CN104313176B - 一种棕榈疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 - Google Patents
一种棕榈疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN104313176B CN104313176B CN201410643035.7A CN201410643035A CN104313176B CN 104313176 B CN104313176 B CN 104313176B CN 201410643035 A CN201410643035 A CN 201410643035A CN 104313176 B CN104313176 B CN 104313176B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- lamp
- primer
- detection
- mould bacterium
- palm mould
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种棕榈疫霉菌的LAMP检测引物组合物及其LAMP检测试剂盒和LAMP检测方法。该LAMP检测引物组合物由正向内引物FIP、反向内引物BIP、正向外引物F3、反向外引物B3、正向环引物LF和反向环引物LB组成；各引物序列具体如下：FIP：5′‑CTCACTTCAACAGCCCCGCC‑GAAGTGTGCTGCGTCGTG‑3′；BIP：5′‑TCGGCTAAAGTGACGGCTTTGA‑CAACCTGCAACCACCGAA‑3′；F3：5′‑GCGGAAGGGACTACACCT‑3′；B3：5′‑AACAACAACACCGAGGCC‑3′；LF：5′‑ ACAGAGCAAGAAGCGAATTAGAG‑3′；LB：5′‑GCTGCGAGTGGTTTGTGACT‑3′。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及一种棕榈疫霉菌的LAMP检测引物组合物及其LAMP检测试剂盒和LAMP检测方法。
背景技术
棕榈疫霉菌(Phytophthora palmivora)是农业生产上的一种危害极为严重的病原菌，能够侵染根、茎、叶、花以及果实等各个部位，在气候潮湿的条件下发病更为严重。。棕榈疫霉菌属于卵菌门(Oomycota)、卵菌纲(Oomycetes)、霜霉目(Peronosporales)、腐霉科(Pythiaceae)、疫霉属(Phytophthora)。棕榈疫霉引起的植物病害分布广泛，所以建立棕榈疫霉的快速分子检测技术对于其引起疫病的早期控制具有重要意义。目前对该病害还没有快速有效的防治措施，控制该病的最有效途径就是加强检疫，防止病原菌的传播和阻碍其扩散方式。
传统的棕榈疫霉菌的分类鉴定主要是基于形态学特征、致病性测定、生理生化特征等。传统方法在棕榈疫霉菌检测中发挥了重要作用，但是费时费力而且要求操作者具备专业的疫霉分离、形态学鉴定知识和丰富的经验。随着核酸相关的鉴定方法的发展，PCR技术为植物病原诊断提供了快速、灵敏、准确的优势，虽然PCR法在特异性和敏感性上有较大的提高，但是检测时间仍然比较长，大概4～5h，同时PCR方法依赖精密的温度循环装置。其检测灵敏度比较高，但是检测过程复杂，不能满足快速检测的需求。
环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification，LAMP)是日本的荣研株式会发明的一种新的核酸扩增技术，因为其操作简单、快速、特异性高、成本低等优点，成为可以替代PCR的新的核酸扩增技术。它是针对靶基因的6个区域设计4种特异的引物，在Bst大片段聚合酶的作用下引起自循环链置换反应，60～65℃范围80min内，大量合成目标DNA的同时伴随有副产物——白色的焦磷酸镁沉淀产生。由于LAMP扩增过程依赖识别靶序列6个独立区域，所以反应特异性很强，并且核酸扩增过程是在恒温条件下进行，普通水浴锅或者有稳定热源的设备就能满足反应要求，检测成本大大降低。由于LAMP反应简单、快速、高效、经济等特征，因而具有极为广泛的应用前景。自LAMP检测技术建立14年以来，该技术已经广泛应用于对病毒、细菌、寄生虫、真菌等病原菌的检测研究，但在植物病原卵菌的检测报道很少，棕榈疫霉菌的检测国内外均未见报道。
发明内容
发明目的：针对现有技术中棕榈疫霉菌生物学检测方法所需周期长、检测方法特异性差、灵敏度低的问题，本发明的目的是提供一种棕榈疫霉菌的LAMP检测引物组合物。本发明的另一目的是提供上述棕榈疫霉菌的LAMP检测试剂盒。本发明还有一目的是提供上述棕榈疫霉菌的LAMP检测方法。
技术方案：为了实现上述发明目的，本发明采用的技术方案为：
一种用于检测棕榈疫霉菌的LAMP检测引物组合物：由正向内引物FIP、反向内引物BIP、正向外引物F3、反向外引物B3、正向环引物LF和反向环引物LB组成；各引物序列具体如下：
FIP：5′-CTCACTTCAACAGCCCCGCC-GAAGTGTGCTGCGTCGTG-3′；
BIP：5′-TCGGCTAAAGTGACGGCTTTGA-CAACCTGCAACCACCGAA-3′；
F3：5′-GCGGAAGGGACTACACCT-3′；
B3：5′-AACAACAACACCGAGGCC-3′；
LF：5′-ACAGAGCAAGAAGCGAATTAGAG-3′；
LB：5′-GCTGCGAGTGGTTTGTGACT-3′
所述的LAMP检测引物组合物在检测棕榈疫霉菌的中的应用。
一种检测棕榈疫霉菌的LAMP检测试剂盒：包含1mL检测溶液，所述的检测溶液包括：32mM正向内引物FIP、32mM反向内引物BIP、8mM正向外引物F3、8mM反向外引物B3、8mM环引物LF、8mM环引物LB、50mM dNTPs、0.8M Tris-HC、0.4mMKCl、0.4mM(NH4)2SO4、0.24mMMgSO4、4％Triton X-100、Bst DNA polymerase 320单位，200mM羟基萘酚蓝；其中，各引物序列具体如下：
FIP：5′-CTCACTTCAACAGCCCCGCC-GAAGTGTGCTGCGTCGTG-3′；
BIP：5′-TCGGCTAAAGTGACGGCTTTGA-CAACCTGCAACCACCGAA-3′；
F3：5′-GCGGAAGGGACTACACCT-3′；
B3：5′-AACAACAACACCGAGGCC-3′；
LF：5′-ACAGAGCAAGAAGCGAATTAGAG-3′；
LB：5′-GCTGCGAGTGGTTTGTGACT-3′。
所述的检测棕榈疫霉菌的LAMP试剂盒在检测棕榈疫霉菌的中的应用。
一种检测棕榈疫霉菌的LAMP检测方法：包括提取待检微生物的DNA，以提取的DNA为模板，利用LAMP检测引物组合物或LAMP检测试剂盒进行LAMP；扩增产物观察LAMP反应溶液颜色变化，天蓝色表示检测为阳性，存在棕榈疫霉菌；紫色表示检测结果为阴性，不存在棕榈疫霉菌。
所述的检测棕榈疫霉菌的LAMP检测方法：提取待检微生物的DNA，取1μL DNA溶液，加入23μLLAMP试剂盒中的检测溶液和1μL灭菌去离子水进行LAMP，LAMP反应程序为：60℃～65℃，50～70min。
本发明的检测棕榈疫霉菌的方法，包括提取待检微生物的DNA，以提取的DNA为模板，利用所述的LAMP引物组合物进行LAMP；羟基萘酚蓝(hydroxylnaphthol blue，HNB)属于金属离子指示剂的一种。HNB是Mg2+的滴定剂，其颜色随溶液pH变化而改变，因此可以通过监测LAMP反应体系中Mg2+浓度的变化及溶液pH而起到颜色指示剂的作用。反应前将HNB加入到反应液中，反应体系呈紫色，反应过程中Mg2+与LAMP反应的副产物P2O7 4-结合产生大量沉淀，溶液中Mg2+浓度降低，pH发生变化，从而使HNB的颜色由紫色变为天蓝色。因此，反应结束后通过反应体系的颜色变化，来判断棕榈疫霉菌的有无：天蓝色表示检测为阳性，存在棕榈疫霉菌；紫色表示检测结果为阴性，不存在棕榈疫霉菌。
本发明的关键性技术之一是棕榈疫霉菌的高效特异扩增的引物序列及其扩增方法。为了验证棕榈疫霉菌的特异性引物序列，本发明以6株棕榈疫霉菌菌株和13种其它卵菌以及19种病原真菌为供试材料(表1)，采用CTAB法提取发病组织中棕榈疫霉菌的DNA。具体方法如下：取少量菌丝粉，加900μL 2％CTAB提取液和90μL 10％SDS，漩涡混匀，于55℃水浴1h，中间每10min上下颠倒几次。12000rpm离心10min，取上清液加等体积酚/氯仿/异戊醇(25：24：1)，颠倒混匀，12000rpm离心10min；将上清液转移至新管，加等体积氯仿，轻轻颠倒混匀，12000rpm离心5min。上清转移至新管中，加2倍体积的无水乙醇和1/10体积的3M NaAc(pH 5.2)，-20℃沉淀(>1h)。12000rpm离心10min，倾去上清，沉淀用70％乙醇洗涤两次，室温晾干。加适量灭菌超纯水或TE(pH 8.0)溶解沉淀(含20μg/mL RNase)，37℃处理1h后，-20℃保存备用。所有的土壤样品采用SPIN试剂盒(Q-Biogene Ltd,USA)进行DNA的提取。土壤DNA提取步骤参见试剂盒说明书。这一商用土壤微生物DNA提取试剂盒可以在0.5h内提取到土壤中的微生物。
当发生LAMP扩增反应时，产生大量的焦磷酸镁白色沉淀导致反应液的浊度上升，通过HNB的显色反应结果所示，棕榈疫霉菌的反应管里均呈天蓝色，其为阳性结果，而其它疫霉种、真菌、腐霉和阴性对照菌反应管均呈紫色，为阴性结果，证明所设计的LAMP特异性引物具有种的特异性。这说明该引物组可被用于生产实践中发病组织及土壤中棕榈疫霉菌的快速可靠的检测盒鉴定。当用于发病组织中存在棕榈疫霉菌时，采用NaOH快速裂解法提取棕榈疫霉菌的DNA，具体过程如下：取一段发病的植株组织，每毫克组织加入10μL 0.5MNaOH，在研钵中充分研磨后转移至1.5mL的EP管中，12000rpm离心5min，取5μL上清液加入495μL 0.1mM Tris(pH 8.0)，混匀后取1μL直接用于PCR反应。每个反应至少重复三次，同时为确定植株中无PCR抑制物存在。
表1用于检测棕榈疫霉菌特异性的真菌和卵菌菌株
有益效果：与现有技术相比，本发明的优点和积极效果表现在：
1)准确性高：由于传统棕榈疫霉菌检测技术只是根据形态特征来确定检测对象，无法排除人为因素的干扰，很难区分形态相近种，检测准确性只有60-80％；而本发明根据棕榈疫霉菌的IGS基因(Genbank登录号：DQ 163014.1)的序列，利用Bioedit软件将棕榈疫霉菌的IGS基因序列和其他疫霉种的序列进行比较，选取棕榈疫霉菌特有的一段序列设计特异性的LAMP引物。LAMP反应通过4条引物(FIP、BIP、F3、B3)特异性识别靶序列上的6个独立区域，其特异性和灵敏度都比较高。此外，正向环引物LF、反向环引物LB能够提高反应速率，和其他四条引物一起，在确保反应准确性的情况下，使本发明能快速的进行棕榈疫霉菌的检测。
2)操作方便：本发明提供的检测棕榈疫霉菌的LAMP方法克服了现有技术中棕榈疫霉菌的生物学检测方法所需周期长、费时费力、繁琐、特异性差的问题及PCR检测技术需要热循环仪器，无法快速检测棕榈疫霉菌的问题。本发明检测方法在64℃等温条件下，能快速、方便、高效、高特异、高灵敏地检测到棕榈疫霉菌，不需要复杂仪器，能较好满足对棕榈疫霉菌的现场检测。
3)实用性好。普通PCR反应对产物进行凝胶电泳很容易造成产物扩散，这是实验室污染的一个主要来源；而且溴化乙锭(EB)有巨毒，可累积致癌；长期观察紫外灯也会对实验人员造成一定程度的伤害。而LAMP反应只需在恒温水浴锅中进行，反应结束之后通过HNB的颜色变化便可直接判断结果，从而增加了其在带菌的植株和土壤中检测的应用价值。
4)实现了恒温扩增，不像PCR法必须要热循环，这样就摆脱了对热循环仪器的依赖，只要有稳定的热源LAMP反应就可以发生，极大的扩展了LAMP使用的范围，LAMP之所以能在恒定的热源下发生反应是因为在LAMP反应液中添加了甜菜碱，使双链DNA处于解链的动态平衡中，在Bst DNA聚合酶的作用下实现扩增。
5)本发明为棕榈疫霉菌的检测提供了新的技术平台，可用于棕榈疫霉菌的高灵敏度快速检测，同时在病害侵染初期鉴定出病原物，同时能够对田间土壤中的病原物进行检测。本发明对减少农药盲目使用，降低生产成本，减少农药的环境污染也具有重要意义。
附图说明
图1是颜色判定LAMP检测棕榈疫霉菌的种间特异性显色图；图中显示第1管以及第2管显天蓝色，呈阳性；第3-9管显紫色，呈阴性。其中，1，2：棕榈疫霉菌(P.palmivora)；3：苎麻疫霉(P.boehmeriae)；4：樟疫霉(P.cinnamomi)；5：辣椒疫霉(P.capsici)；6：掘氏疫霉(P.drechsleri)；7：致病疫霉(P.infestans)；8：草莓疫霉(P.fragariae)；；9：阴性对照；
图2是颜色判定LAMP检测棕榈疫霉菌的特异性显色图；图中显示第1管以及第2管显天蓝色，呈阳性；第3-9管显紫色，呈阴性。其中，1，2：棕榈疫霉菌(P.palmivora)；3：平头炭疽菌(Colletotrichum truncatum)；4：茄镰刀(Fuarium solani)；5：稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)；6：立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)；7：大丽轮枝菌(Verticilium dahliae)；8：终极腐霉(Pythium ultimum)；9：阴性对照；
图3是颜色判定LAMP检测棕榈疫霉菌的灵敏度显色图；25μL的反应体系中分别含有10ng、1ng、100pg、10pg、1pg、100fg、10fg棕榈疫霉菌DNA的反应管显天蓝色，呈阳性反应，25μL的反应体系中分别含有1fg、100ag、10ag棕榈疫霉菌DNA的反应管显紫色，呈阴性反应。显色结果表明LAMP反应的灵敏度达到10fg。
具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明做进一步的说明，但本发明不受以下实施例的限制。
实施例1
一种用于检测棕榈疫霉菌的LAMP检测试剂盒，由1.6μM正向内引物FIP、1.6μM反向内引物BIP、0.2μM正向外引物F3、0.2μM反向外引物B3、0.2μM正向环引物LF、0.2μM反向环引物LB、1.25mM dNTPs、20mM pH 8.8的Tris-HCl、10mM KCl、10mM(NH4)2SO4、6mM MgSO4、0.1％Triton X-100、Bst DNA polymerase 16单位、5mM羟基萘酚蓝，加入超纯水制备成25uL检测溶液。各引物序列具体如下：
FIP：5′-CTCACTTCAACAGCCCCGCC-GAAGTGTGCTGCGTCGTG-3′；
BIP：5′-TCGGCTAAAGTGACGGCTTTGA-CAACCTGCAACCACCGAA-3′；
F3：5′-GCGGAAGGGACTACACCT-3′；
B3：5′-AACAACAACACCGAGGCC-3′；
LF：5′-ACAGAGCAAGAAGCGAATTAGAG-3′；
LB：5′-GCTGCGAGTGGTTTGTGACT-3′。
其中，正向内引物FIP、反向内引物BIP、正向外引物F3、反向外引物B3、正向环引物LF和反向环引物LB可直接组成用于检测棕榈疫霉菌的LAMP检测引物组合物。
实施例2棕榈疫霉菌LAMP反应的特异性试验
为了验证LAMP方法的特异性，以6株棕榈疫霉菌菌株和13种其它卵菌以及19种病原真菌为供试材料，LAMP检测结果显示6株棕榈疫霉菌菌株均可观察到天蓝色的阳性反应或者琼脂糖凝胶电泳出现LAMP阶梯状的条带，其余13种卵菌以及19种病原真菌显色结果为紫色的阴性反应或者琼脂糖凝胶电泳没有出现扩增条带。选择与棕榈疫霉菌不同种(苎麻疫霉；樟疫霉；辣椒疫霉；掘氏疫霉；致病疫霉；草莓疫霉等)和不同属的菌(平头炭疽菌；茄镰刀菌；稻瘟病菌；立枯丝核菌；大丽轮枝菌；终极腐霉；)的DNA作为模板，取1μL DNA溶液，加入23μL实施例1制备的检测溶液和1μL灭菌去离子水进行LAMP反应，反应程序为：64℃60min。基于反应体系颜色反应做为结果判定标准，结果显示扩增棕榈疫霉菌的DNA模板时，呈现天蓝色；扩增与棕榈疫霉菌不同种、不同属的菌的DNA模板和阴性对照都呈现紫色(图1、图2)。
实施例3棕榈疫霉菌LAMP反应的灵敏度试验
为了确定LAMP检测方法的灵敏度，将提取的棕榈疫霉菌的DNA用分光光度计测定浓度(1μg/μL)后用DEPC水进行10倍比稀释，-70℃保存作为模板。分别取10倍比稀释后的各浓度DNA稀释液1μL作为模板，加入23μL实施例1制备的检测溶液和1μL灭菌去离子水进行LAMP反应，反应程序为：64℃ 60min。取2μL扩增产物上样，结果显示HNB显色反应表明LAMP反应的灵敏度达到10fg的棕榈疫霉菌的DNA(图3)。
实施例4棕榈疫霉菌LAMP反应引物特异性验证和灵敏度验证
针对棕榈疫霉菌的LAMP引物组，共设计了11组符合条件的引物，最终筛选出1组最为特异并灵敏度极高的引物即实施例1中所使用的引物组合物(包括正向内引物FIP、反向内引物BIP、正向外引物F3、反向外引物B3、正向环引物LF和反向环引物LB)。以设计的其余引物(随机从剩余10对引物中选1组为例)为对照，引物序列如下：FIP1：5′-CACGAAACGCGCCACAGAGGGGTCGGTTGTGCTGTGTT-3′；BIP1：5′-GAACCGGACTTGATCTGGGGCGCACACTTCCAGGTGTAGTC-3′；F31：5′-GAGCTGGTGCGAAGGAGT-3′；B31：5′-CGAGACAGAGCAAGAAGCG-3′；LF1：5′-ACAGAGCAAGAAGCGAATTAGAG-3′；LB1：5′-GCTGCGAGTGGTTTGTGACT-3′；以实施例2中所采用的菌株为供试材料(6株棕榈疫霉菌菌株和13种其它卵菌以及19种病原真菌)，参照实施例2的方法进行LAMP检测，结果显示所选引物的特异性不高，灵敏度也较差。说明用于本发明的引物组合物具有较高的特异性和灵敏度。
实施例5从带菌土样中检测棕榈疫霉菌
实施例1的棕榈疫霉菌检测试剂盒用于检测棕榈疫霉菌的方法，包括：
1)土壤中卵孢子的富集：取待检土壤样品20～100克，研碎，先后采用200目筛网去处较大土粒，然后经过400、500、800目筛网过滤，同时用3～10升水反复冲洗，从800目筛网上收集卵孢子，用1mL水悬浮。由于卵孢子不能透过800目筛网，这样处理可以达到使卵孢子富集的效果。
2)从微量卵孢子中提取DNA：将用无菌水悬浮的卵孢子转移到1.5mL的离心管中，在12000r.min-1转速下离心5分钟，倒出液体；加入50μL CTAB buffer，研磨，再加入500μLCTAB buffer，水浴30分钟；加入等体积氯仿抽提，在12000r.min-1转速下离心10分钟，吸取上清；加入1/10体积的3M NaAc，2倍体积的无水冰乙醇，室温沉淀30分钟，12000r.min-1转速下离心10分钟，倒干液体；加1mL 70％(V/V)乙醇洗涤，12000r.min-1转速下离心10分钟，倒干液体，晾干至无酒精味；加10μL无菌双蒸水溶解，用于LAMP扩增的模板。
3)棕榈疫霉菌LAMP检测，包括：棕榈疫霉菌的LAMP检测：取1μL DNA溶液，加入23μL的检测溶液和1μL灭菌去离子水，总体积为25μL；反应程序为：64℃ 60min；以HNB(羟基萘酚蓝)作为反应指示剂，扩增结束后LAMP反应体系的颜色呈现天蓝色，以此判断从带菌土样中能够产生阳性反应含有棕榈疫霉菌。
实施例6活体组织中棕榈疫霉菌的LAMP检测
采用NaOH碱裂解法提取接种棕榈疫霉菌的发病植株的DNA，将其作为模板用于LAMP扩增。取1uL DNA溶液，按实施例5的方法，进行LAMP反应。结果显示接种棕榈疫霉菌的发病植株中进行LAMP，其颜色反应也呈现阳性天蓝色；而健康植株和阴性对照呈现紫色。
SEQUENCE LISTING
<110> 南京林业大学
<120> 一种棕榈疫霉菌的LAMP检测引物组合物及其LAMP检测试剂盒和LAMP检测方法
<130> 100
<160> 12
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 38
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> FIP引物序列
<400> 1
ctcacttcaa cagccccgcc gaagtgtgct gcgtcgtg 38
<210> 2
<211> 40
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> BIP引物序列
<400> 2
tcggctaaag tgacggcttt gacaacctgc aaccaccgaa 40
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> F3引物序列
<400> 3
gcggaaggga ctacacct 18
<210> 4
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> B3引物序列
<400> 4
aacaacaaca ccgaggcc 18
<210> 5
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> LF引物序列
<400> 5
acagagcaag aagcgaatta gag 23
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> LB引物序列
<400> 6
gctgcgagtg gtttgtgact 20
<210> 7
<211> 38
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> FIP1引物序列
<400> 7
cacgaaacgc gccacagagg ggtcggttgt gctgtgtt 38
<210> 8
<211> 41
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> BIP1引物序列
<400> 8
gaaccggact tgatctgggg cgcacacttc caggtgtagt c 41
<210> 9
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> F31引物序列
<400> 9
gagctggtgc gaaggagt 18
<210> 10
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> B31引物序列
<400> 10
cgagacagag caagaagcg 19
<210> 11
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> LF1引物序列
<400> 11
acagagcaag aagcgaatta gag 23
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
<223> LB1引物序列
<400> 12
gctgcgagtg gtttgtgact 20
Claims (6)
1.一种用于检测棕榈疫霉菌的LAMP引物组合物，其特征在于：由正向内引物FIP、反向内引物BIP、正向外引物F3、反向外引物B3、正向环引物LF和反向环引物LB组成；各引物序列具体如下：
FIP：5′-CTCACTTCAACAGCCCCGCC-GAAGTGTGCTGCGTCGTG-3′；
BIP：5′-TCGGCTAAAGTGACGGCTTTGA-CAACCTGCAACCACCGAA-3′；
F3：5′-GCGGAAGGGACTACACCT-3′；
B3：5′-AACAACAACACCGAGGCC-3′；
LF：5′-ACAGAGCAAGAAGCGAATTAGAG-3′；
LB：5′-GCTGCGAGTGGTTTGTGACT-3′。
2.权利要求1所述的LAMP引物组合物在检测棕榈疫霉菌中的应用。
3.一种检测棕榈疫霉菌的LAMP试剂盒，其特征在于：包含1mL检测溶液，所述的检测溶液包括：32mM正向内引物FIP、32mM反向内引物BIP、8mM正向外引物F3、8mM反向外引物B3、8mM环引物LF、8mM环引物LB、50mM dNTPs、0.8M Tris-HCl、0.4mM KCl、0.4mM(NH4)2SO4、0.24mM MgSO4、4％Triton X-100、Bst DNA polymerase 320单位，200mM羟基萘酚蓝；其中，各引物序列具体如下：
FIP：5′-CTCACTTCAACAGCCCCGCC-GAAGTGTGCTGCGTCGTG-3′；
BIP：5′-TCGGCTAAAGTGACGGCTTTGA-CAACCTGCAACCACCGAA-3′；
F3：5′-GCGGAAGGGACTACACCT-3′；
B3：5′-AACAACAACACCGAGGCC-3′；
LF：5′-ACAGAGCAAGAAGCGAATTAGAG-3′；
LB：5′-GCTGCGAGTGGTTTGTGACT-3′。
4.权利要求3所述的检测棕榈疫霉菌的LAMP试剂盒在检测棕榈疫霉菌中的应用。
5.一种检测棕榈疫霉菌的方法，其特征在于：包括提取待检微生物的DNA，以提取的DNA为模板，利用权利要求1所述的LAMP引物组合物或权利要求3所述的LAMP试剂盒进行LAMP；观察LAMP反应溶液颜色变化，天蓝色表示检测为阳性，存在棕榈疫霉菌；紫色表示检测结果为阴性，不存在棕榈疫霉菌。
6.根据权利要求5所述的检测棕榈疫霉菌的方法，其特征在于：提取待检微生物的DNA，取2μL DNA溶液，加入23μL LAMP试剂盒中的检测溶液进行LAMP，LAMP反应程序为：60℃～65℃，50-70min，扩增产物进行颜色变化的观察。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201410643035.7A CN104313176B (zh) | 2014-11-13 | 2014-11-13 | 一种棕榈疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201410643035.7A CN104313176B (zh) | 2014-11-13 | 2014-11-13 | 一种棕榈疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN104313176A CN104313176A (zh) | 2015-01-28 |
| CN104313176B true CN104313176B (zh) | 2017-02-01 |
Family
ID=52368485
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201410643035.7A Active CN104313176B (zh) | 2014-11-13 | 2014-11-13 | 一种棕榈疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN104313176B (zh) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN108588265A (zh) * | 2018-06-11 | 2018-09-28 | 南京林业大学 | 一种丁香疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 |
-
2014
- 2014-11-13 CN CN201410643035.7A patent/CN104313176B/zh active Active
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| Development of a loop-mediated isothermal amplification assay for detection of Phytophthora sojae;Dai等;《FEMS Mircobiology Letters》;20120709;第334卷;摘要，表1，第30页左栏第一段 * |
| 基于环介导等温扩增技术检测橡树疫霉菌;戴婷婷等;《南京农业大学学报》;20131231;第36卷(第3期);摘要，第25页第1.4.2节、第2.1节，表2 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN104313176A (zh) | 2015-01-28 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN104313175B (zh) | 一种致病疫霉的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 | |
| CN102643925B (zh) | 用于检测大豆疫霉的lamp引物组合物及其应用 | |
| CN104372104B (zh) | 一种樟疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 | |
| CN102676511B (zh) | 大豆疫霉的检测靶标序列A3apro及其特异性LAMP引物组合物和应用 | |
| CN107760795B (zh) | 一种快速检测茶树炭疽病菌的lamp引物及检测方法 | |
| CN104372099B (zh) | 一种恶疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 | |
| CN108676910A (zh) | 一种层出镰刀菌的lamp检测引物及其应用 | |
| CN108220474A (zh) | 一种禾谷镰刀菌的lamp检测引物及其应用 | |
| CN103014152A (zh) | 一种用于检测大豆疫霉的lamp引物、试剂盒及其检测方法 | |
| CN104372092B (zh) | 一种木香疫霉的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 | |
| CN104313128B (zh) | 基于环介导等温扩增技术检测禾谷镰孢菌的方法及引物组合物 | |
| CN104232782A (zh) | 一种检测烟草土传真菌病原物的pcr引物及应用与方法 | |
| CN108588266A (zh) | 一种冬生疫霉的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 | |
| CN104313176B (zh) | 一种棕榈疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 | |
| CN101805795A (zh) | 大豆疫霉的检测试剂盒及其检测方法 | |
| CN104404157B (zh) | 一种掘氏疫霉菌的lamp检测引物组合物及其lamp检测试剂盒和lamp检测方法 | |
| CN107828905A (zh) | 烟草野火病菌lamp检测引物及检测方法 | |
| CN105018631B (zh) | 基于环介导等温扩增技术检测胡萝卜软腐果胶杆菌的方法、其引物组合物及检测试剂盒 | |
| CN113005211A (zh) | 用于检测替加环素高水平耐药基因tet(X)及其变体的LAMP引物和方法 | |
| CN103103255B (zh) | 一种用于检测辣椒疫霉的引物及其检测试剂盒 | |
| CN104195254B (zh) | 基于环介导等温扩增技术检测木贼镰孢菌的方法和引物组合物 | |
| CN105039331B (zh) | 一种荔枝霜疫霉菌lamp引物及其快速检测方法和应用 | |
| CN104328205A (zh) | 谷子白发病菌lamp快速检测方法的建立 | |
| CN108315391A (zh) | 一种用于石榴干腐病菌lamp快速检测的引物组合物及其应用 | |
| CN105039560B (zh) | 一种荔枝炭疽菌lamp引物及其快速检测方法和应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C14 | Grant of patent or utility model | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract |
Application publication date: 20150128 Assignee: Beijing Huamei Wanxiang Technology Co., Ltd. Assignor: Nanjing Forestry University Contract record no.: 2018320000235 Denomination of invention: LAMP (loop-mediated isothermal amplification) detection primer combination for phytophthora palmivora, and LAMP detection kit and LAMP detection method thereof Granted publication date: 20170201 License type: Common License Record date: 20181024 Application publication date: 20150128 Assignee: Nanjing city Pukou District moon farm Assignor: Nanjing Forestry University Contract record no.: 2018320000234 Denomination of invention: LAMP (loop-mediated isothermal amplification) detection primer combination for phytophthora palmivora, and LAMP detection kit and LAMP detection method thereof Granted publication date: 20170201 License type: Common License Record date: 20181024 |
|
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract | ||
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract |
Application publication date: 20150128 Assignee: Huangdun Nursery Farm, Ganyu District, Lianyungang City Assignor: Nanjing Forestry University Contract record no.: 2018320000376 Denomination of invention: LAMP (loop-mediated isothermal amplification) detection primer combination for phytophthora palmivora, and LAMP detection kit and LAMP detection method thereof Granted publication date: 20170201 License type: Common License Record date: 20181212 |
|
| EE01 | Entry into force of recordation of patent licensing contract | ||
| TR01 | Transfer of patent right |
Effective date of registration: 20191030 Address after: 200085 room 10789, building 3, 1800 Panyuan Road, Changxing Town, Chongming District, Shanghai (Shanghai Taihe Economic Development Zone) Patentee after: Rui test precision medical testing (Shanghai) Co., Ltd Address before: Nanjing City, Jiangsu province 210037 Longpan Road No. 159 Patentee before: Nanjing Forestry University |
|
| TR01 | Transfer of patent right |