CN101711286A - 预示类风湿性关节炎对b细胞拮抗剂的响应的生物学标志物 - Google Patents

预示类风湿性关节炎对b细胞拮抗剂的响应的生物学标志物 Download PDF

Info

Publication number
CN101711286A
CN101711286A CN200880018603A CN200880018603A CN101711286A CN 101711286 A CN101711286 A CN 101711286A CN 200880018603 A CN200880018603 A CN 200880018603A CN 200880018603 A CN200880018603 A CN 200880018603A CN 101711286 A CN101711286 A CN 101711286A
Authority
CN
China
Prior art keywords
patient
antibody
antagonist
cell
snp
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN200880018603A
Other languages
English (en)
Inventor
蒂莫西·贝伦斯
撒拉克纳思·拉奥
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Genentech Inc
Original Assignee
Genentech Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Genentech Inc filed Critical Genentech Inc
Publication of CN101711286A publication Critical patent/CN101711286A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P19/00—Drugs for skeletal disorders
    • A61P19/02—Drugs for skeletal disorders for joint disorders, e.g. arthritis, arthrosis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06Q—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL OR SUPERVISORY PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
    • G06Q30/00—Commerce
    • G06Q30/02—Marketing; Price estimation or determination; Fundraising
    • G06Q30/0207—Discounts or incentives, e.g. coupons or rebates
    • G06Q30/0217—Discounts or incentives, e.g. coupons or rebates involving input on products or services in exchange for incentives or rewards
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Abstract

提供了检验样品中一种或多种生物标志物的表达的方法和测定法，用于预测或指示用B细胞拮抗剂治疗类风湿性关节炎(RA)患者的有效性。提供了用于鉴定其RA有可能对使用B细胞拮抗剂的抗RA疗法有响应的患者的方法。还提供了体现上述方法学的，用B细胞拮抗剂治疗此类患者的方法。进一步提供了对于此类方法有用的试剂盒和制品。

Description

预示类风湿性关节炎对B细胞拮抗剂的响应的生物学标志物
相关申请
本申请要求2007年4月2日提交的美国临时申请流水号60/909,693和2007年4月3日提交的美国临时申请流水号60/909,921的优先权，通过述及将二者完整收入本文。
发明领域
本发明关注用于诊断和治疗类风湿性关节炎(RA)患者的方法。具体而言，本发明致力于用于确定哪些患者会最多地受益于使用针对B细胞表面标志或B细胞特异性增殖或存活因子的B细胞拮抗剂疗法(诸如抗体或免疫粘附素)进行的治疗的方法。
发明背景
关节的破坏和损伤
自身免疫性疾病仍然是临床上重要的人类疾病。顾名思义，自身免疫性疾病通过身体自己的免疫系统起作用。虽然病理学机制在各种类型的自身免疫性疾病间有差异，但一种普遍机制涉及针对特定内源蛋白质的抗体(在本文中称作自身反应性抗体或自身抗体)的生成。医生和科学家已经鉴定了超过70种临床上独特的自身免疫性疾病，包括RA、多发性硬化(MS)、血管炎、免疫介导的糖尿病、和狼疮诸如系统性红斑狼疮(SLE)。虽然许多自身免疫性疾病是罕见的-影响少于200,000人-总体而言，这些疾病影响数百万美国人，估计占人口的百分之五，其中女性不成比例地受到大多数疾病的影响。这些疾病的慢性本质导致巨大的社会和财政负担。
炎性关节炎是包括RA、银屑病关节炎(PsA)、SLE、斯耶格伦氏综合征、和多肌炎在内的多种自身免疫性病症中的一项突出临床表现。这些患者中大多数在躯体检查中显现出关节畸形，但是典型的是仅仅RA和PsA患者在成像研究中显示出骨侵蚀。
RA是一种慢性炎性疾病，影响北欧和北美大约0.5至1％的成年人口，而且在世界其它地区影响的比例略低(Alamanos and Drosos，Autoimmun.Rev.，4：130-136(2005))。它是一种系统性炎性疾病，以患病关节滑膜中的慢性炎症为特征，由于慢性疼痛和疲劳最终导致日常功能的丧失。大多数患者还发生患病关节中软骨和骨的渐进性退化，可能最终导致永久残疾。RA的长期预后是糟糕的，大约50％的患者在得到诊断后的10年内发生重大功能残疾(Keystone，Rheumatology，44(Suppl.2)：ii8-ii12(2005))。预期寿命缩短平均3-10年(Alamanos and Drosos，supra)。具有高滴度类风湿因子(RF)的患者(大约80％的患者)患有更具侵害性的疾病(Bukhari et al.，Arthritis Rheum.46：906-912(2002))，与那些RF阴性的患者相比具有更差的长期结果和升高的死亡率(Heliovaara et al.，Ann.Rheum.Dis.54：811-814(1995))。
慢性炎性骨疾病(诸如RA)的发病机理尚未完全阐明。由于升高的破骨性吸收，此类疾病伴有患病关节周围的骨丢失。此过程主要由促炎性细胞因子的局部产量升高来介导(Teitelbaum Science，289：1504-1508(2000)；Goldring and Gravallese Arthritis Res.2(1)：33-37(2000))。这些细胞因子可以直接作用于破骨细胞谱系中的细胞，或者间接的通过影响成骨细胞/基质细胞生成关键的破骨细胞分化因子、NFκB配体的受体活化物(RANKL)、和/或其可溶性诱饵受体即骨保护素(OPG)(Hossbauer et al.J.Bone Min.Res.15(1)：2-12(2000))。肿瘤坏死因子-α(TNF-α)是炎症的一种主要介导物。它在多种形式的骨丢失的发病机理中的重要性得到了数条实验和临床证据的支持(Feldmann et al.Cell 85(3)：307-310(1996))。然而，TNF-α不是破骨细胞发生(osteoclastogenesis)(Douni et al.J.Inflamm.47：27-38(1996))、侵蚀性关节炎(Campbell et al.J.Clin.Invest.107(12)：1519-1527(2001))、或骨质溶解(Childset al.J.Bon.Min.Res.16：338-347(2001))所必需的，因为这些可以在缺乏TNF-α时发生。
具体而言，在RA中，免疫应答被认为是由滑液隔室中呈递的一种或多种抗原启动/维持的，引起急性炎症细胞和淋巴细胞流入关节。连续的炎症波导致称作血管翳(pannus)的侵入性和侵蚀性组织的形成。这包含正在增殖的成纤维细胞样滑膜细胞和巨噬细胞，其产生促炎性细胞因子，诸如TNF-α和白细胞介素-1(IL-1)。局部释放的蛋白水解酶、各种炎症介导物、和破骨细胞活化促进多数组织损伤。存在关节软骨的丢失和骨侵蚀的形成。周围的腱和囊可能受到炎症过程的影响。最终，关节结构的完整性受到损害，引起残疾。
B细胞对RA的免疫发病机理的确切贡献尚未完全表征。然而，有数种可能的机理，通过其B细胞可能参与疾病过程(Silverman and Carson，ArthritisRes.Ther.，5 Suppl.4：S1-6(2003))。
历史上，B细胞被认为促进RA中的疾病过程，主要通过充当生成自身抗体的细胞的前体。已经鉴定了多种自身抗体特异性，包括针对II型胶原、和蛋白聚糖、以及RF的抗体。大量抗体的产生导致免疫复合物的形成和补体级联的激活。这继而放大了免疫应答，并且可能以局部细胞溶解告终。增加的RF合成和补体消耗已经与疾病活动相关联。RF自身的存在与一种更严重形式的RA和关节外特征的存在有关联。
有证据(Janeway and Katz，J.Immunol.，138：1051(1998)；Rivera et al.，Int.Immunol.，13：1583-1593(2001))显示B细胞是高效的抗原呈递细胞(APC)。RF阳性B细胞可能是特别有效的APC，因为它们的表面免疫球蛋白将会容易地俘获任何免疫复合物，不管其中存在的抗原是什么。许多抗原可以如此被加工以呈递给T细胞。另外，最近已经提出这可能还容许RF阳性B细胞自我延续(Edwards et al.，Immunology，97：188-196(1999))。
为了激活T细胞，需要将两种信号传递给细胞；一个通过T细胞受体(TCR)，其在主要组织相容性复合体(MHC)抗原存在时识别经过加工的肽，而另一半通过共刺激分子。在激活后，B细胞在它们的表面上表达共刺激分子，并且可以如此提供第二信号，用于T细胞的激活和效应细胞的产生。
B细胞可以通过产生细胞因子来提升它们自己的功能以及其它细胞的功能(Harris et al.，Nat.Immunol.，1：475-482(2000))。B细胞在RA滑膜中可能产生的数种细胞因子中有TNF-α和IL-1、淋巴毒素-α、IL-6、及IL-10。
虽然T细胞激活被认为是RA发病机理的关键因素，最近在重度联合免疫缺陷病(SCID)小鼠中使用人滑膜外植体的工作证明了关节内的T细胞激活和保留是极其依赖B细胞的存在的(Takemura et al.，J.Immunol.，167：4710-4718(2001))。B细胞在此过程中的确切作用是不清楚的，因为其它的APC似乎对T细胞不具有相同的作用。
对关节的结构损伤是慢性滑液炎症的一个重要后果。在60％到95％之间的患有RA的患者在疾病发作3-8年内发生至少一处放射照相术侵蚀(Paulus etal.，J.Rheumatol.，23：801-805(1996)；Hulsmans et al.，Arthritis Rheum.43：1927-1940(2000))。在早期RA中，放射照相术损伤得分与功能能力之间的相关性是微弱的，但是在患病8年后，相关系数可以达到高达0.68(Scott et al.，Rheumatology，39：122-132(2000))。在1,007例年龄小于60岁的、患有RA至少四年的患者中，Wolfe等人(Arthritis Rheum，43 Suppl.9：S403(2000))发现了Larsen放射照相术损伤得分(Larsen et al.，Acta Radiol.Diagn.18：481-491(1977))的进展速率、增加的社会保障残疾状况及减少的家庭收入中的显著相关性。
预防或延缓放射照相术损伤是RA治疗的目标之一(Edmonds et al.，Arthritis Rheum.36：336-340(1993))。持续6或12个月的有对照临床试验已经证明了安慰剂组的放射照相术损伤得分的进展比接受甲氨蝶呤(MTX)(Sharp et al.，Arthritis Rheum.43：495-505(2000))、来氟米特(Sharp et al.，supra)、柳氮磺吡啶(SSZ)(Sharp et al.，supra)、泼尼松龙(Kirwan et al.，N.Engl.J.Med.，333：142-146(1995)；Wassenburg et al.，Arthritis Rheum，42：Suppl9：S243(1999))、白介素-1受体拮抗剂(Bresnihan et al.，Arthritis Rheum，41：2196-2204(1998))、或英夫利昔单抗/MTX组合(Lipsky et al.，N.Eng.J.Med.，343：1594-1604(2000))的组更迅速。临床试验还证明了依那西普治疗后的放射照相术进展不如MTX治疗迅速(Bathon et al.，N.Engl.J.Med.，343：1586-1593(2000))。其它的研究已经评估了用皮质类固醇(Joint Committee ofthe Medical Research Council and Nuffield Foundation，Ann Rheum.Dis.19：331-337(1960)；Van Everdingen et al.，Ann.Intern.Med.，136：1-12(2002))、环孢菌素A(Pasero et al.，J.Rheumatol.，24：2113-2118(1997)；Forre，ArthritisRheum.，37：1506-1512(1994))、MTX较之硫唑嘌呤(Jeurissen et al.，Ann.Intern.Med.，114：999-1004(1991))、MTX较之金诺芬(Weinblatt et al.，ArthritisRheum.，36：613-619(1993))、MTX(元分析)(Alarcon et al.，J.Rheumatol.，19：1868-1873(1992))、羟氯喹(HCQ)较之SSZ(Van der Heijde et al.，Lancet，1：1036-1038)、SSZ(Hannonen et al.，Arthritis Rheum.36：1501-1509(1993))、泼尼松龙/MTX/SSZ的COBRA(Combinatietherapei Bij Reumatoide Artritis)组合(Boers et al.，Lancet，350：309-318(1997)；Landewe et al.，Arthritis Rheum.，46：347-356(2002))、MTX/SSZ/HCQ的组合(O′Dell et al.，N.Engl.J.Med.，334：1287-1291(1996)；Mottonen et al.，Lancet，353：1568-1573(1999))、环磷酰胺/硫唑嘌呤/HCQ的组合(Csuka et al.，JAMA，255：2115-2119(1986))、和阿达木单抗/MTX的组合(Keystone et al.，Arthritis Rheum.，46 Suppl.9：S205(2002))治疗的患者中的放射照相术方面的进展。
FDA现在已经批准了标示主张(labeling claims)，即某些药物例如来氟米特、依那西普、和英夫利昔单抗能减缓放射照相术关节损伤的进展。这些主张基于在随机分配的治疗组与对照组之间观察到的进展速率的统计学显著差异。然而，治疗组与对照组内个体的进展速率有可观程度的交叠。因此，尽管在治疗组之间存在显著差异，这些数据不能用于评估开始治疗的患者将会获得放射照相术损伤进展方面的有利结果的概率。已经提出多种方法来将来自患者个体的成对放射照片分类归为没有进展，例如，在这两个时间点损伤得分都为零、损伤得分没有增加、没有新的侵蚀关节、和得分变化没有超过最小可检测差异(即，同一放射照片重复读数之间差异的95％置信区间)(Lassere et al.，J.Rheumatol.，26：731-739(1999))。
在6或12个月的临床试验的开始和结束时获得的成对放射照片的间隔期间确定患者个体是否已经有增加的结构损伤是困难的，这有几个原因。放射照相损伤率在RA患者群中不是一致的；少数患者也许具有迅速进展的损伤，但是许多患者也许具有很小的进展或没有进展，尤其是如果间隔相对较短的话。用于给放射照相术损伤评分的方法，例如Sharp(Sharp et al.，ArthritisRheum.，14：706-720(1971)；Sharp et al.，Arthritis Rheum.，28：1326-1335(1985))、Larsen(Larsen et al.，Acta Radiol.Diagn.，18：481-491(1977))及这些方法的改良(Van der Heijde，J.Rheumatol.，27：261-263(2000))，取决于阅读人关于什么是真实的判断和解释。要确定的因素是软骨下外板(subchondralcortical plate)的表观中断是否是真的，或者关节对侧皮层之间距离的缩短是否是真的，或者是由于关节相对于胶片和放射照相束的位置的轻微改变、放射照相的曝光的改变、或一些其它技术因素。
因此，所记录的得分是真实损伤的近似值，而且对于许多受试者来说，同一放射照片的重复得分之间的最小可检测差异大于基线与最终放射照片之间间隔期间所发生的实际变化。如果阅读人不知晓胶片的时间顺序，那么这些不可避免的评分误差可以是任一方向的，在分值降低时得出表观的“治愈”或在读数误差增加胶片之间的差异时得出表观的迅速进展。当研究牵涉足够大的已经随机分配来接受有效治疗较之安慰剂的患者群时，阳性的和阴性的读数误差彼此抵消，并且在治疗组之间可检测到细微的但真实的差异。
用于量化RA疾病活动的临床测量结果的不精确性已经引起了相似的问题。某些来自临床试验的测量结果之间的统计学显著差异不能用于评估开始治疗的个体的改善的概率(Paulus et al.，Arthritis Rheum.，33：477-484(1990))。随着美国风湿病学学会(ACR)关于改善的20％复合标准(ACR20)的产生，个体改善的归属变得可行，该标准指定如果触痛的和肿胀的关节计数有20％的改善且五项附加测量(疼痛、躯体功能、患者整体健康评估、医师整体健康评估、和急性期反应物水平)中至少三项有20％的改善，那么该患者是有改善的(Felson et al.，Arthritis Rheum.，38：727-735(1995))。所有这些测量对于最小可检测差异而言具有大数值，但是通过要求在同一过程(疾病活动性)七个方面中的五个有同时的改善，这七项测量误差的随机性得到制约，而且更易于将真实的改善归属于个体。
在RA中，关节损伤是一个突出特征。关节破坏的放射学参数被看作描述疾病结果的一项关键结果测量。在最近的OMERACT(风湿病学临床试验结果测量)大会上，放射学被选作纵向观察研究的结果测量的核心集的一部分(Wolfe et al.，Arthritis Rheum.，41 Supp 9：S204(1998)abstract)。放射学也是WHO/ILAR(世界卫生组织/国际风湿病学协会联盟)要求的长期临床试验的测量的核心集的一部分(Tugwell and Boers，J.Rheumatol.，20：528-530(1993))。
在短期和长期的研究中都获得了RA中放射学损伤结果的可用资料。在对最近发病的RA患者的短期研究中，每六个月获得的放射照片显示在初始的迅速进展之后，两至三年之后手脚中放射学损伤的进展速率减小(Van derHeijde et al.，Arthritis Rheum.，35：26-34(1992)；Fex et al.，Br.J.Rheumatol.，35：1106-1055(1996))。在较低频率拍摄放射照片的长期研究中，发现了恒速的进展，伴有损伤的无情恶化，可长达疾病持续25年(Wolfe and Sharp，ArthritisRheum.，41：1571-1582(1998)；Graudal et al.，Arthritis Rheum.，41：1470-1480(1998)；Plant et al.，J.Rheumatol.，25：417-426(1998)；Kaarela and Kautiainen，J.Rheumatol.，24：1285-1287(1997))。还不清楚放射照相术进展型式中的这些差异是否是由于评分方法的差异。
所用评分系统的差异在于所评分的关节数目、侵蚀(ERO)和关节腔变窄(JSN)的独立得分的存在、每个关节的最大得分、及放射学异常的加权。迄今为止，在评分方法的偏爱上没有达成一致。在对早期关节炎患者的定群研究(cohort study)随访的前三年期间，发现JSN与ERO对手脚中所测到的放射学损伤进展的贡献不同(Van der Heijde et al.，Arthritis Rheum.，35：26-34(1992))。此外，发现对ERO和JSN独立评分的方法，诸如Sharp和Kellgren得分，比使用总体测量的方法，诸如Larsen得分(Plant et al.，J.Rheumatol.，21：1808-1813(1994)；Cuchacovich et al.，Arthritis Rheum.，35：736-739(1992))对早期RA的变化更灵敏。Sharp得分是一种很费力的方法(Van der Heijde，Baillieres Clin.Rheumatol.，10：435-533(1996))。在晚期或破坏性RA中，发现Sharp和Larsen方法提供相似的信息。然而，还没有调查各种评分方法对疾病晚期变化的灵敏度，而且对于独立测量ERO和JSN的评分方法提供有用信息有争论(Pincus et al.，J.Rheumatol.，24：2106-2122(1997))。还可参见Drossaers-Bakker et al.，Arthritis Rheum.，43：1465-1472(2000)，其比较了用于RA长期评估的这三种放射学评分系统。
Paulus et al.，Arthritis Rheum.，50：1083-1096(2004)借助于包括大量不精确的且相关的、但不同的结构关节损伤的测量将参与临床试验的RA个体的放射照相术关节损伤分类归入有进展的或无进展的，并得出结论观察组群中的RA关节损伤可以分类归入有进展的的或无进展的。似乎在RA患者的日常临床管理中，在认定结构变化是真实的并以此作为治疗决定的基础之前应当有一对放射照片之间至少五个Sharp放射照相术损伤得分单位的间隔变化。
在过去的十年里，RA的治疗有重大进展。现有的缓解病情的抗风湿药(DMARD)与新的生物学药剂的联合使用在更大比例的患者中提供了更高水平的疗效，同时疾病的早期诊断和治疗也得到了改善。
依那西普是一种完全人的融合蛋白，其抑制TNF和后续炎性细胞因子级联。依那西普已经证明在迅速降低患有RA的成人的疾病活动和维持该改善方面是安全且有效的(Bathon et al.，N.Eng.J.Med.，343：1586-1593(2000)；Moreland et al.，N.Engl.J.Med.，337：141-147(1997)；Moreland et al.，Ann.Intern.Med.，130：478-486(1999)；Weinblatt et al.，N.Engl.J.Med.，340：253-259(1999)；Moreland et al.，J.Rheum.，28：1238-1244(2001))。它在患有多关节幼年型RA的儿童中同样有效(Lovell et al.，N.Engl.J.Med.，342：763-769(2000))。依那西普批准用作RA治疗的单一疗法，以及与MTX的组合疗法。US 2007/0071747披露了TNF-α抑制剂用于治疗侵蚀性多关节炎的用途。
功能丧失和放射照相术变化发生在疾病过程的早期。借助于某些DMARD可以延迟或预防这些变化。虽然数种DMARD最初在临床上是有效的且很好耐受的，这些药物中有许多随时间变得不太有效或展现出毒性增加。基于其疗效和可耐受性，MTX已经成为标准疗法，通过它来衡量其它治疗(Bathon et al.，N.Eng.J.Med.，343：1586-1593(2000)；Albert et al.，J.Rheumatol.，27：644-652(2000))。
最近的研究检查了服用来氟米特、MTX、或安慰剂的晚期RA患者(Strandet al.，Arch.Intern.Med.，159：2542-2550(1999))，以及在对MTX的部分响应之后服用英夫利昔单抗加MTX或安慰剂加MTX的患者(Lipsky et al.，N.Engl.J.Med.，343：1594-1602(2000)；Maini et al.，Lancet，354：1932-1939(1999))的放射照相术进展。在ENBRELTM ERA(早期RA)试验的第一年，依那西普在改善疾病的体征和症状方面及在抑制放射照相术进展方面证明明显比MTX更有效((Bathon et al.，N.Eng.J.Med.，343：1586-1593(2000))。Genovese et al.，Arthritis Rheum.46：1443-1450(2002)报道了该研究第二年的结果，得出结论依那西普作为单一疗法是安全的且在早期侵害性RA患者中在降低疾病活动、阻滞结构损伤、和减轻两年里残疾方面优于MTX。还研究了与MTX组合的ocrelizumab(一种靶向CD20+B细胞的人源化抗体)在中度至重度RA患者中的安全性和临床活性(I/II期作用研究)(Genovese et al.，ArthritisRheum.，54(9)：S66-S67(Sept.2006))。
另外，在早期RA患者接受英夫利昔单抗联合MTX后观察到手脚放射照相术进展的减轻(Van der Heijde et al.，Annals Rheumatic Diseases 64：417(2005))。早期RA患者用英夫利昔单抗治疗后在躯体功能上实现了临床上有意义的且持续的改善(Smolen et al.，Annals Rheumatic Diseases 64：418-419(2005))。
Van der Heijde et al.，Annals Rheumatic Diseases 64：319(2005)报道了英夫利昔单抗疗法对强直性脊柱炎(AS)患者的骨矿物质密度的影响，其得自一项随机化的、以安慰剂为对照的、名为ASSERT的试验。ASSERT试验显示了英夫利昔单抗改善AS患者中的疲劳和疼痛(Van der Heijde et al.，AnnalsRheumatic Diseases 64：318-319(2005))。van der Heijde et al.，Arthritis Rheum.5：582-591(2005)描述了英夫利昔单抗在依照ASSERT治疗的AS患者中的疗效和安全性。在24周研究期中，作者得出结论英夫利昔单抗在一个AS患者大组群中是很好耐受且有效的。另外，在279名AS患者的一个随机化的、以安慰剂为对照的试验中通过磁共振成像评估了英夫利昔单抗疗法对脊柱炎症的效果(Van der Heijde et al.，Annals Rheumatic Diseases 64：317(2005))。vander Heijde et al.，Arthritis Rheum.52：1979-1985(2005)提出测量AS患者中脊柱放射照相术进展的治疗效果的方式。
Antoni et al.，Annals Rheumatic Diseases 64：107(2005)报道了英夫利昔单抗多国PsA有对照试验(IMPACT)一年后的放射照相术分析结果。Smolen etal.，Arthritis Rheum.52：1020-1030(2005)报道了英夫利昔单抗加MTX的治疗在没有临床改善的RA患者中的放射照相术益处的证据，有来自RA的抗TNF试验及伴随疗法研究的数据的详细子分析。接受MTX加安慰剂的患者中通过改良的Sharp/van der Heijde得分的均值变化测量的放射照相术进展要比接受英夫利昔单抗加MTX的患者大得多。作者得出结论，即使在没有临床改善的患者中，英夫利昔单抗加MTX的治疗在破坏性过程方面提供了重大益处，表明在此类患者中疾病的这两项测量结果是解离的。Breedveld et al.，AnnalsRheumatic Diseases 64：52-55(2005)描述了RA患者的基线放射照相术损伤与用英夫利昔单抗治疗后躯体功能改善之间的关联。使用van der Heijde改良的Sharp得分来评估结构损伤。作者得出结论，基线时的更大关节损伤与基线时更差的躯体功能和治疗后较少的躯体功能改善有关联，强调了早期干预以减缓关节破坏进展的重要性。
自身免疫性疾病生物标志物
在大多数RA患者中检测到自身抗体，而且它们预示更严重的症状。临床上用于创建RA亚类的两大类自身抗原是RF(它是对IgG的Fc区特异性的免疫球蛋白)和抗环状瓜氨酸化肽(CCP)抗体。抗CCP识别含有瓜氨酸的蛋白质，瓜氨酸是精氨酸残基的翻译后修饰的产物(Masson-Bessiere et al.，JImmunol.，166：4177-4184(2001)；Schellekens et al.，Arthritis Rheum.，43：155-163(2000))。这些自身抗体与RA强烈关联，但是可代表其独特的临床亚类。
Szodoray et al.，Scandinavian J.of Immunol.，60：209-218(2004)披露了RA中利妥昔单抗对外周血B细胞的凋亡效应，数据提示利妥昔单抗在RF阴性RA中不太有效，因为B细胞在RF阴性患者中的RA发病机理中发挥不太重要的作用。US 2005/0271658披露了抗CD20抗体可用于有风险发生一种或多种RA症状的受试者，而且其中所述受试者具有异常水平的针对IgG Fc部分的IgM RF抗体。DiFranco et al.，Rev.Rheum.Engl.Ed.，66(5)：251-255(1999)报告了定量RF同种型测定法和手及腕侵蚀磁共振成像评估对于调查患有早期RA的患者可能是有用的。
抗CCP抗体是对RA高度特异性的，能在RA的第一次临床表现前数年检测到(Rantapaa-Dahlqvist et al，Arthritis Rheum.，48：2741-9(2003))，而且据报道是RA发生的好预示物(an Gaalen et al.，Arthritis Rheum.，50：709-715(2004))。WO 2007/059188披露了关于用抗CD20抗体治疗的患者中的关节破坏的X射线结果。Tak等题为″Baseline autoantibody status(RF，Anti-CCP)and ClinicalResponse Following the First Treatment Course with Rituximab”的摘要和海报(ACR 2006的海报833)中披露了RF和抗CCP标志物。此出版物显示了缺乏这两种自身抗体的患者具有较低的对利妥昔单抗的响应率。
WO 2005/085858披露了通过测量抗CCP和血清淀粉状蛋白A(SAA)来评估RA的方法。WO 2005/064307和US 2007/0264673通过测量抗CCP和IL-6来评估RA。WO 2007/000169披露了用于测试与抗CCP有关的疾病(诸如关节炎，例如RA)的一种非人哺乳动物疾病模型。US 2006/263355披露了使用抗CD20抗体治疗骨病，其中抗CCP、CRP、S100、和SAA血清水平的变化提示单个利妥昔单抗短疗程对标志物具有深刻影响。WO 2005/029091和US2006/094056提供了通过自某些细胞因子有疑似诊断的人采集液体样品来诊断、治疗、或评估炎性/自身免疫性疾病的方法。CN 1796997记录了通过检测抗CCP来诊断早期RA的一种试剂盒。US 2007/0148704和WO 2007/039280披露了抗CCP和抗核抗体在RA诊断中作为生物标志物的用途。WO2006/008183披露了RA的多种生物标志物。US 7244571披露了用于在细胞中诱导促哮喘/促炎症样状态的方法，包括使细胞接触一种或多种细胞因子。US 2007/0128626披露了通过对C1q组分进行基因分型(例如补体蛋白C1qA的结构)来评估对抗CD20疗法的响应。
关于抗CCP和/或RF的科学文献包括：Li et al.，″Inferring causalrelationships among intermediate phenotypes and biomarkers：a case study ofrheumatoid arthritis″Bioinformatics，22(12)：1503-1507(2006)；Russell et al.，″The role of anti-cyclic citrullinated peptide antibodies in predicting progressionof palindromic rheumatism to rheumatoid arthritis″J.Rheumatol.，33(7)：1240-1242(2006)；Ota，″Immunologic laboratory testing in clinicalpractice for rheumatoid arthritis″Rinsho byori.Jap J.Clin.Pathol.，54(8)：861-868(2006)；Avouac et al.，″Diagnostic and predictive value ofanti-cyclic citrullinated protein antibodies in rheumatoid arthritis：a systematicliterature review″Ann.Rheum.Dis.，65(7)：845-851(2006)；Mewar and Wilson，″Autoantibodies in rheumatoid arthritis：a review″Biomed.& Pharmacother.，60(10)：648-655(2006)；Nielen et al.，″Simultaneous development of acute phaseresponse and autoantibodies in preclinical rheumatoid arthritis″Ann.Rheum.Dis.，65(4)：535-537(2006)；Nielen et al.″Specific autoantibodies precede thesymptoms of rheumatoid arthritis：a study of serial measurements in blooddonors″Arthr.Rheum，，50：380-386(2004))；Quinn et al.，″Anti-CCP antibodiesmeasured at disease onset help identify seronegative rheumatoid arthritis andpredict radiological and functional outcome″Rheumatol.，45(4)：478-480(2006)；Montano-Loza et al.，″Frequency and significance of antibodies to cycliccitrullinated peptide in type 1 autoimmune hepatitis″Autoimmunity，39(4)：341-348(2006)；Griffiths，″Musculoskeletal disorders：an introduction″Medicine，34(9)：331-332(2006)；del Val del Amo et al.，″Anti-cyclic citrullinatedpeptide antibody in rheumatoid arthritis：relation with disease aggressiveness″Clin.Exper.Rheum.，24(3)：281-286(2006)；Schulze-Koops and Manger，″Diagnostic and prognostic significance of antibodies against citrullinatedpeptides″Deutsche Medizinische Wochenschrift(1946)，131(6)：269-271(2006)；Matsui，″Antibodies to citrullinated proteins in rheumatoid arthritis″Jap.J.Clin.Immunol.，29(2)：49-56(2006)；van Venrooij et al.，″Autoantibodies tocitrullinated antigens in(early)rheumatoid arthritis″Autoimmun.Rev.，6(1)：37-41(2006)；Saleem et al.，″Biomarkers：Strategies to predict outcome of rheumatoidarthritis″Drug Discovery Today：Therapeutic Strategies，3(1)：11-16(2006)；Meyer et al.，″Serial determination of cyclic citrullinated peptide autoantibodiespredicted five-year radiological outcomes in a prospective cohort of patients withearly rheumatoid arthritis″Arthr.Res.& Ther，8(2)：R40(2006)；Johansson et al.，″PTPN22 polymorphism and anti-cyclic citrullinated peptide antibodies incombination strongly predicts future onset of rheumatoid arthritis and has aspecificity of 100％for the disease″Arthr.Res.& Ther.，8(1)：R19(2006)；deSeny et al.，″Discovery of new rheumatoid arthritis biomarkers using thesurface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometryProteinChip approach″Arthr.& Rheum.，52(12)：3801-3812(2005)；Radstake etal.，″Correlation of rheumatoid arthritis severity with the genetic functionalvariants and circulating levels of macrophage migration inhibitory factor″Arthr.& Rheum.，52(10)：3020-3029(2005)；Sihvonen et al.，″The predictive value ofrheumatoid factor isotypes，anti-cyclic citrullinated peptide antibodies，andantineutrophil cytoplasmic antibodies for mortality in patients with rheumatoidarthritis″J.Rheumat.，32(11)：2089-2094(2005)；Nell et al.，″Autoantibodyprofiling as early diagnostic and prognostic tool for rheumatoid arthritis″Ann.Rheum.Dis.，64(12)：1731-1736(2005)；van Gaalen et al.，″A comparison of thediagnostic accuracy and prognostic value of the first and second anti-cycliccitrullinated peptides(CCP1 and CCP2)autoantibody tests for rheumatoidarthritis″Ann.Rheum.Dis.，64(10)：1510-1512(2005)；Nielen et al.，″Antibodiesto citrullinated human fibrinogen(ACF)have diagnostic and prognostic value inearly arthritis″Ann.Rheum.Dis.，64(8)：1199-1204(2005)；Mimori，″Clinicalsignificance of anti-CCP antibodies in rheumatoid arthritis″Internal Medicine(Tokyo，Japan)，44(11)：1122-1126(2005)；Fusconi et al.，″Anti-cycliccitrullinated peptide antibodies in type 1 autoimmune hepatitis″AlimentaryPharmacol.& Therapeut.，22(10)：951-955(2005)；Hiura et al.，″The examinationof rheumatoid factor and other serum markers in rheumatoid arthritis″YakugakuZasshi，125(11)：881-887(2005)；Olivieri et al.，″Management issues withelderly-onset rheumatoid arthritis：an update″Drugs & Aging，22(10)：809-822(2005)；Dai et al.，″Significance of detecting anti-cyclic citrullinated peptideantibody in diagnosis of rheumatoid arthritis″Guangdong Yixue， 26(6)：796-797(2005)；Yang et al.，″Study on correlation between anti-cyclic citrullinatedpeptide antibody and erosion of bone in patients with rheumatoid arthritis″HuaxiYixue 20(4)：658-660(2005)；Boire et al.，″Anti-Sa antibodies and antibodiesagainst cyclic citrullinated peptide are not equivalent as predictors of severeoutcomes in patients with recent-onset polyarthritis″Arthr.Res.& Ther.，″7(3)：R592-603(2005)；Lienesch et al.，″Absence of cyclic citrullinated peptideantibody in nonarthritic patients with chronic hepatitis C infection″J.Rheumatol.，32(3)：489-493(2005)；Nakamura et al.，″Clinical significance of anti-citrullinatedpeptide antibody in Japanese patients with established rheumatoid arthritis″Scandin.J.Rheumatol.，34(6)：489-490(2005)；Yang et al.，″Clinical utility ofEDRA/CPA in diagnosis of rheumatoid arthritis″Tianjin Yiyao 33(7)：422-424(2005)；Momohara and Yamanaka，″Biomarker，″Igaku to Yakugaku，53(4)：413-425(2005)；Healy and Helliwell，″Classification of thespondyloarthropathies″Curr.Opin.Rheumatol.，17(4)：395-399(2005)；Vallbrachtand Helmke，″Additional diagnostic and clinical value of anti-cyclic citrullinatedpeptide antibodies compared with rheumatoid factor isotypes in rheumatoidarthritis″Autoimmun.Rev.，4(6)：389-394(2005)；Kwok et al.，″Anti-cycliccitrullinated peptide：diagnostic and prognostic values in juvenile idiopathicarthritis and rheumatoid arthritis in a Chinese population″Scandin.J.Rheumatol.，34(5)：359-366(2005)；Senkpiehl et al.，″HLA-DRB1 and Anti-CyclicCitrullinated Peptide Antibody Production in Rheumatoid Arthritis″Intern.Arch.Allergy & Immunol.，137(4)：315-318(2005)；Greiner et al.，″Association ofanti-cyclic citrullinated peptide antibodies，anti-citrulline antibodies，and IgM andIgA rheumatoid factors with serological parameters of disease activity inrheumatoid arthritis″Ann.NY Acad.Sci.，1050(Autoim-munity)：295-303(2005)；Raza et al.，″Predictive value of antibodies to cyclic citrullinated peptide inpatients with very early inflammatory arthritis″J.Rheum.，32(2)：231-238(2005)；Tampoia et al.，″Proteomic：new advances in the diagnosis of rheumatoidarthritis″Clinica Chimica Acta；Intern.J.Clin.Chem.，357(2)：219-225(2005)；van Leeuwen et al.，″Prognostic significance of anti-CCP in early RA，relationship with shared epitope and rheumatoid factor″Annals of the RheumaticDiseases，64(Suppl.3)：210(2005)；Annual European Congress of Rheumatology.Vienna，AT，June 8-11，2005；Chaiamnuay and Bridges，″The role of B cells andautoantibodies in rheumatoid arthritis″Pathophysiology：The Official Journal ofthe International Society for Pathophysiology/ISP，12(3)：203-216(2005)；Lindqvist et al.，″Prognostic laboratory markers of joint damage in rheumatoidarthritis″Ann.Rheum.Dis.，64(2)：196-201(2005)；Vencovsky et al.，″Antibodiesagainst citrullinated proteins in rheumatoid arthritis″Ceska Revmatologie，13(4)：164-175(2005)；Egerer et al.，″A new powerful marker for the diagnosisand prognosis of rheumatoid arthritis-Anti-CVM(Anti-Citrullinated vimentinmutated)antibodies″Arthr.& Rheum.，52(9，Suppl.S)：S118(2005)；69th AnnualScientific Meeting of the American-College-of-Rheumatology/40th AnnualScientific Meeting of the Association-of-Rheumatology-Health-Professionals，San Diego，CA，Nov.12-17，2005；Kuribayashy et al.，″Analysis of PADI4 genepolymorphisms in rheumatoid arthritis″J.Pharmacol.Sci.，97(No.Suppl.1)：86P(2005)；78th Annual Meeting of the Japanese-Pharmacological-Society，Yokohama，JP，March 22-24，2005；Sedova et al.，″Antibodies against cycliccitrullinated peptide(anti-CCP)in serum and synovial fluid from patients withrheumatoid arthritis and osteoarthritis″Ceska Revmatologie，13(3)：79-83(2005)；Boeckelmann et al.，″Anti-cyclic citrullinated peptide antibodies occurring inpsoriasis patients without arthritis″J.Invest.Derm.，125(3，Suppl.S)：A72(2005)；35th Annual Meeting of the European-Society-for-Dermatological-Research，Tubingen，DE，Sept.22-24，2005；Dubrous et al.，″Value of anti-cycliccitrullinated peptides antibodies in comparison with rheumatoid factor forrheumatoid arthritis diagnosis″Pathologie Biologie 53(2)：63-67(2005)；Yamatoet al.，″Evaluation of basic properties of reagents for measuring anti-CCP(cycliccitrullinated peptide)antibody″Iryo to Kensa Kiki-Shiyaku 28(1)：59-63(2005)；Vincent et al.，″Autoantibodies to citrullinated proteins：ACPA″Autoimmunity，38(1)：17-24(2005)；Hitchon et al.，″A distinct multicytokine profile is associatedwith anti-cyclical citrullinated peptide antibodies in patients with early untreatedinflammatory arthritis″J.Rheumatol.，31(12)：2336-2346(2004)；Low et al.，″Determination of anti-cyclic citrullinated peptide antibodies in the sera ofpatients with juvenile idiopathic arthritis″J.Rheumatol.，31(9)：1829-1833(2004)；Forslind et al.，″Prediction of radiological outcome in early rheumatoid arthritisin clinical practice：role of antibodies to citrullinated peptides(anti-CCP)″Ann.Rheum.Dis.，63(9)：1090-1095(2004)；Kastbom et al.，″Anti-CCP antibody testpredicts the disease course during 3 years in early rheumatoid arthritis(theSwedish TIRA project)，″Ann.Rheum.Dis.，63(9)：1085-1089(2004)；Vallbrachtet al.，″Diagnostic and clinical value of anti-cyclic citrullinated peptide antibodiescompared with rheumatoid factor isotypes in rheumatoid arthritis″Ann.Rheum.Dis.，63(9)：1079-1084(2004)；Araki et al.，″Usefulness of anti-cyclic citrullinatedpeptide antibodies(anti-CCP)for the diagnosis of rheumatoid arthritis″RinshoByori，52(12)：966-972(2004)；Kumagai et al.，″Topics on immunological testsfor rheumatoid arthritis″Rinsho byori.Jap.J.Clin.Pathol.，52(10)：836-843(2004)；Eguchi，″Early diagnosis of rheumatoid arthritis by serological markers″Igaku no Ayumi，209(10)：802-808(2004)；Sawada，″New serum marker ofrheumatoid arthritis″Gendai Iryo 36(3)：718-722(2004)；van Gaalen et al.，″Association between HLA class II genes and autoantibodies to cycliccitrullinated peptides(CCPs)influences the severity of rheumatoid arthritis.″Arthr.Rheum.50(7)：2113-2121(2004)；Sene et al.，″Clinical utility of anti-cycliccitrullinated peptide antibodies in the diagnosis of hepatitis C virusassociated-rheumatological manifestations″Hepatology，40(4，Suppl.1)：687A(2004)；55th Annual Meeting of theAmerican-Association-for-the-Study-of-Liver-Diseases，Boston，MA，Oct.29-Nov.2，2004；Bongi et al.，″Anti-cyclic citrullinated peptide antibodies are highlyassociated with severe bone lesions in rheumatoid arthritis anti-CCP and bonedamage in RA″Autoimmunity，37(6-7)：495-501(2004)；Feng and Yin，″Detectionof anti-cyclic citrullinated peptide antibodies in rheumatoid arthritis″Hebei YikeDaxue Xuebao，25(6)：371-373(2004)；Vossenaar and van Venrooij，″Anti-CCPantibodies，a highly specific marker for(early)rheumatoid arthritis″Clin.& Appl.Immunol.Rev.，4(4)：239-262(2004)；Erre et al.，″Diagnostic and prognostic valueof antibodies to cyclic citrullinated peptide(Anti-CCP)in rheumatoid arthritis″Reumatismo，56(2)：118-123(2004)；Bizzaro and Sebastiani″Laboratorydiagnosis of rheumatoid arthritis″Progressi in Reumatologia，5(1)：82-88(2004)；Jansen et al.，″The predictive value of anti-cyclic citrullinated peptide antibodiesin early arthritis″J.Rheumatol.，30(8)：1691-1695(2003)；Hayashi and Kumagai，″New diagnostic tests for rheumatoid arthritis″Rinsho Byori，51(10)：1030-1035(2003)；Salvador et al.，″Prevalence and clinical significance of anti-cycliccitrullinated peptide and antikeratin antibodies in palindromic rheumatism.Anabortive form of rheumatoid arthritis？″Rheumatology，42(8)：972-975(2003)；Okada and Kondo，″Early diagnosis and treatment of the bone and cartilagelesions in rheumatoid arthritis″Clinical Calcium，13(6)：729-733(2003)；Bas etal.，″Anti-cyclic citrullinated peptide antibodies，IgM and IgA rheumatoid factorsin the diagnosis and prognosis of rheumatoid arthritis″Rheumatology，42(Supplement 2)：677-680(2003)；van Paassen et al.，″Laboratory assessment inmusculoskeletal disorders，Best practice & research″Clin.Rheumatol.，17(3)：475-494(2003)；Vencovsky et al.，″Autoantibodies can be prognosticmarkers of an erosive disease in early rheumatoid arthritis″Ann.Rheum.Dis.，62(5)：427-430(2003)；Suzuki et al.，″High diagnostic performance of ELISAdetection of antibodies to citrullinated antigens in rheumatoid arthritis″Scand.J.Rheumatol.，32(4)：197-204(2003)；Vallbracht et al.，″Additional diagnostic andclinical value of anti-citrullinated peptide antibodies in early rheumatoid arthritiscompared to rheumatoid factor-isotypes″Ann.Rheum.Dis.，62(No.Suppl.1)：159(2003)；Annual European Congress of Rheumatology，Lisbon，PT，June 18，2003；Marcelletti and Nakamura，″Assessment of serological markersassociated with rheumatoid arthritis.Diagnostic autoantibodies and conventionaldisease activity markers″Clin.Appl.Immunol.Rev.，4(2)：109-123(2003)；Hromadnikova et al.，″Anti-cyclic citrullinated peptide antibodies in patients withjuvenile idiopathic arthritis″Autoimmunity，35(6)：397-401(2002)；Vasishta，″Diagnosing early-onset rheumatoid arthritis：the role of anti-CCP antibodies″Amer.Clin.Lab.，21(7)：34-36(2002)；Kroot et al.，″The prognostic value ofanti-cyclic citrullinated peptide antibody in patients with recent-onset rheumatoidarthritis″Arthr.& Rheum.，43(8)：1831-1835(2000)；van Jaarsveld et al.，″Theprognostic value of the antiperinuclear factor，anti-citrullinated peptide antibodiesand rheumatoid factor in early rheumatoid arthritis″Clin.& Exper.Rheumatol.，17(6)：689-697(1999)；Kroot et al.，″The prognostic value of the antiperinuclearfactor，determined by a recently developed peptide-based ELISA，using anticitrulline-containing peptide antibodies(anti-CCP)in patients with recent onsetRheumatoid Arthritis″Arthr.& Rheum.，42(9 Suppl.)：S179(1999)。US2007/0196835披露了用于鉴定、监测、和治疗RA的基因表达序型分析。Ng etal.，Ann Rheum.Dis.，66：1259(2007)披露了自身抗体序型分析可有助于鉴定会对用利妥昔单抗和环磷酰胺进行的B细胞消减疗法具有更加持续的响应的SLE患者，及基线参数是否能预测疾病发作(disease flare)的可能性。
在疾病发作的第一年内，抗CCP抗体存在于大多数RA患者中，进一步证实了瓜氨酸化蛋白质在RA免疫失调的启动中的作用。事实上，早至RA发作前2.6年就能检测到抗CCP。Berglin et al.，Arthr.Rheum.，48(9)：S678(2003)。使用CCP2测定法(一种第二代测定法)进行的一项研究发现在跟踪三年后，93％的抗CCP阳性患者自未分化多关节炎发展成RA，但是只有25％的抗CCP阴性患者自未分化多关节炎发展成RA。Jansen et al.，J.Rheumatol.，29：2074-2076(2002)。在用抗TNF-α疗法组合低剂量MTX治疗的RA患者中还观察到抗CCP滴度的降低。Alessandri et al.，Ann.Rheum.Dis.，63：1218-1221(2004))。在此研究中，将抗CCP滴度的变化与临床响应关联起来；在治疗期间具有最佳临床改善的患者在基线时具有最低的抗CCP滴度且在治疗后显示最强的滴度降低。已经提出将抗CCP、抗角蛋白抗体(AKA)、和IgM RF作为RA的标志物。Bas et al.，Rheumatology，41(7)：809-814(2002)。然而，这些标志物的数值仍未确定。Scott，Rheumatology，39/Suppl.1：24-29(2000)。还可参见US 2006/263783。瓜氨酸是抗核周、抗角蛋白、抗中间丝相关蛋白、抗CCP、和抗Sa抗体的重要抗原性表位靶。Van Venrooij和Pruijn，Arthritis Res.，2：249(2000)。
RA的一项重要遗传风险因子是MHC内的II类HLA等位基因。Stastny andFink，Transplant Proc.，9：1863-1866(1977)。这些等位基因有可能导致RA中大约三分之一的遗传风险。Deighton et al.，Clin.Genet.，36：178-182(1989)；Rigbyet al.，Genet.Epidemiol.，8：153-175(1991)。虽然MHC与RA的关联是复杂的(Jawaheer et al.，Am.J.Hum.Genet.，71：585-594(2002)；Newton et al.，ArthritisRheum.，50：2122-2129(2004))，但是大多数来自MHC的遗传信号通过位于人白细胞抗原HLA-DRB1基因座处的多种等位基因得到了解释。Hall et al.，QJM，89：821-829(1996)；Jawaheer et al.，supra，2002；MacGregor et al.，J.Rheumatol.，22：1032-1036(1995)。由于它们在HLA-DRB1等位基因第三高变区内第70-74位的序列相似性，这些等位基因统称为“共享表位”(SE)等位基因。Gregersen et al.，Arthritis Rheum.，30：1205-1213(1987))。SE单倍体型(haplotype)与升高的RA易感性风险有关。也称作类风湿表位的SE能在大约80-90％的所有高加索人种RA患者中找到。然而，大多数非洲-美洲RA患者没有类风湿抗原决定簇(SE)。McDaniel et al.，Annals Int.Med.，123(3)：181-187(1995)。
通过连锁和关联分析都观察到SE等位基因只是特征为存在抗CCP抗体的RA，而非抗CCP阴性RA的风险因子。Huizinga et al.，Arthritis Rheum.，52：3433-3438(2005)。Van der Helm-van Mil et al.，Arthritis and Rheum.，54：1117-1121(2006)披露了含有SE的HLA-DRB1等位基因主要是抗CCP抗体的风险因子，不是RA发生的独立风险因子。
PTPN22，也称作Lyp(参见WO 1999/36548；Cohen et al.，Immunobiology93(6)：2013-2024(1999))，经其对酪氨酸蛋白激酶的作用而调节CbI及其相关蛋白激酶的功能。四个富含脯氨酸的潜在SH3结构域结合位点位于PTNP22的非催化域中。PTPN22调节Cbl及其相关蛋白激酶的功能。PTPN22是约105kD的胞内蛋白质，有一个酪氨酸磷酸酶催化域。四个富含脯氨酸的潜在SH3结构域结合位点位于PTPN22的非催化域中。PTNP22位于染色体lp13。PTPN22具有一种可变剪接同等型，即Lyp2。Lyp2是具有不同的、七个氨基酸的C末端的85kD蛋白质。PTPN22在涉及免疫应答或炎症的许多细胞类型中表达。PTNP22在淋巴样组织和细胞中高表达，包括成熟的B和T细胞及胸腺细胞。植物凝集素诱导外周T淋巴细胞中的PTPN22表达。在胸腺细胞和T细胞中，PTNP22还与原癌基因c-Cbl组成性相关。Cbl是PTPN22的蛋白质底物，而且在许多细胞和组织中的多种过程的调节中是至关重要的。PTPN22在髓样细胞系以及正常粒细胞和单核细胞中表达。PTPN22涉及CML。红细胞样和髓样白血病细胞系具有不同的酪氨酸磷酸酶表达型式。具体而言，KCL22慢性髓细胞性白血病母细胞中多种蛋白质(例如CbI、Ber-Abl、Erkl/2、和CrkL PTPN221)的磷酸化因PTPN22过表达而降低。还有，在共表达PTPN22和Bcr-AbI的Cos-7细胞中，Bcr-Abl、Grb2、和Myc的磷酸化降低。还有，KCL22细胞的锚着非依赖性克隆生长因PTPN22过表达而受到遏制。Lyp和衔接物Grb2之间的这些相互作用指示Lyp在T细胞信号传导中的负调节作用。PTPN22活性降低Bcr-Abl信号传导的能力指示PTPN22是一种潜在的肿瘤抑制基因(Chien et al.，J.Biol.Chem.，278：27413-27420(2003))。
WO 2005/014622披露了结合带有SE(称作HLA-DR分子)的MHC II类分子的抗原肽和衍生它们、作为侵蚀性和/或非侵蚀性RA标志物的蛋白质。所述抗原肽可用作RA诊断和治疗(像抗RA疫苗)中的标志物。这些抗原肽包括瓜氨酸化抗原肽，其具有升高的对HLA-DR分子的亲和力且与RA有关。US 2006/062859披露了测量影响疾病诊断、分层(stratification)、和预后的遗传和代谢贡献因素，及与特定顺势疗法成分(homeopathic ingredient)有关的代谢、功效、和/或毒性。可以对收集的DNA分析Ras蛋白和HLA-DRB1*0404和*0101或PTPN22 R620W和IL-10基因的多态性，而且可将该分析用于调整Ganoderma Lucidum的剂量。
下文讨论的一些文献进一步阐明了PTPN22具有功能性作用，突变与自身免疫性风险和疾病有关。
WO 2006/010146记载了在密码子620中的核苷酸1858处含有单核苷酸多态性(SNP)的人PTPN22基因，对于所有已发表的人和小鼠LYP序列中的野生型蛋白质，密码子620在PTPN22基因的两个等位基因中都编码精氨酸(PTPN22*R1858)，但是在PTPN22基因的至少一个等位基因中编码色氨酸(PTPN22*T1858)，产生突变型LYP蛋白。PTPN22*T1858等位基因使个人倾向于发生1型糖尿病(T1D)。PTPN22基因位于染色体区lp13，与SLE和RA连锁。该筛选的体内成分可以是PTPN22基因，或PTPN22基因的核苷酸1858-1860，或PTPN22基因的核苷酸1858。或者，可使用基因分型测定法来测定位于PTPN22基因中第1858位的核苷酸。
WO 2005/086872记载了用于检测PTPN22基因组DNA多态性的方法；用关联PTPN22基因多态性与免疫病症、炎性病症、或细胞增殖病症的方法；用于鉴定有免疫病症、炎性病症、或细胞增殖病症风险的受试者的方法，其通过测定他们是否具有PTPN22基因的多态性，并用酪氨酸激酶抑制剂处理此类受试者以阻止或延迟此类疾病的进展来进行；用于鉴定具有免疫病症(例如RA)、炎性病症(例如阿耳茨海默氏病、动脉硬化)、或细胞增殖病症(例如癌症、CML)，而且是酪氨酸激酶抑制剂疗法有希望的候选者的受试者的方法，其通过检测此类受试者是否具有PTPN22基因的多态性来进行；及治疗具有此类由PTPN22基因的多态性介导的病症的受试者的方法，其通过给此类受试者施用酪氨酸激酶抑制剂来进行。测定自受试者获得的核酸样品中PTPN22基因的SNP，并将该核苷酸发生的存在与降低的PTPN22酪氨酸磷酸酶活性和改变的调节蛋白磷酸化和升高的上述病症发病率关联起来。可以对来自受试者的组织样品测定PTPN22酪氨酸磷酸酶活性，而且此类活性的量能确定该受试者是否会具有升高的发生此类病症的风险。
Feitsma et al.，Rheumatology，46：1092-1095(2007)将抗CCP滴度与PTPN22联系起来，用以预测未分化关节炎(undifferentiated arthritis)变成RA的进展。
US 6,953,665提供了将RA状况归类和确定患有RA状况的个人是否会发生严重疾病的方法。该方法包括测定患者样品中细胞因子(例如IL-4、IL-10、和IFN-γ)的水平，将该细胞因子水平与参照水平比较以获得关于RA状况的信息，并将RA状况归类为弥漫性、滤泡性、或肉芽肿性。US 2005/266410和WO 2005/123951披露了用于定位MHC区域的办法，并提供了对该区域的HLA基因座A单倍体型图进行基因分型的方法及使用它的方法。US2003/232055记载了组合活化天然T细胞所需要的两种信号(特定抗原和共刺激信号)，导致强烈的且特异性的T细胞免疫应答。
WO 2001/018240记录了一种诊断方法，涉及鉴定有关节炎风险的患者。测试了该患者以表征干扰素-γ基因的第一内含子中的多态性。该多态性可基于干扰素-γ基因第一内含子一部分中CA重复的数目差异来区分。可以对患者测试HLA蛋白(或基因)中的多态性，诸如HLA-DRB1蛋白。WO 2001/012848记录了通过检测或测量FcγR基因、基因片段、或基因产物的存在来测定个人发生RA的倾向和/或其严重性的方法。US 5965787和WO 98/08943披露了对HLA-DQ分子具有特异性结合亲和力的HLA-DRBI肽。建立了携带人基因、小鼠H-2II类分子中缺陷的转基因小鼠模型以鉴定用于预防或治疗RA的肽。US 2003/099943报告了用于检测抗TNF疗法不响应者的方法，包括对个人测试编码TNF受体II的基因中SNP的纯合性。抗TNF-α(英夫利昔单抗)代表了类固醇不应性克罗恩氏病的治疗方法，四周后导致30-50％的消退率。测试了TNF受体I和TNF受体II内的已知SNP与对疗法的响应的关联。
关于关节疾病，HLA-DRB1<SUP>0</SUP>0401(它是MHC的等位基因)据报告与慢性RA的发生有关。Weyand et al.，J.Clin.Invest.，89：2033-2039(1992)。还可参见关于HLA、Fc受体样3、MHC、和PTP突变的以下文献：Dieude and Cornelis，″Genetic basis of rheumatoid arthritis″Joint，Bone，Spine：Revue Du Rhumatisme，72(6)：520-526(2005)；Batliwalla et al.，″Peripheralblood gene expression profiling in rheumatoid arthritis″Genes & Immunity，6(5)：388-397(2005)；Harrison et al.，″Effects of PTPN22 C1858T polymorphismon susceptibility and clinical characteristics of British Caucasian rheumatoidarthritis patients″Rheumatology，45(8)：1009-1011(2006)；Newman et al.，Rheumatoid arthritis association with the FCRL3-169C polymorphism isrestricted to PTPN22 1858T-homozygous individuals in a Canadian population″Arthr & Rheum.，54(12)：3820-3827(2006)；Barcellos et al.，″Clustering ofautoimmune diseases in families with a high-risk for multiple sclerosis：adescriptive study″Lancet Neurology，5(11)：924-931(2006)；Ikari et al.，″Haplotype analysis revealed no association between the PTPN22 gene and RAin a Japanese population″Rheumatology，45(11)：1345-1348(2006)；Wipff et al.，″Lack of association between the protein tyrosine phosphatase non-receptor 22(PTPN22)*620W allele and systemic sclerosis in the French Caucasianpopulation″Ann.Rheum.Dis.，65(9)：1230-1232(2006)；Ray et al.，″Proteintyrosine phosphatase non-receptor type 22(PTPN22)gene R620W variant andsporadic idiopathic hypoparathyroidism in Asian Indians″Intern.J.Immunogen.，33(4)：237-240(2006)；Harrison et al.，″Effects of PTPN22 C1858Tpolymorphism on susceptibility and clinical characteristics of British Caucasianrheumatoid arthritis patients″Rheumatology，45(8)：1009-1011(2006)；Pierer etal.，″Association of PTPN22 1858 single-nucleotide polymorphism withrheumatoid arthritis in a German cohort：higher frequency of the risk allele inmale compared to female patients″Arthr.Res.& Ther.，8(3)：R75(2006)；Butt etal.，″Association of functional variants of PTPN22 and tp53 in psoriatic arthritis：a case-control study″Arthr.Res.& Ther，8(1)：R27(2006)；Bottini et al.，″Role ofPTPN22 in type 1 diabetes and other autoimmune diseases″Seminars inImmunology，18(4)：207-213(2006)；Smyth et al.，″Analysis of polymorphisms in16 genes in type 1 diabetes that have been associated with otherimmune-mediated diseases″BMC Medical Genetics，7：20(2006)；De Jager et al.，Evaluating the role of the 620W allele of protein tyrosine phosphatase PTPN22 inCrohn′s disease and multiple sclerosis″European J.Hum.Gen.，14(3)：317-321(2006)；Oliver et al.，″Genetic epidemiology of rheumatoid arthritis″Curr.Opin.Rheumatol.，18(2)：141-146(2006)；Burkhardt et al.，″Association betweenprotein tyrosine phosphatase 22 variant R620W in conjunction with theHLA-DRB1 shared epitope and humoral autoimmunity to an immunodominantepitope of cartilage-specific type II collagen in early rheumatoid arthritis″Arthr.& Rheum.，54(1)：82-89(2006)；Jagiello et al.，″The PTPN22 620W allele is a riskfactor for Wegener′s granulomatosis″Arthr.& Rheum.，52(12)：4039-4043(2005)；Vang et al.，″Autoimmune-associated lymphoid tyrosine phosphatase is again-of-function variant″Nature Genetics，37(12)：1317-1319(2005)；Worthington，″Investigating the genetic basis of susceptibility to rheumatoidarthritis″J.Autoimmunity，25 Suppl：16-20(2005)；Dieude et al.，″Rheumatoidarthritis seropositive for the rheumatoid factor is linked to the protein tyrosinephosphatase nonreceptor 22-620W allele″Arthr.Res.& Ther.，7(6)：R1200-1207(2005)；Gomez et al.，″PTPN22 C1858T polymorphism in Colombian patientswith autoimmune diseases″Genes & Immun.，6(7)：628-631(2005)；Wesoly et al.，Association of the PTPN22C 1858T single-nucleotide polymorphism withrheumatoid arthritis phenotypes in an inception cohort″Arthritis & Rheum.，52(9)：2948-2950(2005)；Prescott et al.，″A general autoimmunity gene(PTPN22)is not associated with inflammatory bowel disease in a British population″TissueAntigens，66(4)：318-320(2005)；Carlton et al.，″PTPN22 genetic variation：evidence for multiple variants associated with rheumatoid arthritis″Amer.J.Hum.Gen.，77(4)：567-581(2005)；Zhernakova et al.，″Differential association of thePTPN22 coding variant with autoimmune diseases in a Dutch population″Genes& Immunity，6(6)：459-461(2005)；Hinks et al.，″Association between thePTPN22 gene and rheumatoid arthritis and juvenile idiopathic arthritis in a UKpopulation：further support that PTPN22 is an autoimmunity gene ″Arthr.&Rheum.，52(6)：1694-1699(2005)；Simkins et al.，″Association of the PTPN22locus with rheumatoid arthritis in a New Zealand Caucasian cohort″Arthr.&Rheum.，52(7)：2222-2225(2005)；Gregersen and Batliwalla，PTPN22 andrheumatoid arthritis：gratifying replication″Arthr.& Rheum.，52(7)：1952-1955(2005)；van Oene et al.，″Association of the lymphoid tyrosine phosphataseR620W variant with rheumatoid arthritis，but not Crohn′s disease，in Canadianpopulations″Arthr.& Rheumat.，52(7)：1993-1998(2005)；Mori et al.，″Ethnicdifferences in allele frequency of autoimmune-disease-associated  SNPs″J.Human Gen.，50(5)：264-266(2005)；Viken et al.，″Association analysis of the1858C＞T polymorphism in the PTPN22 gene in juvenile idiopathic arthritis andother autoimmune diseases″Genes & Immunity，6(3)：271-273(2005)；van derHelm-van Mil et al.，“Understanding the genetic contribution to rheumatoidarthritis”Curr.Opinion Rheumatol.，17(3)：299-304(2005)；Gregersen，″Pathways to gene identification in rheumatoid arthritis：PTPN22 and beyond″Immunological Rev.，204：74-86(2005)；Criswell et al.，″Analysis of families inthe multiple autoimmune disease genetics consortium(MADGC)collection：thePTPN22 620W allele associates with multiple autoimmune phenotypes″Amer.J.Hum.Gen.，76(4)：561-571(2005)；Zheng and She，″Genetic association betweena lymphoid tyrosine phosphatase(PTPN22)and type 1 diabetes″Diabetes，54(3)：906-908(2005)；Ladner et al.，″Association of the  single nucleotidepolymorphism C1858T of the PTPN22 gene with type 1 diabetes″HumanImmunol.，66(1)：60-64(2005)；Orozco et al.，″Association of a functionalsingle-nucleotide polymorphism of PTPN22，encoding lymphoid proteinphosphatase，with rheumatoid arthritis and systemic lupus erythematosus″Arthr.& Rheum.，52(1)：219-224(2005)；Brenner et al.，″The non-majorhistocompatibility complex quantitative trait locus Cia10 contains a majorarthritis gene and regulates disease severity，pannus formation，and joint damage″Arthr.& Rheum.，52(1)：322-332(2005)；Begovich et al.，″A missensesingle-nucleotide polymorphism in a gene encoding a protein tyrosinephosphatase(PTPN22)is associated with rheumatoid arthritis″Amer.J.Hum.Gen.，75(2)：330-337(2004)；Reveille，″The genetic basis of autoantibodyproduction″Autoimmun.Rev.，5(6)：389-398(2006)；Mustelin″Allelic variation insignaling elements and autoimmunity″Seminars in Immunology，18(4)：197-198(2006)；Brand et al.，″HLA，CTLA-4 and PTPN22：The shared geneticmaster-key to autoimmunity？″Expert Rev.in Molec.Med.，7(23)：1-15(2005)；Vandiedonck et al.，″Association of the PTPN22*R620W polymorphism withautoimmune myasthenia gravis″Ann.Neurol.，59(2)：404-407(2006)；Pearce andMerriman，″Genetic progress towards the molecular basis of autoimmunity″Trends in Molec.Med.，12(2)：90-98(2006)；Gregersen，″Gaining insight intoPTPN22 and autoimmunity″Nat.Gen.，37(12)：1300-1302(2005)；Gregersen andBatliwalla，″PTPN22 and rheumatoid arthritis：Gratifying replication″Arthr.&Rheum.，52(7)：1952-1955(2005)；Alarcon-Riquelme，″The genetics of sharedautoimmunity″Autoimmunity，38(3)：205-208(2005)；Steer et al.，″Association ofR602W in a protein tyrosine phosphatase gene with a high risk of rheumatoidarthritis in a British population：Evidence for an early onset/disease severityeffect″Arthr.& Rheum.，52(1)：358-360(2005)；Hueffmeier et al.，″Malerestricted genetic association of variant R620W in PTPN22 with psoriaticarthritis″J.Invest.Derm.，126(4)：936-938(2006)；Anonymous，″1stMexican-Canadian Congress of Rheumatology，Acapulco，MEXICO，February17-21，2006″J.Rheumatol.，33(2)：405-428(2006)；Orozco et al.，″Association ofa functional single nucleotide polymorphism of PTPN22 with rheumatoidarthritis and systemic lupus erythematosus ″Genes and Immunity，6(Suppl.1)：S32(April 2005)；Butt et al.，″Association of functional variants of Ptpn22 andTp53 PsA in Caucasian population″Arth.& Rheum.，52(9，Suppl.S)：S642(Sept.2005)；Wyeth et al.，Association analysis of rheumatoid arthritis candidatesusceptibility genes in New Zealand Maori″Arthr.& Rheum.，52(9，Suppl.S)：S582(Sept.2005)；Gomez et al.，″Polymorphism in gene coding for LYP is arisk factor for primary
Figure G2008800186037D00241
syndrome and systemic lupus erythematosus″Arthr.& Rheum.，52(9，Suppl.S)：S376(Sept.2005)；Burkhardt et al.，″Proteintyrosine phosphatase 22 variant R620W in conjunction with HLA-DRB1 sharedepitope is associated with humoral autoimmunity to an inummodominant epitopeof cartilage-specific type II collagen in early rheumatoid arthritis″Arthr.&Rheum.，52(9，Suppl.S)：S146(Sept.2005)；Harrison et al.，″The PTPN22R620W polymorphism-Effects on susceptibility and clinical features on BritishCaucasian rheumatoid arthritis patients″Arthr.& Rheum.，52(9，Suppl.S)：S145-S146(Sept.2005)；Costenbader et al.，″The PTPN22 polymorphism andthe risk of rheumatoid arthritis：Results from the Nurses′Health Study″Arthr.&Rheum.，52(9，Suppl.S)：S145(Sept.2005)；Wesoly et al.，″PTPN22 1858T alleleas rheumatoid arthritis susceptibility but not severity gene variant″AnnalsRheumatic Diseases，64：(No.Suppl.3)：78(July 2005)；Dieude et al.，″Theprotein tyrosine phosphatase R620W polymorphism is linked and associated withrheumatoid arthritis seropositive for the rheumatoid factor in a caucasianpopulation″Ann.Rheum.Dis.，64(No.Suppl.3)：78(July 2005)；Anonymous，Joint Meeting of theBritish-Society-for-Rheumatology/Deutsche-Gesellschaft-fur-Rheumatologie andSpring Meeting of the British-Health-Professionals-in-Rheumatology，Birmingham，ENGLAND，April 19-22，2005，Rheumatology，44(Suppl.1)：I2-I164(March 2005)；Matesanz et al.，″Protein tyrosine phosphatase gene(PTPN22)polymorphism in multiple sclerosis″J.Neurol.，252(8)：994-995(2005)；Lee et al.，″The PTPN22 C1858T functional polymorphism andautoimmune diseases-a meta-analysis″Rheumatology，46(1)：49-56(2007)；Gregersen and Plenge，″Emerging relationships：rheumatoid arthritis and thePTPN22 associated autoimmune disorders″in Hereditary Basis of RheumaticDiseases，Ed.：Holmdahl，(Birkhaeuser Verlag，Basel，CH，2006)，pp.61-78；vander Helm-van Mil and Huizinga，″Genetics and clinical characteristics to predictrheumatoid arthritis：where are we now and what are the future prospects？″Future Rheumatology 1(1)：79-89(2006)；Hueffmeier et al.，″Male restrictedgenetic association of variant R620W in PTPN22 with psoriatic arthritis″J.Invest.Dermatol.，126(4)：932-935(2006)；Yamada，″Large scale SNP LDmapping of rheumatoid arthritis-associated genes″Rinsho Men′eki 44(4)：406-410(2005)；Kochi，″Recent findings on rheumatoid arthritis genetics″Igaku no Ayumi215(4)：259-260(2005)；Yamamoto et al.，″Rheumatoid arthritis as multifactorialgenetic diseases″Saishin Igaku 60(9，Zokango，Rinsho Idenshigaku′05)：2111-2119(2005)；Yamada，“Rheumatoid arthritis-associated genes，″SaishinIgaku 60(9)：1935-1939(2005)；Velazquez-Cruz et al.，″A Functional SNP ofPTPN22 is Associated with Childhood-Onset Systemic Lupus Erythematosus，butnot with Juvenile Rheumatoid Arthritis in Mexican Population″11th Intern.Cong.of Human Genetics(ICHG 2006)，Brisbane Convention and Exhibition Centre，Brisbane，Queensland(Australia)，6-10 Aug 2006，Prof.Lyn Griffiths，GriffithUniversity，Brisbane.
PTPN22基因中的非同义SNP(R620W)与升高的对RA、幼年型特发性关节炎、SLE、阿狄森氏病、系统性硬化、格雷夫斯氏病、和1型糖尿病的易感性风险有关。参见例如Plenge et al.，Am.J.Hum.Genet.77：1044-1060(2005)，报告了PTPN22的R620W变体与RF阳性和抗CCP阳性RA的发生有关，并且陈述了该结果为RA与PAD14和CTLA4中的变体的关联提供了支持。还可参见Plenge and Rioux，Immunol.Rev.，210：40-51(2006)，鉴定免疫学病症的易感性基因。另外，Lee et al.，Genes and Immunity，6：129-133(2004)披露了PTPN22 R620W多态性以剂量依赖性方式与RF阳性RA有关，但是与HLA-SE状态无关。Seldin et al.，Genes and Immunity，6：720-722(2005)披露了PTPN22R620W多态性是RA中的风险因子的证据，但是在幼年型特发性关节炎中只提示最低限度的影响或没有影响。Hinks et al.，Rheumatology 45(4)：365-368(2006)披露了PTPN22与RA和幼年型特发性关节炎的关联。还可参见Rheumatology，45：365-368(2006)中的编者按，关于PTPN22与RA和幼年型特发性关节炎的关联。Hinks，Future Rheumatology，1：153-158(2006)探索了PTPN22是否是得到证实的RA易感性基因。
Kyogoku et al.，The American Journal of Human Genetics，75：504-507(2004)披露了PTPN22的R620W多态性与人SLE的遗传关联。Kaufman et al.，Arthritis Rheum.，54：2533-40(2006)报告了PTPN22的1858T等位基因与家族性SLE有关，但是与欧美散发性SLE无关，由此潜在解释了先前矛盾的报告。Wu et al.，Arthritis and Rheumatism，52：2396-2402(2005)报告了SLE家族中PTPN22的R620W多态性的关联分析，特别是患有自身免疫性甲状腺疾病的SLE患者中升高的t等位基因频率。
Gourh et al.，Arthritis Rheum.，54(12)：3945-3953(Dec.2006)披露了PTPN22 R620W多态性与抗拓扑异构酶I-和抗着丝粒抗体阳性系统性硬化的关联。然而，Begovich et al.，Am J Hum Genet.，76(1)：184-187(2005)披露了PTPN22的R620W多态性与MS无关。Gomez et al.，Human Immunology，66：1242-1247(2005)披露了PTPN22 R620W多态性在结核病中的遗传影响。Qu et al.，J.Medical Genetics 42：266-270(2005)报告了一项基于家庭的研究中对PTPN22中的R620W多态性与1型糖尿病的关联的证实。Nistor et al.，J.Invest.Dermatol.，pp.395-396(Letter to the Editor)(2005)披露了PTPN22多态性与银屑病的关联缺乏证据。还可参见Nistor et al.，″Protein tyrosinephosphatase gene PTPN22 polymorphism is not associated with psoriasis″J.Invest.Derm.，124(4，Suppl.S)：A80(April 2005)。
Wagenleiter et al.，Inter.J.Immunogen.，32(5)：323-324(2005)披露了一项PTPN22病例对照研究，证实了与克罗恩氏病没有关联。Martín et al.，TissueAntigens 66(4)：314-317(2005)披露了PTPN22基因中的功能性遗传变异对发生炎性肠病的易感性的影响可忽略。
TNF-α、IL-1β、和IL-1Ra基因多态性与升高的RA易感性风险和疾病严重性有关。Paradowska and Lacki，Centr Eur J Immunol.，31(3-4)：117-122(2006)。IL-1和TNF-α基因多态性与抗细胞因子(包括抗TNF)水平、临床响应有关。WO 2001/000880和EP 1172444。
FcγRIIa(Val/Phe 158)和FcγRIIa(His/Arg 131)多态性预示滤泡性淋巴瘤中的利妥昔单抗临床响应。FcγRIIa(His/Arg 131)多态性预示SLE中的B细胞消减功效。FcγRIIb(-343G/C)多态性与升高的SLE易感性有关。有篇综述总结了FcγRIIb表达可如何影响抗肿瘤免疫反应及此表达可如何有利或有害于基于单克隆抗肿瘤抗体(包括利妥昔单抗)的疗法的功效。Cassard etal.，Springer Seminars in Immunopathology，28(4)：321-328(2006)。
还可参见″Clinical Response Following the First Treatment Course withRituximab：Effect of Baseline Autoantibody Status(RF，Anti-CCP)″Ann.Rheumatic Diseases，66(Suppl.2)：338(July 2007)。
US 2007/0072237中披露了一种通过分析生化标志物来评估RA的方法，涉及测量样品中RF和IL-6的浓度并将测定得到的浓度与RA的存在与否关联起来。可以与RF和IL-6一起测定一种或多种别的标志物的水平，而且可以将这些水平也与RA的存在与否关联起来。
B细胞相关公开
淋巴细胞是在造血过程中在骨髓中生成的许多类型白血球(白细胞)之一。有两种主要的淋巴细胞群：B淋巴细胞(B细胞)和T淋巴细胞(T细胞)。本文中特别感兴趣的淋巴细胞是B细胞。
B细胞在骨髓内成熟，然后离开骨髓并在其细胞表面上表达抗原结合抗体。当幼稚B细胞初次遭遇其膜结合抗体对之特异性的抗原时，该细胞开始快速分裂且其后代分化成记忆B细胞和称作“浆细胞”的效应细胞。记忆B细胞具有较长的寿命并继续表达与最初的亲本细胞具有相同特异性的膜结合抗体。浆细胞不生成膜结合抗体，但改为生成可分泌形式的抗体。分泌型抗体是体液免疫的主要效应分子。
B细胞相关病症包括自身免疫性疾病。靶向B细胞表面抗原的细胞毒剂是B细胞相关癌症疗法的重要焦点。这样的一种B细胞表面抗原是CD20，下文有更详细的披露。其它B细胞抗原(诸如CD19、CD22、和CD52)代表潜在用于治疗淋巴瘤的治疗剂的靶物(Grillo-Lopez et al.，Curr.Pharm.Biotechnol.，2：301-311(2001))。CD22是仅在分化的成熟期在B细胞表面上表达的135kDa B细胞限定的(B-cell-restricted)唾液酸糖蛋白(Dorken et al.，J.Immunol.，136：4470-4479(1986))。CD22在人中的最主要形式是CD22β，其含有胞外结构域中的7个免疫球蛋白超家族结构域(Wilson et al.，J.Exp.Med.，173：137-146(1991))。一种变体形式即CD22α缺乏免疫球蛋白超家族结构域3和4(Stamenkovic and Seed，Nature，345：74-77(1990))。已经显示了配体对人CD22的结合与免疫球蛋白超家族结构域1和2(也称为表位1和2)有关(Engelet al.，J.Exp.Med.，181：1581-1586(1995))。
在B细胞NHL中，CD22表达在攻击性(aggressive)和无痛性(indolent)群体中的范围分别从91％至99％(Cesano et al.，Blood，100：350a(2002))。CD22不仅可充当B细胞活化复合体的成分(Sato et al.，Semin.Immunol.，10：287-296(1998))还可充当粘着分子(Engel et al.，J.Immunol.，150：4719-4732(1993))。CD22缺陷小鼠的B细胞具有较短的寿命和增强的凋亡，这表明该抗原在B细胞存活中起关键作用(Otipoby et al.，Nature，384：634-637(1996))。在与其天然配体或抗体结合后，CD22被快速地内在化，这在初级B细胞中提供有力的共刺激信号并在赘生性B细胞中提供促凋亡信号(Sato et al.，Immunity，5：551-562(1996))。
已经研究了抗CD22抗体作为用于B细胞癌症和其它B细胞增殖性疾病的潜在疗法。此类抗CD22抗体包括RFB4(Mansfield et al.，Blood， 90：2020-2026(1997))、CMC-544(DiJoseph，Blood，103：1807-1814(2004))、和LL2(Pawlak-Byczkowska et al.，Cancer Res.，49：4568-4577(1989))。LL2抗体(以前称为HPB-2)是针对CD22抗原的IgG2a小鼠单克隆抗体(Pawlak-Byczkowska et al.，1989，supra)。体外免疫组织学评估证明了LL2抗体对51个所测试的B细胞NHL标本中的50个有反应性，但对其它恶性肿瘤或正常非淋巴样组织没有反应性(Pawlak-Byczkowska et al.，1989，supra；Stein etal.，Cancer Immunol.Immunother.，37：293-298(1993))。
CD20抗原(也称作人B淋巴细胞限制分化抗原，Bp35，或者B1)是位于前B淋巴细胞和成熟B淋巴细胞上、具有约35kD分子量的四次跨膜、糖基化完整膜蛋白(Valentine et al.，J.Biol.Chem.264(19)：11282-11287(1989)；Einfeld et al.，EMBO J.7(3)：711-717(1988))。该抗原还在超过90％的B细胞非何杰金氏淋巴瘤(NHL)上表达(Anderson et al.，Blood 63(6)：1424-1433(1984))，但在造血干细胞、原B细胞(pro-B cell)、正常浆细胞或其它正常组织上没有找到(Tedder et al.，J.Immunol.135(2)：973-979(1985))。CD20调节细胞周期起始和分化的激活过程中的早期步骤(Tedder et al.，supra)，并可能发挥钙离子通道的功能(Tedder et al.，J.Cell.Biochem.14D：195(1990))。CD20在活化的B细胞中发生磷酸化(Riley and Sliwkowski，Semin.Oncol.27(12)：17-24(2000))。CD20出现在前B细胞阶段的B淋巴细胞表面上，而且能在成熟和记忆B细胞上找到，但在浆细胞上找不到(Stashenko et al.，J.Immunol.125：1678-1685(1980)；Clark and Ledbetter，Adv.Cancer Res.52：81-149(1989))。CD20具有钙通道活性，而且可能在B细胞发育中发挥作用。rituximab在体外展现出抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)(Reff et al.，Blood 83：435-445(1994))。还在淋巴瘤细胞和细胞系中(Reff et al.，supra，1994)及在某些小鼠异种移植物模型中(Di Gaetano et al.，J.Immunol.171：1581-1587(2003))观察到rituximab的有力补体依赖性细胞毒性(CDC)活性。数种抗CD20抗体，包括rituximab，显示出在通过第二抗体或通过其它手段交联时能在体外诱导凋亡(Ghetie et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94：7509-7514(1997))。
倘若CD20在B细胞淋巴瘤中表达，那么该抗原可充当此类淋巴瘤“靶向”的候选者。本质上，这样的靶向可概括如下：对患者施用对B细胞的CD20表面抗原特异性的抗体。这些抗CD20抗体特异性结合正常B细胞和恶性B细胞二者的CD20抗原(在表面上)；抗体与CD20表面抗原结合可导致赘生性B细胞的破坏和消减。另外，可以将具有破坏肿瘤潜力的化学药剂或放射性标记物与抗CD20抗体偶联，使得该药剂特异性“投递”至赘生性B细胞。不考虑方法，首要目标是破坏肿瘤；具体方法可根据所利用的具体抗CD20抗体来决定，如此，靶向CD20抗原的可用方法可以有相当大的变化。
rituximab(利妥昔单抗)
Figure G2008800186037D00291
抗体是针对CD20抗原的遗传工程嵌合鼠/人单克隆抗体。rituximab就是US 5,736,137(Anderson et al.)中称作“C2B8”的抗体。rituximab指明用于治疗患有复发性或顽固性低级或滤泡性CD20阳性B细胞非何杰金氏淋巴瘤的患者。作用机制的体外研究表明rituximab结合人补体并通过CDC溶解淋巴样B细胞系(Reff et al.，Blood83(2)：435-445(1994))。此外，它在ADCC测定法中具有显著活性。rituximab显示出在氚化胸苷掺入测定法中具有抗增殖效应且直接诱导凋亡，而其它抗CD19和抗CD20抗体不行(Maloney et al.，Blood 88(10)：637a(1996))。在实验中还观察到rituximab与化疗和毒素之间的协同作用。具体而言，rituximab使耐药性人B细胞淋巴瘤细胞系对多柔比星、CDDP、VP-16、白喉毒素、和蓖麻毒蛋白的细胞毒性效应敏感(Demidem et al.，Cancer Chemotherapy &Radiopharmaceuticals 12(3)：177-186(1997))。体内临床前研究显示了rituximab从猕猴的外周血、淋巴结、和骨髓消减B细胞，可能是通过补体和细胞介导的过程(Reff et al.，Blood 83：435-445(1994))。
美国批准将rituximab用于治疗患有复发性或顽固性低级或滤泡性CD20+B细胞NHL的患者，每周一次，一剂375mg/m2，共四剂。2001年4月，食品和药品管理局(FDA)批准了用于治疗低级NHL的其它要求：复治(每周一次，共四剂)和额外的剂量给药方案(每周一次，共八剂)。许多患者已经暴露于rituximab，或是作为单一疗法或是联合免疫抑制剂或化疗药物。还已经作为维持疗法用rituximab治疗患者，可长达两年(Hainsworth et al.，J.Clin.Oncol.21：1746-1751(2003)；Hainsworth et al.，J.Clin.Oncol.20：4261-4267(2002))。还有，rituximab已经用于治疗恶性和非恶性浆细胞病症(Treon and Anderson，Semin.Oncol.27：79-85(2000))。
美国还批准了rituximab与MTX组合用于减轻患有中度至重度活动性RA的且对至少一种TNF拮抗剂响应不足的成人患者中的体征和症状。许多研究致力于rituximab在B细胞和自身抗体似乎在疾病病理生理学中发挥作用的多种非恶性自身免疫性病症(包括RA)中的用途(Edwards et al.，Biochem Soc.Trans.30：824-828(2002))。有报导说rituximab潜在减轻例如RA(Leandro et al.，Ann.Rheum.Dis.61：883-888(2002)；Edwards et al.，Arthritis Rheum.46(Suppl.9)：S46(2002)；Stahl et al.，Ann.Rheum.Dis.62(Suppl.1)：OP004(2003)；Emery et al.，Arthritis Rheum.48(9)：S439(2003))、狼疮(Eisenberg，Arthritis.Res.Ther.5：157-159(2003)；Leandro et al.，Arthritis Rheum.46：2673-2677(2002)；Gorman et al.，Lupus 13：312-316(2004))、免疫性血小板减少性紫癜(D’Arena et al.，Leuk.Lymphoma 44：561-562(2003)；Stasi et al.，Blood 98：952-957(2001)；Saleh et al.，Semin.Oncol.27(Suppl.12)：99-103(2000)；Zaja et al.，Haematologica 87：189-195(2002)；Ratanatharathorn et al.，Ann.Int.Med.133：275-279(2000))、纯红细胞再生障碍(Auner et al.，Br.J.Haematol.116：725-728(2002))、自身免疫性贫血(Zaja et al.，supra(勘误见Haematologica 87：336(2002))、冷凝集素病(Layios et al.，Leukemia 15：187-8(2001)；Berentsen et al.，Blood 103：2925-2928(2004)；Berentsen et al.，Br.J.Haematol.115：79-83(2001)；Bauduer，Br.J.Haematol.112：1083-1090(2001)；Zaja et al.，Br.J.Haematol.115：232-233(2001))、重度胰岛素耐受B型综合征(Coll et al.，N.Engl.J.Med.350：310-311(2004))、混合性冷球蛋白血症(De Vitaet al.，Arthritis Rheum.46(Suppl.9)：S206/S469(2002))、重症肌无力(Zaja et al.，Neurology 55：1062-1063(2000)；Wylam et al.，J.Pediatr.143：674-677(2003))、韦格纳氏肉芽肿病(Specks et al.，Arthritis & Rheumatism 44：2836-2840(2001))、顽固性寻常型天疱疮(Dupuy et al.，Arch.Dermatol.140：91-96(2004))、皮肌炎(Levine，Arthritis Rheum.46(Suppl.9)：S1299(2002))、斯耶格伦氏综合征(Somer et al.，Arthritis & Rheumatism 49：394-398(2003))、活动性II型混合性冷球蛋白血症(Zaja et al.，Blood 101：3827-3834(2003))、寻常型天疱疮(Dupay et al.，Arch.Dermatol.140：91-95(2004))、自身免疫性神经病(Pestronk et al.，J.Neurol.Neurosurg.Psychiatry 74：485-489(2003))、瘤外视性眼阵挛-肌阵挛综合征(Pranzatelli et al.，Neurology 60(Suppl.1)PO5.128：A395(2003))、及复发-缓和型多发性硬化(RRMS)(Cross et al.，(摘要)“PreliminaryResults from a Phase II Trial of Rituximab in MS”，Eighth Annual Meeting of theAmericas Committees for Research and Treatment in Multiple Sclerosis(美国多发性硬化研究与治疗委员会第八次年会)，20-21(2003))的征候和症状。
已经在RA患者中进行了II期研究(WA16291)，提供了有关rituximab的安全性和疗效的48周跟踪数据(Emery et al.，Arthritis Rheum.48(9)：S439(2003)；Szczepanski et al.，Arthritis Rheum.48(9)：S121(2003))。将总共161名患者随机平分为四个治疗组：甲氨蝶呤、仅用rituximab、rituximab加甲氨蝶呤、及rituximab加环磷酰胺(CTX)。rituximab的治疗方案为第1天和第15天静脉内施用1克。大多数RA患者对rituximab输注有很好的耐受，有36％的患者在其首次输注期间发生至少一例不良事件(与30％接受安慰剂的患者相比)。总之，认为大多数不良事件在严重程度上是轻度到中度的，而且所有治疗组之间很均衡。在48周中四个组共有19例重度不良事件，其中rituximab/CTX组稍多一些。所有组之间的感染发生率很均衡。该RA患者群中重度感染的平均比率为每100名患者-年有4.66例，低于基于社会的流行病学研究中所报告的RA患者中需要入院治疗的感染比率(每100名患者-年为9.57例)(Doran et al.，Arthritis Rheum.46：2287-2293(2002))。
所报导的rituximab在少数神经学病症患者中的安全谱，包括自身免疫性神经病(Pestronk et al.，supra)、视性眼阵挛-肌阵挛综合征(Pranzatelli et al.，supra)、和RRMS(Cross et al.，supra)，与在肿瘤学或RA中所报导的类似。在RRMS患者中进行的rituximab联合干扰素-β(IFN-β)或醋酸格拉默(glatirameracetate)的研究者发起的试验(IST)(Cross et al.，supra)中，十名接受治疗的患者中有一人在首次rituximab输注后发生中度发烧和打寒战，之后入院彻夜观察，而其余九名患者完成了四次输注的方案，没有报告任何不良事件。
关注CD20抗体、CD20结合分子、和自身抗原疫苗的专利和专利出版物包括美国专利No.5,776,456，5,736,137，5,843,439，6,399,061，和6,682,734，以及US 2002/0197255，US 2003/0021781，US 2003/0082172，US 2003/0095963，US 2003/0147885，US 2005/0186205，和WO 1994/11026(Anderson et al.)；美国专利No.6,455,043，US 2003/0026804，US 2003/0206903，和WO 2000/09160(Grillo-Lopez，A.)；WO 2000/27428(Grillo-Lopez and White)；US2004/0213784和WO 2000/27433(Grillo-Lopez and Leonard)；WO 2000/44788(Braslawsky et al.)；WO 2001/10462(Rastetter，W.)；WO 2001/10461(Rastetterand White)；WO 2001/10460(White and Grillo-Lopez)；US 2001/0018041，US2003/0180292，US 2002/0028178，WO 2001/34194，和WO 2002/22212(Hannaand Hariharan)；US 2002/0006404和WO 2002/04021(Hanna and Hariharan)；US 2002/0012665，US 2005/0180975，WO 2001/74388，和美国专利No.6,896,885B5(Hanna，N.)；US 2002/0058029(Hanna，N.)；US 2003/0103971(Hariharan and Hanna)；US 2005/0123540(Hanna et al.)；US 2002/0009444和WO 2001/80884(Grillo-Lopez，A.)；WO 2001/97858；US 2005/0112060，US2002/0039557，和美国专利No.6,846,476(White，C.)；US 2002/0128448和WO2002/34790(Reff，M.)；WO 2002/060955(Braslawsky et al.)；WO 2002/096948(Braslawsky et al.)；WO 2002/079255(Reff and Davies)；美国专利No.6,171,586和6,991,790，和WO 1998/56418(Lam et al.)；US 2004/0191256和WO 1998/58964(Raju，S.)；WO 1999/22764(Raju，S.)；WO 1999/51642，美国专利No.6,194,551，美国专利No.6,242,195，美国专利No.6,528,624和美国专利No.6,538,124(Idusogie et al.)；美国专利No.7,122,637，US 2005/0118174，US 2005/0233382，US 2006/0194291，US 2006/0194290，US 2006/0194957，和WO 2000/42072(Presta，L.)；WO 2000/67796(Curd et al.)；WO 2001/03734(Grillo-Lopez et al.)；US 2002/0004587，US 2006/0025576，和WO 2001/77342(Miller and Presta)；US 2002/0197256和WO 2002/078766(Grewal，I.)；US2003/0157108和WO 2003/035835(Presta，L.)；美国专利No.5,648,267，5,733,779，6,017,733，和6,159,730，和WO 1994/11523(Reff et al.关于表达技术)；美国专利No.6,565,827，6,090,365，6,287,537，6,015,542，5,843,398，和5,595,721(Kaminski et al.)；美国专利No.5,500,362，5,677,180，5,721,108，6,120,767，6,652,852，和6,893,625以及WO 1988/04936(Robinson et al.)；美国专利No.6,410,391(Zelsacher)；美国专利No.6,224,866和WO 00/20864(Barbera-Guillem，E.)；WO 2001/13945(Barbera-Guillem，E.)；WO 2000/67795(Goldenberg)；美国专利No.7,074,403(Goldenberg and Hansen)；美国专利No.7,151,164(Hansen et al.)；US 2003/0133930；WO 2000/74718和US2005/0191300A1(Goldenberg and Hansen)；US 2003/0219433和WO2003/68821(Hansen et al.)；WO 2004/058298(Goldenberg and Hansen)；WO2000/76542(Golay et al.)；WO 2001/72333(Wolin and Rosenblatt)；美国专利No.6,368,596(Ghetie et al.)；美国专利No.6,306,393和US 2002/0041847(Goldenberg，D.)；US 2003/0026801(Weiner and Hartmann)；WO 2002/102312(Engleman，E.)；US 2003/0068664(Albitar et al.)；WO 2003/002607(Leung，S.)；WO 2003/049694，US 2002/0009427，和US 2003/0185796(Wolin et al.)；WO2003/061694(Sing and Siegall)；US 2003/0219818(Bohen et al.)；US2003/0219433和WO 2003/068821(Hansen et al.)；US 2003/0219818(Bohen etal.)；US 2002/0136719(Shenoy et al.)；WO 2004/032828和US 2005/0180972(Wahl et al.)；和WO 2002/56910(Hayden-Ledbetter)。还可参见美国专利No.5,849,898和EP 330,191(Seed et al.)；EP332,865A2(Meyer and Weiss)；美国专利No.4,861,579(Meyer et al.)；US 2001/0056066(Bugelski et al.)；WO1995/03770(Bhat et al.)；US 2003/0219433A1(Hansen et al.)；WO2004/035607和US 2004/167319(Teeling et al.)；WO 2005/103081(Teeling etal.)；US 2006/0034835，US 2006/0024300，和WO 2004/056312(Lowman et al.)；US 2004/0093621(Shitara et al.)；WO 2004/103404(Watkins et al.)；WO2005/000901(Tedder et al.)；US  2005/0025764(Watkins et al.)；US2006/0251652(Watkins et al.)；WO 2005/016969(Carr et al.)；US 2005/0069545(Carr et al.)；WO 2005/014618(Chang et al.)；US 2005/0079174(Barbera-Guillem and Nelson)；US 2005/0106108(Leung and Hansen)；US2005/0123546(Umana et al.)；US 2004/0072290(Umana et al.)；US2003/0175884(Umana et al.)；and WO 2005/044859(Umana et al.)；WO2005/070963(Allan et al.)；US 2005/0186216(Ledbetter and Hayden-Ledbetter)；US 2005/0202534(Hayden-Ledbetter and Ledbetter)；US 2005/136049(Ledbetter et al.)；US 2003/118592(Ledbetter et al.)；US 2003/133939(Ledbetterand Hayden-Ledbetter)；US 2005/0202012(Ledbetter and Hayden-Ledbetter)；US 2005/0175614(Ledbetter and Hayden-Ledbetter)；US 2005/0180970(Ledbetter and Hayden-Ledbetter)；US 2005/0202028(Hayden-Ledbetter andLedbetter)；US 2005/0202023(Hayden-Ledbetter and Ledbetter)；WO2005/017148(Ledbetter et al.)；WO 2005/037989(Ledbetter et al.)；美国专利No.6,183,744(Goldenberg)；美国专利No.6,897,044(Braslawski et al.)；WO2006/005477(Krause et al.)；US 2006/0029543(Krause et al.)；US2006/0018900(McCormick et al.)；US 2006/0051349(Goldenberg and Hansen)；WO 2006/042240(Iyer and Dunussi-Joannopoulos)；US 2006/0121032(Dahiyatet al.)；WO 2006/064121(Teillaud et al.)；US 2006/0153838(Watkins)，CN1718587(Chen et al.)；WO 2006/084264(Adams et al.)；US 2006/0188495(Barron et al.)；US 2004/0202658和WO 2004/091657(Benynes，K.)；US2005/0095243，US 2005/0163775，WO 2005/00351，和WO 2006/068867(Chan，A.)；US 2006/0135430和WO 2005/005462(Chan et al.)；US 2005/0032130和WO 2005/017529(Beresini et al.)；US 2005/0053602和WO 2005/023302(Brunetta，P.)；US 2006/0179501和WO 2004/060052(Chan et al.)；WO2004/060053(Chan et al.)；US 2005/0186206和WO 2005/060999(Brunetta，P.)；US 2005/0191297和WO 2005/061542(Brunetta，P)；US 2006/0002930和WO2005/115453(Brunetta et al.)；US 2006/0099662和WO 2005/108989(Chuntharapai et al.)；CN 1420129A(Zhongxin Guojian Pharmaceutical)；US2005/0276803和WO 2005/113003(Chan et al.)；US 2005/0271658和WO2005/117972(Brunetta et al.)；US 2005/0255527和WO 2005/11428(Yang，J.)；US 2006/0024295和WO 2005/120437(Brunetta，P.)；US 2006/0051345和WO2005/117978(Frohna，P.)；US 2006/0062787和WO 2006/012508(Hitraya，E.)；US 2006/0067930和WO 2006/31370(Lowman et al.)；WO 2006/29224(Ashkenazi，A.)；US 2006/0110387和WO 2006/41680(Brunetta，P.)；US2006/0134111和WO 2006/066086(Agarwal，S.)；WO 2006/069403(Ernst andYansura)；US 2006/0188495和WO 2006/076651(Dummer，W.)；WO2006/084264(Lowman，H.)；WO 2006/093923(Quan and Sewell)；WO2006/106959(Numazaki et al.)；WO 2006/126069(Morawala)；WO2006/130458(Gazit-Bornstein et al.)；US 2006/0275284(Hanna，G.)；US2007/0014785(Golay et al.)；US 2007/0014720(Gazit-Bornstein et al.)；和US2007/0020259(Hansen et al.)；US 2007/0020265(Goldenberg and Hansen)；US2007/0014797(Hitraya)；US 2007/0224189(Lazar et al.)；和WO 2008/003319(Parren and Baadsgaard)。
关注用rituximab进行的治疗的科学出版物包括：Perotta and Abuel，“Response of chronic relapsing ITP of 10 years duration to rituximab”Abstract#3360 Blood，10(1)(part 1-2)：88B(1998)；Perotta et al.，″Rituxan in the treatmentof chronic idiopathic thrombocytopaenic purpura(ITP)″，Blood，94：49(摘要)(1999)；Matthews，R.，“Medical Heretics”New Scientist，(7April，2001)；Leandroet al.，“Clinical outcome in 22 patients with rheumatoid arthritis treated with Blymphocyte depletion”Ann Rheum Dis.，supra；Leandro et al.，“Lymphocytedepletion in rheumatoid arthritis：early evidence for safety，efficacy and doseresponse″Arthritis and Rheumatism，44(9)：S370(2001)；Leandro et al.，“Anopen study of B lymphocyte depletion in systemic lupus erythematosus”Arthritisand Rheumatism，46：2673-2677(2002)，其中在两周期间，每名患者接受两次500mg rituximab输注、两次750mg环磷酰胺输注、和高剂量口服皮质类固醇，其中两名接受治疗的患者分别在七个月和八个月时复发且已经用不同方案复治；″Successful long-term treatment of systemic lupus erythematosus withrituximab maintenance therapy″Weide et al.，Lupus，12：779-782(2003)，其中一名患者用rituximab治疗(375mg/m2x 4，以一周为间隔重复)并每五至六个月再投递rituximab，然后每三个月接受rituximab 375mg/m2的维持疗法，第二名患有顽固性SLE的患者得到了rituximab的成功治疗且每三个月接受维持疗法，两名患者对rituximab疗法都有较好的响应；Edwards and Cambridge，“Sustained improvement in rheumatoid arthritis following a protocol designed todeplete B lymphocytes”Rheumatology，40：205-211(2001)；Cambridge et al.，″Blymphocyte depletion in patients with rheumatoid arthritis：serial studies ofimmunological parameters″Arthritis Rheum.，46(Suppl.9)：S 1350(2002)；Cambridge et al.，″Serologic changes following B lymphocyte depletion therapyfor rheumatoid arthritis″Arthritis Rheum.，48：2146-2154(2003)；Edwards et al.，“B-lymphocyte depletion therapy in rheumatoid arthritis and other autoimmunedisorders”Biochem Soc.Trans.，supra；Edwards et al.，“Efficacy and safety ofrituximab，a B-cell targeted chimeric monoclonal antibody：A randomized，placebo controlled trial in patients with rheumatoid arthritis.Arthritis andRheumatism，46(9)：S197(2002)；Edwards et al.，″Efficacy of B-cell-targeted therapy with rituximab in patients with rheumatoid arthritis″N Engl.J.Med.，350：2572-2582(2004)；Pavelka et al.，Ann.Rheum.Dis.，63：(S1)：289-290(2004)；Emery et al.，Arthritis Rheum.50(S9)：S659(2004)；Levine and Pestronk，“IgMantibody-related polyneuropathies：B-cell depletion chemotherapy usingRituximab”Neurology，52：1701-1704(1999)；Uchida et al.，″The innatemononuclear phagocyte network depletes B lymphocytes through Fcreceptor-dependent mechanisms during anti-CD20 antibody immunotherapy″J.Exp.Med.，199：1659-1669(2004)；Gong et al.，″Importance of cellularmicroenvironment and circulatory dynamics in B cell immunotherapy″J.Immunol.，174：817-826(2005)；Hamaguchi et al.，″The peritoneal cavityprovides a protective niche for B1 and conventional B lymphocytes duringanti-CD20 immunotherapy in mice″J.Immunol.，174：4389-4399(2005)；Cragget al.″The biology of CD20 and its potential as a target for mAb therapy″Curr.Dir.Autoimmun.，8：140-174(2005)；Eisenberg，″Mechanisms of autoimmunity″Immunol.Res.，27：203-218(2003)；DeVita et al.，“Efficacy of selective B cellblockade in the treatment of rheumatoid arthritis”Arthritis & Rheum，46：2029-2033(2002)；Higashida et al.“Treatment of DMARD-refractoryrheumatoid arthritis with rituximab”Annual Scientific Meeting of the AmericanCollege of Rheumatology(摘要#LB11)，New Orleans，LA(Oct.，2002)；Tuscano，“Successful treatment of infliximab-refractory rheumatoid arthritis withrituximab”Annual Scientific Meeting of the American College of Rheumatology，New Orleans，LA(Oct.，2002)，公开为Tuscano，Arthritis Rheum.46：3420(2002)；″Pathogenic roles of B cells in human autoimmunity；insights from theclinic″Martin and Chan，Immunity，20：517-527(2004)；Silverman and Weisman，″Rituximab therapy and autoimmune disorders，prospects for anti-B cell therapy″，Arthritis and Rheumatism，48：1484-1492(2003)；Kazkaz and Isenberg，″Anti Bcell therapy(rituximab)in the treatment of autoimmune diseases″Currentopinion in pharmacology，4：398-402(2004)；Virgolini and Vanda，″Rituximab inautoimmune diseases″Biomedicine & pharmacotherapy，58：299-309(2004)；Klemmer et al.，″Treatment of antibody mediated autoimmune disorders with aAntiCD20 monoclonal antibody Rituximab″Arthritis And Rheumatism，48(9)(SEP)：S624-S624(2003)；Kneitz et al.，″Effective B cell depletion with rituximabin the treatment of autoimmune diseases″Immunobiology，206：519-527(2002)；Arzoo et al.，″Treatment of refractory antibody mediated autoimmune disorderswith an anti-CD20 monoclonal antibody(rituximab)″Annals of the RheumaticDiseases，61(10)：922-924(2002)Comment in Ann Rheum Dis.61：863-866(2002)；″Future strategies in immunotherapy″by Lake and Dionne，Burger′sMedicinal Chemistry and Drug Discovery(John Wiley & Sons，Inc.，2003)(Chapter 2″Antibody-Directed Immunotherapy″)；Liang and Tedder，WileyEncyclopedia of Molecular Meidcine，Section：CD20 as an ImmunotherapyTarget(2002)；Appendix 4A entitled″Monoclonal antibody to Human CellSurface Antigens″by Stockinger et al.，eds：Coligan et al.，Current Protocols inImmunology(John Wiley & Sons，Inc.，2003)；Penichet and Morrison，″CDantibody/molecules：Definition；Antibody Engineering″Wiley Encyclopedia ofMolecular Medicine Section：Chimeric，Humanized and Human antibodies(2002).
另外，参见Looney″B cells as a therapeutic target in autoimmune diseasesother than rheumatoid arthritis″Rheumatology，44 Suppl 2：ii13-ii17(2005)；Chambers and Isenberg，″Anti-B cell therapy(rituximab)in the treatment ofautoimmune diseases″Lupus，14(3)：210-214(2005)；Looney et al.，″B-celldepletion as a novel treatment for systemic lupus erythematosus：a phase I/IIdose-escalating trial of rituximab″Arthritis Rheum.，50：2580-2589(2004)；Looney，″Treating human autoimmune disease by depleting B cells″Ann Rheum.Dis.，61：863-866(2002)；Edelbauer et al.，″Rituximab in childhood systemiclupus erythematosus refractory to conventional immunosuppression Case report″Pediatr.Nephrol.，20(6)：811-813(2005)；D′Cruz and Hughes，″The treatment oflupus nephritis″BMJ，330(7488)：377-378(2005)；Looney，″B cell-targetedtherapy in diseases other than rheumatoid arthritis″J.Rheumatol.Suppl.，73：25-28-discussion 29-30(2005)；Sfikakis et al.，″Remission of proliferative lupusnephritis following B cell depletion therapy is preceded by down-regulation ofthe T cell costimulatory molecule CD40 ligand：an open-label trial″ArthritisRheum.，52(2)：501-513(2005)；Rastetter et al.，″Rituximab：expanding role intherapy for lymphomas and autoimmune diseases″Annu.Rev. Med.，55：477-503(2004)；Silverman，″Anti-CD20 therapy in systemic lupus erythematosus：a stepcloser to the clinic″Arthritis Rheum.，52(2)：371-377(2005)，勘误见：ArthritisRheum.52(4)：1342(2005)；Ahn et al.，″Long-term remission fromlife-threatening hypercoagulable state associated with lupus anticoagulant(LA)following rituximab therapy″Am.J.Hematol.，78(2)：127-129(2005)；Tahir et al.，″Humanized anti-CD20 monoclonal antibody in the treatment of severe resistantsystemic lupus erythematosus in a patient with antibody against rituximab″Rheumatology，44(4)：561-562(2005)，电子出版于2005年1月11日；Looney etal.，″Treatment of SLE with anti-CD20 monoclonal antibody″Curr.Dir.Autoimmun.，8：193-205(2005)；Cragg et al.，″The biology of CD20 and itspotential as a target for mAb therapy″Curr.Dir.Autoimmun.，8：140-174(2005)；Gottenberg et al.，″Tolerance and short term efficacy of rituximab in 43 patientswith systemic autoimmune diseases″Ann.Rheum.Dis.，64(6)：913-920(2005)电子出版于2004年11月18日；Tokunaga et al.，″Down-regulation of CD40 andCD80 on B cells in patients with lite-threatening systemic lupus erythematosusafter successful treatment with rituximab″Rheumatology 44(2)：176-182(2005)，电子出版于2004年10月19日。还可参见Leandro et al.，″B cell repopulationoccurs mainly from 
Figure G2008800186037D00391
B cells in patient with rheumatoid arthritis andsystemic lupus erythematosus″Arthritis Rheum.，48(Suppl 9)：S1160(2003)。
Specks et al.“Response of Wegener’s granulomatosis to anti-CD20 chimericmonoclonal antibody therapy”Arthritis & Rheumatism 44(12)：2836-2840(2001)披露了四次输注375mg/m2rituximab和高剂量糖皮质激素成功用于治疗韦格纳氏肉芽肿病。治疗在11个月后cANCA复发时重复，但是治疗不包括糖皮质激素。第二个rituximab疗程后八个月时，患者的疾病保持完全消退。在另一项研究中，发现rituximab是得到很好耐受的、有效诱导重度ANCA相关血管炎消退的药剂，其中剂量为375mg/m2x 4伴有口服泼尼松1mg/kg/天，在第4周降至40mg/天，并在后面的16周里降至完全停用。四名患者用单独的rituximab复治复发/上升的ANCA滴度。除糖皮质激素外，别的免疫抑制剂似乎都不是诱导消退和维持持续消退(六个月或更长时间)所必需的。Keogh etal.，Kidney Blood Press.Res.26：293(2003)报告了11名患有顽固性ANCA相关血管炎的患者用四个周剂量375mg/m2rituximab和高剂量糖皮质激素治疗后进入消退。
对患有顽固性ANCA相关血管炎的患者施用rituximab及免疫抑制性药物诸如静脉内环磷酰胺、霉酚酸吗乙酯、硫唑嘌呤或来氟米特有明显疗效。Eriksson，″Short-term outcome and safety in 5 patients with ANCA-positivevasculitis treated with rituximab″，Kidney and Blood Pressure Research，26：294(2003)(5名患有ANCA相关血管炎的患者每周一次用rituximab 375mg/m2治疗四周，他们对治疗有响应)；Jayne et al.，″B-cell depletion with rituximab forrefractory vasculitis″Kidney and Blood Pressure Research，26：294-295(2003)(6名患有顽固性血管炎的患者接受4次每周一次输注rituximab 375mg/m2加环磷酰胺及背景免疫抑制和泼尼松龙发生了血管炎活动的重大减弱)。对患有顽固性系统性血管炎的患者施用rituximab及静脉内环磷酰胺，每剂375mg/m2，四剂的另一份报告提供于Smith and Jayne，“A prospective，open label trial ofB-cell depletion with rituximab in refractory systemic vasculitis”poster 998(11thInternational Vasculitis and ANCA workshop)，American Society of Nephrology，J.Am.Soc.Nephrol.，14：755A(2003)。还可参见Eriksson，J.Internal Med.，257：540-548(2005)，关于9名患有ANCA阳性血管炎的患者，他们用2个或4个周剂量500mg rituximab得到了成功治疗；及Keogh et al.，Arthritis andRheumatism，52：262-268(2005)，他报告了11名患有顽固性ANCA相关血管炎的患者用4个周剂量375mg/m2rituximab进行治疗或复治，通过B淋巴细胞消减诱导了消退，该研究是自2000年1月至2002年9月进行的。
关于人源化抗CD20抗体的活性，参见例如Vugmeyster et al.，″Depletionof B cells by a humanized anti-CD20 antibody PRO70769 in Macacafascicularis″J.Immunother.28：212-219(2005)。关于人单克隆抗体的讨论，参见Baker et al.，″Generation and characterization of LymphoStat-B，a humanmonoclonal antibody that antagonizes the bioactivities of B lymphocytestimulator″Arthritis Rheum.48：3253-3265(2003)。使用rituximab进行的MINT试验成功治疗了年轻患者中的攻击性非何杰金氏淋巴瘤(Pfreundschuhet al.，Lancet Oncology，7(5)：379-391(2006))。
BLySTM(也称作BAFF、TALL-1、THANK、TNFSF13B、或zTNF4)是对于B细胞存活和成熟而言至关重要的TNF1配体超家族的成员。BAFF在转基因小鼠中的过表达导致B细胞增生和严重自身免疫性疾病的发生(Mackayet al.，J.Exp.Med.，190：1697-1710(1999)；Gross et al.，Nature，404：995-999(2000)；Khare et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A，97：3370-3375(2000))。BAFF水平在患有多种自身免疫性疾病的人类患者中升高，所述自身免疫病诸如SLE、RA、和斯耶格伦氏综合征(Cheema et al.，Arthritis Rheum.，44：1313-1319(2001)；Groom et al，J.Clin.Invest.，109：59-68(2002)；Zhang et al.，J.Immunol.，166：6-10(2001))。另外，BAFF水平与疾病严重程度有关，提示BAFF可能在这些疾病的发病机理中发挥直接作用。通过结合TNF受体超家族的三个成员，即TACI、BCMA、和BR3(也称作BAFF-R)，BAFF作用于B细胞(Grosset al.，supra；Thompson et al.，Science，293；2108-2111(2001)；Yan et al.，Curr.Biol.11：1547-1552(2001)；Yan et al.，Nat.Immunol.，1：37-41(2000)；Schiemannet al.，Science，293：2111-2114(2001))。
在三者中，只有BR3是对BAFF特异性的；其它两种也结合相关TNF家族成员，即A增殖诱导配体(APRIL)。BAFF和受体敲除或突变小鼠的表型比较指示经由BR3的信号传导介导BAFF的B细胞存活功能(Thompson et al.，supra；Yan et al.，supra，2001；Schiemann et al.，supra)。相反，TACI表现出起抑制性受体的作用(Yan，Nat.Immunol.，2：638-643(2001))，而BCMA的作用不清楚(Schiemann et al.，supra)。US 2007/0071760披露了以足以遏制BlyS和APRIL的增殖诱导功能的量使用TACI-Ig融合分子治疗B细胞恶性肿瘤。
BR3是在B细胞表面上表达的184个残基的III型跨膜蛋白质(Thompson etal.，supra；Yan，Nat.Immun.，supra)。胞内区不携带与已知的结构域或蛋白质-蛋白质相互作用基序的序列相似性。无论如何，经由BR3的BAFF诱导的信号传导导致转录因子NF-B2/p100加工成p52(Claudio et al.，Nat.Immunol.，3：958-965(2002)；Kayagaki et al.，Immunity，10：515-524(2002))。BR3的胞外域(ECD)也是不同的。TNFR家族成员通常特征为在它们的胞外区中存在多个富含半胱氨酸的结构域(CRD)；每个CRD通常由约40个残基构成，由三个二硫键中的六个半胱氨酸来稳定。此家族的常规成员经由与配体表面上的两个独特区域(patch)相互作用的两个CRD与配体接触(Bodmer et al.，Trends Biochem.Sci.，27：19-26(2002))。然而，BR3 ECD只含有四个半胱氨酸残基，至多能够形成部分CRD，从而提出了这样小的受体如何给予高亲和力配体结合的问题。
已经显示了BR3的BAFF结合于位于26个残基的核心区内(Kayagaki et al.，supra)。当在β-发夹肽(bhpBR3)内形成结构时，六个BR3残基足以赋予BAFF结合和阻断BR3介导的信号传导。其他人报告了据说与BAFF相互作用的多肽(例如WO 2002/24909，WO 2003/035846，WO 2002/16312，和WO2002/02641)。
对于任何给定的RA患者，通常无法预测他/她是否有可能响应特定治疗，甚至是新近的B细胞拮抗剂疗法。这使得找到最有效的疗法需要经历相当多的试验和错误，常常给患者造成严重的风险和不适。
如此，需要更加有效的手段来确定哪些患者会响应哪种治疗及将此类确定结果并入B细胞拮抗剂疗法用于RA患者的更加有效的治疗方案，无论是用作单一药剂或者是与用于治疗RA的其它药剂组合。
发明概述
本发明关注根据取自患者的样品中某些诊断指示物的存在，能被选择来接受B细胞拮抗剂疗法的RA患者的识别。本发明提供了用于预测用针对B细胞表面标志物或B细胞特异性增殖或存活因子的B细胞拮抗剂治疗RA患者的有效性的诊断方法。具体而言，本发明关注根据单独的或与其它生物标志物(特别是RF和/或抗CCP自身抗原反应性)组合的专门化遗传标志物(共享表位(SE)和/或PTPN22 R620W多态性)的存在来预测对用B细胞拮抗剂进行的RA疗法的功效响应。可以自包括PTPN22 R620W多态性或SE或二者的任何合适生物标志物组合来构建生物标志物组。本发明如各项权利要求所主张的。
因而，在一个具体的方面，本发明提供了治疗患者中的RA的方法，包括给患者施用有效量的B细胞拮抗剂以治疗RA，前提是来自所述患者的遗传样品(例如核酸样品)中存在PTPN22 R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者。
在另一个实施方案中，本发明提供了B细胞拮抗剂在制备用于治疗RA的药物组合物(或药物)中的用途，前提是来自正在为RA接受治疗的患者的遗传样品中存在PTPN22 R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者。
还有，本发明提供了治疗患者中的RA的方法，包括给患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用之前，检测来自所述患者的遗传样品(例如生物学样品)中PTNP22 R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者的表达。
还提供了治疗患者中的RA的方法，包括给患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用之前，来自所述患者的遗传样品被测定出展现PTNP22 R620WSNP、或SE、或SNP和SE二者的表达，由此所述表达指示该患者会对拮抗剂治疗有响应。
还提供了治疗患者中的RA的方法，包括给患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用之前，来自所述患者的遗传样品被测定出展示PTNP22 R620WSNP、或SE、或SNP和SE二者的表达，由此所述表达指示该患者有可能对拮抗剂治疗有有利响应。
在一个优选的实施方案中，评估了SNP的表达，但是没有评估SE的表达。在另一个实施方案中，评估了SE的表达，但是没有评估SNP的表达。在另一个优选的方面，评估了SNP和SE的表达二者。
在这些方法的一个方面，在SNP或共享表位或二者之外，来自患者的样品没有揭示指示患者对B细胞拮抗剂治疗的响应性的任何生物标志物。如此，以不与另一种生物标志物组合的方式评估SNP和/或SE的表达。
在这些方法的另一个方面，在SNP或共享表位或二者之外，来自患者的样品确实揭示指示患者对B细胞拮抗剂治疗的响应性的一种或多种生物标志物。如此，以与其它生物标志物组合的方式评估SNP和/或SE的表达。在此实施方案的一个优选方面，来自患者的样品对另外的生物标志物抗CCP抗体和RF之一或二者呈血清阳性。
如此，本发明在于单独的或任选(在一个实施方案中)与自身抗体诸如RF和/或抗CCP抗体血清阳性组合的PTPN22 R620W SNP和/或SE表达评估。
在一个优选的方面，所述另外的生物标志物是抗CCP抗体，优选属于IgG或IgM同种型的。在另一个优选的方面，所述另外的生物标志物是RF，更优选具有IgA、IgG、或IgM同种型。在另一个优选的方面，所述另外的生物标志物是抗CCP抗体和RF二者。在一个特别优选的方面，以与RF的血清阳性一起，但不评估SNP或抗CCP抗体的方式评估SE的表达，即SE与RF血清阳性一起存在，但是不存在SNP或抗CCP抗体。在另一个尤其优选的方面，SNP与抗CCP抗体血清阳性一起存在，但是不存在SE或RF。
在另一个方面，优选的是，所述拮抗剂是抗体或免疫粘附素。在另一个优选的方面，所述拮抗剂针对特定B细胞增殖或存活因子，诸如BAFF或APRIL。优选的BAFF拮抗剂的例子包括抗BR3抗体和BR3-Fc。优选的APRIL拮抗剂的例子包括atacicept(与TACI-Ig免疫粘附素相同)和BAFF/APRIL拮抗剂(可溶性BCMA-Fc)。在另一个方面，所述拮抗剂是抗体，更优选嵌合的、人源化的、或人的抗体。最优选的是，所述拮抗剂是抗CD20抗体、抗CD22抗体、抗BR3抗体、BR3-Fc、或TACI-Ig。在还有一个方面，所述拮抗剂是针对CD20、CD22、BAFF、或APRIL的拮抗剂。
在一个特别优选的实施方案中，所述拮抗剂是抗CD20或抗CD22抗体，更优选抗CD20抗体，仍更优选利妥昔单抗或2H7抗体。更优选的是，所述2H7抗体包含SEQ ID NO：1的L链可变区序列和SEQ ID NO：2的H链可变区序列，或包含SEQ ID NO：3的L链可变区序列和SEQ ID NO：4的H链可变区序列，或包含SEQ ID NO：3的L链可变区序列和SEQ ID NO：5的H链可变区序列，或包含SEQ ID NO：6的全长L链和SEQ ID NO：7的全长H链，或包含SEQ ID NO：6的全长L链和SEQ ID NO：8的全长H链，或包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQID NO：10的全长H链，或包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：11的全长H链，或包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：12的全长H链，或包含SEQID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：13的全长H链，或包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：14的全长H链，或包含SEQ ID NO：6的全长L链和SEQ IDNO：15的全长H链。
在另一个实施方案中，所述拮抗剂未偶联细胞毒剂。
在另一个实施方案中，它偶联有细胞毒剂。
在这些方面的另一个优选方面，所述患者先前从未施用用于RA或用于任何自身免疫性疾病的药物。
在另一个方面，所述患者先前曾经施用至少一种用于RA或用于任何自身免疫性病症的药物。在又一个实施方案中，所述患者对先前施用的至少一种药物没有响应，例示性的此类先前施用的一种或多种药物选自下组：免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、皮质类固醇、镇痛药、缓解病情的抗风湿药(DMARD)、或非类固醇抗炎药(NSAID)。更优选的是，所述患者对至少一种免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、皮质类固醇、DMARD、或NSAID没有响应，尤其是对MTX或TNF-α抑制剂没有响应。在另一个优选的实施方案中，所述患者对至少一种B细胞拮抗剂，诸如抗CD20抗体，优选不是利妥昔单抗或2H7抗体的拮抗剂没有响应。在另一个方面，所述患者对利妥昔单抗或2H7抗体没有响应。
在其它优选的方面，所述拮抗剂是静脉内或皮下，最优选静脉内施用的。
在其它方面，施用后至少约三个月，给予测量骨和软组织关节损伤与施用前基线相比的减轻情况的成像测试(放射照相和/或MRI)，且所施用的拮抗剂的量有效实现关节损伤的减轻。优选的是，所述测试测量总改良Sharp得分。优选的是，所述拮抗剂是以约0.2-4克，更优选约0.2-3.5克，更优选约0.4-2.5克，更优选约0.5-1.5克，和甚至更优选约0.7-1.1克的剂量施用的。更优选的是，此类剂量适用于作为抗体或免疫粘附素的拮抗剂。
或者，所述拮抗剂是在治疗开始时在第1天和第15天以约1000mg x2的剂量静脉内施用的抗CD20抗体。在另一个备选的优选实施方案中，所述抗CD20抗体是作为单剂或作为两次输注施用的，每剂约200mg至1.2g，更优选约200mg至1.1g，和仍更优选约200mg至900mg。
在一个优选的方面，所述拮抗剂是以约一个月的一段时间内1-4剂的频率施用的。所述拮抗剂优选以2-3剂施用。另外，所述拮抗剂优选在约2-3周的一段时间内施用。
在另一个方面，所述B细胞拮抗剂是在没有其它药物的情况中施用的。
在一个备选的方面，所述方法进一步包括在所述B细胞拮抗剂之外还施用有效量的一种或多种第二药物。优选的是，所述第二药物是一种以上的药物。在另一个优选的方面，所述第二药物是免疫抑制剂、DMARD、整联蛋白拮抗剂、NSAID、细胞因子拮抗剂、二膦酸盐(bisphosphonate)、或它们的任意组合。在一个方面，所述第二药物是DMARD，更优选选自下组的DMARD：金诺芬(auranofin)、氯喹(chloroquine)、D-青霉胺(D-penicillamine)、可注射金(injectable gold)、口服金(oral gold)、羟氯喹(hydroxychloroquine)、柳氮磺吡啶(sulfasalazine)、硫代苹果金酸钠(myocrisin)和MTX。在另一个方面，所述第二药物是NSAID，更优选选自下组的NSAID：芬布芬(fenbufen)、萘普生(naprosyn)、双氯芬酸(diclofenac)、依托度酸(etodolac)、吲哚美辛(indomethacin)、阿司匹林(aspirin)、和布洛芬(ibuprofen)。如果所述第二药物是免疫抑制性，那么它优选选自下组：依那西普(etanercept)、英夫利昔单抗(infliximab)、阿达木单抗(adalimumab)、来氟米特(leflunomide)、阿那白滞素(anakinra)、硫唑嘌呤(azathioprine)和环磷酰胺(cyclophosphamide)。
在另一个优选的方面，所述第二药物选自下组：抗α4、依那西普、英夫利昔单抗(infliximab)、阿达木单抗(adalimumab)、kinaret、efalizumab、骨保护素(osteoprotegerin，OPG)、NFκB配体的抗受体活化物(anti-receptor activatorof NFκB ligand，抗RANKL)、NFκB-Fc的抗受体活化物(anti-receptor activatorof NFκB-Fc，RANK-Fc)、帕米膦酸盐(pamidronate)、阿伦膦酸盐(alendronate)、actonel、唑来膦酸盐(zolendronate)、氯膦酸盐(clodronate)、MTX、azulfidine、羟氯喹(hydroxychloroquine)、多西环素(doxycycline)、来氟米特(leflunomide)、柳氮磺吡啶(sulfasalazine，SSZ)、泼尼松龙(prednisolone)、白介素-1受体拮抗剂、泼尼松(prednisone)、和甲泼尼龙(methylprednisolone)。
在还有一个实施方案中，所述第二药物选自下组：英夫利昔单抗、英夫利昔单抗/MTX组合、MTX、依那西普、皮质类固醇(corticosteroid)、环孢菌素A(corticosteroid)、硫唑嘌呤(azathioprine)、金诺芬(auranofin)、羟氯喹(hydroxychloroquine，HCQ)、泼尼松龙+MTX+SSZ组合、MTX+SSZ+HCQ组合、环磷酰胺+硫唑嘌呤+HCQ组合、和阿达木单抗+MTX组合，更优选其中所述皮质类固醇是泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、氢化可的松(hydrocortisone)或地塞米松(dexamethasone)。在另一个优选的方面，所述第二药物是MTX，其优选是经口或胃肠外施用的。
在还有一个实施方案中，所述关节炎是早期或初期RA。
在一个优选的方面，所述治疗方法进一步包括通过给患者施用有效量的B细胞拮抗剂来复治患者，其中所述复治是在第一次施用拮抗剂后至少约24周(更优选在第一次施用拮抗剂后约24周时)开始的。在另一个优选的实施方案中，用有效量的B细胞拮抗剂开始另一次复治，更优选在第二次施用拮抗剂后至少约24周(更优选在第二次施用拮抗剂后约24周时)开始。
在一个优选的实施方案中，每次施用时所施用的B细胞拮抗剂的量有效实现关节损伤的持续的或保持的减轻。
本发明的另一个方面涉及治疗患者中的RA的方法，包括首先给患者施用B细胞拮抗剂以治疗RA，前提是来自所述患者的遗传样品中存在PTPN22R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者，且第一次施用拮抗剂后至少约24周，通过给患者施用有效量的B细胞拮抗剂来复治患者，其中在第一次施用B细胞拮抗剂后的测试时在患者中没有观察到临床改善。
优选的是，所述临床改善是通过评估触痛的或肿胀的关节数目、进行患者的整体临床评估、评估红细胞沉降率、评估C-反应性蛋白质水平的量、或使用疾病活动(疾病响应)综合测量(composite measures of disease activity(disease response))(诸如DAS-28、ACR20、ACR50、或ACR70得分)确定的。
在另一个实施方案中，上述方法中复治时所施用的B细胞拮抗剂的量有效实现与在先施用B细胞拮抗剂的效果相比关节损伤的持续的或保持的减轻。
在另一个方面，本发明提供了为B细胞拮抗剂或其药学可接受组合物做广告的方法，包括给目标受众宣传所述拮抗剂或其药物组合物用于治疗患有RA的患者或患者群体的用途，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者。任选的是，此方法可包括评估至少一种另外的生物标志物抗CCP和RF的血清阳性。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种制品，包括包装在一起的药物组合物和标签，所述药物组合物包含B细胞拮抗剂和药学可接受载体，所述标签陈述了所述拮抗剂或药物组合物指示用于治疗患有RA的患者，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者。任选的是，此方法可包括评估另外的生物标志物抗CCP和RF之一或二者的血清阳性。在一个优选的方面，所述制品进一步包括装有第二药物的容器，其中所述拮抗剂是第一药物，进一步包括包装插页上的指示，其关于用有效量的第二药物(最优选MTX)治疗患者。
在还有一个优选的方面，本发明提供了制造B细胞拮抗剂或其药物组合物的方法，包括在包装中组合所述拮抗剂或药物组合物与标签，所述标签陈述了所述拮抗剂或药物组合物指示用于治疗患有RA的患者，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者。任选的是，此方法可包括评估另外的生物标志物抗CCP和RF之一或二者的血清阳性。
在还有一个方面，本发明提供了为患有RA的患者提供治疗选项的方法，包括装有B细胞拮抗剂的管形瓶和包装插页，它们包装在一起，所述包装插页含有治疗患有RA的患者的指示，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者。
在一个优选的实施方案中，所述来自患者的样品(包括遗传样品)是血清、血浆、或滑膜组织或滑液，最优选血液。如果还测量患者样品中的抗CCP和/或RF，那么可通过使用例如特异性结合生物标志物蛋白或其片段的试剂诸如例如抗体、抗体片段、或抗体衍生物来测量此类生物标志物的量。
表达水平可使用例如选自下组的方法来测定：蛋白质组学、流式细胞术、免疫细胞化学、免疫组织化学、酶联免疫吸附测定法(ELISA)、多通道ELISA、及其变化形式。生物学样品中生物标志物的表达水平还可通过检测转录得到的、由生物标志物基因编码的生物标志物多核苷酸或其片段(其可以是cDNA、mRNA或异质核RNA(hnRNA))的表达水平来测定。检测可包括扩增转录得到的生物标志物多核苷酸，而且可使用定量逆转录酶聚合酶链式反应(PCR)。生物标志物的表达水平可通过用探针检测样品中转录得到的生物标志物多核苷酸或其片段的存在来评估，所述探针在严格杂交条件下与转录得到的生物标志物多核苷酸或其片段发生退火。
发明详述
A.定义
“B细胞”指在骨髓中成熟的淋巴细胞，包括幼稚B细胞、记忆B细胞、或效应B细胞(桨细胞)。本文中的B细胞指正常的或非恶性的B细胞。
“B细胞恶性肿瘤”指牵涉B细胞的恶性肿瘤。例子包括何杰金氏(Hodgkin)病，包括淋巴细胞为主型的何杰金氏病(LPHD)；非何杰金氏淋巴瘤(NHL)；滤泡中心细胞(FCC)淋巴瘤；急性淋巴细胞性白血病(ALL)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；毛细胞白血病；类浆细胞淋巴细胞性淋巴瘤；套细胞淋巴瘤；AIDS或HIV相关淋巴瘤；多发性骨髓瘤；中枢神经系统(CNS)淋巴瘤；移植后淋巴增生性病症(PTLD)；瓦尔登斯特伦氏(Waldenstrom)巨球蛋白血症(淋巴浆细胞性淋巴瘤)；粘膜相关淋巴样组织(MALT)淋巴瘤；和边缘区淋巴瘤/白血病。
“B细胞表面标志物”或“B细胞表面抗原”在本文中指在B细胞表面上表达的抗原，可以用能结合它的拮抗剂来靶向它。例示性的B细胞表面标志物包括CD10、CD19、CD20、CD21、CD22、CD23、CD24、CD37、CD40、CD53、CD72、CD73、CD74、CDw75、CDw76、CD77、CDw78、CD79a、CD79b、CD80、CD81、CD82、CD83、CDw84、CD85和CD86白细胞表面标志物(有关说明参见《The Leukocyte Antigen Facts Book》，第2版，Barclay等编，Academic Press，Harcourt Brace & Co.，New York，1997)。其它B细胞表面标志物包括RP105、FcRH2、B-cell CR2、CCR6、P2X5、HLA-DOB、CXCR5、FCER2、BR3、BAFF、BLyS、Btig、NAG14、SLGC16270、FcRH1、IRTA2、ATWD578、FcRH3、IRTA1、FcRH6、BCMA、和239287。特别感兴趣的B细胞表面标志物是在B细胞上较之哺乳动物的其它非B细胞组织优先表达的，而且可以是在前体B细胞和成熟B细胞二者上都表达的。本文中优选的B细胞表面标志物是CD20、CD22、CD23、CD40、BR3、BLyS、和BAFF。
“CD20”抗原或“CD20”是在超过90％来自外周血或淋巴器官的B细胞表面上找到的约35kDa非糖基化磷蛋白。CD20存在于正常B细胞和恶性B细胞二者上，但在干细胞上不表达。CD20在文献中的其它名称包括“B淋巴细胞限制抗原”和“Bp35”。CD20抗原记载于例如Clark et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)82：1766(1985)。优选的CD20是人CD20。
“CD22”抗原或“CD22”，也称为BL-CAM或Lyb8，是分子量约130(缩短的)至140kD(未缩短的)的1型整合膜糖蛋白。它在B淋巴细胞的细胞质和细胞膜二者中表达。CD22抗原在B细胞淋巴细胞分化的早期出现，大约在与CD19抗原相同的阶段。与其它B细胞标志不同，CD22膜表达局限于成熟B细胞(CD22+)与浆细胞(CD22-)之间包含的分化晚期。CD22抗原记载于例如Wilson et al.，J.Exp.Med.173：137(1991)和Wilson et al.，J.Immunol.150：5013(1993)。优选的CD22是人CD22。
“B细胞拮抗剂”指在结合B细胞表面标志或B细胞特异性存活或增殖因子后破坏或消减哺乳动物中的B细胞和/或干扰B细胞存活和/或一项或多项B细胞功能(例如通过降低或阻止B细胞引发的体液应答的分子而实现的)的分子。所述拮抗剂优选能够消减用它治疗的哺乳动物中的B细胞(即降低循环中的B细胞水平)。这样的消减可通过多种机制来实现，诸如ADCC和/或CDC、抑制B细胞增殖、和/或诱导B细胞死亡(例如通过凋亡)。拮抗剂可通过本领域已知的、用于凋亡和消减的其它检测、和B细胞增殖和生长的延迟或终止、或B细胞存活的多种方法来筛选。
例如，可采用如Sundberg et al.，Cancer Research，66，1775-1782(2006)中所记载的一种筛选方法，其中对化合物筛选通过将c-myc蛋白引向快速和特异性的降解而抑制B细胞增殖。还可参见Mackay et al.，Annual Review ofImmunology，21：231-264(2003)(关于BAFF、APRIL、和关于B细胞存活或筛选的指南)和Thangarajh et al.，Scandinavian J.Immunol.，65(1)：92(2007)(关于B细胞增殖和APRIL)。另外，Sakurai et al.，European J.Immunol.，37(1)：110(2007)披露了TACI削弱由BAFF-R和CD40共刺激的抗体生成。此外，Acosta-Rodriguez et al.，European J.Immunol.，37(4)：990(2007)披露了BAFF和LPS合作诱导B细胞变成对CD95/Fas介导的细胞死亡易感。别的筛选方法可见于Martin and Chan，″B Cell Immunobiology in Disease：Evolving Conceptsfrom the Clinic，”Annual Review of Immunology，24：467-496(2006)；Pillai et al.，″Marginal Zone B Cells，″Annual Review of Immunology，23：161-196(2005)；及Hardy and Hayakawa，″B Cell Development Pathways，″Annual Review ofImmunology，19：595-621(2001)。根据这些和其它参考文献，熟练技术人员能筛选适宜的拮抗剂。微阵列(Hagmann，Science，290：82-83(2000))以及RNA干扰(RNAi)(Ngo et al.，Nature，441：106-110(2006))可用于此目的。
本发明范围内所包括的拮抗剂包括结合B细胞表面标志或B细胞特异性存活或增殖因子的抗体、合成的或天然序列的肽、免疫粘附素、和小分子拮抗剂，任选偶联或融合了另一分子。优选的拮抗剂包括抗体或免疫粘附素。它包括BLyS拮抗剂，诸如免疫粘附素，而且优选是抗CD23(例如lumiliximab)、抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体、APRIL拮抗剂、和/或BlyS免疫粘附素。BlyS免疫粘附素优选选自下组：包含BR3胞外结构域的BR3免疫粘附素、包含TACI胞外结构域的TACI免疫粘附素、和包含BCMA胞外结构域的BCMA免疫粘附素。最优选的BR3免疫粘附素是WO 2005/00351和US2005/0095243的SEQ ID NO：2的hBR3-Fc。还可参见US 2005/0163775和WO2006/068867。另一种优选的BLyS拮抗剂是抗BLyS抗体，更优选的是，其中所述抗BLyS抗体在BLyS中包含残基162-275的区域内结合BLyS，或抗BR3抗体，更优选的是，其中所述抗BR3抗体在人BR3中包含残基23-38的区域中结合BR3。本文中尤其优选的免疫粘附素是TACI-Ig、或atacicept、和BR3-Ig。一组优选的拮抗剂是针对CD20、CD22、BAFF、或APRIL的拮抗剂。一方面，该拮抗剂可以是抗体或TACI-Ig。
术语“抗体”在本文中以最广义使用，明确覆盖单克隆抗体、多克隆抗体、由至少两种完整抗体形成的多特异性抗体(例如双特异性抗体)、及抗体片段，只要它们展现出期望的生物学活性。
“分离的”抗体指已经鉴定且自其天然环境的成分分开和/或回收的抗体。其天然环境的污染性成分指将会干扰该抗体的研究、诊断或治疗用途的物质，可包括酶、激素、和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在有些实施方案中，将抗体纯化至(1)根据例如Lowry法的测定，抗体重量超过95％，而在有些实施方案中，重量超过99％，(2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得至少15个残基的N-末端或内部氨基酸序列的程度，或(3)根据还原性或非还原性条件下的SDS-PAGE及使用例如考马斯蓝或银染色，达到同质。既然抗体天然环境的至少一种成分不会存在，那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而，分离的抗体通常将通过至少一个纯化步骤来制备。
“天然抗体”指通常由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链构成的约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键与重链连接，而二硫键的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链间有变化。每条重链和轻链还具有间隔规律的链内二硫键。每条重链在一端具有一个可变域(VH)，接着是多个恒定域。每条轻链在一端具有一个可变域(VL)，而另一端是一个恒定域。轻链的恒定域与重链的第一恒定域排列在一起，而轻链的可变域与重链的可变域排列在一起。认为特定的氨基酸残基在轻链与重链可变域之间形成界面。
“抗体拮抗剂”在本文中指在结合B细胞上的B细胞表面标志后破坏或消减哺乳动物中的B细胞和/或干扰一项或多项B细胞功能(例如通过降低或阻止B细胞引发的体液应答)的抗体。优选的是，所述抗体拮抗剂能够在用其处理的哺乳动物中消减B细胞(即降低循环中的B细胞水平)。这样的消减可通过多种机制来实现，诸如ADCC和/或CDC、抑制B细胞增殖、和/或诱导B细胞死亡(如通过凋亡)。
“结合B细胞表面标志的抗体”或“针对B细胞表面标志的抗体”指在结合B细胞表面标志后破坏或消减哺乳动物中的B细胞和/或干扰一种或多种B细胞功能(例如通过降低或阻止由B细胞引发的体液反应)的分子。优选的是，该抗体能够在用其处理的哺乳动物中消减B细胞(即降低循环中的B细胞水平)。这种消减可通过各种机制来实现，诸如ADCC和/或CDC、抑制B细胞增殖、和/或诱导B细胞死亡(如通过凋亡)。结合B细胞表面标志的抗体可以如下称呼：结合CD20或CD22的抗体分别是“抗CD20抗体”或“抗CD22抗体”。在一个优选的实施方案中，所述抗体是抗CD20、抗CD22、抗CD23、抗CD40、或抗BR3抗体。一种更优选的抗体是抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体。一个特别优选的实施方案是抗CD20或抗CD22抗体，而且最优选的是，所述抗体是抗CD20抗体。
抗CD20抗体的例子包括：“C2B8”，现在称作“rituximab”
Figure G2008800186037D00511
(US 5,736,137)；钇[90]标记的2B8鼠源抗体，称作“Y2B8”或“Ibritumomab Tiuxetan”
Figure G2008800186037D00512
可从Biogen Idec公司购买(例如美国专利No.5,736,137；2B8于1993年6月22日保藏于美国典型培养物保藏中心(ATCC)，编号HB11388)；鼠源IgG2a“B1”，也称作“Tositumomab”，任选用131I标记以产生“131I-B1”或“碘131tositumomab”抗体(BEXXARTM)，可从Corixa购买(还可参见例如US 5,595,721)；鼠源单克隆抗体“1F5”(例如Presset al.，Blood，69(2)：584-591(1987))及其变体，包括“框架修补”或人源化1F5(例如WO 2003/002607，Leung；ATCC保藏物HB-96450)；鼠源2H7和嵌合2H7抗体(例如US 5,677,180)；2H7抗体(例如WO 2004/056312(Lowman etal.)及下文所列)；HUMAX-CD20TM(ofatumumab)完全人的、高亲和力抗体，靶向B细胞细胞膜中的CD20分子(Genmab，丹麦；参见例如Glennie and vande Winkel，Drug Discovery Today，8：503-510(2003)；Cragg et al.，Blood，101：1045-1052(2003))；WO 2004/035607和WO 2005/103081(Teeling et al.，GenMab/Medarex)中所列的人单克隆抗体；US 2004/0093621(Shitara et al.)中记载的有复杂的N-糖苷连接的糖链结合至Fc区的抗体；WO 2006/106959(Numazaki et al.，Biomedics Inc.)中记载的一种对CD20抗原的一个胞外表位具有高结合亲和力的嵌合的或人源化的单克隆抗体；结合CD20的单克隆抗体和其抗原结合片段(例如WO 2005/000901，Tedder et al.)诸如HB20-3、HB20-4、HB20-25、和MB20-11；结合CD20的单链蛋白质，包括但不限于TRU-015TM(例如US 2005/0186216(Ledbetter and Hayden-Ledbetter)；US2005/0202534(Hayden-Ledbetter and Ledbetter)；US 2005/0202028(Hayden-Ledbetter and Ledbetter)；US 2005/136049(Ledbetter et al.)；和US2005/0202023(Hayden-Ledbetter and Ledbetter)-Trubion Pharm Inc.)；CD20结合分子，诸如AME系列的抗体，例如AME-33TM和AME-133TM抗体，例如WO 2004/103404、US 2005/0025764、和US 2006/0251652(Watkins et al.，Applied Molecular Evolution，Inc.)中所列，及具有Fc突变的抗CD20抗体，例如WO 2005/070963(Allan et al.，Applied Molecular Evolution，Inc.)中所列；CD20结合分子，诸如WO 2005/016969和US 2005/0069545(Carr et al.)中所记载的；双特异性抗体，例如WO 2005/014618(Chang et al.)中所列举的；人源化LL2单克隆抗体和其它抗CD20抗体，例如US 7,151,164(Hansen et al.)和US2005/0106108(Leung and Hansen；Immunomedics)中所列举的；针对CD20的、完全人的抗体，例如WO 2006/130458(Gazit et al.，Amgen/AstraZeneca)中所记载的；针对CD20的抗体，例如WO 2006/126069(Morawala，Avestha GengraineTechnologies Pvt Ltd.)中所记载的；针对CD20的嵌合或人源化B-Ly1抗体(例如GA-101)，例如WO 2005/044859、US 2005/0123546、US 2004/0072290、和US 2003/0175884(Umana et al.；GlycArt Biotechnology AG)中所记载的；A20抗体或其变体，诸如嵌合或人源化A20抗体(分别是cA20、hA20)和IMMUN-106(例如US 2003/0219433，Immunomedics)；及单克隆抗体L27、G28-2、93-1B3、B-C1或NU-B2，可从国际白细胞分类研究组(InternationalLeukocyte Typing Workshop)获得(例如Valentine et al.，Leukocyte Typing III，McMichael编，p.440，Oxford University Press，1987)。本文中优选的抗CD20抗体是嵌合的、人源化的、或人的抗CD20抗体，更优选rituximab、2H7抗体、嵌合或人源化A20抗体(Immunomedics)、和HUMAX-CD20TM人抗CD20抗体(Genmab)。
抗CD22抗体的例子包括EP 1,476,120(Tedder and Tuscano)；EP 1,485,130(Tedder)；和EP 1,504,035(Popplewell et al.)中所记载的，以及US 2004/0258682(Leung et al.)；US 5,484,892(Dana-Farber)；US 6,183,744(Immunomedics，epratuzumab)；和US 7,074,403(Goldenberg and Hansen)中所记载的。
针对B细胞表面标志的抗体的优选的具体例子包括rituximab，本文中所定义的2H7抗体及其变体；2F2(HUMAX-CD20TM)(ofatumumab)人抗CD20抗体(与rituximab结合不同CD20表位的IgG1κ人单抗)；人源化A20抗体veltuzumab(IMMUN-106TM或hA20)，一种具有鼠起源的互补决定区(CDR)和与epratuzumab(一种人源化抗CD22 IgG1抗体)同样的90％人框架区的人源化工程抗体；一种具有SEQ ID NO：16(也称作TRU-015)的小的、模块式的免疫药物(SMIP)(本文中称作免疫药物)；一种CD20结合分子，其是包含SEQID NO：17和18(Lilly AME 33)或包含SEQ ID NO：19和20(Lilly AME 133)或包含SEQ ID NO：21(Lilly AME 133v，也称作LY2469298，其以升高的亲和力结合FcγRIIIa(CD16))的抗体；一种人源化II型抗CD20抗体，其属于同种型IgG1，具有糖基工程化的Fc部分(Fc区中的等分无岩藻糖基化碳水化合物)和经修饰的肘铰链，称作GA101(见下文SEQ ID NO：22-23)；抗BAFF抗体；抗APRIL抗体；抗BR3抗体；抗BAFF受体抗体；抗BLyS抗体；抗CD23抗体，诸如lumiliximab；抗CD37抗体和拮抗剂，包括小的模块式的免疫药物TRU016TM；抗CD40抗体；和抗CD22抗体，诸如epratuzumab、ABIOGENTM抗CD22抗体、和IMPHERONTM抗B细胞抗体。本文中免疫粘附素的优选的例子包括BR3-Ig、BR3-Fc、和APRIL免疫粘附素，诸如TACI-Ig、抗BAFF肽体、BCMA-Ig、和BAFF-R-Ig(US 2006/0263349)。
TRU-015多肽序列为：Met Asp Phe Gln Val Gln Ile Phe Ser Phe Leu Leu Ile Ser Ala Ser Val Ile Met SerArg Gly Gln Ile Val Leu Ser Gln Ser Pro Ala Ile Leu Ser Ala Ser Pro Gly Glu LysVal Thr Met Thr Cys Arg Ala Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met His Trp Tyr Gln GlnLys Pro Gly Ser Ser Pro Lys Pro Trp Ile Tyr Ala Pro Ser Asn Leu Ala Ser Gly ValPro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Arg ValGlu Ala Glu Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Trp Ser Phe Asn Pro Pro ThrPhe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys Asp Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly GlySer Gly Gly Gly Gly Ser Ser Gln Ala Tyr Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Ser ValArg Pro Gly Ala Ser Val Lys Met Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr SerTyr Asn Met His Trp Val Lys Gln Thr Pro Arg Gln Gly Leu Glu Trp Ile Gly AlaIle Tyr Pro Gly Asn Gly Asp Thr Ser Tyr Asn Gln Lys Phe Lys Gly Lys Ala ThrLeu Thr Val Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr Met Gln Leu Ser Ser Leu Thr SerGlu Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys Ala Arg Val Val Tyr Tyr Ser Asn Ser Tyr Trp TyrPhe Asp Val Trp Gly Thr Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Asp Gln Glu Pro Lys SerCys Asp Lys Thr His Thr Ser Pro Pro Cys Ser Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly ProSer Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr ProGlu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe AsnTrp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu GlnTyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp LeuAsn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile GluLys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu ProPro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys GlyPhe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn AsnTyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser LysLeu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val MetHis Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys(SEQ ID NO：16)
还可参见US 2007/0059306。
代表AME 33抗体轻链可变区的多肽具有如下序列：
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg AlaThr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Ser Ser Val Pro Tyr Ile His Trp Tyr Gln Gln Lys ProGly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Ala Thr Ser Ala Leu Ala Ser Gly Ile ProAsp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg LeuGlu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Trp Leu Ser Asn Pro Pro ThrPhe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys (SEQ ID NO：17)
代表AME 33抗体重链可变区的多肽具有如下序列：
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu Ser Leu LysIle Ser Cys Lys Gly Ser Gly Arg Thr Phe Thr Ser Tyr Asn Met His Trp Val ArgGln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met Gly Ala Ile Tyr Pro Leu Thr Gly AspThr Ser Tyr Asn Gln Lys Ser Lys Leu Gln Val Thr Ile Ser Ala Asp Lys Ser Ile SerThr Ala Tyr Leu Gln Trp Ser Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr CysAla Arg Ser Thr Tyr Val Gly Gly Asp Trp Gln Phe Asp Val Trp Gly Lys Gly ThrThr Val Thr Val Ser Ser (SEQ ID NO：18)
AME 33轻链和重链可变区的核苷酸和氨基酸序列还可参见US2005/0025764和US 2006/0251652的图2-3以及SEQ ID NO：59-62。
代表AME 133抗体轻链可变区的多肽具有如下序列：
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg AlaThr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Ser Ser Val Pro Tyr Ile His Trp Tyr Gln Gln Lys ProGly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Ala Thr Ser Ala Leu Ala Ser Gly Ile ProAsp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg LeuGlu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Trp Leu Ser Asn Pro Pro ThrPhe Gly Gln Gly Thr Lys Leu GluIle Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe IlePhe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu LeuAsn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu GlnSer Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr SerLeu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr AlaCys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg GlyGlu Cys (SEQ ID NO：19)
代表AME 133抗体重链可变区的多肽具有如下序列：
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu Ser Leu LysIle Ser Cys Lys Gly Ser Gly Arg Thr Phe Thr Ser Tyr Asn Met His Trp Val ArgGln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met Gly Ala Ile Tyr Pro Leu Thr Gly AspThr Ser Tyr Asn Gln Lys Ser Lys Leu Gln Val Thr Ile Ser Ala Asp Lys Ser Ile SerThr Ala Tyr Leu Gln Trp Ser Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr CysAla Arg Ser Thr Tyr Val Gly Gly Asp Trp Gln Phe Asp Val Trp Gly Lys Gly ThrThr Val Thr Val Ser Ser (SEQ ID NO：20)
还可参见US 2005/0136044。
代表AME 133v(一种自AME 133Fab区融合至改良BChE变体L530制备的融合蛋白)的多肽具有如下序列：
Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu Ser Leu LysIle Ser Cys Lys Gly Ser Gly ArgThr Phe ThrSer Tyr Asn Met His Trp Val ArgGln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met Gly Ala Ile Tyr Pro Leu Thr Gly AspThr Ser Tyr Asn Gln Lys Ser Lys Leu Gln Val Thr Ile Ser Ala Asp Lys Ser Ile SerThr Ala Tyr Leu Gln Trp Ser Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr CysAla Arg Ser Thr Tyr Val Gly Gly Asp Trp Gln Phe Asp Val Trp Gly Lys Gly ThrThr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro SerSer Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr PhePro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His ThrPhe Pro Ala
Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser SerLeu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys ValAsp Lys Lys Ala Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys ProLys Leu Glu Asp Asp Ile Ile Ile Ala Thr Lys Asn Gly Lys Val Arg Gly Met AsnLeu Thr Val Phe Gly Gly Thr Val Thr Ala Phe Leu Gly Ile Pro Tyr Ala Gln ProPro Leu Gly Arg Leu Arg Phe Lys Lys Pro Gln Ser Leu Thr Lys Trp Ser Asp IleTrp Asn Ala Thr Lys Tyr Ala Asn Ser Cys Cys Gln Asn Ile Asp Gln Ser Phe ProGly Phe Phe Gly Ser Glu Met Trp Asn Pro Asn Thr Asp Leu Ser Glu Asp CysLeu Tyr Leu Asn Val Trp Ile Pro Ala Pro Lys Pro Lys Asn Ala Thr Val Leu Ile TrpIle Tyr Gly Gly Gly Phe Gln Thr Gly Thr Ser Ser Leu His Val Tyr Asp Gly LysPhe Leu Ala Arg Val Glu Arg Val Ile Val Val Ser Met Asn Tyr Arg Val Gly AlaLeu Gly Phe Leu Ala Leu Pro Gly Asn Pro Glu Ala Pro Gly Asn Met Gly LeuPhe Asp Gln Gln Leu Ala Leu Gln Trp Val Gln Lys Asn Ile Ala Ala Phe Gly GlyAsn Pro Lys Ser Val Thr Leu Phe Gly Glu Ser Ala Gly Ala Ala Ser Val Ser LeuHis Leu Leu Ser Pro Gly Ser His Ser Leu Phe Thr Arg Ala Ile Leu Gln Ser GlySer Ala Asn Ala Pro Trp Ala Val Thr Ser Leu Tyr Glu Ala Arg Asn Arg Thr LeuAsn Leu Ala Lys Leu Thr Gly Cys Ser Arg Glu Asn Glu Thr Glu Ile Ile Lys CysLeu Arg Asn Lys Asp Pro Gln Glu Ile Leu Leu Asn Glu Ala Phe Val Val Pro TyrGly Thr Asn Leu Ser Val Asn Phe Gly Pro Thr Val Asp Gly Asp Phe Leu Thr AspMet Pro Asp Ile Leu Leu Glu Leu Gly Gln Phe Lys Lys Thr Gln Ile Leu Val GlyVal Asn Lys Asp Glu Gly Thr Ala Phe Leu Ala Tyr Gly Ala Pro Gly Phe Ser LysAsp Asn Asn Ser Ile Ile Thr Arg Lys Glu Phe Gln Glu Gly Leu Lys Ile Phe PhePro
Gly Val Ser Glu Phe Gly Lys Glu Ser Ile Leu Phe His Tyr Thr Asp Trp Val AspAsp Gln Arg Pro Glu Asn Tyr Arg Glu Ala Leu Gly Asp Val Val Gly Asp Tyr AsnPhe Ile Cys Pro Ala Leu Glu Phe Thr Lys Lys Phe Ser Glu Trp Gly Asn Asn AlaPhe Phe Tyr Tyr Phe Glu His Arg Ser Ser Lys Leu Pro Trp Pro Glu Trp Met GlyVal Met His Gly Tyr Glu Ile Glu Phe Val Phe Gly Leu Pro Leu Glu Arg Arg AspAsn Tyr Thr Lys Ala Glu Glu Ile Leu Ser Arg Ser Ile Val Lys Arg Trp Ala AsnPhe Ala Lys Tyr Gly Asn Pro Asn Glu Thr Gln Asn Asn Ser Thr Ser Trp Pro ValPhe Lys Ser Thr Glu Gln Lys Tyr Leu Thr Leu Asn Thr Glu Ser Thr Arg Ile MetThr Lys Leu Arg Ala Gln Gln Cys Arg Phe Trp Thr Ser Phe Phe Pro Lys Val(SEQ ID NO：21)
还可参见来自US 2005/0136044的SEQ ID NO：202和图19。
代表人源化II型抗CD20 IgG1抗体(GA101)轻链可变区的多肽具有如下序列：
Asp Ile Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Pro Gly Glu Pro AlaSer Ile Ser Cys Arg Ser Ser Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Ile Thr Tyr Leu TyrTrp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Gln Leu Leu Ile Tyr Gln Met Ser AsnLeu Val Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe ThrLeu Lys Ile Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Ala Gln AsnLeu Glu Leu Pro Tyr Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val(SEQ ID NO：22)
代表人源化II型抗CD20 IgG1抗体(GA101)重链可变区的多肽具有如下序列：
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser Ser Val LysVal Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ala Phe Ser Tyr Ser Trp Met Asn Trp Val ArgGln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Arg Ile Phe Pro Gly Asp Gly AspThr Asp Tyr Asn Gly Lys Phe Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Ala Asp Lys Ser ThrSer Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr TyrCys Ala Arg Asn Val Phe Asp Gly Tyr Trp Leu Val Tyr Trp Gly Gln Gly Thr LeuVal Thr Val Ser Ser(SEQ ID NO：23)
还可参见US 2005/0123546，其关于BHH2-KV1-GE(GA101)，其是通过将来自鼠B-ly1的CDR序列嫁接到具有完全人的IgG1-κ种系序列的框架区上而人源化的。US 2005/0123546的图7列出了预测的B-ly1 CDR区的一个选集。GA101的BHH2构件(重链可变区)的序列在表2和表3中呈现为SEQ ID NO：31(核苷酸)和SEQ ID NO：32(氨基酸)。KV1构件(轻链可变区)在表2和表3中呈现为SEQ ID NO：75(核苷酸)和SEQ ID NO：76(氨基酸)。表观可变重链和轻链信号序列在这些表中也作为SEQ ID NO：73(可变重链，核苷酸)、SEQ ID NO：74(可变重链，氨基酸)、SEQ ID NO：77(可变轻链，核苷酸)、和SEQ ID NO：76(可变轻链，氨基酸)列出。
抗体的“可变区”或“可变域”指抗体重链或轻链的氨基末端结构域。重链的可变域可以称为“VH”。轻链的可变域可以称为“VL”。这些结构域一般是抗体的最易变部分且包含抗原结合位点。
术语“可变的”指可变域中的某些部分在抗体序列间差异广泛且用于每种特定抗体对其特定抗原的结合和特异性的实情。然而，变异性并非均匀分布于抗体的整个可变域。它集中于轻链和重链可变域中称作高变区(HVR)的三个区段。可变域中更加高度保守的部分称作框架区(FR)。天然重链和轻链的可变域各自包含四个FR区，它们大多采取β-折叠片构象，通过形成环状连接且在有些情况中形成β-折叠片结构一部分的三个HVR连接。每条链中的HVR通过FR区非常接近的保持在一起，并与另一条链的HVR一起促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat et al.，Sequences of Proteins ofImmunological Interest，第5版，National Institutes of Health，Bethesda，MD.(1991))。恒定域不直接参与抗体与抗原的结合，但展现出多种效应器功能，诸如ADCC中抗体的参与。
根据其恒定域的氨基酸序列，来自任何脊椎动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可归入两种截然不同的型中的一种，称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
根据其重链恒定域的氨基酸序列，抗体(免疫球蛋白)可归入不同的类。免疫球蛋白有五大类：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中有些可进一步分为亚类(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA11和IgA2。将与不同类的免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α、δ、ε、γ和μ。不同类别免疫球蛋白的亚基结构和三维构造是众所周知的，一般性描述于例如Abbas et al.，Cellular and Mol.Immunology，4th ed.(W.B.Saunders，Co.，2000)。抗体可以是抗体与一种或多种其它蛋白质或肽共价或非共价关联而形成的更大融合分子的一部分。
术语“全长抗体”和“完整抗体”在本文中可互换使用，指基本上完整形式的抗体而非如下文所定义的抗体片段。该术语具体指重链包含Fc区的抗体。
“裸抗体(裸露的抗体)”为本发明目的指未偶联细胞毒性模块或放射性标记物的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选包含其抗原结合区。抗体片段的例子包括Fab、Fab′、F(ab′)2和Fv片段；双抗体(diabody)；线性抗体；单链抗体分子；及由抗体片段形成的多特异性抗体。
用木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的抗原结合片段，称为“Fab”片段，各自具有一个抗原结合位点，及剩余的“Fc”片段，其名称反映了它易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F(ab′)2片段，它具有两个抗原结合位点且仍能够交联抗原。
“Fv”是包含完整抗原结合位点的最小抗体片段。在一个实施方案中，双链Fv种类由紧密、非共价结合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)种类中，一个重链可变域和一个轻链可变域可以通过柔性肽接头共价相连接，使得轻链和重链在与双链Fv种类类似的“二聚体”结构中相结合。正是在这种构造中，每个可变域的三个HVR相互作用而在VH-VL二聚体表面上限定了抗原结合位点。六个HVR一起赋予抗体以抗原结合特异性。然而，即使是单个可变域(或是只包含对抗原特异性的三个HVR的半个Fv)也具有识别和结合抗原的能力，只是亲和力低于完整结合位点。
Fab片段包含重链和轻链可变域，而且还包含轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab′片段与Fab片段的不同之处在于重链CH1结构域的羧基末端增加了少数残基，包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab′-SH是本文中对其中恒定域半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab′的称谓。F(ab′)2抗体片段最初是作为在Fab′片段之间有铰链半胱氨酸的成对Fab′片段生成的。还知道抗体片段的其它化学偶联。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于一条多肽链上。一般而言，scFv多肽在VH与VL结构域之间进一步包含多肽接头，其使得scFv能够形成结合抗原的期望结构。关于scFv的综述参见Pluckthün，于《The Pharmacology of Monoclonal Antibodies》，第113卷，Rosenburg和Moore编，Springer-Verlag，New York，1994，第269-315页。
术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的抗体片段，该片段在同一条多肽链(VH-VL)中包含相连的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)。通过使用过短的接头使得同一条链上的两个结构域之间不能配对，迫使这些结构域与另一条链的互补结构域配对，从而产生两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体更完整的记载于例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson et al.，Nat.Med.9：129-134(2003)；及Hollinger et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：6444-6448(1993)。三抗体(Triabody)和四抗体(tetrabody)也记载于Hudson et al.，Nat.Med.9：129-134(2003)。
术语“单克隆抗体”在用于本文时指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体相同，除了可能以极小量存在的可能的突变，例如天然存在的突变。如此，修饰语“单克隆”表明抗体不是分立的抗体的混合物的特征。在某些实施方案中，此类单克隆抗体典型的包括包含结合靶物的多肽序列的抗体，其中靶物结合多肽序列是通过包括从众多多肽序列中选择单一靶物结合多肽序列在内的过程得到的。例如，选择过程可以是从众多克隆诸如杂交瘤克隆、噬菌体克隆或重组DNA克隆的集合中选择独特克隆。应当理解，所选择的靶物结合序列可进一步改变，例如为了提高对靶物的亲和力、将靶物结合序列人源化、提高其在细胞培养物中的产量、降低其在体内的免疫原性、创建多特异性抗体等，而且包含改变后的靶物结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与典型的包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性外，单克隆抗体制备物的优势在于它们通常未受到其它免疫球蛋白的污染。
修饰语“单克隆”表明抗体从基本上同质的抗体群获得的特征，不应解释为要求通过任何特定方法来生产抗体。例如，将依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来生成，包括例如杂交瘤法(例如Kohler and Milstein，Nature，256：495-497(1975)；Hongo et al.，Hybridoma，14(3)：253-260(1995)，Harlow et al.，Antibodies：A Laboratory Manual，(Cold Spring HarborLaboratory Press，第2版1988)；Hammerling et al.，于：Monoclonal Antibodiesand T-Cell Hybridomas 563-681(Elsevier，N.Y.，1981))、重组DNA法(参见例如US 4,816,567)、噬菌体展示技术(参见例如Clackson et al.，Nature 352：624-628(1991)；Marks et al.，J.Mol.Biol.222：581-597(1992)；Sidhu et al.，J.Mol.Biol.338(2)：299-310(2004)；Lee et al.，J.Mol.Biol.340(5)：1073-1093(2004)；Fellouse，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34)：12467-12472(2004)；Lee et al.，J.Immunol.Methods 284(1-2)：119-132(2004))、及用于在具有部分或整个人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中生成人或人样抗体的技术(参见例如WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO1991/10741；Jakobovits et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：2551(1993)；Jakobovits et al.，Nature 362：255-258(1993)；Bruggemann et al.，Year inImmuno.7：33(1993)；US 5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；和5,661,016；Marks et al.，Bio/Technology 10：779-783(1992)；Lonberg et al.，Nature 368：856-859(1994)；Morrison，Nature 368：812-813(1994)；Fishwild etal.，Nature Biotechnol.14：845-851(1996)；Neuberger，Nature Biotechnol.14：826(1996)；Lonberg and Huszar，Intern.Rev.Immunol.13：65-93(1995))。
单克隆抗体在本文中明确包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们展现出期望的生物学活性(例如US 4,816,567；Morrison et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA81：6851-6855(1984))。嵌合抗体包括“灵长类化”抗体，其中抗体的抗原结合区衍生自通过例如用感兴趣抗原免疫猕猴而生成的抗体。
非人(例如鼠)抗体的“人源化”形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋白的序列的嵌合抗体。在一个实施方案中，人源化抗体指人免疫球蛋白(受体抗体)中的HVR残基用具有期望特异性、亲和力和/或能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠、大鼠、兔或非人灵长类动物的HVR残基替换的免疫球蛋白。在有些情况中，将人免疫球蛋白的FR残基用相应的非人残基替换。此外，人源化抗体可包含在受体抗体或供体抗体中没有找到的残基。为了进一步改进抗体的性能可进行这些修饰。一般而言，人源化抗体将包含至少一个、通常两个基本上整个如下可变域，其中所有或基本上所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环，且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还将包含至少部分免疫球蛋白恒定区(Fc)，通常是人免疫球蛋白的恒定区。更多细节参见例如Jones et al.，Nature 321：522-525(1986)；Riechmann et al.，Nature 332：323-329(1988)；和Presta，Curr.Op.Struct.Biol.2：593-596(1992)。还可参见例如Vaswani and Hamilton，Ann.Allergy，Asthma& Immunol.1：105-115(1998)；Harris，Biochem.Soc.Transactions 23：1035-1038(1995)；Hurle and Gross，Curr.Op.Biotech.5：428-433(1994)；及US 6,982,321和7,087,409。
“人抗体”指拥有与由人生成的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列和/或使用本文所公开的用于生成人抗体的任何技术生成的抗体。人抗体的这种定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。人抗体可使用本领域已知的多种技术来生成，包括噬菌体展示文库(Hoogenboom and Winter，J.Mol.Biol.227：381(1991)；Marks et al.，J.Mol.Biol.222：581(1991))。还可用于制备人单克隆抗体的是以下文献中记载的方法：Cole et al.，Monoclonal Antibodiesand Cancer Therapy，Alan R.Liss，p.77(1985)；及Boerner et al.，J.Immunol.147(1)：86-95(1991)。还可参见van Dijk and van de Winkel，Curr.Opin.Pharmacol.，5：368-374(2001)。可通过给已经修饰以应答抗原性刺激而生成人抗体但其内源基因组已经失能的转基因动物例如经过免疫的异种小鼠(xenomice)施用抗原来制备人抗体(参见例如US 6,075,181和6,150,584，关于XENOMOUSETM技术)。还可参见例如Li et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，103：3557-3562(2006)，关于经人B-细胞杂交瘤技术生成的人抗体。
术语“高变区”、“HVR”或“HV”在用于本文时指抗体可变域中序列上高度可变和/或形成结构上定义的环的区域。通常，抗体包含六个HVR：三个在VH中(H1、H2、H3)，三个在VL中(L1、L2、L3)。在天然抗体中，H3和L3展示这六个HVR的最大多样性，而且认为特别是H3在赋予抗体以精密特异性中发挥独特作用。参见例如Xu et al.Immunity 13：37-45(2000)；Johnsonand Wu于：Methods in Molecular Biology 248：1-25(Lo，ed.，Human Press，Totowa，NJ，2003)。事实上，仅由重链组成的天然存在camelid抗体在缺乏轻链时是有功能的且稳定的。参见例如Hamers-Casterman et al.，Nature363：446-448(1993)；及Sheriff et al.，Nature Struct.Biol.3：733-736(1996)。
本文中使用且涵盖许多HVR的叙述。作为Kabat CDR的HVR是以序列变异性为基础的，而且是最常用的(Kabat et al.，见上文)。Chothia改为指结构环的位置(Chothia and Lesk J.Mol.Biol.196：901-917(1987))。AbM HVR代表Kabat CDR与Chothia结构环之间的折衷，而且得到Oxford Molecular的AbM抗体建模软件的使用。“接触”HVR是以对可获得的复合物晶体结构的分析为基础的。下文记录了这些HVR中每一个的残基。
环    Kabat     AbM     Chothia    接触
---       -----------      -----------      -----------     ----------
L1        L24-L34          L24-L34          L26-L32         L30-L36
L2        L50-L56          L50-L56          L50-L52         L46-L55
L3        L89-L97          L89-L97          L91-L96         L89-L96
H1        H31-H35B         H26-H35B         H26-H32         H30-H35B
          (Kabat编号)
H1        H31-H35          H26-H35          H26-H32         H30-H35
          (Chothia编号)
H2        H50-H65          H50-H58          H53-H55         H47-H58
H3        H95-H102         H95-H102         H96-H101        H93-H101
HVR可包括如下“延伸的HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)、46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)及VH中的26-35(H1)、50-65或49-65(H2)和93-102、94-102或95-102(H3)。对于这些延伸的HVR定义中的每一个，可变域残基是依照Kabat等，见上文编号的。
“框架”或“FR”残基指可变域中除本文中所定义的HVR残基外的那些残基。
表述“依照Kabat的可变域残基编号方式”或“依照Kabat的氨基酸位置编号方式”及其变体指Kabat et al.，见上文中的抗体编辑用于重链可变域或轻链可变域的编号系统。使用此编号系统，实际的线性氨基酸序列可包含较少或另外的氨基酸，对应于可变域FR或HVR的缩短或插入。例如，重链可变域可包含H2残基52后的单一氨基酸插入(依照Kabat为残基52a)及重链FR残基82后的插入残基(例如依照Kabat为残基82a、82b和82c等)。给定抗体的Kabat残基编号方式可通过将抗体序列与“标准”Kabat编号序列对比同源区来确定。
“亲和力成熟的”抗体指在抗体的一个或多个HVR中具有一处或多处改变、导致该抗体对抗原的亲和力与没有这些改变的亲本抗体相比有所改进的抗体。在一个实施方案，亲和力成熟的抗体具有纳摩尔或甚至皮摩尔量级的对靶抗原的亲和力。亲和力成熟的抗体可通过本领域已知规程来生成。例如，Marks et al.，Bio/Technology 10：779-783(1992)记载了通过VH和VL结构域改组进行的亲和力成熟。以下文献记载了HVR和/或框架残基的随机诱变：例如Barbas et al.，Proc.Nat.Acad.Sci.USA 91：3809-3813(1994)；Schier et al.，Gene 169：147-155(1995)；Yelton et al.，J.Immunol.155：1994-2004(1995)；Jackson et al.，J.Immunol.154(7)：3310-9(1995)；Hawkins et al.，J.Mol.Biol.226：889-896(1992)。
“生长抑制性”抗体指那些阻止或降低表达抗体所结合之抗原的细胞增殖的抗体。例如，抗体可以在体外和/或在体内阻止或降低B细胞增殖。
“诱导凋亡”的抗体指那些根据标准凋亡测定法的测定，诱导(例如B细胞的)程序性细胞死亡的抗体，所述测定法诸如膜联蛋白V结合、DNA断裂、细胞收缩、内质网膨胀、细胞破裂、和/或膜囊(称作凋亡小体)形成。
抗体“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区(天然序列Fc区或氨基酸序列变体Fc区)且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和CDC；Fc受体结合；ADCC；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。
术语“Fc区”在本文中用于定义免疫球蛋白重链的C-端区域，包括天然序列Fc区和变异Fc区。虽然免疫球蛋白重链Fc区的边界可以变化，但是人IgG重链Fc区通常定义为自其Cys226或Pro230位置的氨基酸残基至羧基末端的区段。Fc区的C-末端赖氨酸(残基447，依照EU编号系统)可以消除，例如在生产或纯化抗体的过程中，或者通过对编码抗体重链的核酸进行重组工程改造。因而，完整抗体组合物可以包括所有K447残基都被消除的抗体群、无一K447残基被消除的抗体群、或者混合了有K447残基的抗体和没有K447残基的抗体的抗体群。
除非本文另有说明，免疫球蛋白重链的残基编号方式是如Kabat et al.，见上文中的EU索引的编号方式。“如Kabat中的EU索引”指人IgG1 EU抗体的残基编号方式。
“功能性Fc区”拥有天然序列Fc区的“效应器功能”。例示性的“效应器功能”包括C1q结合；CDC；Fc受体结合；ADCC；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体；BCR)下调等。此类效应器功能一般要求Fc区与结合结构域(例如抗体可变域)联合，而且可以使用多种测定法来评估，例如本文定义中所公开的。
“天然序列Fc区”包含与在自然界中找到的Fc区的氨基酸序列相同的氨基酸序列。天然序列人Fc区包括天然序列人IgG1 Fc区(非A和A同种异型)；天然序列人IgG2 Fc区；天然序列人IgG3 Fc区；和天然序列人IgG4 Fc区；及其天然存在变体。
“变异Fc区”包含由于至少一处氨基酸修饰(优选一处或多处氨基酸替代)而与天然序列Fc区有所不同的氨基酸序列。优选的是，变异Fc区与天然序列Fc区相比或与亲本多肽的Fc区相比具有至少一处氨基酸替代，例如在天然序列Fc区中或在亲本多肽的Fc区中具有约1处至约10处氨基酸替代，优选约1处至约5处氨基酸替代。变异Fc区在本文中优选与天然序列Fc区和/或亲本多肽的Fc区拥有至少约80％的同源性，最优选与它们具有至少约90％的同源性，更优选与它们具有至少约95％的同源性。
“含Fc区的抗体”指包含Fc区的抗体。Fc区的C-末端赖氨酸(依照EU编号系统的残基447)可以消除，例如在纯化抗体的过程中或者通过重组改造编码抗体的核酸。因此，依照本发明包含具有Fc区的抗体的组合物可包含具有K447的抗体、消除了所有K447的抗体、或具有与没有K447残基的抗体的混合物。
“Fc受体”或“FcR”描述结合抗体Fc区的受体。在有些实施方案中，FcR是天然人FcR。在有些实施方案中，FcR提结合IgG抗体的FcR(γ受体)，包括属于FcγRI、FcγRII和FcγRIII亚类的受体，包括那些受体的等位变体和可变剪接形式。FcγRII受体包括FcγRIIA(“活化受体”)和FcγRIIB(“抑制受体”)，它们具有相似的氨基酸序列，区别主要在于其胞质结构域。活化受体FcγRIIA在其胞质结构域中包含免疫受体基于酪氨酸的活化基序(ITAM)。抑制受体FcγRIIB在其胞质结构域中包含免疫受体基于酪氨酸的抑制基序(ITIM)(参见例如
Figure G2008800186037D00651
Annu.Rev.Immunol.15：203-234(1997))。FcR的综述参见例如Ravetch and Kinet，Annu.Rev.Immunol.9：457-492(1991)；Capel et al.，Immunomethods 4：25-34(1994)；及de Haas et al.，J.Lab.Clin.Med.126：330-341(1995)。术语“FcR”在本文中涵盖其它FcR，包括那些未来将会鉴定的。
术语“Fc受体”或“FcR”还包括新生儿受体，FcRn，它负责将母体IgG转移给胎儿(Guyer et al.，Eur.J.Immunol.117：587(1976)和Kim et al.，J.Immunol.24：2429-2434(1994))并调节免疫球蛋白的体内稳态。测量对FcRn的结合的方法是已知的(参见例如Ghetie 1997，Hinton 2004)。测量对FcRn的结合的方法是已知的(参见例如Ghetie and Ward.，Immunology Today 18(12)：592-598(1997)；Ghetie et al.，Nature Biotechnology，15(7)：637-640(1997)；Hinton et al.，J.Biol.Chem.279(8)：6213-6216(2004)；WO 2004/92219(Hinton et al.))。
可测定人FcRn高亲和力结合多肽与人FcRn的体内结合和血清半衰期，例如在表达人FcRn的转基因小鼠或经转染人细胞系中，或者在施用了具有变异Fc区的多肽的灵长类动物中。WO 00/42072(Presta)记载了对FcR的结合提高或降低的抗体变体。还可参见例如Shields et al.，J.Biol.Chem.9(2)：6591-6604(2001)。
“人效应细胞”指表达一种或多种FcR并行使效应器功能的白细胞。在某些实施方案中，该细胞至少表达FcγRIII并行使ADCC效应器功能。介导ADCC的人白细胞的例子包括外周血单个核细胞(PBMC)、天然杀伤(NK)细胞、单核细胞、细胞毒性T细胞和嗜中性粒细胞。效应细胞可以从其天然来源分离，例如血液。
“抗体依赖性细胞介导的细胞毒性”或“ADCC”指其中结合到某些细胞毒性细胞(例如NK细胞、嗜中性细胞和巨噬细胞)上存在的Fc受体(FcR)上的分泌型Ig使得这些细胞毒性效应细胞能够特异性结合携带抗原的靶细胞，随后用细胞毒素杀死靶细胞的细胞毒性形式。介导ADCC的主要细胞即NK细胞只表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。Ravetch and Kinet，Annu.Rev.Immunol.9：457-492(1991)第464页表3总结了造血细胞上的FcR表达。为了评估感兴趣分子的ADCC活性，可进行体外ADCC测定法，诸如US5,500,362或5,821,337或6,737,056(Presta)中所记载的。可用于此类测定法的效应细胞包括PBMC和NK细胞。或者/另外，可在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中，诸如Clynes et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)95：652-656(1998)中所披露的。
“补体依赖性细胞毒性”或“CDC”指存在补体时对靶细胞的溶解。经典补体途径的激活是由补体系统第一组分(C1q)结合抗体(适宜亚类的)起始的，该抗体已结合至其关联抗原。为了评估补体激活，可进行CDC测定法，例如如Gazzano-Santoro et al.，J.Immunol.Methods 202：163(1996)中所记载的。具有更改的Fc区氨基酸序列(具有变异Fc区的多肽)及提高或降低的C1q结合能力的多肽变体记载于例如US 6,194,551和WO 1999/51642。还可参见例如Idusogie et al.，J.Immunol.164：4178-4184(2000)。
“结合亲和力”通常指分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合配偶体(例如抗原)之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有说明，在用于本文时，“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体与抗原)之间1∶1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力通常可用解离常数(Kd)来表述。亲和力可通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中所描述的那些。低亲和力抗体通常缓慢地结合抗原且趋于容易解离，而高亲和力抗体通常更快速地结合抗原且趋于保持更长时间的结合。本领域知道测量结合亲和力的多种方法，其中任一种都可用于本发明的目的。下文描述了具体的、示例性和例示性的、用于测量结合亲和力的实施方案。
在一个实施方案中，依照本发明的“Kd”或“Kd值”是通过如下测定法所述使用Fab型式的目的抗体及其抗原进行的放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的：通过在存在未标记抗原的滴定系列的条件下，用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被的平板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(参见例如Chen，et al.，J Mol Biol 293：865-881(1999))。为了确定测定条件，用50mM碳酸钠(pH9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被微量滴定板(DYNEX Technologies，Inc.)过夜，随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白在室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附平板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的目的Fab混合(例如与Presta et al.，Cancer Res.57：4593-4599(1997)中抗VEGF抗体，Fab-12的评估一致)。然后将目的Fab保温过夜；不过，保温可持续更长时间(例如约65个小时)以保证达到平衡。此后，将混合物转移至捕捉板以进行室温保温(例如1小时)。然后除去溶液，并用含0.1％Tween-20TM表面活性剂的PBS洗板8次。平板干燥后，加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard)，然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20％的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一实施方案，Kd或Kd值是通过表面等离振子共振测定法使用
Figure G2008800186037D00671
-2000或
Figure G2008800186037D00672
-3000仪器(BIAcore，Inc.，Piscataway，NJ)在25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)测量的。简而言之，依照供应商的说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳化二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5，BIAcore Inc.)。用10mM乙酸钠pH4.8将抗原稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl每分钟的流速注入至获得约十个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，在25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％TWEEN 20TM表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(
Figure G2008800186037D00681
Evaluation Software version 3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。参见例如Chen et al.，J Mol Biol 293：865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法，结合速率超过106M-1s-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(a stop-flow equipped spectrophometer)(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的条件下，测量PBS，pH7.2中的20nM抗抗原抗体(Fab形式)在25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
依照本发明的“结合速率”(on-rate，rate of association，association rate)或“kon”也可如上所述使用
Figure G2008800186037D00682
-2000或-3000系统(BIAcore，Inc.，Piscataway，NJ)来测定。
短语“基本上相似”或“基本上相同”在用于本文时表示两个数值(例如，一个涉及本发明的抗体而另一个涉及参照/比较抗体)之间足够高的相似程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值(例如Kd值)所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有很小的或没有生物学和/或统计学显著性。作为参照/比较值的函数，所述两个数值之间的差异例如小于约50％，小于约40％，小于约30％，小于约20％，和/或小于约10％。
短语“实质性降低”或“实质性不同”在用于本文时表示两个数值(通常一个与某分子有关而另一个与参照/比较分子有关)之间足够高的差异程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值(例如Kd值)所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有统计学显著性。作为参照/比较分子该数值的函数，所述两个数值之间的差异例如大于约10％，大于约20％，大于约30％，大于约40％，和/或大于约50％。
术语“利妥昔单抗”(rituximab)或
Figure G2008800186037D00684
在本文中指针对CD20抗原的遗传工程嵌合鼠/人单克隆抗体，在US 5,736,137中称为“C2B8”，包括其保持结合CD20能力的片段。
纯粹为了本发明的目的，除非另有说明，“2H7”或“2H7抗体”指具有下文所提供的和/或US 2006/0034835和WO 2004/056312(both Lowman et al.)；US2006/0188495(Barron et al.)；和US 2006/0246004(Adams et al.)中所记载的序列的人源化抗CD20抗体。简言之，以一系列定点诱变步骤进行鼠抗人CD20抗体，2H7(本文中也称作m2H7，m代表鼠)的人源化。鼠2H7抗体可变区序列和具有小鼠V和人C的嵌合2H7已经记载于例如US 5,846,818和6,204,023。通过比较鼠2H7可变域的氨基酸序列(披露于US 5,846,818)与已知抗体的序列(Kabat et al.，supra)，鉴定了2H7的CDR残基。基于序列高变性(Kabat et al.，supra)定义了轻链和重链的CDR区。使用合成的寡核苷酸，使用定点诱变(Kunkel，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，82：488-492(1985))将鼠2H7的所有六个CDR区引入质粒pVX4上所包含的、与共有序列VκI、VHIII(VL卡帕亚组I，VH亚组III)对应的完整人Fab框架(参见WO 2004/056312中的图2)。通过定点诱变在噬菌粒pVX4中对V区(CDR和/或FR)进行进一步的修饰。构建用于表达全长IgG的质粒。通过将嵌合2H7 Fab以及人源化Fab 2-6型的VL和VH结构域亚克隆入先前为哺乳动物细胞表达而描述的pRK载体中(Gorman et al.，DNA Prot.Eng.Tech.，2：3-10(1990))。
以下2H7抗体包括在本文中的定义内：
(1)一种人源化抗体，其包含VL序列：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASSSVSYMHWYQQKPGKAPKPLIYAPSNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSFNPPTFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO：1)；
和VH序列：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGDTSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSNSYWYFDVWGQGTLVTVS S(SEQ ID NO：2)。
(2)一种人源化抗体，其包含VL序列：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASSSVSYLHWYQQKPGKAPKPLIYAPSNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWAFNPPTFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO：3)；
和VH序列：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGATSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSASYWYFDVWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO：4)。
(3)一种人源化抗体，其包含VL序列：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASSSVSYLHWYQQKPGKAPKPLIYAPSNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWAFNPPTFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO：3)；
和VH序列：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGATSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSYRYWYFDVWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO：5)。
(4)一种人源化抗体，其包含具有序列SEQ ID NO：6的全长轻(L)链和具有序列SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、或SEQ ID NO：15之一的全长重(H)链，其中所述序列显示于下文。
(5)一种人源化抗体，其包含具有序列SEQ ID NO：9的全长轻(L)链和具有序列SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、或SEQ IDNO：14之一的全长重(H)链，其中所述序列显示于下文。
SEQ ID NO：6：
DIQMTQSPS SLSASVGDRVTITCRASSSVSYMHWYQQKPGKAPKPLIYAPSNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWSFNPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SEQ ID NO：7：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGDTSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSNSYWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO：8：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGDTSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSNSYWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNATYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIAATISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO：9：
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASSSVSYLHWYQQKPGKAPKPLIYAPSNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQWAFNPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
SEQ ID NO：10：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGATSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSASYWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNATYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIAATISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO：11：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGATSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSASYWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNATYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCAVSNKALPAPIEATISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO：12：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGATSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSASYWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPS SKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNATYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNAALPAPIAATISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO：13：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGATSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSASYWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNATYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNAALPAPIAATISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHWHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO：14：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGATSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSYRYWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNATYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNAALPAPIAATISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
SEQ ID NO：15：
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYNMHWVRQAPGKGLEWVGAIYPGNGDTSYNQKFKGRFTISVDKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARVVYYSNSYWYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNATYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNAALPAPIAATISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
鼠抗人CD20抗体m2H7具有序列：
VL序列：
QIVLSQSPAI LSASPGEKVT MTCRASSSVS YMHWYQQKPGSSPKPWIYAP SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQWSFNPPTFGAG TKLELK(SEQ ID NO：24)
VH序列：
QAYLQQSGAE LVRPGASVKM SCKASGYTFT SYNMHWVKQTPRQGLEWIGA IYPGNGDTSY NQKFKGKATL TVDKSSSTAYMQLSSLTSED SAVYFCARVV YYSNSYWYFD VWGTGTTVTVS(SEQID NO：25)
在包含Fc区的、结合B细胞表面标志的抗体中，Fc区的C端赖氨酸(依照EU编号系统的残基447)可被消除，例如在抗体纯化过程中或通过重组工程改造编码抗体多肽的核酸。例如，2H7或本文中的另一种人源化抗体可包含包括K447残基的或消除了所有K447残基的Fc区，或者是Fc区有K447残基的抗体与Fc区无K447残基的抗体的混合物。
在某些实施方案中，本文中有用的人源化抗体进一步包含IgG Fc中的氨基酸改变且展现升高的对人FcRn的结合亲和力，比具有野生型IgG Fc的抗体升高至少约60倍、至少约70倍、至少约80倍、和更优选至少约100倍、仍更优选至少约125倍、和甚至更优选至少约150倍至约170倍。
IgG中的N-糖基化位点位于CH2结构域中的Asn297。为了在本文中的疗法中使用，本发明包括具有Fc区的任何人源化抗体的组合物，其中该组合物中约80-100％(和优选约90-99％)的抗体包含缺乏附着至糖蛋白Fc区的岩藻糖或具有降低的岩藻糖含量的成熟核心碳水化合物结构。
“双特异性人源化抗体“涵盖如下的抗体，其中抗体的一条臂至少具有本发明人源化抗体的H和/或L链的抗原结合区，而另一条臂具有针对第二抗原的V区结合特异性。在具体的例示性实施方案中，所述第二抗原选自下组：CD3，CD64，CD32A，CD16，NKG2D，或其它NK活化性配体。
术语“BAFF”、“BAFF多肽”、“TALL-1”或“TALL-1多肽”、“BLys”、和“THANK”在用于本文时涵盖“天然序列BAFF多肽”和“BAFF变体”。“BAFF”是给予具有例如US 2006/0110387中所列人BAFF序列的那些多肽，及其具有天然序列BAFF生物学活性的同系物和片段和变体的称呼。BAFF的生物学活性可选自下组：促进B细胞存活，促进B细胞成熟，和结合BR3。术语“BAFF”包括下列文献中所记载的那些多肽：Shu et al.，J.Leukocyte Biol.，65：680(1999)；GenBank编号AF136293；WO 1998/18921；EP 869，180；WO 1998/27114；WO 1999/12964；WO 1999/33980；Moore et al.，Science，285：260-263(1999)；Schneider et al.，J.Exp.Med.，189：1747-1756(1999)；及Mukhopadhyay et al.，J.Biol.Chem.，274：15978-15981(1999)。
术语“BAFF拮抗剂”在用于本文时以最广义使用，包括(1)结合天然序列BAFF多肽或结合天然序列BR3多肽以部分或完全阻断BR3与BAFF多肽相互作用，及(2)部分或完全阻断、抑制或中和天然序列BAFF信号传导的任何分子。天然序列BAFF多肽信号传导促进B细胞存活和B细胞成熟等。BAFF信号传导的抑制、阻断或中和导致B细胞数目减少等。本文中所定义的BAFF拮抗剂会在体外或在体内部分或完全阻断、抑制或中和BAFF多肽的一种或多种生物学活性。在一个实施方案中，生物学活性BAFF在体外或在体内加强以下任一事件或其组合：B细胞存活提高，IgG和/或IgM水平提高，浆细胞数目增加，及脾B细胞中NF-κb2/100加工成p52NF-κb(参见例如Batten et al.，J.Exp.Med.192：1453-1465(2000)；Moore et al.，Science 285：260-263(1999)；及Kayagaki et al.，Immunity 10：515-524(2002))。
在有些实施方案中，本文中所定义的BAFF拮抗剂包括抗BAFF抗体、BAFF结合多肽(包括免疫粘附素和肽)、及结合BAFF的小分子。BAFF拮抗剂包括例如WO 2002/02641中所记载的BAFF结合抗体(例如包含其表1中SEQ ID NO.1-46、321-329、834-872、1563-1595、1881-1905任何氨基酸序列的抗体)。在另一实施方案中，免疫粘附素包含BAFF受体的BAFF结合区(例如BR3、BCMA或TACI的胞外结构域)。在又一实施方案中，所述免疫粘附素是BR3-Fc。结合BAFF的Fc蛋白质的其它例子可参阅WO 2002/66516、WO 2000/40716、WO 2001/87979、WO 2003/024991、WO 2002/16412、WO2002/38766、WO 2002/092620、WO 2001/12812。制备BAFF拮抗剂的方法记载于例如US 2005/0095243和US 2005/0163775。
术语“BR3”和“BR3多肽”在本文中使用时涵盖天然序列BR3多肽和BR3变体，如本文下文中所定义的。“BR3”是给予包含例如WO 2003/14294和US2005/0070689中所列出的人BR3序列的那些多肽的称呼。
本发明的BR3多肽可以从多种来源分离，诸如来自人组织类型或来自另一来源，或通过重组和/或合成方法制备。术语BR3包括WO 2002/24909、WO2003/14294和US 2005/0070689中记载的BR3多肽。抗BR3抗体可依照例如WO 2003/14294和US 2005/0070689中列出的方法来制备。
“天然序列”BR3多肽或“天然BR3”包括与衍生自自然界的相应BR3多肽具有相同氨基酸序列的多肽。此类天然序列BR3多肽可以从自然界分离，或者可以通过重组和/或合成手段生成。术语“天然序列BR3多肽”明确涵盖该多肽的天然存在的截短、可溶或分泌形式(例如胞外结构域序列)、天然存在的变体形式(例如可变剪接形式)、及天然存在的等位变体。本发明的BR3多肽包括这样的BR3多肽：其包含人BR3(参见WO 2003/14294和US2005/0070689的SEQ ID NO：26)的氨基酸残基1到184的连续序列或者由其组成。
BR3“胞外结构域”或“ECD”指BR3多肽基本上不含跨膜结构域和胞质结构域的形式。ECD形式的BR3包括这样的多肽，其包含选自人BR3的氨基酸1-77、2-62、2-71、1-61、7-71、23-38和2-63的任一氨基酸序列。本发明设想了这样的BAFF拮抗剂：它们是包含任一上述ECD形式的人BR3及其结合天然BAFF的变体和片段的多肽。
“BR3变体”意指这样的BR3多肽，其与天然序列全长BR3或BR3 ECD具有至少约80％的氨基酸序列同一性并结合天然序列BAFF多肽。任选的是，BR3变体包含单个富含半胱氨酸结构域。此类BR3变体多肽包括例如这样的BR3多肽，其中在全长氨基酸序列的N端和/或C端处及一个或多个内部结构域中添加或删除了一个或多个氨基酸残基。还设想了BR3 ECD的结合天然序列BAFF多肽的片段。根据一个实施方案，BR3变体多肽与人BR3多肽或其特定片段(例如ECD)具有至少约80％的氨基酸序列同一性，至少约81％的氨基酸序列同一性，至少约82％的氨基酸序列同一性，至少约83％的氨基酸序列同一性，至少约84％的氨基酸序列同一性，至少约85％的氨基酸序列同一性，至少约86％的氨基酸序列同一性，至少约87％的氨基酸序列同一性，至少约88％的氨基酸序列同一性，至少约89％的氨基酸序列同一性，至少约90％的氨基酸序列同一性，至少约91％的氨基酸序列同一性，至少约92％的氨基酸序列同一性，至少约93％的氨基酸序列同一性，至少约94％的氨基酸序列同一性，至少约95％的氨基酸序列同一性，至少约96％的氨基酸序列同一性，至少约97％的氨基酸序列同一性，至少约98％的氨基酸序列同一性或至少约99％的氨基酸序列同一性。BR3变体多肽不涵盖天然BR3多肽序列。根据另一实施方案，BR3变体多肽的长度为至少约10个氨基酸，长度为至少约20个氨基酸，长度为至少约30个氨基酸，长度为至少约40个氨基酸，长度为至少约50个氨基酸，长度为至少约60个氨基酸或长度为至少约70个氨基酸。
如本文中所使用的，术语“APRIL拮抗剂”以最广义使用，包括如下的任何分子：(1)结合天然序列APRIL多肽或结合APRIL的天然序列配体以部分或完全阻断配体与APRIL多肽的相互作用，和(2)部分或完全阻断、抑制、或中和天然序列APRIL信号传导。天然序列APRIL多肽信号传导促进B细胞存活或B细胞成熟等。APRIL(一种诱导增殖的配体)是TNF家族成员，与BAFF共享受体。优选的APRIL拮抗剂的例子包括atacicept(与TACI-Ig免疫粘附素相同)和BAFF/APRIL拮抗剂(可溶性BCMA-Fc)。
如本文中所使用的，“类风湿性关节炎”或“RA”指一种已承认的疾病状态，其可以依照关于RA分类的2000修正的美国类风湿协会标准或任何相似标准来诊断。该术语不仅包括活跃的和早期的RA，而且包括初期的RA，如下文中所定义的。RA的生理学指标包括对称性关节肿胀，这在RA中是特征性的尽管不是不变的。手的近端指间(PIP)关节以及掌指(MCP)、腕、肘、膝、踝和跖趾(MTP)关节的纺锤形肿胀常常患病，而且肿胀是容易检测的。被动运动时的疼痛是关节炎症的最灵敏测试，而且炎症和结构变形常常限制患病关节的活动范围。典型的可见变化包括MCP关节处指的尺骨偏斜、MCP和PIP关节的伸展过度或屈曲过度、肘的屈曲挛缩、及腕骨和趾的半脱位。RA受试者可能对DMARD有抗性，即DMARD在治疗症状方面无效或不是完全有效。另外，依照本发明的疗法的候选者包括那些由于毒性或疗效不足已经发生对于先前的或当前的使用TNF抑制剂诸如依那西普、英夫利昔单抗和/或阿达木单抗的治疗响应不足的受试者(例如，依那西普3个月、25毫克、每周两次或者英夫利昔单抗以3mg/kg输液至少4次)。RA包括例如幼发型(juvenile-onset)RA、幼年型特发性关节炎(juvenile idiopathic arthritis)(JIA)、或幼年型(juvenile RA)(JRA)。
患有“活跃的类风湿性关节炎”的患者指患有活跃的且非潜伏的RA症状的患者。患有“早期的活跃的类风湿性关节炎”的受试者指那些活跃的RA依照关于RA分类的修正的1987 ACR标准确诊至少8周但不长于4年的受试者。患有“早期的类风湿性关节炎”的受试者指那些RA依照关于RA分类的修正的1987ACR标准确诊至少8周但不长于4年的受试者。
患有“初期的RA”的患者患有未完全达到确诊RA的ACR标准的早期多关节炎，并且存在RA特异性预后生物标志物，诸如抗CCP和SE。他们包括如下的具有阳性抗CCP的患者，所述患者呈现多关节炎，但是尚未确诊RA，而且处于发展形成真正的ACR标准RA的高风险(95％概率)。
“关节损伤”以最广义使用，指一个或多个关节的任何部分的损伤或者部分或完全的破坏，包括结缔组织和软骨，其中损伤包括任何原因的结构和/或功能的损伤，而且可能引起或不引起关节疼痛/关节痛。它包括，但不限于，与炎性关节病以及非炎性关节病有关的或由其引起的关节损伤。此损伤可以是由任何疾患引起的，诸如自身免疫病，尤其是关节炎，且最尤其是RA。例示性的此类疾患包括急性和慢性关节炎、RA包括幼发型RA、幼年型特发性关节炎(JIA)、或幼年型RA(JRA)、和阶段诸如类风湿性滑膜炎、痛风或痛风性关节炎、急性免疫学关节炎、慢性炎性关节炎、退化性关节炎、II型胶原诱发的关节炎、感染性关节炎、脓毒性关节炎、莱姆关节炎、增生性关节炎、银屑病关节炎、斯提耳氏病、脊椎关节炎、骨关节炎、慢性渐进性关节炎(arthritis chronica progrediente)、变形性关节炎(arthritis deformans)、慢性原发性多关节炎(polyarthritis chronica primaria)、反应性关节炎、绝经期关节炎、雌激素衰竭性关节炎、和强直性脊柱炎/类风湿性脊椎炎)、RA以外的风湿性自身免疫病、和RA继发的重大系统性累及疾病(包括但不限于血管炎、肺纤维化或费耳提氏综合征(Felty’s syndrome))。为本文目的，关节指(脊椎动物，诸如动物)骨骼各组件与包围和支持它的各部分之间的接触点，包括但不限于例如髋、脊柱的椎骨之间的关节、脊柱与骨盆之间的关节(骶髂关节)、腱和韧带附着于骨处的关节、肋骨与脊柱之间的关节、肩、膝、足、肘、手、指、踝和趾，尤其是手和足中的关节。
对受试者的“治疗”在本文中指治疗性处理和预防性或防范性措施二者。那些需要治疗的受试者包括那些已经患有RA或关节损伤的受试者以及需要预防RA或关节损伤或RA或关节损伤进展的受试者。因此，受试者可以是已经诊断为具有RA或关节损伤或者可以是倾向于或易感于RA或关节损伤，或者可以是具有RA或关节损伤，其有可能在不进行治疗的情况中进展。若RA或关节损伤得到缓解或治愈，或者RA或关节损伤(包括其体征和症状)和结构损伤的进展停止或者与给药之前受试者的状况相比减缓，则该治疗是成功的。成功的治疗还包括完全或部分防止RA或关节损伤的发生/发展。为本文目的，减缓或减轻RA或关节损伤或RA或关节损伤进展等同于阻滞、降低、或逆转RA或关节损伤。
如本文中所使用的，术语“患者”指想要治疗的任何单一动物，更优选哺乳动物(包括人和非人动物，诸如例如犬、猫、马、家兔、动物园动物、牛、猪、绵羊、和非人灵长类)。最优选的是，本文中的患者是人。
“受试者”在本文中指任何单一人类受试者，包括适于接受治疗的患者，他正经受或者已经经受RA或关节损伤的一种或多种体征、症状、或其它指标，无论例如是新近确诊的或者以前确诊的且现在正经受复发，或者有RA或关节损伤风险，不管其原因。意图包括作为受试者的是参与临床研究试验且未显示疾病的任何临床体征的任何受试者，或参与流行病学研究的受试者，或曾经用作对照的受试者。所述受试者可以先前用针对RA或关节损伤的药物(包括B细胞拮抗剂)治疗过，或者没有这样治疗过。受试者可以是在开始本文中的治疗时未用过所用第二药物的，即该受试者在“基线”(即在本文中治疗方法中施用第一剂拮抗剂之前的一个设定点，诸如开始治疗之前筛选受试者的日子)时可以没有用例如免疫抑制剂诸如MTX治疗过。这样的“未接触(药物)”受试者一般认为是用所述第二药物进行治疗的候选人。
“临床改善”指防止RA或关节损伤的进一步进展或者RA或关节损伤因治疗所致的任何改善，其根据各种测试(包括放射照相术检查)来确定。如此，临床改善可以是例如通过评估触痛的或肿胀的关节数目、实施银屑病评估严重性指数、实施受试者综合临床评估、评估红细胞沉降率、或评估C-反应蛋白水平的量而确定的。
为本文目的，如果他/她没有RA或活跃的关节损伤的症状，诸如那些可通过本文所披露的方法来检测的，而且根据基线时的或治疗期间某一时间点的评估RA或关节损伤没有进展，那么该受试者处于“消退”中。那些没有处在消退中的受试者包括例如那些经受RA或关节损伤恶化或进展的受试者。经受症状的重现，包括活跃的RA或关节损伤的此类受试者指那些具有“复发”的受试者。
RA或关节损伤的“症状”指受试者经受的结构、功能、或感觉中的任何病态现象或偏离正常的现象，其指示RA或关节损伤，诸如那些上面所列的，包括关节触痛或关节肿胀。
表述“有效量”指药物有效治疗RA或关节损伤的量。这会包括根据例如放射照相术或其它检查的测定有效实现与施用该量之前的基线相比RA或关节损伤减轻的量。有效量的第二药物不仅可以有助于与本文中的拮抗剂一起治疗RA或关节损伤，而且还可以有助于治疗不良效应，包括副作用或症状或伴随RA或关节损伤的其它疾患，包括伴随的或潜在的疾病或病症。
“改良Sharp总分”指使用Genant，Am.J.Med.，30：35-47(1983)改良的依照Sharp的方法评估放射照片得到的分值。主要评估为来自筛选的Sharp-Genant总分的变化。Sharp-Genant得分综合了手和足的侵蚀得分和关节腔变窄得分。关节损伤是在这些测试中测量的，其通过均值变化小于基线(患者在第一次施用拮抗剂之前进行筛选或检验的时间)时的得分来评分。
“化疗剂”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的例子包括烷化剂类(alkylating agents)，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)
Figure G2008800186037D00801
磺酸烷基酯类(alkyl sulfonates)，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodepa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedepa)和乌瑞替派(uredepa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)、三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、雷莫司汀(ranimustine)；抗生素类，诸如阿克拉霉素(aclacinomycin)、放线菌素(actinomycin)、氨茴霉素(anthramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、calicheamicin、carabicin、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素类(mitomycins)、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如MTX和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、MTX、蝶酰三谷氨酸(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤(mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、双脱氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)、5-FU；雄激素类，诸如卡鲁睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、表硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(folinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defosfamide)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidamine)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamol)；二胺硝吖啶(nitracrine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；
Figure G2008800186037D00811
雷佐生(razoxane)；西索菲兰(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2，2′，2″-三氯三乙胺；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；环磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇类(taxoids)，例如紫杉醇(paclitaxel)(
Figure G2008800186037D00821
Bristol-Myers Squibb Oncology，Princeton，NJ)和多西他塞(doxetaxel)(
Figure G2008800186037D00822
Figure G2008800186037D00823
-Poulenc Rorer，Antony，France)；苯丁酸氮芥(chlorambucil)；吉西他滨(gemcitabine)；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；铂类似物，诸如顺铂(cisplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)；铂；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；丝裂霉素(mitomycin)C；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；长春瑞滨(vinorelbine)；诺维本(navelbine)；能灭瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；希罗达(xeloda)；伊本膦酸盐(ibandronate)；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DFMO)；视黄酸(retinoic acid)；esperamicins；卡培他滨(capecitabine)；及任何上述物质的药学可接受盐、酸或衍生物。
术语“免疫抑制剂”在本文中用于辅助疗法时指起抑制或掩盖本文中所治疗哺乳动物的免疫系统作用的物质。这将包括抑制细胞因子生成、下调或抑制自身抗原表达、或掩盖MHC抗原的物质。此类药剂的例子包括2-氨基-6-芳基-5-取代的嘧啶类(见US 4,665,077)；非类固醇抗炎药类(NSAID)；更昔洛韦(ganciclovir)、他克莫司(tacrolimus)、糖皮质激素类诸如皮质醇(cortisol)或醛甾酮(aldosterone)、抗炎剂类诸如环加氧酶抑制剂、5-脂加氧酶抑制剂或白三烯受体拮抗剂；嘌呤拮抗剂类，诸如硫唑嘌呤(azathioprine)或霉酚酸吗乙酯(mycophenolate mofetil，MMF)；烷化剂类，诸如环磷酰胺(cyclophosphamide)、溴隐亭(bromocryptine)、达那唑(danazol)、氨苯砜(dapsone)、戊二醛(它掩盖MHC抗原，如US 4,120,649中所记载的)；MHC抗原和MHC片段的抗独特型抗体；环孢霉素A；类固醇类，诸如皮质类固醇或糖皮质类固醇或糖皮质激素类似物，例如泼尼松(prednisone)、甲泼尼龙(methylprednisolone)包括SOLU-
Figure G2008800186037D00824
甲泼尼龙琥珀酸钠、和地塞米松(dexamethasone)；二氢叶酸还原酶抑制剂类，诸如MTX(口服或皮下)；抗疟剂类，诸如氯喹(chloroquine)和羟氯喹(hydroxycloroquine)；柳氮磺吡啶(sulfasalazine)；来氟米特(leflunomide)；细胞因子拮抗剂诸如细胞因子抗体或细胞因子受体抗体，包括抗干扰素-α、-β或-γ抗体，抗TNF-α抗体(英夫利昔单抗(infliximab)
Figure G2008800186037D00825
或阿达木单抗(adalimumab))，抗TNF-α免疫粘附素(依那西普(etanercept))，抗TNF-β抗体，抗白介素-2(IL-2)抗体和抗IL-2受体抗体，和抗IL-6受体抗体和拮抗剂(诸如ACTEMRATM(tocilizumab)；还可参见WO 2004/096273)；抗LFA-1抗体，包括抗CD11a和抗CD18抗体；抗L3T4抗体；异源抗淋巴细胞球蛋白；泛(pan)T抗体，优选抗CD3或抗CD4/CD4a抗体；包含LFA-3结合域的可溶性肽(WO 90/08187)；链激酶；转化生长因子-β(TGF-β)；链道酶；来自宿主的RNA或DNA；FK506；RS-61443；苯丁酸氮芥(chlorambucil)；脱氧精胍菌素(deoxyspergualin)；雷帕霉素(rapamycin)；T细胞受体(US 5,114,721)；T细胞受体片段(Offner et al.，Science 251：430-432(1991)；WO 90/11294；Janeway，Nature，341：482-483(1989)；WO 91/01133)；BAFF拮抗剂，诸如抗BAFF抗体和抗BR3抗体和zTNF4拮抗剂(综述参见Mackay and Mackay，Trends Immunol.23：113-115(2002))；干扰T辅助细胞信号的生物制剂，诸如抗CD40受体或抗CD40配体(CD154)，包括CD40-CD40配体的阻断性抗体(例如Durie et al.，Science，261：1328-1330(1993)；Mohan et al.，J.Immunol.，154：1470-1480(1995))和CTLA4-Ig(Finck et al.，Science，265：1225-1227(1994))；及T细胞受体抗体(EP340,109)，诸如T10B9。本文中的有些免疫抑制剂还是DMARD，诸如MTX。本文中优选的免疫抑制剂的例子包括环磷酰胺、苯丁酸氮芥、硫唑嘌呤、来氟米特、MMF、或MTX。
术语“细胞因子”是由一种细胞群释放，作为细胞间介质作用于另一细胞的蛋白质的通称。此类细胞因子的例子有淋巴因子、单核因子；白介素，诸如IL-1、IL-1α、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-11、IL-12、IL-15，包括rIL-2；TNF，诸如TNF-α或TNF-β；及其它多肽因子，包括LIF和kit配体(KL)。在用于本文时，术语细胞因子包括来自天然来源或来自重组细胞培养物的蛋白质及天然序列细胞因子的生物学活性等效物，包括通过人工合成产生的小分子实体，及其药剂学可接受的衍生物和盐。“细胞因子拮抗剂”指通过任何机制抑制或拮抗此类细胞因子的分子，包括例如细胞因子的抗体、细胞因子受体的抗体、和免疫粘附素。
术语“整联蛋白”指容许细胞结合和应答胞外基质且涉及多种细胞功能诸如伤口愈合、细胞分化、肿瘤细胞归巢、和凋亡的受体蛋白质。它们是牵涉细胞-胞外基质和细胞-细胞相互作用的细胞粘附受体大家族的一部分。功能性整联蛋白由非共价结合的两个跨膜糖蛋白亚基组成，称为α和β。α亚基彼此都享有一定同源性，β亚基也是如此。所述受体总是包含一条α链和一条β链。例子包括α6β1、α3β1、α7β1、α4链(诸如α4β1)、β7链(诸如α4β7和/或αEβ7的β7整联蛋白亚基)、LFA-1等。在用于本文时，术语“整联蛋白”包括来自天然来源或来自重组细胞培养物的蛋白质和天然序列整联蛋白的生物学活性等效物，包括通过人工合成产生的小分子实体，及其药剂学可接受的衍生物和盐。
“整联蛋白拮抗剂”指通过任何机制来抑制或拮抗此类整联蛋白的分子，包括例如针对整联蛋白的抗体。本文中“整联蛋白拮抗剂或抗体”的例子包括LFA-1抗体，诸如可以从Genentech购买的efalizumab
Figure G2008800186037D00841
或其它CD11/11a和CD18抗体，或α4整联蛋白抗体，诸如可以从Biogen-IDEC购买的natalizumab或二氮杂环苯丙氨酸衍生物(WO 2003/89410)、苯丙氨酸衍生物(WO 2003/70709、WO 2002/28830、WO 2002/16329和WO2003/53926)、苯基丙酸衍生物(WO 2003/10135)、烯胺衍生物(WO2001/79173)、丙酸衍生物(WO 2000/37444)、链烷酸衍生物(WO 2000/32575)、取代苯基衍生物(US 6,677,339和6,348,463)、芳香胺衍生物(US 6,369,229)、ADAM解联蛋白结构域多肽(US 2002/0042368)、αvβ3整联蛋白的抗体(EP633945)、抗β7抗体诸如rhuMAbβ7(US 2006/0093601)和MLN-02(MillenniumPharmaceuticals)、抗α4抗体诸如
Figure G2008800186037D00843
(Biogen-IDEC-Elan)、T0047(GSK/Tanabe)、CDP-323(口服)(UCB)、氮桥二环氨基酸衍生物(WO2002/02556)、等。
为本发明目的，“肿瘤坏死因子α”或“TNF-α”指包含如Pennica et al.，Nature 312：721(1984)或Aggarwal et al.，JBC 260：2345(1985)中所记载的氨基酸序列的人TNF-α分子。“TNF-α抑制剂”在本文中指在一定程度上抑制TNF-α的生物学功能的药剂，一般通过结合TNF-α并中和其活性。本文中的TNF抑制剂的例子包括抗体和免疫粘附素，诸如依那西普(etanercept)
Figure G2008800186037D00844
英夫利昔单抗(infliximab)
Figure G2008800186037D00845
和阿达木单抗(adalimumab)(HUMIRATM)。
“缓解病情的抗风湿药”或“DMARD”的例子包括羟氯喹(hydroxycloroquine)、柳氮磺吡啶(sulfasalazine)、MTX、来氟米特(leflunomide)、依那西普(etanercept)、英夫利昔单抗(infliximab)(任选与口服或皮下MTX一起)、硫唑嘌呤(azathioprine)、D-青霉胺、金盐(口服)、金盐(肌肉内)、米诺环素(minocycline)、环孢霉素(cyclosporine)包括环孢霉素A和表面环孢霉素、葡萄球菌蛋白A(Goodyear and Silverman，J.Exp.Med.197(9)：1125-1139(2003))，包括其盐和衍生物，等。本文中优选的DMARD是MTX。
“非类固醇抗炎药”或“NSAID”的例子包括阿司匹林(aspirin)、乙酰水杨酸(acetylsalicylic acid)、布洛芬(ibuprofen)、萘普生(naproxen)、吲哚美辛(indomethacin)、舒林酸(sulindac)、托美丁(tolmetin)、COX-2抑制剂诸如塞来考昔(celecoxib)(
Figure G2008800186037D00851
4-(5-(4-甲苯基)-3-(三氟甲基)-1H-吡唑-1-基)苯磺酰胺和伐地考昔(valdecoxib)
Figure G2008800186037D00852
及美洛昔康(meloxicam)
Figure G2008800186037D00853
包括其盐和衍生物，等。优选的是，它们是阿司匹林、萘普生、布洛芬、吲哚美辛或托美丁。
“皮质类固醇”指具有类固醇的一般化学结构，模拟或提升天然存在皮质类固醇的效果的数种合成的或天然存在的物质中的任一种。合成的皮质类固醇的例子包括泼尼松(prednisone)、泼尼松龙(prednisolone)(包括甲泼尼龙(methylprednisolone)，诸如SOLU-
Figure G2008800186037D00854
甲泼尼龙琥珀酸钠)、地塞米松(dexamethasone)或地塞米松曲安西龙(dexamethasone triamcinolone)、氢化可的松(hydrocortisone)和倍他米松(betamethasone)。本文中优选的皮质类固醇是泼尼松、甲泼尼龙、氢化可的松或地塞米松。
“药物”指用以治疗RA或关节损伤或者RA或关节损伤的体征或症状或副作用的活性药剂。
术语“药物配制剂”指其形式容许药物的生物学活性是有效的，且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的无菌制备物。
“无菌”配制剂是无菌的或不含所有活的微生物及其孢子。
“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品或药物的商业包装中的说明书，它们包含有关涉及此类治疗用产品或药物应用的适应征、用法、剂量、施用、禁忌症、与该包装产品联合的其它治疗用产品和/或警告等的信息。
“试剂盒”指包含至少一种试剂(例如用于治疗RA或关节损伤的药物，或用于特异性检测本发明的生物标志物基因或蛋白的探针)的任何制品(例如包装或容器)。所述制品优选以用于实施本发明方法的单位来宣传、分发、或销售。
“目标受众(target audience)”指接受如通过推销或做广告(尤其为了特定用途、治疗、或适应症)进行的特定药物宣传或意图进行的特定药物宣传的人群或机构，诸如患者个体；患者群体；报纸、医学文献、和杂志读者；电视或因特网观众；无线电或因特网听众；内科医生；药品公司；等。
术语“样品”一般应当指自个体、体液、身体组织、细胞系、组织培养物、或其它来源得到的任何生物学样品。体液指例如淋巴、血清、新鲜的全血、外周血单个核细胞、冷冻的全血、血浆(包括新鲜的或冷冻的)、尿液、唾液、精液、滑液、和脊髓炎。样品还包括滑膜组织、皮肤、毛囊、和骨髓。用于自哺乳动物获取组织活检和体液的方法是本领域公知的。如果术语“样品”是单独使用的，那么它仍应当意味着该“样品”是“生物学样品”，即这些术语可互换使用。
“遗传样品”指含有遗传物质(诸如核酸，尤其是DNA)的样品。典型的是，遗传样品可以通过常规手段自样品提取，并分析多态性和等位基因以测定生物标志物的存在或表达。遗传样品包括血清和其它体液，以及组织和细胞。
如本申请中所使用的，术语“生物标志物”一般指基于DNA、RNA、蛋白质、碳水化合物、或糖脂的生物标志物，它们在受试者样品中的表达或存在可通过标准方法(或本文中所公开的方法)来检测，而且预示患有RA的哺乳动物受试者对B细胞拮抗剂的有效响应性和敏感性。本发明所涵盖的此类生物标志物包括但不限于PTPN22 R620W SNP或SE、或二者。它们还可以包括抗CCP和RF和其它生物标志物。术语“标志物”和“生物标志物”在本文中可互换使用。
如本文中所使用的，“共享表位”或“SE”或“类风湿表位”指由针对RA的素因中的HLA-DRB1*0401、*0404/0408、*0405、*0409、*0410、*0413、*0416、*0101、*0102、*0104、*1001、*1402、和*1406等位基因编码的HLA-DRB1链的第三高变区残基70-74中的序列基序。具体而言，该序列基序的特征在于第三高变区(其涵盖主要组织相容性复合物II类分子的HLA-DRB1链的氨基酸残基70-74)中的氨基酸编码序列QKRAA(SEQ IDNO：26)或QRRAA(SEQ ID NO：27)或RRRAA(SEQ ID NO：28)。因为DNA分型检验位于给定基因座处的等位基因，所以基因座的名称位于特定等位基因的称谓之前(两个术语以星号分开)；例如，HLA-DRB1*0401指HLA-DRB1基因座的0401等位基因。一种具体的HLA-DR特异性由数种HLA-DRB1等位基因连同HLA-DRA1基因座的产物来编码；例如，超过11种HLA-DRB1等位基因(HLA-DRB1*0401至*0411)能编码HLA-DR4特异性的β链。为了本文目的，对用B细胞拮抗剂进行的RA治疗的响应性与具有对于SE而言为纯合的或杂合的等位基因的患者中这种遗传生物标志物的发生或存在正相关。
如本文中所使用的，“PTPN22 R620W单核苷酸多态性”或“PTPN22R620W SNP”指位于PTPN22氨基酸序列第620位处的变异，其中PTPN22是一种具有单个酪氨酸磷酸酶催化域的、约105kD的胞内蛋白质。此等位基因变异将精氨酸变成色氨酸，这引起相应编码基因中相应多核苷酸第1858位CT变异成TT。如本文中所使用的，“PTPN22 CT/TT基因型”指该遗传变异。为本文目的，对用B细胞拮抗剂进行的RA治疗的响应性与具有对于PTPN22CT/TT基因型而言为纯合的或杂合的等位基因的患者中这种遗传生物标志物的发生或存在正连锁。
“类风湿因子”或“RF”指一种针对另一免疫球蛋白Fc部分的免疫球蛋白，常用作用于RA诊断的血液检验。它能在关节腔内自聚集成格样形式以提供炎症细胞能附着到上面并起作用的表面。与RF阴性的RA患者相比，具有高滴度RF的RA患者(大约80％的患者)具有更具攻击性的疾病，更差的长期结果和升高的死亡率。
“抗环状瓜氨酸化肽”或“CCP”抗体指针对其中精氨酸已经被翻译后修饰而变成瓜氨酸的肽的抗体。这些自身抗体与RA强烈相关，但是可能代表RA的不同临床亚型。
动词“测定”/“确定”和“评估”应当具有相同的含义，而且在整篇申请中可互换使用。
与RA患者或关节损伤患者升高的临床受益有关的“表达水平”指生物学样品中可检测的水平。这些可通过本领域熟练专家知道的且本发明中公开的方法来测量。所评估的生物标志物的表达水平或量可用于测定对治疗的响应。
如本文中所使用的，“血清阳性”指对以血清进行的检验显示阳性反应，如血液样品中某些自身抗体或生物标志物的存在所指示的。
患者对B细胞拮抗剂治疗的“有效响应”(effective response)或患者对B细胞拮抗剂治疗的“响应性”(responsiveness)及类似用语指源自用拮抗剂(诸如抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体或BR3-Fc免疫粘附素)进行的治疗或作为该治疗的结果而给予患者(该患者有RA风险或患有RA)的临床或治疗受益。此类受益包括细胞或生物学应答、完全响应、部分响应、稳定的病情(没有进展或复发)、或源自用该拮抗剂进行的治疗或作为该治疗的结果的患者响应及稍后复发。例如，有效响应可以是用抗CD20抗体治疗的、诊断出具有本文中这两种遗传生物标志物之一或二者的患者中与类似治疗的、没有诊断出这两种生物标志物之一或二者的患者相比更高的ACR50。本文中遗传生物标志物的发生有效预示，或以高灵敏度预示此类有效响应。
当涉及受试者或患者对先前施用于他们的一种或多种药物的反应时，表述“对...没有响应”描述那些在施用此类药物后不展示出任何的或足够的病症(即他们所治疗的病症)治疗迹象，或展现出对该药物的临床不可接受的高度毒性，或在第一次使用此类药物后不维持治疗迹象的受试者或患者，其中此语境中所使用的词语“治疗”在本文中有定义。短语“没有响应”包括对那些对先前施用的药物耐药和/或不应的受试者的描述，而且包括受试者或患者在接受给予他或她的药物的同时疾病有进展的情况和受试者或患者在完成涉及他或她不再有响应的药物的治疗方案后12个月内(例如6个月内)疾病有进展的情况。如此，对一种或多种药物没有响应包括在先前的或当前的治疗后继续患有活动性疾病的受试者。例如，患者可以在用他/她没有响应的药物治疗约1-3个月后具有活跃的疾病活动。此类响应性可以由治疗所讨论病症的本领域技术人员临床医师来评估。
就对药物没有响应而言，因先前的或当前的一种或多种药物的治疗而经历“临床上不可接受的高水平毒性”的受试者经历一种或多种与该药物有关的、有经验的临床医师认为是重大的负面副作用或不良事件，诸如例如严重感染、充血性心力衰竭、脱髓鞘(引起MS)、显著的超敏感性、神经病理性事件、高度的自身免疫、癌症(诸如子宫内膜癌、非何杰金氏淋巴瘤、乳腺癌、前列腺癌、肺癌、卵巢癌、或黑素瘤)、结核病(TB)、等。
“降低负面副作用的风险”指将源自本文中拮抗剂治疗的副作用的风险降低至比源自用先前施用的药物治疗同一患者或另一患者所观察到的风险要低的程度。此类副作用包括上文关于毒性所列出的副作用，而且优选是感染、癌症、心力衰竭、或脱髓鞘。
在本文中使用时，词语“可检测标记物”指直接地或间接地偶联或融合至诸如核酸探针或抗体等试剂且便于检测与其偶联或融合的试剂的化合物或组合物。标记物可以是自身就可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)，或者在酶标记物的情况中，可催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。该术语意图涵盖通过将可检测物质偶联(即物理连接)至探针或抗体进行的对探针或抗体的直接标记，以及通过与直接标记的另一试剂的反应性而进行的对探针或抗体的间接标记。间接标记的例子包括用荧光标记的二抗检测一抗，和用生物素末端标记DNA探针使得它能用荧光标记的链霉亲合素来检测。
术语“表达的水平”或“表达水平”可互换使用，一般指生物学样品中多核苷酸或氨基酸产物或蛋白质的量。“表达”一般指基因所编码的信息转换成细胞中存在的和运行的结构的过程。因此，依照本发明，基因的“表达”可以指转录成多核苷酸、翻译成蛋白质、或甚至蛋白质的翻译后修饰。转录得到的多核苷酸的、翻译得到的蛋白质的、或翻译后修饰得到的蛋白质的片段也应视为表达的，无论它们是源自通过可变剪接生成的转录物或经过降解的转录物，或者是源自蛋白质的翻译后加工(例如通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录成多核苷酸(像mRNA)、然后翻译成蛋白质的基因，还有转录成RNA但不翻译成蛋白质的基因(例如转运RNA或核糖体RNA)。
如本文中所使用的，术语“协变量”指与患者有关的某些变量或信息。常常在消退模型中考虑临床终点，其中终点代表独立因变量，而生物标志物代表主要或目标自变量(回归量)。如果考虑来自临床数据池的其它变量，那么将它们表示为(临床)协变量。
术语“临床协变量”本文中用于描述关于患者的所有临床信息，这一般在基线是可得的。这些临床协变量包括人口统计信息(像性别、年龄、等)、其它病历(anamnestic)信息、并发的疾病、伴随的疗法、体检的结果、得到的公用实验室参数、RA或关节损伤的已知特性、量化RA疾病程度的信息、临床表现得分(像ECOG或Karnofsky指数)、临床疾病分期、预治疗的时机和结果、疾病史、以及可能与对治疗的临床响应有关的所有类似信息。
如本文中所使用的，术语“原始分析”(raw analysis)或“未调整的分析”(unadjusted analysis)指如下的回归分析，其中在所考虑的生物标志物之外，在该回归模型中不使用别的临床协变量，无论是作为独立因素还是作为分层协变量(stratifying covariate。
如本文中所使用的，术语“经过协变量调整的”指如下的回归分析，其中在所考虑的生物标志物之外，在该回归模型中使用别的临床协变量，或是作为独立因素或是作为分层协变量。
如本文中所使用的，术语“单变量(univariate)”指如下的回归模型或图示法，其中作为自变量，只有一项目标生物标志物是该模型的一部分。可以在有和没有别的临床协变量的情况中考虑这些单变量模型。
如本文中所使用的，术语“多变量”指如下的回归模型或图示法，其中作为自变量，超过一项目标生物标志物是该模型的一部分。可以在有和没有别的临床协变量的情况中考虑这些多变量模型。
B.实施本发明的方式
本发明提供了用于鉴定如下患者的方法，该患者的RA或关节损伤有可能对B细胞拮抗剂疗法有响应。该方法在提高对RA或关节损伤患者给药B细胞拮抗剂后有效的可能性等方面是有用的。
本文中公开的方法和测定法致力于检验生物学样品中一种或两种遗传生物标志物的表达，其中该表达的测定预示或指示该样品是否会对B细胞拮抗剂诸如抗体或免疫粘附素敏感。
所公开的方法和测定法提供了方便的、有效的、和可能划算的手段以获得在评估用于治疗患者的适宜或有效疗法中有用的数据和信息。例如，已经确诊患有RA的患者可提供血液样品或滑液，而且可经由多种体外测定法检验该样品以确定该患者的细胞是否会对作为B细胞拮抗剂的治疗剂(诸如抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体)敏感。
I.诊断学
本发明提供了用于预测样品对B细胞拮抗剂的敏感性的方法。所述方法可以以多种测定法形式来进行，包括检测遗传或蛋白质表达的测定法(诸如PCR和酶免疫测定法)和检测适宜活性的生物化学测定法。样品中此类生物标志物的表达或存在的确定预示提供该样品的患者会对B细胞拮抗剂的生物学效应敏感。本文中的发明在于，本文中SNP或SE或二者在来自RA患者的样品中的表达会指示该患者会在用B细胞拮抗剂处理后展现比没有此类基因表达的、类似情况的患者更好的功效。
在一个方面，本发明提供了确定RA患者是否会对B细胞拮抗剂治疗产生有效响应的方法，包括评估来自所述患者的样品中作为生物标志物的PTPN22 R620W SNP和/或SE的遗传表达。另外，该方法任选还包括评估来自所述患者的样品中其它生物标志物，包括生物标志物抗CCP和RF其中之一或二者的血清阳性。单独的或与其它生物标志物(诸如生物标志物抗CCP和RF其中之一或二者的血清阳性)组合的PTPN22 CT/TT基因型和/或SE的存在显示了患者会对拮抗剂治疗产生有效响应。
依照此方法，自患者获得生物学样品，并进行测定法以评估该样品中是否存在PTPN22 CT/TT基因型和/或SE。在一个优选的备选方案中，在没有任何其它生物标志物的情况中评估所述基因型和/或SE的存在。在另一个优选的备选方案中，评估其它生物标志物。例如，还可检测抗CCP抗体和RF其中之一或二者的血清阳性，并与所述遗传标志物组合用于预测对B细胞拮抗剂的有效响应。若在有或没有其它生物标志物的情况中检测到所述基因型和/或SE，则确定该患者符合接受B细胞拮抗剂治疗的条件。
在上文所述四种以外，可用于监测患者对B细胞拮抗剂治疗的有效响应的其它生物标志物包括C反应性蛋白质(CRP)、血清淀粉状蛋白A(SAA)、S100(例如S100A12)、骨桥蛋白、基质金属蛋白酶1(MMP-1)、抗无半乳糖基IgG抗体(CARF)、MMP-1的前体形式诸如pro-MMP、基质金属蛋白酶3(MMP-3)、HA、sCD14、抗核自身抗体(ANA)、抗双链DNA抗体、针对可提取核抗原(ENA)的抗体、抗嗜中性粒细胞胞质自身抗体(ANCA)、抗角蛋白抗体(AKA)、抗中间丝相关蛋白抗体(AFA)、血管发生标志物、及骨、软骨或滑膜代谢的产物。另外，细胞因子可作为生物标志物，诸如例如IFN-γ、IL-1β、TNF-α、G-CSF、GM-CSF、IL-6、IL-4、IL-10、IL-13、IL-5、CCL4/MIP-1β、IL-7、IL-2、GM-CSF、G-CSF、CCL2/MCP-1、EGF、VEGF、CXCL8/IL-8、IL-12、IL-17、以及红细胞沉积率和关节计数(与重度RA组相比)。
预期评估SE和/或基因型的一种或两种标志物的表达水平(不需要更多)就能提供关于患者对B细胞拮抗剂的敏感性水平的精确预测。
医学领域(特别是关于诊断测试和治疗剂治疗的应用的)技术人员会认识到，生物学系统有些易变，而且并非总是全然可预测的，而且因此许多好的诊断测试或治疗剂偶尔无效。如此，最终由主治医师的判断来为患者个体决定最适宜的治疗过程，这基于测试结果、患者状况和历史、及主治医师自己的经验来做出。例如，甚至会有这样的情况，即使根据来自诊断测试的或来自其它标准的数据，没有预测出患者会对B细胞拮抗剂特别敏感，内科医师也会选择用B细胞拮抗剂来治疗患者，特别是如果所有或大多数其它明显的治疗选项已经失败，或者如果在与另一种治疗一起给予时预见有一些协同性。例如抗CD20抗体，作为一类药物，与RA治疗中所使用的更加传统的免疫抑制剂相比得到相对较好的耐受的事实使之成为更加可行的选项。
另外，本发明还提供了别的方法，其中实施患者样品中生物标志物的表达水平连同SE和/或SNP基因型的同时评估。在这些方法的优选实施方案中，由于表达水平被评估的标志物的数目，假预测的可能性降低。
这两种生物标志物(PTPN22 R620W SNP基因型和SE))其中之一的存在，或这两种生物标志物的同时存在等同于对B细胞拮抗剂治疗的高敏感性。在这种方法的一个优选实施方案中，所述生物标志物包括SE和/或基因型，以及抗CCP和/或RF，其中SE和/或基因型的存在连同抗CCP和RF其中一种或多种的血清阳性指示患者对B细胞拮抗剂治疗的高敏感性。这是一个矩阵，其可涉及基因型、基因型加RF、基因型加抗CCP、基因型加RF和抗CCP、SE、SE加RF、SE加抗CCP、SE加RF加抗CCP、基因型加SF、基因型加SE加RF、基因型加SE加抗CCP、和基因型加SE加RF加抗CCP。另外，可以与此矩阵联合使用上文所述其它生物标志物。一个优选的组合是SE和RF。另一个优选的组合是基因型加抗CCP。
本发明进一步提供了测定RA患者会显示来自B细胞拮抗剂治疗的相对较长的无症状受益的可能性的方法。这包括测定来自患者的遗传样品中基因型和/或SE的水平，和(任选地)患者样品中的其它生物标志物，诸如RF和/或抗CCP血清阳性，其中基因型和/或SE的水平，和其它任选的标志物例如抗CCP和/或RF血清阳性(如果评估的话)指示RA患者会显示来自B细胞拮抗剂治疗的相对较长的无症状受益。
本发明还提供了通过生化标志物在体外评估RA患者对B细胞拮抗剂的响应的方法，包括测量样品中至少PTNP22 R620W SNP的多态性或SE的存在、或SNP和SE二者。在一个优选的实施方案中，采用至少一种选自下组的别的标志物：C-反应性蛋白质(CRP)、白介素和其它细胞因子诸如IL-6、血清淀粉状蛋白A、钙结合蛋白S100、骨桥蛋白、抗CCP、RF、基质降解酶1、胶原酶、透明质酸(HA)、CD-14、MMP-1、MMP-3、和血管发生标志物。
在一个优选的实施方案中，本发明涉及用于通过评估样品中至少PTNP22 R620W SNP的多态性或SE的存在、或SNP和SE二者来改善关于RA患者(与健康对照相比)对B细胞拮抗剂治疗的响应的预测的方法。与基于单独的或组合的抗CCP或RF的归类相比，该结果将更多的患者正确归为对B细胞拮抗剂有响应的。
在另一个实施方案中，本发明涉及用于测定RA受试者对B细胞拮抗剂的敏感性的方法，包括以下步骤：获取遗传样品，并检验该样品以检测PTNP22R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者的表达，其中SNP或SE或二者的表达预示该受试者对B细胞拮抗剂的RA受益活性(诸如B细胞消减活性)是敏感的。
本发明进一步提供了鉴定其表达水平预示特定RA患者对B细胞拮抗剂的有效响应性的生物标志物的方法。这包括：(a)测量展示出一系列对B细胞拮抗剂的敏感性的一组细胞中候选生物标志物的表达水平，并(b)鉴定所述细胞中候选生物标志物的表达水平、血清阳性、或存在与RA患者对B细胞拮抗剂的敏感性(即有效响应性)之间的相关性，其中所述相关性指示所述生物标志物的表达水平、血清阳性、或存在预示患者对B细胞拮抗剂治疗的响应性。在这种方法的一个实施方案中，所述那组细胞是自衍生自患者或实验动物模型的样品制备的一组RA样品。在另一个实施方案中，所述那组细胞是小鼠异种移植物中的一组细胞系，其中响应可通过例如监测响应的分子标志物(例如ACR20)来测定。优选的是，所述生物标志物是遗传的，而且分析的是它的表达水平。
本发明还提供了鉴定能诊断出B细胞拮抗剂对RA的治疗更加有效的生物标志物的方法，包括：(a)测量来自RA患者的样品中候选生物标志物的水平，并(b)鉴定来自患者的样品中候选生物标志物的表达水平、血清阳性、或存在与B细胞拮抗剂对RA的治疗功效之间的相关性，其中所述相关性指示该生物标志物能诊断出B细胞拮抗剂对RA的治疗更加有效。优选的是，所述生物标志物是遗传的(genetic)，而且分析的是它的表达。
在另一个方面，本发明提供了鉴定能诊断出用B细胞拮抗剂治疗时RA患者的延长的无症状状态的生物标志物的方法，包括：(a)测量来自RA患者的样品中候选生物标志物的水平，并(b)鉴定来自患者的样品中候选生物标志物的表达水平、血清阳性、或存在与用B细胞拮抗剂治疗时该患者的延长的无症状状态之间的相关性，其中患者中生物标志物与延长的无症状状态之间的相关性指明该生物标志物能诊断出用B细胞拮抗剂治疗时RA患者的延长的无症状状态。
在本文中描述的所有方法中，样品取自怀疑患有或确诊患有RA，因而有可能需要治疗的患者。为了评估标志物表达，可以在本发明的方法中使用患者遗传样品，诸如那些包含细胞、或由这些细胞生成的蛋白质或核酸的。在本发明的方法中，可通过例如自样品提取核酸并对该核酸实施遗传分析诸如PCR以测定基因型和SE表达来测定遗传生物标志物的水平。可评估其它生物标志物，通过它们在样品中(优选在含有可检测水平的生物标志物的体液或分泌物中)的量(例如绝对量或浓度)来进行。
可用作本发明方法中的样品(包括遗传样品)的体液和分泌物包括例如血液、尿液、唾液、粪便、胸膜液、淋巴液、痰、腹水、前列腺液、脑脊液(CSF)、或任何其它身体分泌物或其衍生物。词语“血液”意图包括全血、血浆、血清、或任何血液衍生物。在侵入性取样方法不适宜或不方便的情况中，在不用侵入性技术的情况中获得的体液或分泌物中生物标志物的评估有时可以是优选的。然而，本文中要测试的样品优选是血液、滑膜组织、或滑液，最优选血液。
所述样品可以是冷冻的、新鲜的、固定的(例如福尔马林固定的)、离心的、和/或包埋的(例如石蜡包埋的)、等。当然，细胞样品可以在评估样品中标志物的量之前进行多种公知的收集后准备和保存技术(例如核酸和/或蛋白质提取、固定、保存、冷冻、超滤、浓缩、蒸发、离心、等)。同样，活检物也可进行收集后准备和保存技术，例如固定。
若在样品中发现存在基因型(SNP)和/或SE(单独的或与其它生物标志物(诸如例如抗CCP和/或RF的血清阳性)组合的)，则得出结论，获取样品的患者是用本文中所公开的B细胞拮抗剂进行的疗法的候选者。生物标志物蛋白质和/或mRNA的水平可使用本领域技术人员公知的方法来测定。
生物标志物表达水平的测量可通过使用由合适处理器执行的软件程序来实施。合适的软件和处理器是本领域公知的，而且是可通过商业途径获得的。所述程序可以包含在软件中，而所述软件存储在实体介质上，诸如CD-ROM、软盘、硬盘驱动器、DVD、或与处理器相联的内存，但是本领域普通技术人员会容易地领会，整个程序或其部分可以由处理器以外的装置来执行，和/或以公知方式包含在固件(firmware)和/或转用硬件中。
例如，在测量本文中所鉴定的基因的表达水平、或它们的表达产物，并确定受试者有可能或不太可能对B细胞拮抗剂治疗有响应后，通常记录测定结果、发现、诊断、预测、和/或治疗建议，并通知技术人员、内科医师、和/或患者。例如在某些实施方案中，会使用电脑将此类信息通知有关当事人，诸如患者和/或主治医师。在一些实施方案中，在与通知结果或诊断的国家或管辖地区不同的国家或管辖地区中实施测定法或分析测定结果。
在一个优选的实施方案中，在完成测定和得出诊断和/或预测后尽可能快地将根据测试受试者中一种或多种本发明生物标志物的表达水平做出的诊断、预测、和/或治疗建议通知受试者。可通过受试者的主治医师将所述结果和/或相关信息通知受试者。或者，可通过任何通讯手段将所述结果直接通知测试受试者，包括书面、电子形式的通讯(诸如电子邮件)、或电话。可通过使用电脑来方便通讯，诸如在电子邮件通讯的情况中。在某些实施方案中，包含诊断测试的结果和/或根据测试得出的结论和/或根据测试得出的治疗建议的通讯可使用电信领域技术人员所熟悉的计算机硬件和软件的组合自动生成并投递至受试者。面向保健的通讯系统的一个例子记载于US 6,283,761；然而，本发明不限于利用这种特定通讯系统的方法。在本发明方法的某些实施方案中，所有或一些方法步骤(包括样品的测定、疾病的诊断、和测定结果或诊断的通讯)可以在不同的(例如外国的)管辖地区中进行。
用于检测遗传标志物(SE和多态性)的方法包括检验样品中SNP或SE的存在和/或表达的方案。使用Northern印迹、点印迹、或PCR分析、阵列杂交、RNA酶保护测定法、或DNA SNP芯片微阵列(其是商品化的，包括DNA微阵列快照)，可方便地对来自哺乳动物的组织或细胞样品测定例如遗传标志物mRNA或DNA。例如，实时PCR(RT-PCR)测定法，诸如定量PCR测定法是本领域公知的。在本发明的一个例示性实施方案中，用于检测生物学样品中的PTPN22 SNP mRNA的方法包括使用至少一种引物通过逆转录自样品生成cDNA；使用PTPN22 SNP多核苷酸作为有义和反义引物扩增如此生成的cDNA以扩增其中的PTPN22 SNP cDNA；并检测所扩增的PTPN22 SNPcDNA的存在。另外，此类方法可包括容许测定生物学样品中PTPN22 SNPmRNA水平的一个或多个步骤(例如通过同时检验“持家”基因(诸如肌动蛋白家族成员)的比较对照mRNA序列的水平)。任选的是，可测定所扩增的PTPN22 SNP cDNA的序列。
在一个具体的实施方案中，PTPN22基因1858C--＞T多态性的基因分型可通过RT-PCR技术来实施，其使用TAQMANTM 5′-等位基因区分测定法、基于限制性片段长度多态性PCR的分析、或PYROSEQUENCERTM仪器。另外，可使用US 7,175,985中列出的检测遗传变异或多态性的方法。在此方法中，利用发生杂交的3′-末端合成核酸，该3′-末端是通过互补链合成在靶核苷酸序列的特定区域上合成的，该靶核苷酸序列作为与起点在同一链上的核苷酸序列存在，该3′-末端作为下一轮互补链合成的起点。
用于PCR的探针可以用可检测标记物标记，诸如例如放射性同位素、荧光化合物、生物发光化合物、化学发光化合物、金属螯合物、或酶。此类探针和引物可用于检测样品中PTPN22 SNP或SE多核苷酸的存在，及可用作用于检测表达SE或PTPN22 SNP蛋白的细胞的手段。正如熟练技术人员会理解的，可根据本文中提供的序列制备极其多种不同引物和探针，并有效用于扩增、克隆、和/或检测PTPN22 SNP或SE mRNA的存在和/或水平。
其它方法包括通过微阵列技术检验或检测组织或细胞样品中的mRNA(诸如PTPN22 SNP mRNA)的方法。凭借核酸微阵列的使用，逆转录并标记来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品以生成cDNA探针。然后使探针杂交至在固体支持物上固定化的核酸阵列。该阵列配置成该阵列的每个成员的序列和位置是已知的。例如，可以将有可能在某些疾病状态中表达的基因选集在固体支持物上排列成阵列。经过标记的探针与特定阵列成员的杂交指示衍生该探针的样品表达该基因。疾病组织的差异基因表达分析能提供有价值的信息。微阵列技术利用核酸杂交技术和计算技术在一个实验中评估数以千计的基因的mRNA表达序型(参见例如WO 2001/75166)。参见例如US 5,700,637；5,445,934；和5,807,522；Lockart，Nature Biotechnology，14：1675-1680(1996)；及Cheung et al.，Nature Genetics，21(Suppl)：15-19(1999)，关于阵列制作的讨论。
另外，可采用利用EP 1753878中记载的微阵列进行的DNA序型分析和SNP检测法。此方法利用短串联重复(STR)分析和DNA微阵列快速鉴定和区分不同DNA序列。在一个实施方案中，使经过标记的STR靶序列杂交至携带互补探针的DNA微阵列。这些探针长度不同以覆盖可能STR的范围。利用杂交后酶促消化自微阵列表面选择性清除DNA杂合物的带标记物的单链区。根据仍然杂交至微阵列的靶DNA的样式来推导未知靶物中的重复数目。
微阵列处理器的一个例子是Affymetrix
Figure G2008800186037D00961
系统，其是商品化的且包含通过在玻璃表面上直接合成寡核苷酸而制作的阵列。可使用本领域技术人员知道的其它系统。
在RT-PCR或其它基于PCR的方法以外，用于测定生物标志物水平的其它方法包括蛋白质组学技术，以及个性化遗传序型，这是在分子水平根据患者响应治疗RA所必需的。本文中的专门化微阵列，例如寡核苷酸微阵列或cDNA微阵列，可包含一种或多种生物标志物，其具有与对一种或多种抗CD20抗体的敏感性或耐药性有关的表达序型。另外，可使用硅微芯片上的电子电路来检测SNP，如例如WO 2000/058522中所披露的。
对功效、药物暴露、或临床响应提供快速且易得的读数的生物标志物的鉴定在药物候选物的临床开发中变得日益重要。本发明的实施方案包括测量分泌型蛋白质或血浆生物标志物(其代表一类生物标志物)的水平变化。在一个方面，血浆样品(其代表易于获得的材料来源)充当生物标志物分析的代用组织。
许多参考文献是可得的，它们提供了应用上述技术的指导：Kohler et al.，Hybridoma Techniques(Cold Spring Harbor Laboratory，New York，1980)；Tijssen，Practice and Theory of Enzyme Inimunoassays(Elsevier，Amsterdam，1985)；Campbell，Monoclonal Antibody Technology(Elsevier，Amsterdam，1984)；Hurrell，Monoclonal Hybridoma Antibodies：Techniques and Applications(CRCPress，Boca Raton，FL，1982)；及Zola，Monoclonal Antibodies：A Manual ofTechniques，pp.147-158(CRC Press，Inc.，1987)。Northern印迹分析是本领域公知的一种便利的技术，记载于例如Molecular Cloning，a Laboratory Manual，第2版，Sambrook et al.(Cold Spring Harbor Press，NY，1989)。用于评估基因和基因产物的状态的典型方案可见于例如Ausubel et al.编，Current Protocols InMolecular Biology(1995)，单元2(Northern印迹)、单元4(Southern印迹)、单元15(免疫印迹)和单元18(PCR分析)。
为了检测蛋白质生物标志物，诸如抗CCP和RF抗体，例如各种蛋白质测定法是可得的。例如，可以使样品在足以形成抗体-生物标志物复合物的条件下接触对生物标志物特异性的抗体，然后检测复合物。蛋白质生物标志物的存在可以以许多方式来评估，诸如通过用于测定多种组织和样品(包括血浆或血清)的Western印迹(含或不含免疫沉淀)、二维SDS-PAGE、免疫沉淀、荧光激活细胞分拣(FACS)、流式细胞术、和ELISA规程。使用此类测定法形式的一系列免疫测定技术是可获得的，参见例如US 4,016,043、4,424,279及4,018,653。这些包括非竞争类型的单个位点和两个位点或“三明治”/“夹心式”测定法，以及传统的竞争性结合测定法二者。这些测定法也包括经标记抗体对靶生物标志物的直接结合。
三明治测定法是最有用且最常用的测定法之一。三明治测定技术存在许多变化形式，本发明涵盖所有的变化形式。简言之，在一种典型的正向测定法(forward assay)中，将未标记的抗体固定化于固体基片上，并使待检测的样品与所结合分子接触。温育合适的一段时间后，即足以容许抗体-抗原复合体形成的一段时间，然后添加经能够产生可检测信号的报道分子标记的、对所述抗原特异性的第二抗体，并温育，容许足以形成抗体-抗原-经标记抗体的另一种复合体的时间。洗掉任何未反应的物质，并通过观察由所述报道分子所产生的信号来测定所述抗原的存在。结果可以是定性的(通过对可视信号的简单观察进行)，或者定量的(通过与含有已知量生物标志物的对照样品比较来进行)。
正向测定法上的变化包括同时测定法(simultaneous assay)，其中同时将样品和经标记的抗体两者添加至所结合的抗体。这些技术对本领域技术人员是公知的，包括会容易明白的任何微小变化。在一种典型的正向三明治测定法中，将具有对所述生物标志物特异性的第一抗体或是共价地或是被动地结合至固体表面。典型地，所述固体表面是玻璃或聚合物，最常用的聚合物是纤维素、聚丙烯酰胺、尼龙、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固体支持物可以采用试管、珠、微量板盘的形式，或者适于进行免疫测定法的任何其它表面。结合方法是本领域公知的，并且一般包括交联、共价结合、或物理吸附，并清洗聚合物-抗体复合体以为测试样品做好准备。然后将测试样品的等分试样添加至固相复合体，并在合适的条件(例如从室温至40℃，诸如包括端点在内的25℃和32℃之间)下培养足够的一段时间(例如2-40分钟或者过夜，如果更方便的话)，所述条件和时间适于或足以容许存在于抗体中的任何亚单位的结合。温育期后，清洗抗体亚单位固相，干燥，并与对生物标志物一部分特异性的第二抗体一起温育。所述第二抗体连接有用于指示第二抗体对分子标志物结合的报道分子。
一种备选的方法包括：将样品中的靶生物标志物固定化，然后使固定化的靶物暴露于特异性抗体，该特异性抗体可以是或不是经报道分子标记的。根据靶物的量和报道分子信号的强度，可以通过用所述抗体直接标记，使所结合的靶物变成可检测的。或者，使对第一抗体特异性的经标记第二抗体暴露于靶物-第一抗体复合体以形成靶物-第一抗体-第二抗体三元复合体。通过报道分子所发出的信号检测所述复合体。“报道分子”在用于本说明书时指通过其化学性质提供分析上可鉴定的信号的分子，所述信号容许结合至抗原的抗体的检测。这种类型的测定法中最常用的报道分子是酶、荧光团、含发射性核素的分子(即放射性同位素)、或化学发光分子。
在酶免疫测定法(EIA)的情况中，酶是偶联至第二抗体的，一般藉戊二醛或高碘酸盐进行。然而，会容易认可的是，存在极其多种不同的偶联技术，它们对技术人员是轻易可获得的。常用的酶包括辣根过氧化物酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶、和碱性磷酸酶等。一般选择与特定酶一起使用的底物以在相应酶的水解作用后产生可检测的颜色变化。合适酶的例子包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。还可能采用产生荧光产物的荧光底物而不是上文所记录的显色底物。在所有情况中，将酶标记的抗体添加至第一抗体-分子标志物复合体，容许结合，然后洗掉过量的试剂。然后将含有合适底物的溶液添加至抗体-抗原-抗体复合体。底物会与连接至第二抗体的酶起反应，给出定性的视觉信号，其可以被进一步地定量(通常通过分光光度法)以给出存在于样品中的生物标志量的指标。或者，荧光化合物(诸如荧光素和罗丹明)可以以化学方法偶联至抗体，而不改变所述抗体的结合能力。通过使用特定波长的光线光照来激发时，荧光染料标记的抗体吸收光能，在分子中诱导激发态，接着发出光线，其特征性颜色是用光学显微镜在视觉上可检测的。如在EIA中那样，容许荧光标记的抗体结合至第一抗体-分子标志物复合体。洗掉未结合的试剂后，然后使剩余的三元复合体暴露于适当波长的光线，观察到的荧光表明感兴趣的分子标志物的存在。免疫荧光和EIA技术在本领域中都是非常完善建立的。然而，还可以采用其它报道分子，诸如放射性同位素、化学发光或生物发光分子。
具体而言，抗CCP抗体可通过EIA和血清学测定法来分析，包括第二代ELISA(IMMUNOSCAN RATM)，以及凝集测定法(Latex and Waaler-Rose)和特异性ELISA(IgM、IgG和IgA)。例如，血清中抗CCP的存在可使用抗CCP-ELISA来测量(CCP1检验，参见Schellekens et al.，Arthr.Rheum，43：155-163(2000))。可使用商品化的ELISA，包括IMMUNOSCAN RATM(Eurodiagnostica，The Netherlands)、Inova Diagnostics和Axis-ShieldDiagnostics。检测可以使用合适的瓜氨酸化肽变体来进行。抗CCP2浓度可使用第二代ELISA来测量。也可以使用由Inova Diagnostics销售的针对抗CCP的第三代ELISA。抗CCP抗体与临床和实验室参数之间的联系可通过Fisher精确检验来确定。抗CCP还可如van Venroij等在WO 03/050542所描述的那样来测量。该测定法可如下设立，即使用一种或多种CCP作为抗原并通过适宜手段检测样品中所包含的抗CCP抗体对CCP抗原的结合。另外，抗CCP抗体可通过同质测定法形式，例如通过用CCP包被的胶乳颗粒的凝集来检测。还有，可使用异质免疫测定法来测量抗CCP。此类异质测量基于对固相的直接或间接CCP包被，固相与已知或怀疑包含抗CCP抗体在容许抗CCP抗体结合CCP的条件下的温育，和对所结合的抗CCP抗体的直接或间接检测。另一种测定法形式是所谓的双抗原桥测定法(double-antigen bridge assay)，其中就抗CCP测量而言，在此免疫测定法的固相侧和检测侧都使用CCP。
Abreu et al.，″Multiplexed immunoassay for detection of rheumatoid factorsby FIDIS technology，″Annals of the New York Academy of Sciences，1050(Autoimmunity)：357-363(2005)比较了FIDIS RHEUMATM(一种设计用于同时检测IgM类RF(针对人和动物IgG的Fc决定簇)的多路免疫测定法)与凝集和ELISA，并评估了生物学标志物针对RA的临床灵敏度和特异性。采用了FIDIS技术，其使用LUMINEXTM系统，且由多套不同颜色编码的微球、一台流式细胞仪、及数字信号加工硬件和软件组成。凝集和ELISA测试可用商品化试剂盒来实施。对于人特异性，可使用FIDIS作为胶乳凝集或ELISA的备选。对于动物特异性，可使用FIDIS作为WAALER-ROSETM技术和ELISA的备选。使用免疫荧光通过ELISA检测IgG抗CCP也是本文中的一个实施方案。Dubois-Galopin et al.，″Evaluation of a new fluorometric immunoassay forthe detection of anti-cyclic citrullinated peptide autoantibodies in rheumatoidarthritis，″Annales de Biologie Clinique，64(2)：162-165(2006)评估了通过一种新的荧光EIA进行的抗CCP抗体测量，该EIA称作EliA CCP，在UNICAP100εTM上完全自动化。这与ELISA法(Euroimmun)相当，而且在本文中也是有用的。
RF可通过例如胶乳增强的比浊法或胶乳凝集和两种商品化的同种型特异性(IgM和IgA)EIA、或ELISA来分析。抗CCP的同种型可通过类似的手段来检测。
II.统计学
如本文中所使用的，一般形式的预测规则存在于一种或多种生物标志物的函数的说明中，其可能包括临床协变量以预测响应或不响应，或更一般地，预测有益或无益(就适当定义地临床终点而言)。
最简单形式的预测规则由没有协变量的单变量模型组成，其中通过截留值或阈值的手段来确定预测结果。这可以表述成特定截留值c和生物标志物度量x的Heaviside函数，若要做出二元预测A或B，则
若H(x-c)＝0，则预示A。
若H(x-c)＝1，则预示B。
这是在预测规则中使用单变量生物标志物度量的最简单方式。如果这样一种简单规则就足够了，那么它容许简单鉴定效果的方向，即高的还是低的表达水平对患者有利。
如果需要考虑临床协变量，和/或，如果多变量预测规则中使用多种生物标志物，那么情况会更加复杂。下面的两个假设例阐述了所涉及的问题：协变量修正(假设例)：
对于生物标志物X，在一个临床实验群体中发现高表达水平与较差的临床响应有关(单变量分析)。一项更周密的分析显示该群体中有两种类型的RA临床响应者，其中一类拥有比另一类差的响应，而且同时该整个RA组的该生物标志物表达一般较高。一项修正协变量分析揭示对于每一种RA类型，临床受益与临床响应之间的关系被反转了，即在各RA类型内，较低的表达水平与较高的临床响应有关。整体相反效果被协变量RA类型所掩盖-而且协变量修正分析，作为预测规则的一部分，反转了方向。
多变量预测(假设例)：
对于生物标志物X，在一个临床实验群体中发现高表达水平与较差的临床响应微弱有关(单变量分析)。对于第二生物标志物Y，通过单变量分析进行了类似的观察。X与Y的组合揭示了，若这两种生物标志物都低，则看到好的临床响应。这使得规则在这两种生物标志物都低于一些截留值时预示受益(和-Heaviside预测函数的联系)。对于组合规则，一条简单的规则不再以单变量意义适用；例如，具有低的X表达水平不会自动地预示较好的临床响应。
这些简单的例子显示了，不能根据每一种生物标志物的单变量水平来判断具有和没有协变量的预测规则。多种生物标志物的组合加上由协变量进行的潜在判断不容许给单一生物标志物指派简单关系。因为可以在可能包括其它临床协变量的多标志物预测模型中使用多种标志物基因(特别是血清中的)，所以不能以简单方式确定此类模型内单一标志物基因的有益效果的方向，而且可能与单变量分析中找到的方向矛盾，即关于单标志物基因描述的情况。
III.用拮抗剂治疗
本发明提供了治疗患者中的RA的方法，包括对患者施用有效量的B细胞拮抗剂以治疗RA，前提是来自所述患者的遗传样品中存在PTPN22 R620WSNP、或SE、或SNP和SE二者。
本发明还提供了治疗患者中的RA的方法，包括对患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用前，在来自所述患者的遗传样品中检测PTPN22 R620WSNP、或SE、或SNP和SE二者的表达。
本发明还提供了治疗患者中的RA的方法，包括对患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用前，来自所述患者的遗传样品被测定出展示PTPN22R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者的表达，由此所述表达指示所述患者会对拮抗剂治疗有响应。
本发明还提供了治疗患者中的RA的方法，包括对患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用前，来自所述患者的遗传样品被测定出展示PTPN22R620W SNP、或SE、或SNP和SE二者的表达，由此所述表达指示所述患者有可能对拮抗剂治疗有有利响应。
在一个优选的实施方案中，评估SNP的表达，但不评估SE。在另一个优选的实施方案中，评估SE的表达，但不评估SNP。在第三个优选的实施方案中，评估SNP和SE二者的表达。
在另一个方面，以不与另一种生物标志物组合的方式评估SNP或SE或二者的表达。在另一个更加优选的方面，以与另一种生物标志物组合的方式评估SNP或SE或二者的表达，优选评估来自患者的样品中别的生物标志物即抗CCP抗体和RF之一或二者的血清阳性。这些另外的生物标志物之一或二者的血清阳性会指示RA会对用B细胞拮抗剂(诸如抗CD20或抗CD22抗体)进行的治疗有有效响应。在此类方法中，所述别的生物标志物是抗CCP抗体，优选属于IgG或IgM同种型的，或者所述别的生物标志物是RF，优选具有IgA、IgG、或IgM同种型的。在另一个方面，所述别的生物标志物是抗CCP抗体和RF二者。
在一个特别优选的方面，以与RF的血清阳性一起，但不评估SNP或抗CCP抗体的方式评估SE的表达，即SE与RF血清阳性一起存在，但是不存在SNP或抗CCP抗体。在另一个尤其优选的方面，SNP与抗CCP抗体血清阳性一起存在，但是不存在SE或RF。
前述方法中的治疗功效可通过例如使用RA患者中的ACR和/或EULAR临床响应参数，或通过评估患者中RA程度的分子决定子(moleculedeterminant)来测定。如此，例如，临床医师可使用本领域已知的数种方法之任一来测量B细胞拮抗剂的特定剂量方案的功效。例如，可使用x-射线技术来测定患者中关节破坏和损伤的程度，而且可使用ACR20、ACR50、和ACR70标度来确定对该疗法的相对有效响应。可调整剂量方案来提供最佳的期望响应(例如治疗效应)。例如，可施用一剂，可以在一段时间里施用多个分剂，或者可以根据治疗情况的紧急事件成比例地降低或提高剂量。
一旦鉴定出对拮抗剂治疗最有响应的患者群，用本文中的拮抗剂单独地或与其它药物联合地进行处理导致对RA或关节损伤(包括其体征或症状)的改善。例如，此类治疗可导致ACR测量相对于只用第二药物(例如免疫抑制剂，诸如MTX)治疗的患者的改善，和/或可导致通过ACR测定得出的客观响应(部分的或完全的，优选完全的)。此外，用本文中的拮抗剂与至少一种第二药物的组合进行的治疗优选导致对患者产生累加的、更优选协同的(或大于累加的)治疗受益。优选的是，在此方面中，第二药物的至少一次施用与本文中的拮抗剂的至少一次施用之间的时间安排是大约一个月或更短、更优选大约两周或更短。
医学领域技术人员会领会，在诊断得出患者有可能对拮抗剂有响应后对该患者施用治疗有效量的B细胞拮抗剂的确切方式由主治医师判断。施用的模式包括剂量、与其它抗RA药剂的组合、施用的时间安排和频率、等等，可受到诊断出患者有可能对此类拮抗剂有响应的程度(例如抗CCP或RF的血清阳性高于正常)以及患者的状况和历史的影响。
会以与优良医学实践一致的方式配制、剂量给药和施用包含本发明拮抗剂的组合物。在此内容中考虑的因素包括所治疗的RA的具体类型、所治疗的具体哺乳动物、患者个体的临床状况、RA的起因、投递拮抗剂的部位、可能的副作用、拮抗剂的类型、施药的方法、施药的日程安排、和医学从业人员知道的其它因素。要施用的拮抗剂的有效量会取决于此类考量。
根据诸如具体拮抗剂类型和安全性谱等因素，具有本领域普通技术的内科医师能容易地确定所需要的药物组合物的有效量和开出这样的处方。例如，内科医师可以以多剂此类拮抗剂(诸如抗CD20或抗CD22抗体或免疫粘附素)开始，其在药物组合物中以低于实现期望的治疗效果所需要的水平的水平使用，以评估安全性，并逐渐提高剂量，直至实现期望的效果(在不危及安全的前提下)。拮抗剂的给定剂量或治疗方案的功效可通过例如使用标准RA功效度量评估患者中的体征和症状来测定。
作为一般提议，胃肠外施用的拮抗剂的每剂有效量会在约20mg至约5000mg的范围里，通过一个或多个剂量来实现。用于完整抗体(诸如抗CD20抗体和抗CD20抗体、和BAFF和APRIL拮抗剂)的例示性剂量方案包括375mg/m2每周一次x4(例如在第1天、第8天、第15天、和第22天)；或500mgx 2(例如自第1天和第15天)；或1000mg x2(例如在第1天和第15天)；或1gx3(例如在第1天、第15天、和第21天)；或200mg x1-4；或300mg x1-4；或400mg x1-4；或500mg x3-4；或1g x4。
优选的是，所述拮抗剂是以约0.2-4克，更优选约0.2-3.5克，更优选约0.4-2.5克，更优选约0.5-1.5克，和甚至更优选约0.7-1.1克的剂量施用的。更优选的是，此类剂量适用于作为抗体或免疫粘附素的拮抗剂。
或者，所述拮抗剂是在治疗开始时在第1天和第15天以约1000mg x2的剂量静脉内施用的抗CD20抗体。在另一个备选的优选实施方案中，所述抗CD20抗体是作为单剂或作为两次输注施用的，每剂约200mg至1.2g，更优选约200mg至1.1g，和仍更优选约200mg至900mg。
在一个优选的方面，所述拮抗剂是以约一个月的一段时间内1-4剂的频率施用的。所述拮抗剂优选以2-3剂施用。另外，所述拮抗剂优选在约2-3周的一段时间内施用。
然而，如上面指出的，对于拮抗剂的这些建议量和剂量给药的频率要加以诸多治疗上的考量。在选择合适剂量和进度安排中，关键的因素是所得的结果，如上文提示的。例如，为治疗正在发作的和急性的RA，开始可能需要相对较高的剂量。为得到最有效的结果，一旦本文中的生物标志物预示拮抗剂疗法，尽可能接近RA的首次体征、诊断、表现或出现，或者在RA的缓和过程中施用拮抗剂。
在本文中所列出的所有本发明方法中，所述拮抗剂(诸如结合B细胞表面标志的抗体)可以是未偶联的，诸如裸抗体，或者可以是为了进一步的功效(诸如例如延长半衰期)而偶联有另一分子的。最优选的拮抗剂是CD20、CD22、CD23、CD40、或BAFF拮抗剂，更优选抗体或免疫粘附素，诸如BR3-Fc或TACI-Ig融合分子(与TACI-Ig或atacicept(可自ZymoGenetics获得)相同；还可参见Gross et al.，Immunity，15：289-291(2001)和US 2007/0071760).
本文中优选的拮抗剂是嵌合的、人源化的、或人的抗体，更优选抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体，且最优选利妥昔单抗、依帕珠单抗(epratuzumab)、2H7抗体(包括包含SEQ ID NO：1之L链可变区序列和SEQ ID NO：2之H链可变区序列的，包含SEQ ID NO：3之L链可变区序列和SEQ ID NO：4之H链可变区序列的，包含SEQ ID N0：3之L链可变区序列和SEQ ID NO：5之H链可变区序列的，包含SEQ ID NO：6之全长L链和SEQ ID NO：7之全长H链的，包含SEQID NO：6之全长L链和SEQ ID NO：8之全长H链的，包含SEQ ID NO：9之全长L链和SEQ ID NO：10之全长H链的，包含SEQ ID NO：9之全长L链和SEQ ID
NO：11之全长H链的，包含SEQ ID NO：9之全长L链和SEQ ID NO：12之全长H链的，包含SEQ ID NO：9之全长L链和SEQ ID NO：13之全长H链的，包含SEQID NO：9之全长L链和SEQ ID NO：14之全长H链的，包含SEQ ID NO：6之全长L链和SEQ ID NO：15之全长H链的)、嵌合的或人源化的A20抗体(Immunomedics)、HUMAX-CD20TM人抗CD20抗体(Genmab)、结合CD20的单链蛋白质(一种小的、模块式的免疫药物(SMIPTM)候选物(例如TRU-015；Trubion Pharm Inc.；Wyeth)、针对CD20的AME抗体(Lilly)诸如上文所列那些(例如AME-33、AME-133、或AME-133v)、或称作GA101的人源化II型CD20IgG 1抗体(GlyArt Biotechnology AG；Roche)(参见例如US 2005/0123546)。仍更优选选自下组的抗CD20抗体：利妥昔单抗、HUMAX-CD20TM、依帕珠单抗、TRU-015、GA101、或2H7抗体，诸如上文所列的那些。
在本文方法的另一个实施方案中，受试者以前从未用一种或多种药物，诸如用TNF-α抑制剂，例如TNFR-Ig或抗TNF-α或抗TNF-α受体抗体来治疗例如RA，或者用免疫抑制剂来治疗关节损伤或潜在原因诸如自身免疫性病症，和/或以前从未用B细胞拮抗剂(例如针对B细胞表面标志的抗体，诸如抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体抗体)治疗过。在另一个实施方案中，受试者以前从未用以下药剂治疗过：整联蛋白拮抗剂诸如抗α4整联蛋白抗体或共刺激调控物、免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂、抗炎剂诸如NSAID、MTX以外的DMARD，除了硫唑嘌呤和/或来氟米特、细胞消减疗法，包括调查中的药剂(例如CAMPATH、抗CD4、抗CD5、抗CD3、抗CD19、抗CD11a、抗CD22、或BLys/BAFF)、活的/减毒的疫苗(在基线前28天内)、或皮质类固醇诸如关节内的或胃肠外的糖皮质激素(在基线前4周内)。更优选的是，所述受试者先前从未用免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、皮质类固醇、镇痛药、DMARD、或NSAID治疗过。任更优选的是，所述受试者从未用免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、皮质类固醇、DMARD、或NSAID治疗过。
在又一个方面，在接受上述任何方法的治疗之前，包括在初始或稍后的拮抗剂或抗体暴露之后，受试者可能已经具有RA或关节损伤复发或者遭受器官损伤诸如肾损伤。然而，优选的是，受试者没有RA或关节损伤复发，更优选的是，至少在初始治疗之前还没有这样的复发。
在又一个实施方案中，受试者没有恶性肿瘤，包括B细胞恶性肿瘤、实体瘤、血液学恶性肿瘤、或原位癌(除了已经切除并痊愈的皮肤的基细胞和鳞状细胞癌)。在又一个实施方案中，受试者没有RA以外的风湿性自身免疫病，或者RA继发的重大系统性病症(包括但不限于血管炎、肺纤维化或费耳提氏综合征)。在另一个实施方案中，受试者患有继发性斯耶格伦氏综合征或继发性限制性皮肤血管炎。在另一个实施方案中，受试者没有RA功能性状态ACR分类所定义的功能性IV级。在又一个实施方案中，受试者没有RA以外的炎性关节病(包括但不限于痛风、反应性关节炎、银屑病关节炎、血清阴性的脊椎关节病、或莱姆病)、或其它系统性自身免疫性病症(包括但不限于SLE、炎性肠病、硬皮病、炎性肌病、混合性结缔组织病、或任何重叠综合征)。在另一个实施方案中，受试者在16岁以前没有幼年型特发性关节炎(JIA)、幼年型RA(JRA)、和/或RA。在另一个实施方案中，受试者没有重大的和/或不受控制的心或肺病(包括梗阻性肺病)、或重大的伴发病，包括但不限于神经系统、肾、肝、内分泌或胃肠病症，也没有原发性或继发性免疫缺陷(历史或当前活动性的)，包括HIV感染的已知历史。在另一个方面，受试者没有可影响任何疗效评估的任何神经学的(先天性的或获得性的)、血管的或系统性的病症，特别是关节痛和肿胀(例如帕金森氏病、大脑性瘫痪、或糖尿病性神经病)。在又一个实施方案中，受试者没有MS。在又一个方面，受试者没有狼疮或斯耶格伦氏综合征。在又一个方面，受试者没有RA以外的自身免疫病。在本发明的又一个方面，受试者中的任何关节损伤与自身免疫病或RA以外的自身免疫病无关，或者与发生自身免疫病或RA以外的自身免疫病的风险无关。
为了这最后一些声明的目的，本文中的“自身免疫病”指源于且针对个体自身组织或器官的疾病或紊乱或其共分离(co-segregate)或表现或由其导致的状况。在许多这些自身免疫性和炎性病症中，可以存在许多临床和实验室标志，包括但不限于：高丙种球蛋白血症、高水平自身抗体、组织中抗原-抗体复合物沉积、得益于皮质类固醇或免疫抑制治疗、及受侵害组织中的淋巴样细胞集合体。不限于关于B细胞介导的自身免疫性疾病的任何一种理论，认为B细胞通过众多机制途径在人自身免疫病中展现了致病性效果，包括自身抗体的生成、免疫复合物的形成、树突细胞和T细胞的激活、细胞因子的合成、直接的趋化因子释放、及提供巢(nidus)供异位新淋巴生成。这些途径中的每一个可以不同程度地参与自身免疫病的病理。自身免疫病可以为器官特异性疾病(即免疫应答特异性针对一种器官系统，诸如内分泌系统、造血系统、皮肤、心肺系统、胃肠和肝系统、肾系统、甲状腺、耳、神经肌肉系统、中枢神经系统等)或可以影响多器官系统的系统性疾病(例如SLE、RA、多肌炎等)。优选的此类疾病包括自身免疫性风湿病学病症(诸如例如RA、斯耶格伦氏综合征(syndrome)、硬皮病、狼疮(诸如SLE和狼疮肾炎)、多肌炎/皮肌炎、冷球蛋白血症、抗磷脂抗体综合征、和银屑病关节炎)、自身免疫性胃肠和肝病症(诸如例如炎性肠病(例如溃疡性结肠炎和克罗恩氏病(Crohn′s disease))、自身免疫性胃炎和恶性贫血、自身免疫性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、原发性硬化性胆管炎、和乳糜泻)、血管炎(诸如例如ANCA阴性血管炎和ANCA相关血管炎，包括丘施二氏血管炎(Churg-Straussvasculitis)、韦格纳氏肉芽肿病(Wegener′s granulomatosis)、和微观多脉管炎)、自身免疫性神经病学病症(诸如例如MS、视性眼阵挛肌阵挛综合征、重症肌无力、视神经脊髓炎、帕金森氏病(Parkinson’s disease)、阿耳茨海默氏病(Alzheimer’s disease)、和自身免疫性多神经病)、肾病症(诸如例如肾小球肾炎、古德帕斯丘氏综合征(Goodpasture’s syndrome)、和贝格尔氏病(Berger’sdisease))、自身免疫性皮肤病学病症(诸如例如银屑病、荨麻疹、hives、寻常型天疱疮、大疱性类天疱疮、和皮肤红斑狼疮)、血液学病症(诸如例如血小板减少性紫癜、血栓性血小板减少性紫癜、输血后紫癜、和自身免疫性溶血性贫血)、动脉粥样硬化、葡萄膜炎、自身免疫性听觉疾病(诸如例如内耳病和听力损失)、贝切特氏病(Behcet′s disease)、雷诺氏综合征(Raynaud′ssyndrome)、器官移植、和自身免疫性内分泌病症(诸如例如糖尿病相关自身免疫病诸如胰岛素依赖性糖尿病(IDDM)、阿狄森氏病(Addison’s disease)、和自身免疫性甲状腺病(例如格雷夫斯氏病(Graves’disease)和甲状腺炎))。更优选的此类疾病包括例如RA、溃疡性结肠炎、ANCA相关血管炎、狼疮、MS、斯耶格伦氏综合征、格雷夫斯氏病、IDDM、恶性贫血、甲状腺炎、和肾小球肾炎。
在上文所述方法的另一个优选的方面，在基线或开始治疗之前给受试者施用MTX。更优选的是，MTX是以大约10-25毫克/周的剂量施用的。并且，优选的是，在基线之前施用MTX至少大约12周，仍更优选的是，在基线之前的最后4周施用稳定剂量的MTX。在其它实施方案中，MTX是口服或胃肠外施用的。
在上文所述方法的一个特别优选的实施方案中，受试者展现出对一种或多种TNF-α抑制剂或对MTX的响应不足。在另一个方面，受试者对B细胞拮抗剂不应，诸如那些不同于利妥昔单抗或2H7抗体的。然而，受试者也可对利妥昔单抗或2H7抗体不应。
在另一个优选的方面，将MTX与拮抗剂(例如抗CD20抗体)一起施用于受试者。在另一个方面，所述拮抗剂是抗CD20抗体，其是在治疗开始的第1天和第15天以大约1000毫克x2的剂量静脉内施用的，或者是作为单剂或作为两剂(诸如输注)以大约400-800毫克的剂量施用的。
本发明还包括在诊断步骤之后，监测受试者中的骨或软组织关节损伤治疗的方法，包括给受试者施用有效量的B细胞拮抗剂(诸如抗体，包括抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体)，并且距该次施用至少大约三个月、优选大约24周之后通过成像技术诸如MRI或放射照相术测量骨或软组织关节损伤相对于所述给药之前的基线是否减轻，其中治疗后受试者中对比于基线的减轻指示该拮抗剂诸如抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体正在对关节损伤产生效果。优选的是，在施用拮抗剂诸如抗体或免疫粘附素之后再次测量对比于基线的减轻程度。
在又一个方面，在诊断步骤之后，本发明提供了确定是否要继续给具有骨或软组织关节损伤的受试者施用B细胞拮抗剂(诸如抗体或免疫粘附素，包括抗CD20抗体)的方法，包括使用成像技术诸如放射照相术和/或MRI测量第一次施用拮抗剂之后受试者中关节损伤的减轻，使用成像技术诸如放射照相术和/或MRI测量第二次施用拮抗剂之后受试者关节损伤的减轻，比较第一次和第二次时受试者的成像发现，如果第二次的得分比第一次少，那么继续施用所述拮抗剂。
在又一个实施方案中，治疗方法包括检验给药步骤之后受试者对治疗的响应的步骤，用于确定该响应水平对于治疗骨或软组织关节损伤是否有效。例如，包括检验给药之后的成像(放射照相术和/或MRI)得分并与给药以前获得的基线成像结果比较的步骤，用于通过测量是否发生变化和变化了多少来确定治疗是否有效。此检验可以在给药之后以多种有安排的或未安排的时间间隔重复，用于确定任何部分或完全消退的维持。或者，本文中的方法包括在给药前检验受试者的步骤，用于了解是否存在关节损伤的一种或多种生物标志物或症状，如上文所列。在另一种方法中，可以包括在给受试者施用拮抗剂之前检查受试者病历的步骤，如上文所详述的，例如用于排除感染或恶性肿瘤作为受试者疾患的原因，例如主要原因的情况。优选的是，关节损伤是原发性的(例如首要疾病)，而且不是继发性的，例如感染或恶性肿瘤继发的，不管是实体瘤或液体瘤。
在本文所有方法的一个实施方案，所述拮抗剂(例如抗CD20抗体)是施用于受试者以治疗RA的唯一药物，即在所述拮抗剂以外没有给受试者施用其它药物来治疗RA。
在本文中的任何方法中，优选的是，所述拮抗剂是用于治疗RA的多种药物之一。如此，可以与B细胞拮抗剂一起给受试者施用有效量的第二药物(其中B细胞拮抗剂(例如抗CD20抗体或BR3-Fc)是第一药物)。第二药物可以是一种或多种药物，包括例如免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂诸如细胞因子抗体、整联蛋白拮抗剂(例如抗体)、皮质类固醇、或其任何组合。此类第二药物的类型取决于多种因素，包括RA和/或关节损伤的类型、RA和/或关节损伤的严重性、受试者的状况和年龄、所采用的第一药物的类型和剂量、等等。
此类额外药物的例子包括免疫抑制剂(例如米托蒽醌
Figure G2008800186037D01101
MTX、环磷酰胺、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、来氟米特、和硫唑嘌呤)，静脉内免疫球蛋白(γ球蛋白)，淋巴细胞消减疗法(例如米托蒽醌、环磷酰胺、CAMPATHTM抗体、抗CD4、克拉屈滨(cladribine)、有至少两个结构域的多肽构建体(包含受到自身反应性B细胞的Ig受体特异性识别的脱免疫(de-immunized)、自身反应性抗原或其片段)(WO2003/68822)、全身照射、和骨髓移植)，整联蛋白拮抗剂或抗体(例如LFA-1抗体诸如可以从Genentech购买的efalizumab/
Figure G2008800186037D01102
或α4整联蛋白抗体诸如可以从Biogen购买的natalizumab/
Figure G2008800186037D01103
或上文所述其它抗体)，治疗RA和/或关节损伤继发的或相关的症状的药剂诸如本文中所记载的那些，类固醇诸如皮质类固醇(例如泼尼松龙、甲泼尼龙诸如SOLU-MEDROLTM注射用甲泼尼龙琥珀酸钠、泼尼松诸如低剂量泼尼松、地塞米松、或糖皮质激素，例如经由关节注射，包括系统性皮质类固醇疗法)，非淋巴细胞消减免疫抑制疗法(例如MMF或环孢霉素)，TNF-α抑制剂诸如TNF-α的或其受体的抗体或TNFR-Ig(例如依那西普)，DMARD，NSAID，血浆去除术或血浆交换，甲氧苄啶-磺胺甲噁唑(BACTRIMTM，SEPTRATM)，MMF，H2-阻断剂或质子泵抑制剂(在利用潜在溃疡原性的免疫抑制疗法期间)，左旋甲状腺素，环孢菌素A(例如
Figure G2008800186037D01104
)，促生长素抑制素类似物，DMARD或NSAID，细胞因子拮抗剂诸如抗体，抗代谢物，免疫抑制剂，康复性手术，放射碘，甲状腺切除术，抗IL-6受体拮抗剂/抗体(例如ACTEMRATM(tocilizumab))，或其它B细胞拮抗剂诸如BR3-Fc、TACI-Ig、抗BR3抗体、抗CD40受体或抗CD40配体(CD154)、阻断CD40-CD40配体的药剂、依帕珠单抗(epratuzumab)(抗CD22抗体)、lumiliximab(抗CD23抗体)、或抗CD20抗体诸如利妥昔单抗或2H7抗体。
优选的此类药物包括γ球蛋白、整联蛋白拮抗剂、抗CD4、克拉屈滨、甲氧苄啶-磺胺甲噁唑、H2阻断剂、质子泵抑制剂、环孢霉素、TNF-α抑制剂、DMARD、NSAID(用于治疗例如肌肉骨胳的症状)、左旋甲状腺素、细胞因子拮抗剂(包括细胞因子受体拮抗剂)、抗代谢物、免疫抑制剂诸如MTX或皮质类固醇、二碳磷酸盐化合物(bisphosphonate)、和另一种B细胞拮抗剂、诸如抗CD20抗体、抗CD22抗体、抗BR3抗体、lumiliximab(抗CD23抗体)、BR3-Fc、或TACI-Ig。
更优选的此类药物是免疫抑制剂诸如MTX或皮质类固醇、DMARD、整联蛋白拮抗剂、NSAID、细胞因子拮抗剂、二碳磷酸盐化合物、或其组合。
在一个特别优选的实施方案中，第二药物是DMARD，其优选选自金诺芬、氯喹、D-青霉胺、可注射的金、口服的金、羟氯喹、柳氮磺吡啶、myocrisin和MTX。
在另一个此类实施方案中，第二药物是NSAID，其优选选自芬布芬、萘普生、双氯芬酸、依托度酸和吲哚美辛、阿司匹林和布洛芬。
在又一个此类实施方案中，第二药物是免疫抑制剂，其优选选自依那西普、英夫利昔单抗、阿达木单抗、来氟米特、阿那白滞素、硫唑嘌呤、MTX、和环磷酰胺。
在其它优选方面，第二药物选自抗α4，依那西普、英夫利昔单抗、依那西普、阿达木单抗、kinaret、efalizumab、OPG、RANK-Fc、抗RANKL、帕米膦酸盐、阿伦膦酸盐、actonel、唑来膦酸盐、氯膦酸盐、MTX、azulfidine、羟氯喹、多西环素、来氟米特、SSZ、泼尼松龙、IL-1受体拮抗剂、泼尼松、和甲泼尼龙。
在进一步优选的实施方案中，第二药物选自英夫利昔单抗、英夫利昔单抗+MTX组合、依那西普、皮质类固醇、环孢菌素A、硫唑嘌呤、金诺芬、羟氯喹(HCQ)、泼尼松龙+MTX+SSZ的组合、MTX+SSZ+HCQ的组合、环磷酰胺+硫唑嘌呤+HCQ的组合、阿达木单抗+MTX的组合。如果第二药物是皮质类固醇，优选的是，它是泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、氢化可的松、或地塞米松。并且，优选的是，皮质类固醇的施用量低于不给用所述拮抗剂治疗的受试者施用皮质类固醇作为标准疗法(standard-of-care therapy)时的用量。最优选的是，第二药物是MTX。
所有这些第二药物可以彼此组合或者单独与第一药物一起使用，因此表述“第二药物”在用于本文时不意味着它是第一药物以外的唯一药物。如此，第二药物不必是一种药物，而是可以包含超过一种上述药物。
本文所列的这些第二药物通常以与上文所用相同的剂量和施用途径或者迄今所用剂量的大约1-99％使用。如果确实使用此类第二药物，那么优选它们以低于不存在第一药物时的量使用，尤其是在第一药物的初始服药之后的后续给药中，以便消除或降低由此引起的副作用。
第二药物的联合施用包括使用分开的配制剂或单一的药用配制剂的共施用(同时施用)，以及任一次序的序贯施用，其中优选有一段时间两种(或多种)活性剂(药物)同时发挥其生物学活性。
本文中的拮抗剂以任何合适手段施用，包括胃肠外、表面、腹膜内、肺内、鼻内和/或损伤内施用。胃肠外输注包括肌肉内、静脉内(i.v.)、动脉内、腹膜内或皮下(s.c.)施用。鞘内施用也是合适的(参见例如US 2002/0009444，Grillo-Lopez，关于抗CD20抗体的鞘内投递)。另外，还可合适地通过脉冲输注来施用拮抗剂，例如用剂量逐渐减少的抗体或拮抗剂。优选的是，如果拮抗剂是抗体或免疫粘附素，那么通过i.v.或s.c.手段，更优选通过i.v.输注或注射来给予剂量给药。
在一个实施方案中，以缓慢的i.v.输注而非i.v.推注(i.v.push)或快速注射(bolus)来施用拮抗剂诸如抗CD20抗体。例如，在一个方面，在抗CD20抗体的任何输注之前约30分钟施用类固醇诸如泼尼松龙或甲泼尼龙(例如静脉内约80-120毫克，更具体静脉内约100毫克)。所述抗CD20抗体是通过例如专用线路输注的。
对于多剂抗CD20抗体暴露的初始剂，或者对于所述暴露只包括一剂的单剂，此类输注优选以约50毫克/小时的速率开始。这可逐步提高，例如，每约30分钟速率提高约50毫克/小时直至约400毫克/小时的最大值。然而，如果受试者正发生输注相关反应，那么输注速率优选降低至例如当前速率的一半，例如从100毫克/小时降低至50毫克/小时。优选的是，抗CD20抗体此类剂(例如约1000毫克总剂量)的输注用约255分钟(4小时15分钟)完成。优选的是，受试者在开始输注前大约30至60分钟通过口接受醋氨酚/对乙酰氨基酚(例如约1克)和盐酸苯海拉明(diphenhydramine HCl)(例如约50毫克或相似药剂的等效剂量)的预防性处理。
如果给予超过一次的抗CD20抗体输注(剂)以完成整个暴露，那么优选在此实施方案中以高于初始输注的速率开始第二或随后的抗CD20抗体输注，例如约100毫克/小时。此速率可以逐步提高，例如每约30分钟速率提高约100毫克/小时直至约400毫克/小时的最大值。发生输注相关反应的受试者优选将输注速率降低至该速率的一半，例如从100毫克/小时降低至50毫克/小时。优选的是，此类第二剂或随后剂的抗CD20抗体(例如约1000毫克总剂量)的输注用约195分钟(3小时15分钟)完成。
除了通过上文所述传统路径将拮抗剂施用于患者，本发明涵盖通过基因疗法进行的施用。编码拮抗剂的核酸的此类施用涵盖在表述“施用有效量的拮抗剂”中。可参见例如WO 1996/07321，其关注使用基因疗法来产生胞内抗体。
主要有两种方法使核酸(任选包含在载体中)进入患者的细胞，即体内(in vivo)和回体(ex vivo)。对于体内投递，通常在需要拮抗剂的部位将核酸直接注射入患者。对于回体治疗，采集患者的细胞，将核酸导入这些分离的细胞，并将经过修饰的细胞直接施用于患者，或是例如装入多孔膜再植入患者(参见例如US 4,892,538和5,283,187)。有多种技术可用于将核酸导入活细胞。这些技术根据是将核酸转移至目的宿主的体外培养的细胞还是体内细胞而有所变化。适于在体外将核酸转移入哺乳动物细胞的技术包括使用脂质体、电穿孔、显微注射、细胞融合、DEAE-右旋糖苷、磷酸钙沉淀法等。常用于回体投递基因的载体是逆转录病毒。
目前优选的体内核酸转移技术包括用病毒载体(诸如腺病毒、I型单纯疱疹病毒或腺伴随病毒)和基于脂质的系统(例如，可用于脂质介导的基因转移的脂质有DOTMA、DOPE和DC-Chol)进行转染。在有些情况中希望与对靶细胞特异性的药剂一起提供核酸来源，诸如对靶细胞上的细胞表面膜蛋白特异性的抗体、针对靶细胞上受体的配体等。若采用脂质体，则可以使用与胞吞作用有关的细胞表面膜蛋白结合的蛋白质靶向和/或促进摄取，例如对特定细胞类型有向性的衣壳蛋白或其片段、针对在循环中经历内在化的蛋白质的抗体、和靶向胞内定位并延长胞内半衰期的蛋白质。受体介导的胞吞作用的技术记载于例如Wu et al.，J.Biol.Chem.，262：4429-4432(1987)和Wagneret al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，87：3410-3414(1990)。基因标记和基因治疗方案记载于例如Anderson et al.，Science，256：808-813(1992)和WO 1993/25673。
在另一个实施方案中，提供了治疗根据本文中的生物标志物分析符合接受治疗的条件的受试者中的关节损伤的方法，包括给受试者施用B细胞拮抗剂诸如抗体，例如抗CD20抗体，并且，在该次给药之后至少大约52周，给予该受试者成像检查以测量关节损伤相比给药之前基线的减轻，其中施用的拮抗剂诸如抗CD20抗体的量在实现关节损伤减轻中是有效的，指示受试者得到了成功的治疗。
在这种方法中，优选的是，所述检验测量总改良Sharp得分。在此关节治疗方法的另一个优选的实施方案中，所述拮抗剂是抗CD20、抗CD22、或抗BR-3抗体或BR3-Fc。更优选的是，所述抗CD20抗体是诸如上文所列的抗体，包括利妥昔单抗、GA101、TRU-015、和2H7抗体，如上文所列的。
在另一个优选的实施方案中，所述关节损伤是由关节炎，优选RA，更优选早期或初期RA引起的。在本文中的所有方法中，RA优选早期或初期RA。本文中的受试者可以是RF阴性的或阳性的。
在另一个方面，这样的方法进一步包括复治受试者，即通过给受试者提供额外的施用如下量的拮抗剂诸如抗CD20抗体，所述量有效治疗RA或实现关节损伤与在先施用拮抗剂的效果相比有持续的或维持的减轻。所述复治可以开始于第一次施用拮抗剂之后至少大约24周(优选大约24周时)，并且任选开始一次或多次进一步的复治。在另一个实施方案中，所述进一步的复治开始于第二次施用拮抗剂后至少大约24周。
在一个方面，即使在前面施药后RA测试或另一种成像测试时受试者没有临床改善，也给受试者另外施用拮抗剂。
在又一个优选的方面，复治后的RA或关节损伤与第一次评估诸如成像评估之后的RA或关节损伤程度相比有减轻。
如果在复治中提供多次拮抗剂暴露，那么每次暴露可以使用相同的或不同的施用手段来提供。在一个实施方案中，每次暴露通过静脉内施用。在另一个实施方案中，每次暴露通过皮下施用给予。在又一个实施方案中，所述暴露通过静脉内和皮下施用二者给予。
优选的是，至少两次拮抗剂暴露、优选每次拮抗剂暴露使用相同的拮抗剂，诸如抗CD20、抗CD22、或抗BR3抗体、BR3-Fc、或TACI-Ig。如此，第一次和第二次拮抗剂暴露优选用相同的拮抗剂，更优选所有拮抗剂暴露用相同的拮抗剂，即头两次暴露、优选所有暴露的处理用一种类型的B细胞拮抗剂，例如结合B细胞表面标志物的拮抗剂，诸如抗CD20抗体，例如都用利妥昔单抗或都用同一2H7抗体。
优选的是，在此复治方法中，施用有效量的第二药物，其中拮抗剂是第一药物。在一个方面，第二药物是超过一种的药物。在另一个方面，第二药物是上文所列药物之一，包括免疫抑制剂、DMARD、整联蛋白拮抗剂、NSAID、细胞因子拮抗剂、二碳磷酸盐化合物、或其组合，最优选MTX。
对于本文所述复治方法，其中第二药物以有效量与拮抗剂暴露(exposure)一起施用，它可以与任何暴露一起施用，例如，只与一次暴露或者与超过一次暴露一起施用。在一个实施方案中，第二药物与初始暴露一起施用。在另一个实施方案中，第二药物与初始和第二暴露一起施用。在又一个实施方案中，第二药物与所有暴露一起施用。优选的是，在初始暴露(诸如类固醇的)之后，降低或清除此类第二药物的量以减少受试者对具有副作用的药剂诸如泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、和环磷酰胺的暴露。
在复治方法的一个实施方案中，所述受试者先前从未施用用于治疗RA或关节损伤的任何药物，诸如免疫抑制剂。在另一个方面，所述受试者或患者对针对RA或关节损伤的先前疗法有响应。
在复治的另一个方面，所述受试者或患者先前曾经施用用于治疗RA或关节损伤的一种或多种药物。在一个进一步的实施方案中，所述受试者或患者对先前施用的一种或多种药物没有响应。受试者对其可没有响应的此类药物包括例如化疗剂、免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、皮质类固醇、镇痛药、或B细胞拮抗剂(诸如针对B细胞表面标志的拮抗剂，例如抗CD20抗体)。更具体的说，受试者对其可没有响应的药物包括免疫抑制剂或B细胞拮抗剂(诸如抗CD20抗体)。优选的是，此类拮抗剂不是抗体或免疫粘附素，而且是例如小分子抑制剂、或反义寡核苷酸、或拮抗性肽，如例如背景部分中所记录的。在又一个方面，此类拮抗剂包括抗体或免疫粘附素，使得所述复治涵盖受试者以前对其没有响应的、本发明的一种或多种抗体或免疫粘附素。更优选的是，所述受试者或患者对用MTX或TNF-α抑制剂进行的先前疗法没有响应。
在又一个方面，本发明涉及一种降低受试者中负面副作用(例如选自下组的一种或多种：感染、癌症、心力衰竭、和脱髓鞘)风险的方法，包括对受试者施用有效量的B细胞拮抗剂，如果该受试者具有本文中的一种或多种生物标志物的话。
下面讨论生产、修饰和配制此类拮抗剂和抗体的方法。
IV.拮抗剂的生产
本发明的方法和制品使用或包含B细胞拮抗剂诸如抗体或免疫粘附素。上文记录了用于筛选此类拮抗剂的方法。用于生成此类拮抗剂的方法完全在本领域技术范围之内，包括化学合成、重组生产、杂交瘤生产、肽合成、寡核苷酸合成、噬菌体展示等，取决于所要生产的拮抗剂的类型。
要用于生成或筛选拮抗剂的B细胞表面抗原或B细胞特异性增殖或存活因子可以是例如可溶形式的抗原或增殖/存活因子或其包含期望表位的部分。或者/另外，在其表面表达抗原或表达B细胞特异性存活/增殖因子的细胞可用于生成或筛选拮抗剂。可用于生成拮抗剂的其它形式的B细胞表面标志和增殖/存活因子对本领域技术人员会是显而易见的。
虽然优选的拮抗剂是抗体或免疫粘附素，本文涵盖其它拮抗剂。例如，拮抗剂可包括任选融合或偶联了细胞毒剂的小分子拮抗剂。可以针对本文中感兴趣的B细胞表面抗原或存活/增殖因子筛选小分子文库以鉴定与该抗原或因子结合的小分子。还可以进一步筛查该小分子的拮抗剂性质和/或将其与细胞毒剂偶联。
拮抗剂也可以是通过理性设计(rational design)或噬菌体展示(见例如WO98/35036)生成的肽。在一个实施方案中，所选的分子可以是基于抗体的CDR而设计的“CDR模拟物”或抗体类似物。虽然这些肽可能本身就是拮抗剂，任选地可将它们与细胞毒剂融合以增加或提高肽的拮抗剂性质。
下面的描述例示了用于生产依照本发明使用的抗体拮抗剂的技术。
(i)多克隆抗体
多克隆抗体优选通过在动物中多次皮下(sc)或腹膜内(ip)注射相关抗原和佐剂来生成。使用双功能或衍生化试剂，例如马来酰亚胺苯甲酰磺基琥珀酰亚胺酯(通过半胱氨酸残基偶联)、N-羟基琥珀酰亚胺(通过赖氨酸残基)、戊二醛、琥珀酸酐、SOCl2、或R1N＝C＝NR(其中R和R1是不同的烃基)，将相关抗原与在待免疫物种中有免疫原性的蛋白质偶联可能是有用的，例如匙孔
Figure G2008800186037D01161
血蓝蛋白、血清清蛋白、牛甲状腺球蛋白或大豆胰蛋白酶抑制剂。
通过将例如100μg或5μg蛋白质或偶联物(分别用于兔或小鼠)与3倍体积的弗氏完全佐剂混和并将该溶液皮内注射于多个部位，将动物针对抗原、免疫原性偶联物或衍生物进行免疫。一个月后，通过多个部位的皮下注射，用弗氏完全佐剂中初始量1/5-1/10的肽或偶联物对动物进行加强免疫。7-14天后，采集动物的血液，并测定血清的抗体滴度。对动物进行加强免疫，直到滴度达到平台(plateau)。优选的是，将动物用相同抗原但与不同蛋白质和/或通过不同交联剂偶联得到的偶联物进行加强免疫。偶联物还可在重组细胞培养中作为蛋白质融合物来制备。同样，适当使用凝聚剂诸如明矾来增强免疫应答。
(ii)单克隆抗体
单克隆抗体是由一群基本上同质的抗体获得的，即构成群体的各个抗体相同和/或结合相同表位，除了单克隆抗体生产过程中产生的可能变体，此类变体一般以极小量存在。由此，修饰语“单克隆”指明抗体的特征，即不是分立的或多克隆的抗体的混合物。
例如，单克隆抗体可使用最初由Kohler et al.，Nature 256：495(1975)记载的杂交瘤方法来制备，或者可以通过重组DNA方法(US 4,816,567)来制备。
在杂交瘤方法中，如上所述免疫小鼠或其它适宜的宿主动物，诸如仓鼠，以引发生成或能够生成如下抗体的淋巴细胞，所述抗体将特异性结合用于免疫的蛋白质。或者，可以在体外免疫淋巴细胞。然后，使用合适的融合剂诸如聚乙二醇(PEG)将淋巴细胞与骨髓瘤细胞融合，以形成杂交瘤细胞(参见例如Goding，Monoclonal Antibodies：Principles and Practice，pp.59-103，Academic Press，1986)。
将如此制备的杂交瘤细胞在合适的培养基中接种和培养，所述培养基优选含有抑制未融合的亲本骨髓瘤细胞生长或存活的一种或多种物质。例如，若亲本骨髓瘤细胞缺乏次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶(HGPRT或HPRT)，则用于杂交瘤的培养基典型地将含有次黄嘌呤、氨基喋呤和胸苷(HAT培养基)，这些物质阻止HGPRT缺陷细胞生长。
优选的骨髓瘤细胞是那些高效融合、支持选定抗体生成细胞稳定的高水平生成抗体、并对诸如HAT培养基的培养基敏感的。在这些细胞中，优选的骨髓瘤细胞系是鼠骨髓瘤系，诸如那些可从索尔克研究所细胞分配中心(SalkInstitute Cell Distribution Center，San Diego，CA)获得的MOPC-21和MPC-11小鼠肿瘤及可从ATCC，Manassas，VA)获得的SP-2或X63-Ag8-653细胞衍生的。人骨髓瘤和小鼠-人异源骨髓瘤细胞系用于生成人单克隆抗体也已有记载(Kozbor，J.Immunol.133：3001(1984)；Brodeur et al.，Monoclonal AntibodyProduction Techniques and Applications，pp.51-63，Marcel Dekker，Inc.，NewYork，1987)。
可对杂交瘤细胞正在其中生长的培养液测定针对抗原的单克隆抗体的生成。优选的是，通过免疫沉淀或通过体外结合测定法，诸如RIA或ELISA，测定由杂交瘤细胞生成的单克隆抗体的结合特异性。
单克隆抗体的结合亲和力可通过例如Munson et al.，Anal.Biochem.107：220(1980)的Scatchard分析来测定。
在鉴定得到生成具有期望特异性、亲和力和/或活性的抗体的杂交瘤细胞后，所述克隆可通过有限稀释规程进行亚克隆，并通过标准方法进行培养(Goding，Monoclonal Antibodies：Principles and Practice，pp.59-103，AcademicPress，1986)。适于这一目的的培养基包括例如D-MEM或RPMI-1640培养基。另外，杂交瘤细胞可在动物中作为腹水瘤进行体内培养。
可通过常规免疫球蛋白纯化规程，诸如例如蛋白A-SEPHAROSETM介质、羟磷灰石层析、凝胶电泳、透析或亲和层析，将亚克隆分泌的单克隆抗体与培养液、腹水或血清适当分开。
编码单克隆抗体的DNA易于使用常规规程分离和测序(例如通过使用能够特异性结合编码鼠抗体重链和轻链的基因的寡核苷酸探针)。以杂交瘤细胞作为此类DNA的优选来源。一旦分离，可将DNA置于表达载体中，然后将该表达载体转染到原本不生成免疫球蛋白蛋白质的宿主细胞中，诸如大肠杆菌细胞、猿猴COS细胞、中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或骨髓瘤细胞，以在重组宿主细胞中获得单克隆抗体的合成。关于编码抗体的DNA在细菌中的重组表达的综述性论文包括Skerra et al.，Curr.Opinion in Immunol.5：256-262(1993)和Plückthun，Immunol.Revs.130：151-188(1992)。
在另一个实施方案中，可从使用McCafferty et al.，Nature 348：552-554(1990)所记载的技术构建的噬菌体抗体库中分离抗体或抗体片段。Clacksonet al.，Nature 352：624-628(1991)和Marks et al.，J.Mol.Biol.222：581-597(1991)分别记载了使用噬菌体文库分离鼠和人抗体。后续出版物记载了通过链改组(Marks et al.，Bio/Technology 10：779-783(1992))，以及组合感染和体内重组作为构建非常大的噬菌体文库的策略(Waterhouse et al.，Nuc.Acids Res.21：2265-2266(1993))，生成高亲和力(nM范围)的人抗体。如此，这些技术是用于分离单克隆抗体的传统单克隆抗体杂交瘤技术的可行替代方法。
还可以修饰DNA，例如通过替代即用人重链和轻链恒定域的编码序列代替同源鼠序列(US 4,816,567；Morrison et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA81：6851(1984))，或通过将非免疫球蛋白多肽的整个或部分编码序列与免疫球蛋白编码序列共价接合。
典型的是，用此类非免疫球蛋白多肽替代抗体的恒定域，或者用它们替代抗体的一个抗原结合位点的可变域，以产生嵌合二价抗体，它包含对一种抗原具有特异性的一个抗原结合位点和对不同抗原具有特异性的另一个抗原结合位点。
(iii)人源化抗体
本领域已经记载了用于将非人抗体人源化的方法。优选的是，人源化抗体具有一个或多个从非人来源引入的氨基酸残基。这些非人氨基酸残基常常称作“输入”残基，它们典型的取自“输入”可变域。人源化可基本上遵循Winter及其同事的方法进行(Jones et al.，Nature 321：522-525(1986)；Riechmann et al.，Nature 332：323-327(1988)；Verhoeyen et al.，Science 239：1534-1536(1988))，通过用高变区序列替代相应的人抗体序列。因此，此类“人源化”抗体是嵌合抗体(US 4,816,567)，其中基本上少于整个人可变域用来自非人物种的相应序列替代。在实践中，人源化抗体典型的是其中一些高变区残基和可能的一些FR残基用来自啮齿类抗体中类似位点的残基替代的人抗体。
用于构建人源化抗体的人可变域的选择，包括轻链和重链二者，对于降低抗原性非常重要。依照所谓的“最适”(best-fit)方法，用啮齿类抗体的可变域序列对已知的人可变域序列的整个文库进行筛选。然后选择与啮齿类最接近的人序列作为人源化抗体的人FR(Sims et al.，J.Immunol.151：2296(1993)；Chothia et al.，J.Mol.Biol.196：901(1987))。另一种方法使用由特定轻链或重链可变区亚组的所有人抗体的共有序列衍生的特定FR。同一FR可用于数种不同的人源化抗体(Carter et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：4285(1992)；Presta et al.，J.Immunol.151：2623(1993))。
更为重要的是，抗体在人源化后保持对抗原的高亲和力及其它有利的生物学特性。为了实现这一目标，依照一种优选的方法，通过使用亲本和人源化序列的三维模型分析亲本序列和各种概念性人源化产物的方法来制备人源化抗体。三维免疫球蛋白模型是公众可获得的，且为本领域技术人员所熟悉。可获得图解和显示选定候选免疫球蛋白序列的可能三维构象结构的计算机程序。检查这些显示图像容许分析残基在候选免疫球蛋白序列行使功能中的可能作用，即分析影响候选免疫球蛋白结合其抗原的能力的残基。这样，可从受体和输入序列中选出FR残基并进行组合，从而获得期望的抗体特征，诸如对靶抗原的亲和力提高。一般而言，HVR残基直接且最实质地涉及对抗原结合的影响。
(iv)人抗体
作为人源化的替代方法，可生成人抗体。例如，可生成在缺乏内源免疫球蛋白生成的情况下能够在免疫后生成人抗体完整全集的转基因动物(例如小鼠)。嵌合和种系突变小鼠中抗体重链连接区(JH)基因的纯合删除导致内源抗体生成的完全抑制。在此类种系突变小鼠中转移大量人种系免疫球蛋白基因将导致在抗原攻击时生成人抗体。参见例如Jakobovits et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：2551(1993)；Jakobovits et al.，Nature 362：255-258(1993)；Bruggermann et al.，Year in Immuno.7：33(1993)；及US 5,591,669、5,589,369和5,545,807。
或者，噬菌体展示技术(McCafferty et al.，Nature 348：552-553(1990))可用于在体外从来自未免疫供体的免疫球蛋白可变(V)域基因全集生成人抗体和抗体片段。依照这种技术，将抗体V结构域基因以符合读码框的方式克隆到丝状噬菌体诸如M13或fd的主要或次要外壳蛋白基因中，并在噬菌体颗粒表面上展示为功能性抗体片段。因为丝状噬菌体颗粒包含噬菌体基因组的单链DNA拷贝，以抗体的功能特性为基础进行的选择也导致编码展示那些特性的抗体的基因的选择。如此，噬菌体模拟B细胞的一些特性。噬菌体展示可以多种格式进行；有关综述参见例如Johnson and Chiswell，Current Opinion inStructural Biology 3：564-571(1993)。V基因区段的数种来源可用于噬菌体展示。Clackson et al.，Nature 352：624-628(1991)从衍生自经免疫小鼠脾的小型V基因随机组合文库中分离得到大量不同的抗噁唑酮抗体。可本质上遵循Marks et al.，J.Mol.Biol.222：581-597(1991)或Griffith et al.，EMBO J.12：725-734(1993)所记载的技术，自未免疫人供体构建V基因全集和分离针对大量不同抗原(包括自身抗原)的抗体。还可参见US 5,565,332和5,573,905。
还可以由体外激活的B细胞来生成人抗体(参见例如US 5,567,610和5,229,275)。
(v)抗体片段
已经开发了用于生成抗体片段的多种技术。传统上，通过蛋白水解消化完整抗体来衍生这些片段(参见例如Morimoto et al.，J.Biochem.Biophys.Meth.24：107-117(1992)；Brennan et al.，Science 229：81(1985))。然而，现在可直接由重组宿主细胞生成这些片段。例如，可从上文讨论的噬菌体抗体库中分离抗体片段。或者，可直接从大肠杆菌回收Fab’-SH片段并化学偶联以形成F(ab’)2片段(Carter et al.，Bio/Technology 10：163-167(1992))。依照另一种方法，可直接从重组宿主细胞培养物分离F(ab’)2片段。用于生成抗体片段的其它技术对熟练从业人员将是显而易见的。在其它实施方案中，选择的抗体是单链Fv片段(scFv)。参见WO 1993/16185；US 5,571,894；和US 5,587,458。抗体片段还可以是“线性抗体”，例如如US 5,641,870中所记载的。此类线性抗体片段可以是单特异性的或双特异性的。
(vi)双特异性抗体
双特异性抗体指具有对至少两种不同表位的结合特异性的抗体。例示性的双特异性抗体可结合CD20抗原的两种不同表位。其它此类抗体可以结合CD20并进一步结合第二B细胞表面标志或B细胞特异性增殖/存活因子诸如抗CD22抗体。或者，可将抗CD20结合臂与结合白细胞上触发分子诸如T细胞受体分子(例如CD2或CD3)或IgG的Fc受体(FcγR)(诸如FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)和FcγRIII(CD16))的臂组合在一起，使得细胞防御机制聚焦于B细胞。双特异性抗体还可用于将细胞毒剂定位于B细胞。这些抗体具有CD20结合臂和结合细胞毒剂(例如肥皂草毒蛋白、抗干扰素-α、长春花生物碱类、蓖麻毒蛋白A链、MTX或放射性同位素半抗原)的臂。可将双特异性抗体制备成全长抗体或抗体片段(例如F(ab’)2双特异性抗体)。
用于构建双特异性抗体的方法是本领域已知的。传统的全长双特异性抗体生产是基于两对免疫球蛋白重链-轻链的共表达，其中两种链具有不同的特异性(Millstein et al.，Nature 305：537-539(1983))。由于免疫球蛋白重链和轻链的随机分配，这些杂交瘤(四源杂交瘤(quadroma))生成10种不同抗体分子的潜在混合物，其中只有一种具有正确的双特异性结构。通常通过亲和层析步骤进行的正确分子的纯化相当麻烦且产物产量低。WO 1993/08829及Traunecker et al.，EMBO J.10：3655-3659(1991)中披露了类似的规程。
依照一种不同的方法，将具有期望结合特异性(抗体-抗原结合位点)的抗体可变域与免疫球蛋白恒定域序列融合。融合优选使用包含至少部分铰链、CH2和CH3区的免疫球蛋白重链恒定域。优选的是，在至少一种融合物中，重链第一恒定区(CH1)包含轻链结合所必需的位点。将编码免疫球蛋白重链融合物和(如果需要)免疫球蛋白轻链的DNA插入分开的表达载体，并共转染到合适的宿主生物体中。在用于构建的三种多肽链比例不等时提供最佳产量的实施方案中，这为调整三种多肽片段的相互比例提供了极大的灵活性。然而，在至少两种多肽链以相同比率表达导致高产量时或在该比率没有特别意义时，有可能将两种或所有三种多肽链的编码序列插入同一个表达载体。
在该方法的一个优选实施方案中，双特异性抗体由一个臂上具有第一结合特异性的杂合免疫球蛋白重链和另一个臂上的杂合免疫球蛋白重链/轻链对(提供第二结合特异性)构成。由于免疫球蛋白轻链仅在半个双特异性分子中的存在提供了分离的便利途径，因此发现这种不对称结构便于将期望的双特异性复合物与不想要的免疫球蛋白链组合分开。该方法披露于WO94/04690。关于生成双特异性抗体的进一步详情参见例如Suresh et al.，Methods in Enzymology 121：210(1986)。
依照US 5,731,168中记载的另一种方法，可改造一对抗体分子之间的界面，以将从重组细胞培养物回收的异二聚体的百分比最大化。优选的界面包含至少部分抗体恒定域的CH3结构域。在该方法中，将第一抗体分子的界面的一个或多个小氨基酸侧链用较大侧链(例如酪氨酸或色氨酸)替换。通过将大氨基酸侧链用较小氨基酸侧链(例如丙氨酸或苏氨酸)替换，在第二抗体分子的界面上产生针对大侧链的相同或相似大小的补偿性“空腔”。这提供了较之其它不想要的终产物诸如同二聚体提高异二聚体产量的机制。
双特异性抗体包括交联的或“异源偶联的”抗体。例如，异源偶联物中的一种抗体可与亲合素偶联，另一种抗体与生物素偶联。例如，此类抗体建议用于将免疫系统细胞靶向不想要的细胞(US 4,676,980)，及用于治疗HIV感染(WO 1991/00360、WO 1992/020373和EP 03089)。可使用任何便利的交联方法来制备异源偶联抗体。合适的交联剂是本领域众所周知的，并且连同许多交联技术一起披露于例如US 4,676,980。
文献中还记载了自抗体片段生成双特异性抗体的技术。例如，可使用化学连接来制备双特异性抗体。Brennan et al.，Science 229：81(1985)记载了通过蛋白水解切割完整抗体以生成F(ab’)2片段的规程。将这些片段在存在二硫醇络合剂亚砷酸钠时还原，以稳定邻近的二硫醇并防止分子间二硫键的形成。然后将产生的Fab’片段转变为硫代硝基苯甲酸酯(TNB)衍生物。然后将Fab’-TNB衍生物之一通过巯基乙胺的还原重新恢复成Fab’-硫醇，并与等摩尔量的另一种Fab’-TNB衍生物混合，以形成双特异性抗体。产生的双特异性抗体可用作酶的选择性固定化试剂。
还已记载了直接从重组细胞培养物制备和分离双特异性抗体片段的多种技术。例如，已使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体。参见例如Kostelny etal.，J.Immunol.148(5)：1547-1553(1992)。将来自Fos和Jun蛋白的亮氨酸拉链肽通过基因融合与两种不同抗体的Fab’部分连接。抗体同二聚体在铰链区还原而形成单体，然后重新氧化而形成抗体异二聚体。这种方法也可用于生成抗体同二聚体。由Holliger et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：6444-6448(1993)记载的“双抗体”技术提供了构建双特异性抗体片段的替代机制。该片段包含通过接头相连的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)，所述接头太短使得同一条链上的两个结构域之间不能配对。因此，迫使一个片段上的VH和VL结构域与另一个片段上的互补VL和VH结构域配对，由此形成两个抗原结合位点。还已报道了通过使用单链Fv(sFv)二聚体构建双特异性抗体片段的另一种策略。Gruber et al.，J.Immunol.152：5368(1994)。
设想了具有多于两个效价的抗体。例如，可制备三特异性抗体。参见例如Tutt et al.，J.Immunol.147：60(1991)。
V.对拮抗剂的修饰
本文涵盖对拮抗剂的修饰。例如，可以将拮抗剂与多种非蛋白质性质聚合物中的一种相连，例如PEG、聚丙二醇、聚氧化烯、或PEG与聚丙二醇的共聚物。连接有一个或多个PEG分子的抗体片段(诸如Fab’)是本发明的一个治疗性实施方案。
本文所公开的拮抗剂还可以配制为脂质体。含有拮抗剂的脂质体通过本领域已知的方法制备，诸如Epstein et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA，82：3688(1985)；Hwang et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA，77：4030(1980)；US 4,485,045和4,544,545；及WO 1997/38731。US 5,013,556披露了循环时间增强的脂质体。
特别有用的脂质体可以用包含磷脂酰胆碱、胆固醇和PEG衍生化的磷脂酰-乙醇胺(PEG-PE)的脂质组合物通过反相蒸发方法产生。将脂质体挤压通过限定孔径的滤器而产生具有所需直径的脂质体。本发明抗体的Fab’片段可以通过二硫键交换反应与Martin et al.J.Biol.Chem.257：286-288(1982)所述的脂质体偶联。脂质体中任选含有化疗剂。参见Gabizon et al.J.NationalCancer Inst.81(19)：1484(1989)。
设想了本文所述蛋白质或肽拮抗剂的氨基酸序列修饰。例如，可能希望改进拮抗剂的结合亲和力和/或其它生物学特性。通过将适宜的核苷酸改变引入拮抗剂编码核酸或者通过肽合成来制备拮抗剂的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如拮抗剂氨基酸序列内的残基删除和/或插入和/或替代。只要最终的构建物具有期望特性，可进行删除、插入和替代的任意组合以获得最终的构建物。氨基酸变化还可改变拮抗剂的翻译后加工，诸如改变糖基化位点的数目或位置。
可用于鉴定拮抗剂中作为优选诱变位置的某些残基或区域的一种方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如Cunningham and Wells，Science 244：1081-1085(1989)所述。这里，鉴定了一个残基或一组靶残基(例如带电荷的残基，诸如精氨酸、天冬氨酸、组氨酸、赖氨酸和谷氨酸)，并用中性或带负电荷的氨基酸(最优选丙氨酸或聚丙氨酸)替代，以影响氨基酸与抗原的相互作用。然后通过在或对替代位点引入更多或其它变体，推敲那些对替代展现出功能敏感性的氨基酸位置。如此，虽然引入氨基酸序列变异的位点是预先决定的，但是突变本身的性质不需要预先决定。例如，为了分析在给定位点处的突变的后果，在靶密码子或区域进行丙氨酸扫描或随机诱变，并对所表达的拮抗剂变体筛选期望活性。
氨基酸序列插入包括氨基和/或羧基末端的融合，长度范围从一个残基至包含上百个或更多残基的多肽，以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N-末端甲硫氨酰残基的拮抗剂或者与细胞毒性多肽融合的拮抗剂。拮抗剂分子的其它插入变体包括在拮抗剂的N-或C-末端融合酶或提高拮抗剂血清半衰期的多肽。
另一类变体是氨基酸替代变体。这些变体在拮抗剂分子中有至少一个氨基酸残基用不同残基替换。抗体拮抗剂中最感兴趣的替代诱变位点包括高变区，但也设想了FR改变。保守替代在表1中显示在标题“优选替代”下。如果此类替代导致生物学活性的改变，那么可以引入表1中称为“例示替代”的更实质性改变，或如下文中关于氨基酸种类的进一步描述，并筛选产物。
表1
  原始残基  例示替代   优选替代
  Ala(A)  Val；Leu；Ile   Val
  Arg(R)  Lys；Gln；Asn   Lys
  Asn(N)  Gln；His；Asp；Lys；Arg   Gln
  Asp(D)  Glu；Asn   Glu
  Cys(C)  Ser；Ala   Ser
  Gln(Q)  Asn；Glu   Asn
  Glu(E)  Asp；Gln   Asp
  Gly(G)  Ala   Ala
  His(H)  Asn；Gln；Lys；Arg   Arg
  Ile(I)  Leu；Val；Met；Ala；Phe；正亮氨酸   Leu
  Leu(L)  正亮氨酸；Ile；Val；Met；Ala；Phe   Ile
  Lys(K)  Arg；Gln；Asn   Arg
  Met(M)  Leu；Phe；Ile   Leu
  原始残基  例示替代   优选替代
  Phe(F)  Leu；Val；Ile；Ala；Tyr   Tyr
  Pro(P)  Ala   Ala
  Ser(S)  Thr   Thr
  Thr(T)  Ser   Ser
  Trp(W)  Tyr；Phe   Tyr
  Tyr(Y)  Trp；Phe；Thr；Ser   Phe
  Val(V)  Ile；Leu；Met；Phe；Ala；正亮氨酸   Leu
对拮抗剂生物学特性的实质性修饰通过选择在保持以下方面的效果上显著不同的替代来完成：(a)替代区域的多肽主链的结构，例如作为折叠片或螺旋构象，(b)靶位点处分子的电荷或疏水性，或(c)侧链的体积。基于共同的侧链特性，可将天然存在残基如下分组：
(1)疏水性的：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性、亲水性的：Cys、Ser、Thr；
(3)酸性的：Asp、Glu；
(4)碱性的：Asn、Gln、His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；和
(6)芳香族的：Trp、Tyr、Phe。
非保守替代将需要用这些类别之一的一个成员替换另一个类别的一个成员。
任何不牵涉保持拮抗剂正确构象的半胱氨酸残基也可替代，一般用丝氨酸，以改进分子的氧化稳定性和防止异常交联。相反，可向拮抗剂中添加半胱氨酸键以改进其稳定性(特别是当拮抗剂是抗体片段诸如Fv片段时)。
特别优选的一类替代变体牵涉替代亲本抗体的一个或多个HVR残基。通常，选择用于进一步开发的所得变体相对于产生它们的亲本抗体将具有改良的生物学特性。用于产生此类替代变体的一种便利方法是使用噬菌体展示的亲和力成熟。简单的说，将数个HVR位点(例如6-7个位点)突变，在每个位点产生所有可能的氨基酸替代。如此产生的抗体变体以单价形式展示在丝状噬菌体颗粒上，作为与每个颗粒内包装的M13基因III产物的融合物。然后如本文所公开的对噬菌体展示的变体筛选其生物学活性(例如结合亲和力)。可实施丙氨酸扫描诱变来鉴定对抗原结合有显著贡献的候选HVR残基，供可能的修饰用。或者/另外，分析抗原-抗体复合物的晶体结构，以鉴定抗体与抗原之间的接触点可能是有益的。此类接触残基及邻近残基是依照本文详述的技术进行替代的候选位点。一旦产生此类变体，就如本文所述对该组变体进行筛选，可选择在一种或多种相关测定法中具有优良特性的抗体用于进一步的开发。
拮抗剂的另一类氨基酸变体改变了拮抗剂的原始糖基化样式。此类改变包括删除在拮抗剂中发现的一个或多个碳水化合物模块，和/或添加拮抗剂中不存在的一个或多个糖基化位点。
多肽的糖基化典型的或是N-连接的或是O-连接的。N-连接指碳水化合物模块附着于天冬酰胺残基的侧链。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸(其中X是除脯氨酸外的任何氨基酸)是将碳水化合物模块酶促附着于天冬酰胺侧链的识别序列。如此，多肽中这两种三肽序列任一的存在产生了潜在的糖基化位点。O-连接的糖基化指将糖类N-乙酰半乳糖胺、半乳糖或木糖之一附着于羟基氨基酸，最常见的是丝氨酸或苏氨酸，但也可使用5-羟脯氨酸或5-羟赖氨酸。
向拮抗剂中添加糖基化位点通常通过改变氨基酸序列使其包含一个或多个上述三肽序列来实现(用于N-连接的糖基化位点)。所述改变还可通过向原始拮抗剂的序列中添加或替代一个或多个丝氨酸或苏氨酸残基来进行(用于O-连接的糖基化位点)。
若抗体包含Fc区，则可改变附着其上的碳水化合物。例如，US2003/0157108(Presta)中记载了有缺少岩藻糖的成熟碳水化合物结构附着于抗体Fc区的抗体。还可参见US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.，Ltd.)。WO 2003/011878(Jean-Mairet et al.)和US 6,602,684(Umana et al.)中提到了在附着于抗体Fc区的碳水化合物中有等分N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)的抗体。WO 1997/30087(Patel et al.)中报告了在附着于抗体Fc区的寡糖中有至少一个半乳糖残基的抗体。关于有更改碳水化合物附着于其Fc区的抗体还可参见WO 1998/58964(Raju)和WO 1999/22764(Raju)。还可参见US2005/0123546(Umana et al.)；US 2004/0072290(Umana et al.)；US2003/0175884(Umana et al.)；WO 2005/044859(Umana et al.)和US2007/011128(SSondermann et al.)，关于具有经修饰的糖基化的抗原结合分子，包括Fc区含有N-连接的寡糖的抗体；及US 2007/0010009(Kanda et al.)。
本文中的优选糖基化变体包含Fc区，其中附着于Fc区的碳水化合物结构缺少岩藻糖。此类变体具有改进的ADCC功能。任选的是，Fc区还包含进一步改进ADCC的一个或多个氨基酸替代，例如Fc区位置298、333和/或334处的替代(Eu残基编号)。涉及“脱岩藻糖型”或“岩藻糖缺乏型”抗体的出版物的例子包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；US2006/0063254；US 2006/0064781；US 2006/0078990；US 2006/0078991；Okazaki et al.，J.Mol.Biol.，336：1239-1249(2004)；及Yamane-Ohnuki et al.，Biotech.Bioeng.，87：614(2004)。生成脱岩藻糖化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖化缺陷的Lec13 CHO细胞(Ripka et al.，Arch.Biochem.Biophys.249：533-545(1986)；US 2003/0157108A1(Presta)；及WO 2004/056312(Adams et al.，尤其是实施例11)和敲除细胞系，诸如α-1，6-岩藻糖转移酶基因FUT8敲除的CHO细胞(Yamane-Ohnuki et al.，Biotech.Bioeng.87：614(2004))。还可参见Kanda et al.，Biotechnol.Bioeng.，94：680-688(2006)。US2007/0048300(Biogen-IDEC)披露了生产具有期望的效应器功能、含无糖基化Fc的多肽(诸如抗体)的方法，以及依照该方法生产的无糖基化抗体，和使用此类抗体作为治疗剂的方法。还可参见US 7,262,039，其涉及具有α-1，3-岩藻糖基转移酶活性的多肽，包括使用该多肽生产含岩藻糖的糖链的方法。
还可参见US 2006/024304(Gerngross et al.)；US 7,029,872(Gerngross)；US 2004/018590(Gerngross et al.)；US 2006/034828(Gerngross et al.)；US2006/034830(Gerngross et al.)；US 2006/029604(Gerngross et al.)；WO2006/014679(Gerngross et al.)；WO 2006/014683(Gerngross et al.)；WO2006/014685(Gerngross et al.)；WO 2006/014725(Gerngross et al.)；WO2006/014726(Gerngross et al.)；和US 2007/0248600/WO 2007/115813(Hansenet al.)，关于重组糖蛋白和糖蛋白变体。
编码拮抗剂氨基酸序列变体的核酸分子可通过本领域已知的多种方法制备。这些方法包括但不限于从天然来源分离(在天然存在氨基酸序列变体的情况中)，或者通过对早期制备的变体或非变体形式的拮抗剂进行寡核苷酸介导的(或定点)诱变、PCR诱变和盒式诱变来制备。
可能希望在效应器功能方面修饰本文中所使用的拮抗剂，例如增强拮抗剂的ADCC和/或CDC。这可通过在抗体拮抗剂Fc区中引入一处或多处氨基酸替代来实现。或者/另外，可在Fc区中引入半胱氨酸残基，从而容许在该区中形成链间二硫键。如此产生的同二聚体抗体可具有改良的内在化能力和/或提高的补体介导的细胞杀伤和ADCC。参见Caron et al.，J.Exp.Med.176：1191-1195(1992)和Shopes，J.Immunol.148：2918-2922(1992)。同二聚体抗体还可使用如Wolff et al.，Cancer Research 53：2560-2565(1993)中记载的异双功能交联剂来制备。或者，抗体可改造成具有双重Fc区，由此可具有增强的补体溶胞和ADCC能力。参见Stevenson et al.，Anti-Cancer Drug Design3：219-230(1989)。WO 2000/42072(Presta，L.)记载了在存在人效应细胞时具有改良的ADCC功能的抗体，其中所述抗体在其Fc区中包含氨基酸替代。
WO 1999/51642和US 6,194,551、6,242,195、6,528,624和6,538,124(Idusogie et al.)中记载了具有改变的C1q结合和/和CDC的抗体。所述抗体在其Fc区的第270、322、326、327、329、313、333和/或334位氨基酸中的一个或多个处包含氨基酸替代。
为了延长拮抗剂的血清半衰期，可将补救受体结合表位掺入拮抗剂(尤其是抗体片段)，如例如US 5,739,277中所记载的。在用于本文时，术语“补救受体结合表位”指IgG分子(例如IgG1、IgG2、IgG3或IgG4)的Fc区中负责延长IgG分子体内血清半衰期的表位。具有其Fc区中的替代和延长的血清半衰期的抗体也记载于WO 2000/42072(Presta，L.)。
还设想了具有三个或更多(优选四个)功能性抗原结合位点的工程化抗体。参见US 2002/0004587，Miller et al.。
VI.药物配制剂
依照本发明使用的拮抗剂的治疗用配制剂通过将具有期望纯度的拮抗剂与任选的药剂学可接受的载体、赋形剂或稳定剂混合，以冻干配制剂或水溶液的形式制备供贮存。关于配制剂的一般信息参见例如Gilman et al.(编)，The Pharmacological Bases of Therapeutics，第8版(Pergamon Press，1990)；Gennaro(编)，Remington′s Pharmaceutical Sciences，第18版(Mack PublishingCo.，Eastori，Pennsylvania，1990)；Avis et al.(编)，Pharmaceutical DosageForms：Parenteral Medications(Dekker，New York，1993)；Lieberman et al..(编)，Pharmaceutical Dosage Forms：Tablets(Dekker，New York，1990)；Lieberman et al.(编)Pharmaceutical Dosage Forms：Disperse Systems(Dekker，New York，1990)；及Walters(编)，Dermatological and TransdermalFormulations(Drugs and the Pharmaceutical Sciences)，卷119(Dekker，NewYork，2002)。
可接受的载体、赋形剂或稳定剂在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的，包括缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵、苯索氯铵；苯酚、丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烷基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如乙二胺四乙酸(EDTA)；糖类，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐反荷离子，诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如TWEENTM、PLURONICSTM或PEG。
例示性的抗CD20抗体配制剂记载于WO 1998/56418中，其记载了一种液体多剂配制剂，包含40mg/mL rituximab，25mM乙酸盐，150mM海藻糖，0.9％苯甲醇，和0.02％POLYSORBATE 20TM pH5.0，最小保存期是在2-8℃保存两年。另一种感兴趣的抗CD20配制剂在9.0mg/mL氯化钠，7.35mg/mL二水合柠檬酸钠，0.7mg/mL POLYSORBATE 80TM，和注射用无菌水pH6.5中包含10mg/mL rituximab。
适于皮下施用的冻干配制剂记载于例如US 6,267,958(Andya et al.)。此类冻干配制剂可以用合适的稀释剂重建至高蛋白质浓度，重建的配制剂可皮下施用于本文中待治疗的哺乳动物。
还涵盖拮抗剂的结晶形式。参见例如US 2002/0136719A1(Shenoy et al.)。
本文中的配制剂还可含有超过一种活性化合物(上文提到的第二治疗药物)，优选那些活性互补且彼此没有不利影响的。此类治疗药物的类型和有效量取决于例如配制剂中存在的B细胞拮抗剂的量和类型，以及受试者的临床参数。优选的此类第二治疗药物如上所述。
活性成分还可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)、在胶状药物投递系统中(例如脂质体、清蛋白微球体、微乳剂、纳米颗粒和纳米胶囊)、或在粗滴乳状液中。此类技术公开于例如《Remington’sPharmaceutical Sciences》，见上文。
可制备持续释放配制剂。持续释放制剂的合适例子包括含有所述拮抗剂的固体疏水性聚合物半透性基质，该基质是定型产品的形式，例如薄膜或微胶囊。持续释放基质的例子包括聚酯、水凝胶(例如聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚交酯(US 3,773,919)、L-谷氨酸与L-谷氨酸γ乙酯的共聚物、不可降解的乙烯-乙酸乙烯共聚物、可降解的乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON DEPOTJTM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射微球体)及聚-D-(-)-3-羟基丁酸。
用于体内施用的配制剂必须是无菌的。这可容易地通过使用无菌滤膜过滤来实现。
VII.制品
为了用于检测生物标志物，本发明提供了试剂盒或制品。此类试剂盒可用于确定患有RA的受试者是否会对B细胞拮抗剂产生有效响应。这些试剂盒可包括载体手段，其隔室化以接纳紧密排列的一个或多个容器，诸如管形瓶、管等，每个容器装有本发明方法中要使用的不同成分之一。例如，所述容器之一可以装有可检测标记的或可以可检测标记的探针。此类探针可以是本发明的抗体。此类探针可以是分别对蛋白质或自身抗体标志物或PTPN22或SE基因或信使(message)特异性的抗体或多核苷酸。若试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸，则试剂盒还可具有装有用于扩增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或装有报告手段(诸如结合至报告分子(诸如酶、荧光、或放射性同位素标记物的生物素结合蛋白，例如亲合素或链霉亲合素)的容器。
此类试剂盒通常会包括上文所述容器和一个或多个其它容器，其中装有从商业和使用者观点看有需要的材料，包括缓冲剂、稀释剂、滤器、针头、注射器、和印有使用说明的包装插页。容器上可存在标签，以指示该组合物用于具体的应用，而且还可指示体内或体外使用的说明，诸如上文所描述的那些。
本发明的试剂盒有许多实施方案。一个典型的实施方案是一种试剂盒，包括容器、容器上的标签、和装在容器内的组合物，其中所述组合物包括一种或多种在严格条件下与PTPN22 SNP的和/或SE的互补物发生杂交的多核苷酸，而所述容器上的标签指示该组合物可用于评估样品中PTPN22 SNP和/或SE的存在情况，且其中所述试剂盒包括说明书，其关于使用该多核苷酸来评估特定样品类型中SNP和/或SE RNA或DNA的存在情况。
另一个方面是一种试剂盒，包括容器、容器上的标签、和装在容器内的组合物，其中所述组合物包括结合蛋白质或自身抗体生物标志物的一抗，而且所述容器上的标签指示该组合物可用于评估样品中此类蛋白质或抗体的存在情况，且其中所述试剂盒包括说明书，其关于使用该抗体来评估特定样品类型中生物标志物蛋白质的存在情况。所述试剂盒可进一步包括一套用于制备样品并将抗体应用于样品的说明书和材料。所述试剂盒可以包括一抗(primary antibody)和二抗(secondary antibody)二者，其中所述二抗偶联有标记物，例如酶标记物。
试剂盒中的其它任选成分包括一种或多种缓冲液(例如封闭缓冲液、清洗缓冲液、底物缓冲液等)、其它试剂(诸如可以被酶标记物化学改变的底物，例如色原)、表位修复液、对照样品(阳性和/或阴性对照)、对照载玻片等。试剂盒还可包括用于解释使用该试剂盒获得的结果的说明。
在又一个具体的实施方案中，对于基于抗体的试剂盒，所述试剂盒可包括例如：(1)第一抗体(例如附着至固体支持物的)，其结合生物标志物蛋白；和任选的(2)不同的第二抗体，其结合所述蛋白质或所述第一抗体且偶联有可检测标记物。
对于基于寡核苷酸的试剂盒，所述试剂盒可包括例如：(1)寡核苷酸，例如可检测标记的寡核苷酸，其与编码生物标志物蛋白的核酸序列发生杂交，或(2)一对引物，其可用于扩增生物标志物核酸分子。所述试剂盒还可包括例如缓冲剂、防腐剂、和蛋白质稳定剂。所述试剂盒可进一步包括检测可检测标记物所必需的成分(例如酶或底物)。所述试剂盒还可包括对照样品或一系列对照样品，其能被测定并与测试样品进行比较。所述试剂盒的每种成分可以封装在单独的容器内，而各个容器都可与说明书(用于解释使用该试剂盒实施的测定的结果)一起包括在单个包装内。
本发明还提供了包含可用于治疗RA的材料的制品。所述制品包括容器和容器上或伴随容器的标签或包装插页。在此方面，包装插页在容器上或伴随容器。合适的容器包括例如瓶(bottles)、管形瓶(vials)、注射器(syringes)、等。所述容器可以用多种材料诸如玻璃或塑料制成。所述容器容纳或装有有效治疗RA的拮抗剂，并可以具有无菌出入口(例如该容器可以是具有可被皮下注射针头刺穿的塞子的静脉内溶液袋或管形瓶)。组合物中的至少一种活性剂是B细胞拮抗剂。标签或包装插页指明该组合物用于治疗适于治疗的受试者中的RA，及关于所提供拮抗剂和任何其它药物的给药量和间隔的具体指示。
所述制品可以进一步包括第二容器，该容器装有药学可接受的稀释缓冲剂，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏(Ringer)溶液、和右旋糖溶液。制品还可包括从商业和使用者观点看有需要的其它材料，包括其它缓冲剂、稀释剂、滤器、针头、和注射器。
本文中的试剂盒和制品还包括信息，例如以包装插页或标签的形式，指示所述组合物用于治疗RA，其中在来自患病患者的遗传样品中检测显示本文中多态性和/或SE的基因型。任选的是，所述标签或包装插页可指示在SNP或SE其中之一或二者的存在之外，可检测其它合适的生物标志物，诸如抗CCP和/或RF的血清阳性。所述插页或标记物可采取任何形式，诸如纸或电子介质，例如磁记录介质(例如软盘)或CD-ROM。所述标签或插页还可包括关于所述试剂盒或制品中药物组合物和剂量形式的其它信息。
一般而言，此类信息帮助患者和医师高效且安全地使用所包装的药物组合物和剂量形式。例如，所述插页中可提供关于拮抗剂的下列信息：药动学、药效学、临床研究、功效参数、适应症和用法、禁忌症、警告、预防、不良反应、过剂量、正确剂量和施用、如何补给、正确贮存条件、参考文献和专利信息。
在本发明的一个具体实施方案中，提供了一种制品，包括包装在一起的药物组合物和标签，所述药物组合物包含B细胞拮抗剂和药学可接受载体，所述标签陈述了所述拮抗剂或药物组合物指示用于治疗患有RA的患者，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W SNP和/或SE。这可通过评估PTPN22 R620W SNP和/或SE生物标志物的遗传表达来显示。进一步的，该标签可指示可评估另外的适宜的生物标志物，例如抗CCP和RF其中之一或二者的血清阳性。该方法可应用于关节损伤。
在一个优选的实施方案中，本文中的制品进一步包括装有第二药物的容器，其中拮抗剂是第一药物，且该制品进一步在包装插页上包含用有效量的第二药物治疗患者的说明书。第二药物可以是任何上面列出的那些药物，包括免疫抑制剂、皮质类固醇、DMARD、整联蛋白拮抗剂、NSAID、细胞因子拮抗剂、二膦酸盐、或其组合，更优选DMARD、NSAID、细胞因子拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、或免疫抑制剂。最优选的是，所述第二药物是MTX。
本发明还提供了制造B细胞拮抗剂或其药物组合物的方法，包括在包装中组合拮抗剂或药物组合物与标签，所述标签陈述了所述拮抗剂或药物组合物指示用于治疗患有RA的患者，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W SNP或SE或二者。这可通过评估PTPN22 R620W SNP和/或SE生物标志物的遗传表达来显示。该标签还可指示可评估另外的合适的生物标志物，例如抗CCP和RF其中之一或二者的血清阳性。该方法可应用于关节损伤。
本发明还提供了为患有RA的患者提供治疗选项的方法，包括与包装插页一起在管形瓶中包装B细胞拮抗剂，所述包装插页含有治疗患有RA的患者的指示，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W SNP或SE、或SNP和SE二者。该方法可应用于关节损伤。
VIII.做广告的方法
本文中的发明还涵盖一种用于为B细胞拮抗剂或其药学可接受组合物做广告的方法，其包括给目标受众宣传所述拮抗剂或其药用组合物用于治疗患有RA的患者或患者群体的用途，自所述患者或患者群体获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W SNP或SE、或SNP和SE二者。这可通过评估PTPN22R620W SNP或SE、或SNP和SE二者生物标志物的遗传表达来显示。该方法任选包括另外评估其它生物标志物，包括抗CCP和RF其中之一或二者的血清阳性。该方法可应用于关节损伤。
做广告为经由非个人媒体进行的、通常付费的通讯，其中发起人受到鉴别且信息受到控制。为本文目的的做广告包括宣传(publicity)、公共关系(public relations)、产品布置(product placement)、赞助(sponsorship)、保险(underwriting)、和促销(sales promotion)。该术语还包括出现在任何印刷传播媒体中的商业信息公告，其设计用于引起大众的兴趣以劝说、通知、宣传、激发、或以其它方式改变行为，向购买、支持、或认可本文中发明的有利方式发展。
本文中诊断和治疗方法的广告和宣传可通过任何手段实现。用于传递这些信息的广告媒体的例子包括电视、电台、电影、杂志、报纸、因特网、和告示板，包括商业性的，即出现在广播媒体中的信息。广告还包括那些在食品货车座位上、机场通道墙壁上、和公共汽车侧面上的广告、或电话等候信息或店内布告(PA)系统中听到的广告、或可放置视觉或听觉通讯的任何地方的广告。宣传或做广告手段的更特定的例子包括电视、电台、电影、因特网(诸如网络传播和网络研讨会(webinar))、意图到达同步用户的交互式计算机网络、固定的或电子的告示板和其它公共标牌、海报、传统的或电子的文献(诸如杂志和报纸)、其它媒体渠道、讲座或个体接触，例如通过电子邮件、电话、即时信息、邮寄、快递、大众(mass)、或载体邮件(carrier mail)、亲自访问等进行。
所使用的做广告的类型会取决于许多因素，例如待传达的目标受众的性质，例如医院、保险公司、诊所、医生、护士、和患者，以及成本考虑和管理药物和诊断剂做广告的相关管辖权法律和条例。可根据由服务相互作用和/或其它数据(诸如用户人口统计状况和地理学定位)限定的用户表征使做广告个性化或用户化。
本领域已知的许多备选实验方法可以在本发明的实施中成功替代本文中具体记载的实验方法，诸如例如与本发明有关的技术领域中可得到的手册、教科书和网站中记载的(例如，Using Antibodies，A Laboratory Manual，Harlow，E.and Lane，D.，编(Cold Spring Harbor Laboratory Press，New York，1999)；Roe et.al.，DNA Isolation and Sequencing(Essential Techniques Series)(John Wiley & Sons，1996)；Methods in Enzymology：Chimeric Genes andProteins，Abelson et al.，编(Academic Press，2000)；Molecular Cloning：aLaboratory Manual，第3版，Sambrook and MacCallum著，(Cold Spring HarborLaboratory Press，New York，2001)；Current Protocols in Molecular Biology，Ausubel et al.，编(John Wiley & Sons，1987)及定期更新版；PCR：ThePolymerase Chain Reaction，(Mullis et al.，编，1994)；Current Protocols inProtein Science，Coligan，编(John Wiley & Sons，2003)；及Methods inEnzymology：Guide to Protein Purification，Vol.182，Deutscher，编(AcademicPress，Inc.，1990))。
以下非限制性实施例例示了本发明的进一步详情。通过述及明确将本说明书中所有引文的公开内容收入本文。
实施例
统计方法
统计任务可包含以下步骤：
1.候选生物标志物的预选择
2.有关临床功效响应预测性协变量的预选择
3.单变量水平的生物标志物预测函数的选择
4.在单变量水平包括临床协变量的生物标志物预测函数的选择
5.多变量水平的生物标志物预测函数的选择
6.在多变量水平包括临床协变量的生物标志物预测函数的选择
下文详述不同的步骤：
1：候选生物标志物的预选择：候选生物标志物的统计学预选择的方向指向与临床受益各度量的关联强度。为此目的，可以将不同临床终点变换成推导得出的替代得分，像例如关于进展时间(time to progression，TTP)的临床受益得分程度的依次指派，避免检查观察(censored observations)。这些替代变换度量能容易地用于简单相关分析，例如通过非参数Spearman等级相关办法。一种备选方法是使用生物标志物度量作为时间对事件回归模型(像例如Cox比例危害回归)中的计量协变量。取决于生物标志物数值的统计学分布，此步骤可要求一些预加工，像例如变异稳定化变换和使用合适的标尺，或者标准化步骤诸如使用百分点代替原始测量结果。另一个办法是检查双变量散布图，例如通过在单患者基础上显示(x轴＝生物标志物数值，y轴＝临床受益的度量)的散布。有些非参数回归线(像通过例如平滑样条(smoothing splines)函数而实现的)对于显现生物标志物与临床受益的关联是有用的。
这些不同办法的目的是显示与所采用的至少一项受益度量中临床受益的一些关联，同时对其它度量的结果不矛盾的生物标志物候选者的预选择。若对照组可得，则生物标志物与不同分支中临床受益的关联的差异可以是差异预测的迹象，使得该生物标志物符合进入进一步考虑的条件。
2：有关临床功效响应预测性协变量的预选择：本文中所定义的临床协变量的统计学预选择与用于预选择生物标志物的办法平行，而且它的方向也指向与临床受益各度量的关联强度。所以，原则上，与上文第1点下考虑的方法相同的方法适用。在统计标准之外，来自临床经验和理论知识的标准可适用于预选择有关临床协变量。
临床协变量的预测值可以与生物标志物的预测值相合(interact with)。如果必要，可以考虑它们来改进预测规则。
3：单变量水平的生物标志物预测函数的选择：术语“预测函数”以一般意义使用，指生物标志物度量的数值函数，得出经过定标的数值，以暗示目标预测。
一个简单例子是特定截留c和生物标志物度量x的Heaviside选择函数，其中要做出二元预测，即A或B，那么，
若H(x-c)＝0，则预测A。
若H(x-c)＝1，则预测B。
这大概是在预测规则中使用单变量生物标志物度量的最常见方式。如上所述“预测函数”的定义包括提到现有的培训数据集(training data set)，其可用于探索预测可能性。可采取不同路径自培训集获得合适的截留c。首先，可使用第1点下提到的带平滑样条的散布图来定义截留。或者，可选择一些分布百分点，例如中值或四分位。也可以通过调查所有可能截留依照它们关于临床受益度量的预测潜力而系统性提取截留。然后，可以将这些结果绘图，以容许手工选择或为实现最佳而采用一些搜索算法。这可使用Cox模型基于某些临床终点认识到，在Cox模型中，在每一个测试截留，使用生物标志物作为二元协变量。然后，可以一起考虑临床终点的结果以选择根据两终点显示预测的截留。
选择预测函数的另一种不常用的办法可基于自培训集得到的固定参数Cox回归模型，其中以生物标志物数值(可能是经过转换的)作为协变量。另一种可能性是将决策基于一些似然比(或其单调转换)，其中目标概率密度是在用于分拆预测状态的培训集中预先确定的。然后，将生物标志物塞入预测标准的一些函数中。
4：在单变量水平包括临床协变量的生物标志物预测函数的选择：单变量指只使用一项生物标志物-就临床协变量而言，这可以是多变量模型。这种办法与没有临床协变量的搜索平行，只是此类方法应当容许掺入有关协变量信息。选择截留的散布图法只容许协变量的有限使用，例如二元协变量可以在图内用颜色编码。如果分析依赖于一些回归办法，那么通常有利于协变量的使用(一次多个)。基于上文第3点下描述的Cox模型的截留搜索容许容易地掺入协变量，并由此导致经过协变量调整的单变量截留搜索。通过协变量进行的调整可以像模型中的协变量那样或经由包括在分层分析中来进行。
还有，预测函数的其它选项容许掺入多项协变量。
这对于作为预测函数的Cox模型选项是直截了当的。这包括评估协变量对交互水平的影响的选项，这意味着例如，对于不同年龄组，适用不同预测标准。
对于似然比型预测函数，必须估算预测密度，包括协变量。为此目的，可使用多变量样式识别方法学，或者可通过协变量的多重回归(在密度估计之前)来调整生物标志物数值。
CART技术(分类和回归树，Breiman et al.，Wadsworth，Inc.：New York，1984)可用于此目的，采用生物标志物(原始测量水平)加临床协变量并利用临床受益度量作为响应。搜索截留，发现函数的决策树型涉及预测的协变量。CART所选择的截留和算法常常是接近最佳的，而且可以通过考虑不同临床受益度量来组合和统一。
5：多变量水平的生物标志物预测函数的选择：若有多项生物标志物候选者在不同的单变量预测函数选项中维持它们的预测潜力，则可通过生物标志物的组合来实现进一步改进，即考虑多变量预测函数。
基于简单的Heaviside函数模型，可评估生物标志物组合，例如通过考虑生物标志物数值的双变量散布图，其中指明了最佳的截留。然后可通过逻辑“和”和“或”组合不同Heaviside函数来实现生物标志物的组合，以实现改良的预测。
CART技术可用于此目的，采用多项生物标志物(原始测量水平)和临床受益作为响应，以获得生物标志物的截留和决策树型预测函数。CART所选择的截留和算法常常是接近最佳的，而且可以通过考虑不同临床受益度量来组合或统一。
可以在不同水平采用Cox回归。第一种方式是以二元方式掺入多项生物标志物(即基于具有一些截留的Heaviside函数)。另一种选择是(在合适的转换后)以计量方式使用生物标志物，或者使用二元与计量办法的混和体。进化多变量预测函数属于上文第3点下描述的Cox型。
多变量似然比办法(likelihood ratio approach)难以执行，但是为多变量预测函数呈现了另一个选项。
6：在多变量水平包括临床协变量的生物标志物预测函数的选择：若有多项有关临床协变量，则可通过组合多项生物标志物与多项临床协变量来实现进一步的改进。就包括多项临床协变量的可能性而言，评估不同的预测函数选项。
基于关于生物标志物的Heaviside函数的简单逻辑组合，可以将别的协变量添加至基于在培训集中得到的逻辑回归模型的预测函数。
可以容易地与别的协变量(包括预测算法中的那些)一起使用CART技术和进化决策树(evolving decision tree)。
所有基于Cox回归的预测函数可使用别的临床协变量。存在评估协变量对交互水平的影响的选择，这意味着例如，对于不同年龄组，适用不同的预测标准。
多变量似然比办法不能直接延伸至别的协变量的使用。
实施例1
在此实施例中，使用上文所述的探索性切点(exploratory cut-point)来评估因素分组对利妥昔单抗或2H7抗体治疗(都能从Genentech获得)对RA患者的临床受益(使用临床功效响应的程度作为备选临床终点)的不同度量的影响。预期在临床功效响应(如通过ACR值(ACR 20、50、和70)所测量的)的log-等级检验中会观察到PTPN22 SNP和SE的显著效果。
结果显示根据这些生物标志物每一个进行的分组对用利妥昔单抗或2H7抗体治疗患者的临床结果(如通过临床功效响应所测量的)的突出效果。
实施例2
上文所述文献中的数据将SE和PTPN22与CCP抗体和RF联系起来。Tak etal.，supra记录了来自REFLEX和DANCER临床试验的数据，显示了抗CCP和RF成双重阴性的患者展现出不太强烈的对利妥昔单抗的6个月功效响应。对于DANCER 2b期试验，参见例如Emery et al.，Arthr.and Rheum.，54：1390-1400(2006)，而关于REFLEX III期试验参见例如Cohen et al.Arthr.and Rheum.，54：2793-2806(2006)。
在此实施例中，使用多变量办法来鉴定会进一步改进自利妥昔单抗或2H7抗体治疗得到更大临床受益的RA患者的鉴定的因素组合。反应了结果，如自CART办法所推导的。CART归类办法使之有必要规定对于受益组，临床受益中的所有数值在0以上。作为变量，采用了抗CCP和RF的血清水平，以及SE和PTPN22 R620W SNP的遗传表达。选择SE和/或PTPN22 R620W SNP与血清抗CCP和/或血清RF水平的各种组合来给出最好结果。根据CART结果，为一种或多种遗传标志物与血清抗CCP和/或血清RF水平的组合推导出优化的切点。
结果证明了根据SNP和/或SE与抗CCP和/或RF的组合进行的分组对用利妥昔单抗或2H7抗体治疗患者的临床结果(如上文实施例1中所描述的那样通过临床功效响应所测量的)的显著效果。
实施例3
在知情同意的前提下自一名或多名RA患者获取血液样品。依照公知规程，分离DNA和血清/血浆。
如下评估样品中PTPN22 CT/TT基因型存在情况：通过标准方法学自外周全血样品分离DNA。使用PSQ HS 96A PYROSEQUENCERTM装置实施PTPN22SNP(rs2476601，1858C-T，R620W)的基因分型。简言之，使用下述参数在10ml反应体系中通过PCR扩增2ng DNA：
正向：5′-GTTGCGCAGGCTAGTCTTGA-3′(SEQ ID NO：29)
反向：5′-GCT GCT CCG GTT CAT AGA TT
GGATAGCAACTGCTCCAAGG-3′(SEQ ID NO：30)
Univ1_B 5′-生物素-GCT GCT CCG GTT CAT AGA TT-3′(SEQ ID NO：31)
向反向引物的5′端添加特定序列(以斜体显示)容许使用上文所述称作Univ1_B的生物素化通用引物。以1∶9(反向∶通用引物)的比例使用这些引物。PCR条件如下：95℃-12分种，50(95℃-45秒，56.4℃-45秒，72℃-45秒)，72℃-10分钟，4℃-不限时。将扩增子用氢氧化钠变性，分开，清洗，并中和。依照制造商的说明书与适宜的焦磷酸测序底物和酶组合地使用测序引物：5′-AAATGATTCAGGTGTCC-3′(SEQ ID NO：32)来检测多态性。
如下评估样品中SE的存在情况：通过使用特异性引物进行的PCR和用序列特异性寡核苷酸进行的杂交实施HLA-DRB1亚型分型。SE等位基因为HLA-DRB1*0101、*0102、*0401、*0404、*0405、*0408、*0409、*0410、和*1001。使用基于PCR的方法也实施HLA-DRB1分型和亚型分型，其中下述等位基因归为SE阳性：DRB1*0101、*0102、*0104、*0401、*0404、*0405、*0408、*0413、*0416、*1001、*1402、和*1406。
若检测到SE和/或PTPN22 CT/TT基因型，则用利妥昔单抗或2H7抗体治疗该患者，使用选自375mg/m2每周一次x 4、500mg x2(第1天和第15天)、1000mg x2(第1天和第15天)、或1g x3(第1天、第15天、和第29天)的剂量给药方案。
患者还可接受伴随的MTX(10-25mg/周，口服(p.o.)或胃肠外)、或其它伴随的DMARD疗法。患者还可接受叶酸(5mg/周)，或是作为单剂或是作为多个日分剂(divided daily doses)来给予。患者任选在整个治疗期继续接受任何背景皮质类固醇(10mg/d泼尼松或等同物)。
主要终点(primary endpoint)是使用Cochran-Mantel-Haenszel(CMH)测验(其用于比较组差异，关于有关协变量(包括RF、抗CCP、年龄、性别、等)进行了调整)，在第24周具有ACR20响应的患者的比例。
潜在的次要终点(secondary endpoint)包括：
1.第24周时具有ACR50和/或ACR70响应的患者的比例。这些可以如关于主要终点所规定的那样来分析。
2.从筛选到第24周的疾病活动得分(disease activity score，DAS)的变化。这些可以使用ANOVA模型来评估，其中基线DAS、RF、和治疗作为该模型中的项。
3.第24周时的分类DAS响应者(EULAR响应)。这些可以使用为RF进行了调整的CMH测验来评估。
4.自筛选起的ACR核心集(core set)(SJC、TJC、患者的和医师的整体评估、HAQ、疼痛、CRP、和ESR)变化。可以为这些参数报告描述性统计。
5.自筛选起的SF-36变化。可以为8个领域得分(domain score)及精神和躯体分量得分(mental and physical component score)报告描述性统计。另外，精神和躯体分量得分可进行进一步分类和分析。
6.改良Sharp放射照相得分、侵蚀得分、和关节腔变窄得分的变化。在适当时，这些可以使用连续的或分类的方法学来分析。
探索性的终点和分析可涉及：
在适当时，使用二元或连续重复测量模型评估到第8周、第12周、第16周、第20周、第24周和之后的ACR(20/50/70和ACR n)和DAS响应变化。在第24周和之后评估探索性放射照相分析，包括没有侵蚀进展的患者的比例。
描述性分析其它探索性终点(例如完全临床响应、无疾病时期)，作为延长的观察期的一部分。
用描述性统计分析相对于FACIT-F疲劳筛选的变化。
依照上文所述任何一种或多种终点，如上所述用利妥昔单抗或2H7抗体在具有SE和/或PTPN22 CT/TT基因型的患者中进行的RA疗法导致卓越的临床功效响应，特别是导致比没有这些标志物的患者更高的临床响应(例如达到ACR70而不是ACR20，或者达到ACR50而不是ACR20)。
还可使用标准商品化测定法(诸如Inova Diagnostics所销售的)通过ELISA对患者评估抗CCP水平和RF水平。如果患者对这些生物标志物之一或二者以及SE和/或PTPN22 CT/TT基因型标志物呈阳性，那么如上所述用利妥昔单抗或2H7抗体治疗他们。依照上文所述任何一项或多项终点，如上所述用这些抗CD20抗体在具有SE和/或PTPN22 CT/TT基因型和阳性水平抗CCP和/或RF的患者中进行的RA疗法导致有益的临床响应，特别是导致比没有这些标志物的患者更高的临床响应(例如达到ACR70而不是ACR20，或者达到ACR50而不是ACR20)。如此，这些生物标志物可充当最有可能受益于抗CD20抗体疗法的患者的诊断剂(判断物)。
在具有要求保护的标志物的患者中，对于RA的治疗而言和对于关节损伤消退的诱导和维持而言，与对上述生物标志物呈阴性的患者相比，在根据上述生物标志物选择的患者中，利妥昔单抗或其它抗CD20抗体展现出卓越的功效。由于它们卓越的副作用情况，例如毒性比类固醇低得多，而且在恢复耐受方面更好，此类抗CD20抗体提供了超过标准疗法的实质性优点。
确诊为阳性且在治疗组中的患者会很好地耐受利妥昔单抗和2H7抗体的输注，而且他们的B细胞会被快速消减。
根据本说明书中描述的和本领域技术人员知道的参数得到确诊并使用临床方案用抗CD22抗体诸如利妥昔单抗或2H7抗体治疗的患者，在RA的体征或症状中显示临床改善，如通过关于治疗此病知道的任何一项或多项主要或次要功效终点所评估的。此外，对免疫抑制剂或其它生物学药剂耐药或不应的患者，用单独的或与适于该病的第二药物组合的抗CD22抗体治疗(根据本说明书中描述的和本领域技术人员知道的各种参数使用临床方案)，在RA的任何体征或症状方面显示出与继续接受耐药或不应的药物的患者相比，或者与只用适于该病的第二药物且不用抗CD22抗体治疗的患者相比更大的改善。
实施例4
在此实施例中，使用上文所述的探索性切点来评估因素分组对人源化抗CD22抗体(依帕珠单抗(US 6,183,744))治疗对RA患者的临床受益(使用临床功效响应的程度作为备选临床终点)的不同度量的单变量影响。预期在临床功效响应(如通过ACR值(ACR 20、50、和70)所测量的)的log-等级检验中会观察到PTPN22 SNP和SE的显著效果。
结果显示根据SNP或SE或二者进行的分组对用人源化抗CD22抗体治疗患者的临床结果(如通过临床功效响应所测量的)的突出效果。
实施例5
在此实施例中，使用上文所述的探索性切点来评估因素分组对抗BR3抗体治疗对RA患者的临床受益(使用临床功效响应的程度作为备选临床终点)的不同度量的单变量影响。对于此目的合适的抗BR3抗体可以如例如WO2003/14294和US 2005/0070689中所记载的那样来制备。预期在临床功效响应(如通过ACR值(ACR 20、50、和70)所测量的)的log-等级检验中会观察到PTPN22 SNP和SE的显著效果。
结果显示根据SNP或SE或二者进行的分组对用抗BR3抗体治疗患者的临床结果(如通过临床功效响应所测量的)的突出效果。
实施例6
在此实施例中，使用上文所述的探索性切点来评估因素分组对BR3-Fc或其它BAFF拮抗剂治疗对RA患者的临床受益(使用临床功效响应的程度作为备选临床终点)的不同度量的单变量影响。对于此目的合适的BR3-Fc免疫粘附素记载于US 2005/0095243；US 2005/0163775；WO 2003/14294；和US2005/0070689。预期在临床功效响应(如通过ACR值(ACR 20、50、和70)所测量的)的log-等级检验中会观察到PTPN22 SNP和SE的显著效果。
结果显示根据SNP或SE或二者进行的分组对用BR3-Fc或US2005/0163775；WO 2003/14294；和US 2005/0070689中列出的其它BAFF拮抗剂治疗患者的临床结果(如通过临床功效响应所测量的)的突出效果。
实施例7
在此实施例中，使用上文所述的探索性切点来评估因素分组对atacicept(一种TACI-Ig免疫粘附素，ZymoGenetics；还可参见Gross et al.，Immunity，15：289-291(2001)和US 2007/0071760)对RA患者的临床受益(使用临床功效响应的程度作为备选临床终点)的不同度量的单变量影响。预期在临床功效响应(如通过ACR值(ACR 20、50、和70)所测量的)的log-等级检验中会观察到PTPN22SNP和SE的显著效果。
结果显示根据SNP或SE或二者进行的分组对用atacicept治疗患者的临床结果(如通过临床功效响应所测量的)的突出效果。
实施例8
在知情同意的前提下自一名或多名RA患者获取血液样品。依照公知规程，分离DNA和血清/血浆。
如上文实施例3中所描述的那样评估样品中PTPN22 CT/TT基因型和SE的存在情况。
若检测到SE和/或PTPN22 CT/TT基因型，则用这些申请中列出的和/或上文描述的抗CD22抗体(来自Immunomedics的依帕珠单抗)、或抗BR3抗体、或BR3-Fc(US 2005/0095243；US 2005/0163775；WO 2003/14294；和US2005/0070689)、或atacicept、或其它BAFF或APRIL拮抗剂治疗该患者，使用选自375mg/m2每周一次x4、500mg x2(第1天和第15天)、1000mg x2(第1天和第15天)、或1g x3(第1天、第15天、和第29天)的剂量给药方案。
患者还可接受伴随的MTX(10-25mg/周，口服(p.o.)或胃肠外)、或其它伴随的DMARD疗法。患者还可接受叶酸(5mg/周)，或是作为单剂或是作为多个日分剂来给予。患者任选在整个治疗期继续接受任何背景皮质类固醇(10mg/d泼尼松或等同物)。
主要终点、潜在的次要终点、和探索性终点和分析就是上文实施例3中所描述的那些。用描述性统计分析相对于FACIT-F疲劳筛选的变化。
依照上文所述任何一种或多种终点，如上所述用抗CD22抗体、抗BR3抗体、BR3-Fc、atacicept、或其它BAFF或APRIL拮抗剂在具有SE和/或PTPN22CT/TT基因型的患者中进行的RA疗法导致卓越的临床功效响应，特别是导致比没有这些标志物的患者更高的临床响应(例如达到ACR70而不是ACR20，或者达到ACR50而不是ACR20)。
还可使用标准商品化测定法(诸如Inova Diagnostics所销售的)通过ELISA对患者评估抗CCP水平和RF水平。如果患者对这些生物标志物之一或二者以及SE和/或PTPN22 CT/TT基因型标志物呈阳性，那么如上所述用抗CD22抗体、抗BR3抗体、BR3-Fc、atacicept、或其它BAFF或APRIL拮抗剂治疗他们。依照上文所述任何一项或多项终点，如上所述用任何这些B细胞拮抗剂在具有SE和/或PTPN22 CT/TT基因型和阳性水平抗CCP和/或RF的患者中进行的RA疗法导致有益的临床响应，特别是导致比没有这些标志物的患者更高的临床响应(例如达到ACR70而不是ACR20，或者达到ACR50而不是ACR20)。如此，这些生物标志物可充当最有可能受益于抗CD22抗体和BAFF和APRIL拮抗剂诸如抗BR3抗体、BR3-Fc、或atacicept疗法的患者的诊断剂(判断物)。
在具有要求保护的标志物的患者中，对于RA的治疗而言和对于关节损伤消退的诱导和维持而言，与对上述生物标志物呈阴性的患者相比，在根据上述生物标志物选择的患者中，抗CD22抗体和BAFF和APRIL拮抗剂诸如抗BR3抗体、BR3-Fc、或atacicept展现出卓越的功效。由于它们卓越的副作用情况，例如毒性比类固醇低得多，而且在恢复耐受方面更好，此类B细胞拮抗剂提供了超过标准疗法的实质性优点。
确诊为阳性且在治疗组中的患者会很好地耐受抗CD22抗体和BAFF/APRIL拮抗剂的输注，而且他们的B细胞会被快速消减。
根据本说明书中描述的和本领域技术人员知道的参数得到确诊并使用临床方案用抗CD22抗体和用BAFF和APRIL拮抗剂诸如抗BR3抗体、BR3-Fc、或atacicept治疗的患者，在RA的体征或症状中显示临床改善，如通过关于治疗此病知道的任何一项或多项主要或次要功效终点所评估的。此外，对免疫抑制剂或其它生物学药剂耐药或不应的患者，用单独的或与适于该病的第二药物组合的抗CD22抗体或BAFF或APRIL拮抗剂治疗(根据本说明书中描述的和本领域技术人员知道的各种参数使用临床方案)，在RA的任何体征或症状中显示与继续接受耐药或不应的药物的患者相比，或者与只用适于该病的第二药物且不用抗CD22抗体或BAFF或APRIL拮抗剂治疗的患者相比更大的改善。

Claims (92)

1.一种治疗患者中的类风湿性关节炎的方法，包括给患者施用有效量的B细胞拮抗剂以治疗类风湿性关节炎，前提是来自所述患者的遗传样品中存在PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)或共享表位或SNP和共享表位二者。
2.权利要求1的方法，其中存在SNP，但不存在共享表位。
3.权利要求1的方法，其中存在共享表位，但不存在SNP。
4.权利要求1的方法，其中存在SNP和共享表位二者。
5.权利要求1-4任一项的方法，其中在SNP或共享表位或二者之外，来自患者的样品没有揭示指示该患者对B细胞拮抗剂治疗的响应性的任何生物标志物。
6.权利要求1-4任一项的方法，其中在SNP或共享表位或二者之外，来自患者的样品确实揭示指示该患者对B细胞拮抗剂治疗的响应性的一种或多种生物标志物。
7.权利要求6的方法，其中来自患者的样品对另外的生物标志物抗CCP抗体和类风湿因子之一或二者呈血清阳性。
8.权利要求7的方法，其中所述另外的生物标志物是抗CCP抗体。
9.权利要求8的方法，其中所述抗体是IgG同种型的。
10.权利要求8的方法，其中所述抗体是IgM同种型的。
11.权利要求7-10任一项的方法，其中所述另外的生物标志物是类风湿因子。
12.权利要求11的方法，其中所述类风湿因子具有IgA、IgG、或IgM同种型。
13.权利要求7的方法，其中所述另外的生物标志物是抗CCP抗体和类风湿因子二者。
14.权利要求7的方法，其中患者样品显示出存在共享表位但不存在SNP，且患者样品对类风湿因子呈血清阳性，但对抗CCP抗体不呈血清阳性。
15.权利要求7的方法，其中患者样品显示出存在SNP但不存在共享表位，且患者样品对抗CCP抗体呈血清阳性，但对类风湿因子不呈血清阳性。
16.权利要求1-15任一项的方法，其中所述拮抗剂是抗体或免疫粘附素。
17.权利要求1-16任一项的方法，其中所述拮抗剂是针对CD20、CD22、BAFF、或APRIL的。
18.权利要求1-17任一项的方法，其中所述拮抗剂是抗体或TACI-Ig。
19.权利要求18的方法，其中所述抗体是嵌合的、人源化的、或人的抗体。
20.权利要求18或19的方法，其中所述拮抗剂是抗CD20抗体或抗CD22抗体。
21.权利要求20的方法，其中所述拮抗剂是抗CD20抗体。
22.权利要求21的方法，其中所述抗CD20抗体是利妥昔单抗。
23.权利要求21的方法，其中所述抗CD20抗体是2H7抗体。
24.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：1的L链可变区序列和SEQ ID NO：2的H链可变区序列。
25.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：3的L链可变区序列和SEQ ID NO：4的H链可变区序列。
26.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：3的L链可变区序列和SEQ ID NO：5的H链可变区序列。
27.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：6的全长L链和SEQ ID NO：7的全长H链。
28.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：6的全长L链和SEQ ID NO：8的全长H链。
29.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：10的全长H链。
30.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：11的全长H链。
31.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：12的全长H链。
32.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：13的全长H链。
33.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：9的全长L链和SEQ ID NO：14的全长H链。
34.权利要求23的方法，其中所述2H7抗体包含SEQ ID NO：6的全长L链和SEQ ID NO：15的全长H链。
35.权利要求1-34任一项的方法，其中所述拮抗剂未偶联细胞毒剂。
36.权利要求1-34任一项的方法，其中所述拮抗剂偶联有细胞毒剂。
37.权利要求1-36任一项的方法，其中评估生物标志物的存在情况的所述遗传样品或其它患者样品是血液、滑膜组织、或滑液。
38.权利要求37的方法，其中所述样品是血液。
39.权利要求1-38任一项的方法，其中所述患者先前从未施用用于类风湿性关节炎的药物。
40.权利要求1-38任一项的方法，其中所述患者先前曾经施用至少一种用于类风湿性关节炎的药物。
41.权利要求40的方法，其中所述患者对先前施用的至少一种药物没有响应。
42.权利要求41的方法，其中所述先前施用的药物是免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、皮质类固醇、镇痛药、缓解病情的抗风湿药(DMARD)、或非类固醇抗炎药(NSAID)。
43.权利要求42的方法，其中所述先前施用的药物是免疫抑制剂、细胞因子拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、皮质类固醇、DMARD、或NSAID。
44.权利要求42的方法，其中所述先前施用的药物是TNF-α抑制剂或甲氨蝶呤。
45.权利要求42的方法，其中所述先前施用的药物是除利妥昔单抗或2H7抗体以外的CD20拮抗剂。
46.权利要求42的方法，其中所述先前施用的药物是利妥昔单抗或2H7抗体。
47.权利要求1-46任一项的方法，其中所述B细胞拮抗剂是静脉内施用的。
48.权利要求1-46任一项的方法，其中所述B细胞拮抗剂是皮下施用的。
49.权利要求1-48任一项的方法，其中施用后至少约三个月，给予测量骨或软组织关节损伤与施用前基线相比的减轻情况的成像测试，且所施用的B细胞拮抗剂的量有效实现关节损伤的减轻。
50.权利要求49的方法，其中所述测试测量总改良Sharp得分。
51.权利要求1-50任一项的方法，其中所述拮抗剂是以约0.2-4克的剂量施用的。
52.权利要求51的方法，其中所述剂量是约0.2-3.5克。
53.权利要求52的方法，其中所述剂量是约0.4-2.5克。
54.权利要求53的方法，其中所述剂量是约0.5-1.5克。
55.权利要求1-54任一项的方法，其中所述拮抗剂是以约一个月的一段时间内1-4剂的频率施用的。
56.权利要求55的方法，其中所述拮抗剂是抗CD20抗体且所述剂量是约200mg至1.2克。
57.权利要求56的方法，其中所述剂量是约200mg至1.1克。
58.权利要求55-57任一项的方法，其中所述拮抗剂是以2-3剂施用的。
59.权利要求55-58任一项的方法，其中所述拮抗剂是在约2-3周的一段时间内施用的。
60.权利要求1-59任一项的方法，其中所述B细胞拮抗剂是在没有用于治疗RA的任何其它药物的情况中施用的。
61.权利要求1-59任一项的方法，进一步包括在所述B细胞拮抗剂之外还施用有效量的一种或多种第二药物，其中所述B细胞拮抗剂是第一药物。
62.权利要求61的方法，其中所述第二药物是一种以上的药物。
63.权利要求61或62的方法，其中所述第二药物是免疫抑制剂、缓解病情的抗风湿药(DMARD)、疼痛控制剂、整联蛋白拮抗剂、非类固醇抗炎药(NSAID)、细胞因子拮抗剂、二膦酸盐、或其组合。
64.权利要求63的方法，其中所述第二药物是DMARD。
65.权利要求64的方法，其中所述DMARD选自下组：金诺芬、氯喹、D-青霉胺、可注射金、口服金、羟氯喹、柳氮磺吡啶、硫代苹果金酸钠和甲氨蝶呤。
66.权利要求63的方法，其中所述第二药物是NSAID。
67.权利要求66的方法，其中所述NSAID选自下组：芬布芬、萘普生、双氯芬酸、依托度酸、吲哚美辛、阿司匹林和布洛芬。
68.权利要求63的方法，其中所述免疫抑制剂选自下组：依那西普、英夫利昔单抗、阿达木单抗、来氟米特、阿那白滞素、硫唑嘌呤、和环磷酰胺。
69.权利要求63的方法，其中所述第二药物选自下组：抗α4、依那西普、英夫利昔单抗、依那西普、阿达木单抗、kinaret、efalizumab、骨保护素(OPG)、NFκB配体的抗受体活化物(抗RANKL)、NFκB-Fc的抗受体活化物(RANK-Fc)、帕米膦酸盐、阿伦膦酸盐、actonel、唑来膦酸盐、氯膦酸盐、甲氨蝶呤、azulfidine、羟氯喹、多西环素、来氟米特、柳氮磺吡啶(SSZ)、泼尼松龙、白介素-1受体拮抗剂、泼尼松、和甲泼尼龙。
70.权利要求63的方法，其中所述第二药物选自下组：英夫利昔单抗、英夫利昔单抗/甲氨蝶呤(MTX)组合、MTX、依那西普、皮质类固醇、环孢菌素A、硫唑嘌呤、金诺芬、羟氯喹(HCQ)、泼尼松龙+MTX+SSZ组合、MTX+SSZ+HCQ组合、环磷酰胺+硫唑嘌呤+HCQ组合、和阿达木单抗+MTX组合。
71.权利要求70的方法，其中所述皮质类固醇是泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、氢化可的松、或地塞米松。
72.权利要求70的方法，其中所述第二药物是MTX。
73.权利要求72的方法，其中所述MTX是经口或胃肠外施用的。
74.权利要求1-73任一项的方法，其中所述B细胞拮抗剂是在治疗开始时在第1天和第15天以约1000mgx2的剂量静脉内施用的抗CD20抗体。
75.权利要求74的方法，其中所述抗CD20抗体是作为单剂或作为两次输注施用的，每剂约200mg至600mg。
76.权利要求1-75任一项的方法，其中所述关节炎是早期类风湿性关节炎或初期类风湿性关节炎。
77.权利要求1-76任一项的方法，进一步包括通过给患者施用有效量的B细胞拮抗剂来复治患者，其中所述复治是在第一次施用拮抗剂后至少约24周开始的。
78.权利要求77的方法，其中用有效量的B细胞拮抗剂开始另一次复治。
79.权利要求78的方法，其中所述另一次复治是在第二次施用拮抗剂后至少约24周开始的。
80.权利要求77-79任一项的方法，其中每次施用时所施用的B细胞拮抗剂的量有效实现关节损伤的持续的或保持的减轻。
81.一种治疗患者中的类风湿性关节炎的方法，包括首先给患者施用B细胞拮抗剂以治疗类风湿性关节炎，前提是来自所述患者的遗传样品中存在PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)或共享表位或SNP和共享表位二者，且第一次施用拮抗剂后至少约24周，通过给患者施用有效量的B细胞拮抗剂来复治患者，其中在第一次施用B细胞拮抗剂后的测试时在患者中没有观察到临床改善。
82.权利要求81的方法，其中所述临床改善是通过评估触痛的或肿胀的关节数目、进行患者的整体临床评估、评估红细胞沉降率、评估C-反应性蛋白质水平的量、或使用疾病活动综合测量确定的。
83.权利要求81或82的方法，其中复治时所施用的B细胞拮抗剂的量有效实现与在先施用B细胞拮抗剂的效果相比关节损伤的持续的或保持的减轻。
84.一种治疗患者中的类风湿性关节炎的方法，包括给患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用前，在来自所述患者的遗传样品中检测到PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)、或共享表位、或SNP和共享表位二者的表达。
85.一种治疗患者中的类风湿性关节炎的方法，包括给患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用前，来自所述患者的遗传样品被测定出展示PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)、或共享表位、或SNP和共享表位二者的表达，由此所述表达指示所述患者会对所述拮抗剂治疗有响应。
86.一种治疗患者中的类风湿性关节炎的方法，包括给患者施用有效量的B细胞拮抗剂，其中在施用前，来自所述患者的遗传样品被测定出展示PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)、或共享表位、或SNP和共享表位二者的表达，由此所述表达指示所述患者有可能对拮抗剂治疗有有利响应。
87.一种为B细胞拮抗剂或其药学可接受组合物做广告的方法，包括给目标受众宣传所述拮抗剂或其药物组合物用于治疗患有类风湿性关节炎的患者或患者群体的用途，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)或共享表位或SNP和共享表位二者。
88.一种制品，包括包装在一起的药物组合物和标签，所述药物组合物包含B细胞拮抗剂和药学可接受载体，所述标签陈述了所述拮抗剂或药物组合物指示用于治疗患有类风湿性关节炎的患者，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)或共享表位或SNP和共享表位二者。
89.权利要求88的制品，进一步包括装有第二药物的容器，其中所述B细胞拮抗剂是第一药物，进一步包括包装插页上的指示，其关于用有效量的第二药物治疗患者。
90.权利要求89的制品，其中所述第二药物是甲氨蝶呤。
91.一种制造B细胞拮抗剂或其药物组合物的方法，包括在包装中组合拮抗剂或药物组合物与标签，所述标签陈述了所述拮抗剂或药物组合物用于治疗患有类风湿性关节炎的患者，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)或共享表位或SNP和共享表位二者。
92.一种为患有类风湿性关节炎的患者提供治疗选项的方法，包括与包装插页一起在管形瓶中包装B细胞拮抗剂，所述包装插页含有治疗患有类风湿性关节炎的患者的指示，自所述患者获得的遗传样品显示出存在PTPN22 R620W单核苷酸多态性(SNP)或共享表位或SNP和共享表位二者。
CN200880018603A 2007-04-02 2008-04-01 预示类风湿性关节炎对b细胞拮抗剂的响应的生物学标志物 Pending CN101711286A (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US90969307P 2007-04-02 2007-04-02
US60/909,693 2007-04-02
US90992107P 2007-04-03 2007-04-03
US60/909,921 2007-04-03
PCT/US2008/059003 WO2008122007A1 (en) 2007-04-02 2008-04-01 Biological markers predictive of rheumatoid arthritis response to b-cell antagonists

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN101711286A true CN101711286A (zh) 2010-05-19

Family

ID=39645462

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN200880018603A Pending CN101711286A (zh) 2007-04-02 2008-04-01 预示类风湿性关节炎对b细胞拮抗剂的响应的生物学标志物

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20090204489A1 (zh)
EP (1) EP2137325A1 (zh)
JP (1) JP2010527325A (zh)
CN (1) CN101711286A (zh)
AR (1) AR065910A1 (zh)
AU (1) AU2008232506A1 (zh)
CA (1) CA2682406A1 (zh)
CL (1) CL2008000948A1 (zh)
MX (1) MX2009010620A (zh)
TW (1) TW200902725A (zh)
WO (1) WO2008122007A1 (zh)

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2017113903A1 (zh) * 2015-12-31 2017-07-06 深圳市贝沃德克生物技术研究院有限公司 家用肺炎支原体感染检测系统
CN108300779A (zh) * 2018-02-05 2018-07-20 广州和康医疗技术有限公司 一种用于预测来氟米特药物疗效的snp位点的试剂盒和方法
CN109999195A (zh) * 2012-09-20 2019-07-12 莫弗系统股份公司 类风湿关节炎的治疗
CN110426516A (zh) * 2019-04-11 2019-11-08 中国医学科学院肿瘤医院 辅助鉴定Rituximab耐药型ABC-DLBCL细胞的蛋白标志物及其应用
CN112924684A (zh) * 2019-12-05 2021-06-08 中国科学院大连化学物理研究所 用于区分抑郁症和非抑郁症的生物标志物和包括其的诊断试剂盒

Families Citing this family (19)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
PL1692182T3 (pl) 2003-11-05 2010-09-30 Roche Glycart Ag Przeciwciała CD20 o zwiększonym powinowactwie wiązania z receptorem Fc oraz zwiększonej funkcji efektorowej
SI2298815T1 (sl) 2005-07-25 2015-08-31 Emergent Product Development Seattle, Llc Zmanjšanje števila celic b z uporabo molekul, ki se specifično vežejo na cd37 in cd20
GB0803107D0 (en) * 2008-02-20 2008-03-26 Axis Shield Diagnostics Ltd Method
WO2009126944A1 (en) * 2008-04-11 2009-10-15 Trubion Pharmaceuticals, Inc. Cd37 immunotherapeutic and combination with bifunctional chemotherapeutic thereof
US8003335B2 (en) 2008-04-30 2011-08-23 Universite Paris-SUD11 Levels of APRIL in serum and use in diagnostic methods
TW201014605A (en) 2008-09-16 2010-04-16 Genentech Inc Methods for treating progressive multiple sclerosis
JP5291718B2 (ja) * 2008-10-03 2013-09-18 株式会社ケイティーバイオ 関節リウマチに対する抗ＴＮＦα抗体薬の薬効予測方法、及び薬効予測装置
WO2010075249A2 (en) * 2008-12-22 2010-07-01 Genentech, Inc. A method for treating rheumatoid arthritis with b-cell antagonists
WO2010139714A1 (en) * 2009-06-05 2010-12-09 F. Hoffmann-La Roche Ag Methods and systems for response detection and efficacy
ES2351456B1 (es) * 2009-06-24 2011-11-28 Fundacio Institut De Recerca De L'hospital Universitari Vall D'hebron Metodo in vitro para el pronostico o prediccion de la respuesta por parte de pacientes con artritis reumatoide al tratamiento con agentes que reconocen el receptor de membrana cd20 de los linfocitos b
CA2772929A1 (en) * 2009-09-03 2011-03-11 Genentech, Inc. Methods for treating, diagnosing, and monitoring rheumatoid arthritis
WO2011062997A2 (en) 2009-11-17 2011-05-26 Musc Foundation For Research Development Human monoclonal antibodies to human nucleolin
WO2011140182A2 (en) * 2010-05-04 2011-11-10 Medimmune, Llc Optimized degenerative muscle disease diagnostics and treatments
AR083847A1 (es) 2010-11-15 2013-03-27 Novartis Ag Variantes de fc (fragmento constante) silenciosas de los anticuerpos anti-cd40
BR112013021725A2 (pt) * 2011-02-28 2016-11-01 Genentech Inc marcadores biológicos e métodos para prever resposta aos antagonistas de células b
HU230680B1 (hu) * 2012-10-19 2017-08-28 Egis Gyogyszergyar Nyilvanosan Muekoedoe Reszvenytarsasag Diagnosztikai eljárás
US20150220868A1 (en) * 2014-02-03 2015-08-06 Patient Profiles, LLC Evaluating Data Quality of Clinical Trials
AU2016380988B2 (en) 2015-12-30 2022-07-21 Genentech, Inc. Formulations with reduced degradation of polysorbate
IT201900011151A1 (it) * 2019-07-08 2021-01-08 Gek S R L Metodo predittivo dell’efficacia di un trattamento con anticorpi antiCD20

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1645290A1 (en) * 1999-05-07 2006-04-12 Genentech, Inc. Treatment of autoimmune diseases with antagonists which bind to B cell surface markers
EP1637160A3 (en) * 1999-05-07 2006-05-03 Genentech, Inc. Treatment of autoimmune diseases with antagonists which bind to B cell surface markers
WO2005086872A2 (en) * 2004-03-10 2005-09-22 Celera, An Applera Corporation Business Ptpn22 polymorphisms in diagnosis and therapy
US20060062859A1 (en) * 2004-08-05 2006-03-23 Kenneth Blum Composition and method to optimize and customize nutritional supplement formulations by measuring genetic and metabolomic contributing factors to disease diagnosis, stratification, prognosis, metabolism, and therapeutic outcomes
EP1881081A1 (en) * 2006-07-20 2008-01-23 Innogenetics N.V. Combinations of markers for increased accuracy of diagnosis of rheumatoid arthritis

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109999195A (zh) * 2012-09-20 2019-07-12 莫弗系统股份公司 类风湿关节炎的治疗
WO2017113903A1 (zh) * 2015-12-31 2017-07-06 深圳市贝沃德克生物技术研究院有限公司 家用肺炎支原体感染检测系统
CN108300779A (zh) * 2018-02-05 2018-07-20 广州和康医疗技术有限公司 一种用于预测来氟米特药物疗效的snp位点的试剂盒和方法
CN110426516A (zh) * 2019-04-11 2019-11-08 中国医学科学院肿瘤医院 辅助鉴定Rituximab耐药型ABC-DLBCL细胞的蛋白标志物及其应用
CN112924684A (zh) * 2019-12-05 2021-06-08 中国科学院大连化学物理研究所 用于区分抑郁症和非抑郁症的生物标志物和包括其的诊断试剂盒
CN112924684B (zh) * 2019-12-05 2022-07-29 中国科学院大连化学物理研究所 用于区分抑郁症和非抑郁症的生物标志物和包括其的诊断试剂盒

Also Published As

Publication number Publication date
AR065910A1 (es) 2009-07-08
AU2008232506A1 (en) 2008-10-09
CA2682406A1 (en) 2008-10-09
MX2009010620A (es) 2009-11-25
TW200902725A (en) 2009-01-16
US20090204489A1 (en) 2009-08-13
EP2137325A1 (en) 2009-12-30
WO2008122007A1 (en) 2008-10-09
CL2008000948A1 (es) 2008-10-10
JP2010527325A (ja) 2010-08-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101711286A (zh) 预示类风湿性关节炎对b细胞拮抗剂的响应的生物学标志物
US20090004189A1 (en) Biological markers predictive of rheumatoid arthritis response to b-cell antagonists
CN102597268B (zh) 用于治疗、诊断和监控类风湿性关节炎的方法
JP6271254B2 (ja) Ｂ細胞アンタゴニストに対する生物学的マーカー及び応答を予測するための方法
US20090169550A1 (en) Therapy of rituximab-refractory rheumatoid arthritis patients
US20060233797A1 (en) Treatment of inflammatory bowel disease (IBD)
US20070025987A1 (en) Method for Treating Vasculitis
CN102512675A (zh) 用于治疗多发性硬化的方法
US20110263451A1 (en) Biological markers predictive of rheumatoid arthritis response to lymphotoxin antagonists
JP2013503643A5 (zh)
WO2010075249A2 (en) A method for treating rheumatoid arthritis with b-cell antagonists
JP2007536246A (ja) 自己免疫疾患の予防法

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C02 Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001)
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20100519