WO2021033605A1 - 大腸癌診断用マーカー、大腸癌の診断を補助する方法、大腸癌の診断のためにデータを収集する方法、大腸癌の診断用キット、大腸癌治療薬、大腸癌の治療方法、大腸癌の診断方法 - Google Patents

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colorectal cancer
mir
hsa
diagnosis
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貴也 志村
弘靖 岩崎
洋望 片岡
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公立大学法人名古屋市立大学
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Definitions

  • the present invention is a marker for diagnosing colorectal cancer, a method for assisting the diagnosis of colorectal cancer, a method for collecting data for diagnosing colorectal cancer, a kit for diagnosing colorectal cancer, a therapeutic agent for colorectal cancer, a method for treating colorectal cancer, Regarding the diagnostic method of colorectal cancer.
  • the present application claims priority based on Japanese Patent Application No. 2019-149338 filed in Japan on August 16, 2019, the contents of which are incorporated herein by reference.
  • Lower gastrointestinal endoscopy and fecal occult blood test are known as methods for examining the presence or absence of colorectal cancer (for example, Non-Patent Documents 1 and 2).
  • Lower gastrointestinal endoscopy requires a long time, is highly invasive, and is expensive. Therefore, lower gastrointestinal endoscopy is not recommended for screening and screening tests for healthy subjects.
  • fecal occult blood test is often performed in colorectal cancer screening and the like.
  • biomarkers for colorectal cancer CEA (carcinoembryonicatingen) and CA19-9 (carcinoembryonic antigen 19-9) are known.
  • Non-Patent Document 2 describes that in early-stage colorectal cancer, the detection rate of colorectal cancer by immunological occult blood reaction is 30 to 40%. As described above, there is a problem that the detection sensitivity is extremely low even in actual clinical practice. Even with conventional biomarkers such as CEA and CA19-9, the detection rate of colorectal cancer is low and the detection sensitivity is not sufficient.
  • the present invention provides a marker for colorectal cancer diagnosis that enables highly accurate determination of the presence or absence of colorectal cancer and detection of early colorectal cancer with high sensitivity.
  • the first aspect of the present invention has the aspects described in the following [1] to [13].
  • a marker for diagnosing colorectal cancer which is at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p.
  • [4] A method for assisting the diagnosis of colorectal cancer, the expression level of any of the markers for colorectal cancer diagnosis of [1] to [3] in the sample collected from the subject is measured, and the expression level is described. How to compare with the reference value.
  • [5] The method of [4], wherein the expression level is standardized using the following miRNA in the sample as a standardizing factor in order to compare the expression level with the reference value. miRNA: One or both of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p.
  • [6] The method of [4] or [5], wherein the degree of progression of the colorectal cancer is stage 0 or stage I.
  • [7] A method of collecting data for the diagnosis of colorectal cancer, in which the expression level of any of the markers for colorectal cancer diagnosis of [1] to [3] is measured in a sample collected from a subject. ,Method.
  • [8] The method of [7], wherein after measuring the expression level, the expression level is standardized using the following miRNA in the sample as a standardizing factor. miRNA: One or both of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p.
  • a kit used for diagnosing colorectal cancer which comprises the marker for diagnosing colorectal cancer according to any one of [1] to [3] and a specific primer.
  • An extraction reagent for extracting the microRNA from a sample a cDNA synthesis reagent for synthesizing the cDNA of the microRNA, a sample collection container, a standardizing factor miRNA and a specific standardizing primer, and a reverse transcriptase.
  • a kit for diagnosing colorectal cancer further comprising at least one selected from the group consisting of DNA polymerase and an instruction manual.
  • a therapeutic agent for colorectal cancer which comprises an inhibitor of at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p.
  • the second aspect of the present invention further has the aspects described in ⁇ 1 >> to ⁇ 23 >> below in addition to the aspects described in the above [1] to [13].
  • ⁇ 1 A marker for diagnosing colorectal cancer, which is at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p.
  • ⁇ 2 A marker for diagnosing colorectal cancer according to ⁇ 1 >>, wherein the microRNA is a combination of hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566.
  • ⁇ 3 A marker for diagnosing colorectal cancer of ⁇ 1 >> or ⁇ 2 >> contained in human body fluid.
  • ⁇ 4 A method for diagnosing colorectal cancer. The expression level of any of the markers for colorectal cancer diagnosis of ⁇ 1 >> to ⁇ 3 >> in a sample collected from a subject is measured, and the expression level is used as a reference. A method of diagnosing colorectal cancer to compare with the value.
  • ⁇ 5 The method for diagnosing colorectal cancer of ⁇ 4 >>, wherein the expression level is standardized using miRNA in the sample as a standardizing factor in order to compare the expression level with a reference value.
  • ⁇ 6 The method for diagnosing colorectal cancer of ⁇ 5 >>, wherein the miRNA is one or both of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p.
  • ⁇ 7 A method for diagnosing colorectal cancer according to any one of ⁇ 4 >> to ⁇ 6 >>, wherein the degree of progression of the colorectal cancer is stage 0 or stage I.
  • ⁇ 8 A method for treating colorectal cancer, in which a subject is diagnosed using any of the methods for diagnosing colorectal cancer ⁇ 4 >> to ⁇ 7 >>, and the subject suffers from colorectal cancer.
  • ⁇ 9 A method for treating colorectal cancer, in which a subject is diagnosed using any of the methods for diagnosing colorectal cancer of ⁇ 4 >> to ⁇ 7 >>, and the subject suffers from colorectal cancer.
  • a method for treating colorectal cancer in which surgery is performed on the subject.
  • ⁇ 10 A method for determining the presence or absence of colorectal cancer, in which the expression level of any of the markers for colorectal cancer diagnosis of ⁇ 1 >> to ⁇ 3 >> in the sample collected from the subject is measured and described above.
  • a method for determining colorectal cancer by comparing the expression level with a reference value.
  • ⁇ 11 The method for determining colorectal cancer of ⁇ 10 >>, wherein the expression level is standardized using miRNA in the sample as a standardizing factor in order to compare the expression level with the reference value.
  • ⁇ 12 The method for determining colorectal cancer of ⁇ 11 >>, wherein the miRNA is one or both of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p.
  • ⁇ 13 >> A method for determining colorectal cancer according to any one of ⁇ 10 >> to ⁇ 12 >>, wherein the degree of progression of the colorectal cancer is stage 0 or stage I.
  • ⁇ 14 A method for treating colorectal cancer, in which the presence or absence of colorectal cancer in a subject is determined using any of the methods for determining colorectal cancer in ⁇ 10 >> to ⁇ 13 >>.
  • a method for treating colorectal cancer in which a therapeutic agent for colorectal cancer is administered to the subject when it is determined that the patient has colorectal cancer.
  • ⁇ 15 A method for treating colorectal cancer, in which the presence or absence of colorectal cancer in a subject is determined using any of the methods for determining colorectal cancer in ⁇ 10 >> to ⁇ 13 >>.
  • a method for treating colorectal cancer in which surgery is performed on the subject when it is determined that the subject has colorectal cancer.
  • ⁇ 16 A method for testing the presence or absence of colorectal cancer.
  • the expression level of any of the markers for colorectal cancer diagnosis of ⁇ 1 >> to ⁇ 3 >> in a sample collected from a subject is measured, and the above-mentioned A test method for colorectal cancer that compares the expression level with a reference value.
  • ⁇ 17 The method for testing colorectal cancer according to ⁇ 16 >>, wherein the expression level is standardized using miRNA in the sample as a standardizing factor in order to compare the expression level with the reference value.
  • ⁇ 18 The method for testing colorectal cancer according to ⁇ 17 >>, wherein the miRNA is one or both of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p.
  • ⁇ 19 A method for testing colorectal cancer according to any one of ⁇ 16 >> to ⁇ 18 >>, wherein the degree of progression of the colorectal cancer is stage 0 or stage I.
  • ⁇ 20 A method for treating colorectal cancer, in which the presence or absence of colorectal cancer in a subject is tested using any of the colorectal cancer test methods of ⁇ 16 >> to ⁇ 19 >>, and the subject is A method for treating colorectal cancer, in which a therapeutic agent for colorectal cancer is administered to the subject when it is determined that the patient has colorectal cancer.
  • ⁇ 21 A method for treating colorectal cancer, in which the presence or absence of colorectal cancer in a subject is tested using any of the colorectal cancer test methods of ⁇ 16 >> to ⁇ 19 >>, and the subject is A method for treating colorectal cancer, in which surgery is performed on the subject when it is determined that the subject has colorectal cancer.
  • ⁇ 22 A therapeutic agent for colorectal cancer, which comprises an inhibitor of at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p.
  • ⁇ 23 A method for treating colorectal cancer, which inhibits at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p of a subject.
  • a marker for diagnosing colorectal cancer that can determine the presence or absence of colorectal cancer with high accuracy and detect early colorectal cancer with high sensitivity.
  • Hsa-miR-129-1-3p is the hsa-miR-129-1--3p gene (miRBase Accession No. MIMAT0004548) set forth in SEQ ID NO: 1, and includes homologs or orthologs of non-human species.
  • Hsa-miR-566 is the hsa-miR-566 gene (miRBase Accession No. MIMAT0003230) set forth in SEQ ID NO: 2, and includes homologs or orthologs of non-human species.
  • “Hsa-miR-598-5p” is the hsa-miR-598-5p gene (miRBase Accession No. MIMAT0026620) set forth in SEQ ID NO: 3, and includes homologs or orthologs of non-human species.
  • “Hsa-miR-4669” is the hsa-miR-4669 gene (miRBase Accession No. MIMAT0019749) set forth in SEQ ID NO: 4, and includes homologs or orthologs of non-human species.
  • “Hsa-miR-6756-5p” is the hsa-miR-6756-5p gene (miRBase Accession No. MIMAT0027412) set forth in SEQ ID NO: 5, and includes homologs or orthologs of non-human species.
  • “primer” is meant a nucleotide that forms a complementary pair with either or both of DNA and RNA.
  • mutant is meant a naturally occurring variant due to polymorphism, mutation, etc .; a variant comprising deletion, substitution, addition or insertion of one or more bases.
  • derivatives are labeled derivatives with phosphors, radioactive isotopes, etc .; modified nucleotides having organic functional groups; base reconstruction, double bond saturation, deaminoization, substitution of oxygen molecules with sulfur molecules, etc. It means a nucleotide or the like that has received. However, the derivatives are not limited to these examples.
  • Subject means primates such as humans and chimpanzees; mammals such as rodents such as mice and rats; pets such as dogs and cats; domestic animals such as cows, horses, sheep and goats.
  • Subject means a human as a subject.
  • Healthy body and “healthy person” mean an organism that is a subject and does not suffer from colorectal cancer.
  • Accuracy means the value of ((number of true positives) + (number of true negatives)) / (total number of samples).
  • Spensitivity means a value of (number of true positives) / ((number of true positives) + (number of false negatives)).
  • “Specificity” means (number of true negatives) / ((number of true negatives) + (number of false positives)). The higher the specificity, the easier it is to prevent a healthy body from being erroneously identified as a colorectal cancer patient, prevent unnecessary additional tests from being performed, and contribute to reducing the burden on the patient and reducing medical costs.
  • the actions specified by the terms “examination,””evaluation,” and “examination” refer to medical practice by a doctor (eg, human illness) in Japan and in countries where medical practice is exempt from patents. Does not include the act of diagnosing, the act of treating human illness, etc.). “ ⁇ ” Indicates a numerical range means that the numerical values described before and after the numerical range are included as the lower limit value and the upper limit value.
  • the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p. That is, the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p, or two or more micros. It is a combination of RNA.
  • the microRNA is a mutant and derivative of hsa-miR-129-1--3p, a mutant and derivative of hsa-miR-566, and hsa-miR-598-5p as long as the effects of the present invention are not impaired. It may further comprise at least one selected from the group consisting of variants and derivatives.
  • the combination of microRNAs the combination of hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566 is preferable because the accuracy, sensitivity and specificity for determining the presence or absence of colorectal cancer are further improved. ..
  • the combination of microRNAs is a combination of hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566, it is determined whether or not colorectal cancer is present even when the colorectal cancer is stage 0 or stage I. A remarkable effect of excellent sensitivity and specificity can be obtained.
  • Hsa-miR-129-1-3p is, for example, RNA. 9: 175-179 (2003). It can be identified by the method described in.
  • hsa-miR-129-1-3p As a precursor of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-129-1 stem-loop (miRBase Accession No. MI00000252, SEQ ID NO: 6) is known.
  • the hsa-miR-129-1 stem-loop has a stem-loop structure.
  • the hsa-miR-566 is, for example, Proc Natl Acad Sci USA. 103: 3687-3692 (2006). It can be identified by the method described in.
  • hsa-miR-566 stem-loop (miRBase Accession No. MI0003572, SEQ ID NO: 7) is known.
  • the hsa-miR-566 stem-loop has a stem-loop structure.
  • Hsa-miR-598-5p is, for example, Proc Natl Acad Sci USA. 103: 3687-3692 (2006). It can be identified by the method described in.
  • hsa-miR-598 stem-loop (miRBase Accession No. MI0003610, SEQ ID NO: 8) is known.
  • the hsa-miR-598-5p stem-loop has a stem-loop structure.
  • the marker for diagnosing colorectal cancer of the present invention is preferably contained in human body fluid.
  • a marker for diagnosing colorectal cancer is contained in human body fluid, the test is non-invasive and convenient.
  • colorectal cancer can be tested at a place other than a medical institution such as home.
  • body fluids include body fluids such as blood, milk, urine, saliva, lymph, cerebrospinal fluid, amniotic fluid, tears, sweat, nasal leaks, and stool juice.
  • body fluids are not limited to these examples.
  • urine is preferable as the body fluid because it is easy to collect.
  • the body fluid may be a treatment solution obtained by performing pretreatment such as removing unnecessary components from each of the above-mentioned body fluids; a culture solution obtained by culturing cells contained in each of the above-mentioned body fluids.
  • the marker for diagnosing colorectal cancer of the present invention described above is significantly highly expressed in colorectal cancer patients as compared with healthy subjects, as shown in Examples described later. Therefore, by measuring the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis in the sample collected from the subject and evaluating the magnitude by comparing the measured value with the reference value, is the subject suffering from colorectal cancer? Whether or not it can be determined.
  • the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention tends to be significantly highly expressed even in the early stage 0 or stage I colorectal cancer patient group, as shown in Examples described later. Therefore, according to the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention, even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I, the presence or absence of colorectal cancer can be discriminated with excellent sensitivity and specificity.
  • the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention described above may be, for example, a method for assisting the diagnosis of colorectal cancer described later, a method for evaluating the possibility of suffering from colorectal cancer, a method for diagnosing colorectal cancer, and a colorectal cancer. How to test for cancer, how to test the likelihood of developing colorectal cancer, how to collect data for diagnosing colorectal cancer, in vitro methods to assist in diagnosing colorectal cancer, kits for diagnosing colorectal cancer Applicable.
  • the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention can also be applied to a method for diagnosing colorectal cancer, a method for determining colorectal cancer, a method for testing colorectal cancer, and a method for treating colorectal cancer.
  • the details of the use of the marker for diagnosing colorectal cancer of the present invention will be described in detail in the item ⁇ Method of assisting the diagnosis of colorectal cancer> described later.
  • the method for assisting the diagnosis of colorectal cancer of the present invention provides a judgment material for assisting the diagnosis of whether or not the subject has colorectal cancer. Colorectal cancer may be diagnosed based on the judgment material.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is measured in the sample collected from the subject. Next, the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis is compared with the reference value.
  • the method of collecting a sample from the subject is not particularly limited.
  • the method is not particularly limited as long as it is a method capable of collecting various body fluids described in the above item ⁇ Marker for diagnosing colorectal cancer>.
  • the method used in a general urinalysis may be used.
  • the method used in general tests may be used.
  • a specific microRNA which is a marker for diagnosing colorectal cancer of the present invention, is significantly highly expressed in colorectal cancer patients as compared with healthy subjects. I found it. Therefore, by evaluating whether or not the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is higher than a certain reference value, it is possible to detect colorectal cancer and determine whether or not the subject has colorectal cancer. ..
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be measured by, for example, quantitative RT (Reverse Translation) -PCR.
  • Quantitative RT-PCR of markers for diagnosing colorectal cancer can be performed, for example, according to the following method (1).
  • -Method (1) Perform a reverse transcription reaction of a marker for diagnosing colorectal cancer, and then perform quantitative PCR using the template DNA (1) obtained by the reverse transcription reaction.
  • the microRNA is at least one selected from the group consisting of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p.
  • These microRNAs are mature microRNAs (Mature miRNAs) that have undergone processing. Therefore, it is preferable to use the following primer A1 in the reverse transcription of the marker for colorectal cancer diagnosis.
  • Primer A1 A Looped RT Primer specific for a marker for diagnosing colorectal cancer.
  • Primer A1 specifically binds to at least one selected from the group consisting of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p to form a stem-loop structure. If so, it is not particularly limited.
  • Primer A1 has a loop structure.
  • the binding of primer A1 to a marker for diagnosing colorectal cancer forms a stem-loop structure.
  • This stem-loop structure is recognized by reverse transcriptase, and the reverse transcription reaction of the marker for diagnosing colorectal cancer proceeds.
  • template DNA (1) which is a marker for diagnosing colorectal cancer, is synthesized.
  • the reverse transcriptase used for the reverse transcription reaction is not particularly limited. Reverse transcriptase, commonly used in the laboratory, can be used. A recombinant protein may be used as the reverse transcriptase.
  • the DNA polymerase used for quantitative PCR is not particularly limited. DNA polymerases commonly used in the laboratory can be used. Recombinant protein may be used as the DNA polymerase.
  • Primer A1, primer A2, and primer A3 can be prepared by general nucleic acid synthesis and nucleotide synthesis. For example, it can be obtained from a company that undertakes contract synthesis of nucleic acids. Further, as a commercially available kit for detecting a marker for colorectal cancer diagnosis, TaqMan Advanced MicroRNA Assay (Thermo Fisher Scientific, USA) can also be used. Therefore, a person skilled in the art can obtain Primer A1, Primer A2, and Primer A3 by a conventional method without undue burden, and can confirm the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis.
  • the catalog number of the TaqMan Advanced MicroRNA Assay containing the following primers A11, A21, and Primer A31 is A25576, and its Assay ID is 480873_mir.
  • Primer A11 A Looped RT Primer that specifically binds to hsa-miR-129-1-3p.
  • Primer A21 a forward primer that specifically binds to the template DNA (1) of hsa-miR-129-1-3p.
  • Primer A31 A reverse primer that specifically binds to the template DNA (1) of hsa-miR-129-1-3p.
  • the catalog number of the TaqMan Advanced MicroRNA Assay containing the following primers A12, A22, and Primer A32 is A25576, and its Assay ID is 479373_mir.
  • Primer A12 A Looped RT Primer that specifically binds to hsa-miR-566.
  • Primer A22 A forward primer that specifically binds to the template DNA (1) of hsa-miR-566.
  • Primer A32 A reverse primer that specifically binds to the template DNA (1) of hsa-miR-566.
  • the catalog number of the TaqMan Advanced MicroRNA Assay containing the following primers A13, A23, and A33 is A25576, and the Assay ID is 479080_mir.
  • Primer A13 A Looped RT Primer that specifically binds to hsa-miR-598-5p.
  • Primer A23 a forward primer that specifically binds to the template DNA (1) of hsa-miR-598-5p.
  • Primer A33 A reverse primer that specifically binds to the template DNA (1) of hsa-miR-598-5p.
  • the expression level of microRNA can be calculated based on the cutoff value of the number of cycles in quantitative PCR.
  • quantitative PCR when the amount of nucleic acid to be measured is relatively large in the sample, the number of cycles until the amount of nucleic acid amplification reaches a certain value is relatively short. On the other hand, if the amount of nucleic acid to be measured is relatively small in the sample, the number of cycles until the amount of nucleic acid amplification reaches a certain value becomes long, and the cutoff value becomes large.
  • the amount of nucleic acid to be measured is calculated by a calibration curve, with the number of cycles until the amplified amount of this nucleic acid reaches a certain threshold value as a cutoff value.
  • the thresholds for the amount of nucleic acid amplification involved in determining the cutoff value are the age and sex of the subject, the total amount of RNA in the sample to be collected, the type of marker for colorectal cancer diagnosis to be used, the collection method, the type of sample, etc. It can be set appropriately according to the conditions of.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis is standardized using miRNA in the sample as a standardizing factor. Is preferable.
  • hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p are preferable, and a combination of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p is more preferable.
  • the inventor of the present invention has found that hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p are constitutively expressed in the urine of species such as humans, and their expression levels are stable.
  • hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p are stable, the standardization of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention contained in the body fluid collected from the subject is standardized. Useful as a factor.
  • hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p are also useful as standardizing factors for any miRNA contained in body fluids collected from the subject.
  • Hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p as standardizing factors are the variants and derivatives of hsa-miR-4669, hsa-miR-6756-5p, as long as the effects of the present invention are not impaired. It may further comprise at least one selected from the group consisting of variants and derivatives.
  • hsa-miR-4669 is described in, for example, Cancer Res. 71: 78-86 (2011). It can be identified by the method described in.
  • hsa-miR-4669 stem-loop (miRBase Accession No. MI0017300, SEQ ID NO: 9) is known.
  • the hsa-miR-4669 stem-loop has a stem-loop structure.
  • hsa-miR-6756-5p is described in, for example, Genome Res. 22: 1634-1645 (2012). It can be identified by the method described in.
  • hsa-miR-6756 stem-loop (miRBase Accession No. MI0022601, SEQ ID NO: 10) is known.
  • the hsa-miR-6756 stem-loop has a stem-loop structure.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis is calculated based on the following ⁇ Ct. You may.
  • ⁇ Ct the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be quantified as 2- ⁇ Ct.
  • ⁇ Ct A value obtained by subtracting the cutoff value of the standardizing factor from the cutoff value of the marker for colorectal cancer diagnosis.
  • the ⁇ Ct value can be used for evaluating the expression level of the marker for diagnosing colorectal cancer in each sample. Specifically, 2 - ⁇ The Ct was used as a measure of expression level of each colon cancer diagnostic markers, 2 - ⁇ Ct is compared with a reference value, whether suffering subject to colon cancer Can be easily determined.
  • the ⁇ ⁇ Ct value is relatively large, and the 2- ⁇ Ct value is relatively large.
  • the ⁇ Ct value is relatively small, and the 2- ⁇ Ct value is relatively small. In this case, if ⁇ Ct, which is an index in a healthy body, is known, 2- ⁇ Ct in a healthy body can be used as a reference value.
  • the cutoff value of the standardizing factor in the ⁇ Ct value can be the average value of the cutoff values of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p in the sample collected from the subject.
  • the expression level of miRNA used as a standardizing factor can be measured, for example, by quantitative PCR. Specifically, for example, the expression levels of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p can be calculated based on the cutoff value of the number of cycles in the quantitative PCR of the standardizing factor.
  • Quantitative PCR of the standardizing factor can be performed, for example, according to the following method (2).
  • -Method (2) Perform a reverse transcription reaction of the standardizing factor, and then perform quantitative PCR using the template DNA (2) obtained by the reverse transcription reaction.
  • method (2) first, reverse transcription of miRNA, that is, a standardizing factor, in a sample collected from a subject is performed.
  • the miRNA is at least one selected from the group consisting of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p. These miRNAs are mature miRNAs (Mature miRNAs) that have undergone processing. Therefore, it is preferable to use the following primer B1 in the reverse transcription of the standardization factor.
  • Primer B1 A Looped RT Primer specific for the standardizing factor.
  • Primer B1 is not particularly limited as long as it specifically binds to at least one selected from the group consisting of hsa-miR-4669 and hsa-miR-6756-5p to form a stem-loop structure.
  • Primer B1 has a loop structure.
  • the binding of primer B1 to the standardizing factor forms a stem-loop structure.
  • This stem-loop structure is recognized by reverse transcriptase, and the reverse transcription reaction of the standardizing factor proceeds.
  • the reverse transcription reaction synthesizes the standardized factor template DNA (2).
  • the reverse transcriptase used for the reverse transcription reaction is not particularly limited. Reverse transcriptase, commonly used in the laboratory, can be used. A recombinant protein may be used as the reverse transcriptase.
  • PCR quantitative PCR is performed using the standardized factor template DNA (2) obtained by the reverse transcription reaction of the standardized factor.
  • -Primer B2 A forward primer that specifically binds to the template DNA (2).
  • -Primer B3 A reverse primer that specifically binds to the template DNA (2).
  • the DNA polymerase used for quantitative PCR is not particularly limited. DNA polymerases commonly used in the laboratory can be used. Recombinant protein may be used as the DNA polymerase.
  • Primer B1, primer B2, and primer B3 can be prepared by general nucleic acid synthesis and nucleotide synthesis. For example, it can be obtained from a company that undertakes contract synthesis of nucleic acids. In addition, TaqMan Advanced MicroRNA Assay can also be used as a commercially available kit for detecting a standardizing factor. Therefore, a person skilled in the art can obtain Primer B1, Primer B2, and Primer B3 by a conventional method without undue burden, and can confirm the expression level of the standardizing factor.
  • the catalog number of the TaqMan Advanced MicroRNA Assay containing the following primers B11, B21, and Primer B31 is A25576, and its Assay ID is 478925_mir.
  • Primer B11 A Looped RT Primer that specifically binds to hsa-miR-4669.
  • Primer B21 a forward primer that specifically binds to the template DNA (2) of hsa-miR-4669.
  • Primer B31 A reverse primer that specifically binds to the template DNA (2) of hsa-miR-4669.
  • the catalog number of the TaqMan Advanced MicroRNA Assay containing the following primers B12, B22, and B32 is A25576, and its Assay ID is 480284_mir.
  • Primer B12 A Looped RT Primer that specifically binds to hsa-miR-6756-5p.
  • Primer B22 a forward primer that specifically binds to the template DNA (2) of hsa-miR-6756-5p.
  • Primer B32 reverse primer that specifically binds to the template DNA (2) of hsa-miR-6756-5p.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis is compared with the reference value.
  • the reference value if it is equal to or higher than this value, a reference value suspected of being affected by colorectal cancer can be considered.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis in a healthy body may be referred to.
  • the reference value is the expression level of a marker for diagnosing colorectal cancer in a healthy body.
  • the reference value used for discrimination can be appropriately set according to conditions such as the age and sex of the subject, the type of marker for colorectal cancer diagnosis to be used, the collection method, and the type of sample.
  • the expression level of colorectal cancer diagnostic markers in healthy subjects was standardized using miRNA in samples collected from healthy subjects as a standardizing factor, and the expression level of colorectal cancer diagnostic markers in healthy subjects was standardized. Is preferably used as the reference value.
  • the standardized value of the expression level of the colorectal cancer diagnostic marker in a healthy body as the reference value, it becomes easier to more accurately determine the relative magnitude of the expression level of the colorectal cancer diagnostic marker in the colorectal cancer test.
  • the presence or absence of colorectal cancer can be determined with even higher accuracy.
  • the marker for diagnosing colorectal cancer in a healthy body can be measured in the same manner as in the above method (1).
  • the expression level of the standardizing factor in a healthy body can be measured in the same manner as in the above method (2). Then, the reference value can be set as 2- ⁇ Ct'based on the following ⁇ Ct'. - ⁇ Ct': A value obtained by subtracting the cutoff value of the standardizing factor in the healthy body from the cutoff value of the marker for diagnosing colorectal cancer in the healthy body.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is compared with the reference value. Then, as shown in Examples described later, according to the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient at an early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the method of assisting the diagnosis of colorectal cancer of the present invention, even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I, the test accuracy, test sensitivity, and test sensitivity for determining the presence or absence of colorectal cancer. Excellent specificity.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is measured in a sample collected from a subject, and the expression level is used as a reference value. Compare.
  • the method for evaluating the possibility of suffering from colorectal cancer of the present invention can potentially provide a judgment material for diagnosing whether or not a subject has colorectal cancer. Colorectal cancer may be diagnosed based on the judgment material.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the specific contents of the reference value, the details of the comparison with the reference value of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis, and the preferred embodiment are the same as the contents described in the above-mentioned ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>. can do.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is compared with the reference value. Then, as shown in Examples described later, according to the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient at an early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the method for evaluating the possibility of suffering from colorectal cancer of the present invention, the possibility of suffering from colorectal cancer is highly accurate even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I. Can be evaluated with.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention in a sample collected from a subject is measured, and the expression level is compared with a reference value.
  • the method for diagnosing colorectal cancer of the present invention can provide a judgment material for diagnosing whether or not a subject has colorectal cancer. Colorectal cancer may be diagnosed based on the judgment material.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the expression level of the marker for diagnosing colorectal cancer of the present invention is compared with a reference value. Then, as shown in Examples described later, according to the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient at an early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the method for diagnosing colorectal cancer of the present invention, it is possible to provide a powerful judgment material for diagnosing colorectal cancer with high accuracy even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I. ..
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention in a sample collected from a subject is measured, and the expression level is compared with a reference value.
  • the method for testing colorectal cancer of the present invention can provide a judgment material that assists in diagnosing whether or not a subject has colorectal cancer. Colorectal cancer may be diagnosed based on the judgment material.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the expression level of the marker for diagnosing colorectal cancer of the present invention is compared with a reference value. Then, as shown in Examples described later, according to the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient at an early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the colorectal cancer testing method of the present invention, even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I, it is possible to provide a powerful judgment material for diagnosing colorectal cancer with high accuracy.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is measured in a sample collected from a subject, and the expression level is compared with a reference value. ..
  • the method of testing the likelihood of colorectal cancer of the present invention can potentially provide a judgment material for diagnosing whether or not a subject has colorectal cancer. Colorectal cancer may be diagnosed based on the judgment material.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the specific contents of the reference value, the details of the comparison with the reference value of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis, and the preferred embodiment are the same as the contents described in the above-mentioned ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>. can do.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is compared with the reference value. Then, as shown in Examples described later, according to the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient at an early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the method of testing the possibility of developing colorectal cancer of the present invention, it is highly possible that the subject has colorectal cancer even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I. Can be tested with accuracy.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is measured in the sample collected from the subject.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the method of collecting data for diagnosing colorectal cancer of the present invention information for diagnosing colorectal cancer with high accuracy can be obtained.
  • the information obtained by the method of collecting data for the diagnosis of colorectal cancer of the present invention can be used for comparison with the reference value.
  • the information is useful for providing a judgment material for diagnosing colorectal cancer.
  • the specific contents of the reference value, the details of the comparison with the reference value of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis, and the preferred embodiment are the same as the contents described in the above-mentioned ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>. can do.
  • the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention As shown in Examples described later, according to the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient in the early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the method of collecting data for the diagnosis of colorectal cancer of the present invention, the colorectal cancer is measured even when the degree of progression of the colorectal cancer is stage 0 or stage I in order to measure the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis. It is possible to obtain powerful information for diagnosing cancer with high accuracy.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is measured in the sample collected from the subject.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the in vitro method for assisting the diagnosis of colorectal cancer of the present invention information for diagnosing colorectal cancer with high accuracy can be obtained.
  • the information obtained by the in vitro method for assisting the diagnosis of colorectal cancer of the present invention can be used for comparison with the reference value.
  • the information is useful for providing a judgment material for diagnosing colorectal cancer.
  • the specific contents of the reference value, the details of the comparison with the reference value of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis, and the preferred embodiment are the same as the contents described in the above-mentioned ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>. can do.
  • the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention As shown in Examples described later, according to the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient in the early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the in vitro method for assisting the diagnosis of colorectal cancer of the present invention, the colorectal cancer is measured even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I in order to measure the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis. It is possible to obtain powerful information for diagnosing cancer with high accuracy.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention in a sample collected from a subject is measured, and the expression level is compared with a reference value.
  • the method for diagnosing colorectal cancer of the present invention is a method for diagnosing whether or not a subject has colorectal cancer.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the expression level of the marker for diagnosing colorectal cancer of the present invention is compared with a reference value. Then, as shown in Examples described later, according to the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient at an early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the method for diagnosing colorectal cancer of the present invention, colorectal cancer can be diagnosed with high accuracy even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention in a sample collected from a subject is measured, and the expression level is compared with a reference value.
  • the method for determining colorectal cancer of the present invention is a method for determining whether or not a subject has colorectal cancer.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention is compared with a reference value. Then, as shown in Examples described later, according to the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient at an early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the method for determining colorectal cancer of the present invention, colorectal cancer can be determined with high accuracy even when the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I.
  • the expression level of the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention in a sample collected from a subject is measured, and the expression level is compared with a reference value.
  • the colorectal cancer test method of the present invention is a method for testing the presence or absence of colorectal cancer in a subject.
  • the details and preferred embodiment of the measurement of the expression level of the marker for colorectal cancer diagnosis can be the same as the contents described in the above-mentioned item ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the expression level of the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention is compared with the reference value. Then, as shown in Examples described later, according to the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention, a healthy body can be separated from a colorectal cancer patient at an early stage 0 or stage I with high accuracy. Therefore, according to the colorectal cancer test method of the present invention, it is possible to test with high accuracy whether or not a person has colorectal cancer even when the degree of progression of the colorectal cancer is stage 0 or stage I.
  • the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention is a kit used for examining the presence or absence of colorectal cancer.
  • the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention includes the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention and specific primers.
  • Examples of the primer in the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention include the primers A1, the primer A2, and the primer A3 described in the above-mentioned ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the primer in the colorectal cancer diagnostic kit can specifically form a complementary pair with the colorectal cancer diagnostic marker of the present invention.
  • the details and preferred embodiments of Primer A1, Primer A2, and Primer A3 can be the same as those described in the above item ⁇ Method for assisting diagnosis of colorectal cancer>.
  • the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention serves as an extraction reagent for extracting microRNA, which is a marker for colorectal cancer diagnosis, from a sample, a cDNA synthesis reagent for synthesizing cDNA of microRNA, a sample collection container, and a standardizing factor. It may further comprise at least one selected from the group consisting of miRNA and specific primers, reverse transcriptase and instruction manual.
  • the extraction reagent examples include general RNA extraction reagents. Specific examples of commercially available RNA extraction reagents include miRNeasy Serum / Plasma Kit (Qiagen, USA). However, the extraction reagent is not limited to these examples.
  • the cDNA synthesis reagent is a reagent for synthesizing the cDNA of microRNA, which is a marker for diagnosing colorectal cancer.
  • Examples of commercially available reagents for cDNA synthesis include TaqMan Advanced MicroRNA cDNA Synthesis Kit (Thermo Fisher Scientific, USA).
  • the reagent for cDNA synthesis is not limited to this example.
  • the cDNA synthesis reagent may be used for the synthesis of the cDNA of miRNA used as a standardizing factor.
  • the sample collection container is not particularly limited as long as it can contain the body fluid of the subject.
  • the sample collection container may be a general urinalysis container.
  • the standardizing primer include the primers B1, the primer B2, and the primer B3 described in the above-mentioned ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • the standardizing primer can form a complementary pair specifically with the miRNA which is a standardizing factor.
  • the details and preferred embodiments of Primer B1 and Primer B2 can be the same as those described in the above item ⁇ Method for assisting diagnosis of colorectal cancer>.
  • Reverse transcriptase and DNA polymerase are reagents for quantifying microRNA, which is a marker for diagnosing colorectal cancer, by RT-PCR.
  • the method (1) described in the above-mentioned ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer> can be used.
  • the reverse transcriptase is not particularly limited as long as it can reverse-transcribe the marker for colorectal cancer diagnosis of the present invention and can quantify the marker for colorectal cancer diagnosis.
  • Reverse transcriptase may be used for reverse transcription and quantification of miRNAs used as standardizing factors.
  • the reverse transcriptase is not particularly limited as long as it can be used for ordinary quantitative PCR.
  • the instruction manual for the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention is a document that describes how to use the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention.
  • the instruction manual may further include information such as precautions for use, troubleshooting, and contact information.
  • the information contained in the instruction manual is not limited to these examples. As described above, the instruction manual needs to have at least enough information to obtain the effect of the present invention, and the items to be described are not particularly limited.
  • the method of using the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention can be the same as the content described in the above-mentioned ⁇ Method for assisting the diagnosis of colorectal cancer>.
  • using the primers in the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention quantitative PCR is performed, microRNA, which is a marker for colorectal cancer diagnosis, is quantified, and the measured value is compared with a reference value.
  • microRNA which is a marker for colorectal cancer diagnosis
  • the measured value is compared with a reference value.
  • the method of using the colorectal cancer diagnostic kit of the present invention is not limited to this example.
  • ⁇ Treatment method for colorectal cancer> In the method for treating colorectal cancer of the present invention, the above-mentioned method for assisting the diagnosis of colorectal cancer of the present invention, a method for evaluating the possibility of suffering from colorectal cancer, a method for diagnosing colorectal cancer, and colorectal cancer How to test for colorectal cancer, how to test the likelihood of developing colorectal cancer, how to collect data for diagnosing colorectal cancer, in vitro methods to assist in diagnosing colorectal cancer, colorectal cancer diagnostic kits, colorectal cancer A subject is diagnosed using at least one selected from the group consisting of a method for diagnosing cancer, a method for determining colorectal cancer, and a method for testing colorectal cancer.
  • a therapeutic agent for colorectal cancer is administered to the subject.
  • a subject when a subject is diagnosed as having colorectal cancer, surgery is performed on the subject.
  • the diagnosis of the subject may be a determination of the presence or absence of colorectal cancer of the subject, or a test of the presence or absence of colorectal cancer of the subject.
  • the therapeutic agent for colorectal cancer is not particularly limited.
  • a therapeutic drug for colorectal cancer a drug whose efficacy and drug efficacy have been clinically confirmed is preferable.
  • the therapeutic agent for colorectal cancer may be the therapeutic agent for colorectal cancer of the present invention described later, an anticancer agent, or a molecular targeted therapeutic agent.
  • therapeutic agents for colorectal cancer are not limited to these examples.
  • anticancer agent examples include fluorouracil, tegafur / uracil combination drug, tegafur / gimeracil / oteracil potassium combination drug, capecitabine, irinotecan, oxaliplatin, trifluridine / tipiracil hydrochloride and the like.
  • anticancer agents are not limited to these examples. Even an anticancer drug that is not commercially available on the filing date of the present application and may be commercially available in the future may be used in the method for treating colorectal cancer of the present invention. is there.
  • Molecular-targeted therapeutic agents include cetuximab, panitumumab, bevacizumab, ramucirumab, aflibercept, regorafenib and the like.
  • molecular-targeted therapeutic agents are not limited to these examples. Even molecular-targeted therapeutic agents that are not commercially available on the filing date of the present application and may be commercially available in the future may be used in the method for treating colorectal cancer of the present invention. is there.
  • the therapeutic agent for colorectal cancer may be a drug substance in the research stage, a drug substance in the development stage, or a drug substance in the clinical trial stage.
  • the method of administering the drug is not particularly limited. Usually, oral administration, intravenous drip, etc. are selected. However, the method of administering the drug is not limited to these examples.
  • the surgery performed on the subject is not particularly limited. Usually, endoscopic surgery, surgical resection, radiation therapy, etc. are selected. However, the surgery performed on the subject is not limited to these examples. Surgery and treatment methods that are not common on the filing date of the present application and that may be performed in the future can be used in the treatment method for colorectal cancer of the present invention. There is sex.
  • the above-mentioned method for assisting the diagnosis of colorectal cancer of the present invention a method for evaluating the possibility of suffering from colorectal cancer, a method for diagnosing colorectal cancer, and colorectal cancer How to test for colorectal cancer, how to test the likelihood of developing colorectal cancer, how to collect data for diagnosing colorectal cancer, in vitro methods to assist in diagnosing colorectal cancer, colorectal cancer diagnostic kits, colorectal cancer Use at least one selected from the group consisting of a method for diagnosing cancer, a method for determining colorectal cancer, and a method for testing colorectal cancer. Therefore, according to the method for treating colorectal cancer of the present invention, the subject can be treated based on a highly accurate diagnosis result. Therefore, it is possible to prevent unnecessary treatment, reduce the burden on the patient, and reduce medical expenses.
  • the colorectal cancer therapeutic agent of the present invention comprises an inhibitor of at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p.
  • Examples of the inhibitor of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566, and hsa-miR-598-5p include miRNA inhibitor.
  • a miRNA inhibitor is an antisense nucleotide of microRNA. The miRNA inhibitor binds to the microRNA that serves as the sense strand and inhibits the function of the microRNA.
  • a commercially available kit can be used as the miRNA inhibitor. Examples of such a commercially available kit include mirVana miRNA inhibitor (Thermo Fisher Scientific, USA).
  • the catalog number of the mirVana miRNA inhibitor containing the hsa-miR-129-1-3p miRNA inhibitor is 4464084, and its Assay ID is MH12962.
  • the catalog number of the mirVana miRNA inhibitor containing the hsa-miR-566 miRNA inhibitor is 4464084, and its Assay ID is MH11490.
  • RNAi reagents can be mentioned as inhibitors of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566, and hsa-miR-598-5p.
  • the inhibitor is not limited to these examples. Even if it is an inhibitor that is not common on the filing date of the present application, any molecule that can inhibit the expression of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566, and hsa-miR-598-5p can be used. It may be used as a therapeutic agent for colorectal cancer of the present invention.
  • the therapeutic agent for colorectal cancer of the present invention described above comprises an inhibitor of at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p. Including. Inhibiting the expression level of at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p, as shown in Examples below. The cell motility of colorectal cancer cells is reduced.
  • the inhibitors of each microRNA of hsa-miR-129-1--3p, hsa-miR-566, and hsa-miR-598-5p may be useful as therapeutic drug candidates for colorectal cancer. ing. From the above, according to the therapeutic agent for colorectal cancer of the present invention, there is a possibility that a curative effect of colorectal cancer can be obtained.
  • the therapeutic agent for colorectal cancer of the present invention comprising an inhibitor of at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p.
  • a method for treating colorectal cancer in an embodiment that inhibits at least one microRNA selected from the group consisting of hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p of a subject. can be said to be a method for suppressing the motility of colon cancer cells.
  • qRT-PCR Quantitative RT-PCR median: median IQR: interquartile range Health: Healthy person CRC: Colorectal cancer patient stage 0 / I CRC: Stage 0 or stage I early colorectal cancer patient n: Number of samples P value: p-value AUC: Area Under the ROC Curve 95% CI: 95% confidence interval
  • E means a power of 10.
  • 1.90E-04 means 1.90 x 10 -4 .
  • a total cohort consisting of 299 healthy subjects and 223 colorectal cancer patients From 522 patients, 415 patients whose age and gender were randomly matched were extracted, and the 415 cohorts were divided into the following three cohorts 1 and 2 cohorts. , Cohort 3 at random.
  • Cohort 1 9 cases consisting of 6 healthy subjects and 3 colorectal cancer patients.
  • Cohort 2 280 cases consisting of 140 healthy subjects and 140 colorectal cancer patients.
  • Cohort 3 126 cases consisting of 63 healthy subjects and 63 colorectal cancer patients.
  • the total number of healthy subjects in cohort 2 and cohort 3 is 203 cases.
  • the total number of cases with stage 0 or stage I progression was 64 cases. Therefore, the following cohort 4 was further constructed, and the detection sensitivity, accuracy, and specificity of early-stage colorectal cancer were confirmed by analysis of the cohort 4.
  • Cohort 4 267 patients consisting of 203 healthy subjects and 64 stage 0 or stage I colorectal cancer patients.
  • RNA in samples taken from urine was extracted. Immediately after collection, urine stored frozen at -80 ° C: 200 ⁇ L was used as a sample, and miRNA in the sample was extracted using miRNeasy Serum / Plasma Kit (Qiagen, USA) according to the conditions described in the attached protocol. did.
  • CDNA was synthesized using the extracted miRNA as a template.
  • TaqMan Advanced MicroRNA cDNA Synthesis Kit (Thermo Fisher Scientific, USA) was used to synthesize cDNA according to the conditions described in the attached protocol.
  • QRT-PCR was performed using the synthesized cDNA.
  • qRT-PCR TaqMan Advanced MicroRNA Assay and; 7500 Fast real-time PCR system (Thermo Fisher Scientific, USA) were used.
  • Table 1 shows the thermal cycle and reaction conditions of qRT-PCR
  • Table 2 shows a list of Assay IDs and target miRNAs and their nucleotide sequences.
  • FIG. 1 is a flow chart showing an outline of verification of this embodiment.
  • miRNA array analysis was performed to select or identify multiple miRNAs abnormally expressed in the urine of colorectal cancer patients (see FIG. 2).
  • Cohort 1 is a comprehensive analysis cohort (Discovery cohort in FIG. 1).
  • cohort 2 among the miRNAs identified by the miRNA array analysis in cohort 1, the expression levels of each of the three miRNAs used as markers for diagnosing colorectal cancer of the present invention were measured by the qRT-PCR method.
  • Significant colorectal cancer diagnostic markers were extracted by multivariate analysis of measurement results, and a genetic diagnostic panel was constructed.
  • Cohort 2 is a training cohort (Training set in FIG. 2).
  • cohort 3 the accuracy of the genetic diagnosis panel constructed in cohort 2 was verified.
  • Cohort 3 is a validation cohort (Validation set in FIG. 3).
  • Cohort 4 the detection accuracy of early colorectal cancer was mainly analyzed.
  • the specific contents and analysis results of the analysis of cohort 1, cohort 2, cohort 3, and cohort 4 performed in this embodiment will be described in order.
  • hsa-miR-129-1-3p in any of hsa-miR-566, hsa- miR-598-5p, 2 - ⁇ Ct value, i.e., the expression of each of these genes
  • CRC colorectal cancer patients
  • Healthy healthy subjects
  • FIG. 3 is a diagram showing ROC curves of each colorectal cancer diagnostic marker in cohort 2.
  • "1-specificity” is plotted on the horizontal axis and "sensitivity” is plotted on the vertical axis.
  • the P value was also less than 0.001 in the three types of microRNAs hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566, and hsa-miR-598-5p. From this, it can be seen that each microRNA measured for the three types of hsa-miR-566 and hsa-miR-598-5p is significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients as compared with healthy subjects. It could be confirmed. In addition, from the results of multivariate analysis, miR-129-1-3p and miR-566 were extracted as independent colorectal cancer markers.
  • Table 5 shows the AUC and 95% CI of each ROC curve shown in FIG.
  • healthy subjects and large intestines were prepared by genetic diagnosis panels prepared by using hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566, and hsa-miR-598-5p as markers for colorectal cancer diagnosis. It was confirmed that cancer patients could be separated well.
  • the AUC of the ROC curve (FIG. 3) was 0. It was 811 and was a particularly good result.
  • FIG. 4 is a diagram showing ROC curves of each colorectal cancer diagnostic marker in cohort 3.
  • Table 7 shows the AUC and 95% CI of each ROC curve shown in FIG. In FIG. 4, "1-specificity” is plotted on the horizontal axis, and "sensitivity” is plotted on the vertical axis.
  • the AUC of the ROC curve (FIG. 4) was 0.868. From this, it was found that healthy subjects and colorectal cancer patients could be separated with particularly high accuracy, and particularly good results were obtained.
  • Cohort 3 is a group of cases independent of cohort 1 and cohort 2. Therefore, the analysis results of the above cohort 3 suggest that hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566 are useful as independent markers for colorectal cancer diagnosis.
  • FIG. 5 is a diagram showing the expression level of hsa-miR-129-1-3p in cohort 4 in comparison with healthy subjects and stage 0 or stage I colorectal cancer patients.
  • FIG. 6 is a diagram showing the expression level of hsa-miR-566 in cohort 4 in comparison with a healthy subject and a stage 0 or stage I colorectal cancer patient. As shown in FIGS. 5 and 6, in both hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566, each colorectal cancer diagnostic marker is a healthy person in a stage 0 or stage I colorectal cancer patient. It was significantly higher expressed in comparison.
  • FIG. 7 is a diagram showing ROC curves of each colorectal cancer diagnostic marker in cohort 4.
  • Table 10 shows the AUC and 95% CI of the ROC curve obtained in Cohort 4.
  • “1-specificity” is plotted on the horizontal axis
  • “sensitivity” is plotted on the vertical axis.
  • the AUC was 0.845 in the ROC curve (FIG. 7) in which the microRNA was a combination of hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566. From this, according to the genetic diagnosis panel prepared by using the combination of hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566 as a marker for colorectal cancer diagnosis, the degree of progression of colorectal cancer is stage 0 or stage I. It was found that even in the case of early-stage colorectal cancer patients, healthy subjects and early-stage colorectal cancer patients can be separated with high accuracy.
  • the cutoff value in the ROC curve was 0.00499 or more. In this case, the sensitivity was 95.3% and the specificity was 54.2% (Table 11).
  • the cutoff value in the ROC curve was 0.152 or more. In this case, the sensitivity was 90.6% and the specificity was 65.5% (Table 11).
  • AUC can distinguish between healthy subjects and stage 0 or stage I colorectal cancer patients. It was 0.845, which was particularly good (Table 10). Based on multivariate analysis, model formulas using hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566 expression show stage 0 or stage I colorectal cancer with sensitivity: 90.6%, specificity. : It was found that the discrimination was possible at 65.5% (Table 11).
  • hsa-miR-129-1--3p was significantly highly expressed in the colon cancer tissue as compared with the neighboring normal tissue.
  • hsa-miR-566 also showed the same tendency as hsa-miR-129-1-3p, although there was no significant difference. The fact that no significant difference in the expression level of hsa-miR-566 was observed is considered to be due to the small number of samples of 20.
  • ⁇ Analysis using colorectal cancer cell line> The expression levels of hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566 were analyzed using a colon cancer cell line.
  • the expression level of hsa-miR-566 - in FIG. 10 shows a plot of (2 ⁇ Ct) on the horizontal axis.
  • (i) shows the expression level in exosomes
  • (ii) shows the expression level in the culture medium
  • (iii) shows the expression level in cells.
  • hsa-miR-129-1--3p and hsa-miR-566 were detectable from any of the samples (i) to (iii).
  • hsa-miR-129-1--3p and hsa-miR-566 showed similar expression tendencies in all of the samples (i) to (iii).
  • hsa-miR-129-1-3p, hsa-miR-566, and hsa-miR-598-5p are useful as markers for diagnosing colorectal cancer.
  • hsa-miR-129-1-3p and hsa-miR-566 is used as a marker for diagnosing colorectal cancer, it can be detected with high sensitivity even in the case of early-stage colorectal cancer, and is a healthy body. It was suggested that it could be separated from.
  • An inhibitor of hsa-miR-566 was administered to SW480 and HCT116.
  • mirVana miRNA inhibitor catalog number: 4464084, Assay ID: MH11490, Thermo Fisher Scientific, USA
  • Anti-miR miRNA Inhibitor Negative Control # 1 (catalog number: AM17010, Thermo Fisher Scientific, USA) was used as a negative control.
  • a evaluation assay was performed to evaluate the cell motility of SW480 and HCT116. The results are shown in FIGS. 11 and 12. As shown in FIGS.
  • hsa-miR-129-1--3p and hsa-miR-566 may have similar molecular biological functions to each other (FIGS. 13 and 14). Therefore, inhibition of hsa-miR-129-1-3p may also significantly reduce cell motility. Therefore, inhibitors of hsa-miR-129-1-3p are also colorectal cancer. May be useful as a therapeutic agent.
  • the presence or absence of colorectal cancer can be determined with high accuracy, and early colorectal cancer can be detected with high sensitivity.

Abstract

本発明は、大腸癌の罹患の有無を高精度で判別し、かつ、早期の大腸癌を高感度で検出できる大腸癌診断用マーカー;前記大腸癌診断用マーカーの発現量を測定する、大腸癌の診断を補助する方法、大腸癌の診断のためにデータを収集する方法、大腸癌の診断方法、大腸癌の治療方法;前記大腸癌診断用マーカーと特異的なプライマーを備える大腸癌の診断用キット;前記大腸癌診断用マーカーの阻害剤を含む大腸癌治療薬を提供する。 本発明の大腸癌診断用マーカーは、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAである。

Description

大腸癌診断用マーカー、大腸癌の診断を補助する方法、大腸癌の診断のためにデータを収集する方法、大腸癌の診断用キット、大腸癌治療薬、大腸癌の治療方法、大腸癌の診断方法
 本発明は、大腸癌診断用マーカー、大腸癌の診断を補助する方法、大腸癌の診断のためにデータを収集する方法、大腸癌の診断用キット、大腸癌治療薬、大腸癌の治療方法、大腸癌の診断方法に関する。
 本願は、2019年8月16日に、日本国に出願された特願2019-149338号に基づき優先権を主張し、その内容をここに援用する。
 大腸癌の罹患の有無を調べる方法として、下部消化管内視鏡検査、便潜血検査が知られている(例えば、非特許文献1、2)。下部消化管内視鏡検査は、検査に長時間を要し、高侵襲性であり、検査に要する費用も高い。そのため、下部消化管内視鏡検査は健常者を対象とする検診、スクリーニング検査には推奨されない。
 以上のことから、大腸癌の検診等においては、便潜血検査が行われることが多い。
 また、大腸癌のバイオマーカーとして、CEA(carcinoembryonicantigen)、CA19-9(carbohydrate antigen 19-9)が知られている。
国立がん研究センター「がん情報サービス」(URL:https://ganjoho.jp/med_pro/pre_scr/screening/screening_colon.html、アクセス日:2019年07月12日) 医学書院「週刊医学界新聞、第2940号、2011年08月08日」(URL:http://www.igaku-shoin.co.jp/paperDetail.do?id=PA02940_05、アクセス日:2019年07月12日)
 しかしながら便潜血反応は、健常な被検者を大腸癌に罹患していると誤って判別してしまう確率、すなわち偽陽性の確率が高い。そのため、便潜血反応では大腸癌の罹患の有無を正確に判別する際の精度が不充分である。
 加えて、非特許文献2には早期の大腸癌においては免疫学的潜血反応による大腸癌検出率が30~40%であると記載されている。このように、実臨床においても検出感度が極めて低いという問題がある。
 CEA、CA19-9等の従来のバイオマーカーにおいても、大腸癌の検出率は低く、検出感度が充分ではない。
 本発明は、大腸癌の罹患の有無を高精度で判別し、かつ、早期の大腸癌を高感度で検出することが可能となる大腸癌診断用マーカーを提供する。
 本発明の第1の態様は、下記の[1]~[13]に記載の態様を有する。
[1] hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAである、大腸癌診断用マーカー。
[2] 前記マイクロRNAが、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせである、[1]の大腸癌診断用マーカー。
[3] ヒトの体液に含まれている、[1]又は[2]の大腸癌診断用マーカー。
[4] 大腸癌の診断を補助する方法であって、被検体から採取したサンプル中の、[1]~[3]のいずれかの大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する、方法。
[5] 前記発現量を基準値と比較するために、前記サンプル中の下記miRNAを標準化因子として前記発現量を標準化する、[4]の方法。
 miRNA:hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方。
[6] 前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、[4]又は[5]の方法。
[7] 大腸癌の診断のためにデータを収集する方法であって、被検体から採取したサンプル中の、[1]~[3]のいずれかの大腸癌診断用マーカーの発現量を測定する、方法。
[8] 前記発現量を測定した後に、前記サンプル中の下記miRNAを標準化因子として前記発現量を標準化する、[7]の方法。
 miRNA:hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方。
[9] 前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、[7]又は[8]の方法。
[10] 大腸癌の診断のために使用するキットであって、[1]~[3]のいずれかの大腸癌診断用マーカーと特異的なプライマーを備える、大腸癌の診断用キット。
[11] 前記マイクロRNAをサンプルから抽出する抽出用試薬、前記マイクロRNAのcDNAを合成するcDNA合成用試薬、サンプル採取用容器、標準化因子となるmiRNAと特異的な標準化用プライマー、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ及び取扱説明書からなる群から選ばれる少なくとも一つをさらに備える、[10]の大腸癌の診断用キット。
[12] 前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、[10]又は[11]の大腸癌の診断用キット。
[13] hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAの阻害剤を含む、大腸癌治療薬。
 本発明の第2の態様は、前記[1]~[13]に記載の態様に加えて、下記の≪1≫~≪23≫に記載の態様をさらに有する。
≪1≫ hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAである、大腸癌診断用マーカー。
≪2≫ 前記マイクロRNAが、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせである、≪1≫の大腸癌診断用マーカー。
≪3≫ ヒトの体液に含まれている、≪1≫又は≪2≫の大腸癌診断用マーカー。
≪4≫ 大腸癌を診断する方法であって、被検体から採取したサンプル中の、≪1≫~≪3≫のいずれかの大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する、大腸癌の診断方法。
≪5≫ 前記発現量を基準値と比較するために、前記サンプル中のmiRNAを標準化因子として前記発現量を標準化する、≪4≫の大腸癌の診断方法。
≪6≫ 前記miRNAが、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方である、≪5≫の大腸癌の診断方法。
≪7≫ 前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、≪4≫~≪6≫のいずれかの大腸癌の診断方法。
≪8≫ 大腸癌を治療する方法であって、≪4≫~≪7≫のいずれかの大腸癌の診断方法を使用して被検体を診断し、前記被検体が大腸癌に罹患していると診断した場合、大腸癌の治療薬を前記被検体に投与する、大腸癌の治療方法。
≪9≫ 大腸癌を治療する方法であって、≪4≫~≪7≫のいずれかの大腸癌の診断方法を使用して被検体を診断し、前記被検体が大腸癌に罹患していると診断した場合、前記被検体に対して手術を行う、大腸癌の治療方法。
≪10≫ 大腸癌の罹患の有無を判定する方法であって、被検体から採取したサンプル中の、≪1≫~≪3≫のいずれかの大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する、大腸癌の判定方法。
≪11≫ 前記発現量を基準値と比較するために、前記サンプル中のmiRNAを標準化因子として前記発現量を標準化する、≪10≫の大腸癌の判定方法。
≪12≫ 前記miRNAが、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方である、≪11≫の大腸癌の判定方法。
≪13≫ 前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、≪10≫~≪12≫のいずれかの大腸癌の判定方法。
≪14≫ 大腸癌を治療する方法であって、≪10≫~≪13≫のいずれかの大腸癌の判定方法を使用して被検体の大腸癌の罹患の有無を判定し、前記被検体が大腸癌に罹患していると判定した場合、大腸癌の治療薬を前記被検体に投与する、大腸癌の治療方法。
≪15≫ 大腸癌を治療する方法であって、≪10≫~≪13≫のいずれかの大腸癌の判定方法を使用して被検体の大腸癌の罹患の有無を判定し、前記被検体が大腸癌に罹患していると判定した場合、前記被検体に対して手術を行う、大腸癌の治療方法。
≪16≫ 大腸癌の罹患の有無を試験する方法であって、被検体から採取したサンプル中の、≪1≫~≪3≫のいずれかの大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する、大腸癌の試験方法。
≪17≫ 前記発現量を基準値と比較するために、前記サンプル中のmiRNAを標準化因子として前記発現量を標準化する、≪16≫の大腸癌の試験方法。
≪18≫ 前記miRNAが、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方である、≪17≫の大腸癌の試験方法。
≪19≫ 前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、≪16≫~≪18≫のいずれかの大腸癌の試験方法。
≪20≫ 大腸癌を治療する方法であって、≪16≫~≪19≫のいずれかの大腸癌の試験方法を使用して被検体の大腸癌の罹患の有無を試験し、前記被検体が大腸癌に罹患していると判断した場合、大腸癌の治療薬を前記被検体に投与する、大腸癌の治療方法。
≪21≫ 大腸癌を治療する方法であって、≪16≫~≪19≫のいずれかの大腸癌の試験方法を使用して被検体の大腸癌の罹患の有無を試験し、前記被検体が大腸癌に罹患していると判断した場合、前記被検体に対して手術を行う、大腸癌の治療方法。
≪22≫ hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAの阻害剤を含む、大腸癌治療薬。
≪23≫ 被検体のhsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAを阻害する、大腸癌の治療方法。
 本発明によれば、大腸癌の罹患の有無を高精度で判別し、かつ、早期の大腸癌を高感度で検出することが可能となる大腸癌診断用マーカーが提供される。
実施例の検証の概要を示す図である。 コホート1におけるmiRNAアレイ解析の結果を示す図である。 コホート2における各大腸癌診断用マーカーのROC曲線を示す図である。 コホート3における各大腸癌診断用マーカーのROC曲線を示す図である。 コホート4におけるhsa-miR-129-1-3pの発現量を健常者とステージ0又はステージIの大腸癌患者において比較して示す図である。 コホート4におけるhsa-miR-566の発現量を健常者とステージ0又はステージIの大腸癌患者において比較して示す図である。 コホート4における各大腸癌診断用マーカーのROC曲線を示す図である。 ホルマリン固定パラフィン包埋を用いた分析においてhsa-miR-129-1-3pの発現量を正常組織と大腸癌組織において比較して示す図である。 ホルマリン固定パラフィン包埋を用いた分析においてhsa-miR-566の発現量を正常組織と大腸癌組織において比較して示す図である。 SW480及びHCT116について、(i)培養液中のエクソソーム、(ii)培養液、(iii)細胞本体中のhsa-miR-129-1-3pの発現量(2-△Ct)を縦軸に、hsa-miR-566の発現量(2-△Ct)を横軸にプロットした図である。 SW480、HCT116の細胞運動能の評価に使用した写真である。 SW480、HCT116の細胞運動能の評価に使用したグラフである。 Gene ontology解析の結果を示す図である。 Gene ontology解析の結果を示す図である。
 本明細書及び特許請求の範囲における以下の用語の意味は、本段落に記載の通りである。
 「hsa-miR-129-1-3p」は、配列番号1に記載のhsa-miR-129-1-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004548)であり、ヒト以外の生物種のホモログ又はオーソログを包含する。
 「hsa-miR-566」は、配列番号2に記載のhsa-miR-566遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003230)であり、ヒト以外の生物種のホモログ又はオーソログを包含する。
 「hsa-miR-598-5p」は、配列番号3に記載のhsa-miR-598-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026620)であり、ヒト以外の生物種のホモログ又はオーソログを包含する。
 「hsa-miR-4669」は、配列番号4に記載のhsa-miR-4669遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019749)であり、ヒト以外の生物種のホモログ又はオーソログを包含する。
 「hsa-miR-6756-5p」は、配列番号5に記載のhsa-miR-6756-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027412)であり、ヒト以外の生物種のホモログ又はオーソログを包含する。
 「プライマー」とは、DNA及びRNAのいずれか一方又は両方と相補対を形成するヌクレオチドを意味する。
 本明細書における以下の用語の意味は、本段落に記載の通りである。
 「変異体」とは、多型性、突然変異等に起因した天然の変異体;1又は2以上の塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体を意味する。
 「誘導体」とは、蛍光団、放射性同位元素等によるラベル化誘導体;有機官能基を有する修飾ヌクレオチド;塩基の再構成、二重結合の飽和、脱アミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換等を受けたヌクレオチド等を意味する。ただし、誘導体はこれらの例示に限定されない。
 「被検体」は、ヒト、チンパンジー等の霊長類;マウス、ラット等の齧歯類等の哺乳類;イヌ、ネコ等のペット;ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ等の家畜を意味する。
 「被検者」は、被検体としてのヒトを意味する。
 「健常体」及び「健常者」は、被検体であって、大腸癌に罹患していない生物を意味する。
 「精度」は((真陽性の数)+(真陰性の数))/(全検体数)の値を意味する。
 「感度」は、(真陽性の数)/((真陽性の数)+(偽陰性の数))の値を意味する。感度が高いほど大腸癌を早期に発見しやすくなり、がん罹患部の完全切除、再発率の低下に寄与する。
 「特異度」は、(真陰性の数)/((真陰性の数)+(偽陽性の数))を意味する。特異度が高いほど健常体を大腸癌患者として誤って判別することを防ぎやすくなり、無駄な追加検査の実施を防ぎ、患者の負担の軽減、医療費の削減に寄与する。
 「検査」、「評価」及び「試験」の各用語で特定される行為は、日本国及び医療行為が特許の対象から除外されている国においては、医師による医療行為(例えば、ヒトの病気を診断する行為、ヒトの病気を治療する行為等)を含まない。
 数値範囲を示す「~」は、その前後に記載された数値を下限値及び上限値として含むことを意味する。
<大腸癌診断用マーカー>
 本発明の大腸癌診断用マーカーは、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAである。すなわち、本発明の大腸癌診断用マーカーは、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる一つのマイクロRNA又は二以上のマイクロRNAの組み合わせである。
 マイクロRNAは、本発明の効果を損なわない範囲であれば、hsa-miR-129-1-3pの変異体及び誘導体、hsa-miR-566の変異体及び誘導体、hsa-miR-598-5pの変異体及び誘導体からなる群から選ばれる少なくとも一つ以上をさらに含んでもよい。
 マイクロRNAの組み合わせとしては、大腸癌の罹患の有無を判別する際の精度、感度及び特異度がさらに向上することから、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせが好ましい。加えて、マイクロRNAの組み合わせがhsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせであると、大腸癌がステージ0又はステージIである場合でも大腸癌の罹患の有無を判別する際の感度及び特異度に優れるという顕著な効果が得られる。
 hsa-miR-129-1-3pは、例えば、RNA.9:175-179(2003).に記載される方法によって特定できる。hsa-miR-129-1-3pの前駆体としては、hsa-miR-129-1 stem-loop(miRBase Accession No.MI0000252、配列番号6)が、知られている。hsa-miR-129-1 stem-loopは、ステム-ループ構造を有する。
 hsa-miR-566は、例えば、Proc Natl Acad Sci USA.103:3687-3692(2006).に記載される方法によって特定できる。hsa-miR-566の前駆体としては、hsa-miR-566 stem-loop(miRBase Accession No.MI0003572、配列番号7)が、知られている。hsa-miR-566 stem-loopは、ステム-ループ構造を有する。
 hsa-miR-598-5pは、例えば、Proc Natl Acad Sci USA.103:3687-3692(2006).に記載される方法によって特定できる。hsa-miR-598-5pの前駆体としては、hsa-miR-598 stem-loop(miRBase Accession No.MI0003610、配列番号8)が、知られている。hsa-miR-598-5p stem-loopは、ステム-ループ構造を有する。
 本発明の大腸癌診断用マーカーはヒトの体液に含まれていると好ましい。大腸癌診断用マーカーがヒトの体液に含まれていると、検査が無侵襲であり、簡便である。加えて、自宅等の医療機関以外の場所でも大腸癌の検査を行うことができるという利点がある。
 体液の具体例としては、血液、乳汁、尿、唾液、リンパ液、髄液、羊水、涙液、汗、鼻漏、便汁等の体液が挙げられる。ただし、体液は、これらの例示に限定されない。
 これらの中でも、採取が簡便であることから体液としては尿が好ましい。体液としては、前記の各体液から不要成分を除去する等の前処理を行った処理液;前記の各体液に含まれる細胞を培養して得られた培養液でもよい。
(作用機序)
 以上説明した本発明の大腸癌診断用マーカーは、後述の実施例に示すように、大腸癌患者において健常者と比較して有意に高発現している。そのため、被検体から採取されるサンプル中の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、その測定値を基準値と比較して大小を評価することで、被検体が大腸癌に罹患しているか否かを判別できる。
 加えて、本発明の大腸癌診断用マーカーは、後述の実施例に示すように、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者群においても、有意に高発現している傾向がある。そのため、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌の罹患の有無を優れた感度及び特異度で判別できる。
(用途)
 以上説明した本発明の大腸癌診断用マーカーは、例えば、後述の大腸癌の診断を補助する方法、大腸癌に罹患している可能性を評価する方法、大腸癌の診断のための方法、大腸癌の検査方法、大腸癌の罹患の可能性を試験する方法、大腸癌の診断のためにデータを収集する方法、大腸癌の診断を補助するためのインビトロの方法、大腸癌の診断用キットに適用できる。
 前記の各用途に加えて、本発明の大腸癌診断用マーカーは、大腸癌の診断方法、大腸癌の判定方法、大腸癌の試験方法、大腸癌の治療方法にも適用できる。
 発明の大腸癌診断用マーカーの用途の詳細は、後述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において詳細に説明する。
<大腸癌の診断を補助する方法>
 本発明の大腸癌の診断を補助する方法は、被検体が大腸癌に罹患しているか否かの診断の補助となる判断材料を提供するものである。当該判断材料に基づいて、大腸癌の診断を行ってもよい。
 本発明の大腸癌の診断を補助する方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定する。次いで、大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。
 被検体からサンプルを採取する方法は特に限定されない。例えば、上述の<大腸癌診断用マーカー>の項目において述べた各種体液を採取できる方法であれば特に限定されない。例えば、体液として尿を使用する場合、一般的な尿検査で使用される方法でもよい。その他の体液を使用する場合も、一般的な検査で使用される方法でよい。
 本発明の発明者は、後述の実施例で示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーである特定のマイクロRNAが大腸癌患者において健常者と比較して有意に高発現していることを見出した。
 よって、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量が、ある基準値より高いか否かを評価することで、大腸癌を検出でき、被検体が大腸癌に罹患しているか否かを判別できる。
 大腸癌診断用マーカーの発現量は、例えば、定量RT(Reverse Transcription)-PCRによって測定できる。
 大腸癌診断用マーカーの定量RT-PCRは、例えば、下記の方法(1)にしたがって行うことができる。
・方法(1):大腸癌診断用マーカーの逆転写反応を行い、次いで、逆転写反応によって得られた鋳型DNA(1)を用いて、定量的PCRを行う。
 方法(1)においては、まず、被検体から採取されたサンプル中のマイクロRNA、すなわち、大腸癌診断用マーカーの逆転写を行う。ここで、マイクロRNAは、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つである。これらのマイクロRNAは、プロセッシングを受けた後の成熟マイクロRNA(Mature miRNA)である。
 そのため、大腸癌診断用マーカーの逆転写においては、以下のプライマーA1を用いることが好ましい。
・プライマーA1:大腸癌診断用マーカーに特異的なLooped RT Primer。
 プライマーA1は、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つと特異的に結合してステム-ループ構造を形成するものであれば特に限定されない。
 プライマーA1は、ループ構造を有する。プライマーA1が大腸癌診断用マーカーに結合することで、ステム-ループ構造が形成される。このステム-ループ構造を、逆転写酵素が認識し、大腸癌診断用マーカーの逆転写反応が進行する。逆転写反応により、大腸癌診断用マーカーの鋳型DNA(1)が合成される。
 逆転写反応に使用する逆転写酵素は、特に限定されない。一般的に実験室で使用される逆転写酵素を用いることができる。逆転写酵素として、リコンビナントタンパク質を使用してもよい。
 次いで、大腸癌診断用マーカーの逆転写反応により得られた大腸癌診断用マーカーの鋳型DNA(1)を用いて、定量的PCRを行う。定量的PCRにおいては、以下の2種類のプライマーA2、プライマーA3を用いることが好ましい。
・プライマーA2:鋳型DNA(1)と特異的に結合するforward primer。
・プライマーA3:鋳型DNA(1)と特異的に結合するreverse primer。
 これらのプライマーA2、A3を用いて定量的PCRを行うことで、大腸癌診断用マーカーの鋳型DNA(1)から、大腸癌診断用マーカーの発現量を測定できる。
 定量的PCRに使用するDNAポリメラーゼは、特に限定されない。一般的に実験室で使用されるDNAポリメラーゼを用いることができる。DNAポリメラーゼとして、リコンビナントタンパク質を使用してもよい。
 プライマーA1、プライマーA2、プライマーA3は、一般的な核酸合成、ヌクレオチド合成により用意できる。例えば、核酸の受託合成を請け負う企業から入手することも可能である。また、大腸癌診断用マーカーを検出するための市販のキットとして、TaqMan Advanced MicroRNA Assay(Thermo Fisher Scientific,USA)を用いることもできる。したがって、本技術分野における当業者であれば、常法により、過度の負担なく、プライマーA1、プライマーA2、プライマーA3を入手することができ、大腸癌診断用マーカーの発現量を確認できる。
 例えば、下記のプライマーA11、プライマーA21、プライマーA31を含むTaqMan Advanced MicroRNA Assayのカタログ番号は、A25576であり、そのAssay IDは、480873_mirである。
・プライマーA11:hsa-miR-129-1-3pと特異的に結合するLooped RT Primer。
・プライマーA21:hsa-miR-129-1-3pの鋳型DNA(1)と特異的に結合するforward primer。
・プライマーA31:hsa-miR-129-1-3pの鋳型DNA(1)と特異的に結合するreverse primer。
 例えば、下記のプライマーA12、プライマーA22、プライマーA32を含むTaqMan Advanced MicroRNA Assayのカタログ番号は、A25576であり、そのAssay IDは、479373_mirである。
・プライマーA12:hsa-miR-566と特異的に結合するLooped RT Primer。
・プライマーA22:hsa-miR-566の鋳型DNA(1)と特異的に結合するforward primer。
・プライマーA32:hsa-miR-566の鋳型DNA(1)と特異的に結合するreverse primer。
 例えば、下記のプライマーA13、プライマーA23、プライマーA33を含むTaqMan Advanced MicroRNA Assayのカタログ番号は、A25576であり、そのAssay IDは、479080_mirである。
・プライマーA13:hsa-miR-598-5pと特異的に結合するLooped RT Primer。
・プライマーA23:hsa-miR-598-5pの鋳型DNA(1)と特異的に結合するforward primer。
・プライマーA33:hsa-miR-598-5pの鋳型DNA(1)と特異的に結合するreverse primer。
 本発明の大腸癌の診断を補助する方法においては、マイクロRNAの発現量を定量的PCRにおけるサイクル数のカットオフ値に基づいて算出できる。
 定量的PCRにおいては、サンプル中において測定対象の核酸の量が相対的に多いと、核酸の増幅量がある一定の値に到達するまでのサイクル数が相対的に短い。一方で、サンプル中において測定対象の核酸の量が相対的に少ないと、核酸の増幅量がある一定の値に到達するまでのサイクル数が長くなり、カットオフ値が大きくなる。この核酸の増幅量がある一定の閾値に到達するまでのサイクル数をカットオフ値として、測定対象の核酸の量を検量線により算出することが行われている。
 カットオフ値の決定に関与する核酸の増幅量の閾値は、被検体の年齢、性別、採取されるサンプル中の全RNA量、使用する大腸癌診断用マーカーの種類、採取方法、検体の種類等の条件に応じて適宜設定できる。
 本発明の大腸癌の診断を補助する方法において、大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較するために、サンプル中のmiRNAを標準化因子として大腸癌診断用マーカーの発現量を標準化することが好ましい。大腸癌診断用マーカーの発現量を標準化することにより、大腸癌診断用マーカーの発現量の相対的な大小をさらに正確に判断でき、大腸癌の罹患の有無をさらに高精度で判別できる。
 標準化因子として使用するmiRNAとしては、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方が好ましく、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pの組み合わせがより好ましい。
 本発明の発明者は、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pは、ヒト等の生物種の尿中において恒常的に発現し、発現量が安定していることを見出した。このように、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pは、発現量が安定していることから、被検体から採取される体液中に含まれる本発明の大腸癌診断用マーカーの標準化因子として有用である。
 加えて、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pは、被検体から採取される体液中に含まれる任意のmiRNAの標準化因子としても有用である。
 標準化因子としてのhsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pは、本発明の効果を損なわない範囲であれば、hsa-miR-4669の変異体及び誘導体、hsa-miR-6756-5pの変異体及び誘導体からなる群から選ばれる少なくとも一つ以上をさらに含んでもよい。
 hsa-miR-4669は、例えば、Cancer Res.71:78-86(2011).に記載される方法によって特定できる。hsa-miR-4669の前駆体としては、hsa-miR-4669 stem-loop(miRBase Accession No.MI0017300、配列番号9)が、知られている。hsa-miR-4669 stem-loopは、ステム-ループ構造を有する。
 hsa-miR-6756-5pは、例えば、Genome Res.22:1634-1645(2012).に記載される方法によって特定できる。hsa-miR-6756-5pの前駆体としては、hsa-miR-6756 stem-loop(miRBase Accession No.MI0022601、配列番号10)が、知られている。hsa-miR-6756 stem-loopは、ステム-ループ構造を有する。
 本発明の大腸癌の診断を補助する方法においてサンプル中のmiRNAを標準化因子として大腸癌診断用マーカーの発現量を標準化する場合、下記の△Ctに基づいて大腸癌診断用マーカーの発現量を算出してもよい。△Ctを用いることで、大腸癌診断用マーカーの発現量を2-△Ctとして数値化することができる。
 △Ct:大腸癌診断用マーカーのカットオフ値から標準化因子のカットオフ値を減じた値。
 △Ct値を用いることで、△Ct値をそれぞれの検体の大腸癌診断用マーカーの発現量の評価に使用できる。具体的には、2-△Ctを各大腸癌診断用マーカーの発現量の測定値として使用し、2-△Ctを基準値と比較することで、被検体が大腸癌に罹患しているか否かを容易に判別できる。
 ここで、大腸癌患者においては、大腸癌診断用マーカーが相対的に高発現していることから、-△Ct値が相対的に大きく、2-△Ctの値が相対的に大きくなる。一方、健常体においては、-△Ct値が相対的に小さく、2-△Ctの値が相対的に小さくなる。
 この場合、健常体における指標となる△Ctが既知であれば、健常体における2-△Ctを基準値として使用できる。
 △Ct値における標準化因子のカットオフ値は、被検体から採取されたサンプル中のhsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのカットオフ値の平均値とすることができる。
 標準化因子として使用するmiRNAの発現量は、例えば、定量的PCRによって測定できる。具体的には、例えば、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pの各発現量は、標準化因子の定量的PCRにおけるサイクル数のカットオフ値に基づいて算出できる。
 標準化因子の定量的PCRは、例えば、下記の方法(2)にしたがって行うことができる。
・方法(2):標準化因子の逆転写反応を行い、次いで、逆転写反応によって得られた鋳型DNA(2)を用いて、定量的PCRを行う。
 方法(2)においては、まず、被検体から採取されたサンプル中のmiRNA、すなわち、標準化因子の逆転写を行う。ここで、miRNAは、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つである。これらのmiRNAは、プロセッシングを受けた後の成熟miRNA(Mature miRNA)である。
 そのため、標準化因子の逆転写においては、以下のプライマーB1を用いることが好ましい。
・プライマーB1:標準化因子に特異的なLooped RT Primer。
 プライマーB1は、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つと特異的に結合してステム-ループ構造を形成するものであれば特に限定されない。
 プライマーB1は、ループ構造を有する。プライマーB1が標準化因子に結合することで、ステム-ループ構造が形成される。このステム-ループ構造を、逆転写酵素が認識し、標準化因子の逆転写反応が進行する。逆転写反応により、標準化因子の鋳型DNA(2)が合成される。
 逆転写反応に使用する逆転写酵素は、特に限定されない。一般的に実験室で使用される逆転写酵素を用いることができる。逆転写酵素として、リコンビナントタンパク質を使用してもよい。
 次いで、標準化因子の逆転写反応により得られた標準化因子の鋳型DNA(2)を用いて、定量的PCRを行う。定量的PCRにおいては、以下の2種類のプライマーB2、プライマーB3を用いることが好ましい。
・プライマーB2:鋳型DNA(2)と特異的に結合するforward primer。
・プライマーB3:鋳型DNA(2)と特異的に結合するreverse primer。
 これらのプライマーB2、B3を用いて、定量的PCRを行うことで、標準化因子の鋳型DNA(2)から、標準化因子の発現量を測定できる。
 定量的PCRに使用するDNAポリメラーゼは、特に限定されない。一般的に実験室で使用されるDNAポリメラーゼを用いることができる。DNAポリメラーゼとして、リコンビナントタンパク質を使用してもよい。
 プライマーB1、プライマーB2、プライマーB3は、一般的な核酸合成、ヌクレオチド合成により用意できる。例えば、核酸の受託合成を請け負う企業から入手することも可能である。また、標準化因子を検出するための市販のキットとして、TaqMan Advanced MicroRNA Assayを用いることもできる。したがって、本技術分野における当業者であれば、常法により、過度の負担なく、プライマーB1、プライマーB2、プライマーB3を入手することができ、標準化因子の発現量を確認できる。
 例えば、下記のプライマーB11、プライマーB21、プライマーB31を含むTaqMan Advanced MicroRNA Assayのカタログ番号は、A25576であり、そのAssay IDは、478925_mirである。
・プライマーB11:hsa-miR-4669と特異的に結合するLooped RT Primer。
・プライマーB21:hsa-miR-4669の鋳型DNA(2)と特異的に結合するforward primer。
・プライマーB31:hsa-miR-4669の鋳型DNA(2)と特異的に結合するreverse primer。
 例えば、下記のプライマーB12、プライマーB22、プライマーB32を含むTaqMan Advanced MicroRNA Assayのカタログ番号は、A25576であり、そのAssay IDは、480284_mirである。
・プライマーB12:hsa-miR-6756-5pと特異的に結合するLooped RT Primer。
・プライマーB22:hsa-miR-6756-5pの鋳型DNA(2)と特異的に結合するforward primer。
・プライマーB32:hsa-miR-6756-5pの鋳型DNA(2)と特異的に結合するreverse primer。
 次いで、本発明の大腸癌の診断を補助する方法においては、大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較することで、被検体が大腸癌に罹患しているか否かを判別できる。
 サンプル中の大腸癌診断用マーカーの発現量が、健常体における大腸癌診断用マーカーの発現量に対して相対的に高い場合、被検体が大腸癌に罹患していると判断できる。
 前記基準値としては、この値以上であると大腸癌への罹患が疑われる基準値が考えられる。基準値を定めるに際しては、健常体における大腸癌診断用マーカーの発現量を参考にしてもよい。通常、基準値は健常体における大腸癌診断用マーカーの発現量である。
 測定によって得られた大腸癌診断用マーカーの発現量が基準値より高い場合、被検体が大腸癌に罹患していると判別する。一方、測定によって得られた大腸癌診断用マーカーの発現量が基準値より低い場合、被検体が大腸癌に罹患していないと判別する。
 判別に際して使用する基準値は、被検体の年齢、性別、使用する大腸癌診断用マーカーの種類、採取方法、検体の種類等の条件に応じて適宜設定できる。
 基準値の決定に際しては、健常者から採取したサンプル中のmiRNAを標準化因子として健常体における大腸癌診断用マーカーの発現量を標準化し、健常体における大腸癌診断用マーカーの発現量を標準化した値を基準値とすることが好ましい。
 健常体における大腸癌診断用マーカーの発現量を標準化した値を基準値とすることにより、大腸癌の検査において大腸癌診断用マーカーの発現量の相対的な大小をさらに正確に判断しやすくなり、大腸癌の罹患の有無をさらに高精度で判別できる。
 健常体における大腸癌診断用マーカーは、上述の方法(1)と同様にして測定できる。また、健常体における標準化因子の発現量は、上述の方法(2)と同様にして測定できる。そして、基準値は下記の△Ct’に基づいて、2-△Ct’として設定できる。
 -△Ct’:健常体における大腸癌診断用マーカーのカットオフ値から健常体における標準化因子のカットオフ値を減じた値。
 このように、本発明の大腸癌の診断を補助する方法においては、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。そして、後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の診断を補助する方法によれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌の罹患の有無を判別する際の検査精度、検査感度及び特異度が優れる。
<大腸癌に罹患している可能性を評価する方法>
 本発明の大腸癌に罹患している可能性を評価する方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する。
 本発明の大腸癌に罹患している可能性を評価する方法は、被検体が大腸癌に罹患しているか否かを診断するための判断材料を可能性として提供できる。当該判断材料に基づいて、大腸癌の診断を行ってもよい。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌に罹患している可能性を評価する方法においては、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。そして、後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌に罹患している可能性を評価する方法によれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌に罹患している可能性を高精度で評価できる。
<大腸癌の診断のための方法>
 本発明の大腸癌の診断のための方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する。
 本発明の大腸癌の診断のための方法は、被検体が大腸癌に罹患しているか否かを診断するための判断材料を提供できる。当該判断材料に基づいて、大腸癌の診断を行ってもよい。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の診断のための方法においては、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。そして、後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の診断のための方法によれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌を高精度で診断するために有力な判断材料を提供できる。
<大腸癌の検査方法>
 本発明の大腸癌の検査方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する。
 本発明の大腸癌の検査方法は、被検体が大腸癌に罹患しているか否かの診断の補助となる判断材料を提供できる。当該判断材料に基づいて、大腸癌の診断を行ってもよい。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の検査方法においては、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。そして、後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の検査方法によれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌を高精度で診断するために有力な判断材料を提供できる。
<大腸癌の罹患の可能性を試験する方法>
 本発明の大腸癌の罹患の可能性を試験する方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する。
 本発明の大腸癌の罹患の可能性を試験する方法は、被検体が大腸癌に罹患しているか否かを診断するための判断材料を可能性として提供できる。当該判断材料に基づいて、大腸癌の診断を行ってもよい。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の罹患の可能性を試験する方法においては、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。そして、後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の罹患の可能性を試験する方法によれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、被検体が大腸癌に罹患している可能性を高精度で試験できる。
<大腸癌の診断のためにデータを収集する方法>
 本発明の大腸癌の診断のためにデータを収集する方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定する。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の診断のためにデータを収集する方法によれば、大腸癌を高精度で診断するための情報を取得できる。
 本発明の大腸癌の診断のためにデータを収集する方法によって得られた情報は、基準値との比較に使用できる。このように当該情報は、大腸癌を診断するため判断材料の提供に有用である。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の診断のためにデータを収集する方法によれば、大腸癌診断用マーカーの発現量を測定するため大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌を高精度で診断するために有力な情報を取得できる。
<大腸癌の診断を補助するためのインビトロの方法>
 本発明の大腸癌の診断を補助するためのインビトロの方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定する。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の診断を補助するためのインビトロの方法によれば、大腸癌を高精度で診断するための情報を取得できる。
 本発明の大腸癌の診断を補助するためのインビトロの方法によって得られた情報は、基準値との比較に使用できる。このように当該情報は、大腸癌を診断するため判断材料の提供に有用である。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の診断を補助するためのインビトロの方法によれば、大腸癌診断用マーカーの発現量を測定するため大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌を高精度で診断するために有力な情報を取得できる。
<大腸癌の診断方法>
 本発明の大腸癌の診断方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する。
 本発明の大腸癌の診断方法は、被検体が大腸癌に罹患しているか否かを診断する方法である。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の診断方法においては、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。そして、後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の診断方法によれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌を高精度で診断できる。
<大腸癌の判定方法>
 本発明の大腸癌の判定方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する。
 本発明の大腸癌の判定方法は、被検体における大腸癌の罹患の有無を判定する方法である。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の判定方法においては、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。そして、後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の判定方法によれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌を高精度で判定できる。
<大腸癌の試験方法>
 本発明の大腸癌の試験方法においては、被検体から採取したサンプル中の、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する。
 本発明の大腸癌の試験方法は、被検体における大腸癌の罹患の有無を試験する方法である。
 大腸癌診断用マーカーの発現量の測定の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 基準値の具体的内容、大腸癌診断用マーカーの発現量の基準値との比較の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の試験方法においては、本発明の大腸癌診断用マーカーの発現量を基準値と比較する。そして、後述の実施例に示すように、本発明の大腸癌診断用マーカーによれば、ステージ0又はステージIの早期の大腸癌患者と健常体とを高精度で分離できる。
 したがって、本発明の大腸癌の試験方法によれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである場合でも、大腸癌に罹患しているか否かを高精度で試験できる。
<大腸癌の診断用キット>
 本発明の大腸癌の診断用キットは、大腸癌の罹患の有無を検査するために使用するキットである。本発明の大腸癌の診断用キットは、本発明の大腸癌診断用マーカーと特異的なプライマーを備える。
 本発明の大腸癌の診断用キットにおけるプライマーとしては、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べたプライマーA1、プライマーA2、プライマーA3が挙げられる。大腸癌の診断用キットにおけるプライマーは、本発明の大腸癌診断用マーカーと特異的に相補対を形成できる。
 プライマーA1、プライマーA2、プライマーA3の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 本発明の大腸癌の診断用キットは、大腸癌診断用マーカーであるマイクロRNAをサンプルから抽出する抽出用試薬、マイクロRNAのcDNAを合成するcDNA合成用試薬、サンプル採取用容器、標準化因子となるmiRNAと特異的なプライマー、逆転写酵素及び取扱説明書からなる群から選ばれる少なくとも一つをさらに備えてもよい。
 抽出用試薬としては、一般的なRNA抽出用試薬が挙げられる。市販のRNA抽出用試薬の具体例としては、例えば、miRNeasy Serum/Plasma Kit(Qiagen,USA)が挙げられる。ただし、抽出用試薬はこれらの例示に限定されない。
 cDNA合成用試薬は、大腸癌診断用マーカーであるマイクロRNAのcDNAを合成するための試薬である。市販のcDNA合成用試薬としては、例えば、TaqMan Advanced MicroRNA cDNA Synthesis Kit(ThermoFisher Scientific,USA)が挙げられる。ただし、cDNA合成用試薬はこの例示に限定されない。
 cDNA合成用試薬は、標準化因子として使用するmiRNAのcDNAの合成に使用してもよい。
 サンプル採取用容器は、被検体の体液を収容可能な容器であれば特に限定されない。例えば、体液が尿である場合、サンプル採取用容器は一般的な尿検査用容器でよい。
 標準化用プライマーとしては、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べたプライマーB1、プライマーB2、プライマーB3が挙げられる。標準化用プライマーは、標準化因子となるmiRNAと特異的に相補対を形成できる。
 プライマーB1、プライマーB2の詳細及び好ましい態様は、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた内容と同内容とすることができる。
 逆転写酵素、DNAポリメラーゼは、大腸癌診断用マーカーであるマイクロRNAをRT-PCRによって定量するための試薬である。大腸癌診断用マーカーの定量に際しては、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>の項目において述べた方法(1)を使用できる。逆転写酵素は、本発明の大腸癌診断用マーカーの逆転写が可能であり、大腸癌診断用マーカーの定量が可能なものであれば特に限定されない。
 逆転写酵素は、標準化因子として使用するmiRNAの逆転写及び定量に使用してもよい。逆転写酵素は、通常の定量的PCRに使用できるものであれば特に限定されない。
 本発明の大腸癌の診断用キットにおける取扱説明書は、本発明の大腸癌の診断用キットの使用方法が記載されている書面である。
 取扱説明書には、使用に際しての注意事項、トラブルシューティング、問い合わせ先等の情報がさらに記載されていてもよい。取扱説明書に記載される情報は、これらの例示に限定されない。このように、取扱説明書は本発明の効果が得られる程度の情報を最低限備えればよく、記載事項は特に限定されない。
 本発明の大腸癌の診断用キットの使用方法としては、上述の<大腸癌の診断を補助する方法>において述べた内容と同内容とすることができる。例えば、本発明の大腸癌の診断用キットにおけるプライマーを使用して、定量的PCRを行い、大腸癌診断用マーカーであるマイクロRNAを定量し、その測定値を基準値と比較する等の使用方法が考えられる。ただし、本発明の大腸癌の診断用キットの使用方法はこの例示に限定されない。
<大腸癌の治療方法>
 本発明の大腸癌の治療方法においては、上述の本発明の大腸癌の診断を補助する方法、大腸癌に罹患している可能性を評価する方法、大腸癌の診断のための方法、大腸癌の検査方法、大腸癌の罹患の可能性を試験する方法、大腸癌の診断のためにデータを収集する方法、大腸癌の診断を補助するためのインビトロの方法、大腸癌の診断用キット、大腸癌の診断方法、大腸癌の判定方法及び大腸癌の試験方法からなる群から選ばれる少なくとも一つ以上を使用して被検体を診断等する。
 本発明の大腸癌の治療方法の一態様においては、被検体が大腸癌に罹患していると診断した場合、大腸癌の治療薬を被検体に投与する。
 本発明の大腸癌の治療方法の一態様においては、被検体が大腸癌に罹患していると診断した場合、被検体に対して手術を行う。
 本発明の大腸癌の治療方法の一態様においては、被検体のhsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAを阻害する。
 本発明の大腸癌の治療方法においては、被検体の診断は、被検体の大腸癌の罹患の有無の判定でもよく、被検体の大腸癌の罹患の有無の試験でもよい。
 大腸癌の治療薬は特に限定されない。大腸癌の治療薬としては、効能、薬効が臨床的に確認されている薬が好ましい。
 大腸癌の治療薬は、後述の本発明の大腸癌治療薬でもよく、抗がん剤でもよく、分子標的治療薬でもよい。ただし、大腸癌の治療薬はこれらの例示に限定されない。
 抗がん剤としては、フルオロウラシル、テガフール・ウラシル配合剤、テガフール・ギメラシル・オテラシウムカリウム配合剤、カペシタビン、イリノテカン、オキサリプラチン、トリフルリジン・チピラシル塩酸塩等が挙げられる。ただし、抗がん剤はこれらの例示に限定されない。本願の出願日において市販されていない抗がん剤であって、将来的に市販される可能性のある抗がん剤であっても、本発明の大腸癌の治療方法に使用できる可能性がある。
 分子標的治療薬としては、セツキシマブ、パニツムマブ、ベバシズマブ、ラムシルマブ、アフリベルセプト、レゴラフェニブ等が挙げられる。ただし、分子標的治療薬はこれらの例示に限定されない。本願の出願日において市販されていない分子標的治療薬であって、将来的に市販される可能性のある分子標的治療薬であっても、本発明の大腸癌の治療方法に使用できる可能性がある。
 被検体がヒト以外の生物である場合においては、大腸癌の治療薬は、研究段階の薬剤物質でもよく、開発段階の薬剤物質でもよく、治験段階の薬剤物質でもよい。
 薬剤の投与方法は、特に限定されない。通常は、内服、点滴等が選択される。ただし、薬剤の投与方法はこれらの例示に限定されない。
 被検体に対して行う手術は、特に限定されない。通常は、内視鏡手術、外科的切除、放射線療法等が選択される。ただし、被検体に対して行う手術はこれらの例示に限定されない。本願の出願日において一般的ではない手術、治療法であって、将来的に行われるようになる可能性のある手術、治療法であっても、本発明の大腸癌の治療方法に使用できる可能性がある。
 本発明の大腸癌の治療方法においては、上述の本発明の大腸癌の診断を補助する方法、大腸癌に罹患している可能性を評価する方法、大腸癌の診断のための方法、大腸癌の検査方法、大腸癌の罹患の可能性を試験する方法、大腸癌の診断のためにデータを収集する方法、大腸癌の診断を補助するためのインビトロの方法、大腸癌の診断用キット、大腸癌の診断方法、大腸癌の判定方法及び大腸癌の試験方法からなる群から選ばれる少なくとも一つ以上を使用する。
 そのため、本発明の大腸癌の治療方法によれば、高精度な診断結果に基づいて被検体を治療可能である。したがって、無駄な治療行為の実施を防ぐことができ、患者の負担を軽減でき、医療費を削減できる。
<大腸癌治療薬>
 本発明の大腸癌治療薬は、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAの阻害剤を含む。
 hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pの阻害剤としては、例えば、miRNA inhibitorが挙げられる。miRNA inhibitorは、マイクロRNAのアンチセンスのヌクレオチドである。miRNA inhibitorは、センス鎖となるマイクロRNAに結合し、当該マイクロRNAの機能を阻害する。
 miRNA inhibitorとして、市販のキットを用いることができる。このような市販のキットとしては、例えば、mirVana miRNA inhibitor(Thermo Fisher Scientific,USA)が挙げられる。例えば、hsa-miR-129-1-3pのmiRNA inhibitorを含むmirVana miRNA inhibitorのカタログ番号は、4464084であり、そのAssay IDは、MH12962である。また、hsa-miR-566のmiRNA inhibitorを含むmirVana miRNA inhibitorのカタログ番号は、4464084であり、そのAssay IDは、MH11490である。
 その他にも、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pの阻害剤としては、RNAi試薬が挙げられる。ただし、阻害剤は、これらの例示に限定されない。本願の出願日において一般的ではない阻害剤であっても、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pの発現を阻害できる分子であれば、本発明の大腸癌治療薬に使用できる可能性がある。
(作用機序)
 以上説明した本発明の大腸癌治療薬は、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAの阻害剤を含む。後述の実施例に示すように、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAの発現量を阻害すると、大腸癌細胞の細胞運動能が低下する。そのため、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pの各マイクロRNAの阻害剤は、大腸癌の治療薬候補としても有用である可能性が示唆されている。
 以上より、本発明の大腸癌治療薬によれば、大腸癌の治癒効果が得られる可能性がある。また、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAの阻害剤を含む、本発明の大腸癌治療薬は、大腸癌細胞の運動能の抑制剤であるとも言える。同様に、被検体のhsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAを阻害する態様の大腸癌の治療方法は、大腸癌細胞の運動能の抑制方法であるとも言える。
 以下、実施例によって本発明をさらに具体的に説明するが、本発明は以下の記載によって限定されない。
<略語の説明>
 qRT-PCR:定量RT-PCR
 median:中央値
 IQR:四分位範囲(interquartile range)
 Healthy:健常者
 CRC:大腸癌(colorectal cancer)患者
 stage 0/I CRC:ステージ0又はステージIの早期大腸癌患者
 n:検体数
 P value:p値
 AUC:Area Under the ROC Curve
 95%CI:95%信頼区間
 表中、「E」は10のべき乗を意味する。例えば、「1.90E-04」は、1.90×10-4を意味する。
<コホートの構築>
 まず、健常者299例及び大腸癌患者223例からなる全コホート:522例から、年齢及び性別をランダムにマッチさせた415例を抽出し、415例のコホートを以下の3つのコホート1、コホート2、コホート3に無作為に分類した。
 コホート1:健常者6例、及び、大腸癌患者3例からなる9例。
 コホート2:健常者140例、及び、大腸癌患者140例からなる280例。
 コホート3:健常者63例、及び、大腸癌患者63例からなる126例。
 ここで、コホート2及びコホート3における健常者の合計数は、203例である。また、コホート2及びコホート3における大腸癌患者において、進行度がステージ0又はステージIである症例数の合計は64例であった。
 そこで、下記のコホート4をさらに構築し、コホート4の解析により、早期大腸癌の検出感度、精度及び特異度を確認した。
 コホート4:健常者203例、及び、ステージ0又はステージIの大腸癌患者64例からなる267例。
<RNAの抽出>
 各コホートにおいて、尿から採取したサンプル中のRNAを抽出した。
 採取直後より-80℃にて凍結保存されていた尿:200μLをサンプルとし、miRNeasy Serum/Plasma Kit(Qiagen,USA)を用いて、添付のプロトコールに記載の条件にしたがって、サンプル中のmiRNAを抽出した。
<cDNAの合成>
 抽出したmiRNAを鋳型としてcDNAを合成した。TaqMan Advanced MicroRNA cDNA Synthesis Kit(ThermoFisher Scientific,USA)を用いて、添付のプロトコールに記載の条件にしたがって、cDNAを合成した。
<qRT-PCR>
 合成したcDNAを用いてqRT-PCRを行った。qRT-PCRにはTaqMan Advanced MicroRNA Assay及び;7500 Fast real-time PCR system(ThermoFisher Scientific,USA)を使用した。
 qRT-PCRのサーマルサイクル及び反応条件を表1に示し、Assay ID及び標的miRNAの一覧及び各塩基配列を表2に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
 図1は、本実施例の検証の概要を示すフロー図である。
 コホート1においては、miRNAアレイ解析を行い、大腸癌患者の尿中で異常発現しているmiRNAを複数、選定又は同定した(図2参照)。コホート1は網羅的解析コホートである(図1中、Discovery cohort)。
 コホート2においては、コホート1におけるmiRNAアレイ解析で同定された各miRNAのうち、本発明の大腸癌診断用マーカーとなる3種のmiRNAについて、それぞれの発現量をqRT-PCR法で測定した。測定結果の多変量解析により有意な大腸癌診断マーカーを抽出し、遺伝子診断パネルを構築した。コホート2はトレーニングコホートである(図2中、Training set)。
 コホート3においては、コホート2で構築した遺伝子診断パネルの精度を検証した。コホート3はバリデーションコホートである(図3中、Validation set)。
 コホート4においては、早期大腸癌の検出精度を主に解析した。
 以下、本実施例で行ったコホート1、コホート2、コホート3、コホート4の解析の具体的内容及び解析結果について順に説明する。
<コホート1の解析>
 コホート1において抽出されたmiRNAを用いて、SurePrint miRNAmicroarray(Agilent,USA)にて解析を行った。データの解析にはGeneSpringGX(Agilent)を用いた。
 miRNAアレイ解析の結果、大腸癌患者の尿中で有意に上昇又は低下している11種類のmiRNAを同定した。
<コホート2の解析>
 コホート1で選定した11種類のmiRNAをqRT-PCR法で測定した。表3は、11種類のmiRNAのうち、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pの3種類について測定した各miRNAの発現量を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
 表3に示すように、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pのいずれにおいても、2-△Ctの値、すなわち、これらの各遺伝子の発現量の測定値が大腸癌患者(CRC)では健常者(Healthy)に比して大きかった。
 コホート2においては、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pの3種類の各マイクロRNAの発現量の測定結果に対して単変量解析及び多変量解析を行って、健常者と大腸癌患者との間の有意差を検証した。結果を表4及び図3に示す。
 図3は、コホート2における各大腸癌診断用マーカーのROC曲線を示す図である。図3においては、横軸に「1-特異度」をプロットし、縦軸に「感度」をプロットした。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
 表4に示すように、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pの3種類のマイクロRNAにおいても、P値が0.001未満であった。このことから、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pの3種類について測定した各マイクロRNAが、健常者と比較して大腸癌患者の尿中で有意に高発現していることを確認できた。
 加えて、多変量解析の結果から、miR-129-1-3pとmiR-566が、それぞれ独立した大腸癌マーカーとして抽出された。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
 表5は、図3に示す各ROC曲線のAUC及び95%CIを示す。
 表5に示すように、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pのそれぞれを大腸癌診断用マーカーとして作成した遺伝子診断パネルにより、健常者と大腸癌患者を良好に分離できることを確認した。
 表5に示すように、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせを大腸癌診断用マーカーとして作成した遺伝子診断パネルにおいては、ROC曲線(図3)のAUCが0.811であり、特に良好な結果であった。
<コホート3の解析>
 コホート3の解析においては、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566の2種類について各マイクロRNAの発現量を測定した。次いで、各マイクロRNAの発現量の測定結果に対して、単変量解析及び多変量解析を行って、健常者と大腸癌患者との間の有意差を検証した。結果を表6に示す。
 図4は、コホート3における各大腸癌診断用マーカーのROC曲線を示す図である。表7は、図4に示す各ROC曲線のAUC及び95%CIを示す。図4においては、横軸に「1-特異度」をプロットし、縦軸に「感度」をプロットした。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
 表6に示すように、コホート3においても、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566のいずれにおいても、2-△Ctの値、すなわち、これらの各遺伝子の発現量の測定値が大腸癌患者では健常者に比して大きかった。
 また、表6に示すように単変量解析の結果、P値が0.001未満であった。このことから、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566が、健常者と比較して大腸癌患者の尿中で有意に高発現していることを確認できた。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000007
 表7に示すように、各マイクロRNAのROC曲線(図4)において、AUCがいずれも0.80を超えた。このことから、各マイクロRNAを大腸癌診断用マーカーとして作成した遺伝子診断パネルによれば、健常者と大腸癌患者を高い精度で分離できることが判った。
 特に、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせを大腸癌診断用マーカーとして作成した遺伝子診断パネルにおいては、ROC曲線(図4)のAUCが0.868であった。このことから、健常者と大腸癌患者を特に高精度で分離でき、特に良好な結果が得られたことが判った。
 コホート3は、コホート1及びコホート2と独立した症例群である。よって、以上のコホート3の解析結果から、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566が、独立した大腸癌診断用マーカーとして有用であることが示唆された。
<コホート4の解析>
 コホート4の解析においては、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566について、各マイクロRNAの発現量を測定した。結果を表8に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000008
 表8に示すように、コホート4においても、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566のいずれにおいても、2-△Ctの値、すなわち、これらの各遺伝子の発現量の測定値が大腸癌患者においては健常者に比して大きかった。
 次いで、各マイクロRNAの発現量の測定結果に対して単変量解析及び多変量解析を行って、健常者と大腸癌患者との間の有意差を検証した。結果を図5、図6、図7、表9に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000009
 表9に示すように単変量解析及び多変量解析において、p値がいずれも0.001未満であった。このことから、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566が、健常者と比較して大腸癌患者の尿中で有意に高発現していることを確認できた。
 図5は、コホート4におけるhsa-miR-129-1-3pの発現量を健常者とステージ0又はステージIの大腸癌患者において比較して示す図である。
 図6は、コホート4におけるhsa-miR-566の発現量を健常者とステージ0又はステージIの大腸癌患者において比較して示す図である。
 図5、図6に示すように、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566のいずれにおいても、各大腸癌診断用マーカーがステージ0又はステージIの大腸癌患者において健常者と比較して有意に高発現していた。
 図7は、コホート4における各大腸癌診断用マーカーのROC曲線を示す図である。表10は、コホート4で取得したROC曲線のAUC及び95%CIを示す。図7においては、横軸に「1-特異度」をプロットし、縦軸に「感度」をプロットした。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000010
 表10に示すように、マイクロRNAをhsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせとしたROC曲線(図7)において、AUCが0.845であった。このことから、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせを大腸癌診断用マーカーとして作成した遺伝子診断パネルによれば、大腸癌の進行度がステージ0又はステージIである早期の大腸癌患者の場合でも、健常者と早期の大腸癌患者を高精度で分離できることが判った。
<ROC曲線におけるカットオフ値、感度及び特異度の一例>
 ROC曲線におけるカットオフ値、感度及び特異度の一例を以下の記載及び表11に示す。
 hsa-miR-598-5pを単独で大腸癌診断用マーカーとして使用した場合、ROC曲線におけるカットオフ値は、0.177以上とした。この場合、感度が80.9%であり、特異度が67.9%であった(表11)。
 hsa-miR-566を単独で大腸癌診断用マーカーとして使用した場合、ROC曲線におけるカットオフ値は、0.054とした。この場合、感度が87.5%であり、特異度が53.5%であった(表11)。
 hsa-miR-129-1-3pを単独で大腸癌診断用マーカーとして使用した場合、ROC曲線におけるカットオフ値は、0.00499以上とした。この場合、感度が95.3%であり、特異度が54.2%であった(表11)。
 hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせを大腸癌診断用マーカーとして使用した場合、ROC曲線におけるカットオフ値は、0.152以上とした。この場合、感度が90.6%であり、特異度が65.5%であった(表11)。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000011
 hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせを大腸癌診断用マーカーとして作成した遺伝子診断パネルによれば、健常者とステージ0又はステージIの大腸癌患者の識別においてAUCが0.845であり、特に良好であった(表10)。多変量解析に基づいて、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566発現を使用したモデル式によれば、ステージ0又はステージIの大腸癌を感度:90.6%、特異度:65.5%で判別できたことが判った(表11)。
<ホルマリン固定パラフィン包埋を用いた分析>
 大腸癌20例のホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)切片を利用して、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566の発現量を比較した。FFPEは、内視鏡検査または外科手術により切除して得られたものを使用した。
 大腸癌組織とその周囲の正常組織からそれぞれmiRNAを抽出し、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566の発現量を測定した。また、測定結果に基づいて、単変量解析を行い、p値を算出した。分析結果を表12、図8、9に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000012
 表12、図8に示すように、大腸癌組織においては、近隣の正常組織と比較して、hsa-miR-129-1-3pは有意に高発現していた。
 一方、表12、図9に示すように、hsa-miR-566についても、有意差はないものの、hsa-miR-129-1-3pと同様の傾向が認められた。hsa-miR-566について、発現量の有意差が認められなかったことについては、検体数が20と少ないことが原因であると考えられる。
<大腸癌細胞株を用いた分析>
 大腸癌細胞株を利用して、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566の発現量を分析した。大腸癌細胞株として、2種類の大腸癌細胞株、すなわち、SW480、HCT116を用いた。具体的には、SW480、HCT116を培養し、(i)培養液中のエクソソーム、(ii)培養液、(iii)細胞本体の3つからそれぞれサンプルを採取した。これらのサンプルについて、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566の発現量(2-△Ct)を測定した。hsa-miR-129-1-3pの発現量(2-△Ct)を縦軸に、hsa-miR-566の発現量(2-△Ct)を横軸にプロットしたものを図10に示す。
 図10中、(i)はエクソソーム中の発現量、(ii)は培養液中の発現量、(iii)は細胞中の発現量を示す。
 図10に示すように、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566は、前記(i)~(iii)のいずれのサンプルからも検出可能であった。加えて前記(i)~(iii)のいずれのサンプルにおいても、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566は、類似した発現傾向を示した。
 以上の解析結果から、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566、hsa-miR-598-5pは、大腸癌診断用マーカーとして有用であることが示唆された。加えて、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせを大腸癌診断用マーカーとすれば、進行度が早期の大腸癌である場合においても高感度に検出でき、健常体と分離できる可能性が示唆された。
<大腸癌診断用マーカーの阻害について>
 SW480、HCT116にhsa-miR-566の阻害剤を投与した。ここで、hsa-miR-566の阻害剤として、mirVana miRNA inhibitor(カタログ番号:4464084、Assay ID:MH11490、Thermo Fisher Scientific,USA)を使用した。また、ネガティブコントロールとして、Anti-miR miRNA Inhibitor Negative Control#1(カタログ番号:AM17010、Thermo Fisher Scientific,USA)を使用した。その後、migration assayを施行し、SW480、HCT116の細胞運動能を評価した。結果を図11、12に示す。
 図11、12に示すように、SW480とHCT116の両方において、hsa-miR-566の阻害剤を投与する場合、細胞運動能が有意に低下していた。
 ここで、miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/)のmiRNAのターゲット候補のデータを利用し、Gene ontology解析を行った。結果を図13、14で示す。
 図13、14中、上位10個を記載した。両miRNAに共通するGene ontology termを下線で示した。図13、14に示すように、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566はターゲット遺伝子の機能に共通した点が多い。このように、hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566は、互いに類似した分子生物学的機能を具備する可能性が示唆された(図13、14)。
 したがって、hsa-miR-129-1-3pを阻害することでも、同様に細胞運動能が有意に低下する可能性があることから、hsa-miR-129-1-3pの阻害剤も、大腸癌治療薬として有用である可能性がある。
 本発明によれば、大腸癌の罹患の有無を高精度で判別し、かつ、早期の大腸癌を高感度で検出できる。

Claims (20)

  1.  hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAである、大腸癌診断用マーカー。
  2.  前記マイクロRNAが、hsa-miR-129-1-3p及びhsa-miR-566の組み合わせである、請求項1に記載の大腸癌診断用マーカー。
  3.  ヒトの体液に含まれている、請求項1又は2に記載の大腸癌診断用マーカー。
  4.  大腸癌の診断を補助する方法であって、
     被検体から採取したサンプル中の、請求項1~3のいずれか一項に記載の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、
     前記発現量を基準値と比較する、方法。
  5.  前記発現量を基準値と比較するために、前記サンプル中の下記miRNAを標準化因子として前記発現量を標準化する、請求項4に記載の方法。
     miRNA:hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方。
  6.  前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、請求項4又は5に記載の方法。
  7.  大腸癌の診断のためにデータを収集する方法であって、
     被検体から採取したサンプル中の、請求項1~3のいずれか一項に記載の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定する、方法。
  8.  前記発現量を測定した後に、前記サンプル中の下記miRNAを標準化因子として前記発現量を標準化する、請求項7に記載の方法。
     miRNA:hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方。
  9.  前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、請求項7又は8に記載の方法。
  10.  大腸癌の診断のために使用するキットであって、
     請求項1~3のいずれか一項に記載の大腸癌診断用マーカーと特異的なプライマーを備える、大腸癌の診断用キット。
  11.  前記マイクロRNAをサンプルから抽出する抽出用試薬、前記マイクロRNAのcDNAを合成するcDNA合成用試薬、サンプル採取用容器、標準化因子となるmiRNAと特異的な標準化用プライマー、逆転写酵素、DNAポリメラーゼ及び取扱説明書からなる群から選ばれる少なくとも一つをさらに備える、請求項10に記載の大腸癌の診断用キット。
  12.  前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、請求項10又は11に記載の大腸癌の診断用キット。
  13.  hsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAの阻害剤を含む、大腸癌治療薬。
  14.  被検体のhsa-miR-129-1-3p、hsa-miR-566及びhsa-miR-598-5pからなる群から選ばれる少なくとも一つのマイクロRNAを阻害する、大腸癌の治療方法。
  15.  大腸癌を診断する方法であって、被検体から採取したサンプル中の、請求項1~3のいずれか一項に記載の大腸癌診断用マーカーの発現量を測定し、前記発現量を基準値と比較する、大腸癌の診断方法。
  16.  前記発現量を基準値と比較するために、前記サンプル中のmiRNAを標準化因子として前記発現量を標準化する、請求項15に記載の大腸癌の診断方法。
  17.  前記miRNAが、hsa-miR-4669及びhsa-miR-6756-5pのいずれか一方又は両方である、請求項16に記載の大腸癌の診断方法。
  18.  前記大腸癌の進行度が、ステージ0又はステージIである、請求項15に記載の大腸癌の診断方法。
  19.  大腸癌を治療する方法であって、請求項15に記載の大腸癌の診断方法を使用して被検体を診断し、前記被検体が大腸癌に罹患していると診断した場合、大腸癌の治療薬を前記被検体に投与する、大腸癌の治療方法。
  20.  大腸癌を治療する方法であって、請求項15に記載の大腸癌の診断方法を使用して被検体を診断し、前記被検体が大腸癌に罹患していると診断した場合、前記被検体に対して手術を行う、大腸癌の治療方法。
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