CN106119403A - 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针 - Google Patents
一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针 Download PDFInfo
- Publication number
- CN106119403A CN106119403A CN201610766054.8A CN201610766054A CN106119403A CN 106119403 A CN106119403 A CN 106119403A CN 201610766054 A CN201610766054 A CN 201610766054A CN 106119403 A CN106119403 A CN 106119403A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- staphylococcus aureus
- probe
- genes
- primer
- detection
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针，所述5个耐药基因的引物序列为：包括MecA 、qacA 、aac（6′）‑ aph（2″）、ermA、TetM。本发明提供的是引物和探针的组合之间无交叉反应，所述的引物和探针组合用于液态芯片，可以同时检测金黄色葡萄球菌多重耐药基因。
Description
技术领域
本发明涉及一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物及其探针，属于生物检测技术领域。
背景技术
2010年，随着“超级细菌”这一名词频繁地见诸报端，细菌多重耐药、抗生素的合理使用重返人们视线。超级细菌其实并非新事物，它不是一个细菌的名称，而是一类细菌的名称，这一类细菌的共性是对几乎所有的抗生素都有强劲的耐药性，它们一直存在并且随着人类滥用抗生素而进化出强大耐药性。细菌耐药性，尤其是多重耐药性(multidrugresistance,MDR)已经成为非常严重的医疗问题及社会问题。
细菌耐药机理十分复杂，在抗生素的压力选择下，临床细菌耐药状况的日益恶化。细菌耐药性的检测与监测对于正确的目标性抗感染治疗以及监测细菌耐药性变迁和耐药菌感染的流行病学调查，制定防控细菌耐药性增加的措施至关重要。然而，目前临床实验室多采用耐药表型的检测方法，其检测周期长时效性差、检测通量低、影响因素多是最主要的问题，不能满足目前临床抗感染治疗和医院感染控制的要求。
液态芯片(又称流式荧光技术、液相芯片、悬浮阵列等)是在后基因组时代发展起来的新一代标准化开放式高通量技术平台，它有机地整合了编码微球、激光技术、应用流体学、最新的高速数字信号处理器和计算机运算法则，具有高通量、高速度、低成本、灵敏度高、重复性好、线性范围广等优点，可广泛应用于免疫分析、核酸研究、酶学分析、受体和配体识别分析等研究，也是是目前唯一得到权威机构和医学界共同认可用于临床诊断的生物芯片平台。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是：利用液态芯片技术，提供一组使金黄色葡萄球菌的5种耐药基因的PCR产物能在一个杂交条件下完成特异性杂交的引物组和探针。
本发明所述金黄色葡萄球菌5个多重耐药基因包括MecA、qacA、aac(6′)-aph(2″)、ermA、TetM。
为解决上述技术问题，本发明采用的技术方案是：
本发明提供的一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物，所述5个耐药基因的引物序列为：
一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片探针，所述5个耐药基因的探针序列为：
本发明的有益效果：
本发明提供的是一个引物和探针的组合，这5组引物和探针之间无交叉反应，形成一个多重引物组合，不能将其单独分开。所述的引物和探针组合用于液态芯片，可以同时检测金黄色葡萄球菌多重耐药基因。
具体实施方式
实施例1
一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物，所述5个耐药基因的引物序列为：
一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片探针，所述5个耐药基因的探针序列为：
实施例2特异性验证：
1.分别取MecA、qacA、aac(6′)-aph(2″)、ermA、TetM耐药的金黄色葡萄球菌培养液，提取DNA。利用上述的引物配制多重PCR反应体系(40ul)：
2.配制的反应体系按下述程序扩增：
a)第一阶段：95℃，10min，1个循环。
b)第二阶段：95℃，30sec；56℃，30sec；72℃，30sec；40个循环。
c)第三阶段：72℃，10分钟,1个循环。
3.扩增后的PCR产物利用Luminex流式分析仪进行分析，步骤如下：
a.根据PCR反应的管数，用剪刀剪取相应大小的微孔杂交板。打开Luminex仪器预热，并将仪器上微孔板适配铜板的温度设定在48℃。
b.将微球杂交液试剂瓶置于涡旋仪上振荡30秒，使微球充分混悬在溶液中。并在每一个杂交孔中加入22μl；
c.每个样本吸取PCR扩增产物3μl，并依次加入到相应的上述杂交孔中，并抽吸几次加以混匀；
d.剪取相应大小的封板纸，将微孔杂交板覆盖封口。请用指压封口数次，确保封严，以防在高温变性和杂交时溶液蒸发；
e.将杂交板置于金属恒温浴(可以用PCR仪代替)，把仪器的盖子压紧已封口的杂交板，以防封板膜在加热后张开，导致液体蒸发。变性和杂交过程运行如下程序：
95℃ 5分钟 变性
48℃ 30分钟 杂交
f.小心将封板纸撕下，每孔加入荧光素SA-PE 75μl，并抽吸几次加以混匀。加完后将封板纸重新粘好，继续在48℃下孵育15分钟；
g.将微孔杂交板快速转移至预热好的Luminex流式分析仪上进行阅读，得到检测结果。
4.MecA、qacA、aac(6′)-aph(2″)、ermA、TetM耐药金黄色葡萄球菌杂交检测结果如下表，结果表明设计的引物和检测探针具有良好的特异性。
实施例3灵敏度验证
分别取MecA、qacA、aac(6′)-aph(2″)、ermA、TetM耐药的金黄色葡萄球菌培养液，菌落计数后，统一稀释到1000/ml,然后梯度稀释并提取DNA，按实施例2中的步骤进行检测分析，结果如下表，表明设计的引物和检测探针均能检出125/ml的菌。
SEQUENCE LISTING
<110> 孙青菊，黄宁
<120> 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针
<160> 15
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
GGTTCAACTCAAAAAATATTAACAG 25
<210> 2
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
CCACTTCATATCTTGTAACGTTGT 24
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
AAAAAGATAAATCTTGGGGTG 21
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
GGTACAATTGCTGCATTTATGAC 23
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
AGGAGAAAGTTCTTCCACAACC 22
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
TTATTAGCTTCACAATGGTTACA 23
<210> 7
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
AAAAGAAAGAAATGCTAATGCAG 23
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
GGTATGCCCTTATTGCTCTTG 21
<210> 9
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
TAGACCCTCATAAAAATAATCCA 23
<210> 10
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
CTCATTTTGACTAGCTCTTTGGTA 24
<210> 11
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
TGAATCACACGAATATCAGTAAACA 25
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
TGATCCGATTTCTATTACGTT 21
<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
TGGGAAAATACGAAGGTGAAC 21
<210> 14
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
CCATCTAAAACTGATAATGAACGA 24
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
CATAGACACGCCAGGACATA 20
Claims (2)
1.一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物，其特征在于，所述金黄色葡萄球菌多重耐药基因包括MecA、qacA、aac(6′)-aph(2″)、ermA、TetM共5个耐药基因，所述5个耐药基因的引物序列为：
2.一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片探针，其特征在于，所述金黄色葡萄球菌多重耐药基因包括MecA、qacA、aac(6′)-aph(2″)、ermA、TetM共5个耐药基因，所述5个耐药基因的探针序列为：
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201610766054.8A CN106119403A (zh) | 2016-08-30 | 2016-08-30 | 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201610766054.8A CN106119403A (zh) | 2016-08-30 | 2016-08-30 | 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN106119403A true CN106119403A (zh) | 2016-11-16 |
Family
ID=57273039
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201610766054.8A Pending CN106119403A (zh) | 2016-08-30 | 2016-08-30 | 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN106119403A (zh) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN107164503A (zh) * | 2017-06-16 | 2017-09-15 | 苏州乔纳森新材料科技有限公司 | 一种用于检测奶牛乳腺炎性金黄色葡萄球菌青霉素耐药基因的分子标记及其应用 |
| CN113755616A (zh) * | 2021-09-26 | 2021-12-07 | 合肥中科易康达生物医学有限公司 | 耐药性金黄色葡萄球菌MecA和ErmA基因的多重荧光RPA检测方法及试剂盒 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103421906A (zh) * | 2013-08-23 | 2013-12-04 | 中国检验检疫科学研究院 | 检测金黄色葡萄球菌耐药性的组合物和方法 |
| CN104388554A (zh) * | 2014-11-05 | 2015-03-04 | 蔡先全 | 检测八种金黄色葡萄球菌耐药基因的试剂盒及检测方法 |
-
2016
- 2016-08-30 CN CN201610766054.8A patent/CN106119403A/zh active Pending
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN103421906A (zh) * | 2013-08-23 | 2013-12-04 | 中国检验检疫科学研究院 | 检测金黄色葡萄球菌耐药性的组合物和方法 |
| CN104388554A (zh) * | 2014-11-05 | 2015-03-04 | 蔡先全 | 检测八种金黄色葡萄球菌耐药基因的试剂盒及检测方法 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| 夏成静 等: "液相芯片快速检测常见细菌大环内酯类和β内酰胺酶类耐药基因", 《现代检验医学杂志》 * |
| 高兴 等: "基因芯片技术在病原细菌检测中的应用", 《中国生物工程杂志》 * |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN107164503A (zh) * | 2017-06-16 | 2017-09-15 | 苏州乔纳森新材料科技有限公司 | 一种用于检测奶牛乳腺炎性金黄色葡萄球菌青霉素耐药基因的分子标记及其应用 |
| CN113755616A (zh) * | 2021-09-26 | 2021-12-07 | 合肥中科易康达生物医学有限公司 | 耐药性金黄色葡萄球菌MecA和ErmA基因的多重荧光RPA检测方法及试剂盒 |
| CN113755616B (zh) * | 2021-09-26 | 2024-02-13 | 安徽中科易康达生物科技有限公司 | 耐药性金黄色葡萄球菌MecA和ErmA基因的多重荧光RPA检测方法及试剂盒 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Meumann et al. | Clinical evaluation of a type III secretion system real-time PCR assay for diagnosing melioidosis | |
| Ramirez et al. | Diagnosis of Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, or Chlamydia pneumoniae lower respiratory infection using the polymerase chain reaction on a single throat swab specimen | |
| Rolain et al. | Lymph node biopsy specimens and diagnosis of cat-scratch disease | |
| Xiong et al. | Efficient microfluidic-based air sampling/monitoring platform for detection of aerosol SARS-CoV-2 on-site | |
| Sung et al. | COVID-19 molecular testing in Korea: practical essentials and answers from experts based on experiences of emergency use authorization assays | |
| Perry et al. | Evaluation of the Luminex xTAG Gastrointestinal Pathogen Panel and the Savyon Diagnostics Gastrointestinal Infection Panel for the detection of enteric pathogens in clinical samples | |
| Chiriacò et al. | Development of a lab-on-a-chip method for rapid assay of Xylella fastidiosa subsp. pauca strain CoDiRO | |
| Bissonnette et al. | Next revolution in the molecular theranostics of infectious diseases: microfabricated systems for personalized medicine | |
| CN104313166B (zh) | 铜绿假单胞菌多重耐药基因液态芯片检测试剂盒 | |
| CN101712973A (zh) | 常温核酸扩增链替换反应试剂及常温核酸扩增方法 | |
| CN103276083B (zh) | 肺炎支原体检测试剂盒 | |
| Heng et al. | Rapid detection of Staphylococcus aureus using a novel multienzyme isothermal rapid amplification technique | |
| Li et al. | Multiplexed detection of respiratory pathogens with a portable analyzer in a “raw-sample-in and answer-out” manner | |
| CN106119403A (zh) | 一组用于金黄色葡萄球菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针 | |
| CN105603084B (zh) | 检测结核分枝杆菌耐药基因突变位点的引物、探针及方法 | |
| CN104328179B (zh) | 一组用于铜绿假单胞菌多重耐药基因检测的液态芯片引物和探针 | |
| CN105734172A (zh) | 一种快速检测猪瘟病毒/猪繁殖与呼吸综合征病毒/猪伪狂犬病毒/猪细小病毒的试剂盒 | |
| Carter et al. | Rapid, multiplexed characterization of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) isolates using suspension array technology | |
| CN110904194A (zh) | 一种肺炎支原体和肺炎衣原体核酸联合检测试剂盒及其应用 | |
| CN113564271B (zh) | 病原菌分型定量检测引物探针组、试剂盒及样本纯化方法 | |
| Gupta et al. | Microbial Marvels: Transforming the Way We Diagnose | |
| CN114438238A (zh) | 检测感染性心内膜炎病原体的引物及数字pcr试剂盒 | |
| CN107236802A (zh) | 一组用于鲍曼不动杆菌多重耐药基因检测的液相芯片引物和探针 | |
| CN107236803A (zh) | 一组用于大肠杆菌多重耐药基因检测的液相芯片引物和探针 | |
| Chen et al. | Development of a photothermal bead-based nucleic acid amplification test (pbbNAAT) technique for a high-performance loop-mediated isothermal amplification (LAMP)–based point-of-care test (POCT) |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20161116 |
|
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |