WO2021181994A1 - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質に対する抗体のエピトープ、該エピトープに反応する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法、該抗体を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出キット、該エピトープのポリペプチドを含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出する方法、該エピトープのポリペプチドを含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体検出キット、該エピトープのポリペプチドを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用ワクチン及び該抗体を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症治療薬 - Google Patents
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質に対する抗体のエピトープ、該エピトープに反応する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法、該抗体を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出キット、該エピトープのポリペプチドを含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出する方法、該エピトープのポリペプチドを含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体検出キット、該エピトープのポリペプチドを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用ワクチン及び該抗体を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症治療薬 Download PDFInfo
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- C07K16/08—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses
- C07K16/10—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses from RNA viruses
- C07K16/1002—Coronaviridae
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
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- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56983—Viruses
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- A—HUMAN NECESSITIES
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- A61K2039/60—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characteristics by the carrier linked to the antigen
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- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/30—Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
- C07K2317/34—Identification of a linear epitope shorter than 20 amino acid residues or of a conformational epitope defined by amino acid residues
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- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
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- C12N2770/20011—Coronaviridae
- C12N2770/20022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
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- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
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- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/20011—Coronaviridae
- C12N2770/20034—Use of virus or viral component as vaccine, e.g. live-attenuated or inactivated virus, VLP, viral protein
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- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
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- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
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- G01N2333/165—Coronaviridae, e.g. avian infectious bronchitis virus
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- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2469/00—Immunoassays for the detection of microorganisms
- G01N2469/10—Detection of antigens from microorganism in sample from host
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- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2469/00—Immunoassays for the detection of microorganisms
- G01N2469/20—Detection of antibodies in sample from host which are directed against antigens from microorganisms
Definitions
- the present invention relates to an epitope of an antibody against a structural protein of SARS-CoV-2, an antibody that reacts with the epitope, a method for detecting SARS-CoV-2 using the antibody, and a SARS-CoV-2 detection kit containing the antibody.
- the present invention relates to a vaccine and a SARS-CoV-2 infectious disease therapeutic agent containing the antibody.
- Coronavirus is an enveloped virus with a positive single-stranded RNA genome and a nucleocapsid with spiral symmetry.
- Beta coronavirus is a coronavirus that infects humans, and among them, MERS coronavirus (MERS-CoV) and SARS coronavirus (SARS-CoV) are known to cause serious respiratory symptoms.
- MERS coronavirus MERS coronavirus
- SARS-CoV SARS coronavirus
- SARS-CoV-2 coronavirus
- Non-Patent Document 1 Since the outbreak of SARS-CoV-2, there have been reports on the antigenicity and candidate epitope of SARS-CoV-2 (for example, Non-Patent Document 1), but the candidate epitope has been used to develop a vaccine against SARS-CoV-2. An epitope that is oriented and suitable for detecting SARS-CoV-2 and an antibody that recognizes the epitope have not yet been reported.
- An object of the present invention is to provide an antibody that detects SARS-CoV-2, a method for detecting SARS-CoV-2 using the antibody, and a detection kit containing the antibody. Further, the present invention is an antibody that simultaneously detects human infectious coronavirus that causes serious respiratory symptoms such as MERS-CoV and SARS-CoV in addition to SARS-CoV-2, and SARS-CoV using the antibody. It is an object of the present invention to provide a method for simultaneously detecting -2 and human infectious coronavirus and a detection kit containing the antibody.
- the viral antigenicity is strong in the region having a specific amino acid sequence in the structural protein constituting SARS-CoV-2, and the specific amino acid sequence is SARS-CoV-2.
- the present invention has been completed by finding that it is useful as an epitope (polypeptide) recognized by an antibody that detects a virus.
- the present invention provides a monoclonal antibody that specifically reacts with the structural protein of SARS-CoV-2 or an antigen-binding fragment thereof, and a detection kit for SARS-CoV-2 containing the antibody.
- the structural protein of SARS-CoV-2 is at least one protein selected from the group consisting of S-protein, N-protein, M-protein and E-protein.
- the present invention is to contact a monoclonal antibody or an antigen-binding fragment thereof that specifically reacts with the structural protein of SARS-CoV-2 with a sample, and detect SARS-CoV-2 by an immunological measurement method.
- a method for detecting SARS-CoV-2 in a sample including.
- a sandwich method using at least two types of monoclonal antibodies or antigen-binding fragments thereof for each structural protein is preferable.
- the present invention specifically reacts with the structural protein of SARS-CoV-2 and the structural protein of human infectious coronavirus (preferably MERS-CoV and / or SARS-CoV) other than SARS-CoV-2.
- Detection kit for human infectious coronaviruses other than SARS-CoV-2 and SARS-CoV-2 preferably MERS-CoV and / or SARS-CoV
- the structural protein of SARS-CoV-2 is at least one protein selected from the group consisting of S-protein, N-protein, M-protein and E-protein, and is SARS-CoV-2.
- the structural protein of the human infectious coronavirus other than the above is at least one protein selected from the group consisting of S-protein, N-protein, M-protein and E-protein.
- the present invention also provides an epitope (polypeptide) recognized by an antibody that detects SARS-CoV-2. Furthermore, the present invention relates to a method for detecting an anti-SARS-CoV-2 antibody containing a polypeptide of the epitope, an anti-SARS-CoV-2 antibody detection kit containing the polypeptide of the epitope, and SARS containing the polypeptide of the epitope. -Providing a vaccine for CoV-2 and a therapeutic agent for SARS-CoV-2 infection containing the antibody.
- an antibody for detecting SARS-CoV-2 it is possible to provide an antibody for detecting SARS-CoV-2, a method for detecting SARS-CoV-2 using the antibody, and a detection kit containing the antibody.
- the present invention also provides an antibody that simultaneously detects coronavirus that causes serious respiratory symptoms such as MERS-CoV and SARS-CoV in addition to SARS-CoV-2, and a detection kit containing the antibody. be able to.
- an epitope polypeptide
- SARS-CoV-2 belongs to the genus Beta coronavirus, which is mainly composed of S-protein (surface protein), N-protein (nucleocapsid protein), M-protein (membrane protein) and E-protein (envelope protein). It is a virus.
- the monoclonal antibody according to the present embodiment is at least one selected from the group consisting of major structural proteins constituting SARS-CoV-2, that is, S-protein, N-protein, M-protein and E-protein. Reacts specifically with proteins.
- “specifically” means an antigen antibody at a level at which the antibody can be detected as a protein component other than the protein of SARS-CoV-2 in a liquid system in which a protein and a monoclonal antibody according to the present embodiment are mixed. It means that no reaction occurs, or even if some binding reaction or association reaction occurs, the reaction is clearly weaker than the antigen-antibody reaction of the antibody with the protein of SARS-CoV-2.
- the SARS-CoV-2 S-protein (surface protein; hereinafter, also simply referred to as "S-protein” in the present specification) is typically composed of 1273 amino acid sequences represented by SEQ ID NO: 1.
- the S-protein may be a protein consisting of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 or a protein having 90% or more (preferably 95% or more) sequence identity with SEQ ID NO: 1.
- the monoclonal antibodies that specifically react with the S-protein of SARS-CoV-2 are S-proteins 66-85 (SEQ ID NO: 5), 87-107 (SEQ ID NO: 6), 105.
- SEQ ID NO: 7 To 131st (SEQ ID NO: 7), 140 to 157th (SEQ ID NO: 8), 155 to 170th (SEQ ID NO: 9), 522 to 541th (SEQ ID NO: 10), 538 to 562th (SEQ ID NO: 11), 595 Amino acids at positions 611 (SEQ ID NO: 12), 670 to 693 (SEQ ID NO: 13), 761 to 797 (SEQ ID NO: 14), 802 to 818 (SEQ ID NO: 15) or 1235-1273 (SEQ ID NO: 16).
- the antigenicity score of these amino acid regions was higher than that of the threshold score, and at least 16 amino acid sequences were used. It is a polypeptide consisting of.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the S-protein of SARS-CoV-2 is preferably the 71st to 83rd, 89th to 103rd, 107th to 127th, and 143rd to 154th S-protein of the S-protein. It binds to the amino acid regions of positions 158 to 167, 524 to 538, 546 to 560, 598 to 608, 672 to 691, 772 to 796, 806 to 816 or 1238 to 1269. These amino acid regions are polypeptides consisting of at least 10 amino acid sequences, with the antigenicity score higher than the threshold score in FIG. 1, which scores the strength of antigenicity for the entire S-protein molecule.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the S-protein according to the present embodiment is more preferably the 73rd to 79th, 93rd to 99th, 109th to 115th, 145th to 152nd, 160th to 165th of the S-protein. It binds to the amino acid regions of positions 526 to 531, 535 to 558, 599 to 607, 674 to 684, 773 to 795, 808 to 814, or 1257 to 1261. These amino acid regions are polypeptides having the highest antigenicity score compared to the threshold score in FIG. 1, which scores the strength of antigenicity for the entire S-protein molecule, and consists of at least 5 amino acid sequences.
- N-protein of SARS-CoV-2 (nucleocapsid protein; hereinafter, also simply referred to as "N-protein” in the present specification) consists of 419 amino acid sequences represented by SEQ ID NO: 2.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the N-protein according to the present embodiment is the N-protein at positions 1 to 18 (SEQ ID NO: 17), 19 to 49 (SEQ ID NO: 18), and 174 to 207 (SEQ ID NO: 17). 19), 230-252 (SEQ ID NO: 20), 247-267 (SEQ ID NO: 21), 336-350 (SEQ ID NO: 22), 362-379 (SEQ ID NO: 23), 377-395 (SEQ ID NO: 21) 24) or binds to the amino acid region of positions 401-419 (SEQ ID NO: 25).
- SEQ ID NO: 17 amino acid region of positions 1 to 18
- 19 to 49 SEQ ID NO: 18
- 174 to 207 SEQ ID NO: 17
- 19 230-252
- SEQ ID NO: 21 247-267
- 336-350 SEQ ID NO: 22
- 362-379 SEQ ID NO: 23
- 377-395 SEQ ID NO: 21
- these amino acid regions have an antigenicity score higher than that of the threshold score (threshold score), and are amino acids consisting of at least 15 sequences. It is a polypeptide consisting of a sequence.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the N-protein according to the present embodiment is preferably the 1st to 12th, 20th to 48th, 175th to 206th, 234 to 250th, and 254 to 263th of the N-protein. It binds to the amino acid regions of positions 338 to 348, 366 to 377, 381 to 391 or 403 to 417. These amino acid regions are polypeptides consisting of at least 10 amino acid sequences, with the antigenicity score higher than the threshold score in FIG. 2, which scores the strength of antigenicity for the entire N-protein molecule.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the N-protein according to the present embodiment is more preferably the 4th to 11th, 27th to 41st, 185th to 196th, 237th to 247th, 256th to 261st of the N-protein. It binds to the amino acid regions of positions 340 to 347, 376 to 375, 384 to 390, or 406 to 415. These amino acid regions are polypeptides having the highest antigenicity score compared to the threshold score in FIG. 2, which scores the strength of antigenicity for the entire N-protein molecule, and consists of at least 6 amino acid sequences.
- SARS-CoV-2 M-protein membrane protein; hereinafter, also simply referred to as "M-protein” in the present specification
- M-protein consists of 222 amino acid sequences represented by SEQ ID NO: 3.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the M-protein according to this embodiment is the M-protein at positions 1 to 24 (SEQ ID NO: 26), 33 to 50 (SEQ ID NO: 27), and 101 to 120 (SEQ ID NO: 26). 28), it binds to the amino acid regions of positions 121 to 139 (SEQ ID NO: 29), 146 to 171 (SEQ ID NO: 30), 169 to 195 (SEQ ID NO: 31) or 193 to 222 (SEQ ID NO: 32).
- SEQ ID NO: 29 amino acid regions of positions 121 to 139
- SEQ ID NO: 30 146 to 171
- 169 to 195 SEQ ID NO: 31
- 193 to 222 SEQ ID NO: 32.
- FIG. 3 in which the strength of antigenicity of the entire M-protein molecule was scored, the antigenicity score of these amino acid regions was higher than that of the threshold score, and at least 18 amino acid sequences were used. It is a polypeptide consisting of.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the M-protein according to the present embodiment is preferably the 1st to 19th, 38th to 45th, 103rd to 118th, 122nd to 138th, 155th to 168th of the M-protein. It binds to the amino acid region of positions 172 to 195 or 196 to 216. These amino acid regions are polypeptides consisting of at least 8 amino acid sequences, with the antigenicity score higher than the threshold score in FIG. 3, which scores the strength of antigenicity for the entire M-protein molecule.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the M-protein according to the present embodiment is more preferably the 1st to 16th, 40th to 44th, 105th to 117th, 123rd to 136th, 160th to 167th of the M-protein. , 173 to 179th or 205 to 215th amino acid region.
- These amino acid regions are polypeptides having an amino acid sequence consisting of at least 5 sequences, which has the highest antigenicity score as compared with the threshold score in FIG. 3, which scores the strength of antigenicity for the entire M-protein molecule. ..
- the SARS-CoV-2 E-protein (envelope protein; hereinafter, also simply referred to as "E-protein” in the present specification) consists of 75 amino acid sequences represented by SEQ ID NO: 4.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the E-protein binds to the amino acid region of positions 1 to 19 (SEQ ID NO: 33) or 50 to 75 (SEQ ID NO: 34) of the E-protein.
- SEQ ID NO: 33 amino acid region of positions 1 to 19
- SEQ ID NO: 34 amino acid region of positions 1 to 19
- the antigenicity score of these amino acid regions was higher than that of the threshold score, and at least 19 amino acid sequences. It is a polypeptide consisting of.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the E-protein according to the present embodiment preferably binds to the amino acid region of the 4th to 13th or 51st to 72nd positions of the E-protein.
- These amino acid regions are polypeptides consisting of at least 10 amino acid sequences, with the antigenicity score higher than the threshold score in FIG. 4, which scores the strength of antigenicity for the entire E-protein molecule.
- the monoclonal antibody that specifically reacts with the E-protein more preferably binds to the 5th to 10th or 60th to 71st amino acid regions of the E-protein. These amino acid regions are polypeptides having the highest antigenicity score compared to the threshold score in FIG. 4, which scores the strength of antigenicity for the entire E-protein molecule, and consists of at least 6 amino acid sequences.
- the antigen-binding site can be separated and used. That is, fragments having specific antigen-binding properties (antigen-binding fragments) such as Fab, Fab', F (ab') 2, single-chain antibody (scFv), and VHH produced by a known method are present. It is included in the scope of the invention.
- the class of the monoclonal antibody according to this embodiment is not limited to IgG, and may be IgY, IgM, Camel Ig or Ig NAR.
- antibody means “antibody or antigen-binding fragment thereof” unless it is clear from the context.
- the monoclonal antibody according to the present embodiment uses a known immunological method in SARS-CoV-2 protein or a partial peptide thereof (for example, in the above-mentioned S-protein, N-protein, M-protein or E-protein). It can be obtained by immunizing an immunized animal (polypeptide consisting of a specific amino acid region) and producing a hybridoma using the cells of the immunized animal, or by producing it as a recombinant antibody by a gene recombination technique. ..
- the length of the peptide used for immunization is not particularly limited, but a peptide of 5 amino acids or more, more preferably 10 amino acids or more, still more preferably 13 amino acids or more can be used as an immunogen.
- the SARS-CoV-2 protein used as an immunogen can be obtained from a cultured virus solution, but the DNA encoding the SARS-CoV-2 protein is incorporated into a plasmid vector and introduced into a host cell for expression. Can also be obtained by.
- the SARS-CoV-2 protein as an immunogen or a partial peptide thereof can be expressed as a fusion protein with a protein as exemplified below, and can be used as an immunogen after purification or as unpurified.
- Glutathione S-transferase GST
- MBP maltose-binding protein
- TRX thioredoxin
- Nus tag, S tag, HSV which are commonly used by those skilled in the art as "protein expression / purification tags" for producing fusion proteins.
- Tags FLAG tags, polyhistidine tags, Protein tags, Strip-II tags, Myc tags, HA tags, V5 tags, E tags, T7 tags, VSV-G tags, Glu-Glu tags, Avi tags and the like can be used.
- the fusion protein with these is preferably used as an immunogen after cleaving the protein of SARS-CoV-2 or a partial peptide portion thereof and a tag portion other than the tag portion using a digestive enzyme, separating and purifying the protein.
- Preparation of monoclonal antibodies from immunized animals can be easily performed by the method of well-known Keller et al. (Kohler et al., Nature, vol. 256, p495-497 (1975)). That is, antibody-producing cells such as splenocytes and lymphocytes are collected from immunized animals and fused with mouse myeloma cells by a conventional method to prepare a hybridoma, and the obtained hybridoma is cloned by a limiting dilution method or the like. , Among the monoclonal antibodies produced by each of the cloned hybridomas, a monoclonal antibody that reacts with the protein of SARS-CoV-2 as an antigen antibody is selected.
- a known immunoglobulin purification method can be used to purify the monoclonal antibody from ascites or culture supernatant.
- a fractionation method by salting out using ammonium sulfate or sodium sulfate, a PEG fractionation method, an ethanol fractionation method, a DEAE ion exchange chromatography method, a gel filtration method and the like can be mentioned.
- It can also be purified by an affinity chromatography method using a carrier to which any of protein A, protein G, and protein L is bound, depending on the immune animal species and the class of the monoclonal antibody.
- the method for detecting SARS-CoV-2 is at least one selected from the group consisting of SARS-CoV-2 protein, that is, S-protein, N-protein, M-protein and E-protein. It involves contacting a sample with a monoclonal antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically reacts with a protein of a species and detecting SARS-CoV-2 by immunoassay.
- sample used in the detection method according to the present embodiment examples include body fluids such as human or animal blood, serum, plasma, urine, semen, spinal fluid, saliva, sweat, tears, ascites or sheep water; mucus; feces; blood vessels.
- body fluids such as human or animal blood, serum, plasma, urine, semen, spinal fluid, saliva, sweat, tears, ascites or sheep water; mucus; feces; blood vessels.
- organs such as the liver; tissues; cells, or biological samples that may contain the protein of SARS-CoV-2, such as cells or extracts thereof, preferably the oral cavity, the nasal cavity, which are easy to collect.
- the method for collecting these samples is not particularly limited, and a known method can be adopted. Specifically, a method using a cotton swab can be mentioned.
- the measurement of SARS-CoV-2 protein according to the present embodiment can be adopted by any immunological measurement method well known to those skilled in the art.
- the immunological measurement method include a competitive method, an agglutination method, a Western blotting method, an immunostaining method, and a sandwich method.
- a sandwich method using at least two types of monoclonal antibodies is preferable.
- the sandwich method itself is well known in the field of immunoassay, and can be performed by, for example, an immunochromatography method, an ELISA method, or the like.
- the measurement method according to the present embodiment can be carried out by a well-known sandwich method except that a monoclonal antibody that specifically reacts with the above-mentioned SARS-CoV-2 protein is used.
- the protein of SARS-CoV-2 to be measured is S-protein
- the protein of SARS-CoV-2 to be measured is N-protein
- the 1st to 18th (SEQ ID NO: 17), 19th to 49th (SEQ ID NO: 18), 174 to 207th (SEQ ID NO: 19) , 230-252 (SEQ ID NO: 20), 247-267 (SEQ ID NO: 21), 336-350 (SEQ ID NO: 22), 362-379 (SEQ ID NO: 23), 377-395 (SEQ ID NO: 24).
- the protein of SARS-CoV-2 to be measured is an E-protein, it can be simultaneously bound to the amino acid regions of positions 1 to 19 (SEQ ID NO: 33) and 50 to 75 (SEQ ID NO: 34). It is preferable to use two types of monoclonal antibodies.
- the SARS-CoV-2 detection kit is at least one selected from the group consisting of SARS-CoV-2 proteins, that is, S-proteins, N-proteins, M-proteins and E-proteins. Contains a monoclonal antibody or an antigen-binding fragment thereof that specifically reacts with the protein of.
- the SARS-CoV-2 detection kit according to the present embodiment can be used in any form used in the above-mentioned immunological measurement method, but preferably, the SARS-CoV-2 can be used accurately, quickly and easily. It is in the form of an immunochromatographic strip from which proteins can be measured.
- a preferred embodiment of the SARS-CoV-2 detection kit according to the present embodiment is the 66th to 85th (SEQ ID NO: 5), 87th to 107th (SEQ ID NO: 6), 105th to 131st (SEQ ID NO:) S-proteins of the S-protein.
- a preferred embodiment of the SARS-CoV-2 detection kit according to the present embodiment is the N-protein at positions 1 to 18 (SEQ ID NO: 17), 19 to 49 (SEQ ID NO: 18), and 174 to 207 (SEQ ID NO: 17). 19), 230-252 (SEQ ID NO: 20), 247-267 (SEQ ID NO: 21), 336-350 (SEQ ID NO: 22), 362-379 (SEQ ID NO: 23), 377-395 (SEQ ID NO: 21) 24) and at least two monoclonal antibodies or antigen-binding fragments thereof capable of simultaneously binding to the amino acid region selected from the group consisting of positions 401 to 419 (SEQ ID NO: 25).
- a preferred embodiment of the SARS-CoV-2 detection kit according to the present embodiment is the M-protein at positions 1 to 24 (SEQ ID NO: 26), 33 to 50 (SEQ ID NO: 27), and 101 to 120 (SEQ ID NO: 26). 28), Amino acid selected from the group consisting of positions 121 to 139 (SEQ ID NO: 29), 146 to 171 (SEQ ID NO: 30), 169 to 195 (SEQ ID NO: 31) and 193 to 222 (SEQ ID NO: 32). Includes at least two types of monoclonal antibodies according to claim 8 or antigen-binding fragments thereof that can simultaneously bind to a region.
- a preferred embodiment of the SARS-CoV-2 detection kit according to the present embodiment is to simultaneously bind to the amino acid regions of positions 1 to 19 (SEQ ID NO: 33) and 50 to 75 (SEQ ID NO: 34) of the E-protein. Includes two types of monoclonal antibodies or antigen-binding fragments thereof.
- the monoclonal antibody according to the present embodiment includes SARS-CoV-2 structural proteins, that is, SARS-CoV-2 S-protein (surface protein), N-protein (nucleocapsid protein), M-protein (membrane protein) and At least one protein selected from the group consisting of E-proteins (envelope proteins), and structural proteins of human infectious coronaviruses other than SARS-CoV-2, that is, human infectious coronas other than SARS-CoV-2. Reacts specifically with at least one protein selected from the group consisting of viral S-protein (surface protein), N-protein (nucleocapsid protein), M-protein (membrane protein) and E-protein (envelope protein). do.
- the antibody is a protein of SARS-CoV-2 and human infectivity other than SARS-CoV-2 in a liquid system in which a protein and a monoclonal antibody according to the present embodiment are mixed. Even if an antigen-antibody reaction does not occur at a detectable level with a protein component other than the coronavirus protein, or even if some binding reaction or association reaction occurs, the SARS-CoV-2 protein of the antibody and SARS-CoV It means that the reaction is clearly weaker than the antigen-antibody reaction with proteins other than the protein of human infectious coronavirus other than -2.
- the human infectious coronavirus other than SARS-CoV-2 is not particularly limited as long as it is a coronavirus that causes serious respiratory symptoms in humans, but is preferably MERS-CoV and / or SARS-CoV, more preferably. Is SARS-CoV.
- the monoclonal antibody according to the present embodiment is the same as the method described in the above [Antibody against SARS-CoV-2, a method for detecting SARS-CoV-2 using the antibody, and a detection kit containing the antibody]. Can be prepared.
- the method for detecting human infectious coronaviruses other than SARS-CoV-2 and SARS-CoV-2 is a structural protein of SARS-CoV-2, that is, an S-protein of SARS-CoV-2. , N-protein, M-protein and E-protein, at least one protein selected from the group, and structural proteins of human infectious coronavirus other than SARS-CoV-2, that is, other than SARS-CoV-2.
- a monoclonal antibody that specifically reacts with at least one protein selected from the group consisting of S-protein, N-protein, M-protein and E-protein of human infectious coronavirus or an antigen-binding fragment thereof and a sample thereof. Includes detecting human infectious coronaviruses other than SARS-CoV-2 and SARS-CoV-2 by immunological measures.
- the sample used in the method according to the present embodiment, the protein of SARS-CoV-2, and the protein of human infectious coronavirus other than SARS-CoV-2 were measured by the above [antibody against SARS-CoV-2, said antibody. It is the same as the sample and measurement method described in the method for detecting SARS-CoV-2 and the detection kit containing the antibody].
- the detection kit for human infectious coronaviruses other than SARS-CoV-2 and SARS-CoV-2 is a structural protein of SARS-CoV-2, that is, an S-protein of SARS-CoV-2.
- At least one protein selected from the group consisting of N-protein, M-protein and E-protein and structural protein of human infectious coronavirus other than SARS-CoV-2, that is, human other than SARS-CoV-2. Includes a monoclonal antibody or antigen-binding fragment thereof that specifically reacts with at least one protein selected from the group consisting of S-protein, N-protein, M-protein and E-protein of infectious coronavirus.
- polypeptide recognized by antibody that detects SARS-CoV-2
- the polypeptide consisting of the amino acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 5 to 34 according to the present embodiment can be used as an epitope recognized by an antibody that detects SARS-CoV-2 present in a sample. Further, the polypeptide according to the present embodiment can be used as an epitope recognized by an antibody that detects human infectious coronavirus other than SARS-CoV-2 in addition to SARS-CoV-2 present in the sample. ..
- the polypeptide according to this embodiment is an anti-SARS-CoV-produced by an antibody against SARS-CoV-2 present in a sample (preferably in blood) (that is, an in vivo defense mechanism against SARS-CoV-2). It can be used as a hapten to detect (2 antibody titers). Therefore, as one embodiment of the present invention, one or more polypeptides having the amino acid sequences of SEQ ID NOs: 5 to 34 are brought into contact with a sample (preferably blood), and anti-SARS- by immunological measurement method. A method for detecting an anti-SARS-CoV-2 antibody in a sample, including detecting a CoV-2 antibody, is provided. Further, as an embodiment of the present invention, an anti-SARS-CoV-2 antibody detection kit containing one or more polypeptides having the amino acid sequences of SEQ ID NOs: 5 to 34 is provided.
- the polypeptide according to this embodiment is an antibody against SARS-CoV-2 present in a sample (preferably in blood) and an antibody against human infectious coronavirus other than SARS-CoV-2 (that is, SARS-CoV-). It can be used as a hapten to detect (anti-human infectious coronavirus antibody titer) produced by an in vivo defense mechanism against human infectious coronavirus other than 2. Therefore, as one embodiment of the present invention, one or more polypeptides having the amino acid sequences of SEQ ID NOs: 5 to 34 are brought into contact with a sample (preferably blood), and anti-SARS- by an immunological measurement method.
- anti-human infectious coronavirus antibodies other than CoV-2 and anti-SARS-CoV-2 antibodies.
- a method for detecting an anti-human infectious coronavirus antibody is provided.
- other than the anti-SARS-CoV-2 antibody and the anti-SARS-CoV-2 antibody which contain one or more polypeptides having the amino acid sequences of SEQ ID NOs: 5 to 34.
- An anti-human infectious coronavirus antibody detection kit is provided.
- the polypeptide according to this embodiment can be used as a basic skeleton of a vaccine for the purpose of preventing infection with SARS-CoV-2 (for example, a peptide vaccine, a cocktail peptide vaccine, a fusion peptide, or a fragment domain containing the peptide).
- SARS-CoV-2 for example, a peptide vaccine, a cocktail peptide vaccine, a fusion peptide, or a fragment domain containing the peptide.
- the polypeptide according to the present embodiment has the possibility of being used as a basic skeleton of a vaccine for the purpose of preventing infection with human infectious coronavirus other than SARS-CoV-2 in addition to SARS-CoV-2. ..
- the polypeptide according to this embodiment is the basic skeleton of a vaccine (for example, a peptide vaccine, a cocktail peptide vaccine, a fusion peptide, or a fragment domain containing the peptide) for the purpose of preventing the aggravation of SARS-CoV-2 infection.
- a vaccine for example, a peptide vaccine, a cocktail peptide vaccine, a fusion peptide, or a fragment domain containing the peptide
- the polypeptide according to the present embodiment is the basic framework of a vaccine aimed at preventing the aggravation of human infectious coronavirus infections other than SARS-CoV-2 in addition to SARS-CoV-2 infections. Has the possibility of being used as.
- a monoclonal antibody or an antigen-binding fragment thereof that specifically reacts with the polypeptide according to the present embodiment has potential as an antibody drug (neutralizing antibody) for the treatment of SARS-CoV-2 infection. ..
- the monoclonal antibody or the antigen-binding fragment thereof that specifically reacts with the polypeptide according to the present embodiment is used for human infectious coronavirus infections other than SARS-CoV-2 in addition to SARS-CoV-2 infections. It has the potential as an antibody drug (neutralizing antibody) for the treatment of.
- the human infectious coronavirus other than SARS-CoV-2 in each of the above-described embodiments is not particularly limited as long as it is a coronavirus that causes serious respiratory symptoms in humans, but is preferably MERS-CoV and / or SARS. -CoV, more preferably SARS-CoV.
- Example 1 Measurement of antibody titer
- 3 BALB / c mice were intraperitoneally administered at a dose of 100 ⁇ g / 200 ⁇ L / head.
- a sigma adjuvant system was used as an adjuvant. Blood was collected over time during the immunization period from the tail vein. The antibody titer was confirmed by the peptide conjugate solid-phase ELISA (Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay) method using BSA according to the following procedure. 1) A total of 24 BSA peptide conjugate solutions diluted with PBS to 2 ⁇ g / mL were added to 96-well immunoplates at 100 ⁇ L / well increments, and solid-phased overnight at 4 ° C.
- Example 2 Reactivity of antibody to SARS-CoV-2 inactivated antigen
- EPI_ISL_406034 the inactivating antigen of SARS-CoV-2
- ELISA Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay
- Example 2 As shown in FIG. 6, it was confirmed that all of the 24 types of antibodies obtained in Example 1 reacted with the SARS-CoV-2 inactivating antigen.
- Example 3 Analysis of the epitope of the antibody present in the antiserum when the SARS-CoV-2 inactivated antigen is used as an immunogen
- BALB / c mice were immunized using the SARS-CoV-2 inactivated antigen used in Example 2 as an immunogen in the same procedure as in Example 1.
- the epitope of the antibody present in the obtained antiserum was analyzed by the following procedure.
- the sequence of the N-protein of SARS-CoV-2 (SEQ ID NO: 2) is slid from the N-terminal to the C-terminal side by one amino acid, and is a polypeptide consisting of 15 consecutive amino acids, and each polypeptide chain SARS-CoV-2 N-protein peptide set (BioTides TM Biotinylated Peptides: manufactured by JPT Peptide Technologies GmbH) in which the N-terminal is labeled with biotin and one residue of glycine is added to the C-terminal of each polypeptide chain.
- BioTides TM Biotinylated Peptides: manufactured by JPT Peptide Technologies GmbH in which the N-terminal is labeled with biotin and one residue of glycine is added to the C-terminal of each polypeptide chain.
- BioTides TM Biotinylated Peptides described in 1) above was dissolved in DMF (N, N-dimethylformamide) to prepare BioTides TM Biotinylated Peptides-immobilized LumAvidin Microspheres in LumAvidin Microspheres (manufactured by Liminex) via a biotin-avidin reaction. .. Details of this preparation were in accordance with Luminex's xMAP (registered trademark) Cookbook (Chapter 4.2.1).
- Example 3 As shown in FIG. 7, it was confirmed that the antiserum obtained in Example 3 had a predominant antibody titer against N-protein epitope sequences other than SEQ ID NOs: 21 and 22.
- Example 4 Analysis of the epitope of an antibody present in antiserum when recombinant N-protein is used as an immunogen
- BALB / c mice were immunized using recombinant N-protein (full-length; SEQ ID NO: 2) as an immunogen in the same procedure as in Example 1.
- SEQ ID NO: 2 full-length; SEQ ID NO: 2
- the epitope of the antibody present in the obtained antiserum was analyzed by the same procedure as in Example 3. The result is shown in FIG.
- Example 4 As shown in FIG. 8, it was confirmed that the antiserum obtained in Example 4 had a predominant antibody titer against the entire epitope sequence of the N-protein of SEQ ID NOs: 17 to 25.
- Example 5 Reactivity of antibody in antiserum to epitope sequence of N-protein
- the antisera obtained in Examples 3 and 4 the reactivity of the antibody in the antiserum to the epitope sequence of the N-protein of SEQ ID NOs: 17 to 25 was confirmed by the following procedure. 1) Biotin labeling is applied to the N-terminal of each polypeptide of SEQ ID NO: 17 to 25, the polypeptide is dissolved in DMF (N, N-dimethylformamide), and LumAvidin Microspheres (manufactured by Liminex) is subjected to a biotin-avidin reaction. Biotinylated epitope-peptides-immobilized LumAvidin Microspheres were prepared.
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Abstract
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片であって、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質が、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種である、前記モノクローナル抗体又はその抗原結合性断片、並びに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質に反応する抗体と特異的に反応するハプテンであって、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質が、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種である、前記ハプテンに関する。
Description
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質に対する抗体のエピトープ、該エピトープに反応する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法、該抗体を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出キット、該エピトープのポリペプチドを含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出する方法、該エピトープのポリペプチドを含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体検出キット及び該エピトープのポリペプチドを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用ワクチン及び該抗体を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症治療薬に関する。
コロナウイルスは正の一本鎖ＲＮＡゲノムとらせん対称性のヌクレオカプシドをもつエンベロープウイルスである。ヒトに感染するコロナウイルスとしてはベータコロナウイルスがあり、中でもＭＥＲＳコロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）及びＳＡＲＳコロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）は重篤な呼吸器症状を引き起こすことが知られている。
２０１９年に中国で新型コロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）が発生し、２０２０年２月現在東アジアを中心に東南アジア、中東、ヨーロッパなどで感染拡大が続いている。そのため、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する治療法やワクチンに加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を早期に発見して感染拡大を抑えるべく、迅速かつ簡便な検出法の開発が急務となっている。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の発生以降、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の抗原性及び候補エピトープに関する報告がなされているが（例えば、非特許文献１）、当該候補エピトープはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するワクチンの開発を指向したものであり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出に適したエピトープ及び当該エピトープを認識する抗体については未だ報告されていない。
Suresh Kumar, Preprints, doi: https://www.preprints.org/manuscript/202002.0071/v1
本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法及び該抗体を含む検出キットを提供することを目的とする。また、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に加えてＭＥＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ等の重篤な呼吸器症状を引き起こすヒト感染性コロナウイルスを同時に検出する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びヒト感染性コロナウイルスを同時に検出する方法及び該抗体を含む検出キットを提供することを目的とする。
従来、抗原性を予測する複数のアルゴリズムが報告されているが（例えば、Chou PY, Fasman GD. 1978. Prediction of the secondary structure of proteins from their amino acid sequence. Adv Enzymol Relat Areas Mol Biol 47:45-148）、これらのアルゴリズムは互いに相反する指標を含んでいることから、個々のアルゴリズムでは抗原性予測の精度に乏しいという問題点があった。本発明者らはこれらのアルゴリズムを統合して抗原性の精度を高めることができるための改良を行い、当該改良したアルゴリズムを用いて得られたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を構成する構造タンパク質分子全体についての抗原性の強弱スコア（図１～４）から、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を構成する構造タンパク質における特定のアミノ酸配列を有する領域においてウイルス抗原性が強く、当該特定のアミノ酸配列がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する抗体の認識するエピトープ（ポリペプチド）として有用であることを見出し、本発明を完成した。
すなわち、本発明はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片及び該抗体を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出キットを提供する。ここで、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質は、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質である。
また、本発明はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片と検体とを接触させ、免疫学的測定法によりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出することを含む、検体中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法を提供する。検体中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法においては、各構造タンパク質について少なくとも２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を用いるサンドイッチ法が好ましい。
また、本発明はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルス（好ましくは、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ）の構造タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片及び該抗体を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルス（好ましくは、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ）の検出キットを提供する。ここで、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質は、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質であり、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの構造タンパク質は、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質である。
また、本発明はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する抗体の認識するエピトープ（ポリペプチド）を提供する。更に、本発明は、該エピトープのポリペプチドを含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出する方法、該エピトープのポリペプチドを含む抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体検出キット、該エピトープのポリペプチドを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用ワクチン及び該抗体を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症治療薬を提供する。
本発明によれば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法及び該抗体を含む検出キットを提供することができる。また、本発明によれば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に加えてＭＥＲＳ－ＣｏＶ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ等の重篤な呼吸器症状を引き起こすコロナウイルスを同時に検出する抗体及び該抗体を含む検出キットを提供することができる。さらに、本発明によれば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する抗体の認識するエピトープ（ポリペプチド）を提供することができる。
〔ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法及び該抗体を含む検出キット〕
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、主にＳ－タンパク質（表面タンパク質）、Ｎ－タンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質）、Ｍ－タンパク質（膜タンパク質）及びＥ－タンパク質（エンベロープタンパク質）から構成される、ベータコロナウイルス属のウイルスである。本実施形態に係るモノクローナル抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を構成する主要な構造タンパク質、すなわち、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質と特異的に反応する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、主にＳ－タンパク質（表面タンパク質）、Ｎ－タンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質）、Ｍ－タンパク質（膜タンパク質）及びＥ－タンパク質（エンベロープタンパク質）から構成される、ベータコロナウイルス属のウイルスである。本実施形態に係るモノクローナル抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を構成する主要な構造タンパク質、すなわち、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質と特異的に反応する。
本実施形態において「特異的に」とは、タンパク質と本実施形態に係るモノクローナル抗体が混じり合う液系において、該抗体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質以外のタンパク質成分と検出可能なレベルで抗原抗体反応を起こさないか、又は何らかの結合反応や会合反応を起こしたとしても、該抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質との抗原抗体反応よりも明らかに弱い反応しか起こさないことを意味する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ－タンパク質（表面タンパク質；以下、本明細書において単に「Ｓ－タンパク質」とも称する）は、代表的には配列番号１で表される１２７３個のアミノ酸配列からなる。Ｓ－タンパク質は、配列番号１のアミノ酸配列からなるタンパク質であってもよく、配列番号１と９０％以上（好ましくは９５％以上）の配列同一性を有するタンパク質であってもよい。
本実施形態に係る、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、Ｓ－タンパク質の６６～８５番目（配列番号５）、８７～１０７番目（配列番号６）、１０５～１３１番目（配列番号７）、１４０～１５７番目（配列番号８）、１５５～１７０番目（配列番号９）、５２２～５４１番目（配列番号１０）、５３８～５６２番目（配列番号１１）、５９５～６１１番目（配列番号１２）、６７０～６９３番目（配列番号１３）、７６１～７９７番目（配列番号１４）、８０２～８１８番目（配列番号１５）又は１２３５～１２７３番目（配列番号１６）のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｓ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図１において、抗原性スコア（ａｎｔｉｇｅｎｉｃｉｔｙ ｓｃｏｒｅ）が閾値スコア（ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ ｓｃｏｒｅ）と比較して高く、少なくとも１６個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係る、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、好ましくはＳ－タンパク質の７１～８３番目、８９～１０３番目、１０７～１２７番目、１４３～１５４番目、１５８～１６７番目、５２４～５３８番目、５４６～５６０番目、５９８～６０８番目、６７２～６９１番目、７７２～７９６番目、８０６～８１６番目又は１２３８～１２６９番目のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｓ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図１において、抗原性スコアが閾値スコアと比較してより高く、少なくとも１０個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係る、Ｓ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、より好ましくはＳ－タンパク質の７３～７９番目、９３～９９番目、１０９～１１５番目、１４５～１５２番目、１６０～１６５番目、５２６～５３１番目、５５３～５５８番目、５９９～６０７番目、６７４～６８４番目、７７３～７９５番目、８０８～８１４番目又は１２５７～１２６１番目のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｓ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図１において、抗原性スコアが閾値スコアと比較して最も高く、少なくとも５個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＮ－タンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質；以下、本明細書において単に「Ｎ－タンパク質」とも称する）は、配列番号２で表される４１９個のアミノ酸配列からなる。
本実施形態に係る、Ｎ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、Ｎ－タンパク質の１～１８番目（配列番号１７）、１９～４９番目（配列番号１８）、１７４～２０７番目（配列番号１９）、２３０～２５２番目（配列番号２０）、２４７～２６７番目（配列番号２１）、３３６～３５０番目（配列番号２２）、３６２～３７９番目（配列番号２３）、３７７～３９５番目（配列番号２４）又は４０１～４１９番目（配列番号２５）のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｎ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図２において、抗原性スコア（ａｎｔｉｇｅｎｉｃｉｔｙ ｓｃｏｒｅ）が閾値スコア（ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ ｓｃｏｒｅ）と比較して高く、少なくとも１５配列からなるアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係る、Ｎ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、好ましくはＮ－タンパク質の１～１２番目、２０～４８番目、１７５～２０６番目、２３４～２５０番目、２５４～２６３番目、３３８～３４８番目、３６６～３７７番目、３８１～３９１番目又は４０３～４１７番目のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｎ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図２において、抗原性スコアが閾値スコアと比較してより高く、少なくとも１０個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係る、Ｎ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、より好ましくはＮ－タンパク質の４～１１番目、２７～４１番目、１８５～１９６番目、２３７～２４７番目、２５６～２６１番目、３４０～３４７番目、３６７～３７５番目、３８４～３９０番目又は４０６～４１５番目のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｎ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図２において、抗原性スコアが閾値スコアと比較して最も高く、少なくとも６個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＭ－タンパク質（膜タンパク質；以下、本明細書において単に「Ｍ－タンパク質」とも称する）は、配列番号３で表される２２２個のアミノ酸配列からなる。
本実施形態に係る、Ｍ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、Ｍ－タンパク質の１～２４番目（配列番号２６）、３３～５０番目（配列番号２７）、１０１～１２０番目（配列番号２８）、１２１～１３９番目（配列番号２９）、１４６～１７１番目（配列番号３０）、１６９～１９５番目（配列番号３１）又は１９３～２２２番目（配列番号３２）のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｍ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図３において、抗原性スコア（ａｎｔｉｇｅｎｉｃｉｔｙ ｓｃｏｒｅ）が閾値スコア（ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ ｓｃｏｒｅ）と比較して高く、少なくとも１８個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係る、Ｍ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、好ましくはＭ－タンパク質の１～１９番目、３８～４５番目、１０３～１１８番目、１２２～１３８番目、１５５～１６８番目、１７２～１９５番目又は１９６～２１６番目のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｍ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図３において、抗原性スコアが閾値スコアと比較してより高く、少なくとも８個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係る、Ｍ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、より好ましくはＭ－タンパク質の１～１６番目、４０～４４番目、１０５～１１７番目、１２３～１３６番目、１６０～１６７番目、１７３～１７９番目又は２０５～２１５番目のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｍ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図３において、抗原性スコアが閾値スコアと比較して最も高く、少なくとも５配列からなるアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＥ－タンパク質（エンベロープタンパク質；以下、本明細書において単に「Ｅ－タンパク質」とも称する）は、配列番号４で表される７５個のアミノ酸配列からなる。
本実施形態に係る、Ｅ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、Ｅ－タンパク質の１～１９番目（配列番号３３）又は５０～７５番目（配列番号３４）のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｅ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図４において、抗原性スコア（ａｎｔｉｇｅｎｉｃｉｔｙ ｓｃｏｒｅ）が閾値スコア（ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ ｓｃｏｒｅ）と比較して高く、少なくとも１９個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係る、Ｅ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、好ましくはＥ－タンパク質の４～１３番目又は５１～７２番目のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｅ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図４において、抗原性スコアが閾値スコアと比較してより高く、少なくとも１０個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係る、Ｅ－タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体は、より好ましくはＥ－タンパク質の５～１０番目又は６０～７１番目のアミノ酸領域に結合する。これらのアミノ酸領域は、Ｅ－タンパク質分子全体について抗原性の強弱をスコア化した図４において、抗原性スコアが閾値スコアと比較して最も高く、少なくとも６個のアミノ酸配列からなるポリペプチドである。
本実施形態に係るモノクローナル抗体を基に、抗原結合部位のみを分離させて使用することもできる。すなわち、公知の方法により作製された、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）、ＶＨＨなどの特異的な抗原結合性を有する断片（抗原結合性断片）は本発明の範囲に含まれる。また、本実施形態に係るモノクローナル抗体のクラスはＩｇＧに限定されず、ＩｇＹ、ＩｇＭ、Ｃａｍｅｌ Ｉｇ又はＩｇ ＮＡＲでもよい。なお、本明細書において、文脈からそうでないことが明らかな場合を除き、「抗体」は、「抗体又はその抗原結合性断片」を意味する。
本実施形態に係るモノクローナル抗体は、公知の免疫学的手法を用い、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質又はその部分ペプチド（例えば、上記したＳ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質又はＥ－タンパク質における特定のアミノ酸領域からなるポリペプチド）を被免疫動物に免疫し、被免疫動物の細胞を用いてハイブリドーマを作製することにより、又は遺伝子組換え技術による組換え抗体として作製することにより得ることができる。免疫に用いるペプチドの長さは特に限定されないが、好ましくは５アミノ酸以上、より好ましくは１０アミノ酸以上、更に好ましくは１３アミノ酸以上のペプチドを用いて免疫原とすることができる。
免疫原とするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質は培養ウイルス液から得ることもできるが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質をコードするＤＮＡをプラスミドベクターに組み込み、これを宿主細胞に導入して発現させることにより得ることもできる。
免疫原とするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質又はそれらの部分ペプチドは以下に例示するようなタンパク質と融合タンパク質として発現させ、精製の後、又は未精製のまま免疫原として用いることもできる。融合タンパク質の作製には、当業者が「タンパク質発現・精製タグ」として一般的に用いる、グルタチオンＳ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、チオレドキシン（ＴＲＸ）、Ｎｕｓタグ、Ｓタグ、ＨＳＶタグ、ＦＬＡＧタグ、ポリヒスチジンタグ、Ｓｔｒｅｐタグ、Ｓｔｒｅｐ－ＩＩタグ、Ｍｙｃタグ、ＨＡタグ、Ｖ５タグ、Ｅタグ、Ｔ７タグ、ＶＳＶ－Ｇタグ、Ｇｌｕ－Ｇｌｕタグ、Ａｖｉタグなどが利用できる。これらとの融合タンパク質は、消化酵素を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質又はその部分ペプチド部分とそれ以外のタグ部分とを切断し、分離精製した後に免疫原として用いることが好ましい。
免疫した動物からのモノクローナル抗体の調製は、周知のケラーらの方法（Kohler et al., Nature, vol. 256, p495-497(1975)）により容易に行うことができる。すなわち、免疫した動物から、脾細胞やリンパ球等の抗体産生細胞を回収し、これを常法によりマウスミエローマ細胞と融合させてハイブリドーマを作製し、得られたハイブリドーマを限界希釈法等によりクローニングし、クローニングされた各ハイブリドーマが産生するモノクローナル抗体のうち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質と抗原抗体反応するモノクローナル抗体を選択する。
腹水や培養上清からのモノクローナル抗体の精製は、公知のイムノグロブリン精製法を用いることができる。例えば、硫酸アンモニウムや硫酸ナトリウムを用いた塩析による分画法、ＰＥＧ分画法、エタノール分画法、ＤＥＡＥイオン交換クロマトグラフィー法、ゲルろ過法などが挙げられる。また免疫動物種とモノクローナル抗体のクラスに応じて、プロテインＡ、プロテインＧ、プロテインＬのいずれかを結合させた担体を用いたアフィニティクロマトグラフィー法によっても精製することが可能である。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質、すなわち、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片と検体とを接触させ、免疫学的測定法によりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出することを含む。
本実施形態に係る検出方法において用いる検体としては、例えば、ヒト又は動物の血液、血清、血漿、尿、精液、髄液、唾液、汗、涙、腹水若しくは羊水などの体液；粘液；糞便；血管若しくは肝臓などの臓器；組織；細胞、又はそれらの抽出液など、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質が含まれる可能性のある生体試料が挙げられ、好ましくは、採取が容易である、口腔、扁桃腺、鼻腔、咽頭、喉頭、気管、気管支又は肺などからの細胞及び分泌液、鼻腔ぬぐい液、咽頭ぬぐい液、うがい液、喀痰、気管吸引液、気管支肺胞洗浄液などである。これらの検体を採取する方法は特に限定されず、公知の方法を採用することができる。具体的には、綿棒を用いた方法が挙げられる。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質の測定は、当業者にとって周知の免疫学的測定法であればいずれも採用できる。免疫学的測定法としては、例えば競合法、凝集法、ウェスタンブロット法、免疫染色法、サンドイッチ法などが挙げられる。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質の測定法としては、少なくとも２種類のモノクローナル抗体を使用するサンドイッチ法が好ましい。サンドイッチ法自体は免疫測定の分野において周知であり、例えばイムノクロマト法、ＥＬＩＳＡ法などにより行うことができる。本実施形態に係る測定法は、上記したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体を用いること以外は、周知のサンドイッチ法により行うことができる。
サンドイッチ法において、測定するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質がＳ－タンパク質である場合、６６～８５番目（配列番号５）、８７～１０７番目（配列番号６）、１０５～１３１番目（配列番号７）、１４０～１５７番目（配列番号８）、１５５～１７０番目（配列番号９）、５２２～５４１番目（配列番号１０）、５３８～５６２番目（配列番号１１）、５９５～６１１番目（配列番号１２）、６７０～６９３番目（配列番号１３）、７６１～７９７番目（配列番号１４）、８０２～８１８番目（配列番号１５）及び１２３５～１２７３番目（配列番号１６）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体を用いることが好ましい。
サンドイッチ法において、測定するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質がＮ－タンパク質である場合、１～１８番目（配列番号１７）、１９～４９番目（配列番号１８）、１７４～２０７番目（配列番号１９）、２３０～２５２番目（配列番号２０）、２４７～２６７番目（配列番号２１）、３３６～３５０番目（配列番号２２）、３６２～３７９番目（配列番号２３）、３７７～３９５番目（配列番号２４）及び４０１～４１９番目（配列番号２５）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体を用いることが好ましい。
サンドイッチ法において、測定するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質がＭ－タンパク質である場合、１～２４番目（配列番号２６）、３３～５０番目（配列番号２７）、１０１～１２０番目（配列番号２８）、１２１～１３９番目（配列番号２９）、１４６～１７１番目（配列番号３０）、１６９～１９５番目（配列番号３１）及び１９３～２２２番目（配列番号３２）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体を用いることが好ましい。
サンドイッチ法において、測定するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質がＥ－タンパク質である場合、１～１９番目（配列番号３３）及び５０～７５番目（配列番号３４）のアミノ酸領域に同時に結合することのできる、２種類のモノクローナル抗体を用いることが好ましい。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出キットは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質、すなわち、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出キットは、上記した免疫学的測定法に用いられる形態であればいずれも採用できるが、好ましくは、正確、迅速かつ簡便にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質を測定することが可能なイムノクロマトストリップの形態である。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出キットの好ましい一態様は、Ｓ－タンパク質の６６～８５番目（配列番号５）、８７～１０７番目（配列番号６）、１０５～１３１番目（配列番号７）、１４０～１５７番目（配列番号８）、１５５～１７０番目（配列番号９）、５２２～５４１番目（配列番号１０）、５３８～５６２番目（配列番号１１）、５９５～６１１番目（配列番号１２）、６７０～６９３番目（配列番号１３）、７６１～７９７番目（配列番号１４）、８０２～８１８番目（配列番号１５）及び１２３５～１２７３番目（配列番号１６）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出キットの好ましい一態様は、Ｎ－タンパク質の１～１８番目（配列番号１７）、１９～４９番目（配列番号１８）、１７４～２０７番目（配列番号１９）、２３０～２５２番目（配列番号２０）、２４７～２６７番目（配列番号２１）、３３６～３５０番目（配列番号２２）、３６２～３７９番目（配列番号２３）、３７７～３９５番目（配列番号２４）及び４０１～４１９番目（配列番号２５）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出キットの好ましい一態様は、Ｍ－タンパク質の１～２４番目（配列番号２６）、３３～５０番目（配列番号２７）、１０１～１２０番目（配列番号２８）、１２１～１３９番目（配列番号２９）、１４６～１７１番目（配列番号３０）、１６９～１９５番目（配列番号３１）及び１９３～２２２番目（配列番号３２）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類の請求項８に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出キットの好ましい一態様は、Ｅ－タンパク質の１～１９番目（配列番号３３）及び５０～７５番目（配列番号３４）のアミノ酸領域に同時に結合することのできる、２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む。
〔ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスに対する抗体；該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスを検出する方法；及び該抗体を含む検出キット〕
本実施形態に係るモノクローナル抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ－タンパク質（表面タンパク質）、Ｎ－タンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質）、Ｍ－タンパク質（膜タンパク質）及びＥ－タンパク質（エンベロープタンパク質）からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質、並びにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの構造タンパク質、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスのＳ－タンパク質（表面タンパク質）、Ｎ－タンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質）、Ｍ－タンパク質（膜タンパク質）及びＥ－タンパク質（エンベロープタンパク質）からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質と特異的に反応する。
本実施形態に係るモノクローナル抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ－タンパク質（表面タンパク質）、Ｎ－タンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質）、Ｍ－タンパク質（膜タンパク質）及びＥ－タンパク質（エンベロープタンパク質）からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質、並びにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの構造タンパク質、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスのＳ－タンパク質（表面タンパク質）、Ｎ－タンパク質（ヌクレオカプシドタンパク質）、Ｍ－タンパク質（膜タンパク質）及びＥ－タンパク質（エンベロープタンパク質）からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質と特異的に反応する。
本実施形態において「特異的に」とは、タンパク質と本実施形態に係るモノクローナル抗体が混じり合う液系において、該抗体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスのタンパク質以外のタンパク質成分と検出可能なレベルで抗原抗体反応を起こさないか、又は何らかの結合反応や会合反応を起こしたとしても、該抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスのタンパク質以外のタンパク質との抗原抗体反応よりも明らかに弱い反応しか起こさないことを意味する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスは、ヒトに重篤な呼吸器症状を引き起こすコロナウイルスであれば特に制限されないが、好ましくはＭＥＲＳ－ＣｏＶ及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶであり、より好ましくはＳＡＲＳ－ＣｏＶである。
本実施形態に係るモノクローナル抗体は、上記〔ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法及び該抗体を含む検出キット〕において記載した方法と同様の方法で調製することができる。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスを検出する方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの構造タンパク質、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスのＳ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質に特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片と検体とを接触させ、免疫学的測定法によりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスを検出することを含む。
本実施形態に係る方法において用いる検体、並びにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のタンパク質、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスのタンパク質の測定は、上記〔ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する抗体、該抗体を用いてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法及び該抗体を含む検出キット〕において記載した検体及び測定方法と同様である。
本実施形態に係るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの検出キットは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの構造タンパク質、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスのＳ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種のタンパク質に特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む。
〔ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する抗体の認識するエピトープ（ポリペプチド）〕
本実施形態に係る、配列番号５～３４のいずれか一つのアミノ酸配列からなるポリペプチドは、検体中に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する抗体の認識するエピトープとして利用可能である。また、本実施形態に係るポリペプチドは、検体中に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスを検出する抗体の認識するエピトープとして利用可能である。
本実施形態に係る、配列番号５～３４のいずれか一つのアミノ酸配列からなるポリペプチドは、検体中に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する抗体の認識するエピトープとして利用可能である。また、本実施形態に係るポリペプチドは、検体中に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスを検出する抗体の認識するエピトープとして利用可能である。
本実施形態に係るポリペプチドは、検体中（好ましくは血液中）に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する抗体（すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する生体内での防御機構によって産生した抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体価）を検出するハプテンとして利用可能である。したがって、本発明の一実施形態として、配列番号５～３４のアミノ酸配列を有する１種又は２種以上のポリペプチドと検体（好ましくは血液）とを接触させ、免疫学的測定法により抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出することを含む、検体中の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出する方法が提供される。また、本発明の一実施形態として、配列番号５～３４のアミノ酸配列を有する１種又は２種以上のポリペプチドを含む、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の検出キットが提供される。
本実施形態に係るポリペプチドは、検体中（好ましくは血液中）に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する抗体、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスに対する抗体（すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスに対する生体内での防御機構によって産生した抗ヒト感染性コロナウイルス抗体価）を検出するハプテンとして利用可能である。したがって、本発明の一実施形態として、配列番号５～３４のアミノ酸配列を有する１種又は２種以上のポリペプチドと検体（好ましくは血液）とを接触させ、免疫学的測定法により抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体、及び抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体以外の抗ヒト感染性コロナウイルス抗体を検出することを含む、検体中の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体、及び抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体以外の抗ヒト感染性コロナウイルス抗体を検出する方法が提供される。また、本発明の一実施形態として、配列番号５～３４のアミノ酸配列を有する１種又は２種以上のポリペプチドを含む、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体、及び抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体以外の抗ヒト感染性コロナウイルス抗体の検出キットが提供される。
本実施形態に係るポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染予防を目的としたワクチン（例えば、ペプチドワクチン、カクテルペプチドワクチン、融合ペプチド、又は当該ペプチドを含むフラグメントドメイン）の基本骨格としての利用可能性を有する。また、本実施形態に係るポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの感染予防を目的としたワクチンの基本骨格としての利用可能性を有する。
本実施形態に係るポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の重篤化の予防を目的としたワクチン（例えば、ペプチドワクチン、カクテルペプチドワクチン、融合ペプチド又は当該ペプチドを含むフラグメントドメイン）の基本骨格としての利用可能性を有する。また、本実施形態に係るポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルス感染症の重篤化の予防を目的としたワクチンの基本骨格としての利用可能性を有する。
本実施形態に係るポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の治療を目的とした抗体医薬（中和抗体）としての利用可能性を有する。また、本実施形態に係るポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルス感染症の治療のための抗体医薬（中和抗体）としての利用可能性を有する。
上記した各実施形態におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスとしては、ヒトに重篤な呼吸器症状を引き起こすコロナウイルスであれば特に制限されないが、好ましくはＭＥＲＳ－ＣｏＶ及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶであり、より好ましくはＳＡＲＳ－ＣｏＶである。
〔実施例１：抗体価の測定〕
配列番号５、６、７、８、９、１０、１１、１３、１５、１６、１８、１９、２０、２１、２３、２４、２５、２６、２７、３０、３１、３２、３３又は３４の配列を有する計２４種の各ポリペプチドを、MBS法（Syed Salman Lateef, et al. J Biomol Tech. 2007 Jul; 18(3): 173-176.）に基づき、Blue Carrier Protein（mollusk-derived hemocyanin）とBSA（bovine serum albumin）に各々個別に共有結合させたペプチドコンジュゲートを調製した。Blue Carrier Proteinを用いたペプチドコンジュゲートを免疫抗原として、それぞれ３匹ずつのBALB/cマウスに100 μg/200 μL /headの投与量で腹腔投与した。アジュバントとしてsigma adjuvant systemを使用した。免疫期間中の経時採血は尾静脈から行った。抗体価はBSAを用いたペプチドコンジュゲート固相化ELISA（Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay）法により、以下の手順で確認した。
１）PBSで2 μg/mLに希釈した計２４種のBSAペプチドコンジュゲート溶液を100 μL/wellずつ96-wellイムノプレートに添加し、４℃で一晩固相化した。
２）BSAペプチドコンジュゲート溶液を廃棄し、wash buffer (0.05% Tween20/PBS)で２回洗浄後、MilliQ waterで５倍希釈したBlocking One（ナカライテスク社製）を250 μL/wellずつ添加し、２５℃で１時間程度インキュベートすることによってブロッキングを行った。
３）ブロッキング溶液を廃棄し、wash bufferで２回洗浄後、wash bufferで１００～１００，０００倍希釈したマウス血漿を100 μL/wellずつ添加し、２５℃で２時間インキュベートした。
４）血漿溶液を廃棄し、wash bufferで３回洗浄後、wash bufferで５，０００倍希釈したPeroxidase-Conjugated Goat Anti-Mouse Immunoglobulins（DAKO社製）を100 μL/wellずつ添加し、室温で１時間インキュベートした。
５）抗体溶液を廃棄し、wash bufferで３回洗浄後、TMB溶液（TMB One-Step Substrate System：DAKO社製）を100 μL/wellずつ添加した。
６）２５℃で２０分間インキュベート後、2N H2SO4を100 μL/wellずつ添加して反応を停止した。
７）プレートリーダーで450 nm/630 nmの吸光度を測定した。
その結果を図５ａ～５ｘに示す。なお、図中のＥｒｒｏｒ ｂａｒ（ＳＤ）は免疫マウスの個体間差（ｎ＝３）である。
配列番号５、６、７、８、９、１０、１１、１３、１５、１６、１８、１９、２０、２１、２３、２４、２５、２６、２７、３０、３１、３２、３３又は３４の配列を有する計２４種の各ポリペプチドを、MBS法（Syed Salman Lateef, et al. J Biomol Tech. 2007 Jul; 18(3): 173-176.）に基づき、Blue Carrier Protein（mollusk-derived hemocyanin）とBSA（bovine serum albumin）に各々個別に共有結合させたペプチドコンジュゲートを調製した。Blue Carrier Proteinを用いたペプチドコンジュゲートを免疫抗原として、それぞれ３匹ずつのBALB/cマウスに100 μg/200 μL /headの投与量で腹腔投与した。アジュバントとしてsigma adjuvant systemを使用した。免疫期間中の経時採血は尾静脈から行った。抗体価はBSAを用いたペプチドコンジュゲート固相化ELISA（Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay）法により、以下の手順で確認した。
１）PBSで2 μg/mLに希釈した計２４種のBSAペプチドコンジュゲート溶液を100 μL/wellずつ96-wellイムノプレートに添加し、４℃で一晩固相化した。
２）BSAペプチドコンジュゲート溶液を廃棄し、wash buffer (0.05% Tween20/PBS)で２回洗浄後、MilliQ waterで５倍希釈したBlocking One（ナカライテスク社製）を250 μL/wellずつ添加し、２５℃で１時間程度インキュベートすることによってブロッキングを行った。
３）ブロッキング溶液を廃棄し、wash bufferで２回洗浄後、wash bufferで１００～１００，０００倍希釈したマウス血漿を100 μL/wellずつ添加し、２５℃で２時間インキュベートした。
４）血漿溶液を廃棄し、wash bufferで３回洗浄後、wash bufferで５，０００倍希釈したPeroxidase-Conjugated Goat Anti-Mouse Immunoglobulins（DAKO社製）を100 μL/wellずつ添加し、室温で１時間インキュベートした。
５）抗体溶液を廃棄し、wash bufferで３回洗浄後、TMB溶液（TMB One-Step Substrate System：DAKO社製）を100 μL/wellずつ添加した。
６）２５℃で２０分間インキュベート後、2N H2SO4を100 μL/wellずつ添加して反応を停止した。
７）プレートリーダーで450 nm/630 nmの吸光度を測定した。
その結果を図５ａ～５ｘに示す。なお、図中のＥｒｒｏｒ ｂａｒ（ＳＤ）は免疫マウスの個体間差（ｎ＝３）である。
図５ａ～５ｘに示すとおり、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質のエピトープペプチドに対する抗体価が上昇していることが確認された。
〔実施例２：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原への抗体の反応性〕
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（EPI_ISL_406034）の不活化抗原を固相化したマイクロタイタープレートを用いて、実施例１で得られた計２４種の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原への反応性をELISA（Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay）法により、以下の手順で確認した。
１）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原を固相化した96-wellイムノプレートに実施例１で得られた計２４種の抗体を100 μL/wellずつ添加し、３７℃で１時間インキュベートした。
２）血漿溶液を廃棄し、wash buffer（0.05% Tween20/PBS）で２回洗浄後、dilution buffer（0.05% Tween20, 0.5% BSA/PBS）で２５，０００倍希釈したPeroxidase-conjugated AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG（subclasses 1+2a+2b+3）及びFcγ Fragment Specific（Jackson ImmunoResearch社製）を100 μL/wellずつ添加し、３７℃で１時間インキュベートした。
３）抗体溶液を廃棄し、wash bufferで２回洗浄後、TMB溶液（TMB One-Step Substrate System：DAKO社製）を100 μL/wellずつ添加した。
４）２５℃で２０分間インキュベート後、2N H2SO4を100 μL/wellずつ添加して反応を停止した。
５）プレートリーダーで450 nm/630 nmの吸光度を測定した。
その結果を図６に示す。なお、図中のＥｒｒｏｒ ｂａｒ（１．９６×ＳＤ）は測定間差（ｎ＝３）である。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（EPI_ISL_406034）の不活化抗原を固相化したマイクロタイタープレートを用いて、実施例１で得られた計２４種の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原への反応性をELISA（Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay）法により、以下の手順で確認した。
１）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原を固相化した96-wellイムノプレートに実施例１で得られた計２４種の抗体を100 μL/wellずつ添加し、３７℃で１時間インキュベートした。
２）血漿溶液を廃棄し、wash buffer（0.05% Tween20/PBS）で２回洗浄後、dilution buffer（0.05% Tween20, 0.5% BSA/PBS）で２５，０００倍希釈したPeroxidase-conjugated AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG（subclasses 1+2a+2b+3）及びFcγ Fragment Specific（Jackson ImmunoResearch社製）を100 μL/wellずつ添加し、３７℃で１時間インキュベートした。
３）抗体溶液を廃棄し、wash bufferで２回洗浄後、TMB溶液（TMB One-Step Substrate System：DAKO社製）を100 μL/wellずつ添加した。
４）２５℃で２０分間インキュベート後、2N H2SO4を100 μL/wellずつ添加して反応を停止した。
５）プレートリーダーで450 nm/630 nmの吸光度を測定した。
その結果を図６に示す。なお、図中のＥｒｒｏｒ ｂａｒ（１．９６×ＳＤ）は測定間差（ｎ＝３）である。
図６に示すとおり、実施例１で得られた計２４種の抗体は、何れもＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活性化抗原に反応することが確認された。
〔実施例３：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原を免疫原とした場合の抗血清中に存在する抗体のエピトープの解析〕
実施例２で用いたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原を免疫原として、実施例１と同じ手順でBALB/cマウスに免疫を行った。得られた抗血清中に存在する抗体のエピトープを以下の手順で解析した。
１）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＮ－タンパク質の配列（配列番号２）をＮ末端から１アミノ酸ずつＣ末端側にスライドさせ、且つ連続した１５アミノ酸からなるポリペプチドであり、且つ各ポリペプチド鎖のＮ末端にはビオチン標識を行い、且つ各ポリペプチド鎖のＣ末端にはグリシンを１残基付加した、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｎ－タンパク質ペプチドセット（BioTidesTM Biotinylated Peptides：JPT Peptide Technologies GmbH社製）を用いた。
２）上記１）記載のBioTidesTM Biotinylated PeptidesをDMF（N,N-dimethylformamide）に溶解し、LumAvidin Microspheres（Liminex社製）へビオチン－アビジン反応を介してBioTidesTM Biotinylated Peptides-immobilized LumAvidin Microspheresを調製した。本調製の詳細は、Luminex社のxMAP（registered trademark）Cookbook（Chapter 4.2.1）に従った。
３）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原をBALB/cマウスに免疫して得た抗血清をPBS-TBN（0.02% Tween20, 0.1% BSA/PBS）で１００倍希釈した溶液50 μLと、上記２）で調製したBioTidesTM Biotinylated Peptides-immobilized LumAvidin MicrospheresをＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＮ－タンパク質ペプチド各種に対して500 beads of LumAvidin Microspheresで混合したbeads mix 50 μLを混合後、３７℃で１時間インキュベートした。
４）3000rpmで５分間の遠心後、反応溶液の上清を廃棄し、wash buffer（0.02% Tween20/PBS）で２回洗浄した。
５）R-Phycoerythrin AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG（subclasses 1+2a+2b+3）及びFcγ Fragment Specific（Jackson ImmunoResearch社製）をPBS-TBNで２００倍希釈した溶液100 μLを、上記４）で反応後のbeads mixに添加し、３７℃で１時間インキュベートした。
６）3000rpmで５分間の遠心後、反応溶液の上清を廃棄し、wash bufferで２回洗浄した。
７）PBS-BN（1% BSA/PBS）50 μLを、上記６）で反応後のbeads mixに添加し、beads懸濁液を調製した。
８）上記７）で調製したbeads懸濁液についてBio-Plex 200（Bio-Rad社製）を用いてMFI（meadian fluorescence intensity）を計測した。なお、Blank（reference control）として、上記３）において、抗血清に代えてdiluentであるPBS-TBNのみを測定試料に用いた条件でも計測し、抗血清での計測値からBlankでの計測値を差し引いた値をΔMFI（-Blank）と表した。
その結果を図７に示す。
実施例２で用いたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原を免疫原として、実施例１と同じ手順でBALB/cマウスに免疫を行った。得られた抗血清中に存在する抗体のエピトープを以下の手順で解析した。
１）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＮ－タンパク質の配列（配列番号２）をＮ末端から１アミノ酸ずつＣ末端側にスライドさせ、且つ連続した１５アミノ酸からなるポリペプチドであり、且つ各ポリペプチド鎖のＮ末端にはビオチン標識を行い、且つ各ポリペプチド鎖のＣ末端にはグリシンを１残基付加した、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｎ－タンパク質ペプチドセット（BioTidesTM Biotinylated Peptides：JPT Peptide Technologies GmbH社製）を用いた。
２）上記１）記載のBioTidesTM Biotinylated PeptidesをDMF（N,N-dimethylformamide）に溶解し、LumAvidin Microspheres（Liminex社製）へビオチン－アビジン反応を介してBioTidesTM Biotinylated Peptides-immobilized LumAvidin Microspheresを調製した。本調製の詳細は、Luminex社のxMAP（registered trademark）Cookbook（Chapter 4.2.1）に従った。
３）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２不活化抗原をBALB/cマウスに免疫して得た抗血清をPBS-TBN（0.02% Tween20, 0.1% BSA/PBS）で１００倍希釈した溶液50 μLと、上記２）で調製したBioTidesTM Biotinylated Peptides-immobilized LumAvidin MicrospheresをＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＮ－タンパク質ペプチド各種に対して500 beads of LumAvidin Microspheresで混合したbeads mix 50 μLを混合後、３７℃で１時間インキュベートした。
４）3000rpmで５分間の遠心後、反応溶液の上清を廃棄し、wash buffer（0.02% Tween20/PBS）で２回洗浄した。
５）R-Phycoerythrin AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG（subclasses 1+2a+2b+3）及びFcγ Fragment Specific（Jackson ImmunoResearch社製）をPBS-TBNで２００倍希釈した溶液100 μLを、上記４）で反応後のbeads mixに添加し、３７℃で１時間インキュベートした。
６）3000rpmで５分間の遠心後、反応溶液の上清を廃棄し、wash bufferで２回洗浄した。
７）PBS-BN（1% BSA/PBS）50 μLを、上記６）で反応後のbeads mixに添加し、beads懸濁液を調製した。
８）上記７）で調製したbeads懸濁液についてBio-Plex 200（Bio-Rad社製）を用いてMFI（meadian fluorescence intensity）を計測した。なお、Blank（reference control）として、上記３）において、抗血清に代えてdiluentであるPBS-TBNのみを測定試料に用いた条件でも計測し、抗血清での計測値からBlankでの計測値を差し引いた値をΔMFI（-Blank）と表した。
その結果を図７に示す。
図７に示すとおり、実施例３で得られた抗血清は、配列番号２１と２２以外のＮ－タンパク質エピトープ配列に対して優位な抗体価を有することが確認された。
〔実施例４：recombinant Ｎ－タンパク質を免疫原とした場合の抗血清中に存在する抗体のエピトープの解析〕
recombinant Ｎ－タンパク質（full-length；配列番号２）を免疫原として、実施例１と同じ手順でBALB/cマウスに免疫を行った。得られた抗血清中に存在する抗体のエピトープを実施例３と同じ手順で解析した。その結果を図８に示す。
recombinant Ｎ－タンパク質（full-length；配列番号２）を免疫原として、実施例１と同じ手順でBALB/cマウスに免疫を行った。得られた抗血清中に存在する抗体のエピトープを実施例３と同じ手順で解析した。その結果を図８に示す。
図８に示すとおり、実施例４で得られた抗血清は、配列番号１７～２５のＮ－タンパク質の全エピトープ配列に対して優位な抗体価を有することが確認された。
〔実施例５：Ｎ－タンパク質のエピトープ配列への抗血清中の抗体の反応性〕
実施例３及び実施例４で得られた抗血清を用いて、配列番号１７～２５のＮ－タンパク質のエピトープ配列への上記抗血清中の抗体の反応性を以下の手順で確認した。
１）配列番号１７～２５の各ポリペプチドのＮ末端にビオチン標識を施し、当該ポリペプチドをDMF（N,N-dimethylformamide）に溶解し、LumAvidin Microspheres（Liminex社製）へビオチン－アビジン反応を介してBiotinylated epitope-peptides-immobilized LumAvidin Microspheresを調製した。本調製の詳細は、Luminex社のxMAP（registered trademark）Cookbook（Chapter 4.2.1）に従った。
２）実施例３及び実施例４で得られた抗血清をPBS-TBN（0.02% Tween20, 0.1% BSA/PBS）で１００倍希釈した溶液50 μLと、上記調製したBiotinylated epitope-peptides-immobilized LumAvidin Microspheresを配列番号１７～２５の各ポリペプチドに対して500 beads of LumAvidin Microspheresで混合したbeads mix 50 μLを混合後、３７℃で１時間インキュベートした。
３）3000rpmで５分間の遠心後、反応溶液の上清を廃棄し、wash buffer（0.02% Tween20/PBS）で２回洗浄した。
４）R-Phycoerythrin AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG（subclasses 1+2a+2b+3）及びFcγ Fragment Specific（Jackson ImmunoResearch社製）をPBS-TBNで２００倍希釈した溶液100 μLを、上記３）で反応後のbeads mixに添加し、３７℃で１時間インキュベートした。
５）3000rpmで５分間の遠心後、反応溶液の上清を廃棄し、wash bufferで２回洗浄した。
６）PBS-BN（1% BSA/PBS）50 μLを、上記５）で反応後のbeads mixに添加し、beads懸濁液を調製した。
７）上記６）で調製したbeads懸濁液についてBio-Plex 200（Bio-Rad社製）を用いてMFI（meadian fluorescence intensity）を計測した。なお、Blank（reference control）として、上記２）において、抗血清に代えてdiluentであるPBS-TBNのみを測定試料に用いた条件でも計測した。
その結果を図９に示す。なお、図中のＥｒｒｏｒ ｂａｒ（ＳＤ）は測定間差（ｎ＝３）である。
実施例３及び実施例４で得られた抗血清を用いて、配列番号１７～２５のＮ－タンパク質のエピトープ配列への上記抗血清中の抗体の反応性を以下の手順で確認した。
１）配列番号１７～２５の各ポリペプチドのＮ末端にビオチン標識を施し、当該ポリペプチドをDMF（N,N-dimethylformamide）に溶解し、LumAvidin Microspheres（Liminex社製）へビオチン－アビジン反応を介してBiotinylated epitope-peptides-immobilized LumAvidin Microspheresを調製した。本調製の詳細は、Luminex社のxMAP（registered trademark）Cookbook（Chapter 4.2.1）に従った。
２）実施例３及び実施例４で得られた抗血清をPBS-TBN（0.02% Tween20, 0.1% BSA/PBS）で１００倍希釈した溶液50 μLと、上記調製したBiotinylated epitope-peptides-immobilized LumAvidin Microspheresを配列番号１７～２５の各ポリペプチドに対して500 beads of LumAvidin Microspheresで混合したbeads mix 50 μLを混合後、３７℃で１時間インキュベートした。
３）3000rpmで５分間の遠心後、反応溶液の上清を廃棄し、wash buffer（0.02% Tween20/PBS）で２回洗浄した。
４）R-Phycoerythrin AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG（subclasses 1+2a+2b+3）及びFcγ Fragment Specific（Jackson ImmunoResearch社製）をPBS-TBNで２００倍希釈した溶液100 μLを、上記３）で反応後のbeads mixに添加し、３７℃で１時間インキュベートした。
５）3000rpmで５分間の遠心後、反応溶液の上清を廃棄し、wash bufferで２回洗浄した。
６）PBS-BN（1% BSA/PBS）50 μLを、上記５）で反応後のbeads mixに添加し、beads懸濁液を調製した。
７）上記６）で調製したbeads懸濁液についてBio-Plex 200（Bio-Rad社製）を用いてMFI（meadian fluorescence intensity）を計測した。なお、Blank（reference control）として、上記２）において、抗血清に代えてdiluentであるPBS-TBNのみを測定試料に用いた条件でも計測した。
その結果を図９に示す。なお、図中のＥｒｒｏｒ ｂａｒ（ＳＤ）は測定間差（ｎ＝３）である。
図９に示すとおり、実施例３及び実施例４で得られた抗血清は、配列番号１７～２５のＮ－タンパク質の全エピトープ配列に対して優位な抗体価を有することが確認された。
Claims (36)
- ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片であって、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質が、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種である、前記モノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質がＳ－タンパク質であり、前記Ｓ－タンパク質の６６～８５番目（配列番号５）、８７～１０７番目（配列番号６）、１０５～１３１番目（配列番号７）、１４０～１５７番目（配列番号８）、１５５～１７０番目（配列番号９）、５２２～５４１番目（配列番号１０）、５３８～５６２番目（配列番号１１）、５９５～６１１番目（配列番号１２）、６７０～６９３番目（配列番号１３）、７６１～７９７番目（配列番号１４）、８０２～８１８番目（配列番号１５）又は１２３５～１２７３番目（配列番号１６）のアミノ酸領域に結合する、請求項１に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記Ｓ－タンパク質の７１～８３番目、８９～１０３番目、１０７～１２７番目、１４３～１５４番目、１５８～１６７番目、５２４～５３８番目、５４６～５６０番目、５９８～６０８番目、６７２～６９１番目、７７２～７９６番目、８０６～８１６番目又は１２３８～１２６９番目のアミノ酸領域に結合する、請求項１又は２に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記Ｓ－タンパク質の７３～７９番目、９３～９９番目、１０９～１１５番目、１４５～１５２番目、１６０～１６５番目、５２６～５３１番目、５５３～５５８番目、５９９～６０７番目、６７４～６８４番目、７７３～７９５番目、８０８～８１４番目又は１２５７～１２６１番目のアミノ酸領域に結合する、請求項１又は２に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質がＮ－タンパク質であり、前記Ｎ－タンパク質の１～１８番目（配列番号１７）、１９～４９番目（配列番号１８）、１７４～２０７番目（配列番号１９）、２３０～２５２番目（配列番号２０）、２４７～２６７番目（配列番号２１）、３３６～３５０番目（配列番号２２）、３６２～３７９番目（配列番号２３）、３７７～３９５番目（配列番号２４）又は４０１～４１９番目（配列番号２５）のアミノ酸領域に結合する、請求項１に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記Ｎ－タンパク質の１～１２番目、２０～４８番目、１７５～２０６番目、２３４～２５０番目、２５４～２６３番目、３３８～３４８番目、３６６～３７７番目、３８１～３９１番目又は４０３～４１７番目のアミノ酸領域に結合する、請求項１又は５に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記Ｎ－タンパク質の４～１１番目、２７～４１番目、１８５～１９６番目、２３７～２４７番目、２５６～２６１番目、３４０～３４７番目、３６７～３７５番目、３８４～３９０番目又は４０６～４１５番目のアミノ酸領域に結合する、請求項１又は５に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質がＭ－タンパク質であり、前記Ｍ－タンパク質の１～２４番目（配列番号２６）、３３～５０番目（配列番号２７）、１０１～１２０番目（配列番号２８）、１２１～１３９番目（配列番号２９）、１４６～１７１番目（配列番号３０）、１６９～１９５番目（配列番号３１）又は１９３～２２２番目（配列番号３２）のアミノ酸領域に結合する、請求項１に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記Ｍ－タンパク質の１～１９番目、３８～４５番目、１０３～１１８番目、１２２～１３８番目、１５５～１６８番目、１７２～１９５番目又は１９６～２１６番目のアミノ酸領域に結合する、請求項１又は８に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記Ｍ－タンパク質の１～１６番目、４０～４４番目、１０５～１１７番目、１２３～１３６番目、１６０～１６７番目、１７３～１７９番目又は２０５～２１５番目のアミノ酸領域に結合する、請求項１又８に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質がＥ－タンパク質であり、前記Ｅ－タンパク質の１～１９番目（配列番号３３）又は５０～７５番目（配列番号３４）のアミノ酸領域に結合する、請求項１に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記Ｅ－タンパク質の４～１３番目又は５１～７２番目のアミノ酸領域に結合する、請求項１又は１１に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記Ｅ－タンパク質の５～１０番目又は６０～７１番目のアミノ酸領域に結合する、請求項１又は１１に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 請求項１～１３のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片と検体とを接触させ、免疫学的測定法によりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出することを含む、検体中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法。
- Ｓ－タンパク質の６６～８５番目（配列番号５）、８７～１０７番目（配列番号６）、１０５～１３１番目（配列番号７）、１４０～１５７番目（配列番号８）、１５５～１７０番目（配列番号９）、５２２～５４１番目（配列番号１０）、５３８～５６２番目（配列番号１１）、５９５～６１１番目（配列番号１２）、６７０～６９３番目（配列番号１３）、７６１～７９７番目（配列番号１４）、８０２～８１８番目（配列番号１５）及び１２３５～１２７３番目（配列番号１６）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を用いる、請求項１４に記載の方法。
- Ｎ－タンパク質の１～１８番目（配列番号１７）、１９～４９番目（配列番号１８）、１７４～２０７番目（配列番号１９）、２３０～２５２番目（配列番号２０）、２４７～２６７番目（配列番号２１）、３３６～３５０番目（配列番号２２）、３６２～３７９番目（配列番号２３）、３７７～３９５番目（配列番号２４）及び４０１～４１９番目（配列番号２５）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を用いる、請求項１４に記載の方法。
- Ｍ－タンパク質の１～２４番目（配列番号２６）、３３～５０番目（配列番号２７）、１０１～１２０番目（配列番号２８）、１２１～１３９番目（配列番号２９）、１４６～１７１番目（配列番号３０）、１６９～１９５番目（配列番号３１）及び１９３～２２２番目（配列番号３２）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を用いる、請求項１４に記載の方法。
- Ｅ－タンパク質の１～１９番目（配列番号３３）及び５０～７５番目（配列番号３４）のアミノ酸領域に同時に結合することのできる、２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を用いる、請求項１４に記載の方法。
- 請求項１～１３のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出キット。
- Ｓ－タンパク質の６６～８５番目（配列番号５）、８７～１０７番目（配列番号６）、１０５～１３１番目（配列番号７）、１４０～１５７番目（配列番号８）、１５５～１７０番目（配列番号９）、５２２～５４１番目（配列番号１０）、５３８～５６２番目（配列番号１１）、５９５～６１１番目（配列番号１２）、６７０～６９３番目（配列番号１３）、７６１～７９７番目（配列番号１４）、８０２～８１８番目（配列番号１５）及び１２３５～１２７３番目（配列番号１６）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む、請求項１９に記載のキット。
- Ｎ－タンパク質の１～１８番目（配列番号１７）、１９～４９番目（配列番号１８）、１７４～２０７番目（配列番号１９）、２３０～２５２番目（配列番号２０）、２４７～２６７番目（配列番号２１）、３３６～３５０番目（配列番号２２）、３６２～３７９番目（配列番号２３）、３７７～３９５番目（配列番号２４）及び４０１～４１９番目（配列番号２５）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類の請求項５に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む、請求項１９に記載のキット。
- Ｍ－タンパク質の１～２４番目（配列番号２６）、３３～５０番目（配列番号２７）、１０１～１２０番目（配列番号２８）、１２１～１３９番目（配列番号２９）、１４６～１７１番目（配列番号３０）、１６９～１９５番目（配列番号３１）及び１９３～２２２番目（配列番号３２）からなる群より選択されるアミノ酸領域に同時に結合することのできる、少なくとも２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む、請求項１９に記載のキット。
- Ｅ－タンパク質の１～１９番目（配列番号３３）及び５０～７５番目（配列番号３４）のアミノ酸領域に同時に結合することのできる、２種類のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む、請求項１９に記載のキット。
- ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの構造タンパク質と特異的に反応するモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片であって、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の構造タンパク質が、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種であり、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの構造タンパク質が、Ｓ－タンパク質、Ｎ－タンパク質、Ｍ－タンパク質及びＥ－タンパク質からなる群より選択される少なくとも１種である、前記モノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスが、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ及び／又はＳＡＲＳ－ＣｏＶである、請求項２４に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片。
- 請求項２４又は２５に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片と検体とを接触させ、免疫学的測定法によりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスを検出することを含む、検体中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスを検出する方法。
- 請求項２４又は２５に記載のモノクローナル抗体又はその抗原結合性断片を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルスの検出キット。
- 配列番号５～３４のいずれか一つのアミノ酸配列であるポリペプチド。
- 請求項２８に記載のポリペプチドと検体とを接触させ、免疫学的測定法により抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出することを含む、検体中の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を検出する方法。
- 請求項２８に記載のポリペプチドを含む、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の検出キット。
- 請求項２８に記載のポリペプチドと検体とを接触させ、免疫学的測定法により抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体、及び抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体以外の抗ヒト感染性コロナウイルス抗体を検出することを含む、検体中の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体、及び抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体以外の抗ヒト感染性コロナウイルス抗体を検出する方法。
- 請求項２８に記載のポリペプチドを含む、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体、及び抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体以外の抗ヒト感染性コロナウイルス抗体の検出キット。
- 請求項２８に記載のポリペプチドを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用ワクチン。
- 請求項２８に記載のポリペプチドを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２用、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルス用ワクチン。
- 請求項２８に記載のポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体又は抗原結合性断片を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の治療のための抗体医薬。
- 請求項２８に記載のポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体又は抗原結合性断片を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２以外のヒト感染性コロナウイルス感染症の治療のための抗体医薬。
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