WO2017122333A1 - 核酸増幅装置 - Google Patents

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WO2017122333A1
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WO
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temperature control
temperature
block
unit
nucleic acid
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PCT/JP2016/051038
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English (en)
French (fr)
Inventor
真吾 久川
Original Assignee
株式会社鳥人間
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M1/00Apparatus for enzymology or microbiology
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology

Definitions

  • the present invention relates to a nucleic acid amplification apparatus for amplifying a target nucleic acid region.
  • bioscience including genome research, disease research, and genetically modified crop research.
  • the development of bioscience is also bringing about expansion of contact with society outside the research field. For example, identification of the production area or variety of agricultural products and marine products, blood tests and allergen tests at the individual level can be mentioned.
  • Nucleic acid amplification technology is one of the biotechnology that contributed to the development of today's bioscience. Nucleic acid amplification is applied in various fields using biotechnology. For example, it is used for gene expression analysis, infectious disease testing, and SNP analysis in the medical field, and used for DNA examination of genetically modified crops in the agricultural field.
  • nucleic acid amplification method examples include polymerase chain reaction (Polymerase Chain Reaction: PCR) and ligase chain reaction (LCR). According to PCR and LCR, the target region of the target nucleic acid can be amplified several million times.
  • PCR Polymerase Chain Reaction
  • LCR ligase chain reaction
  • PCR generally uses two primers and a heat-resistant DNA polymerase to dissociate double-stranded DNA (hereinafter also referred to as “dissociation step”), each dissociated single-stranded DNA and one primer A step (hereinafter also referred to as “annealing step”), a step of extending the complementary strand of the single-stranded DNA from a primer annealed using a single-stranded DNA as a template (hereinafter also referred to as “extension step”).
  • dissociation step each dissociated single-stranded DNA and one primer A step
  • annealing step a primer A step
  • extension step a step of extending the complementary strand of the single-stranded DNA from a primer annealed using a single-stranded DNA as a template
  • the target nucleic acid region is amplified by repeating the thermal cycle including
  • LCR uses four primers and a heat-resistant DNA ligase to dissociate double-stranded DNA, anneal each dissociated single-stranded DNA and two primers, and anneal to adjacent two primers.
  • the target nucleic acid region is amplified by repeating a thermal cycle including a step of ligating DNAs with DNA ligase.
  • a nucleic acid amplification device is used to perform PCR and LCR.
  • a general nucleic acid amplification apparatus includes one temperature control block.
  • a reaction solution containing the nucleic acid to be amplified is placed in a reaction vessel, for example, a microtube.
  • a necessary heat cycle is given to the reaction solution in the microtube, and the nucleic acid is amplified.
  • Patent Documents 1 and 2 In recent years, techniques for carrying out PCR and LCR more simply and in a short time have been proposed (Patent Documents 1 and 2).
  • Patent Document 1 discloses a nucleic acid amplification device in which one temperature control block is divided into a plurality of areas and each area is set to a different temperature.
  • the reaction vessel is a flow path that crosses each area.
  • a reaction solution containing the nucleic acid to be amplified is introduced into the channel.
  • the reaction solution passes through areas set at different temperatures in advance, the reaction solution is subjected to a thermal cycle, and nucleic acid is amplified.
  • Patent Document 2 discloses a nucleic acid amplification device including a plurality of temperature control blocks that are set to different temperatures and a transfer mechanism for transferring a reaction vessel.
  • the reaction vessel is a tube-like reaction vessel containing a reaction solution.
  • each reaction vessel containing the reaction solution is individually transferred to a predetermined temperature control block.
  • a predetermined thermal cycle is individually given to the reaction liquid in each reaction vessel, and the nucleic acid is amplified.
  • the nucleic acid amplification device it is not necessary to raise and lower the temperature control blocks in accordance with the thermal cycle, and nucleic acid amplification can be performed in a short time.
  • the nucleic acid amplifying apparatus of Reference 2 needs to transfer reaction containers one by one, and is not suitable for simultaneously applying the same thermal cycle to a plurality of reaction solutions.
  • nucleic acid amplification devices that can be handled without requiring skill for researchers who are not specialized in bioscience or who are not skilled in bioscience. I came. Further, it is considered that there is an increasing demand for a nucleic acid amplification apparatus that can perform nucleic acid amplification simply and quickly even for an organization such as an individual who is not a researcher or a retailer.
  • a mounting portion for mounting at least one tubular reaction vessel containing a reaction solution; a holding portion for holding the mounting portion; and at least one for detachably storing the at least one reaction vessel.
  • a nucleic acid amplifying apparatus comprising: at least two temperature control blocks having one recess; and a transfer mechanism for transferring the holding unit between the at least two temperature control blocks, wherein the at least two temperature control blocks include: A first drive unit that includes a temperature control block and a second temperature control block, and the transfer mechanism changes a distance between the holding unit and the at least two temperature control blocks; and the holding unit and the An apparatus is provided that includes a second drive for horizontally approaching and separating at least two temperature control blocks.
  • a nucleic acid amplification apparatus capable of performing nucleic acid amplification quickly and easily can be provided.
  • FIG. 1 is a schematic diagram of a nucleic acid amplification apparatus according to Embodiment 1.
  • FIG. 1 is a schematic diagram of a nucleic acid amplification apparatus according to Embodiment 1.
  • FIG. It is a figure which shows the state which isolate
  • FIG. It is a figure which shows the fixing
  • FIG. It is a figure which shows the sliding part of the nucleic acid amplifier which concerns on Embodiment 1.
  • FIG. It is a figure which shows the opening / closing mechanism of the nucleic acid amplifier which concerns on Embodiment 1.
  • FIG. 1 is a schematic diagram of a nucleic acid amplification apparatus according to Embodiment 1.
  • FIG. It is a figure which shows the state which isolate
  • the sliding portion is at the position farthest from the heat block (the uppermost position), and the opening / closing mechanism is open.
  • the sliding part is in a position approaching the heat block from the uppermost position, and the opening / closing mechanism is closed.
  • the sliding part and the heat block are in the closest position, and the opening / closing mechanism is open.
  • the sliding part is in a position approaching the heat block from the uppermost position, and shows a state in which the plate is held with the opening / closing mechanism open.
  • the sliding part is at the uppermost position and the state is shown in which the plate is held with the open / close mechanism open. It is a figure which shows the thermal cycle which concerns on embodiment. It is a figure which shows the protocol which concerns on embodiment. It is a figure which shows the flowchart of the temperature control which concerns on embodiment.
  • the at least two temperature control blocks include, for example, a first temperature control block and a second temperature control block.
  • the first temperature adjustment block and the second temperature adjustment block can be adjusted in advance to different temperatures. Therefore, it is not necessary to raise and lower the temperature of the temperature control block for the nucleic acid amplification reaction.
  • the temperature of the first temperature control block and the second temperature control block is adjusted to an appropriate temperature in accordance with, for example, a two-step thermal cycle including a dissociation step, an annealing step and an extension step in the nucleic acid amplification reaction. It can be adjusted in advance.
  • each temperature control block in the nucleic acid amplification reaction is set to an appropriate temperature in advance, it is sufficient to maintain the temperature of the temperature control block itself in the processing step that performs the dissociation step, annealing step, and extension step. There is no need to adjust the temperature. Therefore, there is no or substantially negligible time required for temperature adjustment to change the temperature of the temperature adjustment block itself in the processing step.
  • the transfer mechanism includes a transfer mechanism that transfers the holding unit between at least two temperature control blocks.
  • the transfer mechanism includes a first drive unit that changes a distance between the holding unit and the at least two temperature control blocks.
  • the first driving unit may include the holding unit, and an elevating mechanism that raises and lowers the holding unit with respect to the temperature control block facing the holding unit.
  • the transfer mechanism includes a second driving unit that horizontally moves the holding unit and the at least two temperature control blocks apart from each other.
  • the transfer mechanism includes, but is not limited to, a connecting part that connects the first driving part and the second driving part.
  • the second drive unit is configured to connect the first drive unit to the at least two temperature control blocks so as to face a temperature control block different from the temperature control block facing the holding unit. Can be moved horizontally.
  • the transfer mechanism can transfer the at least one tube-shaped reaction vessel between temperature control blocks that have been adjusted to different temperatures in advance according to a predetermined nucleic acid amplification protocol.
  • the transfer mechanism moves the reaction vessel containing the reaction solution between temperature control blocks adjusted to different temperatures, thereby providing a predetermined heat.
  • a cycle can be applied to the reaction.
  • the nucleic acid amplification apparatus uses a tube-like reaction container. Therefore, the nucleic acid amplification reaction can be easily carried out without requiring skill as compared with a nucleic acid amplification apparatus using a reaction vessel having a flow path.
  • FIG. 1 and FIG. 2 are schematic diagrams (cover is not shown) showing an overall image of the nucleic acid amplification device 1 according to the first embodiment.
  • the nucleic acid amplification device 1 includes a fixing unit 100 and a rotating unit 200.
  • the rotating part 200 that functions as a part of the transfer mechanism includes an L-shaped chassis 202 and a sliding part 210 that moves up and down attached to the L-shaped chassis 202.
  • the fixing unit 100 is divided at intervals of, for example, 120 degrees around a base unit 102, a rotation driving unit 104 provided in the center of the base unit 102, and a rotation shaft 104 ⁇ / b> A of the rotation driving unit 104.
  • a sensor installed at each station detects in which station the mounting unit is arranged.
  • the interval between the stations is not limited to 120 degrees, and may be a combination of smaller angles. Further, the intervals between the stations may be equal or different.
  • the number of stations is not limited to three, and may be two or four.
  • the rotation driving unit 104 is not limited, but can rotate the L-shaped chassis 202 constituting the rotating unit 200 about one rotation.
  • the station 110A includes a heat block 114A that is a rectangular parallelepiped temperature control block fixed to the base portion 102, and a plurality of columnar shapes are provided on the upper surface of the heat block 114A (the surface opposite to the surface facing the base portion 102). Alternatively, a tapered recess 116A is formed.
  • the number of the recesses 116A may be, for example, 8 for 8X1, 16 for 8X2, and 96 for 8X12. The number and arrangement of the recesses 116A are merely examples, and are not meant to be limiting.
  • a heat source (not shown) is provided on the lower surface of the heat block 114A (the surface facing the base portion 102) and / or the side surface between the upper surface and the lower surface of the heat block 114A.
  • the heat source for the temperature control block is not limited, but can be heated using electricity. In one embodiment, the heat source can be heated and absorbed using electricity.
  • the heat source is not limited, but may be, for example, a cement resistor, an enamel resistor, a rubber heater, a film heater, a heater using a heating wire, or a Peltier element. In certain embodiments, the heat source is a cement resistor, enamel resistor, or rubber heater. According to this embodiment, an inexpensive apparatus capable of performing a rapid nucleic acid reaction is provided.
  • a temperature sensor (not shown) for detecting the temperature of the heat block 114A is further provided on the lower surface of the heat block 114A or other portions.
  • the station 110B is similarly configured, and is provided with a heat block 114B, a recess 116B, a heat source, and a temperature sensor.
  • the station 110C is similarly configured, and is provided with a heat block 114C, a recess 116C, a heat source, and a temperature sensor.
  • the rotating part 200 is fixed to the L-shaped chassis 202 and the flat surface part 202 ⁇ / b> A (part parallel to the base part) of the L-shaped chassis 202, and is firmly connected to the rotating shaft 104 ⁇ / b> A.
  • the bearing portion 204 is provided.
  • a cam motor 206 for driving a cam mechanism 300 to be described later is provided on one surface (surface closer to the bearing portion 204) of the elevation surface portion 202B (portion perpendicular to the base portion) of the L-shaped chassis.
  • a cam mechanism 300 and a sliding portion 210 that is moved up and down by the cam mechanism 300 are provided on the other surface of the upright portion 202B.
  • the rotation drive unit 104 rotates the L-shaped chassis 202 in the horizontal direction.
  • the horizontal direction refers to the direction in which the planar portion 202A extends
  • the vertical direction refers to the vertical direction when the free end of the rotating shaft 104A is viewed upward.
  • the sliding portion 210 includes a rectangular upper block 212, a similar rectangular lower block 214 fixed to the upper block 212 with a predetermined gap 213, and an upper block 212. It has a slit block 216 formed with a guide slit 218 that is fixed on the upper side and extends substantially in the lateral direction. These blocks 212, 214, and 216 are integrally formed with screws, an adhesive, or the like.
  • a cylinder 214A protruding in the vertical direction is provided on the upper side, and a hollow portion 214AX is formed in the cylinder 214A.
  • the hollow portion 214AX also penetrates the lower block 214.
  • the other end of the lower block 214 is provided with a hollow cylinder 214B that protrudes in the vertical direction.
  • the hollow portion 214BX also penetrates the lower block 214.
  • the upper block 212 is formed with through holes 212A and 212B for receiving the cylinders 214A and 214B.
  • the base portions of the cylinders 214A and 214B are thicker than the through holes 212A and 212B due to a step, and a predetermined gap 213 is secured.
  • the upper block 212 is integrally fixed to the lower block 214 with a predetermined gap 213 maintained.
  • the lower block 214 may include a heat source for the upper part (lid) of the tube group 500 and a lid heating unit when the opening / closing mechanism holds the tube group 500.
  • a fin 212 ⁇ / b> F extending in the vertical direction is provided at one end of the upper block 212. Similar fins may be provided at the other end. As shown in FIG.
  • a pair of parallel rails 202 ⁇ / b> D and 202 ⁇ / b> E extending in the vertical direction are fixed to the elevation surface portion 202 ⁇ / b> B of the L-shaped chassis.
  • Opposing rails 210D and 210E sliding on the pair of rails 202D and 202E are provided on the sliding portion 210.
  • sensors 202F and 202G are fixed to the rail 202E at two locations, upper and lower. The sensors 202F and 202G detect the fin 212F and detect the position of the sliding portion 210.
  • the gap 213 is provided with an opening / closing mechanism including a pair of leg members 220 and 222.
  • the opening / closing mechanism constitutes a holding part.
  • FIG. 6 is a view showing an opening / closing mechanism in which the upper block 212 and the lower block 214 are omitted.
  • the leg member 220 has a U-shape when viewed from the side, and includes a front leg 220A, a rear leg 220B, and an intermediate part 220C.
  • a vertical slit 220F is formed in the rear leg 220B.
  • a rack 220D is formed in the intermediate portion 220C, and a groove 220E is formed in parallel with the rack 220D.
  • a protrusion (not shown) is formed on the upper surface of the lower block 214, and the length of the protrusion is about half or less than the groove 220E.
  • the leg member 222 has the same shape as the leg member 220, and includes a front leg 222A, a rear leg 222B, and an intermediate part 222C. A rack 222D and a groove (not shown) are formed in the intermediate part 222C. Yes.
  • a gear-like pinion 224 is provided between the rack 220D and the rack 222D, which is substantially in the center of the gap 213.
  • the upper end of the shaft of the pinion 224 is rotatably held by the upper block 212 and the lower end is rotatably held by the lower block 214.
  • leg member 220 When the leg member 220 is moved in the X direction (direction parallel to the longitudinal direction of the lower block 214 and toward the other leg member 222) by a cam mechanism 300, which will be described later, a rack and pinion mechanism (220D). 224, 222D), the other leg member 222 is also directed in the X direction shown in the figure. As a result, the pair of leg members 220 and 222 are directed toward each other (closed direction).
  • Protruding portions 220AT and 220BT are formed on the lower end of each of the front leg 220A and the rear leg 220B and projecting to the tip in the separating direction (Y direction). Similar protrusions 222AT and 222BT are also formed on the front leg 222A and the rear leg 222B.
  • the cam mechanism 300 includes a cam member 302 and a seesaw member 304.
  • the cam member 302 includes a short radius portion 302A having a circular outer periphery, a long radius portion 302B having a circular outer periphery, and inclined portions 302C and 302D that connect the two with gentle slopes.
  • the short radius portion 302A is expanded over about 180 degrees around the cam member 302, and the long radius portion 302B is also expanded over the remaining about 180 degrees.
  • an engagement pin 302E that protrudes in parallel with the axial direction of the cam member is provided at a substantially central point of the short radius portion 302A of the cam member 302.
  • the base portion of the engagement pin 302E is formed of a thick cylindrical member so that the engagement pin 302E is not bent, bent, or deformed.
  • the engagement pin 302E slides in the guide slit 218 when the cam member 302 rotates.
  • the central axis of the cam member 302 is firmly connected to the cam motor 206.
  • the seesaw member 304 is rotatably inserted into a fixed shaft 304D that is fixed to the upright portion 202B of the L-shaped chassis 202.
  • One end of the seesaw member 304 is provided with an outer peripheral surface of the cam member 302, in particular, a pressure contact surface 304A that is in pressure contact with the long radius portion 302B, while the other end is an engagement pin 304B that is slidable in the slit 220F of the leg member 220. Is provided.
  • the seesaw member 304 is provided with a spring 304E that is urged toward the rotational direction Y.
  • One end of the spring 304E is fixed to the upright portion 202B of the L-shaped chassis 202, and the other end is fixed in the vicinity of the engagement pin 304B of the seesaw member 304.
  • the seesaw member 304 When the cam member 302 is rotated 180 degrees in the Y direction from the position shown in FIG. 6, the seesaw member 304 is rotated in the Y direction by the spring 304E, and the press contact surface 304A of the seesaw member 304 is the short radius portion 302A of the cam member 302. Proximity to. Further, the engagement pin 304B slides and drives in a direction to open the opening / closing mechanism (220, 222).
  • FIG. 8 shows a generally rectangular plate 400 and tube group 500.
  • a plurality of circular openings 402 are formed in the plate 400. When the plate 400 is placed on the heat block 114A, these circular openings 402 coincide with the positions of the plurality of recesses 116A formed in the heat block 114A.
  • the plurality of circular openings 402 of the plate 400 removably receive a tube group 500 in which a plurality of tubes 502 that are tapered reaction vessels are connected.
  • FIG. 8 exemplarily shows a tube group 500 in which eight tubes 502 are connected, but the tube-like reaction container is not limited to this, and the tubes 502 may be individually separated and independent. .
  • Notches 400A, 400B, 400C, and 400D are formed on the long sides of the plate 400. Accordingly, projections 400E, 400F, 400G, and 400H are provided at the four corners of the plate 400.
  • these protrusions 400E, 400F, 400G, 400H are the protrusion 220AT of the front leg 220A, the protrusion 220BT of the rear leg 220B, the protrusion 222AT of the front leg 222A, and the rear leg.
  • the protrusion 222BT of 222B is engaged. Thereby, the plate 400 is captured by the opening / closing mechanism (220, 222).
  • the opening / closing mechanism (220, 222) when the opening / closing mechanism (220, 222) is closed, the protrusion 400E and the like are separated from the protrusion 220AT and the like. As a result, the plate 400 is released from the opening / closing mechanism (220, 222).
  • the plate 400 and the tube 502 are illustrated as being separable.
  • an integrally formed tube-shaped reaction vessel in which the plate 400 and the tube 502 are integrally formed, for example, a well It may be a plate.
  • the position of the sliding portion 210 shown in FIG. 6 is that the engaging pin 302E of the cam member 302 is at the lowest position. Therefore, the slit block 216 is also at the lowest position, and the sliding portion 210 integrated therewith is also at the lowest position.
  • the sliding portion 210 is also at the uppermost position.
  • the state shown in FIG. 1 is a state in which the sliding portion 210 is disposed in the station 110A. When the sliding portion 210 is in the uppermost position, the protrusions of all the legs of the front legs 220A and 222A, the rear legs 220B (not shown in FIG.
  • 220AT (not shown), 220BT (not shown), 222AT (not shown), and 222BT (not shown) are arranged above the upper surface of the heat block 114A by a predetermined distance or more.
  • the predetermined distance here refers to the length of the tube group 500 protruding from the lower surface of the plate 400 when the tube group 500 (not shown) is inserted into the circular opening 402 of the plate 400.
  • the protruding portions 220AT, 220BT, and 222AT of all the legs of the front legs 220A and 222A and the rear legs 220B and 222B. , 222BT are arranged below the upper surface of the heat block 114A.
  • the positions of the protruding portions 220AT, 220BT, 222AT, 222BT when the sliding portion 210 moves to the lowest position may be arranged at the same height as the upper surface of the heat block 114A, or arranged above the upper surface. May be.
  • the plate 400 is also referred to as a mounting portion.
  • the sliding part 210 incorporating the opening / closing mechanism (220, 222) is also referred to as a holding part.
  • the cam mechanism 300 and the cam motor 206 are included in the lifting mechanism in the first embodiment.
  • the rotation drive unit 104 is also referred to as a second drive unit.
  • the L-shaped chassis 202 is also referred to as a connecting portion.
  • the heat blocks 114A, 114B, and 114C are also referred to as temperature control blocks.
  • the reaction solution is not limited, but includes, for example, a nucleic acid to be amplified, a primer set for amplification, and other components for amplifying a known nucleic acid, such as an enzyme (polymerase or ligase), nucleotide (nucleoside triphosphate) ) And a solvent.
  • the reaction solution is maintained from room temperature to a temperature T1 (for example, 95 ° C.) for a period t1 (for example, 15 seconds), subsequently to a temperature T2 (for example, 55 ° C.) for a period t2 (for example, 15 seconds), and subsequently to a temperature T3 (for example, (72 ° C.) is repeated for a predetermined number of times (N1), and the temperature is returned to room temperature.
  • T1 for example, 95 ° C.
  • T2 for example, 55 ° C.
  • a temperature T3 for example, (72 ° C.
  • N1 predetermined number of times
  • the nucleic acid amplification device includes a cover (not shown) for protecting the user from the rotating unit 200 to be driven.
  • the cover covers the mounting portion, the holding portion, the first temperature adjustment block, the second temperature adjustment block, the third temperature adjustment block, and the transfer mechanism together with the base.
  • the cover has a gate that can be opened and closed, and the user can access the station 110A through the gate.
  • the sliding part 210 is disposed at a position facing the station 110B, and the sliding part 210 is at the uppermost position.
  • the user can easily mount the tube group 500 containing the reaction solution on the plate 400 by hand, and install the plate 400 on the heat block 114A so that the tube group 500 is accommodated in the recess 116A. It is.
  • the sliding portion 210 is at the uppermost position of the station 110A. Even in this state, the user can manually set the plate 400 into which the tube group 500 containing the reaction solution is inserted on the heat block 114A.
  • the user executes a predetermined protocol.
  • a predetermined protocol is started, when the sliding part 210 is at a position facing the station 110B, the sliding part 210 first moves to the uppermost position of the position facing the station 110A.
  • the sliding portion 210 is lowered to the lowest position, and the opening / closing mechanism (220, 222) is opened to hold the plate 400. While holding the plate 400, the sliding portion 210 is raised to the uppermost position and enters a standby state. In the standby state, the heat block 114A is set to the temperature T2, the heat block 114B is set to the temperature T1, and the heat block 114C is set to the temperature T3.
  • the sliding part 210 is rotated 120 degrees and moved to the position of the station 110B.
  • the sliding part 210 descends to the lowest position at the position of the station 110B and is stopped on the heat block 114B for a time t1.
  • the sliding portion 210 moves up to the uppermost position while holding the plate 400, is rotated 120 degrees, and is arranged at the station 110A. Subsequently, the sliding part 210 descends to the lowest position at the position of the station 110A and is stopped on the heat block 114A for a time t2.
  • the sliding portion 210 moves up to the uppermost position while holding the plate 400, is rotated 120 degrees, and is disposed at the station 110C. Subsequently, the sliding part 210 descends to the lowest position at the position of the station 110C, and is stopped on the heat block 114C for a time t3. After the elapse of time t3, the sliding part 210 moves up to the uppermost position while holding the plate 400, is rotated backward by 240 degrees, and returns to the station 110B. These operations are defined as one cycle, and this cycle is repeated as many times as specified by the protocol.
  • the sliding part 210 stands by in a state facing the station 110A at the uppermost position while holding the plate 400.
  • the heat block 114A of the station 110A is returned to room temperature.
  • the sliding part 210 is lowered from the uppermost position to the lowermost position.
  • the opening / closing mechanism (220, 222) is closed, and the plate 400 that has been held is moved to the room temperature. Place on heat block 114A.
  • the sliding part 210 returns to the uppermost position.
  • the sliding part 210 is rotated by 120 ° and moved to a position facing the station 110B. At this point, the protocol ends. Subsequently, the plate 400 in which the tube group 500 is inserted is manually removed from the heat block 114A.
  • the sliding part 210 is arranged at the position of the station 110B, and the sliding part 210 is at the uppermost position as shown in FIG. 7a.
  • the engaging pin 302E is at the uppermost position.
  • the position where the cam member 302 is in this state is referred to as the highest reference position.
  • the pressure contact surface 304A of the seesaw member 304 is in contact with the inclined portion 302D. Therefore, the opening / closing mechanism (220, 222) is in an open state.
  • the user manually mounts the tube group 500 (not shown) containing the reaction solution on the plate 400 and heat-blocks the plate 400 so that the lower half of the tube group 500 fits into the recess 116A. Place on 114A.
  • the user executes a predetermined protocol.
  • a predetermined protocol is started, first, the sliding portion 210 moves to the uppermost position opposite to the station 110A.
  • the cam motor 206 (not shown) is driven, and the cam member 302 is rotated in the X direction shown in FIG. 7a.
  • the pressure contact surface 304A rides on the long radius portion 302B of the cam member 302
  • the seesaw member 304 is rotated in the X direction
  • the opening / closing mechanisms (220, 222) are closed (X direction).
  • the engagement pin 302E moves downward from the uppermost position, and the sliding portion 210 also moves downward from the uppermost position.
  • the protrusions 220AT, 220BT, 222AT, and 222BT of the front legs 220A and 222A and the rear legs 220B and 222B first come into contact with the protrusions 400E, 400F, 400G, and 400H of the plate 400.
  • the pressure contact surface 304 ⁇ / b> A is kept slightly apart from the short radius portion 302 ⁇ / b> A of the cam member 302.
  • the sliding portion 210 is rotated 120 degrees while holding the plate 400 and is disposed at the station 110A.
  • FIG. 9 is a schematic diagram showing an example of temperature control in a nucleic acid amplification reaction that can be performed by the nucleic acid amplification device 1 according to Embodiment 1 as a pattern A.
  • FIG. 9 is a schematic diagram showing an example of temperature control in a nucleic acid amplification reaction that can be performed by the nucleic acid amplification device 1 according to Embodiment 1 as a pattern A.
  • the temperature of the reaction solution in the tube group 500 is adjusted in the nucleic acid amplification apparatus 1 as follows.
  • the reaction solution at room temperature (RT) is changed to temperature T11 (temperature rise), and the tube group 500 is held for a time t11.
  • the time t11 also includes the time of temperature change from the temperature of the previous step to the temperature T11.
  • the temperature change time from room temperature is also included.
  • the reaction liquid which has been T11 is changed to a temperature T12 (temperature drop) and held for a time t12.
  • the time t12 includes the time of temperature change from the temperature of the previous step to the temperature T12.
  • the number of times (N1) specified in the protocol is repeated with the combination of temperature changes as one thermal cycle.
  • the above heat cycle is an example, and T11 and T12, t11 and t12 are appropriately set according to the target nucleic acid amplification reaction. Moreover, although the said heat cycle was a protocol which makes 2 steps 1 cycle, the number of steps of 1 cycle is also set suitably according to nucleic acid amplification reaction.
  • the reaction solution that has been at room temperature (RT) is changed to a temperature T21 (temperature rise) and held for a time t21.
  • the reaction liquid which has been T21 is changed to a temperature T22 (temperature drop) and held for a time t22.
  • the reaction liquid at T22 is changed to temperature T23 (heated up) and held for time t23.
  • the times t21, t22, and t23 include the time for temperature change from the temperature of the previous step to the predetermined temperature.
  • the number of times (N2) specified in the protocol is repeated with the combination of temperature changes as one thermal cycle.
  • the nucleic acid reaction thermal cycle is a nucleic acid amplification reaction in which one type of thermal cycle is repeated a predetermined number of times.
  • FIG. 10 shows a flowchart of temperature adjustment in the nucleic acid amplification device 1 described above.
  • FIG. 10A shows an example in which the thermal cycle shown in FIG. 9A is performed
  • FIG. 10B shows an example in which the thermal cycle shown in FIG. 9B is executed. It is what.
  • step S1 When the protocol shown in FIG. 10A is started (step S1), the plate 400 carrying the reaction vessel tube group 500 is held by the transfer mechanism from the temperature control block in which the reaction vessel is installed, and is placed at the uppermost position. Arranged (step S10). Next, the temperatures of the first and second temperature control blocks are adjusted to temperatures T11 and T12 defined in the protocol, respectively (step S11).
  • step S13 It is determined whether the temperature of the temperature adjustment block has been adjusted to the temperature specified in the protocol (step S13). If the determination result is NO, the thermal cycle is not started. If the determination result is YES, the thermal cycle is started.
  • the plate 400 on which the tube group 500 is mounted is transferred to the first temperature adjustment block adjusted to the temperature T11 by the transfer mechanism (step S15a).
  • the tube group 500 is held in the first temperature control block (step S15b).
  • the double-stranded DNA serving as the template in the reaction solution can be dissociated to cause a dissociation reaction to form single-stranded DNA.
  • the plate 400 on which the tube group 500 is mounted is transferred to the second temperature adjustment block adjusted to the temperature T12 by the transfer mechanism (step S15c).
  • the tube group 500 is held in the second temperature control block (step S15d).
  • the DNA dissociated into single strands in the reaction solution is annealed with the corresponding primer, and then the complementary strand of the single-stranded DNA can be extended using the annealed single-stranded DNA as a template.
  • step S17 it is determined whether the number of times (N1) specified in the protocol has been completed. If the determination result is NO, the plate 400 on which the tube group 500 is mounted is adjusted to the temperature T11. Steps S15a to S15d are repeated until the thermal cycle specified in the protocol reaches the specified number of times (N1).
  • step S2 a predetermined thermal cycle is given to the reaction solution in the tube group 500, and a predetermined nucleic acid region is amplified.
  • the protocol may include further steps after the end of the defined thermal cycle. For example, after holding the plate 400 on which the tube group 500 is mounted at the uppermost position, the step of adjusting the first temperature control block to room temperature, and transferring the plate 400 to the first temperature control block, A step of installing in one temperature control block may be included.
  • step S3 When the protocol shown in FIG. 10B is started (step S3), the plate 400 carrying the reaction vessel tube group 500 is held by the transfer mechanism from the temperature control block in which the reaction vessel is installed, and is placed at the uppermost position. Arranged (step S20). Next, the temperatures of the first, second, and third temperature adjustment blocks are respectively adjusted to the temperatures T21, T22, and T23 defined in the protocol (step S21). It is determined whether the temperature of the temperature adjustment block has been adjusted to the temperature specified in the protocol (step S23). If the determination result is NO, the thermal cycle is not started. If the determination result is YES, the thermal cycle is started.
  • the plate 400 on which the tube group 500 is mounted is transferred to the first temperature adjustment block adjusted to the temperature T21 by the transfer mechanism (step S25a).
  • the tube group 500 is held in the first temperature control block (step S25b).
  • the double-stranded DNA serving as the template in the reaction solution can be dissociated to cause a dissociation reaction to form single-stranded DNA.
  • the plate 400 is transferred to the second temperature adjustment block adjusted to the temperature T22 by the transfer mechanism (step S25c).
  • the tube group 500 is held in the second temperature control block (step S25d). In this step, the DNA dissociated into single strands in the reaction solution can be annealed with the corresponding primer.
  • the plate 400 is transferred to the third temperature adjustment block adjusted to the temperature T23 by the transfer mechanism (step S25e).
  • the tube group 500 is held in the third temperature control block (step S25f). In this step, the complementary strand of the single-stranded DNA can be extended using the annealed single-stranded DNA as a template.
  • step S27 it is determined whether or not the number of times (N2) specified in the protocol has been completed for the thermal cycle (step S27). If the determination result is NO, the plate 400 is adjusted to the first temperature adjustment adjusted to the temperature T21. Steps S25a to S25f are repeated until the thermal cycle specified in the protocol reaches the specified number of times (N2).
  • step S4 the process is ended (step S4).
  • a predetermined thermal cycle is given to the reaction solution in the tube group 500, and a predetermined nucleic acid region is amplified.
  • the protocol may include other steps after the end of the defined thermal cycle.
  • the above-mentioned nucleic acid amplification protocol is an example, and how to adjust the temperature of each temperature control block and how long the incubation time in each temperature control block is to be determined is a specific nucleic acid amplification. It is set appropriately depending on the method.
  • the transfer mechanism includes [2] a first drive unit that moves the mounting unit up and down with respect to any one of at least two temperature control blocks, and the mounting unit as the at least two temperature control blocks.
  • the second driving unit that horizontally moves and the holding unit that holds the mounting unit are connected to the first driving unit, but the present invention is not limited thereto.
  • the transfer mechanism may include [3] a first drive unit that raises and lowers at least two temperature control blocks with respect to the mounting unit held by the holding unit, and the at least two temperature control blocks with respect to the mounting unit. You may include the 2nd drive part moved horizontally. In the embodiment [3], the temperature control block is moved up and down and moved horizontally.
  • the transfer mechanism includes [4] a connecting part that connects the first driving part and the second driving part. In still another embodiment, the transfer mechanism has [5] the first drive unit and the second drive unit on substantially the same axis.
  • the at least two temperature adjustment blocks include a third temperature adjustment block.
  • One embodiment provides a nucleic acid amplification device in which the at least two temperature control blocks are arranged on the circumference in the configuration of the above embodiment [6].
  • Another embodiment provides a nucleic acid amplifying device in which the at least two temperature control blocks are arranged in a straight line in the configuration of the above [6].
  • the at least two temperature adjustment blocks include a first temperature adjustment block, a second temperature adjustment block, and a third temperature adjustment block.
  • the first temperature control block, the second temperature control block, and the third temperature control block are provided around the circumferential axis with respect to the transfer mechanism, and provide a nucleic acid amplification device.
  • At least one of the temperature control blocks has an opening in at least one of the recesses, and the opening
  • a nucleic acid amplification device having a photodetector coupled to the.
  • the photodetector has a light source unit that irradiates the reaction liquid in the reaction vessel mounted on the mounting unit with excitation light, and a detection unit that detects emission of light having a wavelength different from that of the excitation light from the reaction liquid ( Neither is shown).
  • the reaction solution placed in a reaction vessel connected to a temperature control block having an opening and an optical fiber includes, for example, a reagent that emits fluorescence by binding to double-stranded DNA.
  • a reagent that emits fluorescence by binding to double-stranded DNA.
  • the detection result is sent to the control device.
  • the detection result can be displayed on the display unit.
  • the light source unit for example, a light emitting diode (LED), a gas laser, a semiconductor laser, a xenon lamp, or a halogen lamp is used.
  • a photodiode, a photomultiplier, or a CCD is used for the detection unit.
  • nucleic acid amplification device according to one embodiment of the present invention has been described above. However, this nucleic acid amplification device is an example, and the invention described in the appended claims is not limited in any way. Absent.
  • the temperature control of the temperature control block is a process that takes time in the nucleic acid amplification time ( About 0.2 seconds per degree C).
  • the temperature of a specific temperature control block is adjusted in accordance with the dissociation step, annealing step, and extension step in the nucleic acid amplification reaction. There is no need to do.
  • the nucleic acid amplification reaction there is no or substantially negligible time required to adjust the temperature of each temperature control block.
  • the time required for transfer between the temperature control blocks is not limited, but is 1 to 2 seconds or 1.5 seconds. According to the above configuration, nucleic acid amplification can be performed rapidly.
  • the tube-shaped reaction vessel can be used without any particular limitation as a commercial product.
  • the tube is a microtube for PCR, for example.
  • the capacity of the tube is, for example, a microtube for PCR having a capacity of 0.05 to 1.0 ml, preferably 0.2 ml, 0.5 ml or 0.6 ml.
  • the cover is driven by covering the mounting portion, the holding portion, the first temperature adjustment block, the second temperature adjustment block, the third temperature adjustment block, and the transfer mechanism together with the base supporting them. It is installed for the purpose of protecting the user from contact with the transfer mechanism.
  • the cover is provided with at least one openable / closable gate, through which the reaction vessel is taken in and out of the cover.
  • An internal temperature adjusting unit for example, a fan for adjusting the internal temperature of the cover and the base is provided below the second drive unit.
  • the holding unit is provided with a lid heating unit for the tube upper part (lid).
  • the lid heating unit is intended to prevent the reaction liquid in the reaction vessel from vaporizing and condensing in the upper part of the reaction vessel. This eliminates the need for laminating mineral oil or the like for the purpose of preventing the reaction solution from evaporating.
  • the lid heating unit has a heat source (for example, a heater or a Peltier element).
  • the holding unit having the lid heating unit may include a lid heating unit protective cover for the purpose of protecting the user from the heat of the lid heating unit.
  • the temperature control block may include a block protective cover that covers the temperature control block.
  • the reaction solution for nucleic acid amplification includes a single-stranded or double-stranded DNA serving as a template and a pair of primers.
  • At least one tube containing the reaction solution is mounted on a mounting unit included in the nucleic acid amplification device according to this embodiment.
  • the mounting portion is installed in the first temperature control block along the recess of the first temperature control block that detachably accommodates the tube mounted on the mounting portion.
  • at least 1 tube containing a reaction liquid is installed in the mounting part previously installed in the 1st temperature control block along the recessed part of a 1st temperature control block.

Abstract

反応液を含む少なくとも1つのチューブ状の反応容器を搭載する搭載部;前記搭載部を保持する保持部;前記少なくとも1つの反応容器を着脱可能に収容する少なくとも1つの凹部を有する、少なくとも2つの温度調節ブロック;および前記保持部を、前記少なくとも2つの温度調節ブロック間を移送する移送機構を含む核酸増幅装置を提供する。

Description

核酸増幅装置
 本発明は、目的の核酸領域を増幅するための核酸増幅装置に関する。
 近年のバイオテクノロジーの急激な発展により、ゲノム研究、疾患の研究、遺伝子組み換え作物の研究を含むバイオサイエンスが急速に発展している。バイオサイエンスの発展は、研究分野以外の社会との接点の拡大ももたらしつつある。例えば、農産物や海産物の産地または品種の特定、個人レベルでの血液検査やアレルゲン検査などが挙げられる。
 核酸増幅技術は、今日のバイオサイエンスの発展に貢献したバイオテクノロジーの1つである。核酸増幅は、バイオテクノロジーを利用する様々な分野で応用されている。例えば、医学分野では遺伝子発現解析、感染症検査、SNP解析に用いられ、農業分野では遺伝子組み換え作物のDNA鑑定に用いられている。
 核酸増幅方法には、例えばポリメラーゼ連鎖反応(Polymerase Chain Reaction:PCR)およびリガーゼ連鎖反応(Ligase Chain Reaction:LCR)がある。
 PCRおよびLCRによれば、標的核酸の目的の領域を数百万倍に増幅できる。PCRは、一般に、2つのプライマーと耐熱性のDNAポリメラーゼを用い、二本鎖のDNAを解離させる工程(以下、「解離工程」ともいう。)、解離した各一本鎖DNAと1つのプライマーとをアニーリングさせる工程(以下、「アニーリング工程」ともいう。)、一本鎖DNAを鋳型としてアニーリングしたプライマーからその一本鎖DNAの相補鎖をDNAポリメラーゼにより伸長させる工程(以下、「伸長工程」ともいう。)を含む熱サイクルを繰り返すことで、目的の核酸領域を増幅する。LCRは、一般に、4つのプライマーと耐熱性のDNAリガーゼを用い、二本鎖のDNAを解離させ、解離した各一本鎖DNAと2つのプライマーとをアニーリングさせ、アニーリングして隣接した2つのプライマーをDNAリガーゼにより連結する工程を含む熱サイクルを繰り返すことで、目的の核酸領域を増幅する。
 PCRおよびLCRを実施するために、核酸増幅装置が用いられる。一般的な核酸増幅装置は、1個の温度調節ブロックを含む。増幅対象の核酸を含む反応液は、反応容器、例えばマイクロチューブに入れられる。前記マイクロチューブを温度調節ブロックに設置し、前記温度調節ブロックを昇温および降温することで、前記マイクロチューブ内の反応液に必要な熱サイクルが与えられ、核酸が増幅される。このような核酸増幅装置では、温度調節ブロック自体の温度調節(昇温および降温)に時間を要し、十分な核酸の増幅に2~3時間を要した。
 近年、より簡便かつ短時間にPCRおよびLCRを実施するための技術が提案されている(特許文献1および2)。
特開2008-200006号 特開2011-239688号
 特許文献1は、1つの温度調節ブロックを複数のエリアに分け、各エリアを異なる温度に設定する核酸増幅装置を開示する。反応容器は、各エリアを横切る流路である。増幅対象の核酸を含む反応液は、前記流路に導入される。前記反応液が予め異なる温度に設定されたエリアを通過することにより、前記反応液に熱サイクルが与えられ、核酸が増幅される。前記核酸増幅装置によれば、熱サイクルにあわせて温度調節ブロックを昇温および降温する必要がなく、短時間に核酸増幅できるとされる。しかしながら、引用文献1の核酸増幅装置では、微量な反応液を狭小な流路へ投入する必要があり、操作が容易ではない。また、反応容器として特殊な流路を備えたディスクを用いるため汎用性に欠ける。
 特許文献2は、それぞれ異なる温度に設定される複数の温度調節ブロックと、反応容器を移送させる移送機構とを備える核酸増幅装置を開示する。前記反応容器は、反応液を含むチューブ状の反応容器である。前記移送機構により、反応液を含む反応容器はそれぞれ所定の温度調節ブロックに個別に移送される。これにより、各反応容器中の反応液に所定の熱サイクルが個別に与えられ、核酸が増幅される。前記核酸増幅装置によれば、熱サイクルに合わせて各温度調節ブロックを昇温および降温する必要がなく、短時間に核酸増幅できるとされる。しかしながら、引用文献2の核酸増幅装置では、反応容器を1つずつ移送する必要があり、複数の反応液に同時に同じ熱サイクルを与えるのに適していない。
 バイオサイエンスが発展していくに伴って、バイオサイエンスを専門としない研究者または熟練者ではないバイオサイエンスの研究者にとって、熟練を要さずに取扱うことができる核酸増幅装置に対する要求があらたに生じてきた。また、研究者ではない個人や小売業者などの団体であっても、簡便かつ迅速に核酸増幅を実施できる核酸増幅装置に関する要求が高まっていくと考えられる。
 本発明の第1の態様は、反応液を含む少なくとも1つのチューブ状の反応容器を搭載する搭載部;前記搭載部を保持する保持部;前記少なくとも1つの反応容器を着脱可能に収容する少なくとも1つの凹部を有する、少なくとも2つの温度調節ブロック;および前記保持部を、前記少なくとも2つの温度調節ブロック間を移送する移送機構を含む核酸増幅装置であって、前記少なくとも2つの温度調節ブロックは、第一の温度調節ブロックおよび第二の温度調節ブロックを含み、および前記移送機構が、前記保持部と前記少なくとも2つの温度調節ブロックとの距離を変更する第一の駆動部、および前記保持部と前記少なくとも2つの温度調節ブロックとを水平に接近離間させる第二の駆動部を含む、装置を提供する。
 本発明によれば、迅速かつ簡便に核酸増幅を実施できる核酸増幅装置を提供できる。
実施形態1に係る核酸増幅装置の模式図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置の模式図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置の回転部と固定部を分離した状態を示す図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置の固定部を示す図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置の摺動部を示す図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置の開閉機構を示す図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置おいて、摺動部がヒートブロックから最も離れた位置(最上位置)にあり、開閉機構が開いた状態を示す図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置おいて、摺動部が最上位置からヒートブロックに近づいた位置にあり、開閉機構が閉じた状態を示す図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置おいて、摺動部とヒートブロックとが最も近い位置にあり、開閉機構が開いた状態を示す図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置おいて、摺動部が最上位置からヒートブロックに近づいた位置にあり、開閉機構が開いた状態でプレートを保持した状態を示す図である。 実施形態1に係る核酸増幅装置おいて、摺動部が最上位置にあり、開閉機構が開いた状態でプレートを保持した状態を示す図である。 実施の形態に係る熱サイクルを示す図である。 実施の形態に係るプロトコルを示す図である。 実施の形態に係る温度調節のフローチャートを示す図である。
 本発明の第1の態様に係る核酸増幅装置における前記少なくとも2つの温度調節ブロックは、例えば、第一の温度調節ブロックおよび第二の温度調節ブロックを含む。この実施形態によれば、第一の温度調節ブロックおよび第二の温度調節ブロックをそれぞれ異なる温度に予め調節できる。したがって、核酸増幅反応のために、温度調節ブロックの温度を逐一、上昇および下降させる必要はない。第一の温度調節ブロックおよび第二の温度調節ブロックの温度は、例えば、核酸増幅反応における解離工程と、アニーリング工程および伸長工程とを含む2ステップの熱サイクルにあわせて、それぞれの適切な温度に予め調節しておくことができる。核酸増幅反応において各温度調節ブロックの温度は予め適切な温度に設定されているので、解離工程、アニーリング工程や伸長工程を実行する処理工程においては温度調節ブロック自体の温度を維持するだけで十分であり、温度を変更するような調節は必要がない。従って、処理工程における温度調節ブロック自体の温度を変更する温度調節に要する時間は皆無または実質的に無視できる。
 この態様において、前記移送機構は、前記保持部を、少なくとも2つの温度調節ブロック間を移送する移送機構を含む。前記移送機構は、前記保持部と前記少なくとも2つの温度調節ブロックとの距離を変更する第一の駆動部を含む。前記第一の駆動部は、限定するものではないが、前記保持部を有し、および前記保持部が対向する温度調節ブロックに対して前記保持部を昇降させる昇降機構を有してもよい。前記移送機構は、前記保持部と前記少なくとも2つの温度調節ブロックとを水平に接近離間させる第二の駆動部を含む。前記移送機構は、限定するものではないが、前記第一の駆動部と前記第二の駆動部とを連結する連結部を含む。前記連結部により、前記第二の駆動部は、前記保持部と対向する温度調節ブロックからそれとは別の温度調節ブロックに対向するように、前記第一の駆動部を前記少なくとも2つの温度調節ブロックに対して水平移動させることが可能となる。前記移送機構は、前記少なくとも1つのチューブ状の反応容器を、所定の核酸増幅プロトコルに従って、あらかじめ異なる温度に調節された温度調節ブロック間を移送できる。反応容器が、増幅対象の核酸を含む反応液を含む場合、前記移送機構により、前記反応液を含んだ反応容器を、異なる温度に調節された温度調節ブロック間を移送させることで、所定の熱サイクルを前記反応液に与えることができる。
 この態様に係る核酸増幅装置は、チューブ状の反応容器を用いる。したがって、流路を有する反応容器を利用した核酸増幅装置に比べて、熟練を要することなく簡便に核酸増幅反応を実施することができる。
 以下、さらに本発明の実施形態について、添付する図面を参照しつつ説明する。
 なお、以下の説明はすべて例示であって限定的なものではなく、添付する特許請求の範囲に記載の発明をいかようにも限定するものではない。本明細書に記載の具体的な実施形態、材料、組成物および方法から容易に認識される均等物、または変更、改変もしくは変形が本発明の範囲内にあることが意図される。
[実施形態1]
 図1および図2は、実施形態1に係る核酸増幅装置1の全体像を示す模式図(カバーは図示せず)である。
 図3に示すように、実施形態1に係る核酸増幅装置1は、固定部100と回転部200を有する。移送機構の一部として機能する回転部200は、L字型シャーシ202と、L字型シャーシ202に取り付けた上下動する摺動部210を有する。
 図4に示すように、固定部100は、ベース部102と、ベース部102の中央に設けた回転駆動部104と、回転駆動部104の回転軸104Aを中心に、例えば120度の間隔で分割された3つのステーション110A、110B、110Cと、それぞれのステーションに設置されたセンサ112A、112B、112Cを有する。この実施例において、各ステーションに設置されたセンサは、搭載部がどのステーションに配置されているかを検知する。ステーションの間隔は、120度に限定されず、より小さい角度の組み合わせであってよい。また、ステーションの間隔は、等間隔であってもよいし異なっていてもよい。ステーションの数は3個に限定されず、2個であってもよく又は4個であってもよい。回転駆動部104は、限定するものではないが、回転部200を構成するL字型シャーシ202を約1回転、回転させることができる。
 ステーション110Aは、ベース部102に固定された直方体の温度調節ブロックであるヒートブロック114Aを有し、ヒートブロック114Aの上面(ベース部102に対向した面とは逆の面)には複数の円柱状又はテーパー状の凹部116Aが形成されている。凹部116Aの数は、例えば、8X1で8個、8X2で16個、8X12で96個あってよい。凹部116Aの数および配置は、例示であって、限定を意味するものではない。ヒートブロック114Aの下面(ベース部102に対向した面)および/またはヒートブロック114Aの上面と下面との間の側面には、熱源(図示せず)が設けられている。
 温度調節ブロックに対する熱源は、限定するものではないが、電気を利用して加熱できるものである。1つの実施形態において、熱源は、電気を利用して加熱および吸熱できるものである。熱源は、限定するものではないが、例えばセメント抵抗器、ホーロー抵抗器、ラバーヒーター、フィルムヒーター、電熱線を利用したもの、ペルチェ素子であってよい。特定の実施形態において、熱源は、セメント抵抗器、ホーロー抵抗器、またはラバーヒーターである。この実施形態によれば、安価で、迅速な核酸反応を実施できる装置が提供される。ステーション110Aにおいて、さらに、ヒートブロック114Aの温度を感知する温度センサ(図示せず)がヒートブロック114Aの下面又はその他の部分に設けられている。
 ステーション110Bも同様に構成され、ヒートブロック114B、凹部116B、熱源、温度センサが設けられている。ステーション110Cも同様に構成され、ヒートブロック114C、凹部116C、熱源、温度センサが設けられている。
 図2、図3に示すように、回転部200は、L字型シャーシ202と、L字型シャーシ202の平面部202A(ベース部と並行な部分)に固定され、回転軸104Aと強固に連結される軸受部204を有する。L字型シャーシの立面部202B(ベース部と垂直な部分)の一方の面(軸受部204に近い方の面)には、後述するカム機構300を駆動するカム用モータ206が設けられ、立面部202Bの他方の面には、カム機構300と、そのカム機構300により上下動される摺動部210が設けられている。回転駆動部104は、L字型シャーシ202を水平方向に回転する。ここで水平方向とは、平面部202Aが延在する方向をいい、上下方向とは、回転軸104Aの自由端を上として見た場合の上下方向をいう。
 図5に示すように摺動部210は、長方形の上側ブロック212と、この上側ブロック212に対し所定の間隙213を開けて固定された、同様な長方形の下側ブロック214と、上側ブロック212の上側に固定され、大略横方向に延在するガイドスリット218が形成されたスリットブロック216を有する。これらのブロック212、214、216はネジ又は接着剤等で一体的に構成される。
 下側ブロック214の長手方向の一方の端部には、上側に垂直方向に突出する円柱214Aが設けられ、円柱214Aは中空部分214AXが形成されている。この中空部分214AXは、下側ブロック214も貫通している。下側ブロック214の他方の端部にも、同様に垂直方向に突出する中空の円柱214Bが設けられ、この中空部分214BXは、下側ブロック214も貫通している。上側ブロック212には、円柱214A、214Bを受け入れる貫通孔212A、212Bが形成されている。また、円柱214A、214Bの根元部分は段差により貫通孔212A、212Bよりも太くなっており、所定の間隙213を確保する。上側ブロック212は、下側ブロック214に対し、所定の間隙213を保った状態で一体的に固定される。下側ブロック214は、後述するように、開閉機構がチューブ群500を保持した際に、前記チューブ群500の上部(蓋)に対する熱源、蓋加熱部を含んでいてもよい。
 上側ブロック212の一方の端には上下方向に伸びるフィン212Fが設けられている。他方の端にも同様のフィンを設けてもよい。
 図3に示すように、L字型シャーシの立面部202Bには、上下方向に伸びる一対の平行なレール202D、202Eが固定されている。この一対のレール202D、202Eに摺動する対向レール210D、210Eが摺動部210に設けられている。更にレール202Eには上下二箇所にセンサ202F、202Gが固定されており、このセンサ202F、202Gにより、フィン212Fを検知し、摺動部210の位置を検出する。
 図5に示すように、間隙213には一対の脚部材220、222で構成される開閉機構が設けられている。開閉機構は保持部を構成する。
 図6は、上側ブロック212と下側ブロック214が省略された開閉機構を示す図である。図6に示すように、脚部材220は、横から見るとU字状の形状を有し、前方脚220A、後方脚220B、および中間部220Cで構成される。後方脚220Bには上下方向のスリット220Fが形成されている。中間部220Cにはラック220Dが形成されていると共に、ラック220Dと平行に溝220Eが形成されている。下側ブロック214の上面には、突出部(図示せず)が形成されており、その突出部の長さは、溝220Eよりも半分程度かそれ以下の長さのものである。下側ブロック214に脚部材220が乗せられると、溝220E内に突出部がスライド可能に嵌合し、脚部材220は下側ブロック214の長手方向に移動可能である。
 脚部材222は、脚部材220と同様な形状を有し、前方脚222A、後方脚222B、および中間部222Cを有し、中間部222Cにはラック222Dと溝(図示せず)が形成されている。
 間隙213のほぼ中央であって、ラック220Dとラック222Dとの間には、歯車状のピニオン224が設けられている。ピニオン224の軸の上側端は上側ブロック212に回転自在に保持されると共に、下側端は下側ブロック214に回転自在に保持される。
 後述するカム機構300により脚部材220が図示するX方向(下側ブロック214の長手方向と平行な方向であって、他方の脚部材222に向かう方向)に動かされると、ラックアンドピニオン機構(220D、224、222D)により他方の脚部材222も図示するX方向に向かう。その結果、一対の脚部材220、222は、互いに接近する方向(閉じる方向)に向かう。他方、カム機構300により脚部材220が図示するY方向(下側ブロック214の長手方向と平行な方向であって、他方の脚部材222と離れる方向)に動かされると、ラックアンドピニオン機構(220D、224、222D)により他方の脚部材222も図示するY方向に向かう。その結果、一対の脚部材220、222は、互いに離間する方向(開く方向)に向かう。
 前方脚220A、後方脚220Bのそれぞれの下側先端であって、離間方向(Y方向)の先端部に突出する突出部220AT、220BTが形成されている。前方脚222A、後方脚222Bにも同様な突出部222AT、222BTが形成されている。
 図6において、カム機構300は、カム部材302とシーソー部材304を有する。カム部材302は、外周が円状の短半径部302Aと、外周が円状の長半径部302Bと、両者を緩やかな斜面で繋ぐ傾斜部302C、302Dとを有する。短半径部302Aは、カム部材302の周り約180度に亘って展開され、長半径部302Bも残りの約180度に亘って展開される。更に、カム部材302の短半径部302Aのほぼ中央点に、カム部材の軸方向と平行に突出する係合ピン302Eを有する。係合ピン302Eの根元部分は、係合ピン302Eが湾曲して折れたり、変形したりすることが無いように太めの円柱部材で構成されている。係合ピン302Eは、カム部材302が回転するとガイドスリット218内をスライドする。カム部材302の中心軸はカム用モータ206に強固に連結されている。シーソー部材304は、L字型シャーシ202の立面部202Bに固定された固定軸304Dに回転可能に挿入されている。シーソー部材304の一端は、カム部材302の外周面、特に長半径部302Bと圧接する圧接面304Aが設けられている一方、他端は、脚部材220のスリット220Fにスライド可能な係合ピン304Bが設けられている。
 更に、図7a(図6を後方側から見た図)に示すように、シーソー部材304には、回転方向Yに向かって付勢されるバネ304Eが設けられている。バネ304Eの一端はL字型シャーシ202の立面部202Bに固定され、他端は、シーソー部材304の係合ピン304Bの近傍に固定される。
 図6に示す位置からカム部材302が180度、Y方向に回転すると、係合ピン302Eがガイドスリット218内を横方向にスライドし、これによりスリットブロック216が上方向に持ち上げられる。従って、スリットブロック216と一体的に構成された摺動部210も上方向に持ち上げられる。
 また、図6に示す位置からカム部材302が180度、Y方向に回転すると、シーソー部材304はバネ304EによりY方向に回転され、シーソー部材304の圧接面304Aがカム部材302の短半径部302Aに近接する。また、係合ピン304Bはスライドし、開閉機構(220、222)を開く方向に駆動する。
 図8は、大略長方形のプレート400およびチューブ群500を示す。プレート400には複数の円開口402が形成されている。プレート400がヒートブロック114Aの上に置かれると、これらの円開口402はヒートブロック114Aに形成した複数の凹部116Aの位置と合致する。
 プレート400の複数の円開口402は、テーパー状の反応容器であるチューブ502が複数連結されたチューブ群500を着脱可能に受ける。図8には例示的に、8本のチューブ502が連結されたチューブ群500を示すが、チューブ状の反応容器はこれに限定されず、チューブ502が個別に分離独立したものであってもよい。
 プレート400の長手の側辺には切欠部400A、400B、400C、400Dが形成されている。従って、プレート400の4隅には突起400E、400F、400G、400Hが設けられている。開閉機構(220、222)が開いたとき、これらの突起400E、400F、400G、400Hは、前方脚220Aの突出部220AT、後方脚220Bの突出部220BT、前方脚222Aの突出部222AT、後方脚222Bの突出部222BTと係合する。これにより、プレート400は開閉機構(220、222)に捕らえられる。また、開閉機構(220、222)が閉じたとき、突起400E等は突出部220AT等から離間する。これにより、プレート400は開閉機構(220、222)から解放される。
 実施形態1ではプレート400とチューブ502とは分離可能な形態を例示するが、他の実施形態において、プレート400とチューブ502が一体的に形成された一体形成型のチューブ状の反応容器、例えばウェルプレートであってもよい。
 図6で示される摺動部210の位置は、カム部材302の係合ピン302Eが最下位置にある。従ってスリットブロック216も最下位置にあり、それと一体の摺動部210も最下位置にある。図1に示す状態は、カム部材302の係合ピン302Eが最上位置にあるので、摺動部210も最上位置にある。また、図1に示す状態は、摺動部210がステーション110Aに配置されている状態である。摺動部210が最上位置にある状態では、前方脚220A、222A、後方脚220B(図1において図示せず。以下、この段落において同じ)、222B(図示せず)の全ての脚の突出部220AT(図示せず)、220BT(図示せず)、222AT(図示せず)、222BT(図示せず)がヒートブロック114Aの上面より所定距離以上の上方に配置される。ここでいう所定距離は、チューブ群500(図示せず)がプレート400の円開口402に挿入された状態の時、プレート400の下面から突出するチューブ群500の長さをいう。
 図1の状態から、カム部材302が180度回転し、摺動部210が最下位置に移動すると、前方脚220A、222A、後方脚220B、222Bの全ての脚の突出部220AT、220BT、222AT、222BTがヒートブロック114Aの上面より下側に配置される。摺動部210が最下位置に移動した場合の突出部220AT、220BT、222AT、222BTの位置は、ヒートブロック114Aの上面と同じ高さに配置されてもよいし、前記上面より上側に配置されてもよい。
 以上説明した構成において、プレート400は搭載部ともいう。開閉機構(220、222)が組み込まれた摺動部210は保持部ともいう。カム機構300およびカム用モータ206は、実施形態1において昇降機構に含まれる。回転駆動部104を第二の駆動部ともいう。L字型シャーシ202は、連結部ともいう。ヒートブロック114A、114B、114Cは温度調節ブロックともいう。
 次に、本発明に係る核酸増幅装置の動作について説明する。
 まず、反応液について説明する。反応液は、限定するものではないが、例えば増幅対象の核酸、増幅用のプライマーセット、および他の公知の核酸を増幅するための成分、例えば酵素(ポリメラーゼまたはリガーゼ)、ヌクレオチド(ヌクレオシド三リン酸)および溶媒等を含む。反応液は、室温から温度T1(例えば95℃)に期間t1(例えば15秒間)保持され、続いて温度T2(例えば55℃)に期間t2(例えば15秒間)保持され、続いて温度T3(例えば72℃)に期間t3(例えば60秒間)保持される熱サイクルを所定の回数(N1)繰り返した後に、室温に戻される。ここで示した、温度と時間は一例であり、他の温度や他の時間であってもよい。
 次に、この実施形態に係る核酸増幅装置の動作を概説する。実施形態1に係る核酸増幅装置は、駆動する回転部200から使用者を保護するための、カバーを有する(図示せず)。前記カバーは、搭載部、保持部、第一の温度調節ブロック、第二の温度調節ブロック、第三の温度調節ブロック、および移送機構をベースとともに覆う。実施形態1に係る核酸増幅装置において、前記カバーは開閉可能なゲートを有し、使用者は前記ゲートを通じてステーション110Aにアクセスできるようになる。
 最初、摺動部210は、ステーション110Bに対向した位置に配置されており、また、摺動部210は最上位置にある。この状態にあるとき、使用者は手作業で、反応液を含むチューブ群500をプレート400に搭載し、チューブ群500が凹部116Aに収まるようにプレート400をヒートブロック114A上に設置することが容易である。或いは、摺動部210は、ステーション110Aの位置の最上位置にある。この状態でも、使用者は手作業で、反応液を含むチューブ群500が挿入されたプレート400をヒートブロック114A上に設定することができる。
 手作業終了後に、使用者は所定のプロトコルを実行させる。所定のプロトコルが開始されると、摺動部210がステーション110Bに対向した位置にある場合、まず、摺動部210がステーション110Aに対向した位置の最上位置に移動する。次いで、摺動部210が最下位置まで下降し、開閉機構(220、222)が開いてプレート400を保持する。プレート400を保持したまま摺動部210は、最上位置まで上昇され、待機状態に入る。待機状態において、ヒートブロック114Aが温度T2に、ヒートブロック114Bが温度T1に、ヒートブロック114Cが温度T3に設定される。
 全てのヒートブロック114A、114B、114Cがそれぞれの所定の温度に調節された後、摺動部210は、120度回転されて、ステーション110Bの位置に移動される。摺動部210は、ステーション110Bの位置で最下位置まで下降し、時間t1だけヒートブロック114Bに止め置かれる。時間t1経過後、摺動部210は、プレート400を保持したまま最上位置まで上昇し、120度回転されてステーション110Aに配置される。続いて摺動部210は、ステーション110Aの位置で最下位置まで下降し、時間t2だけヒートブロック114Aに止め置かれる。時間t2経過後、摺動部210は、プレート400を保持したまま最上位置まで上昇し、120度回転されてステーション110Cに配置される。続いて摺動部210は、ステーション110Cの位置で最下位置まで下降し、時間t3だけヒートブロック114Cに止め置かれる。時間t3経過後、摺動部210は、プレート400を保持したまま最上位置まで上昇し、240度逆回転されてステーション110Bに戻る。これらの操作を1サイクルとして、プロトコルにて規定された回数このサイクルを繰り返す。
 所定の回数このサイクルを繰り返した後、摺動部210は、プレート400を保持したまま、最上位置でステーション110Aに対向した状態で待機する。このとき、ステーション110Aのヒートブロック114Aは、室温に戻されている。ヒートブロック114Aの温度が室温に戻された後、摺動部210は、最上位置から最下位置に下降され、続いて開閉機構(220、222)が閉じ、保持していたプレート400を室温のヒートブロック114A上におく。そして、摺動部210は最上位置に戻る。最後に、摺動部210は120°回転されてステーション110Bに対向した位置に移動する。この時点でプロトコルが終了する。続いて手作業で、チューブ群500が挿入されたプレート400をヒートブロック114Aから取り出す。
 次に、上記の動作をカム機構300との関連で説明する。最初、摺動部210は、ステーション110Bの位置に配置されており、また、摺動部210は、図7aに示すように、最上位置にある。この状態のときのカム部材302の位置は、係合ピン302Eが最上位置にある。カム部材302がこの状態にある位置を最上基準位置という。最上基準位置ではシーソー部材304の圧接面304Aは、傾斜部302Dに当接している。従って、開閉機構(220、222)は開いた状態にある。この状態にあるとき、使用者は、手作業により反応液を含むチューブ群500(図示せず)をプレート400に搭載し、チューブ群500の下半身部分が凹部116Aに収まるようにプレート400をヒートブロック114Aの上に乗せる。
 手作業終了後に、使用者は所定のプロトコルを実行させる。所定のプロトコルが開始されると、まず、摺動部210がステーション110Aに対向した位置の最上位置に移動する。次に、カム用モータ206(図示せず)が駆動され、カム部材302が図7aに示すX方向に回転される。これにより圧接面304Aは、図7bに示すように、カム部材302の長半径部302Bに乗り上げ、シーソー部材304がX方向に回転され、開閉機構(220、222)は閉じる方向(X方向)に移動される。また、カム部材302のX方向への回転により、係合ピン302Eが最上位置から下方向に移動し、摺動部210も、最上位置から下方向に移動する。
 カム部材302が、図7aに示す最上基準位置から、X方向に180度より少し小さい角度まで回転されれば、図7cに示すように、摺動部210はほぼ最下位置まで移動され、前方脚220A、222A、後方脚220B、222Bの突出部220AT、220BT、222AT、222BTが、プレート400の切欠部400A、400B、400C、400Dを通り、プレート400より下方に位置する。
 図7cに示すように、カム部材302が図7aに示す位置からX方向に180度回転されれば、摺動部210が最下位置まで移動されると共に、シーソー部材304の圧接面304Aは、傾斜部302Cに当接する。これにより、シーソー部材304がY方向に回転され、開閉機構(220、222)は開く方向に移動される。カム部材302がこの状態の位置を最下基準位置という。最下基準位置においては、前方脚220A、222A、後方脚220B、222Bの突出部220AT、220BT、222AT、222BTが、まずプレート400の突起400E、400F、400G、400Hに当接するので、シーソー部材304の圧接面304Aは、カム部材302の短半径部302Aから少し離間した状態に保たれる。
 図7cの状態からカム部材302が、更にX方向に回転されると、図7dに示すように、開閉機構(220、222)は開いた状態に保たれながら、最下位置にあった摺動部210が上方向に移動される。これにより、プレート400が上方に持ち上げられ、チューブ群500(図示せず)もヒートブロック114Aから離間される。
 カム部材302が、更にX方向に回転され、図7aに示した状態から360度回転されれば、図7eに示すように、カム部材302が、再び最上基準位置に移動され、摺動部210が最上位置まで移動される。この状態にあっては、開閉機構(220、222)は開いた状態に保たれているので、チューブ群500(図示せず)と共に、プレート400は最上位置まで持ち上げられた状態にある。この状態においては、チューブ群500(図示せず)は、完全にヒートブロック114Aの凹部116Aから抜け出した状態にある。
 ここで、カム部材302の回転は停止し、図7eに示す最上位置に保たれ、待機状態が開始する。
 ここで、カム部材302の回転方向と開閉機構(220、222)との関係を説明する。カム部材302が、図7eに示す最上基準位置からY方向に180°回転すればシーソー部材304の圧接面304Aは短半径部302Aの上を通るので開閉機構(220、222)が開いた状態のままで、摺動部210は下降し、図7cの最下位置まで移動する。従って、図7cから図7dを経て図7eへの移動、又はその逆の移動は、常にシーソー部材304の圧接面304Aが短半径部302Aの上を通る様にカム部材302を回転すれば、開閉機構(220、222)は、常に開いた状態、すなわちプレート400を保持した状態のまま、最下位置と最上位置との間を行き来することができる。
 待機状態において、全てのヒートブロック114A、114B、114Cがそれぞれの所定の温度に設定されれば、摺動部210がステーション110Bに対向した位置の最上位置に移動する。そして、カム用モータ206が逆駆動され、カム部材302が図7eに示すY方向に180°回転される。従って、開閉機構(220、222)は開いた状態のままで、摺動部210は最下位置まで下降し、図7cの位置に移動する。そして、プレート400に挿入されたチューブ群500(図示せず)は、時間t1だけヒートブロック114Bに止め置かれる。
 時間t1経過後、カム用モータ206が駆動され、図7cの位置からカム部材302がX方向に180°回転される。従って、開閉機構(220、222)は開いた状態のままで、摺動部210が図7eに示す最上位置まで上昇する。
 ここで摺動部210は、プレート400を保持したまま120度回転されてステーション110Aに配置される。
 この後は、ステーション110Aにおいて同様な動作が行われ、更に、ステーション110Cにおいても同様な動作が行われる。
 図9は、実施形態1に係る核酸増幅装置1で実施可能な核酸増幅反応における温度制御の1例をパターンAとして示す模式図である。
 この例において、チューブ群500内の反応液は、核酸増幅装置1において次のように温度調節される。
 例えば、図9(a)では、室温(R.T.)であった反応液を、温度T11に変化(昇温)させ、チューブ群500を時間t11の間保持する。時間t11は、1つ前のステップの温度から温度T11への温度変化の時間も含む。この場合、室温からの温度変化の時間も含む。T11であった反応液を、温度T12に変化(降温)させ、時間t12の間保持する。時間t12は、1つ前のステップの温度から温度T12への温度変化の時間も含む。前記温度変化の組合せを1つの熱サイクルとして、プロトコルに規定された回数(N1)を繰り返す。
 上記の熱サイクルは例示であって、T11およびT12、t11およびt12は、目的とする核酸増幅反応に応じて適宜設定される。また、前記熱サイクルは2ステップを1サイクルとするプロトコルであったが、1サイクルのステップ数も核酸増幅反応に応じて適宜設定される。
 別の例として、図9(b)を参照しつつ、3ステップを1つの熱サイクルとするプロトコルを説明する。
 室温(R.T.)であった反応液を、温度T21に変化(昇温)させ、時間t21の間保持する。T21であった反応液を、温度T22に変化(降温)させ、時間t22の間保持する。さらに、T22であった反応液を、温度T23に変化(昇温)させ、時間t23の間保持する。時間t21、t22およびt23は、1つ前のステップの温度から所定温度への温度変化の時間も含む。前記温度変化の組合せを1つの熱サイクルとして、プロトコルに規定された回数(N2)を繰り返す。
 前記熱サイクルでは、1種類の熱サイクルを所定回数繰り返すものを例示したが、目的とする核酸増幅反応に応じて、異なる熱サイクルを組み合わせてもよいことは理解される。1つの実施形態において、核酸反応の熱サイクルは、1種類の熱サイクルを所定回数繰り返す核酸増幅反応が実施される。
 図10は、前記した核酸増幅装置1における温度調節のフローチャートを示す。図10(a)は図9(a)に示した熱サイクルを実施する場合を例としたものであり、図10(b)は図9(b)に示した熱サイクルを実施する場合を例としたものである。
 図10(a)に記載のプロトコルが開始されると(ステップS1)、反応容器が設置されている温度調節ブロックから反応容器チューブ群500を搭載したプレート400が移送機構に保持され、最上位置に配置される(ステップS10)。次いで、第一および第二の温度調節ブロックの温度が、プロトコルに規定された温度T11およびT12にそれぞれ調節される(ステップS11)。
 温度調節ブロックの温度がプロトコルに規定された温度に調節されたかを判定し(ステップS13)、その判定結果がNOであれば、熱サイクルは開始されない。その判定結果がYESであれば、熱サイクルが開始される。
 熱サイクルが開始されると、チューブ群500を搭載したプレート400は、移送機構によって温度T11に調節された第一の温度調節ブロックに移送される(ステップS15a)。プロトコルに規定された時間(t11)、チューブ群500は第一の温度調節ブロックにて保持される(ステップS15b)。このステップにおいて、反応液中の鋳型となる二本鎖DNAは解離して一本鎖DNAとなる解離反応が生じ得る。
 規定時間(t11)経過後、チューブ群500を搭載したプレート400は、移送機構によって温度T12に調節された第二の温度調節ブロックへ移送される(ステップS15c)。プロトコルに規定された時間(t12)、チューブ群500は第二の温度調節ブロックにて保持される(ステップS15d)。このステップにおいて、反応液中の一本鎖に解離したDNAは対応するプライマーとアニーリングし、次いで、アニーリングした一本鎖DNAを鋳型としてその一本鎖DNAの相補鎖が伸長され得る。
 次いで、前記熱サイクルがプロトコルに規定された回数(N1)終了したかを判定し(ステップS17)、その判定結果がNOであれは、チューブ群500を搭載したプレート400は、温度T11に調節された第一の温度調節ブロックへ移送され(ステップ15a)、プロトコルに規定された熱サイクルが規定回数(N1)に達するまで、ステップS15a~S15dが繰り返される。
 ステップS17での判定結果がYESの場合、処理を終了する(ステップS2)。以上により、チューブ群500中の反応液に所定の熱サイクルが与えられ、所定の核酸領域が増幅される。この実施形態において、プロトコルは、規定した熱サイクルの終了後、さらに他のステップを含んでいてもよい。例えば、チューブ群500を搭載したプレート400を、最上位置に保持した後に、第一の温度調節ブロックを室温に調節するステップ、およびプレート400を第一の温度調節ブロックに移送し、プレート400を第一の温度調節ブロックに設置するステップを含んでもよい。
 図10(b)に記載のプロトコルが開始されると(ステップS3)、反応容器が設置されている温度調節ブロックから反応容器チューブ群500を搭載したプレート400が移送機構に保持され、最上位置に配置される(ステップS20)。次いで、第一、第二、および第三の温度調節ブロックの温度が、プロトコルに規定された温度T21、T22、およびT23にそれぞれ調節される(ステップS21)。温度調節ブロックの温度がプロトコルに規定された温度に調節されたかを判定し(ステップS23)、その判定結果がNOであれば、熱サイクルは開始されない。その判定結果がYESであれば、熱サイクルが開始される。
 熱サイクルが開始されると、チューブ群500を搭載したプレート400は、移送機構によって温度T21に調節された第一の温度調節ブロックに移送される(ステップS25a)。プロトコルに規定された時間(t21)、チューブ群500は第一の温度調節ブロックにて保持される(ステップS25b)。このステップにおいて、反応液中の鋳型となる二本鎖DNAは解離して一本鎖DNAとなる解離反応が生じ得る。
 規定時間(t21)経過後、プレート400は、移送機構によって温度T22に調節された第二の温度調節ブロックへ移送される(ステップS25c)。プロトコルに規定された時間(t22)、チューブ群500は第二の温度調節ブロックにて保持される(ステップS25d)。このステップにおいて、反応液中の一本鎖に解離したDNAは対応するプライマーとアニーリングし得る。
 規定時間(t22)経過後、プレート400は、移送機構によって温度T23に調節された第三の温度調節ブロックへ移送される(ステップS25e)。プロトコルに規定された時間(t23)、チューブ群500は第三の温度調節ブロックにて保持される(ステップS25f)。このステップにおいて、アニーリングした一本鎖DNAを鋳型としてその一本鎖DNAの相補鎖が伸長され得る。
 次いで、前記熱サイクルがプロトコルに規定された回数(N2)終了したかを判定し(ステップS27)、その判定結果がNOであれは、プレート400は、温度T21に調節された第一の温度調節ブロックへ移送され(ステップ25a)、プロトコルに規定された熱サイクルが規定回数(N2)に達するまで、ステップS25a~S25fが繰り返される。
 ステップS27での判定結果がYESの場合、処理を終了する(ステップS4)。以上により、チューブ群500中の反応液に所定の熱サイクルが与えられ、所定の核酸領域が増幅される。この実施形態においても、プロトコルは、規定した熱サイクルの終了後、さらに他のステップを含んでいてもよい。
 上記の核酸増幅プロトコルは、一例であって、各温度調節ブロックの温度をどのように調節するか及び各温度調節ブロックでの保温時間をどの程度の期間にするかは、具体的な核酸増幅の方法により適宜設定される。
 上記の核酸増幅の例で言及した核酸増幅装置も一例である。例えば、実施形態1では、移送機構は、[2]搭載部を少なくとも2つの温度調節ブロックのいずれかに対して昇降させる第一の駆動部、および前記搭載部を前記少なくとも2つの温度調節ブロックに対して水平移動させる第二の駆動部を含み、および前記搭載部を保持する保持部が前記第一の駆動部に連結されていたが、これに限定されるものではない。移送機構は、例えば、[3]少なくとも2つの温度調節ブロックを保持部に保持された搭載部に対して昇降させる第一の駆動部、および前記少なくとも2つの温度調節ブロックを前記搭載部に対して水平移動させる第二の駆動部を含んでもよい。実施形態[3]では、温度調節ブロックが昇降され、かつ、水平移動する。
 別の実施形態において、前記移送機構は、[4]前記第一の駆動部と前記第二の駆動部とを連結する連結部を含む。さらに別の実施形態において、前記移送機構は、[5]前記第一の駆動部と前記第二の駆動部とが略同一軸上にある。
[6]他の実施形態において、上記実施形態[1]~[5]のいずれかに記載の構成に加え、前記少なくとも2つの温度調節ブロックは、第三の温度調節ブロックを含む。
[7]1つの実施形態は、上記実施形態[6]の構成において、前記少なくとも2つの温度調節ブロックが、円周上に配置された核酸増幅装置を提供する。別の実施形態は、上記[6]の構成において、前記少なくとも2つの温度調節ブロックが直線上に配置された、核酸増幅装置を提供する。
[8]1つの実施形態は、上記実施形態[1]の構成において、前記少なくも2つの温度調節ブロックが第一の温度調節ブロック、第二の温度調節ブロックおよび第三の温度調節ブロックからなり;前記移送機構が、前記搭載部を前記少なくとも2つの温度調節ブロックのいずれかに対して昇降させる第一の駆動部、および前記搭載部を前記少なくとも2つの温度調節ブロックに対して水平移動させる第二の駆動部を含み;前記保持部が前記第一の駆動部に連結されており;前記第一の駆動部が前記第二の駆動部に略同一軸上で連結されており;、および前記第一の温度調節ブロック、前記第二の温度調節ブロックおよび前記第三の温度調節ブロックは、前記移送機構に対して円周軸周りに配置されている、核酸増幅装置を提供する。
[10]他の実施形態は、上記実施形態[1]~[9]の構成において、前記温度調節ブロックの少なくとも1つが、その凹部の少なくとも1つに開口部を有し、および、前記開口部に連結された光検出器を有する、核酸増幅装置を提供する。光検出器は、搭載部に搭載された反応容器内の反応液に励起光を照射する光源部、及び、前記反応液から励起光と異なる波長の発光を検出する検出部を有している(ともに図示せず)。光検出器は、開口部を有する温度調節ブロックと光ファイバで連結されている反応容器に入れられた反応液は、例えば、二本鎖DNAに結合することで蛍光を発する試薬を含む。これにより、伸長産物(増幅産物)の生成量に依存した蛍光強度が検出される。検出結果は制御装置に送られる。検出結果は表示部で表示され得る。光源部は、例えば、発光ダイオード(LED)、ガスレーザー、半導体レーザー、キセノンランプ、ハロゲンランプが用いられる。検出部は、フォトダイオード、フォトマルチプライヤー、CCDが用いられる。
 以上、本発明の1つの実施の形態に係る核酸増幅装置を説明したが、この核酸増幅装置は例示であって、添付する特許請求の範囲に記載された発明をいかようにも限定するものではない。
 温度調節ブロックが1つの慣用の核酸増幅装置では、その温度調節ブロックの温度を各工程にあわせて調節する必要があり、温度調節ブロックの温度調節は、核酸増幅時間において時間を要する工程である(1℃あたり約0.2秒)。これに対して、少なくとも2つの温度調節ブロックを含む上記実施形態[1]の構成によれば、核酸増幅反応おける解離工程、アニーリング工程および伸長工程にあわせて、特定の温度調節ブロックの温度を調節する必要がない。核酸増幅反応において、各温度調節ブロックの温度を調節するのに要する時間は皆無または実質的に無視できる。温度調節ブロック間の移送に要する時間は、限定するものではないが、1~2秒または1.5秒である。上記構成によれば、核酸増幅を迅速に行うことができる。
 本明細書において、チューブ状の反応容器は、市販品を特に限定することなく使用できる。チューブは、例えばPCR用のマイクロチューブである。チューブの容量は、例えば0.05~1.0ml、好ましくは0.2ml、0.5mlまたは0.6ml容量のPCR用のマイクロチューブである。
 [11]カバーは、搭載部、保持部、第一の温度調節ブロック、第二の温度調節ブロック、第三の温度調節ブロック、および移送機構を、それらを支持するベースとともに覆うことにより、駆動する移送機構との接触から使用者を保護することを目的として設置される。カバーには、開閉可能なゲートが少なくとも1つ設けられており、このゲートを介して、カバーの内外における反応容器の出し入れが行われる。
 [12]第二の駆動部の下方には、カバーおよびベースの内部温度を調節する内部温度調節部(例えば、ファン)が設けられている。
 [13]保持部には、チューブ上部(蓋)に対する蓋加熱部が設けられている。蓋加熱部は、反応容器内の反応液が気化して反応容器上部で結露することを防ぐことを目的とする。これにより、反応液上部に反応液の蒸発を防ぐことを目的としてミネラルオイル等を積層する必要はなくなる。蓋加熱部は熱源(例えばヒーターまたはペルチェ素子)を有する。
[14]蓋加熱部を有する保持部は、蓋加熱部の熱から使用者を保護することを目的として、蓋加熱部用保護カバーを含んでよい。温度調節ブロックは、前記温度調節ブロックを覆うブロック用保護カバーを含んでもよい。
 1つの実施形態において、核酸増幅用の反応液は、鋳型となる1本鎖もしくは2本鎖DNAおよび1対のプライマーを含む。前記反応液を含む少なくとも1つのチューブを、この実施形態に係る核酸増幅装置が備える搭載部に搭載する。前記搭載部に搭載されたチューブを着脱可能に収容する第一の温度調節ブロックの凹部に沿って、前記搭載部を第一の温度調節ブロックに設置する。あるいは、第一の温度調節ブロックにあらかじめ設置された搭載部に、反応液を含む少なくとも1つのチューブを、第一の温度調節ブロックの凹部に沿って設置する。

Claims (14)

  1.  核酸増幅装置であって、
     反応液を含む少なくとも1つのチューブ状の反応容器を搭載する搭載部;
     前記搭載部を保持する保持部;
     前記少なくとも1つの反応容器を着脱可能に収容する少なくとも1つの凹部を有する、少なくとも2つの温度調節ブロック;および
     前記保持部を、前記少なくとも2つの温度調節ブロック間を移送する移送機構を含み、
     前記少なくとも2つの温度調節ブロックは、第一の温度調節ブロックおよび第二の温度調節ブロックを含み、および
     前記移送機構が、前記保持部と前記少なくとも2つの温度調節ブロックとの距離を変更する第一の駆動部、および前記保持部と前記少なくとも2つの温度調節ブロックとを水平に接近離間させる第二の駆動部を含む、装置。
  2.  前記少なくとも1つの反応容器が、前記搭載部とは独立して、個別に形成されている又は互いに連結され一体的に形成されている、請求項1に記載の装置。
  3.  前記少なくとも1つの反応容器が、前記搭載部と一体的に形成されたウェルプレートである、請求項1に記載の装置。
  4.  前記第一の駆動部が、前記保持部を有し、および前記保持部が対向する温度調節ブロックに対して前記保持部を昇降させる昇降機構を有し、および
     前記移送機構が、前記第一の駆動部と前記第二の駆動部とを連結する連結部を含み、前記連結部により、前記第二の駆動部は、前記保持部と対向する温度調節ブロックからそれとは別の温度調節ブロックに対向するように、前記第一の駆動部を前記少なくとも2つの温度調節ブロックに対して水平移動させることが可能となる、請求項1~3のいずれか一項に記載の装置。
  5.  前記第一の駆動部が、前記保持部に対向する前記少なくとも2つの温度調節ブロックを昇降させる昇降機構を有し、および
     前記移送機構が、前記第一の駆動部と前記第二の駆動部を連結する連結部を含み、前記連結部により、前記第二の駆動部は、前記保持部と対向する温度調節ブロックからそれとは別の温度調節ブロックに対向するように、前記第一の駆動部を前記保持部に対して水平移動させることが可能となる、請求項1~3のいずれか一項に記載の装置。
  6.  前記少なくとも2つの温度調節ブロックが、第三の温度調節ブロックをさらに含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の装置。
  7.  前記少なくとも2つの温度調節ブロックが、円周上に配置されている又は直線上に配置されている、請求項6に記載の装置。
  8.  前記少なくも2つの温度調節ブロックが第一の温度調節ブロック、第二の温度調節ブロックおよび第三の温度調節ブロックからなり;
     前記第一の駆動部が前記保持部を有し、および前記保持部が対向する温度調節ブロックに対して前記保持部を昇降させる昇降機構を有し;
     前記移送機構が、前記第一の駆動部と前記第二の駆動部とを連結する連結部を含み、前記連結部により、前記第二の駆動部は前記保持部と対向する温度調節ブロックからそれとは別の温度調節ブロックに対向するように、前記第一の駆動部を前記少なくとも2つの温度調節ブロックに対して水平移動させることが可能となり;
     前記第一の温度調節ブロック、前記第二の温度調節ブロックおよび前記第三の温度調節ブロックは、前記移送機構に対して円周軸周りに配置されており;および
     前記反応容器は、前記搭載部とは独立して、個別に形成されている又は互いに連結され一体的に形成されている、請求項1に記載の装置。
  9.  前記少なくとも2つの温度調節ブロックは、熱源として、それぞれセメント抵抗器、ホーロー抵抗器、ラバーヒーター、フィルムヒーターまたはペルチェ素子を含む、請求項1~8のいずれか一項に記載の装置。
  10.  前記温度調節ブロックの少なくとも1つが、その凹部の少なくとも1つに開口部を有し、および、前記開口部に連結された光検出器を有する、請求項1~9のいずれか一項に記載の装置。
  11.  前記搭載部、前記保持部、前記少なくとも2つの温度調節ブロックおよび前記移送機構を覆うカバー、およびそれらを支持するベースをさらに含む、請求項1~10のいずれか一項に記載の装置。
  12.  前記カバーおよびベースの内部温度を調節する内部温度調節部を含む、請求項11に記載の装置。
  13.  前記反応容器が蓋を有し、および前記保持部が前記蓋を加熱する蓋加熱部を含む、請求項1~12のいずれか一項に記載の装置。
  14.  前記温度調節ブロックを覆うブロック用保護カバーを含み、および前記蓋加熱部を覆う蓋加熱部用保護カバーを含む、請求項13に記載の装置。
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