CN101155932A - 基于在肿瘤组织中增加的egfr基因拷贝数的抗egfr抗体治疗 - Google Patents

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Abstract

基于在特定肿瘤患者群体的特定肿瘤组织中发生的特定分子改变，本发明涉及个体化和私人化癌症诊断和治疗。该治疗和诊断基于这样的发现，即抗EGFR抗体可以消除具有特定EGFR的肿瘤组织的增殖和肿瘤生长，该肿瘤组织表达扩增的EGFR基因拷贝数，而其他的个体分子改变，例如肿瘤组织中发生的突变，不会受到相同的抗EGFR抗体治疗的影响。

Description

基于在肿瘤组织中增加的EGFR基因拷贝数的抗EGFR抗体治疗
技术领域
本发明涉及通过抗EGFR抗体对表达高水平上皮生长因子受体(EGFR)的肿瘤的诊断和治疗。在特定肿瘤患者群体的特定肿瘤组织中发生的特定分子改变的基础上，本发明另外涉及对表达EGFR的癌症的个体化和私人化的诊断和治疗。该治疗和诊断是基于这样的发现，即对于表现出扩增的EGFR基因拷贝数的具有特定EGFR的肿瘤组织，抗EGFR抗体可以抑制该肿瘤组织的增殖和肿瘤生长，而在肿瘤组织中发生的其他个别分子的改变，例如特定的基因突变，不会受到相同的抗EGFR抗体治疗的影响。
背景技术
生物分子，例如单克隆抗体(MAb)或者其他蛋白质/多肽，以及直接针对位于肿瘤细胞表面多种受体和其他抗原的小的化学化合物，被认为适合用于肿瘤治疗已经有20多年了。对于抗体方法，大多数这些MAb是嵌合或者人源化的，以改善人免疫系统的耐受性。MAb或者上述的化学物质，特异性地结合它们在肿瘤细胞上的目标结构，并且在大多数情况下也会结合在正常组织上，根据它们的表位特异性和/或特定抗原的功能性特征，上述结合可以引起不同的作用。
ErbB受体是在20世纪80年代癌症涉及的典型受体酪氨酸激酶。酪氨酸激酶是一类催化腺苷三磷酸的末端磷酸基转移到蛋白质底物中的酪氨酸残基上的酶。认为酪氨酸激酶通过底物磷酸化，在许多细胞功能的信号转导中扮演了关键性的角色。虽然信号转导的确切机制还不清楚，酪氨酸激酶已经表现出是细胞增殖、致癌作用和细胞分化的重要作用因子。受体类型的酪氨酸激酶具有胞外、跨膜和胞内部分，而非受体类型的酪氨酸激酶全部是胞内的。连接受体的酪氨酸激酶是包含胞外配体结合结构域、跨膜序列和胞质酪氨酸激酶结构域的跨膜蛋白质。受体类型的酪氨酸激酶是由许多具有不同生物学活性的跨膜受体组成。
已经鉴定出受体类型的酪氨酸激酶的不同亚家族。涉及到的酪氨酸激酶包括成纤维细胞生长因子(FGF)受体、ErbB大类家族的上皮生长因子(EGF)受体以及血小板来源的生长因子(PDGF)受体。涉及的还有神经生长因子(NGF)受体、脑衍生神经营养因子(BDNF)受体和神经营养蛋白-3(NT-3)受体，以及神经营养蛋白-4(NT-4)受体。
由erbB1基因编码的EGFR，已经由此包含在人的恶性肿瘤中。特别是，已经在乳腺癌、膀胱癌、肺癌、头癌、颈癌、胃癌以及恶性胶质瘤中观察到EGFR表达升高。EGFR受体表达升高通常与EGFR配体——转化生长因子α(TGF-α)的产量增加有关，出于同样的原因，肿瘤细胞以自分泌刺激通路产生受体激活(Baselga和Mendelsohn，Pharmac.Ther.64：127-154(1994))。EGF受体是跨膜的糖蛋白，分子量为170,000，存在于多种上皮细胞类型上。它可以由至少三种配体激活：EGF、TGF-α(转化生长因子α)和双调蛋白。已经证明上皮生长因子(EGF)和转化生长因子-α(TGF-α)都结合EGF受体，导致细胞增殖和肿瘤生长。
已经证明，当抗EGF受体的抗体阻断EGF和TGF-α与受体的结合时，表现出对肿瘤细胞增殖的抑制。鉴于这些发现，已经开发了许多鼠的和大鼠的抗EGF受体的单克隆抗体，并检测了它们在体外和在体内抑制肿瘤细胞生长的能力(Modjtahedi和Dean，1994，J.Oncology 4，277)。抗EGF受体的人源化单克隆抗体425(hMAb 425，马妥珠单抗(Matuzumab)；US5,558,864；EP 0531 472)和嵌合单克隆抗体225(cMAb 225)，已经在临床试验中表现出它们的功效。证明C225抗体(西妥昔单抗(cetuximab))在体外抑制EGF介导的肿瘤细胞生长，在裸鼠体内抑制人肿瘤形成。首先，该抗体及一般所有的抗EGFR抗体表现出与某些化疗剂(即，阿霉素(doxorubicin)、阿霉素(adriamycin)、紫杉醇和顺铂)的协同作用，在异种移植的小鼠模型中体内根除人肿瘤(见例如，EP 0667165)。Ye等人(1999，Oncogene 18，731)已经报道了嵌合mAb 225和人源化的抗HER2受体的mAb 4D5的组合可以成功地治疗人卵巢癌细胞。此外，马妥珠单抗和西妥昔单抗的组合也引起协同的抗肿瘤响应(WO 04/32960)。另一个完整的人抗EGFR抗体是用XenoMousetechnology开发的帕木单抗(panitumumab，mAb ABX)(例如，WO 98/50433，US 6,235,883)。
抗上皮生长因子受体(EGFR)的单克隆抗体，例如嵌合单克隆抗体c225(西妥昔单抗)和完整的人抗体帕木单抗已经在约10％的患有化疗耐药性的转移性结肠直肠癌(mCRC)患者中表现出显著的临床活性。目前还不清楚对这些物质的临床响应性或耐药性的分子机制。
对于转移性结肠直肠癌(mCRC)-第三常见的癌症死亡原因，抗上皮生长因子受体(EGFR)胞外结构域的单克隆抗体(mAb)目前已经用于加强针对它的治疗学方法(Erlichman和Sargent；2004，N Engl J Med 351：391-392)。在抗EGFR的mAb中，已经证明西妥昔单抗(Erbitux)的嵌合抗体和完整的人抗体帕木单抗都分别在约10％的患有化疗耐药性mCRC的患者中表现出显著的临床活性，但是目前仍不清楚其临床响应性或耐药性所基于的分子机制。诊断特征和用免疫组织化学评估的肿瘤EGFR表达程度都不与临床反应相关(Saltz等人，2004，J Clin Oncol 22：1201-1208；Cunningham等人，2004，N Engl J Med 351：337-345；Hecht等人，2004，Journal of Clinical Oncology，ASCO Annual Meeting Proceedings，Post-Meeting Edition)。对于抗EGFR的moAb的临床敏感性或耐药性的分子基础的理解，可以允许鉴定出可能从西妥昔单抗或帕木单抗治疗中受益的患者。利用遗传学和生物化学的方法已经详细研究了EGFR的生物学(Ciardiello等人，2003，Eur J Cancer 39：1348-1354；Holbro等人，2004，Annu Rev Pharmacol Toxicol 44：195-217)。配体结合受体胞外部分的初始步骤，促进受体二聚化及其其酶促活性的激活，因此导致胞内结构域的磷酸化。随后，细胞效应器结合胞内结构域磷酸化的残基并被激活，这主要是通过其在质膜上的再定位。小G蛋白Ras、蛋白激酶Raf和脂激酶PI3K作为EGFR信号传导的胞内介体起到重要作用。之前已经在多种癌症中发现了EGFR及其效应器的遗传改变(Bardelli等人，2003，Science300：949；Vogelstein等人，2004，Nat Med 10：789-799；Bardelli等人，2005，Curr Opin Genet Dev 15：5-12)。
因此，可以得出这样的假设，即对某些特定抗EGFR抗体例如西妥昔单抗、帕木单抗或马妥珠单抗的临床响应与影响EGFR或其直接胞内信号转导物的分子改变有关。
在许多癌症例如mCRC中，不论是肿瘤的诊断特征还是用免疫组织化学评估的EGFR的表达程度，都与对EGFR拮抗物，特别是抗EGFR抗体(例如西妥昔单抗、马妥珠单抗(hMab 425)或帕木单抗)的临床响应不相关。因此，目前大多数受治患者都暴露在不希望有的副作用的无效治疗风险之下。用抗EGFR的mAb(例如西妥昔单抗、马妥珠单抗或帕木单抗)治疗mCRC患者的功效表明了显著的医学进步。但是，在涉及化学耐药性(chemorefractory)患者的临床研究中，使用抗EGFR的mAb的治疗仅仅在一部分患者中产生了目标响应，而且没有诊断工具鉴定谁可能从该治疗中受益。结果，大多数受治患者暴露在不希望有的副作用的无效治疗的风险之下。非私人化治疗还导致卫生系统巨大的财政负担。
因此，需要说明患者对抗EGFR单克隆抗体的差别响应，并且开发出对策，从而鉴别可能从抗EGFR抗体治疗中受益的癌症患者(例如CRC患者)。目前还不清楚表达EGFR的癌细胞对于抗EGFR mAb的响应性或不应性所基于的分子机制。因此，另外需要是提供诊断工具，来显示癌症中对于抗EGFR mAb的响应是否与下列生物学预示物(predictor)或标志物相关，包括(i)影响EGFR基因催化结构域的突变，(ii)影响EGFR下游信号效应器的突变；或者(iii)EGFR基因座的扩增。
发明概述
根据本发明，现已发现对于包括化学耐药性患者的肿瘤患者中的肿瘤，约89％的对上述肿瘤出现目标响应的患者中所述肿瘤细胞显示出EGFR基因拷贝数增加，而在病情稳定或进展的患者中，仅为5.0％。因此，EGFR催化结构域及其直接的下游效应器PI3K、RAS、RAF的突变状态与所述响应无关。
根据本发明，在特定癌症(例如结肠直肠癌)的细胞模型中，可以完全削弱表现出EGFR基因拷贝数扩增的细胞增殖的特定抗EGFR抗体(例如西妥昔单抗、马妥珠单抗或帕木单抗)的相同浓度不影响没有表现出EGFR拷贝数扩增的细胞。
根据本发明，在患有特定癌症，优选mCRC的患者中，对特定抗EGFR抗体如帕木单抗、西妥昔单抗或马妥珠单抗(或者其任一免疫学有效的片段或融合蛋白)治疗的响应，与EGFR基因拷贝数扩增的存在具有明显的关联。换言之：对抗EGFR治疗响应或敏感的患者与那些不对相同剂量同种抗体治疗响应的患者相比，具有增加的EGFR基因拷贝数。此外，可以观察到通过用所述mAb治疗，增加的EGFR基因拷贝数与患者中的肿瘤缩小和生存期延长相关。在这些患者中，肿瘤生长可能主要受到EGFR通路的驱动。
扩增的EGFR基因拷贝数可以根据本发明，通过确定每细胞核EGFR基因的比例和/或EGFR基因拷贝与CEP7(染色体7着丝粒探针)数量所定义的比例来确定。已经发现，根据本发明，在肿瘤试样中当比例为：EGFR基因拷贝数/细胞核＞4，优选地在5.7-7.1的范围内，和/或EGFR基因拷贝数/CEP7＞2，对该肿瘤试样来源的患者施用抗EGFR抗体，比在所定义拷贝数比例低于所指示的患者中更有效。肿瘤细胞表现出非扩增或仅仅轻微扩增EGFR基因拷贝数(比例：1或＜2)的患者对于抗EGFR抗体治疗完全没有响应或没有充分的响应。
该观察代表了基于特定分子改变的特定癌症(例如结肠直肠癌)的私人化靶向治疗的第一个实例。为了在患者中最有效地施周所述药物，现在提供了鉴定那些最可能受益的患者的工具。
另外发现，在EGFR催化结构域中存在新的体细胞突变，在其直接下游效应器(例如KRAS和PI3KCA)中存在多种突变，这些改变与对于抗EGFR mAb的响应性无关。这些发现具有许多临床的和生物学的意义。在表达和过量表达EGFR的癌症中，对抗EGFR mAb的响应与EGFR基因突变的相关性低于与该基因增加的/扩增的拷贝数间的相关性。这些结果提示，基于抗EGFR抗体的治疗可能对扩增的目标比对受到点突变影响的目标更有效。但是，遗传突变例如点突变可以对抗EGFR抗体治疗的效果和功效起作用。
特别是对于CRC；具有扩增的EGFR基因拷贝数的CRC细胞的增殖可以被抗EGFR抗体(例如西妥昔单抗)消除，但是EGFR拷贝数未扩增的CRC细胞不会受到同样剂量抗EGFR单克隆抗体的影响。这表明具有扩增的EGFR基因的癌细胞，特别是CRC细胞，其增殖依赖甚至离不开这一分子改变。
现有数据还表明，FISH(荧光原位杂交)对EGFR基因拷贝数的测量可以代表实验性工具，用于鉴定可能对抗EGFR靶向的mAb响应的患有mCRC和其他癌症的患者。此外，相对于半定量测定例如qPCR和Western印迹，在EGFR蛋白质过量表达和定位在同一肿瘤不连续灶的EGFR基因拷贝数增加的情况下(图3)，FISH分析不会受到伴随存在的二体肿瘤细胞或正常体细胞的污染物影响。因此，在解释IHC和mAb临床响应之间缺乏相关性时，应该考虑到EGFR表达可能的同型模式(图3)。
换言之：根据本发明，首次另外说明了，那些明显基于增加的EGFR基因拷贝数，而表现出对施用抗EGFR mAb(例如西妥昔单抗、马妥珠单抗或帕木单抗)临床响应的癌症患者，优选地mCRC患者，可以通过使用FISH分析所述患者的独立肿瘤样品，进行选择和评估。换言之：FISH阳性的患者具有比FISH阴性的患者更高的基因拷贝数。因此，可以得出结论，通过FISH分析表现出增加的EGFR拷贝数的患者比那些表现出低基因拷贝数的患者具有更好的存活预期。
为了以更全面的总结，发明涉及下列主题：
·用于治疗表达EGF受体(EGFR)的肿瘤患者的方法，通过向所述患者施用一定量的、足以消灭所述具有扩增的EGFR基因拷贝数的肿瘤细胞增殖的抗EGFR抗体。
·相应的方法，其中所述治疗比用相同剂量的相同抗体治疗未表现出EGFR基因拷贝数扩增的肿瘤细胞更有效。
·相应的方法，其中所述肿瘤细胞还表现出分子改变或遗传突变。
·相应的方法，其中扩增的EGFR基因拷贝数对于所述肿瘤是特异的。
·相应的方法，其中扩增的EGFR基因拷贝数对于患者的个体癌症组织谱(individual cancer tissue profile)是特异的。
·相应的方法，其中所述个体癌症组织谱具有分子改变。
·相应的方法，其中所述表达EGFR的肿瘤是结肠直肠癌(CRC)。
·相应的方法，其中所述结肠直肠癌是转移性的(mCRC)。
·相应的方法，其中所述抗EGFR抗体是选自其鼠的、嵌合的和人源化形式的Mab 225和Mab 425。
·抗EGFR抗体在制备治疗癌症的药物中的用途，这是基于表达EGFR的肿瘤细胞具有扩增的EGFR基因拷贝数，其中所述治疗比用相同剂量相同抗体治疗未表现出扩增的EGFR基因拷贝数的肿瘤细胞更有效。
·相应的抗EGFR抗体的用途，其中所述肿瘤细胞还表现出分子改变或遗传突变。
·相应的用途，其中所述扩增的EGFR基因拷贝数对所述肿瘤是特异的。
·相应的用途，其中扩增的EGFR基因拷贝数对患者的个体癌症组织谱是特异的。
·相应的用途，其中所述个体癌症组织谱具有分子改变。
·相应的用途，其中所述表达EGFR的肿瘤是结肠直肠癌(CRC)。
·相应的用途，其中所述结肠直肠癌是转移性的(mCRC)。
·相应的用途，其中所述抗EGFR抗体选自其鼠的、嵌合的和人源化的形式的Mab 225和Mab 425。
·通过使用荧光原位杂交(FISH)在体外检测和测量肿瘤组织的EGFR基因拷贝数的方法。
·荧光原位杂交(FISH)在体外鉴定具有对抗EGFR抗体响应的肿瘤的患者的用途。
·荧光原位杂交(FISH)在体外鉴定具有表现出增加的EGFR基因拷贝数的肿瘤的患者的用途。
·相应的用途，其中所述肿瘤是结肠直肠癌(CRC)，优选地转移性CRC。
·相应的用途，其中所述抗体是其鼠的、嵌合的或人源化的形式的225或425。
·检测和分析患者是否患有癌症的体外方法，该癌症过量表达EGF受体(EGFR)、对施用抗EGFR抗体或其免疫学有效片段有积极反应，该方法包含在体外确定从所述患者中获得的肿瘤细胞试样的EGFR基因拷贝数，并且如果所述患者的肿瘤细胞表现出扩增的EGFR基因拷贝数，选择对所述患者施用所述抗EGFR抗体。
·相应的方法，其中EGFR基因拷贝数作为每细胞核的EGFR基因数的比率测量。
·相应的方法，其中所述比率在4.0和8.2之间。
·相应的方法，其中所述比率在5.7和7.1之间。
·相应的方法，其中EGFR基因拷贝数作为每CEP7的EGFR基因数的比率测量。
·相应的方法，其中所述比率＞2。
·相应的方法，其中EGFR基因拷贝数用FISH分析(荧光原位杂交)测量。
·相应的方法，其中所述扩增的EGFR基因拷贝数对于所述肿瘤是特异的。
·相应的方法，其中所述扩增的EGFR基因拷贝数对于患者的个体癌症组织谱是特异的。
·相应的方法，其中所述个体癌症组织谱还具有分子改变。
·相应的方法，其中所述分子改变是EGFR基因内的点突变。
·相应的方法，其中所述抗EGFR抗体选自西妥昔单抗(mAbc225)、马妥珠单抗(mAb h425)和帕木单抗(mAb ABX)或其特定的鼠的、嵌合的和人源化的形式。
·相应的方法，其中癌症是结肠直肠癌(CRC)、肺癌、头颈癌以及乳腺癌。
·抗EGFR抗体或其免疫学有效片段在制备治疗患者癌症的药物中的用途，其中所述癌症过量表达EGFR并表现出扩增的EGFR基因拷贝数。
·相应的用途，其中所述EGFR基因拷贝数是按照每细胞核EGFR基因数的比率测量的，且这一比率的值在4.0和8.2之间。
·相应的用途，其中所述比率的值在5.7和7.1之间。
·相应的用途，其中对所述癌症的治疗比用相同剂量的相同抗体治疗其中癌细胞不表现出扩增的EGFR拷贝数的癌症患者更有效。
·相应的用途，其中所述扩增的EGFR基因拷贝数对于所述肿瘤是特异的。
·相应的用途，其中扩增的EGFR基因拷贝数对患者的个体癌症组织谱是特异的。
·相应的用途，其中所述个体癌症组织谱具有遗传突变。
·相应的用途，其中所述表达EGFR的肿瘤是结肠直肠癌(CRC)、肺癌、乳腺癌或头颈癌。
·相应的用途，其中所述抗EGFR抗体选自西妥昔单抗(mAbc225)、马妥珠单抗(mAb h425)和帕木单抗(mAb ABX)或其特定的鼠的、嵌合的和人源化的形式。
·在体外检测和测量过量表达EGFR的肿瘤组织的EGFR基因拷贝数的方法，通过在测定中使用荧光原位杂交(FISH)来确定癌症患者对施用抗EGFR抗体的响应。
附图简述
图1.在患者13的肿瘤中发现的外显子21(G857R)中的错义杂合突变(也见表2)。突变影响了位于EGFR激酶结构域的激活环中的关键残基。G857R是除了在非小细胞肺癌(NSCLC)的吉非替尼(gefitinib)和埃罗替尼(erlotinib)响应者中发现的、最近描述的L858R突变之外的单氨基酸突变(Lynch等人，2004，N Engl J Med 350：2129-2139；Paez等人，2004，Science304：1497-1500；Pao等人、2004，Proc Natl Acad Sci美国101：13306-13311)。之前在结肠直肠癌(CRC)中检测到了影响BRAF基因(G595R)类似残基的突变(Wiley，Diaz，2004，Jama 291：2019-2020)。
图2.对EGFR基因(红)和染色体7(CEP7；绿)探针的双色荧光原位杂交测定。(A)正常结肠直肠黏膜中的平衡二体性；(B)患者27的肿瘤中的平衡二体性；(C)患者3的肿瘤中平衡多体性；(D)患者5的肿瘤中的扩增。
图3.患者10的肿瘤中的EGFR扩增和蛋白质表达。(A)用苏木精和伊红染色的常规组织学。(B和C)通过免疫组织化学(Moroni等人，2001，Clin Cancer Res 7：2770-5)在相同肿瘤的相应区域中的EGFR基因扩增和蛋白质过量表达。
图4.在患者1中观察到的EGFR基因分子改变和临床响应。(A)对EGFR基因(红)和染色体7(CEP7；绿)探针的双色荧光原位杂交测定显示增加的拷贝数；(B)在患者1的肿瘤、A431癌细胞系(EGFR基因/细胞核8.00；EGFR基因/CEP7 2.57)和非恶性RPE(EGFR基因/细胞核1.60；EGFR基因/CEP7 0.86)上皮细胞对照中，用定量PCR测量的EGFR基因拷贝数的相对量；(C)(D)在患者1中使用moAb治疗前(最高直径，L线4.4cm)和治疗后(最高直径，M线2.3cm)用CT对肝转移的测量。
图5.用西妥昔单抗抑制结肠直肠癌细胞系的增殖。(A)在西妥昔单抗浓度增加时，在三个独立的实验(均值±SD)中结肠直肠癌细胞系的增殖。(B)用Western印迹在个体细胞系中测量的EGFR蛋白质水平。(C)在结肠直肠癌细胞系中用FISH评估的EGFR基因拷贝数。(D)对EGFR基因(红)和染色体7(CEP7；绿)探针的双色荧光原位杂交测定，显示在DiFi细胞系中增加的拷贝数。
发明详述
术语“拷贝数”通常定义为每个基因组的基因数。根据本发明，术语“EGFR基因拷贝数”指每个细胞核的EGFR基因数目的比例。根据本发明，该数字在1.0-8.2之间变动，或更优选地在1.5-7.9之间变动。
根据本发明，术语“增加的或扩增的EGFR基因拷贝数”指，从相对的角度，特定患者(其响应抗EGFR抗体治疗)相关的特定肿瘤的细胞中上述定义的比例，与另一位特定患者相关的特定肿瘤的细胞中的特定比例相比，更高或扩增了。从更绝对的角度，该术语意味着该比例(EGFR基因数/细胞核)位于4.0-8.2，或4.8-8.2，或4.8-7.9，或4.8-7.1，或4.8-6.8，或4.8-5.7之间。优选地，所述比例是位于5.7-8.2之间，更优选地5.7-6.8，最优选地5.7-7.1之间。
根据上述这些适用于“增加的或扩增的”EGFR基因拷贝数的值，对于完全没有响应或没有有效响应或没有积极响应抗EGFR抗体治疗的患者，其肿瘤细胞呈现的相对下降的或降低的或非扩增的拷贝数的比值在1.65-2.0或1.7-1.9的范围内。
EGFR基因拷贝数或比例：EGFR基因拷贝数/细胞核与EGFR基因拷贝/7号染色体着丝粒探针(CEP7)的比例相关。根据本发明，明显响应抗EGFR抗体治疗的患者中，此EGFR基因/CEP7的比值＞2，而不响应的患者，该比值通常接近1。
根据本发明，“错义杂合突变”指在两个等位基因之一中，一个氨基酸的密码子变成表示另一个氨基酸的密码子的突变。
根据本发明，术语“符合读框的缺失”指通过删除核苷酸改变mRNA的阅读框的突变。
根据本发明，“FISH(荧光原位杂交)”指克隆DNA与完整染色体的杂交，其中克隆DNA已经用荧光染料标记。这是确定染色体定位、基因拷贝数(增加和减少)或染色体重排的常用方法。
筛选来自mCRC患者(31)的肿瘤的EGFR基因内或其直接胞内效应器的遗传改变，该患者在用西妥昔单抗或帕木单抗治疗后实现了目标响应，即病情或病情进展稳定。具体地，可以确定EGFR基因拷贝数，EGFR催化结构域的突变模式，以及mCRC中突变更频发的KRAS、BRAF和PI3KCA基因的外显子。
·  EGFR酪氨酸激酶结构域的突变分析
为了鉴定mCRC中响应马妥珠单抗、帕木单抗或西妥昔单抗所基于的分子基础，在用这些mAb治疗后具有不同临床效果的患者肿瘤样品中，评估对应EGFR基因催化结构域的区域的突变状态。对EGFR外显子18、19和21的测序没有揭示体细胞突变，除了一名具有24周稳定病情的患者外(表1和2)。该患者在外显子21(G857R)中表现出错义杂合突变，影响了位于催化的关键区域(图1)激活环中的残基。G857R突变是除了在肺癌的吉非替尼和埃罗替尼响应者中发现的、目前描述的L858R激活突变之外的单氨基酸突变(Lynch等人，2004，N Engl J Med 350：2129-2139；Paez等人，2004，Science 304：1497-1500；Pao等人，2004，Proc Natl Acad Sci美国101：13306-13311)。
有趣的是，之前在结肠直肠癌中检测到过影响BRAF基因(G595R)中类似残基的突变(图1)(Rajagopalan等人，2002，Nature 418：934)。
基于目前的发现，响应mAb治疗所基于的主要分子机制明显不是EGFR催化结构域中的突变。因此认为EGFR基因拷贝数的改变可能是所观察到的抗体响应的原因。
·EGFR胞内效应器的突变分析
在结肠直肠癌中，至少三个参与EGFR信号传导的胞内分子(KRAS、BRAF和PI3KCA)可以为点突变所激活。根据本发明，分析了相应基因的突变状态是否与对抗EGFR抗体(例如西妥昔单抗、马妥珠单抗或帕木单抗)的临床响应相关。分析了上述三个基因的每种在结肠直肠癌中突变发生频率最高的外显子(KRAS外显子2、BRAF外显子15、PI3KCA外显子9和20)。可以从肿瘤抽提的基因组DNA中扩增并直接测序每个外显子对应的核苷酸序列。虽然在KRAS基因(G12V、G12D、G12S和G13D)、PI3KCA基因(E545K、H1047R)和BRAF(E599V)中可以鉴定出激活突变，但是与抗EGFR mAb的临床响应无关(RAS外显子-2：p＝0.675；PI3K外显子-9：p＝0.3；PI3K外显子-20：p＝1；BRAF外显子-15：p＝1；所有这些突变：p＝0.44)(表1和2)。
·通过FISH分析对EGFR基因的拷贝数分析
显示在mCRC中，用免疫组织化学(IHC)测量的EGFR蛋白质表达与对抗EGFR mAb的临床响应之间没有相关性。这些结果，与和EGFR及其下游效应器的突变状态缺乏相关性的结果一起，可以得出对帕木单抗、西妥昔单抗或马妥珠单抗的响应与EGFR基因扩增相关的假设。
根据表2和图2中的详情，在具有目标响应的10名患者中，9名进行了FISH评估，其中8/9(88.8％)表现出增加的EGFR基因拷贝数(EGFR基因/细胞核比例的中值为6.80，范围1.65-35)；在21名非响应患者中，20名进行了FISH评估，其中1/20(5.0％)具有增加的EGFR基因拷贝数(EGFR基因/细胞核比例的中值1.925)，且发现该差异具有统计学显著性。
在响应者中，9名可用FISH评估的患者中有7名的增加的EGFR基因拷贝数与EGFR基因/CRP7比值＞2相关，因此根据HER2评估使用的标准(Wiley，Diaz，2004，Jama 291：2019-2020.)指示存在EGFR基因的扩增。在患者3和9中，EGFR基因/细胞核的比例7.10和3.38，分别与EGFR基因/CEP7的比例1.46和1.19相关，因此指示存在完整染色体7的额外拷贝(7号多体性)(图2C)。
患者10的肿瘤具有惊人的EGFR基因扩增，所述EGFR基因位于不连续灶，而其他的恶性区域又确实为二体性的。令人注意的是，通过IHC评估，表现出EGFR基因扩增的区域也表现出强的EGFR蛋白质表达；相反，表现出二体的EGFR基因的区域则没有表达相应的蛋白质(图3)。
·通过定量PCR(qPCR)分析EGFR基因的拷贝数
通过FISH可以在响应西妥昔单抗、马妥珠单抗或帕木单抗的患者中，观察到增加的EGFR基因拷贝数。为了获得在肿瘤样品中对EGFR基因座状态的独立测量，可以使用qPCR分析。可以观察到，在患有响应性疾病的患者1中EGFR基因拷贝数增加(图4)。基因/染色体比例低于3的患者样品用qPCR对增加的EGFR基因拷贝数的检测是不确定的。这可能是由于EGFR基因数有限，不能使用以前报道过的方法一致性检测出(Layfield等人，2003，J Surg Oncol 83：227-231；Yang等人，2004，Gut 53(1)：123-129)。此外，qPCR检测可能受到伴随抽提的普通体细胞污染DNA的不利影响，所述污染DNA只能在切割石蜡包埋样品的过程中部分避免。另一方面，例如通过FISH分析获得的基因拷贝数的原位分析不受这些技术限制的影响。该qPCR基因拷贝数的测量证实了扩增。
·西妥昔单抗对具有正常或增加的EGFR基因拷贝的细胞系的作用
使用细胞癌症模型的前述研究已经提示了对西妥昔单抗的响应与下列因素相关：(i)EGFR受体的过量表达，(ii)受体的组成性磷酸化，(iii)相应基因的扩增，和(iv)基因家族其他成员的改变。
现有数据表明，mCRC中对帕木单抗、马妥珠单抗或西妥昔单抗的响应性与EGFR基因座增加的基因拷贝数相关。这促使发明人评估西妥昔单抗对一组用FISH测量出具有正常或增加的EGFR基因拷贝数的结肠直肠癌细胞系的作用(图5)。在增加西妥昔单抗浓度下，评价了BrdU掺入分析法测量的细胞增殖。西妥昔单抗显著抑制带有最高EGFR基因拷贝数的DiFi细胞系的增殖，而且，可以完全削弱DiFi细胞增殖的西妥昔单抗浓度，不能影响EGFR拷贝数未扩增的细胞。有趣的是，SW620细胞系有3份EGFR基因拷贝，且Western印迹表明其不表达EGFR蛋白质(图5)。因此SW620细胞代表了EGFR基因的功能性敲除，因此其增殖实际上不受西妥昔单抗的影响。
术语“ErbB受体拮抗物/抑制剂”指可以结合并阻断或抑制ErbB受体的生物学活性分子。因此，通过阻断受体，拮抗物阻止ErbB配体(激动剂)的结合，以及激动剂/配体受体复合物的激活。ErbB拮抗物可以用于HER1(ErbB1，EGFR)、HER2(ErbB2)、ErbB3和ErbB4。本发明优选的拮抗物是针对EGF受体(EGFR，HER1)的拮抗物。ErbB受体拮抗物可以是抗体或抗体融合蛋白质(免疫缀合物)或抗体的免疫治疗有效的片段或抗体融合蛋白质。根据本发明，优选的ErbB受体拮抗物是抗EGFR抗体，特别且优选是在上下文中提及的抗EGFR抗体：鼠、嵌合的或人源化形式的西妥昔单抗、帕木单抗和马妥珠单抗，包括它们的免疫学有效的片段(Fab、Fv)和免疫缀合物，特别是免疫细胞因子。
本文中使用的术语“单克隆抗体”指从一组基本上同源的抗体中获得的抗体，所述基本同源抗体即除了微量存在的可能天然发生的突变外，组中包含的各抗体是完全相同的。单克隆抗体是高度特异、抗单个抗原位点的。另外，与包含抗不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制品相比，每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。除了它们的特异性以外，单克隆抗体的优势在于其合成可以避免其他抗体的污染。制备单克隆抗体的方法包括由Kohler和Milstein(1975，Nature 256，495)以及在“MonoclonalAntibody Technology，The Production and Characterization of Rodent andHuman Hybridomas”(1985，Burdon等人编著，Laboratory Techniques inBiochemistry and Molecular Biology，第13卷，Elsevier Science Publishers，Amsterdam)中描述的杂交瘤方法，或者用熟知的重组DNA方法制备(见例如，US 4,816,567)。也可以利用在例如Clackson等人，Nature，352：624-628(1991)和Marks等人，J.Mol.Biol.，222：58，1-597(1991)中描述的技术，从噬菌体抗体文库中分离单克隆抗体。
术语“嵌合抗体”指这样的抗体，其中重链和/或轻链的一部分与源自特定物种或属于特定抗体类或亚类的抗体的相应序列相同或同源，同时链的剩余部分与源自另一物种或属于另一类或亚类的抗体中的相应序列相同或同源；以及此类抗体的片段，只要它们表现出目的生物学活性(例如：US4,816,567；Morrison 等人，Proc. Nat. Acad. Sci. 美国，81：6851-6855(1984))。制备嵌合抗体和人源化抗体的方法也是本领域已知的。例如，制备嵌合抗体的方法包括Boss(Celltech)和Cabilly(Genentech)在专利(US 4,816,397；US 4,816,567)中描述的方法。
“人源化抗体”是非人类(例如，啮齿类)的嵌合抗体的形式，含有从非人类免疫球蛋白中来源的最小限度的序列。人源化抗体的大部分是人的免疫球蛋白(受者的抗体)，其中来自受者高变区(CDR)的残基被来自非人类物种(供体抗体，例如小鼠、大鼠、兔子或非人灵长类)的高变区置换，所述供体抗体具有所需的特异性、亲和力和能力。在一些例子中，人免疫球蛋白的构架区(FR)的残基由相应的非人残基置换。另外，人源化抗体可以含有受者抗体或供体抗体中没有的残基。做出这些修饰是为了进一步改善抗体的性能。一般而言，人源化抗体将包含几乎所有的至少一个、一般是两个可变结构域，其中全部或几乎全部的高变环对应着非人免疫球蛋白的高变环，全部或几乎全部的FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体还可以任选地含有免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分，一般是人免疫球蛋白的一部分。制备人源化抗体的方法例如由Winter(US 5,225,539)和Boss(Celltech，US 4,816,397)描述。
“抗体片段”含有完整抗体的一部分，优选含有其抗原结合区或可变区。抗体片段的实例包括Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv和Fc片段、双抗体、线性抗体、单链抗体分子，和由抗体片段形成的多特异性的抗体。“完整的”抗体是包含抗原结合可变区以及轻链恒定结构域(CL)和重链恒定结构域CH1、CH2和CH3的抗体。优选地，完整的抗体具有一种或多种效应器功能。抗体的木瓜蛋白酶消化会产生两个相同的抗原结合片段，称为“Fab”片段，每一个含有单一的抗原结合部位和CL、CH1区域以及剩余“Fc”片段，其名字反映了能够容易结晶的能力。通常，抗体的“Fc”区域含有IgG1或IgG2抗体大类的CH2、CH3和铰链区。铰链区是将CH1区域和CH2-CH3区域连接起来的一组约15个氨基酸残基。“Fab”片段还含有轻链的恒定结构域和重链的第一恒定结构域(CH1)以及仅有一个抗原结合部位。
“Fab片段与Fab片段的区别在于在重链的CH1结构域的羧基端增加了几个残基，所述CH1结构域包含来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。F(ab’)2抗体片段最初是作为在其之间具有铰链半胱氨酸的Fab’片段对制备的。抗体片段的其他化学偶联也是已知的(见例如，Hermanson，Bioconjugate Techniques，Academic Press，1996；US 4,342,566)。“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域以单个多肽链存在。优选地，Fv多肽另外包含在VH和VL结构域之间的多肽连接体，使scFv可以形成抗原结合所需的结构。单链FV抗体是已知的，例如从Plückthun(The Pharmacology of Monoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg和Moore编著，Springer-Verlag，New York，第269-315页(1994))、WO93/16185、US 5,571,894、US 5,587,458、Huston等人(1988，Proc.Natl.Acad.Sci.85，5879)或Skerra和Plueekthun(1988，Science 240，1038)。
虽然本发明优选地涉及结肠或结肠直肠癌(CRC)，原则上也可用于其他表达或过量表达EGFR、在具有不同EGFR基因拷贝数并用其他的ErbB拮抗物治疗的患者中存在的癌症和肿瘤(例如，用IRESSA治疗的肺癌：例如，Cancer Biology 2005，4)。
因此，术语“癌症”和“肿瘤”表示或描述了这样的哺乳动物生理疾病，其一般特征是不受调控的细胞生长。通过本发明的药物组合物，可以治疗肿瘤，例如乳房、心脏、肺、小肠、结肠、脾、肾脏、膀胱、头和颈、卵巢、前列腺、脑、胰腺、皮肤、骨、骨髓、血液、胸腺、子宫、睾丸、子宫颈和肝的肿瘤。可以用本发明抗体分子治疗的肿瘤优选是高量表达ErbB受体，特别是ErbB1(EGFR)受体的实体瘤或肿瘤转移灶，例如乳腺癌、前列腺癌、头颈癌、SCLC、胰腺癌。
术语“生物学/功能有效的”或“治疗有效的(量)”指在体内或体外引起生物学功能或生物学功能改变的药物/分子，其在特定的量下对治疗哺乳动物(优选是人)的疾病或病症有效。在癌症的情形中，药物的治疗有效量可以减少癌细胞的数量、缩小肿瘤尺寸、抑制(即，一定程度的减慢和优选地停止)癌细胞向周围器官浸润、抑制(即，一定程度的减慢和优选地停止)肿瘤转移、一定程度的抑制肿瘤生长，和/或一定程度上减轻与癌症相关的一种或多种症状。
术语“免疫治疗有效的”指在哺乳动物中引起免疫响应的生物分子。更具体地，该术语指可以识别和结合抗原的分子。通常，含有其抗原结合部位(互补决定区，CDR)的抗体、抗体片段和抗体融合蛋白质是免疫治疗有效的。
通常，抗EGFR抗体或其片段的治疗有效量是这样的量，即以生理耐受的组合物施用时，足以实现血浆浓度从约0.01微克(μg)/毫升(ml)到约100μg/ml，优选地从约1μg/ml到约5μg/ml并且一般是约5μg/ml。换言之，在一天或数天的每天一次或多次给药中，剂量可以从约0.1mg/kg到约300mg/kg，优选地从约0.2mg/kg到约200mg/kg，最优选地从约0.5mg/kg到约20mg/kg而不同。用体积摩尔浓度表示的优选的血浆浓度是从约2微摩(μM)到约5毫摩(mM)，优选地从约100μM到1mM抗体拮抗物。
本发明的药物组合物可以包含用减少或避免与本发明组合治疗相关的副作用的物质来治疗受试者(“辅助治疗”)，包括但不限于，那些例如可以降低抗癌药物毒性作用的物质，例如骨吸收作用抑制剂、心脏保护剂。所述辅助物预防或降低与化疗、放疗或外科手术相关的恶心和呕吐的发生率，或降低与施用脊髓抑制性抗癌药物相关的感染发生率。辅助物是本领域熟知的。根据本发明，免疫治疗剂可以额外与佐剂如BCG和免疫系统刺激物一起施用。另外，组合物可以包含免疫治疗剂或化疗剂，所述化疗剂包括这样的化疗剂，其具有细胞毒性效应的放射性标记的同位素，或其他细胞毒剂，例如细胞毒性肽(例如细胞因子)或细胞毒性药物等等。
从下列更详细的实施例中可以清楚地了解本发明的其他特征和优势，所述实施例将举例说明本发明的原理。特别地，上下文提出的特定值或术语不限于本发明，并且在本领域技术人员认为需要时可以外推。
实施例
实施例1：使用抗EGFR单克隆抗体的患者和治疗
Ospedale Niguarda Ca’Granda登记的患者进行用抗EGFR moAb帕木单抗或西妥昔单抗治疗表达EGFR的mCRC的临床实验，在这些患者中，我们用放射性证明的肿瘤对该疗法的敏感性或耐受性来评估了31名患者(表1)。患者的挑选是基于有充足的用于目前研究的肿瘤组织可用。所有患者都有表达EGFR的mCRC，表现为≥1％的EGFR染色的恶性细胞，这是按每种临床规程(Cunningham等人，2004，N EngI J Med 351：337-345)，在中心实验室用DAKO EGFRPharmDX试剂盒通过IHC评估得到的。西妥昔单抗(嵌合的IgG1 moAb；Erbitux，Merck，Milan，Italy)和帕木单抗(完整的人IgG2 moAb；Amgen，Thousand Oaks，CA，美国)都靶向EGFR的配体结合结构域。除了对完整的人帕木单抗所观察到的较低的融合反应发生率外，预期两者的临床活性是相当的，因此本研究一起分析用两种moAb治疗的患者。抗EGFR moAb的治疗由西妥昔单抗的单一治疗(n＝12)、西妥昔单抗+基于依立替康(irinotecan)(Camptò；Aventis，Milan，Italy)的化疗(n＝9)，或帕木单抗单一治疗(n＝10)组成。特别是，单一药物的西妥昔单抗(400 mg/m2静脉注射剂量及其后每周250 mg/m2直到有进展)在EMR 202-600II期试验中作为一线疗法，或在BOND II期试验的单一治疗组中作为三线疗法，用于依立替康耐药性患者。将西妥昔单抗(与单一治疗的剂量和程序相同)+依立替康(与mCRC单独表现出耐受性的剂量和程序相同)在BOND试验联合组中和在MABEL II期试验中作为对依立替康耐受性患者的三线疗法给药直到有进展。在后一个方案中，对依立替康的耐药性被定义为，在依立替康用药中或用药后3个月内出现有记录的病情进展。将单剂帕木单抗(每2周静脉给药6mg/kg直到进展)在III期ABX-EGF 20020408试验和交叉ABX-EGF 20020194试验中作为三线或四线疗法，用于对含有奥沙利铂(oxaliplatin)和依立替康用药耐受的患者。Institutional Ethics Committee批准了该治疗方案，并且患者书面同意了EGFR分析和接受研究性治疗的内容。肿瘤的响应通过研究机构和独立的放射学家根据临床规程用连贯的成像技术(CT或MRI)根据RECIST(实体瘤中的响应评估标准)进行评估。
实施例2：突变分析
从石蜡包埋的样品中抽提DNA。每个患者制备10个切片。将额外的代表性切片脱蜡、用苏木精-伊红染色并进行详细的形态学分析。标记出显示有肿瘤组织的区域，并且用0.2M NaOH/1mM EDTA抽提组织，然后将其用100mM Tris-TE中和。抽提后，将DNA用Qiagen PCR纯化试剂盒(目录号28104)根据制造商的说明纯化。外显子特异性引物和测序引物用Primer3软件(http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi)设计并通过InvitrogenTM分析。引物序列是：每个外显子的正向、反向和测序引物如下：
EGFR-Ex18
GCTGAGGTGACCCTTGTCTC；ACAGCTTGCAAGGACTCTGG；TGGAGCCTCTTACACCCAGT；
EGFR-Ex19
CCCAGTGTCCCTCACCTTC；CCACACAGCAAAGCAGAAAC；GCTGGTAACATCCACCCAGA；
EGFR-Ex21
TGATCTGTCCCTCACAGCAG；TCAGGAAAATGCTGGCTGAC；TTCAGGGCATGAACTACTTGG；
PI3K CA-Ex9
GGGAAAAATATGACAAAGAAAGC；CTGAGATCAGCCAAATTCAGTT；
TAGCTAGAGACAATGAATTAAGGGAAA；
PI3K CA-Ex20
CTCAATGATGCTTGGCTCTG；TGGAATCCAGAGTGAGCTTTC； TTGATGACATTGCATACATTCG
Ras ex2
GGTGGAGTATTTGATAGTGTATTAACC；AGAATGGTCCTGCACCAGTAA；
TCATTATTTT TATTATAAG GCCTGCTG.
用PCR从肿瘤基因组DNA中扩增外显子-特异性区域和鉴定突变的条件在之前已经描述过(Bardelli等人，2003，Science 300：949)。PCR是按原有描述的用递降PCR程序在20L体积中进行的(Pao等人，2004，Proc NatlAcad Sci美国  101：13306-13311)。纯化的PCR产物用BigDyeTerminator v3.1 Cycle Sequencing试剂盒(Applied Biosystems)测序，并用3730 ABI毛细管电泳系统分析。突变的分析如前述的进行。由于来自患者13的肿瘤组织数量有限，技术上无法对所有外显子进行突变分析。
实施例3：用荧光原位杂交(FISH)分析EGFR基因
组织切片根据Her2 FISH检测试剂盒(Dakocytomation，Glostrup，DK)所用的步骤处理。将样品放在预处理溶液中96℃30分钟，然后用胰酶溶液在室温消化30分钟。使用LSI EGFR Spectrum Orange/CEP7 SpectrumGreen Probe(Vysis，Downers Grove，IL)进行双色双目标FISH测定。简要地，组织切片用10μL探针溶液覆盖，与共变性EGFR和CEP7探针在75℃孵育5分钟，，并在37℃杂交过夜。共变性和杂交都是在微处理器控制的系统(Hybridizer，Dakocytomation，Glostrup，DK)中相继进行的。杂交后严格性洗涤是在65℃水浴中进行10分钟。洗涤两次和室温干燥15分钟后，用4’6-二脒基-2-苯吲哚(DAPI II，Vysis)覆盖组织切片，进行染色质复染并用显微镜检查。用配置了Chromowin工作站(Amplimedical，Milan，Italy)的荧光显微镜(Zeiss Axioskop，Gottingen，Germany)进行分析。EGFR基因用四甲基-罗丹明异硫氰酸盐(TRITC)滤器可视观察是红色信号，染色体7α-着丝粒(CEP7)序列用异硫氰酸荧光素(FITC)滤器可视观察是绿色信号，并且细胞核用DAPI滤器可视观察是蓝色信号。每个样品的代表性图像是用Hamamatsu C5895冷却的CCD相机(Upstate Technical Equipment Co.，New York，美国)以单色层获得的，随后用Casti Imaging FISH Multicolor软件(Amplimedical)融合。两个独立的观察者(SMV和RB)使用预定义的评分指标给至少200个不重叠的分裂间期细胞核打分。观察者不了解患者的临床特征和彼此对样品的评估和打分。在每个细胞核内，EGFR的拷贝数和染色体7的探针数是独立评估的。EGFR基因的状态用EGFR/细胞核和EGFR/CEP7比例打分。正常对照由培养的视网膜色素上皮(RPE)细胞系和在单个恶性肿瘤附近的正常结肠直肠黏膜组成。扩增的EGFR基因对照由A431人鳞状细胞癌细胞系组成。将增加的EGFR基因拷贝数任意定义为EGFR基因拷贝数/细胞核≥3。患者4和15的样品仅作为10μ切片，尽管尝试了多种努力，由于组织过厚，无法产生确定性的FISH分析。
实施例4：用定量聚合酶链式反应(qPCR)分析EGFR基因
使用ABI PRISM7900HT装置(Applied Biosytems)用实时PCR确定对应EGFR基因座的拷贝数。DNA含量根据Line-1标准化，如前所述，所述Line-1为在所有人细胞(正常的或恶性的)的每个二倍体基因组的拷贝数都相似的重复元件(Wang等人，2002，Proc Natl Acad Sci美国99：16156-16161)。拷贝数的改变用公式2(Dt-Dline)-(Nt-Nline)计算，其中Dt是用实验引物在肿瘤细胞抽提的DNA中观察到的平均阈值循环数，实验引物Dline是用Line-1引物在肿瘤细胞抽提的DNA中观察到的平均阈值循环数，Nt是在RPE细胞抽提的正常参照DNA中观察到的阈值循环数，Nline是用Line-1引物在RPE细胞抽提的正常参照DNA中观察到的阈值循环数。扩增条件如下：95℃10分钟的1个循环，随后是95℃15秒、60℃1分钟的45个循环。阈值循环数是用ABIPRISM7900HT序列检测系统软件获得的。每套引物的PCR都一式三份进行，并计算阈值循环数平均值。EGFR基因的引物(设计为跨越100-200bp的非重复区域)是：正向：GAATTCGGATGCAGAGCTTC和反向：GACATGCTGCGGTGTTTTC。Line-1重复元件的引物是：正向AAAGCCGCTCAACTACATGG和反向：TGCTTTGAATGCGTCCCAGAG。
实施例5：细胞增殖抑制测定和Western印迹
结肠直肠癌细胞系(HT-29、HCT-116、DLD-1、SW48、SW480和LoVo细胞)来自ATCC保藏中心；DiFi细胞是Jose Baselga(Vall d′HebronUniversity，Barcelona，E)的馈赠。除了DiFi细胞生长在补充了10％胎牛血清(FCS)和抗生素的F-12培养基中以外，其他细胞都生长在补充了10％FCS和抗生素的DMEM中。对于细胞增殖抑制测定，细胞生长在96孔黑色平板(Culture PlateTM 96F Packard Bioscience)中的补充了2％FBS的DMEM中，并与0.01-100nM西妥昔单抗(从Komtur Pharmaceuticals，Freiburg，D购买)一起培养5天。使用化学发光的ELISA方法(Roche目录号1 669 915)通过BrdU掺入测量细胞增殖。每孔细胞的种植密度如下：DiFi，4000；LoVo，4000；DLD，500；HCT116，1000；HT29，1000；SW480，1000；SW387，4000；SW48，500；SW620，500。BrdU测定根据制造商的说明进行，在加入标记溶液后20小时终止。每个细胞系都设立一式三份的三套独立实验。每个西妥昔单抗浓度(实验组)下的细胞增殖百分比用下列公式计算：(实验组-空白)/(对照组-空白)×100，其中对照组指仅在培养基(不含药物)中生长的细胞，空白指在含有0.02％Triton X的DMEM中生长的细胞。如前所述进行Western印迹(Lynch和Yang，2002，Semin Oncol 29：47-50)。
表1：mCRC患者的肿瘤相关的临床特征和EGFR基因分子改变
患者编号和UPN 用抗EGFR抗体的治疗     肿瘤响应     EGFR的分子分析
  最佳响应   响应持续期(周)   拷贝数b   测序＊
 1-MR120653 西妥昔单抗和CTa PR  48 增加的 WT
 2-LM090846 西妥昔单抗和CT PR  36 增加的 WT
 3-RP180336 西妥昔单抗和CT PR  36+ 增加的 WT
 4-LS250848 西妥昔单抗 PR  30 未评估c WT
 5-AC201146 帕木单抗 PR  33 增加的 WT
 6-GL240243 帕木单抗 PR  24 增加的 WT
 7-FC151048 帕木单抗 PR  16 增加的 WT
 8-PA260526 西妥昔单抗 PR  16+ 正常 WT
 9-AM180627 帕木单抗 PR  12+ 增加的 WT
 10-GM281120 西妥昔单抗 PR  8+ 增加的 WT
 11-SM070445 西妥昔单抗 SD  30 正常 WT
 12-LC280946 西妥昔单抗和CT SD  24 正常 WT
 13-AG080530 西妥昔单抗和CT SD  24 正常 外显子21G857R
 14-MM180625 西妥昔单抗 SD  36+ 正常 WT
 15-GM160553 帕木单抗 SD  32 来评估c WT
 16-CC090234 帕木单抗 SD  16+ 正常 WT
 17-GT030547 西妥昔单抗 PD  N.A. 增加的 WT
 18-SM140851 西妥昔单抗和CT PD  N.A. 正常 WT
 19-AC230643 西妥昔单抗 PD  N.A. 正常 WT
 20-DS010731 西妥昔单抗和CT PD  N.A. 正常 WT
 21-RV110964 西妥昔单抗和CT PD  N.A. 正常 WT
 22-CC041133 西妥昔单抗 PD  N.A. 正常 WT
 23-GT050933 西妥昔单抗 PD  N.A. 正常 WT
 24-RT161027 西妥昔单抗 PD  N.A. 正常 WT
 25-CB280630 西妥昔单抗 PD  N.A. 正常 WT
 26-FL020230 西妥昔单抗 PD  N.A. 正常 WT
 27-PC020849 帕木单抗 PD  N.A. 正常 WT
 28-CF141238 帕木单抗 PD  N.A. 正常 WT
 29-WB030428 西妥昔单抗 PD  N.A. 正常 WT
 30-GA240151 帕木单抗 PD  N.A. 正常 WT
 31-IM100640 帕木单抗 PD  N.A. 正常 WT
a化疗(CT)由基于依立替康的治疗(细节见文中)组成；b增加的EGFR基因拷贝数，其由在例3和9中平衡的多体性，以及其他例中的基因扩增(见结果)组成；c由于技术原因多次FISH尝试都不确定(见方法)。FISH，荧光原位杂交；PR，部分响应；SD，病情稳定；PD，病情进展；UPN，唯一的患者编号；WT，野生型；+表示在提交该文(2005年2月)时保持响应。
＊EGFR基因的突变状态，外显子18，19和21。
表1b：本研究评估的mCRC患者额外的临床特征
  患者编号和UPN 性别 年龄 PSa No     转移性疾病的用药b
 1-MR120653  F  52  0  3     5-FU/FA，FOLFOX，依立替康
 2-LM090846  M  59  0  3     5-FU/FA，FOLFOX，FOLFIRI
 3-RP180336  M  69  0  2     FOLFOX，FOLFIRI
 4-LS250848  M  57  1  3     5-FU/FA，FOLFOX，FOLFIRI
 5-AC201146  M  59  0  3     FOLFOX，卡培他滨，FOLFIRI
 6-GL240243  F  62  1  2     FOLFOX， FOLFIRI
 7-FC151048  M  57  1  2     FOLFIRI，FOLFOX
 8-PA260526  M  79  1  0     不适用
 9-AM180627  F  78  1  3     FOLFOX，卡培他滨，FOLFIRI
 10-GM281120  M  85  1  0     不适用
 11-SM070445  M  60  0  1     依立替康
 12-LC280946  M  59  0  2     FOLFOX，FOLFIRI
 13-AG080530  M  75  0  2     FOLFOX，FOLFIRI
 14-MM180625  F  80  1  0     不适用
 15-GM160553  F  52  0  4     FOLFOX，依立替康，卡培他滨，FOLFIRI
 16-CC090234  M  71  1  2     FOLFOX，FOLFIRI
 17-GT030547  M  58  0  0     不适用
 18-SM140851  M  54  1  2     FOLFOX，依立替康+每周高剂量的5-FU/AF
 19-AC230643  M  62  1  0     不适用
 20-DS010731  M  74  0  3     依立替康，卡培他滨，FOLFOX，FOLFIRI
 21-RV110964  M  41  0  3     FOLFOX，FOLFIRI，依立替康
 22-CC041133  F  72  1  0     不适用
 23-GT050933  M  72  1  0     不适用
 24-RT161027  M  7B  1  0     不适用
 25-CB280630  F  75  1  0     不适用
 26-FL020230  M  75  1  0     不适用
 27-PC020849  M  56  1  1     奥沙利铂-依立替康-5-FU/FA
 28-CF141238  F  67  0  2     FOLFOX，FOLFIRI
 29-WB030428  M  77  1  0     不适用
 30-GA240151  M  54  0  2     FOLFOX，FOLFIRI
 31-IM100640  F  65  1  3     5-FU/FA，FOLFOX，FOLFIRI
No：转移性疾病的之前化疗用药数
a开始抗EGFR单克隆抗体治疗时的体力状态(ECOG)。
b化疗用药，其由5-FU/FA：5-氟尿嘧啶+甲酰四氢叶酸(多种方案)；FOLFOX：奥沙利铂+5-氟尿嘧啶+甲酰四氢叶酸；FOLFIRI：依立替康+5-氟尿嘧啶+甲酰四氢叶酸。
表2：在mCRC肿瘤患者中发现的分子改变
患者UPN   基因拷贝数 突变分析
肿瘤响应 EGFRgene/CEP7  EGFRgene/nucleus  EGFR外显子-18  EGFR外显子-19  EGFR外显子-21  Ras外显子-2  Pl3K外显子-9  Pl3K外显子-20  BRAF外显子-15
1     -MR120653  PR  3.37  7.90  WT  WT  WT  WT  E545K WT WT
2    -LM090846  PR  2.28  5.70oo  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
3    -RP180336  PR  1.42  7.10  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
4    -LS250848  PR  n.e.a  n.e.a  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
5      -AC201146 PR 2.50 4.80 WT WT WT WT WT WT WT
6    -GL240243  PR  2.13  6.80  WT  WT  WT  G13D  WT  WT  WT
7    -FC151048  PR  3.27  8.20  WT  WT  WT  G12D  WT  WT  WT
8    -PA260526  PR  1.03 1.65  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
9    -AM180627  PR  1.19  3.38  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
10    -GM281120  PR  8.75聚簇的 35聚簇的 WT WT WT WT WT WT WT
11    -SM70445 SD 0.98 1.8 WT WT WT WT WT WT WT
12    -LC280946  SD  1.05  1.9  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
13    -AG080530  SD  0.95  1.75  WT  WT  G857R  WT  WT  WT   n.e.a
14    -MM180625  SD  1.06  1.80  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
15    -GM160553  SD  n.e.a  n.e.a  WT  WT  WT  G13D  WT  WT  WT
16    -CC090234  SD  1.04  1.88  WT  WT  WT  G12V  WT  WT  WT
17    -GT030547  PD  4.68聚簇的  20.2聚簇的  WT  WT  WT  WT  WT  H1047R  WT
18    -SM140851  PD  1.04  2.00  WT  WT  WT  G13D  WT WT  WT
19    -AC230643  PD  0.70  1.72  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
20    -DS010731  PD  0.99  1.95  WT  WT  WT  G12V  WT  WT  WT
21    -RV110964 PD 0.95 2.00 WT WT WT WT WT WT WT
22    -CC041133 PD 1.00 1.90 WT WT WT G12S WT WT WT
23    -GT050933  PD  1.20  2.10  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
24    -RT161027  PD  1.16  1.98  WT  WT  WT  G12D  WT  WT  WT
25    -CB280630  PD  0.90  1.75  WT  WT  WT  WT  WT  WT  WT
26    -FL020230 PD 0.96 1.85 WT WT WT G12D WT WT WT
27    -PC020849 PD 0.91 1.70 WT WT WT WT WT WT WT
 28    -CF141238  PD  1.02  2.00  WT  WT  WT G13D  WT  WT  WT
 29    -WB030428  PD  1.00  2.05  WT  WT  WT WT  WT  WT  WT
 30    -GA240151  PD  1.03  2.00  WT  WT  WT WT  WT  WT  WT
 31    -IM100640  PD  1.18  2.10  WT  WT  WT WT  WT  H1047R  E599V
a由于技术原因(见方法)FISH和突变分析测量不确定；WT，野生型；PR，部分响应；SD，病情稳定；PD，发展的病情；UPN，唯一患者编号；n.e.，未评估。oo增加的EGFR基因拷贝数证实既出现在moAb治疗前的原发结肠直肠肿瘤中，又出现在moAb治疗后病情进展时的肝转移中。

Claims (23)

1.一种体外检测和分析患者是否患有癌症的方法，该癌症过量表达EGF受体(EGFR)，可以积极响应抗EGFR抗体或其免疫学有效片段的给药，该方法包括在体外确定从所述患者中获得的肿瘤细胞试样的EGFR基因拷贝数，并且如果所述患者的肿瘤细胞表现出扩增的EGFR基因拷贝数，选择该患者施用所述抗EGFR抗体。
2.权利要求1的方法，其中EGFR基因的拷贝数作为每个细胞核的EGFR基因数目的比率测量。
3.权利要求2的方法，其中所述比率的值在4.0到8.2之间。
4.权利要求2或权利要求3的方法，其中所述比率的值在5.7到7.1之间。
5.权利要求1的方法，其中EGFR基因的拷贝数作为每CEP7的EGFR基因数的比率测量。
6.权利要求5的方法，其中所述比率＞2。
7.根据权利要求1-6中任一项的方法，其中EGFR基因拷贝数用FISH分析(荧光原位杂交)测量。
8.根据权利要求1-7中任一项的方法，其中所述扩增的EGFR基因拷贝数对所述肿瘤是特异的。
9.根据权利要求1-7中任一项的方法，其中扩增的EGFR基因拷贝数对患者的个体癌症组织谱是特异的。
10.权利要求9的方法，其中所述个体癌症组织谱还具有分子改变。
11.权利要求10的方法，其中所述分子改变是EGFR基因内的点突变。
12.根据权利要求1-11中任一项的方法，其中所述抗EGFR抗体选自西妥昔单抗(mAb c225)、马妥珠单抗(mAb h425)和帕木单抗(mAb ABX)或其特定的鼠的、嵌合的或人源化形式。
13.根据权利要求1-12中任一项的方法，其中癌症是结肠直肠癌(CRC)、肺癌、头颈癌以及乳腺癌。
14.抗EGFR抗体或其免疫学有效的片段在制备治疗患者癌症的药物中的用途，其中所述癌症过量表达EGFR并且表现出扩增的EGFR基因拷贝数。
15.权利要求14的用途，其中所述EGFR基因拷贝数作为每个细胞核的EGFR基因数的比率测量，并且该比率的值在4.0和8.2之间。
16.权利要求15的用途，其中所述比率的值在5.7和7.1之间。
17.根据权利要求14-16中任一项的用途，其中所述癌症治疗比癌细胞不表现出扩增的EGFR拷贝数的癌症患者用相同剂量的相同抗体的治疗更有效。
18.根据权利要求14-17中任一项的用途，其中所述扩增的EGFR基因拷贝数对所述肿瘤是特异的。
19.根据权利要求14-18中任一项的用途，其中扩增的EGFR基因拷贝数对患者的个体癌症组织谱是特异的。
20.权利要求19的用途，其中所述个体癌症组织谱具有遗传突变。
21.权利要求14-20中任一项的用途，其中所述表达EGFR的肿瘤是结肠直肠癌(CRC)、肺癌、乳腺癌或头颈癌。
22.根据权利要求14-21中任一项的用途，其中所述抗EGFR抗体选自西妥昔单抗(mAb c225)、马妥珠单抗(mAb h425)和帕木单抗(mAb ABX)或其特定的鼠的、嵌合的或人源化形式。
23.体外检测和测量过量表达EGFR的肿瘤组织的EGFR基因拷贝数的方法，其通过在测定中利用荧光原位杂交(FISH)确定癌症患者对抗EGFR抗体给药的响应。
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Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012100384A1 (zh) * 2011-01-27 2012-08-02 中国人民解放军军事医学科学院生物工程研究所 人源化抗egfr抗体l4-h3及其编码基因
CN107003300A (zh) * 2014-12-12 2017-08-01 凯尔科迪公司 测量erbb信号传导通路活性以诊断和治疗癌症患者的方法
CN107090490A (zh) * 2009-10-26 2017-08-25 雅培分子公司 用于测定非小细胞肺癌预后的诊断方法
CN110689962A (zh) * 2018-07-04 2020-01-14 达索系统公司 模拟肿瘤的演变
CN110770838A (zh) * 2017-12-01 2020-02-07 Illumina公司 用于确定体细胞突变克隆性的方法和系统
CN112430646A (zh) * 2020-12-11 2021-03-02 南京求臻基因科技有限公司 一种基于数字pcr平台的egfr基因扩增的检测方法
CN112646893A (zh) * 2021-01-08 2021-04-13 北京泛生子基因科技有限公司 一种egfr基因拷贝数检测试剂盒及检测方法

Families Citing this family (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
BRPI0609615A2 (pt) * 2005-04-01 2010-04-27 Amgen Inc métodos de predição da eficácia de tratamento de agente de ligação especìfica a egfr em tratamento de cáncer relacionado com egfr num sujeito, de tratamento do mesmo e de determinação da eficácia de tratamento em paciente
WO2007109571A2 (en) * 2006-03-17 2007-09-27 Prometheus Laboratories, Inc. Methods of predicting and monitoring tyrosine kinase inhibitor therapy
WO2008104183A2 (en) 2007-03-01 2008-09-04 Symphogen A/S Recombinant anti-epidermal growth factor receptor antibody compositions
WO2008112269A2 (en) 2007-03-13 2008-09-18 Amgen Inc. K-ras mutations and anti-egfr antibody therapy
WO2008112274A2 (en) * 2007-03-13 2008-09-18 Amgen Inc. K-ras and b-raf mutations and anti-egfr antibody therapy
AU2009287163B2 (en) 2008-08-29 2014-11-13 Les Laboratoires Servier Recombinant anti-Epidermal Growth Factor Receptor antibody compositions
EP3216874A1 (en) 2008-09-05 2017-09-13 TOMA Biosciences, Inc. Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options
WO2011107664A1 (en) * 2010-03-04 2011-09-09 Hospital District Of Southwest Finland Method for selecting patients for treatment with an egfr inhibitor
US8609354B2 (en) * 2010-03-04 2013-12-17 Olli CARPEN Method for selecting patients for treatment with an EGFR inhibitor
US20120045433A1 (en) * 2010-08-17 2012-02-23 Kapil Dhingra Combination therapy
US8709419B2 (en) 2010-08-17 2014-04-29 Hoffmann-La Roche, Inc. Combination therapy
EP3572528A1 (en) 2010-09-24 2019-11-27 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers
DE102010060964A1 (de) * 2010-12-02 2012-06-06 Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf Verfahren zur Prädikation der therapeutischen Wirksamkeit von EGFR-Inhibitoren
US9295669B2 (en) 2010-12-14 2016-03-29 Hoffman La-Roche Inc. Combination therapy for proliferative disorders
US8628773B2 (en) 2011-04-07 2014-01-14 Amgen Inc. Antigen binding proteins
WO2013090386A2 (en) * 2011-12-12 2013-06-20 Cellay, Inc. Methods and kits for room temperature in situ detection of a target nucleic acid in a biological sample
ES2916873T3 (es) 2014-01-10 2022-07-06 Birdie Biopharmaceuticals Inc Compuestos y composiciones para inmunoterapia
JP6760919B2 (ja) 2014-07-09 2020-09-23 バーディー バイオファーマシューティカルズ インコーポレイテッド 腫瘍を治療するための抗ｐｄ−ｌ１組み合わせ
CN115252792A (zh) * 2016-01-07 2022-11-01 博笛生物科技有限公司 用于治疗肿瘤的抗-egfr组合
CN115554406A (zh) 2016-01-07 2023-01-03 博笛生物科技有限公司 用于治疗肿瘤的抗-cd20组合
CN108794467A (zh) 2017-04-27 2018-11-13 博笛生物科技有限公司 2-氨基-喹啉衍生物
WO2018232725A1 (en) 2017-06-23 2018-12-27 Birdie Biopharmaceuticals, Inc. PHARMACEUTICAL COMPOSITIONS

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DK1282443T3 (da) * 2000-05-19 2010-01-04 Genentech Inc Gendetektionsassay til at forbedre sandsynligheden for et effektivt respons på en ErbB-antagonist cancerterapi
AU2004248140A1 (en) * 2003-05-30 2004-12-23 Cedars-Sinai Medical Center Gene expression markers for response to EGFR inhibitor drugs
BRPI0609615A2 (pt) * 2005-04-01 2010-04-27 Amgen Inc métodos de predição da eficácia de tratamento de agente de ligação especìfica a egfr em tratamento de cáncer relacionado com egfr num sujeito, de tratamento do mesmo e de determinação da eficácia de tratamento em paciente

Cited By (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107090490A (zh) * 2009-10-26 2017-08-25 雅培分子公司 用于测定非小细胞肺癌预后的诊断方法
WO2012100384A1 (zh) * 2011-01-27 2012-08-02 中国人民解放军军事医学科学院生物工程研究所 人源化抗egfr抗体l4-h3及其编码基因
CN107003300A (zh) * 2014-12-12 2017-08-01 凯尔科迪公司 测量erbb信号传导通路活性以诊断和治疗癌症患者的方法
CN110770838A (zh) * 2017-12-01 2020-02-07 Illumina公司 用于确定体细胞突变克隆性的方法和系统
CN110770838B (zh) * 2017-12-01 2023-12-19 Illumina公司 用于确定体细胞突变克隆性的方法和系统
CN110689962A (zh) * 2018-07-04 2020-01-14 达索系统公司 模拟肿瘤的演变
CN112430646A (zh) * 2020-12-11 2021-03-02 南京求臻基因科技有限公司 一种基于数字pcr平台的egfr基因扩增的检测方法
CN112646893A (zh) * 2021-01-08 2021-04-13 北京泛生子基因科技有限公司 一种egfr基因拷贝数检测试剂盒及检测方法

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