CN106086175B - 用于检测自身免疫性病症的方法和组合物 - Google Patents

Abstract

本发明涉及用于检测自身免疫性病症的方法和组合物。本发明提供了可用于通过检测与参照样品相比更大水平的干扰素可诱导基因的表达来检测、预后和监测自身免疫性病症诸如系统性红斑狼疮(SLE)的方法和组合物。

Description

用于检测自身免疫性病症的方法和组合物

本申请是申请日为2007年4月24日、中国申请号为200780023381.3、发明名称为“用于检测自身免疫性病症的方法和组合物”的发明申请的分案申请。

相关申请

本申请是依据37CFR 1.53(b)(1)提交的非临时申请，依据35USC 119(e)要求2006年4月24日提交的临时申请60/794,393的优先权，将其内容收入本文作为参考。

发明领域

一般而言，本发明涉及自身免疫性疾病的分子测定领域。更具体的说，本发明关注以自身免疫性病症各个方面有关的独特分子签名为基础的方法和组合物。

发明背景

现在认为许多自身免疫性病症以生成针对各种自身抗原的自身抗体为特征。例如，系统性红斑狼疮(SLE)是一种自身免疫性疾病，其中自身抗体通过结合至宿主细胞和组织并形成在血管组织和激活的免疫细胞中沉积的免疫复合物而引起器官损伤。斯耶格伦氏综合征(sjogren's syndrome)是一种特征为腺体中炎症的自身免疫性疾病。其它自身免疫性病症也经常发现，包括但不限于IgA肾病、银屑病、类风湿性关节炎、多发性硬化、强直性脊柱炎，等。

干扰素α(IFN-α)是一种强烈参与许多自身免疫性病症(诸如SLE)病因学的I型干扰素。认为牵涉破坏IFN-α信号传导的治疗方法可能是此类病症的有效治疗方法。已知IFN-α水平在SLE中升高，而且用IFN-α处理患者已经观察到在受者中可逆地引起与SLE相似的症状。许多其它证据链已经将IFN-α和SLE联系起来。

IFN-α发挥其对靶细胞中基因转录的效应的机制已经广泛得到调查。第二信使级联已经测定，活化转录因子的顺式调节结合位点已经确定，而且数项研究已经探索了什么基因的表达受到调控。这些研究大多数以寡核苷酸微阵列进行，但是干扰素响应基因表达序型的确定仍不完整，至少部分因为直到最近微阵列尚未包含人类基因组基因的非常完整的报告物集合，还因为多项技术困难阻止了与感兴趣病理学疾患可靠相关的标志物基因的广泛适用但简单集合的鉴定。

自身免疫性疾病的临床管理中最困难的挑战之一是患者中疾病的精确和早期鉴定。为此目的，可用于客观鉴定患者中疾病的存在和/或程度的基于分子的诊断方法将是高度有利的。本文所述方面提供了这些方法和其它好处。

完整收入本文中引用的所有参考文献，包括专利申请和出版物，作为参考。

发明概述

本发明提供了至少部分基于其表达与系统性红斑狼疮(SLE)的存在和/或程度有关的基因的鉴定来鉴定自身免疫性病症的方法和组合物，其中SLE继而是其疾病相关基因签名也适用于其它自身免疫性疾病的自身免疫性疾病原型。例如，如本文所述，在一个实施方案中，鉴定了响应IFN-α的信号传导而受到调控的基因。然后测试并修饰通过这种方法生成的信息以开发细胞或组织样品展现自身免疫性病症特征性应答的程度的简洁且定量测量指标。如本文所示，一种或多种本文所公开的特定基因的检测可以是患者中自身免疫性病症的存在和/或程度的有用且讯息性指示物。此外，指示干扰素相关疾病呈现和/或严重性的度量(metric)或等同商(quotient)可以通过生物标志物基因表达信息的适当转化来生成。本文公开了例示性的转化和所得度量，它们是基于本文也公开的基因表达数据生成的。

一方面，本发明提供了一种方法，包括测定受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中所述细胞的存在指示该受试者具有自身免疫性病症。

一方面，本发明提供了一种预测受试者对自身免疫性疾病疗法的响应性的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中所述细胞的存在指示该受试者将会对该自身免疫性疾病疗法有响应。

一方面，本发明提供了一种监测受自身免疫性疾病治疗的受试者中最小残余疾病的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16，17，18，19,20，21,22,23,24,25,26,27,28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示存在最小残余自身免疫性疾病。

一方面，本发明提供了一种检测受试者中的自身免疫性疾病状态的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者中存在自身免疫性疾病状态。

一方面，本发明提供了一种评估受试者发生(develop)自身免疫性病症的素因(predisposition)的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2，3,4，5，6,7,8,9,10,11,12,13,14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者发生自身免疫性病症的素因。

一方面，本发明提供了一种诊断受试者中的自身免疫性病症的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者具有所述自身免疫性病症。

一方面，本发明提供了一种区分受试者中的活动的和不活动的疾病状态(例如活动的和不活动的SLE(active and inactive SLE))的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15，16，17，18，19，20，21，22，23,24,25,26,27,28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者具有活动状态(activestate)的自身免疫性病症。

一方面，本发明提供了一种测定受试者中抗dsDNA抗体的存在和/或升高的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24，25，26，27，28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者中抗dsDNA抗体的存在和/或升高。

本发明的方法提供了可用于确定适当时适宜临床干预步骤的信息。因此，在本发明方法的一个实施方案中，所述方法进一步包括基于一种或多种表1、2和/或3所列基因(包括例如任意基因组合(例如表4中所列的))表达评估结果的临床干预步骤。例如，适宜的临床干预可以牵涉预防和治疗步骤，或者当时的任何预防或治疗步骤的调整，其基于通过本发明方法得到的基因表达信息。

正如对本领域技术人员显而易见的，在本发明的任何方法中，虽然检测到基因表达升高将会正面的指示疾病的特征(例如疾病的存在、阶段或程度)，但是未检测到基因表达升高也将会是资讯性的，其通过提供疾病的相反表征(reciprocal characterization)。

一方面，本发明提供了一种组合物，包含能够与至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因或所述基因的互补物特异性杂交的多核苷酸。在一个实施方案中，所述多核苷酸以阵列、基因芯片、或基因集合(例如基因或其片段的集合，分开提供或作为混合物提供)形式提供。

一方面，本发明提供了一种试剂盒，包含本发明的组合物及使用该组合物通过测定至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13，14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因的表达水平是否大于相应基因在正常参照样品中的表达水平来检测自身免疫性病症的说明书。在一个实施方案中，本发明的组合物包含能够与至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28种或任意数目直至所有表1、2和/或3中所列基因特异性杂交的阵列/基因芯片/基因集合。在一个实施方案中，本发明的组合物包含编码表1、2和/或3中所列基因编码的多肽的至少一部分的核酸分子。在一个实施方案中，本发明的组合物包含能够对表1、2和/或3中所列基因的至少一部分结合并实施聚合(例如扩增)的核酸引物。在一个实施方案中，本发明的组合物包含能特异性检测表1、2和/或3中所列基因(或其互补物)(或相应基因产物)的结合剂(例如引物、探针)。在一个实施方案中，本发明的组合物包含能特异性结合表1、2和/或3中所列基因编码的多肽的至少一部分的结合剂。

本发明的方法和组合物可以包含一种或多种表1、2和/或3中所列基因。如果本发明的方法或组合物利用或包含超过一种基因，那么该超过一种基因可以是任何数目表1、2和/或3中所列基因的任意组合(没有特别次序)。例如，在一个实施方案中，基因组合包含仅两种所列基因，即OAS3和HERC5。在一个实施方案中，基因组合包含仅三种、仅四种、仅五种、或仅六种所列基因。在一个实施方案中，基因组合包含至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、或至少六种所列基因。在另一个实施方案中，基因组合包含OAS3、HERC5、及一种或多种表1、2和/或3中所列其它基因。在一个实施方案中，本发明的基因组合包含表4B中所示3基因组合(基因1、2和3)、由其组成、或基本上由其组成。在一个实施方案中，所述3基因组合指示了具有如下Pearson相关性值：至少约0.7、或至少约0.75、或至少约0.8、或至少约0.85、或至少约0.9、或至少约0.95、或至少约0.97、或至少约0.98、或至少约0.99。在一个实施方案中，所述3基因组合包含：(1)IFIT4、OAS1和MX1；或(2)OASL、CHMP5和ZBP1；或(3)IFI44L、OASL和CIG5；或(4)IFI44L、CIG5和ZBP1；或(5)EPSTI1、TYKI和MX1；或(6)IFIT4、HERC5和TYKI；或(7)IFIT4、TYKI和XIAP；或(8)IFI44L、OASL和ZBP1；或(9)IFI44L、IFIT4和OASL；或(10)IFI4、OAS1和IFIT1；或(11)EPSTI1、HERC5和TYKI；或(12)IFI44L、EPSTI1和OASL；或(13)IFI44L、EPSTI1和OAS3；或(14)EPSTI1、TYKI和IFIT1；或(15)G1P2、SAMD9L和SP110。在又一个实施方案中，基因组合包含一种或多种表1、2和/或3中所列基因，进一步组合一种或多种表1、2和/或3中未列的其它基因(例如已知与自身免疫性疾病有关但与干扰素特异性诱导无关的基因)。

在本文所述方法的任何实施方案中，可以包括一种或多种参照基因(即在评估自身时，已知不指示感兴趣疾病和/或疾患的基因)。此类参照基因可以包括持家基因。例如，合适的参照基因可以是可充当指示样品中基线基因表达水平的参照/对照基因的持家基因。如此，例如，在一个实施方案中，一种或多种表1、2、3和/或4中所列基因与一种或多种持家基因组合使用，诸如核糖体蛋白L19(RPL19；NP_000972)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、肌动蛋白(例如β-肌动蛋白)、微管蛋白、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶(HRPT)、和其它核糖体蛋白/基因(例如28S、18S)。

一方面，本发明提供了一种鉴定受试者或样品中与自身免疫性病症的存在和/或程度有关的度量值(metric value)的方法，所述方法包括：

(a)评估一组整体上与如下样式(pattern)有关的探针集(probeset)，在所述样式中由该探针集所代表的基因的表达与疾病特征有关；

(b)生成将探针集依照如下标度(scale)加权的加权因子(weighting factor)，所述标度反映每一个独立探针集与该组探针集趋势的匹配程度，并计算每种探针集的序型(profile)与计算所得均值序型的相关系数(correlation coefficient)；

(c)测定定标因子(scaling factor)，其中该定标因子是将各个探针集定标成1所需要的值；

(d)将定标因子乘以加权因子以生成复合因子(composite factor)；

(e)将正常血液样品的签名(signature)乘以复合因子，并将所得值在探针集和样品二者间取平均值以生成平均值数值(average value)，并转变该平均值数值以生成整体定标因子(global scaling factor)；

(f)将每个加权因子乘以整体定标因子以得到纯量值(scalar value)的矢量，并将该纯量值乘以来自感兴趣样品的表达签名，并将所得值取平均值以生成单一度量，其指示样品中与I型干扰素有关的基因表达的程度。

在前一段的方法的一个实施方案中，在步骤(a)中，所述那组探针集包括如下探针集，其包括与疾病特征有关的子簇(subcluster)中的核心最密切相关探针集对(coremost-tightly-correlated pair of probesets)或在与疾病特征有关的子簇中的核心最密切相关探针集对周围簇集。

在前几段的方法的一个实施方案中，在步骤(b)中，所述因子是通过将所述那组探针集的表达数据转化成z-得分而生成的，包括均值定标至1，以2为底数的log转化，然后定标至均值1的标准偏差。

在前几段的方法的一个实施方案中，在步骤(e)中，所述整体定标因子可用于将来自感兴趣样品的探针集平均值输出转化成度量，其中所述度量在该样品来自正常、健康受试者时为1。

在前面任一段的方法的一个实施方案中，所述那组探针集包括至少2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34种或任意数目直至所有表1、2、和/或3中所列的。在一个实施方案中，所述那组探针集包括表1、2、和/或3中所列的所有基因。

一方面，本发明提供了一种方法，包括比较通过本文所述方法对得自感兴趣受试者的样品得到的第一度量与得自参照(例如正常的、健康的、未患病的)样品的参照度量，其中第一度量高于参照度量指示该感兴趣受试者中存在自身免疫性病症。

一方面，本发明提供了一种预测受试者对自身免疫性疾病疗法的响应性的方法，所述方法包括比较通过本文所述方法对得自受试者的样品得到的第一度量与得自参照(例如正常的、健康的、未患病的)样品的参照度量，其中第一度量高于参照度量指示该受试者将会对该自身免疫性疾病疗法有响应。

一方面，本发明提供了一种监测治疗自身免疫性疾病的受试者中最小残余疾病的方法，所述方法包括比较通过本文所述方法对得自受试者的样品得到的第一度量与得自参照(例如正常的、健康的、未患病的、和/或未治疗的)样品的参照度量，其中第一度量高于参照度量指示存在最小残余自身免疫性疾病。

一方面，本发明提供了一种检测自身免疫性疾病状态的方法，所述方法包括比较通过本文所述方法对来自怀疑具有自身免疫性疾病状态的受试者的样品得到的第一度量与得自参照(例如正常的、健康的、未患病的)样品的参照度量，其中第一度量高于参照度量指示该受试者中存在自身免疫性疾病状态。

一方面，本发明提供了一种评估受试者发生自身免疫性病症的素因的方法，所述方法包括比较通过本文所述方法对得自受试者的样品得到的第一度量与得自参照(例如正常的、健康的、未患病的)样品的参照度量，其中第一度量高于参照度量指示该受试者发生自身免疫性病症的素因。

一方面，本发明提供了一种诊断受试者中的自身免疫性病症的方法，所述方法包括比较通过本文所述方法对得自受试者的样品得到的第一度量与得自参照(例如正常的、健康的、未患病的)样品的参照度量，其中第一度量高于参照度量指示该受试者具有所述自身免疫性病症。

一方面，本发明提供了一种区分受试者中的活动的和不活动的疾病状态(例如活动的和不活动的SLE)的方法，所述方法包括比较通过本文所述方法对得自受试者的样品得到的第一度量与得自参照(例如正常的、健康的、未患病的)样品的参照度量，其中第一度量高于参照度量指示该受试者具有活动状态的自身免疫性病症。

一方面，本发明提供了一种测定受试者中抗dsDNA抗体的存在和/或升高的方法，所述方法包括比较通过本文所述方法对得自受试者的样品得到的第一度量与得自参照(例如正常的、健康的、未患病的)样品的参照度量，其中第一度量高于参照度量指示该受试者中抗dsDNA抗体的存在和/或升高。

在一个实施方案中，参照度量是使用本文所述方法对来自对照样品的(例如得自健康的和/或未患病的和/或未治疗的组织、细胞和/或受试者)样品得到的。

用于检验一种或多种生物标志物的表达的方法中的各步骤可以以多种测定法格式来实施，包括检测mRNA表达的测定法(包括但不限于将mRNA转变成cDNA，任选接着核酸扩增)、检测酶活性存在的酶测定法、和免疫组织化学测定法。任选的是，所述组织或细胞样品包含疾病组织或细胞。

本发明的其它方法包括治疗哺乳动物中的病症(诸如免疫相关病症)的方法，包括如下步骤：自哺乳动物获得组织或细胞样品，对该组织或细胞检验一种或多种生物标志物的表达(例如表达量)，并在确定了所述组织或细胞表达所述一种或多种生物标志物时(例如其中生物标志物的表达量大于参照(对照)样品)，给所述哺乳动物施用有效量的治疗剂。用于检验一种或多种生物标志物的表达的方法中的各步骤可以以多种测定法格式来实施，包括检测mRNA表达的测定法、检测酶活性存在的酶测定法、和免疫组织化学测定法。任选的是，所述方法包括治疗哺乳动物中的自身免疫性病症。任选的是，所述方法包括施用有效量的靶向治疗剂(例如能结合和/或阻断1型干扰素和/或其相应受体活性的抗体)，且，任选的是，给所述哺乳动物施用第二治疗剂(例如类固醇等)。

在一些实施方案中，生物标志物选自表1、2和/或3中所列的一种或多种。

本申请涉及下述技术方案。

1.一种方法，包括测定受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2种表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中所述细胞的存在指示该受试者具有自身免疫性病症。

2.一种预测受试者对自身免疫性疾病疗法的响应性的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2种表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中所述细胞的存在指示该受试者将会对该自身免疫性疾病疗法有响应。

3.一种监测接受自身免疫性疾病治疗的受试者中最小残余疾病的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2种表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示存在最小残余自身免疫性疾病。

4.一种检测受试者中的自身免疫性疾病状态的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2种表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者中存在自身免疫性疾病状态。

5.一种评估受试者发生自身免疫性病症的素因的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2种表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者发生自身免疫性病症的素因。

6.一种诊断受试者中的自身免疫性病症的方法，所述方法包括测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达至少2种表1、2和/或3中所列基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者具有所述自身免疫性病症。

7.前述技术方案任一项的方法，其中所述至少2种基因包括：(i)OAS3和HERC5；或(ii)ESPTI1和HERC5；或(iii)ESPTI1和TYKI；或(iv)HERC5和TYKI。

8.前述技术方案任一项的方法，其中所述至少2种基因包括表4B中所列3基因组合。

9.技术方案8的方法，其中所述3基因组合包括：(1)IFIT4、OAS1和MX1；或(2)OASL、CHMP5和ZBP1；或(3)IFI44L、OASL和CIG5；或(4)IFI44L、CIG5和ZBP1；或(5)EPSTI1、TYKI和MX1；或(6)IFIT4、HERC5和TYKI；或(7)IFIT4、TYKI和XIAP；或(8)IFI44L、OASL和ZBP1；或(9)IFI44L、IFIT4和OASL；或(10)IFI4、OAS1和IFIT1；或(11)EPSTI1、HERC5和TYKI；或(12)IFI44L、EPSTI1和OASL；或(13)IFI44L、EPSTI1和OAS3；或(14)EPSTI1、TYKI和IFIT1；或(15)G1P2、SAMD9L和SP110。

10.前述技术方案任一项的方法，进一步包括持家基因的使用。

11.前述技术方案任一项的方法，其中所述正常参照样品包括健康的细胞或组织。

12.一种组合物，包含能够与至少2种表1、2、3和/或4A中所列基因或所述基因的互补物特异性杂交的多核苷酸。

13.技术方案12的组合物，其中所述多核苷酸以阵列、基因芯片、或基因集合形式提供。

14.技术方案12或13的组合物，包含能够与至少3种表1、2、3和/或4A中所列基因或所述基因的互补物特异性杂交的多核苷酸。

15.技术方案14的组合物，其中所述至少3种基因包括表4B中所列3基因组合。

16.技术方案15的组合物，其中所述3基因组合包括：(1)IFIT4、OAS1和MX1；或(2)OASL、CHMP5和ZBP1；或(3)IFI44L、OASL和CIG5；或(4)IFI44L、CIG5和ZBP1；或(5)EPSTI1、TYKI和MX1；或(6)IFIT4、HERC5和TYKI；或(7)IFIT4、TYKI和XIAP；或(8)IFI44L、OASL和ZBP1；或(9)IFI44L、IFIT4和OASL；或(10)IFI4、OAS1和IFIT1；或(11)EPSTI1、HERC5和TYKI；或(12)IFI44L、EPSTI1和OASL；或(13)IFI44L、EPSTI1和OAS3；或(14)EPSTI1、TYKI和IFIT1；或(15)G1P2、SAMD9L和SP110。

17.技术方案12-16任一项的组合物，进一步包括持久基因。

18.一种试剂盒，包含技术方案12-17任一项的组合物及使用该组合物通过测定所提供基因的表达水平是否大于相应基因在正常参照样品中的表达水平来检测自身免疫性病症的说明书。

19.技术方案18的试剂盒，其中所述正常参照样品包括健康的细胞或组织。

20.一种鉴定受试者或样品中与自身免疫性病症的存在和/或程度有关的度量值的方法，所述方法包括：

(a)评估一组整体上与如下样式有关的探针集，在所述样式中由该探针集所代表的基因的表达与疾病特征有关；

(b)生成将探针集依照如下标度加权的加权因子，所述标度反映每一个独立探针集与该组探针集趋势的匹配程度，并计算每种探针集的序型与计算所得均值序型的相关系数；

(c)测定定标因子，其中该定标因子是将各个探针集定标成1所需要的值；

(d)将定标因子乘以加权因子以生成复合因子；

(e)将正常血液样品的签名乘以复合因子，并将所得值在探针集和样品二者间取平均值以生成平均值数值，并转变该平均值数值以生成整体定标因子；

(f)将每个加权因子乘以整体定标因子以得到纯量值的矢量，并将该纯量值乘以来自感兴趣样品的表达签名，并将所得值取平均值以生成单一度量，其指示样品中与I型干扰素有关的基因表达的程度。

21.技术方案20的方法，其中在步骤(a)中，所述那组探针集包括这样的探针集，该探针集包括与疾病特征有关的子簇中的核心最密切相关探针集对或该探针集在与疾病特征有关的子簇中的核心最密切相关探针集对周围簇集。

22.技术方案20或21的方法，其中在步骤(b)中，所述因子是通过将所述那组探针集的表达数据转化成z-得分而生成的，包括均值定标至1，以2为底数的log转化，然后定标至均值1的标准偏差。

23.技术方案20、21或22的方法，其中在步骤(e)中，所述整体定标因子可用于将来自感兴趣样品的探针集平均值输出值转化成度量，其中所述度量在该样品来自正常、健康受试者时为1。

24.技术方案20-23任一项的方法，其中所述那组探针集包括至少2种表1、2/或3中所列的基因。

25.技术方案20-24任一项的方法，其中所述那组探针集包括表1、2、和/或3中所列的基因。

附图简述

图1：干扰素诱导基因的密度图(density plot)与对照和SLE患者样品的2D分级簇热图(hierarchical cluster heatmap)的比对显示了在干扰素诱导基因中高度富集的单一区域。

图2：来自活动的SLE患者的IRGM得分显著高于正常对照。

图3A和3B：其IRGM和抗dsDNA水平较好相关的SLE患者的实例。

图4：探针与IRG签名的Spearman相关性ρ值揭示了含IRG信号的区域的程度。

图5：以柱形图显示的3基因组合对24基因组合Pearson相关性。

发明详述

通用技术

除非另有说明，本发明的实施将采用分子生物学(包括重组技术)、微生物学、细胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术，这些都在本领域的技术范围内。这些技术在文献中有充分解释，诸如“Molecular Cloning:A Laboratory Manual”,第二版(Sambrook等,1989)；“Oligonucleotide Synthesis”(M.J.Gait编,1984)；“Animal Cell Culture”(R.I.Freshney编,1987)；“Methods in Enzymology”(Academic Press,Inc.)；“CurrentProtocols in Molecular Biology”(F.M.Ausubel等编,1987,及其周期性的更新)；“PCR:The Polymerase Chain Reaction”(Mullis等编,1994)。

本发明中所使用的引物、寡核苷酸和多核苷酸可利用本领域已知的标准技术生成。

除非另有定义，本文中所使用的技术和科学术语与本发明所属领域普通技术人员通常的理解具有相同的含义。以下文献为本领域技术人员提供了本申请中所使用的许多术语的一般性指导：Singleton等,“Dictionary of Microbiology and MolecularBiology”,第二版，J.Wiley&Sons(New York，N.Y.1994)；March，“Advanced OrganicChemistry Reactions，Mechanisms and Structure”，第四版,John Wiley&Sons(NewYork,N.Y.1992)。

定义

术语“阵列”或“微阵列”在用于本文时指可杂交阵列元素，优选多核苷酸探针(例如寡核苷酸)在基片上的有序排列。基片可以是固体基片(诸如玻璃载玻片)或半固体基片(诸如硝酸纤维素膜)。核苷酸序列可以是DNA、RNA、或其任意排列。

“靶序列”、“靶核酸”或“靶蛋白质”在用于本文时指感兴趣的多核苷酸序列，其中怀疑或已知存在需要检测的本发明突变。一般而言，“模板”在用于本文时指包含靶核苷酸序列的多核苷酸。在有些情况中，术语“靶序列”、“模板DNA”、“模板多核苷酸”、“靶核酸”、“靶多核苷酸”、及其类似说法可互换使用。

“扩增”在用于本文时一般指生成多拷贝的所需序列的过程。“多拷贝”指至少2个拷贝。“拷贝”不必指与模板序列有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可包括诸如脱氧肌苷的核苷酸类似物、故意引入的序列改变(诸如通过包含能与模板杂交但不互补的序列的引物而引入的序列改变)、和/或在扩增过程中发生的序列错误。

若基因或生物标志物在第一样品中的表达水平/量是该基因或生物标志物在第二样品中的表达水平/量的至少约1.5倍、1.75倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍或10倍，则该基因或生物标志物在第一样品中的表达水平/量“大于”在第二样品中的水平。表达水平/量可以基于本领域已知的任何合适标准来测定，包括但不限于mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝。表达水平/量可以定性和/或定量测定。

“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互换使用，指任何长度的核苷酸聚合物，包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、经过修饰的核苷酸或碱基、和/或其类似物，或者是可通过DNA或RNA聚合酶掺入聚合物的任何底物。多核苷酸可包含经过修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸及其类似物。如果有的话，对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可以由非核苷酸组分中断。多核苷酸可以在聚合后进一步修饰，诸如通过与标记用组分偶联。其它类型的修饰包括例如“帽”，将一个或多个天然存在的核苷酸用类似物替代，核苷酸间修饰诸如例如具有不带电荷连接(例如膦酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺酯(phosphoamidate)、氨基甲酸酯等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修饰，含有悬垂模块(pendant moiety)诸如例如蛋白质(例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚L-赖氨酸等)的修饰、具有嵌入剂(例如吖啶、补骨脂素等)的修饰、含有螯合剂(例如金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的修饰、含有烷化剂的修饰、具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic acid)等)的修饰、以及未修饰形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖类中的任何羟基可以用例如膦酸(phosphonate)基团、磷酸(phosphate)基团替换，用标准保护基团保护，或活化以制备与别的核苷酸的别的连接，或者可偶联至固相支持物。5'和3'末端OH可磷酸化或者用胺或1-20个碳原子的有机加帽基团模块取代。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸还可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖糖类的类似物形式，包括例如2'-氧-甲基、2'-氧-烯丙基、2'-氟-或2'-叠氮-核糖，碳环糖类似物，α-端基异构糖，差向异构糖诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖，无环类似物及脱碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案，其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate))、P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate))、(O)NR₂(“酰胺酯”(amidate))、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH₂(“甲缩醛”(formacetal))替代，其中R或R'各自独立为H或者取代或未取代的烷基(1-20个C)，任选含有醚(-O-)连接、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烷基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必需是相同的。前述描述适用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。

“寡核苷酸”在用于本文时一般指短的多核苷酸，一般是单链，一般是合成的，长度一般但不是必需小于约200个核苷酸。术语“寡核苷酸”与“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述平等且完全适用于寡核苷酸。

“引物”一般是短的单链多核苷酸，一般具有游离的3'-OH基团，其通过与靶序列杂交而结合目的样品中潜在存在的靶，然后促进与靶互补的多核苷酸的聚合。

短语“基因扩增”指通过它在特定细胞或细胞系中形成多个拷贝的基因或基因片段的过程。所复制的区域(一段扩增的DNA)常常称为“扩增子”。通常，所生成的信使RNA(mRNA)的量，即基因表达的水平，也按所表达特定基因生成的拷贝数的比例升高。

术语“突变”在用于本文时指特定蛋白质或核酸(基因，RNA)分别相对于野生型蛋白质或核酸的氨基酸或核酸序列的差异。突变的蛋白质或核酸可以由基因的一个等位基因(杂合的)或两个等位基因(纯合的)表达或者在其中找到，而且它可以是体细胞的或种系的。

“抑制”指与参照相比减小或降低活性、功能、和/或量。

术语“3'(端)”一般指多核苷酸或寡核苷酸中位于同一多核苷酸或寡核苷酸中某一区域或位置的3'端(下游)的另一区域或位置。术语“5'(端)”一般指多核苷酸或寡核苷酸中位于同一多核苷酸或寡核苷酸中某一区域或位置的5'端(上游)的另一区域或位置。

“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。

术语“诊断”在用于本文时指鉴定分子或病理状态、疾病或疾患，诸如鉴定自身免疫性病症。术语“预后”在用于本文时指预测可归因于自身免疫性病症的疾病症状的可能性，包括例如自身免疫性疾病的复发、发作(flaring)、和耐药性。术语“预测”在用于本文时指患者将对一种药物或一组药物有好的或不好的响应的可能性。在一个实施方案中，预测涉及那些响应的程度。在一个实施方案中，预测涉及患者在治疗(例如用特定治疗剂的治疗)后是否存活或改善和/或存活或改善且某段时间不复发疾病的可能性。本发明的预测方法在临床上可用于做出治疗决定，为任何特定患者选择最适宜的治疗形式。本发明的预测方法是有价值的工具，用于预测患者是否可能对治疗方案有好的响应，诸如给定的治疗方案，包括例如施用给定的治疗剂或组合、外科手术干预、类固醇治疗等，或用于预测患者在治疗方案后是否可能长期存活。

术语“长期”存活在用于本文时指治疗性处理后存活至少1年、5年、8年、或10年。

在依照本发明使用时，术语对特定治疗剂或治疗选项“耐受性升高”意味着对标准剂量的药物或对标准治疗方案的响应降低。

在依照本发明使用时，术语对特定治疗剂或治疗选项“敏感性降低”意味着对标准剂量的药剂或对标准治疗方案的响应降低，其中降低的响应可通过增加药剂剂量或治疗频率(intensity)来弥补(至少部分弥补)。

“患者响应”可利用表明对患者有益处的任何终点来评估，包括但不限于：(1)在某种程度上抑制疾病进展，包括减缓和完全阻止；(2)减少疾病事件和/或症状数目；(3)减小损伤大小；(4)抑制(即降低、减缓或完全阻止)疾病细胞渗入临近的外周器官和/或组织；(5)抑制(即降低、减缓或完全阻止)疾病扩散；(6)减轻自身免疫应答，其可以但不必造成疾病损伤的消退或消除；(7)在某种程度上减轻一种或多种与病症有关的症状；(8)延长治疗后无疾病呈现的长度；和/或(9)降低治疗后给定时间点的死亡率。

术语“干扰素抑制剂”在用于本文时指有可能抑制野生型或突变型1型干扰素的生物学功能的分子。因而，术语“抑制剂”定义在1型干扰素的生物学作用的语境中。在一个实施方案中，本文中具体提到的干扰素抑制剂抑制经1型干扰素/干扰素受体途径的细胞信号传导。例如，干扰素抑制剂可以与干扰素α受体，或者与正常情况下结合干扰素受体的1型干扰素相互作用(例如结合)。在一个实施方案中，干扰素抑制剂结合干扰素α受体的胞外结构域。在一个实施方案中，干扰素抑制剂结合干扰素α受体的胞内结构域。在一个实施方案中，干扰素抑制剂结合1型干扰素。在一个实施方案中，所述1型干扰素是干扰素α亚型。在一个实施方案中，所述1型干扰素不是干扰素β。在一个实施方案中，所述1型干扰素不是干扰素ω。在一个实施方案中，受到干扰素抑制剂抑制的干扰素生物学活性与免疫病症(诸如自身免疫性病症)有关。干扰素抑制剂可以是任何形式，只要它能够抑制干扰素/受体活性；抑制剂包括抗体(例如下文中所定义的单克隆抗体)、有机/无机小分子、反义寡核苷酸、适体、抑制性肽/多肽、抑制性RNA(例如小干扰RNA)、它们的组合，等。

“抗体”(Ab)和“免疫球蛋白”(Ig)是具有相同结构特征的糖蛋白。虽然抗体展现出对特定抗原的结合特异性，但是免疫球蛋白包括抗体和一般缺乏抗原特异性的其它抗体样分子二者。后一类多肽例如由淋巴系统以低水平生成而由骨髓瘤以升高的水平生成的抗体样分子。

术语“抗体”和“免疫球蛋白”以最广义互换使用，包括单克隆抗体(例如全长或完整单克隆抗体)、多克隆抗体、单价、多价抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体，只要它们展现出期望的生物学活性)，而且还可以包括某些抗体片段(如本文中更为详细描述的)。抗体可以是嵌合的、人的、人源化的和/或亲和力成熟的。

“抗体片段”只包含完整抗体的一部分，其中所述部分优选保留该部分存在于完整抗体中时通常与之有关的至少一项、优选大多数或所有功能。在一个实施方案中，抗体片段包含完整抗体的抗原结合位点，如此保留结合抗原的能力。在另一个实施方案中，抗体片段，例如包含Fc区的抗体片段，保留通常与Fc区存在于完整抗体中时通常与之有关的至少一项生物学功能，诸如FcRn结合、抗体半衰期调控、ADCC功能和补体结合。在一个实施方案中，抗体片段是体内半衰期与完整抗体基本上相似的单价抗体。例如，这样的抗体片段可包含一个抗原结合臂且其与能够赋予该片段以体内稳定性的Fc序列相连。

术语“单克隆抗体”在用于本文时指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体相同，除了可能以极小量存在的可能的天然存在突变形式外。单克隆抗体是高度特异性的，针对单一抗原。此外，与典型的包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。

单克隆抗体在本文中明确包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们展现出期望的生物学活性(美国专利No.4,816,567；Morrison etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:6851-6855(1984))。

非人(例如鼠)抗体的“人源化”形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋白的序列的嵌合抗体。在极大程度上，人源化抗体指人免疫球蛋白(受体抗体)中的高变区残基用具有期望特异性、亲和力和能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠、大鼠、兔或非人灵长类动物的高变区残基替换的免疫球蛋白。在有些情况中，将人免疫球蛋白的框架区(FR)残基用相应的非人残基替换。此外，人源化抗体可包含在受体抗体或供体抗体中没有找到的残基。进行这些修饰是为了进一步改进抗体的性能。一般而言，人源化抗体将包含至少一个、通常两个基本上整个如下可变域，其中所有或基本上所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环，且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还将包含至少部分免疫球蛋白恒定区(Fc)，通常是人免疫球蛋白的恒定区。更多细节参见Jones et al.,Nature 321:522-525(1986)；Riechmann et al.，Nature 332:323-329(1988)；和Presta，Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596(1992)。还可参见以下综述及其引用的参考文献：Vaswani and Hamilton,Ann.Allergy,Asthma&Immunol.1:105-115(1998)；Harris,Biochem.Soc.Transactions 23:1035-1038(1995)；Hurle and Gross,Curr.Op.Biotech.5:428-433(1994)。

“人抗体”指拥有与由人生成的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列和/或使用本文所公开的用于生成人抗体的任何技术生成的抗体。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。

“亲和力成熟的”抗体指在抗体的一个或多个CDR/HVR中具有一处或多处改变、导致该抗体对抗原的亲和力与没有这些改变的亲本抗体相比有所改进的抗体。优选的亲和力成熟的抗体具有纳摩尔或甚至皮摩尔量级的对靶抗原的亲和力。亲和力成熟的抗体可通过本领域已知规程来生成。Marks et al.,Bio/Technology 10:779-783(1992)记载了通过VH和VL结构域改组进行的亲和力成熟。以下文献记载了CDR/HVR和/或框架残基的随机诱变：Barbas et al.,Proc.Nat.Acad.Sci.USA 91:3809-3813(1994)；Schier et al.,Gene169:147-155(1995)；Yelton et al.,J.Immunol.155:1994-2004(1995)；Jackson et al.，J.Immunol.154(7):3310-9(1995)；Hawkins et al.,J.Mol.Biol.226:889-896(1992)。

术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链的C-端区域，其可以通过用木瓜蛋白酶消化完整抗体而产生。Fc区可以是天然序列Fc区或变异Fc区。虽然免疫球蛋白重链Fc区的边界可以变化，但是人IgG重链Fc区通常定义为自Fc区的大约Cys226位置或大约Pro230位置的氨基酸残基至羧基末端的区段。免疫球蛋白的Fc区一般包含两个恒定域，即CH2结构域和CH3结构域，而且任选包含CH4结构域。“Fc区链”在本文中指Fc区的两条多肽链之一。

术语“细胞毒剂”在用于本文时指抑制或阻止细胞功能和/或引起细胞破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At²¹¹、I¹³¹、I¹²⁵、Y⁹⁰、Re¹⁸⁶、Re¹⁸⁸、Sm¹⁵³、Bi²¹²、P³²和Lu的放射性同位素)、化疗剂、和毒素诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物起源的酶活毒素，包括其片段和/或变体。

“阻断性”抗体或“拮抗性”抗体指抑制或降低其所结合的抗原的生物学活性的抗体。此类阻断可以任何手段发生，例如通过干扰蛋白质-蛋白质相互作用，诸如配体与受体的结合。在一个实施方案中，阻断性抗体或拮抗性抗体基本上(substantially)或完全抑制抗原的生物学活性。

“自身免疫性疾病”在本文中指源于且针对个体自身组织的非恶性疾病或病症。自身免疫病在本文中明确排除恶性或癌性疾病或疾患，尤其排除B细胞淋巴瘤、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、毛细胞白血病和慢性成髓细胞白血病。自身免疫性疾病或病症的例子包括但不限于炎性应答，诸如炎性皮肤病，包括银屑病和皮炎(例如特应性皮炎)；系统性硬皮病和硬化；与炎性肠病有关的应答(诸如克罗恩氏(Crohn)病和溃疡性结肠炎)；呼吸窘迫综合征(包括成人呼吸窘迫综合症(ARDS))；皮炎；脑膜炎；脑炎；葡萄膜炎；结肠炎；肾小球肾炎；过敏状况，诸如湿疹和哮喘及牵涉T细胞浸润和慢性炎性应答的其它状况；动脉粥样硬化；白细胞粘着缺陷；类风湿性关节炎；系统性红斑狼疮(SLE)(包括但不限于狼疮肾炎、皮肤狼疮)；糖尿病(例如I型糖尿病或胰岛素依赖性糖尿病)；多发性硬化；雷诺氏(Reynaud)综合征；自身免疫性甲状腺炎；桥本氏(Hashimoto)甲状腺炎；变应性脑脊髓炎；斯耶格伦氏(Sjogren)综合征；幼发型糖尿病；通常在结核病、结节病、多肌炎、肉芽肿病和血管炎中发现的与细胞因子和T-淋巴细胞介导的急性和迟发性超敏反应有关的免疫应答；恶性贫血(阿狄森氏(Addison)病)；牵涉白细胞渗出的疾病；中枢神经系统(CNS)炎性病症；多器官损伤综合征；溶血性贫血(包括但不限于冷球蛋白血症或库姆斯氏(Coombs)阳性贫血)；重症肌无力；抗原-抗体复合物介导的疾病；抗肾小球基膜病；抗磷脂综合症；过敏性神经炎；格雷夫斯氏(Graves)病；朗-伊二氏(Lambert-Eaton)肌无力综合症；大疱性类天疱疮；天疱疮；自身免疫性多种内分泌腺病；莱特氏(Reiter)病；僵人综合症；贝切特氏(Behcet)病；巨细胞动脉炎；免疫复合物肾炎；IgA肾病；IgM多神经病；免疫性血小板减少性紫癜(ITP)或自身免疫性血小板减少症等。

在用于本文时，“治疗”或“处理”指试图改变所治疗个体或细胞的自然进程的临床干预，可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括预防疾病的发生或复发、缓解症状、削弱疾病的任何直接或间接病理学后果、减缓疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态、及免除或改善预后。在有些实施方案中，本发明的方法和组合物可用于试图延迟疾病或病症的发生/发展。

“有效量”指在必需的剂量和时间上有效实现期望的治疗或预防效果的量。治疗剂的“治疗有效量”可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重及该抗体在个体中引发期望应答的能力等因素而变化。治疗有效量还指该治疗剂的治疗有益效果胜过任何有毒或有害后果的量。“预防有效量”指在必需的剂量和时间上有效实现期望的预防效果的量。通常而非必然，由于预防剂量是在疾病发作之前或在疾病的早期用于受试者的，因此预防有效量将低于治疗有效量。

在用于本文时，术语“I型干扰素”和“人I型干扰素”定义为落在人和合成干扰素-α、干扰素-ω和干扰素-β类别内且能结合共同细胞受体的所有种类的天然人干扰素和合成干扰素。天然人干扰素-α包含23种或更多密切相关的蛋白质，其由具有高度结构同源性的独特基因编码(Weissmann and Weber，Prog.Nucl.Acid.Res.Mol.Biol.，33:251(1986)；J.Interferon Res.,13:443-444(1993))。人IFN-α基因座包含两个亚家族。第一个亚家族由至少14种功能性、非等位的基因及具有至少80％同源性的假基因组成，包括编码IFN-αA(IFN-α2)、IFN-αB(IFN-α8)、IFN-αC(IFN-α10)、IFN-αD(IFN-α1)、IFN-αE(IFN-α22)、IFN-αF(IFN-α21)、IFN-αG(IFN-α5)、IFN-α16、IFN-α17、IFN-α4、IFN-α6、IFN-α7、和IFN-αH(IFN-α14)的基因。第二亚家族，即αII或ω，包含至少5种假基因和1种功能性基因(在本文中称为“IFN-αII¹”或“IFN-ω”)，其展示与IFN-α基因的70％同源性(Weissmann and Weber(1986))。一般认为人IFN-β由单一拷贝基因编码。

在用于本文时，术语“第一人干扰素-α(hIFN-α)受体”、“IFN-αR”、“hIFNAR1”、“IFNAR1”、和“Uze链”定义为由Uze et al.,Cell,60:225-234(1990)克隆得到的557个氨基酸的受体蛋白，包括409个残基的胞外结构域、21个残基的跨膜结构域、和100个残基的胞内结构域，如Uze et al.第229页图5所示。在一个实施方案中，前述术语包括包含IFNAR1胞外结构域(ECD)(或ECD的片段)的IFNAR1片段。

在用于本文时，术语“第二人干扰素-α(hIFN-α)受体”、“IFN-αβR”、“hIFNAR2”、“IFNAR2”、和“Novick链”定义为由Domanski et al.,J.Biol.Chem.,37:21606-21611(1995)克隆得到的515个氨基酸的受体蛋白，包括217个残基的胞外结构域、21个残基的跨膜结构域、和250个残基的胞内结构域，如Domanski et al.第21608页图1所示。在一个实施方案中，前述术语包括包含IFNAR2胞外结构域(ECD)(或ECD的片段)的IFNAR2片段，及可溶形式的IFNAR2，诸如融合有免疫球蛋白序列的至少一部分的IFNAR2ECD。

术语“持家基因”指所编码的蛋白质的活性对维持细胞功能来说是至关重要的一组基因。这些基因通常在所有细胞类型中相似表达。持家基因包括但不限于核糖体蛋白L19(NP_000972)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、Cypl、清蛋白、肌动蛋白(例如β-肌动蛋白)、微管蛋白、cyclophilin、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶(HRPT)、核糖体蛋白L32(NP_001007075)、和核糖体蛋白/基因28S(例如Q9Y399)和18S。

术语“生物标志物”在用于本文时一般指其在哺乳动物组织或细胞中/上的表达可以通过标准方法(或本文所披露的方法)来检测且预测、诊断和/或预后哺乳动物组织或细胞对基于抑制干扰素(例如1型干扰素)的治疗方案的敏感性的分子，包括基因、蛋白质、碳水化合物结构或糖脂。任选的是，此类生物标志物的表达测定出高于在对照/参照组织或细胞样品中所观察到的。任选的是，例如，此类生物标志物的表达将在PCR或FACS测定法中测定为在测试组织或细胞样品中检测出的表达水平比在对照组织或细胞样品中所观察到的高至少约5倍、至少约10倍、至少约20倍、至少约30倍、至少约40倍、至少约50倍、或优选至少约100倍。任选的是，此类生物标志物的表达将在IHC测定法中测定为染色强度得分为至少为2或更高。任选的是，此类生物标志物的表达将使用基于基因芯片的测定法来测定。

“IRG”或“干扰素应答基因”或“干扰素响应性基因”在用于本文时指一种或多种表1、2、3和/或4中所列基因及相应基因产物。如本文所示，一种或多种这些基因的异常表达水平/量与多种自身免疫性病症有关。对于本领域技术人员显而易见的是，根据上下文，术语IRG可以指具有表1、2、3和/或4中所列名称或独特标识符的核酸(例如基因)或多肽(例如蛋白质)。

术语“样品”在用于本文时指获得自或衍生自感兴趣的受试者的组合物，其包含有待例如根据物理、生化、化学和/或生理特点来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体。例如，短语“疾病样品”及其各种变化形式指得自感兴趣的受试者的任何样品，预计或已知其包含待表征的细胞和/或分子实体。

“组织或细胞样品”指从受试者或患者的组织得到的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织，像来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官或组织样品或活检样品或穿刺样品；血液或任何血液组分；体液，诸如脑脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、或间隙液；来自受试者的妊娠或发育任何时间的细胞。组织样品还可以是原代的或培养的细胞或细胞系。任选的是，组织或细胞样品是从疾病组织/器官得到的。组织样品可能包含在自然界中天然不与组织混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素，等等。“参照样品”、“参照细胞”、或“参照组织”在用于本文时指得自已知来源或者认为不受本发明方法或组合物正用于鉴定所针对之疾病或疾患影响的样品、细胞或组织。在一个实施方案中，参照样品、参照细胞或参照组织得自其中正使用本发明组合物或方法鉴定疾病或疾患的同一受试者或患者的身体的健康部分。在一个实施方案中，参照样品、参照细胞或参照组织得自不是其中正使用本发明组合物或方法鉴定疾病或疾患的受试者或患者的个体的身体的健康部分。

为本发明目的，组织样品的“切片”指一块或一片组织样品，例如从组织样品上切下来的一薄片组织或细胞。应当了解，可以制作多片组织样品切片并依照本发明进行分析，前提是应当了解，本发明包括将组织样品的同一切片用于形态学和分子两个水平的分析或者针对蛋白质和核酸二者进行分析的方法。

“关联”或“联系”指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以将第一分析或方案的结果用于实施第二分析或方案，和/或，可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就基因表达分析或方案的实施方案而言，可以使用基因表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。

术语“标记物”在用于本文时指与试剂诸如核酸探针或抗体直接或间接偶联或融合，以便于检测它所偶联或融合的试剂的化合物或组合物。标记物可以是自身可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)，或者在酶标记物的情况中，可催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。

一般示例性技术

包含靶分子的样品可通过本领域公知的方法获得，而且它们适于特定类型和位置的感兴趣疾病。组织活检通常用于获得有代表性的疾病组织片。或者，可以已知或认为包含感兴趣疾病细胞的组织/流体的形式间接获取细胞。例如，疾病损伤的样品可通过切除术、支气管镜检、细针抽吸、支气管刷检、或从痰/唾液、胸膜液或血液中获得。可从疾病组织或从其它身体样品诸如尿、痰或血清中检测出基因或基因产物。上述用于检测疾病样品中靶基因或基因产物的同样技术可用于其它身体样品。疾病细胞从疾病损伤部位脱落下来，并出现在这些身体样品中。通过筛选这些身体样品，可实现对于这些疾病的简单早期诊断。另外，通过对这些身体样品测试靶基因或基因产物，可监测治疗的进程。

在一个实施方案中，本发明的方法可用于检测与干扰素(特别是1型干扰素和/或其相关信号传导途径)异常激活(例如过表达)有关的任何自身免疫性病症。本发明的诊断方法对临床医生来说是有用的，由此他们可决定合适的疗程。例如，较之展现出相对更低的表达水平的样品，来自受试者的样品展现出本文中所公开的基因或基因产物的高水平表达可能说明要用更积极的治疗方案。本发明的方法可用于多种情况，包括例如用于在药物开发期间帮助选择患者，用特定治疗方案治疗患者个体时预测成功的可能性，用于评估疾病进程，用于监测治疗功效，用于确定患者个体的预后，用于评估个体发生特定自身免疫性病症(例如系统性红斑狼疮、斯耶格伦氏综合征)的素因，用于区分疾病阶段等。

对组织制备物富集疾病细胞的手段是本领域已知的。例如，可以从石蜡或低温保存的切片中分离组织。疾病细胞也可通过流式细胞术或激光捕捉显微解剖而与正常细胞分开。这些以及其它从正常细胞中分离疾病细胞的技术是本领域公知的。如果疾病组织被正常细胞高度污染，那么检测签名基因表达序型可能较为困难，然而最小化污染和/或假阳/阴性结果的技术是已知的，其中一些在下文有描述。例如，也可以对样品评估生物标志物(包括突变)的存在情况，所述标志物已知与感兴趣的疾病细胞有关而与相应的正常细胞无关，反之亦然。

本发明还提供了多种适用于进行本发明方法的组合物。例如，本发明提供了可用于这些方法中的阵列。在一个实施方案中，本发明的阵列包含可用于检测本发明突变的核酸分子个体或集合。例如，本发明的阵列可包含一系列离散放置的核酸寡核苷酸个体或核酸寡核苷酸组合集，它们能与包含靶核酸的样品杂交，由此发生这些杂交表明存在或缺少本发明的突变。

将核酸吸附至固相基片(例如玻璃载玻片)的数种技术是本领域公知的。一个方法是将修饰的碱基或类似物掺入合成的核酸分子，所述碱基或类似物包含能够附着于固体基片的部分(moiety)，诸如氨基、氨基衍生物或带正电荷的其它基团。然后将合成产物与固相基片(诸如玻璃载玻片)接触，所述固相基片包被有醛或会与扩增产物上的反应性基团形成共价连接的其它反应性基团，并共价附着于玻璃载玻片。其它方法(诸如使用氨丙基硅烷表面化学的那些)也是本领域已知的，其公开于http://www.cmt.corning.com和http://cmgm.stanford.edu/pbrown1。

用本领域已知方法也可能将基团附着于寡核苷酸，然后可转化为反应性基团。寡核苷酸中核苷酸的任何附着物都将成为寡核苷酸的部分，然后其能附着于微阵列的固相表面。

如所使用的技术要求和/或允许的，可进一步修饰扩增的核酸，诸如在附着于固相基片之前或之后，通过裂解成片段或通过附着可检测标记物来进行。

本发明的典型方法和材料

本文中所公开的方法和测定法致力于检验哺乳动物组织或细胞样品中一种或多种生物标志物的表达，其中测定出一种或多种此类生物标志物的表达预示或指示该组织或细胞是否对基于干扰素抑制剂使用的治疗敏感。所述方法和测定法包括检验诸如表1、2和/或3中所列一种或多种生物标志物的表达。

如上所述，患病人细胞有些类型群与干扰素(诸如与多种自身免疫性病症有关的1型干扰素)的异常表达有关。因此认为所公开的方法和测定法可以为获得可用于评估治疗患者的适宜或有效疗法的数据和信息提供便利的、有效的、且潜在划算的手段。例如，已经诊断有免疫相关疾患的患者可以进行活检以获得组织或细胞样品，而且可以通过多种体外测定法检验样品以测定患者的细胞是否会对治疗剂诸如干扰素抑制剂(例如抗干扰素α抗体或干扰素α受体抗体)敏感。

本发明提供了用于预测哺乳动物组织或细胞样品(诸如与自身免疫性病症有关的细胞)对干扰素抑制剂的敏感性。在所述方法中，获取哺乳动物组织或细胞样品，并检验一种或多种生物标志物的表达。所述方法可以以多种测定法格式进行，包括检测mRNA表达的测定法、检测酶活性存在的酶测定法、和免疫组织化学测定法。在所述组织或细胞中测出此类生物标志物的表达则预示该组织或细胞将会对干扰素抑制剂疗法敏感。申请人令人惊讶地发现此类特定生物标志物的表达与多种自身免疫性病症的存在和/或程度密切相关。

如下所述，可以通过许多方法学来分析样品中多种生物标志物的表达，这些方法许多是本领域已知的且本领域技术人员理解的，包括但不限于免疫组织化学和/或Western分析、基于血液的定量测定法(例如血清ELISA)(用以检验例如蛋白质表达水平)、生化酶活性测定法、原位杂交、mRNA的Northern分析和/或PCR分析、以及极其多种可通过基因和/或组织阵列分析进行的测定法。用于评估基因和基因产物状态的典型方案可见于例如Ausubel等编，1995，《Current Protocols In Molecular Biology》,单元2(Northern印迹)、4(Southern印迹)、15(免疫印迹)和18(PCR分析)。

下文出于例示目的提供了关于检测样品中特定生物标志物(诸如表1、2和/或3所列的)的方案。

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本发明的任选方法包括检验或测试哺乳动物组织或细胞样品中IRG存在的方案。可以采用多种方法来检测IRG，包括例如免疫组织化学分析、免疫沉淀、Western印迹分析、分析结合测定法、ELISA、ELIFA、荧光活化的细胞分拣(FACS)等等。例如，检测组织或细胞样品中IRG表达的一种任选方法包括使样品接触IRG抗体、其IRG反应性片段、或包含IRG抗体的抗原结合区的重组蛋白；然后检测样品中IRG蛋白的结合。

在本发明的具体实施方案中，使用免疫组织化学和染色方案来检验样品中IRG蛋白的表达。组织切片的免疫组织化学染色已经显示为评估或检测样品中蛋白质存在的可靠方法。免疫组织化学(“IHC”)技术利用抗体来探查和原位显现细胞抗原，一般通过显色或荧光方法。

对于样品制备，可以使用来自哺乳动物(典型的是人类患者)的组织或细胞样品。样品的例子包括但不限于组织活检、血液、肺吸出物、痰、淋巴液等。可以通过本领域已知的多种规程来获得样品，包括但不限于手术切除、抽吸或活检。组织可以是新鲜的或冷冻的。在一个实施方案中，样品是固定和包埋在石蜡或类似物中的。

可以通过常规方法来固定(即保存)组织样品(参见例如“Manual ofHistological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology,”3rdedition(1960)Lee G.Luna，HT(ASCP)Editor，The Blakston Division McGraw-Hill BookCompany,New York；The Armed Forces Institute of Pathology Advanced LaboratoryMethods in Histology and Pathology(1994)Ulreka V.Mikel,Editor,Armed ForcesInstitute of Pathology,American Registry of Pathology,Washington,D.C.)。本领域普通技术人员将领会，固定剂的选择由样品是用于组织学染色还是其它分析的目的来决定。本领域普通技术人员还将领会，固定时长取决于组织样品的大小和所使用的固定剂。例如，可以使用中性缓冲的福尔马林、Bouin氏液或低聚甲醛来固定样品。

一般而言，将样品首先固定，然后通过酒精递增系列脱水，用石蜡或其它切片介质渗透和包埋使得该组织样品可以切片。或者，可以将组织切片并将所得切片固定。例如，可以通过常规方法学将组织样品包埋和加工(参见例如“Manual of Histological StainingMethod of the Armed Forces Institute of Pathology",见上文)。可以使用的石蜡的例子包括但不限于Paraplast、Broloid、和Tissuemay。一旦将组织样品包埋，就可以用切片机等等将样品切片(参见例如“Manual of Histological Staining Method of the ArmedForces Institute of Pathology”,见上文)。对于此规程，例如，切片的厚度范围可以是约3微米至约5微米。一旦切片，就可以通过数种标准方法将切片附着至载玻片。载玻片粘合剂的例子包括但不限于硅烷、明胶、聚L-赖氨酸等等。例如，可以将石蜡包埋的切片附着于带正电荷的载玻片和/或聚L-赖氨酸包被的载玻片。

若使用石蜡作为包埋材料，则一般将组织切片脱石蜡和复水。可以通过数种方法学将组织切片脱石蜡。例如，可以使用二甲苯和酒精逐渐递减系列(参见例如“Manual ofHistological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology”,见上文)。或者，可以使用商品化的脱石蜡用非有机试剂，诸如Hemo-De7(CMS,Houston,Texas)。

任选的是，在样品制备后，可以使用IHC来分析组织切片。IHC可以联合别的技术进行，诸如形态学染色和/或荧光原位杂交。可利用IHC的两种常用方法，即直接和间接测定法。依照第一种测定法，直接测定抗体对靶抗原(例如IRG)的结合。此直接测定法使用经过标记的试剂，诸如荧光标签或酶标记的一抗，其可以在没有进一步抗体相互作用的情况下显现。在一种典型的间接测定法中，未偶联的一抗结合至抗原，然后经过标记的二抗结合至一抗。若二抗偶联有酶标记物，则添加显色或荧光底物以提供抗原显现。因为数个二抗可以与一抗上的不同表位起反应，所以发生了信号放大。

用于免疫组织化学的一抗和/或二抗通常用可检测模块标记抗体。可利用许多标记物，一般可分成以下几类：

(a)放射性同位素，诸如35^S、14^C、125^I、3^H和131^I。例如，可使用Current Protocolsin Immunology，Volumes 1and 2，Coligen等,Ed.,Wiley-Interscience,New York,NewYork,Pubs.1991中描述的技术用放射性同位素标记抗体，并可使用闪烁计数来测量放射性。

(b)胶体金颗粒。

(c)荧光标记物，包括但不限于稀士螯合物(铕螯合物)、德州红、若丹明、荧光素、丹酰、丽丝胺、伞形酮、藻红蛋白、藻蓝蛋白、或商品化荧光团诸如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUM GREEN7和/或上述任一种或多种的衍生物。例如，可使用Current Protocols inImmunology,见上文中披露的技术使荧光标记物与抗体偶联。可使用荧光计对荧光进行定量。

(d)可利用各种酶-底物标记物且美国专利No.4,275,149中提供了有关它们中的一些的综述。酶一般催化可使用多种技术测量的显色底物的化学改变。例如，酶可以催化可通过分光光度法测量的底物的颜色改变。或者，酶可以改变底物的荧光或化学发光。上文描述了用于对荧光改变进行定量的技术。化学发光底物通过化学反应变成电子激发态，然后可发射可测量(例如使用化学发光计)或给荧光受体提供能量的光。酶标记物的例子包括萤光素酶(例如萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；美国专利No.4,737,456)、萤光素、2,3-二氢酞嗪二酮类、苹果酸脱氢酶、尿素酶、过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO)、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)、杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)、乳过氧化物酶、微过氧化物酶等。用于使酶与抗体偶联的技术描述于O'Sullivan等Methods for the Preparation ofEnzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay，Methods in Enzym.,J.Langone&H.Van Vunakis Ed.,Academic Press，New York，73:147-166(1981)。

酶-底物组合的例子包括例如：

(i)辣根过氧化物酶(HRPO)，其以过氧化氢为底物，其中过氧化氢氧化染料前体(例如邻苯二胺(OPD)或3，3'，5，5'-四甲基联苯胺盐酸盐(TMB))；

(ii)碱性磷酸酶(AP)与作为显色底物的对硝基苯基磷酸酯；和

(iii)β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)与显色底物(例如对硝基苯基-β-D-半乳糖苷)或荧光底物(例如4-甲基伞形基-β-D-半乳糖苷)。

本领域技术人员可利用许多其它酶-底物组合。有关它们的一般性综述参见美国专利No.4,275,149和4,318,980。有时，将标记物与抗体间接偶联。熟练技术人员了解实现这一目的的多种技术。例如，可将抗体与生物素偶联，而且可以将上述四大类标记物中的任一种与亲合素偶联，或反之亦然。生物素选择性结合亲合素，由此标记物可与抗体以这种间接方式偶联。或者，为了实现标记物与抗体的间接偶联，将抗体与小型半抗原偶联，并将上述不同类型的标记物之一与抗半抗原抗体偶联。由此，可实现标记物与抗体的间接偶联。

在上文讨论的样品制备规程外，可能还需要在IHC之前、期间或之后对组织切片进行进一步的处理。例如，可以实施表位修复法，诸如在柠檬酸盐缓冲液中对组织样品进行加热(参见例如Leong et al.Appl.Immunohistochem.4(3):201(1996))。

在任选的封闭步骤后，组织切片在合适条件下暴露于第一抗体足够时间，使得第一抗体结合至组织样品中的靶蛋白抗原。实现这一目的的适宜条件可以通过常规实验来确定。抗体与样品的结合程度通过使用上文讨论的任一种可检测标记物来测定。优选的是，标记物是酶标记物(例如HRPO)，其催化生色底物诸如3，3'-二氨基联苯胺色原体(chromogen)的化学变化。优选的是，将酶标记物偶联至特异性结合第一抗体的抗体(例如第一抗体是兔多克隆抗体，第二抗体是山羊抗兔抗体)。

任选的是，IHC分析中用于检测IRG表达的抗体是用以主要结合感兴趣IRG而生成的抗体。任选的是，所述抗IRG抗体是单克隆抗体。抗IRG抗体在本领域易于获得，包括各种商业来源，而且也可以使用本领域已知的常规技术生成。

可以将如此制备的标本放置好并盖上盖玻片。然后进行载玻片评估，例如利用显微镜，并且可以采用本领域常规使用的染色强度标准。例如，染色强度标准可以如下评估：

表A

染色样式	得分
		在细胞中没有观察到染色。	0
在超过10％的细胞中检测到微弱/刚刚可察觉的染色。	1+
		在超过10％的细胞中观察到弱至中等的染色。	2+
在超过10％的细胞中观察到中等至强的染色。	3+

在备选方法中，可以在足以使抗体-生物标志物复合物形成的条件下使样品接触对所述生物标志物特异性的抗体，然后检测所述复合物。可以以多种方式来检测生物标志物的存在，诸如通过Western印迹和ELISA规程，其用于测定极其广泛的组织和样品，包括血浆或血清。可利用多种使用这样测定法的免疫测定技术，参见例如美国专利4,016,043；4,424,279和4,018,653。这些包括非竞争性类型的单位点和双位点或“三明治/夹心式”测定法，以及传统的竞争性结合测定法。这些测定法也包括经标记抗体对靶生物标志物的直接结合。

三明治测定法是最有用且常用的测定法之一。三明治测定技术有许多变化形式，本发明意图涵盖所有这些变化形式。简言之，在一种典型的正向测定法(forward assay)中，将未标记的抗体固定化在固体基片上，使待测试的样品接触所结合的分子。温育足以容许抗体-抗原复合物形成的合适长度的一段时间后，添加对抗原特异性的、用能够生成可检测信号的报道分子标记的第二抗体并温育足以使另一复合物即抗体-抗原-标记抗体形成的一段时间。洗去任何未反应的物质，并通过由报道分子生成的信号的观察结果来测定抗原的存在。结果可以是定性的，即通过可见信号的简单观察，或者可以量化，即通过与包含已知量生物标志物的对照样品比较。

这项测定法的变化形式包括同时测定法，其中将样品和经标记抗体二者同时添加至所结合的抗体。这些技术是本领域技术人员所熟知的，包括任何显而易见的微小变化。在一种典型的正向三明治测定法中，具有针对生物标志物的特异性的第一抗体或是共价的或被动的结合至固体表面。所述固体表面典型地是玻璃或聚合酶，最常用的聚合物是纤维素、聚丙烯酰胺、尼龙、聚苯乙烯、聚氯乙稀或聚丙烯。所述固体支持物可以是管、珠、微孔板的盘、或适于实施免疫测定法的任何其它表面的形式。结合过程是本领域众所周知的，一般由交联、共价结合或物理吸附组成，清洗聚合物-抗体复合物，为测试样品做好准备。将待测样品的等分试样添加至固相复合物，并在合适条件(例如室温至40℃，诸如25℃和32℃之间，含两端值)下温育足够时间(例如2-40分钟或过夜，如果更方便的话)以容许抗体中存在的任何亚基结合。温育期后，将抗体亚基固相清洗并干燥并与对生物标志物的一部分特异性的第二抗体一起温育。所述第二抗体连接有用于指示第二抗体对分子标志物结合的报道分子。

一种备选方法牵涉将样品中的靶生物标志物固定化，然后将固定化的靶物暴露于未标记的或用报道分子标记的特异性抗体。根据靶物的量和报道分子信号的强度，所结合的靶物可以是通过用抗体直接标记而可检测的。或者，将经标记的、对第一抗体特异性的第二抗体暴露于靶物-第一抗体复合物以形成靶物-第一抗体-第二抗体三元复合物。该复合物通过报道分子发射的信号来检测。“报道分子”在用于本说明书时指通过其化学本质提供分析上可鉴定的信号从而容许检测抗原所结合抗体的分子。这类测定法中最常用的报道分子是酶、荧光团或含放射性核素的分子(即放射性同位素)和化学发光分子。

在酶免疫测定法的情况中，有酶偶联至第二抗体，一般通过戊二醛或高碘酸的手段。然而，正如易于领会的，有极其多种不同偶联技术可供技术人员使用。常用的酶包括辣根过氧化物酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶和碱性磷酸酶等等。与特定酶一起使用的底物一般选择成在被相应的酶水解后生成可检测的颜色变化。合适的酶的例子包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。也有可能采用荧光底物，其生成荧光产物而非上文所述显色底物。在所有情况中，将酶标记的抗体添加至第一抗体-分子标志物复合物，容许结合，然后洗去过量的试剂。然后将含有适宜底物的溶液添加至抗体-抗原-抗体复合物。底物与第二抗体所连接的酶起反应，给出定性可视信号，其可以进一步量化，通常通过分光光度法，以给出样品中存在的生物标志物的量的指示。或者，可以将荧光化合物(诸如荧光素和罗丹明)化学偶联至抗体而不改变其结合能力。在被特定波长的光照射而激活后，荧光团标记的抗体吸收光能，在分子中诱导激发状态，接着以光学显微镜在视觉上可检测的特征性颜色发光。在EIA中，容许荧光标记的抗体结合至第一抗体-分子标志物复合物。洗去未结合的试剂后，将剩余的三元复合物然后暴露于适宜波长的光，所观察到的荧光指示存在感兴趣的分子标志物。免疫荧光和EIA技术都是本领域已完善建立的。然而，也可以采用其它报道分子，诸如放射性同位素、化学发光或生物发光分子。

本发明涵盖，本文所述技术也可用于检测IRG的表达。

本发明的方法进一步包括检验组织或细胞样品中mRNA(诸如IRG mRNA)的存在和/或表达的方案。用于评估细胞中mRNA的方法是众所周知的，包括例如使用互补DNA探针的杂交测定法(诸如使用经标记IRG RNA探针的原位杂交、Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(诸如使用对IRG特异性的互补引物的RT-PCR，及其它扩增型检测方法，诸如例如分支DNA、SISBA、TMA等等)。

例如可以使用Northern、点印迹或PCR分析对来自哺乳动物的组织或细胞样品测定IRG mRNA。例如，RT-PCR测定法(诸如定量PCR测定法)是本领域众所周知的。在本发明的一个例示性实施方案中，用于检测生物学样品中的IRG mRNA的方法包括使用至少一种引物通过逆转录自样品生成cDNA；使用IRG多核苷酸作为有义和反义引物扩增如此生成的cDNA以扩增其中的IRG cDNA；并检测所扩增IRG cDNA的存在。另外，此类方法可以包括一个或多个如下步骤，其容许测定生物学样品中IRG mRNA的水平(例如通过同时检验“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任选的是，可以测定所扩增IRG cDNA的序列。

本发明这个方面的材料实施方案包括IRG引物和引物对(其容许特异性扩增本发明的多核苷酸或其任何特定部分)及探针(其选择性或特异性杂交至本发明的核酸分子或其任何部分)。探针可以用可检测标记物标记，诸如例如放射性同位素、荧光化合物、生物发光化合物、化学发光化合物、金属螯合剂或酶。此类探针和引物可用于检测样品中IRG多核苷酸的存在，及用作检测表达IRG蛋白的细胞的手段。正如技术人员将会理解的，基于本文中所提供的序列，可以制备很多种不同引物和探针，并有效用于扩增、克隆和/或测定IRGmRNA的存在和/或水平。

本发明的任选方法包括通过微阵列技术检验或检测组织或细胞样品中mRNA(诸如IRG mRNA)的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录和标记以生成cDNA探针。然后将所述探针杂交至在固体支持物上固定化的核酸阵列。所述该阵列配置成阵列的每个成员的序列和位置是已知的。例如，可以将有可能在某些疾病状态中表达的基因选集在固体支持物上形成阵列。经标记探针与特定阵列成员的杂交指示衍生该探针的样品表达该基因。疾病组织的差异基因表达分析可提供有价值的信息。微阵列技术利用核酸杂交技术和计算技术在单一实验中评估数以千计基因的mRNA表达序型(expression profile)(参见例如2001年10月11日公布的WO 01/75166；参见例如美国专利5,700,637；5,445,934；和5,807,522；Lockart，Nature Biotechnology,14:1675-1680(1996)；Cheung,V.G.et al.,Nature Genetics 21(Suppl):15-19(1999)，关于阵列制作的讨论)。DNA微阵列是包含基因片段的微型阵列，所述基因片段或是在玻璃或其它基质上直接合成或是点到玻璃或其它基质上。单一阵列中通常呈现数以千计的基因。一个典型的微阵列实验牵涉以下步骤：1)自分离自样品的RNA制备荧光标记的靶物；2)将经标记的靶物杂交至微阵列；3)清洗，染色，和扫描阵列；4)分析扫描图像；并5)生成基因表达序型。当前使用两种主要类型的DNA微阵列：包含自cDNA制备的PCR产物的基因表达阵列和寡核苷酸(通常25-70聚物)阵列。在形成阵列时，寡核苷酸可以是预制并点到表面上的，或者是直接在表面上合成的(原位)。

Affymetrix

系统是包含通过在玻璃表面上直接合成寡核苷酸而制作的阵列的商品化微阵列系统。探针/基因阵列：寡核苷酸(通常25聚物)通过组合基于半导体的光刻和固相化学合成技术直接合成到玻璃晶片上。每个阵列包含多至400,000种不同寡聚物，每种寡聚物以数以百万计拷贝存在。因为寡核苷酸探针是在阵列上已知位置合成的，所以杂交样式和信号强度可以通过Affymetrix Microarray Suite软件解读成基因身份和相对表达水平。每种基因通过一系列不同寡核苷酸探针呈现在阵列上。每个探针对由完全匹配寡核苷酸和错配寡核苷酸组成。完全匹配探针具有与特定基因精确互补的序列，因而测量该基因的表达。错配探针因中央碱基位置的单一碱基替代而不同于完全匹配探针，从而扰乱了靶基因转录物的结合。这有助于测定有助于对完全匹配寡聚物测得的信号的背景和非特异性杂交。Microarray Suite软件将错配探针的杂交强度从完全匹配探针的杂交强度中扣除，以确定每个探针集的绝对或特异强度。探针的选择基于Genbank和其它核苷酸库的当前信息。认为其序列识别基因3’末端的独特区域。使用基因芯片杂交炉(“电转烤炉”)来进行多至64个阵列的同时杂交。射流站实施探针阵列的清洗和染色。它是完全自动化的，包括四个模块，每个模块持有一个探针阵列。每个模块经由Microarray Suite软件使用预编程射流方案独立控制。扫描仪是共焦激光荧光扫描仪，其测量由结合至探针阵列的经标记cRNA发射的荧光强度。安装有Microarray Suite软件的计算机工作站控制射流站和扫描仪。Microarray Suite软件可以控制多至八个射流站，使用探针阵列的预编程的杂交、清洗、和染色方案。该软件还获取杂交强度数据并使用适宜的算法将其转变成每种基因的有/无呼叫(presence/absence call)。最后，该软件通过比较分析来检测各实验间基因表达的变化，并将输出格式化为.txt文件，其可以与其它软件程序一起用于进一步的数据分析。

选定生物标志物的表达还可以通过检验基因删除或基因扩增来评估。基因删除或扩增可以通过本领域已知的任一种或多种方案来测量，例如常规Southern印迹、Northern印迹(用以量化mRNA转录)(Thomas,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,77:5201-5205(1980))、点印迹(DNA分析)、或原位杂交(例如FISH)，其中使用适当标记的探针、细胞发生法(cytogenetic method)或比较性基因组杂交(CGH)，其中使用适当标记的探针。例如，这些方法可用于检测IRG基因的删除或扩增。

组织或细胞样品中选定生物标志物的表达还可以通过基于功能或活性的测定法来检验。例如，若生物标志物是酶，则可以实施本领域已知测定法来测定或检测组织或细胞样品中给定酶活性的存在。

在本发明的方法中，设想了还可以对组织或细胞样品检验样品中干扰素诸如1型干扰素的表达，和/或1型干扰素信号传导途径的激活。对组织或细胞样品检验1型干扰素和/或相应受体的表达，和/或1型干扰素信号传导途径的激活，可以给出关于该组织或细胞样品是否会对干扰素抑制剂敏感的进一步信息。例如，上文所述IHC技术可用于检测样品中一种或多种此类分子的存在。设想了在不仅检验IRG的存在还检验例如1型干扰素、干扰素受体的存在的方法中，可以自同一组织或细胞样品制备多个载玻片，并对每个载玻片用对每一种特定生物标志物或受体特异性的试剂进行检验。或者，可以自组织或细胞样品制备单一载玻片，并使用针对每一种生物标志物或受体的抗体联合多色染色方案以容许显现和检测各生物标志物或受体。

在测出组织或细胞样品表达一种或多种指示该组织或细胞样品将会对干扰素抑制剂处理敏感的生物标志物后，设想了可以对哺乳动物施用有效量的干扰素抑制剂以治疗侵扰该哺乳动物的病症，诸如自身免疫性病症。本文所述哺乳动物中各种病理疾患的诊断可以由熟练从业人员实施。诊断技术是本领域可利用的，其容许例如诊断或检测哺乳动物中的自身免疫相关疾病。

干扰素抑制剂可以依照已知方法施用，诸如静脉内施用(如推注(bolus)或一段时间的连续输注)，通过肌肉内、腹膜内、脑脊髓内、皮下、关节内、滑膜内、鞘内、口服、局部或吸入路径。任选的是，施用可以使用各种商品化装置经由迷你泵输注来实施。

施用干扰素抑制剂的有效剂量和进度表可以凭经验确定，而且做出此类决定在本领域技术范围内。可以采用单个或多个剂量。例如，干扰素抑制剂单独使用的有效剂量或含量的范围可以是每天约1μg/kg至约100mg/kg体重或更多。剂量的物种间定标可以以本领域已知方式进行，例如参见Mordenti et al.，Pharmaceut.Res.，8:1351(1991)。

在采用体内施用干扰素抑制剂时，正常剂量可以在每天约10ng/kg至100mg/kg或更多哺乳动物体重范围内变化，优选约1μg/kg/天至10mg/kg/天，取决于施用路径。文献中提供了关于投递的特定剂量和方法的指导，参见例如美国专利4,657,760；5,206,344；或5,225,212。预期不同配制剂将会对不同治疗化合物和不同病症是有效的，而且例如靶向一种器官或组织的施用可能必需采用与靶向另一种器官或组织的施用不同方式的投递。

设想了本发明的方法中还可以采用别的疗法。一种或多种其它疗法可以包括但不限于施用类固醇和所讨论特定自身免疫性病症的其它标准护理方案。设想了可以采用所述其它疗法作为与干扰素抑制剂分开的药剂。

为了用于上文所描述或提议的应用，本发明还提供了试剂盒或制品。此类试剂盒可以包括载体物质，其隔室化以紧密排列一个或多个容器，诸如药管、药瓶等，每个容器装有本发明方法中将使用的分开的成分之一。例如，所述容器之一可以装有可检测标记或可以可检测标记的探针。此类探针可以是分别对IRG基因或信使特异性的抗体或多核苷酸。在试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸时，试剂盒还可以具有这样的容器，其装有用于扩增靶核酸序列的核苷酸和/或装有报道物的容器，诸如生物素结合蛋白，诸如亲合素或链霉亲合素，其结合至报道分子，诸如酶、荧光或放射性同位素标记物。

本发明的试剂盒典型地包括上文所述容器和一个或多个其它容器，其中装有从商业和使用者观点看需要的材料，包括缓冲剂、稀释剂、滤器、针头、注射器和印有使用说明书的包装插页。容器上可以有标签以指出该组合物用于特定疗法或非治疗性应用，而且还可以指出体外或体内使用的用法，诸如上文所述。

本发明的试剂盒具有许多实施方案。一个典型的实施方案是包括容器、所述容器上的标签、和所述容器内的组合物的试剂盒，其中所述组合物包含能结合IRG多肽序列的第一抗体，所述容器上的标签指出该组合物可用于评估至少一种类型的哺乳动物细胞中IRG蛋白的存在，及使用IRG抗体来评估至少一种类型的哺乳动物细胞中IRG蛋白存在的说明书。该试剂盒可以进一步包含一套用于制备组织样品并将抗体和探针应用于组织样品的同一切片的说明书和材料。该试剂盒可以包括第一抗体和第二抗体二者，其中所述第二抗体偶联有标记物，例如酶标记物。

另一个实施方案是包括容器、所述容器上的标签、和所述容器内的组合物的试剂盒，其中所述组合物包含能在严格条件下与IRG多核苷酸的互补链杂交的多核苷酸，所述容器上的标签指出该组合物可用于评估至少一种类型的哺乳动物细胞中IRG的存在，及使用IRG多核苷酸来评估至少一种类型的哺乳动物细胞中IRG RNA或DNA存在的说明书。

试剂盒中的其它任选成分包括一种或多种缓冲剂(例如封闭缓冲液、清洗缓冲液、底物缓冲液等)、其它试剂(诸如可以被酶标记物化学改变的底物，例如色原)、表位修复液、对照样品(阳性和/或阴性对照)、对照载玻片等。

下文是本发明方法和组合物的实施例。应当理解，根据上文所提供的一般性描述，可以实施各种其它实施方案。

实施例

实施例1

材料和方法

以来自明尼苏达州大学(University Of Minnesota，Minneapolis，MN)的SLE患者(具有活动的或不活动的疾病)和正常供体的血液－外周血单个核细胞(PBMC)的数据分析了IFN-α响应性基因(IRG)的表达。

数据如下生成：自18名具有活动的SLE的患者在不同日期收集92份血液样品，自5名具有不活动的SLE的患者在不同日期收集19份血液样品，并自4名健康供体收集4份血液样品。通过标准Ficoll梯度离心自全血分离PBMC。使用Qiagen(Valencia,CA)的RNA分离试剂盒自PBMC样品制备RNA并与Agilent(Palo Alto,CA)的WHG寡核苷酸微阵列芯片杂交。通过标准Agilent Feature Extraction加工原始数据以产生Agilent log比率数据。如下检验基因应答IFN-α的正常表达，自健康供体分离PBMC并在培养物中与100U/ml重组IFN-α一起温育4小时，然后在添加IFN-α后4、12、28和52小时采集细胞培养物的样品。

微阵列数据使用xcluster软件程序(pearson对log2信号)以两维(样品和探针)在探针上分级聚簇，其中均值信号在前70％且离散系数(coefficient of variability)在前70％。簇数据(Cluster data)用Java Treeview软件程序查看。数值分析用R(http://www.r-project.org/)、JMP(SAS Institute,Cary,NC)和Excel(Microsoft,Redmond,WA)进行。

结果和分析

所有样品的微阵列聚簇显示出样品和基因二者的显著成组。样品聚簇显示出大部分具有活动的疾病的SLE患者的成组。基因聚簇显示出具有明显生物学样式的数个不同的紧密成组基因子簇。例如，一个子簇对于已知B细胞特异性的基因高度富集，另一个是对于嗜中性细胞，另一个对于抗体，而另一个是对于IRG高度富集。IRG子簇显示出针对样品而言的有趣样式：正常样品都显示出IRG低表达，而SLE样品显示出自正常附近至极高而变化的大范围表达。

紧密子簇(tight subcluster)内探针的表达序型非常相似但不相同，而且非常相似序型间的变化可以是在很大程度上由于来自生物学或技术方面来源的噪声。例如，有些基因被超过一种探针呈现在微阵列上，而且IRG子簇区域中有数对探针呈现同一基因的表达。在这些情况中，所述探针彼此接近聚簇，有时紧密相邻。如此，表现为存在清楚的样式且在许多探针中得到反映，而且利用来自数种探针的数据以减轻数据中噪声的干扰可以最清楚地鉴定所述样式。但是，所鉴定的基因可以单独用作与疾病存在有关的遗传鉴定物。

被干扰素α高度诱导的基因的鉴定

为了鉴定其表达被干扰素α的存在高度诱导的基因，将来自健康供体的PBMC样品用重组干扰素α处理，并将细胞培养物的样品进行Agilent WHG表达分析，如上所述。通过双向ANOVA(时间和处理)分析来自这些杂交的log比率数据(log ratio data)，通过过滤处理p值＜5x10^-7鉴定出142种探针。这个基因集合是其表达被干扰素α诱导的基因的子集，而且它构成了在其共聚簇的共同基础是干扰素α诱导的其它实验中鉴定基因簇的有效工具。

与疾病有关的度量的开发，及可构成此类度量的各个基因的鉴定

IRG的转录激活样式通过计算与特定探针亚组的Agilent比率水平成比例的单一度量来测量。例如，我们在下文中以IRG探针描述了这种方法。所述样式(IRG的聚集序型)首先如下定义，即将PBMC样品中由干扰素α诱导的探针的密度图与SLE和对照样品的簇热图(cluster heatmap)比对(图1)。探针如下鉴定为IRG，即由两种最高度关联的探针开始并通过添加下一个最高度关联的探针或探针分支(branch of probe)来扩充该集合，直到探针集合表现为包含在其中央明显可见的大多数表达签名(expression signature)但迄今未包含来自不同签名的显著成分。该集合由35种表1中所列探针构成。

然后将这组的表达数据转化成z-得分(均值定标至1，以2为底数的log转化，然后定标至均值1的标准偏差)，并计算每种探针的序型与均值序型的相关系数。将这些相关系数作为加权因子用于相对重的加权显示出最强匹配该组趋势的探针，并用于相对轻的加权表观上不受其它输入或噪声影响的探针。

将探针定标至1所需要的因子乘以加权因子以生成复合因子(compositefactor)，其可以为单一杂交生成标准化的、加权的度量。将正常血液样品的签名乘以该因子，在探针和样品二者间取平均值，并转变此值成以生成整体定标因子(global scalingfactor)，其将来自样品的探针平均值输出转化成一度量，该度量对于来自健康供体的样品预期为1。将每个标准化/加权因子乘以该因子。结果是纯量值(scalar value)的矢量(vector)，其乘以样品表达签名并取平均值，以生成I型干扰素应答基因度量((Type IInterferon Response Gene Metric)，IRGM)，即测量样品中IFN-α转录应答水平的单一度量。

计算IRGM得分，并评估用于选择IRGM基因的临床样品集。患有活动的SLE的患者的IRGM得分显著高于健康患者(图2)。

SLE疾病的活动和严重性的临床指标诸如SLEDAI量化患者疾病症状，而且可能与疾病病因学背后的基因表达有关。为了调查这种假说，将患者个体的IRGM数据与那些患者的临床得分和实验室测试结果进行比较。在IRGM和SLEDAI之间没有观察到显著的相关性，但是血清中的抗dsDNA抗体滴度与IRGM在许多具有活动的SLE的患者中关联密切(图3A和3B)。这种相关性可以是互相替代的任一测定法的基础。还图示了生物学相关性，其可充当SLE疗法理性设计的基础。

通过鉴定具有相对高的IRGM得分的患者且因而具有可被阻断的IFN-α信号传导，IRGM测试及构成此测试的基因(如表1所列)的表达可用于选择将会受益于自身免疫性病症(例如SLE)的基于IFN-α的治疗的患者。同样的，它可用于预测某些患者不会受益于基于IFN-α的治疗，因为他们不展现高IRGM得分且因而当时未发生可被破坏的活跃的IFN-α信号传导。

IRGM测试及构成此测试的基因(如表1所列)的表达是多种药物开发、诊断预后和治疗设置中的有用指示物，如上所述。例如，此信息可用于检查对抗IFN-α治疗响应较好的患者在治疗前是否具有IFN-α信号传导靶物的高水平表达且此后该治疗是否消除了该表达。它将会是特定治疗方法对IFN-α信号传导途径影响程度的有用测量指标。它可以是测量治疗随时间的效果表现的有用的生物标志物或药效学标志物。

其它干扰素

上文所述基于度量的方法可以以多种方式利用，用于表征疾病途径、作用机制和药物药效学。例如，不同的干扰素分子可能具有不同的特性，IRGM和/或基于不同微阵列数据和/或分析以相同方式建立的检验方法可以有助于测量和阐述这一点。例如：

1)所有I型干扰素都经由同一异二聚体受体传导信号，但是半衰期、受体亲和力、或在靶细胞中启动信号传导的力量可以不同。这些量值差异可以通过IRGM容易地且精确地测量。这类测量可以在细胞培养实验中或者在临床上进行。类似的，候选药物或临床上所用药物的效果可以使用这种方法来测量。

2)可以通过用不同干扰素处理的培养的血液样品的微阵列测定法来构建不同IRGM样测试方法。就各测试方法彼此不同的程度而言，它们可以应用于临床样品以测定不同干扰素和/或药物的相对活性。

其它签名

用于生成IRGM检验的方法也可以应用于任何类型的表达签名，或是关于细胞的状态或活性或是关于细胞的类型。例如，有些SLE患者显示出免疫球蛋白基因表达的显著上调，即指示浆细胞生成抗体。报告这些基因表达的微阵列探针可以整体上支持浆细胞活性和抗体生成的整体水平的测量的计算。又例如，存在与活跃有丝分裂细胞复制有关的特定转录变化。这些转录变化可以合并成应用于多种生物学样品以测量它们的分裂多么活跃的检验。或者又例如，其表达对于特定类型的免疫细胞是特异性的基因可以根据哪种细胞类型表达它们来分类，然后可以对每种细胞类型建立检验方法。然后可以将这种检验方法集合应用于任何多种临床样品(来自SLE患者的血液、来自克罗恩氏病患者的肠活检，等)以确定免疫细胞类型的平衡。

表1：构成用于WHG分析的IRG集合的Agilent WHG探针。列出了35种探针，代表29种独特基因。指出了Refseq或Genbank编号、符号和基因名称。

实施例2

材料和方法

以Gene Logic Inc.(Gaithersburg,MD)得到的SLE患者和健康供体的白细胞(WBC)的数据分析了IFN-α响应性基因(IRG)的表达。

数据如下生成：自具有活动的SLE的患者收集72份血液样品，并自健康供体收集46份血液样品。使用Qiagen(Valencia,CA)的RNA分离试剂盒自WBC样品制备RNA并与Affymetrix,Inc.(Santa Clara,CA)的HGU133寡核苷酸微阵列芯片杂交。通过标准Affymetrix MAS5.0Feature Extraction加工原始数据以产生信号数据。

微阵列数据使用xcluster软件程序(pearson对log2信号)以两维(样品和探针)在探针上分级聚簇，其中均值信号在前70％且离散系数(coefficient of variability)在前70％。簇数据用Java Treeview软件程序查看。数值分析用R(http://www.r-project.org/)、JMP(SAS Institute,Cary,NC)进行。

结果和分析

所有样品的微阵列聚簇显示出样品和基因二者的显著成组。样品聚簇显示出大部分具有活动的疾病的SLE患者的成组。基因聚簇显示出具有明显生物学样式的数个不同的紧密成组基因子簇。例如，一个子簇对于已知B细胞特异性的基因高度富集，另一个是对于嗜中性细胞，另一个对于抗体，而另一个是对于IRG高度富集。IRG子簇显示出针对样品而言的有趣样式：正常样品都显示出IRG低表达，而SLE样品显示出自正常附近至极高而变化的大范围表达。

紧密子簇内探针的表达序型非常相似但不相同，而且非常相似序型间的变化可以是在很大程度上由于来自生物学或技术方面的噪声。例如，有些基因被超过一种探针呈现在微阵列上，而且IRG子簇区域中有数对探针呈现同一基因的表达。在这些情况中，所述探针彼此接近聚簇，有时紧密相邻。如此，表现为存在清楚的样式且在许多探针中得到反映，而且利用来自数种探针的数据以减轻数据中噪声的干扰可以最清楚地鉴定所述样式。但是，所鉴定的基因可以单独用作与疾病存在有关的遗传鉴定物。

鉴定出其表达指示对1型干扰素的应答的一个相对完整的基因集(IRG)。IRG区(其鉴定为包含在已知IRG中高度富集的80种微阵列探针的聚簇数据的紧密聚簇区)通过对这片80种探针的聚簇数据取平均值，用作干扰素应答状况的定义。所述取平均值如下进行，即在这80种探针间取算数平均值以生成描述这118份所分析样品中平均相对干扰素应答的长度118的矢量。然后将簇数据中每种探针的相似性与此签名矢量通过计算每个成对比较的Spearman相关性ρ值进行比较。目视检查探针在其聚簇次序中的这些ρ值显示出在IRG簇的中央有明显的最大值(图4)，而且它还揭示了相关性局部升高的区域与较不相关且受其它信号和噪声影响重得多的邻近区域间清晰的边界。此完整IRG区中的探针列于表2。表3显示了与来自表2的新基因子集对应的探针(在有些情况中是多种探针)。

这个集合中的所有探针其相应基因是血细胞对I型干扰素的应答水平的有用标志物。它们单独地或者如前所述以任何数目和组合而组合地提供关于应答的信息，以创建干扰素签名度量((Interferon Signature Metric),ISM)。它们的表达水平为此目的的测量可以使用多种标准技术有效实现，例如表达微阵列(例如商品化阵列，诸如AffymetrixHGU133)、或实时PCR(例如Taqman)。

表2：构成一个I型干扰素响应性基因集合的201种微阵列探针，指示了它们对干扰素签名的Spearman(ρ)相关性、Refseq或Genbank编号、符号、和名称。

表3：表2新探针集/基因的选定子集。适当时，列出了多重探针集(及其相应ρ值)及其各自对应的基因。

实施例3

为了进一步评估包含一种或多种本文所鉴定基因的基因组合与干扰素应答基因签名关联的程度，评估了24种选定基因的所有可能的3基因组合(表4A)的Pearson相关性。数据显示于表4B。

材料和方法

使用Qiagen/PreAnalytix(Valencia,CA)的PAXgene管自35名SLE患者和10名健康供体收集全血。使用Qiagen/PreAnalytix(Valencia,CA)的血液RNA分离试剂盒制备RNA，并使用例行方法测定24种干扰素-α(IFNα)响应性基因的表达，例如通过使用引物/探针及ABI(Foster City,CA)的TaqMan试剂。通过将表达相对于RPL19标准化来测定相对丰度。从分析中排除1份“健康”供体样品，因为异常高的的IFN响应性基因表达，这可能是由于最近的病毒感染。干扰素签名度量((Interferon Signature Metric),ISM)得分以如下方式定义：

1.在正常样品中计算每种基因的平均表达(“平均正常表达”)。

2.列表相对于平均正常表达(步骤1)的表达比率。

3.使用基因集合为每份样品确定ISM得分。ISM得分是给定样品中基因集合

的表达比率(步骤2)的平均值。

对于24种IFNα响应性基因，有可能生成2024种独特的3基因子集。对于每一种可能的2024种3基因组合，计算3基因ISM得分和24基因ISM得分之间的Pearson相关性。所有数值分析使用R(http://www.r-project.org/)进行。

结果和分析

尽管大多数健康供体样品具有接近1的ISM得分，显著比例的SLE患者具有相当更高的ISM得分。另外，所有3基因组合ISM得分充当24基因ISM得分的高质量替代物。3基因ISM得分与24基因ISM得分相关性的柱形图显示于图5。最低Pearson相关性是0.73，而且70％的相关性大于0.95。

正如根据表4B显而易见的，所有组合显示出显著的相关性值，其中最低值为约0.73。这证明了上文所公开的基因作为疾病标志物的有效性和灵活性。这24种选定基因大多数但非所有来自表1、2和/或3。所观察到的高相关性，甚至是对于包含表1、2和/或3中未列出的基因的组合，进一步证实了上文所公开的基因作为疾病标志物的有用性和广泛适用性。

表4A：选定的24种基因的列表，指出了相应的RefSeq ID。

表4B：24种基因的选定组的所有可能的3基因组合，指出了它们相应的Pearson相关性值。

Claims (6)

1.由能够与IFI44L、CIG5和IFI44基因或所述基因的互补物特异性杂交的多核苷酸组成的组合物在制备检测试剂或制品中的用途，所述检测试剂或制品供一种方法使用，所述方法测定受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达IFI44L、CIG5和IFI44基因的细胞，其中所述细胞的存在指示该受试者具有系统性红斑狼疮(SLE)。

2.由能够与IFI44L、CIG5和IFI44基因或所述基因的互补物特异性杂交的多核苷酸组成的组合物在制备检测试剂或制品中的用途，所述检测试剂或制品供一种检测受试者中的系统性红斑狼疮(SLE)状态的方法使用，所述方法测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达IFI44L、CIG5和IFI44基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者中存在系统性红斑狼疮(SLE)状态。

3.由能够与IFI44L、CIG5和IFI44基因或所述基因的互补物特异性杂交的多核苷酸组成的组合物在制备检测试剂或制品中的用途，所述检测试剂或制品供一种评估受试者发生系统性红斑狼疮(SLE)的素因的方法使用，所述方法测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达IFI44L、CIG5和IFI44基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者发生系统性红斑狼疮(SLE)的素因。

4.由能够与IFI44L、CIG5和IFI44基因或所述基因的互补物特异性杂交的多核苷酸组成的组合物在制备检测试剂或制品中的用途，所述检测试剂或制品供一种诊断受试者中的系统性红斑狼疮(SLE)的方法使用，所述方法测定该受试者是否包含以大于相应基因在正常参照样品中表达水平的水平表达IFI44L、CIG5和IFI44基因的细胞，其中检测到所述细胞指示该受试者具有系统性红斑狼疮(SLE)。

5.权利要求1-4任一项的用途，其中所述方法进一步包括参照基因的使用。

6.权利要求5的用途，其中所述参照基因为持家基因。

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