WO2019043277A1 - Método y dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos - Google Patents

Método y dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos Download PDF

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WO2019043277A1
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Pedro Manuel MEDINA VENEGAS
Ignacio CALVO VILLALÓN
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Medina Venegas Pedro Manuel
Calvo Villalon Ignacio
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Definitions

  • the present invention relates to a device and a procedure to be carried out with it that allow the analysis of nucleic acids present in all types of samples.
  • nucleic acid electrophoresis is a routine procedure in clinics, hospitals and analytical, forensic and research laboratories. This separation technique is carried out after the amplification of the genetic material and is the most used method for the analysis of nucleic acids.
  • the test is based on the differential migration of said genetic material through an agarose or poliac lick polimer gel by applying an electric field, which gives rise to different bands according to the size of the fragments analyzed.
  • electrophoresis is a very versatile technique and able to adapt to the analytical needs of the user, although it has certain limitations: -
  • the bands obtained after the separation of the fragments can be the result of the superposition of different sequences, being bands nonspecific of the same size or present a high degree of diffusion, which will prevent a correct recognition.
  • complementary tests may be necessary, such as the analysis of restriction maps, with the consequent increase in costs and time for obtaining conclusive results.
  • the buffer used in the electrophoresis loses its pH-regulating capacity and can alter the load of the sample, compromising the analytical result.
  • the type of polymer and its concentration in the gel must be adjusted, as well as the migration time, in order to achieve a correct identification of the target sequence, which can generate problems related to the impossibility of separating certain combinations of size sequences similar or depolymerization of the gel due to high exposure times.
  • polyacrylamide is used, which is neurotoxic for humans, while, in the case of agarose, ethidium bromide, a substance with carcinogenic potential, is usually used as a clarifier in the sample.
  • sequencing There is also another usual procedure for the recognition of products amplified by PCR or other amplification techniques, carried out by laboratories specialized in this type of services: sequencing.
  • This analytical process covers a set of very vanada techniques that have evolved considerably in recent years, although for the processing of amplification products, traditional techniques such as Sanger sequencing are still used. In any case, the use of sequencing services may have certain drawbacks for users:
  • NanoDrop TM which presents a series of significant limitations: it does not allow to verify the integrity of the sample as it is not able to distinguish degraded nucleic acids, it has a low analytical sensitivity, it offers results that may be affected by interferences due to the simultaneous presence of DNA and ARN and, in addition, its sale price is very high.
  • the length of the sequence to be analyzed must be indicated and, in the case of the necessary use of specific primers for sequencing, these must be provided by the client under specific conditions of concentration and solvent.
  • the proposed device can be used as a pre-screen for electrophoresis of fragments amplified by PCR or other amplification techniques and, in addition, can replace electrophoresis in all types of nucleic acid analysis.
  • the use of the proposed device can avoid unsuccessful results during the identification of the target fragment by sequencing due to problems with the specific primers or the amount of DNA, since the developed technology can be used as a pre-sequencing test to obtain information that may be subsequently used for the satisfactory identification of the target sequence.
  • the proposed invention makes it possible to carry out direct analysis of the target molecule with sufficiently powerful sensors, without the need for any pretreatment of the samples, such as, for example, the purification or amplification of the target molecule.
  • the proposed device is more reliable than electrophoresis, since multiple identification is performed per sequence and not only by size.
  • electrophoresis the main limitation of electrophoresis is overcome and a much more reliable and accurate pre-sequencing analysis can be carried out, and it is even possible to dispense with this confirmation test.
  • the useful life of the proposed device is equivalent to that of the electrophoresis and sequencing equipment, while the fungible elements have a set number of tests that can be performed and there is no need to estimate or verify their viability, as is the case with certain components of the electrophoresis analysis or sequencing.
  • the reading of the results obtained after sequencing requires specific programs that can be difficult to use for non-specialized personnel. However, with the developed device a simple and easily interpretable result is obtained by all kinds of technical personnel.
  • the proposed device allows to reduce the needs of highly qualified personnel, a saving due to the simplicity of the treatment of the samples, since it is a faster and simpler procedure that contributes to eliminate, at the same time, the risk of losing samples when loading the channels of the electrophoresis gels, the failures produced during the transport of said samples for sequencing or the errors occurred during this process.
  • the proposed device represents an affordable alternative for the diagnosis of infectious diseases or of genetic origin, reducing costs to the final client without this implying a reduction of benefits for system users.
  • the proposed invention allows a complete analysis to be carried out without the need for accessory or complementary technology, so, by not requiring any additional equipment, it makes it possible to carry out analyzes in situ or in the field and not only in specialized facilities, reducing both the time needed to obtain results and the costs derived from the transport and storage of the samples.
  • the proposed device allows the automation of the analytical process, which significantly increases the number of analysable samples per unit of time and, therefore, optimizes laboratory work and reduces costs per test.
  • the proposed device allows to perform both qualitative analyzes that indicate the presence or absence of the target molecule in test samples as well as the quantitative analysis of said target molecule in order to determine its concentration in test samples through the digital processing of the recorded signal and its comparison with previously calibrated reference values.
  • the proposed invention also allows to significantly reduce the costs and analysis time corresponding to the use of standard techniques such as protein electrophoresis or western blot.
  • document ES2607753T3 refers to a method for diagnosing the susceptibility of an individual suffering from a disease to treatment with an HDAC inhibitor, the method comprising evaluating the level of expression or activity of a gene or its expression products, or the sequence of a gene, in a tissue sample of a patient and comparing said level of expression or activity or sequence with a reference, wherein the level of expression or activity or sequence that is different from said reference is indicative of an altered susceptibility to the treatment with the HDAC inhibitor in relation to the reference state, and wherein said gene is Myd88 (primary response gene of myeloid differentiation 88).
  • the cited invention does not describe a procedure or a device similar to those proposed for labeling the target molecule and obtaining analytical results.
  • EP0447154A3 discloses a device for performing a heterogeneous assay, comprising: a porous member comprising a plurality of pores for physically entrapping, in said porous member, at least one target ligand of a fluid sample, said porous member being adapted to receive a reagent labeled to detect the presence or amount of, at least, said target ligand; and a non-absorbent member having a textured surface, said non-absorbent member in liquid communication with said porous member, said non-absorbent member being directly in contact and forming a network of capillary channels with said porous member, wherein said liquid communication in said capillary channels is from said porous member to said non-absorbent member.
  • said invention does not share either the method or the device that describes the proposed invention for the analysis of nucleic acids.
  • WO2012013731 A1 refers to a method for simultaneously detecting and quantifying a microbial nucleic acid in a biological sample, said method comprising: a) isolating and purifying said microbial nucleic acid, b) providing a reaction mixture comprising a first and a second acid control nucleic acid in different concentrations in which the first control nucleic acid is a quantitative standard nucleic acid present in a concentration of 20 to 5,000 times the detection limit of said microbial nucleic acid, and the second control nucleic acid is an internal control nucleic acid qualitative present in a concentration of 1 to 10 times the detection limit of said microbial nucleic acid, one or more pairs of primers that hybridize specifically with different sequence portions of said microbial nucleic acid and with different sequence portions of said control nucleic acids , and probes that hybridize specifically with each of the sequences amplified by said one or more pairs of primers, wherein said microbial nucleic acid and said first control nucleic acid and said second
  • ES2603380A1 discloses a protozoa detection equipment and method that integrates in a single assembly a sampling device and a protozoon detection kit, preferably housed in a portable enclosure, the sampling device admitting two vanishing, one of them, more complete , for taking samples for a longer time, of the order of days or weeks, while the other, simpler, is indicated for taking samples in a short time, of the order of hours at most.
  • the protozoa detection kit includes reactive strips along with the portable equipment and reagents to be able to carry out in situ the DNA extraction processes (deoxyribonucleic acid), amplification by PCR (reaction in polymerase chain), and hybridization / development. These test strips present the result of the analysis by means of specific labels of the amplified products.
  • the method proposed differs from that described in the main invention and, moreover, no analysis device with the characteristics of the proposed invention is mentioned.
  • CN 2010 101935704 B shows a nucleic acid detection system based on two double hybridizations carried out in two phases: in the first, magnetic microspheres and gold nanoparticles are used, functionalized with a specific sequence probe that will only be retained when applying a field magnetic field in the presence of the target DNA and, subsequently, said sequence (bar code) is marked with functionalized quantum dots.
  • the characteristics of a procedure or an analysis device similar to those proposed in the present invention are not mentioned, but rather those of a reaction chamber where nucleic acids are amplified and detected.
  • EP 201 1 2270202 A1 presents a Mycobacterium detection kit based on a double hybridization system of the target molecule with a capture probe bound to a magnetic microsphere (via streptavidin-biotin linkage) and a tag probe attached to a quantum dot .
  • Tables with the specific sequences used are provided and a minimum homology of 90% is required.
  • the cited invention does not mention an analysis device similar to the one proposed, but only the reagents included in the detection kit.
  • EP 2012 1502101 B1 describes a method of detecting cells and viruses in all types of samples - pretreated or not - using labeling probes consisting of both oligonucleotides and antibodies conjugated with any signaling molecule, including quantum dots. In parallel, marked cells are isolated by centrifugation or application of a magnetic field after being captured, among other proposed methods. However, the cited invention does not mention an analysis device with the characteristics of the proposed invention.
  • EP 2012 1747295 B1 presents a method of general detection of analytes consisting of capture with specific probes - protein or nucleotide - conjugated with magnetic microspheres and in its labeling with functionalized nanoparticles with probes of binding to the target molecule and barcode DNA sequences marked with signaling structures.
  • the DNA barcodes are released from the structure by thermal or chemical treatment and finally analyzed through the signaling group to determine the presence or absence of the target molecule.
  • a device similar to the invention proposed for the processing or analysis of the generated signal is not described nor are the characteristics that the equipment needed to carry out the test must be detailed.
  • EP 2014 2616557 B1 proposes a double hybridization nucleic acid detection system with capture and labeling of the target molecule in which a nuclease captured by one of the probes linked to said target molecule intervenes.
  • the positive result is obtained by reducing the nuclease activity in the reaction mixture with respect to the negative control without target molecule, or, by generating nuclease activity after the release of the retained enzymes in the presence of the target molecule .
  • a detection kit is patented with the reagents necessary to carry out the test, but an analysis device similar to the proposed invention is not mentioned.
  • US 2002 0028457 A1 is based on a detection method comprising the labeling of the target molecule with complementary probes functionalized with quantum dots, said target molecule being optionally amplified to couple certain chemical groups-for example, biotin-that allow its immobilization on a support solid.
  • certain chemical groups for example, biotin-that allow its immobilization on a support solid.
  • US 2007 0259359 A1 consists of a method of detecting genetic sequences captured on a solid support based on the labeling of the target molecule with probes functionalized with signaling groups, so that the conformation of the probe only makes possible its degradation and the release of the signaling group once it is attached to the target molecule.
  • the detection would be carried out using structures constituted by electrodes coupled to a substrate in which complementary probes are provided to reporters released by the action of a nuclease, which generates a signal due to the variations in electrical potential recorded.
  • methods of signal amplification and array-like structures are presented to carry out the test, but there are no references to magnetic capture systems or to an analysis device with the characteristics of the proposed invention.
  • US 2007 0269852 A1 proposes an airborne pathogen detection device by means of a quantum dots biocomplement marking system. Said device allows the injection, filtration and centrifugation of the sample, as well as the obtaining of a fluorescent signal, although magnetic capture systems are not used, nor is the generation and detection system of said fluorescent signal described or the aforementioned device has the same characteristics. characteristics of the proposed invention.
  • US 2009 0156428 A1 discloses a detection method based on an array-type structure with molecular probes of all types arranged in any conformation. Different labeling techniques of the probes complementary to the target molecule and possible conformations of the assay device that could incorporate this analysis structure are mentioned, but their characteristics are not detailed nor are magnetic capture systems of the target molecule mentioned.
  • US 2010 0086993 A1 consists of a cell detection system based on its capture with binding ligands to conjugated receptors with magnetic microspheres and their labeling with binding ligands to quantum dots conjugated receptors. Reference is also made to the instruments that could be used for the detection of the generated fluorescent signal and the characteristics of the reagents used (composition of the quantum dots, reaction pH ...) are exhaustively defined, but no device is described. analysis with the characteristics of the proposed invention.
  • US 2010 7799554 B2 proposes a test for the detection of nucleic acids based on the use of a lateral flow device that has a reaction zone and a visualization zone.
  • US 201 1 01521 1 1 A1 proposes a kit for the simultaneous detection of multiple target sequences based on a system for the selective amplification of the target molecules present in samples of different types.
  • functionalized labeling probes with different chromophores exist, but no analysis device similar to the proposed invention is proposed, nor are capture and concentration systems of the target molecules mentioned.
  • US 201 1 0160090 A1 consists of a lateral flow microarray for the detection of single-stranded nucleic acids that has a microporous membrane through which a fluid sample is displaced by capillarity.
  • a complementary probe functionalized with quantum dots and a capture zone with immobilized probes is attached to the target molecule.
  • magnetic capture particles are not used throughout the process nor is an analysis device with the characteristics of the proposed invention mentioned.
  • US 201 1 0171749 A1 presents a nucleic acid detection system consisting of the use of functionalized labeling nanoparticles with specific probes for each target molecule (single-stranded pathogenic DNA) and magnetic particles functionalized with capture probes.
  • target molecule single-stranded pathogenic DNA
  • magnetic particles functionalized with capture probes.
  • sequences of the different probes and the size and characteristics of the nanoparticles used are detailed.
  • different systems for processing the generated signal are mentioned, which are based on the measurement of the concentration of the marking particles through electrodes once the excess of free nanoparticles has been washed.
  • light generation and detection systems are not used nor are They detail the characteristics of an analysis device similar to the proposed invention.
  • US 201 1 7955802 B2 describes a nucleic acid amplification and detection method that employs functionalized primers with labeling agents and capture probes attached to magnetic spheres attracted by an electromagnet adjacent to the reaction chamber. In this way, functionalized amplicons are generated with said labeling agent which are concentrated by the action of a magnetic field.
  • the characteristics of the excitation system of the marking agent and of the system for detecting and processing the generated signal are not described.
  • the detection process is not carried out without the previous step of amplification or an analysis device with the characteristics of the proposed invention is mentioned.
  • US 2012 0071330 A1 proposes a nucleic acid detection method based on a double hybridization with capture and labeling of the target molecule, so that the capture probes are immobilized on a solid support.
  • the use of nested probes is proposed for the amplification of the generated signal and a series of procedures are described that allow maximizing the proportion of target molecules.
  • mechanisms of concentration of said target molecules by means of the application of magnetic fields are not mentioned, nor are the detection mechanisms of the signal generated by the signaling groups of the labeling probes detailed, nor is there mentioned an integrated analysis device similar to the proposed invention.
  • US 2012 8298765 B2 proposes a nucleic acid detection system based on the hybridization of the target molecule with nucleotide monomers capable of polymerizing with each other by binding to said target molecule.
  • the monomers are marked with quantum dots that emit fluorescence and some characteristics of the excitatory source responsible for the polymerization and generation of the fluorescent signal are detailed, but no capture mechanisms of the target molecules are mentioned based on the application of magnetic fields or a device with the characteristics of the proposed invention is mentioned.
  • US 2013 0023433 A1 proposes a system for the identification of nucleic acids from complex hybridizations involving their capture and labeling.
  • the possibility of incorporating molecular amplifiers into the system and detecting SNP-type mutations is mentioned, but the nature of the capture and labeling probes employed is not described nor is a device with the characteristics of the proposed invention mentioned.
  • US 2013 0085078 A1 consists of a nucleic acid detection system through labeling with probes immobilized on a solid support equipped with a signaling group and hybridization with a primer that allows a polymerase with exonuclease activity to release the signaling group from the probe bound to the target molecule.
  • the positive result may be due to an increase or decrease in the signal by comparison with the initial signal or with unhybridized reference probes.
  • the possibility of amplifying the target molecule before detecting the generated signal is mentioned, but the characteristics of the generation, processing and detection system of the signal are not detailed, nor are capture mechanisms mentioned by application of magnetic fields or described an analysis device with the characteristics of the proposed invention.
  • US 2013 0123145 A1 proposes a test kit, applicable to diverse analytical techniques, based on quantum dots of different characteristics linked to specific probes of different nature and directed against specific cellular markers.
  • an analysis device capable of generating and processing a detectable signal with the characteristics of the proposed invention is not described, nor are capture mechanisms based on the application of magnetic fields mentioned.
  • US 2013 017221 1 A1 consists in a method to detect genetic sequences of interest based on the generation and subsequent amplification and sequencing of a ligation product resulting from the union of the different complementary fragments to the target molecule, hybridized in a consecutive and sequential in the presence of it. Furthermore, it is mentioned that the amplification and detection process may involve labeling with fluorophores, but no capture mechanisms of the target molecule or the characteristics of a similar analysis device to the proposed invention are detailed.
  • US 2013 8609337 B2 consists of a method of preparation of signaling particles where a hydrogel microsphere is functionalized with a set of anchoring and signaling probes that allow the identification and detection of specific molecules. In this case, a marking system based on quantum dots is proposed, but neither molecular capture mechanisms nor the characteristics of an analysis device similar to the proposed invention are mentioned.
  • US 2014 0024024 A1 proposes a detection system capable of sequentially identifying RNA, proteins and DNA in cell and tissue samples, as well as obtaining images of each one of the analytical results generated throughout the process.
  • a signal amplification process is contemplated prior to the detection thereof, so that the intensity of said signal correlates positively with the concentration of the target molecule present in the sample.
  • the possible fluorescent nature of the signal is mentioned, but molecular capture mechanisms are not detailed nor is an analysis device capable of generating and detecting the signal with the characteristics of the proposed invention described.
  • US 2014 0332407 A1 consists of a detection kit based on a sensor constituted by a pair of electrodes between which there is a structure capable of immobilizing a series of receptor molecules that retain target molecules of different nature in their path. Subsequently, said target molecules are marked with signaling molecules with conductive properties or capable of depositing metal ions in the area between the electrodes.
  • signaling molecules with conductive properties or capable of depositing metal ions in the area between the electrodes.
  • US 2014 8691500 B2 proposes a system of cameras where to perform the processing and subsequent analysis of biological samples for the detection of specific analytes.
  • the target molecule is captured with a magnetic particle and marked with a label-whatever its origin-that would allow its subsequent detection.
  • a signal generation and detection module in the system or an integrated analysis device with the characteristics of the proposed invention.
  • US 2015 0004598 A1 proposes different methods to identify or quantify analytes in various samples using a nucleic acid as a link between the analyte to be identified and the labeling particle, be it a fluorophore, a magnetic sphere, a quantum dot, an antibody, etc.
  • a similar device to the proposed invention is not mentioned, since the aforementioned patent has the objective of integrating the method in techniques such as immunohistochemistry, western blot, in situ hybridization, etc.
  • US 2016 0231324 A1 proposes an instrument for the detection of molecular markers by means of a microfluidic system where the sample is embedded in microdroplets and where a labeling system based on antibodies, enzymes, aptamers and fluorescence sensors is used. In any case, it is a detection device similar to a flow cytometer, which lacks systems for processing the samples and which does not have the characteristics of the proposed invention.
  • US 2016 0265036 A1 proposes a method of identification and quantification of specific nucleic acids in biological samples by means of double hybridization with complementary strands: one of them fixed to one surface and the other, to a phosphate group that, together with a catalytic enzyme, generates a detectable reaction product.
  • a phosphate group that, together with a catalytic enzyme, generates a detectable reaction product.
  • an integrated and functional analysis device similar to the proposed invention is not disclosed.
  • US 2016 0298179 A1 proposes a microchip to detect target molecules by joining signaling groups with luminophores. It is a structure similar to a microarray, although it uses a different system for labeling the target molecule. In fact, it is intended to use the instruments of the analysis with microarrays to carry out the described test and, therefore, no device is mentioned to be patented as in the case of the proposed invention.
  • US 2016 9274077 B2 has as its object a system for detecting interactions and bonds between molecules applicable, in addition, to the sequencing of polynucleotides. Said system is based on the use of electrodes and / or an electromagnetic force, but does not share the characteristics of the integrated analysis device object of the invention.
  • US 2016 9482662 B2 describes a biomolecule detection method that involves labeling them with different probes and the use of a well system adapted for the visualization of said biomolecules under a microscope, either using white light or generating fluorescence.
  • a well system adapted for the visualization of said biomolecules under a microscope either using white light or generating fluorescence.
  • an integrated and functional analysis device similar to the proposed invention is not mentioned nor is reference made to the processing of the samples analyzed.
  • US 2017 9536041 B2 proposes a method of sequencing simple molecules of DNA based on a fluorescent, chemical, electrical or electromagnetic signal and in a multichannel system that also allows detecting the epigenetic pattern.
  • a device for the generation and acquisition of the signal or for the processing of the samples with the characteristics of the proposed invention is not described.
  • WO 1998 033939 A1 presents a system for sequencing simple DNA molecules that uses magnetic microspheres to fix the target molecules to a support. Subsequently, once these target molecules are captured, the incorporation, by the action of a polymerase, of modified nucleotides identifies, thanks to the reflection of the ultraviolet radiation that is incised on the sample.
  • an analysis device similar to the invention proposed to carry out this procedure is not described.
  • WO 2003 025540 A2 describes a method of nucleic acid analysis employing up to three molecular tags, whether luminescent molecules or fluorescent, enzymes, radioisotopes, biotins, avidins, semiconductors, colloidal gold, quantum dots, antibodies, aptans, lipids, etc. In this way, the signal is amplified in order to increase the resolution of the analysis and achieve a more precise identification of the target molecule, but an integrated and functional analysis device similar to the proposed invention is not described in the cited patent.
  • WO 2005 107818 A2 proposes a method to perform imaging in vivo using quantum dots conjugated with molecular labels, whether nucleic acids, antibodies, antigens or lipids, in living samples such as tissues or cells of different types.
  • quantum dots conjugated with molecular labels whether nucleic acids, antibodies, antigens or lipids, in living samples such as tissues or cells of different types.
  • an analysis device with the characteristics of the invention proposed to carry out the test is not described.
  • WO 2009 012343 A2 proposes an array for detecting a target molecule in a sample; in particular, a reading system that allows the analysis in a microfluidic environment using an injection mechanism.
  • an analysis device with the characteristics of the invention proposed to carry out the test is not described.
  • WO 2010 057264 A1 proposes a method of rapid detection of analytes - whether nucleic acids, proteins, lipids, antibodies, viruses, bacteria or cells - in aqueous samples using fluorophores or quantum dots.
  • the aforementioned system requires a double-stranded DNA digestion process in order to detect the signal generated later.
  • the spectrum of the recorded signal will be analyzed, but no device is described for the generation and detection of the signal or for the processing of the samples with the characteristics of the proposed invention.
  • WO 201 1 038403 A1 relates to a method of molecular detection based on hybridization processes under different conditions, but an integrated device similar to the proposed invention, a generator system or signal detector, or the nature of the signal is not described. generated neither the molecular mechanisms of capture of the target molecule.
  • WO 2012 016357 A1 refers to an array that allows analyzing the interaction between different molecules, whether polypeptides, antibodies, carbohydrates, etc. To do this, a marking particle - a magnetic microsphere, a fluorochrome or a quantum dot - is conjugated to the first problem molecule and the second problem molecule is fixed to a substrate of different origin.
  • WO 2016 005517 A1 describes a method of detecting Leishmaniosis by amplifying and labeling the target molecule with colloidal gold. In this case, a direct labeling of the amplicons of the target molecule is carried out instead of being mediated by probes, but no analysis device similar to the invention proposed to carry out the assay is mentioned.
  • WO 2016 065192 A1 proposes a method for detecting nucleic acids based on the release of a marker after the digestion of double-stranded DNA by the action of nucleases on an immobilized and labeled sample.
  • an analysis device similar to the invention proposed to carry out the test is not described.
  • WO 2017 008177 A1 proposes a microarray that detects mutations in specific genes by means of a procedure that involves the use of magnetic marking particles, quantums dot, fluorescent proteins, molecular dyes, etc.
  • an integrated and functional analysis device similar to the proposed invention is not mentioned.
  • the device for the analysis of nucleic acids object of the present invention is constituted from an integrated structure that has the following modules:
  • Sample reception system comprising a set of structures for the coupling of the containers containing said samples, as well as the containers in which said samples are deposited for carrying out the analysis.
  • this system capable of generating, modulating and applying a magnetic field on the coupling structures with the containers containing the samples.
  • This system allows capturing, concentrating and purifying the target molecules attached to the capture and labeling probes and, subsequently, allows removing the excess of labeling probes and removing the capture probes to avoid interference during the acquisition of the light signal.
  • this system has a denaturing agent applied manually or automatically to the contents of the containers where the samples are processed to release the labeling probes and the capture probes retained after the purification step, which allows the withdrawal of said capture probes and the subsequent generation of the light signal by excitation of the particles attached to the labeling probes.
  • This module is composed of a set of LEDs capable of emitting ultraviolet radiation or any other lighting system capable of emitting ultraviolet radiation or capable of emitting any other type of electromagnetic radiation capable of exciting the marking particles, causing said radiation to influence the coupling structures with the containers where they find the labeling probes released after the capture and purification of the labeled target molecules.
  • this system has a series of antireflective materials and structures and optical filters arranged in such a way that they minimize the light pollution and, with it, the interference on the generated signal.
  • This module is constituted by a set of photosensors capable of detecting light from the visible spectrum or any other type of light signal and whose position and orientation with respect to the coupling structures with the containers in which the released labeling probes are located allow recording optimally the signal generated by the excitation of the marking particles.
  • structures of amplification of the registered signal - such as, for example, photomultiplier tubes, voltage amplifiers or optical systems - and elements of digital processing that convert the registered signal into a qualitative variable indicating the presence or absence of the target molecule in the sample analyzed through a light, a screen, any other digital interface or through any other system that allows the visualization of the results obtained.
  • structures of amplification of the registered signal - such as, for example, photomultiplier tubes, voltage amplifiers or optical systems - and elements of digital processing that convert the registered signal into a qualitative variable indicating the presence or absence of the target molecule in the sample analyzed through a light, a screen, any other digital interface or through any other system that allows the visualization of the results obtained.
  • Auxiliary systems - Insulating structures that prevent the heat generated by the regulated thermal source from affecting the operation of other components of the device and, on the other hand, keep the photosensors protected to guarantee the stability, reliability and robustness of the measurements made by said photosensors.
  • the assay is based on the molecular principles shown in Figure 1, which allow the capture and labeling of the target molecule.
  • iv.- Deactivate the thermal source activate the magnetic capture system, wait a few seconds, remove the supernatant from the initial container, deactivate the magnetic capture system, apply the denaturing agent to the contents of the initial container, shake gently for a few seconds, activate the magnetic capture system and wait a few seconds.
  • v.- Take, without uncoupling the initial container from the initial receptacle, the volume contained in said initial container, free of magnetic capture particles, and transfer it to the final container.
  • vi.- Deactivate the magnetic capture system, activate the signal generation system and connect the final container in the final receptacle to visualize the result obtained by the system of acquisition and processing of the generated signal.
  • a sample pumping system or other sample injection systems may be employed instead of the device having structures enabled for the reception of the containers with said samples.
  • the samples analyzed would continue to undergo the same treatment; it would only change the way of passing them through the device.
  • Figure 1 Schematic of the molecular principles on which the nucleic acid analysis carried out using the proposed device is based, with double hybridization between the target molecule (central horizontal line) and the probe with the capture particle (left) and the probe with the marking particle (right).
  • Sample reception system comprising a set of structures for the coupling of the containers containing said samples, as well as the containers in which said samples are deposited for carrying out the analysis.
  • this system capable of generating, modulating and applying a field magnetic on the coupling structures with the containers containing the samples.
  • This system allows capturing, concentrating and purifying the target molecules attached to the capture and labeling probes and, subsequently, allows removing the excess of labeling probes and removing the capture probes to avoid interference during the acquisition of the light signal.
  • this system has a denaturing agent applied manually or automatically to the contents of the containers where the samples are processed to release the labeling probes and the capture probes retained after the purification step, which allows the withdrawal of said capture probes and the subsequent generation of the light signal by excitation of the particles attached to the labeling probes.
  • This module is composed of a set of LEDs capable of emitting ultraviolet radiation or any other lighting system capable of emitting ultraviolet radiation or capable of emitting any other type of electromagnetic radiation capable of exciting the marking particles, causing this radiation to influence the coupling structures with the vessels where the labeling probes are released after capture and purification of the labeled target molecules.
  • this system has a series of antireflective materials and structures and optical filters arranged in such a way that they minimize the light pollution and, with it, the interference on the generated signal.
  • This module is constituted by a set of photosensors capable of detecting light from the visible spectrum or any other type of light signal and whose position and orientation with respect to the coupling structures with the containers in which they are placed. find the released labeling probes allow to register optimally the signal generated by the excitation of the marking particles.
  • structures of amplification of the registered signal - such as, for example, photomultiplier tubes, voltage amplifiers or optical systems - and elements of digital processing that convert the registered signal into a qualitative variable indicating the presence or absence of the target molecule in the sample analyzed through a light, a screen, any other digital interface or through any other system that allows the visualization of the results obtained.
  • structures of amplification of the registered signal - such as, for example, photomultiplier tubes, voltage amplifiers or optical systems - and elements of digital processing that convert the registered signal into a qualitative variable indicating the presence or absence of the target molecule in the sample analyzed through a light, a screen, any other digital interface or through any other system that allows the visualization of the results obtained.
  • the procedure to carry out the nucleic acid analysis using the proposed device is carried out in the following stages: i. Take, as a starting point, a sample problem that may contain the target molecule. I.- Transfer the test sample to the initial container (2) and add the marking particles (3) and the magnetic capture particles (4) functionalized with the corresponding probes.

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Abstract

Constituido a partir de un conjunto de sistemas de recepción y procesamiento de muestras, de captura, concentración y purificación de moléculas diana marcadas por aplicación de un campo magnético, de excitación de las partículas de marcaje para la generación de una señal lumínica y de adquisición y procesamiento digital de la señal registrada para convertirla en una variable cualitativa que indique la presencia o ausencia de la molécula diana en una muestra problema a través de un testigo luminoso, una pantalla, cualquier otro interfaz digital o a través de cualquier otro sistema que permita la visualización de los resultados obtenidos. Del mismo modo, es posible realizar un análisis cuantitativo de la concentración de la molécula diana en la muestra analizada gracias a la comparación de la intensidad de la señal registrada con valores de referencia previamente calibrados.

Description

MÉTODO Y DISPOSITIVO PARA EL ANÁLISIS DE ÁCIDOS NUCLEICOS
OBJETO DE LA INVENCIÓN
La presente invención se refiere a un dispositivo y a un procedimiento a llevar a cabo con el mismo que permiten analizar ácidos nucleicos presentes en todo tipo de muestras.
En la actualidad, la electroforesis de ácidos nucleicos es un procedimiento rutinario en clínicas, hospitales y laboratorios de análisis, forenses y de investigación. Esta técnica de separación se lleva a cabo tras la amplificación del matenal genético y es el método más utilizado para el análisis de ácidos nucleicos. El ensayo se basa en la migración diferencial de dicho material genético a través de un gel polimé co de agarosa o poliac lamida al aplicar un campo eléctrico, lo que da lugar a diferentes bandas según el tamaño de los fragmentos analizados.
Este análisis permite la identificación de las secuencias de interés tras la tinción de las bandas generadas, así como la recuperación de los fragmentos deseados para posteriores pruebas y verificaciones, aunque con un rendimiento bastante bajo. En cualquier caso, la electroforesis es una técnica muy versátil y capaz de adaptarse a las necesidades analíticas del usuario, si bien presenta ciertas limitaciones: - Las bandas obtenidas tras la separación de los fragmentos pueden ser resultado de la superposición de distintas secuencias, ser bandas inespecíficas del mismo tamaño o presentar un alto grado de difusión, lo que impedirá un correcto reconocimiento.
- En algunos casos, pueden ser necesarias pruebas complementarias como, por ejemplo, el análisis de mapas de restricción, con el consiguiente aumento en costes y tiempo para la obtención de resultados concluyentes.
- Cada cierto tiempo, el buffer utilizado en la electroforesis pierde su capacidad reguladora de pH y puede alterar la carga de la muestra, comprometiendo el resultado analítico. - Es necesario el uso de un marcador de peso molecular para la determinación del tamaño de la banda que se desea analizar. Además, se debe ajustar el tipo de polímero y su concentración en el gel, así como el tiempo de migración, para lograr una correcta identificación de la secuencia objetivo, lo cual puede generar problemas relativos a la imposibilidad de separar ciertas combinaciones de secuencias de tamaño similar o a la despolimerización del gel por altos tiempos de exposición a la corriente.
- En ciertos tipos de análisis por electroforesis en gel se utiliza poliacrilamida, que resulta neurotóxica para humanos, mientras que, en el caso de la agarosa, suele emplearse como aclarador de la muestra el bromuro de etidio, una sustancia con potencial cancerígeno. Estos aspectos suelen resultar limitantes en laboratorios con una alta sensibilidad a los agentes nocivos y con limitaciones de espacio, ya que la utilización de bromuro de etidio, por ejemplo, requiere disponer de un área delimitada y específicamente acondicionada para evitar la contaminación de otras zonas del laboratorio.
Asimismo, existe otro procedimiento habitual para el reconocimiento de productos amplificados por PCR u otras técnicas de amplificación, llevado a cabo por laboratorios especializados en este tipo de servicios: la secuenciacion. Este proceso analítico abarca un conjunto de técnicas muy vanadas que han evolucionado considerablemente en los últimos años, si bien para el procesamiento de productos de amplificación se sigue recurriendo a técnicas tradicionales como la secuenciacion de Sanger. En cualquier caso, la utilización de servicios de secuenciacion puede tener ciertos inconvenientes para los usuarios:
- Existe una limitación temporal que no permite la obtención inmediata de resultados, ya que es necesaria la externalización del servicio a laboratorios especializados que tardan aproximadamente unos 5-7 días en ejecutar los análisis.
- Se deben realizar una serie de procedimientos y controles previos en la muestra para el correcto procesamiento de la misma sin interferencias por subproductos. Además, se requiere una cantidad mínima de 20ng de ADN por cada 100 bases de longitud de la secuencia que se desea analizar, manteniendo siempre una concentración mínima de 10ng/ L. Para estimar estas variables se utilizan comúnmente instrumentos de cuantificación de ácidos nucleicos como el espectrofotómetro
NanoDrop™, que presenta una serie de limitaciones significativas: no permite verificar la integridad de la muestra al no ser capaz de distinguir ácidos nucleicos degradados, tiene una baja sensibilidad analítica, ofrece resultados que pueden verse afectados por interferencias debidas a la presencia simultánea de ADN y ARN y, además, su precio de venta es muy elevado.
- Generalmente, se debe indicar la longitud de la secuencia que se desea analizar y, en el caso del uso necesario de cebadores específicos para la secuenciación, estos han de ser proporcionados por el cliente en unas condiciones específicas de concentración y solvente.
Debido a las necesidades y exigencias anteriormente mencionadas, la secuenciación fallida de fragmentos de interés es bastante común, lo que afecta a la continuidad del trabajo diario en los laboratorios y les ocasiona costes añadidos que deben asumir. Por otra parte, las principales ventajas de la invención propuesta son las siguientes:
- El dispositivo propuesto puede utilizarse como cribado previo a la electroforesis de fragmentos amplificados por PCR u otras técnicas de amplificación y, además, puede sustituir a la electroforesis en todo tipo de análisis de ácidos nucleicos.
- El uso del dispositivo propuesto puede evitar resultados fallidos durante la identificación del fragmento objetivo mediante secuenciación debidos a problemas con los cebadores específicos o la cantidad de ADN, ya que la tecnología desarrollada puede utilizarse como prueba previa a la secuenciación para obtener información que pueda ser empleada posteriormente para la identificación satisfactoria de la secuencia objetivo. Además, es posible utilizar el dispositivo propuesto como alternativa a la secuenciación de ácidos nucleicos gracias a la fiabilidad del análisis específico de secuencia que puede efectuarse con el mismo.
- La invención propuesta permite llevar a cabo el análisis directo de la molécula diana con sensores lo suficientemente potentes, sin necesidad de pretratamiento alguno de las muestras como, por ejemplo, la purificación o amplificación de la molécula diana.
- No hay compuestos potencialmente cancerígenos implicados en el uso del dispositivo propuesto, a diferencia de ciertas sustancias empleadas en la electroforesis, como el bromuro de etidio o la acrilamida. - El tiempo de análisis se ve reducido drásticamente, pasando de hasta varias horas en el caso de la electroforesis y la amplificación previa a pocos minutos con el dispositivo propuesto.
- Los costes de análisis son menores con la utilización del dispositivo propuesto, ya que la electroforesis emplea multitud de elementos no reutilizables, de vida útil reducida o de alto precio. Así pues, el dispositivo propuesto reduce drásticamente los costes asociados a una prueba de PCR con electroforesis y posterior secuenciación simplemente al evitar la lectura mediante electroforesis, aunque, si a esta reducción de costes se le añade la correspondiente al evitar la secuenciación y/o la amplificación previa de la molécula diana, el ahorro económico es notablemente sustancioso.
- En el análisis de ácidos nucleicos específico de secuencia, el dispositivo propuesto resulta más fiable que la electroforesis, ya que se realiza una identificación múltiple por secuencia y no sólo por tamaño. Con esto, se supera la principal limitación de la electroforesis y se puede llevar a cabo un análisis previo a la secuenciación mucho más fiable y preciso, siendo posible, incluso, prescindir de esta prueba de confirmación.
- La vida útil del dispositivo propuesto es equivalente a la de los equipos de electroforesis y secuenciación, mientras que los elementos fungibles tienen un número establecido de pruebas realizables y no hay que estimar o comprobar su viabilidad, como ocurre con ciertos componentes del análisis por electroforesis o secuenciación. - La lectura de los resultados obtenidos tras la secuenciación requiere de programas específicos que pueden llegar a resultar difíciles de utilizar para el personal no especializado. Sin embargo, con el dispositivo desarrollado se obtiene un resultado sencillo y fácilmente interpretable por todo tipo de personal técnico.
- El dispositivo propuesto permite reducir las necesidades de personal altamente cualificado, un ahorro debido a la sencillez del tratamiento de las muestras, ya que se trata de un procedimiento más rápido y simple que contribuye a eliminar, a su vez, el riesgo de perder las muestras al cargar los canales de los geles de electroforesis, los fallos producidos durante el transporte de dichas muestras para su secuenciación o los errores ocurridos durante este proceso.
- El dispositivo propuesto representa una alternativa asequible para el diagnóstico de enfermedades infecciosas o de origen genético, abaratando los costes al cliente final sin que ello suponga una reducción de prestaciones para los usuarios del sistema.
- La invención propuesta permite llevar a cabo un análisis completo sin necesidad de tecnología accesoria o complementaria, por lo que, al no requerir ningún tipo de equipamiento adicional, hace posible la realización de análisis in situ o en campo y no sólo en instalaciones especializadas, reduciéndose tanto el tiempo necesario para la obtención de resultados como los costes derivados del transporte y almacenamiento de las muestras.
- El dispositivo propuesto permite la automatización del proceso analítico, con lo que se incrementa notablemente el número de muestras analizables por unidad de tiempo y, por tanto, se optimiza el trabajo de laboratorio y se reducen los costes por prueba.
- El dispositivo propuesto permite realizar tanto análisis cualitativos que indiquen la presencia o ausencia de la molécula diana en muestras problema como el análisis cuantitativo de dicha molécula diana a fin de determinar su concentración en muestras problema a través del procesamiento digital de la señal registrada y su comparación con valores de referencia previamente calibrados.
- Empleando el dispositivo y el método de análisis propuestos, se pueden analizar no sólo ácidos nucleicos, sino también otro tipo de macromoléculas biológicas— especialmente proteínas— , para lo cual es necesario únicamente adaptar las sondas con las que se funcionalizan las partículas de captura y mareaje de la molécula diana.
- En el caso del análisis de proteínas, la invención propuesta también permite reducir notablemente los costes y el tiempo de análisis correspondiente al uso de técnicas estándar como la electroforesis de proteínas o el western blot.
La aplicación industrial de esta invención se enmarca dentro de los procedimientos de análisis empleados, entre otros, en los sectores biotecnológico y sanitario, así como en la investigación en ciencias biológicas. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN
Aunque no se ha encontrado ninguna invención idéntica a la descrita, se exponen a continuación los documentos encontrados que reflejan el estado de la técnica relacionado con la misma.
Así, el documento ES2607753T3 hace referencia a un procedimiento para diagnosticar la susceptibilidad de un individuo que padece de una enfermedad al tratamiento con un inhibidor de HDAC, el procedimiento comprendiendo evaluar el nivel de expresión o actividad de un gen o sus productos de expresión, o la secuencia de un gen, en una muestra de tejido de un paciente y comparar dicho nivel de expresión o actividad o secuencia con una referencia, en donde el nivel de expresión o actividad o secuencia que es diferente a dicha referencia es indicativo de una susceptibilidad alterada al tratamiento con el inhibidor de HDAC en relación con el estado de referencia, y en donde dicho gen es Myd88 (gen de respuesta primaria de diferenciación mieloide 88). En cualquier caso, la invención citada no describe un procedimiento ni un dispositivo similares a los propuestos para el mareaje de la molécula diana y la obtención de resultados analíticos. EP0447154A3 describe un dispositivo para realizar un ensayo heterogéneo, constando de: un miembro poroso comprendiendo una pluralidad de poros para entrampar físicamente, en dicho miembro poroso, al menos un ligando diana de una muestra de fluido, estando dicho miembro poroso adaptado para recibir un reactivo marcado para detectar la presencia o cantidad de, al menos, dicho ligando diana; y un miembro no absorbente teniendo una superficie texturizada, estando dicho miembro no absorbente en comunicación líquida con dicho miembro poroso, dicho miembro no absorbente estando directamente en contacto y formando una red de canales capilares con dicho miembro poroso, en donde dicha comunicación líquida en dichos canales capilares es desde dicho miembro poroso hacia dicho miembro no absorbente. En cualquier caso, la mencionada invención no comparte ni el procedimiento ni el dispositivo que describe la invención propuesta para el análisis de ácidos nucleicos.
WO2012013731 A1 hace referencia a un método para detectar y cuantificar simultáneamente un ácido nucleico microbiano en una muestra biológica, comprendiendo dicho método: a) aislar y purificar dicho ácido nucleico microbiano, b) proporcionar una mezcla de reacción que comprende un primer y un segundo ácido nucleico control en diferentes concentraciones en la que el primer ácido nucleico control es un ácido nucleico patrón cuantitativo presente en una concentración de 20 a 5.000 veces el límite de detección de dicho ácido nucleico microbiano, y el segundo ácido nucleico control es un ácido nucleico control interno cualitativo presente en una concentración de 1 a 10 veces el límite de detección de dicho ácido nucleico microbiano, uno o más pares de cebadores que hibridan específicamente con distintas porciones de secuencia de dicho ácido nucleico microbiano y con distintas porciones de secuencia de dichos ácidos nucleicos control, y sondas que hibridan específicamente con cada una de las secuencias amplificadas por dichos uno o más pares de cebadores, en los que dicho ácido nucleico microbiano y dicho primer ácido nucleico control y dicho segundo ácido nucleico control hibridan con diferentes sondas que llevan diferentes marcadores, c) añadir el ácido nucleico microbiano aislado y purificado a dicha mezcla de reacción, d) realizar una o más etapas de ciclado, en donde una etapa de ciclado comprende una etapa de amplificación, comprendiendo dicha etapa de amplificación la producción de uno o más productos de amplificación derivados de dicho ácido nucleico microbiano si está presente en dicha muestra y la producción de un producto de amplificación derivado de dicho primer ácido nucleico control y dicho segundo ácido nucleico control, y en donde una etapa de ciclado comprende una etapa de hibridación, comprendiendo dicha etapa de hibridación la hibridación de las secuencias amplificadas por dicho par cebador con dichas sondas, en donde las sondas están marcadas con un resto fluorescente donante y un correspondiente resto fluorescente aceptor y cada una de las sondas lleva un diferente tinte fluorescente, e) detectar y medir señales fluorescentes generadas por los productos de amplificación de dicho primer ácido nucleico control y dicho ácido nucleico microbiano y que son proporcionales a su concentración, y detectar simultáneamente señales fluorescentes generadas por dicho producto de amplificación de dicho segundo ácido nucleico control, en donde la presencia de un producto de amplificación de dicho segundo ácido nucleico control es indicativo de una amplificación que se da en la mezcla de reacción incluso en ausencia de un producto de amplificación para dicho ácido nucleico microbiano, y determinar la cantidad de dicho ácido nucleico microbiano en dicha muestra biológica en comparación con las señales generadas por dicho ácido nucleico microbiano y dicho primer ácido nucleico control. En cualquier caso, el método descrito dista del formulado en la invención propuesta para el análisis de ácidos nucleicos y no se hace referencia a un dispositivo de análisis similar al planteado en la presente invención.
ES2603380A1 describe un equipo y procedimiento de detección de protozoos que integra en un único conjunto un dispositivo de muestreo y un kit de detección de protozoos, alojados preferentemente en una caja envolvente portátil, admitiendo el dispositivo de muestreo dos vanantes, una de ellas, más completa, para toma de muestras durante un tiempo más largo, del orden de días o semanas, mientras que la otra, más sencilla, está indicada para la toma de muestras en poco tiempo, del orden de horas como mucho. El kit de detección de protozoos incluye unas de tiras reactivas junto con los equipos portátiles y reactivos para poder realizar in situ los procesos de extracción de ADN (ácido desoxir bonucleico), amplificación mediante PCR (reacción en cadena de la polimerasa), e hibridación/revelado. Estas tiras reactivas presentan el resultado del análisis mediante unos mareajes específicos de los productos amplificados. En cualquier caso, el método planteado difiere del descrito en la invención principal y, además, no se menciona un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta.
CN 2010 101935704 B muestra un sistema de detección de ácidos nucleicos basado en dos dobles hibridaciones llevadas a cabo en dos fases: en la primera se emplean microesferas magnéticas y nanopartículas de oro funcionalizadas con una sonda de secuencia específica que sólo será retenida al aplicar un campo magnético en presencia del ADN objetivo y, posteriormente, se marca dicha secuencia (código de barras) con quantum dots funcionalizados. En cualquier caso, no se mencionan las características de un procedimiento o un dispositivo de análisis similares a los propuestos en la presente invención, sino las de una cámara de reacción donde se amplifican y detectan ácidos nucleicos.
EP 201 1 2270202 A1 presenta un kit de detección de Mycobacterium basado en un sistema de doble hibridación de la molécula diana con una sonda de captura unida a una microesfera magnética (mediante enlace estreptavidina-biotina) y una sonda de mareaje unida a un quantum dot. Se proporcionan tablas con las secuencias específicas empleadas y se exige un mínimo de homología del 90%. En cualquier caso, la invención citada no hace mención a un dispositivo de análisis similar al propuesto, sino sólo a los reactivos incluidos en el kit de detección.
EP 2012 1502101 B1 describe un método de detección de células y virus en todo tipo de muestras— pretratadas o no— empleando sondas de mareaje consistentes tanto en oligonucleótidos como en anticuerpos conjugados con cualquier molécula señalizadora, incluyendo quantum dots. Paralelamente, se aislan las células marcadas por centrifugación o aplicación de un campo magnético tras ser capturadas, entre otros métodos propuestos. Sin embargo, la invención citada no hace mención a un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta. EP 2012 1747295 B1 presenta un método de detección general de analitos consistente en su captura con sondas específicas— proteicas o nucleotídicas— conjugadas con microesferas magnéticas y en su mareaje con nanopartículas funcionalizadas con sondas de unión a la molécula objetivo y secuencias de ADN barcode marcadas con estructuras señalizadoras. Tras la doble hibridación, los códigos de barras de ADN son liberados de la estructura por tratamiento térmico o químico y finalmente analizados a través del grupo señalizador para determinar la presencia o ausencia de la molécula objetivo. En cualquier caso, no se describe un dispositivo similar a la invención propuesta para el procesamiento o análisis de la señal generada ni se detallan las características que debe tener el equipo necesario para efectuar el ensayo.
EP 2014 2616557 B1 propone un sistema de detección de ácidos nucleicos de doble hibridación con captura y mareaje de la molécula diana en el que interviene una nucleasa capturada por una de las sondas unidas a dicha molécula diana. En este caso, el resultado positivo se obtiene por reducción de la actividad nucleasa en la mezcla de reacción con respecto al control negativo sin molécula diana, o bien, por generación de actividad nucleasa tras la liberación de las enzimas retenidas en presencia de la molécula objetivo. En cualquier caso, se patenta un kit de detección con los reactivos necesarios para llevar a cabo el ensayo, pero no se menciona un dispositivo de análisis similar a la invención propuesta.
US 2002 0028457 A1 se basa en un método de detección que comprende el mareaje de la molécula diana con sondas complementarias funcionalizadas con quantum dots, amplificándose opcionalmente dicha molécula diana para acoplarle ciertos grupos químicos— por ejemplo, biotina— que permitan su inmovilización en un soporte sólido. Sin embargo, no se hace referencia a un dispositivo de análisis integrado similar a la invención propuesta ni se plantea el uso de partículas de captura magnética.
US 2007 0259359 A1 consiste en un método de detección de secuencias genéticas capturadas en un soporte sólido basado en el mareaje de la molécula diana con sondas funcionalizadas con grupos señalizadores, de forma que la conformación de la sonda sólo hace posible su degradación y la liberación del grupo señalizador una vez que está unida a la molécula diana. La detección se llevaría a cabo empleando estructuras constituidas por electrodos acoplados a un sustrato en el que se disponen sondas complementarias a los reporteros liberados por acción de una nucleasa, con lo que se genera una señal debida a las variaciones de potencial eléctrico registradas. Además, se presentan métodos de amplificación de la señal y estructuras tipo array para llevar a cabo el ensayo, pero no hay referencias a sistemas de captura magnética ni a un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta.
US 2007 0269852 A1 plantea un dispositivo de detección de patógenos aéreos mediante un sistema de mareaje con biocomplejos con quantum dots. Dicho dispositivo permite la inyección, filtración y centrifugación de la muestra, así como la obtención de una señal fluorescente, aunque no se emplean sistemas de captura magnética, ni se describe el sistema de generación y detección de dicha señal fluorescente ni el dispositivo mencionado tiene las características de la invención propuesta.
US 2009 0156428 A1 describe un método de detección basado en una estructura tipo array con sondas moleculares de todo tipo dispuestas en cualquier conformación. Se mencionan distintas técnicas de mareaje de las sondas complementarias a la molécula diana y posibles conformaciones del dispositivo de ensayo que pudiera incorporar esta estructura de análisis, pero no se detallan sus características ni se mencionan sistemas de captura magnética de la molécula diana.
US 2010 0086993 A1 consiste en un sistema de detección de células basado en su captura con ligandos de unión a receptores conjugados con microesferas magnéticas y su mareaje con ligandos de unión a receptores conjugados con quantum dots. También se hace mención a los instrumentos que cabría emplear para la detección de la señal fluorescente generada y se definen exhaustivamente las características de los reactivos empleados (composición de los quantum dots, pH de reacción... ), pero no se describe un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta. US 2010 7799554 B2 propone un test para la detección de ácidos nucleicos basado en el uso de un dispositivo de flujo lateral que cuenta con una zona de reacción y una zona de visualización. Además, existen sondas de mareaje con un grupo señalizador que sólo se activa en presencia del analito a detectar y sondas de captura que retienen al analito en la zona de visualización. Sin embargo, no se menciona un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta ni se describen los detalles de su funcionamiento.
US 201 1 01521 1 1 A1 plantea un kit de detección simultánea de múltiples secuencias objetivo basado en un sistema de amplificación selectiva de las moléculas diana presentes en muestras de distinto tipo. En este caso, existen sondas de mareaje funcionalizadas con diferentes cromóforos, pero no se plantea un dispositivo de análisis similar a la invención propuesta ni se mencionan sistemas de captura y concentración de las moléculas diana.
US 201 1 0160090 A1 consiste en un microarray de flujo lateral para la detección de ácidos nucleicos monocatenarios que cuenta con una membrana microporosa a través de la cual se desplaza una muestra fluida por capilaridad. Además, existe una zona de mareaje donde se une a la molécula diana una sonda complementaria funcionalizada con quantum dots y una zona de captura con sondas inmovilizadas. Sin embargo, no se emplean partículas de captura magnética a lo largo del proceso ni se menciona un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta.
US 201 1 0171749 A1 presenta un sistema de detección de ácidos nucleicos consistente en el uso de nanopartículas de mareaje funcionalizadas con sondas específicas para cada molécula diana (ADN patogénico monocatenario) y partículas magnéticas funcionalizadas con sondas de captura. En este caso se detallan las secuencias de las diferentes sondas y el tamaño y las características de las nanopartículas empleadas. Además, se mencionan diferentes sistemas de procesamiento de la señal generada, que se basan en la medición de la concentración de las partículas de mareaje a través de electrodos una vez lavado el exceso de nanopartículas libres. Sin embargo, no se emplean sistemas de generación y detección de señales lumínicas ni se detallan las características de un dispositivo de análisis similar a la invención propuesta.
US 201 1 7955802 B2 describe un método de amplificación y detección de ácidos nucleicos que emplea cebadores funcionalizados con agentes de mareaje y sondas de captura unidas a esferas magnéticas atraídas por un electroimán adyacente a la cámara de reacción. De esta manera, se generan amplicones funcionalizados con dicho agente de mareaje que son concentrados por acción de un campo magnético. Sin embargo, no se describen las características del sistema de excitación del agente de mareaje ni las del sistema de detección y procesamiento de la señal generada. Además, no se lleva a cabo el proceso de detección sin el paso previo de amplificación ni se menciona un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta.
US 2012 0071330 A1 propone un método de detección de ácidos nucleicos basado en una doble hibridación con captura y mareaje de la molécula diana, de forma que las sondas de captura se encuentran inmovilizadas en un soporte sólido. Además, se plantea el uso de sondas anidadas para la amplificación de la señal generada y se describe una serie de procedimientos que permiten maximizar la proporción de moléculas diana. Sin embargo, no se mencionan mecanismos de concentración de dichas moléculas diana mediante la aplicación de campos magnéticos, ni se detallan los mecanismos de detección de la señal generada por los grupos señalizadores de las sondas de mareaje ni se menciona un dispositivo de análisis integrado similar a la invención propuesta. US 2012 8298765 B2 propone un sistema de detección de ácidos nucleicos basado en la hibridación de la molécula diana con monómeros nucleotídicos capaces de polimerizar entre sí al unirse a dicha molécula diana. En este caso, los monómeros están marcados con quantum dots que emiten fluorescencia y se detallan algunas características de la fuente excitadora responsable de la polimerización y la generación de la señal fluorescente, pero no se mencionan mecanismos de captura de las moléculas diana basados en aplicación de campos magnéticos ni se menciona un dispositivo con las características de la invención propuesta.
US 2013 0023433 A1 plantea un sistema de identificación de ácidos nucleicos a partir de hibridaciones complejas que implican su captura y mareaje. Además, se menciona la posibilidad de incorporar amplificadores moleculares al sistema y detectar mutaciones de tipo SNP, pero no se describe la naturaleza de las sondas de captura y mareaje empleadas ni se menciona un dispositivo con las características de la invención propuesta.
US 2013 0085078 A1 consiste en un sistema de detección de ácidos nucleicos a través del mareaje con sondas inmovilizadas en un soporte sólido dotadas de un grupo señalizador y la hibridación con un cebador que permite que una polimerasa con actividad exonucleasa libere el grupo señalizador de la sonda unida a la molécula diana. En este caso, el resultado positivo se puede deber a un aumento o una disminución de la señal por comparación con la señal inicial o con sondas de referencia sin hibridar. Además, se menciona la posibilidad de amplificar la molécula diana antes de detectar la señal generada, pero no se detallan las características del sistema de generación, procesamiento y detección de la señal, ni se mencionan mecanismos de captura mediante aplicación de campos magnéticos ni se describe un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta.
US 2013 0123145 A1 propone un kit de ensayo, aplicable a diversas técnicas analíticas, basado en quantum dots de diferentes características unidos a sondas específicas de distinta naturaleza y dirigidas contra marcadores celulares específicos. Sin embargo, no se describe un dispositivo de análisis capaz de generar y procesar una señal detectable con las características de la invención propuesta ni se mencionan mecanismos de captura basados en la aplicación de campos magnéticos.
US 2013 017221 1 A1 consiste en un método para detectar secuencias genéticas de interés basado en la generación y posterior amplificación y secuenciación de un producto de ligación resultante de la unión de los distintos fragmentos complementarios a la molécula diana, hibridados de forma consecutiva y secuencial en presencia de la misma. Además, se menciona que el proceso de amplificación y detección puede implicar el mareaje con fluoroforos, pero no se detallan mecanismos de captura de la molécula diana ni las características de un dispositivo de análisis similar a la invención propuesta. US 2013 8609337 B2 consiste en un método de preparación de partículas señalizadoras donde una microesfera de hidrogel es funcionalizada con un conjunto de sondas de anclaje y señalización que permiten la identificación y detección de moléculas específicas. En este caso, se propone un sistema de mareaje basado en quantum dots, pero no se mencionan mecanismos de captura molecular ni las características de un dispositivo de análisis similar a la invención propuesta.
US 2014 0024024 A1 plantea un sistema de detección capaz de identificar secuencialmente ARN, proteínas y ADN en muestras de células y tejidos, así como de obtener imágenes de cada uno de los resultados analíticos generados a lo largo del proceso. En este caso, se contempla un proceso de amplificación de la señal previo a la detección de la misma, de forma que la intensidad de dicha señal se correlaciona positivamente con la concentración de la molécula diana presente en la muestra. Además, se menciona la posible naturaleza fluorescente de la señal, pero no se detallan mecanismos de captura molecular ni se describe un dispositivo de análisis capaz de generar y detectar la señal con las características de la invención propuesta.
US 2014 0332407 A1 consiste en un kit de detección basado en un sensor constituido por un par de electrodos entre los cuales se dispone una estructura capaz de inmovilizar una serie de moléculas receptoras que retienen moléculas diana de diversa naturaleza a su paso. Posteriormente, dichas moléculas diana son marcadas con moléculas señalizadoras con propiedades conductoras o capaces de depositar iones metálicos en la zona situada entre los electrodos. En cualquier caso, aunque se menciona que la naturaleza de la señal detectada puede ser tanto óptica como eléctrica, no se detallan mecanismos de captura molecular basados en la aplicación de campos magnéticos ni se describe un dispositivo de análisis capaz de generar y detectar la señal con las características de la invención propuesta. US 2014 8691500 B2 plantea un sistema de cámaras donde realizar el procesamiento y posterior análisis de muestras biológicas para la detección de analitos específicos. En este caso, la molécula diana es capturada con una partícula magnética y marcada con una etiqueta— cualquiera sea su origen— que permitiría su posterior detección. Sin embargo, no se menciona un módulo de generación y detección de señal en el sistema ni se describe un dispositivo de análisis integrado con las características de la invención propuesta.
US 2015 0004598 A1 propone diferentes métodos para identificar o cuantificar analitos en diversas muestras usando un ácido nucleico como enlace entre el analito a identificar y la partícula de mareaje, ya sea un fluoróforo, una esfera magnética, un quantum dot, un anticuerpo, etc. Sin embargo, no se menciona un dispositivo similar a la invención propuesta, ya que la patente citada tiene como objetivo la integración del método en técnicas como la ¡nmunohistoquímica, el western blot, la hibridación in situ, etc. US 2016 0231324 A1 propone un instrumento de detección de marcadores moleculares mediante un sistema de microfluidos donde la muestra se encuentra embebida en microgotas y donde se emplea un sistema de mareaje basado en anticuerpos, enzimas, aptámeros y sensores de fluorescencia. En cualquier caso, se trata de un aparato de detección similar a un citómetro de flujo, que carece de sistemas para el procesamiento de las muestras y que no presenta las características de la invención propuesta.
US 2016 0265036 A1 propone un método de identificación y cuantificación de ácidos nucleicos específicos en muestras biológicas mediante hibridación doble con cadenas complementarias: una de ellas fijada a una superficie y la otra, a un grupo fosfato que, unido a una enzima catalítica, genera un producto de reacción detectable. Sin embargo, no se describe un dispositivo de análisis integrado y funcional similar a la invención propuesta.
US 2016 0298179 A1 plantea un microchip para detectar moléculas diana mediante la unión de grupos señalizadores con luminóforos. Se trata de una estructura similar a un microarray, aunque emplea un sistema diferente para el mareaje de la molécula diana. De hecho, se pretende utilizar el instrumental del análisis con microarrays para llevar a cabo el ensayo descrito y, por tanto, no se menciona dispositivo alguno a patentar como ocurre en el caso de la invención propuesta.
US 2016 9274077 B2 tiene por objeto un sistema de detección de interacciones y uniones entre moléculas aplicable, además, a la secuenciación de polinucleótidos. Dicho sistema se basa en el uso de electrodos y/o de una fuerza electromagnética, pero no comparte las características del dispositivo de análisis integrado objeto de invención.
US 2016 9482662 B2 describe un método de detección de biomoléculas que implica el mareaje de las mismas con diferentes sondas y la utilización de un sistema de pocilios adaptado para la visualización de dichas biomoléculas al microscopio, ya sea empleando luz blanca o generando fluorescencia. Sin embargo, no se menciona un dispositivo de análisis integrado y funcional similar a la invención propuesta ni se hace referencia al procesamiento de las muestras analizadas.
US 2017 9536041 B2 plantea un método de secuenciación de moléculas simples de ADN basado en una señal fluorescente, química, eléctrica o electromagnética y en un sistema multicanal que permite, además, detectar el patrón epigenético. Sin embargo, no se describe un dispositivo para la generación y adquisición de la señal o para el procesamiento de las muestras con las características de la invención propuesta.
WO 1998 033939 A1 presenta un sistema de secuenciación de moléculas simples de ADN que emplea microesferas magnéticas para fijar las moléculas diana a un soporte. Posteriormente, una vez capturadas dichas moléculas diana, se produce la incorporación, por acción de una polimerasa, de nucleótidos modificados identificares gracias a la reflexión de la radiación ultravioleta que se hace incidir sobre la muestra. Sin embargo, no se describe un dispositivo de análisis similar a la invención propuesta para llevar a cabo este procedimiento. WO 2003 025540 A2 describe un método de análisis de ácidos nucleicos que emplea hasta tres etiquetas moleculares, ya sean moléculas luminiscentes o fluorescentes, enzimas, radioisótopos, biotinas, avidinas, semiconductores, oro coloidal, quantum dots, anticuerpos, aptanos, lípidos, etc. Con ello, se consigue amplificar la señal para aumentar la resolución del análisis y lograr una identificación más precisa de la molécula diana, pero en la patente citada no se describe un dispositivo de análisis integrado y funcional similar a la invención propuesta.
WO 2005 107818 A2 propone un método para realizar imaging in vivo empleando quantum dots conjugados con etiquetas moleculares, ya sean ácidos nucleicos, anticuerpos, antígenos o lípidos, en muestras vivas como tejidos o células de distinto tipo. Sin embargo, no se describe un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta para llevar a cabo el ensayo.
WO 2009 012343 A2 propone un array para detectar una molécula diana en una muestra; en concreto, un sistema de lectura que permite efectuar el análisis en un ambiente microfluido empleando un mecanismo de inyección. Sin embargo, no se describe un dispositivo de análisis con las características de la invención propuesta para llevar a cabo el ensayo.
WO 2010 057264 A1 plantea un método de detección rápida de analitos — ya sean ácidos nucleicos, proteínas, lípidos, anticuerpos, virus, bacterias o células— en muestras acuosas empleando fluoróforos o quantum dots. En ciertos tipos de análisis, el sistema citado requiere un proceso de digestión del ADN de cadena doble para poder detectar la señal generada posteriormente. En cualquier caso, tras la unión de las etiquetas al analito, se procedería a analizar el espectro de la señal registrada, pero no se describe un dispositivo para la generación y detección de la señal o para el procesamiento de las muestras con las características de la invención propuesta.
WO 201 1 038403 A1 se refiere a un método de detección molecular basado en procesos de hibridación en distintas condiciones, pero no se describe un dispositivo integrado similar a la invención propuesta, ni un sistema generador ni detector de señal, ni la naturaleza de la señal generada ni los mecanismos moleculares de captura de la molécula diana. WO 2012 016357 A1 se refiere a un array que permite analizar la interacción entre distintas moléculas, ya sean polipéptidos, anticuerpos, carbohidratos, etc. Para ello, se conjuga a la primera molécula problema una partícula de mareaje — una microesfera magnética, un fluorocromo o un quantum dot— y se fija la segunda molécula problema a un sustrato de diferente origen. Así pues, si se produce la interacción entre las dos moléculas, se generará una señal detectable al aplicar un campo magnético, un campo eléctrico o una radiación electromagnética, pero no se describe un dispositivo integrado similar a la invención propuesta que permita llevar a cabo este análisis. WO 2016 005517 A1 describe un método de detección de Leishmaniosis mediante amplificación y mareaje de la molécula diana con oro coloidal. En este caso, se lleva a cabo un mareaje directo de los amplicones de la molécula diana en lugar de mediado por sondas, pero no se menciona un dispositivo de análisis similar a la invención propuesta para llevar a cabo el ensayo. WO 2016 065192 A1 plantea un método de detección de ácidos nucleicos basado en la liberación de un marcador tras la digestión de ADN de doble cadena por la acción de nucleasas sobre una muestra inmovilizada y marcada. Sin embargo, no se describe un dispositivo de análisis similar a la invención propuesta para llevar a cabo el ensayo. WO 2017 008177 A1 propone un microarray que detecta mutaciones en genes específicos mediante un procedimiento que implica el uso de partículas de mareaje magnéticas, quantums dot, proteínas fluorescentes, tintes moleculares, etc. Sin embargo, no se menciona un dispositivo de análisis integrado y funcional similar a la invención propuesta. Conclusión: Como se desprende de la investigación realizada, ninguno de los documentos encontrados soluciona los problemas planteados como lo hace la invención propuesta. DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN
El dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos objeto de la presente invención se constituye a partir de una estructura integrada que cuenta con los siguientes módulos:
- Sistema de recepción de muestras que comprende un conjunto de estructuras para el acoplamiento de los recipientes que contienen dichas muestras, así como los recipientes en los que se depositan dichas muestras para la realización del análisis.
- Sistema de procesamiento de muestras dotado de una fuente térmica regulable que permite modular y controlar la temperatura de dichas muestras para que se produzca la desnaturalización de las moléculas diana y la hibridación de dichas moléculas diana con las sondas de mareaje y las sondas de captura incorporadas a las muestras.
- Sistema de captura, concentración y purificación de las moléculas diana marcadas por aplicación de un campo magnético. En este caso, existe un sistema capaz de generar, modular y aplicar un campo magnético sobre las estructuras de acoplamiento con los recipientes que contienen las muestras. Este sistema permite capturar, concentrar y purificar las moléculas diana unidas a las sondas de captura y de mareaje y, posteriormente, permite retirar el exceso de sondas de mareaje y retirar las sondas de captura para evitar interferencias durante la adquisición de la señal lumínica. Además, este sistema dispone de un agente desnaturalizante aplicado de forma manual o automática al contenido de los recipientes donde se realiza el procesamiento de las muestras para liberar las sondas de mareaje y las sondas de captura retenidas tras el paso de purificación, lo que permite la retirada de dichas sondas de captura y la posterior generación de la señal lumínica por excitación de las partículas unidas a las sondas de mareaje.
- Sistema de excitación de las partículas de mareaje para la generación de la señal lumínica. Este módulo se compone de un conjunto de LEDs capaces de emitir radiación ultravioleta o de cualquier otro sistema de iluminación capaz de emitir radiación ultravioleta o capaz de emitir cualquier otro tipo de radiación electromagnética capaz de excitar las partículas de mareaje, haciendo incidir dicha radiación sobre las estructuras de acoplamiento con los recipientes donde se encuentran las sondas de mareaje liberadas tras la captura y purificación de las moléculas diana marcadas. Por otra parte, este sistema cuenta con una serie de materiales y estructuras antirreflectantes y filtros ópticos dispuestos de forma que reducen al máximo la contaminación lumínica y, con ello, la interferencia sobre la señal generada.
Sistema de adquisición y procesamiento de la señal lumínica a través de fotosensores, estructuras de amplificación, elementos de procesamiento digital y sistemas para la visualización de resultados. Este módulo está constituido por un conjunto de fotosensores capaces de detectar luz del espectro visible o cualquier otro tipo de señal lumínica y cuya posición y orientación con respecto a las estructuras de acoplamiento con los recipientes en los que se encuentran las sondas de mareaje liberadas permiten registrar de forma óptima la señal generada por la excitación de las partículas de mareaje. Adicionalmente, se acoplan al sistema estructuras de amplificación de la señal registrada — como, por ejemplo, tubos fotomultiplicadores, amplificadores de voltaje o sistemas ópticos— y elementos de procesamiento digital que convierten la señal registrada en una variable cualitativa que indique la presencia o ausencia de la molécula diana en la muestra analizada a través de un testigo luminoso, una pantalla, cualquier otro interfaz digital o a través de cualquier otro sistema que permita la visualización de los resultados obtenidos. Del mismo modo, es posible realizar un análisis cuantitativo de la concentración de la molécula diana en la muestra analizada gracias a la comparación de la intensidad de la señal registrada con valores de referencia previamente calibrados.
Sistemas auxiliares: - Estructuras aislantes que impiden que el calor generado por la fuente térmica regulable afecte al funcionamiento de otros componentes del dispositivo y que, por otra parte, mantienen los fotosensores protegidos para garantizar la estabilidad, fiabilidad y robustez de las mediciones efectuadas por dichos fotosensores.
- Sistemas de alimentación, resistencias eléctricas, interruptores y cualquier otro componente eléctrico o electrónico auxiliar del dispositivo.
- Carcasa protectora portátil que alberga el conjunto de módulos y sistemas anteriormente descritos de forma integrada y funcional.
En cuanto al análisis llevado a cabo empleando la invención propuesta, el ensayo se basa en los principios moleculares mostrados en la figura 1 , que permiten la captura y mareaje de la molécula diana.
Por otra parte, el procedimiento para llevar a cabo el análisis de ácidos nucleicos que hace uso del dispositivo propuesto se desarrolla en las siguientes etapas: i.- Tomar, como punto de partida, una muestra problema que pueda contener la molécula diana.
¡i.- Traspasar la muestra problema al recipiente inicial y añadir las partículas de mareaje y las partículas de captura magnética funcionalizadas con las correspondientes sondas.
¡¡¡.- Acoplar el recipiente inicial en el receptáculo inicial, activar y regular la fuente térmica para que la muestra problema alcance la temperatura de desnaturalización, esperar unos minutos una vez alcanzada dicha temperatura, regular la fuente térmica para que la muestra problema alcance la temperatura de hibridación y esperar unos minutos una vez alcanzada dicha temperatura. iv.- Desactivar la fuente térmica, activar el sistema de captura magnética, esperar unos segundos, retirar el sobrenadante del recipiente inicial, desactivar el sistema de captura magnética, aplicar el agente desnaturalizante al contenido del recipiente inicial, agitar suavemente durante unos segundos, activar el sistema de captura magnética y esperar unos segundos. v.- Tomar, sin desacoplar el recipiente inicial del receptáculo inicial, el volumen contenido en dicho recipiente inicial, libre de partículas de captura magnética, y traspasarlo al recipiente final. vi.- Desactivar el sistema de captura magnética, activar el sistema de generación de la señal y acoplar el recipiente final en el receptáculo final para visualizar el resultado obtenido por el sistema de adquisición y procesamiento de la señal generada.
En una realización diferente, se puede emplear un sistema de bombeo de muestras u otros sistemas de inyección de muestras en lugar de que el dispositivo disponga de estructuras habilitadas para la recepción de los recipientes con dichas muestras. En cualquier caso, las muestras analizadas seguirían sufriendo el mismo tratamiento; sólo cambiaría la forma de hacerlas pasar por el dispositivo.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS
Para una mejor comprensión de la presente descripción se acompañan unos dibujos que representan una realización preferente de la presente invención:
Figura 1 : Esquema de los principios moleculares en que se basa el análisis de ácidos nucleicos llevado a cabo empleando el dispositivo propuesto, con doble hibridación entre la molécula diana (línea horizontal central) y la sonda con la partícula de captura (izquierda) y la sonda con la partícula de mareaje (derecha).
Figura 2: Desarrollo de las etapas que comprende el procedimiento de análisis de ácidos nucleicos llevado a cabo empleando el dispositivo objeto de la presente invención. Las referencias numéricas que aparecen en dichas figuras corresponden a los siguientes elementos constitutivos de la invención:
1. Dispositivo de análisis
2. Recipiente inicial
3. Partículas de mareaje
4. Partículas de captura magnética
5. Receptáculo inicial
6. Fuente térmica regulable
7. Sistema de captura magnética
8. Agente desnaturalizante
9. Recipiente final
10. Receptáculo final
1 1 . Sistema de generación de la señal
12. Sistema de visualización de resultados
DESCRIPCIÓN DE UNA REALIZACIÓN PREFERENTE
Una realización preferente del dispositivo para analizar ácidos nucleicos objeto de la presente invención puede basarse en una estructura integrada que cuenta con los siguientes módulos:
- Sistema de recepción de muestras que comprende un conjunto de estructuras para el acoplamiento de los recipientes que contienen dichas muestras, así como los recipientes en los que se depositan dichas muestras para la realización del análisis.
- Sistema de procesamiento de muestras dotado de una fuente térmica regulable que permite modular y controlar la temperatura de dichas muestras para que se produzca la desnaturalización de las moléculas diana y la hibridación de dichas moléculas diana con las sondas de mareaje y las sondas de captura incorporadas a las muestras.
- Sistema de captura, concentración y purificación de las moléculas diana marcadas por aplicación de un campo magnético. En este caso, existe un sistema capaz de generar, modular y aplicar un campo magnético sobre las estructuras de acoplamiento con los recipientes que contienen las muestras. Este sistema permite capturar, concentrar y purificar las moléculas diana unidas a las sondas de captura y de mareaje y, posteriormente, permite retirar el exceso de sondas de mareaje y retirar las sondas de captura para evitar interferencias durante la adquisición de la señal lumínica. Además, este sistema dispone de un agente desnaturalizante aplicado de forma manual o automática al contenido de los recipientes donde se realiza el procesamiento de las muestras para liberar las sondas de mareaje y las sondas de captura retenidas tras el paso de purificación, lo que permite la retirada de dichas sondas de captura y la posterior generación de la señal lumínica por excitación de las partículas unidas a las sondas de mareaje.
- Sistema de excitación de las partículas de mareaje para la generación de la señal lumínica. Este módulo se compone de un conjunto de LEDs capaces de emitir radiación ultravioleta o de cualquier otro sistema de iluminación capaz de emitir radiación ultravioleta o capaz de emitir cualquier otro tipo de radiación electromagnética capaz de excitar las partículas de mareaje, haciendo incidir dicha radiación sobre las estructuras de acoplamiento con los recipientes donde se encuentran las sondas de mareaje liberadas tras la captura y purificación de las moléculas diana marcadas. Por otra parte, este sistema cuenta con una serie de materiales y estructuras antirreflectantes y filtros ópticos dispuestos de forma que reducen al máximo la contaminación lumínica y, con ello, la interferencia sobre la señal generada.
- Sistema de adquisición y procesamiento de la señal lumínica a través de fotosensores, estructuras de amplificación, elementos de procesamiento digital y sistemas para la visualización de resultados. Este módulo está constituido por un conjunto de fotosensores capaces de detectar luz del espectro visible o cualquier otro tipo de señal lumínica y cuya posición y orientación con respecto a las estructuras de acoplamiento con los recipientes en los que se encuentran las sondas de mareaje liberadas permiten registrar de forma óptima la señal generada por la excitación de las partículas de mareaje. Adicionalmente, se acoplan al sistema estructuras de amplificación de la señal registrada — como, por ejemplo, tubos fotomultiplicadores, amplificadores de voltaje o sistemas ópticos— y elementos de procesamiento digital que convierten la señal registrada en una variable cualitativa que indique la presencia o ausencia de la molécula diana en la muestra analizada a través de un testigo luminoso, una pantalla, cualquier otro interfaz digital o a través de cualquier otro sistema que permita la visualización de los resultados obtenidos. Del mismo modo, es posible realizar un análisis cuantitativo de la concentración de la molécula diana en la muestra analizada gracias a la comparación de la intensidad de la señal registrada con valores de referencia previamente calibrados.
- Sistemas auxiliares:
- Estructuras aislantes que impiden que el calor generado por la fuente térmica regulable afecte al funcionamiento de otros componentes del dispositivo y que, por otra parte, mantienen los fotosensores protegidos para garantizar la estabilidad, fiabilidad y robustez de las mediciones efectuadas por dichos fotosensores.
- Sistemas de alimentación, resistencias eléctricas, interruptores y cualquier otro componente eléctrico o electrónico auxiliar del dispositivo.
- Carcasa protectora portátil que alberga el conjunto de módulos y sistemas anteriormente descritos de forma integrada y funcional.
Por otra parte, el procedimiento para llevar a cabo el análisis de ácidos nucleicos empleando el dispositivo propuesto, con alusión a las referencias numéricas, se desarrolla en las siguientes etapas: i.- Tomar, como punto de partida, una muestra problema que pueda contener la molécula diana. ¡i.- Traspasar la muestra problema al recipiente inicial (2) y añadir las partículas de mareaje (3) y las partículas de captura magnética (4) funcionalizadas con las correspondientes sondas.
¡¡¡.- Acoplar el recipiente inicial (2) en el receptáculo inicial (5), activar y regular la fuente térmica (6) para que la muestra problema alcance la temperatura de desnaturalización, esperar unos minutos una vez alcanzada dicha temperatura, regular la fuente térmica (6) para que la muestra problema alcance la temperatura de hibridación y esperar unos minutos una vez alcanzada dicha temperatura. iv.- Desactivar la fuente térmica (6), activar el sistema de captura magnética (7), esperar unos segundos, retirar el sobrenadante del recipiente inicial (2), desactivar el sistema de captura magnética (7), aplicar el agente desnaturalizante (8) al contenido del recipiente inicial (2), agitar suavemente durante unos segundos, activar el sistema de captura magnética (7) y esperar unos segundos. v. - Tomar, sin desacoplar el recipiente inicial (2) del receptáculo inicial (5), el volumen contenido en dicho recipiente inicial (2), libre de partículas de captura magnética (4), y traspasarlo al recipiente final (9). vi. - Desactivar el sistema de captura magnética (7), activar el sistema de generación de la señal (1 1 ) y acoplar el recipiente final (9) en el receptáculo final (10) para visualizar el resultado obtenido por el sistema de adquisición y procesamiento de la señal generada (12).

Claims

REIVINDICACIONES
1.- Método para el análisis de ácidos nucleicos caracterizado porque comprende las siguientes etapas:
1. - Tomar, como punto de partida, una muestra problema que pueda contener la molécula diana.
¡i.- Traspasar la muestra problema al recipiente inicial (2) y añadir las partículas de mareaje (3) y las partículas de captura magnética (4) funcionalizadas con las correspondientes sondas.
¡¡¡.- Acoplar el recipiente inicial (2) en el receptáculo inicial (5), activar y regular la fuente térmica (6) para que la muestra problema alcance la temperatura de desnaturalización, esperar unos minutos una vez alcanzada dicha temperatura, regular la fuente térmica (6) para que la muestra problema alcance la temperatura de hibridación y esperar unos minutos una vez alcanzada dicha temperatura. iv.- Desactivar la fuente térmica (6), activar el sistema de captura magnética (7), esperar unos segundos, retirar el sobrenadante del recipiente inicial (2), desactivar el sistema de captura magnética (7), aplicar el agente desnaturalizante (8) al contenido del recipiente inicial (2), agitar suavemente durante unos segundos, activar el sistema de captura magnética (7) y esperar unos segundos. v. - Tomar, sin desacoplar el recipiente inicial (2) del receptáculo inicial (5), el volumen contenido en dicho recipiente inicial (2), libre de partículas de captura magnética (4), y traspasarlo al recipiente final (9). vi. - Desactivar el sistema de captura magnética (7), activar el sistema de generación de la señal (1 1 ) y acoplar el recipiente final (9) en el receptáculo final (10) para visualizar el resultado obtenido por el sistema de adquisición y procesamiento de la señal generada (12).
2. - Método para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicación 1 , caracterizado porque, tras retirar el sobrenadante no retenido por acción del sistema de captura magnética, se requiere añadir un cierto volumen de una solución tampón antes de aplicar el agente desnaturalizante.
3. - Método para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 1 y 2, caracterizado porque la realización del análisis no necesita trasladar el sobrenadante de un recipiente a otro, siendo posible llevar a cabo el ensayo en un único compartimento al encontrarse integrados los diferentes módulos y sistemas que comprende el dispositivo empleado en la realización del análisis, de manera que el procesamiento de la muestra y la generación, adquisición y procesamiento de la señal se llevan a cabo de forma óptima y sin interferencias de ningún tipo.
4. - Método para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 1 a 3, caracterizado porque, al analizar muestras que puedan contener ácidos nucleicos, será posible establecer los controles negativos y positivos necesarios para garantizar la fiabilidad, robustez, sensibilidad, especificidad, repetibilidad y reproducibilidad del ensayo.
5. - Método para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 1 a 4, caracterizado porque se puede realizar el análisis simultáneo de una pluralidad de muestras empleando un dispositivo que disponga de una pluralidad de sistemas de recepción de muestras con estructuras habilitadas al efecto y comprenda una pluralidad de sistemas de procesamiento de muestras y una pluralidad de sistemas de generación, adquisición y procesamiento de la señal o, al menos, comprenda una pluralidad de algunas de las estructuras que los componen.
6. - Método para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 1 a 5, caracterizado porque se puede realizar el análisis de todo tipo de muestras problema, hayan sufrido o no cualquier tipo de tratamiento previo como, por ejemplo, la purificación o amplificación de la molécula diana.
7. - Método para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 1 a 6, caracterizado porque permite realizar el análisis de la molécula diana cualesquiera que sean la naturaleza, el tamaño y la secuencia de dicha molécula diana y sea o no conocida la secuencia de dicha molécula diana.
8.- Método para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 1 a 7, caracterizado porque permite realizar el análisis de la molécula diana cualquiera que sea la naturaleza de las sondas, de las partículas de mareaje y de las partículas de captura empleadas en la realización de dicho análisis.
9.- Método para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 1 a 8, caracterizado porque se puede aplicar dicho método al análisis de proteínas adaptando únicamente las sondas con las que se funcionalizan las partículas de captura y de mareaje de la molécula diana.
10.- Dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos caracterizado porque forma parte de la ejecución del procedimiento descrito en las anteriores reivindicaciones y comprende los siguientes sistemas:
- Sistema de recepción de muestras que comprende un conjunto de estructuras para el acoplamiento de los recipientes que contienen dichas muestras, así como los recipientes en los que se depositan dichas muestras para la realización del análisis.
- Sistema de procesamiento de muestras dotado de una fuente térmica regulable que permite modular y controlar la temperatura de las muestras para que se produzca la desnaturalización de las moléculas diana y la hibridación de dichas moléculas diana con las sondas de mareaje y las sondas de captura incorporadas a las muestras.
- Sistema de captura, concentración y purificación de las moléculas diana marcadas que permite generar, modular y aplicar un campo magnético sobre las estructuras de acoplamiento con los recipientes que contienen las muestras para capturar, concentrar y purificar las moléculas diana unidas a las sondas de captura y de mareaje y para, posteriormente, retirar el exceso de sondas de mareaje y retirar las sondas de captura para evitar interferencias durante la adquisición de la señal lumínica.
- Sistema de excitación de las partículas de mareaje para la generación de la señal lumínica que comprende un conjunto de LEDs capaces de emitir radiación ultravioleta o cualquier otro sistema de iluminación capaz de emitir radiación ultravioleta o capaz de emitir cualquier otro tipo de radiación electromagnética capaz de excitar las partículas de mareaje, haciendo incidir dicha radiación sobre las estructuras de acoplamiento con los recipientes donde se encuentran las sondas de mareaje liberadas tras la captura y purificación de las moléculas diana marcadas.
Además, este sistema comprende también una serie de materiales y estructuras antirreflectantes y filtros ópticos dispuestos de forma que reducen al máximo la contaminación lumínica y, con ello, la interferencia sobre la señal generada. - Sistema de adquisición de la señal lumínica que comprende un conjunto de fotosensores capaces de detectar luz del espectro visible o cualquier otro tipo de señal lumínica y cuya posición y orientación con respecto a las estructuras de acoplamiento con los recipientes en los que se encuentran las sondas de mareaje liberadas permiten registrar de forma óptima la señal generada por la excitación de las partículas de mareaje.
1 1 .- Dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicación 10, caracterizado porque, adicionalmente, se acoplan al sistema de adquisición de la señal lumínica estructuras de amplificación de la señal registrada— como, por ejemplo, tubos fotomultiplicadores, amplificadores de voltaje o sistemas ópticos— y elementos de procesamiento digital que convierten dicha señal registrada en una variable cualitativa que indique la presencia o ausencia de la molécula diana en la muestra analizada a través de un testigo luminoso, una pantalla, cualquier otro interfaz digital o a través de cualquier otro sistema que permita la visualización de los resultados obtenidos.
12.- Dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 10 y 1 1 , caracterizado porque permite realizar un análisis cuantitativo de la concentración de la molécula diana en la muestra analizada gracias al procesamiento digital de la intensidad de la señal registrada y su comparación con valores de referencia previamente calibrados.
13.- Dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 10 a 12, caracterizado porque comprende los siguientes sistemas auxiliares: estructuras aislantes que impiden que el calor generado por la fuente térmica regulable afecte al funcionamiento de otros componentes del dispositivo y que, por otra parte, mantienen los fotosensores protegidos para garantizar la estabilidad, fiabilidad y robustez de las mediciones efectuadas por dichos fotosensores; sistemas de alimentación, resistencias eléctricas, interruptores y cualquier otro componente eléctrico o electrónico auxiliar del dispositivo. Además, dicho dispositivo comprende también una carcasa protectora portátil que alberga el conjunto de módulos y sistemas descritos en anteriores reivindicaciones de forma integrada y funcional.
14.- Dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 10 a 13, caracterizado porque las muestras son proporcionadas mediante un sistema de bombeo o inyección que las hace pasar por el dispositivo para la realización del análisis en lugar de ser traspasadas a recipientes acoplables en estructuras habilitadas al efecto.
15.- Dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 10 a 14, caracterizado porque permite realizar el análisis de la molécula diana de forma directa y sin necesidad de tecnología accesoria o complementaria, lo que permite realizar análisis tanto in situ o en campo como en laboratorios y en cualquier otro tipo de instalaciones acondicionadas y equipadas para la realización de análisis moleculares.
16.- Dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 10 a 15, caracterizado porque se puede automatizar el procedimiento analítico llevado a cabo con dicho dispositivo haciendo uso de elementos adicionales de software y hardware.
17.- Dispositivo para el análisis de ácidos nucleicos, según reivindicaciones 10 a 16, caracterizado porque se puede aplicar dicho dispositivo al análisis de proteínas adaptando únicamente las sondas con las que se funcionalizan las partículas de captura y de mareaje de la molécula diana.
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KR1020207007807A KR20200042511A (ko) 2017-08-31 2018-08-20 핵산을 분석하기 위한 방법 및 장치
JP2020512882A JP2020532306A (ja) 2017-08-31 2018-08-20 核酸を分析するための方法及びデバイス
US16/640,697 US20200354776A1 (en) 2017-08-31 2018-08-20 Method and device for analysing nucleic acids
EP18851994.6A EP3677690A4 (en) 2017-08-31 2018-08-20 METHOD AND DEVICE FOR THE ANALYSIS OF NUCLEIC ACIDS
CN201880055325.6A CN111051527A (zh) 2017-08-31 2018-08-20 用于分析核酸的方法和设备

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MA (1) MA50044A (es)
WO (1) WO2019043277A1 (es)

Citations (44)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0447154A2 (en) 1990-03-12 1991-09-18 Biosite Diagnostics Inc. Device for ligand-receptor methods
WO1998033939A1 (fr) 1997-01-31 1998-08-06 Hitachi, Ltd. Procede pour determiner une sequence de base d'acide nucleique et appareil correspondant
US20020028457A1 (en) 2000-02-16 2002-03-07 Quantum Dot Corporation Single target counting assays using semiconductor nanocrystals
WO2003025540A2 (en) 2001-09-18 2003-03-27 U.S. Genomics, Inc. Differential tagging of polymers for high resolution linear analysis
WO2005107818A2 (en) 2004-04-30 2005-11-17 University Of Florida Nanoparticles and their use for multifunctional bioimaging
US20070259359A1 (en) 2004-08-24 2007-11-08 Mikhail Briman Nanoelectronic Detection of Biomolecules Employing Analyte Amplification and Reporters
US20070269852A1 (en) 2006-05-18 2007-11-22 James Johan Muys Method and apparatus for detecting airborne pathogens using quantum dots
WO2009012343A2 (en) 2007-07-16 2009-01-22 California Institute Of Technology Arrays, substrates, devices, methods and systems for detecting target molecules
US20090156428A1 (en) 2007-11-30 2009-06-18 Malcolm Alastair J Multi-mode microarray apparatus and method for concurrent and sequential biological assays
ES2329986T3 (es) * 2001-09-06 2009-12-03 Rapid Micro Biosystems Inc Deteccion rapida de celulas en replicacion.
US20100086993A1 (en) 2008-10-07 2010-04-08 National Synchrotron Radiation Research Center Cell detecting system and quantum dot measuring system
WO2010057264A1 (en) 2008-11-21 2010-05-27 Genera Biosystems Limited Analyte detection assay
US7799554B2 (en) 2006-03-16 2010-09-21 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Lateral flow devices
EP2270202A1 (en) 2009-07-03 2011-01-05 John Ikonomopoulos Mycobacterial detection
WO2011038403A1 (en) 2009-09-28 2011-03-31 Yuling Luo Methods of detecting nucleic acid sequences with high specificity
US7955802B2 (en) 2006-12-13 2011-06-07 Luminex Corporation Systems and methods for multiplex analysis of PCR in real time
US20110152111A1 (en) 2002-10-03 2011-06-23 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid analysis using archived or fixed samples
US20110160090A1 (en) 2008-05-05 2011-06-30 Los Alamos National Laboratory Nanocrystal-Based Lateral Flow Microarrays and Low-Voltage Signal Detection Systems
US20110171749A1 (en) 2009-03-02 2011-07-14 Board Of Trustees Of Michigan State University Nanoparticle tracer-based electrochemical dna sensor for detection of pathogens-amplification by a universal nano-tracer (aunt)
EP1747295B1 (en) 2004-05-12 2012-01-11 Nanosphere, Inc. Bio-barcode based detection of target analytes
WO2012013731A1 (en) 2010-07-29 2012-02-02 F. Hoffmann - La Roche Ag Qualitative and quantitative detection of microbial nucleic acids
WO2012016357A1 (en) 2010-08-06 2012-02-09 Capitalbio Corporation Microarray-based assay integrated with particles for analyzing molecular interactions
US20120071330A1 (en) 2010-06-30 2012-03-22 Stratos Genomics Inc. Multiplexed identification of nucleic acid sequences
WO2012034177A1 (en) * 2010-09-16 2012-03-22 Australian Centre For Plant Functional Genomics Pty Ltd Capture based nucleic acid detection
US8298765B2 (en) 2009-01-01 2012-10-30 Cornell University Multifunctional nucleic acid nano-structures
US20130085078A1 (en) 2011-09-29 2013-04-04 Luminex Corporation Hydrolysis Probes
US20130123145A1 (en) 2011-06-13 2013-05-16 Nnanoaxis, Llc Methods. particles, and assay kits for identifying presence of biological parameters
US20130172211A1 (en) 2010-08-06 2013-07-04 Ariosa Diagnostics, Inc. Ligation-based detection of genetic variants
US8609337B2 (en) 2010-06-07 2013-12-17 Firefly Bioworks, Inc. Nucleic acid detection and quantification by post-hybridization labeling and universal encoding
US20140024024A1 (en) 2012-07-17 2014-01-23 General Electric Company Methods of detecting dna, rna and protein in biological samples
US8691500B2 (en) 2011-07-29 2014-04-08 Korea Institute Of Science And Technology Device and method for detecting biomolecule
US20140332407A1 (en) 2013-05-13 2014-11-13 Sony Corporation Sensor, sensor kit and method for detecting an analyte
US20150004598A1 (en) 2011-04-25 2015-01-01 University Of Washington Compositions and methods for multiplex biomarker profiling
WO2016005517A1 (en) 2014-07-09 2016-01-14 Vetgenomics, S.L. Methods for detecting target dna sequences
US9274077B2 (en) 2011-05-27 2016-03-01 Genapsys, Inc. Systems and methods for genetic and biological analysis
WO2016065192A1 (en) 2014-10-22 2016-04-28 Roka Bioscience, Inc. Compositions and methods for the detection of nucleic acids
US20160231324A1 (en) 2013-09-24 2016-08-11 The Regents Of The University Of California Encapsulated sensors and sensing systems for bioassays and diagnostics and methods for making and using them
US20160265036A1 (en) 2013-11-05 2016-09-15 Htg Molecular Diagnostics, Inc. Methods for detecting nucleic acids
US20160298179A1 (en) 2013-12-05 2016-10-13 Capitalbio Corporation Luminophore-labeled molecules coupled with particles for microarray-based assays
US9482662B2 (en) 2010-03-01 2016-11-01 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules or particles using beads or other capture objects
US9536041B2 (en) 2008-06-30 2017-01-03 Bionano Genomics, Inc. Methods and devices for single-molecule whole genome analysis
WO2017008177A1 (en) 2015-07-14 2017-01-19 Capitalbio Corporation Compositions and methods for detection of genetic deafness gene mutation
ES2603380A1 (es) 2017-01-17 2017-02-27 Ox-Cta, S.L. Equipo y procedimiento de detección de protozoos
ES2607753T3 (es) 2006-03-27 2017-04-03 Oxford University Innovation Limited Procedimiento de diagnóstico

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP3308173B2 (ja) * 1996-11-07 2002-07-29 松下電器産業株式会社 尿検査方法およびそれに用いる尿検査装置
WO2009037659A2 (en) * 2007-09-17 2009-03-26 Stroemberg Mattias Magnetic detection of small entities
CN101430334A (zh) * 2008-11-05 2009-05-13 中国科学院上海应用物理研究所 基于核酸适体的靶物质的检测方法及其固相生物感应器
EP2358898B1 (en) * 2008-11-17 2016-08-31 Headway Technologies, Inc. Methods and compositions in particle-based detection of target molecules using covalent bond forming reactive pairs
US20120322064A1 (en) * 2011-05-23 2012-12-20 Board Of Trustees Of Michigan State University Hybridization probes and methods of their use
AU2014256903B2 (en) * 2013-04-25 2020-09-24 Firefly Bioworks, Inc. Multiplexed analysis of target nucleic acids
US11260386B2 (en) * 2015-06-05 2022-03-01 The Emerther Company Component of a device, a device, and a method for purifying and testing biomolecules from biological samples
CN105158477A (zh) * 2015-06-15 2015-12-16 中国科学院上海微系统与信息技术研究所 一种量子点荧光探针及其应用
CN106940313B (zh) * 2017-02-27 2020-05-22 未名环境分子诊断(广东)有限公司 一种基于非聚集的银包金纳米粒子的毒品检测比色传感器

Patent Citations (47)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0447154A2 (en) 1990-03-12 1991-09-18 Biosite Diagnostics Inc. Device for ligand-receptor methods
WO1998033939A1 (fr) 1997-01-31 1998-08-06 Hitachi, Ltd. Procede pour determiner une sequence de base d'acide nucleique et appareil correspondant
US20020028457A1 (en) 2000-02-16 2002-03-07 Quantum Dot Corporation Single target counting assays using semiconductor nanocrystals
EP1502101B1 (en) 2001-09-06 2012-11-07 Straus Holdings Inc. Rapid and sensitive detection of cells and viruses
ES2329986T3 (es) * 2001-09-06 2009-12-03 Rapid Micro Biosystems Inc Deteccion rapida de celulas en replicacion.
WO2003025540A2 (en) 2001-09-18 2003-03-27 U.S. Genomics, Inc. Differential tagging of polymers for high resolution linear analysis
US20110152111A1 (en) 2002-10-03 2011-06-23 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid analysis using archived or fixed samples
WO2005107818A2 (en) 2004-04-30 2005-11-17 University Of Florida Nanoparticles and their use for multifunctional bioimaging
EP1747295B1 (en) 2004-05-12 2012-01-11 Nanosphere, Inc. Bio-barcode based detection of target analytes
US20070259359A1 (en) 2004-08-24 2007-11-08 Mikhail Briman Nanoelectronic Detection of Biomolecules Employing Analyte Amplification and Reporters
US7799554B2 (en) 2006-03-16 2010-09-21 The Board Of Trustees Of The University Of Illinois Lateral flow devices
ES2607753T3 (es) 2006-03-27 2017-04-03 Oxford University Innovation Limited Procedimiento de diagnóstico
US20070269852A1 (en) 2006-05-18 2007-11-22 James Johan Muys Method and apparatus for detecting airborne pathogens using quantum dots
US7955802B2 (en) 2006-12-13 2011-06-07 Luminex Corporation Systems and methods for multiplex analysis of PCR in real time
WO2009012343A2 (en) 2007-07-16 2009-01-22 California Institute Of Technology Arrays, substrates, devices, methods and systems for detecting target molecules
US20090156428A1 (en) 2007-11-30 2009-06-18 Malcolm Alastair J Multi-mode microarray apparatus and method for concurrent and sequential biological assays
US20110160090A1 (en) 2008-05-05 2011-06-30 Los Alamos National Laboratory Nanocrystal-Based Lateral Flow Microarrays and Low-Voltage Signal Detection Systems
US9536041B2 (en) 2008-06-30 2017-01-03 Bionano Genomics, Inc. Methods and devices for single-molecule whole genome analysis
US20100086993A1 (en) 2008-10-07 2010-04-08 National Synchrotron Radiation Research Center Cell detecting system and quantum dot measuring system
WO2010057264A1 (en) 2008-11-21 2010-05-27 Genera Biosystems Limited Analyte detection assay
US8298765B2 (en) 2009-01-01 2012-10-30 Cornell University Multifunctional nucleic acid nano-structures
US20110171749A1 (en) 2009-03-02 2011-07-14 Board Of Trustees Of Michigan State University Nanoparticle tracer-based electrochemical dna sensor for detection of pathogens-amplification by a universal nano-tracer (aunt)
EP2270202A1 (en) 2009-07-03 2011-01-05 John Ikonomopoulos Mycobacterial detection
WO2011038403A1 (en) 2009-09-28 2011-03-31 Yuling Luo Methods of detecting nucleic acid sequences with high specificity
US20130023433A1 (en) 2009-09-28 2013-01-24 Yuling Luo Methods of detecting nucleic acid sequences with high specificity
US9482662B2 (en) 2010-03-01 2016-11-01 Quanterix Corporation Ultra-sensitive detection of molecules or particles using beads or other capture objects
US8609337B2 (en) 2010-06-07 2013-12-17 Firefly Bioworks, Inc. Nucleic acid detection and quantification by post-hybridization labeling and universal encoding
US20120071330A1 (en) 2010-06-30 2012-03-22 Stratos Genomics Inc. Multiplexed identification of nucleic acid sequences
WO2012013731A1 (en) 2010-07-29 2012-02-02 F. Hoffmann - La Roche Ag Qualitative and quantitative detection of microbial nucleic acids
US20130172211A1 (en) 2010-08-06 2013-07-04 Ariosa Diagnostics, Inc. Ligation-based detection of genetic variants
WO2012016357A1 (en) 2010-08-06 2012-02-09 Capitalbio Corporation Microarray-based assay integrated with particles for analyzing molecular interactions
EP2616557B1 (en) 2010-09-16 2014-12-24 Australian Centre for Plant Functional Genomics Pty Ltd. Capture based nucleic acid detection
WO2012034177A1 (en) * 2010-09-16 2012-03-22 Australian Centre For Plant Functional Genomics Pty Ltd Capture based nucleic acid detection
US20150004598A1 (en) 2011-04-25 2015-01-01 University Of Washington Compositions and methods for multiplex biomarker profiling
US9274077B2 (en) 2011-05-27 2016-03-01 Genapsys, Inc. Systems and methods for genetic and biological analysis
US20130123145A1 (en) 2011-06-13 2013-05-16 Nnanoaxis, Llc Methods. particles, and assay kits for identifying presence of biological parameters
US8691500B2 (en) 2011-07-29 2014-04-08 Korea Institute Of Science And Technology Device and method for detecting biomolecule
US20130085078A1 (en) 2011-09-29 2013-04-04 Luminex Corporation Hydrolysis Probes
US20140024024A1 (en) 2012-07-17 2014-01-23 General Electric Company Methods of detecting dna, rna and protein in biological samples
US20140332407A1 (en) 2013-05-13 2014-11-13 Sony Corporation Sensor, sensor kit and method for detecting an analyte
US20160231324A1 (en) 2013-09-24 2016-08-11 The Regents Of The University Of California Encapsulated sensors and sensing systems for bioassays and diagnostics and methods for making and using them
US20160265036A1 (en) 2013-11-05 2016-09-15 Htg Molecular Diagnostics, Inc. Methods for detecting nucleic acids
US20160298179A1 (en) 2013-12-05 2016-10-13 Capitalbio Corporation Luminophore-labeled molecules coupled with particles for microarray-based assays
WO2016005517A1 (en) 2014-07-09 2016-01-14 Vetgenomics, S.L. Methods for detecting target dna sequences
WO2016065192A1 (en) 2014-10-22 2016-04-28 Roka Bioscience, Inc. Compositions and methods for the detection of nucleic acids
WO2017008177A1 (en) 2015-07-14 2017-01-19 Capitalbio Corporation Compositions and methods for detection of genetic deafness gene mutation
ES2603380A1 (es) 2017-01-17 2017-02-27 Ox-Cta, S.L. Equipo y procedimiento de detección de protozoos

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
See also references of EP3677690A4

Also Published As

Publication number Publication date
EP3677690A4 (en) 2021-06-30
CN111051527A (zh) 2020-04-21
US20200354776A1 (en) 2020-11-12
JP2020532306A (ja) 2020-11-12
MA50044A (fr) 2020-07-08
EP3677690A1 (en) 2020-07-08
ES2702432A1 (es) 2019-02-28
KR20200042511A (ko) 2020-04-23
ES2702432B2 (es) 2019-08-05

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