CN104254611A - 用假单胞菌属和源于其的物质和组合物防治植物致病微生物 - Google Patents

用假单胞菌属和源于其的物质和组合物防治植物致病微生物 Download PDF

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Abstract

本发明提供化合物和组合物，所述化合物和组合物源于假单胞菌属，尤其是荧光假单胞菌或保护假单胞菌，且更尤其是具有假单胞菌ATCC 55799的识别特征且具有抗微生物特性，尤其是具有抗细菌特性的菌株。

Description

用假单胞菌属和源于其的物质和组合物防治植物致病微生物
技术领域
提供用于防治植物致病微生物，尤其细菌和真菌的源于假单胞菌属，尤其保护假单胞菌(Pseudomonas protegens)的组合物和方法。
背景技术
植物病原体造成农业生产的显著损失。植物疾病可由细菌、真菌或病毒引起。
大多数细菌性植物疾病可用宿主抗性、培养技术、化学和生物防治的组合来防治。
若干假单胞菌菌株先前已证实生物防治特性(参看例如道林(Dowling)和欧咖拉(O′Gara)，1994，针对抗真菌和抗细菌特性的讨论；凯尔(Keel)等人，1992年，针对抗细菌特性的讨论；美国专利第5,622,846号、第5,552,315号；拉米特(Ramette)等人，2011年)。然而，关于病原体防治的机制，尚无清楚了解。一些理论包括在宿主植物中诱导系统性抗性，与植物病原体竞争，或针对植物病原体产生拮抗化合物。
假单胞菌菌株CL145A已从水样品中分离且经证实具有防治软体动物的能力(参看例如，参看莫洛伊D.P.(Molloy，D.P.)美国专利第6,194,194号，2001年2月27日颁布，和美国专利申请公开案第20100266717号)。
发明内容
提供源于假单胞菌属且尤其源于具有抗微生物特性且尤其具有抗细菌特性和抗真菌特性的假单胞菌物种菌株的分离的化合物和组合物。
在一个特定实施例中，源于假单胞菌物种的所述化合物具有以下特征：
(a)可从假单胞菌物种，尤其产生至少一种防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的化合物的假单胞菌物种获得；
(b)调节植物致病微生物的一或多个物种，和
(c)具有选自由以下组成的群组的分子量和HPLC保留时间：
(i)如由液相色谱/质谱法(LC/MS)所测定，约300-380且更特定说来约324的分子量，在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A，100×4.60mm)柱上使用水∶乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0-20min；90-0％CH3CN水溶液，20-24min；100％CH3CN，24-27min；0-90％CH3CN水溶液，27-30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约12-22分钟，更特定说来约17分钟且甚至更特定说来约17.50分钟的HPLC保留时间；且在214、252、312nm下具有UV吸收；
(ii)如由LC/MS所测定，约300-360且更特定说来约314的分子量；使用梯度溶剂系统(0-20min；90-0％CH3CN水溶液，20-24min；100％CH3CN，24-27min；0-90％CH3CN水溶液，27-30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速下，具有约10-20分钟，更特定说来约15分钟且甚至更特定说来约15.23min的HPLC保留时间；且在299、311、325nm下具有UV吸收；
(iii)如由LC/MS所测定，约580-680且更特定说来约627的分子量；具有约8-20分钟，更特定说来约14分钟且甚至更特定说来约14-24min的HPLC保留时间，且在299、311、325nm下具有UV吸收。
(iv)如由LC/MS所测定，约350-425且更特定说来约386的分子量；在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A，100×4.60mm)柱上使用水∶乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0-20min；90-0％CH3CN水溶液，20-24min；100％CH3CN，24-27min；0-90％CH3CN水溶液，27-30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约6-16分钟，更特定说来约9分钟且甚至更特定说来约9.06min的HPLC保留时间；且在221、267、361nm下具有UV吸收。
在一个更特定实施例中，植物致病微生物为植物致病细菌或植物致病真菌。在一个甚至更特定实施例中，植物致病细菌为以下至少一者的成员：芽孢杆菌属(例如枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilus)、蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus))、黄单孢菌属(Xanthomonasacernea、白纹黄单孢菌(Xanthomonas albilineans)、苜蓿黄单孢菌jlfalfa亚种(Xanthomonas alfalfae ssp.jlfalfa)、苜蓿黄单孢菌柑桔亚种(Xanthomonas alfalfae ssp.citrumelonis)、葡萄黄单孢菌(Xanthomonas ampelina)、树生黄单胞菌榛子致病变种(Xanthomonas arboricola pv.corylina)、树生黄单胞菌核桃致病变种(Xanthomonasarboricola pv.juglandis)、树生黄单胞菌桃李致病变种(Xanthomonas arboricola pv.pruni)、地毯草黄单胞菌(Xanthomonas axonopodis)、地毯草黄单胞菌苜蓿致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.alfalfa)、地毯草黄单胞菌洋葱致病变种(Xanthomonasaxonopodis pv.allii)、地毯草黄单胞菌漆树致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.anacardii)、地毯草黄单胞菌秋海棠致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.begonia)、地毯草黄单胞菌柑桔致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.citri)、地毯草黄单胞菌柑桔致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.citrumelo)、地毯草黄单胞菌花叶万年青致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.dieffenbachiae)、地毯草黄单胞菌大豆致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.glycines)、地毯草黄单胞菌锦葵致病变种(Xanthomonasaxonopodis pv.malvacearum)、地毯草黄单胞菌木薯致病变种(Xanthomonas axonopodispv.manihotis)、地毯草黄单胞菌菜豆致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.phaseoli)、地毯草黄单胞菌一品红致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.poinsettiicola)、地毯草黄单胞菌甘蔗致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.vasculorum)、地毯草黄单胞菌辣椒致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.vesicatoria)、地毯草黄单胞菌莴苣致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.vitians)、秋海棠黄单胞菌(Xanthomonas begoniae)、野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris)、野油菜黄单胞菌苜蓿致病变种(Xanthomonascampestris pv.alfalfa)、野油菜黄单胞菌苜蓿致病变种、野油菜黄单胞菌假辣根致病变种(Xanthomonas campestris pv.armoraciae)、野油菜黄单胞菌秋海棠致病变种(Xanthomonas campestris pv.Begonia)、野油菜黄单胞菌野油菜致病变种(Xanthomonascampestris pv.campestris)、野油菜黄单胞菌胡萝卜致病变种(Xanthomonas campestris pv.Carotae)、野油菜黄单胞菌芫荽致病变种(Xanthomonas campestris pv.coriandri)、野油菜黄单胞菌榛子致病变种(Xanthomonas campestris pv.Corylina)、野油菜黄单胞菌黄瓜致病变种(Xanthomonas campestris pv.cucurbitae)、野油菜黄单胞菌花叶万年青致病变种(Xanthomonas campestris pv：dieffenbachiae)、野油菜黄单胞菌常春藤致病变种(Xanthomonas campestris pv.hederae)、野油菜黄单胞菌风信子致病变种(Xanthomonascampestris pv.hyacinthi)、野油菜黄单胞菌紫罗兰致病变种(Xanthomonas campestris pv.incanae)、野油菜黄单胞菌核桃致病变种(Xanthomonas campestris pv.juglandis)、野油菜黄单胞菌锦葵致病变种(Xanthomonas campestris pv.malvacearum)、野油菜黄单胞菌芒果致病变种(Xanthomonas campestris pv.Mangiferaeindicae)、野油菜黄单胞菌香蕉致病变种(Xanthomonas campestris pv.musacearum)、野油菜黄单胞菌水稻致病变种(Xanthomonas campestris pv.Oryzae)、野油菜黄单胞菌栖稻致病变种(Xanthomonascampestris pv.Oryzicola)、野油菜黄单胞菌罂粟致病变种(Xanthomonas campestris pv.Papavericola)、野油菜黄单胞菌天竺葵致病变种(Xanthomonas campestris pv.pelargonii)、野油菜黄单胞菌菜豆致病变种(Xanthomonas campestris pv.Phaseoli)、野油菜黄单胞菌一品红致病变种(Xanthomonas campestris pv.poinsettiicola)、野油菜黄单胞菌桃李致病变种(Xanthomonas campestris pv.Pruni)、野油菜黄单胞菌莱菔子致病变种(Xanthomonas campestris pv.raphani)、野油菜黄单胞菌小麦致病变种(Xanthomonascampestris pv.Translucens)、野油菜黄单胞菌甘蔗致病变种(Xanthomonas campestris pv.vasculorum)、野油菜黄单胞菌辣椒致病变种(Xanthomonas campestris pv.Vesicatoria)、野油菜黄单胞菌莴苣致病变种(Xanthomonas campestris pv.vitians)、野油菜黄单胞菌百日菊致病变种(Xanthomonas campestris pv.Zinnia)、柑桔黄单胞菌(Xanthomonas citri)、柑桔黄单胞菌柑桔亚种(Xanthomonas citri ssp.citri)、柑桔黄单胞菌锦葵亚种(Xanthomonas citri ssp.malvacearum)、瓜类黄单胞菌(Xanthomonas cucurbitae)、番茄黄单胞菌(Xanthomonas euvesicatoria)、草莓黄单胞菌(Xanthomonas fragariae)、褐色黄单胞菌褐色亚种(Xanthomonas fuscans ssp.fuscans)、加德纳黄单胞菌(Xanthomonasgardneri)、花草黄单胞菌(Xanthomonas hortorum)、花草黄单胞菌胡萝卜致病变种(Xanthomonas hortorum pv.carotae)、花草黄单胞菌常春藤致病变种(Xanthomonashortorum pv.hederae)、花草黄单胞菌天竺葵致病变种(Xanthomonas hortorum pv.Pelargonii)、风信子黄单胞菌(Xanthomonas hyacinthi)、嗜麦芽黄单胞菌(Xanthomonasmaltophilia)、木薯黄单胞菌(Xanthomonas manihotis)、水稻黄单胞菌(Xanthomonasoryzae)、水稻黄单胞菌水稻致病变种(Xanthomonas oryzae pv.oryzae)、水稻黄单胞菌栖稻致病变种(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola)、穿孔黄单胞菌(Xanthomonasperforans)、杨属黄单胞菌(Xanthomonas populi)、小麦黄单胞菌禾草致病变种(Xanthomonas translucens pv.cerealis)、小麦黄单胞菌禾草致病变种(Xanthomonastranslucens pv.graminis)、小麦黄单胞菌黑麦致病变种(Xanthomonas translucens pv.secalis)、小麦黄单胞菌小麦致病变种(Xanthomonas translucens pv.translucens)、小麦黄单胞菌波形致病变种(Xanthomonas translucens pv.undulosa)、甘蔗黄单胞菌(Xanthomonas vasculorum)、维管束黄单胞菌高粱致病变种(Xanthomonas vasicola pv.holcicola)、辣椒斑点病黄单胞菌(Xanthomonas vesicatoria)、辣椒斑点病黄单胞菌辣椒致病变种(Xanthomonas vesicatoria pv.vesicatoria))、链霉菌(例如疮痂链霉菌(Streptomyces scabie)、酸性疮痂链霉菌(Streptomyces acidiscabies)、肿痂链霉菌(Streptomyces turgidiscabies)、番薯链霉菌(Streptomyces ipomoeae)、碱性疮痂链霉菌(Streptomyces alkaliscabies))、欧文氏菌(例如胡萝卜软腐欧文氏菌(Erwinia carotovora)、解淀粉欧文氏菌(Erwinia amylovora)、菠萝欧文氏菌(Erwinia ananas)、菊欧文氏菌(Erwinia chrysanthemi)、白菜软腐欧文氏菌(Erwinia aroideae)、Erwinia carneigieana、兰花欧文氏菌(Erwinia cypripedi)、草生欧文氏菌(Erwinia herbicola)、Erwinianimmipressuralis、Envinia pyrifoliae、大黄欧文氏菌(Erwinia rhapontici)、生红欧文氏菌(Erwinia rubrifaciens)、柳欧文氏菌(Erwinia salicis)、嗜管欧文氏菌(Erwiniatracheiphila))或葡萄孢菌属(例如灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)、Botrytis acalda、洋葱葡萄孢菌(Botrytis allii)[葡萄孢腐烂病]、菌丝性葡萄孢菌(Botrytis byssoidea)[菌丝性腐败病]、Botrytis convolute、Botrytis alliptica、牡丹葡萄孢菌(Botrytis paeoniae)、大蒜盲种葡萄孢菌(Botrytis porri)、Botrytis squamosal、郁金香葡萄孢菌(Botrytis tulipae))。在一个特定实施例中，植物致病真菌包括(但不限于)单丝壳属(紫云英单丝壳(Sphaerothecadelphinii)、苍耳单丝壳(Sphaerotheca fuliginea)、棕丝单丝壳(Sphaerotheca fusca)、斑点单丝壳(Sphaerotheca macularis)、醋栗单丝壳(Sphaerotheca mors-uvae)、蔷薇单丝壳(Sphaerotheca pannosa)、蔷薇单丝壳玫瑰变种(Sphaerotheca pannosa var.rosae)、Sphaerotheca phytoptophila)。
还提供包含这些化合物的组合物，且进一步提供用于获得这些化合物的方法。在一个特定实施例中，这些化合物可通过(a)在一定条件下培养防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的假单胞菌物种的培养物和(b)从(a)的所培养的培养物分离所述化合物来获得，所述条件足以在所述所培养的培养物中产生上文所陈述的化合物。
进一步提供一种用一定量的细胞悬浮液或全细胞培养液调节一个位置中植物致病微生物的至少一个物种的方法，所述细胞悬浮液或全细胞培养液包含源于假单胞菌物种的细胞(其中所述假单胞菌物种产生一或多种防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的物质)或源于所述细胞的上清液、滤液、细胞馏分、一或多种代谢物、一或多种化合物和/或萃取物，所述量有效调节所述植物致病微生物。还提供一定量的细胞悬浮液或全细胞培养液的用途，所述细胞悬浮液或全细胞培养液包含源于假单胞菌物种的细胞(其中所述假单胞菌物种产生一或多种防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的物质)或源于所述细胞的上清液、滤液、细胞馏分、一或多种代谢物、一或多种化合物和/或萃取物，所述细胞悬浮液或全细胞培养液用于调配用于调节一或多种植物致病微生物的组合物。
在一个特定实施例中，所述化合物或代谢物可包括(但不限于)：
(I)上文所陈述的化合物；
(II)如下化合物：(i)如液相色谱/质谱法(LC/MS)所测定，其具有约1280-1310的分子量；(ii)具有δ9.25，8.36，8.06，7.82，7.71，7.52，7.45，6.82，6.36，6.08，5.42，5.39，5.30，5.14，4.68，4.42，4.31，4.16，4.11，4.07，3.95-3.86，3.83，3.72，3.66，3.53，3.48，3.37，3.17，3.06，2.56，2.53，2.45，2.32，2.21，2.02，1.96，1.84，1.72，1.65，1.61，1.51，1.48-1.37，1.32，1.12，0.94，0.91，0.68的1H NMR值；和(c)在反相C-18HPLC柱上使用水∶乙腈梯度溶剂系统(0-10min；30-40％CH3CN水溶液，10-20min；40-60％CH3CN水溶液，20-60min；60-80％CH3CN水溶液，60-65min；80-100％CH3CN水溶液)在2.5mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约50-55min的(高压液相色谱)(HPLC)保留时间；
(III)如下化合物：(i)如LC/MS所测定，其具有约1310-1335的分子量；(ii)在反相C-18HPLC柱上使用水∶乙腈梯度溶剂系统(0-10min；30-40％CH3CN水溶液，10-20min；40-60％CH3CN水溶液，20-60min；60-80％CH3CN水溶液，60-65min；80-100％CH3CN水溶液)在2.5mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约55-60min的HPLC保留时间；
(IV)如下化合物：(i)如LC/MS所测定，其具有约540-550的分子量；(ii)在反相C-18HPLC柱上使用水∶乙腈溶剂系统(0-10min；35-45％CH3CN水溶液，10-20min；45-60％CH3CN水溶液，20-50min；60-85％CH3CN水溶液，50-60min；85-100％CH3CN水溶液，60-70min；100％CH3CN)在10mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约50-55min的HPLC保留时间；
(V)如下化合物：其为内酯且具有包含至少一个内酯部分、至少一个不饱和部分和至少一个醇基的羟基化不饱和脂肪酸内酯结构，所述内酯部分为5元γ-内酯；在核心结构中具有285到约310的分子量；具有至少15个碳和至少3个氧；
(VI)具有如下结构的化合物
其中：X各自独立地为--O、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键或三键；
(VII)如下化合物：其具有包含至少一个羧酸部分、至少一个不饱和部分和至少一个醇基的羟基化不饱和脂肪酸结构；在核心结构中具有285到约310的分子量；具有至少15个碳和至少3个氧；
(VIII)具有如下结构的化合物
其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键；
(IX)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2、R3各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键；
(X)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2、R3各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝0-15；
(XI)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键；
(XII)具有如下结构的化合物
其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝0-15；
(XIII)选自由γ-十二内酯、δ-十三内酯、比利佛丁内酯(piliferolide)A和α-庚基-γ-丁内酯组成的群组的内酯；和
(XIV)选自由N-环戊基癸酰胺、N-(癸酰基)吡咯烷、N-(癸酰基)哌啶、N-(癸酰基)六亚甲基亚胺、N-环戊基癸烯酰胺、(N-(癸烯酰基)吡咯烷、N-(癸烯酰基)哌啶、N-(癸烯酰基)六亚甲基亚胺和N-(癸烯酰基)哌啶组成的群组的假蒟亭碱(sarmentine)类似物；
(XV)11-羟基-12-烯-十八烷酸；
(XVI)9-十六烯酸；和
(XVII)蓖麻油酸。
在一个特定实施例中，上文所陈述的物质可应用于植物或土壤。
此外，上文所陈述的物质可与抗生素，尤其有效对抗土壤传播的细菌的抗生素组合应用。在一个相关方面，提供包含上文所陈述的物质和另一有效对抗土壤传播的细菌的抗生素的组合。这些组合也可为组合物。在一个相关方面，还提供这些物质和抗生素用于调配这些组合的用途。在另一相关方面，还提供这些组合用于防治土壤传播的细菌的用途。
用于上文所陈述的组合物或方法或上文所陈述的化合物或代谢物中的假单胞菌属可源于可选自由以下组成的群组的假单胞菌属：保护假单胞菌(Pseudomonasprotegens)、萨博尼假单胞菌(Pseudomonas saponiphila)、天仙果假单胞菌(Pseudomonasficuserectae)、冻结假单胞菌(Pseudomonas congelans)、山黄麻假单胞菌(Pseudomonastremae)、番木瓜假单胞菌(Pseudomonas caricapapayae)、孟氏假单胞菌(Pseudomonasmandelii)、萨氏假单胞菌(Pseudomonas savastanoi)、丁香假单胞菌(Pseudomonassyringae)、绿针假单胞菌鱼亚种(Pseudomonas chlororaphis subsp.piscium)、大麻假单胞菌(Pseudomonas cannabina)、边缘假单胞菌(Pseudomonas marginalis)、猿假单胞菌(Pseudomonas simiae)、洋榛假单胞菌(Pseudomonas avellanae)、绿针假单胞菌桔黄亚种(Pseudomonas chlororaphis subsp.aurantiaca)、绿针假单胞菌绿针亚种(Pseudomonaschlororaphis subsp.chlororaphis)、弗雷德里克斯堡假单胞菌(Pseudomonasfrederiksbergensis)、扁桃假单胞菌(Pseudomonas amygdali)、适冷假单胞菌(Pseudomonasextremaustralis)、基尔假单胞菌(Pseudomonas kilonensis)、亚麻假单胞菌(Pseudomonaslini)、南极假单胞菌(Pseudomonas Antarctica)、皱纹假单胞菌(Pseudomonascorrugata)、草假单胞菌(Pseudomonas poae)、格氏假单胞菌(Pseudomonas grimontii)、油菜假单胞菌新桔黄亚种(Pseudomonas brassicacearum subsp.Neoaurantiaca)、子午线假单胞菌(Pseudomonas meridian)、平凡假单胞菌(Pseudomonas trivialis)、维罗纳假单胞菌(Pseudomonas veronii)、隆德假单胞菌(Pseudomonas lundensis)、萨洛蒙假单胞菌(Pseudomonas salomonii)、罗氏假单胞菌(Pseudomonas rhodesiae)、砷氧化假单胞菌(Pseudomonas arsenicoxydans)、赛维瓦尔假单胞菌(Pseudomonas thivervalensis)、伪装假单胞菌(Pseudomonas deceptionensis)、帕勒隆尼假单胞菌(Pseudomonas palleroniana)、绿针假单胞菌致金色亚种(Pseudomonas chlororaphis subsp.aureofaciens)、康氏假单胞菌(Pseudomonas costantinii)、蝽假单胞菌(Pseudomonas lurida)、米氏假单胞菌(Pseudomonas migulae)、东方假单胞菌(Pseudomonas orientalis)、远东假单胞菌(Pseudomonas extremorientalis)、地中海假单胞菌(Pseudomonas mediterranea)、油菜假单胞菌油菜亚种(Pseudomonas brassicacearum subsp.brassicacearum)、阿别坦假单胞菌(Pseudomonas abietaniphila)、贝氏假单胞菌(Pseudomonas baetica)、布氏假单胞菌(Pseudomonas brenneri)、嗜冷假单胞菌(Pseudomonas psychrophila)、江逊氏假单胞菌(Pseudomonas jessenii)、草莓假单胞菌(Pseudomonas fragi)、托拉氏假单胞菌(Pseudomonas tolaasii)、溶解蛋白假单胞菌(Pseudomonas proteolytica)、腐臭假单胞菌(Pseudomonas taetrolens)、摩尼假单胞菌(Pseudomonas mohnii)、莫氏假单胞菌(Pseudomonas moorei)、摩拉维亚假单胞菌(Pseudomonas moraviensis)、盖萨迪假单胞菌(Pseudomonas gessardii)、菊苣假单胞菌(Pseudomonas cichorii)、黎巴嫩假单胞菌(Pseudomonas libahensis)、解苯假单胞菌(Pseudomonas benzenivorans)、人参根腐假单胞菌(Pseudomonas panacis)、阴城假单胞菌(Pseudomonas umsongensis)、雷尼克假单胞菌(Pseudomonas reinekei)、荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、蘑菇假单胞菌(Pseudomonas agarici)、黄体假单胞菌(Pseudomonas lutea)、霉味假单胞菌(Pseudomonasmucidolens)、产氮假单胞菌(Pseudomonas azotoformans)、绿黄假单胞菌(Pseudomonasviridiflava)、韩国假单胞菌(Pseudomonas koreensis)、库肯达利假单胞菌(Pseudomonaskuykendallii)、产黄假单胞菌(Pseudomonas synxantha)、瑟盖特假单胞菌(Pseudomonassegetis)、居海假单胞菌(Pseudomonas marincola)、雪松素假单胞菌雪松素亚种(Pseudomonas cedrina subsp.cedrina)、禾草假单胞菌(Pseudomonas graminis)、温哥华假单胞菌(Pseudomonas Vancouverensis)、雪松素假单胞菌荧光亚种(Pseudomonas cedrinasubsp.fulgida)、变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)、库氏假单胞菌(Pseudomonas cuatrocienegasensis)、台湾假单胞菌(Pseudomonas taiwanensis)、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、根际假单胞菌(Pseudomonas rhizosphaerae)、鳗败血假单胞菌(Pseudomonas anguilliseptica)、蒙氏假单胞菌(Pseudomonas monteilii)、褐鞘假单胞菌(Pseudomonas fuscovaginae)、摩氏假单胞菌(Pseudomonas mosselii)、大安假单胞菌(Pseudomonas taeanensis)、铁角蕨假单胞菌(Pseudomonas asplenii)、嗜虫假单胞菌(Pseudomonas entomophila)、克雷默假单胞菌(Pseudomonas cremoricolorata)、副黄假单胞菌(Pseudomonas parafulva)、嗜碱性假单胞菌(Pseudomonas alcaliphila)、食油假单胞菌润滑剂亚种(Pseudomonas oleovorans subsp.lubricantis)、污泥假单胞菌(Pseudomonasborbori)、堆肥假单胞菌(Pseudomonas composti)、丰臣假单胞菌(Pseudomonastoyotomiensis)、巴图假单胞菌(Pseudomonas batumici)、变黄假单胞菌(Pseudomonasflavescens)、弗村假单胞菌(Pseudomonas vranovensis)、普农假单胞菌(Pseudomonaspunonensis)、巴利阿里假单胞菌(Pseudomonas balearica)、氧化吲哚假单胞菌(Pseudomonas indoloxydans)、几内亚假单胞菌(Pseudomonas guineae)、日本假单胞菌(Pseudomonas japonica)、施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)、塞勒尼假单胞菌(Pseudomonas seleniipraecipitans)、烂泥假单胞菌(Pseudomonas peli)、黄褐假单胞菌(Pseudomonas fulva)、阿根廷假单胞菌(Pseudomonas argentinensis)、黄色海假单胞菌(Pseudomonas xanthomarina)、浦项假单胞菌(Pseudomonas pohangensis)、食油假单胞菌(Pseudomonas oleovorans)、门多萨假单胞菌(Pseudomonas mendocina)、浅黄假单胞菌(Pseudomonas luteola)、稻草假单胞菌(Pseudomonas straminea)、秋天假单胞菌(Pseudomonas caeni)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、托木尔假单胞菌(Pseudomonas tuomuerensis)、固氮假单胞菌(Pseudomonas azotifigens)、籼稻假单胞菌(Pseudomonas indica)、栖稻假单胞菌(Pseudomonas oryzihabitans)、耳炎假单胞菌(Pseudomonas otitidis)、耐冷假单胞菌(Pseudomonas psychrotolerans)、甾晖假单胞菌(Pseudomonas zeshuii)、食树脂假单孢菌(Pseudomonas resinovorans)、食油假单胞菌食油亚种(Pseudomonas oleovorans subsp.oleovorans)、耐热假单孢菌(Pseudomonasthermotolerans)、博尔扎诺假单胞菌(Pseudomonas bauzanensis)、硬黄褐假单胞菌(Pseudomonas duriflava)、海绵假单胞菌(Pseudomonas pachastrellae)、香矛醇假单胞菌(Pseudomonas citronellolis)、产碱假单胞菌(Pseudomonas alcaligenes)、新疆假单胞菌(Pseudomonasxinjiangensis)、德里假单胞菌(Pseudomonas delhiensis)、黑沙假单胞菌(Pseudomonas sabulinigri)、海滨假单胞菌(Pseudomonas litoralis)、海假单胞菌(Pseudomonas pelagia)、临颍假单胞菌(Pseudomonas linyingensis)、克氏假单胞菌(Pseudomonas knackmussii)、帕尼帕特假单胞菌(Pseudomonas panipatensis)、硝基还原假单胞菌(Pseudomonas nitroreducens)、亚硝酸盐还原假单胞菌(Pseudomonasnitritireducens)、晋州假单胞菌(Pseudomonas jinjuensis)、穿孔假单胞菌(Pseudomonaspertucinogena)、厦门假单胞菌(Pseudomonas xiamenensis)、青紫葛假单胞菌(Pseudomonas cissicola)、嗜盐假单胞菌(Pseudomonas halophile)、北城假单胞菌(Pseudomonas boreopolis)、弯曲假单胞菌(Pseudomonas geniculate)、甜菜假单胞菌(Pseudomonas beteli)、栖木槿假单胞菌(Pseudomonas hibiscicola)、皮克特假单胞菌(Pseudomonas pictorum)、氢碳酸假单胞菌(Pseudomonas carboxydohydrogena)。在一个特定实施例中，假单胞菌物种为保护假单胞菌或荧光假单胞菌。在另一特定实施例中，假单胞菌为具有假单胞菌ATCC 55799的识别特征的假单胞菌菌株。
在另一特定实施例中，假单胞菌物种或菌株可具有以下识别特征：
(i)对于酸和碱性磷酸酶、白氨酸芳香酰胺酶和萘酚-A5-BI-磷酸水解酶具有酶活性；
(ii)对抗四环素、红霉素、链霉素、青霉素、氨苄青霉素、氯霉素(chromamphenicaol)和头孢夫辛(cefuroxme)；
(iii)为包含SEQ ID NO：3中所陈述的前向序列、SEQ ID NO：4中所陈述的反向序列和SEQ ID NO：5中所陈述的共有序列的16S rRNA序列；
(iv)含有脂肪酸17∶0，3OH，16∶0，1∶0，3OH；和
(v)产生藤黄绿脓菌素和2，4-二乙酰基间苯三酚(2，4-diacetylphologlinol)。
附图说明
图1显示分类群的进化关系——邻接树以便目测CL145A(MBI-401)与假单胞菌属的模式菌株的关系。
图2显示分类群的进化关系——邻接树以便目测CL145A(MBI-401)与来自NCBIBLAST搜索的荧光假单胞菌和保护假单胞菌的最佳匹配的关系。
图3显示藤黄绿脓菌素(1)和DAPG(2)的结构。
图4显示用于获得来自MBI-401的馏分(细胞萃取物)和生物分析结果的一般方案。
图5显示活性馏分1、2和3与粗萃取物的比较，如通过反相HPLC所分析。
图6显示活性馏分F1的ESI MS分析。
图7显示活性馏分F2的ESI MS分析。
图8显示活性馏分F3的ESI MS分析。
图9显示通过萃取上清液获得的粗萃取物的ESI MS(SN-XAD)。
图10显示MBI-401对感染白粉病的黄瓜植物的影响。
具体实施方式
在提供值的范围的情况下，应了解本发明内涵盖这一范围的上限与下限之间的各插入值，准确到下限的单位的十分之一(除非上下文另外清楚指示)，和这一所述范围内的任何其它所述或插入值。这些较小范围的上限和下限可独立地包括在这些较小范围内，也涵盖于本发明内，从属于所述范围内的任何特定排除的极限值。在所述范围包括所述极限值中的一或两者的情况下，本发明中还包括排除那些所包括的极限值中的任一者或两者的范围。
除非另外定义，否则本文所使用的所有技术和科学术语都具有与本发明所属领域的技术人员通常所理解相同的含义。尽管类似于或等效于本文所述的方法和材料的任何方法和材料也可用于实践或测试本发明，但现在描述优选方法和材料。
必须注意，如本文和所述权利要求书中所用，除非上下文另外清楚指示，否则单数形式“一”、“一个”和“所述”包括多个提及物。举例来说，“一种物质”也涵盖“多种物质”。
如本文所定义，“防治贻贝”意指通过杀死贻贝或使贻贝丧失能力来防治贻贝的卵、幼虫、面盘幼体和后期面盘幼体使得它们不能在给定的位置中拓殖。
如本文所定义，术语“调节”用于意指改变植物致病微生物侵染的量或植物致病微生物侵染的传播速率，或杀死一个位置中的植物致病微生物，对所述微生物为致命或有毒的。“调节植物致病微生物侵染”也涵盖调节所述侵染的效果，所述侵染包括(但不限于)疾病严重性、感染、植物和根系组织的损坏以及植物果实、种子等的损坏。
如本文所定义，“源于”和“可获自”意指直接地从特定来源分离或获得或可选择地具有从特定来源分离或获得的物质或生物体的识别特征。此等术语在本说明书中可互换使用。
如本文所定义，“源于假单胞菌物种”意指包含来自假单胞菌物种的细胞的细胞培养液，包含来自假单胞菌物种的细胞的细胞悬浮液，以及细胞馏分、上清液、滤液、萃取物或化合物。萃取物可不仅源于细胞悬浮液或全细胞培养液，而且可为源于所述全细胞培养液或细胞悬浮液的滤液、上清液或馏分。
如本文所定义，“分离的化合物”基本上不含其它化合物或物质，例如，至少约20％纯，较佳地至少约40％纯，更佳地约60％纯，甚至更佳地约80％纯，最佳地约90％纯，且甚至最佳地约95％纯，如通过分析方法所测定，所述分析方法包括(但不限于)色谱方法、电泳方法。
物质
上文所陈述的组合物和方法中所用的物质可源于假单胞菌物种或菌株。如本文所定义，“源于”或“可获自”意指化合物可从细胞悬浮液、全细胞培养液、滤液、上清液、馏分或萃取物分离或由细胞悬浮液、全细胞培养液、滤液、上清液、馏分或萃取物产生。由细胞悬浮液、全细胞培养液、滤液、上清液、馏分或萃取物“产生”的化合物也可称为“代谢物”。萃取物可不仅源于细胞悬浮液或全细胞培养液，而且可为源于所述全细胞培养液或细胞悬浮液的滤液、上清液或馏分。
在一个特定实施例中，所述物质可获自假单胞菌物种或假单胞菌物种的菌株，其产生防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的化合物。假单胞菌物种包括(但不限于)保护假单胞菌、萨博尼假单胞菌、天仙果假单胞菌、冻结假单胞菌、山黄麻假单胞菌、番木瓜假单胞菌、孟氏假单胞菌、萨氏假单胞菌、丁香假单胞菌、绿针假单胞菌鱼亚种、大麻假单胞菌、边缘假单胞菌、猿假单胞菌、洋榛假单胞菌、绿针假单胞菌桔黄亚种、绿针假单胞菌绿针亚种、弗雷德里克斯堡假单胞菌、扁桃假单胞菌、适冷假单胞菌、基尔假单胞菌、亚麻假单胞菌、南极假单胞菌、皱纹假单胞菌、草假单胞菌、格氏假单胞菌、油菜假单胞菌新桔黄亚种、子午线假单胞菌、平凡假单胞菌、维罗纳假单胞菌、隆德假单胞菌、萨洛蒙假单胞菌、罗氏假单胞菌、砷氧化假单胞菌、赛维瓦尔假单胞菌、伪装假单胞菌、帕勒隆尼假单胞菌、绿针假单胞菌致金色亚种、康氏假单胞菌、蝽假单胞菌、米氏假单胞菌、东方假单胞菌、远东假单胞菌、地中海假单胞菌、油菜假单胞菌油菜亚种、阿别坦假单胞菌、贝氏假单胞菌、布氏假单胞菌、嗜冷假单胞菌、江逊氏假单胞菌、草莓假单胞菌、托拉氏假单胞菌、溶解蛋白假单胞菌、腐臭假单胞菌、摩尼假单胞菌、莫氏假单胞菌、摩拉维亚假单胞菌、盖萨迪假单胞菌、菊苣假单胞菌、黎巴嫩假单胞菌、解苯假单胞菌、人参根腐假单胞菌、阴城假单胞菌、雷尼克假单胞菌、荧光假单胞菌、蘑菇假单胞菌、黄体假单胞菌、霉味假单胞菌、产氮假单胞菌、绿黄假单胞菌、韩国假单胞菌、库肯达利假单胞菌、产黄假单胞菌、瑟盖特假单胞菌、居海假单胞菌、雪松素假单胞菌雪松素亚种、禾草假单胞菌、温哥华假单胞菌、雪松素假单胞菌荧光亚种、变形假单胞菌、库氏假单胞菌、台湾假单胞菌、恶臭假单胞菌、根际假单胞菌、鳗败血假单胞菌、蒙氏假单胞菌、褐鞘假单胞菌、摩氏假单胞菌、大安假单胞菌、铁角蕨假单胞菌、嗜虫假单胞菌、克雷默假单胞菌、副黄假单胞菌、嗜碱性假单胞菌、食油假单胞菌润滑剂亚种、污泥假单胞菌、堆肥假单胞菌、丰臣假单胞菌、巴图假单胞菌、变黄假单胞菌、弗村假单胞菌、普农假单胞菌、巴利阿里假单胞菌、氧化吲哚假单胞菌、几内亚假单胞菌、日本假单胞菌、施氏假单胞菌、塞勒尼假单胞菌、烂泥假单胞菌、黄褐假单胞菌、阿根廷假单胞菌、黄色海假单胞菌、浦项假单胞菌、食油假单胞菌、门多萨假单胞菌、浅黄假单胞菌、稻草假单胞菌、秋天假单胞菌、铜绿假单胞菌、托木尔假单胞菌、固氮假单胞菌、籼稻假单胞菌、栖稻假单胞菌、耳炎假单胞菌、耐冷假单胞菌、甾晖假单胞菌、食树脂假单孢菌、食油假单胞菌食油亚种、耐热假单孢菌、博尔扎诺假单胞菌、硬黄褐假单胞菌、海绵假单胞菌、香矛醇假单胞菌、产碱假单胞菌、新疆假单胞菌、德里假单胞菌、黑沙假单胞菌、海滨假单胞菌、海假单胞菌、临颍假单胞菌、克氏假单胞菌、帕尼帕特假单胞菌、硝基还原假单胞菌、亚硝酸盐还原假单胞菌、晋州假单胞菌、穿孔假单胞菌、厦门假单胞菌、青紫葛假单胞菌、嗜盐假单胞菌、北城假单胞菌、弯曲假单胞菌、甜菜假单胞菌、栖木槿假单胞菌、皮克特假单胞菌、氢碳酸假单胞菌。假单胞菌物种也可具有以下识别特征：
(i)对于酸和碱性磷酸酶、白氨酸芳香酰胺酶和萘酚-A5-BI-磷酸水解酶具有酶活性；
(ii)对抗四环素、红霉素、链霉素、青霉素、氨苄青霉素、氯霉素和头孢夫辛；
(iii)为包含SEQ ID NO：3中所陈述的前向序列、SEQ ID NO：4中所陈述的反向序列和SEQ ID NO：5中所陈述的共有序列的16S rRNA基因序列；
(iv)含有脂肪酸17∶0，3OH，16∶0，1∶0，3OH；
(v)产生藤黄绿脓菌素和2，4-二乙酰基间苯三酚。
所述化合物可具有以下分子量和HPLC保留时间：
(i)如由液相色谱/质谱法(LC/MS)所测定，约300-380且更特定说来约324的分子量，和在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A，100×4.60mm)柱上使用水∶乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0-20min；90-0％CH3CN水溶液，20-24min；100％CH3CN，24-27min；0-90％CH3CN水溶液，27-30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速和210nm的UV检测下，约12-22分钟，更特定说来约17分钟且甚至更特定说来约17.50min的HPLC保留时间；且在212、252、312nm下具有UV吸收；
(ii)如由LC/MS所测定，约300-360且更特定说来约314的分子量；和在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A，100×4.60mm)柱上使用水∶乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0-20min；90-0％CH3CN水溶液，20-24min；100％CH3CN，24-27min；0-90％CH3CN水溶液，27-30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速下，约10-20分钟，更特定说来约15分钟且甚至更特定说来约15.23min的HPLC保留时间；且在299、311、325nm下具有UV吸收；
(iii)如由LC/MS所测定，约580-680且更特定说来约627的分子量；和在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A，100×4.60mm)柱上使用水∶乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0-20min；90-0％CH3CN水溶液，20-24min；100％CH3CN，24-27min；0-90％CH3CN水溶液，27-30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速下，8-20分钟，更特定说来约14分钟且甚至更特定说来约14.24min的HPLC保留时间；且在299、311、325nm下具有UV吸收；
(iv)如由LC/MS所测定，约350-425且更特定说来约386的分子量；和在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A，100×4.60mm)柱上使用水∶乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0-20min；90-0％CH3CN水溶液，20-24min；100％CH3CN，24-27min；0-90％CH3CN水溶液，27-30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速和210nm的UV检测下，约6-16分钟，更特定说来约9分钟且甚至更特定说来约9.06min的HPLC保留时间；且在221、267、361nm下具有UV吸收。
此外，所述物质可为诸如肽、蛋白质和/或内酯的化合物。所述物质的实例揭示于美国专利申请公开案第20100266717号中，所述公开案以引用的方式并入本文中，且包括(但不限于)：
(I)如下化合物：(a)如液相色谱/质谱法(LC/MS)所测定，其具有约1280-1310的分子量；(b)具有δ9.25、8.36、8.06、7.82、7.71、7.52、7.45、6.82、6.36、6.08、5.42、5.39、5.30、5.14、4.68、4.42、4.31、4.16、4.11、4.07、3.95-3.86、3.83、3.72、3.66、3.53、3.48、3.37、3.17、3.06、2.56、2.53、2.45、2.32、2.21、2.02、1.96、1.84、1.72、1.65、1.61、1.51、1.48-1.37、1.32、1.12、0.94、0.91、0.68的1HNMR值；(c)在反相C-18HPLC柱上使用水∶乙腈梯度溶剂系统(0-10min；30-40％CH3CN水溶液，10-20min；40-60％CH3CN水溶液，20-60min；60-80％CH3CN水溶液，60-65min；80-100％CH3CN水溶液)在2.5mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约50-55min的(高压液相色谱)(HPLC)保留时间；
(II)如下化合物：(a)如LC/MS所测定，其具有约1310-1335，更特定说来约1321的分子量；(b)在反相C-18HPLC柱上使用水∶乙腈梯度溶剂系统(0-10min；30-40％CH3CN水溶液，10-20min；40-60％CH3CN水溶液，20-60min；60-80％CH3CN水溶液，60-65min；80-100％CH3CN水溶液)在2.5mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约55-60min的HPLC保留时间；
(III)如下化合物：(a)如LC/MS所测定，其具有约540-550的分子量；(b)在反相C-18HPLC柱上使用水∶乙腈溶剂系统(0-10min；35-45％CH3CN水溶液，10-20min；45-60％CH3CN水溶液，20-50min；60-85％CH3CN水溶液，50-60min；85-100％CH3CN水溶液，60-70min；100％CH3CN)在10mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约50-55min的HPLC保留时间。
在一个特定实施例中，所述化合物可源于荧光假单胞菌或保护假单胞菌且尤其源于具有ATCC 55799的识别特征的假单胞菌菌株且具有包含至少一个内酯部分、至少一个不饱和部分和至少一个醇基的羟基化不饱和脂肪酸内酯结构，所述内酯部分为5元γ-内酯；在核心结构中具有285到约310的分子量；具有至少15个碳和至少3个氧原子。在一个更特定实施例中，所述化合物可具有如下结构
其中：X各自独立地为--O、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键或三键。在又一特定实施例中，Y和M为氧，A和X为碳且n为2或3，R为C7或C8烷基且z为0，其中当n为2且R为C7烷基时，R连接于A。
在一个特定实施例中，所述化合物为比利佛丁内酯A
在又一特定实施例中，所述化合物可源于荧光假单胞菌或保护假单胞菌菌株且特征为具有包含至少一个羧酸部分、至少一个不饱和部分和至少一个醇基的羟基化不饱和脂肪酸结构；在核心结构中具有285到约310的分子量；具有至少15个碳和至少3个氧。
在一个更特定实施例中，提供具有如下结构的化合物
其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键，具有在约285到约310之间的分子量。
在一个最特定实施例中，所述化合物为11-羟基-12-烯-十八烷酸且具有如下结构
揭示于美国专利申请公开案第20100266717号中的其它化合物包括(但不限于)：
(a)选自由γ-十二内酯、δ-十三内酯、比利佛丁内酯A和α-庚基-γ-丁内酯组成的群组的内酯；和
(b)选自由N-环戊基癸酰胺、N-(癸酰基)吡咯烷、N-(癸酰基)哌啶、N-(癸酰基)六亚甲基亚胺、N-环戊基癸烯酰胺、(N-(癸烯酰基)吡咯烷、N-(癸烯酰基)哌啶、N-(癸烯酰基)六亚甲基亚胺和N-(癸烯酰基)哌啶组成的群组的假蒟亭碱类似物；和
(c)11-羟基-12-烯-十八烷酸。
除揭示于美国专利申请公开案第20100266717号中的化合物之外，所述物质还可为如下化合物：其(a)具有杀螺活性；(b)如液相色谱/质谱法(LC/MS)所测定，具有约230-270的分子量；和(c)在反相C-18HPLC柱上使用水∶乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0-20min；90-0％CH3CN水溶液，20-24min；100％CH3CN，24-27min；0-90％CH3CN水溶液，27-30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约16-25分钟的高压液相色谱(HPLC)保留时间，且所述化合物在一个实施例中可为不饱和脂肪酸。
在一个更特定实施例中，提供化合物，所述化合物包括(但不限于)：
(A)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2、R3各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键。
(B)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2、R3各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝0-15，
在一个最特定实施例中，所述化合物为9-十六烯酸
在一个特定实施例中，所述化合物可源于荧光假单胞菌或保护假单胞菌菌株且特征为具有包含至少一个羧酸部分、至少一个不饱和部分和至少一个醇基的羟基化不饱和脂肪酸结构；在核心结构中具有280到约320的分子量；具有至少15个碳和至少3个氧。
在一个更特定实施例中，提供化合物，所述化合物包括(但不限于)：
(A)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键。
(B)具有如下结构的化合物
其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0-15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝0-15。
在一个特定实施例中，所述化合物为蓖麻油酸。
制造方法
如上文所述，所述化合物和组合物可以获自、可获自或源于具有假单胞菌物种或上文所陈述的菌株的识别特征的生物体。所述方法包含培养这些生物体和任选通过从这些生物体的细胞分离这些化合物来获得所述化合物。
具体说来，所述生物体在营养培养基中使用所属领域中已知的方法进行培养。所述生物体可通过在合适培养基中且在允许细胞生长的条件下执行的摇瓶培养、在实验室或工业发酵罐中小规模或大规模发酵(包括(但不限于)连续、分批、分批进料或固态发酵)进行培养。所述培养可在包含碳源和氮源和无机盐的合适营养培养基中，使用所属领域中已知的程序来进行。合适培养基为可获得的，可从商业来源获得，或根据公开的组合物来制备。一个特定实施例揭示于下文实例中和美国专利第6，194，194号中。
培养后，可浓缩细胞且随后将其悬浮于缓冲液中以获得细胞悬浮液。在一个实施例中，使用死细胞的悬浮液。细胞悬浮液中的活细胞可通过以下中的至少一者杀死：照射、加热、干燥或用其它化学或物理手段处理细胞。对抗贻贝物种的活性不需要死细胞悬浮液。
在一个特定实施例中，调节植物致病微生物且具体说来对植物致病微生物有毒的物质可从悬浮液中萃取。萃取物可通过色谱法进行分级分离。可使用所属领域中已知的方法分析色谱馏分对抗诸如野油菜黄单胞菌、辣椒斑点病黄单胞菌(Xanthomomnasvesicatoria)、蜡样芽胞杆菌、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的细菌的毒性活性；一个特定实施例揭示于下文实例中。这一过程可使用相同或不同色谱方法重复一或多次。
组合物
组合物可包含来自假单胞菌属的菌株、例如具有假单胞菌属的识别特征的菌株的全细胞培养液培养物、液体培养物或悬浮液，所述菌株可选自由以下组成的群组：保护假单胞菌、萨博尼假单胞菌、天仙果假单胞菌、冻结假单胞菌、山黄麻假单胞菌、番木瓜假单胞菌、孟氏假单胞菌、萨氏假单胞菌、丁香假单胞菌、绿针假单胞菌鱼亚种、大麻假单胞菌、边缘假单胞菌、猿假单胞菌、洋榛假单胞菌、绿针假单胞菌桔黄亚种、绿针假单胞菌绿针亚种、弗雷德里克斯堡假单胞菌、扁桃假单胞菌、适冷假单胞菌、基尔假单胞菌、亚麻假单胞菌、南极假单胞菌、皱纹假单胞菌、草假单胞菌、格氏假单胞菌、油菜假单胞菌新桔黄亚种、子午线假单胞菌、平凡假单胞菌、维罗纳假单胞菌、隆德假单胞菌、萨洛蒙假单胞菌、罗氏假单胞菌、砷氧化假单胞菌、赛维瓦尔假单胞菌、伪装假单胞菌、帕勒隆尼假单胞菌、绿针假单胞菌致金色亚种、康氏假单胞菌、蝽假单胞菌、米氏假单胞菌、东方假单胞菌、远东假单胞菌、地中海假单胞菌、油菜假单胞菌油菜亚种、阿别坦假单胞菌、贝氏假单胞菌、布氏假单胞菌、嗜冷假单胞菌、江逊氏假单胞菌、草莓假单胞菌、托拉氏假单胞菌、溶解蛋白假单胞菌、腐臭假单胞菌、摩尼假单胞菌、莫氏假单胞菌、摩拉维亚假单胞菌、盖萨迪假单胞菌、菊苣假单胞菌、黎巴嫩假单胞菌、解苯假单胞菌、人参根腐假单胞菌、阴城假单胞菌、雷尼克假单胞菌、荧光假单胞菌、蘑菇假单胞菌、黄体假单胞菌、霉味假单胞菌、产氮假单胞菌、绿黄假单胞菌、韩国假单胞菌、库肯达利假单胞菌、产黄假单胞菌、瑟盖特假单胞菌、居海假单胞菌、雪松素假单胞菌雪松素亚种、禾草假单胞菌、温哥华假单胞菌、雪松素假单胞菌荧光亚种、变形假单胞菌、库氏假单胞菌、台湾假单胞菌、恶臭假单胞菌、根际假单胞菌、鳗败血假单胞菌、蒙氏假单胞菌、褐鞘假单胞菌、摩氏假单胞菌、大安假单胞菌、铁角蕨假单胞菌、嗜虫假单胞菌、克雷默假单胞菌、副黄假单胞菌、嗜碱性假单胞菌、食油假单胞菌润滑剂亚种、污泥假单胞菌、堆肥假单胞菌、丰臣假单胞菌、巴图假单胞菌、变黄假单胞菌、弗村假单胞菌、普农假单胞菌、巴利阿里假单胞菌、氧化吲哚假单胞菌、几内亚假单胞菌、日本假单胞菌、施氏假单胞菌、塞勒尼假单胞菌、烂泥假单胞菌、黄褐假单胞菌、阿根廷假单胞菌、黄色海假单胞菌、浦项假单胞菌、食油假单胞菌、门多萨假单胞菌、浅黄假单胞菌、稻草假单胞菌、秋天假单胞菌、铜绿假单胞菌、托木尔假单胞菌、固氮假单胞菌、籼稻假单胞菌、栖稻假单胞菌、耳炎假单胞菌、耐冷假单胞菌、甾晖假单胞菌、食树脂假单孢菌、食油假单胞菌食油亚种、耐热假单孢菌、博尔扎诺假单胞菌、硬黄褐假单胞菌、海绵假单胞菌、香矛醇假单胞菌、产碱假单胞菌、新疆假单胞菌、德里假单胞菌、黑沙假单胞菌、海滨假单胞菌、海假单胞菌、临颍假单胞菌、克氏假单胞菌、帕尼帕特假单胞菌、硝基还原假单胞菌、亚硝酸盐还原假单胞菌、晋州假单胞菌、穿孔假单胞菌、厦门假单胞菌、青紫葛假单胞菌、嗜盐假单胞菌、北城假单胞菌、弯曲假单胞菌、甜菜假单胞菌、栖木槿假单胞菌、皮克特假单胞菌、氢碳酸假单胞菌。在一个特定实施例中，假单胞菌物种为保护假单胞菌或荧光假单胞菌，且更特定说来，具有ATCC的识别特征(参看美国专利第6，194,194号)以及源于上文所陈述的假单胞菌属菌株的上清液、滤液、馏分、萃取物或化合物(包括代谢物)或特定说来具有抗细菌活性的前述各物的组合。
上文所陈述的组合物可以任何方式进行调配。非限制性调配实例包括(但不限于)可乳化浓缩物(EC)、可湿性粉末(WP)、可溶性液体(SL)、气溶胶、超低容量浓缩溶液(ULV)、可溶性粉末(SP)、微囊封、水分散颗粒、可流动物(FL)、微乳液(ME)、纳米乳液(NE)等。在本文所述的任何调配物中，活性成分的百分比在0.01％到99.99％的范围内。
所述组合物可呈液体、凝胶或固体形式。固体组合物可通过将固体载剂悬浮于活性成分溶液中且在适度条件下干燥所述悬浮液，诸如在室温下蒸发或在65℃或更低温度下真空蒸发来制备。组合物可包含凝胶囊封的活性成分。所述凝胶囊封的材料可通过使凝胶形成剂(例如明胶、纤维素或木质素)与活的或不活化假单胞菌的培养物或悬浮液，或假单胞菌培养物或悬浮液的无细胞滤液或细胞馏分，或喷雾或冷冻干燥的培养物、细胞或细胞馏分混合或混入用于本发明方法中的抗细菌化合物的溶液中且诱导所述试剂的凝胶形成来制备。
所述组合物可另外包含欲用于达成活性成分的乳化、分散、湿润、扩散、整合、崩解控制、稳定化和改进流动性或防锈作用的目的的表面活性剂。在一个特定实施例中，所述表面活性剂为非植物毒性非离子性表面活性剂，其优选属于EPA列表4B。在另一特定实施例中，所述非离子性表面活性剂为聚氧乙烯(20)单月桂酸酯。表面活性剂的浓度可介于总调配物的0.1-35％之间范围内，优选范围为5-25％。分散剂和乳化剂(诸如非离子性、阴离子性、两性和阳离子性分散剂和乳化剂)的选择和所用的量是通过组合物的性质和所述试剂促进本发明组合物的分散的能力来测定。
所述组合物也可包括(但不限于)氨基糖苷抗生素，其包括多种对植物、真菌和动物细胞有毒(耐普(Nap)等人，1992年)的分子(例如卡那霉素、新霉素、庆大霉素、衍生物G418和巴龙霉素)，以及细菌性新霉素磷酸转移酶II和气花青素(aerocyanidin)、气色菌素(aerocavin)、3，6-二羟基-苯并异噁唑(indoxazene)和单环β-内酰胺(monobactam)SB-26.180。
用途
如上文所述，上文所陈述的组合物和物质可用于调节植物、其种子、根、果实、叶、茎、块茎中植物致病微生物侵染的量，且特定说来，预防或抑制和/或预防所述植物中的所述植物致病微生物感染(特定说来，土壤传播的疾病)，和/或降低所述土壤传播的疾病感染的扩散速率和/或程度。又，所述植物包括(但不限于)水果(例如草莓、越桔、黑莓、桃子和其它核果)、蔬菜(例如番茄、南瓜、胡椒、茄子、马铃薯、胡萝卜)或谷类作物(例如大豆、小麦、稻、玉米、高粱)、树、花、观赏植物、灌木(例如棉花、玫瑰)、球茎植物(例如洋葱、大蒜)或蔓生植物(例如葡萄藤)、草皮、红核(例如马铃薯、胡萝卜、甜菜)。或者，所述组合物可用于调节植物中土壤传播的疾病感染的量且特定说来，预防或抑制所述植物中的所述土壤传播的疾病感染，和/或降低所述土壤传播的疾病感染的扩散速率和/或程度。又，所述植物包括(但不限于)(例如草莓)、蔬菜(例如番茄、南瓜、胡椒、茄子)或谷类作物(例如大豆、小麦、稻、玉米)、树、花、观赏植物、灌木(例如棉花、玫瑰)、球茎植物(例如洋葱、大蒜)或蔓生植物(例如葡萄藤)。土壤传播的疾病包括(但不限于)通过感染土壤传播的微生物，诸如野油菜黄单胞菌、辣椒斑点病黄单胞菌、蜡样芽胞杆菌、灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)和枯草芽孢杆菌、欧文氏菌、苍耳单丝壳(S.fulginea)所引起的疾病。
提供有效抗微生物(例如抗细菌、抗真菌)防治量的上清液、滤液或萃取物的施用或前述各物的组合的施用，所述上清液、滤液或萃取物含有抗微生物(例如抗细菌、抗真菌)活性代谢物，或通过假单胞菌属的上清液、滤液或萃取物产生或获自或源于所述上清液、滤液或萃取物的化合物。所述菌株或上清液或滤液或萃取物、代谢物和/或化合物以有效害虫防治或杀虫量单独或与另一杀虫物质组合施用。有效量是定义为单独或与另一杀虫物质组合的微生物细胞、上清液、滤液或萃取物、代谢物和/或化合物足以调节害虫侵染的那些量。有效速率可受所存在的害虫物种、害虫生长阶段、害虫群体密度和环境因素(诸如温度、风速、雨水、时刻和季节性)影响。在特定情况下将在有效范围内的量可通过实验室或现场测试来测定。
实例
本文所陈述的组合物和方法将在以下非限制性实例中进一步加以说明。所述实例仅说明各种实施例且不限制关于本文所述的材料、条件、重量比率、过程参数等所主张的发明。
实例1：分析假单胞菌菌株CL145A(ATCC 55799)
假单胞菌菌株CL145A(ATCC 55799)已进一步通过研究其表型和基因型特征通过多相方法来表征。本文所揭示的研究的结果指示，CL145A与保护假单胞菌而非与荧光假单胞菌更佳匹配。
假单胞菌属的分类研究的近期发展导致产生新物种保护假单胞菌，保护假单胞菌包括先前经识别为荧光假单胞菌的若干菌株，包括菌株CHAO、PF、PGNL1、PGNR1、PGNR 2、PGNR 3、PGNR 4、PINR 3和Pfl。重新分类的基础由拉米特(Ramette)等人(2011年)描述，且在2012年得到官方验证(厄泽比(Euzeby)，2012年)。基于这一新的信息，对于CL145A的最佳匹配为保护假单胞菌。MBI-401现将经识别为保护假单胞菌菌株CL145A(C L145A)。
CL145A通过研究表型和基因型特征的多相方法以及确认存在两种代谢物2，4-二乙酰基间苯三酚和藤黄绿脓菌素来表征。藤黄绿脓菌素和2，4-二乙酰基间苯三酚(参看图3)为区别荧光假单胞菌和保护假单胞菌的主要特征。不产生这两种化合物或仅产生其中之一的分离株仍称为荧光假单胞菌，而产生这两种化合物的荧光假单胞菌已经重新分类为保护假单胞菌，如由拉米特(Ramette)等人(2011年)描述。
1.1分析生物化学、生理学和代谢特征
保护假单胞菌菌株CL145A(ATCC 55799)经受生物化学测试以表征分离株并产生进一步追踪的基线。作为这一表征策略的一部分，在16℃和37℃温度下测试CL145A的生长，并执行API ZYM和API 20NE分析，这些分析允许半定量酶活性(API ZYM)和识别革兰氏阴性非肠杆菌(API 20NE)。脂肪酸型态和MALDI-TOF型态表现良好。
1.1.1在16℃和37℃下生长
已知假单胞菌物种在多种温度下生长，其中28℃据报告对于许多物种为最佳的，且对于一些物种来说，所述温度介于4℃到45℃范围内。荧光假单胞菌不在41℃下生长，但一些菌株显示在低达4℃下生长(帕勒奥尼(Palleroni)，2005)。
在磷酸盐缓冲液中制备CL145A的稀细胞悬浮液。将所述悬浮液接种到琼脂板上且在16℃和37℃下培育过夜。将培育箱设定在适当温度下且使其平衡过夜，接着进行培育。CL145A在两种温度下都生长良好。
1.1.2.API ZYM
API ZYM提供用于酶活性的快速半定量的平台。所述分析在MBI的设备中，根据制造商的指示(生物梅里埃公司(Biomerieux))来执行。1天PDA板由CL145A(ATCC55799)的甘油储备液进行接种，且在25℃下培育过夜。在板上生长的群落用于根据制造商的说明书接种API ZYM条，且在30℃下培育48.5小时。结果显示于下表1中。
表1：CL145A(ATCC 55799)的API ZYM测试结果
结果指示，CL145A(ATCC 55799)对于酸和碱性磷酸酶、白氨酸芳香酰胺酶和萘酚-AS-BI-磷酸水解酶具有强酶活性。关于所有其它酶测试均记录阴性结果。
1.1.3.API 20NE
API 20NE允许半定量酶活性并识别革兰氏阴性非肠杆菌。所述分析根据制造商的指示(生物梅里埃公司(Biomerieux))来执行。1天PDA板由CL145A(ATCC 55799)的甘油储备液进行接种，且在25℃下培育过夜。在板上生长的群落用于根据制造商的说明书接种API 20NE条，且在30℃下培育48.5小时。结果显示于表2中。
表2：CL145A(ATCC 55799)的API 20NE测试结果
关键：+(阳性)，-(阴性)，±(弱)
保护假单胞菌不还原硝酸盐。另外，拉米特(Ramette)等人(2011年)报告P.protegens可同化N-乙酰基-D-葡萄糖胺，而荧光假单胞菌不能。根据API 20NE结果，CL145A可同化N-乙酰基-D-葡萄糖胺。CL145A和P.protegens还共享同化乙酸苯酯的能力(荧光假单胞菌不能)。CL145A在API ZYM测试中呈现阴性葡萄糖醛酸酶活性。P.protegens不能同化D-葡萄糖醛酸盐，而荧光假单胞菌可同化D-葡萄糖醛酸盐。
总之，CL145A(也称为ATCC 55799或MBI-401)共享许多表型特性，所述特性使其与荧光假单胞菌相区分且指示与P.protegens的更密切相似性。然而，基于表型特征的假单胞菌识别可为困难的且最终识别总是需要基于DNA的方法。
1.1.4.抗生素抗性型态
将一小瓶CL145A的甘油储备液平均地分布于米勒-海顿琼脂板(每个板100μl)上且使用无菌细胞涂布器涂布于板上。接着将抗生素盘连同空的无菌盘放置于所述板上。板在暗处在25℃下培育72小时。结果显示于表3中。
表3：CL145A(ATCC 55799)的抗生素抗性型态
所测试的抗生素 浓度(μg) 抑制CL145A的生长
四环素 30 否
卡那霉素 30 是
红霉素 15 否
链霉素 10 否
青霉素 10 否
氨苄青霉素 10 否
氧四环素 30 是
氯霉素 30 否
环丙沙星 5 是
庆大霉素 10 是
哌拉西林 100 是
头孢呋新 30 否
亚胺培南 10 是
磺胺甲基异噁唑-三甲氧苄二氨嘧啶 23.75/25 是
抗生素型态结果指示如图3中所示，CL145A对抗四环素、红霉素、链霉素、青霉素、氨苄青霉素、氯霉素和头孢夫辛，因为CL145A的生长不受抗生素盘抑制；且显示对卡那霉素、氧四环素、环丙沙星、庆大霉素、哌拉西林、亚胺培南和磺胺甲基异噁唑-三甲氧苄二氨嘧啶敏感，因为CL145A的生长在72小时培育后受到抑制。
1.1.5.脂肪酸甲酯组合物分析(FAME分析)
向微生物ID有限公司(Microbial ID，Inc.)(纽瓦克(Newark)，新泽西州(NJ))提交具有24小时大的CL145A群落的琼脂板以用于脂肪酸甲酯(FAME)谱图分析。所发现的主要脂肪酸描述于下表4中。
表4：CL145A(ATCC 55799)的FAME分析
脂质名称 占总数的％ 脂质名称 占总数的％
Sum In Feature 2 0.45 12∶0 3OH 5.54
10∶0 0.36 16∶1 w5c 0.11
10∶0 3OH 4.74 17∶0异 0.10
14∶0 0.46 16∶0 3OH 4.41
12∶0 1.91 Sum In Feature 8 18.69
Sum In Feature 3 32.23 18∶0 0.65
16∶0 26.89 18∶1 w7c 11-甲基 0.18
12∶0 2OH 5.15 17∶0 0.10
12∶1 3OH 1.01 17∶0环 1.42
CL145A的FAME谱图看来与数据库中的恶臭假单胞菌生物型A菌株匹配，显示最高相似性指数(0.730)。接下来的三个最佳匹配者为荧光假单胞菌生物型A、生物型B和生物型G，其均具有低于0.700的相似性指数。
1.2.16S rRNA基因扩增和定序
1.2.1CL145A(ATCC 55799)的DNA萃取
保护假单胞菌菌株CL145A(ATCC 55799)在新鲜马铃薯右旋糖板上划线且使其生长2-3天或直到显而易见足够的生物量。使用无菌环将一环量的细菌悬浮于DNA萃取缓冲液(包括于MoBio Ultra Clean微生物DNA萃取试剂盒中，目录号12224-50，美国加利福尼亚州卡尔斯巴德)中。使用MoBio Ultra Clean微生物DNA萃取试剂盒，使用制造商的方案来萃取DNA。通过使5μL等分试样在1％琼脂糖凝胶上跑胶来检查DNA萃取物的质量和数量。
1.2.2来自CL145A(ATCC 55799)的16S rRNA基因的PCR扩增
通过将1.5ul DNA萃取物CL145A(ATCC 55799)与20μL无核酸酶的无菌水、25μL GoTaq Green Mastermix(普洛麦格公司(Promega))、uL正向引物(SEQ ID NO：i)和1.5μL反向引物(SEQ ID NO：2)组合来执行用于16s rRNA基因的扩增的PCR反应。使用热循环仪PCR机器在以下条件下执行PCR反应：在95℃下10分钟(初始变性)，在94℃下45秒钟、在55℃下45秒钟和在72℃下2分钟的30个循环，接着在72℃下5分钟(最终延伸)和10℃的最终保持温度。通过使5μL等分试样在1％琼脂糖凝胶上跑胶且比较产物带与质量梯(Hi-Lo质量梯，生物科技公司(Bionexus)，加利福尼亚奥克兰)来评估产物的大小、质量和数量。
1.2.316S rRNA定序
使用MoBio PCR清理试剂盒(目录号12500-50)根据制造商的说明书，从PCR产物移除过量引物、核苷酸、酶和模板。使用上述引物对经过清理的PCR产物进行直接定序。
1.2.4数据分析
使用BioEdit软件(http：//www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html)比对正向和反应序列，且产生共有序列以用于与序列数据库进一步比较。最初由BLASTN(阿特休尔(Altschul)等人，1997年)程式针对含有具有正当公开的原核生物名称且表示未培养的种系型(金(Kim)等人，2012年)的模式菌株的数据库进行系统邻居的识别。接着选择具有最高计分的前30个序列以便使用全局比对算法(迈尔(Myer)和米勒(Miller)，1988)计算成对序列相似性，所述算法是在EzTaxon-e服务器(http：//eztaxon-e.ezbiocloud.net/；金(Kim)等人，2012年)上实施的。
1.2.5结果
使用正向(SEQ ID NO：3)和反向(SEQ ID NO：4)序列来产生1445个碱基对的共有序列(SEQ ID NO：5)。
使用EzTaxon-e服务器使CL145A(ATCC 55799)的16S rRNA基因共有序列与模式菌株的那些可得序列进行比较。
在Ex-Taxon-e服务器上的搜索和比较实施指示，CL145A(也称为ATCC 55799或MBI-401)最类似于保护假单胞菌CHA0T且比较起来，与荧光假单胞菌的相关性较远。保护假单胞菌CHA0T为模式菌株，如拉米特(Ramette)等人(2011年)所述。
将序列下载到MEGA5中，且使用MUSCLE进行比对。创建邻接树以便目测CL145A与假单胞菌属的模式菌株的关系(图1)。所述邻接树清楚地说明，CL145A为保护假单胞菌的菌株，且荧光假单胞菌属于所述邻接树的较远且独立分支。
使用邻接方法(斋藤(Saitou)和奈(Nei)，1987)推测进化史。从2000个重复实验(费森斯坦(Felsenstein)，1985)推测的引导共同树被视为表示所分析的分类群的进化史。对应于以小于50％引导重复实验再现的部分的分支瓦解。其中相关的分类群在引导测试(2000个重复实验)中丛集在一起的重复树的百分比显示仅次于所述分支(费森斯坦(Felsenstein)，1985)。按比例绘制所述树，其中与进化距离的单元相同的单元的分支长度用于推测系统树。使用朱克斯-坎特(Jukes-Cantor)方法(朱克斯和坎特，1969)计算进化距离且其单位为每个位点碱基取代的数目。所述分析涉及21个核苷酸序列。所包括的密码子位置为第1+第2+第3+非编码。从每个序列对移除所有不明确位置。在最终数据集中存在总共1505个位置。在MEGA5(田村(Tamura)等人，2011年)中进行进化分析。
另外，使用NCBI BLAST且将搜索限制于参考序列数据库用细菌域的代表进行比较为了确认来自NCBI BLAST的最高匹配实际上是由于假单胞菌分离株误称为荧光假单胞菌，所以将与荧光假单胞菌的最高匹配(菌株LMG 5167、Pf-101、Pf-68、CPF-10、7-1和LC-G-2)在Ez-Taxon中与保护假单胞菌相比较以便确认其在NCBI BLAST数据库中并未不正确地命名。将所述序列输入MEGA5中，利用MUSCLE与CL145A(MBI-401)和保护假单胞菌CHA0T和荧光假单胞菌DSM 50080T比对。构建系统树以评估分类(图2)。图2中所示的系统树说明，发现假单胞菌菌株LMG 5167、Pf-101、Pf-68、CPF-10、7-1和LC-G-2均与保护假单胞菌模式菌株(CHA0T)匹配，且这些菌株在系统树中与保护假单胞菌菌株分在一组中。相比之下，荧光假单胞菌模式菌株(DSMT)未与保护假单胞菌模式菌株(CHA0T)分在同一组中，因为两种菌株在系统树的不同分支中。使用邻接方法(斋藤(Saitou)和奈(Nei)，1997)推测进化史。从2000个重复实验(费森斯坦(Felsenstein)，1985)推测的引导共同树被视为表示所分析的分类群的进化史(费森斯坦(Felsenstein)，1985)。对应于以小于50％引导重复实验再现的部分的分支瓦解。其中相关的分类群在引导测试(2000个重复实验)中丛集在一起的重复树的百分比显示仅次于所述分支(费森斯坦(Felsenstein)，1985)。按比例绘制所述树，其中与进化距离的单元相同的单元的分支长度用于推测系统树。使用朱克斯-坎特(Jukes-Cantor)方法(朱克斯和坎特，1969)计算进化距离且其单位为每个位点碱基取代的数目。所述分析涉及14个核苷酸序列。所包括的密码子位置为第1+第2+第3+非编码。从每个序列对移除所有不明确位置。在最终数据集中存在总共1515个位置。在MEGA5(田村(Tamura)等人，2011年)中进行进化分析。
1.3产生藤黄绿脓菌素和2，4-二乙酰基间苯三酚
拉米特(Ramette)等人(2011年)描述两种次级代谢物藤黄绿脓菌素和2，4-二乙酰基间苯三酚(DAPG)的产生，与基因型和表型表征数据一起作为区分保护假单胞菌与荧光假单胞菌菌株的主要特征。已知荧光假单胞菌模式菌株Pf-5产生两种次级代谢物藤黄绿脓菌素和DAPG，且这一菌株用作阳性对照物。
CL145A和Pf-5菌株在用2％甘油(PhGly)增浓的藤黄绿脓菌素产生培养液中生长，如王(Wang)等人(2011年)所述。所述培养基含有每升：3g NH4NO3、1g酵母萃取物、1g KH2PO4、2g NaCl、0.5g MgSO4和1ml微量矿物质溶液。在250ml厄伦美氏烧瓶中用50ml培养基执行发酵。培育在25℃和200rpm下执行48小时。用CL145A和Pf-5(NRRL B-23932)一起进行发酵且48小时后加以收集。由于缺乏市售藤黄绿脓菌素标准物，所以将菌株Pf-5用作内部标准物。
使用安珀莱特(Amberlite)XAD-7树脂(阿萨尔卡(Asolkar)等人，2006年)通过在室温下在225rpm下将全细胞培养液(WCB)与树脂一起震荡2小时来萃取发酵培养液。通过经粗棉布过滤来收集树脂和细胞团块，且用去离子(DI)水洗涤以移除盐。所述树脂、细胞团块和粗棉布接着在丙酮/甲醇(1∶1)中浸泡1小时，之后过滤溶剂且在真空下使用旋转蒸发器进行干燥以生成粗萃取物。将上文获得的粗萃取物溶解于甲醇中以得到已知浓度(10mg/mL)，稍后使用液相色谱-质谱法(LCMS)进行分析。
在赛默菲尼根(Thermo Finnigan)LCQ Deca XP Plus电喷雾(ESI)仪器上使用正离子和负离子电离模式以全扫描模式(m/z 100-1500Da)且在LCQ DECA XPplus质谱仪(美国热电集团(Thermo Electron Corp.)，加利福尼亚州圣何塞)上执行粗萃取物样品的质谱分析。赛默高效液相色谱(HPLC)仪器配备有菲尼根Surveyor PDA plus检测器、自动取样器plus、MS泵和4.6mm×100mm LunaC185μm柱(菲罗门公司)。溶剂系统由水(溶剂A)和乙腈(溶剂B)组成。流动相在10％溶剂B处开始，且经20分钟线性增加到100％溶剂B且接着保持4分钟，且最终经3分钟返回到10％溶剂B且保持3分钟。流速为0.5mL/min。注射容量为10μL且样品在室温下保持在自动取样器中。存在于样品中的相关化合物的质谱分析在以下条件下执行：对于夹套气和辅助/吹扫气体流速，氮气的流速分别固定在30和15arb下。用设定在5000V下的喷雾电压和在35.0V下的毛细管电压执行电喷雾电离。毛细管温度设定在400℃下。在Xcalibur软件上分析数据。这一分析中的相关化合物为藤黄绿脓菌素(1)和DAPG(2)，其通过将UV吸光度型态、保留时间(RT)和分子量与内部参考标准化合物相比较来表征。
藤黄绿脓菌素(1)和DAPG(2)已经报告为荧光假单胞菌Pf-5(拉米特(Ramette)等人，2011年)的次级代谢物。由于藤黄绿脓菌素标准样品不可获得，所以使用Pf-5的粗萃取物在CL145A的粗萃取物中识别藤黄绿脓菌素的产生。藤黄绿脓菌素具有11∶30min的RT、在正离子电离模式下272.02的分子质量和在206、254和308nm下的UV吸收最大值。MS中的同位素喷溅模式确认分子中两个氯原子的存在。2，4-二乙酰基间苯三酚(2)的标准样品购自圣克鲁斯生物技术公司(Santa Cruz Biotechnology)(CAS 2161-86-6)且具有13.99min的RT、210.14的分子量和在204、268和320nm下的UV吸收最大值。化合物1和2的产生分别用RT 11∶30和13∶96min在含有甘油的发酵培养基中所生长的CL145A的粗萃取物中检测，其中UV和质量喷溅模式与标准化合物相同。藤黄绿脓菌素和DAPG的结构显示于图3中。
当在经设计以优化两种次级代谢物藤黄绿脓菌素和DAPG的产生的特定培养基、温度和搅拌条件下生长时，CL145A产生所述代谢物。藤黄绿脓菌素的存在通过根据质谱模式、保留时间和藤黄绿脓菌素的特定UV光谱识别峰来确认。DAPG的存在进一步通过与商业标准物相比较来确认。
各批次在培养基FM3和DM7中产生且如上文所述加以分析。在商业制造的典型发酵条件下在这些培养基中未检测到藤黄绿脓菌素和DAPG。
1.4结论
MBI-401结论性地经识别为保护假单胞菌菌株CL145A。早前关于表征微生物所进行的努力已导致荧光假单胞菌(Pf)的识别。物种身份的变化为荧光假单胞菌的分类学的最近修订的结果，所述分类学将先前称为Pf的若干菌株分组为新的物种，所述物种的特征在于16S rRNA基因序列的趋异性和藤黄绿脓菌素和DAPG的产生，以及其它生物化学特性。因此，CL145A现分类为新近形成的保护假单胞菌分组的菌株。
实例2.制备假单胞菌馏分
以下程序用于从假单胞菌CL145A(ATCC 55799)的细胞和上清液萃取化合物：
将源于假单胞菌CL145A(ATCC 55799)在FM2生长培养基中的10L发酵物的细胞团粒悬浮于稀释缓冲液中且通过在室温下在225rpm下将细胞悬浮液与安珀莱特(Amberlite)XAD-7树脂(阿萨尔卡(Asolkar)等人，2006年)一起震荡2小时来用树脂进行萃取。通过经粗棉布过滤来收集树脂和细胞团块，且用DI水洗涤以移除盐。所述树脂、细胞团块和粗棉布接着在丙酮中浸泡2小时，之后过滤丙酮且在真空下使用旋转蒸发器进行干燥以生成粗萃取物。接着通过使用反向C18真空液相色谱(H2O/CH3OH；梯度90∶20到0∶100％)对所述粗萃取物进行分级分离以生成6个馏分(参看图4的示意)。
2.1分析活性馏分/粗萃取物
细胞粗产物与活性馏分F1、F2和F3的比较显示于图5中。这些馏分在配备有菲尼根Surveyor PDA plus检测器、自动取样器plus、MS泵和4.6mm×100mm月神C185μm柱(菲罗门公司)的赛默高效液相色谱(HPLC)仪器上进行分析。溶剂系统由水(溶剂A)和乙腈(溶剂B)组成。流动相在10％溶剂B处开始，且经20分钟线性增加到100％溶剂B且接着保持4分钟，且最终经3分钟返回到10％溶剂B且保持3分钟。流速为0.5mL/min。注射容量为10μL且样品在室温下保持在自动取样器中。活性馏分的进一步表征/分析显示于图6、7和8中。特定说来，对这些馏分进行以下分析：在赛默菲尼根LCQ Deca XP Plus电喷雾(ESI)仪器上使用正离子和负离子电离模式以全扫描模式(m/z 100-1500Da)在LCQ DECA Xpplus质谱仪(美国热电集团，加利福尼亚州圣何塞)和配备有菲尼根Surveyor PDA plus检测器、自动取样器plus、MS泵和4.6mm×100mm月神C185μm柱(菲罗门公司)的赛默高效液相色谱(HPLC)仪器上，使用ESI-LCMS进行分析。溶剂系统由水(溶剂A)和乙腈(溶剂B)组成。流动相在10％溶剂B处开始，且经20分钟线性增加到100％溶剂B且接着保持4分钟，且最终经3分钟返回到10％溶剂B且保持3分钟。流速为0.5mL/min。注射容量为10μL且样品在室温下保持在自动取样器中。质谱分析在以下条件下执行：对于夹套气和辅助/吹扫气体流速，氮气的流速分别固定在30和15arb下。用设定在5000V下的喷雾电压和在35.0V下的毛细管电压执行电喷雾电离。毛细管温度设定在400℃下。在Xcalibur软件上分析数据。
馏分F1、F2、F3以及SN粗萃取物使用ESI-LCMS在赛默菲尼根LCQ Deca XPPlus电喷雾(ESI)仪器上使用正离子和负离子电离模式以全扫描模式(m/z 100-1500Da)在LCQ DECA Xpplus质谱仪(美国热电集团，加利福尼亚州圣何塞)上进行分析。本发明化合物的质谱分析在以下条件下执行：对于夹套气和辅助/吹扫气体流速，氮气的流速分别固定在30和15arb下。用设定在5000V下的喷雾电压和在35.0V下的毛细管电压执行电喷雾电离。毛细管温度设定在400℃下。在Xcalibur软件上分析数据。
实例3：抗微生物测试：在琼脂板上的生长抑制
假单胞菌菌株CL145A在PDA板上通过跨所述板的直径以单一直线形式涂布甘油储备材料来划线。使菌株CL145A在25℃下生长24小时。24小时培育后，将以下分离株以垂直线形式接种于CL145A生长，尽可能紧密地接近CL145A生长而不触及它：野油菜黄单胞菌、辣椒斑点病黄单胞菌(Xanthomonas vesicatoria)、恶臭假单胞菌、蜡样芽胞杆菌、枯草芽孢杆菌和丁香假单胞菌。将所述板在25℃下再培育48小时。通过寻找接近CL145A条痕处的生长缺乏来确定抑制活性。受到抑制的分离株不会朝向CL145条痕生长；野油菜黄单胞菌(X.campestris)、辣椒斑点病黄单胞菌(X.vesicatoria)和枯草芽孢杆菌(B.subtilis)在所述板上受到显著抑制。恶臭假单胞菌完全未受到抑制。观察到蜡样芽胞杆菌的最小程度抑制作用。丁香假单胞菌不良生长，但关于因CL145A所致的抑制作用的结果为不确定的。
实例4：使用琼脂盘分析对馏分进行抗微生物测试
将植物病原体涂于PDA上且培育直到足够的生物量在板表面上生长，通常在25℃下24-48小时。接着用一环量的先前在PDA板上生长的测试微生物接种1mL无菌水。将群落再悬浮于无菌水中且将200μL所述病原体再悬浮液涂布于PDA板上且使其吸收于板中并持续10-15分钟。为针对灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)进行测试，将一插塞的所述真菌放置于PDA板的中间且使其在25℃下培育24小时。将无菌滤盘应用于琼脂且加载20μL在甲醇中以10mg/mL制备的各样品。将所述板在25℃下培育48小时。48小时后，观察到所述板在滤盘周围有抑制区，指示样品产生病原体抗性。由滤纸盘周围的抑制区指示抑制作用。CL145A萃取物和馏分针对以下进行测试：(A)野油菜黄单胞菌、(B)树生黄单胞菌(Xanthomonas arboricola)、(C)辣椒斑点病黄单胞菌(Xanthomonas vescictoria)、(D)枯草芽孢杆菌、(E)阿氟曼链霉菌(Steptomyces scabiei)、(F)胡萝卜软腐欧文氏菌(Erwinia carotovora)、(G)蜡样芽胞杆菌和(H，I)灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)。结果概述于表5中。
这些研究的结果指示，发现CL145A全细胞培养液、细胞、萃取物和馏分针对植物疾病中所涉及的一系列微生物呈现抑制活性。不同馏分呈现针对不同微生物的活性，指示Pf145A具有产生多种具有不同抗细菌活性的代谢物的潜力。在上清液和全细胞培养液中均发现活性，指示活性代谢物可能为结合细胞的且实际上为细胞外的。然而，发现馏分3具有针对所测试的所有微生物的活性。
表5
实例5：MBI-401对感染白粉病的黄瓜植物的影响
用MBI-401全细胞培养液(n＝7)和上清液(n＝7)彻底喷洒(到流失点，此时所述溶液几乎在叶子表面滴下)两周龄黄瓜植物(黄瓜(C.sativus))，水用作阴性对照物(n＝6)。用手持式加压喷雾器进行施用以模拟在温室蔬菜产生系统中执行的商业杀真菌剂处理。所施用的容量为每株植物3mL喷洒容量。使植物干燥，接着接种苍耳单丝壳(S.fulginea)(白粉病的病原体)的孢子悬浮液。将所述孢子悬浮液喷洒到经处理和未经处理的植物上，到流失点。每株植物使用2mL分生孢子悬浮液喷洒容量。经处理和未经处理的植物在约22℃(孢子形成的温度范围为15℃到30℃)下培育，直到在水控制中在约7到14天内疾病严重性达到至少90％，理想地100％。疾病严重性通过分析所有经处理和未经处理的植物10DAT上由群落覆盖的叶面积百分比来评估。
结果显示于图10中。与未经处理的植物(约90％严重性)相比，用全细胞培养液和上清液处理的植物呈现显著降低(p＜0.005，ANOVA)的疾病严重性(约15-20％)。
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本发明可以其它形式实施或以其它方式进行而不偏离其精神或基本特征。因此，本发明将在所有方面视为说明且非限制性的，且在等同性含义和范围内的所有变化均欲涵盖于其中。
多个参考文献在本说明书中加以引用，各以全文引用的方式并入本文中。

Claims (16)

1.一种分离的化合物，其具有以下特征：(a)可从产生至少一种防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的化合物的假单胞菌物种获得；(b)调节一个位置中一或多个植物致病微生物物种的侵染；和(c)具有选自由以下各项组成的群组的分子量和HPLC保留时间：
(i)如由液相色谱/质谱法LC/MS所测定，约300到380的分子量，和在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A,100×4.60mm)柱上使用水:乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0到20min；90％到0％CH3CN水溶液，20到24min；100％CH3CN，24到27min；0到90％CH3CN水溶液，27到30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速和210nm的UV检测下，约12到22分钟的HPLC保留时间；且在212、252、312nm下具有UV吸收；
(ii)如由LC/MS所测定，约300到360的分子量；和在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A,100×4.60mm)柱上使用水:乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0到20min；90％到0％CH3CN水溶液，20到24min；100％CH3CN，24到27min；0到90％CH3CN水溶液，27到30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速下，约10到20分钟的HPLC保留时间；且在299、311、325nm下具有UV吸收；
(iii)如由LC/MS所测定，约580到680的分子量；和在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A,100×4.60mm)柱上使用水:乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0到20min；90％到0％CH3CN水溶液，20到24min；100％CH3CN，24到27min；0到90％CH3CN水溶液，27到30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速下，8到20分钟的HPLC保留时间；且在299、311、325nm下具有UV吸收；
(iv)如由LC/MS所测定，约350到425的分子量；和在反相C-18HPLC(菲罗门公司，Luna5μC18(2)100A,100×4.60mm)柱上使用水:乙腈(CH3CN)梯度溶剂系统(0到20min；90％到0％CH3CN水溶液，20到24min；100％CH3CN，24到27min；0到90％CH3CN水溶液，27到30min；90％CH3CN水溶液)在0.5mL/min流速和210nm的UV检测下，约6到16分钟的HPLC保留时间；且在221、267、361nm下具有UV吸收。
2.根据权利要求1所述的化合物，其中所述化合物可从保护假单胞菌获得。
3.根据权利要求1所述的化合物，其中所述化合物可从具有假单胞菌ATCC 55799的识别特征的假单胞菌菌株获得。
4.根据权利要求1所述的化合物，其中所述化合物调节植物致病微生物的一或多个物种，其中所述植物致病微生物为植物致病细菌或植物致病真菌。
5.根据权利要求1所述的化合物，其中所述化合物调节植物致病微生物的一或多个物种，所述植物致病微生物为芽孢杆菌属、欧文氏菌属、链霉菌属、葡萄孢菌属或黄单胞菌属中至少一者的成员。
6.根据权利要求1所述的化合物，其中所述化合物调节植物致病微生物的一或多个物种，所述植物致病微生物选自由枯草芽孢杆菌、蜡样芽胞杆菌、野油菜黄单胞菌、树生黄单胞菌、辣椒斑点病黄单胞菌、阿氟曼链霉菌、灰葡萄孢菌和胡萝卜软腐欧文氏菌、苍耳单丝壳组成的群组。
7.一种组合物，其包含一或多种根据权利要求1所述的化合物和载剂。
8.一种产生根据权利要求1所述的化合物的方法，其包含
(a)培养假单胞菌物种的培养物，其中所述假单胞菌物种在足以产生根据权利要求1所述的化合物的条件下在所述所培养的培养物中产生至少一种防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的化合物；以及
(b)从(a)的所述所培养的培养物中分离所述化合物。
9.一种调节需要调节的位置中的一或多种植物致病微生物的方法，其包含在所述位置中引入一定量的细胞悬浮液或全细胞培养液，所述细胞悬浮液或全细胞培养液包含源于假单胞菌物种的细胞(其中所述假单胞菌物种产生一或多种防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的物质)或源于所述细胞的上清液、滤液、细胞馏分、一或多种代谢物、一或多种化合物和/或萃取物，所述量有效调节所述植物致病微生物。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述细胞悬浮液包含保护假单胞菌或荧光假单胞菌或其具有保护假单胞菌或荧光假单胞菌的识别特征的突变型菌株的细胞。
11.根据权利要求9所述的方法，其中所述物质源于具有假单胞菌ATCC 55799的识别特征的假单胞菌物种菌株。
12.根据权利要求9所述的方法，其中所述化合物选自由以下各项组成的群组：
(a)根据权利要求1所述的化合物；
(b)如下化合物：(i)如液相色谱/质谱法LC/MS所测定，其具有约1280到1310的分子量；(ii)具有δ9.25、8.36、8.06、7.82、7.71、7.52、7.45、6.82、6.36、6.08、5.42、5.39、5.30、5.14、4.68、4.42、4.31、4.16、4.11、4.07、3.95到3.86、3.83、3.72、3.66、3.53、3.48、3.37、3.17、3.06、2.56、2.53、2.45、2.32、2.21、2.02、1.96、1.84、1.72、1.65、1.61、1.51、1.48到1.37、1.32、1.12、0.94、0.91、0.68的1H NMR值；和(c)在反相C-18HPLC柱上使用水:乙腈梯度溶剂系统(0到10min；30到40％CH3CN水溶液，10到20min；40到60％CH3CN水溶液，20到60min；60到80％CH3CN水溶液，60到65min；80到100％CH3CN水溶液)在2.5mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约50到55min的(高压液相色谱)HPLC保留时间；
(c)如下化合物：(i)如LC/MS所测定，其具有约540到550的分子量；(ii)在反相C-18HPLC柱上使用水:乙腈溶剂系统(0到10min；35到45％CH3CN水溶液，10到20min；45到60％CH3CN水溶液，20到50min；60到85％CH3CN水溶液，50到60min；85到100％CH3CN水溶液，60到70min；100％CH3CN)在10mL/min流速和210nm的UV检测下，具有约50到55min的HPLC保留时间；
(d)如下化合物：其为内酯且具有包含至少一个内酯部分、至少一个不饱和部分和至少一个醇基的羟基化不饱和脂肪酸内酯结构，所述内酯部分为5元γ-内酯；在核心结构中具有285到约310的分子量；具有至少15个碳和至少3个氧；
(e)具有如下结构的化合物
其中：X各自独立地为--O、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0到15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键或三键；
(f)如下化合物：其具有包含至少一个羧酸部分、至少一个不饱和部分和至少一个醇基的羟基化不饱和脂肪酸结构；在核心结构中具有285到约310的分子量；具有至少15个碳和至少3个氧；
(g)具有如下结构的化合物
其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0到15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键；
(h)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0到15；R2、R3各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键；
(i)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0到15；R2、R3各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝0到15；
(j)具有如下结构的化合物
或其可接受的盐或立体异构体，其中：X各自独立地为--OH、--NR1或--S，其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0到15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝双键、三键；
(k)具有如下结构的化合物
其中R1为--H或C1-C6烷基；n＝0到15；R2到R4各自独立地为--H、烷基、经取代烷基、烯基、经取代烯基、炔基、经取代炔基、芳基、经取代芳基、杂芳基、经取代杂芳基、杂环、经取代杂环、环烷基、经取代环烷基、烷氧基、经取代烷氧基、硫烷基、经取代硫烷基、羟基、卤素、氨基、酰胺基、羧基、--C(O)H、酰基、氧酰基、氨基甲酸酯基、磺酰基、磺酰胺或硫酰基；m＝0到15；
(l)选自由γ-十二内酯、δ-十三内酯、比利佛丁内酯A和α-庚基-γ-丁内酯组成的群组的内酯；以及
(m)选自由N-环戊基癸酰胺、N-(癸酰基)吡咯烷、N-(癸酰基)哌啶、N-(癸酰基)六亚甲基亚胺、N-环戊基癸烯酰胺、(N-(癸烯酰基)吡咯烷、N-(癸烯酰基)哌啶、N-(癸烯酰基)六亚甲基亚胺和N-(癸烯酰基)哌啶组成的群组的假蒟亭碱类似物；
(n)11-羟基-12-烯-十八烷酸；
(o)9-十六烯酸；和
(p)蓖麻油酸。
14.根据权利要求9所述的方法，其中将所述物质施用于植物。
15.根据权利要求9所述的方法，其中所述方法进一步包含施用另一抗微生物剂。
16.根据权利要求9所述的方法，其中所述植物致病微生物为芽孢杆菌属、欧文氏菌属、链霉菌属、葡萄孢菌属或黄单胞菌属中至少一者的成员。
17.一种细胞悬浮液或全细胞培养液的用途，所述细胞悬浮液或全细胞培养液包含源于假单胞菌物种的细胞(其中所述假单胞菌物种产生一或多种防治斑马贻贝、斑驴贻贝和金色贻贝的物质)或源于所述细胞的上清液、滤液、细胞馏分、一或多种代谢物、一或多种化合物和/或萃取物，所述细胞悬浮液或全细胞培养液用于调配用于调节植物致病微生物的组合物。
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