CN101665829A - 亚麻微卫星dna标记 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种亚麻微卫星DNA标记，提供了25个亚麻微卫星位点的DNA序列及扩增了上述25个亚麻微卫星位点的引物序列和扩增方法，25个亚麻微卫星位点用于亚麻品种分类、遗传关系分析和标记辅助育种，重复性好，是一种可靠有效的分子标记。
Description
技术领域
本发明涉及一种亚麻微卫星DNA标记，适用于亚麻品种分类、遗传关系鉴定和辅助育种。
背景技术
微卫星(Microsatel lite)，又称为简单序列重复(simple sequence repeat，SSR)或短串联重复(short tandem repeat，STR)，是以少数几个核苷酸(1-6个)为重复单位的串联重复DNA序列。由于微卫星具有高水平的杂合性和突变率、双亲遗传模式等优势，加之便于检测，费用低廉，因此广泛用于遗传图谱构建、基因定位、标记辅助育种、家系分析、品种鉴定以及进化分析等研究。如用微卫星标记研究樱桃品种间的亲缘关系(艾呈祥等，2007，果树学报，24(4)：460465)、用微卫星DNA标记进行猪品种分类的专利申请“适于猪品种分类的猪微卫星DNA标记”(公开号CN 1370834A)。
亚麻(Linum usitatissmum L.)是亚麻科(Linaceae)亚麻属(Linum)的一年生草本纤维植物，已经有六七千年的栽培历史。亚麻既是世界第3大纤维作物，又是5大油料作物之一。作为一种重要的经济作物，亚麻在微卫星分子标记方面的研究远远滞后于其他作物，大豆、棉花、水稻、葡萄、花生的SSR标记已有许多研究，并公开发表了大量可以直接利用引物序列，而现有亚麻的微卫星标记数量非常有限，仅有法国科学家Roose-Amsaleg等分离的28个微卫星标记(Roose-Amsaleg C等，2006，Molecular Ecology Notes，6(3)：796-799)。这严重制约了微卫星标记在亚麻遗传学、分子生物学方面的研究和应用。因此，迫切需要获得更多独立分离的、多态性丰富的亚麻微卫星标记。
发明内容
本发明旨在分离克隆微卫星DNA标记，建立亚麻的微卫星DNA的技术体系并利用这些分子标记进行品种分类，遗传关系分析和辅助育种。
实现上述发明目的的技术方案包括亚麻(CT)n和(GT)n微卫星富集文库的构建、含微卫星序列的阳性克隆的筛选及测序，得到17个含有(CT)n和8个含有(GT)n的微卫星克隆，确定了25个多态性丰富的微卫星标记LU1、LU2、LU3、LU4、LU5、LU6、LU7、LU8、LU9、LU10、LU11、LU12、LU13、LU14、LU15、LU16、LU17、LU18、LU19、LU20、LU21、LU22、LU23、LU24、LU25；LU1为214个核苷酸、LU2为265个核苷酸、LU3为328个核苷酸、LU4为250个核苷酸、LU5为173个核苷酸、LU6为202个核苷酸、LU7为363个核苷酸、LU8为199个核苷酸、LU9为206个核苷酸、LU10为270个核苷酸、LU11为511个核苷酸、LU12为196个核苷酸、LU13为302个核苷酸、LU14为196个核苷酸、LU15为393个核苷酸、LU16为314个核苷酸、LU17为369个核苷酸、LU18为394个核苷酸、LU19为356个核苷酸、LU20为305个核苷酸、LU21为462个核苷酸、LU22为249个核苷酸、LU23为308个核苷酸、LU24为258个核苷酸、LU25为616个核苷酸。
附图说明
图1是用LU1位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图2是用LU2位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图3是用LU3位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图4是用LU4位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图5是用LU5位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图6是用LU6位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图7是用LU7位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图8是用LU8位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图9是用LU9位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图10是用LU10位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图11是用LU11位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图12是用LU12位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图13是用LU13位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图14是用LU14位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图15是用LU15位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图16是用LU16位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图17是用LU17位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图18是用LU18位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图19是用LU19位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图20是用LU20位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图21是用LU21位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图22是用LU22位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图23是用LU23位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图24是用LU24位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
图25是用LU25位点的特异性引物扩增8个亚麻品种DNA的PAGE电泳图。
具体实施方式
1、亚麻微卫星富集文库的构建。
(1)以亚麻品种白花幼苗为材料，采用改进的CTAB法(参见邓欣等，2007，中国麻业科学，29(4)：184 188)提取亚麻基因组DNA。用限制性内切酶Mse I酶切10μg亚麻基因组DNA，酶切产物经1.5％琼脂糖凝胶电泳检测，用琼脂糖凝胶回收试剂盒(TIANGEN)回收300-1 500bp的DNA片段。
(2)将碱基互补的寡核苷酸primer A(5′-AGATGGAA TTCGTACACTCGT-3′)和primer B(5′-TAACGAGTGTACGAATTCCATCT-3′)等摩尔混合，95℃变性5min，60℃退火1h，形成具有粘性末端的接头。
(3)将酶切产物和接头用T4 DNA连接酶连接。连接产物用酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1)抽提一次，离心收集上清液在上清液中加0.3M醋酸钠(pH5.2)和2倍体积冰乙醇纯化沉淀DNA，加入15μL去离子水溶解。
(4)接头连接片段的PCR扩增连接产物以primer A为引物进行PCR扩增。用普通DNA产物纯化试剂盒(TIANGEN)纯化PCR产物，并将其浓缩至15μL。
(5)用生物素标记的探针(CT)15和(GT)15分别与纯化的接头连接DNA片段杂交。具体操作为：建立50μL杂交混合液反应体系含5μL探针(10μmol L1)，5μL primer A，15μL 20×SSC，10％SDS 0.5μL及12.5μLddH2O，68℃预热。将15μL连接产物DNA片段于95℃变性5min，再加预热的杂交混合液，于68℃杂交1h。
(6)将杂交混合液加入100μL链霉亲和素包被的磁珠(Dynal M-280)中，于25℃温育20min。
(7)用磁力架吸附磁珠，弃上清。依次用200μL洗液I、洗液II(3×SSC，0.1％SDS)、洗液III(6×SSC)洗涤磁珠，去除不含微卫星的序列。方法是用洗液I在室温洗2次，每次静置8min；洗液II在68℃洗2次，每次静置15min；洗液III在室温快速洗2次。
(8)用0.1×TE 200μL在室温快速洗2次，加入0.1×TE 50μL，95℃变性10min，小心吸取上清，上清液即含有微卫星序列的单链DNA，以primerA为引物，以单链DNA为模板进行PCR扩增获得双链目的片段。
(9)将扩增产物纯化后连接到pMD18-T载体(大连宝生物)上，然后将连接产物转化大肠杆菌Top10感受态细胞(TIANGEN)，转化液涂抹在含有IPTG和X-gal的LB固体培养基平板上进行蓝白斑筛选，得到微卫星基因组文库。
2、含微卫星序列的阳性克隆的筛选、测序及微卫星引物的设计。
(1)挑取白色单菌落接种到1mL LB培养液中，于37℃培养过夜。
(2)以菌洲为模板，采取PIMA方法(参见Lunt等，Molecular Ecology，8：891-894)筛选含有(CT)n和(GT)n微卫星序列的阳性克隆。
(3)将阳性克隆测序，分析是否含有(CT)n或(GT)n重复序列。
(4)根据微卫星重复序列两侧的保守序列设计引物。
(5)测序结果采用SSR Hunter 1.3软件分析序列，并用Bioedit SequenceAlignment Editor软件对所有序列进行比对分析、归类，再用Premier Primer5.0软件进行引物设计。对高度相似的一类微卫星序列设计特异引物，对进一步筛选的阳性克隆进行第二次PCR扩增，以提高筛选效率。
3、利用亚麻微卫星DNA标记分析亚麻品种间的遗传差异。
将上述微卫星标记用于8个亚麻品种的分类，确定了25个多态性丰富、适用于亚麻品种分类的微卫星标记LU1、LU2、LU3、LU4、LU5、LU6、LU7、LU8、LU9、LU10、LU11、LU12、LU13、LU14、LU15、LU16、LU17、LU18、LU19、LU20、LU21、LU22、LU23、LU24、LU25(表1)。具体操作过程如下：
(1)按邓欣等的方法(参见邓欣等，2007，中国麻业科学，29(4)：184 188)提取各个亚麻品种的DNA作为模板，进行PCR。
(2)分别用LU1、LU2、LU3、LU4、LU5、LU6、LU7、LU8、LU9、LU10、LU11、LU12、LU13、LU14、LU15、LU16、LU17、LU18、LU19、LU20、LU21、LU22、LU23、LU24、LU25。25个位点的25对引物(引物序列见表1)扩增这8个亚麻品种的DNA。
(3)将PCR产物在8％的丙烯酰胺凝胶上电泳，让后进行银染并拍照，得到图1-25。
(4)结果分析：每个一篇的扩增条带按有或无记录，扩增条带存在时赋值为1，否则赋值为1。采用SPSS10.1 for windows统计分析软件中的系统聚类分析程序，距离测量选用相关系数距离法，用类间平均连锁法(Between-groupslinkage)进行聚类分析并建立系统树。
由附图1-25可看出，本发明的25个微卫星位点的序列长度在供试的8个品种中都出现多态性，由此可见，本发明的这25个微卫星标记能用于亚麻品种分类和遗传关系分析。
表1引物特性表：引物序列，退火温度，片段大小
| 位点 | 基序 | 引物序列(5’-3’) | 产物大小(bp) | 退火温度(℃) |
| LU1 | (CT)24T(CT)5 | F：CTCGCTCTTTTCTTCTCTCTCR：GGACTKCTCCCTAATTACACA | 136 | 60 |
| LU2 | (CT)22 | F：CCTGTTTGGTTAGGTTGGAATR：AGCCGCCGTTGTAGGTCTCA | 146 | 62 |
| LU3 | (CT)21 | F：GGGCCAAGTTTGGTTAGGTTR：GCCGTTGTAGGTCTCAGGTG | 140 | 62 |
| LU4 | (CT)22 | F：TCCTCCTTGGGACTCTCTACTCR：CCCTGTTTGTTTCCAGTCTTTT | 121 | 62 |
| LU5 | (CT)34 | F：CTCCCTCGCTCTTTTCTTR：GGGGGAGCTATTAGGACTT | 147 | 59 |
| LU6 | (CT)39CC(CT)11 | F：CCTTTGCTTCCAACTCACCCR：AAAAAGAGAAGAAGGGGAGG | 151 | 60 |
| LU7 | (CT)24 | F：TCACAAGCCCTCGCTAAGTTCR：AGAATGTGGCTCAACTCGGT | 139 | 61 |
| LU8 | (CT)16TT(CT)5 | F：CCTCGCTCTTTTCTTCTCTCR：GGGGAGCTATTAGGACTTCT | 133 | 60 |
| LU9 | (CT)36TT(CT)5 | F：CTCTCCCTCGCTCTTTTCTTR：GGGGGAGCTATTAGGACTTCT | 147 | 61 |
| LU10 | (CT)36...(CT)18 | F：TACTGAGAGGGTCGCAGTCGR：AAGCTGCGATTGTGAGAAGG | 157 | 62 |
| LU11 | (CT)10 | F：ATGTTGGGAAGCAGCAAGACTR：CCATAAGGGAGAAGGGGGTA | 176 | 61 |
| LU12 | (CT)6 | F：TGGGGGCAGACCTACGTTACR：CCCCTGTTTGTTTCCAGTCTTT | 145 | 63 |
| LU13 | (CT)17CC(CT)8 | F：TGACACAACCGTTGGACACTR：GAAGGTTTCGGATGAAAAGC | 240 | 59 |
| LU14 | (CT)23 | F：GTCTCGGCAAGCATTCATTTR：GCCAACAATGGTGTCAAGAG | 150 | 59 |
| LU15 | (CT)23 | F：CCCCTTCATCCTCTCTCACAR：TTTGCTTGGGAAGATCAGGTTG | 151 | 61 |
| LU16 | (CT)25 | F：TCCTTTCTTTCCAGTTCTCACCR：GCATTTCCCAGGCATCAA | 282 | 59 |
| LU17 | (GT)12 | F：GTGTGGGAATTGGACACTTGR：CAAACCGAAGAGGCAAGAAG | 156 | 60 |
| LU18 | (GT)10 | F：GTGCGGCTGAGGACGATTTR：CCAGCCACTACAGCACCACT | 191 | 63 |
| LU19 | (GT)11 | F：CTGAGTGCGAAAGCCTATTG | 190 | 61 |
| R：TACTGCCCTCTTCCACCTGA | ||||
| LU20 | (GT)5GC(GT)5 | F：CCATTGATGTGATGCCTGAGR：GGTGGGAGTATGATAGTCGTTTC | 162 | 61 |
| LU21 | (GT)15 | F：CACCACAGAATCAAGAGAAATCCR：TGACCCACCATCTTGTTCTTTC | 182 | 61 |
| LU22 | (GT)11 | F：TGTTGCCAAAGACTGCATTTR：CATGGAGGTGTTGAAAACGA | 187 | 57 |
| LU23 | (GT)10 | F：AAGAGGGCACCTGAACTTTGR：GACAAAACAAGCCTCCTTGG | 151 | 60 |
| LU24 | (CT)9TT(CT)9 | F：TCCCTTTATTCCCCTTTGCTR：AGACAGAACCGCAGTCATCG | 243 | 60 |
| LU25 | (GT)11 | F：CTTGGCTCGATGTTTCCTTGR：GTATACACCGCCACGTTTCC | 215 | 61 |
表1中F表示5’端引物，R表示3’端引物。
本发明提供了25个亚麻微卫星位点的DNA序列及扩增上述25个亚麻微卫星位点的引物序列和扩增方法，25个亚麻微卫星位点用于亚麻品种分类、遗传关系分析和标记辅助育种，重复性好，是一种可靠有效的分子标记。
SEQUENCE LISTING
<110>中国农业科学院麻类研究所
<120>亚麻的DNA分子遗传标记
<130>亚麻的DNA分子遗传标记
<160>25
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>214
<220>
<221>重复
<222>(107)..(165)
<400>1
acacttccct ctatctctct ctattcctct ccccctcttc atctctctcc ccccctctcc 60
ctcgctcttt tcttctctct ccccctctct ccctcgctct cttctcctct ctctctctct 120
ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctttctct ctctctgcaa ccatttgtgt 180
aattagggag aagtcctaat agctccccct tact 214
<210>2
<211>265
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(54)..(97)
<400>2
atgttggcct gtttggttag gttggaattc gctcggtctc tctccttctc tgactctctc 60
tctctctctc tctctctctc tctctctctc tctctcttgc tgccactctg aacttggcac 120
tttccgcctc acctgagacc tacaacggcg gctacgccac aaaactctgt cctcggatct 180
tacggttcgt ttcttgtctt tatcattccc ttctgctata tctccttgtt tgtttacaga 240
acaatctata cctccccggc tctgt 265
<210>3
<211>328
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(119)..(160)
<400>3
caggggccga tttcgacggc agtgccaaga ccatgacggc aagtggagca acgatggaat 60
tctaatccca aggggccaag tttggttagg ttggaattcc tcgccaaggg cccactgact 120
ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct tgctgccact ctgaaagggg 180
ccctttccgc ctcacctgag acctacaacg gcggctacgc cacaaaactc tgtcctcgga 240
tcttacggtt cgtttcttgt ctttatcatt cccttctgct atatctcctt gtttgtttac 300
agaacaatct atacctcccc ggctctgt 328
<210>4
<211>250
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(113)..(178)
<400>4
aaaattgggc gtgggggcag acctacgtta cgtcgtatat agtagcttag ctagctttga 60
tacttctcta tcagttggaa ctgcgaattc ctccttggga ctctctactc atctctctct 120
ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctgt 180
gaattctaaa agactggaaa caaacagggg aaagagagga agaagaagta gaagaaggac 240
tacaattact 250
<210>5
<211>173
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(40)..(115)
<400>5
tcttcatctc tctccccccc tctccctcgc tcttttcttc tctctccccc tctctccctc 60
gctctcttct cctctctctc tctctctctc tctctctctc tctctctctc tctctttctc 120
tctctgcaac catttgtgta attagggaga agtcctaata gctccccctt act 173
<210>6
<211>202
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(49)..(150)
<400>6
gacccctcca ctccctttat tcccctttgc ttccaactca ccccttccct ctctctctct 60
ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct 120
ctctctccct ctctctctct ctctctctct atttcctccc cttcttctct ttttttttat 180
ttttttttat ttctccctct ct 202
<210>7
<211>364
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(261)..(308)
<400>7
accgtactgc attttggcag gagtcacaag tggtacgaac cagattggtg gaaattcggt 60
aacaagaaat cgtaagttgc tctttctcca taaccatttt cagtctcaac tacttgctcg 120
tcccaattgg agatgttcag taggcctttt cagcaattga tttctttctc tctaacaggt 180
actttcgcca tgctcccggc gagatgtatg tcctgtcaca agccctcgct aagttcatat 240
cgatcaacag gtgagctcat ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct 300
ctctctccac ctttcgattc tcccactaca agttaccgag ttgagccaca ttctaagcga 360
gct 363
<210>8
<211>199
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(108)..(151)
<400>8
acacttccct ctatctctct ctattcctct ccccctcttc atctctctcc cccccctctc 60
cctcgctctt ttcttctctc tccccctctc tccctcgctc tcttctcctc tctctctctc 120
tctctctctc tctctctctt tctctctctc tgcaaccatt tgtgtaatta gggagaagtc 180
ctaatagctc ccccttact 199
<210>9
<211>206
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(75)..(158)
<400>9
acacttccct ccatctctct ctattcctct ccccctcttc atctctctcc ccccctctcc 60
ctcgctcttt tcttctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct 120
ctctctctct ctctctctct ctctctttct ctctctctgc aaccatttgt gtaattaggg 180
agaagtccta atagctcccc cttact 206
<210>10
<211>270
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(151)..(186)
<400>10
aatttaaggc tctctctctc tctctctctc tctctctctc tctctctctc tctctctctc 60
tctctctctc tctctctctc tttctttttt atttactgag agggtcgcag tcgcaggggg 120
ggtccgtgtc ctgcagccgt tagctgccca ctctctctct ctctctctct ctctctctct 180
ctctctgttt ctgcagcctg cagcccagca gccagccaac cagcctgcag ccttctcaca 240
atcgcagctt caagaaattc atcattcact 270
<210>11
<211>511
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(128)..(147)
<400>11
aatgttggga agcagcaaga cttgcggttg gcaaagttct ggatgcaggg gggtgaatgt 60
tatctagttc tttgttattt ttccattttt attcttcttc ttgtgagatg tttggattgt 120
gtgttagctc tctctctctc tctctctgca tatttgttac ccccttctcc cttatggctt 180
atactgactt gacttgtggg agtatttgcc ttctgtatgt taggaaactg tttttttgta 240
atggattgat tatgtaatag aatattgtat cttggtcttt acatttgggc tttcgggtca 300
agggatccga caatcaagcc cattcccacc cttcaacgtc ggccctttcg actgggtttc 360
gcggcccgta catggtatca tatctgggat atttgtcaag gttgatgtag agaggtttgt 420
tctcacccta tgtcacctcc cacgagataa ctatggttta atgattggga gtcataggct 480
ataactcaat ggagtaccca gtctcatgat t 511
<210>12
<211>196
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(112)..(123)
<400>12
aaaattgggc gtgggggcag acctacgtta cgtcgtatat agtagcttac ctagctttga 60
tacttctcta tcagttggaa ctgcgaattc ctccttggga ctctctactc atctctctct 120
ctctgtgaat tctaaaagac tggaaacaaa caggggaaag agaggaagaa gaagtagaag 180
aaggactaca attact 196
<210>13
<211>302
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(191)..(241)
<400>13
ataataacaa tagagtagct tcatttacac ctacgaactg acacaaccgt tggacacttt 60
ccaacgtgac aaatcctcta aacttatagt gacaagaact agtgttctac aataatagag 120
ttgcgatcaa gatcaacaca ctccgtcgat ctcaccgact taccaagggt acctacgctc 180
actcactcat tctctctctc tctctctctc tctctctctc tctccctctc tctctctctc 240
ttcgaacact acctaagagc ttttcatccg aaaccttctt agtgacaata tgatcacact 300
at 302
<210>14
<211>196
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(98)..(143)
<400>14
aattcctgat atagtaaact gtcacctttc cagaggtctc ggcaagcatt catttggcgc 60
ctctcccact ctctgtctct tcagtcttcc aagttcatct ctctctctct ctctctctct 120
ctctctctct ctctctctct ctcgaatctt cgaaatcttt cgtttctctt gacaccattg 180
ttggccttct gatcat 196
<210>15
<211>393
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(85)..(130)
<400>15
acatagatgg tcatttacgt ttcatgcggg cctttccttt caccgacgcc gacaactccc 60
cttcatcctc tctcacatcc tgacctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct 120
ctctctctct ttcttagttt cccttccaac caaatcatac tatcaaattc aaaccccaac 180
tctcctcaac ctgatcttcc caagcaaatt cattttcata atcaaaatac taattactct 240
ttcattcttg ccaatgatca ttctcacaaa cgaatttctc tctgctgcta taaacctaat 300
atcggagttc ccattcatga gttagacttc atgccaccaa cggtcaaatc aatcactctt 360
ctagtgggac agtactttat cctcttttcc act 393
<210>16
<211>314
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(59)..(108)
<400>16
agactctgtt ttcctttctt tccagttctc accattctca ctctcactct cactctcact 60
ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctag acctgcttct 120
atttcttcct tctcgtgttg accagaaaaa atgggaaact tgttattcag ctcaatactc 180
atcaggttgg ctgtatcctc catattgctt cttttgattt cgggctctac ccgagtgaga 240
ttccacgttc aaggtaattg tgttgttttc aagttctgat tttgatgcct gggaaatgca 300
taaagacttc actt 314
<210>17
<211>369
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(79)..(102)
<400>17
caatgcatgt gtaggtgtta tgtgtgggaa ttggacactt gtcctagttc ctttttactt 60
ttcttttctg gtttttatgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtttgagtga gtttcaggag 120
ttagttggcc gccgagtttg agtttcaatg gatcatgctt cttgcctctt cggtttgctc 180
actgcttcca ggtattccta cacaactttt ccatttcgtt tagtgaggac actgttcaaa 240
ctaagtgtgg gggtgaattc ccatatgatt cttgttagct catcttgatg ggtatttatt 300
catcttgcat attagtccaa atctcaagcg tgttggaaca atctttgaat caattacttg 360
acatgctct 369
<210>18
<211>394
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(202)..(221)
<400>18
agggagggga agatagtgga gtaaggaagg atgtggggga gcaaaggaaa gagagcttgg 60
gaaggacgga acacactgag aaggtagggg acttcaacgt tgtttttgag attgggttgg 120
attctattcg tgcggctgag gacgatttct agacccaagg ttttgaacta tactcaaagc 180
aagttggttg cttggatgtg cgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tggggggggg gggggggttg 240
gcaggtaaca atgatgagaa tgcaacgtca attctgaaca atgatgacaa ggatgacgcg 300
gacagtggtg ctgtagtggc tgggaagata caactgttgt ttgtatgtac aattaccata 360
acgtttgtat tgatggtttc ggctcttgtt atgt 394
<210>19
<211>356
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(128)..(149)
<400>19
attgtttgca tgacaccagg ccgaggcaat gaaccagttc gttacagatc ttgccattat 60
tgcagcacgg gagaaatcga tacttgctga gtgcgaaagc ctattggcac caacagcagc 120
catgcaggtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg ctcaaatgtc acaatggtta tcgcttctct 180
ttgaaaattt tcagttactt gcttttgtac cgagcaaaaa acacgaaagg aaaccctaca 240
atgacaatct gattgttcag gtggaagagg gcagtattag gacgcatctg attcaaatga 300
gacagattct ggaaaaccaa gcaatgttga ctacaagaac acatcaatgg tggtct 356
<210>20
<211>305
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(167)..(188)
<400>20
atcctcttca aatctttccg cttgttgatg tttttgtaca gaagttgaat ccattgatgt 60
gatgcctgag agagagatga gatgtgttga tcgatcgaat atacgctgat atagcgagag 120
ttgagaggtt tagccaccga tcatagaatg atatatatat ctgtgcgtgt gtgtgtgcgt 180
gtgtgtgtgg aaacgactat catactccca cctgcatggg ctcatctcaa cctctcattt 240
ctaggataag atctaaacgt tcaataatca ttctgaaaac aaaattactg aaacatcact 300
ccatt 305
<210>21
<211>462
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(261)..(290)
<400>21
aggtagcagt ataacgaacc aatacaaagt catgagaata ggaatgagtt catacatcta 60
gctaagtcag ttctgtacaa gtgctgagta tcaggtgtaa tccggtgcaa gaactcaacg 120
taatcagcag aatggaactg agctagttca accgggtatg ccttgtgtgg ccgctgcacc 180
aaagagatac accacagaat caagagaaat ccaaattttc atcaaactag ttacgaaaag 240
taaagagatt atatatatat gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt aaagattaca 300
aattgccatg aaactaacat aaatctccat cttcttgtga aggtcataag aaagaacaag 360
atggtgggtc atacacagcc tgtgcggttt catcgggtga ttcggaccaa agtaaacact 420
gccaacatcc catgcattgt tgtcacgcaa tagaagatta gt 462
<210>22
<211>249
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(45)..(66)
<400>22
atcgaggaga tttgttgcca aagactgcat ttttattttg tgtttgtgtg tgtgtgtgtg 60
tgtgtgttta ggtgtggtgg aaaggccctg gaaaacttca gatgctaggc ttgtgcttga 120
agatggctct gtgtggaagg ccaagtcgtt tggtgccact ggtactcaag ttggtgaagt 180
cgttttcaac acctccatga cagggtaatt tgttattttg cttgcttcac tggctttata 240
taatcttgt 249
<210>23
<211>308
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(171)..(190)
<400>23
ggttctgcat tttagcttct gtgattgctt tcaacatccg agttgaatat agccccttat 60
gatctttgag aatcacagca cctgaactta ttttgttttt cttttcacga agagggcacc 120
tgaactttgt tcaagccatg acctttagtt tctagaaaag ttcatgtgga gtgtgtgtgt 180
gtgtgtgtgt ttccctgtct gaaacttttt ggttgttgca agatcttggc gatgcgccat 240
ccaaggaggc ttgttttgtc cggctgcctg agcgcatgga ttgtaagtgt ttttcatcgc 300
catcgtct 308
<210>24
<211>258
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(49)..(85)
<400>24
aacccctcca ctccctttat tcccctttgc ttctaactca ccccttccct ctctctctct 60
ctctctttct ctctctctct ctctcccatc cgtgcgtctt tcttctctac tctgtttcac 120
tctgcttttc ccactctcgc ttctttatcc aatggcgttt ggctgtatac ccaatttcct 180
catcatccgc cgccgccgcc gaattcccac tagggatcag gtcgccgctt tttccgatga 240
ctgcggttct gtctctgt 258
<210>25
<211>616
<212>DNA
<213>亚麻
<220>
<221>重复
<222>(508)..(529)
<400>25
atgtggtttg tgcaggatat aaggagaagc attccaggta aactacggcc attgatgacc 60
aacattccag catcctcaat gtactgtgtg agaccagggc ccacccgaag cagaaccacc 120
agcgtttcgg actcttcgcc tcttgcaaca agcagtaatg ctagttctga attgagtgtg 180
agcaacaacg gtctttcatt cgagctggag gatgagatcg ggaatgagag acacggccgt 240
tctccaattc gaggcaggtg attgctgctg ctgctttctc tgaaagctcc ctcccccatg 300
tctcgtctga gtttatatta tatcttttgt gtattattcc gggtgttgcc ttggctcgat 360
gtttccttgt aaaagaaaag aaaatcccta accagagagt cagtcctatg ctctgtattg 420
tttgtaaagt agattagttc cattggcaaa tccaaagttc ccttacggtg gtcttgtagt 480
gcaaaagaat tgccacgtgt acaacatgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtt tagctgattc 540
tcttggaaac gtggcggtgt atacatccca atttcctacc ctttcccaaa ctgagaaatg 600
agaatttata ggtttt 616
Claims (2)
1、一种亚麻微卫星DNA标记，其特征在于所述微卫星标记的编号分别为LU1、LU2、LU3、LU4、LU5、LU6、LU7、LU8、LU9、LU10、LU11、LU12、LU13、LU14、LU15、LU16、LU17、LU18、LU19、LU20、LU21、LU22、LU23、LU24、LU25其核苷酸序列依次如SEQ ID NO：1-25所示。
2、根据权利要求1所述的亚麻微卫星DNA标记，其特征在于所述LU1、LU2、LU3、LU4、LU5、LU6、LU7、LU8、LU9、LU10、LU11、LU12、LU13、LU14、LU15、LU16、LU17、LU18、LU19、LU20、LU21、LU22、LU23、LU24、LU25二十五个位点的引物序列为：
LU1-F：CTCGCTCTTTTCTTCTCTCTC
LU1-R：GGACTKCTCCCTAATTACACA
LU2-F：CCTGTTTGGTTAGGTTGGAAT
LU2-R：AGCCGCCGTTGTAGGTCTCA
LU3-F：GGGCCAAGTTTGGTTAGGTT
LU3-R：GCCGTTGTAGGTCTCAGGTG
LU4-F：TCCTCCTTGGGACTCTCTACTC
LU4-R：CCCTGTTTGTTTCCAGTCTTTT
LU5-F：CTCCCTCGCTCTTTTCTT
LU5-R：GGGGGAGCTATTAGGACTT
LU6-F：CCTTTGCTTCCAACTCACCC
LU6-R：AAAAAGAGAAGAAGGGGAGG
LU7-F：TCACAAGCCCTCGCTAAGTTC
LU7-R：AGAATGTGGCTCAACTCGGT
LU8-F：CCTCGCTCTTTTCTTCTCTC
LU8-R：GGGGAGCTATTAGGACTTCT
LU9-F：CTCTCCCTCGCTCTTTTCTT
LU9-R：GGGGGAGCTATTAGGACTTCT
LU10-F：TACTGAGAGGGTCGCAGTCG
LU10-R：AAGCTGCGATTGTGAGAAGG
LU11-F：ATGTTGGGAAGCAGCAAGACT
LU11-R：CCATAAGGGAGAAGGGGGTA
LU12-F：TGGGGGCAGACCTACGTTAC
LU12-R：CCCCTGTTTGTTTCCAGTCTTT
LU13-F：TGACACAACCGTTGGACACT
LU13-R：GAAGGTTTCGGATGAAAAGC
LU14-F：GTCTCGGCAAGCATTCATTT
LU14-R：GCCAACAATGGTGTCAAGAG
LU15-F：CCCCTTCATCCTCTCTCACA
LU15-R：TTTGCTTGGGAAGATCAGGTTG
LU16-F：TCCTTTCTTTCCAGTTCTCACC
LU16-R：GCATTTCCCAGGCATCAA
LU17-F：GTGTGGGAATTGGACACTTG
LU17-R：CAAACCGAAGAGGCAAGAAG
LU18-F：GTGCGGCTGAGGACGATTT
LU18-R：CCAGCCACTACAGCACCACT
LU19-F：CTGAGTGCGAAAGCCTATTG
LU19-R：TACTGCCCTCTTCCACCTGA
LU20-F：CCATTGATGTGATGCCTGAG
LU20-R：GGTGGGAGTATGATAGTCGTTTC
LU21-F：CACCACAGAATCAAGAGAAATCC
LU21-R：TGACCCACCATCTTGTTCTTTC
LU22-F：TGTTGCCAAAGACTGCATTT
LU22-R：CATGGAGGTGTTGAAAACGA
LU23-F：AAGAGGGCACCTGAACTTTG
LU23-R：GACAAAACAAGCCTCCTTGG
LU24-F：TCCCTTTATTCCCCTTTGCT
LU24-R：AGACAGAACCGCAGTCATCG
LU25-F：CTTGGCTCGATGTTTCCTTG
LU25-R：GTATACACCGCCACGTTTCC。
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Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2017147583A1 (en) * | 2016-02-26 | 2017-08-31 | Nathan Golas | High alpha linolenic acid flax |
| CN107868840A (zh) * | 2017-11-27 | 2018-04-03 | 中国农业科学院麻类研究所 | 一种亚麻中与全生长日数相关联的ssr分子标记和应用 |
| CN109517925A (zh) * | 2019-01-24 | 2019-03-26 | 中国农业科学院麻类研究所 | 亚麻ssr分子标记及其应用 |
-
2009
- 2009-08-31 CN CN200910044219A patent/CN101665829A/zh active Pending
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| CN107868840B (zh) * | 2017-11-27 | 2019-04-02 | 中国农业科学院麻类研究所 | 一种亚麻中与全生长日数相关联的ssr分子标记和应用 |
| CN109517925A (zh) * | 2019-01-24 | 2019-03-26 | 中国农业科学院麻类研究所 | 亚麻ssr分子标记及其应用 |
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| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C02 | Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001) | ||
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