CN105755129A - 基于新一代测序的基因座d8s1179的str分型方法 - Google Patents

基于新一代测序的基因座d8s1179的str分型方法 Download PDF

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Abstract

本发明涉及分子生物学领域，具体公开了一种扩增D8S1179基因的特异性引物对，所述特异性引物对包括：D8S1179?FP:5’?TTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC?3’；D8S1179?RP:5’?ACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG?3’。本发明还提供了基于新一代测序的基因座D8S1179的STR分型方法，并具体提供了连接适宜接头的引物组合，用于基因座D8S1179的STR分型。本发明提供了可特异性扩增D8S1179基因的引物对，对PCR扩增后的不同样品产物测定浓度后，等质量混合，按照BIOO RAPID DNA试剂盒构建基因组文库。文库经新一代测序仪上机，数据经过生物信息学分析，可以看到D8S1179的分型结果，比如同一长度的DNA分子的重复次数，基因座的SNP，以及基因座侧翼的差异。

Description

基于新一代测序的基因座D8S1179的STR分型方法
技术领域
本发明涉及分子生物学领域，具体地说，涉及基于新一代测序的基因座D8S1179的STR分型方法。
背景技术
法医物证学的基本任务之一是解决个体识别问题，法医DNA分析对于明确案件性质以及查明嫌疑人，当事人和受害人有至关重要的作用。法医DNA分析是应用现代DNA技术分析DNA遗传标记在群体中的分布与传递规律，确定分析样品的一致性与遗传关系，为侦查破案和司法审判提供证据的一门科学技术。自从1985年Jeffereys等建立了第一代分型技术——DNA指纹技术，加上后来发展的PCR扩增片段长度多态性分析技术和线粒体DNA测序成为法医DNA分析的三大主要技术。后来发展一些新技术方法，如MVR-PCR，PCR-SSOP，SSP-PCR，目前基于毛细管电泳的短串连重复序列(short tandom repeats STR)分型检验技术，通过检验不同个体STR核心重复序列的长度多态性，广泛的应用于法医DNA分型实验室。且在全国范围内，基于STR长度多态性的法医科学DNA数据库已有数百万现场数据，通过DNA数据库搜索比对已经成为当前揭示案件线索的重要手段，在刑事案件侦破和民事案件解决中发挥了重要的作用。
然而，随着DNA提取能力以及检验技术灵敏度的不断提高，法医物证检测已经由常量检测发展到微量甚至痕量检测，在物证检验实践中，STR分型技术所固有的影子峰(stutter peaks)，杂合基因座扩增不平衡(heterozygote peak imbalance)，等位基因丢失(allelic drop-out)，和低拷贝数目模板low copy number)等问题使得传统STR分型技术所获得的遗传信息有限，在物证检验中有着应用局限性，对于个体识别中的痕量或复杂问题难以圆满解决。
新一代测序技术提供了全新的思路。STR分型技术是检测同一长度的DNA分子的总荧光强度判断重复次数而做出的定性判读，而新一代测序技术可以同时进行几百万条单分子DNA片断的序列测定，可以通过信息分析获得每一条DNA片断的STR信息，对检测的同一长度的DNA分子进行量化分析，极大地提高了STR分型的准确性和灵敏性，另一方面，新一代测序可以获得基因座及其周边其它遗传标志物(SNP，INDEL)的多态性信息组合，在STR长度多态性信息的基础上进一步提高个体识别的辨识度，在基因型鉴定和个体识别上有大的优势。近几年来基因NGS的STR分型技术也是国外法医物证领域最为关注的研究热点。Rochkenbauer等报道了利用NGS技术对STR的核心重复单元的多态性，序列多态性以及STR侧翼的遗传标记物的多态性都能够实现准确的检测，极大地提高个体识别的辨识度，在法医物证检验领域有很好的应用前景。NGS具有巨大的技术优势和应用前景。
公开号为CN104673907A的中国专利申请公开了一种用于高通量检验STR分型系统及其检测方法，其方法包括步骤(S100)提取样本基因组DNA；(S200)制备基于高通量测序的STR复合扩增生物混合体系，以用于复合扩增所述样本基因组DNA的STR基因座；以及(S300)高通量测序技术检测所述STR基因座的基因型，以用于个体的识别与鉴定，适用于法庭科学领域的STR分型检验。
公开号为CN102943111A的中国专利申请公开了一种高通量DNA测序法用于测定人类基因组中短片段串联重复基因座的用途及方法，属于生物技术领域。该方法包括以下步骤：多样品基因座增殖子文库的准备；高通量DNA测序；数据分析及报告结果；本发明首次将高通量DNA测序技术应用于人类短片段串联重复(STR)基因座测定，明显提高了STR位点作为人类个体识别的分辨能力和灵敏度，同时极大地提高了STR检测的通量。
发明内容
为了解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一种基于新一代测序的基因座D8S1179的STR分型方法。
为了实现本发明目的，本发明的技术方案如下：
第一方面，本发明提供了扩增D8S1179基因的特异性引物对，其包括：
D8S1179-FP:5’-TTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC-3’；
D8S1179-RP:5’-ACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG-3’。
第二方面，本发明提供了基因座D8S1179的STR分型方法，其包括如下步骤：
(1)提取不同样品血液中的DNA；
(2)以步骤(1)所述DNA为模板，利用带有不同接头的前述特异性引物对进行PCR反应，扩增得到不同样品的D8S1179基因；
(3)混合步骤(2)的PCR产物；
(4)按照BIOO RAPID DNA基因组建库试剂盒建立D8S1179基因座文库；
(5)提取文库中所有含样品条形码的测序序列，先统计长度分布情况，按照样品的引物中index序列来区分每个样品的DNA序列，统计同一DNA分子重复的数目，查找其中出现的SNP，对侧翼序列进行检索和分析。
进一步地，所述步骤(1)具体为：剪取适量血斑，置于0.5分钟离心管内，加入适量纯水，室温浸泡，13,000rpm离心5分钟，上清丢弃，管底留约20μL左右液体及检材基质，加入100-200μL5％Chelex100(有时需加适量PK)，56℃15min至数10小时不等，100℃8分钟，13,000rpm，离心5分钟，上清备用。
进一步地，PCR反应体系为20μL：模板2μL，引物D8S1179-FP和D8S1179-RP各10mmol0.5μL，2*Taq PCR Master Mix 10μL，去离子水7μL。
进一步地，PCR反应条件为：预变性95℃，5min；95℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，共35个循环；72℃延伸7min。
第三方面，本发明通过在前述引物对的两条引物两端加上多种不同标签进行扩增，筛选出能够成功扩增且新一代测序有足够序列的标签组成引物组合，以扩增不同的个体，实现一次性检测132个样品的目标，所述引物组合如表1所示。
表1
F TTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
R ACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
F2 TGAACCTATTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F3 TGCTAAGTTTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F4 TGTTCTCCTTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F5 TAAGACACGTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F6 CTAATCGAATTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F7 CTAGAACATTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F8 TAAGTTCCCTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F9 TAGACCTAGTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F10 ACGAGTGCGATTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F11 ACGCTCGACATTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
F12 AGACGCACTCCTTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC
R2 ATCACGACAACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R3 ACAGTGGTTACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R4 CAGATCCACACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R5 ACAAACGGGACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R6 ACCCAGCAAACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R7 AACCCCTCTACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R8 CCCAACCTCACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R9 CACCACACGACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R10 GAAACCCAAACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R11 TGTGACCATACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R12 AGGGTCAACACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG
R13 AGGAGTGGGACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG。
进一步地，本发明还提供了所述引物组合在基因座D8S1179STR分型方面的应用。
本发明的有益效果在于：
本发明提供了可特异性扩增D8S1179基因的引物对，对PCR扩增后的不同样品产物测定浓度后，等质量混合，按照BIOO RAPID DNA试剂盒构建基因组文库。文库经新一代测序仪上机，数据经过生物信息学分析，可以看到D8S1179的分型结果，比如同一长度的DNA分子的重复次数，基因座的SNP，以及基因座侧翼的差异。
附图说明
图1为本发明对比例1中表6所示的不同标签引物的扩增结果。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的优选实施方式进行详细说明。需要理解的是以下实施例的给出仅是为了起到说明的目的，并不是用于对本发明的范围进行限制。本领域的技术人员在不背离本发明的宗旨和精神的情况下，可以对本发明进行各种修改和替换。
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1 D8S1179基因特异片段的扩增
经供血者同意后，用抗凝管采集正常人血液，采血管立即放入冰盒中。分子生物学法对所有血样进行分析，与NCBI数据库已报道的人类基因组序列比对，使用PCR方法，按照引物设计原则，使用Primer Express Version 3软件在D8S1179基因保守序列区域设计引物：
D8S1179-FP:5’-TTTGTATTTCATGTGTACATTCGTATC-3’
D8S1179-RP:5’ACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGTG-3’
1、用Chelex100试剂盒提取不同样品血液中的DNA：
剪取适量血斑，置于0.5分钟离心管内，加入适量纯水，室温浸泡，13,000rpm离心5分钟，上清丢弃，管底留约20μL左右液体及检材基质，加入100-200μl 5％Chelex100(有时需加适量PK)，56℃15min至数10小时不等，100℃8分钟，13,000rpm，离心5分钟，上清备用。
2、PCR反应：
以提取的DNA为模板，利用D8S1179-FP和D8S1179-RP进行PCR扩增。
PCR反应20μL反应体系为：模板2μL，引物D8S1179-FP和D8S1179-RP各10mmol 0.5μL，2*Taq PCR Master Mix 10μL，去离子水7μL。
PCR反应条件为：预变性95℃5分钟；95℃30秒，55℃30s，72℃30秒，共35个循环；72℃延伸7分钟。
3、PCR产物浓度及质量鉴定：用微量核酸测定仪测定DNA的浓度和OD260/280，结果为1.88。
4、样品混合，按照检测的浓度，按总量200ng混合样品，每个样品取不同的体积，混到一个离心管中。
5、按照BIOO RAPID DNA基因组建库试剂盒建库：
1)取样品32μL，加入15μL NEXTflexTM End-Repair & Adenylation Buffer Mix和3μL NEXTflexTM End-Repair & Adenylation Enzyme Mix，放入22℃金属浴20分钟，20分钟72℃，end 4℃。
2)然后加入47.5μL NEXTflexTM Ligase Enzyme Mix和2.5μL NEXTflexTMBarcodes放入金属浴15分钟22℃。
3)加入50μL的AMPure XP Beads(Bckman A63881)，室温孵育5分钟，放置于磁力架上约5分钟，待液体澄清时，吸弃液体。
4)加入200μL80％的乙醇，静置30秒，吸弃液体。
5)重复步骤4)一次。
6)静置5分钟，待乙醇挥发干，加入52μL的重悬液，混匀。
7)室温孵育5分钟，放置于磁力架上约5分钟，待液体澄清时，吸出液体。
8)加入40μL的AMPure XP Beads(Bckman A63881)，室温孵育5分钟，放置于磁力架上约5分钟，待液体澄清时，吸弃液体。
9)加入200μL80％的乙醇，静置30秒，吸弃液体。
10)重复步骤9)一次。
11)静置5分钟，待乙醇挥发干，加入21μL的重悬液，混匀。
12)室温孵育5分钟，放置于磁力架上约5分钟，待液体澄清时，吸出液体20μL。
13)加入16μLNuclease-free Water，12μL NEXTflexTM PCR Master Mix，2μLNEXTflexTM Primer Mix，按照预变性98℃2分钟；98℃30秒，65℃30s，72℃60秒，共4个循环；72℃延伸4分钟。
14)加入40μL的AMPure XP Beads(Bckman A63881)，室温孵育5分钟，放置于磁力架上约5分钟，待液体澄清时，吸弃液体。
15)加入200μL80％的乙醇，静置30秒，吸弃液体。
16)重复步骤15)一次。
17)静置5分钟，待乙醇挥发干，加入21μL的重悬液，混匀.
18)室温孵育5分钟，放置于磁力架上约5分钟，待液体澄清时，吸出液体20μL。
6、对文库进行质检。
实施例2新一代测序检测D8S1179基因生物信息分析方法的建立
文库构建成功后，取出原始数据中所有含样品bacode的测序序列，先统计长度分布情况，按照样品的引物中index序列来区分每个样品的DNA序列，统计同一DNA分子重复的数目，查找其中出现的SNP，对侧翼序列进行检索和分析。可以出现表2所示结果：
表2
可以看到在这个样品中有12个和13个重复存在且在第二个重复中，出现了一个SNP位点有A突变为G。
实施例3应用实验1
对已有的一代分型结果的样品9个，提取DNA，采用本发明所述的引物，按照本发明所述的方法进行PCR方法，混合样品，用本发明所述的方法BIOO RAPID DNA的构建文库，并且进行新一代测序信息学分析，发现与一代STR分型结果一致。
表3
实施例4应用实验2
经供血者同意后，用抗凝管采集一家三口的血液样本(A、B、C)，采血后立即将采血管放入冰盒中。利用本发明所用引物、按照本发明所述方法对D8S1179基因座进行一代测序STR分型，结果如表4所示：
表4
样本 A B C
D8S1179基因核心序列重复次数 14，15 14，15 14，16
根据一代测序STR结果判断，BC可以是A的疑似父母。
按照本发明所述方法，提取DNA，采用本发明的引物，按照本发明的方法进行PCR方法，混合样品，用本发明的方法BIOO RAPID DNA的基因组文库构建方法构建基因组，并且进行新一代测序信息学分析，发现三者的基因型亚型如下：
A的基因分型
B的基因分型
C的基因分型
通过新一代测序分型可以看到A的D8S1179的基因亚型中15分型和B一致，但是14亚型的分型和C并不一致。A中14亚型的突变位点(A变为G)的位置和C不同。
对比例1
本发明在D8S1179基因的特异性引物对的两侧加入不同的标签(如表5所示)，经PCR实验发现，部分标签加入后不能成功扩增，部分标签加入后，测序发现的序列极少(见表6和图1)，故选择能够成功扩增且新一代测序有能有足够序列的标签，进行试验。最终得到连接筛选得到标签的引物，组成表1所示的引物组合。
表5
表6
样品 113 114 115 116 117 118 119 120
F F11 F11 F11 F11 F11 F11 F11 F12
R R7 R8 R9 R10 R11 R12 R13 R1
样品 121 122 123 124 125 126 127 128
F F12 F12 F12 F12 F12 F12 F12 F12
R R2 R3 R4 R5 R6 R7 R8 R9
样品 129 130 131 132 133 134 135 136
F F12 F12 F12 F12 F12 F12 F12 F12
R R10 R11 R12 R13 R14 R15 R16 R17
样品 137 138 139 140 141 142 143 144
F F12 F12 F12 F12 F13 F13 F13 F13
R R18 R19 R20 R21 R1 R2 R3 R4
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。

Claims (6)

1.扩增D8S1179基因的特异性引物对，其特征在于，其包括：
D8S1179-FP:5’-TTTGTATTTCATGTGTACATTCGTAATTC-3’；
D8S1179-RP:5’-ACCTATCCTGTAGATTATTTTCACTGATTG-3’。
2.基因座D8S1179的STR分型方法，其特征在于，其包括如下步骤：
(1)提取不同样品血液中的DNA；
(2)在权利要求1所述引物的两端连接不同接头得到引物组合，以步骤(1)获得的DNA为模板，进行PCR反应，扩增不同样品的D8S1179基因；
(3)混合步骤(2)的PCR产物；
(4)按照BIOO RAPID DNA基因组建库试剂盒建立D8S1179基因座文库；
(5)提取文库中所有含样品条形码的测序序列，先统计长度分布情况，按照样品的引物中index序列来区分每个样品的DNA序列，统计同一DNA分子重复的数目，查找其中出现的SNP，对侧翼序列进行检索和分析。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，PCR反应体系为20μL：模板2μL，引物D8S1179-FP和D8S1179-RP各10mmol 0.5μL，2*Taq PCR Master Mix 10μL，去离子水7μL。
4.根据权利要求2或3所述的方法，其特征在于，PCR反应条件为：预变性95℃，5min；95℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸30s，共35个循环；72℃延伸7min。
5.一种用于基因座D8S1179STR分型的引物组合，其特征在于，由如下引物序列组成：
6.权利要求5所述引物组合在基因座D8S1179STR分型方面的应用。
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Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107099529A (zh) * 2017-07-05 2017-08-29 公安部物证鉴定中心 基于二代测序技术的检测基因座的试剂盒及其专用引物组合
JP2020054271A (ja) * 2018-10-01 2020-04-09 日本ソフトウェアマネジメント株式会社 分解されたｄｎａで個体識別可能なｄｎａ鑑定方法
CN111718984A (zh) * 2019-03-18 2020-09-29 公安部物证鉴定中心 一种对法医混合dna样本进行str分型的方法

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101397584A (zh) * 2007-09-25 2009-04-01 阿普里拉股份有限公司 在中国人群中具有改善的鉴别能力的复合str测定方法以及试剂盒
CN103917661A (zh) * 2011-05-12 2014-07-09 网络百奥有限公司 用于快速多重扩增str基因座的方法和组合物
CN104531879A (zh) * 2015-01-06 2015-04-22 上海海洋大学 用于鱼类群落结构研究的环境dna鉴定方法
WO2015126766A1 (en) * 2014-02-18 2015-08-27 Illumina, Inc. Methods and compositions for dna profiling
CN105316320A (zh) * 2014-07-30 2016-02-10 天津华大基因科技有限公司 Dna标签、pcr引物及其应用

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101397584A (zh) * 2007-09-25 2009-04-01 阿普里拉股份有限公司 在中国人群中具有改善的鉴别能力的复合str测定方法以及试剂盒
CN103917661A (zh) * 2011-05-12 2014-07-09 网络百奥有限公司 用于快速多重扩增str基因座的方法和组合物
WO2015126766A1 (en) * 2014-02-18 2015-08-27 Illumina, Inc. Methods and compositions for dna profiling
CN105316320A (zh) * 2014-07-30 2016-02-10 天津华大基因科技有限公司 Dna标签、pcr引物及其应用
CN104531879A (zh) * 2015-01-06 2015-04-22 上海海洋大学 用于鱼类群落结构研究的环境dna鉴定方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ILLUMINA: "i5,i7 index", 《ILLUMINA ADAPTER SEQUENCES》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107099529A (zh) * 2017-07-05 2017-08-29 公安部物证鉴定中心 基于二代测序技术的检测基因座的试剂盒及其专用引物组合
JP2020054271A (ja) * 2018-10-01 2020-04-09 日本ソフトウェアマネジメント株式会社 分解されたｄｎａで個体識別可能なｄｎａ鑑定方法
CN111718984A (zh) * 2019-03-18 2020-09-29 公安部物证鉴定中心 一种对法医混合dna样本进行str分型的方法

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