CN101560572B - 一种检测牛腹泻病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 - Google Patents
一种检测牛腹泻病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN101560572B CN101560572B CN2009100620944A CN200910062094A CN101560572B CN 101560572 B CN101560572 B CN 101560572B CN 2009100620944 A CN2009100620944 A CN 2009100620944A CN 200910062094 A CN200910062094 A CN 200910062094A CN 101560572 B CN101560572 B CN 101560572B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- diarrhea virus
- fluorescence
- fluorescence quantitative
- pcr
- rna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒及应用，该试剂盒含有：a)RNA抽提液、b)逆转录酶反应液、c)逆转录酶、d)RNA酶抑制剂、e)引物和TaqMan探针、f)标准阳性DNA模板、g)荧光定量PCR反应液，其特征在于：正义引物、反义引物、荧光探针序列，探针的5’端标记荧光发射基团FAM，3’端标记荧光淬灭基团TAMRA，标准阳性DNA模板由已插入牛腹泻病毒5’-UTR区185bp片段的pGEM-T载体转化大肠杆菌DH5α，增殖后提取质粒，并于紫外分光光度计测A260定量并10倍梯度稀释。试剂盒的制备步骤：A.标本及标准品处理；B.两步法RT-PCR扩增及实时荧光检测；荧光定量PCR试剂盒在定量检测抗牛腹泻病毒药物中的应用。使定量结果更加准确、可靠、稳定、且重复性好。
Description
技术领域：
本发明涉及生物技术领域，更具体涉及一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒，同时还涉及荧光定量PCR试剂盒的用途，该荧光定量PCR试剂盒可高效方便地对牛血液制品和牛血清进行定量检测和质量监控，也可以进行牛病毒性腹泻-粘膜病的流行病学调查，还可以为相关基础研究提供技术支持，应用前景十分广泛。
背景技术
牛腹泻病毒属瘟病毒属(Pestivirus)，黄病毒科(Flavivifidae)，是最小的有囊膜的RNA病毒，主要引起牛病毒性腹泻-粘膜病，是奶牛和肉牛群的常发病。该病主要发生于牛，犊牛更易感。牛群中的抗体检出率极高，因此可能普遍存在轻症或隐性感染。在急性发作型，死亡率甚高，且新生犊牛经常发生致死性腹泻，给畜牧业、国际贸易出口和食品安全等带来严重的问题。由于BVDV的组织培养宿主范围相当广，常导致培养细胞污染来自血清的BVDV，且常常不易引起注意，给细胞培养以及相关基础研究带来一定的问题。牛腹泻病毒的快速检测是控制和消灭该病的前提，但其常规检测方法有一些不足之处，检测技术一般来说有血清学诊断技术、生物学试验、分子生物学诊断技术三类：
1.血清学诊断技术包括补体结合实验、中和实验、凝集实验、免疫扩散、沉淀实验、免疫电泳技术、免疫荧光染色、双抗体夹心ELISA和免疫电镜技术等。在这些方法中得到普遍承认且广泛应用的有：补体结合实验、间接血凝试验、琼脂扩散实验、中和实验。但由于所有实验均用到抗血清和抗原免疫反应，反应时间长，材料多，准备周期长，检测具有明显的滞后性，只能定性不能定量，而且重复性差。
2.生物学试验包括动物实验、鸡胚接种和细胞培养。这种检测方法存在不敏感问题，而且有些样品中存在抗补体活性，影响检测效果。动物实验成本高，周期长，浪费生物资源和人力物力。
3.分子生物学诊断技术包括核酸杂交实验、聚丙烯酰胺凝胶电泳、聚合酶链式反应、负染电镜检测等。核酸杂交、聚丙烯酰胺凝胶电泳等检测方法更适合于对病毒特性进行更加深入的研究，由于整个系统操作复杂，过程繁多，成本高，不适宜同时进行大批量检测，因而受到很大限制。相比之下，普通RT-PCR方法特异性好，检测灵敏度高，不但可以检测活病毒核酸，也能直接检测灭活的核酸片段。样品可以是器官、组织、细胞中的BVDV，并可与不同的BVDV株与猪瘟病毒、边界病毒相区别，这是免疫学方法无法替代的。但这种传统的定量方法测定的都是PCR的终产物，而不是起始DNA或RNA拷贝数。由于PCR的终产物量与起始模板量之间没有线性关系，所以根据最终的PCR产物量不能计算出起始DNA或RNA拷贝数。因此，如何快速、准确测定牛腹泻病毒是面临的主要难题之一。
近年来发展起来的荧光定量PCR(Fluorogenetic Quantitative PCR，FQ-PCR)技术以其灵敏度高、速度快、特异性强等优点在基因表达水平分析(Nellemann C，Vinggaard AM，Dalgaard M，et al.Quantifcation of Antiandrogen Effect Determinedby LightCycler Technology[J].Toxicology，2001，163：29-38)、病原体的定性(Bhudevi B，Weinstock D.Fluorogenic RT-PCR assay(TaqMan)for Detection andClassification of Bovine Viral Diarrhea Virus [J].Vet.Microbiol.，2001，83：1-10.)和定量检测(Kathy F.J.Tang，Jun Wang，Donald V.Lightner.Quantitation of Taurasyndrome virus by real-time RT-PCR with a TaqMan assay [J].J.Virol.Methods，115(2004)109-114.；Birgit Liss*.Improved quantitative real-time RT-PCR forexpression profiling of individual cells[J].Nucleic Acids Res.，2002，Vol.30 No.17e89.；Franck Housseau a，limberly R.Lindsey a，et al.Quantitative real-time RT-PCRas a method for monitoring T lymphocyte reactivity to full-length tyrosinase proteinin vaccinated melanoma patients[J].J.Immunol.Methods 266(2002)87-103.；DesireN，Dehee A，Schneider V，et al.Quantification of Human Immunodeficiency VirusType 1 Proviral Load by a TaqMan Real-Time PCR Assay[J].J.Clin.Microbiol，2001，39：1303-1310.；Martell M，Gomez J，Esteban JI，et al.High-ThroughputReal-Time Reverse Transcription-PCR Quantitation of Hepatitis C Virus RNA[J].J.Clin.Microbiol，1999，37：327-332.；Marley，M.S.，Givens，M.D.，Galik，P.K.，Riddell，K.P，Stringfellow，D.A..Development of a duplex quantitative polymerase chainreaction assay for detection of bovine herpesvirus 1and bovine viral diarrhea virus inbovine follicular fluid[J].Theriogenology，2008，70(2)：153-160；Florence KP，GlauciaPB，Mireille S，et al.Quantitation of HCV RNA using real-time PCR and fluorimetry[J].J.Virol.Methods，2001，95：111-119.)等方面得到广泛应用，并且已经成为当前病毒核酸定量主要方法，国内目前也已有关于丙肝、乙肝、支原体、爱滋病、结核定量检测的试剂盒上市。
发明内容：
本发明的目的是在于提供了一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒，该试剂盒适用于目前存在市场上的所有类型荧光定量基因扩增仪，灵敏度高、定量快速准确、检测范围广、稳定性好。
本发明的另一个目的是在于提供了一种荧光定量PCR试剂盒在奶牛感染牛腹泻病毒流行病学调查中的应用，可对牛血液制品和牛血清进行定量检测和质量监控，也可以进行牛病毒性腹泻-粘膜病的流行病学调查，还可以为相关基础研究提供技术支持，应用前景十分广泛。
为了实现上述目的，本发明要用以下技术措施：
一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒：它包括a)RNA抽提液、b)逆转录反应液、c)RNA酶抑制剂、d)逆转录酶、e)引物和荧光探针(TaqMan)、f)标准阳性DNA模板、g)荧光定量PCR反应液，其特征在于：采用传统的两步法扩增(Two-Step RT-PCR)，即第一步进行逆转录反应，将RNA样品逆转录成cDNA，第二步进行荧光定量PCR反应，同时引入标准阳性DNA样品定量检测未知样品。用DNA作为标准品，使得定量反应结果更加稳定可靠，并大大增加了实验的重复性，减少误差。逆转录反应液含有逆转录酶反应液，RNA酶抑制剂，荧光定量反应液含有引物和荧光探针，引物序列分别为正义引物：(FP)5’-CAGGTGATCCCTTATTTGGTGAAAG-3’(SEQ ID NO：1)，反义引物(RT)：5’-TCACAGGTCCTCTGCTATTAC-3’(SEQ ID NO：2)，扩增子大小为143bp。荧光探针序列为5′-FAM-CCACCCTCAATCGACGCTAAAGCTCCCA-TAMRA-3′(SEQ ID NO：3)，探针的5’端标记荧光发射基团FAM(6-羧基荧光素)，3’端标以荧光淬灭基团TAMRA。标准阳性DNA模板由已插入牛腹泻病毒5’-UTR区185bp片段的pGEM-T载体(购自Promega公司)转化大肠杆菌DH5α(购自Invitrogen)，增殖后提取质粒，并于紫外分光光度计测A260定量并10倍梯度稀释。所述的逆转录反应液是由5×buffer，10μmol/L的反义引物，逆转录酶，RNA酶抑制剂，10mM dNTPs和无RNA酶的灭菌双蒸水组成；荧光定量PCR反应液是由2×Premix，10μmol/L的正义引物和反义引物，10μmol/L荧光探针和无菌双蒸水组成。所述的标准阳性模板DNA核苷酸序列为：
cttatttggtgaaaggggagcagtccaccctcaatcgacgctaaagctcccacacaagagaggggaacgcgatgttccaaccaacttggcatccttaccaaaaagaggtgactgcaggtcgggtaatagcagaggacctgtga
在本发明的一个优选方案中，采用传统的两步法扩增(Two-Step RT-PCR)，即第一步进行逆转录反应，将RNA样品逆转录成cDNA，第二步进行荧光定量PCR反应，同时引入标准阳性DNA样品定量检测未知样品。用DNA作为标准品，使得定量反应结果更加稳定可靠，并大大增加了实验的重复性，减少误差。在本发明的一个具体方案中，逆转录反应液由反义引物(RT)，逆转录酶，RNA酶抑制剂，5×buffer溶液，10mM dNTPs和无RNA酶的灭菌双蒸组成；荧光定量PCR反应液由正义引物(FP)，反义引物(RT)，荧光探针(TaqMan)，2×buffer溶液和灭菌双蒸水组成；在本发明的一个具体方案中，逆转录反应液由5×buffer溶液5μl，10μmol/L的反义(RT)引物2.5μl，10mM dNTPs1.5μl，逆转录酶和RNA酶抑制剂各1μl，无RNA酶的灭菌双蒸水9μl组成；荧光定量反应液由2×buffer溶液12.5μl，10μmol/L正义(FP)、反义(RT)引物各3μl，10μmol/L荧光探针0.75μl，灭菌双蒸水0.75μl组成。其中荧光探针为(SEQ ID NO：3)所示的核苷酸序列，荧光探针5’端标记的荧光报告基团是FAM，3’端标记荧光淬灭基团TAMRA。
在本发明的一个优选方案中，标准阳性DNA模板由含有插入目的片段的pGEM-T(购自promega公司)载体转化大肠杆菌DH5α，增殖后提取质粒，并于紫外分光光度计测A260定量并10倍梯度稀释。实验所用的标准品制备过程为：PCR产物电泳后切下含有目的片段的凝胶，用Omega公司的凝胶纯化试剂盒纯化，与pGEM-T载体(购自promega公司)4℃过夜连接，转化感受态细胞，转化产物涂平板培养，挑取白斑PCR鉴定阳性后送博亚生物工程有限公司测序，根据测序结果将筛选的阳性克隆菌接种到含氨卞的LB培养基过夜培养，用SDS碱裂解法制备质粒DNA，经Omega公司的凝胶纯化试剂盒纯化后于紫外分光光度计测A260定量，并稀释至梯度109-102拷贝/10μl，-70℃保存。
在本发明提供检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒中，有一条一端标记有荧光报告基团另一端标记有荧光淬灭基团的特异性荧光探针，在探针完整时，两基团在空间结构上距离相互靠近，5’端报告基团产生的荧光因为荧光共振能量转移(FRET)而被3’端淬灭基团淬灭，故体系中没有荧光信号的变化。在PCR退火和延伸过程中，探针与模板特异性结合，随着引物的延伸，Taq DNA聚合酶利用其5’-3’外切活性对探针进行切割释放出报告基团，这样破坏了两基团之间的FRET，报告基团所释放的荧光可以被内置在定量检测仪内的荧光探测器检测，模板每复制一次，就有一个探针被切断，伴随一个荧光信号的释放。由于被释放的荧光基团数目和PCR产物数量是一对一的关系，所以荧光量的增加与PCR产物的积累量呈比例关系。对牛腹泻病毒的定量可通过与标准品的循环域值(Ct，Threshold Cycle)相比较得出。Ct值是PCR过程中，荧光量的积累超过基底荧光量的循环数，Ct值与起始模数呈一定比例关系，Ct值越小，起始模板数越多，相反，Ct值越大，起始模板数越少。利用阳性梯度标准模板的Ct值制成标准曲线，再根据待测样品的Ct值可准确测出该样品的起始拷贝数。
在本发明提供检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒中，针对牛腹泻病毒的基因组的靶片段特殊性，将反应体系(引物和探针浓度、Mg2+浓度、扩增程序等)的优化，并将Q-PCR技术和定量检测系统(包括LigthCycler系统，Roche，ABI Prism系统，PE Applied Biosystems)相结合，将其用于各种来源的牛腹泻病毒样品的定量检测。通过优化方案，反复实验，以及与传统检测方法进行比较，建立了定量检测牛腹泻病毒的方法，并研制出牛腹泻病毒的定量检测试剂盒，该试剂盒的灵敏度可在每个反应体系中检出100个以下的病毒基因拷贝数，检测范围可以达到八个数量级。
在本发明的另外一个方面，本发明还提供了一种荧光定量PCR试剂盒对牛腹泻病毒进行检测的方法，该方法包括下列步骤：
A)用f)标准阳性DNA模板由插入目的片段的pGEM-T(购自promega公司)载体转化大肠杆菌DH5α，增殖后提取质粒，并用紫外分光光度计定量；
B)用a)RNA抽提液从待测标本中提取RNA，然后加b)逆转录反应液，c)RNA酶抑制剂，d)逆转录酶，e)反义引物进行逆转录；
C)荧光定量PCR由e)引物和荧光探针(TaqMan)，g)PCR荧光定量反应液，f)标准阳性DNA模板或逆转录反应产物组成，已加入了标准品及待测样品的荧光定量反应液PCR反应体系上机，用荧光定量检测仪进行PCR检测；
D)通过比较待测样品和标准品的循环域值根据标准曲线计算出待测样品的起始拷贝数。
在本发明中提供的检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒可对各种来源的牛腹泻病毒样品进行准确定量检测，并可对牛血液制品和牛血清进行定量检测和质量监控，也可以进行牛病毒性腹泻-粘膜病的流行病学调查，还可以为相关基础研究提供技术支持，应用前景十分广泛。
本发明与现有技术相比具有以下优点和效果：
1.与传统定量方法相比，此实时荧光定量PCR具有高灵敏性，高特异性和高准确性的特点，直接对PCR每循环一次就收集一个数据，建立实时扩增曲线，准确地确定Ct值，从而根据Ct值确定起始RNA拷贝数，做到了真正意义上核酸定量。
2.与一步法相比，本实验采用的两步法扩增(Two-Step RT-PCR)，用已知浓度的DNA标准品使得定量反应结果更加稳定可靠，并大大增加了实验的重复性，减少误差。
3.检测范围广，在109-102 copies/reaction浓度范围内有极好的线性关系(R＝0.999)，检测范围可以达到八个数量级，已达到国际先进水平，其灵敏度可检测100copies以下，是其它任何方法无法比拟的。
4.适用于各种型号的荧光定量扩增仪，一次实验中三个重复样品相应的变异系数(CV)小于2％，说明其极高的重复性和稳定性。
5.该实时荧光定量PCR利用外标准曲线，是迄今为止定量最准确，重现性最好的定量方法，已得到全世界的公认，广泛用于基因表达研究、药物疗效考核、病原体检测等诸多领域。
具体实施方式
下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应当理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明要求保护的范围，下列实施例中未注明具体实验条件和方法，通常按照常规条件如：J.萨姆布鲁克等主编，科学出版社，2002，分子克隆实验指南(第三版)；D.L.斯佩克特等主编，科学出版社，2001，细胞实验指南；F.M.奥斯伯等主编，科学出版社，2005，精编分子生物学实验指南，或按照制造厂商建议的条件。
实施例1牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒组成及其反应条件
A).试剂盒组成：
a)试剂盒组成如下：(10次反应)
RNA提取液A(4ml/管) RNA提取液B(800μl/管)
逆转录反应液(90μl/管) 反转录酶(10μl/管)
RNA酶抑制剂(400U/管)
强阳性标准品(100倍稀释定值准品20μl/管，共四管)
PCR反应管(无菌、无RNA酶和DNA酶) DEPC H2O(2ml/管)
阴性标准品(50μl/管) 临界阳性标准品(50μl/管)
荧光定量PCR反应液(125μl/管)
(RNA提取液A为Invitrogen公司产品。b)逆转录反应液，d)逆转录酶购自Promega公司，g)荧光定量PCR反应液和RNA酶抑制剂(40U/μl)购自TAKARA公司。)
B).逆转录反应液(反应总体积是25μl)：由5×buffer溶液5μl，10μmol/L的反义引物RT(SEQ ID NO：2)2.5μl，10mM dNTPs1.5μl，逆转录酶和RNA酶抑制剂各1μl，无RNA酶的灭菌双蒸水9μl和待测样品5μl组成；荧光定量反应液由2×buffer溶液12.5μl，10μmol/L正义引物FP(SEQ ID NO：1)、反义引物RT各3μl，10μmol/L荧光探针0.75μl，灭菌双蒸水0.75μl，待测样品的cDNA或标准品组成。其中荧光探针为(SEQ ID NO：3)所示的核苷酸序列，荧光探针5’端标记的荧光报告基团是FAM，3’端标记荧光淬灭基团TAMRA。
C).反应条件如下：(采用两步法)
cDNA synthesis： 70℃ 10min
0℃ 2min
0℃ pause
42℃ 50min
70℃ 10min
PCR： 95℃，2min
94℃，15s
60℃，60s
40 cvcles
在每个循环的第二步结束时进行荧光检测。对BVDV的定量可通过与标准品的循环域值(Ct，Threshold Cycle)相比较并根据标准曲线计算出待测样品的起始拷贝数。
D).荧光定量PCR试剂盒检测牛腹泻病毒的灵敏度、检测范围及稳定性
取转录的标准品RNA109-102c/r浓度范围，每个浓度三个重复，加RNA裂解液400μl充分混匀，室温(20-25℃)静置10分钟，加80μl氯仿，室温静置3分钟，于4℃ 12000g/min离心10分钟，上清液转移到另一个离心管，加200μl异丙醇，室温沉淀10分钟，4℃ 12000g/min离心10分钟，轻轻倒出上清，加1ml 75％(体积比)乙醇充分吹散，于4℃ 7500g/min离心5分钟，弃上清，RNA沉淀在室温下自然干燥，加无RNA酶水25μl 60℃ 10min溶解。
E).取D)步所提RNA 5μl，然后加逆转录反应液5×buffer 5μl，反义引物RT(SEQ ID NO：2)2.5μl(10μmol/L)，10mM dNTPs 1.5μl，RNA酶抑制剂(40U/μl)，逆转录酶1μl，分别加入对应编号的PCR反应管，在PCR仪上进行逆转录实验。反应条件为：70℃ 10min，0℃ 2min，42℃ 50min，70℃ 10min。荧光定量PCR反应液12.5μl，10μmol/L正义引物FP(SEQ ID NO：1)、反义引物RT(SEQ IDNO：2)各3μl，荧光探针0.75μl(10μmol/L)，待测样品cDNA或标准品DNA 5μl，分别加入对应编号的PCR反应管，在荧光定量检测仪上平行做PCR检测。循环条件为：95℃预变性2min；94℃ 15s，60℃ 60s，扩增40个循环。把荧光检测的程序设置在每个循环的第二步结束时进行，检测波长为518nm。
循环结束后，运用仪器自带分析软件，读取待检样品拷贝数。结果为：
| 序列号 | 名称 | 类型 | 阈值(Ct) | 设定浓度 | 变异系数％ |
| 1 | A1 | Standard | 15.43 | 1000000000 | 0.06 |
| 2 | A2 | Standard | 15.44 | 1000000000 | 0 |
| 3 | A3 | Standard | 15.45 | 1000000000 | 0.06 |
| 4 | B1 | Standard | 18.54 | 100000000 | 0.32 |
| 5 | B2 | Standard | 18.48 | 100000000 | 0 |
| 6 | B3 | Standard | 18.42 | 100000000 | 0.32 |
| 7 | C1 | Standard | 22.23 | 10000000 | 0 |
| 8 | C2 | Standard | 22.11 | 10000000 | 0.54 |
| 9 | C3 | Standard | 22.35 | 10000000 | 0.54 |
| 10 | D1 | Standard | 25.65 | 1000000 | 0.04 |
| 11 | D2 | Standard | 25.75 | 1000000 | 0.43 |
| 12 | D3 | Standard | 25.53 | 1000000 | 0.43 |
| 13 | E1 | Standard | 29.79 | 100000 | 0.10 |
| 14 | E2 | Standard | 29.64 | 100000 | 0.40 |
| 15 | E3 | Standard | 29.85 | 100000 | 0.30 |
| 16 | F1 | Standard | 32.63 | 10000 | 0.03 |
| 17 | F2 | Standard | 32.54 | 10000 | 0.31 |
| 18 | F3 | Standard | 32.75 | 10000 | 0.34 |
| 19 | G1 | Standard | 36.01 | 1000 | 0 |
| 20 | G2 | Standard | 35.95 | 1000 | 0.17 |
| 21 | G3 | Standard | 36.07 | 1000 | 0.17 |
| 22 | H1 | Standard | 38.65 | 100 | 0.05 |
| 23 | H2 | Standard | 38.49 | 100 | 0.36 |
| 24 | H3 | Standard | 38.74 | 100 | 0.28 |
| 25 | CK- | NTC | - |
以上结果表明：该试剂盒检测范围广，在109-102c/r浓度范围内有极好的线性关系，相关系数R＝0.999其检测范围可以达到九个数量级，其灵敏度可检测100copies以下，且稳定性好，一次实验中三个重复样品相应的变异系数(CV)小于1％，说明其极高的重复性，适用于各种型号的荧光定量扩增仪，是其它任何方法无法比拟的。
实施例2：牛腹泻病毒荧光定量PCR试剂盒在BVDV流行病学调查中的应用
A).试剂盒组成：
a)试剂盒组成如下：(10次反应)
RNA提取液A(5ml/管) RNA提取液B(5ml/管)
RNA提取液C(10ml/管)
过滤柱A和吸附柱B(无菌、无RNA酶和DNA酶)
逆转录反应液(90μl/管) 反转录酶(10μl/管)
RNA酶抑制剂(400U/管)
强阳性标准品(100倍稀释定值准品20μl/管，共四管)
PCR反应管(无菌、无RNA酶和DNA酶) DEPC H2O(2ml/管)
阴性标准品(50μl/管) 临界阳性标准品(50μl/管)
荧光定量PCR反应液(125μl/管)
(RNA提取液A、B、C和过滤柱吸附柱为天根公司产品。b)逆转录反应液，d)逆转录酶购自Promega公司，g)荧光定量PCR反应液和RNA酶抑制剂(40U/μl)购自TAKARA公司)
B).奶牛血清中提取病毒过程：取200μl待测的血清样品或加入病毒的阳性血清样品，加入500μl RNA提取液A(使用前加入β-巯基乙醇，终浓度1％(体积比)；上述溶液转移至过滤柱CS，12000rpm离心2min，收集滤液；向滤液中加入1倍体积的70％乙醇，得到的溶液和沉淀一起转入吸附柱B中，12000rpm离心1min，弃废液；吸附柱B中加入350μl RNA提取液B，12000rpm离心1min，弃废液，重复一次；吸附柱B中加入700μl RNA提取液C(使用前加入无水乙醇)，室温放置2min，12000rpm离心1min，重复一次；空离吸附柱，12000rpm离心2min；30μl RNase-free ddH2O加入吸附柱B，室温2-5min，12000rpm离心2min；得到的RNA用于下游的逆转录实验。
C).逆转录反应液(反应总体积是25μl)：由5×buffer溶液5μl，10μmol/L的反义引物RT(SEQ ID NO：2)2.5μl，10mM dNTPs1.5μl，逆转录酶和RNA酶抑制剂各1μl，无RNA酶的灭菌双蒸水9μl和待测样品5μl组成；荧光定量反应液由2×buffer溶液12.5μl，10μmol/L正义引物FP(SEQ ID NO：1)、反义引物RT各3μl，10μmol/L荧光探针0.75μl，灭菌双蒸水0.75μl，待测样品的cDNA或标准品组成。其中荧光探针为(SEQ ID NO：3)所示的核苷酸序列，荧光探针5’端标记的荧光报告基团是FAM，3’端标记荧光淬灭基团TAMRA。
D).反应条件如下：(采用两步法)
cDNA synthesis： 70℃ 10min
0℃ 2min
0℃ pause
42℃ 50min
70℃ 10min
PCR： 95℃，2min
94℃，15s
60℃，60s
40cycles
在每个循环的第二步结束时进行荧光检测。对BVDV的定量可通过与标准品的循环域值(Ct，Threshold Cycle)相比较并根据标准曲线计算出待测样品的起始拷贝数。
E).奶牛血清中牛腹泻病毒的检测
将不同来源的25份奶牛血清按B)所示的处理方法提取病毒RNA，分别进行逆转录和荧光定量PCR反应(按C)，D)所示进行)，每个样品重复两次，循环结束后，运用仪器自带分析软件，读取待检样品拷贝数。结果为：
| 奶牛编号 | 血清样品编号 | BVDV-copies/ml | 变异系数％ |
| 5-189 | A1 | - | |
| 5-148 | A2 | - |
| 7-134 | A3 | - | |
| 601 | A4 | (5.29±0.61)×103 | 0.16 |
| 2-257 | A5 | - | |
| 6-237 | A6 | - | |
| 2-067 | A7 | - | |
| 6-248 | A8 | - | |
| 5-188 | A9 | - | |
| 106 | A10 | - | |
| 2-149 | A11 | (1.81±0.14)×104 | 0.10 |
| 5-177 | A12 | - | |
| 6-312 | A13 | (1.66±0.04)×104 | 0.03 |
| 6-256 | A14 | - | |
| 7-021 | A15 | - | |
| 2-034 | A16 | - | |
| 6-065 | A17 | - | |
| 2-009 | A18 | - | |
| 114 | A19 | - | |
| 2-147 | A20 | - | |
| 6-730 | A21 | - | |
| 03-6116 | A22 | - | |
| 2-082 | A23 | - | |
| 4-042 | A24 | - | |
| 6-905 | A25 | - |
以上结果表明，奶牛编号为601，2-149，6-312的牛血清中含有牛腹泻病毒，表明奶牛群中存在少量的奶牛携带BVDV，同时证实了牛腹泻病毒荧光定量PCR试剂盒能成功应用于BVDV流行病学调查，牛血清以及牛血液制品的监测，重复性好，CV值均小于1％。
实施例3：牛腹泻病毒荧光定量PCR试剂盒在市售牛血清检测中的应用
A).试剂盒组成：
a)试剂盒组成如下：(10次反应)
RNA提取液A(4ml/管) RNA提取液B(800μl/管)
逆转录反应液(90μl/管) 反转录酶(10μl/管)
RNA酶抑制剂(400U/管)
强阳性标准品(100倍稀释定值准品20μl/管，共四管)
PCR反应管(无菌、无RNA酶和DNA酶) DEPC H2O(2ml/管)
阴性标准品(50μl/管) 临界阳性标准品(50μl/管)
荧光定量PCR反应液(125μl/管)
(RNA提取液A为Invitrogen公司产品。b)逆转录反应液，d)逆转录酶购自Promega公司，g)荧光定量PCR反应液和RNA酶抑制剂(40U/μl)购自TAKARA公司。)
B).逆转录反应液(反应总体积是25μl)：由5×buffer溶液5μl，10μmol/L的反义引物RT(SEQ ID NO：2)2.5μl，10mM dNTPs1.5μl，逆转录酶和RNA酶抑制剂各1μl，无RNA酶的灭菌双蒸水9μl和待测样品5μl组成；荧光定量反应液由2×buffer溶液12.5μl，10μmol/L正义引物FP(SEQ ID NO：1)、反义引物RT各3μl，10μmol/L荧光探针0.75μl，灭菌双蒸水0.75μl，待测样品的cDNA或标准品组成。其中荧光探针为(SEQ ID NO：3)所示的核苷酸序列，荧光探针5’端标记的荧光报告基团是FAM，3’端标记荧光淬灭基团TAMRA。
C).反应条件如下：(采用两步法)
cDNA synthesis： 70℃ 10min
0℃ 2min
0℃ pause
42℃ 50min
70℃ 10min
PCR： 95℃，2min
94℃，15s
60℃，60s
40 cycles
在每个循环的第二步结束时进行荧光检测。对BVDV的定量可通过与标准品的循环域值(Ct，Threshold Cycle)相比较并根据标准曲线计算出待测样品的起始拷贝数。
D)实验方法
1.细胞培养
1)培养的原代牛肾细胞(Bovine Kidney Cell，BKC)细胞铺制6孔板×4块，2ml/孔，50％汇合度；
2)待检血清用MEM配制为5％(体积比)浓度；
3)细胞贴壁后，更换为待检血清配制的培养基，2ml/孔；
4)同时设阴性和阳性对照，阳性对照加含有BVDV的5％(体积比)FBS MEM；
5)37℃，5％(体积比)CO2培养箱中培养，并观察是否有CPE的产生。
6)72h后，收集细胞，2000rpm离心5min暂存于-80℃。其余样品同样方法处理。提取细胞的总RNA，作为RT的模板。
2.细胞中总RNA的提取
每个样品加入RNA提取液A 400μl，常温放置10min，加入RNA提取液B80μl，剧烈震荡15s，常温(20-25℃)放置2～3min；4℃，12000rpm离心15min，取上清200μl，移入一个新的EP管，再加入异丙醇200μl，室温下静置10min；4℃，12000rpm离心15min；弃上清，沉淀加入75％(体积比)冷乙醇400μl，涡旋，4℃，7500rpm离心5min，弃上清留沉淀，于室温静置5～10min晾干乙醇，加入25μl DEPC水溶解沉淀。
3.逆转录反应和荧光定量PCR反应按B)，C)所示进行。
E).实验结果
以上结果表明杭州四季青公司，批号为080504的血清中被污染了少量的牛腹泻病毒，其它公司待检批号的血清均表现为牛腹泻病毒阴性，同时表明该试剂盒能用于检测细胞样品中的病毒。
SEQUENCE LISTING
<110>武汉三利生物技术有限公司
<120>一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒及应用
<130>一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒及应用
<160>3
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>25
<212>DNA
<213>人工合成
<400>1
caggtgatcc cttatttggt gaaag 25
<210>2
<211>21
<212>DNA
<213>人工合成
<400>2
tcacaggtcc tctgctatta c 21
<210>3
<211>23
<212>DNA
<213>人工合成
<400>3
ccaccctcaa tcgacgctaa atctccca 23
Claims (3)
1.一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒，该试剂盒含有：a)RNA抽提液、b)逆转录酶反应液、c)逆转录酶、d)RNA酶抑制剂、e)引物和TaqMan探针、f)标准阳性DNA模板、g)荧光定量PCR反应液，其特征在于：引物序列分别为正义引物：5’-CAGGTGATCCCTTATTTGGTGAAAG-3’，反义引物：5’-TCACAGGTCCTCTGCTATTAC-3’，扩增子大小为143bp，TaqMan探针序列为：5′FAM-CCACCCTCAATCGACGCTAAAGCTCCCA-TAMRA-3′，探针的5’端标记荧光发射基团FAM，3’端标记荧光淬灭基团TAMRA，所述的标准阳性DNA模板的核苷酸序列为：
Cttatttggtgaaaggggagcagtccaccctcaatcgacgctaaagctcccacacaagagaggggaacgcgatgttccaaccaacttggcatccttaccaaaaagaggtgactgcaggtcgggtaatagcagaggacctgtga；
所述的标准阳性DNA模板由已插入牛腹泻病毒5’-UTR区185bp片段的pGEM-T载体转化大肠杆菌DH5α，增殖后提取质粒，并于紫外分光光度计测A260定量并10倍梯度稀释。
2.根据权利要求1所述的一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒，其特征是：所述的逆转录反应液是由5×buffer，10μmol/L的反义引物，逆转录酶，RNA酶抑制剂，10mM dNTPs和无RNA酶的灭菌双蒸水组成。
3.根据权利要求1所述的一种检测牛腹泻病毒的荧光定量PCR试剂盒，其特征在于：所述的荧光定量PCR反应液是由2×Premix，10μmol/L的正义引物和反义引物，10μmol/L荧光探针和无菌双蒸水组成。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN2009100620944A CN101560572B (zh) | 2009-05-15 | 2009-05-15 | 一种检测牛腹泻病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN2009100620944A CN101560572B (zh) | 2009-05-15 | 2009-05-15 | 一种检测牛腹泻病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN101560572A CN101560572A (zh) | 2009-10-21 |
| CN101560572B true CN101560572B (zh) | 2011-08-17 |
Family
ID=41219543
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN2009100620944A Active CN101560572B (zh) | 2009-05-15 | 2009-05-15 | 一种检测牛腹泻病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN101560572B (zh) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102776155B (zh) * | 2011-05-10 | 2014-06-04 | 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所 | 牛肠道病毒中国分离株及其感染性cDNA克隆的构建和应用 |
| CN103468828A (zh) * | 2013-09-16 | 2013-12-25 | 上海卓润生物科技有限公司 | 单管同时检测四种牛传染病rna病毒的pcr方法 |
| CN106834285B (zh) * | 2017-03-22 | 2020-01-10 | 广西壮族自治区兽医研究所 | 用于鉴定牛支原体和牛病毒性腹泻病毒的引物组及其应用 |
| CN112941236A (zh) * | 2021-03-10 | 2021-06-11 | 广东海洋大学 | 一种检测牛精液中bvdv1型的组合物、试剂盒及应用 |
-
2009
- 2009-05-15 CN CN2009100620944A patent/CN101560572B/zh active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN101560572A (zh) | 2009-10-21 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Yapar et al. | Rapid and quantitative detection of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus by one-step real-time reverse transcriptase-PCR | |
| CN102260749B (zh) | H5、h7、h9亚型禽流感病毒检测试剂盒 | |
| Scicluna et al. | Is a diagnostic system based exclusively on agar gel immunodiffusion adequate for controlling the spread of equine infectious anaemia? | |
| Wernike et al. | Development and validation of a triplex real-time PCR assay for the rapid detection and differentiation of wild-type and glycoprotein E-deleted vaccine strains of Bovine herpesvirus type 1 | |
| CN1710101B (zh) | 一种检测猪伪狂犬病毒荧光定量pcr试剂盒及应用 | |
| CN101565757B (zh) | 一种检测呼肠孤病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 | |
| CN101565758B (zh) | 一种检测狂犬病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 | |
| CN101560572B (zh) | 一种检测牛腹泻病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 | |
| CN1308461C (zh) | 一种检测口蹄疫病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 | |
| Sidoti et al. | Development of real time RT-PCR assays for detection of type A influenza virus and for subtyping of avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes | |
| KR102231338B1 (ko) | 조류인플루엔자, 뉴캐슬병 및 닭전염성 기관지염 바이러스를 검출하기 위한 프라이머 및 프로브, 및 이를 이용한 조류인플루엔자, 뉴캐슬병 및 닭전염성 기관지염 바이러스의 검출 방법 | |
| CN103255232A (zh) | 禽流感h7n9病毒双重荧光rt-pcr检测试剂盒及检测方法 | |
| CN101565760B (zh) | 一种检测牛副流感3型病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 | |
| CN102634605B (zh) | 检测鸡产蛋下降综合征病毒的方法及其试剂盒 | |
| CN101487064B (zh) | 检测五种人兽共患病病毒的方法及专用试剂盒 | |
| CN101560573B (zh) | 一种检测牛腺病毒3型的荧光定量pcr试剂盒 | |
| CN103276104A (zh) | 检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的rt-lamp核酸试纸条试剂盒及应用 | |
| CN102140557B (zh) | 一种a型流感病毒核酸快速同步检测试剂盒 | |
| Graham et al. | Development and evaluation of a one-step real-time reverse transcription polymerase chain reaction assay for the detection of salmonid alphaviruses in serum and tissues | |
| CN102816863A (zh) | 猪瘟兔化弱毒疫苗病毒含量定量检测试剂盒及检测方法 | |
| CN103215381B (zh) | 一种检测仙台病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 | |
| CN102443628A (zh) | 嵌合外源无关序列的核酸质控的制备方法 | |
| CN103215382A (zh) | 一种检测小鼠痘病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 | |
| CN100381578C (zh) | 用于禽流感h7亚型实时荧光rt－pcr检测的反应体系 | |
| CN101565759B (zh) | 一种检测牛细小病毒的荧光定量pcr试剂盒及应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C14 | Grant of patent or utility model | ||
| GR01 | Patent grant |