发明内容
本发明的目的是提供一种酰胺酶基因cmeH。
本发明的另一目的是提供该基因编码蛋白质。
本发明的又一目的是提供该基因的应用
本发明的目的通过如下技术方案实现:
一个酰胺酶基因cmeH,其核苷酸序列为SEQ ID NO.1。
克隆该基因采取的策略为鸟枪法(见图1)。首先提取菌株DC-2(CCTCC NO:M 2012190)的总DNA,总DNA采用Sau3AI部分酶切后和用BamHI酶切的质粒pUC118酶连,酶连产物转化大肠杆菌DH5α感受态细胞构建菌株DC-2的总DNA文库,将所有克隆子编号,挑每个单菌落一部分至96孔板静置培养,培养基中加入作用底物2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺。培养后加入缓冲液和显色剂(0.1M氨基比林30ul,0.1M铁氰化钾40ul),若生成2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺的下游产物2,6-二乙基苯胺,则溶液会显深红色,反之为黄绿色。得知阳性克隆子编号后可得到原始平板上的阳性克隆子。利用这种克隆方法可以对文库进行高通量的筛选。
用上面的策略筛选鸟枪法构建的基因文库获得一个能在加入200ppm 2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺的基础盐培养基(葡萄糖为碳源)上加入显色剂后显深红色的阳性克隆子,进一步的降解实验表明该阳性克隆子能降解2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和敌稗。结果表明该阳性克隆子含有4262个碱基对,其中包含有23个潜在的ORF(大于150bp),对这些潜在的ORF分别进行亚克隆和序列比对分析,最后确定编码目标酰胺酶基因的大小为903bp,命名为cmeH,序列为SEQ ID NO.1。这是首次克隆到能降解氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺的酰胺酶基因。
所述的酰胺酶基因cmeH编码的酰胺酶蛋白质CmeH,其氨基酸序列为SEQ ID NO.2。
含有所述的酰胺酶基因cmeH的重组表达载体。
所述的重组表达载体优选将所述的酰胺酶基因cmeH插入pET-29a(+)的NdeI和EcoRI位点之间所得。
含有所述的酰胺酶基因cmeH的基因工程菌,所述的基因工程菌优选以大肠杆菌BL21(DE3)为出发菌株。
所述酰胺酶基因cmeH在降解和转化氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和除草剂敌稗中的应用。
所述的含有酰胺酶基因cmeH的重组表达载体在降解和转化氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和除草剂敌稗中的应用。
所述酰胺酶基因cmeH在构建降解氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和除草剂敌稗的转基因作物中的应用。
所述酰胺酶蛋白质CmeH在降解氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、除草剂敌稗中的应用。
所述酰胺酶蛋白质CmeH在去除土壤、水体中氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、除草剂敌稗中的应用。
本发明的有益效果如下:
1.本发明筛选获得一株鞘酯菌DC-2(CCTCC NO:M 2012190),质谱分析结果表明菌株DC-2可以把酰胺键断裂而降解氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺。在此基础上,本发明用鸟枪法成功的从菌株DC-2(CCTCC NO:M 2012190)中克隆出酰胺酶基因cmeH。在GenBank比对结果表明该基因为一个新的基因,全长(从起始密码子到终止密码子)为903bp,编码300个氨基酸。
2.本发明提供的酰胺酶CmeH能在1hr内完全降解100mg/L的氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺,此外CmeH还能在3hr内完全降解100mg/L的除草剂敌稗。CmeH可用于构建抗2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、敌稗的转基因作物,也可用于土壤、水体中2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、敌稗残留的去除及药物合成的生物转化,具有非常重要的理论和应用价值。
具体实施方式
实施例1
1.1氯代乙酰胺类除草剂降解菌DC-2(CCTCC NO:M 2012190)的分离
用来富集氯代乙酰胺类除草剂降解菌株的富集基质取自江苏昆山市绿利来农药厂农药废水生化处理池的活性污泥,取活性污泥5.0g加入100ml基础盐培养基中,加入50mg·L-1的丁草胺,30℃,180r·min-1培养7d天,以5%的接种量转接到相同的培养基中,连续转接3次,梯度稀释富集液,取10-4~10-7稀释度的富集液各0.1mL涂布于加有100mg·L-1丁草胺的固体培养基平板上,30℃培养4d后,挑取长出的单菌落接种于含100mg·L-1各种氯代乙酰胺类除草剂(丁草胺、乙草胺、甲草胺和异丙甲草胺)的培养基中,30℃,180r·min-1摇床培养5d,验证其降解效果。基础盐培养基配方为:5.0g葡萄糖,1.0g NH4NO3,1.0g NaCl,1.5g K2HPO4,0.5g KH2PO4,0.2g MgSO4·7H2O,加水至1L,pH 7.0.固体培养基加15.0g琼脂。
降解效果的验证方法:在培养液中加入等体积的二氯甲烷进行全量提取,剧烈振荡后静置分层,然后取1ml下层二氯甲烷挥发完全后,加入1mL甲醇溶解(色谱纯),用滤膜(孔径0.22μm)过滤。采用高效液相色谱测定提取液中丁氯代乙酰胺类除草剂、中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、除草剂敌稗的含量,液相色谱条件:流动相为甲醇:水(80:20,V/V),Zorbax C218 ODS Spherex反相柱(5μm,4.6mm×250mm,Agilent,USA),柱温为室温,紫外检测器,测定波长230nm,进样量20μL,流速为0.8mL·min-1。外标法按峰面积定量。另外还可采用气相色谱检测提取液中氯代乙酰胺类除草剂、中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、除草剂敌稗的含量,检测方法:柱型:BD-5MS石英毛细管柱(15m×0.25mm×0.25μm);样品进样量:2μL;分流比:30;载气:氦气;载气流速1ml/min;进样口温度为230℃,柱温为200℃。一级质谱条件:离子检测方式为多反应离子检测;离子极性为负离子;离子化方式为电喷雾离子化;毛细管电压为4000伏;干燥气温度:330℃;干燥气流速:10.0L/min,雾化气压力:35psi,碰撞电压:135伏;质量扫描范围(m/z):300-500。二级子离子质谱条件:碰撞电压:90伏;质量扫描范围(m/z):30-400。
从富集液中,分离到1株氯代乙酰胺类除草剂降解菌,命名为DC-2,该菌在3d内对200mg·L-1的丁草胺、乙草胺、甲草胺、敌稗和2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺的降解率均达到90%以上。
1.2氯代乙酰胺类除草剂降解菌DC-2的鉴定和生物学特性
菌株形态及生理生化特性测定参照文献常见细菌系统鉴定手册(东秀珠主编,北京,科学出版社,2001)进行。
菌株DC-2属革兰氏阴性菌,菌落黄色,边缘整齐,菌落圆形并突起,湿润光滑,不透明,易挑取;菌体杆状,没有观察到鞭毛。能利用甘露醇、D-葡萄糖、L-阿拉伯糖、鼠李糖、D-核糖、N-乙酰葡萄糖胺。
16S rRNA基因序列系统发育分析:菌株总DNA的提取采用高盐法,并以总DNA作为模板,进行16S rRNA基因序列的扩增。用于扩增反应的引物为一对通用引物,上游引物:5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’(SEQ ID No.5),下游引物:5′-TACCTTGTTACGACTT-3’(SEQ ID No.6)。25μL PCR反应体系为:模板1μL,dNTP(25mmol/L)2μL,引物(1mmol/L)各1μL,10×Taq缓冲液2.5μL,Mg2+(25mmol/L)1.5μL,Taq酶(5U/μL)0.3μL,超纯水15.7μL。聚合酶链式反应条件:95℃预变性5min;94℃变性0.5min,52℃退火1min,72℃延伸1min,循环30次;72℃延伸10min。采用PCR回收试剂盒(AXYGEN公司)回收16S rDNA的基因片段,琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物的大小(1.5kb左右),TA克隆后进行测序(由BIOAISA公司完成)。测序结果通过在线分析,与RDP数据库(https://rdp.cme.msu.edu/)中的模式菌株16S rRNA基因序列进行相似性比较。结果显示菌株DC-2与鞘酯菌属同源性最高,与Sphingobium quisquiliarum P25(T)的同源性达到100%,结合生理生化特征将该菌鉴定为鞘酯菌属,将该菌株送交位于中国武汉,武汉大学的中国典型培养物保藏中心(简称CCTCC)保藏,保藏编号为CCTCC NO:M 2012190,保藏日期为2012年5月30日。
实施例2菌株DC-2的培养方法
1)将DC-2(CCTCC NO:M 2012190)试管种接种于发酵培养基中,振荡培养至对数期;
2)将上述培养好的菌种按10%(v/v,以培养基体积为基准)的接种量接种入装液量为70%的500升种子罐,培养至对数生长期;
3)将种子液按10%(v/v,以培养基体积为基准)的接种量接入生产罐培养;
4)在种子罐和生产罐的培养过程中无菌空气的通气量为1:1.0,搅拌速度为220转/分,培养温度为30℃,全流程培养时间为50小时,发酵结束后菌体数量达到10亿个/ml以上,发酵完成后培养液出罐直接用塑料包装桶或包装瓶分装成液体剂。
以上所用的发酵培养基、种子罐培养基及生产罐培养基相同,配方为:葡萄糖0.1wt%,蛋白胨0.5wt%,酵母膏0.25wt%,pH7.2-7.5。
实施例3酰胺酶基因cmeH的克隆(策略图见图1)
3.1细菌基因组总DNA的提取
菌株DC-2(CCTCC NO:M 2012190)在LB培养基中大量培养后,采用CTAB法提取高纯度、大片段的DC-2的基因组总DNA,溶于TE缓冲液(pH8.0)中,置于-20℃保藏,具体方法参考F·奥斯伯等编的《精编分子生物学实验指南》。
3.2pUC118(BamHI)购买于宝生物工程(大连)有限公司。
3.3总DNA的酶切Sphingobium quisquiliarum DC-2总DNA采用Sau3AI部分酶切。
3.4DNA的回收
酶切后的总DNA通过电泳(TAE缓冲液)进行纯化,采用axygen biosciences(China)回收试剂盒进行回收,回收的DNA溶于10mmol/L的Tris·HCl(pH8.0)中,置于-20℃保藏。
3.5酶连
建立如下反应体系:
16℃温育12小时。
3.6转化及筛选
取10μl酶连产物转化200μl大肠杆菌DH5α感受态细胞(TaKaRa,Code:D9057),具体方法参照F.奥斯伯等编的《精编分子生物学实验指南》P23。涂布含有100mg/kg氨苄青霉素的LB平板上,培养24小时。
将所有克隆子编号,挑每个单菌落一部分至96孔板静置培养,培养基中加入作用底物2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺。培养后加入缓冲液和显色剂(0.1M氨基比林30ul,0.1M铁氰化钾40ul),若生成2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺的下游产物2,6-二乙基苯胺,则溶液会显深红色,反之为黄绿色。得知阳性克隆子编号后可得到原始平板上的阳性克隆子。利用这种克隆方法可以对文库进行高通量的筛选。进一步验证克隆子能否降解2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和敌稗。
克隆子对2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和敌稗的降解试验方法降解效果的验证方法:
在培养液中加入等体积的二氯甲烷进行全量提取,剧烈振荡后静置分层,然后取1ml下层二氯甲烷挥发完全后,加入1mL甲醇溶解(色谱纯),用滤膜(孔径0.22μm)过滤。采用高效液相色谱测定提取液中丁氯代乙酰胺类除草剂、中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、除草剂敌稗的含量,液相色谱条件:流动相为甲醇:水(80:20,V/V),Zorbax C218 ODS Spherex反相柱(5μm,4.6mm×250mm,Agilent,USA),柱温为室温,紫外检测器,测定波长230nm,进样量20μL,流速为0.8mL·min-1。外标法按峰面积定量。另外还可采用气相色谱检测提取液中氯代乙酰胺类除草剂、中间体2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、除草剂敌稗的含量,检测方法:柱型:BD-5MS石英毛细管柱(15m×0.25mm×0.25μm);样品进样量:2μL;分流比:30;载气:氦气;载气流速1ml/min;进样口温度为230℃,柱温为200℃。一级质谱条件:离子检测方式为多反应离子检测;离子极性为负离子;离子化方式为电喷雾离子化;毛细管电压为4000伏;干燥气温度:330℃;干燥气流速:10.0L/min,雾化气压力:35psi,碰撞电压:135伏;质量扫描范围(m/z):300-500。二级子离子质谱条件:碰撞电压:90伏;质量扫描范围(m/z):30-400。
3.7基因核苷酸序列测定
将3.6中获得的能降解2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和敌稗的阳性克隆子委托上海英骏生物技术有限公司进行序列测定,酰胺酶基因cmeH的核苷酸序列为SEQ ID NO.1,全长为903bp。根据酰胺酶基因cmeH核苷酸序列所推断的300个氨基酸序列为SEQ ID NO.2,理论大小为31.6kda。
实施例4酰胺酶基因cmeH在BL21(pET-29a(+))中的高效表达(策略图见图2)
4.1酰胺酶基因的PCR扩增
以正向引物:5’-GGAATTCCATATGGGTACTTCACCCCAG-3’(SEQ ID NO.3)和反向引物:5’CCGGAATTCGGCGCCCTTGAACCAC-3’(SEQ ID NO.4)为引物,用PCR从SphingobiumDC-2(CCTCC NO:M 2012190)基因组DNA中扩增出酰胺酶基因片段。扩增体系:
PCR扩增程序:
a.95℃变性3min;
b.95℃变性1.5min,53℃退火0.5min,72℃延伸1.5min,进行30个循环;
c.72℃延伸10min,冷却到室温。
4.2PCR产物用NdeI和EcoRI双酶切。
酶切体系:
Nde I 1μl
EcoRI 1μl
DNA ≤1μg
灭菌的蒸馏水加至20μl
在37℃水浴中,反应3h以上。酶切产物进行2%的琼脂糖凝胶电泳切胶回收。
4.3pET-29a(+)用NdeI和EcoRI双酶切(参考2.2)。
4.4转化
4.2中的回收片段和4.3中酶切好的pET-29a(+)进行酶连(参考3.5)。酶连好的含酰胺酶基因cmeH的pET-29a(+)重组质粒pET-29a(+)-cmeH的pET-29a(+)重组质粒转化到表达宿主菌BL21(DE3)获得重组微生物BL21(CmeH)。
4.5CmeH的表达、纯化和功能验证
BL21(CmeH)在LB培养基中培养至OD600nm为0.6到0.8之间,加IPTG至浓度1mM,30℃培养4个小时。100ml菌液离心,用10ml(50mM,pH 7.0)PBS缓冲液重悬菌体,超声破碎(AutoScience,UH-650B ultrasonic processor,30%intensity)5分钟,离心,收集上清,用镍离子亲和层析柱对CmeH进行了纯化,得酰胺酶CmeH,CmeH电泳图谱见图3,其条带大小和理论预测的大小(31.6kda)相一致。
4.6CmeH活力测定
酶活反应体系:50mM磷酸缓冲液(pH 7.0),0.2mM靶标底物(2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺或敌稗)、反应酶量(4.5中纯化所得)50μl,30℃反应20min。每个反应以加入酶开始计时,用3ml二氯甲烷终止反应,分层后有机相经无水硫酸钠脱水,2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和敌稗含量用反向HPLC测定(具体方法见3.6)。一个酶活力单位(U)定义为:在pH 7.0,温度30℃条件下,每分钟催化减少1μmol2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺或敌稗所需的酶量。降解试验表明纯化后的CmeH能在3hr内降解100mg/kg的2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺或敌稗,酶学试验表明CmeH对2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和敌稗的比酶活分别为67和55U/mg protein。
4.7代谢产物的确定
4.6中的2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和敌稗的酶反应液的二氯甲烷提取物经氮气吹干后溶于100μL甲醇,利用GC/MS测定反应液中的代谢产物。检测方法:柱型:BD-5MS石英毛细管柱(15m×0.25mm×0.25μm);升温条件:柱子初始温度50℃,维持1min,以10℃/min升温至210℃,再保持2min,再以20℃·min-1升温至240℃,再维持10min;样品进样量:2μL;分流比:30;载气:氦气;载气流速1ml/min;进样口温度为250℃。质谱操作条件:离子源为EI源;离子源温度250℃;一级质谱条件:离子检测方式为多反应离子检测;离子极性为负离子;离子化方式为电喷雾离子化;毛细管电压为4000伏;干燥气温度:330℃;干燥气流速:10.0L/min,雾化气压力:35psi,碰撞电压:135伏;质量扫描范围(m/z):300-500。二级子离子质谱条件:碰撞电压:90伏;质量扫描范围(m/z):30-400。一级质谱条件:离子检测方式为多反应离子检测;离子极性为负离子;离子化方式为电喷雾离子化;毛细管电压为4000伏;干燥气温度:330℃;干燥气流速:10.0L/min,雾化气压力:35psi,碰撞电压:135伏;质量扫描范围(m/z):300-500。二级子离子质谱条件:碰撞电压:90伏;质量扫描范围(m/z):30-400。
2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺和敌稗的酶降解反应液的二氯甲烷提取物的GC/MS图谱见图4A、图6A,由图谱数据分析得出2-氯-N-(2-乙基-6-甲基苯基)乙酰胺、敌稗分别经CmeH水解断裂酰胺键后生成2-乙基-6-甲基苯胺(图4C)、3,4-二氯苯胺(图6B),生化反应途径见图5、图7。
以上实施例中使用的微生物来源如下:
pUC118(BamHI) 购自宝生物工程(大连)有限公司,
大肠杆菌DHDH5α 购自宝生物工程(大连)有限公司,
大肠杆菌高表达载体pET-29a(+) 购自Novegen公司,
表达宿主菌大肠杆菌BL21(DE3) 购自上海英骏生物技术有限公司。