CN105412107B - 蛋白抑制剂t323在抗生育中的应用 - Google Patents

蛋白抑制剂t323在抗生育中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN105412107B
CN105412107B CN201610009692.5A CN201610009692A CN105412107B CN 105412107 B CN105412107 B CN 105412107B CN 201610009692 A CN201610009692 A CN 201610009692A CN 105412107 B CN105412107 B CN 105412107B
Authority
CN
China
Prior art keywords
brdt
compound
drug compositions
protein
antifertility
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201610009692.5A
Other languages
English (en)
Other versions
CN105412107A (zh
Inventor
王慧萍
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Science Technology Research Institute Of National Health And Family Planning Commission Of People's Republick Of China
Original Assignee
Science Technology Research Institute Of National Health And Family Planning Commission Of People's Republick Of China
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Science Technology Research Institute Of National Health And Family Planning Commission Of People's Republick Of China filed Critical Science Technology Research Institute Of National Health And Family Planning Commission Of People's Republick Of China
Priority to CN201610009692.5A priority Critical patent/CN105412107B/zh
Publication of CN105412107A publication Critical patent/CN105412107A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN105412107B publication Critical patent/CN105412107B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33Heterocyclic compounds
    • A61K31/395Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/47Quinolines; Isoquinolines
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00Screening for compounds of potential therapeutic value
    • G01N2500/04Screening involving studying the effect of compounds C directly on molecule A (e.g. C are potential ligands for a receptor A, or potential substrates for an enzyme A)

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

本发明公开了蛋白抑制剂T323在抗生育中的应用,T323靶向于BRDT的溴结构域,同时本发明公开了一种理性化筛选男性抗生育药物的平台,使用该平台筛选的抑制剂用于制备男性抗生育药物安全、有效、可逆。

Description

蛋白抑制剂T323在抗生育中的应用
技术领域
本发明属于生物医学领域,具体涉及蛋白抑制剂T323在抗生育中的应用,更具体地,涉及一种BRDT蛋白抑制剂T323在抗生育中的应用。
背景技术
近年来随着生殖医学的发展,对生殖细胞和早期胚胎发育的研究和应用不断得到深入,很多抗生育的药物也不断被发现。处于研究中的男性避孕药大体可分为激素和非激素两大类,目前激素类避孕药的研究更为普遍。甾体类避孕药是通过抑制人体睾丸激素的分泌从而抑制产生精子的数量来达到抗生育的目的,易导致内分泌紊乱。很可能会对依赖雄激素的生理功能造成负面影响,如骨质代谢、肌肉力量和性功能等方面将会受到影响。某些非激素类男性抗生育化合物具有良好的抗生育作用及不干扰激素分泌水平的优点,但是目前尚无普遍应用的口服非激素类抗生育药物。
BRDT是一种组织特异性的与核染色质相关联的蛋白质,它参与了睾丸中精子生成的染色质重组过程。BRDT在粗线期精母细胞、双线期精母细胞和圆形精子细胞中表达丰富,调控染色质浓缩。精母细胞和精子细胞缺乏全长的BRDT将会导致转录和可变剪接过程发生改变。BRDT的第一个溴结构域缺失会导致圆形精子细胞错误伸长、精子形态严重缺陷,而圆形精子细胞的错误伸长与减数分裂之后染色质结构异常相关。
2012年美国贝勒医学院的科学家Matzuk等发现了一种小分子化合物(+)-JQ1,该化合物以人BRDT为靶标,能有效、可逆的抗生育,但是目前并无太多关于BRDT抑制剂的研究的报道,以BRDT以其高组织特异性作为男性抗生育药物的靶标具有很大的潜在价值,因此寻找有效的BRDT蛋白抑制剂对于男性抗生育具有积极的意义。
发明内容
本发明的目的在于提供一种BRDT蛋白的小分子抑制剂在男性抗生育中的应用,为了实现该目的,本发明采用如下技术方案:
本发明提供了一种BRDT蛋白抑制剂在制备抗生育药物组合物中的应用。
进一步,所述蛋白抑制剂与BRDT的溴结构域相结合。
进一步,所述蛋白抑制剂为小分子抑制剂。
进一步,所述蛋白抑制剂为T323。
本发明提供了一种抗生育药物组合物,所述抗生育药物组合物包括T323、其药学上可接受的盐、其异构体或者其水合物或溶剂化物。
进一步,所述药学上可接受的盐包括但不限于碱金属盐或碱土金属盐如钠盐、钾盐、镁盐、钙盐、铝盐;有机碱盐如甲胺盐、乙胺盐、单乙醇铵盐、二乙醇铵盐、三乙醇铵盐、环己基胺盐、赖氨酸盐、鸟氨酸盐;无机酸盐如盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、硫酸盐、硝酸盐、磷酸盐等;有机酸盐如甲酸盐、醋酸盐、丙酸盐、草酸盐、丙二酸盐、琥珀酸盐、富马酸盐、马来酸盐、乳酸盐、苹果酸盐、柠檬酸盐、酒石酸盐、碳酸盐、苦味酸盐、甲磺酸盐、乙磺酸盐、谷氨酸盐。
进一步,所述抗生育药物组合物包括药学上可接受的载体、赋形剂和/或稀释剂。所述载体、赋形剂或稀释剂包括但并不限于:稀释剂如乳糖、氯化钠、葡萄糖、尿素、淀粉、水等;粘合剂如淀粉、预胶化淀粉、糊精、麦芽糖糊精、蔗糖、阿拉伯胶、明胶、甲基纤维素、羧甲基纤维素、乙基纤维素、聚乙烯醇、聚乙二醇、聚乙烯比咯烷酮、海藻酸及海藻酸盐、黄原胶、羟丙基纤维素和羟丙基甲基纤维素等;表面活性剂如聚氧化乙烯山梨聚糖脂肪酸酯、十二烷基硫酸钠、硬脂酸单甘油酯、十六烷醇等;致湿剂如甘油、淀粉等;吸附载体如淀粉、乳糖、斑脱土、硅胶、高岭土和皂粘土等;润滑剂如硬脂酸锌、单硬脂酸甘油酯、聚乙二醇、滑石粉、硬脂酸钙和镁、聚乙二醇、硼酸粉末、氢化植物油、硬脂富马酸钠、聚氧乙烯单硬脂酸酯、单月桂蔗糖酸酯、月桂醇硫酸钠、月桂醇硫酸镁、十二烷基硫酸镁等;填充剂如甘露醇(粒状或粉状)、木糖醇、山梨醇、麦芽糖、赤藓糖、微晶纤维素、聚合糖、偶合糖、葡萄糖、乳糖、蔗糖、糊精、淀粉、海藻酸钠、海带多糖粉末、琼脂粉末、碳酸钙和碳酸氢钠等;崩解剂如交联乙烯吡咯烷酮、羧甲基淀粉钠、低取代羟丙基甲基、交联羧甲基纤维素钠、大豆多糖等。
进一步,所述抗生育药物组合物还包括药学上可接受的包衣材料。所述包衣材料包括但不限于明胶、阿拉伯胶、海藻酸盐、壳聚糖、羧甲基纤维素盐、醋酸纤维素酞酸酯、乙基纤维素、甲基纤维素、羟丙甲基纤维素、丙烯酸树脂类、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚乙二醇。
进一步,所述抗生育药物组合物还包括矫味剂、泡腾剂、稳定剂、杀菌剂、等渗剂、螯合剂、生物利用度剂等中的一种或几种,所述矫味剂包括但不限于甘露醇、木糖醇、甜菊甙、乳糖、果糖、蔗糖、蛋白糖、麦芽糖醇、甘草甜素、环己氨基磺酸钠、明胶、阿斯巴甜、香蕉香精、菠萝香精、香兰素、香橙香精、桔子香精、薄荷香精、人参香精、草莓香精、枸橼酸、柠檬酸;所述泡腾剂包括但不限于苹果酸、柠檬酸或枸橼酸与碳酸氢钠或碳酸钠;所述稳定剂包括但不限于人类血清蛋白、L-氨基酸、糖及纤维素衍生物;糖类如葡萄糖、甘露糖、半乳糖、果糖等单糖,甘露醇、纤维醇、木糖醇等糖醇,蔗糖、麦芽糖、乳糖等二糖;葡聚糖、羟丙基淀粉、硫化软骨素、透明质酸等多聚糖。纤维素衍生物如甲基纤维素、乙基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙甲基纤维素及羟甲基纤维素钠。
本发明所述抗生育药物组合物还可包括药学上可接受的涂层材料包括(但不限于),快速分解涂层材料、染色剂、肠溶性聚合物、增塑剂、水溶性聚合物、水不溶性聚合物、染料、色素、其他崩散剂。常见快速分解涂层材料包括OPADRY;肠溶性聚合物包括甲基内烯酸聚合物、磷羟丙甲基纤维素苯二甲酸酯、羟丙甲基纤维素乙酸酯、羟丙甲基纤维素琥珀酸酯、羟甲乙基纤维素、乙酰磷苯二甲酸纤维素;增塑剂包括聚乙二醇(PEG)、丙二醇等。
进一步,所述抗生育药物组合物的受体为男性。
本发明提供了一种筛选上述睾丸特异性蛋白抑制剂的方法,其特征在于,筛选步骤如下:
(1)构建人BRDT小分子抑制剂药效团模型
从PDB数据库下载人BRDT与JQ1共结晶活性构象的三维立体结构文件,输入到Discovery Studio 3.0的药效团构建模块,利用Discovery Studio 3.0对BRDT活性构象立体结构进行加氢和除水分子的处理,设置各参数,根据乙酰-赖氨酸结合口袋JQ1和BRDT的相互作用方式识别活性位点,然后依据和受体的相互作用模式对所有的作用位点进行聚类,得到可用于虚拟筛选的药效团模型;
(2)使用利平斯基五规则和ADMET预测对化合物库进行类药性预测;
(3)基于药效团模型对化合物进行虚拟筛选
将构建好的药效团模型作为3D定位输入对大型化合物数据库进行高通量虚拟筛选,以期得到靶向BRDT活性位点的小分子抑制剂;保留匹配一半以上药效特征元素的化合物,然后再次通过利平斯基五规则进行过滤;
(4)基于分子对接对化合物进行虚拟筛选
利用Libdock进行研究,采用相同的BRDT的活性构象的三维结构和Charmm力场,对接位点定义为一个以活性位点为中心的直径的球形,这个球形足以覆盖BRDT与JQ1结合位点的关键氨基酸残基,将JQ1对接到BRDT活性位点,以对接构象是否满足催化机制为依据进行打分函数的选择和参数优化。
(5)体外蛋白水平的筛选
使用BRDT Bromodomain TR-FRET Assay试剂盒进行化合物的体外检测;
(6)对阳性化合物与BRDT蛋白进行量效关系检测;
(7)对阳性化合物进行分子对接;
(8)对阳性化合物进行ADMET预测。
进一步,上述步骤(1)中的参数设置为:最小结构特征的参数设置为4,最大参数特征设置为6;亲脂性位点密度参数设为15,极性位点参数设置为20。
本发明抗生育药物组合物的单位剂型可以使用多种形式包括(但不限于)固体剂型如散剂、片剂、丸剂、粉剂、干粉剂、颗粒、胶囊等;液态剂型如悬浊剂、内用液剂、乳剂、酏剂、糖浆剂等。
该药学混合物的核心可以制备成以下形式:粗颗粒、细颗粒、珠子、球体珠、圆粒、涂覆珠、涂覆圆粒、涂覆颗粒,以及药学上可接受的形状和尺寸。这些可以多种造粒方法与其他方法来制作,诸如湿式与干式造粒法。
本发明所述抗生育药物组合物可以通过任何途径给予受体,只要能达到目标组织,其可通过口服或非口服的多种途径,如口服给药、鼻内给药、腹腔内给药、肌内给药、皮下给药、皮内给药、肺内给药、直肠内给药、静脉内给药。
优选的,所述抗生育药物组合物以口服途径给药。口服用药包括固体药物组合物和液体药物组合物。所述固体药物组合物,可以采用片剂、粉末剂、丸剂、散剂、胶囊剂等,这种固体药物组合物,将活性物质与至少一种惰性稀释剂如乳糖、甘露醇、葡萄糖、羟丙基纤维素、微晶纤维素、淀粉、聚乙烯吡咯烷酮、硫酸铝镁等混合,另外,组合物可包含除惰性稀释剂之外的添加剂,例如润滑剂如硬脂酸镁、崩解剂如淀粉或纤维素羟乙酸钙、稳定剂如乳糖、以及增溶剂如谷氨酸或天冬氨酸,片剂或丸剂可具有糖衣或胃溶性膜衣。所述液体药物组合物,可以采用悬浊剂、内用液剂、乳剂、糖浆剂等,除了作为经常使用的单纯稀释剂的水、液体石蜡以外,还可包含多种赋型剂,例如湿润剂、甘味剂、芳香剂、保存剂等。
本发明的优点和有益效果:
本发明首次发现了一种BRDT的小分子抑制剂T323,该小分子抑制剂能特异的结合BRDT蛋白的溴结构域,安全、有效、可逆的实现男性抗生育的目的。
本发明首次建立了以BRDT蛋白为靶标的理性化筛选男性抗生育药物的平台,该平台综合运用靶向药物筛选、计算机辅助虚拟筛选等现代技术,提高了筛选效率、节约了筛选成本、提高了筛选准确度。
本发明提供了一种先导化合物,为开发结构新颖、活性好、毒副作用低的新型男性抗生育药物奠定了基础。
附图说明
图1显示了BRDT抑制剂的最终药效团模型,其中,图A显示了实验计算得到的最佳药效团模型;图B显示了药效团模型的3D空间关系和几何参数。
图2显示了药效团模型的结构特征,其中,图A显示了药效团模型和起作用的氨基酸残基,图B显示了药效团模型与JQ1的匹配结果;图C显示了药效团模型同BRDT-JQ1晶体复合物的匹配结果。
图3显示了BRDT的活性位点,其中条带代表BRDT蛋白链。
图4显示了JQ1和BRDT的对接图,其中条带代表BRDT蛋白链,棒状结构代表JQ1。
图5显示了JQ1与BRDT蛋白的量效关系。
图6显示了化合物T323的结构式。
图7显示了化合物T323与BRDT蛋白的量效关系。
图8显示了化合物T323的ADMET性质预测。
具体的实施方式
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。本发明的实施例仅用于解释本发明而不用于限制本发明的范围。
下述实施例中所使用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
实施例1药效团模型的构建
1、从PDB数据库下载人BRDT与JQ1共结晶活性构象的三维立体结构文件输入到Discovery Studio 3.0软件,图1显示了BRDT的结构域图和化合物JQ1的对映异构体;
2、利用Discovery Studio 3.0的药效团构建模块构建基于BRDT与JQ1复合物相互作用方式的药效团模型,移除水分子、添加氢键形成受体结构;
3、设定各参数条件,将最小结构特征和最大结构特征的参数分别设置为4和6,亲脂性位点密度参数设为15,极性位点参数设为20;
4、根据乙酰-赖氨酸结合口袋JQ1和BRDT的相互作用方式识别活性位点,对所有的作用位点进行聚类,得到用于虚拟筛选的药效团模型;
5、分析最终的药效团模型的作用残基及结构特征;
6、结果
BRDT抑制剂的最终药效团模型如图1所示,该药效团模型包含5个特征元素、一个氢键供体特征(HBD)、4个疏水作用结构特征和14个排除体积特征。
药效团模型的结构特征如图2所示,在该药效团模型中起作用的氨基酸残基有保守氨基酸残基ASN109、ILE115、LEU61、PHE52、MET118、ASP114,JQ1与该药效团特征能够很好的匹配,JQ1的三唑环与BRDT活性中心的保守氨基酸残基Asn109之间形成的氢键,四个疏水结构特征H1、H2、H3和H4分别与JQ1的甲基、噻吩环、苯环和叔丁基相匹配。这些疏水结构特征对应于BRDT活性位点的疏水区域,该疏水区域主要由氨基酸残基Trp50、Pro51、Phe52、Leu61、Leu63、Leu115和Met118组成。
实施例2类药性预测
1、材料
中国医学科学院医药生物技术研究所国家新药(微生物)筛选实验室的化合物数据库和自主研发的微生物天然产物数据库MNPD。
2、利平斯基五规则筛选化合物库
使用利平斯基五规则对来自化合物库的80000个化合物进行筛选,筛除有毒性基团和活性基团的化合物。
3、计算化合物的ADMET性质
对经过利平斯基五规则筛选的化合物进行水溶性、人类小肠吸收性、血耐屏障透过性、细胞色素P4502D6抑制性、肝脏毒性、血浆蛋白结合率的性质预测,选择相对分子质量在500以下、计算脂水分配系数CLgP小于5、氢键给体不超过5个、氢键受体不超过10个的化合物,使得所筛选出的化合物拥有良好吸收性可溶性、非肝脏毒性、不同级别血脑屏障透过性和血浆蛋白结合性。
4、结果
利用利平斯基五规则筛选出78300个化合物,对化合物性质进行ADMET预测,进一步筛选出76984个化合物进行后续的研究。
实施例3基于药效团模型的虚拟筛选
将构建好的药效团模型作为3D提问结构输入经利平斯基五规则过滤和ADMET预测的化合物数据库(76984)进行高通量虚拟筛选,保留匹配一半以上药效特征元素的化合物。最终筛选出270个符合条件的化合物。
实施例4基于分子对接的虚拟筛选
1、受体的准备
(1)清理修复蛋白
在Files Explorer中打开人BRDT的PDB文件4FLP;
在“Protocols Explorer”中打开“General Purpose”,双击“Prepare Protein”;打开“Input Protein”,选中4FLP蛋白质分子,将Build Loops,Protonate都选为True;
点击运行按钮开始配体优化,一个新的运行档将在工作浏览器中出现;
结果分析:输出档中包括:均方差文件4FLP_RMSD.log;力场文件4FLP_charmm.log;预测的pK值文件4FLP.pK;处理好的蛋白质结构文件4FLP_prep.dsv;滴定曲线数据文件4FLP.csv;输入档中包括:需要优化的蛋白质文件4FLP.dsv;执行的命令文件Protocol.pr_xml。
(2)定义受体分子
在系统视图中,打开档4FLP_prep.dsv;
展开<Cell>,点击选择4FLP_prep;
在工具浏览器中从下拉列表中选择并打Receptor-Ligand Interactions工具面板;
在Define and Edit Binding Site工具面板下的Define工具组中点“DefineSelected Molecule as Receptor”将前面选择的蛋白分子4FLP定义为受体分子。
(3)定义活性位点
因4FLP是BRDT与小分子化合物JQ1共结晶的三维晶体结构,从图中将小分子配体JQ1删去,BRDT的活性位点就暴露出来,选择活性区域的球直径为命名为4FLP_res1。
2、配体准备
(1)导入化合物数据库的结构文件secA270在流程浏览器中,打开GeneralPurpose,双击Prepare Ligands;
(2)在打开的Prepare Ligands方法中修改参数,在“Input Ligands”中输入secA270,其他参数采用默认值;
(3)点击运行按钮开始配体优化;
(4)在输出档中的配体档secA270是选定的参数应用于配体后的结果;
(5)在输入档中的secA270是需要优化的配体;Protocol.pr_xml是执行的指令。
3、分子对接
(1)在DS窗口中打开蛋白和配体文件
在DS文件浏览器中,打开文件4FLP_prot.dsv;
在DS档浏览器中找到优化后的配体数据文件secA270.sd,将其拖拽到受体蛋白所在的三维窗口。
(2)对受体及配体分子赋力场参数
从工具浏览器的下拉列表中选择“Receptor-Ligand Interactions”;
打开“Receptor-Ligand Interactions”工具栏;
在Simulate Structures|Forcefield工具栏中从下拉列表中选择;CHARmM点击Apply Forcefield,给受体及小分子配体赋力场;
配体赋好力场后工具浏览器的力场状态显示为:4FLP_prot typedwith CHARMm;
打开刚性对接流程,在参数浏览器中点击Input Typed Protein Molecule参数,然后从下拉菜单中选择4FLP_prot:1err_prot;
点击Input Ligands从下拉菜单中选择secA270:All;
点击Input Site Sphere参数格,从下拉菜单中选择对接区域的坐标;
点击Selected Residues参数格,从下拉菜单中选择“4FLP_res1”,这一操作将选择活性部位的一组氨基酸残基,这些氨基酸残基已经预先被选上且定义为4FLP_res1组;
展开Generate Protein Conformations参数组,点击Maximum Number参数,输入数值2;
展开Generate Ligand Conformations参数组,点击Conformation Method参数,从下拉菜单中选择fast方法;
展开Docking参数,点击参数Max Hits to Save设置最多保存结果为3。
(3)在流程工具栏,点击运行按钮,等待对接完成。
4、分子对接结果浏览
在工作浏览器中,双击刚完成的任务;
在视图窗口中打开Report.htm文件,在Html窗口中的输出文件(Output Files)部分,点击View Results连结,打开对接结果;
点击卷标启动结果窗口按“CTRL+1”隐藏流程浏览器和作业浏览器,按CTRL+H打开系统视图;
在系统视图中,勾选SBD_Receptor,蛋白所有氨基酸残基都显示出来;
点击浏览表格浏览器中上下键浏览对接的配体构象,随着鼠标点击表格浏览器中的不同配体对接姿态,视图窗口中的配体对接姿态会随之更新;
在工具浏览器中从下拉列表中选择Receptor-Ligand Interactions;
在Visualize Receptor-ligand Interactions工具面板下点击Receptor ligandHydrogen Bonds;
在视图窗口中,受体原子与配体对接状态间的氢键通过绿线显示出来;
在表格浏览器中,继续点击剩下的配体对接姿态,这样对接姿态将被添加到系统视图中并逐一在图形视图中显示出来;
4FLP_res1参数识别出的氨基酸残基侧链构象将随着配体姿态的变化而变化。
5、分析配体对接结果
在窗口中打开4FLP配体的晶体构象,按CTRL+1使Discovery Studio浏览器恢复通常状态。在档浏览器中找到A链的Site 1,右键点击,选择Open With|3D Window,4FLP配体的晶体构象将在一个新的三维窗口中打开。
在DS三维窗口中打开所有对接产生的对接构象,在档浏览器中,打开对接作业输出文件夹。将晶体构象定义为结构比较的参考构象,在系统视图中,点击第一个配体构象(4FLP配体)选择它,这个构象即对应晶体构象。从菜单中选择Structure|RMSD|SetReference,将4FLP晶体构象设置为RMSD计算的参考构象。
在菜单中选择Structure|RMSD|Heavy Atoms,逐个排查和计算对接产生的姿态与晶体姿态的差异。
6、结果
BRDT蛋白的活性位点如图3所示,JQ1与BRDT的活性口袋按照libdock模块进行对接如图4所示,得分值为118.924,以此分值作为确定阳性化合物的标准。将初筛得到的270个化合物与BRDT的活性口袋按照libdock对接方式进行虚拟对接,筛选出打分值高于阳性对照的化合物为125个。
实施例5 JQ1与BRDT的量效关系
1、将JQ1化合物进行3倍梯度的稀释;
2、将5μl样品与10μl BRDT溴结构域铕螯合物混合,室温下孵育15min进行预平衡;
3、加入5μl的BRDT溴结构域配体/APC受体混合引发反应引发反应;
4、将板子用铝箔密封在室温孵育1h,检测620nm和670nm发射光的数值;
5、结果
实验结果如图5所示,随着JQ1浓度的增大,JQ1对人BRDT蛋白结合的抑制作用增加,其IC50为133nM。
实施例6化合物蛋白水平筛选
1、待测样品预处理
(1)取5mg纯品化合物溶到500μl DMSO中;
(2)筛选的化合物样品用1×TR-FRET Assay Buffer稀释10倍。
(3)阳性化合物JQ1用1×TR-FRET Assay Buffer稀释至四倍的终浓度10μM。
2、化合物的检测
(1)将5μl样品与10μl BRDT溴结构域铕螯合物混合,室温下孵育15min进行预平衡;
(2)加入5μl的BRDT溴结构域配体/APC受体混合引发反应,反应体系如下面表1所示;
表1筛选模型检测体系
(3)将板子用铝箔密封在室温孵育1h,检测620nm和670nm发射光的数值。
3、数据分析
以TR-FRET比值(670nm发射光/620nm发射光)计算样品与BRDT蛋白的亲和力,TR-FRET比值越低,样品与BRDT蛋白的亲和力越强。
4、结果
化合物浓度为100μM时抑制率大于30%的定为阳性样品,经过筛选,得到一抑制率为74.08%的化合物T323,结构式如图6所示。
实施例7 T323与BRDT蛋白的量效关系
1、将初始浓度为200μM的T323化合物进行2倍梯度稀释;
2、将5μl样品与10μl BRDT溴结构域铕螯合物混合,室温下孵育15min进行预平衡;
3、加入5μl的BRDT溴结构域配体/APC受体混合引发反应;
4、将板子用铝箔密封在室温孵育1h,检测620nm和670nm发射光的数值;
5、结果
实验结果如图7所示,随着T323浓度的增大,T323对人BRDT蛋白结合的抑制作用增加,其IC50为16.85±0.59μM。
实施例8 T323与BRDT活性位点的分子对接
按照实施例4所述的方法,进行T323与BRDT蛋白活性位点的分子对接;结果T323与BRDT蛋白活性位点的虚拟对接分数为132.171。
实施例9 T323的ADMET性质预测
1、导入T323化合物文件
在文件菜单中新建BRDT_inhibitors.sd文件,使用DS 3.0的“构建与编辑”模块构画2个已知结构的BRDT抑制剂,构画完成后显示在BRDT_inhibitors Molecule Window中。
2、选择计算性质,运行计算流程
在protocols浏览器中,打开ADMET文件夹,双击ADMET Descriptors,打开参数浏览器。在“Input Ligands”右边的栅格中,选择“BRDT_inhibitors”,选择T323化合物。在“ADMET Descriptors”右边栅格中勾选所有性质,此操作将计算T323化合物的所有ADMET性质。
3、运行预测
点击Protocols toolbar中的运行按钮开始预测,等待运行完成后,双击任务浏览器中刚完成的作业,打开Report.htm,点击该档中Output部分的View Results连结,打开计算的结果。
4、分析预测结果
结果档中包含了预测的6种ADMET性质(25℃下水溶解度、血脑屏障通透性、细胞色素P4502D6抑制性、肝毒性、人类肠道吸收性和血浆蛋白结合率)的数值和该数值所对应的级别。
5、结果
实验结果如图8所示,纵坐标从0到3依次代表很好、适中、差和极差,从图中可以看出化合物T323血脑屏障通透性(BBB)适中,人类肠道吸收性(HIA)较好,在25℃水溶解度(SOL)较差,无细胞色素P4502D6抑制性。
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以对本发明进行若干改进和修饰,这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。

Claims (5)

1.一种BRDT蛋白小分子抑制剂在制备抗生育药物组合物中的应用,其特征在于,所述小分子抑制剂为T323。
2.一种抗生育药物组合物,其特征在于,所述抗生育药物组合物包括T323、其药学上可接受的盐、或者其水合物。
3.根据权利要求2所述的抗生育药物组合物,其特征在于,所述抗生育药物组合物包括药学上可接受的载体、赋形剂和/或稀释剂。
4.根据权利要求3所述的抗生育药物组合物,其特征在于,所述抗生育药物组合物还包括药学上可接受的包衣材料。
5.根据权利1-4任一项所述的抗生育药物组合物,其特征在于,所述抗生育药物组合物的受体为男性。
CN201610009692.5A 2016-01-07 2016-01-07 蛋白抑制剂t323在抗生育中的应用 Active CN105412107B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610009692.5A CN105412107B (zh) 2016-01-07 2016-01-07 蛋白抑制剂t323在抗生育中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201610009692.5A CN105412107B (zh) 2016-01-07 2016-01-07 蛋白抑制剂t323在抗生育中的应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN105412107A CN105412107A (zh) 2016-03-23
CN105412107B true CN105412107B (zh) 2017-05-03

Family

ID=55490961

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201610009692.5A Active CN105412107B (zh) 2016-01-07 2016-01-07 蛋白抑制剂t323在抗生育中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN105412107B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112786122B (zh) * 2021-01-21 2023-12-29 北京晶泰科技有限公司 一种分子筛选方法和计算设备

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105939607A (zh) * 2014-01-31 2016-09-14 达纳-法伯癌症研究所股份有限公司 二氢蝶啶酮衍生物及其用途

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
The cyclin-dependent kinase inhibitor dinaciclib interacts with the acetyl-lysine recognition site of bromodomains;Mathew P. Martin,等;《ACS Chem Biol》;20131115;第8卷(第11期);1-11 *
睾丸特异性含溴结构域的蛋白作为潜在男性抗生育药物靶标的研究进展;高娜娜,等;《生殖医学杂志》;20140831;第23卷(第8期);684-688 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN105412107A (zh) 2016-03-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN102369000A (zh) 包含一种或多种富马酸酯的药用组合物
MX2015006168A (es) Compuestos de pirrolopirimidina como inhibidores de quinasas.
CN105121434A (zh) 坎格列净一水合物及其晶型、它们的制备方法和用途
CN109125276A (zh) 一种醋酸阿比特龙片剂的药物组合物及其制备方法
CN106916177A (zh) 一种氘代的二肽硼酸或其酯类化合物及其合成方法与用途
CN104284897A (zh) 替卡格雷晶型及其制备方法和用途
CN105412107B (zh) 蛋白抑制剂t323在抗生育中的应用
CN103951654B (zh) 甲磺酸达比加群酯的晶体v及其制备方法
CN107375224B (zh) 一种格列齐特缓释片
CN104540822B (zh) 达拉菲尼甲磺酸盐的晶型及其制备方法
CN105343028A (zh) 一种诺氟沙星的药物组合物及其制备方法
CN105640962B (zh) 一种蛋白抑制剂在抗生育中的应用
CN108239055A (zh) 一种thr1442 l-天冬氨酸共晶、其制备方法及药物组合物
CN105597100B (zh) 一种brdt蛋白抑制剂在雄性抗生育中的应用
CN105566314A (zh) 一种盐酸替扎尼定化合物
CN106511291A (zh) 一种盐酸阿考替胺缓释片剂及其制备方法
CN102245564B (zh) 3-羧基丙基-氨基四氢化萘化合物的晶型
CN105412931B (zh) 一种小分子抑制剂在抗生育中的用途
CN110893179A (zh) 一种阿司匹林缓释胶囊及其制备方法
CN110272423A (zh) 二氮杂四高立方烷类化合物、制备方法及其应用
CN102429912A (zh) 一种微粉化普拉睾酮或硫酸普拉睾酮钠制备的药物组合物及其用途
CN103804366B (zh) 一种拉呋替丁晶型化合物
CN102846624B (zh) 一种复方替米沙坦氢氯噻嗪药物组合物及其制备方法
CN106905208B (zh) 普罗布考前药及其制备方法和药物组合物
CN104829667A (zh) 一种淫羊藿苷h1晶型、其制法和其药物组合物与应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant