CN102007214A

CN102007214A - 赋予植物提高的氮利用效率特性的核苷酸序列和相应的多肽

Info

Publication number: CN102007214A
Application number: CN2009801137969A
Authority: CN
Inventors: G·纳德安; R·施尼博格; H·S·金; D·V-D·丹; K·A·费尔德曼
Original assignee: Ceres Inc
Current assignee: Ceres Inc
Priority date: 2008-02-20
Filing date: 2009-02-20
Publication date: 2011-04-06
Also published as: US20200392526A1; CA2715397A1; US20180112229A1; US20200181635A1; EP2250268A4; US11781150B2; US20200140881A1; US10138492B2; US11773405B2; US11613763B2; BRPI0907786B1; US11001854B2; US11008584B2; US20210292781A1; US20200299714A1; US20110061124A1; WO2009105612A3; WO2009105612A2; EP2250268A2; US20140289884A1

Abstract

公开了调节植物低氮耐受水平的方法和材料。例如，公开了编码低氮耐受调节多肽的核酸以及使用所述核酸转化植物细胞的方法。还公开了具有提高的低氮耐受水平的植物以及由具有提高的低氮耐受水平的植物产生的植物产品。

Description

赋予植物提高的氮利用效率特性的核苷酸序列和相应的多肽

通过引用并入序列表或表格

所附序列表中的材料在此通过引用以其整体并入本申请。命名为2009_02_12序列表_2750_1699WO1.txt的所附文件生成于2009年2月12日，为6.27 MB。该文件可以在使用Windows操作系统的计算机上使用微软Word存取。

技术领域

本发明涉及与植物对有限的外源氮源的耐受相关的方法和材料。例如，本文件提供了具有提高的低氮耐受水平的植物以及用于制备具有提高的低氮耐受水平的植物和植物产品的材料和方法。

背景技术

氮通常是植物生长中的限速元素，并且所有农田作物具有对外源氮源的基本依赖性。

根据公开于Field Crops Research(第100卷，第2-3期，2007年2月1日，第210-217页)的近期研究，通常以硝酸铵、硝酸钾或尿素提供的氮肥一般占密集农业作物(例如玉米和小麦)相关成本的40％。

提高农作物植物氮利用效率是针对减少投入成本和减少密集氮肥对环境的环境后果的重要目标。提高的植物利用氮的效率应该能够在现有肥料投入下产生更高的产率，和/或能够以更低的肥料投入实现现有的农作物产率或者在劣质土壤上实现较好的产率。而且，也能以更加成本有效的方式在农作物中产生更高量的蛋白。

植物有许多方式来应对营养缺陷，例如差的氮有效性。一个重要的机制是感应土壤中的氮有效性并通过调节基因来相应地响应，而第二种机制是在氮丰富时扣押或储存氮以备以后使用。氮感应机制依靠调节的基因表达，并能够通过响应变化的环境条件来调节氮摄取、还原、分配、再活化和转运，实现对土壤中无机氮供应改变的快速的生理和代谢响应。硝酸盐用作引发许多响应的信号，所述响应重新安排植物代谢、生理和发育(Redinbaugh等.(1991)Physiol.Plant.82，640-650.；Forde(2002)AnnualReview of Plant Biology 53，203-224)。已经一定程度上详细地表征了许多基因的氮诱导基因表达。这些包括硝酸还原酶、亚硝酸还原酶、6-磷酸葡萄糖酸(phosphoglucante)脱氢酶，以及硝酸盐和铵转运蛋白(Redinbaugh等.(1991)Physiol.Plant.82，640-650；Huber等.(1994)Plant Physiol 106，1667-1674；Hwang等.(1997)Plant Physiol.113，853-862；Redinbaugh等.(1998)Plant Science 134，129-140；Gazzarrini等.(1999)Plant Cell 11，937-948；Glass等.(2002)J.Exp.Bot.53，855-864；Okamoto等.(2003)PlantCell Physiol.44，304-317)。

在农业和林业领域，一直进行努力产生具有提高的生长势的植物，以为不断增长的世界人口提供食物并保证可再生原料的供应。需要提高植物的氮利用效率的方法，这产生更好的生长势和更多的生物量。这传统上是通过植物育种来进行的。然而，育种方法是耗时费力的。而且，适合的育种程序必须针对各相关的植物物种进行。此外，尽管已经在氮利用和涉及氮利用效率的组成部分(例如氮摄取、氮同化和氮分配或再活化)方面取得了重大进展，但是对这些复杂的相互作用依然有许多是未知的。因此，对促进森林或农业植物生长以适应根据具体环境条件的特定需求的普遍适用方法有持续的需要。例如，赋予对以低氮供应生长耐受的基因是用于操控植物氮利用效率的有价值的产品原型(Good等.，2004)。实现这种期望性状的一个策略包括通过引入赋予植物提高的氮利用效率的外源核酸而基因操控植物特性，这转而能够以现有的肥料投入产生更高的产率和/或以更低的肥料投入获得现有的农作物产率，或在劣质土壤上实现较好的产率。

这种方法的优点是通常不限于一种植物物种，而是可在植物物种中转移。本发明涉及提高生长势和/或提高植物氮利用效率水平的方法，特征是稳定整合入植物基因组的重组DNA分子的表达。

发明内容

本发明提供与具有经调解的低氮耐受水平的植物相关的方法和材料。例如，本发明提供了具有提高的低氮耐受水平的转基因植物和植物细胞，用于产生具有提高的低氮耐受水平的转基因植物和植物细胞的核酸(即，分离的多核苷酸)、由其编码的多肽，以及用于制备具有提高的低氮耐受水平的植物和植物细胞。此类植物和植物细胞可以在有限的外源氮下生长而无矮化的生长和降低的产率。具有提高的低氮耐受水平的植物可用于产生可转化为液体燃料或其他化学物质的生物质，和/或用于产生目前贫瘠生产的陆上食物和饲料，导致耕地的总体扩增。

本文提供了产生植物组织的方法。一方面，该方法包括培养含有外源核酸的植物细胞。所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的隐马尔可夫模型(HMM)二进制值大于约20，其使用图1-57之一所列的氨基酸序列产生的HMM。所述组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物组织相应水平相比具有差异。

另一方面，方法包括培养含有外源核酸的植物细胞。所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与以下所示氨基酸序列具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ ID NO：208、SEQ ID NO：218、SEQ IDNO：234、SEQ ID NO：246、SEQ ID NO：300、SEQ ID NO：332、SEQ IDNO：368、SEQ ID NO：510、SEQ ID NO：533、SEQ ID NO：556、SEQ IDNO：558、SEQ ID NO：593、SEQ ID NO：613、SEQ ID NO：646、SEQ IDNO：687、SEQ ID NO：730、SEQ ID NO：746、SEQ ID NO：769、SEQ IDNO：792、SEQ ID NO：824、SEQ ID NO：828、SEQ ID NO：853、SEQ IDNO：855、SEQ ID NO：891、SEQ ID NO：917、SEQ ID NO：944、SEQ IDNO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ IDNO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ ID NO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQIDNO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ ID NO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ IDNO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQ ID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ IDNO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQ ID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ IDNO：1554或SEQ ID NO：1577。由所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

另一方面，方法包括培养含有外源核酸的植物细胞。所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与以下所示核苷酸序列或其片段具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：1、SEQ IDNO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ IDNO：175、SEQ ID NO：185、SEQ ID NO：207、SEQID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：245、SEQ ID NO：299、SEQ IDNO：331、SEQ ID NO：367、SEQ ID NO：509、SEQ ID NO：532、SEQ IDNO：555、SEQ ID NO：557、SEQ ID NO：592、SEQ ID NO：612、SEQ IDNO：645、SEQ ID NO：686、SEQ ID NO：729、SEQ ID NO：745、SEQ IDNO：768、SEQ ID NO：791、SEQ ID NO：823、SEQ ID NO：827、SEQ IDNO：852、SEQ ID NO：854、SEQ ID NO：890、SEQ ID NO：916、SEQ IDNO：943、SEQ ID NO：975、SEQ ID NO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ IDNO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ ID NO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ IDNO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ ID NO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ IDNO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ ID NO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ IDNO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ ID NO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ IDNO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ ID NO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQID NO：1553或SEQ ID NO：1576。所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

另一方面，本发明提供了产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植物细胞，所述外源核酸有效下调所述植物细胞的内源核酸，其中所述内源核酸编码多肽，并且其中所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，所述HMM基于图1-57之一所示的氨基酸序列。

本文提供了调解植物低氮耐受水平的方法。一方面，方法包括向植物细胞引入外源核酸，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，其使用图1-57之一所示的氨基酸序列产生的HMM。由所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

在某些实施方案，所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约40，其使用图1-57之一所示的氨基酸序列产生的HMM，其中所述多肽含有与序列表中任一多肽的Pfam结构域具有70％或更高的序列同一性的Pfam结构域。

另一方面，方法包括通过向植物细胞引入外源核酸来调解植物的低氮耐受水平，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与以下所示氨基酸序列或其片段具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQIDNO：208、SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ IDNO：300、SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ IDNO：533、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：593、SEQ IDNO：613、SEQ ID NO：646、SEQ ID NO：687、SEQ ID NO：730、SEQ IDNO：746、SEQ ID NO：769、SEQ ID NO：792、SEQ ID NO：824、SEQ IDNO：828、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ IDNO：917、SEQ ID NO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ IDNO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ IDNO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQ IDNO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ ID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQ IDNO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1554或SEQ ID NO：1577。由所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

另一方面，方法包括通过向植物细胞引入外源核酸来调解植物的低氮耐受水平，所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与以下所示核苷酸序列或其片段具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQ IDNO：185、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ IDNO：245、SEQ ID NO：299、SEQ ID NO：331、SEQ ID NO：367、SEQ IDNO：509、SEQ ID NO：532、SEQ ID NO：555、SEQ ID NO：557、SEQ IDNO：592、SEQ ID NO：612、SEQ ID NO：645、SEQ ID NO：686、SEQ IDNO：729、SEQ ID NO：745、SEQ ID NO：768、SEQ ID NO：791、SEQ IDNO：823、SEQ ID NO：827、SEQ ID NO：852、SEQ ID NO：854、SEQ IDNO：890、SEQ ID NO：916、SEQ ID NO：943、SEQ ID NO：975、SEQ IDNO：981、 SEQ ID NO：1053、SEQ ID NO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQIDNO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ ID NO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ IDNO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ ID NO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ IDNO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ ID NO：1384、SEQ IDNO：1408、SEQ IDNO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ ID NO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQID NO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQ ID NO：1553或SEQ ID NO：1576。所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

本文提供了含有外源核酸的植物细胞。一方面，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，其使用基于图1-57所示氨基酸序列的HMM。所述植物的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。另一方面，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与选自由以下组成的组的氨基酸序列具有80％或更高的序列同一性SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQIDNO：77、SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ ID NO：208、SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ ID NO：300、SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：368、SEQID NO：510、SEQ ID NO：533、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：558、SEQ IDNO：593、SEQ ID NO：613、SEQ ID NO：646、SEQ ID NO：687、SEQ IDNO：730、SEQ ID NO：746、SEQ ID NO：769、SEQ ID NO：792、SEQ IDNO：824、SEQ ID NO：828、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：855、SEQ IDNO：891、SEQ ID NO：917、SEQ ID NO：944、SEQ ID NO：976、SEQ IDNO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ IDNO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ IDNO：1185、SEQ ID NO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ IDNO：1302、SEQ ID NO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQID NO：1428、SEQ ID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ ID NO：1491、SEQID NO：1510、SEQ ID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ IDNO：1554和SEQ ID NO：1577。所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。另一方面，所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与选自由以下组成的组的核苷酸序列或其片段具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQID NO：185、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ IDNO：245、SEQ ID NO：299、SEQ ID NO：331、SEQ ID NO：367、SEQ IDNO：509、SEQ ID NO：532、SEQ ID NO：555、SEQ ID NO：557、SEQ IDNO：592、SEQ ID NO：612、SEQ ID NO：645、SEQ ID NO：686、SEQ IDNO：729、SEQ ID NO：745、SEQ ID NO：768、SEQ ID NO：791、SEQ IDNO：823、SEQ ID NO：827、SEQ ID NO：852、SEQ ID NO：854、SEQ IDNO：890、SEQ ID NO：916、SEQ ID NO：943、SEQ ID NO：975、SEQ IDNO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ ID NO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ IDNO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ ID NO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ IDNO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ ID NO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ IDNO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ ID NO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ IDNO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ ID NO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ IDNO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQ ID NO：1553和SEQ ID NO：1576。所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。还提供了含有这种植物细胞的转基因植物。

还提供了分离的核酸。一方面，分离的核酸含有与以下所示核苷酸序列具有80％或更高的序列同一性的核苷酸序列：SEQ ID NO：1、SEQ IDNO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQ ID NO：185、SEQ ID NO：207、SEQIDNO：217、SEQ ID NO：233、SEQ 1D NO：245、SEQ ID NO：299、SEQ IDNO：331、SEQ ID NO：367、SEQ ID NO：509、SEQ ID NO：532、SEQ IDNO：555、SEQ ID NO：557、SEQ ID NO：592、SEQ ID NO：612、SEQ IDNO：645、SEQ ID NO：686、SEQ ID NO：729、SEQ ID NO：745、SEQ IDNO：768、SEQ ID NO：791、SEQ ID NO：823、SEQ ID NO：827、SEQ IDNO：852、SEQ ID NO：854、SEQ ID NO：890、SEQ ID NO：916、SEQ IDNO：943、SEQ ID NO：975、SEQ ID NO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ IDNO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ ID NO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ IDNO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ ID NO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ IDNO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ ID NO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ IDNO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ ID NO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ IDNO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ ID NO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQID NO：1553或SEQ ID NO：1576。另一方面，分离的核酸含有编码与以下所示氨基酸序列具有80％或更高的序列同一性的多肽的核苷酸序列：SEQID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ ID NO：208、SEQID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ ID NO：300、SEQ IDNO：332、SEQ ID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ ID NO：533、SEQ IDNO：556、SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：593、SEQ ID NO：613、SEQ IDNO：646、SEQ ID NO：687、SEQ ID NO：730、SEQ ID NO：746、SEQ IDNO：769、SEQ ID NO：792、SEQ ID NO：824、SEQ ID NO：828、SEQ IDNO：853、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ ID NO：917、SEQ IDNO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ ID NO：1194、SEQ IDNO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ ID NO：1342、SEQ IDNO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQ ID NO：1437、SEQ IDNO：1463、SEQ ID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQ ID NO：1525、SEQ IDNO：1537、SEQ ID NO：1554或SEQ ID NO：1577。

另一方面，提供了鉴定与低氮耐受水平变化相关的遗传多态性的方法。所述方法包括提供一个植物群体，并确定所述群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图1-57所示多肽、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：1157组成的组的多肽及其功能同系物(例如，序列表中的那些)的基因座遗传相关。测量了所述群体植物组织中低氮耐受水平变化与所述群体植物中一种或多种遗传多态性的存在之间的相关性，从而允许鉴定所述一种或多种遗传多态性是否与这种变化相关。

另一方面，本发明提供了制备植物系的方法，所述方法包括：

a)确定一个植物群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图l-57所示多肽、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：853和SEQ ID NO：1157组成的组的多肽及其功能同系物的基因座有关；

b)鉴定所述群体中的一种或多种植物，其中所述一种或多种遗传多态性的至少一个等位基因的存在与性状变化有关；

c)使每种所述的一种或多种鉴定的植物自杂交或与不同植物杂交以产生种子；

d)使从所述种子培养的至少一种子代植物自杂交或与不同植物杂交；并且

e)重复步骤c)和d)额外0-5代，以制备所述植物系，其中所述至少一个等位基因存在于所述植物系中。

除非另外定义，否则本文使用的所有技术和科学术语与本发明所属领域普通技术人员普遍理解的含义相同。虽然与本文描述的那些相似或等同的方法和材料可用于实施本发明，但下面描述了适合的方法和材料。本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考文献通过引用整体并入本文。如有冲突，以本说明书(包括定义)为准。此外，材料、方法和实例仅是示例说明性的，并不是限制性的。

本发明的一种或多种实施方案的细节在附图和下面的说明书中提出。根据说明书和附图以及权利要求书，本发明的其他特征、目的和优点将是明显的。

附图描述

图1是Ceres SEEDLINE No.ME00919(SEQ ID NO：3)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.5921925(SEQ ID NO：4)、CeresClone：1929222(SEQID NO：6)、CeresAnnot：1471370(SEQ ID NO：10)、GI No.84380741(SEQ IDNO：21)、GI No.5921926(SEQ ID NO：22)、GI No.84514161(SEQ ID NO：25)、CeresClone：779234(SEQ ID NO：27)、CeresClone：1600726(SEQ ID NO：29)、GI No.78183420(SEQ ID NO：36)、CeresClone：1877346(SEQ ID NO：38)、GI No.125562440(SEQ ID NO：39)、GI No.115477665(SEQ ID NO：40)、GINo.1173624(SEQ ID NO：46)和GI No.84468276(SEQ ID NO：47)的比对。本文所示的所有比对图中，比对序列的短横线代表空位，即在该位置氨基酸缺失。通过框鉴定比对序列中相同的氨基酸或保守氨基酸取代。图1和本文提供的其他比对图使用程序MUSCLE版本3.52产生。

图2是ME01312(SEQ ID NO：49)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1869410(SEQ ID NO：51)、CeresAnnot：1540549(SEQ IDNO：53)、CeresClone：978708(SEQ ID NO：58)、CeresClone：1623097(SEQ IDNO：60)、GI No.92873064(SEQ ID NO：63)、GI No.37051131(SEQ IDNO：64)、GI No.3341468(SEQ ID NO：65)、CeresClone：937560(SEQ IDNO：67)、CeresClone：456844(SEQ ID NO：69)、GI No.125564100(SEQIDNO：70)、GI No.52077334(SEQ ID NO：71)、GI No.113205234(SEQ ID NO：73)和CeresAnnot：6100272(SEQ ID NO：75)的比对。

图3是ME01463(SEQ ID NO：77)与同源和/或直系同源氨基酸序列GINo.2811029(SEQ ID NO：78)、CeresClone：1853284(SEQ ID NO：80)、CeresAnnot：1476446(SEQ ID NO：82)、CeresClone：527024(SEQ ID NO：87)、GI No.27527063(SEQ ID NO：88)、CeresClone：913632(SEQ ID NO：90)、CeresClone：1386710(SEQ ID NO：92)、GI No.115461885(SEQ ID NO：93)和CeresAnnot：6054519(SEQ ID NO：95)的比对。

图4是ME01910(SEQ ID NO：100)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.585238(SEQ ID NO：101)、GI No.90704789(SEQ ID NO：102)、CeresClone：1895729(SEQ ID NO：104)、CeresAnnot：1442808(SEQ ID NO：108)、CeresClone：1104700(SEQ ID NO：113)、GI No.32966575(SEQ ID NO：116)、GI No.4996567(SEQ ID NO：117)、GI No.62286644(SEQ ID NO：118)、GI No.2623960(SEQ ID NO：119)、GI No.585241(SEQ ID NO：120)、GI No.790929(SEQ ID NO：122)、CeresClone：579112(SEQ ID NO：125)、CeresClone：244199(SEQ ID NO：137)、CeresClone：1725848(SEQ ID NO：144)、GI No.6474950(SEQ ID NO：145)、GI No.125546057(SEQ ID NO：146)、GI No.115455945(SEQ ID NO：147)、GI No.2641211(SEQ ID NO：149)和GI No.30024108(SEQ ID NO：150)的比对。

图5是ME02538(SEQ ID NO：152)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1843642(SEQ ID NO：154)、CeresAnnot：1459112(SEQ ID NO：158)、CeresClone：953633(SEQ ID NO：162)和CeresClone：587957(SEQ IDNO：164)的比对。

图6是ME02603(SEQ ID NO：166)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1857256(SEQ ID NO：168)、CeresAnnot：1442042(SEQ ID NO：170)、GI No.89257469(SEQ ID NO：174)、CeresClone：389818(SEQ IDNO：177)、CeresClone：2019147(SEQ ID NO：181)、GI No.125537720(SEQ IDNO：182)、GI No.115443697(SEQ ID NO：183)和GI No.20340241(SEQ IDNO：184)的比对。

图7是ME02613(SEQ ID NO：186)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1490274(SEQ ID NO：188)、CeresClone：873093(SEQ ID NO：193)、GI No.6635384(SEQ ID NO：194)、CeresClone：663726(SEQ IDNO：196)、GI No.92881411(SEQ ID NO：197)、CeresClone：686525(SEQ IDNO：199)、CeresClone：1524364(SEQ ID NO：201)、CeresClone：1742159(SEQ ID NO：203)和GI No.125543535(SEQ ID NO：204)的比对。

图8是ME02801(SEQ ID NO：208)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：981621(SEQ ID NO：214)和CeresClone：564714(SEQ ID NO：216)的比对。

图9是ME03123(SEQ ID NO：218)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1899168(SEQ ID NO：220)、CeresAnnot：1494669(SEQ IDNO：222)、CeresClone：1017441(SEQ ID NO：225)、CeresClone：1065937(SEQ ID NO：227)、CeresClone：1822919(SEQ ID NO：229)、GI No.125553329(SEQ ID NO：230)、GI No.115439053(SEQ ID NO：231)和CeresAnnot：6040744(SEQ ID NO：1052)的比对。

图10是ME04204(SEQ ID NO：234)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1519952(SEQ ID NO：236)、CeresClone：234768(SEQ IDNO：241)、GI No.108707052(SEQ ID NO：242)和GI No.55978030(SEQ IDNO：244)的比对。

图11是ME04477(SEQ ID NO：246)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1620215(SEQ ID NO：248)、GI No.38016527(SEQ ID NO：249)、CeresClone：1798756(SEQ ID NO：251)、CeresAnnot：1460527(SEQ IDNO：255)、GI No.119720772(SEQ ID NO：260)、CeresClone：708446(SEQ IDNO：262)、GI No.92896423(SEQ ID NO：265)、GI No.113196593(SEQ IDNO：267)、GI No.75133829(SEQ ID NO：268)、CeresClone：1030374(SEQ IDNO：270)、CeresClone：1387149(SEQ ID NO：274)、GI No.5031281(SEQ IDNO：277)、CeresClone：1775820(SEQ ID NO：279)、GI No.35187687(SEQ IDNO：286)、GI No.115468934(SEQ ID NO：290)、GI No.118424243(SEQ IDNO：296)和CeresAnnot：6063957(SEQ ID NO：298)的比对。

图12是ME04507(SEQ ID NO：300)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1513514(SEQ ID NO：302)、CeresClone：923483(SEQ IDNO：310)、CeresClone：304357(SEQ ID NO：312)、CeresClone：1902716(SEQID NO：316)、GI No.116309713(SEQ ID NO：319)、GI No.38345408(SEQ IDNO：321)和CeresAnnot：6017635(SEQ ID NO：325)的比对。

图13是ME04587(SEQ ID NO：332)与同源和/或直系同源氨基酸序列Ceres ANNOT ID no.1474882(SEQ ID NO：334)、Ceres ANNOT IDno.553243(SEQ ID NO：338)、公用GI ID no.5514645(SEQ ID NO：339)、Ceres CLONE ID no.464376(SEQ ID NO：341)、公用GI ID no.1345643(SEQID NO：346)、公用GI ID no.5832707(SEQ ID NO：347)、公用GIDno.81157968(SEQ ID NO：348)、公用GI ID no.6118407(SEQ ID NO：349)、公用GI ID no.5081817(SEQ ID NO：351)、公用GI ID no.125556057(SEQ IDNO：353)、公用GI ID no.115468946(SEQ ID NO：354)、公用GI IDno.5915860(SEQ ID NO：356)、公用GI ID no.6979544(SEQ ID NO：358)、公用GI ID no.5832709(SEQ ID NO：359)、公用GI ID no.6979542(SEQ IDNO：360)、公用GI ID no.14278923(SEQ ID NO：364)、公用GI IDno.81157970(SEQ ID NO：365)、公用GI IDno.81157972(SEQ ID NO：366)、公用GI ID no.169793907(SEQ ID NO：2541)、公用GI IDno.84514153(SEQID NO：2543)、公用GI ID no.184202209(SEQ ID NO：2544)、Ceres ANNOTID no.8459850(SEQ ID NO：2546)、Ceres ANNOT ID no.8743452(SEQ IDNO：2548)、公用GI ID no.157327290(SEQ ID NO：2549)、公用GI IDno.148839039(SEQ ID NO：2550)、公用GI ID no.197209782(SEQ IDNO：2551)、公用GI ID no.171906244(SEQ ID NO：2553)的比对。

图14是ME04753(SEQ ID NO：368)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.21388658(SEQ ID NO：369)、GI No.4704605(SEQ ID NO：371)、GINo.90704785(SEQ ID NO：372)、GI No.115529229(SEQ ID NO：373)、GINo.20152613(SEQ ID NO：374)、CeresClone：1916226(SEQ ID NO：376)、CeresAnnot：1460836(SEQ ID NO：392)、GI No.83032218(SEQ ID NO：420)、GI No.1346180(SEQ ID NO：422)、CeresClone：621487(SEQ ID NO：425)、GI No.6273331(SEQ ID NO：433)、GI No.92874469(SEQ ID NO：434)、GINo.1778374(SEQ ID NO：436)、GI No.18076086(SEQ ID NO：437)、GINo.2674201(SEQ ID NO：438)、GI No.2267567(SEQ ID NO：440)、GINo.544426(SEQ ID NO：441)、GI No.6911144(SEQ ID NO：444)、GINo.469071(SEQ ID NO：447)、GI No.1934994(SEQ ID NO：450)、GINo.82623423(SEQ ID NO：451)、GI No.90265701(SEQ ID NO：454)、GINo.544423(SEQ ID NO：455)、CeresClone：1320097(SEQ ID NO：458)、CeresClone：1469740(SEQ ID NO：465)、CeresClone：1740834(SEQ IDNO：473)、GI No.2226370(SEQ ID NO：474)、GI No.27527723(SEQ IDNO：475)、CeresClone：1762613(SEQ ID NO：477)、GI No.125545195(SEQ IDNO：488)、GI No.108710322(SEQ ID NO：494)、GI No.34851124(SEQ IDNO：504)、GI No.111162637(SEQ ID NO：505)、GI No.7024451(SEQ IDNO：506)和GI No.1229138(SEQ ID NO：507)的比对。

图15是ME04772(SEQ ID NO：510)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.38016521(SEQ ID NO：511)、CeresClone：1895044(SEQ ID NO：513)、CeresAnnot：1512198(SEQ ID NO：517)、CeresClone：682503(SEQ IDNO：521)、CeresClone：685324(SEQ ID NO：523)、CeresClone：1384414(SEQID NO：525)、CeresClone：1739919(SEQ ID NO：527)、CeresClone：2002832(SEQ ID NO：529)、GI No.125531563(SEQ ID NO：530)和GI No.115478344(SEQ ID NO：531)的比对。

图16是ME04909(SEQ ID NO：533)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1839156(SEQ ID NO：535)、GI No.56605378(SEQ ID NO：536)、CeresAnnot：1467946(SEQ ID NO：538)、GI No.110931704(SEQ IDNO：539)、GI No.92869601(SEQ ID NO：542)、GI No.12005328(SEQ IDNO：543)、GI No.119331596(SEQ ID NO：546)、GI No.7705206(SEQ IDNO：547)、GI No.18874263(SEQ ID NO：548)、CeresClone：753605(SEQ IDNO：550)、CeresClone：291733(SEQ ID NO：552)和GI No.21902114(SEQ IDNO：553)的比对。

图17是ME05194(SEQ ID NO：558)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.400972(SEQ ID NO：559)、GI No.81l58002(SEQ ID NO：560)、CeresClone：1834135(SEQ ID NO：569)、CeresAnnot：1467218(SEQ IDNO：571)、CeresClone：1104143(SEQ ID NO：575)、GI No.87240745(SEQ IDNO：576)、GI No.13161397(SEQ ID NO：577)、GI No.18652400(SEQ IDNO：578)、GI No.18652398(SEQ ID NO：579)、CeresClone：778892(SEQ IDNO：581)、CeresClone：222523(SEQ ID NO：583)、GI No.82492267(SEQ IDNO：584)、GI No.41393750(SEQ ID NO：585)、GI No.4335857(SEQ IDNO：586)、CeresClone：1776394(SEQ ID NO：588)、GI No.125555681(SEQ IDNO：589)、GI No.115468460(SEQ ID NO：590)和GI No.51980210(SEQ IDNO：59l)的比对。

图18是ME05267(SEQ ID NO：593)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1511954(SEQ ID NO：595)、CeresClone：560687(SEQ IDNO：599)、CeresClone：579724(SEQ ID NO：603)、CeresClone：286197(SEQ IDNO：605)和GI No.115489090(SEQ ID NO：610)的比对。

图19是ME05300(SEQ ID NO：613)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：6431448(SEQ ID NO：615)、CeresClone：969084(SEQIDNO：620)、CeresClone：471052(SEQ ID NO：622)、CeresClone：733048(SEQ IDNO：624)、CeresClone：1062332(SEQ ID NO：626)、CeresClone：1743166(SEQID NO：634)、CeresClone：1778589(SEQ ID NO：638)、GI No.125548354(SEQID NO：643)和GI No.115458464(SEQ ID NO：644)的比对。

图20是ME05341(SEQ ID NO：646)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1808421(SEQ ID NO：648)、CeresAnnot：1452653(SEQ IDNO：656)、CeresClone：l660955(SEQ ID NO：660)、CeresClone：1287179(SEQ ID NO：668)、CeresClone：l770929(SEQ ID NO：676)、GI No.125542421(SEQ ID NO：679)、GI No.115450741(SEQ ID NO：68l)和CeresAnnot：6063505(SEQ ID NO：685)的比对。

图21是ME05392(SEQ ID NO：687)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1841531(SEQ ID NO：689)、CeresAnnot：1507382(SEQ IDNO：691)、CeresClone：978410(SEQ ID NO：699)、CeresClone：527314(SEQ IDNO：703)、GI No.92893019(SEQ ID NO：706)、CeresClone：638935(SEQ IDNO：708)、CeresClone：1437744(SEQ IDNO：712)、CeresClone：1728293(SEQ ID NO：718)、GI No.125526460(SEQ ID NO：721)、GINo.115463325(SEQ ID NO：724)和GI No.40642817(SEQ ID NO：728)的比对。

图22是ME05429(SEQ ID NO：730)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1539629(SEQ ID NO：732)、CeresClone：682471(SEQ IDNO：735)、CeresClone：729869(SEQ ID NO：737)、GI No.115459766(SEQIDNO：738)和CeresAnnot：6026765(SEQ ID NO：742)的比对。

图23是ME05493(SEQ ID NO：746)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1455092(SEQ ID NO：748)、GI No.15229284(SEQ ID NO：751)、CeresClone：961796(SEQ ID NO：753)、CeresClone：706956(SEQ IDNO：755)、GI No.87162911(SEQ ID NO：758)、CeresClone：1061446(SEQ IDNO：760)、GI No.125540686(SEQ ID NO：761)、GI No.115447931(SEQ IDNO：762)、GI No.20152976(SEQ ID NO：763)和CeresAnnot：6007280(SEQID NO：765)的比对。

图24是ME05885(SEQ ID NO：769)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1808741(SEQ ID NO：771)、CeresAnnot：1437729(SEQ IDNO：773)、CeresClone：952789(SEQ ID NO：777)、CeresClone：724313(SEQ IDNO：779)、CeresClone：791239(SEQ ID NO：783)、CeresClone：208975(SEQ IDNO：785)、CeresClone：1727075(SEQ ID NO：789)和GI No.115475611(SEQID NO：790)的比对。

图25是ME07344(SEQ ID NO：792)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1843695(SEQ ID NO：794)、GI No.56605376(SEQ ID NO：799)、CeresAnnot：1508502(SEQ ID NO：801)、CeresClone：1239229(SEQ IDNO：805)、GI No.92893962(SEQ ID NO：808)、CeresClone：327364(SEQ IDNO：810)、CeresClone：1820378(SEQ ID NO：816)、GI No.125524748(SEQ IDNO：819)和GI No.115435036(SEQ ID NO：821)的比对。

图26是ME07859(SEQ ID NO：824)与直系同源氨基酸序列CeresANNOT ID no.6007357(SEQ ID NO：826))的片段、Ceres CLONEIDno.771707(SEQ ID NO：1708))的片段和Ceres CLONE IDno.1790436(SEQID NO：1713)的片段的比对。

图27是ME08464(SEQ ID NO：828)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1499777(SEQ ID NO：832)、GI No.22328730(SEQ ID NO：837)、GI No.92886131(SEQ ID NO：839)、GI No.559921(SEQ ID NO：840)、CeresClone：910787(SEQ ID NO：842)、CeresClone：1797432(SEQ IDNO：844)、GI No.116310135(SEQ ID NO：845)、GI No.38345464(SEQ IDNO：847)和GI No.90657544(SEQ ID NO：850)的比对。

图28是ME11735(SEQ ID NO：855)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.35187445(SEQ ID NO：856)、CeresClone：1798230(SEQ ID NO：858)、CeresAnnot：1500963(SEQ ID NO：862)、CeresClone：567542(SEQ IDNO：868)、CeresClone：702251(SEQ ID NO：870)、CeresClone：1606777(SEQID NO：876)、CeresClone：1789146(SEQ ID NO：878)、GI No.116309500(SEQID NO：885)和GI No.115446281(SEQ ID NO：886)的比对。

图29是ME12910(SEQ ID NO：891)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1466353(SEQ ID NO：893)、CeresClone：519143(SEQ IDNO：898)、GI No.2501497(SEQ ID NO：901)、GI No.119394507(SEQ IDNO：904)、GI No.62857206(SEQ ID NO：905)、CeresClone：766529(SEQ IDNO：907)、GI No.62857204(SEQ ID NO：908)、GI No.125534279(SEQ IDNO：911)、GI No.115485437(SEQ ID NO：912)、GI No.23955910(SEQ IDNO：913)和GI No.22759895(SEQ ID NO：915)的比对。

图30是ME12927(SEQ ID NO：917)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1503548(SEQ ID NO：919)、CeresClone：37778(SEQ IDNO：921)、CeresClone：681297(SEQ ID NO：923)、CeresClone：575835(SEQ IDNO：925)、CeresClone：1714750(SEQ ID NO：935)、CeresClone：1721907(SEQ ID NO：937)和GI No.115451923(SEQ ID NO：940)的比对。

图31是ME 12929(SEQ ID NO：944)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1447562(SEQ ID NO：946)、GI No.98962139(SEQ ID NO：947)、CeresClone：641607(SEQ ID NO：950)、CeresClone：1715150(SEQ IDNO：962)、CeresClone：1873767(SEQ ID NO：964)、GI No.115468306(SEQ IDNO：967)和CeresAnnot：6059980(SEQ ID NO：972)的比对。

图32是ME12954(SEQ ID NO：976)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：957229(SEQ ID NO：978)和CeresAnnot：1496202(SEQ IDNO：980)的比对。

图33是ME12970(SEQ ID NO：982)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1935438(SEQ ID NO：984)、GI No.117573664(SEQ IDNO：985)、GI No.68349002(SEQ ID NO：991)、GI No.68348998(SEQ IDNO：992)、CeresAnnot：1497170(SEQ ID NO：995)、GI No.15221718(SEQ IDNO：996)、GI No.3860331(SEQ ID NO：1001)、CeresClone：1075911(SEQ IDNO：1003)、GI No.2920839(SEQ ID NO：1008)、CeresClone：698452(SEQ IDNO：1011)、CeresClone：2019456(SEQ ID NO：1023)、GI No.90399071(SEQID NO：1026)、GI No.115459588(SEQ ID NO：1028)和GI No.68349016(SEQID NO：1032)的比对。

图34是ME13021(SEQ ID NO：1054)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.2493647(SEQ ID NO：1055)、CeresClone：1924252(SEQ ID NO：1057)、GI No.461736(SEQ ID NO：1058)、CeresAnnot：1542060(SEQ IDNO：1061)、GI No.15226314(SEQ ID NO：1068)、GI No.464727(SEQ ID NO：1072)、CeresClone：480644(SEQ ID NO：1074)、GI No.124301264(SEQ IDNO：1075)、GI No.1710807(SEQ ID NO：1076)、GI No.110349923(SEQ IDNO：1077)、GI No.1762130(SEQ ID NO：1078)、CeresClone：706098(SEQ IDNO：1080)、GI No.3790441(SEQ ID NO：1083)、CeresClone：1795282(SEQID NO：1085)、GI No.125546535(SEQ ID NO：1086)、GI No.115488160(SEQID NO：1088)、GI No.84468456(SEQ ID NO：1092)、GI No.116060917(SEQID NO：1095)和CeresAnnot：6039555(SEQ ID NO：1097)的比对。

图35是ME13064(SEQ ID NO：1099)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1528508(SEQ ID NO：1101)、CeresClone：9248(SEQ IDNO：1103)、GI No.87240560(SEQ ID NO：1105)、GI No.19453(SEQ ID NO：1106)、CeresClone：1795329(SEQ ID NO：1108)和GI No.108862979(SEQID NO：1109)的比对。

图36是ME13071(SEQ ID NO：1112)与同源和/或直系同源氨基酸序列GINo.125541485(SEQ ID NO：1113)和GI No.115449245(SEQ ID NO：1114)的比对。

图37是ME13087(SEQ ID NO：1116)与同源和/或直系同源氮基酸序列CeresClone：100062822(SEQ ID NO：1118)、CeresAnnot：1440025(SEQ IDNO：1120)、GI No.15238538(SEQ ID NO：1123)、GI No.69111473(SEQ IDNO：1129)、GI No.92873711(SEQ ID NO：1132)、GI No.55734106(SEQ IDNO：1133)、GI No.2346974(SEQ ID NO：1134)、CeresClone：569852(SEQ IDNO：1136)、CeresClone：1715326(SEQ ID NO：1138)、CeresClone：1608104(SEQ ID NO：1140)、GI No.115456237(SEQ ID NO：1141)、GI No.68655289(SEQ ID NO：1143)、GI No.81022807(SEQ ID NO：1144)、GI No.75706704(SEQ ID NO：1145)和CeresAnnot：6016055(SEQ ID NO：1147)的比对。

图38是ME13107(SEQ ID NO：1159)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1371824(SEQ ID NO：1161)、GI No.22585(SEQ ID NO：1162)、GI No.22208482(SEQ ID NO：1163)和GI No.16073(SEQ ID NO：1164)的比对。

图39是ME13108(SEQ ID NO：1166)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.99109436(SEQ ID NO：1167)、CeresClone：1627939(SEQIDNO：1169)、CeresClone：1840433(SEQ ID NO：1171)、CeresAnnot：1524198(SEQ ID NO：1173)、CeresClone：1650(SEQ ID NO：1175)、CeresClone：691979(SEQ ID NO：1177)、GI No.92876897(SEQID NO：1180)、CeresClone：1774130(SEQ ID NO：1182)和GI No.l15450018(SEQ IDNO：1183)的比对。

图40是ME13110(SEQ ID NO：1185)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：737317(SEQ ID NO：1187)、CeresClone：1880853(SEQ IDNO：1189)、GI No.125558381(SEQ ID NO：1190)、和GI No.115472157(SEQID NO：1191)的比对。

图41是ME13125(SEQ ID NO：1194)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1938817(SEQ ID NO：1196)、CeresAnnot：1457245(SEQ ID NO：1200)、CeresClone：577910(SEQ ID NO：1202)、公用PUBLICCLONE IDno.100736184(SEQ ID NO：1203)、GI No.125553355(SEQ ID NO：1204)和GI No.5091600(SEQ ID NO：1205)的比对。

图42是ME13149(SEQ ID NO：1210)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.1703374(SEQ ID NO：1211)、CeresClone：1846330(SEQ IDNO：1213)、GI No.29124979(SEQ ID NO：1216)、CeresAnnot：1531725(SEQID NO：1218)、GI No.3334321(SEQ ID NO：1229)、CeresClone：571410(SEQID NO：1232)、GI No.39653273(SEQ ID NO：1233)、GI No.92875403(SEQID NO：1234)、GI No.11131026(SEQ ID NO：1235)、GI No.77812440(SEQ IDNO：1236)、GI No.89475524(SEQ ID NO：1238)、GI No.3182919(SEQ IDNO：1239)、GI No.7643794(SEQ ID NO：1240)、GI No.1710851(SEQ IDNO：1241)、GI No.115501471(SEQ ID NO：1242)、GI No.77999251(SEQ IDNO：1243)、GI No.3450893(SEQ ID NO：1249)、CeresClone：704589(SEQ IDNO：1251)、CeresClone：1384151(SEQ ID NO：l253)、CeresClone：1713894(SEQ ID NO：1259)、GI No.125560752(SEQ ID NO：1264)、GI No.115475543(SEQ ID NO：1265)、GI No.3182922(SEQ ID NO：1267)、GI No.145353078(SEQ ID NO：1268)、GI No.11131023(SEQ ID NO：1269)、GI No.47026845(SEQ ID NO：1270)和GI No.38353642(SEQ ID NO：l272)的比对。

图43是ME13151(SEQ ID NO：1274)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1884601(SEQ ID NO：1276)、CeresAnnot：1445717(SEQ ID NO：1280)、CeresClone：527903(SEQ ID NO：l284)、GI No.92891722(SEQ IDNO：1285)、CeresClone：790881(SEQ ID NO：1287)、CeresClone：299417(SEQID NO：1289)、CeresClone：1993894(SEQ ID NO：1291)、GI No.125539547(SEQ ID NO：1294)、GI No.48716424(SEQ ID NO：1295)、GI No.84468278(SEQ ID NO：1297)和CeresAnnot：6036303(SEQ ID NO：1300)的比对。

图44是ME13153(SEQ ID NO：1302)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.70609690(SEQ ID NO：1303)、CeresClone：1927524(SEQ IDNO：1305)、CeresAnnot：1467310(SEQ ID NO：1311)、GI No.45935270(SEQID NO：1313)、CeresClone：718446(SEQ ID NO：1317)、GI No.92875133(SEQID NO：1318)、GI No.1706318(SEQ ID NO：1319)、GI No.3252856(SEQIDNO：1320)、GI No.1169238(SEQ ID NO：1326)、GI No.31296711(SEQ IDNO：1327)、CeresClone：1468893(SEQ ID NO：1330)、GI No.51587340(SEQID NO：1331)、CeresClone：1796201(SEQ ID NO：1333)、GI No.125543034(SEQ ID NO：1334)、GI No.115476804(SEQ ID NO：1336)、GI No.75268060(SEQ ID NO：1339)和GI No.75268007(SEQ ID NO：1340)的比对。

图45是ME13177(SEQ ID NO：1342)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1443786(SEQ ID NO：1346)、GI No.15239172(SEQ IDNO：1355)、GI No.562190(SEQ ID NO：1363)、GI No.83032266(SEQ ID NO：1364)、CeresClone：602910(SEQ ID NO：1366)、GI No.7242793(SEQ ID NO：1370)、GI No.116167(SEQ ID NO：1371)、GI No.2190259(SEQ ID NO：1372)、GI No.5420278(SEQ ID NO：1373)、GI No.1064931(SEQ IDNO：1374)、GI No.6093215(SEQ ID NO：1377)、GI No.461726(SEQ ID NO：1378)、GI No.89111295(SEQ ID NO：1379)、GI No.82949283(SEQ IDNO：1380)、GI No.125537180(SEQ ID NO：1381)、GI No.115489300(SEQ IDNO：1382)和GI No.55978000(SEQ ID NO：l383)的比对。

图46是ME13200(SEQ ID NO：1385)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1503394(SEQ ID NO：1387)、GI No.4914437(SEQ IDNO：1390)、CeresClone：638126(SEQ ID NO：1393)、GI No.124360540(SEQID NO：1394)、GI No.7981380(SEQ ID NO：1395)、GI No.118137433(SEQ IDNO：1396)、CeresClone：1723374(SEQ ID NO：1398)、CeresClone：1785379(SEQ ID NO：1400)、GI No.125553354(SEQ ID NO：1401)、GI No.115471859(SEQ ID NO：1404)和CeresAnnot：6040771(SEQ ID NO：1407)的比对。

图47是ME13204(SEQ ID NO：1409)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1939206(SEQ ID NO：1413)、CeresAnnot：1453316(SEQ IDNO：1415)、GI No.79319075(SEQ ID NO：1418)、GI No.124359953(SEQ IDNO：1419)、CeresClone：891431(SEQ ID NO：1421)、GI No.125536578(SEQID NO：1424)和GI No.20270065(SEQ ID NO：1425)的比对。

图48是ME14649(SEQ ID NO：1428)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1978733(SEQ ID NO：1430)、CeresAnnot：1476165(SEQ IDNO：1432)、CeresClone：871529(SEQ ID NO：1436)、CeresClone：1043344(SEQ ID NO：1439)、CeresClone：786542(SEQ ID NO：1442)、CeresClone：346115(SEQ ID NO：1444)、CeresClone：1821683(SEQ IDNO：1452)、GI No.125533171(SEQ ID NO：1453)和GI No.77553492(SEQIDNO：1457)的比对。

图49是ME16546(SEQ ID NO：1463)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1444102(SEQ ID NO：1465)、CeresClone：582439(SEQ IDNO：1471)、CeresClone：579953(SEQ ID NO：1473)、GI No.125539335(SEQID NO：1474)和GI No.115445987(SEQ ID NO：1476)的比对。

图50是ME17567(SEQ ID NO：1491)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1895876(SEQ ID NO：1493)、CeresAnnot：1464522(SEQ ID NO：1495)、CeresClone：968434(SEQ ID NO：1499)、CeresClone：686479(SEQ IDNO：1501)、CeresClone：1564962(SEQ ID NO：1503)、GI No.125549699(SEQ ID NO：1504)、GI No.125591612(SEQ ID NO：1505)和CeresAnnot：6006969(SEQ ID NO：1508)的比对。

图51是ME17932(SEQ ID NO：1510)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone：1842178(SEQ ID NO：1512)、CeresAnnot：1475265(SEQ IDNO：1516)和CeresClone：1044646(SEQ ID NO：1520)的比对。

图52是ME17936(SEQ ID NO：1525)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1454324(SEQ ID NO：1527)、CeresClone：1652842(SEQ ID NO：1534)和GI No.75214620(SEQ ID NO：1535)的比对。

图53是ME18275(SEQ ID NO：1537)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot：1514086(SEQ ID NO：1539)、CeresClone：1087909(SEQ ID NO：1543)、CeresClone：1359070(SEQ ID NO：1545)、GI No.92880913(SEQ IDNO：l548)、CeresClone：932449(SEQ ID NO：1550)和CeresClone：1788695(SEQ ID NO：1552)的比对。

图54是ME18924(SEQ ID NO：1554)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.82469976(SEQ ID NO：1555)、CeresAnnot：1533704(SEQ ID NO：1563)、CeresClone：524404(SEQ ID NO：1565)、CeresClone：846541(SEQ IDNO：1567)、CeresClone：1769321(SEQ ID NO：1571)、GI No.125528559(SEQID NO：1572)、GI No.125572823(SEQ ID NO：1574)和GI No.84453208(SEQID NO：1575)的比对。

图55是ME19182(SEQ ID NO：1577)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.4033417(SEQ ID NO：1040)、GI No.5669924(SEQ ID NO：1041)、G1No.40642617(SEQ ID NO：1440)、GI No.90399018(SEQ ID NO：1485)、GINo.115464117(SEQ ID NO：1487)、GI No.75164812(SEQ ID NO：1578)、CeresClone：1794223(SEQ ID NO：1580)、CeresAnnot：1471422(SEQ ID NO：1590)、CeresClone：968096(SEQ ID NO：1607)、GI No.6752884(SEQ ID NO：1608)、GI No.47775656(SEQ ID NO：1609)、CeresClone：1020799(SEQ IDNO：1611)、GI No.87240865(SEQ ID NO：1622)、GI No.2500047(SEQ IDNO：1623)、CeresClone：705340(SEQ ID NO：1627)、CeresClone ：1430456(SEQ ID NO：1637)、GI No.84619270(SEQ ID NO：1648)和CeresClone：1821143(SEQ ID NO：1651)的比对。

图56是ME20628(SEQ ID NO：1437)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.113367236(SEQ ID NO：173)、GI No.115477615(SEQ ID NO：212)、GI No.125542223(SEQ ID NO：361)、GI No.1838976(SEQ ID NO：421)、CeresClone：1547185(SEQ ID NO：443)、CeresAnnot：1450452(SEQ IDNO：740)和GI No.92870675(SEQID NO：1461)的比对。

图57是ME01821(SEQ ID NO：97)与同源和/或直系同源氨基酸序列公用GI ID no.167480754(SEQ ID NO：2013)和公用GI ID no.83830869(SEQID NO：2015)的比对。

具体实施方式

本发明提供了与调解植物的低氮耐受水平相关的方法和材料。在一些实施方案中，所述植物也可以具有经调解的低氮耐受水平。所述方法可以包括用编码低氮耐受调节多肽的核酸转化植物细胞，其中所述多肽的表达产生经调解的低氮耐受水平。使用这种方法产生的植物细胞可以被培养以产生对有限的外源氮源条件具有提高的耐受的植物。这种植物可用于以现有的肥料投入产生更高的产率和生物量，和/或能够以更低的肥料投入获得现有的农作物产率和生物量，或在劣质土壤上实现较好的产率和生物量。

I.定义：

“氨基酸”指二十种生物中出现的氨基酸之一，还指合成的氨基酸，包括D/L旋光异构体。

“细胞类型优先的启动子”或“组织优先的启动子”分别指优先驱动在靶细胞类型或组织中表达，但是也可以引起在其他细胞类型或组织中一些转录的启动子。

“对照植物”指不含有感兴趣的转基因植物中存在的外源核酸，但是另外具有与所述转基因植物相同或类似的遗传背景的植物。适合的对照植物可以是非转基因的野生型植物(一种来自转化实验的非转基因分离子)或者含有与感兴趣的外源核酸不同的外源核酸的转基因植物。

“结构域”是多肽中基本上连续的氨基酸群组，可用于表征蛋白质家族和/或蛋白质类别。这种结构域具有“指纹”或“签名”，可包括保守的一级序列、二级序列和/或三维构象。一般而言，结构域与特定的体内和/或体外活性有关。结构域长度可以是10个氨基酸至400个氨基酸，例如10至50个氨基酸，或25至100个氨基酸，或35至65个氨基酸，或35至55个氨基酸，或45至60个氨基酸，或200至300个氨基酸，或300至400个氨基酸。

“下调”指相对于基础或天生状态减少表达产物(mRNA、多肽或两者)的产生。

就核酸而言，“外源”是表示该核酸是重组核酸构建体的一部分，或者不存在于其天然环境中。例如，外源核酸可以是来自一个物种的、被引入另一物种的序列，即异源核酸。通常，这样的外源核酸通过重组核酸构建体被引入其他物种。外源核酸还可以是生物体天生的并且已经被再次引入该生物体细胞的序列。通过存在与所述外源核酸关联的非天然序列，例如重组核酸构建体中天生序列侧翼的非天生调节序列，包括天生序列在内的外源核酸通常可与天然存在的序列区别。此外，稳定转化的外源核酸通常的整合位置不同于天生序列存在的位置。应理解，外源核酸可能已经被引入祖细胞而不是被引入所考虑的细胞。例如，含有外源核酸的转基因植物可以是稳定转化的植物与非转基因植物之间杂交的子代。这样的子代被认为含有所述外源核酸。

“表达”指将多核苷酸的遗传信息通过酶(RNA聚合酶)催化的转录而转化成RNA并通过mRNA在核糖体上翻译而转化成蛋白质的过程。

本文使用的“异源多肽”指不是植物细胞中天然存在的多肽的多肽，例如使用来自玉蜀黍(Zea mays)植物的氮转运多肽的编码序列转化并表达来自玉蜀黍植物的氮转运多肽的编码序列的转基因柳枝稷(Panicumvirgatum)植物。

本文使用的“分离的核酸”包括天然存在的核酸，条件是在其天然存在的基因组中在该核酸两侧直接连接的序列的一个或两个都被去除或不存在。因此，分离的核酸包括但不限于以纯化的分子或被掺入载体或病毒的核酸分子而存在的核酸。认为在例如cDNA文库、基因组文库或含有基因组DNA限制性消化产物的凝胶片中的数百至数百万其他核酸中存在的核酸不是分离的核酸。

本文使用的“低氮条件”指导致缺氮症状的氮浓度，所述缺氮症状例如苍绿色的叶片颜色、褪绿以及减少的生长和活力。通常，低氮条件导致生长和/或活力减少至少20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、60％、70％、80％或90％。

低氮耐受水平的“调节”指由于植物细胞中外源核酸表达或转录而观察到的植物对有限的外源氮源耐受水平的变化。低氮耐受水平的变化的测量是通过相对于对照植物在有限的氮供应环境中的相应水平，植物尺寸和绿度的变化以及光合作用效率的提高。

“核酸”和“多核苷酸”在本文可互换使用，并且指RNA和DNA两者，包括cDNA、基因组DNA、合成DNA以及含有DNA或RNA的核酸类似物。多核苷酸可以具有任何三维结构。核酸可以是双链或单链(即，有义链或反义链)。多核苷酸的非限制性实例包括基因、基因片段、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、siRNA、微小RNA、核酶、cDNA、重组多核苷酸、分支多核苷酸、核酸探针和核酸引物。多核苷酸可以含有非常规的或修饰的核苷酸。

“可操作地连接”指安置核酸中的调节区与待转录序列，使得所述调节区有效调节所述序列的转录或翻译。例如，为了将编码序列和调节区可操作地连接，所述编码序列的翻译阅读框的翻译起始位点通常位于所述调节区下游1至约50个核苷酸之间。然而，调节区可以位于翻译起始位点上游多达约5,000个核苷酸，或者位于转录起始位点上游约2,000个核苷酸。

本文使用的“多肽”指两个或更多个亚基氨基酸、氨基酸类似物或其他肽模拟物的化合物，而忽视翻译后修饰，例如磷酸化或糖基化。所述亚基可以通过肽键或其它键(例如酯键或醚键)连接。该定义包括全长多肽、截短的多肽、点突变体、插入突变体、剪接变体、嵌合蛋白及其片段。

“子代”包括特定植物或植物系的后代。本文植物的子代包括在F₁、F₂、F₃、F₄、F₅、F₆和后代植物上生成的种子，或者在BC₁、BC₂、BC₃和后代植物上生成的种子，或者在F₁BC₁、F₁BC₂、F₁BC₃和后代植物上生成的种子。名称F₁指遗传上不同的两种植物之间杂交的子代。名称F₂、F₃、F₄、F₅和F₆指F₁植物自体授粉或同胞授粉子代的后代。

“调节区”指具有核苷酸序列影响转录或翻译起始和速率以及转录或翻译产物的稳定性和/或移动性的核酸。调节区包括但不限于启动子序列、增强子序列、应答元件、蛋白识别位点、可诱导元件、蛋白结合序列、5′和3′未翻译区(UTR)、转录起始位点、终止序列、聚腺苷酸化序列、内含子及其组合。调节区通常包括至少一个核心(基本)启动子。调节区还可以包括至少一个控制元件，例如增强子序列、上游元件或上游活化区(UAR)。例如，适合的增强子是来自章鱼碱合酶(ocs)基因上游区的顺式调节元件(-212至-154)。Fromm等.(1989)The Plant Cell，1：977-984.

“上调”指相对于基础或天生状态增加表达产物(mRNA、多肽或两者)水平的调节。

“载体”指另一DNA区段可以插入其中以实现复制所插入区段的复制子，例如质粒、噬菌体或黏粒。一般而言，载体能够在与适当的控制元件结合时复制。术语“载体”包括克隆载体和表达载体以及病毒载体和整合载体。“表达载体”是包含调节区的载体。

II.多肽

本文描述的多肽包括低氮耐受调节多肽。低氮耐受调节多肽在植物或植物细胞中表达时可有效调节低氮耐受水平。这种多肽通常含有指示低氮耐受调节多肽的至少一个结构域，如下文更详细描述。低氮耐受调节多肽通常具有大于20的HMM二进制值，如下文更详细描述。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽与下列序列具有超过80％的同一性：SEQ IDNO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ ID NO：208、SEQID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ ID NO：300、SEQ IDNO：332、SEQ ID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ ID NO：533、SEQ IDNO：556、SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：593、SEQ ID NO：613、SEQ IDNO：646、SEQ ID NO：687、SEQ ID NO：730、SEQ ID NO：746、SEQ IDNO：769、SEQ ID NO：792、SEQ ID NO：824、SEQ ID NO：828、SEQ IDNO：853、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ ID NO：917、SEQ IDNO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ ID NO：1194、SEQ IDNO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ ID NO：1342、SEQ IDNO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQ ID NO：1437、SEQID NO：1463、SEQ ID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQ ID NO：1525、SEQID NO：1537、SEQ ID NO：1554或SEQ ID NO：1577，如下文更详细描述。

A.指示低氮耐受调节多肽的结构域

低氮耐受调节多肽可以含有P450结构域，P450结构域是属于细胞色素P450超家族的多肽的特征。细胞色素P450是参与多种化合物氧化降解的血红素-硫醇盐蛋白。它们因其在降解环境毒素和诱变剂中的作用而特别有名。植物中，这些蛋白对于几种化合物(例如激素、防御化合物和脂肪酸)的生物合成是重要的。该家族中的序列保守性相对低(仅有3个绝对保守的残基)，但是它们总体的拓扑学和结构折叠是高度保守的。保守核心包括：称为“回曲”的卷曲、四螺旋束、螺旋J和K以及两组β折叠。这些构成了血红素结合环、质子转移槽和螺旋K中保守的EXXR基序。尽管原核P450是可溶性蛋白，但大部分真核P450与微粒体膜结合。它们一般的酶促功能是在生理温度下催化非活化烃的区位特异性氧化和立体特异性氧化。SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：332列出了在本文分别标识为ME00919(SEQ ID NO：3)和ME04587(SEQ ID NO：332)的拟南芥(Arabidopsis)克隆的氨基酸序列，预测其编码含有细胞色素P450结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有zf-Dof结构域，zf-Dof结构域在高等植物的几种DNA结合蛋白中是保守的。Dof结构域是显示出与Cys2锌指相似性的锌指DNA结合结构域，但是其具有更长的推定环，其中额外的Cys残基通常是保守的。该基序还可以存在于SEQ ID NO：49中，SEQ ID NO：49列出了在本文标识为Ceres ME01312(SEQ ID NO：49)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有zf-Dof结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有Aminotran_3结构域，该结构域是属于氨基转移酶III类家族的多肽的特征。氨基转移酶与其他吡哆醛磷酸依赖性酶共有某些机械特征，例如吡哆醛磷酸基团与赖氨酸残基的共价结合。III类氨基转移酶包括：乙酰基鸟氨酸氨基转移酶，催化氨基从乙酰基鸟氨酸转移至α-酮戊二酸，产生N-乙酰基-谷氨酸-5-半醛和谷氨酸；鸟氨酸氨基转移酶，催化氨基从鸟氨酸转移至α-酮戊二酸，产生谷氨酸-5-半醛和谷氨酸；ω-氨基酸-丙酮酸氨基转移酶，催化多种ω-氨基酸、单胺和二胺以及丙酮酸之间的氨基转移；4-氨基丁酸氨基转移酶；GABA转氨酶，催化氨基从GABA转移至α-酮戊二酸，产生琥珀酸半醛和谷氨酸；DAPA氨基转移酶，一种细菌酶(bioA)，催化生物素生物合成的中间步骤，7-酮-8-氨基壬酸转氨基生成7，8-二氨基壬酸；2，2-二烷基甘氨酸脱羧酶，一种洋葱布克氏菌(洋葱假单胞菌)酶(dgdA)，催化2，2-二烷基甘氨酸和丙酮酸脱羧氨基转移至二烷基酮、丙氨酸和二氧化碳；谷氨酸-1一半醛氨基转移酶(GSA)；枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)氨基转移酶yhxA和yodT；流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)氨基转移酶HI0949；和秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)氨基转移酶。基于序列相似性，这些不同的酶可以分组成亚家族。Aminotran_3结构域还存在于SEQ ID NO：77中，SEQID NO：77列出了本文标识为Ceres ME01463(SEQ ID NO：77)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有Aminotran_3结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有接头组蛋白结构域，该结构域是属于接头组蛋白H1和H5家族的多肽的特征。接头组蛋白H1是染色质结构的必要组分。H1将核小体连接成高级结构。组蛋白H5发挥与组蛋白H1相同的功能并在某些细胞中替代H1。接头组蛋白H5折叠的球形结构域GH5的结构类似于分解代谢物基因活化蛋白(CAP)的DNA结合结构域，从而提供GH5与DNA结合的可能模型。该结构域还存在于SEQ ID NO：100中，SEQ ID NO：100列出了本文标识为Ceres ME01910(SEQ ID NO：100)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有接头组蛋白结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有zf-C3HC4结构域，预测该结构域是属于C3HC4型锌指(环指)蛋白家族的蛋白的特征。C3HC4型锌指(环指)是大约40至60个残基的富含半胱氨酸的结构域，配位两个锌离子，并且可能参与介导蛋白质-蛋白质相互作用。C3HC4型锌指(环指)蛋白家族的成员含有不严格保守的序列：C-X2-C-X(9-39)-C-X(1-3)-H-X(2-3)C-X2-C-X(4-48)-C-X2-C，其中X是任何氨基酸。该结构域还存在于SEQ ID NO：166、SEQ IDNO：746、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：1428中，这些序列列出了本文分别标识为Ceres ME02603(SEQ ID NO：166)、ME05493(SEQ ID NO：746)、ME12954(SEQ ID NO：976)、ME14649(SEQ ID NO：1428)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有zf-C3HC4结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有Gal_凝集素结构域，该结构域是半乳糖结合凝集素结构域蛋白的特征。SEQ ID NO：208列出了本文标识为CeresME02801(SEQ ID NO：208)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有半乳糖结合凝集素结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有TRP_1结构域，该结构域是三十四肽重复序列(tetratricopeptide repeat，TPR)结构域蛋白的特征。三十四肽重复序列是范围从细菌至人类的各种不同生物体中鉴定的多种蛋白中存在的结构基序。它介导蛋白质-蛋白质相互作用和多蛋白复合体的装配。TPR结构域的序列比对揭示了由一组小氨基酸和大氨基酸确定的共有序列。含有TPR的蛋白质参与多种生物过程，例如细胞周期调解、转录控制、线粒体和过氧化物酶体蛋白转运、神经发生和蛋白折叠。来自蛋白磷酸酶5的含有三个TPR的结构域的X射线结构揭示，TPR采用螺旋转角螺旋(helixturnhelix)排列，相邻的TPR基序以平行方式包装，得到重复的反平行的α-螺旋的螺旋。两个螺旋被称为螺旋A和螺旋B。螺旋A和螺旋B之间的包装角(packing angle)在单个TPR内是-24°，并且产生右手超螺旋形状。螺旋A与螺旋B相互作用并且与下一个TPR的螺旋A′相互作用。产生两个蛋白表面：凹形内表面主要由螺旋A上的残基形成，而另一表面提供螺旋A和B两者的残基。

低氮耐受调节多肽可以含有TRP_2三十四肽重复序列结构域，预测该结构域是多蛋白复合体中支架蛋白的特征。TPR_2结构域由不严格一致的大约34个氨基酸基序组成，通常作为多串联重复序列存在于具有多种细胞功能的蛋白质中，所述细胞功能包括有丝分裂、转录、蛋白转运和发育。TPR-2结构域的结构分析证明，它形成由转角分开的两个α-螺旋区，以便并存的大侧链和小侧链形成“钮和孔”的结构。一般而言，该结构的疏水表面介导含有TPR的蛋白质和不含TPR的蛋白质之间的蛋白质-蛋白质相互作用。

SEQ ID NO：234列出了本文标识为Ceres ME04204(SEQ ID NO：234)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有TRP_1三十四肽重复序列结构域和TRP_2三十四肽重复序列结构域的多肽。SEQ ID NO：1510列出了本文标识为Ceres ME17932(SEQ ID NO：1510)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有TRP_2三十四肽重复序列结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有zf-AN1结构域，该结构域是属于AN1样锌指结构域蛋白家族的多肽的特征。AN1样锌指结构域首先被鉴定为在非洲爪蛙(Xenopus laevis)泛素样蛋白An1的C末端锌指。以下形式描述了锌指：C-X2-C-X(9-12)-C-X(1-2)-C-X4-C-X2-H-X5-H-X-C，其中X可以是任何氨基酸，并且括号内的数字指示残基数目。

低氮耐受调节多肽可以含有zf-A20结构域，该结构域是A20(一种细胞死亡抑制剂)样锌指的特征。动物中，认为A20样锌指介导A20的自结合。这些指还介导IL-1诱导的NF-κB激活。SEQ ID NO：246列出了本文标识为Ceres ME04477(SEQ ID NO：246)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有AN1样锌指结构域和zf-A20结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有Aa-trans结构域或跨膜氨基酸转运结构域，预测该结构域是氨基酸转运蛋白和氨基酸通透酶的特征。该结构域还存在于SEQ ID NO：300中，SEQ ID NO：300列出了本文标识为CeresME04507(SEQ ID NO：300)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有跨膜氨基酸转运结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有RNA识别基序(还称为RRM_1、RRM、RBD或RNP结构域)，其是属于单链RNA结合蛋白超家族的多肽的特征。RRM蛋白具有许多RNA结合优先和功能，并且包括核不均一核糖核蛋白(hnRNP)、牵涉调节可变剪接的蛋白、核内小核糖核蛋白的蛋白组分以及调节RNA稳定性和翻译的蛋白。异二聚体剪接因子U2snRNP辅助因子(U2AF)中的RRM显示出具有两个RRM样结构域，具有蛋白质识别的专门特征。该基序还出现在几个单链DNA结合蛋白中。典型的RRM由四个反平行β链和两个α螺旋以β-α-β-β-α-β折叠排列组成，侧链用RNA碱基堆积。RNA结合特异性通过与周围氨基酸的多重接触来决定。在一些情况下，第三螺旋出现在RNA结合期间。该基序也存在于SEQ ID NO：368和SEQ ID NO：1274中，SEQ ID NO：368和SEQ ID NO：1274列出了在本文分别标识为Ceres ME04753(SEQ ID NO：368)和ME13151(SEQ IDNO：1274)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有RNA识别基序的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有NTF2结构域，该结构域是核转运因子2(NTF2)多肽的特征。NTF2是大约14kDa亚基的同二聚体，刺激有效的货物蛋白(cargo protein)的核输入。NTF2结合RanGDP和含有FxFG重复序列的核孔蛋白。NTF2充分结合RanGDP，主要使复合物在经核孔复合物(NPC)转运过程中保持完整，但是NTF2与FxFG核孔蛋白的相互作用更加短暂，使得NTF2能够通过从一个重复序列跳跃至另一个重复序列而移动穿过NPC。NTF2折叠成具有深的疏水腔的锥形体，其开口由几个带负电荷的残基围绕。RanGDP与NTF2的结合是通过将保守的苯丙氨酸残基插入NTF2的疏水袋中，并与围绕所述腔的保守的带负电荷的残基进行静电相互作用。结构类似的结构域出现在其他核输入蛋白中。SEQ ID NO：1274列出了在本文标识为Ceres ME13151(SEQ ID NO：1274)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有NTF2结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有DUF1218结构域。SEQ ID NO：1274列出了在本文标识为Ceres ME04772(SEQ ID NO：510)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有DUF1218结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有Myb样DNA结合结构域，该结构域是属于其成员含有来自Myb蛋白的DNA结合结构域以及SANT结构域家族的蛋白家族的多肽的特征。SEQ ID NO：533列出了在本文标识为CeresME04909(SEQ ID NO：533)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有Myb样DNA结合结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有FAD结合4结构域。预测该结构域是属于利用FAD(黄素腺嘌呤二核苷酸)作为辅因子的酶家族的多肽的特征，所述酶的大多数类似于含有共价结合的FAD基团的氧氧化还原酶，所述FAD基团通过8-α-(N3-组氨酰)-核黄素键合连接至组氨酸。

低氮耐受调节多肽可以含有BBE结构域，预测其是小檗碱桥和小檗碱桥样酶的特征。BBE酶通常参与许多异喹啉生物碱的生物合成。它们催化(S)-网状番荔枝碱的N-甲基转化成(S)-金黄紫堇碱的C-8小檗碱桥碳。SEQID NO：558列出了在本文标识为Ceres ME05194(SEQ ID NO：558)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有FAD结合4结构域和BBE结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有前折叠素(prefoldin，PFD)结构域，该结构域是属于前折叠素亚基家族的多肽的特征。前折叠素(PFD)是通常与II型伴侣蛋白相互作用的伴侣分子，存在于真核细胞(含有伴侣蛋白的T复合物多肽-1(CCT))和古细菌中的缺少专性辅伴侣蛋白的异寡聚物。真核PFD通常可以共翻译地结合肌动蛋白和微管蛋白。然后伴侣分子可以递送靶蛋白至CCT，通过卷曲的螺旋末端与伴侣蛋白相互作用。SEQ ID NO：593列出了在本文标识为Ceres ME05267(SEQ ID NO：593)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有前折叠素结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有HR-损伤结构域(HR-lesion domain)，该结构域是属于可以与抵御植物病原体的过敏反应(HR)途径关联的植物蛋白家族的多肽的特征。该结构域还存在于SEQ ID NO：646中，SEQ ID NO：646列出了在本文标识为Ceres ME05341(SEQ ID NO：646)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有HR-损伤结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有DUF538结构域。SEQ ID NO：687列出了在本文标识为Ceres ME05392(SEQ ID NO：687)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有DUF538结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有锌指C-x8-C-x5-C-x3-H型结构域(zf-CCCH)，该结构域是属于锌指蛋白超家族的多肽的特征。认为锌指结构域蛋白的成员参与DNA结合，并且以不同的类型存在。含有C-x8-C-x5-C-x3-H型锌指结构域的蛋白包括来自真核生物，参与细胞周期或生长期相关的调节的锌指蛋白。已经显示，不同的CCCH锌指蛋白与多种mRNA的3′未翻译区相互作用。SEQ ID NO：792列出了在本文标识为Ceres ME07344(SEQ ID NO：792)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有zf-CCCH结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有DUF246结构域。SEQ ID NO：828列出了在本文标识为Ceres ME08464(SEQ ID NO：828)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有DUF246结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有C2结构域。C2结构域是参与信号转导或膜运输的许多细胞蛋白中发现的Ca2+依赖性膜靶向模块。C2结构域在膜靶向结构域中是独特的，因为它们通常对细胞膜主要成分(包括磷脂酰丝氨酸和磷脂酰胆碱)显示出宽范围的脂质选择性。SEQ ID NO：982列出了在本文标识为Ceres ME12970(SEQ ID NO：982)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有C2结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有Cpn60TCP1结构域，该结构域是属于TCP-1/cpn60伴侣蛋白家族的多肽的特征。该家族包括来自HSP60伴侣分子家族和TCP-1(T-复合蛋白)家族的成员。伴侣蛋白是分子伴侣的亚家族，通常是多肽正确折叠和组装成寡聚体结构所必需的。伴侣蛋白通常大量存在于原核生物、叶绿体和线粒体中。它们通常是正常细胞生长所需要的，并且是应激诱导的，作用以在热激条件下稳定或保护分解的多肽。SEQ IDNO：1054列出了在本文标识为Ceres ME 13021(SEQ ID NO：1054)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有Cpn60_TCP1结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有zf-C2H2结构域，该结构域是C2H2锌指结构域多肽的特征。锌指结构域是包含25至30个氨基酸残基的核酸结合蛋白结构，在C-2-C-12-H-3-H型基序中包括2个保守的Cys和2个保守的His残基。使第二个Cys和第一个His分开的12个残基主要是极性和碱性的，使该区域特别参与核酸结合。它们具有结合RNA和DNA的能力，并且已经表明，锌指可以因此代表原始的核酸结合蛋白。还已经表明，Zn中心结构域可以用于蛋白质相互作用，例如在蛋白激酶C中。锌指的许多类别根据参与锌原子配位的组氨酸和半胱氨酸残基的数目和位置来表征。在C2H2锌指类别中，第一对锌配位残基是半胱氨酸，而第二对是组氨酸。该基序还存在于SEQ ID NO：1116中，SEQ ID NO：1116列出了在本文标识为Ceres ME13087(SEQ ID NO：1116)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有zf-C2H2结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有玉米醇溶蛋白结构域，该结构域是属于种子贮存蛋白的玉米醇溶蛋白家族的多肽的特征。SEQ ID NO：1159列出了在本文标识为Ceres ME13107(SEQ ID NO：1159)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有玉米醇溶蛋白结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有snf7结构域，该结构域是属于酵母SNF7相关真核蛋白家族的多肽的特征。SEQ ID NO：1185列出了在本文标识为Ceres ME13110(SEQ ID NO：1185)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有snf7结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有HhH-GPD结构域，该结构域是属于HhH-GPD碱基切除DNA修复蛋白超家族的多肽的特征。HhH-GPD碱基切除DNA修复蛋白超家族成员含有螺旋-发夹-螺旋和Gly/Pro富集环，随后是保守的天冬氨酸。该结构域存在于多种结构相关DNA的修复蛋白中。该结构域还存在于SEQ ID NO：1194中，SEQ ID NO：1194列出了在本文标识为Ceres ME13125(SEQ ID NO：1194)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有HbH-GPD结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有Arf结构域，该结构域是属于ADP核糖基化因子家族的多肽的特征。小ADP核糖基化因子(Arf)GTP结合蛋白是细胞内运输中小囊泡生物合成的主要调节剂。它们是增长的家族中已经发现的成员，包括Arl(Arf样)、Arp(Arf相关蛋白)和远相关的Sar(分泌物相关的和Ras相关的)蛋白。Arf蛋白在无活性GDP结合形式和活性GTP结合形式之间循环，活性GTP结合形式选择性地结合效应子。经典结构GDP/GTP开关特征为在所谓开关1和开关2区域的构象变化，其紧密结合GTP的γ-磷酸，但是根本不结合GDP核苷酸。Arf1和Arf6的结构研究显示，尽管这些蛋白特征为开关1和2构象变化，但是它们不同于其他小的GTP结合蛋白，因为它们利用其它独特的开关以使结构信息从蛋白一侧传送到另一侧。人类Arf1和Arf6的GDP/GTP结构循环特征为独特的构象变化，该构象变化影响连接开关1和开关2的β2β3链(开关间)，还影响两亲螺旋N末端。SEQ ID NO：1210列出了在本文标识为Ceres ME13149(SEQ ID NO：1210)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有Arf结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有吡哆醛_deC结构域，该结构域是吡哆醛依赖性脱羧酶多肽的特征。吡哆醛依赖性脱羧酶通常共有序列相似性的区域，特别是在保守赖氨酸残基附近，其提供了吡哆醛磷酸(PLP)基团的连接位点。磷酸吡哆醛是维生素B6(吡哆素或吡哆醛)的活性形式。PLP是通用催化剂，用作众多反应中的辅酶，所述反应包括脱羧、脱氨和转氨。PLP依赖性酶包括吡哆醛依赖性脱羧酶，PLP依赖性酶参与氨基酸和氨基酸衍生代谢物的生物合成，但是它们还存在于氨基糖的生物合成途径和生物递质的合成或分解代谢中。SEQ ID NO：1302列出了在本文标识为CeresME13153(SEQ ID NO：1302)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有吡哆醛_deC结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有细胞周期蛋白_C结构域，该结构域是属于细胞周期蛋白家族的多肽的C末端结构域的特征。细胞周期蛋白是在控制核细胞分裂周期中起积极作用并调解细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)的真核蛋白。细胞周期蛋白与p34(cdc2)或cdk2激酶一起形成促成熟因子(MPF)。存在两个主要的细胞周期蛋白组，G1/S细胞周期蛋白和G2/M细胞周期蛋白，G1/S细胞周期蛋白在G1/S(开始)转变时在控制细胞周期中起作用，而G2/M细胞周期蛋白在G2/M(有丝分裂)转变时在控制细胞周期中起作用。G2/M细胞周期蛋白在G2期间稳定聚集，并且在细胞退出有丝分裂时(M期末)突然被破坏。细胞周期蛋白通常含有两个类似的全α折叠的结构域，该家族的这两个结构域与C末端结构域对应。

低氮耐受调节多肽可以含有细胞周期蛋白_N结构域，该结构域确定了属于细胞周期蛋白家族的多肽的N末端结构域。SEQ ID NO：1342列出了在本文标识为Ceres ME13177(SEQ ID NO：1342)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有细胞周期蛋白_N结构域和细胞周期蛋白_N结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有DUF 1442结构域。SEQ ID NO：1463列出了在本文标识为Ceres ME16546(SEQ ID NO：1463)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有DUF 1442结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有HLH结构域，该结构域是属于螺旋-环-螺旋DNA结合结构域超家族的多肽的特征。基本的螺旋-环-螺旋蛋白(bHLH)是一组真核转录因子，可以在多种发育途径中发挥决定性影响。这些转录因子特征为介导特异性二聚化的保守的bHLH结构域。它们可以促进无活性单体在适当的发育阶段转化为反式激活二聚体。该超家族的成员可以根据二聚化、DNA结合和表达特征而被分成不同类别。SEQ ID NO：1537列出在本文标识为Ceres ME18275(SEQQ ID NO：1537)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有HLH结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有CRAL_TRIO结构域，该结构域是视醛/视黄醛结合蛋白家族C末端的特征。动物中，视醛/视黄醛结合蛋白可以是视觉周期的功能组分。细胞的视醛结合蛋白(CRALBP)可以作用为基质载体蛋白，调解这些类视黄醇与视觉周期酶的相互作用。多结构域蛋白Trio可以结合LAR跨膜酪氨酸磷酸酶，含有蛋白激酶结构域，并且具有分开的rac-特异性和rho-特异性鸟嘌呤核苷酸交换因子结构域。Trio是可以整合并扩增涉及协调肌动蛋白重塑信号的多功能蛋白，肌动蛋白重塑是细胞迁移和生长所必需的。该家族的其他成员是转移蛋白，包括可以作用为RAC1效应子的鸟嘌呤核苷酸交换因子、从高尔基复合体转运分泌蛋白所需要的磷脂酰肌醇/磷脂酰胆碱转移蛋白、以及增强分离膜之间配体转移的α-生育酚转移蛋白。

低氮耐受调节多肽可以含有CRAL_TRIO_N，其确定了视醛/视黄醛结合蛋白家族的N末端。

低氮耐受调节多肽可以含有EMP24_GP25L结构域，该结构域是属于emp24/gp25L/p24家族/GOLD基因家族的多肽的特征。该家族成员牵涉将货物从ER提前并通过其胞质结构域结合包衣蛋白。该结构域紧密对应于富含β的GOLD结构域。经常发现GOLD结构域与脂质或膜结合结构域结合。p24蛋白是COPI-和COPII-包衣囊泡的主要膜成分，并且牵涉ER至高尔基体运输的货物选择性。p24家族的多个成员存在于从酵母到哺乳动物的所有真核生物中。p24家族成员是I型膜蛋白，具有在氮基末端的信号肽、腔卷曲螺旋(胞质外)结构域、具有保守氨基酸的单一跨膜结构域和短胞质尾。可以基于一级序列将它们分成至少三个亚家族。一个亚家族包括酵母Emp24p和哺乳动物p24A。另一个亚家族包括酵母Erv25p和哺乳动物Tmp21，并且第三个亚家族包括哺乳动物gp25L蛋白。SEQ ID NO：1554列出了在本文标识为Ceres ME18924(SEQ ID NO：1554)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有CRAL_TRIO结构域、CRAL_TRIO_N结构域和EMP24_GP25L结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有焦磷酸酶结构域，预期该结构域是无机焦磷酸酶(PP酶)的特征。PP酶是负责水解焦磷酸酯(PPi)的酶，焦磷酸酯主要作为利用ATP的许多生物合成反应的产物而生成。PP酶可能需要二价金属阳离子的存在，并且镁提供最高的活性。其他残基中，认为赖氨酸是活性位点的部分或靠近活性位点。PP酶的序列共有某些相似区域，其中包括含有参与阳离子结合的三个保守天冬氨酸的区域。SEQ ID NO：1577列出在本文标识为Ceres ME19182(SEQ ID NO：1577)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有焦磷酸酶结构域的多肽。

低氮耐受调节多肽可以含有bZIP_1结构域，该结构域是属于基本ZIP转录因子超家族的多肽的特征。真核bZIP转录因子超家族成员含有介导序列特异性DNA结合的基本区，随后是二聚化所需的亮氨酸拉链区。SEQID NO：1437列出在本文标识为Ceres ME20628(SEQ ID NO：1437)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有bZIP 1结构域的多肽。

B交互BLAST鉴定的功能同系物

在一些实施方案中，由上文所示Pfam描述的一个或多个限定的参考低氮耐受调节多肽的一种或多种功能同系物适合用作低氮耐受调节多肽。功能同系物是与参考多肽具有序列相似性并且执行参考序列的一种或多种生化或生理功能的多肽。功能同系物和参考多肽可以是天然存在的多肽，而序列相似性可能是由于趋同或趋异的进化事件。因此，功能同系物有时在文献中指定为同系物或直系同源物或旁系同源物。天然存在的功能同系物的变体，例如野生型编码序列的突变体编码的多肽，自身可以是功能同系物。功能同系物的产生还可以通过低氮耐受调节多肽的编码序列的定点突变，或者通过组合来自不同的天然存在的低氮耐受调节多肽的编码序列的结构域(“结构域交换”)。术语“功能同系物”有时应用于编码功能同源多肽的核酸。

功能同系物可以通过分析核苷酸和多肽序列比对来鉴定。例如，对核苷酸或多肽序列数据库进行查询可以鉴定低氮耐受调节多肽的同系物。序列分析可以包括非冗余数据库的BLAST、交互BLAST或PSI-BLAST分析，其使用低氮耐受调节多肽氨基酸序列作为参考序列。在一些情况下，氨基酸序列从核苷酸序列推导。数据库中具有超过20％序列同一性的那些多肽是进一步评估作为低氮耐受调节多肽适合性的候选物。氨基酸序列相似性允许保守的氨基酸取代，例如一个疏水残基取代另一个疏水残基，或者一个极性残基取代另一个极性残基。如果需要，可以进行这种候选物的人工检验以缩减进一步评估的候选物数目。可以通过选择显示出具有低氮耐受调节多肽中存在的结构域(例如，保守的功能结构域)的那些候选物进行人工检验。

保守区可以通过将区定位于低氮耐受调节多肽的一级氨基酸序列中来鉴定，所述序列是重复的序列，形成某种二级结构(例如，螺旋和β折叠)，建立带正电荷或带负电荷的结构域，或者代表蛋白基序或结构域。参见，例如万维网上描述多种蛋白基序和结构域的共有序列的Pfam网站sanger.ac.uk/Software/Pfam/和pfam.janelia.org/。Pfam数据库包括的信息描述被描述于Sonnhammer等.(1998)Nucl.Acids Res.，26：320-322；Sonnhammer等.(1997)Proteins，28：405-420；和Bateman等.(1999)Nucl.Acids Res.，27：260-262。保守区还可以通过比对来自密切相关物种的相同或相关多肽的序列来确定。密切相关物种优选来自相同的科。在一些实施方案中，来自两个不同物种的序列比对是足够的。

通常，表现出至少约40％氨基酸序列同一性的多肽用于鉴定保守区。相关多肽的保守区表现出至少20％的氨基酸序列同一性(例如，至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％的氨基酸序列同一性)。在一些实施方案中，保守区表现出至少92％、94％、96％、98％或99％的氨基酸序列同一性。

图1和序列表中提供了SEQ ID NO：3列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ IDNO：8、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ IDNO：22、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：36、SEQ IDNO：38、SEQ ID NO：39、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：41、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：43、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：45、SEQ ID NO：46和SEQ IDNO：47。在一些情况下，SEQ ID NO：3的功能同系物的氨基酸序列与SEQID NO：3所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图2和序列表中提供了SEQ ID NO：49列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：53、SEQ ID NO：55、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：60、SEQ IDNO：62、SEQ ID NO：63、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：65、SEQ ID NO：67、SEQ ID NO：69、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：71、SEQ ID NO：72、SEQ IDNO：73和SEQ ID NO：75。在一些情况下，SEQ ID NO：49的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：49所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％的序列同一性。

图3和序列表中提供了SEQ ID NO：77列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：78、SEQ ID NO：80、SEQ ID NO：82、SEQ ID NO：84、SEQ ID NO：85、SEQ ID NO：87、SEQ IDNO：88、SEQ ID NO：90、SEQ ID NO：92、SEQ ID NO：93、SEQ ID NO：95和CeresAnnot：839064(SEQ ID NO：1479)。在一些情况下，SEQ ID NO：77的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：77所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图4和序列表中提供了SEQ ID NO：100列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：101、SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：104、SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：108、SEQ ID NO：110、SEQID NOrlll、SEQ ID NO：113、SEQ ID NO：115、SEQ ID NO：116、SEQ IDNO：117、SEQ ID NO：118、SEQ ID NO：119、SEQ ID NO：120、SEQ IDNO：121、SEQ ID NO：122、SEQ ID NO：123、SEQ ID NO：125、SEQ IDNO：126、SEQ ID NO：128、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：130、SEQ IDNO：131、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：133、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：135、SEQ ID NO：137、SEQ ID NO：139、SEQ ID NO：141、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、SEQ ID NO：145、SEQ ID NO：146、SEQ ID NO：147、SEQID NO：148、SEQ ID NO：149和SEQ ID NO：150。在一些情况下，SEQ IDNO：100的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：100所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图5和序列表中提供了SEQ ID NO：152列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：154、SEQ ID NO：156、SEQ ID NO：158、SEQ ID NO：160、SEQ ID NO：162和SEQ ID NO：164。在一些情况下，SEQ ID NO：152的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：152所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图6和序列表中提供了SEQ ID NO：166列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：168、SEQ ID NO：170、SEQ ID NO：172、SEQ ID NO：174、SEQ ID NO：177、SEQ ID NO：179、SEQID NO：181、SEQ ID NO：182、SEQ ID NO：183和SEQ ID NO：184。在一些情况下，SEQ ID NO：166的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：166所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图7和序列表中提供了SEQ ID NO：186列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：188、SEQ ID NO：190、SEQ ID NO：191、SEQ ID NO：193、SEQ ID NO：194、SEQ ID NO：196、SEQID NO：197、SEQ ID NO：199、SEQ ID NO：201、SEQ ID NO：203、SEQ IDNO：204、SEQ ID NO：205和SEQ ID NO：206。在一些情况下，SEQ ID NO：186的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：186所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图8和序列表中提供了SEQ ID NO：208列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：209、SEQ ID NO：210、SEQ ID NO：214和SEQ ID NO：216。在一些情况下，SEQ ID NO：208的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：208所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图9和序列表中提供了SEQ ID NO：218列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：220、SEQ ID NO：222、SEQ ID NO：223、SEQ ID NO：225、SEQ ID NO：227、SEQ ID NO：229、SEQID NO：230、SEQ ID NO：231、SEQ ID NO：232、SEQ ID NO：1039、SEQ IDNO：1049和SEQ ID NO：1052。在一些情况下，SEQ ID NO：218的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：218所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图10和序列表中提供了SEQ ID NO：234列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：236、SEQ ID NO：238、SEQ ID NO：239、SEQ ID NO：241、SEQ ID NO：242、SEQ ID NO：243和SEQID NO：244。在一些情况下，SEQ ID NO：234的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：234所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图11和序列表中提供了SEQ ID NO：246列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：248、SEQ ID NO：249、SEQ ID NO：251、SEQ ID NO：253、SEQ ID NO：255、SEQ ID NO：257、SEQID NO：259、SEQ ID NO：260、SEQ ID NO：262、SEQ ID NO：264、SEQ IDNO：265、SEQ ID NO：267、SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ IDNO：272、SEQ ID NO：274、SEQ ID NO：276、SEQ ID NO：277、SEQ IDNO：279、SEQ ID NO：281、SEQ ID NO：283、SEQ ID NO：285、SEQ IDNO：286、SEQ ID NO：287、SEQ ID NO：288、SEQ ID NO：290、SEQ IDNO：291、SEQ ID NO：292、SEQ ID NO：293、SEQ ID NO：296和SEQ IDNO：298。在一些情况下，SEQ ID NO：246的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：246所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图12和序列表中提供了SEQ ID NO：300列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：302、SEQ ID NO：304、SEQ ID NO：306、SEQ ID NO：308、SEQ ID NO：310、SEQ ID NO：312、SEQID NO：314、SEQ ID NO：316、SEQ ID NO：318、SEQ ID NO：319、SEQ IDNO：320、SEQ ID NO：321、SEQ ID NO：322、SEQ ID NO：323、SEQ IDNO：325、SEQ ID NO：327和SEQ ID NO：329。在一些情况下，SEQ ID NO：300的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：300所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图13和序列表中提供了SEQ ID NO：332列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：334、SEQ ID NO：335、SEQ ID NO：336、SEQ ID NO：338、SEQ ID NO：339、SEQID NO：341、SEQ ID NO：342、SEQ ID NO：343、SEQ ID NO：344、SEQ IDNO：345、SEQ ID NO：346、SEQ ID NO：347、SEQ ID NO：348、SEQ IDNO：349、SEQ ID NO：351、SEQ ID NO：352、SEQ ID NO：353、SEQ IDNO：354、SEQ ID NO：355、SEQ ID NO：356、SEQ ID NO：357、SEQ IDNO：358、SEQ ID NO：359、SEQ ID NO：360、SEQ ID NO：362、SEQ IDNO：363、SEQ ID NO：364、SEQ ID NO：365、SEQ ID NO：366、SEQ IDNO：2541、SEQ ID NO：2542、SEQ ID NO：2543、SEQ ID NO：2544、SEQ IDNO：2546、SEQ ID NO：2548、SEQ ID NO：2549、SEQ ID NO：2550、SEQ IDNO：2551、SEQ ID NO：2552和SEQ ID NO：2553。在一些情况下，SEQ ID NO：332的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：332所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图14和序列表中提供了SEQ ID NO：368列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：369、SEQ ID NO：370、SEQ ID NO：371、SEQ ID NO：372、SEQ ID NO：373、SEQ ID NO：374、SEQID NO：376、SEQ ID NO：378、SEQ ID NO：380、SEQ ID NO：382、SEQ IDNO：384、SEQ ID NO：386、SEQ ID NO：388、SEQ ID NO：390、SEQ IDNO：392、SEQ ID NO：394、SEQ ID NO：396、SEQ ID NO：398、SEQ IDNO：399、SEQ ID NO：401、SEQ ID NO：403、SEQ ID NO：404、SEQ IDNO：406、SEQ ID NO：408、SEQ ID NO：410、SEQ ID NO：412、SEQ IDNO：414、SEQ ID NO：416、SEQ ID NO：418、SEQ ID NO：419、SEQ IDNO：420、SEQ ID NO：422、SEQ ID NO：423、SEQ ID NO：425、SEQ IDNO：427、SEQ ID NO：428、SEQ ID NO：430、SEQ ID NO：432、SEQ IDNO：433、SEQ ID NO：434、SEQ ID NO：435、SEQ ID NO：436、SEQ IDNO：437、SEQ ID NO：438、SEQ ID NO：439、SEQ ID NO：440、SEQ IDNO：441、SEQ ID NO：444、SEQ ID NO：445、SEQ ID NO：446、SEQ IDNO：447、SEQ ID NO：448、SEQ ID NO：449、SEQ ID NO：450、SEQ IDNO：451、SEQ ID NO：452、SEQ ID NO：453、SEQ ID NO：454、SEQ IDNO：455、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：458、SEQ ID NO：459、SEQ IDNO：461、SEQ ID NO：463、SEQ ID NO：465、SEQ ID NO：467、SEQ IDNO：469、SEQ ID NO：471、SEQ ID NO：473、SEQ ID NO：474、SEQ IDNO：475、SEQ ID NO：477、SEQ ID NO：479、SEQ ID NO：481、SEQ IDNO：483、SEQ ID NO：485、SEQ ID NO：487、SEQ ID NO：488、SEQ IDNO：489、SEQ ID NO：490、SEQ ID NO：491、SEQ ID NO：492、SEQ IDNO：494、SEQ ID NO：495、SEQ ID NO：496、SEQ ID NO：497、SEQ IDNO：498、SEQ ID NO：499、SEQ ID NO：500、SEQ ID NO：501、SEQ IDNO：502、SEQ ID NO：504、SEQ ID NO：505、SEQ ID NO：506、SEQ ID NO：507和SEQ ID NO：508。在一些情况下，SEQ ID NO：368的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：368所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图15和序列表中提供了SEQ ID NO：510列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：511、SEQ ID NO：513、SEQ ID NO：515、SEQ ID NO：517、SEQ ID NO：521、SEQ ID NO：523、SEQID NO：525、SEQ ID NO：527、SEQ ID NO：529、SEQ ID NO：530和SEQ IDNO：531。在一些情况下，SEQ ID NO：510的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：510所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图16和序列表中提供了SEQ ID NO：533列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：535、SEQ ID NO：536、SEQ ID NO：538、SEQ ID NO：539、SEQ ID NO：541、SEQ ID NO：542、SEQID NO：543、SEQ ID NO：544、SEQ ID NO：545、SEQ ID NO：546、SEQ IDNO：547、SEQ ID NO：548、SEQ ID NO：550、SEQ ID NO：552、SEQ ID NO：553和SEQ ID NO：554。在一些情况下，SEQ ID NO：533的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：533所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图17和序列表中提供了SEQ ID NO：558列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：559、SEQ ID NO：560、SEQ ID NO：561、SEQ ID NO：562、SEQ ID NO：563、SEQ ID NO：564、SEQID NO：565、SEQ ID NO：566、SEQ ID NO：567、SEQ ID NO：569、SEQ IDNO：571、SEQ ID NO：572、SEQ ID NO：573、SEQ ID NO：575、SEQ IDNO：576、SEQ ID NO：577、SEQ ID NO：578、SEQ ID NO：579、SEQ IDNO：581、SEQ ID NO：583、SEQ ID NO：584、SEQ ID NO：585、SEQ IDNO：586、SEQ ID NO：588、SEQ ID NO：589、SEQ ID NO：590和SEQ IDNO：591。在一些情况下，SEQ ID NO：558的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：558所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图18和序列表中提供了SEQ ID NO：593列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：595、SEQ ID NO：597、SEQ ID NO：599、SEQ ID NO：601、SEQ ID NO：603、SEQ ID NO：605、SEQID NO：607、SEQ ID NO：609、SEQ ID NO：610和SEQ ID NO：611。在一些情况下，SEQ ID NO：593的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：593所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图19和序列表中提供了SEQ ID NO：613列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：615、SEQ ID NO：617、SEQ ID NO：618、SEQ ID NO：620、SEQ ID NO：622、SEQ ID NO：624、SEQID NO：626、SEQ ID NO：628、SEQ ID NO：630、SEQ ID NO：632、SEQ IDNO：634、SEQ ID NO：636、SEQ ID NO：638、SEQ ID NO：640、SEQ IDNO：642、SEQ ID NO：643和SEQ ID NO：644。在一些情况下，SEQ ID NO：613的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：613所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图20和序列表中提供了SEQ ID NO：646列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：648、SEQ ID NO：650、SEQ ID NO：652、SEQ ID NO：654、SEQ ID NO：656、SEQ ID NO：658、SEQID NO：660、SEQ ID NO：662、SEQ ID NO：664、SEQ ID NO：666、SEQ IDNO：668、SEQ ID NO：670、SEQ ID NO：672、SEQ ID NO：674、SEQ IDNO：676、SEQ ID NO：678、SEQ ID NO：679、SEQ ID NO：680、SEQ IDNO：681、SEQ ID NO：682、SEQ ID NO：683和SEQ ID NO：685。在一些情况下，SEQ ID NO：646的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：646所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图21和序列表中提供了SEQ ID NO：687列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：689、SEQ ID NO：691、SEQ ID NO：693、SEQ ID NO：694、SEQ ID NO：696、SEQ ID NO：697、SEQID NO：699、SEQ ID NO：701、SEQ ID NO：703、SEQ ID NO：705、SEQ IDNO：706、SEQ ID NO：708、SEQ ID NO：710、SEQ ID NO：712、SEQ IDNO：714、SEQ ID NO：716、SEQ ID NO：718、SEQ ID NO：720、SEQ IDNO：721、SEQ ID NO：722、SEQ ID NO：723、SEQ ID NO：724、SEQ IDNO：725、SEQ ID NO：726、SEQ ID NO：727和SEQ ID NO：728。在一些情况下，SEQ ID NO：687的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：687所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图22和序列表中提供了SEQ ID NO：730列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：732、SEQ ID NO：733、SEQ ID NO：735、SEQ ID NO：737、SEQ ID NO：738和SEQ ID NO：742。在一些情况下，SEQ ID NO：730的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：730所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图23和序列表中提供了SEQ ID NO：746列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：748、SEQ ID NO：750、SEQ ID NO：751、SEQ ID NO：753、SEQ ID NO：755、SEQ ID NO：757、SEQID NO：758、SEQ ID NO：760、SEQ ID NO：761、SEQ ID NO：762、SEQ IDNO：763、SEQ ID NO：765和SEQ ID NO：767。在一些情况下，SEQ ID NO：746的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：746所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图24和序列表中提供了SEQ ID NO：769列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：771、SEQ ID NO：773、SEQ ID NO：775、SEQ ID NO：777、SEQ ID NO：779、SEQ ID NO：781、SEQID NO：783、SEQ ID NO：785、SEQ ID NO：787、SEQ ID NO：789和SEQ IDNO：790。在一些情况下，SEQ ID NO：769的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：769所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图25和序列表中提供了SEQ ID NO：792列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：794、SEQ ID NO：796、SEQ ID NO：798、SEQ ID NO：799、SEQ ID NO：801、SEQ ID NO：803、SEQID NO：805、SEQ ID NO：807、SEQ ID NO：808、SEQ ID NO：810、SEQ IDNO：812、SEQ ID NO：814、SEQ ID NO：816、SEQ ID NO：818、SEQ IDNO：819、SEQ ID NO：820、SEQ ID NO：821和SEQ ID NO：822。在一些情况下，SEQ ID NO：792的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：792所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图26和序列表中提供了SEQ ID NO：824列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括但不限于SEQ ID NO：826、SEQ IDNO：1696、SEQ ID NO：1698、SEQ ID NO：1700、SEQ ID NO：1702、SEQID NO：1704、SEQ ID NO：1706、SEQ ID NO：1708、SEQ ID NO：1710、SEQID NO：1711、SEQ ID NO：1713、SEQ ID NO：1714、SEQ ID NO：1715和SEQID NO：1716。在一些情况下，SEQ ID NO：824的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：824所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图27和序列表中提供了SEQ ID NO：828列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：830、SEQ ID NO：832、SEQ ID NO：834、SEQ ID NO：836、SEQ ID NO：837、SEQ ID NO：838、SEQID NO：839、SEQ ID NO：840、SEQ ID NO：842、SEQ ID NO：844、SEQ IIDNO：845、SEQ ID NO：846、SEQ ID NO：847、SEQ ID NO：848、SEQ IDNO：849、SEQ ID NO：850和SEQ ID NO：851。在一些情况下，SEQ ID NO：828的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：828所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图28和序列表中提供了SEQ ID NO：855列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：856、SEQ ID NO：858、SEQ ID NO：860、SEQ ID NO：862、SEQ ID NO：864、SEQ ID NO：866、SEQID NO：868、SEQ ID NO：870、SEQ ID NO：872、SEQ ID NO：874、SEQ IDNO：876、SEQ ID NO：878、SEQ ID NO：880、SEQ ID NO：882、SEQ IDNO：884、SEQ ID NO：885、SEQ ID NO：886、SEQ ID NO：887、SEQ ID NO：888和SEQ ID NO：889。在一些情况下，SEQ ID NO：855的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：855所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图29和序列表中提供了SEQ ID NO：891列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：893、SEQ ID NO：894、SEQ ID NO：895、SEQ ID NO：896、SEQ ID NO：898、SEQ ID NO：900、SEQID NO：901、SEQ ID NO：902、SEQ ID NO：903、SEQ ID NO：904、SEQ IDNO：905、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：908、SEQ ID NO：909、SEQ IDNO：910、SEQ ID NO：911、SEQ ID NO：912、SEQ ID NO：913、SEQ ID NO：914和SEQ ID NO：915。在一些情况下，SEQ ID NO：891的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：891所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图30和序列表中提供了SEQ ID NO：917列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：919、SEQ ID NO：921、SEQ ID NO：923、SEQ ID NO：925、SEQ ID NO：927、SEQ ID NO：929、SEQID NO：931、SEQ ID NO：933、SEQ ID NO：935、SEQ ID NO：937、SEQ IDNO：939和SEQ ID NO：940。在一些情况下，SEQ ID NO：917的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：917所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图31和序列表中提供了SEQ ID NO：944列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：946、SEQ ID NO：947、SEQ ID NO：948、SEQ ID NO：950、SEQ ID NO：952、SEQ ID NO：954、SEQID NO：956、SEQ ID NO：958、SEQ ID NO：960、SEQ ID NO：962、SEQ IDNO：964、SEQ ID NO：966、SEQ ID NO：967、SEQ ID NO：968、SEQ IDNO：969、SEQ ID NO：970、SEQ ID NO：972和SEQ ID NO：974。在一些情况下，SEQ ID NO：944的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：944所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图32和序列表中提供了SEQ ID NO：976列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括但不限于SEQ ID NO：978和SEQID NO：980。在一些情况下，SEQ ID NO：976的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：976所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图33和序列表中提供了SEQ ID NO：982列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：984、SEQ ID NO：985、SEQ ID NO：986、SEQ ID NO：987、SEQ ID NO：988、SEQ ID NO：989、SEQID NO：990、SEQ ID NO：991、SEQ ID NO：992、SEQ ID NO：993、SEQ IDNO：995、SEQ ID NO：996、SEQ ID NO：998、SEQ ID NO：1000、SEQ IDNO：1001、SEQ ID NO：1003、SEQ ID NO：1005、SEQ ID NO：1007、SEQ IDNO：1008、SEQ ID NO：1009、SEQ ID NO：1011、SEQ ID NO：1013、SEQ IDNO：1015、SEQ ID NO：1016、SEQ ID NO：1018、SEQ ID NO：1019、SEQ IDNO：1021、SEQ ID NO：1023、SEQ ID NO：1025、SEQ ID NO：1026、SEQ IDNO：1027、SEQ ID NO：1028、SEQ ID NO：1029、SEQ ID NO：1030、SEQID NO：1031、SEQ ID NO：1032和SEQ ID NO：1033。在一些情况下，SEQID NO：982的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：982所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图34和序列表中提供了SEQ ID NO：1054列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1055、SEQ ID NO：1057、SEQ ID NO：1058、SEQ ID NO：1059、SEQ ID NO：1061、SEQ IDNO：1063、SEQ ID NO：1065、SEQ ID NO：1067、SEQ ID NO：1068、SEQ IDNO：1070、SEQ ID NO：1071、SEQ ID NO：1072、SEQ ID NO：1074、SEQ IDNO：1075、SEQ ID NO：1076、SEQ ID NO：1077、SEQ ID NO：1078、SEQID NO：1080、SEQ ID NO：1082、SEQ ID NO：1083、SEQ ID NO：1085、SEQ ID NO：1086、SEQ ID NO：1087、SEQ ID NO：1088、SEQ ID NO：1089、SEQ ID NO：1090、SEQ ID NO：1091、SEQ ID NO：1092、SEQ ID NO：1093、SEQ ID NO：1094、SEQ ID NO：1095和SEQ ID NO：1097。在一些情况下，SEQ ID NO：1054的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1054所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图35和序列表中提供了SEQ ID NO：1099列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1101、SEQ ID NO：1103、SEQ ID NO：1104、SEQ ID NO：1105、SEQ ID NO：1106、SEQ ID NO：1108、SEQ ID NO：1109和SEQ ID NO：1110。在一些情况下，SEQ ID NO：1099的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1099所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图36和序列表中提供了SEQ ID NO：1112列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1113和SEQ ID NO：1114。在一些情况下，SEQ ID NO：1112的功能同系物的氨基酸序列与SEQID NO：1112所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图37和序列表中提供了SEQ ID NO：1116列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1118、SEQ ID NO：1120、SEQ ID NO：1122、SEQ ID NO：1123、SEQ ID NO：1125、SEQ ID NO：1126、SEQ ID NO：1128、SEQ ID NO：1129、SEQ ID NO：1131、SEQ IDNO：1132、SEQ ID NO：1133、SEQ ID NO：1134、SEQ ID NO：1136、SEQ IDNO：1138、SEQ ID NO：1140、SEQ ID NO：1141、SEQ ID NO：1142、SEQ IDNO：1143、SEQ ID NO：1144、SEQ ID NO：1145、SEQ ID NO：1147、SEQID NO：1149、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1153和SEQ ID NO：1155。在一些情况下，SEQ ID NO：1116的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1116所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图38和序列表中提供了SEQ ID NO：1159列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1161、SEQ IDNO：1162、SEQ ID NO：1163和SEQ ID NO：1164。在一些情况下，SEQ IDNO：1159的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1159所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图39和序列表中提供了SEQ ID NO：1166列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1167、SEQ IDNO：1169、SEQ ID NO：1171、SEQ ID NO：1173、SEQ ID NO：1175、SEQ IDNO：1177、SEQ ID NO：1179、SEQ ID NO：1180、SEQ ID NO：1182和SEQ IDNO：1183。在一些情况下，SEQ ID NO：1166的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1166所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图40和序列表中提供了SEQ ID NO：1185列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1187、SEQ IDNO：1189、SEQ ID NO：1190、SEQ ID NO：1191和SEQ ID NO：1192。在一些情况下，SEQ ID NO：1185的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1185所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图41和序列表中提供了SEQ ID NO：1194列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1196、SEQ ID NO：1198、SEQ ID NO：1200、SEQ ID NO：1202、SEQ ID NO：1203、SEQ ID NO：1204、SEQ ID NO：1205、SEQ ID NO：1206、SEQ ID NO：1207和SEQ ID NO：1208。在一些情况下，SEQ ID NO：1194的功能同系物的氨基酸序列与SEQID NO：1194所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图42和序列表中提供了SEQ ID NO：1210列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1211、SEQ IDNO：1213、SEQ ID NO：1215、SEQ ID NO：1216、SEQ ID NO：1218、SEQ IDNO：1220、SEQ ID NO：1222、SEQ ID NO：1224、SEQ ID NO：1226、SEQ IDNO：1228、SEQ ID NO：1229、SEQ ID NO：1230、SEQ ID NO：1232、SEQID NO：1233、SEQ ID NO：1234、SEQ ID NO：1235、SEQ ID NO：1236、SEQ ID NO：1237、SEQ ID NO：1238、SEQ ID NO：1239、SEQ ID NO：1240、SEQ ID NO：1241、SEQ ID NO：1242、SEQ ID NO：1243、SEQ ID NO：1244、SEQ ID NO：1245、SEQ ID NO：1246、SEQ ID NO：1247、SEQ ID NO：1248、SEQ ID NO：1249、SEQ ID NO：1251、SEQ ID NO：1253、SEQ ID NO：1255、SEQ ID NO：1257、SEQ ID NO：1259、SEQ ID NO：1261、SEQ ID NO：1263、SEQ ID NO：1264、SEQ ID NO：1265、SEQ ID NO：1266、SEQ ID NO：1267、SEQ ID NO：1268、SEQ ID NO：1269、SEQ ID NO：1270、SEQ ID NO：1271和SEQ ID NO：1272。在一些情况下，SEQ ID NO：1210的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1210所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图43和序列表中提供了SEQ ID NO：1274列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1276、SEQ ID NO：1278、SEQ ID NO：1280、SEQ ID NO：1281、SEQ ID NO：1282、SEQ IDNO：1284、SEQ ID NO：1285、SEQ ID NO：1287、SEQ ID NO：1289、SEQ IDNO：1291、SEQ ID NO：1293、SEQ ID NO：1294、SEQ ID NO：1295、SEQ IDNO：1296、SEQ ID NO：1297、SEQ ID NO：1298和SEQ ID NO：1300。在一些情况下，SEQ ID NO：1274的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1274所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图44和序列表中提供了SEQ ID NO：1302列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1303、SEQ ID NO：1305、SEQ ID NO：1307、SEQ ID NO：1309、SEQ ID NO：1311、SEQ IDNO：1312、SEQ ID NO：1313、SEQ ID NO：1314、SEQ ID NO：1315、SEQ IDNO：1317、SEQ ID NO：1318、SEQ ID NO：1319、SEQ ID NO：1320、SEQ IDNO：1321、SEQ ID NO：1322、SEQ ID NO：1323、SEQ ID NO：1324、SEQ IDNO：1325、SEQ ID NO：1326、SEQ ID NO：1327、SEQ ID NO：1328、SEQID NO：1330、SEQ ID NO：1331、SEQ ID NO：1333、SEQ ID NO：1334、SEQID NO：1335、SEQ ID NO：1336、SEQ ID NO：1337、SEQ ID NO：1338、SEQID NO：1339和SEQ ID NO：1340。在一些情况下，SEQ ID NO：1302的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1302所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图45和序列表中提供了SEQ ID NO：1342列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1344、SEQ ID NO：1346、SEQ ID NO：1348、SEQ ID NO：1350、SEQ ID NO：1352、SEQ ID NO：1354、SEQ ID NO：1355、SEQ ID NO：1357、SEQ ID NO：1358、SEQ IDNO：1360、SEQ ID NO：1361、SEQ ID NO：1362、SEQ ID NO：1363、SEQ IDNO：1364、SEQ ID NO：1366、SEQ ID NO：1367、SEQ ID NO：1369、SEQ IDNO：1370、SEQ ID NO：1371、SEQ ID NO：1372、SEQ ID NO：1373、SEQ IDNO：1374、SEQ ID NO：1375、SEQ ID NO：1376、SEQ ID NO：1377、SEQ IDNO：1378、SEQ ID NO：1379、SEQ ID NO：1380、SEQ ID NO：1381、SEQ IDNO：1382和SEQ ID NO：1383。在一些情况下，SEQ ID NO：1342的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1342所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图46和序列表中提供了SEQ ID NO：1385列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1387、SEQ ID NO：1389、SEQ ID NO：1390、SEQ ID NO：1391、SEQ ID NO：1393、SEQ IDNO：1394、SEQ ID NO：1395、SEQ ID NO：1396、SEQ ID NO：1398、SEQ IDNO：1400、SEQ ID NO：1401、SEQ ID NO：1402、SEQ ID NO：1403、SEQ IDNO：1404、SEQ ID NO：1405和SEQ ID NO：1407。在一些情况下，SEQ IDNO：1385的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1385所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图47和序列表中提供了SEQ ID NO：1409列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1411、SEQ IDNO：1413、SEQ ID NO：1415、SEQ ID NO：1417、SEQ ID NO：1418、SEQ IDNO：1419、SEQ ID NO：1421、SEQ ID NO：1423、SEQ ID NO：1424、SEQ IDNO：1425和SEQ ID NO：1426。在一些情况下，SEQ ID NO：1409的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1409所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图48和序列表中提供了SEQ ID NO：1428列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1430、SEQ ID NO：1432、SEQ ID NO：1434、SEQ ID NO：1436、SEQ ID NO：1439、SEQ ID NO：1442、SEQ ID NO：1444、SEQ ID NO：1446、SEQ ID NO：1448、SEQ ID NO：1450、SEQ ID NO：1452、SEQ ID NO：1453、SEQ ID NO：1454、SEQ ID NO：1455、SEQ ID NO：1456、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1458和SEQ ID NO：1459。在一些情况下，SEQ ID NO：1428的功能同系物的氨基酸序列与SEQID NO：1428所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图49和序列表中提供了SEQ ID NO：1463列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1465、SEQ ID NO：1467、SEQ ID NO：1469、SEQ ID NO：1471、SEQ ID NO：1473、SEQ ID NO：1474、SEQ ID NO：1475、SEQ ID NO：1476和SEQ ID NO：1477。在一些情况下，SEQ ID NO：1463的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1463所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图50和序列表中提供了SEQ ID NO：1491列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1493、SEQ ID NO：1495、SEQ ID NO：1497、SEQ ID NO：1499、SEQ ID NO：1501、SEQ IDNO：1503、SEQ ID NO：1504、SEQ ID NO：1505、SEQ ID NO：1506和SEQ IDNO：1508。在一些情况下，SEQ ID NO：1491的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1491所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图51和序列表中提供了SEQ ID NO：1510列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1512、SEQ IDNO：1514、SEQ ID NO：1516、SEQ ID NO：1518、SEQ ID NO：1520、SEQ IDNO：1522和SEQ ID NO：1523。在一些情况下，SEQ ID NO：1510的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1510所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图52和序列表中提供了SEQ ID NO：1525列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1527、SEQ ID NO：1529、SEQ ID NO：1530、SEQ ID NO：1532、SEQ ID NO：1534和SEQ ID NO：1535。在一些情况下，SEQ ID NO：1525的功能同系物的氨基酸序列与SEQID NO：1525所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图53和序列表中提供了SEQ ID NO：1537列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1539、SEQ IDNO：1540、SEQ ID NO：1541、SEQ ID NO：1543、SEQ ID NO：1545、SEQ IDNO：1547、SEQ ID NO：1548、SEQ ID NO：1550、SEQ ID NO：1552、SEQID NO：2386、SEQ ID NO：2388、SEQ ID NO：2390、SEQ ID NO：2391和SEQID NO：2392。在一些情况下，SEQ ID NO：1537的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1537所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图54和序列表中提供了SEQ ID NO：1554列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1555、SEQ ID NO：1557、SEQ ID NO：1559、SEQ ID NO：1561、SEQ ID NO：1563、SEQ IDNO：1565、SEQ ID NO：1567、SEQ ID NO：1569、SEQ ID NO：1571、SEQ IDNO：1572、SEQ ID NO：1573、SEQ ID NO：1574和SEQ ID NO：1575。在一些情况下，SEQ ID NO：1554的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1554所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图55和序列表中提供了SEQ ID NO：1577列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：1035、SEQ ID NO：1036、SEQ ID NO：1037、SEQ ID NO：1040、SEQ ID NO：1041、SEQ ID NO：1043、SEQ ID NO：1044、SEQ ID NO：1046、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1048、SEQ ID NO：1050、SEQ ID NO：1440、SEQ ID NO：1480、SEQ IDNO：1481、SEQ ID NO：1482、SEQ ID NO：1483、SEQ ID NO：1484、SEQ IDNO：1485、SEQ ID NO：1486、SEQ ID NO：1487、SEQ ID NO：1488、SEQID NO：1578、SEQ ID NO：1580、SEQ ID NO：1582、SEQ ID NO：1584、SEQ ID NO：1586、SEQ ID NO：1588、SEQ ID NO：1590、SEQ ID NO：1592、SEQ ID NO：1594、SEQ ID NO：1596、SEQ ID NO：1598、SEQ ID NO：1599、SEQ ID NO：1601、SEQ ID NO：1602、SEQ ID NO：1605、SEQ ID NO：1607、SEQ ID NO：1608、SEQ ID NO：1609、SEQ ID NO：1611、SEQ ID NO：1613、SEQ ID NO：1615、SEQ ID NO：1617、SEQ ID NO：1619、SEQ ID NO：1621、SEQ ID NO：1622、SEQ ID NO：1623、SEQ ID NO：1624、SEQ ID NO：1625、SEQ ID NO：1627、SEQ ID NO：1629、SEQ ID NO：1631、SEQ ID NO：1633、SEQ ID NO：1635、SEQ ID NO：1637、SEQ ID NO：1639、SEQ ID NO：1643、SEQ ID NO：1645、SEQ ID NO：1648、SEQ ID NO：1649、SEQ ID NO：1651和SEQ ID NO：1653。在一些情况下，SEQ ID NO：1577的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1577所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图56和序列表中提供了SEQ ID NO：1437列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：173、SEQ ID NO：212、SEQ ID NO：361、SEQ ID NO：421、SEQ ID NO：443、SEQ ID NO：740、SEQID NO：744、SEQ ID NO：942和SEQ ID NO：1461。在一些情况下，SEQ IDNO：1437的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：1437所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

图57和序列表中提供了SEQ ID NO：97列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO：2010、SEQ ID NO：2011、SEQ ID NO：2013、SEQ ID NO：2015、SEQ ID NO：2017。在一些情况下，SEQ ID NO：97的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO：97所列氨基酸序列具有至少20％的序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性。

低氮耐受调节多肽中保守区的鉴定促进低氮耐受调节多肽变体的产生。低氮耐受调节多肽的变体通常在一级氨基酸序列中具有10个或更少的保守氨基酸取代，例如7个或更少的保守氨基酸取代，5个或更少的保守氨基酸取代，或者1至5个保守取代。可基于图1-57所列比对之一和/或序列表中鉴定的同系物构建有用的变体多肽。这种多肽包括保守区，以图中所示顺序从氨基末端到羧基末端排列。这种多肽还可以在短划线标记的位置包括0、1或多于1个的氨基酸。当短划线标记位置不存在氨基酸时，这种多肽的长度是所有保守区中的氨基酸残基的总和。当短划线标记的所有位置存在氨基酸时，这种多肽的长度是所有保守区和所有短划线处的氨基酸残基的总和。

C.HMMER鉴定的功能同系物

在一些实施方案中，有用的低氮耐受调节多肽包括拟合基于图1-57任一个所列多肽的隐马尔可夫模型的那些。隐马尔可夫模型(HMM)是一组功能同系物的共有序列的统计模型。参见Durbin等.(1998)BiologicalSequence Analysis：Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids(生物序列分析：蛋白质和核酸的可能模型)，Cambridge University Press，Cambridge，UK。HMM通过具有默认程序参数的程序HMMER 2.3.2产生，使用功能同系物组的序列作为输入。多序列比对通过ProbCons(Do等.(2005)Genome Res.、15(2)：330-40)版本1.11产生，使用一组默认参数：-c、--一致性REPS为2；-ir、--迭代改进REPS为100；-pre、一预培训REPS为0。ProbConss是Stanford University提供的共用软件程序。

构建HMM(hmmbuild)的默认参数如下：MAP组织构造使用的默认“优先组织”(archpri)是0.85，且用于确定有效序列号的默认截止阈值(idlevel)是0.62。HMMER 2.3.2根据GNU通用公共许可在2003年10月3日发布，并且可获自万维网上多种来源，例如hmmer.janelia.org；hmmer.wustl.edu；和fr.com/hmmer232/。Hmmbuild输出文本文件的模型。

一组功能同系物的HMM可用于确定如下可能性：候选低氮耐受调节多肽序列与拟合使用结构或功能上不相关的一组序列产生的无效HMM相比，更好地拟合该特定HMM。候选多肽序列比拟合无效HMM更好地拟合一种HMM的可能性由HMM二进制值表明，HMM二进制值是候选序列使用HMMER hmmsearch程序拟合HMM概况时产生的数值。当运行hmmsearch时使用下述默认参数：默认的截止E值(E)是10.0，默认的截止二进制值(T)是负无穷，默认的数据库序列数(Z)是数据库中实际序列数，每个域分级匹配列表(per-domainranked hit list)的默认截止E值(domE)是无穷大，且每个域分级匹配列表的默认截止二进制值(domT)是负无穷。高HMM二进制值表明下述更大的可能性：候选多肽实施用来产生HMM的多肽的生化或生理功能的一种或多种。高HMM二进制值是至少20，并且通常更高。特定序列的HMM二进制值的略微变化可能由于诸如下述因素而发生：序列通过多序列比对算法(例如ProbCons程序)进行比对的顺序。然而，这种HMM二进制值变化很小。

下文讨论的低氮耐受调节多肽以大于20(例如，大于30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400或500)的HMM二进制值拟合所示HMM。在一些实施方案中，下文讨论的低氮耐受调节多肽的HMM二进制值是本申请序列表提供的功能同系物的HMM二进制值的约50％、60％、70％、80％、90％或95％。在一些实施方案中，下文讨论的低氮耐受调节多肽以大于20的HMM二进制值拟合所示HMM，并且具有指示低氮耐受调节多肽的结构域。在一些实施方案中，下文讨论的低氮耐受调节多肽以大于20的HMM二进制值拟合所示HMM，并且与图1-57任一个所示氨基酸序列具有70％或更高序列同一性(例如75％、80％、85％、90％、95％或100％序列同一性)。

序列表中显示拟合图1所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过800的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ IDNO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：31、SEQ IDNO：33、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：39、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：41、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：43、SEQ IDNO：44、SEQ ID NO：45、SEQ ID NO：46和SEQ ID NO：47。

序列表中显示拟合图2所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过150的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：49、SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：53、SEQ ID NO：55、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：62、SEQ ID NO：63、SEQ IDNO：64、SEQ ID NO：65、SEQ ID NO：67、SEQ ID NO：69、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：71、SEQ ID NO：72、SEQ ID NO：73和SEQ ID NO：75。

序列表中显示拟合图3所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过540的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：77、SEQ ID NO：78、SEQ ID NO：80、SEQ ID NO：82、SEQ ID NO：84、SEQ ID NO：85、SEQ ID NO：87、SEQ ID NO：88、SEQ ID NO：90、SEQ IDNO：92、SEQ ID NO：93、SEQ ID NO：95和SEQ ID NO：1479。

序列表中显示拟合图4所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过210的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：100、SEQ ID NO：101、SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：104、SEQ IDNO：106、SEQ ID NO：108、SEQ ID NO：110、SEQ ID NOrlll、SEQ ID NO：113、SEQ ID NO：115、SEQ ID NO：116、SEQ IDNO：117、SEQ ID NO：118、SEQID NO：119、SEQ ID NO：120、SEQ ID NO：121、SEQ ID NO：122、SEQ IDNO：123、SEQ ID NO：125、SEQ ID NO：126、SEQ ID NO：128、SEQ IDNO：129、SEQ ID NO：130、SEQ ID NO：131、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：133、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：135、SEQ ID NO：137、SEQ ID NO：139、SEQ ID NO：141、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、SEQ ID NO：145、SEQID NO：146、SEQ ID NO：147、SEQ ID NO：148、SEQ ID NO：149和SEQ IDNO：150。

序列表中显示拟合图5所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过90的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：152、SEQ ID NO：154、SEQ ID NO：156、SEQ ID NO：158、SEQ IDNO：160、SEQ ID NO：162和SEQ ID NO：164。

序列表中显示拟合图6所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过230的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：166、SEQ ID NO：168、SEQ ID NO：170、SEQ ID NO：172、SEQ IDNO：174、SEQ ID NO：177、SEQ ID NO：179、SEQ ID NO：181、SEQ ID NO：182、SEQ ID NO：183、和SEQ ID NO：184。

序列表中显示拟合图7所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过90的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：186、SEQ ID NO：188、SEQ ID NO：190、SEQ ID NO：191、SEQ ID NO：193、SEQ ID NO：194、SEQ ID NO：196、SEQ ID NO：197、SEQ ID NO：199、SEQ ID NO：201、SEQ ID NO：203、SEQ ID NO：204、SEQ ID NO：205和SEQID NO：206。

序列表中显示拟合图8所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过380的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：208、SEQ ID NO：209、SEQ ID NO：210、SEQ ID NO：214和SEQ IDNO：216。

序列表中显示拟合图9所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过110的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：218、SEQ ID NO：220、SEQ ID NO：222、SEQ ID NO：223、SEQ IDNO：225、SEQ ID NO：227、SEQ ID NO：229、SEQ ID NO：230、SEQ IDNO：231、SEQ ID NO：232、SEQ ID NO：1039、SEQ ID NO：1049和SEQ IDNO：1052。

序列表中显示拟合图10所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过220的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：234、SEQ ID NO：236、SEQ ID NO：238、SEQ ID NO：239、SEQ IDNO：241、SEQ ID NO：242、SEQ ID NO：243和SEQ ID NO：244。

序列表中显示拟合图11所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过150的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：246、SEQ ID NO：248、SEQ ID NO：249、SEQ ID NO：251、SEQ IDNO：253、SEQ ID NO：255、SEQ ID NO：257、SEQ ID NO：259、SEQ IDNO：260、SEQ ID NO：262、SEQ ID NO：264、SEQ ID NO：265、SEQ IDNO：267、SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ ID NO：272、SEQ IDNO：274、SEQ ID NO：276、SEQ ID NO：277、SEQ ID NO：279、SEQ IDNO：281、SEQ ID NO：283、SEQ ID NO：285、SEQ ID NO：286、SEQ IDNO：287、SEQ ID NO：288、SEQ ID NO：290、SEQ ID NO：291、SEQ IDNO：292、SEQ ID NO：293、SEQ ID NO：296和SEQ ID NO：298。

序列表中显示拟合图12所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过950的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：300、SEQ ID NO：302、SEQ ID NO：304、SEQ ID NO：306、SEQ IDNO：308、SEQ ID NO：310、SEQ ID NO：312、SEQ ID NO：314、SEQ IDNO：316、SEQ ID NO：318、SEQ ID NO：319、SEQ ID NO：320、SEQ IDNO：321、SEQ ID NO：322、SEQ ID NO：323、SEQ ID NO：325、SEQ ID NO：327和SEQ ID NO：329。

序列表中显示拟合图13所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过460的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：332、SEQ ID NO：334、SEQ ID NO：335、SEQ ID NO：336、SEQ IDNO：338、SEQ ID NO：339、SEQ ID NO：341、SEQ ID NO：342、SEQ IDNO：343、SEQ ID NO：344、SEQ ID NO：345、SEQ ID NO：346、SEQ IDNO：347、SEQ ID NO：348、SEQ ID NO：349、SEQ ID NO：351、SEQ IDNO：352、SEQ ID NO：353、SEQ ID NO：354、SEQ ID NO：355、SEQ IDNO：356、SEQ ID NO：357、SEQ ID NO：358、SEQ ID NO：359、SEQ IDNO：360、SEQ ID NO：362、SEQ ID NO：363、SEQ ID NO：364、SEQ IDNO：365、SEQ ID NO：366、SEQ ID NO：2541、SEQ ID NO：2542、SEQ IDNO：2543、SEQ ID NO：2544、SEQ ID NO：2546、SEQ ID NO：2548、SEQ IDNO：2549、SEQ ID NO：2550、SEQ ID NO：2551、SEQ ID NO：2552和SEQ IDNO：2553。

序列表中显示拟合图14所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过150的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：368、SEQ ID NO：369、SEQ ID NO：370、SEQ ID NO：371、SEQ IDNO：372、SEQ ID NO：373、SEQ ID NO：374、SEQ ID NO：376、SEQ IDNO：378、SEQ ID NO：380、SEQ ID NO：382、SEQ ID NO：384、SEQ IDNO：386、SEQ ID NO：388、SEQ ID NO：390、SEQ ID NO：392、SEQ IDNO：394、SEQ ID NO：396、SEQ ID NO：398、SEQ ID NO：399、SEQ IDNO：401、SEQ ID NO：403、SEQ ID NO：404、SEQ ID NO：406、SEQ IDNO：408、SEQ ID NO：410、SEQ ID NO：412、SEQ ID NO：414、SEQ IDNO：416、SEQ ID NO：418、SEQ ID NO：419、SEQ ID NO：420、SEQ IDNO：422、SEQ ID NO：423、SEQ ID NO：425、SEQ ID NO：427、SEQ IDNO：428、SEQ ID NO：430、SEQ ID NO：432、SEQ ID NO：433、SEQ IDNO：434、SEQ ID NO：435、SEQ ID NO：436、SEQ ID NO：437、SEQ IDNO：438、SEQ ID NO：439、SEQ ID NO：440、SEQ ID NO：441、SEQ IDNO：444、SEQ ID NO：445、SEQ ID NO：446、SEQ ID NO：447、SEQ IDNO：448、SEQ ID NO：449、SEQ ID NO：450、SEQ ID NO：451、SEQ IDNO：452、SEQ ID NO：453、SEQ ID NO：454、SEQ ID NO：455、SEQ IDNO：456、SEQ ID NO：458、SEQ ID NO：459、SEQ ID NO：461、SEQ IDNO：463、SEQ ID NO：465、SEQ ID NO：467、SEQ ID NO：469、SEQ IDNO：471、SEQ ID NO：473、SEQ ID NO：474、SEQ ID NO：475、SEQ IDNO：477、SEQ ID NO：479、SEQ ID NO：481、SEQ ID NO：483、SEQ IDNO：485、SEQ ID NO：487、SEQ ID NO：488、SEQ ID NO：489、SEQ IDNO：490、SEQ ID NO：491、SEQ ID NO：492、SEQ ID NO：494、SEQ IDNO：495、SEQ ID NO：496、SEQ ID NO：497、SEQ ID NO：498、SEQ IDNO：499、SEQ ID NO：500、SEQ ID NO：501、SEQ ID NO：502、SEQ IDNO：504、SEQ ID NO：505、SEQ ID NO：506、SEQ ID NO：507和SEQ IDNO：508。

序列表中显示拟合图15所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过410的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：510、SEQ ID NO：511、SEQ ID NO：513、SEQ ID NO：515、SEQ IDNO：517、SEQ ID NO：521、SEQ ID NO：523、SEQ ID NO：525、SEQ IDNO：527、SEQ ID NO：529、SEQ ID NO：530和SEQ ID NO：531。

序列表中显示拟合图16所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过520的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：533、SEQ ID NO：535、SEQ ID NO：536、SEQ ID NO：538、SEQ IDNO：539、SEQ ID NO：541、SEQ ID NO：542、SEQ ID NO：543、SEQ IDNO：544、SEQ ID NO：545、SEQ ID NO：546、SEQ ID NO：547、SEQ IDNO：548、SEQ ID NO：550、SEQ ID NO：552、SEQ ID NO：553和SEQ IDNO：554。

序列表中显示拟合图17所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过1150的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：559、SEQ ID NO：560、SEQ ID NO：561、SEQID NO：562、SEQ ID NO：563、SEQ ID NO：564、SEQ ID NO：565、SEQ IDNO：566、SEQ ID NO：567、SEQ ID NO：569、SEQ ID NO：571、SEQ IDNO：572、SEQ ID NO：573、SEQ ID NO：575、SEQ ID NO：576、SEQ IDNO：577、SEQ ID NO：578、SEQ ID NO：579、SEQ ID NO：581、SEQ IDNO：583、SEQ ID NO：584、SEQ ID NO：585、SEQ ID NO：586、SEQ IDNO：588、SEQ ID NO：589、SEQ ID NO：590和SEQ ID NO：591。

序列表中显示拟合图18所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过340的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：593、SEQ ID NO：595、SEQ ID NO：597、SEQ ID NO：599、SEQ IDNO：601、SEQ ID NO：603、SEQ ID NO：605、SEQ ID NO：607、SEQ IDNO：609、SEQ ID NO：610和SEQ ID NO：611。

序列表中显示拟合图19所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过140的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：613、SEQ ID NO：615、SEQ ID NO：617、SEQ ID NO：618、SEQ IDNO：620、SEQ ID NO：622、SEQ ID NO：624、SEQ ID NO：626、SEQ IDNO：628、SEQ ID NO：630、SEQ ID NO：632、SEQ ID NO：634、SEQ IDNO：636、SEQ ID NO：638、SEQ ID NO：640、SEQ ID NO：642、SEQ ID NO：643和SEQ ID NO：644。

序列表中显示拟合图20所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过250的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：646、SEQ ID NO：648、SEQ ID NO：650、SEQ ID NO：652、SEQ IDNO：654、SEQ ID NO：656、SEQ ID NO：658、SEQ ID NO：660、SEQ IDNO：662、SEQ ID NO：664、SEQ ID NO：666、SEQ ID NO：668、SEQ IDNO：670、SEQ ID NO：672、SEQ ID NO：674、SEQ ID NO：676、SEQ IDNO：678、SEQ ID NO：679、SEQ ID NO：680、SEQ ID NO：681、SEQ IDNO：682、SEQ ID NO：683和SEQ ID NO：685。

序列表中显示拟合图21所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过170的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：687、SEQ ID NO：689、SEQ ID NO：691、SEQ ID NO：693、SEQ IDNO：694、SEQ ID NO：696、SEQ ID NO：697、SEQ ID NO：699、SEQ IDNO：701、SEQ ID NO：703、SEQ ID NO：705、SEQ ID NO：706、SEQ IDNO：708、SEQ ID NO：710、SEQ ID NO：712、SEQ ID NO：714、SEQ IDNO：716、SEQ ID NO：718、SEQ ID NO：720、SEQ ID NO：721、SEQ IDNO：722、SEQ ID NO：723、SEQ ID NO：724、SEQ ID NO：725、SEQ IDNO：726、SEQ ID NO：727和SEQ ID NO：728。

序列表中显示拟合图22所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过210的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：730、SEQ ID NO：732、SEQ ID NO：733、SEQ ID NO：735、SEQ IDNO：737、SEQ ID NO：738和SEQ ID NO：742。

序列表中显示拟合图23所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过230的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：746、SEQ ID NO：748、SEQ ID NO：750、SEQ ID NO：751、SEQ IDNO：753、SEQ ID NO：755、SEQ ID NO：757、SEQ ID NO：758、SEQ IDNO：760、SEQ ID NO：761、SEQ ID NO：762、SEQ ID NO：763、SEQ ID NO：765和SEQ ID NO：767。

序列表中显示拟合图24所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过180的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：769、SEQ ID NO：771、SEQ ID NO：773、SEQ ID NO：775、SEQ IDNO：777、SEQ ID NO：779、SEQ ID NO：781、SEQ ID NO：783、SEQ IDNO：785、SEQ ID NO：787、SEQ ID NO：789和SEQ ID NO：790。

序列表中显示拟合图25所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过300的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：792、SEQ ID NO：794、SEQ ID NO：796、SEQ ID NO：798、SEQ IDNO：799、SEQ ID NO：801、SEQ ID NO：803、SEQ ID NO：805、SEQ IDNO：807、SEQ ID NO：808、SEQ ID NO：810、SEQ ID NO：812、SEQ IDNO：814、SEQ ID NO：816、SEQ ID NO：818、SEQ ID NO：819、SEQ IDNO：820、SEQ ID NO：821和SEQ ID NO：822。

序列表中显示拟合图26所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过190的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：824、SEQ ID NO：826、SEQ ID NO：1696、SEQ ID NO：1698、SEQ IDNO：1700、SEQ ID NO：1702、SEQ ID NO：1704、SEQ ID NO：1706、SEQID NO：1708、SEQ ID NO：1710、SEQ ID NO：1711、SEQ ID NO：1713、SEQID NO：1714、SEQ ID NO：1715和SEQ ID NO：1716。

序列表中显示拟合图27所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过630的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：828、SEQ ID NO：830、SEQ ID NO：832、SEQ ID NO：834、SEQ IDNO：836、SEQ ID NO：837、SEQ ID NO：838、SEQ ID NO：839、SEQ IDNO：840、SEQ ID NO：842、SEQ ID NO：844、SEQ ID NO：845、SEQ IDNO：846、SEQ ID NO：847、SEQ ID NO：848、SEQ ID NO：849、SEQ ID NO：850和SEQ ID NO：851。

序列表中显示拟合图28所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过95的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：855、SEQ ID NO：856、SEQ ID NO：858、SEQ ID NO：860、SEQ IDNO：862、SEQ ID NO：864、SEQ ID NO：866、SEQ ID NO：868、SEQ IDNO：870、SEQ ID NO：872、SEQ ID NO：874、SEQ ID NO：876、SEQ IDNO：878、SEQ ID NO：880、SEQ ID NO：882、SEQ ID NO：884、SEQ IDNO：885、SEQ ID NO：886、SEQ ID NO：887、SEQ ID NO：888和SEQ IDNO：889。

序列表中显示拟合图29所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过850的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：891、SEQ ID NO：893、SEQ ID NO：894、SEQ ID NO：895、SEQ IDNO：896、SEQ ID NO：898、SEQ ID NO：900、SEQ ID NO：901、SEQ IDNO：902、SEQ ID NO：903、SEQ ID NO：904、SEQ ID NO：905、SEQ IDNO：907、SEQ ID NO：908、SEQ ID NO：909、SEQ ID NO：910、SEQ IDNO：911、SEQ ID NO：912、SEQ ID NO：913、SEQ ID NO：914和SEQ IDNO：915。

序列表中显示拟合图30所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过300的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：917、SEQ ID NO：919、SEQ ID NO：921、SEQ ID NO：923、SEQ IDNO：925、SEQ ID NO：927、SEQ ID NO：929、SEQ ID NO：931、SEQ IDNO：933、SEQ ID NO：935、SEQ ID NO：937、SEQ ID NO：939和SEQ IDNO：940。

序列表中显示拟合图31所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过60的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：944、SEQ ID NO：946、SEQ ID NO：947、SEQ IDNO：948、SEQ IDNO：950、SEQ ID NO：952、SEQ ID NO：954、SEQ ID NO：956、SEQ IDNO：958、SEQ ID NO：960、SEQ ID NO：962、SEQ ID NO：964、SEQ IDNO：966、SEQ ID NO：967、SEQ ID NO：968、SEQ ID NO：969、SEQ IDNO：970、SEQ ID NO：972和SEQ ID NO：974。

序列表中显示拟合图32所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过340的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：976、SEQ ID NO：978和SEQ ID NO：980。

序列表中显示拟合图33所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过180的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：982、SEQ ID NO：984、SEQ ID NO：985、SEQ ID NO：986、SEQ IDNO：987、SEQ ID NO：988、SEQ ID NO：989、SEQ ID NO：990、SEQ IDNO：991、SEQ ID NO：992、SEQ ID NO：993、SEQ ID NO：995、SEQ IDNO：996、SEQ ID NO：998、SEQ ID NO：1000、SEQ ID NO：1001、SEQ IDNO：1003、SEQ ID NO：1005、SEQ ID NO：1007、SEQ ID NO：1008、SEQ IDNO：1009、SEQ ID NO：1011、SEQ ID NO：1013、SEQ ID NO：1015、SEQ IDNO：1016、SEQ ID NO：1018、SEQ ID NO：1019、SEQ ID NO：1021、SEQ IDNO：1023、SEQ ID NO：1025、SEQ ID NO：1026、SEQ ID NO：1027、SEQID NO：1028、SEQ ID NO：1029、SEQ ID NO：1030、SEQ ID NO：1031、SEQ ID NO：1032和SEQ ID NO：1033。

序列表中显示拟合图34所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过1060的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1055、SEQ ID NO：1057、SEQ ID NO：1058、SEQ ID NO：1059、SEQ ID NO：1061、SEQ ID NO：1063、SEQ ID NO：1065、SEQ ID NO：1065、SEQ ID NO：1067、SEQ ID NO：1068、SEQ ID NO：1070、SEQ ID NO：1071、SEQ ID NO：1072、SEQ ID NO：1074、SEQ ID NO：1075、SEQ ID NO：1076、SEQ ID NO：1077、SEQ ID NO：1078、SEQ ID NO：1080、SEQ ID NO：1082、SEQ ID NO：1083、SEQ ID NO：1085、SEQ ID NO：1086、SEQ ID NO：1087、SEQ ID NO：1088、SEQ ID NO：1089、SEQ ID NO：1089、SEQ ID NO：1090、SEQ ID NO：1091、SEQ ID NO：1092、SEQ ID NO：1093、SEQ ID NO：1094、SEQ ID NO：1095和SEQ ID NO：1097。

序列表中显示拟合图35所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过260的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1099、SEQ ID NO：1101、SEQ ID NO：1103、SEQ ID NO：1104、SEQ ID NO：1105、SEQ ID NO：1106、SEQ ID NO：1108、SEQ ID NO：1109和SEQ ID NO：1110。

序列表中显示拟合图36所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过150的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1112、SEQ ID NO：1113和SEQ ID NO：1114。

序列表中显示拟合图37所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过40的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1116、SEQ ID NO：1118、SEQ ID NO：1120、SEQ ID NO：1122、SEQID NO：1123、SEQ ID NO：1125、SEQ ID NO：1126、SEQ ID NO：1128、SEQ ID NO：1129、SEQ ID NO：1131、SEQ ID NO：1132、SEQ ID NO：1133、SEQ ID NO：1134、SEQ ID NO：1136、SEQ ID NO：1138、SEQ ID NO：1140、SEQ ID NO：1141、SEQ ID NO：1142、SEQ ID NO：1143、SEQ ID NO：1144、SEQ ID NO：1145、SEQ ID NO：1147、SEQ ID NO：1149、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1153和SEQ ID NO：1155。

序列表中显示拟合图38所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过450的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1159、SEQ ID NO：1161、SEQ ID NO：1162、SEQ ID NO：1163和SEQID NO：1164。

序列表中显示拟合图39所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过160的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1166、SEQ ID NO：1167、SEQ ID NO：1169、SEQ ID NO：1171、SEQID NO：1173、SEQ ID NO：1175、SEQ ID NO：1177、SEQ ID NO：1179、SEQID NO：1180、SEQ ID NO：1182和SEQ ID NO：1183。

序列表中显示拟合图40所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过180的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1185、SEQ ID NO：1187、SEQ ID NO：1189、SEQ ID NO：1190、SEQ ID NO：1191和SEQ ID NO：1192。

序列表中显示拟合图41所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过670的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1194、SEQ ID NO：1196、SEQ ID NO：1198、SEQ ID NO：1200、SEQ ID NO：1202、SEQ ID NO：1203、SEQ ID NO：1204、SEQ ID NO：1205、SEQ ID NO：1206、SEQ ID NO：1207和SEQ ID NO：1208。

序列表中显示拟合图42所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过280的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1210、SEQ ID NO：1211、SEQ ID NO：1213、SEQ ID NO：1215、SEQID NO：1216、SEQ ID NO：1218、SEQ ID NO：1220、SEQ ID NO：1222、SEQID NO：1224、SEQ ID NO：1226、SEQ ID NO：1228、SEQ ID NO：1229、SEQ ID NO：1230、SEQ ID NO：1232、SEQ ID NO：1233、SEQ ID NO：1234、SEQ ID NO：1235、SEQ ID NO：1236、SEQ ID NO：1237、SEQ ID NO：1238、SEQ ID NO：1239、SEQ ID NO：1240、SEQ ID NO：1241、SEQ ID NO：1242、SEQ ID NO：1243、SEQ ID NO：1244、SEQ ID NO：1245、SEQ ID NO：1246、SEQ ID NO：1247、SEQ ID NO：1248、SEQ ID NO：1249、SEQ ID NO：1251、SEQ ID NO：1253、SEQ ID NO：1255、SEQ ID NO：1257、SEQ ID NO：1259、SEQ ID NO：1261、SEQ ID NO：1263、SEQ ID NO：1264、SEQ ID NO：1265、SEQ ID NO：1266、SEQ ID NO：1267、SEQ ID NO：1268、SEQ ID NO：1269、SEQ ID NO：1270、SEQ ID NO：1271和SEQ ID NO：1272。

序列表中显示拟合图43所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过700的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1274、SEQ ID NO：1276、SEQ ID NO：1278、SEQ ID NO：1280、SEQID NO：1281、SEQ ID NO：1282、SEQ ID NO：1284、SEQ ID NO：1285、SEQID NO：1287、SEQ ID NO：1289、SEQ ID NO：1291、SEQ ID NO：1293、SEQID NO：1294、SEQ ID NO：1295、SEQ ID NO：1296、SEQ ID NO：1297、SEQID NO：1298和SEQ ID NO：1300。

序列表中显示拟合图44所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过920的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1302、SEQ ID NO：1303、SEQ ID NO：1305、SEQ ID NO：1307、SEQID NO：1309、SEQ ID NO：1311、SEQ ID NO：1312、SEQ ID NO：1313、SEQID NO：1314、SEQ ID NO：1315、SEQ ID NO：1317、SEQ ID NO：1318、SEQID NO：1319、SEQ ID NO：1320、SEQ ID NO：1321、SEQ ID NO：1322、SEQID NO：1323、SEQ ID NO：1324、SEQ ID NO：1325、SEQ ID NO：1326、SEQID NO：1327、SEQ ID NO：1328、SEQ ID NO：1330、SEQ ID NO：1331、SEQID NO：1333、SEQ ID NO：1334、SEQ ID NO：1335、SEQ ID NO：1336、SEQID NO：1337、SEQ ID NO：1338、SEQ ID NO：1339和SEQ ID NO：1340。

序列表中显示拟合图45所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过510的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1342、SEQ ID NO：1344、SEQ ID NO：1346、SEQ ID NO：1348、SEQID NO：1350、SEQ ID NO：1352、SEQ ID NO：1354、SEQ ID NO：1355、SEQID NO：1357、SEQ ID NO：1358、SEQ ID NO：1360、SEQ ID NO：1361、SEQID NO：1362、SEQ ID NO：1363、SEQ ID NO：1364、SEQ ID NO：1366、SEQID NO：1367、SEQ ID NO：1369、SEQ ID NO：1370、SEQ ID NO：1371、SEQID NO：1372、SEQ ID NO：1373、SEQ ID NO：1374、SEQ ID NO：1375、SEQID NO：1376、SEQ ID NO：1377、SEQ ID NO：1378、SEQ ID NO：1379、SEQID NO：1380、SEQ ID NO：1381、SEQ ID NO：1382和SEQ ID NO：1383。

序列表中显示拟合图46所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过140的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1385、SEQ ID NO：1387、SEQ ID NO：1389、SEQ ID NO：1390、SEQID NO：1391、SEQ ID NO：1393、SEQ ID NO：1394、SEQ ID NO：1395、SEQID NO：1396、SEQ ID NO：1398、SEQ ID NO：1400、SEQ ID NO：1401、SEQID NO：1402、SEQ ID NO：1403、SEQ ID NO：1404、SEQ ID NO：1405和SEQ ID NO：1407。

序列表中显示拟合图47所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过150的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1409、SEQ ID NO：1411、SEQ ID NO：1413、SEQ ID NO：1415、SEQID NO：1417、SEQ ID NO：1418、SEQ ID NO：1419、SEQ ID NO：1421、SEQID NO：1423、SEQ ID NO：1424、SEQ ID NO：1425、SEQ ID NO：1426。

序列表中显示拟合图48所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过190的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1428、SEQ ID NO：1430、SEQ ID NO：1432、SEQ ID NO：1434、SEQID NO：1436、SEQ ID NO：1439、SEQ ID NO：1442、SEQ ID NO：1444、SEQID NO：1446、SEQ ID NO：1448、SEQ ID NO：1450、SEQ ID NO：1452、SEQ ID NO：1453、SEQ ID NO：1454、SEQ ID NO：1455、SEQ ID NO：1456、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1458和SEQ ID NO：1459。

序列表中显示拟合图49所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过450的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1463、SEQ ID NO：1465、SEQ ID NO：1467、SEQ ID NO：1469、SEQ ID NO：1471、SEQ ID NO：1473、SEQ ID NO：1474、SEQ ID NO：1475、SEQ ID NO：1476和SEQ ID NO：1477。

序列表中显示拟合图50所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过580的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1491、SEQ ID NO：1493、SEQ ID NO：1495、SEQ ID NO：1497、SEQID NO：1499、SEQ ID NO：1501、SEQ ID NO：1503、SEQ ID NO：1504、SEQID NO：1505、SEQ ID NO：1506和SEQ ID NO：1508。

序列表中显示拟合图51所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过100的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1510、SEQ ID NO：1512、SEQ ID NO：1514、SEQ ID NO：1516、SEQID NO：1518、SEQ ID NO：1520、SEQ ID NO：1522和SEQ ID NO：1523。

序列表中显示拟合图52所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过800的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1525、SEQ ID NO：1527、SEQ ID NO：1529、SEQ ID NO：1530、SEQ ID NO：1532、SEQ ID NO：1534和SEQ ID NO：1535。

序列表中显示拟合图53所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过490的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1537、SEQ ID NO：1539、SEQ ID NO：1540、SEQ ID NO：1541、SEQID NO：1543、SEQ ID NO：1545、SEQ ID NO：1547、SEQ ID NO：1548、SEQID NO：1550、SEQ ID NO：1552、SEQ ID NO：2386、SEQ ID NO：2388、SEQID NO：2390、SEQ ID NO：2391和SEQ ID NO：2392。

序列表中显示拟合图54所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过690的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1554、SEQ ID NO：1555、SEQ ID NO：1557、SEQ ID NO：1559、SEQID NO：1561、SEQ ID NO：1563、SEQ ID NO：1565、SEQ ID NO：1567、SEQID NO：1569、SEQ ID NO：1571、SEQ ID NO：1572、SEQ ID NO：1573、SEQID NO：1574和SEQ ID NO：1575。

序列表中显示拟合图55所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过380的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：1035、SEQ ID NO：1036、SEQ ID NO：1037、SEQ ID NO：1040、SEQ ID NO：1041、SEQ ID NO：1043、SEQ ID NO：1044、SEQ ID NO：1046、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1048、SEQ ID NO：1050、SEQ ID NO：1440、SEQ ID NO：1480、SEQ ID NO：1481、SEQ ID NO：1482、SEQ ID NO：1483、SEQ ID NO：1484、SEQ ID NO：1485、SEQ ID NO：1486、SEQ ID NO：1487、SEQ ID NO：1488、SEQ ID NO：1577、SEQ ID NO：1578、SEQ ID NO：1580、SEQ ID NO：1582、SEQ ID NO：1584、SEQ ID NO：1586、SEQ ID NO：1588、SEQ ID NO：1590、SEQ ID NO：1592、SEQ ID NO：1594、SEQ ID NO：1596、SEQ ID NO：1598、SEQ ID NO：1599、SEQ ID NO：1601、SEQ ID NO：1602、SEQ ID NO：1605、SEQ ID NO：1607、SEQ ID NO：1608、SEQ ID NO：1609、SEQ ID NO：1611、SEQ ID NO：1613、SEQ ID NO：1615、SEQ ID NO：1617、SEQ ID NO：1619、SEQ ID NO：1621、SEQ ID NO：1622、SEQ ID NO：1623、SEQ ID NO：1624、SEQ ID NO：1625、SEQ ID NO：1627、SEQ ID NO：1629、SEQ ID NO：1631、SEQ ID NO：1633、SEQ ID NO：1635、SEQ ID NO：1637、SEQ ID NO：1639、SEQ ID NO：1643、SEQ ID NO：1645、SEQ ID NO：1648、SEQ ID NO：1649、SEQ ID NO：1651和SEQ ID NO：1653。

序列表中显示拟合图56所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过870的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：173、SEQ ID NO：212、SEQ ID NO：361、SEQID NO：421、SEQ IDNO：443、SEQ ID NO：740、SEQ ID NO：744、SEQ ID NO：942、SEQ ID NO：1437和SEQ ID NO：1461。

序列表中显示拟合图57所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过140的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO：97、SEQ ID NO：2010、SEQ ID NO：2011、SEQ ID NO：2013、SEQ IDNO：2015和SEQ ID NO：2017。

D.百分比同一性

在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽与以下所列氨基酸序列之一具有至少20％序列同一性，例如至少50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％的序列同一性：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ IDNO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ IDNO：208、SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ IDNO：300、SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ IDNO：533、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：593、SEQ IDNO：613、SEQ ID NO：646、SEQ ID NO：687、SEQ ID NO：730、SEQ IDNO：746、SEQ ID NO：769、SEQ ID NO：792、SEQ ID NO：824、SEQ IDNO：828、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ IDNO：917、SEQ ID NO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ IDNO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ IDNO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ ID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1554和SEQ ID NO：1577。如上所述，具有这种百分比序列同一性的多肽通常具有指示低氮耐受调节多肽的结构域和/或具有大于20的HMM二进制值。与SEQ ID NO：3、SEQID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ ID NO：208、SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ ID NO：300、SEQ ID NO：332、SEQID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ ID NO：533、SEQ ID NO：556、SEQ IDNO：558、SEQ ID NO：593、SEQ ID NO：613、SEQ ID NO：646、SEQ IDNO：687、SEQ ID NO：730、SEQ ID NO：746、SEQ ID NO：769、SEQ IDNO：792、SEQ ID NO：824、SEQ ID NO：828、SEQ ID NO：853、SEQ IDNO：855、SEQ ID NO：891、SEQ ID NO：917、SEQ ID NO：944、SEQ IDNO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ IDNO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ IDNO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ ID NO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ IDNO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ ID NO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQ ID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQ ID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQID NO：1554和SEQ ID NO：1577所列氨基酸序列之一具有至少20％序列同一性的低氮耐受调节多肽的氨基酸序列提供于图1-57和序列表中。

“百分比序列同一性”指任何给定参考序列(例如SEQ ID NO：3)与候选低氮耐受调节序列之间的序列同一性程度。候选序列的长度通常是参考序列长度的80％至200％，例如是参考序列长度的82％、85％、87％、89％、90％、93％、95％、97％、99％、100％、105％、110％、115％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％或200％。任何候选核酸或多肽相对于参考核酸或多肽的百分比同一性可以如下测定。使用计算机程序ClustalW(版本1.83，默认参数)将参考序列(例如，核酸序列或氨基酸序列)与一种或多种候选序列进行比对，计算机程序ClustalW(版本1.83、默认参数)允许核酸或多肽序列进行完整长度的比对(总体比对)。Chenna等.(2003)Nucleic Acids Res.，31(13)：3497-500。

ClustalW计算参考序列与一种或多种候选序列之间的最佳匹配，并将它们比对，以确定同一性、相似性和差异。一个或多个残基的缺口可以插入参考序列、候选序列或两者，以最大化序列比对。对于核酸序列快速配对比对，使用下述默认参数：字长：2；窗口大小：4；评分方法：百分比；顶端对角线(top diagonal)数目：4；和缺口罚分：5。对于核苷酸序列的多重比对，使用下述参数：缺口开放罚分：10.0；缺口延伸罚分：5.0；和权重转换：是。对于蛋白质序列的快速配对比对，使用下述参数：字长：1；窗口大小：5；评分方法：百分比；顶端对角线数目：5；和缺口罚分：3。对于蛋白质序列的多重比对，使用下述参数：权重矩阵：blosum；缺口开放罚分：10.0；缺口延伸罚分：0.05；疏水缺口：开；亲水残基：Gly、Pro、Ser、Asn、Asp、Gln、Glu、Arg和Lys；残基特异性缺口罚分：开。ClustalW输出是反映序列间关系的序列比对。ClustalW可以在例如Baylor College ofMedicine Search Launcher(贝勒医学院搜索启动)网站(searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html)和EuropeanBioinformatics Institute(欧洲生物信息学学会)的万维网网站(ebi.ac.uk/clustalw)上运行。

为了测定候选核酸或核苷酸序列与参考序列的百分比同一性，使用ClustalW进行序列比对，比对中相同匹配数除以参考序列长度，结果乘以100。应注意，百分比同一性值可以四舍五入到十分位。例如，78.11、78.12、78.13和78.14可以下舍入至78.1，而8.15、78.16、78.17、78.18和78.19可以上舍入至78.2。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：3所列氨基酸序列具有序列相似性，优选与SEQ ID NO：3所列氨基酸序列具有至少20％序列同一性，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：3所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图1和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：16、SEQ IDNO：17、SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：27、SEQ ID NO：29、SEQ IDNO：31、SEQ ID NO：33、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：39、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：41、SEQ ID NO：42、SEQ IDNO：43、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：45、SEQ ID NO：46和SEQ ID NO：47。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：49所列氨基酸序列具有序列相似性，优选与SEQ ID NO：49所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：49所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图2和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：53、SEQ ID NO：55、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：62、SEQ IDNO：63、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：65、SEQ ID NO：67、SEQ ID NO：69、SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：71、SEQ ID NO：72、SEQ ID NO：73和SEQ IDNO：75。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：77所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：77所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：77所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图3和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：78、SEQ ID NO：80、SEQ ID NO：82、SEQ ID NO：84、SEQ ID NO：85、SEQ ID NO：87、SEQ ID NO：88、SEQIDNO：90、SEQ ID NO：92、SEQ ID NO：93、SEQ ID NO：95、SEQ ID NO：1479。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：100所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：100所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：100所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图4和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：101、SEQ ID NO：102、SEQ ID NO：104、SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：108、SEQ ID NO：110、SEQ ID NOrlll、SEQ ID NO：113、SEQ ID NO：115、SEQ ID NO：116、SEQ ID NO：117、SEQID NO：118、SEQ ID NO：119、SEQ ID NO：120、SEQ ID NO：121、SEQ IDNO：122、SEQ ID NO：123、SEQ ID NO：125、SEQ ID NO：126、SEQ ID NO：128、SEQ ID NO：129、SEQ ID NO：130、SEQ ID NO：131、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：133、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：135、SEQ ID NO：137、SEQID NO：139、SEQ ID NO：141、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、SEQ ID NO：145、SEQ ID NO：146、SEQ ID NO：147、SEQ ID NO：148、SEQ ID NO：149和SEQ ID NO：150。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：152所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：152所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：152所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图5和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：154、SEQ ID NO：156、SEQ ID NO：158、SEQ ID NO：160、SEQ ID NO：162和SEQ ID NO：164。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：166所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：166所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：166所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图6和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：168、SEQ ID NO：170、SEQ ID NO：172、SEQ ID NO：174、SEQ ID NO：177、SEQ ID NO：179、SEQ ID NO：181、SEQ ID NO：182、SEQ ID NO：183、SEQ ID NO：184。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：186所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：186所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：186所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图7和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：188、SEQ ID NO：190、SEQ IDNO：191、SEQ ID NO：193、SEQ ID NO：194、SEQ ID NO：196、SEQ IDNO：197、SEQ ID NO：199、SEQ ID NO：201、SEQ ID NO：203、SEQ IDNO：204、SEQ ID NO：205和SEQ ID NO：206。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：208所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：208所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：208所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图8和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：209、SEQ ID NO：210、SEQ IDNO：214和SEQ ID NO：216。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：218所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：218所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：218所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图9和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：220、SEQ IDNO：222、SEQ ID NO：223、SEQ ID NO：225、SEQ ID NO：227、SEQ IDNO：229、SEQ ID NO：230、SEQ ID NO：231、SEQ ID NO：232、SEQ IDNO：1039、SEQ ID NO：1049和SEQ ID NO：1052。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：234所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：234所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：234所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图10和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：236、SEQ ID NO：238、SEQ IDNO：239、SEQ ID NO：241、SEQ ID NO：242、SEQ ID NO：243和SEQ IDNO：244。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ IDNO：246所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：246所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：246所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图11和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：248、SEQ ID NO：249、SEQ IDNO：251、SEQ ID NO：253、SEQ ID NO：255、SEQ ID NO：257、SEQ IDNO：259、SEQ ID NO：260、SEQ ID NO：262、SEQ ID NO：264、SEQ IDNO：265、SEQ ID NO：267、SEQ ID NO：268、SEQ ID NO：270、SEQ IDNO：272、SEQ ID NO：274、SEQ ID NO：276、SEQ ID NO：277、SEQ IDNO：279、SEQ ID NO：281、SEQ ID NO：283、SEQ ID NO：285、SEQ IDNO：286、SEQ ID NO：287、SEQ ID NO：288、SEQ ID NO：290、SEQ IDNO：291、SEQ ID NO：292、SEQ ID NO：293、SEQ ID NO：296和SEQ IDNO：298。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：300所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：300所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、 80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：300所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图12和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：302、SEQ ID NO：304、SEQ IDNO：306、SEQ ID NO：308、SEQ ID NO：310、SEQ ID NO：312、SEQ IDNO：314、SEQ ID NO：316、SEQ ID NO：318、SEQ ID NO：319、SEQ IDNO：320、SEQ ID NO：321、SEQ ID NO：322、SEQ ID NO：323、SEQ IDNO：325、SEQ ID NO：327和SEQ ID NO：329。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：332所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：332所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：332所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图13和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：334、SEQ IDNO：335、SEQ ID NO：336、SEQ ID NO：338、SEQ ID NO：339、SEQ IDNO：341、SEQ ID NO：342、SEQ ID NO：343、SEQ ID NO：344、SEQ IDNO：345、SEQ ID NO：346、SEQ ID NO：347、SEQ ID NO：348、SEQ IDNO：349、SEQ ID NO：351、SEQ ID NO：352、SEQ ID NO：353、SEQ IDNO：354、SEQ ID NO：355、SEQ ID NO：356、SEQ ID NO：357、SEQ IDNO：358、SEQ ID NO：359、SEQ ID NO：360、SEQ ID NO：362、SEQ IDNO：363、SEQ ID NO：364、SEQ ID NO：365、SEQ ID NO：366、SEQ IDNO：2541、SEQ ID NO：2542、SEQ ID NO：2543、SEQ ID NO：2544、SEQ IDNO：2546、SEQ ID NO：2548、SEQ ID NO：2549、SEQ ID NO：2550、SEQ IDNO：2551、SEQ ID NO：2552和SEQ ID NO：2553。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ IDNO：368所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：368所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NQ：368所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图14和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：369、SEQ ID NO：370、SEQ IDNO：371、SEQ ID NO：372、SEQ ID NO：373、SEQ ID NO：374、SEQ IDNO：376、SEQ ID NO：378、SEQ ID NO：380、SEQ ID NO：382、SEQ IDNO：384、SEQ ID NO：386、SEQ ID NO：388、SEQ ID NO：390、SEQ IDNO：392、SEQ ID NO：394、SEQ ID NO：396、SEQ ID NO：398、SEQ IDNO：399、SEQ ID NO：401、SEQ ID NO：403、SEQ ID NO：404、SEQ IDNO：406、SEQ ID NO：408、SEQ ID NO：410、SEQ ID NO：412、SEQ IDNO：414、SEQ ID NO：416、SEQ ID NO：418、SEQ ID NO：419、SEQ IDNO：420、SEQ ID NO：422、SEQ ID NO：423、SEQ ID NO：425、SEQ IDNO：427、SEQ ID NO：428、SEQ ID NO：430、SEQ ID NO：432、SEQ IDNO：433、SEQ ID NO：434、SEQ ID NO：435、SEQ ID NO：436、SEQ IDNO：437、SEQ ID NO：438、SEQ ID NO：439、SEQ ID NO：440、SEQ IDNO：441、SEQ ID NO：444、SEQ ID NO：445、SEQ ID NO：446、SEQ IDNO：447、SEQ ID NO：448、SEQ ID NO：449、SEQ ID NO：450、SEQ IDNO：451、SEQ ID NO：452、SEQ ID NO：453、SEQ ID NO：454、SEQ IDNO：455、SEQ ID NO：456、SEQ ID NO：458、SEQ ID NO：459、SEQ IDNO：461、SEQ ID NO：463、SEQ ID NO：465、SEQ ID NO：467、SEQ IDNO：469、SEQ ID NO：471、SEQ ID NO：473、SEQ ID NO：474、SEQ IDNO：475、SEQ ID NO：477、SEQ ID NO：479、SEQ ID NO：481、SEQ IDNO：483、SEQ ID NO：485、SEQ ID NO：487、SEQ ID NO：488、SEQ IDNO：489、SEQ ID NO：490、SEQ ID NO：491、SEQ ID NO：492、SEQ IDNO：494、SEQ ID NO：495、SEQ ID NO：496、SEQ ID NO：497、SEQ IDNO：498、SEQ ID NO：499、SEQ ID NO：500、SEQ ID NO：501、SEQ IDNO：502、SEQ ID NO：504、SEQ ID NO：505、SEQ ID NO：506、SEQ ID NO：507和SEQ ID NO：508。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：510所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：510所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：510所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图15和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：511、SEQ ID NO：513、SEQ IDNO：515、SEQ ID NO：517、SEQ ID NO：521、SEQ ID NO：523、SEQ IDNO：525、SEQ ID NO：527、SEQ ID NO：529、SEQ ID NO：530和SEQ IDNO：531。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：533所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：533所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：533所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图16和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：535、SEQ ID NO：536、SEQ IDNO：538、SEQ ID NO：539、SEQ ID NO：541、SEQ ID NO：542、SEQ IDNO：543、SEQ ID NO：544、SEQ ID NO：545、SEQ ID NO：546、SEQ IDNO：547、SEQ ID NO：548、SEQ ID NO：550、SEQ ID NO：552、SEQ ID NO：553和SEQ ID NO：554。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：558所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：558所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：558所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图17和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：559、SEQ ID NO：560、SEQ IDNO：561、SEQ ID NO：562、SEQ ID NO：563、SEQ ID NO：564、SEQ IDNO：565、SEQ ID NO：566、SEQ ID NO：567、SEQ ID NO：569、SEQ IDNO：571、SEQ ID NO：572、SEQ ID NO：573、SEQ ID NO：575、SEQ IDNO：576、SEQ ID NO：577、SEQ ID NO：578、SEQ ID NO：579、SEQ IDNO：581、SEQ ID NO：583、SEQ ID NO：584、SEQ ID NO：585、SEQ IDNO：586、SEQ ID NO：588、SEQ ID NO：589、SEQ ID NO：590和SEQ IDNO：591。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：593所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：593所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：593所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图18和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：595、SEQ ID NO：597、SEQ IDNO：599、SEQ ID NO：601、SEQ ID NO：603、SEQ ID NO：605、SEQ IDNO：607、SEQ ID NO：609、SEQ ID NO：610和SEQ ID NO：611。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：613所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：613所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：613所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图19和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：615、SEQ ID NO：617、SEQ IDNO：618、SEQ ID NO：620、SEQ ID NO：622、SEQ ID NO：624、SEQ IDNO：626、SEQ ID NO：628、SEQ ID NO：630、SEQ ID NO：632、SEQ IDNO：634、SEQ ID NO：636、SEQ ID NO：638、SEQ ID NO：640、SEQ IDNO：642、SEQ ID NO：643和SEQ ID NO：644。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：646所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：646所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：646所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图20和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：648、SEQ ID NO：650、SEQ IDNO：652、SEQ ID NO：654、SEQ ID NO：656、SEQ ID NO：658、SEQ IDNO：660、SEQ ID NO：662、SEQ ID NO：664、SEQ ID NO：666、SEQ IDNO：668、SEQ ID NO：670、SEQ ID NO：672、SEQ ID NO：674、SEQ IDNO：676、SEQ ID NO：678、SEQ ID NO：679、SEQ ID NO：680、SEQ IDNO：681、SEQ ID NO：682、SEQ ID NO：683和SEQ ID NO：685。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：687所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：687所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQID NO：687所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图21和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：689、SEQ ID NO：691、SEQ IDNO：693、SEQ ID NO：694、SEQ ID NO：696、SEQ ID NO：697、SEQ IDNO：699、SEQ ID NO：701、SEQ ID NO：703、SEQ ID NO：705、SEQ IDNO：706、SEQ ID NO：708、SEQ ID NO：710、SEQ ID NO：712、SEQ IDNO：714、SEQ ID NO：716、SEQ ID NO：718、SEQ ID NO：720、SEQ IDNO：721、SEQ ID NO：722、SEQ ID NO：723、SEQ ID NO：724、SEQ IDNO：725、SEQ ID NO：726、SEQ ID NO：727和SEQ ID NO：728。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：730所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：730所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：730所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图22和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：732、SEQ ID NO：733、SEQ IDNO：735、SEQ ID NO：737、SEQ ID NO：738和SEQ ID NO：742。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：746所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：746所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：746所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图23和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：748、SEQ ID NO：750、SEQ IDNO：751、SEQ ID NO：753、SEQ ID NO：755、SEQ ID NO：757、SEQ IDNO：758、SEQ ID NO：760、SEQ ID NO：761、SEQ ID NO：762、SEQ IDNO：763、SEQ ID NO：765和SEQ ID NO：767。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：769所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：769所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：769所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图24和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：771、SEQ ID NO：773、SEQ IDNO：775、SEQ ID NO：777、SEQ ID NO：779、SEQ ID NO：781、SEQ IDNO：783、SEQ ID NO：785、SEQ ID NO：787、SEQ ID NO：789和SEQ IDNO：790。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：792所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：792所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：792所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图25和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：794、SEQ ID NO：796、SEQ IDNO：798、SEQ ID NO：799、SEQ ID NO：801、SEQ ID NO：803、SEQ IDNO：805、SEQ ID NO：807、SEQ ID NO：808、SEQ ID NO：810、SEQ IDNO：812、SEQ ID NO：814、SEQ ID NO：816、SEQ ID NO：818、SEQ IDNO：819、SEQ ID NO：820、SEQ ID NO：821和SEQ ID NO：822。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：824所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：824所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：824所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图26和序列表中。此类多肽的实例包括但不限于SEQ ID NO：826、SEQ ID NO：1696、SEQ ID NO：1698、SEQ ID NO：1700、SEQ ID NO：1702、SEQ ID NO：1704、SEQ ID NO：1706、SEQ ID NO：1708、SEQ ID NO：1710、SEQ ID NO：1711、SEQ ID NO：1713、SEQ ID NO：1714、SEQ ID NO：1715和SEQ ID NO：1716。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：828所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：828所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：828所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图27和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：830、SEQ ID NO：832、SEQ IDNO：834、SEQ ID NO：836、SEQ ID NO：837、SEQ ID NO：838、SEQ IDNO：839、SEQ ID NO：840、SEQ ID NO：842、SEQ ID NO：844、SEQ IDNO：845、SEQ ID NO：846、SEQ ID NO：847、SEQ ID NO：848、SEQ IDNO：849、SEQ ID NO：850和SEQ ID NO：851。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：855所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：855所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：855所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图28和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：856、SEQ ID NO：858、SEQ IDNO：860、SEQ ID NO：862、SEQ ID NO：864、SEQ ID NO：866、SEQ IDNO：868、SEQ ID NO：870、SEQ ID NO：872、SEQ ID NO：874、SEQ IDNO：876、SEQ ID NO：878、SEQ ID NO：880、SEQ ID NO：882、SEQ IDNO：884、SEQ ID NO：885、SEQ ID NO：886、SEQ ID NO：887、SEQ ID NO：888和SEQ ID NO：889。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：891所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：891所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：891所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图29和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：893、SEQ ID NO：894、SEQ IDNO：895、SEQ ID NO：896、SEQ ID NO：898、SEQ ID NO：900、SEQ IDNO：901、SEQ ID NO：902、SEQ ID NO：903、SEQ ID NO：904、SEQ IDNO：905、SEQ ID NO：907、SEQ ID NO：908、SEQ ID NO：909、SEQ IDNO：910、SEQ ID NO：911、SEQ ID NO：912、SEQ ID NO：913、SEQ ID NO：914和SEQ ID NO：915。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：917所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：917所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：917所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图30和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：919、SEQ ID NO：921、SEQ IDNO：923、SEQ ID NO：925、SEQ ID NO：927、SEQ ID NO：929、SEQ IDNO：931、SEQ ID NO：933、SEQ ID NO：935、SEQ ID NO：937、SEQ ID NO：939和SEQ ID NO：940。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：944所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：944所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：944所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图31和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：946、SEQ ID NO：947、SEQ IDNO：948、SEQ ID NO：950、SEQ ID NO：952、SEQ ID NO：954、SEQ IDNO：956、SEQ ID NO：958、SEQ ID NO：960、SEQ ID NO：962、SEQ IDNO：964、SEQ ID NO：966、SEQ ID NO：967、SEQ ID NO：968、SEQ IDNO：969、SEQ ID NO：970、SEQ ID NO：972和SEQ ID NO：974。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：976所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：976所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：976所列多肽具有超过45％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图32和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：978和SEQ ID NO：980。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：982所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：982所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：982所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图33和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：984、SEQ ID NO：985、SEQ IDNO：986、SEQ ID NO：987、SEQ ID NO：988、SEQ ID NO：989、SEQ IDNO：990、SEQ ID NO：991、SEQ ID NO：992、SEQ ID NO：993、SEQ IDNO：995、SEQ ID NO：996、SEQ ID NO：998、SEQ ID NO：1000、SEQ ID NO：1001、SEQ ID NO：1003、SEQ ID NO：1005、SEQ ID NO：1007、SEQ ID NO：1008、SEQ ID NO：1009、SEQ ID NO：1011、SEQ IDNO：1013、SEQ IDNO：1015、SEQ ID NO：1016、SEQ ID NO：1018、SEQ ID NO：1019、SEQ IDNO：1021、SEQ ID NO：1023、SEQ ID NO：1025、SEQ ID NO：1026、SEQID NO：1027、SEQ ID NO：1028、SEQ ID NO：1029、SEQ ID NO：1030、SEQID NO：1031、SEQ ID NO：1032和SEQ ID NO：1033。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1054所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1054所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1054所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图34和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1055、SEQ ID NO：1057、SEQ IDNO：1058、SEQ ID NO：1059、SEQ ID NO：1061、SEQ ID NO：1063、SEQ IDNO：1065、SEQ ID NO：1065、SEQ ID NO：1067、SEQ ID NO：1068、SEQID NO：1070、SEQ ID NO：1071、SEQ ID NO：1072、SEQ ID NO：1074、SEQ ID NO：1075、SEQ ID NO：1076、SEQ ID NO：1077、SEQ ID NO：1078、SEQ ID NO：1080、SEQ ID NO：1082、SEQ ID NO：1083、SEQ ID NO：1085、SEQ ID NO：1086、SEQ ID NO：1087、SEQ ID NO：1088、SEQ ID NO：1089、SEQ ID NO：1089、SEQ ID NO：1090、SEQ ID NO：1091、SEQ ID NO：1092、SEQ ID NO：1093、SEQ ID NO：1094、SEQ ID NO：1095和SEQ IDNO：1097。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1099所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1099所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1099所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图35和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ IDNO：1101、SEQ ID NO：1103、SEQ IDNO：1104、SEQ ID NO：1105、SEQ ID NO：1106、SEQ ID NO：1108、SEQID NO：1109和SEQ ID NO：1110。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1112所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1112所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1112所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图36和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1113和SEQ ID NO：1114。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1116所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1116所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1116所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图37和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1118、SEQ ID NO：1120、SEQ IDNO：1122、SEQ ID NO：1123、SEQ ID NO：1125、SEQ ID NO：1126、SEQID NO：1128、SEQ ID NO：1129、SEQ ID NO：1131、SEQ ID NO：1132、SEQID NO：1133、SEQ ID NO：1134、SEQ ID NO：1136、SEQ ID NO：1138、SEQ ID NO：1140、SEQ ID NO：1141、SEQ ID NO：1142、SEQ ID NO：1143、SEQ ID NO：1144、SEQ ID NO：1145、SEQ ID NO：1147、SEQ ID NO：1149、SEQ ID NO：1151、SEQ ID NO：1153和SEQ ID NO：1155。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1159所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1159所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1159所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图38和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1161、SEQ ID NO：1162、SEQ IDNO：1163和SEQ ID NO：1164。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1116所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1116所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ IDNO：1116所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图39和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1167、SEQ ID NO：1169、SEQ IDNO：1171、SEQ ID NO：1173、SEQ ID NO：1175、SEQ ID NO：1177、SEQ IDNO：1179、SEQ ID NO：1180、SEQ ID NO：1182和SEQ ID NO：1183。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1185所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1185所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1185所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图40和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1187、SEQ ID NO：1189、SEQ IDNO：1190、SEQ ID NO：1191和SEQ ID NO：1192。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1194所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1194所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1194所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图41和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1196、SEQ ID NO：1198、SEQ IDNO：1200、SEQ ID NO：1202、SEQ ID NO：1203、SEQ ID NO：1204、SEQID NO：1205、SEQ ID NO：1206、SEQ ID NO：1207和SEQ ID NO：1208。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1210所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1210所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1210所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图42和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1211、SEQ ID NO：1213、SEQ IDNO：1215、SEQ ID NO：1216、SEQ ID NO：1218、SEQ ID NO：1220、SEQ IDNO：1222、SEQ ID NO：1224、SEQ ID NO：1226、SEQ ID NO：1228、SEQID NO：1229、SEQ ID NO：1230、SEQ ID NO：1232、SEQ ID NO：1233、SEQ ID NO：1234、SEQ ID NO：1235、SEQ ID NO：1236、SEQ ID NO：1237、SEQ ID NO：1238、SEQ ID NO：1239、SEQ ID NO：1240、SEQ ID NO：1241、SEQ ID NO：1242、SEQ ID NO：1243、SEQ ID NO：1244、SEQ ID NO：1245、SEQ ID NO：1246、SEQ ID NO：1247、SEQ ID NO：1248、SEQ ID NO：1249、SEQ ID NO：1251、SEQ ID NO：1253、SEQ ID NO：1255、SEQ ID NO：1257、SEQ ID NO：1259、SEQ ID NO：1261、SEQ ID NO：1263、SEQ ID NO：1264、SEQ ID NO：1265、SEQ ID NO：1266、SEQ ID NO：1267、SEQ ID NO：1268、SEQ ID NO：1269、SEQ ID NO：1270、SEQ ID NO：1271和SEQ ID NO：1272。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1274所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1274所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1274所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图43和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1276、SEQ ID NO：1278、SEQ IDNO：1280、SEQ ID NO：1281、SEQ ID NO：1282、SEQ ID NO：1284、SEQID NO：1285、SEQ ID NO：1287、SEQ ID NO：1289、SEQ ID NO：1291、SEQID NO：1293、SEQ ID NO：1294、SEQ ID NO：1295、SEQ ID NO：1296、SEQ ID NO：1297、SEQ ID NO：1298和SEQ ID NO：1300。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1302所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1302所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1302所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图44和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1303、SEQ ID NO：1305、SEQ IDNO：1307、SEQ ID NO：1309、SEQ ID NO：1311、SEQ ID NO：1312、SEQ IDNO：1313、SEQ ID NO：1314、SEQ ID NO：1315、SEQ ID NO：1317、SEQ IDNO：1318、SEQ ID NO：1319、SEQ ID NO：1320、SEQ ID NO：1321、SEQ IDNO：1322、SEQ ID NO：1323、SEQ ID NO：1324、SEQ ID NO：1325、SEQ IDNO：1326、SEQ ID NO：1327、SEQ ID NO：1328、SEQ ID NO：1330、SEQ IDNO：1331、SEQ ID NO：1333、SEQ ID NO：1334、SEQ ID NO：1335、SEQ IDNO：1336、SEQ ID NO：1337、SEQ ID NO：1338、SEQ ID NO：1339和SEQID NO：1340。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1342所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1342所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1342所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图45和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1344、SEQ ID NO：1346、SEQ IDNO：1348、SEQ ID NO：1350、SEQ ID NO：1352、SEQ ID NO：1354、SEQID NO：1355、SEQ ID NO：1357、SEQ ID NO：1358、SEQ ID NO：1360、SEQ ID NO：1361、SEQ ID NO：1362、SEQ ID NO：1363、SEQ ID NO：1364、SEQ ID NO：1366、SEQ ID NO：1367、SEQ ID NO：1369、SEQ ID NO：1370、SEQ ID NO：1371、SEQ ID NO：1372、SEQ ID NO：1373、SEQ ID NO：1374、SEQ ID NO：1375、SEQ ID NO：1376、SEQ ID NO：1377、SEQ ID NO：1378、SEQ ID NO：1379、SEQ ID NO：1380、SEQ ID NO：1381、SEQ ID NO：1382和SEQ ID NO：1383。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1385所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1385所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1385所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图46和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1387、SEQ ID NO：1389、SEQ IDNO：1390、SEQ ID NO：1391、SEQ ID NO：1393、SEQ ID NO：1394、SEQ IDNO：1395、SEQ ID NO：1396、SEQ ID NO：1398、SEQ ID NO：1400、SEQID NO：1401、SEQ ID NO：1402、SEQ ID NO：1403、SEQ ID NO：1404、SEQ ID NO：1405和SEQ ID NO：1407。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1409所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1409所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1409所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图47和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1411、SEQ ID NO：1413、SEQ IDNO：1415、SEQ ID NO：1417、SEQ ID NO：1418、SEQ ID NO：1419、SEQ IDNO：1421、SEQ ID NO：1423、SEQ ID NO：1424、SEQ ID NO：1425和SEQ IDNO：1426。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1428所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1428所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1428所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图48和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1430、SEQ ID NO：1432、SEQ IDNO：1434、SEQ ID NO：1436、SEQ ID NO：1439、SEQ ID NO：1442、SEQID NO：1444、SEQ ID NO：1446、SEQ ID NO：1448、SEQ ID NO：1450、SEQ ID NO：1452、SEQ ID NO：1453、SEQ ID NO：1454、SEQ ID NO：1455、SEQ ID NO：1456、SEQ ID NO：1457、SEQ ID NO：1458和SEQ ID NO：1459。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1463所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1463所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1463所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图49和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1465、SEQ ID NO：1467、SEQ IDNO：1469、SEQ ID NO：1471、SEQ ID NO：1473、SEQ ID NO：1474、SEQID NO：1475、SEQ ID NO：1476和SEQ ID NO：1477。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1491所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1491所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1491所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图50和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1493、SEQ ID NO：1495、SEQ IDNO：1497、SEQ ID NO：1499、SEQ ID NO：1501、SEQ ID NO：1503、SEQ IDNO：1504、SEQ ID NO：1505、SEQ ID NO：1506和SEQ ID NO：1508。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1510所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1510所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1510所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氮基酸序列提供于图51和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1512、SEQ ID NO：1514、SEQ IDNO：1516、SEQ ID NO：1518、SEQ ID NO：1520、SEQ ID NO：1522和SEQ IDNO：1523。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1525所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1525所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1525所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图52和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1527、SEQ ID NO：1529、SEQ IDNO：1530、SEQ ID NO：1532、SEQ ID NO：1534和SEQ ID NO：1535。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1537所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1537所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1537所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图53和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1539、SEQ ID NO：1540、SEQ IDNO：1541、SEQ ID NO：1543、SEQ ID NO：1545、SEQ ID NO：1547、SEQ IDNO：1548、SEQ ID NO：1550、SEQ ID NO：1552、SEQ ID NO：2386、SEQ IDNO：2388、SEQ ID NO：2390、SEQ ID NO：2391和SEQ ID NO：2392。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1554所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1554所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1554所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图54和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1555、SEQ ID NO：1557、SEQ IDNO：1559、SEQ ID NO：1561、SEQ ID NO：1563、SEQ ID NO：1565、SEQ IDNO：1567、SEQ ID NO：1569、SEQ ID NO：1571、SEQ ID NO：1572、SEQ IDNO：1573、SEQ ID NO：1574和SEQ ID NO：1575。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1577所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1577所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1577所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图55和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：1035、SEQ ID NO：1036、SEQ IDNO：1037、SEQ ID NO：1040、SEQ ID NO：1041、SEQ ID NO：1043、SEQID NO：1044、SEQ ID NO：1046、SEQ ID NO：1047、SEQ ID NO：1048、SEQ ID NO：1050、SEQ ID NO：1440、SEQ ID NO：1480、SEQ ID NO：1481、SEQ ID NO：1482、SEQ ID NO：1483、SEQ ID NO：1484、SEQ ID NO：1485、SEQ ID NO：1486、SEQ ID NO：1487、SEQ ID NO：1488、SEQ ID NO：1578、SEQ ID NO：1580、SEQ ID NO：1582、SEQ ID NO：1584、SEQ ID NO：1586、SEQ ID NO：1588、SEQ ID NO：1590、SEQ ID NO：1592、SEQ ID NO：1594、SEQ ID NO：1596、SEQ ID NO：1598、SEQ ID NO：1599、SEQ ID NO：1601、SEQ ID NO：1602、SEQ ID NO：1605、SEQ ID NO：1607、SEQ ID NO：1608、SEQ ID NO：1609、SEQ ID NO：1611、SEQ ID NO：1613、SEQ ID NO：1615、SEQ ID NO：1617、SEQ ID NO：1619、SEQ ID NO：1621、SEQ ID NO：1622、SEQ ID NO：1623、SEQ ID NO：1624、SEQ ID NO：1625、SEQ ID NO：1627、SEQ ID NO：1629、SEQ ID NO：1631、SEQ ID NO：1633、SEQ ID NO：1635、SEQ ID NO：1637、SEQ ID NO：1639、SEQ ID NO：1643、SEQ ID NO：1645、SEQ ID NO：1648、SEQ ID NO：1649、SEQ ID NO：1651、SEQ ID NO：1653。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：1437所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：1437所列氨基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ ID NO：1437所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图56和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：173、SEQ ID NO：212、SEQ IDNO：361、SEQ ID NO：421、SEQ ID NO：443、SEQ ID NO：740、SEQ IDNO：744、SEQ ID NO：942、SEQ ID NO：1461。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO：97所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO：97所列氮基酸序列具有至少20％，例如50％、52％、56％、59％、61％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。与SEQ IDNO：1437所列多肽具有超过20％序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图57和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO：2010、SEQ ID NO：2011、SEQ IDNO：2013、SEQ ID NO：2015和SEQ ID NO：2017。

E.其他序列

应理解，低氮耐受调节多肽可包括不参与低氮耐受调节的其他氨基酸，因此，此类多肽可能比其他情况更长。例如，低氮耐受调节多肽可包括纯化标签、叶绿体转运肽、线粒体转运肽、造粉体肽或添加至氨基或羧基末端的前导序列。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽包括起报道分子(例如绿色荧光蛋白或黄色荧光蛋白)作用的氨基酸序列。

III.核酸

本文所述核酸包括在植物或植物细胞中转录时，有效调节低氮耐受水平的核酸。此类核酸包括但不限于编码低氮耐受调节多肽的那些核酸以及可用于通过基于核酸的方法抑制低氮耐受调节多肽表达的那些核酸。

A.编码低氮耐受调节多肽的核酸

编码低氮耐受调节多肽的核酸在本文公开。此类核酸的实例包括SEQID NO：1、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQ ID NO：185、SEQID NO：207、SEQ ID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：245、SEQ IDNO：299、SEQ ID NO：331、SEQ ID NO：367、SEQ ID NO：509、SEQ IDNO：532、SEQ ID NO：555、SEQ ID NO：557、SEQ ID NO：592、SEQ IDNO：612、SEQ ID NO：645、SEQ ID NO：686、SEQ ID NO：729、SEQ IDNO：745、SEQ ID NO：768、SEQ ID NO：791、SEQ ID NO：823、SEQ IDNO：827、SEQ ID NO：852、SEQ ID NO：854、SEQ ID NO：890、SEQ IDNO：916、SEQ ID NO：943、SEQ ID NO：975、SEQ ID NO：981、SEQ IDNO：1053、SEQ ID NO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ ID NO：1115、SEQ IDNO：1156、SEQ ID NO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ ID NO：1184、SEQ IDNO：1193、SEQ ID NO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ ID NO：1301、SEQ IDNO：1341、SEQ ID NO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ IDNO：1427、SEQ IDNO：1462、SEQ ID NO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ ID NO：1524、SEQID NO：1536、SEQ ID NO：1553和SEQ ID NO：1576，如在下文更详细描述。核酸还可以是为以下所列全长核酸长度至少40％(例如，至少45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或99％)的片段：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQIDNO：185、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ IDNO：245、SEQ ID NO：299、SEQ ID NO：331、SEQ ID NO：367、SEQ IDNO：509、SEQ ID NO：532、SEQ ID NO：555、SEQ ID NO：557、SEQ IDNO：592、SEQ ID NO：612、SEQ ID NO：645、SEQ ID NO：686、SEQ IDNO：729、SEQ ID NO：745、SEQ ID NO：768、SEQ ID NO：791、SEQ IDNO：823、SEQ ID NO：827、SEQ ID NO：852、SEQ ID NO：854、SEQ IDNO：890、SEQ ID NO：916、SEQ ID NO：943、SEQ ID NO：975、SEQ IDNO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ ID NO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ ID NO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ ID NO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ IDNO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ ID NO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ IDNO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ ID NO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ IDNO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ ID NO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ IDNO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQ ID NO：1553和SEQ ID NO：1576。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：2所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：2所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：48所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：48所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：48所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：76所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：76所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQID NO：76所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：96列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：96所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：96所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：99所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：99所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：99所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：151所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：151所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：151所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：165所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：165所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：165所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：175所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：175所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：175所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：185所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：185所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：185所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：207所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：207所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：207所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：217所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：217所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：217所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：233所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：233所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：233所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：245所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：245所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：245所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：299所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：299所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：299所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：331所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：331所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：331所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：367所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：367所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：367所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：509所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：509所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：509所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：532所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：532所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：532所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：555所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：555所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：555所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：557所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：557所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：557所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：592所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：592所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：592所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：612所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：612所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：612所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：645所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：645所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：645所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：686所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：686所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：686所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：729所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：729所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：729所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：745所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：745所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：745所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：768所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：768所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：768所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：791所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：791所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：791所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：823所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：823所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：823所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：827所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：827所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：827所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：852所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：852所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：852所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：854所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：854所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：854所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：890所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：890所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：890所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：916所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：916所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：916所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：943所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：943所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：943所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：975所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：975所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：975所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：981所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：981所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：981所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1034所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1034所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1034所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1053所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1053所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1053所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1098所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1098所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1098所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1111所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1111所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1111所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1115所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1115所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1115所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1156所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1156所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1156所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1158所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1158所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1158所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1165所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1165所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1165所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1184所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1184所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1184所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1193所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1193所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1193所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1209所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1209所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ IDNO：1209所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1273所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1273所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1273所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1301所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1301所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1301所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1341所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1341所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1341所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1384所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1384所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1384所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1408所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1408所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1408所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1427所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1427所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1427所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1462所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1462所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1462所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1490所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1490所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1490所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％、或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1509所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1509所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1509所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1524所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1524所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ IDNO：1524所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1536所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1536所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1536所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1553所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1553所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1553所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO：1576所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO：1576所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1576所列核苷酸序列具有至少80％序列同一性，例如81％、85％、90％、95％、97％、98％或99％序列同一性。

分离的核酸分子可以通过标准技术产生。例如，聚合酶链式反应(PCR)技术可以用于获得含有本文所述核苷酸序列的分离的核酸。PCR可用于从DNA和RNA扩增特定序列，包括来自总基因组DNA或总细胞RNA的序列。各种PRC方法描述于例如PCR Primer：A Laboratory Manual(PCR引物：实验室手册)，Dieffenbach和Dveksler编辑.，Cold Spring HarborLaboratory Press，1995。一般而言，来自或超出感兴趣区末端的序列信息用于设计寡核苷酸引物，其序列与待扩增的模板的相反链相同或相似。各种PCR策略也是可用的，可以通过将这些策略将位点特异性核苷酸序列修饰引入模板核酸。分离的核酸也可以被化学合成为单核酸分子(例如，使用3′到5′方向的自动DNA合成，使用亚磷酰胺技术)，或者合成为一系列寡核苷酸。例如，可以合成一对或多对含有所需序列的长寡核苷酸(例如＞100个核苷酸)，每对含有互补的短区段(例如，约15个核苷酸)，以便寡核苷酸对退火时形成双链体。使用DNA聚合酶延伸寡核苷酸，每寡核苷酸对产生单、双链核酸分子，然后连接入载体。本发明分离的核酸还可以通过例如天然存在的DNA的诱变而获得。

B.核酸调节多肽表达的用途

i.低氮耐受调节多肽的表达

编码本文描述的低氮耐受调节多肽之一的核酸可用于在感兴趣的植物物种中表达所述多肽，通常通过用具有所述多肽编码序列的核酸转化植物细胞，所述编码序列以有义方向与一个或多个调节区可操作地连接。还要理解，因为遗传密码的简并性，许多核酸可以编码特定的低氮耐受调节多肽；即，对于多种氨基酸而言，有超过一种核苷酸三联体用作该氨基酸的密码子。因此，使用适合该物种的密码子偏倚表，可以修饰给定的低氮耐受调节多肽的编码序列中的密码子，以便获得在特定植物物种中的最佳表达。

在一些情况下，低氮耐受调节多肽的表达抑制内源多肽的一种或多种功能。例如，编码负显性多肽的核酸可用于抑制蛋白质功能。负显性多肽相对于内源野生型多肽而言通常是突变的或截短的，其在细胞中的出现抑制该细胞中野生型多肽的一种或多种功能，即，负显性多肽是遗传上显性的并带来功能缺失。负显性多肽带来这种表型的机制可能不同，但通常涉及蛋白质-蛋白质相互作用或蛋白质-DNA相互作用。例如，负显性多肽可以是相对于天生野生型酶而言被截短的酶，以致于该截短的多肽保留参与结合第一蛋白的结构域，但缺乏参与结合第二蛋白的结构域。因此，截短的多肽不能正确调节第二蛋白的活性。参见例如US 2007/0056058。作为另一个实例，导致催化结构域中非保守氨基酸取代的点突变可以产生负显性多肽。参见例如US 2005/032221。作为另一实例，负显性多肽可以是相对于天然野生型转录因子而言被截短的转录因子，以致于截短的多肽保留DNA结合结构域，但失去激活结构域。这种截短的多肽可以抑制野生型转录因子结合DNA，从而抑制转录激活。

ii.低氮耐受调节多肽的表达的抑制

本文所述多核苷酸和重组构建体可以用于抑制低氮耐受调节多肽在感兴趣的植物物种中的表达。参见例如Matzke和Birchler，Nature ReviewsGenetics 6：24-35(2005)；Akashi等.，Nature Reviews Mol.Cell Biology6：413-422(2005)；Mittal，Nature Reviews Genetics 5：355-365(2004)；Dorsett和Tuschl，Nature Reviews Drug Discovety3：318-329(2004)；和NatureReviews RNA interference collection，2005年10月，nature.com/reviews/focus/mai。已知许多基于核酸的方法(包括反义RNA、核酶指导的RNA切割、例如RNA干扰(RNAi)的转录后基因沉默(PTGS)和转录基因沉默(TGS))抑制植物中的基因表达。适合多核苷酸包括编码低氮耐受调节多肽的全长核酸或这种全长核酸的片段。在一些实施方案中，可以使用全长核酸的补体或其片段。通常，片段是至少10个核苷酸，例如至少12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、30、35、40、50、80、100、200、500个核苷酸或更多。一般而言，较高的同源性可用于弥补较短序列的使用。

反义技术是一种公知方法。该方法中，将被抑制的基因的核酸被克隆并可操作地连接到调节区和转录终止序列，以使RNA的反义链被转录。然后如本文所述，将重组构建体转化到植物中，并产生RNA的反义链。核酸不需要是将被抑制的的基因的完整序列，但通常与将被抑制的的基因的有义链的至少一部分基本上互补。

另一种方法中，核酸可以被转录成核酶或催化RNA，其影响mRNA的表达。参见美国专利号6,423,885。核酶可以被设计为与实际上任何靶RNA特异性配对，并切割特定位置的磷酸二酯骨架，从而使靶RNA功能上失活。异源核酸可以编码设计用于切割特定mRNA转录物的核酶，因此防止多肽表达。锤头核酶用于破坏特定mRNA，尽管可以使用在位点特异性识别序列切割mRNA的各种核酶。锤头核酶在与靶mRNA形成互补碱基对的侧翼区指定的位置切割mRNA。唯一的要求是靶RNA含有5′UG-3′核苷酸序列。锤头核酶的构建和产生是本领域已知的。参见例如美国专利号5,254,678和WO 02/46449和其中引用的参考文献。锤头核酶序列可以嵌入稳定的RNA(例如转移RNA(tRNA))以增加体内切割效率。Perriman等.(1995)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，92(13)：6175-6179；de Feyter和Gaudron，Methods in Molecular Biology(分子生物学方法)，第74卷，第43章，“Expressing Ribozymes in Plants(在植物中表达核酶)”，Turner，P.C.编辑，Humana Press Inc.，Totowa，NJ。已经描述的RNA内切核糖核酸酶，例如嗜热四膜虫(Tetrahymena thermophila)中天然存在的RNA内切核糖核酸酶可能是有用的。参见例如美国专利号4,987,071和6,423,885。

PTGS，例如RNAi，也可用于抑制基因表达。例如，可以制备包括被转录成可以自我退火的RNA的序列的构建体，所述RNA例如具有茎环结构的双链RNA。在一些实施方案中，双链RNA的茎部分的一条链包含与低氮耐受调节多肽的有义编码序列或其片段相似或相同的序列，该序列长度为约10个核苷酸至约2,500个核苷酸。与有义编码序列相似或相同的序列的长度可以是10个核苷酸至500个核苷酸、15个核苷酸至300个核苷酸、20个核苷酸至100个核苷酸或25个核苷酸至100个核苷酸。双链RNA的茎部分的另一条链包含与低氮耐受调节多肽编码序列的反义链或其片段相似或相同的序列，该序列长度可以比有义序列的相应长度更短、相同或更长。在一些情况下，双链RNA的茎部分的一条链包含与编码低氮耐受调节多肽的mRNA的3′或5′未翻译区或其片段相似或相同的序列，并且双链RNA的茎部分的另一条链包含分别与编码低氮耐受调节多肽的mRNA的3′或5′未翻译区或其片段互补的序列相似或相同的序列。在其他实施方案中，双链RNA的茎部分的一条链包含与编码低氮耐受调节多肽的前mRNA中内含子序列或其片段相似或相同的序列，并且茎部分的另一条链包含与前mRNA中内含子序列或其片段互补的序列相似或相同的序列。

双链RNA的环部分可以是3个核苷酸至5,000个核苷酸，例如3个核苷酸至25个核苷酸、15个核苷酸至1,000个核苷酸、20个核苷酸至500个核苷酸或25个核苷酸至200个核苷酸。RNA的环部分可以包括内含子或其片段。双链RNA可以具有0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多的茎-环结构。

如本文所述，包含与调节区和转录终止序列可操作地连接的并且被转录成可形成双链RNA的RNA的序列的构建体被转化进入植物。使用RNAi抑制基因表达的方法是本领域技术人员已知的。参见例如美国专利5,034,323；6,326,527；6,452,067；6,573,099；6,753,139；和6,777,588。还参见WO 97/01952；WO 98/53083；WO 99/32619；WO 98/36083；和美国专利公布20030175965、20030175783、20040214330和20030180945。

含有以有义方向与核酸分子可操作地连接的调节区的构建体也可用于抑制基因表达。转录产物可以与低氮耐受调节多肽的有义编码序列或其片段相似或相同。转录产物还可以是未多聚腺苷酸化的，缺少5′帽子结构，或者含有不可剪接的内含子。使用全长cDNA以及部分cDNA序列抑制基因表达的方法是本领域已知的。参见例如美国专利号5,231,020。

在一些实施方案中，含有具有至少一条链的核酸的构建体被用于抑制基因表达，所述链是彼此互补的有义序列和反义序列的模板。有义序列和反义序列可以是较大核酸分子的部分，或者可以是具有不互补的序列的分开的核酸分子的部分。有义或反义序列可以是与编码低氮耐受调节多肽的mRNA、mRNA的3′或5′未翻译区或前mRNA中内含子的序列或此类序列的片段相同或互补的序列。在一些实施方案中，有义或反义序列与驱动编码低氮耐受调节多肽的基因转录的调节区的序列相同或互补。在每种情况下，有义序列是与反义序列互补的序列。

有义序列和反义序列可以是大于约10个核苷酸的任何长度(例如，12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更多核苷酸)。例如，反义序列长度可以是21或22个核苷酸。通常，有义序列和反义序列长度范围从约15个核苷酸至约30个核苷酸，例如约18个核苷酸至约28个核苷酸或约21个核苷酸至约25个核苷酸。

在一些实施方案中，反义序列是与编码本文所述的低氮耐受调节多肽的mRNA序列或其片段互补的序列。与反义序列互补的有义序列可以是低氮耐受调节多肽的mRNA中存在的序列。通常，有义序列和反义序列被设计为对应靶mRNA的15-30个核苷酸，以减少靶mRNA的水平。

在一些实施方案中，含有具有至少一条链的核酸的构建体可用于抑制基因表达，所述至少一条链是超过一种有义序列(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多有义序列)的模板。同样，含有具有至少一条链的核酸的构建体可用于抑制基因表达，所述至少一条链是超过一种反义序列(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多反义序列)的模板。例如，构建体可以含有具有至少一条链的核酸，所述至少一条链是两个有义序列和两个反义序列的模板。多个有义序列可以相同或不同，多个反义序列可以相同或不同。例如，构建体可以含有具有一条链的核酸，所述一条链是两个相同有义序列和与所述两个相同有义序列互补的两个相同反义序列的模板。可选地，分离的核酸可以具有是下述的模板的一条链：(1)长度为20个核苷酸的两个相同的有义序列，(2)与所述长度为20个核苷酸的两个相同的有义序列互补的一个反义序列，(3)长度为30个核苷酸的有义序列，和(4)与所述长度为30个核苷酸的有义序列互补的三个相同的反义序列。本文提供的构建体可以被设计为具有有义序列和反义序列的任何排列。例如，两个相同的有义序列可以在两个相同的反义序列之前，或者可以介于两个相同的反义序列之间。

具有至少一条链的核酸可以与驱动含有有义和/或反义序列的RNA分子转录的调节区可操作地连接，所述至少一条链是一个或多个有义和/或反义序列的模板。此外，这种核酸可以与转录终止子序列(例如胭脂氨酸合成酶(nos)基因)可操作地连接。在一些情况下，两个调节区可以指导两个转录物的转录：一个来自顶链，一个来自底链。参见例如Yan等.，PlantPhysiol.，141：1508-1518(2006)。两个调节区可以相同或不同。两个转录物可以形成诱导靶RNA降解的双链RNA分子。在一些情况下，核酸可以位于T-DNA或植物衍生的转移DNA(P-DNA)中，以便左和右T-DNA边界序列或P-DNA的左和右边界样序列在核酸侧翼或在核酸的任一侧。参见US 2006/0265788。两个调节区之间的核酸序列可以是长度约15至约300个核苷酸。在一些实施方案中，两个调节区之间的核酸序列可以是长度约15至约200个核苷酸、长度约15至约100个核苷酸、长度约15至约50个核苷酸、长度约18至约50个核苷酸、长度约18至约40个核苷酸、长度约18至约30个核苷酸或长度约18至约25个核苷酸。

在一些基于核酸的抑制植物中基因表达的方法中，适合的核酸可以是核酸类似物。核酸类似物可以在碱基部分、糖部分或磷酸骨架被修饰以提高核酸的例如稳定性、杂交作用或溶解度。碱基部分的修饰包括脱氧尿苷替代脱氧胸苷，5-甲基-2′-脱氧胞苷和5-溴-2′-脱氧胞苷替代脱氧胞苷。糖部分的修饰包括核糖的2′羟基的修饰以形成2′-O-甲基或2′-O-烯丙基糖。脱氧核糖磷酸骨架可以被修饰以产生吗啉代核酸(其中每个碱基部分与六元吗啉代环连接)或肽核酸(其中脱氧磷酸骨架被拟肽骨架替代并保留四个碱基)。参见例如，Summerton和Weller(1997)Antisense Nucleic AcidDrug Dev.，7：187-195；Hyrup等.(1996)Bioorgan.Med.Chem.，4：5-23。此外，脱氧磷酸骨架可以用例如硫代磷酸或二硫代磷酸骨架、亚磷酰胺或烷基磷酸三酯骨架替代。

C.构建体/载体

本文提供的重组构建体可用于转化植物或植物细胞，以调节低氮耐受水平。重组核酸构建体可以包含与适合在植物或细胞中表达低氮耐受调节多肽的调节区可操作地连接的编码本文描述的低氮耐受调节多肽的核酸。因此，核酸可包含编码以下所列低氮耐受调节多肽的任何一个的编码序列SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ IDNO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ IDNO：208、SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ IDNO：300、SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ IDNO：533、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：593、SEQ IDNO：613、SEQ ID NO：646、SEQ ID NO：687、SEQ ID NO：730、SEQ IDNO：746、SEQ ID NO：769、SEQ ID NO：792、SEQ ID NO：824、SEQ IDNO：828、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ IDNO：917、SEQ ID NO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ IDNO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ IDNO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ ID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1554、和SEQ ID NO：1577。编码低氮耐受调节多肽的核酸的实例列于SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ IDNO：165、SEQ ID NO：175、SEQ ID NO：185、SEQ ID NO：207、SEQ IDNO：217、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：245、SEQ ID NO：299、SEQ IDNO：331、SEQ ID NO：367、SEQ ID NO：509、SEQ ID NO：532、SEQ IDNO：555、SEQ ID NO：557、SEQ ID NO：592、SEQ ID NO：612、SEQ IDNO：645、SEQ ID NO：686、SEQ ID NO：729、SEQ ID NO：745、SEQ IDNO：768、SEQ ID NO：791、SEQ ID NO：823、SEQ ID NO：827、SEQ IDNO：852、SEQ ID NO：854、SEQ ID NO：890、SEQ ID NO：916、SEQ IDNO：943、SEQ ID NO：975、SEQ ID NO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ IDNO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ ID NO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ IDNO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ ID NO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ IDNO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ ID NO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ IDNO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ ID NO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ IDNO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ ID NO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQID NO：1553和SEQ ID NO：1576。重组核酸编码的低氮耐受调节多肽可以是天生的低氮耐受调节多肽，或者可以是细胞异源的。在一些情况下，重组构建体含有抑制低氮耐受调节多肽的表达的与调节区可操作地连接的核酸。适合的调节区的实例描述于标题为“调节区”的章节。

还提供了含有重组核酸构建体(例如本文所述的那些)的载体。适合的载体骨架包括例如本领域常规使用的那些，例如质粒、病毒、人工染色体、BAC、YAC或PAC。适合的表达载体包括但不限于衍生自例如细菌噬菌体、杆状病毒和逆转录病毒的质粒和病毒载体。许多载体和表达系统可商业获自诸如Novagen(Madison，WI)、Clontech(Palo Alto，CA)、Stratagene(La Jolla，CA)和Invitrogen/Life Technologies(Carlsbad，CA)等公司。

本文提供的载体还可以包括例如复制起点、支架附着区(SAR)和/或标志物。标志物基因可以赋予植物细胞选择性表型。例如，标志物可以赋予杀生物剂抗性，例如对抗生素(例如，卡那霉素、G418、博莱霉素或潮霉素)或除草剂(例如，草甘磷、氯磺隆或草胺膦)的抗性。此外，表达载体可以包括设计以促进被表达的多肽的操控或检测(例如，纯化或定位)的标签序列。标签序列，例如荧光素酶、β-葡萄糖醛酸酶(GUS)、绿色荧光蛋白(GFP)、谷胱甘肽S-转移酶(GST)、多组氨酸、c-myc、血凝素或Flag^TM标签(Kodak，New Haven，CT)序列，通常表达为与编码序列的融合体。此类标签可以插入多肽中任何位置，包括在羧基或氨基末端。

D.调节区

重组构建体中包含的调节区的选择根据几个因素，包括但不限于效率、选择性、诱导性、所需表达水平以及细胞或组织优先表达。对于本领域技术人员而言，通过选择和定位调节区相对于编码序列的位置来调节编码序列的表达是常规操作。核酸转录可以类似方式调节。

一些适合的调节区仅仅或主要在某些细胞类型中启动转录。鉴定和表征植物基因组DNA中调节区的方法是已知的，包括例如下述参考文献中描述的那些：Jordano等.(1989)Plant Cell，1：855-866；Bustos等.(1989)PlantCell，1：839-854；Green等.(1988)EMBO J.，7：4035-4044；Meier等.(1991)Plant Cell，3：309-316；和Zhang等.(1996)Plant Physiology，110：1069-1079。

各类调节区的实例描述如下。下述调节区的一些以及其他调节区更详细地描述于美国专利申请序号60/505,689；60/518,075；60/544,771；60/558,869；60/583,691；60/619,181；60/637,140；60/757,544；60/776,307；10/957,569；11/058,689；11/172,703；11/208,308；11/274,890；60/583,609；60/612,891；11/097,589；11/233,726；11/408,791；11/414,142；10/950,321；11/360,017；PCT/US05/011105；PCT/US05/23639；PCT/US05/034308；PCT/US05/034343；以及PCT/US06/038236；PCT/US06/040572；和PCT/US07/62762。

例如，调节区p326、YP0144、YP0190、p13879、YP0050、p32449、21876、YP0158、YP0214、YP0380、PT0848、PT0633、YP0128、YP0275、PT0660、PT0683、PT0758、PT0613、PT0672、PT0688、PT0837、YP0092、PT0676、PT0708、YP0396、YP0007、YP0111、YP0103、YP0028、YP0121、YP0008、YP0039、YP0115、YP0119、YP0120、YP0374、YP0101、YP0102、YP0110、YP0117、YP0137、YP0285、YP0212、YP0097、YP0107、YP0088、YP0143、YP0156、PT0650、PT0695、PT0723、PT0838、PT0879、PT0740、PT0535、PT0668、PT0886、PT0585、YP0381、YP0337、PT0710、YP0356、YP0385、YP0384、YP0286、YP0377、PD1367、PT0863、PT0829、PT0665、PT0678、YP0086、YP0188、YP0263、PT0743和YP0096的序列列于PCT/US06/040572的序列表中；调节区PT0625的序列列于PCT/US05/034343的序列表中；调节区PT0623、YP0388、YP0087、YP0093、YP0108、YP0022和YP0080的序列列于美国专利申请序号11/172,703的序列表中；调节区PR0924的序列列于PCT/US07/62762的序列表中；而调节区p530c10、pOsFIE2-2、pOsMEA、pOsYp102和pOsYp285的序列列于PCT/US06/038236的序列表中。

应理解，调节区可以符合基于其在一种植物物种中活性的一种分类的标准，还满足基于其在另一种植物物种中活性的不同分类的标准。

i.广泛表达的启动子

促进许多但不必是全部植物组织中转录的启动子可以称为“广泛表达的”。例如，广泛表达的启动子可以在芽、芽尖(叶尖)和叶的一种或多种中促进可操作地连接的序列的转录，但是在诸如根或茎的组织中较弱地促进或根本不促进可操作地连接序列的转录。作为另一实例，广泛表达的启动子可以在茎、芽、芽尖(叶尖)和叶的一种或多种中促进可操作地连接的序列的转录，但在诸如花和发育种子的生殖组织的组织中较弱地促进或根本不促进转录。可包括在本文提供的核酸构建体中的广泛表达的启动子的非限制性实例包括p326、YP0144、YP0190、p13879、YP0050、p32449、21876、YP0158、YP0214、YP0380、PT0848和PT0633启动子。其他实例包括花椰菜花叶病毒(CaMV)35S启动子、甘露氨酸合酶(MAS)启动子、衍生自根瘤农杆菌的T-DNA的1′或2′启动子、玄参花叶病毒34S启动子、肌动蛋白启动子(例如水稻肌动蛋白启动子)和泛素启动子(例如玉米泛素-1启动子)。在一些情况下，将CaMV 35S启动子排除在广泛表达的启动子类别之外。

ii.根启动子

根活性启动子在根组织中赋予转录，所述根组织例如根内皮层、根表皮层或根维管组织。在一些实施方案中，根活性启动子是根优先启动子，即，仅仅或主要在根组织中赋予转录。根优先启动子包括YP0128、YP0275、PT0625、PT0660、PT0683和PT0758启动子。其他根优先启动子包括PT0613、PT0672、PT0688和PT0837启动子，其驱动主要在根组织中和一定程度上在胚珠和/或种子中的转录。根优先启动子的其他实例包括CaMV 35S启动子的根特异性亚结构域(Lam等.(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，86：7890-7894)，Conkling等.(1990)Plant Physiol，93：1203-1211报导的根细胞特异性启动子，和烟草RD2启动子。

iii.成熟的胚乳启动子

在一些实施方案中，驱动成熟胚乳中转录的启动子可能是有用的。从成熟胚乳启动子转录通常在受精之后开始，并首先在种子发育期间在胚乳组织中发生，并通常在细胞化阶段达到高峰。主要在成熟胚乳中有活性的启动子是最适合的，但有时可以使用在其他组织中也有活性的启动子。可包括在本文提供的核酸构建体中的成熟胚乳启动子的非限制性实例包括油菜籽蛋白启动子、表壳蛋白-5启动子、菜豆球蛋白启动子(Bustos等.(1989)P1ant Cell，1(9)：839-853)、大豆胰蛋白酶抑制剂启动子(Riggs等.(1989)PlantCel1，1(6)：609-621)、ACP启动子(Baerson等.(1993)Plant Mol.Biol，22(2)：255-267)、硬酯酰-ACP脱氢酶启动子(Slocombe等(1994)PlantPhysiol，104(4)：167-176)、β-伴大豆球蛋白启动子的大豆α′亚基(Chen等(1986)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，83：8560-8564)、油质蛋白启动子(Hong等(1997)Plant Mol.Biol，34(3)：549-555)和玉米醇溶蛋白启动子，例如15kD玉米醇溶蛋白启动子、16kD玉米醇溶蛋白启动子、19kD玉米醇溶蛋白启动子、22kD玉米醇溶蛋白启动子和27kD玉米醇溶蛋白启动子。来自水稻谷蛋白-1基因的Osgt-1启动子(Zheng等(1993)Mol Cell Biol，13：5829-5842)、β-淀粉酶启动子和大麦醇溶蛋白启动子也是适合的。其他成熟胚乳启动子包括YP0092、PT0676和PT0708启动子。

iv.卵巢组织启动子

在卵巢组织(例如胚珠壁和中皮层)中有活性的启动子也可能是有用的，例如聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonidase)启动子、香蕉TRX启动子、甜瓜肌动蛋白启动子、YP0396和PT0623。主要在胚珠中有活性的启动子的实例包括YP0007、YP0111、YP0092、YP0103、YP0028、YP0121、YP0008、YP0039、YP0115、YP0119、YP0120和YP0374。

v.胚胎Sac/早期胚乳启动子

为了实现在胚胎Sac/早期胚乳中表达，可使用在极核和/或中央细胞中有活性的调节区，或在极核前体中有活性但在卵细胞或卵细胞前体中无活性的调节区。仅仅或主要在极核或其前体和/或中央细胞中驱动表达的启动子是最适合的。在胚胎Sac/早期胚乳优先启动子中也存在从极核扩展至胚乳发育早期的转录模式，但是转录通常在胚乳发育晚期细胞化阶段期间和之后显著降低。胚胎Sac/早期胚乳启动子通常不存在合子或发育胚胎中的表达。

可能适合的启动子包括衍生自下述基因的启动子：拟南芥viviparous-1(参见，GenBank号U93215)；拟南芥atmycl(参见，Urao(1996)Plant Mol.Biol，32：571-57；Conceicao(1994)Plant，5：493-505)；拟南芥FIE(GenBank号AF129516)；拟南芥MEA；拟南芥FIS2(GenBank号AF096096)；和FIE 1.1(美国专利号6,906,244)。其他可能适合的启动子包括衍生自下述基因的启动子：玉米MAC1(参见，Sheridan(1996)Genetics，142：1009-1020)；玉米Cat3(参见，GenBank号L05934；Abler(1993)Plant Mol.Biol，22：10131-1038)。其他启动子包括下述拟南芥启动子：YP0039、YP0101、YP0102、YP0110、YP0117、YP0119、YP0137、DME、YP0285和YP0212。其他可用的启动子包括下述水稻启动子：p530c10、pOsFIE2-2、pOsMEA、pOsYp102和pOsYp285。

vi.胚胎启动子

受精后优先驱动合子细胞转录的调节区可以提供胚胎优先的表达。心期之前优先驱动早期胚胎中转录的启动子是最适合的，但是晚期和成熟胚胎中的表达也是适合的。胚胎优先启动子包括大麦脂质转移蛋白(Ltp1)启动子(Plant Cell Rep(2001)20：647-654)、YP0097、YP0107、YP0088、YP0143、YP0156、PT0650、PT0695、PT0723、PT0838、PT0879和PT0740。

vii.光合组织启动子

光合组织中有活性的启动子赋予在绿色组织(例如叶和茎)中的转录。仅仅或主要在此类组织中驱动表达的启动子是最适合的。此类启动子的实例包括核酮糖-1，5-二磷酸羧化酶(RbcS)启动子，例如来自东部落叶松(美洲落叶松)的RbcS启动子、松树cab6启动子(Yamamoto等.(1994)Plant CellPhysiol，35：773-778)、来自小麦的Cab-1启动子(Fejes等(1990)Plant Mol.Biol，15：921-932)、来自菠菜的CAB-1启动子(Lubberstedt等(1994)PlantPhysiol，104：997-1006)、来自水稻的cab1R启动子(Luan等(1992)Plant Cell，4：971-981)、来自玉米的丙酮酸正磷酸二激酶(PPDK)启动子(Matsuoka等(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，90：9586-9590)、烟草Lhcb1*2启动子(Cerdan等.(1997)Plant Mol.Biol.，33：245-255)、鼠耳芥(Arabidopsisthaliana)SUC2蔗糖-H+共运输体启动子(Truernit等.(1995)Planta，196：564-570)和来自菠菜的类囊体膜蛋白启动子(psaD、psaF、psaE、PC、FNR、atpC、atpD、cab、rbcS)。其他光合组织启动子包括PT0535、PT0668、PT0886、YP0144、YP0380和PT0585。

viii.维管组织启动子

在维管束中具有高或优先活性的启动子的实例包括YP0087、YP0093、YP0108、YP0022和YP0080。其他维管组织优先启动子包括甘氨酸富集的细胞壁蛋白GRP 1.8启动子(Keller和Baumgartner(1991)Plant Cell，3(10)：1051-1061)、鸭跖草黄斑驳病毒(CoYMV)启动子(Medberry等.(1992)Plant Cell，4(2)：185-192)和水稻东格鲁杆状病毒(RTBV)启动子(Dai等.(2004)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，101(2)：687-692)。

ix.可诱导的启动子

可诱导的启动子赋予响应于外部刺激(例如化学试剂)或环境刺激的转录。例如，可诱导的启动子可以赋予响应于激素(例如赤酶酸(giberellicacid)或乙烯)或响应于光或干旱的转录。干旱诱导的启动子的实例包括YP0380、PT0848、YP0381、YP0337、PT0633、YP0374、PT0710、YP0356、YP0385、YP0396、YP0388、YP0384、PT0688、YP0286、YP0377、PD1367和PD0901。氮诱导的启动子实例包括PT0863、PT0829、PT0665和PT0886。遮光诱导的启动子的实例包括PR0924和PT0678。盐诱导的启动子实例是rd29A(Kasuga等.(1999)Nature Biotech 17：287-291)。

x.基本启动子

基本启动子是转录起始所需的转录复合物组装所必需的最小序列。基本启动子常常包括“TATA盒”元件，其可以位于转录起始位点上游约15至约35个核苷酸之间。基本启动子还可以包括“CCAAT盒”元件(通常是序列CCAAT)和/或GGGCG序列，其可以位于转录起始位点上游约40至约200个核苷酸之间，通常约60至约120个核苷酸之间。

xi.茎启动子

茎启动子可以对一种或多种茎组织具有特异性，或者对茎或其他植物部分具有特异性。茎启动子可以在例如表皮和皮层、维管形成层、原形成层或木质部具有高或优先活性。茎启动子的实例包括US20060015970公开的YP0018以及CryIA(b)和CryIA(c)(Braga等.2003，Journal of NewSeeds 5：209-221)。

xii.其他启动子

其他类别的启动子包括但不限于：芽优先、愈伤组织优先、毛状体细胞优先、保卫细胞优先(例如PT0678)、块茎优先、薄壁组织细胞优先和衰老优先的启动子。如上文引用的专利申请中所述的命名为YP0086、YP0188、YP0263、PT0758、PT0743、PT0829、YP0119和YP0096的启动子也可能是有用的。

xiii.其他调节区

5′未翻译区(UTR)可包括在本文描述的核酸构建体中。5′UTR是转录但未翻译的，并且位于转录物起始位点和翻译起始密码子之间，可以包括+1核苷酸。3′UTR可以位于翻译终止密码子和转录物末端之间。UTR可以具有特定功能，例如增加mRNA稳定性或减弱翻译。3′UTR的实例包括但不限于多聚腺苷酸化信号和转录终止序列，例如胭脂氨酸合酶终止序列。

应理解，重组多核苷酸中可存在超过一种调节区，例如内含子、增强子、上游激活区、转录终止子和可诱导元件。因此，例如超过一种调节区可以可操作地连接至编码低氮耐受调节多肽的多核苷酸序列。

调节区，例如内源基因的启动子，可以通过化学合成或通过从包含所述调节区的基因组DNA亚克隆来获得。包含所述调节区的核酸还可包括含有促进后续操作的限制酶位点的侧翼序列。

IV.转基因植物和植物细胞

A.转化

本发明的特征还为包含本文所述的至少一种重组核酸构建体的转基因植物细胞和植物。植物或植物细胞可通过将构建体整合入其基因组来转化，即，可以被稳定转化。稳定转化的细胞通常每次细胞分裂都保留所引入的核酸。植物或植物细胞还可以瞬时转化，以致构建体不被整合入其基因组。瞬时转化的细胞通常在每次细胞分裂时失去所引入核酸构建体的全部或一部分，使得所引入核酸不能在足够次数的细胞分裂后在子细胞中被检测到。瞬时转化和稳定转化的转基因植物和植物细胞可用于本文描述的方法中。

用于本文描述的方法的转基因植物细胞可构成完整植物的部分或全部。此类植物可以适合所考虑的物种的方式在生长箱、温室或田地中生长。转基因植物可以为特定目的所需而繁殖，例如以将重组核酸引入其他系，以将重组核酸转移至其他物种，或者进一步选择其他想要的性状。可选地，转基因植物可以对适应此类技术的物种进行无性繁殖。如本文使用，转基因植物还指最初转基因植物的后代，条件是后代遗传了转基因。转基因植物产生的种子可以经培养后自交(或异型杂交和自交)以获得核酸构建体纯合的种子。

转基因植物可以在悬浮培养物或组织或器官培养物中生长。为本发明目的，可以使用固体和/或液体组织培养技术。当使用固体培养基时，转基因植物细胞可以直接放在培养基上，或者可以放在滤纸上，然后将滤纸与培养基接触。当使用液体培养基时，转基因植物细胞可以放入与液体培养基接触的浮选设备，例如多孔膜。固体培养基可以是例如含有琼脂和适当浓度的植物生长素(例如2，4-二氯苯氧基乙酸(2，4-D))和适当浓度细胞的细胞分裂素(例如激动素)的Murashige和Skoog(MS)培养基。

当使用瞬时转化的植物细胞时，编码具有报道活性的报道多肽的报道序列可以包括在转化程序中，报道分子活性或表达的测定可以在转化后适当时间进行。进行测定的适当时间是转化后约1-21天，例如约1-14天、约1-7天或约1-3天。瞬时测定的使用对于快速测定不同物种或确认之前未在特定受体细胞中确认其表达的异源低氮耐受调节多肽表达而言是特别方便的。

将核酸引入单子叶植物和双子叶植物的技术是本领域已知的，并且包括但不限于农杆菌介导的转化、病毒载体介导的转化、电穿孔和粒子枪转化，例如美国专利5,538,880；5,204,253；6,329,571和6,013,863。如果细胞或培养的组织用作转化的受体组织，则如果需要，植物可以通过本领域技术人员已知的技术从转化的培养物产生。

B.筛选/选择

可以从具有转基因表达赋予的性状或表型的那些群成员筛选和/或选择转基因植物群。例如，可以从单转化事件的后代群筛选具有所需水平的低氮耐受调节多肽或核酸的那些植物。可以使用物理和生化方法确定表达水平。这些包括用于检测多核苷酸的Southern分析或PCR扩增；用于检测RNA转录物的RNA印迹、S1RNA酶保护、引物延伸或RT-PCR扩增；用于检测多肽和多核苷酸的酶或核酶活性的酶促测定；以及检测多肽的蛋白质凝胶电泳、蛋白质印迹、免疫沉淀和酶联免疫分析。诸如原位杂交、酶染色和免疫染色的其他技术也可用于检测多肽和/或多核苷酸的存在或表达。用于进行所有参考技术的方法是已知的。作为替代，可以从包含独立转化事件的植物群筛选具有所需性状(例如调节的低氮耐受水平)的那些植物。可以针对一代或更多代和/或超过一个地理位置进行选择和/或筛选。在一些情况下，转基因植物可以在诱导所需表型或者在转基因植物中产生所需表型所必需的条件下生长和选择。此外，选择和/或筛选可以在其中预期表型由植物表现的特定发育阶段应用。选择和/或筛选可以进行以选择低氮耐受水平与缺少转基因的对照植物相比具有统计学显著地差异的那些转基因植物。选择或筛选的转基因植物与相应对照植物相比，具有改变的表型，如在本文“转基因植物表型”章节中描述。

C.植物物种

本文描述的多核苷酸和载体可以用于转化许多单子叶植物和双子叶植物和植物细胞系统，包括来自下述科之一的物种：爵床科(Acanthaceae)、葱科(Alliaceae)、百合水仙科(Alstroemeriaceae)、石蒜科(Amaryllidaceae)、夹竹桃科(Apocynaceae)、棕榈科(Arecaceae)、菊科(Asteraceae)、小檗科(Berberidaceae)、红木科(Bixaceae)、十字花科(Brassicaceae)、凤梨科(Bromeliaceae)、大麻科(Cannabaceae)、石竹科(Caryophyllaceae)、粗榧科(Cephalotaxaceae)、藜科(Chenopodiaceae)、秋水仙科(Colchicaceae)、葫芦科(Cucurbitaceae)、薯蓣科(Dioscoreaceae)、麻黄科(Ephedraceae)、古柯科(Erythroxylaceae)、大戟科(Euphorbiaceae)、隶蝶形花科(Fabaceae)、唇形科(Lamiaceae)、亚麻科(Linaceae)、石松科(Lycopodiaceae)、锦葵科(Malvaceae)、黑药花科(Melanthiaceae)、芭蕉科(Musaceae)、桃金娘科(Myrtaceae)、珙王同科(Nyssaceae)、罂粟科(Papaveraceae)、松科(Pinaceae)、车前草科(Plantaginaceae)、禾本科(Poaceae)、蔷薇科(Rosaceae)、茜草科(Rubiaceae)、杨柳科(Salicaceae)、无患子科(Sapindaceae)、茄科(Solanaceae)、红豆杉科(Taxaceae)、山茶科(Theaceae)或葡萄科(Vitaceae)。

适合的物种可以包括下述属的成员：秋葵属(Abelmoschus)、冷杉属(Abies)、械属(Acer)、剪股颖属(Agrostis)、葱属(Allium)、六出花属(Alstroemeria)、凤梨属(Ananas)、穿心莲属(Andrographis)、须芒草属(Andropogon)、蒿属(Artemisia)、芦竹属(Arundo)、颠茄属(Atropa)、小檗属(Berberis)、甜菜属(Beta)、红木属(Bixa)、芸苔属(Brassica)、金盏花属(Calendula)、山茶属(Camellia)、喜树属(Camptotheca)、大麻属(Cannabis)、辣椒属(Capsicum)、红花属(Carthamus)、长春花属(Catharanthus)、粗榧属(Cephalotaxus)、菊花属(Chrysanthemum)、金鸡纳属(Cinchona)、西瓜属(Citrullus)、咖啡属(Coffea)、秋水仙属(Colchicum)、鞘蕊花属(Coleus)、黄瓜属(Cucumis)、南瓜属(Cucurbita)、狗牙根属(Cynodon)、曼陀罗属(Datura)、石竹属(Dianthus)、毛地黄属(Digitalis)、薯蓣属(Dioscorea)、油棕属(Elaeis)、麻黄属(Ephedra)、蔗茅属(Erianthus)、古柯属(Erythroxylum)、桉树属(Eucalyptus)、羊茅属(Festuca)、草莓属(Fragaria)、雪花属(Galanthus)、大豆属(Glycine)、棉属(Gossypium)、向日葵属(Helianthus)、橡胶树属(Hevea)、大麦属(Hordeum)、莨菪属(Hyoscyamus)、麻风树属(Jatropha)、莴苣属(Lactuca)、亚麻属(Linum)、黑麦草属(Lolium)、羽扇豆属(Lupinus)、番茄属(Lycopersicon)、石松属(Lycopodium)、木薯属(Manihot)、苜蓿属(Medicago)、薄荷属(Mentha)、芒草属(Miscanthus)、芭蕉属(Musa)、烟草属(Nicotiana)、稻属(Oryza)、黍属(Panicum)、罂粟属(Papaver)、银胶菊属(Parthenium)、狼尾草属(Pennisetum)、矮牵牛属(Petunia)、草属(Phalaris)、梯牧草属(Phleum)、松属(Pinus)、早熟禾属(Poa)、大戟属(Poinsettia)、杨属(Populus)、萝芙木属(Rauwolfia)、蓖麻属(Ricinus)、玫瑰属(Rosa)、蔗属(Saccharum)、柳属(Salix)、血根草属(Sanguinaria)、东莨菪属(Scopolia)、黑麦属(Secale)、茄属(Solanum)、高粱属(Sorghum)、米草属(Spartina)、菠菜属(Spinacea)、艾菊属(Tanacetum)、紫杉属(Taxus)、可可属(Theobroma)、小黑麦属(Triticosecale)、小麦属(Triticum)、牧场草属(Uniola)、藜芦属(Veratrum)、蔓长春花属(Vinca)、葡萄属(Vitis)和玉蜀黍属(Zea)。

适合的物种包括黍或其杂合体、高粱或其杂合体、苏丹草、芒草或其杂合体、甘蔗或其杂合体、蔗茅、杨、须芒草(Andropogon gerardii)(大须芒草)、紫狼尾草(Pennisetum purpureum)(象草))或其杂合体(例如，紫狼尾草x香蒲状狼尾草(Pennisetum typhoidum))、草(Phalarisarundinacea)(金丝雀草苇)、狗牙根(Cynodon dactylon)(百慕大草)、苇叶羊茅(Festuca arundinacea)(高羊茅)、互花米草珧(Spartina pectinata)(草原线草)、紫苜蓿(Medicago sativa)(苜蓿)、芦竹(Arundo donax)(巨人芦苇)或其杂合体、黑麦(Secale cereale)(裸麦)、柳(柳树)、桉树(桉树)、小黑麦(小麦-小麦X裸麦)、Tripsicum dactyloides(东部加马草)、灰色赖草(流域羊草)、峡谷王子赖草(巨人羊草)和竹子。

在一些实施方案中，适合的物种可以是野生的、杂草多的或栽培的高粱物种，例如高粱Sorghum almum、高粱Sorghum amplum、高粱Sorghumangustum、高粱Sorghum arundinaceum、双色高粱(Sorghum bicolo)(例如双色族、几内亚族、顶尖族、卡弗尔族和都拉族)、高粱Sorghumbrachypodum、球茎高粱(Sorghum bulbosum)、高粱Sorghum burmahicum、高粱Sorghum controversum、高粱Sorghum drummondii、高粱Sorghumecarinatum、高粱Sorghum exstans、高粱Sorghum grande、高粱Sorghumhalepense、高粱Sorghum interjectum、高粱Sorghum intrans、高粱Sorghumlaxiflorum、高粱Sorghum leiocladum、高粱Sorghum macrospermum、高粱Sorghum matarankense、高粱Sorghum miliaceum、高粱Sorghum nigrum、光高粱(Sorghum nitidum)、羽高粱(Sorghumplumosum)、高粱Sorghumpropinquum、高粱Sorghum purpureosericeum、高粱Sorghum stipoideum、高粱Sorghum sudanensese、高粱Sorghum timorense、高粱Sorghumtrichocladum、高粱Sorghum versicolor、高粱Sorghum virgatum、高粱Sorghum vulgare或杂种，例如高粱x almum、高粱x苏丹草或高粱x待宵草。

适合的物种还包括一年生向日葵(helianthus annuus)(向日葵)、红花Carthamus tinctorius(红花)、麻风树Jatropha curcas(麻风树)、蓖麻Ricinuscommunis(蓖麻)、油棕(Elaeis guineensis)(棕榈)、亚麻Linum usitaiissimum(亚麻)和芥菜(Brassicajuncea)。

适合的物种包括普通甜菜(甜菜)和木薯Manihot esculenta(木薯)。

适合的物种还包括番茄Lycopersicon esculentum(西红柿)、莴苣Lactucasativa(莴苣)、芭蕉Musa paradisiaca(香蕉)、马铃薯Solanum tuberosum(马铃薯)、甘蓝Brassica oleracea(花茎甘蓝、菜花、抱子甘蓝)、茶树Camelliasinensis(茶)、草莓Fragaria ananassa(草莓)、可可Theobroma cacao(可可)、咖啡树Coffea arabica(咖啡)、葡萄Vitis vinifera(葡萄)、菠萝Ananascomosus(菠萝)、一年生辣椒(热辣椒&甜辣椒)、洋葱Allium cepa(洋葱)、甜瓜Cucumis melo(甜瓜)、黄瓜Cucumis sativus(黄瓜)、笋瓜Cucurbitamaxima(南瓜)、南瓜Cucurbita moschata(西葫芦)、菠菜Spinacea oleracea(菠菜)、西瓜Citrullus lanatus(西瓜)、秋葵Abelmoschus esculentus(羊角豆)、和茄子Solanum melongena(茄子)。

适合的物种还包括罂粟Papaver somniferum(罂粟)、东方罂粟(Papaverorientale)、红豆杉(Taxus baccata)、矮叶红豆杉(Taxus brevifolia)、青蒿(Artemisia annua)、大麻Cannabis sativa、长尖喜树(Camptothecaacuminate)、长春花(Catharanthus roseus)、玫瑰红长春花(Vinca rosea)、正金鸡纳树(Cinchona officinalis)、秋水仙(Colchicum autumnale)、加州藜芦(Veratrum californica)、毛花洋地黄(Digitalis lanata)、紫花洋地黄(Digitalis purpurea)、薯蓣(Dioscoreaspp.)、穿心莲Andrographispaniculata、颠茄Atropa belladonna、曼陀罗Datura stomonium、小檗(Berberis spp.)、三尖衫(Cephalotaxus spp.)、草黄麻(Ephedra sinica)、黄麻(Ephedra spp.)、古柯Erythroxylum coca、雪花莲Galanthus wornorii、东莨菪(Scopolia spp.)、蛇足石松Lycopodium serratum(＝蛇足草Huperziaserrata)、石松(Lycopodium spp.)、萝芙碱(Rauwolfia serpentina)、萝芙木(Rauwolfia spp.)、血根草(Samguinaria canadensis)、莨菪(Hyoscyamusspp.)、金盏花(Calendula officinalis)、小白菊(Chrysanthemum parthenium)、毛喉鞘蕊花(Coleus frskohlii)和艾菊Tanacetum parthenium。

适合的物种还包括银胶菊(Lycopersicon esculentum)(银胶菊)、橡胶树Hevea spp.(橡胶)、留香兰Mentha spicata(薄荷)、洋薄荷Mentha piperita(薄荷)、红木Bixa orellana和六出花(Alstroemeria spp.)。

适合的物种还包括玫瑰Rosa spp.(玫瑰)、石竹Dianthus caryophyllus(康乃馨)、矮牵牛花Petunia spp.(矮牵牛花)和一品红Poinsettia pulcherrima(圣诞红)。

适合的物种还包括烟草Nicotiana tabacum(烟草)、白羽扇豆Lupinusalbus(羽扇豆)、穿心莲Uniola paniculata(燕麦)、常绿草(剪股颖Agrostisspp.)、杨山杨(白杨)、松Pinu spp.(松树)、冷杉Abies spp.(冷杉)、械Acerspp.(槭树)、大麦Hordeum vulgare(大麦)、牧场草Poa pratensis(蓝草)、黑麦草Lolium spp.(黑麦草)和猫尾草Phleum pratense(梯牧草)。

因此，方法和组合物可用于多种植物物种，包括选自下述的物种：双子叶甘蓝、红花、大豆、棉、向日葵、麻风树、银胶菊、杨和蓖麻；和单子叶植物属油棕、羊茅、大麦、黑麦、稻、黍、狼尾草、梯牧草、早熟禾、甘蔗、黑麦、高粱、小黑麦、小麦和玉蜀黍。在一些实施方案中，植物是下述物种的成员：柳枝稷(风倾草)、双色高粱(高粱、苏丹草)、巨芒草(Miscanthus giganteus)(芒草)、甘蔗(Saccharum sp.)(能源甘蔗)、香脂白杨(Populus balsamifera)(白杨)、玉蜀黍(玉米)、秣食豆(Glycine max)(大豆)、甘蓝型油菜(Brassica napus)(芸苔)、普通小麦(普通小麦)(小麦)、陆地棉(Gossypium hirsutum)(棉花)、籼稻(Oryza satiw)(水稻)、一年生向日葵(向日葵)、紫苜蓿(Medicago sativa)(苜蓿)、普通甜菜(Betavulgaris)(甜菜)或灰绿狼尾草(Pennisetum glaucum)(珍珠黍)。

在某些实施方案中，本文描述的多核苷酸和载体可用于转化多种单子叶和多子叶植物和植物细胞系统，其中此类植物是不同物种或多种特定物种的杂合体(例如，甘蔗X芒草、柳枝稷x黍Panicum amarum、柳枝稷x黍Panicum amarulum和紫狼尾草x香蒲状狼尾草)。

D转基因植物表型

在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽的表达得到调节的植物的幼苗可以具有提高的光合效率水平。例如，本文描述的低氮耐受调节多肽可以在转基因植物中表达，导致在低氮源生长条件下光合效率水平提高。与不表达转基因的相应对照植物的光合效率水平相比，光合效率水平可以提高至少0.25％，例如0.25％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％或超过60％。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽的表达得到调节的植物可以具有降低的光合效率水平。与不表达转基因的相应对照植物的光合效率水平相比，光合效率水平可以降低至少0.25％，例如0.25％、1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％或超过35％。

在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽的表达得到调节的植物的一种或多种绿色组织可以具有提高或降低的光合效率水平，所述绿色组织例如叶、茎、球茎、花、果实、幼年种子。例如，与不表达转基因的相应对照植物的光合效率水平相比，光合效率水平可以提高至少0.25％，例如0.25％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％或超过60％。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽的表达得到调节的植物的一种或多种绿色组织可以具有降低的光合效率水平。与不表达转基因的相应对照植物的光合效率水平相比，光合效率水平可以降低至少0.25％，例如0.25％、1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％或超过35％。

此类植物中低氮生长条件下光合效率的提高可以改善植物在植物摄取氮肥经常不足的地理环境中的生长。此类植物中光合效率下降以及由此对低氮耐受生长条件耐受性的降低可通过应用至杂草等而用于从环境中除去杂草等。例如，可准备能够诱导光合效率降低的植物用于土地改良等。

通常，转基因植物或细胞与对照植物或细胞之间光合效率水平的差异被认为是用适当的参数或非参数统计在p＜0.05统计学显著，所述统计例如卡方检验、Studentt检验、Mann-Whitney检验或F-检验。在一些实施方案中，光合水平的差异是在p＜0.01、p＜0.005或p＜0.001统计学上显著。例如，转基因植物光合效率水平与对照植物细胞的量相比的统计学显著差异表明，转基因植物中存在的重组核酸导致光合效率水平的改变。

在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽表达得到调节的植物幼苗可以具有提高的生长速率。例如，本文描述的低氮耐受调节多肽可以在转基因植物中表达，导致限制氮源的生长条件下提高的生长速率。与不表达转基因的相应对照植物生长速率相比，生长速率提高至少2％，例如2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％或超过60％。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽表达得到调节的植物可以具有降低的生长速率。与不表达转基因的相应对照植物生长速率相比，生长速率降低至少2％，例如2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％或超过35％。可以在幼苗植物、发育中的植物或成熟植物中测定生长速率，持续测量诸如下述的时段：约1小时、3小时、6小时、12小时、1天、3天、5天、10天、1月、3月、6月、12月或植物整个寿命。

在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽表达得到调节的植物的一种或多种营养和生殖组织可以具有提高或降低的生长速率，所述组织例如叶、茎、花、球茎、果实、年轻种子。例如，与不表达转基因的相应对照植物生长速率相比，生长速率可以提高至少2％，例如2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％或超过60％。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽表达得到调节的植物的一种或多种营养组织可以具有降低的生长速率水平。与不表达转基因的相应对照植物生长速率相比，生长速率可以降低至少2％，例如2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％或超过35％。

此类植物中低氮生长条件下生长速率的提高可以提供在植物摄取氮肥经常不足的地理环境中改善的植物生长和初步移植生长。此类植物中生长速率下降以及由此对低氮耐受生长条件耐受性的降低可通过应用至观赏性植物等而用于设计缓慢生长的植物。例如，可准备能够诱导生长速率降低的植物用于土地改良等。

通常，转基因植物或细胞与对照植物或细胞之间生长速率的差异被认为是用适当的参数或非参数统计在p＜0.05统计学显著，所述统计例如卡方检验、Student t检验、Mann-Whitney检验或F-检验。在一些实施方案中，生长速率的差异是在p＜0.01、p＜0.005或p＜0.001统计学显著。例如，转基因植物生长速率与对照植物生长速率相比的统计学显著差异表明，转基因植物中存在的重组核酸导致生长速率改变。

相对于对照植物评价转基因植物的表型。当植物表现出少于感兴趣植物所表现出的多肽或编码该多肽mRNA的量的10％，例如少于9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％或0.001％植物“不表达”所述多肽。表达可使用包括下述的方法评估：例如RT-PCR、RNA印迹、S1RNA酶保护、引物延伸、蛋白质印迹、蛋白质凝胶电泳、免疫沉淀、酶联免疫测定、芯片测定和质谱。应该注意，如果多肽在组织优先或广泛表达的启动子控制下表达，那么表达可以在整个植物或选定组织中评估。类似地，如果多肽在特定时间表达，例如在发育申的特定时间或诱导时表达，则表达可以在希望的时期选择性地评估。

V.植物培育

遗传多态性是群体中离散的等位基因序列差异。通常，以1％或更高存在的等位基因被认为是遗传多态性。本文公开的多肽可以调节光合效率和/或氮含量的发现在植物培育中是有用的，因为表现出与此类多肽的基因座一定程度连锁的遗传多态性更可能与低氮耐受性状的变化相关联。例如，与此类多肽的基因座连锁的遗传多态性更可能用于标志物辅助的培育程序，以产生具有低氮耐受性状预期调节的系。

因此，本发明一方面包括鉴定一种或多种遗传多态性是否与低氮耐受性状的变化相关联的方法。此类方法包括确定给定群体中的遗传多态性是否表现出与下述多肽之一的基因座连锁：图1-57所示多肽、SEQ IDNO：556、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：1157和/或其功能同系物，例如但不限于本申请的序列表中鉴定的那些。测定群体植物中低氮耐受性状的变化与群体植物中遗传多态性存在之间的关联，从而鉴定所述遗传多态性是否与所述性状变化相关。如果特定等位基因的存在与低氮耐受性状的预期调节统计学上显著相关，则该等位基因与该性状的变化相关并用作该性状的标志物。另一方面，如果特定等位基因的存在与预期调节不是统计学上显著相关的，则该等位基因与该性状不相关并且不可用作标志物。

此类方法适用于含有天然存在的内源多肽而非编码该多肽的外源核酸的群体，即，不是外源核酸转基因的群体。但是应理解，适用于所述方法的群体可以含有另一种不同性状(例如除草剂抗性)的转基因。

用于此类方法的遗传多态性包括简单的序列重复(SSR或微卫星)、多态DNA(RAPD)的快速扩增、单核苷酸多态性(SNP)、扩增的片段长度多态性(AFLP)和限制性片段长度多态性(RFLP)。SSR多态性可以例如通过制备序列特异性探针并通过PCR从感兴趣的群体个体扩增模板DNA来鉴定。如果探针在群体SSR的侧翼，则可以产生不同尺寸的PCR产物。参见，例如美国专利5,766,847。可选地，SSR多态性可以通过使用PCR产物作为针对DNA印迹的探针从群体中不同个体鉴定。参见U.H.Refseth等.(1997)Electrophoresis 18：1519。RFLP的鉴定讨论于例如Alonso-Blanco等.(Methods in Molecular Biology，8第2卷，“Arabidopsis Protocols(拟南芥实验设计)”，第137-146页，J.M.Martinez-Zapater和J.Salinas编辑，c.1998，Humana Press，Totowa，NJ)；Burr(“Mapping Genes with Recombinant Inbreds(使用重组杂种的基因图谱)”，第249-254页，Freeling，M.和V.Walbot(编)，The Maize Handbook，c.1994，Springer-Verlag New York，Inc.：New York，NY，USA；Berlin Germany；Burr等.(1998)Genetics 118：519；以及Gardiner，J.等.(1993)Genetics 134：917)。AFLP的鉴定讨论于例如EP 0534858和美国专利5,878,215。

在一些实施方案中，所述方法用于培育植物系。此类方法在标志物辅助培育程序中使用如上文所述的鉴定的遗传多态性来促进具有低氮耐受性状预期变化的系的发育。适合的遗传多态性一旦被鉴定为与性状变化相关，则鉴定具有与预期变化相关的多态等位基因的一种或多种个体植物。然后那些植物用于培育程序以组合多态等位基因和在与预期变化相关的在其他基因座的多个其他等位基因。适用于植物培育程序的技术是本领域已知的并且包括但不限于回交、混合选择、谱系育种、集团选择、与另一群体杂交和重复选择。这些技术可以单独使用或者与培育程序中的一种或多种其他技术组合使用。因此，每个鉴定的植物自交或杂交不同的植物以产生种子，然后种子发芽形成后代植物。然后至少一个此类后代植物自交或与不同植物杂交以形成随后的后代。培育程序可以视情况重复自交或异型杂交的步骤0-5代以实现产生的植物系中需要的均匀性和稳定性，所述植物系保留多态等位基因。在大部分培育程序中，在每一代进行特定多态等位基因的分析，尽管分析可以按需要隔代进行。

在一些情况下，还进行其他有用性状的选择，例如真菌抗性或细菌抗性的选择。此类其他性状的选择可以在鉴定具有预期多态等位基因的个体植物之前、期间或之后进行。

VI.制品

本文提供的转基因植物在农业和能源生产工业中具有多种用途。例如，本文描述的转基因植物可用于制备动物饲料和食品。然而，此类植物经常特别用作能源生产的原料。

相对于缺少外源核酸的对照植物，本文描述的转基因植物经常产生更高的每公顷谷物和/或生物质产量。一些实施方案中，此类转基因植物在减少投入(例如肥料和/或水)的条件下提供与对照植物相同或甚至提高的每公顷谷物和/或生物质产量。因此，此类转基因植物可用于以较低投入成本和/或在环境压力条件(例如干旱或有限的氮源)下提供产量稳定性。在一些实施方案中，本文描述的植物组成允许更有效地加工成游离糖和随后的乙醇以用于能源生产。在一些实施方案中，此类植物提供了相对于对照植物更高的每千克植物材料的乙醇、丁醇、二甲醚、其他生物燃料分子和/或糖衍生副产品的产量。认为这种加工效率源自植物材料的含氮组成。通过以相同或甚至降低的生产成本提供更高的产量，本文描述的转基因植物提高了农民和加工者的利润率，并降低了消费者的花费。

本文描述的转基因植物的种子可以通过本领域已知的工具调整并包装于包装材料中，以形成制品。诸如纸和布等包装材料是本领域公知的。种子包装可以具有描述其中种子性质的标记，例如固定于包装材料的标签或标记，印在包装材料上的标记，或者包装内插入的标记。

本发明进一步描述于下述实施例，所述实施例不限制权利要求中描述的本发明的范围。

VII.实施例

实施例1-转基因拟南芥植物

下列符号用于有关拟南芥转化的实施例：T₁：第一代转化子；T₂：第二代，自体受精的T₁植物的后代；T₃：第三代，自体受精的T₂植物的后代；T₄：第三代，自体受精的T₃植物的后代。独立转化称为事件。

下述是从拟南芥植物分离的核酸列表：CeresClone：29661(SEQ IDNO：1)、CeresClone：251343(SEQ ID NO：48)、CeresClone：19586(SEQ IDNO：76)、CeresClone：25136(SEQ ID NO：96)、CeresClone：1820(SEQ IDNO：99)、CeresClone：13102(SEQ ID NO：151)、CeresClone：15457(SEQ IDNO：165)、Ceres Annot：859276(SEQ ID NO：175)、CeresClone：17883(SEQ IDNO：185)、CeresClone：251590(SEQ ID NO：207)、CeresClone：4898(SEQ IDNO：217)、CeresClone：148977(SEQ ID NO：233)、CeresClone：24255(SEQ IDNO：245)、CeresClone：38432(SEQ ID NO：299)、Ceres Annot：553243(SEQ IDNO：331)、CeresClone：1011900(SEQ ID NO：367)、CeresClone：5232(SEQ IDNO：509)、CeresClone：29302(SEQ ID NO：532)、CeresClone：93971(SEQ IDNO：555)、Ceres Annot：12669619_cDNA(SEQ ID NO：557)、CeresClone：21608(SEQ ID NO：592)、CeresClone：2031(SEQ ID NO：612)、CeresClone：94503(SEQ ID NO：645)、CeresClone：21740(SEQ ID NO：686)、CeresClone：5609(SEQ ID NO：729)、CeresClone：3137(SEQ ID NO：745)、CeresClone：32430(SEQ ID NO：768)、CeresClone：101255(SEQ ID NO：791)、Ceres Annot：573161(SEQ ID NO：854)、Ceres Annot：552727(SEQ IDNO：890)、CeresClone：732(SEQ ID NO：1193)、CeresClone：2267(SEQ ID NO：1209)、CeresClone：39358(SEQ ID NO：1273)、CeresClone：115046(SEQ IDNO：1301)、Ceres Annot：850581(SEQ ID NO：1427)、Ceres Annot：862321(SEQ ID NO：1462)、Ceres Annot：839064(SEQ ID NO：1478)、CeresAnnot：864666(SEQ ID NO：1490)、Ceres Annot：875012(SEQ ID NO：1509)、Ceres Annot：874016(SEQ ID NO：1524)、Ceres Annot：827304(SEQ ID NO：1536)、Ceres Annot：869192(SEQ ID NO：1553)和Ceres Annot：876419(SEQID NO：1576)。命名Ceres Clone：968180(SEQ ID NO：1115)的核酸从物种甘蓝型油菜分离。命名Ceres Clone：1017441(SEQ ID NO：224)的核酸从物种小麦Triticum aesticum分离。下述是从玉蜀黍植物分离的核酸列表：CeresClone：1387146(SEQ ID NO：981)、CeresClone：1408950(SEQ IDNO：1098、CeresClone：208453(SEQ ID NO：1111)、CeresClone：208995(SEQID NO：943)、CeresClone：225681(SEQ ID NO：975)、CeresClone：239806(SEQID NO：916)、CeresClone：244306(SEQ ID NO：1053)、CeresClone：276809(SEQ ID NO：823)、CeresClone：324216(SEQ ID NO：852)、CeresClone：339439(SEQ ID NO：1341)、CeresClone：424522(SEQ ID NO：827)、CeresClone：896483(SEQ ID NO：1384)、CeresClone：986438(SEQ ID NO：1156)、CeresClone：988083(SEQ ID NO：1184)、CeresClone：995409(SEQID NO：1408)、CeresClone：996227(SEQ ID NO：1158)和CeresClone：996263(SEQ IDNO：1165)。

除了Ceres Clone：29661(SEQ ID NO：1)，上述每种分离的核酸被克隆入Ti质粒载体CRS338，该载体含有赋予转化植物FINALE^TM抗性的膦丝菌素乙酰基转移酶基因。使用CRS338制备构建体，CRS338含有SEQ IDNO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQ ID NO：185、SEQ ID NO：207、SEQID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：245、SEQ ID NO：299、SEQ IDNO：331、SEQ ID NO：367、SEQ ID NO：509、SEQ ID NO：532、SEQ IDNO：555、SEQ ID NO：557、SEQ ID NO：592、SEQ ID NO：612、SEQ IDNO：645、SEQ ID NO：686、SEQ ID NO：729、SEQ ID NO：745、SEQ IDNO：768、SEQ ID NO：791、SEQ ID NO：823、SEQ ID NO：827、SEQ IDNO：852、SEQ ID NO：854、SEQ ID NO：890、SEQ ID NO：916、SEQ IDNO：943、SEQ ID NO：975、SEQ ID NO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ IDNO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ ID NO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ IDNO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ ID NO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ IDNO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ ID NO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ IDNO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ ID NO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ IDNO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ ID NO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQID NO：1553或SEQ ID NO：1576，每一个可操作连接至35S启动子。CeresClone：29661(SEQ ID NO：1)被克隆入Ti质粒载体CRS 311，CRS 311含有赋予转化植物FINALE^TM抗性的膦丝菌素乙酰基转移酶基因。SEQ ID NO：1可操作连接至使用CRS 331载体制备的构建体中的p32449启动子。野生型拟南芥生态型Wassilews kija(Ws)植物用每种构建体单独转化。转化基本按照Bechtold等.(1993)C R.Acad.Sci.Paris，316：1194-1199所述来进行。

含有SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：185、SEQID NO：207、SEQ ID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：245、SEQ IDNO：299、SEQ ID NO：331、SEQ ID NO：367、SEQ ID NO：509、SEQ IDNO：532、SEQ ID NO：555、SEQ ID NO：557、SEQ ID NO：592、SEQ IDNO：612、SEQ ID NO：645、SEQ ID NO：686、SEQ ID NO：729、SEQ IDNO：745、SEQ ID NO：768、SEQ ID NO：791、SEQ ID NO：823、SEQ IDNO：827、SEQ ID NO：852、SEQ ID NO：854、SEQ ID NO：890、SEQ IDNO：916、SEQ ID NO：943、SEQ ID NO：975、SEQ ID NO：981、SEQ IDNO：224、SEQ ID NO：1053、SEQ ID NO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ IDNO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ ID NO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ IDNO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ ID NO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ IDNO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ ID NO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ IDNO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ ID NO：1478、SEQ ID NO：1490、SEQID NO：1509、SEQ ID NO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQ ID NO：1553、SEQ ID NO：1576、或SEQ ID NO：175的转基因拟南芥系分别命名为ME00919、ME01312、ME01463、ME01821、ME01910、ME02538、ME02603、ME02613、ME02801、ME03123、ME04204、ME04477、ME04507、ME04587、ME04753、ME04772、ME04909、ME05033、ME05194、ME05267、ME05300、ME05341、ME05392、ME05429、ME05493、ME05885、ME07344、ME07859、ME08464、ME09939、ME11735、ME12910、ME12927、ME12929、ME12954、ME12970、ME13006、ME13021、ME13064、ME13071、ME13087、ME13106、ME13107、ME13108、ME13110、ME13125、ME13149、ME13151、ME13153、ME13177、ME13200、ME13204、ME14649、ME16546、ME17457、ME17567、ME17932、ME17936、ME18275、ME18924、ME19182或ME20628。含有上述核酸的每个载体在用所述载体转化的各个转基因拟南芥系中的存在通过FINALE^TM抗性、从绿叶组织提取物PCR扩增和/或PCR产物测序来证实。作为对照，野生型拟南芥生态型Ws植物用空载体CRS338或CRS311转化。

实施例2-筛选对低氮生长条件耐受的转基因植物

针对幼苗进行低氮耐受筛选以鉴定在限制氮条件下显示与内部对照相比提高的光合效率或幼苗尺寸或绿度的转基因系。用于低氮耐受测定的培养基含有0.5％蔗糖、0.5X MS无氮培养基(PhytoTech)、0.05％MES水合物和0.8％植物琼脂。此外，对于低硝酸铵测定，使用240μM NH4NO3作为氮源。对于低硝酸盐分析，氮源是300μM KNO3。使用10N KOH调节培养基pH至pH 5.7。灭菌种子铺板于琼脂板并在4黑暗中层化2天以促进统一发芽。含有萌发幼苗的琼脂板水平放入

生长箱，生长箱设置为22，16∶8光∶暗循环，70％湿度，以及发射100μE光强度的白炽灯和荧光灯的组合。对照板随机放在组内。在14天开始每天筛选幼苗。该筛选中，选择低氮培养基上相对于内部对照较大或较绿的幼苗。随着候选幼苗每天被发现，将它们无菌移植到用于回收的标准MS发芽板。该中间回收步骤是移植到土壤之前所必需的，以使总体候选物死亡率降至最低。候选物的评分和移植持续到所有剩余植物是小的且因氮应激而发黄。在评分最后一天，每个板经叶绿素荧光(CF)成像仪扫描光合效率(Fv/Fm)，并作为候选物评分，并移植Fv/Fm分值高端的任何极端超编值。Fv/Fm比值通常提供暗适应材料内光系统II(PSII)最大效率的估计，其中Fv是变化荧光，即，来自暗适应材料的最小荧光信号(Fo)和最大荧光信号(Fm)之间的差异。这可以实际通过使用CF图像分析软件观察每个幼苗的假色图像来进行(具有高末端Fv/Fm分值的植物显示红色)。该步骤通常在发芽后-24天进行。转移到MS回收板后7天，将候选物移植到土壤(标准阳光∶蛭石3∶2混合物；Osmocote；Marathon)。移植到土壤后5天，候选物用

[5mL

/48盎司水]喷洒以从群体除去非转基因。

喷洒后两天，收集每种候选物的茎叶组织用于基因组DNA提取、PCR和测序以确定每种候选物转基因的身份。

实施例3-验证板测定

该测定被用于验证在限制氮条件下显示相对于内部对照提高的光合作用或尺寸的转基因系。用于低氮耐受测定的培养基含有0.5％蔗糖、0.5XMS无氮培养基(PhytoTech)、0.05％MES水合物和0.8％植物琼脂。使用10NKOH调节培养基pH至pH 5.7。此外，对于低硝酸铵分析，使用240μMNH4NO3作为氮源。对于低硝酸盐分析，氮源是300μM KNO3。灭菌种子铺板于琼脂板并在4黑暗中层化2天以促进统一发芽。含有萌发幼苗的琼脂板水平放入

生长箱，生长箱设置为22，16∶8光∶暗循环，70％湿度，以及发射100μE光强度的白炽灯和荧光灯组合。对照板随机放在组内。使用CF成像仪每隔一天扫描板(在黑暗适应45分钟之后)，并在所有野生型植物完全发黄后结束。最后一天扫描板之后，它们用

(10mL

于48盎司全强度MS液体培养基中)喷洒。喷洒后两天，每个板在黑暗适应45分钟，并经CF成像仪扫描Fv/Fm，并在每个时间点对每个植物评分。对于每个单独时间点，收集经历事件的所有T₂转基因植物的数据并使用单尾t检验比较相对于同一板上收集的非转基因的Fv/Fm比和玫瑰花形面积。只要有可能，则针对T₃代植物重复该方法。当两代中2个或多个事件的转基因Fv/Fm比和/或玫瑰花结面积以p值≤0.05大于野生型分离子时，证实了低氮耐受候选物。

实施例4-验证土壤测定

对土壤进行低、中和高氮实验以评估拟南芥生命周期中成熟点的表型特征，与幼苗筛选相比较。测试的系最初通过对低硝酸盐和低硝酸铵耐受性的超级池筛选来鉴定。这些系随后在低硝酸盐和低硝酸铵琼脂上作为幼苗被单独分析。对于该测定，MetroMix200土壤与蛭石和Marathon^TM(MetroMix200∶蛭石3∶2混合物；Osmocote；Marathon)混合，使用前高压灭菌并冷却。实验植物和对照随机分布于平面。播种之前，每个平面加入3L过滤水。24孔平面填充下述3∶2比的MetroMix200与Thermorock蛭石。开始实验时不提供氮，直到发芽后2周，此时使用补充了25ppm、250ppm和1500ppm的KNO₃的1/4Hoagland从下方给平面加水。

种子在土壤上和4黑暗中层化3天。冷却处理后，将平面转移至生长箱。植物生长大约5周，或直至完全生长/成熟。然后植物黑暗适应1小时。使用CF成像仪(Technologica，UK)根据生产商方案采集叶绿体荧光图像，以测量光系统II的性能和效率：1)Fv/Fm，最大光系统II效率2)Fq′/Fm′，操作效率和3)非光化学猝灭(NPQ)。

使用补充了多种浓度KNO₃的1/4Hoagland加水后一周，使用WhinRhizo成像软件(Reagent Instruments，Canada)进行植物玫瑰花形面积测量。然后将植物收集在马尼拉信封中，放入125干燥烘箱1-2天并称重。

实施例5-ME00919事件的分析

ME00919含有来自拟南芥的Ceres Clone：29661(At3g61880，SEQ IDNO：1)，其编码534个氨基酸的细胞色素P450蛋白。对T₂和T₃中ME00919的低氮耐受性的评价在与实施例2所述相同条件下进行。该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-03显示相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。含有低硝酸铵的培养基上的ME00919幼苗的光合效率概述示于表1。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-03分别以15∶1和3∶1(R∶S)分离。测试ME00919事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME00919的事件-01和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异。

实施例6-ME01312事件的分析

ME01312含有来自拟南芥的Ceres Clone：251343(At3g21270，SEQ IDNO：48)，其编码204个氨基酸Dof锌指蛋白。Ceres Clone：251343与玉米Dof1基因享有约40％氨基酸同一性，所述玉米Dofl基因在拟南芥中过表达时显示赋予接收低氮应激的植物耐受性(Yanagisawa等.，2004)。对T₂和T₃中ME01312的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-011显示第16天和第17天后，在含有低硝酸盐或低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。对于T₃代中低硝酸盐筛选，事件-03的p值略高于0.05，在p≤0.10显著。含有低硝酸盐或低硝酸铵的培养基上ME01312幼苗的光合效率概述示于表2。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-11分别以3∶1(R∶S)分离。

ME01312的事件-03-11表现无出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例7-ME01463事件的分析

ME01463含有来自拟南芥的Ceres Clone：19586(At1g80600，SEQIDNO：76)，其编码III类氨基转移酶家族成员457乙酰基鸟氨酸氨基转移酶。对两代中ME01463的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同的条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中三个事件-02、-06和-10显示相对于内部对照在含有低硝酸铵的培养基上显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME01463幼苗的光合效率概述示于表3。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02、-06和-10分别分离2∶1、2∶1和3∶1(R∶S)。还测试ME01463事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异(数据未显示)。

ME01463的事件-02、-06和-10没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例8-ME01821事件的分析

ME01821含有来自拟南芥的Ceres Clone：25136(At1g65500，SEQ IDNO：96)，其编码未知功能的86个氨基酸蛋白。对T₂代中ME01821的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。T₂代中三个事件-01、-04和-05显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率。T₂代中两个事件-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME01821幼苗光合效率的概述显示在表4中。

在含有低硝酸盐或低硝酸铵的培养基上ME01812事件的增强生长的概述显示在表5中。对于两个事件-01和-05，发现在含有低硝酸盐的培养基上生长14天后，转基因幼苗显著大于收集的非转基因分离子(表5A)。发现在含有低硝酸铵的培养基上生长14天后，两个事件-02和-05的转基因幼苗显著大于收集的非转基因分离子(表5B)。在该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积进行比较。

实施例9-ME01910事件的分析

ME01910含有来自拟南芥的Ceres Clone：1820(At2g30620，SEQ IDNO：99)，其编码273个氨基酸的接头组蛋白H1和H5家族蛋白。对T₂和T₃中ME01910的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-02显示相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME01910幼苗光合效率的概述显示在表6中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-02以3∶1(R∶S)分离。还测试ME01910事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME01910的事件-01和-02没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例10-ME02538事件的分析

ME02538含有来自拟南芥的Ceres Clone：13102(Atlg67920，SEQ IDNO：151)，其编码未知功能的67个氨基酸的蛋白。对T₂代中ME02538的低氮耐受性的评价在与实施例2所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。T₂代中两个事件-04和-05显示在含有低硝酸盐的培养基和含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME01821幼苗光合效率的概述显示在表7中。

还测试ME02538事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。对ME01812事件进行的生长测定概述显示于表8。发现在含有低硝酸盐的培养基(表8A)和含有低硝酸铵的培养基(表8B)上，两个事件-01和-02的转基因幼苗显著大于收集的非转基因分离子。

实施例11-ME02603事件的分析

ME02603含有来自拟南芥的Ceres Clone：15457(At5g47610，SE0 IDNO：165)，其编码166个氨基酸的锌离子结合蛋白。对T₂和T₃代中ME02603的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同的条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-04显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME02603幼苗光合效率的概述显示在表9中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-04以3∶1(R∶S)分离。测试两个事件-01和-04的转基因植物在低硝酸盐培养基上增强的光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME02603的事件-01和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例12-ME02613事件的分析

ME02613含有来自拟南芥的Ceres Clone：17883(At3g13910，SEQIDNO：185)，其编码未知功能的102个氨基酸的蛋白。对T₂代中ME02613的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同的条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。在T₂代中，两个事件-01和-04显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。在T₂代中，两个事件-03和-03显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME02613幼苗光合效率的概述显示在表10中。

在含有低硝酸盐的培养基或含有低硝酸铵的培养基上ME02613事件的增强生长的概述显示于表11。对于两个事件-01和-03，发现在含有低硝酸盐的培养基上生长14天后，转基因幼苗显著大于收集的非转基因分离子(表11A)。发现在含有低硝酸铵的培养基上生长14天后，两个事件-02和-03的转基因幼苗显著大于收集的非转基因分离子(表11B)。

实施例13-ME02801事件的分析

ME02801含有来自拟南芥的Ceres Clone：251590(At3g53080，SEQ IDNO：207)，其编码未知功能的155个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME02801的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同的条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-02和-04显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p ≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME02801幼苗光合效率的概述显示在表12中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02和-04以3∶1(R∶S)分离。还测试ME02801事件在低硝酸盐培养基上增强的生长，和在低硝酸铵培养基上增强的光合效率和生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME02801的事件-02和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例14-ME03123事件的分析

ME03123含有来自拟南芥的Ceres Clone：4898(At1g29970，SEQ IDNO：217)，其编码未知功能的158个氨基酸蛋白。对T₂和/或T₃中ME03123的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同的条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。ME03123幼苗光合效率的概述显示在表13中。两个T₂或T₃代中，事件-01和-10显示在含有低硝酸盐的培养基或含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p ≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。

还测试ME03123事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。该分析中，在低硝酸盐上生长14天后，ME03123-02和ME03123-04(T₂)的转基因幼苗显著大于收集的非转基因分离子(表14)。

实施例15-ME04204事件的分析

ME04204含有来自拟南芥的Ceres Clone：148977(At1g78770，SEQ IDNO：233)，其编码159个氨基酸的后期促进复合物/循环体亚基蛋白。然而，也可能这是由植物产生的天然变体转录物，因为在公共领域发现基因座At1g78770的多个注释。对T₂和T₃代中ME04204的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。在两代中，两个事件-01和-05显示相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME04204幼苗光合效率的概述显示在表15中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-05以3∶1(R∶S)分离。还测试ME04204事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME04204的事件-01和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例16-ME04477事件的分析

ME04477含有来自拟南芥的Ceres Clone：24255(At2g36320，SEQ IDNO：245)，其编码161个氨基酸DNA结合/锌离子结合蛋白。对T₂和T₃中，ME04477的低氮耐受性的评价在与实施例2所述相同的条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-01和-05显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME04477幼苗光合效率的概述显示在表16中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-05以3∶1(R∶S)分离。还测试ME04477事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME04477的事件-01和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例17-ME04507事件的分析

ME04507含有来自拟南芥的Ceres Clone：38432(At4g38250，SEQ IDNO：299)，其编码436个氨基酸跨膜氨基酸转运蛋白。对T₂和T₃中，ME04507的低氮耐受性的评价在与实施例2所述相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-03和-04显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p ≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME04507幼苗光合效率的概述显示在表17中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-04分别以15∶1和3∶1(R∶S)分离。还测试ME04507事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME04507的事件-03和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例18-ME04587事件的分析

ME04587含有来自拟南芥的Ceres Annot：553243(At2g27010，SEQ IDNO：331)，其编码516个氨基的酸细胞色素P450蛋白。对T₂和T₃中ME04587的低氮耐受性的评价在与实施例2所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-01和-02显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME04587幼苗光合效率的概述显示在表18中。T₂代中，对于FINALE^TM抗性，事件-01和-02分别以1∶1和47∶1(R∶S)分离。对于T₃代中

抗性，这两个事件分别以2∶1和7∶1(R∶S)分离。

还测试ME04587事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。此外，还测试这些事件在低硝酸盐培养基上的提高的幼苗面积和光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME04587的事件-01和-02没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例19-ME04753事件的分析

ME04753含有来自拟南芥的Ceres C1one：1011900(At2g21660，SEQ IDNO：367)，其编码130个氨基酸的甘氨酸富集的RNA结合蛋白。对T₂和T₃中，ME04753的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-01和-02显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME04753幼苗光合效率的概述显示在表19中。T₂代中，对于FINALE^TM抗性，事件-01和-02分别以3∶1和2∶1(R∶S)分离。还测试ME04753事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME04753的事件-01和-02没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例20-ME04772事件的分析

ME04772含有来自拟南芥的Ceres Clone：5232(At1g13380，SEQ IDNO：509)，其编码未知功能的188氨基酸个的蛋白。对T₂和T₃中ME04772的低氮耐受性的评价在与实施例2所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-02和-04显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME04772幼苗光合效率的概述显示在表20中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02和-04分别以2∶1和3∶1(R∶S)分离。还测试ME04772事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME04772的事件-02和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例21-ME04772事件的分析

ME04909含有来自拟南芥的Ceres Clone：29302(At1g49010，SEQ IDNO：532)，其编码314个氨基酸的Myb样DNA结合结构域蛋白。对T₂和T₃中ME04909的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-01和-03显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME04909幼苗光合效率的概述显示在表21中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-03以15∶1(R∶S)分离。还测试ME04909事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME04909的事件-01和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实茄例22-ME05033事件的分析

ME05033含有来自拟南芥的Ceres Clone：93971(At4g19095，SEQ IDNO：555)，其编码具有未知功能的188个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME05033的低氮耐受性的评价在与实施例2所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-03和-05显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME05033幼苗光合效率的概述显示在表22中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-05分别以15∶1和2∶1(R∶S)分离。还测试ME05033事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME05033的事件-03和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例23-ME05194事件的分析

ME05194含有来自拟南芥的Ceres cDNA：12669619(At1g30710，SEQID NO：557)，其编码531个氨基酸的电子载体蛋白。对T₂和T₃中，ME05194的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同的条件下进行。两代中，两个事件-03和-05显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著增强的生长(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。该研究中，事件内转基因植物第14天的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。ME05194幼苗在低硝酸盐生长条件下的增强生长概述显示于表23。T₂代中，对于FINALE^TM抗性，事件-03和-05以1∶1(R∶S)分离。还测试ME05194事件在低硝酸盐培养基上提高的光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME05194的事件-03和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例24-MF05267事件的分析

ME05267含有来自拟南芥的Ceres Clone：21608(At5g49510，SEQ IDNO：592)，其编码195个氨基酸的von Hippel-Lindau结合蛋白。对T₂和T₃中ME05267的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。两代中，两个事件-01和-04显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著增强的生长(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。该研究中，事件内转基因植物第14天的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。ME05194幼苗在低硝酸盐生长条件下的增强的生长概述显示于表24。T₂代中，对于FINALE^TM抗性，事件-01和-04以15∶1(R∶S)分离。还测试ME05267事件在低硝酸盐培养基上提高的光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME05267的事件-01和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例25-MF05300事件的分析

ME05300含有来自拟南芥的Ceres Clone：2031(At1g72020，SEQ IDNO：612)，其编码未知功能的97个氨基酸的蛋白。对T₂代中ME05300的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。ME05300幼苗光合效率的概述显示在表25中。两个事件-04和-05显示T₂代中在含有低硝酸盐的培养基和含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。此外，T₂代中两个事件-01和-05显示在含有低硝酸盐的培养基和含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著增强的生长(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。ME05300幼苗在低硝酸盐和低硝酸铵生长条件下的增强生长概述显示于表26。

实施例26-ME05341事件的分析

ME05341含有来自拟南芥的Ceres Clone：94503(At4g 14420，SEQIDNO：645)，其编码158个氨基酸的诱导子样蛋白。对T₂和T₃中ME05341的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。两代中，两个事件-01和-02显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著增强的生长(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。该研究中，事件内转基因植物第14天的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。ME05341幼苗的光合效率概述显示于表27。T₂代中，对于FINALE^TM抗性，事件-01和-02以15∶1(R∶S)分离。还测试ME05341事件在低硝酸盐培养基上提高的光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME05341的事件-01和-02没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例27-ME05392事件的分析

ME05392含有来自拟南芥的Ceres Clone：21740(At5g01610，SEQ IDNO：686)，其编码未知功能的170个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME05392的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-01和-03显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME05392幼苗光合效率的概述显示在表20中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-03以2∶1(R∶S)分离。还测试ME05392事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME05392的事件-01和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例28-ME05429事件的分析

ME05429含有来自拟南芥的Ceres Clone：5609(At3g60480，SEQ IDNO：729)，其编码未知功能的188个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃代中ME05429的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-06和-08显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME05429幼苗光合效率的概述显示在表29中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-06和-08分别以3∶1和2∶1(R∶S)分离。还测试ME05429事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。此外，还测试这些事件在低硝酸盐培养基上增强的生长和光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME05429的事件-06和-08没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例29-ME05493事件的分析

ME05493含有来自拟南芥的Ceres Clone：3137(At3g43430，SEQ IDNO：745)，其编码169个氨基酸的锌指家族蛋白。对T₂和T₃中ME05493的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-05显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME05493幼苗光合效率的概述显示在表30中。T₂代中，对于FINALE^TM抗性，事件-01和-05以15∶1(R∶S)分离。还测试ME05493事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME05493的事件-01和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例30-ME05885事件的分析

ME05885含有来自拟南芥的Ceres Clone：32430(At1g16170，SEQ IDNO：768)，其编码未知功能的92个氨基酸的蛋白。对T₃代中ME05885的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。ME05885幼苗光合效率的概述显示在表31中。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。T₃代中两个事件-01和-05显示在含有低硝酸盐的培养基和含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。

还测试ME05885事件在低硝酸盐培养基和低硝酸铵培养基上增强的生长。T₃代中ME05885幼苗在低硝酸盐和低硝酸铵生长条件下增强的生长的概述显示于表32。两个事件-03和-05显示出在含有低硝酸盐的培养基上显著增强的生长。两个事件-02和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著增强的生长(p ≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。在该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。

实施例31-ME07344事件的分析

ME07344含有来自拟南芥的Ceres Clone：101255(At2g19810，SEQIDNO：791)，其编码359各氨基酸的CCCH-型锌指蛋白。对T₂和T₃代中ME07344的低氮耐受性的评价在与实施例4所述的相同条件下进行。该研究中，在第38天收集每种植物的第四真叶，并在CF成像仪分析其Fv/Fm值。事件内转基因植物与所有非转基因植物比较，所述非转基因植物包括非转基因分离子和外部对照。两代中两个事件-02和-03显示相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME07344幼苗光合效率的概述显示在表33中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02和-03以3∶1(R∶S)分离。还测试ME07344事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME07344的事件-02和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例32-ME07859事件的分析

ME07859含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：276809(SEQ ID NO：823)，其编码135个氨基酸的甾醇脱氢酶蛋白。对T₂和T₃中ME07859的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-02和-04显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME07859幼苗光合效率的概述显示在表34中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02和-04分别以1∶1和2∶1(R∶S)分离。还测试ME07859事件在低硝酸盐培养基上增强的生长，以及在低硝酸铵培养基上增强的生长和光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME07859的事件-02和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异。

实施例33-ME08464事件的分析

ME08464含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：424522(SEQ ID NO：827)，其编码500个氨基酸的未知蛋白。对T₂和T₃中ME08464的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-02和-03显示在含有低硝酸胺的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME07859幼苗光合效率的概述显示在表35中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02和-03以3∶1(R∶S)分离。还测试ME08464事件在低硝酸盐培养基上增强的光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME08464的事件-02和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例34-ME09939事件的分析

ME09939含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：324216(SEQ ID NO：852)，其编码未知功能的38个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME09939的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME09939幼苗光合效率的概述显示在表36中。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-04和-05分别以15∶1和3∶1(R∶S)分离。还测试ME09939事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

ME09939的事件-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异。

实施例35-ME11735事件的分析

ME11735含有来自拟南芥的Ceres Annot：573161(At5g43260，SEQ IDNO：854)，其编码97个氨基酸的DnaJ相关伴侣蛋白。对T₂和T₃中ME11735的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。ME11735事件在含有低硝酸盐的培养基上增强的生长的概述显示于表37。在该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。两代中，发现在含有低硝酸盐的培养基上生长14天后，相对于内部对照，两个事件-04和-05显著大于收集的非转基因分离子(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。还测试ME11735事件在低硝酸盐培养基上提高的光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-04和-05分别以40∶1和4∶1(R∶S)分离。

ME11735的事件-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例36-ME12910事件的分析

ME12910含有来自拟南芥的Ceres Annot：552727(At2g22930，SEQ IDNO：890)，其编码442个氨基酸的UDP-葡糖醛酰基和UDP-葡糖基转移酶家族蛋白。对T₂和T₃中ME12910的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-03和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME12910幼苗光合效率的概述显示在表38中。还测试ME12910事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-05分别以3∶1和15∶1(R∶S)分离。

ME12910的事件-03和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例37-ME 12927事件的分析

ME12927含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：239806(SEQ ID NO：916)，其编码500个氨基酸的脂蛋白氨基末端区。对T₂和T₃中ME12927的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中三个事件-02、-03和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME12927幼苗光合效率的概述显示在表39中。

还测试ME12927事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。ME11735事件在含有低硝酸铵的培养基上增强的生长的概述显示于表40。在该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。两代中，发现在含有低硝酸铵的培养基上生长18天后，相对于内部对照，三个事件-02、-03和-05显著大于收集的非转基因分离子(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02、-03和-05分别以15∶1、2∶1和15∶1(R∶S)分离。

ME12927的事件-02、-03和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在T₁代生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例38-ME12929事件的分析

ME12929含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：208995(SEQ ID NO：943)，其编码未知功能的94个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME12929的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-03和-04显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME12929幼苗光合效率的概述显示在表41中。ME12929事件还被测试在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-04分别以1∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME12929的事件-03和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例39-ME12954事件的分析

ME12954含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：225681(SEQ ID NO：975)，其编码未知功能的286个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME12954的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。两代中两个事件-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p ≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。ME12954幼苗光合效率的概述显示在表42中。

还测试ME12954事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。ME12954事件在含有低硝酸铵的培养基上增强的生长的概述显示于表43。在该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。两代中，发现在含有低硝酸铵的培养基上生长18天后，相对于内部对照，两个事件-02和-04显著大于收集的非转基因分离子(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02、-04和-05分别以2∶1、3∶1和15∶1(R∶S)分离。

ME12954的事件-02、-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天，玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例40-ME12970事件的分析

ME12970含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：1387146(SEQ IDNO：981)，其编码147个氨基酸的含有C2结构域的蛋白。对T₂和T₃中ME12970的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。两代中，两个事件-02和-03显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。ME12970幼苗光合效率的概述显示在表44中。还测试ME12970事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02和-03分别以15∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME12970的事件-02和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例41-ME13006事件的分析

ME13006含有来自普通小麦的Ceres Clone：1017441(SEQ IDNO：224)，其编码143个氨基酸的多肽，预期是Ceres Clone：4898(ME03123，SEQ ID NO：217)的同系物。对T₂和T₃中ME13006的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-03显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13006幼苗光合效率的概述显示在表45中。还测试ME13006事件在低硝酸盐培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-03分别以3∶1和1∶1(R∶S)分离。

ME13006的事件-01和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例42-MF13021事件的分

ME13021含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：244306(SEQ ID NO：1053)，其编码572个氨基酸TCP-1/cpn60伴侣蛋白家族蛋白。对T₂和T₃中ME13021的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13021幼苗光合效率的概述显示在表46中。还测试ME13021事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-04和-05分别以3∶1和2∶1(R∶S)分离。

ME13021的事件-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在T₁代生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例43-ME13064事件的分析

ME13064含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：1408950(SEQ IDNO：1098)，其编码未知功能的152个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME13064的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-03和-04显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p ≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13064幼苗光合效率的概述显示在表47中。还测试ME13064事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-04以2∶1(R∶S)分离。

ME13064的事件-03和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在T₁代生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异。

实施例44-ME13071事件的分析

ME13071含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：208453(SEQ ID NO：1111)，其编码未知功能的74个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME13071的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。两代中两个事件-03和-05显示在含有低硝酸盐的培养基和含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。ME13071幼苗在低硝酸铵生长条件下增强的生长的概述显示于表48。还测试ME13071事件在低硝酸铵培养基上的光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-05分别以1∶1和2∶1(R∶S)分离。

ME13071的事件-03和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例45-ME13087事件的分析

ME13087含有来自甘蓝型油菜的Ceres Clone：968180(SEQ IDNO：1115)，其编码159个氨基酸的锌指蛋白。对T₂和T₃中ME13087的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，四个事件-01、-02、-03和-04显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13087幼苗光合效率的概述显示在表49中。还测试ME13087事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01、-02、-03和-04分别以2∶1、3∶1、3∶1和2∶1(R∶S)分离。

ME13087的事件-01、-02、-03和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在T₁代生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例46-ME13106事件的分析

ME13106含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：986438(SEQ ID NO：1156)，其编码未知功能的188个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME13106的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-03和-04显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13106幼苗光合效率的概述显示在表50中。还测试ME13106事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-04分别以1∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME13106的事件-03和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例47-ME13107事件的分析

ME13107含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：996227(SEQ ID NO：1158)，其编码240个氨基酸的玉米醇溶蛋白种子贮藏蛋白。对T₂和T₃中ME13107的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同的条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中三个事件-02、-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13107幼苗光合效率的概述显示在表51中。

还测试ME13107事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。T₂代中两个事件-02和-04显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著增强的生长(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。在该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。ME13071幼苗在低硝酸铵生长条件下增强的生长的概述显示于表52。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02、-04和-05分别以3∶1、1∶1和2∶1(R∶S)分离。

ME13107的事件-02、-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例48-ME13108事件的分析

ME13108含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：996263(SEQ IDNO：1165)，其编码84个氨基酸的BRICK1蛋白。对T₂和T₃中ME13108的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，三个事件-01、-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p ≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13108幼苗光合效率的概述显示在表53中。还测试ME13108事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01、-04和-05以3∶1(R∶S)分离。

ME13108的事件-01、-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例49-ME13110事件的分析

ME13110含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：988083(SEQ ID NO：1184)，其编码未知功能的188个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME13110的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中三个事件-03、-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13110幼苗光合效率的概述显示在表54中。还测试ME13110事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03、-04和-05分别以3∶1、1∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME13110的事件-03、-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例50-ME 13125事件的分析

ME13125含有来自拟南芥的Ceres Clone：732(At3g50880，SEQ IDNO：1193)，其编码未知功能的188个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME13125的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中三个事件-01、-03和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13125幼苗光合效率的概述显示在表55中。还测试ME13125事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01、-03和-05分别以3∶1、15∶1和2∶1(R∶S)分离。

ME13125的事件-01、-03和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例51-ME13149事件的分析

ME13149含有来自拟南芥的Ceres Clone：2267(At2g24765，SEQ IDNO：1209)，其编码182个氨基酸的ADP-核糖基化因子3蛋白。对T₂和T₃中ME13149的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-02和-03显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13149幼苗光合效率的概述显示在表56中。还测试ME13149事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02和-03分别以2∶1和15∶1(R∶S)分离。

ME13149的事件-02和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例52-ME13151事件的分析

ME13151含有来自拟南芥的Ceres Clone：39358(At3g25150，SEQ IDNO：1273)，其编码488个氨基酸的核转运因子2(NTF2)结构域蛋白。对T₂和T₃中ME13151的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-02显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13151幼苗光合效率的概述显示在表57中。还测试ME13151事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-02分别以9∶1和6∶1(R∶S)分离。

ME13151的事件-01和-02没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例53-ME13153事件的分析

ME13153含有来自拟南芥的Ceres Clone：115046(At3g17760，SEQ IDNO：1301)，其编码494个氨基酸的谷氨酸脱羧酶。对T₂和T₃中ME13153的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，两个事件-03和-04显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13153幼苗光合效率的概述显示在表58中。还测试ME13153事件在低硝酸盐培养基上提高的光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-04以3∶1(R∶S)分离。

ME13153的事件-03和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。与对照相比，事件-03和-04每个植物产生略少的种子，但是这些差异不显著，p≤0.10。

实施例54-ME13177事件的分析

ME13177含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：339439(SEQ ID NO：1341)，其编码345个氨基酸的细胞周期蛋白C末端结构域蛋白。对T₂和T₃中ME13177的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-02显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13177幼苗光合效率的概述显示在表59中。还测试ME13177事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-02分别以2∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME13177的事件-01和-02没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例55-ME13200事件的分析

ME13200含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：896483(SEQ ID NO：1384)，其编码85个氨基酸的myb家族转录因子。对T₂和T₃中ME13200的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述相同条件下进行。ME13200事件在含有低硝酸铵培养基上增强的生长的概述显示于表60。该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。两代中，发现在含有低硝酸铵的培养基上生长18天后，相对于内部对照，两个事件-03和-04显著大于收集的非转基因分离子(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。还测试ME13200事件在低硝酸铵培养基上提高的光合效率以及在低硝酸盐培养基上增强的光合作用和生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-04分别以3∶1和15∶1(R∶S)分离。

ME13200的事件-03和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例56-ME13204事件的分析

ME13204含有来自玉蜀黍的Ceres Clone：995409(SEQ ID NO：1408)，其编码未知功能的178个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME13204的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-05显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME13204幼苗光合效率的概述显示在表61中。还测试ME13204事件在低硝酸盐培养基上增强的生长以及在低硝酸铵培养基上增强的生长和光合效率。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-05分别以9∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME13204的事件-01和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例57-ME14649事件的分析

ME14649含有来自拟南芥的Ceres Annot：850581(At5g01880，SEQ IDNO：1427)，其编码159个氨基酸的锌指蛋白。对T₂和T₃中ME14649的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-02和-03显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME14649幼苗光合效率的概述显示在表62中。还测试ME14649事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02和-03分别以3∶1和2∶1(R∶S)分离。

ME14649的事件-02和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在T₁代生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例58-ME16546事件的分析

ME16546含有来自拟南芥的Ceres Annot：862321(At2g45360，SEQ IDNO：1462)，其编码未知功能的215个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME16546的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME16546幼苗光合效率的概述显示在表63中。还测试ME16546事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-04和-05分别以2∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME16546的事件-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例59-ME17457事件的分析

ME17457含有来自拟南芥的Ceres Annot：839064(At1g80600，SEQ IDNO：1478)，其编码III类氨基转移酶家族的成员457个乙酰基鸟氨酸的氨基转移酶。其是Ceres Clone：19586(ME01463，SEQ ID NO：76)的同系物。对T₂和T₃中ME17457的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中四个事件-02、-03、-05和-06显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME17457幼苗光合效率的概述显示在表64中。还测试ME17457事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-02、-03和-05以1∶1(R∶S)分离，并且事件-06以3∶1(R∶S)分离。

ME17457的事件-02、-03、-05和-06没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例60-ME17567事件的分析

ME17567含有来自拟南芥的Ceres Annot：864666(At1g16320，SEQ IDNO：1490)，其编码未知功能的273个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME17567的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-04显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME17567幼苗光合效率的概述显示在表65中。还测试ME17567事件在低硝酸盐培养基上增强的生长，以及在低硝酸铵培养基上增强的光合效应和生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-04分别以2∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME17567的事件-01和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例61-ME17932事件的分析

ME17932含有来自拟南芥的Ceres Annot：875012(At3g53560，SEQIDNO：1509)，其编码340个氨基酸的叶绿体网眼普通家族蛋白。对T₂和T₃代中ME17932的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中，四个事件-01、-02、-03和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME17932幼苗光合效率的概述显示在表65中。还测试ME17932事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01、-02、-03和-05分别以3∶1、2∶1、15∶1和1∶1(R∶S)分离。

ME17932的事件-01、-02、-03和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)转基因和对照之间没有可观察的或统计学差异。

实施例62-ME17936事件的分析

ME17936含有来自拟南芥的Ceres Annot：874016(At3g42800，SEQ IDNO：1524)，其编码未知功能的341个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME17936的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-05显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME17936幼苗光合效率的概述显示在表67中。还被测试ME17936事件在低硝酸盐培养基上增强的生长以及在低硝酸铵培养基上提高的光合效率和增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-05以3∶1(R∶S)分离。

ME17936的事件-01和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例63-MF 18275事件的分析

ME18275含有来自拟南芥的Ceres Annot：827304(At2g 18300，SEQ IDNO：1536)，其编码335个氨基酸的螺旋-环-螺旋DNA结合结构域。对T₂和T₃中ME18275的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。ME18275事件在含有低硝酸盐的培养基上增强的生长的概述显示于表68。在该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。两代中，发现在含有低硝酸盐的培养基上生长14天后，相对于内部对照，三个事件-01、-02和-03显著大于收集的非转基因分离子(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。还测试ME18275事件在低硝酸盐培养基上提高的光合效率以及在低硝酸铵培养基上提高的光合效率和增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01、-02和-03以3∶1(R∶S)分离。

ME18275的事件-01、-02和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例64-ME 18924事件的分析

ME18924含有来自拟南芥的Ceres Annot：869192(At1g72160，SEQ IDNO：1553)，其编码490个氨基酸的emp24/gp25L/p24家族蛋白。对T₂和T₃中ME18924的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中三个事件-02、-04和-05显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。

还测试ME18924事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。ME18924事件在含有低硝酸盐的培养基上增强的生长的概述显示于表70。在该研究中，事件内转基因植物的幼苗面积与相同系中收集的非转基因分离子的幼苗面积相比较。两代中，发现在含有低硝酸铵的培养基上生长18天后，相对于内部对照，两个事件-01和-04显著大于收集的非转基因分离子(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01、-02、-04和-05分别以3∶1、15∶1、2∶1和2∶1(R∶S)分离。

ME18924的事件-01、-02、-04和-05没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可观察的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例65-ME19182事件的分析

ME19182含有来自拟南芥的Ceres Annot：876419(At4g01480，SEQ IDNO：1576)，其编码216个氨基酸的无机焦磷酸酶蛋白。对T₂和T₃中ME19182的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-03显示在含有低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME19182幼苗光合效率的概述显示在表71中。还测试ME19182事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-01和-03分别以2∶1和3∶1(R∶S)分离。

ME19182的事件-01和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例66-ME20628事件的分析

ME20628含有来自拟南芥的Ceres Annot：859276(At2g21230，SEQ IDNO：175)，其编码未知功能的188个氨基酸的蛋白。对T₂和T₃中ME20628的低氮耐受性的评价在与实施例2和3所述的相同条件下进行。在该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-03和-04显示在含有低硝酸盐的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(p≤0.05)，使用单尾t检验，假设方差不等。ME20628幼苗光合效率的概述显示在表72中。还测试ME20628事件在低硝酸盐培养基上增强的生长以及在低硝酸铵培养基上提高的光合效率和增强的生长。观察到转基因和对照之间没有显著差异。

对于T₂代中FINALE^TM抗性，事件-03和-04以3∶1(R∶S)分离。

ME20628的事件-03和-04没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间没有可观察的或统计学的差异。

实施例67-通过交互BLAST确定功能同系物

如果候选序列编码的蛋白质和参考序列编码的蛋白质具有相似的功能和/或活性，则认为候选序列是参考序列的功能同系物。称为交互BLAST的方法(Rivera等.(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，95：6239-6244)被用于从由所有可获得的公开肽序列和专有肽序列(包括来自NCBI的NR和来自Ceres clones的肽翻译)组成的数据库鉴定潜在的功能同源序列。

在开始交互BLAST方法之前，针对所有来自其源物种的肽使用BLAST检索特定参考多肽，以鉴定与参考序列具有80％或更大的BLAST序列同一性和比对中沿较短序列85％或更大的比对长度的多肽。参考序列多肽和前述鉴定的多肽的任何一个指定为一组。

使用来自Washington University(Saint Louis，Missouri，USA)的2.0版本的BLASTP程序确定BLAST序列同一性和E值。2.0版本的BLASTP程序包括下述参数：1)截止E值1.0e-5；2)字长5；和3)-postsw选项。根据被鉴定的潜在功能同源序列与特定参考序列第一次BLAST HSP (高分区段配对)的比对来计算BLAST序列同一性。BLAST HSP比对中鉴定匹配的残疾数目除以HSP长度，然后乘以100，得到BLAST序列同一性。HSP长度通常包括比对中的缺口，但是在一些情况下不包括缺口。

主要的交互BLAST方法由两轮BLAST检索组成：正向检索和反向检索。在正向检索步骤中，来自源物种SA的参考多肽序列“多肽A”针对所有来自感兴趣物种的蛋白序列进行BLAST。使用截止E值10^-5和截止序列同一性35％确定最高匹配。在最高匹配中，具有最低E值的序列指定为最佳匹配，并且被认为是潜在的功能同系物或直系同源物。与最佳匹配或原始参考多肽具有80％或更高序列同一性的任何其他最高匹配也被认为是潜在的功能同系物或直系同源物。对所有感兴趣的物种重复该过程。

在反向检索轮次中，从所有物种正向检索中鉴定的最高匹配针对所有来自源物种SA的蛋白序列进行BLAST。从前述组恢复的多肽的正向检索的最高匹配作为其最佳匹配也被认为是潜在的功能同系物。

通过人工检验潜在的功能同源序列鉴定功能同系物。SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ ID NO：208、SEQ ID NO：218、SEQ IDNO：234、SEQ ID NO：246、SEQ ID NO：300、SEQ ID NO：332、SEQ IDNO：368、SEQ ID NO：510、SEQ ID NO：533、SEQ ID NO：558、SEQ IDNO：593、SEQ ID NO：613、SEQ ID NO：646、SEQ ID NO：687、SEQ IDNO：730、SEQ ID NO：746、SEQ ID NO：769、SEQ ID NO：792、SEQ IDNO：824、SEQ ID NO：828、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ IDNO：917、SEQ ID NO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ IDNO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ ID NO：1194、SEQ IDNO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ ID NO：1342、SEQID NO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQ ID NO：1463、SEQID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQ ID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEOID NO：1554、SEQ ID NO：1577和SEQ ID NO：1437的代表性的功能同系物分别显示在图1-57中。其他示例性同系物参考序列表中的某些图。

实施例68-通过隐马尔可夫模型确定功能同系物

通过程序HMMER 2.3.2产生隐马尔可夫模型(HMM)。为了产生每个HMM，使用配置用于总体比对的默认HMMER 2.3.2程序参数。

使用图1所示序列作为输入产生HMM。这些序列拟合模型，每个序列的代表性HMM二进制值在序列表中显示。其他序列拟合模型，任何此类额外序列的代表性HMM二进制值在序列表中显示。结果表明，这些额外序列是SEQ ID NO：3的功能同系物。

重复上述过程并为图2-57所示每组序列产生HMM，使用每个图中所示序列作为该HMM的输入。每个序列的代表性二进制值在序列表中显示。额外序列拟合某些HMM，此类额外序列的代表性HMM二进制值在序列表中显示。结果表明，这些额外序列是用于产生该HMM的序列的功能同系物。

VIII.其他实施方案

应理解，虽然已经结合其详述描述了本发明，但前述描述是要示例说明而不是限制本发明范围，本发明范围由所附权利要求限定。其他方面、优点和修改在下述权利要求的范围内。

Claims

1.一种产生植物的方法，所述方法包括培养含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，所述HMM基于图1-57之一所示的氨基酸序列，并且其中所述植物的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

2.一种产生植物的方法，所述方法包括培养含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与选自由以下组成的组的氨基酸序列具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQ IDNO：208、SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ IDNO：300、SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ IDNO：533、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：593、SEQ IDNO：613、SEQ ID NO：646、SEQ ID NO：687、SEQ ID NO：730、SEQ IDNO：746、SEQ ID NO：769、SEQ ID NO：792、SEQ ID NO：824、SEQ IDNO：828、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ IDNO：917、SEQ ID NO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ IDNO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ IDNO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ IDNO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ ID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1554和SEQ ID NO：1577，其中由所述植物细胞产生的植物的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述多肽包含与序列表中任一多肽的Pfam结构域具有70％或更高序列同一性的Pfam结构域。

4.一种产生植物的方法，所述方法包括培养含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与选自由以下组成的组的核苷酸序列或其片段具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQID NO：185、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ IDNO：245、SEQ ID NO：299、SEQ ID NO：331、SEQ ID NO：367、SEQ IDNO：509、SEQ ID NO：532、SEQ ID NO：555、SEQ ID NO：557、SEQ IDNO：592、SEQ ID NO：612、SEQ ID NO：645、SEQ ID NO：686、SEQ IDNO：729、SEQ ID NO：745、SEQ ID NO：768、SEQ ID NO：791、SEQ IDNO：823、SEQ ID NO：827、SEQ ID NO：852、SEQ ID NO：854、SEQ IDNO：890、SEQ ID NO：916、SEQ ID NO：943、SEQ ID NO：975、SEQ IDNO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ ID NO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ IDNO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ ID NO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ IDNO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ ID NO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ IDNO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ ID NO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ IDNO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ ID NO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQID NO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQ ID NO：1553和SEQ ID NO：1576，其中由所述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

5.一种产生植物的方法，所述方法包括培养含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸有效下调所述植物细胞的内源核酸，其中所述内源核酸编码多肽，并且其中所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，所述HMM基于图1-57之一所示的氨基酸序列。

6.一种调节植物低氮耐受水平的方法，所述方法包括向植物细胞引入外源核酸，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，所述HMM基于图1-57之一所示的氨基酸序列，并且其中由所述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

7.一种调节植物低氮耐受水平的方法，所述方法包括向植物细胞引入外源核酸，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与选自由以下组成的组的氨基酸序列具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQID NO：208、SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ IDNO：300、SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ IDNO：533、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：593、SEQ IDNO：613、SEQ ID NO：646、SEQ ID NO：687、SEQ ID NO：730、SEQ IDNO：746、SEQ ID NO：769、SEQ ID NO：792、SEQ ID NO：824、SEQ IDNO：828、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ IDNO：917、SEQ ID NO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ IDNO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ IDNO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ ID NO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1554和SEQ ID NO：1577，其中由所述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述多肽选自由以下组成的组：SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ ID NO：166、SEQ ID NO：186、SEQID NO：208、SEQ ID NO：218、SEQ ID NO：234、SEQ ID NO：246、SEQ IDNO：300、SEQ ID NO：332、SEQ ID NO：368、SEQ ID NO：510、SEQ IDNO：533、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：558、SEQ ID NO：593、SEQ IDNO：613、SEQ ID NO：646、SEQ ID NO：687、SEQ ID NO：730、SEQ IDNO：746、SEQ ID NO：769、SEQ ID NO：792、SEQ ID NO：824、SEQ IDNO：828、SEQ ID NO：853、SEQ ID NO：855、SEQ ID NO：891、SEQ IDNO：917、SEQ ID NO：944、SEQ ID NO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ IDNO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ IDNO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ ID NO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQID NO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ ID NO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQ ID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ IDNO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQ ID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ ID NO：1554和SEQ ID NO：1577。

9.一种调节植物中低氮耐受水平的方法，所述方法包括向植物细胞引入外源核酸，所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与选自由以下组成的组的核苷酸序列或其片段具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：76、SEQ IDNO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQ ID NO：185、SEQ ID NO：207、SEQ ID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQID NO：245、SEQ ID NO：299、SEQ ID NO：331、SEQ ID NO：367、SEQ IDNO：509、SEQ ID NO：532、SEQ ID NO：555、SEQ ID NO：557、SEQ IDNO：592、SEQ ID NO：612、SEQ ID NO：645、SEQ ID NO：686、SEQ IDNO：729、SEQ ID NO：745、SEQ ID NO：768、SEQ ID NO：791、SEQ IDNO：823、SEQ ID NO：827、SEQ ID NO：852、SEQ ID NO：854、SEQ IDNO：890、SEQ ID NO：916、SEQ ID NO：943、SEQ ID NO：975、SEQ IDNO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ ID NO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ IDNO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ ID NO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ IDNO：1184、SEQ ID NO：1193、SEQ ID NO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ IDNO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ ID NO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ IDNO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQ ID NO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ IDNO：1524、SEQID NO：1536、SEQ ID NO：1553和SEQ ID NO：1576，其中由所述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

10.一种含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，所述HMM基于图1-57之一所示的氨基酸序列，并且其中所述植物细胞的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

11.一种含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与选自由以下组成的组的氨基酸序列具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：3、SEQ IDNO：49、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：152、SEQ IDNO：166、SEQ ID NO：186、SEQ ID NO：208、SEQ ID NO：218、SEQ IDNO：234、SEQ ID NO：246、SEQ ID NO：300、SEQ ID NO：332、SEQ IDNO：368、SEQ ID NO：510、SEQ ID NO：533、SEQ ID NO：556、SEQ IDNO：558、SEQ ID NO：593、SEQ ID NO：613、SEQ ID NO：646、SEQ IDNO：687、SEQ ID NO：730、SEQ ID NO：746、SEQ ID NO：769、SEQ IDNO：792、SEQ ID NO：824、SEQ ID NO：828、SEQ ID NO：853、SEQ IDNO：855、SEQ ID NO：891、SEQ ID NO：917、SEQ ID NO：944、SEQ IDNO：976、SEQ ID NO：982、SEQ ID NO：1054、SEQ ID NO：1099、SEQ ID NO：1112、SEQ ID NO：1116、SEQ ID NO：1157、SEQ ID NO：1159、SEQ ID NO：1166、SEQ ID NO：1185、SEQ ID NO：1194、SEQ ID NO：1210、SEQ IDNO：1274、SEQ ID NO：1302、SEQ ID NO：1342、SEQ ID NO：1385、SEQ IDNO：1409、SEQ ID NO：1428、SEQ ID NO：1437、SEQ ID NO：1463、SEQ IDNO：1491、SEQ ID NO：1510、SEQ ID NO：1525、SEQ ID NO：1537、SEQ IDNO：1554和SEQ ID NO：1577，其中由所述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

12.一种含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与选自由以下组成的组的核苷酸序列或其片段具有80％或更高的序列同一性：SEQ ID NO：1、SEQ IDNO：48、SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：96、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：151、SEQ ID NO：165、SEQ ID NO：175、SEQ ID NO：185、SEQ ID NO：207、SEQID NO：217、SEQ ID NO：233、SEQ ID NO：245、SEQ ID NO：299、SEQ IDNO：331、SEQ ID NO：367、SEQ ID NO：509、SEQ ID NO：532、SEQ IDNO：555、SEQ ID NO：557、SEQ ID NO：592、SEQ ID NO：612、SEQ IDNO：645、SEQ ID NO：686、SEQ ID NO：729、SEQ ID NO：745、SEQ IDNO：768、SEQ ID NO：791、SEQ ID NO：823、SEQ ID NO：827、SEQ IDNO：852、SEQ ID NO：854、SEQ ID NO：890、SEQ ID NO：916、SEQ IDNO：943、SEQ ID NO：975、SEQ ID NO：981、SEQ ID NO：1053、SEQ IDNO：1098、SEQ ID NO：1111、SEQ ID NO：1115、SEQ ID NO：1156、SEQ IDNO：1158、SEQ ID NO：1165、SEQ ID NO：1184、SEQ IDNO：1193、SEQ IDNO：1209、SEQ ID NO：1273、SEQ ID NO：1301、SEQ ID NO：1341、SEQ IDNO：1384、SEQ ID NO：1408、SEQ ID NO：1427、SEQ ID NO：1462、SEQID NO：1490、SEQ ID NO：1509、SEQ ID NO：1524、SEQ ID NO：1536、SEQ ID NO：1553和SEQ ID NO：1576，其中由所述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。

13.一种包含权利要求10-12任一项所述的植物细胞的转基因植物。

14.如权利要求13所述的转基因植物，其中所述植物是选自由以下组成的组的物种成员：柳枝稷(风倾草)、双色高粱(高粱、苏丹草)、巨芒草(芒草)、甘蔗(能源甘蔗)、香脂白杨(白杨)、玉蜀黍(玉米)、秣食豆(大豆)、甘蓝型油菜(芸苔)、普通小麦(小麦)、陆地棉(棉花)、籼稻(水稻)、一年生向日葵(向日葵)、紫苜蓿(苜蓿)、普通甜菜(甜菜)或灰绿狼尾草(珍珠黍)。

15.如权利要求13所述的转基因植物，其中所述多肽是序列表中任一多肽。

16.一种产品，其包含来自根据权利要求14的转基因植物的植物组织。

17.一种分离的核酸，其包含与SEQ ID NO：5、7、37、50、52、54、66、79、86、91、103、105、107、109、112、114、124、127、136、140、143、153、155、157、159、161、163、167、169、171、175、176、178、187、189、202、215、219、221、226、228、235、237、240、247、250、252、258、261、269、273、280、301、303、305、307、311、313、315、317、330、331、333、379、387、389、397、429、431、442、457、462、466、470、472、480、486、512、514、516、518、520、522、524、526、528、534、537、540、551、557、568、570、574、582、587、594、596、598、600、602、604、606、608、614、616、621、623、625、627、629、631、633、635、637、639、641、647、649、651、653、655、657、659、661、663、665、667、669、673、677、688、690、692、698、700、702、704、709、711、713、715、717、719、731、734、736、739、743、747、749、756、759、780、795、797、811、829、831、835、841、843、852、854、857、859、861、863、867、869、871、875、879、881、883、890、892、897、899、918、922、924、930、934、936、938、941、945、949、951、955、959、961、963、965、975、979、981、983、994、1002、1006、1010、1014、1017、1020、1022、1024、1038、1042、1056、1060、1062、1064、1066、1073、1079、1100、1107、1117、1119、1121、1127、1130、1137、1160、1165、1168、1170、1172、1176、1178、1181、1186、1195、1197、1199、1201、1212、1214、1217、1227、1231、1250、1252、1254、1256、1258、1260、1262、1275、1277、1279、1283、1286、1288、1290、1292、1304、1306、1308、1310、1332、1343、1353、1386、1388、1408、1410、1412、1414、1416、1420、1422、1427、1429、1431、1433、1435、1438、1441、1443、1449、1451、1462、1464、1466、1468、1470、1472、1478、1489、1490、1492、1494、1498、1500、1509、1511、1513、1519、1524、1526、1528、1536、1538、1542、1544、1546、1549、1553、1556、1558、1560、1562、1564、1568、1570、1576、1579、1581、1583、1585、1587、1593、1600、1606、1610、1614、1620、1630、1632、1640、1642、1644、1646、1654所示核苷酸序列具有95％或更高的序列同一性的核苷酸序列。

18.一种分离的核酸，其包含编码多肽的核苷酸序列，所述多肽与SEQID NO：6、8、38、51、53、55、67、80、87、92、100、104、106、108、110、113、115、125、128、137、141、144、154、156、158、160、162、164、168、170、172、177、179、188、190、203、216、220、222、227、229、236、238、241、248、251、253、259、262、270、274、279、281、302、304、306、308、312、314、316、318、332、334、338、368、380、384、388、390、398、430、432、443、458、463、467、471、473、481、487、513、515、517、521、523、525、527、529、535、538、541、552、558、569、571、575、583、588、595、597、599、601、603、605、607、609、615、617、622、624、626、628、630、632、634、636、638、640、642、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、674、678、687、689、691、693、699、701、703、705、710、712、714、716、718、720、732、735、737、740、744、748、750、760、769、781、796、798、812、830、832、836、842、844、853、855、858、860、862、864、868、870、876、880、882、884、891、893、898、900、919、923、925、931、935、937、939、942、946、950、952、956、960、962、964、966、976、980、982、984、995、1003、1007、1011、1015、1018、1021、1023、1025、1039、1043、1057、1061、1063、1065、1067、1074、1080、1099、1101、1108、1116、1118、1120、1122、1128、1131、1138、1161、1166、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1182、1187、1196、1198、1200、1202、1203、1213、1215、1218、1228、1232、1251、1253、1255、1257、1259、1261、1263、1276、1278、1280、1287、1289、1291、1293、1305、1307、1309、1311、1333、1344、1354、1366、1387、1389、1409、1411、1413、1415、1417、1421、1428、1430、1432、1434、1436、1437、1439、1442、1450、1452、1463、1465、1467、1469、1471、1473、1479、1480、1486、1491、1493、1495、1499、1501、1510、1512、1514、152O、1525、1527、1529、1537、1539、1543、1545、1547、1550、1554、1557、1559、1561、1563、1565、1569、1571、1577、1580、1582、1584、1586、1588、1594、1601、1607、1611、1615、1621、1627、1631、1633、1635、1643、1645所示氨基酸序列具有80％或更高的序列同一性。

19.一种鉴定多态性是否与性状变化有关的方法，所述方法包括：

a)确定一个植物群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图1-57所示多肽、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：853和SEQ ID NO：1157组成的组的多肽的基因座及其功能同系物有关；并且

b)测量所述群体植物中所述性状变化与所述群体的植物中所述一种或多种遗传多态性的存在之间的相关性，从而鉴定所述一种或多种遗传多态性是否与所述性状变化相关。

20.一种鉴定多态性是否与性状变化相关的方法，所述方法包括：

a)筛选一个植物群体以确定所述植物群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图1-57所示多肽、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：853和SEQID NO：1157组成的组的多肽的基因座及其功能同系物有关；

b)测量所述群体的植物中所述性状变化与所述群体的植物中所述一种或多种遗传多态性的存在之间的相关性，从而鉴定所述一种或多种遗传多态性是否与所述性状变化相关；

c)从所述植物群体中选择具有与所述性状相关的所述一种或多种遗传多态性的植物亚群；并且

d)杂交所述植物亚群的一种或多种植物。

21.根据权利要求20所述的方法，还包括培育所述植物亚群以产生包含所述多态性的植物系。

22.一种制备植物系的方法，所述方法包括

a)确定一个植物群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图1-57所示的多肽、SEQ ID NO：556、SEQ ID NO：853和SEQ ID NO：1157组成的组的多肽的基因座及其功能同系物有关；

23.如权利要求19-22任一项所述的方法，其中所述性状是低氮耐受水平。

24.如权利要求19-22任一项所述的方法，其中所述群体是风倾草、高粱、甘蔗或芒草植物的群体。