AT502854B1 - Verfahren und vorrichtung zur bestimmung der relevanz von probenarray-präparaten - Google Patents

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Claims (31)

  1. ÜSiüfffiC"? psi.eflistr·; AT502 854 B1 2009-08-15 [0073] Über jede Einzelprobe des Gewebsprobenarrays liegt üblicherweise auch eine Information über den Patienten vor. Beispielsweise stammen die 30 Einzelproben je Gewebsart im gegenständlichen Beispiel von 10 verschiedenen Quellen, also beispielsweise 10 verschiedenen Patienten. Demnach existieren von der selben Quelle bzw. dem selben Patienten im Idealfall 3 Einzelproben. Durch das erfindungsgemäße Verfahren wird die Relevanz jeder Einzelprobe des Präparats bestimmt, so dass beispielsweise eine Aussage darüber getroffen werden kann, von welcher Gewebsart alle 3 der im Idealfall vorhandenen Einzelproben verwertbar sind oder von welcher beispielsweise nur 2 oder nur 1 oder gar keine Einzelprobe verwertbar ist. Für bestimmte Untersuchungen an dem Präparat ist diese Information natürlich von erheblicher Bedeutung. Wie die durch das erfindungsgemäße Verfahren erhaltenen Informationen aufbereitet werden, hängt jedoch stark vom jeweiligen Anwendungsfall und den nachfolgenden Untersuchungen an den Präparaten ab. TABELLE Schnitt 4 Schnitt 137 Gewebe Anzahl der Einzelproben Anzahl der Einzelproben Magen 27 14 Pankreas 0 18 Ovar 0 22 Mamma 0 23 Zervix 0 24 Prostata 24 7 Hoden 30 16 Niere 30 20 Sarkom 29 14 Endometrium 29 13 Schilddrüse 30 3 Kolon 30 12 Melanom 27 15 Leber 30 4 Lunge 30 22 SUMME 436 227 fehlend 14 223 Patentansprüche 1. Verfahren zur Bestimmung der Relevanz von Präparaten (4) von Probenarrays (1), insbesondere Gewebsprobenarrays, enthaltend eine Vielzahl an einzelnen Proben (3) an verschiedenen Positionen, dadurch gekennzeichnet, dass vorzugsweise jedes Präparat (4) zerstörungsfrei abgetastet wird, aus den erhaltenen Daten zusammen mit den Positionen der Einzelproben (3) auf dem Präparat (4) Datenfelder jeder Einzelprobe (3) des Präparats (4) erzeugt werden, aus jedem Einzelprobendatenfeld zumindest ein Parameter ausgewählt und dieser oder ein davon abgeleiteter Wert oder eine Kombination von Parametern oder davon abgeleiteten Werten mit zumindest einem Schwellwert verglichen wird, und der Vergleichswert als Kriterium für die Relevanz der Einzelprobe (3) verwendet wird, und jene Einzelproben (3) des Präparats (4), deren Relevanz unter einem vorge- 12/25 AT502 854B1 2009-08-15 gebenen Relevanzgrenzwert liegt, als unverwertbar identifiziert werden, und dass der Vergleichswert zusammen mit der Position der Einzelprobe (3) sowie die Positionen aller unverwertbaren Einzelproben (3) zusammen mit einer eindeutigen Kennung des Präparats (4) gespeichert werden.
  2. 2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass das Präparat (4) optisch abgetastet und das Bild gespeichert wird.
  3. 3. Verfahren nach Anspruch 2, dadurch gekennzeichnet, dass das Präparat (4) mit Licht beleuchtet und ein Bild des durchscheinenden Lichts aufgenommen wird.
  4. 4. Verfahren nach Anspruch 2 oder 3, dadurch gekennzeichnet, dass das Präparat (4) mit Licht, insbesondere Laserlicht, angeregt wird und ein Bild der resultierenden Fluoreszenzstrahlung des Präparats (4) aufgenommen und gespeichert wird.
  5. 5. Verfahren nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, dass das aufgenommene Bild gefiltert wird.
  6. 6. Verfahren nach Anspruch 4 oder 5, dadurch gekennzeichnet, dass das Präparat (4) mit kombiniertem Licht verschiedener Wellenlängen angeregt wird.
  7. 7. Verfahren nach einem der Ansprüche 3 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass das Bild des Präparats (4) in einem standardisierten Format, beispielsweise im TIFF- oder JPG-Format gespeichert wird.
  8. 8. Verfahren nach einem der Ansprüche 3 bis 7, dadurch gekennzeichnet, dass das Bild des Präparats (4) in zumindest ein binäres Bild transformiert wird.
  9. 9. Verfahren nach einem der Ansprüche 4 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass die aufgenommenen Bilder der Präparate (4) gefiltert werden.
  10. 10. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass als Parameter die Fluoreszenzintensität, vorzugsweise über den Querschnitt der Einzelprobe (3) gemittelt und als Parameter zur Feststellung der Relevanz der Einzelproben (3) verwendet wird.
  11. 11. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, dadurch gekennzeichnet, dass die unverwertbaren Einzelproben (3) eines Präparats (4) summiert werden.
  12. 12. Verfahren nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, dass die Summe der unverwertbaren Einzelproben (3) eines Präparats (4) mit einem vorgegebenen Grenzwert verglichen wird und bei Überschreiten dieses Grenzwerts das Präparat (4) des Probenarrays (1) als unverwertbar identifiziert wird.
  13. 13. Verfahren nach Anspruch 11 oder 12, dadurch gekennzeichnet, dass das Präparat (4) aufgrund der ermittelten Summe unverwertbarer Einzelproben (3) klassifiziert wird und ein Klassifizierungswert zusammen mit einer eindeutigen Kennung des Präparats (4) gespeichert wird.
  14. 14. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 13, dadurch gekennzeichnet, dass ein mikroskopisches Bild des Präparats (4) aufgenommen und zur Relevanzbestimmung verwendet wird. 13/25
    paienisrnt AT502 854B1 2009-08-15
  15. 15. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 14, dadurch gekennzeichnet, dass aus dem Einzelprobendatenfeld die geometrische Form der Einzelprobe ermittelt und als Parameter zur Feststellung der Relevanz der Einzelproben (3) verwendet wird.
  16. 16. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 15, dadurch gekennzeichnet, dass mehrere Präparate (4) automatisch sequentiell oder parallel verarbeitet und die erhaltenen Daten über die Relevanz der Einzelproben (3) der Präparate (4) zusammen mit einer Kennung der Präparate (4) gespeichert werden.
  17. 17. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 16, dadurch gekennzeichnet, dass die Positionen der Einzelproben (3) auf einem Präparat (4) vorgegeben und gespeichert sind.
  18. 18. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 17, dadurch gekennzeichnet, dass die tatsächlichen Positionen der Einzelproben (3) auf einem Präparat (4) aus einem Bild des Präparats (4) ermittelt werden.
  19. 19. Verfahren nach Anspruch 18, dadurch gekennzeichnet, dass die tatsächlichen Positionen der Einzelproben (3) mit den gespeicherten Positionen verglichen werden, und bei Abweichung die gespeicherten Positionsinformationen entsprechend korrigiert werden.
  20. 20. Vorrichtung (10) zur Bestimmung der Relevanz von Präparaten (4) von Probenarrays (1), insbesondere Gewebsprobenarrays, enthaltend eine Vielzahl an einzelnen Proben (3) an verschiedenen Positionen, dadurch gekennzeichnet, dass eine Einrichtung (11) zur zerstörungsfreien Abtastung der Präparate (4) der Probenarrays (1) vorgesehen ist, welche Abtasteinrichtung (11) mit einer die Information über die Positionen der Einzelproben (3) der Präparate (4) enthaltenden Datenbank (12) und mit einer Rechnereinheit (16) zur Verarbeitung der abgetasteten Präparate (4) und zur Erzeugung von Datenfeldern je Einzelprobe (3) und zur Auswahl zumindest eines Parameters aus jedem Einzelprobendaten-feld und zum Vergleich dieses Parameters oder eines davon abgeleiteten Wertes oder einer Kombination von Parametern oder davon abgeleiteten Werten mit zumindest einem Schwellwert verbunden ist, und dass eine Einrichtung (17) zur Anzeige des Wertes des Vergleichs mit dem zumindest einen Schwellwert als Relevanzkriterium für die Einzelprobe (3), und ein Speicher (18) zum Speichern dieses Relevanzkriteriums zusammen mit der Position der Einzelprobe (3) des Präparates (4) vorgesehen ist.
  21. 21. Vorrichtung nach Anspruch 20, dadurch gekennzeichnet, dass die Abtasteinrichtung (11) durch eine Lichtquelle (13) und eine Einrichtung (14) zur Aufnahme eines Bildes des Präparates (4) gebildet ist.
  22. 22. Vorrichtung nach Anspruch 21, dadurch gekennzeichnet, dass die Aufnahmeeinrichtung (14) durch einen Fluoreszenzscanner gebildet ist.
  23. 23. Vorrichtung nach Anspruch 21 oder 22, dadurch gekennzeichnet, dass die Lichtquelle (13) durch einen Laser gebildet ist.
  24. 24. Vorrichtung nach Anspruch 21 bis 23, dadurch gekennzeichnet, dass mehrere Lichtquellen (13) in verschiedenen Wellenlängenbereichen vorgesehen sind.
  25. 25. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 21 bis 24, dadurch gekennzeichnet, dass eine Einrichtung zur Transformation des aufgenommenen Bildes des Präparats (4) in zumindest ein binäres Bild vorgesehen ist.
  26. 26. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 21 bis 25, dadurch gekennzeichnet, dass eine 14/25
    Patentamt AT502 854 B1 2009-08-15 Filtereinrichtung zum Filtern der aufgenommenen Bilder der Präparate (4) vorgesehen ist.
  27. 27. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 20 bis 26, dadurch gekennzeichnet, dass ein Mikroskop (15) zur Aufnahme der Präparate (4) zur Schaffung zusätzlicher Information zur Relevanzbestimmung vorgesehen ist.
  28. 28. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 20 bis 27, dadurch gekennzeichnet, dass eine Einrichtung (19) zur automatischen Zu-und Abführung der Präparate (4) vorgesehen ist.
  29. 29. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 20 bis 28, dadurch gekennzeichnet, dass ein Magazin (20) zur Aufnahme einer Vielzahl von Präparaten (4) vorgesehen ist, aus welchem die Präparate (4) zur Relevanzbestimmung automatisiert entnommen und wieder retourniert werden.
  30. 30. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 20 bis 29, dadurch gekennzeichnet, dass eine Einrichtung zur Ermittlung der tatsächlichen Position der Einzelproben (3) auf dem Präparat (4) vorgesehen ist.
  31. 31. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 20 bis 30, dadurch gekennzeichnet, dass eine Einrichtung zur Korrektur der Positionen der Einzelproben (3) auf dem Präparat (4) vorgesehen ist, welche Korrektureinrichtung mit einer Einrichtung zur Aufnahme des Präparats (4) zur Ermittlung der tatsächlichen Positionen der Einzelproben (3) verbunden ist. Hierzu 10 Blatt Zeichnungen 15/25
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