CN101348786A - 一种人β珠蛋白基因及其重组腺相关病毒载体 - Google Patents

一种人β珠蛋白基因及其重组腺相关病毒载体 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因及含有其的重组腺相关病毒载体,以及该重组载体的制备方法。该重组腺相关病毒载体在腺相关病毒的反向末端重复序列ITR之间插入有人β-珠蛋白基因簇增强子核心序列HS2、HS3和HS4片段,以及该含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因序列。该重组载体转染效率高,介导的外源基因可在体内长期表达,且安全性好,可用于β地中海贫血的基因治疗。

Description

一种人β珠蛋白基因及其重组腺相关病毒载体
技术领域
本发明涉及生物医学领域,特别涉及一种含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因及含有其的重组腺相关病毒载体,以及该重组载体的制备方法和在β地中海贫血的基因治疗中的应用。
背景技术
β地中海贫血(海洋性贫血)是一组以血红蛋白的β珠蛋白肽链合成减少或缺失为特征的遗传性血液病。该病在地中海流域及东南亚发病率高达10%。我国广东、广西地区检出率可达3-4%。重型β-地中海贫血严重威胁患儿生命,目前临床治疗主要依靠输血,而长期输血易引起体内铁负荷过度,过多吸收的铁超出血清转铁蛋白的能力沉积脏器,引起多器官病变,且不能达到根治的目的。造血干细胞移植虽能医治部分患者,但受供体来源及移植后并发症等影响,难于广泛应用。因此寻找有效治疗手段是临床医生和患者的急切愿望。
将β-珠蛋白基因导入患者的造血干细胞是最有希望的治疗形式之一。已有研究报道用逆转录病毒载体介导外源β珠蛋白基因转入小鼠体内,可检测到外源β珠蛋白基因的低表达,相继有报道,逆转录病毒载体整合具有随机性,可导致插入突变,激活原癌基因或抑癌基因失活引发恶性肿瘤(Proc.Natl.Acad.Sci USA,1995,92:6728-6732;Science,2003,302:415-419)。近年来,有研究报道用慢病毒载体能高效介导外源β珠蛋白基因在小鼠体内稳定长期表达,但其生物安全性仍有待改进(Nature.2000,406:82-86)。
腺相关病毒(AAV)是细小病毒家族的一员,为无包膜的线性单链DNA病毒。由于AAV具有长期潜伏于人体而不具有任何明显致病性等优点,人们对AAV作为一种理想的基因治疗载体给予了很大期望。但是,近来发现,这类载体在应用上有许多明显的缺陷,包括某些细胞膜上病毒受体数量极少,重组AAV载体位点特异性整合不足,AAV衣壳成分和转基因产物引起宿主的免疫反应,载体容量小(Curr.Top.Microbiol.Immunol.1996,218:1-23;Proc.Natl.Acad.Sci USA,1990,87:2211-2215),装载的目的基因片段大小受一定的限制等等。因此,能否将β-珠蛋白基因导入腺相关病毒载体并获得稳定的表达还是个未知数。
发明内容
本发明要解决的技术问题是提供一种能在体内稳定长期表达,生物安全性更高的重组腺相关病毒载体及其制备方法,以及适于该载体的含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因。
由于用病毒载体介导外源正常的β-珠蛋白基因转导造血干/祖细胞,随造血干/祖细胞在体内的增殖和分化使外源β-珠蛋白基因得到持久而稳定的表达,以纠正血红蛋白β珠蛋白肽链合成减少或缺失,是β地中海贫血基因治疗的策略。本发明人曾选用与人类疾病无相关性、生物安全性较好的腺相关病毒作为载体,构建了包括腺相关病毒的反向末端重复序列ITR,人β-珠蛋白基因簇增强子核心序列HS2、HS3和HS4片段(HS234),以及含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因序列(β-globin)的重组腺相关病毒载体。将上述重组腺相关病毒载体转染β地中海贫血小鼠的骨髓造血干/祖细胞,并将其移植入受体小鼠,在该小鼠体内可检测到外源人β-珠蛋白基因并有表达,可持续12个月(参见Tan Mengqun,Qing Keyun,ZhouShangzhen,et al.Adeno-associated virus 2-mediated transduction and erythroidlineage-restricted long-term expression of the human beta-globin gene inhematopoietic cells from homozygous beta-thalassemic mice.Mol Ther,2001,3(6):940~946.)。然而,该重组载体中的β-globin序列,以及HS234核苷酸序列均克隆自含有其的质粒,这些质粒并非商业质粒,公众不能取得;且由于带有适于质粒的修饰片段,上述核苷酸序列,特别是β-globin序列较长(>3kb),表达效率低。
本发明人在上述试验基础上,直接从人β-珠蛋白基因Genomic DNA中分别克隆了HS2、HS3和HS4核苷酸序列,以及含有人β珠蛋白基因启动子的β-globin序列,将其导入腺相关病毒构建重组载体。本发明人惊奇地发现,由于导入的β-globin序列<3kb,为2472kb,更适合现有腺相关病毒载体。将该重组载体转染缺乏人β-珠蛋白基因表达的K562细胞株,可检测到外源人β-珠蛋白基因在该细胞的表达;用该重组腺相关病毒载体转染β地中海贫血小鼠的骨髓造血干/祖细胞或流产β地中海贫血胎儿造血细胞,将其移植入受体小鼠,在该小鼠体内可检测到外源人β-珠蛋白基因并有表达,且持续稳定表达一年以上。
因此,本发明提供的一种含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
而本发明的一种重组腺相关病毒载体,其在腺相关病毒的反向末端重复序列ITR之间插入有人β-珠蛋白基因簇增强子核心序列HS2、HS3和HS4片段(HS234),以及上述含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因的核苷酸序列。
较佳地,所述HS2、HS3和HS4片段也分别从人β-珠蛋白基因GenomicDNA中直接克隆得到,HS2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示(386bp),HS3片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示(225bp),HS4片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示(279bp)。
根据本发明,所述的腺相关病毒选用现常用的AAV2型。
而本发明一较佳实施例的重组腺相关病毒载体的制备方法,可以包括下列步骤:
①将人β-珠蛋白基因簇增强子核心序列HS2、HS3和HS4片段依次插入pCR II-TOPO载体,构成载体pCR II-HS234;
②将含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因序列(β-globin)插入经EcoR I酶切的质粒pBSII-SK,构建成载体pBSII-hβ-globin;
③用EcoRV与Not I将β-globin从pBSII-hβ-globin上切出,与用同样酶切的pCRII-HS234连接,构建成载体pCRII-HS234-β-globin;
④用Sac I与Not I将人β-珠蛋白基因簇增强子核心序列HS234片段及β-globin序列(HS234-β-globin)从pCR II-HS234-β-globin上切出,与质粒pAAV-IRES-hrGFP用Not I酶切后形成的片段连接,构建成质粒pAAV-HS234-hβ-globin,即重组腺相关病毒载体pAAV/β-globin;
上述构建过程如图1所示。
其中,步骤①、②中的载体还可以选择其它适用的载体,可以是根据文献自行构建,也可以是商业化产品,主要考虑酶切位点,便于插入即可;而步骤④中的腺相关病毒载体可以是现有任何含有反向末端重复序列ITR的AAV载体,特别是AAV2,如pAAV-rGFP等。
同常规,本发明制备方法还包括包装纯化该重组腺相关病毒载体pAAV/β-globin的步骤:将pAAV/β-globin及辅助质粒pAAV-RC、pHelper共三种质粒共转染至包装细胞,经常规氯化铯超速离心纯化方法制得纯化病毒载体rAAV/β-globin。
根据本发明,所述的包装细胞可以是现有技术中常用的包装细胞,例如人胚肾细胞HEK293或者金黄地鼠胚胎肾细胞BHK-21等,本发明以前者为例。
而所述的转染优选采用磷酸钙共沉淀法。
本发明重组腺相关病毒载体转染缺乏人β-珠蛋白基因表达的K562细胞株,可检测到外源人β-珠蛋白基因在该细胞的表达;用该重组腺相关病毒载体转染β地中海贫血小鼠的骨髓造血干/祖细胞或流产β地中海贫血胎儿造血细胞,将其移植入受体小鼠,在该小鼠体内可检测到外源人β-珠蛋白基因并有表达,且持续稳定表达一年以上。
因此,本发明重组腺相关病毒载体可以用于制备基因疗法治疗β地中海贫血的药物。
另外,本发明还提供一种转染有上述重组腺相关病毒载体的造血干/祖细胞。较佳地,造血干/祖细胞在转染前采用羟基脲预处理过,可明显地提高表达效率。所述的造血干/祖细胞可移植入患体,用于治疗β地中海贫血,故而可用于制备治疗β地中海贫血的药物。
附图说明
图1为本发明重组腺相关病毒载体pAAV/β-globin的构建图。
图2显示本发明重组AAV DNA拯救、复制的经0.8%琼脂糖胶电泳印迹杂交放射自显影图。
图3显示了用slot blot检测纯化重组病毒载体rAAV/β-globin的滴度。
图4显示了用PCR和RT-PCR检测导入的外源β-globin基因在K562细胞的表达。
图5显示了用PCR和RT-PCR检测经ex vivo途径转入小鼠体内的人β-globin基因。
具体实施方式
下面用实施例来进一步说明本发明,但本发明并不受其限制。
下面实施例中所采用的分子生物学技术可参见J.萨母布鲁克等编的《分子克隆实验指南》;所使用的工具酶均购自New England Biolab公司,具体的反应条件和使用的方法均参考商品说明书;所使用的胶回收试剂盒购自博大泰克生物基因公司,使用方法参考商品说明书。
实施例1构建重组腺相关病毒载体pAAV-HS234-hβ-globin
(1)HS234片段:
根据现有HS2、HS3及HS4片段序列(Nucl Acid Res 1994.22:1006-1011;EMBO J 1993.12:1077-1085;Nucl Acid Res 1990.9:2159-2167;Nucl AcidRes 1991.19:1413-1419;PNAS 1995.92:6728-6732)分别设计引物①、②和③。
引物①P5:5’-ttaaataagcttcagtttttccttagttcc-3’(如SEQ ID NO.5所示),
P3:5’-tctagaatatgtcacattctgtct-3’(如SEQ ID NO.6所示);
引物②P5:5’-tggtgtgccagatgtgtctatcag-3’(如SEQ ID NO.7所示),
P3:5’-gatatcgctgctatgctgtgcctccccca-3’(如SEQ ID NO.8所示);
EcoRV
引物③P5:5’-ggaccccagtacacaagaggggacgca-3’(如SEQ ID NO.9所示),
P3:5’-gatatcggaatgggagggagagtctctg-3’(如SEQ ID NO.10所示)。
EcoRV
从来源于正常人外周血单个核细胞提取的人β-珠蛋白基因GenomicDNA[基因库登录号:U01317,提取工艺来自Molecule Biology(the secondedition):9.16 Analysis and Cloning of Eukaryatic Genomic DNA]中,用引物①、②、③经PCR方法分别获得相应产物HS2(386bp,如SEQ ID NO.2所示)、HS3(去除3’端引物带入的EcoRV酶切位点,225bp,如SEQ ID NO.3所示)、HS4(去除3’端引物带入的EcoRV酶切位点,279bp,如SEQ ID NO.4所示)片段。其中PCR体系和条件为:模板DNA(100ng)1μl,10×Buffer 5μl,dNTP4μl,primer1 1μl,primer2 1μl,H2O 37μl,Tag enzyme 0.5-1μl;94℃ 5min,(94℃ 30s,60℃ 40s,72℃ 40s)30次,72℃ 10min,4℃。将HS2用T/A克隆方法插入用EcoR I酶切的pCRII-TOPO载体(购自Invitrogen),构建成载体pCRII-HS2;将在3’端带有EcoRV酶切位点的HS3插入用EcoRV酶切的pCR II-HS2,构建成载体pCR II-HS23,再将同样3’端带有EcoRV酶切位点的HS4插入用EcoRV酶切的pCR II-HS23,构建成载体pCR II-HS234。
(2)含有β-globin启动子的β-globin基因片段:
用引物:
上游:5’-ccaaatattacgtaaatacac-3’(如SEQ ID NO.11所示),
下游:5’-tgaaagagtgatagttccggga-3’(如SEQ ID NO.12所示);
从人β-珠蛋白基因Genomic DNA经PCR扩增获得含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因序列(β-globin)产物(2472bp,如SEQ ID NO.1所示)。其中,PCR体系:DNA(100ng)0.5-1μl,10×Advantage Genomic LAbuffer 2.5μl,dNTP 1μl,primer1 1μl,primer2 1μl,H2O18.5μl,AdvantageGenomic LA Polymerase Mix 0.25;条件:94℃ 3min,(94℃ 1min、68℃ 3min、94℃ 1min)30次,68℃ 10min,4℃。将β-globin引物在5’磷酸化后获得的产物直接插入经EcoR I酶切的pBS II-SK载体质粒(购自Stratagene),构建成载体pBSII-hβ-globin。
(3)用EcoRV与Not I将β-globin从pBSII-β-globin上切出,与用同样EcoRV与Not I酶切的pCR II-HS234连接,构建成载体pCR II-HS234-β-globin。
(4)用Sac I与Not I将HS234-β-globin从pCR II-HS234-β-globin上切出,亚克隆至用Not I酶双切的载体pAAV-IRES-hrGFP(购自Stratagene)中,构建成重组腺相关病毒载体pAAV-HS234-hβ-globin,简称pAAV/β-globin。
上述构建过程如图1所示。
采用人胚肾HEK293细胞(购自ATCC)2×106/皿来验证重组AAV DNA的复制:用磷酸钙共沉淀法,同时转染重组AAV载体质粒(pAAV-HS234-hβ-globin 10μg)和辅助质粒pAAV2-RC(购于Stratagene公司)、pHelper(购于Stratagene公司)各10μg,分别于24、48、72小时后收集细胞,用Hirt’s溶液提取小分子量DNA,经Dpn I消化,0.8%琼脂糖凝胶电泳,Southern转移至硝酸纤维素滤膜,然后与32P标记β-globin基因探针进行杂交,结果如图2所示,检测到基因组的两种复制形式(单体型M、二倍体型D),表明pAAV-HS234-hβ-globin结构完整,能够在细胞内有效介导病毒基因组的拯救、复制。
实施例2纯化重组腺相关病毒载体rAAV/β-globin的获得
将HEK293细胞作为包装细胞,用DMEM培养液、10%新生牛血清传代培养,细胞生长至80%-85%融合,采用磷酸钙共沉淀法将实施例1制得的pAAV-HS234-β-globin和辅助质粒pAAV2-RC、pHelper共三质粒共转染HEK293细胞,各质粒10μg/皿(10cm),取5ml的1.5mol/L的CaCl2,加水至20ml,混匀,逐滴加2xBuffer A(50mM Hepes,1.5mM Na2HPO4,280mMNaCl,pH 7.05)25ml,混匀静置5分钟,出现白色云雾状,即开始转染293细胞,2ml/皿,继续置二氧化碳培养箱5%CO2、37℃、饱和湿度培养65-70小时,收集细胞放入-70℃冰箱冻存。接下来进行纯化,将冻存的细胞物从-70℃取出置37℃水浴箱中30分钟,反复冻溶两次,加氯化铯用超速离心(速度35,000转/分,15℃、48小时),分离出重组病毒,再经透析(透析袋型号10000 MWCO)、浓缩离心管10000 MWCO(millipore.com)离心获取纯化重组病毒rAAV/β-globin。
32P标记的β-globin为探针通过狭缝杂交(slot blotting)检测rAAV/β-globin滴度(见图3)。具体操作:以AAV2标准质粒为对照,待测纯化重组病毒rAAV/β-globin计微升数(μl)上样,分别以1∶2对倍稀释连续上样于硝酸纤维素膜上,用32P标记β-globin基因为探针进行杂交。图中第1、2排为对照组,上样浓度第1排按顺序依次为10ng/μl、5ng/μl、2.5ng/μl……递减,第2排按顺序依次为1ng/μl、0.5ng/μl、0.25ng/μl……递减;第3、4排为本发明纯化重组病毒rAAV/β-globin样品1,第3排上样量按顺序依次为10μl、5μl、2.5μl……递减,第4排上样量按顺序依次为1μl、0.5μl、0.25μl……递减;第5、6排为本发明纯化重组病毒rAAV/β-globin样品2,上样顺序同样品1,可见,样品1和2滴度相差较大,样品2未作进一步离心浓缩处理。记算结果:如图可见本发明纯化的重组腺相关病毒载体rAAV/β-globin滴度第4排第1号相当于第一排第二号;5ng/1μl×2×108particles/μl=1.0x1012particles./ml。
实施例3用PCR和RT-PCR检测导入的外源β-globin基因在K562细胞中的表达
无菌条件下,取12×106个悬浮于含10%新生牛血清的RPMI 1640培养液中生长状态良好的K562细胞,分为未经预处理对照组(8×106细胞)与用羟基脲预处理组(4×106细胞),未经预处理对照组加适量用于溶解羟基脲的溶液1×PBS;预处理组加入终浓度为15mmol/L羟基脲,置二氧化碳培养箱5%CO2、37℃、饱和湿度培养4小时,分别收集细胞,用1×PBS洗细胞一次,未预处理对照组又分为对照组与实验组,分别用无血清RPMI 1640培养液150-200μl重悬细胞,对照组加16μl RPMI 1640培养液、实验组与预处理组分别加16μl(相当于50MOI)实施例2获得的重组腺相关病毒载体rAAV/β-globin,在上述条件下培养,每隔10-15分钟摇匀一次,转染2小时后,用1×PBS洗细胞,再用含10%新生牛血清的RPMI1640培养液重悬细胞,继续在上述条件下培养72小时,收集细胞分别提取DNA和RNA,完成PCR和RT-PCR检测(具体步骤参见Tan Mengqun,Qing Keyun,ZhouShangzhen,et al.Adeno-associated virus 2-mediated transduction and erythroidlineage-restricted long-term expression of the human beta-globin gene inhematopoietic cells from homozygous beta-thalassemic mice.Mol Ther,2001,3(6):940~946.)。结果如图4所示,图中泳道1、5号为对照K562细胞组,2、3、4、6、7、8号为K562细胞被rAAV/β-globin转染组,其中4、8号为加羟基尿预处理再转染组。结果提示K562细胞存在β-globin但不表达,转染后的K562细胞,能检测到外源β-globin的表达,并且羟基尿预处理可提高表达效率。
实施例4用PCR和RT-PCR检测经ex vivo途径导入的外源人β-globin基因在受体小鼠中的表达
处死5只β地中海贫血小鼠,冲取其四肢骨骨髓细胞,用淋巴细胞分离液离心分离单个核细胞,用抗体标记(Sca-1+Lin-标记抗体:B220、CD4、CD8aMac-1、GR-1、Fitc isotype 2a、PE-Sca-1、PE-isotype 2b),经流式细胞仪分选造血干/祖细胞(Pettersson et al Leukoc Biol.2000 67(3):423.-431),将其分为未预处理对照组与羟基脲预处理组,分别用50MOI rAAV/β-globin转染2小时,收集细胞洗后悬浮于RPMI 1640培养液中,调整细胞浓度至8×104/ml。经尾静脉注入受亚致死剂量(7.0Gy)照射的受体小鼠(与β地中海贫血小鼠同品系),用未预处理对照细胞与经羟基脲预处理细胞各5只,每只注0.3ml含细胞2×104,移植后3个月,取外周血来源的血细胞DNA,用PCR扩增,人β-globin基因作探针,Southern blot分析其中5只阳性,未预处理对照组2只,经羟基脲预处理组3只。移植后6个月同上检测,仍5只阳性。处死各组阳性小鼠1只,提取骨髓细胞来源的DNA和RNA,用PCR和RT-PCR检测示人β-globin基因存在,且有表达。移植后一年仍维持有3只阳性小鼠,处死后检测人β-globin基因存在且发现有红系特异性表达,结果如图5所示。
序列表
<110>谭孟群
<120>一种人β珠蛋白基因及其重组腺相关病毒载体
<130>P4-071217C
<160>12
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>2472
<212>DNA
<213>人(human)
<400>1
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gtatcactaa gctcgctttc ttgctgtcca atttctatta aaggttcctt tgttccctaa    1800
gtccaactac taaactgggg gatattatga agggccttga gcatctggat tctgcctaat    1860
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aagggaatgt gggaggtcag tgcatttaaa acataaagaa atgaagagct agttcaaacc    1980
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<210>2
<211>386
<212>DNA
<213>人(human)
<400>2
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<210>3
<211>225
<212>DNA
<213>人(human)
<400>3
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<210>4
<211>279
<212>DNA
<213>人(human)
<400>4
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<212>DNA
<213>人工序列(Artificial)
<220>
<223>引物
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ttaaataagc ttcagttttt ccttagttcc                                     30
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<211>24
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial)
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<223>引物
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<211>24
<212>DNA
<213>人工序列(Artificial)
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<223>引物
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tggtgtgcca gatgtgtcta tcag                24
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ggaccccagt acacaagagg ggacgca             27
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<213>人工序列(Artificial)
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<210>12
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<212>DNA
<213>人工序列(Artificial)
<220>
<223>引物
<400>12
tgaaagagtg atagttccgg ga                  22

Claims (10)

1、一种含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2、一种重组腺相关病毒载体,其在腺相关病毒的反向末端重复序列ITR之间插入有人β-珠蛋白基因簇增强子核心序列HS2、HS3和HS4片段,以及如权利要求1所述的人β珠蛋白基因的核苷酸序列。
3、如权利要求2所述的重组腺相关病毒载体,其特征在于所述的HS2片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,HS3片段的核苷酸序列如SEQ IDNO.3所示,HS4片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
4、如权利要求2或3所述的重组腺相关病毒载体,其特征在于所述的腺相关病毒为AAV2型。
5、一种如权利要求4所述的重组腺相关病毒载体的制备方法,其包括下列步骤:
①将人β-珠蛋白基因簇增强子核心序列HS2、HS3和HS4片段依次插入pCRII-TOPO载体,构成载体pCRII-HS234;
②将含有人β珠蛋白基因启动子的人β珠蛋白基因的核苷酸序列插入经EcoR I酶切的质粒pBS II-SK,构建成载体pBS II-hβ-globin;
③用EcoR V与Not I将人β珠蛋白基因的核苷酸序列从pBS II-hβ-globin上切出,与用同样酶切的pCR II-HS234连接,构建成载体pCR II-HS234-β-globin;
④用Sac I与Not I将人β-珠蛋白基因簇增强子核心序列HS2、HS3和HS4片段,以及人β珠蛋白基因的核苷酸序列从pCRII-HS234-β-globin上切出,与质粒pAAV-IRES-hrGFP用Not I酶切后形成的片段连接,构建成质粒pAAV-HS234-hβ-globin,即重组腺相关病毒载体pAAV/β-globin;
上述构建过程如图1所示。
6、如权利要求5所述的制备方法,其特征在于其还包括包装纯化该重组腺相关病毒载体pAAV/β-globin的步骤:将pAAV/β-globin及辅助质粒pAAV-RC、pHelper共三种质粒共转染至人胚肾细胞HEK293包装,经常规纯化方法,制得纯化病毒载体rAAV/β-globin。
7、如权利要求6所述的制备方法,其特征在于所述的转染采用磷酸钙共沉淀法。
8、如权利要求2~4任一项所述的重组腺相关病毒载体在制备基因疗法治疗β地中海贫血的药物中的应用。
9、一种转染有权利要求2~4任一项所述的重组腺相关病毒载体的造血干/祖细胞。
10、如权利要求9所述的造血干/祖细胞,其特征在于其在转染前采用羟基脲预处理过。
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