WO2023204522A1 - 심근경색과 연관된 유전자 다형성 및 그의 용도 - Google Patents

심근경색과 연관된 유전자 다형성 및 그의 용도 Download PDF

Info

Publication number
WO2023204522A1
WO2023204522A1 PCT/KR2023/004985 KR2023004985W WO2023204522A1 WO 2023204522 A1 WO2023204522 A1 WO 2023204522A1 KR 2023004985 W KR2023004985 W KR 2023004985W WO 2023204522 A1 WO2023204522 A1 WO 2023204522A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
myocardial infarction
predict
base
human chromosome
igr
Prior art date
Application number
PCT/KR2023/004985
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
박종화
전연수
최환혁
안경환
전성원
김병철
신은석
Original Assignee
울산과학기술원
주식회사 클리노믹스
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 울산과학기술원, 주식회사 클리노믹스 filed Critical 울산과학기술원
Publication of WO2023204522A1 publication Critical patent/WO2023204522A1/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Definitions

  • Acute myocardial infarction is one of the leading causes of death, and more than 1 million people worldwide die from acute myocardial infarction every year. Acute myocardial infarction is influenced by both genetic and environmental risk factors. The majority of acute myocardial infarctions occur in people over 65 years of age, but early-on-set acute myocardial infarction is rare (prevalence 1-5%), and genetic risk factors are more influential in early-on-set acute myocardial infarction. (Consortium MIG Genome-wide association of early-onset myocardial infarction with single nucleotide polymorphisms and copy number variants Nature genetics 2009;41:334, etc.)
  • GWAS Genome-wide association study
  • the present inventors performed Whole-genome Sequencing (WGS)-based GWAS analysis to find new genetic markers, and as a result, single nucleotide polymorphisms (Single Nucleotide polymorphisms) that can predict the probability and genetic susceptibility to myocardial infarction, especially early-onset myocardial infarction, were identified.
  • Polymorphism (SNP) was discovered to lead to the present invention.
  • the present invention seeks to provide specific SNPs associated with myocardial infarction, particularly early-onset myocardial infarction.
  • the present invention seeks to provide a polynucleotide containing the above SNP or a polynucleotide of a complementary sequence thereof, or a polynucleotide hybridizing therewith, as a genetic marker associated with myocardial infarction, especially early-onset myocardial infarction.
  • the present invention seeks to provide a composition for predicting or diagnosing myocardial infarction, including an agent for detecting the polynucleotide or a polynucleotide of a complementary sequence thereof.
  • the present invention seeks to provide a kit for predicting or diagnosing myocardial infarction, including an agent for detecting the polynucleotide or a polynucleotide of a complementary sequence thereof.
  • the present invention seeks to provide a method of providing information for predicting or diagnosing myocardial infarction or a method of calculating the risk of myocardial infarction, including the step of detecting the SNP.
  • the present invention provides rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918101, rs7 641013, rs10232190, rs200715251, rs1918100, rs9855437, rs941068, rs6770247, rs1526719, rs80334730, rs77800378, rs12487132, rs9873508, rs1526708, rs1958821, rs591012, rs1526709, rs200514416, rs111432322, rs34330766, rs7638747, rs10589173, rs12639020, rs1263 9023, rs239576, rs
  • the present invention provides a kit for predicting or diagnosing myocardial infarction comprising the above-described detection agent.
  • the present invention provides rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918101, rs from a sample.
  • SNPs according to exemplary embodiments of the present invention can be used as genetic markers associated with myocardial infarction to effectively predict or calculate the risk of myocardial infarction or enable early diagnosis of myocardial infarction.
  • Figure 1 shows myocardial infarction-related characteristics of subjects according to an embodiment of the present invention.
  • Figure 2 is a Manhattan plot of loci related to acute myocardial infarction through GWAS according to an embodiment of the present invention.
  • Figure 3 is a table showing new loci for acute myocardial infarction according to an embodiment of the present invention.
  • Figure 4 shows eQTL for a myocardial infarction-related locus according to an embodiment of the present invention.
  • Numerical ranges include the numerical values defined herein. Every maximum numerical limit given throughout this specification includes all lower numerical limits as if the lower numerical limit were explicitly written out. Every minimum numerical limit given throughout this specification includes every higher numerical limit as if such higher numerical limit was clearly written. All numerical limits given throughout this specification will include all better numerical ranges within the broader numerical range, as if the narrower numerical limits were clearly written.
  • the words “comprising,” “having,” and “comprising” are inclusive or open-ended and do not exclude additional unstated elements or method steps.
  • the term “or combination thereof” refers to all permutations and combinations of the items listed preceding the term.
  • “A, B, C, or any combination thereof” means A, B, C, AB, AC, BC, or ABC, and, if the order is important in a particular context, BA, CA, CB, CBA, BCA. , it is intended to include at least one of ACB, BAC or CAB.
  • a polymorphism related to a specific function may be related to other functions in addition to being related to the specific function, and is not excluded from being related to two or more functions.
  • at least a polymorphism related to thrombosis may mean a polymorphism related not only to thrombosis but also to other functions.
  • “genetic marker”, “biomarker” or “marker” refers to a substance that can diagnose myocardial infarction or predict or calculate the risk of myocardial infarction, and is associated with a higher risk of myocardial infarction compared to the normal group. It includes organic biomolecules such as polypeptides or nucleic acids, lipids, glycolipids, glycoproteins, and sugars (monosaccharides, disaccharides, oligosaccharides, etc.) that show an increase or decrease depending on the condition. Genetic markers provided in exemplary embodiments of the present invention are clearly listed in Tables 1 to 12, with 85 genetic variants. The markers themselves may indicate SNPs, cryptic splicing and other genetic defects.
  • “complementary” means sufficiently complementary to selectively hybridize to a target nucleic acid sequence under predetermined annealing or hybridization conditions, and encompasses substantially complementary and/or fully complementary. It can be. Accordingly, “complementary” sequences may include not only completely identical sequences but also sequences that partially mismatch the sequence to be compared to the extent that they can selectively hybridize to a specific sequence.
  • myocardial infarction may particularly include acute myocardial infarction, early-onset myocardial infarction, or early-onset acute myocardial infarction.
  • “early onset” means onset at age 50 or younger for men and age 60 or younger for women.
  • myocardial infarction prediction refers to predicting or diagnosing whether a subject is likely to develop myocardial infarction, whether the likelihood of developing myocardial infarction is relatively high, and what the causative factor of myocardial infarction is. It may mean that it includes something.
  • myocardial infarction diagnosis means confirming the presence or characteristics of a pathological condition in a subject, and for the purpose of one aspect of the present invention, diagnosis means confirming whether myocardial infarction has occurred. It can mean.
  • calculating the risk of myocardial infarction refers to assessing whether the likelihood of developing myocardial infarction in a subject is relatively high or low, increases or decreases compared to the case where a genetic marker is present or not present. It may mean including doing.
  • the types and numbers of the genetic markers may be used in various combinations to suit the various purposes of predicting, diagnosing, and calculating the risk of myocardial infarction described above.
  • composition, kit, or method according to one aspect of the invention can be used to delay the onset of myocardial infarction or prevent it from occurring through special and appropriate management for subjects at high risk of developing myocardial infarction.
  • exemplary embodiments of the invention include rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs191810.
  • rs1277393322 may predict or diagnose myocardial infarction when the 28772995th base of human chromosome 20 is A.
  • rs10810978 may predict or diagnose myocardial infarction when the 18523845th base of human chromosome 9 is C.
  • rs1351282285 may predict or diagnose myocardial infarction when the 164704630th base of human chromosome 3 is T.
  • rs1560389462 may predict or diagnose myocardial infarction when the 195788126th base of human chromosome 3 is G.
  • rs10235820 may predict or diagnose myocardial infarction when the 32082944th base of human chromosome 7 is A.
  • rs2323404 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73926364th base of human chromosome 3 is A.
  • rs7641082 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73923420th base of human chromosome 3 is T.
  • rs8009869 may predict or diagnose myocardial infarction when the 55900262nd base of human chromosome 14 is G.
  • rs1405402 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73921969th base of human chromosome 3 is G.
  • rs1918101 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73927087th base of human chromosome 3 is G.
  • rs7641013 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73923383rd base of human chromosome 3 is T.
  • rs10232190 may predict or diagnose myocardial infarction when the 152231944th base of human chromosome 7 is A.
  • rs200715251 may predict or diagnose myocardial infarction when the 30175826th base of human chromosome 15 is G.
  • rs1918100 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73927219th base of human chromosome 3 is T.
  • rs9855437 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73925188th base of human chromosome 3 is A.
  • rs941068 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73925641st base of human chromosome 3 is C.
  • rs6770247 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73927363rd base of human chromosome 3 is G.
  • rs1526719 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73927320th base of human chromosome 3 is G.
  • rs80334730 may predict or diagnose myocardial infarction when the 55906845th base of human chromosome 14 is C.
  • rs77800378 may predict or diagnose myocardial infarction when the 55907084th base of human chromosome 14 is A.
  • rs12487132 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73919134th base of human chromosome 3 is A.
  • rs9873508 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73925782nd base of human chromosome 3 is G.
  • rs1526708 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73918804th base of human chromosome 3 is G.
  • rs1958821 may predict or diagnose myocardial infarction when the 55908821st base of human chromosome 14 is C. In one embodiment, rs591012 may predict or diagnose myocardial infarction when the 80038900th base of human chromosome 6 is G.
  • rs1526709 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73918900th base of human chromosome 3 is C.
  • rs200514416 may predict or diagnose myocardial infarction when the 87414203rd base of human chromosome 9 is C.
  • rs111432322 may predict or diagnose myocardial infarction when the 55905697th base of human chromosome 14 is T.
  • rs34330766 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73924589th base of human chromosome 3 is A.
  • rs7638747 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73923365th base of human chromosome 3 is A.
  • rs10589173 may predict or diagnose myocardial infarction when the 55905174th base of human chromosome 14 is A.
  • rs12639020 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73919588th base of human chromosome 3 is C.
  • rs12639023 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73919636th base of human chromosome 3 is C.
  • rs239576 may predict or diagnose myocardial infarction when the 80021249th base of human chromosome 6 is G.
  • rs7759915 may predict or diagnose myocardial infarction when the 80062270th base of human chromosome 6 is T.
  • rs372341820 may predict or diagnose myocardial infarction when the 29655837th base of human chromosome 16 is A.
  • rs78631167 may predict or diagnose myocardial infarction when the 43676115th base of human chromosome 19 is C.
  • rs527249040 may predict or diagnose myocardial infarction when the 1029328th base of human chromosome 19 is C.
  • rs184610791 may predict or diagnose myocardial infarction when the 39788017th base of the human X chromosome is G.
  • rs1614576 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23747804th base of human chromosome 16 is G.
  • rs1657538 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23747877th base of human chromosome 16 is A.
  • rs1657545 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23748316th base of human chromosome 16 is G.
  • rs240224 may predict or diagnose myocardial infarction when the 80007571st base of human chromosome 6 is G.
  • rs7232479 may predict or diagnose myocardial infarction when the 15377667th base of human chromosome 18 is A.
  • rs13099537 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73923060th base of human chromosome 3 is T.
  • rs152042 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23754252nd base of human chromosome 16 is G.
  • rs131570 may predict or diagnose myocardial infarction when the 16400343rd base of human chromosome 22 is C.
  • rs7191762 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23741456th base of human chromosome 16 is A.
  • rs4584426 may predict or diagnose myocardial infarction when the 247921552nd base of human chromosome 1 is G.
  • rs152041 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23754034th base of human chromosome 16 is C.
  • rs11649332 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23748912th base of human chromosome 16 is T.
  • rs147169123 may predict or diagnose myocardial infarction when the 25189022nd base of human chromosome 9 is A.
  • rs55819522 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23771655th base of human chromosome 16 is T.
  • rs6573071 may predict or diagnose myocardial infarction when the 55904081st base of human chromosome 14 is A.
  • rs12447763 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23742273rd base of human chromosome 16 is T.
  • rs2520017 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23784944th base of human chromosome 16 is A.
  • rs2520019 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23785567th base of human chromosome 16 is C.
  • rs11642116 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23786091st base of human chromosome 16 is C.
  • rs7196602 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23786294th base of human chromosome 16 is T.
  • rs2334246 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23787611th base of human chromosome 16 is T.
  • rs194817 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23788500th base of human chromosome 16 is A.
  • rs168974 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23789042nd base of human chromosome 16 is A.
  • rs183172 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23789509th base of human chromosome 16 is C.
  • rs2152884 may predict or diagnose myocardial infarction when the 237214855th base of human chromosome 1 is A.
  • rs141073026 may predict or diagnose myocardial infarction when the 61717206th base of human chromosome 1 is C.
  • rs200261514 may predict or diagnose myocardial infarction when the 73222956th base of human chromosome 12 is GTAAT.
  • rs5072 may predict or diagnose myocardial infarction when the 116836867th base of human chromosome 11 is A.
  • rs109592 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23757389th base of human chromosome 16 is T.
  • rs56265975 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23759927th base of human chromosome 16 is G.
  • rs12438548 may predict or diagnose myocardial infarction when the 36119067th base of human chromosome 15 is G.
  • rs199830494 may predict or diagnose myocardial infarction when the 32154607th base of human chromosome 9 is G.
  • rs113612782 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23761303rd base of human chromosome 16 is A.
  • rs187748 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23767186th base of human chromosome 16 is A.
  • rs174217 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23768995th base of human chromosome 16 is G.
  • rs2520009 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23769092nd base of human chromosome 16 is T.
  • rs194797 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23769518th base of human chromosome 16 is C.
  • rs117684941 may predict or diagnose myocardial infarction when the 18556791st base of human chromosome 12 is C.
  • rs4901620 may predict or diagnose myocardial infarction when the 55901317th base of human chromosome 14 is A.
  • rs12921822 may predict or diagnose myocardial infarction when the 7002773rd base of human chromosome 16 is C.
  • rs194800 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23763247th base of human chromosome 16 is C.
  • rs10852254 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23790378th base of human chromosome 16 is C.
  • rs194815 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23790834th base of human chromosome 16 is G.
  • rs194813 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23791390th base of human chromosome 16 is C.
  • rs174219 may predict or diagnose myocardial infarction when the 23791599th base of human chromosome 16 is C.
  • rs9357455 may predict or diagnose myocardial infarction when the 12693654th base of human chromosome 6 is C.
  • the SNPs may be located on the base sequences of SEQ ID NOs: 1 to 85, respectively.
  • the base corresponding to the SNP position according to the present invention is underlined , and based on the SNP position, sequence 10 nt in the 5' direction and sequence 10 in the 3' direction. nt is displayed.
  • the nucleotide sequence of SEQ ID No. 1 (rs_id, rs1277393322) is a 10 nt long nucleotide sequence on each side based on the SNP position, and a total length of 21 nt.
  • the base sequence indicated by SEQ ID NO: 1 in the sequence list is GCCTCAAAGC A CTCCAAGTAT.
  • the nucleotide sequences of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 85 are used for the purpose of specifying the location of SNPs in individuals, especially humans, and therefore, the length of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 85 or the indicated range The present invention is not limited by this.
  • composition according to an aspect of the present invention may be applied to a sample of a subject, and the sample refers to any sample obtained from an individual in which the expression of a marker according to an aspect of the present invention can be detected, specifically, for example, In addition to blood, it may be one or more selected from various tissues derived from the human body, saliva, biopsy, liquid culture, feces, and urine, but is not limited thereto, and is not limited to one or more of those commonly used in the technical field of the present invention. It can be prepared by processing in this way.
  • the sample may include one or more selected from tissues, cells, body fluids, feces, urine, plasma, serum, whole blood, cells isolated from blood, and cell-free polynucleotides.
  • kits for predicting or diagnosing myocardial infarction comprising an agent or composition for detecting the polynucleotide or a polynucleotide of a sequence complementary thereto.
  • the agent may include a primer pair or probe that specifically binds to the polynucleotide or a polynucleotide of a sequence complementary thereto.
  • primer refers to a base of a sequence that can bind complementary to the end of a specific region of a gene used to amplify a specific region corresponding to the target region of a gene using PCR, etc. It may mean a polynucleotide (including oligonucleotide) or a variant thereof.
  • the primer is not required to be completely complementary to the end of a specific region, and can be used as long as it is complementary enough to hybridize to the end to form a double chain structure.
  • the primers are used for template-directed DNA synthesis under appropriate conditions (e.g., four different nucleoside triphosphates and a polymerizing agent such as DNA, RNA polymerase, or reverse transcriptase) in an appropriate buffer and at an appropriate temperature. It may refer to a single-stranded oligonucleotide that can act as a starting point. It consists of a pair of forward and reverse primers, and usually has a length of 7 to 50 nucleic acids, more preferably 10 to 30 nucleic acids. Short primer molecules generally require lower temperatures to form stable hybrids with the template. As mentioned above, the primer sequence need not be completely complementary to the template, but should be sufficiently complementary to hybridize to the template. The primer hybridizes to the target DNA containing the polymorphic site, and the primer initiates amplification of the allelic form showing complete homology. This primer can be used in pair with a second primer that hybridizes to the opposite side.
  • a polymerizing agent such as DNA, RNA polymerase, or reverse transcript
  • probe refers to a polynucleotide (including oligonucleotides), a variant thereof, or a polynucleotide having a base sequence capable of complementary binding to the target site of a gene. This may mean including a labeling substance bound thereto.
  • the primer nucleic acid sequence according to one embodiment of the present invention may include a label detectable directly or indirectly by spectroscopic, photochemical, biochemical, immunochemical or chemical means.
  • labels include enzymes (e.g., horseradish peroxidase, alkaline phosphatase), radioisotopes (e.g., 33P), fluorescent molecules, chemical groups (e.g., biotin), etc. there is.
  • the probe refers to a nucleic acid fragment such as RNA or DNA that is as short as a few bases or as long as several hundreds of bases, capable of forming sequence-specific binding to the complementary strand of a nucleic acid, and is labeled, so that it can bind to a specific gene. You can check its presence or absence.
  • the probe may be in the form of, for example, an oligonucleotide probe, a single stranded DNA probe, a double stranded DNA probe, or an RNA probe.
  • the agent may be an agent that detects the polypeptide encoded by the polynucleotide, for example, an antibody.
  • the antibody may be one or more selected from the group consisting of polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, recombinant antibodies, and combinations thereof.
  • the antibody is a complete form having two full-length light chains and two full-length heavy chains, as well as functional fragments of the antibody molecule, such as Fab, F(ab'), F(ab')2. and Fv.
  • Antibodies can be easily produced using techniques well known in the field to which the present invention pertains, and antibodies that have been manufactured and sold commercially can be used.
  • the kit may be a kit for RT-PCR, competitive RT-PCR, real-time RT-PCR, RNase protection assay, Northern blotting, DNA microarray chip, or sequencing, but is not limited thereto.
  • the kit containing an agent for detecting the polypeptide encoded by the polynucleotide may be, for example, ELISA, radioimmunoassay, tissue immunostaining, protein chip kit, etc., but is not limited thereto.
  • the kit may be composed of one or more different component compositions, solutions, or devices suitable for the analysis method.
  • a kit for RT-PCR contains, in addition to each primer pair specific for a marker gene, test tubes or other suitable containers, reaction buffer (pH and magnesium concentration vary), deoxynucleotides (dNTPs), Taq-polymer It may include enzymes such as enzymes and reverse transcriptase, DNAse, RNAse inhibitors, DEPC-water, sterilized water, etc. It may also include a primer pair specific for the gene used as a quantitative control.
  • reaction buffer pH and magnesium concentration vary
  • dNTPs deoxynucleotides
  • Taq-polymer It may include enzymes such as enzymes and reverse transcriptase, DNAse, RNAse inhibitors, DEPC-water, sterilized water, etc. It may also include a primer pair specific for the gene used as a quantitative control.
  • a kit for a DNA microarray chip includes a substrate to which a cDNA corresponding to a gene or a fragment thereof is attached as a probe, and the substrate may include a cDNA corresponding to a quantitative control gene or a fragment thereof.
  • the myocardial infarction may be an acute myocardial infarction.
  • the myocardial infarction may be early-onset myocardial infarction.
  • the myocardial infarction may be early-onset acute myocardial infarction.
  • the early onset means that the disease occurred under the age of 50 for men and under 60 years of age for women.
  • the kit may further include an agent for detecting genetic mutations (genetic loci) other than the novel genetic markers described above.
  • exemplary embodiments of the present invention provide rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918 from a sample.
  • the detection is performed using an allele-specific probe hybridization method, an allele-specific amplification method, a sequencing method, or a 5' nuclease digestion method ( A group consisting of 5' nuclease digestion, molecular beacon assay, oligonucleotide ligation assay, sizeanalysis and single-stranded conformation polymorphism. It may be performed by any one or more methods selected from.
  • the sample may be a biological sample separated from a diagnostic subject.
  • the sample includes, but is not limited to, one or more selected from tissues, cells, body fluids, feces, urine, plasma, serum, whole blood, cells isolated from blood, cell-free polynucleotides, etc.
  • rs1614576, rs1657538, rs1657545, rs152042, rs7191762, rs152041, rs11649332, rs12447763, rs2520017, rs2520019, rs11642 116, rs7196602, rs2334246, rs194817, rs168974, rs183172, rs109592, rs56265975 , rs113612782, rs187748, rs174217, rs2520009, rs194797, rs194800, rs10852254, rs194815, rs194813 and rs174219 may at least be polymorphisms associated with thrombosis, but excluding involvement in other functions. That is not the case.
  • rs78631167 may be a polymorphism related to at least fibrinolysis, but it is not excluded that it is related to other functions.
  • rs10810978, rs7759915, rs5072, and rs117684941 may be at least polymorphisms related to lipid metabolism, but are not excluded from being related to other functions.
  • rs8009869, rs80334730, rs77800378, rs1958821, rs111432322, rs6573071, rs4901620, and rs9357455 may at least be polymorphisms related to inflammation, but are excluded from being related to other functions. It's not like that.
  • Genomic DNA was isolated from the plates using the DNeasy Blood & Tissue kit (Qiagen, Germany) according to the manufacturer's protocol. Extracted DNA was quantified using the Quant-iT BR assay kit (Invitrogen), and high molecular weight genomic DNA was sheared using a Covaris S2 ultra sonicator system to obtain appropriately sized fragments. Libraries with short 350-base pair (bp) inserts for paired-end reads were prepared using the TruSeq Nano DNA sample preparation kit according to the manufacturer's protocol for Illumina-based sequencing.
  • Quantification was performed using the Bioanalyzer 2100 (Agilent, Santa Clara, CA, USA), and raw data were generated using the Illumina NovaSeq 6000 platform (Illumina). Information about KGP data can be found on the Korea Genome Project website (http://koreangenomeorg). Clusters were generated using paired-end 2 ⁇ 150-bp cycle sequencing reads through resequencing.
  • GWAS was performed using logistic regression in an additive genetic model using PLINK (ver. 19b). A total of 7,869,081 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (indels) were tested. Gender and the top 10 major factors were included in the model as covariates. The genome-wide putative threshold was determined to be 1 ⁇ 10 -5 for the putative variant. Putative variants were considered new according to the following criteria:
  • Variants were grouped into loci using PLINK (ver. 19b) using the '--clump-r2 01 -clump-window-size 250' option.
  • Variants were mapped to expression QTL (eQTL), splicing QTL (sQTL), and methylation QTL (mQTL) using publicly available data sets.
  • eQTLs that explain a portion of the genetic variation in gene expression phenotypes
  • key variants from GWAS were mapped to eQTLs in the GTEx and eQTLGen datasets.
  • sQTL we used the GTEx data set
  • mQTLdb a large-scale genome-wide DNA methylation analysis of 1,000 mother-child pairs at serial time points over the life course.
  • QTL for putative read variants were reported.
  • rs78631167 is a transcription factor.
  • rs9357455 in PHACTR1 acute myocardial infarction
  • APOA1-AS Polipoprotein A1 antisense RNA
  • Figure 2e a genetic risk locus for acute myocardial infarction was identified ( Figure 2e) that is the expression of APOA1, a protein that is a component of HDL cholesterol and a major participant in the regulation of reverse cholesterol transport from peripheral tissues to the liver. Adjust.
  • Tables 1 to 12 information on the 85 myocardial infarction-specific genetic markers and the new 29 loci and functions obtained in one embodiment of the present invention is shown in Tables 1 to 12.
  • gene items are indicated by the genes preceding and following the mutation (for example, geneA-geneB), and when indicated as NA, it means that the surrounding genes are far away.
  • rs1405402 ACTGAGATCC G GTCATCTGGC
  • rs6770247 TAATAAGAAC G GTCAAATACA
  • rs12639020 ATTGGACTCA C TCAAGGGGTA
  • rs12639023 TTTTTTTGTT C TTTGTTTTTT
  • rs7191762 CCACCATCCC A GCAGCATTGT
  • rs152041 ATGTGTGAAC C GATGCACGTA
  • rs113612782 CAAGTGATCC A CCCGCCTCGG

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 명세서에서는 심근경색과 연관된 유전자 다형성 및 그의 용도가 개시된다. 보다 상세하게는, 심근경색에 연관된 단일 염기 다형성을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이와 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드를 검출하는 제제를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 조성물, 상기 폴리뉴클레오티드를 검출하는 제제를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 키트, 및 상기 다형성 부위를 검출하는 단계를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단을 위한 정보 제공방법이 개시된다.

Description

심근경색과 연관된 유전자 다형성 및 그의 용도
본 명세서에는 심근경색과 연관된 신규한 유전자 다형성 및 그의 용도가 개시된다.
한편, 본 출원은 하기 국가연구개발사업에 의해 지원받았다.
[이 발명을 지원한 국가연구개발사업]
[과제고유번호] 1425156792
[과제번호] P0016195
[시행부처] 중소벤처기업부
[연구관리전문기관] 한국산업기술진흥원
[사업명] 규제자유특구혁신사업육성(R＆D)
[과제명] 지능형 오믹스 빅데이터 기반 질병 예측 및 진단 마커 개발 실증
[기여율] 1/1
[주관기관] 클리노믹스
[연구기간] 2021.01.01 ~ 2023.03.31
급성 심근경색(acute myocardial infarction, AMI)은 주요 사망 원인 중 하나로, 전 세계적으로 매년 100만명 이상의 사람들이 급성 심근경색으로 사망한다. 이러한 급성 심근경색은 유전적 위험 요인과 환경적 위험 요인 모두의 영향을 받는다. 대다수의 급성심근경색은 65세 초과의 경우 발생하지만, 조기발병(early on-set) 급성심근경색은 드물며(유병률 1~5%), 조기발병 급성심근경색의 경우 유전적 위험 요인에 더 많은 영향을 받을 수 있다(문헌 Consortium MIG Genome-wide association of early-onset myocardial infarction with single nucleotide polymorphisms and copy number variants Nature genetics 2009;41:334 등)
한편, 생명공학 및 의료 산업 분야에서, 질병과 연관된 유전 마커를 발굴하는 것은 질병의 예측 및 질병의 선천적 원인 규명에 중요하다. 질병과 연관유전 마커를 발굴하기 위해서는 질환자와 건강인 대조군의 게놈 데이터 비교가 필요하다.
질환자와 대조군의 게놈 데이터 비교를 위한 방법으로 Genome-wide association study (GWAS)가 대표적이다. GWAS는 유전변이와 질환자와 대조군의 유전변이 빈도에 대해 로지스틱 회귀분석(logistic regression) 등의 통계 방법을 이용하여 질병 연관 유전 마커를 찾을 수 있다.
본 발명자들은 신규한 유전 마커를 찾기 위해 Whole-genome Sequencing (WGS) 기반 GWAS 분석을 하였고, 그 결과 심근경색, 특히 조기 발병 심근경색의 발병 확률 및 유전적 감수성을 예측할 수 있는 단일 염기 다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)을 발굴하여 본 발명에 이르렀다.
따라서, 일 측면에서, 본 발명은 심근경색, 특히 조기 발병 심근경색과 연관된 특이적 SNP를 제공하고자 한다.
다른 측면에서, 본 발명은 심근경색, 특히 조기 발병 심근경색과 연관된 유전 마커로서, 상기 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드 또는 이들과 혼성화하는 폴리뉴클레오타이드를 제공하고자 한다.
다른 측면에서, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드를 검출하는 제제를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 조성물을 제공하고자 한다.
다른 측면에서, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드를 검출하는 제제를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 키트를 제공하고자 한다.
다른 측면에서, 본 발명은 상기 SNP를 검출하는 단계를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단을 위한 정보 제공방법 또는 심근경색 위험도 산정 방법을 제공하고자 한다.
일 측면에서, 본 발명은, rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918101, rs7641013, rs10232190, rs200715251, rs1918100, rs9855437, rs941068, rs6770247, rs1526719, rs80334730, rs77800378, rs12487132, rs9873508, rs1526708, rs1958821, rs591012, rs1526709, rs200514416, rs111432322, rs34330766, rs7638747, rs10589173, rs12639020, rs12639023, rs239576, rs7759915, rs372341820, rs78631167, rs527249040, rs184610791, rs1614576, rs1657538, rs1657545, rs240224, rs7232479, rs13099537, rs152042, rs131570, rs7191762, rs4584426, rs152041, rs11649332, rs147169123, rs55819522, rs6573071, rs12447763, rs2520017, rs2520019, rs11642116, rs7196602, rs2334246, rs194817, rs168974, rs183172, rs2152884, rs141073026, rs200261514, rs5072, rs109592, rs56265975, rs12438548, rs199830494, rs113612782, rs187748, rs174217, rs2520009, rs194797, rs117684941, rs4901620, rs12921822, rs194800, rs10852254, rs194815, rs194813, rs174219 및 rs9357455로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 다형성을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이와 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드를 검출하는 제제를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 조성물을 제공한다.
다른 측면에서, 본 발명은 전술한 검출 제제를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 키트를 제공한다.
다른 측면에서, 본 발명은 시료로부터 rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918101, rs7641013, rs10232190, rs200715251, rs1918100, rs9855437, rs941068, rs6770247, rs1526719, rs80334730, rs77800378, rs12487132, rs9873508, rs1526708, rs1958821, rs591012, rs1526709, rs200514416, rs111432322, rs34330766, rs7638747, rs10589173, rs12639020, rs12639023, rs239576, rs7759915, rs372341820, rs78631167, rs527249040, rs184610791, rs1614576, rs1657538, rs1657545, rs240224, rs7232479, rs13099537, rs152042, rs131570, rs7191762, rs4584426, rs152041, rs11649332, rs147169123, rs55819522, rs6573071, rs12447763, rs2520017, rs2520019, rs11642116, rs7196602, rs2334246, rs194817, rs168974, rs183172, rs2152884, rs141073026, rs200261514, rs5072, rs109592, rs56265975, rs12438548, rs199830494, rs113612782, rs187748, rs174217, rs2520009, rs194797, rs117684941, rs4901620, rs12921822, rs194800, rs10852254, rs194815, rs194813, rs174219 및 rs9357455로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 다형성부위를 검출하는 단계를 포함하는, 심근경색 예측 또는 진단을 위한 정보 제공방법 또는 심근경색 위험도 산정 방법을 제공한다.
본 발명의 예시적인 구현예들에 따른 SNP는 심근경색 연관 유전 마커로 활용되어 심근경색의 발생 위험도를 효과적으로 예측 또는 산정하거나 심근경색의 조기 진단을 가능하게 할 수 있다.
도 1은 본 발명의 일 실시예에 따른 피험자들의 심근경색 관련 특성을 나타낸 것이다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따른 GWAS를 통한 급성 심근경색 관련 유전자좌의 맨해튼 플롯이다.
도 3은 본 발명의 일 실시예에 따른 급성 심근경색에 대한 새로운 유전자좌를 나타낸 표이다.
도 4는 본 발명의 일 실시예에 따른 심근경색관련 유전자좌에 대한 eQTL을 나타낸 것이다.
본 명세서에서 사용되는 용어는 본 발명에서의 기능을 고려하면서 가능한 현재 널리 사용되는 일반적인 용어들을 선택하였으나, 이는 당해 분야에 종사하는 기술자의 의도, 판례, 또는 새로운 기술의 출현 등에 따라 달라질 수 있다. 또한, 특정한 경우는 출원인이 임의로 선정한 용어도 있으며, 이 경우 해당되는 발명의 설명 부분에서 상세히 그 의미를 기재할 것이다. 따라서 본 명세서에서 사용되는 용어는 단순한 용어의 명칭이 아닌, 그 용어가 가지는 의미와 본 발명의 전반에 걸친 내용을 토대로 정의되어야 한다.
다르게 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함하여 여기에서 사용되는 모든 용어들은 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의하여 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다. 일반적으로 이해되는 용어들은 관련 기술의 문맥상 가지는 의미와 동일한 의미를 가지는 것으로 해석되어야 하며, 본 발명에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다.
수치 범위는 본 발명에 정의된 수치를 포함한다. 본 명세서에 걸쳐 주어진 모든 최대의 수치 제한은 낮은 수치 제한이 명확히 쓰여져 있는 것처럼 모든 더 낮은 수치 제한을 포함한다. 본 명세서에 걸쳐 주어진 모든 최소의 수치 제한은 더 높은 수치 제한이 명확히 쓰여져 있는 것처럼 모든 더 높은 수치 제한을 포함한다. 본 명세서에 걸쳐 주어진 모든 수치 제한은 더 좁은 수치 제한이 명확히 쓰여져 있는 것처럼, 더 넓은 수치 범위 내의 더 좋은 모든 수치 범위를 포함할 것이다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, 단어 "포함하는", "갖는", "함유하는"은 포괄적 또는 개방적이고, 추가의 언급되지 않은 요소 또는 방법 단계를 배제하지 않는다. 본 명세서에 사용된 용어 "또는 이들의 조합물"은 상기 용어에 앞서 열거된 품목들의 모든 순열 및 조합을 지칭한다. 예를 들어, "A, B, C, 또는 이들의 조합물"은 A, B, C, AB, AC, BC 또는 ABC, 및 특별한 문맥에서 순서가 중요한 경우에는 BA, CA, CB, CBA, BCA, ACB, BAC 또는 CAB 중 적어도 1개를 포함하는 것으로 의도된다. 이 예와 함께, 1개 이상의 품목 또는 용어의 반복을 함유하는 조합, 예컨대 BB, AAA, MB, BBC, AAABCCCC, CBBAAA, CABABB 등이 포함될 수 있다. 통상의 기술자라면, 문맥상 달리 자명하지 않는 한, 전형적으로 임의의 조합에서 품목 또는 용어의 개수에 제한이 없다는 것을 이해할 것이다.
본 발명의 일 측면에서 특정 기능과 관련된 다형성은 해당 특정 기능에 관련되는 것 외에도 다른 기능에 관련될 수 있으며 둘 이상의 기능에 관련되는 것을 배제하는 것이 아니다. 예컨대, 적어도 혈전증(thrombosis)과 관련된 다형성이란 혈전증(thrombosis) 뿐만 아니라 다른 기능에 관련된 다형성인 것을 의미할 수 있다.
본 발명의 일 측면에서,"유전 마커", "바이오 마커" 또는 "마커"란 심근경색을 진단하거나 심근경색의 발생 위험도를 예측 또는 산정할 수 있는 물질을 의미하고, 정상 군에 비하여 심근경색에 의해 증가 또는 감소를 보이는 폴리펩타이드 또는 핵산, 지질, 당지질, 당단백질, 당(단당류, 이당류, 올리고당류 등)등과 같은 유기 생체 분자 등을 포함한다. 본 발명의 예시적인 구현예들에서 제공하는 유전 마커는, 85개의 유전 변이로 표 1 내지 12에 명확하게 기재되어 있다. 상기 마커들은 그들 자체가 SNP, 잠재성 스플라이싱(cryptic splicing) 및 다른 유전적 결함을 나타낼 수 있다.
본 발명의 일 측면에서, "상보적"은 소정의 어닐링 또는 혼성화 조건하에서 타겟 핵산 서열에 선택적으로 혼성화할 정도로 충분히 상보적인 것을 의미하며, 실질적으로 상보적인 것 및/또는 완전히 상보적인 것을 포괄하는 의미일 수 있다. 따라서, "상보적"인 서열은 완전히 일치되는 서열뿐만 아니라 특정 서열에 선택적으로 혼성화할 수 있는 범위에서 비교대상 서열과 부분적으로 불일치하는 서열도 포함되는 것일 수 있다.
본 발명의 일 측면에서, "심근경색"은 특히 급성 심근경색, 조기발병 심근 경색 또는 조기발병 급성 심근경색을 포함하는 것일 수 있다.
본 발명의 일 측면에서, "조기발병"은 남성의 경우 50세 이하, 여성의 경우 60세 이하에서 발병된 것을 의미한다.
본 발명의 일 측면에서, "심근경색 예측"이란 피험자에 대하여 심근경색이 발병할 가능성이 있는지, 심근경색이 발병할 가능성이 상대적으로 높은지, 심근경색의 원인인자가 무엇인지 여부를 예측 또는 진단하는 것을 포함하는 의미일 수 있다.
본 발명의 일 측면에서, "심근경색 진단"이란 피험자에 대하여 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미하며, 본 발명의 일 측면에 따른 목적상, 진단은 심근경색의 발병 여부를 확인하는 것을 의미할 수 있다.
본 발명의 일 측면에서, "심근경색 위험도 산정"이란 피험자에 대하여 심근경색이 발병할 가능성이 유전 마커가 존재하거나 또는 존재하지 않는 경우와 대비하여 상대적으로 높은지 또는 낮은지, 증가하는지 또는 감소하는지를 평가하는 것을 포함하는 의미일 수 있다.
발명의 일 측면에서, 전술한 심근경색 예측, 진단, 위험도 산정 의 다양한 목적에 맞도록 상기 유전 마커의 종류와 수가 다양하게 조합되어 사용될 수 있다.
발명의 일 측면에 따른 조성물, 키트 또는 방법은, 심근경색 발병 위험도가 높은 피험자에 대하여 특별하고 적절한 관리를 통하여 발병 시기를 늦추거나 발병하지 않도록 하는데 사용될 수 있다.
이하, 본 발명의 예시적인 구현예들을 상세하게 설명한다. 그러나, 하기 구현예들에 의하여 본 발명이 한정되지 아니함은 자명하다.
일 측면에서, 본 발명의 예시적인 구현예들에서는 rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918101, rs7641013, rs10232190, rs200715251, rs1918100, rs9855437, rs941068, rs6770247, rs1526719, rs80334730, rs77800378, rs12487132, rs9873508, rs1526708, rs1958821, rs591012, rs1526709, rs200514416, rs111432322, rs34330766, rs7638747, rs10589173, rs12639020, rs12639023, rs239576, rs7759915, rs372341820, rs78631167, rs527249040, rs184610791, rs1614576, rs1657538, rs1657545, rs240224, rs7232479, rs13099537, rs152042, rs131570, rs7191762, rs4584426, rs152041, rs11649332, rs147169123, rs55819522, rs6573071, rs12447763, rs2520017, rs2520019, rs11642116, rs7196602, rs2334246, rs194817, rs168974, rs183172, rs2152884, rs141073026, rs200261514, rs5072, rs109592, rs56265975, rs12438548, rs199830494, rs113612782, rs187748, rs174217, rs2520009, rs194797, rs117684941, rs4901620, rs12921822, rs194800, rs10852254, rs194815, rs194813, rs174219 및 rs9357455로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 다형성을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이와 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드를 검출하는 제제를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 조성물이 제공된다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1277393322는 인간의 20번 염색체의 28772995번째 염기가 A인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs10810978은 인간의 9번 염색체의 18523845번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1351282285는 인간의 3번 염색체의 164704630번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1560389462는 인간의 3번 염색체의 195788126번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs10235820은 인간의 7번 염색체의 32082944번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs2323404는 인간의 3번 염색체의 73926364번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs7641082는 인간의 3번 염색체의 73923420번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs8009869는 인간의 14번 염색체의 55900262번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1405402는 인간의 3번 염색체의 73921969번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1918101은 인간의 3번 염색체의 73927087번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs7641013은 인간의 3번 염색체의 73923383번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs10232190은 인간의 7번 염색체의 152231944번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs200715251은 인간의 15번 염색체의 30175826번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1918100은 인간의 3번 염색체의 73927219번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs9855437은 인간의 3번 염색체의 73925188번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs941068은 인간의 3번 염색체의 73925641번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs6770247은 인간의 3번 염색체의 73927363번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1526719는 인간의 3번 염색체의 73927320번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs80334730은 인간의 14번 염색체의 55906845번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs77800378은 인간의 14번 염색체의 55907084번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs12487132는 인간의 3번 염색체의 73919134번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs9873508은 인간의 3번 염색체의 73925782번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1526708은 인간의 3번 염색체의 73918804번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1958821은 인간의 14번 염색체의 55908821번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다. 일 구현예에 있어서, 상기 rs591012는 인간의 6번 염색체의 80038900번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1526709는 인간의 3번 염색체의 73918900번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs200514416은 인간의 9번 염색체의 87414203번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs111432322는 인간의 14번 염색체의 55905697번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs34330766은 인간의 3번 염색체의 73924589번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs7638747은 인간의 3번 염색체의 73923365번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs10589173은 인간의 14번 염색체의 55905174번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs12639020은 인간의 3번 염색체의 73919588번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs12639023은 인간의 3번 염색체의 73919636번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs239576은 인간의 6번 염색체의 80021249번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs7759915는 인간의 6번 염색체의 80062270번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs372341820은 인간의 16번 염색체의 29655837번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs78631167은 인간의 19번 염색체의 43676115번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs527249040은 인간의 19번 염색체의 1029328번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs184610791은 인간의 X 염색체의 39788017번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1614576은 인간의 16번 염색체의 23747804번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1657538은 인간의 16번 염색체의 23747877번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs1657545는 인간의 16번 염색체의 23748316번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs240224는 인간의 6번 염색체의 80007571번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs7232479는 인간의 18번 염색체의 15377667번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs13099537은 인간의 3번 염색체의 73923060번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs152042는 인간의 16번 염색체의 23754252번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs131570은 인간의 22번 염색체의 16400343번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs7191762는 인간의 16번 염색체의 23741456번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs4584426은 인간의 1번 염색체의 247921552번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs152041은 인간의 16번 염색체의 23754034번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs11649332는 인간의 16번 염색체의 23748912번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs147169123은 인간의 9번 염색체의 25189022번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs55819522는 인간의 16번 염색체의 23771655번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs6573071은 인간의 14번 염색체의 55904081번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs12447763은 인간의 16번 염색체의 23742273번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs2520017은 인간의 16번 염색체의 23784944번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs2520019은 인간의 16번 염색체의 23785567번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs11642116은 인간의 16번 염색체의 23786091번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs7196602는 인간의 16번 염색체의 23786294번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs2334246은 인간의 16번 염색체의 23787611번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs194817은 인간의 16번 염색체의 23788500번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs168974은 인간의 16번 염색체의 23789042번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs183172은 인간의 16번 염색체의 23789509번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs2152884는 인간의 1번 염색체의 237214855번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs141073026은 인간의 1번 염색체의 61717206번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs200261514는 인간의 12번 염색체의 73222956번째 염기가 GTAAT인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs5072는 인간의 11번 염색체의 116836867번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs109592는 인간의 16번 염색체의 23757389번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs56265975는 인간의 16번 염색체의 23759927번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs12438548은 인간의 15번 염색체의 36119067번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs199830494는 인간의 9번 염색체의 32154607번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs113612782는 인간의 16번 염색체의 23761303번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs187748은 인간의 16번 염색체의 23767186번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs174217은 인간의 16번 염색체의 23768995번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs2520009는 인간의 16번 염색체의 23769092번째 염기가 T 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs194797은 인간의 16번 염색체의 23769518번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs117684941은 인간의 12번 염색체의 18556791번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs4901620은 인간의 14번 염색체의 55901317번째 염기가 A 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs12921822은 인간의 16번 염색체의 7002773번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs194800은 인간의 16번 염색체의 23763247번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs10852254은 인간의 16번 염색체의 23790378번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs194815는 인간의 16번 염색체의 23790834번째 염기가 G 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs194813은 인간의 16번 염색체의 23791390번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs174219는 인간의 16번 염색체의 23791599번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 rs9357455는 인간의 6번 염색체의 12693654번째 염기가 C 인 경우에 심근경색으로 예측 또는 진단하는 것일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 SNP는 각각 서열번호 1 내지 85의 염기서열 상에 위치할 수 있다. 상기 언급된 서열번호 1 내지 85의 염기서열은 본 발명에 따른 SNP 위치에 해당하는 염기를 밑줄 로 표시하고, 상기 SNP 위치를 기준으로 하여, 5' 방향의 서열 10 nt, 3' 방향의 서열 10 nt를 표시한 것이다. 예를 들어, 서열번호 1(rs_id, rs1277393322)의 염기서열은 SNP 위치를 기준으로 각각 10 nt 길이의 염기서열을 양쪽으로 표시한 것으로서, 총 길이 21 nt의 서열이 표시된 것이다. 예를 들어, 서열목록에서 상기 서열번호 1로 표시되는 염기서열은 GCCTCAAAGC A CTCCAAGTAT이다. 상기 서열번호 1 내지 서열번호 85의 염기서열은 개체, 특히 인간에서 SNP의 위치를 특정하기 위한 목적으로 사용되는 것이며, 따라서 상기 서열번호 1 내지 서열번호 85의 염기서열이 갖는 길이나 표시한 범위에 의해 본 발명이 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 일 측면에 따른 조성물은 피험자의 샘플에 적용되는 것일 수 있고, 상기 샘플은 본 발명의 일 측면에 따른 마커의 발현이 검출될 수 있는 개체로부터 얻어지는 모든 시료를 의미하며, 구체적으로, 예컨대 혈액뿐만 아니라, 인체 유래의 각종 조직, 타액(saliva), 생검(biopsy), 액체 배양물, 대변 및 소변 등에서 선택되는 하나 이상일 수 있으나, 이에 제한되지 않고, 본 발명의 기술분야에서 통상적으로 사용되는 방법으로 처리하여 준비될 수 있다.
비제한적인 예시에서, 상기 시료는 조직, 세포, 체액, 대변, 소변, 혈장, 혈청, 전혈, 혈액으로부터 단리된 세포 및 세포유리 폴리뉴클레오티드 등에서 선택되는 하나 이상을 포함할 수 있다.
다른 측면에서, 본 발명의 예시적인 구현예들에서는 상기 폴리뉴클레오티드 또는 이와 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드를 검출하는 제제 또는 조성물을 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 키트가 제공된다.
일 구현예에 있어서, 상기 제제는 상기 폴리뉴클레오티드 또는 이와 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드와 특이적으로 결합하는 프라이머(primer) 쌍 또는 프로브(probe)를 포함할 수 있다.
본 발명의 일 측면에서 "프라이머(primer)"란 유전자의 표적 부위에 해당하는 특정 영역을 PCR 등을 이용하여 증폭하기 위하여 사용하는 유전자 특정 영역의 말단에 상보적으로 결합할 수 있는 서열의 염기를 갖는 폴리뉴클레오티드 (올리고뉴클레오티드를 포함함) 또는 그 변이체를 의미할 수 있다. 상기 프라이머는 특정 영역 말단과 완전히 상보적일 것을 요구하지 않으며, 상기 말단에 혼성화되어 이중사슬 구조를 형성할 정도로 상보적이라면 사용될 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 프라이머는 적절한 버퍼 중의 적절한 조건 (예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리뉴클레오티드를 의미할 수 있다. 정방향 및 역방향의 프라이머 쌍으로 이루어지며, 보통, 7 내지 50, 보다 바람직하게는 10 내지 30개 핵산 길이를 가진다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 전술한 바와 같이, 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. 상기 프라이머는 다형성 부위를 포함하는 표적 DNA에 혼성화하고, 상기 프라이머가 완전한 상동성을 보이는 대립형질 형태의 증폭을 개시한다. 이 프라이머는 반대편에 혼성화하는 제2 프라이머와 쌍을 이루어 사용될 수 있다.
한편, 본 발명의 일 측면에서 "프로브(probe)"란 유전자의 표적 부위와 상보적으로 결합할 수 있는 서열의 염기를 갖는 폴리뉴클레오티드 (올리고뉴클레오티드를 포함함), 그 변이체, 또는 해당 폴리뉴클레오티드와 이에 결합된 표지 물질을 포함하는 것을 의미할 수 있다.
본 발명의 일 구현예에 따른 프라이머 핵산 서열은 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(예를 들어, 호스래디쉬 퍼옥시다제, 알칼린 포스파타아제), 방사성동위원소(예를 들어, 33P), 형광성 분자, 화학그룹(예를 들어, 바이오틴) 등이 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 프로브는 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며 라벨링되어 있어서 특정 유전자의 존재 유무를 확인할 수 있다. 상기 프로브는, 예를 들어, 올리고뉴클로타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 제제는 상기 폴리뉴클레오티드로 인코딩된 폴리펩타이드를 검출하는 제제일 수 있으며, 예컨대 항체일 수 있다.
일 구현예에서, 상기 항체는 다클론 항체, 단클론 항체, 재조합 항체 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상일 수 있다. 구체적으로, 상기 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적인 단편, 예를 들어, Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv를 모두 포함하는 것일 수 있다. 항체 생산은 본 발명이 속하는 분야에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조할 수 있고, 제조되어 상업적으로 판매되는 항체를 이용할 수 있다
일 구현예에 있어서, 상기 키트는 RT-PCR, 경쟁적 RT-PCR, 실시간 RT-PCR, RNase 보호 분석법, 노던 블랏팅, DNA 마이크로어레이 칩용 또는 시퀀싱용 키트일 수 있으나 이에 한정되는 것은 아니다. 또한, 상기 폴리뉴클레오티드로 인코딩된 폴리펩타이드를 검출하는 제제를 포함하는 키트는 예컨대 ELISA, 방사선면역분석, 조직면역 염색, 단백질 칩용 키트 등일 수 있으며, 이에 한정되는 것은 아니다. 또한 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치 등으로 구성될 수 있다.
예를 들어, RT-PCR용 키트는 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNAse, RNAse 억제제, DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 또한 정량 대조구로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍을 포함할 수 있다.
또한, 예를 들어, DNA 마이크로어레이 칩용 키트는, 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA가 프로브로 부착되어 있는 기판을 포함하고 기판은 정량대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA를 포함할 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 제제, 조성물 또는 키트에 있어서 상기 심근경색은 급성 심근경색일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 제제, 조성물 또는 키트에 있어서 상기 심근경색은 조기발병 심근경색일 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 제제, 조성물 또는 키트에 있어서 상기 심근경색은 조기발병 급성 심근경색일 수 있다.
전술한 바와 같이, 상기 조기발병은 남성의 경우 50세 이하, 여성의 경우 60세 이하에서 발병된 것을 의미한다.
일 구현예에 있어서, 상기 키트는 전술한 신규한 유전 마커 외의 유전변이(유전자좌)를 검출하는 제제를 추가로 포함할 수 있다.
다른 측면에서, 본 발명의 예시적인 구현예들에서는 시료로부터 rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918101, rs7641013, rs10232190, rs200715251, rs1918100, rs9855437, rs941068, rs6770247, rs1526719, rs80334730, rs77800378, rs12487132, rs9873508, rs1526708, rs1958821, rs591012, rs1526709, rs200514416, rs111432322, rs34330766, rs7638747, rs10589173, rs12639020, rs12639023, rs239576, rs7759915, rs372341820, rs78631167, rs527249040, rs184610791, rs1614576, rs1657538, rs1657545, rs240224, rs7232479, rs13099537, rs152042, rs131570, rs7191762, rs4584426, rs152041, rs11649332, rs147169123, rs55819522, rs6573071, rs12447763, rs2520017, rs2520019, rs11642116, rs7196602, rs2334246, rs194817, rs168974, rs183172, rs2152884, rs141073026, rs200261514, rs5072, rs109592, rs56265975, rs12438548, rs199830494, rs113612782, rs187748, rs174217, rs2520009, rs194797, rs117684941, rs4901620, rs12921822, rs194800, rs10852254, rs194815, rs194813, rs174219 및 rs9357455로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 다형성 부위를 검출하는 단계를 포함하는, 심근경색 예측 또는 진단을 위한 정보 제공방법 또는 심근경색 위험도 산정 방법이 제공된다.
일 구현예에 있어서, 상기 검출은 대립 유전자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립 유전자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법(oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(sizeanalysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 방법으로 수행될 수 있다.
일 구현예에 있어서, 상기 시료는 진단 대상으로부터 분리된 생물학적 시료일 수 있다. 비제한적인 예시에서, 상기 시료는 조직, 세포, 체액, 대변, 소변, 혈장, 혈청, 전혈, 혈액으로부터 단리된 세포, 세포유리 폴리뉴클레오티드 등에서 선택되는 하나 이상을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
일 구현예에 있어서, 하기 실시예에서 알 수 있듯이, 상기 rs1614576, rs1657538, rs1657545, rs152042, rs7191762, rs152041, rs11649332, rs12447763, rs2520017, rs2520019, rs11642116, rs7196602, rs2334246, rs194817, rs168974, rs183172, rs109592, rs56265975, rs113612782, rs187748, rs174217, rs2520009, rs194797, rs194800, rs10852254, rs194815, rs194813 및 rs174219는 적어도 혈전증(thrombosis)과 관련된 다형성일 수 있지만, 다른 기능에 관련되는 것을 배제하는 것은 아니다.
일 구현예에 있어서, 하기 실시예에서 알 수 있듯이, 상기 rs78631167은 적어도 피브린용해(fibrinolysis)와 관련된 다형성일 수 있지만, 다른 기능에 관련되는 것을 배제하는 것은 아니다.
일 구현예에 있어서, 하기 실시예에서 알 수 있듯이, 상기 rs10810978, rs7759915, rs5072 및 rs117684941은 적어도 지질 대사(lipid metabolism)와 관련된 다형성일 수 있지만, 다른 기능에 관련되는 것을 배제하는 것은 아니다.
일 구현예에 있어서, 하기 실시예에서 알 수 있듯이, 상기 rs8009869, rs80334730, rs77800378, rs1958821, rs111432322, rs6573071, rs4901620 및 rs9357455는 적어도 염증(inflammation)와 관련된 다형성일 수 있지만, 다른 기능에 관련되는 것을 배제하는 것은 아니다.
이하, 실시예를 들어 본 발명의 구성 및 효과를 보다 구체적으로 설명한다. 그러나 아래 실시예는 본 발명에 대한 이해를 돕기 위해 예시의 목적으로만 제공된 것일 뿐 본 발명의 범주 및 범위가 그에 의해 제한되는 것은 아니다.
[실시예 1] 심근경색과 연관된 SNP의 선별
1. 피험자 선정
대한민국의 4개의 교육병원의 조기발생 급성 심근경색 환자 596명과 대한민국 게놈 프로젝트(Korean Genome Project, KGP)의 건강한 643명을 본 발명의 일 실시예에 따른 연구에 피험자로 등록하였다. 상기 조기발생 급성 심근경색 환자들은 남성의 경우 50세 이하, 여성의 경우 60세 이하의 급성 심근경색 환자로 정의되었다. 모든 피험자들로부터 서면 동의서를 받았으며, 샘플 수집 및 시퀀싱은 울산과학기술원(UNISTIRB-15-19-A)의 IRB(Institutional Review Board)의 승인을 받았다. 심근경색과 관련한 피험자들의 특성은 도 1에 나타내었다. 도 1에서 Earlyonset AMI는 급성 심근경색 환자들을 의미하며 Control은 건강한 피험자를 의미한다.
2. Illumina NovaSeq sequencer에 의한 전장유전체분석(Wholegenome sequencing, WGS)
Illumina NovaSeq 6000 플랫폼으로 WGS를 수행하였으며 KGP 데이터로부터 임상 정보를 일치시켰다. 제조사의 프로토콜에 따라 DNeasy Blood & Tissue kit(Qiagen, Germany)를 사용하여 플레이트에서 게놈 DNA를 분리하였다. 추출된 DNA는 Quant-iT BR 분석 키트(Invitrogen)를 사용하여 정량화되었으며, 고분자량 genomic DNA는 Covaris S2 ultra sonicator system을 사용하여 전단되어 적절한 크기의 조각으로 얻어졌다. Illumina 기반 시퀀싱에 대한 제조사의 프로토콜에 따라 TruSeq Nano DNA 샘플 준비 키트를 사용하여 paired-end read를 위한 짧은 350-염기 쌍(bp) 삽입이 있는 라이브러리를 준비하였다. Bioanalyzer 2100(Agilent, Santa Clara, CA, USA)을 사용하여 정량화하고 Illumina NovaSeq 6000 플랫폼(Illumina)을 사용하여 raw data를 생성하였다. KGP 데이터에 대한 정보는 대한민국 게놈 프로젝트 홈페이지(http://koreangenomeorg)에서 확인할 수 있다. 클러스터는 재분석(resequencing)을 통해 paired-end 2 Х 150-bp cycle sequencing read를 사용하여 생성되었다.
3. Genome-wide association study (GWAS)
PLINK(ver. 19b)를 사용하는 additive genetic model에서 로지스틱회귀를 사용하여 GWAS를 수행하였다. 총 7,869,081개의 SNP(단열 염기 다형성) 및 삽입/결손(indel)이 테스트되었다. 성별과 상위 10개 주요 요소들은 공변량으로 모델에 포함되었다. 게놈 전반에 걸친 추정 역치(suggestive threshold)는 추정 변이(suggestive variant)에 대해 1 Х 10-5로 결정되었다. 추정 변이들은 다음 기준에 따라 새로운 것으로 간주되었다:
(1) 심근경색에 대해 이전에 보고된 좌위와 겹치지 않는 SNV
(2) 리드 변이(lead variant)가 심근경색에 대 해 이전에 보고된 유전자좌에 LD 변이(r2 > 01)가 없는 SNV
PLINK(ver. 19b)로 '--clump-r2 01 -clump-window-size 250' 옵션을 사용하여 변이들을 유전자좌로 그룹화했다.
4. 정량적 형질 유전자좌(Quantitative trait loci, QTL) 맵핑
공개적으로 사용가능한 데이터 세트를 사용하여 변이들을 발현 QTL(eQUT), 스플라이싱 QTL(sQTL) 및 메틸레이션 QTL(mQTL)에 맵핑하였다. 유전자 발현 표현형의 유전적 변이의 일부를 설명하는 eQTL의 경우, GWAS의 주요 변이를 GTEx 및 eQTLGen 데이터 세트의 eQTL에 맵핑하였다. sQTL의 경우 GTEx 데이터 세트를 사용하여 확인하였으며, mQTL의 경우, 인생 과정동안 일련의 시점에서 1,000개의 모자 쌍에 대한 대규모 게놈 차원의 DNA 메틸화 분석인 mQTLdb를 사용했다. 추정 리드 변이에 대한 QTL이 보고되었다.
5. 심근경색과 연관된 새로운 게놈 유전자좌
GWAS로부터 전체 게놈 추정 cutoff(P-value cutoff = 1 Х 10-5)를 초과하는 급성 심근경색에 대한 29개의 새로운 게놈 유전자좌(85개의 변이들)을 식별하였다(도 2a 및 도 3).
이들 중, 혈전증(thrombosis) 및 피브린용해(fibrinolysis)와 관련된 유전자좌를 확인하였으며, 이는 PRKCB의 업스트림에 위치한 rs1614576로 추정 연관성(OR = 1646, P = 341 Х 10-6)을 가지고 있었다(도 2b) 그것은 혈전 형성과 연관된 혈소판 반응과 관련된다. rs78631167은 PLAUR(Plasminogen activator, urokinase receptor)의 업스티림에 위치한 또 다른 새로운 유전자좌(OR = 04725,P = 293 Х 10-6)로 피프린용해와 관련된다(도 2c) rs78631167는 전사 인자(transcription factor, TF) 및 DNase 피크 부위를 나타내는, RegulomeDB 랭크가 4인 조절 영역에 위치할 것으로 예측 되었다. 또한, 염증 및 지질 대사와 관련된 새로운 유전자좌인 rs9357455이 발견되었으며, 이는 PHACTR1 (Phosphatase and actinregulator 1)의 업스트림에 위치하고 새로운 추정 연관성(OR = 06658, P = 973Х 10-6)을 나타내었다(도 2d) 이는 RegulomeDB 랭크가 5인 조절 기능을 가질 것으로 예측되었다. 또한 이는 NF-kB/p65와의 상호작용을 통해 관상동맥 내피세포에 대한 산화적 스트레스와 염증을 조절한다. 또한, 급성 심근경색과 PHACTR1에서 rs9357455로 불리어지는 새로운 변이가 연관되어 있음을 발견하였다(도 2d) 지질대사에 관여하는 APOA1-AS(Apolipoprotein A1 antisense RNA)의 인트론에 위치한 rs5072(OR = 1545, P = 861 Х 10-6)인 급성 심근경색에 대한 유전적 위험 유전자좌가 확인되었다(도 2e) 그것은 단백질이 HDL 콜레스테롤의 구성 요소이고 말초 조직에서 간으로의 역 콜레스테롤 수송 조절에 주요 참여자인 APOA1의 발현을 조절한다.
구체적으로, 본 발명의 일 실시예에서 확보한 심근경색 특이 85개의 유전 마커들 및 신규한 29개 유전자 좌와 기능 등에 대한 정보를 표 1 내지 12에 나타내었다. 표 1 내지 12에서 유전자 항목의 경우 해당 변이의 앞 뒤 유전자로 표시(예를 들어, geneA-geneB)하였으며 NA로 표기된 경우는 주변 유전자가 멀리 떨어져 있는 경우를 의미한다.
번호 rs ID 유전자 유전자 기능 Chromosome 염색체상 위치
1 rs1277393322 FRG1CP-FRG1DP Unknown 20 28,772,995
2 rs10810978 ADAMTSL1 Lipid metabolism 9 18,523,845
3 rs1351282285 NA Unknown 3 164,704,630
4 rs1560389462 MUC4 Cell adhesion 3 195,788,126
5 rs10235820 PDE1C VSMC proliferation 7 32,082,944
6 rs2323404 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,926,364
7 rs7641082 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,923,420
8 rs8009869 LINC00520-PELI2 Ubiquitin ligase activity, inflammation 14 55,900,262
9 rs1405402 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,921,969
10 rs1918101 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,927,087
11 rs7641013 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,923,383
12 rs10232190 KMT2C Histone methyltransferase, cardiomyopathy 7 152,231,944
13 rs200715251 GOLGA8T-LINC02249 Unknown 15 30,175,826
14 rs1918100 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,927,219
15 rs9855437 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,925,188
16 rs941068 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,925,641
17 rs6770247 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,927,363
18 rs1526719 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,927,320
19 rs80334730 LINC00520-PELI2 Ubiquitin ligase activity, inflammation 14 55,906,845
20 rs77800378 LINC00520-PELI2 Ubiquitin ligase activity, inflammation 14 55,907,084
번호 레퍼런스얼릴(Reference allele) 얼터네이티브얼릴
(Alternative allele)		 이펙트얼릴
(Effect allele)
1 G A A
2 C A C
3 TTAAATG T T
4 GGGTGGTGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGTGTCGGT GACAGGAAGAGAGGTGGCGTGACCTGTGGATGCTGAG GAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGGGGTGGTGTGACCTG TGGATACTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGA G G
5 A G A
6 A G A
7 T C T
8 A G G
9 G A G
10 G T G
11 T C T
12 G A A
13 A G G
14 T A T
15 A G A
16 C T C
17 G A G
18 A G G
19 T C C
20 G A A
번호 변이 유형 P-value Odds Ratio 심근경색군에서 유전변이 빈도 대조군에서 유전변이 빈도
1 IGR(Intergenic variant) 3.36E-18 5.713 0.1398 0.03571
2 Intron 1.94E-14 0.4509 0.3486 0.5009
3 IGR 5.67E-10 0.2394 0.02517 0.0891
4 In_Frame_Del 1.31E-08 0.2562 0.02336 0.07353
5 Intron 2.21E-08 0.497 0.1416 0.2302
6 IGR 1.98E-07 1.606 0.532 0.431
7 IGR 4.08E-07 1.585 0.5242 0.4267
8 IGR 4.49E-07 1.653 0.3523 0.2733
9 IGR 4.81E-07 1.579 0.5311 0.4328
10 IGR 5.47E-07 1.576 0.5302 0.4328
11 IGR 5.92E-07 1.574 0.5233 0.4267
12 Intron 6.24E-07 1.98 0.171 0.106
13 IGR 6.56E-07 1.84 0.2271 0.1477
14 IGR 7.45E-07 1.764 0.2522 0.169
15 IGR 9.60E-07 1.754 0.2504 0.1681
16 IGR 1.08E-06 1.748 0.2513 0.169
17 IGR 1.08E-06 1.748 0.2513 0.169
18 IGR 1.20E-06 1.745 0.2478 0.1664
19 IGR 1.22E-06 1.615 0.3541 0.2784
20 IGR 1.22E-06 1.615 0.3541 0.2784
번호 rs ID 유전자 유전자 기능 Chromosome 염색체상 위치
21 rs12487132 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,919,134
22 rs9873508 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,925,782
23 rs1526708 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,918,804
24 rs1958821 LINC00520-PELI2 Ubiquitin ligase activity, inflammation 14 55,908,821
25 rs591012 TTK Cell cycle regulation 6 80,038,900
26 rs1526709 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,918,900
27 rs200514416 C9orf170-DAPK1 Apoptosis 9 87,414,203
28 rs111432322 LINC00520-PELI2 Ubiquitin ligase activity, inflammation 14 55,905,697
29 rs34330766 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,924,589
30 rs7638747 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,923,365
31 rs10589173 NA Unknown 14 55,905,174
32 rs12639020 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,919,588
33 rs12639023 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,919,636
34 rs239576 TTK Cell cycle regulation 6 80,021,249
35 rs7759915 TTK-BCKDHB Cell cycle regulation, lipid metabolism 6 80,062,270
36 rs372341820 SMG1P2-SPN T cell function, immune response 16 29,655,837
37 rs78631167 PLAUR-IRGC Fibrinolysis 19 43,676,115
38 rs527249040 CNN2 Smooth muscle contraction 19 1,029,328
39 rs184610791 MIR3937-MIR1587 Unknown X 39,788,017
40 rs1614576 ERN2-CHP2 Thrombosis 16 23,747,804
번호 레퍼런스얼릴
(Reference allele)		 얼터네이티브얼릴
(Alternative allele)		 이펙트얼릴
(Effect allele)
21 A C A
22 G A G
23 G A G
24 G C C
25 G A G
26 C A C
27 T C C
28 C T T
29 A G A
30 A G A
31 ATATAT A A
32 C T C
33 C T C
34 G A G
35 C T T
36 G A A
37 T C C
38 G C C
39 C G G
40 A G G
번호 변이
유형		 P-value Odds Ratio 심근경색군에서 유전변이 빈도 대조군에서
유전변이 빈도
21 IGR 1.26E-06 1.747 0.247 0.1655
22 IGR 1.33E-06 1.74 0.2504 0.169
23 IGR 1.34E-06 1.744 0.2478 0.1672
24 IGR 1.44E-06 1.614 0.3523 0.2776
25 Intron 1.47E-06 0.5831 0.1632 0.2439
26 IGR 1.59E-06 1.736 0.2487 0.1681
27 IGR 1.78E-06 1.948 0.1658 0.1009
28 IGR 1.83E-06 1.601 0.3515 0.2767
29 IGR 1.88E-06 1.731 0.2444 0.1647
30 IGR 1.97E-06 1.728 0.2461 0.1672
31 5'Flank 2.02E-06 1.598 0.3515 0.2776
32 IGR 2.19E-06 1.722 0.2487 0.169
33 IGR 2.19E-06 1.722 0.2487 0.169
34 Intron 2.41E-06 0.589 0.1632 0.2422
35 IGR 2.41E-06 0.589 0.1632 0.2422
36 IGR 2.75E-06 0.1804 0.008636 0.03879
37 IGR 2.93E-06 0.4725 0.06304 0.1129
38 Intron 3.20E-06 0.2916 0.01903 0.05948
39 IGR 3.23E-06 0.2344 0.02065 0.08382
40 IGR 3.41E-06 1.646 0.2668 0.1931
번호 rs ID 유전자 유전자 기능 Chromosome 염색체상
위치
41 rs1657538 ERN2-CHP2 Thrombosis 16 23,747,877
42 rs1657545 ERN2-CHP2 Thrombosis 16 23,748,316
43 rs240224 TTK Cell cycle regulation 6 80,007,571
44 rs7232479 LOC644669-NONE Unknown 18 15,377,667
45 rs13099537 LINC02005-CNTN3 Unknown 3 73,923,060
46 rs152042 CHP2 Thrombosis 16 23,754,252
47 rs131570 DUXAP8-CCT8L2 Protein folding 22 16,400,343
48 rs7191762 ERN2-CHP2 Thrombosis 16 23,741,456
49 rs4584426 OR2T8 Olfactory receptor 1 247,921,552
50 rs152041 CHP2 Thrombosis 16 23,754,034
51 rs11649332 ERN2-CHP2 Thrombosis 16 23,748,912
52 rs147169123 IZUMO3-TUSC1 Unknown 9 25,189,022
53 rs55819522 NA Unknown 16 23,771,655
54 rs6573071 LINC00520-PELI2 Ubiquitin ligase activity, inflammation 14 55,904,081
55 rs12447763 ERN2-CHP2 Thrombosis 16 23,742,273
56 rs2520017 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,784,944
57 rs2520019 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,785,567
58 rs11642116 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,786,091
59 rs7196602 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,786,294
60 rs2334246 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,787,611
번호 레퍼런스얼릴
(Reference allele)		 얼터네이티브얼릴
(Alternative allele)		 이펙트얼릴
(Effect allele)
41 G A A
42 A G G
43 G T G
44 G A A
45 T C T
46 A G G
47 T C C
48 G A A
49 A G G
50 G C C
51 C T T
52 A AT A
53 TAA T T
54 G A A
55 G T T
56 G A A
57 T C C
58 A C C
59 C T T
60 A T T
번호 변이 유형 P-value Odds Ratio 심근경색군에서 유전변이 빈도 대조군에서 유전변이 빈도
41 IGR 3.41E-06 1.646 0.2668 0.1931
42 IGR 3.41E-06 1.646 0.2668 0.1931
43 Intron 3.45E-06 0.5943 0.1641 0.2422
44 IGR 3.82E-06 1.763 0.2418 0.1569
45 IGR 4.17E-06 1.696 0.2461 0.169
46 5'Flank 4.52E-06 1.635 0.266 0.1922
47 IGR 4.66E-06 0.5444 0.1097 0.1724
48 IGR 4.82E-06 1.659 0.2444 0.1741
49 Missense_
Mutation		 4.83E-06 1.538 0.3782 0.2851
50 5'Flank 4.93E-06 1.632 0.266 0.1931
51 IGR 4.98E-06 1.632 0.2627 0.1887
52 IGR 5.14E-06 0.5226 0.09585 0.15
53 IGR 6.41E-06 1.624 0.2651 0.1931
54 IGR 6.72E-06 1.531 0.4016 0.3302
55 IGR 7.60E-06 1.661 0.2332 0.1638
56 IGR 7.94E-06 1.616 0.2642 0.1931
57 IGR 7.94E-06 1.616 0.2642 0.1931
58 IGR 7.94E-06 1.616 0.2642 0.1931
59 IGR 7.94E-06 1.616 0.2642 0.1931
60 IGR 7.94E-06 1.616 0.2642 0.1931
번호 rs ID 유전자 유전자 기능 Chromosome 염색체상 위치
61 rs194817 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,788,500
62 rs168974 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,789,042
63 rs183172 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,789,509
64 rs2152884 RYR2 Calcium signaling, cardiomyopathy 1 237,214,855
65 rs141073026 TM2D1 Apoptosis 1 61,717,206
66 rs200261514 LINC02444- LOC100507377 Unknown 12 73,222,956
67 rs5072 APOA1-AS Lipid metabolism 11 116,836,867
68 rs109592 CHP2 Thrombosis 16 23,757,389
69 rs56265975 CHP2 Thrombosis 16 23,759,927
70 rs12438548 MIR4510-
C15orf41		 Unknown 15 36,119,067
71 rs199830494 LINC01243-
ACO1		 Enzymein the TCA cycle 9 32,154,607
72 rs113612782 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,761,303
73 rs187748 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,767,186
74 rs174217 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,768,995
75 rs2520009 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,769,092
76 rs194797 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,769,518
77 rs117684941 PIK3C2G PI3K-AkT signaling, glucose and lipid metabolism 12 18,556,791
78 rs4901620 LINC00520-
PELI2		 Ubiquitin ligase activity, inflammation 14 55,901,317
79 rs12921822 RBFOX1 Cardiomyopathy 16 7,002,773
80 rs194800 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,763,247
81 rs10852254 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,790,378
82 rs194815 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,790,834
83 rs194813 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,791,390
84 rs174219 CHP2-PRKCB Thrombosis 16 23,791,599
85 rs9357455 LINC02530-
PHACTR1		 Inflammation 6 12,693,654
번호 레퍼런스얼릴
(Reference allele)		 얼터네이티브얼릴
(Alternative allele)		 이펙트얼릴
(Effect allele)
61 G A A
62 T A A
63 T C C
64 G A A
65 A C C
66 G GTAAT GTAAT
67 A G A
68 C T T
69 T G G
70 G A G
71 G A G
72 G A A
73 G A A
74 A G G
75 C T T
76 T C C
77 T C C
78 G A A
79 C T C
80 T C C
81 T C C
82 A G G
83 T C C
84 T C C
85 C T C
번호 변이
유형		 P-value Odds Ratio 심근경색군에서
유전변이 빈도		 대조군에서
유전변이 빈도
61 IGR 7.94E-06 1.616 0.2642 0.1931
62 IGR 7.94E-06 1.616 0.2642 0.1931
63 IGR 7.94E-06 1.616 0.2642 0.1931
64 Intron 8.02E-06 1.53 0.4361 0.3534
65 Intron 8.13E-06 1.673 0.2219 0.1552
66 IGR 8.25E-06 2.644 0.07168 0.03109
67 Intron 8.61E-06 1.545 0.3817 0.3078
68 Intron 8.63E-06 1.609 0.266 0.1948
69 3'Flank 8.63E-06 1.609 0.266 0.1948
70 IGR 8.72E-06 0.6094 0.2133 0.2707
71 IGR 8.77E-06 0.6313 0.199 0.2772
72 IGR 8.92E-06 1.61 0.2651 0.194
73 IGR 8.92E-06 1.61 0.2651 0.194
74 IGR 8.92E-06 1.61 0.2651 0.194
75 IGR 8.92E-06 1.61 0.2651 0.194
76 IGR 8.92E-06 1.61 0.2651 0.194
77 Intron 8.95E-06 0.2487 0.01295 0.04397
78 IGR 8.96E-06 1.523 0.4024 0.3328
79 Intron 9.05E-06 1.601 0.2694 0.1888
80 IGR 9.09E-06 1.611 0.2642 0.1931
81 IGR 9.12E-06 1.605 0.2668 0.1957
82 IGR 9.12E-06 1.605 0.2668 0.1957
83 IGR 9.12E-06 1.605 0.2668 0.1957
84 IGR 9.12E-06 1.605 0.2668 0.1957
85 IGR 9.73E-06 0.6658 0.3808 0.475
6. 신규 유전자좌의 QTL(Quantitative Trait Loci) 맵핑
29개의 리드 변이는 중 14개는 유럽(UK biobank;http://wwwnealelabis/uk-biobank/) 및 일본 MI(Biobank of Japan) 연구들에 비해 보다 큰 효과 크기를 갖는 경향이 있음을 확인 하였다(도 3) 나머지 리드 변이는 종래 SNP칩 기반 연구들에서 보고되지 않았다. 조기발병 급성심근경색에 대한 29개의 신규 유전자좌 중 5개의 유전자좌는 GTEx 데이터베이스를 기반으로 한 eQTL로 나타났다(도 4a) PRKCB의 업스트림에 위치한 Rs1614576 eQTLGen 데이터베이스에 의한 전혈(eQTL Bonferroni adjusted P = 4 Х 10-207) 및 GTEx 데이터베이스의 artery tibial(P = 275 Х 10-14; 도 4b) 및 artery aorta(P = 122 Х 10-9)에서 가장 의미있는 qQTL 신호를 보였다. TTK 유전자에 위치한 Rs591012는 지질 대사에 관여하는 ELOVL4(ELOVL fatty acid elongase 4)의 발현에 영향을 미치는 qQTL(artery tibial에서 P = 434 Х 10-17; 도 4c)일 뿐만 아니라, 유전자의 선택적 스플라이싱(alternative splicing)을 변화시키는 sQTL이였다. APOA1-AS에 위치한 Rs5072는 GTEx 데이터베이스에서 배양된 섬유아세포에서 AFAH1B2(platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2) (P = 168 Х 10-4; 도 4d) 및 PCSK7(proprotein convertase subtilisin/kexin type 7) (P = 396 Х10-11)의 발현을 변화시키는 eQTL 신호를 나타냈다. PAFAH1B2는 혈소판 활성 인자(platelet-activating factor, PAF)를 분해 및 비활성화하는 PAFAH의 서브유닛을 암호화한다. 또한, rs10232190는 LINC01103의 발현에 영향을 미쳤다(heart atrial appendage에서 P = 100 Х 10-6, 전혈에서 P = 116 Х 10-6, 도 4e) LINC01103은 PIM1(proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1)의 발현을 변화시킬 수 있으며, PIM1의 억제는 VSMC 증식 및 죽상동맥경화증의 발병을 억제한다.
이상에서 본 발명의 예시적인 구현예가 상기 언급된 바람직한 실시예와 관련하여 설명되었지만, 발명의 요지와 범위로부터 벗어남이 없이 다양한 수정이나 변형을 하는 것이 가능하다. 따라서 첨부된 청구범위에는 본 발명의 요지에 속하는 한 이러한 수정이나 변형이 포함될 것이다.
서열 목록
1. rs1277393322 : GCCTCAAAGC A CTCCAAGTAT
2. rs10810978 : GTTACTGTAG C CTTGCAGTAT
3. rs1351282285 : AATATTAACT T TAAATGGACT
4. rs1560389462 : ACATGAAGAG G GGTGGCGTGA
5. rs10235820 : AAAGCAGAGC A CCTCTCCTCC
6. rs2323404 : AAGGGGAAAA A AAATCTTTCT
7. rs7641082 : ATATAAATAA T TGACACACCA
8. rs8009869 : TTCTCTAATA G GTTTATTTTA
9. rs1405402 : ACTGAGATCC G GTCATCTGGC
10. rs1918101 : GCTCTAGTCC G TTGTTGTTGT
11. rs7641013 : ACTACTATTG T CCTCATTTTA
12. rs10232190 : CAGTGGTGCA A TCTCGGCTCA
13. rs200715251 : GGTGCAGCAG G TGTGGTTCTG
14. rs1918100 : AAATTTTCTT T TTAACCAGTG
15. rs9855437 : AAGGGAAATT A GATAGGCTTC
16. rs941068 : TGTCAAATTT C GCCCCATAAA
17. rs6770247 : TAATAAGAAC G GTCAAATACA
18. rs1526719 : AGCCTTGTGT G ATTGTGTGCA
19. rs80334730 : TACTTTCTTA C TGCTGCTGCC
20. rs77800378 : AGAAGAACAC A GAGGTCCATC
21. rs12487132 : ATTTGGGGAG A ACATTTTGAG
22. rs9873508 : TGAAAAATAT G TATACATTAG
23. rs1526708 : ATAAACATTT G AGTTTGTGAC
24. rs1958821 : GAATGGCCTA C AAATGGACTG
25. rs591012 : TTGAGTACTT G TGATAACCAG
26. rs1526709 : AAGAAGCTGG C ACATGCCAAA
27. rs200514416 : CCTTTGCACC C TTAATCCCAG
28. rs111432322 : GGCATGGTGG T GCCTGCCTGT
29. rs34330766 : CTAGTATTTC A TATGTTAACT
30. rs7638747 : CAAACCCTTT A AGTAGGTACT
31. rs10589173 : ACCTGGACTG A TATAGTCCCC
32. rs12639020 : ATTGGACTCA C TCAAGGGGTA
33. rs12639023 : TTTTTTTGTT C TTTGTTTTTT
34. rs239576 : GCTGCTGGGA G TTCCTTAAGG
35. rs7759915 : CATGTGTCCT T GACCCACCTG
36. rs372341820 : TTGGGAGACC A AGGTGGGAGG
37. rs78631167 : CATGCGTGTG C GCGCACACAT
38. rs527249040 : GCAGGTCCAG C TCAGGGGACC
39. rs184610791 : CCATGTAGTT G AGGTCAATGA
40. rs1614576 : GGTGGCGGGC G CCTGTAATCC
41. rs1657538 : CTTGCAGTGA A CTGAGATGGC
42. rs1657545 : GTCTCACTCT G TTGCTCAGGC
43. rs240224 : ATTTCCAAAT G TTTTCTTTCC
44. rs7232479 : GTGAAGACAG A GGGGGAGAAT
45. rs13099537 : AATAAAATGT T CAATATTAAA
46. rs152042 : GACTGTGGCC G GAAGACAGCT
47. rs131570 : GGCCATAAAA C GAGTCTCAAT
48. rs7191762 : CCACCATCCC A GCAGCATTGT
49. rs4584426 : CTTCTGCGAG G CCCCCGTGCT
50. rs152041 : ATGTGTGAAC C GATGCACGTA
51. rs11649332 : CTCCCTCCCT T CCTCCCTTCC
52. rs147169123 : TTTAAAAGTT A TTTTTTTTAG
53. rs55819522 : ATTTTGAATA T GTTAGACTTT
54. rs6573071 : GGGCCTGACA A TGTGGGGAGC
55. rs12447763 : TTGTGCCAGG T TTAGAGACAT
56. rs2520017 : GGCTAACTCT A AAGTAGCTGT
57. rs2520019 : CTTGAACTCC C GGGCTCAAGT
58. rs11642116 : CTAAGACCAG C TTATACATAG
59. rs7196602 : GGTGATGAAG T CTGTGCCTTA
60. rs2334246 : GAAGAATAGA T ACATGCAATA
61. rs194817 : TAGGCATTAA A GGAGTGCTCC
62. rs168974 : TCTTCCTTAA A GATTGAAAGG
63. rs183172 : GCACAGTGGC C AAAATCAAGG
64. rs2152884 : CAAAATTGAT A TGAGAAATGT
65. rs141073026 : ACAAAACAAA C AAAAAAAAAC
66. rs200261514 : ATTAGAGAAG GTAAT AATAAGATAA
67. rs5072 : ATCCCATTCC A GTTTCTCCAT
68. rs109592 : ACTTGGGAAA T GTTCAACGGA
69. rs56265975 : CTTCATCATT G CAGGTGGCAC
70. rs12438548 : GGATATGAAG G ACCTCTTCAA
71. rs199830494 : TACTGGGTAT G TACCCAAAGG
72. rs113612782 : CAAGTGATCC A CCCGCCTCGG
73. rs187748 : GTGCACACCT A TAGTCCTAGC
74. rs174217 : GGTGTGCACC G CTACACTCAG
75. rs2520009 : AGTGACCTTC T CACCTCGGAC
76. rs194797 : TTAGTCCTCA C GCAACTGTGG
77. rs117684941 : GCAAACAACA C CTTTAGAAAT
78. rs4901620 : CAAGGGAAGA A CAATTCTCAG
79. rs12921822 : AAATACACTT C CTGAATGTCG
80. rs194800 : GGGCTGAACA C CGTGATGCTC
81. rs10852254 : TGCTTAAGCC C GGGAGGTGGA
82. rs194815 : CCCTTCCTGC G CTTTGCCTGAA
83. rs194813 : ACTCCTGTCC C CAAGTGATCC
84. rs174219 : AGCAATCCTC C TGCCTCAGCC
85. rs9357455 : TACTTGTTAT C ATCATTGTGA

Claims (8)

  1. rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918101, rs7641013, rs10232190, rs200715251, rs1918100, rs9855437, rs941068, rs6770247, rs1526719, rs80334730, rs77800378, rs12487132, rs9873508, rs1526708, rs1958821, rs591012, rs1526709, rs200514416, rs111432322, rs34330766, rs7638747, rs10589173, rs12639020, rs12639023, rs239576, rs7759915, rs372341820, rs78631167, rs527249040, rs184610791, rs1614576, rs1657538, rs1657545, rs240224, rs7232479, rs13099537, rs152042, rs131570, rs7191762, rs4584426, rs152041, rs11649332, rs147169123, rs55819522, rs6573071, rs12447763, rs2520017, rs2520019, rs11642116, rs7196602, rs2334246, rs194817, rs168974, rs183172, rs2152884, rs141073026, rs200261514, rs5072, rs109592, rs56265975, rs12438548, rs199830494, rs113612782, rs187748, rs174217, rs2520009, rs194797, rs117684941, rs4901620, rs12921822, rs194800, rs10852254, rs194815, rs194813, rs174219 및 rs9357455로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 다형성을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이와 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드를 검출하는 제제를 포함하는 심근경색 예측 또는 진단용 조성물.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 제제는 상기 폴리뉴클레오티드 또는 이와 상보적인 서열의 폴리뉴클레오티드와 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍 또는 프로브를 포함하는, 조성물.
  3. 제2항에 있어서,
    상기 프로브는 올리고뉴클로타이드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브 또는 RNA 프로브인, 조성물.
  4. 제1항에 있어서,
    상기 제제는 상기 폴리뉴클레오티드에 의하여 인코딩되는 폴리펩타이드를 검출하는 항체를 포함하는, 조성물.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는, 심근경색 예측 또는 진단용 키트.
  6. 시료로부터 rs1277393322, rs10810978, rs1351282285, rs1560389462, rs10235820, rs2323404, rs7641082, rs8009869, rs1405402, rs1918101, rs7641013, rs10232190, rs200715251, rs1918100, rs9855437, rs941068, rs6770247, rs1526719, rs80334730, rs77800378, rs12487132, rs9873508, rs1526708, rs1958821, rs591012, rs1526709, rs200514416, rs111432322, rs34330766, rs7638747, rs10589173, rs12639020, rs12639023, rs239576, rs7759915, rs372341820, rs78631167, rs527249040, rs184610791, rs1614576, rs1657538, rs1657545, rs240224, rs7232479, rs13099537, rs152042, rs131570, rs7191762, rs4584426, rs152041, rs11649332, rs147169123, rs55819522, rs6573071, rs12447763, rs2520017, rs2520019, rs11642116, rs7196602, rs2334246, rs194817, rs168974, rs183172, rs2152884, rs141073026, rs200261514, rs5072, rs109592, rs56265975, rs12438548, rs199830494, rs113612782, rs187748, rs174217, rs2520009, rs194797, rs117684941, rs4901620, rs12921822, rs194800, rs10852254, rs194815, rs194813, rs174219 및 rs9357455로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 다형성부위를 검출하는 단계를 포함하는, 심근경색 예측 또는 진단을 위한 정보 제공방법.
  7. 제6항에 있어서,
    상기 검출은 대립 유전자 특이적 프로브 혼성화 방법, 대립 유전자 특이적 증폭 방법, 서열분석법, 5' 뉴클레아제 분해법, 분자 비콘 어세이법, 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법, 크기 분석법 및 단일 가닥 배좌 다형성법으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 방법으로 수행되는, 심근경색 예측 또는 진단을 위한 정보 제공방법.
  8. 제6항에 있어서,
    상기 시료는 조직, 세포, 체액, 대변, 소변, 혈장, 혈청, 전혈, 혈액으로부터 단리된 세포 및 세포유리 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상을 포함하는, 심근경색 예측 또는 진단을 위한 정보 제공방법.
PCT/KR2023/004985 2022-04-21 2023-04-13 심근경색과 연관된 유전자 다형성 및 그의 용도 WO2023204522A1 (ko)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020220049693A KR20230150127A (ko) 2022-04-21 2022-04-21 심근경색과 연관된 유전자 다형성 및 그의 용도
KR10-2022-0049693 2022-04-21

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2023204522A1 true WO2023204522A1 (ko) 2023-10-26

Family

ID=88420332

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/KR2023/004985 WO2023204522A1 (ko) 2022-04-21 2023-04-13 심근경색과 연관된 유전자 다형성 및 그의 용도

Country Status (2)

Country Link
KR (1) KR20230150127A (ko)
WO (1) WO2023204522A1 (ko)

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004058052A2 (en) * 2002-12-20 2004-07-15 Applera Corporation Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction, methods of detection and uses thereof
KR20060134787A (ko) * 2005-06-23 2006-12-28 삼성전자주식회사 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도
JP2008516595A (ja) * 2004-10-15 2008-05-22 オイ ユリラブ アェルテーデー 急性心筋梗塞を発症する危険度を測定する方法とキット
WO2010010697A1 (ja) * 2008-07-24 2010-01-28 Yokota Mitsuhiro 心筋梗塞のリスク検査法

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2004058052A2 (en) * 2002-12-20 2004-07-15 Applera Corporation Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction, methods of detection and uses thereof
JP2008516595A (ja) * 2004-10-15 2008-05-22 オイ ユリラブ アェルテーデー 急性心筋梗塞を発症する危険度を測定する方法とキット
KR20060134787A (ko) * 2005-06-23 2006-12-28 삼성전자주식회사 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도
WO2010010697A1 (ja) * 2008-07-24 2010-01-28 Yokota Mitsuhiro 心筋梗塞のリスク検査法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
RAYABARAPU PRANAVCHAND;ARRAMRAJUSREENIVAS KUMAR;BATTINIMOHAN REDDY: "Genetic determinants of clinical heterogeneity of the coronary artery disease in the population of Hyderabad, India", HUMAN GENOMICS, BIOMED CENTRAL LTD, LONDON, UK, vol. 11, no. 1, 4 March 2017 (2017-03-04), London, UK , pages 1 - 12, XP021243481, DOI: 10.1186/s40246-017-0099-1 *

Also Published As

Publication number Publication date
KR20230150127A (ko) 2023-10-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2012081898A2 (ko) 위암의 예후 예측용 마커 및 이를 이용하는 위암의 예후 예측 방법
WO2011055916A2 (ko) 장암 진단을 위한 장암 특이적 메틸화 마커 유전자의 메틸화 검출방법
WO2012070861A2 (ko) 위암 진단을 위한 위암 특이적 메틸화 바이오마커
WO2015023146A1 (ko) 전암병변의 검출방법
WO2019199105A1 (ko) 알츠하이머성 치매가 발병될 가능성 평가방법
WO2014027831A1 (ko) 방광암 예후 진단 마커
WO2018169145A1 (ko) 진행성 위암 환자의 수술 후 예후 또는 항암제 적합성 예측 시스템
WO2021075797A2 (ko) 특정 유전자의 cpg 메틸화 변화를 이용한 간암 진단용 조성물 및 이의 용도
WO2017082655A1 (ko) 항암 치료 내성 판단 방법 및 상기 방법에 사용되는 조성물
WO2023204522A1 (ko) 심근경색과 연관된 유전자 다형성 및 그의 용도
WO2024043743A1 (ko) Flt3 유전자 증폭용 조성물 및 이의 용도
WO2016108403A1 (ko) 방광암 예후 진단 마커로서 ｒｓｐｈ９의 용도
WO2011139032A2 (ko) 표적 유전자의 다양한 변이가 존재하는 유전자 영역을 증폭하기 위한 프라이머 조성물
WO2022220527A1 (ko) 피부색 판단용 유전자 다형성 마커 및 이의 용도
WO2013105801A1 (ko) 만성 골수성 백혈병 융합 유전자형 타이핑용 프로브, 프라이머 및 이의 이용방법
WO2017018735A1 (ko) 노화 판별용, 비만 판별용, 암 진단용 바이오마커 및 이를 이용한 진단키트
WO2022240251A1 (ko) Mirna를 포함하는 신경퇴행성 질환의 예후 예측용 바이오마커 및 이의 용도
WO2015167087A1 (ko) Dna 복제수 변이를 이용한 강직성 척추염 발병 위험도 예측 방법
WO2022216066A1 (ko) 암 환자의 예후 예측용 바이오마커 및 이의 용도
WO2015105336A1 (ko) 5'-플랩 엔도뉴클레이즈 활성이 억제된 dna 폴리머레이즈를 이용하여 실시간 중합효소 연쇄반응으로 돌연변이 유전자를 검사하는 방법
WO2021251656A1 (ko) 엑소좀 유래 miRNA를 이용한 스트레스 진단기술
WO2021107713A1 (ko) Lats1 유전자 변이 마커 기반의 근위축성 측삭경화증의 진단방법
WO2018021636A1 (ko) 휴먼 하플로타이핑 시스템 및 방법
WO2021034034A1 (ko) 핵산 단편간 거리 정보를 이용한 염색체 이상 검출 방법
WO2020204313A1 (ko) Gba 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 23792099

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1