WO2020026418A1 - 生体ポリマー分析方法、および生体ポリマー分析装置 - Google Patents
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Abstract
Description
本開示はこのような状況に鑑みてなされたものであり、不純物によるノイズ蛍光ピークに影響されずに標識蛍光体自体の強度を特定する技術を提供する。
本明細書の記述は典型的な例示に過ぎず、請求の範囲又は適用例を如何なる意味においても限定するものではないことを理解する必要がある。
図1は、本実施形態によるキャピラリー電気泳動装置100の概略構成例を示す図である。キャピラリー電気泳動装置100は、生体ポリマー分析装置であって、例えば、試料を分離するための分離媒体を含むキャピラリーからなるマルチキャピラリーアレイ1と、マルチキャピラリーアレイの負電極2と試料導入部22とを浸すバッファー液3を保持する第1バッファー容器23と、バルブ6を有するゲルブロック4と、ゲルブロック4とアース電極7とを浸すバッファー液12を保持する第2バッファー容器25と、キャピラリーアレイ内に泳動媒体であるゲルを注入するためのシリンジ10と、試料に依存する情報を取得するための検出部26と、泳動される試料内の蛍光体を励起するためのレーザ光9を光照射箇所8に照射する光源20と、試料から生じる蛍光を取得する検出機構部37と、キャピラリーアレイ1の温度を調節する恒温槽11と、分離媒体に電圧を印加する高圧電源21と、各種処理を実行するデータ処理部(プロセッサ)101と、後述の各標識蛍光体のプロファイル(蛍光分光プロファイルと同義)および各ノイズ蛍光プロファイルを格納するメモリ102と、過去の検出データや演算結果などを格納する記憶デバイス103と、オペレータが指示や各種データ等を入力する入力デバイス(マウス、キーボード、各種スイッチ、タッチパネルなど)104と、検出(測定)結果、演算結果や判定結果などを出力する出力デバイス(表示デバイス、警告音などを発するスピーカなど)105と、を備える。
図2は、本実施形態によるキャピラリー電気泳動装置100の構成要素である検出機構部37の概略内部構成(光検出系)例を示す図である。図2には、検出機構部37と光照射箇所8が示されている。
続いて、本実施形態における電気泳動データ(エレクトロフェログラム)解析の概要について説明する。
電気泳動装置100は、泳動中の信号を指定の時間で繰り返し検出する(レーザ光9を連続照射し、検出を周期的あるいは所定期間毎に実行してもよいし、レーザ光9の照射タイミングと信号検出タイミングとを同期させてもよい)。なお、繰り返し回数をtとする(1秒に1回測定する場合は回数=時間(秒)となる)。
検出される分割波長帯毎のエレクトロフェログラム信号:s(p,t)
泳動時の標識蛍光体からの蛍光強度:f(q,t)
泳動されている蛍光性ノイズの強度:n(r,t)
分割波長帯毎の背景強度:b(p,t)
標識蛍光体の蛍光プロファイル:x(q,p)
設定したノイズの蛍光プロファイル:y(r,p)
ここでは、上述した解析手法1および2をデータ処理部101が実行する処理として説明する。図3は、解析手法1に基づいてデータ処理部101が実行する電気泳動データ解析処理を説明するためのフローチャートである。図4は、解析手法2に基づいてデータ処理部101が実行する電気泳動データ解析処理を説明するためのフローチャートである。
(i-1)ステップ301
検出機構部37は、レーザ光9を照射することによって検査試料から生じる蛍光を検出する。検出機構部37では、2次元検出器34において、検出波長帯0からP-1(P:波長分割数であって、例えば、P=20)までP分割され、所定の泳動時間t(例えば、t=0から10000)の検出データが繰り返し出力される。そして、データ処理部101は、検出機構部37から繰り返し出力される検出データをエレクトロフェログラム信号(電気泳動データ)s(p,t)として取得する。つまり、ここでは、分割波長帯数(P個)分のエレクトロフェログラム信号が得られることになる。データ処理部101は、例えば、順次得られる各波長帯のエレクトロフェログラム信号s(p,t)をメモリ102に一時的に格納する。
データ処理部101は、メモリ102から各波長帯におけるエレクトロフェログラム信号を読出し、当該信号から、非パルス的変化を示している信号を背景強度の時間変化の信号b(p,t)としてそれぞれ抽出する。つまり、分割波長帯(P分割)毎にエレクトロフェログラム信号が取得されるため、P個の背景強度の時間変化が抽出されることになる。より具体的には、例えば、エレクトロフェログラム信号s(p,t)にローパスフィルタをかけることにより、高周波成分である蛍光強度信号を取り除き、さらに、波形の谷を検出してその位置を結んでえられる信号を背景強度の時間変化b(p,t)とすることができる。または、一定区間ごとに最小となる強度を得、それらを結んで背景強度の時間変化とする方式などもある。
データ処理部101は、予め用意されている、検査試料で使用されている各標識蛍光体の蛍光プロファイルと、標識蛍光体以外の蛍光体(非標識蛍光体:例えば、ノイズ)の蛍光プロファイルを、メモリ102から読み込む。各標識蛍光体プロファイルは、標識蛍光体の種類が分かれば一意に特定されるプロファイルである。ノイズの蛍光プロファイルは、ノイズが有するプロファイルの特徴を仮定し、当該仮定されたプロファイルの特徴に基づいて、過去に取得した複数の電気泳動データ(エレクトロフェログラム信号)のそれぞれを解析することにより、決定される。従って、これらのプロファイルは、泳動条件(蛍光体種、分割条件等)によって決まる固定値である。例えば、各標識蛍光体のプロファイル、およびノイズの蛍光プロファイルは、電気泳動を実行する前に求められており、予めメモリ102に格納されているものとする。
上記式(2)あるいは(4)は、所定の波長分割数における、検出されたエレクトロフェログラム信号s(p,t)、泳動時の背景強度b(p,t)、各標識蛍光体の蛍光プロファイルx(q,p)、設定したノイズプロファイルy(r,p)と、泳動時の標識蛍光体からの蛍光強度f(q,t)と泳動時の蛍光性ノイズの強度n(r,t)との関係を規定している。
データ処理部101は、例えば、式(4)に基づき、各時間の蛍光強度f(q,t)と各時間の蛍光性ノイズの強度n(r,t)を、最小自乗法(一例)を用いて算出する。
データ処理部101は、ステップ304で算出した各時間の蛍光強度f(q,t)を、標識蛍光体別に出力デバイス(表示装置)105に表示する(例えば、実施例2の図10参照)。
データ処理部101は、ステップ304で算出した各時間の蛍光強度f(q,t)を解析し、検査試料に含まれる塩基配列を決定する。決定した塩基配列の情報を出力デバイス(表示装置)105に表示してもよい。なお、塩基配列の決定法については周知の方法(例えば、特許文献1に記載の方法)を用いることができる。
解析手法2では、ステップ301から304までは解析手法1と同じ処理が行われる。そこで、ここでは解析手法1とは異なるステップ401から403についてのみ説明する。
データ処理部101は、メモリ102から読み込んだノイズの蛍光プロファイルy(r,p)とステップ304で算出した泳動時の蛍光性ノイズの強度n(r,t)とを乗算し、これを検出された各波長帯のエレクトロフェログラム信号s(p,t)から減算し、ノイズピーク成分を除去したエレクトロフェログラム信号を取得する。
データ処理部101は、ステップ401で算出した、ノイズピーク成分を除去した各波長帯のエレクトロフェログラム信号を、出力デバイス(表示装置)105に表示する(例えば、実施例1の図5下段や図6下段参照)。
データ処理部101は、ステップ402で算出した、ノイズピーク成分を除去した各波長帯のエレクトロフェログラム信号を解析し、検査試料に含まれる塩基配列を決定する。決定した塩基配列の情報を出力デバイス(表示装置)105に表示してもよい。なお、塩基配列の決定法については周知の方法(例えば、特許文献1に記載の方法)を用いることができる。
図5は、実施例1によるノイズ蛍光除去の効果を示す図である。実施例1は、解析手法2に基づいて得られる測定結果である。図5上段は、測定(検出)されたエレクトロフェログラムs(p,t)の時間変化、図5中段は演算によって得られたノイズ蛍光n(r,t)の時間変化、図5下段がn(r,t)に基づく検出波長帯成分をs(p,t)から除去した、ノイズ蛍光ピークの影響の少ないエレクトロフェログラムを示している。
図6は、実施例2によるノイズ蛍光除去の効果を示す図である。実施例2は、実施例1と同様に、解析手法2に基づいて得られる測定結果である。図6では、図1と同様に、図6上段は測定(検出)されたエレクトロフェログラムs(p,t)の時間変化、図6中段は演算によって得られたノイズ蛍光n(r,t)の時間変化、図6下段はノイズ蛍光成分に基づく検出波長帯強度成分をs(p,t)から除去したノイズ蛍光ピークの影響の少ないエレクトロフェログラムを示している。
実施例3は、解析手法1に基づく結果の効果について示すものである。実施例3では、塩基配列決定用の試料を測定する場合に、4種の標識蛍光体を使用した例が示されている。蛍光体1、2、3、および4として、蛍光の極大波長が各々528nm、549nm、575nm、および607nmとなる蛍光体を使用する。2次元検出器34として、X方向の画素数が256、または512画素を使用し、約0.72nm/画素程度に波長分散させて蛍光を結像させる。検出波長域をW1=520m、W2=692nmと設定し、ほぼ均等の波長帯幅となるように20分割して検出する(各波長帯の幅は約8.6nm)。2次元検出器34では、約12画素ごとに強度を積算して強度を算定する。
実施例4では、5種の標識蛍光体を使用し、5種のフラグメントを解析した。標識蛍光体1、2、3、4、5として、蛍光の極大波長が各々520nm、550nm、570nm、590nm、655nm付近となる蛍光体を使用した。また、2次元検出器34として、X方向の画素数が256または512画素を使用し、約0.72nm/画素程度に波長分散させて蛍光を結像させる。検出波長域をW1=522.5nm、W2=690nmと設定した。波長帯分割数は実施例3と同様に20分割とした。また、各検出波長帯の波長幅(=画素数)は同一ではなく、蛍光極大波長付近を広く(大きく)、それ以外を狭く(小さく)設定した。検出波長帯の幅と間隔は不ぞろいに設定した。
上記実施例1から4では、標識蛍光体以外の物質からの蛍光強度をノイズとして抽出している(図5、6、9、および16参照)。このようなノイズは、電気泳動結果に出現しないことが理想であるが、ゼロとすることは非常に困難である。ノイズの混入が不可避であったとしても、抽出されるノイズ出現頻度が多かったり、ノイズの強度(レベル)が大きすぎたりする場合には、対応する電気泳動の結果(検出データ)自体の信頼性が低いと判断することできる。そこで、例えば、信頼性が低いと判断できるノイズ出現頻度の閾値と強度の閾値を予め設定する。そして、データ処理部101は、抽出したノイズの出現頻度および強度が上記閾値を超えるか否か判断し、少なくとも一方の閾値を超えた場合には、電気泳動結果の信頼性が低いと判定して、判定結果を出力デバイス105に出力する。出力形態は、警告音であってもよいし、画面にアラート表示をしてもよい。このようにすることにより、ピーク強度とその発生頻度から泳動結果を評価する泳動評価判定部を有する電気泳動装置を提供することができる。そして、オペレータは、電気泳動の測定を再度実行すべきか判断することができるようになる。
(i)本実施形態では、キャピラリー電気泳動で試料を泳動させて、その時間波形を解析しているが、本開示はキャピラリー電気泳動に限定されず、泳動全般について適用可能で同様の効果を有する。また、標識蛍光体以外の物質による発光は、泳動以外の測定方式を用いた場合にも発生しうる。
よって、本開示の技術を適用すれば、電気泳動以外の方法でも、電気泳動の場合と同様にノイズを除去することができる。
2 負電極
3 負電極側のバッファー液
4 ゲルブロック
5 ゲルブロックへの接続部
6 バルブ
7 アース電極
8 光照射箇所
9 レーザ光
10 シリンジ
11 恒温槽
12 アース電極側のバッファー液
15 アレイ台
16 キャピラリー
20 光源
21 高圧電源
22 試料導入部
23 第1バッファー容器
24 流動媒体注入機構
25 第2バッファー容器
26 検出部
31 蛍光集光レンズ
32 グレーティング
33 フォーカスレンズ
34 2次元検出器
35 キャピラリー部からの発光
36 キャピラリー部らの発光が蛍光集光レンズによって平行光となった光束
37 蛍光の検出機構部
100 キャピラリー電気泳動装置
101 データ処理部
102 メモリ
103 記憶デバイス
104 入力デバイス
105 出力デバイス
Claims (18)
- 生体ポリマーを試料とし、標識物として複数種の蛍光体を使用し、それぞれの蛍光強度を検出することにより、前記生体ポリマーを分析する生体ポリマー分析方法であって、
前記試料に使用しているQ種(Qは1以上の整数)の標識蛍光体のプロファイルを設定することと、
前記標識蛍光体とは異なるR種(Rは1以上の整数)の蛍光体である非標識蛍光体のプロファイルを設定することと、
所定の測定方式を用いて、前記試料からの蛍光強度を検出することと、
前記蛍光強度と、前記Q種の標識蛍光体のプロファイルと、前記R種の非標識蛍光体のプロファイルとを用いて、Q+R種の蛍光体を識別することと、
を含む生体ポリマー分析方法。 - 請求項1において、
さらに、前記識別されたQ種の蛍光体のデータから前記生体ポリマーを解析することを含む生体ポリマー分析方法。 - 請求項1において、
前記試料からの蛍光強度を検出することにおいて、所定幅の検出波長域を設定し、当該検出波長域をP(Pは正の整数)個の波長帯に分割して検出する、生体ポリマー分析方法。 - 請求項4において、
前記式によりf(q,t)を算定し、前記Q種の蛍光体を識別する、生体ポリマー分析方法。 - 請求項4において、
前記式によりn(r,t)を算定し、前記s(p,t)から前記n(r,t)に起因する信号強度を減算することにより、前記非標識蛍光体が除去された分割された波長帯ごとの検出強度を算定し、Q種の蛍光体を識別する、生体ポリマー分析方法。 - 請求項1において、
前記試料をキャピラリー内で泳動させること、あるいは前記試料を逐次反応させることを含む、生体ポリマー分析方法。 - 請求項1において、
さらに、前記R種の非標識蛍光体の出現頻度、および当該非標識蛍光体の強度の少なくとも一方が予め設定された閾値以上か否か判断することにより、前記所定の測定方式による測定結果の信頼度を評価することを含む生体ポリマー分析方法。 - 生体ポリマーを試料とし、標識物として複数種の蛍光体を使用し、それぞれの蛍光強度を検出することにより、前記生体ポリマーを分析する生体ポリマー分析装置であって、
所定の測定方式を用いて、前記試料からの蛍光強度を検出する測定部と、
前記試料に使用しているQ種(Qは1以上の整数)の標識蛍光体のプロファイルと、前記標識蛍光体とは異なるR種(Rは1以上の整数)の蛍光体である非標識蛍光体のプロファイルとを格納するメモリと、
前記メモリから前記Q種の標識蛍光体のプロファイルと前記R種の非標識蛍光体のプロファイルとを読み込み、前記検出強度と、前記Q種の標識蛍光体のプロファイルと、前記R種の非標識蛍光体のプロファイルとを用いて、Q+R種の蛍光体を識別するデータ処理部と、
を備える生体ポリマー分析装置。 - 請求項9において、
前記データ処理部は、さらに、前記識別されたQ種の蛍光体のデータから前記生体ポリマーを解析する、生体ポリマー分析装置。 - 請求項9において、
前記測定部は、予め設定された所定幅の検出波長域をP(Pは正の整数)個の波長帯に分割して検出する、生体ポリマー分析装置。 - 請求項12において、
前記データ処理部は、前記式からf(q,t)を演算し、前記Q種の蛍光体を識別する、生体ポリマー分析装置。 - 請求項12において、
前記データ処理部は、前記式からn(r,t)を算定し、前記s(p,t)から前記n(r,t)に起因する信号強度を減算することにより、前記非標識蛍光体が除去された分割された波長帯ごとの検出強度を算定し、該強度を表示させる機能を有する、生体ポリマー分析装置。 - 請求項9において、
前記データ処理部は、さらに、前記R種の非標識蛍光体の出現頻度、および当該非標識蛍光体の強度の少なくとも一方が予め設定された閾値以上か否か判断することにより、前記所定の測定方式による測定結果の信頼度を評価する機能を有する、生体ポリマー分析装置。 - 請求項9において、
試料を泳動させる電気泳動機構部、または、逐次反応させる逐次反応機構部をさらに有する、生体ポリマー分析装置。 - 生体ポリマー試料が、DNA、オリゴヌクレオチドであり、前記試料を、塩基種または解析フラグメントごとに異なる蛍光体で標識し、試料からの蛍光を検出することで、その塩基配列・フラグメント種を解析する生体ポリマー分析方法において、
試料に使用しているQ種の標識蛍光体の蛍光プロファイルと、前記標識蛍光体とは異なる蛍光プロファイルを有するR種(Rは1以上)の蛍光プロファイルを設定し、
前記検出蛍光強度と、前記Q+R種の蛍光プロファイルから、Q種の蛍光体を識別することを特徴とする生体ポリマー分析方法。 - 生体ポリマー試料が、DNA、オリゴヌクレオチドであり、前記試料を、塩基種または解析フラグメントごとに異なる蛍光体で標識し、試料からの蛍光を検出することで、その塩基配列・フラグメント種を解析する生体ポリマー分析装置において、
試料に使用しているQ種の標識蛍光体の蛍光プロファイルと、前記標識蛍光体とは異なる蛍光プロファイルを有するR種(Rは1以上)の蛍光プロファイルと、前記検出蛍光強度とから、Q種の蛍光体を識別するデータ処理部を有することを特徴とする生体ポリマー分析装置。
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2022524172A (ja) * | 2018-08-31 | 2022-04-28 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 毛細管電気泳動における単回曝露からの拡張ダイナミックレンジのための方法および装置 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004535198A (ja) * | 2001-07-11 | 2004-11-25 | アプレラ コーポレイション | 電気泳動分析のための内部較正標準 |
WO2014045481A1 (ja) * | 2012-09-19 | 2014-03-27 | 日本電気株式会社 | 分光解析装置、分光解析方法、及びコンピュータ可読媒体 |
WO2014188887A1 (ja) * | 2013-05-24 | 2014-11-27 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 核酸分析装置及びそれを用いた核酸分析方法 |
WO2016157270A1 (ja) * | 2015-03-31 | 2016-10-06 | 日本電気株式会社 | 分光解析装置、分光解析方法、及び可読媒体 |
Family Cites Families (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5108179A (en) * | 1989-08-09 | 1992-04-28 | Myers Stephen A | System and method for determining changes in fluorescence of stained nucleic acid in electrophoretically separated bands |
JP2516115B2 (ja) * | 1991-08-28 | 1996-07-10 | 日立ソフトウエアエンジニアリング株式会社 | 蛍光パタ―ン読み取り装置 |
JP2000258392A (ja) * | 1999-03-05 | 2000-09-22 | Hitachi Ltd | 電気泳動装置 |
CN1226611C (zh) * | 2003-11-10 | 2005-11-09 | 华中科技大学 | 基于连续光的多光子激发毛细管电泳荧光检测仪 |
CN101748207A (zh) * | 2008-12-09 | 2010-06-23 | 湖北师范学院 | 单一波长的dna测序装置 |
JP6087128B2 (ja) * | 2012-12-17 | 2017-03-01 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 遺伝子型解析装置及び遺伝子型解析方法 |
CN106908431B (zh) * | 2017-04-05 | 2019-10-11 | 常州工学院 | 基于毛细管电泳噪声分析确定电泳检测最优参数的方法 |
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Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004535198A (ja) * | 2001-07-11 | 2004-11-25 | アプレラ コーポレイション | 電気泳動分析のための内部較正標準 |
WO2014045481A1 (ja) * | 2012-09-19 | 2014-03-27 | 日本電気株式会社 | 分光解析装置、分光解析方法、及びコンピュータ可読媒体 |
WO2014188887A1 (ja) * | 2013-05-24 | 2014-11-27 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 核酸分析装置及びそれを用いた核酸分析方法 |
WO2016157270A1 (ja) * | 2015-03-31 | 2016-10-06 | 日本電気株式会社 | 分光解析装置、分光解析方法、及び可読媒体 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
"DNA Sequencing Analysis Softwar e", PE APPLIED BIOSYSTEMS, 1998, pages D-1 - D-34 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2022524172A (ja) * | 2018-08-31 | 2022-04-28 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 毛細管電気泳動における単回曝露からの拡張ダイナミックレンジのための方法および装置 |
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