CN106086019A - uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法 - Google Patents

uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法 Download PDF

Info

Publication number
CN106086019A
CN106086019A CN201610306213.6A CN201610306213A CN106086019A CN 106086019 A CN106086019 A CN 106086019A CN 201610306213 A CN201610306213 A CN 201610306213A CN 106086019 A CN106086019 A CN 106086019A
Authority
CN
China
Prior art keywords
uc002ddj
long
coding rna
chain non
myocardial infarction
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201610306213.6A
Other languages
English (en)
Inventor
杨毅宁
翟慧
马依彤
李晓梅
刘芬
陈邦党
谢翔
罗俊
罗俊一
赵强
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
First Affiliated Hospital of Xinjiang Medical University
Original Assignee
First Affiliated Hospital of Xinjiang Medical University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by First Affiliated Hospital of Xinjiang Medical University filed Critical First Affiliated Hospital of Xinjiang Medical University
Priority to CN201610306213.6A priority Critical patent/CN106086019A/zh
Publication of CN106086019A publication Critical patent/CN106086019A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10Type of nucleic acid
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及生物工程心肌梗死相关基因技术领域,是一种lncRNA uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法,该长链非编码RNA uc002ddj.1,核酸序列如SEQ ID No:1所示。本发明所述的长链非编码RNA uc002ddj.1能够为急性心肌梗死的早期诊断和及预后监测提供新的血液生物标志物和治疗靶点,进一步丰富了急性心肌梗死发病机制的研究。

Description

uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测 方法
技术领域
本发明涉及生物工程心肌梗死相关基因技术领域,是一种uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法即lncRNA uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法。
背景技术
急性心肌梗死(Acute myocardial infarction,AMI)是一种严重威胁人类健康的心血管疾病,其发病率及死亡率近年来一直处于显著的上升趋势,严重威胁人们的生命及生活质量。我国每年新发至少50万,现患至少200万。急性心肌梗死(AMI)是由于持续的严重缺血导致的心肌组织急性坏死,早期诊断可以提高心肌梗死患者的生存率并能够改善长期预后。目前肌钙蛋白I(cTnI)是在临床广泛使用的诊断急性心肌梗死的生物学标志物,但血浆cTnI浓度可能在某些心脏和非心脏疾病,如严重的心力衰竭、心房颤动、慢性肾脏病、严重败血症和感染性休克等情况下出现假性升高现象。因此,寻找能够早期诊断AMI并有较高敏感性及特异性的新的生物标志物显得尤为必要。
长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,一般不编码蛋白,由RNA聚合酶II转录并经可变剪切形成,转录水平低于蛋白质编码基因,曾一度被认为是基因组转录的“噪音”。已证实,lncRNA在表观遗传学、转录调控和转录后调控等多种层面调控基因表达,在多种生物学进程中发挥重要作用,包括脂肪代谢、动脉粥样硬化形成、胚胎发育及肿瘤的发生等,其表达或功能异常与人类心血管疾病的发生和发展密切相关。
发明内容
本发明提供了一种lncRNA uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法,本发明所述的长链非编码RNA uc002ddj.1能够为急性心肌梗死的早期诊断和及预后监测提供新的血液生物标志物和治疗靶点,进一步丰富了急性心肌梗死发病机制的研究。
本发明的技术方案之一是通过以下措施来实现的:一种长链非编码RNAuc002ddj.1,该基因的核酸序列如SEQ ID No:1所示。
下面是对上述发明技术方案之一的进一步优化或/和改进:
上述该急性心肌梗死相关基因为长链非编码RNA uc002ddj.1的全长。
本发明的技术方案之二是通过以下措施来实现的:一种体外检测长链非编码RNAuc002ddj.1的试剂,包括用于扩增长链非编码RNA uc002ddj.1的特异性引物对,特异性引物对包括上游引物和下游引物,上游引物的序列如SEQ ID No:2所示,下游引物的序 列如SEQ ID No:3所示。
本发明的技术方案之三是通过以下措施来实现的:一种体外检测长链非编码RNAuc002ddj.1的试剂盒,包括用于扩增长链非编码RNA uc002ddj.1的特异性引物对、标准DNA模板和PCR反应液,特异性引物对包括上游引物和下游引物,上游引物的序列如SEQ ID No:2所示,下游引物的序列如SEQ ID No:3所示。
下面是对上述发明技术方案之三的进一步优化或/和改进:
上述PCR反应液为荧光定量PCR反应液。
上述荧光定量PCR反应液包括脱氧核糖核苷三磷酸、镁离子、Taq酶和荧光染料。
本发明的技术方案之四是通过以下措施来实现的:一种体外检测长链非编码RNAuc002ddj.1的试剂作为制备体外检测急性心肌梗死相关基因的制剂或试剂盒中的应用。
本发明的技术方案之五是通过以下措施来实现的:一种检测长链非编码RNAuc002ddj.1的方法,其特征在于按下述步骤进行:第一步,提取血液总RNA;第二步,将第一步得到的总RNA反转录成cRNA;第三步,以cRNA为模板进行扩增。
本发明的技术方案之六是通过以下措施来实现的:一种长链非编码RNAuc002ddj.1在制备用于检测急性心肌梗死的试剂盒或用作检测急性心肌梗死药物的新靶点的应用。
本发明所述的长链非编码RNA uc002ddj.1能够为急性心肌梗死的早期诊断和及预后监测提供新的血液生物标志物和治疗靶点,进一步丰富了急性心肌梗死发病机制的研究,同时,本发明所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂以及本发明所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂盒能够用于本发明所述的长链非编码RNAuc002ddj.1的表达水平的检测,通过本发明所述的长链非编码RNA uc002ddj.1的表达水平的检测结果获知急性心肌梗死的筛查结果,为急性心肌梗死的诊断和治疗提供了新方向。
附图说明
附图1为本发明中长链非编码RNA表达谱芯片检测长链非编码RNA uc002ddj.1在健康对照组与急性心肌梗死组中的检测信号值。
附图2为本发明中针对长链非编码RNA uc002ddj.1的序列设计的一对特异性引物PCR扩增后行琼脂糖凝胶电泳测试引物的效果。
图3为本发明中qRT-PCR检测长链非编码RNA uc002ddj.1在健康对照组与急性心肌梗死组中的相对表达量。
具体实施方式
本发明不受下述实施例的限制,可根据本发明的技术方案与实际情况来确定具体的实施方式。
下面结合实施例对本发明作进一步描述:
实施例1:一种长链非编码RNA uc002ddj.1,该基因的核酸序列如SEQ ID No:1所示。本实施例所述的长链非编码RNA uc002ddj.1(lncRNA uc002ddj.1)的转录区域位于16号染色体,起始位置为15,226,577-15,229,270,全长2694bp。本实施例所述的长链非编码RNA uc002ddj.1能够为急性心肌梗死的早期诊断和及预后监测提供新的血液生物标志物和治疗靶点,进一步丰富了急性心肌梗死发病机制的研究。
实施例2:作为上述实施例的优化,该急性心肌梗死相关基因为长链非编码RNAuc002ddj.1的全长。
实施例3:一种体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂,包括用于扩增长链非编码RNA uc002ddj.1的特异性引物对,特异性引物对包括上游引物和下游引物,上游引物的序列如SEQ ID No:2所示,下游引物的序列如SEQ ID No:3所示。结合本实施例的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂以及现有公知技术中的DNA模板以及PCR反应液可以获得本发明所述的lncRNA uc002ddj.1的表达水平,通过本发明所述的lncRNA uc002ddj.1的表达水平可以进行急性心肌梗死的筛查。本实施例所述的特异性引物对适用于SYBRGreen、Taqman探针、分子信标、双杂交探针、复合探针的检测。
实施例4:一种体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂盒,包括用于扩增长链非编码RNA uc002ddj.1的特异性引物对、标准DNA模板和PCR反应液,特异性引物对包括上游引物和下游引物,上游引物的序列如SEQ ID No:2所示,下游引物的序列如SEQ ID No:3所示。本实施例所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂盒可以获得本发明所述的lncRNA uc002ddj.1的表达水平,通过本发明所述的lncRNA uc002ddj.1的表达水平可以进行急性心肌梗死的筛查。
实施例5:作为实施例4的优化,PCR反应液为荧光定量PCR反应液。荧光定量PCR反应液为现有公知技术。
实施例6:作为实施例4和实施例5的优化,荧光定量PCR反应液包括dNTP(脱氧核糖核苷三磷酸)、镁离子、Taq酶和荧光染料。本实施例所述的体外检测长链非编码RNAuc002ddj.1的试剂盒适合于目前市售的所有类型荧光定量基因扩增仪,具有灵敏度高和特异性好的特点,具有良好的应用前景。
实施例7:一种体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂作为制备体外检测急性心肌梗死相关基因的制剂或试剂盒中的应用。
实施例8:一种检测长链非编码RNA uc002ddj.1的方法,其特征在于按下述步骤进行:第一步,提取血液总RNA;第二步,将第一步得到的总RNA反转录成cRNA;第三步,以cRNA为模板进行扩增。
实施例9:一种长链非编码RNA uc002ddj.1在制备用于检测急性心肌梗死的试剂盒或用作检测急性心肌梗死药物的新靶点的应用。
实施例10:急性心肌梗死患者与健康人的血液中的lncRNA芯片的表达分析:
一.材料
血液样本来自于急性心肌梗死患者与健康人的血液样本,分别为急性心肌梗死组与健康对照组,血液样本各3个。
二.方法
1.急性心肌梗死患者与健康人的血液样本的总RNA的提取:按照博奥生物技术有限公司提供的“用于基因芯片分析的血液样品的准备步骤”提取急性心肌梗死患者与健康人的血液样本的总RNA,具体实验材料包括:淋巴细胞分离液(天津TBD生物技术发展中心)、灭菌生理盐水(普通0.9%生理盐水灭菌即可)、Trizol试剂(Invitrogen公司)。
2.lncRNA+mRNA表达谱芯片检测以待检测样品(急性心肌梗死患者与健康人的血液样本)的总RNA为起始,进行体外扩增和荧光标记,标记过程采用生物芯片通用标记试剂盒。主要包括如下步骤:
(1)反转录合成第一链cDNA:以Total RNA(总RNA)起始,含有T7启动子序列的T7Oligo(dT)Primer和T7-随机引物,既可以结合带poly(A)的mRNA,也可以结合除rRNA以外其它不带poly(A)的RNA,使用第一链Enzyme Mix合成第一链cDNA;
(2)合成第二链DNA:用第二链Enzyme Mix将DNA-RNA杂合体中的RNA链转化为第二链cDNA,合成双链DNA;
(3)体外转录合成cRNA:以第二链cDNA为模板,利用T7Enzyme Mix合成cRNA;
(4)cRNA纯化:使用RNA纯化柱纯化cRNA,除去反应中的盐、酶等试剂,并对cRNA进行定量、质控;
(5)反转录:以cRNA为模板,Random Primer为引物,CbcScriptⅡ酶进行反转录,纯化回收反转录得到的cDNA并定量;
(6)标记:以反转录的cDNA产物为模板,Random Primer为引物,用KlenowFragment酶合成cDNA互补链并掺入带有荧光基团的dNTP(Cy3-dCTP、Cy5-dCTP),纯化并定量标记产物,带有荧光基团DNA即可用于芯片杂交;
(7)芯片杂交及清洗:取1μL cDNA溶于杂交液,45℃杂交过夜,取出芯片在博奥Slide Washer8芯片洗干仪进行清洗,清洗程序如下:洗液I:0.2%SDS,2×SSC,42℃120S清洗2遍,洗液II:0.2%SDS,2×SSC,42℃80S清洗3遍,清洗程序完成后,离心甩干,待扫描;
(8)芯片扫描,数据分析,差异基因筛选:使用Agi lent芯片扫描仪(G2565CA)对清洗后的芯片进行扫描,得到杂交图片,使用Agilent Feature Extraction(v10.7)软件对杂交图片进行分析并提取数据,然后使用Agilent GeneSpring软件对数据进行归一化和差异分析,并用GeneSpring GX软件进行差异基因筛选。本发明中长链非编码RNA表 达谱芯片检测长链非编码RNA uc002ddj.1在健康对照组与急性心肌梗死组中的检测信号值如图1所示。
三、结果
通过图1可以看出,有多条表达上调和表达下调的lncRNAs,其中,相对于健康人的血液中的本发明所述的lncRNA uc002ddj.1的表达水平而言,本发明所述的lncRNAuc002ddj.1显示出在急性心肌梗死患者的血液中的表达显著下调,其Fc值为健康人的Fc值的2.511倍,鉴于其可能在急性心肌梗死患者中存在特异性表达,本发明通过实施例11采用与实施例10相同的血液样本进行指标的重复验证。
实施例11:qRT-PCR重复验证本发明所述的lncRNA uc002ddj.1在急性心肌梗死患者和健康人的血液中的差异表达:
一、实验材料
选取与实施例10相同的血液样本,对本发明所述的lncRNA uc002ddj.1的表达差异进行qRT-PCR验证。
二、实验方法和结果
1.引物特异性鉴定
(1)特异性引物的设计:从UCSC数据库提取本发明所述的lncRNA uc002ddj.1相关的转录本序列,并用根据转录本的序列通过NCBI的引物设计工具(Primer BLAST)设计引物,设计后的引物序列如下:
上游引物:如SEQ ID No:2所示,
下游引物:如SEQ ID No:3所示;
(2)将急性心肌梗死患者与健康人的血液按照ABI公司的Trizol试剂(货号15596-026)所需试剂及步骤提取总RNA,再用7300real time PCR system核酸定量仪(AppliedBiosystems AB)定量所提取的的纯度和浓度,采用北京天根生化科技公司FastQuant cDNA第一链合成试剂盒(货号KR106)对提取的总RNA反转录合成cDNA,总RNA反转录合成cDNA按下述步骤进行:
第一步,将模板RNA(总RNA)在冰上解冻;5×gDNA Buffer、FQ-RT Primer Mix、10×Fast RT Buffer和RNase-Free ddH2O在室温(15-25℃)解冻,解冻后迅速置于冰上,使用前将每种溶液涡旋振荡混匀,简短离心以收集残留在管壁的液体;
第二步,打开二级结构,反应体系及条件如表1所示,将表1中的基因组DNA的去除体系配制混合液,彻底混匀,简短离心,并置于42℃的温度下孵育3min,然后置于冰上放置;
第三步,反转录反应,反应体系及条件如表2所示,将反转录反应中的RT EnzymeMix和FQ-RT Primer Mix加到gDNA去除步骤的反应液中,充分混匀,42℃的温度下孵育15min, 95℃的温度下孵育3min之后放于冰上,得到的cDNA;
(3)扩增本发明所述的lncRNA uc002ddj.1:采用ABI公司的Power SYBR GreenPCR Master Mix荧光定量试剂盒(货号4367659),以反转录的cDNA为模板进行荧光定量PCR扩增,荧光定量PCR体系如表3所示,荧光定量PCR程序:第一步95℃10分钟;第2步,95℃15S,60℃1分钟;第三步,95℃15S,60℃1分钟,95℃15S,共40个循环。将扩增后的本发明所述的lncRNA uc002ddj.1进行电泳检测(0120000Marker(北京康为世纪生物科技有限公司,货号CW0632)),本发明中针对长链非编码RNA uc002ddj.1的序列设计的一对特异性引物PCR扩增后行琼脂糖凝胶电泳测试引物的效果如图2所示。
通过图2可以看出,扩增片段大小与预期相同,本发明所述的lncRNA uc002ddj.1的扩增产物只有一个条带,说明本实施例采用的设计引物对与本发明所述的特异性引物对相符,上游引物的核酸序列见序列表SEQ ID No:2,下游引物的核酸序列见序列表SEQ IDNo:3。
2.标准DNA模板的制备
根据本发明所述的lncRNA uc002ddj.1碱基序列(其核酸序列如序列表SEQ IDNo:1所示),委托上海生工合成。
取样2ul合成产物,连接到Puc-T TA克隆载体(北京康为世纪生物科技有限公司,货号CW0801),随后转化到DH5a感受态细胞中,通过序列为SEQ ID No:2和SEQ ID No:3的特异性引物筛选阳性克隆,提取质粒DNA,质粒DNA用7300real time PCR system核酸定量仪定量,并做10倍系列稀释作为标准曲线(标准DNA模板浓度范围在102拷贝/ul至106拷贝/ul)。
3.敏感性实验
将标准DNA模板质粒按比例稀释为102拷贝/ul、103拷贝/ul、104拷贝/ul、105拷贝/ul、106拷贝/ul,进行荧光定量PCR检测灵敏度,最低检出浓度为102拷贝/ul。
4.合成cRNA模板
取上述急性心肌梗死和健康人的总RNA各3个,采用北京天根生化科技公司FastQuant cDNA第一链合成试剂盒(货号KR 106)对提取的总RNA反转录合成cDNA,总RNA反转录合成cDNA按下述步骤进行:第一步,将模板RNA在冰上解冻;5×gDNA Buffer、FQ-RTPrimer Mix、10×Fast RT Buffer、RNase-Free ddH2O在室温(15℃至25℃)解冻,解冻后迅速置于冰上,使用前将每种溶液涡旋振荡混匀,简短离心以收集残留在管壁的液体;第二步,打开二级结构,反应体系及条件如表4所示,将表4中的基因组DNA的去除体系配制混合液,彻底混匀,简短离心,并置于42℃下孵育3min,然后置于冰上放置;
第三步,反转录反应,反应体系及条件如表5所示,将反转录反应中的RT EnzymeMix和FQ-RT Primer Mix,加到gDNA去除步骤的反应液中,充分混匀。42℃,孵育15min。 95℃,孵育3min之后放于冰上,得到的cDNA;
5.荧光定量PCR检测本发明所述的lncRNA uc002ddj.1
采用ABI公司的Power SYBR Green PCR Master Mix荧光定量试剂盒(货号4367659),以反转录的cDNA为模板进行荧光定量PCR扩增;荧光定量PCR体系如表6所示,荧光定量PCR程序:第一步,95℃10分钟;第二步,95℃15S,60℃1分钟;第三步,95℃15S,60℃1分钟,95℃15S,共40个循环。qRT-PCR检测长链非编码RNA uc002ddj.1在健康对照组与急性心肌梗死组中的相对表达量如图3所示。
根据qRT-PCR的相对定量公式:2-△Δct(表达水平比率),分别计算出本发明所述的lncRNA uc002ddj.1在急性心肌梗死患者(AMI)和健康人(Contral)中的表达水平,计算结果显示,急性心肌梗死患者(AMI)与健康人(Contral)的本发明所述的lncRNA uc002ddj.1表达水平进行比较,2-△Δct值分别为0.2633、0.2121、0.2863,其平均值为0.2539。计算结果说明,本发明所述的lncRNA uc002ddj.1在急性心肌梗死患者的血液中普遍低表达,这与实施例10所述的lncRNA芯片表达分析结果中的本发明所述的lncRNA uc002ddj.1下调2.511倍的结果相一致。通过图3可以看出,P<0.5,说明结果具有统计学意义。由此说明本发明所述的lncRNA uc002ddj.1可以作为急性心肌梗死诊断的新的血液生物标志物,便于急性心肌梗死的筛查。
综上所述,本发明所述的长链非编码RNA uc002ddj.1能够为急性心肌梗死的早期诊断和及预后监测提供新的血液生物标志物和治疗靶点,进一步丰富了急性心肌梗死发病机制的研究,同时,本发明所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂以及本发明所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂盒能够用于本发明所述的长链非编码RNA uc002ddj.1的表达水平的检测,通过本发明所述的长链非编码RNA uc002ddj.1的表达水平的检测结果获知急性心肌梗死的筛查结果,为急性心肌梗死的诊断和治疗提供了新方向。
以上技术特征构成了本发明的实施例,其具有较强的适应性和实施效果,可根据实际需要增减非必要的技术特征,来满足不同情况的需求。
表1
试剂 用量
5×gDNA Buffer 2ul
总RNA 1-2ug
DEPC水 补足至10uL
表2
试剂 用量
10×Fast RT Buffer 2ul
RT Enzyme Mix 1ul
FQ-RT Primer Mix 2ul
RNase-Free ddH2O 补足到10μl
表3
试剂 用量
Power SYBR Green PCR Master(2×) 5ul
cDNA样品 0.5ul
Forward Primer(10μM) 0.25ul
Reverse Primer(10μM) 0.25ul
Nuclease-Free Water 4ul
总容量 10ul
表4
试剂 用量
5×gDNA Buffer 2ul
总RNA 1-2ug
DEPC水 补足至10uL
表5
试剂 用量
10×Fast RT Buffer 2ul
RT Enzyme Mix 1ul
FQ-RT Primer Mix 2ul
RNase-Free ddH2O 补足到10μl
表6
序列表
<110>新疆医科大学第一附属医院
<120>lncRNA uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法
<130>
<160>
<170>
<210> 1
<211>2694
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
1 atagcaagat taattaagat accagttgaa atcaaatatt taataatagc atgatgccgt
61 cagtgcaaaa ttagagtaat agtgtccttt ttttccccca ccttggccca tttcacaggt
121 aataatgaga gagtaataat gtctttactg aggtttcacc tcttcaaatg ctttatttac
181 aaagcatctt ttaactttag caagtgccag aattaaaaac aattacagca ttttatttat
241 ttatttattt gtgctggagt cttcctctgt cacccgggct ggagtgcaat ggcgtgacct
301 cggcttactg catcctccac ctcccaggtt caagcaattc tcctgcctca gtcttctgaa
361 tagctggggt tacaggcacg caccaccaca cctggctaat ttttttattt ttttagtaga
421 ggcagggttt caccatgttg gccaggctgg tctcgaactc ctgaccttgt gatccaccca
481 ccttggcctc ccaaagtgct gggattacag acgtgagcca ccgtgcctgg cctacagcat
541 tttatttttt gaggaactta cctaagtatt actttgggac agtaaaccag ttctctgaat
601 agggattttt gtttttgtgg tagtttagaa gcatttctac tgtatctcag cagtagaggg
661 aaaatgttaa gtaaccatat gtttatatgt aatatccatt tgtatccata tttgagtgaa
721 tactttttta gatcctcctg aattagatca ttatagctgg ctgttttttt ccctcatgct
781 ttttgagaat tcgcaggagt atcaactatt atattcaaat gtcaatacag aagtatagct
841 aaatgtagtt tatcattttc ctttttccaa gccctctggc tgcactaaca tgagtgttta
901 aatttttgta gtcatgattt tataatccac aattgacatg tgaaagttag tgttcctttt
961 ataatttcat ctgatgttaa agtacggtta aaagtcttgc tgttgatact aaacaggaaa
1021 caaaagcata acttaattct ttccccttct tgttaagggt gaaacaaatg actttgagtt
1081 gttgaagaac cagctgttag atccagacat aaaggtaatt aattttgtgt ttgatcatta
1141 gcaaaattat tgccactgta tacagacata gtttgctctt tgggtcccat tctgtcctcc
1201 agaacttgct ctctccatgg tcctccctta ttttaatctg gtggttctca accagggaca
1261 gttttacccc ctagaagaca tttggtgatg gctgcagata tttttgtcac aattgggagg
1321 aaagggtgct actgacatct agtgggtgaa tgacagagat gctgctaaac atctcacagt
1381 gcacagggca gcctcccata accaagagtg atccagcccc aaatgacaac agtgttgagg
1441 ctgggaaacc ctgctctaat gcttcctttc tattagatta ctacctcttt cctccatgct
1501 gcatgcaact ctcttgtctc tttaaagcta aaacaaacca aaaaaaaaaa aaaaaaacac
1561 cactgattca gcatttccag gttcgagata cacctatcat gtagtaaaag ctgaatgcat
1621 tttgtttcac cattcttcct ttactgccca gttttgaaga gaatggttta ttactatggc
1681 agtggtattt agattgcctg gaatgaaatt ctaattttat tatccagtgt gtgatcttga
1741 gcaaattgtt ttaacctctc tgcctctatt ttccactgtg tgaaaccaag aaaacaatag
1801 agatttaaaa aatatggagt gttttgtttt taagagatgt ggtcttgctg tgttgctctg
1861 gctattcaca ggtgtgatca tagtgcacta cagccttgaa ctcctggcct caaatgatcc
1921 tttctcttca gccttctaaa aagctgggac tataagtgca tgccatgttt aaagtgcatg
1981 gctttaaaca tggaaatact taacaaggat tcaatgagct aatatgcaag aagcacttag
2041 aacagtctct gactcaaagt aagggcaata attgtcatct gttgtttttg ttccagctga
2101 ctgcgctgta tcatttctca ctcacattta agtccactgt tcttatcact gtagtaatta
2161 ccctgacagg ttacccatgt tttttttttt acatgctgat ttcagtggac ttttttttaa
2221 gacaaagtct ccttcttgtc acgcaggctg gagtgcagtg gtgtgatctg ggctcactgc
2281 aacctttgcc tcctgggttc aagcaattct cctgcctcag cctcccaaat agctgagatt
2341 acaggcaccc gccaccatgc ctggttaatt ttttcatttt tagtagaaac ggggtttcac
2401 catgttggcc aggctgctct tgaactcctg acctcaggtg acctgcccgc cttggcctcc
2461 caaagtgctg ggattacaag tgtgagccac tgagcccagc ctcagtggac ttactttttt
2521 aagccttgta ttccttgtat cagccgacac tgttggccac ccacttctta aaacttcagc
2581 gtttctgatc ctcctgtctc ctgatccttt aatctgtttt tttttttttt tttttttttg
2641 ctctgtcgcc caggctggag tgcaatggcg caatcttggc tcactgcaag ctcc
<210> 2
<211>18
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 2
ctgccctgct gacagctt
<210> 3
<211>20
<212> DNA
<213>人工序列
<400> 3
tctccgtgat gttcttgcgt

Claims (9)

1.一种长链非编码RNA uc002ddj.1,其特征在于该基因的核酸序列如SEQ ID No:1所示。
2.根据权利要求1所述的长链非编码RNA uc002ddj.1,其特征在于该急性心肌梗死相关基因为长链非编码RNA uc002ddj.1的全长。
3.一种体外检测根据权利要求1或2所述的长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂,其特征在于包括用于扩增长链非编码RNA uc002ddj.1的特异性引物对,特异性引物对包括上游引物和下游引物,上游引物的序列如SEQ ID No:2所示,下游引物的序列如SEQ ID No:3所示。
4.一种有根据权利要求3所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂的试剂盒,其特征在于包括用于扩增长链非编码RNA uc002ddj.1的特异性引物对、标准DNA模板和PCR反应液,特异性引物对包括上游引物和下游引物,上游引物的序列如SEQ ID No:2所示,下游引物的序列如SEQ ID No:3所示。
5.根据权利要求4所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂盒,其特征在于PCR反应液为荧光定量PCR反应液。
6.根据权利要求5所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂盒,其特征在于荧光定量PCR反应液包括脱氧核糖核苷三磷酸、镁离子、Taq酶和荧光染料。
7.一种根据权利要求3所述的体外检测长链非编码RNA uc002ddj.1的试剂作为制备体外检测急性心肌梗死相关基因的制剂或试剂盒中的应用。
8.一种检测根据权利要求1或2所述的长链非编码RNA uc002ddj.1的方法,其特征在于按下述步骤进行:第一步,提取血液总RNA;第二步,将第一步得到的总RNA反转录成cRNA;第三步,以cRNA为模板进行扩增。
9.一种根据权利要求1或2所述的长链非编码RNA uc002ddj.1在制备用于检测急性心肌梗死的试剂盒或用作检测急性心肌梗死药物的新靶点的应用。
CN201610306213.6A 2016-05-10 2016-05-10 uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法 Pending CN106086019A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610306213.6A CN106086019A (zh) 2016-05-10 2016-05-10 uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610306213.6A CN106086019A (zh) 2016-05-10 2016-05-10 uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN106086019A true CN106086019A (zh) 2016-11-09

Family

ID=57230816

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201610306213.6A Pending CN106086019A (zh) 2016-05-10 2016-05-10 uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN106086019A (zh)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104404146A (zh) * 2014-11-25 2015-03-11 温州医科大学附属第一医院 一种心肌缺血再灌注相关的lncRNA的筛选方法及应用
CN104548137A (zh) * 2015-01-27 2015-04-29 青岛大学 一种含lncRNA抑制剂的药物组合物及其用途
CN104548135A (zh) * 2015-01-27 2015-04-29 青岛大学 一种含LncRNA的药物组合物及其用途

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104404146A (zh) * 2014-11-25 2015-03-11 温州医科大学附属第一医院 一种心肌缺血再灌注相关的lncRNA的筛选方法及应用
CN104548137A (zh) * 2015-01-27 2015-04-29 青岛大学 一种含lncRNA抑制剂的药物组合物及其用途
CN104548135A (zh) * 2015-01-27 2015-04-29 青岛大学 一种含LncRNA的药物组合物及其用途

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
信满坤 等: "长链非编码RNA 在心肌生理和病理生理功能调控中的作用", 《生理科学进展》 *
张滨: "长链非编码 RNA(UCA1)在急性心肌梗死患者血浆中变化水平的研究", 《中国优秀硕士论文全文数据库》 *
施冰 等: "长链非编码RNA在心血管疾病的研究进展", 《中华老年心脑血管病杂志》 *
李昱霖: "外周血细胞长链非编码RNAs(lncRNAs)对脓毒症预警诊断价值的初步研究", 《中国优秀硕士论文全文数据库》 *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR102633955B1 (ko) 대장암의 검출 키트 또는 디바이스 및 검출 방법
KR102581671B1 (ko) 식도암의 검출 키트 또는 디바이스 및 검출 방법
KR102646601B1 (ko) 간암의 검출 키트 또는 디바이스 및 검출 방법
EP3156483B1 (en) Prostate cancer detection kit or device, and detection method
KR102585737B1 (ko) 위암의 검출 키트 또는 디바이스 및 검출 방법
CN109295218B (zh) 环状RNA标志物hsa_circ_0001788及其应用
JP5750710B2 (ja) 癌マーカー、それを用いた癌の評価方法および評価試薬
CN101875972B (zh) Kras基因突变的快速检测
CN112442535A (zh) 原发性肺腺癌分子分型及生存风险基因群及诊断产品和应用
CN107858434B (zh) lncRNA在肝癌诊断以及预后预测中的应用
CN105176983A (zh) 一种用于检测食管鳞癌相关血清miRNAs基因的试剂盒
CN106086017A (zh) Enst00000509938.1及制剂或诊断剂或药物或试剂盒和应用
CN105802969A (zh) lncRNA ENST00000581794.1及制剂或诊断剂或药物或试剂盒和应用
KR102202726B1 (ko) 편평상피세포암의 진단 또는 예후 예측용 마커 및 이의 용도
CN108866187B (zh) 一种与肺癌辅助诊断相关的长链非编码rna标志物及其应用
CN107177676B (zh) 长链非编码rna nonhsat113026用于肾癌诊断分子标志物的用途
CN109022583A (zh) hsa_circ_0021977在制备诊断乳腺癌产品上的应用
US20120238617A1 (en) Microrna expression signature in peripheral blood of patients affected by hepatocarcinoma or hepatic cirrhosis and uses thereof
CN106148500B (zh) 一体化微小rna荧光定量检测试剂盒及其应用
CN114292920B (zh) 一组胃癌前病变及胃癌早期诊断血浆rna标志物组合及应用
CN106701761A (zh) 长链非编码rna nr‑027469.1及制剂或诊断剂或药物或试剂盒和应用
CN107858424B (zh) miRNA-4731-3p作为原发性肺癌诊断标志物的应用
EP2247754A1 (en) Colon cancer associated transcript 1 (ccat1) as a cancer marker
CN106086019A (zh) uc002ddj.1及其体外检测的试剂、制剂或试剂盒、应用、检测方法
CN114410795A (zh) 基于miRNA特征标记的肝癌早期检测

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20161109