CN105624308B - 一种检测染色体16p11.2微缺失的产品 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种检测染色体16p11.2上29.5‑30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法，所述方法的检测原理是：利用多个SNP位点基因型纯合比乘积的小概率事件来判断是否存在染色体微缺失。另外，本发明还公开了一种检测染色体16p11.2上29.5‑30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的产品，同时该产品还能检测受试者是否患有先天性脊柱侧凸。本发明的检测方法和检测产品在临床上具有广泛的应用前景。

Description

一种检测染色体16p11.2微缺失的产品
技术背景
本发明属于分子遗传学领域，涉及一种检测染色体微缺失的产品。
背景技术
染色体微缺失是由微小的、传统细胞遗传学分析难以发现的染色体畸变而导致的具有复杂临床表现的遗传性疾病。畸变小于5MB，是基因组疾病中最常见的类型。目前至少发现67余种，发病率1/4000-50000，常见的临床表型为生长发育异常、智力发育迟缓、特殊面容、内脏器官畸形、内分泌异常、精神行为改变。
人类染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内大约0.6Mb的缺失是人类的罕见突变，其突变频率大约是0.02％。该缺失能够引起神经发育相关疾病(例如，孤独症和肥胖)。有趣的是，近来在一小部分16p11.2微缺失的病人中发现了CS的表型，表明16p11.2微缺失可能参与了CS的发病机制。虽然CS往往是在婴儿或幼儿时期发现，但也有许多患儿直到他们的青少年时期才表现出来。由于诊断常识和诊断手段缺乏等原因，病变常为家长和医生忽视，直至畸形发展明显后才被发现。现在诊断先天性脊柱侧凸常用的方法包括X线、MRI等，但这些方法只适用于病变明显的患者使用，对于那些潜在的还未有明显表型的患者并不适用。
申请人所在课题组经过研究发现人类染色体16p11.2微缺失与CS显著相关，通过检测人类染色体16p11.2微缺失可以判断受试者是否患有CS或者判断受试者患有CS的风险高低。传统鉴定染色体微缺失的方法包括比较基因组杂交(CGH)和阵列-CGH(array-CGH)技术，当缺失的染色体片段较小时，用传统的核型分析无法检测。比较经典的检测方法是荧光原位分子杂交(FISH)，但费用较高，较为费时，因此建立一种既经济又操作简便的染色体微缺失的方法是亟待解决的问题。
发明内容
为了解决现有技术中存在的问题，本发明的目的在于提供一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法。相比于现有技术，本发明检测染色体微缺失的方法存在明显的优势-操作简单、省时、费用低，准确度高，能够检测长片段的微缺失。
本发明的目的之二在于提供一种检测染色体微缺失的试剂盒。所述试剂盒通过检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失区域内存在的SNP位点的基因型来判断是否存在染色体微缺失。
为了达到本发明的上述目的，本发明采用了如下技术方案：
本发明提供了一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法，所述方法包括如下步骤：
(1)提取样本基因组DNA；
(2)选取所述染色体微缺失内的基因上的SNP位点，所述基因至少为20个基因且在核苷酸微缺失区域内均匀分布；每一个所述基因上选取至少一个SNP位点，所述至少20个SNP位点在核苷酸微缺失区域内均匀分布且所述至少20个SNP位点的人群纯合比的乘积小于等于一百万分之十四；
(3)检测步骤(2)选取的所述SNP位点的基因型；如果所述SNP位点的基因型均为纯合型，则判断该样本基因组DNA中存在染色体16p11.2上0.6Mb微缺失。
本发明的检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法的原理在于：因为在微缺失区域内选择的均匀分布的所有SNP位点的人群纯合比的乘积小于等于一百万分之十四时，说明这些SNP位点的基因型同时为纯合型的概率非常非常小，这样的事件不可能发生。如果这种极小概率事件发生了，只能说明存在染色体微缺失事件。因此选择利用多个SNP位点基因型纯合比乘积的小概率事件来判断是否存在染色体微缺失的这个检测方法是相当准确的。
当至少20个SNP位点的人群纯合比的乘积小于等于一百万分之十四时，可以按照下面的两种方法来选择SNP位点：(1)所有SNP位点基因型的人群杂合比大于等于0.5；(2)所有SNP位点的基因型的人群杂合比在0-1之间均有分布，其杂合比的乘积小于等于一百万分之十四。
本发明检测SNP位点基因型的方法可以使用以下几种：直接测序法；TaqMan探针法；SNaPshot法；HRM法；Mass Array法；Illumina BeadXpress法。
本发明的样本基因组DNA可以来自受试者的组织或者体液，体液包括但不限于血液、尿液、唾液、组织液、脑脊液。
本发明的检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法中供选择的基因选自以下组：BOLA2、BOLA2B、SLX1A、SLX1B、
SULT1A3、SULT1A4、SPN、QPRT、C16orf54、ZG16、KIF22、MAZ、PRRT2、PAGR1、MVP、CDIPT、SEZ6L2、ASPHD1、KCTD13、TMEM219、TAOK2、HIRIP3、INO80E、DOC2A、C16orf92、FAM57B、ALDOA、PPP4C、TBX6、YPEL3、GDPD3、MAPK3、CORO1A。
优选地，检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法中供选择的基因选自以下组：SPN、QPRT、C16orf54、ZG16、MVP、CDIPT、SEZ6L2、ASPHD1、KCTD13、TMEM219、TAOK2、INO80E、DOC2A、FAM57B、ALDOA、TBX6、GDPD3、MAPK3、CORO1A、KIF22、PAGR1、C16orf92、PPP4C、YPEL3。
更优选地，检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法中供选择的基因选自以下组：SPN、QPRT、C16orf54、ZG16、MVP、CDIPT、SEZ6L2、ASPHD1、KCTD13、TMEM219、TAOK2、INO80E、DOC2A、FAM57B、ALDOA、TBX6、GDPD3、MAPK3、CORO1A。
当检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法中供选择的基因选自以下组：SPN、QPRT、C16orf54、ZG16、MVP、CDIPT、SEZ6L2、ASPHD1、KCTD13、TMEM219、TAOK2、INO80E、DOC2A、FAM57B、ALDOA、TBX6、GDPD3、MAPK3、CORO1A。这时，这些基因上选择的SNP位点选自以下组：rs3764276、rs11574552、rs2071420、rs11574560、rs12929333、rs12596308、rs7205278、rs9936496、rs235659、rs235647、rs1057451、rs4788186、rs3815822、rs12919612、rs12930239、rs7498372、rs8050576、rs4788189、rs12933766、rs4548895、rs7201384、rs11647753、rs8048433、rs11644809、rs12716972、rs12934406、rs9932702、rs9932196、rs9925102、rs10871451、rs4283241、rs11642046、rs9925915、rs4788204、rs4787488、rs4077410、rs11649149、rs4788207、rs12931955、rs4787491、rs4788211、rs12928610、rs9972866、rs11863174、rs12933575、rs7191849、rs35605010、rs11150583、rs4788212、rs4788213、rs11544328、rs4238959、rs3814878、rs4787492、rs4788219、rs4788220、rs9932193、rs9928448、rs9783783、rs12447915、rs12445768、rs9932605、rs11644459、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs12444973、rs73530179、rs12444415、rs56060058、rs56369689、rs56079926、rs28529403、rs930392、rs1132812。
优选地，当检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法中供选择的基因选自以下组：SPN、QPRT、C16orf54、ZG16、MVP、CDIPT、SEZ6L2、ASPHD1、KCTD13、TMEM219、TAOK2、INO80E、DOC2A、FAM57B、ALDOA、TBX6、GDPD3、MAPK3、CORO1A。这时，这些基因上选择的SNP位点选自以下组：rs3764276、rs12596308、rs7205278、rs235659、rs4788186、rs3815822、rs12919612、rs7498372、rs7201384、rs12716972、rs12934406、rs4787488、rs12931955、rs7191849、rs4238959、rs4787492、rs9928448、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs56369689、rs28529403、rs930392。
本发明还提供了一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的试剂，所述试剂是能够检测上述染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法中选择的SNP位点基因型的试剂。
优选地，所述试剂包括扩增上述染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失检测方法中选择的SNP位点在内的核苷酸序列的引物。
优选地，所述引物选自以下引物对中的至少20个：SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2组成的引物对、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4组成的引物对、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6组成的引物对、SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8组成的引物对、SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10组成的引物对、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12组成的引物对、SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14组成的引物对、SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16组成的引物对、SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18组成的引物对、SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20组成的引物对、SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22组成的引物对、SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24组成的引物对、SEQ ID NO.25和SEQ IDNO.26组成的引物对、SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28组成的引物对、SEQ ID NO.29和SEQ IDNO.30组成的引物对、SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.32组成的引物对、SEQ ID NO.33和SEQ IDNO.34组成的引物对、SEQ ID NO.35和SEQ ID NO.36组成的引物对、SEQ ID NO.37和SEQ IDNO.38组成的引物对、SEQ ID NO.39和SEQ ID NO.40组成的引物对、SEQ ID NO.41和SEQ IDNO.42组成的引物对、SEQ ID NO.43和SEQ ID NO.44组成的引物对、SEQ ID NO.45和SEQ IDNO.46组成的引物对。
本发明还提供了上述检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的试剂在制备检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的产品中的应用。所述产品是试剂盒、试纸条或高通量测序平台。
本发明还提供了一种用于检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的产品，所述产品包括检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的试剂，所述试剂是能够检测上述染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法中选择的SNP位点基因型的试剂。
优选地，所述试剂包括扩增上述染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失检测方法中选择的SNP位点在内的核苷酸序列的引物。
优选地，所述引物选自以下引物对中的至少20个：SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2组成的引物对、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4组成的引物对、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6组成的引物对、SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8组成的引物对、SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10组成的引物对、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12组成的引物对、SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14组成的引物对、SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16组成的引物对、SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18组成的引物对、SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20组成的引物对、SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22组成的引物对、SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24组成的引物对、SEQ ID NO.25和SEQ IDNO.26组成的引物对、SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28组成的引物对、SEQ ID NO.29和SEQ IDNO.30组成的引物对、SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.32组成的引物对、SEQ ID NO.33和SEQ IDNO.34组成的引物对、SEQ ID NO.35和SEQ ID NO.36组成的引物对、SEQ ID NO.37和SEQ IDNO.38组成的引物对、SEQ ID NO.39和SEQ ID NO.40组成的引物对、SEQ ID NO.41和SEQ IDNO.42组成的引物对、SEQ ID NO.43和SEQ ID NO.44组成的引物对、SEQ ID NO.45和SEQ IDNO.46组成的引物对。
所述检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的产品是试剂盒、试纸条或高通量测序平台。
申请人所在课题组之前经过研究证明染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失与先天性脊柱侧凸存在显著相关性，通过检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失可以判断受试者是否患有先天性脊柱侧凸(参见申请号：2014105729624的专利文献)，基于上述研究成果，可以得知，检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的试剂可以用于检测先天性脊柱侧凸。因此本发明还提供了检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的试剂在制备诊断先天性脊柱侧凸的产品中的应用。所述试剂是能够检测上述染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法中选择的SNP位点基因型的试剂。
优选地，所述试剂包括扩增上述染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失检测方法中选择的SNP位点在内的核苷酸序列的引物。
优选地，所述引物选自以下引物对中的至少20个：SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2组成的引物对、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4组成的引物对、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6组成的引物对、SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8组成的引物对、SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10组成的引物对、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12组成的引物对、SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14组成的引物对、SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16组成的引物对、SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18组成的引物对、SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20组成的引物对、SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22组成的引物对、SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24组成的引物对、SEQ ID NO.25和SEQ IDNO.26组成的引物对、SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28组成的引物对、SEQ ID NO.29和SEQ IDNO.30组成的引物对、SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.32组成的引物对、SEQ ID NO.33和SEQ IDNO.34组成的引物对、SEQ ID NO.35和SEQ ID NO.36组成的引物对、SEQ ID NO.37和SEQ IDNO.38组成的引物对、SEQ ID NO.39和SEQ ID NO.40组成的引物对、SEQ ID NO.41和SEQ IDNO.42组成的引物对、SEQ ID NO.43和SEQ ID NO.44组成的引物对、SEQ ID NO.45和SEQ IDNO.46组成的引物对。
所述诊断先天性脊柱侧凸的产品是试剂盒、试纸条或高通量测序平台。
本发明的优点和有益效果如下：
(1)本发明公开了一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的新方法，即利用多个SNP位点基因型纯合比乘积的小概率事件来判断是否存在染色体微缺失。
(2)本发明的检测方法准确度高、操作简单、费用低，利于临床推广。
具体实施方式
以下结合具体实施例，进一步阐明本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，或按照制造厂商所建议的条件。下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1直接测序法中使用的扩增引物的优选
为了能够有效扩增包含SNP位点在内的核苷酸序列，因此需要对每个SNP位点的引物进行优化。
引物设计考虑引物浓度、反应体系中离子强度(钠离子、镁离子、磷酸根离子等)、dNTP浓度等因素，还要同时尽量减少引物多义性、末端稳定性、避免产生发夹结构和二聚体等因素。
针对每个SNP位点设计了三组扩增引物，具体引物如下：
rs3764276：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQID NO.2所示；第二组引物：上游引物序列5’-GAAGTCTGTAGGGCCTGATT-3’，下游引物序列5’-ATTACAGGTGTGAGCCACCG-3’；第三组引物：上游引物序列5’-CACTGTGTGCATGGTGTCA-3’，下游引物序列5’GAGCAACATGTGCACAATAG-3’；
rs12596308：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物序列如SEQID NO.4所示；第二组引物：上游引物序列5’-CCCCTTCTCACTCTTCTTTCT-3’，下游引物序列5’-AATGCTCTGGGCTGAAACACT-3’；第三组引物：上游引物序列5’-AAGATTTAAAGCAGCCCCAG-3’，下游引物序列5’-GTTAGACATATGCTTTGAGC-3’；
rs7205278：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物序列如SEQID NO.6所示；第二组引物：上游引物序列5’-TCACTTAAGCCCAGGAGTTC-3’，下游引物序列5’-AATCCAGTTTCCCAGAGCCA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-GAGTTGAGATTCTGTCTCAAA-3’，下游引物序列5’-TCCAGAGAGACAGATTTGCCA-3’；
rs235659：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物序列如SEQID NO.8所示；第二组引物：上游引物序列5’-CCTCCTGCTTTGACCTCTCAA-3’，下游引物序列5’-TGGGCATGGTGACTCACA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-ATGTGTTTGGATTTTTCA-3’，下游引物序列5’-TAGGCTTAGTAGGTGCTCTCA-3’；
rs4788186：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物序列如SEQID NO.10所示；第二组引物：上游引物序列5’-ATTGCACCACTGCACTCCA-3’，下游引物序列如’-TTGCCAAGAACTGCTTGATG-3’；第三组引物：上游引物序列5’-ACTAGGTCTTCACATTCAGCC-3’，下游引物序列5’-ATGAGCTGTGTCTATGTTCCC-3’；
rs3815822：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.11所示，下游引物序列如SEQID NO.12所示；第二组引物：上游引物序列5’-TTCCTCTCCTCCTACCCTGTT-3’，下游引物序列5’-TCGAGGTGTAGTAGATCCGAA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-TTGGTCAACCTGGCCCTG-3’，下游引物序列5’-TGCAACTGTAAACATGACTGA-3’；
rs12919612：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID NO.14所示；第二组引物：上游引物序列5’-TACCCAGGCATGGTGCCGA-3’，下游引物序列5’-TAAGATCCTGGTTGGCCTTA；第三组引物：上游引物序列5’-CAAAGCAAGACCTATTTCA-3’-3’，下游引物序列5’-AGGAATGAATGTGAAGGGGT-3’；
rs7498372：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物序列如SEQID NO.16所示；第二组引物：上游引物序列5’-CAGCTCAGCAGAATTAGGAAC-3’，下游引物序列5’-AATGTGAACAGGGGGCATAA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-AAGACAATTTCTCTGCCCCT-3’，下游引物序列5’-AAATAAATCCCAGGCCCCTC-3’；
rs7201384：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物序列如SEQID NO.18所示；第二组引物：上游引物序列5’-AGCAAAGAGGAAAGGCCG-3’，下游引物序列5’-ACCAAGGCAGCCTGATGATT-3’；第三组引物：上游引物序列5’-ATTACTTCTGTTTCTGAGG-3’，下游引物序列5’-TCATGCCTTTGATGCCCA-3’；
rs12716972：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID NO.20所示；第二组引物：上游引物序列5’-TTTAGTAGAGACGGGGTTTCG-3’，下游引物序列5’-TTTCTCTTCTCCTCCCCCAAT-3’；第三组引物：上游引物序列5’-ATACAGGTGGATTCCTAGAGT-3’，下游引物序列5’-TTGTTTCCCTCTCTGCTTCA-3’；
rs12934406：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.21所示，下游引物序列如SEQ ID NO.22所示；第二组引物：上游引物序列5’-TGAAACCCCATCTCTACAAAA-3’，下游引物序列5’-AGGAAAAGTCCAAGGATCTGC-3’；第三组引物：上游引物序列5’-AATGGCGTGAACCCAGGA-3’，下游引物序列5’-CATATAAGCTGACATTTGTCT-3’；
rs4787488：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.23所示，下游引物序列如SEQID NO.24所示；第二组引物：上游引物序列5’-CAGAGGGCAGGGATGGTGTTC-3’，下游引物序列5’-TGGGGAAATAATACCTCCTCA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-TCCCATTGGAGAAATGAGG-3’，下游引物序列5’-CAAAGTCTGATCTCAGGTCT-3’；
rs12931955：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.25所示，下游引物序列如SEQ ID NO.26所示；第二组引物：上游引物序列5’-TTAATTTGGGGACCCAGT-3’，下游引物序列5’-TTCTGGTGTGTTTTCTGCCT-3’；第三组引物：上游引物序列5’-ACAAATCAGGGCAGAACCAG-3’，下游引物序列5’-TACACTGCAGCCATGAAAGG-3’；
rs7191849：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.27所示，下游引物序列如SEQID NO.28所示；第二组引物：上游引物序列5’-ACACACGCACTCGCAAACA-3’，下游引物序列5’-TGCTGAGCCGAGTCCTGA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-AGGAGGCAGAGGTCTGATGCT-3’，下游引物序列5’-TGAGAAATGGCAGCCCAT-3’；
rs4238959：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.29所示，下游引物序列如SEQID NO.30所示；第二组引物：上游引物序列5’-TAAGAGAAACTGCCAATGTGC-3’，下游引物序列5’-AGAAACTTGCCCAAGGTCACA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-TTCACCTGTACAGTGGGGAT-3’，下游引物序列5’-TGTCCTAACCTTACCATGAG-3’；
rs4787492：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.31所示，下游引物序列如SEQID NO.32所示；第二组引物：上游引物序列5’-TTTGGTAGAGACAGGGTTTCG-3’，下游引物序列5’-CTTTTAAAGTACATGGTAGCC-3’；第三组引物：上游引物序列5’-TTTTTAGTAGAGATGGGGT-3’，下游引物序列5’-ACTGTGGCTCATGCCTGTAAT-3’；
rs9928448：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.33所示，下游引物序列如SEQID NO.34所示；第二组引物：上游引物序列5’-AGTGATTTCATCCCCAGACTG-3’，下游引物序列5’-TGAAGCAGGAGAATCGCTTGA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-AATCTTCTGTCACACAGCCAT-3’，下游引物序列5’-AATGTCTGTCTCTTTGGGGA-3’；
rs2289292：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.35所示，下游引物序列如SEQID NO.36所示；第二组引物：上游引物序列5’-AAATACTCTGGTCCCAGAA-3’，下游引物序列5’-AGTGTAGTCCCGATGGCGAT-3’；第三组引物：上游引物序列5’-TTTGGAGCCCACATCCAGATA-3’，下游引物序列5’-ATTTCTGGAGCTGCCGCA-3’；
rs3809624：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.37所示，下游引物序列如SEQID NO.38所示；第二组引物：上游引物序列5’-ATTCTCCTACCCAGGAGCT-3’，下游引物序列5’-TCGAACTTTGGAGGCTTGG-3’；第三组引物：上游引物序列5’-AACTCCTCGGCTTGACTGATC-3’，下游引物序列5’-TCTTGGCTCCGTCCAGGTT-3’；
rs3809627：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.39所示，下游引物序列如SEQID NO.40所示；第二组引物：上游引物序列5’-ATACCTGGGTACGGTCCCCT-3’，下游引物序列5’-ATAGACCTGTGCGGTTCTGA-3’；第三组引物：上游引物序列5’-TGCTAAAAAAACCTCCATCCC-3’，下游引物序列5’-TCGGACTGCAACTCCCAG-3’；
rs56369689：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.41，下游引物序列如SEQ IDNO.42所示；第二组引物：上游引物序列5’-AGTTGCCCCAGTGAACAATT-3’，下游引物序列5’-GTATTTTTAGTAGAGACGGCG-3’；第三组引物：上游引物序列5’-TCTTGCTCTGTCGCCCAG-3’，下游引物序列5’-TAATCCCAGCACTTTGGGAG-3’；
rs28529403：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.43所示，下游引物序列如SEQ ID NO.44所示；第二组引物：上游引物序列5’-TCACCTGACCATGCCGTA-3’，下游引物序列5’-CTGCCGCATACATTGGCT-3’；第三组引物：上游引物序列5’-TCACCATCTCCACCTCCCC-3’，下游引物序列5’-ACGTGACAGCTCCAGGCCC-3’；
rs930392：第一组引物：上游引物序列如SEQ ID NO.45所示，下游引物序列如SEQID NO.46所示；第二组引物：上游引物序列5’-AGACTCAATTCCGTGGGGA-3’，下游引物序列5’-AGAAGTTTAGATTCGCTTCC-3’；第三组引物：上游引物序列5’-AAAGCCGGAGGTGGAGGA-3’，下游引物序列5’-TTGGGGACCAACGTGGTG-3’。
经过扩增反应发现，只有以下引物能够成功扩增出目的条带：
rs3764276：上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示；
rs12596308：上游引物序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID NO.4所示；
rs7205278：上游引物序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID NO.6所示；
rs235659：上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID NO.8所示；
rs4788186：上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID NO.10所示；
rs3815822：上游引物序列如SEQ ID NO.11所示，下游引物序列如SEQ ID NO.12所示；
rs12919612：上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID NO.14所示；
rs7498372：上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID NO.16所示；
rs7201384：上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID NO.18所示；
rs12716972：上游引物序列如SEQ ID NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID NO.20所示；
rs12934406：上游引物序列如SEQ ID NO.21所示，下游引物序列如SEQ ID NO.22所示；
rs4787488：上游引物序列如SEQ ID NO.23所示，下游引物序列如SEQ ID NO.24所示；
rs12931955：上游引物序列如SEQ ID NO.25所示，下游引物序列如SEQ ID NO.26所示；
rs7191849：上游引物序列如SEQ ID NO.27所示，下游引物序列如SEQ ID NO.28所示；
rs4238959：上游引物序列如SEQ ID NO.29所示，下游引物序列如SEQ ID NO.30所示；
rs4787492：上游引物序列如SEQ ID NO.31所示，下游引物序列如SEQ ID NO.32所示；
rs9928448：上游引物序列如SEQ ID NO.33所示，下游引物序列如SEQ ID NO.34所示；
rs2289292：上游引物序列如SEQ ID NO.35所示，下游引物序列如SEQ ID NO.36所示；
rs3809624：上游引物序列如SEQ ID NO.37所示，下游引物序列如SEQ ID NO.38所示；
rs3809627：上游引物序列如SEQ ID NO.39所示，下游引物序列如SEQ ID NO.40所示；
rs56369689：上游引物序列如SEQ ID NO.41所示，下游引物序列如SEQ ID NO.42所示；
rs28529403：上游引物序列如SEQ ID NO.43所示，下游引物序列如SEQ ID NO.44所示；
rs930392：上游引物序列如SEQ ID NO.45所示，下游引物序列如SEQ ID NO.46所示。
因此将上述可以扩增出目的条带的引物序列用于制备检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失试剂盒。
实施例2一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失试剂盒
本实施例的试剂盒中包含以下组分：
(1)扩增以下SNP位点的引物：rs3764276、rs12596308、rs7205278、rs235659、rs4788186、rs3815822、rs12919612、rs7498372、rs7201384、rs12716972、rs12934406、rs4787488、rs12931955、rs7191849、rs4238959、rs4787492、rs9928448、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs56369689、rs28529403、rs930392。
具体的引物序列如下：
rs3764276：上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示；rs12596308：上游引物序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID NO.4所示；rs7205278：上游引物序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID NO.6所示；rs235659：上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID NO.8所示；rs4788186：上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID NO.10所示；rs3815822：上游引物序列如SEQ ID NO.11所示，下游引物序列如SEQ ID NO.12所示；rs12919612：上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID NO.14所示；rs7498372：上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID NO.16所示；rs7201384：上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID NO.18所示；rs12716972：上游引物序列如SEQ ID NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID NO.20所示；rs12934406：上游引物序列如SEQ ID NO.21所示，下游引物序列如SEQ ID NO.22所示；rs4787488：上游引物序列如SEQ ID NO.23所示，下游引物序列如SEQ ID NO.24所示；rs12931955：上游引物序列如SEQ ID NO.25所示，下游引物序列如SEQ ID NO.26所示；rs7191849：上游引物序列如SEQ ID NO.27所示，下游引物序列如SEQ ID NO.28所示；rs4238959：上游引物序列如SEQ ID NO.29所示，下游引物序列如SEQ ID NO.30所示；rs4787492：上游引物序列如SEQ ID NO.31所示，下游引物序列如SEQ ID NO.32所示；rs9928448：上游引物序列如SEQ ID NO.33所示，下游引物序列如SEQ ID NO.34所示；rs2289292：上游引物序列如SEQ ID NO.35所示，下游引物序列如SEQ ID NO.36所示；
rs3809624：上游引物序列如SEQ ID NO.37所示，下游引物序列如SEQ ID NO.38所示；rs3809627：上游引物序列如SEQ ID NO.39所示，下游引物序列如SEQ ID NO.40所示；rs56369689：上游引物序列如SEQ ID NO.41所示，下游引物序列如SEQ ID NO.42所示；rs28529403：上游引物序列如SEQ ID NO.43所示，下游引物序列如SEQ ID NO.44所示；rs930392：上游引物序列如SEQ ID NO.45所示，下游引物序列如SEQ ID NO.46所示。
以上各引物浓度为25μM，体积为100μl。
(2)MgCL2溶液：浓度为25mM，体积为100μl。
(3)Tap DNA聚合酶：体积为20μl。
(4)dNTP混合液：浓度为10mM，体积为100μl。
(5)10x PCR扩增缓冲液：体积为1mL。
实施例3一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失试剂盒
本实施例的试剂盒中包含以下组分：
(1)扩增以下SNP位点的引物：rs3764276、rs12596308、rs235659、rs4788186、rs3815822、rs12919612、rs7498372、rs7201384、rs12716972、rs12934406、rs4787488、rs12931955、rs7191849、rs4238959、rs4787492、rs9928448、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs56369689、rs28529403、rs930392。
具体的引物序列如下：
rs3764276：上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示；rs12596308：上游引物序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID NO.4所示；rs235659：上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID NO.8所示；rs4788186：上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID NO.10所示；rs3815822：上游引物序列如SEQ ID NO.11所示，下游引物序列如SEQ ID NO.12所示；rs12919612：上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID NO.14所示；rs7498372：上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID NO.16所示；rs7201384：上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID NO.18所示；rs12716972：上游引物序列如SEQ ID NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID NO.20所示；rs12934406：上游引物序列如SEQ ID NO.21所示，下游引物序列如SEQ ID NO.22所示；rs4787488：上游引物序列如SEQ ID NO.23所示，下游引物序列如SEQ ID NO.24所示；
rs12931955：上游引物序列如SEQ ID NO.25所示，下游引物序列如SEQ ID NO.26所示；rs7191849：上游引物序列如SEQ ID NO.27所示，下游引物序列如SEQ ID NO.28所示；rs4238959：上游引物序列如SEQ ID NO.29所示，下游引物序列如SEQ ID NO.30所示；rs4787492：上游引物序列如SEQ ID NO.31所示，下游引物序列如SEQ ID NO.32所示；rs9928448：上游引物序列如SEQ ID NO.33所示，下游引物序列如SEQ ID NO.34所示；rs2289292：上游引物序列如SEQ ID NO.35所示，下游引物序列如SEQ ID NO.36所示；rs3809624：上游引物序列如SEQ ID NO.37所示，下游引物序列如SEQ ID NO.38所示；rs3809627：上游引物序列如SEQ ID NO.39所示，下游引物序列如SEQ ID NO.40所示；rs56369689：上游引物序列如SEQ ID NO.41所示，下游引物序列如SEQ ID NO.42所示；rs28529403：上游引物序列如SEQ ID NO.43所示，下游引物序列如SEQ ID NO.44所示；rs930392：上游引物序列如SEQ ID NO.45所示，下游引物序列如SEQ ID NO.46所示。
以上各引物浓度为25μM，体积为100μl。
(2)MgCL2溶液：浓度为25mM，体积为100μl。
(3)Tap DNA聚合酶：体积为20μl。
(4)dNTP混合液：浓度为10mM，体积为100μl。
(5)10x PCR扩增缓冲液：体积为1mL。
实施例4一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失试剂盒
本实施例的试剂盒中包含以下组分：
(1)扩增以下SNP位点的引物：rs3764276、rs12596308、rs7205278、rs235659、rs4788186、rs3815822、rs12919612、rs7498372、rs7201384、rs12716972、rs12934406、rs4787488、rs12931955、rs7191849、rs4238959、rs4787492、rs9928448、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs56369689、rs28529403。
具体的引物序列如下：
rs3764276：上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示；rs12596308：上游引物序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID NO.4所示；rs7205278：上游引物序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID NO.6所示；rs235659：上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID NO.8所示；rs4788186：上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID NO.10所示；rs3815822：上游引物序列如SEQ ID NO.11所示，下游引物序列如SEQ ID NO.12所示；rs12919612：上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID NO.14所示；rs7498372：上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID NO.16所示；rs7201384：上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID NO.18所示；rs12716972：上游引物序列如SEQ ID NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID NO.20所示；rs12934406：上游引物序列如SEQ ID NO.21所示，下游引物序列如SEQ ID NO.22所示；rs4787488：上游引物序列如SEQ ID NO.23所示，下游引物序列如SEQ ID NO.24所示；
rs12931955：上游引物序列如SEQ ID NO.25所示，下游引物序列如SEQ ID NO.26所示；rs7191849：上游引物序列如SEQ ID NO.27所示，下游引物序列如SEQ ID NO.28所示；rs4238959：上游引物序列如SEQ ID NO.29所示，下游引物序列如SEQ ID NO.30所示；rs4787492：上游引物序列如SEQ ID NO.31所示，下游引物序列如SEQ ID NO.32所示；rs9928448：上游引物序列如SEQ ID NO.33所示，下游引物序列如SEQ ID NO.34所示；rs2289292：上游引物序列如SEQ ID NO.35所示，下游引物序列如SEQ ID NO.36所示；rs3809624：上游引物序列如SEQ ID NO.37所示，下游引物序列如SEQ ID NO.38所示；rs3809627：上游引物序列如SEQ ID NO.39所示，下游引物序列如SEQ ID NO.40所示；rs56369689：上游引物序列如SEQ ID NO.41所示，下游引物序列如SEQ ID NO.42所示；rs28529403：上游引物序列如SEQ ID NO.43所示，下游引物序列如SEQ ID NO.44所示。
以上各引物浓度为25μM，体积为100μl。
(2)MgCL2溶液：浓度为25mM，体积为100μl。
(3)Tap DNA聚合酶：体积为20μl。
(4)dNTP混合液：浓度为10mM，体积为100μl。
(5)10x PCR扩增缓冲液：体积为1mL。
实施例5一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失试剂盒
本实施例的试剂盒中包含以下组分：
(1)扩增以下SNP位点的引物：rs3764276、rs12596308、rs7205278、rs235659、rs4788186、rs12919612、rs7498372、rs7201384、rs12716972、rs12934406、rs4787488、rs12931955、rs7191849、rs4238959、rs4787492、rs9928448、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs56369689、rs28529403、rs930392。
具体的引物序列如下：
rs3764276：上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示；rs12596308：上游引物序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID NO.4所示；rs7205278：上游引物序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物序列如SEQ ID NO.6所示；rs235659：上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID NO.8所示；rs4788186：上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID NO.10所示；rs12919612：上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID NO.14所示；
rs7498372：上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID NO.16所示；rs7201384：上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID NO.18所示；rs12716972：上游引物序列如SEQ ID NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID NO.20所示；rs12934406：上游引物序列如SEQ ID NO.21所示，下游引物序列如SEQ ID NO.22所示；rs4787488：上游引物序列如SEQ ID NO.23所示，下游引物序列如SEQ ID NO.24所示；
rs12931955：上游引物序列如SEQ ID NO.25所示，下游引物序列如SEQ ID NO.26所示；rs7191849：上游引物序列如SEQ ID NO.27所示，下游引物序列如SEQ ID NO.28所示；rs4238959：上游引物序列如SEQ ID NO.29所示，下游引物序列如SEQ ID NO.30所示；rs4787492：上游引物序列如SEQ ID NO.31所示，下游引物序列如SEQ ID NO.32所示；rs9928448：上游引物序列如SEQ ID NO.33所示，下游引物序列如SEQ ID NO.34所示；rs2289292：上游引物序列如SEQ ID NO.35所示，下游引物序列如SEQ ID NO.36所示；rs3809624：上游引物序列如SEQ ID NO.37所示，下游引物序列如SEQ ID NO.38所示；rs3809627：上游引物序列如SEQ ID NO.39所示，下游引物序列如SEQ ID NO.40所示；rs56369689：上游引物序列如SEQ ID NO.41所示，下游引物序列如SEQ ID NO.42所示；rs28529403：上游引物序列如SEQ ID NO.43所示，下游引物序列如SEQ ID NO.44所示；rs930392：上游引物序列如SEQ ID NO.45所示，下游引物序列如SEQ ID NO.46所示。
以上各引物浓度为25μM，体积为100μl。
(2)MgCL2溶液：浓度为25mM，体积为100μl。
(3)Tap DNA聚合酶：体积为20μl。
(4)dNTP混合液：浓度为10mM，体积为100μl。
(5)10x PCR扩增缓冲液：体积为1mL。
实施例6一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失试剂盒
本实施例的试剂盒中包含以下组分：
(1)扩增以下SNP位点的引物：rs3764276、rs12596308、rs235659、rs4788186、rs12919612、rs7498372、rs7201384、rs12716972、rs12934406、rs4787488、rs12931955、rs7191849、rs4238959、rs4787492、rs9928448、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs56369689、rs28529403。
具体的引物序列如下：
rs3764276：上游引物序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物序列如SEQ ID NO.2所示；rs12596308：上游引物序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物序列如SEQ ID NO.4所示；rs235659：上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物序列如SEQ ID NO.8所示；rs4788186：上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物序列如SEQ ID NO.10所示；rs12919612：上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物序列如SEQ ID NO.14所示；rs7498372：上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物序列如SEQ ID NO.16所示；
rs7201384：上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物序列如SEQ ID NO.18所示；rs12716972：上游引物序列如SEQ ID NO.19所示，下游引物序列如SEQ ID NO.20所示；rs12934406：上游引物序列如SEQ ID NO.21所示，下游引物序列如SEQ ID NO.22所示；rs4787488：上游引物序列如SEQ ID NO.23所示，下游引物序列如SEQ ID NO.24所示；rs12931955：上游引物序列如SEQ ID NO.25所示，下游引物序列如SEQ ID NO.26所示；rs7191849：上游引物序列如SEQ ID NO.27所示，下游引物序列如SEQ ID NO.28所示；rs4238959：上游引物序列如SEQ ID NO.29所示，下游引物序列如SEQ ID NO.30所示；rs4787492：上游引物序列如SEQ ID NO.31所示，下游引物序列如SEQ ID NO.32所示；rs9928448：上游引物序列如SEQ ID NO.33所示，下游引物序列如SEQ ID NO.34所示；rs2289292：上游引物序列如SEQ ID NO.35所示，下游引物序列如SEQ ID NO.36所示；rs3809624：上游引物序列如SEQ ID NO.37所示，下游引物序列如SEQ ID NO.38所示；rs3809627：上游引物序列如SEQ ID NO.39所示，下游引物序列如SEQ ID NO.40所示；rs56369689：上游引物序列如SEQ ID NO.41所示，下游引物序列如SEQ ID NO.42所示；rs28529403：上游引物序列如SEQ ID NO.43所示，下游引物序列如SEQ ID NO.44所示。
以上各引物浓度为25μM，体积为100μl。
(2)MgCL2溶液：浓度为25mM，体积为100μl。
(3)Tap DNA聚合酶：体积为20μl。
(4)dNTP混合液：浓度为10mM，体积为100μl。
(5)10x PCR扩增缓冲液：体积为1mL。
实施例7染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失检测试剂盒的使用方法
以实施例1的检测试剂盒为例，检测试剂盒的使用方法如下：
1、提取待检测的基因组DNA；
2、扩增待检测的SNP位点附近的核苷酸序列；
3、使用扩增上游扩增引物或者下游扩增引物作为测序引物对步骤2的扩增产物进行直接测序；
4、如果检测到所有SNP位点的基因型均为单峰，则判断受试者存在染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例，本领域的普通技术人员可以理解：在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由权利要求及其等同物限定。

Claims (13)

1.一种非诊断目的的检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：
(1)提取样本基因组DNA；
(2)选取所述染色体微缺失内的基因上的SNP位点，所述基因至少为20个基因且在核苷酸微缺失区域内均匀分布；每一个所述基因上选取至少一个SNP位点，所述至少20个SNP位点在核苷酸微缺失区域内均匀分布且所述至少20个SNP位点的人群纯合比的乘积小于等于一百万分之十四；
(3)检测步骤(2)选取的所述SNP位点的基因型；如果所述SNP位点的基因型均为纯合型，则判断该样本基因组DNA中存在染色体16p11.2上0.6Mb微缺失。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述基因选自以下组：BOLA2、BOLA2B、SLX1A、SLX1B、SULT1A3、SULT1A4、SPN、QPRT、C16orf54、ZG16、KIF22、MAZ、PRRT2、PAGR1、MVP、CDIPT、SEZ6L2、ASPHD1、KCTD13、TMEM219、TAOK2、HIRIP3、INO80E、DOC2A、C16orf92、FAM57B、ALDOA、PPP4C、TBX6、YPEL3、GDPD3、MAPK3、CORO1A。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述基因选自以下组：SPN、QPRT、C16orf54、ZG16、MVP、CDIPT、SEZ6L2、ASPHD1、KCTD13、TMEM219、TAOK2、INO80E、DOC2A、FAM57B、ALDOA、TBX6、GDPD3、MAPK3、CORO1A、KIF22、PAGR1、C16orf92、PPP4C、YPEL3。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述基因是SPN、QPRT、C16orf54、ZG16、MVP、CDIPT、SEZ6L2、ASPHD1、KCTD13、TMEM219、TAOK2、INO80E、DOC2A、FAM57B、ALDOA、TBX6、GDPD3、MAPK3、CORO1A。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述基因上的SNP位点选自以下组：rs3764276、rs11574552、rs2071420、rs11574560、rs12929333、rs12596308、rs7205278、rs9936496、rs235659、rs235647、rs1057451、rs4788186、rs3815822、rs12919612、rs12930239、rs7498372、rs8050576、rs4788189、rs12933766、rs4548895、rs7201384、rs11647753、rs8048433、rs11644809、rs12716972、rs12934406、rs9932702、rs9932196、rs9925102、rs10871451、rs4283241、rs11642046、rs9925915、rs4788204、rs4787488、rs4077410、rs11649149、rs4788207、rs12931955、rs4787491、rs4788211、rs12928610、rs9972866、rs11863174、rs12933575、rs7191849、rs35605010、rs11150583、rs4788212、rs4788213、rs11544328、rs4238959、rs3814878、rs4787492、rs4788219、rs4788220、rs9932193、rs9928448、rs9783783、rs12447915、rs12445768、rs9932605、rs11644459、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs12444973、rs73530179、rs12444415、rs56060058、rs56369689、rs56079926、rs28529403、rs930392、rs1132812。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述基因上的SNP位点选自以下组：rs3764276、rs12596308、rs7205278、rs235659、rs4788186、rs3815822、rs12919612、rs7498372、rs7201384、rs12716972、rs12934406、rs4787488、rs12931955、rs7191849、rs4238959、rs4787492、rs9928448、rs2289292、rs3809624、rs3809627、rs56369689、rs28529403、rs930392。
7.一种检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的试剂，其特征在于，所述试剂是检测权利要求1-6中任一项所述的SNP位点基因型的试剂。
8.根据权利要求7所述的试剂，其特征在于，所述试剂包括扩增权利要求1-7中任一项所述的SNP位点在内的核苷酸序列的引物。
9.根据权利要求8所述的试剂，其特征在于，所述引物选自以下引物对中的至少20个：SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2组成的引物对、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4组成的引物对、SEQID NO.5和SEQ ID NO.6组成的引物对、SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8组成的引物对、SEQ IDNO.9和SEQ ID NO.10组成的引物对、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12组成的引物对、SEQ IDNO.13和SEQ ID NO.14组成的引物对、SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16组成的引物对、SEQ IDNO.17和SEQ ID NO.18组成的引物对、SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20组成的引物对、SEQ IDNO.21和SEQ ID NO.22组成的引物对、SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24组成的引物对、SEQ IDNO.25和SEQ ID NO.26组成的引物对、SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28组成的引物对、SEQ IDNO.29和SEQ ID NO.30组成的引物对、SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.32组成的引物对、SEQ IDNO.33和SEQ ID NO.34组成的引物对、SEQ ID NO.35和SEQ ID NO.36组成的引物对、SEQ IDNO.37和SEQ ID NO.38组成的引物对、SEQ ID NO.39和SEQ ID NO.40组成的引物对、SEQ IDNO.41和SEQ ID NO.42组成的引物对、SEQ ID NO.43和SEQ ID NO.44组成的引物对、SEQ IDNO.45和SEQ ID NO.46组成的引物对。
10.一种用于检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的产品，其特征在于，所述产品包括权利要求7-9中任一项所述的试剂。
11.权利要求7-9中任一项所述的试剂在制备检测染色体16p11.2上29.5-30.1Mb区域内0.6Mb微缺失的产品中的应用。
12.权利要求7-9中任一项所述的试剂在制备诊断先天性脊柱侧凸的产品中的应用。
13.根据权利要求11或12所述的应用，其特征在于，所述产品是试剂盒、试纸条或高通量测序平台。
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