CN101665835A - Hpp1基因甲基化定量检测方法 - Google Patents

Abstract

本发明属于生物医学技术领域。基因的异常甲基化参与肿瘤的发生发展，本发明的目的在于克服甲基化敏感性限制性内切酶法、重亚硫酸盐测序法和甲基化特异性PCR法的缺点，提供一种操作简便、敏感性高的HPP1基因甲基化定量检测方法。本发明取胰腺癌组织，提取DNA制备ACTB的标准曲线样品，利用全甲基化模板，制备HPP1的标准曲线样品；提取待测组织DNA，并进行化学修饰，针对人HPP1基因启动子区CPG岛设计甲基化引物及探针，针对人参照基因ACTB启动子区CPG岛设计BSP引物及探针，采用Taqman－MGB实时定量PCR方法对亚硫酸盐处理后的DNA进行实时定量PCR，计算出HPP1基因甲基化程度的定量值。本发明方法快速、准确、灵敏度高。

Description

HPP1基因甲基化定量检测方法

技术领域

本发明属于生物医学技术领域，具体地讲，涉及一种核酸的检测方法，尤其涉及到HPP1基因甲基化检测的方法。

背景技术

恶性肿瘤的发生发展是多个基因相互作用，相互影响的过程，CpG岛甲基化异常是这一渐成过程发生发展的重要机制，它包括高甲基化和甲基化不足两种类型。研究发现，增生性息肉蛋白1(HPP1，GeneID：23671)的高甲基化参与了多种恶性肿瘤的发生发展过程，其中包括胃腺癌(Ivanauskas A，etal.Dig Liver Dis.2008Dec；40(12)：920-6.)、胸腺瘤(Hirose Y，et al.Lung Cancer.2009May；64(2)：155-9)、肝细胞癌(Vivekanandan P，et al.Mod Pathol.2008Jun；21(6)：670-5)、结肠癌(Wallner M，et al.Clin Cancer Res.2006Dec15；12(24)：7347-52.)，并且其甲基化水平与结肠癌的预后(Herbst A，et al.Eur JGastroenterol Hepatol.2009May；21(5)：565-9.)及胃癌的治疗疗效(NapieralskiR，et al.Clin Cancer Res.2007Sep 1；13(17)：5095-102)密切相关。鉴于HPP1的高甲基化于消化道肿瘤的密切关系，促使我们建立一种新的HPP1甲基化程度的定量检测方法，此方法可有助于深入研究消化道肿瘤的发病机制和诊断治疗。

目前DNA的检测方法很多，其中甲基化敏感性限制性内切酶法、重亚硫酸盐处理后PCR扩增产物克隆测序检测(BSP)和重亚硫酸盐处理后甲基化特异性PCR检测(MSP)是应用最普遍的方法中的三种。

甲基化敏感性限制性内切酶法是经典的甲基化分析方法，主要根据一些限制性内切酶不能切开甲基化的DNA序列。由于在真核DNA或者哺乳动物DNA中，只有CG相连的胞嘧啶能够被甲基化，因此，在酶切位点内包含CG序列的限制性内切酶就会遇到问题。这种方法所使用的两个经典酶对是HPaII-Msp I(CCGG)和Sma I-Xma I(CCCGGG)。由于第二对限制酶识别序列非常罕见，所以一般都用HPa II-Msp I(CCGG)。两个酶都识别CCGG序列，而当其中的胞嘧啶甲基化时，HPaII不能够将其切开，利用HpaII-Msp I的这种属性处理DNA，这就使得HPa II-Msp I能够作为快速甲基化分析的工具，随后进行Southern或PCR扩增分离产物，明确甲基化状态。该方法存在下列缺点：(1)由于CG不仅仅限于CCGG序列中，因此非该序列中的CG将被忽略；(2)只有检测与转录相关的关键性位点的甲基化状态时，该检测方法的结果才有意义；(3)相对而言，Southern方法较复杂，且需要样本的量大；(4)存在着酶不完全消化引起的假阳性的问题；(5)不适用于混合样本。

重亚硫酸盐处理后PCR扩增产物克隆测序检测(BSP法)，是根据重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶(C)脱氨基转变成尿嘧啶(U)，而甲基化的胞嘧啶保持不变。基因组DNA经亚硫酸盐处理后，设计BSP引物并扩增目的的片段，此时尿嘧啶(U)全部转化成胸腺嘧啶(T)，最后对PCR产物进行测序就可判断CpG位点是否发生甲基化。该方法的优点是可靠性及精确度都很高，能检测到目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态，缺点是需要大量的克隆测序，过程较为繁琐，费用也比较高。

重亚硫酸盐处理后甲基化特异性PCR检测(MSP法)，亚硫酸氢盐可以氧化去除基因组DNA中胞嘧啶的氨基，在此反应中除m5C外其余胞嘧啶均可被转变为尿嘧啶。然后将这些靶序列用特异引物进行扩增，经过扩增的DNA，所有尿嘧啶均转化为可检测的胸腺嘧啶，只有m5C以胞嘧啶形式被扩增。这种方法是目前所使用的在给定基因组靶序列中分析m5C最常用的方法。可以检测到每个CpG位点的甲基化情况。基于此原理，发展出亚硫酸氢盐去氨基反应后，结合PCR扩增的快速方法来检测m5C，称为甲基化特异PCR(MSP)，这种MSP方法运用，特别设计的针对甲基化的和非甲基化序列的引物，从而得到特异扩增的甲基化或非甲基化靶序列。目前已经被广泛应用到CpG岛甲基化检测。此方法适用范围很广，可以检测包括已知的、接近PCR引物的及限制性酶切范围的CpG双核昔酸序列的甲基化状况。MSP是目前应用最广泛的CpG岛甲基化检测方法，可检出比例为千分之一的甲基化片段。可靠的MSP，关键在于引物，其引物设计需两个已知的、包含多个完全甲基化或非甲基化CpG位点的区域，但具有上述特征的CpG岛不多，限制了MSP的使用。该方法存在下列缺点：(1)这种方法只能作定性研究，即只能明确是否存在甲基化；若要求定量，则需用其他的方法进行进一步检测；(2)若要区分甲基化引物与非甲基化引物扩增产物量的不同，需要严格控制PCR反应的条件及循环数。

发明内容

本发明的目的在于为克服上述各种方法的缺点，从而提供一种针对HPP1基因甲基化程度的操作简便、敏感性高的定量检测方法。

为达到上述目的，本发明基于定量PCR基本检测方法，采用如下技术方案实施HPP1基因甲基化定量检测，包括如下步骤：①选定HPP1基因甲基化检测的靶序列。选取-678bp到-427bp(以转录起始位点计为0)为检测靶序列，如图1所示，设计扩增HPP1甲基化序列的BSP、MSP及taqman-MGB检测探针。同时，选定参照基因ACTB检测靶序列并设计相应的扩增引物和taqman-MGB检测探针。②制备标准品。采用人工合成或基因重组生物合成方法获得代表HPP1基因甲基化靶序列的重亚硫酸盐处理后的标准品序列(即HPP1甲基化标准品)，同时，获得参照基因ACTB检测靶序列重亚硫酸盐处理后的标准品序列(即参照基因ACTB标准品)。③设计定量检测反应：对待检样品DNA进行重亚硫酸盐处理(采用QIAGEN EpiTect Bisufite kit试剂盒)，处理产物取出两等份：一份进行HPP1甲基化的MSP扩增和taqman-MGB探针检测，同时检测不同梯度浓度的HPP1甲基化标准品，依据标准曲线，对HPP1甲基化序列的拷贝数进行绝对定量；另一份进行参照基因ACTB的PCR扩增和taqman-MGB探针检测，同时检测不同梯度浓度的ACTB甲基化标准品，依据标准曲线，对ACTB的拷贝数进行绝对定量，ACTB的拷贝数相当于投入检测的总基因组拷贝数。上述获得的HPP1甲基化序列拷贝数除以ACTB的拷贝数，此比率为某一检测样品DNA中HPP1基因甲基化程度的定量值，即甲基化指数。

本发明中，待测DNA取自个体样本，所述样本可选自下来源人体组织、体液和排泄物。

本发明的技术方案操作简便，敏感性高，准确性强，可以定量测定HPP1基因的异常甲基化程度。

附图说明

图1：HPP1基因甲基化检测中引物和探针设计方案示意图

其中弯折箭头表明HPP1基因转录起始位点(以此计为0bp)，1-10竖线表示HPP1基因的10个外显子。-678bp～-427bp为BSP扩增片段。

图2是BSP克隆菌液测序曲线。

其中A为参照基因ACTB标准品序列；B为HPP1甲基化标准品序列。

图3是标准品定量PCR检测扩增曲线。

其中A图为不同浓度梯度ACTB标准品扩增曲线；B图为不同浓度梯度ACTB标准品扩增Ct值-拷贝数的标准曲线；C图为不同浓度梯度HPP1标准品扩增曲线；D图为不同浓度梯度HPP1标准品扩增Ct值-拷贝数的标准曲线。图4是组织HE染色显微照片。

其中A是胰腺癌组织HE染色；B是癌旁组织HE染色。

图5是胰腺癌组织与癌旁组织甲基化定量PCR检测扩增曲线。

其中A为ACTB的扩增曲线；B为HPP1基因的扩增曲线。

具体实施方式

下面结合附图和实施例对本发明作详细描述，但本发明的实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的保护范围。

实施例1：定量检测HPP1基因(GeneID：23671)在患者临床样品中的甲基化程度

主要试剂及仪器来源：QIAGEN EpiTect Bisufite KitTM试剂盒，pMD18-TVector、EX-taq酶购买于宝生物工程(大连)有限公司，ABI Taqman GeneExpression Master Mix购买于美国应用生物系统公司，ABI 7500Real TimePCR仪购买于美国应用生物系统公司，引物由上海生物工程技术服务有限公司合成。

一、利用基因扩增和生物工程方法制备标准品

1.基因组DNA提取

按常规酚/氯仿法抽提DNA。

(1)取50mg组织放入5ml离心管中，加入700ul裂解缓冲液制成匀浆。

(2)加入蛋白酶K至终浓度100ug/ml，55℃过夜，至溶液清亮为止。

(3)加入RNase至终浓度20ug/ml，37℃温育30min。

(4)加入等体积饱和酚，轻缓倒转混匀10min，室温下13000rpm离心10min，吸上清入另一干净1.5ml离心管中。

(5)重复步骤(4)，直至吸出上清清亮。

(6)在上清中加入等体积酚氯仿，轻缓倒转混匀10min，室温下13000rpm离心10min，吸上清入另一干净1.5ml离心管中。

(7)在上清中加入等体积氯仿，轻缓倒转混匀10min，室温下13000rpm离心10min，吸上清入另一干净1.5ml离心管中。

(8)在上清中加入等体积异丙醇，轻缓倒转混匀后置于-20℃冰箱中沉淀20-30min。然后13000rpm低温离心10min，去上清。

(9)加入1ml70％乙醇，13000rpm低温离心10min，去上清。

(10)自然干燥后用去离子水150-200ul溶解沉淀，-20℃储存备用。

2.DNA浓度测定

应用NanoDrop ND-1000全波长紫外/可见光扫描分光光度计测出浓度。

3.亚硫酸盐转化

参照QIAGEN EptiTect Bisulfite Kit^TM说明书，将抽提的DNA进行亚硫酸盐处理。

(1)在0.2ml EP管中配制85ul Bisulfite Mix、35ul DNA Protect Buffer、500ngDNA、补水至140ul体系

(2)在PCR仪上采用如下程序反应99℃变性5min、60℃孵育25min、99℃变性5min、60℃孵育85min、99℃变性5min、60℃孵育175min。

(3)反应结束0.2ml EP管取出，将反应液转移至1.5ml EP管中

(4)加入560ul新鲜配制的BL缓冲液，漩涡振荡

(5)将混合液加入离心吸附柱中，套上收集管、最大转速离心1min，弃收集管中液体

(6)加入500ulBW洗脱液于离心吸附柱中，最大转速离心1min，弃收集管中液体

(7)重复步骤(6)一次

(8)加入500ul BD缓冲液于离心吸附柱中，室温静置15min

(9)最大转速离心1min，弃收集管中液体

(10)将离心吸附柱放置于新收集管内，最大转速空甩1min

(11)将离心吸附柱放置于干净1.5ml EP管，加入20ul去离子水至柱基质中，12000rpm/min洗脱DNA，-20℃保存

4.BSP扩增和检测

4.1BSP反应

(1)设计ACTB-BSP引物及探针

ACTB BF：5’TGGTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGT 3’(SEQ ID NO：1)

ACTB BR：5’AACCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA 3’(SEQ ID NO：2)

ACTB-probe：FAM-TTTGTTATTGTGTGTTGGGTG-MGB

(FAM-SEQ ID NO：3-MGB)

扩增片段长度：133bp，扩增后序列如GeneID：60所示

(2)设计HPP1-BSP引物

HPP 1BF：5’AGTAGTAGTAGGGTAGAGAGGGG 3’(SEQ ID NO：4)

HPP 1BR：5’AACCTTAAAATTACACRCTCTT 3’(SEQ ID NO：5)

扩增片段长度：252bp，扩增后序列如SEQ ID NO：6所示反应体系为25μl，反应条件为：95℃预变性10min；95℃变性30s.53.3℃退火30s.72℃延伸30s，共40个循环。2.0％琼脂糖凝胶电泳确定了产物正确性。

扩增序列如下：

AGCCTTGGGGTTGCACGCTCTTGTGGGAGATGCTGCT

GGTTCTAACACCATCGCCTCTCACCCTCTTTCCTGTAAATCC

CTCCGCCGCGACATTCCCAGCCTGCATCCCCCTACAGCCTAGGCGGCGCGCTCCCGCACGCTGGAG

CCTCTCCCGCGCCGACTCGCCCCTCTCTGCCCTGCTGCTGCT(SEQ ID NO：6)

上述区段也为标准品序列，单下划线表示设计BSP扩增引物的序列。此扩增片段中点状下划线标示的序列为设计MSP扩增引物的序列，双下划线标示的序列为MGB探针检测的靶序列。

4.2T载体连接及转化

将PCR产物纯化后，按pMD18-T Vector的说明书进行连接，然后用电击法(分子克隆实验指南第三版Page 1296)转化至E.coli DH5α。

4.3菌液测序

DNA测序由invitrogen公司承接完成。

4.4测序结果

预期碱基序列为原序列中CpG位点均发生甲基化，其经亚硫酸盐处理后保持不变，而单独的C均转化为T，克隆测序结果显示，其与预期碱基序列一致，依此分别挑选出HHP1和ACTIN的标准品克隆，如图2所示。

5.标准品的制备

用Axygen普通质粒小提试剂盒(离心柱型)对挑选出的标准品克隆进行质粒抽提。

(1)取1ml在LB培养基中培养过夜的菌液12000×g离心1min，弃尽上清。

(2)加入250ul含有RNaseA的BufferS1悬浮细菌沉淀，悬浮需均匀，不留有小的菌块。

(3)加入250ul BufferS2，温和并充分上下翻转4-6次混合均匀时菌体充分裂解，直至形成透亮的溶液。

(4)加入350ul BufferS3，温和并充分上下翻转混合6-8次，12000×g离心10min。

(5)吸取步骤(4)中的离心上清并转移到制备管中(试剂盒提供)，12000×g离心1min。弃滤液。

(6)将制备管置回离心管，加入500ul BufferW1，12000×g离心1min。弃滤液。

(7)将制备管置回离心管，加入700ul BufferW2，12000×g离心1min。弃滤液；以同样的方法再用700ul BufferW2洗涤一次，弃滤液。

(8)将制备管置回2ml离心管中，12000×g离心1min。

(9)将制备管移入新的1.5ml离心管中，在制备管膜中央加入60-80ul去离子水，室温静置1min，12000×g离心1min，-20℃保存。

标准品拷贝数换算：拷贝数＝(质量/分子量)×6.02×10²³

标准品质粒	分子量	1ng质粒拷贝数
			pMD18-HPP1	2944bp×660(道尔顿/bp)	3.10×108
pMD18-ACTIN	2825bp×660(道尔顿/bp)	3.23×108

将标准品依次稀释成5×10⁷拷贝/μl，5×10⁶拷贝/μl，5×10⁵拷贝/μl，5×10⁴拷贝/μl，5×10³拷贝/μl，5×10²拷贝/μl，5×10¹拷贝/μl。

二、对HHP1标准品进行甲基化定量检测

1.引物设计

在BSP扩增片段内设计MSP引物及探针

HHP1MF：5’GTTGTTTTTAGGTCGGTAAGAGC 3’(SEQ ID NO：7)

HHP1MR：5’ACGTCCTACTAACGACCGACG 3’(SEQ ID NO：8)

HHP1-probe：FAM-TTAGAGAAAYGTTTTTGGTTT-MGB

(FAM-SEQ ID NO：9-MGB)

扩增片段长度：173bp，扩增后序列为SEQ ID NO：6中所示序列的第38bp-211bp。

2.实时定量PCR反应

分别取各浓度梯度的标准品2μl(即形成拷贝数梯度：10⁸，10⁷，10⁶，10⁵，10⁴，10³，10²，10¹，0)，运用MGB探针法进行定量扩增，反应体系25μl，反应条件为：95℃预变性10min；95℃变性15s.60℃退火10min.共50个循环。其扩增曲线和标准曲线如图3所示。

三、对ACTIN标准品进行定量检测

1.引物设计

ACTB BF：5’TGGTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGT 3’(SEQ ID NO：1)

ACTB BR：5’AACCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA 3’(SEQ ID NO：2)

ACTB-probe：FAM-TTTGTTATTGTGTGTTGGGTG-MGB

(FAM-SEQ ID NO：3-MGB)

扩增片段长度：133bp。

2.实时定量PCR反应

分别取各浓度梯度的标准品2μl(即形成拷贝数梯度：10⁸，10⁷，10⁶，10⁵，10⁴，10³，10²，10¹，0)，运用MGB探针法进行定量扩增，反应体系25μl，反应条件为：95℃预变性10min；95℃变性15s.60℃退火10min.共50个循环。其扩增曲线和标准曲线如图3所示。

四、对患者临床样品进行HPP1基因甲基化定量检测

1.样品收集

1.1胰腺癌细胞株：胰腺癌细胞株PaTu8988和ASPC购自中国科学院上海细胞所。

1.2胰腺癌组织及癌旁组织：取自2009年4月第二军医大学附属长海医院胰腺外科手术切除标本2例，在手术切除病灶后用锋利刀片迅速切取原发肿瘤和切缘癌旁正常组织各1块，立即冷冻于液氮中保存，取材时间不超过10min。所有胰腺癌经H-E染色病理学证实均为导管源性，代表性切片HE染色如图4所示，并用冰冻切片进行粗分离。

1.3正常人白细胞：取自2009年4月第二军医大学附属长海医院消化内科新入院病人，空腹抽取外周静脉血1.5ml，保存于EDTA抗凝管中-40℃冰箱冻存。

1.4正常胰腺组织：取自第二军医大学附属长海医院消化内科实验室冻存的尸检标本中正常胰腺组织。

2.样品基因组DNA提取、DNA浓度测定和重亚硫酸盐转化，方法同前。

3.HPP1基因甲基化定量检测

从重亚硫酸盐处理后产物中取出两等份：一份进行HPP1甲基化的MSP扩增和taqman-MGB探针检测，同时检测不同梯度浓度的HPP1甲基化标准品，依据标准曲线，对HPP1甲基化序列的拷贝数进行绝对定量；另一份进行参照基因ACTB的PCR扩增和taqman-MGB探针检测，同时检测不同梯度浓度的ACTB甲基化标准品，依据标准曲线，对ACTB的拷贝数进行绝对定量，ACTB的拷贝数相当于投入检测的总基因组拷贝数。上述获得的HPP1甲基化序列拷贝数除以ACTB的拷贝数，此比率为某一检测样品DNA中HPP1基因甲基化程度的定量值，即甲基化指数。引物、反应体系和反应条件同标准品检测。部分样品检测的扩增曲线和所用的标准曲线如图5所示。定量检测结果如表2所示。

表格1HPP1基因甲基化程度在不同样品中检测的定量值(即甲基化指数MI)

实施例证实胰腺癌细胞株、胰腺癌组织、癌旁组织、正常人白细胞、正常胰腺组织中的HPP1基因不同的甲基化程度可以依本发明进行定量检测。

由上述实施例可知，本发明的DNA甲基化检测具有快速准确的优点。虽然以上实施例仅在胰腺癌组织、癌旁组织、细胞株、正常人白细胞和正常胰腺组织中进行了HPP1基因甲基化程度的定量检测，对本发明的技术方案进行了验证，但是根据本发明的公开，也可以采集患者的胰液、粪便、血清、胰腺穿刺物等为DNA样本，这对于本领域的技术人员来说是显而易见的。

SEQUENCE LISTING

<110>中国人民解放军第二军医大学

<120>HPP1基因甲基化定量检测方法

<130>说明书，权利要求书

<160>9

<170>PatentIn version 3.1

<210>1

<211>25

<212>DNA

<213>人工序列

<400>1

tggtgatgga ggaggtttag taagt                            25

<210>2

<211>27

<212>DNA

<213>人工序列

<400>2

aaccaataaa acctactcct cccttaa                          27

<210>3

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<400>3

tttgttattg tgtgttgggt g                                21

<210>4

<211>23

<212>DNA

<213>人工序列

<400>4

agtagtagta gggtagagag ggg                              23

<210>5

<211>22

<212>DNA

<213>人工序列

<400>5

aaccttaaaa ttacacrctc tt                                             22

<210>6

<211>252

<212>DNA

<213>人工序列

<400>6

agccttgggg ttgcacgctc ttgtgggaga tgctgctgtt gcttccaggt cggcaagagc     60

ggttctaaca ccatcgcctc tcaccctctt tcctgtaaat ccctagagaa acgtccctgg    120

cctctccgcc gcgacattcc cagcctgcat ccccctacag cctaggcggc gcgctcccgc    180

acgctggagc gccggtcgcc agcaggacgc cctctcccgc gccgactcgc ccctctctgc    240

cctgctgctg ct                                                        252

<210>7

<211>23

<212>DNA

<213>人工序列

<400>7

gttgttttta ggtcggtaag agc                                             23

<210>8

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<400>8

acgtcctact aacgaccgac g                                               21

<210>9

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<400>9

ttagagaaay gtttttggtt t                                               21

Claims (2)

1、一种HPP1基因甲基化定量检测方法，其特征在于该方法包括如下步骤：

A、待检样本处理：用QIAGEN EpiTect Bisufite Kit^TM试剂盒对待检样本的DNA进行重亚硫酸盐处理，用作扩增模板；

B、分别制备ACTB参照基因的标准品和HPP1靶基因的标准品：

设计并合成ACTB参照基因的BSP引物：

ACTB BF：5′TGGTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGT 3′

ACTB BR：5′AACCAATAAAACCTACTCCTCCCTTAA 3′

设计并合成HPP1靶基因的MSP引物：

HPP 1BF：5′AGTAGTAGTAGGGTAGAGAGGGG′3′

HPP 1BR：5′AACCTTAAAATTACACRCTCTT 3′

ACTB参照基因进行BSP反应的条件：95℃预变性10min；95℃变性30s.60℃退火30s.72℃延伸30s，共40个循环；

HPP1靶基因进行BSP反应的条件：95℃预变性10min；95℃变性30s.53.3℃退火30s.72℃延伸30s，共40个循环；

PCR产物进行纯化，连接入pMD18-T Vector，然后电击法转化至E.coliDH5α、工程菌，测序正确的重组菌进行扩增，应用试剂盒抽提纯化质粒，分别制备出ACTB参照基因的标准品和HPP1靶基因的标准品；

C、在BSP扩增片段内设计MSP引物及探针

HHP 1MF：5’GTTGTTTTTAGGTCGGTAAGAGC 3’

HHP 1MR：5’ACGTCCTACTAACGACCGACG  3’

D、HPP1基因甲基化的定量检测：

设计并合成ACTB的探针和HPP1的探针：

ACTB探针：FAM-TTTGTTATTGTGTGTTGGGTG-MGB

HPP 1探针：FAM-TTAGAGAAAYGTTTTTGGTTT-MGB

对重亚硫酸盐处理过的待检样本DNA，分别同时进行实时荧光定量PCR、条件是：①95℃10min②95℃15s，70℃15s，60℃1min，共50个循环；检测ACTB和HPP1基因的拷贝数；待检样本DNA中HPP1基因的拷贝数除以ACTB基因的拷贝数，即为待检样本中HPP1基因甲基化程度的定量值。

2、根据权利要求1所述的一种HPP1基因甲基化定量检测方法，其特征在于其中的待检样本是胰液、全血、血清、粪便或胰腺穿刺物。

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