CN104293968B - 一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒 - Google Patents
一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN104293968B CN104293968B CN201410573480.0A CN201410573480A CN104293968B CN 104293968 B CN104293968 B CN 104293968B CN 201410573480 A CN201410573480 A CN 201410573480A CN 104293968 B CN104293968 B CN 104293968B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- sequence
- single strand
- sequence table
- strand dna
- dna shown
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 206010009259 cleft lip Diseases 0.000 title claims abstract description 34
- 206010009269 Cleft palate Diseases 0.000 title claims abstract description 33
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title abstract description 12
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 title abstract description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 claims abstract description 132
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 65
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 31
- 102220131621 rs742214 Human genes 0.000 claims abstract description 20
- 102220131611 rs1044516 Human genes 0.000 claims abstract description 16
- 102210021590 rs10863790 Human genes 0.000 claims abstract description 16
- 102200143710 rs2235371 Human genes 0.000 claims abstract description 16
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 104
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 104
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 39
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 15
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 claims description 8
- 101150047697 tagB gene Proteins 0.000 claims description 5
- 101150009385 tcpI gene Proteins 0.000 claims description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 64
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 40
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 23
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 21
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 21
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 7
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 238000000034 method Methods 0.000 description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 5
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 4
- 125000003368 amide group Chemical group 0.000 description 4
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 4
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 208000028261 multifactorial inheritance Diseases 0.000 description 3
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- 208000032170 Congenital Abnormalities Diseases 0.000 description 2
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 2
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- YAFQFNOUYXZVPZ-UHFFFAOYSA-N liproxstatin-1 Chemical compound ClC1=CC=CC(CNC=2C3(CCNCC3)NC3=CC=CC=C3N=2)=C1 YAFQFNOUYXZVPZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 2
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 2
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 101100478633 Escherichia coli O157:H7 stcE gene Proteins 0.000 description 1
- 101001011446 Homo sapiens Interferon regulatory factor 6 Proteins 0.000 description 1
- 102100030130 Interferon regulatory factor 6 Human genes 0.000 description 1
- 101150021155 LIP2 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 1
- 101100005882 Mus musculus Cel gene Proteins 0.000 description 1
- 101100289046 Mus musculus Lias gene Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 101100256199 Starmerella bombicola sble gene Proteins 0.000 description 1
- 241000218636 Thuja Species 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000013016 damping Methods 0.000 description 1
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 1
- 125000002485 formyl group Chemical class [H]C(*)=O 0.000 description 1
- 238000012268 genome sequencing Methods 0.000 description 1
- 101150077696 lip-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150091094 lipA gene Proteins 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 206010025482 malaise Diseases 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 230000003340 mental effect Effects 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 208000020016 psychiatric disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012113 quantitative test Methods 0.000 description 1
- 108700012830 rat Lip2 Proteins 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 101150115529 tagA gene Proteins 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒。所述试剂盒包括元件甲和元件乙;元件甲由用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质组成。元件乙为通用芯片。本发明的试剂盒可以快速、准确地检测多个SNP位点,降低非综合征性唇腭裂的发生。
Description
技术领域
本发明涉及一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒。
背景技术
非综合征性唇腭裂是一种口腔颌面部畸形,它的发病率约为1/700,是人类最常见的先天性畸形之一。它不仅影响患者的面容,而且给患者及其家庭造成极大的精神负担和严重的心理障碍。目前,国际上普遍认为非综合征性唇腭裂是一种复杂的多基因遗传病,是遗传因素和环境因素综合作用的结果。
单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism,SNP)是由单个核苷酸的改变而引起的DNA序列的改变,造成染色体基因组的多样性。SNP分布广、密度高,已成为继限制性片段长度多态性(RFLP)标志和微卫星即短串联重复(STR)标志后的第三代遗传标志,在肿瘤、糖尿病等复杂疾病的研究中起重要作用。其中,全基因组关联分析(GenomeWideAssociationStudy,GWAS)是研究这类复杂疾病易感基因的重要手段。
非综合征性唇腭裂作为一种复杂的多基因遗传病,其发病原因复杂,涉及的基因数量较多,是多个遗传变异位点与环境因子共同作用的结果。根据国际上公开报道的非综合征性唇腭裂GWAS成果,已有TGF、IRF6等多个基因的SNP位点与非综合征性唇腭裂相关。因此,在中国人群中研究非综合征性唇腭裂的易感基因,并且对相关易感位点进行检测对于提高我国人口素质,降低综合征性唇腭裂的发生率具有重要意义。
发明内容
本发明的目的是提供一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒。
本发明提供了一种辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒,包括用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质。
所述试剂盒还包括用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种。
所述试剂盒具体可包括元件甲;所述元件甲由用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质组成。
所述试剂盒还可包括元件乙;所述元件乙为分别固定有20种探针的通用芯片;所述20种探针均为单链DNA分子,通式为:NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签;所述tagB标签为tagB1标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、tagB8标签、tagB9标签、tagB10标签、tagB11标签、tagB12标签、tagB13标签、tagB14标签、tagB15标签、tagB16标签、tagB17标签、tagB18标签、tagB19标签或tagB20标签;所述tagB1标签与序列表的序列1自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB2标签与序列表的序列3自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB3标签与序列表的序列6自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB4标签与序列表的序列8自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB5标签与序列表的序列10自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB6标签与序列表的序列12自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB7标签与序列表的序列13自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB8标签与序列表的序列16自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB9标签与序列表的序列17自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB10标签与序列表的序列19自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB11标签与序列表的序列21自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB12标签与序列表的序列23自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB13标签与序列表的序列26自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB14标签与序列表的序列28自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB15标签与序列表的序列30自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB16标签与序列表的序列31自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB17标签与序列表的序列34自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB18标签与序列表的序列36自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB19标签与序列表的序列38自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB20标签与序列表的序列40自5’末端第1至25位核苷酸反向互补。
所述试剂盒具体可由所述元件甲和所述元件乙组成。
本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质、用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质和分别固定有20种探针的通用芯片在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用;
所述20种探针均为单链DNA分子,通式为:NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签;所述tagB标签为tagB1标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、tagB8标签、tagB9标签、tagB10标签、tagB11标签、tagB12标签、tagB13标签、tagB14标签、tagB15标签、tagB16标签、tagB17标签、tagB18标签、tagB19标签或tagB20标签;所述tagB1标签与序列表的序列1自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB2标签与序列表的序列3自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB3标签与序列表的序列6自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB4标签与序列表的序列8自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB5标签与序列表的序列10自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB6标签与序列表的序列12自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB7标签与序列表的序列13自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB8标签与序列表的序列16自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB9标签与序列表的序列17自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB10标签与序列表的序列19自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB11标签与序列表的序列21自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB12标签与序列表的序列23自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB13标签与序列表的序列26自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB14标签与序列表的序列28自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB15标签与序列表的序列30自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB16标签与序列表的序列31自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB17标签与序列表的序列34自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB18标签与序列表的序列36自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB19标签与序列表的序列38自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB20标签与序列表的序列40自5’末端第1至25位核苷酸反向互补。
以上任一所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的引物对。
每对引物中的一条引物的末端具有荧光标记,例如在5’末端具有TAMRA荧光标记。
对于rs号为rs8049367的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs11076790的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs4791774的SNP来说G为风险等位基因。对于rs号为rs2235371的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs13041247的SNP来说T为风险等位基因。对于rs号为rs7078160的SNP来说A为风险等位基因。对于rs号为rs596731的SNP来说G为风险等位基因。对于rs号为rs742214的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs10863790的SNP来说A为风险等位基因。对于rs号为rs1044516的SNP来说C为风险等位基因。对于某个SNP来说,如果非综合征性唇腭裂患者携带某个等位基因的频率高于健康者携带该等位基因的频率,该等位基因为风险等位基因。
在非综合征性唇腭裂的遗传风险性的研究领域,目前还没有针对中国人群进行大规模、系统性地研究。本发明的发明人对极大样本量的中国人群进行研究,一方面发现了若干新的与非综合征性唇腭裂相关的SNP位点,另一方面验证了已被报道的若干SNP位点与非综合征性唇腭裂的关联。本发明的发明人进一步提供了用于评价非综合征性唇腭裂的遗传风险性的基于10个SNP位点的引物对,以及包括引物对和通用芯片的试剂盒。非综合征性唇腭裂作为一种复杂的多基因遗传病,其涉及的易感位点较多,传统的SNP检测方法通量较低。本发明提供的试剂盒支持高通量,可以快速、准确地检测多个SNP易感位点,对中国人群进行非综合征性唇腭裂易感性的筛查,能有效地起到风险预警、早期诊断的作用,从而预防和降低非综合征性唇腭裂的发生。
附图说明
图1为通用芯片的点阵排布示意图。
图2为第一位待测者的检测结果。
图3为第二位待测者的检测结果。
图4为第三位待测者的检测结果。
图5为第四位待测者的检测结果。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。
实施例1、10个SNP位点与非综合征性唇腭裂的遗传风险的关联分析
通过全基因组关联分析,在中国人群(5646位知情同意的志愿者,其中非综合征性唇腭裂患者2521位,健康者3125位)中确立了10个SNP位点与非综合征性唇腭裂的遗传风险的相关性。10个SNP位点的信息和关联分析结果见表1。
表1
次要等位基因的英文为“MinorAllele”。
对于某个SNP来说,如果非综合征性唇腭裂患者携带某个等位基因的频率高于健康者携带该等位基因的频率,该等位基因为风险等位基因。因此,对于rs号为rs8049367的SNP来说C为风险等位基因,对于rs号为rs11076790的SNP来说C为风险等位基因,对于rs号为rs4791774的SNP来说G为风险等位基因,对于rs号为rs2235371的SNP来说C为风险等位基因,对于rs号为rs13041247的SNP来说T为风险等位基因,对于rs号为rs7078160的SNP来说A为风险等位基因,对于rs号为rs596731的SNP来说G为风险等位基因,对于rs号为rs742214的SNP来说C为风险等位基因,对于rs号为rs10863790的SNP来说A为风险等位基因,对于rs号为rs1044516的SNP来说C为风险等位基因。
实施例2、试剂盒的组成
在实施例1中确立了10个SNP位点与非综合征性唇腭裂的遗传风险性具有相关性的基础上,本发明的发明人针对每个SNP位点设计了两对引物,每对引物中的一条引物中具有tagA标签,另一条引物的5’末端具有TAMRA荧光标记。
1、针对rs号为rs1044516的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物,扩增产物为357bp):
LIP1-C-F-29-2T-tagA1(正向引物,下划线标注tagA1标签,序列表的序列1):
5’-GAAAGTCCCGCGGTTCATGTTTACTGAGTGATTTGTGAGGTCTTAACTAGATTC-3’;
LIP1-R-T7(反向引物,序列表的序列2):
5’-GCTCTCCCAGTTTACCTCCAG-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物,扩增产物为357bp):
LIP1-A-F-29-2G-tagA2(正向引物,下划线标注tagA2标签,序列表的序列3):
5’-ACAGCAACTATGTAACGTGCGAACCGAGTGATTTGTGAGGTCTTAACTAGATGA-3’;
LIP1-R-T7(反向引物,序列表的序列4):
5’-GCTCTCCCAGTTTACCTCCAG-3’。
2、针对rs号为rs742214的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为T时可以得到扩增产物,扩增产物为312bp):
LIP2-F-T2(正向引物,序列表的序列5):
5’-AGTAAGGGAGACAAGCAGGTTC-3’;
LIP2-T-R-23-3G-tagA3(反向引物,下划线标注tagA3标签,序列表的序列6):
5’-GAGTTGGCGACGAGACAGTAGGATTGGTAGGTGACAGTATGTGACGCA-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物,扩增产物为312bp):
LIP2-F-T2(正向引物,序列表的序列7):
5’-AGTAAGGGAGACAAGCAGGTTC-3’;
LIP2-C-R-23-3G-tagA4(反向引物,下划线标注tagA4标签,序列表的序列8):
5’-AAATAGATCGCTCCAGCGCTAGTGGGGTAGGTGACAGTATGTGACGCG-3’。
3、针对rs号为rs2235371的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物,扩增产物为203bp):
LIP3-F-T2(正向引物,序列表的序列9):
5’-TGGGAGCAACAAGTGATGGG-3’;
LIP3-C-R-19-3C-tagA5(反向引物,下划线标注tagA5标签,序列表的序列10):
5’-GTAGCATCTACGCGTAGTTACTCACCCCGTCAGCCTGGAGCCGG-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为T时可以得到扩增产物,扩增产物为203bp):
LIP3-F-T2(正向引物,序列表的序列11):
5’-TGGGAGCAACAAGTGATGGG-3’;
LIP3-T-R-19-3C-tagA6(反向引物,下划线标注tagA6标签,序列表的序列12):
5’-GGCATAGTATCCCGACCGTACTAACCCCGTCAGCCTGGAGCCGA-3’。
4、针对rs号为rs10863790的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物,扩增产物为170bp):
LIP4-A-F-27-3C-tagA7(正向引物,下划线标注tagA7标签,序列表的序列13):
5’-TTACATGTGGACCTTACGAGCTACCTGGATTTGCAAGAGACATAGAATACGA-3’;
LIP4-R-T1(反向引物,序列表的序列14):
5’-AGGGGTAAAACAGTCTCAGAAGGA-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物,扩增产物为235bp):
LIP4-F-T3(正向引物,序列表的序列15):
5’-TCAGGGCCTCTCACACACTAG-3’;
LIP4-C-R-24-2G-tagA8(反向引物,下划线标注tagA8标签,序列表的序列16):
5’-GGCCCCCGTGAGATATCTTAATCCTGTCTGATGAAGCACTCTTCCTAGG-3’。
5、针对rs号为rs596731的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物,扩增产物为377bp):
LIP5-A-F-28-2C-tagA9(正向引物,下划线标注tagA9标签,序列表的序列17):
5’-GTCTGGTCGACCCTATCACATCAAAATAGAAAATCTTGTTCATGAGAAGTGCA-3’;
LIP5-R-T6(反向引物,序列表的序列18):
5’-TGGAGGGGGAGAAATAAGGGTAAA-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为G时可以得到扩增产物,扩增产物为377bp):
LIP5-G-F-28-2C-tagA10(正向引物,下划线标注tagA10标签,序列表的序列19):
5’-AACGAAGTCATAGGATCCCTCGAGTATAGAAAATCTTGTTCATGAGAAGTGCG-3’;
LIP5-R-T6(反向引物,序列表的序列20):
5’-TGGAGGGGGAGAAATAAGGGTAAA-3’。
6、针对rs号为rs11076790的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物,扩增产物为221bp):
LIP6-C-F-21-2A-tagA11(正向引物,下划线标注tagA11标签,序列表的序列21):
5’-ATAGGTTAAGTATCGGTGGAGCGTCTGCGTTGTACAACAGGCCTAC-3’;
LIP6-R-T1(反向引物,序列表的序列22):
5’-CAGAGGACTAAAGGAAAGAAGAGGC-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为G时可以得到扩增产物,扩增产物为221bp):
LIP6-G-F-21-2A-tagA12(正向引物,下划线标注tagA12标签,序列表的序列23):
5’-ACGGTGTCCTCAAGCTATCGTACTGTGCGTTGTACAACAGGCCTAG-3’;
LIP6-R-T1(反向引物,序列表的序列24):
5’-CAGAGGACTAAAGGAAAGAAGAGGC-3’。
7、针对rs号为rs8049367的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为T时可以得到扩增产物,扩增产物为279bp):
LIP7-F-T4(正向引物,序列表的序列25):
5’-CAGGCAGACAATAAATCAATAACACTG-3’;
LIP7-T-R-31-3A-tagA13(反向引物,下划线标注tagA13标签,序列表的序列26):
5’-AATCTGTAGTAAGCGCCACCCGAAGTCAAAGGTACAGGGACTTTTTAATATTTATA-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物,扩增产物为277bp):
LIP7-F-T4(正向引物,序列表的序列27):
5’-CAGGCAGACAATAAATCAATAACACTG-3’;
LIP7-C-R-29-3A-tagA14(反向引物,下划线标注tagA14标签,序列表的序列28):
5’-CGGGGAGCTGTTATAACTTCGCGATAAAGGTACAGGGACTTTTTAATATTTATG-3’。
8、针对rs号为rs4791774的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为G时可以得到扩增产物,扩增产物为146bp):
LIP8-F-T5(正向引物,序列表的序列29):
5’-CCTTCTTGAGATGAGTTGTGCTTTTC-3’;
LIP8-G-R-26-2T-tagA15(反向引物,下划线标注tagA15标签,序列表的序列30):
5’-CACAACCGCTATTAGACCGTGTGCTCACCGTAGAAGCCATCAAGATAACTC-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物,扩增产物为238bp):
LIP8-A-F-26-3G-tagA16(正向引物,下划线标注tagA16标签,序列表的序列31):
5’-GAGTAGGAACGCTTACACTAGGGTCTCAAATGTCCACTGGATTGTTACGCA-3’;
LIP8-R-T2(反向引物,序列表的序列32):
5’-CCTCCCGTCTCCCTATAATGAAAG-3’。
9、针对rs号为rs7078160的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为G时可以得到扩增产物,扩增产物为275bp):
LIP9-F-T3(正向引物,序列表的序列33):
5’-AGGAGATAGAGTTGACAGTATTTGGTAA-3’;
LIP9-G-R-20-2A-tagA17(反向引物,下划线标注tagA17标签,序列表的序列34):
5’-ATCTCGGCGGGTCTATCTACATCTTCAGGCCTCTGTCTTGGGCAC-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物,扩增产物为275bp):
LIP9-F-T3(正向引物,序列表的序列35):
5’-AGGAGATAGAGTTGACAGTATTTGGTAA-3’;
LIP9-A-R-20-2C-tagA18(反向引物,下划线标注tagA18标签,序列表的序列36):
5’-AACACTTTCAGTATCGCGAGGGAGTCAGGCCTCTGTCTTGGGCCT-3’。
10、针对rs号为rs13041247的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物,扩增产物为131bp):
LIP10-F-T7(正向引物,序列表的序列37):
5’-GGTAGATTCCAGGTAACACAGAGAG-3’;
LIP10-C-R-25-2G-tagA19(反向引物,下划线标注tagA19标签,序列表的序列38):
5’-GTGATACGCCCCGGCAACTTAGTAATGTGGCTCAGAGATATTAAGTGAGG-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板,只有该SNP位点的核苷酸为T时可以得到扩增产物,扩增产物为131bp):
LIP10-F-T7(正向引物,序列表的序列39):
5’-GGTAGATTCCAGGTAACACAGAGAG-3’;
LIP10-T-R-25-2G-tagA20(反向引物,下划线标注tagA20标签,序列表的序列40):
5’-TATGTCGACCGTTGCTTACGTTCCTTGTGGCTCAGAGATATTAAGTGAGA-3’。
通用芯片为分别固定有20种探针的基片。每种探针都是一段氨基修饰的寡核苷酸探针,20种探针的通式为:NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签,20种探针分别具有tagB1标签至tagB20标签,tagB1标签与tagA1标签反向互补,tagB2标签与tagA2标签反向互补,……,tagB20标签与tagA20标签反向互补。探针用基因点样液(Capitalbio,Beijing,China)溶解,终浓度为10μM,重复三次点制到醛基化修饰的玻片上。图1为通用芯片的点阵排布示意图,A为各点对应的tagB标签,B为各点对应的结果。QC(表面化学质控探针)是一端带有HEX标记,另一端具有氨基修饰的寡核苷酸探针,用于观察芯片点样和固定的效率,其核苷酸序列为NH2-TCACTTGCTTCCGTTGAGG-Hex。PC(杂交质控探针)是一段氨基修饰的寡核苷酸探针,可以与杂交液中添加的荧光标记的互补序列(C-PC)杂交,用于杂交过程的质控,其核苷酸序列为NH2-TTTTTTTTTTTTCCTCAACGGAAGCAAGTGAT。NC(阴性对照探针)是一段氨基修饰的寡核苷酸探针,与杂交液中的所有待检测序列均不会杂交,用于观察有无非特异杂交,其核苷酸序列为NH2-TTTTTTTTTTTTGTTGCTTCTGGAATGAGTTTGCT。
试剂盒由上述40对引物和上述通用芯片组成。
实施例3、试剂盒的应用
待测者为4位知情同意的志愿者,均已通过Sanger法测序确认所述10个SNP位点的基因型。
1、取待测者的外周血样本,提取基因组DNA。
2、以步骤1得到的基因组DNA为模板,分别采用实施例1中的40对引物进行PCR扩增。
PCR反应体系(20μL)的组分如表2所示。PCR反应采用S1000TMThermalCycler(BIO-RAD)进行,PCR反应程序见表3。
表2PCR反应体系(20μL)的组分
组分 | 加入量 | 在PCR体系中的浓度 |
H2O | 10.4μl | — |
Promega 5×buffer | 4.0μl | 1× |
25mM MgCl2 | 1.2μl | 1.5mM |
2.5mM dNTP | 1.6μl | 0.2mM |
10μM正向引物 | 0.8μl | 0.4μM |
10μM反向引物 | 0.8μl | 0.4μM |
5U/μL Promega热启动酶 | 0.1μl | 0.025U/μL |
模板 | 2μl | 10~0.5ng/μL |
表3PCR反应程序
3、完成步骤2的PCR扩增后,每个扩增体系取样,按照表4制备杂交体系,然后分别与通用芯片上的不同点杂交。采用LIP1-C-F-29-2T-tagA1和LIP1-R-T7组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB1标签的探针的点杂交。采用LIP1-A-F-29-2G-tagA2和LIP1-R-T7组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB2标签的探针的点杂交。采用LIP2-F-T2和LIP2-T-R-23-3G-tagA3组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB3标签的探针的点杂交。采用LIP2-F-T2和LIP2-C-R-23-3G-tagA4组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB4标签的探针的点杂交。采用LIP3-F-T2和LIP3-C-R-19-3C-tagA5组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB5标签的探针的点杂交。采用LIP3-F-T2和LIP3-T-R-19-3C-tagA6组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB6标签的探针的点杂交。采用LIP4-A-F-27-3C-tagA7和LIP4-R-T1组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB7标签的探针的点杂交。采用LIP4-F-T3和LIP4-C-R-24-2G-tagA8组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB8标签的探针的点杂交。采用LIP5-A-F-28-2C-tagA9和LIP5-R-T6组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB9标签的探针的点杂交。采用LIP5-G-F-28-2C-tagA10和LIP5-R-T6组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB10标签的探针的点杂交。采用LIP6-C-F-21-2A-tagA11和LIP6-R-T1组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB11标签的探针的点杂交。采用LIP6-G-F-21-2A-tagA12和LIP6-R-T1组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB12标签的探针的点杂交。采用LIP7-F-T4和LIP7-T-R-31-3A-tagA13组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB13标签的探针的点杂交。采用LIP7-F-T4和LIP7-C-R-29-3A-tagA14组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB14标签的探针的点杂交。采用LIP8-F-T5和LIP8-G-R-26-2T-tagA15组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB15标签的探针的点杂交。采用LIP8-A-F-26-3G-tagA16和LIP8-R-T2组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB16标签的探针的点杂交。采用LIP9-F-T3和LIP9-G-R-20-2A-tagA17组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB17标签的探针的点杂交。采用LIP9-F-T3和LIP9-A-R-20-2C-tagA18组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB18标签的探针的点杂交。采用LIP10-F-T7和LIP10-C-R-25-2G-tagA19组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB19标签的探针的点杂交。采用LIP10-F-T7和LIP10-T-R-25-2G-tagA20组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB20标签的探针的点杂交。
杂交体系(18μL)的组分见表4。
表4杂交体系(18μL)的组分
加入量(μL) | |
H2O | 1.0 |
20×SSC缓冲液 | 1.8 |
50×Denhardtˊs溶液 | 1.8 |
50g/100mL硫酸葡聚糖水溶液 | 3.6 |
4g/100mL SDS水溶液 | 1.8 |
完成PCR扩增后的体系 | 8.0 |
50℃杂交60min。
芯片荧光信号采用LuxScanTM10K-B扫描仪(博奥生物集团有限公司)检测,检测条件:波长(wavelength),555nm;Laserpower,60;PMT,600。
每位待测者采用三个通用芯片进行重复检测。结果表明,每位待测者采用三个通用芯片检测读取的结果均与全基因组测序的结果一致。
第一位待测者的采用通用芯片检测后的照片见图2A,结果读取见图2B。
第二位待测者的采用通用芯片检测后的照片见图3A,结果读取见图3B。
第三位待测者的采用通用芯片检测后的照片见图4A,结果读取见图4B。
第四位待测者的采用通用芯片检测后的照片见图5A,结果读取见图5B。
四位待测者10个SNP位点的基因型结果见表5。
表5
lip1 | lip2 | lip3 | lip4 | lip5 | lip6 | lip7 | lip8 | lip9 | lip10 | |
第一位待测者 | AA | CC | CT | CA | AG | CC | TT | GG | GG | TT |
第二位待测者 | CA | CT | CT | CA | AG | GG | CC | AG | AA | CT |
第三位待测者 | CC | TT | CC | CC | AA | CG | TC | AA | AG | CC |
第四位待测者 | CA | CT | TT | AA | GG | CG | TT | AA | AG | TT |
lip1代表rs号为rs1044516的SNP位点。
lip2代表rs号为rs742214的SNP位点。
lip3代表rs号为rs2235371的SNP位点。
lip4代表rs号为rs10863790的SNP位点。
lip5代表rs号为rs596731的SNP位点。
lip6代表rs号为rs11076790的SNP位点。
lip7代表rs号为rs8049367的SNP位点。
lip8代表rs号为rs4791774的SNP位点。
lip9代表rs号为rs7078160的SNP位点。
lip10代表rs号为rs13041247的SNP位点。
Claims (11)
1.一种辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒,包括用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质。
2.如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对。
3.如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种。
4.如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括元件甲;所述元件甲由用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质组成。
5.如权利要求4所述的试剂盒,其特征在于:
所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的引物对。
6.如权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括元件乙;所述元件乙为分别固定有20种探针的通用芯片;
所述20种探针均为单链DNA分子,通式为:NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签;
所述tagB标签为tagB1标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、tagB8标签、tagB9标签、tagB10标签、tagB11标签、tagB12标签、tagB13标签、tagB14标签、tagB15标签、tagB16标签、tagB17标签、tagB18标签、tagB19标签或tagB20标签;
所述tagB1标签与序列表的序列1自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB2标签与序列表的序列3自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB3标签与序列表的序列6自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB4标签与序列表的序列8自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB5标签与序列表的序列10自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB6标签与序列表的序列12自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB7标签与序列表的序列13自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB8标签与序列表的序列16自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB9标签与序列表的序列17自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB10标签与序列表的序列19自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB11标签与序列表的序列21自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB12标签与序列表的序列23自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB13标签与序列表的序列26自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB14标签与序列表的序列28自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB15标签与序列表的序列30自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB16标签与序列表的序列31自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB17标签与序列表的序列34自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB18标签与序列表的序列36自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB19标签与序列表的序列38自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB20标签与序列表的序列40自5’末端第1至25位核苷酸反向互补。
7.如权利要求4或5或6所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括记载有如下评判标准的载体:
对于rs号为rs8049367的SNP来说C为风险等位基因;对于rs号为rs11076790的SNP来说C为风险等位基因;对于rs号为rs4791774的SNP来说G为风险等位基因;对于rs号为rs2235371的SNP来说C为风险等位基因;对于rs号为rs13041247的SNP来说T为风险等位基因;对于rs号为rs7078160的SNP来说A为风险等位基因;对于rs号为rs596731的SNP来说G为风险等位基因;对于rs号为rs742214的SNP来说C为风险等位基因;对于rs号为rs10863790的SNP来说A为风险等位基因;对于rs号为rs1044516的SNP来说C为风险等位基因。
8.用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
9.用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
10.如权利要求9所述的应用,其特征在于:
所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的引物对。
11.用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质、用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质和分别固定有20种探针的通用芯片在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用;
所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质由两对引物组成,其中一对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对,其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的引物对;
所述20种探针均为单链DNA分子,通式为:NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签;
所述tagB标签为tagB1标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、tagB8标签、tagB9标签、tagB10标签、tagB11标签、tagB12标签、tagB13标签、tagB14标签、tagB15标签、tagB16标签、tagB17标签、tagB18标签、tagB19标签或tagB20标签;
所述tagB1标签与序列表的序列1自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB2标签与序列表的序列3自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB3标签与序列表的序列6自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB4标签与序列表的序列8自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB5标签与序列表的序列10自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB6标签与序列表的序列12自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB7标签与序列表的序列13自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB8标签与序列表的序列16自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB9标签与序列表的序列17自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB10标签与序列表的序列19自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB11标签与序列表的序列21自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB12标签与序列表的序列23自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB13标签与序列表的序列26自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB14标签与序列表的序列28自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB15标签与序列表的序列30自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB16标签与序列表的序列31自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB17标签与序列表的序列34自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB18标签与序列表的序列36自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB19标签与序列表的序列38自5’末端第1至25位核苷酸反向互补;所述tagB20标签与序列表的序列40自5’末端第1至25位核苷酸反向互补。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410573480.0A CN104293968B (zh) | 2014-10-23 | 2014-10-23 | 一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201410573480.0A CN104293968B (zh) | 2014-10-23 | 2014-10-23 | 一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN104293968A CN104293968A (zh) | 2015-01-21 |
CN104293968B true CN104293968B (zh) | 2016-03-23 |
Family
ID=52313914
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201410573480.0A Active CN104293968B (zh) | 2014-10-23 | 2014-10-23 | 一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN104293968B (zh) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106987635B (zh) * | 2017-04-18 | 2019-09-20 | 南京医科大学附属口腔医院 | Ntn1基因易感snp位点及其应用 |
CN107022613B (zh) * | 2017-04-18 | 2019-09-20 | 南京医科大学附属口腔医院 | 一种与非综合征型唇腭裂诊断相关的snp标志物及其应用 |
CN112397200B (zh) * | 2020-12-04 | 2023-12-19 | 哈尔滨医科大学 | 一种非综合征型唇腭裂遗传风险预测模型 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103589785A (zh) * | 2013-09-05 | 2014-02-19 | 谢小冬 | Notch3和jag2基因snp位点的用途 |
-
2014
- 2014-10-23 CN CN201410573480.0A patent/CN104293968B/zh active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN104293968A (zh) | 2015-01-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
WO2016066070A1 (zh) | 具有增强鉴别能力的y染色体str基因座荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
TW200930818A (en) | Method and kits for multiplex amplification of short tandem repeat loci | |
TWI527905B (zh) | 透過利用基因檢測技術與微珠微流道結合進行單核苷酸多態性檢測之方法 | |
Muro et al. | Determination of ABO genotypes by real-time PCR using allele-specific primers | |
CN102876794B (zh) | 单核苷酸多态性rs6871626在检测麻风病易感基因中的应用 | |
CN102876793A (zh) | 单核苷酸多态性rs2058660在检测麻风病易感基因中的应用 | |
CN104293968B (zh) | 一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒 | |
CN106834434B (zh) | 用于检测COX-1、COX-2和GPIIIa基因多态性的核酸、试剂盒及方法 | |
Bannai et al. | Single-nucleotide-polymorphism genotyping for whole-genome-amplified samples using automated fluorescence correlation spectroscopy | |
JP2013074888A (ja) | IL28B(rs8099917)とITPA(rs1127354)の変異を検出する方法 | |
CN103013993B (zh) | 引物及该引物质谱检测pik3ca基因热点突变的方法 | |
CN108277273A (zh) | 检测非缺失型α地贫基因突变的探针、引物及试剂盒 | |
CN104789673B (zh) | rs1800818在检测新布尼亚病毒引起的发热伴血小板减少综合征中的应用 | |
Sebastian et al. | Integrated amplification microarray system in a lateral flow cell for warfarin genotyping from saliva | |
CN103290118B (zh) | 一种非缺失型α地中海贫血实时荧光PCR检测试剂盒 | |
CN102899390A (zh) | 小细胞肺癌标志物及其检测 | |
KR101731619B1 (ko) | 부녀 관계 확인용 마커 조성물 및 그의 용도 | |
KR101346261B1 (ko) | 실시간 pcr 분석법에 의한 인삼 품종 판별용 프라이머 및 프로브 세트 | |
JP6853523B2 (ja) | ヘリカーゼを用いたpcr | |
CN105483279A (zh) | 基于AllGlo探针的rs3909184检测分型试剂盒及其分型方法 | |
CN105603111A (zh) | Cntn4基因snp位点的应用及其检测引物与试剂盒 | |
CN114807387B (zh) | 一种kir基因分型检测引物组和试剂盒 | |
CN104232773A (zh) | 一种用于运动性心脏意外筛查的snp复合检测体系 | |
JP5940771B2 (ja) | abl遺伝子多型の検出用プローブおよびその用途 | |
Van Borm et al. | Fine quantification of avian influenza H5N1 escape mutant quasispecies populations using mutation-specific real-time PCR |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
C14 | Grant of patent or utility model | ||
GR01 | Patent grant |