BR112020002591A2 - método para o tratamento de câncer - Google Patents

Abstract

A presente invenção refere-se ao campo da oncologia. Especificamente, são fornecidos métodos de tratamento de câncer em um sujeito com sinais clínicos do alojamento (homing) de células mielóides na medula óssea, incluindo neutropenia, neutropenia isolada, uma baixa porcentagem de blastos (células imaturas) no sangue periférico com ou sem uma alta porcentagem de blastos na medula óssea e/ou um baixa proporção de blastos de sangue periférico para blastos de medula óssea, com um inibidor de farnesiltransferase (FTI) que inclui determinar se é provável que o indivíduo seja responsivo ao tratamento com FTI com base em características hematológicas que indicam o alojamento de células mielóides na medula óssea (homing).

Description

MÉTODO PARA O TRATAMENTO DE CÂNCER REFERÊNCIA CRUZADA

[0001] Este pedido reivindica os benefícios da prioridade do Pedido de Patente Provisório US No. 62/542.202, depositado em 7 de agosto de 2017; Pedido de Patente Provisório US No. 62/596.339, depositado em 8 de dezembro de 2017; Pedido de Patente Provisório US No. 62/630.686, depositado em 14 de fevereiro de 2018; e Pedido de Patente Provisório US No. 62/646.292, depositado em 21 de março de 2018, cujo conteúdo de cada um deles é incorporado neste documento por referência em sua totalidade.

CAMPO DA INVENÇÃO

[0002] A presente invenção refere-se ao campo da terapia do câncer. Em particular, métodos de tratamento de câncer, com inibidores de farnesiltransferase.

ANTECEDENTES DA INVENÇÃO

[0003] A estratificação das populações de pacientes para melhorar a taxa de resposta terapêutica é cada vez mais valiosa no tratamento clínico de pacientes com câncer. Os inibidores da farnesiltransferase (FTI) são agentes terapêuticos que têm utilidade no tratamento de cânceres, como linfoma de células T periférico ("PTCL"), síndrome mielodisplásica ("MDS") ou leucemia mieloide aguda ("AML"). No entanto, os pacientes respondem de maneira diferente ao tratamento com FTI. Portanto, métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com câncer a um tratamento com FTI ou métodos para selecionar pacientes com câncer, para um tratamento com FTI, representam necessidades não atendidas. Os métodos e composições aqui fornecidos atendem a essas necessidades e fornecem outras vantagens relacionadas.

SUMÁRIO

[0004] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos para tratar uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são fornecidos aqui métodos para prever a capacidade de resposta de um paciente com câncer para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com câncer para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com câncer para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com câncer população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com câncer para determinar que o sujeito tem uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é uma doença da medula óssea. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é câncer. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é um câncer de medula óssea. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é um câncer que expressa CXCL12. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é neutropenia. Ou a doença ou distúrbio é uma doença ou distúrbio genético que envolve hiperatividade da medula óssea CXCR4, como síndrome de WHIM ou macroglobulinemia de Waldeström.

[0005] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos de tratamento de câncer associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com um câncer associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são fornecidos aqui métodos para prever a capacidade de resposta de um paciente com câncer para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com câncer para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com câncer para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com câncer população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com câncer para determinar que o sujeito tem câncer associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib. Em algumas formas de realização, o câncer é um linfoma. Em algumas formas de realização, o câncer é uma leucemia. Em algumas formas de realização, o câncer é uma metástase da medula óssea de um câncer não-hematológico.

[0006] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos de tratamento de câncer que expressa CXCL12 associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com um câncer que expressa CXCL12 associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são fornecidos aqui métodos para prever a capacidade de resposta de um paciente com câncer para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com câncer para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com câncer para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com câncer população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com câncer para determinar que o sujeito tem câncer que expressa CXCL12 associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0007] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos de tratamento de linfoma associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com um linfoma associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são aqui fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com linfoma para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com linfoma para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com linfoma para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com linfoma população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com linfoma para determinar que o sujeito tem linfoma associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib. Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma de células T angioimunoblástico (AITL). Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

[0008] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos de tratamento de leucemia associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com uma leucemia associada alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são aqui fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um paciente com leucemia para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com leucemia para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com leucemia para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com leucemia população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com leucemia para determinar que o sujeito tem leucemia associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML (por exemplo, AML recém- diagnosticada, AML recidivada ou refratária). Em formas de realização específicas, a leucemia é leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0009] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos para tratar a síndrome mielodisplásica (MDS) associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com MDS associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são aqui fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com MDS para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com MDS para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com MDS para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com MDS população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com MDS associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) para determinar que o sujeito tem MDS associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0010] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos para tratar a neutropenia associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com neutropenia associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um paciente com neutropenia para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com neutropenia para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com neutropenia para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com neutropenia população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com neutropenia associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) para determinar que o sujeito tem neutropenia associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0011] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos para tratar a mielofibrose associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com mielofibrose associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com mielofibrose para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente de mielofibrose para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes de mielofibrose para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente de mielofibrose população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com mielofibrose associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) para determinar que o sujeito tem mielofibrose associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0012] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos para tratar a macroglobulinemia de

Waldeström associada associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com a macroglobulinemia de Waldeström associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com macroglobulinemia de Waldeström para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente de macroglobulinemia de Waldeström para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com macroglobulinemia de Waldeström para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de uma população de pacientes com macroglobulinemia de Waldeström para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com macroglobulinemia de Waldeström associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) para determinar que o sujeito tem macroglobulinemia de Waldeström associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0013] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos para tratar a síndrome WHIM associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com síndrome WHIM associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um sujeito com síndrome de WHIM para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com síndrome de WHIM para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com síndrome de WHIM para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de uma população de pacientes com síndrome de WHIM para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com síndrome WHIM associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) para determinar que o sujeito tem síndrome WHIM associada ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0014] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, são métodos de tratamento de uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito com a doença ou distúrbio, incluindo a administração seletiva de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com base do indivíduo com uma manifestação ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), incluindo (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (CNA) inferior a um valor de referência do CNA; (b) uma razão de células imaturas/precursoras (blastos) sanguínea/medula óssea (BMR) menor que um valor de referência da BMR e/ou (c) uma contagem periférica de células imaturas (blastos) menor que um valor de referência periférico e, opcionalmente, uma contagem de células imaturas da medula óssea maior que um valor de referência da contagem de células imaturas de medula óssea.

[0015] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, a quantidade terapeuticamente eficaz do FTI é administrada ao sujeito ainda com base no fato de o sujeito ter (d) uma expressão de CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência ou uma proporção maior de CXCL12 para Expressão de CXCR4 ou HRAS e/ou uma razão de expressão mais alta de um ou mais receptores de retorno (por exemplo, CXCR4 e CXCR3) para um ou mais receptores mobilizadores (por exemplo, CXCR2 e CXCR1) do que uma razão de referência.

[0016] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o valor de referência ANC é 1.500/µl, 1.400/µl,

1.300/µl, 1.200/µl, 1.100/ µl ,1.000/µl, 900/l, 800/µl, 700/µl, 600/µl, 500/µl, 400/µl, 300/µl ou 200/µl. Em algumas formas de realização, o valor de referência do ANC é ANC 1.000/µl.

[0017] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, a contagem de glóbulos brancos (leucócitos) no sujeito é maior que o limite inferior do intervalo normal de um grupo de controle saudável. Em algumas formas de realização, a contagem de leucócitos é > 2.000/µl.

[0018] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, é o valor de referência da BMR é 0,5, 0,4, 0,3, 0,2, 0,1, 0,09, 0,08, 0,07, 0,06, 0,05, 0,04, 0,03, 0,02 ou 0,01. Em algumas formas de realização, o valor de referência da BMR é 0,03.

[0019] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, é o valor de referência da contagem periférica de células imaturas (Blast) é 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1,0%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%. 0,3%, 0,2% ou 0,1%. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem periférica de células imaturas (Blast) é de 1%.

[0020] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, é o valor de referência da contagem de células imaturas (Blast) da medula é de 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75%. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem de células imaturas (Blast) da medula é de 45%.

[0021] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, é o valor de referência da contagem de células imaturas da medula óssea é 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75% e a porcentagem As células imaturas na amostra de sangue são 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%, 0,3%, 0,2 % ou 0,1%. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem de células imaturas (blast) da medula óssea é de 45% e o valor de referência da contagem de células imaturas periféricas é de 10%.

[0022] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o método inclui analisar a ANC, a BMR, a contagem de células imaturas periféricas, a contagem de células imaturas de medula óssea, a expressão de CXCL12, a expressão de CXCR4, a proporção de expressão de CXCL12 para HRAS ou CXCR4 e/ou a razão de expressão de um ou mais receptores de retorno (por exemplo, CXCR4 ou CXCR3) a um ou mais receptores mobilizadores (por exemplo, CXCR2 ou CXCR1) em uma amostra do sujeito antes da administração do FTI ao sujeito.

[0023] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, é uma amostra de sangue, uma biópsia de tumor, um aspirado ou biópsia de medula óssea, uma amostra de plasma, uma amostra de soro, uma amostra de células ou uma amostra de linfonodo. Em algumas formas de realização, a amostra são células isoladas.

[0024] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o método inclui determinar que o ANC na amostra é menor que o valor de referência do ANC. Em algumas formas de realização, o valor de referência ANC é 1.500/µl , 1.400/µl,

1.300/µl, 1.200/µl, 1.100/ µl ,1.000/µl, 900/l, 800/µl, 700/µl, 600/µl, 500/µl, 400/µl, 300/µl ou 200/µl. Em algumas formas de realização, o valor de referência do ANC é ANC 1.000/µl.

[0025] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o método inclui determinar que a contagem de glóbulos brancos (WBC) na amostra é maior que o limite inferior da faixa normal de um grupo de controle saudável. Em algumas formas de realização, a contagem de leucócitos é > 2.000/µl.

[0026] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, a BMR na amostra é menor que o valor de referência da BMR. Em algumas formas de realização, o valor de referência da BMR é 0,5, 0,4, 0,3, 0,2, 0,1, 0,09, 0,08, 0,07, 0,06, 0,05, 0,04, 0,03, 0,02 ou 0,01. Em algumas formas de realização, o valor de referência da BMR é 0,03.

[0027] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o método inclui determinar que a contagem de células imaturas periféricas na amostra é menor que o valor de referência da contagem de células imaturas periféricas. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem periférica de células imaturas é 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1,0%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%. 0,3%, 0,2% ou 0,1%. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem periférica de células imaturas é de 1%.

[0028] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o método inclui determinar que a contagem de células imaturas de medula óssea na amostra é maior que o valor de referência da contagem de células imaturas (Blast) da medula óssea. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem de células imaturas da medula óssea é 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75%. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem de células imaturas da medula é de 45%.

[0029] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o valor de referência da contagem de células imaturas da medula óssea é 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75% e a porcentagem das células imaturas na amostra de sangue são 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%, 0,3%, 0,2 % ou 0,1%. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem de células imaturas (Blast) da medula óssea é de 45% e o valor de referência da contagem de células imaturas periférica é de 10%.

[0030] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o método inclui determinar o nível de expressão da proteína CXCL12, fração de proteína ou RNA na amostra como sendo maior do que um nível de expressão de referência de CXCL12.

[0031] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o método inclui determinar a sequência de DNA do gene CXCL12. Em algumas formas de realização, a sequência do gene CXCL12 é uma variante de nucleotídeo único (SNV) ou uma variante na região 3 não traduzida principal (3'UTR) do gene CXCL12.

[0032] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o método inclui determinar a sequência de DNA de CXCR4. Em algumas formas de realização, a sequência de DNA de CXCR4 compreende uma mutação de ativação do gene CXCR4.

[0034] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o sujeito com câncer tem neutropenia moderada ou grave.

[0035] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o sujeito é dependente de transfusão antes da administração do FTI. Em algumas formas de realização, o método é eficaz para converter um sujeito dependente de transfusão em um sujeito independente de transfusão.

[0036] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, a doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) é um câncer. Em algumas formas de realização, o câncer é um linfoma, leucemia ou metástase da medula óssea de um câncer não-hematológico. Em algumas formas de realização, o câncer é leucemia mielóide aguda (AML). Em algumas formas de realização, a AML é AML recém- diagnosticada. Em algumas formas de realização, o sujeito com AML é um paciente idoso com AML de baixo risco. Em algumas formas de realização, a AML é AML recidivada ou refratária. Em algumas formas de realização, o câncer é uma síndrome mielodisplásica (MDS). Em algumas formas de realização, o câncer é leucemia mielóide crônica (LMC). Em algumas formas de realização, o câncer é leucemia mielomonocítica crônica (CMML). Em algumas formas de realização, o câncer é leucemia de células T.

[0037] Uma forma de realização da presente invenção, aqui fornecida, o FTI é tipifarnib, arglabin, álcool perílico, SCH- 66336, L778123, L739749, FTI-277, L744832, CP-609.754, R208176, AZD3409 e BMS-214662. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

BREVE DESCRIÇÃO DAS FIGURAS

[0038] A FIG. 1A. Exemplo de resultados de um estudo com tipifarnib (INT-28) em síndromes mielodisplásicas intermediárias e de alto risco (MDS)/leucemia mielomonocítica crônica (CMML). RCs: respostas completas; IPSS: sistema internacional de pontuação prognóstica; ORR: taxa de resposta objetiva; Hemácias: glóbulo vermelho; TI: independente de transfusão; N: neutrófilos (células/µl); Bl: sangue.

[0039] A FIG. 1B. Curva de característica de operação do receptor (ROC) que ilustra a sensibilidade e especificidade da neutropenia (contagem absoluta de neutrófilos (ANC) ≤ 1,1 x 109 células/L de sangue) para predição da conversão em independência transfusional após tratamento com tipifarnib em pacientes MDS/CMML dependentes de transfusão.

[0040] A FIG. 1C. Contagens de plaquetas e leucócitos ao longo do tempo em pacientes com MDS/CMMS e com neutropenia (ANC = 400 células/µl de sangue) submetidos à terapia com tipifarnib (300 mg duas vezes por semana, 3 semanas com/1 semana sem).

[0041] A FIG. 2A. Gráfico ilustrando porcentagens de células imaturas na medula e no sangue em indivíduos com AML (estudo CTEP-20) com expressão CXCL12 baixa (1ª tercil, coluna esquerda), intermediária (2ª tercil, coluna intermediária) ou alta (3ª tercil, coluna direita) CXCL12 na superfície óssea ; os desenhos esquemáticos que acompanham ilustram a distribuição das células de leucemia entre a vasculatura (contagem de células imaturas/precursoras do sangue periférico) e a medula óssea (BM; contagem de células imaturas/precursoras de BM) em pacientes com AML com baixo CXCL12 de BM (painel superior esquerdo) ou alto BM CXCL12 (painel inferior esquerdo) .

[0042] A FIG. 2B. Painel superior; Probabilidade de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos com AML no estudo CTEP20 submetidos à terapia com tipifarnib com alta porcentagem de blastos de medula óssea (BMB> 40%) e baixa porcentagem de blastos de sangue periférico (PB <1%) versus indivíduos com AML submetidos à terapia com tipifarnib com baixa porcentagem de blastos na medula óssea (BMB <40%) ou alta porcentagem de blastos de sangue periférico (PB> 1%). Painel inferior: probabilidade de sobrevivência ao longo do tempo (dias) para indivíduos com AML no estudo AML301 com alta porcentagem de blastos de medula óssea (BMB> 40%) e baixa porcentagem de blastos sanguíneos periféricos (PB <10%) submetidos à terapia com tipifarnib versus melhor tratamento de suporte (BSC, inclui quimioterapia).

[0043] A FIG. 2C. Probabilidade de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos com LBC nos estudos CTEP20 (painel superior) e AML301 (painel inferior) submetidos à terapia com tipifarnib com uma proporção da porcentagem sanguínea de blastos para medula percentual de blastos (medula para sangue razão de células imaturas, BMR) ≥ 0,1.

[0044] A FIGs. 3A-H. Probabilidades de sobrevivência de subconjuntos de indivíduos com LBC com níveis de leucócitos, ANC ou plaquetas indicados recebendo tipifarnib ou uma terapia de referência (BSC) ao longo do tempo (dias): A: Todos os indivíduos com leucócitos acima do limite normal inferior a (2,1 x 109 células / L, Leucócitos> 2,1); B: Indivíduos com leucócitos> 2,1 e ANC <1,2 (1,2 x 109 células / L); C: leucócitos> 2,1 e ANC <1,0; D: leucócitos> 2,1 e ANC <0,8, fração ANC de leucócitos mostrada entre parênteses; E: leucócitos <2,1 e ANC <0,6; F: leucócitos <2,1 e ANC <0,4; G: ANC (esquerda) <1 e WBC <2 em comparação com (ANC) <ANC <1 e WBC> 2); H: ANC (esquerda) <1 e plaquetas <50 (50 x 109 / L) em comparação com ANC (direita) <1 e plaquetas > 50.

[0045] A FIG. 4A. Probabilidades de sobrevivência de subconjuntos de indivíduos com AML com porcentagem indicada de células precursoras na medula (MB) ou células precursoras (Blast) do sangue periférico (PB) recebendo tipifarnib ou uma terapia de referência (BSC) ao longo do tempo (dias).

[0046] A FIG. 4B. Níveis relativos de glóbulos brancos (WBC), contagem absoluta de neutrófilos (ANC), células imaturas, precursoras no sangue periférico (PB) ou células imaturas, precursoras na medula óssea (MB) em subconjuntos de indivíduos AML da FIG. 4A recebendo tipifarnib (colunas da direita) ou uma terapia de referência (colunas da esquerda).

[0047] A FIG. 4C. Sobrevida global do 1º, 2º e 3º tercis da BMR (razão de percentagens de blastos periféricos de sangue e medula, PB% / MB%) em indivíduos com AML da FIG. 4A recebendo tipifarnib (colunas da direita) ou uma terapia de referência (colunas da esquerda). O primeiro tercil (mais baixo) inclui indivíduos com BMR <0,027.

[0048] A FIG. 5A. Probabilidades de sobrevivência ao longo do tempo para pacientes com AML com neutropenia caracterizada por uma fração de neutrófilo < 40% (ANC/WBC < 0,4), WBC> 2 x 109/L e Plaquetas > 20 x 109/L recebendo tipifarnib ou terapia de referência.

[0049] A FIG. 5B. Probabilidades de sobrevivência ao longo do tempo para pacientes com AML com neutropenia caracterizada por fração de neutrófilos <30% (ANC / WBC <0,3) e blastos de medula> 60% recebendo tipifarnib ou terapia de referência.

[0050] A FIG. 6A. Níveis relativos de células imaturas (Blast) de sangue periférico em indivíduos com AML recidivada ou refratária recebendo tipifarnib, dependendo dos níveis de expressão relativos do CXCR4 (teste INT-17 do tipifarnib em pacientes recidivados ou refratários). Expressão CXCR4 indicada em contagens.

[0051] A FIG. 6B. Probabilidade de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos com AML recidivada/refratária recebendo tipifarnib, dependendo dos níveis de expressão relativos do CXCR4.

[0052] A FIG. 6C. Probabilidade de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos com AML recidivada/refratária recebendo tipifarnib, dependendo da proporção baixa ou alta relativa de CXCR4 para CXCR2 (CXCR4/CXCR2).

[0053] A FIG. 7A. Probabilidades de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) de idosos previamente tratados ou com AML inadequada com uma alta proporção de

CXCR4/CXCR2 versus o restante dos pacientes incluídos no estudo CTEP-20.

[0054] A FIG. 7B. Probabilidades de sobrevivência ao longo do tempo (dias) de idosos previamente não tratados ou com AML inadequada com uma alta proporção de CXCR4/CXCR2 versus o restante dos pacientes incluídos no estudo CTEP-20.

[0055] A FIG. 8. Probabilidades de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos com AML no estudo CTEP-20 recebendo tipifarnib com expressão baixa (1º tercil), intermediária (2º tercil) ou alta (3º tercil) na medula óssea. Os pacientes com AML com maior expressão de CXCL12 responderam melhor ao tratamento com tipifarnib do que aqueles com menor expressão de CXCL12.

[0056] A FIG. 9. Probabilidades de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos com AML recidivada/refratária no estudo INT-17 recebendo tipifarnib com ratio de relação CXCR4/CXCR2. Os pacientes com AML com maiores ratios de expressão de CXCR4/CXCR2 responderam melhor ao tratamento com tipifarnib do que aqueles com menores ratios de expressão de CXCR4/CXCR2.

[0057] A FIG. 10A. Probabilidades de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos AML no estudo CTEP-20 recebendo tipifarnib com razões de expressão relativas CXCR4/CXCR2. Os pacientes com AML com maiores ratios de expressão de CXCR4/CXCR2 responderam melhor ao tratamento com tipifarnib do que aqueles com menores ratios de expressão de CXCR4/CXCR2.

[0058] A FIG. 10B. Probabilidades de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos com CMML recidivados/refratários no estudo TIP-004 recebendo tipifarnib com razões de expressão relativas CXCR4/CXCR2. Os pacientes com CMML com ratios de expressão de CXCR4/CXCR2 mais altas responderam melhor ao tratamento com tipifarnib do que aqueles com ratios de expressão de CXCR4/CXCR2 mais baixas.

[0059] A FIG. 11A. Probabilidades de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos AML no estudo CTEP-20 recebendo tipifarnib com razões de expressão relativas CXCR4/CXCR2. Os pacientes com AML com maiores ratios de expressão de CXCR4/CXCR2 responderam melhor ao tratamento com tipifarnib do que aqueles com menores ratios de expressão de CXCR4/CXCR2.

[0060] A FIG. 11B. Probabilidades de sobrevida livre de progressão (PFS) ao longo do tempo (dias) para indivíduos com AML recidivada/refratária no estudo AMLCG 1999 recebendo quimioterapia baseada em AraC com razões de expressão relativas de CXCR4/CXCR2. Os pacientes com AML com ratios de expressão CXCR4/CXCR2 mais altas não responderam de maneira diferente ao tratamento com AraC do que aqueles com ratios de expressão CXCR4/CXCR2 mais baixas.

[0061] A FIG. 12. Contagens sanguíneas de monócitos ao longo do tempo em indivíduos CMML no estudo KO-TIP-004 recebendo tipifarnib com razões de expressão relativas CXCR4/CXCR2: os indivíduos mostrados em laranja com alta taxa/ratio de expressão CXCR4/CXCR2 e em azul com baixa proporção de expressão CXCR4/CXCR2. O símbolo "CxDy" representando o dia y no ciclo x,

por exemplo, C2D15 representando o dia 15 no ciclo 2; e cada linha representando um assunto CMML diferente.

[0062] A FIG. 13. Probabilidade de sobrevivência ao longo do tempo (dias) para idosos e indivíduos com AML impróprios no estudo AML301 submetidos à terapia com tipifarnib versus melhor atendimento de suporte (BSC). Não há efeito do tipifarnib em pacientes não selecionados. Dados de Harousseau et al. Blood 2009 114: 1166-1173.

[0063] A FIG. 14. Probabilidade de sobrevivência ao longo do tempo (dias) em um estudo da The Cancer Genome Atlas Research Network (TCGA) mostrando indivíduos com AML com alta porcentagem de blastos de medula óssea (MB > 40%) e baixa porcentagem de blastos de sangue periférico (PB < 10%) versus indivíduos com AML com baixa porcentagem de blastos de medula óssea (MB < 40%) ou alta porcentagem de blastos de sangue periférico (PB > 10%). Não há efeito prognóstico do ‘homing’ na medula óssea (MH) no Standard of Care (SoC). Figura de TCGA N. Engl. J. Med. 2013; 368: 2059.

[0064] A FIG. 15. Probabilidade de sobrevivência ao longo do tempo (dias) em um estudo da The Cancer Genome Atlas Research Network (TCGA) que mostra indivíduos com AML (> 60 anos) com medula ‘homing’ versus medula ‘homing’. A tendência é de pior prognóstico com o retorno da medula para o Standard of Care em pacientes idosos com LBC. Figura de TCGA N. Engl. J. Med. 2013; 368: 2059.

[0065] A FIG. 16. Probabilidade de sobrevivência ao longo do tempo (dias) para indivíduos com AML no estudo AML301 (Melhor Suporte de Cuidados) submetidos à terapia com tipifarnib com medula ‘homing’ versus medula ‘homing’. A tendência é de pior prognóstico com medula ‘homing’ para o Melhor Atendimento de Suporte em pacientes idosos com LBC.

[0066] A FIG. 17. Probabilidade de sobrevivência ao longo do tempo (dias) para indivíduos com LBC no estudo AML301 (tipifarnib “TIPI”) submetidos à terapia com tipifarnib com medula homing versus medula homing. A tendência é de melhor prognóstico com homing da medula para tipifarnib em pacientes idosos com AML.

[0067] A FIG. 18. Probabilidade de sobrevivência ao longo do tempo (dias) para indivíduos com LBC no estudo AML301 (sem subconjunto da medula óssea) submetidos à terapia com tipifarnib versus Melhor Cuidado de Suporte. Não há efeito do tipifarnib em pacientes não selecionados.

[0068] A FIG. 19. A alta expressão de CXCR4/CXCR2 está associada ao retorno dos blastos de AML na medula óssea. CXCR4 e CXCR2 regulam, respectivamente, a homing da medula óssea e a mobilização de células mielóides. Pacientes com AML com uma alta proporção de CXCR4/CXCR2 têm AML localizada preferencialmente na medula óssea. Esses dados indicam que a homing da medula óssea pode ser utilizada como substituto do alto ratio CXCR4/CXCR2 e um potencial biomarcador da atividade do tipifarnib.

[0069] A FIG. 20. A alta ratio de expressão de CXCL12/CXCR4 está associada à responsividade ao tratamento com tipifarnib em pacientes com AML não tratados anteriormente (FIG. 20A), PTCL recidivada/refratária (FIG. 20B) e CMML recidivada/refratária (FIG. 20C).

[0070] A FIG. 21. O tratamento com tipifarnib diminuiu o nível de expressão de CXCL12. FIG. 21A. O nível sérico de CXCL12 em pacientes com PTCL diminuiu em cerca de 30 dias de tratamento com tipifarnib. FIG. 21B. O tratamento com tipifarnib reduziu a expressão de CXCL12 no modelo BM de camundongo CD1.

DESCRIÇÃO DETALHADA

[0071] Conforme usado neste documento, os artigos "a (s)/o (s)", "na (s)/no (s)" referem-se a um ou mais de um dos objetos gramaticais do artigo. A título de exemplo, uma amostra refere- se a uma amostra ou duas ou mais amostras.

[0072] Conforme usado neste documento, o termo "sujeito" refere-se a um mamífero. Um sujeito pode ser um mamífero humano ou não humano, como um cão, gato, bovino, equino, camundongo, rato, coelho ou espécie transgênica. O sujeito pode ser um paciente com neutropenia isolada, tal como um paciente com câncer com neutropenia isolada.

[0073] Conforme usado neste documento, o termo "amostra" refere-se a um material ou mistura de materiais contendo um ou mais componentes de interesse. Uma amostra de um sujeito refere- se a uma amostra obtida do sujeito, incluindo amostras de tecido biológico ou origem de fluido, obtidas, alcançadas ou coletadas in vivo ou in situ. Uma amostra pode ser obtida de uma região de um indivíduo contendo células ou tecidos pré-cancerígenos ou cancerígenos. Tais amostras podem ser, mas não estão limitadas a órgãos, tecidos, frações e células isoladas de um mamífero. Exemplos de amostras incluem linfonodo, sangue total, sangue parcialmente purificado, soro, medula óssea e células mononucleares do sangue periférico ("PBMC"). Uma amostra também pode ser uma biópsia de tecido. Amostras exemplares também incluem lisado celular, uma cultura celular, uma linha celular,

um tecido, tecido oral, tecido gastrointestinal, um órgão, uma organela, um fluido biológico, uma amostra de sangue, uma amostra de urina, uma amostra de pele e similares.

[0074] Como usado neste documento, o termo "análise" de uma amostra refere-se à realização de um ensaio reconhecido na técnica para fazer uma avaliação em relação a uma propriedade ou característica específica da amostra. A propriedade ou característica da amostra pode ser, por exemplo, o tipo de células na amostra ou o nível de expressão de um gene na amostra.

[0075] Conforme usado neste documento, os termos "tratar", "tratando" e "tratamento", quando usados em referência a um paciente com neutropenia isolada, referem-se a uma ação que reduz a gravidade da neutropenia isolada ou retarda a progressão da neutropenia isolada, incluindo (a) aumento da contagem de plaquetas ou leucócitos no paciente e (b) conversão de um paciente dependente de transfusão em um paciente independente de transfusão, por exemplo, um paciente independente de transfusões de glóbulos vermelhos (RBC) ou transfusões de plaquetas. Quando usado em conexão com um paciente com câncer que apresenta neutropenia isolada, os termos "tratar", "tratando" e "tratamento" também podem se referir a uma ação que reduz a gravidade do câncer, retarda ou atrasa a progressão do câncer, incluindo (a) inibir o crescimento do câncer ou interromper o desenvolvimento do câncer e (b) causar regressão do câncer ou atrasar ou minimizar um ou mais sintomas associados à presença do câncer. Por exemplo, "tratar" um câncer, como um câncer que expressa CXCL12, em um paciente com neutropenia isolada pode se referir a uma ação que aumenta a contagem de plaquetas ou leucócitos no paciente e inibe o crescimento do câncer.

[0076] Como aqui utilizado, o termo "administrar", "administrando" ou "administração" refere-se ao ato de entregar ou fazer com que seja entregue um composto ou uma composição farmacêutica ao corpo de um sujeito por um método descrito aqui ou de outro modo conhecido na técnica. Administrar um composto ou uma composição farmacêutica inclui prescrever um composto ou uma composição farmacêutica a ser entregue no corpo de um paciente. Formas de administração exemplares incluem formas de dosagem orais, como comprimidos, cápsulas, xaropes, suspensões; formas de dosagem injetáveis, tais como intravenosa (IV), intramuscular (como primário) ou intraperitoneal (IP); formas de dosagem transdérmicas, incluindo cremes, gel, pós ou adesivos; formas de dosagem bucal; pós de inalação, sprays, suspensões e supositórios retais.

[0077] Como aqui utilizado, o termo "selecionar" e "selecionado" em referência a um paciente é usado para significar que um paciente em particular é especificamente escolhido de um grupo maior de pacientes com base em (devido a) o paciente em particular ter um critério predeterminado ou um conjunto de critérios predeterminados, por exemplo, o paciente com uma manifestação de doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) (por exemplo, um ANC menor que um ANC de referência ou uma BMR menor que uma BMR de referência). Da mesma forma, "tratar seletivamente um paciente" refere-se a fornecer tratamento a um paciente com uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea, escolhido especificamente de um grupo maior de pacientes com base no (devido a) paciente em particular um critério predeterminado ou um conjunto de critérios predeterminados, por exemplo, o paciente com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) (por exemplo, um ANC menor que um ANC de referência ou uma BMR menor que uma BMR de referência). Da mesma forma, "administração seletiva" refere-se à administração de um medicamento a um paciente com uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea que é especificamente escolhido de um grupo maior de pacientes com base no (devido a) paciente em particular critérios predeterminados ou um conjunto de critérios predeterminados, por exemplo, o paciente com uma manifestação de homing na medula óssea de células mielóides (por exemplo, um ANC menor que um ANC de referência ou uma BMR menor que uma BMR de referência). Ao selecionar, tratar e administrar seletivamente, significa que um paciente recebe uma terapia personalizada para uma doença ou distúrbio, por exemplo, câncer, com base na biologia do paciente, como a doença ou distúrbio no paciente selecionado associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) (por exemplo, uma leucemia associada a medula óssea de homing de células mielóides), em vez de receber um regime de tratamento padrão baseado apenas em ter a doença ou distúrbio (por exemplo, uma leucemia).

[0078] Como aqui utilizado, o termo "quantidade terapeuticamente eficaz" de um composto quando usado em conexão com uma doença ou distúrbio refere-se a uma quantidade suficiente para fornecer um benefício terapêutico no tratamento ou gerenciamento da doença ou distúrbio ou para atrasar ou minimizar um ou mais sintomas associados à doença ou distúrbio. Uma quantidade terapeuticamente eficaz de um composto significa uma quantidade do composto que, quando usado sozinho ou em combinação com outras terapias, proporcionaria um benefício terapêutico no tratamento ou gerenciamento da doença ou distúrbio. O termo engloba uma quantidade que melhora a terapia geral, reduz ou evita os sintomas ou melhora a eficácia terapêutica de outro agente terapêutico. O termo também se refere à quantidade de um composto que provoca suficientemente a resposta biológica ou médica de uma molécula biológica (por exemplo, uma proteína, enzima, RNA ou DNA), célula, tecido, sistema, animal ou humano que está sendo usado por um pesquisador, veterinário, médico ou clínico.

[0079] Como aqui utilizado, o termo "expressar" ou "expressão" quando usado em conexão com um gene refere-se ao processo pelo qual as informações transportadas pelo gene se manifestam como o fenótipo, incluindo a transcrição do gene para um RNA mensageiro (mRNA), a tradução subsequente da molécula de mRNA para uma cadeia polipeptídica e sua montagem na proteína final.

[0080] Como aqui utilizado, o termo "nível de expressão" de um gene refere-se à quantidade ou acumulação do produto de expressão do gene, como, por exemplo, a quantidade de um produto de RNA do gene (o nível de RNA do gene) ou a quantidade de um produto proteico do gene (o nível de proteína do gene). Se o gene tiver mais de um alelo, o nível de expressão de um gene se refere à quantidade total de acumulação do produto de expressão de todos os alelos existentes para esse gene, a menos que especificado de outra forma.

[0081] Como aqui utilizado, o termo "referência" quando usado em conexão com um valor quantificável refere-se a um valor predeterminado que se pode usar para determinar a significância do valor medido em uma amostra.

[0082] Como aqui utilizado, o termo "nível de expressão de referência" refere-se a um nível de expressão predeterminado de um gene que pode ser usado para determinar a significância do nível de expressão do gene em uma célula, grupo de células (por exemplo, células obtido por um aspirado clínico de medula óssea) ou em uma amostra (por exemplo, uma amostra de tecido obtida em uma biópsia da medula óssea). Um nível de expressão de referência de um gene pode ser o nível de expressão do gene em uma amostra de referência determinada por uma pessoa versada na técnica. Por exemplo, o nível de expressão do intervalo de referência de um gene CXCL12 pode ser seu limite inferior ao limite superior de expressão nas células da medula óssea ou do estroma da medula óssea. Por conseguinte, pode-se determinar o gene do nível de expressão CXCL12, se superior a um intervalo de expressão predeterminado na medula óssea, indica que a medula óssea particular é uma medula óssea que expressa CXCL12. Um nível de expressão de referência de um gene também pode ser um valor de corte determinado por alguém versado na técnica através da análise estatística dos níveis de expressão do gene em várias populações de células de amostra. Por exemplo, analisando os níveis de expressão de um gene em amostras de medula óssea com pelo menos 20%, pelo menos 40%, pelo menos 60%, pelo menos 80% de células da medula óssea conhecidas por expressar esse gene, uma pessoa versada na técnica pode determinar um valor de corte como o nível de expressão de referência do gene, que pode ser usado para indicar as porcentagens de células da medula óssea que expressam o gene em uma população de células com constituição desconhecida.

[0083] O termo "razão de referência", conforme aqui utilizado, em conexão com os níveis de expressão de dois genes, refere-se a uma razão predeterminada por uma pessoa versada na técnica que pode ser usada para determinar a significância da razão dos níveis de esses dois genes em uma célula ou em uma amostra. A razão de referência dos níveis de expressão de dois genes pode ser a razão dos níveis de expressão desses dois genes em uma célula de referência determinada por uma pessoa versada na técnica. Uma razão de referência também pode ser um valor de corte determinado por alguém versado na técnica através da análise estatística de razões de níveis de expressão dos dois genes em várias populações de células de amostra. Em certas formas de realização, a razão de referência é de cerca de 2, cerca de 3, cerca de 4, cerca de 5, cerca de 6, cerca de 7, cerca de 8, cerca de 9, cerca de 10, cerca de 15, cerca de 20, cerca de 35 ou cerca de 50.

[0084] O termo "razão de referência", como aqui utilizado, em conexão com uma razão de células imaturas/precursoras de sangue na medula óssea (BMR; também "BMR de referência") em um sujeito, refere-se a uma proporção pré-determinada por uma pessoa versada na técnica que pode ser usado para determinar a significância da proporção das porcentagens de células precursoras de sangue periférico e da medula óssea em um sujeito. A BMR de referência pode ser a BMR em uma população de doenças determinada por uma pessoa versada na técnica. Uma BMR de referência também pode ser um valor de corte determinado por alguém versado na técnica por meio da análise estatística de BMRs em uma população específica

(por exemplo, uma população de idade, sexo, etnia, estilo de vida ou população de outra forma compatível). Em algumas formas de realização, a BMR de referência é <0,5, <0,4, <0,3, <0,2, <0,1, <0,09, <0,08, <0,07, <0,06, <0,05, <0,04, <0,03, 0,02 ou <0,01.

[0085] Os termos "porcentagem de células imaturas ou precursoras (blastos) da medula óssea", "porcentagem de células imaturas ou precursoras do sangue periférico" ou "proporção de células imaturas ou precursoras de sangue para medula óssea" ou "BMR", conforme aqui utilizados, referem-se às porcentagens numéricas ou razão de porcentagem de células imaturas ou precursoras do sangue periférico e de células imaturas ou precursoras da medula óssea, conforme determinado por alguém versado na técnica. Os leucócitos podem ser avaliados por alguém versado na técnica através de várias técnicas de complexidade e sofisticação variadas. As células WBC normais ou WBC anormais, incluindo células imaturas ou precursoras de AML, podem ser contadas manualmente em câmaras especialmente projetadas ou com contadores automáticos. Estes últimos são amplamente utilizados, oferecendo a vantagem de maior precisão e velocidade em relação às técnicas manuais. Para determinar o diferencial de neutrófilos, células imaturas ou precursoras e outras frações, uma gota de sangue pode ser espalhada por alguém versado na técnica sobre uma lâmina de vidro, seca ao ar e manchada com corantes especiais, por exemplo, Wright ou May - Técnica de Grunewald-Giemsa. Um número predeterminado de células T é então contado e classificado de acordo com as características morfológicas e de coloração. Uma série de contadores automatizados foram desenvolvidos para realizar contagens diferenciais automatizadas.

[0086] O termo "contagem absoluta de neutrófilos" ou "ANC", conforme usados aqui, refere-se a uma medida do número de granulócitos neutrófilos (também conhecidos como células polimorfonucleares, PMN ou granulócitos) presentes no sangue de um sujeito. O CPN é comumente determinado por uma pessoa com habilidade comum como parte de um painel sanguíneo maior ("hemograma completo"). O ANC é calculado a partir de medições do número total de glóbulos brancos (WBC). Normalmente, o ANC é baseado nas porcentagens combinadas de neutrófilos maduros e neutrófilos imaturos ("bandas"): ANC = ((% de neutrófilos +% de bandas) xWBC) /100.

[0087] Como aqui utilizado, o termo "capacidade de resposta" ou "resposta" quando usado em conexão com um tratamento refere- se à eficácia do tratamento em diminuir os sintomas da doença a ser tratada. Por exemplo, um paciente com neutropenia isolada responde a um tratamento com FTI, se o tratamento aumentar efetivamente as contagens de glóbulos vermelhos (hemácias), o nível de hemoglobina no sangue, a contagem de plaquetas ou leucócitos no paciente ou converter uma hemácias dependente de hemácias ou transfusão de plaquetas paciente em um paciente independente de transfusão, por exemplo, um paciente independente da necessidade de transfusões de hemácias ou de plaquetas por um período específico de tempo. Em conexão com um paciente com câncer ou MDS com blastos periféricos baixos e blastos de medula óssea, uma baixa proporção de blastos periféricos para blastos de medula e/ou neutropenia isolada, o paciente responde a um tratamento com FTI se o tratamento com

FTI inibir efetivamente o crescimento do câncer, ou interrompe o desenvolvimento do câncer ou MDS, causa regressão do câncer ou atrasa ou minimiza um ou mais sintomas associados à presença do câncer ou MDS neste paciente. Um paciente com câncer responsivo ou MDS com neutropenia isolada também pode mostrar aumento na contagem de plaquetas ou leucócitos ou independência transfusional após receber um tratamento com FTI.

[0088] A capacidade de resposta a um tratamento específico de um paciente com blastos periféricos baixos e blastos de medula óssea, uma baixa proporção de blastos periféricos para blastos de medula e/ou neutropenia isolada pode ser caracterizada como uma resposta completa ou parcial. "Resposta completa" ou "RC" refere-se a uma ausência de doença clinicamente detectável com normalização de estudos hematológicos anteriormente anormais (por exemplo, contagem de plaquetas, contagem de leucócitos, dependência de transfusão). Em relação a um paciente com blastos periféricos baixos e blastos de medula óssea, uma baixa proporção de blastos periféricos para blastos de medula e/ou neutropenia isolada com câncer, leucemia ou SMD, um RC pode se referir a estudos radiográficos, linfonodo e líquido cefalorraquidiano (LCR) ou medições anormais de proteínas monoclonais.

[0089] "Resposta parcial" ou "RP" em um paciente pode referir uma normalização parcial de um parâmetro hematológico, como contagem de plaquetas, contagem de leucócitos, contagem de blastos ou conversão para independência transfusional que atenda a certos critérios objetivos considerados padrões para avaliação de tumores. Em relação a um paciente com blastos periféricos baixos e blastos de medula óssea, uma baixa proporção de blastos periféricos para blastos de medula óssea, neutropenia e/ou neutropenia isolada “resposta parcial” ou “PR” pode se referir a uma diminuição parcial de todo tumor mensurável carga (isto é, o número de células malignas presentes no indivíduo, ou a massa medida de massas tumorais ou a quantidade de proteína monoclonal anormal) na ausência de novas lesões.

[0090] "Resposta parcial" ou "RP" em um paciente pode referir uma normalização parcial de um parâmetro hematológico, como contagem de plaquetas, contagem de leucócitos, contagem de blastos ou conversão para independência transfusional que atenda a certos critérios objetivos considerados padrões para avaliação de tumores. Em relação a um paciente com blastos periféricos baixos e blastos de medula óssea, uma baixa proporção de blastos periféricos para blastos de medula óssea, neutropenia e/ou neutropenia isolada “resposta parcial” ou “PR” pode se referir a uma diminuição parcial de todo tumor mensurável carga (isto é, o número de células malignas presentes no indivíduo, ou a massa medida de massas tumorais ou a quantidade de proteína monoclonal anormal) na ausência de novas lesões.

[0091] Uma pessoa versada na técnica entenderia os padrões clínicos usados para definir os critérios de resposta para pacientes com SMD. Os critérios de resposta medem alterações na porcentagem de células imaturas da medula, citogenética, melhoria das citopenias e magnitude e duração das melhorias hematológicas (Savona et al., Blood 125: 1857-65 (2015)). Para independência transfusional, Savona et al. (2015) avaliam reduções no número de transfusões a cada 8 semanas em comparação com a frequência de transfusão pré-tratamento ou aumento de Hgb em > 1,5 g/dL para definir a melhoria hematológica eritroide. Um aumento absoluto nas plaquetas > 30 x 109/L para pacientes com trombocitopenia > 20 × 109/L ou um aumento de < 20 x 109/L para > 20 x 109/L e pelo menos 100% de melhoria define a melhoria hematológica plaquetária. Pacientes com SMD com neutropenia pré- tratamento < 1 x 109/L se qualificam para melhora hematológica dos neutrófilos, acompanhada de um aumento de pelo menos 100% com aumento absoluto > 0,5 x 109/L.

[0092] Conforme usado neste documento, o termo "probabilidade" refere-se à probabilidade de um evento. É provável que um sujeito responda a um tratamento específico quando uma condição é atendida significa que a probabilidade de o sujeito responder a um tratamento específico é maior quando a condição é atendida do que quando a condição não é atendida. A probabilidade de responder a um tratamento específico pode ser maior em, por exemplo, 5%, 10%, 25%, 50%, 100%, 200% ou mais em um sujeito que atenda a uma condição específica em comparação com um sujeito que não atende à condição. Por exemplo, um sujeito com neutropenia isolada é "provável" responsivo a um tratamento com FTI quando o sujeito tem uma alta ratio de expressão de CXCL12 ou CXCL12/CXCR4 significa que a probabilidade de um sujeito responder ao tratamento com FTI é de 5%, 10%, 25%, 50%, 100%, 200% ou mais superior em um sujeito com uma alta taxa/ratio de expressão de CXCL12 ou CXCL12/CXCR4 em comparação com um sujeito com uma baixa taxa/ratio de expressão de CXCL12 ou CXCL12/CXCR4.

[0093] O CXCL12 (ou Fator Derivado do Estroma 1) é um forte agente quimiotático para linfócitos e células mielóides, incluindo células blastos de neutrófilos e leucemia. Durante a embriogênese, o CXCL12 direciona a migração de células hematopoiéticas do fígado fetal para a medula óssea e, na idade adulta, o CXCL12 desempenha um papel importante no ‘homing’, maturação e manutenção das células mielóides na medula óssea. O CXCL12 também desempenha um papel na angiogênese, recrutando células progenitoras endoteliais através de um mecanismo dependente do CXCR4. O CXCL12 também é expresso nos cordões medulares da polpa vermelha esplênica e dos linfonodos. Ver Pitt et al., 2015, Cancer Cell 27: 755-768 e Zhao et al., 2011, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108: 337-342. Uma sequência de aminoácidos exemplificativa e uma sequência de ácido nucleico codificante correspondente da CXCL12 humana podem ser encontradas em GENBANK ACCESSION Nos: NP_000600.1 e NM_000609.6, respectivamente.

[0094] O CXCR4 (também conhecido como fusina ou CD184) é um membro da subfamília de receptores de quimiocinas de sete receptores acoplados à proteína G do tipo transmembrana e acoplados à proteína G, cujo ligante natural é CXCL12/SDF-1. O CXCR4 desempenha papéis importantes em processos fundamentais, como o desenvolvimento dos sistemas hematopoiético, cardiovascular e nervoso durante a embriogênese. Ele também desempenha papéis essenciais na mediação do retorno de células- tronco hematopoiéticas à medula óssea e é conhecido como o principal "homing receptor". Um exemplo de sequência de aminoácidos e uma sequência de ácido nucleico codificante correspondente do CXCR4 humano podem ser encontradas na GENBANK ACCESSION Nos: NP_001008540.1 e NM_001008540.1, respectivamente.

[0095] Verificou-se que o CXCR3 (também conhecido como receptor acoplado à proteína G 9 (GPR9) ou CD183) é expresso em células T CD4 + humanas ativadas e Tregs (regulatórias), e conhecido por mediar o tráfego de células efetoras. Semelhante ao CXCR4, o CXCR3 também é conhecido como um "homing receptor"

que induz o retorno às células hematopoiéticas do sangue periférico para a medula óssea. Exemplos de sequências de ácido nucleico codificantes de variantes de transcrito CXC humano em ACESSO GENBANK Nos.: NM_001504.1, NM_001142797.1 e KJ891279.1

[0096] CXCR1 e CXCR2 são receptores intimamente relacionados que reconhecem quimiocinas CXC que possuem um aminoácido E-L-R imediatamente adjacente ao seu CXC. CXCL8 (também conhecido como interleucina-8) e CXCL6 podem se ligar ao CXCR1 em humanos, enquanto todas as outras quimiocinas ELR positivas, como CXCL1 a CXCL7, se ligam apenas ao CXCR2. Tanto o CXCR1 como o CXCR2 são expressos na superfície dos neutrófilos em mamíferos. Ao contrário de CXCR3 e CXCR4, CXCR1 e CXCR2 desempenham papéis importantes na mobilização de células-tronco da medula óssea para sangue periférico e são conhecidos como "receptores mobilizadores". Sequências de ácidos nucleicos codificantes exemplificativas de variantes de transcritos de CXCR2 humano podem ser encontradas na GENBANK ACCESSION Nos.: NM_001168298.1 e NM_001557.3. Sequências de ácidos nucleicos codificadoras exemplificativas de variantes de transcrito de CXCR1 humano podem ser encontradas em GENBANK ACCESSION NOS: AY916765.1 e AY916764.1.

[0097] Em algumas formas de realização, uma manifestação de ‘homing’ da medula óssea em um sujeito pode ser uma proporção mais alta de expressão de um ou mais dos receptores de homing (por exemplo, CXCR4, CXCR3) para a expressão de um ou mais dos receptores de mobilização (por exemplo, CXCR2, CXCR1) que uma taxa de referência. Por exemplo, uma manifestação de homing da medula óssea em um sujeito pode ser uma razão mais alta de expressão de CXCR4 para CXCR2 do que uma razão de referência;

uma manifestação de homing da medula óssea em um sujeito pode ser uma razão mais alta de expressão de CXCR3 para CXCR1 do que uma razão de referência; ou uma manifestação de homing da medula óssea em um sujeito pode ser uma razão mais alta da expressão de CXCR4 e CXCR3 em relação à expressão de CXCR2 e CXCR1 do que uma razão de referência.

[0098] As moléculas de KIR (receptor semelhante a imunoglobulina de célula assassina) são glicoproteínas transmembranares expressas por células assassinas naturais e certos subconjuntos de células T e incluem, por exemplo, KIR2DS2, KIR2DS5, KIR3DL1 e KIR3DL2. KIR2DS2 é particularmente expresso nas células T de alguns indivíduos mais velhos. Uma sequência de aminoácidos exemplar e uma sequência de ácido nucleico codificante correspondente de KIR3DL2 humano podem ser encontradas em GENBANK ACCESSION Nos: NP_001229796.1 e NM_001242867.1, respectivamente.

[0099] A neutropenia é uma condição de doença comumente definida como uma contagem absoluta de neutrófilos (CAN) abaixo de 1,5 x 109/L (1.500/µl)). A gravidade da neutropenia geralmente afeta as consequências funcionais da neutropenia: o CPN de 1,0- 1,5 x 109/L geralmente não prejudica a defesa do hospedeiro em um sujeito. ANC de 0,5-1,0 x 109/L pode aumentar levemente o risco de infecções, por exemplo, se outros fatores do sistema imunológico também estiverem prejudicados. O CNA de 0,2-0,5 x 109/L está frequentemente associado a um risco aumentado de infecção na maioria dos pacientes. Pensa-se que o CNA de 0,2- 0,5 x 109/L ou menos acarreta um risco de infecções graves com risco de vida e suscetibilidade a organismos oportunistas. A neutropenia pode estar associada a várias doenças, incluindo infecções virais, distúrbios genéticos ou câncer. A neutropenia também pode ser secundária a certos tratamentos medicamentosos, incluindo certos agentes quimioterápicos ou antibióticos. Neutropenias isoladas que estão associadas especificamente a contagens diminuídas de neutrófilos são comumente distinguidas de múltiplas citopenias, isto é, condições de doença nas quais as contagens de vários tipos de células sanguíneas são diminuídas em relação a uma faixa normal. Os diagnósticos de neutropenia são tipicamente baseados na contagem de células sanguíneas e exames de medula óssea com citogenética. A classificação e avaliação de diferentes tipos de neutropenias isoladas são descritas, por exemplo, em Newburger et al., Semin Hematol. (2013) vol. 50 (3), páginas 198-206. Em um paciente com câncer, a neutropenia pode ocorrer secundariamente a um tratamento anticâncer ou independente de um tratamento anticâncer. Por exemplo, a presente divulgação é baseada, em parte, no reconhecimento de que indivíduos com câncer que expressam CXCL12 podem exibir neutropenia na ausência ou antes da administração de uma terapia anticâncer, como tratamento de FTI, quimioterapia ou radiação.

[0100] Sem estar vinculado a nenhuma teoria, acredita-se que os pacientes com medula óssea que expressam CXCL12 geralmente exibem uma baixa porcentagem de blastos de sangue periféricos e uma alta porcentagem de blastos secundários associados ao alojamento de células na medula óssea (homing), a retenção de células imaturas na medula óssea devido à alta expressão de CXCL12 por células da medula óssea, como células do estroma da medula óssea ou células endoteliais vasculares da medula óssea.

[0101] Uma baixa porcentagem de blastos de sangue periférico e uma alta porcentagem de blastos secundários associados ao alojamento de células na medula óssea (homing) podem ser detectados em um sujeito por um especialista na técnica, por exemplo, determinando que a porcentagem de células imaturas no sangue periférico são inferiores a 15, 10, 5, 4, 3, 2, 1, 0,9, 0,8, 0,7, 0,6, 0,5 0,4. 0,3, 0,2 ou 0,1%, enquanto a porcentagem de c´wlulas imaturas na medula óssea é superior a 10%, 20%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55% ou 60%.

[0102] Uma BMR baixa pode ser detectada em um sujeito por um especialista na técnica, por exemplo, determinando que a razão entre a porcentagem de células imaturas/precursoras no sangue periférico e a porcentagem de células imaturas na medula óssea seja menor que 0,2, 0,1, 0,8, 0,6, 0,4, 0,2, 0,1, 0,08, 0,06, 0,05, 0,04, 0,03, 0,02 ou 0,01.

[0103] Sem estar vinculado a nenhuma teoria, acredita-se que pacientes com medula óssea que expressam CXCL12 geralmente exibem neutropenia isolada secundária à medula óssea neutrófila, a retenção de neutrófilos na medula óssea devido à alta expressão de CXCL12 pelos ossos das células da medula óssea, como células do estroma da medula óssea ou células endoteliais vasculares da medula óssea.

[0104] A neutropenia secundária ao ‘homing’ à medula óssea pode ser detectada em um sujeito por alguém versado na técnica, por exemplo, determinando que a contagem de ANC seja menor que 1,5 x 109 células/L, 1,4 x 109 células/L, 1,2 x 109 células/L, 1,0 x 109 células/L, 0,8 x 109 células/L, 0,6 x 109 células/L, 0,5 x 109 células/L, 0,4 x 109 células/L ou 0,2 x 109 células/L de sangue. Em algumas formas de realização, a neutropenia secundária à homing da medula óssea pode ser detectada em um sujeito por alguém versado na técnica, por exemplo, determinando que a fração de neutrófilos ((ANC/WBC) x 100) é inferior a 50%, 40% , 30%, 25%, 20%, 15% ou 10%.

[0105] A neutropenia isolada pode ser detectada em um sujeito por um especialista na técnica, por exemplo, determinando que a contagem absoluta de neutrófilos (ANC) seja inferior a 1,5 x 109 células/L, 1,4 x 109 células/L, 1,2 x 109 células/L, 1,0 x 109 células/L, 0,8 x 109 células/L, 0,6 x 109 células/L, 0,5 x 109 células/L, 0,4 x 109 células/L ou 0,2 x 109 células/L de sangue, e a contagem de leucócitos é maior que o limite inferior do normal, por exemplo 2 x 109 células/L de sangue.

[0106] Pelo menos alguns pacientes com câncer ou MDS com neutropenia, incluindo neutropenia isolada, têm medula óssea que expressa CXCL12. Sem estar vinculado a nenhuma teoria, acredita- se que os pacientes tenham uma medula óssea que expressa CXCL12 secundária à alta produção de CXCL12 e/ou outros fatores da medula óssea devido à estimulação do estroma ou células endoteliais vasculares da medula óssea que produzem CXCL12 por fatores produzidos pelo câncer ou pelas células MDS.

[0107] Em algumas formas de realizaçõa, a neutropenia pode ser associada a doenças genéticas que envolvem mutações hiperativadoras em elementos da via de sinalização CXCL12/CXCR4. Em algumas formas de realização, a neutropenia está associada a verrugas, hipogamaglobulinemia, infecções, síndrome da mielocatexia (WHIM). Mutações de truncamento hiperativas no CXCR4 são descritas, por exemplo, em Gulino et al. (2004) Blood 104: 444-452. Em algumas formas de realização, a neutropenia é observada em pacientes com mutações hiperativantes no CXCR4 e níveis acima do normal de um anticorpo circulante, imunoglobulina M (IgM), que é produzida e secretada pelas células envolvidas na macroglobulinemia de Waldenström (Hunter et al. (2016) Journal of Clinical Oncology 35: 994-1001).

[0108] O linfoma é o câncer de sangue mais comum. As duas principais formas de linfoma são o linfoma de Hodgkin, ou HL, e o linfoma não-Hodgkin, ou NHL. O linfoma ocorre quando as células do sistema imunológico chamadas linfócitos crescem e se multiplicam incontrolavelmente. Os linfócitos cancerígenos podem viajar para muitas partes do corpo, incluindo linfonodos, baço, sangue ou outros órgãos e formar tumores. O linfoma afeta mais comumente os linfonodos. Se o linfoma se espalhar, ele pode se espalhar para o baço, fígado, medula óssea ou osso.

[0109] O corpo possui dois tipos principais de linfócitos que podem evoluir para linfomas: células B e células T.

[0110] O PTCL consiste em um grupo de NHLs raros e geralmente agressivos (de crescimento rápido) que se desenvolvem a partir de células T maduras e Natural Killer (NK). As PTCLs representam coletivamente cerca de 5 a 10% de todos os casos de LNH, correspondendo a uma incidência anual de aproximadamente 5.000 pacientes por ano nos EUA. De acordo com algumas estimativas, a incidência de PTCL está crescendo significativamente e a crescente incidência pode ser atribuída ao envelhecimento. população.

[0111] PTCLs são subclassificados em vários subtipos, incluindo linfoma anaplásico de células grandes (ALCL), positivo para ALK; ALCL, ALK negativo; Linfoma de células T angioimunoblástico (AITL); Linfoma de células T associado a enteropatia; Linfoma extranodal de células T natural killer (NK), tipo nasal; Linfoma de células T hepatosplênico; PTCL, não especificado de outra forma (NOS); e linfoma subcutâneo de células T tipo paniculite. Cada um desses subtipos é tipicamente considerado como doenças separadas com base em suas diferenças clínicas distintas. A maioria desses subtipos é rara; os três subtipos mais comuns são PTCL NOS, AITL e ALCL, e estes representam coletivamente cerca de 70% de todos os casos de PTCL. Em algumas formas de realização deste documento, o PTCL é PTCL recidivado ou refratário. Em outras formas de realização, o PTCL é PTCL anteriormente não tratado.

[0112] AITL é caracterizado histologicamente por um componente de célula tumoral e um componente de célula não tumoral. O componente da célula tumoral compreende células neoplásicas polimórficas de tamanho médio, derivadas de um subconjunto único de células T localizado em centros germinais de linfonodos, denominados células T foliculares auxiliares (TFH). O TFH expressa vários fatores, incluindo CXCL13, VCAM1 e angpt1. CXCL13 pode induzir a expressão de CXCL12 em células mesenquimais. O VEGF e a angiopoietina induzem a formação de vênulas de células endoteliais que expressam CXCL12. O componente celular não tumoral compreende vasos sanguíneos arborizantes proeminentes, proliferação de células dendríticas foliculares e blastos dispersos de células B de EBV +. A visualização de vasos sanguíneos arborizantes é uma característica do diagnóstico de AITL. Ao visualizar os vasos (vênulas endoteliais), as células endoteliais que expressam CXCL12 podem ser identificadas. A perda direcionada da expressão de CXCL12 nas células endoteliais vasculares se traduz na perda de tumores de células T nos linfonodos, baço e medula óssea (Pitt et al. (2015) Cancer Cell 27: 755–768). Estes são os locais dos tumores não apenas para T-LL, mas também para AITL e outros tumores PTCL.

[0113] A SMD é uma família de distúrbios raros nos quais a medula óssea não produz suficientes glóbulos vermelhos, leucócitos ou plaquetas saudáveis. Isso é causado porque a medula óssea está produzindo muitas células subdesenvolvidas ou imaturas que têm uma forma, tamanho ou aparência anormais. Como a medula óssea não produz células normais, os pacientes com SMD podem ser afetados por baixas contagens de leucócitos, incluindo neutropenia, baixa contagem de hemácias (anemia), baixa contagem de plaquetas (trombocitopenia). A maioria dos especialistas concorda que a MDS é uma forma de câncer de medula óssea. Existem muitos subtipos de MDS. Alguns casos são leves, enquanto outros são mais graves e apresentam alto risco de se tornar AML. A maioria dos pacientes necessita de tratamentos para restabelecer a contagem normal de células, incluindo transfusões frequentes de hemácias e plaquetas. Esses pacientes são chamados dependentes de transfusão.

[0114] A leucemia mielomonocítica crônica (CMML) é um tipo de leucemia. CMML mostra características de MDS e de um distúrbio mieloproliferativo (MPD); um distúrbio caracterizado pela superprodução de células sanguíneas. Por esse motivo, a CMML é considerada um distúrbio de sobreposição de MDS/MPN em 2002. Para um diagnóstico de CMML, a Organização Mundial de Saúde (OMS) declara que a contagem de monócitos no sangue deve ser> 1 x 109/L, sem cromossomo Filadélfia ou mutações no gene PDGFRA ou PDGFRB deve estar presente, a contagem de medula ou blastos periféricos deve ser < 20% e displasia de pelo menos uma linhagem de células sanguíneas mielóides. CMML é subclassificado em 2 tipos. O tipo 1 tem menos de 5% de células imaturas e o tipo 2 tem entre 5-20% de células imaturas no sangue.

[0115] AML é um câncer da linha mieloide de células sanguíneas. A AML é caracterizada pelo rápido crescimento de leucócitos mielóides anormais que podem se acumular na medula óssea e interferir na produção de leucócitos normais. A AML é a leucemia aguda mais comum que afeta adultos, e sua incidência aumenta com a idade. A ABC é responsável por aproximadamente 1,2% das mortes por câncer nos Estados Unidos, e sua incidência geralmente deve aumentar à medida que a população envelhece. Acredita-se que os sintomas de AML estejam relacionados à substituição da medula óssea normal por células leucêmicas, o que pode causar uma queda nos glóbulos vermelhos, plaquetas e glóbulos brancos normais. Os sintomas de AML podem incluir fadiga e falta de ar devido a anemia, contusões e sangramentos fáceis devido a trombocitopenia e aumento do risco de infecção devido a neutropenia. A AML geralmente progride rapidamente e geralmente é fatal em semanas ou meses, se não for tratada.

[0116] A leucemia mielóide crônica (LMC), também conhecida como leucemia mielóide crônica, é um tipo de câncer que começa em certas células formadoras de sangue da medula óssea. Na LMC, uma mudança genética chamado cromossomo Filadélfia ocorre em uma versão inicial (imatura) das células mielóides - as células que produzem glóbulos vermelhos, plaquetas e a maioria dos tipos de glóbulos brancos (exceto linfócitos). A consequência molecular do cromossomo da Filadélfia é a formação do gene quimérico BCR- ABL, que transforma o WBC em células CML. As células da leucemia crescem e se dividem, acumulando-se na medula óssea e transbordando para o sangue. Com o tempo, as células também podem se estabelecer em outras partes do corpo, incluindo o baço. A LMC é uma leucemia de crescimento bastante lento, mas também pode se transformar em uma leucemia aguda de crescimento rápido e difícil de tratar.

A. Métodos

[0117] São aqui fornecidos métodos para selecionar um sujeito com uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea para tratamento com um FTI. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é uma doença da medula óssea. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é câncer. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é um câncer de medula óssea. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é um câncer que expressa CXCL12. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é neutropenia. Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio é uma doença ou distúrbio genético que envolve hiperatividade da medula óssea CXCR4, como síndrome de WHIM ou macroglobulinemia de Waldestrom. Em algumas formas de realização, o sujeito com uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea possui uma medula óssea que expressa CXCL12.

[0118] Um indivíduo com uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea pode ter uma ou mais manifestações do alojamento de células mielóides na medula óssea, incluindo (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência do ANC; (b) uma razão de células imaturas sangüínea/medula óssea (BMR) menor que um valor de referência da BMR e/ou (c) uma contagem periférica com células imaturas menor que um valor de referência periférico e, opcionalmente, uma contagem de células imaturas da medula óssea maior que um valor de referência da contagem de células imaturas de medula óssea. Em algumas formas de realização, o sujeito com uma doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea pode ter uma manifestação adicional do homing da medula óssea: (d) expressão de CXCL12 maior que um valor de referência ou uma proporção de expressão de CXCL12 em relação a outros genes (por exemplo, CXCR4 ou HRAS) maior que uma razão de referência e/ou expressão de CXCR4 maior que um valor de referência ou uma razão de expressão de um ou mais dos receptores de retorno (por exemplo, CXCR4, CXCR3) à expressão de um ou mais os receptores de mobilização (por exemplo, CXCR2, CXCR1) superiores a uma razão de referência. Em algumas formas de realização, a razão da expressão de CXCR4 e CXCR3 para a expressão de CXCR2 e CXCR1 no sujeito é maior que uma razão de referência. Em algumas formas de realização, a razão de expressão de CXCR4 para expressão de CXCR2 no sujeito é maior que uma razão de referência. a razão entre a expressão de CXCR4 e a expressão de CXCR2 no sujeito é maior que uma razão de referência.

[0119] Em um aspecto, são fornecidos neste documento métodos de tratamento de uma doença ou distúrbio ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito com a doença ou distúrbio, incluindo a administração seletiva de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com base do indivíduo com uma manifestação de homing na medula óssea de células mielóides, incluindo (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (CNA) inferior a um valor de referência do CNA; (b)

uma razão de células imaturas sangüínea/medula óssea (BMR) menor que um valor de referência da BMR e/ou (c) uma contagem periférica de células imaturas menor que um valor de referência periférico e, opcionalmente, uma contagem de células imaturas da medula óssea maior que um valor de referência da contagem de células imaturas em medula óssea. Em algumas formas de relização, a quantidade terapeuticamente eficaz do FTI é administrada ao sujeito ainda com base no fato de o indivíduo ter (d) uma expressão de CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência ou uma proporção mais alta de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS expressão e/ou uma razão de expressão mais alta de um ou mais dos receptores de retorno (CXCR4 e CXCR3) para um ou mais receptores de mobilização (por exemplo, CXCR1 e CXCR2) do que uma razão de referência.

[0120] Em algumas formas de realização, o valor de referência ANC é 1.500/µl, 1.400/µl, 1.300/µl, 1.200/µl, 1.100/µl,

1.000/µl, 900/µl, 800/µl, 700/µl, 600/µl, 500/µl, 400/µl, 300/µl ou 200/µl, por exemplo, conforme determinado em uma amostra de sangue de um indivíduo. Em algumas formas de realização, o valor de referência ANC é 1.000/µl.

[0121] Em algumas formas de realização, a manifestação de homing à medula óssea inclui um ANC abaixo de um valor de referência de ANC e uma contagem de leucócitos dentro de uma faixa normal ou superior à faixa normal, por exemplo, conforme determinado em uma amostra de sangue de um sujeito. Em algumas formas de realização, o valor de referência ANC é ANC 1.500/µl,

1.400/µl, 1.300/µl, 1.200/µl, 1.100/µl, 1.000/µl, 900/µl, 800/µl, 700/µl, 600/µl, 500/µl, 400/µl, 300/µl ou 200/µl e o WBC é > 1.800/µl, > 1.900/µl,> 2.000/µl ,> 2.100/µl ou > 2.200/µl.

Em algumas formas de realização, o valor de referência do ANC é

1.000/µl e a contagem de leucócitos é > 2.000/µl.

[0122] Em algumas formas de realização, o valor de referência de ANC é uma fração de neutrófilo ((ANC/WBC) x100). Em algumas formas de realização, o valor de referência de ANC é uma fração de neutrófilos de 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15% ou 10%, por exemplo, conforme determinado em uma amostra de sangue de um sujeito. Em algumas formas de realização, o valor de referência de ANC é uma fração de neutrófilo ((ANC/WBC) x100) de 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15% ou 10% em um sujeito com uma contagem de leucócitos dentro de um faixa normal ou superior a uma faixa normal (por exemplo, WBC 1.800/µl-2.000/µl). Em algumas formas de realização, o valor de referência do ANC é uma fração de neutrófilos de 40% em um sujeito com uma contagem de leucócitos > 2.000/µl.

[0123] Em algumas formas de realização, o valor de referência da BMR é 0,5, 0,4, 0,3, 0,2, 0,1, 0,09, 0,08, 0,07, 0,06, 0,05, 0,04, 0,03, 0,02 ou 0,01. Em algumas formas de realização, o valor de referência da BMR é 0,03.

[0124] Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem de células imaturas periféricas é 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, células imaturas do sangue periférico de 0,4%, 0,3%, 0,2% ou 0,1%. Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem células imaturas do sangue periférico é 1% de células imaturas do sangue periférico, por exemplo, conforme determinado em uma amostra de sangue de um sujeito.

[0125] Em algumas formas de realização, o valor de referência da contagem de células imaturas da medula óssea é 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75% de células imaturas de medula óssea, por exemplo, conforme determinado em uma amostra de medula óssea de um sujeito. Em algumas formas de realização, o valor de referência das células imaturas da medula óssea é 45% da células imaturas da medula óssea.

[0126] Em algumas formas de realização, as manifestações da homing da medula óssea incluem um ou mais de um ANC <1.000/µl, uma BMR < 0,3 e/ou uma baixa contagem de blastos periféricos < 1%.

[0127] Em algumas formas de realização, as manifestações da homing da medula óssea incluem um ou mais de um ANC < 1.000/µl, uma BMR < 0,3 e/ou uma contagem periférica de células imaturas < 10% com uma contagem de células imaturas de medula óssea > 40%.

[0128] Em algumas formas de realização, as manifestações da homing da medula óssea das células mielóides incluem (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência do ANC. Em algumas formas de realização, as manifestações de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)incluem (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência de ANC e (d) uma expressão de CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência ou um valor mais alto razão de expressão de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS e/ou uma proporção mais alta de expressão do receptor de retorno (por exemplo, CXCR4) para expressão do receptor de mobilização (por exemplo, CXCR2) do que uma razão de referência.

[0129] Em algumas formas de realização, as manifestações da homing da medula óssea das células mielóides incluem (b) uma razão de células imaturas de sangue para medula óssea (BMR) menor que um valor de referência da BMR. Em algumas formas de realização, as manifestações de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)incluem (b) uma razão de células imaturas de sangue para medula (BMR) menor que um valor de referência da BMR e (d) uma expressão de CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência , ou uma proporção mais alta de expressão de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS e/ou uma proporção mais alta de expressão de um ou mais receptores de retorno (por exemplo, CXCR4 e CXCR3) para um ou mais receptores de mobilização (por exemplo, CXCR1 e CXCR2) do que uma referência Razão.

[0130] Em algumas formas de realização, as manifestações de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)incluem (c) uma contagem periférica de células imaturas menor que um valor de referência periférico e, opcionalmente, uma contagem explosiva de medula óssea maior que um valor de referência da medula óssea e (d) uma expressão CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência ou uma proporção mais alta de expressão de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS e/ou uma proporção de expressão mais alta de um ou mais dos receptores de retorno (por exemplo, CXCR4 e CXCR3) para um ou mais de os receptores de mobilização (por exemplo, CXCR1 e CXCR2) do que uma razão de referência.

[0131] Em algumas formas de realização, as manifestações de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) incluem (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência de ANC e (b) uma razão de células imaturas de sangue para medula óssea (BMR) menor que um valor de referência da BMR. Em algumas formas de realização, as manifestações de homing na medula óssea de células mielóides incluem (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência de ANC, (b) uma razão de células imaturas de sangue para medula óssea (BMR) menor que uma referência de BMR valor e (d) uma expressão CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência ou uma proporção mais alta de expressão de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS e/ou uma razão de expressão mais alta de um ou mais dos receptores de retorno (por exemplo, CXCR4 e CXCR3) para um ou mais receptores mobilizadores (por exemplo, CXCR1 e CXCR2) que uma razão de referência.

[0132] Em algumas formas de realização, as manifestações de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) incluem (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência de ANC e (c) uma contagem periférica de células imaturas menor que um valor de referência periférico, e, opcionalmente, uma contagem de células imaturas de medula superior ao valor de referência da contagem de células imaturas de medula. Em algumas formas de realização, as manifestações de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)incluem (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência de ANC, (c) uma contagem periférica de células imaturas menor que um valor de referência periférico e, opcionalmente , uma contagem de blastos de medula óssea maior que um valor de referência da contagem de blastos de medula óssea e (d) uma expressão de CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência ou uma proporção mais alta de expressão de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS e/ou uma razão de expressão maior de um ou mais dos receptores de retorno à posição inicial (por exemplo,

CXCR4 e CXCR3) para um ou mais dos receptores de mobilização (por exemplo, CXCR1 e CXCR2) do que uma razão de referência.

[0133] Em algumas formas de realização, as manifestações da homing da medula óssea das células mielóides incluem (b) uma razão de células imaturas de sangue para medula óssea (BMR) menor que um valor de referência da BMR e (c) uma contagem de células imaturas periféricas menor que uma células imaturas periférica valor de referência de contagem e, opcionalmente, uma contagem de células imaturas de medula maior que um valor de referência de contagem de células imaturas de medula. Em algumas formas de realização, as manifestações de homing da medula óssea das células mielóides incluem (b) uma razão de células imaturas de sangue para medula (BMR) menor que um valor de referência da BMR, (c) uma contagem de células imaturas periféricas menor que um valor de referência da contagem de células imaturas periféricas e, opcionalmente, uma contagem de blastos de medula óssea maior que um valor de referência da contagem de blastos de medula óssea e (d) uma expressão CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência ou uma proporção mais alta de expressão de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS e/ou uma maior razão de expressão de um ou mais receptores de retorno (por exemplo, CXCR4 e CXCR3) para um ou mais receptores de mobilização (por exemplo, CXCR1 e CXCR2) do que uma razão de referência.

[0134] Em algumas formas de realização, as manifestações de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)incluem (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência do ANC (b) uma razão de células imaturas de sangue para medula óssea (BMR) menor que um Valor de referência da BMR e (c) uma contagem periférica de células imaturas menor que um valor de referência periférico e, opcionalmente, uma contagem de células imaturas de medula óssea maior que um valor de referência da radiação de medula óssea. Em algumas formas de realização, as manifestações de homing na medula óssea de células mielóides incluem (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que um valor de referência de ANC, (b) uma razão de células imaturas de sangue para medula óssea (BMR) menor que uma referência de BMR valor, (c) uma contagem periférica de células imaturas menor que um valor de referência periférico e, opcionalmente, uma contagem explosiva de medula óssea maior que um valor de referência de próstata medular e (d) uma expressão CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência , ou uma proporção mais alta de expressão de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS e/ou uma proporção mais alta de expressão de um ou mais receptores de retorno (por exemplo, CXCR4 e CXCR3) para um ou mais receptores de mobilização (por exemplo, CXCR1 e CXCR2) do que uma referência Razão.

[0135] Em algumas formas de realização, a doença ou distúrbio associado a um alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) é câncer. Em algumas formas de realização, o câncer é um linfoma. Em algumas formas de realização, o linfoma é linfoma de células T angioimunoblástico (AITL), PTCL não especificado de outra forma (PTCL-NOS), linfoma anaplásico de células grandes (ALCL) - linfoma quinase anaplásico (ALK) positivo, ALCL - ALK negativo, associado a enteropatia Linfoma de células T, linfoma extranodal de células natural killer (NK) - tipo nasal, linfoma de células T hepatoesplênico ou linfoma de células T semelhante a paniculite subcutânea. Em certas formas de realização, o linfoma é AITL. Em certas formas de realização, o linfoma é PTCL- NOS. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL. Em certas formas de realização, o câncer é uma leucemia.

Em formas de realização específicas, a leucemia é AML (por exemplo, AML recém-diagnosticada ou AML recidivada ou refratária). Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T.

Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC.

Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

Em algumas formas de realização, o câncer é MDS.

Os métodos aqui fornecidos baseiam-se, em parte, no reconhecimento de que indivíduos com câncer associado a uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) provavelmente respondem ao tratamento de FTI.

Tais assuntos podem, por exemplo, ser caracterizada por neutropenia, ou isolado de neutropenia (por exemplo, um baixo ANC, tais como ANC <1500 células / µ l), ou um baixo BMR (por exemplo, BMR <0,1), ou uma baixa percentagem de periférica células imaturas (por exemplo, <5%) com ou sem uma alta porcentagem de células imaturas de medula óssea (por exemplo,> 45%). Em algumas formas de realização, os benefícios clínicos do FTI estão associados ao nível de expressão de certos genes e variantes de genes.

Por exemplo, os métodos aqui fornecidos são baseados, em parte, no reconhecimento de que pacientes com tumores na medula óssea, linfonodos ou outros órgãos que expressam altos níveis de expressão de CXCL12 ou uma proporção mais alta de expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 ou HRAS provavelmente respondem a um tratamento com FTI e seleção da população de pacientes com neutropenia isolada, ou uma baixa BMR, ou baixos blastos de sangue periférico com ou sem altos blastos de medula óssea e/ou uma alta expressão de CXCL12 ou alta proporção de expressão de CXCL12 relacionadas à expressão de outros genes, por exemplo, CXCR4 ou HRAS na medula óssea,

podem aumentar a taxa de resposta geral do tratamento de FTI de um câncer de medula óssea. Em algumas formas de realização, alta expressão de CXCL12 ou alta proporção de expressão de CXCL12 relacionada à expressão de outros genes, por exemplo, CXCR4 ou HRAS em órgãos linfáticos, podem aumentar a taxa de resposta geral do tratamento de linfoma por FTI. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib. Em algumas formas de realização, o paciente é um paciente AML recidivado ou refratário que superexpressa CXCR4 na medula óssea ou uma alta proporção de expressão de CXCR4 para CXCR2. Em algumas formas de realização, o paciente é um paciente AML recidivado ou refratário com uma alta proporção de expressão de CXCR3 para CXCR1. Em algumas formas de realização, o paciente é um paciente AML recidivado ou refratário com uma alta proporção de expressão de CXCR4 e CXCR3 para expressão de CXCR2 e CXCR 1.

[0136] Por conseguinte, são aqui fornecidos métodos para aumentar a capacidade de resposta de um tratamento de FTI para câncer, tratando seletivamente pacientes com câncer com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) com um FTI. Também são aqui fornecidos métodos para seleção da população de pacientes com câncer para um tratamento de FTI com base no paciente com câncer que tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são aqui fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um sujeito com câncer a um tratamento de FTI com base no sujeito que tem uma manifestação da localização das células da medula óssea. Em algumas formas de realização, o paciente com câncer tem um linfoma com um padrão de expressão genética específico. Em algumas formas de realização, o paciente com câncer tem um câncer que expressa CXCL12.

[0137] Em outro aspecto, são aqui fornecidos métodos para aumentar a capacidade de resposta de um tratamento de FTI para neutropenia, tratando seletivamente pacientes de neutropena com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) com um FTI. Também são aqui fornecidos métodos para a seleção da população de pacientes com neutropenia para um tratamento de FTI com base no paciente com neutropenia com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são aqui fornecidos métodos para prever a responsividade de um sujeito com neutropenia a um tratamento de FTI com base no sujeito que tem uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing).

[0138] Em outro aspecto, são aqui fornecidos métodos para aumentar a capacidade de resposta de um tratamento de FTI para uma doença ou distúrbio genético que envolva hiperatividade da medula óssea CXCR4, como síndrome WHIM ou macroglobulinemia de Waldestrom, tratando seletivamente um paciente com a doença ou distúrbio genético e uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) com um FTI. Também são aqui fornecidos métodos para a seleção de uma população de pacientes com uma doença ou distúrbio genético envolvendo hiperatividade da medula óssea CXCR4 para um tratamento de FTI com base em um paciente com a doença ou distúrbio genético que mostra uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são aqui fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um sujeito com uma doença ou distúrbio genético envolvendo hiperatividade da medula óssea CXCR4 a um tratamento de FTI com base no sujeito com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing).

[0139] Em algumas formas de realização, são aqui fornecidos métodos para tratar o câncer em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com câncer e com um alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, o sujeito com câncer foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), analisando uma amostra do sujeito, por exemplo, para determinar a ANC, BMR, contagem de blastos periféricos e/ou medulares, uma expressão genética padrão ou uma combinação dos mesmos para o sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito para determinar que o sujeito mostra uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito para determinar as contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos para o sujeito.

[0140] Em algumas formas de realização, são aqui fornecidos métodos para tratar a neutropenia em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com neutropenia e mostrando uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, o sujeito com neutropenia foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), analisando uma amostra do sujeito, por exemplo, para determinar as contagens de ANC, BMR,

periférico e/ou da medula, uma expressão gênica padrão ou uma combinação dos mesmos para o sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito para determinar que o sujeito mostra uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito para determinar as contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos para o sujeito.

[0141] Em algumas formas de realização, são aqui fornecidos métodos para tratar uma doença ou distúrbio genético que envolva hiperatividade da medula óssea CXCR4, como síndrome de WHIM ou macroglobulinemia de Waldestrom, em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com o doença ou distúrbio genético e manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, o sujeito com a doença ou distúrbio genético foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) analisando uma amostra do sujeito, por exemplo, para determinar as contagens de ANC, BMR, periférico e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos para o sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito para determinar que o sujeito mostra uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito para determinar as contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação deles para o sujeito.

[0142] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos também incluem a obtenção de uma amostra do sujeito. A amostra usada nos métodos aqui fornecidos inclui fluidos corporais de um sujeito ou uma biópsia de tumor do sujeito.

[0143] Em algumas formas de realização, a amostra usada nos presentes métodos inclui uma biópsia (por exemplo, uma biópsia de tumor). A biópsia pode ser de qualquer órgão ou tecido, por exemplo, pele, fígado, pulmão, coração, cólon, rim, medula óssea, dentes, linfonodo, cabelo, baço, cérebro, mama ou outros órgãos. Qualquer técnica de biópsia conhecida pelos especialistas na técnica pode ser usada para isolar uma amostra de um sujeito, por exemplo, biópsia aberta, biópsia fechada, biópsia central, biópsia incisional, biópsia excisional ou biópsia por aspiração por agulha fina. Em algumas formas de realização, a amostra usada nos presentes métodos inclui um aspirado (por exemplo, aspirado de medula óssea). Em algumas formas de realização, a amostra é uma biópsia de linfonodo. Em algumas formas de realização, a amostra pode ser uma amostra de tecido congelado. Em algumas formas de realização, a amostra pode ser uma amostra de tecido embeduas vezes ao diaa em parafina e fixada em formalina ("FFPE"). Em algumas formas de realização, a amostra pode ser uma seção de tecido desparafinizada.

[0144] Em algumas formas de realização, a amostra é uma amostra de fluido corporal. Exemplos não limitativos de fluidos corporais incluem sangue (por exemplo, sangue total periférico, sangue periférico), plasma sanguíneo, medula óssea, líquido amniótico, humor aquoso, bile, linfa, menstruação, soro, urina,

líquido cefalorraquidiano ao redor do cérebro e da coluna vertebral cordão, líquido sinovial ao redor das articulações ósseas.

[0145] Em algumas formas de realização, a amostra é uma amostra de sangue. A amostra de sangue pode ser uma amostra de sangue total, uma amostra de sangue parcialmente purificada ou uma amostra de sangue periférico. A amostra de sangue pode ser obtida usando técnicas convencionais como descrito em, por exemplo, Innis et al., Editores, PCR Protocols (Academic Press, 1990). Os glóbulos brancos podem ser separados das amostras de sangue usando técnicas convencionais ou kits comercialmente disponíveis, por exemplo, kit RosetteSep (Stein Cell Technologies, Vancouver, Canadá). Subpopulações de glóbulos brancos, por exemplo, células mononucleares, células NK, células B, células T, monócitos, granulócitos ou linfócitos, podem ser ainda mais isoladas usando técnicas convencionais, por exemplo , classificação celular ativada magneticamente (MACS) (Miltenyi Biotec, Auburn, Califórnia ) ou triagem de células ativadas por fluorescência (FACS) (Becton Dickinson, San Jose, Califórnia).

[0146] Em uma forma de realização, a amostra de sangue é de cerca de 0,1 mL a cerca de 10,0 mL, de cerca de 0,2 mL a cerca de 7 mL, de cerca de 0,3 mL a cerca de 5 mL, de cerca de 0,4 mL a cerca de 3,5 mL ou de cerca de 0,5 mL a cerca de 3 mL. Em outra forma de realização, a amostra de sangue é de cerca de 0,3, 0,4, 0,5, 0,6, 0,7, 0,8, 0,9, 1,0, 1,5, 2,0, 2,5, 3,0, 3,5, 4,0, 4,5, 5,0, 6,0, 7,0, 8,0, 9,0 ou 10,0 mL.

[0147] Em uma forma de realização, a amostra é uma amostra de medula óssea. Os procedimentos para obter uma amostra de medula óssea são bem conhecidos na técnica, incluindo mas não se limitando a biópsia da medula óssea e aspiração da medula óssea. A medula óssea tem uma porção fluida e uma porção mais sólida. Na biópsia da medula óssea, é retirada uma amostra da porção sólida. Na aspiração da medula óssea, uma amostra da porção de fluido é coletada. Na aspiração da medula óssea, uma amostra da porção de fluido é coletada. A biópsia da medula óssea e a aspiração da medula óssea podem ser feitas ao mesmo tempo e referidas como exame da medula óssea.

[0148] Em certas formas de realização, a amostra usada nos métodos aqui fornecidos inclui uma pluralidade de células. Essas células podem incluir qualquer tipo de célula, por exemplo, células-tronco, células sanguíneas (por exemplo, PBMCs), linfócitos, células NK, células B, células T, células T, monócitos, granulócitos, células imunes ou células tumorais ou cancerígenas. Populações celulares específicas podem ser obtidas usando uma combinação de anticorpos disponíveis comercialmente (por exemplo, Quest Diagnostic (San Juan Capistrano, Califórnia); Dako (Dinamarca)). Em certas formas de realização, a amostra usada nos métodos aqui fornecidos inclui PBMCs.

[0149] Em certas formas de realização, a amostra usada nos métodos aqui fornecidos inclui uma pluralidade de células do tecido doente, por exemplo, uma amostra de tumor do sujeito. Em algumas formas de realização, as células podem ser obtidas a partir do tecido tumoral, como uma biópsia tumoral ou um explante tumoral. Em certas formas de realização, o número de células usadas nos métodos aqui fornecidos pode variar de uma única célula a cerca de 109 células. Em algumas formas de realização, o número de células usadas nos métodos aqui fornecidos é de cerca de 1 x 104, 5 x 104, 1 x 105, 5 x 105, 1 x 106, 5 x 106, 1 x 107, 5 x 107, 1 x 108 ou 5 x 108.

[0150] O número e o tipo de células coletadas de um sujeito podem ser monitorados, por exemplo, medindo-se alterações na morfologia e nos marcadores da superfície celular usando técnicas de detecção de células padrão, como citometria de fluxo, classificação celular, imunocitoquímica (por exemplo , coloração com tecido específico ou anticorpos específicos para marcadores de células) classificação celular ativada por fluorescência (FACS), classificação celular ativada magnética (MACS), examinando a morfologia das células usando microscopia leve ou confocal e/ou medindo alterações na expressão gênica usando técnicas bem conhecidas na arte, como PCR e perfil de expressão de genes. Essas técnicas também podem ser usadas para identificar células positivas para um ou mais marcadores específicos. A separação celular ativada por fluorescência (FACS) é um método bem conhecido para separar partículas, incluindo células, com base nas propriedades fluorescentes das partículas (Kamarch, 1987, Methods Enzymol, 151: 150-165). A excitação a laser de porções fluorescentes nas partículas individuais resulta em uma pequena carga elétrica, permitindo a separação eletromagnética de partículas positivas e negativas de uma mistura. Numa forma de realização, os anticorpos ou ligantes específicos para marcadores de superfície celular são marcados com marcadores fluorescentes distintos. As células são processadas através do classificador de células, permitindo a separação das células com base em sua capacidade de se ligar aos anticorpos utilizados. As partículas classificadas por FACS podem ser depositadas diretamente em poços individuais de placas de 96 ou 384 poços para facilitar a separação e a clonagem.

[0151] Em certas formas de realização, subconjuntos de células são usados nos métodos aqui fornecidos. Os métodos para classificar e isolar populações específicas de células são bem conhecidos na técnica e podem ser baseados no tamanho da célula, morfologia ou marcadores intracelulares ou extracelulares. Tais métodos incluem, entre outros, citometria de fluxo, classificação de fluxo, FACS, separação baseada em esferas, como classificação de células magnéticas, separação por tamanho (por exemplo , uma peneira, uma série de obstáculos ou um filtro), classificação em uma dispositivo de micro fluídos, a separação baseada em anticorpos, sedimentação, adsorção de afinidade, a extração de afinidade, centrifugação em gradiente de densidade, de laser de captura microdissecação, etc .

[0152] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos podem incluir uma contagem de células sanguíneas ou contagem de células da medula. A contagem de células sanguíneas pode ser realizada, por exemplo, por um flebotomista treinado. Os flebotomistas geralmente coletam amostras de sangue por punção venosa, atraindo o sangue para um tubo de ensaio contendo um anticoagulante para impedir a coagulação. Um procedimento semelhante pode geralmente ser usado com um aspirado de medula. A contagem de células pode ser realizada manualmente, por exemplo, por um técnico de laboratório treinado que pode analisar uma amostra de sangue, por exemplo, sob um microscópio em uma lâmina de vidro. Geralmente, esse processo é automatizado usando um analisador de sangue automatizado disponível no mercado. Tais instrumentos normalmente possuem células de fluxo, fotômetros e aberturas para analisar diferentes tipos de células em uma amostra de sangue.

[0153] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar as contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos em uma amostra de um sujeito com AML e administrar uma terapêutica eficaz quantidade de um FTI para o sujeito se o ANC e/ou BMR na amostra for menor que uma referência de ANC e/ou BMR. Em algumas formas de realização, uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI é administrada a um paciente AML, tendo sido determinado que possui um ANC e/ou BMR menor que um ANC e/ou BMR de referência. Em algumas formas de realização, a AML é diagnosticada recentemente. Em algumas formas de realização, o sujeito é um paciente idoso com AML de baixo risco. Em algumas formas de realização, a AML é AML recidivada ou refratária.

[0154] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação das contagens de ANC, BMR, células imaturas de medula e/ou medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos em uma amostra de um sujeito com MDS e administrar uma terapêutica eficaz quantidade de um FTI para o sujeito se o ANC e/ou BMR na amostra for menor que uma referência de ANC e/ou BMR. Em algumas formas de realização, uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI é administrada a um paciente com MDS tendo sido determinado como tendo um ANC e/ou BMR menor que um ANC e/ou BMR de referência.

[0155] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação das contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos em uma amostra de um sujeito com LMC e administrar uma terapêutica eficaz quantidade de um FTI para o sujeito se o ANC e/ou BMR na amostra for menor que uma referência de ANC e/ou BMR. Em algumas formas de realização, uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI é administrada a um paciente com LMC tendo sido determinado que possui um ANC e/ou BMR menor que um ANC e/ou BMR de referência.

[0156] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar as contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos em uma amostra de um sujeito com CMML e administrar um terapeuticamente eficaz quantidade de um FTI para o sujeito se o ANC e/ou BMR na amostra for menor que uma referência de ANC e/ou BMR. Em algumas formas de realização, uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI é administrada a um paciente CMML tendo sido determinado que possui um ANC e/ou BMR menor que um ANC e/ou BMR de referência.

[0157] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar as contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos em uma amostra de um sujeito com mielofibrose e administrar uma terapêutica eficaz quantidade de um FTI para o sujeito se o ANC e/ou BMR na amostra for menor que uma referência de ANC e/ou BMR. Em algumas formas de realização, uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI é administrada a um paciente com mielofibrose que foi determinado como tendo um ANC e/ou BMR menor que um ANC e/ou BMR de referência.

[0158] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar as contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos em uma amostra de um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström e administrar uma terapêutica quantidade efetiva de um FTI para o sujeito se o ANC e/ou BMR na amostra for menor que uma referência de ANC e/ou BMR. Em algumas formas de realização, uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI é administrada a um paciente de macroglobulinemia de Waldenström que foi determinado como tendo um ANC e/ou BMR menor que um ANC e/ou BMR de referência.

[0159] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar as contagens de ANC, BMR, blastos periféricos e/ou da medula, um padrão de expressão gênica ou uma combinação dos mesmos em uma amostra de um sujeito com síndrome de WHIM e administrar uma terapêutica quantidade efetiva de um FTI para o sujeito se o ANC e/ou BMR na amostra for menor que uma referência de ANC e/ou BMR. Em algumas formas de realização, uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI é administrada a um paciente com síndrome de WHIM que foi determinado como tendo um ANC e/ou BMR menor que um ANC e/ou BMR de referência.

[0160] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de CXCL12 em circulação no plasma em uma amostra de um sujeito com uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) e a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de CXCL12 em circulação no plasma na amostra é superior ao nível de referência do CXCL12 em circulação no plasma. Em algumas formas de realização, o nível plasmático de CXCL12 de um sujeito com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) foi determinado. Em algumas formas de realização, foi determinado que um sujeito com uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) possui um nível de CXCL12 em circulação no plasma superior a um nível de referência. Em algumas formas de realização, o sujeito tem uma doença da medula óssea. Em algumas formas de realização, o sujeito tem um câncer. Em algumas formas de realização, o sujeito tem neutropenia. Em algumas formas de realização, o sujeito tem uma doença ou distúrbio genético envolvendo hiperatividade da medula óssea CXCR4, como a síndrome WHIM ou a macroglobulinemia de Waldestrom.

[0161] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de CXCL12 em plasma circulante em uma amostra de um sujeito. Em formas de realização específicas, o câncer é carcinoma nasofaríngeo. Em formas de realização específicas, o câncer é um carcinoma nasofaríngeo associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de esôfago. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de ovário. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de mama. Em certas formas de realização, o câncer é câncer de pâncreas. Em formas de realização específicas, o câncer de pâncreas é um câncer de pâncreas localmente avançado. Em algumas formas de realização, o câncer é um câncer hematológico. Em certas formas de realização, o câncer é um linfoma. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL. Em certas formas de realização, o câncer é leucemia. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0162] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de CXCL12 em circulação no plasma em uma amostra de um sujeito com linfoma e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de CXCL12 em circulação no plasma na amostra for acima do nível de referência do plasma CXCL12 em circulação. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com linfoma cujo nível de CXCL12 em circulação no plasma foi determinado como sendo mais alto do que um nível de referência de CXCL12 em circulação no plasma. Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV. Em algumas formas de realização, o linfoma é AITL, PTCL-NOS, ALCL - ALK positivo, ALCL - ALK negativo, linfoma de células T associado a enteropatia, linfoma de células T extranodal natural killer cell (NK) - tipo nasal, célula T hepatoesplênica linfoma ou linfoma subcutâneo de célula T semelhante a paniculite. Em formas de realização específicas, o linfoma é AITL. Em outras formas de realização específicas, o linfoma é PTCL-NOS. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de CXCL12 em circulação plasmática em uma amostra de um sujeito com PTCL e a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito, se o O nível de CXCL12 em circulação no plasma na amostra é superior ao nível de referência do CXCL12 em circulação no plasma.

[0163] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de CXCL12 em circulação no plasma em uma amostra de um sujeito com AML e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de CXCL12 em circulação no plasma na amostra for acima do nível de referência do plasma CXCL12 em circulação. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente AML cujo nível de CXCL12 em circulação no plasma foi determinado como sendo mais alto do que um nível de referência de CXCL12 em circulação no plasma. Em algumas formas de realização, a AML é diagnosticada recentemente. Em algumas formas de realização, o sujeito é um paciente idoso com AML de baixo risco. Em algumas formas de realização, a AML é AML recidivada ou refratária.

[0164] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de CXCL12 em circulação no plasma em uma amostra de um sujeito com MDS e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de CXCL12 em circulação no plasma na amostra for acima do nível de referência do plasma CXCL12 em circulação. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com MDS cujo nível de CXCL12 em circulação no plasma foi determinado como sendo mais alto do que um nível de referência de CXCL12 em circulação no plasma.

[0165] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de CXCL12 em circulação no plasma em uma amostra de um sujeito com mielofibrose e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de CXCL12 em circulação no plasma na amostra for acima do nível de referência do plasma CXCL12 em circulação. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente de mielofibrose cujo nível de CXCL12 em circulação no plasma foi determinado como sendo mais alto do que um nível de referência de CXCL12 em circulação no plasma.

[0166] Em algumas formas de realização, a amostra usada nos métodos aqui fornecidos pode ser uma amostra de sangue total, uma amostra de sangue parcialmente purificada, uma amostra de sangue periférico, uma amostra de soro ou plasma, uma amostra de células ou uma amostra de linfonodo. A amostra pode ser uma biópsia de tecido ou uma biópsia de tumor. Em algumas formas de realização, a amostra é uma biópsia de linfonodo de um sujeito com linfoma, por exemplo, PTCL ou CTCL. Em algumas formas de realização, a amostra são os PBMCs de um sujeito com linfoma, por exemplo, PTCL. Em algumas formas de realização, a amostra é uma biópsia de linfonodo ou medula óssea de um indivíduo com leucemia, por exemplo, AML, uma leucemia de células T ou LMC. Em algumas formas de realização, a amostra são os PBMCs de um sujeito com leucemia, por exemplo, AML, uma leucemia de células T ou LMC.

[0167] A amostra pode ser uma biópsia de tumor, uma amostra de sangue, uma amostra de linfonodo, um aspirado ou qualquer outra amostra aqui divulgada. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0168] São aqui fornecidos métodos para tratar o câncer que expressa CXCL12 em um sujeito com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com um câncer que expressa CXCL12 e uma manifestação de homing celular da medula óssea de células mielóides.

Também são fornecidos aqui métodos para prever a capacidade de resposta de um paciente com câncer para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com câncer para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com câncer para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com câncer população para um tratamento de FTI.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com câncer para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, o sujeito com câncer foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com câncer para determinar que o sujeito tem câncer que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com câncer para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) e um câncer que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, o sujeito com câncer foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) e um câncer que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

Em algumas formas de realização, o câncer é um câncer de medula óssea.

São fornecidos aqui métodos para tratar o linfoma que expressa CXCL12 em um paciente com linfoma que tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são aqui fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com linfoma para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com linfoma para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com linfoma para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com linfoma população para um tratamento de FTI.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com linfoma para determinar que o sujeito tem linfoma que expressa CXCL12 e uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração do FTI a um paciente com linfoma que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

Em algumas formas de realização, o linfoma é AITL, PTCL-NOS, ALCL-ALK positivo, ALCL-ALK negativo, linfoma de células T associado a enteropatia, linfoma de célula T extranodal natural killer cell (NK) - tipo nasal, célula T hepatoesplênica linfoma ou linfoma subcutâneo de célula T semelhante a paniculite.

Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV.

Em formas de realização específicas, o linfoma é AITL.

Em formas de realização específicas, o linfoma é PTCL-NOS.

Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

Em formas de realização específicas, o câncer é carcinoma nasofaríngeo.

Em formas de realização específicas, o câncer é carcinoma nasofaríngeo associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de esôfago. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de ovário. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de mama. Em certas formas de realização, o câncer é câncer de pâncreas. Em formas de realização específicas, o câncer de pâncreas é um câncer de pâncreas localmente avançado. Em algumas formas de realização, o câncer é um câncer hematológico. Em certas formas de realização, o câncer é um linfoma. Em certas formas de realização, o câncer é leucemia. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0169] São aqui fornecidos métodos para tratar a leucemia que expressa CXCL12 em um sujeito com manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com leucemia que expressa CXCL12 e uma manifestação óssea do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são aqui fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um paciente com leucemia para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com leucemia para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com leucemia para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com leucemia população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com leucemia para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea

(homing) antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, foi determinado que o sujeito com leucemia tinha uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com leucemia e uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) para determinar que o sujeito tem leucemia que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com leucemia para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) e leucemia que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o sujeito com leucemia foi determinado como tendo uma leucemia que expressa CXCL12 e uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração do FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib. Em certas formas de realização, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a AML é diagnosticada recentemente. Em formas de realização específicas, o sujeito é um paciente idoso com AML de baixo risco. Em algumas formas de realização, a AML é AML recidivada ou refratária. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0170] São aqui fornecidos métodos para tratar a MDS que expressa CXCL12 em um sujeito com manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um

FTI ao sujeito com MDS que expressa CXCL12 e neutropenia isolada.

Também são fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com MDS para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com MDS para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com MDS para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente com MDS população para um tratamento de FTI.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com MDS para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com MDS que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com MDS para determinar que o sujeito tem MDS que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com MDS que foi determinado como tendo um MDS que expressa CXCL12. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com MDS para determinar que o sujeito tem neutropenia ou neutropenia isolada e MDS que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com

MDS, que foi determinado como tendo uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) e um MDS que expressa CXCL12.

[0171] São aqui fornecidos métodos para tratar a mielofibrose que expressa CXCL12 em um sujeito, incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com mielofibrose que expressa CXCL12 e uma manifestação de células da medula óssea localizadas em células mielóides. Também são fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com mielofibrose para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente de mielofibrose para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes de mielofibrose para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de um paciente de mielofibrose população para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com mielofibrose para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com mielofibrose que foi determinado como tendo uma manifestação de homing de células da medula óssea em células mielóides. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com mielofibrose e uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) para determinar que o sujeito tem mielofibrose que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com mielofibrose que foi determinado como tendo uma mielofibrose que expressa CXCL12. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com mielofibrose para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) e mielofibrose que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com mielofibrose, tendo sido determinado que possui uma mielofibrose que expressa CXCL12 e uma manifestação de homing de células da medula óssea em células mielóides. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0172] São aqui fornecidos métodos para tratar a macroglobulinemia de Waldenström que expressa CXCL12 em um sujeito com manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com macroglobulinemia de Waldenström que expressa CXCL12 e uma manifestação de homing celular da medula óssea de células mielóides. Também são fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um indivíduo com macroglobulinemia de Waldenström para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente de macroglobulinemia de Waldenström para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com macroglobulinemia de Waldenström para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de uma população de pacientes com macroglobulinemia de Waldenström para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com macroglobulinemia de Waldenström para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao paciente com macroglobulinemia de Waldenström, tendo sido determinado como tendo uma manifestação do retorno das células da medula óssea às células mielóides.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com macroglobulinemia de Waldenström para determinar que o sujeito tem macroglobulinemia de Waldenström que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao paciente com macroglobulinemia de Waldenström que foi determinado como tendo uma macroglobulinemia de Waldenström que expressa CXCL12. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com macroglobulinemia de Waldenström para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) e macroglobulinemia de Waldenström que expressa CXCL12 antes de administrar o FTI ao sujeito.

Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente de macroglobulinemia de Waldenström, tendo sido determinado que possui uma macroglobulinemia de Waldenström que expressa CXCL12 e uma manifestação da homogeneização celular de células mielóides das células da medula óssea.

Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0173] São aqui fornecidos métodos para tratar a síndrome WHIM em um sujeito com manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), incluindo a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito com síndrome de WHIM e uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Também são fornecidos métodos para prever a capacidade de resposta de um sujeito com síndrome de WHIM para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com síndrome de WHIM para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com síndrome de WHIM para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de uma população de pacientes WHIM para um tratamento de FTI. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a análise de uma amostra do sujeito com síndrome de WHIM para determinar que o sujeito tem uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes de administrar o FTI ao sujeito. Em algumas formas de realização, os métodos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um paciente com síndrome de WHIM, tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0174] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC em uma amostra (por exemplo, uma amostra de sangue) de um sujeito em que o indivíduo está determinado a ter uma manifestação de retorno à célula da medula óssea, como um ANC baixo se ANC <1500 / l, <1400 / l, <1300 / l, <1200 / l, <1100 / l, <1000 / l, <900 / l, <800 / l, <700 / l, <600 / l, <500 / l, <400 / l, <300 / l ou

<200 / l. Em algumas formas de realização, o sujeito é determinado para ter um baixo ANC se o ANC seja <1000 / l.

[0175] Em algumas formas de realização, os métodos incluem determinar o WBC em um sujeito. Em algumas formas de realização, o leucócito de um sujeito com uma manifestação alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), como um ANC baixo, é determinado como estando dentro de uma faixa normal ou superior a uma faixa normal. Em algumas formas de realização, a ANC é determinado para ser <1500 / l, <1400 / l, <1300 / l, <1200 / l, <1100 / l, <1000 / l, <900 / l , <800 / l, <700 / l, <600 / l, <500 / l, <400 / l, <300 / l ou <200 / l e o WBC é determinado como sendo> 1.800 / l,> 1.900 / l,> 2.000 / l,>

2.100 / l, ou> 2.200 / l. Em algumas formas de realização, o ANC está determinado a ser <1.000 / l e o WBC está determinado a ser> 2.000 / l.

[0176] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC e WBC em uma amostra (por exemplo, uma amostra de sangue) de um sujeito em que o indivíduo está determinado a ter uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), como um baixo ANC , se a fração de neutrófilos ((ANC / WBC) x 100) for menor que 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15% ou 10%.

[0177] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC e WBC em uma amostra (por exemplo, uma amostra de sangue) de um sujeito em que o indivíduo está determinado a ter uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), como um baixo ANC se a fração de neutrófilos ((ANC / WBC) x 100) for menor que 50%, 40%, 30%, 25%, 20%, 15% ou 10% e a contagem de leucócitos estiver dentro da faixa normal ou acima da faixa normal gama (por exemplo, WBC> 1800 / l,> 1.900 / l,> 2.000 / l,> 2.100 / l, ou> 2200 / l). Em algumas formas de realização, o sujeito é determinado para ter isolado neutropenia se a fracção de neutrófilos é <40% e o WBC é> 2000 / l.

[0178] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação de células imaturas na medula óssea e no sangue periférico. Em algumas formas de realização, um sujeito com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) tem> 25%,> 30%,> 35%,> 40%,> 45%,> 50%,> 55%,> 60%,> 65%,> 70% ou> 75% da medula óssea explode em uma amostra (por exemplo, amostra de medula óssea). Em algumas formas de realização, o indivíduo tem> 45% de células imaturas da medula óssea em uma amostra (por exemplo, amostra de medula óssea). Em algumas formas de realização, o sujeito tem <15%, <10%, <5%, <4%, <3%, <2%, <1%, <0,9%, <0,8%, <0,7%, <0,6%, <0,5%, <0,4%. Células imaturas de sangue periférico <0,3%, <0,2% ou <0,1%. Em algumas formas de realização, o sujeito tem <1% de células imaturas de sangue periférico.

[0179] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da BMR em uma amostra (por exemplo, uma amostra de sangue) de um sujeito com neutropenia isolada, em que o indivíduo é determinado como tendo neutropenia isolada se a BMR for <0,5, <0,4 , <0,3, <0,2, <0,1, <0,09, <0,08, <0,07, <0,06, <0,05, <0,04, <0,03, 0,02 ou <0,01. Em algumas formas de realização, a BMR é <0,03.

[0180] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de expressão do gene CXCL12 em uma amostra de um sujeito com câncer (por exemplo, um paciente com câncer tendo sido determinado como tendo uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), em que o indivíduo está determinado a ter câncer de expressão de CXCL12 se o nível de expressão na amostra for maior que um nível de referência do CXCL12. Em formas de realização específicas, o câncer é carcinoma nasofaríngeo. Em formas de realização específicas, o câncer é um carcinoma nasofaríngeo associado ao EBV. Em algumas formas de realização, o câncer é carcinoma espinocelular da cabeça e pescoço. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de esôfago. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de ovário. Em algumas formas de realização, o câncer é câncer de mama. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer urotelial. Em formas de realização específicas, o câncer é leucemia (por exemplo, AML).

[0181] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de expressão do gene CXCL12 em uma amostra de um sujeito com linfoma (por exemplo, um paciente com linfoma tendo sido determinado como tendo uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), em que o indivíduo está determinado a ter linfoma que expressa CXCL12 se o nível de expressão na amostra for maior que um nível de referência do CXCL12. Em algumas formas de realização, o linfoma é AITL, PTCL-NOS, ALCL-ALK positivo, ALCL- ALK negativo, linfoma de células T associado a enteropatia, linfoma de célula T extranodal natural killer cell (NK) - tipo nasal, célula T hepatoesplênica linfoma ou linfoma subcutâneo de célula T semelhante a paniculite. Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o linfoma é AITL. Em algumas formas de realização, o linfoma é PTCL-NOS. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL. Em algumas formas de realização, o linfoma é um linfoma de células B. Em algumas formas de realização, o linfoma é um linfoma de células NK.

[0182] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de expressão do gene CXCL12 em uma amostra de um sujeito com PTCL (por exemplo, um paciente com PTCL tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing), em que o sujeito é determinado como tendo PTCL que expressa CXCL12 se o nível de expressão na amostra for maior que um nível de referência do CXCL12.

[0183] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de expressão do gene CXCL12 em uma amostra de um sujeito com leucemia (por exemplo, um paciente com leucemia que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)), em que o indivíduo está determinado a ter leucemia que expressa CXCL12 se o nível de expressão na amostra for maior que um nível de referência do CXCL12. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML. Em algumas formas de realização, a AML é diagnosticada recentemente. Em algumas formas de realização, o sujeito é um paciente idoso com AML de baixo risco. Em algumas formas de realização, a AML é AML recidivada ou refratária. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0184] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de expressão do gene CXCL12 em uma amostra de um sujeito com MDS (por exemplo, um paciente com MDS tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)), em que o indivíduo está determinado a ter MDS que expressa CXCL12, se o nível de expressão na amostra for maior que um nível de referência do CXCL12.

[0185] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de expressão do gene CXCL12 em uma amostra de um sujeito com mielofibrose (por exemplo, um paciente com mielofibrose tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)), em que o indivíduo está determinado a ter mielofibrose que expressa CXCL12 se o nível de expressão na amostra for maior que um nível de referência do CXCL12.

[0186] Em algumas formas de realização, os métodos aqui proporcionados incluem a determinação do nível do gene CXCL12 expressão em uma amostra de um sujeito com macroglobulinemia de Waldenstrom (por exemplo, paciente macroglobulinemia de um Waldenstrom, que foi determinada para ter uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)), em que o indivíduo está determinado a ter macroglobulinemia de Waldenström que expressa CXCL12, se o nível de expressão na amostra for superior ao nível de referência do CXCL12.

[0187] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão do gene CXCR4 ou gene HRAS na amostra do indivíduo com câncer (por exemplo, um paciente com câncer que foi determinado como tendo uma manifestação alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) e a proporção do nível de expressão de um gene CXCL12 com a do gene CXCR4 ou gene HRAS, em que o indivíduo está determinado a ter um alto ratio de expressão CXCL12 / CXCR4 ou CXCL12 / HRAS se a razão for maior que uma razão de referência. Em formas de realização específicas, o câncer é carcinoma nasofaríngeo. Em formas de realização específicas, o câncer é um carcinoma nasofaríngeo associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de esôfago. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de ovário. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de mama. Em certas formas de realização, o câncer é câncer de pâncreas. Em formas de realização específicas, o câncer de pâncreas é um câncer de pâncreas localmente avançado. Em algumas formas de realização, o câncer é um câncer hematológico. Em certas formas de realização, o câncer é um linfoma. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL. Em certas formas de realização, o câncer é leucemia. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0188] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão do gene CXCR4 ou do gene HRAS na amostra do sujeito com linfoma (por exemplo, um paciente com linfoma tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) e a proporção do nível de expressão de um gene CXCL12 com a do gene CXCR4 ou gene HRAS, em que o indivíduo está determinado a ter um alt ratio de expressão de CXCL12 / CXCR4 se a proporção for maior que uma razão de referência. Em algumas formas de realização, o linfoma é AITL, PTCL-NOS, ALCL-ALK positivo, ALCL-ALK negativo, linfoma de células T associado a enteropatia, linfoma de célula T extranodal natural killer cell (NK) - tipo nasal, célula T hepatoesplênica linfoma ou linfoma subcutâneo de célula T semelhante a paniculite. Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o linfoma é AITL. Em algumas formas de realização, o linfoma é PTCL-NOS. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

[0189] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão do gene CXCR4 ou do gene HRAS na amostra do sujeito com PTCL (por exemplo, um paciente com PTCL tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) e a proporção do nível de expressão de um gene CXCL12 com a do gene CXCR4 ou gene HRAS, em que o indivíduo está determinado a ter um alto ratio de expressão CXCL12 / CXCR4 ou CXCL12 / HRAS se a razão for maior que uma razão de referência.

[0190] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão do gene CXCR4 ou do gene HRAS na amostra do sujeito com leucemia (por exemplo, um paciente com leucemia que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) e a proporção do nível de expressão de um gene CXCL12 com a do gene CXCR4 ou gene HRAS, em que o indivíduo está determinado a ter um alto ratio de expressão CXCL12 / CXCR4 ou CXCL12 / HRAS se a razão for maior que uma razão de referência.

Em certas formas de realização, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a AML é diagnosticada recentemente. Em formas de realização específicas, o sujeito é um paciente idoso com AML de baixo risco. Em formas de realização específicas, a AML é AML recidivada ou refratária. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0191] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão do gene CXCR4 ou do gene HRAS na amostra do sujeito com MDS (por exemplo, um paciente com MDS tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) e a proporção do nível de expressão de um gene CXCL12 com a do gene CXCR4 ou gene HRAS, em que o indivíduo está determinado a ter um alto ratio de expressão CXCL12 / CXCR4 ou CXCL12 / HRAS se a razão for maior que uma razão de referência.

[0192] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar o nível de expressão do gene CXCR4 ou gene HRAS na amostra do sujeito com mielofibrose (por exemplo, um paciente com mielofibrose que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) e a proporção do nível de expressão de um gene CXCL12 com a do gene CXCR4 ou gene HRAS, em que o indivíduo está determinado a ter um alto ratio de expressão CXCL12 / CXCR4 ou CXCL12 / HRAS se a razão for maior que uma razão de referência.

[0193] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão do gene CXCR4 ou gene HRAS na amostra do sujeito com macroglobulinemia de Waldenström (por exemplo, um paciente de macroglobulinemia de Waldenström foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) e a proporção do nível de expressão de um gene CXCL12 para o do gene CXCR4 ou gene HRAS, em que o indivíduo está determinado a ter um alto ratio de expressão CXCL12 / CXCR4 ou CXCL12 / HRAS se a proporção for maior que uma razão de referência.

[0194] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar o nível de expressão do gene CXCR4 ou gene HRAS na amostra do sujeito com síndrome WHIM (por exemplo, um paciente com síndrome WHIM tendo sido determinado como tendo uma manifestação alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) e a proporção do nível de expressão de um gene CXCL12 para o do gene CXCR4 ou gene HRAS, em que o indivíduo está determinado a ter uma alta taxa de expressão CXCL12 / CXCR4 ou CXCL12 / HRAS se a proporção for maior que uma taxa de referência.

[0195] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da razão entre a expressão de CXCL12 e a expressão de CXCR4 ou HRAS na amostra do sujeito com câncer (por exemplo, um paciente com câncer que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) seja superior a uma razão de referência. Em algumas formas de realização, o ratio de referência pode ser 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 ou 300. Em formas de realização específicas, o câncer é carcinoma nasofaríngeo. Em formas de realização específicas, o câncer é um carcinoma nasofaríngeo associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de esôfago. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de ovário. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de mama. Em certas formas de realização, o câncer é câncer de pâncreas. Em formas de realização específicas, o câncer de pâncreas é um câncer de pâncreas localmente avançado. Em algumas formas de realização, o câncer é um câncer hematológico. Em certas formas de realização, o câncer é um linfoma. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL. Em certas formas de realização, o câncer é leucemia. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0196] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da razão entre a expressão de CXCL12 e a expressão de CXCR4 ou HRAS na amostra do sujeito com linfoma (por exemplo, um paciente com linfoma foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) seja superior a uma razão de referência. Em algumas formas de realização, a razão de referência pode ser 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 ou 300. Em algumas formas de realização, o linfoma é AITL, PTCL-NOS, ALCL -ALK positivo, ALCL-ALK negativo, enteropatia- linfoma de células T associado, linfoma de células T extranodal natural killer (NK) - tipo nasal, linfoma de células T hepatoesplênico ou linfoma de células T semelhante a paniculite subcutânea. Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o linfoma é AITL. Em formas de realização específicas, o linfoma é PTCL- NOS. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

[0197] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da razão entre a expressão de CXCL12 e a expressão de CXCR4 ou HRAS na amostra do sujeito com PTCL (por exemplo, um paciente com PTCL tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) seja superior a uma razão de referência. Em algumas formas de realização, a razão de referência pode ser 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 ou 300.

[0198] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da razão entre a expressão de CXCL12 e a expressão de CXCR4 ou HRAS na amostra do sujeito com leucemia (por exemplo, um paciente com leucemia que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) seja superior a uma razão de referência. Em algumas formas de realização, a razão de referência pode ser 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 ou 300. Em certas formas de realização, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a AML é diagnosticada recentemente. Em formas de realização específicas, o sujeito é um paciente idoso com AML de baixo risco. Em formas de realização específicas, a AML é AML recidivada ou refratária. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC.

[0199] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da razão entre a expressão de CXCL12 e a expressão de CXCR4 ou HRAS na amostra do sujeito com MDS (por exemplo, um paciente com MDS tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) seja superior a uma razão de referência. Em algumas formas de realização, a razão de referência pode ser 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 ou 300.

[0200] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da razão entre a expressão de CXCL12 e a expressão de CXCR4 ou HRAS na amostra do sujeito com mielofibrose (por exemplo, um paciente com mielofibrose tendo sido determinado como tendo uma manifestação alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) seja superior a uma razão de referência. Em algumas formas de realização, a razão de referência pode ser 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 ou 300.

[0201] Em algumas formas de realização, os métodos aqui proporcionados incluem a determinação da proporção de expressão CXCL12 a expressão de CXCR4 ou HRAS na amostra do sujeito com macroglobulinemia de Waldenstrom (por exemplo, paciente macroglobulinemia de um Waldenstrom, que foi determinada para ter uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) seja superior a uma razão de referência. Em algumas formas de realização, a razão de referência pode ser 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 ou 300.

[0202] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC e/ou BMR em uma amostra de um sujeito com neutropenia isolada (por exemplo, um paciente isolado de neutropenia tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um indivíduo com neutropenia isolada e com uma manifestação do alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, o câncer é um câncer hematológico. Em certas formas de realização, o câncer é um linfoma da medula óssea. Em certas formas de realização, o câncer é leucemia. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em algumas formas de realização, a leucemia é CMML. Em algumas formas de realização, a leucemia é uma leucemia de células T.

[0203] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar o nível de expressão de CXCL12 em uma amostra de um sujeito com neutropenia isolada (por exemplo, um paciente isolado de neutropenia tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com neutropenia isolada se o nível de expressão de CXCL12 em uma amostra do sujeito estiver dentro de um nível de referência.

[0204] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar o nível de expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com neutropenia isolada (por exemplo, um paciente isolado de neutropenia tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)) . Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com neutropenia isolada se o nível de expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito estiver dentro de um nível de referência.

[0205] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com neutropenia isolada (por exemplo, um paciente isolado de neutropenia foi determinado como tendo uma manifestação de homing da medula óssea das células mielóides). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com neutropenia isolada se a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito for maior que uma razão de referência.

[0206] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com linfoma na medula óssea ou leucemia de células T se o ANC e/ou BMR em uma amostra do sujeito for menor que uma referência ANC e/ou BMR.

[0207] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar o nível de proteína CXCL12 ou expressão de RNA em uma amostra de um sujeito com linfoma (por exemplo, um paciente com linfoma foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com linfoma se o nível de uma proteína CXCL12 ou expressão de RNA em uma amostra do sujeito for maior que um nível de referência. Em algumas formas de realização, o linfoma é AITL, PTCL-NOS, ALCL-ALK positivo, ALCL-ALK negativo, linfoma de células T associado a enteropatia, linfoma de célula T extranodal natural killer cell (NK) - tipo nasal, célula T hepatoesplênica linfoma ou linfoma subcutâneo de célula T semelhante a paniculite. Em algumas formas de realização, o linfoma é um linfoma associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o linfoma é AITL . Em algumas formas de realização, o linfoma é PTCL-NOS. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

[0208] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com linfoma (por exemplo, um paciente com linfoma tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com linfoma se o nível de expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito estiver dentro de um nível de referência.

[0209] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com linfoma (por exemplo, um paciente com linfoma tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um indivíduo com linfoma, se a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito for maior que uma razão de referência.

[0210] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão da proteína ou RNA CXCL12 em uma amostra de um sujeito com PTCL (por exemplo, um paciente com PTCL tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) ) Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com PTCL se o nível de uma proteína CXCL12 ou expressão de RNA em uma amostra do sujeito for maior que um nível de referência.

[0211] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com PTCL (por exemplo, um paciente com PTCL tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com PTCL se o nível de expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito estiver dentro de um nível de referência.

[0212] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com PTCL (por exemplo, um paciente com PTCL tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com PTCL, se a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito for maior que uma razão de referência.

[0213] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da presença de uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito com leucemia. Em algumas formas de realização, um indivíduo com leucemia foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração de um FTI. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC, contagens periféricas e/ou da medula óssea e/ou BMR em uma amostra de um sujeito com leucemia. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com leucemia se o ANC, a contagem periférica de explosões e/ou a BMR em uma amostra do sujeito for menor que um ANC, contagem periférica de explosões e/ou referência da BMR, ou se a contagem da células imaturas da medula óssea na amostra for maior que a referência da contagem da células imaturas da medula óssea. Em algumas formas de realização, o sujeito com leucemia tem contagens de leucócitos e/ou plaquetas na faixa normal de uma referência saudável. Em certas formas de realização, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a AML é diagnosticada recentemente. Em formas de realização específicas, o sujeito é um paciente idoso com AML de baixo risco. Em formas de realização específicas, a AML é AML recidivada ou refratária. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0214] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão de CXCL12 em uma amostra de um sujeito com leucemia (por exemplo, um paciente com leucemia que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com leucemia se o nível de uma expressão de CXCL12 em uma amostra do sujeito for maior que um nível de referência.

[0215] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com leucemia (por exemplo, um paciente com leucemia tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com leucemia se o nível de expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito estiver dentro de um nível de referência.

[0216] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com leucemia (por exemplo, um paciente com leucemia que foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com leucemia se a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito for maior que uma razão de referência.

[0217] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da presença de uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito com MDS. Em algumas formas de realização, um indivíduo com MDS foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração de um FTI. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC, contagens periféricas e/ou da medula óssea e/ou BMR em uma amostra de um sujeito com MDS. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com MDS se o ANC, a contagem periférica de explosões e/ou a BMR em uma amostra do sujeito for menor que um ANC, contagem periférica de explosões e/ou referência da BMR, ou se a contagem das células imaturas da medula óssea na amostra for maior que a referência da contagem das células imaturas da medula óssea. Em algumas formas de realização, o sujeito com MDS possui contagens de leucócitos e/ou plaquetas na faixa normal de uma referência saudável.

[0218] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão de CXCL12 em uma amostra de um sujeito com MDS (por exemplo, um paciente com MDS tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com MDS se o nível de uma expressão de CXCL12 em uma amostra do sujeito for maior que um nível de referência.

[0219] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com MDS (por exemplo, um paciente com MDS tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com MDS se o nível de expressão de CXCR4 em uma amostra estiver dentro de um nível de referência.

[0220] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com MDS (por exemplo, um paciente com MDS tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com MDS se a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito for maior que uma razão de referência.

[0221] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da presença de uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito com mielofibrose. Em algumas formas de realização, um indivíduo com mielofibrose foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração de um FTI. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC, contagens periféricas e/ou da medula óssea e/ou BMR em uma amostra de um sujeito com mielofibrose. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com mielofibrose se o ANC, a contagem periférica de explosões e/ou a BMR em uma amostra do sujeito for menor que um ANC, contagem periférica de explosões e/ou referência da BMR, ou se a contagem das células imaturas da medula óssea na amostra for maior que a referência da contagem da células imaturas da medula óssea. Em algumas formas de realização, o sujeito com mielofibrose tem leucócitos e/ou plaquetas na faixa normal de uma referência saudável.

[0222] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão de CXCL12 em uma amostra de um sujeito com mielofibrose (por exemplo, um paciente com mielofibrose tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com mielofibrose se o nível de uma expressão de CXCL12 em uma amostra do sujeito for maior que um nível de referência.

[0223] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do nível de expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com mielofibrose (por exemplo, um paciente com mielofibrose tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com mielofibrose se o nível de expressão de CXCR4 em uma amostra estiver dentro de um nível de referência.

[0224] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 na amostra de um sujeito com mielofibrose (por exemplo, um paciente de mielofibrose tendo sido determinado como tendo uma manifestação alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com mielofibrose, se a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito for maior que uma razão de referência.

[0225] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da presença de uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström. Em algumas formas de realização, um indivíduo com macroglobulinemia de Waldenström foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração de um FTI. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC, contagens periféricas e/ou da medula óssea e/ou BMR em uma amostra de um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström se o ANC, contagem periférica de explosões e/ou BMR em uma amostra do sujeito for menor que um ANC, contagem periférica de explosões, e/ou referência da BMR, ou se a contagem das células imaturas da medula óssea na amostra for maior que a referência da contagem da células imaturas da medula óssea. Em algumas formas de realização, o sujeito com macroglobulinemia de Waldenström possui contagens de leucócitos e/ou plaquetas no intervalo normal de uma referência saudável.

[0226] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström se o nível de uma expressão de CXCL12 em uma amostra do sujeito for maior que um nível de referência.

[0227] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um indivíduo com macroglobulinemia de Waldenström se a ativação de mutações CXCR4 estiver presente em uma amostra do sujeito.

[0228] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação da razão entre o nível de uma expressão CXCL12 e a expressão CXCR4 na amostra de um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström (por exemplo, um paciente de macroglobulinemia de Waldenström foi determinado como tendo uma manifestação de homing da medula óssea das células mielóides). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um indivíduo com macroglobulinemia de Waldenström, se a proporção do nível de uma expressão de CXCL12 para expressão de CXCR4 em uma amostra do sujeito for maior que uma razão de referência.

[0229] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação da presença de uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um sujeito com síndrome de WHIM. Em algumas formas de realização, um indivíduo com síndrome de WHIM foi determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) antes da administração de um FTI. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do ANC, contagens periféricas e/ou da medula óssea e/ou BMR em uma amostra de um sujeito com síndrome de WHIM. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com síndrome de WHIM se o ANC, a contagem periférica de explosões e/ou a BMR em uma amostra do sujeito for menor que uma ANC, contagem periférica de explosões, e/ou referência da BMR, ou se a contagem das células imaturas da medula óssea na amostra for maior que a referência da contagem da células imaturas da medula óssea. Em algumas formas de realização, o sujeito com síndrome de WHIM a possui leucócitos e/ou plaquetas na faixa normal de uma referência saudável.

[0230] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar o nível de proteína CXCL12 ou expressão de RNA em uma amostra de um sujeito com síndrome de WHIM (por exemplo, um paciente com síndrome de WHIM tendo sido determinado como tendo uma manifestação de retorno à medula óssea de células mielóides). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com síndrome de WHIM se o nível de uma expressão de CXCL12 em uma amostra do sujeito for maior que um nível de referência.

[0231] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação de mutações CXCR4 na amostra de um sujeito com síndrome WHIM (por exemplo, um paciente com síndrome WHIM tendo sido determinado como tendo uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing)). Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI a um sujeito com síndrome de WHIM se a ativação de mutações CXCR4 estiver presente em uma amostra do sujeito.

[0232] O nível de expressão de um gene pode se referir ao nível de proteína do gene ou ao nível de RNA do gene. Em algumas formas de realização, o nível de expressão de um gene refere-se ao nível de proteína do gene, e os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de proteína do gene.

[0233] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de expressão do mRNA de KIR3DL2 em uma amostra de um sujeito com PTCL e a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão de mIRNA de KIR3DL2 na amostra for abaixo do nível de referência do mRNA de KIR3DL2.

[0234] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de mRNA de um gene em uma amostra de um sujeito com uma manifestação de alojamento de células mielóides na medula óssea (homing). Em algumas formas de realização, o sujeito tem câncer. Em formas de realização específicas, o câncer é leucemia. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de mRNA de um gene em uma amostra de um sujeito com linfoma. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de mRNA de um gene em uma amostra de um sujeito com MDS. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de mRNA de um gene em uma amostra de um sujeito com mielofibrose. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de mRNA de um gene em uma amostra de um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström. Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de mRNA de um gene em uma amostra de um sujeito com síndrome de WHIM. Em algumas formas de realização, o nível de mRNA do gene é determinado por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), qPCR, qRT-PCR, RNA-seq, análise de microarranjos, SAGE, técnica MassARRAY, sequenciação de próxima geração ou FISH.

[0235] Em algumas formas de realização, o nível de expressão de um gene refere-se ao nível de mRNA do gene, e os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de mRNA de um gene. Os métodos para determinar o nível de mRNA de um gene em uma amostra são bem conhecidos na técnica. Por exemplo, em algumas formas de realização, o nível de mRNA pode ser determinado por reação em cadeia da polimerase (PCR), qPCR, qRT-PCR, RNA-seq, análise de microarranjos, SAGE, técnica MassARRAY, sequenciação de próxima geração ou FISH.

[0236] Métodos exemplares de detecção ou quantificação de níveis de mRNA incluem, mas não estão limitados a métodos baseados em PCR, Northern Blots, ensaios de proteção de ribonucleases e similares. A sequência de mRNA pode ser usada para preparar uma sonda que é pelo menos parcialmente complementar. A sonda pode então ser usada para detectar a sequência de mRNA em uma amostra, usando qualquer ensaio adequado, como métodos baseados em PCR, Northern blotting, um teste com vareta medidora de nível e similares.

[0237] Os métodos comumente usados na técnica para quantificação da expressão de mRNA em uma amostra incluem transferência de Northern e hibridização in situ (Parker & Barnes, Methods in Molecular Biology 106: 247-283 (1999)); Ensaios de proteção de RNAse (Hod, Biotechniques 13: 852- 854 (1992)); e reação em cadeia da polimerase (PCR) (Weis et ai, Trends in Genetics 8: 263-264 (1992)). Alternativamente, podem ser empregues anticorpos que reconheçam duplexes específicos, incluindo duplex de DNA, duplex de RNA e duplex híbrido de DNA- RNA ou duplex de proteína de DNA. Os métodos representativos para análise de expressão gênica baseada em sequenciamento incluem Análise Serial de Expressão Gênica (SAGE) e análise de expressão gênica por sequenciamento de assinatura massivamente paralela (MPSS).

[0238] Um método quantitativo sensível e flexível é a PCR. Exemplos de métodos de PCR podem ser encontrados na literatura.

Exemplos de ensaios de PCR podem ser encontrados na Patente US No. 6,927,024, que é incorporada por referência aqui na sua totalidade. Exemplos de métodos de RT-PCR podem ser encontrados na Patente US No. 7.122.799, que é incorporada por referência aqui na sua totalidade. Um método de PCR in situ fluorescente é descrito na Patente US No. 7.186.507, que é incorporada por referência aqui na sua totalidade.

[0239] Observa-se, no entanto, que outros protocolos de amplificação de ácidos nucleicos (isto é, diferentes da PCR) também podem ser utilizados nos métodos analíticos de ácidos nucleicos aqui descritos. Por exemplo, métodos de amplificação adequados incluem reação em cadeia da ligase (ver, por exemplo, Wu & Wallace, Genomics 4: 560-569, 1988); ensaio de deslocamento da fita (ver, por exemplo, Walker et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 89: 392-396, 1992; Patente US No. 5.455.166); e vários sistemas de amplificação baseados em transcrição, incluindo os métodos descritos na Pat. 5.437.990; 5.409.818; e 5,399,491; o sistema de amplificação de transcrição (TAS) (Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 86: 1173-1177, 1989); e replicação de sequência auto-sustentada (3SR) (Guatelli et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 87: 1874-1878, 1990; WO 92/08800). Alternativamente, podem ser utilizados métodos que amplificam a sonda para níveis detectáveis, como a amplificação da Q- replicase (Kramer & Lizardi, Nature 339: 401-402, 1989; Lomeli et al., Clin. Chem. 35: 1826-1831, 1989). Uma revisão dos métodos de amplificação conhecidos é fornecida, por exemplo, por Abramson e Myers em Current Opinion in Biotechnology 4: 41-47 (1993).

[0240] O mRNA pode ser isolado da amostra. A amostra pode ser uma amostra de tecido. A amostra de tecido pode ser uma biópsia de tumor, como uma biópsia de linfonodo. Os métodos gerais para extração de mRNA são bem conhecidos na técnica e são divulgados em livros-texto padrão de biologia molecular, incluindo Ausubel et al., Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley e Sons (1997). Em particular, o isolamento do RNA pode ser realizado usando kit de purificação, conjunto de tampões e protease de fabricantes comerciais, como Qiagen, de acordo com as instruções do fabricante. Por exemplo, o RNA total das células em cultura pode ser isolado usando as mini-colunas Qiagen RNeasy. Outros kits de isolamento de RNA disponíveis comercialmente incluem o MASTERPURE® Complete DNA e RNA Purification Kit (EPICENTRE®, Madison, Wis.) E o Paraffin Block RNA Isolation Kit (Ambion, Inc.). O RNA total das amostras de tecido pode ser isolado usando o RNA Stat-60 (Tel-Test). O RNA preparado a partir do tumor pode ser isolado, por exemplo, por centrifugação em gradiente de densidade de cloreto de césio.

[0241] Em algumas formas de realização, o primeiro passo no perfil de expressão gênica por PCR é a transcrição reversa do modelo de RNA em cDNA, seguida por sua amplificação exponencial em uma reação de PCR. Em outras formas de realização, uma reação combinada de reação em cadeia da transcrição reversa-polimerase (RT-PCR) pode ser usada, por exemplo, como descrito na Patente US 5,310,652; 5,322,770; 5,561 ,058; 5,641 ,864; e 5,693,517. As duas transcriptases reversas comumente usadas são a transcriptase reversa do vírus avilo mieloblastose (AMV-RT) e a transcriptase reversa do vírus da leucemia murina Moloney (MMLV- RT). A etapa de transcrição reversa é tipicamente iniciada usando iniciadores específicos, hexâmeros aleatórios ou oligo-dT, dependendo das circunstâncias e do objetivo do perfil de expressão. Por exemplo, o RNA extraído pode ser transcrito reversamente usando um kit de PCR de RNA GENEAMP ™ (Perkin Elmer, Califórnia, EUA), seguindo as instruções do fabricante. O cDNA derivado pode então ser usado como modelo na reação de PCR subsequente.

[0242] Em algumas formas de realização, a PCR de transcrição reversa em tempo real (qRT-PCR) pode ser usada para a detecção e quantificação de alvos de RNA (Bustin, et al., 2005, Clin. Sci., 109: 365-379). Exemplos de métodos baseados em qRT-PCR podem ser encontrados, por exemplo, na Patente US No. 7.101.663, que é incorporada por referência aqui na sua totalidade. Instrumentos para PCR em tempo real, como o Applied Biosystems 7500, estão disponíveis comercialmente, assim como os reagentes, como o químico TaqMan Sequence Detection.

[0243] Por exemplo, os ensaios de expressão genética TaqMan® podem ser utilizados, seguindo as instruções do fabricante. Esses kits são ensaios de expressão gênica pré-formulados para detecção e quantificação rápida e confiável de transcritos de mRNA de humanos, camundongos e ratos. Ensaio TaqMan® ou 5'- nuclease, como descrito na Pat. 5.210.015; 5.487.972; e

5.804.375; e Holland et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 7276-7280, pode ser usado. O TAQMAN® PCR utiliza tipicamente a atividade 5'-nuclease da polimerase Taq ou Tth para hidrolisar uma sonda de hibridação ligada a sua ampliação alvo, mas qualquer enzima com atividade equivalente à nuclease 5 'pode ser usada. São utilizados dois iniciadores oligonucleotídicos para gerar uma ampliação típica de uma reação de PCR. Um terceiro oligonucleotídeo, ou sonda, é projetado para detectar a sequência nucleotídica localizada entre os dois iniciadores de PCR. A sonda não é extensível pela enzima Taq DNA polimerase e é marcada com um corante fluorescente repórter e um corante fluorescente extintor. Qualquer emissão induzida por laser do corante repórter é extinta pelo corante de resfriamento quando os dois corantes estão localizados próximos uns dos outros, como estão na sonda. Durante a reação de amplificação, a enzima Taq DNA polimerase cliva a sonda de maneira dependente do modelo. Os fragmentos de sonda resultantes se desassociam em solução e o sinal do corante repórter liberado é livre do efeito de extinção do segundo fluoróforo. Uma molécula de corante repórter é liberada para cada nova molécula sintetizada, e a detecção do corante repórter não extinto fornece a base para a interpretação quantitativa dos dados.

[0244] Qualquer método adequado para detectar o produto de degradação pode ser usado em um ensaio de nuclease 5'. Frequentemente, a sonda de detecção é marcada com dois corantes fluorescentes, um dos quais é capaz de extinguir a fluorescência do outro corante. Os corantes são fixados à sonda, de preferência um fixado ao terminal 5 'e o outro fixado a um local interno, de modo que a têmpera ocorra quando a sonda está em um estado não hibridizado e de modo que a clivagem da sonda pelo 5' para A atividade de exonuclease 3 'da DNA polimerase ocorre entre os dois corantes.

[0245] A amplificação resulta na clivagem da sonda entre os corantes, com uma eliminação concomitante de extinção e um aumento na fluorescência observável a partir do corante inicialmente extinto. O acúmulo de produto de degradação é monitorado medindo o aumento na fluorescência da reação. Pat. Nos. 5.491, 063 e 5.571, 673, ambos aqui incorporados por referência, descrevem métodos alternativos para detectar a degradação da sonda que ocorre concomitantemente com a amplificação. Os dados do ensaio 5'-Nuclease podem ser inicialmente expressos como Ct, ou o ciclo do limiar. Como discutido acima, os valores de fluorescência são registrados durante cada ciclo e representam a quantidade de produto amplificado até esse ponto na reação de amplificação. O ponto em que o sinal fluorescente é registrado pela primeira vez como estatisticamente significativo é o ciclo do limiar (Ct).

[0246] Para minimizar erros e o efeito da variação de amostra para amostra, a PCR geralmente é realizada usando um padrão interno. O padrão interno ideal é expresso em um nível constante entre diferentes tecidos e não é afetado pelo tratamento experimental. Os RNAs mais frequentemente usados para normalizar os padrões de expressão gênica são os mRNAs para os genes de limpeza gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH) e P- actina.

[0247] Os iniciadores e sondas de PCR são projetados com base nas sequências de íntron presentes no gene a ser amplificado. Nesta forma de realização, o primeiro passo no projeto do iniciador / sonda é o delineamento de sequências de íntron dentro dos genes. Isso pode ser feito por software disponível ao público, como o software DNA BLAST, desenvolvido por Kent, W., Genome Res. 12 (4): 656-64 (2002), ou pelo software BLAST, incluindo suas variações. Os passos subsequentes seguem métodos bem estabelecidos de iniciador de PCR e design da sonda.

[0248] Para evitar sinais não específicos, pode ser importante mascarar seqüências repetitivas dentro dos íntrons ao projetar os iniciadores e sondas. Isso pode ser facilmente realizado usando o programa Repeat Masker, disponível on-line no Baylor College of Medicine, que triagem sequências de DNA contra uma biblioteca de elementos repetitivos e retorna uma sequência de consulta na qual os elementos repetitivos são mascarados. As sequências de íntron mascaradas podem então ser usadas para projetar sequências de iniciadores e sondas usando quaisquer pacotes de design de iniciadores / sondas disponíveis comercial ou publicamente, como Primer Express (Applied Biosystems); Ensaio MGB por projeto (Applied Biosystems); Primer3 (Rozen e Skaletsky (2000) Primer3 na WWW para usuários em geral e para programadores de biólogos. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformática Métodos e protocolos: Métodos em Biologia Molecular. Humana Press, Totowa, NJ, pp 365- 386)

[0249] RNA-Seq, também chamado de Sequenciamento ‘shotgun’ de transcriptoma inteiro (WTSS) refere-se ao uso de tecnologias de sequenciamento de alto rendimento para sequenciar cDNA, a fim de obter informações sobre o conteúdo de RNA de uma amostra. As publicações que descrevem RNA-Seq incluem: Wang et al., Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63 (janeiro de 2009); Ryan et al. BioTechniques 45 (1): 81-94 (2008); e Maher et al., Nature 458 (7234): 97-101 (janeiro de 2009); que são incorporados na sua totalidade.

[0250] A expressão gênica diferencial também pode ser identificada ou confirmada usando a técnica de microarray. Neste método, as sequências polinucleotídicas de interesse (incluindo cDNAs e oligonucleotídeos) são plaqueadas ou dispostas em um substrato de microchip. As sequências dispostas são então hibridadas com sondas de DNA específicas de células ou tecidos de interesse.

[0251] Em uma forma de realização da técnica de microarranjo, inserções amplificadas por PCR de clones de cDNA são aplicadas a um substrato em uma matriz densa. De preferência, pelo menos

10.000 sequências de nucleotídeos são aplicadas ao substrato. Os genes de microarray, imobilizados no microchip com 10.000 elementos cada, são adequados para hibridação sob condições rigorosas. As sondas de cDNA marcadas com fluorescência podem ser geradas através da incorporação de nucleotídeos fluorescentes por transcrição reversa de RNA extraído de tecidos de interesse. As sondas de cDNA rotuladas aplicadas ao chip hibridam com especificidade para cada ponto do DNA na matriz. Após uma lavagem rigorosa para remover sondas ligadas não especificamente, o chip é digitalizado por microscopia confocal a laser ou por outro método de detecção, como uma câmera CCD. A quantificação da hibridação de cada elemento disposto permite avaliar a abundância de mRNA correspondente. Com fluorescência de duas cores, sondas de cDNA marcadas separadamente, geradas a partir de duas fontes de RNA, são hibridadas em pares à matriz. A abundância relativa dos transcritos das duas fontes correspondentes a cada gene especificado é assim determinada simultaneamente. A escala miniaturizada da hibridação proporciona uma avaliação conveniente e rápida do padrão de expressão para um grande número de genes. Foi demonstrado que esses métodos têm a sensibilidade necessária para detectar transcritos raros, que são expressos em algumas cópias por célula, e para detectar reprodutivelmente pelo menos aproximadamente duas vezes as diferenças nos níveis de expressão (Schena et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA 93 (2): 106-149 (1996)). A análise de microarrays pode ser realizada por equipamentos disponíveis comercialmente, seguindo os protocolos do fabricante, como o uso da tecnologia Affymetrix GENCHIP ™ ou a tecnologia de microarrays da Incyte.

[0252] A análise de série da expressão génica (SAGE) é um método que permite a análise simultânea e quantitativa de um grande número de transcritos de genes, sem a necessidade de proporcionar uma sonda de hibridação individual para cada transcrito. Primeiro, é gerada uma etiqueta de sequência curta (cerca de 10-14 pb) que contém informações suficientes para identificar exclusivamente uma transcrição, desde que a etiqueta seja obtida de uma posição única dentro de cada transcrição. Então, muitos transcritos são ligados para formar moléculas seriais longas, que podem ser sequenciadas, revelando a identidade das várias tags simultaneamente. O padrão de expressão de qualquer população de transcritos pode ser avaliado quantitativamente, determinando a abundância de marcadores individuais e identificando o gene correspondente a cada marcador. Para mais detalhes, por exemplo, Velculescu et al. Science 270: 484- 487 (1995); e Velculescu et al. Cell 88: 243- 51 (1997).

[0253] A tecnologia MassARRAY (Sequenom, San Diego, Califórnia) é um método automatizado e de alto rendimento da análise de expressão gênica usando espectrometria de massa (MS) para detecção. De acordo com este método, após o isolamento do RNA, transcrição reversa e amplificação por PCR, os cDNAs são submetidos à extensão do iniciador. Os produtos de extensão do primer derivado de cDNA são purificados e distribuídos em um arranjo de chips que é pré-carregado com os componentes necessários para a preparação da amostra de MALTI-TOF MS. Os vários cDNAs presentes na reação são quantificados através da análise das áreas de pico no espectro de massa obtido.

[0254] O nível de mRNA também pode ser medido por um ensaio baseado em hibridação. Um método típico de ensaio de mRNA pode conter as etapas de 1) obtenção de sondas sujeitas à superfície; 2) hibridação de uma população de mRNAs para as sondas ligadas à superfície sob condições suficientes para fornecer ligação específica (3) lavagens pós-hibridação para remover ácidos nucleicos não ligados na hibridação; e (4) detecção dos mRNAs hibridados. Os reagentes usados em cada uma dessas etapas e suas condições de uso podem variar dependendo da aplicação específica.

[0255] Qualquer plataforma de ensaio adequada pode ser usada para determinar o nível de mRNA em uma amostra. Por exemplo, um ensaio pode estar na forma de uma vareta medidora de nível, uma membrana, um chip, um disco, uma tira de teste, um filtro, uma microesfera, uma lâmina, uma placa de múltiplos poços ou uma fibra óptica. Um sistema de ensaio pode ter um suporte sólido ao qual está ligado um ácido nucleico correspondente ao mRNA. O suporte sólido pode ter, por exemplo, um plástico, silicone, um metal, uma resina, vidro, uma membrana, uma partícula, um precipitado, um gel, um polímero, uma folha, uma esfera, um polissacarídeo, um capilar, um fiAMLr um prato ou um slide. Os componentes do teste podem ser preparados e embalados juntos como um kit para detectar um mRNA.

[0256] O ácido nucleico pode ser marcado, se desejado, para formar uma população de mRNAs marcados. Em geral, uma amostra pode ser rotulada usando métodos bem conhecidos na técnica (por exemplo, usando DNA ligase, transferase terminal ou rotulando o backbone de RNA, etc.; veja, por exemplo, Ausubel, et al., Short Protocols in Molecular Biology, 3a ed., Wiley & Sons 1995 e Sambrook et ai., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Terceira Edição, 2001 Cold Spring Harbor, NY). Em algumas formas de realização, a amostra é marcada com etiqueta fluorescente. Exemplos de corantes fluorescentes incluem, entre outros, corantes de xanteno, corantes de fluoresceína, corantes de rodamina, isotiocianato de fluoresceína (FITC), 6 carboxifluoresceína (FAM), 6 carboxi-fluororesceína (FAM), 6 carboxi-2 ', 4', 7 ', 4,7-hexaclorofluoresceína (HEX) , 6 carboxi 4 ', 5' dicloro 2 ', 7' dimetoxifluoresceína (JOE ou J), N, N, N ', N' tetrametil 6 carboxirododamina (TAMRA ou T), 6 carboxi X rodamina (ROX ou R), 5 carboxirodamina 6G (R6G5 ou G5), 6 carboxirrodamina 6G (R6G6 ou G6) e rodamina 110; corantes de cianina, por exemplo, corantes Cy3, Cy5 e Cy7; Corantes Alexa, por exemplo Alexa-fluor-555; cumarina, Dietilaminocumarina, umbelliferona; corantes benzimida, por exemplo Hoechst 33258; corantes de fenantridina, por exemplo , Texas Red; corantes de etídio; corantes de acridina; corantes de carbazol; corantes fenoxazina; corantes de porfirina; corantes de polimetina, corantes BODIPY, corantes de quinolina, pireno, clorotriazinil de fluoresceína, R110, eosina, JOE, R6G, tetrametilrodamina, lissamina, ROX, napthofluoresceína e semelhantes.

[0257] A hibridação pode ser realizada sob condições adequadas de hibridação, que podem variar em rigor conforme desejado. As condições típicas são suficientes para produzir complexos sonda / alvo em uma superfície sólida entre membros de ligação complementares, isto é, entre sondas sujeitas à superfície e mRNAs complementares em uma amostra. Em certas formas de realização, condições rigorosas de hibridação podem ser empregadas.

[0258] A hibridação é tipicamente realizada sob condições rigorosas de hibridação. Técnicas de hibridação padrão (por exemplo, sob condições suficientes para fornecer ligação específica de mRNAs alvo na amostra às sondas) são descritas em Kallioniemi et al., Ciência 258: 818-821 (1992) e WO 93/18186. Vários guias de técnicas gerais estão disponíveis, por exemplo, Tijssen, Hibridação com sondas de ácidos nucléicos, Partes I e II (Elsevier, Amsterdã 1993). Para descrições de técnicas adequadas para hibridizações in situ, consulte Gall et al. Meth. Enzymol., 21: 470-480 (1981); e Angerer et al. in Genetic Engineering: Principles and Methods (Setlow e Hollaender, Eds.) Vol. 7, páginas 43-65 (Plenum Press, Nova Iorque 1985). A seleção de condições apropriadas, incluindo temperatura, concentração de sal, concentração de polinucleotídeos, tempo de hibridação, rigor das condições de lavagem e semelhantes, dependerá do projeto experimental, incluindo fonte da amostra, identidade dos agentes de captura, grau de complementaridade esperado etc., e pode ser determinado como uma questão de experimentação de rotina para aqueles versados na técnica. Aqueles versados na técnica reconhecerão prontamente que condições de hibridação e lavagem alternativas, mas comparáveis, podem ser utilizadas para fornecer condições de rigor semelhante.

[0259] Após o procedimento de hibridação de mRNA, os polinucleotídeos ligados à superfície são tipicamente lavados para remover ácidos nucleicos não ligados. A lavagem pode ser realizada usando qualquer protocolo de lavagem conveniente, onde as condições de lavagem são tipicamente rigorosas, como descrito acima. A hibridação dos mRNAs alvo para as sondas é então detectada usando técnicas padrão.

[0260] Quaisquer métodos descritos aqui ou de outra forma conhecidos na técnica podem ser utilizados para determinar o nível de mRNA de um gene em uma amostra de um sujeito aqui descrito. A título de exemplo, em algumas formas de realização, são fornecidos aqui métodos para tratar PTCL em um sujeito que inclui a determinação do nível de mRNA do gene CXCL12 em uma amostra do sujeito usando qRT-PCR e administrando uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de mRNA do gene CXCL12 na amostra for superior ao nível de expressão de referência do gene CXCL12.

[0261] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos para tratar o linfoma que expressa CXCL12 em um sujeito com um FTI, métodos para prever a responsividade de um sujeito com linfoma para um tratamento de FTI, métodos para selecionar um paciente com linfoma para um tratamento de FTI, métodos para estratificar pacientes com linfoma para um tratamento de FTI e métodos para aumentar a capacidade de resposta de uma população de pacientes com linfoma para um tratamento de FTI incluem ainda determinar o nível de expressão de um marcador ou marcadores AITL selecionados do grupo que consiste em CXCL13, VCAM1 e angpt1, em uma amostra de um sujeito com linfoma, em que se o nível de expressão do gene adicional na amostra for maior que o nível de expressão de referência, prevê- se que o sujeito responda provavelmente a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI.

[0262] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do status SNV do CXCL12 em uma amostra de um sujeito com neutropenia isolada. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com neutropenia isolada provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver o SN28 rs2839695 do CXCL12 (A / G na posição 44873849 no CXCL12 3 'região não traduzida (UTR)). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com neutropenia isolada provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na posição 44873186 da UTR 3 'de CXCL12. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com neutropenia isolada seja provavelmente responsivo a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na UTR 3 'de CXCL12.

[0263] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do status SNV do CXCL12 em uma amostra de um sujeito com leucemia (por exemplo, AML, uma leucemia de células T ou LMC). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com leucemia (por exemplo, AML, leucemia de células T ou LMC) responda provavelmente a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver o rs2839695 SNV de CXCL12 (A /

G na posição 44873849 na região não traduzida CXCL12 3 '(UTR)). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com leucemia (por exemplo, AML, leucemia de células T ou LMC) responda provavelmente a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na posição 44873186 do UTR 3 'de CXCL12. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com leucemia (por exemplo, AML, leucemia de células T ou LMC) responda provavelmente a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV no UTR 3 'de CXCL12.

[0264] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar o status SNV de CXCL12 em uma amostra de um sujeito com linfoma (por exemplo, CTCL). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com linfoma (por exemplo, CTCL) provavelmente responda a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver o SNV rs2839695 do CXCL12 (A / G em posição 44873849 na região não traduzida CXCL12 3 '(UTR)). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com linfoma (por exemplo, CTCL) provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na posição 44873186 da UTR 3 ' de CXCL12. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com linfoma (por exemplo, CTCL) provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV no UTR 3 'de CXCL12. Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

[0265] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do status SNV do CXCL12 em uma amostra de um sujeito com PTCL. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com PTCL provavelmente responda a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver o SN28 rs2839695 do CXCL12 (A / G na posição 44873849 no CXCL12 Região não traduzida 3 '(UTR)). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com PTCL provavelmente responda a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na posição 44873186 da UTR 3 'de CXCL12. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com PTCL provavelmente responda a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na UTR 3 'de CXCL12.

[0266] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do status SNV do CXCL12 em uma amostra de um sujeito com MDS. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com MDS provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver o SN28 rs2839695 do CXCL12 (A / G na posição 44873849 no CXCL12 Região não traduzida 3 '(UTR)). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com MDS provavelmente responda a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na posição 44873186 da UTR 3 'de CXCL12. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com MDS provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na UTR 3 'de CXCL12.

[0267] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda determinar o status SNV do CXCL12 em uma amostra de um sujeito com mielofibrose. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com mielofibrose provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver o SN28 rs2839695 do CXCL12 (A / G na posição 44873849 no CXCL12 Região não traduzida 3 '(UTR)). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com mielofibrose provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na posição 44873186 da UTR 3 'de CXCL12. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com mielofibrose provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na UTR 3 'de CXCL12.

[0268] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do status SNV do CXCL12 em uma amostra de um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström responda provavelmente a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver o SNV rs2839695 do CXCL12 (A / G na posição 44873849 na

CXCL12 3 'região não traduzida (UTR)). Em algumas formas de realização, é previsto que um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström responda provavelmente a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na posição 44873186 do UTR 3 'de CXCL12. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com macroglobulinemia de Waldenström responda provavelmente a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV no UTR 3 'de CXCL12.

[0269] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a determinação do status SNV do CXCL12 em uma amostra de um sujeito com síndrome de WHIM. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com síndrome de WHIM provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver o SN28 rs2839695 do CXCL12 (A / G na posição 44873849 no CXCL12 3 'região não traduzida (UTR)). Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com síndrome WHIM provavelmente responda a um tratamento de FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na posição 44873186 da UTR 3 'de CXCL12. Em algumas formas de realização, prevê-se que um sujeito com síndrome WHIM provavelmente responda a um tratamento com FTI ou seja administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI se a amostra não tiver um SNV na UTR 3 'de CXCL12.

[0270] Métodos para determinar o status de SNV e / ou mutação analisando ácidos nucleicos são bem conhecidos na técnica. Em algumas formas de realização, os métodos incluem sequenciamento,

reação em cadeia da polimerase (PCR), microarray de DNA, espectrometria de massa (MS), ensaio de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP), cromatografia líquida de alta eficiência desnaturante (DHPLC) ou polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP) ensaio. Em algumas formas de realização, o status do SNV e / ou mutação é determinado usando métodos padrão de sequenciamento, incluindo, por exemplo, sequenciamento de Sanger, sequenciamento de próxima geração (NGS). Em algumas formas de realização, o status do SNV e / ou mutação é determinado usando MS.

[0271] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de expressão da proteína CXCL12 em uma amostra de um sujeito com neutropenia isolada e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão da proteína CXCL12 na amostra é superior ao nível de referência da proteína CXCL12. Em algumas formas de realização, o sujeito com neutropenia isolada tem câncer. Em formas de realização específicas, o câncer é carcinoma nasofaríngeo. Em formas de realização específicas, o câncer é um carcinoma nasofaríngeo associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de esôfago. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de ovário. Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de mama. Em certas formas de realização, o câncer é câncer de pâncreas. Em formas de realização específicas, o câncer de pâncreas é um câncer de pâncreas localmente avançado. Em algumas formas de realização, o câncer é um câncer hematológico. Em certas formas de realização, o câncer é um linfoma. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL. Em certas formas de realização,

o câncer é leucemia. Em formas de realização específicas, a leucemia é AML. Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T. Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC. Em formas de realização específicas, a leucemia é CMML.

[0272] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de expressão da proteína CXCL12 em uma amostra de um sujeito com linfoma e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão da proteína CXCL12 na amostra for superior ao nível de referência da proteína CXCL12. Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV. Em formas de realização específicas, o linfoma é AITL. Em formas de realização específicas, o linfoma é PTCL-NOS. Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

[0273] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de expressão da proteína CXCL12 em uma amostra de um sujeito com PTCL e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão da proteína CXCL12 na amostra for superior ao nível de referência da proteína CXCL12.

[0274] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de expressão da proteína CXCL12 em uma amostra de um sujeito com MDS e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão da proteína CXCL12 na amostra for superior ao nível de referência da proteína CXCL12.

[0275] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de expressão da proteína CXCL12 em uma amostra de um sujeito com mielofibrose e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão da proteína CXCL12 na amostra for superior ao nível de referência da proteína CXCL12.

[0276] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de expressão da proteína CXCL12 em uma amostra de um sujeito com macroglobulemia de Waldenström e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão da proteína CXCL12 na amostra é superior ao nível de referência da proteína CXCL12.

[0277] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de expressão da proteína CXCL12 em uma amostra de um sujeito com síndrome WHIM e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão da proteína CXCL12 na amostra é superior ao nível de referência da proteína CXCL12.

[0278] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar o nível de expressão da proteína KIR3DL2 em uma amostra de um sujeito com PTCL e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de expressão da proteína KIR3DL2 na amostra for abaixo do nível de referência da proteína KIR3DL2. Em certas formas de realização, a expressão da proteína KIR3DL2 é determinada por IHC. Em certas formas de realização, a expressão da proteína KIR3DL2 é determinada por FACS.

[0279] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de proteína de um gene em uma amostra de um sujeito com neutropenia isolada.

Em algumas formas de realização, o sujeito com neutropenia isolada tem câncer.

Em formas de realização específicas, o câncer é carcinoma nasofaríngeo.

Em formas de realização específicas, o câncer é um carcinoma nasofaríngeo associado ao EBV.

Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de esôfago.

Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de ovário.

Em formas de realização específicas, o câncer é câncer de mama.

Em certas formas de realização, o câncer é câncer de pâncreas.

Em formas de realização específicas, o câncer de pâncreas é um câncer de pâncreas localmente avançado.

Em formas de realização específicas, o câncer é leucemia.

Em formas de realização específicas, a leucemia é uma leucemia de células T.

Em formas de realização específicas, a leucemia é LMC.

Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de proteína de um gene em uma amostra de um sujeito com linfoma.

Em formas de realização específicas, o linfoma é um linfoma associado ao EBV.

Em formas de realização específicas, o linfoma é AITL.

Em formas de realização específicas, o linfoma é CTCL.

Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de proteína de um gene em uma amostra de um sujeito com PTCL.

Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de proteína de um gene em uma amostra de um sujeito com MDS.

Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de proteína de um gene em uma amostra de um sujeito com mielofibrose.

Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem a determinação do nível de proteína de um gene em uma amostra de um sujeito com macroglobulemia de Waldenström. Em algumas formas de realização, o nível de proteína do gene pode ser determinado por um ensaio imunoistoquímico (IHC), um ensaio de imunotransferência (IB), um ensaio de imunofluorescência (IF), citometria de fluxo (FACS) ou um ensaio imunoenzimático (ELISA) ) O ensaio IHC pode ser uma coloração de H&E.

[0280] Métodos para determinar o nível de proteína de um gene em uma amostra são bem conhecidos na técnica. Por exemplo, em algumas formas de realização, o nível de proteína pode ser determinado por um ensaio de imuno-histoquímica (IHC), um ensaio de imunotransferência (IB), um ensaio de imunofluorescência (IF), citometria de fluxo (FACS) ou um ensaio de imunoabsorção enzimática (ELISA) Em algumas formas de realização, o nível de proteína pode ser determinado pela coloração com Hematoxilina e Eosina ("coloração H&E").

[0281] O nível de proteína do gene pode ser detectado por uma variedade de abordagens (IHC) ou outros métodos de imunoensaio. A coloração por IHC de seções de tecido demonstrou ser um método confiável para avaliar ou detectar a presença de proteínas em uma amostra. As técnicas de imuno-histoquímica utilizam um anticorpo para sondar e visualizar antígenos celulares in situ, geralmente por métodos cromogênicos ou fluorescentes. Assim, anticorpos ou anti-soros, incluindo, por exemplo, anti-soros policlonais ou anticorpos monoclonais específicos para cada gene são utilizados para detectar a expressão. Como discutido em mais detalhes abaixo, os anticorpos podem ser detectados pela marcação direta dos próprios anticorpos, por exemplo, com marcadores radioativos, marcadores fluorescentes, marcadores de hapteno, como biotina, ou uma enzima como peroxidase de rabanete ou fosfatase alcalina. Alternativamente, o anticorpo primário não marcado é usado em conjunto com um anticorpo secundário marcado, compreendendo anti-soros, anti-soros policlonais ou um anticorpo monoclonal específico para o anticorpo primário. Protocolos e kits de imuno-histoquímica são bem conhecidos na arte e estão disponíveis comercialmente. Sistemas automatizados para preparação de slides e processamento IHC estão disponíveis comercialmente. O sistema Ventana® BenchMark XT é um exemplo de um sistema automatizado.

[0282] Procedimentos imunológicos e de imunoensaio padrão pode ser encontrado em Basic and Clinical Immunology (Stites & Terr eds., 7a ed. 1991). Além disso, os imunoensaios podem ser realizados em qualquer uma das várias configurações, que são revisadas extensivamente no Enzyme Immunoassay (Maggio, ed., 1980); e Harlow & Lane, supra. Para uma revisão dos imunoensaios gerais, ver também Methods in Cell Biology: Anticorpos in Cell Biology , volume 37 (Asai, ed. 1993); Basic and Clinical Immunology (Stites & Ten, eds., 7ª ed. 1991).

[0283] Os ensaios comumente usados para detectar o nível de proteína de um gene incluem ensaios não competitivos, por exemplo, ensaios em sanduíche e ensaios competitivos. Tipicamente, pode ser utilizado um ensaio como o ensaio ELISA. Os ensaios ELISA são conhecidos na técnica, por exemplo, por analisar uma ampla variedade de tecidos e amostras, incluindo sangue, plasma, soro, biópsia de tumor, linfonodo ou medula óssea.

[0284] Está disponível uma ampla gama de técnicas de imunoensaio usando esse formato de ensaio, ver, por exemplo, Pat. 4.016.043, 4.424.279 e 4.018.653, que são aqui incorporadas por referência na sua totalidade. Isso inclui ensaios de local único e dois locais ou "sanduíche" dos tipos não competitivos, bem como nos ensaios de ligação competitiva tradicionais. Estes ensaios também incluem a ligação direta de um anticorpo marcado a um gene alvo. Ensaios em sanduíche são comumente usados. Existem várias variações da técnica de ensaio em sanduíche. Por exemplo, em um ensaio típico, um anticorpo não marcado é imobilizado em um substrato sólido e a amostra a ser testada entra em contato com a molécula ligada. Após um período adequado de incubação, por um período de tempo suficiente para permitir a formação de um complexo anticorpo-antígeno, um segundo anticorpo específico para o antígeno, marcado com uma molécula repórter capaz de produzir um sinal detectável, é então adicionado e incubado, permitindo tempo suficiente para a formação de outro complexo de anticorpo marcado com anticorpo- antígeno. Qualquer material que não reagiu é lavado e a presença do antígeno é determinada pela observação de um sinal produzido pela molécula repórter. Os resultados podem ser qualitativos, por simples observação do sinal visível, ou podem ser quantificados por comparação com uma amostra de controle contendo quantidades conhecidas do gene.

[0285] As variações no ensaio direto incluem um ensaio simultâneo, no qual a amostra e o anticorpo marcado são adicionados simultaneamente ao anticorpo ligado. Estas técnicas são bem conhecidas dos especialistas na matéria, incluindo pequenas variações, como será facilmente aparente. Em um ensaio típico de sanduíche direto, um primeiro anticorpo com especificidade para o gene é ligado covalentemente ou passivamente a uma superfície sólida. A superfície sólida pode ser vidro ou polímero, sendo os polímeros mais comumente utilizados celulose, poliacrilamida, nylon, poliestireno, cloreto de polivinil ou polipropileno. Os suportes sólidos podem estar na forma de tubos, contas, discos de microplacas ou qualquer outra superfície adequada para a realização de um imunoensaio. Os processos de ligação são bem conhecidos na arte e geralmente consistem em reticulação de ligação covalente ou adsorção física, o complexo polímero-anticorpo é lavado em preparação para a amostra de teste. Uma alíquota da amostra a ser testada é então adicionada ao complexo de fase sólida e incubada por um período de tempo suficiente (por exemplo, 2-40 minutos ou durante a noite se for mais conveniente) e sob condições adequadas (por exemplo, da temperatura ambiente a 40 ° C). como entre 25 ° C e 32° C inclusive) para permitir a ligação de qualquer subunidade presente no anticorpo. Após o período de incubação, a fase sólida da subunidade do anticorpo é lavada e seca e incubada com um segundo anticorpo específico para uma porção do gene. O segundo anticorpo está ligado a uma molécula repórter que é usada para indicar a ligação do segundo anticorpo ao marcador molecular.

[0286] Em algumas formas de realização, a citometria de fluxo (FACS) pode ser usada para detectar o nível de proteína de um gene que é expresso na superfície das células. Os genes que são proteínas de superfície (como CXCR3) podem ser detectados usando anticorpos contra esses genes. O citômetro de fluxo detecta e relata a intensidade do anticorpo marcado com fluoricromo, o que indica o nível de expressão do gene. As proteínas citoplasmáticas não fluorescentes também podem ser observadas através da coloração de células permeabilizadas. A mancha pode ser um composto de fluorescência capaz de se ligar a certas moléculas ou um anticorpo marcado com fluoricromo para se ligar à molécula de escolha.

[0287] Um método alternativo envolve imobilizar o gene alvo na amostra e, em seguida, expor o alvo imobilizado a anticorpos específicos que podem ou não ser marcados com uma molécula repórter. Dependendo da quantidade de alvo e da força do sinal da molécula repórter, um alvo ligado pode ser detectável por marcação direta com o anticorpo. Alternativamente, um segundo anticorpo marcado, específico para o primeiro anticorpo, é exposto ao complexo alvo-primeiro anticorpo para formar um complexo terciário alvo-primeiro anticorpo-segundo anticorpo. O complexo é detectado pelo sinal emitido por uma molécula repórter marcada.

[0288] No caso de um imunoensaio enzimático, uma enzima é conjugada com o segundo anticorpo, geralmente por meio de glutaraldeído ou periodato. Como será prontamente reconhecido, no entanto, existe uma grande variedade de diferentes técnicas de conjugação, as quais estão prontamente disponíveis para o especialista. As enzimas comumente usadas incluem peroxidase de rábano silvestre, glicose oxidase, beta-galactosidase e fosfatase alcalina, e outras são discutidas aqui. Os substratos a serem utilizados com as enzimas específicas são geralmente escolhidos para a produção, por hidrólise pela enzima correspondente, de uma mudança de cor detectável. Exemplos de enzimas adequadas incluem fosfatase alcalina e peroxidase.

Também é possível empregar substratos fluorogênicos, que produzem um produto fluorescente em vez dos substratos cromogênicos mencionados acima. Em todos os casos, o anticorpo marcado com enzima é adicionado ao primeiro complexo marcador marcador anticorpo-molecular, deixa-se ligar e, em seguida, o excesso de reagente é lavado. Uma solução contendo o substrato apropriado é então adicionada ao complexo anticorpo-antígeno- anticorpo. O substrato reagirá com a enzima ligada ao segundo anticorpo, dando um sinal visual qualitativo, que pode ser quantificado ainda mais, usualmente espectrofotometricamente, para dar uma indicação da quantidade de gene que estava presente na amostra. Alternativamente, compostos fluorescentes, como fluoresceína e rodamina, podem ser quimicamente acoplados a anticorpos sem alterar sua capacidade de ligação. Quando ativado pela iluminação com luz de um comprimento de onda específico, o anticorpo marcado com fluorocromo absorve a energia da luz, induzindo um estado de excitabilidade na molécula, seguido pela emissão da luz em uma cor característica visualmente detectável com um microscópio óptico. Como no EIA, o anticorpo marcado com fluorescência é permitido ligar-se ao primeiro complexo marcador anticorpo-molecular. Após lavagem do reagente não ligado, o restante complexo terciário é então exposto à luz do comprimento de onda apropriado, a fluorescência observada indica a presença do marcador molecular de interesse. As técnicas de imunofluorescência e EIA estão ambas muito bem estabelecidas na técnica e são discutidas aqui.

[0289] Quaisquer métodos como aqui descritos ou de outra forma conhecidos na técnica podem ser utilizados para determinar o nível de proteína de um gene em uma amostra de um sujeito aqui descrito. A título de exemplo, em algumas formas de realização, são fornecidos aqui métodos para tratar PTCL em um sujeito que inclui a determinação do nível de proteína de um gene CXCL12 em uma amostra do sujeito usando um ensaio IF e administrando uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se o nível de proteína do gene CXCL12 na amostra for superior ao nível de expressão de referência do gene CXCL12.

[0290] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem determinar a proporção de células que expressam KIR3DL2 em uma amostra de um sujeito com PTCL e administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de um FTI ao sujeito se a proporção de células que expressam KIR3DL2 na amostra é mais baixo que um nível de referência.

[0291] Os métodos para analisar a constituição celular de uma amostra de um sujeito são bem conhecidos na técnica, incluindo um ensaio de imuno-histoquímica (IHC), um ensaio de imunofluorescência (IF) e citometria de fluxo (FACS).

[0292] Em algumas formas de realização, a constituição celular é determinada por um ensaio de IHC. Uma variedade de ensaios de IHC é aqui descrita. A título de exemplo, em algumas formas de realização, uma coloração IHC pode ser executada na secção de tecido desparafinado com anticorpo que se liga à proteína de interesse, incubando durante a noite a 4 o C, depois de peroxidase e proteína de bloqueio. A recuperação do epítopo de microondas em 10mM Tris / HCl PH9 contendo ácido etilenodiamina tetraacético 1mM pode ser usada para o anticorpo e o controle negativo apropriado (sem anticorpo primário) e os controles positivos (seções de amígdalas ou tumores da mama) podem ser corados em paralelo com cada conjunto de tumores estudado. Veja, por exemplo, Iqbal et al., Sangue 123 (19): 2915- 23 (2014).

[0293] Em algumas formas de realização, a constituição celular é determinada por citometria de fluxo (FACS). Vários métodos de utilização do FACS para identificar e enumerar subconjuntos específicos de células T são bem conhecidos na arte e estão disponíveis comercialmente. Marcadores de superfície celular podem ser usados para identificar uma população celular específica. Ao avaliar o repertório único de marcadores de superfície celular usando vários anticorpos juntos, cada um acoplado a um fluorocromo diferente, uma determinada população de células pode ser identificada e quantificada. As tecnologias disponíveis incluem a tecnologia de citometria de fluxo multicolorida pela BD Biosciences, a tecnologia de imunofenotipagem por citometria de fluxo da Abcam, etc. Diversas estratégias de gating e análise de dados podem ser usadas para distinguir populações de células.

[0294] Em algumas formas de realização, são fornecidos neste documento métodos que incluem a análise da constituição celular de uma amostra de sangue de um sujeito usando citometria de fluxo.

[0295] Quaisquer métodos para analisar os níveis de expressão (por exemplo, o nível de proteína ou o nível de mRNA), conforme descrito aqui ou de outro modo conhecido na técnica, podem ser usados para determinar o nível do gene adicional em uma amostra, como um ensaio de IHC, um ensaio IB, um ensaio IF, FACS, ELISA, análise de microarranjos de proteínas, qPCR, qRT-PCR, RNA-seq, análise de microarranjos de RNA, SAGE, técnica MassARRAY, sequenciação de última geração ou FISH.

B. Composições Farmacêuticas

[0296] Em algumas formas de realização, é aqui proporcionado um método de tratamento de um sujeito com um FTI ou uma composição farmacêutica com FTI. As composições farmacêuticas aqui fornecidas contêm quantidades terapeuticamente eficazes de um FTI e um veículo, diluente ou excipiente farmaceuticamente aceitável. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib; arglabina; álcool predominantemente; SCH-66336; L778123; L739749; FTI-277; L744832; R208176; BMS 214662; AZD3409; ou CP-

609.754. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0297] O FTI pode ser formulado em preparações farmacêuticas adequadas, como soluções, suspensões, comprimidos, comprimidos dispersíveis, pílulas, cápsulas, pós, formulações ou elixires de liberação sustentada, para administração oral ou em soluções ou suspensões estéreis para administração oftálmica ou parenteral, bem como preparação de adesivos transdérmicos e inaladores de pó seco. Tipicamente, o FTI é formulado em composições farmacêuticas utilizando técnicas e procedimentos bem conhecidos na técnica (ver, por exemplo, Ansel Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms, Seventh Edition 1999).

[0298] Nas composições, concentrações efetivas do FTI e sais farmaceuticamente aceitáveis são (são) misturadas com um veículo ou veículo farmacêutico adequado. Em certas formas de realização, as concentrações do FTI nas composições são eficazes para a entrega de uma quantidade, mediante administração, que trata, previne ou melhora um ou mais dos sintomas e / ou progressão do câncer, incluindo cânceres hematológicos e tumores sólidos.

[0299] As composições podem ser formuladas para administração de dose única. Para formular uma composição, a fração em peso do FTI é dissolvida, suspensa, dispersa ou misturada de outro modo em um veículo selecionado a uma concentração eficaz, de modo que a condição tratada seja aliviada ou melhorada. Os veículos farmacêuticos ou veículos adequados para administração do FTI aqui proporcionados incluem quaisquer desses veículos conhecidos pelos especialistas na técnica como adequados para o modo particular de administração.

[0300] Além disso, o FTI pode ser formulado como o único ingrediente farmaceuticamente ativo na composição ou pode ser combinado com outros ingredientes ativos. As suspensões lipossômicas, incluindo lipossomos direcionados a tecidos, como lipossomos direcionados a tumores, também podem ser adequados como veículos farmaceuticamente aceitáveis. Estes podem ser preparados de acordo com métodos conhecidos dos especialistas na técnica. Por exemplo, as formulações de lipossomas podem ser preparadas como conhecido na técnica. Resumidamente, lipossomas como vesículas multilamelares (MLVs) podem ser formados secando fosfatidilcolina de ovo e fosfatidil serina cerebral (razão molar de 7: 3) no interior de um balão. Uma solução de um FTI aqui fornecida em solução salina tamponada com fosfato sem cátions divalentes (PBS) é adicionada e o balão é agitado até a dispersão do filme lipídico. As vesículas resultantes são lavadas para remover o composto não encapsulado, sedimentadas por centrifugação e depois ressuspensas em PBS.

[0301] O FTI é incluído no transportador farmaceuticamente aceitável em uma quantidade suficiente para exercer um efeito terapeuticamente útil na ausência de efeitos colaterais indesejáveis no paciente tratado. A concentração terapeuticamente eficaz pode ser determinada empiricamente testando os compostos em sistemas in vitro e in vivo aqui descritos e depois extrapolados para dosagens para seres humanos.

[0302] A concentração de FTI na composição farmacêutica dependerá da absorção, distribuição de tecidos, taxas de inativação e excreção do FTI, as características físico-químicas do FTI, o esquema de dosagem e a quantidade administrada, bem como outros fatores conhecidos dos de perícia na arte. Por exemplo, a quantidade entregue é suficiente para melhorar um ou mais dos sintomas do câncer, incluindo cânceres hematopoiéticos e tumores sólidos.

[0303] Em certas formas de realização, uma dosagem terapeuticamente eficaz deve produzir uma concentração sérica de ingrediente ativo de cerca de 0,1 ng / ml a cerca de 50-100 μg / ml. Numa modalidade, as composições farmacêuticas fornecem uma dosagem de cerca de 0,001 mg a cerca de 2000 mg de composto por quilograma de peso corporal por dia. As formas de unidade de dosagem farmacêutica são preparadas para fornecer de cerca de 1 mg a cerca de 1000 mg e em certas formas de realização, de cerca de 10 a cerca de 500 mg do ingrediente ativo essencial ou uma combinação de ingredientes essenciais por forma unitária de dosagem.

[0304] O FTI pode ser administrado de uma só vez ou pode ser dividido em um número de doses menores a serem administradas em intervalos de tempo. Entende-se que a dosagem precisa e a duração do tratamento é uma função da doença a ser tratada e pode ser determinada empiricamente usando protocolos de teste conhecidos ou por extrapolação de dados de teste in vivo ou in vitro. Deve- se notar que as concentrações e os valores de dosagem também podem variar com a gravidade da condição a ser aliviada. Deve ser entendido ainda que, para qualquer sujeito em particular, regimes posológicos específicos devem ser ajustados ao longo do tempo, de acordo com a necessidade individual e o julgamento profissional da pessoa que administra ou supervisiona a administração das composições, e que os intervalos de concentração aqui estabelecidos são apenas exemplificativo e não se destina a limitar o âmbito ou a prática das composições reivindicadas.

[0305] Assim, concentrações ou quantidades efetivas de um ou mais dos compostos descritos aqui ou sais farmaceuticamente aceitáveis são misturados com um veículo ou veículo farmacêutico adequado para administração sistêmica, tópica ou local para formar composições farmacêuticas. Os compostos são incluídos em uma quantidade eficaz para melhorar um ou mais sintomas de, ou para tratar, retardar a progressão ou prevenir. A concentração do composto ativo na composição dependerá da absorção, distribuição do tecido, inativação, taxas de excreção do composto ativo, o esquema de dosagem, quantidade administrada, formulação particular, bem como outros fatores conhecidos dos especialistas na técnica.

[0306] As composições destinam-se a ser administradas por uma via adequada, incluindo, mas não se limitando a, por via oral, parentérica, retal, tópica e local. Para administração oral, cápsulas e comprimidos podem ser formulados. As composições estão na forma líquida, semi-líquida ou sólida e são formuladas de uma maneira adequada para cada via de administração.

[0307] As soluções ou suspensões usadas para aplicação parentérica, intradérmica, subcutânea ou tópica podem incluir qualquer um dos seguintes componentes: um diluente estéril, como água para injeção, solução salina, óleo fixo, polietileno glicol, glicerina, propileno glicol, dimetil acetamida ou outro solvente sintético; agentes antimicrobianos, tais como álcool benzílico e metil parabenos; antioxidantes, tais como ácido ascórbico e bissulfito de sódio; agentes quelantes, tais como ácido etilenodiaminotetracético (EDTA); tampões, tais como acetatos, citratos e fosfatos; e agentes para o ajuste da tonicidade, como cloreto de sódio ou dextrose. As preparações parentéricas podem ser encerradas em ampolas, canetas, seringas descartáveis ou frascos de dose única ou múltipla feitos de vidro, plástico ou outro material adequado.

[0308] Nos casos em que o FTI exibe solubilidade insuficiente, métodos para solubilizar compostos podem ser utilizados. Tais métodos são conhecidos dos especialistas nesta técnica e incluem, entre outros, o uso de co-solventes, como o dimetilsulfóxido (DMSO), o uso de surfactantes, como o TWEEN®, ou a dissolução em bicarbonato de sódio aquoso.

[0309] Após a mistura ou adição do (s) composto (s), a mistura resultante pode ser uma solução, suspensão, emulsão ou semelhante. A forma da mistura resultante depende de vários fatores, incluindo o modo de administração pretendido e a solubilidade do composto no transportador ou veículo selecionado. A concentração efetiva é suficiente para melhorar os sintomas da doença, distúrbio ou condição tratada e pode ser determinada empiricamente.

[0310] As composições farmacêuticas são fornecidas para administração a seres humanos e animais em formas de dosagem unitárias, como comprimidos, cápsulas, pílulas, pós, grânulos, soluções ou suspensões parenterais estéreis e soluções ou suspensões orais e soluções ou suspensões orais e emulsões de água e óleo contendo quantidades adequadas dos compostos ou seus sais aceitáveis sob o ponto de vista farmacêutico. Os compostos farmaceuticamente terapeuticamente ativos e seus sais são formulados e administrados em formas de dosagem unitárias ou múltiplas formas de dosagem. As formas de dose unitária, conforme aqui utilizadas, referem-se a unidades fisicamente discretas, adequadas para indivíduos humanos e animais e embaladas individualmente, como é conhecido na técnica. Cada dose unitária contém uma quantidade predeterminada do composto terapeuticamente ativo suficiente para produzir o efeito terapêutico desejado, em associação com o veículo, veículo ou diluente farmacêutico necessário. Exemplos de formas de dose unitária incluem ampolas e seringas e comprimidos ou cápsulas embalados individualmente. As formas de dose unitária podem ser administradas em frações ou múltiplos das mesmas. Uma forma de dose múltipla é uma pluralidade de formas de dosagem unitárias idênticas embaladas em um único recipiente para serem administradas na forma de dose unitária segregada. Exemplos de formas de doses múltiplas incluem frascos, frascos de comprimidos ou cápsulas ou frascos de pintas ou galões. Assim, a forma de doses múltiplas é um múltiplo de doses unitárias que não são segregadas na embalagem.

[0311] Preparações de liberação sustentada também podem ser preparadas. Exemplos adequados de preparações de liberação sustentada incluem matrizes semi-permeáveis de polímeros hidrofóbicos sólidos contendo o composto aqui fornecido, cujas matrizes estão na forma de artigos moldados, por exemplo, filmes ou microcápsula.

Exemplos de matrizes de liberação sustentada incluem adesivos de iontoforese, poliésteres, hidrogéis (por exemplo, poli (2-hidroxietilmetacrilato) ou poli (vinilálcool)), polilactídeos, copolímeros de ácido L-glutâmico e etil-L- glutamato, não copolímeros de etileno-vinila degradáveis, copolímeros de ácido lático degradável e ácido glicólico, como o LUPRON DEPOT ™ (microesferas injetáveis compostas por copolímero de ácido lático-ácido glicólico e acetato de leuprolídeo) e ácido poli-D - (-) - 3-hidroxibutírico.

Enquanto polímeros como etileno-acetato de vinila e ácido lático-ácido glicólico permitem a liberação de moléculas por mais de 100 dias, certos hidrogéis liberam proteínas por períodos mais curtos.

Quando o composto encapsulado permanece no corpo por um longo tempo, eles podem desnaturar ou agregar como resultado da exposição à umidade a 37 o C, resultando em perda de atividade biológica e possíveis alterações em sua estrutura.

Estratégias racionais podem ser planejadas para estabilização, dependendo do mecanismo de ação envolvido.

Por exemplo, se for descoberto que o mecanismo de agregação é a formação de ligação S-S intermolecular através do intercâmbio tio-dissulfeto, a estabilização pode ser alcançada modificando resíduos sulfidrila, liofilizando a partir de soluções ácidas, controlando o conteúdo de umidade, usando aditivos apropriados e desenvolvendo polímeros específicos nas composições matriciais.

[0312] Podem ser preparadas formas de dosagem ou composições contendo ingrediente ativo na faixa de 0,005% a 100% com o conteúdo constituído por veículo não tóxico. Para administração oral, uma composição não tóxica farmaceuticamente aceitável é formada pela incorporação de qualquer um dos excipientes normalmente empregados, como, por exemplo, graus farmacêuticos de manitol, lactose, amido, estearato de magnésio, talco, derivados de celulose, croscarmelose de sódio, glicose, sacarose, carbonato de magnésio ou sacarina de sódio. Tais composições incluem soluções, suspensões, comprimidos, cápsulas, pós e formulações de liberação sustentada, como, entre outros, implantes e sistemas microencapsulados e polímeros biodegradáveis e biocompatíveis, como colágeno, acetato de etileno vinil, polianidretos, ácido poliglicólico, poliortoésteres , ácido polilático e outros. Os métodos para a preparação destas composições são conhecidos dos especialistas na técnica. As composições contempladas podem conter cerca de 0,001% de 100% de ingrediente ativo, em certas formas de realização, cerca de 0,1-85% ou cerca de 75-95%.

[0313] Os FTI ou sais farmaceuticamente aceitáveis podem ser preparados com veículos que protegem o composto contra a rápida eliminação do corpo, como formulações ou revestimentos de liberação de tempo.

[0314] As composições podem incluir outros compostos ativos para obter combinações desejadas de propriedades. Os compostos aqui fornecidos, ou seus sais aceitáveis sob o ponto de vista farmacêutico, conforme descrito aqui, também podem ser administrados em conjunto com outro agente farmacológico conhecido na técnica geral como sendo de valor no tratamento de uma ou mais das doenças ou condições médicas mencionadas acima, como doenças relacionado ao estresse oxidativo.

[0315] As composições sem lactose aqui fornecidas podem conter excipientes que são bem conhecidos na técnica e estão listadas, por exemplo, nos EUA Pharmocopia (USP) SP (XXI)/NF (XVI). Em geral, as composições sem lactose contêm um ingrediente ativo, um aglutinante/agente de enchimento e um lubrificante em quantidades farmaceuticamente compatíveis e farmaceuticamente aceitáveis. Formas de dosagem isentas de lactose contêm um ingrediente ativo, celulose microcristalina, amido pré- gelatinizado e estearato de magnésio.

[0316] São ainda incluídas composições farmacêuticas anidras e formas de dosagem contendo um composto aqui fornecido. Por exemplo, a adição de água (por exemplo, 5%) é amplamente aceita nas artes farmacêuticas como um meio de simular o armazenamento a longo prazo, a fim de determinar características como o prazo de validade ou a estabilidade das formulações ao longo do tempo. Ver, por exemplo, Jens T. Carstensen, Drug Stability: Principles & Practice, 2d. Ed. Marcel Dekker, NY, NY, 1995, pp. 379-80. Com efeito, a água e o calor aceleram a decomposição de alguns compostos. Assim, o efeito da água em uma formulação pode ser de grande importância, pois a mistura e/ou a umidade são comumente encontradas durante a fabricação, manuseio, embalagem, armazenamento, transporte e uso de formulações.

[0317] As composições farmacêuticas anidras e formas de dosagem aqui fornecidas podem ser preparadas usando ingredientes anidros ou condições de baixa umidade ou baixa umidade. As composições farmacêuticas e formas de dosagem que compreendem lactose e pelo menos um ingrediente ativo que compreende uma amina primária ou secundária são anidras se for esperado um contato substancial com a umidade e/ou baixa umidade durante a fabricação, embalagem e/ou armazenamento.

[0318] Uma composição farmacêutica anidra deve ser preparada e armazenada de modo que sua natureza anidra seja mantida. Por conseguinte, as composições anidras são embaladas usando materiais conhecidos para impedir a exposição à água, de modo que possam ser incluídos em kits de formulários adequados. Exemplos de embalagens adequadas incluem, entre outros, películas hermeticamente fechadas, plásticos, recipientes para doses unitárias (por exemplo, frascos para injetáveis), embalagens blisters e de tiras.

[0319] As formas farmacêuticas orais são sólidas, gel ou líquidas. As formas de dosagem sólidas são comprimidos, cápsulas, grânulos e pós a granel. Os tipos de comprimidos orais incluem pastilhas para mastigar e comprimidos orais, os quais podem ser revestidos com entérico, revestidos com açúcar ou revestidos por película. As cápsulas podem ser cápsulas de gelatina dura ou mole enquanto grânulos e pós podem ser fornecidos na forma não efervescente ou efervescente com a combinação de outros ingredientes conhecidos dos especialistas na técnica.

[0320] Em certas formas de realização, as formulações são formas de dosagem sólidas, como cápsulas ou comprimidos. Os comprimidos, pílulas, cápsulas, pastilhas e similares podem conter qualquer um dos seguintes ingredientes ou compostos de natureza semelhante: um aglutinante; um diluente; um agente desintegrante; um lubrificante; um deslizante; um adoçante; e um agente aromatizante.

[0321] Os exemplos de ligantes incluem celulose microcristalina, goma de tragacanto, solução de glucose, mucilagem de acácia, gelatina solução, sacarose e pasta de amido. Os lubrificantes incluem talco, amido, estearato de magnésio ou cálcio, licopódio e ácido esteárico. Os diluentes incluem, por exemplo, lactose, sacarose, amido, caulino, sal, manitol e fosfato dicálcico. Os agentes deslizantes incluem, mas não estão limitados a dióxido de silício coloidal. Os agentes de desintegração incluem croscarcarmelose de sódio, amido glicolato de sódio, ácido algínico, amido de milho, amido de batata, bentonita, metilcelulose, ágar e carboximetilcelulose. Os agentes corantes incluem, por exemplo, qualquer um dos corantes FD e C solúveis em água certificados e aprovados, suas misturas; e corantes FD e C insolúveis em água suspensos no hidrato de alumina. Os agentes adoçantes incluem sacarose, lactose, manitol e adoçantes artificiais, como sacarina. Os agentes aromatizantes incluem aromas naturais extraídos de plantas, como frutas e misturas sintéticas de compostos que produzem uma sensação agradável, como, mas não se limitando a, hortelã-pimenta e salicilato de metila. Os agentes molhantes incluem monoestearato de propileno glicol, monoleato de sorbitano, monolaurato de dietileno glicol e éter laural de polioxietileno. Os revestimentos eméticos incluem ácidos graxos, gorduras, ceras, goma-laca, goma-laca amoniada e ftalatos de acetato de celulose. Os revestimentos de filme incluem hidroxietilcelulose, carboximetilcelulose de sódio, polietilenoglicol 4000 e ftalato de acetato de celulose.

[0322] Quando a forma unitária de dosagem é uma cápsula, ela pode conter, além do material do tipo acima, um veículo líquido,

como um óleo graxo. Além disso, as formas de unidade de dosagem podem conter vários outros materiais que modificam a forma física da unidade de dosagem, por exemplo, revestimentos de açúcar e outros agentes entéricos. Os compostos também podem ser administrados como um componente de um elixir, suspensão, xarope, pastilha, aspersão, pastilha elástica (goma de mascar) ou semelhante. Um xarope pode conter, além dos compostos ativos, sacarose como adoçante e certos conservantes, corantes e corantes e aromas.

[0323] Os veículos farmaceuticamente aceitáveis incluídos nos comprimidos são aglutinantes, lubrificantes, diluentes, agentes desintegrantes, agentes corantes, agentes aromatizantes e agentes umectantes. Os comprimidos com revestimento entérico, devido ao revestimento entérico, resistem à ação do ácido estomacal e se dissolvem ou se desintegram no intestino neutro ou alcalino. Os comprimidos revestidos com açúcar são comprimidos aos quais são aplicadas diferentes camadas de substâncias farmaceuticamente aceitáveis. Os comprimidos revestidos por película são comprimidos que foram revestidos com um polímero ou outro revestimento adequado. Múltiplos comprimidos são comprimidos feitos por mais de um ciclo de compressão utilizando as substâncias farmaceuticamente aceitáveis mencionadas anteriormente. Os agentes corantes também podem ser utilizados nas formas de dosagem acima. Os agentes aromatizantes e adoçantes são utilizados em comprimidos, revestidos com açúcar, e para mastigar. Os agentes aromatizantes e adoçantes são especialmente úteis na formação de comprimidos e pastilhas para mastigar.

[0324] As formas de dosagem oral líquidas incluem soluções aquosas, emulsões, suspensões, soluções e/ou suspensões reconstituídas a partir de grânulos não efervescentes e preparações efervescentes reconstituídas a partir de grânulos efervescentes. As soluções aquosas incluem, por exemplo, elixires e xaropes. Emulsões são óleo na água ou água no óleo.

[0325] Os elixires são preparações claras, adoçadas e hidroalcoólicas. Os veículos farmaceuticamente aceitáveis utilizados nos elixires incluem solventes. Xaropes são soluções aquosas concentradas de açúcar, por exemplo sacarose, e podem conter um conservante. Uma emulsão é um sistema bifásico no qual um líquido é disperso na forma de pequenos glóbulos por outro líquido. Os veículos farmaceuticamente aceitáveis utilizados em emulsões são líquidos não aquosos, agentes emulsificantes e conservantes. As suspensões usam agentes de suspensão e conservantes farmaceuticamente aceitáveis. As substâncias farmaceuticamente aceitáveis usadas em grânulos não efervescentes, para serem reconstituídas em uma forma de dosagem oral líquida, incluem diluentes, adoçantes e agentes umectantes. As substâncias farmaceuticamente aceitáveis usadas em grânulos efervescentes, para serem reconstituídas em uma forma de dosagem oral líquida, incluem ácidos orgânicos e uma fonte de dióxido de carbono. Os agentes corantes e aromatizantes são utilizados em todas as formas de dosagem acima.

[0326] Os solventes incluem glicerina, sorbitol, álcool etílico e xarope. Exemplos de conservantes incluem glicerina, metil e propilparabeno, adição benzóica, benzoato de sódio e álcool. Exemplos de líquidos não aquosos utilizados em emulsões incluem óleo mineral e óleo de semente de algodão. Exemplos de agentes emulsificantes incluem gelatina, acácia, tragacanto, bentonita e surfactantes, como monooleato de polioxietileno sorbitano. Os agentes de suspensão incluem carboximetilcelulose de sódio, pectina, tragacanto, ‘veegum’ e acácia. Os diluentes incluem lactose e sacarose. Os agentes adoçantes incluem sacarose, xaropes, glicerina e adoçantes artificiais, como a sacarina. Os agentes molhantes incluem monoestearato de propileno glicol, monooleato de sorbitano, monolaurato de dietileno glicol e éter laurílico de polioxietileno. Adições orgânicas incluem ácido cítrico e tartárico. Fontes de dióxido de carbono incluem bicarbonato de sódio e carbonato de sódio. Os agentes corantes incluem qualquer um dos corantes certificados FD e C solúveis em água certificados e suas misturas. Os agentes aromatizantes incluem sabores naturais extraídos de plantas como frutas e misturas sintéticas de compostos que produzem uma agradável sensação de sabor.

[0327] Para uma forma de dosagem sólida, a solução ou suspensão, por exemplo carbonato de propileno, óleos vegetais ou triglicerídeos, é encapsulada em uma cápsula de gelatina. Tais soluções, e a sua preparação e encapsulamento, são divulgadas nas Patentes US Nos 4.328.245; 4,409,239; e 4.410.545. Para uma forma de dosagem líquida, a solução, por exemplo, em um polietilenoglicol, pode ser diluída com uma quantidade suficiente de um veículo líquido farmaceuticamente aceitável, por exemplo, água, para ser facilmente medido para administração.

[0328] Alternativamente, formulações orais líquidas ou semi- sólidas podem ser preparadas dissolvendo ou dispersando o composto ativo ou sal em óleos vegetais, glicóis,

triglicerídeos, ésteres de propilenoglicol (por exemplo, carbonato de propileno) e outros transportadores e encapsulando essas soluções ou suspensões em cápsulas de gelatina dura ou mole. Outras formulações úteis incluem, entre outras, as que contêm um composto aqui fornecido, um mono- ou poli-alquileno glicol dialquilado, incluindo, mas não se limitando a 1,2- dimetoximetano, diglima, triglima , tetraglima , polietileno glicol-Éter350-dimetílico, polietileno glicol-550-éter dimetílico, polietileno glicol-750-éter dimetílico, em que 350, 550 e 750 se referem ao peso molecular médio aproximado do polietileno glicol e um ou mais antioxidantes, como hidroxitolueno butilado (BHT), hidroxianisol butilado (BHA), galato de propil, vitamina E, hidroquinona, hidroxicumarinas, etanolamina, lecitina, cefalina, ácido ascórbico, ácido málico, sorbitol, ácido fosfórico, ácido tiodipropiônico e seus ésteres e ditiocarbamatos.

[0329] Outras formulações incluem, mas não estão limitadas a soluções alcoólicas aquosas, incluindo um acetal farmaceuticamente aceitável. Os álcoois utilizados nestas formulações são quaisquer solventes miscíveis em água farmaceuticamente aceitáveis possuindo um ou mais grupos hidroxil, incluindo, mas não limitados a propilenoglicol e etanol. Os acetais incluem, mas não estão limitados a di (alquil inferior) acetais de alquil inferior aldeídos, como acetaldeído dietil acetal.

[0330] Em todas as formas de realização, as formulações de comprimidos e cápsulas podem ser revestidas como conhecidas pelos especialistas na técnica, a fim de modificar ou sustentar a dissolução do ingrediente ativo. Assim, por exemplo, eles podem ser revestidos com um revestimento entericamente digerível convencional, como fenilsalicilato, ceras e ftalato de acetato de celulose.

[0331] A administração parenteral, geralmente caracterizada por injeção, por via subcutânea, intramuscular ou intravenosa, também é fornecida aqui. Os injetáveis podem ser preparados em formas convencionais, como soluções ou suspensões líquidas, formas sólidas adequadas para solução ou suspensão em líquido antes da injeção ou como emulsões. Excipientes adequados são, por exemplo, água, solução salina, dextrose, glicerol ou etanol. Além disso, se desejado, as composições farmacêuticas a serem administradas também podem conter pequenas quantidades de substâncias auxiliares não tóxicas, como agentes umectantes ou emulsificantes, agentes tamponantes de pH, estabilizadores, intensificadores de solubilidade e outros agentes, como por exemplo, acetato de sódio , monolaurato de sorbitano , oleato de trietanolamina e ciclodextrinas. A implantação de um sistema de liberação lenta ou de liberação sustentada, de modo que seja mantido um nível constante de dosagem, também é contemplada aqui. Resumidamente, um composto aqui fornecido é disperso em uma matriz interna sólida, por exemplo, polimetilmetacrilato, polibutilmetacrilato, cloreto de polivinil plastificado ou não plastificado, nylon plastificado, polietilenotereftalato plastificado, borracha natural, poliisopreno, poliisobutileno, polibutadieno, polietileno, etileno-vinilacetato, polietilenoglicol, polidimetilsiloxanos, copolímeros de carbonato de silicone, polímeros hidrofílicos, como hidrogéis de ésteres de ácido acrílico e metacrílico, colágeno, álcool polivinílico reticulado e acetato de polivinil parcialmente hidrolisado reticulado, que é cercado por uma membrana polimérica externa, por exemplo, polietileno, polipropileno, etileno copolímeros de propileno, copolímeros de etileno / acrilato de etila, copolímeros de etileno / acetato de vinil, borrachas de silicone, polidimetil siloxanos, borracha de neoprene, polietileno clorado, polietileno cloreto de polivinil cloreto, copolímeros de cloreto de vinila com acetato de vinila, cloreto de vinilideno, etileno e propileno, ionômero de polietileno ftalato, borrachas de epicloridrina de borracha butílica, copolímero de etileno / álcool vinílico, terpolímero de etileno / acetato de vinila / álcool vinílico e copolímero de etileno / viniloxietanol, insolúvel em fluidos corporais. O composto difunde-se através da membrana polimérica externa em uma etapa de controle da taxa de liberação. A porcentagem de composto ativo contida em tais composições parentéricas é altamente dependente da natureza específica do mesmo, bem como da atividade do composto e das necessidades do sujeito.

[0332] A administração parenteral das composições inclui administrações intravenosa, subcutânea e intramuscular. As preparações para administração parenteral incluem soluções estéreis prontas para injeção, produtos solúveis secos estéreis, como pós liofilizados, prontas para serem combinadas com um solvente imediatamente antes do uso, incluindo comprimidos hipodérmicos, suspensões estéreis prontas para injeção, produtos insolúveis secos estéreis prontos para serem combinado com um veículo imediatamente antes do uso e emulsões estéreis. As soluções podem ser aquosas ou não aquosas.

[0333] Se administrados por via intravenosa, veículos adequados incluem solução salina fisiológica ou solução salina tamponada com fosfato (PBS) e soluções contendo agentes espessantes e solubilizantes, como glicose, polietileno glicol e polipropileno glicol e suas misturas.

[0334] Os transportadores farmaceuticamente aceitáveis usados em preparações parentéricas incluem veículos aquosos, veículos não aquosos, agentes antimicrobianos, agentes isotônicos, tampões, antioxidantes, anestésicos locais, agentes de suspensão e dispersão, agentes emulsificantes, agentes sequestrantes ou quelantes e outras substâncias farmaceuticamente aceitáveis.

[0335] Exemplos de veículos aquosos incluem injeção de cloreto de sódio, injeção de ‘ringers’, injeção de dextrose isotônica, injeção de água estéril, dextrose e injeção de ‘ringers’ lactados. Os veículos parenterais não aquosos incluem óleos fixos de origem vegetal, óleo de semente de algodão, óleo de milho, óleo de gergelim e óleo de amendoim. Agentes antimicrobianos em concentrações bacteriostáticas ou fungistáticas devem ser adicionados a preparações parenterais embaladas em recipientes de doses múltiplas que incluem fenóis ou cresóis, mercuriais, álcool benzílico, clorobutanol, ésteres de metil e propil ácido hidroxibenzóico, timerosal, cloreto de benzalcônio e cloreto de benzetônio. Agentes isotônicos incluem cloreto de sódio e dextrose. Os tampões incluem fosfato e citrato. Antioxidantes incluem bissulfato de sódio. Anestésicos locais incluem cloridrato de procaína. Os agentes de suspensão e dispersão incluem carboximetilcelulose de sódio, hidroxipropilmetilcelulose e polivinilpirrolidona. Agentes emulsificantes incluem Polissorbato 80 (TWEEN® 80). Um agente sequestrante ou quelante de íons metálicos inclui EDTA. Os veículos farmacêuticos também incluem álcool etílico,

polietilenoglicol e propilenoglicol para veículos miscíveis em água e hidróxido de sódio, ácido clorídrico, ácido cítrico ou ácido lático para ajuste do pH.

[0336] A concentração do FTI é ajustada para que uma injeção forneça uma quantidade eficaz para produzir o efeito farmacológico desejado. A dose exata depende da idade, peso e condição do paciente ou animal, como é conhecido na técnica. As preparações parentéricas de dose unitária são embaladas em uma ampola, um frasco ou uma seringa com uma agulha. Todas as preparações para administração parentérica devem ser estéreis, como é conhecido e praticado na técnica.

[0337] Ilustrativamente, a infusão intravenosa ou intra- arterial de uma solução aquosa estéril contendo um FTI é um modo eficaz de administração. Outra forma de realização é uma solução ou suspensão aquosa ou oleosa estéril contendo um material ativo injetado conforme necessário para produzir o efeito farmacológico desejado. Os injetáveis são projetados para administração local e sistêmica. Tipicamente, uma dosagem terapeuticamente eficaz é formulada para conter uma concentração de pelo menos cerca de 0,1% p / p até cerca de 90% p / p ou mais, tal como mais de 1% p / p do composto ativo no (s) tecido (s) tratado (s)). O ingrediente ativo pode ser administrado de uma só vez ou pode ser dividido em um número de doses menores a serem administradas em intervalos de tempo. Entende-se que a dosagem precisa e a duração do tratamento são uma função do tecido a ser tratado e podem ser determinadas empiricamente usando protocolos de teste conhecidos ou por extrapolação de dados de teste in vivo ou in vitro. Deve-se notar que as concentrações e os valores de dosagem também podem variar com a idade do indivíduo tratado.

Deve ser entendido ainda que, para qualquer sujeito em particular, regimes posológicos específicos devem ser ajustados ao longo do tempo, de acordo com a necessidade individual e o julgamento profissional da pessoa que administra ou supervisiona a administração das formulações, e que os intervalos de concentração aqui estabelecidos são apenas exemplar e não se destina a limitar o escopo ou a prática das formulações reivindicadas.

[0338] Os injetáveis são projetados para administração local e sistêmica. Tipicamente, uma dosagem terapeuticamente eficaz é formulada para conter uma concentração de pelo menos cerca de 0,1% p / p até cerca de 90% p / p ou mais, tal como mais de 1% p / p do composto ativo no (s) tecido (s) tratado (s)) O ingrediente ativo pode ser administrado de uma só vez ou pode ser dividido em um número de doses menores a serem administradas em intervalos de tempo. Entende-se que a dosagem precisa e a duração do tratamento são uma função do tecido a ser tratado e podem ser determinadas empiricamente usando protocolos de teste conhecidos ou por extrapolação de dados de teste in vivo ou in vitro. Deve-se notar que as concentrações e os valores de dosagem também podem variar com a idade do indivíduo tratado. Deve ser entendido ainda que, para qualquer sujeito em particular, regimes posológicos específicos devem ser ajustados ao longo do tempo, de acordo com a necessidade individual e o julgamento profissional da pessoa que administra ou supervisiona a administração das formulações, e que os intervalos de concentração aqui estabelecidos são apenas exemplar e não se destina a limitar o escopo ou a prática das formulações reivindicadas.

[0339] O FTI pode ser suspenso em forma micronizada ou outra forma adequada ou pode ser derivatizado para produzir um produto ativo mais solúvel ou para produzir um pró-fármaco. A forma da mistura resultante depende de vários fatores, incluindo o modo de administração pretendido e a solubilidade do composto no transportador ou veículo selecionado. A concentração efetiva é suficiente para melhorar os sintomas da condição e pode ser determinada empiricamente.

[0340] De interesse aqui também são pós liofilizados, que podem ser reconstituídos para administração como soluções, emulsões e outras misturas. Eles também podem ser reconstituídos e formulados como sólidos ou géis.

[0341] O pó esterilizado e liofilizado é preparado dissolvendo um FTI aqui fornecido, ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, em um solvente adequado. O solvente pode conter um excipiente que melhora a estabilidade ou outro componente farmacológico do pó ou solução reconstituída, preparado a partir do pó. Os excipientes que podem ser utilizados incluem, mas não estão limitados a dextrose, sorbitol, frutose, xarope de milho, xilitol, glicerina, glicose, sacarose ou outro agente adequado. O solvente também pode conter um tampão, como citrato, fosfato de sódio ou potássio ou outro tampão conhecido dos especialistas na técnica, em uma modalidade, em pH neutro. A filtração estéril subsequente da solução seguida de liofilização sob condições padrão conhecidas dos especialistas na técnica fornece a formulação desejada. Geralmente, a solução resultante será repartida em frascos para liofilização. Cada frasco para injetáveis conterá uma dose única (incluindo, entre outros, 10-1000 mg ou 100-500 mg) ou várias dosagens do composto.

O pó liofilizado pode ser armazenado em condições apropriadas, tais como a cerca de 4o C até à temperatura ambiente.

[0342] A reconstituição deste pó liofilizado com água para injeção fornece uma formulação para uso na administração parenteral. Para reconstituição, são adicionados cerca de 1-50 mg, cerca de 5-35 mg ou cerca de 9-30 mg de pó liofilizado por mL de água estéril ou outro veículo adequado. A quantidade precisa depende do composto selecionado. Essa quantidade pode ser determinada empiricamente.

[0343] As misturas tópicas são preparadas como descrito para a administração local e sistêmica. A mistura resultante pode ser uma solução, suspensão, emulsão ou semelhante e é formulada como cremes, géis, pomadas, emulsões, soluções, elixires, loções, suspensões, tinturas, pastas, espumas, aerossóis, pulverizações, sprays, supositórios, bandagens, adesivos dérmicos ou quaisquer outras formulações adequadas para administração tópica.

[0344] A FTI ou composição farmacêutica com uma FTI pode ser formulada como aerossóis para aplicação tópica, como por inalação (ver, por exemplo, Patentes US Nos. 4.044.126,

4.414.209 e 4.364.923, que descrevem aerossóis para a entrega de um esteróide útil para tratamento de doenças inflamatórias, particularmente asma). Estas formulações para administração no trato respiratório podem estar na forma de um aerossol ou solução para um nebulizador, ou como um pó microfino para insuflação, isoladamente ou em combinação com um veículo inerte, como a lactose. Nesse caso, as partículas da formulação terão diâmetros inferiores a 50 micra ou inferiores a 10 micra.

[0345] A FTI ou composição farmacêutica com uma FTI pode ser formulada para aplicação local ou tópica, como para aplicação tópica na pele e membranas mucosas, como no olho, na forma de géis, cremes e loções e para aplicação no olho ou para aplicação intracisternal ou intraespinal. A administração tópica é contemplada para entrega transdérmica e para administração aos olhos ou mucosa, ou para terapias de inalação. Também podem ser administradas soluções nasais do composto ativo isoladamente ou em combinação com outros excipientes farmaceuticamente aceitáveis. Estas soluções, particularmente as destinadas ao uso oftálmico, podem ser formuladas como soluções isotônicas de 0,01% a 10%, pH cerca de 5-7, com sais apropriados.

[0346] Outras vias de administração, tais como adesivos transdérmicos e administração retal, também são contempladas aqui. Por exemplo, formas de dosagem farmacêuticas para administração retal são supositórios, cápsulas e comprimidos retais para efeito sistêmico. Os supositórios retais são aqui utilizados, significando corpos sólidos para inserção no reto que derretem ou amolecem à temperatura corporal, liberando um ou mais ingredientes farmacologicamente ou terapeuticamente ativos. Substâncias farmaceuticamente aceitáveis utilizadas em supositórios retais são bases ou veículos e agentes para aumentar o ponto de fusão. Exemplos de bases incluem manteiga de cacau (óleo de theobroma), gelatina de glicerina, carbowax (polioxietileno glicol) e misturas apropriadas de mono, di e triglicerídeos de ácidos graxos. Podem ser usadas combinações das várias bases. Os agentes para elevar o ponto de fusão dos supositórios incluem espermacetes e cera. Os supositórios retais podem ser preparados pelo método comprimido ou por moldagem. Um peso exemplar de um supositório retal é de cerca de 2 a 3 gramas. Os comprimidos e cápsulas para administração retal são fabricados usando a mesma substância farmaceuticamente aceitável e pelos mesmos métodos que para formulações para administração oral.

[0347] A FTI ou composição farmacêutica com uma FTI aqui fornecida pode ser administrada por meios de liberação controlada ou por dispositivos de entrega que são bem conhecidos dos versados na técnica. Os exemplos incluem, mas não se limitam aos descritos nas patentes US Nos .: 3.845.770; 3.916.899;

3.536.809; 3.598.123; e 4.008.719, 5.674.533, 5.059.595,

5.591.767, 5.120.548, 5.073.543, 5.639.476, 5.354.556,

5.639.480, 5.733.566, 5.739.108, 5.891.474, 5.922.356,

5.972.891, 5.980.945, 6,045.365 6.589.548, 6.613.358, 6.699.500 e 6.740.634, cada uma das quais é aqui incorporada por referência. Essas formas de dosagem podem ser usadas para fornecer liberação lenta ou controlada de FTI usando, por exemplo, hidropropilmetil celulose, outras matrizes poliméricas, géis, membranas permeáveis, sistemas osmóticos, revestimentos multicamadas, micropartículas, lipossomas, microesferas ou uma combinação deles para fornecer o perfil de liberação desejado em proporções variadas. Formulações de liberação controlada adequadas conhecidas dos versados na técnica, incluindo as aqui descritas, podem ser prontamente selecionadas para uso com os ingredientes ativos aqui fornecidos.

[0348] Todos os produtos farmacêuticos de liberação controlada têm um objetivo comum de melhorar a terapia medicamentosa em relação àquela alcançada por seus parceiros não controlados. Em uma forma de realização, o uso de uma preparação de liberação controlada idealmente projetada em tratamento médico é caracterizada por um mínimo de substância farmacológica sendo empregada para curar ou controlar a condição em um período mínimo. Em certas formas de realização, as vantagens das formulações de liberação controlada incluem atividade prolongada do medicamento, frequência de dosagem reduzida e maior adesão do paciente. Além disso, as formulações de liberação controlada podem ser usadas para afetar o tempo de início da ação ou outras características, como os níveis sanguíneos do fármaco, podendo, assim, afetar a ocorrência de efeitos colaterais (por exemplo, adversos).

[0349] A maioria das formulações de liberação controlada é projetada para liberar inicialmente uma quantidade de medicamento (ingrediente ativo) que imediatamente produz o efeito terapêutico desejado e liberar gradualmente e continuamente outras quantidades de medicamento para manter esse nível de efeito terapêutico por um período prolongado. Para manter esse nível constante de droga no organismo, a droga deve ser liberada da forma de dosagem a uma taxa que substitua a quantidade de droga sendo metabolizada e excretada do corpo. A liberação controlada de um ingrediente ativo pode ser estimulada por várias condições, incluindo, mas não limitado a pH, temperatura, enzimas, água ou outras condições ou compostos fisiológicos.

[0350] Em certas formas de realização, o FTI pode ser administrado usando infusão intravenosa, uma bomba osmótica implantável, um adesivo transdérmico, lipossomas ou outros modos de administração. Numa forma de realização, uma bomba pode ser usada (Sefton, CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14: 201 (1987);

Buchwald et al., Surgery 88: 507 (1980); Saudek et al., N. J. Med. 321: 574, 1989. Em outras formas de realização, materiais poliméricos podem ser utilizados. E ainda outras formas de realização, um sistema de liberação controlada pode ser colocado próximo ao alvo terapêutico, isto é, requerendo apenas uma fração da dose sistêmica (por exemplo, Goodson, Medical Applications of Controlled Release, vol. 2, pp. 115-138 (1984)).

[0351] Em algumas formas de realização, um dispositivo de liberação controlada é introduzido em um sujeito na proximidade do local de ativação imune ou de um tumor. Outros sistemas de liberação controlada são discutidos na revisão de Langer (Science 249: 1527-1533 (1990). O F pode ser disperso em uma matriz interna sólida, por exemplo, polimetilmetacrilato, polibutilmetacrilato, cloreto de polivinil plastificado ou não plastificado, nylon plastificado, polietilenotereftalato plastificado, borracha natural, poliisopreno, poliisobutileno, polibutadieno, polietileno, etileno-acetato de vinilo, copolímeros de borrachas de silicone, polidimetilsiloxanos, copoleros de carbonato de silicone, polímeros hidrofílicos, tais como hidrogéis de ésteres de ácido acrílico e ácido metacrílico, colagénio, reticulado álcool polivinílico e reticulado parcialmente hidrolisado acetato de polivinila, que é envolvido por uma membrana polimérica externa, por exemplo, copolímeros de polietileno, polipropileno, etileno / propileno, copolímeros de etileno / acrilato de etila, copolímeros de etileno / acetato de vinil , borrachas de silicone, polidimetilsiloxanos, borracha de neoprene, polietileno clorado, cloreto de polivinil, copolímeros de cloreto de vinila com ás de vinil tate, cloreto de vinilideno, etileno e propileno, ionômero de polietileno tereftalato,

borrachas de epicloridrina de borracha butílica, copolímero de etileno / álcool vinílico, terpolímero de etileno / acetato de vinila / álcool vinílico e copolímero de etileno / viniloxietanol, insolúvel em fluidos corporais. O ingrediente ativo então se difunde através da membrana polimérica externa em uma etapa de controle da taxa de liberação. A porcentagem de ingrediente ativo contida em tais composições parentéricas é altamente dependente da natureza específica do mesmo, bem como das necessidades do sujeito.

[0352] A FTI ou composição farmacêutica da FTI pode ser embalada como artigos fabricados contendo material de embalagem, um composto ou sal farmaceuticamente aceitável deste fornecido aqui, que é usado para tratamento, prevenção ou melhoria de um ou mais sintomas ou progressão do câncer, incluindo cânceres hematológicos e tumores sólidos , e um rótulo que indica que o composto ou sal farmaceuticamente aceitável do mesmo é usado para tratamento, prevenção ou melhoria de um ou mais sintomas ou progressão do câncer, incluindo cânceres hematológicos e tumores sólidos .

[0353] Os artigos de fabricação aqui fornecidos contêm materiais de embalagem. Os materiais de embalagem para uso em embalagens de produtos farmacêuticos são bem conhecidos dos especialistas na técnica. Por exemplo, as patentes US Nos. 5,323,907, 5,052,558 e 5,033,252. Exemplos de materiais de embalagem farmacêutica incluem, entre outros, embalagens ‘blister’ (cartela de comprimidos), garrafas, tubos, inaladores, bombas, bolsas, frascos, recipientes, seringas, canetas, garrafas e qualquer material de embalagem adequado para uma formulação selecionada e modo de administração pretendido e tratamento. É contemplada uma ampla variedade de formulações dos compostos e composições aqui fornecidas.

[0354] Em algumas formas de realização, uma quantidade terapeuticamente eficaz da composição farmacêutica com um FTI é administrada por via oral ou parentérica. Em algumas formas de realização, a composição farmacêutica tendo o tipifarnib como ingrediente ativo e é administrada por via oral em uma quantidade de 1 a 1500 mg / kg por dia, como uma dose única ou subdividida em mais de uma dose, ou mais particularmente em uma quantidade de 10 a 1200 mg / kg por dia. Em algumas formas de realização, a composição farmacêutica tendo o tipifarnib como ingrediente ativo e é administrada por via oral em uma quantidade de 100 mg / kg por dia, 200 mg / kg por dia, 300 mg / kg por dia, 300 mg / kg por dia, 400 mg / kg por dia, 500 mg / kg por dia , 600 mg / kg por dia, 700 mg / kg por dia, 800 mg / kg por dia, 900 mg / kg por dia , 1000 mg / kg por dia, 1100 mg / kg por dia ou 12 00 mg / kg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0355] Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 200-1500 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 200-1200 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 200 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 300 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 400 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 500 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 600 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 700 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 800 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 900 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 1000 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 1100 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 1200 mg por dia. Em algumas formas de realização, um FTI é administrado na dose de 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 525, 550, 575, 600, 625, 650, 675, 700, 725, 750, 775, 800, 825, 850, 875, 900, 925, 950, 975, 1000, 1025, 1050, 1075, 1100, 1125, 1150, 1175 ou 1200 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 1300 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 1400 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0356] Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 200-1400 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 300-1200 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado a uma dose de 3 00- 9 00 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado a uma dose de 600 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado a uma dose de 700 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 800 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 900 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 1000 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 1100 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 12 00 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, um FTI é administrado em uma dose de 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 525, 550, 575, 600, 625, 650, 675, 700, 725, 750, 775, 800, 825, 850, 875, 900, 925, 950, 975, 1000, 1025, 1050, 1075, 1100, 1125, 1150, 1175 ou 1200 mg duas vezes ao dia. Em algumas formas de realização, o FTI para uso nas composições e métodos aqui fornecidos é tipifarnib.

[0357] Conforme uma pessoa com conhecimentos correntes na arte entenderia que a dose varia dependendo da forma de dosagem aplicada, sensibilidade e condição do paciente, a via de administração, e outros fatores. A dosagem exata será determinada pelo médico, à luz de fatores relacionados ao sujeito que requerem tratamento. A dosagem e a administração são ajustadas para fornecer níveis suficientes do ingrediente ativo ou para manter o efeito desejado. Os fatores que podem ser considerados incluem a severidade do estado da doença, a saúde geral do sujeito, idade, peso, e gênero do sujeito, dieta, tempo e frequência de administração, da droga combinação (s), sensibilidades de reação, e a tolerância / resposta à terapia. Durante um ciclo de tratamento, a dose diária pode variar. Em algumas formas de realização, uma dosagem inicial pode ser titulada dentro de um ciclo de tratamento. Em algumas formas de realização, uma dosagem inicial pode ser titulada dentro de um ciclo de tratamento. A dosagem final pode depender da ocorrência de toxicidade limitante da dose e de outros fatores. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 300 mg por dia e aumentado para uma dose máxima de 400 mg, 500 mg, 600 mg, 700 mg, 800 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ou 1200 mg diariamente. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 400 mg por dia e escalado para uma dose máxima de 500 mg, 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1000 mg, 1100 mg ou 1200 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 500 mg por dia e escalado para uma dose máxima de 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ou 1200 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 600 mg por dia e escalado para uma dose máxima de 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ou 1200 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 700 mg por dia e escalado para uma dose máxima de 800 mg, 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ou 1200 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 800 mg por dia e escalado para uma dose máxima de 900 mg, 1000 mg, 1100 mg ou 1200 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 900 mg por dia e escalado para uma dose máxima de 1000 mg, 1100 mg ou 1200 mg por dia. A escalada da dose pode ser feita de uma só vez ou passo a passo. Por exemplo, uma dose inicial de 600 mg por dia pode ser escalada para uma dose final de 1000 mg por dia, aumentando em 100 mg por dia ao longo de 4 dias ou aumentando em 200 mg por dia ao longo de 2 dias, ou aumentando 400 mg de uma só vez. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib.

[0358] Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial relativamente alta e titulada até uma dose mais baixa, dependendo da resposta do paciente e de outros fatores. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 1200 mg por dia e reduzido a uma dose final de 1100 mg, 1000 mg, 900 mg, 800 mg, 700 mg, 600 mg, 500 mg, 500 mg, 400 mg ou 300 mg diariamente. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 1100 mg por dia e reduzido a uma dose final de 1000 mg, 900 mg, 800 mg, 700 mg, 600 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg ou 300 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 1000 mg por dia e reduzida a uma dose final de 900 mg, 800 mg, 700 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg ou 300 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 900 mg por dia e reduzida a uma dose final de 800 mg, 700 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg ou 300 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 800 mg por dia e reduzida a uma dose final de 700 mg, 600 mg, 500 mg, 400 mg ou 300 mg por dia. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose inicial de 600 mg por dia e reduzida a uma dose final de 500 mg, 400 mg ou 300 mg por dia. A redução da dose pode ser feita de uma só vez ou passo a passo. Em algumas formas de realização, o FTI é tipifarnib. Por exemplo, uma dose inicial de 900 mg por dia pode ser reduzida para uma dose final de 600 mg por dia, diminuindo 100 mg por dia ao longo de 3 dias ou diminuindo 300 mg ao mesmo tempo.

[0359] Um ciclo de tratamento pode ter duração diferente. Em algumas formas de realização, um ciclo de tratamento pode ser de uma semana, 2 semanas, 3 semanas, 4 semanas, 5 semanas, 6 semanas, 7 semanas, 8 semanas, 3 meses, 4 meses, 5 meses, 6 meses, 7 meses, 8 meses, 9 meses, 10 meses, 11 meses ou 12 meses. Em algumas formas de realização, um ciclo de tratamento é de 4 semanas. Um ciclo de tratamento pode ter programação intermitente. Em algumas formas de realização, um ciclo de tratamento de 2 semanas pode ter dosagem de 5 dias seguida de descanso de 9 dias. Em algumas formas de realização, um ciclo de tratamento de 2 semanas pode ter dosagem de 6 dias seguida de 8 dias de descanso. Em algumas formas de realização, um ciclo de tratamento de 2 semanas pode ter dosagem de 7 dias seguida de descanso de 7 dias. Em algumas formas de realização, um ciclo de tratamento de 2 semanas pode ter dosagem de 8 dias seguida de descanso de 6 dias. Em algumas formas de realização, um ciclo de tratamento de 2 semanas pode ter dosagem de 9 dias seguida de descanso de 5 dias.

[0360] Em algumas formas de realização, o FTI é administrado diariamente por 3 de 4 semanas em ciclos repetidos de 4 semanas. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado diariamente em semanas alternadas (uma semana sim, uma semana não) em ciclos repetidos de 4 semanas. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 300 mg duas vezes ao dia por via oral por 3 a 4 semanas em ciclos repetidos de 4 semanas. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 600 mg duas vezes ao dia por via oral por 3 de 4 semanas em ciclos repetidos de 4 semanas. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado na dose de 900 mg duas vezes por via oral em semanas alternadas (uma semana sim, uma semana não) em ciclos repetidos de 4 semanas. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 1200 mg duas vezes ao dia por via oral em semanas alternadas (dias 1-7 e 15-21 de ciclos repetidos de 28 dias). Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma dose de 1200 mg duas vezes ao dia por via oral durante os dias 1-5 e 15-19 dos ciclos repetidos de 28 dias.

[0361] Em algumas formas de realização, pode ser usado um regime de semana alternativa de tipifarnib de 900 mg. Sob o regime, os pacientes recebem uma dose inicial de 900 mg, duas vezes ao dia, nos dias 1-7 e 15-21 dos ciclos de tratamento de 28 dias. Na ausência de toxicidades incontroláveis, os indivíduos podem continuar recebendo o tratamento com tipifarnib por até 12 meses. A dose também pode ser aumentada para 1200 mg, se o paciente estiver tolerando bem o tratamento. Reduções graduais de dose de 300 mg para controlar as toxicidades relacionadas ao tratamento e emergentes do tratamento também podem ser incluídas.

[0362] Em outras formas de realização, o tipifarnib é administrado por via oral a uma dose diária de 300 mg por dia durante 21 dias, seguida de 1 semana de descanso, em ciclos de tratamento de 28 dias (esquema de 21 dias; Cheng DT, et al., J Mol Diagn. (2015) 17 (3): 251-64). Em algumas formas de realização, é adotada uma dose de 5 dias variando de 25 a 1300 mg, seguida de repouso de 9 dias (esquema de 5 dias; Zujewski J., J. Clin Oncol., (2000) fev; 18 (4): 927 -41). Em algumas formas de realização, é adotada uma dosagem de oferta de 7 dias seguida de descanso de 7 dias (programação de 7 dias; Lara PN Jr., Anticancer Drugs., (2005) 16 (3): 317-21; Kirschbaum MH, Leucemia., (2011) Oct; 25 (10): 1543-7). No esquema de 7 dias, os pacientes podem receber uma dose inicial de 300 mg duas vezes ao dia com escalonamentos de dose de 300 mg até uma dose planejada máxima de 1800 mg duas vezes ao dia. No estudo de programação de 7 dias, os pacientes também podem receber a oferta de tipifarnib nos dias 1 a 7 e nos dias 15 a 21 dos ciclos de 28 dias em doses de até 1600 mg por dose.

[0363] Em estudos anteriores, o FTI demonstrou inibir o crescimento de tumores em mamíferos quando administrado como um esquema de dosagem duas vezes ao dia. Verificou-se que a administração de um FTI em uma dose única diária por um a cinco dias produziu uma supressão acentuada do crescimento do tumor com duração de pelo menos 21 dias. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado em uma faixa de dosagem de 50- 400 mg / kg. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado a 200 mg / kg. O regime de dosagem para FTIs específicos também é bem conhecido na técnica (por exemplo, Patente US No. 6838467, que é incorporada aqui por referência na sua totalidade). Por exemplo, dosagens adequadas para os compostos Arglabin (WO98/28303), álcool perílico (WO 99/45712), SCH-66336 (Patente US No. 5.874.442), L778123 (WO 00/01691), 2(S)-[2(S)-[2(R)-amino-3-mercapto]propilamino-3(S)-metil]- pentiloxi-3-fenilpropionil-metionina-sulfona (WO94/10138), BMS 214662 (WO 97/30992), AZD3409; Os compostos A e B da Pfizer (WO 00/12499 e WO 00/12498) são dados nas especificações de patente acima mencionadas que são incorporadas aqui por referência ou são conhecidas ou podem ser prontamente determinadas por um especialista na técnica.

[0364] Em relação ao álcool perílico, o medicamento pode ser administrado de 1-4g por dia por cada 68 kg de peso do paciente humano. Numa forma de realização, 1-2 g por dia por cada 68 kg de peso do paciente humano. SCH-66336 tipicamente pode ser administrado em uma dose unitária de cerca de 0,1 mg a 100 mg, mais preferencialmente cerca de 1 mg a 300 mg de acordo com a forma de aplicação. Os compostos L778123 e 1-(3-clorofenil)-4- [1-(4-cianobenzil)-5-imidazolilmetil]-2-piperazinona podem ser administrados a um paciente humano em uma quantidade entre cerca de 0,1 mg / kg de peso corporal e cerca de 20 mg / kg de peso corporal por dia, preferencialmente entre 0,5 mg / kg de peso corporal e cerca de 10 mg / kg de peso corporal por dia.

[0365] Os compostos A e B da Pfizer podem ser administrados em dosagens que variam cerca de 1,0 mg a cerca de 500 mg por dia, preferencialmente cerca de 1 a 100 mg por dia em doses únicas ou divididas (isto é, múltiplas). Os compostos terapêuticos serão normalmente administrados em doses diárias que variam de 0,01 a cerca de 10 mg por kg de peso corporal por dia, em doses únicas ou divididas. O BMS 214662 pode ser administrado em uma faixa de dosagem de cerca de 0,05 a 200 mg / kg / dia, de preferência inferior a 100 mg / kg / dia em uma dose única ou em 2 a 4 doses divididas.

[0366] Em algumas formas de realização, o tratamento de FTI é administrado em combinação com radioterapia ou terapia de radiação. A radioterapia inclui o uso de raios γ, raios X e / ou o uso direcionada de radioisótopos às células tumorais. Também são contempladas outras formas de fatores danosos ao DNA, como micro-ondas, irradiação por feixe de prótons (Patentes US Nos.

5.760.395 e 4.870.287; todas as quais são aqui incorporadas por referências em sua totalidade) e irradiação por UV. É mais provável que todos esses fatores afetem uma ampla gama de danos no DNA, nos precursores do DNA, na replicação e reparo do DNA e na montagem e manutenção dos cromossomos.

[0367] Em algumas formas de realização, é administrada uma quantidade terapeuticamente eficaz da composição farmacêutica com um FTI que sensibiliza efetivamente um tumor em um hospedeiro à irradiação. (Patente US No. 6545020, que é aqui incorporada por referência na sua totalidade). A irradiação pode ser radiação ionizante e, em particular, radiação gama. Em algumas formas de realização, a radiação gama é emitida por aceleradores lineares ou por radionuclídeos. A irradiação do tumor por radionuclídeos pode ser externa ou interna.

[0368] A irradiação também pode ser radiação de raios-X. Os intervalos de dosagem para raios-X variam de doses diárias de 50 a 200 roentgens por períodos prolongados (3 a 4 semanas), a doses únicas de 2000 a 6000 roentgens. Os intervalos de dosagem para os radioisótopos variam amplamente e dependem da meia-vida do isótopo, da força e do tipo de radiação emitida e da captação pelas células neoplásicas.

[0369] Em algumas formas de realização, a administração da composição farmacêutica começa até um mês, em particular até 10 dias ou uma semana, antes da irradiação do tumor. Além disso, a irradiação do tumor é fracionada, a administração da composição farmacêutica é mantida no intervalo entre a primeira e a última sessão de irradiação.

[0370] A quantidade de FTI, a dose de irradiação e a intermitência das doses de irradiação dependerão de uma série de parâmetros como o tipo de tumor, sua localização, a reação dos pacientes à quimioterapia ou radioterapia e, finalmente, o médico e radiologista determinarem em cada caso sua individualidade.

C. Terapia Combinada

[0371] Em algumas formas de realização, os métodos aqui fornecidos incluem ainda a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um segundo agente ativo ou uma terapia de assistência de suporte. O segundo agente ativo pode ser um agente quimioterapêutico. Um agente quimioterapêutico ou medicamento que pode ser categorizado por seu modo de atividade dentro de uma célula, por exemplo, em que estágio eles afetam o ciclo celular. Alternativamente, um agente pode ser caracterizado com base na sua capacidade de reticular diretamente o DNA, intercalar no DNA ou induzir aberrações cromossômicas e mitóticas, afetando a síntese de ácidos nucleicos.

[0372] Exemplos de agentes quimioterapêuticos incluem agentes alquilantes, tais como tiotepa e ciclosfosfamida; alquil sulfonatos, tais como bussulfano, improssulfano e pipossulfano; aziridinas, como benzodopa, carboquona, meturedopa e uredopa; etileniminas e metilamelaminas, incluindo altretamina, trietilenemelamina, trietilenofosforamida, trietiiletenofosfosforamida e trimetilolomelamina; acetogeninas (especialmente bullatacin e bullatacinone); uma camptotecina (incluindo o topotecano análogo sintético); briostatina; calestatina; CC-1065 (incluindo seus análogos sintéticos adozelesina, carzelesina e bizelesína); criptoficinas (particularmente criptoficina 1 e criptoficina 8) dolastatina; duocarmicina (incluindo os análogos sintéticos, KW-2189 e CB1- TM1); eleutherobina; pancratistatina; uma sarcodictina; espongistatina; mostardas de nitrogênio, como clorambucil, clornafazina, colofosfamida, estramustina, ifosfamida, mecloretamina, cloridrato de óxido de mecloretamina, melfalano, novembiquina, fenesterina, prednimustina, trofosfamida e mostarda uracil; nitrosureias, como carmustina, clorozotocina, fotemustina, lomustina, nimustina e ranimnustina; antibióticos,

tais como os antibióticos de enedina (por exemplo, caliqueamicina, especialmente caliqueamicina gammalI e caliqueamicina omegaI1); dinemicina, incluindo dinemicina A; bisfosfonatos, tais como clodronato; uma esperamicina; bem como cromóforo neocarzinostatina e cromóforos antiobióticos relacionados com cromoproteína, aclacinomisinas, actinomicina, antramicina, azaserina, bleomicinas, cactinomicina, carabicina, carminomicina, carzinofilina, cromomicina-dia 5, dactinomicina, normatina 5, dactinomicina doxorrubicina (incluindo morfolino- doxorrubicina, cianomorfolino-doxorrubicina, 2-pirrolino- doxorrubicina e desoxidoxorrubicina), epirrubicina, esorubicina, idarubicina, marcelomicina, mitomicina, olomicina, paliatina, olomicina, paliatina rodorubicina, estreptonigrina, estreptozocina, tubercidina, ubenimex, zinostatina e zorubicina; anti-metabolitos, tais como metotrexato e 5-fluorouracil (5-FU); análogos de ácido fólico, tais como denopterina, pteropterina e trimetrexato; análogos de purina, tais como fludarabina, 6- mercaptopurina, tiamiprina e tioguanina; análogos de pirimidina, tais como ancitabina, azacitidina, 6-azauridina, carmofur, citarabina, didesoxiuridina, doxifluridina, enocitabina e floxuridina; androgénios, tais como calusterona, propionato de dromostanolona, epitiostanol, mepitiostano e testolactona; anti- supra-renais, como mitotano e trilostano; reabastecedor de ácido fólico, como ácido frolínico; aceglatone; glicósido aldofosfamida; ácido aminolevulínico; eniluracil; amsacrina; bestrabucil; bisantreno; edatraxato; defofamina; demecolcina; diaziquona; elformitina; acetato de eliptinio; um epotilona; etoglucido; nitrato de gálio; hidroxiureia; lentinano; lonidainina; maitansinóides, tais como maitansina e ansamitocinas; mitoguazona; mitoxantrona; mopidanmol; nitraerina; pentostatina; phenamet; pirarubicina; losoxantrona; ácido podofilínico; 2-etil-hidrazida; procarbazina; Complexo de PSKpolissacarídeo; razoxano; rizoxina; sizofiran; espirogermanio; ácido tenuazônico; triaziquona; 2,2 ', 2 "- triclorotrietilamina; tricotecenos (especialmente toxina T-2, verracurina A, roridina A e anguidina); uretano; vindesina; dacarbazina; mannustustina; mitobronitol; mitolactol; pipobroman; gacitosina; arabinosídeo ("Ara-C"); ciclofosfamida; taxóides, por exemplo, paclitaxel e docetaxel gemcitabina; 6- tioguanina; mercaptopurina; complexos de coordenação de platina, como cisplatina, oxaliplatina e carboplatina; vinblastina; platina; etoposídeo (VP-16); ifosfamida; mitoxantrona; vincristina; vinorelbina; novantrona; teniposido; edatrexato; daunomicina; aminopterina; xeloda; ibandronato; irinotecano (por exemplo, CPT-11); inibidor de topoisomerase RFS 2000; difluorometililornitina (DMFO); retinóides, como ácido retinóico; capecitabina; carboplatina, procarbazina, plicomicina, gencitabina, navelbina, transplatina e sais, ácidos ou derivados farmaceuticamente aceitáveis de qualquer um dos acima.

[0373] Os segundos agentes ativos podem ser moléculas grandes (por exemplo, proteínas) ou moléculas pequenas (por exemplo, moléculas inorgânicas sintéticas, organometálicas ou orgânicas). Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo é um agente hipometilante de DNA, um anticorpo terapêutico que se liga especificamente a um antígeno do câncer, um fator de crescimento hematopoiético, citocina, agente anticâncer, antibiótico, inibidor da cox-2, agente imunomodulador, anti-

globulina de timócito, agente imunossupressor, corticosteróide ou um mutante ou derivado farmacologicamente ativo.

[0374] Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo é um agente hipometilante de DNA, como um análogo de citidina (por exemplo, azacitidina) ou uma 5-azadeoxicitidina (por exemplo, decitabina). Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo é um agente citorredutor, incluindo, entre outros, Indução, Topotecano, Hidrea, PO Etoposídeo, Lenalidomida, LDAC e Tioguanina. Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo é Mitoxantrona, Etoposídeo, Citarabina ou Valspodar. Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo é Mitoxantrona mais Valspodar, Etoposídeo mais Valspodar ou Cytarabine mais Valspodar. Em uma forma de realização, o segundo agente ativo é idarubicina, fludarabina, topotecano ou ara-C. Em algumas outras formas de realização, o segundo agente ativo é idarubicina mais ara-C, fludarabina mais ara-C, mitoxantrona mais ara-C ou topotecano mais ara-C. Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo é um quinino. Outras combinações dos agentes especificados acima podem ser usadas e as dosagens podem ser determinadas pelo médico.

[0375] Para qualquer tipo de câncer específico aqui descrito, os tratamentos descritos aqui ou disponíveis de outra forma na técnica podem ser utilizados em combinação com o tratamento com FTI. Por exemplo, as drogas que podem ser utilizadas em combinação com o FTI para PTCL incluem belinostat (Beleodaq®) e pralatrexate (Folotyn®), comercializado pela Spectrum Pharmaceuticals, Romidepsin (Istodax®), comercializado pela Celgene, e brentuximabe vedotin (Adcetris®) (para ALCL), comercializado pela Seattle Genetics; drogas que podem ser utilizados em combinação com o FTI para MDS incluem azacitidina (Vidaza®) e lenalidomida (Revlimid®), comercializado pela Celgene, e decitabina (Dacogen®) comercializado pela Otsuka e Johnson & Johnson; os medicamentos que podem ser usados em combinação com o FTI para o câncer de tireóide incluem o vandetanibe da AstraZeneca (Caprelsa®), o sorafenibe da Bayer (Nexavar®), o cabozantinibe da Exelixis (Cometriq®) e o lenvatinibe da Eisai (Lenvima®).

[0376] Terapias não citotóxicas, tais como Tpralatrexate (Folotyn®), Romidepsin (Istodax®) e Belinostat (Beleodaq®) também pode ser usado em combinação com o tratamento com FTI.

[0377] Em algumas formas de realização, é contemplado que o segundo agente ativo ou a segunda terapia usada em combinação com um FTI pode ser administrada antes, ao mesmo tempo ou após o tratamento do FTI. Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo ou a segunda terapia usada em combinação com um FTI pode ser administrada antes do tratamento com FTI. Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo ou a segunda terapia usada em combinação com um FTI pode ser administrada ao mesmo tempo que o tratamento com FTI. Em algumas formas de realização, o segundo agente ativo ou a segunda terapia usada em combinação com um FTI pode ser administrada após o tratamento do FTI.

[0378] O tratamento de FTI também pode ser administrado em combinação com um transplante de medula óssea. Em algumas formas de realização, o FTI é administrado antes do transplante de medula óssea. Em outras formas de realização, o FTI é administrado após o transplante de medula óssea.

[0379] Um especialista na técnica entenderia que os métodos aqui descritos incluem o uso de qualquer permutação ou combinação do FTI específico, formulação, regime de dosagem, terapia adicional para tratar um sujeito aqui descrito.

[0380] Em algumas formas de realização, o sujeito com PTCL que é selecionado para o tratamento com tipifarnib recebe uma dose de 900 mg duas vezes ao dia por via oral em semanas alternadas (uma semana sim, uma semana não) em ciclos repetidos de 4 semanas.

[0381] Em algumas formas de realização, o sujeito com PTCL que é selecionado para o tratamento com tipifarnib recebe uma dose de 600 mg duas vezes ao dia por via oral em semanas alternadas (uma semana sim, uma semana não) em ciclos repetidos de 4 semanas.

[0382] Entende-se que modificações que não afetam substancialmente a atividade das várias formas de realização desta invenção também são fornecidas dentro da definição da invenção aqui fornecida. Por conseguinte, os exemplos seguintes pretendem ilustrar, mas não limitar, a presente invenção. Todas as referências citadas neste documento são incorporadas por referência em sua totalidade.

EXEMPLO I Neutropenia pode prever resposta clínica ao Tipifarnib na SMD

[0383] Foi realizado um estudo clínico com tipifarnib (300 mg duas vezes ao dia), 3 semanas sim / 1 semana não) em 82 indivíduos com maior risco de SMD / CMML. 67 indivíduos eram dependentes de transfusão (TD) no início do estudo, pelo qual um indivíduo que recebeu uma ou várias transfusões de glóbulos vermelhos (RBC)

durante a triagem e até a primeira administração de tipifarnib foi classificado como TD. Verificou-se que 11 (16%) desses 67 indivíduos com TD que receberam tipifarnib se converteram em independência transfusional (TI) que durou de 55 a 666 dias.

[0384] A FIG. 1A mostra um diagrama que ilustra os resultados de uma análise retrospectiva dos resultados dos ensaios para os 67 indivíduos com SMD dependentes de transfusão. 30/67 (45%) indivíduos com SMD foram inicialmente classificados como apresentando neutropenia moderada a grave, com base na contagem absoluta de neutrófilos (ANC) de <1.000 células / µl de sangue antes de receber o tipifarnib. O CPN dos 37/67 (55%) indivíduos restantes com SMD foi de ≥ 1.000 células / µl de sangue. 9/30 (30%) indivíduos com SMD com neutropenia moderada a grave e 2/37 (5%) indivíduos com SMD sem neutropenia moderada a grave foram convertidos em independência transfusional durante o estudo com tipifarnib. Verificou-se que 9/30 (30%) dos indivíduos com SMD com neutropenia moderada a grave apresentam uma contagem alta de células blásticas no sangue periférico (BI)>> 1% e os restantes 21/30 (70%) indivíduos com SMD com neutropenia ter uma contagem de células blásticas periféricas baixa de ≤ 1%. Verificou-se que 1/9 (11%) dos indivíduos com SMD com neutropenia e alta contagem de células blásticas periféricas se convertem em independência transfusional durante o estudo clínico, enquanto 8/21 (38%) dos indivíduos com SMD com neutropenia e baixa contagem de células blásticas periféricas foram encontrados para converter em independência transfusional. A maioria dos indivíduos que desenvolveu independência transfusional apresentava risco intermediário (INT) de desenvolver AML.

[0385] A FIG.1B mostra uma curva de característica de operação do receptor (ROC) que ilustra a utilidade da neutropenia antes de receber o tipifarnib como um preditor de conversão para independência de transfusão durante o estudo clínico de tipifarnib da FIG.1A. Usando ANC ≤ 1.100 células /  l de sangue como um critério de classificação para um sujeito MDS com neutropenia, a conversão para independência de transfusões foi previsto com uma sensibilidade de 82% e uma especificidade de 63% (P = 0,005).

[0386] A FIG. 1C mostra como gráfico a plotagem de contagens de plaquetas e leucócitos observados durante o estudo clínico de tipifarnib em um exemplo de MDS sujeito a neutropenia (ANC na triagem = 400 células / µl de sangue) na entrada do estudo. Foram observadas contagens crescentes de plaquetas e leucócitos (WBC) no indivíduo com MDS após dois ciclos de administração de tipifarnib (300 mg duas vezes por semana, 3 semanas sim / 1 semana não) e o indivíduo convertido da dependência de transfusão de glóbulos vermelhos (RBC) e transfusão de plaquetas para independência transfusional. Verificou-se que a independência de hemácias e transfusão de plaquetas persiste por um período de 308 dias.

[0387] Este exemplo demonstra que a neutropenia pode ser um marcador útil para prever a capacidade de resposta ao tipifarnib em pacientes com câncer com SMD. Verificou-se que o tipifarnib é especialmente eficaz na conversão de pacientes dependentes de transfusão para independência de transfusão. A maioria das respostas objetivas (CR, CRp, PR) também foram encontrados em indivíduos com ANC <1000 células /  l de sangue na entrada do estudo.

EXEMPLO II Doença ou distúrbio associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) manifestadas por neutropenia e / ou baixa contagem sanguínea de blastos sanguíneos pode prever benefício clínico do tipifarnibe na AML

[0388] Foram realizados estudos clínicos com tipifarnib em pacientes idosos recém-diagnosticados com AML de baixo risco (CTEP-20, Fase 2) e AML recidivada e refratária (INT-17, Fase 2). A seleção de pacientes nesses estudos não foi baseada em marcadores genéticos. Foi relatada evidência anedótica da atividade de um agente tipifarnib. Portanto, a atividade clínica geral em toda a população de pacientes não apoiou o registro do tipifarnib. Além disso, um estudo Ph3 contemporâneo (AML301, N = 457) não conseguiu identificar uma eficácia aumentada do Tipifarnib em comparação com o BSC (incluindo hidroxiureia) como terapia de primeira linha em pacientes idosos com AML recém- diagnosticada, de novo ou secundária (razão de risco = 1,02, não significativo). A OS mediana no estudo geral foi de 107 dias para o grupo Tipifarnib e 109 dias para o grupo BSC na AML301.

[0389] A FIG.2A mostra um gráfico que ilustra as quantidades de blastos da medula, blastos de sangue e leucócitos observados em amostras de pacientes idosos com AML de baixo risco (CTEP- 20), dependendo do nível de expressão de CXCL12 na medula óssea dos pacientes. Verificou-se que a alta expressão de CXCL12 está associada a baixos blastos sanguíneos em circulação, apesar de uma porcentagem significativa de blastos na medula óssea. Esses resultados sugerem que a expressão elevada de CXCL12 resulta em aumento do homing da AML à medula óssea do paciente.

[0390] A FIG.2B mostra os resultados de dois ensaios com tipifarnib (painel superior: CTEP-20; painel inferior: AML-301). Pacientes com AML com baixa porcentagem de blastos sanguíneos circulantes (<1 e <10%) e alta porcentagem de blastos na medula óssea (> 40%) recebem benefício clínico do tratamento com tipifarnib em termos de sobrevida livre de progressão (PFS, CTEP20) ou sobrevida (AML301 ) A sobrevida média dobrou aproximadamente para o tratamento com Tipifarnib (201 dias) no subconjunto de pacientes com altos blastos de BM e baixos blastos periféricos, enquanto nenhum efeito de homing foi observado com o BSC. Pacientes AML301 N = 82 (18% do tamanho do estudo), FC = 0,58, 109 (BSC) vs 201 (tipifarnib) dias, P = 0,019. Esses resultados demonstram que o uso de baixas contagens de células imaturas sangüíneas com altas contagens de medula óssea identifica uma população de pacientes com AML que apresentam melhores resultados com o tratamento com tipifarnibe.

[0391] A FIG. 2C mostra resultados de dois ensaios com tipifarnib (painel superior: CTEP-20; painel inferior: AML-301) demonstrando que pacientes com AML tratados com tipifarnib com BMR <0,1 antes do tratamento (CTEP-20: N = 57; AML-301: N = 73) mostraram sobrevida mediana livre de progressão (PFS) de 93 dias (CTEP-20) ou 83 dias (AML-301). Os pacientes com AML tratados com tipifarnibe com BMR ≥ 0,1 (CTEP-20: N = 84; AML-301: N = 140) antes do tratamento apresentaram PFS mediana de 47 dias (CTEP-20) ou 60 dias (AML-301). Esses resultados demonstram que os menores ratios de células imaturas no sangue para medula óssea em pacientes com AML antes da administração do tipifarnib foram associadas a melhores resultados clínicos com o tipifarnib.

[0392] As FIGs.3A-H mostram resultados de um estudo clínico de tipifarnib para subconjuntos de pacientes idosos ou frágeis com AML (AML-301) com graus variados de neutropenia. FIG.3A mostra probabilidades de sobrevivência ao longo do tempo para todos os pacientes que recebem tipifarnib ou um tratamento de referência. As figs.3B-3F mostram probabilidades de sobrevivência em subconjuntos de pacientes com LBC com leucócitos> 2,1 x 109 células / L e ANC <1,2 x 109 células / L (FIG. 3B), ANC <1,0 (FIG. 3C), ANC <0,8 (FIG 3D), ANC <0,6 (FIG. 3E) e ANC <0,4 (FIG. 3F). Esses resultados demonstram que em indivíduos com LBC com leucócitos na faixa normal, o aumento de neutropenia foi associado a melhores benefícios clínicos do tipifarnib. FIG. 3G mostra resultados para grupos de referência de pacientes com leucopenia com ANC <1 e WBC <2 (esquerda) ou WBC> 2 (direita). Esses resultados demonstram que em indivíduos com AML, neutropenia isolada, mas não leucopenia geral (baixo leucograma, sugerindo mielossupressão), foi associada a benefícios clínicos aprimorados do tipifarnib. FIG.3H evidencia os resultados nos doentes com ANC <1 e a contagem de plaquetas <50 x 109 células / L (esquerda) ou> 50 (à direita). Esses resultados demonstram que em indivíduos com AML, neutropenia isolada, mas não trombocitopenia, indicada por plaquetas baixas, foi associada a benefícios clínicos aprimorados do tipifarnib.

[0393] A FIG.4A mostra os gráficos de probabilidades de sobrevivência dos pacientes de AML com neutropenia (ANC <1000 / l de sangue) que recebe tipifarnib ou tratamentos de referência (AML-301). As subpopulações de pacientes mostradas na FIG.4A foram estratificados com base nas contagens de blastos da medula óssea (painéis superior esquerdo (MB <45%) e direito (MB> 45%))

ou contagens de blastos periféricos (painéis inferior esquerdo (PB <20%) e direito (PB> 20%)). Observou-se que indivíduos com AML com maior número de blastos da medula óssea e menor número de blastos periféricos receberam maiores benefícios clínicos com o tipifarnib. FIG.4B mostra um gráfico comparando o controle de WBC, ANC, PB e contagens de MB nos doentes com AML com neutropenia (ANC <1000 / l de sangue), que foram tratados com tipifarnib ou uma terapia de referência. FIG.4C mostra um gráfico de controle comparando a sobrevida global em pacientes tratados com tipifarnib ou um medicamento de referência nos tercis da BMR. Em suma, esses resultados demonstram que blastos elevados de medula óssea e diminuição de blastos sanguíneos previam melhores probabilidades de sobrevivência em pacientes com AML com neutropenia recebendo tipifarnibe. Pacientes com BMR no tercil inferior, BMR <0,027, apresentaram melhor resultado com tipifarnib do que com BSC no AML301.

[0394] A FIG.5A mostra as probabilidades de sobrevivência de pacientes com AML com neutropenia caracterizada por ANC / WBC <0,4, WBC> 2 e plaquetas (PTL)> 20 recebendo tipifarnib ou terapia de referência (N = 135; 30% do estudo AML-301). A fração ANC nesse grupo de pacientes estava abaixo do limite inferior do normal (LLN; ≤ 40%), os leucócitos estavam pelo menos no LLN (> 2 giga / L) e a contagem de plaquetas era baixa, mas acima do nível de sangramento (> 20 giga /EU). O ratio de risco para essa população de pacientes foi determinado como 0,7 (sobrevida média de 98 dias para o BSC vs. 146 dias para o tipifarnib) com P = 0,046. Estes resultados demonstram que um benefício clínico do tipifarnib foi alcançado em uma população de pacientes com AML com neutropenia, usando critérios de seleção hematológica relativamente leves.

[0395] A FIG.5B mostra as probabilidades de sobrevivência para pacientes com AML com neutropenia caracterizada por ANC / WBC <0,3 e blastos da medula óssea> 60% (N = 110; 24% do estudo AML- 301). O ratio de risco para essa população de pacientes foi determinado em 0,67 com P = 0,08. Estes resultados demonstram que um benefício clínico do tipifarnib foi alcançado em pacientes com AML com neutropenia grave e alta carga tumoral.

[0396] As FIGs.6A e 6B mostram gráficos que ilustram os resultados de um estudo com tipifarnib com sujeitos AML recidivados ou refratários (INT-17 R / R AML). No estudo refratário da AML, a maioria dos indivíduos demonstrou neutropenia e mielossupressão. Verificou-se que a medula óssea de indivíduos refratários à AML expressa baixos níveis de CXCL12. Um pequeno subconjunto de indivíduos (~ 15%) apresentou altos níveis de CXCR4, homing na medula óssea das células tumorais e sensibilidade ao tipifarnib. FIG. 6A ilustra contagens relativas de células imaturas do sangue em pacientes com AML recidivada ou refratária estratificados com base nos níveis de expressão de CXCR4. Verificou-se que indivíduos com AML refratários e recidivantes que expressam níveis mais altos de CXCR4 apresentam contagens de células imaturas sanguíneas substancialmente reduzidas em relação a indivíduos que expressam níveis mais baixos de CXCR4. FIG. 6B ilustra as probabilidades de PFS para indivíduos AML recidivantes ou refratários estratificados com base nos níveis de expressão de CXCR4. Os indivíduos com AML que superexpressam o CXCR4 (N = 8; PFS mediana = 143 dias) apresentaram melhores resultados clínicos do que os indivíduos com AML com níveis relativamente mais baixos de expressão de CXCR4 (N = 49; PFS mediana = 29 dias). Esses resultados demonstram que a baixa contagem de blastos circulantes e a superexpressão de CXCR4 foram associadas a benefícios clínicos na AML recidivada ou refratária.

[0397] As FIGs.6C mostram as probabilidades de sobrevivência de indivíduos com AML recidivada ou refratária tratadoas com tipifarnib no estudo INT-17, de acordo com quintis da razão CXCR4 / CXC2. Os dados da proporção CXCR4 / CXCR2 estavam disponíveis para 57 indivíduos que tiveram uma sobrevida global de 87 dias. A sobrevivência média de CXCR4 / CXCR2 quintil, grupos 1 embora 5 foram, respectivamente, 56, 78, 44, 105 e 182 dias, p= 0,057. Inserção: comparação da quintil de CXCR4 / CXCR2 proporção subconjunto para o resto dos indivíduos. A sobrevida mediana foi respectivamente 182 versus 74 dias, HR = 0,52, p = 0,04. Esses dados demonstram que indivíduos com AML recidivada / refratária com uma alta proporção de expressão de CXCR4 para CXCR2 em sua medula óssea receberam maior benefício clínico da terapia com tipifarnib.

[0398] As FIGs.7. (A) Probabilidades de PFS de idosos previamente não tratados ou com AML inadequada com uma alta proporção de CXCR4 / CXCR2 versus o restante dos pacientes incluídos no estudo CTEP-20. Os dados de resultado e expressão estão disponíveis para 34 sujeitos do estudo. A sobrevida mediana de indivíduos com uma razão de expressão de CXCR4 / CXCR2 na medula óssea no quartil superior foi de 406 dias versus 67 dias nos quartis 1-3, HR = 0,44, p = 0,09. A PFS geral mediana foi de 84 dias. (B) Probabilidades de sobrevivência de idosos previamente não tratados ou de AML impróprias com um alt ratio

CXCR4 / CXCR2 versus o restante dos pacientes do estudo CTEP-

20. A sobrevida mediana de indivíduos com uma razão de expressão de CXCR4 / CXCR2 na medula óssea no quartil superior foi de 728 dias versus 179 dias nos quartis 1 a 3, HR = 0,26, p = 0,07. A sobrevida global média foi de 233 dias. Estes dados demonstram que pacientes com AML não tratados anteriormente com alta expressão de CXCR4 / CXCR2 receberam um benefício clínico do tratamento com tipifarnib.

[0399] Em conclusão, os exemplos ilustram que a alta expressão de CXCL12 pode estar associada ao homing à medula óssea (ver, por exemplo, FIG. 2A) e uma resposta aprimorada ao tipifarnib na AML (por exemplo, FIG. 2B). Além disso, sem ser limitado pela teoria, acreditamos que a neutropenia secundária associado ao homing de CXCL12 na medula óssea (por exemplo, como indicado por baixas BMR) é um biomarcador útil da atividade do tipifarnib na AML e na SMD.

EXEMPLOIII A expressão CXCL12 ou uma razão de expressão CXCL12 / CXCR4 podem prever benefícios clínicos do tipifarnib em várias malignidades hematológicas

[0400] Nove respostas completas (RC) e 13 melhores respostas de progressão da doença (DP) foram observadas em 34 pontos com dados de expressão gênica disponíveis no estudo CTEP20. A expressão de CXCL12 sozinha ou como uma razão da expressão para seu receptor CXCR4 previu resposta completa ao tratamento com tipifarnib (p = 0,08, p = 0,001) (FIG. 20A). A CXCL12 e a proporção CXCL12 / CXCR4 também foram preditivas de 2 respostas parciais (RP) observadas em 13 pacientes com PTCL recorrente /

refratário altamente avançados com GEP disponível (p = 0,009, p = 0,0007) (FIG. 20B). Foram notificadas quatro respostas objetivas e 1 síndrome de lise tumoral em 17 indivíduos com CMML tratados com tipifarnib com dados disponíveis de expressão do gene BM pré-tratamento (FIG. 20C). A expressão de CXCL12 (p = 0,07) e a razão CXCL12 / CXCR4 (p = 0,03) foram preditivas desses eventos (FIG. 20C). Apenas três CRs foram relatados em 58 pacientes com dados de expressão gênica disponíveis no estudo INT-17. Dois desses CRs foram observados em indivíduos com alta expressão de CXCR4 BM no pré-tratamento. Tomados em conjunto, esses dados indicam que a Expressão CXCL12 da Razão de Expressão CXCL12 / CXCR4 pode prever o benefício clínico do Tipifarnib em várias malignidades hematológicas

EXEMPLOIV Tratamento com Tipifarnib Expressão reduzida de CXCL12

[0401] O teste ELISA foi empregado para determinar os níveis plasmáticos de CXCL12 em pacientes com PTCL que receberam tratamento com tipifarnib. Como mostrado na FIG. 21A, três pacientes que receberam tipifarnib por pelo menos 30 dias apresentaram nível diminuído de CXCL12 no plasma por volta do dia 30. O efeito do tipifarnib na secreção de quimiocinas e citocinas pela medula óssea (BM) foi investigado usando culturas primárias de BM de camundongo CD1 e matrizes de anticorpos. Como mostrado na FIG. 21B, CXCL12 era uma citocina altamente abundante secretada neste modelo e seus níveis foram reduzidos após o tratamento com 100 nM de tipifarnib.

Claims (55)

REIVINDICAÇÕES

1. Método para o tratamento de câncer associado ao alojamento de células mielóides na medula óssea (homing) em um indivíduo, caracterizado pelo fato de compreender a administração seletiva de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um inibidor de farnesiltransferase (FTI) em um indivíduo com (a) uma contagem absoluta de neutrófilos (ANC) menor que uma contagem referência de ANC; (b) uma razão de blastos (células imaturas / precursoras) sangüíneo / medula óssea (BMR) menor que um valor de referência da BMR e/ou (c) uma contagem periférica menor de blastos periféricos que um valor de referência e, opcionalmente, uma contagem de células imaturas (precursoras) da medula óssea maior que um valor de referência da contagem de células imaturas (precursoras) da medula óssea.

2. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o FTI é administrado seletivamente ao sujeito que tem (d) uma expressão CXCL12 e/ou CXCR4 maior que um valor de referência.

3. Método, de acordo com as reivindicações 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que o FTI é administrado seletivamente ao sujeito que possui (e) uma razão de expressão mais alta de um receptor homing à posição inicial para um receptor de mobilização do que uma razão de referência; em que opcionalmente o receptor homing é CXCR4, CXCR3, ou uma combinação dos mesmos, e o receptor de mobilização é CXCR2, CXCR1 ou uma combinação dos mesmos.

4. Método, de acordo com as reivindicações 1 ou 2, caracterizado pelo fato de que o FTI é administrado seletivamente ao sujeito que tem (f) uma proporção mais alta de expressão de CXCL12 para CXCR4 ou HRAS e/ou (g) uma proporção mais alta de expressão de CXCR4 para CXCL2 do que uma razão de referência.

5. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o valor de referência de ANC é 1,500 / l, 1400 / l, 1300 / l, 1200 / l, 1100 / l, 1000 / l, 900 / l, 800 / l, 700 / l, 600 / l, 500 / l, 400 / l, 300 / l ou 200 / l.

6. Método de acordo com a reivindicação 5, caracterizado pelo fato de que o valor de referência de ANC é 1000 / l.

7. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 5 ou 6, caracterizado pelo fato de que a contagem de glóbulos brancos (leucócitos) no sujeito é maior que o limite inferior da faixa normal de um grupo de controle saudável.

8. Método de acordo com a reivindicação 7, caracterizado pelo fato de que a contagem de glóbulos brancos é> 2000 / l.

9. Método, de acordo com a reivindicação 8, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da BMR é 0,5, 0,4, 0,3, 0,2, 0,1, 0,09, 0,08, 0,07, 0,06, 0,05, 0,04, 0,03, 0,02 ou 0,01.

10. Método, de acordo com a reivindicação 9, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da BMR é 0,03.

11. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem periférica de células imaturas é 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1,0%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%. 0,3%, 0,2% ou 0,1%.

12. Método, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem periférica de células imaturas é de 1%.

13. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem de células imaturas da medula óssea é 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75%.

14. Método, de acordo com a reivindicação 13, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem de células imaturas da medula óssea é de 45%.

15. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem de células imaturas de medula óssea é 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75% e a porcentagem As células imaturas na amostra do sangue são 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%, 0,3%, 0,2 % ou 0,1%.

16. Método, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem de células imaturas na medula é de 45 % e o valor de referência da contagem de células imaturas periféricas é de 10%.

17. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 16, caracterizado pelo fato de compreender a análise do ANC, da BMR, da contagem de células imaturas periféricas, da contagem de células imaturas da medula óssea, da expressão CXCL12, da expressão CXCR4, do razão de expressão CXCL12 para HRAS ou CXCR4 e / ou da razão de expressão de um ou mais dos receptores de retorno à posição inicial para um ou mais dos receptores de mobilização em uma amostra do sujeito antes da administração do FTI ao sujeito.

18. Método, de acordo com a reivindicação 17, caracterizado pelo fato de que a amostra é uma amostra de sangue, uma biópsia de tumor, um aspirado ou biópsia da medula óssea, uma amostra de plasma, uma amostra de células ou uma amostra de linfonodo.

19. Método, de acordo com a reivindicação 17, caracterizado pelo fato de que a amostra é de células isoladas.

20. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 19, caracterizado pelo fato de compreende determinar que o ANC na amostra é menor que o valor de referência do ANC.

21. Método de acordo com a reivindicação 20, caracterizado pelo fato de que o valor de referência de ANC é 1,500 / l, 1400 / l, 1300 / l, 1200 / l, 1100 / l, 1000 / l, 900 / l, 800 / l, 700 / l, 600 / l, 500 / l, 400 / l, 300 / l ou 200 / l.

22. Método da reivindicação 21, caracterizado pelo fato que o valor de referência do ANC é 1000 / l.

23. Método, de acordo com a reivindicação 21 ou 22, caracterizado pelo fato de que compreende determinar que a contagem de glóbulos brancos (GB) na amostra é maior que o limite inferior da faixa normal de um grupo de controle saudável.

24. Método de acordo com a reivindicação 23, caracterizado pelo fato de que a contagem de glóbulos brancos é> 2000 / l .

25. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 24, caracterizado pelo fato de que compreende determinar que a BMR na amostra é menor que o valor de referência da BMR.

26. Método, de acordo com a reivindicação 25, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da BMR é 0,5, 0,4, 0,3, 0,2, 0,1, 0,09, 0,08, 0,07, 0,06, 0,05, 0,04, 0,03, 0,02 ou 0,01.

27. Método, de acordo com a reivindicação 26, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da BMR é 0,03.

28. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 27, caracterizado pelo fato de que compreende determinar que a contagem periférica de células imaturas na amostra é menor que o valor de referência da contagem periférica de células imaturas.

29. Método, de acordo com a reivindicação 28, caracterizado pelo fato de que compreende que o valor de referência da contagem de células imaturas periféricas é 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1,0%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5% 0,4%. 0,3%, 0,2% ou 0,1%.

30. Método, de acordo com a reivindicação 29, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem periférica de células imaturas é de 1%.

31. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 30, caracterizado pelo fato de que compreende determinar que a contagem de células imaturas da medula óssea na amostra é maior que o valor de referência da contagem de células imaturas de medula óssea.

32. Método, de acordo com a reivindicação 31, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem de células imaturas de medula óssea é 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75%.

33. Método, de acordo com a reivindicação 32, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem de células imaturas da medula óssea é de 45%.

34. Método, de acordo com a reivindicação 31, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem de células imaturas da medula óssea é 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% ou 75% e a porcentagem de células imaturas na amostra de sangue são 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%, 0,3%, 0,2 % ou 0,1%.

35. Método, de acordo com a reivindicação 34, caracterizado pelo fato de que o valor de referência da contagem de células imaturas na medula é de 45 % e o valor de referência da contagem de células imaturas periférica é de 10%.

36. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 35, caracterizado pelo fato de que compreende determinar o nível de expressão da proteína CXCL12, fração de proteína ou RNA na amostra como sendo superior ao nível de expressão de referência de CXCL12.

37. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 36, caracterizado pelo fato de compreender a determinação da sequência de DNA do gene CXCL12.

38. Método, de acordo com a reivindicação 37, caracterizado pelo fato de que a sequência do gene CXCL12 é uma variante de nucleotídeo único (SNV) ou uma variante na região 3 não traduzida principal (3 'UTR) do gene CXCL12.

39. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 38, caracterizado pelo fato de compreender a determinação da sequência de DNA de CXCR4.

40. Método, de acordo com a reivindicação 39, caracterizado pelo fato de que a sequência de DNA de CXCR4 compreende uma mutação de ativação do gene CXCR4.

41. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 17 a 40, caracterizado pelo fato de que compreende determinar a proporção do nível de expressão de CXCL12 para o nível de expressão de CXCR4 ou a proporção do nível de expressão de CXCL12 para o nível de expressão de HRAS na amostra para ser maior do que uma razão de referência.

42. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o sujeito com câncer tem neutropenia moderada ou grave.

43. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 42, caracterizado pelo fato de que o sujeito é dependente de transfusão antes da administração do FTI.

44. Método, de acordo com a reivindicação 43, caracterizado pelo fato de que o método é eficaz para converter um sujeito dependente de transfusão em um sujeito independente de transfusão.

45. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 44, caracterizado pelo fato de que o câncer é um linfoma, leucemia ou metástase da medula óssea de um câncer não- hematológico.

46. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 45, caracterizado pelo fato de que o câncer é leucemia mieloide aguda (AML).

47. Método, de acordo com a reivindicação 46, caracterizado pelo fato de que a AML é AML recém-diagnosticada.

48. Método, de acordo com a reivindicação 47, caracterizado pelo fato de que o sujeito com AML é um paciente idoso com AML de baixo risco.

49. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 46 a 48, caracterizado pelo fato de que a AML é AML recidivada ou refratária.

50. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 45, caracterizado pelo fato de que o câncer é uma síndrome mielodisplásica (MDS).

51. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 45, caracterizado pelo fato de que o câncer é leucemia mieloide crônica (LMC).

52. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 45, caracterizado pelo fato de que o câncer é leucemia mielomonocítica crônica (CMML).

53. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 45, caracterizado pelo fato de que o câncer é leucemia de células T.

54. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 53, caracterizado pelo fato de que o FTI é selecionado a partir do grupo que consiste em tipifarnib, arglabina, álcool perilílico, SCH-66336, L 778123, L 739749, FTI-277, L744832, CP-

609.754, R208176, AZD3409 e BMS-214662.

55. Método, de acordo com a reivindicação 54, caracterizado pelo fato de que o FTI é tipifarnib.