WO2021166981A1 - 架橋型ヌクレオシドおよびそれを用いたヌクレオチド - Google Patents

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nucleic acid
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聡 小比賀
卓男 山口
耀太 櫻井
知佳 山本
慧 杉田
井上　貴雄
徳幸 吉田
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国立大学法人大阪大学
国立医薬品食品衛生研究所長が代表する日本国
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    • Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
    • Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
    • Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups

Definitions

  • the present invention relates to a crosslinked nucleoside and a nucleotide using the same. More specifically, it relates to a crosslinked nucleoside having good nuclease resistance and a nucleotide using the same.
  • HNA hexitol nucleic acid
  • ssRNA single-strand RNA
  • the artificial nucleic acid having an HNA skeleton has attractive properties for application to pharmaceuticals, and is attracting attention as an ameliorating problem of 2', 4'-BNA.
  • the present invention solves the above problems, and an object of the present invention is to provide a crosslinked nucleoside having good nuclease resistance and having an HNA skeleton and a nucleotide using the same.
  • the present invention describes the compound represented by the following formula (I) or a salt thereof:
  • Base represents a purine-9-yl group or 2-oxo-1,2-dihydropyrimidine-1-yl group which may have one or more of any substituents selected from the ⁇ group, where here.
  • the ⁇ group is protected by a hydroxyl group, a hydroxyl group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, a linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, a linear alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a mercapto group, and a protective group for nucleic acid synthesis.
  • R 2 and R 3 independently form a hydrogen atom, a protective group for a hydroxyl group in nucleic acid synthesis, an alkyl group having 1 to 7 carbon atoms which may form a branch or a ring, a branch or a ring, respectively.
  • the phosphate group that may have the above, the phosphate group protected by the protective group for nucleic acid synthesis, -P (R 4 ) R 5 [In the formula, R 4 and R 5 are independently hydroxyl groups, respectively. A hydroxyl group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, a mercapto group, a mercapto group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, an amino group, an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, an alkylthio group having 1 to 6 carbon atoms, and 1 carbon number. Represents a cyanoalkoxy group from 6 or a dialkylamino group having an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms].
  • X 1 is an alkylene group having 1 to 5 carbon atoms, an alkenylene group having 2 to 5 carbon atoms, or ⁇ Y 1 ⁇ (CH 2 ) n ⁇ , ⁇ (CH 2 ) n ⁇ Y 1 ⁇ or ⁇ (CH 2 ).
  • l- Y 1- (CH 2 ) m- [Here, Y 1 is a sulfonyl group, a sulfonamide group, an amide group, an ester group, or a carbonyl group, n is an integer of 1 to 5, and l and m. Is a positive integer and the sum of l and m is 2-5]
  • X 2 is an oxygen atom, a sulfur atom, an -NH- or a methylene group).
  • the above Base is based on the following formula:
  • the present invention also includes an oligonucleotide containing at least one nucleoside structure represented by the following formula (II) or a pharmacologically acceptable salt thereof:
  • Base represents a purine-9-yl group or 2-oxo-1,2-dihydropyrimidine-1-yl group which may have one or more of any substituents selected from the ⁇ group, where here.
  • the ⁇ group is protected by a hydroxyl group, a hydroxyl group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, a linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, a linear alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a mercapto group, and a protective group for nucleic acid synthesis.
  • X 1 is an alkylene group having 1 to 5 carbon atoms, an alkenylene group having 2 to 5 carbon atoms, or ⁇ Y 1 ⁇ (CH 2 ) n ⁇ , ⁇ (CH 2 ) n ⁇ Y 1 ⁇ or ⁇ (CH 2 ).
  • Y 1 is a sulfonyl group, a sulfonamide group, an amide group, an ester group, or a carbonyl group
  • n is an integer of 1 to 5
  • l and m is an integer of 1 to 5
  • X 2 is an oxygen atom, a sulfur atom, an -NH- or a methylene group).
  • the Base is a 6-aminopurine-9-yl group, a 2,6-diaminopurine-9-yl group, a 2-amino-6-chloropurine-9-yl group, a 2-amino- 6-Fluoropurine-9-yl group, 2-amino-6-bromopurine-9-yl group, 2-amino-6-hydroxypurine-9-yl group, 6-amino-2-methoxypurine-9-yl group Group, 6-amino-2-chloropurine-9-yl group, 6-amino-2-fluoropurine-9-yl group, 2,6-dimethoxypurine-9-yl group, 2,6-dichloropurine-9 -Il group, 6-mercaptopurine-9-yl group, 2-oxo-4-amino-1,2-dihydropyrimidine-1-yl group, 4-amino-2-oxo-5-fluoro-1,2- Dihydropyrimidine-1
  • the above Base is based on the following formula:
  • the present invention is also a method for producing the above-mentioned oligonucleotide or a pharmacologically acceptable salt thereof.
  • Base represents a purine-9-yl group or 2-oxo-1,2-dihydropyrimidine-1-yl group which may have one or more of any substituents selected from the ⁇ group, where here.
  • the ⁇ group is protected by a hydroxyl group, a hydroxyl group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, a linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, a linear alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a mercapto group, and a protective group for nucleic acid synthesis.
  • R 2 and R 3 independently form a hydrogen atom, a protective group for a hydroxyl group in nucleic acid synthesis, an alkyl group having 1 to 7 carbon atoms which may form a branch or a ring, a branch or a ring, respectively.
  • the phosphate group that may have the above, the phosphate group protected by the protective group for nucleic acid synthesis, -P (R 4 ) R 5 [In the formula, R 4 and R 5 are independently hydroxyl groups, respectively. A hydroxyl group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, a mercapto group, a mercapto group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, an amino group, an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, an alkylthio group having 1 to 6 carbon atoms, and 1 carbon number. Represents a cyanoalkoxy group from 6 or a dialkylamino group having an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms].
  • X 1 is an alkylene group having 1 to 5 carbon atoms, an alkenylene group having 2 to 5 carbon atoms, or ⁇ Y 1 ⁇ (CH 2 ) n ⁇ , ⁇ (CH 2 ) n ⁇ Y 1 ⁇ or ⁇ (CH 2 ).
  • l- Y 1- (CH 2 ) m- [Here, Y 1 is a sulfonyl group, a sulfonamide group, an amide group, an ester group, or a carbonyl group, n is an integer of 1 to 5, and l and m.
  • X 2 is an oxygen atom, a sulfur atom, -NH- or a methylene group
  • a nucleotide using a novel crosslinked nucleoside having an HNA skeleton is provided.
  • the crosslinked nucleoside of the present invention can also be used as a substitute for a phosphorothioate-modified nucleic acid, which may be accumulated in a specific organ.
  • linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms refers to any linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, specifically, a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, and the like. Refers to an n-butyl group, an n-pentyl group, or an n-hexyl group.
  • alkyl group having 1 to 6 carbon atoms refers to any linear, branched chain or cyclic alkyl group having 1 to 6 carbon atoms.
  • linear alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms includes an alkoxy group having an arbitrary linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms.
  • a methoxy group, an ethoxy group, an n-propoxy group and the like can be mentioned.
  • alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms refers to any linear, branched chain or cyclic alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms.
  • cyanoalkoxy group having 1 to 6 carbon atoms is used in which at least one hydrogen atom in any linear, branched or cyclic alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms is substituted with a cyano group. Refers to the group.
  • linear alkylthio group having 1 to 6 carbon atoms includes an alkylthio group having an arbitrary linear alkylthio group having 1 to 6 carbon atoms.
  • a methylthio group, an ethylthio group, an n-propylthio group and the like can be mentioned.
  • alkylthio group having 1 to 6 carbon atoms refers to any linear, branched chain or cyclic alkylthio group having 1 to 6 carbon atoms.
  • linear alkylamino group having 1 to 6 carbon atoms includes an alkylamino group having one or two alkylamino groups having any linear alkylamino group having 1 to 6 carbon atoms. do.
  • a methylamino group, a dimethylamino group, an ethylamino group, a methylethylamino group, a diethylamino group and the like can be mentioned.
  • alkyl group having 1 to 7 carbon atoms which may form a branch or a ring is an arbitrary linear alkyl group having 1 to 7 carbon atoms and any branching having 3 to 7 carbon atoms. It includes a chain alkyl group and any cyclic alkyl group having 3 to 7 carbon atoms. Sometimes referred to simply as a "lower alkyl group".
  • any linear alkyl group having 1 to 7 carbon atoms includes a methyl group, an ethyl group, an n-propyl group, an n-butyl group, an n-pentyl group, an n-hexyl group, and an n-heptyl group.
  • Examples of the arbitrary branched chain alkyl group having 3 to 7 carbon atoms include an isopropyl group, an isobutyl group, a tert-butyl group, an isopentyl group and the like, and an arbitrary cyclic alkyl group having 3 to 7 carbon atoms includes an optional cyclic alkyl group having 3 to 7 carbon atoms. Cyclobutyl group, cyclopentyl group, cyclohexyl group and the like can be mentioned.
  • alkenyl group having 2 to 7 carbon atoms which may form a branch or a ring is an arbitrary linear alkenyl group having 2 to 7 carbon atoms and an arbitrary branching having 3 to 7 carbon atoms. Includes chain alkenyl groups and any cyclic alkenyl group with 3-7 carbon atoms. Sometimes simply referred to as a "lower alkenyl group”.
  • any linear alkenyl group having 2 to 7 carbon atoms includes an ethenyl group, a 1-propenyl group, a 2-propenyl group, a 1-butenyl group, a 2-butenyl group, a 1-pentenyl group, a 2-pentenyl group, and the like.
  • Examples thereof include 3-pentenyl group, 4-pentenyl group, 1-hexenyl group and the like
  • examples of any branched alkenyl group having 3 to 7 carbon atoms include isopropenyl group, 1-methyl-1-propenyl group and 1-methyl.
  • -2-propenyl group 2-methyl-1-propenyl group, 2-methyl-2-propenyl group, 1-methyl-2-butenyl group and the like, and as any cyclic alkenyl group having 3-7 carbon atoms.
  • Examples include a cyclobutenyl group, a cyclopentenyl group, a cyclohexenyl group and the like.
  • aryl group having 3 to 10 carbon atoms which may contain a heteroatom refers to any aryl group having 6 to 10 carbon atoms composed only of a hydrocarbon and the aryl group. Includes any heteroaryl group having 3 to 12 carbon atoms in which at least one carbon atom constituting the ring structure is substituted with a heteroatom (for example, a nitrogen atom, an oxygen atom, and a sulfur atom, and a combination thereof). do.
  • Examples of the aryl group having 6 to 10 carbon atoms include a phenyl group, a naphthyl group, an indenyl group, an azulenyl group and the like, and examples of the arbitrary heteroaryl group having 3 to 12 carbon atoms include a pyridyl group and a pyrrolyl group. Examples thereof include a quinolyl group, an indrill group, an imidazolyl group, a frill group, and a thienyl group.
  • examples of the term "aralkyl group having an aryl moiety having 3 to 12 carbon atoms which may contain a hetero atom” include a benzyl group, a phenethyl group, a naphthylmethyl group, a 3-phenylpropyl group, and 2 -Phenylpropyl group, 4-phenylbutyl group, 2-phenylbutyl group, pyridylmethyl group, indolylmethyl group, furylmethyl group, thienylmethyl group, pyrrolylmethyl group, 2-pyridylethyl group, 1-pyridylethyl group, 3 -Examples include a thienylpropyl group.
  • examples of the term "acyl group” include an aliphatic acyl group and an aromatic acyl group.
  • examples of the aliphatic acyl group include a formyl group, an acetyl group, a propionyl group, a butyryl group, an isobutyryl group, a pentanoyl group, a pivaloyl group, a valeryl group, an isovaleryl group, an octanoyl group, a nonanoyl group and a decanoyyl group.
  • aromatic acyl groups include arylcarbonyl groups such as benzoyl groups, ⁇ -naphthoyl groups and ⁇ -naphthoyl groups; halogenoarylcarbonyl groups such as 2-bromobenzoyl groups and 4-chlorobenzoyl groups; 2 , 4,6-trimethylbenzoyl group, lower alkylated arylcarbonyl group such as 4-toluole group; lower alkoxylated arylcarbonyl group such as 4-anisoil group; 2-carboxybenzoyl group, 3-carboxybenzoyl group, 4 -Carboxylated arylcarbonyl groups such as carboxybenzoyl groups; Nitrated arylcarbonyl groups such as 4-nitrobenzoyl groups, 2-nitrobenzoyl groups; Lower alkoxycarbonylated arylcarbonyl groups such as 2- (methoxycarbonyl) benzoyl groups Groups; Examples include arylated aryl
  • sil group examples include a trimethylsilyl group, a triethylsilyl group, an isopropyldimethylsilyl group, a t-butyldimethylsilyl group, a methyldiisopropylsilyl group, a methyldi-t-butylsilyl group and a triisopropylsilyl group.
  • Tri-lower alkylsilyl groups such as; diphenylmethylsilyl groups, butyldiphenylbutylsilyl groups, diphenylisopropylsilyl groups, tri-lower alkylsilyl groups substituted with one or two aryl groups such as phenyldiisopropylsilyl groups, etc. Can be mentioned.
  • a trimethylsilyl group, a triethylsilyl group, a triisopropylsilyl group, a t-butyldimethylsilyl group, a t-butyldiphenylsilyl group are preferable, and a trimethylsilyl group is more preferable.
  • halogen atom includes, for example, a fluorine atom, a chlorine atom, a bromine atom, or an iodine atom.
  • a fluorine atom or a chlorine atom is preferable.
  • protective group that is stable under acidic or neutral conditions and can be cleaved by chemical methods such as hydrogenation, hydrolysis, electrolysis, and photolysis.
  • protective groups include, for example, lower alkyl groups, lower alkenyl groups, acyl groups, tetrahydropyranyl or tetrahydrothiopyranyl groups, tetrahydrofuranyl or tetrahydrothiofuranyl groups, silyl groups, lower alkoxymethyl groups, lower alkoxys.
  • Lower Alkoxy Methyl Group Harogeno Lower Alkoxy Methyl Group, Lower Alkoxy Alkoxy Group, Ethyl Halcolated Group, Methyl Group Substituted by 1-3 aryl Groups, "Lower Alkoxy Group, Lower Alkoxy Group, Halogen Atomic Or Cyano" "Methyl group substituted with 1 to 3 aryl groups whose aryl ring is substituted with a group", lower alkoxycarbonyl group, "aryl group substituted with halogen atom, lower alkoxy group or nitro group", "halogen atom or Examples thereof include a lower alkoxycarbonyl group substituted with a tri-lower alkylsilyl group, an alkoxyoxycarbonyl group, and an aralkyloxycarbonyl group in which the aryl ring may be substituted with a lower alkoxy or nitro group.
  • the tetrahydropyranyl group or the tetrahydrothiopyranyl group includes a tetrahydropyran-2-yl group, a 3-bromotetrahydropyran-2-yl group, a 4-methoxytetrahydropyran-4-yl group, and a tetrahydro. Examples thereof include a thiopyran-4-yl group and a 4-methoxytetrahydropyran-4-yl group.
  • Examples of the tetrahydrofuranyl group or the tetrahydrothiofuranyl group include a tetrahydrofuran-2-yl group and a tetrahydrothiofuran-2-yl group.
  • Examples of the lower alkoxymethyl group include a methoxymethyl group, a 1,1-dimethyl-1-methoxymethyl group, an ethoxymethyl group, a propoxymethyl group, an isopropoxymethyl group, a butoxymethyl group, a t-butoxymethyl group and the like.
  • Lower Alkoxy Group Examples of the lower alkoxymethyl group include a 2-methoxyethoxymethyl group.
  • Examples of the halogeno lower alkoxymethyl group include a 2,2,2-trichloroethoxymethyl group and a bis (2-chloroethoxy) methyl group.
  • Examples of the lower alkoxylated ethyl group include 1-ethoxyethyl group and 1- (isopropoxy) ethyl group.
  • Examples of the ethyl halide group include a 2,2,2-trichloroethyl group.
  • Methyl groups substituted with 1 to 3 aryl groups include benzyl group, ⁇ -naphthylmethyl group, ⁇ -naphthylmethyl group, diphenylmethyl group, triphenylmethyl group, ⁇ -naphthyldiphenylmethyl group, 9-an. Examples include a thrill methyl group.
  • Examples of the "methyl group substituted with 1 to 3 aryl groups in which the aryl ring is substituted with a lower alkyl group, lower alkoxy group, halogen atom or cyano group" include 4-methylbenzyl group, 2,4,6-.
  • Trimethylbenzyl group 3,4,5-trimethylbenzyl group, 4-methoxybenzyl group, 4-methoxyphenyldiphenylmethyl group, 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group, 2-nitrobenzyl group, 4-nitrobenzyl group , 4-Chlorobenzyl group, 4-bromobenzyl group, 4-cyanobenzyl group and the like.
  • the lower alkoxycarbonyl group include a methoxycarbonyl group, an ethoxycarbonyl group, a t-butoxycarbonyl group, an isobutoxycarbonyl group and the like.
  • Examples of the "aryl group substituted with a halogen atom, a lower alkoxy group or a nitro group” include a 4-chlorophenyl group, a 2-fluorophenyl group, a 4-methoxyphenyl group, a 4-nitrophenyl group and a 2,4-dinitrophenyl group. And so on.
  • Examples of the "lower alkoxycarbonyl group substituted with a halogen atom or a trilower alkylsilyl group” include a 2,2,2-trichloroethoxycarbonyl group and a 2-trimethylsilylethoxycarbonyl group.
  • alkenyloxycarbonyl group examples include a vinyloxycarbonyl group and an aryloxycarbonyl group.
  • alkenyloxycarbonyl group examples include a vinyloxycarbonyl group and an aryloxycarbonyl group.
  • alkenyloxycarbonyl group examples include a vinyloxycarbonyl group and an aryloxycarbonyl group.
  • alkenyloxycarbonyl group examples include a vinyloxycarbonyl group and an aryloxycarbonyl group.
  • aralkyloxycarbonyl group in which the aryl ring may be substituted with a lower alkoxy or nitro group examples include a benzyloxycarbonyl group, 4-methoxybenzyloxycarbonyl group, 3,4-dimethoxybenzyloxycarbonyl group and 2-nitro. Examples thereof include a benzyloxycarbonyl group and a 4-nitrobenzyloxycarbonyl group.
  • protecting groups for hydroxyl groups in nucleic acid synthesis include, for example, aliphatic acyl groups, aromatic acyl groups, methyl groups substituted with 1 to 3 aryl groups, "lower alkyl, lower alkoxy, etc.” Examples thereof include halogen, a methyl group substituted with 1 to 3 aryl groups in which the aryl ring is substituted with a cyano group, and a silyl group.
  • the "protective group for the hydroxyl group in nucleic acid synthesis” includes, for example, an acetyl group, a benzoyl group, a benzyl group, a p-methoxybenzoyl group, a dimethoxytrityl group, a monomethoxytrityl group, a tert-butyldiphenylsilyl.
  • the protecting groups for the "protecting group for nucleic acid synthesis” include, for example, an aliphatic acyl group, an aromatic acyl group, and a "methyl group substituted with 1 to 3 aryl groups". , "Aryl groups substituted with halogen atoms, lower alkoxy groups or nitro groups", lower alkyl groups, and lower alkenyl groups.
  • the protecting groups for the "protecting group for nucleic acid synthesis” include, for example, benzoyl groups, benzyl groups, 2-chlorophenyl groups, 4-chlorophenyl groups, and 2-propenyl groups. Be done.
  • examples of the "protecting group for an amino group in nucleic acid synthesis” include an acyl group, preferably a benzoyl group.
  • the "protective group” of the “protective group of nucleic acid synthesis” includes, for example, a lower alkyl group, a lower alkyl group substituted with a cyano group, an aralkyl group, a "nitro group or”. Included are “aralkyl groups substituted with an aryl ring with a halogen atom” and “aryl groups substituted with a lower alkyl group, halogen atom, or nitro group”.
  • the "protecting group" of the “protecting group for nucleic acid synthesis” includes, for example, 2-cyanoethyl group, 2,2,2-trichloroethyl group, benzyl group, 2 -Chlorophenyl group and 4-chlorophenyl group can be mentioned.
  • examples of the "protecting group” of the “protecting group for nucleic acid synthesis” include aliphatic acyl groups and aromatic acyl groups, preferably benzoyl groups.
  • -P (R 4 ) R 5 [in the formula, R 4 and R 5 are independently protected with a hydroxyl group and a protective group for nucleic acid synthesis, a mercapto group, and a protective group for nucleic acid synthesis, respectively.
  • the phosphoramidite group is preferably a group represented by the formula-P (OC 2 H 4 CN) (N (iPr) 2 ) or a group represented by the formula -P (OCH 3 ) (N (iPr) 2 ).
  • the groups represented are mentioned.
  • iPr represents an isopropyl group.
  • alkylene group having 1 to 5 carbon atoms is a group represented by ⁇ (CH 2 ) n ⁇ (where n is an integer of 1 to 5), that is, a methylene group ( ⁇ ).
  • CH 2- a divalent alkylene group composed of 2 to 5 methylene groups (ethylene group, trimethylene group, tetramethylene group and pentamethylene group).
  • nucleoside and nucleoside analog refer to an unnatural type of “nucleoside” in which a purine or a pyrimidine base and a sugar are bonded, and an aromatic heterocycle other than purine and pyrimidine. And an aromatic hydrocarbon ring that can be substituted with a purine or pyrimidine base and a sugar bound to it.
  • oligonucleotide in which the same or different "nucleoside” or “nucleoside analog” is bonded, for example, 2 to 50 phosphodiester bonds.
  • Such analogs are preferably sugar derivatives with modified sugar moieties; thioate derivatives with phosphate diester moieties thioated; esters with terminal phosphate moieties esterified; on purine bases. Examples thereof include an amide derivative in which an amino group is amidated.
  • salt thereof means a salt of a compound represented by the formula (I) of the present invention.
  • Such salts include, for example, alkali metal salts such as sodium salt, potassium salt, lithium salt, calcium salt, alkaline earth metal salt such as magnesium salt, aluminum salt, iron salt, zinc salt, copper salt, etc.
  • Metal salts such as nickel salts and cobalt salts; inorganic salts such as ammonium salts, t-octylamine salts, dibenzylamine salts, morpholin salts, glucosamine salts, phenylglycine alkyl ester salts, ethylenediamine salts, N-methylglucamine salts.
  • Amine salts such as organic salts such as (hydroxymethyl) aminomethane salts; halogen atomized hydrorates such as hydrofluoride, hydrochlorides, hydrobromide, hydroiodide, nitrates, excess.
  • Inorganic acid salts such as chlorates, sulfates and phosphates; lower alkane sulfonates such as methane sulfonate, trifluoromethane sulfonate, ethane sulfonate, benzene sulfonate, p-toluene sulfonic acid
  • Organic acid salts such as aryl sulfonates such as salts, acetates, malates, fumarates, succinates, citrates, tartrates, oxalates, maleates; and glycine salts, lysines. Examples include amino acid salts such as salts, arginine salts, ornithine salts, glutamates, asparaginates.
  • the term "the pharmacologically acceptable salt” refers to a salt of an oligonucleotide analog containing at least one nucleoside structure represented by the formula (II) of the present invention.
  • Such salts include, for example, alkali metal salts such as sodium salt, potassium salt, lithium salt, calcium salt, alkaline earth metal salt such as magnesium salt, aluminum salt, iron salt, zinc salt, copper salt, etc.
  • Metal salts such as nickel salts and cobalt salts; inorganic salts such as ammonium salts, t-octylamine salts, dibenzylamine salts, morpholin salts, glucosamine salts, phenylglycine alkyl ester salts, ethylenediamine salts, N-methylglucamine salts.
  • Amine salts such as organic salts such as (hydroxymethyl) aminomethane salts; halogen atomized hydrorates such as hydrofluoride, hydrochlorides, hydrobromide, hydroiodide, nitrates, excess.
  • Inorganic acid salts such as chlorates, sulfates and phosphates; lower alkane sulfonates such as methane sulfonate, trifluoromethane sulfonate, ethane sulfonate, benzene sulfonate, p-toluene sulfonic acid
  • Organic acid salts such as aryl sulfonates such as salts, acetates, malates, fumarates, succinates, citrates, tartrates, oxalates, maleates; and glycine salts, lysines. Examples include amino acid salts such as salts, arginine salts, ornithine salts, glutamates, asparaginates.
  • Crosslinked nucleoside The crosslinked nucleoside of the present invention has the following formula (I):
  • Base represents a purine-9-yl group or 2-oxo-1,2-dihydropyrimidine-1-yl group which may have one or more of any substituents selected from the ⁇ group, where here.
  • the ⁇ group is protected by a hydroxyl group, a hydroxyl group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, a linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, a linear alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a mercapto group, and a protective group for nucleic acid synthesis.
  • R 2 and R 3 independently form a hydrogen atom, a protective group for a hydroxyl group in nucleic acid synthesis, an alkyl group having 1 to 7 carbon atoms which may form a branch or a ring, a branch or a ring, respectively.
  • the phosphate group that may have the above, the phosphate group protected by the protective group for nucleic acid synthesis, -P (R 4 ) R 5 [In the formula, R 4 and R 5 are independently hydroxyl groups, respectively. A hydroxyl group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, a mercapto group, a mercapto group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, an amino group, an alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, an alkylthio group having 1 to 6 carbon atoms, and 1 carbon number. Represents a cyanoalkoxy group from 6 or a dialkylamino group having an alkyl group having 1 to 6 carbon atoms].
  • X 1 is an alkylene group having 1 to 5 carbon atoms, an alkenylene group having 2 to 5 carbon atoms, or ⁇ Y 1 ⁇ (CH 2 ) n ⁇ , ⁇ (CH 2 ) n ⁇ Y 1 ⁇ or ⁇ (CH 2 ).
  • l- Y 1- (CH 2 ) m- [Here, Y 1 is a sulfonyl group, a sulfonamide group, an amide group, an ester group, or a carbonyl group, n is an integer of 1 to 5, and l and m. Is a positive integer and the sum of l and m is 2-5]
  • X 2 is a compound represented by an oxygen atom, a sulfur atom, an -NH- or a methylene group) or a salt thereof.
  • Base is, for example, a purine base (that is, a purine-9-yl group) or a pyrimidine base (that is, a 2-oxo-1,2-dihydropyrimidine-1-yl group).
  • bases are hydroxyl groups, linear alkyl groups having 1 to 6 carbon atoms, linear alkoxy groups having 1 to 6 carbon atoms, mercapto groups, linear alkylthio groups having 1 to 6 carbon atoms, amino groups, and 1 to 6 carbon atoms. It may have one or more arbitrary substituents selected from the ⁇ group consisting of 6 linear alkylamino groups and halogen atoms.
  • Base examples include an adeninyl group, a guanynyl group, a cytosynyl group, a urasinyl group, and a timyl group, and a 6-aminopurine-9-yl group, a 2,6-diaminopurine-9-yl group, and 2 -Amino-6-chloropurine-9-yl group, 2-amino-6-fluoropurine-9-yl group, 2-amino-6-bromopurine-9-yl group, 2-amino-6-hydroxypurine- 9-yl group, 6-amino-2-methoxypurine-9-yl group, 6-amino-2-chloropurine-9-yl group, 6-amino-2-fluoropurine-9-yl group, 2,6 -Dimethoxypurine-9-yl group, 2,6-dichloropurine-9-yl group, 6-mercaptopurin-9-yl group
  • Base has the following structural formula from the viewpoint of introduction into nucleic acid drugs:
  • Group, 6-aminopurine-9-yl group, 2-amino-6-hydroxypurine-9-yl group, 4-amino-5-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyrimidine-1-yl group, And 2-oxo-4-hydroxy-1,2-dihydropyrimidine-1-yl groups are preferred.
  • "Base" preferably has a hydroxyl group and an amino group constituting the above group protected by a protecting group.
  • the crosslinked nucleotide of the present invention has a hexitol nucleic acid (HNA) skeleton in which the nucleic acid sugar portion is composed of a pyranose ring, and has the 1'position and the 3'position of the HNA skeleton.
  • a crosslinked structure (-X 1- X 2- ) is introduced between the two.
  • the crosslinked nucleoside of the present invention has an HNA skeleton similar to the N-conformation of a natural nucleic acid, as is clear from the above formula (I).
  • the oligonucleotides described below have a good binding affinity for single-strand RNA (ssRNA).
  • the oligonucleotide uses such a crosslinked nucleoside of the formula (I), for example, the amidite method well known in the art, or M. Kuwahara et al., Nucleic Acids Res., 2008, Vol. 36, 13. It can be easily produced through triphosphorylation as described in No. 4257-4265.
  • oligonucleotide of the present invention or a pharmacologically acceptable salt thereof (hereinafter, these may be collectively referred to as “oligonucleotide of the present invention") is defined by the following formula (II):
  • Base represents a purine-9-yl group or 2-oxo-1,2-dihydropyrimidine-1-yl group which may have one or more of any substituents selected from the ⁇ group, where here.
  • the ⁇ group is protected by a hydroxyl group, a hydroxyl group protected by a protective group for nucleic acid synthesis, a linear alkyl group having 1 to 6 carbon atoms, a linear alkoxy group having 1 to 6 carbon atoms, a mercapto group, and a protective group for nucleic acid synthesis.
  • X 1 is an alkylene group having 1 to 5 carbon atoms, an alkenylene group having 2 to 5 carbon atoms, or ⁇ Y 1 ⁇ (CH 2 ) n ⁇ , ⁇ (CH 2 ) n ⁇ Y 1 ⁇ or ⁇ (CH 2 ).
  • Y 1 is a sulfonyl group, a sulfonamide group, an amide group, an ester group, or a carbonyl group
  • n is an integer of 1 to 5
  • l and m is an integer of 1 to 5
  • X 2 contains at least one nucleoside structure represented by an oxygen atom, a sulfur atom, an -NH- or a methylene group).
  • examples of the nucleoside structure of the formula (II) contained in the oligonucleotide of the present invention include the following formulas (II-a) to (II-d):
  • nucleoside structure of the formula (II) contained in the oligonucleotide of the present invention are not necessarily limited, but the following formulas (II-1) to (II-3):
  • the oligonucleotide of the present invention has at least one of the above nucleoside structures at an arbitrary position.
  • the position and number thereof are not particularly limited, and may be appropriately designed according to the purpose.
  • Oligonucleotides (antisense molecules) containing such a nucleoside structure have dramatically improved nuclease resistance performance as compared with the case of using conventional 2', 4'-BNA / LNA. It also has an ssRNA binding affinity comparable to the known 2', 4'-BNA / LNA.
  • the oligonucleotide of the present invention also has enzyme resistance that surpasses that of phosphorothioate-modified nucleic acids (hereinafter, may be referred to as PS-modified nucleic acids) contained in many nucleic acid drugs currently on the market.
  • the oligonucleotide synthesized by using the crosslinked nucleoside of the present invention is a drug for treating a disease by inhibiting or recovering the action of a specific gene, such as an antitumor agent and an antiviral agent. It is expected to be useful as an antisense molecule).
  • the antisense method requires both binding affinity for complementary sense strand RNA and resistance to in vivo DNase.
  • a nucleic acid in a single-stranded state, has a structure in which the sugar portion constantly fluctuates between a form close to a DNA double chain and a form close to a DNA-RNA double chain or an RNA double chain. It has been known. Therefore, by chemically modifying the conformation of the nucleic acid sugar moiety in a predetermined manner as in the present invention, it is possible to significantly improve the binding affinity for the target ssRNA.
  • the nucleic acid degrading enzyme cleaves the phosphate diester portion of the oligonucleic acid, but in the crosslinked nucleoside of the present invention, since a bulky substituent is arranged in the sugar portion, the degradation of the oligonucleic acid is suppressed by steric hindrance. be able to.
  • the cross-linked nucleosides of the present invention the crosslinked structure between the 1 'position and 3' position of the HNA skeleton as described above (-X 1 -X 2 -) is introduced.
  • the HNA backbone and cross-linked structure enhance both the binding affinity and enzyme tolerance of the cross-linked nucleosides of the present invention for these target ssRNAs.
  • the oligonucleotide of the present invention contains, for example, an auxiliary agent commonly used in the pharmaceutical formulation technology field such as an excipient, a binder, a preservative, an oxidation stabilizer, a disintegrant, a lubricant, and a flavoring agent. It can be a parenteral administration preparation or a liposome preparation.
  • a pharmaceutical carrier usually used in the art can be blended to prepare a topical preparation such as a liquid, a cream, or an ointment.
  • Table 1 shows the physical property data of the obtained compound 3.
  • Table 2 shows the physical property data of the obtained compound 4.
  • Table 3 shows the physical property data of the obtained compound 6.
  • Table 4 shows the physical property data of the obtained compound 8.
  • Table 5 shows the physical property data of the obtained compound 9.
  • 4,4'-Dimethoxytritylchloride (36.2 mg, 0.107 mmol) was added to an anhydrous pyridine solution (1.0 mL) of the compound 10 obtained above, and the mixture was stirred at room temperature for 3 hours under a nitrogen stream. After the reaction was completed, methanol was added to the reaction solution, and the solvent was distilled off under reduced pressure. Ethyl acetate and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate were added to the obtained residue, and the mixture was extracted. The organic layer was washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate and saturated brine, dried over anhydrous sodium sulfate, and the solvent was evaporated under reduced pressure.
  • Table 6 shows the physical property data of the obtained compound 11.
  • Table 7 shows the physical property data of the obtained compound 12.
  • compound 5 was obtained from compound 4 in the same manner as in Example 1. Then, 0.5 M of 9-borabicyclo [3.3.1] nonane (9-BBN) -tetrahydrofuran solution (13.9 mL,) was added to the obtained compound 5 (1.03 g) in anhydrous tetrahydrofuran solution (6.0 mL). 6.94 mmol) was added, and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour under a nitrogen stream. After the raw materials disappeared, water (20 mL) and sodium perboronate tetrahydrate (5.33 g, 34.7 mmol) were added to the reaction solution under ice-cooling, and the mixture was further stirred at room temperature for 1 hour.
  • 9-BBN 9-borabicyclo [3.3.1] nonane
  • Table 8 shows the physical property data of the obtained compound 13.
  • Table 9 shows the physical property data of the obtained compound 15.
  • Table 10 shows the physical property data of the obtained compound 16.
  • 4,4'-Dimethoxytritylchloride (57.5 mg, 0.170 mmol) was added to an anhydrous pyridine solution (1.0 mL) of the compound 17 obtained above, and the mixture was stirred at room temperature for 3 hours under a nitrogen stream. After the reaction was completed, methanol was added to the reaction solution, and the solvent was distilled off under reduced pressure. Ethyl acetate and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate were added to the obtained residue, and the mixture was extracted. The organic layer was washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate and saturated brine, dried over anhydrous sodium sulfate, and the solvent was evaporated under reduced pressure.
  • Table 11 shows the physical property data of the obtained compound 18.
  • Table 12 shows the physical property data of the obtained compound 19.
  • compound 5 was obtained from compound 4 in the same manner as in Example 1. Then, a microanhydrous acetonitrile solution (18 mL) of the obtained compound 5 (1.15 g), thymine (1.01 g, 8.00 mmol) and diazabicycloundecene (DBU) (2.39 mL, 16.0 mmol) was added. It was heated at 100 ° C. for 24 hours under wave irradiation. After the reaction was completed, the solvent was evaporated under reduced pressure, and dichloromethane and saturated aqueous sodium hydrogen carbonate were added for extraction. The organic layer was washed with saturated brine, dried over anhydrous sodium sulfate, and the solvent was evaporated under reduced pressure.
  • DBU diazabicycloundecene
  • 1-Ethyl compound 1: 0.26) was obtained as a pale yellow solid. Since it was difficult to separate the compound 20 and the 1-ethyl compound, they were used as they were in the next reaction without purification.
  • Table 13 shows the physical property data of the obtained compound 20.
  • the NMR was measured in the state of a mixture of the by-product (1-ethyl form) and the compound 20, and the attribution of only the signal of the obtained compound 20 is shown.
  • Table 14 shows the physical property data of the obtained compound 21.
  • the NMR was measured in the state of a mixture of the by-product (1-ethyl form) and the compound 21, and the attribution of only the signal of the obtained compound 21 is shown.
  • Table 15 shows the physical property data of the obtained compound 22.
  • Table 16 shows the physical property data of the obtained compound 24.
  • Table 17 shows the physical property data of the obtained compound 25.
  • Chlorotriethylsilane (650 ⁇ L, 3.9 mmol) was added dropwise to a pyridine solution (8 mL) of compound 24 (484.7 mg, 0.79 mmol) obtained above, and the mixture was stirred at room temperature for 4 hours under a nitrogen stream. After the reaction was completed, saturated aqueous sodium hydrogen carbonate and ethyl acetate were added and extracted. The organic layer was washed with water and saturated brine, dried over anhydrous sodium sulfate, and the solvent was evaporated under reduced pressure.
  • Table 18 shows the physical property data of the obtained compound 26.
  • Table 19 shows the physical property data of the obtained compound 27.
  • Table 20 shows the physical property data of the obtained compound 28.
  • Table 21 shows the physical property data of the obtained compound 29.
  • N, N-diisopropylethylamine (23 ⁇ L, 0.13 mmol), 1-methylimidazole (1 ⁇ L, 0.013 mmol) in an anhydrous acetonitrile solution (1 mL) of compound 29 (31.0 mg, 0.04 mmol) obtained above.
  • 2-cyanoethyl-N, N-diisopropylphosphorochloridate (15 ⁇ L, 0.067 mmol) were added, and the mixture was stirred at room temperature for 4 hours under a nitrogen stream. After the reaction was completed, methanol, saturated aqueous sodium hydrogen carbonate and ethyl acetate were added and extracted.
  • Table 22 shows the physical property data of the obtained compound 30.
  • Table 23 shows the physical property data of the obtained compound 31.
  • the NMR was measured in the state of a mixture of the by-product (1-ethyl form) and the compound 31, and the attribution of only the signal of the obtained compound 31 is shown.
  • N, N-dimethylformamide dimethylacetal 400 ⁇ L, 2.99 mmol was added to an anhydrous tetrahydrofuran solution (10 mL) of the mixture of compound 31 and 1-ethyl compound (423 mg, about 0.10 mmol) obtained above, and a nitrogen stream was added. The mixture was stirred underneath at room temperature for 16 hours. After the reaction was completed, the solvent was distilled off under reduced pressure, anhydrous dimethylformamide (10 mL) and 60% oily sodium hydride (60.1 mg, 1.50 mmol) were added, and the mixture was stirred at ⁇ 30 ° C. for 1 hour under a nitrogen stream. bottom.
  • Table 24 shows the physical property data of the obtained compound 32.
  • the NMR was measured in the state of a mixture of the by-product (1-ethyl form) and the compound 32, and the attribution of only the signal of the obtained compound 32 is shown.
  • Table 25 shows the physical property data of the obtained compound 33.
  • the NMR was measured in the state of a mixture of the by-product (1-ethyl form) and the compound 33, and the attribution of only the signal of the obtained compound 33 is shown.
  • Table 27 shows the physical property data of the obtained compound 35.
  • Tetramethylsilyl chloride (40 ⁇ L, 0.32 mmol) was added to a pyridine solution (1 mL) of compound 35 (25.2 mg, 0.078 mmol) obtained above, and the mixture was stirred at room temperature for 2 hours under a nitrogen stream, and then.
  • Benzoyl chloride (35 ⁇ L, 0.30 mmol) was added dropwise, and the mixture was stirred under a nitrogen stream at room temperature for 18 hours.
  • aqueous ammonia (680 ⁇ L) was added, and after 5 hours, the reaction solution was concentrated.
  • Pyridine (1 mL) and aqueous ammonia were added to the residue, and the mixture was stirred at room temperature for 3 hours, and then the reaction solution was concentrated.
  • Table 28 shows the physical property data of the obtained compound 36.
  • Table 29 shows the physical property data of the obtained compound 39.
  • the NMR was measured in the state of a mixture of the by-product (1-ethyl form) and the compound 39, and the attribution of only the signal of the obtained compound 39 is shown.
  • Table 30 shows the physical property data of the obtained compound 40.
  • the NMR was measured in the state of a mixture of the by-product (1-ethyl form) and the compound 40, and the attribution of only the signal of the obtained compound 40 is shown.
  • Table 31 shows the physical property data of the obtained compound 54.
  • Table 32 shows the physical property data of the obtained compound 55.
  • Table 33 shows the physical property data of the obtained compound 56.
  • 4,4'-Dimethoxytritylchloride 142.7 mg, 0.42 mmol was added to an anhydrous pyridine solution (3.0 mL) of the compound 58 obtained above, and the mixture was stirred at room temperature for 1.5 hours under a nitrogen stream. .. After the reaction was completed, aqueous sodium hydrogen carbonate and ethyl acetate were added to the reaction solution for extraction. The organic layer was washed with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate and saturated brine, dried over anhydrous sodium sulfate, and the solvent was evaporated under reduced pressure.
  • Table 34 shows the physical property data of the obtained compound 59.
  • Table 35 shows the physical property data of the obtained compound 60.
  • Example 8 Synthesis and purification of oligonucleotide
  • Compounds 12, 19 and 25 prepared in Examples 1 to 3 were used as amidite blocks, and oligonucleotides were synthesized as follows.
  • Compounds other than the compounds 12, 19 and 25 constituting the oligonucleotide were purchased from Proligo unless otherwise specified.
  • the product is treated with a 28% aqueous ammonia solution at room temperature for 1.5 hours to cut out from the column carrier, and then allowed to stand at 55 ° C. for 15 hours to allow the base part and the phosphoric acid part.
  • the resulting crude oligonucleotide was then purified by reverse phase HPLC.
  • the composition of the purified oligonucleotide was determined by MALDI-TOF-MS measurement.
  • a matrix (1 ⁇ L) obtained by mixing a 3-hydroxypicolinic acid aqueous solution (10 mg / mL) and a diammonium citrate aqueous solution (1 mg / mL) in a volume ratio of 1: 1 was dried on an anchor tip.
  • An aqueous oligonucleotide solution (50 ⁇ M, 1 ⁇ L) was placed therein and dried again, and then MALDI-TOF-MS measurement was performed.
  • Molecular weight measurements were performed in negative mode and oligothymidylic acid (7 mer, 15 mer and 23 mer) was used as an external standard.
  • the synthesized oligonucleotide was quantified by measuring the ultraviolet absorption at 260 nm using an absorbance measuring device (SHIMADZU UV-1800 manufactured by Shimadzu Corporation).
  • the double-strand-forming ability of the oligonucleotide was examined by annealing various oligonucleotides and the target strand to form a double-strand, and then measuring the Tm value. More specifically, a mixture of each oligonucleotide (final concentration 4 ⁇ M) and sodium chloride (final concentration 100 mM) phosphate buffer (10 mM, pH 7.2, 130 ⁇ L) was bathed in boiling water and slowly cooled to room temperature. .. Then, the temperature was cooled to 5 ° C. under a nitrogen stream, and the measurement was started. The temperature was raised to 90 ° C. at 0.5 ° C./min, and the absorbance at 260 nm was plotted at 0.5 ° C. intervals. The T m value was calculated by the midline method or the differential method (SEQ ID NO: 17) and used as the average value in three independent measurements.
  • Table 36 (sequences (1) to (9)) and Table 37 (sequences (1) and (10) to (17)) show the results of double chain forming ability.
  • the results for single-stranded oligo RNA are shown in "ssRNA”
  • the results for single-stranded oligo DNA are shown in “ssDNA”
  • the T m of each oligonucleotide and the T m variation per base of artificially modified nucleic acid Indicates the temperature (“ ⁇ T m / mod.”).
  • the Tm value of ssRNA was highest in BANA-T3 (Compound 25), followed by BANA-T2 (Compound 19) and BANA-T1 (Compound 12).
  • BANA-T3 BANA-T3
  • BANA-T1 Compound 12
  • BANA-T2 BANA-T2
  • BANA-T3 BANA-T1
  • the Tm value for ssRNA increases and the ability to form double strands for RNA improves. Showed a tendency to do.
  • BANA-T1, BANA-T2 (Compound 19) and BANA-T3 (Compound 25) the ability to form double strands for RNA is further improved, as compared with the case of HNA-T. Also showed high double chain forming ability.
  • ⁇ T m was obtained by subtracting the T m value of the match (dA or rA) from the T m value of the mismatch.
  • BANA-T1 Compound 12
  • BANA-T2 Compound 19
  • BANA-T3 Compound 25
  • Example 11 Evaluation of nuclease resistance performance
  • oligonucleotides of the following 10 mer sequence were synthesized and purified and used as test oligonucleotides: 5'-d (TTTTTTTTTX) -3'
  • Example 12 Evaluation of nuclease resistance performance
  • oligonucleotides of the following 10 mer sequence were synthesized and purified and used as test oligonucleotides: 5'-d (TTTTTTTTTXT) -3'
  • Example 13 Synthesis and purification of oligonucleotides and evaluation of double chain forming ability
  • Oligonucleotides of the following sequences were synthesized and purified as described in Example 8. (18) 5'-d (GCGTTLLLTGCT) -3'(SEQ ID NO: 26) (19) 5'-d (GCGTTL33TGCT) -3'(SEQ ID NO: 27) (20) 5'-d (GCGTT3L3TGCT) -3'(SEQ ID NO: 28) (21) 5'-d (GCGTT33LTGCT) -3'(SEQ ID NO: 29)
  • Table 39 shows the yield of each oligonucleotide and the result of MALDI-TOF MS measurement.
  • RNA double chain forming ability for RNA was evaluated for each oligonucleotide.
  • target strand single-stranded oligoRNA 5'-r (AGCAAAAAACGC) -3'(SEQ ID NO: 18) was used.
  • Table 38 shows the difference in T m between the melting temperature T m of each oligonucleotide during double-strand formation and the sequence (18) (“ ⁇ T m ”).
  • oligonucleotides containing compound 25 BANA-T3 were found to have high double-stranded performance comparable to oligonucleotides containing LNA.
  • Example 14 Synthesis and purification of oligonucleotides and evaluation of double chain forming ability
  • the oligonucleotides of sequences (22)-(25) shown in Table 41 were synthesized and purified using Compound 25 (BANA-T3) and Compound 30 (BANA- m C3) as described in Example 8. (Also shown in SEQ ID NOs: 30 to 33, respectively).
  • the oligonucleotides in Table 41 are antisense oligonucleotides against mMALAT1.
  • PS Phosphorothioate
  • Table 41 also shows the yields of these oligonucleotides and the results of MALDI-TOF MS measurements.
  • oligoRNA 5'-r As the target strand, single-stranded oligoRNA 5'-r (GCAUUCAGUGAACUAG) -3'(SEQ ID NO: 36) was used. The results are shown in Table 43. Table 43 shows the difference in T m between the melting temperature T m of each oligonucleotide during double-strand formation and the sequence (26) (“ ⁇ T m ”). As shown in Table 41, oligonucleotides containing compound 30 (BANA-m C3) and compound 25 (BANA-T3) were found to have high double-stranded performance equivalent to oligonucleotides containing LNA.
  • Example 15 Synthesis and purification of oligonucleotides and evaluation of toxicity reducing effect
  • the oligonucleotides of sequence (28) shown in Table 44 were synthesized and purified as described in Example 8 (SEQ ID NO: 37). Phosphorothioate (PS) conversion was carried out in the same manner as in Example 14. Table 44 also shows the yield of this oligonucleotide and the results of MALDI-TOF MS measurements.
  • test oligonucleotide (20 mg / kg) shown in Table 45 was administered intraperitoneally to 6-week-old mice (C57BL / 6J, male) (5 mice / group). After 96 hours, blood was collected under inhalation anesthesia (isoflurane) and exsanguinated. Then, the activities of aspartate transaminase (AST) and alanine transaminase (ALT) in serum were measured by an automatic analyzer (FUJIFILM FUJIFILM 4000V).
  • AST aspartate transaminase
  • ALT alanine transaminase
  • Table 46 shows the activities of aspartate transaminase (AST) and alanine transaminase (ALT) in the blood when the test oligonucleotide was administered and when the saline solution was administered. All five mice died in the group receiving the sequence (29) known to be hepatotoxic. On the other hand, the oligonucleotide of the sequence (28) in which a part of the sequence of the oligonucleotide of the sequence (29) was replaced with BANA showed almost no increase in ALT and AST, confirming the effect of reducing toxicity. ..
  • Example 16 Evaluation of effect of suppressing expression of antisense oligonucleotide in mouse body
  • the oligonucleotides of sequences (22)-(25) and (30) shown in Table 47 were synthesized and purified as described in Example 8 (also shown in SEQ ID NOs: 30-33 and 39, respectively). Phosphorothioate (PS) conversion was carried out in the same manner as in Example 14.
  • the oligonucleotides in Table 47 are antisense oligonucleotides against mMALAT1.
  • a test oligonucleotide (20 nmol: 200 ⁇ L of 100 ⁇ M physiological saline solution) was administered to the tail vein of 6-week-old mice (BALB / cAnNCrlCrlj, female) (5 mice / group). After 72 hours, blood was collected under inhalation anesthesia (isoflurane) and exsanguinated. Then, each tissue was collected and RNA extraction (use kit: RNeasy) was performed. The expression level of MALAT1 mRNA in each tissue was measured by real-time PCR (kit used: One Step TB Green (registered trademark) PrimeScript TM RT-PCR Kit (Perfect Real Time), manufactured by Takara Bio Inc.).
  • MALAT1 forward acatctcttaggggtgggaa
  • MALAT1 reverse caccccgcaaaggcctata
  • GAPDH forward tccacccatggagagggc
  • GAPDH reverse gctagactagttgtgtgggtgca (SEQ ID NO: 43)
  • FIGS. 3 and 4 show relative MALAT1 expression levels in various tissues of mice upon administration of various oligonucleotides (FIG. 3: liver, heart, kidney, pancreas, skeletal muscle, lung and stomach, and FIG. 4: spleen, Skin, large intestine, brain, mammary gland, eyeball and cartilage).
  • the "relative MALAT1 expression level” was expressed as a relative value when the expression level was 1 when only physiological saline was administered (without oligonucleotide).
  • the oligonucleotides of sequences (22) to (25) are shown as ON22 to ON25, respectively.
  • FIGS. 3 and 4 show relative MALAT1 expression levels in various tissues of mice upon administration of various oligonucleotides (FIG. 3: liver, heart, kidney, pancreas, skeletal muscle, lung and stomach, and FIG. 4: spleen, Skin, large intestine, brain, mammary gland, eyeball and cartilage).
  • the bar indicating the result is indicated by the oligonucleotides of sequences (22) to (25) which are oligonucleotides containing compound 25 (BANA-T3) and compound 30 (BANA-m C3) ("" ON22 “to” ON25 "), oligonucleotide of sequence (30) which is an oligonucleotide containing LNA instead of compound 25 and compound 30 ("ON30"), and control (administration of physiological saline only) ("physiological saline” ”).
  • oligonucleotides of sequences (22)-(25) containing BANA such as Compound 25 and Compound 30, are equivalent or comparable to the oligonucleotides of sequence (30) containing LNA instead of BANA in many tissues.
  • the above-mentioned high target gene inhibitory effect was shown.
  • Example 17 Synthesis and purification of oligonucleotide
  • composition of the purified oligonucleotide was determined by MALDI-TOF-MS measurement as described in Example 8.
  • the synthesized oligonucleotide was quantified using an absorbance measuring device.
  • a novel crosslinked nucleoside capable of substituting for a phosphorothioate-modified nucleic acid and a nucleotide using the same are provided.
  • the oligonucleotide obtained by using the crosslinked nucleoside of the present invention is useful as a material for, for example, a nucleic acid drug.

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Abstract

本発明の架橋型ヌクレオシドは、以下の式（Ｉ）：　で表される化合物である。本発明の架橋型ヌクレオシドは、特定の臓器への集積などが懸念されるホスホロチオエート修飾核酸の代替とすることができ、工業的生産性にも優れている。

Description

架橋型ヌクレオシドおよびそれを用いたヌクレオチド
　本発明は、架橋型ヌクレオシドおよびそれを用いたヌクレオチドに関する。より詳細には、良好なヌクレアーゼ耐性能を有する架橋型ヌクレオシドおよびそれを用いたヌクレオチドに関する。
　ＤＮＡやＲＮＡに対して優れた結合親和性を有する人工核酸は、遺伝子診断や核酸医薬への応用が可能であり、これまで様々なタイプの人工核酸が開発されている。中でも核酸糖部の配座を架橋によってＮ型配座に固定化した２’，４’－ＢＮＡ（２’，４’－ｂｒｉｄｇｅｄ　ｎｕｃｌｅｉｃ　ａｃｉｄ；別名ＬＮＡ）は、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）に対して優れた結合親和性を有し、アンチセンス法などの様々な応用が可能な核酸医薬として期待されている（非特許文献１および２）。しかし、２’，４’－ＢＮＡは酵素耐性に乏しく、肝毒性を誘発し易いという課題を抱えている（非特許文献３）。
　これに対して、核酸糖部をピラノース環に置換したヘキシトール核酸（ＨＮＡ）は天然核酸のＮ型配座を模倣した構造を有し、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）に対する結合親和性を向上させることが知られている（非特許文献４および５）。そのため近年では、ＨＮＡやその類縁体をアンチセンス医薬に応用する研究が報告されており、優れた活性や毒性低減を示唆するような知見が得られている（非特許文献６および７）。
　このように、ＨＮＡ骨格を有する人工核酸は医薬への応用に関して魅力的な性質を有し、２’，４’－ＢＮＡが抱える問題を改善するものとして注目されている。
S. Obikaら, T. Tetrahedron Lett., 1997, 38, 8735-8738 S. Singhら, J. Chem. Commun., 1998, 455-456 E. Swayzeら, Nucleic Acids Res., 2007, 35, 687-700 A. Aerschotら, Angew. Chem. Int. Ed., 1995, 34, 1338-1339 P. Herdewijn, P. Chem. Biodiversity, 2010, 7, 1-59 M. Egliら, J. Am. Chem. Soc., 2011, 133, 16642-16649 B. T. Leら, Chem. Commun., 2016, 52, 13467-13470
　本発明は、上記課題を解決するものであり、その目的とするところは、良好なヌクレアーゼ耐性能を有し、かつＨＮＡ骨格を有する架橋型ヌクレオシドおよびそれを用いたヌクレオチドを提供することにある。
　本発明は、以下の式（Ｉ）で表される化合物またはその塩：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008
　（式中、
　Ｂａｓｅは、α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいプリン－９－イル基または２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基を表し、ここで、該α群は、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、核酸合成の保護基で保護されたアミノ基、およびハロゲン原子からなり、
　Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、水素原子、核酸合成の水酸基の保護基、分岐または環を形成していてもよい炭素数１から７のアルキル基、分岐または環を形成していてもよい炭素数２から７のアルケニル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１０のアリール基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１２のアリール部分を有するアラルキル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいアシル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいシリル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいリン酸基、核酸合成の保護基で保護されたリン酸基、－Ｐ（Ｒ４）Ｒ５［式中、Ｒ４およびＲ５は、それぞれ独立して、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、アミノ基、炭素数１から６のアルコキシ基、炭素数１から６のアルキルチオ基、炭素数１から６のシアノアルコキシ基、または炭素数１から６のアルキル基を有するジアルキルアミノ基を表す］を表し、
　Ｘ１は、炭素数１～５のアルキレン基、炭素数２～５のアルケニレン基、あるいは－Ｙ１－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ１－または－（ＣＨ２）ｌ－Ｙ１－（ＣＨ２）ｍ－［ここで、Ｙ１はスルホニル基、スルホンアミド基、アミド基、エステル基、またはカルボニル基であり、ｎは１～５の整数であり、ｌおよびｍは正の整数でありかつｌとｍとの合計が２～５である］であり、
　Ｘ２は、酸素原子、硫黄原子、－ＮＨ－またはメチレン基である）である。
　１つの実施形態では、上記式（Ｉ）は、以下の式（Ｉ－１）～（Ｉ－３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
のいずれかで表される。
　１つの実施形態では、上記Ｂａｓｅは、６－アミノプリン－９－イル基、２，６－ジアミノプリン－９－イル基、２－アミノ－６－クロロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－フルオロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ブロモプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ヒドロキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－メトキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－クロロプリン－９－イル基、６－アミノ－２－フルオロプリン－９－イル基、２，６－ジメトキシプリン－９－イル基、２，６－ジクロロプリン－９－イル基、６－メルカプトプリン－９－イル基、２－オキソ－４－アミノ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－フルオロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－クロロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メトキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メルカプト－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、または４－アミノ－５－メチル－２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基である。
　１つの実施形態では、上記Ｂａｓｅは、以下の式：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
で表される基である。
　本発明はまた、以下の式（ＩＩ）で表されるヌクレオシド構造を少なくとも１つ含有するオリゴヌクレオチドまたはその薬理学上許容される塩：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
　（式中、
　Ｂａｓｅは、α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいプリン－９－イル基または２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基を表し、ここで、該α群は、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、核酸合成の保護基で保護されたアミノ基、およびハロゲン原子からなり、
　Ｘ１は、炭素数１～５のアルキレン基、炭素数２～５のアルケニレン基、あるいは－Ｙ１－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ１－または－（ＣＨ２）ｌ－Ｙ１－（ＣＨ２）ｍ－［ここで、Ｙ１はスルホニル基、スルホンアミド基、アミド基、エステル基、またはカルボニル基であり、ｎは１～５の整数であり、ｌおよびｍは正の整数でありかつｌとｍとの合計が２～５である］であり、
　Ｘ２は、酸素原子、硫黄原子、－ＮＨ－またはメチレン基である）である。
　１つの実施形態では、上記式（ＩＩ）は、以下の式（ＩＩ－１）～（ＩＩ－３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
のいずれかで表される。
　１つの実施形態では、上記Ｂａｓｅは、６－アミノプリン－９－イル基、２，６－ジアミノプリン－９－イル基、２－アミノ－６－クロロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－フルオロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ブロモプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ヒドロキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－メトキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－クロロプリン－９－イル基、６－アミノ－２－フルオロプリン－９－イル基、２，６－ジメトキシプリン－９－イル基、２，６－ジクロロプリン－９－イル基、６－メルカプトプリン－９－イル基、２－オキソ－４－アミノ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－フルオロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－クロロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メトキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メルカプト－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、または４－アミノ－５－メチル－２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基である。
　１つの実施形態では、上記Ｂａｓｅは、以下の式：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
 で表される基である。
　本発明はまた、上記オリゴヌクレオチドまたはその薬理学上許容される塩の製造方法であって、
　以下の式（Ｉ）で表される化合物またはその薬理学上許容される塩：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
　（式中、
　Ｂａｓｅは、α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいプリン－９－イル基または２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基を表し、ここで、該α群は、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、核酸合成の保護基で保護されたアミノ基、およびハロゲン原子からなり、
　Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、水素原子、核酸合成の水酸基の保護基、分岐または環を形成していてもよい炭素数１から７のアルキル基、分岐または環を形成していてもよい炭素数２から７のアルケニル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１０のアリール基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１２のアリール部分を有するアラルキル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいアシル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいシリル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいリン酸基、核酸合成の保護基で保護されたリン酸基、－Ｐ（Ｒ４）Ｒ５［式中、Ｒ４およびＲ５は、それぞれ独立して、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、アミノ基、炭素数１から６のアルコキシ基、炭素数１から６のアルキルチオ基、炭素数１から６のシアノアルコキシ基、または炭素数１から６のアルキル基を有するジアルキルアミノ基を表す］を表し、
　Ｘ１は、炭素数１～５のアルキレン基、炭素数２～５のアルケニレン基、あるいは－Ｙ１－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ１－または－（ＣＨ２）ｌ－Ｙ１－（ＣＨ２）ｍ－［ここで、Ｙ１はスルホニル基、スルホンアミド基、アミド基、エステル基、またはカルボニル基であり、ｎは１～５の整数であり、ｌおよびｍは正の整数でありかつｌとｍとの合計が２～５である］であり、
　Ｘ２は、酸素原子、硫黄原子、－ＮＨ－またはメチレン基である）
　を用いてオリゴヌクレオチドを合成する工程を包含する、方法である。
　本発明によれば、ＨＮＡ骨格を有する新規な架橋型ヌクレオシドを用いたヌクレオチドが提供される。本発明の架橋型ヌクレオシドは、特定の臓器への集積などが懸念されるホスホロチオエート修飾核酸の代替とすることも可能である。
５’－ＴＴＴＴＴＴＴＴＴＸ－３’の配列の各種オリゴヌクレオチドを３’－エキソヌクレアーゼで処理した場合の、未切断オリゴヌクレオチドの割合の経時変化を示すグラフである。 ５’－ＴＴＴＴＴＴＴＴＸＴ－３’の配列の各種オリゴヌクレオチドを３’－エキソヌクレアーゼで処理した場合の、２０分後における未切断オリゴヌクレオチドの割合を示すグラフである。 各種オリゴヌクレオチド投与時のマウスの各種組織における相対的ＭＡＬＡＴ１発現レベルを示すグラフである。 各種オリゴヌクレオチド投与時のマウスの各種組織における相対的ＭＡＬＡＴ１発現レベルを示すグラフである。
　まず、本明細書中で用いられる用語を定義する。
　本明細書において、用語「炭素数１から６の直鎖アルキル基」は、炭素数１～６の任意の直鎖アルキル基をいい、具体的にはメチル基、エチル基、ｎ－プロピル基、ｎ－ブチル基、ｎ－ペンチル基、またはｎ－ヘキシル基をいう。一方、用語「炭素数１から６のアルキル基」という場合は、炭素数１～６の任意の直鎖、分岐鎖または環状のアルキル基をいう。
　本明細書において、用語「炭素数１から６の直鎖アルコキシ基」は、炭素数１～６の任意の直鎖アルキル基を有するアルコキシ基を包含する。例えば、メトキシ基、エトキシ基、ｎ－プロポキシ基などが挙げられる。一方、用語「炭素数１から６のアルコキシ基」という場合は、炭素数１～６の任意の直鎖、分岐鎖または環状のアルコキシ基をいう。
　本明細書において、用語「炭素数１から６のシアノアルコキシ基」は、炭素数１～６の任意の直鎖、分岐鎖または環状のアルコキシ基における少なくとも１つの水素原子がシアノ基で置換された基をいう。
　本明細書において、用語「炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基」は、炭素数１～６の任意の直鎖アルキル基を有するアルキルチオ基を包含する。例えば、メチルチオ基、エチルチオ基、ｎ－プロピルチオ基などが挙げられる。一方、用語「炭素数１から６のアルキルチオ基」という場合は、炭素数１～６の任意の直鎖、分岐鎖または環状のアルキルチオ基をいう。
　本明細書において、用語「炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基」は、炭素数１～６の任意の直鎖アルキル基を有するアルキルアミノ基を１つまたは２つ有するアルキルアミノ基を包含する。例えば、メチルアミノ基、ジメチルアミノ基、エチルアミノ基、メチルエチルアミノ基、ジエチルアミノ基などが挙げられる。
　本明細書において、用語「分岐または環を形成していてもよい炭素数１から７のアルキル基」は、炭素数１～７の任意の直鎖アルキル基、炭素数３～７の任意の分岐鎖アルキル基、および炭素数３～７の任意の環状アルキル基を包含する。単に、「低級アルキル基」という場合もある。例えば、炭素数１～７の任意の直鎖アルキル基としては、メチル基、エチル基、ｎ－プロピル基、ｎ－ブチル基、ｎ－ペンチル基、ｎ－ヘキシル基、およびｎ－ヘプチル基が挙げられ、炭素数３～７の任意の分岐鎖アルキル基としては、イソプロピル基、イソブチル基、ｔｅｒｔ－ブチル基、イソペンチル基などが挙げられ、そして炭素数３～７の任意の環状アルキル基としては、シクロブチル基、シクロペンチル基、シクロヘキシル基などが挙げられる。
　本明細書において、用語「分岐または環を形成していてもよい炭素数２から７のアルケニル基」は、炭素数２～７の任意の直鎖アルケニル基、炭素数３～７の任意の分岐鎖アルケニル基、および炭素数３～７の任意の環状アルケニル基を包含する。単に、「低級アルケニル基」という場合もある。例えば、炭素数２～７の任意の直鎖アルケニル基としては、エテニル基、１－プロペニル基、２－プロペニル基、１－ブテニル基、２－ブテニル基、１－ペンテニル基、２－ペンテニル基、３－ペンテニル基、４－ペンテニル基、１－ヘキセニル基などが挙げられ、炭素数３～７の任意の分岐鎖アルケニル基としては、イソプロペニル基、１－メチル－１－プロペニル基、１－メチル－２－プロペニル基、２－メチル－１－プロペニル基、２－メチル－２－プロペニル基、１－メチル－２－ブテニル基などが挙げられ、そして炭素数３～７の任意の環状アルケニル基としては、シクロブテニル基、シクロペンテニル基、シクロヘキセニル基などが挙げられる。
　本明細書において、用語「ヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１０のアリール基」は、炭化水素のみで構成された、炭素数６～１０の任意のアリール基と、当アリール基の環構造を構成する少なくとも１つの炭素原子がヘテロ原子（例えば、窒素原子、酸素原子、および硫黄原子、ならびにこれらの組合せ）で置換された、炭素数３～１２の任意のヘテロアリール基とを包含する。当該炭素数６～１０のアリール基としては、フェニル基、ナフチル基、インデニル基、アズレニル基などが挙げられ、そして当該炭素数３～１２の任意のヘテロアリール基としては、ピリジル基、ピロリル基、キノリル基、インドリル基、イミダゾリル基、フリル基、チエニル基などが挙げられる。
　本明細書において、用語「ヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１２のアリール部分を有するアラルキル基」の例としては、ベンジル基、フェネチル基、ナフチルメチル基、３－フェニルプロピル基、２－フェニルプロピル基、４－フェニルブチル基、２－フェニルブチル基、ピリジルメチル基、インドリルメチル基、フリルメチル基、チエニルメチル基、ピロリルメチル基、２－ピリジルエチル基、１－ピリジルエチル基、３－チエニルプロピル基などが挙げられる。
　本明細書において、用語「アシル基」の例としては、脂肪族アシル基および芳香族アシル基が挙げられる。具体的には、脂肪族アシル基の例としては、ホルミル基、アセチル基、プロピオニル基、ブチリル基、イソブチリル基、ペンタノイル基、ピバロイル基、バレリル基、イソバレリル基、オクタノイル基、ノナノイル基、デカノイル基、３－メチルノナノイル基、８－メチルノナノイル基、３－エチルオクタノイル基、３，７－ジメチルオクタノイル基、ウンデカノイル基、ドデカノイル基、トリデカノイル基、テトラデカノイル基、ペンタデカノイル基、ヘキサデカノイル基、１－メチルペンタデカノイル基、１４－メチルペンタデカノイル基、１３，１３－ジメチルテトラデカノイル基、ヘプタデカノイル基、１５－メチルヘキサデカノイル基、オクタデカノイル基、１－メチルヘプタデカノイル基、ノナデカノイル基、アイコサノイル基およびヘナイコサノイル基のようなアルキルカルボニル基；スクシノイル基、グルタロイル基、アジポイル基のようなカルボキシ化アルキルカルボニル基；クロロアセチル基、ジクロロアセチル基、トリクロロアセチル基、トリフルオロアセチル基のようなハロゲノ低級アルキルカルボニル基；メトキシアセチル基のような低級アルコキシ低級アルキルカルボニル基；（Ｅ）－２－メチル－２－ブテノイル基のような不飽和アルキルカルボニル基が挙げられる。また、芳香族アシル基の例としては、ベンゾイル基、α－ナフトイル基、β－ナフトイル基のようなアリールカルボニル基；２－ブロモベンゾイル基、４－クロロベンゾイル基のようなハロゲノアリールカルボニル基；２，４，６－トリメチルベンゾイル基、４－トルオイル基のような低級アルキル化アリールカルボニル基；４－アニソイル基のような低級アルコキシ化アリールカルボニル基；２－カルボキシベンゾイル基、３－カルボキシベンゾイル基、４－カルボキシベンゾイル基のようなカルボキシ化アリールカルボニル基；４－ニトロベンゾイル基、２－ニトロベンゾイル基のようなニトロ化アリールカルボニル基；２－（メトキシカルボニル）ベンゾイル基のような低級アルコキシカルボニル化アリールカルボニル基；４－フェニルベンゾイル基のようなアリール化アリールカルボニル基などが挙げられる。好適には、ホルミル基、アセチル基、プロピオニル基、ブチリル基、イソブチリル基、ペンタノイル基、ピバロイル基、ベンゾイル基である。
　本明細書において、用語「シリル基」の例としては、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、イソプロピルジメチルシリル基、ｔ－ブチルジメチルシリル基、メチルジイソプロピルシリル基、メチルジ－ｔ－ブチルシリル基、トリイソプロピルシリル基のようなトリ低級アルキルシリル基；ジフェニルメチルシリル基、ブチルジフェニルブチルシリル基、ジフェニルイソプロピルシリル基、フェニルジイソプロピルシリル基のような１～２個のアリール基で置換されたトリ低級アルキルシリル基などが挙げられる。好適には、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、ｔ－ブチルジメチルシリル基、ｔ－ブチルジフェニルシリル基であり、さらに好適にはトリメチルシリル基である。
　本明細書において、用語「ハロゲン原子」としては、例えば、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、またはヨウ素原子が挙げられる。好適には、フッ素原子または塩素原子である。
　本明細書において、用語「核酸合成のアミノ基の保護基」、「核酸合成の水酸基の保護基」、「核酸合成の保護基で保護された水酸基」、「核酸合成の保護基で保護されたリン酸基」、「核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基」の「保護基」とは、核酸合成の際に安定してアミノ基、水酸基、リン酸基またはメルカプト基を保護し得るものであれば、特に制限されない。具体的には、酸性または中性条件で安定であり、加水素分解、加水分解、電気分解、および光分解のような化学的方法により開裂し得る保護基のことをいう。このような保護基としては、例えば、低級アルキル基、低級アルケニル基、アシル基、テトラヒドロピラニルまたはテトラヒドロチオピラニル基、テトラヒドロフラニルまたはテトラヒドロチオフラニル基、シリル基、低級アルコキシメチル基、低級アルコキシ化低級アルコキシメチル基、ハロゲノ低級アルコキシメチル基、低級アルコキシ化エチル基、ハロゲン化エチル基、１～３個のアリール基で置換されたメチル基、「低級アルキル基、低級アルコキシ基、ハロゲン原子またはシアノ基でアリール環が置換された１～３個のアリール基で置換されたメチル基」、低級アルコキシカルボニル基、「ハロゲン原子、低級アルコキシ基またはニトロ基で置換されたアリール基」、「ハロゲン原子またはトリ低級アルキルシリル基で置換された低級アルコキシカルボニル基」、アルケニルオキシカルボニル基、「低級アルコキシまたはニトロ基でアリール環が置換されていてもよいアラルキルオキシカルボニル基」などが挙げられる。
　より具体的には、テトラヒドロピラニル基またはテトラヒドロチオピラニル基としては、テトラヒドロピラン－２－イル基、３－ブロモテトラヒドロピラン－２－イル基、４－メトキシテトラヒドロピラン－４－イル基、テトラヒドロチオピラン－４－イル基、４－メトキシテトラヒドロチオピラン－４－イル基などが挙げられる。テトラヒドロフラニル基またはテトラヒドロチオフラニル基としては、テトラヒドロフラン－２－イル基、テトラヒドロチオフラン－２－イル基が挙げられる。低級アルコキシメチル基としては、メトキシメチル基、１，１－ジメチル－１－メトキシメチル基、エトキシメチル基、プロポキシメチル基、イソプロポキシメチル基、ブトキシメチル基、ｔ－ブトキシメチル基などが挙げられる。低級アルコキシ化低級アルコキシメチル基としては、２－メトキシエトキシメチル基などが挙げられる。ハロゲノ低級アルコキシメチル基としては、２，２，２－トリクロロエトキシメチル基、ビス（２－クロロエトキシ）メチル基などが挙げられる。低級アルコキシ化エチル基としては、１－エトキシエチル基、１－（イソプロポキシ）エチル基などが挙げられる。ハロゲン化エチル基としては、２，２，２－トリクロロエチル基などが挙げられる。１～３個のアリール基で置換されたメチル基としては、ベンジル基、α－ナフチルメチル基、β－ナフチルメチル基、ジフェニルメチル基、トリフェニルメチル基、α－ナフチルジフェニルメチル基、９－アンスリルメチル基などが挙げられる。「低級アルキル基、低級アルコキシ基、ハロゲン原子またはシアノ基でアリール環が置換された１～３個のアリール基で置換されたメチル基」としては、４－メチルベンジル基、２，４，６－トリメチルベンジル基、３，４，５－トリメチルベンジル基、４－メトキシベンジル基、４－メトキシフェニルジフェニルメチル基、４，４’－ジメトキシトリフェニルメチル基、２－ニトロベンジル基、４－ニトロベンジル基、４－クロロベンジル基、４－ブロモベンジル基、４－シアノベンジル基などが挙げられる。低級アルコキシカルボニル基としては、メトキシカルボニル基、エトキシカルボニル基、ｔ－ブトキシカルボニル基、イソブトキシカルボニル基などが挙げられる。「ハロゲン原子、低級アルコキシ基またはニトロ基で置換されたアリール基」としては、４－クロロフェニル基、２－フロロフェニル基、４－メトキシフェニル基、４－ニトロフェニル基、２，４－ジニトロフェニル基などが挙げられる。「ハロゲン原子またはトリ低級アルキルシリル基で置換された低級アルコキシカルボニル基」としては、２，２，２－トリクロロエトキシカルボニル基、２－トリメチルシリルエトキシカルボニル基などが挙げられる。アルケニルオキシカルボニル基としては、ビニルオキシカルボニル基、アリールオキシカルボニル基などが挙げられる。「低級アルコキシまたはニトロ基でアリール環が置換されていてもよいアラルキルオキシカルボニル基」としては、ベンジルオキシカルボニル基、４－メトキシベンジルオキシカルボニル基、３，４－ジメトキシベンジルオキシカルボニル基、２－ニトロベンジルオキシカルボニル基、４－ニトロベンジルオキシカルボニル基などが挙げられる。
　１つの実施形態では、「核酸合成の水酸基の保護基」としては、例えば脂肪族アシル基、芳香族アシル基、１～３個のアリール基で置換されたメチル基、「低級アルキル、低級アルコキシ、ハロゲン、シアノ基でアリール環が置換された１～３個のアリール基で置換されたメチル基」、およびシリル基が挙げられる。あるいは、１つの実施形態では、「核酸合成の水酸基の保護基」としては、例えばアセチル基、ベンゾイル基、ベンジル基、ｐ－メトキシベンゾイル基、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基、ｔｅｒｔ－ブチルジフェニルシリル基、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）基、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（ＴＯＭ）基、［（２－ニトロベンジル）オキシ］メチル（ＮＢＯＭ）基、ビス（アセトキシエトキシ）メチルエーテル（ＡＣＥ）基、テトラヒドロ－４－メトキシ－２Ｈ－ピラン－２－イル（Ｍｔｈｐ）基、１－（２－シアノエトキシ）エチル（ＣＥＥ）基、２－シアノエトキシメチル（ＣＥＭ）基、ｔｅｒｔ－ブチルジチオメチル（ＤＴＭ）基、２－（４－トリルスルホニル）エトキシメチル（ＴＥＭ）基、および４－（Ｎ－ジクロロアセチル－Ｎ－メチルアミノ）ベンジルオキシメチル（４－ＭＡＢＯＭ）基が挙げられる。
　１つの実施形態では、「核酸合成の保護基で保護された水酸基」の保護基としては、例えば脂肪族アシル基、芳香族アシル基、「１～３個のアリール基で置換されたメチル基」、「ハロゲン原子、低級アルコキシ基またはニトロ基で置換されたアリール基」、低級アルキル基、および低級アルケニル基が挙げられる。あるいは、１つの実施形態では、「核酸合成の保護基で保護された水酸基」の保護基としては、例えばベンゾイル基、ベンジル基、２－クロロフェニル基、４－クロロフェニル基、および２－プロペニル基が挙げられる。
　１つの実施形態では、「核酸合成のアミノ基の保護基」としては、例えばアシル基、好適には、ベンゾイル基が挙げられる。
　１つの実施形態では、「核酸合成の保護基で保護されたリン酸基」の「保護基」としては、例えば低級アルキル基、シアノ基で置換された低級アルキル基、アラルキル基、「ニトロ基またはハロゲン原子でアリール環が置換されたアラルキル基」、および「低級アルキル基、ハロゲン原子、またはニトロ基で置換されたアリール基」が挙げられる。あるいは、１つの実施形態では、「核酸合成の保護基で保護されたリン酸基」の「保護基」としては、例えば２－シアノエチル基、２，２，２－トリクロロエチル基、ベンジル基、２－クロロフェニル基、および４－クロロフェニル基が挙げられる。
　１つの実施形態では、「核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基」の「保護基」としては、例えば脂肪族アシル基および芳香族アシル基、好適には、ベンゾイル基が挙げられる。
　本明細書において、－Ｐ（Ｒ４）Ｒ５［式中、Ｒ４およびＲ５は、それぞれ独立して、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、アミノ基、炭素数１から６のアルコキシ基、炭素数１から６のアルキルチオ基、炭素数１から６のシアノアルコキシ基、または炭素数１から６のアルキル基を有するジアルキルアミノ基を表す］で表される基のうち、Ｒ４がＯＲ４ａでありそしてＲ５がＮＲ５ａである基は、「ホスホロアミダイト基」という（ここで、Ｒ４ａは例えば炭素数１から６のシアノアルコキシ基であり、そしてＲ５ａは例えば炭素数１から６のアルキル基である）。ホスホロアミダイト基としては、好適には、式－Ｐ（ＯＣ２Ｈ４ＣＮ）（Ｎ（ｉＰｒ）２）で表される基、または式－Ｐ（ＯＣＨ３）（Ｎ（ｉＰｒ）２）で表される基が挙げられる。ここで、ｉＰｒはイソプロピル基を表す。
　本明細書において、「炭素数１～５のアルキレン基」とは、－（ＣＨ２）ｎ－（ここで、ｎは１～５の整数である）で表される基、すなわちメチレン基（－ＣＨ２－）ならびに２つ～５つのメチレン基で構成される２価のアルキレン基（エチレン基、トリメチレン基、テトラメチレン基およびペンタメチレン基）をいう。
　本明細書において、「炭素数２～５のアルケニレン基」とは、１つの二重結合を含む炭素数２～５の直鎖で構成される二価の基をいい、具体的な例としては、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－、－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－、－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－、－ＣＨ２－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－および、－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＨ２－が挙げられる。
　本明細書において、用語「ヌクレオシド」および「ヌクレオシド類縁体」とは、プリンまたはピリミジン塩基と糖とが結合した「ヌクレオシド」のうち非天然型のもの、ならびに、プリンおよびピリミジン以外の芳香族複素環および芳香族炭化水素環でプリンまたはピリミジン塩基との代用が可能なものと糖が結合したものをいう。
　本明細書において、用語「人工オリゴヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド類縁体」とは、同一または異なる「ヌクレオシド」または「ヌクレオシド類縁体」がリン酸ジエステル結合で例えば２～５０個結合した「オリゴヌクレオチド」の非天然型誘導体をいう。そのような類縁体としては、好適には、糖部分が修飾された糖誘導体；リン酸ジエステル部分がチオエート化されたチオエート誘導体；末端のリン酸部分がエステル化されたエステル体；プリン塩基上のアミノ基がアミド化されたアミド体が挙げられる。
　本明細書において、用語「その塩」とは、本発明の式（Ｉ）で表される化合物の塩をいう。そのような塩としては、例えば、ナトリウム塩、カリウム塩、リチウム塩のようなアルカリ金属塩、カルシウム塩、マグネシウム塩のようなアルカリ土類金属塩、アルミニウム塩、鉄塩、亜鉛塩、銅塩、ニッケル塩、コバルト塩などの金属塩；アンモニウム塩のような無機塩、ｔ－オクチルアミン塩、ジベンジルアミン塩、モルホリン塩、グルコサミン塩、フェニルグリシンアルキルエステル塩、エチレンジアミン塩、Ｎ－メチルグルカミン塩、グアニジン塩、ジエチルアミン塩、トリエチルアミン塩、ジシクロヘキシルアミン塩、Ｎ，Ｎ’－ジベンジルエチレンジアミン塩、クロロプロカイン塩、プロカイン塩、ジエタノールアミン塩、Ｎ－ベンジル－フェネチルアミン塩、ピペラジン塩、テトラメチルアンモニウム塩、トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン塩のような有機塩等のアミン塩；フッ化水素酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩のようなハロゲン原子化水素酸塩、硝酸塩、過塩素酸塩、硫酸塩、リン酸塩等の無機酸塩；メタンスルホン酸塩、トリフルオロメタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩のような低級アルカンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩のようなアリールスルホン酸塩、酢酸塩、リンゴ酸塩、フマル酸塩、コハク酸塩、クエン酸塩、酒石酸塩、シュウ酸塩、マレイン酸塩等の有機酸塩；および、グリシン塩、リジン塩、アルギニン塩、オルニチン塩、グルタミン酸塩、アスパラギン酸塩のようなアミノ酸塩が挙げられる。
　本明細書において、用語「その薬理学上許容される塩」としては、本発明の式（ＩＩ）で表されるヌクレオシド構造を少なくとも１つ含有するオリゴヌクレオチド類縁体の塩をいう。そのような塩としては、例えば、ナトリウム塩、カリウム塩、リチウム塩のようなアルカリ金属塩、カルシウム塩、マグネシウム塩のようなアルカリ土類金属塩、アルミニウム塩、鉄塩、亜鉛塩、銅塩、ニッケル塩、コバルト塩などの金属塩；アンモニウム塩のような無機塩、ｔ－オクチルアミン塩、ジベンジルアミン塩、モルホリン塩、グルコサミン塩、フェニルグリシンアルキルエステル塩、エチレンジアミン塩、Ｎ－メチルグルカミン塩、グアニジン塩、ジエチルアミン塩、トリエチルアミン塩、ジシクロヘキシルアミン塩、Ｎ，Ｎ’－ジベンジルエチレンジアミン塩、クロロプロカイン塩、プロカイン塩、ジエタノールアミン塩、Ｎ－ベンジル－フェネチルアミン塩、ピペラジン塩、テトラメチルアンモニウム塩、トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン塩のような有機塩等のアミン塩；フッ化水素酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩のようなハロゲン原子化水素酸塩、硝酸塩、過塩素酸塩、硫酸塩、リン酸塩等の無機酸塩；メタンスルホン酸塩、トリフルオロメタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩のような低級アルカンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩のようなアリールスルホン酸塩、酢酸塩、リンゴ酸塩、フマル酸塩、コハク酸塩、クエン酸塩、酒石酸塩、シュウ酸塩、マレイン酸塩等の有機酸塩；および、グリシン塩、リジン塩、アルギニン塩、オルニチン塩、グルタミン酸塩、アスパラギン酸塩のようなアミノ酸塩が挙げられる。
　以下、本発明について詳述する。
（架橋型ヌクレオシド）
　本発明の架橋型ヌクレオシドは、以下の式（Ｉ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015
　（式中、
　Ｂａｓｅは、α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいプリン－９－イル基または２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基を表し、ここで、該α群は、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、核酸合成の保護基で保護されたアミノ基、およびハロゲン原子からなり、
　Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、水素原子、核酸合成の水酸基の保護基、分岐または環を形成していてもよい炭素数１から７のアルキル基、分岐または環を形成していてもよい炭素数２から７のアルケニル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１０のアリール基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１２のアリール部分を有するアラルキル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいアシル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいシリル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいリン酸基、核酸合成の保護基で保護されたリン酸基、－Ｐ（Ｒ４）Ｒ５［式中、Ｒ４およびＲ５は、それぞれ独立して、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、アミノ基、炭素数１から６のアルコキシ基、炭素数１から６のアルキルチオ基、炭素数１から６のシアノアルコキシ基、または炭素数１から６のアルキル基を有するジアルキルアミノ基を表す］を表し、
　Ｘ１は、炭素数１～５のアルキレン基、炭素数２～５のアルケニレン基、あるいは－Ｙ１－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ１－または－（ＣＨ２）ｌ－Ｙ１－（ＣＨ２）ｍ－［ここで、Ｙ１はスルホニル基、スルホンアミド基、アミド基、エステル基、またはカルボニル基であり、ｎは１～５の整数であり、ｌおよびｍは正の整数でありかつｌとｍとの合計が２～５である］であり、
　Ｘ２は、酸素原子、硫黄原子、－ＮＨ－またはメチレン基である）で表される化合物またはその塩である。
　上記式（Ｉ）において、「Ｂａｓｅ」は、例えばプリン塩基（すなわち、プリン－９－イル基）またはピリミジン塩基（すなわち、２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基）である。これらの塩基は、水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、およびハロゲン原子からなるα群より選択される任意の置換基を１以上有していてもよい。
　上記「Ｂａｓｅ」の具体例としては、アデニニル基、グアニニル基、シトシニル基、ウラシニル基、およびチミニル基、ならびに６－アミノプリン－９－イル基、２，６－ジアミノプリン－９－イル基、２－アミノ－６－クロロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－フルオロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ブロモプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ヒドロキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－メトキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－クロロプリン－９－イル基、６－アミノ－２－フルオロプリン－９－イル基、２，６－ジメトキシプリン－９－イル基、２，６－ジクロロプリン－９－イル基、６－メルカプトプリン－９－イル基、２－オキソ－４－アミノ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－フルオロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－クロロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メトキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メルカプト－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、および４－アミノ－５－メチル－２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基が挙げられる。
　あるいは、「Ｂａｓｅ」は、核酸医薬への導入という観点から、以下の構造式：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
でそれぞれ表される基、ならびに２－オキソ－４－ヒドロキシ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－アミノ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、６－アミノプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ヒドロキシプリン－９－イル基、４－アミノ－５－メチル－２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、および２－オキソ－４－ヒドロキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基が好ましい。「Ｂａｓｅ」はまた、オリゴヌクレオチドの合成の際には、上記基を構成する水酸基およびアミノ基が保護基により保護されているものであることが好ましい。
　式（Ｉ）に示すように、本発明の架橋型ヌクレオチドは、核酸糖部がピラノース環で構成されているヘキシトール核酸（ＨＮＡ）骨格を有し、当該ＨＮＡ骨格の１’位と３’位との間に架橋構造（－Ｘ１－Ｘ２－）が導入されている。
　ここで、この架橋構造に着目すると、１つの実施形態では、式（Ｉ）で表される化合物の一例としては、以下の式（Ｉ－ａ）～（Ｉ－ｄ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017
（式（Ｉ－ａ）～（Ｉ－ｄ）中、Ｂａｓｅ、Ｒ２、Ｒ３およびＸ１は、上記式（Ｉ）で定義されるものと同様である）で表される化合物が挙げられる。
　あるいは、１つの実施形態では、式（Ｉ）で表される化合物の他の例としては、以下の式（Ｉ－ｅ）～（Ｉ－ｈ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018
（式（Ｉ－ｅ）～（Ｉ－ｇ）中、Ｂａｓｅ、Ｒ２、Ｒ３、Ｘ２、Ｙ１、ｌ、ｍ、およびｎは上記式（Ｉ）で定義されるものと同様である）で表される化合物が挙げられる。
　こうした式（Ｉ）で表される化合物の具体的な例としては、必ずしも限定されないが、以下の式（Ｉ－１）～（Ｉ－３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019
（式（Ｉ－１）～（Ｉ－３）中、Ｂａｓｅ、Ｒ２、およびＲ３は上記式（Ｉ）で定義されるものと同様である）で表される化合物が挙げられる。
　本発明の架橋型ヌクレオシドは、上記式（Ｉ）から明らかなように天然核酸のＮ型配座に類似するＨＮＡ骨格を有する。これにより後述するオリゴヌクレオチドは一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）に対して良好な結合親和性を有する。
（オリゴヌクレオチド）
　本発明において、オリゴヌクレオチドは、このような式（Ｉ）の架橋型ヌクレオシドを用い、例えば、当該分野において周知のアミダイト法、またはM. Kuwaharaら、Nucleic Acids Res.，2008年，36巻，13号，4257-4265頁に記載されるような三リン酸化を経て容易に製造することができる。
　本発明のオリゴヌクレオチドまたはその薬理学上許容される塩（以下、これらをまとめて「本発明のオリゴヌクレオチド」を言うことがある）は、以下の式（ＩＩ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000020
　（式中、
　Ｂａｓｅは、α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいプリン－９－イル基または２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基を表し、ここで、該α群は、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、核酸合成の保護基で保護されたアミノ基、およびハロゲン原子からなり、
　Ｘ１は、炭素数１～５のアルキレン基、炭素数２～５のアルケニレン基、あるいは－Ｙ１－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ１－または－（ＣＨ２）ｌ－Ｙ１－（ＣＨ２）ｍ－［ここで、Ｙ１はスルホニル基、スルホンアミド基、アミド基、エステル基、またはカルボニル基であり、ｎは１～５の整数であり、ｌおよびｍは正の整数でありかつｌとｍとの合計が２～５である］であり、
　Ｘ２は、酸素原子、硫黄原子、－ＮＨ－またはメチレン基である）で表されるヌクレオシド構造を少なくとも１つ含む。
　１つの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドに含まれる式（ＩＩ）のヌクレオシド構造の一例としては、以下の式（ＩＩ－ａ）～（ＩＩ－ｄ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000021
（式（ＩＩ－ａ）～（ＩＩ－ｄ）中、ＢａｓｅおよびＸ１は、上記式（ＩＩ）で定義されるものと同様である）で表されるものが挙げられる。
　あるいは、１つの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドに含まれる式（ＩＩ）のヌクレオシド構造の他の例としては、以下の式（ＩＩ－ｅ）～（ＩＩ－ｈ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000022
（式（ＩＩ－ｅ）～（ＩＩ－ｇ）中、Ｂａｓｅ、Ｘ２、Ｙ１、ｌ、ｍ、およびｎは上記式（ＩＩ）で定義されるものと同様である）で表されるものが挙げられる。
　こうした本発明のオリゴヌクレオチドに含まれる式（ＩＩ）のヌクレオシド構造の具体的な例としては、必ずしも限定されないが、以下の式（ＩＩ－１）～（ＩＩ－３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000023
（式（ＩＩ－１）～（ＩＩ－３）中、Ｂａｓｅは上記式（Ｉ）で定義されるものと同様である）で表されるものが挙げられる。
　本発明のオリゴヌクレオチドは、上記ヌクレオシド構造を、任意の位置に少なくとも１つ有する。その位置および数は、特に限定されず、目的に応じて適宜設計され得る。
　このようなヌクレオシド構造を含むオリゴヌクレオチド（アンチセンス分子）は、従来の２’，４’－ＢＮＡ／ＬＮＡを用いる場合と比較して、ヌクレアーゼ耐性能が飛躍的に向上する。また、公知の２’，４’－ＢＮＡ／ＬＮＡに匹敵するｓｓＲＮＡ結合親和性を有する。本発明のオリゴヌクレオチドはまた、現在市販されている多くの核酸医薬品に含まれているホスホロチオエート修飾核酸（以下、ＰＳ修飾核酸ということがある）を凌駕する酵素耐性能を有する。
　これらのことから、本発明の架橋型ヌクレオシドを用いて合成されたオリゴヌクレオチドは、抗腫瘍剤、抗ウイルス剤をはじめとした、特定の遺伝子の働きを阻害または回復して疾病を治療する医薬品（アンチセンス分子）としての有用性が期待される。
　特に、アンチセンス法では、相補センス鎖ＲＮＡに対する結合親和性および生体内ＤＮＡ分解酵素への耐性の両方が必要とされる。一般的に、核酸は、一本鎖状態では、糖部の構造が絶えずＤＮＡ二重鎖に近い形と、ＤＮＡ－ＲＮＡ二重鎖やＲＮＡ二重鎖に近い形との間で揺らいでいることが知られている。このため、核酸糖部のコンホメーションを本発明のように予め所定の様式で化学修飾することにより、標的ｓｓＲＮＡに対する結合親和性を大幅に向上させることが可能である。また、核酸分解酵素はオリゴ核酸のリン酸ジエステル部分を切断するが、本発明の架橋型ヌクレオシドでは、糖部に嵩高い置換基が配置されているので、立体障害によってオリゴ核酸の分解を抑制することができる。さらに、本発明の架橋型ヌクレオシドでは、上記のようにＨＮＡ骨格の１’位と３’位との間に架橋構造（－Ｘ１－Ｘ２－）が導入されている。当該ＨＮＡ骨格および架橋構造によって、本発明の架橋型ヌクレオシドは、これら標的ｓｓＲＮＡに対する結合親和性および酵素耐性能の両方が高められている。
　本発明のオリゴヌクレオチドは、例えば、賦形剤、結合剤、防腐剤、酸化安定剤、崩壊剤、滑沢剤、矯味剤などの医薬の製剤技術分野において通常用いられる補助剤を配合して、非経口投与製剤またはリポソーム製剤とすることができる。また、例えば、当該技術分野で通常用いられる医薬用担体を配合して、液剤、クリーム剤、軟膏剤などの局所用の製剤を調製することができる。
　以下、実施例により本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例により限定されるものではない。
（実施例１：架橋型ヌクレオシドの合成（１））
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000024
（１－１）化合物２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000025
　化合物１（３．００ｇ，１１．０２ｍｍｏｌ）とビストリメチルシリルアセチレン（３．７６ｇ，２２．０４ｍｍｏｌ）との無水ジクロロメタン溶液（５０ｍＬ）に窒素気流下にて－２０℃で、１．０ＭのＳｎＣｌ４・ジクロロメタン溶液（１６．５３ｍＬ，１６．５３ｍｍｏｌ）を添加し、同温で０．５時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液を飽和重曹水／飽和ロッシェル塩水溶液（＝１：１（容量比），２００ｍＬ）に加え、０℃で３０分間撹拌した。その後、混合物をジクロロメタンで抽出し、水および飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧下で留去することにより化合物２を粗生成物として得た。この化合物２を精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（１－２）化合物３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000026
　上記で得られた化合物２のメタノール溶液（５０ｍＬ）に氷冷下で、５Ｍのナトリウムメトキシド・メタノール溶液（２．２０ｍＬ，１１．０２ｍｍｏｌ）を添加し、窒素気流下室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液に強酸性陽イオン交換樹脂（富士フイルム和光純薬株式会社製ＤＯＷＥＸ　５０×８　２００－４００メッシュ）を加えて３０分間撹拌し、中和した。その後混合物を濾過し、濾液を濃縮した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，メタノール／ＣＨＣｌ３＝５％）により精製し、化合物３（１．６０ｇ，９４％，化合物１から２工程）を無色油状物質として得た。
　得られた化合物３の物性データを表１に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000027
（１－３）化合物４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000028
　上記で得られた化合物３（５．３６ｇ，３４．８ｍｍｏｌ）のジクロロメタン溶液（１５０ｍＬ）に、氷冷下でメタクロロ安息香酸（ｍＣＰＢＡ）（純度７０％，１７．１ｇ，６９．５ｍｍｏｌ）を添加し、室温で２４時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液を直接シリカゲルカラムクロマトグラフィー上に担持し、簡易的に精製し（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝１：１から０／１）、エポキシジオールの立体異性体混合物（５．６２ｇ）を無色油状物質として得た。次いで、このエポキシジオール（５．６２ｇ）、ｐ－アニスアルデヒドジメチルアセタール（１１．８ｍＬ，６９．５ｍｍｏｌ）および（±）－カンファースルホン酸（８０７．６ｍｇ，３．４８ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（１５０ｍＬ）を窒素気流下で１．５時間加熱還流した。反応が完結した後、反応溶液をトリエチルアミン（１ｍＬ）で中和し、ゆっくりと氷冷した。生じた白色固体を濾過で回収し、濾液を減圧留去し、メタノールで洗浄した。生じた白色固体を再び濾過で回収し、合わせて化合物４を得た（６．２３ｇ，６２％，化合物３から２工程）。
　得られた化合物４の物性データを表２に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000029
（１－４）化合物５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000030
　上記で得られた化合物４（３００ｍｇ，１．０４ｍｍｏｌ）のメタノール／１，４－ジオキサン混合溶液（１０ｍＬ，メタノール／１，４－ジオキサン＝１：４（容量比））にパラジウム／ポリエチエレンイミン（Ｐｄ／ＰＥＩ）（３０ｍｇ，１０重量％）を添加し、水素気流下にて室温で１．５時間撹拌した。反応が完結した後、混合物をショートシリカゲルカラムクロマトグラフィーに担持して洗浄（ＣＨＣｌ３／メタノール＝１４／１）することにより化合物５を粗生成物として得た。この粗生成物（化合物５）では、過剰に還元された１－エチル体が分離困難であったため、これ以上精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（１－５）化合物６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000031
　上記で得られた化合物５（２９８ｍｇ）のメタノール／ジクロロメタン混合溶液（１０ｍＬ，ＤＣＭ／ＭｅＯＨ＝４：１（容量比））を－７８℃でオゾンと反応させた。１時間後、水素化ホウ素ナトリウム（１５７ｍｇ，４．１６ｍｍｏｌ）を同温で加え、ゆっくりと室温まで昇温させた。１時間撹拌した後、飽和塩化アンモニウム水溶液および酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，アセトン／ＣＨＣｌ３＝２０％から２７％）により精製し、化合物６（２５０ｍｇ，８２％，化合物４から２工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物６の物性データを表３に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000032
（１－６）化合物７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000033
　上記で得られた化合物６（３５３．１ｍｇ，１．２０ｍｍｏｌ）、チミン（３０２．６ｍｇ，２．４０ｍｍｏｌ）およびジアザビシクロウンデセン（ＤＢＵ）（７１７．７μＬ，４．８０ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（１２ｍＬ）を、マイクロウェーブの照射下にて、８５℃で４８時間加熱した。反応が完結した後、生じた白色固体を濾過で回収し、化合物７を粗生成物として得た。この化合物７を精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（１－７）化合物８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000034
　上記で得られた化合物７（５１６．５ｍｇ）、トリエチルアミン（３３４．５μＬ，２．４０ｍｍｏｌ）および４，４－ジメチルアミノピリジン（１４．７ｍｇ，０．１２０ｍｍｏｌ）の無水ジクロロメタン溶液（１２ｍＬ）に、氷冷下にてｐ－トルエンスルホニルクロリド（ＴｓＣｌ）（２７４．５ｍｇ，１．４４ｍｍｏｌ）を添加し、窒素気流下にて室温で２．５時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液を飽和重曹水に加え、ジクロロメタンで抽出した。有機層を飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ＣＨＣｌ３＝３０％から８０％）により精製し、化合物８（３６０ｍｇ，５２％，化合物６から２工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物８の物性データを表４に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000035
（１－８）化合物９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000036
　上記で得られた化合物８（３６０ｍｇ，０．６２６ｍｍｏｌ）の無水ＤＭＦ溶液（６．０ｍＬ）に６０％油性水素化ナトリウム（６２．７ｍｇ，１．５７ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、飽和塩化アンモニウム水溶液および酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝６０％から９０％）により精製し、化合物９（２４４．６ｍｇ，９７％）を白色固体として得た。
　得られた化合物９の物性データを表５に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000037
（１－９）化合物１０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000038
　上記で得られた化合物９（２８．７ｍｇ，０．０７１３ｍｍｏｌ）のメタノール溶液（１．０ｍＬ）にＰｄ（ＯＨ）２／Ｃ（７．１ｍｇ）を加え、水素気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、混合物を濾過しメタノールで洗浄した後、濾液を減圧留去して、化合物１０を粗生成物として得た。この化合物１０を精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（１－１０）化合物１１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000039
　上記で得られた化合物１０の無水ピリジン溶液（１．０ｍＬ）に４，４’－ジメトキシトリチルクロリド（３６．２ｍｇ，０．１０７ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で３時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液にメタノールを加え、溶媒を減圧留去した。得られた残渣に酢酸エチルおよび飽和重曹水を加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝７０％から１００％）により精製し、化合物１１（３１．２ｍｇ，７５％，化合物９から２工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物１１の物性データを表６に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000040
（１－１１）化合物１２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000041
　上記で得られた化合物１１（３２１．９ｍｇ，０．５４９ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（２８６．７μＬ，１．６５ｍｍｏｌ）および１－メチルイミダゾール（１３．２μＬ，０．１６５ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（５．５ｍＬ）に氷冷下で、２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロクロリダート（１８３．６μＬ，０．８２３ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、飽和重曹水および酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝６５％から９５％）により精製し、化合物１２（３４１．４ｍｇ，７９％）を白色固体として得た。
　得られた化合物１２の物性データを表７に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000042
（実施例２：架橋型ヌクレオシドの合成（２））
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000043
（２－１）化合物１３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000044
　まず、実施例１と同様にして化合物４から化合物５を得た。次いで、得られた化合物５（１．０３ｇ）の無水テトラヒドロフラン溶液（６．０ｍＬ）に０．５Ｍの９－ボラビシクロ［３．３．１］ノナン（９－ＢＢＮ）・テトラヒドロフラン溶液（１３．９ｍＬ，６．９４ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。原料が消失した後、反応溶液に氷冷下で、水（２０ｍＬ）および過ホウ素酸ナトリウム・四水和物（５．３３ｇ，３４．７ｍｍｏｌ）を加え、室温でさらに１時間撹拌した。その後、混合物を濾過し、濾液を酢酸エチルで抽出した。有機層を飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，メタノール／ＣＨＣｌ３＝２％から５％）により精製し、化合物１３（９１０ｍｇ，８５％，化合物４から２工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物１３の物性データを表８に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000045
（２－２）化合物１４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000046
　上記で得られた化合物１３（１．１０ｇ，３．５７ｍｍｏｌ）、チミン（９００ｍｇ，７．１４ｍｍｏｌ）およびジアザビシクロクロウンデンセン（ＤＢＵ）（２．１３ｍＬ，１４．３ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（１７．８ｍＬ）をマイクロウェーブ照射下、１００℃で２４時間加熱した。反応が完結した後、溶媒を減圧留去し、ジクロロメタンと飽和重曹水を加え抽出した。有機層を飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、溶媒を減圧留去して化合物１４を粗生成物として得た。この化合物１４を精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（２－３）化合物１５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000047
　上記で得られた化合物１４（１．５８ｇ）、トリエチルアミン（１．２４ｍＬ，８．９２ｍｍｏｌ）および４，４－ジメチルアミノピリジン（４３．６ｍｇ，０．３５７ｍｍｏｌ）の無水ジクロロメタン溶液（３６ｍＬ）に氷冷下で、ｐ－トルエンスルホニルクロリド（ＴｓＣｌ）（１．０２ｇ，５．３５ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で６時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液を飽和重曹水に加え、ジクロロメタンで抽出した。有機層を飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ＣＨＣｌ３＝３０％から８０％）により精製し、化合物１５（１．０８ｇ，５１％，化合物１３から２工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物１５の物性データを表９に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000048
（２－４）化合物１６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000049
　上記で得られた化合物１５（１．０８ｇ，１．８４ｍｍｏｌ）の無水ＤＭＦ溶液（１８ｍＬ）に６０％油性水素化ナトリウム（１８３．５ｍｇ，４．５９ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて９０℃で４８時間撹拌した。反応が完結した後、飽和塩化アンモニウム水溶液および酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝６０％から１００％）により精製し、化合物１６（４８０ｍｇ，６３％）を白色固体として得た。
　得られた化合物１６の物性データを表１０に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000050
（２－５）化合物１７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000051
　上記で得られた化合物１６（４７．１ｍｇ，０．１１３ｍｍｏｌ）のメタノール溶液（１．０ｍＬ）にＰｄ（ＯＨ）２／Ｃ（１１．３ｍｇ）を加え、水素気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、混合物を濾過しメタノールで洗浄した後、濾液を減圧留去することにより化合物１７を粗生成物として得た。この化合物１７を精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（２－６）化合物１８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000052
　上記で得られた化合物１７の無水ピリジン溶液（１．０ｍＬ）に４，４’－ジメトキシトリチルクロリド（５７．５ｍｇ，０．１７０ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で３時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液にメタノールを加え、溶媒を減圧留去した。得られた残渣に酢酸エチルおよび飽和重曹水を加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝７０％から１００％）により精製し、化合物１８（４１．５ｍｇ，６１％，化合物１６から２工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物１８の物性データを表１１に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000053
（２－７）化合物１９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000054
　上記で得られた化合物１８（２８２．０ｍｇ，０．４６９ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（２４５．３μＬ，１．４１ｍｍｏｌ）および１－メチルイミダゾール（１１．３μＬ，０．１４１ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（４．７ｍＬ）に氷冷下で、２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロクロリダート（１５７．１μＬ，０．７０４ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、飽和重曹水および酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝６５％から９５％）により精製し、化合物１９（３１７．３ｍｇ，８４％）を白色固体として得た。
　得られた化合物１９の物性データを表１２に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000055
（実施例３：架橋型ヌクレオシドの合成（３））
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000056
（３－１）化合物２０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000057
　まず、実施例１と同様にして化合物４から化合物５を得た。次いで、得られた化合物５（１．１５ｇ）、チミン（１．０１ｇ，８．００ｍｍｏｌ）およびジアザビシクロウンデセン（ＤＢＵ）（２．３９ｍＬ，１６．０ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（１８ｍＬ）をマイクロウェーブ照射下にて、１００℃で２４時間加熱した。反応が完結した後、溶媒を減圧留去し、ジクロロメタンおよび飽和重曹水を加え抽出した。有機層を飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，アセトン／ＣＨＣｌ３＝２０％から４０％）により精製し、化合物２０および１－エチル体（副生成物）の混合物（１．１７ｇ，化合物２０：１－エチル体＝１：０．２６）を淡黄色固体として得た。化合物２０および１－エチル体の分離が困難であったため、これらを精製することなくそのまま次の反応に用いた。
　得られた化合物２０の物性データを表１３に示す。なお、ＮＭＲについては、副生成物（１－エチル体）と化合物２０の混合物の状態で測定し、得られた化合物２０のシグナルのみの帰属を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000058
（３－２）化合物２１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000059
　上記で得られた化合物２０および１－エチル体の混合物（１．１７ｇ，約２．８１ｍｍｏｌ）の無水テトラヒドロフラン溶液（４．７ｍＬ）に６０％油性水素化ナトリウム（３３６．８ｍｇ，８．４２ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。次いで、反応溶液に、臭化アリル（３０８．９μＬ，３．６５ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で４日間撹拌した。反応が完結した後、飽和塩化アンモニウム水溶液および酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝４０％から７０％）により精製し、化合物２１および１－エチル体（副生成物）の混合物（９００ｍｇ，化合物２１：１－エチル体＝１：０．２６）を黄色固体として得た。
　得られた化合物２１の物性データを表１４に示す。なお、ＮＭＲについては、副生成物（１－エチル体）と化合物２１の混合物の状態で測定し、得られた化合物２１のシグナルのみの帰属を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000060
（３－３）化合物２２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000061
　上記で得られた化合物２１および１－エチル体の混合物（９００ｍｇ，約１．５６ｍｍｏｌ）の脱酸素トルエン溶液（３１ｍＬ）に第二世代グラブス触媒（６６．３ｍｇ，０．０７８ｍｍｏｌ）を窒素気流下にて室温で加え、５０℃で５．５時間撹拌した。その後、反応溶液を減圧留去し、得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝６０％から１００％）により精製し、化合物２２（５６４．１ｍｇ，化合物４からの３３％）を淡黄色固体として得た。
　得られた化合物２２の物性データを表１５に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000062
（３－４）化合物２３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000063
　上記で得られた化合物２２（５２２．９ｍｇ，１．２２ｍｍｏｌ）のメタノール溶液（１２．０ｍＬ）にＰｄ（ＯＨ）２／Ｃ（１２２．０ｍｇ）を加え、水素気流下にて室温で３時間撹拌した。反応が完結した後、混合物を濾過してメタノールで洗浄し、濾液を減圧留去することにより化合物２３を粗生成物として得た。この化合物２３を精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（３－５）化合物２４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000064
　上記で得られた化合物２３の無水ピリジン溶液（１２．０ｍＬ）に４，４’－ジメトキシトリチルクロリド（６２０．３ｍｇ，１．８３ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で２．５時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液にメタノールを加え、溶媒を減圧留去した。得られた残渣に酢酸エチルおよび飽和重曹水を加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，アセトン／クロロホルム＝１５％から４０％）により精製し、化合物２４（５３０．１ｍｇ，７１％，化合物２２から２工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物２４の物性データを表１６に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000065
（３－６）化合物２５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000066
　上記で得られた化合物２４（２２７．２ｍｇ，０．３７０ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（１９３．２μＬ，１．１２ｍｍｏｌ）および１－メチルイミダゾール（８．９０μＬ，０．１１１ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（３．７ｍＬ）に氷冷下にて２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロクロリダート（１２３．７μＬ，０．５５４ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、飽和重曹水および酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／ヘキサン＝４０％から８０％）により精製し、化合物２５（２３５．４ｍｇ，７８％）を白色固体として得た。
　得られた化合物２５の物性データを表１７に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000067
（実施例４：架橋型ヌクレオシドの合成（４））
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000068
（４－１）化合物２６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000069
　上記で得られた化合物２４（４８４．７ｍｇ，０．７９ｍｍｏｌ）のピリジン溶液（８ｍＬ）に、クロロトリエチルシラン（６５０μＬ，３．９ｍｍｏｌ）を滴下し、窒素気流下室温で４時間撹拌した。反応が完結した後、飽和重曹水と酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝６０／４０から４０／６０）により精製し、化合物２６（５５１．２ｍｇ，９６％）を白色固体として得た。
　得られた化合物２６の物性データを表１８に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000070
（４－２）化合物２７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000071
　上記で得られた化合物２６（５１４．３ｍｇ，０．７１ｍｍｏｌ）、トリエチルアミン（１．５ｍＬ，１０．８ｍｍｏｌ）と１，２，４－トリアゾール（７１４．４ｍｇ，１０．３ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（７ｍＬ）に塩化ホスホリル（２００μＬ，２．１５ｍｍｏｌ）を滴下し、窒素気流下にて室温で４５分撹拌した。反応が完結した後、飽和重曹水と酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。１，４－ジオキサン（７ｍＬ）、２８％アンモニウム水溶液（１．２ｍＬ，９．９ｍｍｏｌ）を加え、室温で３時間撹拌した。反応完結後、溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／メタノール＝９５／５から９０／１０）により精製し、化合物２７（５１１．９ｍｇ，９９％）を白色固体として得た。
　得られた化合物２７の物性データを表１９に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000072
（４－３）化合物２８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000073
　上記で得られた化合物２７（７０２．８ｍｇ，０．９７ｍｍｏｌ）のピリジン溶液（１０ｍＬ）に、無水安息香酸（３２８．４ｍｇ，１．４５ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて４０℃で６時間撹拌した。反応が完結した後、飽和重曹水と酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，クロロホルム／メタノール＝９９／１から９７／３）により精製し、化合物２８（６３４．８ｍｇ，７９％）を白色固体として得た。
　得られた化合物２８の物性データを表２０に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000074
（４－４）化合物２９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000075
　上記で得られた化合物２８（４３．５ｍｇ，０．０５ｍｍｏｌ）のテトラヒドロフラン（ＴＨＦ）溶液（１．０ｍＬ）に、テトラブチルアンモニウムフルオリド（１Ｍ　ＴＨＦ溶液、１５７μＬ，０．１６ｍｍｏｌ）を滴下し、室温で４時間撹拌した。反応が完結した後、溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝６０／４０から４０／６０）により精製し、化合物２９（３５．６ｍｇ，９５％）を白色固体として得た。
　得られた化合物２９の物性データを表２１に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000076
（４－５）化合物３０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000077
　上記で得られた化合物２９（３１，０ｍｇ，０．０４ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（１ｍＬ）に、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（２３μＬ，０．１３ｍｍｏｌ）、１－メチルイミダゾール（１μＬ，０．０１３ｍｍｏｌ）および２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロクロリダート（１５μＬ，０．０６７ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で４時間撹拌した。反応が完結した後、メタノール、飽和重曹水と酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝６５／３５から４５／５５）により精製し、化合物３０（３４．３ｍｇ，８４％）を白色固体として得た。
　得られた化合物３０の物性データを表２２に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000078
（実施例５：架橋型ヌクレオシドの合成（５））
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000079
（５－１）化合物３１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000080
　上記で得られた化合物５（１．２７ｇ，４．３６ｍｍｏｌ）、アデニン（６５０ｍｇ，４．８１ｍｍｏｌ）およびジアザビシクロウンデセン（ＤＢＵ）（９７６μＬ，６．５４ｍｍｏｌ）の無水ジメチルホルムアミド溶液（１１．０ｍＬ）をマイクロウェーブ照射下、１５０℃で２時間加熱した。放冷後、酢酸エチルと水を加え抽出した。有機層を飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／メタノール＝９５／５から８５／１５）により精製し、化合物３１および１－エチル体の混合物（１．６９ｇ）を淡黄色固体として得た。化合物３１および１－エチル体の分離が困難であったため、これらを精製することなくそのまま次の反応に用いた。
　得られた化合物３１の物性データを表２３に示す。なお、ＮＭＲについては、副生成物（１－エチル体）と化合物３１の混合物の状態で測定し、得られた化合物３１のシグナルのみの帰属を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000081
（５－２）化合物３２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000082
　上記で得られた化合物３１および１－エチル体の混合物（４２３ｍｇ，約０．１０ｍｍｏｌ）の無水テトラヒドロフラン溶液（１０ｍＬ）にＮ，Ｎ－ジメチルホルムアミドジメチルアセタール（４００μＬ，２．９９ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１６時間撹拌した。反応が完結した後、溶媒を減圧留去し、無水ジメチルホルムアミド（１０ｍＬ）、６０％油性水素化ナトリウム（６０．１ｍｇ，１．５０ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて－３０℃で１時間撹拌した。その後反応溶液に、臭化アリル（１００μＬ，１．１９ｍｍｏｌ）、ヨウ化ナトリウム（３０．１ｍｇ，０．２０ｍｍｏｌ）を加え、アルゴン気流下にて－３０℃で３時間撹拌した。反応が完結した後、メタノール（１ｍＬ）を加えて－２０℃で２０分間撹拌した後、飽和塩化アンモニウム水溶液を加え、酢酸エチルで抽出した。有機層を飽和重曹水、水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／メタノール＝９８／２から９３／７）により精製し、化合物３２および１－エチル体の混合物（４２６．０ｍｇ）を白色固体として得た。
　得られた化合物３２の物性データを表２４に示す。なお、ＮＭＲについては、副生成物（１－エチル体）と化合物３２の混合物の状態で測定し、得られた化合物３２のシグナルのみの帰属を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000083
（５－３）化合物３３の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000084
　上記で得られた化合物３２および１－エチル体の混合物（２５４．８ｍｇ，約０．４９ｍｍｏｌ）のメタノール溶液（４．９ｍＬ）に２Ｎの水酸化ナトリウム水溶液（１．４６ｍＬ，２．９２ｍｍｏｌ）を加え、４０℃で１時間撹拌した。反応が完結した後、析出した白色固体を濾取した。濾液を減圧留去し、得られた残渣をメタノールで洗浄し、生じた白色固体を再び濾過で回収し、合わせて化合物３３および１－エチル体の混合物（１９４．６ｍｇ）を白色固体として得た。
　得られた化合物３３の物性データを表２５に示す。なお、ＮＭＲについては、副生成物（１－エチル体）と化合物３３の混合物の状態で測定し、得られた化合物３３のシグナルのみの帰属を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000085
（５－４）化合物３４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000086
　上記で得られた化合物３３および１－エチル体の混合物（２３．５ｍｇ，約０．０４５ｍｍｏｌ）の脱酸素トルエン溶液（４．５ｍＬ）に第二世代ホベイダ－グラブス触媒（３．２ｍｇ，０．００５ｍｍｏｌ）、ｐ－ベンゾキノン（０．７ｍｇ，０．００６ｍｍｏｌ）を窒素気流下にて室温で加え、５０℃で２０時間撹拌した。その後、反応溶液を減圧留去し、得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，クロロホルム／アセトン＝９５／５から７０／３０）により精製し、化合物３４（１８．２ｍｇ，５３％，化合物４より６工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物３４の物性データを表２６に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000087
（５－５）化合物３５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000088
　上記で得られた化合物３４（５７．８ｍｇ，０．１３ｍｍｏｌ）のメタノール／ＴＨＦ混合溶媒（３．９ｍＬ，メタノール／ＴＨＦ＝２／１）に酢酸（１１６μＬ）を添加し、水酸化パラジウム／炭素（約５０％水湿潤、４８．１ｍｇ）を加えた後、水素気流下にて６０℃で７時間撹拌した。反応が完結した後、混合物を濾過し、酢酸エチルで洗浄した後、濾液を減圧留去し化合物３５（２９．５ｍｇ，７０％）を白色固体として得た。
　得られた化合物３５の物性データを表２７に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000089
（５－６）化合物３６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000090
　上記で得られた化合物３５（２５．２ｍｇ，０．０７８ｍｍｏｌ）のピリジン溶液（１ｍＬ）にテトラメチルシリルクロリド（４０μＬ，０．３２ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で２時間撹拌した後、ベンゾイルクロリド（３５μＬ，０．３０ｍｍｏｌ）を滴下し、窒素気流下にて室温で１８時間撹拌した。反応が完結した後、アンモニア水（６８０μＬ）を加え、５時間後、反応液を濃縮した。残渣にピリジン（１ｍＬ）、アンモニア水を加え、３時間室温で撹拌した後、反応液を濃縮した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル／メタノール＝１００／０から９３／７）により精製し、化合物３６（１８．２ｍｇ，５５％）を白色固体として得た。
　得られた化合物３６の物性データを表２８に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000091
（５－７）化合物３７の合成
　上記で得られた化合物３６の無水ピリジン溶液に４，４’－ジメトキシトリチルクロリドを加え、窒素気流下にて撹拌する。反応が完結した後、反応溶液にメタノールを加え、溶媒を減圧留去する。得られた残渣に酢酸エチルおよび飽和重曹水を加え、抽出する。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去する。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製し、化合物３７を得る。
（５－８）化合物３８の合成
　上記で得られた化合物３７、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミンおよび１－メチルイミダゾールの無水アセトニトリル溶液に氷冷下にて２－シアノエチル－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルホスホロクロリダートを加え、窒素気流下にて撹拌する。反応が完結した後、飽和重曹水および酢酸エチルを加え、抽出する。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて溶媒を減圧留去する。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製することで化合物３８を得る。
（実施例６：架橋型ヌクレオシドの合成（６））
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000092
（６－１）化合物３９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000093
　上記で得られた化合物５（１７０．６ｍｇ，０．５９ｍｍｏｌ）、２－アミノ－６－クロロプリン（１９９．３ｍｇ，１．１８ｍｍｏｌ）および炭酸カリウム（４４８．０ｍｇ，３．２４ｍｍｏｌ）、１８－クラウン－６（３８７．７ｍｇ，１．４７ｍｍｏｌ）のＨＭＰＡ（２ｍＬ）溶液を室温で窒素気流下にて１４時間撹拌した。反応が完結した後、氷水に反応液をあけ１時間撹拌した。析出した白色固体をろ取し、氷水およびジエチルエーテルで洗浄した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，クロロホルム／メタノール＝１００／０から９５／５）により精製し、化合物３９および１－エチル体の混合物（７５．４ｍｇ）を白色固体として得た。
　得られた化合物３９の物性データを表２９に示す。なお、ＮＭＲについては、副生成物（１－エチル体）と化合物３９の混合物の状態で測定し、得られた化合物３９のシグナルのみの帰属を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000094
（６－２）化合物４０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000095
　上記で得られた化合物３９および１－エチル体の混合物（７２．０ｍｇ，約０．１６ｍｍｏｌ）の無水ジメチルホルムアミド（１６ｍＬ）溶液にＮ，Ｎ－ジメチルホルムアミドジメチルアセタール（１９９．３ｍｇ，１．１８ｍｍｏｌ）を加え、５０℃で窒素気流下にて１９時間撹拌した。反応が完結した後、反応液を濃縮した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，酢酸エチル）により精製し、化合物４０および１－エチル体の混合物（５０．１ｍｇ）を白色固体として得た。
　得られた化合物４０の物性データを表３０に示す。なお、ＮＭＲについては、副生成物（１－エチル体）と化合物４０の混合物の状態で測定し、得られた化合物４０のシグナルのみの帰属を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000096
（６－８）化合物４８の合成
　上記で得られた化合物４０を用いて、実施例５と同様の方法（化合物３１から化合物３８までの各合成方法）により化合物４０から化合物４８を合成する。
（実施例７：架橋型ヌクレオシドの合成（７））
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000097
（７－１）化合物５１の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000098
　化合物１（１．０３ｇ，３．７７ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル（１４．７ｍＬ）溶液に、氷冷下でアリルトリメチルシラン（０．７０５ｍｌ，４．４４ｍｍｏｌ）を加えた後、トリメチルシリルトリフラート（０．７１ｍｌ，３．９３ｍｍｏｌ）を滴下し、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液に飽和重曹水を加えて撹拌した。その後、混合物を酢酸エチルで抽出した。水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。得られた粗生成物をこれ以上精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（７－２）化合物５２の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000099
　上記で得られた化合物５１のメタノール（１４．４ｍＬ）溶液に氷冷下、５ＭのＮａＯＭｅ（メタノール溶液，０．７５ｍＬ，３．７５ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液にＤＯＷＥＸ　５０×８　２００ｍｅｓｈを加えて撹拌し、中和した。その後混合物を濾過し、濾液を濃縮して化合物５２（０．５６ｇ，８７％，化合物１より２工程）を黄褐色油状物質として得た。なお、この化合物５２は、Ｍａｌｌｉｋｈａｒｊｕｎａ　Ｒ．　Ｌａｍｂｕら、Ｊ．　Ｍｅｄ．　Ｃｈｅｍ．，　２０１３，　５６，　６１２３－６１２４に記載されている。
（７－３）化合物５４の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000100
　上記で得られた化合物５２（２０１．１ｍｇ，１．１８ｍｍｏｌ）のトルエン（４．７０ｍＬ）溶液に氷冷下、ｍＣＰＢＡ（純度７０％，８６６ｍｇ，３．５１ｍｍｏｌ）を加え、０℃で１時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液にシクロヘキセンを加えて撹拌した。その後混合物を濾過し、濾液を濃縮した。次に、得られたエポキシジオールをトルエンで共沸した後、無水アセトニトリル（５．０ｍＬ）およびｐ－アニスアルデヒドジメチルアセタール（０．４０ｍＬ，２．３５ｍｍｏｌ）および（±）－カンファースルホン酸（２７．３ｍｇ，０．１１８ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて５０℃で１６時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液を氷冷下トリエチルアミン（０．２５ｍＬ）で中和した。生じた混合溶液をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝８０／２０から２０／８０））により精製し、化合物５４（９２．１ｍｇ，２６％，化合物５２より２工程）を黄色固体として得た。
　得られた化合物５４の物性データを表３１に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000101
（７－４）化合物５５の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000102
　上記で得られた化合物５４（５７４．８ｍｇ，１．８９ｍｍｏｌ）、チミン（４８０ｍｇ，３．８１ｍｍｏｌ）およびジアザビシクロウンデセン（ＤＢＵ）（１．１３ｍＬ，７．５７ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル（９．４ｍＬ）溶液をマイクロウェーブ照射下、１００℃で２４．５時間加熱した。反応溶液にさらにチミン（４７７．２ｍｇ，３．７８ｍｍｏｌ）およびＤＢＵ（１．１３ｍＬ，７．５７ｍｍｏｌ）を加えて１００℃で１７時間反応させた。反応が完結した後、生じた混合溶液をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝４０／６０）により精製した。得られた化合物をジクロロメタンに溶解させ、飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄後した。その後、有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去したところ白色固体５５（７３２．７ｍｇ，９０％）を得た。
　得られた化合物５５の物性データを表３２に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000103
（７－５）化合物５６の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000104
　上記で得られた化合物５５（２５４．４ｍｇ，０．５９ｍｍｏｌ）の無水ＴＨＦ（６．０ｍＬ）溶液に氷冷下で水素化ナトリウム（６０％油性，６１．８ｍｇ，１．５５ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１時間撹拌した。その後、溶液にアリルブロミド（６０μＬ，０．７１ｍｍｏｌ）を滴下し、ヨウ化ナトリウム（２７．１ｍｇ，０．１８ｍｍｏｌ）を加えて５０℃で９時間撹拌した。反応が完結した後、飽和塩化アンモニウム水を加え、酢酸エチルで抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。生じた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，クロロホルム／メタノール＝７／１）により精製し、化合物５６（５５．５ｍｇ，６３％）を白色固体として得た。
　得られた化合物５６の物性データを表３３に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000105
（７－６）化合物５７の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000106
　上記で得られた化合物５６（２３４．７ｍｇ，０．５０ｍｍｏｌ）の脱酸素ジクロロエタン溶液（５０ｍＬ）に１，４－ベンゾキノン（５．２ｍｇ，０．０４８ｍｍｏｌ）と第二世代ホベイダ－グラブス触媒（１７．０ｍｇ，０．０２７ｍｍｏｌ）を窒素気流下にて室温で加え、７０℃で１．５時間撹拌した。その後、反応溶液を減圧留去し、得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝３３／６７）により精製した。得られた粗生成物をこれ以上精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（７－７）化合物５８の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000107
　上記で得られた化合物５７の粗生成物（１２８．５ｍｇ，約０．２９１ｍｍｏｌ）のメタノール溶液（２．９ｍＬ）にＰｄ（ＯＨ）２／Ｃ（３１．１ｍｇ，約５０％水湿潤）を加え、水素気流下にて室温で１０分撹拌した。反応が完結した後、混合物を濾過し、メタノールで洗浄した後、濾液を減圧留去した。得られた粗生成物５８をこれ以上精製することなくそのまま次の反応に用いた。
（７－８）化合物５９の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000108
　上記で得られた化合物５８の無水ピリジン溶液（３．０ｍＬ）に４，４’－ジメトキシトリチルクロリド（１４２．７ｍｇ，０．４２ｍｍｏｌ）を加え、窒素気流下にて室温で１．５時間撹拌した。反応が完結した後、反応溶液に重曹水と酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝２５／７５）により精製し、化合物５９（１１８．２ｍｇ，３８％，化合物５６から３工程）を白色固体として得た。
　得られた化合物５９の物性データを表３４に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000109
（７－９）化合物６０の合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000110
　上記で得られた化合物５９（３４．６ｍｇ，０．０５５ｍｍｏｌ）、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（３０μＬ，０．１７６ｍｍｏｌ）の無水アセトニトリル溶液（１．０ｍＬ）に１０％の１－メチルイミダゾール（無水アセトニトリル溶液，１３．０μＬ，０．０１６３ｍｍｏｌ）を加えた後、氷冷下で２－シアノエチル－，Ｎ－ジイソプロピルホスホロクロリダート（２０．０μＬ，０．０８９７ｍｍｏｌ）を加え、アルゴン気流下にて室温で１時間撹拌した。反応が完結した後、飽和重曹水と酢酸エチルを加え、抽出した。有機層を飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した後、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ溶媒を減圧留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＳｉＯ２，ヘキサン／酢酸エチル＝３３／６７）により精製し、化合物６０（３８．３ｍｇ，８４％）を白色固体として得た。
　得られた化合物６０の物性データを表３５に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000111
（実施例８：オリゴヌクレオチドの合成および精製）
　実施例１～３で作製された化合物１２、１９および２５をアミダイトブロックとして用い、以下のようにしてオリゴヌクレオチドを合成した。オリゴヌクレオチドを構成する化合物１２、１９および２５以外の化合物は、特に表記がない限り、Proligo社から購入した。
　実施例１～３で作製された化合物１２、１９および２５から、各々０．１Ｍの無水アセトニトリル溶液として調製し、ＧｅｎｅＤｅｓｉｇｎ社製ｎＳ－８　Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ　Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒに仕込んだ。各合成をトリチルオフ条件で行った。活性化剤にはＡｃｔｉｖａｔｏｒ－４２（登録商標）（Ｐｒｏｌｉｇｏ社製）を用い、化合物１２、１９および２５の縮合時間を１２０秒×５に延長した。その他の操作については通常のホスホロアミダイト法に従って合成を行った。
　合成完了後、生成物を、２８％アンモニア水溶液を用いて室温下で１．５時間処理してカラム担体からの切り出しを行い、次いで５５℃で１５時間静置することで塩基部およびリン酸部の脱保護を行った。次いで、得られた粗オリゴヌクレオチドを逆相ＨＰＬＣで精製した。
　なお、このＨＰＬＣの条件は以下の通りであった。
　溶離液
　・Ａ液：０．１Ｍ酢酸トリエチルアンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）
　・Ｂ液：アセトニトリル
　グラジエント
　・Ｂ液濃度：６～１２％（２０分間）
　カラム
　・Ｗａｔｅｒｓ社製ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　ＯＳＴ　Ｃ１８　２．５μｍ（１０×５０ｍｍ）(分取)
　・Ｗａｔｅｒｓ社製ＸＢｒｉｄｇｅＴＭ　ＯＳＴ　Ｃ１８　２．５μｍ（４．６×５０ｍｍ）(分析)
　流速
　・４．０ｍＬ／分（分取）
　・１．０ｍＬ／分（分析）
　カラム温度
　・５０℃
　検出
　・ＵＶ（２６０ｎｍ）
　精製したオリゴヌクレオチドの組成をＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ－ＭＳ測定により決定した。当該測定にあたり、まず、３－ヒドロキシピコリン酸水溶液（１０ｍｇ／ｍＬ）とクエン酸二アンモニウム水溶液（１ｍｇ／ｍＬ）とを１：１の容量比で混合したマトリックス（１μＬ）を乾燥させたアンカーチップ上に、オリゴヌクレオチド水溶液（５０μＭ，１μＬ）を載せて再度乾燥させ、その後ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ－ＭＳ測定を行った。分子量の測定をネガティブモードで行い、オリゴチミジル酸（７ｍｅｒ、１５ｍｅｒおよび２３ｍｅｒ）を外部標準として用いた。また、合成したオリゴヌクレオチドの定量を、吸光度測定装置（株式会社島津製作所製ＳＨＩＭＡＤＺＵ　ＵＶ－１８００）を用いて２６０ｎｍにおける紫外部吸収を測定して行った。
（実施例９：二重鎖形成能の評価）
　実施例８に記載のようにして、以下の表に示す配列のオリゴヌクレオチドを合成および精製した。
（１）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴＴＴＴＴＧＣＴ）－３’（配列番号１）
（２）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴＨＴＴＴＧＣＴ）－３’（配列番号２）
（３）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ１ＴＴＴＧＣＴ）－３’（配列番号３）
（４）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ２ＴＴＴＧＣＴ）－３’（配列番号４）
（５）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ３ＴＴＴＧＣＴ）－３’（配列番号５）
（６）５’－ｄ（ＧＣＧＨＴＨＴＨＴＧＣＴ）－３’（配列番号６）
（７）５’－ｄ（ＧＣＧ１Ｔ１Ｔ１ＴＧＣＴ）－３’（配列番号７）
（８）５’－ｄ（ＧＣＧ２Ｔ２Ｔ２ＴＧＣＴ）－３’（配列番号８）
（９）５’－ｄ（ＧＣＧ３Ｔ３Ｔ３ＴＧＣＴ）－３’（配列番号９）
（10）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴＨＨＨＴＧＣＴ）－３’（配列番号１０）
（11）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ１１１ＴＧＣＴ）－３’（配列番号１１）
（12）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ２２２ＴＧＣＴ）－３’（配列番号１２）
（13）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ３３３ＴＧＣＴ）－３’（配列番号１３）
（14）５’－ｄ（ＧＣＧＨＨＨＨＨＨＧＣＴ）－３’（配列番号１４）
（15）５’－ｄ（ＧＣＧ１１１１１１ＧＣＴ）－３’（配列番号１５）
（16）５’－ｄ（ＧＣＧ２２２２２２ＧＣＴ）－３’（配列番号１６）
（17）５’－ｄ（ＧＣＧ３３３３３３ＧＣＴ）－３’（配列番号１７）
　上記のＨ、１、２および３は以下を表す：
　Ｈ＝ＨＮＡ－Ｔ（非特許文献４の化合物）
　１＝化合物１２（ＢＡＮＡ－Ｔ１）
　２＝化合物１９（ＢＡＮＡ－Ｔ２）
　３＝化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）
　標的鎖として、一本鎖オリゴＲＮＡ５’－ｒ（ＡＧＣＡＡＡＡＡＡＣＧＣ）－３’（配列番号１８）および一本鎖オリゴＤＮＡ５’－ｄ（ＡＧＣＡＡＡＡＡＡＣＧＣ）－３’（配列番号１９）を用いて、以下のようにして二重鎖形成能（結合親和性）を調べた。
　オリゴヌクレオチドの二重鎖形成能を、各種オリゴヌクレオチドと標的鎖とをアニーリング処理して二重鎖を形成させた後、Ｔｍ値を測定することにより調べた。より詳細には、各オリゴヌクレオチド（終濃度４μＭ）と塩化ナトリウム（終濃度１００ｍＭ）のリン酸緩衝液（１０ｍＭ，ｐＨ７．２，１３０μＬ）の混合液を沸騰水中に浴し、室温までゆっくり冷却した。その後、窒素気流下で５℃まで冷却し、測定を開始した。０．５℃／分で９０℃まで昇温し、０．５℃間隔で２６０ｎｍにおける吸光度をプロットした。Ｔｍ値を中線法または微分法（配列番号１７）により算出し、独立した３回の測定における平均値とした。
　表３６（配列（１）～（９））および表３７（配列（１）および（10）～（17））に二重鎖形成能の結果を示す。これらの表中、一本鎖オリゴＲＮＡに対する結果を「ｓｓＲＮＡ」、一本鎖オリゴＤＮＡに対する結果を「ｓｓＤＮＡ」に示し、そして各オリゴヌクレオチドのＴｍと、人工修飾核酸１塩基当たりのＴｍ変動温度（「ΔＴｍ／ｍｏｄ．」）とを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000112
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000113
　ｓｓＲＮＡに対し、Ｔｍ値は、ＢＡＮＡ－Ｔ３（化合物２５）が最も高く、次いでＢＡＮＡ－Ｔ２（化合物１９）、ＢＡＮＡ－Ｔ１（化合物１２）の順であった。ＢＡＮＡ－Ｔ１、ＢＡＮＡ－Ｔ２（化合物１９）およびＢＡＮＡ－Ｔ３（化合物２５）のそれぞれについて、オリゴヌクレオチドに複数導入することにより、ｓｓＲＮＡに対するＴｍ値は上昇し、ＲＮＡに対する二重鎖形成能が向上する傾向を示した。また、ＢＡＮＡ－Ｔ１、ＢＡＮＡ－Ｔ２（化合物１９）およびＢＡＮＡ－Ｔ３（化合物２５）のそれぞれについて、連続的に導入することによってＲＮＡに対する二重鎖形成能がより向上し、ＨＮＡ－Ｔの場合よりも高い二重鎖形成能を示した。
（実施例１０：塩基選択性の評価）
　上記の配列（１）～（５）について、標的鎖として、一本鎖オリゴＲＮＡ５’－ｒ（ＡＧＣＡＡＡＹＡＡＣＧＣ）－３’および一本鎖オリゴＤＮＡ５’－ｄ（ＡＧＣＡＡＡＹＡＡＣＧＣ）－３’を用いて、同様に二重鎖形成能（結合親和性）を調べた。
　Ｙは、一本鎖オリゴＲＮＡについては、ｒＡ（配列番号１８）、ｒＵ（配列番号２０）、ｒＧ（配列番号２１）およびｒＣ（配列番号２２）のいずれかであり、そして一本鎖オリゴＤＮＡについては、ｄＡ（配列番号１９）、ｄＴ（配列番号２３）、ｄＧ（配列番号２４）およびｄＣ（配列番号２５）のいずれかとした。
　結果を以下の表３８に示す。表中、ΔＴｍは、ミスマッチのＴｍ値からマッチ（ｄＡまたはｒＡ）のＴｍ値を差し引いて求めた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000114
　ＢＡＮＡ－Ｔ１（化合物１２）、ＢＡＮＡ－Ｔ２（化合物１９）およびＢＡＮＡ－Ｔ３（化合物２５）のそれぞれについてオリゴヌクレオチドに導入することにより、天然ＤＮＡ（ｄＴ）を用いた場合（配列番号１）と比べて、Ｇとの塩基対の形成が抑制された。
（実施例１１：ヌクレアーゼ耐性能の評価）
　実施例８に記載のようにして、以下の１０ｍｅｒの配列のオリゴヌクレオチドを合成および精製し、被験オリゴヌクレオチドとして用いた：
５’－ｄ（ＴＴＴＴＴＴＴＴＴＸ）－３’
　Ｘは、以下のいずれかとした：
　Ｘ＝チミジン（ｄＴ）
　Ｘ＝５’－ホスホロチオエートチミジン（ＰＳ）
　Ｘ＝ＬＮＡ－Ｔ（ＬＮＡ）
　Ｘ＝ＨＮＡ－Ｔ（ＨＮＡ）
　Ｘ＝化合物１２（ＢＡＮＡ－Ｔ１）
　Ｘ＝化合物１９（ＢＡＮＡ－Ｔ２）
　Ｘ＝化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）
　７．５μＭ被験オリゴヌクレオチドと１０ｍＭ塩化マグネシウムを含む５０ｍＭトリス塩酸緩衝液（ｐＨ８．０）に、１．０μｇ／ｍＬの３’－エキソヌクレアーゼ（Crotalus adamanteus venom phosphodiesterase，ＣＡＶＰ）を加え、３７℃でインキュベートした。インキュベーションの開始時（０分）、５分後、１０分後、２０分後、４０分後にそれぞれ２０μＬずつ試料を取り出し、ＭｉｌｌｉＱ９０μＬと合わせて１１０μＬとした。このうち１００μＬを逆相ＨＰＬＣで解析し、未切断のオリゴヌクレオチドの割合を算出した。また、評価は独立した３回の測定により導き出した。
　結果を図１に示す。図１から明らかなように、ＸがＬＮＡ－Ｔ（ＬＮＡ）またはＨＮＡ－Ｔ（ＨＮＡ）である場合は、天然ＤＮＡ（ｄＴ）と同様にヌクレアーゼによってオリゴヌクレオチドは分解した。ホスホロチオエート化（ＰＳ）オリゴ（Ｘ＝５’－ホスホロチオエートチミジン（ＰＳ））である場合も、ヌクレアーゼ処理４０分後の未切断オリゴヌクレオチドの残存率は約２０％ほどであったのに対し、Ｘとして化合物１２（ＢＡＮＡ－Ｔ１）、化合物１９（ＢＡＮＡ－Ｔ２）および化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）のそれぞれを用いた場合はヌクレアーゼ処理の４０分後でも約６０％が未切断で残存しており、分解されにくかった。
（実施例１２：ヌクレアーゼ耐性能の評価）
　実施例８に記載のようにして、以下の１０ｍｅｒの配列のオリゴヌクレオチドを合成および精製し、被験オリゴヌクレオチドとして用いた：
５’－ｄ（ＴＴＴＴＴＴＴＴＸＴ）－３’
　Ｘは、以下のいずれかとした：
　Ｘ＝３’－ホスホロチオエートチミジン（ＰＳ）
　Ｘ＝ＬＮＡ－Ｔ（ＬＮＡ）
　Ｘ＝ＨＮＡ－Ｔ（ＨＮＡ）
　Ｘ＝化合物１２（ＢＡＮＡ－Ｔ１）
　Ｘ＝化合物１９（ＢＡＮＡ－Ｔ２）
　Ｘ＝化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）
　７．５μＭ被験オリゴヌクレオチドと１０ｍＭ塩化マグネシウムを含む５０ｍＭトリス塩酸緩衝液（ｐＨ８．０）に、１．０μｇ／ｍＬの３’－エキソヌクレアーゼ（Crotalus adamanteus venom phosphodiesterase，ＣＡＶＰ）を加え、３７℃でインキュベートした。インキュベーションの開始時から２０分後に２０μＬ試料を取り出し、ＭｉｌｌｉＱ９０μＬと合わせて１１０μＬとした。このうち１００μＬを逆相ＨＰＬＣで解析し、未切断のオリゴヌクレオチドの割合を算出した。
　結果を図２に示す。図２から明らかなように、ＸがＬＮＡ－Ｔ（ＬＮＡ）またはＨＮＡ－Ｔ（ＨＮＡ）である場合は、ヌクレアーゼによってオリゴヌクレオチドは完全に分解した。ホスホロチオエート化（ＰＳ）オリゴ（Ｘ＝３’－ホスホロチオエートチミジン（ＰＳ））については、ヌクレアーゼ処理２０分後の未切断オリゴヌクレオチドの残存率は約５０％ほどであった。Ｘとして化合物１２（ＢＡＮＡ－Ｔ１）、化合物１９（ＢＡＮＡ－Ｔ２）の用いた場合は、ヌクレアーゼ処理の２０分後残存率が、それぞれ２％、３３％であったのに対し、Ｘとして化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）を用いた場合では９５％が残存しており、その他の修飾と比較して圧倒的に分解されにくかった。
（実施例１３：オリゴヌクレオチドの合成および精製ならびに二重鎖形成能の評価）
　実施例８に記載のようにして、以下の配列のオリゴヌクレオチドを合成および精製した：
（18）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴＬＬＬＴＧＣＴ）－３’（配列番号２６）
（19）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴＬ３３ＴＧＣＴ）－３’（配列番号２７）
（20）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ３Ｌ３ＴＧＣＴ）－３’（配列番号２８）
（21）５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ３３ＬＴＧＣＴ）－３’（配列番号２９）
　上記のＬおよび３は以下を表す：
　Ｌ＝ＬＮＡ－Ｔ（ＬＮＡ）
　３＝化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）
　各オリゴヌクレオチドの収率およびＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ　ＭＳ測定の結果を表３９に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000115
　さらに、実施例９に記載のようにして、各オリゴヌクレオチドについて、ＲＮＡに対する二重鎖形成能を評価した。標的鎖として、一本鎖オリゴＲＮＡ５’－ｒ（ＡＧＣＡＡＡＡＡＡＣＧＣ）－３’（配列番号１８）を用いた。結果を表３８に示す。表３８は、二本鎖形成時の各オリゴヌクレオチドの融解温度Ｔｍと、配列（18）とのＴｍの差異（「ΔＴｍ」）とを示す。表４０に示されるように、化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）を含むオリゴヌクレオチドは、ＬＮＡを含むオリゴヌクレオチドと同等の高い二重鎖形性能を有することが分かった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000116
（実施例１４：オリゴヌクレオチドの合成および精製ならびに二重鎖形成能の評価）
　化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）および化合物３０（ＢＡＮＡ－ｍＣ３）を用いて、実施例８に記載のようにして、表４１に示す配列（22）～（25）のオリゴヌクレオチドを合成および精製した（それぞれ配列番号３０～３３にも示す）。表４１中のオリゴヌクレオチドは、ｍＭＡＬＡＴ１に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
　ホスホロチオエート（ＰＳ）化を、０．０５Ｍ((ジメチルアミノ－メチリデン)アミノ)－３Ｈ－１，２，４－ジチアゾリン－３－チオン（ＤＤＴＴ）（ピリジン／アセトニトリル（３：２）溶液、ＧＬＥＮ　ＲＥＳＥＡＲＣＨ社）を用いて、当該試薬の製造会社が推奨する方法にて行った。
　表４１は、これらのオリゴヌクレオチドの収率およびＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ　ＭＳ測定の結果もまた示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000117
　さらに、実施例９と同様にして、各オリゴヌクレオチドについて、ＲＮＡに対する二重鎖形成能を評価した。コントロールとして、以下の表４２に示す２つの配列を用いた（それぞれ配列番号３４および３５にも示す）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000118
　標的鎖として、一本鎖オリゴＲＮＡ５’－ｒ（ＧＣＡＵＵＣＡＧＵＧＡＡＣＵＡＧ）－３’（配列番号３６）を用いた。結果を表４３に示す。表４３は、二本鎖形成時の各オリゴヌクレオチドの融解温度Ｔｍと、配列（26）とのＴｍの差異（「ΔＴｍ」）とを示す。表４１に示すように、化合物３０（ＢＡＮＡ－ｍＣ３）および化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）を含むオリゴヌクレオチドは、ＬＮＡを含むオリゴヌクレオチドと同等の高い二重鎖形性能を有することが分かった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000119
（実施例１５：オリゴヌクレオチドの合成および　精製ならびに毒性低減効果の評価）
　実施例８に記載のようにして、表４４に示す配列（28）のオリゴヌクレオチドを合成および精製した（配列番号３７）。ホスホロチオエート（ＰＳ）化を実施例１４と同様に行った。表４４は、このオリゴヌクレオチドの収率およびＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ　ＭＳ測定の結果もまた示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000120
　６週齢のマウス（Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ、雄）の腹腔内に、表４５に示す被験オリゴヌクレオチド（２０ｍｇ／ｋｇ）を投与した（５匹／群）。９６時間後、吸入麻酔下（イソフルラン）で採血を行い、放血安楽死させた。その後、血清中のアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）およびアラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）の活性を自動分析装置（ＦＵＪＩＦＩＬＭ製　富士ドライケム４０００Ｖ）により測定した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000121
　表４６は、被験オリゴヌクレオチドを投与した場合ならびに生理食塩水投与の場合の血液中のアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）およびアラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）の活性を示す。肝毒性を示すことが知られている配列（29）を投与した群では、マウスが５匹全て死亡した。一方で、配列（29）のオリゴヌクレオチドの配列の一部をＢＡＮＡにて置換した配列（28）のオリゴヌクレオチドは、ほとんどＡＬＴとＡＳＴの上昇を示しておらず、毒性の低減効果が確認された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000122
（実施例１６：マウス体内でのアンチセンスオリゴヌクレオチドの発現抑制効果の評価）
　実施例８に記載のようにして、表４７に示す配列（22）～（25）および（30）のオリゴヌクレオチドを合成および精製した（それぞれ配列番号３０～３３および３９にも示す）。ホスホロチオエート（ＰＳ）化を実施例１４と同様に行った。表４７中のオリゴヌクレオチドは、ｍＭＡＬＡＴ１に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000123
　６週齢のマウス（ＢＡＬＢ／ｃＡｎＮＣｒｌＣｒｌｊ、雌）の尾静脈に、被験オリゴヌクレオチド（２０ｎｍｏｌ：１００μＭ生理食塩水溶液を２００μＬ）を投与した（５匹／群）。７２時間後、吸入麻酔下（イソフルラン）で採血を行い、放血安楽死させた。その後、各組織を採取し、ＲＮＡ抽出（使用キット：RNeasy）を行った。各組織におけるＭＡＬＡＴ１のｍＲＮＡ発現量をリアルタイムＰＣＲ（使用キット：One Step TB Green（登録商標）　PrimeScriptTM RT-PCR Kit (Perfect Real Time)、タカラバイオ株式会社製）により測定した。リアルタイムＰＣＲでは、以下のプライマーを使用した：
MALAT1 forward：ａｃａｔｔｃｃｔｔｇａｇｇｔｃｇｇｃａａ（配列番号４０）
MALAT1 reverse：ｃａｃｃｃｇｃａａａｇｇｃｃｔａｃａｔａ（配列番号４１）
GAPDH forward：ｔｃａｃｃａｃｃａｔｇｇａｇａａｇｇｃ（配列番号４２）
GAPDH reverse：ｇｃｔａａｇｃａｇｔｔｇｇｔｇｇｔｇｃａ（配列番号４３）
　結果を図３および図４に示す。図３および図４は、各種オリゴヌクレオチド投与時のマウスの各種組織における相対的ＭＡＬＡＴ１発現レベルを示す（図３：肝臓、心臓、腎臓、膵臓、骨格筋、肺および胃、ならびに図４：脾臓、皮膚、大腸、脳、乳腺、眼球および軟骨）。「相対的ＭＡＬＡＴ１発現レベル」は、生理食塩水のみ投与（オリゴヌクレオチドなし）の場合の発現レベルを１とした場合の相対値として表した。図３および図４中、配列（22）～（25）のオリゴヌクレオチドをそれぞれON22～ON25として示す。図３および図４中、結果を示す棒の表示を、化合物２５（ＢＡＮＡ－Ｔ３）および化合物３０（ＢＡＮＡ－ｍＣ３）を含むオリゴヌクレオチドである配列（22）～（25）のオリゴヌクレオチド（「ON22」～「ON25」）、化合物２５および化合物３０に代えてＬＮＡを含むオリゴヌクレオチドである配列（30）のオリゴヌクレオチド（「ON30」）、およびコントロール（生理食塩水のみ投与）（「生理食塩水」）の間で区別した。
　化合物２５および化合物３０のようなＢＡＮＡを含む配列（22）～（25）のオリゴヌクレオチドは、多くの組織において、ＢＡＮＡに代えてＬＮＡを含む配列（30）のオリゴヌクレオチドと比較して同等かそれ以上の高い標的遺伝子抑制効果を示した。
（実施例１７：オリゴヌクレオチドの合成および精製）
　化合物６０（ＢＡＮＡ－Ｔ４）を用いて、実施例８に記載のようにして、以下に示す配列（31）のオリゴヌクレオチドを合成および精製した。
(31) ５’－ｄ（ＧＣＧＴＴ４ＴＴＴＧＣＴ）－３’（配列番号４４）
　４＝化合物６０（ＢＡＮＡ－Ｔ４）
　精製したオリゴヌクレオチドの組成を実施例８に記載のようにＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ－ＭＳ測定により決定した。合成したオリゴヌクレオチドを、吸光度測定装置を用いて定量した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000124
　本発明によれば、ホスホロチオエート修飾核酸の代替とすることが可能な新規な架橋型ヌクレオシドおよびそれを用いたヌクレオチドが提供される。本発明の架橋型ヌクレオシドを用いて得られるオリゴヌクレオチドは、例えば、核酸医薬への素材として有用である。

Claims (9)

  1. 　以下の式（Ｉ）で表される化合物またはその塩：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
     　（式中、
    　Ｂａｓｅは、α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいプリン－９－イル基または２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基を表し、ここで、該α群は、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、核酸合成の保護基で保護されたアミノ基、およびハロゲン原子からなり、
    　Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、水素原子、核酸合成の水酸基の保護基、分岐または環を形成していてもよい炭素数１から７のアルキル基、分岐または環を形成していてもよい炭素数２から７のアルケニル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１０のアリール基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１２のアリール部分を有するアラルキル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいアシル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいシリル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいリン酸基、核酸合成の保護基で保護されたリン酸基、－Ｐ（Ｒ４）Ｒ５［式中、Ｒ４およびＲ５は、それぞれ独立して、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、アミノ基、炭素数１から６のアルコキシ基、炭素数１から６のアルキルチオ基、炭素数１から６のシアノアルコキシ基、または炭素数１から６のアルキル基を有するジアルキルアミノ基を表す］を表し、
    　Ｘ１は、炭素数１～５のアルキレン基、炭素数２～５のアルケニレン基、あるいは－Ｙ１－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ１－または－（ＣＨ２）ｌ－Ｙ１－（ＣＨ２）ｍ－［ここで、Ｙ１はスルホニル基、スルホンアミド基、アミド基、エステル基、またはカルボニル基であり、ｎは１～５の整数であり、ｌおよびｍは正の整数でありかつｌとｍとの合計が２～５である］であり、
    　Ｘ２は、酸素原子、硫黄原子、－ＮＨ－またはメチレン基である）。
  2. 　前記式（Ｉ）が、以下の式（Ｉ－１）～（Ｉ－３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
     のいずれかで表される、請求項１に記載の化合物またはその塩。
  3. 　前記Ｂａｓｅが、６－アミノプリン－９－イル基、２，６－ジアミノプリン－９－イル基、２－アミノ－６－クロロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－フルオロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ブロモプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ヒドロキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－メトキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－クロロプリン－９－イル基、６－アミノ－２－フルオロプリン－９－イル基、２，６－ジメトキシプリン－９－イル基、２，６－ジクロロプリン－９－イル基、６－メルカプトプリン－９－イル基、２－オキソ－４－アミノ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－フルオロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－クロロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メトキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メルカプト－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、または４－アミノ－５－メチル－２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基である、請求項１または２に記載の化合物またはその塩。
  4. 　前記Ｂａｓｅが、以下の式：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
     で表される基である、請求項１から３のいずれかに記載の化合物またはその塩。
  5. 　以下の式（ＩＩ）で表されるヌクレオシド構造を少なくとも１つ含有するオリゴヌクレオチドまたはその薬理学上許容される塩：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004
     　（式中、
    　Ｂａｓｅは、α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいプリン－９－イル基または２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基を表し、ここで、該α群は、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、核酸合成の保護基で保護されたアミノ基、およびハロゲン原子からなり、
    　Ｘ１は、炭素数１～５のアルキレン基、炭素数２～５のアルケニレン基、あるいは－Ｙ１－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ１－または－（ＣＨ２）ｌ－Ｙ１－（ＣＨ２）ｍ－［ここで、Ｙ１はスルホニル基、スルホンアミド基、アミド基、エステル基、またはカルボニル基であり、ｎは１～５の整数であり、ｌおよびｍは正の整数でありかつｌとｍとの合計が２～５である］であり、
    　Ｘ２は、酸素原子、硫黄原子、－ＮＨ－またはメチレン基である）。
  6. 　前記式（ＩＩ）が、以下の式（ＩＩ－１）～（ＩＩ－３）：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
     のいずれかで表される、請求項５に記載のオリゴヌクレオチドまたはその薬理学上許容される塩。
  7. 　前記Ｂａｓｅが、６－アミノプリン－９－イル基、２，６－ジアミノプリン－９－イル基、２－アミノ－６－クロロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－フルオロプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ブロモプリン－９－イル基、２－アミノ－６－ヒドロキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－メトキシプリン－９－イル基、６－アミノ－２－クロロプリン－９－イル基、６－アミノ－２－フルオロプリン－９－イル基、２，６－ジメトキシプリン－９－イル基、２，６－ジクロロプリン－９－イル基、６－メルカプトプリン－９－イル基、２－オキソ－４－アミノ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－フルオロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、４－アミノ－２－オキソ－５－クロロ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メトキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－メルカプト－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、２－オキソ－４－ヒドロキシ－５－メチル－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基、または４－アミノ－５－メチル－２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基である、請求項５または６に記載のオリゴヌクレオチドまたはその薬学上許容される塩。
  8. 　前記Ｂａｓｅが、以下の式：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
     で表される基である、請求項５から７のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドまたはその薬学上許容される塩。
  9. 　請求項５から８のいずれかに記載のオリゴヌクレオチドまたはその薬理学上許容される塩の製造方法であって、
    　以下の式（Ｉ）で表される化合物またはその薬理学上許容される塩：
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
     　（式中、
    　Ｂａｓｅは、α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいプリン－９－イル基または２－オキソ－１，２－ジヒドロピリミジン－１－イル基を表し、ここで、該α群は、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、炭素数１から６の直鎖アルキル基、炭素数１から６の直鎖アルコキシ基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、炭素数１から６の直鎖アルキルチオ基、アミノ基、炭素数１から６の直鎖アルキルアミノ基、核酸合成の保護基で保護されたアミノ基、およびハロゲン原子からなり、
    　Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立して、水素原子、核酸合成の水酸基の保護基、分岐または環を形成していてもよい炭素数１から７のアルキル基、分岐または環を形成していてもよい炭素数２から７のアルケニル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１０のアリール基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよくそしてヘテロ原子を含んでいてもよい炭素数３から１２のアリール部分を有するアラルキル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいアシル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいシリル基、該α群から選択される任意の置換基を１以上有していてもよいリン酸基、核酸合成の保護基で保護されたリン酸基、－Ｐ（Ｒ４）Ｒ５［式中、Ｒ４およびＲ５は、それぞれ独立して、水酸基、核酸合成の保護基で保護された水酸基、メルカプト基、核酸合成の保護基で保護されたメルカプト基、アミノ基、炭素数１から６のアルコキシ基、炭素数１から６のアルキルチオ基、炭素数１から６のシアノアルコキシ基、または炭素数１から６のアルキル基を有するジアルキルアミノ基を表す］を表し、
    　Ｘ１は、炭素数１～５のアルキレン基、炭素数２～５のアルケニレン基、あるいは－Ｙ１－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ１－または－（ＣＨ２）ｌ－Ｙ１－（ＣＨ２）ｍ－［ここで、Ｙ１はスルホニル基、スルホンアミド基、アミド基、エステル基、またはカルボニル基であり、ｎは１～５の整数であり、ｌおよびｍは正の整数でありかつｌとｍとの合計が２～５である］であり、
    　Ｘ２は、酸素原子、硫黄原子、－ＮＨ－またはメチレン基である）
    　を用いてオリゴヌクレオチドを合成する工程を包含する、方法。
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Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008154401A2 (en) * 2007-06-08 2008-12-18 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs
WO2009067647A1 (en) * 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
WO2009100320A2 (en) * 2008-02-07 2009-08-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
WO2011017521A2 (en) * 2009-08-06 2011-02-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
US20120002014A1 (en) * 2010-07-02 2012-01-05 Disney Enterprises, Inc. 3D Graphic Insertion For Live Action Stereoscopic Video
US20120021515A1 (en) * 2009-02-06 2012-01-26 Swayze Eric E Oligomeric compounds and methods

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010090969A1 (en) * 2009-02-06 2010-08-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. Tetrahydropyran nucleic acid analogs

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008154401A2 (en) * 2007-06-08 2008-12-18 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs
WO2009067647A1 (en) * 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
WO2009100320A2 (en) * 2008-02-07 2009-08-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
US20120021515A1 (en) * 2009-02-06 2012-01-26 Swayze Eric E Oligomeric compounds and methods
WO2011017521A2 (en) * 2009-08-06 2011-02-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
US20120002014A1 (en) * 2010-07-02 2012-01-05 Disney Enterprises, Inc. 3D Graphic Insertion For Live Action Stereoscopic Video

Non-Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
A. AERSCHOT ET AL., ANGEW. CHEM. INT. ED., vol. 34, 1995, pages 1338 - 1339
B. T. LE ET AL., CHEM. COMMUN., vol. 52, 2016, pages 13467 - 13470
E. SWAYZE ET AL., NUCLEIC ACIDS RES., vol. 35, 2007, pages 687 - 700
HERDEWIJN, P.: "Nucleic acids with a six-membered 'carbohydrate' mimic in the backbone", CHEMISTRY & BIODIVERSITY, vol. 7, 2010, pages 1 - 59, XP055849799 *
M. EGLI ET AL., J. AM. CHEM. SOC., vol. 133, 2011, pages 16642 - 16649
M. KUWAHARA ET AL., NUCLEIC ACIDS RES., vol. 36, no. 13, 2008, pages 4257 - 4265
MALLIKHARJUNA R. LAMBU ET AL., J. MED. CHEM., vol. 56, 2013, pages 6123 - 6124
P. HERDEWIJN, P. CHEM. BIODIVERSITY, vol. 7, 2010, pages 1 - 59
S. OBIKA ET AL., TETRAHEDRON LETT., vol. 38, 1997, pages 8735 - 8738
S. SINGH ET AL., CHEM. COMMUN., 1998, pages 455 - 456
VAN, A ET AL.: "1,5-anhydrohexitol nucleic acids, a new promising antisense construct", ANGEW CHEM. INT. ED., vol. 34, no. 12, 1995, pages 1338,1339, XP000605755, DOI: 10.1002/anie.199513381 *

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