WO2015041282A1 - マイクロチップ及びサンプル注入方法 - Google Patents

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WO2015041282A1 PCT/JP2014/074660 JP2014074660W WO2015041282A1 WO 2015041282 A1 WO2015041282 A1 WO 2015041282A1 JP 2014074660 W JP2014074660 W JP 2014074660W WO 2015041282 A1 WO2015041282 A1 WO 2015041282A1
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sample
unit
capillary
channel
microchip
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麻生川 稔
喜典 三品
靖夫 飯村
萩原 久
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日本電気株式会社
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    • G01N27/416Systems
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    • G01N2035/00099Characterised by type of test elements
    • G01N2035/00158Elements containing microarrays, i.e. "biochip"

Definitions

  • the present invention is based on a Japanese patent application: Japanese Patent Application No. 2013-194051 (filed on September 19, 2013), and the entire description of the application is incorporated herein by reference.
  • the present invention relates to a microchip and a sample injection method.
  • the present invention relates to a microchip in which reaction vessels communicate with each other through a fine channel and a sample injection method using the microchip.
  • Electrophoresis for analysis of DNA deoxyribonucleic acid
  • ions low-molecular compounds and the like
  • electrophoresis for analysis of DNA is performed.
  • personal identification using DNA is an effective means for efficiently narrowing down investigation targets in criminal investigations, and thus the necessity of electrophoresis for DNA is increasing.
  • Patent Documents 1 to 5 disclose microchips in which a filling container and a fine channel are provided on one chip.
  • the microchips disclosed in Patent Documents 1 to 5 have a multilayer structure in which a plurality of plates are stacked, and a sample tank and a reaction tank are formed by penetrating a part of the plurality of plates. Furthermore, the transfer of the liquid is controlled by applying pressure to the sample tank and the reaction tank from the outside and pushing out the liquid into a fine channel between the sample tank and the reaction tank.
  • Non-Patent Document 1 discloses a DNA analysis apparatus that performs steps necessary for DNA analysis on a microchip.
  • DNA analyzer As mentioned above, personal identification using DNA is used for criminal investigations. At that time, there is a desire to collect samples collected from crime scenes and to identify individuals on the spot. In order to satisfy such a demand, there are some restrictions on the size and weight of the DNA analyzer. For example, if the DNA analyzer is as large as a small refrigerator, it is difficult to bring the DNA analyzer into a crime scene.
  • Non-Patent Document 1 it is conceivable to perform steps necessary for DNA analysis on a microchip. That is, the DNA analysis apparatus can be miniaturized by carrying out steps necessary for DNA analysis such as DNA extraction, DNA amplification, and DNA length specification by electrophoresis on a microchip.
  • a microchip used in a DNA analysis apparatus is composed of a main body portion in which a plurality of plates made of a shrinkable resin are stacked, and a surface layer portion covering the surface of the main body portion. Since the main body is made of a resin material, neither gas nor liquid can pass through it. On the other hand, the surface layer portion needs to be formed using a silicon film or the like as a main material.
  • the reason for using an air permeable silicon film or the like for the surface layer is as follows.
  • sample injection When performing electrophoresis, it is necessary to inject DNA contained in the reaction sample into the capillary in advance (sample injection).
  • a capillary for example, capillary 116 in FIG. 7 filled with a polymer and a sample channel (for example, the sample channel in the same figure) extending in parallel with the capillary are used.
  • a bridge channel for example, bridge channel 152 in the figure orthogonal to the capillary and the sample channel is used.
  • the capillary is filled with the polymer, and then the reaction channel is filled with the reaction sample, and then the interface between the reaction sample and the polymer is brought into contact with the bridge channel connecting the capillary and the sample channel. .
  • the bridge channel connecting the capillary and the sample channel.
  • the reaction sample and the polymer are moved and filled in the capillary and the sample channel, respectively, and further the bridge channel
  • the reaction sample is brought into contact with the polymer interface in the bridge channel.
  • a highly viscous polymer is used, an excessive pressure is applied to the silicon film on the surface layer, and the silicon film may be damaged.
  • An object of the present invention is to provide a microchip that contributes to bringing a reaction sample and a polymer interface into contact with each other even when a higher pressure is used, and a sample injection method using the microchip.
  • a sample channel filled with a reaction sample a capillary filled with a polymer, a bridge channel connecting the sample channel and the capillary, and the bridge channel
  • a microchip comprising an air discharge unit connected and having a predetermined volume.
  • a sample channel filled with a reaction sample a capillary filled with a polymer, a bridge channel connecting the sample channel and the capillary, connected to the bridge channel,
  • a sample injection method using a microchip including an air discharge unit having a predetermined volume the step of filling the capillary with the polymer, the step of filling the sample channel with the reaction sample, and the reaction
  • a sample injection method comprising: applying a pressure to a sample and the polymer to bring an interface between the reaction sample and the polymer into contact with each other in the bridge channel.
  • a microchip that contributes to bringing a reaction sample and a polymer interface into contact with each other even when a higher pressure is used, and a sample injection method using the microchip.
  • FIG. 1 is a perspective view showing a configuration of a DNA analysis apparatus 10 according to a first embodiment. It is a figure for demonstrating the liquid transfer between reaction tanks.
  • 1 is a diagram illustrating an example of a configuration of a microchip 100.
  • FIG. 3 is a diagram illustrating an example of a cross section of a sample solution injection unit 101. It is a flowchart which shows an example of the program of PCR.
  • 2 is an example of a plan view relating to partial regions of a denaturing unit 114 and an electrophoresis unit 115 on a microchip 100.
  • FIG. 1 is a perspective view showing a configuration of a DNA analysis apparatus 10 according to a first embodiment. It is a figure for demonstrating the liquid transfer between reaction tanks.
  • 1 is a diagram illustrating an example of a configuration of a microchip 100.
  • FIG. 3 is a diagram illustrating an example of a cross section of a sample solution injection unit 101. It is a flowchart which shows an example of
  • FIG. 1 It is a figure which shows an example of the cross section of the AA direction of FIG. It is a flowchart which shows an example of sample injection.
  • 3 is a flowchart showing an example of the operation of the DNA analysis apparatus 10.
  • 2 is an example of a plan view relating to partial regions of a denaturing unit 114 and an electrophoresis unit 115 on a microchip 100.
  • FIG. 1 is a plan view relating to partial regions of a denaturing unit 114 and an electrophoresis unit 115 on a microchip 100.
  • a microchip 200 includes a sample channel 201 filled with a reaction sample, a capillary 202 filled with a polymer, a bridge channel 203 connecting the sample channel 201 and the capillary 202, and a bridge channel. 203 and an air discharge unit 204 having a predetermined volume (see FIG. 1).
  • the microchip 200 shown in FIG. 1 collects air that becomes an obstacle when the interface between the polymer and the reaction sample is brought into contact with the air discharge unit 204 connected to the bridge channel 203. Therefore, it is not necessary to cover the surface of the microchip 200 with a flexible member showing air permeability such as a silicon film. That is, a member that can withstand a higher pressure, for example, a material that does not exhibit air permeability, can be used to contact the interface between the reaction sample and the polymer.
  • FIG. 2 is a perspective view showing the configuration of the DNA analyzer 10 according to the present embodiment.
  • a table 12 is disposed on the pedestal 11, and temperature adjustment units 13 and 14 are embedded in the table 12.
  • An electrophoresis unit 15 is disposed on the table 12. Further, the base 11 and the lid 16 are connected via a hinge 17 so that the lid 16 can be opened and closed.
  • the microchip 100 used by the DNA analysis apparatus 10 has a multilayer structure formed by stacking a plurality of plates as disclosed in Patent Document 5.
  • the microchip 100 forms a sample tank or a reaction tank by penetrating a part of a plurality of plates.
  • the main body portion and the surface layer portion of the microchip 100 are both configured using a resin material. That is, the surface of the microchip 100 is covered with a member made of a resin having a predetermined strength, and usually has a configuration in which neither gas nor liquid is allowed to pass.
  • the microchip 100 used for DNA analysis has a predetermined position on the table 12 by fitting the pins 18a and 18b provided on the table 12 into the pin holes 19a and 19b provided on the microchip 100. Placed on.
  • a predetermined region of the microchip 100 comes into contact with the temperature adjustment units 13 and 14. Further, by closing the lid 16, a predetermined region of the microchip 100 comes into contact with the surface of the electrophoresis unit 15, and the electrode 20 is inserted into an electrode tank provided on the microchip 100.
  • the lid 16 is provided with a plurality of pressure holes 21.
  • the region of the lid 16 corresponding to these pressurizing holes 21 penetrates, and the pressurizing hole 21 provided in the lid 16 is connected to an electromagnetic valve 23 via a tube 22. Further, by closing the lid 16, the pressure hole 21 provided in the lid 16 and a predetermined region on the microchip 100 come into contact with each other.
  • Compressed air or the like is sealed in the pressure accumulator 24, and the controller 25 controls the electromagnetic valve 23 so that compressed air or the like is sent out from the pressurizing hole 21 installed in the lid 16.
  • the internal pressure of the pressure accumulator 24 is controlled to maintain a predetermined pressure by a pressure sensor and a pump (not shown).
  • the microchip 100 according to the present embodiment has a channel opening / closing function disclosed in Patent Document 5, for example.
  • the controller 25 controls the electromagnetic valve 23 to pressurize a part of the microchip 100 from the pressurizing hole 21 of the lid 16, push out the liquid from the reaction tank provided in the microchip 100 to the flow path, and perform the target reaction tank. Transport to.
  • the microchip 100 includes a main plate 121, a lid-side film 122, a pedestal-side film 123, and a support plate 124 which are laminated. Configured.
  • the main plate 121 is provided with a through-hole penetrating therethrough to form channel opening / closing portions 131, 133, 135 and cavities 132, 134.
  • the channel opening / closing parts 131, 133, 135 and the cavity parts 132, 134 are connected to the pressurizing hole 21 of the lid 16, respectively, and compressed air enters and exits through the tube 22 (22-1 to 22-5).
  • the lid-side film 122 and the pedestal-side film 123 are not bonded, and the flow paths 141, 143, and 145 are opened when the flow path opening / closing sections 131, 133, and 135 are at atmospheric pressure.
  • the flow paths 141, 143, 145 are closed. It becomes a state.
  • the reaction tanks 142 and 144 are appropriately formed by the lid-side film 122 being pushed up by the liquid flowing between the lid-side film 122 and the pedestal-side film 123.
  • the compressed air inside the channel opening / closing part 133 and the cavity part 134 is discharged through the pressurizing hole 21 and the tubes 22-3 and 22-4, and the channel opening / closing part 133 and the cavity part 134 are discharged. Is returned to atmospheric pressure, and then compressed air is fed into the cavity 132 through the tube 22-2. Then, as shown in FIG. 3B, the liquid in the reaction tank 142 flows into the flow path 143, and in the cavity 134, the liquid accumulates between the lid side film 122 and the pedestal side film 123, thereby causing the reaction tank. 144 is formed.
  • the DNA analyzer 10 realizes liquid transfer between reaction vessels in the microchip 100.
  • Patent Document 5 The liquid transfer between the reaction tanks described above is also described in detail in International Publication No. 2009/119698 (Patent Document 5), and the disclosure of the technical documents is also incorporated herein by reference.
  • An electromagnet 26 is arranged on the lid 16, and the electromagnet 26 can generate a magnetic field in a predetermined region on the microchip 100 by receiving power from the power supply unit 27.
  • the controller 25 controls the excitation of the electromagnet 26 by instructing the power supply unit 27 to supply power to the electromagnet 26 and stop the power.
  • the temperature adjustment units 13 and 14 control the temperature of a predetermined region of the microchip 100 that is determined in advance.
  • the temperature adjustment unit 13 is a means for controlling the temperature of a PCR unit (a PCR unit 112 described later) on the microchip 100 based on an instruction from the controller 25.
  • the temperature adjustment unit 13 includes a temperature sensor, a heat transfer material, a Peltier element, a heat sink, and the like.
  • the controller 25 acquires the temperature of the PCR unit from the temperature sensor that contacts the PCR unit, and controls the heat generation or cooling of the Peltier element based on the acquired temperature, thereby realizing temperature control of the PCR unit.
  • the temperature adjustment unit 14 is a means for keeping the temperature of the denaturing part (the denaturing part 114 described later) on the microchip 100 constant based on an instruction from the controller 25.
  • the configuration of the temperature adjustment unit 14 can be the same as the configuration of the temperature adjustment unit 13. However, it is not intended to limit the structure of the temperature adjustment unit 14, and the temperature adjustment unit 14 may be configured using a heater or the like.
  • the electrode 20 and the electrophoresis unit 15 are used when performing electrophoresis on the microchip 100. More specifically, the controller 25 applies a DC voltage to the electrode 20 via the power supply unit 27 in the step of performing electrophoresis in the microchip 100. When a DC voltage is applied to the electrode 20, the charged DNA moves within the capillary.
  • the electrophoresis unit 15 includes means for irradiating a laser and means for receiving fluorescence emitted by excitation by the laser irradiation. The output of the laser receiving means included in the electrophoresis unit 15 is sent to the DNA analysis unit 28 and used for analysis (discrimination) of the DNA length by the DNA analysis unit 28.
  • FIG. 4 is a diagram illustrating an example of the configuration of the microchip 100.
  • the microchip 100 includes a sample solution injection unit 101, a washing buffer injection unit 102, a PCR reagent injection unit 103, a formamide injection unit 104, an electrophoresis polymer injection unit 105, a drain port 106, a DNA extraction unit 111, The PCR unit 112, the weighing unit 113, the denaturing unit 114, the electrophoresis unit 115, the capillary 116, and a flow path 118 that communicates each part.
  • the capillary 116 is provided inside the microchip 100 and extends in the longitudinal direction of FIG.
  • the electrophoresis unit 115 includes an electrode tank 117, and the electrode 20 attached to the lid 16 is inserted into the electrode tank 117 when DNA is analyzed.
  • the electrode tank 117 includes an electrode tank that receives the insertion of the positive electrode and an electrode tank that receives the insertion of the negative electrode, both of which are connected to the capillary 116.
  • the sample solution injection unit 101 is a through-hole provided in the main plate 121, and the sample solution is injected by an operator (manual operation or automatic injection means) and covered with a cover film 125.
  • the sample solution injection part 101 functions in the same manner as the cavity parts 132 and 134 in FIG. 3 except that the sample solution injection part 101 is connected to the pressure hole 21 of the lid 16 through the cover film 125.
  • the sample solution can be inserted into the sample solution injection part 101 in a sealed state by a film. When pressure is applied, the sample solution is discharged from the sealed film, and the state shown in FIG. 5 is obtained, and the lid side film 122 and the pedestal side film Accumulate during 123.
  • the sample solution is a solution in which cells (eg, oral mucosa, blood, body fluid, etc.) collected from a subject are suspended in a lysis buffer (eg, SDS / LiOAc solution (sodium dodecyl sulfate / lithium acetate solution)). .
  • a lysis buffer eg, SDS / LiOAc solution (sodium dodecyl sulfate / lithium acetate solution).
  • the cleaning buffer injection unit 102 has the same configuration as the sample solution injection unit 101, and the cleaning buffer is injected by the user.
  • the wash buffer is, for example, a Tris buffer, and is prepared at a high salt concentration to maintain DNA binding to silica.
  • the PCR reagent injection unit 103 has the same configuration as the sample solution injection unit 101, and a PCR reagent is injected by the user.
  • the PCR reagent contains a polymerase, dNTPs, magnesium and the like, and also serves as an elution buffer for eluting DNA from silica, and thus is prepared at a low salt concentration.
  • the formamide injection unit 104 has the same configuration as the sample solution injection unit 101, and a formamide solution is injected by the user.
  • the formamide solution is a holding agent that holds DNA in a single-stranded state. That is, the DNA undergoing denaturation treatment is denaturation (also referred to as melting and dissociation) that denatures from a double-stranded state to a single-stranded state, and hybridization that denatures from a single-stranded state to a double-stranded state ( (Also called annealing and bonding).
  • formamide maintains DNA in a single-stranded state, formamide acts as a result to denature double-stranded DNA into single-stranded DNA.
  • “retention” and “denaturation” may be used interchangeably.
  • the formamide solution also contains a ssDNA (single-stranded DNA) size marker labeled with a fluorescent dye.
  • the electrophoresis polymer injection unit 105 has the same configuration as the sample solution injection unit 101, and a polymer for electrophoresis is injected by the user.
  • the lysis buffer, washing buffer, PCR reagent, formamide, ssDNA size marker and polymer are commercially available, and can be prepared by modifying the composition as necessary.
  • the washing buffer, PCR reagent, formamide solution, and polymer can be sealed in the microchip 100 in advance, instead of being injected by the user.
  • the DNA extraction unit 111 is a reaction tank provided for extracting DNA from a sample solution.
  • DNA extracted from the sample solution is also referred to as template DNA.
  • the DNA analysis apparatus 10 has an electromagnet 26 so as to face the DNA extraction unit 111, and magnetic beads coated with silica are encapsulated in the DNA extraction unit 111 in advance.
  • the DNA analyzer 10 moves the sample solution injected into the sample solution injection unit 101 to the DNA extraction unit 111, and adsorbs the sample DNA to magnetic beads (silica) sealed in the DNA extraction unit 111.
  • the template DNA is extracted by washing the magnetic beads with the washing buffer in the washing buffer injection unit 102.
  • the DNA analyzer 10 discharges the sample solution and the washing buffer from the drain port 106. At this time, the magnetic beads are discharged together with the sample solution and the washing buffer by adsorbing the magnetic beads to the electromagnet 26. To prevent that.
  • DNA extraction methods using magnetic beads for example, Toyobo Co., Ltd .: MagExtractor (registered trademark), Takara Bio Inc .: NucleoMag (registered trademark), etc. are known.
  • the protocol of the DNA extraction method can be modified as necessary, for example, by increasing the number of washings.
  • the DNA extraction method is not limited to the method using magnetic beads, and template DNA may be extracted using a silica bead column (see, for example, Qiagen: QIAamp).
  • the PCR unit 112 is one or a plurality of reaction tanks provided in order to perform PCR for amplifying a desired region in the template DNA, and each PCR unit 112 is arranged in contact with the temperature adjustment unit 13. Each PCR unit 112 encloses a primer set designed to amplify a desired region in the template DNA.
  • the primer set is, for example, a forward primer and a reverse primer for PCR amplification of a region containing microsatellite (TPOX, FGA, etc.), and either or both of the primers have a fluorescent dye (fluorescein, etc.) label.
  • TPOX microsatellite
  • FGA microsatellite
  • fluorescent dye fluorescein, etc.
  • Such a primer is commercially available from Promega (registered trademark) or the like, and can be designed as necessary. Note that a plurality of primer sets can be enclosed in one PCR unit 112.
  • the DNA analysis apparatus 10 moves the PCR reagent containing the template DNA from the DNA extraction unit 111 to the plurality of PCR units 112, and transmits it to the temperature adjustment unit 13.
  • the temperature of the PCR unit 112 is controlled as programmed in advance via a heat material.
  • the DNA analyzer 10 executes PCR by temperature control of temperature and time setting shown in FIG.
  • the PCR temperature conditions and the number of cycles can be changed based on the Tm value (melting temperature) and the length of the amplicon.
  • DNA amplified by PCR is referred to as an amplicon
  • a PCR reagent containing the amplicon is referred to as a reaction sample.
  • the weighing unit 113 is a reaction vessel provided for discarding a part of the reaction sample, particularly a reaction vessel having a smaller capacity than the PCR unit 112. Specifically, the weighing process will be described.
  • the DNA analyzer 10 moves the reaction sample from the PCR unit 112 to the weighing unit 113 until the weighing unit 113 is full, and discharges the remaining PCR reagents from the drain port 106.
  • the denaturing unit 114 is a reaction tank provided to denature the amplicon from double-stranded DNA (dsDNA) to single-stranded DNA (ssDNA), and is disposed so as to contact the temperature adjustment unit 14. The denaturing process will be specifically described.
  • the DNA analyzer 10 holds the denaturing unit 114 at a preset temperature (for example, 60 ° C.) via the temperature adjustment unit 14. Then, the DNA analyzer 10 moves the formamide injected into the formamide injection unit 104 to the denaturing unit 114 via the PCR unit 112 and the weighing unit 113.
  • the amplicon amplified by the PCR unit 112 flows into the denaturing unit 114 together with the retention agent (formamide), the amplicon and the retention agent are more separated than the amplicon and the retention agent that are separately flowed into the denaturation unit 114. Can be mixed well. Then, the DNA analyzer 10 holds the reaction sample for a preset reaction time in the denaturing unit 114.
  • the electrophoresis unit 115 is configured to separate the amplicons according to the base sequence length by the molecular sieving effect.
  • the electrophoresis unit 115 includes a capillary 116 and a heater configured so that the temperature of the capillary 116 is kept constant.
  • the denaturing unit 114 is connected to one end of the sample channel 151, and the electrophoresis polymer injection unit 105 of the electrophoresis unit 115 is connected to one end of the capillary 116. Further, the sample channel 151 and the capillary 116 extend in parallel in the microchip 100 and are connected by a bridge channel 152 orthogonal to the sample channel 151 and the capillary 116.
  • FIG. 7 is an example of a plan view relating to a partial region (region surrounded by a dotted line in FIG. 4) of the denaturing unit 114 and the electrophoresis unit 115 on the microchip 100.
  • the migration polymer injection part 105 filled with the polymer is connected to the liquid reservoir 153a via the capillary 116.
  • the denaturing part 114 filled with the reaction sample is connected to the liquid reservoir 153b via the sample channel 151.
  • the capillary 116 and the sample channel 151 are connected via a bridge channel 152.
  • the liquid reservoirs 153a and 153b have a predetermined volume.
  • the depth of the capillary 116 and the sample channel 151 (the length in the direction in which the plates are stacked) and the depth of the bridge channel 152 are different.
  • the depth of the capillary 116 and the sample channel 151 is 30 ⁇ m
  • the depth of the bridge channel 152 is about 5 ⁇ m.
  • the length of the bridge channel 152 in the direction in which the plurality of plates are stacked is shorter than the length of the capillary 116 in the direction in which the plurality of plates are stacked.
  • an air discharge unit 154 (not shown in FIG. 7) having a predetermined volume is connected to the bridge channel 152.
  • FIG. 8 is a diagram showing an example of a cross section in the AA direction of FIG. Referring to FIG. 8, it can be understood that a rectangular parallelepiped space is provided in the depth direction of the bridge channel 152. A space defined by the rectangular parallelepiped is an air discharge unit 154. The air discharge unit 154 serves as a discharge destination of air existing in the bridge flow path 152.
  • each of the sample channel 151, the capillary 116, and the bridge channel 152 is formed on the surface layer of the main body 156 (the surface layer of the main plate 121) composed of a plurality of stacked plates, and It turns out that it is covered with the member (surface layer part 155) which consists of resin.
  • the surface layer portion 155 is made of a resin material and does not exhibit air permeability like a silicon film.
  • FIG. 9 is a flowchart showing an example of sample injection. Note that the initial state before contacting the interface between the reaction sample and the polymer is as shown in FIG.
  • the controller 25 controls the electromagnetic valve 23 to send compressed air to the pressurizing hole 21 in contact with the migration polymer injection unit 105 (step S101). Then, the migration polymer injection part 105 is compressed, and the polymer filled inside is filled into the capillary 116. At this time, since the groove of the bridge channel 152 is shallow and the diameter is thin, the resistance is large, and the polymer pushed out from the migration polymer injection part 105 does not enter the bridge channel 152.
  • the controller 25 controls the electromagnetic valve 23 to send compressed air to the pressurizing hole 21 that contacts the denaturing section 114 (step S102). Then, the denaturing part 114 is compressed, and the internal reaction sample is filled in the sample channel 151. In this case as well, the reaction sample does not flow into the bridge channel 152.
  • the controller 25 controls the electromagnetic valve 23 to send compressed air to the pressurizing hole 21 in contact with the electrophoresis polymer injection unit 105, the denaturing unit 114, and the liquid reservoirs 153a and 153b (step S103). Then, the polymer filled in the capillary 116 and the reaction sample filled in the sample channel 151 flow into the bridge channel 152, respectively. At this time, since the surface layer portion 155 is formed of a resin material, the air present in the bridge channel 152 is not released to the atmosphere. Instead of the air present in the bridge channel 152 being released to the atmosphere, the air present in the bridge channel 152 flows into the air discharger 154. When the air present in the bridge channel 152 is completely recovered by the air discharge unit 154, the contact between the polymer and the reaction sample is completed. Once the contact between the polymer and the reaction sample interface is complete, the sample is ready for injection.
  • the amplicon is injected into the polymer by applying a DC voltage to the bridge channel 152 (step S104). More specifically, the amplicon is polymerized by inserting a positive electrode into the electrode tanks 117a and 117b connected to the capillary 116 and inserting a negative electrode into the electrode tanks 117c and 117d connected to the sample flow channel 151. To inject.
  • the air discharge part 154 does not exist and the surface layer part 155 covering the surfaces of the capillary 116, the sample flow path 151, and the bridge flow path 152 is formed of a silicon film, the air present in the bridge flow path 152 Is released from the silicon film to the atmosphere.
  • the user injects each solution into the sample solution injection unit 101, the washing buffer injection unit 102, the PCR reagent injection unit 103, the formamide injection unit 104, and the electrophoresis polymer injection unit 105, and sets the microchip 100 in the DNA analyzer 10. Then, the user operates the DNA analyzer 10 to start DNA analysis.
  • FIG. 10 is a flowchart showing an example of the operation of the DNA analysis apparatus 10.
  • the DNA analyzer 10 executes a preparation operation (step S01). Specifically, the DNA analyzer 10 holds the denaturing unit 114 at a preset temperature (for example, 60 ° C.) by the temperature adjustment unit 13, and the electrophoresis unit 115 (particularly the capillary 116) by the electrophoresis unit 15. ) At a preset temperature (for example, 50 ° C.). Then, the DNA analyzer 10 fills the capillary 116 with the polymer in the migration polymer injection unit 105.
  • a preset temperature for example, 60 ° C.
  • the DNA analyzer 10 fills the capillary 116 with the polymer in the migration polymer injection unit 105.
  • the DNA analysis apparatus 10 executes a DNA extraction process (step S02). Specifically, the DNA analyzer 10 moves the sample solution injected into the sample solution injection unit 101 to the DNA extraction unit 111 and adsorbs the sample DNA to magnetic beads (silica) sealed in the DNA extraction unit 111. Let Then, the template DNA is extracted by washing the magnetic beads with the washing buffer in the washing buffer injection unit 102. Subsequently, the DNA analyzer 10 moves the PCR reagent injected into the PCR reagent injection unit 103 to the DNA extraction unit 111 to elute the sample DNA.
  • a DNA extraction process step S02. Specifically, the DNA analyzer 10 moves the sample solution injected into the sample solution injection unit 101 to the DNA extraction unit 111 and adsorbs the sample DNA to magnetic beads (silica) sealed in the DNA extraction unit 111. Let Then, the template DNA is extracted by washing the magnetic beads with the washing buffer in the washing buffer injection unit 102. Subsequently, the DNA analyzer 10 moves the PCR reagent injected
  • the DNA analyzer 10 executes PCR (step S03). Specifically, the DNA analyzer 10 moves the PCR reagent containing the template DNA from the DNA extraction unit 111 to the plurality of PCR units 112, and sets the temperature of the PCR unit 112 as programmed in advance using the temperature adjustment unit 13. Control.
  • the DNA analyzer 10 performs a weighing process (step S04). Specifically, the DNA analyzer 10 moves the PCR reagent (reaction sample) including the amplicon from the PCR unit 112 to the weighing unit 113 until the weighing unit 113 is full, and the remaining PCR reagent is discharged from the drain port 106. To discharge from.
  • the DNA analyzer 10 executes a denaturing process (step S05). Specifically, the DNA analysis apparatus 10 moves the formamide injected into the formamide injection unit 104 via the PCR unit 112 and the weighing unit 113 to the denaturation unit 114, thereby mixing the reaction sample and formamide. Move to the denaturing unit 114. Then, the DNA analyzer 10 holds the reaction sample for a preset reaction time and the reaction sample in the weighing unit 113 and executes the denaturation process.
  • the DNA analyzer 10 performs an electrophoresis process (step S06). Specifically, the DNA analysis apparatus 10 moves the reaction sample from the denaturing unit 114 to the electrophoresis unit 115 and injects amplicons into the respective capillaries 116. Then, the DNA analyzer 10 starts peak detection by the light receiving means included in the electrophoresis unit 15 and applies a DC voltage to the capillary 116 to execute the electrophoresis process.
  • the DNA analyzer 10 analyzes the DNA length using the DNA analyzer 28 and outputs the analysis result (step S07).
  • the microchip 100 used in the DNA analysis apparatus 10 uses the air discharge unit connected to the bridge flow channel 152 for air that becomes an obstacle when the interface between the polymer and the reaction sample is brought into contact. Collect at 154. Therefore, it is not necessary to use a silicon film or the like for the surface layer portion 155 of the microchip 100, and the interface between the reaction sample and the polymer can be brought into contact using a material that does not show air permeability (for example, a resin material). Further, by providing the air discharge portion 154, it is not necessary to cover the surface of the main body portion 156 with a silicon film or the like, and the degree of freedom in selecting the material of the surface layer portion 155 is increased.
  • the shape of the air discharge part 154 is not limited to a rectangular parallelepiped, and may be a sphere or a cone.
  • the air discharge part 154 should just have the volume which can collect
  • the air discharge part 154 does not need to be a sealed space. That is, the internal space of the air discharge unit 154 may be connected to the atmosphere. More specifically, the air discharge part 154 may be in contact with air
  • a polymer or a mesh-like substance that absorbs the reaction sample flowing into the air discharge unit 154 is enclosed in the air discharge unit 154 in advance. It is desirable to keep it.
  • the position of the air discharge unit 154 is not limited to the depth direction of the bridge flow path 152.
  • the shape may be a narrow channel parallel to the direction in which the capillary 116 extends.
  • the shape of the air discharge portion 154 may be tubular, and may extend perpendicular to the stacking direction of the plurality of plates and parallel to the capillary 116.
  • connection position between the air discharge unit 154 and the bridge channel 152 is not limited to the middle between the capillary 116 and the sample channel 151.
  • the viscosity of the reaction sample and the polymer are compared, it can be assumed that the viscosity of the polymer is often high. Therefore, it is considered that the movement in the bridge channel 152 is easier for the reaction sample than the polymer (the movement of the polymer is difficult). Since it is difficult to move the polymer freely in the bridge channel 152, it is desirable that the connection position of the air discharge unit 154 and the bridge channel 152 is on the sample channel 151 side.
  • connection position of the air discharge part 154 and the bridge channel 152 is on the capillary 116 side and the polymer reaches the connection position before the reaction sample, the air cannot be released to the air discharge part 154.
  • the connection position of the air discharge part 154 and the bridge flow path 152 is the sample flow path 151 side, the air discharge port of the bridge flow path 152 (the connection position of the air discharge part 154 and the bridge flow path 152) depends on the reaction sample. Even if it is blocked, it is pushed back by the movement of the polymer, and the air in the bridge flow channel 152 can be released to the air discharge portion 154.
  • the electrophoresis apparatus used for DNA analysis has been described.
  • the use of the electrophoresis apparatus is not limited to DNA analysis.
  • the analyte may be an ion or a low molecular compound.
  • DNA analysis is not limited to individual identification for criminal investigation, and can be applied to, for example, detection of gene deficiency.
  • Each of the sample flow path, the capillary, and the bridge flow path is formed in a plurality of stacked plates and is covered with a resin member.
  • the length of the bridge channel in the direction in which the plurality of plates are stacked is shorter than the length in the direction in which the plurality of plates in the capillary are stacked.
  • One end of the sample flow path is connected to an injection tank filled with the reaction sample, and the other end is connected to a first liquid reservoir having a predetermined volume, 4.
  • microchip according to claim 1 wherein one end of the capillary is connected to a reaction tank filled with the polymer, and the other end is connected to a second liquid reservoir having a predetermined volume.
  • the microchip according to any one of Embodiments 1 to 4 wherein the internal space of the air discharge unit is connected to the atmosphere.
  • the shape of the air discharge portion is any one of a rectangular parallelepiped, a sphere, and a cone.
  • the air discharge portion has a tubular shape that is orthogonal to the stacking direction of the plurality of plates and extends parallel to the capillary.
  • Electrophoresis unit 100, 200 Microchip 101 Sample solution injection unit 102 Wash buffer injection unit 103 PCR reagent injection unit 104 Formamide injection unit 105 Electrophoresis polymer injection unit 106 Drain port 111 DNA extraction unit 112 PCR unit 113 Weighing unit 114 Denaturing unit 115 Electrophoresis unit 116, 202 Capillary 117, 117a to 117d Electrode tank 118, 141, 143, 145 Channel 121 Main plate 122 Lid side film 123 Base side film 124 Support plate 125 Cover film 131, 133, 135 Flow path opening / closing part 132, 134 Cavity part 142, 144 Reaction tank 151, 201 Sample flow path 152

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Abstract

 より高い圧力を用いたとしても、反応サンプルとポリマの界面を接触させることができるマイクロチップを提供し、粘度の高いポリマを用いた場合にもマイクロチップが破損することを回避する。マイクロチップは、反応サンプルが充填されるサンプル流路と、ポリマが充填されるキャピラリと、サンプル流路とキャピラリを接続するブリッジ流路と、ブリッジ流路に接続され、所定の容積を有する空気排出部と、を備える。

Description

マイクロチップ及びサンプル注入方法
 [関連出願についての記載]
 本発明は、日本国特許出願:特願2013-194051(2013年 9月19日出願)に基づくものであり、同出願の全記載内容は引用をもって本書に組み込み記載されているものとする。
 本発明は、マイクロチップ及びサンプル注入方法に関する。特に、反応槽の間を微細な流路で連通したマイクロチップ及びそのマイクロチップを使用したサンプル注入方法に関する。
 DNA(デオキシリボ核酸)、イオン、低分子化合物等を解析の対象とした電気泳動が行われている。とりわけ、DNAを用いた個人識別は、犯罪捜査において、効率的に捜査対象を絞り込む際に有効な手段であることから、DNAを対象とした電気泳動の必要性が増している。
 ここで、特許文献1~5において、一枚のチップ上に充填容器や微細流路を設けたマイクロチップが開示されている。特許文献1~5が開示するマイクロチップは複数のプレートを積層して構成される多層構造を備え、複数のプレートの一部を貫通させることで試料槽や反応槽を形成する。さらに、これらの試料槽や反応槽に対して、外部から圧力を加え、試料槽と反応槽の間の微細流路に液体を押し出すことで、液体の移送を制御する。
 また、非特許文献1において、マイクロチップ上でDNA解析に必要な工程を実施するDNA解析装置が開示されている。
国際公開第2008/108481号 国際公開第2009/035061号 国際公開第2009/035062号 国際公開第2009/038203号 国際公開第2009/119698号
日本電気株式会社、"DNAを用いた個人識別とその技術"、2010年9月、[online]、[平成25年9月9日検索]、インターネット〈URL:http://jpn.nec.com/techrep/journal/g10/n03/pdf/100307.pdf〉
 なお、上記先行技術文献の各開示を、本書に引用をもって繰り込むものとする。以下の分析は、本発明者らによってなされたものである。
 上述のとおり、DNAを用いた個人識別は犯罪捜査に使用される。その際、犯罪現場から採取されたサンプルを回収し、その場で個人識別を実施したいという要望がある。このような要望を満たすためには、DNA解析装置の大きさや重さにはある程度の制限が生じる。例えば、DNA解析装置が小型の冷蔵庫ほどの大きさであったとすれば、DNA解析装置を犯罪現場に持ち込むことは困難である。
 そのため、非特許文献1が開示するように、マイクロチップ上で、DNA解析に必要な工程を実施することが考えられる。即ち、マイクロチップ上で、DNAの抽出、DNAの増幅、電気泳動によるDNA長の特定、といったDNA解析に必要な工程を実施することで、DNA解析装置の小型化を実現する。
 DNA解析装置に用いられるマイクロチップは、収縮性の樹脂からなる複数のプレートを積層した本体部と、本体部の表面を覆う表層部と、から構成されている。本体部は樹脂材料からなるため、気体も液体も通さない。一方、表層部は、シリコンフィルム等を主材料として形成する必要がある。
 表層部に、空気透過性を示すシリコンフィルム等を用いる理由は以下のとおりである。
 電気泳動を実施する際、反応サンプルに含まれるDNAをキャピラリに予めインジェクション(サンプルインジェクション)しておく必要がある。サンプルインジェクションをマイクロチップ上にて実現するためには、ポリマが充填されるキャピラリ(例えば、図7のキャピラリ116)と、キャピラリと平行して延伸するサンプル流路(例えば、同図のサンプル流路151)と、キャピラリとサンプル流路に直交するブリッジ流路(例えば、同図のブリッジ流路152)と、を備えるマイクロチップを使用する。
 サンプルインジェクションの際には、ポリマをキャピラリに充填し、その後、サンプル流路に反応サンプルを充填した後、キャピラリとサンプル流路を接続するブリッジ流路にて、反応サンプルとポリマの界面を接触させる。この状態にて、ブリッジ流路に直流電圧を印加することで、反応サンプルに含まれるDNAをポリマにインジェクションすることができる。
 ここで、ブリッジ経路にて反応サンプルとポリマの界面を接触させる際、ブリッジ流路に存在する空気を除去する必要がある。ブリッジ流路に存在する空気を除去しなければ、反応サンプルとポリマ間の電気的接続が確保できず、DNAをキャピラリ内にインジェクションできない。そこで、キャピラリ、サンプル流路、ブリッジ流路等の表面を空気透過性のシリコンフィルム等により覆うことで、反応サンプルとポリマ間の電気的接続を阻害する空気を、シリコンフィルムを介して大気に排出する。
 上記のようなマイクロチップでは、キャピラリとサンプル流路に接続された液溜に圧力をかけることで、反応サンプルとポリマを、それぞれキャピラリ及びサンプル流路内に移動させて充填し、さらにブリッジ流路内に流入させ、ブリッジ流路内にて反応サンプルとポリマの界面を接触させる。その際、粘性の高いポリマを使用しようとすれば、表層部のシリコンフィルムに過大な圧力が加わり、シリコンフィルムが破損する可能性がある。そのため、本体部の表面をシリコンフィルム等により覆うのではなく、樹脂等の硬度の高い材料にて、本体部の表面を覆うことが望まれる。
 本発明は、より高い圧力を用いたとしても、反応サンプルとポリマの界面を接触させることに寄与するマイクロチップ及びそのマイクロチップを使用したサンプル注入方法を提供することを目的とする。
 本発明の第1の視点によれば、反応サンプルが充填されるサンプル流路と、ポリマが充填されるキャピラリと、前記サンプル流路と前記キャピラリを接続するブリッジ流路と、前記ブリッジ流路に接続され、所定の容積を有する空気排出部と、を備えるマイクロチップが提供される。
 本発明の第2の視点によれば、反応サンプルが充填されるサンプル流路、ポリマが充填されるキャピラリ、前記サンプル流路と前記キャピラリを接続するブリッジ流路、前記ブリッジ流路に接続され、所定の容積を有する空気排出部、を含むマイクロチップを用いたサンプル注入方法であって、前記キャピラリに前記ポリマを充填する工程と、前記サンプル流路に前記反応サンプルを充填する工程と、前記反応サンプルと前記ポリマに圧力をかけることで、前記ブリッジ流路にて、前記反応サンプルと前記ポリマの界面を接触させる工程と、を含む、サンプル注入方法が提供される。
 本発明の各視点によれば、より高い圧力を用いたとしても、反応サンプルとポリマの界面を接触させることに寄与するマイクロチップ及びそのマイクロチップを使用したサンプル注入方法が、提供される。
一実施形態に係るマイクロチップ200の断面の一例を示す図である。 第1の実施形態に係るDNA解析装置10の構成を示す斜視図である。 反応槽間の液体移送を説明するための図である。 マイクロチップ100の構成の一例を示す図である。 サンプル溶液注入部101の断面の一例を示す図である。 PCRのプログラムの一例を示すフローチャートである。 マイクロチップ100上の変性部114と電気泳動部115の一部の領域に関する平面図の一例である。 図7のA-A方向の断面の一例を示す図である。 サンプルインジェクションの一例を示すフローチャートである。 DNA解析装置10の動作の一例を示すフローチャートである。 マイクロチップ100上の変性部114と電気泳動部115の一部の領域に関する平面図の一例である。
 初めに、図1を用いて一実施形態の概要について説明する。なお、この概要に付記した図面参照符号は、理解を助けるための一例として各要素に便宜上付記したものであり、この概要の記載はなんらの限定を意図するものではない。
 一実施形態に係るマイクロチップ200は、反応サンプルが充填されるサンプル流路201と、ポリマが充填されるキャピラリ202と、サンプル流路201とキャピラリ202を接続するブリッジ流路203と、ブリッジ流路203に接続され、所定の容積を有する空気排出部204と、を備えている(図1参照)。
 図1に示すマイクロチップ200は、ポリマと反応サンプルの界面を接触させる際の障害となる空気を、ブリッジ流路203に接続された空気排出部204に回収する。そのため、マイクロチップ200の表面を、シリコンフィルム等の空気透過性を示す柔軟な部材により覆う必要がない。即ち、より高い圧力に耐える部材、例えば、空気透過性を示さない材料を用いて、反応サンプルとポリマの界面を接触させることができる。
 以下に具体的な実施の形態について、さらに詳しく説明する。
[第1の実施形態]
 第1の実施形態について、図面を用いてより詳細に説明する。
 図2は、本実施形態に係るDNA解析装置10の構成を示す斜視図である。
 図2を参照すると、台座11にテーブル12が配置され、テーブル12には温度調整ユニット13及び14が埋め込まれている。また、テーブル12には電気泳動ユニット15が配置されている。さらに、台座11と蓋16は、ヒンジ17を介して接続されており、蓋16の開閉が可能である。
 DNA解析装置10が使用するマイクロチップ100は、特許文献5が開示するように、複数のプレートを積層して構成される多層構造を備えている。マイクロチップ100は、複数のプレートの一部を貫通させることで試料槽や反応槽を形成する。マイクロチップ100の本体部及び表層部は、いずれも樹脂材料を用いて構成される。即ち、マイクロチップ100の表面は所定の強度を有する樹脂からなる部材により覆われており、通常、気体も液体も通さない構成である。
 DNAの解析に使用するマイクロチップ100は、テーブル12に設けられたピン18aとピン18bを、マイクロチップ100に設けられたピン穴19aと19bに嵌合させることで、テーブル12上の所定の位置に戴置される。マイクロチップ100をテーブル12に戴置した状態で、蓋16を閉じると、マイクロチップ100の所定の領域が、温度調整ユニット13及び14と接触する。また、蓋16を閉じることで、マイクロチップ100の所定の領域が電気泳動ユニット15の表面と接触すると共に、電極20がマイクロチップ100に設けられた電極槽に挿入される。
 蓋16には、複数の加圧穴21が設けられている。これらの加圧穴21に対応する蓋16の領域は貫通しており、蓋16に設けられた加圧穴21はチューブ22を介して電磁弁23に接続されている。また、蓋16を閉じることで、蓋16に設けられた加圧穴21と、マイクロチップ100上の所定の領域が接触する。
 蓄圧器24には圧縮空気等が封入されており、コントローラ25が電磁弁23を制御することで、蓋16に設置された加圧穴21から圧縮空気等が送出される。なお、蓄圧器24の内部圧力は、図示しない圧力センサ及びポンプ等により、所定の圧力を維持するように制御される。なお、本実施形態に係るマイクロチップ100は、例えば、特許文献5が開示する流路開閉機能を備えている。コントローラ25は、電磁弁23を制御することで、蓋16の加圧穴21からマイクロチップ100の一部を加圧し、マイクロチップ100が備える反応槽から流路に液体を押しだし、目的とする反応槽に移送する。
 反応槽間の液体移送について、一例を挙げて具体的に説明すると、マイクロチップ100は、図3に示すように、メインプレート121、蓋側フィルム122、台座側フィルム123、支持プレート124を積層して構成される。メインプレート121には、貫通する貫通孔が設けられて、流路開閉部131、133、135と、空洞部132、134とが形成される。流路開閉部131、133、135及び空洞部132、134は、蓋16の加圧穴21にそれぞれ接続されており、チューブ22(22-1~22-5)を介して圧縮空気が出入りする。
 蓋側フィルム122と台座側フィルム123とは接着されておらず、流路開閉部131、133、135内が大気圧の場合には流路141、143、145は開いた状態になる。反対に、流路開閉部131、133、135内に圧縮空気が送り込まれて流路開閉部131、133、135内が大気圧よりも陽圧になると、流路141、143、145は閉じられた状態になる。また、空洞部132、134では、蓋側フィルム122と台座側フィルム123の間に流入した液体によって蓋側フィルム122が押し上げられることによって、反応槽142、144が適宜形成される。
 このような構成の下で、流路143を介して反応槽142から反応槽144へ液体を移送する場合について説明する。図3(A)に示すように、空洞部132は大気圧になっており、反応槽142には液体が充填されている。この時、流路開閉部131、133、135及び空洞部134には圧縮空気が送り込まれて大気圧より陽圧になっており、そのため、流路141、143、145は閉じられている。
 このような状態から、先ず、流路開閉部133及び空洞部134の内部の圧縮空気を加圧穴21及びチューブ22-3、22-4を介して放出して流路開閉部133及び空洞部134を大気圧に戻し、続いてチューブ22-2を介して空洞部132に圧縮空気を送り込む。すると、図3(B)に示すように、反応槽142内の液体が流路143へ流れ込み、空洞部134では、蓋側フィルム122と台座側フィルム123の間に液体が蓄積することによって反応槽144が形成される。
 そして反応槽142内の液体が全て排出された後に流路開閉部133へチューブ21-3を介して再度圧縮空気を送り込むと、流路143が閉じた状態になる。このようにしてDNA解析装置10は、マイクロチップ100内における反応槽間の液体移送を実現する。
 なお、上述の反応槽間の液体移送については、国際公開第2009/119698号(特許文献5)にも詳述されており、当該技術文献の開示も、引用をもって本書に組み込まれる。
 蓋16には電磁石26が配置されており、電磁石26は電源部27から電力の供給を受けることで、マイクロチップ100上の所定の領域に磁場を発生させることができる。なお、コントローラ25は、電源部27に対して、電磁石26への電力の供給及びその停止を指示することで、電磁石26の励磁を制御する。
 温度調整ユニット13及び14は、予め定めたマイクロチップ100の所定の領域の温度を制御する。
 温度調整ユニット13は、コントローラ25からの指示に基づいて、マイクロチップ100上のPCR部(後述するPCR部112)の温度制御を担う手段である。温度調整ユニット13は、温度センサ、伝熱材、ペルチェ素子、放熱板等を含んで構成される。コントローラ25は、PCR部に接触する温度センサからPCR部の温度を取得し、取得した温度に基づいてペルチェ素子の発熱又は冷却を制御することで、PCR部の温度制御を実現する。
 温度調整ユニット14は、コントローラ25からの指示に基づいて、マイクロチップ100上の変性部(後述する変性部114)の温度を一定に保持する手段である。温度調整ユニット14の構成は、温度調整ユニット13の構成と同一とすることができる。但し、温度調整ユニット14の構造を限定する趣旨ではなく、ヒータ等を用いて温度調整ユニット14を構成することも可能である。
 電極20及び電気泳動ユニット15は、マイクロチップ100における電気泳動を実施する際に用いられる。より詳細には、コントローラ25は、マイクロチップ100において電気泳動を実施する工程において、電源部27を介して電極20に直流電圧を印加する。電極20に直流電圧が印加されると、帯電したDNAはキャピラリ内を移動する。また、電気泳動ユニット15には、レーザを照射する手段と当該レーザ照射による励起によって発光した蛍光を受光する手段と、が含まれる。電気泳動ユニット15に含まれるレーザ受光手段の出力は、DNA解析部28に送られ、DNA解析部28によるDNA長の解析(判別)に使用される。
 次に、マイクロチップ100の構成について説明する。図4は、マイクロチップ100の構成の一例を示す図である。
[マイクロチップの構成]
 図4に示すように、マイクロチップ100は、サンプル溶液注入部101、洗浄バッファ注入部102、PCR試薬注入部103、ホルムアミド注入部104、泳動ポリマ注入部105、排水口106、DNA抽出部111、PCR部112、秤量部113、変性部114、電気泳動部115、キャピラリ116及び各部分を連通する流路118を有する。
 キャピラリ116はマイクロチップ100の内部に設けられ、図4の長手方向に延伸する。電気泳動部115は、電極槽117を備えており、DNAの解析時に、蓋16に取り付けられた電極20が電極槽117に挿入される。電極槽117は、正電極の挿入を受ける電極槽と、負電極の挿入を受ける電極槽と、が存在し、いずれもキャピラリ116と接続されている。
 サンプル溶液注入部101はメインプレート121に設けられた貫通孔であり、操作者(マニュアル操作ないし自動注入手段)によってサンプル溶液が注入され、カバーフィルム125によって覆われる。サンプル溶液注入部101は、図5に示すように、カバーフィルム125を介して蓋16の加圧穴21に接続される他は、図3の空洞部132、134と同様に機能する。サンプル溶液はフィルムにより、封入した状態でサンプル溶液注入部101に嵌入することができ、圧力を受けると封入フィルムからサンプル溶液が排出され、図5に示す状態となり、蓋側フィルム122と台座側フィルム123の間に溜まる。更に圧力を受けると溶液は蓋側フィルム122と台座側フィルム123の間の流路118に流入し、DNA抽出部111に至る(図3参照)。なお、サンプル溶液は、リシスバッファ(例えば、SDS/LiOAc溶液(ドデシル硫酸ナトリウム/酢酸リチウム溶液))に被験者から採取した細胞(例えば、口腔内粘膜、血液、体液など)を懸濁した溶液である。
 洗浄バッファ注入部102はサンプル溶液注入部101と同様の構成を有し、ユーザによって洗浄バッファが注入される。洗浄バッファは、例えば、Trisバッファであり、DNAのシリカへの結合を維持するために高塩濃度に調製される。
 PCR試薬注入部103はサンプル溶液注入部101と同様の構成を有し、ユーザによってPCR試薬が注入される。PCR試薬は、ポリメラーゼ、dNTPs、マグネシウムなどを含み、シリカからDNAを溶出する溶出バッファとしての役割も果たすため、低塩濃度に調製される。
 ホルムアミド注入部104はサンプル溶液注入部101と同様の構成を有し、ユーザによってホルムアミド溶液が注入される。ホルムアミド溶液は、DNAを一本鎖状態に保持する保持剤である。すなわち、変性処理中のDNAは、二本鎖状態から一本鎖状態に変性するデナチュレーション(融解、乖離とも称される)と、一本鎖状態から二本鎖状態に変性するハイブリダイゼーション(アニーリング、結合とも称される)とを繰り返す。ここで、ホルムアミドはDNAを一本鎖状態に保持するため、結果的にホルムアミドは二本鎖DNAを一本鎖DNAに変性させるように作用する。このように、本願開示において、「保持」と「変性」とは互換的に使用される場合がある。また、ホルムアミド溶液は、蛍光色素で標識されたssDNA(一本鎖DNA)サイズマーカーも含む。
 泳動ポリマ注入部105はサンプル溶液注入部101と同様の構成を有し、ユーザによって電気泳動のためのポリマが注入される。
 なお、リシスバッファ、洗浄バッファ、PCR試薬、ホルムアミド、ssDNAサイズマーカー及びポリマは商業的に入手可能であるし、必要に応じて組成を改変して調製することもできる。また、洗浄バッファ、PCR試薬、ホルムアミド溶液及びポリマはユーザが注入するのでは無く、マイクロチップ100に予め封入しておくこともできる。
 DNA抽出部111は、サンプル溶液からDNAを抽出するために設けられた反応槽である。なお以下では、サンプル溶液から抽出されるDNAを、テンプレートDNAとも称する。
 DNA抽出処理について具体的に説明すると、DNA解析装置10は、DNA抽出部111に対向するように電磁石26を有し、DNA抽出部111にはシリカでコーティングされた磁性ビーズが予め封入される。DNA解析装置10は、サンプル溶液注入部101に注入されたサンプル溶液をDNA抽出部111に移動させて、DNA抽出部111に封入された磁性ビーズ(シリカ)にサンプルDNAを吸着させる。そして、洗浄バッファ注入部102内の洗浄バッファで磁性ビーズを洗浄することでテンプレートDNAを抽出する。なお、DNA解析装置10は、サンプル溶液及び洗浄バッファを排水口106から排出するが、その際に電磁石26に磁性ビーズを吸着させることで、サンプル溶液及び洗浄バッファと一緒に磁性ビーズが排出されることを防止する。
 なお、磁性ビーズを用いたDNA抽出方法としては、例えば、東洋紡社:MagExtractor(登録商標)、タカラバイオ株式会社:NucleoMag(登録商標)などが知られている。また、DNA抽出方法のプロトコルは、例えば、洗浄の回数を増やすなど、必要に応じて改変することもできる。また、DNA抽出方法は、磁性ビーズを用いた方法に限定されるものでは無く、シリカビーズカラムを用いてテンプレートDNAを抽出しても良い(例えば、キアゲン社:QIAampなどを参照)。
 PCR部112は、テンプレートDNA内の所望の領域を増幅するPCRを実行するために間に設けられた単数又は複数の反応槽であり、各々、温度調整ユニット13と当接するように配置される。そして、各PCR部112には、テンプレートDNA内の所望の領域を増幅するように設計されたプライマーセットが封入される。
 プライマーセットは、例えば、マイクロサテライト(TPOXやFGAなど)を含む領域をPCR増幅するためのフォワードプライマー及びリバースプライマーであり、各プライマーの何れか又は両方は蛍光色素(フルオレセインなど)の標識を有する。このようなプライマーはプロメガ(登録商標)社などから商業的に入手可能であるし、必要に応じて設計することもできる。なお、1つのPCR部112に、複数のプライマーセットを封入することもできる。
 PCR(ポリメラーゼ連鎖反応:polymerase chain reaction)について具体的に説明すると、DNA解析装置10は、テンプレートDNAを含むPCR試薬をDNA抽出部111から複数のPCR部112に移動させ、温度調整ユニット13の伝熱材を介して予めプログラムされたようにPCR部112を温度制御する。PCRのプログラムの一例を挙げると、DNA解析装置10は、図6に示す温度、時間設定の温度制御によってPCRを実行する。なお、PCRの温度条件やサイクル数は、Tm値(melting temperature)や単位複製配列の長さに基づいて変更可能である。以下では、PCRによって増幅されたDNAをアンプリコンと称し、アンプリコンを含むPCR試薬を反応サンプルと称する。
 秤量部113は、反応サンプルの一部を廃棄するために設けられた反応槽、特に、PCR部112よりも容量が小さい反応槽である。秤量処理について具体的に説明すると、DNA解析装置10は、秤量部113が満杯になるまで反応サンプルをPCR部112から秤量部113へ移動させて、残りのPCR試薬を排水口106から排出する。
 変性部114は、アンプリコンを二本鎖DNA(dsDNA)から一本鎖DNA(ssDNA)に変性するために設けられた反応槽であり、温度調整ユニット14と当接するように配置される。変性処理について具体的に説明すると、DNA解析装置10は、温度調整ユニット14を介して変性部114を予め設定された温度(例えば60℃)に保持する。そして、DNA解析装置10は、ホルムアミド注入部104に注入されたホルムアミドをPCR部112及び秤量部113を経由させて変性部114へ移動させる。そのため、PCR部112で増幅したアンプリコンが保持剤(ホルムアミド)と共に変性部114へ流入するので、アンプリコンと保持剤を別々に変性部114に流入させるよりも、アンプリコンと保持剤とをよりよく混合させることができる。そして、DNA解析装置10は、予め設定された反応時間、反応サンプルを変性部114に保持する。
 電気泳動部115は、分子ふるい効果によって、アンプリコンを塩基配列長に応じて分離するための構成である。また、電気泳動部115はキャピラリ116と、キャピラリ116の温度が一定に保たれるように構成されたヒータ等を含む。
 なお、図4を参照すると、変性部114はサンプル流路151の一端と接続され、電気泳動部115の泳動ポリマ注入部105はキャピラリ116の一端と接続されている。さらに、サンプル流路151とキャピラリ116は平行してマイクロチップ100内を延伸し、サンプル流路151とキャピラリ116に直交するブリッジ流路152により接続されている。
 図7は、マイクロチップ100上の変性部114と電気泳動部115の一部の領域(図4の点線により囲まれた領域)に関する平面図の一例である。
 図7を参照すると、ポリマが充填された泳動ポリマ注入部105は、キャピラリ116を介して、液溜153aと接続されている。同様に、反応サンプルが充填された変性部114は、サンプル流路151を介して、液溜153bと接続されている。さらに、キャピラリ116とサンプル流路151は、ブリッジ流路152を介して、接続されている。なお、液溜153a及び153bは、所定の容積を有する。
 ここで、キャピラリ116とサンプル流路151の深さ(プレートが積層する方向の長さ)と、ブリッジ流路152の深さは異なる。例えば、キャピラリ116とサンプル流路151の深さを30μmとすれば、ブリッジ流路152の深さは5μm程度とする。つまり、ブリッジ流路152における複数のプレートが積層する方向の長さは、キャピラリ116における複数のプレートが積層する方向の長さよりも短い。
 また、ブリッジ流路152には、所定の容積を有する空気排出部154(図7にて図示せず)が接続されている。
 図8は、図7のA-A方向の断面の一例を示す図である。図8を参照すると、ブリッジ流路152の深さ方向に直方体の空間が設けられていることが理解できる。この直方体による空間が、空気排出部154である。空気排出部154は、ブリッジ流路152に存在する空気の排出先となる。
 また、図8を参照すると、サンプル流路151、キャピラリ116、ブリッジ流路152のそれぞれは、積層された複数のプレートからなる本体部156の表層(メインプレート121の表層)に形成され、且つ、樹脂からなる部材(表層部155)により覆われていることが分かる。なお、表層部155は樹脂材料からなり、シリコンフィルムのような空気透過性を示さない。
 次に、アンプリコン(DNA)をポリマにインジェクションするサンプルインジェクションの手順について説明する。
 図9は、サンプルインジェクションの一例を示すフローチャートである。なお、反応サンプルとポリマの界面を接触させる前の初期状態は、図7のとおりとする。
 初めに、コントローラ25は電磁弁23を制御し、泳動ポリマ注入部105に接触する加圧穴21に圧縮空気を送る(ステップS101)。すると、泳動ポリマ注入部105が圧縮され、内部に充填されたポリマはキャピラリ116の内部に充填される。なお、その際、ブリッジ流路152の溝は浅く、径が細いため抵抗が大きく、泳動ポリマ注入部105から押し出されたポリマがブリッジ流路152に入り込むことはない。
 次に、コントローラ25は電磁弁23を制御し、変性部114に接触する加圧穴21に圧縮空気を送る(ステップS102)。すると、変性部114が圧縮され、内部の反応サンプルはサンプル流路151の内部に充填される。なお、この場合にも、反応サンプルがブリッジ流路152に流れ込むことはない。
 次に、コントローラ25は電磁弁23を制御し、泳動ポリマ注入部105、変性部114、液溜153a及び153bに接する加圧穴21に圧縮空気を送る(ステップS103)。すると、キャピラリ116に充填されたポリマと、サンプル流路151に充填された反応サンプルが、それぞれブリッジ流路152に流れ込む。その際、表層部155は樹脂材料により形成されるため、ブリッジ流路152に存在する空気は大気に放出されない。ブリッジ流路152に存在する空気が大気に放出されることに替えて、ブリッジ流路152に存在する空気は空気排出部154に流れ込む。ブリッジ流路152に存在する空気が完全に空気排出部154に回収されると、ポリマと反応サンプルの界面の接触が完了する。ポリマと反応サンプルの界面の接触が完了すると、サンプルインジェクションを行う準備が整う。
 その後、ブリッジ流路152に直流電圧を印加することで、アンプリコンがポリマにインジェクションされる(ステップS104)。より具体的には、キャピラリ116に接続された電極槽117a及び117bに正電極を挿入し、サンプル流路151に接続された電極槽117c及び117dに負電極を挿入することで、アンプリコンをポリマにインジェクションする。
 なお、空気排出部154が存在せず、キャピラリ116、サンプル流路151、ブリッジ流路152の表面を覆う表層部155がシリコンフィルムにより形成されているのであれば、ブリッジ流路152に存在する空気は、当該シリコンフィルムから大気に放出されることになる。
 次に、DNA解析を実行する際のユーザによる操作と、DNA解析装置10の動作について説明する。
[ユーザによる操作]
 ユーザは、サンプル溶液注入部101、洗浄バッファ注入部102、PCR試薬注入部103、ホルムアミド注入部104及び泳動ポリマ注入部105に各溶液を注入し、マイクロチップ100をDNA解析装置10にセットする。そして、ユーザは、DNA解析装置10を操作してDNA解析を開始させる。
[DNA解析装置による一連の動作]
 図10は、DNA解析装置10の動作の一例を示すフローチャートである。ユーザによりってマイクロチップ100がセットされ、処理開始指示を受け付けると、DNA解析装置10は準備動作を実行する(ステップS01)。具体的には、DNA解析装置10は、温度調整ユニット13によって変性部114を予め設定された温度(例えば、60℃)に保持し、そして、電気泳動ユニット15によって電気泳動部115(特にキャピラリ116)を予め設定された温度(例えば、50℃)に保持する。そして、DNA解析装置10は泳動ポリマ注入部105内のポリマをキャピラリ116に充填する。
 続いて、DNA解析装置10は、DNA抽出処理を実行する(ステップS02)。具体的には、DNA解析装置10は、サンプル溶液注入部101に注入されたサンプル溶液をDNA抽出部111に移動させて、DNA抽出部111に封入された磁性ビーズ(シリカ)にサンプルDNAを吸着させる。そして、洗浄バッファ注入部102内の洗浄バッファで磁性ビーズを洗浄することでテンプレートDNAを抽出する。続いて、DNA解析装置10は、PCR試薬注入部103に注入されたPCR試薬をDNA抽出部111に移動させてサンプルDNAを溶出する。
 次に、DNA解析装置10は、PCRを実行する(ステップS03)。具体的には、DNA解析装置10は、テンプレートDNAを含むPCR試薬をDNA抽出部111から複数のPCR部112に移動させ、温度調整ユニット13を用いて予めプログラムされたようにPCR部112を温度制御する。
 PCRが終了した後に、DNA解析装置10は秤量処理を実行する(ステップS04)。具体的には、DNA解析装置10は、秤量部113が満杯になるまでアンプリコンを含むPCR試薬(反応サンプル)をPCR部112から秤量部113へ移動させて、残りのPCR試薬を排水口106から排出する。
 次に、DNA解析装置10は、変性処理を実行する(ステップS05)。具体的には、DNA解析装置10は、PCR部112及び秤量部113を経由させてホルムアミド注入部104に注入されたホルムアミドを変性部114へ移動させることで、反応サンプルとホルムアミドとを混合しつつ変性部114へ移動させる。そして、DNA解析装置10は、予め設定された反応時間、反応サンプルを秤量部113に保持して変性処理を実行する。
 そして、DNA解析装置10は、電気泳動処理を実行する(ステップS06)。具体的には、DNA解析装置10は、変性部114から電気泳動部115へ反応サンプルを移動させて、各キャピラリ116にアンプリコンをインジェクションする。そして、DNA解析装置10は、電気泳動ユニット15に含まれる受光手段によるピーク検出を開始し、キャピラリ116に直流電圧を印加して電気泳動処理を実行する。
 最後に、DNA解析装置10は、DNA解析部28を用いてDNA長の解析を行い、その解析結果を出力する(ステップS07)。
 以上のように、本実施形態に係るDNA解析装置10に使用するマイクロチップ100は、ポリマと反応サンプルの界面を接触させる際の障害となる空気を、ブリッジ流路152に接続された空気排出部154に回収する。そのため、マイクロチップ100の表層部155にシリコンフィルム等を使用する必要がなく、空気透過性を示さない材料(例えば、樹脂材料)を用いて、反応サンプルとポリマの界面を接触させることができる。また、空気排出部154を設けることで、シリコンフィルム等により本体部156の表面を覆う必要がなくなり、表層部155の材料を選択する際の自由度が拡大する。
[他の実施形態]
 上記の実施形態は、本願開示の好ましい一実施形態に過ぎず、必要に応じて様々に改変することができる。例えば、空気排出部154の形状は、直方体に限定されず、球体や円錐体であってもよい。空気排出部154は、ブリッジ流路152に存在する空気を回収できるだけの容積を有すればよい。
 また、空気排出部154は、密閉された空間である必要はない。即ち、空気排出部154の内部空間は大気と接続されていてもよい。より具体的には、空気排出部154は、例えば、細管等を介して、大気に接していてもよい。この場合、空気排出部154に回収された空気は大気に放出されるため、泳動ポリマ注入部105、変性部114、液溜153a及び153bに対する加圧が解除された際に、空気排出部154に回収された空気が再びブリッジ流路152に流入する懸念がなくなる。但し、空気排出部154が大気と接続されていなくとも、ポリマの粘性のため、空気がブリッジ流路152に流れ込むことは希であると考えられる。なお、反応サンプルやポリマまでもマイクロチップ100の外部に排出することは望ましくないため、空気排出部154に流れ込むポリマや反応サンプルを吸収するメッシュ状の物質等を空気排出部154に予め封入しておくことが望ましい。
 さらに、空気排出部154に配置位置は、ブリッジ流路152の深さ方向に限定されない。例えば、図11に示すように、キャピラリ116が延伸する方向に並行する細い流路のような形状であってもよい。即ち、空気排出部154の形状は管状であって、複数のプレートの積層方向に直交し、且つ、キャピラリ116に平行して延伸していても良い。
 さらにまた、空気排出部154とブリッジ流路152の接続位置は、キャピラリ116とサンプル流路151の中間に限定されない。但し、反応サンプルとポリマの粘度を比較すると、ポリマの粘度が高い場合が多いことが想定できる。そのため、ブリッジ流路152内の移動は、ポリマよりも反応サンプルの方が容易(ポリマの移動は困難)であると考えられる。ブリッジ流路152内でポリマを自由に移動させることは困難であるため、空気排出部154とブリッジ流路152の接続位置は、サンプル流路151側であることが望ましい。空気排出部154とブリッジ流路152の接続位置がキャピラリ116側にあって、接続位置にポリマが反応サンプルよりも先に到達してしまうと、空気排出部154に空気を逃がすことができない。一方、空気排出部154とブリッジ流路152の接続位置がサンプル流路151側であれば、ブリッジ流路152の空気排出口(空気排出部154とブリッジ流路152の接続位置)が反応サンプルにより塞がれていたとしても、ポリマの移動により押し戻され、ブリッジ流路152内の空気を空気排出部154に逃がすことができる。
 上記実施形態においては、DNAの解析に用いる電気泳動装置について説明したが、電気泳動装置の使用をDNAの解析に限定する趣旨ではない。例えば、被解析物がイオンや低分子化合物等であってもよい。また、DNA解析は、犯罪捜査のための個人識別に限定されるものでは無く、例えば、遺伝子欠損症の検出にも応用することができる。
 上記の実施形態の一部又は全部は、以下の形態のようにも記載され得るが、以下には限られない。
 [形態1]
 第1の視点に係るマイクロチップのとおりである。
 [形態2]
 前記サンプル流路、前記キャピラリ、前記ブリッジ流路のそれぞれは、積層された複数のプレートに形成され、且つ、樹脂からなる部材により覆われている形態1のマイクロチップ。
 [形態3]
 前記ブリッジ流路における前記複数のプレートが積層する方向の長さは、前記キャピラリにおける前記複数のプレートが積層する方向の長さよりも短い形態2のマイクロチップ。
 [形態4]
 前記サンプル流路の一端は、前記反応サンプルが充填された注入槽に接続され、他の一端は所定の容積を有する第1の液溜と接続され、
 前記キャピラリの一端は、前記ポリマが充填された反応槽に接続され、他の一端は所定の容積を有する第2の液溜と接続される形態1乃至3のいずれか一に記載のマイクロチップ。
 [形態5]
 前記空気排出部の内部空間は大気と接続されている形態1乃至4のいずれか一に記載のマイクロチップ。
 [形態6]
 前記空気排出部の形状は、直方体、球体、円錐体のいずれかである形態1乃至5のいずれか一に記載のマイクロチップ。
 [形態7]
 前記空気排出部は、前記複数のプレートの積層方向に直交し、且つ、前記キャピラリに平行して延伸する管状の形状を有する形態2乃至5のいずれか一に記載のマイクロチップ。
 [形態8]
 第2の視点に係るサンプル注入方法のとおりである。
 なお、引用した上記の特許文献等の各開示は、本書に引用をもって繰り込むものとする。本発明の全開示(請求の範囲を含む)の枠内において、さらにその基本的技術思想に基づいて、実施形態ないし実施例の変更・調整が可能である。また、本発明の請求の範囲の枠内において種々の開示要素(各請求項の各要素、各実施形態ないし実施例の各要素、各図面の各要素等を含む)の多様な組み合わせ、ないし、選択が可能である。すなわち、本発明は、請求の範囲を含む全開示、技術的思想にしたがって当業者であればなし得るであろう各種変形、修正を含むことは勿論である。特に、本書に記載した数値範囲については、当該範囲内に含まれる任意の数値ないし小範囲が、別段の記載のない場合でも具体的に記載されているものと解釈されるべきである。
10 DNA解析装置
11 台座
12 テーブル
13、14 温度調整ユニット
15 電気泳動ユニット
16 蓋
17 ヒンジ
18a、18b ピン
19a、19b ピン穴
20 電極
21 加圧穴
22、22-1~22-5 チューブ
23 電磁弁
24 蓄圧器
25 コントローラ
26 電磁石
27 電源部
28 DNA解析部
100、200 マイクロチップ
101 サンプル溶液注入部
102 洗浄バッファ注入部
103 PCR試薬注入部
104 ホルムアミド注入部
105 泳動ポリマ注入部
106 排水口
111 DNA抽出部
112 PCR部
113 秤量部
114 変性部
115 電気泳動部
116、202 キャピラリ
117、117a~117d 電極槽
118、141、143、145 流路
121 メインプレート
122 蓋側フィルム
123 台座側フィルム
124 支持プレート
125 カバーフィルム
131、133、135 流路開閉部
132、134 空洞部
142、144 反応槽
151、201 サンプル流路
152、203 ブリッジ流路
153a、153b 液溜
154、204 空気排出部
155 表層部
156 本体部

Claims (8)

  1.  反応サンプルが充填されるサンプル流路と、
     ポリマが充填されるキャピラリと、
     前記サンプル流路と前記キャピラリを接続するブリッジ流路と、
     前記ブリッジ流路に接続され、所定の容積を有する空気排出部と、
     を備えるマイクロチップ。
  2.  前記サンプル流路、前記キャピラリ、前記ブリッジ流路のそれぞれは、積層された複数のプレートに形成され、且つ、樹脂からなる部材により覆われている請求項1のマイクロチップ。
  3.  前記ブリッジ流路における前記複数のプレートが積層する方向の長さは、前記キャピラリにおける前記複数のプレートが積層する方向の長さよりも短い請求項2のマイクロチップ。
  4.  前記サンプル流路の一端は、前記反応サンプルが充填された注入槽に接続され、他の一端は所定の容積を有する第1の液溜と接続され、
     前記キャピラリの一端は、前記ポリマが充填された反応槽に接続され、他の一端は所定の容積を有する第2の液溜と接続される請求項1乃至3のいずれか一項に記載のマイクロチップ。
  5.  前記空気排出部の内部空間は大気と接続されている請求項1乃至4のいずれか一項に記載のマイクロチップ。
  6.  前記空気排出部の形状は、直方体、球体、円錐体のいずれかである請求項1乃至5のいずれか一項に記載のマイクロチップ。
  7.  前記空気排出部は、前記複数のプレートの積層方向に直交し、且つ、前記キャピラリに平行して延伸する管状の形状を有する請求項2乃至5のいずれか一項に記載のマイクロチップ。
  8.  反応サンプルが充填されるサンプル流路、ポリマが充填されるキャピラリ、前記サンプル流路と前記キャピラリを接続するブリッジ流路、前記ブリッジ流路に接続され、所定の容積を有する空気排出部、を含むマイクロチップを用いたサンプル注入方法であって、
     前記キャピラリに前記ポリマを充填する工程と、
     前記サンプル流路に前記反応サンプルを充填する工程と、
     前記反応サンプルと前記ポリマに圧力をかけることで、前記ブリッジ流路にて、前記反応サンプルと前記ポリマの界面を接触させる工程と、
     を含む、サンプル注入方法。
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JPWO2018084017A1 (ja) * 2016-11-01 2019-06-24 日本板硝子株式会社 反応処理容器、反応処理装置および反応処理方法

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