CN104293968B - 一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒 - Google Patents

一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒。所述试剂盒包括元件甲和元件乙；元件甲由用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质组成。元件乙为通用芯片。本发明的试剂盒可以快速、准确地检测多个SNP位点，降低非综合征性唇腭裂的发生。

Description

一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒
技术领域
本发明涉及一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒。
背景技术
非综合征性唇腭裂是一种口腔颌面部畸形，它的发病率约为1/700，是人类最常见的先天性畸形之一。它不仅影响患者的面容，而且给患者及其家庭造成极大的精神负担和严重的心理障碍。目前，国际上普遍认为非综合征性唇腭裂是一种复杂的多基因遗传病，是遗传因素和环境因素综合作用的结果。
单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism，SNP)是由单个核苷酸的改变而引起的DNA序列的改变，造成染色体基因组的多样性。SNP分布广、密度高，已成为继限制性片段长度多态性(RFLP)标志和微卫星即短串联重复(STR)标志后的第三代遗传标志，在肿瘤、糖尿病等复杂疾病的研究中起重要作用。其中，全基因组关联分析(GenomeWideAssociationStudy，GWAS)是研究这类复杂疾病易感基因的重要手段。
非综合征性唇腭裂作为一种复杂的多基因遗传病，其发病原因复杂，涉及的基因数量较多，是多个遗传变异位点与环境因子共同作用的结果。根据国际上公开报道的非综合征性唇腭裂GWAS成果，已有TGF、IRF6等多个基因的SNP位点与非综合征性唇腭裂相关。因此，在中国人群中研究非综合征性唇腭裂的易感基因，并且对相关易感位点进行检测对于提高我国人口素质，降低综合征性唇腭裂的发生率具有重要意义。
发明内容
本发明的目的是提供一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒。
本发明提供了一种辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒，包括用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质。
所述试剂盒还包括用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种。
所述试剂盒具体可包括元件甲；所述元件甲由用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质组成。
所述试剂盒还可包括元件乙；所述元件乙为分别固定有20种探针的通用芯片；所述20种探针均为单链DNA分子，通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签；所述tagB标签为tagB1标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、tagB8标签、tagB9标签、tagB10标签、tagB11标签、tagB12标签、tagB13标签、tagB14标签、tagB15标签、tagB16标签、tagB17标签、tagB18标签、tagB19标签或tagB20标签；所述tagB1标签与序列表的序列1自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB2标签与序列表的序列3自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB3标签与序列表的序列6自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB4标签与序列表的序列8自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB5标签与序列表的序列10自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB6标签与序列表的序列12自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB7标签与序列表的序列13自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB8标签与序列表的序列16自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB9标签与序列表的序列17自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB10标签与序列表的序列19自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB11标签与序列表的序列21自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB12标签与序列表的序列23自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB13标签与序列表的序列26自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB14标签与序列表的序列28自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB15标签与序列表的序列30自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB16标签与序列表的序列31自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB17标签与序列表的序列34自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB18标签与序列表的序列36自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB19标签与序列表的序列38自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB20标签与序列表的序列40自5’末端第1至25位核苷酸反向互补。
所述试剂盒具体可由所述元件甲和所述元件乙组成。
本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质、用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质和分别固定有20种探针的通用芯片在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用；
所述20种探针均为单链DNA分子，通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签；所述tagB标签为tagB1标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、tagB8标签、tagB9标签、tagB10标签、tagB11标签、tagB12标签、tagB13标签、tagB14标签、tagB15标签、tagB16标签、tagB17标签、tagB18标签、tagB19标签或tagB20标签；所述tagB1标签与序列表的序列1自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB2标签与序列表的序列3自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB3标签与序列表的序列6自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB4标签与序列表的序列8自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB5标签与序列表的序列10自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB6标签与序列表的序列12自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB7标签与序列表的序列13自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB8标签与序列表的序列16自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB9标签与序列表的序列17自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB10标签与序列表的序列19自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB11标签与序列表的序列21自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB12标签与序列表的序列23自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB13标签与序列表的序列26自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB14标签与序列表的序列28自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB15标签与序列表的序列30自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB16标签与序列表的序列31自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB17标签与序列表的序列34自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB18标签与序列表的序列36自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB19标签与序列表的序列38自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB20标签与序列表的序列40自5’末端第1至25位核苷酸反向互补。
以上任一所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成的引物对。
以上任一所述用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的引物对。
每对引物中的一条引物的末端具有荧光标记，例如在5’末端具有TAMRA荧光标记。
对于rs号为rs8049367的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs11076790的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs4791774的SNP来说G为风险等位基因。对于rs号为rs2235371的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs13041247的SNP来说T为风险等位基因。对于rs号为rs7078160的SNP来说A为风险等位基因。对于rs号为rs596731的SNP来说G为风险等位基因。对于rs号为rs742214的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs10863790的SNP来说A为风险等位基因。对于rs号为rs1044516的SNP来说C为风险等位基因。对于某个SNP来说，如果非综合征性唇腭裂患者携带某个等位基因的频率高于健康者携带该等位基因的频率，该等位基因为风险等位基因。
在非综合征性唇腭裂的遗传风险性的研究领域，目前还没有针对中国人群进行大规模、系统性地研究。本发明的发明人对极大样本量的中国人群进行研究，一方面发现了若干新的与非综合征性唇腭裂相关的SNP位点，另一方面验证了已被报道的若干SNP位点与非综合征性唇腭裂的关联。本发明的发明人进一步提供了用于评价非综合征性唇腭裂的遗传风险性的基于10个SNP位点的引物对，以及包括引物对和通用芯片的试剂盒。非综合征性唇腭裂作为一种复杂的多基因遗传病，其涉及的易感位点较多，传统的SNP检测方法通量较低。本发明提供的试剂盒支持高通量，可以快速、准确地检测多个SNP易感位点，对中国人群进行非综合征性唇腭裂易感性的筛查，能有效地起到风险预警、早期诊断的作用，从而预防和降低非综合征性唇腭裂的发生。
附图说明
图1为通用芯片的点阵排布示意图。
图2为第一位待测者的检测结果。
图3为第二位待测者的检测结果。
图4为第三位待测者的检测结果。
图5为第四位待测者的检测结果。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
实施例1、10个SNP位点与非综合征性唇腭裂的遗传风险的关联分析
通过全基因组关联分析，在中国人群(5646位知情同意的志愿者，其中非综合征性唇腭裂患者2521位，健康者3125位)中确立了10个SNP位点与非综合征性唇腭裂的遗传风险的相关性。10个SNP位点的信息和关联分析结果见表1。
表1
次要等位基因的英文为“MinorAllele”。
对于某个SNP来说，如果非综合征性唇腭裂患者携带某个等位基因的频率高于健康者携带该等位基因的频率，该等位基因为风险等位基因。因此，对于rs号为rs8049367的SNP来说C为风险等位基因，对于rs号为rs11076790的SNP来说C为风险等位基因，对于rs号为rs4791774的SNP来说G为风险等位基因，对于rs号为rs2235371的SNP来说C为风险等位基因，对于rs号为rs13041247的SNP来说T为风险等位基因，对于rs号为rs7078160的SNP来说A为风险等位基因，对于rs号为rs596731的SNP来说G为风险等位基因，对于rs号为rs742214的SNP来说C为风险等位基因，对于rs号为rs10863790的SNP来说A为风险等位基因，对于rs号为rs1044516的SNP来说C为风险等位基因。
实施例2、试剂盒的组成
在实施例1中确立了10个SNP位点与非综合征性唇腭裂的遗传风险性具有相关性的基础上，本发明的发明人针对每个SNP位点设计了两对引物，每对引物中的一条引物中具有tagA标签，另一条引物的5’末端具有TAMRA荧光标记。
1、针对rs号为rs1044516的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物，扩增产物为357bp)：
LIP1-C-F-29-2T-tagA1(正向引物，下划线标注tagA1标签，序列表的序列1)：
5’-GAAAGTCCCGCGGTTCATGTTTACTGAGTGATTTGTGAGGTCTTAACTAGATTC-3’；
LIP1-R-T7(反向引物，序列表的序列2)：
5’-GCTCTCCCAGTTTACCTCCAG-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物，扩增产物为357bp)：
LIP1-A-F-29-2G-tagA2(正向引物，下划线标注tagA2标签，序列表的序列3)：
5’-ACAGCAACTATGTAACGTGCGAACCGAGTGATTTGTGAGGTCTTAACTAGATGA-3’；
LIP1-R-T7(反向引物，序列表的序列4)：
5’-GCTCTCCCAGTTTACCTCCAG-3’。
2、针对rs号为rs742214的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为T时可以得到扩增产物，扩增产物为312bp)：
LIP2-F-T2(正向引物，序列表的序列5)：
5’-AGTAAGGGAGACAAGCAGGTTC-3’；
LIP2-T-R-23-3G-tagA3(反向引物，下划线标注tagA3标签，序列表的序列6)：
5’-GAGTTGGCGACGAGACAGTAGGATTGGTAGGTGACAGTATGTGACGCA-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物，扩增产物为312bp)：
LIP2-F-T2(正向引物，序列表的序列7)：
5’-AGTAAGGGAGACAAGCAGGTTC-3’；
LIP2-C-R-23-3G-tagA4(反向引物，下划线标注tagA4标签，序列表的序列8)：
5’-AAATAGATCGCTCCAGCGCTAGTGGGGTAGGTGACAGTATGTGACGCG-3’。
3、针对rs号为rs2235371的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物，扩增产物为203bp)：
LIP3-F-T2(正向引物，序列表的序列9)：
5’-TGGGAGCAACAAGTGATGGG-3’；
LIP3-C-R-19-3C-tagA5(反向引物，下划线标注tagA5标签，序列表的序列10)：
5’-GTAGCATCTACGCGTAGTTACTCACCCCGTCAGCCTGGAGCCGG-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为T时可以得到扩增产物，扩增产物为203bp)：
LIP3-F-T2(正向引物，序列表的序列11)：
5’-TGGGAGCAACAAGTGATGGG-3’；
LIP3-T-R-19-3C-tagA6(反向引物，下划线标注tagA6标签，序列表的序列12)：
5’-GGCATAGTATCCCGACCGTACTAACCCCGTCAGCCTGGAGCCGA-3’。
4、针对rs号为rs10863790的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物，扩增产物为170bp)：
LIP4-A-F-27-3C-tagA7(正向引物，下划线标注tagA7标签，序列表的序列13)：
5’-TTACATGTGGACCTTACGAGCTACCTGGATTTGCAAGAGACATAGAATACGA-3’；
LIP4-R-T1(反向引物，序列表的序列14)：
5’-AGGGGTAAAACAGTCTCAGAAGGA-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物，扩增产物为235bp)：
LIP4-F-T3(正向引物，序列表的序列15)：
5’-TCAGGGCCTCTCACACACTAG-3’；
LIP4-C-R-24-2G-tagA8(反向引物，下划线标注tagA8标签，序列表的序列16)：
5’-GGCCCCCGTGAGATATCTTAATCCTGTCTGATGAAGCACTCTTCCTAGG-3’。
5、针对rs号为rs596731的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物，扩增产物为377bp)：
LIP5-A-F-28-2C-tagA9(正向引物，下划线标注tagA9标签，序列表的序列17)：
5’-GTCTGGTCGACCCTATCACATCAAAATAGAAAATCTTGTTCATGAGAAGTGCA-3’；
LIP5-R-T6(反向引物，序列表的序列18)：
5’-TGGAGGGGGAGAAATAAGGGTAAA-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为G时可以得到扩增产物，扩增产物为377bp)：
LIP5-G-F-28-2C-tagA10(正向引物，下划线标注tagA10标签，序列表的序列19)：
5’-AACGAAGTCATAGGATCCCTCGAGTATAGAAAATCTTGTTCATGAGAAGTGCG-3’；
LIP5-R-T6(反向引物，序列表的序列20)：
5’-TGGAGGGGGAGAAATAAGGGTAAA-3’。
6、针对rs号为rs11076790的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物，扩增产物为221bp)：
LIP6-C-F-21-2A-tagA11(正向引物，下划线标注tagA11标签，序列表的序列21)：
5’-ATAGGTTAAGTATCGGTGGAGCGTCTGCGTTGTACAACAGGCCTAC-3’；
LIP6-R-T1(反向引物，序列表的序列22)：
5’-CAGAGGACTAAAGGAAAGAAGAGGC-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为G时可以得到扩增产物，扩增产物为221bp)：
LIP6-G-F-21-2A-tagA12(正向引物，下划线标注tagA12标签，序列表的序列23)：
5’-ACGGTGTCCTCAAGCTATCGTACTGTGCGTTGTACAACAGGCCTAG-3’；
LIP6-R-T1(反向引物，序列表的序列24)：
5’-CAGAGGACTAAAGGAAAGAAGAGGC-3’。
7、针对rs号为rs8049367的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为T时可以得到扩增产物，扩增产物为279bp)：
LIP7-F-T4(正向引物，序列表的序列25)：
5’-CAGGCAGACAATAAATCAATAACACTG-3’；
LIP7-T-R-31-3A-tagA13(反向引物，下划线标注tagA13标签，序列表的序列26)：
5’-AATCTGTAGTAAGCGCCACCCGAAGTCAAAGGTACAGGGACTTTTTAATATTTATA-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物，扩增产物为277bp)：
LIP7-F-T4(正向引物，序列表的序列27)：
5’-CAGGCAGACAATAAATCAATAACACTG-3’；
LIP7-C-R-29-3A-tagA14(反向引物，下划线标注tagA14标签，序列表的序列28)：
5’-CGGGGAGCTGTTATAACTTCGCGATAAAGGTACAGGGACTTTTTAATATTTATG-3’。
8、针对rs号为rs4791774的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为G时可以得到扩增产物，扩增产物为146bp)：
LIP8-F-T5(正向引物，序列表的序列29)：
5’-CCTTCTTGAGATGAGTTGTGCTTTTC-3’；
LIP8-G-R-26-2T-tagA15(反向引物，下划线标注tagA15标签，序列表的序列30)：
5’-CACAACCGCTATTAGACCGTGTGCTCACCGTAGAAGCCATCAAGATAACTC-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物，扩增产物为238bp)：
LIP8-A-F-26-3G-tagA16(正向引物，下划线标注tagA16标签，序列表的序列31)：
5’-GAGTAGGAACGCTTACACTAGGGTCTCAAATGTCCACTGGATTGTTACGCA-3’；
LIP8-R-T2(反向引物，序列表的序列32)：
5’-CCTCCCGTCTCCCTATAATGAAAG-3’。
9、针对rs号为rs7078160的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为G时可以得到扩增产物，扩增产物为275bp)：
LIP9-F-T3(正向引物，序列表的序列33)：
5’-AGGAGATAGAGTTGACAGTATTTGGTAA-3’；
LIP9-G-R-20-2A-tagA17(反向引物，下划线标注tagA17标签，序列表的序列34)：
5’-ATCTCGGCGGGTCTATCTACATCTTCAGGCCTCTGTCTTGGGCAC-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为A时可以得到扩增产物，扩增产物为275bp)：
LIP9-F-T3(正向引物，序列表的序列35)：
5’-AGGAGATAGAGTTGACAGTATTTGGTAA-3’；
LIP9-A-R-20-2C-tagA18(反向引物，下划线标注tagA18标签，序列表的序列36)：
5’-AACACTTTCAGTATCGCGAGGGAGTCAGGCCTCTGTCTTGGGCCT-3’。
10、针对rs号为rs13041247的SNP位点设计的两对引物。
第一对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为C时可以得到扩增产物，扩增产物为131bp)：
LIP10-F-T7(正向引物，序列表的序列37)：
5’-GGTAGATTCCAGGTAACACAGAGAG-3’；
LIP10-C-R-25-2G-tagA19(反向引物，下划线标注tagA19标签，序列表的序列38)：
5’-GTGATACGCCCCGGCAACTTAGTAATGTGGCTCAGAGATATTAAGTGAGG-3’。
第二对引物(以基因组DNA为模板，只有该SNP位点的核苷酸为T时可以得到扩增产物，扩增产物为131bp)：
LIP10-F-T7(正向引物，序列表的序列39)：
5’-GGTAGATTCCAGGTAACACAGAGAG-3’；
LIP10-T-R-25-2G-tagA20(反向引物，下划线标注tagA20标签，序列表的序列40)：
5’-TATGTCGACCGTTGCTTACGTTCCTTGTGGCTCAGAGATATTAAGTGAGA-3’。
通用芯片为分别固定有20种探针的基片。每种探针都是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，20种探针的通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签，20种探针分别具有tagB1标签至tagB20标签，tagB1标签与tagA1标签反向互补，tagB2标签与tagA2标签反向互补，……，tagB20标签与tagA20标签反向互补。探针用基因点样液(Capitalbio，Beijing,China)溶解，终浓度为10μM，重复三次点制到醛基化修饰的玻片上。图1为通用芯片的点阵排布示意图，A为各点对应的tagB标签，B为各点对应的结果。QC(表面化学质控探针)是一端带有HEX标记，另一端具有氨基修饰的寡核苷酸探针，用于观察芯片点样和固定的效率，其核苷酸序列为NH2-TCACTTGCTTCCGTTGAGG-Hex。PC(杂交质控探针)是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，可以与杂交液中添加的荧光标记的互补序列(C-PC)杂交，用于杂交过程的质控，其核苷酸序列为NH2-TTTTTTTTTTTTCCTCAACGGAAGCAAGTGAT。NC(阴性对照探针)是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，与杂交液中的所有待检测序列均不会杂交，用于观察有无非特异杂交，其核苷酸序列为NH2-TTTTTTTTTTTTGTTGCTTCTGGAATGAGTTTGCT。
试剂盒由上述40对引物和上述通用芯片组成。
实施例3、试剂盒的应用
待测者为4位知情同意的志愿者，均已通过Sanger法测序确认所述10个SNP位点的基因型。
1、取待测者的外周血样本，提取基因组DNA。
2、以步骤1得到的基因组DNA为模板，分别采用实施例1中的40对引物进行PCR扩增。
PCR反应体系(20μL)的组分如表2所示。PCR反应采用S1000TMThermalCycler(BIO-RAD)进行，PCR反应程序见表3。
表2PCR反应体系(20μL)的组分
组分 加入量 在PCR体系中的浓度
H2O 10.4μl —
Promega 5×buffer 4.0μl 1×
25mM MgCl2 1.2μl 1.5mM
2.5mM dNTP 1.6μl 0.2mM
10μM正向引物 0.8μl 0.4μM
10μM反向引物 0.8μl 0.4μM
5U/μL Promega热启动酶 0.1μl 0.025U/μL
模板 2μl 10～0.5ng/μL
表3PCR反应程序
3、完成步骤2的PCR扩增后，每个扩增体系取样，按照表4制备杂交体系，然后分别与通用芯片上的不同点杂交。采用LIP1-C-F-29-2T-tagA1和LIP1-R-T7组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB1标签的探针的点杂交。采用LIP1-A-F-29-2G-tagA2和LIP1-R-T7组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB2标签的探针的点杂交。采用LIP2-F-T2和LIP2-T-R-23-3G-tagA3组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB3标签的探针的点杂交。采用LIP2-F-T2和LIP2-C-R-23-3G-tagA4组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB4标签的探针的点杂交。采用LIP3-F-T2和LIP3-C-R-19-3C-tagA5组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB5标签的探针的点杂交。采用LIP3-F-T2和LIP3-T-R-19-3C-tagA6组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB6标签的探针的点杂交。采用LIP4-A-F-27-3C-tagA7和LIP4-R-T1组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB7标签的探针的点杂交。采用LIP4-F-T3和LIP4-C-R-24-2G-tagA8组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB8标签的探针的点杂交。采用LIP5-A-F-28-2C-tagA9和LIP5-R-T6组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB9标签的探针的点杂交。采用LIP5-G-F-28-2C-tagA10和LIP5-R-T6组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB10标签的探针的点杂交。采用LIP6-C-F-21-2A-tagA11和LIP6-R-T1组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB11标签的探针的点杂交。采用LIP6-G-F-21-2A-tagA12和LIP6-R-T1组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB12标签的探针的点杂交。采用LIP7-F-T4和LIP7-T-R-31-3A-tagA13组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB13标签的探针的点杂交。采用LIP7-F-T4和LIP7-C-R-29-3A-tagA14组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB14标签的探针的点杂交。采用LIP8-F-T5和LIP8-G-R-26-2T-tagA15组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB15标签的探针的点杂交。采用LIP8-A-F-26-3G-tagA16和LIP8-R-T2组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB16标签的探针的点杂交。采用LIP9-F-T3和LIP9-G-R-20-2A-tagA17组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB17标签的探针的点杂交。采用LIP9-F-T3和LIP9-A-R-20-2C-tagA18组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB18标签的探针的点杂交。采用LIP10-F-T7和LIP10-C-R-25-2G-tagA19组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB19标签的探针的点杂交。采用LIP10-F-T7和LIP10-T-R-25-2G-tagA20组成的引物对进行PCR扩增得到的扩增体系与通用芯片上固定有具有tagB20标签的探针的点杂交。
杂交体系(18μL)的组分见表4。
表4杂交体系(18μL)的组分
加入量(μL)
H2O 1.0
20×SSC缓冲液 1.8
50×Denhardtˊs溶液 1.8
50g/100mL硫酸葡聚糖水溶液 3.6
4g/100mL SDS水溶液 1.8
完成PCR扩增后的体系 8.0
50℃杂交60min。
芯片荧光信号采用LuxScanTM10K-B扫描仪(博奥生物集团有限公司)检测，检测条件：波长(wavelength)，555nm；Laserpower，60；PMT，600。
每位待测者采用三个通用芯片进行重复检测。结果表明，每位待测者采用三个通用芯片检测读取的结果均与全基因组测序的结果一致。
第一位待测者的采用通用芯片检测后的照片见图2A，结果读取见图2B。
第二位待测者的采用通用芯片检测后的照片见图3A，结果读取见图3B。
第三位待测者的采用通用芯片检测后的照片见图4A，结果读取见图4B。
第四位待测者的采用通用芯片检测后的照片见图5A，结果读取见图5B。
四位待测者10个SNP位点的基因型结果见表5。
表5
lip1 lip2 lip3 lip4 lip5 lip6 lip7 lip8 lip9 lip10
第一位待测者 AA CC CT CA AG CC TT GG GG TT
第二位待测者 CA CT CT CA AG GG CC AG AA CT
第三位待测者 CC TT CC CC AA CG TC AA AG CC
第四位待测者 CA CT TT AA GG CG TT AA AG TT
lip1代表rs号为rs1044516的SNP位点。
lip2代表rs号为rs742214的SNP位点。
lip3代表rs号为rs2235371的SNP位点。
lip4代表rs号为rs10863790的SNP位点。
lip5代表rs号为rs596731的SNP位点。
lip6代表rs号为rs11076790的SNP位点。
lip7代表rs号为rs8049367的SNP位点。
lip8代表rs号为rs4791774的SNP位点。
lip9代表rs号为rs7078160的SNP位点。
lip10代表rs号为rs13041247的SNP位点。

Claims (11)

1.一种辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒，包括用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质。
2.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对。
3.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种。
4.如权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括元件甲；所述元件甲由用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质组成。
5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：
所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的引物对。
6.如权利要求5所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括元件乙；所述元件乙为分别固定有20种探针的通用芯片；
所述20种探针均为单链DNA分子，通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签；
所述tagB标签为tagB1标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、tagB8标签、tagB9标签、tagB10标签、tagB11标签、tagB12标签、tagB13标签、tagB14标签、tagB15标签、tagB16标签、tagB17标签、tagB18标签、tagB19标签或tagB20标签；
所述tagB1标签与序列表的序列1自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB2标签与序列表的序列3自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB3标签与序列表的序列6自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB4标签与序列表的序列8自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB5标签与序列表的序列10自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB6标签与序列表的序列12自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB7标签与序列表的序列13自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB8标签与序列表的序列16自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB9标签与序列表的序列17自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB10标签与序列表的序列19自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB11标签与序列表的序列21自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB12标签与序列表的序列23自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB13标签与序列表的序列26自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB14标签与序列表的序列28自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB15标签与序列表的序列30自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB16标签与序列表的序列31自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB17标签与序列表的序列34自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB18标签与序列表的序列36自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB19标签与序列表的序列38自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB20标签与序列表的序列40自5’末端第1至25位核苷酸反向互补。
7.如权利要求4或5或6所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括记载有如下评判标准的载体：
对于rs号为rs8049367的SNP来说C为风险等位基因；对于rs号为rs11076790的SNP来说C为风险等位基因；对于rs号为rs4791774的SNP来说G为风险等位基因；对于rs号为rs2235371的SNP来说C为风险等位基因；对于rs号为rs13041247的SNP来说T为风险等位基因；对于rs号为rs7078160的SNP来说A为风险等位基因；对于rs号为rs596731的SNP来说G为风险等位基因；对于rs号为rs742214的SNP来说C为风险等位基因；对于rs号为rs10863790的SNP来说A为风险等位基因；对于rs号为rs1044516的SNP来说C为风险等位基因。
8.用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
9.用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
10.如权利要求9所述的应用，其特征在于：
所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的引物对。
11.用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质、用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质和分别固定有20种探针的通用芯片在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用；
所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列23所示的单链DNA分子和序列表的序列24所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列31所示的单链DNA分子和序列表的序列32所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列39所示的单链DNA分子和序列表的序列40所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列35所示的单链DNA分子和序列表的序列36所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列19所示的单链DNA分子和序列表的序列20所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列7所示的单链DNA分子和序列表的序列8所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列15所示的单链DNA分子和序列表的序列16所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的引物对；
所述20种探针均为单链DNA分子，通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签；
所述tagB标签为tagB1标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、tagB8标签、tagB9标签、tagB10标签、tagB11标签、tagB12标签、tagB13标签、tagB14标签、tagB15标签、tagB16标签、tagB17标签、tagB18标签、tagB19标签或tagB20标签；
所述tagB1标签与序列表的序列1自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB2标签与序列表的序列3自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB3标签与序列表的序列6自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB4标签与序列表的序列8自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB5标签与序列表的序列10自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB6标签与序列表的序列12自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB7标签与序列表的序列13自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB8标签与序列表的序列16自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB9标签与序列表的序列17自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB10标签与序列表的序列19自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB11标签与序列表的序列21自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB12标签与序列表的序列23自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB13标签与序列表的序列26自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB14标签与序列表的序列28自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB15标签与序列表的序列30自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB16标签与序列表的序列31自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB17标签与序列表的序列34自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB18标签与序列表的序列36自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB19标签与序列表的序列38自5’末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB20标签与序列表的序列40自5’末端第1至25位核苷酸反向互补。
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