CN105525006A - 一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物及其方法 - Google Patents

一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物及其方法 Download PDF

Info

Publication number
CN105525006A
CN105525006A CN201610043853.2A CN201610043853A CN105525006A CN 105525006 A CN105525006 A CN 105525006A CN 201610043853 A CN201610043853 A CN 201610043853A CN 105525006 A CN105525006 A CN 105525006A
Authority
CN
China
Prior art keywords
primer
mdr1
stage
cyp19a1
snapshotpcr
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201610043853.2A
Other languages
English (en)
Inventor
梁耀铭
于世辉
赵薇薇
燕启江
胡昌明
罗锦霞
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Guangzhou Kingmed Diagnostics Technology Co ltd
Original Assignee
Guangzhou Kingmed Diagnostics Technology Co ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Guangzhou Kingmed Diagnostics Technology Co ltd filed Critical Guangzhou Kingmed Diagnostics Technology Co ltd
Priority to CN201610043853.2A priority Critical patent/CN105525006A/zh
Publication of CN105525006A publication Critical patent/CN105525006A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明属于生物检测技术领域，具体涉及一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物及其方法。本发明提供的MDR1和CYP19A1基因多态性的引物，包括PCR扩增引物和SNaPshot？PCR引物。本发明提供的MDR1和CYP19A1基因多态性的引物具有特异性强，检测灵敏度好，准确性高的优点，实现了MDR1和CYP19A1基因多态性的检测，可以有效的预测绝经期晚期乳腺癌患者接受芳香化酶抑制剂的治疗疗效；同时还可以预测多种抗肿瘤药物与免疫抑制剂疗效及不良反应风险。

Description

一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物及其方法
技术领域
本发明属于生物检测技术领域，具体涉及一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物及其方法。
背景技术
多药耐药基因(MDR1)编码P-糖蛋白（P-gp），它是人体药物转运中最重要的转运体，能主动将疏水性抗肿瘤药物泵出胞外，从而减少细胞内药物浓度。几乎所有的肿瘤，包括各种实体瘤、白血病、淋巴瘤等均有MDR1表达。
现代研究发现，MDR1基因多态性直接影响P-gp的表达，与抗肿瘤药物与免疫抑制剂等多种药物的代谢动力学有重要关联。rs1045642（C3435T）、rs1128503(C1236T)和rs2032582(G2677T/A)是蛋白编码区最常见的SNP位点，与药物代谢密切相关。MDR1基因3435 CC/CT型使得MDR1表达增加，增大肿瘤细胞的耐药性，使蒽环类抗肿瘤药疗效不显著，而TT型患者，能较好地吸收化疗药物，使药物在体内维持相对较高的血药浓度，对药物较为敏感。MDR1基因12外显子C1236T多态性，与脑胶质瘤替莫唑胺疗效相关，1236CC基因型患者的总生存期优于CT和TT基因型患者。MDR1基因G2677T/A多态性，与紫杉醇的疗效相关，2677GG基因型患者的总生存期差于GA、GT、TT、TA基因型患者。
芳香化酶是细胞色素P450酶超家族成员，编码基因为CYP19A1，可催化睾酮、雄烯二酮向雌酮、雌二醇转化，在雌激素生物合成中起最终的限速催化作用。芳香化酶抑制剂（AIs）通过抑制芳香化酶，使雌激素水平下降，从而消除雌激素对肿瘤生长的刺激作用。绝经后妇女的雌激素主要来源于雄激素前体物质在外周组织的芳香化，故该类药物主要用于自然绝经或人工绝经后的乳腺癌患者。阿那曲唑、来曲唑（第三代非甾体类AIs）对芳香化酶的抑制程度可达 99％以上。
临床研究证实，CYP19A1基因多态性对芳香化酶抑制剂在乳腺癌的治疗效果有着很大的影响作用。在接受来曲唑治疗的绝经后激素受体阳性转移性乳腺癌患者，携带CYP19A1基因rs4646G＞T突变患者的的疾病进展时间比正常者明显延长。因此，CYP19A13’-UTR rs4646G＞T是乳腺癌患者接受芳香化酶抑制剂治疗疗效的有效预测指标。
因此，检测MDR1和CYP19A1基因的多态性，可以有效的预测绝经期晚期乳腺癌患者接受芳香化酶抑制剂的治疗疗效；同时还可以预测多种抗肿瘤药物与免疫抑制剂疗效及不良反应风险，具有重要的临床价值。
中国专利CN102816845B公开了一种 MDR1的G2677T/A单核苷酸多态性检测试剂盒，所述试剂盒包括红细胞裂解液、DNA 提取液、PCR 试剂、单链纯化试剂和测序试剂，可用于检测MDR1（G2677T/A）位点是否发生突变。
中国专利CN101781684B公开了CYP19A1基因SNP检测液相芯片及检测方法，所述液相芯片包括有针对CYP19A1基因的SNP位点分别设计的野生型和突变型特异性ASPE引物，每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端的针对目的基因SNP位点的特异性引物序列组成。该检测方法检测特异性好，可以实现多个SNP位点的并行检测。
发明内容
本发明的目的在于提供一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物及其方法，该引物主要用于检测MDR1基因的MDR1_C1236T (SNP: rs1128503)、MDR1_G2677T/A(SNP: rs2032582)、MDR1_C3435T (SNP: rs1045642)三个位点和CYP19A1基因c.*161T>G(SNP:rs4646)位点，具有特异性好、灵敏度高、准确性好等优点，为MDR1和CYP19A1基因多态性提供了一种简单有效的检测方法。
本发明提供了一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物，包括PCR扩增引物和SNaPshot PCR引物；所述PCR扩增引物包括：针对MDR1_C1236T的上游引物5’-TCAGTTCCTATATCCTGTGTCTGTGAA-3’（SEQ ID NO.1）和下游引物5’-GCTGGACTGTTGTGCTCTTCC-3’（SEQ ID NO.2），针对MDR1_G2677T/A的上游引物5’-CCCATCATTGCAATAGCAGGAGT-3’（SEQ ID NO.3）和下游引物5’-GCATGAAAAAGATTGCTTTGAGGA-3’（SEQ ID NO.4），针对MDR1_C3435T的上游引物5’-GATGGCAAAGAAATAAAGCGACTG-3’（SEQ ID NO.5）和下游引物5’-ACTCGATGAAGGCATGTATGTTG-3’（SEQ ID NO.6），针对CYP19A1_rs4646的上游引物5’-TCAAACTCTTGGCCTCTGCTTT-3’（SEQ ID NO.7）和下游引物5’- TGGCCCATGGCATTTTATAGG -3’（SEQ ID NO.8）；所述SNaPshot PCR引物包括：针对MDR1_C1236T的SNaPshot PCR引物5’-CTCTGCACCTTCAGGTTCAG-3’（SEQ ID NO.9），针对MDR1_G2677T/A的SNaPshot PCR引物5’-TTTTTTATTTAGTTTGACTCACCTTCCCAG-3’（SEQ ID NO.10），针对MDR1_C3435T的SNaPshot PCR引物5’- TTTTTTTTTTTTTTTGTTGGCCTCCTTTGCTGCCCTCAC-3’（SEQ ID NO.11），针对CYP19A1_rs4646的SNaPshot PCR引物5’- TTTTTTTTTTTTTTTTCTATGGGTTGTCACCAAGCTAGGTGCTATT-3’（SEQ ID NO.12）。
进一步地，所述PCR扩增引物中MDR1_C1236T、MDR1_G2677T/A、MDR1_C3435T和CYP19A1_rs4646的引物浓度比为1:1:1:1，所述SNaPshot PCR引物中MDR1_C1236T、MDR1_G2677T/A、MDR1_C3435T和CYP19A1_rs4646的引物浓度比为1:1:1:1。
另外，本发明提供一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法，包括如下步骤：
S1提取DNA样品；
S2以步骤S1提取的DNA样本为模板，采用权利要求1中所述的PCR扩增引物进行多重PCR扩增，并对扩增产物进行纯化；
S3以步骤S2纯化后的PCR扩增产物为模板，采用权利要求1中所述的SNaPshot PCR引物进行SNaPshot PCR扩增，并对SNaPshot PCR扩增产物进行纯化；
S4采用毛细管电泳技术进行检测，对检测结果进行分析，确定SNP位点及其基因型。
进一步地，所述步骤S1中的DNA样品为EDTA抗凝外周血的DNA样品。
进一步地，所述步骤S2中的多重PCR扩增反应条件包括：阶段1：98℃ 3min；阶段2：98℃ 10s；阶段3：58℃ 30s；阶段4：72℃ 1min；阶段5：返回到阶段2，29个循环；阶段6：72℃5min；阶段7：25℃ 保温。
进一步地，所述步骤S3中的SNaPshot PCR扩增反应条件包括：阶段1：96℃ 10s；阶段2：55℃ 5s；阶段3：60℃ 30s；阶段4：返回到阶段1，25个循环；阶段5：4℃ 保温。
进一步地，所述步骤S4中采用GENEMAPPERID V4.1软件对检测结果进行分析。
除此之外，本发明提供的所述的同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物在制备检测MDR1和CYP19A1基因多态性试剂中的用途。
与现有技术相比，本发明提供的技术方案具有以下优势：本发明提供的同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物具有特异性好，不会发生交叉反应，准确性高的优点，实现了同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的检测，可以有效的预测绝经期晚期乳腺癌患者接受芳香化酶抑制剂的治疗疗效；同时还可以预测多种抗肿瘤药物与免疫抑制剂疗效及不良反应风险。
附图说明
图1为本发明提供的MDR1_C1236T基因引物的扩增片段；
图2为本发明提供的MDR1_G2677T/A基因引物的扩增片段；
图3为本发明提供的MDR1_C3435T基因引物的扩增片段；
图4为本发明提供的CYP19A1_rs4646基因引物的扩增片段；
图5为本发明提供的MDR1和CYP19A1基因SNaPshot PCR引物的检测结果图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明做进一步详细说明。
实施例一、引物
本发明提供的MDR1和CYP19A1基因引物如表1所示，包括PCR扩增引物和SNaPshot PCR引物，所述PCR扩增引物和SNaPshot PCR引物是相对应的。本发明提供的所有引物序列均通过UCSC数据库比对，无已知SNP位点。
表1 本发明提供的引物
实施例二、引物的特异性
将本发明提供的引物于UCSC中进行Blasting，结果如下：
1)MDR1和CYP19A1基因特异引物于UCSC中进行Blast，所有引物的扩增片段均覆盖了相应的检测位点，无其它同源基因，MDR1_C1236T扩增片段位于chr7:87179522-87179674，长度为153bp，扩增序列图如图1；MDR1_G2677T/A扩增片段位于chr7:87160475-87160699，长度为225bp，扩增序列图如图2；MDR1_C3435T扩增片段位于chr7:87138602-87138791，长度为190bp，扩增序列图如图3；CYP19A1_rs4646扩增片段位于chr15:51502778+51502903，长度为126bp，扩增序列图如图4。
2）使用表1中SNaPshot PCR引物，SNaPshot法进行检测，结果如图5所示，各产物峰的相对位置及测序反应掺入的碱基与预期相符。
实施例三、MDR1和CYP19A1基因多态性的检测
1）提取EDTA抗凝外周血的DNA样品，提取方法参照TIANamp Blood DNA Kit（购自Tiagen，货号DP318）的说明书，将DNA样品稀释至100ng/μL，备用。
2）配制PCR扩增引物混合物：将PCR扩增引物中MDR1_C1236T、MDR1_G2677T/A、MDR1_C3435T和CYP19A1_rs4646的引物浓度比为1:1:1:1混合，震荡混匀；短暂离心后备用；PCR扩增采用Q5™热启动超保真2X Master Mix（购自NEB公司，货号M0494L），反应体系如表2所示，震荡混匀，短暂离心后，分装18.0μL至标记好的PCR反应管；往标记好的PCR反应管加入引物混合物5.0μL，按照以下程序进行PCR扩增：阶段1：98℃ 3min；阶段2：98℃ 10s；阶段3：58℃ 30s；阶段4：72℃ 1min；阶段5：返回到阶段2，2:9个循环；阶段6：72℃ 5min；阶段7：25℃ 保温。
表2、PCR试剂配制表格
3）按MDR1_C1236T、MDR1_G2677T/A、MDR1_C3435T和CYP19A1_rs4646的引物浓度比为1:1:1:1混合，SNaPshot PCR产物中加入1.0μL SAP酶，按照以下程序进行反应：37℃，15min；80℃，15min；4℃，保温。反应完毕后，毛细管电泳技术进行检测，对检测结果采用GENEMAPPERID V4.1软件进行分析，确定SNP位点及其基因型，结果如图5所示。
实施例四、检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法的特异性
本发明的检测特异性定义为阴性符合率。本发明共对19例样本进行SNaPshot测序法检测，检测结果采用片段分析法或Sanger测序法进行验证。SNaPshot测序法检测出的阴性结果Sanger测序法显示的结果相符，如表3和表4所示。本发明的检测特异性为100%。
表3、MDR1 3SNPs检测特异性数据
表4、CYP19A1 rs4646检测特异性数据
实施例五、检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法的灵敏度
本发明的检测灵敏度定义为阳性符合率。本发明共对19例样本进行优化SNaPshot测序法检测，检测结果采用片段分析法或Sanger测序法进行验证。SNaPshot测序法检测出的阳性结果与Sanger法显示的结果相符，如表5和表6所示。本发明的检测灵敏度为100%。
表5、 MDR1 3SNPs位点检测灵敏度的试验数据
表6、 CYP19A1 rs4646位点检测灵敏度的试验数据
实施例六、检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法的准确度
本发明准确度定义为不同方法检测结果的一致性。本发明共对19例样本进行优化SNaPshot测序法检测，检测结果采用片段分析法或Sanger测序法进行验证。SNaPshot测序法检测结果与片段分析法或Sanger法显示的结果相符，如表7所示。本发明的准确度为100%。
表7、MDR1和CYP19A1基因准确度的试验数据
以上内容是结合具体的优选实施方式对本发明所作的进一步详细说明，不能认定本发明的具体实施只局限于这些说明。对于本发明所属技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干简单推演或替换，都应当视为属于本发明的保护范围。
SEQUENCE LISTING
<110> 广州金域检测科技股份有限公司
<120> 一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物及其方法
<130>
<160> 12
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
tcagttccta tatcctgtgt ctgtgaa 27
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
gctggactgt tgtgctcttc c 21
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
cccatcattg caatagcagg agt 23
<210> 4
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
gcatgaaaaa gattgctttg agga 24
<210> 5
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
gatggcaaag aaataaagcg actg 24
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
actcgatgaa ggcatgtatg ttg 23
<210> 7
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
tcaaactctt ggcctctgct tt 22
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
tggcccatgg cattttatag g 21
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
ctctgcacct tcaggttcag 20
<210> 10
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
ttttttattt agtttgactc accttcccag 30
<210> 11
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
tttttttttt tttttgttgg cctcctttgc tgccctcac 39
<210> 12
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
tttttttttt ttttttctat gggttgtcac caagctaggt gctatt 46

Claims (8)

1.一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物，其特征在于：包括PCR扩增引物和SNaPshot PCR引物；所述PCR扩增引物包括：针对MDR1_C1236T的上游引物5’-TCAGTTCCTATATCCTGTGTCTGTGAA-3’和下游引物5’- GCTGGACTGTTGTGCTCTTCC-3’，针对MDR1_G2677T/A的上游引物5’- CCCATCATTGCAATAGCAGGAGT-3’和下游引物5’-GCATGAAAAAGATTGCTTTGAGGA-3’，针对MDR1_C3435T的上游引物5’-GATGGCAAAGAAATAAAGCGACTG-3’和下游引物5’- ACTCGATGAAGGCATGTATGTTG-3’，针对CYP19A1_rs4646的上游引物5’- TCAAACTCTTGGCCTCTGCTTT-3’和下游引物5’-TGGCCCATGGCATTTTATAGG -3’；所述SNaPshot PCR引物包括：针对MDR1_C1236T的SNaPshotPCR引物5’-CTCTGCACCTTCAGGTTCAG-3’，针对MDR1_G2677T/A的SNaPshot PCR引物5’-TTTTTTATTTAGTTTGACTCACCTTCCCAG-3’，针对MDR1_C3435T的SNaPshot PCR引物5’-TTTTTTTTTTTTTTTGTTGGCCTCCTTTGCTGCCCTCAC-3’，针对CYP19A1_rs4646的SNaPshot PCR引物5’- TTTTTTTTTTTTTTTTCTATGGGTTGTCACCAAGCTAGGTGCTATT-3’。
2.根据权利要求1所述的同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物，其特征在于：所述PCR扩增引物中MDR1_C1236T、MDR1_G2677T/A、MDR1_C3435T和CYP19A1_rs4646的引物浓度比为1:1:1:1，所述SNaPshot PCR引物中MDR1_C1236T、MDR1_G2677T/A、MDR1_C3435T和CYP19A1_rs4646的引物浓度比为1:1:1:1。
3.一种同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法，其特征在于：包括如下步骤：
S1提取DNA样品；
S2以步骤S1提取的DNA样本为模板，采用权利要求1中所述的PCR扩增引物进行多重PCR扩增，并对扩增产物进行纯化；
S3以步骤S2纯化后的PCR扩增产物为模板，采用权利要求1中所述的SNaPshot PCR引物进行SNaPshot PCR扩增，并对SNaPshot PCR扩增产物进行纯化；
S4采用毛细管电泳技术进行检测，对检测结果进行分析，确定SNP位点及其基因型。
4.根据权利要求3所述的同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法，其特征在于：所述步骤S1中的DNA样品为EDTA抗凝外周血的DNA样品。
5.根据权利要求3所述的同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法，其特征在于：所述步骤S2中的多重PCR扩增反应条件包括：阶段1：98℃ 3min；阶段2：98℃ 10s；阶段3：58℃30s；阶段4：72℃ 1min；阶段5：返回到阶段2，29个循环；阶段6：72℃ 5min；阶段7：25℃ 保温。
6.根据权利要求3所述的同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法，其特征在于：所述步骤S3中的SNaPshot PCR扩增反应条件包括：阶段1：96℃ 10s；阶段2：55℃ 5s；阶段3：60℃ 30s；阶段4：返回到阶段1，25个循环；阶段5：4℃ 保温。
7.根据权利要求3所述的同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的方法，其特征在于：所述步骤S4中采用GENEMAPPERID V4.1软件对检测结果进行分析。
8.根据权利要求1所述的同时检测MDR1和CYP19A1基因多态性的引物在制备检测MDR1和CYP19A1基因多态性试剂中的用途。
CN201610043853.2A 2016-01-22 2016-01-22 一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物及其方法 Pending CN105525006A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610043853.2A CN105525006A (zh) 2016-01-22 2016-01-22 一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物及其方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610043853.2A CN105525006A (zh) 2016-01-22 2016-01-22 一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物及其方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN105525006A true CN105525006A (zh) 2016-04-27

Family

ID=55767529

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201610043853.2A Pending CN105525006A (zh) 2016-01-22 2016-01-22 一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物及其方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN105525006A (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108977526A (zh) * 2018-06-26 2018-12-11 苏州道尔盾基因科技有限公司 一种他克莫司和环孢素a个体化用药相关snp位点的检测方法及试剂盒
CN112980943A (zh) * 2021-03-31 2021-06-18 山东英盛生物技术有限公司 一种用于检测他克莫司精准用药的方法及引物、pcr试剂和试剂盒

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20150042882A (ko) * 2013-05-16 2015-04-22 대한민국 (식품의약품안전처장) 개인맞춤약물 적용을 위한 한국인 약물유전형 동시다중분석 및 분석 결과를 활용한 약물반응 예측 방법
CN104805181A (zh) * 2015-03-26 2015-07-29 协和干细胞基因工程有限公司 一组基于ARMs-PCR法检测CYP3A4、CYP3A5、MDR1基因多态性的引物及制备的试剂盒

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20150042882A (ko) * 2013-05-16 2015-04-22 대한민국 (식품의약품안전처장) 개인맞춤약물 적용을 위한 한국인 약물유전형 동시다중분석 및 분석 결과를 활용한 약물반응 예측 방법
CN104805181A (zh) * 2015-03-26 2015-07-29 协和干细胞基因工程有限公司 一组基于ARMs-PCR法检测CYP3A4、CYP3A5、MDR1基因多态性的引物及制备的试剂盒

Non-Patent Citations (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ABI: "ss43741296", 《DBSNP DATABASE》 *
J.萨姆布鲁克等: "《分子克隆实验指南（第三版）上册》", 31 August 2002, 科学出版社 *
OEFNER: "ss2941543", 《DBSNP DATABASE》 *
OEFNER: "ss2941548", 《DBSNP DATABASE》 *
OEFNER: "ss3189038", 《DBSNP DATABASE》 *
ROISIN CONNOLLY等: "The Role of Pharmacogenetics in Selection of Breast Cancer Treatment", 《CURRENT BREAST CANCER REPORTS》 *
侯一平: "《法医物证学》", 31 July 2009, 人民卫生出版社 *
吕慧等: "江苏地区汉族儿童多药耐药基因3个单核苷酸多态性位点的单倍型研究", 《临床合理用药》 *
胡抗等: "分子人类学中的单核苷酸突变检测方法的研究进展", 《生命科学》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108977526A (zh) * 2018-06-26 2018-12-11 苏州道尔盾基因科技有限公司 一种他克莫司和环孢素a个体化用药相关snp位点的检测方法及试剂盒
CN112980943A (zh) * 2021-03-31 2021-06-18 山东英盛生物技术有限公司 一种用于检测他克莫司精准用药的方法及引物、pcr试剂和试剂盒

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Tourang et al. Association between Human Endogenous Retrovirus K gene expression and breast cancer
Eskandari-Nasab et al. Association between HLA-G 3'UTR 14-bp ins/del polymorphism and susceptibility to breast cancer
EP2683412B1 (en) Methods for assessing responsiveness of cancer cells to lenalidomide, thalidomide, and/or pomalidomide
Chen et al. Genome-wide analysis of androgen receptor binding and gene regulation in two CWR22-derived prostate cancer cell lines
Zheng et al. Tumor‐specific transcripts are frequently expressed in hepatocellular carcinoma with clinical implication and potential function
CN105524987A (zh) 一种同时检测aldh2基因*2和adh1b基因*2多态性的引物与方法
Zhou et al. Estrogen-regulated genes in rat testes and their relationship to recovery of spermatogenesis after irradiation
CN105525006A (zh) 一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物及其方法
CN103468812B (zh) 一种检测糖皮质激素治疗sle疗效的试剂盒
CN105506095A (zh) 一种检测cyp2d6基因多态性的引物与方法
CN105255869B (zh) ABCC4基因多态性位点rs3742106的用途及其检测引物与试剂盒
CN105525004A (zh) 一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物与方法
CN105525001A (zh) 一种检测cyp19a1基因多态性的引物及其方法
CN105525005A (zh) 一种检测mdr1基因多态性的引物及其方法
CN105525003A (zh) 一种同时检测mdr1和cyp19a1基因多态性的引物及其方法
CN104774950A (zh) 一种基于hsp90aa1基因型预测糖皮质激素治疗sle疗效的试剂盒
CN105506090A (zh) 一种检测adh1b基因*2多态性的引物与方法
Costa-Silva et al. Assessment of IGF-1 expression in the peripheral blood of women with recurrent breast cancer
CN105506089A (zh) 一种检测aldh2基因*2多态性的引物与方法
CN107502674A (zh) 一种鼻咽癌发病风险关联检测的分子方法
Savitri et al. The Expression of miR-21 and miR-29c in Blood Plasma of Nasopharyngeal Carcinoma Patient Post-Chemoradiotherapy.
Qi et al. MiR-301b-3p can be used as a Potential Marker for the Diagnosis of Lung Adenocarcinoma
Kadhim et al. Genetic variability in the prncr1 gene among a sample of iraqi prostate cancer patients
Kim et al. The association between genetic polymorphisms in CYP19 and breast cancer risk in Korean women
CN105506096A (zh) 一种检测tpmt基因多态性的引物与方法

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20160427

WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication