CN105452461B - 生长激素受体的调节剂 - Google Patents

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Abstract

本发明实施方案提供了使用靶向生长激素受体(GHR)的反义化合物寡核苷酸治疗、预防或改善与过量生长激素相关的疾病的方法、化合物和组合物。

Description

生长激素受体的调节剂
技术领域
本发明实施方案提供了使用靶向生长激素受体(GHR)的反义化合物或寡核苷酸治疗、预防或改善与过量生长激素相关的疾病的方法、化合物和组合物。
序列表
本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表作为2014年6月30日生成的命名为BIOL0226WOSEQ_ST25.txt,大小为1028Kb的文件提供。电子格式的序列表中的信息通过引用整体并入本文。
发明背景
生长激素在垂体中生成并分泌到血流中,在血流中生长激素与许多细胞类型上的生长激素受体(GHR)结合,引起生成胰岛素样生长因子-1(IGF-1)。IGF-1主要在肝脏,但也在脂肪组织和肾脏中生成,并且分泌到血流中。几种病症,诸如肢端肥大症和巨人症与血浆和/或组织中生长激素水平升高和/或IGF-1水平升高相关。
生长激素的过量生成可导致疾病诸如肢端肥大症或巨人症。肢端肥大症和巨人症与常常由垂体肿瘤引起的过量生长激素相关,并且在全世界每一百万人中影响40-50人,在美国和欧洲各有约15,000名患者并且年发病率为每一百万人约4-5人。肢端肥大症和巨人症最初特征在于手和脚生长异常和骨面部特征变化。许多生长相关的结果受血清IGF-1水平升高介导。
发明概述
本文提供的实施方案涉及治疗、预防或改善与过量生长激素相关的疾病的方法、化合物和组合物。本文提供的几个实施方案涉及靶向生长激素受体(GHR)的反义化合物或寡核苷酸。几个实施方案涉及用靶向生长激素受体(GHR)的反义化合物或寡核苷酸对肢端肥大症的治疗、预防或改善。
发明详述
正如所要求保护的那样,应理解前面的概述和以下的详述仅为示例性和解释性并不限制本发明。除非另有特别说明,否则本文中,单数的使用包括复数。除非另有说明,否则如本文中所用,使用“或”意指“和/或”。此外,术语“包括”以及其它形式,诸如“包括”和“被包括”的使用,并非限制性。同样地,除非另有特别说明,否则诸如“元素”或“组分”的术语涵盖包含一个单位的元素和组分以及包含一个以上亚单位的元素和组分。
本文所用的分段标题仅用于组织的目的,不得被解释为限制所描述的主题。本申请中引用的所有文件或文件部分,包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和论文,特此通过对本文讨论的文件的部分的引用,以及整体明确并入。
除非另外指出,否则以下术语具有以下含义:
“2’-O-甲氧基乙基”(也为2’-MOE和2’-O(CH2)2-OCH3)是指呋喃糖环的2’位置的O-甲氧基-乙基修饰。2’-O-甲氧基乙基修饰的糖是经修饰的糖。
“2’-MOE核苷”(也为2’-O-甲氧基乙基核苷)意指包含2’-MOE修饰糖部分的核苷。
“2’-取代的核苷”意指在呋喃糖基环的2’-位置包含除H或OH外的取代基的核苷。在某些实施方案中,2’取代的核苷包括具有双环糖修饰的核苷。
“3’靶位点”是指靶核酸的与特定反义化合物的3’-最末端核苷酸互补的核苷酸。
“5’靶位点”是指靶核酸的与特定反义化合物的5’-最末端核苷酸互补的核苷酸。
“5-甲基胞嘧啶”意指经附着于5位置的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶是经修饰的核碱基。
“约”意指值的±10%以内。例如,如有说明,则“所述化合物影响GHR的至少约70%抑制”,其暗示GHR水平受到60%和80%范围内的抑制。
“施用”是指将本文提供的反义化合物引入受试者以执行其预定功能的途径。可以使用的施用途径的实例包括但不限于肠胃外施用,诸如皮下、静脉内或肌肉内注射或输注。
“改善”是指相关疾病、病症或病状的至少一种指标、病征或症状的减轻。在某些实施方案中,改善包括病状或疾病的一种或多种指标进展上的延迟或减缓。可通过本领域中技术人员已知的主观或客观测量测定指标的严重程度。
“动物”是指人或非人动物,包括但不限于小鼠、大鼠、兔、狗、猫、猪及非人灵长类动物,包括但不限于猴子和黑猩猩。
“反义活性”意指反义化合物与其靶核酸杂交所引起的任何可检测或可测量的活性。在某些实施方案中,反义活性为靶核酸或该靶核酸编码的蛋白质的量或表达的减少。
“反义化合物”意指能够通过氢键键合进行与靶核酸的杂交的寡聚化合物。反义化合物的实例包括单链和双链化合物,诸如反义寡核苷酸、siRNA、shRNA、ssRNA和基于占用的化合物。
“反义抑制”意指在与靶核酸互补的反义化合物存在时,与没有所述反义化合物时的靶核酸水平相比,靶核酸水平降低。
“反义机制”是牵涉化合物与靶核酸杂交的所有机制,其中杂交的结果或影响是靶标降解或靶标占用,及牵涉例如转录或剪接的细胞器的相伴失速。
“反义寡核苷酸”意指具有容许与靶核酸的相应区域或区段杂交的核碱基序列的单链寡核苷酸。
“碱基互补性”是指反义寡核苷酸的核碱基与靶核酸中的相应核碱基的精确碱基配对(即,杂交)的能力,并且受相应核碱基之间的沃森-克里克(Watson-Crick)、胡斯坦(Hoogsteen)或反胡斯坦氢键结合介导。
“双环糖部分”意指包含4至7元环(包括但不限于呋喃糖基)的,包含连接所述4至7元环的两个原子以形成第二个环,从而产生双环结构的桥的经修饰的糖部分。在某些实施方案中,所述4至7元环为糖环。在某些实施方案中所述4至7元环为呋喃糖基。在某些实施方案中,所述桥连接呋喃糖基的2’-碳和4’-碳。
“双环核酸”或“BNA”或“BNA核苷”意指具有连接核苷糖单位的4’和2’位置之间的两个碳原子,从而形成双环糖的桥的核酸单体。此类双环糖的实例包括但不限于如以下所描绘的A)α-L-亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)LNA、(B)β-D-亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)LNA、(C)乙烯氧基(4’-(CH2)2-O-2’)LNA、(D)氨氧基(4’-CH2-O-N(R)-2’)LNA和(E)氧氨基(4’-CH2-N(R)-O-2’)LNA。
Figure BDA0000899795150000041
如本文中所用,LNA化合物包括但不限于在糖的4’和2’位置之间具有至少一个桥的化合物,其中每个桥独立地包含独立地选自-[C(R1)(R2)]n-、-C(R1)=C(R2)-、-C(R1)=N-、-C(=NR1)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(R1)2-、-S(=O)x-和-N(R1)-的1个或2至4个连接的基团;其中x为0、1或2;n为1、2、3或4;每个R1和R2独立地为H、保护基团、羟基、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、经取代的C5-C20芳基、杂环基团、经取代的杂环基团、杂芳基、经取代的杂芳基、C5-C7脂环族基团、经取代的C5-C7脂环族基团、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(=O)-H)、经取代的酰基、CN、磺酰基(S(=O)2-J1)或亚磺酰基(S(=O)-J1);并且每个J1和J2独立地为H、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、经取代的C5-C20芳基、酰基(C(=O)-H)、经取代的酰基、杂环基团、经取代的杂环基团、C1-C12氨基烷基、经取代的C1-C12氨基烷基或保护基团。
涵盖在LNA定义内的4’-2’桥联基团的实例包括但不限于下式之一:-[C(R1)(R2)]n-、-[C(R1)(R2)]n-O-、-C(R1R2)-N(R1)-O-或-C(R1R2)-O-N(R1)-。此外,涵盖在LNA定义内的其它桥联基团为4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'、4'-(CH2)2-O-2'、4'-CH2-O-N(R1)-2'和4'-CH2-N(R1)-O-2'-桥,其中每个R1和R2独立地为H、保护基团或C1-C12烷基。
根据本发明在LNA定义内还包括其中核糖基糖环的2'-羟基与糖环的4'碳原子连接,从而形成亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)桥以形成双环糖部分的LNA。所述桥也可为连接2'氧原子和4'碳原子的亚甲基(-CH2-)基团,对其而言使用术语亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)LNA。此外,在这个位置具有乙烯桥联基团的双环糖部分的情况下,使用术语乙烯氧基(4’-CH2CH2-O-2’)LNA。如本文中所用,α-L-亚甲氧基(4’-CH2-O-2’),其为亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)LNA的异构体,也涵盖在LNA定义内。
“帽结构”或“末端帽部分”意指已经并入反义化合物任一末端的化学修饰。
“cEt”或“限制型乙基”意指包含连接4’-碳和2’-碳的桥的双环糖部分,其中所述桥具有式:4’-CH(CH3)-O-2’。
“限制型乙基核苷”(也为cEt核苷)意指包含含4’-CH(CH3)-O-2’桥的双环糖部分的核苷。
“化学独特区域”是指反义化合物中在某些方面在化学上不同于相同反义化合物的另一区域的区域。例如,具有2’-O-甲氧基乙基核苷酸的区域在化学上不同于具有无2’-O-甲氧基乙基修饰的核苷酸的区域。
“嵌合型反义化合物”意指具有至少2个化学独特区域,每个位置具有多个亚单位的反义化合物。
“互补性”意指第一核酸和第二核酸的核碱基之间配对的能力。
“包含”将被理解为暗示包括规定的步骤或元素或一组步骤或元素但不排除任何其它步骤或元素或其它组的步骤或元素。
“连续核碱基”意指彼此直接相邻的核碱基。
“脱氧核糖核苷酸”意指在核苷酸的糖部分的2’位置具有氢的核苷酸。脱氧核糖核苷酸可经多种取代基的任一种修饰。
“设计”或“设计为”是指设计与所选核酸分子特异性杂交的寡聚化合物的过程。
“有效量”意指活性药物剂足以在需要所述剂的个体中实现所需生理学结果的量。有效量可在个体中根据待治个体的健康和身体状况,待治个体的分类学类别、所述组合物的配方、个体医疗状况的评估和其它有关因素而改变。
“功效”意指产生所需效果的能力。
“表达”包括将基因的编码信息转化为在细胞中存在且起作用的结构的所有功能。此类结构包括但不限于转录和翻译的产物。
“完全互补”或“100%互补”意指第一核酸的每个核碱基具有第二核酸中的互补核碱基。在某些实施方案中,第一核酸为反义化合物并且靶核酸为第二核酸。
“间隔体(Gapmer)”意指一种嵌合型反义化合物,其中具有多个支持RNA酶H裂解的核苷的内部区域位于具有一个或多个核苷的外部区域之间,其中构成内部区域的核苷化学上不同于构成外部区域的核苷或多个核苷。内部区域可被称为“间隙”而外部区域可被称为“侧翼”。
“生长激素受体(GHR)”意指GHR的任何核酸或蛋白。“GHR核酸”意指编码GHR的任何核酸。例如,在某些实施方案中,GHR核酸包括编码GHR的DNA序列,由编码GHR的DNA(包括含内含子和外显子的基因组DNA)转录的RNA序列(包括非蛋白编码(即非编码)RNA序列)和编码GHR的mRNA序列。“GHR mRNA”意指编码GHR蛋白的mRNA。
“GHR特异性抑制剂”是指能够在分子水平上特异性抑制GHR RNA和/或GHR蛋白表达或活性的任何剂。例如,GHR特异性抑制剂包括核酸(包括反义化合物)、肽、抗体、小分子和能够抑制GHR RNA和/或GHR蛋白表达的其它剂。
“杂交”意指互补核酸分子的退火。在某些实施方案中,互补核酸分子包括但不限于反义化合物和核酸靶标。在某些实施方案中,互补核酸分子包括但不限于反义寡核苷酸和核酸靶标。
“鉴定具有疾病、病症和/或病状或处于具有疾病、病症和/或病状风险的动物”意指鉴定已经诊断出所述疾病、病症和/或病状的动物或鉴定倾向于发展所述疾病、病症和/或病状的动物。此类鉴定可通过任何方法实现,包括评价个体的病史和标准临床试验或评估。
“直接相邻”意指在直接相邻的元素之间没有介入元素。
“个体”意指选择用于处理或治疗的人或非人动物。
“抑制表达或活性”是指降低、阻滞表达或活性并且不一定指完全消除表达或活性。
“核苷间键联”是指核苷之间的化学键。
“延长的”反义寡核苷酸是相对于本文公开的反义寡核苷酸具有一个或多个附加核苷的反义寡核苷酸。
“连接的脱氧核苷”意指经脱氧核糖取代,通过磷酸酯连接形成核苷酸的核酸碱基(A、G、C、T、U)。
“连接的核苷”意指通过核苷间键联连接在一起的相邻核苷。
“错配”或“非互补核碱基”是指第一核酸的核碱基不能与第二或靶核酸的相应核碱基配对时的情况。
“经修饰的核苷间键联”是指天然存在的核苷间键(即,磷酸二酯核苷间键)的取代或任何变化。
“经修饰的核碱基”意指除了腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶之外的任何核碱基。“未修饰的核碱基”意指嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。
“经修饰的核苷”意指独立具有经修饰的糖部分和/或经修饰的核碱基的核苷。
“经修饰的核苷酸”意指独立具有经修饰的糖部分、经修饰的核苷间键联或经修饰的核碱基的核苷酸。
“经修饰的寡核苷酸”意指包含至少一个经修饰的核苷间键联、经修饰的糖和/或经修饰的核碱基的寡核苷酸。
“经修饰的糖”意指从天然糖部分的取代和/或任何变化。
“调节”是指改变或调整在细胞、组织、器官或生物体内的特征。例如,调节GHRmRNA可意为提高或降低细胞、组织、器官或生物体内GHR mRNA和/或GHR蛋白的水平。“调节剂”在细胞、组织、器官或生物体内实现变化。例如,GHR反义化合物可以是降低细胞、组织、器官或生物体内GHR mRNA和/或GHR蛋白的量的调节剂。
“单体”是指寡聚物的单个单位。单体包括但不限于天然存在的或经修饰的核苷和核苷酸。
“基序”意指反义化合物中未修饰和经修饰的核苷的模式。
“天然糖部分”是指在DNA(2’-H)或RNA(2’-OH)中发现的糖部分。
“天然存在的核苷间键联”是指3'至5'磷酸二酯键联。
“非互补核碱基”是指相互不形成氢键或以其它方式支持杂交的一对核碱基。
“核酸”是指由单体核苷酸组成的分子。核酸包括但不限于核糖核酸(RNA)、脱氧核糖核酸(DNA)、单链核酸和双链核酸。
“核碱基”意指能够与另一核酸的碱基配对的杂环部分。
“核碱基互补性”是指核碱基能够与另一核碱基碱基配对。例如,在DNA中,腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)互补。例如,在RNA中,腺嘌呤(A)与尿嘧啶(U)互补。在某些实施方案中,互补核碱基是指反义化合物的能够与其靶核酸的核碱基碱基配对的核碱基。例如,如果在反义化合物某一位置的核碱基能够与在靶核酸某一位置的核碱基氢键键合,则认为寡核苷酸和靶核酸之间氢键键合的位置在该核碱基对处互补。
“核碱基序列”意指不依赖于任何糖、键联和/或核碱基修饰的连续核碱基的顺序。
“核苷”意指与糖连接的核碱基。
“核苷模拟物”包括用于置换寡聚化合物的一个或多个位置上的糖或糖和碱基而未必是键联的那些结构,例如具有吗啉代、环己烯基、环己基、四氢吡喃基、如非呋喃糖单元的双环或三环糖模拟物的核苷模拟物。核苷模拟物包括用于置换寡聚化合物的一个或多个位置上的核苷和键联的那些结构,例如肽核酸或吗啉代(通过-N(H)-C(=O)-O-或其它非磷酸二酯键联连接的吗啉代)。糖替代物与稍广义的术语核苷模拟物有重叠,但仅仅旨在用于表示糖单元(呋喃糖环)的置换。本文提供的四氢吡喃环说明了糖替代物的实例,其中呋喃糖基团已经被四氢吡喃环系所置换。“模拟物”是指取代糖、核碱基和/或核苷间键联的基团。通常,模拟物用于代替糖或糖-核苷间键联组合,并且核碱基保持与所选靶标杂交。
“核苷酸”意指具有与核苷的糖部分共价连接的磷酸基团的核苷。
“寡聚化合物”意指能够与核酸分子的至少一个区域杂交的连接的单体亚单位的聚合物。
“寡核苷”意指其中核苷间键联不含磷原子的寡核苷酸。
“寡核苷酸”意指连接核苷的聚合物,每个核苷可经修饰或未修饰,彼此独立。
“肠胃外施用”意指通过注射或输注施用。肠胃外施用包括皮下施用、静脉内施用、肌肉内施用、动脉内施用、腹腔内施用或颅内施用,例如鞘内或脑室内施用。
“药物组合物”意指适于施用给个体的物质的混合物。例如,药物组合物可包含一种或多种活性药物剂和无菌水溶液。
“药学上可接受的盐”意指生理学和药学上可接受的反义化合物的盐,即保持亲本寡核苷酸的所需生物活性而不赋予其不需要的毒性效果的盐。
“硫代磷酸酯键联”意指核苷之间的键联,其中通过用硫原子置换非桥联氧原子之一而修饰磷酸二酯键。硫代磷酸酯键联是经修饰的核苷间键联。
“部分”意指核酸中确定数量的连续(即,连接的)核碱基。在某些实施方案中,部分是靶核酸中确定数量的连续核碱基。在某些实施方案中,部分是反义化合物中确定数量的连续核碱基。
“预防”是指延迟或预先阻止疾病、病症或病状的发生、发展或进展从几分钟到不确定的时间段。预防还意指降低发展疾病、病症或病状的风险。
“预防有效量”是指为动物提供预防性或预防性益处的药物剂的量。
“区域”定义为靶核酸的具有至少一种可鉴定结构、功能或特征的一部分。
“核糖核苷酸”意指在核苷酸糖部分的2’位置具有羟基的核苷酸。核糖核苷酸可经多种取代基中的任一种取代。
“区段”定义为靶核酸内区域的较小或子部分。
“副作用”意指由治疗所引起的除所需效果之外的生理疾病和/或病状。在某些实施方案中,副作用包括注射部位反应、肝功能试验异常、肾功能异常、肝脏毒性、肾脏毒性、中枢神经系统异常、肌病和不适。例如,血清中提高的转氨酶水平可表明肝脏毒性或肝功能异常。例如,增高的胆红素可表明肝脏毒性或肝功能异常。
如本文中所用,“位点”定义为靶核酸内独特的核碱基位置。
“减缓进展”意指减少所述疾病的进展。
“可特异性杂交”是指反义化合物在反义寡核苷酸和靶核酸之间具有足以诱导所需效应的互补度,同时在需要特异性结合的条件下,即在体内测定和治疗处理时的生理条件下对非靶核酸表现出最低影响或无影响。“严格杂交条件”或“严格条件”是指寡聚化合物将与其靶序列杂交,但不与最少数量的其它序列杂交的条件。
“受试者”意指选择用于处理或治疗的人或非人动物。
“靶标”是指需要对其调节的蛋白质。
“靶基因”是指编码靶标的基因。
“靶向”意指设计并选择将与靶核酸特异性杂交并诱导所需效应的反义化合物的过程。
“靶核酸”、“靶RNA”、“靶RNA转录产物”和“核酸靶标”全部意指能够被反义化合物靶向的核酸。
“靶区”意指一种或多种反义化合物靶向的靶核酸的一部分。
“靶区段”意指反义化合物靶向的靶核酸的核苷酸的序列。“5’靶位点”是指靶区段的5’最末端核苷酸。“3’靶位点”是指靶区段的最3’最末端核苷酸。
“治疗有效量”意指为个体提供治疗益处的药物剂的量。
“治疗”是指向动物施用药物组合物以在动物中实现疾病、病症或病状的改变或改善。在某些实施方案中,可向动物施用一种或多种药物组合物。
“未修饰的”核碱基意指嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。
“未修饰的核苷酸”意指由天然存在的核碱基、糖部分和核苷间键联组成的核苷酸。在某些实施方案中,未修饰的核苷酸为RNA核苷酸(即β-D-核糖核苷)或DNA核苷酸(即β-D-脱氧核糖核苷)。
某些实施方案
某些实施方案提供了抑制生长激素受体(GHR)表达的方法、化合物和组合物。
某些实施方案提供了靶向GHR核酸的反义化合物。在某些实施方案中,GHR核酸具有基因库登录号NM_000163.4(本文作为SEQ ID NO:1并入)、基因库登录号NT_006576.16(截自核苷酸42411001至42714000)(本文作为SEQ ID NO:2并入)、基因库登录号X06562.1(本文作为SEQ ID NO:3并入)、基因库登录号DR006395.1(本文作为SEQ ID NO:4并入)、基因库登录号DB052048.1(本文作为SEQ ID NO:5并入)、基因库登录号AF230800.1(本文作为SEQ ID NO:6)、基因库登录号AA398260.1的互补序列(本文作为SEQ ID NO:7并入)、基因库登录号BC136496.1(本文作为SEQ ID NO:8并入)、基因库登录号NM_001242399.2(本文作为SEQ ID NO:9并入)、基因库登录号NM_001242400.2(本文作为SEQ ID NO:10并入)、基因库登录号NM_001242401.3(本文作为SEQ ID NO:11并入)、基因库登录号NM_001242402.2(本文作为SEQ ID NO:12并入)、基因库登录号NM_001242403.2(本文作为SEQ ID NO:13并入)、基因库登录号NM_001242404.2(本文作为SEQ ID NO:14并入)、基因库登录号NM_001242405.2(本文作为SEQ ID NO:15并入)、基因库登录号NM_001242406.2(本文作为SEQID NO:16并入)、基因库登录号NM_001242460.1(本文作为SEQ ID NO:17)、基因库登录号NM_001242461.1(本文作为SEQ ID NO:18)或基因库登录号NM_001242462.1(本文作为SEQID NO:19并入)中列出的序列。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成并且具有包含SEQ ID NO:20-2295中的任何核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由10-30个连接的核苷组成,在SEQ ID NO:1的核苷酸30-51、63-82、103-118、143-159、164-197、206-259、361-388、554-585、625-700、736-776、862-887、923-973、978-996、1127-1142、1170-1195、1317-1347、1360-1383、1418-1449、1492-1507、1524-1548、1597-1634、1641-1660、1683-1698、1744-1768、1827-1860、1949-2002、2072-2092、2095-2110、2306-2321、2665-2683、2685-2719、2739-2770、2859-2880、2941-2960、2963-2978、3037-3052、3205-3252、3306-3332、3371-3386、3518-3542、3975-3990、4041-4087、4418-4446、4528-4546、7231-7246、7570-7585、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、11020-11035、11793-11808、12214-12229、12474-12489、12905-12920、13400-13415、13717-13732、14149-14164、14540-14555、15264-15279、15849-15864、16530-16545、17377-17392、17581-17596、17943-17958、18353-18368、18636-18651、19256-19271、19814-19829、20365-20380、20979-20994、21566-21581、22150-22165、22803-22818、29049-29064、29554-29569、30245-30260、30550-30565、30915-30930、31468-31483、32366-32381、32897-32912、33187-33202、33780-33795、34407-34422、34846-34861、35669-35684、36312-36327、36812-36827、37504-37519、38841-38856、40250-40265、40706-40721、40922-40937、41424-41439、41999-42014、42481-42496、42700-42715、43291-43306、43500-43515、43947-43962、44448-44463、45162-45177、46010-46025、46476-46491、47447-47462、47752-47767、48001-48016、48423-48438、50195-50210、50470-50485、51104-51119、51756-51771、52015-52030、52230-52245、52588-52603、53532-53547或54645-54660内互补,其中所述经修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO:1至少90%互补。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由10-30个连接的核苷组成,具有包含与SEQ ID NO:1的核碱基30-51、63-82、103-118、143-159、164-197、206-259、361-388、554-585、625-700、736-776、862-887、923-973、978-996、1127-1142、1170-1195、1317-1347、1360-1383、1418-1449、1492-1507、1524-1548、1597-1634、1641-1660、1683-1698、1744-1768、1827-1860、1949-2002、2072-2092、2095-2110、2306-2321、2665-2683、2685-2719、2739-2770、2859-2880、2941-2960、2963-2978、3037-3052、3205-3252、3306-3332、3371-3386、3518-3542、3975-3990、4041-4087、4418-4446、4528-4546、7231-7246、7570-7585、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、11020-11035、11793-11808、12214-12229、12474-12489、12905-12920、13400-13415、13717-13732、14149-14164、14540-14555、15264-15279、15849-15864、16530-16545、17377-17392、17581-17596、17943-17958、18353-18368、18636-18651、19256-19271、19814-19829、20365-20380、20979-20994、21566-21581、22150-22165、22803-22818、29049-29064、29554-29569、30245-30260、30550-30565、30915-30930、31468-31483、32366-32381、32897-32912、33187-33202、33780-33795、34407-34422、34846-34861、35669-35684、36312-36327、36812-36827、37504-37519、38841-38856、40250-40265、40706-40721、40922-40937、41424-41439、41999-42014、42481-42496、42700-42715、43291-43306、43500-43515、43947-43962、44448-44463、45162-45177、46010-46025、46476-46491、47447-47462、47752-47767、48001-48016、48423-48438、50195-50210、50470-50485、51104-51119、51756-51771、52015-52030、52230-52245、52588-52603、53532-53547或54645-54660的等长部分100%互补的至少8个连续核碱基部分的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:1互补。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由10-30个连接的核苷组成,在SEQ ID NO:2的核苷酸2571-2586、2867-3059、3097-3116、3341-3695、4024-4039、4446-4894、5392-5817、6128-6265、6499-6890、7231-7246、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、10660-10679、11020-11035、11793-12229、12469-12920、13351-13415、13717-13732、14149-14164、14361-14555、14965-15279、15849-16001、16253-16272、16447-16545、17130-17149、17377-17669、17927-17958、18353-18368、18636-18773、19661-19918、20288-20470、20979-20994、21215-21606、21820-21837、22150-22165、22518-22536、22803-22818、26494-26522、29049-29069、29323-29489、30550-30565、30915-31191、31468-31483、32363-32382、32827-33202、33635-33795、34138-34157、34407-34422、34845-34864、35466-35485、35669-35684、36023-36042、36266-36327、36721-36827、37032-37130、37276-37295、37504-37675、38094-38118、38841-38856、39716-40538、40706-40937、41164-41183、41342-41439、42141-42164、42700-42760、43173-43537、43765-46025、46476-46532、48423-48438、50072-50210、50470-50485、50719-51234、51747-51797、52015-52143、52230-52245、52573-52652、53466-54660、54886-54901、63751-64662、64882-65099、65363-65378、65600-65615、65988-66183、66566-66581、66978-67080、67251-67270、67662-67929、68727-68742、69203-69242、69565-69620、69889-70145、70352-70584、70925-71071、71314-71329、71617-71769、72107-72241、72584-72670、73061-73076、73350-73369、73689-73723、74107-74131、74317-74557、74947-75009、75192-75207、75979-76066、76410-77095、77292-77307、77638-77869、78122-78326、79006-79021、79478-79505、80277-80292、80575-80939、81207-81222、81524-81543、81761-81776、82233-82248、82738-83198、83330-83416、83884-84063、84381-85964、86220-86392、86554-86655、86901-86920、87181-87262、88063-88082、88293-88308、88605-88967、89160-89175、89940-90255、90473-90528、91073-91088、91273-91292、91647-91662、91930-92126、92356-92371、93190-93443、93762-94111、94374-94389、94581-94653、94839-94858、95292-95583、95829-95844、96137-96503、96793-97013、97539-97554、97800-97889、98132-98151、98624-98672、98810-99115、99258-99273、99478-99503、99791-99858、100281-100300、100406-100421、100742-100828、101080-101103、101242-101320、101788-101906、102549-102568、103566-103625、104067-104086、104277-104858、105255-105274、106147-106364、106632-106647、106964-107735、108514-108788、109336-109505、109849-109864、110403-110442、110701-110974、111203-111322、112030-112049、112499-112514、112842-112861、113028-113056、113646-113665、113896-113911、114446-114465、115087-115106、119269-119284、119659-119703、120376-120497、120738-120845、121209-121228、121823-122013、122180-122199、122588-122770、123031-123050、123152-123167、123671-124055、124413-124608、125178-125197、125533-125616、126357-126434、126736-126751、126998-127236、127454-127682、128467-128482、128813-129111、129976-130013、130308-130323、131036-131056、131286-131305、131676-131691、132171-132517、133168-133241、133522-133877、134086-134101、134240-134259、134441-134617、135015-135030、135431-135519、135818-135874、136111-136130、136282-136595、136996-137152、137372-137387、137750-137765、138048-138067、138782-139840、140343-140358、140593-140701、141116-141131、141591-141719、142113-142342、143021-143048、143185-143486、143836-144109、144558-144650、144990-145078、145428-145525、145937-145952、146235-146386、147028-147043、147259-147284、147671-147686、148059-148154、148564-148579、148904-149084、149491-149506、149787-149877、150236-150251、150588-151139、151373-151659、152201-152388、152549-152771、153001-153026、153349-153364、153831-154112、154171-154186、154502-154521、154724-154828、155283-155304、155591-155616、155889-155992、156233-156612、156847-156907、157198-157223、157330-157349、157552-157567、157927-158029、158542-158631、159216-159267、159539-159793、160352-160429、160812-160827、161248-161267、161461-161607、161821-161969、162064-162083、162132-162147、162531-162770、163019-163557、164839-165059、165419-165575、165856-165875、166241-166450、166837-166852、167107-167122、168004-168019、168760-168823、169062-169092、169134-169153、169601-169711、170081-170291、170407-170426、170703-170814、171021-171036、171207-171226、171431-171568、171926-171945、172447-172462、172733-172956、173045-173756、174122-174885、175014-177830、178895-180539、181514-187644、187857-189904、190109-194159、194425-195723、196536-196873、197326-197961、198145-198170、198307-198381、198715-199007、199506-199563、199816-199838、200249-200635、201258-201861、202079-202094、202382-202717、203098-203934、204181-204740、205549-205915、206412-206764、207510-207532、209999-210014、210189-210296、210502-210583、210920-211418、211836-212223、212606-212816、213025-213044、213425-213440、213825-213933、214479-214498、214622-214647、214884-214951、215446-215508、215932-215951、216192-217595、218132-218248、218526-218541、218734-21219037、219342-219633、219886-220705、221044-221059、221483-221607、221947-221962、222569-222584、222914-222998、223436-223451、223948-224122、224409-224430、224717-224769、225133-225148、225436-225761、226785-226898、227025-227040、227218-227251、227485-227500、227914-228837、229174-229189、229423-229438、229615-229640、230042-230057、230313-230595、231218-231345、231817-232037、232088-232408、232823-232848、232884-232899、233210-233225、233623-233646、234447-234466、234876-234918、235258-235328、235770-235785、236071-236213、236684-237196、237585-237698、237949-237557、244873-244897、245319-245334、245701-245780、246152-246523、246936-247031、247203-247240、247431-247450、247644-247659、248223-248363、248694-248762、249494-249509、250001-250020、250693-250708、251214-251233、251601-251637、251950-252060、252665-252680、252838-252863、253140-253166、253594-253819、254036-254083、254246-254345、254641-254660、254905-254920、255397-255422、255618-255633、255992-256704、257018-257092、257317-257332、257818-259305、259500-259515、261294-261656、262021-262036、262453-262779、263338-266518、266861-267131、267375-268051、268366-269447、270038-271850、271950-271969、272631-274145、274205-275747、275808-276636、276932-277064、277391-278380、278932-279063、279303-281001、281587-281610、282229-283668、290035-290474、290924-292550、292860-294408、295475-297012、297587-298115、298161-298418、298489-298738、299082-299187、299276-299669、299723-299749、299788-300504或300835-301295内互补,其中所述经修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO:2至少90%互补。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含经修饰的寡核苷酸,所述经修饰的寡核苷酸由10-30个连接的核苷组成,具有包含与SEQ ID NO:2的核碱基2571-2586、2867-3059、3097-3116、3341-3695、4024-4039、4446-4894、5392-5817、6128-6265、6499-6890、7231-7246、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、10660-10679、11020-11035、11793-12229、12469-12920、13351-13415、13717-13732、14149-14164、14361-14555、14965-15279、15849-16001、16253-16272、16447-16545、17130-17149、17377-17669、17927-17958、18353-18368、18636-18773、19661-19918、20288-20470、20979-20994、21215-21606、21820-21837、22150-22165、22518-22536、22803-22818、26494-26522、29049-29069、29323-29489、30550-30565、30915-31191、31468-31483、32363-32382、32827-33202、33635-33795、34138-34157、34407-34422、34845-34864、35466-35485、35669-35684、36023-36042、36266-36327、36721-36827、37032-37130、37276-37295、37504-37675、38094-38118、38841-38856、39716-40538、40706-40937、41164-41183、41342-41439、42141-42164、42700-42760、43173-43537、43765-46025、46476-46532、48423-48438、50072-50210、50470-50485、50719-51234、51747-51797、52015-52143、52230-52245、52573-52652、53466-54660、54886-54901、63751-64662、64882-65099、65363-65378、65600-65615、65988-66183、66566-66581、66978-67080、67251-67270、67662-67929、68727-68742、69203-69242、69565-69620、69889-70145、70352-70584、70925-71071、71314-71329、71617-71769、72107-72241、72584-72670、73061-73076、73350-73369、73689-73723、74107-74131、74317-74557、74947-75009、75192-75207、75979-76066、76410-77095、77292-77307、77638-77869、78122-78326、79006-79021、79478-79505、80277-80292、80575-80939、81207-81222、81524-81543、81761-81776、82233-82248、82738-83198、83330-83416、83884-84063、84381-85964、86220-86392、86554-86655、86901-86920、87181-87262、88063-88082、88293-88308、88605-88967、89160-89175、89940-90255、90473-90528、91073-91088、91273-91292、91647-91662、91930-92126、92356-92371、93190-93443、93762-94111、94374-94389、94581-94653、94839-94858、95292-95583、95829-95844、96137-96503、96793-97013、97539-97554、97800-97889、98132-98151、98624-98672、98810-99115、99258-99273、99478-99503、99791-99858、100281-100300、100406-100421、100742-100828、101080-101103、101242-101320、101788-101906、102549-102568、103566-103625、104067-104086、104277-104858、105255-105274、106147-106364、106632-106647、106964-107735、108514-108788、109336-109505、109849-109864、110403-110442、110701-110974、111203-111322、112030-112049、112499-112514、112842-112861、113028-113056、113646-113665、113896-113911、114446-114465、115087-115106、119269-119284、119659-119703、120376-120497、120738-120845、121209-121228、121823-122013、122180-122199、122588-122770、123031-123050、123152-123167、123671-124055、124413-124608、125178-125197、125533-125616、126357-126434、126736-126751、126998-127236、127454-127682、128467-128482、128813-129111、129976-130013、130308-130323、131036-131056、131286-131305、131676-131691、132171-132517、133168-133241、133522-133877、134086-134101、134240-134259、134441-134617、135015-135030、135431-135519、135818-135874、136111-136130、136282-136595、136996-137152、137372-137387、137750-137765、138048-138067、138782-139840、140343-140358、140593-140701、141116-141131、141591-141719、142113-142342、143021-143048、143185-143486、143836-144109、144558-144650、144990-145078、145428-145525、145937-145952、146235-146386、147028-147043、147259-147284、147671-147686、148059-148154、148564-148579、148904-149084、149491-149506、149787-149877、150236-150251、150588-151139、151373-151659、152201-152388、152549-152771、153001-153026、153349-153364、153831-154112、154171-154186、154502-154521、154724-154828、155283-155304、155591-155616、155889-155992、156233-156612、156847-156907、157198-157223、157330-157349、157552-157567、157927-158029、158542-158631、159216-159267、159539-159793、160352-160429、160812-160827、161248-161267、161461-161607、161821-161969、162064-162083、162132-162147、162531-162770、163019-163557、164839-165059、165419-165575、165856-165875、166241-166450、166837-166852、167107-167122、168004-168019、168760-168823、169062-169092、169134-169153、169601-169711、170081-170291、170407-170426、170703-170814、171021-171036、171207-171226、171431-171568、171926-171945、172447-172462、172733-172956、173045-173756、174122-174885、175014-177830、178895-180539、181514-187644、187857-189904、190109-194159、194425-195723、196536-196873、197326-197961、198145-198170、198307-198381、198715-199007、199506-199563、199816-199838、200249-200635、201258-201861、202079-202094、202382-202717、203098-203934、204181-204740、205549-205915、206412-206764、207510-207532、209999-210014、210189-210296、210502-210583、210920-211418、211836-212223、212606-212816、213025-213044、213425-213440、213825-213933、214479-214498、214622-214647、214884-214951、215446-215508、215932-215951、216192-217595、218132-218248、218526-218541、218734-21219037、219342-219633、219886-220705、221044-221059、221483-221607、221947-221962、222569-222584、222914-222998、223436-223451、223948-224122、224409-224430、224717-224769、225133-225148、225436-225761、226785-226898、227025-227040、227218-227251、227485-227500、227914-228837、229174-229189、229423-229438、229615-229640、230042-230057、230313-230595、231218-231345、231817-232037、232088-232408、232823-232848、232884-232899、233210-233225、233623-233646、234447-234466、234876-234918、235258-235328、235770-235785、236071-236213、236684-237196、237585-237698、237949-237557、244873-244897、245319-245334、245701-245780、246152-246523、246936-247031、247203-247240、247431-247450、247644-247659、248223-248363、248694-248762、249494-249509、250001-250020、250693-250708、251214-251233、251601-251637、251950-252060、252665-252680、252838-252863、253140-253166、253594-253819、254036-254083、254246-254345、254641-254660、254905-254920、255397-255422、255618-255633、255992-256704、257018-257092、257317-257332、257818-259305、259500-259515、261294-261656、262021-262036、262453-262779、263338-266518、266861-267131、267375-268051、268366-269447、270038-271850、271950-271969、272631-274145、274205-275747、275808-276636、276932-277064、277391-278380、278932-279063、279303-281001、281587-281610、282229-283668、290035-290474、290924-292550、292860-294408、295475-297012、297587-298115、298161-298418、298489-298738、299082-299187、299276-299669、299723-299749、299788-300504或300835-301295的等长部分100%互补的至少8个连续核碱基部分的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:2互补。在某些方面,所述化合物包含由10至30个连接的核苷组成,在SEQID NO:2的核苷酸155594-155613、72107-72126、153921-153940、159252-159267、213425-213440、153004-153019、155597-155612、248233-248248内互补的经修饰的寡核苷酸。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含由10至30个连接的核苷组成并且具有包含SEQ ID NO:20-2295中任一个的核碱基序列的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含由SEQ ID NO:20-2295中任一个的核碱基序列组成的经修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中,靶向生长激素受体核酸的反义化合物或寡核苷酸在SEQ IDNO:1的以下核苷酸区域内互补:30-51、63-82、103-118、143-159、164-197、206-259、361-388、554-585、625-700、736-776、862-887、923-973、978-996、1127-1142、1170-1195、1317-1347、1360-1383、1418-1449、1492-1507、1524-1548、1597-1634、1641-1660、1683-1698、1744-1768、1827-1860、1949-2002、2072-2092、2095-2110、2306-2321、2665-2683、2685-2719、2739-2770、2859-2880、2941-2960、2963-2978、3037-3052、3205-3252、3306-3332、3371-3386、3518-3542、3975-3990、4041-4087、4418-4446、4528-4546、7231-7246、7570-7585、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、11020-11035、11793-11808、12214-12229、12474-12489、12905-12920、13400-13415、13717-13732、14149-14164、14540-14555、15264-15279、15849-15864、16530-16545、17377-17392、17581-17596、17943-17958、18353-18368、18636-18651、19256-19271、19814-19829、20365-20380、20979-20994、21566-21581、22150-22165、22803-22818、29049-29064、29554-29569、30245-30260、30550-30565、30915-30930、31468-31483、32366-32381、32897-32912、33187-33202、33780-33795、34407-34422、34846-34861、35669-35684、36312-36327、36812-36827、37504-37519、38841-38856、40250-40265、40706-40721、40922-40937、41424-41439、41999-42014、42481-42496、42700-42715、43291-43306、43500-43515、43947-43962、44448-44463、45162-45177、46010-46025、46476-46491、47447-47462、47752-47767、48001-48016、48423-48438、50195-50210、50470-50485、51104-51119、51756-51771、52015-52030、52230-52245、52588-52603、53532-53547或54645-54660。
在某些实施方案中,靶向生长激素受体核酸的反义化合物或寡核苷酸靶向SEQ IDNO:1的以下核苷酸区域:30-51、63-82、103-118、143-159、164-197、206-259、361-388、554-585、625-700、736-776、862-887、923-973、978-996、1127-1142、1170-1195、1317-1347、1360-1383、1418-1449、1492-1507、1524-1548、1597-1634、1641-1660、1683-1698、1744-1768、1827-1860、1949-2002、2072-2092、2095-2110、2306-2321、2665-2683、2685-2719、2739-2770、2859-2880、2941-2960、2963-2978、3037-3052、3205-3252、3306-3332、3371-3386、3518-3542、3975-3990、4041-4087、4418-4446、4528-4546、7231-7246、7570-7585、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、11020-11035、11793-11808、12214-12229、12474-12489、12905-12920、13400-13415、13717-13732、14149-14164、14540-14555、15264-15279、15849-15864、16530-16545、17377-17392、17581-17596、17943-17958、18353-18368、18636-18651、19256-19271、19814-19829、20365-20380、20979-20994、21566-21581、22150-22165、22803-22818、29049-29064、29554-29569、30245-30260、30550-30565、30915-30930、31468-31483、32366-32381、32897-32912、33187-33202、33780-33795、34407-34422、34846-34861、35669-35684、36312-36327、36812-36827、37504-37519、38841-38856、40250-40265、40706-40721、40922-40937、41424-41439、41999-42014、42481-42496、42700-42715、43291-43306、43500-43515、43947-43962、44448-44463、45162-45177、46010-46025、46476-46491、47447-47462、47752-47767、48001-48016、48423-48438、50195-50210、50470-50485、51104-51119、51756-51771、52015-52030、52230-52245、52588-52603、53532-53547或54645-54660。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的一个区域。在某些实施方案中,靶向GHR核酸的一个区域的此类化合物或寡核苷酸具有与该区域的等长核碱基部分互补的连续核碱基部分。例如,该部分可为与本文列举的区域的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基的部分。在某些实施方案中,此类化合物或寡核苷酸靶向SEQ ID NO:1的以下核苷酸区域:30-51、63-82、103-118、143-159、164-197、206-259、361-388、554-585、625-700、736-776、862-887、923-973、978-996、1127-1142、1170-1195、1317-1347、1360-1383、1418-1449、1492-1507、1524-1548、1597-1634、1641-1660、1683-1698、1744-1768、1827-1860、1949-2002、2072-2092、2095-2110、2306-2321、2665-2683、2685-2719、2739-2770、2859-2880、2941-2960、2963-2978、3037-3052、3205-3252、3306-3332、3371-3386、3518-3542、3975-3990、4041-4087、4418-4446、4528-4546、7231-7246、7570-7585、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、11020-11035、11793-11808、12214-12229、12474-12489、12905-12920、13400-13415、13717-13732、14149-14164、14540-14555、15264-15279、15849-15864、16530-16545、17377-17392、17581-17596、17943-17958、18353-18368、18636-18651、19256-19271、19814-19829、20365-20380、20979-20994、21566-21581、22150-22165、22803-22818、29049-29064、29554-29569、30245-30260、30550-30565、30915-30930、31468-31483、32366-32381、32897-32912、33187-33202、33780-33795、34407-34422、34846-34861、35669-35684、36312-36327、36812-36827、37504-37519、38841-38856、40250-40265、40706-40721、40922-40937、41424-41439、41999-42014、42481-42496、42700-42715、43291-43306、43500-43515、43947-43962、44448-44463、45162-45177、46010-46025、46476-46491、47447-47462、47752-47767、48001-48016、48423-48438、50195-50210、50470-50485、51104-51119、51756-51771、52015-52030、52230-52245、52588-52603、53532-53547或54645-54660。
在某些实施方案中,靶向生长激素受体核酸的反义化合物或寡核苷酸在SEQ IDNO:2的以下核苷酸区域内互补:2571-2586、2867-3059、3097-3116、3341-3695、4024-4039、4446-4894、5392-5817、6128-6265、6499-6890、7231-7246、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、10660-10679、11020-11035、11793-12229、12469-12920、13351-13415、13717-13732、14149-14164、14361-14555、14965-15279、15849-16001、16253-16272、16447-16545、17130-17149、17377-17669、17927-17958、18353-18368、18636-18773、19661-19918、20288-20470、20979-20994、21215-21606、21820-21837、22150-22165、22518-22536、22803-22818、26494-26522、29049-29069、29323-29489、30550-30565、30915-31191、31468-31483、32363-32382、32827-33202、33635-33795、34138-34157、34407-34422、34845-34864、35466-35485、35669-35684、36023-36042、36266-36327、36721-36827、37032-37130、37276-37295、37504-37675、38094-38118、38841-38856、39716-40538、40706-40937、41164-41183、41342-41439、42141-42164、42700-42760、43173-43537、43765-46025、46476-46532、48423-48438、50072-50210、50470-50485、50719-51234、51747-51797、52015-52143、52230-52245、52573-52652、53466-54660、54886-54901、63751-64662、64882-65099、65363-65378、65600-65615、65988-66183、66566-66581、66978-67080、67251-67270、67662-67929、68727-68742、69203-69242、69565-69620、69889-70145、70352-70584、70925-71071、71314-71329、71617-71769、72107-72241、72584-72670、73061-73076、73350-73369、73689-73723、74107-74131、74317-74557、74947-75009、75192-75207、75979-76066、76410-77095、77292-77307、77638-77869、78122-78326、79006-79021、79478-79505、80277-80292、80575-80939、81207-81222、81524-81543、81761-81776、82233-82248、82738-83198、83330-83416、83884-84063、84381-85964、86220-86392、86554-86655、86901-86920、87181-87262、88063-88082、88293-88308、88605-88967、89160-89175、89940-90255、90473-90528、91073-91088、91273-91292、91647-91662、91930-92126、92356-92371、93190-93443、93762-94111、94374-94389、94581-94653、94839-94858、95292-95583、95829-95844、96137-96503、96793-97013、97539-97554、97800-97889、98132-98151、98624-98672、98810-99115、99258-99273、99478-99503、99791-99858、100281-100300、100406-100421、100742-100828、101080-101103、101242-101320、101788-101906、102549-102568、103566-103625、104067-104086、104277-104858、105255-105274、106147-106364、106632-106647、106964-107735、108514-108788、109336-109505、109849-109864、110403-110442、110701-110974、111203-111322、112030-112049、112499-112514、112842-112861、113028-113056、113646-113665、113896-113911、114446-114465、115087-115106、119269-119284、119659-119703、120376-120497、120738-120845、121209-121228、121823-122013、122180-122199、122588-122770、123031-123050、123152-123167、123671-124055、124413-124608、125178-125197、125533-125616、126357-126434、126736-126751、126998-127236、127454-127682、128467-128482、128813-129111、129976-130013、130308-130323、131036-131056、131286-131305、131676-131691、132171-132517、133168-133241、133522-133877、134086-134101、134240-134259、134441-134617、135015-135030、135431-135519、135818-135874、136111-136130、136282-136595、136996-137152、137372-137387、137750-137765、138048-138067、138782-139840、140343-140358、140593-140701、141116-141131、141591-141719、142113-142342、143021-143048、143185-143486、143836-144109、144558-144650、144990-145078、145428-145525、145937-145952、146235-146386、147028-147043、147259-147284、147671-147686、148059-148154、148564-148579、148904-149084、149491-149506、149787-149877、150236-150251、150588-151139、151373-151659、152201-152388、152549-152771、153001-153026、153349-153364、153831-154112、154171-154186、154502-154521、154724-154828、155283-155304、155591-155616、155889-155992、156233-156612、156847-156907、157198-157223、157330-157349、157552-157567、157927-158029、158542-158631、159216-159267、159539-159793、160352-160429、160812-160827、161248-161267、161461-161607、161821-161969、162064-162083、162132-162147、162531-162770、163019-163557、164839-165059、165419-165575、165856-165875、166241-166450、166837-166852、167107-167122、168004-168019、168760-168823、169062-169092、169134-169153、169601-169711、170081-170291、170407-170426、170703-170814、171021-171036、171207-171226、171431-171568、171926-171945、172447-172462、172733-172956、173045-173756、174122-174885、175014-177830、178895-180539、181514-187644、187857-189904、190109-194159、194425-195723、196536-196873、197326-197961、198145-198170、198307-198381、198715-199007、199506-199563、199816-199838、200249-200635、201258-201861、202079-202094、202382-202717、203098-203934、204181-204740、205549-205915、206412-206764、207510-207532、209999-210014、210189-210296、210502-210583、210920-211418、211836-212223、212606-212816、213025-213044、213425-213440、213825-213933、214479-214498、214622-214647、214884-214951、215446-215508、215932-215951、216192-217595、218132-218248、218526-218541、218734-21219037、219342-219633、219886-220705、221044-221059、221483-221607、221947-221962、222569-222584、222914-222998、223436-223451、223948-224122、224409-224430、224717-224769、225133-225148、225436-225761、226785-226898、227025-227040、227218-227251、227485-227500、227914-228837、229174-229189、229423-229438、229615-229640、230042-230057、230313-230595、231218-231345、231817-232037、232088-232408、232823-232848、232884-232899、233210-233225、233623-233646、234447-234466、234876-234918、235258-235328、235770-235785、236071-236213、236684-237196、237585-237698、237949-237557、244873-244897、245319-245334、245701-245780、246152-246523、246936-247031、247203-247240、247431-247450、247644-247659、248223-248363、248694-248762、249494-249509、250001-250020、250693-250708、251214-251233、251601-251637、251950-252060、252665-252680、252838-252863、253140-253166、253594-253819、254036-254083、254246-254345、254641-254660、254905-254920、255397-255422、255618-255633、255992-256704、257018-257092、257317-257332、257818-259305、259500-259515、261294-261656、262021-262036、262453-262779、263338-266518、266861-267131、267375-268051、268366-269447、270038-271850、271950-271969、272631-274145、274205-275747、275808-276636、276932-277064、277391-278380、278932-279063、279303-281001、281587-281610、282229-283668、290035-290474、290924-292550、292860-294408、295475-297012、297587-298115、298161-298418、298489-298738、299082-299187、299276-299669、299723-299749、299788-300504或300835-301295。
在某些实施方案中,靶向生长激素受体核酸的反义化合物或寡核苷酸靶向SEQ IDNO:2的以下核苷酸区域:2571-2586、2867-3059、3097-3116、3341-3695、4024-4039、4446-4894、5392-5817、6128-6265、6499-6890、7231-7246、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、10660-10679、11020-11035、11793-12229、12469-12920、13351-13415、13717-13732、14149-14164、14361-14555、14965-15279、15849-16001、16253-16272、16447-16545、17130-17149、17377-17669、17927-17958、18353-18368、18636-18773、19661-19918、20288-20470、20979-20994、21215-21606、21820-21837、22150-22165、22518-22536、22803-22818、26494-26522、29049-29069、29323-29489、30550-30565、30915-31191、31468-31483、32363-32382、32827-33202、33635-33795、34138-34157、34407-34422、34845-34864、35466-35485、35669-35684、36023-36042、36266-36327、36721-36827、37032-37130、37276-37295、37504-37675、38094-38118、38841-38856、39716-40538、40706-40937、41164-41183、41342-41439、42141-42164、42700-42760、43173-43537、43765-46025、46476-46532、48423-48438、50072-50210、50470-50485、50719-51234、51747-51797、52015-52143、52230-52245、52573-52652、53466-54660、54886-54901、63751-64662、64882-65099、65363-65378、65600-65615、65988-66183、66566-66581、66978-67080、67251-67270、67662-67929、68727-68742、69203-69242、69565-69620、69889-70145、70352-70584、70925-71071、71314-71329、71617-71769、72107-72241、72584-72670、73061-73076、73350-73369、73689-73723、74107-74131、74317-74557、74947-75009、75192-75207、75979-76066、76410-77095、77292-77307、77638-77869、78122-78326、79006-79021、79478-79505、80277-80292、80575-80939、81207-81222、81524-81543、81761-81776、82233-82248、82738-83198、83330-83416、83884-84063、84381-85964、86220-86392、86554-86655、86901-86920、87181-87262、88063-88082、88293-88308、88605-88967、89160-89175、89940-90255、90473-90528、91073-91088、91273-91292、91647-91662、91930-92126、92356-92371、93190-93443、93762-94111、94374-94389、94581-94653、94839-94858、95292-95583、95829-95844、96137-96503、96793-97013、97539-97554、97800-97889、98132-98151、98624-98672、98810-99115、99258-99273、99478-99503、99791-99858、100281-100300、100406-100421、100742-100828、101080-101103、101242-101320、101788-101906、102549-102568、103566-103625、104067-104086、104277-104858、105255-105274、106147-106364、106632-106647、106964-107735、108514-108788、109336-109505、109849-109864、110403-110442、110701-110974、111203-111322、112030-112049、112499-112514、112842-112861、113028-113056、113646-113665、113896-113911、114446-114465、115087-115106、119269-119284、119659-119703、120376-120497、120738-120845、121209-121228、121823-122013、122180-122199、122588-122770、123031-123050、123152-123167、123671-124055、124413-124608、125178-125197、125533-125616、126357-126434、126736-126751、126998-127236、127454-127682、128467-128482、128813-129111、129976-130013、130308-130323、131036-131056、131286-131305、131676-131691、132171-132517、133168-133241、133522-133877、134086-134101、134240-134259、134441-134617、135015-135030、135431-135519、135818-135874、136111-136130、136282-136595、136996-137152、137372-137387、137750-137765、138048-138067、138782-139840、140343-140358、140593-140701、141116-141131、141591-141719、142113-142342、143021-143048、143185-143486、143836-144109、144558-144650、144990-145078、145428-145525、145937-145952、146235-146386、147028-147043、147259-147284、147671-147686、148059-148154、148564-148579、148904-149084、149491-149506、149787-149877、150236-150251、150588-151139、151373-151659、152201-152388、152549-152771、153001-153026、153349-153364、153831-154112、154171-154186、154502-154521、154724-154828、155283-155304、155591-155616、155889-155992、156233-156612、156847-156907、157198-157223、157330-157349、157552-157567、157927-158029、158542-158631、159216-159267、159539-159793、160352-160429、160812-160827、161248-161267、161461-161607、161821-161969、162064-162083、162132-162147、162531-162770、163019-163557、164839-165059、165419-165575、165856-165875、166241-166450、166837-166852、167107-167122、168004-168019、168760-168823、169062-169092、169134-169153、169601-169711、170081-170291、170407-170426、170703-170814、171021-171036、171207-171226、171431-171568、171926-171945、172447-172462、172733-172956、173045-173756、174122-174885、175014-177830、178895-180539、181514-187644、187857-189904、190109-194159、194425-195723、196536-196873、197326-197961、198145-198170、198307-198381、198715-199007、199506-199563、199816-199838、200249-200635、201258-201861、202079-202094、202382-202717、203098-203934、204181-204740、205549-205915、206412-206764、207510-207532、209999-210014、210189-210296、210502-210583、210920-211418、211836-212223、212606-212816、213025-213044、213425-213440、213825-213933、214479-214498、214622-214647、214884-214951、215446-215508、215932-215951、216192-217595、218132-218248、218526-218541、218734-21219037、219342-219633、219886-220705、221044-221059、221483-221607、221947-221962、222569-222584、222914-222998、223436-223451、223948-224122、224409-224430、224717-224769、225133-225148、225436-225761、226785-226898、227025-227040、227218-227251、227485-227500、227914-228837、229174-229189、229423-229438、229615-229640、230042-230057、230313-230595、231218-231345、231817-232037、232088-232408、232823-232848、232884-232899、233210-233225、233623-233646、234447-234466、234876-234918、235258-235328、235770-235785、236071-236213、236684-237196、237585-237698、237949-237557、244873-244897、245319-245334、245701-245780、246152-246523、246936-247031、247203-247240、247431-247450、247644-247659、248223-248363、248694-248762、249494-249509、250001-250020、250693-250708、251214-251233、251601-251637、251950-252060、252665-252680、252838-252863、253140-253166、253594-253819、254036-254083、254246-254345、254641-254660、254905-254920、255397-255422、255618-255633、255992-256704、257018-257092、257317-257332、257818-259305、259500-259515、261294-261656、262021-262036、262453-262779、263338-266518、266861-267131、267375-268051、268366-269447、270038-271850、271950-271969、272631-274145、274205-275747、275808-276636、276932-277064、277391-278380、278932-279063、279303-281001、281587-281610、282229-283668、290035-290474、290924-292550、292860-294408、295475-297012、297587-298115、298161-298418、298489-298738、299082-299187、299276-299669、299723-299749、299788-300504或300835-301295。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的一个区域。在某些实施方案中,靶向GHR核酸的一个区域的此类化合物或寡核苷酸具有与该区域的等长核碱基部分互补的连续核碱基部分。例如,该部分可为与本文列举的区域的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基的部分。在某些实施方案中,此类化合物或寡核苷酸靶向SEQ ID NO:2的以下核苷酸区域:2571-2586、2867-3059、3097-3116、3341-3695、4024-4039、4446-4894、5392-5817、6128-6265、6499-6890、7231-7246、8395-8410、9153-9168、9554-9569、9931-9946、10549-10564、10660-10679、11020-11035、11793-12229、12469-12920、13351-13415、13717-13732、14149-14164、14361-14555、14965-15279、15849-16001、16253-16272、16447-16545、17130-17149、17377-17669、17927-17958、18353-18368、18636-18773、19661-19918、20288-20470、20979-20994、21215-21606、21820-21837、22150-22165、22518-22536、22803-22818、26494-26522、29049-29069、29323-29489、30550-30565、30915-31191、31468-31483、32363-32382、32827-33202、33635-33795、34138-34157、34407-34422、34845-34864、35466-35485、35669-35684、36023-36042、36266-36327、36721-36827、37032-37130、37276-37295、37504-37675、38094-38118、38841-38856、39716-40538、40706-40937、41164-41183、41342-41439、42141-42164、42700-42760、43173-43537、43765-46025、46476-46532、48423-48438、50072-50210、50470-50485、50719-51234、51747-51797、52015-52143、52230-52245、52573-52652、53466-54660、54886-54901、63751-64662、64882-65099、65363-65378、65600-65615、65988-66183、66566-66581、66978-67080、67251-67270、67662-67929、68727-68742、69203-69242、69565-69620、69889-70145、70352-70584、70925-71071、71314-71329、71617-71769、72107-72241、72584-72670、73061-73076、73350-73369、73689-73723、74107-74131、74317-74557、74947-75009、75192-75207、75979-76066、76410-77095、77292-77307、77638-77869、78122-78326、79006-79021、79478-79505、80277-80292、80575-80939、81207-81222、81524-81543、81761-81776、82233-82248、82738-83198、83330-83416、83884-84063、84381-85964、86220-86392、86554-86655、86901-86920、87181-87262、88063-88082、88293-88308、88605-88967、89160-89175、89940-90255、90473-90528、91073-91088、91273-91292、91647-91662、91930-92126、92356-92371、93190-93443、93762-94111、94374-94389、94581-94653、94839-94858、95292-95583、95829-95844、96137-96503、96793-97013、97539-97554、97800-97889、98132-98151、98624-98672、98810-99115、99258-99273、99478-99503、99791-99858、100281-100300、100406-100421、100742-100828、101080-101103、101242-101320、101788-101906、102549-102568、103566-103625、104067-104086、104277-104858、105255-105274、106147-106364、106632-106647、106964-107735、108514-108788、109336-109505、109849-109864、110403-110442、110701-110974、111203-111322、112030-112049、112499-112514、112842-112861、113028-113056、113646-113665、113896-113911、114446-114465、115087-115106、119269-119284、119659-119703、120376-120497、120738-120845、121209-121228、121823-122013、122180-122199、122588-122770、123031-123050、123152-123167、123671-124055、124413-124608、125178-125197、125533-125616、126357-126434、126736-126751、126998-127236、127454-127682、128467-128482、128813-129111、129976-130013、130308-130323、131036-131056、131286-131305、131676-131691、132171-132517、133168-133241、133522-133877、134086-134101、134240-134259、134441-134617、135015-135030、135431-135519、135818-135874、136111-136130、136282-136595、136996-137152、137372-137387、137750-137765、138048-138067、138782-139840、140343-140358、140593-140701、141116-141131、141591-141719、142113-142342、143021-143048、143185-143486、143836-144109、144558-144650、144990-145078、145428-145525、145937-145952、146235-146386、147028-147043、147259-147284、147671-147686、148059-148154、148564-148579、148904-149084、149491-149506、149787-149877、150236-150251、150588-151139、151373-151659、152201-152388、152549-152771、153001-153026、153349-153364、153831-154112、154171-154186、154502-154521、154724-154828、155283-155304、155591-155616、155889-155992、156233-156612、156847-156907、157198-157223、157330-157349、157552-157567、157927-158029、158542-158631、159216-159267、159539-159793、160352-160429、160812-160827、161248-161267、161461-161607、161821-161969、162064-162083、162132-162147、162531-162770、163019-163557、164839-165059、165419-165575、165856-165875、166241-166450、166837-166852、167107-167122、168004-168019、168760-168823、169062-169092、169134-169153、169601-169711、170081-170291、170407-170426、170703-170814、171021-171036、171207-171226、171431-171568、171926-171945、172447-172462、172733-172956、173045-173756、174122-174885、175014-177830、178895-180539、181514-187644、187857-189904、190109-194159、194425-195723、196536-196873、197326-197961、198145-198170、198307-198381、198715-199007、199506-199563、199816-199838、200249-200635、201258-201861、202079-202094、202382-202717、203098-203934、204181-204740、205549-205915、206412-206764、207510-207532、209999-210014、210189-210296、210502-210583、210920-211418、211836-212223、212606-212816、213025-213044、213425-213440、213825-213933、214479-214498、214622-214647、214884-214951、215446-215508、215932-215951、216192-217595、218132-218248、218526-218541、218734-21219037、219342-219633、219886-220705、221044-221059、221483-221607、221947-221962、222569-222584、222914-222998、223436-223451、223948-224122、224409-224430、224717-224769、225133-225148、225436-225761、226785-226898、227025-227040、227218-227251、227485-227500、227914-228837、229174-229189、229423-229438、229615-229640、230042-230057、230313-230595、231218-231345、231817-232037、232088-232408、232823-232848、232884-232899、233210-233225、233623-233646、234447-234466、234876-234918、235258-235328、235770-235785、236071-236213、236684-237196、237585-237698、237949-237557、244873-244897、245319-245334、245701-245780、246152-246523、246936-247031、247203-247240、247431-247450、247644-247659、248223-248363、248694-248762、249494-249509、250001-250020、250693-250708、251214-251233、251601-251637、251950-252060、252665-252680、252838-252863、253140-253166、253594-253819、254036-254083、254246-254345、254641-254660、254905-254920、255397-255422、255618-255633、255992-256704、257018-257092、257317-257332、257818-259305、259500-259515、261294-261656、262021-262036、262453-262779、263338-266518、266861-267131、267375-268051、268366-269447、270038-271850、271950-271969、272631-274145、274205-275747、275808-276636、276932-277064、277391-278380、278932-279063、279303-281001、281587-281610、282229-283668、290035-290474、290924-292550、292860-294408、295475-297012、297587-298115、298161-298418、298489-298738、299082-299187、299276-299669、299723-299749、299788-300504或300835-301295。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子1。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸3058-144965(内含子1)内。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子2。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸145047-208139(内含子2)内。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子3。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸208206-267991(内含子3)内。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子4。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸268122-274018(内含子4)内。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子5。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸274192-278925(内含子5)内。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子6。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸279105-290308(内含子6)内。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子7。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸290475-292530(内含子7)内。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子8。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸292622-297153(内含子8)内。
在某些实施方案中,反义化合物或寡核苷酸靶向生长激素受体核酸的内含子9。在某些方面,反义化合物或寡核苷酸靶向具有SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸297224-297554(内含子9)内。
在某些实施方案中,任何前述化合物或寡核苷酸包含至少一个经修饰的糖。在某些方面,至少一个经修饰的糖包含2’-O-甲氧基乙基。在某些方面,至少一个经修饰的糖为双环糖,诸如4’-CH(CH3)-O-2’基团、4’-CH2-O-2’基团或4’-(CH2)2-O-2’基团。在某些方面,所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间键联,诸如硫代磷酸酯核苷间键联。
在某些实施方案中,任何前述化合物或寡核苷酸包含至少一个经修饰的核碱基,诸如5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中,任何前述化合物或寡核苷酸包含:
由连接的脱氧核苷组成的间隙区段;
由连接的核苷组成的5’侧翼区段;和
由连接的核苷组成的3’侧翼区段;
其中所述间隙区段位于所述5’侧翼区段和所述3’侧翼区段之间并且其中每个侧翼区段的每个核苷包含经修饰的糖。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含由10至30个连接的核苷组成的,具有包含SEQ ID NO:918、479、703、1800、1904、2122、2127或2194中列举的序列的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸。
在某些方面,所述经修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO:918、479或703中列举的序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含
由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段;
由5个连接的核苷组成的5’侧翼区段;和
由5个连接的核苷组成的3’侧翼区段;
其中所述间隙区段位于所述5’侧翼区段和所述3’侧翼区段之间,其中每个侧翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖;其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在某些方面,所述经修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO:1800、1904、2122、2127或2194中列举的序列的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸包含:
由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段;
由3个连接的核苷组成的5’侧翼区段;和
由3个连接的核苷组成的3’侧翼区段;
其中所述间隙区段位于所述5’侧翼区段和所述3’侧翼区段之间,其中每个侧翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖或限制型乙基糖;并且其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含由20个连接的核苷组成的,具有由SEQID NO:703中列举的序列组成的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸。在某些方面,所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的糖。在某些方面,所述至少一个经修饰的糖包含2’-O-甲氧基乙基。在某些方面,所述至少一个经修饰的糖为双环糖,诸如4’-CH(CH3)-O-2’基团、4’-CH2-O-2’基团或4’-(CH2)2-O-2’基团。在某些方面,所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间键联,诸如硫代磷酸酯核苷间键联。在某些方面,所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核碱基,诸如5-甲基胞嘧啶。在某些方面,所述经修饰的寡核苷酸包含:
由连接的脱氧核苷组成的间隙区段;
由连接的核苷组成的5’侧翼区段;和
由连接的核苷组成的3’侧翼区段;
其中所述间隙区段位于所述5’侧翼区段和所述3’侧翼区段之间并且其中每个侧翼区段的每个核苷包含经修饰的糖。
某些实施方案提供了一种化合物,其包含由20个连接的核苷组成的,具有由SEQID NO:703中列举的序列组成的核碱基序列的经修饰的寡核苷酸,其中所述经修饰的寡核苷酸包含:
由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段;
由5个连接的核苷组成的5’侧翼区段;和
由5个连接的核苷组成的3’侧翼区段;
其中所述间隙区段位于所述5’侧翼区段和所述3’侧翼区段之间;其中每个侧翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖;其中每个核苷间键联为硫代磷酸酯键联;并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
在任何前述实施方案中,所述化合物或寡核苷酸可与编码生长激素受体的核酸至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互补。
在任何前述实施方案中,所述编码生长激素受体的核酸可包含SEQ ID NO:1-19中任一个的核苷酸序列。
在任何前述实施方案中,所述化合物或寡核苷酸可为单链。
某些实施方案提供了一种包含任何上述实施方案的化合物或其盐和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的组合物。在某些方面,所述组合物的粘度低于约40厘泊(cP)、低于约30厘泊(cP)、低于约20厘泊(cP)、低于约15厘泊(cP)或低于约10厘泊(cP)。在某些方面,具有任何上述粘度的组合物包含本文提供的浓度为约100mg/mL、约125mg/mL、约150mg/mL、约175mg/mL、约200mg/mL、约225mg/mL、约250mg/mL、约275mg/mL或约300mg/mL的化合物。在某些方面,具有任何上述粘度和/或化合物浓度的组合物具有室温或约20℃、约21℃、约22℃、约23℃、约24℃、约25℃、约26℃、约27℃、约28℃、约29℃或约30℃的温度。
某些实施方案提供了一种在人中治疗与过量生长激素相关的疾病的方法,其包括向所述人施用治疗有效量的任何上述实施方案的化合物或组合物,从而治疗与过量生长激素相关的所述疾病。在某些方面,与过量生长激素相关的所述疾病为肢端肥大症。在某些方面,所述治疗降低了IGF-1水平。
某些实施方案提供了一种在人中预防与过量生长激素相关的疾病的方法,其包括向所述人施用治疗有效量的任何上述实施方案的化合物或组合物,从而预防与过量生长激素相关的所述疾病。在某些实施方案中,与过量生长激素相关的所述疾病为肢端肥大症。
某些实施方案提供了一种在人中降低生长激素受体(GHR)水平的方法,其包括向所述人施用治疗有效量的任何上述实施方案的化合物或组合物,从而在所述人中降低GHR水平。在某些方面,所述人具有与过量生长激素相关的疾病。在某些方面,与过量生长激素相关的所述疾病为肢端肥大症。
在某些方面,前述方法包括共同施用所述化合物或组合物和第二剂。在某些方面,所述化合物或组合物和所述第二剂相伴施用。
反义化合物
寡聚化合物包括但不限于寡核苷酸、寡核苷、寡核苷酸类似物、寡核苷酸模拟物、反义化合物、反义寡核苷酸和siRNA。寡聚化合物可与靶核酸“反义”,意味着寡聚化合物能够通过氢键键合进行与靶核酸的杂交。
在某些实施方案中,反义化合物具有在按5’至3’方向书写时,包含其靶向的靶核酸的靶区段的反向互补序列的核碱基序列。在某些此类实施方案中,反义寡核苷酸具有在按5’至3’方向书写时,包含其靶向的靶核酸的靶区段的反向互补序列的核碱基序列。
在某些实施方案中,反义化合物长度为10至30个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为12至30个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为12至22个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为14至30个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为14至20个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为15至30个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为15至20个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为16至30个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为16至20个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为17至30个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为17至20个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为18至30个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为18至21个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为18至20个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为20至30个亚单位。换言之,此类反义化合物分别为12至30个连接的亚单位、14至30个连接的亚单位、14至20个连接的亚单位、15至30个连接的亚单位、15至20个连接的亚单位、16至30个连接的亚单位、16至20个连接的亚单位、17至30个连接的亚单位、17至20个连接的亚单位、18至30个连接的亚单位、18至20个连接的亚单位、18至21个连接的亚单位、20至30个连接的亚单位或12至22个连接的亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为14个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为16个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为17个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为18个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为19个亚单位。在某些实施方案中,反义化合物长度为20个亚单位。在其它实施方案中,反义化合物为8至80、12至50、13至30、13至50、14至30、14至50、15至30、15至50、16至30、16至50、17至30、17至50、18至22、18至24、18至30、18至50、19至22、19至30、19至50或20至30个连接的亚单位。在某些此类实施方案中,反义化合物长度为8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79或80个连接的亚单位,或为以上任两个值限定的范围。在一些实施方案中,反义化合物为反义寡核苷酸,并且连接的亚单位为核苷酸。
在某些实施方案中反义寡核苷酸可缩短或截短。例如,可从5’末端(5’截短),或可选地从3’末端(3’截短)删除单个亚单位。靶向GHR核酸的缩短或截短反义化合物可有两个亚单位从反义化合物的5’末端删除,或可选地可有两个亚单位从3’末端删除。可选地,删除的核苷可分散在整个反义化合物中,例如在有一个核苷从5’末端删除和一个核苷从3’末端删除的反义化合物中。
当在延长的反义化合物中存在单个附加亚单位时,该附加亚单位可位于反义化合物的5’或3’末端。当存在两个或更多个附加亚单位时,添加的亚单位可相互邻近,例如,在有两个亚单位添加到反义化合物的5’末端(5’添加),或可选地添加到3’末端(3’添加)的反义化合物中。可选地,添加的亚单位可分散在整个反义化合物中,例如在有一个亚单位添加到5’末端和一个亚单位添加到3’末端的反义化合物中。
可能增加或减小反义化合物,诸如反义寡核苷酸的长度,和/或引入错配碱基,而不消除活性。例如,在Woolf等(Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:7305-7309,1992)中,在卵母细胞注射模型中试验了一系列长度为13-25个核碱基的反义寡核苷酸诱导靶RNA裂解的能力。虽然程度低于不含错配的反义寡核苷酸,但长度为25个核碱基,在反义寡核苷酸末端附近具有8或11个错配碱基的反义寡核苷酸能够指导靶mRNA的特异性裂解。类似地,使用13个核碱基的反义寡核苷酸,包括具有1或3个错配的反义寡核苷酸实现靶标特异性裂解。
Gautschi等(J.Natl.Cancer Inst.93:463-471,2001年3月)证明了与bcl-2mRNA具有100%互补性并且与bcl-xL mRNA具有3个错配的寡核苷酸降低bcl-2和bcl-xL两者在体外和体内的表达的能力。此外,这种寡核苷酸在体内展现出有效的抗肿瘤活性。
Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)在兔网织红细胞测定中试验了一系列14个核碱基的串联反义寡核苷酸和分别由两个或三个串联反义寡核苷酸组成的28和42个核碱基的反义寡核苷酸阻止人DHFR翻译的能力。虽然在比28或42个核碱基的反义寡核苷酸更适度的水平上,但三个14个核碱基的反义寡核苷酸单独的每一个均能抑制翻译。
某些反义化合物基序和机制
在某些实施方案中,反义化合物具有呈赋予反义化合物诸如增强的抑制活性、提高的对靶核酸的结合亲和力或对体内核酸酶降解的抵抗力等性质的模式或基序排列的化学修饰亚单位。
嵌合型反义化合物通常含有至少一个经修饰的区域以便赋予对核酸酶降解提高的抵抗力、提高的细胞摄取、提高的对靶核酸的结合亲和力和/或提高的抑制活性。嵌合型反义化合物的第二个区域可赋予另一所需性质,例如用作裂解RNA:DNA双链体的RNA链的细胞内切核酸酶RNA酶H的底物。
反义活性可由牵涉反义化合物(例如,寡核苷酸)与靶核酸的杂交的任何机制产生,其中杂交最终导致生物学效应。在某些实施方案中,调节靶核酸的量和/或活性。在某些实施方案中,降低靶核酸的量和/或活性。在某些实施方案中,反义化合物与靶核酸的杂交最终导致靶核酸降解。在某些实施方案中,反义化合物与靶核酸的杂交未导致靶核酸降解。在某些此类实施方案中,与靶核酸杂交的反义化合物的存在(占用)导致对反应活性的调节。在某些实施方案中,具有特定化学基序或化学修饰模式的反义化合物特别适于采用一种或多种机制。在某些实施方案中,反应化合物通过一种以上机制和/或通过尚未阐明的机制起作用。因此,本文描述的反义化合物不受特定机制的限制。
反义机制包括但不限于RNA酶H介导的反义;利用RISC途径的RNAi机制并且包括但不限于siRNA、ssRNA和微RNA机制;和基于占用的机制。某些反义化合物可通过一种以上此类机制和/或通过另外的机制作用。
RNA酶H介导的反义
在某些实施方案中,反义活性至少部分由靶RNA受RNA酶H降解引起。RNA酶H是裂解RNA:DNA双链体的RNA链的细胞内切核酸酶。在本领域中已知为“DNA样”的单链反义化合物在哺乳动物细胞中产生RNA酶H活性。因此,包含DNA或DNA样核苷的至少一部分的反义化合物可活化RNA酶H,导致靶核酸裂解。在某些实施方案中,利用RNA酶H的反义化合物包含一个或多个经修饰的核苷。在某些实施方案中,此类反义化合物包含至少一个为1-8个经修饰核苷的嵌段。在某些此类实施方案中,经修饰的核苷不支持RNA酶H活性。在某些实施方案中,此类反义化合物是如本文描述的间隔体。在某些此类实施方案中,间隔体的间隙包含DNA核苷。在某些此类实施方案中,间隔体的间隙包含DNA样核苷。在某些此类实施方案中,间隔体的间隙包含DNA核苷和DNA样核苷。
具有间隔体基序的某些反义化合物被视为嵌合型反义化合物。在间隔体中,具有多个支持RNA酶H裂解的核苷酸的内部区域位于具有多个化学上不同于内部区域核苷的核苷酸的外部区域之间。在具有间隔体基序的反义寡核苷酸的情况下,间隙区段通常用作内切核酸酶裂解的底物,而侧翼区段包含经修饰的核苷。在某些实施方案中,间隔体的区域区别在于包含每个独特区域的糖部分的类型。在一些实施方案中用于区别间隔体区域的糖部分的类型可包括β-D-核糖核苷、β-D-脱氧核糖核苷、2’-修饰的核苷(此类2'-修饰的核苷可包括2’-MOE和2’-O-CH3等等)和双环糖修饰的核苷(此类双环糖修饰的核苷可包括那些具有限制型乙基的核苷)。在某些实施方案中,侧翼中的核苷可包括几个经修饰的糖部分,包括例如2’-MOE和双环糖部分诸如限制型乙基或LNA。在某些实施方案中,侧翼可包括几个经修饰和未修饰的糖部分。在某些实施方案中,侧翼可包括2’-MOE核苷、双环糖部分(诸如限制型乙基核苷或LNA核苷)和2’-脱氧核苷的各种组合。
每个独特区域可包含一致的糖部分、不同或交替的糖部分。侧翼-间隙-侧翼基序经常描述为“X-Y-Z”,其中,“X”表示5’侧翼的长度,“Y”表示间隙的长度,并且“Ζ”表示3’侧翼的长度。“X”和“Ζ”可包含一致、不同或交替的糖部分。在某些实施方案中,“X”和“Y”可包括一个或多个2’-脱氧核苷。“Y”可包含2’-脱氧核苷。如本文中所用,被描述为“X-Y-Z”的间隔体具有使得间隙与5’侧翼和3”侧翼中的每一个直接相邻的构型。因此,在5’侧翼和间隙之间或间隙和3’侧翼之间不存在介入核苷酸。本文描述的任何反义化合物可以具有间隔体基序。在某些实施方案中,“X”和“Ζ”相同;在其它实施方案中,它们不同。在某些实施方案中,“Y”介于8至15个核苷酸之间。X、Y或Z可以是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12个、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30个或更多个核苷中的任一种。
在某些实施方案中,靶向GHR核酸的反义化合物具有其中间隙由6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连接的核苷组成的间隔体基序。
在某些实施方案中,反应寡核苷酸具有如下用式A描述的糖基序:(J)m-(B)n-(J)p-(B)r-(A)t-(D)g-(A)v-(B)w-(J)x-(B)y-(J)z
其中:
每个A独立地为2’-取代的核苷;
每个B独立地为双环核苷;
每个J独立地为2’-取代的核苷或2’-脱氧核苷;
每个D为2’-脱氧核苷;
m为0-4;n为0-2;p为0-2;r为0-2;t为0-2;v为0-2;w为0-4;x为0-2;y为0-2;z为0-4;g为6-14;
条件是:
m、n和r中至少一个不为0;
w和y中至少一个不为0;
m、n、p、r和t之和为2至5;并且
v、w、x、y和z之和为2至5。
RNAi化合物
在某些实施方案中,反义化合物为干扰RNA化合物(RNAi),其包括双链RNA化合物(也称为短干扰RNA或siRNA)和单链RNAi化合物(或ssRNA)。此类化合物至少部分通过RISC途径起作用以降解和/或隔绝靶核酸(因此,包括微RNA/微RNA-模拟化合物)。在某些实施方案中,反义化合物包含使其特别适于此类机制的修饰。
i.ssRNA化合物
在某些实施方案中,反应化合物,包括特别适于用作单链RNAi化合物(ssRNA)的反义化合物包含经修饰的5’-末端。在某些此类实施方案中,5’-末端包含经修饰的磷酸部分。在某些实施方案中,此类经修饰的磷酸稳定化(例如,与未修饰的5’-磷酸相比抗降解/裂解)。在某些实施方案中,此类5’-末端核苷稳定5’-磷部分。在本领域中,例如在WO/2011/139702中可找到某些经修饰的5’-末端核苷。
在某些实施方案中,ssRNA化合物的5’-核苷具有式IIc:
Figure BDA0000899795150000481
其中:
T1为任选保护的磷部分;
T2为将式IIc的化合物连接到寡聚化合物的核苷间连接基团;
A具有下式之一:
Figure BDA0000899795150000482
Q1和Q2各自独立地为H、卤素、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基、经取代的C2-C6炔基或N(R3)(R4);
Q3为O、S、N(R5)或C(R6)(R7);
每个R3、R4、R5、R6和R7独立地为H、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基或C1-C6烷氧基;
M3为O、S、NR14、C(R15)(R16)、C(R15)(R16)C(R17)(R18)、C(R15)=C(R17)、OC(R15)(R16)或OC(R15)(Bx2);
R14为H、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基;
R15、R16、R17和R18各自独立地为H、卤素、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基;
Bx1为杂环碱基部分;
或者如果存在Bx2,则Bx2为杂环碱基部分而Bx1为H、卤素、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基;
J4、J5、J6和J7各自独立地为H、卤素、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基;
或J4与J5或J7之一形成桥,其中所述桥包含选自O、S、NR19、C(R20)(R21)、C(R20)=C(R21)、C[=C(R20)(R21)]和C(=O)的1至3个连接的双基而J5、J6和J7中的其它两个各自独立地为H、卤素、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基;
每个R19、R20和R21独立地为H、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基;
G为H、OH、卤素或O-[C(R8)(R9)]n-[(C=O)m-X1]j-Z;
每个R8和R9独立地为H、卤素、C1-C6烷基或经取代的C1-C6烷基;
X1为O、S或N(E1);
Z为H、卤素、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基、经取代的C2-C6炔基或N(E2)(E3);
E1、E2和E3各自独立地为H、C1-C6烷基或经取代的C1-C6烷基;
n为1至约6;
m为0或1;
j为0或1;
每个经取代的基团包含独立地选自卤素、OJ1、N(J1)(J2)、=NJ1、SJ1、N3、CN、OC(=X2)J1、OC(=X2)N(J1)(J2)和C(=X2)N(J1)(J2)的一个或多个任选保护的取代基;
X2为O、S或NJ3
每个J1、J2和J3独立地为H或C1-C6烷基;
当j为1时,则Z不为卤素或N(E2)(E3);并且
其中所述寡聚化合物包含8至40个单体亚单位并且可与靶核酸的至少一部分杂交。
在某些实施方案中,M3为O、CH=CH、OCH2或OC(H)(Bx2)。在某些实施方案中,M3为O。
在某些实施方案中,J4、J5、J6和J7各自均为H。在某些实施方案中,J4与J5或J7之一形成桥。
在某些实施方案中,A具有下式之一:
Figure BDA0000899795150000511
其中:
Q1和Q2各自独立地为H、卤素、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基或经取代的C1-C6烷氧基。在某些实施方案中,Q1和Q2各自均为H。在某些实施方案中,Q1和Q2各自独立地为H或卤素。在某些实施方案中,Q1和Q2为H而Q1和Q2中的另一个为F、CH3或OCH3
在某些实施方案中,T1具有式:
Figure BDA0000899795150000512
其中:
Ra和Rc各自独立地为受保护的羟基、受保护的硫醇基、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、受保护的氨基或经取代的氨基;并且
Rb为O或S。在某些实施方案中,Rb为O并且Ra和Rc各自独立地为OCH3、OCH2CH3或CH(CH3)2
在某些实施方案中,G为卤素、OCH3、OCH2F、OCHF2、OCF3、OCH2CH3、O(CH2)2F、OCH2CHF2、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、O(CH2)2-OCH3、O(CH2)2-SCH3、O(CH2)2-OCF3、O(CH2)3-N(R10)(R11)、O(CH2)2-ON(R10)(R11)、O(CH2)2-O(CH2)2-N(R10)(R11)、OCH2C(=O)-N(R10)(R11)、OCH2C(=O)-N(R12)-(CH2)2-N(R10)(R11)或O(CH2)2-N(R12)-C(=NR13)[N(R10)(R11)],其中R10、R11、R12和R13各自独立地为H或C1-C6烷基。在某些实施方案中,G为卤素、OCH3、OCF3、OCH2CH3、OCH2CF3、OCH2-CH=CH2、O(CH2)2-OCH3、O(CH2)2-O(CH2)2-N(CH3)2、OCH2C(=O)-N(H)CH3、OCH2C(=O)-N(H)-(CH2)2-N(CH3)2或OCH2-N(H)-C(=NH)NH2。在某些实施方案中,G为F、OCH3或O(CH2)2-OCH3。在某些实施方案中,G为O(CH2)2-OCH3
在某些实施方案中,5'-末端核苷具有式IIe:
Figure BDA0000899795150000521
在某些实施方案中,反义化合物,包括特别适于ssRNA的反义化合物,包含沿寡核苷酸或其区域呈限定模式或糖修饰基序排列的一种或多种类型的经修饰的糖部分和/或天然存在的糖部分。此类基序可包括本文讨论的糖修饰和/或其它已知糖修饰的任一种。
在某些实施方案中,寡核苷酸包含具有一致糖修饰的区域或由具有一致糖修饰的区域组成。在某些此类实施方案中,该区域的每个核苷包含相同的RNA样糖修饰。在某些实施方案中,该区域的每个核苷均为2’-F核苷。在某些实施方案中,该区域的每个核苷均为2’-OMe核苷。在某些实施方案中,该区域的每个核苷均为2’-MOE核苷。在某些实施方案中,该区域的每个核苷均为cEt核苷。在某些实施方案中,该区域的每个核苷均为LNA核苷。在某些实施方案中,一致区域构成全部或基本上全部的寡核苷酸。在某些实施方案中,除1-4个末端核苷外,该区域构成整个寡核苷酸。
在某些实施方案中,寡核苷酸包含一个或多个交替糖修饰的区域,其中核苷在具有第一类糖修饰的核苷酸和具有第二类糖修饰的核苷酸之间交替。在某些实施方案中,两种类型的核苷均为RNA样核苷。在某些实施方案中,交替的核苷选自:2’-OMe、2’-F、2’-MOE、LNA和cEt。在某些实施方案中,交替的修饰为2’-F和2’-OMe。此类区域可以是连续的或可被经不同修饰的核苷或缀合核苷所间断。
在某些实施方案中,交替修饰的交替区域各自由单核苷组成(即,模式为(AB)xAy,其中A为具有第一类糖修饰的核苷而B为具有第二类糖修饰的核苷;x为1-20并且y为0或1)。在某些实施方案中,交替基序中的一个或多个交替区域包括一个以上一种类型的单核苷。例如,寡核苷酸可包括以下核苷基序中任一个的一个或多个区域:
AABBAA;
ABBABB;
AABAAB;
ABBABAABB;
ABABAA;
AABABAB;
ABABAA;
ABBAABBABABAA;
BABBAABBABABAA;或
ABABBAABBABABAA;
其中A为第一类核苷而B为第二类核苷。在某些实施方案中,A和B各自选自2’-F、2’-OMe、BNA和MOE。
在某些实施方案中,具有此类交替基序的寡核苷酸还包含经修饰的5’末端核苷,例如式IIc或IIe的核苷。
在某些实施方案中,寡核苷酸包含具有2-2-3基序的区域。此类区域包含以下基序:
-(A)2-(B)x-(A)2-(C)y-(A)3-
其中A为第一类经修饰的核苷;
B和C为与A不同地修饰的核苷,然而,B和C可具有彼此相同或不同的修饰。
x和y为1至15。
在某些实施方案中,A为2’-OMe修饰的核苷。在某些实施方案中,B和C均为2’-F修饰的核苷。在某些实施方案中,A为2’-OMe修饰的核苷并且B和C均为2’-F修饰的核苷。
在某些实施方案中,寡核苷具有以下糖基序:
5’-(Q)-(AB)xAy-(D)z
其中:
Q为包含稳定磷酸部分的核苷。在某些实施方案中,Q为具有式IIc或IIe的核苷;
A为第一类经修饰的核苷;
B为第二类经修饰的核苷;
D为包含不同于与之相邻的核苷的修饰的经修饰核苷。因此,如果y为0,则D必须与B不同地修饰并且如果y为1,则D必须与A不同地修饰。在某些实施方案中,D不同于A和B。
X为5-15;
Y为0或1;
Z为0-4。
在某些实施方案中,寡核苷具有以下糖基序:
5’-(Q)-(A)x-(D)z
其中:
Q为包含稳定磷酸部分的核苷。在某些实施方案中,Q为具有式IIc或IIe的核苷;
A为第一类经修饰的核苷;
D为包含不同于A的修饰的经修饰的核苷。
X为11-30;
Z为0-4。
在某些实施方案中,以上基序中的A、B、C和D选自:2’-OMe、2’-F、2’-MOE、LNA和cEt。在某些实施方案中,D表示末端核苷。在某些实施方案中,此类末端核苷未设计为与靶核酸杂交(虽然一个或多个可能意外杂交)。在某些实施方案中,每个D核苷的核碱基均为腺嘌呤,与靶核酸相应位置处核碱基的同一性无关。在某些实施方案中,每个D核苷的核碱基均为胸腺嘧啶。
在某些实施方案中,反义化合物,包括特别适于用作ssRNA的反义化合物,包含沿寡核苷酸或其区域呈限定模式或经修饰核苷间键联基序排列的经修饰的核苷间键联。在某些实施方案中,寡核苷酸包含具有交替核苷间键联基序的区域。在某些实施方案中,寡核苷酸包含经一致修饰的核苷间键联的区域。在某些此类实施方案中,寡核苷酸包含一致性通过硫代磷酸酯核苷间键联连接的区域。在某些实施方案中,寡核苷酸一致性通过硫代磷酸酯核苷间键联连接。在某些实施方案中,寡核苷酸的每个核苷间键联选自磷酸二酯和硫代磷酸酯。在某些实施方案中,寡核苷酸的每个核苷间键联选自磷酸二酯和硫代磷酸酯并且至少一个核苷间键联为硫代磷酸酯。
在某些实施方案中,寡核苷酸包含至少6个硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中,寡核苷酸包含至少8个硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中,寡核苷酸包含至少10个硫代磷酸酯核苷间键联。在某些实施方案中,寡核苷酸包含至少一个至少6个连续硫代磷酸酯核苷间键联的嵌段。在某些实施方案中,寡核苷酸包含至少一个至少8个连续硫代磷酸酯核苷间键联的嵌段。在某些实施方案中,寡核苷酸包含至少一个至少10个连续硫代磷酸酯核苷间键联的嵌段。在某些实施方案中,寡核苷酸包含至少一个至少12个连续硫代磷酸酯核苷间键联的嵌段。在某些此类实施方案中,至少一个此类嵌段位于寡核苷酸的3’末端。在某些此类实施方案中,至少一个此类嵌段位于寡核苷酸3’末端的3个核苷内。
具有本文描述的各种糖基序的任一种的寡核苷酸,可具有任何键联基序。例如,寡核苷酸,包括但不限于以上描述的寡核苷酸,可具有选自以下非限制性表的键联基序:
5’最末端键联 中央区域 3’-区域
PS 交替的PO/PS 6个PS
PS 交替的PO/PS 7个PS
PS 交替的PO/PS 8个PS
ii.siRNA化合物
在某些实施方案中,反义化合物为双链RNAi化合物(siRNA)。在此类实施方案中,一条或两条链可包含以上对ssRNA描述的任何修饰基序。在某些实施方案中,ssRNA化合物可为未修饰的RNA。在某些实施方案中,siRNA化合物可包含未修饰的RNA核苷,但包含经修饰的核苷间键联。
几个实施方案涉及双链组合物,其中每条链包含通过一个或多个经修饰或未修饰的核苷的定位所限定的基序。在某些实施方案中,提供了包含完全或至少部分杂交形成双链体区域的第一和第二寡聚化合物并且还包含与核酸靶标互补且杂交的区域的组合物。合适的是,此类组合物包含第一寡聚化合物,其是与核酸靶标具有完全或部分互补性的反义链,和第二寡聚化合物,其是具有与第一寡聚化合物互补的一个或多个区域并且形成至少一个双链体区域的有义链。
几个实施方案的组合物通过与核酸靶标杂交,导致其正常功能丧失而调节基因表达。在一些实施方案中,靶核酸为GHR。在某一实施方案中,靶向GHR的降解受到与本发明的组合物形成的活化RISC复合物促进。
几个实施方案涉及双链组合物,其中一条链用于,例如,影响相对链向RISC(或裂解)复合物的优先负载。所述组合物用于靶向所选核酸分子和调节一个或多个基因的表达。在一些实施方案中,本发明的组合物与靶RNA的一部分杂交,导致靶RNA的正常功能丧失。
某些实施方案涉及双链组合物,其中两条链均包含半聚体(hemimer)基序、经完全修饰的基序、经位置修饰的基序或交替基序。本发明组合物的每条链均可经修饰以在例如siRNA途径中实现特定作用。使用每条链上的不同基序或每条链上具有不同化学修饰的相同基序容许靶向RISC复合物的反义链,同时抑制有义链并入。在这种模型中,每条链均可经独立地修饰,使其增强其特定作用。反义链可在5'-末端经修饰以增强其在RISC一个区域中的作用,而3'-末端可经不同地修饰以增强其在RISC不同区域中的作用。
双链寡核苷酸分子可为包含自我互补的有义和反义区的双链多核苷酸分子,其中所述反义区包含与靶核酸分子或其一部分中的核苷酸序列互补的核苷酸序列而有义区具有与靶核酸序列或其一部分相对应的核苷酸序列。双链寡核苷酸分子可由两个单独的寡核苷酸组装而成,其中一条链为有义链而另一条为反义链,其中所述反义和有义链自我互补(即每条链包含与另一条链中的核苷酸序列互补的核苷酸序列;例如当反义链和有义链形成双链体或双链结构时,例如其中双链区为约15至约30个,例如约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个碱基对;反义链包含与靶核酸分子或其部分中的核苷酸序列互补的核苷酸序列而有义链包含与靶核酸分子或其部分相对应的核苷酸序列(例如,双链寡核苷酸分子的约15至约25个或更多个核苷酸与靶核酸或其部分互补)。可选地,双链寡核苷酸由单个寡核苷酸组装而成,其中siRNA自我互补的有义和反义区借助于基于核酸或不基于核酸的接头连接。
双链寡核苷酸可为具有双链体、不对称双链体、发夹或不对称发夹二级结构,具有自我互补的有义和反义区的多核苷酸,其中所述反义区包含与单独靶核酸分子或其部分中的核苷酸序列互补的核苷酸序列而有义区具有与靶核酸序列或其部分相对应的核苷酸序列。双链寡核苷酸可为具有两个或更多个环结构和包含自我互补的有义和反义区的茎的环状单链多核苷酸,其中所述反义区包含与靶核酸分子或其部分中的核苷酸序列互补的核苷酸序列而有义区具有与靶核酸序列或其部分相对应的核苷酸序列,并且其中所述环状多核苷酸可在体内或体外加工以生成能够介导RNAi的活性siRNA分子。
在某些实施方案中,双链寡核苷酸包含单独的有义和反义序列或区域,其中有义和反义区通过如本领域已知的核苷酸或非核苷酸接头共价连接,或可选地通过离子相互作用、氢键键合、范德瓦耳斯相互作用(van der waals interaction)、疏水性相互作用和/或堆积相互作用非共价连接。在某些实施方案中,双链寡核苷酸包含与靶基因的核苷酸序列互补的核苷酸序列。在另一实施方案中,双链寡核苷酸以引起对靶基因表达的抑制的方式与靶基因的核苷酸序列相互作用。
如本文中所用,双链寡核苷酸不需要限于仅含RNA的那些分子,但是还涵盖经化学修饰的核苷酸和非核苷酸。在某些实施方案中,短干扰核酸分子缺乏含2'-羟基(2'-OH)的核苷酸。在某些实施方案中短干扰核酸任选地不包括任何核糖核苷酸(例如,具有2'-OH基团的核苷酸)。然而在分子内不需要核糖核苷酸存在就可支持RNAi的此类双链寡核苷酸可具有一个附着接头或多个接头或其它附着或缔合基团、部分或含有具有2'-OH基团的一个或多个核苷酸的链。任选地,双链寡核苷酸可在约5、10、20、30、40或50%的核苷酸位置含核糖核苷酸。如本文中所用,术语siRNA意在与用于描述能够介导序列特异性RNAi的核酸分子的其它术语等效,例如短干扰RNA(siRNA)、双链RNA(dsRNA)、微RNA(miRNA)、短发夹RNA(shRNA)、短干扰寡核苷酸、短干扰核酸、短干扰经修饰寡核苷酸、经化学修饰的siRNA、转录后基因沉默RNA(ptgsRNA)等。另外,如本文中所用,术语RNAi意在与用于描述序列特异性RNA干扰的其它术语等效,例如转录后基因沉默、翻译抑制或表观遗传学。例如,双链寡核苷酸可用于在转录后水平和转录前水平上使基因表观遗传性沉默。在一个非限制性实例中,基因表达受本发明的siRNA分子的表观遗传调控可由siRNA介导的染色质结构或甲基化模式的修饰引起以改变基因表达(参见,例如,Verdel等,2004,Science,303,672-676;Pal-Bhadra等,2004,Science,303,669-672;Allshire,2002,Science,297,1818-1819;Volpe等,2002,Science,297,1833-1837;Jenuwein,2002,Science,297,2215-2218;和Hall等,2002,Science,297,2232-2237)。
预计本文提供的几个实施方案的化合物和组合物可以通过dsRNA介导的基因沉默或RNAi机制靶向GHR,包括例如,其中具有自我互补序列的RNA单链能够呈现双链构象的“发夹”或茎环双链RNA效应分子,或包含RNA的两条单独链的双链体dsRNA效应分子。在各个实施方案中,dsRNA完全由核糖核苷酸组成或由核糖核苷酸和脱氧核苷酸的混合物组成,诸如例如由2000年4月19日提交的WO 00/63364或1999年4月21日提交的美国序列号60/130,377所公开的RNA/DNA杂交体。dsRNA或dsRNA效应分子可为具有自我互补区域的单分子,以致所述分子一个区段内的核苷酸与所述分子另一个区段内的核苷酸碱基配对。在各个实施方案中,由单分子组成的dsRNA完全由核糖核苷酸组成或包括与脱氧核糖核苷酸区域互补的核糖核苷酸区域。可选地,dsRNA可包括具有相互互补的区域的两条不同的链。
在各个实施方案中,两条链完全由核糖核苷酸组成,一条链完全由核糖核苷酸组成而另一条链完全由脱氧核糖核苷酸组成,或一条或两条链含有核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸的混合物。在某些实施方案中,互补的区域相互并且与靶核酸序列至少70、80、90、95、98或100%互补。在某些实施方案中,呈双链构象存在的dsRNA区域包括至少19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、50、75,100、200、500、1000、2000或5000个核苷酸或包括cDNA中的或dsRNA中呈现的其它靶核酸序列中的所有核苷酸。在一些实施方案中,dsRNA不含任何单链区,诸如单链末端,或dsRNA为发夹。在其它实施方案中,dsRNA具有一个或多个单链区或突出。在某些实施方案中,RNA/DNA杂交体包括为反义链或反义区的DNA链或区域(例如,与靶核酸具有至少70、80、90、95、98或100%互补性)和为有义链或有义区的RNA链或区域(例如,与靶核酸具有至少70、80、90、95、98或100%互补性),并且反之亦然。
在各个实施方案中,在体外使用酶或化学合成法,诸如本文描述的方法或在2000年4月19日提交的WO 00/63364或1999年4月21日提交的美国序列号60/130,377中描述的方法制备RNA/DNA杂交体。在其它实施方案中,在DNA链转化至细胞之前、之后或同时,体外合成的DNA链与在体内或体外制备的RNA链复合。还有其它实施方案中,dsRNA为含有有义和反义区的单环状核酸,或dsRNA包括环状核酸和第二环状核酸或线性核酸(参见,例如,2000年4月19日提交的WO 00/63364或1999年4月21日提交的美国序列号60/130,377)。示例性环状核酸包括套索样结构,其中核苷酸的游离5'磷酰基变得呈环回形式与另一核苷酸的2'羟基连接。
在其它实施方案中,dsRNA包括一个或多个经修饰的核苷酸,其中糖中的2'位置含有卤素(诸如氟基)或含有烷氧基(诸如甲氧基),这样与其中相应2'位置含有氢或羟基的相应dsRNA相比增加了dsRNA在体外或体内的半衰期。还有其它实施方案中,dsRNA包括介于相邻核苷酸之间除天然存在的磷酸二酯键联外的一个或多个键联。此类键联的实例包括磷酰胺、硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯键联。如美国专利第6,673,661号中所教导,dsRNA也可为经化学修饰的核酸分子。在其它实施方案中,如例如由2000年4月19日提交的WO 00/63364或1999年4月21日提交的美国序列号60/130,377所公开,dsRNA含有一条或两条加帽链。
在其它实施方案中,dsRNA可为在WO 00/63364中公开的至少部分dsRNA分子中的任一种,以及在美国临时申请60/399,998和美国临时申请60/419,532及PCT/US2003/033466中描述的dsRNA分子中的任一种,所述申请的教导特此通过引用并入。可在体外或体内使用本文描述的方法或标准方法,诸如WO 00/63364中描述的标准方法表达任何dsRNA。
占用
在某些实施方案中,预计反义化合物不会导致靶核酸经由RNA酶H裂解或导致通过RISC途径而裂解或隔绝。在某些此类实施方案中,反义活性可由占用产生,其中杂交反义化合物的存在破坏了靶核酸的活性。在某些此类实施方案中,反义化合物可经一致性修饰或可包含修饰和/或经修饰和未修饰的核苷的混合物。
靶核酸、靶区和核苷酸序列
编码可被本文提供的化合物靶向的生长激素受体(GHR)的核苷酸序列包括但不限于以下:基因库登录号NM_000163.4(本文作为SEQ ID NO:1并入)、基因库登录号NT_006576.16(截自核苷酸42411001至42714000)(本文作为SEQ ID NO:2并入)、基因库登录号X06562.1(本文作为SEQ ID NO:3并入)、基因库登录号DR006395.1(本文作为SEQ ID NO:4并入)、基因库登录号DB052048.1(本文作为SEQ ID NO:5并入)、基因库登录号AF230800.1(本文作为SEQ ID NO:6并入)、基因库登录号AA398260.1的互补序列(本文作为SEQ ID NO:7并入)、基因库登录号BC136496.1(本文作为SEQ ID NO:8并入)、基因库登录号NM_001242399.2(本文作为SEQ ID NO:9并入)、基因库登录号NM_001242400.2(本文作为SEQID NO:10并入)、基因库登录号NM_001242401.3(本文作为SEQ ID NO:11并入)、基因库登录号NM_001242402.2(本文作为SEQ ID NO:12并入)、基因库登录号NM_001242403.2(本文作为SEQ ID NO:13并入)、基因库登录号NM_001242404.2(本文作为SEQ ID NO:14并入)、基因库登录号NM_001242405.2(本文作为SEQ ID NO:15并入)、基因库登录号NM_001242406.2(本文作为SEQ ID NO:16并入)、基因库登录号NM_001242460.1(本文作为SEQ ID NO:17并入)、基因库登录号NM_001242461.1(本文作为SEQ ID NO:18并入)、基因库登录号NM_001242462.1(本文作为SEQ ID NO:19并入)或基因库登录号NW_001120958.1(截自核苷酸4410000至4720000)(本文作为SEQ ID NO:2296并入)。
杂交
在一些实施方案中,在本文公开的反义化合物和GHR核酸之间发生杂交。最常见的杂交机制牵涉核酸分子互补核碱基之间的氢键键合(例如,沃森-克里克、胡斯坦或反胡斯坦氢键键合)。
杂交可在不同条件下发生。严格条件具有序列依赖性并且由待杂交的核酸分子的性质和组成决定。
确定序列是否可与靶核酸特异性杂交的方法为本领域公知。在某些实施方案中,本文提供的反义化合物可与GHR核酸特异性杂交。
互补性
当反义化合物的足够数量的核碱基可与靶核酸的相应核碱基氢键键合,使得发生所需作用(例如,靶核酸诸如GHR核酸的反义抑制)时,反义化合物和靶核酸相互互补。
可耐受反义化合物和GHR核酸之间非互补的核碱基,只要反义化合物仍能够与靶核酸特异性杂交。而且,反义化合物可与GHR核酸的一个或多个区段杂交,使得杂交事件中不牵涉介入或邻近区段(例如,环结构、错配或发夹结构)。
在某些实施方案中,本文提供的反义化合物或其特定部分与GHR核酸、其靶区、靶区段或特定部分有或至少有70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%互补。反义化合物与靶核酸的互补性百分数可使用常规方法测定。
例如,其中反义化合物的20个核碱基中有18个与靶区互补,并且因此将特异性杂交的反义化合物将代表90%互补性。在这个实例中,剩余的非互补核碱基可聚集或散布有互补核碱基而不需要相互或与互补核碱基连续。这样,两侧是与靶核酸完全互补的两个区域的具有4个非互补核碱基的长度为18个核碱基的反义化合物将与靶核酸总共具有77.8%互补性并且因此将落入本发明的范围内。反义化合物与靶核酸一个区域的互补性百分数可使用本领域已知的BLAST程序(基础局部比对检索工具)和PowerBLAST程序常规测定(Altschul等,J.Mol.Biol.,1990,215,403 410;Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649656)。同源性、序列同一性或互补性的百分数可通过例如使用Smith和Waterman算法(Adv.Appl.Math.,1981,2,482 489)的Gap程序(Wisconsin Sequence Analysis Package,Version 8for Unix,Genetics Computer Group,University Research Park,MadisonWis.)使用缺省设置来测定。
在某些实施方案中,本文提供的反义化合物或其特定部分与靶核酸或其特定部分完全互补(即100%互补)。例如,反义化合物可与GHR核酸或其靶区或靶区段或靶序列完全互补。如本文中所用,“完全互补”意指反义化合物的每个核碱基都能够与靶核酸的相应核碱基精确碱基配对。例如,20个核碱基的反义化合物与400个核碱基长度的靶序列完全互补,只要存在与反义化合物完全互补的靶核酸的相应20个核碱基部分。完全互补也可用于指第一和/或第二核酸的特定部分。例如,30个核碱基的反义化合物的20个核碱基部分可与400个核碱基长度的靶序列“完全互补”。如果靶序列具有相应的20个核碱基部分,其中每个碱基与反义化合物的20个核碱基部分互补,则30个核碱基寡核苷酸的20个核碱基部分与靶序列完全互补。同时,根据反义化合物的剩余10个核碱基是否也与靶序列互补,整个30个核碱基的反义化合物可与靶序列完全互补或不完全互补。
非互补核碱基的位置可在反义化合物的5’末端或3’末端。可选地,非互补的一个核碱基或多个核碱基可在反义化合物的内部位置。当存在两个或更多个非互补核碱基时,它们可以是连续的(即,连接的)或非连续的。在一个实施方案中,非互补核碱基位于间隔体反义寡核苷酸的侧翼区段中。
在某些实施方案中,长度为或达11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核碱基的反义化合物包含不超过4个、不超过3个、不超过2个或不超过1个相对于靶核酸,诸如GHR核酸或其特定部分非互补的核碱基。
在某些实施方案中,长度为或达11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核碱基的反义化合物包含不超过6个、不超过5个、不超过4个、不超过3个、不超过2个或不超过1个相对于靶核酸,诸如GHR核酸或其特定部分非互补的核碱基。
提供的反义化合物还包括与靶核酸的一部分互补的反义化合物。如本文中所用,“部分”是指靶核酸的区域或区段内确定数量的连续(即,连接的)核碱基。“部分”也可指反义化合物的确定数量的连续核碱基。在某些实施方案中,反义化合物与靶区段的至少8个核碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与靶区段的至少9个核碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与靶区段的至少10个核碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与靶区段的至少11个核碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与靶区段的至少12个核碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与靶区段的至少13个核碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与靶区段的至少14个核碱基的部分互补。在某些实施方案中,反义化合物与靶区段的至少15个核碱基的部分互补。还考虑了与靶区段的至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个核碱基的部分或由这些值中的任何两个限定的范围的核碱基部分互补的反义化合物。
同一性
本文提供的反义化合物也可与特定核苷酸序列、SEQ ID NO或由特定Isis号表示的化合物或其部分具有确定的同一性百分数。如本文中所用,如果反义化合物具有相同的核碱基配对能力,则它与本文公开的序列相同。例如,含有代替公开的DNA序列中的胸腺嘧啶的尿嘧啶的RNA将被认为与DNA序列相同,因为尿嘧啶和胸腺嘧啶两者均与腺嘌呤配对。还考虑了本文描述的反义化合物的缩短和延长形式以及相对于本文提供的反义化合物具有不相同的碱基的化合物。在整个反义化合物中不相同的碱基可相互邻近或分散。根据相对于比较的序列具有相同碱基配对的碱基数量来计算反义化合物的同一性百分数。
在某些实施方案中,反义化合物或其部分与本文公开的一种或多种反义化合物或SEQ ID NO或其部分至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%相同。
在某些实施方案中,将反义化合物的一部分与靶核酸的等长部分比较。在某些实施方案中,将8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核碱基的部分与靶核酸的等长部分比较。
在某些实施方案中,将反义寡核苷酸的一部分与靶核酸的等长部分比较。在某些实施方案中,将8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核碱基的部分与靶核酸的等长部分比较。
修饰
核苷为碱基-糖组合。核苷的核碱基(也称为碱基)部分通常是杂环碱基部分。核苷酸是进一步包括与核苷的糖部分共价连接的磷酸基团的核苷。对于包括戊呋喃糖基糖的那些核苷而言,磷酸基团可与糖的2'、3'或5'羟基部分连接。寡核苷酸的形成是通过相邻核苷相互之间的共价键联而形成线性聚合寡核苷酸。在寡核苷酸结构内,通常称磷酸基团形成寡核苷酸的核苷间键联。
对反义化合物的修饰涵盖对核苷间键联、糖部分或核碱基的取代或改变。因为合乎需要的性质,例如,细胞摄取增强、对核酸靶标的亲和力增强、在核酸酶的存在下稳定性增加或抑制活性增加,经修饰的反义化合物通常比天然形式优选。
经化学修饰的核苷也可用于增加缩短或截短的寡核苷酸对其靶核酸的结合亲和力。因此,用具有此类经化学修饰的核苷的较短反义化合物常常可获得具有可比性的结果。
经修饰的核苷间键联
RNA和DNA的天然存在的核苷间键联为3'至5'磷酸二酯键联。因为合乎需要的性质,例如,细胞摄取增强、对靶核酸的亲和力增强及在核酸酶的存在下稳定性增加,具有一个或多个经修饰的,即非天然存在的核苷间键联的反义化合物常常比具有天然存在的核苷间键联的反义化合物优选。
具有经修饰的核苷间键联的寡核苷酸包括保留磷原子的核苷间键联和不具有磷原子的核苷间键联。代表性的含磷核苷间键联包括但不限于磷酸二酯、磷酸三酯、甲基磷酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸酯。含磷和不含磷键联的制备方法公知。
在某些实施方案中,靶向GHR核酸的反义化合物包含一种或多种经修饰的核苷间键联。在某些实施方案中,经修饰的核苷间键联为硫代磷酸酯键联。在某些实施方案中,反义化合物的每个核苷间键联均为硫代磷酸酯核苷间键联。
经修饰的糖部分
反义化合物可任选地含有其中糖基已经被修饰的一种或多种核苷。此类糖经修饰的核苷可赋予反义化合物增强的核酸酶稳定性、增加的结合亲和力或一些其它有益的生物性质。在某些实施方案中,核苷包含经化学修饰的呋喃核糖环部分。经化学修饰的呋喃核糖环的实例包括但不限于添加取代基团(包括5’和2’取代基团,非孪位环原子桥联形成双环核酸(BNA),以S、N(R)或C(R1)(R2)(R、R1和R2各自独立地为H、C1-C12烷基或保护基团)置换核糖基环氧原子及其组合。经化学修饰的糖的实例包括2'-F-5'-甲基取代的核苷(对于其它公开的5',2'-双取代核苷,参见2008年8月21日公布的PCT国际申请WO 2008/101157)或以S置换核糖基环氧原子以及在2'位置的进一步取代(参见2005年6月16日公布的美国专利申请US2005-0130923)或可选地BNA的5'取代(参见2007年11月22日公布的PCT国际申请WO2007/134181,其中使用例如5'-甲基或5'-乙烯基取代LNA)。
具有经修饰的糖部分的核苷的实例包括但不限于包含5'-乙烯基、5'-甲基(R或S)、4'-S、2'-F、2'-OCH3、2’-OCH2CH3、2’-OCH2CH2F和2'-O(CH2)2OCH3取代基团的核苷。2'位置的取代基也可选自烯丙基、氨基、叠氮基、硫代基、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、OCF3、OCH2F、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)、O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)和O-CH2-C(=O)-N(Rl)-(CH2)2-N(Rm)(Rn),其中每个Rl、Rm和Rn独立地为H或经取代或未取代的C1-C10烷基。
如本文中所用,“双环核苷”是指包含双环糖部分的经修饰的核苷。双环核苷的实例包括但不限于包含介于4'和2'核糖基环原子之间的桥的核苷。在某些实施方案中,本文提供的反义化合物包括含4’至2’桥的一个或多个双环核苷。此类4’至2’桥联双环核苷的实例包括但不限于下式之一:4'-(CH2)-O-2'(LNA);4'-(CH2)-S-2';4'-(CH2)2-O-2'(ENA);4'-CH(CH3)-O-2'(也称为限制型乙基或cEt)和4'-CH(CH2OCH3)-O-2'(及其类似物,参见2008年7月15日颁发的美国专利7,399,845);4'-C(CH3)(CH3)-O-2'(及其类似物,参见2009年1月8日公布的公开国际申请WO/2009/006478);4'-CH2-N(OCH3)-2'(及其类似物,参见2008年12月11日公布的公开国际申请WO/2008/150729);4'-CH2-O-N(CH3)-2'(参见2004年9月2日公布的公开美国专利申请US2004-0171570);4'-CH2-N(R)-O-2',其中R为H、C1-C12烷基或保护基团(参见2008年9月23日颁发的美国专利7,427,672);4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(参见Chattopadhyaya等,J.Org.Chem.,2009,74,118-134);和4'-CH2-C(=CH2)-2'(及其类似物,参见2008年12月8日公布的公开国际申请WO 2008/154401)。
也在可公开文献中找到关于双环核苷的更多报道(参见例如:Singh等,Chem.Commun.,1998,4,455-456;Koshkin等,Tetrahedron,1998,54,3607-3630;Wahlestedt等,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,2000,97,5633-5638;Kumar等,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222;Singh等,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039;Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(26)8362-8379;Elayadi等,Curr.Opinion Invest.Drugs,2001,2,558-561;Braasch等,Chem.Biol.,2001,8,1-7;和Orum等,Curr.Opinion Mol.Ther.,2001,3,239-243;美国专利第6,268,490、6,525,191、6,670,461、6,770,748、6,794,499、7,034,133、7,053,207、7,399,845、7,547,684和7,696,345号;美国专利公布第US2008-0039618、US2009-0012281号;美国专利序列号60/989,574、61/026,995、61/026,998、61/056,564、61/086,231、61/097,787和61/099,844;公开PCT国际申请WO 1994/014226、WO 2004/106356、WO 2005/021570、WO 2007/134181、WO 2008/150729、WO 2008/154401和WO 2009/006478。每个前述双环核苷均可制备成具有一种或多种立体化学糖构型,包括例如α-L-呋喃核糖和β-D-呋喃核糖(参见1999年3月25日作为WO99/14226公布的PCT国际申请PCT/DK98/00393)。
在某些实施方案中,BNA核苷的双环糖部分包括但不限于在戊呋喃糖基糖部分的4'和2’位置之间具有至少一个桥的化合物,其中此类桥独立地包含独立地选自-[C(Ra)(Rb)]n-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=O)-、-C(=NRa)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-和-N(Ra)-的1个或2至4个连接的基团;
其中:
x为0、1或2;
n为1、2、3或4;
每个Ra和Rb独立地为H、保护基团、羟基、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、经取代的C5-C20芳基、杂环基团、经取代的杂环基团、杂芳基、经取代的杂芳基、C5-C7脂环族基团、经取代的C5-C7脂环族基团、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(=O)-H)、经取代的酰基、CN、磺酰基(S(=O)2-J1)或亚磺酰基(S(=O)-J1);并且
每个J1和J2独立地为H、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、经取代的C5-C20芳基、酰基(C(=O)-H)、经取代的酰基、杂环基团、经取代的杂环基团、C1-C12氨基烷基、经取代的C1-C12氨基烷基或保护基团。
在某些实施方案中,双环糖部分的桥为-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(RaRb)-N(R)-O-或-C(RaRb)-O-N(R)-。在某些实施方案中,所述桥为4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'、4'-(CH2)2-O-2'、4'-CH2-O-N(R)-2'和4'-CH2-N(R)-O-2'-,其中每个R独立地为H、保护基团或C1-C12烷基。
在某些实施方案中,双环核苷进一步受异构构型限定。例如,包含4’-2’亚甲氧基桥的核苷可呈α-L构型或呈β-D构型。先前,α-L-亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)BNA已经并入显示出反义活性的反义寡核苷酸中(Frieden等,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。
在某些实施方案中,双环核苷包括但不限于如以下描绘的(A)α-L-亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)BNA,(B)β-D-亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)BNA,(C)乙烯氧基(4’-(CH2)2-O-2’)BNA,(D)氨氧基(4’-CH2-O-N(R)-2’)BNA,(E)氧氨基(4’-CH2-N(R)-O-2’)BNA,和(F)甲基(亚甲氧基)(4’-CH(CH3)-O-2’)BNA,(G)亚甲基-硫代(4’-CH2-S-2’)BNA,(H)亚甲基-氨基(4’-CH2-N(R)-2’)BNA,(I)甲基碳环(4’-CH2-CH(CH3)-2’)BNA,(J)丙烯碳环(4’-(CH2)3-2’)BNA和(K)乙烯基BNA:
Figure BDA0000899795150000711
其中Bx为碱基部分并且R独立地为H、保护基团、C1-C12烷基或C1-C12烷氧基。
在某些实施方案中,提供了具有式I的双环核苷:
Figure BDA0000899795150000712
其中:
Bx为杂环碱基部分;
-Qa-Qb-Qc-为-CH2-N(Rc)-CH2-、-C(=O)-N(Rc)-CH2-、-CH2-O-N(Rc)-、-CH2-N(Rc)-O-或-N(Rc)-O-CH2
Rc为C1-C12烷基或氨基保护基;并且
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价附着。
在某些实施方案中,提供了具有式II的双环核苷:
Figure BDA0000899795150000721
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价附着;
Za为C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、经取代的C1-C6烷基、经取代的C2-C6烯基、经取代的C2-C6炔基、酰基、经取代的酰基、经取代的酰胺基、硫醇基或经取代的硫醇基。
在一个实施方案中,每个经取代的基团独立地经独立地选自卤素、氧代基、羟基、OJc、NJcJd、SJc、N3、OC(=X)Jc和NJeC(=X)NJcJd的取代基团单或多取代,其中每个Jc、Jd和Je独立地为H、C1-C6烷基或经取代的C1-C6烷基并且X为O或NJc
在某些实施方案中,提供了具有式III的双环核苷:
Figure BDA0000899795150000722
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价附着;
Zb为C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、经取代的C1-C6烷基、经取代的C2-C6烯基、经取代的C2-C6炔基或经取代的酰基(C(=O)-)。
在某些实施方案中,提供了具有式IV的双环核苷:
Figure BDA0000899795150000731
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价附着;
Rd为C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基;
每个qa、qb、qc和qd独立地为H、卤素、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基、C1-C6烷氧基、经取代的C1-C6烷氧基、酰基、经取代的酰基、C1-C6氨基烷基或经取代的C1-C6氨基烷基;
在某些实施方案中,提供了具有式V的双环核苷:
Figure BDA0000899795150000741
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价附着;
qa、qb、qe和qf各自独立地为氢、卤素、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、经取代的C1-C12烷氧基、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk或N(H)C(=S)NJjJk
或qe和qf一起为=C(qg)(qh);
qg和qh各自独立地为H、卤素、C1-C12烷基或经取代的C1-C12烷基。
已经描述了亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)BNA单体腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、5-甲基-胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶的合成和制备,连同其寡聚化和核酸识别性质(Koshkin等,Tetrahedron,1998,54,3607-3630)。在WO 98/39352和WO 99/14226中也描述了BNA及其制备。
还已制备了亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)BNA和2'-硫代-BNA的类似物(Kumar等,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222)。还已描述了作为核酸聚合酶底物的包含寡脱氧核糖核苷酸双链体的锁核苷类似物的制备(Wengel等,WO 99/14226)。此外,在本领域中已经描述了2'-氨基-BNA,一种新型构象限制高亲和力寡核苷酸类似物的合成(Singh等,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039)。另外,已经制备了2'-氨基-和2'-甲氨基-BNA并且先前已经报道了其具有互补RNA和DNA链的双链体的热稳定性。
在某些实施方案中,提供了具有式VI的双环核苷:
Figure BDA0000899795150000751
其中:
Bx为杂环碱基部分;
Ta和Tb各自独立地为H、羟基保护基、缀合基团、反应性磷基、磷部分或与支撑介质的共价附着;
每个qi、qj、qk和ql独立地为H、卤素、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C1-C12烷氧基、经取代的C1-C12烷氧基、OJj、SJj、SOJj、SO2Jj、NJjJk、N3、CN、C(=O)OJj、C(=O)NJjJk、C(=O)Jj、O-C(=O)NJjJk、N(H)C(=NH)NJjJk、N(H)C(=O)NJjJk或N(H)C(=S)NJjJk;并且
qi和qj或ql和qk一起为=C(qg)(qh),其中qg和qh各自独立地为H、卤素、C1-C12烷基或经取代的C1-C12烷基。
已经描述了具有4'-(CH2)3-2'桥和烯基类似物桥4'-CH=CH-CH2-2'的一种碳环双环核苷(Freier等,Nucleic Acids Research,1997,25(22),4429-4443和Albaek等,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740)。还已经描述了碳环双环核苷的合成和制备连同其寡聚化和生物化学研究(Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(26),8362-8379)。
如本文中所用,“4’-2’双环核苷”或“4’至2’双环核苷”是指包含呋喃糖环的双环核苷,呋喃糖环包含的连接呋喃糖环的两个碳原子的桥连接糖环的2’碳原子和4’碳原子。
如本文中所用,“单环核苷”是指包含并非双环糖部分的经修饰糖部分的核苷。在某些实施方案中,核苷的糖部分或糖部分类似物可在任何位置经修饰或取代。
如本文中所用,“2’-修饰的糖”意指在2’位置经修饰的呋喃糖基糖。在某些实施方案中,此类修饰包括选自:卤化物的取代基,包括但不限于经取代和未取代的烷氧基、经取代和未取代的硫代烷基、经取代和未取代的氨基烷基、经取代和未取代的烷基、经取代和未取代的烯丙基及经取代和未取代的炔基。在某些实施方案中,2’修饰选自包括但不限于以下的取代基:O[(CH2)nO]mCH3、O(CH2)nNH2、O(CH2)nCH3、O(CH2)nF、O(CH2)nONH2、OCH2C(=O)N(H)CH3和O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2,其中n和m为1至约10。其它2'-取代基团也可选自:C1-C12烷基、经取代的烷基、烯基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、CN、F、CF3、OCF3、SOCH3、SO2CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、多烷基氨基、经取代的甲硅烷基、RNA裂解基团、报告基团、插入部分、提高药代动力学性质的基团或提高反义化合物药效学性质的基团和具有类似性质的其它取代基。在某些实施方案中,经修饰的核苷包含2’-MOE侧链(Baker等,J.Biol.Chem.,1997,272,11944-12000)。已经将此类2'-MOE取代描述为与未修饰的核苷和其它经修饰的核苷,诸如2’-O-甲基、O-丙基和O-氨基丙基相比具有更高的结合亲和力。还已证实具有2'-MOE取代基的寡核苷酸是基因表达的反义抑制剂,具有对于体内使用有前景的特征(Martin,Helv.Chim.Acta,1995,78,486-504;Altmann等,Chimia,1996,50,168-176;Altmann等,Biochem.Soc.Trans.,1996,24,630-637;和Altmann等,Nucleosides Nucleotides,1997,16,917-926)。
如本文中所用,“经修饰的四氢吡喃核苷”或“经修饰的THP核苷”意指具有六元四氢吡喃“糖”取代正常核苷(糖替代物)中的戊呋喃糖残基的核苷。经修饰的THP核苷包括但不限于本领域称为己糖醇核酸(HNA)、anitol核酸(ANA)、甘露糖醇核酸(MNA)(参见Leumann,Bioorg.Med.Chem.,2002,10,841-854)或具有如下所示四氢吡喃环系的氟代HNA(F-HNA)的核苷:
Figure BDA0000899795150000771
在某些实施方案中,选择具有式VII的糖替代物:
Figure BDA0000899795150000772
其中独立地对于式VII的所述至少一种四氢吡喃核苷类似物的每一个而言,
Bx为杂环碱基部分;
Ta和Tb各自独立地为将四氢吡喃核苷类似物连接到反义化合物的核苷间连接基团或Ta和Tb中的一个为将四氢吡喃核苷类似物连接到反义化合物的核苷间连接基团而Ta和Tb中的另一个为H、羟基保护基、连接的缀合基团或5'或3'-末端基团;
q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自独立地为H、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基;并且R1和R2中的每一个均选自氢、羟基、卤素、经取代或未取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(=X)J1、OC(=X)NJ1J2、NJ3C(=X)NJ1J2和CN,其中X为O、S或NJ1并且每个J1、J2和J3独立地为H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中,提供了式VII的经修饰的THP核苷,其中q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自均为H。在某些实施方案中,q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个不为H。在某些实施方案中,q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个为甲基。在某些实施方案中,提供了式VII的THP核苷,其中R1和R2中的一个为氟。在某些实施方案中,R1为氟而R2为H;R1为甲氧基而R2为H;及R1为甲氧基乙氧基而R2为H。
在某些实施方案中,糖替代物包含具有5个以上原子和一个以上杂原子的环。例如,已经报道了包含吗啉基糖部分的核苷及其在寡聚化合物中的用途(参见例如:Braasch等,Biochemistry,2002,41,4503-4510;和美国专利5,698,685、5,166,315、5,185,444和5,034,506)。如此处所用,术语“吗啉基”意指具有下式的糖替代物:
Figure BDA0000899795150000781
在某些实施方案中,吗啉基可经修饰,例如通过添加或改变来自以上吗啉基结构的各种取代基团。本文将此类糖替代物称为“经取代的吗啉基”。
还提供了修饰的组合,但不限于,诸如2'-F-5'-甲基取代的核苷(对于其它公开的5',2'-双取代核苷,参见2008年8月21日公布的PCT国际申请WO 2008/101157)和以S置换核糖基环氧原子以及在2'位置的进一步取代(参见2005年6月16日公布的公开美国专利申请US2005-0130923)或可选地双环核酸的5'-取代(参见2007年11月22日公布的PCT国际申请WO 2007/134181,其中4'-CH2-O-2'双环核苷在5'位置经5'-甲基或5'-乙烯基进一步取代)。还已经描述了碳环双环核苷的合成和制备连同其寡聚化和生物化学研究(参见,例如,Srivastava等,J.Am.Chem.Soc.2007,129(26),8362-8379)。
在某些实施方案中,反义化合物包含一个或多个经修饰的环己烯基核苷,这是具有六元环己烯基代替天然存在的核苷中的戊呋喃糖残基的核苷。经修饰的环己烯基核苷包括但不限于本领域中描述的经修饰的环己烯基核苷(参见例如2010年4月10日公布的共同所有、公开PCT申请WO 2010/036696,Robeyns等,J.Am.Chem.Soc.,2008,130(6),1979-1984;Horváth等,Tetrahedron Letters,2007,48,3621-3623;Nauwelaerts等,J.Am.Chem.Soc.,2007,129(30),9340-9348;Gu等,Nucleosides,Nucleotides&NucleicAcids,2005,24(5-7),993-998;Nauwelaerts等,Nucleic Acids Research,2005,33(8),2452-2463;Robeyns等,Acta Crystallographica,Section F:Structural Biology andCrystallization Communications,2005,F61(6),585-586;Gu等,Tetrahedron,2004,60(9),2111-2123;Gu等,Oligonucleotides,2003,13(6),479-489;Wang等,J.Org.Chem.,2003,68,4499-4505;Verbeure等,Nucleic Acids Research,2001,29(24),4941-4947;Wang等,J.Org.Chem.,2001,66,8478-82;Wang等,Nucleosides,Nucleotides&NucleicAcids,2001,20(4-7),785-788;Wang等,J.Am.Chem.,2000,122,8595-8602;公开PCT申请WO06/047842;和公开PCT申请WO 01/049687;各自的正文通过引用整体并入本文)。某些经修饰的环己烯基核苷具有式X。
Figure BDA0000899795150000791
其中独立地对于式X的所述至少一种环己烯基核苷类似物的每一个而言,
Bx为杂环碱基部分;
T3和T4各自独立地为将环己烯基核苷类似物连接到反义化合物的核苷间连接基团或T3和T4中的一个为将四氢吡喃核苷类似物连接到反义化合物的核苷间连接基团而T3和T4中的另一个为H、羟基保护基、连接的缀合基团或5'或3'-末端基团;并且
q1、q2、q3、q4、q5、q6、q7、q8和q9各自独立地为H、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基或其它糖取代基团。
如本文中所用,“2’-修饰”或“2’-取代”是指核苷包含在2’位置包含除H或OH外的取代基的糖。2’-修饰的核苷包括但不限于双环核苷,其中连接糖环的两个碳原子的桥连接糖环的2’碳和另一个碳;和具有非桥联2’取代基,诸如烯丙基、氨基、叠氮基、硫代基、O-烯丙基、O-C1-C10烷基、-OCF3、O-(CH2)2-O-CH3、2'-O(CH2)2SCH3、O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn)或O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn)的核苷,其中每个Rm和Rn独立地为H或经取代或未取代的C1-C10烷基。2’-修饰的核苷可进一步包含例如在糖其它位置和/或在核碱基处的其它修饰。
如本文中所用,“2’-F”是指包含在糖环的2’位置包含氟基的糖的核苷。
如本文中所用,“2’-OMe”或“2’-OCH3”或“2’-O-甲基”每个都指包含在糖环的2’位置包含-OCH3基团的糖的核苷。
如本文中所用,“MOE”或“2’-MOE”或“2’-OCH2CH2OCH3”或“2’-O-甲氧基乙基”每个都指包含在糖环的2’位置包含-OCH2CH2OCH3基团的糖的核苷。
如本文中所用,“寡核苷酸”是指包含多个连接的核苷的化合物。在某些实施方案中,所述多个核苷中的一个或多个经修饰。在某些实施方案中,寡核苷酸包含一个或多个核糖核苷(RNA)和/或脱氧核糖核苷(DNA)。
在本领域中也已知可用于修饰核苷以并入反义化合物中的许多其它双环和三环糖替代物环系(参见例如综述论文:Leumann,Bioorg.Med.Chem.,2002,10,841-854)。此类环系可进行各种附加取代以增强活性。
制备经修饰的糖的方法为本领域技术人员公知。一些教导此类经修饰的糖的制备的代表性美国专利包括但不限于美国专利:4,981,957、5,118,800、5,319,080、5,359,044、5,393,878、5,446,137、5,466,786、5,514,785、5,519,134、5,567,811、5,576,427、5,591,722、5,597,909、5,610,300、5,627,053、5,639,873、5,646,265、5,670,633、5,700,920、5,792,847和6,600,032及2005年6月2日提交且于2005年12月22日作为WO 2005/121371公开的国际申请PCT/US2005/019219,并且其各自通过引用整体并入本文。
在具有经修饰的糖部分的核苷酸中,核碱基部分(天然的、经修饰的或其组合)保持与适当核酸靶标杂交。
在某些实施方案中,反义化合物包含一个或多个具有经修饰的糖部分的核苷。在某些实施方案中,经修饰的糖部分为2’-MOE。在某些实施方案中,2’-MOE修饰的核苷呈间隔体基序排列。在某些实施方案中,经修饰的糖部分是具有(4’-CH(CH3)-O-2’)桥联基团的双环核苷。在某些实施方案中,(4’-CH(CH3)-O-2’)修饰的核苷排列在间隔体基序的整个侧翼中。
经修饰的核碱基
核碱基(或碱基)修饰或取代可在结构上区别于天然存在的或合成的未修饰的核碱基但功能上可与之互换。天然和经修饰的核碱基能够参与氢键键合。此类核碱基修饰可赋予反义化合物核酸酶稳定性、结合亲和力或一些其它有益的生物性质。经修饰的核碱基包括合成的和天然的核碱基,例如5-甲基胞嘧啶(5-me-C)。某些核碱基取代,包括5-甲基胞嘧啶取代,对于增加反义化合物对靶核酸的结合亲和力特别有用。例如,已经证实5-甲基胞嘧啶取代会增加核酸双链体的稳定性0.6-1.2℃(Sanghvi,Y.S.、Crooke,S.T.和Lebleu,B.编辑,Antisense Research and Applications,CRC Press,Boca Raton,1993,第276-278页)。
另外的经修饰的核碱基包括:5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其它烷基衍生物,腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其它烷基衍生物,2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶,5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶,5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶和胞嘧啶及嘧啶碱基的其它炔基衍生物,6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶,5-尿嘧啶(假尿嘧啶),4-硫尿嘧啶,8-卤代、8-氨基、8-巯基、8-硫代烷基、8-羟基和其它8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤,5-卤代特别是5-溴、5-三氟甲基和其它5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶,7-甲基鸟嘌呤和7-甲基腺嘌呤,2-F-腺嘌呤,2-氨基腺嘌呤,8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤,7-去氮鸟嘌呤和7-去氮腺嘌呤以及3-去氮鸟嘌呤和3-去氮腺嘌呤。
杂环碱基部分还可包括其中嘌呤或嘧啶碱基被其它杂环取代的碱基部分,例如,7-去氮杂-腺嘌呤、7-去氮杂鸟嘌呤、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。对于增加反义化合物的结合亲和力特别有用的核碱基包括5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤,包括2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。
在某些实施方案中,靶向GHR核酸的反义化合物包含一种或多种经修饰的核碱基。在某些实施方案中,缩短或间隙加宽的靶向GHR核酸的反义寡核苷酸包含一种或多种经修饰的核碱基。在某些实施方案中,经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中,每个胞嘧啶均为5-甲基胞嘧啶。
缀合反义化合物
反义化合物可与提高所得反义寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞摄取的一种或多种部分或缀合物共价连接。典型的缀合基团包括胆固醇部分和脂质部分。另外的缀合基团包括碳水化合物、磷脂、生物素、吩嗪、叶酸酯、菲啶、蒽醌、吖啶、荧光素、罗丹明、香豆素和染料。
还可将反义化合物修饰为具有一个或多个稳定基团,所述稳定基团通常附着于反义化合物的一端或两端以提高性质,诸如核酸酶稳定性。稳定基团中包括帽结构。这些末端修饰保护具有末端核酸的反义化合物免受外切核酸酶降解,并且可有助于在细胞内递送和/或定位。帽可存在于5'-端(5'-帽)或3'-端(3'-帽),或可存在于两端。帽结构为本领域公知,包括,例如倒置的脱氧无碱基帽。其它可用于在反义化合物的一端或两端加帽而赋予核酸酶活性的3'和5'稳定基团包括2003年1月16日公布的WO 03/004602中公开的稳定基团。
在某些实施方案中,通过附着一个或多个缀合基团而修饰反义化合物,包括但不限于特别适于用作ssRNA的反义化合物。一般而言,缀合基团修饰附着寡核苷酸的一种或多种性质,包括但不限于药效学性质、药代动力学性质、稳定性、结合、吸收、细胞分布、细胞摄取、电荷和清除率。缀合基团在化学领域中常规性地使用并且可直接或经由任选缀合连接部分或缀合连接基团与母体化合物诸如寡核苷酸连接。缀合基团包括但不限于插入部分、报告分子、聚胺、聚酰胺、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、巯基胆固醇、胆酸部分、叶酸盐、脂质、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、若丹明、香豆素和染料。先前已经描述了某些缀合基团,例如:胆固醇部分(Letsinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)、胆酸(Manoharan等,Bioorg.Med.Chem.Let.,1994,4,1053-1060)、硫醚(例如,己基-S-三苯甲硫醇)(Manoharan等,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309;Manoharan等,Bioorg.Med.Chem.Let.,1993,3,2765-2770)、巯基胆固醇(Oberhauser等,Nucl.Acids Res.,1992,20,533-538)、脂肪链(例如,十二烷二醇或十一烷基残基)(Saison-Behmoaras等,EMBO J.,1991,10,1111-1118;Kabanov等,FEBS Lett.,1990,259,327-330;Svinarchuk等,Biochimie,1993,75,49-54)、磷脂(例如,双十六烷基-外消旋-甘油或1,2-双-O-十六烷基-外消旋-甘油-3-H-磷酸三乙铵)(Manoharan等,TetrahedronLett.,1995,36,3651-3654;Shea等,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)、聚胺或聚乙二醇链(Manoharan等,Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973)或金刚烷乙酸(Manoharan等,Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654)、棕榈基部分(Mishra等,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)或十八胺或己基氨基-羰基-氧基胆固醇部分(Crooke等,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937)。
对于另外的缀合物,包括用于ssRNA的缀合物及其在反义化合物中的位置,参见例如,美国申请第61/583,963号。
反义寡核苷酸的体外试验
本文描述了用反义寡核苷酸处理细胞的方法,所述方法可经适当修改以用其它反义化合物处理。
当细胞在培养中达到约60-80%融合时,可用反义寡核苷酸处理细胞。
常用于将反义寡核苷酸引入培养细胞中的一种试剂包括阳离子脂质转染试剂LIPOFECTIN(Invitrogen,Carlsbad,CA)。可将反义寡核苷酸与处于OPTI-MEM 1(Invitrogen,Carlsbad,CA)中的LIPOFECTIN混合以达到反义寡核苷酸的所需最终浓度和范围可在每100nM反义寡核苷酸2至12ug/mL的LIPOFECTIN浓度。
用于将反义寡核苷酸引入培养细胞中的另一种试剂包括LIPOFECTAMINE(Invitrogen,Carlsbad,CA)。将反义寡核苷酸与处于OPTI-MEM 1降低的血清培养基(Invitrogen,Carlsbad,CA)中的LIPOFECTAMINE混合以达到反义寡核苷酸的所需最终浓度和范围可在每100nM反义寡核苷酸2至12ug/mL的LIPOFECTIN浓度。
用于将反义寡核苷酸引入培养细胞中的另一种技术包括电穿孔。
用于将反义寡核苷酸引入培养细胞中的再一种技术包括由细胞自由摄取寡核苷酸。
通过常规方法用反义寡核苷酸处理细胞。可在反义寡核苷酸处理16-24小时后收获细胞,此时通过本领域已知和本文描述的方法测量靶核酸的RNA或蛋白质水平。通常,多次重复进行处理时,将数据表示为重复处理的平均值。
所用反义寡核苷酸的浓度在细胞系间不同。测定特定细胞系的最佳反义寡核苷酸浓度的方法为本领域公知。当用LIPOFECTAMINE转染时通常以1nM至300nM范围的浓度使用反义寡核苷酸。当使用电穿孔转染时通常以625至20,000nM范围的较高浓度使用反义寡核苷酸。
RNA分离
可对细胞总RNA或聚(A)+mRNA进行RNA分析。RNA分离的方法为本领域公知。使用本领域公知的方法,例如,根据生产商的推荐方案使用TRIZOL试剂(Invitrogen,Carlsbad,CA)制备RNA。
某些适应症
本文提供的某些实施方案涉及通过施用GHR特异性抑制剂,诸如靶向GHR的反义化合物或寡核苷酸在受试者中治疗、预防或改善与过量生长激素相关的疾病的方法。在某些方面,所述与过量生长激素相关的疾病为肢端肥大症。在某些方面,所述与过量生长激素相关的疾病为巨人症。
某些实施方案提供了通过施用GHR特异性抑制剂,诸如靶向GHR的反义化合物或寡核苷酸在受试者中治疗、预防或改善肢端肥大症的方法。肢端肥大症是与过量生长激素(GH)相关的疾病。在超过90%的肢端肥大症患者中,生长激素的过度生成由脑垂体的良性肿瘤(称为腺瘤)引起,该肿瘤生成过量生长激素并压迫周围脑组织。腺瘤的扩大可引起常常伴随肢端肥大症的头疼和视觉障碍。在一些情况下,肢端肥大症由胰腺、肺部或肾上腺肿瘤引起,该肿瘤通过生成GH或通过生成生长激素释放激素(GHRH),即刺激垂体产生GH的激素,导致GH过量。
肢端肥大症最常影响中年成人并且可导致严重缺陷、并发病状和过早死亡。由于其发病机理和缓慢进展,肢端肥大症常常诊断不出,直至外部特征的变化变得显而易见,诸如面部变化。肢端肥大症常常与巨人症相关。
肢端肥大症的特征包括软组织肿胀,导致手、脚、鼻、唇和耳朵增大及皮肤总体增厚;内脏器官,诸如心脏和肾脏的软组织肿胀;声带肿胀,导致声音低沉且说话缓慢;头骨扩大;眉毛明显突出,常常有眼膨胀;下颚明显突出和舌扩大;牙齿裂缝;和腕管综合征。在某些实施方案中,可通过施用本文提供的靶向GHR的化合物或组合物治疗、预防或改善肢端肥大症这些特征中的任一种或组合。
实施例
非限制性公开和引用并入
虽然已经根据某些实施方案专门描述了本文所描述的某些化合物、组合物和方法,但以下实施例仅用以说明本文描述的化合物而非旨在对其限制。本申请中所引用的各参考文献通过引用整体并入。
实施例1:在Hep3B细胞中的人生长激素受体受MOE间隔体的反义抑制
设计靶向生长激素受体(GHR)核酸的反义寡核苷酸并试验其在体外对GHR mRNA的影响。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。用4,500nM反义寡核苷酸使用电穿孔转染密度为20,000个细胞/孔的培养Hep3B细胞。约24小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB(正向序列CGAGTTCAGTGAGGTGCTCTATGT,本文指定为SEQID NO:2297;反向序列AAGAGCCATGGAAAGTAGAAATCTTC,本文指定为SEQ ID NO:2298;探针序列TTCCTCAGATGAGCCAATT,本文指定为SEQ ID NO:2299)测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150000871
所测量,根据RNA总含量调节GHR mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
将下表中新设计的嵌合型反义寡核苷酸设计为5-10-5MOE或3-10-4MOE间隔体。5-10-5MOE间隔体长度为20个核苷,其中中央间隙区段由10个2’-脱氧核苷组成并且两侧是在5’方向和3’方向上各包含5个核苷的侧翼区段。3-10-4MOE间隔体长度为17个核苷,其中中央间隙区段由10个2’-脱氧核苷组成并且两侧是在5’方向和3’方向上分别包含3个和4个核苷的侧翼区段。5’侧翼区段中的每个核苷和3’侧翼区段中的每个核苷具有2’-MOE修饰。遍及每个间隔体的核苷间键联为硫代磷酸酯(P=S)键联。遍及每个间隔体的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。“起始位点”指在人基因序列中间隔体所靶向的5’-最末端核苷。“终止位点”指在人基因序列中间隔体所靶向的3’-最末端核苷。下表中所列的每个间隔体均靶向本文指定为SEQ ID NO:1(基因库登录号NM_000163.4)的人GHR mRNA或本文指定为SEQ IDNO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的人基因组序列。‘n/a’表明反义寡核苷酸不以100%互补性靶向该特定基因序列。如果未示出对特定表中靶基因的序列比对,则应理解没有该表中呈现的寡核苷酸以100%互补性与该靶基因对齐。
表1
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的外显子区的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150000881
Figure BDA0000899795150000891
表2
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的外显子区的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150000901
Figure BDA0000899795150000911
表3
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150000912
Figure BDA0000899795150000921
Figure BDA0000899795150000931
Figure BDA0000899795150000941
表4
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150000942
Figure BDA0000899795150000951
Figure BDA0000899795150000961
Figure BDA0000899795150000971
表5
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的3-10-4MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150000972
Figure BDA0000899795150000981
Figure BDA0000899795150000991
Figure BDA0000899795150001001
表6
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子1的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001002
Figure BDA0000899795150001011
Figure BDA0000899795150001021
表7
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子1的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001022
Figure BDA0000899795150001031
Figure BDA0000899795150001041
表8
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子1的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001042
Figure BDA0000899795150001051
Figure BDA0000899795150001061
表9
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子1的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001062
Figure BDA0000899795150001071
Figure BDA0000899795150001081
表10
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子1和2的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001082
Figure BDA0000899795150001091
Figure BDA0000899795150001101
Figure BDA0000899795150001111
Figure BDA0000899795150001121
表11
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子1和2的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001122
Figure BDA0000899795150001131
表12
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子2的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001141
Figure BDA0000899795150001151
表13
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子2和3的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001161
Figure BDA0000899795150001171
表14
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子2和3的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001172
Figure BDA0000899795150001181
Figure BDA0000899795150001191
Figure BDA0000899795150001201
表15
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子2和3的3-10-4MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001211
Figure BDA0000899795150001221
表16
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子1和3的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001231
Figure BDA0000899795150001241
Figure BDA0000899795150001251
Figure BDA0000899795150001261
Figure BDA0000899795150001271
表17
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子3的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001272
Figure BDA0000899795150001281
Figure BDA0000899795150001291
表18
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子3-8和内含子-外显子区的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001292
Figure BDA0000899795150001301
Figure BDA0000899795150001311
Figure BDA0000899795150001321
表19
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子3-8的5-10-5MOE间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001322
Figure BDA0000899795150001331
Figure BDA0000899795150001341
实施例2:在Hep3B细胞中的人GHR受MOE间隔体的剂量依赖性反义抑制
选择来自于实施例1的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且在不同剂量下在Hep3B细胞中试验。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且如下表中所说明,用0.625μM、1.25μM、2.50μM、5.00μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001343
所测量,根据RNA总含量调节GHR mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表20
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
523271 41 61 73 86 92 0.8
523274 20 36 64 80 92 1.8
523324 35 45 68 91 90 1.2
表21
Figure BDA0000899795150001342
Figure BDA0000899795150001351
表22
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
523570 25 50 64 77 88 1.5
523592 27 42 59 79 88 1.7
523595 21 50 62 76 90 1.6
523596 36 47 62 75 77 1.4
523607 49 62 71 82 84 0.5
523615 20 49 63 83 91 1.6
523630 4 28 54 79 78 2.6
523661 4 34 48 73 79 2.7
523665 4 28 54 73 79 2.7
523687 30 56 61 78 81 1.4
523711 42 66 78 94 95 0.7
523712 6 37 60 72 89 2.3
523713 4 32 55 72 85 2.5
523714 59 75 88 95 97 0.2
表23
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
523655 26 33 60 67 78 2.1
523656 19 33 45 69 87 2.4
523658 0 42 62 67 79 3.1
523715 78 90 92 93 95 <0.6
523718 30 46 67 84 92 1.4
523723 56 69 83 92 94 0.3
523725 45 64 79 89 95 0.6
523726 32 48 77 88 89 1.2
523736 0 64 75 90 96 1.5
523747 48 64 80 91 92 0.6
523758 25 39 61 74 84 1.9
523766 7 37 66 81 93 2.0
523776 26 54 72 78 83 1.3
523789 62 68 81 85 90 0.2
表24
Figure BDA0000899795150001352
Figure BDA0000899795150001361
表25
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
532151 57 69 76 85 88 <0.6
532153 23 43 54 80 86 1.8
532158 46 58 81 87 87 0.6
532160 17 26 55 76 92 2.2
532162 14 46 71 83 93 1.7
532164 37 76 82 90 93 0.6
532171 41 81 67 81 83 <0.6
532181 56 81 84 89 93 0.2
532186 26 65 75 83 91 1.1
532188 51 68 80 89 93 <0.6
532189 24 31 52 75 86 2.1
532197 0 40 66 85 93 2.1
532199 24 37 50 73 87 2.1
532222 12 41 67 84 94 1.8
表26
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
532175 41 54 76 84 89 0.9
532223 53 69 75 88 94 <0.6
532235 43 58 67 77 82 0.8
532241 39 53 62 73 87 1.2
532248 49 65 72 85 93 0.6
532254 52 62 85 87 92 <0.6
532300 20 29 49 66 78 2.7
532304 26 39 66 78 90 1.7
532316 41 66 76 86 94 0.7
532395 32 56 84 93 97 1.0
532401 47 80 92 96 98 <0.6
532411 73 90 94 97 98 <0.6
532420 38 49 82 85 97 1.0
532436 37 58 75 90 96 0.9
表27
Figure BDA0000899795150001362
Figure BDA0000899795150001371
表28
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
532495 59 74 81 87 95 <0.6
532501 49 53 71 83 84 0.7
532534 53 75 85 91 97 <0.6
532535 0 34 61 84 92 2.6
532537 49 67 80 90 94 <0.6
532540 59 70 87 93 95 <0.6
532547 57 71 81 91 92 <0.6
532555 48 36 61 72 85 1.3
532556 33 57 67 86 90 1.1
表29
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
523421 32 57 81 82 88 1.0
533006 46 43 69 83 91 1.0
533121 53 75 75 88 93 <0.6
533122 65 77 82 90 93 <0.6
533123 39 71 84 91 95 0.6
533125 49 61 81 85 91 0.6
533131 3 57 59 82 90 1.9
533136 32 65 62 81 88 1.1
533139 13 51 72 90 94 1.5
533140 36 66 39 87 92 1.2
533153 50 65 83 89 90 <0.6
533156 43 64 74 85 90 0.7
533160 57 80 87 91 95 <0.6
533161 54 62 81 89 92 <0.6
表30
Figure BDA0000899795150001372
Figure BDA0000899795150001381
表31
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
533259 63 78 84 90 92 <0.6
533291 25 57 75 86 96 1.2
533256 67 76 90 95 95 <0.6
533269 42 75 82 94 97 0.6
533265 67 78 91 95 97 <0.6
533318 16 45 77 87 95 1.5
533257 55 84 91 96 96 <0.6
533280 34 62 80 91 91 0.9
533301 52 77 84 93 96 <0.6
533316 41 50 79 93 94 0.9
533270 62 71 88 94 97 <0.6
533330 46 76 93 97 98 <0.6
533317 55 60 82 87 96 <0.6
533315 39 56 82 87 93 0.9
表32
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
533364 71 77 92 90 94 <0.6
533925 26 55 61 85 91 1.4
533326 54 77 80 93 95 <0.6
533916 18 62 69 83 93 1.4
533328 52 68 89 94 98 <0.6
533932 42 49 80 86 92 0.9
533352 42 82 88 93 94 <0.6
533917 20 37 57 78 84 2.0
533331 54 83 89 93 96 <0.6
533936 21 46 73 84 88 1.5
533329 56 73 84 92 98 <0.6
533937 26 32 79 86 94 1.5
533908 58 66 81 88 94 <0.6
533898 61 64 84 90 92 <0.6
表33
Figure BDA0000899795150001382
Figure BDA0000899795150001391
实施例3:在Hep3B细胞中的人GHR受MOE间隔体的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且在不同剂量下在Hep3B细胞中试验。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且如下表中所说明,用0.3125μM、0.625μM、1.25μM、2.50μM、5.00μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001393
所测量,根据RNA总含量调节GHR mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表34
Figure BDA0000899795150001392
Figure BDA0000899795150001401
表35
ISIS号 0.3125μM 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539302 31 56 80 92 97 98 0.5
539314 16 28 49 69 85 95 1.3
539319 8 30 45 71 90 94 1.4
539320 11 42 64 83 92 95 1.0
539321 25 48 64 82 95 97 0.8
539322 19 34 58 72 90 96 1.1
539331 7 14 46 69 88 96 1.6
539355 28 35 67 89 96 98 0.8
539358 12 39 56 80 93 98 1.1
539359 15 23 58 77 93 98 1.2
表36
ISIS号 0.3125μM 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539318 23 21 56 73 88 94 1.2
539325 14 26 38 74 92 98 1.4
539339 18 23 58 83 92 98 1.1
539341 17 29 62 84 94 95 1.0
539342 20 31 43 71 90 95 1.2
539352 15 23 41 61 89 95 1.5
539356 24 46 62 83 90 97 0.8
539361 37 42 73 88 96 98 0.6
539379 53 66 83 96 96 98 0.2
539380 52 77 91 97 97 99 0.1
539383 34 61 71 89 98 98 0.5
表37
ISIS号 0.3125μM 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539360 45 60 81 94 97 98 0.3
539362 21 36 72 90 98 99 0.8
539375 23 36 66 85 95 99 0.9
539376 26 35 58 82 95 99 0.9
539377 29 31 43 64 85 89 1.3
539378 37 59 81 93 97 98 0.4
539389 34 61 61 87 95 97 0.5
539401 34 52 63 84 92 95 0.6
539403 52 73 83 94 97 98 0.1
539404 22 55 74 88 94 96 0.6
539432 32 50 75 86 94 96 0.6
实施例4:在Hep3B细胞中的人GHR受MOE间隔体的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且在不同剂量下在Hep3B细胞中试验。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且如下表中所说明,用0.625μM、1.25μM、2.50μM、5.00μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001412
所测量,根据RNA总含量调节GHR mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表38
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
523271 26 41 80 89 94 1.4
523274 13 35 63 85 95 1.9
523324 26 40 64 88 95 1.6
523577 27 50 72 87 95 1.3
523604 49 66 74 81 87 0.5
523614 43 54 82 92 89 0.8
表39
Figure BDA0000899795150001411
Figure BDA0000899795150001421
表40
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
523655 28 42 57 74 76 1.9
523656 33 43 53 74 88 1.7
523661 29 29 66 79 82 1.9
523713 35 45 64 83 87 1.3
523715 83 86 92 93 94 <0.6
523718 27 52 69 84 95 1.3
523723 65 74 86 85 94 <0.6
523725 37 63 78 78 92 0.8
523726 43 57 72 86 89 0.8
523736 39 65 80 88 95 0.8
523747 51 71 83 86 93 <0.6
523766 30 50 70 82 89 1.3
523776 45 59 67 79 84 0.7
523789 63 75 76 83 83 <0.6
表41
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
523719 18 40 56 73 83 2.1
523720 36 46 59 64 89 1.5
523724 44 60 75 81 87 0.7
523735 11 40 60 78 84 2.1
523740 17 47 61 80 81 1.8
523752 25 31 38 70 84 2.5
523758 23 48 58 72 80 1.8
523763 2 24 48 64 75 3.3
523764 22 49 45 73 75 2.1
523765 42 40 57 79 87 1.4
523767 43 53 56 69 79 1.2
523774 36 52 71 81 89 1.1
523778 15 45 59 75 79 2.0
523783 5 30 48 66 83 2.9
表42
Figure BDA0000899795150001422
Figure BDA0000899795150001431
表43
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
532304 44 57 68 78 73 0.7
532395 47 62 82 91 96 0.6
532401 70 83 91 94 96 <0.6
532410 56 71 85 90 96 <0.6
532411 88 93 96 97 98 <0.6
532420 61 67 82 85 96 <0.6
532436 48 49 77 90 97 0.8
532468 42 67 82 89 94 0.6
532476 32 58 75 84 90 1.1
532482 5 26 56 71 87 2.6
532490 18 47 55 69 86 2.0
532501 4 22 43 59 77 3.5
532507 39 63 66 83 89 0.9
532526 30 48 67 82 88 1.4
表44
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
533121 59 67 78 83 87 0.2
533122 48 73 78 84 90 0.4
533125 47 61 74 89 89 0.6
533136 5 25 58 79 90 2.4
533156 37 48 69 77 87 1.2
533161 28 67 77 89 90 1.0
533178 30 60 72 90 92 1.1
533179 37 66 76 76 87 0.8
533188 32 64 74 80 90 1.0
533189 49 66 77 81 81 0.4
533193 26 48 69 75 85 1.5
533233 39 60 59 84 93 1.0
533234 45 69 84 91 94 0.5
533235 28 49 69 82 90 1.4
表45
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
533256 47 72 86 90 94 <0.6
533257 63 77 88 91 96 <0.6
533258 66 81 88 95 95 <0.6
533259 48 70 84 90 93 <0.6
533262 44 66 79 90 96 0.7
533265 59 74 85 93 96 <0.6
533269 25 55 74 86 87 1.2
533270 34 59 73 86 95 1.0
533271 63 82 88 92 92 <0.6
533291 14 46 64 84 89 1.8
533301 49 61 75 83 91 0.6
533315 22 39 73 76 91 1.7
533317 26 53 68 85 94 1.3
533318 29 40 46 77 91 1.9
表46
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
533280 58 64 77 82 87 0.3
533316 35 55 68 87 91 1.1
533326 34 68 76 89 96 0.8
533328 54 55 79 83 92 0.5
533329 46 62 72 83 95 0.7
533330 56 75 83 91 94 0.3
533331 54 61 80 86 89 0.4
533352 54 62 79 83 89 0.4
533364 52 73 83 91 94 0.4
533898 17 47 63 78 87 1.8
533908 35 58 74 82 87 1
533916 22 46 72 78 88 1.6
533932 51 62 70 79 80 0.5
533937 20 40 61 79 85 1.9
实施例5:在Hep3B细胞中的人GHR受MOE间隔体的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且在不同剂量下在Hep3B细胞中试验。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且如下表中所说明,用0.3125μM、0.625μM、1.25μM、2.50μM、5.00μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001451
所测量,根据RNA总含量调节GHR mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表47
ISIS号 0.3125μM 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
523577 0 16 33 59 72 94 2.2
523633 15 33 66 73 82 86 1.1
523764 11 33 50 68 78 83 1.5
523794 12 30 33 56 76 82 1.9
523805 21 48 66 78 85 92 0.8
523810 18 36 61 80 89 90 1.0
523814 13 35 52 67 81 88 1.3
523819 11 30 57 72 81 89 1.3
523820 0 15 43 61 84 92 1.8
523824 21 27 59 72 84 90 1.2
表48
ISIS号 0.3125μM 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539302 34 41 56 83 83 96 0.8
539321 30 32 76 73 80 94 0.8
539322 22 36 57 72 78 94 1.1
539355 23 42 48 72 71 88 1.2
539359 21 38 48 73 78 92 1.2
539320 14 32 53 72 82 91 1.3
539341 3 19 35 56 78 89 2.0
539342 6 18 33 51 70 83 2.3
539356 0 0 21 45 73 94 2.7
539358 0 15 23 50 52 91 2.9
表49
ISIS号 0.3125μM 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539339 22 37 52 77 90 92 1.0
539360 28 49 72 82 95 97 0.7
539361 36 56 75 86 95 98 0.5
539362 24 26 63 77 91 97 1.0
539375 21 29 39 63 77 91 1.5
539378 8 42 64 85 92 97 1.0
539379 43 59 80 89 96 98 0.3
539380 61 73 90 95 98 98 0.1
539383 30 49 75 87 97 98 0.6
539403 48 55 75 85 94 96 0.3
539432 36 42 69 79 88 95 0.7
表50
ISIS号 0.3125μM 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539376 34 46 62 82 94 98 0.7
539389 53 58 78 86 94 97 0.2
539392 1 19 26 68 81 94 1.9
539399 27 52 65 78 92 98 0.7
539400 7 26 43 59 88 95 1.6
539401 32 39 77 90 92 95 0.6
539404 22 59 77 87 93 95 0.6
539413 16 33 53 82 86 96 1.1
539415 4 44 56 74 81 94 1.2
539416 37 61 70 85 92 95 0.4
539433 31 52 70 85 87 94 0.6
实施例6:在Hep3B细胞中的人生长激素受体受脱氧、MOE和cEt间隔体的反义抑制
设计另外的靶向生长激素受体(GHR)核酸的反义寡核苷酸并试验其在体外对GHRmRNA的影响。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。用5,000nM反义寡核苷酸使用电穿孔转染密度为20,000个细胞/孔的培养Hep3B细胞。约24小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHRmRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001461
所测量,根据RNA总含量调节GHR mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
将下表中新设计的嵌合型反义寡核苷酸设计为脱氧、MOE和cEt间隔体。脱氧、MOE和cEt寡核苷酸长度为16个核苷,其中所述核苷具有MOE糖修饰、cEt糖修饰或脱氧修饰。‘化学’一栏描述了每个寡核苷酸的糖修饰。‘k’指cEt糖修饰;‘d’指脱氧核糖;并且‘e’指MOE修饰。遍及每个间隔体的核苷间键联为硫代磷酸酯(P=S)键联。遍及每个间隔体的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。“起始位点”指在人基因序列中间隔体所靶向的5’-最末端核苷。“终止位点”指在人基因序列中间隔体所靶向的3’-最末端核苷。下表中所列的每个间隔体均靶向本文指定为SEQ ID NO:1(基因库登录号NM_000163.4)的人GHR mRNA或本文指定为SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的人GHR基因组序列。‘n/a’表明反义寡核苷酸不以100%互补性靶向该特定基因序列。如果未示出对特定表中靶基因的序列比对,则应理解没有该表中呈现的寡核苷酸以100%互补性与该靶基因对齐。
表51
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001471
Figure BDA0000899795150001481
Figure BDA0000899795150001491
实施例7:在Hep3B细胞中的人生长激素受体受脱氧、MOE和cEt间隔体的反义抑制
设计另外的靶向生长激素受体(GHR)核酸的反义寡核苷酸并试验其在体外对GHRmRNA的影响。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。用4,500nM反义寡核苷酸使用电穿孔转染密度为20,000个细胞/孔的培养Hep3B细胞。约24小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHRmRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001492
所测量,根据RNA总含量调节GHR mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
将下表中新设计的嵌合型反义寡核苷酸设计为脱氧、MOE和cEt间隔体。脱氧、MOE和cEt寡核苷酸长度为16个核苷,其中所述核苷具有MOE糖修饰、cEt糖修饰或脱氧修饰。‘化学’一栏描述了每个寡核苷酸的糖修饰。‘k’指cEt糖修饰;‘d’指脱氧核糖;并且‘e’指MOE修饰。遍及每个间隔体的核苷间键联为硫代磷酸酯(P=S)键联。遍及每个间隔体的所有胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。“起始位点”指在人基因序列中间隔体所靶向的5’-最末端核苷。“终止位点”指在人基因序列中间隔体所靶向的3’-最末端核苷。下表中所列的每个间隔体均靶向本文指定为SEQ ID NO:1(基因库登录号NM_000163.4)的人GHR mRNA或本文指定为SEQ ID NO:2(截自核苷酸42411001至42714000的基因库登录号NT_006576.16)的人GHR基因组序列。‘n/a’表明反义寡核苷酸不以100%互补性靶向该特定基因序列。如果未示出对特定表中靶基因的序列比对,则应理解没有该表中呈现的寡核苷酸以100%互补性与该靶基因对齐。表54的寡核苷酸不靶向SEQ ID NO:1或2,而是靶向变异基因序列SEQ ID NO:4(基因库登录号DR006395.1)或SEQ ID NO:7(基因库登录号AA398260.1的互补序列)。
表52
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001501
Figure BDA0000899795150001511
Figure BDA0000899795150001521
表53
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001522
Figure BDA0000899795150001531
Figure BDA0000899795150001541
Figure BDA0000899795150001551
表54
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:3和4的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001552
表55
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001561
Figure BDA0000899795150001571
Figure BDA0000899795150001581
Figure BDA0000899795150001591
表56
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001592
Figure BDA0000899795150001601
Figure BDA0000899795150001611
Figure BDA0000899795150001621
表57
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001622
Figure BDA0000899795150001631
Figure BDA0000899795150001641
Figure BDA0000899795150001651
表58
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子1和2的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001661
Figure BDA0000899795150001671
Figure BDA0000899795150001681
Figure BDA0000899795150001691
表59
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子2和3的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001692
Figure BDA0000899795150001701
Figure BDA0000899795150001711
Figure BDA0000899795150001721
表60
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子2和3的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001722
Figure BDA0000899795150001731
Figure BDA0000899795150001741
Figure BDA0000899795150001751
表61
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001752
Figure BDA0000899795150001761
Figure BDA0000899795150001771
Figure BDA0000899795150001781
表62
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001782
Figure BDA0000899795150001791
Figure BDA0000899795150001801
Figure BDA0000899795150001811
表63
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:2的内含子2和3的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001812
Figure BDA0000899795150001821
Figure BDA0000899795150001831
Figure BDA0000899795150001841
表64
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001842
Figure BDA0000899795150001851
Figure BDA0000899795150001861
表65
GHR mRNA受靶向SEQ ID NO:1和2的内含子区和外显子区的脱氧、MOE和cEt间隔体的抑制
Figure BDA0000899795150001862
Figure BDA0000899795150001871
Figure BDA0000899795150001881
Figure BDA0000899795150001891
实施例8:在Hep3B细胞中的人GHR受脱氧、MOE和cEt间隔体的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且在不同剂量下在Hep3B细胞中试验。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且用0.625μM、1.25μM、2.50μM、5.00μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001892
所测量,根据RNA总含量调节GHRmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。表66
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541396 30 51 68 74 67 1.4
541262 55 87 90 94 97 0.2
541393 30 38 52 66 81 2.1
541375 41 45 54 64 79 1.6
541438 44 49 75 80 91 0.9
541428 35 32 56 78 88 1.8
541491 13 46 67 55 95 2.0
541435 21 46 55 72 94 1.9
541471 11 49 50 77 89 2.0
541430 24 44 56 57 79 2.2
541492 32 40 65 80 85 1.5
541431 22 46 73 84 92 1.5
表67
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541487 36 46 66 85 92 1.3
541423 33 55 64 80 93 1.2
541452 37 60 79 87 94 0.9
541505 51 75 86 92 97 0.4
541522 54 76 81 90 95 0.3
541539 65 76 85 94 98 0.2
541503 54 65 80 93 97 0.5
541520 43 61 86 94 96 0.7
541515 57 72 85 92 94 0.3
541564 57 72 88 90 97 0.3
541554 43 65 81 89 93 0.7
541509 11 8 19 6 8 >10
541584 59 65 84 91 96 0.3
541585 70 80 93 92 98 0.1
表68
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541598 26 43 75 80 76 1.5
541592 35 48 67 85 95 1.2
541641 22 63 70 91 93 1.2
541590 27 59 70 94 95 1.2
541615 40 65 84 88 94 0.7
541595 35 57 73 84 95 1.0
541575 49 60 79 84 95 0.6
541571 41 50 76 80 94 1.0
541582 0 10 25 50 82 4.4
541262 66 79 93 94 99 <0.6
541652 1 44 80 82 87 1.9
541670 29 40 63 79 89 1.6
541662 17 13 45 62 84 3.1
541724 37 47 72 85 95 1.2
表69
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541748 86 94 96 98 98 <0.6
541767 83 91 95 96 98 <0.6
541797 78 89 93 97 99 <0.6
541766 59 82 92 97 99 <0.6
541742 65 87 93 95 99 <0.6
541750 80 86 96 96 99 <0.6
541262 79 88 93 97 97 <0.6
541749 71 84 93 95 98 <0.6
541793 71 88 94 97 98 <0.6
541785 56 79 89 93 98 <0.6
541746 34 61 85 94 97 0.9
541752 49 72 88 93 93 <0.6
541826 86 94 95 99 98 <0.6
541811 66 87 93 97 98 <0.6
表70
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541822 83 88 95 96 96 <0.6
541870 77 87 95 97 98 <0.6
541262 85 93 96 97 98 <0.6
541873 32 77 93 94 97 0.7
541819 60 91 97 97 99 <0.6
541841 86 91 95 96 97 <0.6
541825 78 88 95 98 98 <0.6
541863 63 77 87 93 97 <0.6
541827 42 80 87 94 97 <0.6
541875 77 84 93 96 97 <0.6
541835 56 73 90 95 98 <0.6
541838 72 90 93 98 97 <0.6
541833 52 69 83 92 97 <0.6
541813 47 75 86 95 97 <0.6
表71
Figure BDA0000899795150001911
Figure BDA0000899795150001921
表72
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541895 47 72 85 93 94 <0.6
541882 60 67 89 93 97 <0.6
541889 63 80 87 94 97 <0.6
541904 26 78 23 89 93 1.4
545418 0 81 91 94 95 1.7
541930 58 71 82 88 92 <0.6
545439 67 87 93 96 98 <0.6
542024 15 58 78 87 90 1.4
541985 59 81 88 93 97 <0.6
541972 47 58 83 90 92 0.6
541991 57 64 88 92 83 <0.6
541980 33 50 76 72 93 1.2
表73
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541264 26 44 64 79 89 1.6
541265 29 32 62 79 91 1.8
541263 25 40 62 78 93 1.7
541268 57 73 85 90 95 0.3
541266 15 33 46 66 90 2.5
542107 93 97 98 98 98 <0.6
542052 93 96 97 96 98 <0.6
542105 80 92 96 98 97 <0.6
542102 94 96 96 97 98 <0.6
542108 90 92 94 97 99 <0.6
542080 87 93 95 95 97 <0.6
表74
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
542101 90 97 97 97 95 <0.6
542051 89 96 95 98 97 <0.6
542106 83 93 96 96 98 <0.6
542071 84 91 94 97 97 <0.6
542094 85 92 94 97 98 <0.6
542069 89 94 97 95 98 <0.6
542086 83 94 96 97 98 <0.6
542085 85 92 96 97 97 <0.6
542053 64 83 94 98 97 <0.6
542087 69 84 99 95 98 <0.6
542109 87 94 96 98 98 <0.6
542126 96 98 99 98 98 <0.6
542127 94 96 97 98 97 <0.6
542128 90 96 98 98 97 <0.6
表75
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
542118 97 97 98 95 43 <0.6
542186 93 96 98 99 98 <0.6
542150 95 97 98 99 99 <0.6
542122 90 94 98 98 99 <0.6
542125 88 97 98 98 99 <0.6
542145 90 96 98 99 99 <0.6
542112 86 94 99 99 99 <0.6
542149 88 93 99 98 99 <0.6
542146 79 93 96 97 98 <0.6
542153 87 94 97 98 99 <0.6
542119 64 84 93 97 98 <0.6
542137 76 91 97 97 98 <0.6
542152 84 94 96 96 97 <0.6
542157 83 95 98 99 98 <0.6
表76
ISIS号 0.625μM 1.250μM 2.50μM 5.00μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
542185 82 93 96 96 94 <0.6
542143 81 91 96 98 98 <0.6
542144 77 93 95 96 99 <0.6
542139 87 93 98 98 98 <0.6
542134 83 90 90 95 96 <0.6
545333 68 85 91 96 98 <0.6
545373 57 73 86 92 97 <0.6
545438 84 96 98 97 99 <0.6
545431 77 91 93 97 98 <0.6
545447 70 85 96 96 97 <0.6
545417 62 82 90 93 95 <0.6
545467 77 88 91 94 95 <0.6
545441 63 82 92 94 96 <0.6
实施例9:在Hep3B细胞中的人GHR受脱氧、MOE和cEt间隔体的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且在不同剂量下在Hep3B细胞中试验。在一系列具有相似培养条件的实验中试验反义寡核苷酸。在以下所示单独的表中呈现了每个实验的结果。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且用0.04μM、0.11μM、0.33μM、1.00μM和3.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001941
所测量,根据RNA总含量调节GHRmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表77
ISIS号 0.04μM 0.11μM 0.33μM 1.00μM 3.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539380 11 16 57 93 98 0.2
541724 0 27 71 66 83 0.3
541748 28 40 71 90 97 0.1
541767 19 38 54 87 98 0.2
541797 23 46 70 88 97 0.1
541766 15 26 49 82 96 0.3
541742 17 28 41 80 95 0.3
541750 33 27 60 89 98 0.2
541749 27 16 62 84 82 0.2
541793 0 14 44 77 96 0.4
541785 4 11 39 75 95 0.4
541752 14 6 45 70 94 0.4
541826 8 34 74 94 99 0.2
541811 6 4 45 79 97 0.4
541822 9 29 67 89 97 0.2
表78
ISIS号 0.04μM 0.11μM 0.33μM 1.00μM 3.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539380 0 16 47 82 98 0.4
541819 3 12 50 76 94 0.3
541841 0 19 47 80 95 0.3
541825 0 6 40 74 96 0.4
541827 5 26 48 76 95 0.3
541835 7 11 33 74 93 0.4
541838 21 26 61 90 97 0.2
541833 0 9 41 63 89 0.5
541813 0 17 28 65 92 0.5
541842 5 15 30 72 90 0.4
541804 0 12 3 49 79 1.1
542024 0 0 26 54 76 1.0
542107 15 45 78 92 99 0.1
542105 2 14 55 88 98 0.3
542102 10 16 73 88 98 0.2
表79
ISIS号 0.04μM 0.11μM 0.33μM 1.00μM 3.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539380 4 18 50 86 95 0.3
542108 15 13 65 86 97 0.2
542101 17 40 68 92 98 0.2
542106 4 23 56 88 98 0.3
542094 0 30 51 86 96 0.3
542086 13 38 50 84 97 0.2
542085 0 27 57 90 98 0.3
542087 7 3 49 80 92 0.4
542109 17 10 56 88 98 0.3
542126 40 63 91 96 99 <0.03
542127 27 47 69 93 97 0.1
542128 11 30 66 90 98 0.2
542118 14 42 77 95 98 0.1
542150 31 46 72 94 98 0.1
542122 13 14 59 90 97 0.3
表80
ISIS号 0.04μM 0.11μM 0.33μM 1.00μM 3.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539380 0 2 50 86 97 0.4
542125 31 32 69 89 96 0.1
542145 15 29 64 91 97 0.2
542112 14 38 61 87 96 0.2
542149 9 37 63 90 97 0.2
542146 13 33 59 82 95 0.2
542153 22 26 63 86 96 0.2
542119 10 20 34 70 87 0.4
542137 3 19 47 77 95 0.3
542152 0 9 47 82 96 0.4
542157 0 26 56 84 96 0.3
542143 8 12 44 81 95 0.3
542144 0 21 42 75 95 0.4
542139 0 14 46 82 97 0.4
542134 3 23 43 72 92 0.4
表81
Figure BDA0000899795150001951
Figure BDA0000899795150001961
表82
ISIS号 0.04μM 0.11μM 0.33μM 1.00μM 3.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539380 0 5 53 78 94 0.4
541903 12 20 26 62 88 0.5
541895 3 12 29 66 92 0.5
541882 2 0 27 65 86 0.7
541889 12 12 47 68 87 0.4
541930 0 6 40 59 85 0.6
541985 0 16 41 66 93 0.4
542031 1 0 22 55 80 0.8
541972 0 1 23 46 83 0.9
541991 4 35 42 67 89 0.4
542052 5 28 70 92 98 0.2
542080 0 18 54 87 96 0.3
542051 0 18 52 86 97 0.3
542071 5 3 51 74 95 0.4
542069 0 7 56 85 94 0.3
表83
ISIS号 0.04μM 0.11μM 0.33μM 1.00μM 3.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
539380 11 20 54 89 92 0.3
542053 6 14 38 69 74 0.6
542186 14 43 70 90 98 0.2
542185 0 26 48 80 96 0.3
545333 0 4 27 65 90 0.6
545336 0 15 24 43 79 0.9
545373 0 2 9 42 86 1.0
545438 0 24 56 81 92 0.3
545431 0 18 50 73 91 0.4
545447 0 15 34 78 93 0.4
545417 0 11 39 66 87 0.5
545467 12 16 37 76 93 0.4
545441 21 15 20 60 87 0.6
545439 17 24 49 82 91 0.3
实施例10:在LLC-MK2细胞中的猕猴GHR的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且试验其对LLC-MK2细胞中的猕猴GHR mRNA的效力。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且用0.12μM、0.37μM、1.11μM、3.33μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001972
所测量,根据RNA总含量调节GHRmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表84
ISIS号 化学 0.12μM 0.37μM 1.11μM 3.33μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541262 脱氧、MOE和cEt 9 25 42 85 91 1.1
541742 脱氧、MOE和cEt 0 24 19 58 77 3.2
541767 脱氧、MOE和cEt 6 10 30 68 88 2.0
541875 脱氧、MOE和cEt 7 19 64 84 96 0.9
541881 脱氧、MOE和cEt 6 24 59 79 91 1.0
542101 脱氧、MOE和cEt 0 5 38 71 81 2.0
542112 脱氧、MOE和cEt 5 17 33 67 76 2.0
542118 脱氧、MOE和cEt 1 6 35 68 86 2.0
542125 脱氧、MOE和cEt 0 12 57 83 93 1.0
542127 脱氧、MOE和cEt 1 0 30 68 84 2.4
542128 脱氧、MOE和cEt 12 0 26 58 83 2.7
542153 脱氧、MOE和cEt 4 0 0 36 59 6.6
542185 脱氧、MOE和cEt 4 0 25 56 87 2.5
542186 脱氧、MOE和cEt 15 23 51 73 90 1.1
542051 脱氧、MOE和cEt 5 19 40 81 94 1.2
表85
Figure BDA0000899795150001971
Figure BDA0000899795150001981
实施例11:在食蟹猴原代肝细胞中的GHR的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且试验其对食蟹猴原代肝细胞中的GHR mRNA的效力。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且用0.12μM、0.37μM、1.11μM、3.33μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150001983
所测量,根据RNA总含量调节GHRmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表86
Figure BDA0000899795150001982
Figure BDA0000899795150001991
表87
Figure BDA0000899795150001992
实施例12:在Hep3B细胞中的GHR的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且在不同剂量下在Hep3B细胞中试验其对GHR mRNA的效力。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且用0.12μM、0.37μM、1.11μM、3.33μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150002002
所测量,根据RNA总含量调节GHRmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表88
ISIS号 0.12μM 0.37μM 1.11μM 3.33μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541262 25 43 76 85 94 0.5
541742 32 55 76 88 97 0.3
541767 29 56 83 89 97 0.3
541875 38 68 84 93 94 0.1
541881 32 57 81 94 97 0.3
542051 34 66 83 95 98 0.2
542101 25 55 85 95 98 0.3
542112 18 56 83 95 98 0.4
542118 42 61 88 95 97 0.1
542125 30 63 87 95 98 0.2
542127 50 70 91 91 98 0.1
542128 38 63 88 96 98 0.2
542153 37 59 85 94 97 0.2
542185 44 51 76 89 96 0.2
542186 46 59 84 95 97 0.1
表89
Figure BDA0000899795150002001
Figure BDA0000899795150002011
实施例13:在食蟹猴原代肝细胞中的GHR的剂量依赖性反义抑制
选择来自于上述研究的表现出对GHR mRNA显著体外抑制的间隔体并且在不同剂量下在食蟹猴原代肝细胞中试验。按35,000个细胞/孔的密度接种细胞并且用0.04μM、0.12μM、0.37μM、1.11μM、3.33μM和10.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150002012
所测量,根据RNA总含量调节GHRmRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。在经反义寡核苷酸处理的细胞中GHR mRNA水平以剂量依赖方式显著降低。
表90
ISIS号 0.04μM 0.12μM 0.37μM 1.11μM 3.33μM 10.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
541767 8 17 29 48 59 58 0.4
541875 20 39 48 51 55 58 0.2
541881 23 36 49 60 56 58 0.1
542112 23 21 35 42 54 68 0.5
542118 19 14 26 38 54 59 0.8
542153 17 20 27 39 46 52 2.2
542185 20 23 27 46 39 56 2.0
532254 1 20 23 11 1 23 >10
532401 0 15 24 39 47 55 1.6
523723 0 0 7 24 49 54 2.0
实施例14:在Hep3B细胞中的GHR的剂量依赖性反义抑制的对比分析
通过在不同剂量下在Hep3B细胞中试验将ISIS 532401与US 2006/0178325中公开的特定反义寡核苷酸做比较。基于本申请中描述的研究中证明的效力选择寡核苷酸。按20,000个细胞/孔的密度接种细胞并且用0.11μM、0.33μM、1.00μM、1.11μM、3.00μM和9.00μM浓度的反义寡核苷酸使用电穿孔转染细胞。约16小时处理期后,从细胞分离RNA并通过定量实时PCR测量GHR mRNA水平。使用人引物探针组RTS3437_MGB测量mRNA水平。正如通过
Figure BDA0000899795150002021
所测量,根据RNA总含量调节GHR mRNA水平。结果呈现为相对于未处理的对照细胞,GHR的抑制百分数。
还呈现了每种寡核苷酸的半最高抑制浓度(IC50)。结果表明ISIS532401明显比US2006/0178325的最有效的寡核苷酸更有效。
表91
ISIS号 0.11μM 0.33μM 1.00μM 3.00μM 9.00μM IC<sub>50</sub>(μM)
227452 11 12 46 73 92 1.4
227488 26 25 39 76 88 1.2
272309 16 14 39 66 91 1.6
272322 13 20 44 70 86 1.4
272328 22 20 24 43 56 5.7
272338 22 24 52 71 85 1.1
532401 34 53 72 87 94 0.3
实施例15:在CD1小鼠中靶向人GHR的5-10-5MOE间隔体的耐受性
Figure BDA0000899795150002022
小鼠(Charles River,MA)是多用途的小鼠模型,经常用于安全性和功效试验。用选自上述研究的ISIS反义寡核苷酸处理小鼠并评价各种血浆化学标志物的水平变化。
处理
多组8至10周龄的雄性CD1小鼠皮下注射50mg/kg的ISIS寡核苷酸(100mg/kg/周剂量)每周两次,历时6周。一组雄性CD1小鼠皮下注射PBS每周两次,历时6周。在最后一个剂量48小时后对小鼠施安乐死,并且收获器官和血浆做进一步分析。
血浆化学标志物
为评价ISIS寡核苷酸对肝和肾功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶、胆红素、肌酐和BUN的血浆水平。结果呈现于表92中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何肝或肾功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表92
第6周时CD1小鼠血浆中的血浆化学标志物
Figure BDA0000899795150002031
血液学测定
将从所有小鼠组获得的血液送至Antech Diagnostics进行血细胞比容(HCT)测量和分析,以及各种血细胞,诸如WBC、RBC和血小板及血红蛋白总含量的测量。结果呈现于表93中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何血液学标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表93
第6周时CD1小鼠血浆中的血液学标志物
Figure BDA0000899795150002041
实施例16:在CD1小鼠中靶向人GHR的5-10-5MOE间隔体的耐受性
用选自上述研究的ISIS反义寡核苷酸处理
Figure BDA0000899795150002043
小鼠并评价各种血浆化学标志物的水平变化。
处理
多组8至10周龄的雄性CD1小鼠皮下注射50mg/kg的ISIS寡核苷酸(100mg/kg/周剂量)每周两次,历时6周。一组雄性CD1小鼠皮下注射PBS每周两次,历时6周。在最后一个剂量48小时后对小鼠施安乐死,并且收获器官和血浆做进一步分析。
血浆化学标志物
为评价ISIS寡核苷酸对肝和肾功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶、胆红素、肌酐和BUN的血浆水平。结果呈现于表94中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸的预期范围的任何肝或肾功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表94
第6周时CD1小鼠血浆中的血浆化学标志物
Figure BDA0000899795150002042
Figure BDA0000899795150002051
血液学测定
将从所有小鼠组获得的血液送至Antech Diagnostics进行血细胞比容(HCT)测量和分析,以及各种血细胞,诸如WB)、RBC和血小板及血红蛋白总含量的测量。结果呈现于表95中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何血液学标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表95
第6周时CD1小鼠血浆中的血液学标志物
Figure BDA0000899795150002052
Figure BDA0000899795150002061
实施例17:在CD1小鼠中靶向人GHR的3-10-4MOE间隔体的耐受性
用选自上述研究的ISIS反义寡核苷酸处理
Figure BDA0000899795150002063
小鼠并评价各种血浆化学标志物的水平变化。
处理
多组8至10周龄的雄性CD1小鼠皮下注射50mg/kg的ISIS寡核苷酸(100mg/kg/周剂量)每周两次,历时6周。一组雄性CD1小鼠皮下注射PBS每周两次,历时6周。在最后一个剂量48小时后对小鼠施安乐死,并且收获器官和血浆做进一步分析。
血浆化学标志物
为评价ISIS寡核苷酸对肝和肾功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶、胆红素、肌酐和BUN的血浆水平。结果呈现于表96中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何肝或肾功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表96
第6周时CD1小鼠血浆中的血浆化学标志物
Figure BDA0000899795150002062
Figure BDA0000899795150002071
血液学测定
将从所有小鼠组获得的血液送至Antech Diagnostics进行血细胞比容(HCT)测量和分析,以及各种血细胞,诸如WBC、RBC和血小板及血红蛋白总含量的测量。结果呈现于表97中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何血液学标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表97
第6周时CD1小鼠血浆中的血液学标志物
Figure BDA0000899795150002072
Figure BDA0000899795150002081
实施例18:在CD1小鼠中靶向人GHR的脱氧、MOE和cEt间隔体的耐受性
用选自上述研究的ISIS反义寡核苷酸处理
Figure BDA0000899795150002083
小鼠并评价各种血浆化学标志物的水平变化。
处理
多组8至10周龄的雄性CD1小鼠皮下注射25mg/kg的ISIS寡核苷酸(50mg/kg/周剂量)每周两次,历时6周。一组雄性CD1小鼠皮下注射PBS每周两次,历时6周。在最后一个剂量48小时后对小鼠施安乐死,并且收获器官和血浆做进一步分析。
血浆化学标志物
为评价ISIS寡核苷酸对肝和肾功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶、胆红素、肌酐和BUN的血浆水平。结果呈现于表98中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸的预期范围的任何肝或肾功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表98
第6周时CD1小鼠血浆中的血浆化学标志物
Figure BDA0000899795150002082
Figure BDA0000899795150002091
血液学测定
将从所有小鼠组获得的血液送至Antech Diagnostics进行血细胞比容(HCT)测量和分析,以及各种血细胞,诸如WBC、RBC和血小板及血红蛋白总含量的测量。结果呈现于表99中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何血液学标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表99
第6周时CD1小鼠血浆中的血液学标志物
Figure BDA0000899795150002092
实施例19:在CD1小鼠中靶向人GHR的脱氧、MOE和cEt间隔体的耐受性
用选自上述研究的ISIS反义寡核苷酸处理
Figure BDA0000899795150002102
小鼠并评价各种血浆化学标志物的水平变化。3-10-4MOE间隔体ISIS 539376也包括在研究中。
处理
多组8至10周龄的雄性CD1小鼠皮下注射25mg/kg的ISIS寡核苷酸(50mg/kg/周剂量)每周两次,历时6周。一组雄性CD1小鼠皮下注射PBS每周两次,历时6周。在最后一个剂量48小时后对小鼠施安乐死,并且收获器官和血浆做进一步分析。
血浆化学标志物
为评价ISIS寡核苷酸对肝和肾功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶、胆红素、肌酐和BUN的血浆水平。结果呈现于表100中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何肝或肾功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表100
第6周时CD1小鼠血浆中的血浆化学标志物
Figure BDA0000899795150002101
Figure BDA0000899795150002111
血液学测定
将从所有小鼠组获得的血液送至Antech Diagnostics进行血细胞比容(HCT)测量和分析,以及各种血细胞,诸如WBC、RBC和血红蛋白总含量的测量。结果呈现于表101中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何血液学标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表101
第6周时CD1小鼠血浆中的血液学标志物
Figure BDA0000899795150002112
Figure BDA0000899795150002121
实施例20:在CD1小鼠中靶向人GHR的脱氧、MOE和cEt间隔体的耐受性
用选自上述研究的ISIS反义寡核苷酸处理
Figure BDA0000899795150002123
小鼠并评价各种血浆化学标志物的水平变化。
处理
多组8至10周龄的雄性CD1小鼠皮下注射25mg/kg的ISIS寡核苷酸(50mg/kg/周剂量)每周两次,历时6周。一组雄性CD1小鼠皮下注射PBS每周两次,历时6周。在最后一个剂量48小时后对小鼠施安乐死,并且收获器官和血浆做进一步分析。
血浆化学标志物
为评价ISIS寡核苷酸对肝和肾功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶、胆红素、肌酐和BUN的血浆水平。结果呈现于表102中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何肝或肾功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表102
第6周时CD1小鼠血浆中的血浆化学标志物
Figure BDA0000899795150002122
Figure BDA0000899795150002131
血液学测定
将从所有小鼠组获得的血液送至Antech Diagnostics进行血细胞比容(HCT)测量和分析,以及各种血细胞,诸如WBC、RBC和血红蛋白总含量的测量。结果呈现于表103中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何血液学标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表103
第6周时CD1小鼠血浆中的血液学标志物
Figure BDA0000899795150002132
Figure BDA0000899795150002141
实施例21:在Sprague-Dawley大鼠中靶向人GHR的MOE间隔体的耐受性
Sprague-Dawley大鼠是多用途模型,用于安全性和功效评价。用来自于以上实施例中描述的研究的ISIS反义寡核苷酸处理大鼠并评价各种血浆化学标志物的水平变化。
处理
雄性Sprague-Dawley大鼠维持12-小时光/暗循环并随意饲喂Purina正常鼠粮食,食物5001。各4只的多组Sprague-Dawley大鼠皮下注射50mg/kg的ISIS寡核苷酸(100mg/kg/周剂量)每周两次,历时6周。最后一个剂量48小时后,对大鼠施安乐死并收获器官和血浆做进一步分析。
肝功能
为评价ISIS寡核苷酸对肝功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。测量ALT(丙氨酸转氨酶)和AST(天冬氨酸转氨酶)的血浆水平并且结果呈现于表104中,以IU/L表示。还使用相同临床化学分析仪测量了胆红素的血浆水平并且结果呈现于表104中,以mg/dL表示。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何肝功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表104
Sprague-Dawley大鼠中的肝功能标志物
Figure BDA0000899795150002151
肾功能
为评价ISIS寡核苷酸对肾功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量血尿素氮(BUN)和肌酐的血浆水平。结果呈现于表105中,以mg/dL表示。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何肾功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表105
Sprague-Dawley大鼠中的肾功能标志物(mg/dL)
Figure BDA0000899795150002152
Figure BDA0000899795150002161
血液学测定
将从所有大鼠组获得的血液送至Antech Diagnostics进行血细胞比容(HCT)测量和分析,以及各种血细胞,诸如WBC、RBC和血红蛋白总含量的测量。结果呈现于表106中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何血液学标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表106
Sprague-Dawley大鼠中的血液学标志物
Figure BDA0000899795150002162
Figure BDA0000899795150002171
器官重量
在研究结束时测量肝脏、心脏、脾脏和肾脏重量,并呈现于表107中。从进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的器官重量的任何变化的ISIS寡核苷酸。
表107
器官重量(g)
心脏 肝脏 脾脏 肾脏
PBS 0.35 3.6 0.2 0.8
ISIS 523723 0.31 4.9 0.7 0.8
ISIS 523789 0.34 4.8 0.6 0.8
ISIS 532254 0.32 5.0 0.6 1.0
ISIS 532401 0.32 3.8 0.4 0.8
ISIS 532420 0.29 4.6 0.7 1.0
ISIS 533178 0.34 5.2 0.7 0.9
ISIS 533234 0.30 4.4 0.6 1.0
ISIS 533932 0.31 3.9 0.5 0.9
ISIS 539376 0.29 4.4 0.4 0.8
ISIS 539380 0.31 6.3 1.6 1.2
ISIS 539383 0.31 4.5 0.6 1.0
ISIS 539399 0.31 4.5 0.8 1.0
ISIS 539404 0.34 4.9 0.6 1.0
ISIS 539416 0.32 4.7 0.7 0.9
ISIS 539432 0.30 3.8 0.4 0.8
ISIS 539433 0.28 4.1 0.7 1.0
实施例22:在Sprague-Dawley大鼠中靶向人GHR的脱氧、MOE和cEt间隔体的耐受性
用来自于以上实施例中描述的研究的ISIS反义寡核苷酸处理Sprague-Dawley大鼠并评价各种血浆化学标志物的水平变化。
处理
雄性Sprague-Dawley大鼠维持12-小时光/暗循环并随意饲喂Purina正常鼠粮食,食物5001。各4只的多组Sprague-Dawley大鼠皮下注射50mg/kg的ISIS寡核苷酸(50mg/kg/周剂量)每周一次,历时6周。两组大鼠皮下注射PBS每周一次,历时6周。最后一个剂量48小时后,对大鼠施安乐死并收获器官和血浆做进一步分析。
肝功能
为评价ISIS寡核苷酸对肝功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量转氨酶的血浆水平。测量ALT和AST的血浆水平并且结果呈现于表108中,以IU/L表示。还使用相同临床化学分析仪测量了胆红素的血浆水平并且结果也呈现于表108中,以mg/dL表示。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何肝功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表108
Sprague-Dawley大鼠中的肝功能标志物
Figure BDA0000899795150002181
Figure BDA0000899795150002191
肾功能
为评价ISIS寡核苷酸对肾功能的影响,使用自动化临床化学分析仪(HitachiOlympus AU400e,Melville,NY)测量血尿素氮(BUN)和肌酐的血浆水平。结果呈现于表109中,以mg/dL表示。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何肾功能标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表109
Sprague-Dawley大鼠中的肾功能标志物(mg/dL)
BUN 肌酐
PBS组1 16 0.2
PBS组2 15 0.2
ISIS 541881 22 0.3
ISIS 542051 18 0.2
ISIS 542101 22 0.3
ISIS 542112 18 0.2
ISIS 542118 18 0.3
ISIS 542125 18 0.3
ISIS 542127 19 0.3
ISIS 542128 18 0.3
ISIS 542153 17 0.3
ISIS 542185 19 0.3
ISIS 542186 19 0.3
ISIS 545439 16 0.2
ISIS 545447 16 0.2
ISIS 541262 21 0.4
ISIS 541742 19 0.2
ISIS 541767 15 0.2
ISIS 541875 16 0.2
血液学测定
将从所有大鼠组获得的血液送至Antech Diagnostics进行血细胞比容(HCT)测量和分析,以及各种血细胞,诸如WBC、RBC和血红蛋白总含量的测量。结果呈现于表110中。在进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸预期范围的任何血液学标志物的水平变化的ISIS寡核苷酸。
表110
Sprague-Dawley大鼠中的血液学标志物
Figure BDA0000899795150002201
器官重量
在研究结束时测量肝脏、心脏、脾脏和肾脏重量,并呈现于表111中。从进一步研究中排除了引起超出反义寡核苷酸的预期范围的任何器官重量变化的ISIS寡核苷酸。
表111
器官重量(g)
心脏 肝脏 脾脏 肾脏
PBS组1 0.4 3.7 0.2 0.9
PBS组2 0.3 3.2 0.2 0.7
ISIS 541881 0.4 3.4 0.4 0.9
ISIS 542051 0.4 3.8 0.4 1.0
ISIS 542101 0.3 4.2 0.6 1.1
ISIS 542112 0.3 3.7 0.4 0.8
ISIS 542118 0.4 3.6 0.2 0.8
ISIS 542125 0.4 3.7 0.3 1.1
ISIS 542127 0.3 4.2 0.3 0.8
ISIS 542128 0.3 3.5 0.3 0.8
ISIS 542153 0.3 3.5 0.3 0.8
ISIS 542185 0.4 3.8 0.4 0.9
ISIS 542186 0.3 3.8 0.6 0.9
ISIS 545439 0.4 4.1 0.3 0.9
ISIS 545447 0.4 3.4 0.3 1.1
ISIS 541262 0.3 3.4 0.3 2.0
ISIS 541742 0.3 3.8 0.3 0.8
ISIS 541767 0.3 3.4 0.2 0.8
ISIS 541875 0.3 5.2 0.4 1.0
实施例23:在食蟹猴中靶向人GHR的ISIS反义寡核苷酸的作用
用选自以上实施例中描述的研究的ISIS反义寡核苷酸处理食蟹猴。评价反义寡核苷酸在肝脏和肾脏中的功效和耐受性,及其药代动力学性质。
在进行这项研究时,食蟹猴基因组序列在国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中不可用;因此,不能确认与食蟹猴基因序列的交叉反应性。相反,比较用于食蟹猴中的ISIS反义寡核苷酸的序列与猕猴序列的同源性。预计与猕猴序列具有同源性的ISIS寡核苷酸也与食蟹猴序列完全交叉反应。试验的人反义寡核苷酸与猕猴基因组序列(截自核苷酸4410000至4720000的基因库登录号NW_001120958.1,本文指定为SEQ ID NO:2296)交叉反应。人寡核苷酸和猕猴序列之间的互补性越高,人寡核苷酸就越可能与猕猴序列交叉反应。表112中呈现了每个寡核苷酸到SEQ ID NO:2296的起始和终止位点。“起始位点”指在猕猴基因序列中间隔体所靶向的5’-最末端核苷酸。
表112
与猕猴GHR基因组序列(SEQ ID NO:2296)互补的反义寡核苷酸
ISIS号 靶起始位点 靶终止位点 化学 SEQ ID NO
523723 149071 149090 5-10-5MOE 918
532254 64701 64720 5-10-5MOE 479
532401 147560 147579 5-10-5MOE 703
541767 152700 152715 脱氧、MOE和cEt 1800
541875 210099 210114 脱氧、MOE和cEt 1904
542112 146650 146665 脱氧、MOE和cEt 2122
542118 149074 149089 脱氧、MOE和cEt 2127
542185 245782 245797 脱氧、MOE和cEt 2194
研究1
研究之前,在每天观察动物的总体健康状况期间保持猴隔离。猴为2-4岁并且重量介于2和4kg之间。使用适当尺寸的不锈钢给药针和注射器向猴的囊内部位和大腿外侧,为9组各5只随机分配的雄性食蟹猴皮下注射ISIS寡核苷酸或PBS。猴第一周给药三次(第1、4和7天),随后再给药40mg/kg的ISIS寡核苷酸,每周一次,历时12周。对照组的5只食蟹猴以类似方式注射PBS并且用作对照组。
研究期间,每天观察猴的疾病或痛苦体征。在咨询研究负责人后由兽医人员用经批准的镇痛药或试剂处理经历一种以上单一疗法或由于治疗、损伤或疾病引起的轻微疼痛或痛苦的任何动物以减轻疼痛。鉴定不健康或处于可能垂死状态的任何动物以进行进一步监测和可能安乐死。动物的预定安乐死在第86天在克他命(ketamine)/塞拉嗪(xylazine)诱导的麻醉并施用戊巴比妥钠后通过放血进行。实施例中描述的方案经实验动物照护和使用委员会(IACUC)批准。
靶标减少
RNA分析
在第86天,从肝脏、白色脂肪组织(WAT)和肾脏中提取RNA进行GHR的mRNA表达测量的实时PCR分析。结果作为相对于PBS对照,经
Figure BDA0000899795150002231
归一化的mRNA的抑制百分数呈现。‘n.d.’表明未测量该特定寡核苷酸的数据。如表113所示,用ISIS反义寡核苷酸处理导致与PBS对照相比GHR mRNA显著减少。具体地,用ISIS 532401处理导致所有组织中的mRNA表达显著降低。
还测量了肝脏、肾脏和脂肪组织中生长激素应答基因ALS的表达。用ISIS 532401处理导致肝脏中的ALS RNA表达降低44±9%,与GHR水平相关联。在脂肪组织中未观察到降低。还测量了肝脏中IGF1的表达。用ISIS 532401处理导致肝脏中的IGF1RNA表达降低71±10%,与GHR水平相关联。
表113
在食蟹猴肝脏中GHR mRNA相对于PBS对照的抑制百分数
ISIS号 肝脏 肾脏 WAT
532401 60 47 59
532254 63 65 n.d.
523723 38 0 n.d.
542112 61 60 36
542118 0 22 27
542185 66 53 n.d.
541767 0 14 n.d.
541875 34 77 n.d.
蛋白质分析
在第85天从所有可用动物采集约1mL血液并置于装有EDTA钾盐的管内。将管离心(在室温下3000rpm离心10分钟)以获得血浆。测量血浆中IGF-1和GH的血浆水平。结果呈现于表114中。结果表明用ISIS寡核苷酸处理导致IGF-1蛋白质水平降低。
在表115中还呈现了用ISIS 532401处理后IGF1的血浆水平并且展示了在第7天和第85天GHR反义抑制在降低IGF1水平上的作用。
表114
食蟹猴中的血浆蛋白质水平
IGF-1(基线%) GH(ng/mL)
PBS 121 19
532401 57 39
532254 51 26
523723 77 16
542112 46 48
542118 97 6
542185 59 32
541767 101 22
541875 45 47
表115
食蟹猴中的血浆IGF1水平
第7天 第85天
PBS 458 643
ISIS 532401 326 263
耐受性研究
体重和器官重量测量
为评价ISIS寡核苷酸对动物总体健康状况的影响,测量体重和器官重量。在第84天测量体重并呈现于表115中。在第86天测量器官重量并且数据也呈现于表115中。结果表明用反义寡核苷酸处理对体重和器官重量的影响在对反义寡核苷酸的预期范围之内。具体地,在猴的体重和器官重量方面,用ISIS 532401处理耐受良好。
表115
食蟹猴的最终体重和器官重量
Figure BDA0000899795150002251
肝功能
为评价ISIS寡核苷酸对肝功能的影响,从所有研究组采集血样。在给药48小时后,经由股骨静脉内穿刺采集血样。在采血之前猴禁食整夜。血样采集在装有K2-EDTA抗凝剂的管中,将管离心以获得血浆。使用Toshiba 200FR NEO化学分析仪(Toshiba Co.,Japan)测量各种肝功能标志物的水平。测量ALT和AST及胆红素的血浆水平。下表呈现了在不同时间点ALT和AST水平的结果。结果表明反义寡核苷酸对肝功能没有超出反义寡核苷酸预期范围的影响。具体地,在猴的肝功能方面用ISIS 532401处理耐受良好。
表116
食蟹猴中的ALT水平(IU/L)
第16天 第44天 第86天
PBS 46 37 40
ISIS 532401 63 59 88
ISIS 532254 62 46 56
ISIS 523723 50 77 86
ISIS 542112 53 54 60
ISIS 542118 38 41 52
ISIS 542185 58 59 91
ISIS 541767 56 45 46
ISIS 541875 70 54 71
表117
食蟹猴中的AST水平(IU/L)
第16天 第44天 第86天
PBS 58 40 45
ISIS 532401 47 48 61
ISIS 532254 71 81 98
ISIS 523723 56 61 73
ISIS 542112 58 65 89
ISIS 542118 41 40 46
ISIS 542185 61 63 98
ISIS 541767 52 39 63
ISIS 541875 70 50 70
肾功能
为评价ISIS寡核苷酸对肾功能的影响,从所有研究组采集血样。在给药48小时后,经由股骨静脉穿刺采集血样。在采血之前猴禁食整夜。血样采集在装有K2-EDTA抗凝剂的管中,将管离心以获得血浆。使用Toshiba 200FR NEO化学分析仪(Toshiba Co.,Japan)测量BUN和肌酐的水平。下表呈现了在不同时间点BUN和肌酐水平的结果。
血浆化学数据表明大多数ISIS寡核苷酸对肾功能没有超出反义寡核苷酸预期范围的任何影响。具体地,在猴的肾功能方面用ISIS532401处理耐受良好。
表118
食蟹猴中的BUN水平(mg/dL)
第16天 第44天 第86天
PBS 29 26 26
ISIS 532401 27 27 27
ISIS 532254 21 22 25
ISIS 523723 25 24 22
ISIS 542112 26 24 24
ISIS 542118 29 27 29
ISIS 542185 22 21 22
ISIS 541767 29 24 24
ISIS 541875 29 24 21
表119
食蟹猴中的肌酐水平(mg/dL)
第16天 第44天 第86天
PBS 0.9 0.8 0.9
ISIS 532401 1.1 1.0 1.1
ISIS 532254 1.0 1.0 1.0
ISIS 523723 1.0 1.0 1.0
ISIS 542112 1.0 0.9 1.0
ISIS 542118 0.9 0.9 0.9
ISIS 542185 1.0 0.9 0.9
ISIS 541767 1.1 0.9 0.9
ISIS 541875 1.2 1.1 1.1
血液学
为评价食蟹猴中的ISIS寡核苷酸对血液学参数的影响,在装有K2-EDTA的管中从每只研究动物采集约1.3mL血液的血样。使用ADVIA120血液学分析仪(Bayer,USA)分析样品的红血细胞(RBC)计数、白血细胞(WBC)计数、单独白血细胞(WBC)计数,诸如单核细胞、嗜中性白细胞、淋巴细胞的单独白血细胞(WBC)计数,以及血小板计数、血红蛋白含量和血细胞比容。下表呈现了在不同时间点的血小板计数结果。‘n/a’表明该时间点的数据不可用。
数据表明寡核苷酸并未在血液学参数上引起超出在该剂量下的反义寡核苷酸预期范围的任何变化。具体地,在猴的血液学参数方面用ISIS 532401处理耐受良好。
表120
食蟹猴中的血小板计数(x103/μL)
Figure BDA0000899795150002271
Figure BDA0000899795150002281
C反应蛋白和互补C3水平分析
为评价在食蟹猴中ISIS寡核苷酸的任何炎症作用,取血样进行分析。在采血之前猴禁食整夜。从每只动物采集约1.5mL血液并放入无抗凝剂的管内用于血清分离。将管保持在室温下最少90分钟,然后在室温下3,000rpm离心10分钟以获得血清。使用Toshiba 200FRNEO化学分析仪(Toshiba Co.,Japan)测量在肝脏中合成并且用作炎症标志物的C反应蛋白(CRP)。下表呈现了在不同时间点CRP和C3水平的结果。结果表明在猴中用ISIS 532401处理并未引起炎症。
表121
食蟹猴中的CRP(mg/L)
第16天 第44天 第86天
PBS 3.8 2.0 2.0
ISIS 532401 2.3 1.7 1.9
ISIS 532254 2.1 3.2 5.9
ISIS 523723 6.1 4.5 4.4
ISIS 542112 2.5 2.7 2.7
ISIS 542118 2.2 2.8 2.1
ISIS 542185 2.3 11.9 9.3
ISIS 541767 1.9 1.5 6.7
ISIS 541875 4.9 3.5 8.4
表122
第85天(给药后24小时)食蟹猴中的C3(mg/dL)
Figure BDA0000899795150002282
Figure BDA0000899795150002291
寡核苷酸浓度的测量
测量在猴的肝脏和肾脏中全长寡核苷酸的浓度。所用方法是先前公开的由酚-氯仿(液体-液体)萃取,接着是固相萃取组成的方法(Leeds等,1996;Geary等,1999)的修改。在萃取之前添加内标(ISIS 355868,27聚体2’-O-甲氧基乙基修饰的硫代磷酸酯寡核苷酸,GCGTTTGCTCTTCTTCTTGCGTTTTTT,本文指定为SEQ ID NO:2300)。使用校准曲线计算组织样品浓度,定量下限为约1.14μg/g。然后使用WinNonlin软件(PHARSIGHT)计算半衰期。
结果呈现于表123中,表示为μg/g组织,以及肾脏与肝脏的浓度比。
表123
在食蟹猴肝脏和肾脏中的寡核苷酸浓度
化学 肝脏 肾脏 K/L比
ISIS 532401 5-10-5MOE 725 2154 3.0
ISIS 532254 5-10-5MOE 911 4467 4.9
ISIS 523723 5-10-5MOE 657 3093 4.7
ISIS 542112 3-10-3cEt/MOE 491 2863 5.8
ISIS 542118 3-10-3cEt/MOE 429 1222 2.8
ISIS 542185 3-10-3cEt/MOE 432 3126 7.2
ISIS 541767 3-10-3cEt/MOE 280 994 3.5
ISIS 541875 3-10-3cEt/MOE 766 3892 5.1
研究2
使用适当尺寸的不锈钢给药针和注射器向猴的囊内部位和大腿外侧,为一组的5只随机分配的雄性食蟹猴皮下注射ISIS 532401或PBS。猴第一周给药每周负荷剂量(第1、3、5和7天),随后再给药40mg/kg的ISIS 532401,每周一次(第14、21、28、35、42、49、56、63、70、77、84和91天)。对照组的5只食蟹猴以类似方式注射PBS并且用作对照组。
靶标减少
RNA分析
在第93天,从肝脏、白色脂肪组织(WAT)和肌肉中提取RNA进行GHR的mRNA表达测量的实时PCR分析。用ISIS 532401处理导致肝脏和白色脂肪组织中的GHR mRNA显著减少。
还测量了肝脏中生长激素应答基因ALS的表达。用ISIS 532401处理导致肝脏中的ALS RNA表达降低38%,与GHR水平相关联。‘n.d.’表明在该特定组织中未检查所述水平。还测量了在肝脏、肌肉和脂肪组织中IGF1的表达。用ISIS 532401处理导致肝脏和WAT中的IGF1RNA表达降低,与GHR水平相关联。
表124
在食蟹猴中用ISIS 532401处理对mRNA水平的影响(与PBS对照相比的抑制%)
肝脏 WAT 肌肉
GHR 64 75 21
ALS 38 n.d. n.d.
IGF1 73 56 35
蛋白质分析
测量了血浆中IGF-1和GH的血浆水平。结果呈现于下表中。结果表明用ISIS532401处理导致IGF-1蛋白质水平降低。在血浆生长激素水平上没有增加。
表125
食蟹猴中的血浆IGF1水平(ng/mL)
第7天 第49天 第91天
PBS 625 776 850
ISIS 532401 378 455 363
表126
食蟹猴中的血浆生长激素水平(ng/mL)
第7天 第49天 第91天
PBS 25 27 33
ISIS 532401 16 13 17
实施例24:靶向人GHR的ISIS反义寡核苷酸的粘度测量
为了筛选出粘度高于40cP的反义寡核苷酸,测量了选自以上实施例中描述的研究的反义寡核苷酸的粘度。粘度高于40cP的寡核苷酸将太粘而不能施用给任何受试者。
向玻璃小瓶中称取ISIS寡核苷酸(32-35mg),添加120μL水并且通过在50℃下加热小瓶使反义寡核苷酸溶于溶液。向测微粘度仪(Cambridge)吸取一份(75μL)预热样品。测微粘度仪的温度设为25℃并测量样品的粘度。向10mL水中吸取另一份(20μL)预热样品以在85℃下在260nM下进行UV读取(Cary UV仪器)。结果呈现于表127中并且表明所有反义寡核苷酸溶液在上述标准下在其粘度上最佳。
表127
靶向人GHR的ISIS反义寡核苷酸的粘度
ISIS号. 化学 粘度(cP)
523723 5-10-5MOE 8
532254 5-10-5MOE 22
532401 5-10-5MOE 12
541767 脱氧、MOE和cEt 13
541875 脱氧、MOE和cEt 33
542112 脱氧、MOE和cEt 10
542118 脱氧、MOE和cEt 14
542185 脱氧、MOE和cEt 17
实施例25:在小鼠中对GHR反义抑制的影响
为了确认在灵长类动物模型中对GHR反义抑制的影响,采用靶向鼠类GHR的ISIS寡核苷酸以在小鼠模型中重复所述结果。
ISIS 563223(GAGACTTTTCCTTGTACACA,本文指定为SEQ ID NO:2301)是在靶起始位点3230处靶向鼠类GHR的5-10-5MOE间隔体鼠类反义寡核苷酸(基因库登录号NM_010284.2,本文指定为SEQ ID NO:2302)。在第一周为一组雄性和雌性CD1小鼠注射负荷剂量(在第1、3、5和7天)并且随后按一次周剂量(在第14、21、28、35、42、49、56、63、70、77、84和91天)注射40mg/kg的ISIS 563223。一组CD1小鼠以类似方式注射PBS。最后一个剂量48小时后为小鼠施安乐死,并且回收器官和血浆进行进一步分析。
mRNA表达
测量了GHR、GHBP、IGF1和ALS的肝脏mRNA表达。结果呈现于表128中。对GHR的反义抑制导致对GHBP、IGF1和ALS基因表达水平的抑制。
表128
CD1小鼠肝脏中的mRNA表达(抑制%)
%(在雄性小鼠中) %(在雌性小鼠中)
GHR 98 96
GHBP 74 66
IGF1 60 48
ALS 84 74
蛋白质表达
测量IGF1和生长激素的血浆水平。结果呈现于表129中。对GHR的反义抑制导致IGF1水平降低,而对生长激素水平没有影响。
表129
CD1小鼠肝脏中的IGF1蛋白水平(ng/mL)
在雄性小鼠中 在雌性小鼠中
PBS 949 1002
ISIS 563223 439 740
表130
CD1小鼠肝脏中的生长激素蛋白水平(ng/mL)
在雄性小鼠中 在雌性小鼠中
PBS 3.3±2.2 2.2±1.3
ISIS 563223 5.6±6.7 2.9±1.7

Claims (21)

1.一种化合物,其包含经修饰的寡核苷酸,其中所述经修饰的寡核苷酸由18-24个连接的核苷组成,其中所述经修饰的寡核苷酸具有与SEQ ID NO:2的核碱基序列的生长激素受体核酸的核苷酸153921-153940的等长部分100%互补的至少18个连续核碱基部分的核碱基序列,其中所述经修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:2 100%互补。
2.根据权利要求1所述的化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含SEQ ID NO:703中列举的序列的核碱基序列。
3.根据权利要求2所述的化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,并且具有由SEQ ID NO:703中列举的序列组成的核碱基序列。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的糖。
5.根据权利要求4所述的化合物,其中所述至少一个经修饰的糖包含2’-O-甲氧基乙基或是双环糖。
6.根据权利要求5所述的化合物,其中所述双环糖包含4’-CH(CH3)-O-2’基团或包含4’-CH2-O-2’或4’-(CH2)2-O-2’基团。
7.根据权利要求1-3中任一项所述的化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间键联。
8.根据权利要求7所述的化合物,其中所述经修饰的核苷间键联为硫代磷酸酯核苷间键联。
9.根据权利要求1-3中任一项所述的化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含至少一个经修饰的核碱基。
10.据权利要求9所述的化合物,其中所述经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。
11.根据权利要求1-3中任一项所述的化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸包含:
由连接的脱氧核苷组成的间隙区段;
由连接的核苷组成的5’侧翼区段;和
由连接的核苷组成的3’侧翼区段;
其中所述间隙区段位于所述5’侧翼区段和所述3’侧翼区段之间并且其中每个侧翼区段的每个核苷包含经修饰的糖。
12.根据权利要求1所述的化合物,其中所述经修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成,具有由SEQ ID NO:703中列举的序列组成的核碱基序列,且其中所述经修饰的寡核苷酸包含:
由10个连接的脱氧核苷组成的间隙区段;
由5个连接的核苷组成的5’侧翼区段;和
由5个连接的核苷组成的3’侧翼区段;
其中所述间隙区段位于所述5’侧翼区段和所述3’侧翼区段之间;其中每个侧翼区段的每个核苷包含2’-O-甲氧基乙基糖;其中至少一个核苷间键联为硫代磷酸酯键联;并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
13.根据权利要求1-3和12中任一项所述的化合物,其中所述化合物为单链。
14.一种包含根据权利要求1-13中任一项所述的化合物或其盐,和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的组合物。
15.根据权利要求1-13中任一项所述的化合物或权利要求14所述的组合物在制备用于治疗或预防与过量生长激素相关的疾病的药物中的用途。
16.根据权利要求1-13中任一项所述的化合物或权利要求14所述的组合物在制备用于在人中治疗或预防与过量生长激素相关的疾病的药物中的用途。
17.根据权利要求16所述的用途,其中与过量生长激素相关的所述疾病为肢端肥大症。
18.根据权利要求16所述的用途,其中所述治疗降低了IGF-1水平。
19.根据权利要求1-13中任一项所述的化合物或权利要求14所述的组合物在制备用于在人中降低生长激素受体(GHR)水平的药物中的用途。
20.根据权利要求19所述的用途,其中所述人具有与过量生长激素相关的疾病。
21.根据权利要求20所述的用途,其中所述与过量生长激素相关的疾病是肢端肥大症。
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