CN102203088B - 用于癌症治疗的聚杂芳基衍生物 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及五-、六-、七-、八-、九-和十-杂芳基衍生物,其包含分别为式I、II、III和IV的杂环1(Het-1)a和/或杂环2(Het-2)b和/或杂环3(Het-3)c和/或杂环4(Het-4)d、和N-氧化物、可药用加成盐的组合。所请求保护的化合物适合用于癌症治疗。

Description

用于癌症治疗的聚杂芳基衍生物
本发明涉及特异性结合并稳定四链体DNA(quadruplex DNA)的聚杂芳基衍生物。本发明还涉及这些化合物的可药用盐、制备含有这些化合物的药物组合物的方法以及这些化合物在癌症和感染性疾病治疗中的应用。
当在本说明书和权利要求书中使用时,“聚杂芳基”是指由芳香族杂环部分构成的序列/链,其任选包含亚苯基部分和/或具有末端苯基。
G-四链体DNA目前被认为是能够调节富含G的序列的功能的结构元件。具体来说,多条证据表明,在端粒处或各种人类癌基因包括c-Myc、Bcl-2、VEGF、Hif-1a、Ret、c-Kit、PDGF-A、KRAS和c-Myb(1)的特定基因启动子中形成这种独特的DNA结构,可以抑制癌细胞增殖。
人类细胞的端粒DNA包含串联重复的5′-TTAGGG-3′序列,在它们的3′侧以单链突出部分结束,所述突出部分被证实在体外折叠成G-四链体。这种四链体结构在体内的形成被假定将导致正常情况下与端粒结合的保护性蛋白质(shelterin复合物)的移位,从而破坏端粒结构,导致基因组不稳定。
对于癌基因启动子来说,四链体的稳定作用预计将破坏蛋白因子的局部环境,该蛋白因子的局部环境调控基因表达并且对于c-myc来说已有充分的文献证明(1)。因此,通过小分子四链体结合物,对能够诱导或稳定四链体DNA形成的化学干预手段进行了详尽的调查,其目的在于控制DNA相关的功能(端粒延伸、癌基因转录),特别是在癌细胞中。
目前,与G-四链体-DNA相互作用的化合物在文献中有许多,正如最近专门针对它们的综述文章的数量所表明的(2-9)。然而,只有很少的化合物表现出对四链体DNA与双链体-DNA相比的高度选择性;此外,这些化合物中仅有几种进行过作为抗癌药剂的详尽研究。该家族的首要化合物是端粒酶素(telomestatin),其是包含五个
Figure BPA00001355000400021
唑环、两个甲基
Figure BPA00001355000400022
唑环和一个噻唑啉环的天然存在的大环(从环圈链霉菌(Streptomyces anulatus)3533-SV4分离)。端粒酶素代表了四链体选择性相互作用方面的范例,并在体外显示出杰出的端粒酶抑制性质(通过TRAP或直接分析法(Direct assay)评估,其中IC50-TRAP=0.6nM,IC50-直接分析法=58nM(10))。此外,对端粒酶素的细胞效应也进行了深入研究,其在各种肿瘤细胞系中表现出抗增殖和凋亡性质(11和12)。端粒酶素改变端粒完整性(13),并在端粒处引发DNA损伤应答(14)。端粒酶素在体外诱导POT1脱帽(uncapping)(IC50-POT1=500nM),并在肿瘤细胞中从端粒除去GFP-POT1(15)。尽管合成获取端粒酶素困难(16),但表现出令人感兴趣的四链体相互作用性质的类似物已有报道(17、18和19)。
但是,这些化合物无一显示出端粒酶素的卓越性质。此外,这些化合物、包括端粒酶素本身,其荧光性质都没有被研究过。由于端粒酶素的化学不稳定性、水溶性差以及特别是合成的困难性,其大规模治疗应用是成问题的。
在这种情形下,本发明人发现,新的非大环聚杂芳基衍生物对四链体DNA显示出超过双链体-DNA的强烈选择性,并且这些衍生物与其DNA靶的结合,导致:i)它们的光谱性质的深刻改变,ii)将人类POT1(端粒保护1(protection of telomere 1))蛋白从端粒的G-突出部分脱帽,iii)抑制人类肿瘤细胞系的细胞增殖。这个新的化合物家族在生理介质中的稳定性和溶解性与它们在治疗性治疗中的应用相容。此外,本发明人发现了用于获得这些化合物的有效、独创的方法。
因此,本发明的目的是作为新产品提供这样的非大环聚杂芳基衍生物。
本发明还涉及它们的合成方法。
利用所述化合物的四链体相互作用性质,本发明的另一个目的还涉及将所述衍生物用作四链体特异性探针。具体来说,由于所公开化合物的高荧光量子产率产生量子,这些化合物可以用作荧光探针,用于检测和/或纯化四链体DNA或包括但不限于四链体RNA在内的相关的核酸结构。
本发明的另一个目的是提供包含所述衍生物作为有效成分的药物组合物,并且还涉及所述衍生物在制备用于广泛病症的药物中的应用,所述药物特别用于治疗患有例如癌症或感染性疾病例如疟疾的患者。
本发明还涉及用于治疗癌症和感染性疾病的方法,所述方法包括向需要的患者给药有效量的所述衍生物。
本发明的聚杂芳基衍生物是五-、六-、七-、八-、九-和十-杂芳基衍生物(在后文中简称五-至十-杂芳基),其包含
-分别为式I、II、III和IV的杂环1(Het-1)a和/或杂环2(Het-2)b和/或杂环3(Het-3)c和/或杂环4(Het-4)d
Figure BPA00001355000400031
N-氧化物、可药用加成盐的组合,
-所述组合包含至少两个不同的杂环部分,并任选包含式(V)的(芳基-5)e部分
-a、b和e是从0至6的整数,c和d是从0至2的整数,a+b+c+d+e的和≤10
-Y是O或S;
-Het-1是一类含氮杂环-二基环,其选自2,6-吡啶-二基或2,4-嘧啶-二基或3,5-吡嗪-二基或2,4-(1,3,5-三嗪)二基或3,5-(1,2,4-三嗪)二基或2,4-唑啉-二基或2,4-噻唑啉-二基;
-Het-2是一类5元杂环-二基环,其选自2,5-
Figure BPA00001355000400042
唑啉-二基或2,5-噻唑啉-二基或2,5-噻吩-二基或2,5-呋喃-二基;
-Het-3和/或Het-4构成所述五-、六-、七-、八-、九-和十-杂芳基衍生物的末端,其中
-Het-3是一类含氮杂环基环,其选自2-吡啶基或2-嘧啶基或4-嘧啶基或2-吡唑基(pyrazyl)或2-(1,3,5)三唑基(triazyl)或3-(1,2,4)三唑基或5-(1,2,4)三唑基或4-
Figure BPA00001355000400043
唑基或4-噻唑基;
-Het-4是一类5元杂环基,其选自2-
Figure BPA00001355000400044
唑基或5-唑基或2-噻唑基或5-噻唑基或2-噻吩基或2-呋喃基;
-R1和R2各自独立地选自氢;C1-6烷基;C1-4烷氧基;卤基;羟基;羟甲基;硝基;氨基;单(C1-4烷基)氨基或二(C1-4烷基)氨基;C1-4烷基甲基氨基;单(C1-4烷基)氨基(C2-4烷基)氨基甲基或二(C1-4烷基)氨基(C2-4烷基)氨基甲基;吗啉-4-基C2-4烷氧基;哌嗪-1-基C2-4烷氧基;4-C1-4烷基哌嗪-1-基;选自苯基、苯甲基、萘基的单环或二环。
根据本发明的实施方案,a、b、c和d是0至3的整数,e=0,并且a+b+c+d的和≤10。
根据本发明的实施方案,一个或几个上述部分被一个、两个或三个取代基取代,每个所述取代基独立地选自C1-6烷基;C1-4烷氧基;卤基;羟基;硝基;氨基;单(C1-4烷基)氨基或二(C1-4烷基)氨基;C1-4烷基甲基氨基;吗啉-4-基C2-4烷氧基;哌嗪-1-基C2-4烷氧基;4-C1-4烷基哌嗪-1-基C2-4烷氧基;选自苯基、苯甲基、萘基的单环或二环。
具体来说,本发明涉及例如上面定义的、包含至少5个、至少7个、至少8个、至少9个、或至少10个杂环部分的衍生物。
另一方面,本发明还具体涉及例如上面定义的、还包含一个或几个例如2、3或4个1,3-亚苯基-二基部分的衍生物。
本发明的特别优选的衍生物具有下列结构之一:
-(被R2取代的Het-4)-(Het-1)-(被R2取代的Het-4)
-(被R1取代的Het-3)-(Het-2)-(被R1取代的Het-3)
-(被R1取代的Het-3)-(Het-2)-(Het-1)-(Het-2)-(被R1取代的Het-3)
-(被R1取代的Het-3)-(Het-2)-1,3-亚苯基-二基-(Het-2)-(被R1取代的Het-3)
-(被R1或R2取代的1,3-亚苯基-二基)-(Het-2)-(Het-1)-(Het-2)-(被R1或R2取代的1,3-亚苯基-二基)
-(被R1取代的Het-3)-(Het-2)-(Het-1)(Het-2)-(被R1取代的Het-3)
-(被R1取代的Het-3)-(Het-2)-(Het-1)-(Het-1)-(Het-2)-(被R1取代的Het-3)。
在优选的衍生物中,
.R1和R2是
Figure BPA00001355000400051
唑啉-二基或吡啶-二基基团,和/或
.Het-2是
Figure BPA00001355000400052
唑啉-二基和/或
.Het-1是2,6-吡啶-二基、2,6-嘧啶-二基、2,6-吡嗪-二基或1,3-亚苯基-二基基团。
在有利的组合中,考虑到衍生物的G-四链体相互作用性质,Het-1与两个Het-2相连。
在所述组合的优选衍生物中,Het-1是吡啶-二基,Het-4是被吡啶基取代的唑基或吡啶基-
Figure BPA00001355000400054
唑基。
在第二种有利组合中,Het-2与两个Het-1相连。
在优选的衍生物中,Het-2是
Figure BPA00001355000400061
唑基,Het-1是吡啶基-唑基。
本发明的具体优选化合物是列于下面实施例部分中的化合物,特别是化合物3和4。
上面定义的衍生物的可药用加成盐包括其酸加成盐和碱盐(包括二盐)。
适合的酸加成盐从形成无毒性盐的酸形成。实例包括乙酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐、硼酸盐、右旋樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、乙二磺酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、葡萄糖酸盐、葡萄糖醛酸盐、六氟磷酸盐、羟苯酰苯甲酸盐、盐酸盐/氯化物、氢溴酸盐/溴化物、氢碘酸盐/碘化物、羟乙磺酸盐、乳酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、甲基硫酸盐、萘酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、乳清酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐/磷酸氢盐/磷酸二氢盐、糖酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐和三氟乙酸盐。
适合的碱盐从形成无毒性盐的碱形成。实例包括铝盐、精氨酸盐、N,N’-双苄基乙撑二胺盐、钙盐、胆碱盐、二乙胺盐、二乙醇胺盐、甘氨酸盐、赖氨酸盐、镁盐、葡甲胺盐、乙醇胺盐、钾盐、钠盐、氨丁三醇盐和锌盐。
上面定义的衍生物的这些可药用盐,可以容易地通过将所述衍生物与视情况而定的所需酸或碱的溶液混合在一起来制备。盐可以从溶液中沉淀并通过过滤收集,或可以通过溶剂蒸发来回收。盐的离子化程度可以从完全离子化到几乎不离子化之间变化。
本发明还包括同位素标记的如上定义的衍生物,优选为可药用的同位素标记衍生物,其中一个或多个原子被具有同样原子序数、但原子质量或质量数与自然界中通常发现的原子质量或质量数不同的原子代替。
适合于包含在本发明化合物中的同位素的实例包括氢的同位素例如2H和3H,碳的同位素例如11C、13C和14C,氯的同位素例如36Cl、氟的同位素例如18F、碘的同位素例如123I和125I,氮的同位素例如13N和15N,氧的同位素例如15O、17O和18O,磷的同位素例如32P,以及硫的同位素例如35S。
本发明的某些同位素标记的衍生物,例如掺有放射性同位素的衍生物,可用于药物和/或底物组织分布研究(substrate tissue distribution)中。放射性同位素氚、即3H以及碳-14、即14C,由于易于掺入并且检测手段方便,特别适用于这种目的。
用较重同位素例如氘、即2H取代,可以获得较高代谢稳定性产生的某些治疗优点,例如体内半衰期的增加或剂量需求降低,因此在某些情况下可能是优选的。
用发射正电子的同位素例如11C、18F、15O和13N取代,可用于正电子发射断层扫描术(PET)研究中,用于检测底物受体的占据。
正如在后文实施例中显示的,本发明的衍生物特异性结合并稳定四链体DNA,因此作为四链体特异性探针引起很大兴趣。所述衍生物与四链体DNA结合的能力以及它们的选择性,可以使用本技术领域的专业人员已知的分析法、包括在下面实施例部分中描述的分析方法来测量。
它们对于各种疾病的治疗也是极有价值的。
因此,本发明涉及如上定义的衍生物作为药物的应用。
本发明还涉及药物组合物,其包含有效量的至少一种如上定义的衍生物与可药用载体的组合。
当在本文中使用时,“治疗有效量”或“有效量”是指给药于患者的治疗药剂、例如上面定义的衍生物的足以建立起疾病治疗的量。
当在本文中使用时,术语疾病的“治疗”是指任何行动,其旨在(1)减缓或停止该术语所适用的疾病状态或病情的症状的进展、加重、复发、传播或恶化;(2)减轻该术语所适用的疾病状态或病情的症状或为其带来改善;和/或(3)逆转或治愈该术语所适用的疾病状态或病情。
打算用于药物应用的本发明的衍生物,事实上可以单独或与本发明的一种或多种其他衍生物组合、或与一种或多种其他药物(或作为其任何组合)、特别是抗癌药物或抗感染药物组合给药。一般来说,它们将作为与一种或多种可药用载体相结合的制剂给药。术语“载体”在本文中用于描述除了本发明的衍生物之外的任何成分。载体的选择在很大程度上取决于例如给药的具体方式、载体对溶解性和稳定性的影响以及剂型的性质这样的因素。
适合于递送如上定义的衍生物的药物组合物以及它们的制备方法,对于本技术领域的专业人员来说是显而易见的。这些组合物及其制备方法可见于例如《Remington药物学》(Remington′s PharmaceuticalSciences)第19版(Mack Publishing Company,1995)。
药物组合物可以是,例如,适用于口服给药的作为片剂、胶囊、丸剂、粉剂、持续释放制剂、溶液、悬液的形式;适用于肠胃外给药的作为溶液、悬液或乳液的形式;适用于表面给药的作为软膏或霜剂的形式;或适用于直肠给药的作为栓剂的形式。药物组合物可以是适用于精确剂量单次给药的单位剂型。
适合的药物载体包括惰性稀释剂或填充剂、水和各种有机溶剂。如果需要,药物组合物可以包含其他成分,例如调味剂、粘合剂、赋形剂等。因此,对于口服给药来说,含有各种赋形剂例如柠檬酸的片剂可以与各种崩解剂例如淀粉、藻酸和某些复合硅酸盐并与粘合剂例如蔗糖、明胶和阿拉伯胶一起使用。此外,润滑剂例如硬脂酸镁、月桂基硫酸钠和滑石粉经常可用于制片目的。相似类型的固体组合物也可以使用在软质和硬质填充明胶胶囊中。因此,优选的材料包括乳糖和高分子量聚乙二醇。当需要水性悬液或酏剂用于口服给药时,如上定义的衍生物可以与各种甜味剂或调味剂、着色物质或染料以及如果需要的话乳化剂或悬浮剂、连同稀释剂例如水、乙醇、丙二醇、甘油或其组合一起混合。
当在本文中使用时,药物组合物的“肠胃外给药”包括其特征为物理突破对象的组织并通过组织中的突破口给药药物组合物的任何给药途径。因此,肠胃外给药包括但不限于通过注射组合物、通过经手术切口施用组合物、通过经组织穿透性非手术伤口施用组合物等来给药药物组合物。具体来说,考虑到的肠胃外给药包括但不限于皮下、静脉内、真皮内、腹膜内、肌肉内、胸骨内注射和肾透析灌注技术。
适合于肠胃外给药的药物组合物的制剂包括活性成分与可药用载体例如无菌水或无菌等渗盐水的组合。这样的制剂可以采用适合于团注给药(bolus administration)或连续给药的形式制备、包装或销售。用于肠胃外给药的制剂包括但不限于如下讨论的在油性或水性介质中的悬液、溶液、乳液,糊剂,和可植入的持续释放或可生物降解制剂。这样的制剂还可以包含一种或多种其他成分,包括但不限于悬浮剂、稳定剂或分散剂。在用于肠胃外给药的制剂的一个实施方案中,活性成分以干燥(即粉末或颗粒)形式提供,用于在使用适合的介质(例如无菌无热原水)进行复溶后将复溶的组合物肠胃外给药。
本发明的药物组合物可以使用保护化合物抗拒快速释放的载体制备,例如受控释放制剂,包括植入物、透皮贴片和微囊化递送系统。可以使用可生物降解的、生物相容的聚合物,例如乙烯-乙酸乙烯酯共聚物、聚酐、聚乙醇酸、胶原蛋白、聚原酸酯和聚乳酸。
对于治疗应用来说,组合物中活性成分的每日有效量一般为0.01mg/kg体重至50mg/kg体重,更优选为0.1mg/kg体重至10mg/kg体重。当然,它随着所使用的衍生物、给药方式、所需治疗、适应病症以及患者的生理数据(例如年龄、尺寸和体重)而变。每日总剂量可以用单剂量或分剂量给药。治疗药剂的适合剂量和给药方案的确定在相关技术领域中是公知的,并应该理解为专业技术人员所具有。
上面定义的衍生物及其药物组合物对于癌症和感染性疾病例如疟疾的治疗来说特别有用。
当在本文中使用时,术语“癌症”是指存在具有引起癌症的细胞典型的特征例如不受控增殖、永生性、转移潜力和某些特征性形态特点的细胞。该术语是指任何类型的恶性肿瘤(原发或转移的肿瘤)。
当在本文中使用时,术语“感染性疾病”是指由微生物例如细菌、寄生虫、酵母、真菌感染哺乳动物(人类或动物)而引起的疾病。也包括病毒引起的感染。
上述衍生物及其药物组合物在制备用于治疗癌症或感染性疾病例如疟疾的药物中的应用,包含在本发明的范围内。
本发明还包涵用于治疗癌症或感染性疾病的方法,所述方法包括向需要的患者给药有效量的如上定义的衍生物或其或药物组合物。
本发明还涵盖制备如上定义的衍生物的方法。
所述方法包括:
在产生所需聚杂芳基衍生物的条件下
●将X1-A-X2
●与B-X3或与X4-B-X3进行反应
其中
-A是二-或三-或四-杂芳基-1,4链,B是(一-或二-或三-或四-杂芳基-1,4)-,杂芳基部分任选包含1、2、3或4个芳基-5部分或芳基-5末端部分,
杂芳基-1,4是如上所定义的Het-1和/或Het-2和/或Het-3和/或Het-4的组合,
-X1和X2相同或不同,表示氢或卤素或三氟甲磺酸根基团,
-X3表示卤素或卤化锌或三烷基锡或硼酸根基团,
-X4表示甲醛基团。
附图说明
本发明的其他特点和优点在下面的实施例中给出,其参考图1到图16,在所述图中
-图1A-图1D显示本发明的衍生物在各种条件下的吸收光谱;
-图2,各种滴定的汇总;
-图3A到图3C,使用模拟人类或疟原虫端粒序列的寡核苷酸和FRET配偶体进行的FRET-解链分析的结果;
-图4A-图4b和图5,在有或没有本发明的衍生物情况下,G-四链体的荧光解链的结果;
-图5,G-四链体单独或在本发明的衍生物存在下,四链体DNA竞争剂过量或不过量时的解链荧光结果;
-图6,各种FRET-解链实验的汇总;
-图7A和图7B,添加本发明的衍生物情况下,四链体DNA的荧光解链的结果;
-图8,使用四链体或使用短双链体DNA并添加本发明的衍生物时的荧光滴定结果;
-图9,使用各种四链体DNA结构并添加本发明的衍生物时的荧光滴定结果;
-图10,各种荧光滴定的汇总的图形表示;
-图11A和图11B和图12,四链体DNA在添加本发明的衍生物时的圆二色性结果;
-图13,与四链体结构诱导相关的结果;
-图14,与本发明的衍生物体外抑制POT1与端粒序列的结合相关的结果;
-图15,与本发明的衍生物抑制细胞增殖相关的结果;以及
-图16,与本发明的衍生物对四链体DNA的稳定化作用和对四链体DNA超过双链体DNA的选择性相关的结果。
I-聚杂芳基衍生物的合成
下面的实施例打算对本发明进行说明。化合物也可以通过本技术领域的专业人员已知的其他方法获得。用作起始原料的2,6-吡啶二甲醛、6-溴吡啶-2-甲醛、对-甲苯磺酰基甲基异氰化物(TosMIC)、2-吡啶基溴化锌、1,3-苯二甲醛、6-溴吡啶-2-甲醛、3-溴苯甲醛和5-溴-2-糠醛,是可商购的产品。
1.:实施例1:2,6-双[2-(吡啶-2-基)
Figure BPA00001355000400121
唑-5-基]吡啶(化合物1)
Figure BPA00001355000400122
化合物1
1.1.:2,6-双(
Figure BPA00001355000400131
唑-5-基)吡啶(中间体1)
Figure BPA00001355000400132
将2,6-吡啶二甲醛(4.0g;29.2mmol)、TosMIC(11.4g;58.3mmol)和碳酸钾(16.3g;117.8mmol)在100mL甲醇中加热回流3小时。将溶剂真空蒸发,并将残留物倒入盐水溶液中,用二氯甲烷(4x150mL)提取。将合并的有机层在硫酸镁上干燥,并在真空中浓缩。残留物在硅胶柱上通过以二氯甲烷-乙醇(95-5)作为洗脱剂的快速色谱法进行纯化,得到作为黄色固体的标题化合物(5.6g,90%),m.p.=190-191℃;1H NMR(300MHz,CDCl3)7.56(d;2H;J=8.0);7.74(s;2H);7.80(t;1H;J=8.0Hz);7.96(s;2H);13C NMR(75MHz,CDCl3)118.7,125.7,138.0,147.4,150.8,151.0;SM m/z 214.1(M+1);C11H7N3O2的元素分析的计算值:C,61.97;H,3.31;N,19.71。实测值:C,61.51,H,3.43,19.48。
1.2.:2,6-双-(2-碘
Figure BPA00001355000400133
唑-5-基)吡啶(中间体2)
Figure BPA00001355000400134
在氩气气氛下,将中间体1(0.1g;0.5mmol)和TMEDA(0.2mL;1.0mmol)溶解在5mL无水THF中,并在-78℃下冷却。逐滴加入LiHMDS在THF(0.5mL;0.5mmol)中的1M溶液,并在-78℃搅拌30分钟,在-40℃搅拌1小时。将混合物再次在-78℃下冷却,并加入1,2-二碘乙烷(0.5g;1.9mmol)。在室温下搅拌过夜后,将混合物倒入硫代硫酸钠溶液,并用乙酸乙酯(3×10mL)提取。将合并的有机层在硫酸镁上干燥,并在真空中浓缩。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,95-5)进行纯化,得到作为米色固体的中间体2(117mg,50%),1H NMR(300MHz,CDCl3)7.58(d;2H;J=8Hz);7.69(s;2H);7.85(t;1H;J=8Hz);13C NMR(75MHz,CDCl3)119.5,129.7,138.7,147.0,157.2,151.5;SM m/z 465.8(M+1),487.8(M+23)。
1.3.:2,6-双[2-(吡啶-2-基) 唑-5-基]吡啶(化合物1)
方法1:将中间体2(65mg;0.14mmol)、2-吡啶基溴化锌(1.2mL;0.60mmol)和Pd(PPh3)4(12mg;0.01mmol)的混合物在2mL无水THF中加热回流4小时。加入水,并将混合物用乙酸乙酯(3×10mL)提取。将合并的有机层在硫酸镁上干燥、过滤并在真空中浓缩。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,95-5)进行纯化,得到作为米色固体的预期化合物1(13mg,25%),m.p=242-245℃;1H NMR(300MHz,CDCl3)7.40(m;2H);7.83-7.88(m;5H);7.97(s;2H);8.23(d;2H;J=7.9Hz);8.77(d;2H;J=4.5Hz);13C NMR(75MHz,CDCl3)119.7,123.3,125.6,128.6,137.8,138.5,146.6,147.9,150.9,152.3,161.5;SM m/z 368.0(M+1),390.0(M+23)。
方法2:将中间体1(0.1g;0.5mmol)、2-溴吡啶(91μL;0.9mmol)、二乙酸钯(11mg;0.05mmol;10mol%)、PCy3.HBF4(35mg;0.1mmol;20mol%)、碘化亚铜(I)(0.18g;0.9mmol)、碳酸铯(0.61mg;1.88mmol)和1.3mL无水甲苯的混合物,在微波辐射条件下(130℃,150W)处理4小时。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,95-5)进行纯化,得到与上述方法1中描述的一致的化合物1(8mg,33%)。
2.实施例2:2,5-双-[6-(
Figure BPA00001355000400142
唑-5-基)1吡啶-2基 (化合物2)
Figure BPA00001355000400144
化合物2
2.1:5-(2-溴吡啶-2-基) (中间体3)
Figure BPA00001355000400152
将6-溴吡啶-2-甲醛(4.0g;21.5mmol)、TosMIC(4.2g;21.5mmol)和碳酸钾(6.0g;43.4mmol)在75mL甲醇中加热回流3小时。将溶剂在真空中蒸发,将残留物倒入盐水溶液中,并用二氯甲烷(4×100mL)提取。将合并的有机层在硫酸镁上干燥,并在真空中浓缩。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,95-5)进行纯化,得到作为黄色固体的中间体3(2.9g,60%);m.p.=90-91℃;1H NMR(300MHz,CDCl3)7.38(dd;1H;J=3.5 & 5.3Hz);7.57(m;2H);7.73(s;IH);7.97(s;1H);13C NMR(75MHz,CDCl3)118.1,126.4,127.6,139.3,142.4,148.0,151.6;SM m/z 225.0和227.1(M+1)。
2.2:2,5-双-[6-(
Figure BPA00001355000400153
唑-5-基)]吡啶-2基
Figure BPA00001355000400154
(化合物2)
将中间体1(0.10g;0.5mmol)、中间体3(0.10g;0.5mmol)、二乙酸钯(11mg;0.05mmol;10mol%)、PCy3.HBF4(35mg;0.09mmol;20mol%)、碘化亚铜(I)(0.1g;0.5mmol)、碳酸铯(0.3mg;0.9mmol)和1.3mL无水甲苯的混合物在微波辐射条件下(130℃,150W)处理6小时。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,95-5)进行纯化,得到作为米色固体的预期化合物2(60mg,36%);1H NMR(300MHz,CDCl3)7.70(d;2H;J=7.5Hz);7.80(d;1H;J=7.5Hz);7.85(d;2H;J=7.5Hz);7.90(s;1H);7.93(d;2H;J=5Hz);8.00(s;1H);8.04(d;1H;J=5Hz);8.20(d;1H;J=7.5Hz);SM m/z 358.1(M+1)。
3.实施例3:2,6-双{2[6-( 唑-5-基)吡啶-2-基]
Figure BPA00001355000400156
唑-5-基}吡啶(化合物3)
Figure BPA00001355000400161
化合物3
将中间体1(0.10g;0.5mmol)、中间体3(0.21g;0.9mmol)、二乙酸钯(11mg;0.05mmol;10mol%)、PCy3.HBF4(35mg;0.09mmol;20mol%)、碘化亚铜(I)(0.18g;0.9mmol)、碳酸铯(0.61mg;1.9mmol)和1.3mL无水甲苯的混合物在微波辐射条件下(130℃,150W)处理6小时。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,95-5)进行纯化,得到作为米色固体的预期化合物3(52mg,22%),m.p.>250℃;1H NMR(300MHz,CDCl3)7.65(m;1H);7.75(m;2H);7.90-8.05(m;9H);8.10(s;1H);8.20(m;2H);SM m/z 524.2(M+23)。
4.实施例4:1,3-双(2-(6-(
Figure BPA00001355000400162
唑-5-基)吡啶-2-基)
Figure BPA00001355000400163
唑-5-基)苯(化合物4)
Figure BPA00001355000400164
化合物4
4.1:6,6′-(5,5′-(1,3-亚苯基)双(
Figure BPA00001355000400165
唑-5,2-二基))二(吡啶-2-甲醛)(中间体4)
Figure BPA00001355000400171
中间体4
将按照Sambavisarao和Vrajesh的描述(Synthsis,2007,3653)获得的1,3-二(
Figure BPA00001355000400172
唑-5-基)苯(0.21g;1mmol)、6-溴吡啶-2-甲醛(0.24g;1.3mmol)、二乙酸钯(64mg;0.28mmol,28mol%)、PCy3.HBF4(62mg;0.17mmol;17mol%)、碘化亚铜(I)(0.43g;2.3mmol)、碳酸铯(1.4g;4.3mmol)和4mL无水二
Figure BPA00001355000400173
烷的混合物在密封管中在130℃加热2小时。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,95-5)进行纯化,得到作为米色固体的中间体4(83mg,30%);1H NMR(300MHz,CDCl3)10.27(s;1H);8.45-8.40(m;1H);8.20(s;0.5H);8.10-8.05(m;2H);7.83(dd;1H;J=7.8 & 1.6Hz);7.71(s;1H);7.61(t;0.5H;J=7.93Hz);SM m/z 423.1(M+1)。
4.2:1,3-双(2-(6-(
Figure BPA00001355000400174
唑-5-基)吡啶-2-基)
Figure BPA00001355000400175
唑-5-基)苯(化合物4)
将二甲醛中间体4(75mg;0.18mmol)、TosMIC(86mg;0.44mmol)和碳酸钾(126mg;0.9mmol)在8mL无水乙醇中的混合物加热回流2小时。将溶剂在真空中蒸发,将残留物倒入盐水溶液中,并用二氯甲烷(3×50mL)提取。将合并的有机层在硫酸镁上干燥,并在真空中浓缩。将残留物在硅胶柱上通过使用二氯甲烷-乙醇(95-5)作为洗脱剂的快速色谱法进行纯化,得到作为灰白色固体的标题化合物(55mg,62%),m.p.>250℃;1H NMR(300MHz,CDCl3)8.22(br s;0.5H);8.17(d;1H;J=7.8Hz);8.03(s;1H);7.99(t;1H,J=7.8Hz);7.93(s;1H);7.85-7.76(m;2H);7.68(s;1H);7.64-7.57(m;0.5H);SM m/z 501.1(M+1);对C28H16N6O4·0.75H2O的元素分析的计算值:C,65.43;H,3.40;N,16.36,实测值:C,65.92;H,3.37;15.92。
5.实施例5:2,6-双(2-(3-(
Figure BPA00001355000400181
唑-5-基)苯基)
Figure BPA00001355000400182
唑-5-基)吡啶(化合物5)
化合物5
5.1:3,3′-(5,5′-(吡啶-2,6-二基)双(
Figure BPA00001355000400184
唑-5,2-二基))二(苯甲醛)(中间体5)
Figure BPA00001355000400185
中间体5
将中间体1(0.18g;0.84mmol)、3-溴苯甲醛(0.50g;2.7mmol)、二乙酸钯(80mg;0.36mmol;43mol%)、PCy3.HBF4(68mg;0.18mmol;20mol%)、碘化亚铜(I)(0.37g;1.9mmol)、碳酸铯(1.2g;3.7mmol)和3.5mL无水二
Figure BPA00001355000400186
烷的混合物在密封管中在130℃加热18小时。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,98-2)进行纯化,得到作为黄色固体的中间体5(50mg,14%);1H NMR(300MHz,CDCl3)10.15(s;1H);8.66(s;1H);8.45(d;1H;J=7.7Hz);8.04(d;1H;J=7.6Hz);7.98-7.92(m;1.5H);7.76(d;1H;J=7.9Hz);7.72(t;1H;J=7.7Hz);SM m/z 444.0(M+Na);对C25H15N3O4·0.25H2O的元素分析的计算值:C,70.50;H,3.64;N,9.87,实测值:C,70.11;H,3.51;9.75。
5.2:2,6-双(2-(3-(
Figure BPA00001355000400191
唑-5-基)苯基)
Figure BPA00001355000400192
唑-5-基)吡啶(化合物5)
将二甲醛中间体5(50mg;0.12mmol)、TosMIC(50mg;0.25mmol)和碳酸钾(70mg;0.5mmol)在6mL无水乙醇中的混合物加热回流2小时。将溶剂在真空中蒸发,将残留物倒入盐水溶液中,并用二氯甲烷(3×50mL)提取。将合并的有机层在硫酸镁上干燥,并在真空中浓缩。将残留物在硅胶柱上通过使用二氯甲烷-乙醇(94-6)作为洗脱剂的快速色谱法进行纯化,得到作为浅黄色固体的标题化合物(40mg,67%),m.p.254-256℃;1H NMR(300MHz,CDCl3)8.45(s;1H);8.14(d;1H;J=7.9Hz);7.99(s;1H);7.96-7.88(m;1.5H);7.79(d;1H;J=7.9Hz);7.74(d;1H;J=7.9Hz);7.60(t;1H;J=7.9Hz);7.51(s;1H);SMm/z 500.2(M+1);对C29H17N5O4·H2O的元素分析的计算值:C,67.31;H,3.67;N,13.53,实测值:C,67.53;H,3.82;13.29。
6.实施例6:2,6-双(2-(5-(
Figure BPA00001355000400193
唑-5-基)呋喃-2-基) 唑-5-基)吡啶(化合物6)
Figure BPA00001355000400195
化合物6
6.1:5,5′-(5,5′-(吡啶-2,6-二基)双(
Figure BPA00001355000400196
唑-5,2-二基))二(呋喃-2-甲醛)(中间体6)
Figure BPA00001355000400201
中间体6
将中间体1(0.21g;1mmol)、5-溴-2-糠醛(0.21g;1.2mmol)、二乙酸钯(83mg;0.37mmol;37mol%)、PCy3.HBF4(72mg;0.2mmol;20mol%)、碘化亚铜(I)(0.46g;2.4mmol)、碳酸铯(1.4g;4.3mmol)和4mL无水二
Figure BPA00001355000400202
烷的混合物在密封管中在130℃加热2小时。将残留物通过快速色谱法(SiO2,二氯甲烷-乙醇,98-2)进行纯化,得到作为黄色固体的中间体6(62mg,26%);1H NMR(300MHz,CDCl3)9.83(s;1H);7.97(s;1H);7.95-7.90(m;0.5H);7.79(d;1H;J=8.2Hz);7.39(d;1H;J=3.8Hz);7.31(d;1H;J=3.8Hz);SM m/z 402.1(M+1);对C21H11N3O6·1.5H2O的元素分析的计算值:C,58.87;H,3.27;N,9.81,实测值:C,58.77;H,2.85;9.83。
6.2:2,6-双(2-(5-( 唑-5-基)呋喃-2-基)
Figure BPA00001355000400204
唑-5-基)吡啶(化合物6)
将二甲醛中间体6(30mg;0.07mmol)、TosMIC(43mg;0.22mmol)和碳酸钾(63mg;0.45mmol)在3mL无水乙醇中的混合物加热回流2小时。将溶剂在真空中蒸发,将残留物倒入盐水溶液中,并用二氯甲烷(3×50mL)提取。将合并的有机层在硫酸镁上干燥,并在真空中浓缩。将残留物在硅胶柱上通过使用二氯甲烷-乙醇(96-4)作为洗脱剂的快速色谱法进行纯化,得到作为浅黄色固体的标题化合物(13mg,36%),m.p.>250℃;1H NMR(300MHz,CDCl3)7.95-7.91(m;2.5H);7.71(d;1H;J=8.1Hz);7.53(s;1H);7.34-7.29(m;2H);SM m/z 480.1(M+1)。
7.:2,6-双(2-(2,2′-联吡啶-6-基)
Figure BPA00001355000400205
唑-5-基)吡啶(化合物7)
Figure BPA00001355000400211
化合物7
使用上述用于合成化合物3的方案,从中间体1开始并使用6-溴-2,2′-联吡啶(U.Lehmann和A.D.Schlüter,Eur.J.Org.Chem.2000,3483-3487)代替中间体3,得到标题化合物7。
8.2,6-双(2-(6-(
Figure BPA00001355000400212
唑-5-基)吡啶-2-基)
Figure BPA00001355000400213
唑-5-基)吡嗪(化合物8)
Figure BPA00001355000400214
化合物8
8.1:2,6-二(
Figure BPA00001355000400215
唑-5-基)吡嗪(中间体7)
Figure BPA00001355000400216
中间体7
使用上述用于合成中间体1的方案,从吡嗪-2,6-二甲醛(H.Schumann和H.-K.Luo,Zeitschrift fuer Naturforschung,B:ChemicalSciences,2005,60(1),22-24)代替2,6-吡啶二甲醛开始,得到标题中间体7。
8.2:6,6′-(5,5′-(吡嗪-2,6-二基)双(
Figure BPA00001355000400221
唑-5,2-二基))二(吡啶-2-甲醛)(中间体8)
Figure BPA00001355000400222
中间体8
使用上述用于合成中间体5的方案,从中间体7和6-溴吡啶-2-甲醛代替中间体1和3-溴苯甲醛开始,得到标题中间体8。
8.3:2,6-双(2-(6-(
Figure BPA00001355000400223
唑-5-基)吡啶-2-基) 唑-5-基)吡嗪(化合物8)
使用上述用于合成化合物5的方案,从中间体8代替中间体5开始,得到标题化合物8。
9.:6,6′-双(2-(6-(
Figure BPA00001355000400225
唑-5-基)吡啶-2-基)
Figure BPA00001355000400226
唑-5-基)-2,2′-联吡啶(化合物9)
Figure BPA00001355000400227
化合物9
9.1:6,6′-二(
Figure BPA00001355000400228
唑-5-基)-2,2′-联吡啶(中间体10)
Figure BPA00001355000400231
中间体10
使用上述用于合成中间体1的方案,从2,2′-联吡啶-6,6′-二甲醛(G.R.Newkome和H.-W.Lee;J.Am.Chem.Soc.1983,105(18),5956-5957)代替2,6-吡啶二甲醛开始,得到标题中间体10。
9.2:6,6′-(5,5′-(2,2′-联吡啶-6,6′-二基)双(
Figure BPA00001355000400232
唑-5,2-二基))二(吡啶-2- 甲醛)(中间体11)
Figure BPA00001355000400233
中间体11
使用上述用于合成中间体5的方案,从中间体10和6-溴吡啶-2-甲醛代替中间体1和3-溴苯甲醛开始,得到标题中间体11。
9.3:6,6′-双(2-(6-(
Figure BPA00001355000400234
唑-5-基)吡啶-2-基)
Figure BPA00001355000400235
唑-5-基)-2,2′-联吡啶(化合物9)
使用上述用于合成化合物5的方案,从中间体11代替中间体5开始,得到标题化合物9。
II-生物物理方法和数据:
研究II-1:用于研究溶解性质的紫外-可见光分光术
a)紫外-可见光滴定:
在本研究中详述的基于吡啶的聚杂芳族化合物的紫外-可见光性质研究,能够测定它们在各种条件下(DMSO、H2O和二甲砷酸盐缓冲液(10mM二甲砷酸钠+100mM NaCl(用于二甲砷酸钠)或KCl(用于二甲砷酸钾))的溶解性:对此最简单的方法是测量化合物3在各种浓度(从0至32μM)下的吸收光谱;由此,通过报告化合物3在给定波长处(本文中为338nm(A338)的吸光度随着化合物3的浓度的变化并应用Beer-Lambert法则,来评估化合物3的溶解性。结果在图1中给出。
b)总结
各种滴定汇总在图2中。
这些数据表明,化合物3:
-可溶于本文中使用的所有溶剂系统中;(DMSO、H2O和二甲砷酸盐水性缓冲液(富含Na+或K+两者);
-在本文使用的所有溶剂系统中,在0至32μM浓度范围内不自身聚团。
研究II-2:四链体DNA的稳定化作用以及四链体DNA超过双链体DNA的选择性
通过FRET-解链分析法监测了四链体结构对化合物的稳定化作用以及相互作用,该版本的分析法也能测定四链体DNA超过双链体DNA的选择性以及四链体内选择性(17)。
FRET分析法使用模拟人类或疟原虫端粒序列、并在每个末端装有FRET配偶体:F21T(FAM-G3[T2AG3]3-Tamra)、FPf1T(FAM-G3[T3AG3]3-Tamra)和FPf8T(FAM-G3[T2CAG3]3-Tamra)的寡核苷酸进行,其中FAM:6-羧基荧光,Tamra:6-羧基-四甲基罗丹明。测量使用492nm处激发和516nm处检测来进行。
a)四链体稳定化作用
执行了荧光解链。结果在图3A-图3C中给出。实验使用缓冲液中的0.2μM F21T、FPf1T或FPf8T进行,所述缓冲液含10mM pH 7.2的二甲砷酸锂和100mM NaCl或KCl(参见下面F21T的实例,NaCl(左侧)和KCl(右侧));单独和在1μM(5当量)化合物3存在下监测四链体DNA的解链。
化合物3诱导的对三种寡核苷酸的稳定化效应通过解链温度(ΔT1/2)的增加来定量。值显示在下面的表中。
  ΔT1/2(℃)   F21T   FPf1T   FPf8T
  Na+   14,6   20,4   16,3
  K+   1,3   2,1   1,5
b)四链体DNA与双链体DNA选择性的比较:
使用在含10mM pH 7.2的二甲砷酸锂和100mM NaCl的缓冲液中的0.2μM F21T,进行了荧光解链;单独和在1μM化合物3存在下,在双链体DNA竞争剂ds26(26个碱基对的包含自身互补序列的双链体DNA[5′-CAATCGGATCGAATTCGA TCCGATTG-3′])过量或不过量(1、3和10μM)下,监测G-四链体的解链。结果在图4中给出。
c)四链体内选择性:
使用在含10mM pH 7.2的二甲砷酸锂和100mM NaCl的缓冲液中的0.2μM F21T,进行了荧光解链实验;单独和在1μM化合物3存在下,并在四链体DNA竞争剂过量或不过量(1、3和10μM)下,监测G-四链体的解链,所述四链体DNA竞争剂包括在以前的研究(21)中使用的四分子四链体DNA TG5T([(5′-TG5T-3′)4],或存在于癌基因c-myc的启动子区中、高度怀疑折叠成分子内四链体结构的序列c-myc([5′-GAGGGTGGGGAGGGTGGGGAAG-3′](22-25)。结果在图5A-图5B中给出。
d)总结
各种FRET-解链实验汇总在图6的柱形图中。
这些数据表明化合物3:
-在钠缓冲液中与端粒四链体F21T(人类)、FPf1T和FPf8T(恶性疟原虫(Plasmodium falciparum))有效地相互作用,同时在钾条件下不稳定这些寡核苷酸(参见表格),意味着在所研究的三种情况下,化合物3表现出基于阳离子的四链体内选择性;
-非常有效地辨别四链体DNA与双链体DNA,因为F21T稳定化作用(在钠缓冲液中)仅受到1、3或10μM ds26存在的有限影响(在所有情况下稳定化作用维持在>91%);
-最可能通过与四链体结构的外部G-四联体的堆积相互作用而发生相互作用,因为F21T的稳定化作用对非成环的四分子四链体DNA(TG5T,在1、3和10μM TG5T存在下F21T稳定化作用分别维持在61、37和17%)或仅仅双链倒转成环的四链体DNA(c-myc,在1、3和10μMc-myc存在下F21T稳定化作用分别维持在42、15和1%)的竞争高度敏感;
-由于在Na+和K+条件之间观察到的显著差异,也可以假定化合物与四联体和环均相互作用。
研究II-2双:图16给出了使用与上面a)和b)中定义的相同的钠条件,在化合物3和4的FRET-解链中获得的结果。单独和在1μM化合物3或化合物4存在下,双链体DNA竞争剂ds26(包含上面提到的自身互补序列的26个碱基对的双链体DNA[5′-CAATCGGATCGAATTCGATCCGATTG-3′])过量或不过量(1、3和10μM)下,监测荧光标记的四链体F21T的解链。
对于这两种化合物来说,获得了很少受到ds26存在的影响的解链 温度的增加。
研究II-3:通过荧光研究监测与DNA的相互作用
在本研究中详细描述的基于吡啶的聚杂芳族化合物具有强荧光的特征。引人注目的是,量子产率不受它们用于其中的溶剂、从纯的有机溶剂(例如DMSO)到生理条件溶剂(例如缓冲液:10mM二甲砷酸钠+100mM KCl,pH 7.2,见表)的性质的影响。所研究的化合物在与DNA相互作用后荧光性质的改变,使得能够进行它们对几种生物相关的四链体(27)的表观结合亲和性的比较。
  DCM   水
  量子产率   50.35%   50.37%
  s.d.   2.17%   2.89%
注意:化合物3的量子产率(以及标准偏差(s.d.))在CH2Cl2(DCM)和水中测量,使用乙醇中的蒽作为参比。
a)四链体相互作用:
在这里使用的四链体DNA是22AG:它得自于模拟人类端粒序列的22nt寡核苷酸的折叠:22AG是[5′-AG3(T2AG3)3-3′]。来自22AG的四链体结构,通过将相应的寡核苷酸在10mM pH 7.2的二甲砷酸钠缓冲液、100mM NaCl(对于22AG Na来说)或KCl(对于22AG K来说)中,在90℃加热5分钟并在冰中冷却以有利于通过动力学捕获(kinetictrapping)进行的分子内折叠来制备。在使用前,(在85℃热变性5分钟后)通过在260nm处的紫外-可见光测量值来确定浓度。(参见图7A和图7B)。
向0.25μM化合物3在二甲砷酸缓冲液(10mM二甲砷酸钠+100mM NaCl(右侧)或KCl(左侧))中的溶液加入渐增量的22AG Na(左侧)或22AG K(右侧),其导致化合物3的荧光(λex=340nm)的逐渐淬灭。
b)四链体DNA与双链体DNA选择性的比较:
通过荧光滴定,对使用22AG(参见上面)和使用短的双链体DNAds17执行的实验进行比较,评估了四链体超过双链体的选择性,所述ds17是17个碱基对的双链体DNA,表示在以前的研究中使用的生物序列(28);两条互补链的序列如下:[5′-CCAGTTCGTAGTAACCC-3′]/[5′-GGGTTACTACGAACTGG-3′]。通过将两种相应的互补链在10mM pH 7.3的二甲砷酸钠缓冲液、100mMKCl中,在90℃加热5分钟然后用6小时缓慢冷却,来制备双链体结构。在使用前,(在85℃热变性5分钟后)通过在260nm处的紫外-可见光测量值来确定浓度。
结果在图8中给出。
向0.25μM化合物3在二甲砷酸缓冲液(10mM二甲砷酸钠+100mM KCl)中的溶液加入渐增量的ds17,不导致化合物3的荧光(λex=340nm)的逐渐淬灭。
c)四链体内选择性:
通过荧光滴定,对使用22AG(参见上面)和使用两种其他四链体结构:c-myc和c-kit2执行的实验进行比较,评估了四链体内的选择性。目前非常怀疑在c-myc(参见上文)和c-kit(22、29和30)癌基因的启动子区域中形成这两种四链体DNA。其序列如下:c-myc:[5′-TGAGGGTGGGTAGGGTGGGTAA-3′]和c-kit2:[5′-CGGGCGGGCGCGAGGGAGGGG-3′];通过将相应的寡核苷酸在10mM pH 7.2的二甲砷酸钠缓冲液、100mM KCl中,在90℃加热5分钟然后在冰中冷却以有利于通过动力学捕获进行的分子内折叠,来制备四链体结构。在使用前,(在85℃热变性5分钟后)通过在260nm处的紫外-可见光测量值来确定浓度。
结果在图9A和图9B中给出。
向0.25μM化合物3在二甲砷酸缓冲液(10mM二甲砷酸钠+100mM KCl)中的溶液加入渐增量的c-myc(左侧)或c-kit2(右侧),其导致化合物3的荧光(λex=340nm)的逐渐淬灭。
d)总结:
各种荧光滴定(λex=340nm)汇总在图10中,其给出了图形表示:
这些数据表明化合物3:
-非常有效地区分四链体(22AG K、22AG Na、c-kit 2和c-myc)与双链体DNA基质(ds17),从而证实了FRET-解链结果;
-与22AG Na、c-kit 2和c-myc更有效和快速地相互作用,而它与22AG K的相互作用较弱;该结果与通过FRET-解链实验观察到的结果一致,并代表了四链体内选择性的有希望的门径。
研究II-4:圆二色性研究
圆二色性(CD)能够深入研究在与配体结合后DNA结构的改变;因此它反映了配体与其靶的亲和性,并也可以为其结合模式提供了解(Paramasivan等,Methods,2007,43,324)。
a)四链体相互作用:
在这里使用的四链体DNA是22AG(参见上文),其在10mM pH 7.2的二甲砷酸钠缓冲液、100mM NaCl(对于22AG Na来说)或KCl(对于22AG K来说)两者中退火。向22AG在两种缓冲液中的3μM溶液加入过量化合物3(30μM,10当量)。结果在图11中给出。监测化合物3与四链体的相互作用随时间的变化:该相互作用引起了22AG Na的CD信号(左侧,特别是在263nm处)幅度的改变,同时它完全重新组织了22AGK的结构(右侧,特别是在263nm处)。
b)四链体内选择性:
通过CD,对使用22AG(参见上文)和使用两种其他四链体结构:c-myc和c-kit2(参见上文)进行的实验进行比较,评估了四链体内的选择性。结果在图11A和图11B中给出。向c-kit2(左侧)和c-myc(右侧)两者在二甲砷酸缓冲液(10mM二甲砷酸钠+100mM KCl)中的3μM溶液加入过量化合物3(30μM,10当量)。监测化合物3与四链体的相互作用随时间的变化:该相互作用引起了c-kit2(特别是在285nm处)的CD信号幅度的改变,c-myc(285nm)的改变程度较少。
c)四链体结构的诱导:
22AG寡核苷酸在折叠和未折叠形式之间的平衡对其使用的缓冲液的存在和性质高度敏感。相应的结果在图12A和图12B中给出。在低阳离子缓冲液例如10mM pH7.2的Tris.HCl中,22AG大部分是不折叠的(无规卷曲);因此通过加入化合物3可能影响折叠
Figure BPA00001355000400301
未折叠平衡。因此,向无规卷曲的22AG在Tris.HCl缓冲液中的3μM溶液加入渐增量的化合物3(从0至7.5当量);它引起22AG的CD信号的深刻改变,无规卷曲消失——典型为257nm信号变为有利于两个新的极大值,一个为正(290nm附近),另一个为负(265nm附近),二者都是“逆平行”四链体DNA结构(如22AG Na,参见上文)典型的CD特征。
d)总结:
这些数据表明化合物3:
-高效并几乎自发地与22AG Na相互作用,而它与22AG K高效但更慢地反应,这与荧光滴定和FRET-解链实验的结果相一致;
-与c-myc和c-kit2相互作用,但是它的相互作用不改变这两种四链体的结构;
-能够改变22AG的非折叠和折叠形式之间的平衡朝向折叠一方。
III-生物学方法和数据:
研究III-1:通过化合物3体外抑制POT1与端粒序列的结合
使用hPOT1对端粒22AG寡核苷酸(参见上文)进行了电泳迁移率改变分析。使用T4多核苷酸激酶将22AG在5′末端用[γ-32P]-ATP标记。纯化的重组hPOT1在杆状病毒表达系统中生产。POT1/22AG结合分析在10μl总体积中进行,其中包含50mM pH 7.9的HEPES、100mM NaCl、0.1mM EDTA、4%w/v蔗糖、2%v/v甘油、0.1mg/ml BSA、0.02%w/v溴酚蓝、30nM hPOT1、20nM[α-32P]-22AG。向溶液加入不同浓度的化合物3(10、1、0.1和0.01μM)以及hPOT1,并将混合物在室温下温育30分钟。将每个单个样品通过电泳在0.5X Tris-硼酸-EDTA缓冲液中、在1%琼脂糖凝胶上分离。凝胶在80V泳动35分钟,在whatman DE81纸上干燥,并通过感光成像仪(Typhoon 9210,Amersham)观察放射活性。数据分析使用ImageQuant软件(Amersham)进行,并将结果表示成相对于在未处理对照中获得的POT1-22AG复合物(定义为100%)的百分率(参见图14)。
这些数据表明,化合物3以剂量依赖性方式抑制hPOT1与端粒22AG序列的结合。在下面显示的实验中,化合物3的IC50-POT1等于300nM。
研究III-2:化合物3对细胞增殖的抑制
用pEGFP-POT1载体稳定转染的HT1080人类纤维肉瘤细胞系(HT1080GFP-POT1)以前已经描述(32),U20S人类骨肉瘤来自于美国典型培养物保藏中心(American Type Culture Collection)(Rockville,USA)。对于HT1080GFP-POT1来说,细胞在增补有10%v/v胎牛血清和400μg/ml遗传霉素的Dublecco修改的Eagles培养基(Invitrogen)中生长。在第0天将细胞以4.5x104个细胞/孔铺于存在不同浓度的化合物3(10、3、1、0.3和0.1μM)的6孔培养板中,每种浓度两个平行样,并继续培养72小时。在第3天,将细胞用1X PBS洗涤并用胰蛋白酶处理。对于每个处理过的细胞样品,在锥虫蓝存在下测定活细胞的数量。结果在图15A和图15B中给出。它们对应于与定义为100%的对照未处理细胞相比的相对细胞数量百分比。
这些数据表明化合物3有效阻碍癌细胞的增殖,IC50在0.1至1μM之间。
在本申请中引用的所有出版物,包括但不限于已授权的专利、专利申请、书籍和期刊论文,每个在此以其全文引为参考。尽管上面参考所公开的实施方案对本发明进行了描述,但本技术领域的专业人员将会容易地认识到,详细描述的具体实验仅仅是对本发明的说明。应该理解,可以做出各种修改而不脱离本发明的精神。因此,本发明仅受所附的权利要求书的限制。
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Figure ISB00000526960300021
Figure ISB00000526960300031
Figure ISB00000526960300041

Claims (8)

1.七-杂芳基衍生物,其中该衍生物选自下组:
2,6-双{2[6-(
Figure FDA0000414431940000011
唑-5-基)吡啶-2-基]
Figure FDA0000414431940000012
唑-5-基}吡啶;和
1,3-双(2-(6-(
Figure FDA0000414431940000013
唑-5-基)吡啶-2-基)
Figure FDA0000414431940000014
唑-5-基)苯。
2.权利要求1的七-杂芳基衍生物用于制备药物的应用。
3.药物组合物,其包含与可药用载体组合的有效量的权利要求1的至少一种七-杂芳基衍生物。
4.权利要求3的药物组合物,其为适合通过口服或肠胃外途径给药的形式。
5.权利要求1的七-杂芳基衍生物在制备用于治疗癌症或感染性疾病的药物中的应用。
6.权利要求5的应用,其中感染性疾病是疟疾。
7.权利要求1的七-杂芳基衍生物在制备四链体DNA特异性探针中的应用。
8.权利要求1的七-杂芳基衍生物在制备用于检测和/或纯化四链体DNA或相关核酸结构的化合物中的应用。
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