KR101464386B1 - 자가면역 장애를 검출하기 위한 방법 및 조성물 - Google Patents

Abstract

본 발명은 기준 샘플과 비교했을 때 더 높은 수준의 인터페론-유도성 유전자의 발현을 검출하는 것에 의한, 자가면역 장애, 예컨대 전신성 홍반 루푸스 (SLE)의 검출, 예후 및 모니터링에 유용한 방법 및 조성물을 제공한다.

자가면역 장애, 전신성 홍반 루푸스, 바이오마커, 인터페론, 인터페론-응답성 유전자, 인터페론 억제제

Description

자가면역 장애를 검출하기 위한 방법 및 조성물 {METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTING AUTOIMMUNE DISORDERS}

본 출원은 37 CFR 1.53(b)(1) 하에 출원된 정식 출원이고, 35 USC 119(e) 하에 가출원 번호 60/794,393 (2006년 4월 24일 출원)을 우선권으로 청구하며, 상기 가출원의 내용은 거명에 의해 본원에 포함된다.

본 발명은 일반적으로 자가면역 질환의 분자적 결정 분야에 관한 것이다. 더욱 구체적으로, 본 발명은 자가면역 장애의 다양한 양상과 관련이 있는 독특한 분자적 시그너쳐(signature)를 기초로 하는 방법 및 조성물에 관한 것이다.

현재, 다수의 자가면역 장애는 다양한 자가 항원에 대한 자가항체의 생산을 특징으로 한다고 여겨진다. 예를 들어, 전신성 홍반 루푸스 (SLE)는 숙주 세포 및 조직에 결합함으로써, 그리고 혈관 조직에 침착되고 면역 세포를 활성화시키는 면역 복합체를 형성함으로써 자가항체가 기관 손상을 야기하는 자가면역 질환이다. 쇼그렌 증후군은 신체의 샘에서의 염증을 특징으로 하는 자가면역 질환이다. IgA 콩팥병증, 건선, 류머티스 관절염, 다발성 경화증, 강직성 척추염 등을 포함하지만 이에 한정되지 않는 기타 자가면역 장애가 또한 통상적으로 발견된다.

인터페론 알파 (IFN-α)는 다수의 면역 장애, 예컨대 SLE의 병인에 강하게 연루되는 제I형 인터페론이다. IFN-α 신호전달의 파괴를 수반하는 치료 접근법이 이같은 장애의 효과적인 치료일 수 있는 것으로 여겨진다. IFN-α 수준이 SLE에서 상승되는 것으로 공지되었고, IFN-α로의 환자 치료는 수용자에서 SLE와 유사한 증상을 가역적으로 야기하는 것으로 관찰되었다. 수많은 기타 계통의 증거들이 IFN-α와 SLE를 연결지었다.

표적 세포 내의 유전자의 전사에 대해 IFN-α가 이의 효과를 발휘하는 메커니즘이 광범위하게 연구되었다. 2차 전령 케스케이드가 결정되었고, 활성화된 전사 인자에 대한 시스(cis)-조절성 결합 부위가 정의되었으며, 어떠한 유전자의 발현이 조정되는지가 여러 연구에서 탐구되었다. 가장 종합적인 이러한 연구는 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이로 수행되었지만, 인터페론 응답 유전자 발현 프로파일의 정의는 아직 완전하지 않은데, 이는 적어도 부분적으로 최근까지 마이크로어레이가 인간 게놈의 유전자에 대한 매우 완전한 세트의 리포터를 함유하지 않았기 때문이고, 또한 다양한 기술적 어려움이 당해 병리학적 컨디션과 신뢰성있게 상관관계가 있는 마커 유전자의 광범위하게 적용가능하지만 간단한 세트의 확인을 방해하였기 때문이다.

자가면역 질환의 임상 관리에서의 가장 어려운 문제점 중 하나는 환자에서의 질환의 정확한 초기 확인이다. 이 때문에, 환자 내의 질환의 존재 및/또는 정도를 객관적으로 확인하는데 사용될 수 있는 분자-기반 진단 방법이 있는 것이 고도로 유리할 것이다. 본원에 기술된 발명은 이러한 방법 및 기타 이점을 제공한다.

특허 출원 및 간행물을 포함하여, 본원에서 인용된 모든 참조문헌은 전체적으로 거명에 의해 포함된다.

발명의 개요

본 발명은 발현이 전신성 홍반 루푸스 (SLE)의 존재 및/또는 정도와 관련이 있는 유전자(들)의 확인을 적어도 부분적으로 기초로 하는 자가면역 장애의 확인을 위한 방법 및 조성물을 제공하고, 이때 SLE는 차례로 이의 질환-관련 유전자 시그너쳐가 다른 자가면역 질환에서 또한 적용가능한 원형성(prototypical) 자가면역 질환이다. 예를 들어, 본원에 기술된 바와 같이, 한 실시양태에서, IFN-α에 의한 신호전달에 응답하여 조정되는 유전자가 확인되었다. 그후, 이러한 접근법에 의해 생성된 정보가 테스트 및 변형되어, 세포 또는 조직 샘플이 자가면역 장애의 특징적인 응답을 나타내는 정도의 간결하고 정량적인 측정법이 발달된다. 본원에서 제시된 바와 같이, 본원에 개시된 특정 유전자들 중 하나 이상의 검출은 환자 내의 자가면역 장애의 존재 및/또는 정도의 유용하고 정보를 제공하는 지표일 수 있다. 또한, 인터페론-관련 질환 외양 및/또는 중증도를 가리키는 메트릭(metric) 또는 등가의 지수가 바이오마커 유전자 발현 정보의 적합한 변환에 의해 생성될 수 있다. 대표적인 변환 및 생성된 메트릭이 본원에 개시되고, 이는 본원에 또한 개시된 유전자 발현 데이터를 기초로 생성된다.

한 양상에서, 본 발명은 대상이 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수를 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 발현하는 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 존재는 대상에게 자가면역 장애가 있다는 것을 가리키는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상이 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수를 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 발현하는 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 존재는 대상이 자가면역 질환 치료법에 응답성일 것임을 가리키는 것인, 자가면역 질환 치료법에 대한 대상의 응답성을 예측하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상이 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수를 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 발현하는 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 최소 잔류 자가면역 질환의 존재를 가리키는 것인, 자가면역 질환에 대해 치료된 대상에서 최소 잔류 질환을 모니터링하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상이 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수를 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 발현하는 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 대상 내의 자가면역 질환 상태의 존재를 가리키는 것인, 대상 내의 자가면역 질환 상태를 검출하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상이 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수를 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 발현하는 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 대상에서 자가면역 장애가 발달될 소질을 가리키는 것인, 대상의 자가면역 장애가 발달될 소질을 평가하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상이 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수를 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 발현하는 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 대상에게 자가면역 장애가 있다는 것을 가 리키는 것인, 대상에서 자가면역 장애를 진단하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상이 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수를 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 발현하는 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 대상에게 활성 상태의 자가면역 장애가 있다는 것을 가리키는 것인, 대상에서 활성 질환 상태와 비활성 질환 상태 (예를 들어, 활성 SLE와 비활성 SLE)를 구별하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상이 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수를 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 발현하는 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 대상 내의 항-dsDNA 항체의 존재 및/또는 상승을 가리키는 것인, 대상 내의 항-dsDNA 항체의 존재 및/또는 상승을 결정하는 방법을 제공한다.

본 발명의 방법은 적합한 임상 개입 단계를, 적합하다면 및 적합하게, 결정하는데 유용한 정보를 제공한다. 따라서, 본 발명의 방법의 한 실시양태에서, 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 유전자의 임의의 조합 물 (예를 들어, 표 4에 열거된 것들)을 포함)의 발현의 평가 결과를 기초로 하는 임상 개입 단계가 방법에 추가로 포함된다. 예를 들어, 적합한 개입은 예방 및 치료 단계, 또는 본 발명의 방법에 의해 수득된 유전자 발현 정보를 기초로 하는 임의의 당시-현재 예방 또는 치료 단계의 조정(들)을 수반할 수 있다.

당업자에게 명백할 바와 같이, 임의의 본 발명의 방법에서, 유전자의 증가된 발현의 검출이 질환의 특성 (예를 들어, 질환의 존재, 단계 또는 정도)를 양성적으로 가리킬 것인 한편, 유전자의 증가된 발현의 비-검출 또한 질환의 상반적 특성화를 제공함으로써 정보적일 것이다.

한 양상에서, 본 발명은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자, 또는 이같은 유전자의 상보물 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수에 특이적으로 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 제공한다. 한 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 어레이, 유전자 칩, 또는 유전자 세트 (예를 들어, 별도로 또는 혼합물로서 제공되는, 유전자들 또는 이의 단편들의 세트)로서 제공된다.

한 양상에서, 본 발명은 본 발명의 조성물, 및 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수의 발현이 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준인지 여부를 결정하여 자가면역 장 애를 검출하도록 조성물을 사용하는 것에 관한 지침서를 포함하는 키트를 제공한다. 한 실시양태에서, 본 발명의 조성물은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개 또는 전부까지의 임의의 개수에 특이적으로 혼성화할 수 있는 어레이/유전자 칩/유전자 세트를 포함한다. 한 실시양태에서, 본 발명의 조성물은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자에 의해 코딩되는 폴리펩티드의 적어도 일부분을 코딩하는 핵산 분자를 포함한다. 한 실시양태에서, 본 발명의 조성물은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자의 적어도 일부분에 결합하여 이의 중합 (예를 들어, 증폭)을 초래할 수 있는 핵산 프라이머를 포함한다. 한 실시양태에서, 본 발명의 조성물은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 (또는 이의 상보물) (또는 상응하는 유전자 생성물)을 특이적으로 검출하는 결합제 (예를 들어, 프라이머, 프로브)를 포함한다. 한 실시양태에서, 본 발명의 조성물은 표 1 , 2 및/또는 3에 열거된 유전자에 의해 코딩되는 폴리펩티드의 적어도 일부분에 특이적으로 결합하는 결합제를 포함한다.

본 발명의 방법 및 조성물은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 유전자 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 1개를 초과하는 유전자가 본 발명의 방법 또는 조성물에서 사용되거나 이에 포함된 경우, 1개를 초과하는 유전자는 표 1, 2 및/또는 3에 열거 (특정 순서로 열거되지 않음)된 유전자 중 임의의 개수의 임의의 조합물일 수 있다. 예를 들어, 한 실시양태에서, 유전자의 조합물은 오직 2개의 열거된 유전자, 즉 OAS3 및 HERC5만을 포함한다. 한 실시양태에서, 유전자의 조합물은 오직 3개, 오직 4개, 오직 5개 또는 오직 6개의 열거된 유전자만을 포함한다. 한 실시양태에서, 유전자의 조합물은 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 6개 이상의 열거된 유전자를 포함한다. 또다른 실시양태에서, 유전자의 조합물은 OAS3, HERC5, 및 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 기타 유전자 중 하나 이상을 포함한다. 한 실시양태에서, 본 발명의 유전자 조합물은 표 4B에 지시된 바와 같은 3-유전자 조합물 (유전자 1, 2 및 3)을 포함하거나, 이러한 조합물로 구성되거나 또는 이러한 조합물로 본질적으로 구성된다. 한 실시양태에서, 이같은 3-유전자 조합물은 피어슨 상관값이 적어도 약 0.7, 또는 적어도 약 0.75, 또는 적어도 약 0.8, 또는 적어도 약 0.85, 또는 적어도 약 0.9, 또는 적어도 약 0.95, 또는 적어도 약 0.97, 또는 적어도 약 0.98, 또는 적어도 약 0.99인 것으로 지시된다. 한 실시양태에서, 이같은 3-유전자 조합물은 (1) IFIT4, OAS1, 및 MX1; 또는 (2) OASL, CHMP5, 및 ZBP1; 또는 (3) IFI44L, OASL, 및 CIG5; 또는 (4) IFI44L, CIG5, 및 ZBP1; 또는 (5) EPSTI1, TYKI, 및 MX1; 또는 (6) IFIT4, HERC5, 및 TYKI; 또는 (7) IFIT4, TYKI, 및 XIAP; 또는 (8) IFI44L, OASL, 및 ZBP1; 또는 (9) IFI44L, IFIT4, 및 OASL; 또는 (10) IFI4, OAS1, 및 IFIT1; 또는 (11) EPSTI1, HERC5, 및 TYKI; 또는 (12) IFI44L, EPSTI1, 및 OASL; 또는 (13) IFI44L, EPSTI1, 및 OAS3; 또는 (14) EPSTI1, TYKI, 및 IFIT1; 또는 (15) G1P2, SAMD9L, 및 SP110을 포함한다. 또다른 실시양태에서, 유전자의 조합물은 표 1, 2 및/또는 3에 열거되지 않은 하나 이상의 기타 유전자 (예를 들어, 자가면역 질환과 관련되지만 명확하게 인터페론에 의한 유도와 관련되지 않는 것으로 공지된 유전자)와 추가로 조합된, 표 1, 2 및/또는 3 에 열거된 유전자 중 하나 이상을 포함한다.

임의의 본원에 기술된 본 발명의 실시양태에서, 하나 이상의 기준 유전자 (즉, 혼자서 평가되었을 때, 당해 질환 및/또는 컨디션을 가리키는 것으로 알려지지 않은 유전자)가 포함될 수 있다. 이같은 기준 유전자는 하우스키핑(housekeeping) 유전자를 포함할 수 있다. 예를 들어, 적절한 기준 유전자는 샘플 중 기준선 유전자 발현 수준을 가리키는 기준/대조군 유전자로서 작용할 수 있는 하우스키핑 유전자일 수 있다. 따라서, 예를 들어, 한 실시양태에서, 표 1, 2, 3 및/또는 4에 열거된 하나 이상의 유전자가 하나 이상의 하우스키핑 유전자 예컨대 리보솜 단백질 L19 (RPL19; NP_000972), 글리세르알데히드-3-포스페이트 탈수소효소 (GAPDH), 액틴 (예를 들어 β-액틴), 튜불린, 하이포잔틴 포스포리보실트랜스퍼라제 (HRPT), 및 기타 리보솜 단백질/유전자 (예를 들어, 28S, 18S)와 조합되어 사용된다.

한 양상에서, 본 발명은 하기의 단계들을 포함하는, 대상 또는 샘플 중 자가면역 장애의 존재 및/또는 정도와 상관관계가 있는 메트릭 값을 확인하는 방법을 제공한다:

(a) 프로브세트에 의해 표시되는 유전자의 발현이 질환 특성과 관련이 있는 패턴과 집합적으로 관련이 있는 프로브세트의 군을 추정하는 단계;

(b) 프로브세트의 군의 경향에 대한 각각의 개별적인 프로브세트의 매치(match) 정도를 반영하는 척도에 따라 프로브세트에 가중치를 주는 가중 인자를 생성하고, 계산된 평균 프로파일에 대한 각각의 프로브세트의 프로파일의 상관 계수를 계산하는 단계;

(c) 개별적인 프로브세트들을 1로 축척화하는데 필요한 값인 축척화 인자를 결정하는 단계;

(d) 축척화 인자에 가중 인자를 곱하여 복합 인자를 생성하는 단계;

(e) 정상 혈액 샘플의 시그너쳐들을 복합 인자와 곱하고, 생성된 값들을 프로브세트와 샘플 모두에 걸쳐 평균내어 평균 값을 생성하고, 평균 값을 인버트(invert)하여 글로벌(global) 축척화 인자를 산출하는 단계;

(f) 각각의 가중 인자에 글로벌 축척화 인자를 곱하여 스칼라 값의 벡터를 수득하고, 스칼라 값에 관심 샘플로부터의 발현 시그너쳐를 곱하고, 생성된 값을 평균내어 샘플 중 제I형 인터페론과 관련이 있는 유전자 발현 정도를 가리키는 단일 메트릭을 산출하는 단계.

선행 단락의 방법의 한 실시양태에서, 단계 (a)에서의 프로브세트의 군은 질환 특성과 관련이 있는 서브클러스터 내의 프로브세트의 가장 밀접하게 상관관계가 있는 코어 쌍을 포함하거나 또는 이 주변에 클러스터링되는 프로브세트를 포함한다.

선행 단락의 방법의 한 실시양태에서, 단계 (b)에서의 상기 인자는 프로브세트의 군의 발현 데이터를 1로의 평균 축척화, 밑수-2 로그 변환, 이후 평균 1의 표준 편차로의 축척화를 포함하는 z-점수로 변환함으로써 생성된다.

선행 단락의 방법의 한 실시양태에서, 단계 (e)에서의 글로벌 축척화 인자는 당해 샘플로부터의 프로브세트의 평균 결과를 메트릭으로 변환시키는데 유용하고, 이때 샘플이 정상적인 건강한 대상으로부터의 것인 경우에는 메트릭이 1이다.

임의의 선행 단락의 방법의 한 실시양태에서, 프로브세트의 군은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 것들 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개 또는 전부까지의 임의의 개수를 포함한다. 한 실시양태에서, 프로브세트의 군은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 것들 모두를 포함한다.

한 양상에서, 본 발명은 당해 대상으로부터 수득된 샘플에 대해 본원에 기술된 방법에 의해 수득된 제1 메트릭을 기준 (예를 들어, 정상, 건강, 비-질환) 샘플로부터 수득된 기준 메트릭과 비교하는 것을 포함하고, 이때 기준 메트릭보다 높은 제1 메트릭은 당해 대상 내의 자가면역 장애의 존재를 가리킨다.

한 양상에서, 본 발명은 대상으로부터 수득된 샘플에 대해 본원에 기술된 방법에 의해 수득된 제1 메트릭을 기준 (예를 들어, 정상, 건강, 비-질환) 샘플로부터 수득된 기준 메트릭과 비교하는 것을 포함하고, 이때 기준 메트릭보다 높은 제1 메트릭은 대상이 자가면역 질환 치료법에 응답성일 것임을 가리키는 것인, 자가면역 질환 치료법에 대한 대상의 응답성을 예측하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상으로부터 수득된 샘플에 대해 본원에 기술된 방법에 의해 수득된 제1 메트릭을 기준 (예를 들어, 정상, 건강, 비-질환 및/또는 미치료) 샘플로부터 수득된 기준 메트릭과 비교하는 것을 포함하고, 이때 기준 메트릭보다 높은 제1 메트릭은 최소 잔류 자가면역 질환의 존재를 가리키는 것인, 자가면역 질환에 대해 치료된 대상에서 최소 잔류 질환을 모니터링하는 방법을 제공한 다.

한 양상에서, 본 발명은 자가면역 질환 상태가 있는 것으로 의심되는 대상으로부터의 샘플에 대해 본원에 기술된 방법에 의해 수득된 제1 메트릭을 기준 (예를 들어, 정상, 건강, 비-질환) 샘플로부터 수득된 기준 메트릭과 비교하는 것을 포함하고, 이때 기준 메트릭보다 높은 제1 메트릭은 대상 내의 자가면역 질환 상태의 존재를 가리키는 것인, 자가면역 질환 상태를 검출하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상으로부터 수득된 샘플에 대해 본원에 기술된 방법에 의해 수득된 제1 메트릭을 기준 (예를 들어, 정상, 건강, 비-질환) 샘플로부터 수득된 기준 메트릭과 비교하는 것을 포함하고, 이때 기준 메트릭보다 높은 제1 메트릭은 대상에서 자가면역 장애가 발달될 소질을 가리키는 것인, 대상의 자가면역 장애가 발달될 소질을 평가하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상으로부터 수득된 샘플에 대해 본원에 기술된 방법에 의해 수득된 제1 메트릭을 기준 (예를 들어, 정상, 건강, 비-질환) 샘플로부터 수득된 기준 메트릭과 비교하는 것을 포함하고, 이때 기준 메트릭보다 높은 제1 메트릭은 대상에게 자가면역 장애가 있다는 것을 가리키는 것인, 대상에서 자가면역 장애를 진단하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상으로부터 수득된 샘플에 대해 본원에 기술된 방법에 의해 수득된 제1 메트릭을 기준 (예를 들어, 정상, 건강, 비-질환) 샘플로부터 수득된 기준 메트릭과 비교하는 것을 포함하고, 이때 기준 메트릭보다 높은 제1 메트릭은 대상에게 활성 상태의 자가면역 장애가 있다는 것을 가리키는 것인, 대상 에서 활성 질환 상태와 비활성 질환 상태 (예를 들어, 활성 SLE와 비활성 SLE)를 구별하는 방법을 제공한다.

한 양상에서, 본 발명은 대상으로부터 수득된 샘플에 대해 본원에 기술된 방법에 의해 수득된 제1 메트릭을 기준 (예를 들어, 정상, 건강, 비-질환) 샘플로부터 수득된 기준 메트릭과 비교하는 것을 포함하고, 이때 기준 메트릭보다 높은 제1 메트릭은 대상 내의 항-dsDNA 항체의 존재 및/또는 상승을 가리키는 것인, 대상 내의 항-dsDNA 항체의 존재 및/또는 상승을 결정하는 방법을 제공한다.

한 실시양태에서, 대조군 샘플 (예를 들어, 건강하고/하거나 질환이 없고/없거나 치료되지 않은 조직, 세포 및/또는 대상으로부터 수득됨)으로부터의 샘플에 대해 본원에 기술된 방법을 사용하여 기준 메트릭이 수득된다.

하나 이상의 바이오마커의 발현을 시험하기 위한 방법의 단계들은 mRNA 발현을 검출하는 분석법 (mRNA의 cDNA로의 전환, 및 임의로 이후의 핵산 증폭을 포함하지만 이에 한정되지 않음), 효소 활성의 존재를 검출하는 효소 분석법, 및 면역조직화학 분석법을 포함하는 다양한 분석법 포맷으로 수행될 수 있다. 임의로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직 또는 세포를 포함한다.

추가적인 본 발명의 방법은 포유동물로부터 조직 또는 세포 샘플을 수득하는 단계, 조직 또는 세포를 하나 이상의 바이오마커의 발현 (예를 들어, 발현량)에 대해 시험하는 단계, 및 상기 조직 또는 세포 샘플이 상기 하나 이상의 바이오마커를 발현하는 것으로 결정되었을 때 (예를 들어, 바이오마커가 기준 (대조군) 샘플보다 많은 양으로 발현된 경우), 유효량의 치료제를 상기 포유동물에게 투여하는 단계를 포함하는, 포유동물에서의 장애, 예컨대 면역 관련 장애를 치료하는 방법을 포함한다. 하나 이상의 바이오마커의 발현을 시험하기 위한 방법의 단계들은 mRNA 발현을 검출하는 분석법, 효소 활성의 존재를 검출하는 효소 분석법, 및 면역조직화학 분석법을 포함하는 다양한 분석법 형식으로 수행될 수 있다. 임의로, 상기 방법은 포유동물에서 자가면역 장애를 치료하는 것을 포함한다. 임의로, 상기 방법은 유효량의 표적화된 치료제 (예를 들어, 제1형 인터페론 및/또는 이의 상응하는 수용체(들)에 결합하고/하거나 이의 활성을 차단하는 항체), 및, 임의로, 제2 치료제 (예를 들어, 스테로이드 등)를 상기 포유동물에게 투여하는 것을 포함한다.

일부 실시양태에서, 바이오마커는 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 것들로부터 선택된다.

도 1. 대조군 및 SLE 환자 샘플의 2D 계층적 클러스터 히트맵(heatmap)과 인터페론-유도 유전자들의 밀도 플롯의 정렬이 인터페론-유도 유전자에서 고도로 강화된 단일 영역을 나타낸다.

도 2. 활성 SLE 환자로부터의 IRGM 점수가 정상 대조군보다 유의하게 높다.

도 3A 및 3B. IRGM 및 항-dsDNA 수준이 크게 상관관계가 있는 SLE 환자의 예.

도 4. IRG 시그너쳐에 대한 프로브의 스피어만(Spearman) 상관관계의 로우(rho) 값이 IRG 신호를 함유하는 영역의 정도를 나타낸다.

도 5. 막대그래프로 도해된 3-유전자 조합물 대 24-유전자 조합물의 피어슨 상관관계.

일반적인 기술

본 발명의 실행은, 달리 지시되지 않은 한, 분자 생물학 (재조합 기술 포함), 미생물학, 세포 생물학, 생화학 및 면역학의 통상적인 기술을 사용할 것이고, 이들은 당업계의 기술 내에 속한다. 이같은 기술들은 문헌, 예컨대 ["Molecular Cloning: A Laboratory Manual", second edition (Sambrook et al., 1989)]; ["Oligonucleotide Synthesis" (M. J. Gait, ed., 1984)]; ["Animal Cell Culture" (R. I. Freshney, ed., 1987)]; ["Methods in Enzymology" (Academic Press, Inc.)]; ["Current Protocols in Molecular Biology" (F. M. Ausubel et al., eds., 1987, 및 정기 개정판]; ["PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis et al., eds., 1994)]에 충분히 설명되어 있다.

본 발명에서 이용된 프라이머, 올리고뉴클레오티드 및 폴리뉴클레오티드는 당업계에 공지된 표준 기술을 사용하여 생성될 수 있다.

달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용된 기술 용어 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 분야의 당업자가 통상적으로 이해하는 바와 동일한 의미이다. [Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, N. Y. 1994)], 및 [March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley & Sons (New York, N. Y. 1992)]는 당업자에게 본 출원에서 사용된 다수의 용어들에 대한 일반적인 안내를 제공한다.

정의

본원에서 사용된 용어 "어레이" 또는 "마이크로어레이"는 혼성화가 가능한 어레이 요소, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)의 기판 상의 정돈된 배열을 지칭한다. 기판은 고체 기판, 예컨대 유리 슬라이드, 또는 반고체 기판, 예컨대 니트로셀룰로스 막일 수 있다. 뉴클레티드 서열은 DNA, RNA, 또는 이의 임의의 순열일 수 있다.

본원에서 사용된 "표적 서열", "표적 핵산" 또는 "표적 단백질"은 본 발명의 돌연변이가 있는 것으로 의심되거나 알려지고, 이의 검출이 요망되는 당해 폴리뉴클레티드 서열이다. 일반적으로, 본원에서 사용된 "주형"은 표적 뉴클레오티드 서열을 함유하는 폴리뉴클레오티드이다. 일부 예에서, 용어 "표적 서열", "주형 DNA", "주형 폴리뉴클레오티드", "표적 핵산", "표적 폴리뉴클레오티드", 및 이의 변형은 상호교환가능하게 사용된다.

본원에서 사용된 "증폭"은 원하는 서열의 다중 카피를 생산하는 프로세스를 일반적으로 지칭한다. "다중 카피"는 2개 이상의 카피를 의미한다. "카피"는 반드시 주형 서열에 대한 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하지는 않는다. 예를 들어, 카피는 뉴클레오티드 유사체 예컨대 데옥시이노신, 의도적인 서열 변경 (예컨대 주형에 혼성화될 수 있지만 이에 대해 상보적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 도입된 서열 변경), 및/또는 증폭 동안 발생하는 서열 에러를 포함할 수 있다.

제1 샘플 중 유전자 또는 바이오마커의 발현/양은 제1 샘플 중 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양이 제2 샘플 중 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양의 적어도 약 1.5×, 1.75×, 2×, 3×, 4×, 5×, 6×, 7×, 8×, 9× 또는 10×인 경우에 제2 샘플 중 수준"보다 큰" 수준이다. 발현 수준/양은 mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 카피를 포함하지만 이에 한정되지 않는, 당업계에 공지된 임의의 적절한 기준을 기초로 결정될 수 있다. 발현 수준/양은 정성적으로 및/또는 정량적으로 결정될 수 있다.

본원에서 상호교환가능하게 사용된 "폴리뉴클레오티드" 또는 "핵산"은 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 염기, 및/또는 이들의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 중합효소에 의해 중합체 내로 혼입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 메틸화 뉴클레오티드 및 이의 유사체를 포함할 수 있다. 존재하는 경우, 뉴클레오티드 구조에 대한 변형은 중합체의 어셈블리(assembly) 전 또는 후에 제공될 수 있다. 뉴클레오티드 서열이 비-뉴클레오티드 성분으로 중단될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는, 예컨대 표지 성분의 접합에 의해, 중합 후에 추가로 변형될 수 있다. 기타 유형의 변형은, 예를 들어, "캡", 하나 이상의 천연 발생 뉴클레오티드의 유사체로의 치환, 뉴클레오티드간(internucleotide) 변형, 예를 들어, 전하를 띠지 않는 연결 (예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카르바메이트 등) 및 전하를 띠는 연결 (예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)이 있는 것, 펜던트(pendant) 모이어티(moiety) 예컨대 단백질 (예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, 폴리-L-라이신 등)을 함유하는 것, 인터칼레이터(intercalator) (예를 들어, 아크리딘, 소랄렌 등)가 있는 것, 킬레이터 (예를 들어, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화성 금속 등)를 함유하는 것, 알킬화제를 함유하는 것, 변형된 연결이 있는 것 (예를 들어, 알파 아노머형(anomeric) 핵산 등), 뿐만 아니라 변형되지 않은 형태의 폴리뉴클레오티드(들)을 포함한다. 또한, 당에 통상적으로 존재하는 임의의 히드록실 기가, 예를 들어, 포스포네이트 기, 포스페이트 기로 대체될 수 있거나, 표준 보호 기에 의해 보호될 수 있거나, 또는 추가적인 뉴클레오티드에의 추가적인 연결이 제조되도록 활성화될 수 있거나, 또는 고체 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 인산화되거나 탄소수 1 내지 20의 아민 또는 유기 캡핑(capping) 기 모이어티로 치환될 수 있다. 다른 히드록실 또한 표준 보호기로 유도체화될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는, 2'-O-메틸-2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보스, 탄소환식 당 유사체, α-아노머형 당, 에피머형(epimeric) 당 예컨대 아라비노스, 자일로스 또는 릭소오스, 피라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비환식(非環式) 유사체 및 무염기성 뉴클레오시드 유사체 예컨대 메틸 리보사이드가 예를 들어 포함되는, 당업계에 일반적으로 공지된 리보스 또는 데옥시리보스 당의 유사 형태를 또한 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결이 별법적인 연결 기로 치환될 수 있다. 이러한 별법적인 연결 기들에는 포스페이트가 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), (O)NR₂ ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("포름아세탈") [식중 각각의 R 또는 R'은 독립적으로 H, 또는 에테르 (-O-) 연결을 임의로 함유하는 치환 또는 비치환 알킬 (1-20 C), 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐 또는 아르알킬이다]로 대체된 실시양태가 포함되지만, 이에 한정되지는 않는다. 폴리뉴클레오티드 내의 모든 연결이 동일할 필요는 없다. 상기의 기술은 RNA 및 DNA를 포함하여 본원에서 언급된 모든 폴리뉴클레오티드에 적용된다.

일반적으로, 본원에서 사용된 "올리고뉴클레오티드"는 길이가 필수적이지는 않지만 일반적으로 뉴클레오티드 약 200개 미만인, 짧은, 일반적으로 단일 가닥인, 일반적으로 합성인 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 서로 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오티드에 대한 상기 기술은 동일하게, 그리고 완전히 올리고뉴클레오티드에 적용가능하다.

일반적으로 "프라이머"는 짧은 단일 가닥 폴리뉴클레오티드 (일반적으로 유리 3'-OH 기가 있음)이고, 이는 표적 서열과 혼성화함으로써 당해 샘플 중에 잠재적으로 존재하는 표적에 결합하고, 따라서 표적에 상보적인 폴리뉴클레오티드의 중합을 촉진한다.

"유전자 증폭"이라는 구절은 유전자 또는 유전자 단편의 다중 카피가 특정 세포 또는 세포주에서 형성되는 프로세스를 지칭한다. 중복된 영역 (증폭된 DNA의 신축물)은 종종 "앰플리콘"으로 칭해진다. 일반적으로, 생산된 전령 RNA (mRNA)의 양, 즉, 유전자 발현 수준은 발현된 특정 유전자로 만들어진 카피의 수에 비례하여 또한 증가한다.

본원에서 사용된 용어 "돌연변이"는 야생형 단백질 또는 핵산과 비교하여 각각 특정 단백질 또는 핵산 (유전자, RNA)의 아미노산 또는 핵산 서열에서의 차이를 의미한다. 돌연변이된 단백질 또는 핵산은 유전자의 한 대립유전자 (이종접합형) 또는 양쪽 대립유전자 (동종접합형)으로부터 발현되거나 이러한 대립유전자 상에서 발견될 수 있고, 체세포성 또는 생식계열일 수 있다.

"억제하다"는 기준과 비교하여 활성, 기능, 및/또는 양을 감소 또는 저하시키는 것이다.

일반적으로 용어 "3'"은 동일한 폴리뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 내의 또다른 영역 또는 위치로부터 3' (하류)인 폴리뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 내의 영역 또는 위치를 지칭한다. 일반적으로 용어 "5"은 동일한 폴리뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 내의 또다른 영역 또는 위치로부터 5' (상류)인 폴리뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 내의 영역 또는 위치를 지칭한다.

"검출"은 직접적인 검출 및 간접적인 검출을 포함하는 임의의 검출 수단을 포함한다.

용어 "진단"은 분자적 또는 병리학적 상태, 질환 또는 컨디션의 확인, 예컨대 자가면역 장애의 확인을 지칭하도록 본원에서 사용된다. 용어 "예후"는 자가면역 질환의 재발, 돌발, 및 약물 내성이 예를 들어 포함되는 자가면역 장애-기인성 질환 증상의 가능성의 예측을 지칭하도록 본원에서 사용된다. 용어 "예측"은 환자가 약물 또는 약물 세트에 호의적으로 또는 호의적이지 않게 응답할 가능성을 지칭하도록 본원에서 사용된다. 한 실시양태에서, 예측은 이러한 응답의 정도와 관련이 있다. 한 실시양태에서, 예측은 치료, 예를 들어 특정 치료제로의 치료 후에, 그리고 질환 재발 없이 특정 기간 동안 환자가 생존하거나 개선되는지 여부 및/또는 이러한 확률에 관한 것이다. 본 발명의 예측 방법은 임의의 특정 환자에 대한 가장 적합한 치료 양식을 선택함으로써 치료를 결정하는데 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측 방법은 환자가 처치 요법, 예컨대 소정의 치료 요법 (소정의 치료제 또는 조합물의 투여, 수술 시술, 스테로이드 처치 등을 예를 들어 포함함)에 호의적으로 응답할지 또는 치료 요법 후에 환자의 장기 생존이 가능할지 여부를 예측하는데 있어서 유익한 도구이다.

용어 "장기" 생존은 치료적 처치 후 적어도 1년, 5년, 8년, 또는 10년 동안의 생존을 지칭하도록 본원에서 사용된다.

특정 치료제 또는 치료 선택권에 대한 용어 "증가된 내성"은, 본 발명에 따라 사용될 때, 표준 용량의 약물 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 감소된 응답을 의미한다.

특정 치료제 또는 치료 선택권에 대한 용어 "감소된 감수성"은, 본 발명에 따라 사용될 때, 표준 용량의 약물 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 감소된 응답을 의미하고, 이때 감소된 응답은 작용제의 용량 또는 치료 강도를 증가시킴으로써 보상될 수 있다 (적어도 부분적으로).

"환자 응답"은 (1) 감속 및 완전한 정지를 포함하는, 질환 진행의 어느 정도까지의 억제; (2) 질환 에피소드 및/또는 증상의 개수에서의 감소; (3) 병변 크기에서의 감소; (4) 인접한 주변 기관 및/또는 조직 내로의 질환 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 감속 또는 완전한 중단); (5) 질환 확산의 억제 (즉, 감소, 감속 또는 완전한 중단); (6) 질환 병변의 퇴행 또는 제거를 초래할 수 있지만, 반드시 그렇지는 않은 자가-면역 응답의 감소; (7) 장애와 관련이 있는 하나 이상의 증상의 어느 정도까지의 경감; (8) 치료 후 질환이 없는 외양의 기간에서의 증가; 및/또는 (9) 치료 후 소정의 시점에서의 감소된 사망률을 비제한적으로 포함하는, 환자에 대한 이점을 가리키는 임의의 종점을 사용하여 평가될 수 있다.

본원에서 사용된 용어 "인터페론 억제제"는 야생형 또는 돌연변이 제1형 인터페론의 생물학적 기능을 억제하는 능력이 있는 분자를 지칭한다. 따라서, 용어 "억제제"는 제1형 인터페론의 생물학적 기능의 정황에서 정의된다. 한 실시양태에서, 본원에서 지칭된 인터페론 억제제는 제1형 인터페론/인터페론 수용체 경로를 통한 세포 신호전달을 특이적으로 억제한다. 예를 들어, 인터페론 억제제는 인터페론 알파 수용체와, 또는 정상적으로는 인터페론 수용체에 결합하는 제1형 인터페론과 상호작용할 수 있다 (예를 들어, 이에 결합할 수 있다). 한 실시양태에서, 인터페론 억제제는 인터페론 알파 수용체의 세포외 도메인에 결합한다. 한 실시양태에서, 인터페론 억제제는 인터페론 알파 수용체의 세포내 도메인에 결합한다. 한 실시양태에서, 인터페론 억제제는 제1형 인터페론에 결합한다. 한 실시양태에서, 제1형 인터페론은 인터페론 알파 아형이다. 한 실시양태에서, 제1형 인터페론은 인터페론 베타가 아니다. 한 실시양태에서, 제1형 인터페론은 인터페론 오메가가 아니다. 한 실시양태에서, 인터페론 억제제에 의해 억제되는 인터페론의 생물학적 활성은 면역 장애, 예컨대 자가면역 장애와 관련이 있다. 인터페론 억제제는 인터페론/수용체 활성을 억제할 수 있는 한 임의의 형태일 수 있다; 억제제에는 항체 (예를 들어, 하기에 정의된 바와 같은 모노클로날(monoclonal) 항체), 소형 유기/무기 분자, 안티센스(antisense) 올리고뉴클레오티드, 앱타머(aptamer), 억제성 펩티드/폴리펩티드, 억제성 RNA (예를 들어, 소형 간섭 RNA), 이들의 조합물 등이 포함된다.

"항체" (Ab) 및 "면역글로불린" (Ig)은 구조적 특성이 동일한 당단백질이다. 항체는 특정 항원에 대한 결합 특이성을 나타내는 한편, 면역글로불린은 항체, 및 일반적으로 항원 특이성이 결여된 기타 항체-유사 분자 모두를 포함한다. 후자 종류의 폴리펩티드는, 예를 들어, 림프계에 의해 낮은 수준으로, 그리고 골수종에 의해 증가된 수준으로 생산된다.

용어 "항체" 및 "면역글로불린"은 가장 넓은 의미로 상호교환가능하게 사용되고, 모노클로날 항체 (예를 들어, 전장 또는 무손상 모노클로날 항체), 폴리클로날(polyclonal) 항체, 1가, 다가 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한 이중특이적 항체)를 포함하며, 또한 특정 항체 단편 (본원에서 더욱 상세하게 기술됨)을 포함할 수 있다. 항체는 키메라, 인간, 인간화 및/또는 친화도 성숙 항체일 수 있다.

"항체 단편"은 무손상 항체의 일부만을 포함하고, 이때 이 부분은 무손상 항체 내에 존재할 때 이 부분과 정상적으로 관련이 있는 기능을 하나 이상, 많게는 대부분 또는 전부 유지한다. 한 실시양태에서, 항체 단편은 무손상 항체의 항원 결합 부위를 포함하고, 따라서 항원에 결합하는 능력을 유지한다. 또다른 실시양태에서, 항체 단편, 예를 들어 Fc 영역을 포함하는 단편은 무손상 항체 내에 존재할 때 Fc 영역과 정상적으로 관련이 있는 생물학적 기능, 예컨대 FcRn 결합, 항체 반감기 조정, ADCC 기능 및 보체 결합 중 하나 이상을 유지한다. 한 실시양태에서, 항체 단편은 생체내 반감기가 무손상 항체와 실질적으로 유사한 1가 항체이다. 예를 들어, 이같은 항체 단편은 단편에 생체내 안정성을 부여할 수 있는 Fc 서열에 연결된 항원 결합 팔(arm)을 포함할 수 있다.

본원에서 사용된 용어 "모노클로날 항체"는 실질적으로 균질한 항체들의 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하고, 즉 집단을 이루는 개별적인 항체들은 미량으로 존재할 수 있는 가능한 천연 발생 돌연변이를 제외하고는 동일하다. 모노클로날 항체는 고도로 특이적이어서, 단일 항원에 대해 지시된다. 또한, 여러 결정인자 (에피토프)에 대해 지시된 여러 항체를 전형적으로 포함하는 폴리클로날 항체 제제와는 반대로, 각각의 모노클로날 항체는 항원 상의 단일 결정인자에 대해 지시된다.

본원에서의 모노클로날 항체에는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부분이 특정 종으로부터 유래되거나 특정 항체 클래스 또는 서브클래스에 속하는 항체 내의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이고, 사슬(들)의 나머지 부분은 또다른 종으로부터 유래되거나 또다른 항체 클래스 또는 서브클래스에 속하는 항체 내의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 "키메라" 항체, 뿐만 아니라 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한 이같은 항체의 단편이 명확하게 포함된다 (미국 특허 번호 4,816,567; 및 [Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855(1984)]).

비-인간 (예를 들어, 뮤린) 항체의 "인간화" 형태는 비-인간 면역글로불린으로부터 유래된 최소 서열을 함유하는 키메라 항체이다. 대부분의 부분에 대해서, 인간화 항체는 수용자의 초가변 영역으로부터의 잔기가 원하는 특이성, 친화도 및 능력이 있는 마우스, 래트, 토끼 또는 비-인간 영장류와 같은 비-인간 종의 초가변 영역 (공여자 항체)으로부터의 잔기로 대체된 인간 면역글로불린 (수용자 항체)이다. 일부 경우에, 인간 면역글로불린의 프레임워크 영역 (FR) 잔기가 상응하는 비-인간 잔기로 대체된다. 또한, 인간화 항체는 수용자 항체에서 또는 공여자 항체에서 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있다. 이러한 변형은 항체의 성능을 더욱 정련시키기 위해 이루어진다. 일반적으로, 인간화 항체는 1개 이상, 전형적으로는 2개의 가변 도메인을 실질적으로 모두 포함하고, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 초가변 루프는 비-인간 면역글로불린의 것들에 상응하고 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 면역글로불린 서열의 것들이다. 또한 인간화 항체는 면역글로불린 불변 영역 (Fc)의 적어도 일부, 전형적으로는 인간 면역글로불린의 것을 임의로 포함할 것이다. 추가적인 상세사항은 [Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986)]; [Riechmann et al., Nature, 332:323-329 (1988)]; 및 [Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)] 참조. 또한 하기의 리뷰 문헌 및 이에 인용된 참고문헌 참조: [Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998)]; [Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)]; [Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)].

"인간 항체"는 인간에 의해 생산된 항체의 것에 상응하는 아미노산 서열을 갖고/갖거나 본원에 개시된 바와 같은 인간 항체 제조용 기술 중 임의의 것을 사용하여 제조된 것이다. 인간 항체의 이러한 정의는 비-인간 항원-결합 잔기를 포함하는 인간화 항체를 명확하게 제외한다.

"친화도 성숙된" 항체는 이의 하나 이상의 CDR/HVR 내에 1개 이상의 변경이 있어 이러한 변경(들)이 없는 어버이 항체에 비해 항원에 대한 항체의 친화도가 개선된 것이다. 바람직한 친화도 성숙된 항체는 표적 항원에 대한 친화도가 나노놀 또는 심지어 피코몰일 것이다. 친화도 성숙된 항체는 당업계에 공지된 절차에 의해 생산된다. [Marks et al. Bio/Technology 10:779-783 (1992)]에 VH 및 VL 도메인 셔플링(shuffling)에 의한 친화도 성숙이 기술되어 있다. CDR/HVR 및/또는 프레임워크 잔기의 무작위 돌연변이유발이 [Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci, USA 91:3809-3813 (1994)]; [Schier et al. Gene 169:147-155 (1995)]; [Yelton et al. J. Immunol. 155:1994-2004 (1995)]; [Jackson et al., J. Immunol. 154(7):3310-9 (1995)]; 및 [Hawkins et al., J. Mol. Biol. 226:889-896 (1992)]에 기술되어 있다.

용어 "Fc 영역"은 무손상 항체의 파파인 소화에 의해 생성될 수 있는 면역글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하도록 사용된다. Fc 영역은 천연 서열 Fc 영역 및 변이체 Fc 영역일 수 있다. 면역글로불린 중쇄의 Fc 영역의 경계는 달라질 수 있지만, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 대략 위치 Cys226의 아미노산 잔기로부터 또는 대략 위치 Pro230으로부터 Fc 영역의 카르복실-말단까지 이르는 것으로 일반적으로 정의된다. 면역글로불린의 Fc 영역은 일반적으로 CH2 도메인 및 CH3 도메인의 2개의 불변 도메인을 포함하고, 임의로 CH4 도메인을 포함한다. 본원에서의 "Fc 영역 사슬"은 Fc 영역의 2개의 폴리펩티드 사슬 중 하나를 의미한다.

본원에서 사용된 용어 "세포독성제"는 세포의 기능을 억제 또는 방지하고/하거나 세포의 파괴를 야기하는 물질을 지칭한다. 이 용어는 방사성 동위원소 (예를 들어 At²¹¹, I¹³¹, I¹²⁵, Y⁹⁰, Re¹⁸⁶, Re¹⁸⁸, Sm¹⁵³, Bi²¹², P³² 및 Lu의 방사성 동위원소), 화학요법제, 및 소형-분자 독소 또는 박테리아, 진균류, 식물 또는 동물 기원의 효소적으로 활성인 독소 (이의 단편 및/또는 변이체 포함)와 같은 독소를 포함하도록 의도된다.

"차단" 항체 또는 "길항제" 항체는 자신이 결합하는 항원의 생물학적 활성을 억제하거나 감소시키는 것이다. 이같은 차단은 임의의 수단에 의해, 예를 들어, 수용체에 대한 리간드 결합과 같은 단백질-단백질 상호작용을 방해함으로써 발생할 수 있다. 한 실시양태에서, 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 실질적으로 또는 완전히 억제한다.

본원에서의 "자가면역 질환"은 개체 자신의 조직으로부터 발생하고 이에 대해 지시되는 비-악성 질환 또는 장애이다. 본원에서의 자가면역 질환은 악성 또는 암성 질환 또는 컨디션을 명확하게 제외하고, B 세포 림프종, 급성 림프아구성 백혈병 (ALL), 만성 림프구성 백혈병 (CLL), 모발상 세포 백혈병 및 만성 골수모세포성 백혈병을 특히 제외한다. 자가면역 질환 또는 장애의 예로는 염증성 응답 예컨대 건선 및 피부염 (예를 들어 아토피 피부염)이 포함되는 염증성 피부 질환; 전신성 경피증 및 경화증; 염증성 장 질환과 관련이 있는 응답 (예컨대 크론(Crohn) 질환 및 궤양성 대장염); 호흡 곤란 증후군 (성인성 호흡 곤란 증후군 (ARDS) 포함); 피부염; 수막염; 뇌염; 포도막염; 대장염; 사구체신염; 알러지성 컨디션 예컨대 습진 및 천식 및 T 세포의 침윤 및 만성 염증성 응답이 수반되는 기타 컨디션; 죽상경화증; 백혈구 부착 결핍증; 류머티스 관절염; 전신 홍반 루푸스 (SLE) (루푸스 신염, 피부 루푸스가 포함되지만 이에 한정되지 않음); 당뇨병 (예를 들어 제I형 당뇨병 또는 인슐린 의존성 당뇨병); 다발성 경화증; 레이노(Reynaud) 증후군; 자가면역 갑상선염; 하시모토(Hashimoto) 갑상선염; 알러지성 뇌척수염; 쇼그렌(Sjogren) 증후군; 소아 발병형 당뇨병; 및 결핵, 사르코이드증, 다발성근염, 육아종증 및 혈관염에서 전형적으로 발견되는 사이토카인 및 T-림프구에 의해 매개되는 급성 및 지연형 과민증과 관련이 있는 면역 응답; 악성 빈혈 (애디슨(Addison) 질환); 백혈구 누출을 수반하는 질환; 중추신경계 (CNS) 염증성 장애; 다발성 기관 손상 증후군; 용혈성 빈혈 (한랭글로불린혈증 또는 쿰스(Coombs) 양성 빈혈이 포함되지만, 이에 한정되지 않음); 중증 근무력증; 항원-항체 복합체 매개 질환; 항-사구체 기저막 질환; 항인지질 증후군; 알러지성 신경염; 그레이브스(Graves) 질환; 램버트-이튼(Lambert-Eaton) 근무력증 증후군; 수포성 유천포창; 천포창; 자가면역 다발성 내분비병증; 라이터(Reiter) 질환; 근강직 증후군; 베체트(Behcet) 질환; 거대세포 동맥염; 면역 복합체 신장염; IgA 신장병증; IgM 다발성 신경병증; 면역 혈소판감소 자색반 (ITP) 또는 자가면역 저혈소판증 등이 포함되지만, 이에 한정되지 않는다.

본원에서 사용된 "치료"는 치료될 개체 또는 세포의 자연적인 과정을 변경하려는 시도에서의 임상적 개입을 지칭하고, 예방을 위해 또는 임상 병리학의 과정 도중에 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과에는 질환의 발생 또는 재발을 방지하는 것, 증상의 경감, 질환의 임의의 직접적인 또는 간접적인 병리학적 결과의 축소, 질환 질행 속도를 감소시키는 것, 질환 상태의 완화 또는 고식, 및 진정 또는 개선된 예후가 포함된다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법 및 조성물은 질환 또는 장애의 발달을 지연시키기 위한 시도에서 유용하다.

"유효량"은 원하는 치료적 또는 예방적 결과를 달성하는데 필요한 투여량에서 그리고 기간 동안 이를 달성하는데 효과적인 양을 지칭한다. 치료제의 "치료적 유효량"은 개체의 질환 상태, 연령, 성별 및 체중, 및 개체에서 원하는 응답을 도출하는 항체의 능력과 같은 인자에 따라 변할 수 있다. 또한 치료적 유효량은 치료제의 치료적으로 이로운 효과가 임의의 독성 또는 해로운 효과를 능가하는 양이다. "예방적 유효량"은 원하는 예방적 결과를 달성하는데 필요한 투여량에서 그리고 기간 동안 이를 달성하는데 효과적인 양을 지칭한다. 필수적이지는 않지만 전형적으로, 예방 용량은 질환 전에 또는 질환의 초기 단계에 대상에서 사용되기 때문에, 예방적 유효량은 치료적 유효량보다 적을 것이다.

본원에서 사용된 용어 "제I형 인터페론" 및 "인간 제I형 인터페론"은 인간 및 합성 인터페론-α, 인터페론-ω 및 인터페론-β 클래스 내에 속하고 공통적인 세포 수용체에 결합하는 천연 인간 및 합성 인터페론의 모든 종으로서 정의된다. 천연 인간 인터페론-α는 구조적 상동성 정도가 높은 별개의 유전자들에 의해 코딩되는 23개 이상의 밀접하게 관련이 있는 단백질을 포함한다 ([Weissmann and Weber, Prog. Nucl. Acid. Res. Mol. Biol., 33: 251 (1986)]; [J. Interferon Res., 13: 443-444 (1993)]). 인간 IFN-α 유전자좌는 2개의 서브패밀리를 포함한다. 첫번째 서브패밀리는 IFN-αA (IFN-α2), IFN-αB (IFN-α8), IFN-αC (IFN-α10), IFN-αD (IFN-α1), IFN-αE (IFN-α22), IFN-αF (IFN-α21), IFN-αG (IFN-α5), IFN-α16, IFN-α17, IFN-α4, IFN-α6, IFN-α7, 및 IFN-αH (IFN-α14)를 코딩하는 유전자를 포함하는 14개 이상의 기능성, 비-대립유전자성 유전자, 및 상동성이 80％ 이상인 위유전자(pseudogene)로 구성된다. 두번째 서브패밀리인 α_II 또는 ω는 IFN-α 유전자와 70％ 상동성을 나타내는 1개의 기능성 유전자 (본원에서 "IFN-α_II1" 또는 "IFN-ω"로 표시됨) 및 5개 이상의 위유전자를 함유한다 ([Weissmann and Weber (1986)]). 인간 IFN-β는 단일 카피 유전자에 의해 코딩되는 것으로 일반적으로 생각된다.

본원에서 사용된 용어 "제1 인간 인터페론-α (hIFN-α) 수용체", "IFN-αR", "hIFNAR1", "IFNAR1", 및 "우즈(Uze) 사슬"은 [Uze et al., Cell, 60: 225-234 (1990)]의 229면의 도 5에 나타난 바와 같이, 잔기 409개의 세포외 도메인, 잔기 21개의 막횡단 도메인, 및 잔기 100개의 세포내 도메인을 포함하는, [Uze et al., 상기 문헌]에 의해 클로닝된 아미노산 557개의 수용체 단백질로 정의된다. 한 실시양태에서, 상기 용어들은 IFNAR1의 세포외 도메인 (ECD) (또는 ECD의 단편)을 함유하는 IFNAR1의 단편을 포함한다.

본원에서 사용된 용어 "제2 인간 인터페론-α (hIFN-α) 수용체", "IFN-αβR", "hIFNAR2", "IFNAR2", 및 "노빅(Novick) 사슬"은 [Domanski et al., J. Biol. Chem., 37: 21606-21611 (1995)]의 21608면의 도 1에 나타난 바와 같이, 잔기 217개의 세포외 도메인, 잔기 21개의 막횡단 도메인, 및 잔기 250개의 세포내 도메인을 포함하는, [Domanski et al., 상기 문헌]에 의해 클로닝된 아미노산 515개의 수용체 단백질로 정의된다. 한 실시양태에서, 상기의 용어들은 IFNAR2의 세포외 도메인 (ECD) (또는 ECD의 단편)을 함유하는 IFNAR2의 단편, 및 가용성 형태의 IFNAR2, 예컨대 면역글로불린 서열의 적어도 일부분에 융합된 IFNAR2 ECD를 포함한다.

용어 "하우스키핑 유전자"는 단백질의 활성이 세포 기능의 유지에 필수적인 단백질을 코딩하는 유전자의 군을 지칭한다. 전형적으로 이러한 유전자들은 모든 세포 유형에서 유사하게 발현된다. 하우스키핑 유전자에는 리보솜 단백질 L19 (NP_000972), 글리세르알데히드-3-포스페이트 탈수소효소 (GAPDH), Cyp1, 알부민, 액틴 (예를 들어 β-액틴), 튜불린, 시클로필린, 하이포잔틴 포스포리보실트랜스퍼라제 (HRPT), 리보솜 단백질 L32 (NP_001007075), 및 리보솜 단백질/유전자 28S (예를 들어, Q9Y399) 및 18S가 비제한적으로 포함된다.

본원에서 사용된 용어 "바이오마커"는 포유류 조직 또는 세포 내 또는 상에서의 발현을 표준 방법 (또는 본원에 개시된 방법)에 의해 검출할 수 있고, 이러한 발현이 인터페론, 예를 들어 제1형 인터페론의 억제를 기초로 하는 치료 요법에 대한 포유류 세포 또는 조직의 민감도에 대해 예측성, 진단성 및/또는 예후성인, 유전자, 단백질, 탄수화물 구조, 또는 당지질을 포함하는 분자를 일반적으로 지칭한다. 임의로, 이같은 바이오마커의 발현은 대조군/기준 조직 또는 세포 샘플에 대해 관찰된 것보다 더 높은 것으로 결정된다. 임의로, 예를 들어, 이같은 바이오마커의 발현은 PCR 또는 FACS 분석법에서 대조군 조직 또는 세포 샘플에 대해 관찰된 것보다 테스트 조직 또는 세포 샘플에서 적어도 약 5배, 적어도 약 10배, 적어도 약 20배, 적어도 약 30배, 적어도 약 40배, 적어도 약 50배, 또는 바람직하게는 적어도 약 100배 더 높은 것으로 결정될 것이다. 임의로, 이같은 바이오마커의 발현은 IHC 분석법에서 염색 강도에 대해 적어도 2배 더 높게 득점하는 것으로 결정될 것이다. 임의로, 이같은 바이오마커의 발현은 유전자 칩을 기초로 하는 분석법을 사용하여 결정될 것이다.

본원에서 사용된 "IRG" 또는 "인터페론 응답 유전자" 또는 "인터페론 응답성 유전자"는 표 1, 2, 3 및/또는 4에 열거된 유전자 또는 상응하는 유전자 생성물들 중 하나 이상을 지칭한다. 본원에 나타난 바와 같이, 이러한 유전자들 중 하나 이상의 비정상적인 발현 수준/양은 다양한 자가면역 장애와 상관관계가 있다. 당업자에게 명백할 바와 같이, 문맥에 따라, 용어 IRG는 표 1, 2, 3 및/또는 4에 열거된 명칭 또는 독특한 식별자의 핵산 (예를 들어, 유전자) 또는 폴리펩티드 (예를 들어, 단백질)을 지칭할 수 있다.

본원에서 사용된 용어 "샘플"은, 예를 들어 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특성을 기초로, 특성화 및/또는 확인될 세포성 및/또는 기타 분자성 실체를 함유하는 당해 대상으로부터 수득되거나 유래된 조성물을 지칭한다. 예를 들어, "질환 샘플"이라는 구절 및 이의 변형은 특성화될 세포성 및/또는 분자성 실체를 함유하는 것으로 예상되거나 공지된 당해 대상으로부터 수득된 임의의 샘플을 지칭한다.

"조직 또는 세포 샘플"은 대상 또는 환자의 조직으로부터 수득된 유사한 세포의 수집물을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선하고/하거나, 동결되고/되거나 보존된 기관 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터의 것과 같은 고체 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 성분; 체액 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액, 또는 간질액; 대상의 임신 또는 발달 중 임의 시점으로부터의 세포일 수 있다. 또한 조직 샘플은 1차 또는 배양 세포 또는 세포주일 수 있다. 임의로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/기관으로부터 수득된다. 조직 샘플은 천연에서 조직과 본래 혼합되지 않는 화합물 예컨대 방부제, 항응고제, 완충제, 고정제, 영양소, 항생제 등을 함유할 수 있다. 본원에서 사용된 "기준 샘플", "기준 세포", 또는 "기준 조직"은 본 발명의 방법 또는 조성물이 사용되어 확인되는 질환 또는 컨디션으로 고생하지 않는 것으로 알려졌거나 또는 여겨지는 공급원으로부터 수득된 샘플, 세포 또는 조직을 지칭한다. 한 실시양태에서, 기준 샘플, 기준 세포 또는 기준 조직은 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 질환 또는 컨디션이 확인되는 대상 또는 환자와 동일한 대상 또는 환자의 신체의 건강한 부분으로부터 수득된다. 한 실시양태에서, 기준 샘플, 기준 세포 또는 기준 조직은 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 질환 또는 컨디션이 확인되는 대상 또는 환자가 아닌 개체의 신체의 건강한 부분으로부터 수득된다.

본원에서의 목적을 위해, 조직 샘플의 "절편"은 조직 샘플의 단일 부분 또는 조각, 예를 들어 조직 샘플로부터 절단된 조직 또는 세포의 박편을 의미한다. 본 발명이 조직 샘플의 동일한 절편이 형태학적 수준 및 분자 수준 모두에서 분석되거나 단백질 및 핵산 모두와 관련하여 분석되는 방법을 포함하는 것으로 이해되는 한, 조직 샘플의 다중 절편을 취하여 본 발명에 따른 분석에 적용할 수 있는 것으로 이해된다.

"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은, 제1 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과를 제2 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과와 임의의 방식으로 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 제2 프로토콜을 수행하는데 사용할 수 있고/있거나, 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용하여 제2 분석 또는 프로토콜이 수행되어야하는지 여부를 결정할 수 있다. 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 실시양태와 관련하여, 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용하여 특정 치료요법이 수행되어야 하는지 여부를 결정할 수 있다.

본원에서 사용된 단어 "표지"는 핵산 프로브 또는 항체와 같은 시약에 직접적으로 또는 간접적으로 접합 또는 융합되고, 표지가 접합 또는 융합된 시약의 검출을 용이하게 하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 표지는 자체가 검출가능할 수 있거나 (예를 들어, 방사성 동위원소 표지 또는 형광 표지), 또는 효소 표지의 경우에는 검출가능한 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변형을 촉매할 수 있다.

일반적인 예시적인 기술

표적 분자를 포함하는 샘플을 당업계에 주지되고 특정 유형 및 위치의 당해 질환에 대해 적절한 방법에 의해 수득할 수 있다. 조직 생검이 질환 조직의 대표적인 조각을 수득하는데 종종 사용된다. 별법적으로, 당해 질환 세포를 함유하는 것으로 공지되었거나 생각되는 조직/체액의 형태로 세포가 간접적으로 수득될 수 있다. 예를 들어, 질환 병변의 샘플을 절제술, 기관지경술, 가는 바늘 흡인, 기관지 솔질에 의해, 또는 가래, 흉수 또는 혈액으로부터 수득할 수 있다. 유전자 또는 유전자 생성물이 질환 조직으로부터 또는 기타 신체 샘플 예컨대 소변, 가래 또는 혈청으로부터 검출될 수 있다. 질환 샘플 중 표적 유전자 또는 유전자 생성물의 검출에 대해 상기 논의된 것과 동일한 기술을 기타 신체 샘플에 적용할 수 있다. 질환 세포가 질환 병변으로부터 벗겨지고, 이같은 신체 샘플에서 나타난다. 이같은 신체 샘플을 스크리닝함으로써, 간단한 초기 진단이 이러한 질환에 대해 달성될 수 있다. 또한, 이같은 신체 샘플을 표적 유전자 또는 유전자 생성물에 대해 테스트함으로써 치료법의 진행을 더욱 쉽게 모니터링할 수 있다.

한 실시양태에서, 본 발명의 방법은 인터페론, 특히 제1형 인터페론 및/또는 이와 관련이 있는 신호전달 경로의 비정상적인 활성화 (예를 들어, 과발현)가 관련이 있는 임의의 자가면역 장애를 검출하는데 유용하다. 본 발명의 진단 방법은 임상의가 적합한 치료 과정을 결정할 수 있도록 임상의에게 유용하다. 예를 들어, 본원에 개시된 유전자 또는 유전자 생성물의 높은 수준의 발현을 나타내는 대상으로부터의 샘플은 비교적 더 낮은 수준의 발현을 나타내는 샘플보다 더욱 공격적인 치료 요법을 제안할 수 있다. 본 발명의 방법은 약물 개발 과정 동안 환자 선별을 돕는 것, 개별적인 환자를 특정 치료 요법으로 치료할 때 성공 가능성의 예측, 질환 진행을 평가하는 것, 치료 효능을 모니터링하는 것, 개별적인 환자에 대한 예후를 결정하는 것, 개체의 특정 자가면역 장애 (예를 들어, 전신선 홍반 루푸스, 쇼그렌 증후군)가 발달될 소질을 평가하는 것, 질환 단계를 구별하는 것 등을 예를 들어 포함하는 다양한 환경에서 이용될 수 있다.

질환 세포에 대해 조직 제제를 강화시키는 수단은 당업계에 공지되어 있다. 예를 들어, 조직을 파라핀 또는 저온유지장치 절편으로부터 단리할 수 있다. 유동 세포측정 또는 레이저 포획 미세절단에 의해 질환 세포를 정상 세포로부터 또한 분리할 수 있다. 이러한 기술, 뿐만 아니라 질환 세포를 정상 세포로부터 분리하기 위한 기타 기술이 당업계에 주지되어 있다. 질환 조직이 정상 세포 고도로 오염된 경우, 시그너쳐 유전자 발현 프로파일의 검출이 더욱 어려울 수 있지만, 오염 및/또는 거짓 양성/음성 결과를 최소화하는 방법이 공지되어 있고, 이들 중 일부가 하기에 기술된다. 예를 들어, 당해 질환 세포와 관련되지만 상응하는 정상 세포와는 관련되지 않는 것으로 또는 이와 반대인 것으로 공지된 바이오마커 (돌연변이 포함)의 존재에 대해 샘플을 또한 평가할 수 있다.

본 발명은 본 발명의 방법을 수행하는데 사용하기에 적절한 다양한 조성물을 또한 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 이같은 방법에서 사용될 수 있는 어레이를 제공한다. 한 실시양태에서, 본 발명의 어레이는 본 발명의 돌연변이를 검출하는데 유용한 개별적인 핵산 분자들 또는 이들의 수집물을 포함한다. 예를 들어, 본 발명의 어레이는 표적 핵산을 포함하는 샘플에 혼성화될 수 있는, 일련의 불연속적으로 배치된 개별적인 핵산 올리고뉴클레오티드 또는 핵산 올리고뉴클레오티-조합물의 세트를 포함할 수 있고, 이에 의해 이같은 혼성화는 본 발명의 돌연변이의 존재 또는 부재를 가리킨다.

핵산을 고체 기판 예컨대 유리 슬라이드에 부착시키기 위한 여러 기술이 당업계에 주지되어 있다. 한 방법은 합성되는 핵산 분자에 고체 기판에 부착할 수 있는 모이어티, 예컨대 아민 기, 아민 기의 유도체 또는 양성 전하가 있는 또다른 기를 함유하는 변형된 염기 또는 유사체를 혼입시키는 것이다. 그후, 합성된 생성물이 알데히드 또는 기타 반응성 기로 코팅된 고체 기판, 예컨대 유리 슬라이드와 접촉되고, 이러한 기는 증폭된 생성물 상에 있는 반응성 기와 공유결합을 형성하고 유리 슬라이드에 공유결합으로 부착될 것이다. http://www.cmt.corning.com 및 http://cmgm.stanford.edu/pbrown1에 개시된 바와 같이, 아미노 프로필 실리칸 표면 화학을 사용하는 것과 같은 기타 방법이 당업계에 또한 공지되어 있다..

나중에 반응성 기로 전환될 수 있는 기를 올리고뉴클레오티드에 부착시키는 것이 당업계에 공지된 방법을 사용하여 또한 가능하다. 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드에 대한 임의의 부착이 올리고뉴클레오티드의 일부분이 될 것이고, 그후 이것이 마이크로어레이의 고체 표면에 부착될 수 있다.

필요하다면 및/또는 사용된 기술에 허용되는 바와 같이, 고체 기판에의 부착 전 또는 후에, 예컨대 단편으로의 절단을 통해 또는 검출가능한 표지의 부착에 의해, 증폭된 핵산이 추가로 변형될 수 있다.

본 발명의 전형적인 방법 및 재료

본원에 개시된 방법 및 분석법은 포유류 조직 또는 세포 샘플 중에서의 하나 이상의 바이오마커의 발현의 시험에 관한 것이고, 이때 하나 이상의 이같은 바이오마커의 발현의 결정은 조직 또는 세포 샘플이 인터페론 억제제의 사용을 기초로 하는 치료에 대해 민감성일지 여부의 전조가 되거나 이를 가리킨다. 방법 및 분석법은 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 것들 중 하나 이상와 같은 바이오마커의 발현을 시험하는 방법 및 분석법을 포함한다.

상기 논의된 바와 같이, 다양한 자가면역 장애와 관련이 있는 인터페론 예컨대 제1형 인터페론의 비정상적인 발현과 관련이 있는, 질환이 있는 인간 세포 유형의 일부 집단이 존재한다. 따라서, 개시된 방법 및 분석법이 환자를 치료하기 위한 적합한 또는 효과적인 치료법을 평가하는데 유용한 데이터 및 정보를 수득하기 위한 간편하고, 효율적이며, 잠재적으로 비용-효과적인 수단을 제공할 수 있을 것으로 여겨진다. 예를 들어, 면역-관련 컨디션으로 진단된 환자에게 생검을 수행하여 조직 또는 세포 샘플을 수득할 수 있고, 샘플을 다양한 시험관내 분석법에 의해 시험하여, 환자의 세포가 인터페론 억제제 (예를 들어, 항-인터페론 알파 항체 또는 인터페론 알파 수용체에 대한 항체)와 같은 치료제에 대해 민감성일지 여부를 결정할 수 있다.

본 발명은 인터페론 억제제에 대한 포유류 조직 또는 세포 샘플 (예컨대 자가면역 장애와 관련이 있는 세포)의 민감도를 예측하는 방법을 제공한다. 이러한 방법에서, 포유류 조직 또는 세포 샘플을 수득하여, 하나 이상의 바이오마커의 발현에 대해 시험한다. 이 방법은 mRNA 발현, 효소 활성의 존재를 검출하는 효소 분석법, 및 면역조직화학 분석법이 포함되는 다양한 분석법 포맷으로 수행될 수 있다. 상기 조직 또는 세포에서 이같은 바이오마커의 발현이 결정되는 것은 이같은 조직 또는 세포가 인터페론 억제제 치료법에 민감성일 것이라는 전조가 될 것이다. 놀랍게도, 출원인은 이같은 특정 바이오마커의 발현이 다양한 자가면역 장애의 존재 및/또는 정도와 밀접하게 상관관계가 있다는 것을 발견하였다.

하기 논의된 바와 같이, 샘플에서의 다양한 바이오마커의 발현은, 면역조직화학적 및/또는 웨스턴 분석, 혈액을 기초로 하는 정량적 분석법 (예를 들어 혈청 ELISA) (예를 들어, 단백질 발현 수준을 시험하기 위해), 생화학적 효소 활성 분석법, 계내 혼성화, mRNA의 노던 분석 및/또는 PCR 분석, 뿐만 아니라 유전자 및/또는 조직 어레이 분석에 의해 수행될 수 있는 광범위한 분석법 중 임의의 것이 포함되지만 이에 한정되지 않는, 당업계에 다수가 공지되어 있고 당업자에게 이해되는 다수의 방법론에 의해 분석될 수 있다. 유전자 및 유전자 생성물의 상태를 평가하기 위한 전형적인 프로토콜을, 예를 들어 [Ausubel et al. eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, Units 2 (Northern Blotting), 4 (Southern Blotting), 15 (Immunoblotting) and 18 (PCR Analysis)]에서 발견할 수 있다.

샘플 중의 특정 바이오마커, 예컨대 표 1, 2 및/또는 3에 열거된 것들의 검출에 관한 하기의 프로토콜이 설명의 목적을 위해 제공된다.

임의의 본 발명의 방법은 포유류 조직 또는 세포 샘플 중 IRG의 존재를 시험 또는 테스트하는 프로토콜을 포함한다. IRG를 검출하기 위한 다양한 방법을 사용할 수 있고, 여기에는, 예를 들어, 면역조직화학적 분석, 면역침전, 웨스턴 블롯 분석, 분자 결합 분석법, ELISA, ELIFA, 형광 활성화 세포 분류 (FACS) 등이 포함된다. 예를 들어, 조직 또는 샘플 중에서의 IRG의 발현을 검출하는 임의의 방법은 샘플을 IRG 항체, 이의 IRG-반응성 단편 또는 IRG 항체의 항원 결합 영역을 함유하는 재조합 단백질과 접촉시킨 후, 샘플 중 IRG 단백질의 결합을 검출하는 것을 포함한다.

본 발명의 특정 실시양태에서, 샘플에서의 IRG 단백질의 발현을 면역조직화학 및 염색 프로토콜을 사용하여 시험한다. 조직 절편의 면역조직화학적 염색은 샘플 중 단백질의 존재를 평가 또는 검출하는 신뢰할 수 있는 방법인 것으로 판명되었다. 면역조직화학 ("IHC") 기술은 프로브에 대한 항체를 이용하고, 일반적으로 발색 또는 형광 방법에 의해, 계내에서 세포 항원을 가시화시킨다.

샘플 제조를 위해, 포유동물 (전형적으로 인간 환자)로부터의 조직 또는 세포 샘플을 사용할 수 있다. 샘플의 예로는 조직 생검, 혈액, 폐 흡인물, 가래, 림프액 등이 포함되지만, 이에 한정되지 않는다. 샘플은 수술에 의한 절제, 흡인 또는 생검을 포함하지만 이에 한정되지 않는, 당업계에 공지된 다양한 절차에 의해 수득될 수 있다. 조직은 신선하거나 냉동될 수 있다. 한 실시양태에서, 샘플은 고정되어 파라핀 등에 매립된다.

조직 샘플은 통상적인 방법에 의해 고정 (즉, 보존)될 수 있다 (예를 들어, ["Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology," 3rd edition (1960) Lee G. Luna, HT (ASCP) Editor, The Blakston Division McGraw-Hill Book Company, New York]; [The Armed Forces Institute of Pathology Advanced Laboratory Methods in Histology and Pathology (1994) Ulreka V. Mikel, Editor, Armed Forces Institute of Pathology, American Registry of Pathology, Washington, D.C.] 참조). 당업자는 샘플이 조직학적으로 염색되거나 다른 방식으로 분석되는 목적에 의해 고정제가 선택된다는 것을 이해할 것이다. 당업자는 고정 길이가 조직 샘플의 크기 및 사용된 고정제에 좌우된다는 것을 또한 이해할 것이다. 예로서, 중성 완충 포르말린, 부앙액(Bouin's) 또는 파라포름알데히드를 사용하여 샘플을 고정시킬 수 있다.

일반적으로, 샘플이 먼저 고정된 후, 상향 농도의 일련의 알콜을 통해 탈수되고, 조직 샘플을 절편화시킬 수 있도록 파라핀 또는 다른 절편화 매질에 침윤 및 매립된다. 별법적으로, 조직을 절편화하고, 수득된 절편을 고정시킬 수 있다. 예로서, 조직 샘플이 통상적인 방법에 의해 파라핀에 매립되어 가공될 수 있다 (예를 들어, ["Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology", 상기 문헌] 참조). 사용될 수 있는 파라핀의 예로는 파라플라스트(Paraplast), 브롤로이드(Broloid) 및 티슈메이(Tissuemay)가 포함되지만, 이에 한정되지 않는다. 일단 조직 샘플이 매립되면, 샘플을 마이크로톰 등에 의해 절편화시킬 수 있다 (예를 들어, ["Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology", 상기 문헌] 참조). 이러한 절차의 예로서, 절편의 두께는 약 3 마이크로미터 내지 약 5 마이크로미터 범위일 수 있다. 일단 절편화되면, 절편을 여러 표준 방법에 의해 슬라이드에 부착시킬 수 있다. 슬라이드 접착제의 예로는 실란, 젤라틴, 폴리-L-리신 등이 포함되지만, 이에 한정되지 않는다. 예로서, 파라핀에 매립된 절편은 양성 전하를 띠는 슬라이드 및/또는 폴리-L-리신으로 코팅된 슬라이드에 부착될 수 있다.

파라핀이 매립 재료로서 사용된 경우, 조직 절편은 일반적으로 탈파라핀화되고 물에 재수화된다. 조직 절편은 여러 통상적인 표준 방법에 의해 탈파라핀화될 수 있다. 예를 들어, 자일렌 및 점진적 하향농도의 일련의 알콜을 사용할 수 있다 (예를 들어, ["Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology", 상기 문헌] 참조). 별법적으로, Hemo-De7 (CMS, Houston, Texas)과 같은 시판되는 탈파라핀화 비-유기 작용제를 사용할 수 있다.

임의로, 샘플 제조에 이어서, 조직 절편을 IHC를 사용하여 분석할 수 있다. IHC는 형태학적 염색 및/또는 형광 계내 혼성화와 같은 추가적인 기술과 조합되어 수행될 수 있다. 2가지의 일반적인 IHC 방법이 이용가능하다; 직접 및 간접 분석법. 첫번째 분석에 따르면, 표적 항원 (예를 들어, IRG)에 대한 항체의 결합이 직접적으로 결정된다. 이러한 직접 분석법은 추가적인 항체 상호작용 없이 가시화될 수 있는 표지된 시약, 예컨대 형광 태그(tag) 또는 효소-표지된 1차 항체를 이용한다. 전형적인 간접 분석에서는, 접합되지 않은 1차 항체가 항원에 결합한 후, 표지된 2차 항체가 1차 항체에 결합한다. 2차 항체가 효소 표지에 접합된 경우, 발색 또는 형광 기질이 첨가되어 항원의 가시화를 제공한다. 여러 2차 항체가 1차 항체 상의 상이한 에피토프들과 반응할 수 있기 때문에 신호 증폭이 발생한다.

면역조직화학에 사용되는 1차 및/또는 2차 항체는 전형적으로 검출가능한 모이어티로 표지될 것이다. 다수의 표지가 이용가능하고, 이들은 일반적으로 하기의 카테고리로 분류될 수 있다:

(a) 방사성 동위원소, 예컨대 ³⁵S, ¹⁴C, ¹²⁵I, ³H 및 ¹³¹I. 예를 들어 [Current Protocols in Immunology Volumes 1 and 2, Coligen et al., Ed. Wiley-Interscience, New York, New York, Pubs. (1991)]에 기술된 기술을 사용하여 항체를 방사성 동위원소로 표지할 수 있고, 방사성을 섬광 카운팅을 사용하여 측정할 수 있다.

(b) 콜로이드성 금 입자.

(c) 희토류 킬레이트 (유로퓸 킬레이트), 텍사스 레드(Texas Red), 로다민, 플루오레세인, 단실, 리사민(Lissamine), 움벨리페론, 피코크리테린, 피코시아닌, 또는 시판되는 형광단 예컨대 SPECTRUM 0RANGE7 및 SPECTRUM GREEN7 및/또는 상기 물질 중 임의의 1가지 이상의 유도체가 포함되지만 이에 한정되지 않는 형광 표지. 형광 표지는 예를 들어 [Current Protocols in Immunology, 상기 문헌]에 개시된 기술을 사용하여 항체에 접합될 수 있다. 형광측정계를 사용하여 형광을 정량할 수 있다.

(d) 다양한 효소-기질 표지가 이용가능하고, 미국 특허 번호 4,275,149는 이들 중 일부의 개관을 제공한다. 효소는 일반적으로 발색 기질의 화학적 변경을 촉매하고, 이를 다양한 기술을 이용하여 측정할 수 있다. 예를 들어, 효소는 기질에서 색 변화를 촉매할 수 있고, 이를 분광광도계로 측정할 수 있다. 별법적으로, 효소는 기질의 형광 또는 화학발광을 변경시킬 수 있다. 형광의 변화를 정량하기 위한 기술은 상기 기술되어 있다. 화학발광 기질은 화학 반응에 의해 전기적으로 여기된 후, 측정 (예를 들어, 화학발광분석기를 사용하여 측정)할 수 있는 빛을 방출하거나 형광 수용체에 에너지를 공여한다. 효소 표지의 예로는 루시퍼라제 (예를 들어, 개똥벌레 루시퍼라제 및 박테리아 루시퍼라제; 미국 특허 번호 4,737,456), 루시페린, 2,3-디히드로프탈라진디온, 말레이트 탈수소효소, 요소분해효소, 과산화효소 예컨대 양고추냉이 과산화효소 (HRPO), 알칼리성 포스파타제, β-갈락토시다제, 글루코아밀라제, 리소자임, 당류 산화효소 (예를 들어, 글루코스 산화효소, 갈락토스 산화효소, 및 글루코스-6-포스페이트 탈수소효소), 헤테로시클릭 산화효소 (예를 들어 요산분해효소 및 잔틴 산화효소), 락토퍼옥시다제, 마이크로퍼옥시다제 등이 포함된다. 효소를 항체에 접합시키는 기술은 [O'Sullivan et al., Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, Method in Enzym. (ed. J. Langone ＆ H. Van Vunakis), Academic press, New York, 73: 147-166 (1981)]에 기술되어 있다.

효소-기질 조합의 예로는, 예를 들어, 하기의 것들이 포함된다:

(i) 양고추냉이 과산화효소 (HRPO)와 기질로서의 수소 과산화효소 (이때 수소 과산화효소는 염료 전구체 (예를 들어, 오르토페닐렌 디아민 (OPD) 또는 3,3', 5,5'-테트라메틸 벤지딘 히드로클로라이드 (TMB))를 산화시킴);

(ii) 알칼리성 포스파타제 (AP)와 발색 기질로서의 파라-니트로페닐 포스페이트; 및

(iii) β-D-갈락토시다제 (β-D-Gal)와 발색 기질 (예를 들어, p-니트로페닐-β-D-갈락토시다제) 또는 형광 기질 (예를 들어 4-메틸움벨리페릴-β-D-갈락토시다제).

다수의 기타 효소-기질 조합이 당업자에게 입수가능하다. 이들의 일반적인 개관을 위해서, 미국 특허 번호 4,275,149 및 4,318,980 참조. 때때로, 표지는 항체에 간접적으로 접합된다. 당업자는 이를 달성하는 다양한 기술을 알고 있을 것이다. 예를 들어, 항체는 비오틴과 접합될 수 있고, 상기 언급된 표지의 광범위한 4가지 카테고리 중 임의의 것이 아비딘에 접합될 수 있거나, 또는 이의 반대 형태로 접합될 수 있다. 비오틴은 아비딘에 선택적으로 결합하고, 따라서 표지가 이러한 간접적인 방식으로 항체에 접합될 수 있다. 별법적으로, 표지와 항체의 간접적인 접합을 달성하기 위해서, 항체가 소형 합텐과 접합되고, 상기 언급된 여러 유형의 표지 중 하나가 항-합텐 항체와 접합된다. 따라서, 표지와 항체의 간접적인 접합을 달성할 수 있다.

상기 논의된 샘플 제조 절차 이외에, IHC 전, 동안 또는 후에 조직 절편의 추가적인 처리가 요구될 수 있다. 예를 들어, 에피토프 복구 방법, 예를 들어 시트레이트 완충제에서 조직 샘플을 가열하는 것이 수행될 수 있다 (예를 들어, [Leong et al., Appl. Immunohistochem. 4(3):201 (1996)] 참조).

임의의 차단 단계 후에, 조직 절편이 1차 항체가 조직 샘플 중의 표적 단백질 항원에 결합하도록 적절한 조건 하에 충분한 시간 동안 1차 항체에 노출된다. 이를 달성하기에 적합한 조건은 일상적인 실험에 의해 결정할 수 있다. 항체가 샘플에 결합하는 정도는 상기 논의된 검출가능한 표지 중 임의의 하나를 사용하여 결정된다. 바람직하게는, 표지는 발색 기질 예컨대 3,3'-디아미노벤지딘 발색원의 화학적 변형을 촉매하는 효소 표지 (예를 들어 HRPO)이다. 바람직하게는, 효소 표지는 1차 항체에 특이적으로 결합하는 항체에 접합된다 (예를 들어 1차 항체는 토끼 폴리클로날 항체이고, 2차 항체는 염소 항-토끼 항체이다).

임의로, IRG의 발현을 검출하기 위한 IHC 분석에 사용되는 항체는 당해 IRG에 주로 결합하도록 생성된 항체이다. 임의로, 항-IRG 항체는 모노클로날 항체이다. 항-IRG 항체는 다양한 시판원으로부터의 입수를 포함하여 당업계에서 용이하게 입수가능하고, 당업자에게 공지된 일상적인 기술을 사용하여 또한 생성될 수 있다.

이렇게 제조된 표본을 마운팅(mounting)하여 커버를 덮을 수 있다. 이어서, 예를 들어 현미경을 사용하여, 슬라이드 평가를 결정하고, 당업계에서 일상적으로 사용되는 염색 강도 기준을 사용할 수 있다. 한 예로서, 염색 강도 기준은 하기와 같이 평가될 수 있다.

염색 패턴	점수
세포에서 염색이 관찰되지 않음	0
희미한/거의 감지할 수 없는 염색이 10％를 초과하는 세포에서 검출됨	1+
약한 수준 내지 중등도의 염색이 10％를 초과하는 세포에서 관찰됨	2+
중등도 내지 강한 염색이 10％를 초과하는 세포에서 관찰됨	3+

별법적인 방법에서, 샘플을 상기 바이오마커에 특이적인 항체와 항체-바이오마커 복합체가 형성되기에 충분한 조건 하에서 접촉시킨 후, 상기 복합체를 검출할 수 있다. 바이오마커의 존재는 다수의 방식으로, 예컨대 혈장 및 혈청을 포함하는 광범위한 조직 및 샘플을 분석하기 위한 웨스턴 블롯팅 및 ELISA 절차에 의해 검출될 수 있다. 이같은 분석 포맷을 이용하는 광범위한 면역분석법 기술이 입수가능하고, 예를 들어, 미국 특허 번호 4,016,043, 4,424,279 및 4,018,653을 참조한다. 이러한 방법은 전통적인 경쟁 결합 분석뿐만 아니라 비-경쟁적 유형의 단일 부위 및 이중 부위 또는 "샌드위치" 분석을 포함한다. 또한 이러한 분석법은 표지된 항체의 표적 바이오마커에 대한 직접적인 결합을 포함한다.

샌드위치 분석법은 가장 유용하고 통상적으로 사용되는 분석법이다. 샌드위치 분석법 기술의 다수의 변형이 존재하고, 이들 모두가 본 발명에 포함되도록 의도된다. 간략하게, 전형적인 전방(forward) 분석에서, 표지되지 않은 항체가 고체 기판에 고정되고, 테스트할 샘플을 결합된 분자와 접촉시킨다. 적절한 인큐베이션 기간 후에, 항체-항원 복합체가 형성되도록 하기에 충분한 시간 동안, 검출가능한 신호를 생성할 수 있는 리포터(reporter) 분자로 표지된, 항원에 특이적인 2차 항체를 첨가하고, 항체-항원-표지된 항체의 또다른 복합체가 형성되도록 하기에 충분한 시간 동안 인큐베이션한다. 임의의 미반응 물질을 세척하여 제거하고, 리포터 분자에 의해 생성된 신호를 관찰함으로써 항원의 존재를 결정한다. 결과는 가시적인 신호의 간단한 관찰에 의해 정성적일 수 있거나, 또는 기지량의 바이오마커를 포함하는 대조군 샘플과 비교함으로써 정량화될 수 있다.

전방 분석의 변형은 결합된 항체에 샘플과 표지된 항체 모두가 동시에 첨가되는 동시 분석을 포함한다. 이러한 기술은 용이하게 명백할 임의의 작은 변형을 포함하여 당업자에게 주지되어 있다. 전형적인 전방 샌드위치 분석에서, 바이오마커에 대한 특이성을 갖는 1차 항체가 고체 표면에 공유 결합되거나 소극적으로 결합된다. 고체 표면은 전형적으로 유리 또는 중합체이고, 가장 통상적으로 사용되는 중합체는 셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 나일론, 폴리스티렌, 폴리비닐 클로라이드 또는 폴리프로필렌이다. 고체 지지체는 관, 비드, 마이크로플레이트의 디스크, 또는 면역분석법을 수행하는데 적절한 임의의 기타 표면의 형태일 수 있다. 결합공정은 당업계에 주지되어 있고, 일반적으로 가교 결합, 공유 결합 또는 물리적 흡착으로 구성되고, 중합체-항체 복합체는 테스트 샘플 제조시에 세척된다. 그 후, 테스트할 샘플의 분취량을 고체상 복합체에 첨가하고, 충분한 시간 (예를 들어 2-40분 또는 더욱 편리할 경우 하룻밤) 동안 적합한 조건 (예를 들어 실온 내지 40℃, 예컨대 25℃ 내지 32℃) 하에 인큐베이션하여, 항체에 존재하는 임의의 서브유닛이 결합되도록 한다. 인큐베이션 기간 후, 항체 서브유닛 고체상을 세척하고, 건조시켜, 바이오마커의 일부분에 특이적인 2차 항체와 함께 인큐베이션한다. 2차 항체는 분자 마커에 대한 2차 항체의 결합을 지시하도록 사용되는 리포터 분자에 연결된다.

별법적인 방법은 샘플 중의 표적 바이오마커를 고정시킨 후, 고정된 표적을 리포터 분자로 표지되거나 표지되지 않을 수 있는 특이적 항체에 노출시키는 것을 수반한다. 표적의 양 및 리포터 분자 신호의 강도에 따라, 결합된 표적을 항체로의 직접적인 표지에 의해 검출할 수 있다. 별법적으로, 1차 항체에 특이적인 표지된 2차 항체를 표적-1차 항체 복합체에 노출시켜 표적-1차 항체-2차 항체의 3원 복합체를 형성시킨다. 리포터 분자에 의해 방출되는 신호에 의해 복합체를 검출한다. 본 명세서에서 사용된 용어 "리포터 분자"는 항원-결합된 항체의 검출을 허용하는 분석적으로 확인가능한 신호를 분자의 화학적 성질에 의해 제공하는 분자를 의미한다. 이러한 유형의 분석에서 가장 통상적으로 사용되는 리포터 분자는 효소, 형광단 또는 방사성핵종 함유 분자 (즉, 방사성 동위원소) 및 화학발광 분자이다.

효소 면역분석의 경우, 효소는 일반적으로 글루타르알데히드 또는 페리오데이트에 의해 2차 항체에 접합된다. 그러나, 쉽게 알 수 있는 바와 같이, 당업자가 쉽게 입수가능한 광범위한 여러 접합 기술이 존재한다. 통상적으로 사용되는 효소에는 양고추냉이 과산화효소, 글루코스 산화효소, 갈락토시다제 및 알칼리성 포스파타제가 특히 포함된다. 특정 효소와 함께 사용되는 기질은 상응하는 효소에 의한 가수분해 시 검출가능한 색 변화가 생성되도록 일반적으로 선택된다. 적절한 효소의 예로는 알칼리성 포스파타제 및 과산화효소가 포함된다. 상기 언급된 발색 기질보다는 형광 생성물이 산출되는 형광 기질을 또한 사용할 수 있다. 모든 경우에, 효소 표지된 항체가 1차 항체-분자 마커 복합체에 첨가되어 결합된 후, 과량의 시약을 세척하여 제거한다. 그후, 적합한 기질을 함유하는 용액을 항체-항원-항체의 복합체에 첨가한다. 기질이 2차 항체에 연결된 효소와 반응하여 정성적인 가시적 신호를 제공할 것이고, 이를, 일반적으로 분광광도계로, 추가로 정량하여 샘플 중에 존재하는 바이오마커의 양의 지표를 제공할 수 있다. 별법적으로, 형광 화합물, 예컨대 플루오레세인 및 로다민이 항체의 결합 능력을 변경시키지 않으면서 항체에 화학적으로 커플링될 수 있다. 특정 파장의 빛의 조사에 의해 활성화될 때, 형광색소(fluorochrome)-표지 항체가 빛 에너지를 흡수하여 분자를 여기가능 상태로 유도한 후, 광학현미경으로 가시적으로 검출가능한 특징적인 색에서 빛을 방출한다. EIA에서처럼, 형광 표지된 항체는 1차 항체-분자 마커 복합체에 결합하게 된다. 미결합 시약을 세척으로 제거한 후, 잔존하는 3원 복합체를 적절한 파장의 빛에 노출시키고, 관찰된 형광은 당해 분자 마커의 존재를 나타낸다. 면역형광 및 EIA 기술 모두 당업계에 잘 확립되어 있다. 그러나, 기타 리포터 분자, 예컨대 방사성 동위원소, 화학발광 또는 생체발광 분자를 또한 사용할 수 있다.

상기 기술된 기술들이 IRG의 발현을 검출하는데 또한 사용될 수 있는 것으로 고려된다.

본 발명의 방법은 조직 또는 세포 샘플에서 mRNA, 예컨대 IRG mRNA의 존재 및/또는 발현을 시험하는 프로토콜을 추가로 포함한다. 세포 내의 mRNA의 평가 방법은 주지되어 있고, 예를 들어, 상보적 DNA 프로브를 사용하는 혼성화 분석법 (예컨대 표지된 IRG 리보프로브를 사용하는 계내 혼성화, 노던 블롯 및 관련 기술) 및 다양한 핵산 증폭 분석법 (예컨대 IRG에 특이적인 상보적 프라이머를 이용한 RT-PCR, 및 기타 증폭 유형의 검출 방법, 예를 들어, 분지형 DNA, SISBA, TMA 등)을 포함한다.

포유동물로부터의 조직 또는 세포 샘플을 노던, 도트 블롯 또는 PCR 분석을 사용하여 예를 들어 IRG mRNA에 대해 편리하게 분석할 수 있다. 예를 들어, RT-PCR 분석 예컨대 정량적 PCR 분석은 당업계에 주지되어 있다. 본 발명의 예시적인 실시양태에서, 생물학적 샘플에서 IRG mRNA를 검출하는 방법은 1개 이상의 프라이머를 사용하여 역전사에 의해 샘플로부터 cDNA를 생산하는 단계; 이렇게 생산된 cDNA를 센스 및 안티센스 프라이머로서 IRG 폴리뉴클레오티드를 사용하여 증폭시켜서, 내부의 IRG cDNA를 증폭시키는 단계; 및 증폭된 IRG cDNA의 존재를 검출하는 단계를 포함한다. 또한, 이같은 방법은 생물학적 샘플 중 IRG mRNA의 수준을 결정할 수 있도록 하는 1가지 이상의 단계를 포함할 수 있다 (예를 들어, 액틴 패밀리 구성원과 같은 "하우스키핑" 유전자의 비교용 대조군 mRNA 서열의 수준을 동시에 시험함으로써). 임의로, 증폭된 IRG cDNA의 서열을 결정할 수 있다.

본 발명의 이러한 양상의 재료 실시양태는 본 발명의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 임의의 특정 부분이 특이적으로 증폭되도록 하는 IRG 프라이머 및 프라이머 쌍, 및 본 발명의 핵산 분자 또는 이의 임의의 부분에 선택적으로 또는 특이적으로 혼성화하는 프로브를 포함한다. 프로브는 검출가능한 마커, 예를 들어, 방사성 동위원소, 형광 화합물, 생체발광 화합물, 화학발광 화합물, 금속 킬레이터 또는 효소로 표지될 수 있다. 이같은 프로브 및 프라이머는 샘플 중 IRG 폴리뉴클레오티드의 존재를 검출하는데, 그리고 IRG 단백질을 발현하는 세포를 검출하기 위한 수단으로서 사용될 수 있다. 당업자가 이해하는 바와 같이, 매우 많은 상이한 프라이머 및 프로브를 본원에서 제공된 서열을 기초로 하여 제조하여, IRG mRNA를 증폭시키고/시키거나, 이를 클로닝하고/하거나 이의 존재 및/또는 수준을 결정하는데 효과적으로 사용할 수 있다.

임의의 본 발명의 방법은 마이크로어레이 기술에 의해 조직 또는 세포 샘플에서 mRNA, 예를 들어 IRG mRNA를 시험 또는 검출하는 프로토콜을 포함한다. 핵산 마이크로어레이를 사용하여, 테스트 및 대조군 조직 샘플로부터의 테스트 및 대조군 mRNA 샘플을 역전사시키고 표지하여 cDNA 프로브를 생성한다. 그후, 프로브를 고체 지지체 상에 고정된 핵산 어레이에 혼성화시킨다. 어레이는 어레이의 각각의 구성원의 서열 및 위치를 알 수 있도록 설정된다. 예를 들어, 특정 질환 상태에서 발현될 가능성이 있는 유전자들의 수집물이 고체 지지체 상에 배열될 수 있다. 표지된 프로브와 특정 어레이 구성원의 혼성화는 프로브가 유래된 샘플이 유전자를 발현한다는 것을 가리킨다. 질환 조직의 차등 유전자 발현 분석은 유용한 정보를 제공할 수 있다. 마이크로어레이 기술은 핵산 혼성화 기술 및 전산화 기술을 이용하여 단일 실험에서 수천개의 유전자의 mRNA 발현 프로파일을 평가한다 (예를 들어, WO 01/75166 (2001년 10월 11일 공개) 참조; 어레이 제작의 논의에 대해서는, 예를 들어, 미국 특허 5,700,637, 미국 특허 5,445,934 및 미국 특허 5,807,522, [Lockart, Nature Biotechnology, 14:1675-1680 (1996)]; [Cheung, V.G. et al., Nature Genetics 21(Suppl):15-19 (1999)] 참조). DNA 마이크로어레이는 유리 또는 기타 기판 상에서 직접 합성되거나 이러한 기판 상에 스포팅(spotting)된 유전자 단편을 함유하는 축소물 어레이이다. 수천개의 유전자가 일반적으로 단일 어레이에 제시된다. 전형적인 마이크로어레이 실험에는 하기의 단계들이 수반된다: 1) 샘플로부터 단리된 RNA로부터의 형광 표지된 표적의 제조, 2) 표지된 표적의 마이크로어레이에 대한 혼성화, 3) 어레이의 세척, 염색 및 스캐닝, 4) 스캐닝된 영상의 분석 및 5) 유전자 발현 프로파일의 생성. 현재 2가지 주요 유형의 DNA 마이크로어레이가 사용되고 있다: 올리고뉴클레오티드 (보통 25량체 내지 70량체) 어레이, 및 cDNA로부터 제조된 PCR 생성물을 함유하는 유전자 발현 어레이. 어레이를 형성하는데 있어서, 올리고뉴클레오티드는 예비제작되어 표면에 스포팅될 수 있거나, 또는 표면 상에서 직접 합성될 수 있다 (계내).

어피메트릭스 GeneChip® 시스템은 유리 표면 상에서의 올리고뉴클레오티드의 직접 합성에 의해 제작된 어레이를 포함하는 시판되는 마이크로어레이 시스템이다. 프로브/유전자 어레이: 올리고뉴클레오티드 (보통 25량체)가 반도체-기반 사진평판술과 고체상 화학 합성 기술의 조합에 의해 유리 웨이퍼 상에서 직접 합성된다. 각각의 어레이는 400,000개까지의 상이한 올리고머를 함유하고, 각각의 올리고머는 수백만개의 카피로 존재한다. 올리고뉴클레오티드 프로브가 어레이 상의 공지된 위치에서 합성되므로, 혼성화 패턴 및 신호 강도가 어피메트릭스 마이크로어레이 스위트(Affymetrix Microarray Suite) 소프트웨어에 의해 유전자 신원 및 상대적 발현 수준의 관점에서 해석될 수 있다. 각각의 유전자는 일련의 상이한 올리고뉴클레오티드 프로브에 의해 어레이 상에 제시된다. 각각의 프로브 쌍은 완벽 매치 올리고뉴클레오티드 및 미스매치 올리고뉴클레오티드로 구성된다. 완벽 매치 프로브는 특정 유전자에 정확하게 상보적인 서열을 갖고, 따라서 유전자의 발현을 측정한다. 미스매치 프로브는 중앙 염기 위치에서의 1개의 염기 치환에 의해 완벽 매치 프로브와 상이하여, 표적 유전자 전사물의 결합을 방해한다. 이것은 완벽 매치 올리고에 대해 측정된 신호에 기여하는 배경 및 비-특이적 혼성화를 결정하는 것을 돕는다. 마이크로어레이 스위트 소프트웨어는 완벽 매치 프로브의 혼성화 강도로부터 미스매치 프로브의 혼성화 강도를 차감하여, 각각의 프로브 세트에 대한 절대적 또는 특이적 강도값을 결정한다. 프로브는 Genbank 및 기타 뉴클레오티드 기탁 기관으로부터의 정보를 기초로 하여 선택된다. 서열은 유전자의 3' 말단의 독특한 영역을 인식하는 것으로 여겨진다. GeneChip 혼성화 오븐 ("회전식" 오븐)을 사용하여 한번에 64개까지의 어레이의 혼성화를 수행한다. 플루이딕스(fluidics) 스테이션은 프로브 어레이의 세척 및 염색을 수행한다. 이는 완전히 자동화되고 4개의 모듈을 포함하며, 각각의 모듈은 1개의 프로브 어레이를 홀딩한다. 각각의 모듈은 예비프로그래밍된 플루이딕스 프로토콜을 사용하여 마이크로어레이 스위트 소프트웨어를 통해 독립적으로 제어된다. 스캐너는 프로브 어레이에 결합된 표지된 cRNA에 의해 방출된 형광 강도를 측정하는 공초점 레이저 형광 스캐너이다. 마이크로어레이 스위트 소프트웨어가 있는 컴퓨터 워크스테이션이 플루이딕스 스테이션 및 스캐너를 제어한다. 마이크로어레이 스위트 소프트웨어는 프로브 어레이에 대한 예비프로그래밍된 혼성화, 세척, 및 염색 프로토콜을 이용하여 8개까지의 플루이딕스 스테이션을 제어할 수 있다. 또한 소프트웨어는 적절한 알고리즘을 사용하여 혼성화 강도 데이터를 획득하여 이를 각각의 유전자에 대한 존재/부재 콜(call)로 변환시킨다. 마지막으로, 소프트웨어는 비교 분석에 의해 실험들 간의 유전자 발현의 변화를 검출하여, 결과를 .txt 파일로 포맷하고, 이는 추가적인 데이터 분석을 위해 다른 소프트웨어 프로그램에서 사용될 수 있다.

선택된 바이오마커의 발현을 유전자 결실 또는 유전자 증폭을 시험하여 또한 평가할 수 있다. 유전자 결실 또는 증폭을 당업계에 공지된 광범위한 프로토콜 중 임의의 것에 의해, 예를 들어, 통상적인 서던 블롯팅, mRNA의 전사를 정량화하는 노던 블롯팅 ([Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:5201-5205 (1980)]), 도트 블롯팅 (DNA 분석), 또는 적절하게 표지된 프로브를 사용하는 계내 혼성화 (예를 들어, FISH), 세포유전학 방법, 또는 적절하게 표지된 프로브를 사용하는 비교 게놈 혼성화 (CGH)에 의해 측정할 수 있다. 예로서, 이러한 방법들을 사용하여 IRG 유전자의 증폭 또는 결실을 검출할 수 있다.

조직 또는 세포 샘플에서의 선택된 바이오마커의 발현을 기능적 또는 활성-기반 분석법에 의해 또한 시험할 수 있다. 예를 들어, 바이오마커가 효소인 경우, 조직 또는 세포 샘플 중 소정의 효소 활성의 존재를 결정 또는 검출하기 위한 당업계에 공지된 분석법을 수행할 수 있다.

본 발명의 방법에서, 조직 또는 세포 샘플을 샘플 중 인터페론, 예컨대 제1형 인터페론의 발현, 및/또는 제1형 인터페론 신호전달 경로의 활성화에 대해 또한 시험할 수 있다는 것이 고려된다. 제1형 인터페론 및/또는 상응하는 수용체(들)의 발현, 및/또는 제1형 인터페론 신호전달 경로의 활성화에 대해 조직 또는 세포 샘플을 시험하는 것은 조직 또는 세포 샘플이 인터페론 억제제에 대해 민감성일 것인지 여부에 관한 정보를 추가로 제공할 수 있다. 예로서, 상기 기술된 IHC 기술을 사용하여 샘플 중의 다수의 이같은 분자 중 하나의 존재를 검출할 수 있다. 조직 또는 샘플이 IRG의 존재뿐만 아니라 예를 들어 제1형 인터페론, 인터페론 수용체(들)의 존재에 대해서도 시험되는 방법에서, 별개의 슬라이드들을 동일한 조직 또는 샘플로부터 준비하고, 각각의 슬라이드를 각각의 특이적인 바이오마커 또는 수용체에 대해 특이적인 시약으로 테스트할 수 있는 것으로 고려된다. 별법적으로, 단일 슬라이드를 조직 또는 세포 샘플로부터 준비하고, 각각의 바이오마커 또는 수용체에 대해 지시된 항체를 다색(多色) 염색 프로토콜과 함께 사용하여, 개별적인 바이오마커 또는 수용체가 가시화 및 검출되도록 할 수 있다.

조직 또는 세포 샘플이 인터페론 억제제로의 치료에 민감성일 것을 가리키는 바이오마커 중 하나 이상을 조직 또는 세포 샘플이 발현한다는 것이 결정된 후에, 유효량의 인터페론 억제제를 포유동물에게 투여하여, 포유동물을 괴롭히는 자가면역 장애와 같은 장애를 치료할 수 있는 것으로 고려된다. 본원에 기술된 다양한 병리학적 컨디션을 포유동물에서 진단하는 것은 숙련된 의사에 의해 이루어질 수 있다. 예를 들어 포유동물에서 자가면역 관련 질환이 진단 또는 검출되도록 하는 진단 기술이 당업계에서 입수가능하다.

인터페론 억제제는 공지된 방법에 따라, 예컨대 볼루스로서의 또는 일정 기간에 걸친 연속 주입에 의한 정맥내 투여, 근육내, 복강내, 뇌척수내, 피하, 관절내, 윤활막내, 수막강내, 경구, 국소 또는 흡입 경로에 의해 투여될 수 있다. 임의로, 투여는 다양한 시판 장치를 이용하여 미니 펌프 주입을 통해 수행될 수 있다.

인터페론 억제제의 투여를 위한 효과적인 투여량 및 스케줄은 경험적으로 결정할 수 있고, 이같은 결정을 내리는 것은 당업계의 기술 내에 속한다. 단일 또는 다중 투여량을 사용할 수 있다. 예를 들어, 단독으로 사용되는 인터페론 억제제의 유효 투여량 또는 유효량은 약 1 ㎍/체중 kg/일 내지 약 100 ㎍/체중 kg/일 이상 범위일 수 있는 것으로 현재 여겨진다. 투여량의 종간 증감은, 예를 들어, [Mordenti et al., Pharmaceut. Res., 8:1351 (1991)]에 개시된 바와 같이, 당업계에 공지된 방식으로 수행될 수 있다.

인터페론 억제제의 생체내 투여가 사용될 경우, 정상 투여량은, 투여 경로에 따라, 약 10 ng/포유동물 체중 kg/일 내지 100 mg/포유동물 체중 kg/일 이상, 바람직하게는 약 1 ㎍/㎏/일 내지 10 ㎎/㎏/일로 변할 수 있다. 특정 투여량 및 전달 방법에 대한 지침은 문헌에서 제공된다; 예를 들어, 미국 특허 번호 4,657,760; 5,206,344; 또는 5,225,212 참조. 상이한 제형이 상이한 치료 화합물 및 상이한 장애에 대해 효과적일 것이고, 예를 들어 한 기관 또는 조직을 표적으로 하는 투여는 또다른 기관 또는 조직과 상이한 방식으로의 전달을 필요로 할 것으로 예상된다.

추가적인 치료법을 상기의 방법들에서 사용할 수 있는 것으로 고려된다. 하나 이상의 치료법에는 스테로이드의 투여, 및 당해 특정 자가면역 장애에 대한 관리 요법의 기타 표준이 포함되지만, 이에 한정되지 않는다. 이같은 기타 치료법은 인터페론 억제제와 분리된 작용제로서 사용될 수 있다.

상기에서 기술 또는 제안된 용도에서 사용하기 위해, 키트 또는 제조품이 본 발명에 의해 또한 제공된다. 이같은 키트는 1개 이상의 용기 수단, 예컨대 바이알, 튜브 등을 근접하여 수용하도록 구획화되는 운반 수단을 포함할 수 있고, 각각의 용기 수단은 방법에 사용되는 별개의 요소들 중의 하나를 포함한다. 예를 들어, 용기 수단 중 하나는 검출가능하게 표지된 또는 표지될 수 있는 프로브를 포함할 수 있다. 이같은 프로브는 각각 IRG 유전자 또는 메시지에 대해 특이적인 항체 또는 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 혼성화를 이용하는 경우, 키트에 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오티드(들)를 함유하는 용기 및/또는 리포터 분자, 예컨대 효소, 형광 또는 방사성 동위원소 표지에 결합된 리포터-수단, 예컨대 비오틴-결합 단백질, 예컨대 아비딘 또는 스트렙타비딘을 함유하는 용기가 또한 있을 수 있다.

본 발명의 키트는 상기 기술된 용기, 및 완충제, 희석제, 필터, 바늘, 주사기, 및 사용 지침서가 있는 포장 삽입물을 포함하여, 상업적 및 사용자 관점에서 요망되는 재료를 포함하는 1개 이상의 다른 용기를 전형적으로 포함할 것이다. 조성물이 특정 치료법 또는 비-치료 용도에 사용되는 것을 나타내도록 표지가 용기 상에 존재할 수 있고, 또한 상기 기술된 것들과 같은 생체내 또는 시험관내 용도에 대한 사용법을 나타낼 수 있다.

본 발명의 키트에는 다수의 실시양태가 있다. 전형적인 실시양태는 용기, 상기 용기 상의 표지, 및 상기 용기 내에 함유된 조성물을 포함하는 키트이고; 이때 조성물은 IRG 폴리펩티드 서열에 결합하는 1차 항체를 포함하고, 상기 용기 상의 표지는 조성물이 1가지 이상의 유형의 포유류 세포 내의 IRG 단백질의 존재를 평가하는데 사용될 수 있다는 것, 및 1가지 이상의 유형의 포유류 세포 내의 IRG 단백질의 존재를 평가하기 위해 IRG 항체를 사용하는 것에 대한 지침서를 나타낸다. 키트는 조직 샘플을 제조하고 항체 및 프로브를 조직 샘플의 동일한 절편에 적용하기 위한 지침서 및 재료의 세트를 추가로 포함할 수 있다. 키트는 1차 및 2차 항체 모두를 포함할 수 있고, 이때 2차 항체는 표지, 예를 들어 효소 표지에 접합된다.

또다른 실시양태는 용기, 상기 용기 상의 표지, 및 상기 용기 내에 함유된 조성물을 포함하는 키트이고; 이때 조성물은 엄격한 조건 하에 IRG 폴리뉴클레오티드의 상보물에 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 상기 용기 상의 표지는 조성물이 1가지 이상의 유형의 포유류 세포 내의 IRG의 존재를 평가하는데 사용될 수 있다는 것, 및 1가지 이상의 유형의 포유류 세포 내의 IRG RNA 또는 DNA의 존재를 평가하기 위해 IRG 폴리뉴클레오티드를 사용하는 것에 대한 지침서를 나타낸다.

키트 내의 기타 임의의 성분에는 1가지 이상의 완충제 (예를 들어, 차단 완충제, 세척 완충제, 기질 완충제 등), 기타 시약 예컨대 효소 표지에 의해 화학적으로 변형되는 기질 (예를 들어, 발색원), 에피토프 복구 용액, 대조군 샘플 (양성 및/또는 음성 대조군), 대조군 슬라이드(들) 등이 포함된다.

하기는 본 발명의 방법 및 조성물의 예이다. 상기 제공된 일반적인 설명이 주어지면, 다양한 기타 실시양태가 실행될 수 있는 것으로 이해된다.

실시예 1

재료 및 방법

IFN-알파 응답성 유전자 (IRG)의 발현을 혈액으로부터의 데이터에서 분석하였다 - <University Of Minnesota (Minneapolis, MN)>로부터의 SLE 환자 (활성 또는 비활성 질환) 및 정상적인 제공자로부터의 말초혈액 단핵 세포 (PBMC).

데이터가 하기와 같이 생성되었다: 92개의 혈액 샘플을 상이한 날짜에 18명의 활성 SLE 환자로부터 수집하고, 19개의 혈액 샘플을 상이한 날짜에 5명의 비활 성 SLE 환자로부터 수집하고, 4개의 혈액 샘플을 4명의 건강한 제공자로부터 수집하였다. PBMC를 표준 피콜(Ficoll) 구배 원심분리에 의해 전혈로부터 단리하였다. RNA를 PBMC 샘플로부터 Qiagen (Valencia, CA)의 RNA 단리 키트를 사용하여 제조하고, Agilent (Palo Alto, CA)의 WHG 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이 칩에 혼성화시켰다. 미가공 데이터를 표준 <Agilent Feature Extraction>으로 프로세싱하여 Agilent 로그비 데이터를 산출하였다. 건강한 제공자로부터 PBMC를 단리하고, 이를 4시간 동안 100 U/㎖ 재조합 IFN-알파와 함께 배양물에서 인큐베이션한 후, IFN-알파를 첨가하고 나서 4시간 후, 12시간 후, 28시간 후, 및 52시간 후에 세포 배양물의 샘플을 취함으로써, IFN-알파에 대한 응답에서의 유전자의 정상적인 발현을 시험하였다.

마이크로어레이 데이터를 평균 신호가 상위 70 백분위수(％ile)이고 또한 변동 계수가 상위 70 백분위수인 프로브 상에서 엑스클러스터(xcluster) 소프트웨어 프로그램 (log2 신호에 대한 피어슨)을 사용하여 2차원 (샘플 및 프로브)으로 계층적으로 클러스터링하였다. 클러스터 데이터를 자바(Java) 트리뷰(Treeview) 소프트웨어로 조사하였다. 수치 해석을 R (http://www [insert period] r-project [insert period]org/), JMP (SAS Institute, Cary, NC) 및 엑셀(Excel) (Microsoft, Redmond, WA)로 수행하였다.

결과 및 분석

모든 샘플의 마이크로어레이 클러스터링이 샘플 및 유전자 모두의 유의한 집단화를 나타냈다. 샘플 클러스터링은 활성 질환이 있는 SLE 환자의 대형 분획의 집단화를 나타냈다. 유전자 클러스터링은 명백한 생물학적 패턴이 있는, 밀접하게 집단화된 여러 상이한 유전자 서브클러스터들을 나타냈다. 예를 들어, 한 서브클러스터는 B 세포에 특이적인 것으로 공지된 유전자에 대해, 또다른 서브클러스터는 중성구에 대해, 또다른 서브클러스터는 항체에 대해, 또다른 서브클러스터는 IRG에 대해 고도로 강화되었다. IRG 서브클러스터는 샘플과 관련하여 흥미로운 패턴을 나타냈다: 정상 샘플은 모두 IRG의 낮은 발현을 나타낸 반면, SLE 샘플은 정상과 유사한 것에서 극도로 높은 것까지로 변화되는 광범위한 발현을 나타냈다.

밀접한 서브클러스터 내의 프로브들의 발현 프로파일은 매우 유사하지만 동일하지 않고, 매우 유사한 프로파일들 간의 변동은 상당한 부분에서 생물학적 또는 기술적 공급원으로부터의 노이즈(noise)로 인한 것일 수 있다. 예를 들어, 일부 유전자는 1개를 초과하는 프로브에 의해 마이크로어레이 상에서 제시되고, 동일한 유전자의 발현을 나타내는 IRG 서브클러스터 내의 프로브들의 여러 쌍들이 있다. 이러한 경우에, 프로브들이 서로 가깝게, 때때로 바로 인접하여 클러스터링되었다. 따라서, 다수의 프로브에서 명확한 패턴이 존재하여 반영되었고, 데이터 내의 노이즈의 간섭을 완화하기 위해 여러 프로브로부터의 데이터를 사용하는 것이 가장 명확하게 패턴을 식별할 수 있는 것으로 보였다. 그럼에도 불구하고, 확인된 유전자들이 질환의 존재와 상관관계가 있는 유전학적 식별자로서 개별적으로 사용될 수 있다.

인터페론 알파에 의해 고도로 유도된 유전자의 확인

인터페론 알파의 존재에 의해 발현이 고도로 유도되는 유전자를 확인하기 위 해, 건강한 제공자로부터의 PBMC 샘플을 재조합 인터페론 알파로 처리하고, 세포 배양물의 샘플에 상기 기술된 바와 같은 Agilent WHG 발현 분석을 적용하였다. 이러한 혼성화로부터의 로그비 데이터를 2원 ANOVA (시간 및 처리)에 의해 분석하였고, 처리 p-값 < 5×10^-7의 필터링에 의해 142개의 프로브가 확인되었다. 이러한 세트의 유전자는 인터페론 알파에 의해 발현이 유도되는 유전자들의 부분집합이고, 이는 공동-클러스터링에 대한 공통적인 기초가 인터페론 알파에 의한 유도인 기타실험에서 유전자의 클러스터를 확인하기 위한 효과적인 도구를 구성한다.

질환과 상관관계가 있는 메트릭의 개발, 및 이같은 메트릭을 구성할 수 있는 개별적인 유전자들의 확인

IRG에서의 전사 활성화의 패턴을 프로브의 특정 아군의 Agilent 비율 수준에 비례하는 단일 메트릭을 계산함으로써 측정하였다. 예를 들어, 본 발명가들은 이러한 접근법을 하기에 IRG 프로브와 함께 기술한다. 첫번째로, 패턴 (IRG의 집합적인 프로파일)이 PBMC 샘플 중의 인터페론 알파에 의해 유도된 프로브의 밀도 플롯을 SLE 및 대조군 샘플의 클러스터 히트맵과 함게 정렬함으로써 정의되었다 (도 1). 2개의 가장 고도로 상관관계가 있는 프로브로부터 시작하고, 프로브의 세트가 이의 중심에서 명백한 발현 시그너쳐의 대부분을 함유하는 것으로 보일 때까지, 그러나 상이한 시그너쳐으로부터의 유의한 기여를 함유하지 않을 정도로 그 다음으로 고도로 상관관계가 있는 프로브 또는 프로브의 가지를 부가하여 세트를 확장시킴으로써 프로브가 IRG로 정의되었다. 이 세트는 표 1에 열거된 35개의 프로브로 구성 된다.

그후, 이러한 군의 발현 데이터를 z-점수로 변환하였고 (1로의 평균 축척화, 밑수-2 로그 변환, 이후 평균 1의 표준 편차로의 축척화), 평균 프로파일에 대한 각각의 프로브의 프로파일의 상관 계수를 계산하였다. 이러한 상관 계수가 군의 경향에 대한 가장 강한 매치를 나타낸 프로브에 상대적으로 무겁게 가중치를 주고, 다른 입력값 또는 노이즈에 의해 외관상으로 더욱 영향을 받는 것들에 상대적으로 가볍게 가중치를 주는 가중 인자로 사용되었다.

프로브를 1로 축척화하는데 필요한 인자에 가중인자를 곱하여 복합 인자가 생성되었고, 이는 단일 혼성화에 대한 표준화된, 가중 메트릭을 산출할 수 있다. 정상 혈액 샘플의 시그너쳐에 이러한 인자를 곱하고, 프로브와 샘플 모두에 걸쳐 평균내었고, 이러한 값이 인버트되어 샘플로부터의 프로브의 평균의 결과를 건강한 제공자로부터의 샘플에 대해 1일 것으로 예상되는 메트릭으로 변환시킬 글로벌 축척화 인자가 산출되었다. 각각의 표준화/가중 인자에 이러한 인자를 곱하였다. 결과는 스칼라 값의 벡터였고, 여기에 샘플 발현 시그너쳐를 곱하고 평균내어, 샘플 중의 IFN-알파 전사 응답의 수준을 측정하는 단일 메트릭인 제I형 인터페론 응답 유전자 메트릭 (IRGM)을 산출하였다.

IRGM 유전자의 선별에 사용된 임상 샘플의 세트에 대해 IRGM 점수를 계산하고 평가하였다. 건강한 환자보다 활성 SLE를 앓고 있는 환자에 대해 IRGM 점수가 유의하게 더 높았다 (도 2).

SLEDAI와 같은 SLE 질환 활성 및 중증도의 임상 측정값은 환자 질환 증상을 정량하고, 질환의 병인의 기초가 되는 유전자의 발현과 상관관계가 있을 수 있다. 이러한 가설을 조사하기 위해, 개별적인 환자들에 대한 IRGM 데이터를 이러한 환자들의 임상 점수 및 실험실 테스트 결과와 비교하였다. IRGM와 SLEDAI 사이에 유의한 상관관계가 관찰되지 않았지만, 혈청 내의 항-dsDNA 항체의 역가는 다수의 활성 SLE 환자에서 IRGM과 크게 상관이 있었다 (도 3A 및 3B). 이러한 상관관계는 어느 한쪽의 분석법이 다른 분석법에 대한 대용이 되는 것의 기초일 수 있다. 이는 SLE에 대한 치료법의 합리적인 디자인을 위한 기초로 작용할 수 있는 생물학적 관계를 또한 설명한다.

IRGM 테스트, 및 이같은 테스트를 구성하는 유전자 (표 1에 기재된 바와 같음)의 발현은 IRGM 점수가 비교적 높고 따라서 차단될 수 있는 IFN-α 신호전달이 있는 환자를 확인함으로써 자가면역 장애 (예를 들어, SLE)에 대한 IFN-α-기반 치료가 이로울 환자를 선별하는데 유용할 수 있다. 동등하게, 이는 특정 환자가 높은 IRGM 점수를 나타내지 않고, 따라서 파괴될 수 있는 활성 IFN-α 신호전달을 현재 겪고 있지 않기 때문에, 이들에게 IFN-α-기반 치료가 이롭지 않을 것을 예측하는데 사용될 수 있다.

IRGM 테스트, 및 이같은 테스트를 구성하는 유전자 (표 1에 기재된 바와 같음)의 발현은 상기 기술된 바와 같이 다양한 약물 개발, 진단성, 예후성 및 치료성 환경에서 유용한 지표이다. 예를 들어, 이러한 정보를 사용하여, 항-IFN-α 치료에 잘 응답한 환자에서 치료 전에 IFN-α의 신호전달 표적의 발현이 높은 수준이었는지 여부 및 그후 치료가 이러한 발현을 폐기하였는지 여부를 점검할 수 있다. 이는 특정 치료가 IFN-α 신호전달 경로에 영향을 미치는 정도의 유용한 척도일 것이다. 이는 경시적으로 치료 효과의 프로파일을 측정하는 유용한 바이오마커 또는 약역학적 마커일 수 있다.

기타 인터페론

상기 기술된 메트릭-기반 접근법을 질환 경로, 작용 메커니즘 및 약물 약역학을 특성화하는데 있어서 다양한 방식으로 이용할 수 있다. 예를 들어, 상이한 인터페론 분자는 상이한 성질들을 갖고, IRGM 및/또는 상이한 마이크로어레이 데이터 및/또는 분석법을 기초로 동일한 방식으로 제조된 테스트가 이를 측정하고 해명하는 것을 도울 수 있다. 예를 들어:

1) 제I형 인터페론들은 모두 동일한 이종이량체성 수용체를 통해 신호를 전달하지만, 반감기, 수용체 친화도, 또는 표적 세포에서 신호전달을 개시하는 능력이 상이할 수 있다. 크기에서의 이러한 차이를 IRGM에 의해 용이하게, 그리고 정확하게 측정할 수 있다. 이러한 부류의 측정은 세포 배양물 실험에서 또는 임상 환경에서 수행될 수 있다. 유사하게, 후보 약물 또는 임상 환경에서 사용되는 약물의 효과를 이러한 접근법을 사용하여 측정할 수 있다.

2) 상이한 IRGM-유사 테스트를 상이한 인터페론으로 처리된 혈액 배양 샘플의 마이크로어레이 분석법에 의해 구축할 수 있다. 테스트들이 서로 상이한 정도로, 이들은 상이한 인터페론 및/또는 약물의 상대적인 활성을 결정하기 위해 임상 샘플에 적용될 수 있다.

기타 시그너쳐

IRGM 테스트를 생성하기 위해 사용된 방법이 세포의 상태 또는 활성 또는 세포 또는 세포들의 유형의 임의 부류의 발현 시그너쳐에 또한 적용될 수 있다. 예를 들어, 일부 SLE 환자들은 형질 세포에 의한 항체 생산의 지표인 면역글로불린 유전자 발현의 두드러진 상향조절을 나타낸다. 이러한 유전자의 발현을 보고하는 마이크로어레이 프로브는 형질 세포 활성 및 항체 생산의 전체적인 수준의 치수의 계산을 집합적으로 지지할 수 있다. 또다른 예에서, 활성 유사분열 세포 복제와 관련이 있는 특정 전사 변화가 존재한다. 이러한 전사 변화가 테스트로 통합될 수 있고, 이는 얼마나 활동적으로 분열되고 있는지를 측정하기 위해 다양한 생물학적 샘플에 적용될 것이다. 또다른 예에서, 특정 유형의 면역 세포에 대해 발현이 특이적인 유전자들이 어떠한 세포 유형이 이들을 발현하는지에 의해 카테고리화될 수 있고, 이어서 각각의 세포 유형에 대해 테스트가 만들어질 수 있다. 그후, 테스트들의 이러한 수집물을 임의의 다양한 임상 샘플 (SLE 환자로부터의 혈액, 크론 질환 환자로부터의 소장 생검 등)에 적용하여, 면역 세포 유형의 균형을 결정할 수 있다.

<표 1 - WHG 분석을 위한 IRG의 세트를 구성하는 Agilent WHG 프로브. 29개의 독특한 유전자를 나타내는 35개의 프로브가 열거된다. 유전자들의 기준 서열 또는 Genbank 접속 번호, 기호 및 명칭이 또한 표시된다.>

실시예 2

재료 및 방법

IFN-알파 응답성 유전자 (IRG)의 발현을 Gene Logic Inc. (Gaithersburg, MD)에 의해 수득된 SLE 환자 및 건강한 제공자로부터의 백혈구 (WBC)로부터의 데이터에서 분석하였다.

데이터가 하기와 같이 생성되었다: 72개의 혈액 샘플을 활성 SLE 환자로부터 수집하고, 46개의 혈액 샘플을 건강한 제공자로부터 수집하였다. RNA를 WBC 샘플로부터 Qiagen (Valencia, CA)의 RNA 단리 키트를 사용하여 제조하고, Affymetrix, Inc. (Santa Clara, CA)의 HGU133 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이 칩에 혼성화시켰다. 미가공 데이터를 Affymetrix MAS5.0 특징 추출에 의해 프로세싱하여, 신호 데이터를 산출하였다.

마이크로어레이 데이터를 평균 신호가 상위 70 백분위수이고 또한 변동 계수가 상위 70 백분위수인 프로브 상에서 엑스클러스터 소프트웨어 프로그램 (log2 신호에 대한 피어슨)을 사용하여 2차원 (샘플 및 프로브)으로 계층적으로 클러스터링하였다. 클러스터 데이터를 자바 트리뷰 소프트웨어로 조사하였다. 수치 해석을 R (http://www [insert period] r-project [insert period]org/), JMP (SAS Institute, Cary, NC)로 수행하였다.

결과 및 분석

모든 샘플의 마이크로어레이 클러스터링은 샘플 및 유전자 모두의 유의한 집단화를 나타냈다. 샘플 클러스터링은 활성 질환이 있는 SLE 환자의 대형 분획의 집단화를 나타냈다. 유전자 클러스터링은 명백한 생물학적 패턴이 있는, 밀접하게 집단화된 여러 상이한 유전자 서브클러스터들을 나타냈다. 예를 들어, 한 서브클러스터 B 세포에 특이적인 것으로 공지된 유전자에 대해, 또다른 서브클러스터는 중성구에 대해, 또다른 서브클러스터는 항체에 대해, 또다른 서브클러스터는 IRG에 대해 고도로 강화되었다. IRG 서브클러스터는 샘플과 관련하여 흥미로운 패턴을 나타냈다: 정상 샘플은 모두 IRG의 낮은 발현을 나타낸 반면, SLE 샘플은 정상과 유사한 것에서 극도로 높은 것까지로 변화되는 광범위한 발현을 나타냈다.

밀접한 서브클러스터 내의 프로브들의 발현 프로파일은 매우 유사하지만 동일하지 않고, 매우 유사한 프로파일들 간의 변동은 상당한 부분에서 생물학적 또는 기술적 공급원으로부터의 노이즈로 인한 것일 수 있다. 예를 들어, 일부 유전자는 1개를 초과하는 프로브에 의해 마이크로어레이 상에서 제시되고, 동일한 유전자의 발현을 나타내는 IRG 서브클러스터 내의 프로브들의 여러 쌍들이 있다. 이러한 경우에, 프로브들이 서로 가깝게, 때때로 바로 인접하여 클러스터링되었다. 따라서, 다수의 프로브에서 명확한 패턴이 존재하여 반영되었고, 데이터 내의 노이즈의 간섭을 완화하기 위해 여러 프로브로부터의 데이터를 사용하는 것이 가장 명확하게 패턴을 식별할 수 있는 것으로 보였다. 그럼에도 불구하고, 확인된 유전자들이 질환의 존재와 상관관계가 있는 유전학적 식별자로서 개별적으로 사용될 수 있다.

유전자의 발현이 제1형 인터페론에 대한 응답을 가리키는 유전자 (IRG)의 비교적 완전한 세트가 확인되었다. 공지된 IRG에서 고도로 강화된 80개의 마이크로어레이 프로브를 함유하는 클러스터링된 데이터의 밀접하게 클러스터링된 영역으로 확인된 IRG 영역이 80개의 프로브의 이러한 슬라이스 내의 클러스터링된 데이터를 평균함으로써 인터페론 응답 프로파일의 정의로서 사용되었다. 80개의 프로브에 걸쳐 산술 평균을 취함으로써 평균내어, 길이 118의 벡터가 산출되었고, 이는 분석된 118개의 샘플에서의 평균적인 상대적 인터페론 응답을 기술하였다. 그후, 각각의 쌍-방식(pairwise) 비교의 스피어만 상관관계 로우 값을 전산화함으로써 클러스터 데이터에서의 각각의 프로브의 유사성을 이러한 시그너쳐 벡터와 비교하였다. 클러스터링된 순서의 프로브들에 대한 이러한 로우 값의 가시적인 검사는 IRG 클러스터의 중심에서의 명백한 최대값을 나타냈고 (도 4), 상관관계가 덜하고 다른 신호 및 노이즈에 의해 더욱 더 심하게 영향을 받은, 국소적으로 상승된 상관관계의 영역과 인접 영역 간의 명확한 경계를 또한 드러냈다. 이러한 완전한 IRG 영역 내의 프로브들이 표 2에 열거된다. 표 3은 표 2로부터의 신규 유전자의 부분집합에 상응하는 프로브 (일부 경우에는 다중 프로브)를 나타낸다.

이러한 세트 내의 모든 프로브 및 이의 상응하는 유전자는 제I형 인터페론에 대한 혈액 세포의 응답 수준에 대한 유용한 마커이다. 이들은 개별적으로 또는 상기 기술된 바와 같이 임의의 개수 및 조합으로 조합되었을 때 응답의 정보를 제공하여, 인터페론 시그너쳐 메트릭 (ISM)을 생성한다. 이러한 목적을 위한 이들의 발현 수준의 측정은 임의의 다양한 표준 기술, 예를 들어, 발현 마이크로어레이 (예를 들어 시판되는 어레이 예컨대 Affymetrix HGU133), 또는 실시간 PCR (예를 들어 Taqman)을 사용하여 효과적으로 달성될 수 있다.

<표 2 - 제I형 인터페론 응답성 유전자의 세트를 구성하는 201개의 마이크로어레이 프로브, 인터페론 시그너쳐에 대한 이들의 스피어맨 (로우) 상관관계, 기준 서열 또는 Genbank 접속 번호, 기호, 및 명칭>

<표 3 - 표 2로부터의 신규 프로브세트/유전자의 선별된 부분집합. 적합한 경우, 다중 프로브세트 (각각의 로우 값이 있음)가 각각의 상응하는 유전자와 함께 열거된다.>

실시예 3

본원에서 확인된 유전자들 중 하나 이상을 포함하는 유전자 조합이 인터페론 응답 유전자 시그너쳐과 상관관계가 있는 정도를 추가로 평가하기 위해, 24개의 선별된 유전자 (표 4A)의 모든 가능한 3-유전자 조합의 피어슨 상관관계를 평가하였다. 결과가 표 4B에 제시된다.

재료 및 방법

Qiagen/PreAnalytix (Valencia, CA)로부터의 PAXgene 튜브를 사용하여 전혈을 35명의 SLE 샘플 및 10명의 건강한 제공자로부터 수집하였다. RNA를 Qiagen/PreAnalytix (Valencia, CA)로부터의 혈액 RNA 단리 키트를 사용하여 제조하였고, 24개의 인터페론-알파 (IFN α) 응답성 유전자의 발현을 통상적인 방법을 사용하여, 예를 들어, ABI (Foster City, CA)로부터의 TaqMan 시약과 함께 프라이머/프로브를 사용함으로써 분석하였다. 발현을 RPL19에 대해 표준화함으로써 상대 존재비를 결정하였다. 최근의 바이러스 감염때문일 것인 IFN 응답성 유전자의 비정상적으로 높은 발현으로 인해 한 "건강한" 제공자의 샘플을 분석에서 제거하였다. 인터페론 시그너쳐 메트릭 (ISM) 점수가 하기의 방식으로 정의되었다:

1. 각각의 유전자에 대한 평균 발현을 표준 샘플에서 계산하였다 ("평균 표준 발현").

2. 평균 표준 발현 (단계 #1)에 대한 발현비를 표로 만들었다.

3. ISM 점수가 유전자의 세트를 사용하여 각각의 샘플에 대해 정의된다. ISM 점수는 소정의 샘플 중 유전자의 세트에 대한 발현비 (단계 #2)의 평균이었다.

24개의 IFNα 응답성 유전자로부터, 2024개의 독특한 3-유전자 부분집합이 생성될 수 있었다. 가능한 2024개의 3-유전자 조합물 각각에 대해, 3-유전자 ISM 점수와 24-유전자 ISM 점수 간의 피어슨 상관관계를 계산하였다. 모든 수치 분석은 R (http://www [insert period] r-project [insert period] org/)을 사용하여 수행하였다.

결과 및 분석

대부분의 건강한 제공자의 샘플은 ISM 점수가 거의 1인 반면, SLE 환자의 유의한 분획은 ISM 점수가 상당히 더 높았다. 또한, 모든 3-유전자 조합물의 ISM 점수는 24-유전자 ISM 점수에 대한 고품질의 대용물로 작용하였다. 24-유전자 ISM 점수와의 3-유전자 ISM 점수 상관관계에 대한 막대 그래프가 도 5에서 제시된다. 최저 피어슨 상관관계는 0.73이었고, 상관관계의 70％는 0.95를 초과하였다.

표 4B로부터 명백한 바와 같이, 모든 조합물이 유의한 상관 값을 나타냈고, 최저값은 약 0.73이었다. 이는 질환의 마커로서의 상기 개시된 유전자들의 유용성 및 유연성을 증명하였다. 24개의 선별된 유전자는 전부는 아니지만 대부분 표 1, 2 및/또는 3으로부터의 것이다. 관찰된 높은 상관관계 (심지어 표 1, 2 및/또는 3에 열거되지 않은 유전자(들)을 포함하는 조합에 대해서도)는 질환 마커로서의 상기 개시된 유전자들의 유용성 및 광범위한 응용성을 추가로 확증하였다.

<표 4A - 선별된 24개의 유전자의 목록 및 상응하는 기준 서열 번호>

<표 4B - 선별된 24개 유전자 군의 모든 가능한 3-유전자 조합물, 및 각각의 피어슨 상관값>

Claims (25)

1. 상피 간질 상호작용 1(epithelial stromal interaction 1(EPSTI1)), 헤크 도메인 및 RLD5(hect domain and RLD5(HERC5)), 및 티미딜레이트 키나제 패밀리 LPS-유도성 구성원(thymidylate kinase LPS-inducible member(TYKI)) 유전자들에 대한 25 내지 70개 뉴클레오티드 길이의 프라이머들 또는 프로브들을 포함하는 폴리뉴클레오티드들을 포함하는 조성물을 이용하여, 대상이 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 EPSTI1, HERC5, 및 TYKI 유전자를 발현하는 대상에서 분리된 세포를 포함하는지 여부를 결정하는데 필요한 정보를 제공하기 위한 방법으로서, 이때 상기 세포의 존재는 대상에게 자가면역 장애가 있다는 것을 가리키는 것인 방법.
2. 상피 간질 상호작용 1(epithelial stromal interaction 1(EPSTI1)), 헤크 도메인 및 RLD5(hect domain and RLD5(HERC5)), 및 티미딜레이트 키나제 패밀리 LPS-유도성 구성원(thymidylate kinase LPS-inducible member(TYKI)) 유전자들에 대한 25 내지 70개 뉴클레오티드 길이의 프라이머들 또는 프로브들을 포함하는 폴리뉴클레오티드들을 포함하는 조성물을 이용하여, 대상이 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 EPSTI1, HERC5, 및 TYKI 유전자를 발현하는 대상에서 분리된 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 존재는 대상이 자가면역 질환 치료법에 응답성일 것임을 가리키는 것인, 자가면역 질환 치료법에 대한 대상의 응답성을 예측하기 위해 필요한 정보를 제공하기 위한 방법.
3. 상피 간질 상호작용 1(epithelial stromal interaction 1(EPSTI1)), 헤크 도메인 및 RLD5(hect domain and RLD5(HERC5)), 및 티미딜레이트 키나제 패밀리 LPS-유도성 구성원(thymidylate kinase LPS-inducible member(TYKI)) 유전자들에 대한 25 내지 70개 뉴클레오티드 길이의 프라이머들 또는 프로브들을 포함하는 폴리뉴클레오티드들을 포함하는 조성물을 이용하여, 대상이 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 EPSTI1, HERC5, 및 TYKI 유전자를 발현하는 대상에서 분리된 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 대상에서 자가면역 질환 상태의 존재를 가리키는 것인, 대상에서 자가면역 질환 상태를 검출하기 위해 필요한 정보를 제공하기 위한 방법.
4. 상피 간질 상호작용 1(epithelial stromal interaction 1(EPSTI1)), 헤크 도메인 및 RLD5(hect domain and RLD5(HERC5)), 및 티미딜레이트 키나제 패밀리 LPS-유도성 구성원(thymidylate kinase LPS-inducible member(TYKI)) 유전자들에 대한 25 내지 70개 뉴클레오티드 길이의 프라이머들 또는 프로브들을 포함하는 폴리뉴클레오티드들을 포함하는 조성물을 이용하여, 대상이 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 EPSTI1, HERC5, 및 TYKI 유전자를 발현하는 대상에서 분리된 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 대상에서 자가면역 장애가 발달될 소질을 가리키는 것인, 대상에서 자가면역 장애가 발달될 소질을 평가하기 위해 필요한 정보를 제공하기 위한 방법.
5. 상피 간질 상호작용 1(epithelial stromal interaction 1(EPSTI1)), 헤크 도메인 및 RLD5(hect domain and RLD5(HERC5)), 및 티미딜레이트 키나제 패밀리 LPS-유도성 구성원(thymidylate kinase LPS-inducible member(TYKI)) 유전자들에 대한 25 내지 70개 뉴클레오티드 길이의 프라이머들 또는 프로브들을 포함하는 폴리뉴클레오티드들을 포함하는 조성물을 이용하여, 대상이 정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 EPSTI1, HERC5, 및 TYKI 유전자를 발현하는 대상에서 분리된 세포를 포함하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 이때 상기 세포의 검출은 대상에게 자가면역 장애가 있다는 것을 가리키는 것인, 대상에서 자가면역 장애를 진단하기 위해 필요한 정보를 제공하기 위한 방법.
6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 하우스키핑(housekeeping) 유전자의 사용을 추가로 포함하는 방법.
7. 제6항에 있어서, 하우스키핑 유전자가 리보솜 단백질 L19(RPL19)인 방법.
8. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 자가면역 장애 또는 자가면역 질환이 전신성 홍반 루푸스 (SLE)인 방법.
9. 상피 간질 상호작용 1(epithelial stromal interaction 1(EPSTI1)), 헤크 도메인 및 RLD5(hect domain and RLD5(HERC5)), 및 티미딜레이트 키나제 패밀리 LPS-유도성 구성원(thymidylate kinase LPS-inducible member(TYKI)) 유전자들에 대한 25 내지 70개 뉴클레오티드 길이의 프라이머들 또는 프로브들을 포함하는 폴리뉴클레오티드들을 포함하는 조성물로서, 상기 조성물은 다른 인터페론-알파 반응성 유전자들(IRGs)에 대한 25 내지 70개 뉴클레오티드 길이의 프라이머들 또는 프로브들을 포함하는 폴리뉴클레오티드들을 포함하지 않는 조성물.
10. 제9항에 있어서, 하우스키핑 유전자 또는 이의 상보물에 특이적으로 혼성화될 수 있는 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하는 조성물.
11. 제10항에 있어서, 하우스키핑 유전자가 리보솜 단백질 L19(RPL19)인 조성물.
12. 제9항 내지 제11항 중 어느 한 항의 조성물, 및

    정상적인 기준 샘플에서의 각각의 유전자의 발현 수준보다 더 높은 수준으로 유전자를 발현하는지 여부를 결정함으로써 자가면역 장애를 검출하도록 상기 조성물을 사용하는 것에 관한 지침서를 포함하는 키트.
13. 제12항에 있어서, 자가면역 장애가 전신성 홍반 루푸스 (SLE)인 키트.
14. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항의 방법에 의해 검출된 세포를 포함하는 대상에서 자가면역 장애 또는 질환을 치료하기 위해 인터페론 억제제를 포함하는 약제.
15. 제14항에 있어서, 인터페론 억제제가 항-인터페론-알파 항체인 약제.
16. 제14항에 있어서, 자가면역 장애 또는 자가면역 질환이 전신성 홍반 루푸스 (SLE)인 약제.
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