CN104774964B - 一种分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法，通过提取黑羽番鸭基因组DNA；参照野鸭的A‑FABP基因序列设计引物，以黑羽番鸭基因组DNA为模板进行PCR扩增；PCR扩增产物采用SSCP检测或直接测序，判定被检测个体属于以下哪种基因型：MM型、MN型、NN型。如果某个体的基因型为MM型，则表示该个体脂肪沉积能力高，能作为种用，用于生产MM型后代；MN型也可作为种用，用于生产MM型；NN型不能产生MM型，直接淘汰。本发明在黑羽番鸭4周龄即可进行个体基因型判断，淘汰非目标基因型个体，达到早期选育，降低非目标个体的饲养量时间，节省育种费用。该检测方法简单、基因型容易判断，具有推广价值。

Description

一种分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法

技术领域

本发明涉及一种育种方法，具体是一种分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法。

背景技术

黑羽番鸭是是由江苏农牧科技职业学院与江苏现代畜牧科技园合作培育，以法国白羽番鸭为父本、本土番鸭为母本进行杂交，通过杂交后代的继代选育，以培育遗传性能稳定、生长速度较快、肉质较好的黑羽型优质番鸭为育种目标。黑羽番鸭作为一种瘦肉型肉鸭品种，商品代上市时间大致在13周龄左右，其脂肪沉积量较低，会影响肌肉中肌苷酸的含量降低肌肉的品质，故提高黑羽番鸭脂肪沉积量可以相应提高肌肉中肌苷酸的含量，提高烹饪效果。

发明内容

本发明的目的在于提供一种检测方法简单、节省育种费用的分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法,以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

一种分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法，具体步骤包括：

1）提取黑羽番鸭基因组DNA；

2）参照野鸭的A-FABP基因序列设计引物，引物序列为：

上游序列F：5′- TCTTCAGTCCATAGCACCCC -3′ ，如SEQ ID NO:1所示；

下游序列R: 5′- AAAAGGAACTCACCACCACC -3′，如SEQ ID NO:2所示；

3）以黑羽番鸭基因组DNA为模板进行PCR扩增；PCR扩增产物长度为171bp；

4）PCR扩增产物采用SSCP检测或直接测序，判定被检测个体属于以下哪种基因型：MM型、MN型、NN型，其中MM型的基因序列如SEQ ID NO:3所示；MN型的基因序列如SEQ ID NO:4所示；NN型的基因序列如SEQ ID NO:5所示；

如果某个体的基因型为MM型，则表示该个体脂肪沉积能力高，能作为种用，用于生产MM型后代；MN型也可作为种用，用于生产MM型；NN型不能产生MM型，直接淘汰。通过配种产生MM型的方式主要有3种情况：①双亲均为MM型，则后代100%为MM型；②双亲一方为MM型，另外一方为MN型，则后代50%为MM型，50%为MN型；③双亲均为MN型，则后代25%为MM型，50%为MN型，25%为NN型。

作为本发明进一步的方案：所述PCR扩增条件：

①反应液组成：

10×PCR Buffer，含Mg²⁺，2.5μL，

dNTP，2.5mM，2μL，

正向引物，10pM，1μL，

反向引物，10pM，1μL，

Taq聚合酶，5U/μL，0.2μL，

dH₂O，17.3μL，

DNA模板，1μL，

②扩增条件：

a. 95℃预变性5min；

b.95℃变性30s；

c.67℃退火30s；

d.72℃延伸30s；

e.72℃延伸10min；

f.4℃保存5min；其中步骤b-d需要经过35个循环周期。

与现有技术相比，本发明的有益效果是：本发明在黑羽番鸭育种过程中，在4周龄左右即可进行个体基因型判断，然后淘汰非目标基因型个体，可以达到早期选育，降低非目标个体的饲养量时间，节省育种费用。该检测方法简单、基因型容易判断，因此具有推广价值。

附图说明

图1是本发明过程中PCR扩增产物SSCP检测结果图。

具体实施方式

下面将结合本发明实施例，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

实施例1

本发明实施例中，一种分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法，具体步骤包括：

1）黑羽番鸭基因组DNA的提取。

2）参照野鸭的A-FABP基因序列（序列号：HQ640428）设计引物，引物序列为：

上游序列F：5′- TCTTCAGTCCATAGCACCCC -3′ （如SEQ ID NO:1所示）；

下游序列R: 5′- AAAAGGAACTCACCACCACC -3′（如SEQ ID NO:2所示）；

3）黑羽番鸭基因组DNA为模板进行PCR扩增。PCR扩增条件如表1所示。PCR扩增产物长度为171bp。

表1

4）PCR扩增产物可以运用单链构象多态性检测（SSCP）原理通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测基因型，也可以直接送生物公司测序，判定被检测个体属于以下哪种基因型。包括三种基因型：MM型、MN型、NN型。

（1）PCR扩增产物的SSCP检测结果，如图1所示。

（2）PCR扩增产物直接测序结果：

MM型：TCTTCAGTCCATAGCACCCCGATAAAAAGGCCACACTTAACTTTTTTCTTCAACAGAACGTCATAACCTTAGAAAATGGCTCACTGAAGCAGGTGCAGAAGTGGGATGGCAAAGAGACTATCATAAAGAGGAAAGTGGTGGATGGGAACCTGGTGGTGGTGAGTTCCTTTT（如SEQ ID NO:3所示）

MN型：TCTTCAGTCCATAGCACCCCGATAAAAAGGCCACACTTAA/CCTTTTTTCTTCAACAGAACGTCATAACCTTAGAAAATGGCTCACTGAAGCAGGTGCAGAAGTGGGATGGCAAAGAGACTATCATAAAGAGGAAAGTGGTGGATGGGAACCTGGTGGTGGTGAGTTCCTTTT（如SEQ ID NO:4所示，且序列表中“/”为本领域技术人员所熟知的代表该MN型为杂合子）

NN型：TCTTCAGTCCATAGCACCCCGATAAAAAGGCCACACTTACCTTTTTTCTTCAACAGAACGTCATAACCTTAGAAAATGGCTCACTGAAGCAGGTGCAGAAGTGGGATGGCAAAGAGACTATCATAAAGAGGAAAGTGGTGGATGGGAACCTGGTGGTGGTGAGTTCCTTTT（如SEQ ID NO:5所示）

5）发现了A-FABP基因单核苷酸多态性与黑羽番鸭脂肪性能的关系

通过A-FABP基因单核苷酸多态性与屠宰性能指标的关系进行了最小二乘方差分析，结果如表2所示，发现黑羽番鸭13周龄脂肪沉积在不同基因型见差异显著，腹脂重、腹脂率在公鸭、母鸭中均表现为MM型>MN型>NN型，其中MM型显著性高于MN型和NN型，MN型和NN型之间无显著性差异。

表2

注：同列字母不同表示差异显著，字母相同表示差异不显著

6）育种中如何使用

通过以上方法确定检测个体基因型，如果某个体的基因型为MM型，则表示该个体脂肪沉积能力高，能作为种用，用于生产MM型后代；MN型也可作为种用，用于生产MM型；NN型不能产生MM型，直接淘汰。在黑羽番鸭育种过程中，在4周龄左右即可进行个体基因型判断，然后淘汰非目标基因型个体，可以达到早期选育，降低非目标个体的饲养量时间，节省育种费用。该检测方法简单、基因型容易判断，因此具有推广价值。

对于本领域技术人员而言，显然本发明不限于上述示范性实施例的细节，而且在不背离本发明的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本发明。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性的，本发明的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要求的等同要件的含义和范围内的所有变化囊括在本发明内。

此外，应当理解，虽然本说明书按照实施方式加以描述，但并非每个实施方式仅包含一个独立的技术方案，说明书的这种叙述方式仅仅是为清楚起见，本领域技术人员应当将说明书作为一个整体，各实施例中的技术方案也可以经适当组合，形成本领域技术人员可以理解的其他实施方式。

Claims (2)

1.一种分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法，其特征在于，具体步骤包括：

1）提取黑羽番鸭基因组DNA；

2）参照野鸭的A-FABP基因序列设计引物，引物序列为：

上游序列F：5′- TCTTCAGTCCATAGCACCCC -3′ ，如SEQ ID NO:1所示；

下游序列R: 5′- AAAAGGAACTCACCACCACC -3′，如SEQ ID NO:2所示；

3）以黑羽番鸭基因组DNA为模板进行PCR扩增；PCR扩增产物长度为171bp；

4）PCR扩增产物采用SSCP检测或直接测序，判定被检测个体属于以下哪种基因型：MM型、MN型、NN型，其中MM型的基因序列如SEQ ID NO:3所示；MN型的基因序列如SEQ ID NO:4所示；NN型的基因序列如SEQ ID NO:5所示；

如果某个体的基因型为MM型，则表示该个体脂肪沉积能力高，能作为种用，用于生产MM型后代；MN型也能作为种用，用于生产MM型；NN型不能产生MM型，直接淘汰。

2.根据权利要求1所述的分子标记辅助选择提高黑羽番鸭脂肪沉积的育种方法，其特征在于，所述PCR扩增条件：

①反应液组成：

10×PCR Buffer，含Mg²⁺，2.5μL，

dNTP，2.5mM，2μL，

正向引物，10pM，1μL，

反向引物，10pM，1μL，

Taq聚合酶，5U/μL，0.2μL，

dH₂O，17.3μL，

DNA模板，1μL，

②扩增条件：

a. 95℃预变性5min；

b.95℃变性30s；

c.67℃退火30s；

d.72℃延伸30s；

e.72℃延伸10min；

f.4℃保存5min；其中步骤b-d需要经过35个循环周期。