CN104508451A - 保存用于定性和定量分析的生物样本的基质和系统 - Google Patents

Abstract

本发明提供包含吸收性疏水性聚烯烃基质的装置、系统和使用方法，以及其储存、保存和回收包含呈干燥状态的所关注分析物的生物样本的液体悬浮液的使用方法。包含吸收在所述聚烯烃基质上的所关注分析物的所述干燥生物样本是用诸如分子等级的水复原并且通过压缩所述聚烯烃基质释放的。所述复原的生物分析物能够用于随后的分析，如用于病毒核酸的定性和定量分析，如病毒载量测试、基因分型和测序。还提供使用本发明的所述压缩装置储存、保存和回收包含所关注分析物的生物样本的带有说明书的试剂盒以及其使用方法。

Description

保存用于定性和定量分析的生物样本的基质和系统

相关申请的交叉引用

本申请要求2012年8月6日提交的美国临时申请号61/680,193的优先权，所述临时申请的全部内容以引用方式并入本文。

发明领域

本发明一般来讲涉及生物样本保存基质和系统、装置以及其使用方法。更具体地讲，本发明涉及用于采集、储存和回收诸如病毒DNA和RNA样本等的核酸的基质和系统，所述核酸用于随后的定量和定性实验室分析，如病毒载量、基因分型和抗病毒药物抗性测试。

发明背景

为了分析其中包含的各种分析物的水平和浓度，常常采集、转移和储存生物样本。按照惯例，在冷冻下将生物样本的液体悬浮液储存在密封的不透气管中。液体样品采集、处理、运输和储存具有许多与其有关的问题，例如：在遥远的采集中心中的冷冻(通常是通过干冰)的成本；可导致样品损失和感染危险的容器破裂或渗漏的风险；运输和储存期间的样品不稳定性；运输人员拒绝接收液体生物危害货物；以及采集足够的样品体积以确保数量与随后定性和定量分析的实验室方法相符。解决上述问题的成本是相当大的。

在滤纸上进行干血点(DBS)和干血浆点(DPS)采样是液体采样操作的替代方法，并且已经在世界范围内获得一定的成功。自从20世纪80年代以来，诸如Schleicher and Schuell Corp.、Bio-Rad、BoehringerMannheim Corp.和Whatman，Inc.等制造商已经开始为DBS和DPS采样生产滤纸。在使用这些市售生物采样滤纸系统中，将血液或血浆点放在滤纸的一个或多个指定区域，使其干燥，并且随后连同测试请求表单一起邮寄到实验室。常用的滤纸是一般技术人员已知的，如Whatman 3 MM、GF/CM30、GF/QA30、S&S 903、GB002、GB003或GB004。一些类型的用于血液样本采集的印迹材料是可用的，例如，S&S 903纤维素(源自木头或棉花)滤纸和Whatman玻璃纤维滤纸。然而，这些市售滤纸也有某些缺点。具体地讲，这些市售和常用的材料中的某些缺乏提供精度值和准确度的特性，这些特性对于实现某些定性和定量生物分析是优选的。

为了在基因分析中使用，可以从现有技术DBS提取和分离足够量的基因材料。例如，DBS已经通过聚合酶链反应(PCR)用于出生前人类免疫缺陷病毒(HIV)感染的检测(Cassol等，J.Clin Microbiol.30(12):3039-42，1992)。DPS和DBS也在以下使用中取得一定的成功：HIV RNA检测和定量(Cassol等，J.Clin.Microbiol.35:2795-2801，1997；Fiscus等，J.Clin.Microbiol.36:258-60，1998；O’Shea等，AIDS 13:630-1，1999；Biggar等，J.Infec.Dis.1801838-43，1999；Brambilla等，J.Clin.Microbiol.41(5):1888-93，2003)；HIV DNA检测和定量(Panteleefe等，J.Clin.Microbiol.37:350-3，1999；Nyambi等，J.Clin.Microbiol.32:2858-60，1994)；和HIV抗体检测(Evengard等，AIDS 3:591-5，1989；Gwinn等，JAMA 265:1704-08，1991)。也有报道称HCV RNA检测和基因分型使用DBS(Solmone等，J.Clin.Microbio.40(9):3512-14，2002)。虽然这些研究与传统的液体血浆样品相比使用DPS或DBS获得的滴度提供良好的相关性，但是在室温贮藏之后可能发生病毒滴度的损失(Cassol等，J.Clin.Microbiol.35:2795-2801，1997；Fiscus等，J.Clin.Microbiol.36:258-60，1998)。DBS和DPS样品显然比液体样品价格低廉并且运输危险较少。

然而，从滤纸上的DBS和DPS进行分析物微提取的操作有若干缺点。例如，从滤纸微提取足够的DNA或RNA涉及在某些剧烈的操作(例如，涡旋和离心)下的液体介质中的复原，这些操作会损坏所关注的基因分析物。此外，滤纸的纤维和其它组分会掉到复原溶液中，这需要进一步离心分离和/或可能妨碍分离基因材料的能力，如通过阻滞基因材料粘附到分离柱上。这些早先的微提取操作需要高标准的技术援助，并且尽管那样仍不能一致地提供具有希望的灵敏度、重现性、定量和专一性水平的结果。

此外，用于滤纸上的DBS和DPS的样品体积是有限的，通常是50-200ul点，并且可能在分析物检测和精确定量和重现性中遇到相当大的困难，特别是当在样品中的希望的分析物材料的浓度较低时。同样在现有技术中，缺少对降解分析物的酶和化合物的蓄意(deliberate)抑制，如包含在其中的基因材料。即使在抑菌剂存在下也有允许所述基因材料的酶催化、无酶催化和自溶分解的条件。此外，如果需要高分子量DNA或RNA的吸收，从滤纸上的DBS或DPS进行基因材料的微提取明显更加困难。虽然新的材料和运输方法的引进持续改善处理样品的方式，但是可用于随后分析的样品的数量和质量仍然是研究者和临床医师等的关注重点。

美国专利号7,638,099提供用于生物样本采集、储存和运输的有利的替代系统。所述参考文献提出使用醋酸纤维素纤维和亲水性聚合物纤维对于吸收性基质材料是有利的。然而，对于某些情况希望其它改善，诸如为了获得样品中的病毒载量的更加精确和可重现的定量。

因此，需要一种采集、储存和运输呈干燥状态的包含所关注分析物的生物样本的液体悬浮液的改进装置，特别是在大型现场研究中以及在采集、离心、储存和运输可能是困难的环境中应用，在发展中国家中通常就是这样。此外，需要改善用于随后分析的病毒样本的回收，这会提供包含在其中的所关注分析物的检测的精度值和准确度、重现性和定量。

发明内容

本发明部分满足提供用于保存、储存和运输包含所关注分析物的生物样本的安全、方便和简单的设备和方法的需求。本发明还部分满足回收包含所关注分析物的生物样本用于随后提供更合乎需要的检测灵敏度和专一性的分析的需求。更具体地讲，本发明提供包含疏水性聚烯烃聚合物的改善的基质储存材料，它用作准确和可重现的定量患者中的病毒载量的装置、系统和方法。本发明提供保存、储存和运输呈干燥状态的生物样本的液体悬浮液以及进一步复原包含在所述生物样本中的用于研究和位点验证的临床测试(site validated clinicaltesting)的所关注分析物复原的新装置和方法。

在某些实施方案中，所述吸收性聚烯烃基质包含疏水性聚合物，包括聚乙烯。在某些实施方案中，所述吸收性聚烯烃纤维基质包含疏水性聚乙烯表面涂层。在某些实施方案中，所述基质包含多个聚烯烃纤维链，其中在所述吸收性聚烯烃纤维基质内的每个单独的纤维链由核和外鞘组成。在某些实施方案中，每个纤维的核包含聚丙烯，每个纤维的外涂层鞘包含聚乙烯。在某些实施方案中，所述聚烯烃纤维基质内的每个单独的纤维链由每个包含约50％聚丙烯的链的核和环绕每个包含约50％聚乙烯的链的核的疏水性外鞘组成。

基于提供的数据，对于用于定量和定性的核酸的吸收、保存、稳定化和随后的回收来说，本发明提供与先前的干燥采集装置相比更佳的疏水性聚烯烃纤维基质。不希望受理论限制，一般认为这些意外的结果是由于包埋的疏水性空隙或聚烯烃基质内的孔穴的性质。这些孔穴为分析物提供驻留的储器同时从所述分析物(例如，核酸)排除水，提供储存期间的稳定环境。所述改善的疏水性聚烯烃基质进一步使极性溶剂更一致和有效地蒸发。因此，所述改善的聚烯烃基质在基质内比例如纤维素基质更好地保留分析物和悬浮颗粒。与现有技术中基质中的亲水性聚合物表面是更合乎需要的这一学说相反，已经发现基质中的疏水性聚烯烃表面的益处是出人意料的。因此，例如，可以高效率地从复原的基质洗脱出基本上完整的病毒核酸，允许所述生物样本中的病毒载量的有出人意料的定量和定性精确度。

本发明的聚烯烃纤维基质可吸收在它上面吸收和干燥的大于0.05ml生物样本液体悬浮液。在某些实施方案中，所述聚烯烃纤维基质吸收至少0.1ml或0.5ml液体悬浮液。在又一些其它实施方案中，所述聚烯烃纤维基质吸收至少1ml、1.5ml、2.0ml、2.5ml、3.0ml或更多生物样本液体悬浮液。

本发明提供所述吸收性聚烯烃纤维基质，它虽然藏有大量疏水性孔穴，但是能够通过对基质施加力使基质体积压缩至少10％，从而释放储存在其中的一部分重新悬浮的生物样本。在其它实施方案中，所述基质能够被压缩基质体积的至少20％、50％、75％、80％、85％、90％或95％或更多，从而释放一部分储存在所述基质中的生物样本液体悬浮液。换句话说，所述基质是至少10％多孔的或界定至少10％的可用空间，包括在所述聚烯烃纤维基质内的大量疏水性孔穴，用于储存其中的生物样本。

在某些实施方案中，所述聚烯烃纤维基质是各种不同形状的三维结构，包括但不限于，圆柱体、圆盘形、立方体、球形、角锥体、圆锥体、凹形、锯齿形、内陷形或其它形状以及适于吸收和安装在容器内的表面结构。在某些实施方案中，所述基质是长度为约18mm至24mm或21mm并且直径为5mm至15mm或9mm，密度为约0.01g/cc至0.1g/cc或约0.077g/cc的圆柱体形状。在某些实施方案中，大部分聚烯烃纤维尺寸在约1-100微米、10-50微米或20-25微米范围内并且包含大量疏水性孔穴。

本发明提供允许风干体液样品的生物测试而不需要冷藏或冷冻运输和储存的装置和方法。本发明的装置和方法提供显著降低世界范围内的运输感染性材料成本的能力，特别是那些与大型临床试验有关的材料。此外，用于保存生物样本的本发明的装置和方法适用于并且包括广泛的秘密(esoteric)和标准临床测试，包括定性和定量核酸分析。

在某些实施方案中，本发明提供用于保存和回收包含所关注分析物的生物样本的装置及其使用方法。更具体地讲，所述装置包括界定具有侧壁、底部和可打开和密封的盖子或帽子的内部空间的第一封闭容器。在某些实施方案中，所述第一封闭容器是其中固定吸收性三维聚烯烃纤维基质的可密封帽子的管子。在某些实施方案中，所述管子或帽子的内部具有上面可移除地固定吸收性三维基质的内表面延伸。

在某些实施方案中，本发明进一步包括具有注射器圆筒形状或任何其它合适的形状的第二封闭压缩容器，它里面用于接收用于复原、压缩和释放所关注分析物(例如，完整的病毒RNA或DNA)的基质。在某些实施方案中，储存、运输、复原以及从所述基质释放所关注分析物只需要一个容器。

在某些实施方案中，所述装置可以任选包括在与所述基质气态连通的封闭容器内的干燥剂，从而维持基质的干燥状态以及在所述基质上的包含的所关注的生物样本和分析物的完整性。示例性的合适的干燥剂包括但不限于蒙脱土、氯化锂、活化氧化铝、碱性硅酸铝、DQ11Briquettes、硅胶、分子筛、硫酸钙或氧化钙。在某些实施方案中，所述干燥剂通过比色方法显示其含水量。在其它实施方案中，因为不同于溶剂没有被有效释放的亲水性醋酸纤维素基质，本发明疏水性聚烯烃纤维基质使溶剂更一致和有效地蒸发，干燥剂是没有必要的。

根据本发明，所关注分析物包括但不限于核酸、蛋白、碳水化合物、脂质、全细胞、细胞碎片、全病毒或病毒碎片。在某些实施方案中，所关注分析物是包括DNA和RNA分子一种或两种的核酸。本发明尤其提供用于RNA(例如，全病毒)检测和定量、用于确定生物样本或受试者中的病毒载量和基因分型的改善的系统和方法。

在某些实施方案中，所关注的核酸是HCV或其它单链RNA病毒。在某些实施方案中，所关注的核酸是HIV或其它逆转录病毒。在某些实施方案中，所关注的核酸是HBV或其它双链DNA病毒。在某些实施方案中，所关注的核酸是流感病毒或其它双链RNA病毒。在某些实施方案中，所关注的核酸是微小病毒B19或其它单链DNA病毒。在某些实施方案中，所关注的核酸包含在HCV基因组或其它单链RNA病毒基因组内。在某些实施方案中，所关注的核酸包含在HIV基因组或其它逆转录病毒基因组内。在某些实施方案中，所关注的核酸是HBV基因组或其它双链DNA病毒基因组。在某些实施方案中，所关注的核酸是流感病毒基因组或其它双链RNA病毒基因组。在某些实施方案中，所关注的核酸是微小病毒B19或其它单链DNA病毒基因组。

根据本发明，生物样本包括但不限于全血、血浆、尿液、唾液、痰、精液、阴道灌洗液、骨髓、脑脊髓液、其它生理或病理体液或其任何组合。在某些实施方案中，所述生物样本是人体液，如包含所关注分析物的全血，如核酸，包括DNA和RNA分子的一种或两种。在某些实施方案中，所关注分析物是核酸并且所述生物样本包含至少5ng至1μg DNA或RNA分子的一种或两种。在又一些其它实施方案中，所述生物样本包含在液体悬浮液中。根据本发明，所述液体悬浮液包括但不限于细胞悬浮液、液体提取物、组织匀浆、来自DNA或RNA合成的介质、盐水或其任何组合。

本发明进一步提供用于保存和从本发明提供的装置中的基质中回收包含所关注分析物(如RNA)的生物样本的系统和方法。在某些实施方案中，所述方法包括以下步骤：提供包括由疏水性聚烯烃纤维组成的吸收性基质的装置，其中在某些实施方案中每个纤维链由核和外鞘表面组成，其中每个链的所述核包含聚丙烯，并且每个链的所述外鞘表面包含聚乙烯。在所述方法中，可以向所述基质提供它上面包含的从至少0.05ml体积的包含液体和含有所关注分析物的生物样本的蒸发液体悬浮液获得的干燥生物样本。所述方法进一步包括用可控体积的复原介质将所述基质上的生物样本复原；以及从所述基质除去所述生物样本，如通过压缩所述基质。

在某些实施方案中，所述复原溶液是水介质。在其它实施方案中，所述复原缓冲液包含任选含有叠氮化钠或其它抗微生物剂的1X磷酸盐缓冲盐水(PBS)或无核酸酶水。在又一些其它实施方案中，所述复原缓冲液是“溶胞”缓冲液。所述复原缓冲液还可以包括任何数目或组合的可用的生物防腐剂或血液抗凝血剂，包括但不限于，乙二胺四乙酸(EDTA)、柠檬酸钠和肝素。

在一个实施方案中，所述方法可以包括在压缩第二容器(例如，注射器圆筒)中的基质之前从所述容器除去所述基质。在又一个实施方案中，基质的压缩是通过对相同容器内的疏水性聚烯烃基质施加力获得的，从而释放所关注分析物。根据本发明，压缩装置中的疏水性聚烯烃基质能够压缩所述基质体积的至少10％、20％、25％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或更多，从而释放一部分悬浮在所述基质中的生物样本。

本发明进一步提供用于保存包含所关注分析物的生物样本的液体悬浮液以及用于随后的回收和分析的试剂盒。在某些实施方案中，所述试剂盒包括本发明提供的压缩装置和用于保存包含所关注分析物的生物样本的说明书。所述试剂盒可以进一步包括抑制分析物降解的稳定化溶液。所述试剂盒可以进一步包括复原介质、压缩装置和其它用于回收包含在生物样本中的所关注分析物的说明书。在某些实施方案中，所述压缩装置包括具有注射器圆筒形状的管子，所述管子包含附接着永久地粘附基质的杯子的柱塞，以通过对柱塞施加力实现基质的压缩，并且其中所述基质的至少10％至90％，或更高的体积被压缩，从而释放一部分结合的生物样本。

本发明进一步提供使用包含所关注分析物的回收生物样本进行随后的分析。在某些实施方案中，所关注分析物是RNA分子使用本领域已知的分析和诊断方法检测或分析的RNA分子。在某些实施方案中，所关注分析物是完整的病毒(如HCV或HIV)，并且从装置回收的生物样本用于以重现性、准确度和精密度评价和分析测量结果。

附图简述

图1A是根据本发明的一个实施方案的组装的装置的透视图。图1B是准备添加样品的根据本发明的一个实施方案的拆卸装置的透视图。

图2说明向根据本发明的一个实施方案的装置的聚烯烃基质添加样品。

图3说明向根据本发明的一个实施方案的装置的聚烯烃基质添加样品。

图4是制备将根据本发明的一个实施方案的装置的聚烯烃基质转移到空注射器圆筒的透视图。

图5是将聚烯烃基质完全输送到注射器圆筒的透视图。

图6说明通过轻轻放在基质的上面的移液器枪头并且缓慢分配复原缓冲液将聚烯烃基质再水合。

图7A说明将柱塞插入注射器圆筒。图7B说明对注射器柱塞施加压力。图7C说明聚烯烃基质塞的压缩。图7D说明样品回收的完成。

图8提供使用Abbott REALTIME HBV分析法进行基质比较研究的线性回归分析。

图9提供使用新鲜血浆和通过本发明的ViveST装置处理的血浆样品进行的样品相关性和HCV病毒载量分析。

图10提供使用新鲜血浆和通过本发明的ViveST装置处理以及用mLysis回收的血浆样品进行的样品相关性和HIV-1病毒载量分析。

图11提供使用新鲜血浆和通过本发明的ViveST装置处理以及用水回收的血浆样品进行的样品相关性和HIV-1病毒载量分析。

图12提供使用Abbott REALTIME HCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV分析测量范围测定。

图13提供使用Roche COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV分析法对冷冻血浆和通过本发明的ViveST装置处理的血浆样品进行的比较。

图14提供使用Roche COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV分析法对冷冻血浆和通过本发明的VivesST装置处理的血浆样品进行的比较。

图15提供使用Abbott REALTIME HIV-1分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HIV-1分析测量范围测定。

图16提供在环境条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV 7天稳定性研究的线性回归分析。

图17提供在环境条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法进行的7天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过浓度水平观察。

图18提供在不通过本发明的ViveST装置处理的标称冷冻血浆中的初始测试点(第1天)上分析的HCV滴度与在ViveST装置上储存7天并且通过ViveST装置处理后的血浆样品的HCV滴度的比较。

图19提供在环境储存条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV 21天稳定性研究的线性回归分析。

图20提供在环境储存条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法进行的21天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过浓度水平观察。

图21提供在4℃储存条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV 21天稳定性研究的线性回归分析。

图22提供在4℃储存条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法进行的21天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过浓度水平观察。

图23提供在40℃/75％RH储存条件下使用Abbott REALTIMEHCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV 21天稳定性研究的线性回归分析。

图24提供在40℃/75％RH储存条件下使用Abbott REALTIMEHCV分析法进行的21天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过浓度水平观察。

图25提供21天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过储存21天之后的储存条件观察。

图26提供在环境条件下使用Abbott REALTIME HIV-1分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HIV-1稳定性研究的线性回归分析。

图27提供在环境条件下使用Abbott REALTIME HIV-1分析法进行的HIV-1稳定性研究中的目标和实际HIV-1滴度的比较，通过浓度水平观察。

图28提供在环境储存条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV 62天稳定性研究的线性回归分析。

图29提供在环境储存条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法进行的62天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过浓度水平观察。

图30提供在4℃储存条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV 62天稳定性研究的线性回归分析。

图31提供在4℃储存条件下使用Abbott REALTIME HCV分析法进行的62天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过浓度水平观察。

图32提供在40℃/75％RH储存条件下使用Abbott REALTIMEHCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV 62天稳定性研究的线性回归分析。

图33提供在40℃/75％RH储存条件下使用Abbott REALTIMEHCV分析法进行的62天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过浓度水平观察。

图34提供62天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较，通过储存62天之后的储存条件观察。

图35提供在环境储存条件下使用Abbott REALTIME HIV-1分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HIV-1 62天稳定性研究的线性回归分析。

图36提供在环境储存条件下使用Abbott REALTIME HIV-1分析法进行的62天稳定性研究中的目标和实际HIV-1滴度的比较，通过浓度水平观察。

图37提供在4℃储存条件下使用Abbott REALTIME HIV-1分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HIV-1 62天稳定性研究的线性回归分析。

图38提供在4℃储存条件下使用Abbott REALTIME HIV-1分析法进行的62天稳定性研究中的目标和实际HIV-1滴度的比较，通过浓度水平观察。

图39提供在40℃/75％RH储存条件下使用Abbott REALTIMEHIV-1分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HIV-162天稳定性研究的线性回归分析。

图40提供在40℃/75％RH储存条件下使用Abbott REALTIMEHIV-1分析法进行的62天稳定性研究中的目标和实际HIV-1滴度的比较，通过浓度水平观察。

图41提供62天稳定性研究中的目标和实际HIV-1滴度的比较，通过储存62天之后的储存条件观察。

图42提供目标和获得的冷冻血浆样品的线性回归分析。

图43提供HIV-1检测限(LOD)评价的概率单位分析。

图44提供使用Roche COBAS TaqMan HCV测试(v2.0)对通过本发明的ViveST装置处理的样品和冷冻血浆进行的回归分析。

图45提供在环境储存条件下使用Roche COBAS TaqMan HCV测试(v 2.0)对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HCV 7天稳定性研究的线性回归分析。

图46提供在环境储存条件下使用Roche COBAS TaqMan HCV测试(v 2.0)进行的7天稳定性研究中的目标和实际HCV滴度的比较。

图47提供目标和获得的冷冻血浆样品的线性回归分析。

图48提供HCV LOD/LOQ研究的概率单位分析。

图49说明加载到3个基质上的1.0mL。在加载时拍的照片证明所有基质完全吸收所有材料。

图50说明加载1.0mL、1.5mL和2.0mL。照片是在加载时拍的。加载1.5mL时，观察到样本没有被完全吸收并且液体集中在翻转的盖子内圈。加载2.0mL时，观察到样本没有被完全吸收并且液体溢出翻转的帽子的内圈并且集中在翻转的盖子的外圈。

图51说明加载1.0mL、1.5mL和2.0mL。照片是在加载后30分钟拍的。加载1.5mL时，观察到所有样本都被基质完全吸收。加载2.0mL时，观察到样本仍没有被完全吸收并且液体仍然集中在翻转的盖子的外圈。

图52说明加载1.0mL、1.5mL和2.0mL。照片是在干燥整夜之后拍的。所有基质是干燥的。加载1.5mL时，观察到所有样本都被基质完全吸收并且干燥。加载2.0mL时，观察到基质不吸收所有样本并且在翻转的盖子外圈可看见干燥的样本。

图53提供使用Abbott REALTIME HIV-1分析法进行HIV-1浓度研究的结果的方框图。

图54提供使用Abbott REALTIME HCV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品(n＝180)作的散点图。

图55提供使用Abbott REALTIME HBV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品和冷冻血浆样品进行的回归分析。

图56提供在环境储存条件下使用Abbott REALTIME HBV分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行的HBV 60天稳定性研究的线性回归分析。

图57提供在环境储存条件下使用Abbott REALTIME HBV分析法进行的60天稳定性研究中的目标和实际滴度的比较。

图58提供目标和获得的冷冻血浆样品的线性回归分析。

图59提供HBV LOD/LOQ研究的概率单位分析。

发明详述

通过参考以下本发明优选实施方案的详细描述和其中包括的实施例可以更容易地理解本发明。然而，在公开和描述本发明的装置、材料和方法之前，应理解本发明不限于所述装置、材料和方法的具体实施方案，因此，当然可以改变，并且对本领域技术人员来说其中大量的改进和变化是显而易见的。还应理解，本文中使用的术语只是为了描述具体实施方案而不希望是限制性的。

本发明提供用于采集、储存和运输包含所关注分析物的生物样本的液体悬浮液的装置和方法。更具体地讲，本发明提供用于采集、储存和运输包含呈干燥状态的生物样本的液体悬浮液的装置和方法，所述液体悬浮液的使用是方便和简单的。本文中使用的术语“一个”或“一种”表示一个(种)或一个(种)以上，这取决于它们使用的上下文。例如，样品中的“一种分析物”是指特定类型的所关注分析物(例如，完整的HCV或HIV RNA)，其中在所述样品内可能有大量拷贝。当称样品包含一种分析物时，应理解所述样品也可以包含许多其它类型的所关注分析物。

根据本发明，生物样本可以保存的时间段可以是从采集源转移到进行随后分析的地点需要的尽可能短的时间。因此，本发明提供这种保存可以在几分钟、几小时、几天、几个月或更多的时间中发生。可以在本发明提供的装置中储存生物样本的温度条件是没有限制的。通常，样品是在环境或房间温度运输和/或储存的，例如，约15℃至约40℃，优选约15℃至25℃。在另一个实施方案中，所述样品可以储存在冷的环境中。例如，对于短期储存来说，样品可以冷藏在约2℃至约10℃。在又一个实施例中，样品可以冷藏在约4℃至约8℃。在另一个实施例中，对于长期储存来说，样品可以冷冻在约-80℃至约-10℃。在又一个实施例中，所述样品可以在约-60℃至约-20℃冷冻。此外，所述装置可以优选但是不一定储存在干燥或烘干条件或惰性气氛中。

在某些实施方案中，本发明提供包括界定具有侧壁、底部和可打开和密封的盖子或帽子的内部空间的第一封闭容器的装置，在所述第一封闭容器内配备有吸收性三维疏水性聚烯烃纤维基质。本发明可以进一步包括具有注射器圆筒形状或任何其它合适的形状的第二容器以及包含在其中的柱塞，其中所述基质可以放在其中用于压缩和释放所关注分析物。在某些实施方案中，所述基质可以加载生物样本并干燥，并且放在用作保护性、干燥运输容器以及配置成压缩复原的基质以释放所关注分析物的单个容器中。

第一或第二容器的形状没有限制，但是例如可以是圆柱形、矩形或管状。用于构建所述容器的材料没有限制，但是例如可以是塑料、金属箔、薄片，包括金属箔的层压物、金属化膜、玻璃、二氧化硅涂层膜、氧化铝涂层膜、液晶聚合物层和纳米组合物、金属或金属合金、丙烯酸和无定形碳。在某些实施方案中，本发明提供具有螺纹螺帽的第一封闭容器。在其它实施方案中，所述盖子或帽子可以以翻转方式保持连接于第一封闭容器。在又一些其它实施方案中，所述盖子或帽子也可以是软木塞状或任何其它可打开的构造。所述盖子或帽子也可以在第一封闭容器关闭时提供气密密封。

所述装置还包括用于保留所述生物样本、干燥在其中的所关注分析物，复原和释放所述分析物的疏水性聚烯烃纤维基质。在某些实施方案中，所述疏水性基质由可以在制造期间质量可控的聚烯烃纤维制成。本文中使用的术语“聚烯烃纤维基质”是指由简单的烯烃(也称为具有通式C_nH_2n的烯烃)单体制备的至少一种类型的聚烯烃聚合物制成的纤维基质。术语“疏水性”聚烯烃表面用于描述通常排斥水或抵抗润湿的聚烯烃表面，例如，会在所述聚烯烃表面和水分子之间产生极少或基本上不存在氢键或其它化学键相互作用。疏水性聚烯烃表面通常缺少与极性溶剂(特别是水)或其它极性基因相互作用的分子实体或取代基。在一个方面中，聚烯烃表面的疏水性可以通过接触角θ_C定量，它是在聚烯烃表面和接触点的水表面切线之间的角度，即，水/空气(或水/蒸气)界面遇到聚烯烃表面的位置。例如，如果水接触角大于约85°，那么可以认为聚烯烃表面是“疏水性”的。在另一个方面中，如果水接触角大于约90°；或者，大于约95°；或者，大于约100°；或者，大于约105°；或者，大于约110°；或者，大于约115°；或或者，大于约120°，那么可以认为聚烯烃表面是“疏水性”的。

在某些实施方案中，疏水性聚烯烃纤维基质包含具有疏水性第一聚烯烃(如聚乙烯表面)的纤维。在某些实施方案中，所述表面可以是基本上分布在第二聚烯烃(如聚丙烯)的核上的涂层或鞘。每种聚合物的相对量可以在10％-90％聚乙烯和10％-90％聚丙烯范围内，在某些实施方案中，以重量计约50％聚乙烯和约50％聚丙烯。所述疏水性聚合物纤维是结合一起的并且成某种形状，如本领域已知的并且市售的(如从Filtrona Porous Technologies)，具有在2微米至100微米范围内的孔径。

在某些实施方案中，本发明的疏水性聚烯烃基质是吸收性材料，包含所关注分析物的生物样本的液体悬浮液会保留在所述吸收性材料上，并且所述吸收性材料不抑制用于储存或随后复原和分析其中施加的所关注分析物的溶剂(例如，水或其它液体)的蒸发。本发明的基质包含具有多孔性质的疏水性聚烯烃表面从而夹带所述基质中的液体悬浮液。本文中使用的术语“夹带”和其衍生词表示极性溶剂和分析物的液体悬浮液可以暂时截留在基质的空隙或小孔内，而对化学和/或物理相互作用没有大的依赖性，从而使类似水的极性溶剂能够蒸发并且将悬浮的分析物留在基质中。

适于这个目的的基质包括但不限于包含或由疏水性聚烯烃均聚物和共聚物组成的基质。特别适合的是单独的乙烯聚合物、与α-烯烃聚合物混合或共聚的聚合物。α-烯烃聚合物的实例包括但不限于丙烯、1-丁烯、2-丁烯、3-甲基-1-丁烯、异丁烯、1-戊烯、2-戊烯、3-甲基-1-戊烯、4-甲基-1-戊烯、1-己烯、2-已烯、3-已烯、3-乙基-1-己烯、1-庚烯、2-庚烯、3-庚烯、四种普通辛烯、四种普通壬烯或五种普通癸烯。在另一个方面中，所述α-烯烃聚合物可以选自1-丁烯、1-戊烯、1-己烯、1-辛烯、1-癸烯或苯乙烯。在某些实施方案中，亲水性烯烃聚合物形成核，疏水性聚合物(如用聚乙烯制备的)形成本发明的聚烯烃纤维基质的每个链的外鞘表面。

可以使用任何比例的聚合物来制备本文中使用的合适的聚烯烃聚合物基质。例如，可以使用约5至约95摩尔百分比的乙烯来制备每个链的外鞘表面，并且任何合适的单体都可以组成用于每个链的核的α-烯烃的其余的摩尔百分比。因此，可以使用约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90或95摩尔百分比的乙烯来制备合适的材料，可以用任何合适的单体组成所述α-烯烃的其余的摩尔百分比。此外，可以使用约5至约95摩尔百分比、约15至约85摩尔百分比、或约25至约75、约35至约65、或约45至约55摩尔百分比的乙烯，用任何合适的单体补足所述α-烯烃的其余的摩尔百分比。在某些实施方案中，聚乙烯用于本发明的聚烯烃纤维基质内的每个链的外鞘表面，聚丙烯用于本发明的聚烯烃纤维基质内的每个链的核。聚烯烃聚合物可以是低密度或高密度的、多分支或基本上不分枝的等，只要所述聚合物能够承受用于制备的方法以及公开的装置和方法的用途。在某些实施方案中，所得的本发明的聚烯烃纤维基质的密度是约0.077克/cc。

因此，本发明的聚烯烃纤维基质具有容易和快速吸收液体悬浮液以及一致、有效和精确释放包含所关注分析物的生物样本的能力。在某些实施方案中，所述聚烯烃纤维基质能够吸收至少0.05ml、0.1ml、0.2ml、0.3ml、0.4ml、0.5ml、0.6ml、0.7ml、0.8ml或0.9ml、1.0ml、1.5ml、2.0ml、2.5ml、3.0ml或更多包含所关注分析物的生物样本的液体悬浮液的样品。术语“吸收”和“吸附”可互换使用，并且表示以从基质容易除去而留下所关注分析物的方式将所述液体悬浮液并到聚烯烃纤维基质里面或上面。

聚烯烃基质的体积可能在吸收液体悬浮液后膨胀或不膨胀，并且在干燥时可能收缩或不收缩。然而，由于其多孔性，液体饱和的基质可以被压缩其饱和体积的至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、90％或更多，从而释放包含分析物的夹带液体。体积压缩是释放复原的生物样本的方便的技术，然而，可选地可以使用任何其它方式如离心或真空压力从基质释放生物样本。

因此，本文中使用的术语“压缩”、“可压缩的”、和词语“压缩”的其它衍生词表示与饱和基质的初始体积相比在对基质施加力或压力时饱和基质的体积减小。本文中使用的术语“一部分生物样本”表示至少一些包含在液体悬浮液中的生物样本被从基质释放。在某些实施方案中，基质被压缩到从基质释放复原生物样本的最大体积。

在某些实施方案中，聚烯烃纤维基质是三维形状的，如圆柱体、立方体、球形、角锥体或圆锥体。在某些实施方案中，所述基质是长度约21mm并且直径为9mm重量为约0.103克的圆柱体形状。然而，可以加宽、延长或缩短所述基质以获得任何需要的体积容量。聚烯烃纤维尺寸可以改变，但是通常是约1-100μ或20-25微米。

在某些实施方案中，用于复原和回收分析物，将基质固定或放置在里面接收柱塞的容器或注射器圆筒内，其中所述基质通过向靠着基质的柱塞施加力被压缩，从而通过例如孔口释放复原的生物悬浮液。在又一些其它实施方案中，可以将基质从封闭的容器和柱塞移除。本文中使用的术语“可移除”表示可以从容器和柱塞将基质拆下或分开。

本文中使用的术语“液体悬浮液”是指包含生物样本的任何液体介质和混合物。这包括，例如，水、盐水；人、动物和植物的细胞悬浮液；细菌、真菌、质粒、病毒的提取物或悬浮液；寄生虫(包括扁形动物、原生动物、螺旋体)的提取物或悬浮液；人或动物身体组织(例如，骨骼、肝脏、肾脏、脑)的液体提取物或匀浆；来自DNA或RNA合成的介质；化学或生物化学合成DNA或RNA的混合物，和液体介质中的或可以在液体介质中的任何生物样本的任何其它来源。

本文中使用的术语“生物样本”是指具有溶解、悬浮、混合或另外包含在其中的任何所关注分析物(例如，遗传物质)的样品(液体或固体形式)。本文中使用的术语“遗传物质”是指包括脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)一种或两种的核酸。术语“生物样本”也指全血、血浆、血清、淋巴、滑液、骨髓、脑脊髓液、精液、唾液、尿液、粪便、痰、阴道灌洗液、皮肤刮下物、毛根细胞或人或动物的类似物质、生理和病理体液，如分泌物、排泄物、渗出物和漏出物；包含所关注分析物的人、动物、植物、细菌、真菌、质粒、病毒、寄生虫等的任何细胞或细胞成分，和其任何组合。

本文中使用的术语“所关注分析物”是指待检测或分析的所关注的生物样本中的任何小分子或大分子。这些包括，例如，核酸、多核苷酸、寡核苷酸、蛋白、多肽、寡肽、酶、氨基酸、受体、碳水化合物、脂质、细胞、任何细胞内或细胞外分子和碎片、病毒、病毒分子和碎片等。在某些实施方案中，所关注分析物是包括DNA和RNA一种或两种的核酸。本文中使用的术语“核酸”或“多核苷酸”是指线性或分支、单链或双链、杂交体或其碎片的RNA或DNA。术语还涵盖RNA/DNA杂交体。所述术语还涵盖编码区以及上游或下游非编码区。此外，还涵盖包含较少常见碱基(如肌苷、5-甲基胞嘧啶、6-甲基腺嘌呤、次黄嘌呤和其它)的多核苷酸。还包括其它修饰(如对磷酸二酯骨架的修饰)或RNA核糖糖基中的2’-羟基。所述核酸/多核苷酸可以通过任何方式制备，包括基因组制备、cDNA制备、体外合成、RT-PCR和体外或体内转录。在某些实施方案中，所述核酸是病毒DNA或RNA中的一种或两种，例如，来自人类免疫缺陷病毒(HIV)、乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)或任何其它人或动物病毒病原体的DNA或RNA。

在某些实施方案中，本发明提供的压缩装置在容器内可以任选地包括干燥剂(天然或合成干燥剂)，从而维持基质的干燥状态以及在封闭容器内的基质上的所关注分析物的完整性。在某些实施方案中，所述干燥剂是与具有染料指示剂的压缩装置中的基质气态连通的，所述染料指示剂与湿气反应从而在暴露于潮湿或湿气时干燥剂变成亮色。在某些实施方案中，所述干燥剂是与基质气态连通的，从而在干燥剂和容器内的基质之间形成透气的屏障。所述装置中使用的干燥剂通常是本领域已知的，包括但不限于蒙脱土、氯化锂、活化氧化铝、碱性硅酸铝、DQ11 Briquettes、硅胶、分子筛、硫酸钙和氧化钙。所述干燥剂可以具备含水量的比色指示剂。在所述装置内可能不需要干燥剂与本发明的疏水性聚烯烃纤维基质一起使用。

本发明的聚烯烃纤维基质可以任选包含吸收到所述基质上的组合物，其中所述组合物防止包含在所述生物样本中的所关注分析物降解。本文中使用的术语“防止所关注分析物降解”表示在本发明的装置中的基质使储存的包含在生物样本中的所关注分析物维持基本上不降解的形式，只要所关注分析物适于许多不同类型的随后的分析方法。防止降解可以包括防止化学或生物试剂引起所关注分析物的显著损坏，包括细菌、自由基、核酶、紫外线辐射、氧化剂、烷化剂或酸性试剂(例如，在大气中的污染物)的作用。在某些实施方案中，吸收在本发明的基质上的组合物可以包含一种或多种弱碱、螯合剂、蛋白变性剂(如洗涤剂或表面活性剂)、核酸酶抑制剂和自由基捕获剂。在储存的所关注分析物是RNA的情况下，特别是不稳定的RNA，所述组合物可以包含RNA酶抑制剂和灭活剂、基因探针、互补DNA或RNA(或功能上等价的化合物)、蛋白和使RNA稳定或防止其降解的有机部分。

可以任选使用的防止降解的另一种组合物是氧清除剂成分。本文中使用的术语“氧清除剂”是指消耗、清除或减少来自特定环境的氧气量而不消极地影响所关注的样品的物质。合适的氧清除剂对本领域技术人员是众所周知的。氧清除剂的非限制性实例包括但不限于包含与氧反应的金属颗粒的组合物，如选自元素周期表第一、第二或第三过渡系列的过渡金属，并且包括锰II或III、铁II或III、钴II或III、镍II或III、铜I或II、铑II、III或IV和钌。所述过渡金属优选是铁、镍或铜。铁氧清除剂的实例是来自Multisorb的D500。其它市售氧清除剂还可以购自诸如Mitsubishi、Dow等公司。氧清除剂元素的其它实例可以是消耗、清除或减少来自给定环境的氧气量而不消极地影响所关注的样品的酶。

在其它实施方案中，所述压缩装置可以通过密封、运输或储存之前的众所周知的气体吹扫过程而任选包括诸如氮气或氩气等的改善的气氛。术语“改善的气氛”是指用不降解所关注的样品的至少一种惰性气体或气体对普通大气气体组合物的任何替换或改变。

本文中使用的适合于本发明的组合物的“弱碱”可以是具有约6至10的pH的路易斯碱，优选约pH 8至9.5。适合于本发明组合物的弱碱可以(与所述组合物的其它成分一起)提供pH为6至10，优选约pH8.0至9.5的组合物。根据本发明的合适的弱碱包括有机碱和无机碱。合适的无机弱碱包括，例如，碱金属碳酸盐、碳酸氢盐、磷酸盐或硼酸盐(例如，碳酸钠、碳酸锂或碳酸钾)。合适的有机弱碱包括，例如，三-羟甲基氨基甲烷(Tris)、乙醇胺、三乙醇胺和甘氨酸以及有机酸的碱性盐(例如，柠檬酸钠)。优选的有机弱碱是弱一价有机碱，例如，Tris。弱碱可以是游离碱或盐，例如，碳酸盐。一般认为弱碱可以提供各种功能，如防止所关注分析物降解，提供缓冲系统，保证结合金属离子中的螯合剂的适当作用，以及防止可能不完全依赖于二价金属离子发挥功能的酸核酶的作用。

本文中使用的“螯合剂”是能够络合包括II族和III族多价金属离子以及过渡金属离子(例如，Cu、Fe、Zn、Mn等)的多价离子的任何化合物。在某些实施方案中，所述螯合剂是乙二胺四乙酸(EDTA)、柠檬酸盐或草酸盐。一般认为螯合剂的一种功能是结合如果与储存的生物样本一起存在可能引起所关注分析物(特别是核酸)损坏的多价离子。可以被螯合剂螯合的离子包括多价活泼金属离子，例如，镁和钙，以及过渡金属离子，例如，铁。已知钙和镁都可通过作为可以破坏核酸的酶(例如，最熟悉的是核酶)的辅因子促进核酸降解。此外，过渡金属离子(如铁)可能容易进行氧化和还原并且通过产生自由基或通过直接氧化而损坏核酸。

如果所关注分析物是核酸，那么所述组合物可以进一步包含蛋白。本文中使用的“蛋白变性剂”起到使非核酸化合物(例如，核酶)变性的功能。如果所述蛋白变性剂是洗涤剂或表面活性剂，那么所述表面活性剂还可以作为促进干燥固体基质吸收样品的润湿剂。术语“表面活性剂”和“洗涤剂”是同义的并且可以贯穿本说明书互换使用。任何使蛋白变性而基本上不影响所关注的核酸的试剂都可以适于本发明。在某些实施方案中，蛋白变性剂包括洗涤剂。本文中使用的“洗涤剂”包括离子型洗涤剂，优选阴离子洗涤剂。适合于本发明的阴离子洗涤剂可以具有烃类部分(如脂肪族或芳香族部分)和一个或多个阴离子基团。特别是，合适的阴离子洗涤剂包括十二烷基硫酸钠(SDS)和十二烷基肌氨酸钠(SLS)。离子型洗涤剂导致外膜或衣壳中具有蛋白或脂质的微生物(例如，真菌、细菌或病毒)失活。这包括可以对人致病或可以引起核酸降解的微生物。一般认为微生物通过洗涤剂失活是破坏有机体外部蛋白、内部蛋白、包含蛋白的膜或生存所必需的任何其它蛋白的二级结构的结果。然而，洗涤剂可能不能使一些形式的有机体灭活，例如，高抗性细菌胞子和极其稳定的肠道病毒粒子。

所述组合物可以任选包含自由基捕获剂。本文中使用的“自由基捕获剂”是与DNA分子或其组分相比作为具有自由基的反应物优选具有足够反应性的化合物，并且它足够稳定而本身不产生破坏性自由基。合适的自由基捕获剂的实例包括：尿酸或尿酸盐、甘露醇、苯甲酸盐(Na、K、Li或tris盐)、1-3二甲基尿酸、胍、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶、于N-乙酰基-组氨酸中、组氨酸、去铁胺、二甲亚砜、5'5'二甲基吡咯啉-N-氧化物、硫氰酸盐和硫脲。合适的自由基捕获剂包括甘露醇、硫氰酸盐、尿酸或尿酸盐。一般认为核酸储存的时间越长，在吸收到固体基质上的组合物中包含自由基捕获剂就可能更有利。即使核酸只储存几分钟，仍然可以将自由基捕获剂并入所述组合物。一般认为自由基捕获剂的一个功能可能是捕获损坏核酸的自由基。例如，当使用的自由基捕获剂是尿酸或尿酸盐时，它可能被转化成也可以作为自由基捕获剂的尿囊素，尿囊素可接收不然会损坏核苷酸碱基(例如，鸟嘌呤)的自由基。在某些实施方案中，自由基捕获剂与自由基反应，而与来源无关(包括空气中存在的自由基)。自由基可以通过生物样本(如血液)中的铁的氧化或还原产生。通常，认为自由基是通过例如存在于血液的变性血清蛋白中的基团的自发氧化产生的。自由基也可以通过诸如UV光、X射线和高能粒子等辐射产生。此外，自由基捕获剂(也是弱酸，例如尿酸)还可以起上述讨论的弱碱提供的缓冲系统的组分的作用。此外，如果不希望原位处理，那么自由基捕获剂可以增强核酸的储存样品的除去。

参考图1A&1B，展示用于保存包含所关注分析物的生物样本的液体悬浮液的本发明的示例性压缩装置。容器20是圆柱形并且具有侧壁22、底部24和可打开的盖子26，它密封地啮合容器20开口。盖子26具有保持容器20内的可移除基质30的伸出部分28。聚烯烃纤维基质30是能够吸收1ml生物样本液体悬浮液并且被压缩至少50％的饱和基质体积从而释放一部分生物样本的圆柱体。在容器20内可以任选放置干燥剂40，通过任选的透气屏障42与基质30隔开，用于与基质30气态连通以控制其中的潮湿或湿气。

本发明进一步提供用于保存和回收生物样本的方法，它包括：(a)在包括限定具有侧壁、底部和可打开和密封的盖子的内部空间的容器的装置中提供干燥生物样本，所述装置中具有固定在所述容器内的吸收性三维聚烯烃基质，其中所述聚烯烃基质包括多个具有疏水性聚烯烃表面的空隙并且其中含有从至少0.1ml液体悬浮液的蒸发体积获得的干燥生物样本，所述液体悬浮液包含溶剂和在所述基质上吸收和干燥的生物样本；(b)用可控体积的复原介质将所述聚烯烃基质上的生物样本复原；以及(c)通过压缩所述基质从所述聚烯烃基质除去所述生物样本和复原介质。任何合适和/或常见的可用干燥方法都可以在本发明的方法中使用，如真空干燥、低热干燥、低压干燥和风扇干燥。

在某些实施方案中，所述聚烯烃基质包含多个具有基本上疏水性表面的纤维。在某些实施方案中，所述聚烯烃基质内的纤维具有聚乙烯表面。在其它实施方案中，所述聚烯烃基质内的纤维包含用聚乙烯涂层的聚丙烯。在某些实施方案中，在每种纤维链中存在的聚丙烯和聚乙烯大致等量。

参考图1B，容器20的盖子26具有保持聚烯烃纤维基质30的盖子伸出部分28，聚烯烃纤维基质30可以永久地固定在与包含在第二封闭容器内的柱塞连接的杯中。将包含所关注分析物的任何生物样本的液体悬浮液添加到聚烯烃纤维基质30的上面并且使其完全吸收到基质30中(图3)。使带有上面结合生物样本的基质30的盖子26风干，并且随后与容器20重新组装，以便在环境温度下保存。

本发明的方法进一步任选包括对聚烯烃纤维基质施加稳定化组合物从而防止所关注分析物降解的中间步骤。取决于所关注分析物，以上讨论的稳定化组合物可以包含但不限于弱碱、螯合剂、蛋白变性剂(如洗涤剂或表面活性剂)、核酸酶抑制剂和自由基捕获剂的一种或多种。特别是对于不稳定RNA的保护，所述稳定化组合物可以包含RNA酶抑制剂和灭活剂、基因探针、互补DNA或RNA(或功能上等价的化合物)、蛋白和使RNA稳定或防止其降解的有机部分。

本发明进一步提供用于从压缩装置中的聚烯烃纤维基质中回收包含所关注分析物的生物样本的方法。在某些实施方案中，所述方法包括以下步骤：a)向基质施加复原介质从而使包含所关注分析物的结合生物样本再水化，和b)压缩基质以释放一部分生物样本。根据本发明，所述复原介质是分子等级的水。在其它实施方案中，所述复原介质包含任选添加叠氮化钠或其它抗微生物剂的1X磷酸盐缓冲盐水(PBS)或无核酸酶水的组分。所述复原介质还可以包含任何数目或组合的可用的生物防腐剂或血液抗凝血剂，包括但不限于乙二胺四乙酸(EDTA)、柠檬酸钠和肝素。PBS或无核酸酶的水作为再水合、重悬浮和从基质中回收所关注分析物的无菌和中性介质。当包含时，诸如叠氮化钠等抗微生物剂防止微生物生长以及随后的RNA酶污染。当包含时，诸如EDTA、柠檬酸钠和肝素等生物防腐剂用作抗凝血剂和或螯合剂。

在图4-7中展示的实施方案，制备生物样本用于分析。图4是准备将装置的聚烯烃纤维基质30转移到空注射器圆筒52的透视图。图5是将聚烯烃纤维基质30完全输送到注射器圆筒52的透视图。

图6说明通过轻轻放在基质30上面的移液器枪头53并且缓慢分配复原缓冲液将聚烯烃纤维基质30再水合。图7A说明将柱塞54插入注射器圆筒54。图7B说明对注射器柱塞42施加压力。图7C说明基质30的压缩。图7D说明完成从基质30的样品回收。

在某些实施方案中，所关注分析物是包括DNA和RNA分子的一种或两种的核酸。在某些实施方案中，生物样本液体悬浮液包含至少约5阿克或1μg分离的DNA或RNA分子。本文中使用的术语“分离(isolated)”/“分离(isolation)”和“分离(isolate)”的其它衍生词表示所述DNA或RNA分子基本上没有天然相关的一些其它细胞物质，或通过重组技术制备时产生的培养介质，或化学合成时的化学前体或其它化合物。

本发明进一步提供将生物样本中包含的所关注分析物从所述装置的聚烯烃纤维基质回收到复原介质(如分子等级的水)进行随后的分析。本文中使用的术语“随后的分析”包括可以在复原介质中储存的回收的生物样本上进行的任何分析。此外，可以在分析之前使用本领域已知的方法分离、纯化或提取包含在生物样本中的所关注分析物。所关注分析物可以进行化学、生化或生物分析。在优选实施方案之一中，所关注分析物是包含DNA或RNA分子之一或两者的核酸，所述核酸可以在有或没有早先的提取、纯化或分离就可进行检测或分析。必要时，DNA或RNA提取、纯化或分离是根据本领域已知的方法进行的。随后的分析的实例包含聚合酶链反应(PCR)、连接酶链反应(LCR)、逆转录酶引发的PCR、DNA或RNA杂交技术(包括限制性片断长度多态性(RFLP))、病毒DNA或RNA检测和定量、病毒载量测试、DNA或RNA基因分型等。“随后的分析”还包括使用基因探针、基因组测序、酶试验、亲和标记、使用标记物或抗体的检测方法以及其它类似的方法的其它技术。

本发明还提供用于保存包含所关注分析物的生物样本的液体悬浮液的试剂盒。本发明的试剂盒提供本文中公开的压缩装置，它包括一个或多个容器、一个或多个聚烯烃纤维基质和任选的干燥剂，以及其保存生物样本的使用说明书。所述试剂盒可以任选包括稳定化溶液。本发明的试剂盒可以进一步包括复原介质、压缩装置以及用于复原和回收生物样本的其它方案。所述试剂盒的容器可以是适于在向基质施加包含所关注分析物的生物样本的液体悬浮液期间或在施加和一个或多个所述生物样本样品的后续加工阶段期间使用的任何容器。因此，在某些实施方案中，可以在相同试剂盒中施加、储存、运输和进一步处理生物样本液体悬浮液。此外，可以将液体悬浮液施加于基质，将所述基质从试剂盒容器除去用于在不同容器中处理。

所述试剂盒还可以包括一种或多种本文中公开的聚烯烃纤维基质。这包含一种或多种有或没有用于保护生物样本中包含的所关注分析物的组合物的聚烯烃纤维基质。本发明试剂盒的一个方面是通过压缩基质来释放所关注分析物的复原生物样本。这种操作避免了旋涡和离心样品，使样品损坏的机会、人力成本和样品的基质污染降低。本发明的试剂盒的压缩装置可以是用于在基质上提供力或压力使它压缩的任何装置。在某些实施方案中，所述压缩装置包括永久连接到聚烯烃纤维基质上的柱塞，其中所述基质是通过对靠着相同试剂盒容器中的基质的柱塞施加力压缩的，生物样本是在所述容器中制备和储存的。此外，所述压缩装置包括与聚烯烃纤维基质隔开的注射器，其中所述基质是从所述容器除去并且放在注射器圆筒中的，并且对所述注射器的柱塞施加力或压力以压缩所述基质从而释放复原的生物样本。

贯穿本申请，引用了各种公布。所有这些公布的公开内容以及这些公布中引用的那些参考文献全部通过引用并入本申请以便更全面地描述本发明所属领域的技术现状。

还应理解的是，上文涉及本发明的某些实施方案并且在不脱离本发明的范畴下可对其做出众多改变。本发明由以下实施例进一步说明，所述实施例不应被解释为以任何方式限制本发明的范围。相反，应当清楚地理解，在阅读了本文的说明之后本领域技术人员可以想到作出各种其它实施方案、修改以及等效方案而不背离本发明的精神和/或所附权利要求的范围。

实施例

实施例1

一(1.0)ml样品制备和装置回收试剂盒

试剂盒组件：

这个实施例提供用于制备、运输和回收来自体液或组织的三十六个(36)干燥生物样本的试剂盒。制备和回收用于干燥环境运输的三十六个(36)一(1.0)ml样品的材料和试剂包含以下组件：

组件	数量
		装置试剂盒容器(管子)	每种36个
复原缓冲液	3X 13ml
		一次性3ml注射器	每种36个
15ml锥形离心管	每种36个

储存和处理：

收到时，将所有试剂盒组件在室温下(15-25℃)干燥储存。只使用指示干燥剂颜色是蓝色时的装置容器管子。如果指示干燥剂的颜色呈现白色或粉红色时就不应该使用装置试剂盒容器。诸如1000μl移液器、1000μl带有气溶胶屏障的无菌无DNA酶、无RNA酶移液器枪头、用于夹持15ml锥形管的架子、安全眼镜、实验服、无粉一次性手套和生物危害废物容器等材料同样是需要的，但是不由试剂盒安全措施提供：使用一次性无粉手套处理好像能够传播传染剂的所有材料。使用与血源性病原体传播的预防有关的良好的实验室操作规范和通用的预防措施(疾病控制中心。更新：在医疗保健环境中预防人类免疫缺陷病毒、乙型肝炎病毒和其它血源性病原体传播的通用预防措施。MMWR，1988；37:377-82，387-8；国家临床实验室标准委员会。使实验室工作人员避免通过血液、体液和组织传播的传染病；批准的指南。NCCLS Document M29-A Villanova(PA):NCCLS；1997年12月90p；联邦职业安全和健康管理局。Bloodborne Pathogens Standard，29 CFR 1910，1030)。怀疑潜在包含传染剂的任何溢出物都要立即用0.5％w/v次氯酸钠(10％v/v漂白剂)清洁。处置会与样本接触的所有样本和材料，如同它们包含传染剂一样。如果已知或怀疑包含传染剂的材料被摄入或与开放伤口、伤痕或粘膜(眼睛、鼻通道等)接触，就立即咨询医师。

实施例2

使用装置试剂盒的样品制备

样品制备步骤是在生物安全柜中使用无菌技术和与潜在感染性材料的处理有关的通用预防措施进行的。开始样品制备过程之前，应该熟悉图1A&1B中说明的使用装置试剂盒的流程。

在加载包含所关注分析物的生物样本的样品液体悬浮液之前，将装置容器的帽子旋开、翻转并且使吸收性基质朝上放在清洁工作表面上(图1A&1B)。向基质塞的上面缓慢添加约最多1ml样品液体并且使其完全吸收到基质中去。使加载样品液体的装置试剂盒基质风干。一般来讲，在生物安全柜内风干大致需要4.5至5小时。一旦样品完全干燥，就小心地将夹持干燥的包含样本的基质的帽子再接回到装置试剂盒容器管子上。所述样本现在准备在环境温度下运输或储存。

实施例3

使用装置试剂盒的样品回收

所述样品的回收步骤同样是在生物安全柜中使用无菌技术和与潜在感染性材料的处理有关的通用预防措施进行的。基本上，将无菌3或5ml一次性LUER-LOK注射器(由试剂盒提供)插入15ml接收管(同样由试剂盒提供)中。从注射器圆筒除去柱塞。用恰好足够的压力按压靠着注射器圆筒嘴的无菌内部的基质，使其从连接的的帽子上拆下并且使它自由落到注射器的底部，从而将包含干燥样本的吸收性基质转移到注射器圆筒中(图4&5)。将带有拆下的基质塞的注射器圆筒放入15ml圆锥形接收管中，将接收管进一步放入架子中。向基质塞的上面缓慢并直接地施加约1ml复原缓冲液(由试剂盒提供)，从而缓和地使基质内部吸收的干燥样本再水化(图6)。有必要在添加复原缓冲液的同时检查吸收速率并且根据需要调节施加速度，并且设法不使缓冲液没有首先被吸收到基质中而在注射器的底部汇集，因为没有完全吸收复原缓冲液可能导致回收产率低。在向基质塞的上面添加额外的175μl复原缓冲液之前，使再水化的样本在室温下孵育至少10分钟。

将注射器柱塞重新插入注射器圆筒并用均匀压力按下直到柱塞完全压缩基质塞，并且在所述15ml接收管内收集大约1ml的最大体积(图7A、7B、7C&7D)。随后从所述15ml接收管除去注射器圆筒、柱塞和压缩的基质塞并且丢弃到适当的废物接受器中。用提供的螺旋帽密封包含新回收样本的15ml接收管。复原的样品准备好用于储存、测试或进一步的随后分析。

实施例4

ViveST装置基质比较研究

1.目的

本研究的目的是使用Abbott REALTIME HBV分析法比较带有纤维素基质的ViveST装置与带有合成疏水性聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置的性能。在两种基质上加载HBV感染性样品(每种3个水平，5个重复实验)并且在环境条件下储存7天。从基质上回收样本是用冷冻样品同时进行的。

2.方法

在Abbott REALTIME HBV分析法上进行的所有测试都是按照FDA批准的流程(0.5mL)进行的，没有作改进。在每种基质上加载1mLHBV感染性血浆，在环境温度储存7天并且在1mL分子等级水中回收。

将冷冻样品(每种3个水平，5个重复实验)的HBV病毒载量结果与从带有纤维素基质的ViveST装置和具有疏水性聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置回收的样本比较。

3.设备和试剂

在本研究的过程中使用以下市售产品/设备：本发明的ViveST样品储存和运输装置(目录号VST-1E，ViveBio LLC，Alpharetta，GA)，和带有纤维素基质的ViveST装置(ViveBio，LLC，Alpharetta，GA)；BD 3mL注射器-LUER-LOK Tip：Ref 3096567(Becton Dickenson；Franklin Lakes，NJ)；一般实验室耗材和设备(离心管、无菌抗气溶胶移液器枪头、移液器、涡旋器、离心机等；HYCLONE HYPURE分子生物学等级水(目录号：SH30538.02，HyClone Laboratory Inc.，Logan，UT)；人血浆(Tennessee blood services；Memphis，TN)；Abbott样品制备系统(4x24 Preps)，列表编号：06K12-024(Abbott Molecular Inc；DesPlaines，IL)；Abbott REALTIME HBV AMP试剂盒(目录号：02N40-90，Abbott Molecular Inc；Des Plaines，IL)；Abbott REALTIME HBV对照试剂盒(目录号：02N40-80，Abbott Molecular Inc；Des Plaines，IL)；Abbott REALTIME HBV校正试剂盒(目录号：02N40-70，AbbottMolecular Inc；Des Plaines，IL)；包含m2000rt的Abbott m2000sp系统(Abbott Molecular Inc；Des Plaines，Illinois)，和相关材料。

4.实验设计

在正常人血浆中稀释高滴度HBV感染性血浆样品以得到3种浓度(～5LOG、～4LOG和～3LOG)。在带有纤维素基质的ViveST装置和带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置每个上面加载每种浓度5次重复实验(总计n＝15)。冷冻(-80℃)储存相等的试样(3个水平，5个重复实验)。将所有基质在层流操作台中干燥整夜，次日加帽并且在环境条件下储存7天。从两套基质中回收样本并且按照AbbottREALTIME HBV分析法包装说明书中列出的以及根据bioMONTR研究方法(RM-008.00，使用Abbott REALTIME HBV分析法定量HBVRNA)在单次分析中与冷冻样本同时进行分析。

5.结果-Abbott REALTIME HBV病毒载量结果的总结在以下表1中提供。

表1.ViveST基质比较研究数据的总结

这个实施例的结果证明所有浓度都有平均的降低：a)冷冻血浆以及储存在带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置上的血浆样品之间降低0.03LOG IU/mL；以及b)冷冻血浆和储存在带有纤维素基质的ViveST装置上储存的血浆样品之间降低0.24LOG IU/mL。贯穿所有浓度的标准偏差(LOG IU/mL)是：a)对于冷冻血浆<0.07；b)对于储存在带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置上的血浆样品<0.03；以及c)对于储存在带有纤维素基质的ViveST装置上的血浆样品<0.09。

如图8所示，线性回归分析得到：a)对于储存在带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置上的血浆样品与冷冻血浆相比R²＝0.999998；以及b)对于储存在带有纤维素基质的ViveST装置上的血浆样品与冷冻血浆相比R²＝0.9991。

6.最终结论

因此，这个实施例提供，回收储存在带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置上储存的HBV感染性血浆样品并且得到类似于冷冻血浆的结果。当与冷冻血浆相比时损失极少(0.03LOG IU/mL)并且贯穿所有浓度都有很高的重现性(标准偏差<0.03)。相比之下，与冷冻血浆相比，储存在带有纤维素基质的ViveST装置上的HBV感染性血浆样品显示较大损失(0.24LOG IU/mL)并且贯穿所有浓度有更高的变异性(标准偏差<0.09)。

因此，与带有纤维素基质的装置相比，带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置提供更好和出众的样品回收以及最小的样品损失，同时贯穿所有浓度提供重现性，表明聚烯烃纤维基质比纤维素基质更好地将分析物和悬浮颗粒保留在基质内，并且使溶剂更一致和有效地蒸发。

实施例5

提取RNA对比完整病毒

1.实验设计

这个实验的目的是评价与完整的病毒相比聚烯烃基质ViveST装置的核酸结合和释放性质。所述研究使用储存在-80℃的1mL试样HCV感染性血浆样品(N＝20)并且如下命名：

A＝使用EasyMAG系统提取RNA并且加载在带有纤维素纤维基质的ViveST装置上，随后用水回收并且用Abbott REALTIME HCV分析法分析；

B＝使用EasyMAG系统提取RNA并且加载在带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置上，随后用水回收并且用AbbottREALTIME HCV分析法分析；

C＝将样品加载在带有纤维素纤维基质的ViveST装置上，用水回收并且用Abbott REALTIME HCV分析法分析；以及

D＝将样品加载在带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置上，用水回收并且用REALTIME Abbott HCV分析法分析。

2.1操作-使用EasyMAG分离核酸，随后通过带有纤维素纤维基质或聚烯烃纤维基质的ViveST装置处理。

a).从-80℃下除去1mL血浆试样，命名为“1A、2A...20A”和“1B、2B...20B”，在室温下解冻；

b).涡旋每个样品以确保充分混合；

c).按照EasyMAG标准核酸提取流程，处理40个样品+2个阴性对照，提取之后，使用EasyMAG洗脱缓冲液将所有样品稀释1mL体积；

d).获得42个ViveST装置并且用样品名称标记每个装置的帽子(即，1A-20A、1B-20B、阴性对照-旧的基质阴性的对照-新的基质)；

e).每种样品加载1个ViveST装置；

f).在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时；

g).使用水从干燥的ViveST装置中回收样品；和

h).继续Abbott REALTIME HCV分析法之前在-80℃冷冻回收的样品。

2.2操作-通过带有纤维素纤维基质或聚烯烃纤维基质的ViveST装置处理的样品

a)从-80℃下除去1mL血浆试样，命名为“1C、2C...20C”和“1D、2D...20D”，在室温下解冻；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得42个ViveST装置并且用样品名称标记每个装置的帽子(即，1C-20C、1D-20D、阴性对照-纤维素基质、阴性对照-聚烯烃纤维基质)；

d)每种样品加载1个ViveST装置；

e)在层流操作台中将ViveST装置的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时；

f)使用水从干燥的ViveST装置中回收样品；和

g)继续Abbott’s REALTIME HCV分析法之前在-80℃下冷冻回收的样品。

2.3.操作-Abbott REALTIME HCV分析法：按照AbbottREALTIME HCV包装说明书处理样品。

3.结果：结果在以下表2中提供。

表2

**第一次m2000测试的样品误差。将提取的RNA在m2000上重新测试。数据未包括在计算中。

4.结论

平均起来，对于提取的RNA，聚烯烃纤维基质比纤维素基质得到更高的回收率(高0.29log IU/mL)。接近支持聚烯烃基质对于提取的RNA比纤维素基质表现更好的临床上显著的临界值。

平均起来，与新鲜血浆相比，聚烯烃纤维基质对于提取的RNA得到更高的回收率(高0.25log IU/mL)。接近支持聚烯烃基质对于提取的RNA比新鲜血浆表现更好的临床上显著的临界值。

基于这些数据，与纤维素基质相比，聚烯烃纤维基质对于核酸的吸收、保存、稳定化和随后的回收更出众。这些意外的结果或许是由于聚烯烃基质内包埋的疏水性孔穴的性质。这些孔穴可能提供核酸驻留的储器和‘安全区’而同时使水与核酸隔绝，从而在储存期间为核酸提供稳定的环境。

实施例6

通过本发明的ViveST装置处理的样品的HCV评价

1.实验设计

使用储存在-80℃的1ml试样HCV感染性血浆样品(N＝19)进行分析的每个部分并且命名如下：

A＝样品用Abbott REALTIME HCV分析法分析

B＝样品通过带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置处理(用水洗脱)并且用Abbott REALTIME HCV分析法分析

C＝用Abbott HCV GT分析法分析样品

D＝通过带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置处理样品(用水洗脱)并且用Abbott HCV GT分析法分析。

将其它试样的每种血浆样品维持在-80℃以进行其它测试。

2.1操作-通过本发明的ViveST装置处理样品

a)从-80℃除去命名为“1B、2B...19B”和“1D、2D...19D”的血浆试样，在室温下解冻；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得38个带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置并且将每个装置的帽子用样品名称标记(即，1B-19B、1D-19D)，获得2个额外的ViveST装置并且每个标记为阴性对照；

d)每种样品加载1个带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置，在标记为阴性对照的ViveST装置上加载1mL正常(HCV阴性)人血浆；

e)在层流操作台中将ViveST装置的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时；

f)使用水从干燥的ViveST装置中回收样品；和

g)在-80℃下冷冻回收的样品。

2.2操作-Abbott m2000 REALTIME HCV分析法

a)从-80℃除去命名为“1A、2A...19A”的血浆试样和从命名为“1B、2B...19B和阴性对照”的从带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置回收的试样，在室温下解冻；以及

b)按照Abbott REALTIME HCV包装说明书处理样品。

2.3.操作-Abbott m2000 HCV GT分析法

a)从-80℃除去命名为“1C、2C...19C”的血浆试样和命名为“1D、2D...19D和阴性对照”的从带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置回收的试样，在室温下解冻；以及

b)按照Abbott HCV GT包装说明书处理样品。

3.结果-结果的总结在以下表3和4中提供。

表3：Abbot REALTIME HCV和HCV GT分析法结果的总结

表4：使用Abbott’s REALTIME HCV测试的比较分析的结果(新鲜血浆对比通过本发明的ViveST装置处理的样品)

新鲜血浆，平均病毒载量LOG IU/mL(n＝19)	4.64
		ViveST，平均病毒载量LOG IU/mL(n＝19)	4.32
平均差值，LOG IU/mL(新鲜vs.ViveST)	-0.32
		标准偏差LOG IU/mL	0.15
相关系数(R)	0.98

4.结论

HCV基因分型结果证明，与测试的具有HCV基因分型1、1a、1b、2和3的冷冻血浆相比，从本发明的ViveST装置回收的血浆样品之间有100％的一致性(表3)。HCV病毒载量结果显示，与冷冻血浆相比，从本发明的ViveST装置除去的血浆有平均0.32log的降低(表4和图9)。

基于先前公开的干血点/血浆点资料，人们希望与干燥采集装置比从新鲜血浆定量有大约0.5-0.7对数的降低(Amellal等，2007，HIVMed.8:396-400，讨论中值损耗是显著的并且等于0.64log拷贝/mL；Hamers等，2009，Antiviral Therapy 14:619-29，讨论DPS和血浆之间的中值差异是0.077至0.64log拷贝/mL)。在这里，本研究证明从通过带有聚烯烃基质的本发明的ViveST装置处理的血浆样品回收的平均病毒RNA出奇地高并且比先前基于发表的文献的期望值重现性更好。

实施例7

通过本发明的ViveST装置处理的样品的HIV-1和ViroSeq HIV-1基因分型评价

1.实验设计

所述分析的每个部分使用储存在-80℃下的1ml试样的HIV-1阳性血浆样品(N＝20)并且如下命名：

A＝样品用Abbott REALTIME HIV-1分析法分析；

B＝样品通过带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置处理(用水洗脱)并且用Abbott REALTIME HIV-1分析法分析；

C＝样品通过带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置处理(用mLysis缓冲液淋洗)并且用Abbott REALTIME HIV-1分析法分析；

D＝样品用ViroSeq HIV-1 Pro&RT基因型分析法分析；

E＝样品通过带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置处理(用水洗脱)并且用ViroSeq HIV-1 Pro&RT基因型分析法分析。

将其它试样的每种血浆样品维持在-80℃以进行其它测试。

2.1操作-通过本发明的ViveST装置处理样品

a)从-80℃除去命名为“1B、2B...20B”、“1C、2C...20C”和“1E、2E...20E”的血浆试样，在室温下解冻；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得60个带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置并且用样品名称标记每个的帽子(即，1b-20b、1c-20c、1e-20e)，获得2个额外的ViveST装置并且将每个标记为阴性对照；

d)每种样品加载1个ViveST装置，在标记为阴性对照的ViveST装置上加载1mL正常(HIV-1阴性)人血浆；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时；

f)使用水从干燥的ViveST装置回收样品“1b-20b”、“1e-20e”和“阴性对照-水”，用溶胞缓冲液回收样品“1c-20c”和“阴性对照-溶胞”；和

g)在-80℃下冷冻回收的样品。

2.2.操作-Abbott m2000 REALTIME HIV-1分析法

a)除去的血浆试样命名为“1A、2A...20A”，从-80℃下的ViveST装置回收的试样命名为“1B、2B...20B”、“1C...2C...20C”、“阴性对照-水”和“阴性对照-溶胞”，在室温下解冻；和

b)按照Abbott REALTIME HIV-1分析法包装说明书处理样品。

2.3操作-ViroSeq HIV-1 Pro&RT基因型分析法

a)除去的血浆试样命名为“1D、2D...20D”，从-80℃下的ViveST装置回收的试样命名为“1E、2E...20E”，在室温下解冻；和

b)按照ViroSeq HIV-1 Pro&RT基因型分析法包装说明书处理样品。

3.结果-结果的总结在以下表5和6中提供。

表5：Abbott REALTIME HIV-1和ViroSeq HIV-1基因分型结果的总结

＊所有结果都只是为研究用途提供的，不应该用于诊断目的。

表6：使用Abbott’s REALTIME HIV-1测试的比较分析的结果(新鲜血浆对比通过本发明的ViveST装置处理的样品)

4.结论

HIV-1病毒载量结果显示使用mLysis缓冲液从带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置回收的血浆样品有0.26log的平均降低，使用水的有0.59log的降低(图10、图11和表6)。

在10/17对(59％)中鉴定有HIV-1药物抗性突变，证明与冷冻血浆相比从ViveST装置回收的血浆样品之间有100％的一致性。在从ViveST装置回收的样品中的1/17中鉴定有混合物T215Y/C，而相应的血浆报道有突变T215Y。在血浆样品中鉴定1/17在V75I有突变，而从ViveST装置回收的成对样品是野生型。1/17对显示在T69有删除，未能产生ViroSeq报告。1/17血浆样品具有M184V但是由于病毒载量低没有为相应的通过ViveST装置处理的样品产生结果。由于病毒载量低没有为3/17对样品产生基因型结果(表5)。

基于先前公开的干血点/血浆点资料，人们希望与干燥采集装置比从新鲜血浆定量有大约0.5-0.7对数的降低(Amellal等，2007，HIVMed.8:396-400，讨论中值损耗是显著的并且等于0.64log拷贝/mL；Hamers等，2009，Antiviral Therapy 14:619-29，讨论DPS和血浆之间的中值差异是0.077至0.64log拷贝/mL)。此外，基于发表的资料，人们不希望对于有效基因型分析结果获得扩增子的足够的完整性(数量和质量)，特别是从低病毒血症HIV样品中(Lofgren等，2009，AIDS23:2459-66，前提是对于来自具有约5,000拷贝/mL的血浆RNA水平的患者的样品表现是最好的，用于检测病毒学失败；Hamers等，2009，Antiviral Therapy 14:619-29，前提是对于高VL的总放大成功率高(>3.0至4.0log拷贝/mL)，但是对于低VL来说减少(<3.0log，由于与140mL的血浆相比在点中使用小体积灵敏度降低)。

在这里，本研究显示从带有聚烯烃基质的本发明的ViveST装置回收的平均病毒RNA出奇的高(回收0.26log)并且比先前基于发表的文献的期望值重现性更好。此外，结果是在广泛的病毒RNA范围中分析的14/17对(82％)中获得的，这是比希望更高的基因分型成功率。

实施例8

通过本发明的ViveST装置处理的样品的HCV验证(线性和精密度)

1.实验设计

这个研究的目的是验证使用Abbott REALTIME HCV分析法的通过带有聚烯烃基质的本发明的ViveST装置处理的样品的分析测量范围和精密度。这个实施例描述分析测量范围(线性范围)和精密度的验证。

2.精密度(试验间和试验内精密度)

在不同日期，两个不同操作者在三个独立的分析法上一式三份地对储存在本发明的ViveST装置中的三种不同病毒载量数值(低、中和高病毒载量)的样品进行测试(N＝27个样品)。表7描述精密度验证试验的实验设计的符号说明。

3.分析测量范围

为了测试分析测量范围，在正常人血浆中连续稀释高滴度样品(4E6IU/mL)以得到1:2、1:20、1:200、1:2,000、1:20,000和1:200,000的稀释物，并且通过带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置处理。在m2000平台上一次一式三份地测试每种稀释物(N＝21)。表8描述分析测量范围验证试验的实验设计的符号说明。将其它试样的每种血浆样品维持在-80℃以进行其它测试。

4.操作

a)用于精密度试验的样品是已知浓度的HCV阳性样品。用于分析测量范围试验的样品如下制备：对高滴度样品连续稀释6次，得到浓度范围为1.3-6.6 log10 IU/mL的七个样品。按照表8中显示一式三份地制备所述样品；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得51个带有聚烯烃纤维基质的ViveST装置并且用样品名称标记每种帽子(表7)；

d)每种样品加载1个ViveST装置(每个1.0mL)，在标记为阴性对照的ViveST装置上加载1mL正常(HCV阴性)人血浆；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时；

f)使用水从干燥的ViveST装置中回收样品；和

g)按照Abbott REALTIME HCV分析法包装说明书处理样品。

HCV精密度试验的结果在表7和9中提供。HCV分析测量范围测定的结果在表8和图12中提供。

表7：使用Abbott REALTIME HCV分析法的HCV精密度数据

表8：使用Abbott REALTIME HCV分析法的HCV分析测量范围测定的数据

表9：使用Abbott REALTIME HCV分析法的HCV试验间和试验内精密度测定

5.结论

这个研究确定通过本发明的ViveST装置处理的HCV阳性样品的分析测量范围是20IU/mL-4,000,000IU/mL或1.3-6.6 log10 IU/mL。分析测量范围样品的线性回归分析R²值是0.9979。所有精密度试验的标准偏差<±0.2 log10 IU/mL，表明重现性强。试验间精密度在95％置信水平的变异系数(％CV)在所有样品浓度的所有时间点都<0.06％。内部试验精密度在95％置信水平的变异系数(％CV)在所有样品浓度的所有时间点都<0.05％。

先前发表的干血点和干血浆点资料显示至少是0.5log。精密度的标准偏差使病毒载量分析的回收率非常不定并且重现性降低(Andreotti等，2010,Clin.Virol.47:4-7，讨论10％的案例(n＝13)DBSRNA未检出，而在血浆中可测量(介于2.1和3.04log之间)。一个DBS产生2.74log，而相应的血浆水平<1.67log。在所有其它案例中，血浆中的不可检测的RNA在DBS中是不可检测的(n＝18))。在这里，这个研究在广泛的病毒载量范围显示出意外的重现性，表明使用带有聚烯烃基质的本发明的ViveST装置储存和回收核酸非常实用。

实施例9

使用Roche TaqMan HCV分析法进行对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行HCV评价

1.实验设计

这个研究的目的是使用Roche COBAS AmpliPrep/COBASTaqMan HCV分析法评价通过带有聚烯烃基质的本发明的ViveST装置处理的样品中的HCV。对于使用Roche COBAS AmpliPrep/COBASTaqMan HCV分析法进行的分析，将1.2mL试样的HCV阳性血浆样品(N＝20)用于所述分析。将其它试样的每种血浆样品维持在-80℃以进行其它测试。

2.操作

a)在HCV阴性正常人血浆中稀释高滴度样品以产生如表10中所述的样品；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)将1.2mL每种样品冷冻储存在-80℃下(待分析)或通过本发明的ViveST装置处理，如表10中所示；

d)获得20个ViveST装置并且用样品名称标记每种的帽子(表10)；

e)每种样品加载1个ViveST装置(每个1.2mL)；

f)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时；

g)使用1.2mL水从所述ViveST装置回收样品；和

h)在-80℃下冷冻回收的样品。

i)使用Roche COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV分析法分析回收的样品和储存的冷冻血浆试样。

3.结果-结果在以下表10中提供。

表10：Roche COBAS AmpliPrep/COBAS TAQMAN HCV分析法的样品/结果

ND＝因为结果值<15IU/mL所以没有测定差值。

4.结论

在Roche COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV分析法中血浆通过本发明的ViveST装置处理时观察到的HCV RNA的平均损失是0.32 log10 IU/mL(表10)。当血浆样品与通过本发明的ViveST装置处理的血浆样品在2.3-6.6 log10 IU/mL的浓度范围相比时，线性具有0.9874的线性回归分析值(R²)(图13)。

基于先前发表的干血/血浆点资料，人们希望在新鲜血浆与干燥采集装置之间的定量有大约0.5-0.7LOG的降低(Amellal等，2007，HIV Med.8:396-400，讨论中值损耗是显著的并且等于0.64log拷贝/mL；Hamers等，2009，Antiviral Therapy 14:619-29，讨论DPS和血浆之间的中值差异是0.077至0.64log拷贝/mL)。在这里，这个研究显示使用带有聚烯烃基质的本发明的ViveST装置回收的平均病毒RNA出奇的高并且比先前基于发表的文献的期望值重现性更好。

实施例10

使用Roche HIV1 RNA TagMan分析法对通过本发明的ViveST装置处理的样品进行HIV评价

1.实验设计

这个研究的目的是使用Roche HIV1 RNA TaqMan分析法评价通过本发明的ViveST装置处理的样品中的HIV。对于使用Roche分析法进行分析，使用储存在-80℃下的1.2mL试样的HIV-1阳性血浆样品(N＝20)并且如下命名试样：

p＝血浆样品用Roche HIV-1 RNA TaqMan分析法分析

v＝血浆样品通过带有聚烯烃纤维基质的ViveST装置处理(用水洗脱)并且用Roche HIV-1 RNA TaqMan分析法分析。

将其它试样的每种血浆样品维持在-80℃以进行其它测试。

2.操作

a)从-80℃下除去血浆试样从而通过ViveST装置进行处理，在室温下解冻；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得20个ViveST装置并且用样品名称标记每种的帽子(表11)；

d)每种样品加载1个ViveST装置(每个1.2mL)；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时；

f)使用水(每个1.2mL)从ViveST装置回收样品；

g)在-80℃下冷冻回收的样品；和

h)使用Roche HIV-1 RNA TaqMan分析法分析回收的样品和储存的冷冻血浆试样。

3.结果-结果在以下表11和图14中提供。

表11：Roche HIV-1 RNA TaqMan分析法的样品/结果

ND＝因为结果值<1.68LOG c/mL所以没有测定差值。

4.结论

在Roche HIV-1 RNA TaqMan分析法中血浆样品通过ViveST装置处理时观察到的HIV RNA的平均损失是0.21log c/mL(表11)。当血浆样品与通过ViveST装置处理的血浆样品在～2.1-5.5log c/mL的浓度范围相比时，线性具有0.9717的线性回归分析值(R²)(图14)。

基于先前公开的干血点/血浆点资料，人们希望与干燥采集装置比从新鲜血浆定量有大约0.5-0.7对数的降低(Amellal等，2007，HIVMed.8:396-400，讨论中值损耗是显著的并且等于0.64log拷贝/mL；Hamers等，2009，Antiviral Therapy 14:619-29，讨论DPS和血浆之间的中值差异是0.077至0.64log拷贝/mL)。在这里，这个研究显示使用带有聚烯烃基质的本发明的ViveST装置回收的平均病毒RNA出奇的高并且比先前基于发表的文献的期望值重现性更好。

实施例11

通过本发明的ViveST装置处理的样品的HIV-1分析法验证(线性和精密度)

1.实验设计

这个研究的目的是使用Abbott REALTIME HIV-1分析法验证通过本发明的ViveST装置处理的样品的分析测量范围和精密度。这个实施例描述分析测量范围(线性范围)和精密度的验证。

2.精密度(试验间和试验内精密度)

在不同日期，在三种独立的分析法上一式三份地(至少)测试储存在ViveST装置中的三种不同病毒载量值(低、中和高病毒载量)的样品。

3.分析测量范围

为了测试分析测量范围，在正常人血浆中连续稀释高滴度样品(～8log拷贝/mL)以得到1:10、1:100、1:1,000、1:10,000、1:100,000、1:1,000,000和1:10,000,000的稀释物并且通过带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置处理。在m2000平台上一次一式三份地测试每种稀释物(N＝21)。将连续稀释冷冻、解冻并且在m2000平台上分析(N＝21)用于比较。将其它试样的每种血浆样品维持在-80℃以进行其它测试。

4.操作

a)用于精密度试验的样品是从浓度为～8log拷贝/mL的HIV-1阳性样品稀释的。用阴性人血浆连续稀释以得到浓度为～5log拷贝/mL、～4log拷贝/mL和～3log拷贝/mL的样品。用于分析测量范围试验的样品如下制备：将高滴度样品连续稀释7次，得到具有1-7log拷贝/mL浓度范围的七种样品。所述样品是一式三份制备的；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得合适数目的ViveST装置并且用样品名称标记每个的帽子；

d)每种样品加载1个ViveST装置(每个1.15mL)，在标记为阴性对照的ViveST装置上加载1.15mL正常(HIV-1阴性)人血浆。注意：Abbott REALTIME HIV-1 0.6mL应用需要1.1mL样品；因此，在ViveST装置上加载/回收1.15mL样品以确保有足够的回收率；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时，在试验工作表上标明加载/回收时期，一旦干燥，就在ViveST装置上加帽并且储存在环境实验室条件下；

f)使用水从干燥ViveST装置中回收样品(每个1.15mL)；和

g)按照Abbott REALTIME HIV-1包装说明书(0.6mL装)处理样品。

HIV-1精密度试验的结果在表12中提供。HIV-1分析测量范围测定的结果在表13和图15中提供。

表12：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法进行HIV-1试验间和试验内精密度测定

表13：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法进行HIV-1分析测量范围测定

ND＝没有检测目标

未计算＝由于没有检测目标或结果<1.6log c/mL不能计算差值

5.结论

所有分析都是使用Abbott REALTIME HIV-1分析法(0.6mL装)进行的。这个研究确定通过本发明的ViveST装置处理的HIV-1阳性样品的分析测量范围是2log拷贝/mL-7log拷贝/mL或100拷贝/mL-10,000,000拷贝/mL。分析测量范围样品的线性回归分析R2值是0.9944。当与使用Abbott REALTIME HIV-1 m2000系统分析的冷冻HIV-1样品比较时，观察到通过ViveST装置处理并且从ViveST装置回收的HIV-1样品有0.60的平均损失。

对于精密度分析：所有试验的标准偏差都<±0.2log拷贝/mL，表明重现性强。试验间精密度在95％置信水平的变异系数(％CV)在所有样品浓度的所有时间点都<0.07％。内部试验精密度在95％置信水平的变异系数(％CV)在所有样品浓度的所有时间点都<0.14％。

实施例12

使用Abbott HCV分析法对HCV进行的7-天稳定性研究

1.实验设计

这个研究的目的是评价用于将HCV感染性样品在环境条件下储存七天时间的带有聚烯烃纤维基质的本发明的ViveST装置。在第0天向本发明的ViveST装置添加四种浓度的HCV感染性样品并且干燥整夜。随后通过加帽将ViveST装置密封并且储存在环境条件下。回收样本并且在第1天(每个水平4个重复实验)、第3天和第7天(每个水平5个重复实验)用Abbott REALTIME HCV分析法进行分析。作为对照，在第1天分析每个水平的一个冷冻血浆样品。每个时间点都包括阴性对照。试验设计在表14中展示。

表14：在环境条件下的HCV 7天稳定性研究的试验设计

2.操作

a)通过线性稀释制备HCV阳性样品水平1-4(表15)，使用HCV阴性血浆作为阴性对照；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得60个ViveST装置并且用样品名称标记每个的帽子，获得额外的3个ViveST装置用于阴性对照，如表14中所述；

d)每种样品加载1个ViveST装置(每个1.0mL)并且在每个阴性对照上加载1mL阴性人血浆；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时；

f)使用水从ViveST装置中回收样品；和

g)按照Abbott REALTIME HCV分析法包装说明书处理样品。

在环境条件下的HCV 7天稳定性研究结果在以下表15-16和图16-18中提供。

表15：使用Abbott REALTIME HCV分析法在环境条件下进行HCV7天稳定性研究的原始数据

表16：使用Abbott REALTIME HCV分析法在环境条件下进行HCV7天稳定性研究的结果总结

3.结论

在环境温度下，冷冻血浆与在本发明的ViveST装置上储存七天时间的血浆样品比较，记录到它们之间有0.57log IU/mL的最大损失(表16和图18)。在所有时间点的每个水平进行线性回归分析表明在7天研究的过程中保持线性拟合(R²>0.99)(图16)：第1天样品的R²值是0.9942；第3天样品的R²值是0.9987；第7天样品的R²值是0.9924。这里值得注意的结果是，与加载在本发明的ViveST装置中的聚烯烃基质上的病毒RNA水平无关，随着时间进行显示出非常可重现的、可预测的和可计量的损失，在每个病毒RNA水平的R²值>0.99。

实施例13

带有储存条件比较的HCV 21天稳定性研究

1.实验设计

这个研究的目的是评价在各种储存条件下将HCV感染性样品储存21天时间的本发明的ViveST装置。

在第0天向本发明的ViveST装置添加四种浓度的HCV感染性样品并且干燥整夜。随后通过加帽将ViveST装置密封并且移到环境条件(实验室工作台)、4℃(冰箱)和40℃/75％RH(微气候室)中储存。从ViveST装置回收样品(每个水平5个重复实验)并且在第1天、第3天、第7天、第10天、第14天和第21天用Abbott REALTIME HCV分析法分析。作为对照，在第1天分析冷冻血浆样品(每个水平5个重复实验)。每个时间点都包括阴性对照。试验设计在表17中展示。

表17：带有储存条件比较的HCV 21天稳定性研究的试验设计

*＝如果测试失败，对每个储存条件制备一套额外的样品。如果未使用，将这些样品储存起来用于将来的分析。

2.操作

a)通过在HCV阴性(正常)人血浆中稀释高滴度HCV感染性血浆样品制备HCV阳性样品水平1-4(表17)，使用HCV阴性血浆作为阴性对照；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得441个本发明的ViveST装置并且用样品名称标记每个的帽子，这些ViveST装置中的21个用于表17中描述的阴性对照，将其它试样(每个水平5个+1个阴性对照)储存在-80℃下并且与第1天的样品同时测试；

d)每种样品加载1个ViveST装置(每个1.0mL)并且在每个阴性对照上加载1mL阴性人血浆；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时，在试验工作表上标明加载/回收日期/时间；

f)使用水从ViveST装置中回收样品；和

g)按照Abbott REALTIME HCV分析法包装说明书处理样品。

3.结果-结果在表18-表20和图19-图25中提供。

表18：使用Abbott REALTIME HCV分析法在环境储存条件下进行HCV 21天稳定性研究的结果总结

表19：使用Abbott REALTIME HCV分析法在4℃储存条件下进行HCV 21天稳定性研究的结果总结

表20：使用Abbott REALTIME HCV分析法在40℃/75％RH储存条件下进行HCV 21天稳定性研究的结果总结

4.结论

对于储存在环境温度下的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上21天时间的血浆样品之间记录到0.51LOG IU/mL(从-0.23至-0.51LOG IU/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.01至0.17范围内。对于储存在4℃下的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上21天时间的血浆样品之间记录到0.40LOG IU/mL(从-0.20至-0.40LOG IU/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.02至0.09范围内。对于储存在40℃/75％RH的微气候室中的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上21天时间的血浆样品之间记录到0.93LOGIU/mL(从-0.42至-0.93LOG IU/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.01至0.11范围内。

贯穿所有测试点和所有储存条件的线性回归分析表明在21天研究的过程中保持线性拟合(R²>0.98)(图19、21和23)。第21天分析的线性回归结果的总结是：环境储存的R²值是0.9970；4℃储存的R²值是0.9997；40℃/75％RH储存的R²值是0.9959。

实施例14

使用利用HIV-1分析法的Abbott REALTIME在环境条件下进行HIV的28天稳定性研究

1.实验设计

这个研究的目的是评价在环境条件下将HIV-1感染性样品储存至少二十八天时间的本发明的ViveST装置。

在第0天向本发明的ViveST装置添加四种浓度的HIV-1感染性样品并且干燥整夜。随后通过加帽将ViveST装置密封并且储存在环境条件下。回收样品并在第1、3、7、10、14、21和28天用AbbottREALTIME HIV-1分析法分析。在每个测试点将～3、～4、～5和～6log拷贝/mL的四种浓度水平重复分析五次。每个时间点都包括阴性对照。将其它试样的每种血浆样品维持在-80℃进行其它测试。

2.操作

a)通过线性稀释制备HIV-1阳性样品水平1-4(表21)，使用HIV-1阴性血浆作为阴性对照；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得140个本发明的ViveST装置并且用样品名称标记每个的帽子，获得额外的7个ViveST装置用于阴性对照；

d)每个样品加载1个ViveST(每个1.15mL)并且在每个阴性对照上加载1.15mL阴性人血浆；Abbott REALTIME HIV-1 0.6mL应用需要1.1mL样品，因此，在ViveST装置上加载/回收1.15mL样品以确保足够的回收；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时，在试验工作表上标明加载/回收时期，一旦干燥，就在ViveST装置上加帽并且储存在环境实验室条件下；

f)使用水从ViveST装置中回收样品(每个1.15mL)；和

g)按照Abbott REALTIME HIV-1分析法包装说明书(0.6mL装)处理样品。

3.结果-结果在表21、表22、图26和图27中提供。

表21：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法在环境条件下进行HIV-1稳定性研究的平均HIV-1滴度

注意：没有提供在ViveST装置上储存1天的结果。在Abbottm2000sp上发生严重的运行错误，导致所有样品丢失并且没有获得结果。

表22：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法在环境条件下进行HIV-1稳定性研究的结果总结

*＝先前报告的数据不正确。这里的数据已经改正。

4.结论

所有分析都是使用Abbott REALTIME HIV-1分析法(0.6mL装)进行的。对于分析测量范围测试，与冷冻样品相比，在ViveST装置上储存1天的样品得到0.60log c/mL的平均损失(实施例11，HIV-1验证(线性和精密度))。

在冷冻血浆和在环境温度下储存在本发明的ViveST装置上28天时间的血浆样品之间记录到1.09log c/mL的平均损失(范围＝-0.87logc/mL-1.27log拷贝/mL)(表22)。贯穿所有时间点的每个水平的线性回归分析表明在28天的研究过程中保持线性拟合(R²>0.9963)(图26)：第3天样品的R²值是0.9989；第7天样品的R²值是0.9963；第10天样品的R²值是0.9984；第14天样品的R²值是0.9979；第21天样品的R²值是0.9988；并且第28天样品的R²值是0.999。

实施例15

带有储存条件比较的HCV 62天稳定性研究

1.实验设计

这个研究用储存62天之后收集的额外数据来补充实施例13中的HCV 21天稳定性研究。在初始研究期间，对于每个储存条件在本发明的ViveST装置上加载一套额外的样品。这些样品在最初的21天研究期间没有使用；因此，它们保持储存在相关的储存条件下并且在62天之后分析。这个研究的目的是评价在各种储存条件下将HCV感染性样品储存60+天时间的本发明的ViveST装置。

在第0天向本发明的ViveST装置添加四种浓度的HCV感染性样品并且干燥整夜。随后通过加帽将ViveST装置密封并且移到环境条件(实验室工作台)、4℃(冰箱)和40℃/75％RH(微气候室)中储存。从ViveST装置回收样品(每个水平5个重复实验)并且在第1天、第3天、第7天、第10天、第14天、第21天和第62天用Abbott REALTIMEHCV分析法分析。作为对照，在第1天分析冷冻血浆样品(每个水平5个重复实验)。每个时间点都包括阴性对照。试验设计在表23中展示。

表23：带有储存条件比较的HCV 62天稳定性研究的试验设计

2.操作

a)通过在HCV阴性(正常)人血浆中稀释高滴度HCV感染性血浆样品制备HCV阳性样品水平1-4(表23)，使用HCV阴性血浆作为阴性对照；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得441个本发明的ViveST装置并且用样品名称标记每个的帽子，这些ViveST装置中的21个用于表23中描述的阴性对照，将额外的试样(每个水平5个+1个阴性对照)储存在-80℃下并且与第1天的样品同时测试；

d)每种样品加载1个ViveST装置(每个1.0mL)并且在每个阴性对照上加载1mL阴性人血浆；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时，在试验工作表上标明加载/回收日期/时间；

f)使用水从ViveST装置中回收样品；和

g)按照Abbott REALTIME HCV包装说明书处理样品。

3.结果-结果在表24-表26和图28-图34中提供。

表24：使用Abbott REALTIME HCV分析法在环境储存条件下进行HCV 62天稳定性研究的结果总结

表25：使用Abbott REALTIME HCV分析法在4℃储存条件下进行HCV 62天稳定性研究的结果总结

表26：使用Abbott REALTIME HCV分析法在40℃/75％RH储存条件下进行HCV 62天稳定性研究的结果总结

4.结论

对于储存在环境温度下的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上62天时间的血浆样品之间记录到0.58LOG IU/mL(从-0.23至-0.58LOG IU/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.01至0.17范围内。对于储存在4℃下的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上62天时间的血浆样品之间记录到0.43LOG IU/mL(从-0.20至-0.43LOG IU/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.02至0.09范围内。对于储存在40℃/75％RH的微气候室中的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上62天时间的血浆样品之间记录到1.37LOGIU/mL(从-0.42至-1.37LOG IU/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.01至0.11范围内。对于储存在微气候室中的样品，在储存在本发明的ViveST装置上1天的样品和储存62天的样品之间记录到0.88LOG IU/mL的平均损失。

贯穿所有测试点和所有储存条件的线性回归分析表明在62天研究的过程中保持线性拟合(R²>0.98)(图28、30和32)。第62天分析的线性回归结果的总结是：环境储存的R²值是0.9918；4℃储存的R²值是0.9977；40℃/75％RH储存的R²值是0.9979。

实施例16

带有储存条件比较的62天HIV稳定性研究

1.实验设计

这个研究的目的是评价在各种储存条件下将HIV-1感染性样品储存62天时间的本发明的ViveST装置。

在第0天向本发明的ViveST装置添加四种浓度的HIV-1感染性样品并且干燥整夜。随后通过加帽将ViveST装置密封并且移到环境条件(实验室工作台)、4℃(冰箱)和40℃/75％RH(微气候室)中储存。从ViveST装置回收样品(每个水平5个重复实验)并且在第1天、第3天、第7天、第10天、第14天、第21天和第62天用Abbott REALTIMEHIV-1分析法分析。作为对照，在第1天分析冷冻血浆样品(每个水平5个重复实验)。每个时间点都包括阴性对照。试验设计在表27中展示。

表27：带有储存条件比较的HIV-1 62天稳定性研究的试验设计

2.操作

a)通过在HIV-1阴性(正常)人血浆中稀释高滴度HIV-1感染性血浆样品制备HIV-1阳性样品水平1-4(表27)，使用HIV-1阴性血浆作为阴性对照；

b)涡旋每个样品以确保充分混合；

c)获得441个本发明的ViveST装置并且用样品名称标记每个的帽子，这些ViveST装置中的21个用于表27中描述的阴性对照，将额外的试样(每个水平5个+1个阴性对照)储存在-80℃下并且与第1天的样品同时测试；

d)每个样品加载1个ViveST(每个1.1mL)并且在每个阴性对照上加载1.1mL阴性人血浆；Abbott REALTIME HIV-1 0.6mL应用需要1.1mL样品，因此，在每个ViveST装置上加载1.15mL样品以确保足够的回收体积；

e)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时，在试验工作表上标明加载/回收日期/时间；

f)使用水从ViveST装置中回收样品(每个1.15mL)；和

g)按照Abbott REALTIME HIV-1分析法包装说明书(0.6mL装)处理样品。

3.结果—结果在表28-表30和图35-图41中提供。

表28：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法在环境储存条件下进行HIV-1 62天稳定性研究的结果总结

表29：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法在4℃储存条件下进行HIV-1 62天稳定性研究的结果总结

表30：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法在40℃/75％RH储存条件下进行HIV-1 62天稳定性研究的结果总结

4.结论

对于储存在环境温度下的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上62天时间的血浆样品之间记录到0.91LOG c/mL(从-0.65至-0.91LOG c/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.02至0.13范围内。对于储存在4℃下的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上62天时间的血浆样品之间记录到0.84LOG c/mL(从-0.60至-0.84LOG c/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.02至0.07范围内。对于储存在40℃/75％RH的微气候室中的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上62天时间的血浆样品之间记录到1.69LOG c/mL(从-0.79至-1.69LOG c/mL)的最大损失。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.02至0.12范围内。对于储存在微气候室中的样品，在储存在本发明的ViveST装置上1天的样品和储存62天的样品之间记录到0.70LOG c/mL的平均损失。

贯穿所有测试点和所有储存条件的线性回归分析表明在62天研究的过程中保持线性拟合(R²>0.95)(图35、37和39)。第62天分析的线性回归结果的总结是：环境储存的R²值是0.9953；4℃储存的R²值是0.9961；40℃/75％RH储存的R²值是0.9555。

实施例17

使用Abbott HCV分析法进行HIV-1检测限(LOD)评价

1.实验设计

这个实验的目的是评价本发明的ViveST装置在环境条件下将HIV-1感染性血浆样品储存七天时间的检测限(LOD)。

向本发明的ViveST装置添加六种线性浓度(每个水平n＝14个样品)的HIV-1感染性血浆样品(第0天)，放入层流操作台并且干燥整夜。随后通过加帽将ViveST装置密封并且在环境条件下储存七天。在第7天从ViveST装置中回收样品并且用Abbott REALTIME HIV-1分析法分析。将额外的试样的每种浓度冷冻储存并且与从ViveST装置回收的样品同时分析。试验设计在表31中展示。将其它试样的每种血浆样品维持在-80℃以进行其它测试。在试验工作表上记录所有批号。

表31：HIV-1 LOD研究的试验设计

2.1操作—通过本发明的ViveST装置处理样品

a)用于LOD试验的样品是从浓度为～8LOG c/mL的HIV-1阳性样品稀释的，用阴性人血浆连续稀释得到表31中描述的浓度的样品，每种浓度需要大约20mL；

b)涡旋每种样品浓度以确保充分混合；

c)获得84个本发明的ViveST装置并且标记每个的帽子；

d)每种样品浓度加载14个ViveST装置(每个1.15mL)；AbbottREALTIME HIV-1 0.6mL应用需要1.1mL样品，因此，在每个ViveST装置上加载1.15mL样品以确保足够的回收体积；

e)向无菌螺旋帽管子中吸取1.1mL每种样品浓度并且储存在-80℃下；

f)在层流操作台中将ViveST装置中的加载基质干燥至少12小时但是不多于36小时，在试验工作表上标明加载/回收日期/时间；

g)加帽并密封加载的ViveST装置并且在环境实验室条件下储存7天；和

h)使用水从ViveST装置中回收样品(每个1.15mL)。

2.2操作—Abbott m2000 REALTIME HCV分析法：按照AbbottREALTIME HIV-1分析法包装说明书(0.6mL装)处理冷冻样品并且从ViveST装置回收样品。

3.结果—没有通过ViveST装置处理的HIV-1感染性冷冻血浆样品的结果在表32和图42中提供。在ViveST装置上处理并且储存7天之后回收的HIV-1感染性样品的结果在表33、表34和图43中提供。

表32：没有通过ViveST装置处理的冷冻血浆样品的HIV-1 LOD研究

表33：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法对HIV-1 LOD数据(LOGc/mL)进行的总结

表34：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法对HIV-1LOD数据(c/mL)进行的总结

4.结论

在正常人血浆中稀释高滴度HIV-1阳性样品以得到6种浓度的稀释物。稀释的样品得到比希望略低的值；然而，线性回归分析得到的R²值为0.92067，表明可以接受稀释的样品用于这个研究(表32&图42)。当与冷冻血浆相比时，观察到在ViveST装置上储存7天的血浆样品有0.88LOG c/mL HIV-1 RNA的最大损失(表33&表34)。基于数据的概率单位分析，当HIV-1浓度为353c/mL(2.55LOG c/mL)的血浆样品被加载在ViveST装置上并储存(最多7天))时，所述样品检测具有95％概率(图43)。对于所有分析，由Abbott数据分析软件报告为<40c/mL(<1.60LOG c/mL)的结果是使用储存的HIV-1校正曲线人工计算的。

实施例18

用于活体外Seq HIV-1基因分型系统(v2.0)的通过ViveST装置处理的样品的评价

1.目的

这个研究的目的是评价用于ViroSeq HIV-1基因分型系统(v2.0)的通过本发明的ViveST装置处理的样品。这个实施例描述与没有通过ViveST装置处理的冷冻血浆相比的准确性的结果。

2.方法

ViroSeq HIV-1基因分型系统(v2.0)是检测HIV-1基因组突变的定性的基于RNA循环测序试验。所述试验检测HIV-1 pol基因的整个蛋白酶区和三分之二逆转录酶区中的突变。所述试验基于五个主要的过程：逆转录(RT)；聚合酶链反应(PCR)；循环测序；自动化序列检测和软件分析。

将蛋白酶和逆转录酶区扩增以产生1.8kb扩增子。将所述扩增子用作产生大约1.3kb共有序列的七个引物的测序模板。ViroSeq HIV-1基因分型系统(v2.8)软件用于比较共有序列与已知的HXB-2参比序列从而确定样品中存在的突变。

3.实验设计

评价通过本发明的ViveST装置处理的样品在ViroSeq HIV-1基因分型系统(v2.0)中与冷冻血浆相比的准确性表现。比较基因型分析是在具有在3.58至5.17LOG c/ml范围内的病毒载量的十个(10)成对HIV-1血浆样品的重复试样(冷冻vs.通过ViveST装置处理的样品)上进行的。为了评价重现性，在十个成对样品中，分析两个样品的重复实验(纯的、1:2和1:4稀释物)和一个样品的重复实验(纯的和1:4稀释物)。通过EtOH提取冷冻血浆样品(按照FDA批准的包装说明书人工提取)。按照bioMONTR的研究方法提取通过本发明的ViveST装置处理的血浆样品(RM-005.00，使用ViroSeq HIV-1基因分型系统对HIV-1 Pro/RT区测序和ABI Prism 3100/3130基因分析仪)。这种方法使用自动化RNA提取，使用NucliSENS easyMag平台的顺磁性二氧化硅颗粒(bioMérieux，Inc.)。所有HIV-1测序反应都是在ABI PRISM3100基因分析仪毛细管平台(Applied Biosystems)上处理的，数据是使用ViroSeq软件(v2.8)分析的。HIV-1时序同源性是通过bioMONTR的专利权bioConT序列分析工具分析的。

4.结果

在通过本发明的ViveST装置处理的血浆样品和冷冻血浆之间，在ViroSeq HIV-1产生的报告中药物抗性突变是100％一致的(10/10对)。在4/10对中鉴定有HIV-1药物抗性突变，在6/10对样本中检测到WT病毒。为了所有成对样品来说，当比较通过ViveST装置处理的血浆样品与冷冻血浆的蛋白酶和逆转录酶区时，在核苷酸水平上有>99％的一致性(表35)。对于重复样品(纯的、1:2和1:4稀释物)，通过本发明的ViveST装置处理的血浆样品产生相同的药物抗性曲线类型，而与分析的稀释物无关。

表35.ViroSeq分析的结果

5.结论

与冷冻血浆相比，在ViroSeq HIV-1基因分型系统(v2.0)中使用通过本发明的ViveST装置处理的样品显示对于药物抗性突变的100％的一致性以及在核苷酸水平大于99％的一致性。此外，通过本发明的ViveST装置处理的血浆样品的重复实验产生相同的药物抗性突变类型。结果显示ViveST装置对于运输从HIV-1阳性个体获得的用于HIV-1抗性测试的血浆有实用性。

实施例19

使用Roche TagMan HCV分析法进行高纯系统验证

1.目的

这个研究的目的是使用Roche COBAS TaqMan HCV(v 2.0)分析法验证与高纯系统一起使用的本发明的ViveST装置。这个研究描述以下结果：精密度研究；线性(分析测量范围)；稳定性(7天)；与冷冻血浆相比的准确性；和检测限(LOD)/定量限(LOQ)。

2.方法

与高纯系统一起使用的Roche COBAS TaqMan HCV(v2.0)是基于定量RT-PCR的试验，它使用RT-PCR从临床样本中的HCV RNA基因组产生扩增产物。所述方法基于两个主要步骤：a)从血浆样品中提取病毒RNA，和b)扩增并同时检测病毒RNA。

3.实验设计

在与高纯系统一起使用的Roche COBAS TaqMan HCV(v2.0)上进行的所有测试都是按照FDA批准的流程(0.5mL)进行的，没有改进。Roche HCV分析法需要0.5mL样品，因此，在每个ViveST装置上加载/回收0.8mL以确保足够的样品体积。将所有加载的ViveST装置储存在环境温度(RT)下。评价这种分析法中的通过本发明的ViveST装置处理的样品在精密度、准确性、分析测量范围、稳定性和检测限(LOD)/定量限(LOQ)方面的表现。

3.1精密度(试验间和试验内精密度)

为了评价试验间和试验内精密度，将具有不同病毒载量值(低、中和高病毒载量)的HCV感染性血浆样品一式三份地储存在本发明的ViveST装置上，在不同日期用Roche HCV分析法回收并测试(n＝27)。结果的总结在表36中提供。

表36：试验内和试验间精密度的总结(平均值)

结论：

在～3.55、～4.15和～4.45LOG IU/mL的平均浓度获得的试验间和试验内标准偏差(SD)<0.15log IU/mL，表明重现性强。所有样品浓度在所有时间点的试验间精密度的95％置信区间(95％CI)是+/-0.07。所有样品浓度在所有时间点的内部试验精密度的95％置信区间(95％CI)是+/-0.17。

3.2分析测量范围和准确度

为了测试分析测量范围，在正常人血浆中连续稀释高滴度HCV感染性血浆样品(～6log拷贝/mL)(7个水平)。将每个水平一式三份地加载在本发明的ViveST装置上，储存7天，回收并且在一次测试中测试(n＝21)。对于与冷冻血浆相比的准确度，冷冻相同的系列稀释物(一式三份)、解冻并且分析(N＝21)。结果在表37和图44中提供。

表37：使用Roche COBAS TaqMan HCV测试(v2.0)的HCV线性

结论

这个研究证实在～3至～6LOG的范围内有良好的样品相关性(通过ViveST装置处理的样品与冷冻血浆比较)，线性回归分析得到的R²值为0.9954。回收和分析之前，与冷冻血浆相比，观察到在环境条件(RT)下在ViveST装置上储存7天的样品有0.53LOG IU/mLHCV RNA的平均降低。

3.3稳定性

为了评价稳定性，在环境条件(RT)下将具有不同病毒载量值(低、中和高病毒载量)的HCV感染性血浆样品储存在ViveST装置上1、3和7天之后，在Roche HCV分析法上进行分析(n＝27)。结果在表38、图45和图46中提供。

表38：使用Roche COBAS TaqMan HCV测试(v2.0)在环境储存条件下进行HCV 7天稳定性研究的结果总结

结论

对于储存在环境温度(RT)的样品，在冷冻血浆和储存在本发明的ViveST装置上7天时间的血浆样品之间记录到0.57LOG IU/mL(从0.31至0.57LOG IU/mL)的最大降低(表38)。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.01至0.15范围内。贯穿所有时间点的线性回归分析表明在7天研究的过程中保持线性拟合(R²>0.97)(图45)。

3.4检测限(LOD)/定量限(LOQ)

为了测定LOD/LOQ，在HCV阴性人血浆中稀释HCV感染性血浆以得到大约40至440IU/mL的稀释物。为了证实HCV RNA浓度，分析稀释的样品并且进行线性回归分析。随后在本发明的ViveST装置上加载每种浓度的20个重复实验并且在环境条件(RT)储存7天。回收之后，使用单批(single lot)提取和扩增试剂测试样品。进行概率单位分析以确定95％命中率。

表39.使用Roche COBAS TaqMan HCV分析法对没有通过ViveST处理的冷冻血浆样品进行HCV LOD/LOQ研究

*＝分析期间的误差。使用水平2和水平4的值估计的值。

表40.Roche COBAS TaqMan HCV分析法中的HCV LOD/LOQ数据的总结

结论

对于LOD/LOQ研究，稀释的血浆样品得到比希望略高的HCV病毒载量值；然而，线性回归分析得到的R²值为0.9946，表明可以接受将稀释的样品用于LOD/LOQ研究(表39和图47)。基于来自通过ViveST装置处理的血浆样品的数据的概率单位分析，当具有161IU/mL(2.21LOG IU/mL)的HCV RNA浓度的血浆样品被加载在本发明的ViveST装置上并且在环境条件(RT)下储存7天时，将所述样品用95％概率定量(图48)。重新计算概率单位值以确定检测限(LOD)。这需要计算由AmpliLink软件检测但是没有定量(即，结果<25IU/mL)的样品的病毒载量值。

5.最终结论

本发明的ViveST装置与用于与高纯系统一起使用的RocheCOBAS TaqMan HCV测试(v2.0)一起使用显示出可接受的精密度、重现性、准确度和稳定性。结果表明在环境条件(RT)下储存7天之后，与冷冻血浆相比观察到通过本发明的ViveST装置储存并处理的样品的HCV浓度有～0.55LOG IU/mL降低。7天之后用95％概率定量的HCV RNA的浓度是161IU/mL。结果证明ViveST装置对于储存用于病毒载量测试的HCV感染性样品有实用性。

实施例20

本发明的ViveST装置的浓度研究

1.目的

这个研究的目的是确定是否大于1.0mL的样本(即，最多2.0mL)能够成功地加载在本发明的ViveST装置上。不考虑加载体积，在1.0mL中回收所有样本以确定通过浓缩生物样本是否改善灵敏度。这个研究描述样本加载体积实验的结果以及分析‘浓缩样本’与‘非浓缩样本’比较的结果。

2.方法

在本发明的ViveST装置上加载/回收HIV-1感染性血浆。根据Abbott REALTIME HIV-1分析法包装说明书中列出的并且按照bioMONTR研究方法分析回收的样本(使用Abbott REALTIME HIV-1分析法对HIV-1RNA进行RM-002.00定量)。

3.实验设计

3.1样本加载体积

为了评价能够成功加载在带有聚烯烃基质的本发明的ViveST装置上的血浆的最大体积，将HIV-1感染性血浆(1.0mL、1.5mL和2.0mL)吸取到单独标记的ViveST装置的每个聚烯烃基质的上面。如下所述，拍摄照片以记录结果。

结论：将1.0mL血浆加载在本发明的ViveST装置的聚烯烃基质上，在加载的时候完全被吸收。加载额外的体积，最多1.5mL，但是直到加载后大约30分钟之后才完全吸收。1.5mL以上的任何体积似乎不能被基质吸收。这种超额体积似乎在帽子的内表面上干燥并且不能被回收用于分析。

3.2Abbott REALTIME HIV-1

为了使用本发明的ViveST装置评价HIV-1感染性血浆的浓度，分析浓度为～2.08LOG c/mL(～120c/mL)的HIV-1感染性血浆样品。向每个单独标记的ViveST装置的每个聚烯烃基质上面各自吸取10个1mL重复实验和10个1.5mL重复实验。

在环境温度下将加载的基质在层流操作台中干燥整夜。将装置加帽并且在回收之前在环境温度下储存4天。使用1mL分子等级水回收所有样本并且按照Abbott REALTIME HIV-1包装说明书(0.5mL装)进行分析。结果在表格41和图53中提供。

表41：使用Abbott REALTIME HIV-1分析法进行HIV-1浓度研究的单独的结果

结论：当将1.5mL低滴度HIV-1感染性血浆样品加载在本发明的ViveST装置上并且使用1.0mL分子等级水回收时获得2.14LOGc/mL的平均值，相比之下，当加载1mL并且使用1.0mL分子等级水回收时获得1.6LOG c/mL的平均值。这些结果表明本发明的ViveST装置可以用于浓缩血浆样本中的病毒。

4.最终结论

最多1.5mL血浆能够成功地加载在本发明的ViveST装置的聚烯烃基质上。超过1.0mL的体积不能立即吸收，但是能够在～30分钟之后完全吸收到基质中去。通过回收小于加载的体积使用本发明的ViveST装置浓缩病毒目标。然而，在用1mL输入量与1.5mL输入量相比之下获得的结果之间没有直接的比例关系，表明本发明的ViveST装置的目标浓度对于定性分析能够具有更加有意义的应用(阳性/阴性测试)。

实施例21

低滴度HCV研究

1.目的

这个研究的目的是评价本发明的ViveST装置储存低滴度HCV感染性血浆的表现。这个研究描述低滴度HCV研究的结果。

2.方法

Abbott REALTIME HCV分析法上的所有测试都是按照FDA批准的流程(0.9mL)进行的，没有作改进。将1mL HCV感染性血浆加载在ViveST装置上，在环境温度下干燥、储存3、4、5或7天并且在1mL分子等级水中回收。比较冷冻样品的HCV病毒载量结果和通过ViveST装置储存和处理的样品。

3.实验设计

低滴度HCV感染性血浆样品板(HCV类型1b)购自Qnostics。在干冰上运输材料并且储存在-80℃等待分析。Qnostics提供测试结果：对比WHO第二国际标准测试时是1.76LOG IU/mL；对比WHO第四国际标准测试时是2.14LOG IU/mL；指定值是100IU/mL。

为了证实购买材料的病毒载量，将45个样品解冻并且不经ViveST装置处理就进行分析(即，冷冻样品)。为了评价通过本发明的ViveST装置储存和处理的样品的表现，将180个样品解冻，加载在ViveST装置(每个1mL)上，干燥并且储存在环境条件下。储存3天、4天、5天和7天之后使用1mL分子等级水从ViveST装置回收45个样品。按照包装说明书和bioMONTR研究方法在AbbottREALTIME HCV分析法中分析冷冻样品和所有回收的样品(使用Abbott REALTIME HCV分析法对HCV RNA进行的RM-003.00定量)。

4.结果

冷冻样品和通过本发明的ViveST装置储存和处理的样品的Abbott REALTIME HCV病毒载量结果的总结在以下表42(LOGIU/mL)和表43(IU/mL)中提供。

根据对45个冷冻样品的测试，Qnostics板样品的平均浓度是1.80LOG IU/mL(69IU/mL)，范围为1.56-2.20LOG IU/mL(37-158IU/mL)。平均病毒载量低于Qnostics的指定值100IU/mL。通过本发明的ViveST装置储存和处理的100％的样品都被检测，平均病毒载量为：在环境温度下储存3天时是1.35LOG IU/mL(23IU/mL)(n＝45)；在环境温度下储存4天时是1.29LOG IU/mL(21IU/mL)(n＝45)；在环境温度下储存5天时是1.27LOG IU/mL(20IU/mL)(n＝45)；在环境温度下储存7天时是1.26LOG IU/mL(19IU/mL)(n＝45)。

贯穿所有试验的标准偏差是：冷冻样品为0.17LOG IU/mL(n＝45)；在环境温度储存3天时是0.12LOG IU/mL(n＝45)；在环境温度储存4天时是0.17LOG IU/mL(n＝45)；在环境温度储存5天时是0.19LOG IU/mL(n＝45)；在环境温度储存7天时是0.13LOG IU/mL(n＝45)。

与冷冻血浆相比，通过本发明的ViveST装置储存和处理的样品的病毒载量中的平均降低是：在环境温度储存3天时是0.45LOGIU/mL(n＝45)；在环境温度储存4天时是0.51LOG IU/mL(n＝45)；在环境温度储存5天时是0.53LOG IU/mL(n＝45)；在环境温度储存7天时是0.54LOG IU/mL(n＝45)。

如图54所示，散点图表明除了通过ViveST装置储存和处理的所有样品得到比冷冻血浆低的结果之外没有明显的趋势。虽然冷冻血浆的平均值(n＝45)是1.80LOG IU/mL，通过ViveST装置储存和处理的所有样品(n＝180)得到介于0.71LOG IU/mL-1.77LOG IU/mL之间的结果。由Abbott REALTIME HCV数据分析软件报告为<1.08LOGIU/mL(<12IU/mL)的结果是使用储存的HCV校正曲线人工计算的。

表42.低拷贝HCV研究的总结(LOG IU/mL)

表43.低拷贝HCV研究的总结(IU/mL)

5.最终结论

将具有1.80LOG IU/mL(69IU/mL)平均病毒载量的冷冻血浆样品(n＝180)在本发明的ViveST装置上储存最多7天。回收之后，使用Abbott’s REALTIME HCV分析法检测所有这些样品。虽然病毒载量有一些降低，回收的重现性非常好，与储存时间无关。这些数据支持使用0.5LOG IU/mL的校正因子标准化/校正具有可从冷冻血浆获得的数值的病毒载量，用于通过本发明的ViveST装置储存和处理的样品。

实施例22

与Abbott REALTIME HBV分析法一起使用的通过ViveST装置处理的样品的验证

1.目的

研究目的是验证在Abbott REALTIME HBV分析法中使用的通过本发明的ViveST装置处理的样品。这个研究描述以下结果：精密度和准确度研究；线性(分析测量范围)；稳定性(7天)；与冷冻血浆相比的准确性；和检测限(LOD)/定量限(LOQ)。

2.方法

Abbott REALTIME HBV分析法是基于体外聚合酶链反应(PCR)的分析法，它用于定量来自慢性HBV感染个体的人血浆(EDTA)中的乙型肝炎病毒(HBV)DNA。所述方法基于两个主要步骤：a)从血浆样品中提取病毒DNA；和b)扩增并同时检测病毒DNA。

3.实验设计

在Abbott REALTIME HBV分析法上进行的所有测试都是按照没有作改进的FDA批准的流程(0.5mL)以及按照bioMONTR研究方法进行的(RM 008.00，使用Abbott RealtTime HBV分析法对HBV DNA定量)。Abbott HBV分析法(0.5mL流程)需要0.7-1.2mL样品，因此，在本发明的ViveST装置上加载/回收1.0mL样品以确保足够的样品体积。将所有加载的ViveST装置储存在环境温度(RT)下。评价这种分析法中的通过本发明的ViveST装置储存和处理的样品在精密度/准确度、分析测量范围、稳定性和检测限(LOD)/定量限(LOQ)方面的表现。

4.1精密度(试验间和试验内精密度)

为了评价试验间和试验内精密度，将具有不同病毒载量值(低、中和高病毒载量)的HBV感染性血浆样品一式三份地储存在本发明的ViveST装置上，在不同日期用Abbott REALTIME HBV分析法回收并测试(n＝27)。结果的总结在以下表44中提供。

表44：试验内和试验间精密度的总结(平均值)

结论：在～3.6、～4.7和～5.8LOG IU/mL的平均浓度获得的试验间和试验内标准偏差(SD)<0.13log IU/mL，表明重现性强。试验间精密度在95％置信区间的变异系数(％CV)在所有样品浓度的所有时间点都<0.06％。内部试验精密度在95％置信水平的变异系数(％CV)在所有样品浓度的所有时间点都<0.14％。

4.2分析测量范围和准确度

为了测试分析测量范围，在正常人血浆中连续稀释高滴度HBV感染性血浆样品(～7log IU/mL)(7个水平)。将每个水平一式三份地加载在ViveST装置上，储存7天，回收并且在一次测试中测试(n＝21)。对于与冷冻血浆相比的准确度，冷冻相同的系列稀释物(一式三份)、解冻并且进行分析(N＝21)。结果在表45和图55中提供。

表45：使用Abbott REALTIME HBV分析法的HBV线性

结论：这个研究证实在～1至～7LOG的范围内有优越的样品相关性(通过本发明的ViveST装置储存和处理的样品与冷冻血浆相比)，线性回归分析得到的R²值为0.99706。平均起来，与冷冻血浆相比，在环境条件(RT)下储存7天之后从本发明的ViveST装置回收的样品得到相等的病毒载量值。

4.3稳定性

为了评价稳定性，在环境条件(RT)下将具有不同病毒载量值(低、中和高病毒载量)的HBV感染性血浆样品在本发明的ViveST装置上储存1、4、7、14、30和60天之后在Abbott REALTIME HBV分析法上进行分析。对于与冷冻血浆相比的准确度，冷冻相同的系列稀释物(一式三份)、解冻并且分析(N＝21)。结果在表46、图56和图57中提供。

表46.使用Abbott REALTIME HBV分析法对在环境储存条件下的HBV 60天稳定性研究的结果总结

结论：与冷冻血浆相比，在环境条件(RT)下在本发明的ViveST装置上储存60天时间的样品没有HBV DNA的降低(表46和图57)。贯穿所有水平/所有测试点的标准偏差都在0.02至0.13范围内。贯穿所有时间点的线性回归分析表明在60天研究的过程中保持线性拟合(R²>0.99)(图56)。

4.4检测限(LOD)/定量限(LOQ)

为了测定LOD/LOQ，在HBV阴性人血浆中稀释HBV感染性血浆以得到大约1.5至50IU/mL的稀释物。为了证实HBV DNA浓度，分析稀释的样品并且进行线性回归分析。随后在本发明的ViveST装置上加载每种浓度的15个重复实验并且在环境条件(RT)储存7天。回收之后，使用单批(single lot)提取和扩增试剂测试样品。进行概率单位分析以确定95％命中率。

表47.使用Abbott REALTIME HBV分析法对没有通过ViveST装置处理的冷冻血浆样品进行HBV LOD/LOQ研究

表48.Abbott REALTIME HBV分析法中的LOD/LOQ数据的总结

*Abbott REALTIME HBV数据分析软件报告为<1.00LOG IU/mL(<10IU/mL)的结果是使用储存的HBV校正曲线人工计算的。

结论：对于LOD/LOQ研究，稀释的血浆样品得到比希望略高的HBV病毒载量值；然而，线性回归分析得到的R²值为0.9575，表明可以接受将稀释的样品用于LOD/LOQ研究(表47和图58)。如表48中总结，检测到15中的14个样品或93％具有6IU/mL的估计病毒载量，并且得到4IU/mL的人工计算的平均病毒载量。检测到所有样品(15个中的15个)具有7IU/mL的估计病毒载量，得到6IU/mL的人工计算平均病毒载量。

对通过本发明的ViveST装置储存和处理以及通过AbbottREALTIME HBV数据分析软件分析和定量的所有样品都进行概率单位分析。基于这个分析，当将HBV DNA浓度为13IU/mL(1.10LOGIU/mL)的血浆样品加载在本发明的ViveST装置上并且在环境条件(RT)下储存7天时，将所述样品用95％概率定量(图59)。概率单位分析只使用通过Abbott软件定量的样品值(即，>10IU/mL)进行。

5.最终结论

Abbott REALTIME HBV分析法使用通过本发明的ViveST装置储存和处理的样品显示可接受的精密度、重现性、准确性和稳定性。结果证实在本发明的ViveST装置上储存的HBV感染性血浆得到的结果与从不通过本发明的ViveST装置处理的冷冻血浆获得的结果相当。

根据本公开其它实施方案和用途对本领域技术人员来说是显而易见的。本领域的一般技术人员将会理解，可以对本发明的实施方案做出各种变化和修改，并且可以在不脱离本发明的精神的情况下做出这些变化和修改。因此，随附权利要求书意欲涵盖在本发明的真实精神和范围内的所有这些等同变化。

Claims (26)

1.一种用于保存和回收生物样本的方法，它包括：

(a)在包括限定具有侧壁、底部和可打开和密封的盖子的内部空间的容器的装置中提供干燥生物样本，所述装置中具有可移除地固定在所述容器内的吸收性三维聚烯烃基质，其中所述聚烯烃基质包括多个具有疏水性聚烯烃表面的空隙并且其中含有从至少0.1ml液体悬浮液的蒸发体积获得的所述干燥生物样本，所述液体悬浮液包含溶剂和在所述基质上吸收和干燥的所述生物样本；

(b)用可控体积的复原介质将所述聚烯烃基质上的生物样本复原；以及

(c)通过压缩所述基质从所述聚烯烃基质除去所述生物样本和复原介质。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述聚烯烃基质包含多种具有基本上疏水性表面的纤维。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述聚烯烃基质内的纤维具有聚乙烯表面。

4.如权利要求2所述的方法，其中所述聚烯烃基质内的纤维包含用聚乙烯涂层的聚丙烯。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述聚丙烯和聚乙烯以大约相等的重量份存在。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述液体悬浮液的体积是至少0.5ml。

7.如权利要求1所述的方法，其中所述液体悬浮液的体积是至少1.0ml。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述三维聚烯烃基质是选自由圆柱体、圆盘形、立方体、球形、角锥体和圆锥体组成的组的形状。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述生物样本和复原介质是通过压缩注射器圆筒中的基质从所述聚烯烃基质除去的。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述聚烯烃基质被压缩所述聚烯烃基质体积的至少50％。

11.如权利要求9所述的方法，其中所述聚烯烃基质被压缩所述聚烯烃基质体积的至少80％。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述生物样本含有选自由核酸、蛋白、碳水化合物、脂质、全细胞、细胞碎片、全病毒和病毒碎片组成的组的所关注分析物。

13.如权利要求1所述的方法，其中所述生物样本含有选自由DNA和RNA组成的组的所关注分析物。

14.如权利要求1所述的方法，其中所述生物样本选自由全血、血浆、血清、淋巴、滑液、尿液、唾液、痰、精液、阴道灌洗液、骨髓、脑脊髓液、生理体液、病理体液和其组合组成的组。

15.如权利要求1所述的方法，其中包含所述生物样本的所述液体悬浮液进一步包含细胞悬浮液、液体提取物、组织匀浆、来自DNA或RNA合成的介质、盐水和其组合。

16.如权利要求1所述的方法，其中所述生物样本用于病毒载量定量、基因分型、药物抗性测试或所关注的病毒核酸的其它分析。

17.如权利要求16所述的方法，其中所述所关注的病毒核酸选自由HCV、HIV、HBV、单链或双链RNA病毒、单链或双链DNA病毒、逆转录病毒、流感病毒和微小病毒B19组成的组。

18.如权利要求16所述的方法，其中所述所关注的病毒核酸包含在HCV、HIV、HBV、单链或双链RNA病毒、单链或双链DNA病毒、逆转录病毒、流感病毒和微小病毒B19的基因组内。

19.一种用于保存和回收生物样本的装置，它包括：

(a)限定具有侧壁、底部和可打开和密封的盖子的内部空间的封闭容器，和

(b)可移除地固定在所述容器内的吸收性三维聚烯烃基质，其中所述吸收性聚烯烃基质包含多个由多种具有疏水性聚乙烯表面的纤维限定的空隙，并且其中所述吸收性聚烯烃基质可以夹带至少0.5ml体积包含溶剂和生物样本的液体悬浮液。

20.如权利要求19所述的装置，其中所述聚烯烃吸收性基质的纤维包含基本上用聚乙烯表面涂层的聚丙烯核。

21.如权利要求19所述的装置，其中所述聚烯烃基质是选自由圆柱体、圆盘形、立方体、球形、角锥体和圆锥体组成的组的形状。

22.如权利要求19所述的装置，其中所述聚烯烃基质可以夹带至少1.0ml体积的液体悬浮液。

23.如权利要求19所述的装置，其中所述聚烯烃基质具有约0.077g/cc的密度。

24.如权利要求19所述的装置，其中所述聚烯烃基质是通过对靠着所述聚烯烃基质的柱塞施加力来压缩的。

25.如权利要求24所述的装置，其中所述聚烯烃基质具有可压缩至少50％的体积。

26.如权利要求19所述的装置，其中所述生物样本包含RNA或DNA。