CN105506074A - 一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物及试剂盒 - Google Patents
一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物及试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN105506074A CN105506074A CN201510897742.3A CN201510897742A CN105506074A CN 105506074 A CN105506074 A CN 105506074A CN 201510897742 A CN201510897742 A CN 201510897742A CN 105506074 A CN105506074 A CN 105506074A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seqidno
- schizophrenia
- lncrna
- incrna
- marker
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于生物技术领域,涉及一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物及试剂盒。本发明提供了一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物,包括NONHSAT089447、NONHSAT021545和NONHSAT041499,上述三种lncRNA的引物序列如SEQ?ID?NO.1~SEQ?ID?NO.6所示;还提供了用于上述三种lncRNA的探针,探针序列如SEQ?ID?NO.7~SEQ?ID?NO.9所示。本发明的有益效果在于首次提供了精神分裂症生物标记物和评估抗精神病药物疗效的生物标记物。经临床验证之后,具有较高的特异性和敏感值,有较高的诊断参考价值,lncRNA作为精神分裂症特异性生物标记物将带来精神分裂症诊断及治疗的革命性改变。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,涉及一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物及试剂盒。
背景技术
精神分裂症(schizophrenia,SZ)是最为严重的精神障碍之一,以幻觉、妄想、精神运动性兴奋等阳性症状和(或)以情感迟钝、情感淡漠、社交退缩、意志减退等阴性症状为主要临床特征,其对患者的认知、情感、行为和社会功能造成严重损害。
目前,虽对SZ的病因已有一定的认识,如研究者依据神经影像学、基因组学、蛋白组学、免疫组化等技术对SZ病因学研究的结果涉及遗传因素、社会心理因素、神经生化病理学说及大脑病理和脑结构变化学说等。但对其病理过程尚缺乏充分的认识,这阻碍了对SZ诊断、治疗、康复技术的进步。大量研究显示,遗传因素对SZ发生、进展、预后、疗效、复发有重要影响作用,研究者依据SZ的家族聚集性、患者同胞再患危险度以及同卵、异卵双生共患的差异推断,遗传因素占SZ发病因素的65%~85%。因此,对SZ遗传机制及其调控过程的探索,对揭示其病理过程具有重要意义,对SZ的诊断和治疗也具有较好的前景。
已有研究表明,精神分裂症病人若能早期明确诊断并及时得到有效治疗,可以显著改善患者的心理、生理、社会功能以及工作表现,并大大减少医疗开支,降低致残率。然而,目前对精神分裂症的诊断仍是依靠其临床症状的主观评估,缺乏有效的临床诊断“金标准”,因而精神分裂症的临床误诊、误治发生率较高。另一方面,由于事先未知患者对治疗药物反应特点,临床上只能通过不断尝试给药,才可能找到最佳治疗药物。这不仅影响该病的治疗效果,降低患者服药依从性,并造成医疗资源的巨大浪费。因此,有必要研发一种具有敏感性和特异性的生物标志物,来提高精神分裂症的诊断可靠性,并对精神分裂症各临床亚型加以区分,以便于有针对性地进行药物干预及开展临床科学研究。
非编码RNA(ncRNA)种类繁多,包括核糖体RNA(rRNA),核内小RNA(snRNA),ribozymes,转运RNA(tRNA),MicroRNA等。根据片段长短可将非编码RNA分为两类:小非编码RNA(smallncRNA,<200nt),长链非编码RNA(lncRNA,>200nt)。近年来SmallncRNA(例如microRNA和siRNA)得到了广泛的关注,相比之下lncRNA的相关研究较少。lncRNA广泛存在于动物,植物,酵母菌,甚至原核生物和病毒中。虽然lncRNA在物种间的变异较大,然而越来越多的证据表明其它在许多生物学过程,癌症及其它一些疾病中起了重要作用。lncRNA可调节mRNA稳定性,例如TINCR通过与FLG,LOR,ALOXE3,ALOX12B,ABCA12,CASP14或ELOVL3相互作用,增加其稳定性,而某些lncRNA则可以降低其靶mRNA的稳定性。许多证据表明lncRNA可通过结合启动子等方式来调控基因转录。此外还有研究表明lncRNA可与MicroRNA相互作用而发挥生物学功能。Spadaro等的研究指出lncRNA对适应性行为的调节有重要作用,Gomafu可能与焦虑相关。lncRNA广泛分布于脑组织中,对脑发育和高级认知功能具有重要作用,可能与精神障碍相关。
越来越多的研究证明,在大脑的发育、神经发生、神经元成熟及突触形成过程中,lncRNA起关键的调控作用。进一步的研究表明,精神分裂症的发生、发展中,lncRNA亦起重要作用,并与抗精神病药物的疗效有相关性。因此,某些lncRNA可成为精神分裂症诊断和预测抗精神病药物治疗效果的生物标记物。
发明内容
本发明要解决的技术问题是:提供一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物。
为解决上述技术问题,本发明采用的技术方案如下:一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物,所述标记物包括NONHSAT089447(PR4)、NONHSAT021545(PR6)和NONHSAT041499(PR7)。所述NONHSAT089447、NONHSAT021545和NONHSAT041499为ensembl数据库中的RNA标号,可以在该数据库中检索得到。
在本发明的第二方面,提供了一种精神分裂症诊断试剂盒,其能够测定血液中的NONHSAT089447(PR4)、NONHSAT021545(PR6)和NONHSAT041499(PR7)三种lncRNA的含量。
在本发明的一个优选例中,上述试剂盒含有NONHSAT089447(PR4)、NONHSAT021545(PR6)和NONHSAT041499(PR7)的引物和探针。
在本发明的一个优选例中,上述NONHSAT089447的正向引物如SEQIDNO.1所示,NONHSAT089447的反向引物如SEQIDNO.2所示;NONHSAT021545的正向引物如SEQIDNO.3所示,NONHSAT021545的反向引物如SEQIDNO.4所示;NONHSAT041499的正向引物如SEQIDNO.5所示,NONHSAT041499的反向引物如SEQIDNO.6所示。
在本发明的一个优选例中,上述NONHSAT089447的探针序列如SEQIDNO.7所示;NONHSAT021545的探针序列如SEQIDNO.8所示;NONHSAT041499的探针序列如SEQIDNO.9所示。
在本发明的第三方面,提供了一种用于评估抗精神分裂症药物疗效的lncRNA标志物,所述标记物包括NONHSAT089447(PR4)和NONHSAT041499(PR7)。
在本发明的第四方面,提供了一种评估抗精神分裂症药物疗效的试剂盒,其能够测定血液中的NONHSAT089447(PR4)和NONHSAT041499(PR7)两种lncRNA的含量。
在本发明的一个优选例中,上述试剂盒含有NONHSAT089447(PR4)和NONHSAT041499(PR7)的引物和探针。
在本发明的一个优选例中,上述NONHSAT089447的正向引物如SEQIDNO.1所示,NONHSAT089447的反向引物如SEQIDNO.2所示;NONHSAT041499的正向引物如SEQIDNO.5所示,NONHSAT041499的反向引物如SEQIDNO.6所示。
在本发明的一个优选例中,上述NONHSAT089447的探针序列如SEQIDNO.7所示;NONHSAT041499的探针序列如SEQIDNO.9所示。
所述诊断试剂盒和评估抗精神分裂症药物疗效的试剂盒中还可以包括PCR反应常用试剂,如Taq酶,逆转录酶,缓冲液,dNTPs,MgCl2和DEPC水等;还可以含有标准品和/或对照品;在本发明的一个优选例中,选用了β-Actin作为内参。
上述人类精神分裂症诊断试剂盒中优选的还包含其它一些辅助试剂,所述的辅助试剂是定量PCR扩增试剂盒中常规使用的一些试剂,这些试剂的特性以及它们的配制方法均是本领域技术人员所熟知的;所述的试剂例如(但不限于):阴性对照品、阳性对照品;还可以包括荧光定量PCR反应板、PCR反应板封口膜等。
可使用本领域技术人员所熟知的多种技术(例如定量或半定量RT-PCR,RNA印迹分析,溶液杂交检测等)测定相关lncRNA在精神分裂症患者和健康人群中的水平;在本发明的具体实施方案中,使用了定量PCR的方法。
本发明的有益效果在于:首次提供了精神分裂症生物标记物和评估抗精神病药物疗效的生物标记物。经临床验证之后,具有较高的特异性和敏感值,有较高的诊断参考价值,lncRNA作为精神分裂症特异性生物标记物将带来精神分裂症诊断及治疗的革命性改变。
1、精神分裂症的诊断将不依靠主观经验判断,而是可以通过lncRNA表达水平这种客观指标检查,进行确诊,提高诊断准确率,简化诊断过程;
2、有望通过lncRNA模拟物和拮抗物(修饰寡核苷酸)改变特定lncRNA表达水平能够使异常的基因调控网络和信号通路正常化,进而治疗精神分裂症;
3、有望通过检测特定lncRNA表达水平对抗精神分裂症药物的疗效进行预测;
4、有望通过检测特定lncRNA表达水平对精神分裂症患者转归及预后情况进行预测;
5、有望通过lncRNA模拟物和拮抗物对特定精神分裂症某种特定症状进行针对性治疗。
附图说明
图1为精神分裂症病人与对照者间十种lncRNA表达结果对比;
图2为四种lncRNA表达水平对精神分裂症的预测价值图;
图3为差异表达lncRNA的联合诊断指标对精神分裂症的预测价值图。
具体实施方式
一、研究对象
本研究获得中国人民解放军第二军医大学临床医院第102医院医学伦理委员会批准,所有受试者或受试家属(监护人)均签署知情同意书。
1.病例组:2012年8月至2014年6月于解放军第102医院门诊以及精神科病房连续收治的病人。入组标准:①符合美国精神疾病诊断和统计手册第4版(DSM-IV)精神分裂症诊断标准;②首发病人或入组前3个月未服抗精神病药物;③年龄15~80岁。排除标准:①患有其他精神疾病;②患有脑外伤等躯体或神经系统疾病;③有酗酒或药物滥用史;④入组前1个月内有输血史;⑤入组前3个月内使用过无抽搐电休克治疗者(MECT)。共入组106例患者,其中男性54例,女性52例。
2.对照组:来自解放军第102医院工作人员、健康体检人员。纳入标准:①无精神疾病家族史;②近1个月内无重大创伤事件;③近1月内无输血史。共入组48例,其中男性25例,女性23例。
在开展研究前,首先对参加本课题的精神专科医师和研究生进行培训。采用精神分裂症阳性和阴性症状量表(PANSS)、大体评定量表(GAS)、临床疗效总评量表(CGI)在病例入组前、药物治疗3周后、药物治疗6周后分别进行评估。由两位精神科主治医师根据DSM-IV-TR对患者进行诊断,如果出现不一致情况,则请一位精神科主任医师共同讨论后确定诊断。
入组时记录一般情况(姓名、性别、年龄、民族、文化程度、职业、收入水平、婚姻状况、药物成瘾史及精神疾病家族史等)。同样,记录正常对照组一般情况。
二、研究方法
①使用量表
精神分裂症阳性和阴性症状量表(PANSS):19世纪末,由Hughlings-Jackson首先提出,经后人整理,于1987年正式发表,现已广泛应用。阳性与阴性症状量表是为评定不同类型精神分裂症症状的严重程度而涉及和标准化的评定量表,由简明精神病量表和精神病理评定量表合并改编而成,共有33个条目,其中阳性症状条目7条,阴性症状条目7条,一般精神病理量表16项,复合量表3项。
大体评定量表(GAS):大体评定量表是评价各类精神疾病症状的量表,在同类量表中是应用最广泛的一种。本研究使用的是美国心理卫生研究所(NIMH)1976年的Spitzer版本,共有10级评定分(1~10分),根据患者临床症状进行评定。总分越高,说明病情越轻。本研究中使用GAS量表的中文版本进行评估,该版本经信效度检验分析,达到心理测量学标准。
临床疗效总评量表(CGI):临床疗效总评量表由WHO设计,用于国际精神疾病试点调查(IPSS)的研究,现用以评定临床疗效,适用于任何精神科治疗和研究对象。量表分为病情严重程度(severityofillness,SI),疗效总评(globalimprovement,GI)和疗效指数(efficacyindex,EI)三个分量表。本研究中使用CGI量表的中文版本进行评估,该版本经信效度检验分析,达到心理测量学标准。本研究中使用疾病严重程度分(severityofillness,SI)和疗效总评分(globalimprovement,GI)进行统计分析。
②资料收集
入组时记录一般情况(姓名、性别、年龄、民族、文化程度、职业、收入水平、婚姻状况、药物成瘾史及精神疾病家族史等)。由3名精神科主治医师或医师使用精神分裂症阳性和阴性症状量表(PANSS)和临床疗效总评量表(CGI)于用药前及用药6周以上对病例组被试进行评定。评定前,所有参与研究人员进行统一培训,统一方法学等,保证施测过程标准化。其中PANSS使用总分和因子分统计,CGI使用疗效总评分(globalimprovement,GI)统计。
③药物干预
在106例病例中,随机选取30例进行临床药物干预随访观察。对其采用每日服用奥氮平(剂量范围5~20mg)或利培酮(剂量范围2~6mg)或齐拉西酮(剂量范围40~140mg)和奎硫平(剂量范围100~800mg)口服治疗。
④主要试剂和耗材
LowInputQuick-AmpLabelingKit,one-color(24*)(Agilent,货号:5190-2305);GeneExpressionWashPack(Agilent,5188-5327);GeneExpressionHybridizationKit(5188-4242);RNASpikeInKit,one-color(5188-5327);荧光定量PCR引物:CustomPlusTQMNRNAAssays(美国ABI公司);荧光定量PCR试剂:TaqMan通用混合试剂盒Ⅱ(美国ABI公司,货号:4440047);反转录试剂盒:QuantiTectRev.TranscriptionKit(QIAGEN,货号:205311)。
⑤主要仪器
扫描仪(仪器来源:Affymetrix,型号:Scanner3000);杂交炉(仪器来源:Affymetrix,型号:HybridizationOven640);洗涤工作站(仪器来源:Affymetrix,型号:FluidicsStation450);2100(仪器来源:Agilent,型号:G2939A);2100振荡器(仪器来源:Agilent,型号:9600);NanoDrop(Thermo,2000);PCR仪(ABI,9700);离心机(eppendorf,5418);浓缩仪(eppendorf,5301);离心机(其林贝尔,LX-200);离心机-1(其林贝尔,LX-300);振荡器-1(其林贝尔,GL-88B);磁力搅拌器(其林贝尔,GL-3250B);金属浴-2(博日,HB-100);金属浴-3(博日,CHB-100);电热恒温培养箱(精宏实验设备,XMTD-8222);冰箱(荣事达,BCD-265F);ABI9700型PCR仪(美国ABI公司);天美CT14RD型台式高速冷冻离心机(上海天美生化仪器设备工程有限公司);NanoDrop1000超微量紫外分光光度计(附电脑1套)(美国Thermo公司);ABI7900HTFastRead-TimePCRSystem(附电脑1套)(美国ABI公司);WH-2微型漩涡混合仪(上海沪西分析仪器厂有限公司);JS-400A恒温金属浴(上海培清科技有限公司);DK-8D数显恒温水浴锅(金坛市医疗仪器厂);SW-CJ-IFD型单人单面净化工作台(苏净净化设备有限公司);-81℃超低温冰箱(日本三洋公司)。
⑥基因芯片筛查
用AgilentHumanlncRNA芯片,对精神分裂症患者5人,正常对照5人共10个样本检测和分析。样品总RNA利用NanoDropND-2000(ThermoScientific)定量并经AgilentBioanalyzer2100(AgilentTechnologies)检测RNA完整性。RNA质检合格后,样本的标记、芯片的杂交以及洗脱参照芯片标准流程。首先,总RNA反转录成双链cDNA,再进一步合成用Cyanine-3-CTP(Cy3)标记的cRNA。标记好的cRNA和芯片杂交,洗脱后利用AgilentScannerG2505C(AgilentTechnologies)扫描得到原始图像。数据分析:采用FeatureExtraction软件(version10.7.1.1,AgilentTechnologies)处理原始图像提取原始数据。接着利用Genespring软件(version12.5;AgilentTechnologies)进行quantile标准化和后续处理。标准化后的数据进行过滤,用于比较的每组样本中至少有一组100%标记为“P”的探针留下进行后续分析。利用T检验的p值和倍数变化值进行差异基因和差异lncRNA筛选,筛选的标准为上调或者下调倍数变化值>=2.0且P值<=0.05。
⑦总RNA抽提与荧光定量PCR
对芯片筛查结果中的10种差异表达的lncRNA进行后续的PCR验证。所有被试使用EDTA抗凝管采肘静脉血5ml,采血后轻轻摇动抗凝管使抗凝剂与血液混匀,所有血样在采血后2小时内进行RNA提取。先将Ficoll-PaquePLUS液室温(15-20℃)放置,所有离心过程也应在室温完成。取2mlEDTA抗凝血与等体积平衡液在15ml离心管中用移液管(或移液器)充分混匀(总体积4ml)。用针管抽取3mlFicollPaquePLUS溶液到新的15ml离心管中,轻轻用移液管(或移液器)沿管壁缓慢滴加准备好的样品(4ml)于分层液面上,注意保持清楚的液面。室温(18-20℃)以400×g离心30-40分钟。用新移液管(或移液器)吸取最上层的血浆与血小板。将单核淋巴细胞置于冻存管中,-80℃保存备用。由实验员每天定时记录冰箱温度。TRIzol(USA)法提取出血液单核淋巴细胞中的总RNA(包括lncRNA),具体操作按照试剂盒说明书进行。按照RNA逆转录试剂盒(TaqManRNA反转录试剂盒,美国ABI公司)说明书进行逆转录反应。反应总体积为15μL(总RNA5μL,TaqManMicroRNAAssay3μL,核酸酶free水4.16ul,RNase抑制剂0.19μL,缓冲液1.5μL,Multiscribe逆转录酶1μL和dNTP0.15μL),在不同温度下(16℃,42℃,85℃,4℃)进行不同时长(30mins,30mins,5mins,10mins)反应。实时荧光定量PCR按照TaqMan试剂盒(TaqMan通用混合试剂盒II,美国ABI公司)说明书进行。PCR扩增体系总体积为10μL,反应共40个循环。PCR反应Ct值通过7900实时荧光定量PCR仪(美国ABI公司)测定,每个反应重复三次。使用SDS2.4和DataAssistv3.0软件进行数据读取和分析,选择β-Actin为内参进行数据标准化。
⑧统计学处理
全部数据使用Excel2010建立数据库文件,以SPSSv17.0软件进行统计分析。以lncRNA与内参β-Actin之间阈值环(thresholdcycle,Ct)之差(ΔCt)表示lncRNA的相对表达水平。以非参数检验(Mann-WhitneyTest)分析病例组与对照组10种lncRNA表达是否有差异;lncRNA表达量与应对方式的关系用Pearson相关分析;以独立样本t检验分析lncRNA高表达与低表达组应对方式的差异。所有统计分析均为双侧显著性检验,以P<0.05为差异有统计学意义。
三、研究结果
1、基因芯片结果显示125种非编码RNA的表达在精神分裂症患者和正常人之间存在差异。本研究中选取用于后续PCR验证的10种lncRNA,表达上调与下调的各5种。见表1:
表1芯片中筛查中差异表达的10种lncRNA
2、病例组与对照组lncRNA表达水平采用wilcoxon秩和检验,结果如表2及图1所示,与对照组比较,病例组外周血单核细胞中3种lncRNA:NONHSAT089447(PR4),NONHSAT021545(PR6),NONHSAT041499(PR7),表达水平显著上调,差异有统计学意义(z=-2.460~-2.038,P<0.05)。见表2。
表2病例组与对照组lncRNAΔCt比较
注:PR1=ENST00000394742,PR2=TCONS_l2_00025502,PR3=NONHSAT098126,PR4=NONHSAT089447,
PR5=ENST00000563823,PR6=NONHSAT021545,PR7=NONHSAT041499,PR8=ENST00000521622,
PR9=TCONS_l2_00021339,PR10=NONHSAT104778
3、求得单个lncRNA对精神分裂症预测的ROC曲线:分别单独以ENST00000394742,NONHSAT089447,NONHSAT021545,NONHSAT041499为检验变量,病例组和对照组分组为状态变量,构建ROC曲线,结果表明(见图2):精神分裂症患者血浆中ENST00000394742,NONHSAT089447,NONHSAT021545,NONHSAT041499的含量对精神分裂症有一定的预测价值。以ENST00000394742作为诊断指标,AUC=0.608,95%的置信区间为0.503-0.712,P=0.041,当血浆中ENST00000394742=3.924CT时,约登指数达最大值0.246,此时的敏感度为70.5%,特异度为54.2%。以NONHSAT089447作为诊断指标,AUC=0.607,95%的置信区间为0.504-0.711,P=0.042,当血浆中NONHSAT089447=3.341CT时,约登指数达最大值0.259,此时的敏感度为72.7%,特异度为53.1%。以NONHSAT021545作为诊断指标,AUC=0.615,95%的置信区间为0.513-0.717,P=0.029,当血浆中NONHSAT021545=4.606CT时,约登指数达最大值0.267,此时的敏感度为70.5%,特异度为56.3%。以NONHSAT041499作为诊断指标,AUC=0.630,95%的置信区间为0.522-0.738,P=0.014,当血浆中NONHSAT041499=9.881CT时,约登指数达最大值0.303,此时的敏感度为38.6%,特异度为97.1%。比较ENST00000394742,NONHSAT089447,NONHSAT021545和NONHSAT041499诊断精神分裂症的曲线下面积,四个指标间无统计学差异,结果如图2所示。
4、以病例组和对照组分组为因变量,ENST00000394742,NONHSAT089447,NONHSAT021545,NONHSAT041499为自变量,进行logistic回归分析(所有自变量全部进入),依据回归方程Y(试验分组)=2.051+1.355ENST00000394742-0.113NONHSAT089447-0.808NONHSAT021545-0.499NONHSAT041499,将其转化为联合诊断指标1=ENST00000394742+(-0.113/1.355)NONHSAT021545+(-0.808/1.355)NONHSAT021545+(-0.499/1.355)NONHSAT041499,求得ENST00000394742,NONHSAT089447,NONHSAT021545,NONHSAT041499的联合诊断指标。以病例组和对照组分组为因变量,ENST00000394742,NONHSAT089447,NONHSAT021545,NONHSAT041499为自变量,进行逐步logistic回归分析(α入=0.05,α出=0.10),结果只有ENST00000394742和NONHSAT021545进入回归方程。依据回归方程Y(试验分组)=1.443+0.688ENST00000394742-0.741NONHSAT021545,将其转化为联合诊断指标2=ENST00000394742+(-0.741/0.688)NONHSAT021545,求得ENST00000394742和NONHSAT021545的联合诊断指标,结果见表3。以联合诊断指标1和联合诊断指标2为检验变量,病例组和对照组分组为状态变量,构建ROC曲线,结果表明(见图3):联合诊断指标1和联合指标2对精神分裂症有很好的预测价值。以联合诊断指标1为检验变量,AUC=0.719,95%的置信区间为0.636-0.791,P<0.001,当血浆中联合诊断指标=-0.787CT时,约登指数达最大值0.375,此时的敏感度为62.5%,特异度为75.0%。以联合诊断指标2为检验变量,AUC=0.705,95%的置信区间为0.622-0.788,P<0.001,当血浆中联合诊断指标=-0.515CT时,约登指数达最大值0.409,此时的敏感度为50.0%,特异度为90.9.%。与ENST00000394742,NONHSAT089447,NONHSAT021545,NONHSAT041499单个指标的曲线下面积比较,联合诊断指标1和联合诊断指标2的曲线下面积较大,除NONHSAT041499外,其它三个差异均有统计学意义。联合诊断指标1与联合诊断指标2比较,联合诊断指标1曲线下面积较大,但差异无统计学意义,结果见图3。
表3异常表达的lncRNA对精神分裂症影响的Logistic回归分析
注:0表示对照组,1表示病例组
5、与用药前比较,NONHSAT089447和NONHSAT041499表达水平显著下调,见表4;PANSS评估症状分和总分下降,结果见表5。
表4抗精神分裂症药物治疗前后lncRNA表达水平的变化(ΔCT)(x±S).
表5治疗前后PANSS症状分和总分的比较(ΔCT)
本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。
Claims (10)
1.一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物,其特征在于所述标记物包括NONHSAT089447、NONHSAT021545和NONHSAT041499。
2.一种精神分裂症诊断试剂盒,其特征在于能够测定血液中的NONHSAT089447、NONHSAT021545和NONHSAT041499三种lncRNA的含量。
3.如权利要求2所述的精神分裂症诊断试剂盒,其特征在于上述试剂盒含有NONHSAT089447、NONHSAT021545和NONHSAT041499的引物和探针。
4.如权利要求3所述的精神分裂症诊断试剂盒,其特征在于所述NONHSAT089447的正向引物如SEQIDNO.1所示,NONHSAT089447的反向引物如SEQIDNO.2所示;所述NONHSAT021545的正向引物如SEQIDNO.3所示,NONHSAT021545的反向引物如SEQIDNO.4所示;所述NONHSAT041499的正向引物如SEQIDNO.5所示,NONHSAT041499的反向引物如SEQIDNO.6所示。
5.如权利要求3所述的精神分裂症诊断试剂盒,其特征在于所述NONHSAT089447的探针序列如SEQIDNO.7所示;所述NONHSAT021545的探针序列如SEQIDNO.8所示;所述NONHSAT041499的探针序列如SEQIDNO.9所示。
6.一种用于评估抗精神分裂症药物疗效的lncRNA标志物,所述标记物包括NONHSAT089447和NONHSAT041499。
7.一种评估抗精神分裂症药物疗效的试剂盒,其特征在于所述试剂盒能够测定血液中的NONHSAT089447和NONHSAT041499两种lncRNA的含量。
8.如权利要求7所述的评估抗精神分裂症药物疗效的试剂盒,其特征在于所述试剂盒含有NONHSAT089447和NONHSAT041499的引物和探针。
9.如权利要求8所述的评估抗精神分裂症药物疗效的试剂盒,其特征在于所述NONHSAT089447的正向引物如SEQIDNO.1所示,NONHSAT089447的反向引物如SEQIDNO.2所示;所述NONHSAT041499的正向引物如SEQIDNO.5所示,NONHSAT041499的反向引物如SEQIDNO.6所示。
10.如权利要求8所述的评估抗精神分裂症药物疗效的试剂盒,其特征在于所述NONHSAT089447的探针序列如SEQIDNO.7所示;NONHSAT041499的探针序列如SEQIDNO.9所示。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201510897742.3A CN105506074B (zh) | 2016-03-01 | 2016-03-01 | 一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物及试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201510897742.3A CN105506074B (zh) | 2016-03-01 | 2016-03-01 | 一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物及试剂盒 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN105506074A true CN105506074A (zh) | 2016-04-20 |
CN105506074B CN105506074B (zh) | 2019-02-15 |
Family
ID=55714364
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201510897742.3A Expired - Fee Related CN105506074B (zh) | 2016-03-01 | 2016-03-01 | 一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物及试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN105506074B (zh) |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106222243A (zh) * | 2016-05-24 | 2016-12-14 | 张理义 | 一种用于精神分裂症诊断的circRNA标志物、试剂盒及基因芯片 |
CN110396541A (zh) * | 2019-05-07 | 2019-11-01 | 中国人民解放军联勤保障部队第九0四医院 | 精神分裂症小鼠模型海马lncRNA测序分析及试剂盒 |
CN113151450A (zh) * | 2021-03-16 | 2021-07-23 | 四川大学华西医院 | 一种用于散发性肌萎缩性侧索硬化症和帕金森病早期诊断的生物标志物及其应用 |
CN114250288A (zh) * | 2021-11-01 | 2022-03-29 | 苏州市广济医院 | Dna甲基化特征和前脉冲抑制特征在精神分裂症诊断中的应用 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009077763A1 (en) * | 2007-12-19 | 2009-06-25 | Psynova Neurotech Limited | Methods and biomarkers for diagnosing and monitoring psychotic disorders |
CN104120172A (zh) * | 2013-04-28 | 2014-10-29 | 上海交通大学 | 精神分裂症的基因标志物及其使用方法和应用 |
CN104745680A (zh) * | 2013-12-31 | 2015-07-01 | 张理义 | 精神分裂症生物标记物、检测方法及试剂盒 |
-
2016
- 2016-03-01 CN CN201510897742.3A patent/CN105506074B/zh not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009077763A1 (en) * | 2007-12-19 | 2009-06-25 | Psynova Neurotech Limited | Methods and biomarkers for diagnosing and monitoring psychotic disorders |
CN104120172A (zh) * | 2013-04-28 | 2014-10-29 | 上海交通大学 | 精神分裂症的基因标志物及其使用方法和应用 |
CN104745680A (zh) * | 2013-12-31 | 2015-07-01 | 张理义 | 精神分裂症生物标记物、检测方法及试剂盒 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
G BARRY等: "The long non-coding RNA Gomafu is acutely regulated in response to neuronal activation and involved in schizophrenia-associated alternative splicing", 《MOLECULAR PSYCHIATRY》 * |
QI LIAO等: "Large-scale prediction of co-expression networklong non-coding RNA functions in a coding–non-coding gene", 《NUCLEIC ACIDS RESEARCH》 * |
TIANQI WU等: "Distinct lncRNA expression profiles in the prefrontal cortex of SD rats after exposure to methylphenidate", 《BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY》 * |
李业 等: "长链非编码RNA的生物学功能及在神经系统疾病中的作用", 《国际神经病学神经外科学杂志》 * |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106222243A (zh) * | 2016-05-24 | 2016-12-14 | 张理义 | 一种用于精神分裂症诊断的circRNA标志物、试剂盒及基因芯片 |
CN106222243B (zh) * | 2016-05-24 | 2021-04-23 | 张理义 | 一种用于精神分裂症诊断的circRNA标志物、试剂盒及基因芯片 |
CN110396541A (zh) * | 2019-05-07 | 2019-11-01 | 中国人民解放军联勤保障部队第九0四医院 | 精神分裂症小鼠模型海马lncRNA测序分析及试剂盒 |
CN113151450A (zh) * | 2021-03-16 | 2021-07-23 | 四川大学华西医院 | 一种用于散发性肌萎缩性侧索硬化症和帕金森病早期诊断的生物标志物及其应用 |
CN114250288A (zh) * | 2021-11-01 | 2022-03-29 | 苏州市广济医院 | Dna甲基化特征和前脉冲抑制特征在精神分裂症诊断中的应用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN105506074B (zh) | 2019-02-15 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Kuningas et al. | Mental performance in old age dependent on cortisol and genetic variance in the mineralocorticoid and glucocorticoid receptors | |
CN105861716B (zh) | 一种用于抑郁症诊断的circRNA标志物、试剂盒及基因芯片 | |
CN104862310A (zh) | 精神分裂症生物标记物、筛选方法及试剂盒 | |
Hervé et al. | Translational identification of transcriptional signatures of major depression and antidepressant response | |
Ershova et al. | Quantification of cell-free DNA in blood plasma and DNA damage degree in lymphocytes to evaluate dysregulation of apoptosis in schizophrenia patients | |
Watanabe et al. | Biological tests for major depressive disorder that involve leukocyte gene expression assays | |
CN105524997A (zh) | 一种用于抑郁症诊断的lncRNA标志物、试剂盒及基因芯片 | |
KR20080016789A (ko) | 혈액 림프구에서 자궁내막증을 진단할 수 있는 분자마커의동정 | |
Canli et al. | Differential transcriptome expression in human nucleus accumbens as a function of loneliness | |
CN105506074A (zh) | 一种用于精神分裂症诊断的lncRNA标志物及试剂盒 | |
US20230332233A1 (en) | USE OF microRNA (miRNA) MARKER IN PREPARATION OF PRODUCT FOR EVALUATING THERAPEUTIC EFFECT OF OLANZAPINE IN TREATMENT OF SCHIZOPHRENIA (SZ) AND KIT | |
Ozdilek et al. | Serum microRNA expression levels in Turkish patients with Parkinson’s disease | |
CN104450707B (zh) | 一种血清miRNA生物标志物的应用 | |
CN104651513A (zh) | 一种痛风血清miRNAs生物标志物及其表达量的检测方法 | |
Wang et al. | MicroRNAs serve as prediction and treatment-response biomarkers of attention-deficit/hyperactivity disorder and promote the differentiation of neuronal cells by repressing the apoptosis pathway | |
Zhou et al. | Correlation between plasma CircRNA-089763 and postoperative cognitive dysfunction in elderly patients undergoing non-cardiac surgery | |
CN106222243B (zh) | 一种用于精神分裂症诊断的circRNA标志物、试剂盒及基因芯片 | |
Li et al. | The clinical significance of miR-135b-5p and its role in the proliferation and apoptosis of hippocampus neurons in children with temporal lobe epilepsy | |
Liu et al. | Expression of miR‐155 in Serum Exosomes in Children with Epilepsy and Its Diagnostic Value | |
Chen et al. | Can biomarkers be used to diagnose attention deficit hyperactivity disorder? | |
Zanello et al. | Inflammatory gene expression signatures in idiopathic intracranial hypertension: possible implications in microgravity-induced ICP elevation | |
Darbinian et al. | Molecular markers in maternal blood exosomes allow early detection of fetal alcohol spectrum disorders | |
Zhang et al. | The correlation between LncRNA-17A expression in peripheral blood mononuclear cells and Wnt/β-catenin signaling pathway and cognitive function in patients with Alzheimer disease | |
CN105177117A (zh) | 重症抑郁障碍生物标记物、筛选方法及试剂盒 | |
Yuechen et al. | A summary of the current diagnostic methods for, and exploration of the value of microRNAs as biomarkers in, sepsis-associated encephalopathy |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant | ||
TR01 | Transfer of patent right |
Effective date of registration: 20210309 Address after: 214000 No.101, Xingyuan North Road, Liangxi District, Wuxi City, Jiangsu Province Patentee after: The 94th Hospital of the joint service support force of the Chinese PLA Address before: 213001 55 Heping North Road, Tianning District, Changzhou City, Jiangsu Province Patentee before: Zhang Liyi |
|
TR01 | Transfer of patent right | ||
CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee |
Granted publication date: 20190215 Termination date: 20210301 |
|
CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee |