包含(a)包含SEQ ID NO：7、10、13或57的氨基酸序列的VH CDR1；(b)包含SEQ ID NO：8、11、14、17、58或63的氨基酸序列的VHCDR2；(c)包含SEQ ID NO：9、12、15、18、16、53、54、55、66、59、60或64的氨基酸序列的VHCDR3；(d)包含SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列的VL CDR1；(e)包含SEQ ID NO：2、5、61或65的氨基酸序列的VL CDR2；和(f)包含SEQ ID NO：3、6、52、56或62的氨基酸序列的VL CDR3的抗体或其抗原结合片段。在某些方面，结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：7、8、9、1、2和3；SEQ ID NO：10、11、12、1、2和3；SEQ ID NO：13、14、15、4、5和6；SEQ ID NO：7、17、18、1、2和3；SEQ ID NO：7、8、16、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、53、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、54、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、55、1、2和56；SEQ ID NO：7、8、55、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、66、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、53、1、2和56；SEQ IDNO：57、58、59、1、2和56；SEQ ID NO：7、8、60、1、61和62；SEQID NO：57、63、59、1、2和56；SEQ ID NO：57、63、64、1、2和56；SEQ ID NO：57、63、64、1、65和62；或SEQ ID NO：57、58、59、1、65和67的VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3。在某些方面，结合金黄色葡萄球菌α的抗体或其抗原结合片段的VH和VL包含SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NO：22和21；SEQ ID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ ID NO：28和27；SEQ ID NO：29和30；SEQ ID NO：31和32；SEQ IDNO：33和34；SEQ ID NO：35和36；SEQ ID NO：37和38；SEQ ID NO：39和40；SEQ ID NO：41和42；SEQ ID NO：43和44；SEQ ID NO：45和46；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：49和46；SEQ IDNO：50和46；SEQ ID NO：50和51；或SEQ ID NO：67和51的氨基酸序列。
在某些方面，结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ IDNO：45和46的VH和VL序列的抗体相同的α毒素表位结合。在某些方面，结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段分别包含SEQ ID NO：57、58、59、1、2和56的VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列。在某些方面，结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段的VH和VL包含SEQ ID NO：45和46的氨基酸序列。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含含有氨基酸序列SEQ ID NO：68的重链和含有氨基酸序列SEQ ID NO：69的轻链。
在某些方面，抗体或其抗原结合片段特异性结合铜绿假单胞菌抗原，并且该铜绿假单胞菌抗原是Psl、PcrV或Psl和PcrV两者。在某些方面，抗体或其抗原结合片段结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV。
在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：79和72的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌Psl表位结合。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：81和82的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌PcrV表位结合。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：79和72的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌Psl表位结合，并且结合与包含SEQ ID NO：81和82的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌PcrV表位。
在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌Psl表位结合。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：98和99的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌PcrV表位结合。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌Psl表位结合，并且结合与包含SEQ ID NO：98和99的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌PcrV表位。
在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ ID NO：73、74、94、76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3序列。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：83、84、85、86、87和88的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原(例如，Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ ID NO：73、74、94、76、77和95的VHCDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列，并且包含SEQ ID NO：83、84、85、86、87和88的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列。在某些方面，SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ ID NO：73、74、94、76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列位于ScFv中。在某些方面，SEQ ID NO：83、84、85、86、87和88的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列位于ScFv中。在某些方面，SEQ ID NO：83、84、85、86、87和88的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3序列位于IgG中。在某些方面，SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ IDNO：73、74、94、76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列位于IgG中。
在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：79的VH序列和SEQ ID NO：72的VL序列。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：81的VH序列和SEQ ID NO：82的VL序列。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原(例如，Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：79的VH序列，SEQID NO：72的VL序列，SEQ ID NO：81的VH序列和SEQ ID NO：82的VL序列。在某些方面，SEQ IDNO：79的VH序列和SEQ IDNO：72的VL序列位于ScFv中。在某些方面，SEQ ID NO：81的VH序列和SEQ ID NO：82的VL序列位于ScFv中。在某些方面，SEQ ID NO：81的VH序列和SEQ ID NO：82的VL序列位于IgG中。在某些方面，SEQ ID NO：79的VH序列和SEQ ID NO：72的VL序列位于IgG中。在某些方面，IgG含有YTE突变。
在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：89的氨基酸序列。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包括SEQ IDNO：90的氨基酸序列。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：91的氨基酸序列。
在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ IDNO：93的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO：92的氨基酸序列的轻链。
在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：96的VH序列和SEQ ID NO：97的VL序列。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：98的VH序列和SEQ ID NO：99的VL序列。在某些方面，结合铜绿假单胞菌抗原(例如，Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：96的VH序列，SEQID NO：97的VL序列，SEQ ID NO：98的VH序列和SEQ ID NO：99的VL序列。在某些方面，SEQ IDNO：96的VH序列和SEQ ID NO：97的VL序列位于ScFv中。在某些方面，SEQ ID NO：98的VH序列和SEQ ID NO：99的VL序列位于ScFv中。在某些方面，SEQ ID NO：98的VH序列和SEQ ID NO：99的VL序列位于IgG中。在某些方面，SEQ IDNO：96的VH序列和SEQ ID NO：97的VL序列位于IgG中。在某些方面，IgG含有YTE突变。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO：101的氨基酸序列的重链和含有SEQ IDNO：100的氨基酸序列的轻链。
在某些方面，持续两个或更多个预防或治疗周期给予抗体或其抗原结合片段(例如，结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段抑或结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段)。
在某些方面，本文提供的方法包括给予抗体或其抗原结合片段(例如结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段抑或结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段)并给予第二抗细菌剂。
在某些方面，多细菌感染是眼部感染、肺部感染、烧伤感染、伤口感染、外科伤口感染、皮肤感染、软组织感染、血液感染、骨感染或两种或更多种所述感染的组合。
在某些方面，患者患有急性肺炎、烧伤、角膜感染、囊性纤维化、呼吸机相关性肺炎、皮肤感染、伤口感染或其组合。
在某些方面，患者是住院患者。
在某些方面，本文提供的方法包括给予抗体或其抗原结合片段(例如，结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段抑或结合铜绿假单胞菌抗原抗体的抗体或其抗原结合片段)，并导致图1-10中所示和实例1-4中所述的结果。
附图简要说明
图1显示了用铜绿假单胞菌菌株6077(A)或金黄色葡萄球菌菌株SF8300(B)接种的小鼠的存活。
图2A显示了用铜绿假单胞菌(“PA 6077”)、金黄色葡萄球菌(“SA Sf8300)(“组合感染”)接种的小鼠的存活。图2B显示来自接种铜绿假单胞菌和/或金黄色葡萄球菌的小鼠的肺的铜绿假单胞菌(“PACFU”)和金黄色葡萄球菌(“SA CFU”)的菌落形成单位(CFU)。
图3显示在接种铜绿假单胞菌(“PA”)、金黄色葡萄球菌(“SA”)或两者(SA+PA)的小鼠中测量的铜绿假单胞菌(“PA计数”)和金黄色葡萄球菌(“SA计数”)的CFU。
图4显示接种的小鼠中每mL肺匀浆的CFU。小鼠用单独的野生型金黄色葡萄球菌(“SA SF8300WT”)(圈)或与铜绿假单胞菌(“PA6077”)组合(三角形)接种，其中金黄色葡萄球菌的水平在接种后4、8、24和48小时进行测量。小鼠还用单独的铜绿假单胞菌(“PA6077”)(正方形)或与野生型金黄色葡萄球菌(“SA SF8300WT”)组合接种，其中铜绿假单胞菌(“PA”)的水平在接种后4、8、24和48小时进行测量。
图5显示了用野生型金黄色葡萄球菌(“SA SF8300WT”)、编码α毒素的基因中含有缺失的金黄色葡萄球菌(“SA SF8300Δhla”)、铜绿假单胞菌(“PA 6077”)或其组合接种的小鼠的存活。
图6A显示了接受金黄色葡萄球菌α毒素(“AT”)，铜绿假单胞菌(“PA 6077”)、铜绿假单胞菌与α毒素组合、或铜绿假单胞菌与α毒素和抗-α毒素抗体(LC10)组合的小鼠的存活。图6B还显示接受金黄色葡萄球菌α毒素(“AT”)和铜绿假单胞菌(“PA 6077”)的小鼠的存活，并且还显示接受野生型金黄色葡萄球菌(“SA SF8300WT”)、野生型金黄色葡萄球菌(“SASF8300WT”)与铜绿假单胞菌(“PA 6077”)组合、或具有从热杀死的金黄色葡萄球菌获得的细胞沉淀物(“SA HK细胞”)或从热杀死的金黄色葡萄球菌获得的上清液(“SA HK SUP”)的铜绿假单胞菌(“PA 6077”)的小鼠的存活。
图7显示在用单独的铜绿假单胞菌(“PA 6077”)或与野生型金黄色葡萄球菌(“SASF8300WT)组合、在编码α毒素的基因中含有缺失的金黄色葡萄球菌(“SA SF8300Δhla”)、α毒素(AT)或α毒素和抗-α毒素抗体LC10两者处理的小鼠中铜绿假单胞菌的水平。
图8显示了接受对照抗体(“R347”)，抗-金黄色葡萄球菌α毒素抗体(“LC10”)、抗-铜绿假单胞菌抗体(“3902”)、或抗-金黄色葡萄球菌α毒素抗体(“LC10”)和抗-铜绿假单胞菌抗体(“3902”)的组合，然后用金黄色葡萄球菌(“SA”)和铜绿假单胞菌(“PA”)接种的小鼠的存活。
图9显示了在接种金黄色葡萄球菌(“SA”)和铜绿假单胞菌(“PA”)48小时前、24小时前或1小时之后接受15mg/kg抗-金黄色葡萄球菌α-毒素抗体(“LC10”)和1mg/kg抗-铜绿假单胞菌抗体(“3902”)的组合或15mg/kg对照抗体(“R347”)的小鼠的存活。
图10显示了接受15mg/kg抗-金黄色葡萄球菌α毒素抗体(“LC10”)、1mg/kg抗-铜绿假单胞菌抗体(“3902”)或15mg/kg对照抗体(“R347”)的小鼠中金黄色葡萄球菌(“SA CFU”)和铜绿假单胞菌(“PA CFU”)的水平。
图11(A)显示LC10减少肺部CFU和散布。A)小鼠组用LC10(口)或异型对照IgG(○)进行注射，并且24小时后用1e5CFU的铜绿假单胞菌和5e7CFU金黄色葡萄球菌或铜绿假单胞菌+AT鼻内激发。在指定的时间取出肺和脾用于CFU测定。图11(B)在如上所述的鼻内激发后在指定时间点的单(Sa)或共感染(Sa+Pa(Sa))小鼠的小鼠脾脏中的金黄色葡萄球菌细菌负荷。图11(C)在单次感染、共感染和与使用LC10的预防组合的共感染24和48小时，从远端器官回收的铜绿假单胞菌的数量。
图12显示在肺感染模型中，α-毒素还增强肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)和鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)毒力。A)小鼠组用肺炎克雷伯菌5e1(■)、肺炎克雷伯菌5e1+金黄色葡萄球菌(5e7)(△)、肺炎克雷伯菌5e1+AT(●)、金黄色葡萄球菌(△)进行鼻内感染。监测存活7天，B)动物用LC10(△)、或异型IgG(▲)进行注射，并24小时后如上所述用肺炎克雷伯菌+金黄色葡萄球菌、或肺炎克雷伯菌+ATLC10(○)或异型IgG(●)进行鼻内激发。激发后24小时从肺(C)和脾(D)恢复CFU。E)小鼠组用鲍氏不动杆菌(8e5)(■)、鲍氏不动杆菌8e5+金黄色葡萄球菌(5e7)(△)、鲍氏不动杆菌8e5+AT(●)、金黄色葡萄球菌(△)进行鼻内感染。动物用LC10(△)、或异型IgG(▲)进行注射，24小时后用鲍氏不动杆菌+金黄色葡萄球菌或鲍氏不动杆菌+ATLC10(○)或异型IgG(●))进行鼻内激发。激发后24小时从肺(F)和脾(G)回收CFU。
发明详细说明
应当指出的是，术语“一个/种(a或an)”实体是指一个/种或多个/种该实体；例如，“一个/种抗体或其抗原结合片段”应理解为代表一个/种或多个/种抗体或其抗原结合片段。因此，术语“一个”(或“一种”)、“一个或多个(一种或多种)”、以及“至少一个(至少一种)”在此可以互换地使用。
术语“抗体”意指通过位于免疫球蛋白分子的可变区内的至少一个抗原识别位点识别并特异性地结合一个靶标如蛋白质、多肽、肽、碳水化合物、多核苷酸、脂质或上述物质的组合的一个免疫球蛋白分子。如在此使用的，术语“抗体”包括完整多克隆抗体，完整单克隆抗体，抗体片段(诸如Fab、Fab′、F(ab′)2、以及Fv片段)，单链式Fv(sc Fv)突变体，产生自至少两个完整抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、包含抗体的抗原决定部分的融合蛋白以及包含抗原酶识别位点的任何其他修饰的免疫球蛋白分子的多特异性抗体(例如双特异性抗体)，只要这些抗体展现希望的生物活性。抗体可以是以下五大类免疫球蛋白中的任一种：IgA、IgD、IgE、IgG、以及IgM、或其亚类(同种型)(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)，基于它们的重链恒定域的特性分别被称为α、δ、ε、γ、以及μ。不同类的免疫球蛋白具有不同的且众所周知的亚基结构以及三维构型。抗体可以是裸的或轭合至其他分子如毒素、放射性同位素等等。
术语“抗体片段”是指完整抗体的一部分并且是指完整抗体的抗原决定可变区。抗体片段的实例包括但不限于：Fab、Fab′、F(ab′)2、以及Fv片段、线性抗体、单链抗体以及由抗体片段形成的多特异性抗体。
“单克隆抗体”是指涉及单一抗原决定簇或表位的高度特异性识别和结合的同源抗体群体。这与典型地包括针对不同抗原决定簇的不同抗体的多克隆抗体相反。
术语“单克隆抗体”包括完整和全长单克隆抗体以及抗体片段(例如Fab、Fab′、F(ab′)2、Fv)、单链(scFv)突变体、包含抗体部分的融合蛋白和包含抗原识别位点的任何其他修饰的免疫球蛋白分子。此外，“单克隆抗体”是指以任何数目的方式制备的此类抗体，包括但不限于杂交瘤、噬菌体选择、重组表达和转基因动物。
术语“人源化抗体”是指衍生自非人(例如鼠)免疫球蛋白的抗体，其被工程化成包含最小的非人(例如鼠)序列。典型地，人源化抗体是人免疫球蛋白，其中来自互补决定区(CDR)的残基被来自非人物种(例如小鼠、大鼠、兔或仓鼠)的CDR的残基替换，该来自非人物种的CDR的残基具有期望的特异性、亲和力和能力(Jones等人，1986，自然，321：522-525；Riechmann等人，1988，自然，332：323-327；Verhoeyen等人，1988，科学，239：1534-1536)。在一些情况下，人免疫球蛋白的Fv构架区(FW)残基被来自具有期望的特异性、亲和力和能力的非人物种的抗体中的相应残基替换。
人源化抗体可以通过在Fv构架区和/或置换的非人残基内替代的另外的残基的替代来进一步修饰，以改进和优化抗体特异性、亲和力和/或能力。通常，人源化抗体将包含基本上所有至少一个(并且典型地两个或三个)可变结构域，该可变结构域包含对应于非人免疫球蛋白的所有或基本上所有CDR区，而所有或基本上所有FR区是人免疫球蛋白共有序列的那些。人源化抗体还可以包含免疫球蛋白恒定区或结构域(Fc)的至少一部分，典型地是人免疫球蛋白的恒定区或结构域。用于产生人源化抗体的方法的实例描述于美国专利号5,225,539或5,639,641中。
抗体的“可变区”指单独的抗体轻链的可变区或抗体重链的可变区或它们的组合。重链和轻链的可变区各自由通过也称为高变区的三个互补决定区(CDR)连接的四个框架区(FW)组成。每条链中的CDR通过FW区域紧密靠近在一起，并且与来自另一条链的CDR一起有助于抗体的抗原结合位点的形成。存在至少两种用于确定CDR的技术：(1)一种基于跨物种序列变异性的方法(即卡巴特(Kabat)等人，具有免疫学目的的蛋白质的序列(Sequencesof Proteins of Immunological Interest)，(第5版，1991年，国立卫生研究院(NationalInstitutes of Health)，贝塞斯达，马里兰州))；和(2)一种基于抗原-抗体复合物的晶体学研究的方法(奥拉瑞坎尼(Al-lazikani)等人(1997)分子生物学杂志(J.Molec.Biol.)273：927-948))。另外，本领域有时使用这两种方法的组合来确定CDR。
当提及可变结构域中的残基(大约轻链的残基1-107和重链的残基1-113)时，通常使用卡巴特(卡巴特)编号系统(例如，卡巴特等人，免疫学目的的序列(Sequences ofImmunological Interest)，第5版，公共卫生服务(Public Health Service)，国立卫生研究院(National Institutes of Health)，贝塞斯达，马里兰州(1991))。
在卡巴特中的氨基酸位置编号是指在卡巴特等人，免疫学目的的蛋白质的序列(Sequences of Proteins of Immunological Interest)，第5版，公共卫生服务，国立卫生研究院，贝塞斯达，马里兰州(1991)中用于抗体的重链可变结构域或轻链可变结构域的编号系统。使用这个编号系统，实际的线性氨基酸序列可以包含更少或另外的氨基酸，其对应于可变结构域的FW或CDR的截短或插入。例如，重链可变结构域可以包括在H2的残基52之后的单个氨基酸插入(根据卡巴特的残基52a)和在重链FW残基82之后的插入残基(例如，根据卡巴特的残基82a、82b和82c等)。
表1
可以通过在抗体序列与“标准”卡巴特编号序列的同源性区域进行比对来确定给定抗体的残基的卡巴特编号。相反，乔西亚(Chothia)是指结构环的位置(乔西亚和菜斯克(Lesk)，分子生物学杂志(J.Mol.Biol.)196：901-917(1987))。当使用卡巴特编号惯例编号时，乔西亚CDR-H1环的末端根据环的长度在H32和H34之间变化(这是因为卡巴特编号方案将插入放置于H35A和H35B；如果35A和35B都不存在，则环在32处结束；如果仅存在35A，则环在33处结束；如果35A和35B都存在，则环在34处结束)。AbM高变区代表卡巴特CDR和乔西亚结构环之间的折衷，并且被牛津分子(Oxford Molecular)AbM抗体建模软件使用。
如本文所用，Fc区包括包含排除第一恒定区免疫球蛋白结构域的抗体的恒定区的多肽。因此，Fc是指IgA、IgD和IgG的最后两个恒定区免疫球蛋白结构域，以及IgE和IgM的最后三个恒定区免疫球蛋白结构域、以及这些结构域的N-末端的柔性铰链。对于IgA和IgM，Fc可以包括J链。对于IgG，Fc包含免疫球蛋白结构域C伽马2和C伽马3(Cγ2和Cγ3)以及C伽马1(Cγ1)和C伽马2(Cγ2)之间的铰链。尽管Fc区的边界可以变化，但是人IgG重链Fc区通常被定义为包含其羧基末端的残基C226或P230，其中编号是根据卡巴特所述的EU索引(卡巴特等人，免疫学目的的蛋白质的序列(Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest)，第5版，公共卫生服务，国立卫生研究院，贝塞斯达，马里兰州(1991))。Fc可以指分离的这个区域，或在抗体、抗体片段、或Fc融合蛋白的背景下的这个区域。已经在许多不同的Fc位置观察到多态性，包括但不限于通过EU索引编号的位置270、272、312、315、356和358，因此观察到所呈现的序列和先前技术中的序列之间可能存在略微差异。
术语“人抗体”是指由人产生的抗体或具有与使用本领域已知的任何技术制备的由人产生的抗体相对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的这种定义包括完整或全长抗体，其片段和/或包含至少一个人重链和/或轻链多肽的抗体，例如包含鼠轻链和人重链多肽的抗体。
术语“嵌合抗体”是指其中免疫球蛋白分子的氨基酸序列来自两种或更多种物种的抗体。典型地，轻链和重链的可变区对应于源自具有所需特异性、亲和力和能力的一种哺乳动物(例如小鼠、大鼠、兔等)的抗体的可变区，而恒定区同源于衍生自另一种(通常为人)的抗体中的序列，以避免在该物种中引起免疫应答。
“结合亲和力”通常是指分子(例如抗体)的单个结合位点与其结合配偶体(例如抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另有说明，如本文所用，“结合亲和力”是指反映结合对(例如抗体和抗原)的成员之间的1∶1相互作用的固有结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力通常可以由解离常数(KD)表示。亲和力可以通过本领域已知的常规方法测量，包括本文所述的那些。低亲和力抗体通常缓慢结合抗原并且易于容易地解离，而高亲和力抗体通常更快地结合抗原并且趋向于保持更长的结合。测量结合亲和力的多种方法是本领域已知的，其中任何一种都可用于本公开的目的。
如本文所用的术语“双特异性抗体”是指在单个抗体分子内具有两种不同抗原的结合位点的抗体。应当理解，除了权威的抗体结构之外的其他分子可以构建成具有两种结合特异性。还将理解的是，通过双特异性抗体的抗原结合可以是同时的或顺序的。三体细胞瘤和杂交杂交瘤是可以分泌双特异性抗体的细胞系的两个实例。双特异性抗体也可以通过重组方法构建。
“特异性结合”一般是指抗体经由其抗原结合结构域来结合至表位，并且这种结合需要抗原结合结构域与表位之间有某种互补性。根据此定义，当与抗体将结合至随机、不相关的表位相比，该抗体更容易经由其抗原结合结构域来结合至表位时，该抗体被认为是“特异性地结合”至该表位。术语“特异性”在此用于对某种抗体结合至某种表位的相对亲和力进行定性。例如，抗体“A”可以被认为对于给定表位比对抗体“B”具有更高的特异性，或者抗体“A”可以被认为对表位“C”的结合比对其相关表位“D”具有更高的特异性。
“优先结合”是指抗体比结合相关的、相似的、同源或类似的表位更容易地特异性结合表位。因此，“优先结合”至给定表位的抗体更可能结合所述表位而不是结合相关的表位，即使这样的抗体可能与相关的表位交叉反应。
如果抗体优先结合所述表位，其程度为在某种程度上阻断参比抗体与表位的结合，则抗体被称为“竞争性抑制”参比抗体与给定表位的结合。竞争性抑制可以通过本领域已知的任何方法测定，例如竞争ELISA测定。抗体可被认为是竞争性抑制参比抗体与给定表位结合至少90％、至少80％、至少70％、至少60％或至少50％。
术语“YTE”突变是指引入IgG重链中的三个突变M252Y、S254T和T256E的组合，其中根据卡巴特中所述的EU索引进行编号。参见美国专利号7,658,921，其全部内容通过引用结合在此。
术语例如“治疗(treating或treatment或to treat)”或“减轻(alleviating或toalleviate)”是指治愈、减慢已诊断的病理状况或病症(如感染)，减轻已诊断的病理状况或病症(如感染)的症状，和/或停止诊断的病理状况或病症(如感染)的进展的治疗性措施。因此，有治疗需要的那些患者包括已经诊断患有或怀疑患有所述病症的那些。在某些实施例中，根据本披露的方法，如果患者显示以下一种或多种，则成功地“治疗”受试者的微生物感染：微生物感染症状的减轻，患者中微生物数量的减少或完全不存在(例如，使用从患者获得的样品评估)，患者中微生物指示剂数量的减少或完全不存在指示剂(例如金黄色葡萄球菌的α毒素)，和/或感染的一种或多种症状的严重性和/或频率的降低。
预防性(prophylactic)或防御性(preventative)措施是指预防和/或延缓靶向病理状况或病症(如感染)的发展的措施。因此，需要预防性或防御性措施的那些包括具有患病症的倾向的患者和病症有待预防的那些患者。
术语“药物配制品”、“药物组合物”是指一种呈关于允许活性成分的生物活性有效的这种形式的制剂，并且不包含对于该配制品将给予的受试者而言具有不可接受毒性的额外组分的制剂。配制品可以是无菌的。
如在此披露的，抗体或免疫偶联物的“有效量”是足以实施具体阐述目的的量。关于阐述的目的，“有效量”可以经验为主地并且以常规方式来确定。
与一种或多种进一步治疗剂“组合”给予包括以任何顺序同时(并行)和连续给予。
抗葡萄球菌抗体及其抗原结合片段
在某些方面，根据本文提供的方法使用的抗体或其抗原结合片段特异性结合葡萄球菌抗原(例如多肽和/或碳水化合物)。
在某些方面，抗体或其抗原结合片段特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如多肽和/或碳水化合物)。金黄色葡萄球菌表达许多毒力因子，包括荚膜多糖和蛋白质毒素。通常与作为主要细胞毒性剂的金黄色葡萄球菌感染相关的一种毒力因子是α毒素(也称为α-溶血素或Hla)，是由金黄色葡萄球菌的大多数致病菌株产生的成孔和溶血外蛋白。毒素在易感细胞如白细胞、血小板、红细胞、外周血单核细胞、巨噬细胞、角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞的膜中形成七聚体孔。α毒素孔形成通常导致细胞功能障碍或裂解。因此，在某些方面，抗体或其抗原结合片段特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素。在某些方面，金黄色葡萄球菌α毒素包含SEQ ID NO：70的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段是在US2014/0072577(其通过引用以其全文结合在此)中披露的抗体或其抗原结合片段。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段是WO 2012/109285(其通过引用以其全文结合在)中披露的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段结合与2A3.1、10A7.5、12B8.19、28F6.1、25E9.1、QD20、QD33、QD37、QD3、QD4、QD23、QD32、2A3GL、LC10、TVES、3H7KAD、LC9、LC4、或LC5(列于下表2)相同的α毒素表位。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段结合与LC10相同的α毒素表位。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制2A3.1、10A7.5、12B8.19、28F6.1、25E9.1、QD20、QD33、QD37、QD3、QD4、QD23、QD32、2A3GL、LC10、TVES、3H7KAD、LC9、LC4、或LC5与金黄色葡萄球菌α毒素的结合。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制LC10与金黄色葡萄球菌α毒素的结合。
表2：抗α毒素抗体序列SEQ ID NO
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NO：22和21；SEQ ID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ IDNO：28和27；SEQ ID NO：29和30；SEQ ID NO：31和32；SEQ ID NO：33和34；SEQ ID NO：35和36；SEQ ID NO：37和38；SEQ ID NO：39和40；SEQ ID NO：41和42；SEQ ID NO：43和44；SEQ IDNO：45和46；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：49和46；SEQ ID NO：50和46；SEQ ID NO：50和51；或SEQ ID NO：67和51的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)序列的抗体相同的α毒素表位结合。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：45和46的VH和VL序列的抗体相同的α毒素表位结合。
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NO：22和21；SEQID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ ID NO：28和27；SEQ ID NO：29和30；SEQ ID NO：31和32；SEQ ID NO：33和34；SEQ IDNO：35和36；SEQ ID NO：37和38；SEQ ID NO：39和40；SEQ ID NO：41和42；SEQ ID NO：43和44；SEQ ID NO：45和46；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：49和46；SEQ ID NO：50和46；SEQ IDNO：50和51；或SEQ ID NO：67和51的VH和VL序列的抗体与金黄色葡萄球菌α毒素的结合。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQID NO：45和46的VH和VL序列的抗体与金黄色葡萄球菌α毒素结合。
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段是包含(a)包含SEQ ID NO：7、10、13或57的氨基酸序列的VH CDR1；(b)包含SEQ ID NO：8、11、14、17、58或63的氨基酸序列的VH CDR2；(c)包含SEQ ID NO：9、12、15、18、16、53、54、55、59、60、64或66的氨基酸序列的VH CDR3；(d)包含SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列的VL CDR1；(e)包含SEQ ID NO：2、5、61或65的氨基酸序列的VL CDR2；和(f)包含SEQ ID NO：3、6、52、56或62的氨基酸序列的VL CDR3的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3包含SEQ IDNO：7、8、9、1、2和3；SEQ ID NO：10、11、12、1、2和3；SEQ ID NO：13、14、15、4、5和6；SEQ IDNO：7、17、18、1、2和3；SEQ ID NO：7、8、16、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、53、1、2和52；SEQ IDNO：7、8、54、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、55、1、2和56；SEQ ID NO：7、8、55、1、2和52；SEQ IDNO：7、8、66、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、53、1、2和56；SEQ ID NO：57、58、59、1、2和56；SEQ IDNO：7、8、60、1、61和62；SEQ ID NO：57、63、59、1、2和56；SEQ ID NO：57、63、64、1、2和56；SEQID NO：57、63、64、1、65和62；或SEQ ID NO：57、58、59、1、65和67的氨基酸序列。在某些方面，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3对应于SEQ ID NO：57、58、59、1、2和56的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、50或67的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或51的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、50或67的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或51的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、50或67的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或51的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、50或67的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或51的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、50或67的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或51的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、50或67的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：19、21、23、25、27、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或51的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：20、22、24、26、28、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、50或67的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQ IDNO：19、21、23、25、27、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48或51的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。
在某些方面，VH和VL对应于SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NO：22和21；SEQ ID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ ID NO：28和27；SEQ ID NO：29和30；SEQ ID NO：31和32；SEQID NO：33和34；SEQ ID NO：35和36；SEQ ID NO：37和38；SEQ ID NO：39和40；SEQ ID NO：41和42；SEQ ID NO：43和44；SEQ ID NO：45和46；SEQID NO：47和48；SEQ ID NO：49和46；SEQID NO：50和46；SEQ IDNO：50和51；或SEQ ID NO：67和51的氨基酸序列。在某些方面，VH和VL对应于SEQ ID NO：45和46的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO：68的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO：69的氨基酸序列的轻链(即，MEDI4893)。
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段结合SEQID NO：70的金黄色葡萄球菌α毒素的片段，其包含(a)SEQ ID NO：70的氨基酸261-272；(b)SEQ ID NO：70的氨基酸173-201；(c)SEQ ID NO：70的氨基酸261-272和SEQ ID NO：70的氨基酸173-201；或(d)SEQ ID NO：70的氨基酸248-277。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段结合SEQ ID NO：70的金黄色葡萄球菌α毒素的片段，其由(a)SEQ ID NO：70的氨基酸261-272；(b)SEQ ID NO：70的氨基酸173-201；(c)SEQ ID NO：70的氨基酸261-272和SEQ ID NO：70的氨基酸173-201；或(d)SEQ ID NO：70的氨基酸248-277组成。
在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段(a)对α毒素的亲和常数(KD)为约13nM或更小；(b)结合α毒素单体，但不抑制α毒素与α毒素受体的结合；(c)抑制α毒素寡聚体形成的至少50％、60％、70％、80％、90％或95％；(d)将α毒素溶细胞活性降低至少50％、60％、70％、80％、90％或95％(例如，通过细胞裂解和溶血测定确定)；(e)减少细胞浸润和促炎细胞因子释放；或(f)其组合。
在某些实施例中，如本文所述的抗体或其抗原结合片段特异性结合金黄色葡萄球菌表位(例如α毒素)，通过解离常数(KD)表征的亲和力不大于5x 10-2M、10-2M、5x 10-3M、10- 3M、5x 10-4M、10-4M、5x 10-5M、10-5M、5x 10-6M、10-6M、5x 10-7M、10-7M、5x 10-8M、10-8M、5x10- 9M、10-9M、5x 10-10M、10-10M、5x 10-11M、10-11M、5x 10-12M、10-12M、5x 10-13M、10-13M、5x 10-14M、10-14M、5x 10-15M、或10-15M。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或抗原结合片段改变α毒素、α毒素表达细胞或其他细菌细胞的生物性质。在某些方面，抗-α毒素抗体或抗原结合片段通过结合多肽并抑制α毒素单体装配成跨膜孔(例如α毒素七聚体)来中和α毒素的生物活性。中和测定可以使用本领域已知的方法进行，在一些情况下使用可商购的试剂。α毒素的中和常常以1X 10-6M或更低、1X 10-7M或更低、1X 10-8M或更低、1X 10-9M或更低、1X 10-10M或更低和1X 10-11M或更低的IC50来测量。在某些实施例中，抗-α毒素抗体或片段中和α毒素寡聚和并形成跨膜孔的能力。术语“抑制浓度50％”(缩写为“IC50”)表示50％抑制抑制剂靶标的分子的给定活性(例如，α毒素寡聚化以形成跨膜孔七聚体复合物)所需的抑制剂(例如，本文提供的抗-α毒素抗体或片段)的浓度。较低的IC50值通常对应于更有效的抑制剂。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或片段抑制α毒素的一种或多种生物活性。如本文所用的，术语“抑制”是指任何统计学显著的生物活性的降低，包括活性的完全阻断。例如，“抑制”可以指生物活性大约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％的降低。在某些实施例中，抗-α毒素抗体或片段对一种或多种α毒素的生物活性抑制至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％。
在某些方面，抗-α毒素抗体或片段可以消除由致病性金黄色葡萄球菌分泌的α毒素。在某些方面，抗-α毒素抗体或片段可实现至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％或约100％的由金黄色葡萄球菌分泌的α毒素的消除。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或片段可以抑制体外刺激的α毒素活性(例如，受体结合、寡聚化)和/或抑制表达或分泌α毒素的细胞的增殖。抗-α毒素抗体或片段有时抑制α毒素活性金黄色葡萄球菌致病性至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、或至少约75％。测量细胞增殖、致病性和α溶血素活性的方法是本领域已知的。
在某些实施例中，抗-α毒素抗体或抗原结合片段可以抑制一种或多种诱导性基因的表达，这种或这些诱导性基因直接或间接地响应于由金黄色葡萄球菌感染引起的和/或α毒素表达和功能产生的环境。在具体实施例中，抗-α毒素抗体或抗原结合片段抑制一种或多种诱导性基因的表达(该诱导性基因直接或间接地响应于由金黄色葡萄球菌感染引起的和/或α毒素表达和功能产生的环境)至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少100％、至少120％、至少140％、至少160％、至少180％、或至少200％。
抗假单胞菌抗体及其抗原结合片段
在某些方面，根据本文提供的方法使用的抗体或其抗原结合片段特异性结合假单胞菌抗原(例如多肽和/或碳水化合物)。在某些方面，抗体或其抗原结合片段结合荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、产碱假单胞菌(Pseudomonas alcaligenes)、或铜绿假单胞菌抗原(例如多肽和/或碳水化合物)。在某些方面，抗体或其抗原结合片段特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如多肽和/或碳水化合物)。
在某些方面，抗体或其抗原结合片段特异性结合铜绿假单胞菌Psl胞外多糖。Psl胞外多糖是由D-甘露糖、L-鼠李糖和D-葡萄糖组成的重复五糖聚合物。据报道Psl1被锚定于铜绿假单胞菌的表面，并且被认为在促进宿主组织的定殖和在建立/维持生物膜形成中是重要的。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段是WO 2012/170807、WO 2013/070615、或WO 2014/074528(其每一个通过引用以其全文结合在此)中披露的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段结合与Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD相同的铜绿假单胞菌Psl表位(如WO 2012/170807中所披露的，其通过引用以其全文结合在此)。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016或WapR-004RAD与铜绿假单胞菌Psl的结合。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段是包含Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH CDR1、VH CDR2、VH、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列的VH CDR1、VHCDR2、VH、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH和VL具有至少75％同一性的重链可变结构域(VH)和轻链可变区(VL)。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH和VL具有至少80％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH和VL具有至少85％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH和VL具有至少90％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH和VL具有至少95％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH和VL具有至少98％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH和VL具有至少99％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含Cam-003、Cam-004、Cam-005、WapR-001、WapR-002、WapR-003、WapR-004、WapR-007、WapR-016、或WapR-004RAD的VH和VL的序列的VH和VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段结合与WapR-004、WapR-004RAD或Ps10096相同的铜绿假单胞菌Psl表位。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制WapR-004、WapR-004RAD或Ps10096与铜绿假单胞菌Psl的结合。在下表3中提供了WapR-004、WapR-004RAD、和Ps10096的序列。
表3：抗-铜绿假单胞菌Psl抗体序列SEQ ID NO
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段结合与包含SEQ ID NO：71和72；SEQ ID NO：79和72；或SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体相同的表位。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段结合与包含SEQID NO：79和72的VH和VL序列的抗体相同的表位。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段结合与包含SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体相同的表位。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQ ID NO：71和72；SEQ ID NO：79和72；或SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体与铜绿假单胞菌Psl的结合。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl毒素的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQ ID NO：79和72的VH和VL序列的抗体与铜绿假单胞菌Psl的结合。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl毒素的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体与铜绿假单胞菌Psl的结合。
在某些方面，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3对应于SEQID NO：73、74、75、76、77、和78；SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78的氨基酸序列。在某些方面，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3对应于SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78的氨基酸序列。在某些方面，VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3对应于SEQ ID NO：73、74、94、76、77和95的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQID NO：71或79的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：71或79的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：71或79的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：71或79的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ IDNO：71或79的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：71或79的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQID NO：72的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：71或79的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：71或79的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，VH和VL包含SEQ ID NO：71和72；或SEQ ID NO：79和72的氨基酸序列。在某些方面，VH和VL包含SEQ IDNO：79和72的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQID NO：96的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，VH和VL包含SEQ IDNO：96和97的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl的抗体或其抗原结合片段是种系优化的Wap-004-RAD。在某些方面，种系优化的Wap-004-RAD是Psl0096、Psl0170、Psl0225、Psl0304、Psl0337、Psl348、Psl0567、Psl0573、Psl0574、Psl0582、Psl0584、Psl0585、Psl0588、或Psl0589(如WO 2014/074528所描述的，其通过引用以其全文结合在此)。在某些方面，种系优化的Wap-004-RAD是Psl0096、Psl0225、Psl0337、Psl0567、或Psl0588。在某些方面，种系优化的Wap-004-RAD是Psl0096。
在某些方面，抗体或其抗原结合片段特异性结合铜绿假单胞菌PcrV。PcrV是III型分泌系统的相对保守的组分。PcrV似乎是将III型分泌毒素递送介导到靶真核细胞中的III型分泌系统的易位装置的整体构件。针对PcrV的主动和被动免疫改善急性肺损伤和感染细胞毒性铜绿假单胞菌的小鼠的死亡率。针对PcrV免疫的主要作用归因于阻断III型分泌毒素易位到真核细胞中。在某些方面，铜绿假单胞菌PcRv包含基因库登录号AAC45935或AAO91771的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段是WO 2013/070615或WO 2014/074528(其通过引用以其全文结合在此)中披露的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段结合与29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR相同的铜绿假单胞菌PcrV表位(如WO 2013/070615和/或WO 2014/074528中所提供，其各自通过引用以其全文结合在此)。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR与铜绿假单胞菌PcrV的结合。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段是包含29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH CDR1、VH CDR2、VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH和VL具有至少75％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH和VL具有至少80％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH和VL具有至少85％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH和VL具有至少90％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH和VL具有至少95％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH和VL具有至少98％同一性的VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH和VL具有至少99％同一性的VH和VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有29D2、V2L2、V2L2-GL、V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR的VH和VL的序列的VH和VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段结合与V2L2相同的铜绿假单胞菌PcrV表位。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制V2L2与铜绿假单胞菌PcrV的结合。在下表4中提供了V2L2和V2L2-MD的序列。
表4：抗-铜绿假单胞菌PcrV抗体序列SEQ ID NO
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段与包含SEQID NO：81和82或SEQ ID NO：98和99的VH和VL序列的抗体相同的PcrV表位结合。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQ ID NO：81和82或SEQ ID NO：98和99的VH和VL序列的抗体与铜绿假单胞菌PcrV的结合。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段是包含SEQID NO：83-88的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQID NO：81的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ IDNO：82的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQID NO：82的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，VH和VL包含SEQ ID NO：81和82的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQID NO：98的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ IDNO：99的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQID NO：99的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，VH和VL包含SEQ ID NO：98和99的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段是种系优化的V2L2。在某些方面，种系优化的V2L2是V2L2种系化的Mab(V2L2-GL)、或V2L2-GL优化的Mab(如，V2L2-P4M、V2L2-MFS、V2L2-MD、或V2L2-MR)(如WO 2014/074528所描述的，其通过引用以其全文结合在此)。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌PcrV的抗体或其抗原结合片段可以破坏III型毒素分泌系统的活性。
在某些方面，抗体或其抗原结合片段是特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的双特异性抗体或其抗原结合片段。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段是WO 2013/070615和/或WO 2014/074528(其通过引用以其全文结合在此)中披露的抗体或其抗原结合片段。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：79和72或SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体相同的Psl表位结合。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：81和82或SEQ ID NO：98和99的VH和VL序列的抗体相同的PcrV表位结合。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段与包含对应于SEQ ID NO：79和72或者SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体相同的Psl表位结合，并且与包含SEQ ID NO：81和82或者SEQ ID NO：98和99的VH和VL序列的抗体相同的PcrV表位结合。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQ ID NO：79和72或者SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体与铜绿假单胞菌Psl的结合。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQ ID NO：81和82或SEQ ID NO：98和99的VH和VL序列的抗体与铜绿假单胞菌PcrV的结合。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段竞争性抑制包含SEQ ID NO：79和72或SEQ ID NO：96和97的VH和VL序列的抗体与铜绿假单胞菌Psl的结合，并且竞争性抑制包含SEQ ID NO：81和82或SEQ ID NO：98和99的VH和VL序列的抗体与铜绿假单胞菌PcrV的结合。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ ID NO：73、74、94、76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：83-88的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEO ID NO：73、74、94、76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列，以及对应于SEQ ID NO：83-88的氨基酸序列的VH CDR1、VH CDR2、VHCDR3、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO：79和72的氨基酸序列的VH和VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO：96和97的氨基酸序列的VH和VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO：81和82的氨基酸序列的VH和VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少85％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少85％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，并且包含与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有SEQID NO：98和99的氨基酸序列的VH和VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：79的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：81的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：72的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：82的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO：79的氨基酸序列的VH，含有SEQ ID NO：81的氨基酸序列的VH，含有SEQID NO：72的氨基酸序列的VL，和含有SEQ ID NO：82的氨基酸序列的VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少75％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少75％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少80％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少80％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少90％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少90％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少95％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少95％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少98％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少98％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO：96的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：98的氨基酸序列具有至少99％同一性的VH，具有与SEQ ID NO：97的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL，和具有与SEQ ID NO：99的氨基酸序列具有至少99％同一性的VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO：96的氨基酸序列的VH，含有SEQ ID NO：98的氨基酸序列的VH，含有SEQ ID NO：97的氨基酸序列的VL，和含有SEQ ID NO：99的氨基酸序列的VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有WapR-004RAD(SEQ ID NO：79和72)和/或V2L2抗体(SEQ ID NO：81和82)的VH和VL序列的ScFv。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有WapR-004RAD(SEQ ID NO：79和72)和V2L2IgG的VH和VL序列的ScFv。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有V2L2抗体(SEQ ID NO：81和82)和WapR-004RAD IgG的VH和VL序列的ScFv。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有WapR-004RAD(即，分别为SEQ ID NO：73、74、80、76、77、和78)的VH-CDR1、VH-CDR2、VH-CDR3、VL-CDR1、VL-CDR2、和VL-CDR3序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含V2L2(即，分别为SEQID NO：83、84、85、86、87、和88)的VH-CDR1、VH-CDR2、VH-CDR3、VL-CDR1、VL-CDR2、和VL-CDR3序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含WapR-004RAD(即，分别为SEQ ID NO：73、74、80、76、77、和78)的VH-CDR1、VH-CDR2、VH-CDR3、VL-CDR1、VL-CDR2、和VL-CDR3序列，以及V2L2(即，分别为SEQ ID NO：83、84、85、86、87、和88)的VH-CDR1、VH-CDR2、VH-CDR3、VL-CDR1、VL-CDR2、和VL-CDR3序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：89(Bs3中的W4-RADScFv)、SEQ ID NO：90(Bs2中的W4-RAD ScFv-V2L2)、或SEQ ID NO：91(Bs4中的W4-RADScFv)的氨基酸。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：92(Bs4-V2L2-2C的轻链)的氨基酸序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：93(Bs4-V2L2-2C的重链)的氨基酸序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含SEQ IDNO：92(Bs4-V2L2-2C的轻链)的氨基酸序列和SEQ ID NO：93(Bs4-V2L2-2C的重链)的氨基酸序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段是Bs2-V2L2、Bs3-V2L2、Bs4-V2L2、Bs2-V2L2-2C、Bs3-V2L2-2C、Bs4-V2L2-2C(也称为Bs4-WT)、Bs4-V2L2-2C-YTE、或Bs2-W4-RAD-2C(如在WO 2013/070615和/或WO 2014/074528中所披露的，其通过引用以其全文结合在此)。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有Psl0096(SEQ ID NO：96和97)和/或V2L2-MD(SEQ ID NO：98和99)的VH和VL序列的ScFv。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有Psl0096(SEQ ID NO：96和97)和V2L2-MD IgG的VH和VL序列的ScFv。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有V2L2-MD(SEQ ID NO：98和99)和Psl0096IgG的VH和VL序列的ScFv。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有Psl0096(即，分别为SEQ ID NO：73、74、94、76、77、和95)的VH-CDR1、VH-CDR2、VH-CDR3、VL-CDR1、VL-CDR2、和VL-CDR3序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有V2L2-MD(即，分别为SEQ IDNO：83、84、85、86、87、和88)的VH-CDR1、VH-CDR2、VH-CDR3、VL-CDR1、VL-CDR2、和VL-CDR3序列。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有Psl0096(即，分别为SEQ ID NO：73、74、94、76、77、和95)的VH-CDR1、VH-CDR2、VH-CDR3、VL-CDR1、VL-CDR2、和VL-CDR3序列，以及V2L2-MD(即，分别为SEQ ID NO：83、84、85、86、87、和88)的VH-CDR1、VH-CDR2、VH-CDR3、VL-CDR1、VL-CDR2、和VL-CDR3序列。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段是BS4-GLO(如在WO 2014/074528中所描述的，其通过引用以其全文结合在此)。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含抗Psl scFv Psl0096和抗PcrV V2L2-MD VH和VL。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含抗PcrV ScFv和抗Psl VH和VL。
在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO：100的氨基酸序列的轻链和含有SEQ ID NO：101的氨基酸序列的重链。
在某些实施例中，如本文所述的抗体或其抗原结合片段特异性结合金黄色葡萄球菌表位(例如，Psl、PcrV、或Psl和PcrV)，通过解离常数(KD)表征的亲和力不大于5x 10-2M、10-2M、5x10-3M、10-3M、5x10-4M、10-4M、5x10-5M、10-5M、5x10-6M、10-6M、5x 10-7M、10-7M、5x10-8M、10-8M、5x 10-9M、10-9M、5x 10-10M、10-10M、5x 10-11M、10-11M、5x 10-12M、10-12M、5x 10-13M、10- 13M、5x 10-14M、10-14M、5x 10-15M、或10-15M。
在某些方面，特异性结合假单胞菌Psl和/或PcrV的抗体或其抗原结合片段，(a)抑制铜绿假单胞菌附着于上皮细胞，(b)促进、介导或增强铜绿假单胞菌的调理吞噬杀灭(OPK)，(c)抑制铜绿假单胞菌附着于上皮细胞，和/或(d)破坏III型毒素分泌系统的活性。
药物组合物
在某些实施例中，本文提供的抗葡萄球菌和/或抗假单胞菌抗体或抗原结合片段可以与药学上可接受的载体一起配制为药物(治疗)组合物，并且可以通过本领域已知的多种方法来给予。给予的途径和/或模式可以根据所期望的结果而变化。如本文所用，包含抗葡萄球菌和/或抗假单胞菌抗体或抗原结合片段的药物配制品被称为本技术的配制品。术语“药学上可接受的载体”是指不干扰活性成分的生物活性的有效性的一种或多种无毒材料。此类制剂通常含有盐、缓冲剂、防腐剂、相容的载体、和任选地其他治疗剂。此类药学上可接受的制剂还常规地包含适合于给予人的相容的固体或液体填充剂、稀释剂或包封物质。术语“载体”表示天然或合成的有机或无机成分，活性成分与其组合以促进应用。药物组合物的组分还能够与本发明技术的抗体及其抗原结合片段以及彼此使得没有相互作用本质上损害所期望的药物功效的方式混合。
本技术的治疗组合物可以配制用于特定剂量。可以调节剂量方案以提供最佳的期望反应(例如，治疗反应)。例如，可以给予单次推注，可以随时间给予若干分次剂量或者可以由治疗情况的紧迫性所指示的按比例减少或增加剂量。特别有利的是以剂量单位形式配制肠胃外组合物以便给药和剂量统一。本文使用的剂量单位形式是指适合作为单一剂量用于待治疗受试者的物理上离散的单位；每个单位含有经计算以产生与所需的药物载体组合产生期望的治疗效果的活性化合物的预定量。
本技术的治疗组合物可以配制用于特定的给药途径，例如口服、经鼻、经肺、局部(包括颊和舌下)、经直肠、经阴道、和/或胃肠外给药。配制品可方便地以单位剂型存在，且可通过配药学领域公知的任何方法制备。可与载体材料组合以产生单一剂型的活性成分的量将取决于所治疗的受试者以及具体给药模式而变化。可以与载体材料组合以产生单一剂型的活性成分的量通常是产生治疗效果的组合物的量。
治疗和预防方法
如本文所提供的，可以通过给予在多细菌感染中结合至少一种细菌的表位的抗体或其抗原结合片段来治疗或预防多细菌感染。
因此，某些方面针对在对其有需要的患者中治疗或预防多细菌感染的方法，该方法包括向患者给予特异性结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括金黄色葡萄球菌和至少一种其他细菌。一个实施例针对在对其有需要的患者中治疗或预防多细菌感染的方法，该方法包括向患者给予特异性结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包含金黄色葡萄球菌和至少一种其他细菌，其中该金黄色葡萄球菌增强该至少一种其他细菌的生长。在一个实施例中，金黄色葡萄球菌α毒素加强至少一种其他细菌的生长。给予抗金黄色葡萄球菌抗体或其抗原结合片段(例如，抗α毒素抗体或其抗原结合片段)可以抑制至少一种其他细菌的生长。给予抗金黄色葡萄球菌抗体或其抗原结合片段(例如，抗α毒素抗体或其抗原结合片段)可以增加存活。给予抗金黄色葡萄球菌抗体或其抗原结合片段(例如，抗α毒素抗体或其抗原结合片段)可以降低死亡率。
一个实施例针对在对其有需要的患者中治疗或预防多细菌感染的方法，该方法包括向患者给予特异性结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括金黄色葡萄球菌和假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)。一个实施例针对在对其有需要的患者中治疗或预防多细菌感染的方法，该方法包括向患者给予特异性结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括金黄色葡萄球菌和假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)，其中该金黄色葡萄球菌加强该假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)的生长。在一个实施例中，金黄色葡萄球菌α毒素加强假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)的生长。给予抗-金黄色葡萄球菌抗体或其抗原结合片段(例如，抗α毒素抗体或其抗原结合片段)可以抑制假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)的生长。给予抗金黄色葡萄球菌抗体或其抗原结合片段(例如，抗α毒素抗体或其抗原结合片段)可以增加存活。给予抗金黄色葡萄球菌抗体或其抗原结合片段(例如，抗α毒素抗体或其抗原结合片段)可以降低死亡率。
某些方面针对在对其有需要的患者中治疗或预防多细菌感染的方法，该方法包括向患者给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括铜绿假单胞菌和至少一种其他细菌。一个实施例针对在对其有需要的患者中治疗或预防多细菌感染的方法，该方法包括向患者给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包含铜绿假单胞菌和至少一种其他细菌，其中该铜绿假单胞菌增强该至少一种其他细菌的生长。抗-铜绿假单胞菌抗体或其抗原结合片段(例如结合Psl、PcrV、或Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段)的给予可以抑制至少一种其他细菌的生长。抗-铜绿假单胞菌抗体或其抗原结合片段(例如结合Psl、PcrV、或Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段)的给予可以增加存活。抗-铜绿假单胞菌抗体或其抗原结合片段(例如结合Psl、PcrV、或Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段)的给予可以降低死亡率。
一个实施例针对在对其有需要的患者中治疗或预防多细菌感染的方法，该方法包括向患者给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括铜绿假单胞菌和葡萄球菌(例如，金黄色葡萄球菌)。一个实施例针对在对其有需要的患者中治疗或预防多细菌感染的方法，该方法包括向患者给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括铜绿假单胞菌和葡萄球菌(例如，金黄色葡萄球菌)，其中该铜绿假单胞菌加强该葡萄球菌(例如，金黄色葡萄球菌)的生长。抗-铜绿假单胞菌抗体或其抗原结合片段(例如结合Psl、PcrV、或Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段)的给予可以抑制葡萄球菌(例如，金黄色葡萄球菌)的生长。抗-铜绿假单胞菌抗体或其抗原结合片段(例如结合Psl、PcrV、或Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段)的给予可以增加存活。抗-铜绿假单胞菌抗体或其抗原结合片段(例如结合Psl、PcrV、或Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段)的给予可以降低死亡率。
某些方面针对抑制患者中假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)生长的方法，该方法包括向对其有需要的患者给予抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如，α毒素)。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如，α毒素)的抗体或其抗原结合片段对假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)生长抑制25％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如，α毒素)的抗体或其抗原结合片段对假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)生长抑制50％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如，α毒素)的抗体或其抗原结合片段对假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)生长抑制75％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如，α毒素)的抗体或其抗原结合片段对假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)生长抑制80％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如，α毒素)的抗体或其抗原结合片段对假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)生长抑制85％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如，α毒素)的抗体或其抗原结合片段对假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)生长抑制90％。
从患有多细菌感染的患者获得的样品中的菌落形成单位(CFU)的数目可以提供感染的严重性的指示。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少50％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少75％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少80％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少85％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少90％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少95％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少96％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少97％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少98％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予将来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU减少至少99％。在某些方面，特异性结合金黄色葡萄球菌抗原(例如α毒素)的抗体或其抗原结合片段的给予消除来自患者的样品中的假单胞菌(例如铜绿假单胞菌)CFU。
某些方面针对抑制患者中葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)生长的方法，该方法包括向对其有需要的患者给予抗体或其抗原结合片段，其中该抗体或其抗原结合片段特异性结合到铜绿假单胞菌抗原(例如，Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段对葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)生长抑制25％。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段对葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)生长抑制50％。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段对葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)生长抑制75％。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段对葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)生长抑制80％。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段对葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)生长抑制85％。在某些方面，特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段对葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)生长抑制90％。
在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少50％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少75％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少80％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少85％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少90％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少95％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少96％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少97％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少98％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段将从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU减少至少99％。在某些方面，给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原(例如Pcs1、PcrV、或Psl和PcrV)的抗体或其抗原结合片段消除从患者获得的样品中的葡萄球菌(例如金黄色葡萄球菌)CFU。
在某些方面，多细菌感染是眼部感染、肺部感染、烧伤感染、伤口感染、外科伤口感染、皮肤感染、软组织感染、血液感染、骨感染或两种或更多种所述感染的组合。
在某些方面，患者患有急性肺炎、烧伤、角膜感染、囊性纤维化、呼吸机相关性肺炎、皮肤感染、伤口感染或其组合。
制备和给予抗细菌抗体或其抗原结合片段(例如抗葡萄球菌、抗金黄色葡萄球菌、抗α毒素、抗假单胞菌、抗铜绿假单胞菌、抗Ps1、抗PcrV、或抗Psl和PcrV抗体或其抗原结合片段)的方法是本领域技术人员熟知的或容易确定的。抗细菌抗体或其抗原结合片段的给予途径可以是例如口服、胃肠外、吸入或局部给药。本文所用的术语肠胃外包括例如静脉内、动脉内、腹膜内、肌内或皮下给予。给予的合适形式将是用于注射的溶液，特别是用于静脉内或动脉内注射或滴注的溶液。然而，在与本文教导相容的其他方法中，抗细菌抗体或其抗原结合片段可以直接递送至不利细胞群体的位点，例如感染，从而增加患病组织对治疗剂的暴露。例如，抗细菌抗体或其抗原结合片段可以直接给予至眼组织、烧伤损伤或肺组织。
抗细菌抗体或其抗原结合片段(例如抗葡萄球菌、抗金黄色葡萄球菌、抗-α毒素、抗假单胞菌、抗铜绿假单胞菌、抗Psl、抗PcrV、或抗Psl和PcrV抗体、或其抗原结合片段)能以用于体内治疗多细菌感染(例如，包含葡萄球菌和/或假单胞菌的感染)的药学有效量给予。在这点上，应当理解，配制抗体或其抗原结合片段以便于给予和促进活性剂的稳定性。
在某些实施例中，抗细菌抗体或其抗原结合片段(例如抗葡萄球菌、抗金黄色葡萄球菌、抗α毒素、抗假单胞菌、抗铜绿假单胞菌、抗Psl、抗PcrV、或抗Psl和PcrV抗体、或其抗原结合片段)可以与其他抗细菌剂如抗生素组合使用。抗生素包括例如β-内酰胺抗生素(如头孢氨苄)、磺胺药物(如复方新诺明/甲氧苄啶-磺胺甲噁唑)、四环素(如多西环素和米诺环素)、克林霉素、万古霉素、利奈唑胺、达托霉素、替考拉宁(协同剂)、替加环素、环丙沙星、美罗培南、妥布霉素和氨曲南。在某些实施例中，抗生素是环丙沙星。
实例
实例1：金黄色葡萄球菌增强铜绿假单胞菌的感染
将小鼠用铜绿假单胞菌菌株6077或金黄色葡萄球菌菌株SF8300接种，并评估其存活。将小鼠(n＝10)在3％异氟烷/O2中短暂麻醉，将50μl的细菌(不同浓度)沉积在鼻孔尖端。监测死亡率七天。如图1A所示，用铜绿假单胞菌的7.5e4菌落形成单位(CFU)处理的所有小鼠经七天时间仍存活，但用8.00e5CFU处理的小鼠无存活。此外，用1.25e8CFU金黄色葡萄球菌处理的所有小鼠经七天时间仍存活，但用2.25e8或3.25e8CFU金黄色葡萄球菌处理的小鼠无存活(图1B)。
为了研究共感染动力学，用铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌的混合物接种小鼠，最终浓度为每只小鼠5.5e7CFU金黄色葡萄球菌和每只小鼠1.1e5CFU铜绿假单胞菌。监测死亡率七天。如图1所示，当单独给予时，这些剂量明显低于致死剂量。因此，用铜绿假单胞菌或金黄色葡萄球菌处理的大多数小鼠存活(图2A)。然而，用组合处理的小鼠无存活(图2A)。
还检测了铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌在小鼠中的定殖。在这些实验中，如上所述用铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌的组合接种小鼠，并且在不同时间对五只小鼠/组实施安乐死。除去它们的肺，并在1mL磷酸盐缓冲盐水(PBS)中匀浆后，将等分试样接种在甘露糖醇盐琼脂上以定量金黄色葡萄球菌或假单胞菌分离琼脂，以定量铜绿假单胞菌。在接种铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌两者的小鼠中，铜绿假单胞菌的水平显着高于仅接种铜绿假单胞菌的小鼠(图2B)。此外，在接种铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌两者的小鼠中，铜绿假单胞菌的水平在接种后24小时和36小时比在仅接种铜绿假单胞菌的小鼠中显著更高(图3)。在另外的实验中，还检查了接种有6.1e7CFU金黄色葡萄球菌和/或1.3e5CFU铜绿假单胞菌的小鼠中的定殖。在这些实验中，接种铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌两者的小鼠中的金黄色葡萄球菌的水平在接种后48小时比在仅接种金黄色葡萄球菌的小鼠中显著更高(图4)。
这些数据表明金黄色葡萄球菌加强铜绿假单胞菌的生长。此外，这些数据还表明，金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌组合的正常亚致死激发剂量增加了肺部感染模型的致死率。肺共感染模型中铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌激发剂量滴定的概述如下所示，其中鼻内激发涉及铜绿假单胞菌菌株：6077(exoU)：LD100＝约1e6和金黄色葡萄球菌菌株：SF8300(cMRSA)：LD100＝约2e8。
实例2：金黄色葡萄球菌α毒素增强铜绿假单胞菌的感染
为了确定金黄色葡萄球菌α毒素是否对于金黄色葡萄球菌加强铜绿假单胞菌生长是必需的，用在编码α毒素(也称为α-溶血素(hla))的基因中含有缺失的金黄色葡萄球菌菌株进行实验。在这些实验中，用野生型(WT)或突变(Δhla)金黄色葡萄球菌单独(单次感染)或与铜绿假单胞菌(混合感染)组合接种小鼠。然后在接种后24小时和36小时测量金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的水平。接受缺乏α毒素(Δhla)的金黄色葡萄球菌接种的小鼠中的金黄色葡萄球菌水平低于野生型金黄色葡萄球菌。此外，接受缺乏α毒素(Δhla)的金黄色葡萄球菌接种的小鼠中的铜绿假单胞菌水平比野生型金黄色葡萄球菌低。
还评估了金黄色葡萄球菌α毒素对小鼠存活的影响。小鼠用1e8CFU野生型金黄色葡萄球菌、缺乏α毒素的1e8CFU金黄色葡萄球菌、1e5CFU铜绿假单胞菌或其组合接种。如图5所示，接受野生型金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的小鼠均无存活。另一方面，接受铜绿假单胞菌或缺乏α毒素的金黄色葡萄球菌的所有小鼠均存活(图5)。值得注意的是，接受与铜绿假单胞菌组合的缺乏α毒素的金黄色葡萄球菌的小鼠比接受野生型金黄色葡萄球菌与铜绿假单胞菌组合的小鼠存活数量更多(图5)。
为了确定金黄色葡萄球菌α毒素是否足以增强铜绿假单胞菌的生长，用1e5CFU铜绿假单胞菌、0.1μgα毒素或其组合接种小鼠。那些仅接种铜绿假单胞菌或α毒素的小鼠存活，但是许多接种该组合的小鼠没有存活(图6A)。因此，天然α毒素当与铜绿假单胞菌组合时增强死亡率。在接种前24小时给予抗α毒素抗体LC10足以逆转这种效应。在接受LC10后接受铜绿假单胞菌和α毒素的组合的小鼠存活(图6A)。
另外的实验证明热灭活的金黄色葡萄球菌不能加强铜绿假单胞菌的生长。经1e5CFU铜绿假单胞菌与从热灭活金黄色葡萄球菌获得的细胞沉淀物或上清液组合接种的小鼠存活(图6B)。
对经处理的小鼠中铜绿假单胞菌水平的分析显示相似的结果。特别地，单独接种1e5CFU铜绿假单胞菌的小鼠显示低水平的铜绿假单胞菌生长(图7)。然而，共同接种1e8CFU金黄色葡萄球菌、缺乏α毒素的1e8CFU金黄色葡萄球菌、或0.1mgα毒素增加铜绿假单胞菌(图7)。给予15mg/kg LC10连同0.1mgα毒素防止铜绿假单胞菌的增加(图7)。
这些数据表明金黄色葡萄球菌的α毒素对金黄色葡萄球菌加强铜绿假单胞菌的生长的能力是重要的，并且足以增强铜绿假单胞菌的生长。此外，抗-金黄色葡萄球菌α毒素抗体抑制α毒素介导的铜绿假单胞菌生长。
实例3：抗-α毒素和抗铜绿假单胞菌抗体的组合促进金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌
多微生物感染模型中的存活
为了确定抗体是否可以增加共同接种铜绿假单胞菌和金黄色葡萄球菌的小鼠的存活，向小鼠给予15mg/kg LC10(抗金黄色葡萄球菌α毒素抗体)与1mg/kg MEDI3902(结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的双特异性抗体)或15mg/kg同种型对照抗体(R347)的组合。在接种1e5CFU铜绿假单胞菌和/或1e8CFU金黄色葡萄球菌之前24小时给予抗体。仅接种金黄色葡萄球菌或铜绿假单胞菌的小鼠存活(图8)。然而，接种金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌两者的小鼠在接受对照抗体时不存活(图8)。给予LC10和MEDI3902抗体能够拯救接受金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌两者的小鼠(图8)。
进行类似的实验，其中改变接种物中的金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的量。接种物含有5e7CFU金黄色葡萄球菌和1.1e5CFU铜绿假单胞菌。与对照抗体(R347)相比，LC10和MEDI3902抗体的组合显著增加小鼠在7天内的存活。
为了评估保护性抗金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌抗体的给予时间的重要性，对小鼠在如下三个不同时间给予15mg/kg LC10和1mg/kg MEDI3902或15mg/kg R347：接种前48小时、接种前24小时、或接种后1小时。所有小鼠均用5e7-1e8CFU金黄色葡萄球菌和5e4CFU铜绿假单胞菌接种。与给予对照抗体相比，在三次测试中任一次给予足以增加小鼠在七天内的存活(图9)。
这些数据表明抗-金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌抗体的组合预防由混合的金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌菌落引起的感染。
实例4：抗-α毒素抗体足以抑制金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌共感染模型中的铜绿
假单胞菌的生长
为了检查单个抗体对金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的混合菌落生长的影响，给予小鼠(i)15mg/kg LC10和1mg/kg MEDI3902的组合，(ii)15mg/kg LC10，(iii)1mg/kgMEDI3902，或(iv)15mg/kg对照抗体(R347)。在小鼠接种5e7CFU金黄色葡萄球菌和1e5CFU铜绿假单胞菌之前24小时给予抗体。感染后24小时收获肺，将匀浆铺于选择性琼脂上以评估金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌生长。令人惊奇的是，抗金黄色葡萄球菌α毒素抗体的给予减少金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌两者的生长，并且抗铜绿假单胞菌抗体的给予减少金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌两者的生长(图10)。
这些数据表明抗-金黄色葡萄球菌α毒素抗体可抑制含有金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌两者的混合菌落中的铜绿假单胞菌的生长。此外，抗-铜绿假单胞菌抗体在金黄色葡萄球菌/铜绿假单胞菌共感染模型中减少金黄色葡萄球菌CFU。
实例5：铜绿假单胞菌的增殖和系统性传播与气道屏障完整性的AT依赖性丧失相关
AT与其受体ADAM10在上皮细胞表面上的结合导致由于连接蛋白的重组和细胞裂解(Bubeck Nat Med ADAM10gp连接)引起的血管渗漏。在从感染金黄色葡萄球菌或用AT处理的小鼠的肺切片中观察到上皮坏死。此外，在感染金黄色葡萄球菌或AT的小鼠中观察到气道血红蛋白的增加，表明存在红细胞。因此，我们假设AT可以通过上皮屏障的扰动促进革兰氏阴性传播。在与金黄色葡萄球菌或纯化的AT的混合感染中，与单独感染铜绿假单胞菌的动物相比，脾脏含有显著更多数量的铜绿假单胞菌(图11A)。在单一或共感染的小鼠组中的小鼠脾脏中的金黄色葡萄球菌细菌负荷没有差异(图11B)。使用LC10进行的预防显著降低了在24和48小时从远端器官回收的铜绿假单胞菌的数目(图11C)。这些数据表明AT在混合感染期间促进铜绿假单胞菌的系统性传播。
实例6：金黄色葡萄球菌AT加强了不同的革兰氏阴性细菌的感染
为了确定AT的作用是否对铜绿假单胞菌具有特异性，或者在SA与其它革兰氏阴性生物体共感染期间可观察到，用肺炎克雷伯菌或鲍氏不动杆菌进行SA共感染。亚致死性IN激发剂量的5e1CFU/小鼠肺炎克雷伯菌或1e6CFU/小鼠鲍氏不动杆菌(分别为1/20和1/10LD100)与5e7CFU/小鼠金黄色葡萄球菌导致90％-100％致死率，并且与革兰氏阴性单感染相比，肺和远端组织中的革兰氏阴性细菌负荷增加(图12B、C、E、F)。与Pa的结果类似，LC10预防和与Δhla的共感染预防致死性并降低革兰氏阴性细菌负荷，表明AT在与这些病原体的共感染的增强中起关键作用。与这个假设一致，亚致死性AT剂量与Kp或Ab一起的共给予足以加强革兰氏阴性病原体的生长并诱导致死性感染。这些数据显示金黄色葡萄球菌AT表达增强了一系列革兰氏阴性机会性细菌病原体的呼吸道感染。
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本领域技术人员仅仅使用常规实验即可识别出或能够确定在此描述的本披露内容的具体方面的许多等效物。此类等效物意图由以下权利要求书涵盖。
在此引用不同的公开，这些公开的披露内容通过引用以其全文结合。
尽管出于清晰理解的目的已经借助于说明和实例相当详细地描述了前述发明，但显而易见可以在所附权利要求书的范围内实践某些变化和修改。
Claims (59)
1.一种治疗或预防患者中的多细菌感染的方法，该方法包括给予特异性结合金黄色葡萄球菌(StaphylococcuS aureus或S.aureus)抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括金黄色葡萄球菌和至少一种其他细菌。
2.如权利要求1所述的方法，其中该金黄色葡萄球菌加强患者中至少一种其他细菌的生长。
3.如权利要求1或2所述的方法，其中该给予抑制至少一种其他细菌的生长。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中该至少一种其他细菌是假单胞菌(Pseudomonas)、克雷伯菌(Klebsiella)或不动杆菌(Acinetobacter)。
5.如权利要求4所述的方法，其中该假单胞菌是铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa或P.Aeruginosa)，该克雷伯菌是肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae或K.Pneumoniae)或该不动杆菌是鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii或A.baumannii)。
6.一种治疗或预防患者中的多细菌感染的方法，该方法包括给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段，其中该多细菌感染包括铜绿假单胞菌和至少一种其他细菌。
7.如权利要求6所述的方法，其中该铜绿假单胞菌加强患者中至少一种其他细菌的生长。
8.如权利要求6或7所述的方法，其中该给予抑制至少一种其他细菌的生长。
9.如权利要求6-8中任一项所述的方法，其中该至少一种其他细菌是葡萄球菌(Staphylococcus)、克雷伯菌(Klebsiella)或不动杆菌(Acinetobacter)。
10.如权利要求9所述的方法，其中该至少一种其他细菌是金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌或鲍氏不动杆菌。
11.一种抑制患者中铜绿假单胞菌生长的方法，该方法包括向该患者给予特异性结合金黄色葡萄球菌抗原的抗体或其抗原结合片段。
12.一种减少患者中金黄色葡萄球菌菌落形成单位(CFU)的方法，该方法包括向该患者给予特异性结合铜绿假单胞菌抗原的抗体或其抗原结合片段。
13.如权利要求1-5或11中任一项所述的方法，其中该金黄色葡萄球菌抗原是α毒素。
14.如权利要求13所述的方法，其中结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NO：22和21；SEQ ID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ ID NO：28和27；SEQ ID NO：29和30；SEQ ID NO：31和32；SEQ ID NO：33和34；SEQ IDNO：35和36；SEQ ID NO：37和38；SEQ ID NO：39和40；SEQ ID NO：41和42；SEQ ID NO：43和44；SEQ ID NO：45和46；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：49和46；SEQ ID NO：50和46；SEQ IDNO：50和51；或SEQ ID NO：67和51的VH和VL序列的抗体相同的α毒素表位结合。
15.如权利要求13所述的方法，其中结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段是包含(a)包含SEQ ID NO：7、10、13或57的氨基酸序列的VH CDR1；(b)包含SEQ ID NO：8、11、14、17、58或63的氨基酸序列的VH CDR2；(c)包含SEQ ID NO：9、12、15、18、16、53、54、55、66、59、60或64的氨基酸序列的VH CDR3；(d)包含SEQ ID NO：1或4的氨基酸序列的VL CDR1；(e)包含SEQ ID NO：2、5、61或65的氨基酸序列的VL CDR2；和(f)包含SEQ ID NO：3、6、52、56或62的氨基酸序列的VL CDR3的抗体或其抗原结合片段。
16.如权利要求13所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：7、8、9、1、2和3；SEQ ID NO：10、11、12、1、2和3；SEQ ID NO：13、14、15、4、5和6；SEQ ID NO：7、17、18、1、2和3；SEQ ID NO：7、8、16、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、53、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、54、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、55、1、2和56；SEQ ID NO：7、8、55、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、66、1、2和52；SEQ ID NO：7、8、53、1、2和56；SEQ ID NO：57、58、59、1、2和56；SEQ ID NO：7、8、60、1、61和62；SEQ ID NO：57、63、59、1、2和56；SEQ ID NO：57、63、64、1、2和56；SEQ ID NO：57、63、64、1、65和62；或SEQ ID NO：57、58、59、1、65和67的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3。
17.如权利要求16所述的方法，其中结合金黄色葡萄球菌α的抗体或其抗原结合片段的VH和VL包含SEQ ID NO：20和19；SEQ ID NO：22和21；SEQ ID NO：24和23；SEQ ID NO：26和25；SEQ ID NO：28和27；SEQ ID NO：29和30；SEQ ID NO：31和32；SEQ ID NO：33和34；SEQ IDNO：35和36；SEQ ID NO：37和38；SEQ ID NO：39和40；SEQ ID NO：41和42；SEQ ID NO：43和44；SEQ ID NO：45和46；SEQ ID NO：47和48；SEQ ID NO：49和46；SEQ ID NO：50和46；SEQ IDNO：50和51；或SEQ ID NO：67和51的氨基酸序列。
18.如权利要求13所述的方法，其中结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：45和46的VH和VL序列的抗体相同的α毒素表位结合。
19.如权利要求18所述的方法，其中结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：57、58、59、1、2和56的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、和VL CDR3序列。
20.如权利要求19所述的方法，其中结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段的VH和VL包含SEQ ID NO：45和46的氨基酸序列。
21.如权利要求20所述的方法，其中特异性结合金黄色葡萄球菌α毒素的抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO：68的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO：69的氨基酸序列的轻链。
22.如权利要求6-10或12中任一项所述的方法，其中该铜绿假单胞菌抗原是Psl、PcrV、或Psl和PcrV两者。
23.如权利要求22所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV。
24.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：79和72的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌Psl表位结合。
25.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：81和82的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌PcrV表位结合。
26.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段与包含SEQ ID NO：79和72的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌Psl表位结合，并且与包含SEQ ID NO：81和82的VH和VL序列的抗体相同的铜绿假单胞菌PcrV表位结合。
27.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ ID NO：73、74、94、76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3序列。
28.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：83、84、85、86、87和88的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列。
29.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ ID NO：73、74、94、76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3序列，并且包含SEQ ID NO：83、84、85、86、87和88的VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列。
30.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：79的VH序列和SEQ ID NO：72的VL序列。
31.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：81的VH序列和SEQ ID NO：82的VL序列。
32.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：79的VH序列、SEQ ID NO：72的VL序列、SEQ ID NO：81的VH序列和SEQ ID NO：82的VL序列。
33.如权利要求29所述的方法，其中SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ ID NO：73、74、94，76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列位于ScFv中。
34.如权利要求29所述的方法，其中SEQ ID NO：83、84、85、86、87和88的VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列位于ScFv中。
35.如权利要求29或33所述的方法，其中SEQ ID NO：83、84、85、86、87和88的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列位于IgG中。
36.如权利要求29或34所述的方法，其中SEQ ID NO：73、74、80、76、77和78或SEQ IDNO：73、74、94、76、77和95的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3序列位于IgG中。
37.如权利要求32所述的方法，其中SEQ ID NO：79的VH序列和SEQ ID NO：72的VL序列位于ScFv中。
38.如权利要求32所述的方法，其中SEQ ID NO：81的VH序列和SEQ ID NO：82的VL序列位于ScFv中。
39.如权利要求32或37所述的方法，其中SEQ ID NO：81的VH序列和SEQ ID NO：82的VL序列位于IgG中。
40.如权利要求32或38所述的方法，其中SEQ ID NO：79的VH序列和SEQ ID NO：72的VL序列位于IgG中。
41.如权利要求23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：89的氨基酸序列。
42.如权利要求23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：90的氨基酸序列。
43.如权利要求23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：91的氨基酸序列。
44.如权利要求23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO：93的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO：92的氨基酸序列的轻链。
45.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：96的VH序列和SEQ ID NO：97的VL序列。
46.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：98的VH序列和SEQ ID NO：99的VL序列。
47.如权利要求22或23所述的方法，其中该抗体或其抗原结合片段包含SEQ ID NO：96的VH序列、SEQ ID NO：97的VL序列、SEQ ID NO：98的VH序列和SEQ ID NO：99的VL序列。
48.如权利要求47所述的方法，其中SEQ ID NO：96的VH序列和SEQ ID NO：97的VL序列位于ScFv中。
49.如权利要求47所述的方法，其中SEQ ID NO：98的VH序列和SEQ ID NO：99的VL序列位于ScFv中。
50.如权利要求47或48所述的方法，其中SEQ ID NO：98的VH序列和SEQ ID NO：99的VL序列位于IgG中。
51.如权利要求47或49所述的方法，其中SEQ ID NO：96的VH序列和SEQ ID NO：97的VL序列位于IgG中。
52.如权利要求23所述的方法，其中特异性结合铜绿假单胞菌Psl和PcrV的抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO：101的氨基酸序列的重链和含有SEQ ID NO：100的氨基酸序列的轻链。
53.如权利要求1-52中任一项所述的方法，其中持续两个或更多个预防或治疗周期给予该抗体或其抗原结合片段。
54.如权利要求1-53中任一项所述的方法，该方法进一步包括给予第二抗细菌剂。
55.如权利要求54所述的方法，其中该第二抗细菌剂是抗生素。
56.如权利要求55所述的方法，其中该抗生素是环丙沙星。
57.如权利要求1-10或12-56中任一项所述的方法，其中该多细菌感染是眼部感染、肺部感染、烧伤感染、伤口感染、外科伤口感染、皮肤感染、软组织感染、血液感染、骨感染或两种或更多种所述感染的组合。
58.如权利要求1-57中任一项所述的方法，其中该患者患有急性肺炎、烧伤、角膜感染、囊性纤维化、呼吸机相关性肺炎、皮肤感染、伤口感染或其组合。
59.如权利要求1-58中任一项所述的方法，其中该患者是住院患者。
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