WO2021241040A1 - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２遺伝子発現抑制核酸分子及びその用途 - Google Patents

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２遺伝子発現抑制核酸分子及びその用途 Download PDF

Info

Publication number
WO2021241040A1
WO2021241040A1 PCT/JP2021/015214 JP2021015214W WO2021241040A1 WO 2021241040 A1 WO2021241040 A1 WO 2021241040A1 JP 2021015214 W JP2021015214 W JP 2021015214W WO 2021241040 A1 WO2021241040 A1 WO 2021241040A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
seq
sequence
nucleic acid
nucleotide sequence
acid molecule
Prior art date
Application number
PCT/JP2021/015214
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
篤志 柴田
浩太 内藤
久男 白水
智洋 濱崎
孝 與那嶺
亙 鳥海
秀亮 吉冨
孝行 小林
Original Assignee
株式会社ボナック
福岡県
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 株式会社ボナック, 福岡県 filed Critical 株式会社ボナック
Priority to JP2022527562A priority Critical patent/JPWO2021241040A1/ja
Publication of WO2021241040A1 publication Critical patent/WO2021241040A1/ja

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
    • A61K35/76—Viruses; Subviral particles; Bacteriophages
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/54—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an organic compound
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • C07K14/08—RNA viruses
    • C07K14/165—Coronaviridae, e.g. avian infectious bronchitis virus
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

本発明は、配列番号１で表されるSARS-CoV-2ゲノムRNAのヌクレオチド配列の、ヌクレオチド番号：(1) 545-563、(2) 589-607、(3) 664-682、(4) 6503-6521、(5) 6504-6522、(6) 7693-7711、(7) 8618-8636、(8) 12943-12961、(9) 13004-13022、(10) 13945-13963、(11) 15243-15261、(12) 17648-17666、(13) 17766-17784、(14) 21401-21419、(15)23318-23336、(16) 23763-23781、(17) 23948-23966、(18) 24116-24134、(19) 25481-25499、(20) 25839-25857、(21) 26261-26279、(22) 26276-26294、(23) 26284-26302、(24) 26316-26334、(25) 26338-26356、(26) 26352-26370、(27) 26525-26543、(28) 26586-26604、(29) 26753-26771、(30) 27102-27120、(31) 27589-27607、(32) 27600-27618、(33) 28102-28120、(34) 28367-28385、(35) 28400-28418、(36) 28774-28792、(37) 28830-28848、(38) 29002-29020、(39) 29044-29062、(40) 29167-29185、(41) 29579-29597、(42) 29613-29631、(43) 28-46もしくは(44) 40-58で示されるヌクレオチド配列を含む連続する25ヌクレオチド以下の標的ゲノムRNA配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列、又は、ヌクレオチド番号(45) 333-351もしくは(46) 8349-8367に対応するマイナス鎖RNAのヌクレオチド配列を含む連続する25ヌクレオチド以下の標的マイナス鎖RNA配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列を、SARS-CoV-2遺伝子の発現抑制配列として含む、核酸分子を提供する。

Description

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２遺伝子発現抑制核酸分子及びその用途
　本発明は、SARS-CoV-2遺伝子の発現を効果的に抑制する核酸分子、および当該核酸分子を含む、SARS-CoV-2増殖抑制用、SARS-CoV-2感染症（COVID-19）の治療用の医薬組成物に関する。
　2019年末、中国湖北省武漢市から始まった新型コロナウイルス感染症（coronavirus disease 2019：COVID-19）は全世界に拡散し、2020年8月13日現在で、累計感染者数は2000万人を超え、累計死亡者数も約75万人に達している。国際ウイルス分類委員会はその病原体を“SARS-CoV-2（severe acute respiratory syndrome coronaviruses 2）”と命名した。
　SARS-CoV-2に対するワクチン開発は全世界で急速に進められているが、承認までは相当期間を要するものと考えられる。一方、COVID-19の治療薬としては、エボラ出血熱治療薬として開発中であったレムデシビルが、中等症から重症患者を対象とした第III相試験で、回復までの期間を早めるとの治験結果が得られ、米国で緊急時使用許可が下り、わが国でも特例承認された。しかし、死亡率は改善傾向を示したもののプラセボとの有意差はつかず、特効薬というにはほど遠い状況である。国産の新型インフルエンザ治療薬であるファビピラビル（商品名：アビガン）も、軽症から中等症患者に対して効果を示したことが報告されているが、我が国で実施された観察研究では明らかな有効性は認められず、未だ承認には至っていない。また、動物実験で催奇形性が確認されており、妊婦に対しては使用できない。それ以外にも、既存薬のスクリーニングによって治療薬の候補がいくつか見いだされており、国内外での治療実績が報告されているが（例えば、非特許文献１参照）、実際にどの程度有効であるかは不明である。
　SARS-CoV-2は、約30 kbの一本鎖プラス鎖RNAゲノムを有する、コロナウイルス（CoV）に属するウイルスである（図１Ａ）。SARS-CoV-2のゲノムRNAはmRNA（mRNA1）としても機能し、5’末端20 kbにある巨大な2つのORF（ORF1a及び1b）がmRNA1から特異的に翻訳され（但し、ORF1bは、ORF1aと1bとの間のシュードノット構造により生じるフレームシフトのため、ORF1aとの融合タンパク質（ORF1ab）として翻訳される）、ORF1a自身にコードされるタンパク質分解酵素により、ヘリカーゼやRNAポリメラーゼ等を含む16個の非構造タンパク質に開裂する。SARS-CoV-2のmRNAには、mRNA1（ゲノムRNA）のほか、それより小さい10個程度のサブゲノミックmRNAが存在する。各サブゲノミックmRNAは、ゲノムRNAの3’末端から異なる長さで5’側に伸長し、いずれのmRNAもゲノムRNAの5’末端の約70 bからなるリーダー配列を有する。各サブゲノミックmRNAからは、原則的に5’末端のORFのみが翻訳される（図１Ｂ：非特許文献２より一部改変して転載）（但し、図１ＢはCoVの基準株であるマウス肝炎ウイルス（MHV-JHM株）における各サブゲノミックmRNAからの翻訳を示しており、SARS-CoV-2の場合とは若干異なる）。
　宿主細胞に感染したSARS-CoV-2はゲノムRNAを遊離し、ORF1a及びORF1abからの翻訳により複製に必要なタンパク質を生成する。次いで、ゲノムRNAを鋳型としてそれに相補的なマイナス鎖RNAを合成し、該マイナス鎖RNAを鋳型としてサブゲノミックmRNAを生成する。生成した各サブゲノミックmRNAの5’末端ORFから構造タンパク質（S、E、M、N等）などのタンパク質が翻訳される。マイナス鎖RNAから複製したゲノムRNAとサブゲノミックmRNAから合成されたNタンパク質とが複合体（RNP）を形成し、別のサブゲノミックmRNAから翻訳され、小胞体からゴルジ装置に至る小腔（ERGIC）の膜上に存在するS、M及びEタンパク質と会合してERGIC内に出芽し、ウイルス粒子が産生される。
　従って、SARS-CoV-2のゲノムRNAの複製やmRNAからのウイルスタンパク質の翻訳を効率よく抑制することができれば、SARS-CoV-2の増殖を抑制し、COVID-19の治療及び／又は発症予防が可能となると期待される。SARS-CoV-2のmRNAやマイナス鎖RNAを標的とする核酸医薬はその有望な候補の1つであるが、約30 kbにも及ぶSARS-CoV-2のmRNA又はマイナス鎖RNAのどの領域を標的にすれば、効率よくmRNAからの翻訳やゲノムRNAの複製を抑制できるかについては全く不明のままである。
日本感染症学会，「COVID-19に対する薬物治療の考え方　第2版」（2020年4月28日）（http://www.kansensho.or.jp/uploads/files/topics/2019ncov/covid19_drug_200430.pdf） 田口文広，ウイルス，第61巻，第2号，pp. 205-210，2011
　従って、本発明の目的は、SARS-CoV-2の遺伝子発現を効率よく抑制する核酸分子を提供することであり、該核酸分子を用いたCOVID-19の治療及び／又は予防剤を提供することである。
　本発明者らは、上記の目的を達成すべく鋭意研究を重ねた結果、SARS-CoV-2のmRNA又はマイナス鎖RNAの特定の部位を標的とする核酸分子が、SARS-CoV-2の遺伝子発現を顕著に抑制し得ることを見出し、本発明を完成するに至った。
　即ち、本発明は以下のとおりである。
［１］配列番号１で表されるSARS-CoV-2ゲノムRNAのヌクレオチド配列の、ヌクレオチド番号：(1) 545-563、(2) 589-607、(3) 664-682、(4) 6503-6521、(5) 6504-6522、(6) 7693-7711、(7) 8618-8636、(8) 12943-12961、(9) 13004-13022、(10) 13945-13963、(11) 15243-15261、(12) 17648-17666、(13) 17766-17784、(14) 21401-21419、(15) 23318-23336、(16) 23763-23781、(17) 23948-23966、(18) 24116-24134、(19) 25481-25499、(20) 25839-25857、(21) 26261-26279、(22) 26276-26294、(23) 26284-26302、(24) 26316-26334、(25) 26338-26356、(26) 26352-26370、(27) 26525-26543、(28) 26586-26604、(29) 26753-26771、(30) 27102-27120、(31) 27589-27607、(32) 27600-27618、(33) 28102-28120、(34) 28367-28385、(35) 28400-28418、(36) 28774-28792、(37) 28830-28848、(38) 29002-29020、(39) 29044-29062、(40) 29167-29185、(41) 29579-29597、(42) 29613-29631、(43) 28-46もしくは(44) 40-58で示されるヌクレオチド配列を含む連続する25ヌクレオチド以下の標的ゲノムRNA配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列、又は、ヌクレオチド番号(45) 333-351もしくは(46) 8349-8367に対応するマイナス鎖RNAのヌクレオチド配列を含む連続する25ヌクレオチド以下の標的マイナス鎖RNA配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列を、SARS-CoV-2遺伝子の発現抑制配列として含む、核酸分子。
［２］前記発現抑制配列が、
（ａ）(i) 配列番号2n（nは1～46から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列（但し、該配列中、各UはTであってもよい）、又は(ii) 配列番号2nで表されるヌクレオチド配列（但し、該配列中、各UはTであってもよい）を含み、かつ配列番号１で表されるSARS-CoV-2ゲノムRNAのヌクレオチド配列もしくはそれに対応するマイナス鎖RNAのヌクレオチド配列の一部と完全相補的な25ヌクレオチド以下の配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列、
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列において、1個もしくは2個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入もしくは付加されたヌクレオチド配列、又は
（ｃ）（ａ）のヌクレオチド配列と90%以上の同一性を有するヌクレオチド配列である、
好ましくは（ａ）のヌクレオチド配列である、［１］に記載の核酸分子。
［３］前記（ａ）(ii)の25ヌクレオチド以下の配列が、
AAAAGAACAUGGUGUAAUGUC（配列番号213）；
GAUCGAAAGUUGGUUGGUUUG（配列番号215）；
AGAUCUACAAGAGAUCGAAAG（配列番号217）；
GGAUUUAUUGGUCUUUUAAAC（配列番号219）；
GAAUUAUAAGGUGAAAUAAAG（配列番号221）；
ACAUUGUACAAUCUACUGAUG（配列番号223）；
AGUGUAACUAGCAAGAAUACC（配列番号225）；
GAAUAGGAAACCUAUUACUAG（配列番号227）；又は
GCAAUUUGCGGCCAAUGUUUG（配列番号229）
である、［２］に記載の核酸分子。
［４］前記発現抑制配列に相補的なヌクレオチド配列をさらに含む、［１］～［３］のいずれかに記載の核酸分子。
［５］前記相補的なヌクレオチド配列が、
（ｄ）配列番号2n+1（nは前記（ａ）と同じ）もしくは配列番号2p-1（pは107～115から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列中の、前記（ａ）のヌクレオチド配列と完全相補的なヌクレオチド配列（但し、GとUとの対合は相補的とみなす）、
（ｅ）（ｄ）のヌクレオチド配列において、1個もしくは2個のヌクレオチドが欠失、置換、挿入、もしくは付加されたヌクレオチド配列、又は
（ｆ）（ｄ）のヌクレオチド配列と90%以上の同一性を有するヌクレオチド配列である、
好ましくは（ｄ）のヌクレオチド配列である、［４］に記載の核酸分子。
［６］配列番号2n（nは1～46から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列と、配列番号2n+1で表されるヌクレオチド配列とを含む、あるいは、配列番号2p-1（pは107～115から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列と、配列番号2p：
GACAUUACACCAUGUUCUUUU（配列番号214）；
CAAACCAACCAACUUUCGAUC（配列番号216）；
CUUUCGAUCUCUUGUAGAUCU（配列番号218）；
GUUUAAAAGACCAAUAAAUCC（配列番号220）；
CUUUAUUUCACCUUAUAAUUC（配列番号222）；
CAUCAGUAGAUUGUACAAUGU（配列番号224）；
GGUAUUCUUGCUAGUUACACU（配列番号226）；
CUAGUAAUAGGUUUCCUAUUC（配列番号228）；又は
CAAACAUUGGCCGCAAAUUGC（配列番号230）
で表されるヌクレオチド配列とを含む［４］又は［５］に記載の核酸分子。
［７］SARS-CoV-2遺伝子に対するsiRNAである、［４］～［６］のいずれかに記載の核酸分子。
［８］前記siRNAが、一方もしくは両方の鎖に3’-オーバーハングを有する、［７］に記載の核酸分子。
［９］配列番号2m（mは47～92から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列と、該配列にアニーリングした配列番号2m+1で表されるヌクレオチド配列とからなる、［８］に記載の核酸分子。
［１０］前記発現抑制配列Xaを含むヌクレオチド配列Xと、配列Xaに相補的な配列Yaを含むヌクレオチド配列Yとが、リンカーLを介して、3’から 5’方向にX-L-Yの順序で、かつ配列Xaと配列Yaとが分子内で二重鎖を形成し得る配向で連結された、［４］～［６］のいずれかに記載の核酸分子。
［１１］前記リンカーLが、下記式で表されるプロリン誘導体リンカーである、［１０］に記載の核酸分子。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
［１２］前記配列Xが前記配列Xaの5’末端に付加配列Xbを有し、かつ前記配列Yが前記配列Yaの3’末端に付加配列Ybを有し、配列Xbと配列Ybとが相補的である、［１０］又は［１１］に記載の核酸分子。
［１３］前記配列Xが3’-オーバーハングを有する、［１０］～［１２］のいずれかに記載の核酸分子。
［１４］下記のいずれかの構造を有する、［１３］に記載の核酸分子。
GGCAUUCAGUACGGUCGUAGGCC-P-GGCCUACGACCGUACUGAAUGCCUU（配列番号231）
GACAUUACACCAUGUUCUUUUCC-P-GGAAAAGAACAUGGUGUAAUGUCUU（配列番号232）
GCAUACUAAUUGUUACGAUGGCC-P-GGCCGUCGUAACAAUUAGUAUGCUU（配列番号233）
GCUUCGAUUGUGUGCGUAUGGCC-P-GGCCGUACGCACACAAUCGAAGCUU（配列番号234）
CGGUGGAAUUGCUAUCGUAGGCC-P-GGCCUGCGAUAGCAAUUCCACCGUU（配列番号235）
CGGCGUAAAACACGUCUAUGGCC-P-GGCCAUAGACGUGUUUUACGCCGUU（配列番号236）
CCAUUCAGUACAUCGAUAUGGCC-P-GGCCAUAUCGAUGUACUGAAUGGUU（配列番号237）
GCCAAAAGGCUUCUACGUAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUU（配列番号238）
GCAGAAUGAAUUCUCGUAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUCAUUCUGCUU（配列番号239）
CGUACGAGCACGUCGCGAAGGCC-P-GGCCUUCGCGACGUGCUCGUACGUU（配列番号240）
CAAACCAACCAACUUUCGAUCCC-P-GGGAUCGAAAGUUGGUUGGUUUGUU（配列番号241）
CUUUCGAUCUCUUGUAGAUCUCC-P-GGAGAUCUACAAGAGAUCGAAAGUU（配列番号242）
GUUUAAAAGACCAAUAAAUCCCC-P-GGGGAUUUAUUGGUCUUUUAAACUU（配列番号243）
GCACAAAAGUUUAACGGUUGGCC-P-GGCCGGCCGUUAAACUUUUGUGCUU（配列番号244）
CGGAAGAGACAGGUACGUUGGCC-P-GGCCAACGUACCUGUCUCUUCCGUU（配列番号245）
GCUGCAUACAGUCGCUAUAGGCC-P-GGCCUGUAGCGACUGUAUGCAGCUU（配列番号246）
CCUCAUCACGUAGUCGUAAGGCC-P-GGCCUUGCGACUACGUGAUGAGGUU（配列番号247）
CUUUAUUUCACCUUAUAAUUCCC-P-GGGAAUUAUAAGGUGAAAUAAAGUU（配列番号248）
CAUCAGUAGAUUGUACAAUGUCC-P-GGACAUUGUACAAUCUACUGAUGUU（配列番号249）
GGUAUUCUUGCUAGUUACACUCC-P-GGAGUGUAACUAGCAAGAAUACCUU（配列番号250）
CUAGUAAUAGGUUUCCUAUUCCC-P-GGGAAUAGGAAACCUAUUACUAGUU（配列番号251）
CAAACAUUGGCCGCAAAUUGCCC-P-GGGCAAUUUGCGGCCAAUGUUUGUU（配列番号252）
GACmAUUmACmACCmAUmGUmUCmUUmUUCC-P-GGAAAAGAACAUGGUGUmAAUGUmCUmU（配列番号253）
GGCmAUmUCmAGUmACmGGUCmGUmACCCC-P-GGGGUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号254）
GCmAUmACUmAAUUmGUUmACmGAUmCCCC-P-GGGGGUCGUmAACmAAUUmAGUmAUGCUmU（配列番号255）
GCUmUCmGAUUGUmGUmGCmGUmAUmCCCC-P-GGGGGUmACGCACmACmAAUCGAAGCUmU（配列番号256）
CmGGUmGGAAUUmGCUmAUCmGUmACCCC-P-GGGGUGCGAUmAGCmAAUUmCCmACCmGUmU（配列番号257）
CmGGCmGUmAAAACmACmGUmCUmAUmCCCC-P-GGGGAUmAGACGUGUUmUUmACGCCmGUmU（配列番号258）
CCmAUmUCmAGUmACmAUCmGAUmAUmCCCC-P-GGGGAUmAUCGAUGUmACUGAAUGGUmU（配列番号259）
GCCmAAAAGGCmUUmCUmACmGUmACCCC-P-GGGGUGCGUmAGAAGCCmUUmUUmGGCUmU（配列番号260）
GCmAGAAUmGAAUmUCmUCmGUmAACCCC-P-GGGGUUmACGAGAAUmUCmAUUmCUmGCUmU（配列番号261）
CmGUmACmGAGCACmGUCmGCmGAACCCC-P-GGGGUUCGCGACGUmGCmUCmGUmACmGUmU（配列番号262）
CmAAACCmAACCmAACmUUmUCmGAUCCC-P-GGGGUCGAAAGUUGGUUGGUmUUmGUmU（配列番号263）
CmUUmUCmGAUmCUmCmUUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号264）
CCAACCAACUUUCGAUUUUGGCC-P-GGCCGAGAUCGAAAGUUGGUUGGUU（配列番号619）
CCCAGGUAACAAACCAAUUGGCC-P-GGCCGGUUGGUUUGUUACCUGGGUU（配列番号620）
GGUAACAAACCAACCAAUUGGCC-P-GGCCAGUUGGUUGGUUUGUUACCUU（配列番号621）
CCAGGUAACAAACCAAUUAGGCC-P-GGCCUGGUUGGUUUGUUACCUGGUU（配列番号622）
CCmAACCmAACUUmUCmGAUUmUUmGGCC-P-GGCCGAGAUCGAAAGUmUGGUUGGUmU（配列番号623）
CmCCmAGGUmAACmAAACmCmAAUUmGGCC-P-GGCCGGUUGGUUUmGUUmACmCUmGGGUmU（配列番号624）
GGUmAACmAAACCmAACCmAAUUmGGCC-P-GGCCAGUUGGUUGGUmUUmGUUmACmCUmU（配列番号625）
CmCAGGUmAACAAACCmAAUUmAGGCC-P-GGCCUGGUUGGUmUUmGUmUmACmCUmGGUmU（配列番号626）
GUmUUmAAAAGACCmAAUmAAAUmCCCC-P-GGGGAUUUmAUUGGUCmUUmUUmAAACUmU（配列番号627）
GGUmAUmUCmUUGCUmAGUUmACmACUCC-P-GGAGUGUmAACUmAGCmAAGAAUmACmCUmU（配列番号628）
CmAAACmAUUmGGCCmGCmAAAUmUmGCCC-P-GGGCAAUUUGCGGCCmAAUGUmUUmGUmU（配列番号629）
GGCmAUUCmAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号630）
GGCmAUUCmAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号631）
GGCmAUUCAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号632）
GGCmAUUCAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号633）
GGCmAUUmCAGUmACGGUmCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号634）
GCCmAAAAGGCUUCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUmAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号635）
GCCmAAAAGGCUUCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号636）
GCCmAAAAGGCUUCUmACGCAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号637）
GCCmAAAAGGCUmUmCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUmAGAAGCCUmUUmUGGCUmU（配列番号638）
GCCmAAAAGGCUmUmCUmACGCAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUmUUmUGGCUmU（配列番号639）
GCmAGAAUGAAUUCUCGUmAAGGCC-P-GGCCUUmACGAGAAUUCmAUUCUGCUmU（配列番号640）
GCmAGAAUGAAUUCUCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUCmAUUCUGCUmU（配列番号641）
GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUmACGAGAAUUmCmAUUmCUmGCUmU（配列番号642）
GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUmCmAUUmCmUmGCmUmU（配列番号643）
GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUmCmAUUmCUmGCUmU（配列番号644）
CmUUmUmCmGAUmCUmCUmUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号645）
CmUUmUCmGAUmCUmCmUUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号646）
CmUUmUmCmGAUCUmCUmUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号647）
CmUUmUCmGAUCUmCmUUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号648）
CmUUmUmCmGAUCUmCUmUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号649）
（Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
［１５］下記の構造を有する核酸分子。
GGCmAUUmCAGUmACGGUmCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号634）
（Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
［１６］下記の構造を有する核酸分子。
GCCmAAAAGGCUmUmCUmACGCAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUmUUmUGGCUmU（配列番号639）
（Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
［１７］下記の構造を有する核酸分子。
CmUUmUCmGAUmCUmCmUUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号646）
（Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
［１８］［１］～［８］のいずれかに記載の核酸分子を発現する発現ベクター。
［１９］［１］～［１７］のいずれかに記載の核酸分子または［１８］に記載の発現ベクターを含む、医薬。
［２０］SARS-CoV-2の増殖抑制用である、［１９］に記載の医薬。
［２１］COVID-19の治療または予防用である、［２０］に記載の医薬。
　本発明の核酸分子によって、SARS-CoV-2遺伝子の発現を効果的に抑制することができる。
SARS-CoV-2のゲノム構造及びウイルス粒子の構造を示す模式図（Ａ）、並びにコロナウイルス（基準株MHV-JHMを例として示す）のmRNAとそれらのmRNAから翻訳されるORFを示す模式図（Ｂ）である。
　本明細書で使用する用語は、特に言及しない限り、当該技術分野で通常用いられる意味で用いることができる。
1. SARS-CoV-2遺伝子の発現を抑制する核酸分子
　本発明は、SARS-CoV-2のmRNA又はマイナス鎖RNA中のヌクレオチド配列と相補的な配列を含む、該ウイルスの遺伝子発現を抑制する核酸分子（以下、「本発明の核酸分子」と記載する場合がある。）を提供する。
　本明細書において、特にことわらない限り、「SARS-CoV-2のmRNA」とは、すべてのORFを含むゲノムRNAと、種々の長さを有し、それぞれ5’末端のORFを特異的に翻訳するサブゲノミックmRNAをすべて包含する意味で用いられる。また、「マイナス鎖RNA」も、ゲノムRNAと、各サブゲノミックmRNAにそれぞれ相補的なマイナス鎖をすべて包含する意味で用いられる。また、mRNAとマイナス鎖RNAとを包括して「SARS-CoV-2のRNA」という場合がある。
　本発明の核酸分子は、SARS-CoV-2の遺伝子発現を抑制する配列として、SARS-CoV-2のmRNA又はマイナス鎖RNAの特定の部位と相補的な配列を含む。SARS-CoV-2のゲノムRNAのヌクレオチド配列としては、配列番号1で表されるSARS-CoV-2 TKYE6182のヌクレオチド配列（NCBIデータベースに、GenBank Accession No. LC529905として登録されている。但し、該ヌクレオチド配列中、「t」は「u」と読み替えるものとする。）もしくはそのバリアントのヌクレオチド配列が挙げられる。本明細書においては、以下、特にことわらない限り、配列番号１で表されるSARS-CoV-2株のヌクレオチド配列に基づいて、ヌクオチドの位置やヌクレオチド配列の範囲等を記載するが、その場合、任意のバリアントにおける対応するヌクレオチドやヌクレオチド配列も、当該記載内容に包含されるものである。
　SARS-CoV-2の遺伝子発現を抑制する配列（以下、単に「発現抑制配列」ともいう）は、SARS-CoV-2のmRNA又はマイナス鎖RNAの特定の部位のヌクレオチド配列と相補的な配列である。ここで、「相補的な配列」とは、標的配列に対して完全相補的な（即ち、ミスマッチなくハイブリダイズする）配列だけでなく、哺乳動物細胞の生理的条件下でSARS-CoV-2のRNAとハイブリダイズし得る限り、1ないし数ヌクレオチド、好ましくは、1又は2ヌクレオチドのミスマッチを含む配列であってもよい。例えば、SARS-CoV-2のRNA中の標的ヌクレオチド配列の相補鎖配列に対して、90%以上、好ましくは95%以上、97%以上、98%以上、99%以上の同一性を有する配列が挙げられる。本発明における「ヌクレオチド配列の同一性」は、相同性計算アルゴリズムNCBI BLAST（National Center for Biotechnology Information Basic Local Alignment Search Tool）を用い、以下の条件（期待値=10；ギャップを許す；フィルタリング=ON；マッチスコア=1；ミスマッチスコア=-3）にて計算することができる。また、個々の塩基における相補性は、対象となる塩基とワトソン・クリック型塩基対を形成することに限定されるものではなく、フーグスティーン型塩基対やゆらぎ塩基対（Wobble base pair）を形成することも含む。
　あるいは、「相補的なヌクレオチド配列」とは、標的配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列である。ここで「ストリンジェントな条件」とは、例えば、Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons,6.3.1-6.3.6,1999に記載される条件、例えば、6×SSC（sodium chloride/sodium citrate）／45℃でのハイブリダイゼーション、次いで0.2×SSC／0.1％ SDS／50～65℃での一回以上の洗浄等が挙げられるが、当業者であれば、これと同等のストリンジェンシーを与えるハイブリダイゼーションの条件を適宜選択することができる。
　発現抑制配列が標的とするSARS-CoV-2 RNAのヌクレオチド配列としては、配列番号１で表されるSARS-CoV-2ゲノムRNAのヌクレオチド配列の、ヌクレオチド番号：(1) 545-563、(2) 589-607、(3) 664-682、(4) 6503-6521、(5) 6504-6522、(6) 7693-7711、(7) 8618-8636、(8) 12943-12961、(9) 13004-13022、(10) 13945-13963、(11) 15243-15261、(12) 17648-17666、(13) 17766-17784、(14) 21401-21419、(15) 23318-23336、(16) 23763-23781、(17) 23948-23966、(18) 24116-24134、(19) 25481-25499、(20) 25839-25857、(21) 26261-26279、(22) 26276-26294、(23) 26284-26302、(24) 26316-26334、(25) 26338-26356、(26) 26352-26370、(27) 26525-26543、(28) 26586-26604、(29) 26753-26771、(30) 27102-27120、(31) 27589-27607、(32) 27600-27618、(33) 28102-28120、(34) 28367-28385、(35) 28400-28418、(36) 28774-28792、(37) 28830-28848、(38) 29002-29020、(39) 29044-29062、(40) 29167-29185、(41) 29579-29597、(42) 29613-29631、(43) 28-46もしくは(44) 40-58で示されるヌクレオチド配列、又は、ヌクレオチド番号(45) 333-351もしくは(46) 8349-8367に対応するマイナス鎖RNAのヌクレオチド配列が挙げられる。発現抑制配列は、これらの各標的配列の全部に相補的であってもよいし、該標的配列中の一部に対して相補的であってもよいが、SARS-CoV-2 RNAへの特異性を考慮すれば、各標的配列中の連続する15ヌクレオチド以上の配列に対して相補的であることが好ましい。また、発現抑制配列は、上記各標的配列中の連続する15ヌクレオチド以上の配列に加えて、該標的配列に隣接するSARS-CoV-2 RNAのヌクレオチド配列に対して相補的な配列をさらに含むことができる。発現抑制配列が標的とするヌクレオチド配列の長さの上限は特に制限はないが、合成の容易さ等を考慮すれば、例えば100ヌクレオチド以下、好ましくは50ヌクレオチド以下、より好ましくは30ヌクレオチド以下、さらに好ましくは25ヌクレオチド以下の、SARS-CoV-2 RNAの連続する部分ヌクレオチド配列である。従って、発現抑制配列が標的とするヌクレオチド配列の長さは、SARS-CoV-2 RNAのヌクレオチド配列中、好ましくは、連続する15～30ヌクレオチド、より好ましくは、連続する15～25ヌクレオチドの部分ヌクレオチド配列であり得る。
　本発明の核酸分子は、SARS-CoV-2の遺伝子発現を抑制し得る限りRNAであっても、DNAであってもよく、DNA／RNAキメラであってもよい。また、本発明の核酸分子は、SARS-CoV-2の遺伝子発現を抑制し得る限り、二本鎖核酸であっても、一本鎖核酸であってもよい。二本鎖核酸の場合、二本鎖DNA、二本鎖RNA、DNA:RNAハイブリッド、DNA／RNAキメラとDNA、RNA又はDNA／RNAキメラとのハイブリッドのいずれであってもよい。
　本発明の核酸分子が二本鎖核酸の場合、一方の鎖はSARS-CoV-2遺伝子の発現抑制配列、即ち、上記SARS-CoV-2 RNAの(1)～(46)のいずかを含む標的配列（好ましくは、SARS-CoV-2 RNAの連続する25ヌクレオチド以下の部分配列）中の連続する15ヌクレオチド以上の配列と相補的な配列を含み（以下、標的SARS-CoV-2 RNAに結合し、遺伝子発現を抑制する配列を含む鎖を「ガイド鎖」ともいう）、他方の鎖は、少なくとも該発現抑制配列に相補的な配列を含む（以下、発現抑制配列に相補的な配列を含む鎖を「パッセンジャー鎖」ともいう）。ここで「相補的な配列」とは、SARS-CoV-2 RNAのヌクレオチド配列に対する発現抑制配列の相補性について前記したのと同義である。但し、SARS-CoV-2はマイナス鎖RNAを鋳型としてmRNAを合成するので、パッセンジャー鎖に含まれる発現抑制配列に相補的な配列もまた、発現抑制配列が標的とするRNAに相補的なRNAを標的として、該相補的なRNAを介した直接的又は間接的な遺伝子発現を抑制し得る。従って、二本鎖核酸の場合、実質的には、パッセンジャー鎖もSARS-CoV-2遺伝子の発現抑制配列として機能し得る場合がある点で、有利であり得る。
　本発明の核酸分子が一本鎖核酸の場合、上記のガイド鎖のみを有する場合と、ガイド鎖とパッセンジャー鎖とが任意のリンカーを介して連結され、分子内でSARS-CoV-2遺伝子の発現を抑制する配列とそれに相補的な配列とがハイブリダイズして二重鎖を形成し得る場合とがある。
　本発明の核酸分子の構成単位としては、例えば、リボヌクレオチド残基およびデオキシリボヌクレオチド残基があげられる。これらのヌクレオチド残基は、例えば、修飾されていても非修飾であってもよい。本発明の核酸分子は、例えば、修飾ヌクレオチド残基を含むことによって、ヌクレアーゼ耐性が向上し、安定性の改善が可能である。また、本発明の核酸分子は、例えば、前記ヌクレオチド残基の他に、さらに、非ヌクレオチド残基を含んでもよい。
　本発明の核酸分子において、リンカー以外の領域（ガイド鎖やパッセンジャー鎖）の構成単位は、ヌクレオチド残基であることが好ましい。各領域は、例えば、下記（1）～（3）の残基で構成される。
（1）非修飾ヌクレオチド残基
（2）修飾ヌクレオチド残基
（3）非修飾ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基
　本発明の核酸分子は、例えば、標識物質で標識化されてもよい。標識物質は、特に制限されず、例えば、蛍光物質、色素、同位体等があげられる。標識物質は、例えば、ピレン、TAMRA、フルオレセイン、Cy3色素、Cy5色素等の蛍光団があげられ、色素としては、例えば、Alexa488等のAlexa色素等があげられる。同位体としては、例えば、安定同位体および放射性同位体があげられる。安定同位体は、例えば、被曝の危険性が少なく、専用の施設も不要であることから取り扱い性に優れ、また、コストも低減できる。また、安定同位体は、例えば、標識した化合物の物性変化がなく、トレーサーとしての性質にも優れる。安定同位体としては、例えば、2H、13C、15N、17O、18O、33S、34Sおよび36Sがあげられる。
　ヌクレオチド残基は、構成要素として、糖、塩基およびリン酸を含む。リボヌクレオチド残基は、糖としてリボース残基を有し、塩基として、アデニン（A）、グアニン（G）、シトシン（C）およびウラシル（U）（チミン（T）に置き換えることもできる）を有し、デオキシリボヌクレオチド残基は、糖としてデオキシリボース残基を有し、塩基として、アデニン（dA）、グアニン（dG）、シトシン（dC）およびチミン（dT）（ウラシル（dU）に置き換えることもできる）を有する。
　修飾ヌクレオチド残基は、ヌクレオチド残基の構成要素のいずれが修飾されていてもよい。本発明において、「修飾」は、例えば、前記構成要素の置換、付加および／または脱離、前記構成要素における原子および／または官能基の置換、付加および／または脱離であり得る。修飾ヌクレオチド残基は、例えば、天然に存在する修飾ヌクレオチド残基であっても、人工的に修飾したヌクレオチド残基であってもよい。天然由来の修飾ヌクレオチド残基としては、例えば、リンバックら（Limbach et al., 1994, Summary:the modified nucleosides of RNA, Nucleic Acids Res．22:2183～2196）を参照できる。
　ヌクレオチド残基の修飾としては、例えば、リボース－リン酸骨格（以下、リボリン酸骨格）の修飾があげられる。
　前記リボリン酸骨格において、例えば、リボース残基を修飾できる。前記リボース残基は、例えば、2’位炭素を修飾でき、具体的には、例えば、2’位炭素に結合する水酸基を、水素原子、フッ素等のハロゲン原子又は-O-アルキル基（例、-O-Me基）、-O-アシル基（例、-O-COMe基）及びアミノ基からなる群より選ばれる原子又は基、好ましくは、水素原子、メトキシ基及びフッ素原子からなる群より選ばれる原子又は基に置換できる。前記2’位炭素の水酸基を水素に置換することで、リボース残基をデオキシリボースに置換できる。前記リボース残基は、例えば、立体異性体に置換でき、例えば、アラビノース残基に置換してもよい。
　リボリン酸骨格は、例えば、非リボース残基および／または非リン酸を有する非リボリン酸骨格に置換してもよい。非リボリン酸骨格は、例えば、リボリン酸骨格の非荷電体があげられる。非リボリン酸骨格に置換されたヌクレオチドの代替物としては、例えば、モルホリノ、シクロブチル、ピロリジン等があげられる。前記代替物は、この他に、例えば、人工核酸モノマー残基があげられる。具体例として、例えば、PNA（ペプチド核酸）、LNA（Locked Nucleic Acid）、ENA（2’-O，4’-C-Ethylenebridged Nucleic Acid）等があげられ、好ましくはPNAである。
　リボリン酸骨格において、リン酸基を修飾することもできる。リボリン酸骨格において、糖残基に最も隣接するリン酸基は、αリン酸基と呼ばれる。αリン酸基は、負に荷電し、その電荷は、糖残基に非結合の2つの酸素原子にわたって、均一に分布している。αリン酸基における4つの酸素原子のうち、ヌクレオチド残基間のホスホジエステル結合において、糖残基と非結合である2つの酸素原子は、以下、「非結合（non-linking）酸素」ともいう。他方、ヌクレオチド残基間のホスホジエステル結合において、糖残基と結合している2つの酸素原子は、以下、「結合（linking）酸素」という。αリン酸基は、例えば、非荷電となる修飾、または、非結合酸素における電荷分布が非対称型となる修飾を行うことが好ましい。
　リン酸基は、例えば、非結合酸素を置換してもよい。非結合酸素は、例えば、S（硫黄）、Se（セレン）、B（ホウ素）、C（炭素）、H（水素）、N（窒素）およびOR（Rは、アルキル基またはアリール基）のいずれかの原子で置換でき、好ましくは、Sで置換される。非結合酸素は、例えば、両方が置換されていることが好ましく、より好ましくは、両方がSで置換される。このような修飾リン酸基としては、例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレネート、ボラノホスフェート、ボラノホスフェートエステル、ホスホネート水素、ホスホロアミデート、アルキルまたはアリールホスホネート、およびホスホトリエステル等があげられ、中でも、前記2つの非結合酸素が両方ともSで置換されているホスホロジチオエートが好ましい。
　リン酸基は、例えば、結合酸素を置換してもよい。結合酸素は、例えば、S（硫黄）、C（炭素）およびN（窒素）のいずれかの原子で置換でき、このような修飾リン酸基としては、例えば、Nで置換した架橋ホスホロアミデート、Sで置換した架橋ホスホロチオエート、およびCで置換した架橋メチレンホスホネート等があげられる。結合酸素の置換は、例えば、本発明の核酸分子の5’末端ヌクレオチド残基および3’末端ヌクレオチド残基の少なくとも一方において行うことが好ましく、5'側の場合、Cによる置換が好ましく、3’側の場合、Nによる置換が好ましい。
　リン酸基は、例えば、リン非含有のリンカーに置換してもよい。リンカーとしては、例えば、シロキサン、カーボネート、カルボキシメチル、カルバメート、アミド、チオエーテル、エチレンオキサイドリンカー、スルホネート、スルホンアミド、チオホルムアセタール、ホルムアセタール、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、およびメチレンオキシメチルイミノ等があげられ、好ましくは、メチレンカルボニルアミノ基およびメチレンメチルイミノ基が挙げられる。
　本発明の核酸分子は、例えば、3’末端および5’末端の少なくとも一方のヌクレオチド残基が修飾されてもよい。当該修飾は前述のとおりであり、好ましくは、末端のリン酸基に行うことが好ましい。リン酸基は全体を修飾してもよいし、リン酸基における1つ以上の原子を修飾してもよい。前者の場合、例えば、リン酸基全体の置換でもよいし、欠失でもよい。
　末端のヌクレオチド残基の修飾としては、例えば、他の分子の付加があげられる。他の分子としては、例えば、標識物質、保護基等の機能性分子があげられる。保護基としては、例えば、S（硫黄）、Si（ケイ素）、B（ホウ素）、エステル含有基等があげられる。前記標識物質等の機能性分子は、例えば、本発明の核酸分子の検出等に利用できる。
　他の分子は、ヌクレオチド残基のリン酸基に付加してもよいし、スペーサーを介して、リン酸基または糖残基に付加してもよい。スペーサーの末端原子は、例えば、リン酸基の結合酸素、または、糖残基のO、N、SもしくはCに、付加または置換できる。糖残基の結合部位は、例えば、3’位のCもしくは5’位のC、またはこれらに結合する原子が好ましい。スペーサーは、例えば、前記PNA等のヌクレオチド代替物の末端原子に、付加または置換することもできる。
　スペーサーは特に制限されず、例えば、-(CH2)n-、-(CH2)nN-、-(CH2)nO-、-(CH2)nS-、O(CH2CH2O)nCH2CH2OH、無塩基糖、アミド、カルボキシ、アミン、オキシアミン、オキシイミン、チオエーテル、ジスルフィド、チオ尿素、スルホンアミド、およびモルホリノ等、ならびに、ビオチン試薬およびフルオレセイン試薬等が挙げられる。前記式において、nは、正の整数であり、n＝3または6が好ましい。
　末端に付加する分子は、これらの他に、例えば、色素、インターカレート剤（例えば、アクリジン）、架橋剤（例えば、ソラレン、マイトマイシンC）、ポルフィリン（TPPC4、テキサフィリン、サッフィリン）、多環式芳香族炭化水素（例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン）、人工エンドヌクレアーゼ（例えば、EDTA）、親油性担体（例えば、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、1-ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、1，3-ビス-O（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、1，3-プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、O3-（オレオイル）リトコール酸、O3-(オレオイル）コール酸、ジメトキシトリチル、またはフェノキサジン）およびペプチド複合体（例えば、アンテナペディアペプチド、Tatペプチド）、アルキル化剤、リン酸、アミノ、メルカプト、PEG（例えば、PEG-40K）、MPEG、［MPEG］2、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射線標識マーカー、酵素、ハプテン（例えば、ビオチン）、輸送／吸収促進剤（例えば、アスピリン、ビタミンE、葉酸）、合成リボヌクレアーゼ（例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミン、イミダゾールクラスター、アクリジン－イミダゾール複合体、テトラアザマクロ環のEu3+複合体）等があげられる。
　本発明の核酸分子は、5’末端が、例えば、リン酸基またはリン酸基アナログで修飾されてもよい。リン酸基は、例えば、5’一リン酸（(HO)2(O)P-O-5’）、5’二リン酸（(HO)2(O)P-O-P(HO)(O)-O-5’）、5’三リン酸（(HO)2(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-O-5’）、5’－グアノシンキャップ（7-メチル化または非メチル化、7m-G-O-5’-(HO)(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-O-5’）、5’－アデノシンキャップ（Appp）、任意の修飾または非修飾ヌクレオチドキャップ構造（N-O-5’-(HO)(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-O-5’）、5’一チオリン酸（ホスホロチオエート：(HO)2(S)P-O-5’）、5’ジチオリン酸（ホスホロジチオエート：(HO)(HS)(S)P-O-5’）、5’-ホスホロチオール酸（(HO)2(O)P-S-5’）、硫黄置換の一リン酸、二リン酸および三リン酸（例えば、5’-α-チオ三リン酸、5’-γ-チオ三リン酸等）、5’-ホスホルアミデート（(HO)2(O)P-NH-5’、(HO)(NH2)(O)P-O-5’）、5’－アルキルホスホン酸（例えば、RP(OH)(O)-O-5’、(OH)2(O)P-5’-CH2、Rはアルキル（例えば、メチル、エチル、イソプロピル、プロピル等））、5’-アルキルエーテルホスホン酸（例えば、RP(OH)(O)-O-5’、Rはアルキルエーテル（例えば、メトキシメチル、エトキシメチル等））等があげられる。
　ヌクレオチド残基において、塩基は特に制限されない。塩基は、天然の塩基でもよいし、非天然の塩基でもよい。例えば、一般的な塩基、その修飾アナログ等が使用できる。
　塩基としては、例えば、アデニンおよびグアニン等のプリン塩基、シトシン、ウラシルおよびチミン等のピリミジン塩基があげられる。前記塩基は、この他に、イノシン、チミン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌバラリン（nubularine）、イソグアニシン（isoguanisine）、ツベルシジン（tubercidine）等があげられる。塩基は、例えば、2-アミノアデニン、6-メチル化プリン等のアルキル誘導体；2-プロピル化プリン等のアルキル誘導体；5-ハロウラシルおよび5-ハロシトシン；5-プロピニルウラシルおよび5-プロピニルシトシン；6-アゾウラシル、6-アゾシトシンおよび6-アゾチミン；5-ウラシル（プソイドウラシル）、4-チオウラシル、5-ハロウラシル、5-（2-アミノプロピル）ウラシル、5-アミノアリルウラシル；8-ハロ化、アミノ化、チオール化、チオアルキル化、ヒドロキシル化および他の8-置換プリン；5-トリフルオロメチル化および他の5-置換ピリミジン；7-メチルグアニン；5-置換ピリミジン；6-アザピリミジン；N-2、N-6、およびO-6置換プリン（2-アミノプロピルアデニンを含む）；5-プロピニルウラシルおよび5-プロピニルシトシン；ジヒドロウラシル；3-デアザ－5-アザシトシン；2-アミノプリン；5-アルキルウラシル；7-アルキルグアニン；5-アルキルシトシン；7-デアザアデニン；N6，N6-ジメチルアデニン；2，6-ジアミノプリン；5-アミノ－アリル－ウラシル；N3-メチルウラシル；置換1，2，4-トリアゾール；2-ピリジノン；5-ニトロインドール；3-ニトロピロール；5-メトキシウラシル；ウラシル－5-オキシ酢酸；5-メトキシカルボニルメチルウラシル；5-メチル-2-チオウラシル；5-メトキシカルボニルメチル-2-チオウラシル；5-メチルアミノメチル-2-チオウラシル；3-（3-アミノ-3-カルボキシプロピル）ウラシル；3-メチルシトシン；5-メチルシトシン；N4-アセチルシトシン；2-チオシトシン；N6-メチルアデニン；N6-イソペンチルアデニン；2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデニン；N-メチルグアニン；O-アルキル化塩基等であり得る。また、プリンおよびピリミジンには、例えば、米国特許第3,687,808号、「Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering」、858～859頁、クロシュビッツ ジェー アイ（Kroschwitz J.I.）編、John Wiley & Sons、1990、およびイングリッシュら（Englischら）、Angewandte Chemie、International Edition、1991、30巻、p.613に開示されるものが含まれる。
　修飾ヌクレオチド残基は、これらの他に、例えば、塩基を欠失する残基、すなわち、無塩基のリボリン酸骨格を含んでもよい。また、修飾ヌクレオチド残基は、例えば、米国仮出願第60/465,665号（出願日：2003年4月25日）、および国際出願第PCT/US04/07070号（出願日：2004年3月8日）に記載される残基が使用でき、本発明は、これらの文献を援用できる。
　本発明の核酸分子の合成方法は、特に制限されず、従来公知の方法が採用できる。前記合成方法は、例えば、遺伝子工学的手法による合成法、化学合成法等があげられる。遺伝子工学的手法は、例えば、インビトロ転写合成法、ベクターを用いる方法、PCRカセットによる方法があげられる。前記ベクターは、特に制限されず、プラスミド等の非ウイルスベクター、ウイルスベクター等があげられる。前記化学合成法は、特に制限されず、例えば、ホスホロアミダイト法およびH-ホスホネート法等があげられる。前記化学合成法は、例えば、市販の自動核酸合成機を使用可能である。前記化学合成法は、一般に、アミダイトが使用される。前記アミダイトは、特に制限されず、市販のアミダイトとして、例えば、RNA Phosphoramidites（2’-O-TBDMSi、商品名、三千里製薬）、ACEアミダイトおよびTOMアミダイト、CEEアミダイト、CEMアミダイト、TEMアミダイト等があげられる。
　本発明の核酸分子としては、例えば、SARS-CoV-2 RNAに対するsiRNA、SARS-CoV-2 RNAに対するアンチセンス核酸等が挙げられる。また、本発明の核酸分子としては、ガイド鎖とそれに相補的なパッセンジャー鎖とが、リンカーを介して連結された二重鎖を形成し得る一本鎖核酸分子を挙げることができる。
(i) SARS-CoV-2 RNAに対するsiRNA
　SARS-CoV-2 RNAに対するsiRNAとは、SARS-CoV-2 RNAの前記(1)～(46)のいずかを含む標的配列（好ましくは、SARS-CoV-2 RNAの連続する25ヌクレオチド以下の部分配列）の全部もしくは一部と相補的な配列を含むガイド鎖と、それに相補的な配列を含むパッセンジャー鎖とからなる二本鎖オリゴRNAであって、RISC複合体に取り込まれ、ガイド鎖中のSARS-CoV-2 RNAに相補的な配列がSARS-CoV-2 RNA中の標的配列と二重鎖を形成することで、該SARS-CoV-2 RNAを切断し、遺伝子発現を抑制する核酸をいう。ここで「相補的な配列」とは、前記と同義である。
　SARS-CoV-2 RNAに対するsiRNAの長さは、ガイド鎖中にSARS-CoV-2 RNAの前記(1)～(46)のいずかを含む標的配列の全部もしくは一部と相補的な配列を含む限り特に限定されないが、siRNAが標的とするヌクレオチド配列は、原則的には15～50ヌクレオチド、好ましくは19～30ヌクレオチド、更に好ましくは19～27ヌクレオチド、特に好ましくは19～21ヌクレオチドであり得る。また、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖は、5’または3’末端に、付加的なヌクレオチドを有していてもよい。該付加的ヌクレオチドの長さは、通常2～4ヌクレオチド程度であり、siRNAの全長として19ヌクレオチド以上である。該付加的ヌクレオチドは、DNAでもRNAでもよいが、DNAを用いると核酸の安定性を向上させることができる場合がある。このような付加的ヌクレオチドの配列としては、例えばug-3’、uu-3’、tg-3’、tt-3’、ggg-3’、guuu-3’、gttt-3’、ttttt-3’、uuuuu-3’などの配列が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
　SARS-CoV-2 RNAに対するsiRNAは、SARS-CoV-2遺伝子の発現を抑制する配列として、前記(1)～(46)のいずかを含む標的配列の全部もしくは一部に相補的な配列をガイド鎖中に含むが、好ましい一実施態様においては、発現抑制配列として、下記のいずれかのヌクレオチド配列（配列番号2n（nは1～46の整数；但し、該配列中、UはTであってもよい）を含むガイド鎖と、それに相補的なパッセンジャー鎖（好ましくは配列番号2n+1（nは1～46の整数；但し、該配列中、UはTであってもよい）を含む）とからなる核酸分子等が挙げられる。
SARS-CoV-2ゲノムRNAのORF中のヌクレオチド配列に相補的な発現抑制配列とその相補鎖配列
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
SARS-CoV-2ゲノムRNAのORF中のヌクレオチド配列に相補的な発現抑制配列とその相補鎖配列（続き）
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
SARS-CoV-2ゲノムRNAのリーダー配列中のヌクレオチド配列に相補的な発現抑制配列とその相補鎖配列
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
SARS-CoV-2のマイナス鎖RNA中のヌクレオチド配列に相補的な発現抑制配列とその相補鎖配列
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
　あるいは、SARS-CoV-2 RNAに対するsiRNAとして、下記のNo. 1～No. 100のいずれかのアンチセンス配列及びセンス配列（但し、各配列中、UはTであってもよい）をそれぞれ含むガイド鎖及びパッセンジャー鎖からなる核酸分子を挙げることができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000007
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000008
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000009
　SARS-CoVRNAに対するsiRNAは、一方もしくは両方の鎖に3’－オーバーハングを有していてもよい。オーバーハングを有する場合、オーバーハングの長さは、特に限定されず、下限が、例えば、1塩基長であり、上限が、例えば、4塩基長、3塩基長であり、範囲が、例えば、1～4塩基長、1～3塩基長、1～2塩基長である。
　オーバーハングの配列は、特に限定されず、A、U、G、C、Tのいずれであってもよい。オーバーハングの配列は、例えば、3’ 側から、TT、UU、CU、GC、UA、AA、CC、UG、CG、AU等が例示できる。前記オーバーハングは、例えば、TT、UUとすることで、RNA分解酵素に対する耐性を付加できる。
　好ましい一実施態様においては、3’－オーバーハングを有する発現抑制配列として、下記のいずれかのヌクレオチド配列（配列番号2m（mは47～92の整数；但し、該配列中、UはTであってもよい）を含むガイド鎖と、それに相補的な、3’－オーバーハングを有するパッセンジャー鎖（好ましくは配列番号2m+1（mは47～92の整数；但し、該配列中、UはTであってもよい）を含む）とからなる核酸分子等が挙げられる。
SARS-CoV-2ゲノムRNAのORF中のヌクレオチド配列に相補的な発現抑制配列とその相補鎖配列
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000010
SARS-CoV-2ゲノムRNAのORF中のヌクレオチド配列に相補的な発現抑制配列とその相補鎖配列（続き）
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000011
SARS-CoV-2ゲノムRNAのリーダー配列中のヌクレオチド配列に相補的な発現抑制配列とその相補鎖配列
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000012
SARS-CoV-2のマイナス鎖RNA中のヌクレオチド配列に相補的な発現抑制配列とその相補鎖配列
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000013
　あるいは、発現抑制配列に3’－オーバーハングを有するSARS-CoV-2 RNAに対するsiRNAとして、下記のNo. 101～No. 177のいずれかのアンチセンス配列及びセンス配列（但し、各配列中、UはTであってもよい）をそれぞれ含むガイド鎖及びパッセンジャー鎖からなる核酸分子を挙げることができる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000014
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000015
　SARS-CoV-2 RNAに対するsiRNAの合成方法は、特に限定されず、従来公知の核酸の製造方法が採用できる。合成方法としては、例えば、前記相補的な配列を含む核酸およびそれに相補的な配列の核酸をDNA/RNA自動合成機でそれぞれ合成し、適当なアニーリング緩衝液中、約90～約95℃で約1分程度変性させた後、約30～約70℃で約1～約8時間アニーリングさせることにより調製する方法等が挙げられる。また、siRNAの前駆体となるshRNAを合成し、ダイサー（dicer）を用いてこれを切断することにより調製することもできる。siRNAを構成するヌクレオチド残基もまた、安定性、比活性などを向上させるために、上記と同様の修飾を受けていてよい。但し、siRNAの場合、天然型RNA中のすべてのリボヌクレオチド残基を修飾型で置換すると、RNAi活性が失われる場合があるので、RISC複合体が機能できる最小限の修飾ヌクレオチド残基の導入が必要である。
(ii) SARS-CoV-2 RNAに対するアンチセンス核酸
　SARS-CoV-2 RNAに対するアンチセンス核酸とは、SARS-CoV-2 RNAの前記(1)～(46)のいずれかを含む標的配列（好ましくは、SARS-CoV-2 RNAの連続する25ヌクレオチド以下の部分配列）の全部もしくは一部、好ましくは該ヌクレオチド配列中、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的な配列を含み、SARS-CoV-2 RNA中の標的配列と特異的な二重鎖を形成して結合することにより、遺伝子発現を抑制する作用を有する核酸をいう。ここで「相補的な配列」とは、前記と同義である。
　SARS-CoV-2 RNAに対するアンチセンス核酸の長さは特に限定されないが、例えば、10～100ヌクレオチドであり、好ましくは15～40ヌクレオチドであり、より好ましくは15～30ヌクレオチドであり得る。
　SARS-CoV-2 RNAに対するアンチセンス核酸は、好ましい一実施態様においては、発現抑制配列として、上記配列番号2n（nは1～46の整数；但し、該配列中、UはTであってもよい）のいずれかで表されるヌクレオチド配列を含む。
　SARS-CoV-2 RNAに対するアンチセンス核酸は、ギャップマー型であってもよい。ギャップマー型のアンチセンス核酸とは、DNAと、その両側に、修飾や架橋が導入された核酸とを有する核酸である。DNA鎖を主鎖として、主鎖に相補的なRNAがヘテロ2本鎖核酸を形成し、RNAは、RNAase Hにより分解される。糖部の2’ 位のO－メチル化により、アンチセンス核酸の安定性が向上し、ターゲットへの結合親和性が増大する。また、リン酸結合をホスホロチオエート結合に置換することにより、アンチセンス核酸のヌクレアーゼ耐性が高まる。
　SARS-CoV-2 RNAに対するアンチセンス核酸の合成方法は、特に限定されず、従来公知の核酸の製造方法が採用できる。合成方法としては、例えば、前記相補的な配列を含む核酸をDNA/RNA自動合成機でそれぞれ合成することにより調製する方法等が挙げられる。また、上記した各種修飾を含むアンチセンス核酸も、従来公知の手法により、化学的に合成することができる。
(iii) SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子
　本発明において、「SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子」とは、SARS-CoV-2 RNAの前記(1)～(46)のいずれかを含む標的配列（好ましくは、SARS-CoV-2 RNAの連続する25ヌクレオチド以下の部分配列）の全部もしくは一部と相補的な配列Xaを含むガイド鎖配列Xと、Xaに相補的な配列Yaを含むパッセンジャー鎖配列Yとが、リンカーLを介して、5’ から3’ 方向又は3’ から5’ 方向にX－L－Yの順序で、かつ配列Xaと配列Yaとが分子内で二重鎖を形成し得る配向で連結された、SARS-CoV-2遺伝子の発現を抑制する核酸分子をいう。ここで「相補的な配列」とは、前記と同義である。
　配列Xaは、SARS-CoV-2 RNAの前記(1)～(46)のいずれかを含む標的配列の全部又は一部と相補的な配列を含む限り特に限定されないが、Xaが標的とするヌクレオチド配列は、原則的には15～50ヌクレオチド、好ましくは19～30ヌクレオチド、更に好ましくは19～27ヌクレオチド、特に好ましくは19～21ヌクレオチドであり得る。
　SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子は、発現抑制配列として、SARS-CoV-2 RNAの前記(1)～(46)のいずれかを含む標的配列（好ましくは、SARS-CoV-2 RNAの連続する25ヌクレオチド以下の部分配列）の全部もしくは一部に相補的な配列を、配列Xaとしてガイド鎖配列X中に含むが、好ましい一実施態様においては、配列Xaとして、上記配列番号2n（nは1～46の整数；但し、該配列中、UはTであってもよい）のいずれかで表されるヌクレオチド配列を含むガイド鎖配列Xと、配列Xaに相補的な配列Ya（好ましくは配列番号2n+1（nは1～46の整数；但し、該配列中、UはTであってもよい）のいずれかで表されるヌクレオチド配列）を含むパッセンジャー鎖配列Yとを含む核酸分子等が挙げられる。
　また、別の実施態様においては、配列Xaとして、配列番号2n（nは上記と同義）で表されるヌクレオチド配列（但し、該配列中、各UはTであってもよい）を含み、かつ配列番号１で表されるSARS-CoV-2 RNAのヌクレオチド配列の一部と完全相補的な25ヌクレオチド以下の配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列を含むガイド鎖配列Xと、配列Xaに相補的な配列Ya（好ましくは配列Xaに完全相補的な配列（但し、GとUとの対合は相補的とみなす））を含むパッセンジャー鎖配列Yとを含む核酸分子等が挙げられる。好ましくは、配列番号2nで表されるヌクレオチド配列を含み、かつ配列番号１で表されるSARS-CoV-2 RNAのヌクレオチド配列の一部と完全相補的な25ヌクレオチド以下の配列として、配列番号2p-1（pは107～115から選ばれる整数）：
AAAAGAACAUGGUGUAAUGUC（配列番号213）；
GAUCGAAAGUUGGUUGGUUUG（配列番号215）；
AGAUCUACAAGAGAUCGAAAG（配列番号217）；
GGAUUUAUUGGUCUUUUAAAC（配列番号219）；
GAAUUAUAAGGUGAAAUAAAG（配列番号221）；
ACAUUGUACAAUCUACUGAUG（配列番号223）；
AGUGUAACUAGCAAGAAUACC（配列番号225）；
GAAUAGGAAACCUAUUACUAG（配列番号227）；又は
GCAAUUUGCGGCCAAUGUUUG（配列番号229）
で表されるヌクレオチド配列が挙げられる。
　一方、配列番号2p-1で表されるヌクレオチド配列と相補的な配列として、配列番号2p（pは上記と同義）：
GACAUUACACCAUGUUCUUUU（配列番号214）；
CAAACCAACCAACUUUCGAUC（配列番号216）；
CUUUCGAUCUCUUGUAGAUCU（配列番号218）；
GUUUAAAAGACCAAUAAAUCC（配列番号220）；
CUUUAUUUCACCUUAUAAUUC（配列番号222）；
CAUCAGUAGAUUGUACAAUGU（配列番号224）；
GGUAUUCUUGCUAGUUACACU（配列番号226）；
CUAGUAAUAGGUUUCCUAUUC（配列番号228）；又は
CAAACAUUGGCCGCAAAUUGC（配列番号230）
で表されるヌクレオチド配列を挙げることができる。
　特に好ましい実施態様において、SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子は、配列Xaとして、配列番号2n（nは1～46から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列と、配列Yaとして、配列番号2n+1で表されるヌクレオチド配列とを含むか、あるいは、配列Xaとして、配列番号2p-1（pは107～115から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列と、配列Yaとして、配列番号2pで表されるヌクレオチド配列とを含む。
　ガイド鎖配列Xは、例えば、配列Xaのみからなってもよいし、さらに付加配列Xbを有してもよい。後者の場合、付加配列XbはSARS-CoV-2 RNAのヌクレオチド配列と相補的であることを要しない。付加配列Xbは、Xaの5’末端もしくは3’末端のいずれに付加されてもよく、両端に付加されてもよい（Xb及びXb’）。好ましくは、XaのリンカーLと連結される側の末端に付加される。配列Xb（Xb’）の長さは、例えば、1～35ヌクレオチドであり、好ましくは、1～25ヌクレオチドであり、より好ましくは、1～11ヌクレオチドであり、特に好ましくは、1、2、3、4、5又は6ヌクレオチドである。
　パッセンジャー鎖配列Yは、配列Xaに相補的な配列Yaを含む限り、特に限定されず、例えば、配列Yaのみからなってもよいし、さらに付加配列Ybを有してもよい。後者の場合、付加配列Ybは付加配列Xbと相補的であることを要しないが、相補的であることが望ましく、特に、付加配列Xb及びYbが、それぞれXa及びYaのリンカーLと連結される側の末端に付加される場合、XbとYbとは相補的であることがより望ましい。付加配列Ybは、Yaの5’末端もしくは3’末端のいずれに付加されてもよく、両端に付加されてもよい（Yb及びYb’）。好ましくは、YaのリンカーLと連結される側の末端に付加される。配列Yb（Yb’）の長さは、例えば、1～35ヌクレオチドであり、好ましくは、1～25ヌクレオチドであり、より好ましくは、1～11ヌクレオチドであり、特に好ましくは、1、2、3、4、5又は6ヌクレオチドである。
　ガイド鎖配列X及びパッセンジャー鎖配列Yは、リンカーLに連結しない側の末端に、さらにオーバーハングを有してもよい。オーバーハングは、好ましくは、ガイド鎖配列X及びパッセンジャー鎖配列のうち、その5’末端がリンカーLに連結される方の配列の3’末端に付加される。
　オーバーハングの長さは、特に限定されず、下限が、例えば、1塩基長であり、上限が、例えば、4塩基長、3塩基長であり、範囲が、例えば、1～4塩基長、1～3塩基長、1～2塩基長である。
　オーバーハングの配列は、特に限定されず、A、U、G、C、Tのいずれであってもよい。オーバーハングの配列は、例えば、5’側から、TT、UU、CU、GC、UA、AA、CC、UG、CG、AU等が例示できる。オーバーハングは、例えば、TT、UUとすることで、RNA分解酵素に対する耐性を付加できる。
　好ましい一実施態様において、SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子は、ヌクレオチド配列Xと、ヌクレオチド配列Yとが、リンカーLを介して、3’から 5’方向にX－L－Yの順序で、かつ配列Xaと配列Yaとが分子内で二重鎖を形成し得る配向で連結される。リンカーLは、例えば、ヌクレオチド残基から構成されてもよいし、非ヌクレオチド残基から構成されてもよく、ヌクレオチド残基および非ヌクレオチド残基から構成されてもよい。ヌクレオチド残基としては、リボヌクレオチド残基およびデオキシリボヌクレオチド残基があげられる。
　リンカーLがヌクレオチド残基から構成されている場合、一分子内でセンス領域とアンチセンス領域が互いに塩基対合してステム構造を形成し、同時にリンカーLのヌクレオチド配列がループ構造を形成することによって、分子全体としてヘアピン型のステム－ループ構造を形成しており、SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子は、shRNA（small hairpin RNAまたはshort hairpin RNA）とも言える。リンカーLの長さは、特に限定されないが、例えば、配列Xaと配列Yaとが分子内で二重鎖を形成可能な長さであることが好ましい。リンカーLの塩基数は、その下限が、例えば、1塩基、2塩基、3塩基であり、その上限が、例えば、100塩基、80塩基、50塩基である。各リンカー領域の塩基数は、具体例として、例えば、1～50塩基、1～30塩基、1～20塩基、1～10塩基、1～7塩基、1～4塩基等が例示できるが、これには限定されない。リンカーLは、自己アニーリングを生じない構造であることが好ましい。
　非ヌクレオチド残基から構成されているリンカーL、又はヌクレオチド残基および非ヌクレオチド残基から構成されているリンカーLは、例えば、下記式（I）で表わされる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
　式（I）中、例えば、X1aおよびX1bは、共に水素原子であるか、一緒になって=O、=Sまたは=NHを形成し；X2aおよびX2bは、共に水素原子であるか、一緒になって=O、=Sまたは=NHを形成し；
R3は、環A上のC-3、C-4、C-5またはC-6に結合する水素原子または置換基であり、
L1は、m個の炭素原子からなるアルキレン鎖であり、ここで、アルキレン炭素原子上の水素原子は、OH、ORa、NH2、NHRa、NRaRb、SH、もしくはSRaで置換されても置換されていなくてもよく、または、L1は、アルキレン鎖の一つ以上の炭素原子が、酸素原子で置換されたポリエーテル鎖であり、ただし、Y1が、NH、OまたはSの場合、Y1に結合するL1の原子は炭素であり、OR1に結合するL1の原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接せず；
L2は、n個の炭素原子からなるアルキレン鎖であり、ここで、アルキレン炭素原子上の水素原子は、OH、ORc、NH2、NHRc、NRcRd、SHもしくはSRcで置換されても置換れていなくてもよく、または、L2は、アルキレン鎖の一つ以上の炭素原子が、酸素原子で置換されたポリエーテル鎖であり、ただし、Y2が、NH、OまたはSの場合、Y2に結合するL2の原子は炭素であり、OR2に結合するL2の原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接せず；
Ra、Rb、RcおよびRdは、それぞれ独立して、置換基または保護基であり；
lは、1または2であり；
mは、0～30の範囲の整数であり；
nは、0～30の範囲の整数であり；
環Aは、環A上のC-2以外の1個の炭素原子が、窒素、酸素、硫黄で置換されてもよく、
環A内に、炭素－炭素二重結合または炭素－窒素二重結合を含んでもよく、
ヌクレオチド配列Xおよびヌクレオチド配列Yは、それぞれ、－OR1－または－OR2－を介して、非ヌクレオチド構造に結合し、ここで、R1およびR2は、存在しても存在しなくてもよく、存在する場合、R1およびR2は、それぞれ独立して、ヌクレオチド残基または構造（I）である。
　式（I）中、X1aおよびX1bは、例えば、共に水素原子であるか、一緒になって=O、=Sまたは=NHを形成する。X2aおよびX2bについても同様である。
　式（I）中、Y1およびY2は、それぞれ独立して、単結合、CH2、NH、OまたはSである。
　式（I）中、環Aにおいて、lは、1または2である。l=1の場合、環Aは、5員環であり、例えば、ピロリジン骨格である。ピロリジン骨格は、例えば、プロリン骨格、プロリノール骨格等があげられ、これらの二価の構造が例示できる。l=2の場合、環Aは、6員環であり、例えば、ピペリジン骨格である。環Aは、環A上のC-2以外の1個の炭素原子が、窒素、酸素または硫黄で置換されてもよい。また、環Aは、環A内に、炭素－炭素二重結合または炭素－窒素二重結合を含んでもよい。環Aは、例えば、L型およびD型のいずれでもよい。
　式（I）中、R3は、環A上のC-3、C-4、C-5またはC-6に結合する水素原子または置換基である。R3が置換基の場合、置換基R3は、1でも複数でも、存在しなくてもよく、複数の場合、同一でも異なってもよい。
　置換基R3は、例えば、ハロゲン、OH、OR4、NH2、NHR4、NR4R5、SH、SR4またはオキソ基（=O）等である。
　R4およびR5は、例えば、それぞれ独立して、置換基または保護基であり、同一でも異なってもよい。置換基は、例えば、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、シクリルアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリールアルキル、シリル、シリルオキシアルキル等があげられる。以下、同様である。置換基R3は、これらの列挙する置換基であってもよい。
　保護基は、例えば、反応性の高い官能基を不活性に変換する官能基であり、公知の保護基等があげられる。保護基は、例えば、文献（J. F. W. McOmie, 「Protecting Groups in Organic Chemistry」 PrenumPress, London and New York, 1973）の記載を援用できる。保護基は、特に制限されず、例えば、tert－ブチルジメチルシリル基（TBDMS）、ビス（2-アセトキシエチルオキシ）メチル基（ACE）、トリイソプロピルシリルオキシメチル基（TOM）、1- (2-シアノエトキシ) エチル基（CEE）、2-シアノエトキシメチル基（CEM）およびトリルスルフォニルエトキシメチル基（TEM）、ジメトキシトリチル基（DMTr）等があげられる。R3がOR4の場合、保護基は、特に制限されず、例えば、TBDMS基、ACE基、TOM基、CEE基、CEM基およびTEM基等があげられる。この他にも、シリル含有基もあげられる。以下、同様である。
　式（I）中、L1は、m個の炭素原子からなるアルキレン鎖である。アルキレン炭素原子上の水素原子は、例えば、OH、ORa、NH2、NHRa、NRaRb、SH、もしくはSRaで置換されてもよいし、置換されていなくてもよい。または、L1は、アルキレン鎖の1つ以上の炭素原子が酸素原子で置換されたポリエーテル鎖でもよい。ポリエーテル鎖は、例えば、ポリエチレングリコールである。なお、Y1が、NH、OまたはSの場合、Y1に結合するL1の原子は炭素であり、OR1に結合するL1の原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接しない。つまり、例えば、Y1がOの場合、その酸素原子とL1の酸素原子は隣接せず、OR1の酸素原子とL1の酸素原子は隣接しない。
　式（I）中、L2は、n個の炭素原子からなるアルキレン鎖である。アルキレン炭素原子上の水素原子は、例えば、OH、ORc、NH2、NHRc、NRcRd、SHもしくはSRｃで置換されてもよいし、置換されていなくてもよい。または、L2は、アルキレン鎖の1つ以上の炭素原子が酸素原子で置換されたポリエーテル鎖でもよい。なお、Y2が、NH、OまたはSの場合、Y2に結合するL2の原子は炭素であり、OR2に結合するL2の原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接しない。つまり、例えば、Y2がOの場合、その酸素原子とL2の酸素原子は隣接せず、OR2の酸素原子とL2の酸素原子は隣接しない。
　L1のmおよびL2のnは、特に制限されず、それぞれ、下限は、例えば、0であり、上限も、特に制限されない。nおよびmは、例えば、非ヌクレオチド構造の所望の長さに応じて、適宜設定できる。nおよびmは、例えば、製造コストおよび収率等の点から、それぞれ、0～30が好ましく、より好ましくは0～20であり、さらに好ましくは0～15である。nとmは、同じでもよいし（n=m）、異なってもよい。n+mは、例えば、0～30であり、好ましくは0～20であり、より好ましくは0～15である。
　Ra、Rb、RcおよびRdは、例えば、それぞれ独立して、置換基または保護基である。置換基および保護基は、例えば、前述と同様である。
　式（I）において、水素原子は、例えば、それぞれ独立して、Cl、Br、FおよびI等のハロゲンに置換されてもよい。
　ヌクレオチド配列Xおよびヌクレオチド配列Yは、例えば、それぞれ、－OR1－または－OR2－を介して、非ヌクレオチド構造に結合する。ここで、R1およびR2は、存在しても存在しなくてもよい。R1およびR2が存在する場合、R1およびR2は、それぞれ独立して、ヌクレオチド残基または式（I）の構造である。R1および／またはR2がヌクレオチド残基の場合、リンカーLの構造は、例えば、ヌクレオチド残基R1および／またはR2を除く式（I）の構造からなる非ヌクレオチド残基と、ヌクレオチド残基とから形成される。R1および／またはR2が式（I）の構造の場合、非ヌクレオチド構造は、例えば、式（I）の構造からなる非ヌクレオチド残基が、2つ以上連結された構造となる。式（I）の構造は、例えば、1個、2個、3個または4個含んでもよい。このように、複数含む場合、式（I）の構造は、例えば、直接連結されてもよいし、ヌクレオチド残基を介して結合してもよい。他方、R1およびR2が存在しない場合、非ヌクレオチド構造は、例えば、式（I）の構造からなる非ヌクレオチド残基のみから形成される。
　ヌクレオチド配列Xおよびヌクレオチド配列Yと、－OR1－および－OR2－との結合の組合せは、特に制限されず、例えば、以下のいずれかの条件があげられる。
条件（1）
　ヌクレオチド配列Xは、－OR2－を介して、ヌクレオチド配列Yは、－OR1－を介して、式（I）の構造と結合する。
条件（2）
　ヌクレオチド配列Xは、－OR1－を介して、ヌクレオチド配列Yは、－OR2－を介して、式（I）の構造と結合する。
　式（I）の構造は、例えば、下記式（I-1）～式（I-9）が例示でき、下記式において、nおよびmは、式（I）と同じである。下記式において、qは、0～10の整数である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017
　式（I-1）～（I-9）において、n、mおよびqは、特に制限されず、前述の通りである。
具体例として、式（I-1）において、n=8、式（I-2）において、n=3、式（I-3）において、n=4または8、式（I-4）において、n=7または8、式（I-5）において、n=3およびm=4、式（I-6）において、n=8およびm=4、式（I-7）において、n=8およびm=4、式（I-8）において、n=5およびm=4、式（I-9）において、q=1およびm=4があげられる。式（I-4）の一例（n=8）を、下記式（I-4a）に、式（I-8）の一例（n=5、m=4）を、下記式（I-8a）に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018
　また、式（I-8）の一例（n=5、m=4）である、下記式で表されるプロリン誘導体リンカーを以下に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019
　SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子としては、例えば、下記の核酸分子を挙げることができる。Lは上記の構造で表されるリンカーであり、スペーサー1とスペーサー2とは相補的であることが望ましい。
5’-（配列番号2n）-（スペーサー1）- L -（スペーサー2）-（配列番号2n+1）-UU-3’又は5’-（配列番号2n+1）-（スペーサー1）- L -（スペーサー2）-（配列番号2n）-UU-3’（nは1～46の整数。UUはttであってもよい）5’-（配列番号2p-1）-（スペーサー1）- L -（スペーサー2）-（配列番号2p）-UU-3’又は5’-（配列番号2p）-（スペーサー1）- L -（スペーサー2）-（配列番号2p-1）-UU-3’（pは107～115の整数。UUはttであってもよい）
　特に好ましい実施態様において、SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子として、下記の構造を有するものが挙げられる。
GGCAUUCAGUACGGUCGUAGGCC-P-GGCCUACGACCGUACUGAAUGCCUU（配列番号231）
GACAUUACACCAUGUUCUUUUCC-P-GGAAAAGAACAUGGUGUAAUGUCUU（配列番号232）
GCAUACUAAUUGUUACGAUGGCC-P-GGCCGUCGUAACAAUUAGUAUGCUU（配列番号233）
GCUUCGAUUGUGUGCGUAUGGCC-P-GGCCGUACGCACACAAUCGAAGCUU（配列番号234）
CGGUGGAAUUGCUAUCGUAGGCC-P-GGCCUGCGAUAGCAAUUCCACCGUU（配列番号235）
CGGCGUAAAACACGUCUAUGGCC-P-GGCCAUAGACGUGUUUUACGCCGUU（配列番号236）
CCAUUCAGUACAUCGAUAUGGCC-P-GGCCAUAUCGAUGUACUGAAUGGUU（配列番号237）
GCCAAAAGGCUUCUACGUAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUU（配列番号238）
GCAGAAUGAAUUCUCGUAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUCAUUCUGCUU（配列番号239）
CGUACGAGCACGUCGCGAAGGCC-P-GGCCUUCGCGACGUGCUCGUACGUU（配列番号240）
CAAACCAACCAACUUUCGAUCCC-P-GGGAUCGAAAGUUGGUUGGUUUGUU（配列番号241）
CUUUCGAUCUCUUGUAGAUCUCC-P-GGAGAUCUACAAGAGAUCGAAAGUU（配列番号242）
GUUUAAAAGACCAAUAAAUCCCC-P-GGGGAUUUAUUGGUCUUUUAAACUU（配列番号243）
GCACAAAAGUUUAACGGUUGGCC-P-GGCCGGCCGUUAAACUUUUGUGCUU（配列番号244）
CGGAAGAGACAGGUACGUUGGCC-P-GGCCAACGUACCUGUCUCUUCCGUU（配列番号245）
GCUGCAUACAGUCGCUAUAGGCC-P-GGCCUGUAGCGACUGUAUGCAGCUU（配列番号246）
CCUCAUCACGUAGUCGUAAGGCC-P-GGCCUUGCGACUACGUGAUGAGGUU（配列番号247）
CUUUAUUUCACCUUAUAAUUCCC-P-GGGAAUUAUAAGGUGAAAUAAAGUU（配列番号248）
CAUCAGUAGAUUGUACAAUGUCC-P-GGACAUUGUACAAUCUACUGAUGUU（配列番号249）
GGUAUUCUUGCUAGUUACACUCC-P-GGAGUGUAACUAGCAAGAAUACCUU（配列番号250）
CUAGUAAUAGGUUUCCUAUUCCC-P-GGGAAUAGGAAACCUAUUACUAGUU（配列番号251）
CAAACAUUGGCCGCAAAUUGCCC-P-GGGCAAUUUGCGGCCAAUGUUUGUU（配列番号252）
GACmAUUmACmACCmAUmGUmUCmUUmUUCC-P-GGAAAAGAACAUGGUGUmAAUGUmCUmU（配列番号253）
GGCmAUmUCmAGUmACmGGUCmGUmACCCC-P-GGGGUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号254）
GCmAUmACUmAAUUmGUUmACmGAUmCCCC-P-GGGGGUCGUmAACmAAUUmAGUmAUGCUmU（配列番号255）
GCUmUCmGAUUGUmGUmGCmGUmAUmCCCC-P-GGGGGUmACGCACmACmAAUCGAAGCUmU（配列番号256）
CmGGUmGGAAUUmGCUmAUCmGUmACCCC-P-GGGGUGCGAUmAGCmAAUUmCCmACCmGUmU（配列番号257）
CmGGCmGUmAAAACmACmGUmCUmAUmCCCC-P-GGGGAUmAGACGUGUUmUUmACGCCmGUmU（配列番号258）
CCmAUmUCmAGUmACmAUCmGAUmAUmCCCC-P-GGGGAUmAUCGAUGUmACUGAAUGGUmU（配列番号259）
GCCmAAAAGGCmUUmCUmACmGUmACCCC-P-GGGGUGCGUmAGAAGCCmUUmUUmGGCUmU（配列番号260）
GCmAGAAUmGAAUmUCmUCmGUmAACCCC-P-GGGGUUmACGAGAAUmUCmAUUmCUmGCUmU（配列番号261）
CmGUmACmGAGCACmGUCmGCmGAACCCC-P-GGGGUUCGCGACGUmGCmUCmGUmACmGUmU（配列番号262）
CmAAACCmAACCmAACmUUmUCmGAUCCC-P-GGGGUCGAAAGUUGGUUGGUmUUmGUmU（配列番号263）
CmUUmUCmGAUmCUmCmUUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号264）
CCAACCAACUUUCGAUUUUGGCC-P-GGCCGAGAUCGAAAGUUGGUUGGUU（配列番号619）
CCCAGGUAACAAACCAAUUGGCC-P-GGCCGGUUGGUUUGUUACCUGGGUU（配列番号620）
GGUAACAAACCAACCAAUUGGCC-P-GGCCAGUUGGUUGGUUUGUUACCUU（配列番号621）
CCAGGUAACAAACCAAUUAGGCC-P-GGCCUGGUUGGUUUGUUACCUGGUU（配列番号622）
CCmAACCmAACUUmUCmGAUUmUUmGGCC-P-GGCCGAGAUCGAAAGUmUGGUUGGUmU（配列番号623）
CmCCmAGGUmAACmAAACmCmAAUUmGGCC-P-GGCCGGUUGGUUUmGUUmACmCUmGGGUmU（配列番号624）
GGUmAACmAAACCmAACCmAAUUmGGCC-P-GGCCAGUUGGUUGGUmUUmGUUmACmCUmU（配列番号625）
CmCAGGUmAACAAACCmAAUUmAGGCC-P-GGCCUGGUUGGUmUUmGUmUmACmCUmGGUmU（配列番号626）
GUmUUmAAAAGACCmAAUmAAAUmCCCC-P-GGGGAUUUmAUUGGUCmUUmUUmAAACUmU（配列番号627）
GGUmAUmUCmUUGCUmAGUUmACmACUCC-P-GGAGUGUmAACUmAGCmAAGAAUmACmCUmU（配列番号628）
CmAAACmAUUmGGCCmGCmAAAUmUmGCCC-P-GGGCAAUUUGCGGCCmAAUGUmUUmGUmU（配列番号629）
GGCmAUUCmAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号630）
GGCmAUUCmAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号631）
GGCmAUUCAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号632）
GGCmAUUCAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号633）
GGCmAUUmCAGUmACGGUmCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU配列番号634）
GCCmAAAAGGCUUCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUmAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号635）
GCCmAAAAGGCUUCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号636）
GCCmAAAAGGCUUCUmACGCAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号637）
GCCmAAAAGGCUmUmCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUmAGAAGCCUmUUmUGGCUmU（配列番号638）
GCCmAAAAGGCUmUmCUmACGCAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUmUUmUGGCUmU（配列番号639）
GCmAGAAUGAAUUCUCGUmAAGGCC-P-GGCCUUmACGAGAAUUCmAUUCUGCUmU（配列番号640）
GCmAGAAUGAAUUCUCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUCmAUUCUGCUmU（配列番号641）
GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUmACGAGAAUUmCmAUUmCUmGCUmU（配列番号642）
GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUmCmAUUmCmUmGCmUmU（配列番号643）
GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUmCmAUUmCUmGCUmU（配列番号644）
CmUUmUmCmGAUmCUmCUmUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号645）
CmUUmUCmGAUmCUmCmUUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号646）
CmUUmUmCmGAUCUmCUmUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号647）
CmUUmUCmGAUCUmCmUUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号648）
CmUUmUmCmGAUCUmCUmUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号649）
（Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
　SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子として、X-L-Yで表されるヘアピン型核酸分子だけでなく、発現抑制配列を含むガイド鎖の両端にリンカーが付加され、各リンカーを介してガイド鎖の一部に相補的なヌクレオチド配列と、ガイド鎖の残りの部分に相補的なヌクレオチド配列とが結合した、ダンベル型の構造を有する一本鎖核酸分子（例えば、特許第4968811号、特許第4965745号等）も包含される。
　SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子の合成方法は、特に限定されず、従来公知の核酸の製造方法が採用できる。合成方法としては、例えば、遺伝子工学的手法による合成法、化学合成法等があげられる。遺伝子工学的手法は、例えば、インビトロ転写合成法、ベクターを用いる方法、PCRカセットによる方法があげられる。ベクターは、特に制限されず、プラスミド等の非ウイルスベクター、ウイルスベクター等があげられる。化学合成法は、特に制限されず、例えば、ホスホロアミダイト法およびH-ホスホネート法等があげられる。化学合成法は、例えば、市販の自動核酸合成機を使用可能である。化学合成法は、一般に、アミダイトが使用される。アミダイトは、特に制限されず、市販のアミダイトとして、例えば、RNA Phosphoramidites（2’ -O-TBDMSi、商品名、三千里製薬）、ACEアミダイトおよびTOMアミダイト、CEEアミダイト、CEMアミダイト、TEMアミダイト等があげられる。
　SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子が、天然の非修飾リボヌクレオチド残基のみで構成される場合、該核酸分子の前駆体として、該核酸分子を発現可能な状態でコードするベクターの形態で提供することもできる。該発現ベクターは、SARS-CoV-2 RNAに対する一本鎖核酸分子をコードするDNAを標的細胞内で機能的なプロモーターの制御下に含むことを特徴とし、その他の構成は何ら制限されない。前記DNAを挿入するベクターは特に制限されず、一般的なベクターを使用することができ、例えば、ウイルスベクターおよび非ウイルスベクター等があげられる。非ウイルスベクターとしては、例えば、プラスミドベクターがあげられる。該発現ベクターを、自体公知の遺伝子導入法を用いて、標的細胞（SARS-CoV-2が感染した哺乳動物細胞）に導入することにより、該細胞内でのSARS-CoV-2遺伝子の発現を抑制することができる。
2. SARS-CoV-2遺伝子発現抑制剤・COVID-19治療・予防剤
　本発明の核酸分子は、前述のように、SARS-CoV-2遺伝子の発現を抑制することができる。したがって、本発明の核酸分子は、SARS-CoV-2の増殖を抑制することができ、該ウイルス感染症（COVID-19）の治療及び発症予防に有効である。
　本発明の医薬は、有効量の本発明の核酸分子を単独で用いてもよいし、任意の担体、例えば医薬上許容される担体とともに、医薬組成物として製剤化することもできる。
　医薬上許容される担体としては、例えば、ショ糖、デンプン等の賦形剤、セルロース、メチルセルロース等の結合剤、デンプン、カルボキシメチルセルロース等の崩壊剤、ステアリン酸マグネシウム、エアロジル等の滑剤、クエン酸、メントール等の芳香剤、安息香酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム等の保存剤、クエン酸、クエン酸ナトリウム等の安定剤、メチルセルロース、ポリビニルピロリド等の懸濁剤、界面活性剤等の分散剤、水、生理食塩水等の希釈剤、ベースワックス等が挙げられるが、それらに限定されるものではない。
　本発明の核酸分子の標的細胞内への導入を促進するために、本発明の医薬は更に核酸導入用試薬を含むことができる。該核酸導入用試薬としては、アテロコラーゲン；リポソーム；ナノパーティクル；リポフェクチン、リプフェクタミン（lipofectamine）、DOGS（トランスフェクタム）、DOPE、DOTAP、DDAB、DHDEAB、HDEAB、ポリブレン、あるいはポリ（エチレンイミン）(PEI)等の陽イオン性脂質等を用いることが出来る。
　好ましい一実施態様において、本発明の医薬は、本発明の核酸分子がリポソームに封入されてなる医薬組成物であり得る。リポソームは、１以上の脂質二重層により包囲された内相を有する微細閉鎖小胞であり、通常は水溶性物質を内相に、脂溶性物質を脂質二重層内に保持することができる。本明細書において「封入」という場合には、本発明の核酸分子はリポソーム内相に保持されてもよいし、脂質二重層内に保持されてもよい。本発明に用いられるリポソームは単層膜であっても多層膜であってもよく、また、粒子径は、例えば10～1000nm、好ましくは50～300nmの範囲で適宜選択できる。標的組織への送達性を考慮すると、粒子径は、例えば200nm以下、好ましくは100nm以下であり得る。
　核酸のような水溶性化合物のリポソームへの封入法としては、リピドフィルム法（ボルテックス法）、逆相蒸発法、界面活性剤除去法、凍結融解法、リモートローディング法等が挙げられるが、これらに限定されず、任意の公知の方法を適宜選択することができる。
　本発明の医薬は、経口的にまたは非経口的に、哺乳動物（例、ヒト、ネコ、フェレット、ミンク、ラット、マウス、モルモット、ウサギ、ヒツジ、ウマ、ブタ、ウシ、サル）に対して投与することが可能であるが、非経口的に投与するのが望ましい。
　非経口的な投与（例えば、皮下注射、筋肉注射、局所注入、腹腔内投与など）に好適な製剤としては、水性および非水性の等張な無菌の注射液剤があり、これには抗酸化剤、緩衝液、制菌剤、等張化剤等が含まれていてもよい。また、水性および非水性の無菌の懸濁液剤が挙げられ、これには懸濁剤、可溶化剤、増粘剤、安定化剤、防腐剤等が含まれていてもよい。当該製剤は、アンプルやバイアルのように単位投与量あるいは複数回投与量ずつ容器に封入することができる。また、有効成分および医薬上許容される担体を凍結乾燥し、使用直前に適当な無菌のビヒクルに溶解または懸濁すればよい状態で保存することもできる。
　非経口的な投与に好適な別の製剤としては、噴霧剤等を挙げることが出来る。
　医薬組成物中の本発明の核酸分子の含有量は、例えば、医薬組成物全体の約0.1ないし100重量%である。
　本発明の医薬の投与量は、投与の目的、投与方法、対象疾患の種類、重篤度、投与対象の状況（性別、年齢、体重など）によって異なるが、例えば、成人に全身投与する場合、通常、本発明の核酸分子の一回投与量として2 nmol/kg以上50 nmol/kg以下、局所投与する場合、1 pmol/kg以上10 nmol/kg以下が望ましい。かかる投与量を1～10回、より好ましくは5～10回投与することが望ましい。
　本発明の医薬は、例えば、他のCOVID-19治療薬（例えば、レムデシビル）、又は該疾患に対する治療効果が報告されている他の医薬（例、アビガン、アクテムラ等）と組み合わせて用いることができる。これらの併用薬剤は、本発明の医薬とともに製剤化して単一の製剤として投与することもできるし、あるいは、本発明の医薬とは別個に製剤化して、本発明の医薬と同一もしくは別ルートで、同時もしくは時間差をおいて投与することもできる。また、これらの併用薬剤の投与量は、該薬剤を単独投与する場合に通常用いられる量であってよく、あるいは通常用いられる量より減量することもできる。
　以下に実施例を示して本発明をさらに具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例に何ら制限されない。
実施例１　レポーターアッセイ系を用いたsiRNAの評価
　下記の通り、レポータープラスミドを作製し、siRNAの発現抑制効果を確認した。
（１）レポータープラスミドの作製
　下記レポーターアッセイに用いるレポータープラスミドを作製した。作製はGENEWIZ社に委託した。
　SARS-CoV-2のゲノムRNA（GenBankアクセッション番号LC529905）の配列報に基づき、下記23種の人工DNA（以下、合成断片と呼ぶ）を化学的に合成した。尚、各合成断片がLC529905のどの領域に対応するかは、表８－１及び８－２、表９中にそれぞれ示した（「対応断片No.」、並びに「位置5’」及び「位置3’」を参照）。
1（配列番号１９０）
caaaaccagttgaaacatcaaattcgtttgatgtactgaagtcagaggacgcgcagggaatggataatcttgcctgcgaagatctaaaaccagtctctgaagaagtagtggaaaatcctaccatacagaaagacgttcttgagtgtaatgtgaaaactaccgaagttgtaggagacattatacttaaaccagcaaataatagtttaaaaattacagaagaggttggccacacagatctaatggctgcttatgtagacaattctagtcttactattaagaaacctaatgaattatctagagtattaggtttgaaaacccttgctactcatggtttagctgctgttaatagtgtcccttgggatactatagctaattatgctaagccttttcttaacaaagtt 
2（配列番号１９１）
tacaaacgtaatagagcaacaagagtcgaatgtacaactattgttaatggtgttagaaggtccttttatgtctatgctaatggaggtaaaggcttttgcaaactacacaattggaattgtgttaattgtgatacattctgtgctggtagtacatttattagtgatgaagttgcgagagacttgtcactacagtttaaaagaccaataaatcctactgaccagtcttcttacatcgttgatagtgttacagtgaagaatggttccatccatctttactttgataaagctggtcaaaagacttatgaaagacattctctctctcattttgttaacttagacaacctgagagctaataacactaaaggttcattgcctattaatgttatagtttttgatggtaa 
3（配列番号１９２）
tgtctgaacaactacgaaaacaaatacgtagtgctgctaaaaagaataacttaccttttaagttgacatgtgcaactactagacaagttgttaatgttgtaacaacaaagatagcacttaagggtggtaaaattgttaataattggttgaagcagttaattaaagttacacttgtgttcctttttgttgctgctattttctatttaataacacctgttcatgtcatgtctaaacatactgacttttcaagtgaaatcataggatacaaggctattgatggtggtgtcactcgtgacatagcatctacagatacttgttttgctaacaaacatgctgattttgacacatggtttagccagcgtggtggtagttatactaatgacaaagcttgcccattgatt 
4（配列番号１９３）
tgcactgatgacaatgcgttagcttactacaacacaacaaagggaggtaggtttgtacttgcactgttatccgatttacaggatttgaaatgggctagattccctaagagtgatggaactggtactatctatacagaactggaaccaccttgtaggtttgttacagacacacctaaaggtcctaaagtgaagtatttatactttattaaaggattaaacaacctaaatagaggtatggtacttggtagtttagctgccacagtacgtctacaagctggtaatgcaacagaagtgcctgccaattcaactgtattatctttctgtgcttttgctgtagatgctgctaaagcttacaaagattatctagctagtgggggacaaccaatcactaattgtgttaa 
5（配列番号１９４）
actataactcaaatgaatcttaagtatgccattagtgcaaagaatagagctcgcaccgtagctggtgtctctatctgtagtactatgaccaatagacagtttcatcaaaaattattgaaatcaatagccgccactagaggagctactgtagtaattggaacaagcaaattctatggtggttggcacaacatgttaaaaactgtttatagtgatgtagaaaaccctcaccttatgggttgggattatcctaaatgtgatagagccatgcctaacatgcttagaattatggcctcacttgttcttgctcgcaaacatacaacgtgttgtagcttgtcacaccgtttctatagattagctaatgagtgtgctcaagtattgagtgaaatggtcatgtgtggcgg 
6（配列番号１９５）
gacttatgaaaactataggtccagacatgttcctcggaacttgtcggcgttgtcctgctgaaattgttgacactgtgagtgctttggtttatgataataagcttaaagcacataaagacaaatcagctcaatgctttaaaatgttttataagggtgttatcacgcatgatgtttcatctgcaattaacaggccacaaataggcgtggtaagagaattccttacacgtaaccctgcttggagaaaagctgtctttatttcaccttataattcacagaatgctgtagcctcaaagattttgggactaccaactcaaactgttgattcatcacagggctcagaatatgactatgtcatattcactcaaaccactgaaacagctcactcttgtaatgtaaacaga 
7（配列番号１９６）
gggacacttcgcatggtggacagcctttgttactaatgtgaatgcgtcatcatctgaagcatttttaattggatgtaattatcttggcaaaccacgcgaacaaatagatggttatgtcatgcatgcaaattacatattttggaggaatacaaatccaattcagttgtcttcctattctttatttgacatgagtaaatttccccttaaattaaggggtactgctgttatgtctttaaaagaaggtcaaatcaatgatatgattttatctcttcttagtaaaggtagacttataattagagaaaacaacagagttgttatttctagtgatgttcttgttaacaactaaacgaacaatgtttgtttttcttgttttattgccactagtctctagtcagtgtgtt 
8（配列番号１９７）
caactgtttgtggacctaaaaagtctactaatttggttaaaaacaaatgtgtcaatttcaacttcaatggtttaacaggcacaggtgttcttactgagtctaacaaaaagtttctgcctttccaacaatttggcagagacattgctgacactactgatgctgtccgtgatccacagacacttgagattcttgacattacaccatgttcttttggtggtgtcagtgttataacaccaggaacaaatacttctaaccaggttgctgttctttatcaggatgttaactgcacagaagtccctgttgctattcatgcagatcaacttactcctacttggcgtgtttattctacaggttctaatgtttttcaaacacgtgcaggctgtttaataggggctgaacat 
9（配列番号１９８）
cagaaaattcagttgcttactctaataactctattgccatacccacaaattttactattagtgttaccacagaaattctaccagtgtctatgaccaagacatcagtagattgtacaatgtacatttgtggtgattcaactgaatgcagcaatcttttgttgcaatatggcagtttttgtacacaattaaaccgtgctttaactggaatagctgttgaacaagacaaaaacacccaagaagtttttgcacaagtcaaacaaatttacaaaacaccaccaattaaagattttggtggttttaatttttcacaaatattaccagatccatcaaaaccaagcaagaggtcatttattgaagatctacttttcaacaaagtgacacttgcagatgctggcttcatc 
10（配列番号１９９）
aacttatgtactcattcgtttcggaagagacaggtacgttaatagttaatagcgtacttctttttcttgctttcgtggtattcttgctagttacactagccatccttactgcgcttcgattgtgtgcgtactgctgcaatattgttaacgtgagtcttgtaaaaccttctttttacgtttactctcgtgttaaaaatctgaattcttctagagttcctgatcttctggtctaaacgaactaaatattatattagtttttctgtttggaactttaattttagccatggcagattccaacggtactattaccgttgaagagcttaaaaagctccttgaacaatggaacctagtaataggtttcctattccttacatggatttgtcttctacaatttgcctatg
11（配列番号２００）
gaagactttttagagtatcatgacgttcgtgttgttttagatttcatctaaacgaacaaactaaaatgtctgataatggaccccaaaatcagcgaaatgcaccccgcattacgtttggtggaccctcagattcaactggcagtaaccagaatggagaacgcagtggggcgcgatcaaaacaacgtcggccccaaggtttacccaataatactgcgtcttggttcaccgctctcactcaacatggcaaggaagaccttaaattccctcgaggacaaggcgttccaattaacaccaatagcagtccagatgaccaaattggctactaccgaagagctaccagacgaattcgtggtggtgacggtaaaatgaaagatctcagtccaagatggtatttctactac 
12（配列番号２０１）
ctgctagaatggctggcaatggcggtgatgctgctcttgctttgctgctgcttgacagattgaaccagcttgagagcaaaatgtctggtaaaggccaacaacaacaaggccaaactgtcactaagaaatctgctgctgaggcttctaagaagcctcggcaaaaacgtactgccactaaagcatacaatgtaacacaagctttcggcagacgtggtccagaacaaacccaaggaaattttggggaccaggaactaatcagacaaggaactgattacaaacattggccgcaaattgcacaatttgcccccagcgcttcagcgttcttcggaatgtcgcgcattggcatggaagtcacaccttcgggaacgtggttgacctacacaggtgccatcaaattggat 
13（配列番号２０２）
tcaacttgaacagccctatgtgttcatcaaacgttcggatgctcgaactgcacctcatggtcatgttatggttgagctggtagcagaactcgaaggcattcagtacggtcgtagtggtgagacacttggtgtccttgtccctcatgtgggcgaaataccagtggcttaccgcaaggttcttcttcgtaagaacggtaataaaggagctggtggccatagttacggcgccgatctaaagtcatttgacttaggcgacgagcttggcactgatccttatgaagattttcaagaaaactggaacactaaacatagcagtggtgttacccgtgaactcatgcgtgagcttaacggaggggcatacactcgctatgtcgataacaacttctgtggccctgatggc
14（配列番号２０３）
ttagaatagacggtgacatggtaccacatatatcacgtcaacgtcttactaaatacacaatggcagacctcgtctatgctttaaggcattttgatgaaggtaattgtgacacattaaaagaaatacttgtcacatacaattgttgtgatgatgattatttcaataaaaaggactggtatgattttgtagaaaacccagatatattacgcgtatacgccaacttaggtgaacgtgtacgccaagctttgttaaaaacagtacaattctgtgatgccatgcgaaatgctggtattgttggtgtactgacattagataatcaagatctcaatggtaactggtatgatttcggtgatttcatacaaaccacgccaggtagtggagttcctgttgtagattctta
15（配列番号２０４）
aagtttttgcacaagtcaaacaaatttacaaaacaccaccaattaaagattttggtggttttaatttttcacaaatattaccagatccatcaaaaccaagcaagaggtcatttattgaagatctacttttcaacaaagtgacacttgcagatgctggcttcatcaaacaatatggtgattgccttggtgatattgctgctagagacctcatttgtgcacaaaagtttaacggccttactgttttgccacctttgctcacagatgaaatgattgctcaatacacttctgcactgttagcgggtacaatcacttctggttggacctttggtgcaggtgctgcattacaaataccatttgctatgcaaatggcttataggtttaatggtattggagttacaca
16（配列番号２０５）
gattttgttcgcgctactgcaacgataccgatacaagcctcactccctttcggatggcttattgttggcgttgcacttcttgctgtttttcagagcgcttccaaaatcataaccctcaaaaagagatggcaactagcactctccaagggtgttcactttgtttgcaacttgctgttgttgtttgtaacagtttactcacaccttttgctcgttgctgctggccttgaagccccttttctctatctttatgctttagtctacttcttgcagagtataaactttgtaagaataataatgaggctttggctttgctggaaatgccgttccaaaaacccattagtttatgatgccaactattttctttgctggcatactaattgttacgactattgtatacctt
17（配列番号２０６）
agaataaattggatcaccggtggaattgctatcgcaatggcttgtcttgtaggcttgatgtggctcagctacttcattgcttctttcagactgtttgcgcgtacgcgttccatgtggtcattcaatccagaaactaacattcttctcaacgtgccactccatggcactattctgaccagaccgcttctagaaagtgaactcgtaatcggagctgtgatccttcgtggacatcttcgtattgctggacaccatctaggacgctgtgacatcaaggacctgcctaaagaaatcactgttgctacatcacgaacgctttcttattacaaattgggagcttcgcagcgtgtagcaggtgactcaggttttgctgcatacagtcgctacaggattggcaactata
18（配列番号２０７）
tcaattagatgaagagcaaccaatggagattgattaaacgaacatgaaaattattcttttcttggcactgataacactcgctacttgtgagctttatcactaccaagagtgtgttagaggtacaacagtacttttaaaagaaccttgctcttctggaacatacgagggcaattcaccatttcatcctctagctgataacaaatttgcactgacttgctttagcactcaatttgcttttgcttgtcctgacggcgtaaaacacgtctatcagttacgtgccagatcagtttcacctaaactgttcatcagacaagaggaagttcaagaactttactctccaatttttcttattgttgcggcaatagtgtttataacactttgcttcacactcaaaagaaag
19（配列番号２０８）
ttcttgttttcttaggaatcatcacaactgtagctgcatttcaccaagaatgtagtttacagtcatgtactcaacatcaaccatatgtagttgatgacccgtgtcctattcacttctattctaaatggtatattagagtaggagctagaaaatcagcacctttaattgaattgtgcgtggatgaggctggttctaaatcacccattcagtacatcgatatcggtaattatacagtttcctgtttaccttttacaattaattgccaggaacctaaattgggtagtcttgtagtgcgttgttcgttctatgaagactttttagagtatcatgacgttcgtgttgttttagatttcatctaaacgaacaaactaaaatgtctgataatggaccccaaaatcag
20（配列番号２０９）
ttctactacctaggaactgggccagaagctggacttccctatggtgctaacaaagacggcatcatatgggttgcaactgagggagccttgaatacaccaaaagatcacattggcacccgcaatcctgctaacaatgctgcaatcgtgctacaacttcctcaaggaacaacattgccaaaaggcttctacgcagaagggagcagaggcggcagtcaagcctcttctcgttcctcatcacgtagtcgcaacagttcaagaaattcaactccaggcagcagtaggggaacttctcctgctagaatggctggcaatggcggtgatgctgctcttgctttgctgctgcttgacagattgaaccagcttgagagcaaaatgtctggtaaaggccaacaacaacaag
21（配列番号２１０）
tacaaaacattcccaccaacagagcctaaaaaggacaaaaagaagaaggctgatgaaactcaagccttaccgcagagacagaagaaacagcaaactgtgactcttcttcctgctgcagatttggatgatttctccaaacaattgcaacaatccatgagcagtgctgactcaactcaggcctaaactcatgcagaccacacaaggcagatgggctatataaacgttttcgcttttccgtttacgatatatagtctactcttgtgcagaatgaattctcgtaactacatagcacaagtagatgtagttaactttaatctcacatagcaatctttaatcagtgtgtaacattagggaggacttgaaagagccaccacattttcaccgaggccacgcggagtac
22（配列番号２１１）
ctgaatgccttcgagttctgctaccagctcaaccataacatgaccatgaggtgcagttcgagcatccgaacgtttgatgaacacatagggctgttcaagttgaggcaaaacgcctttttcaacttctactaagccacaagtgccatctttaagatgttgacgtgcctctgataagacctcctccacggagtctccaaagccacgtacgagcacgtcgcgaacctgtaaaacaggcaaactgagttggacgtgtgttttctcgttgaaaccagggacaaggctctccatcttacctttcggtcacacccggacgaaacctagatgtgctgatgatcggctgcaacacggacgaaaccgtaagcagcctgcagaagatagacgagttactcgtgtcctgtcaa 
23（配列番号２１２）
attattaacaattttaccacccttaagtgctatctttgttgttacaacattaacaacttgtctagtagttgcacatgtcaacttaaaaggtaagttattctttttagcagcactacgtatttgttttcgtagttgttcagacaatgacatgaaatctttaacgttccatatcaaagcaatgttgtgactttttgctacctgcgcattaatatgacgcgcactacagtcaatacaagcaccaaggtcacggggtgtcatgttttcaactttgttataggtgagcatatagttattacaactatcgccagtaacttctatgtcagattgatgtgacaatttaagacattcaacaacatctttagtttctacatctgaatcaacaaacccttgccgagctgctg
　各合成断片の5’末端には制限酵素Xho I認識配列（CTCGAG）、3’末端には、制限酵素Not I認識配列（GCGGCCGC）をそれぞれ付加した。ウミシイタケルシフェラーゼ（以下、hRluc）およびホタルルシフェラーゼ（以下、hluc+）の発現ベクターであるpsiCHECK-2 vector（プロメガ社、GenBankアクセッション番号AY535007）を制限酵素Xho I及びNot Iで消化し、上記合成断片を組み込み23種のレポータープラスミドを作製した。尚、培養細胞において上記レポータープラスミドよりhRluc遺伝子と合成断片の融合mRNA（標的mRNA）およびhluc+（補正用mRNA）が発現する。
（２）二本鎖RNA（siRNA）の合成
　表５－１及び５－２（SARS-CoV-2のゲノム（プラス鎖）RNAのORF中のヌクレオチド配列を標的とする）、表６（SARS-CoV-2のゲノムRNA又は各サブゲノミックmRNAのリーダー配列中のヌクレオチド配列を標的とする）及び表７（SARS-CoV-2のマイナス鎖RNA中のヌクレオチド配列を標的とする）に示すsiRNAをホスホロアミダイト法に基づき合成した。また、コントロールとして、表９に示す2種のsiRNAを合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000020
（３）レポーターアッセイ系におけるsiRNAのhRluc遺伝子発現抑制効果
　レポータープラスミド及びsiRNAを培養細胞にトランスフェクションし、hRluc遺伝子の発現抑制効果を確認した。
（ａ）材料および方法
　siRNA溶液を、10 μmol/Lとなるように、注射用蒸留水（大塚製薬）を用いて調製した。レポータープラスミド溶液を、TEバッファー（10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH8.0）を用いて100 ng/μLとなるよう調製した。
　細胞は、HCT116細胞（DSファーマバイオメディカル）を使用した。培地は、10% FBSを含むDMEM（GIBCO）培地を使用した。培養は、37℃、5% CO2の条件下で行った。
　まず、細胞を、培地中で培養し、その培養液を、24穴プレートに、400 μlずつ、5×104細胞/ウェルとなるように分注した。さらに、細胞を24時間培養した後、100 ngのレポータープラスミドをトランスフェクション試薬Lipofectamine2000（Invitrogen）を用い、トランスフェクション試薬の添付プロトコールに従って、トランスフェクションした。具体的には、ウェルあたりの組成を以下のように設定し、トランスフェクションを行った。下記組成において、（B）は、Opti-MEM（Invitrogen）、（C）は、100 ng／μL レポータープラスミド溶液であり、両者をあわせて98.5 μL添加した。コントロール（バックグラウンド）として、（C）を含まない（B）のみ98.5 μLのウェルを設定した。
（ウェル当たりの組成：μL）
培養液 　　　　　　　400
(A)Lipofectamine2000　 1.5
(B)+(C) 　　　　　　　98.5
合計 　　　　　　　　500
　24時間後、400 μLの新鮮な培地で培地交換を行い、トランスフェクション試薬Lipofectamine2000（Invitrogen）を用い、トランスフェクション試薬の添付プロトコールに従って、siRNAをトランスフェクションした。具体的には、ウェルあたりの組成を以下のように設定し、トランスフェクションを行った。下記組成において、（B）は、Opti-MEM（Invitrogen）、（C）は、10 μmol/L siRNA溶液であり、両者をあわせて98.5 μL添加した。siRNAの終濃度は10 nmol/Lとした。各レポータープラスミドトランスフェクションにおけるコントロール（リファレンス）として、（C）を含まない（B）のみ98.5 μLのウェルを設定した。
（ウェル当たりの組成：μL）
培養液 　　　　　　　400
(A)Lipofectamine2000　 1.5
(B)+(C) 　　　　　　　98.5
合計　　　　　　　　 500
　さらに24時間培養後、PBS（GIBCO）にて各ウェル洗浄し、Dual-Luciferase Reporter Assay System（プロメガ社）を用い、添付プロトコールに従いhRlucおよびhluc+の発光を測定した。各測定値よりコントロール（バックグラウンド）を差し引いた後、各ウェルのhRluc/hluc+比を求めた。さらにコントロール（リファレンス）のhRluc/hluc+比を1とし、各ウェルのhRluc相対発現量を算出した。
（ｂ）結果
　これらの結果を表１０－１及び１０－２、表１１に示す。各siRNAがSARS-CoV-2遺伝子の発現抑制効果を有することが確認された。尚、表中、太字の配列（AS鎖の5’側19 mer）は発現抑制配列を示し、「t」はデオキシチミジン（dT）を示す。また、「標的遺伝子」は発現抑制配列が標的とするORFを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000021
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000022
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000023
実施例２　レポーターアッセイ系を用いた一本鎖核酸分子の評価
（１）一本鎖核酸分子の合成
　表１２と表１３に示す各一本鎖核酸分子を、ホスホロアミダイト法に基づき、核酸合成機（商品名ABI 3900 DNA Synthesizer、アプライドバイオシステムス）により3’側から5’側に向かって合成した。合成には、RNAアミダイトとしてEMMアミダイト（WO/2013/027843）を用いた。また、リンカー領域にはL-プロリンアミダイト（WO/2012/017919）を用いた。アミダイトの脱保護は、WO/2013/027843に記載の方法に従った。合成した一本鎖核酸分子は、HPLCにより精製した。
　本発明の一本鎖核酸分子のリンカー領域には、下記L-プロリンアミダイト（以下、Pとする）を用いた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000024
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000025
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000026
（２）レポーターアッセイ系における一本鎖核酸分子のhRluc遺伝子発現抑制効果
　実施例１（３）と同様にして、レポータープラスミド及び（１）で合成した表１２に示す各一本鎖核酸分子を培養細胞にトランスフェクションし、hRluc遺伝子の発現抑制効果を確認した。結果を表１４に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000027
実施例３　ACE2ヒト化マウスを用いた一本鎖核酸分子のin vivo評価
　気道上皮細胞で機能的なケラチン18プロモーターの制御下にあるヒトアンジオテンシン変換酵素2遺伝子（K18-hACE2）を導入したトランスジェニック（Tg）マウスを用いて、実施例２にて作製した一本鎖核酸分子（PH-0398，PH-0405）のin vivoでのSARS-CoV-2抑制効果を評価した。
（１）材料及び方法
（ａ）動物
　6週齢の雄性K18-hACE2 Tgマウス（系統：B6.Cg-Tg(K18-ACE2)2Prlmn/J）50匹をThe Jackson Laboratoryより購入した。マウスは、ウイルス感染まで、バイオセーフティーレベル2（BSL2）エリア内の通気棚に設置したディスポーザルの標準ケージ内で、21±3℃、湿度30～70％、12時間明期/12時間暗期の条件下、自由摂水・自由摂餌で22日間飼育し、馴化した。ウイルス感染前日（D-1）に測定した体重に従って、体重分布が均一となるように5つに群分けした（各群10匹；第1群：マウス番号SO01-SO10，第2群：マウス番号SO11-SO20，第3群：マウス番号SO21-SO30，第4群：マウス番号SO31-SO40，第5群：マウス番号SO41-SO50）。尚、各マウスには、マウス番号に対応するID番号を付したタグが耳に取り付けられていた（表１６参照）。
（ｂ）薬物投与
　ウイルス感染当日（D0）、マウスをイソフルランで麻酔し、Microsprayer（登録商標）aerosolizer（Penn-Century, Inc.）を用いて、各群のマウス肺内に以下の薬物をエアロゾル吸入した。
第1群（ベヒクル投与群）：50 mM クエン酸緩衝生理食塩水（CBS）75 μl
第2群（低用量PH-0398投与群）：0.33 mg/ml PH-0398溶液（50 mM CBS中）75 μl（25 μg/マウス）
第3群（高用量PH-0398投与群）：1.67 mg/ml PH-0398溶液（50 mM CBS中）75 μl（125 μg/マウス）
第4群（低用量PH-0405投与群）：0.33 mg/ml PH-0405溶液（50 mM CBS中）75 μl（25 μg/マウス）
第5群（高用量PH-0405投与群）：1.67 mg/ml PH-0405溶液（50 mM CBS中）75 μl（125 μg/マウス）
（ｃ）ウイルス感染
　SARS-CoV-2（UVE/SARS-CoV-2/2020/FR/702株；European Virus Archive - GLOBAL）を、5×104PFU/50 μlのウイルス濃度（理論値）となるようにリン酸緩衝生理食塩水（PBS）で希釈し、薬物投与から4時間以内に、イソフルラン麻酔下、ウイルス希釈液50 μlをマウスの両鼻孔に注入した。ウイルス感染後のマウスは、BSL3のエリア内の通気棚に設置したディスポーザルのHepaフィルター付標準ケージ内で、ウイルス感染前と同様の条件下で飼育を継続した。
（ｄ）体重測定と臨床的経過観察
　ウイルス感染の前日（D-1）と感染後2及び5日目（D2及びD5）に、マウスの体重を測定した。体重減少が最大体重の15%以上に達するか、突然体重が急減した場合は、毎日体重を測定した。
　また、D-1、D2及びD5に、以下のスコア表（表１５）を用いて臨床的経過観察を行った。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000028
（ｅ）口腔咽頭スワブ
　ウイルス感染後1，2，3，4及び5日目（D1，D2，D3，D4及びD5）に、イソフルラン麻酔下、口腔咽頭スワブを行った。PBSを含浸させた綿棒をマウスの舌の根元まで挿入し、5回拭き取り採取した後、後述のRT-qPCRのためのウイルスRNA抽出キット（QIAamp Viral RNAMini Kit (Qiagen)）に付属のAVL溶解バッファーに浸漬し、採取した試料を綿棒から抽出した。RT-qPCRに供するまで-75±5℃で保存した。
（ｆ）肺の採取とサンプル調製
　各群において、4匹のマウスをD2に、残りの6匹のマウスをD5に、それぞれイソフルラン麻酔下に安楽死させ、直後に肺を採取し、肉眼で観察した後、肺の全重量を測定した。右肺を各部分ごとに2分割し（各4切片）、一方をRT-qPCRに、他方をプラークアッセイに供した。また、左肺全体を組織学的分析に供した。プラークアッセイ用サンプルは液体窒素により急速凍結し、-75±5℃で保存した。RT-qPCR用サンプルはRNA-later（登録商標）バッファー（ThermoFischer SCIENTIFIC）に浸漬し、5±3℃で一晩インキュベートしてRNaseによる分解から保護した後、-75±5℃で保存した。左肺は2片に切断し、4％パラホルムアルデヒドで48±4時間から72±4時間、室温にて固定し、ウイルスを不活化した。
（ｇ）プラークアッセイ
　肺のプラークアッセイ用凍結サンプルを含むチューブに、金属ビーズと、1％ペニシリン/ストレプトマイシン含有ダルベッコ改変イーグル培地（DMEM）1 mlとを添加し、TissueLyser LT（登録商標）（Qiagen）を用いてサンプルを磨砕した後、5分間遠心して残渣を除いた。上清をDMEMで10倍系列希釈して、10-1～10-6希釈液を得た。12-ウェルプレートに播種したVero E6細胞（IRIM Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier UMR 9004 - CNRS）に各希釈液200 μlを2ウェルずつ添加し、35～40℃、3～6％ CO2の条件下で1時間±10分インキュベートした。ウイルス接種液を除去後、下記組成の重層培地1 mlを各ウェルに添加し、35～40℃、3～6％ CO2の条件下で3日間インキュベートした。
（重層培地）
　・2×改変最小必須培地（MEM）：18 ml
　　　- 10×MEM　　　　　　　　　　　　100 ml
　　　- ペニシリン/ストレプトマイシン　　10 ml
　　　- L-グルタミン　　　　　　　　　　10 ml
　　　- 7.5% ウシ血清アルブミン（BSA）　28 ml
　　　- 再蒸留水　　　　　　　　　　　326 ml
　　　- 1 M Hepes 　　　　　　　　　　　10 ml
　　　- 7.5% NaHCO3　　　　　　　　　　　16 ml
　・2％Oxoid agar：8 ml
　インキュベーション終了後、4％パラホルムアルデヒド1 mlを各ウェルに添加し、5±3℃で4～5時間インキュベートし、細胞を固定した。固定液及び寒天を除去し、クリスタルバイオレット染色液1 mlを各ウェルに添加し、室温で20分間以上染色した後、染色液を除去した。水洗した後、PFUを計測した。
（ｈ）RT-qPCRによるSARS-CoV-2の検出・定量
(1) 口腔咽頭スワブサンプル
　凍結サンプルを60℃で60分間加熱処理してウイルスを不活化した後、QIAamp Viral RNA Mini Kitと全自動化QIAcube Connect（Qiagen）を用いてRNAを抽出した。RNAサンプルをQIAamp Miniスピンカラムにロードし、洗浄バッファーで夾雑物を除去した後、AVE RNase-freeバッファー60 μlで溶出した。
(2) 肺サンプル
　約40 mgの肺サンプルに20 μl/mgの割合でRLT溶解バッファー（Qiagen）を添加し、TissueLyser LT（登録商標）（Qiagen）を用いてビーズで破砕した後、60℃で60分間加熱処理してウイルスを不活化した。12,500 gで1分間遠心して、上清350 μlからRNeasy Mini kitと全自動化QIAcube Connect（Qiagen）を用いてRNAを抽出した。RNAサンプルをRNeasy Miniスピンカラムにロードし、洗浄バッファーで夾雑物を除去した後、DNase RNase-free水50 μlで溶出した。Nanophotometer NP60（Implen）を用いて260 nmでの吸光度からRNA濃度を測定し、DNase RNase-free水で150 ng/μlに調整した。
(3) RT-qPCR
　LightMix（登録商標）Modular Wuhan CoV RdRP-gene dedicated kit（TIB MOLBIOL）とMultiplex RNA virus Master（ROCHE）とを用いて、RT-qPCRによりサンプル中のSARS-CoV-2を検出・定量した。RT-qPCRは、LC480 LightCycler system（ROCHE）を用い、RNAサンプル5 μl（750 ng）を鋳型として、以下の条件で行った。
　逆転写反応：95℃，5分で変性後、55℃，5分
　PCR：変性95℃，5秒→アニーリング60℃，15秒→伸長72℃，15秒を45サイクル
　LightCycler 480 Software release 15.1.62（ROCHE）を用いて、Ct値、さらに検量線からコピー数を算出した。
（ｉ）組織学的分析
　固定処理後、肺サンプルをPBSでリンスし、アルコール、アセトン及びキシレンで連続的に脱水した後、パラフィン包埋した。ミクロトームを用いて5 μmの切片を作製し、アルブミン-グリセロール定着液でスライドガラス上に定着させた。脱パラフィン後、ヘマトキシリン-エオシン・サフロン（HES）染色を行った。
（２）結果
（ａ）プラークアッセイによるSARS-CoV-2の力価測定
　各群の個々のマウス肺におけるウイルス力価及び平均力価±SDを表１６に示す。ベヒクル（CBS）投与群（第1群）の平均ウイルス力価は、感染後2日目で8.92x104 PFU/mg組織、感染後5日目で1.87x104 PFU/mg組織であり、1 log未満ではあるが減少傾向が認められ、ウイルスの自然消失が示唆された。感染後5日目において、高用量PH-0398投与群（第3群）及び高用量PH-0405投与群（第5群）で、第1群に比べて約1 logのウイルス力価の減少傾向が認められた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000029
実施例４　in vitro抗ウイルス試験
（細胞培養）
　in vitro抗ウイルス試験では、VeroE6細胞を使用した。VeroE6細胞は、75 cm2培養フラスコを用いて培養した。約80%コンフルエントになったのち継代 (週2回) を実施した。まず、細胞を15 mLのPBS(-) で2回洗浄した。トリプシン-EDTA溶液を4 mL加え、満遍なく細胞を浸した。その後、トリプシン-EDTA溶液を除去し、37℃でおよそ5分間インキュベートし、細胞を培養フラスコから剥がした。次に、10% FBS含有DMEMを加え、トリプシン-EDTA溶液の反応を停止した。適当な量の培養液で、細胞を懸濁させた後、20 μLの細胞懸濁液を等量の0.4%トリパンブルー溶液と混和し、細胞数をCountessTM II FL Automated Cell Counter (Invitrogen) を用いて算出した。1-2×105cells/mLとなるように細胞懸濁液を10% FBS含有DMEMで希釈し、75 cm2培養フラスコに播種し、培養した。
（Virus banking）
　10% FBS含有DMEMに懸濁させたVeroE6細胞を75 cm2培養フラスコに約80%コンフルエントになるように播種した。以下の操作は、BSL3内で実施した。細胞が接着したのち、培地を10 mLの2.5% FBS含有DMEMに変え、そこにSARS-CoV-2を10 μL加えた。その後、細胞の観察を続け、CPEが起こることを確認し、ウイルス接種3～5日後に培養上清を回収した。回収した培養液は、分注し、-80℃で保存した。
（KD活性評価）
　1×105 cells/wellとなるように10%FBS含有DMEMで1×105cells/mLに調整したVeroE6細胞を24 well plateに1 mLずつ播種した。24時間後に培養液を吸引除去し、新しい10%FBS含有DMEMを450 μLずつ加えた。そこに、50 μLのPshRNA - transfection reagent complex溶液を添加した。PshRNA - transfection reagent complex溶液は、表１７の組成比を元に必要量を調製した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000030
　PshRNAを、トランスフェクションした24時間後にSARS-CoV-2を接種した。尚、以下の操作は、BSL3内で実施した。
　SARS-CoV-2を2.5%FBS含有DMEMで1,000倍に希釈し、ウイルス溶液を調整した。細胞を1 mLのPBS (-) で1回洗浄した。PBS (-) を吸引除去後、調整したウイルス溶液を1 mLずつ加え、細胞に感染させた (0.001 moi)。SARS-CoV-2感染24時間後 (24 hpi) 及び48時間後 (48 hpi) に培養上清をマイクロチューブ (2.0ml 滅菌スクリューキャップマイクロチューブ) に回収した。回収した培養上清は、-80℃で保存した。次に、1 mLのPBS (-) をwellに加え、洗浄した。PBS (-) を除去後さらに、1 mLのPBS (-) をwellに加え、洗浄した。以下、RNeasy Mini Kitを用いてtotal RNAの抽出及び精製を行った。尚、RNeasy Mini Kitを用いたtotal RNAの精製は、製品プロトコルに従った。回収したtotal RNAは、NanoDrop 2000を用い、濃度を測定した。測定後、total RNAは、2 ng/μLとなるように大塚蒸留水で希釈し、これをRT-qPCRのテンプレートとした。RT-qPCRには、QuantiFast SYBR Green RT-PCR Kitを用いた。表１８に従い、reaction mixを調整し、96 well plateにreaction mixを22.5 μLずつ加え、テンプレートを2.5 μLずつ加えた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000031
　スピンダウンを行った後、リアルタイム定量 PCR システムを用い、反応を開始した。反応条件は、表１９の通りである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000032
　反応終了後、各サンプルのCt値からΔΔCt法によりMockに対するSARS-CoV-2 RNAの相対発現量を算出した。尚、相対発現量は、HPRT1により標準化した。結果を表２０－１および２０－２に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000033
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000034
　本発明により、細胞への毒性が少なく、安定な、SARS-CoV-2遺伝子の発現を効果的に抑制できる核酸分子、および該核酸分子を含む医薬が提供される。該医薬は、SARS-CoV-2の増殖を抑制し得るので、該ウイルス感染症（COVID-19）の治療及び／又は予防剤として、極めて有用である。
　本出願は、2020年5月27日付で日本国に出願された特願2020-092744、2020年8月14日付で日本国に出願された特願2020-137154、2020年10月21日付で日本国に出願された特願2020-176997、並びに、2021年3月3日付で日本国に出願された特願2021-033761を基礎としており、ここで言及することによって、それらの内容はすべて本明細書に組み込まれるものである。

Claims (21)

  1. 　配列番号１で表されるSARS-CoV-2ゲノムRNAのヌクレオチド配列の、ヌクレオチド番号：(1) 545-563、(2) 589-607、(3) 664-682、(4) 6503-6521、(5) 6504-6522、(6) 7693-7711、(7) 8618-8636、(8) 12943-12961、(9) 13004-13022、(10) 13945-13963、(11) 15243-15261、(12) 17648-17666、(13) 17766-17784、(14) 21401-21419、(15) 23318-23336、(16) 23763-23781、(17) 23948-23966、(18) 24116-24134、(19) 25481-25499、(20) 25839-25857、(21) 26261-26279、(22) 26276-26294、(23) 26284-26302、(24) 26316-26334、(25) 26338-26356、(26) 26352-26370、(27) 26525-26543、(28) 26586-26604、(29) 26753-26771、(30) 27102-27120、(31) 27589-27607、(32) 27600-27618、(33) 28102-28120、(34) 28367-28385、(35) 28400-28418、(36) 28774-28792、(37) 28830-28848、(38) 29002-29020、(39) 29044-29062、(40) 29167-29185、(41) 29579-29597、(42) 29613-29631、(43) 28-46もしくは(44) 40-58で示されるヌクレオチド配列を含む連続する25ヌクレオチド以下の標的ゲノムRNA配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列、又は、ヌクレオチド番号(45) 333-351もしくは(46) 8349-8367に対応するマイナス鎖RNAのヌクレオチド配列を含む連続する25ヌクレオチド以下の標的マイナス鎖RNA配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列を、SARS-CoV-2遺伝子の発現抑制配列として含む、核酸分子。
  2. 　前記発現抑制配列が、
    （ａ）配列番号2n（nは1～46から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列（但し、該配列中、各UはTであってもよい）中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列、又は
    （ｂ）配列番号2nで表されるヌクレオチド配列（但し、該配列中、各UはTであってもよい）を含み、かつ配列番号１で表されるSARS-CoV-2ゲノムRNAのヌクレオチド配列もしくはそれに対応するマイナス鎖RNAのヌクレオチド配列の一部と完全相補的な25ヌクレオチド以下の配列中の、連続する15ヌクレオチド以上のヌクレオチド配列である、請求項１に記載の核酸分子。
  3. 　前記（ｂ）の25ヌクレオチド以下の配列が、
    AAAAGAACAUGGUGUAAUGUC（配列番号213）；
    GAUCGAAAGUUGGUUGGUUUG（配列番号215）；
    AGAUCUACAAGAGAUCGAAAG（配列番号217）；
    GGAUUUAUUGGUCUUUUAAAC（配列番号219）；
    GAAUUAUAAGGUGAAAUAAAG（配列番号221）；
    ACAUUGUACAAUCUACUGAUG（配列番号223）；
    AGUGUAACUAGCAAGAAUACC（配列番号225）；
    GAAUAGGAAACCUAUUACUAG（配列番号227）；又は
    GCAAUUUGCGGCCAAUGUUUG（配列番号229）
    である、請求項２に記載の核酸分子。
  4. 　前記発現抑制配列に相補的なヌクレオチド配列をさらに含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の核酸分子。
  5. 　前記相補的なヌクレオチド配列が、
    （ｃ）配列番号2n+1（nは前記（ａ）と同じ）で表されるヌクレオチド配列中の、前記（ａ）のヌクレオチド配列と完全相補的なヌクレオチド配列（但し、GとUとの対合は相補的とみなす）、又は
    （ｄ）配列番号2p-1（pは107～115から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列中の、前記（ｂ）のヌクレオチド配列と完全相補的なヌクレオチド配列（但し、GとUとの対合は相補的とみなす）
    である、請求項３に記載の核酸分子。
  6. 　配列番号2n（nは1～46から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列と、配列番号2n+1で表されるヌクレオチド配列とを含む、あるいは、配列番号2p-1（pは107～115から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列と、配列番号2p：
    GACAUUACACCAUGUUCUUUU（配列番号214）；
    CAAACCAACCAACUUUCGAUC（配列番号216）；
    CUUUCGAUCUCUUGUAGAUCU（配列番号218）；
    GUUUAAAAGACCAAUAAAUCC（配列番号220）；
    CUUUAUUUCACCUUAUAAUUC（配列番号222）；
    CAUCAGUAGAUUGUACAAUGU（配列番号224）；
    GGUAUUCUUGCUAGUUACACU（配列番号226）；
    CUAGUAAUAGGUUUCCUAUUC（配列番号228）；又は
    CAAACAUUGGCCGCAAAUUGC（配列番号230）
    で表されるヌクレオチド配列とを含む、請求項４又は５に記載の核酸分子。
  7. 　SARS-CoV-2遺伝子に対するsiRNAである、請求項４～６のいずれか１項に記載の核酸分子。
  8. 　前記siRNAが、一方もしくは両方の鎖に3’-オーバーハングを有する、請求項７に記載の核酸分子。
  9. 　配列番号2m（mは47～92から選ばれる整数）で表されるヌクレオチド配列と、該配列にアニーリングした配列番号2m+1で表されるヌクレオチド配列とからなる、請求項８に記載の核酸分子。
  10. 　前記発現抑制配列Xaを含むヌクレオチド配列Xと、配列Xaに相補的な配列Yaを含むヌクレオチド配列Yとが、リンカーLを介して、3’から 5’方向にX-L-Yの順序で、かつ配列Xaと配列Yaとが分子内で二重鎖を形成し得る配向で連結された、請求項４～６のいずれか１項に記載の核酸分子。
  11. 　前記リンカーLが、下記式で表されるプロリン誘導体リンカーである、請求項１０に記載の核酸分子。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
  12. 　前記配列Xが前記配列Xaの5’末端に付加配列Xbを有し、かつ前記配列Yが前記配列Yaの3’末端に付加配列Ybを有し、配列Xbと配列Ybとが相補的である、請求項１０又は１１に記載の核酸分子。
  13. 　前記配列Xが3’-オーバーハングを有する、請求項１０～１２のいずれか１項に記載の核酸分子。
  14. 　下記のいずれかの構造を有する、請求項１３に記載の核酸分子。
    GGCAUUCAGUACGGUCGUAGGCC-P-GGCCUACGACCGUACUGAAUGCCUU（配列番号231）
    GACAUUACACCAUGUUCUUUUCC-P-GGAAAAGAACAUGGUGUAAUGUCUU（配列番号232）
    GCAUACUAAUUGUUACGAUGGCC-P-GGCCGUCGUAACAAUUAGUAUGCUU（配列番号233）
    GCUUCGAUUGUGUGCGUAUGGCC-P-GGCCGUACGCACACAAUCGAAGCUU（配列番号234）
    CGGUGGAAUUGCUAUCGUAGGCC-P-GGCCUGCGAUAGCAAUUCCACCGUU（配列番号235）
    CGGCGUAAAACACGUCUAUGGCC-P-GGCCAUAGACGUGUUUUACGCCGUU（配列番号236）
    CCAUUCAGUACAUCGAUAUGGCC-P-GGCCAUAUCGAUGUACUGAAUGGUU（配列番号237）
    GCCAAAAGGCUUCUACGUAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUU（配列番号238）
    GCAGAAUGAAUUCUCGUAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUCAUUCUGCUU（配列番号239）
    CGUACGAGCACGUCGCGAAGGCC-P-GGCCUUCGCGACGUGCUCGUACGUU（配列番号240）
    CAAACCAACCAACUUUCGAUCCC-P-GGGAUCGAAAGUUGGUUGGUUUGUU（配列番号241）
    CUUUCGAUCUCUUGUAGAUCUCC-P-GGAGAUCUACAAGAGAUCGAAAGUU（配列番号242）
    GUUUAAAAGACCAAUAAAUCCCC-P-GGGGAUUUAUUGGUCUUUUAAACUU（配列番号243）
    GCACAAAAGUUUAACGGUUGGCC-P-GGCCGGCCGUUAAACUUUUGUGCUU（配列番号244）
    CGGAAGAGACAGGUACGUUGGCC-P-GGCCAACGUACCUGUCUCUUCCGUU（配列番号245）
    GCUGCAUACAGUCGCUAUAGGCC-P-GGCCUGUAGCGACUGUAUGCAGCUU（配列番号246）
    CCUCAUCACGUAGUCGUAAGGCC-P-GGCCUUGCGACUACGUGAUGAGGUU（配列番号247）
    CUUUAUUUCACCUUAUAAUUCCC-P-GGGAAUUAUAAGGUGAAAUAAAGUU（配列番号248）
    CAUCAGUAGAUUGUACAAUGUCC-P-GGACAUUGUACAAUCUACUGAUGUU（配列番号249）
    GGUAUUCUUGCUAGUUACACUCC-P-GGAGUGUAACUAGCAAGAAUACCUU（配列番号250）
    CUAGUAAUAGGUUUCCUAUUCCC-P-GGGAAUAGGAAACCUAUUACUAGUU（配列番号251）
    CAAACAUUGGCCGCAAAUUGCCC-P-GGGCAAUUUGCGGCCAAUGUUUGUU（配列番号252）
    GACmAUUmACmACCmAUmGUmUCmUUmUUCC-P-GGAAAAGAACAUGGUGUmAAUGUmCUmU（配列番号253）
    GGCmAUmUCmAGUmACmGGUCmGUmACCCC-P-GGGGUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号254）
    GCmAUmACUmAAUUmGUUmACmGAUmCCCC-P-GGGGGUCGUmAACmAAUUmAGUmAUGCUmU（配列番号255）
    GCUmUCmGAUUGUmGUmGCmGUmAUmCCCC-P-GGGGGUmACGCACmACmAAUCGAAGCUmU（配列番号256）
    CmGGUmGGAAUUmGCUmAUCmGUmACCCC-P-GGGGUGCGAUmAGCmAAUUmCCmACCmGUmU（配列番号257）
    CmGGCmGUmAAAACmACmGUmCUmAUmCCCC-P-GGGGAUmAGACGUGUUmUUmACGCCmGUmU（配列番号258）
    CCmAUmUCmAGUmACmAUCmGAUmAUmCCCC-P-GGGGAUmAUCGAUGUmACUGAAUGGUmU（配列番号259）
    GCCmAAAAGGCmUUmCUmACmGUmACCCC-P-GGGGUGCGUmAGAAGCCmUUmUUmGGCUmU（配列番号260）
    GCmAGAAUmGAAUmUCmUCmGUmAACCCC-P-GGGGUUmACGAGAAUmUCmAUUmCUmGCUmU（配列番号261）
    CmGUmACmGAGCACmGUCmGCmGAACCCC-P-GGGGUUCGCGACGUmGCmUCmGUmACmGUmU（配列番号262）
    CmAAACCmAACCmAACmUUmUCmGAUCCC-P-GGGGUCGAAAGUUGGUUGGUmUUmGUmU（配列番号263）
    CmUUmUCmGAUmCUmCmUUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号264）
    CCAACCAACUUUCGAUUUUGGCC-P-GGCCGAGAUCGAAAGUUGGUUGGUU（配列番号619）
    CCCAGGUAACAAACCAAUUGGCC-P-GGCCGGUUGGUUUGUUACCUGGGUU（配列番号620）
    GGUAACAAACCAACCAAUUGGCC-P-GGCCAGUUGGUUGGUUUGUUACCUU（配列番号621）
    CCAGGUAACAAACCAAUUAGGCC-P-GGCCUGGUUGGUUUGUUACCUGGUU（配列番号622）
    CCmAACCmAACUUmUCmGAUUmUUmGGCC-P-GGCCGAGAUCGAAAGUmUGGUUGGUmU（配列番号623）
    CmCCmAGGUmAACmAAACmCmAAUUmGGCC-P-GGCCGGUUGGUUUmGUUmACmCUmGGGUmU（配列番号624）
    GGUmAACmAAACCmAACCmAAUUmGGCC-P-GGCCAGUUGGUUGGUmUUmGUUmACmCUmU（配列番号625）
    CmCAGGUmAACAAACCmAAUUmAGGCC-P-GGCCUGGUUGGUmUUmGUmUmACmCUmGGUmU（配列番号626）
    GUmUUmAAAAGACCmAAUmAAAUmCCCC-P-GGGGAUUUmAUUGGUCmUUmUUmAAACUmU（配列番号627）
    GGUmAUmUCmUUGCUmAGUUmACmACUCC-P-GGAGUGUmAACUmAGCmAAGAAUmACmCUmU（配列番号628）
    CmAAACmAUUmGGCCmGCmAAAUmUmGCCC-P-GGGCAAUUUGCGGCCmAAUGUmUUmGUmU（配列番号629）
    GGCmAUUCmAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号630）
    GGCmAUUCmAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号631）
    GGCmAUUCAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUmACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号632）
    GGCmAUUCAGUmACGGUCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号633）
    GGCmAUUmCAGUmACGGUmCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU配列番号634）
    GCCmAAAAGGCUUCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUmAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号635）
    GCCmAAAAGGCUUCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号636）
    GCCmAAAAGGCUUCUmACGCAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUUUUGGCUmU（配列番号637）
    GCCmAAAAGGCUmUmCUmACGUmAGGCC-P-GGCCUGCGUmAGAAGCCUmUUmUGGCUmU（配列番号638）
    GCCmAAAAGGCUmUmCUmACGCAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUmUUmUGGCUmU（配列番号639）
    GCmAGAAUGAAUUCUCGUmAAGGCC-P-GGCCUUmACGAGAAUUCmAUUCUGCUmU（配列番号640）
    GCmAGAAUGAAUUCUCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUCmAUUCUGCUmU（配列番号641）
    GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUmACGAGAAUUmCmAUUmCUmGCUmU（配列番号642）
    GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUmCmAUUmCmUmGCmUmU（配列番号643）
    GCmAGAAUGAAUUmCUmCGUmAAGGCC-P-GGCCUUACGAGAAUUmCmAUUmCUmGCUmU（配列番号644）
    CmUUmUmCmGAUmCUmCUmUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号645）
    CmUUmUCmGAUmCUmCmUUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号646）
    CmUUmUmCmGAUCUmCUmUmGUmAGAUmCUCC-P-GGAGAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号647）
    CmUUmUCmGAUCUmCmUUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUmACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号648）
    CmUUmUmCmGAUCUmCUmUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号649）
    （Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
  15. 　下記の構造を有する核酸分子。
    GGCmAUUmCAGUmACGGUmCGUmAGGCC-P-GGCCUACGACCGUmACUGAAUGCmCUmU（配列番号634）
    （Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
  16. 　下記の構造を有する核酸分子。
    GCCmAAAAGGCUmUmCUmACGCAGGCC-P-GGCCUGCGUAGAAGCCUmUUmUGGCUmU（配列番号639）
    （Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
  17. 　下記の構造を有する核酸分子。
    CmUUmUCmGAUmCUmCmUUmGUmAGAUGGCC-P-GGCCAUCUACAAGAGAUCGAAAGUmU（配列番号646）
    （Pは前記式で表されるプロリン誘導体リンカーを、mは2’位のヒドロキシ基がメトキシ基で置換されていることを、それぞれ示す。）
  18. 　請求項１～８のいずれか１項に記載の核酸分子を発現する発現ベクター。
  19. 　請求項１～１７のいずれか１項に記載の核酸分子または請求項１８に記載の発現ベクターを含む、医薬。
  20. 　SARS-CoV-2の増殖抑制用である、請求項１９に記載の医薬。
  21. 　COVID-19の治療または予防用である、請求項２０に記載の医薬。
PCT/JP2021/015214 2020-05-27 2021-04-12 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２遺伝子発現抑制核酸分子及びその用途 WO2021241040A1 (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2022527562A JPWO2021241040A1 (ja) 2020-05-27 2021-04-12

Applications Claiming Priority (8)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2020092744 2020-05-27
JP2020-092744 2020-05-27
JP2020-137154 2020-08-14
JP2020137154 2020-08-14
JP2020176997 2020-10-21
JP2020-176997 2020-10-21
JP2021033761 2021-03-03
JP2021-033761 2021-03-03

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2021241040A1 true WO2021241040A1 (ja) 2021-12-02

Family

ID=78744331

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/JP2021/015214 WO2021241040A1 (ja) 2020-05-27 2021-04-12 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２遺伝子発現抑制核酸分子及びその用途

Country Status (2)

Country Link
JP (1) JPWO2021241040A1 (ja)
WO (1) WO2021241040A1 (ja)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2022230974A1 (ja) * 2021-04-28 2022-11-03 日本新薬株式会社 抗ウイルス核酸

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2016167366A1 (ja) * 2015-04-17 2016-10-20 国立大学法人 東京大学 眼疾患治療剤
JP2018191580A (ja) * 2017-05-17 2018-12-06 国立大学法人 東京大学 Ｕ１１ ｓｎＲＮＡの機能を抑制する核酸分子およびその用途
CN111139242A (zh) * 2020-04-03 2020-05-12 苏州吉玛基因股份有限公司 一种小干扰核酸及组合物和应用
CN111139241A (zh) * 2020-04-03 2020-05-12 苏州吉玛基因股份有限公司 抑制新型冠状病毒的小干扰核酸及组合物和应用

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2016167366A1 (ja) * 2015-04-17 2016-10-20 国立大学法人 東京大学 眼疾患治療剤
JP2018191580A (ja) * 2017-05-17 2018-12-06 国立大学法人 東京大学 Ｕ１１ ｓｎＲＮＡの機能を抑制する核酸分子およびその用途
CN111139242A (zh) * 2020-04-03 2020-05-12 苏州吉玛基因股份有限公司 一种小干扰核酸及组合物和应用
CN111139241A (zh) * 2020-04-03 2020-05-12 苏州吉玛基因股份有限公司 抑制新型冠状病毒的小干扰核酸及组合物和应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ITANI, R. ET AL.: "Optimizing use of theranostic nanoparticles as a life-saving strategy for treating COVID-19 patient s", THERANOSTICS, vol. 10, no. 13, 1 May 2020 (2020-05-01), pages 5932 - 5942, XP055759771, DOI: 10.7150/thno.46691 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2022230974A1 (ja) * 2021-04-28 2022-11-03 日本新薬株式会社 抗ウイルス核酸

Also Published As

Publication number Publication date
JPWO2021241040A1 (ja) 2021-12-02

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7002603B2 (ja) Ｐｄ－ｌ１発現低減用のオリゴヌクレオチド
US20220396793A1 (en) Methods and compositions for the specific inhibition of alpha-1 antitrypsin by double-stranded rna
US10676742B2 (en) Methods and compositions for the specific inhibition of transthyretin (TTR) by double-stranded RNA
EP2431466B1 (en) Single-strand nucleic acid molecule for controlling gene expression
WO2015093495A1 (ja) ＴＧＦ－β１遺伝子発現制御のための一本鎖核酸分子
US20230021431A1 (en) OLIGONUCLEOTIDES FOR SARS-CoV-2 MODULATION
WO2018199338A1 (ja) Ｂ型肝炎治療用核酸分子
JP6882741B2 (ja) プロレニン遺伝子またはプロレニン受容体遺伝子の発現を抑制する一本鎖核酸分子およびその用途
JP2021072862A (ja) Ｂ型肝炎感染の治療用のＰＡＰＤ５及びＰＡＰＤ７ ｍＲＮＡを低減させるための核酸分子
WO2021241040A1 (ja) ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２遺伝子発現抑制核酸分子及びその用途
WO2021132648A1 (ja) Ｒｅｃｑｌの発現を阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド及びその用途
JP7241098B2 (ja) 線維症治療剤
WO2021107097A1 (ja) Ｂ型肝炎治療用核酸分子
JP2017046596A (ja) ＴＧＦ−β１遺伝子発現制御のための一本鎖核酸分子
WO2015046451A1 (ja) 眼科疾患を除くペリオスチン発現に起因する疾患用医薬、およびその用途
WO2021132660A1 (ja) ＴＧＦ－β１遺伝子の発現を抑制する一本鎖核酸分子
EP3235906B1 (en) Single-stranded nucleic acid molecule for inhibiting tgf- beta 1 expression
JP7427227B2 (ja) 腫瘍細胞の生存を低下させるｋｒａｓアンチセンスオリゴヌクレオチド及びその用途
JP2018191580A (ja) Ｕ１１ ｓｎＲＮＡの機能を抑制する核酸分子およびその用途
JP7427228B2 (ja) 腫瘍細胞の生存を低下させるｄｆｆａアンチセンスオリゴヌクレオチド及びその用途
JP2020198784A (ja) 免疫機能を調節する核酸分子およびその用途
JP2023161422A (ja) 二本鎖領域を有する抗ウイルス核酸
EP3483272A1 (en) Products and compositions
EP3385381A1 (en) Products and compositions
JP2014140341A (ja) Ｒｐｎ２遺伝子の発現抑制用核酸分子、ｒｐｎ２遺伝子の発現抑制方法、およびその用途

Legal Events

Date Code Title Description
121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 21811983

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1

ENP Entry into the national phase

Ref document number: 2022527562

Country of ref document: JP

Kind code of ref document: A

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

122 Ep: pct application non-entry in european phase

Ref document number: 21811983

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A1