WO2014097584A1 - 大腸がんの判定方法 - Google Patents

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WO2014097584A1
WO2014097584A1 PCT/JP2013/007292 JP2013007292W WO2014097584A1 WO 2014097584 A1 WO2014097584 A1 WO 2014097584A1 JP 2013007292 W JP2013007292 W JP 2013007292W WO 2014097584 A1 WO2014097584 A1 WO 2014097584A1
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WO
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human
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uniprotkb accession
uniprotkb
colorectal cancer
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PCT/JP2013/007292
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English (en)
French (fr)
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毅 朝長
秀明 久米
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独立行政法人医薬基盤研究所
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    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407Specifically defined cancers
    • G01N33/57419Specifically defined cancers of colon
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Definitions

  • the present invention relates to a method for determining colorectal cancer and a kit for diagnosing colorectal cancer.
  • Cancer is a disease that bisects the cause of death in adults along with vascular diseases such as myocardial infarction and cerebral infarction.
  • colorectal cancer accounts for the third highest morbidity and second mortality in the world among cancer diseases.
  • the incidence of colorectal cancer in Japan is the second highest after gastric cancer in 2005, and colorectal cancer mortality.
  • the incidence of colorectal cancer colon cancer, rectal cancer, anal cancer
  • men are about twice as expensive as women, and there is a tendency for gender differences, especially in rectal cancer.
  • Colorectal cancer is classified into adenocarcinoma, squamous cell carcinoma, and adenosquamous cell carcinoma, and most are known to have glandular cancer.
  • Colon polyps (polyp) grow into mushroom-like shapes, usually benign tumors, some of which progress to adenocarcinoma. It has also been reported that progression from flat lesions and depressions that are not derived from polyps to adenocarcinoma.
  • Colorectal cancer is treated by endoscopic treatment, surgery, chemotherapy, radiotherapy, etc., taking into account the stage, size / depth of tumor, degree of metastasis, etc.
  • Prognosis is good for early colorectal cancer because the cancer can be completely removed by endoscopic resection or surgery, but for advanced colorectal cancer, the lung, liver, lymph nodes, and peritoneum It is known that prognosis is poor because cancer metastasis that is difficult to remove occurs in some cases, and cancer may recur in the removed site.
  • colorectal cancer Although the importance of early detection of colorectal cancer is recognized, most are asymptomatic at the stage of early colorectal cancer, and often clear subjective symptoms do not appear until the cancer has progressed. Therefore, it is difficult to detect colorectal cancer at an early stage by subjective symptoms. Symptoms related to defecation such as stool, abdominal pain, repeated diarrhea and constipation, anemia, and vomiting appear as the colorectal cancer progresses. The most common is bloody stool, but it is often confused with sputum.
  • An object of the present invention is to provide a colorectal cancer determination method and a colorectal cancer diagnosis kit using a biomarker for accurately detecting colorectal cancer.
  • Membrane proteins play important roles in intercellular recognition, signal transduction, and molecular transport, and are implicated in cancer cell invasion and metastasis.
  • polyp benign colorectal tumor
  • colon cancer tissue specimen non-metastasis specimen [colon cancer non-metastasis group]
  • metastasis specimen metastasis specimen [colon cancer].
  • Metastasis group] membrane protein fractions were prepared and subjected to iTRAQ shotgun proteomics analysis using an LTQ-Orbitrap XL mass spectrometer. As a result, 5566 proteins were identified.
  • the present invention relates to (1) an increase in expression of at least one protein or mRNA or cDNA encoding the protein in the following [protein group] (hereinafter sometimes referred to as “the present biomarker group”).
  • the present invention relates to a method for determining colorectal cancer.
  • the determination method of the present invention is a method for assisting a doctor in diagnosing colorectal cancer, and does not include a diagnosis act by a doctor.
  • a method of collecting data for diagnosing colorectal cancer can be mentioned.
  • the present invention also relates to (2) a diagnostic kit for colorectal cancer comprising an antibody that specifically binds to at least one protein in the biomarker group, or a label thereof.
  • This kit invention is a use invention relating to a kit for diagnosing colorectal cancer, and this kit usually includes instructions for diagnosing colorectal cancer.
  • the present invention further comprises (3) a primer or probe for detecting the expression of mRNA or cDNA encoding at least one protein in the present biomarker group, or a label thereof.
  • the present invention relates to a diagnostic kit for cancer.
  • This kit invention is a use invention relating to a kit for diagnosing colorectal cancer, and an instruction for diagnosing colorectal cancer is usually attached to this kit.
  • a step of administering a test drug or a test substance to a model animal suffering from colorectal cancer in another embodiment, (a) a step of administering a test drug or a test substance to a model animal suffering from colorectal cancer; (b) in a determination sample collected from the model animal, A step of detecting and quantifying the expression level of at least one ortholog (protein, mRNA, or reverse transcript [cDNA] thereof) of the biomarker group; (c) at least one of the biomarker group in the determination sample; Comparing the expression level of two or more orthologs with the expression level when the test drug or test substance as a control is not administered; and (d) at least one of the biomarker groups in the determination sample
  • the test drug or test substance is used for the treatment of colorectal cancer.
  • a method for determining the effectiveness of a therapeutic agent for colorectal cancer comprising the steps (a) to (d) of evaluating as an effective therapeutic agent (hereinafter referred to as “the present method in another
  • the present invention it becomes possible to detect colorectal cancer with high accuracy, and an increase in the number of cancer screening persons such as periodic screening necessary for early detection of colorectal cancer is expected. It is expected that the number of examinees who receive diagnosis and treatment will increase and that the mortality rate from colorectal cancer will be reduced.
  • the figure shows six proteins (S39A4_HUMAN [SLC39A4], LRC15_HUMAN [LRRC15], BST1_HUMAN [BST1], ANTR1_HUMAN [ANTXR1], PXMP4_HUMAN [PXMP4], and LTBP2_TUM2].
  • the results of iTRAQ quantitative analysis (“iTRAQ”) for various proteins are shown in the left figure, and two types of peptides (“SRM-1” and “SRM-2”, see Table 4) are quantified.
  • SRM-1 indicates a control group
  • C indicates a colon cancer non-metastasis group
  • Cm indicates a colon cancer metastasis group.
  • the area ratio on the vertical axis indicates the peak area ratio with respect to the internal standard of the MS spectrum quantified by the mass spectrometer.
  • the horizontal bar represents the average value in each group.
  • indicates each sample.
  • the figure shows six types of proteins (MXRA7_HUMAN [MXRA7], MFAP2_HUMAN [MFAP2], TMM97_HUMAN [TMEM97], AMPE_HUMAN [ENPEP], F210B_HUMAN [C20orf108], and FA73B_HUMAN [FAM73B]).
  • the results of iTRAQ quantitative analysis (“iTRAQ”) for various proteins are shown in the left figure, and one or two types of peptides (“SRM-1” and “SRM-2”, see Table 4) were quantified by the SRM method.
  • SRM-1 SRM-1
  • SRM-2 see Table 4
  • P indicates a control group
  • C indicates a colon cancer non-metastasis group
  • Cm indicates a colon cancer metastasis group.
  • the area ratio on the vertical axis indicates the peak area ratio with respect to the internal standard of the MS spectrum quantified by the mass spectrometer.
  • the horizontal bar represents the average value in each group. ⁇ indicates each sample.
  • iTRAQ iTRAQ quantitative analysis
  • SRM-1 a control group
  • SRM-2 a colon cancer non-metastasis group
  • Cm a colon cancer metastasis group
  • the area ratio on the vertical axis indicates the peak area ratio with respect to the internal standard of the MS spectrum quantified by the mass spectrometer.
  • the horizontal bar represents the average value in each group. ⁇ indicates each sample.
  • iTRAQ iTRAQ quantitative analysis
  • SRM-1 a control group
  • SRM-2 a colon cancer non-metastasis group
  • Cm a colon cancer metastasis group
  • the area ratio on the vertical axis indicates the peak area ratio with respect to the internal standard of the MS spectrum quantified by the mass spectrometer.
  • the horizontal bar represents the average value in each group. ⁇ indicates each sample.
  • FIG. 2 shows a result of identification of a biomarker protein of the present invention in which an increase in expression of 2 times or more [p value less than 0.1] or 1.5 times or more [p value less than 0.05] is observed)
  • FIG. The figure shows the results of three types of proteins (GCNT3_HUMAN [GCNT3], ENTP2_HUMAN [ENTPD2], and SPX3_HUMAN [SLC37A3]).
  • iTRAQ iTRAQ quantitative analysis
  • SRM-1 two types of peptides
  • SRM-2 see Table 4
  • the results of the analysis are shown in the center and right diagrams.
  • P indicates a control group
  • C indicates a colon cancer non-metastasis group
  • Cm indicates a colon cancer metastasis group.
  • the area ratio on the vertical axis indicates the peak area ratio with respect to the internal standard of the MS spectrum quantified by the mass spectrometer.
  • the horizontal bar represents the average value in each group. ⁇ indicates each sample.
  • iTRAQ iTRAQ quantitative analysis
  • SRM-1 a control group
  • SRM-2 a colon cancer non-metastasis group
  • Cm a colon cancer metastasis group
  • the area ratio on the vertical axis indicates the peak area ratio with respect to the internal standard of the MS spectrum quantified by the mass spectrometer.
  • the horizontal bar represents the average value in each group. ⁇ indicates each sample.
  • iTRAQ quantitative analysis and relative quantitative analysis by SRM method significant change in expression with colorectal cancer progression among colon cancer biomarker candidate proteins (more than double in colorectal cancer metastasis group compared to control group)
  • the figure shows the result of having identified what the expression increase of [p value less than 0.1] or 1.5 times or more [p value less than 0.05] was recognized as the biomarker protein of this invention.
  • the figure shows the results for the protein (TM45B_HUMAN [TMEM45B]).
  • iTRAQ quantitative analysis (“iTRAQ”, see Example 1) are shown in the left figure, and two types of peptides (“SRM-1” and “SRM-2”, see Table 4) were quantified.
  • the results of relative quantitative analysis by the SRM method are shown in the center diagram and the right diagram.
  • “P” indicates a control group
  • “C” indicates a colon cancer non-metastasis group
  • “Cm” indicates a colon cancer metastasis group.
  • the area ratio on the vertical axis indicates the peak area ratio with respect to the internal standard of the MS spectrum quantified by the mass spectrometer.
  • the horizontal bar represents the average value in each group. ⁇ indicates each sample.
  • Examples of the method for determining colorectal cancer of the present invention include a biomarker protein in the biomarker group in the determination sample collected from a subject (provider) (hereinafter referred to as “the present biomarker protein”). ), At least one expression level or at least one mRNA encoding the biomarker protein or its reverse transcript (cDNA) is detected and quantified, and the expression level increases to increase colorectal cancer.
  • the method is not particularly limited as long as it is a method for determining (evaluating) the presence or absence of malignancy and the malignancy of colorectal cancer (hereinafter referred to as “the present method”). It means the degree of poorness, that is, the degree of proliferation, metastasis and relapse probability.
  • the colorectal cancer diagnosis kit of the present invention includes a kit (hereinafter referred to as “this case”) having at least one antibody that specifically binds to at least one of the present biomarker proteins, or a label thereof.
  • kit 1 a kit having at least one antibody that specifically binds to at least one of the present biomarker proteins, or a label thereof.
  • kit 1 a kit having at least one antibody that specifically binds to at least one of the present biomarker proteins, or a label thereof.
  • kit 1 hereinafter referred to as “kit 1”), at least one primer or probe for detecting the expression of mRNA or cDNA encoding at least one of the present biomarker proteins, or a label thereof
  • the kit 1 or the kit 2 is limited to use as a diagnostic kit for colorectal cancer.
  • These kits usually include components commonly used in this type of diagnostic kit, for example, carriers, pH buffers, stabilizers, and package inserts such as instruction manuals.
  • this biomarker protein can also be
  • the above-mentioned donors include not only subjects whose cancer is present in the large intestine (cecum, colon, rectum) but also colon cancer patients (affected persons) whose colorectal cancer malignancy is unknown.
  • Subjects who are uncertain whether such cancer exists include gastric cancer patients, liver cancer patients, pancreatic cancer patients, thyroid cancer patients, lung cancer patients, breast cancer patients whose cancer metastasis into the colon tissue is unknown
  • Non-colon cancer patients such as are also included.
  • the large intestine may include an anal canal.
  • determination samples in the present method and other forms of the present method include non-liquid samples such as tissues, cells and organs derived from large intestine tissue, and liquid samples such as blood, saliva, ascites and urine.
  • the colon tissue may be a frozen tissue that has been collected from a subject and then subjected to a freezing treatment, or may be a pathological tissue that has undergone a histopathological treatment.
  • Formalin-fixed tissue, formalin-fixed paraffin-embedded tissue and the like can be exemplified.
  • the liquid sample is preferable.
  • the biomarker protein to be used is not particularly limited as long as it is the present biomarker protein.
  • 24 types of proteins S39A4_HUMAN, LRC15_HUMAN, BST1_HUMAN, ANTR1_HUMAN, PXMP4_HUMAN, LTBP2_HUMAN, MXRA7_HUMAN, MFAP2_HUMAN, TMM97_HUMAN, AMPE_HUMAN, F210B_HUMAN, FA73B_HUMAN, TSN9_HUMAN, GPC6_HUMAN, GGT5_HUMAN, SGMR1_HUMAN, TM41A_HUMAN, B3A2_HUMAN, FCERG_HUMAN, NEP_HUMAN 5NTD_HUMAN, it PEX13_HUMAN, SPIT2_HUMAN, and preferably UBAC2_HUMAN), in particular six proteins (LRC15_HUMAN,
  • the biomarker protein to be used is not particularly limited as long as it is the biomarker protein of the present invention.
  • protein (S39A4_HUMAN, LRC15_HUMAN, BST1_HUMAN, ANTR1_HUMAN, PXMP4_HUMAN, LTBP2_HUMAN, MFAP2_HUMAN, AMPE_HUMAN, FA73B_HUMAN, TSN9_HUMAN, GPC6_HUMAN, EPHX4_HUMAN, GGT5_HUMAN, SGMR1_HUMAN, TM41A_HUMAN, B3A2_HUMAN, FCERG_HUMAN, NEP_HUMAN, GCNT3_HUMAN, ENTP2_HUM N, SPX3_HUMAN, 5NTD_HUMAN, PEX13_HUMAN, SPIT2_HUMAN, UBAC2_HUMAN, TLCD1_HUMAN, F173A_HUMAN, and TM45B_HUMAN
  • GCNT3_HUMAN 7 types of proteins (GCNT3_HUMAN, ENTP2_HUMAN, 5NTD_HUMAN, PEX13_HUMAN, TLCD1_HUMAN, F173A_HUMAN, and TM45B_HUMAN) are more preferable, and in particular, 5 types of proteins (GCNT3_HUMAN_HUMAN, NTP2_HUMAN, NTP2_HUMAN, NTP2 It can be exemplified suitable.
  • the expression level of the present biomarker protein and the expression level of mRNA or cDNA encoding the protein in the determination sample collected from the subject are increased compared to the expression level in the control sample.
  • the subject is highly likely to have colorectal cancer, or that the subject's colorectal cancer is highly malignant, and that the subject bio in the determination sample collected from the subject If the expression level of the marker protein and the expression level of mRNA or cDNA encoding the protein are not increased compared to the expression level in the control sample, the subject is less likely to have colorectal cancer.
  • control sample examples include tissues derived from healthy subjects, cells, blood, saliva, ascites, urine, and other tissues that are clearly not cancerous in light of criteria commonly used by those skilled in the art, such as doctors. Examples thereof include non-liquid samples such as cells and organs, and liquid samples such as blood, saliva, ascites and urine. These control samples are preferably control samples that have been collected and then subjected to the same treatment as the determination sample.
  • the method for detecting and quantifying the expression level of the biomarker protein may be any method as long as it can specifically detect part or all of the biomarker protein.
  • a mass spectrometry method for detecting a peptide constituting the present biomarker protein and an immunological measurement method using an antibody that specifically recognizes the present biomarker protein can be mentioned.
  • the amino acid sequence information of this biomarker protein is searched in the database of EBI (http://www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html) based on the UniProtKB accession number of this biomarker protein. Can be obtained.
  • the immunological measurement method include immunohistochemical staining method, ELISA method, EIA method, RIA method, Western blotting method and the like.
  • the mass spectrometry is a peptide sample obtained by converting a peptide sample into gaseous ions using an ion source (ionization), and ionizing the sample by moving in a vacuum using electromagnetic force or by a time-of-flight difference.
  • ionization ionization
  • the ionization method using an ion source includes the EI method, the CI method, the FD method, the FAB method, and the MALDI method.
  • a method such as the ESI method can be selected as appropriate, and the method of separating the ionized peptide sample in the analysis unit includes a magnetic deflection type, a quadrupole type, an ion trap type, and a time of flight (TOF) type.
  • a separation method such as a Fourier transform ion cyclotron resonance type can be selected as appropriate.
  • tandem mass spectrometry (MS / MS) or triple quadrupole mass spectrometry combining two or more mass spectrometry methods can be used.
  • the sample contains a phosphorylated peptide
  • the sample can be concentrated using iron ion-immobilized affinity chromatography (Fe-IMAC) before introducing the sample into the mass spectrometer.
  • Fe-IMAC iron ion-immobilized affinity chromatography
  • the peptide which comprises this biomarker protein can be isolate
  • a detection part and a data processing method can also be selected suitably.
  • mass spectrometry is used to detect and quantify the peptides constituting the biomarker protein by mass spectrometry, the peptide consisting of the same amino acid sequence as the peptide labeled with a stable isotope with a known concentration Can be standard.
  • one or more of the amino acids in the peptide constituting the biomarker protein to be detected contains any one or more of 15 N, 13 C, 18 O, and 2 H.
  • the type, position, number, and the like of amino acids can be appropriately selected.
  • Such a stable isotope-labeled peptide can be obtained by F-moc method (Amblard., Et al.) Using an amino acid labeled with a stable isotope. Methods Mol Biol.
  • iTRAQ registered trademark
  • ICAT registered trademark
  • ICPL registered trademark
  • NBS NBS It can also be produced using a labeling reagent such as (registered trademark) reagent.
  • the method for detecting and quantifying the expression level of mRNA or cDNA encoding the biomarker protein may be a method that can specifically detect a part or all of the mRNA or cDNA encoding the biomarker protein. Any method may be used. Specifically, the total RNA in cells in the sample for determination is extracted and purified, and a probe having a base sequence complementary to mRNA encoding the biomarker protein is used.
  • the detection method using the Northern blotting method, and extraction and purification of total RNA in cells in the sample for determination, synthesis of cDNA using reverse transcriptase, and specific amplification of the cDNA encoding this biomarker protein Competitive PCR method and real-time PCR method using primer pairs Quantitative PCR method of detection and total RNA in cells in the sample for determination are purified, cDNA is synthesized using reverse transcriptase, and then labeled with biotin or digoxigenin.
  • a support that can be used for hybridization such as glass, silicon, and plastic after indirectly labeling cDNA with an antibody that recognizes avidin or digoxigenin with high affinity for biotin labeled with a fluorescent substance
  • the antibody in the present kit 1 may be an antibody such as a monoclonal antibody, a polyclonal antibody, a human antibody, a chimeric antibody, or a humanized antibody, and among these, F (ab ′) 2 , Fab, diabody, Antibody fragments comprising a part of an antibody such as Fv, ScFv, Sc (Fv) 2 are also included.
  • the kit 1 includes a secondary antibody conjugated with a labeling substance such as a fluorescent substance or an enzyme for detecting the antibody in the kit 1 bound to the amino acid residue of the biomarker protein.
  • a labeling substance such as a fluorescent substance or an enzyme for detecting the antibody in the kit 1 bound to the amino acid residue of the biomarker protein.
  • at least one kind of antibody that reacts with an epitope different from the antibody in the present kit 1 can be included.
  • the kit 1 may further include a buffer solution, a pH adjuster, a reaction container, and the like according to necessity and purpose.
  • the length of the primer sequence, annealing with such cDNA can be appropriately selected in consideration of the amplification efficiency and specificity of DNA. For example, 15 to 30 bases can be selected as the length of the primer sequence, and 100 to 300 bases can be selected as the length of the cDNA to be amplified.
  • sequence information of mRNA and cDNA encoding the biomarker protein is based on the UniProtKB accession number of the biomarker protein, EBI (http://www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html) It can obtain by linking to the database of NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/).
  • the probe in the present kit 2 is a probe that hybridizes with part or all of the mRNA or cDNA encoding the biomarker protein, the length of the probe, the site that hybridizes with such splicing variant, etc. Can be appropriately selected in consideration of the efficiency and specificity.
  • Examples of the labeling substance in the labeled product of the present Kit 1 and the present Kit 2 include peroxidase (for example, horseradish peroxidase), alkaline phosphatase, ⁇ -D-galactosidase, glucose oxidase, glucose-6-phosphate dehydrogenase, alcohol dehydrogenase, Enzymes such as malate dehydrogenase, penicillinase, catalase, apoglucose oxidase, urease, luciferase or acetylcholinesterase, fluorescent substances such as fluorescein isothiocyanate, phycobiliprotein, rare earth metal chelates, dansyl chloride or tetramethylrhodamine isothiocyanate , Green Fluorescence Protein (GFP), Cyan Fluorescence Protein (CFP), Blue Fluorescent Protein (Blue Fluorescence Protein; BFP), yellow fluorescent protein (Yellow Fluorescence Protein; YFP), red fluorescent protein (
  • the model animal afflicted with colorectal cancer in the present method of the other form may be a model animal that naturally afflicted colorectal cancer, or a cancer gene or a gene causing colorectal cancer (APC, RAS, P53 etc.) mutants and colon-specific carcinogens (azoxymethane [AOM], 2-amino-1-methyl-6-phenylimidazo [4,5-b] pyridine [PhIP], 1,2-dimethylhydrazine [DMH], etc. ) Or the like may be used as a model animal in which colon cancer is induced, or a commercially available model animal may be used.
  • AOM azoxymethane
  • PhIP 2-amino-1-methyl-6-phenylimidazo
  • DMH 1,2-dimethylhydrazine
  • model animals include colon cancer model mice (C57BL / 6J-Apc Min / J) (Jackson Laboratory).
  • model animal include mice, non-human mammal models such as rats, hamsters, guinea pigs, monkeys, cows, pigs, horses, rabbits, sheep, goats, cats and dogs.
  • any method can be used as long as it can specifically detect a part or all of the ortholog of the biomarker protein.
  • the above-described mass spectrometry for detecting the peptide constituting the ortholog of the biomarker protein or the above-described antibody using the antibody specifically recognizing the ortholog of the biomarker protein can be mentioned.
  • a part or all of the mRNA or cDNA encoding the biomarker protein is specified. Any method can be used as long as it can be detected automatically, and specific examples include the above-described methods.
  • genetic information and amino acid sequence information of the ortholog of the present biomarker protein can be appropriately obtained by searching a database such as NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/). For example, orthologs of this biomarker protein are known in mice, rats and the like.
  • Membrane protein fraction is solubilized with a solution containing surfactant (deoxycholic acid or lauroyl sarcosine acid), digested with trypsin, and then added with ethyl acetate to make it acidic (phase transfer dissolution method [PTS method])
  • PTS method phase transfer dissolution method
  • Peptide samples obtained after desalting and purification are labeled with isotope labeling with iTRAQ reagent (ABC), then fractionated with SCX column (Agilent Technologies), and LTQ-Orbitrap XL mass spectrometer (Thermo Fisher Scientific) Proteins were quantified and identified by iTRAQ shotgun proteomics analysis (Fig. 1).
  • one or two peptides specifically detected by the SRM method are selected, and the same amino acid sequence as the corresponding peptide
  • a stable isotope-labeled peptide (SI peptide) was purchased from Greiner Bio-One and used as an internal standard peptide.
  • the membrane protein fraction is isolated by the method described in Example 1 above, digested with trypsin, mixed with the internal standard peptides of the above-mentioned 105 types of colon cancer biomarker candidate proteins, and subjected to the SRM method using a TSQ Vantage mass spectrometer Relative quantitative analysis was performed.
  • UniProtID of the 31 types of proteins is as follows.
  • PXMP4_HUMAN (UniProtKB accession number Q9Y6I8) LRC15_HUMAN (UniProtKB accession number Q8TF66) BST1_HUMAN (UniProtKB accession number Q10588) FA73B_HUMAN (UniProtKB accession number Q7L4E1) EPHX4_HUMAN (UniProtKB accession number Q8IUS5) GGT5_HUMAN (UniProtKB accession number P36269) SGMR1_HUMAN (UniProtKB accession number Q99720) TM41A_HUMAN (UniProtKB accession number Q96HV5) B3A2_HUMAN (UniProtKB accession number P04920) NEP_HUMAN (UniProtKB accession number P08473) GCNT3_HUMAN (UniProtKB accession number O95395) ENTP2_HUMAN (UniProtKB accession number Q
  • Table 4 shows the amino acid sequences of the peptides to be quantified (“SRM-1” and “SRM-2”) used for the relative quantitative analysis by the SRM method.
  • MFAP2_HUMAN ENTP2_HUMAN
  • LTBP2_HUMAN LTBP2_HUMAN
  • GPC6_HUMAN lent protein-like protein
  • SPIT2_HUMAN SPIT2_HUMAN

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Abstract

精度よく大腸がんを検出するためのバイオマーカーを用いた、大腸がんの判定方法や大腸がんの診断用キットを提供することを課題とする。31種類のタンパク質(PXMP4_HUMAN、LRC15_HUMAN、BST1_HUMAN、FA73B_HUMAN、EPHX4_HUMAN、GGT5_HUMAN、SGMR1_HUMAN、TM41A_HUMAN、B3A2_HUMAN、NEP_HUMAN、GCNT3_HUMAN、ENTP2_HUMAN、5NTD_HUMAN、PEX13_HUMAN、UBAC2_HUMAN、TLCD1_HUMAN、F173A_HUMAN、TM45B_HUMAN、MXRA7_HUMAN、MFAP2_HUMAN、F210B_HUMAN、TSN9_HUMAN、SPX3_HUMAN、S39A4_HUMAN、ANTR1_HUMAN、LTBP2_HUMAN、TMM97_HUMAN、AMPE_HUMAN、GPC6_HUMAN、SPIT2_HUMAN、及びFCERG_HUMAN)をバイオマーカーとして用いることにより、精度よく大腸がんを判定することができる。

Description

大腸がんの判定方法
 本発明は、大腸がんを判定する方法や大腸がんを診断するためのキットに関する。
 がんは、心筋梗塞や脳梗塞に代表される血管系疾患とともに、成人の死亡原因を二分する疾患である。例えば、大腸がんは、がん疾患の中で世界3番目の罹患率と2番目の死亡率を占めている。また、国立がん研究センターがん対策情報センターの最新のがん統計資料によると、日本における大腸がんの罹患率は、2005年では胃がんについで2番目に高く、また、大腸がん死亡率は、2009年では肺がん、胃がんについで3番目に高いことが報告されている。さらに、大腸がん(結腸がん、直腸がん、肛門がん)の罹患率は、50歳前後から増加傾向にあり、加齢とともに高くなることや、大腸がんの罹患率及び死亡率は、男性が女性の約2倍と高く、特に直腸がんにおいて男女差が大きい傾向にあることも報告されている。
 大腸がんは、腺がん、扁平上皮がん、及び腺扁平上皮がんに分類され、大部分が腺がんであることが知られている。大腸ポリープ(polyp)はキノコの様な形状に増殖し、通常は良性腫瘍であるが、そのうちの一部が腺がんに進行する。また、ポリープ由来でない平坦な病変や陥凹性病変から腺がんに進行することも報告されている。
 大腸がんの治療は、内視鏡治療、外科手術、化学療法、放射線療法などにより行われ、病期、腫瘍の大きさ・深達度、転移の度合などを勘案して施される。早期大腸がんである場合、内視鏡切除、あるいは外科手術によってがんを完全に切除することが可能であるため、予後が良いが、進行大腸がんである場合、肺、肝臓、リンパ節や腹膜などに切除困難ながん転移がおこり、また切除した部位にがんが再発することもあるため、予後が悪いことが知られている。
 大腸がんの早期発見の重要性が認識されているものの、早期大腸がんの段階ではほとんどが無症状であり、がんが進行してからでないとはっきりとした自覚症状が現れないことが多いため、大腸がんを自覚症状によって早期発見することは難しい。また、大腸がんの進行とともに血便、便が細くなる(便柱細少)、残便感、腹痛、下痢と便秘の繰り返しなど排便に関する症状や、貧血、嘔吐などの症状が現れる。最も多いのが血便であるが、痔等と混同されるケースも多い。
 近年のゲノム解析技術やプロテオーム解析技術の進歩に伴い、大腸がんを含めたがんを検出できるバイオマーカーの探索が積極的に行われており(特許文献1~6)、有用性が証明され、実地臨床で使用可能なバイオマーカーとしては、KRAS遺伝子やUGT1A1遺伝子が報告されている。
特表2009-531031号公報 特開2007-175021号公報 特開2007-159491号公報 米国公開特許US2012/0039811A1 特表2011-505840号公報 特開2008-245635号公報
 本発明の課題は、精度よく大腸がんを検出するためのバイオマーカーを用いた、大腸がんの判定方法や大腸がんの診断用キットを提供することにある。
 膜タンパク質は、細胞間認識やシグナル伝達、分子輸送において重要な役割を担い、がん細胞の浸潤や転移への関与が示唆されている。本発明者らは、上記課題を解決するため、大腸良性腫瘍(ポリープ)検体(コントロール群)と大腸がん組織検体(転移無し検体[大腸がん無転移群]及び転移有り検体[大腸がん転移群])(以下、これらを総称して「大腸がん群」という)から膜タンパク質画分を調製し、LTQ-Orbitrap XL質量分析計を用いたiTRAQショットガンプロテオミクス解析を行った。その結果、5566種類のタンパク質が同定された。この中からデータベースサーチや有意差検定等により、105種類の大腸がんバイオマーカー候補タンパク質を選別し、TSQ Vantage質量分析計を用いたselected reaction monitoring(SRM)法により相対定量プロテオミクス解析を行った。
 その結果、90種類のタンパク質で大腸がんの悪性化に伴う発現変化が示された。さらにこれらを有意差検定や大腸がんとの関係についての先行調査等による選別を行い、31種類のタンパク質(PXMP4_HUMAN、LRC15_HUMAN、BST1_HUMAN、FA73B_HUMAN、EPHX4_HUMAN、GGT5_HUMAN、SGMR1_HUMAN、TM41A_HUMAN、B3A2_HUMAN、NEP_HUMAN、GCNT3_HUMAN、ENTP2_HUMAN、5NTD_HUMAN、PEX13_HUMAN、UBAC2_HUMAN、TLCD1_HUMAN、F173A_HUMAN、TM45B_HUMAN、MXRA7_HUMAN、MFAP2_HUMAN、F210B_HUMAN、TSN9_HUMAN、SPX3_HUMAN、S39A4_HUMAN、ANTR1_HUMAN、LTBP2_HUMAN、TMM97_HUMAN、AMPE_HUMAN、GPC6_HUMAN、SPIT2_HUMAN、及びFCERG_HUMAN)を見いだし、本発明を完成するに至った。
 すなわち、本発明は、(1)以下の[タンパク質群](以下、「本件バイオマーカー群」ということがある)における、少なくとも1つ以上のタンパク質又は該タンパク質をコードするmRNA若しくはcDNAの発現の増加を検出することを特徴とする、大腸がんの判定方法に関する。
[タンパク質群]
PXMP4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y6I8)
LRC15_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8TF66)
BST1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q10588)
FA73B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q7L4E1)
EPHX4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8IUS5)
GGT5_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P36269)
SGMR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q99720)
TM41A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96HV5)
B3A2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P04920)
NEP_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P08473)
GCNT3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O95395)
ENTP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y5L3)
5NTD_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P21589)
PEX13_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q92968)
UBAC2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NBM4)
TLCD1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96CP7)
F173A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9BQD7)
TM45B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96B21)
MXRA7_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P84157)
MFAP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P55001)
F210B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96KR6)
TSN9_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O75954)
SPX3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NCC5)
S39A4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q6P5W5)
ANTR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9H6X2)
LTBP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q14767)
TMM97_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q5BJF2)
AMPE_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q07075)
GPC6_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y625)
SPIT2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O43291)
FCERG_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P30273)
 上記本発明の判定方法は、医師による大腸がんの診断を補助する方法であって、医師による診断行為を含まない。また上記判定方法のその他の態様としては、大腸がんを診断するためのデータを収集する方法を挙げることができる。
 また本発明は、(2)本件バイオマーカー群における、少なくとも1つ以上のタンパク質に特異的に結合する抗体、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする大腸がんの診断用キットに関する。このキット発明は、大腸がんを診断するためのキットに関する用途発明であり、このキットには、通常、大腸がんを診断するための説明書が含まれる。
 さらに本発明は、(3)本件バイオマーカー群における、少なくとも1つ以上のタンパク質をコードするmRNA又はcDNAの発現を検出するためのプライマー若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする大腸がんの診断用キットに関する。このキット発明は、大腸がんを診断するためのキットに関する用途発明であり、このキットには通常、大腸がんを診断するための説明書が添付されている。
 また本発明の実施の他の形態として、(a)大腸がんに罹患したモデル動物に被検薬剤又は被検物質を投与する工程;(b)前記モデル動物より採取された判定用試料における、本件バイオマーカー群の少なくとも1つ以上のオーソログ(タンパク質やmRNAやその逆転写物[cDNA])の発現量を検出・定量する工程;(c)前記判定用試料における、本件バイオマーカー群の少なくとも1つ以上のオーソログの発現量と、対照となる被検薬剤又は被検物質を未投与の場合における発現量とを比較する工程;及び(d)判定用試料における、本件バイオマーカー群の少なくとも1つ以上のオーソログの発現量が、被検薬剤又は被検物質を未投与のときの発現量と比較して減少している場合、被検薬剤又は被検物質が大腸がんの治療に有効な治療薬と評価する工程;の工程(a)~工程(d)を備えたことを特徴とする大腸がん治療薬の有効性を判定する方法(以下、「他の形態の本件方法」ということがある)を挙げることができる。
 また上記大腸がん治療薬の有効性を判定する方法のその他の態様としては、大腸がん治療薬をスクリーニングする方法を挙げることができる。
 本発明によると、大腸がんを精度よく検出することが可能となり、大腸がんの早期発見に必要な定期検診等のがんの検診者の増加が期待される他、早期がんの段階で診断・治療をうける検診者が増えることや、大腸がんによる死亡率を下げることが期待される。
本発明のバイオマーカータンパク質を同定する実験操作の概要を示す図である。 iTRAQ定量解析及びSRM法による相対定量解析により、大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の中から、大腸がんの進行に伴う有意な発現変化(コントロール群と比較して大腸がん無転移群で2倍以上[p値0.1未満]又は1.5倍以上[p値0.05未満]の発現の増加)が認められたものを、本発明のバイオマーカータンパク質として同定した結果を示す図である。図には6種類のタンパク質(S39A4_HUMAN[SLC39A4]、LRC15_HUMAN[LRRC15]、BST1_HUMAN[BST1]、ANTR1_HUMAN[ANTXR1]、PXMP4_HUMAN[PXMP4]、及びLTBP2_HUMAN[LTBP2])の結果を示す。各種タンパク質において、iTRAQ定量解析による結果(「iTRAQ」)を左図に示し、2種類のペプチド(「SRM-1」及び「SRM-2」、表4参照)を定量した、SRM法による相対定量解析の結果を中央図及び右図に示す。図中の「P」はコントロール群を示し、「C」は大腸がん無転移群を示し、「Cm」は大腸がん転移群を示す。縦軸の領域比(Area ratio)は、質量分析計で定量されたMSスペクトルの内部標準に対するピーク面積比を示す。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。●は各検体を示す。 iTRAQ定量解析及びSRM法による相対定量解析により、大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の中から、大腸がんの進行に伴う有意な発現変化(コントロール群と比較して大腸がん無転移群で2倍以上[p値0.1未満]又は1.5倍以上[p値0.05未満]の発現の増加)が認められたものを、本発明のバイオマーカータンパク質として同定した結果を示す図である。図には6種類のタンパク質(MXRA7_HUMAN[MXRA7]、MFAP2_HUMAN[MFAP2]、TMM97_HUMAN[TMEM97]、AMPE_HUMAN[ENPEP]、F210B_HUMAN[C20orf108]、及びFA73B_HUMAN[FAM73B])の結果を示す。各種タンパク質において、iTRAQ定量解析による結果(「iTRAQ」)を左図に示し、1又は2種類のペプチド(「SRM-1」及び「SRM-2」、表4参照)を定量した、SRM法による相対定量解析の結果を中央図及び右図に示す。図中の「P」はコントロール群を示し、「C」は大腸がん無転移群を示し、「Cm」は大腸がん転移群を示す。縦軸の領域比(Area ratio)は、質量分析計で定量されたMSスペクトルの内部標準に対するピーク面積比を示す。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。●は各検体を示す。 iTRAQ定量解析及びSRM法による相対定量解析により、大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の中から、大腸がんの進行に伴う有意な発現変化(コントロール群と比較して大腸がん無転移群で2倍以上[p値0.1未満]又は1.5倍以上[p値0.05未満]の発現の増加)が認められたものを、本発明のバイオマーカータンパク質として同定した結果を示す図である。図には6種類のタンパク質(TSN9_HUMAN[TSPAN9]、GPC6_HUMAN[GPC6]、EPHX4_HUMAN[EPHX4]、GGT5_HUMAN[GGT5]、SGMR1_HUMAN[SIGMAR1]、及びTM41A_HUMAN[TMEM41A])の結果を示す。各種タンパク質において、iTRAQ定量解析による結果(「iTRAQ」)を左図に示し、1又は2種類のペプチド(「SRM-1」及び「SRM-2」、表4参照)を定量した、SRM法による相対定量解析の結果を中央図及び右図に示す。図中の「P」はコントロール群を示し、「C」は大腸がん無転移群を示し、「Cm」は大腸がん転移群を示す。縦軸の領域比(Area ratio)は、質量分析計で定量されたMSスペクトルの内部標準に対するピーク面積比を示す。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。●は各検体を示す。 iTRAQ定量解析及びSRM法による相対定量解析により、大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の中から、大腸がんの進行に伴う有意な発現変化(コントロール群と比較して大腸がん無転移群で2倍以上[p値0.1未満]又は1.5倍以上[p値0.05未満]の発現の増加)が認められたものを、本発明のバイオマーカータンパク質として同定した結果を示す図である。図には3種類のタンパク質(B3A2_HUMAN[SLC4A2]、FCERG_HUMAN[FCER1G]、及びNEP_HUMAN[MME])の結果を示す。各種タンパク質において、iTRAQ定量解析による結果(「iTRAQ」)を左図に示し、1又は2種類のペプチド(「SRM-1」及び「SRM-2」、表4参照)を定量した、SRM法による相対定量解析の結果を中央図及び右図に示す。図中の「P」はコントロール群を示し、「C」は大腸がん無転移群を示し、「Cm」は大腸がん転移群を示す。縦軸の領域比(Area ratio)は、質量分析計で定量されたMSスペクトルの内部標準に対するピーク面積比を示す。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。●は各検体を示す。 iTRAQ定量解析及びSRM法による相対定量解析により、大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の中から、大腸がんの進行に伴う有意な発現変化(大腸がん無転移群と比較して大腸がん転移群で2倍以上[p値0.1未満]又は1.5倍以上[p値0.05未満]の発現の増加)が認められたものを、本発明のバイオマーカータンパク質として同定した結果を示す図である。図には3種類のタンパク質(GCNT3_HUMAN[GCNT3]、ENTP2_HUMAN[ENTPD2]、及びSPX3_HUMAN[SLC37A3])の結果を示す。各種タンパク質において、iTRAQ定量解析による結果(「iTRAQ」)を左図に示し、2種類のペプチド(「SRM-1」及び「SRM-2」、表4参照)を定量した、SRM法による相対定量解析の結果を中央図及び右図に示す。図中の「P」はコントロール群を示し、「C」は大腸がん無転移群を示し、「Cm」は大腸がん転移群を示す。縦軸の領域比(Area ratio)は、質量分析計で定量されたMSスペクトルの内部標準に対するピーク面積比を示す。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。●は各検体を示す。 iTRAQ定量解析及びSRM法による相対定量解析により、大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の中から、大腸がんの進行に伴う有意な発現変化(コントロール群と比較して大腸がん転移群で2倍以上[p値0.1未満]又は1.5倍以上[p値0.05未満]の発現の増加)が認められたものを、本発明のバイオマーカータンパク質として同定した結果を示す図である。図には6種類のタンパク質(5NTD_HUMAN[NT5E]、PEX13_HUMAN[PEX13]、SPIT2_HUMAN[SPINT2]、UBAC2_HUMAN[UBAC2]、TLCD1_HUMAN[TLCD1]、及びF173A_HUMAN[FAM173A])の結果を示す。各種タンパク質において、iTRAQ定量解析による結果(「iTRAQ」)を左図に示し、1又は2種類のペプチド(「SRM-1」及び「SRM-2」、表4参照)を定量した、SRM法による相対定量解析の結果を中央図及び右図に示す。図中の「P」はコントロール群を示し、「C」は大腸がん無転移群を示し、「Cm」は大腸がん転移群を示す。縦軸の領域比(Area ratio)は、質量分析計で定量されたMSスペクトルの内部標準に対するピーク面積比を示す。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。●は各検体を示す。 iTRAQ定量解析及びSRM法による相対定量解析により、大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の中から、大腸がんの進行に伴う有意な発現変化(コントロール群と比較して大腸がん転移群で2倍以上[p値0.1未満]又は1.5倍以上[p値0.05未満]の発現の増加)が認められたものを、本発明のバイオマーカータンパク質として同定した結果を示す図である。図にはタンパク質(TM45B_HUMAN[TMEM45B])の結果を示す。かかるタンパク質において、iTRAQ定量解析による結果(「iTRAQ」、実施例1参照)を左図に示し、2種類のペプチド(「SRM-1」及び「SRM-2」、表4参照)を定量した、SRM法による相対定量解析の結果を中央図及び右図に示す。図中の「P」はコントロール群を示し、「C」は大腸がん無転移群を示し、「Cm」は大腸がん転移群を示す。縦軸の領域比(Area ratio)は、質量分析計で定量されたMSスペクトルの内部標準に対するピーク面積比を示す。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。●は各検体を示す。
 本発明の大腸がんの判定方法としては、例えば、被験者(提供者)から採取された判定用試料中の、本件バイオマーカー群におけるバイオマーカータンパク質(以下、「本件バイオマーカータンパク質」ということがある)のうち、少なくとも1つ以上の発現量又は少なくとも1つ以上の本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNA若しくはその逆転写物(cDNA)の発現量を検出・定量し、発現量の増加により大腸がんの有無や大腸がんの悪性度を判定(評価)する方法(以下、「本件方法」という)であれば特に制限されず、ここで大腸がんの悪性度とは、大腸がんの性質としての悪さ、すなわち増殖、転移、再発しやすさの程度を意味する。また、本発明の大腸がんの診断用キットとしては、少なくとも1つ以上の本件バイオマーカータンパク質に特異的に結合する抗体、又はそれらの標識物を、少なくとも1つ以上備えるキット(以下、「本件キット1」という)や、少なくとも1つ以上の本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNA又はcDNAの発現を検出するためのプライマー若しくはプローブ、又はそれらの標識物を、少なくとも1つ以上備えるキット(以下、「本件キット2」という)であれば特に制限されず、ここで、本件キット1や本件キット2は、大腸がんの診断用キットとしての用途に限定されるものである。そして、これらキットには、一般にこの種の診断キットに用いられる成分、例えば担体、pH緩衝剤、安定剤の他、取扱説明書等の添付文書が通常含まれる。なお、本件バイオマーカータンパク質は、大腸がん発症リスクを判定するために用いることもできる。
 上記提供者には、大腸(盲腸、結腸、直腸)に、がんが存在するかどうか不明な被験者の他、大腸がんの悪性度が不明な大腸がん患者(罹患者)も含まれる。かかるがんが存在するかどうか不明な被験者には、大腸組織中へのがんの転移が不明な、胃がん患者、肝臓がん患者、膵臓がん患者、甲状腺がん患者、肺がん患者、乳がん患者などの非大腸がん患者も含まれる。なお、大腸には、肛門管が含まれる場合がある。
 本件方法や、他の形態の本件方法における判定用試料としては、大腸組織由来の組織、細胞、器官等の非液性試料や、血液、唾液、腹水、尿等の液性試料を例示することができる。例えば、上記大腸組織は、被験者より採取された後に、凍結処理が施された凍結組織であっても、病理組織学的処理が施された病理組織であってもよく、かかる病理組織としては、ホルマリン固定組織や、ホルマリン固定パラフィン包埋組織等を例示することができる。5種類の本件バイオマーカータンパク質(MFAP2_HUMAN、ENTP2_HUMAN、LTBP2_HUMAN、GPC6_HUMAN、及びSPIT2_HUMAN)は、細胞外に分泌されることが予想されるため、かかる5種類の本件バイオマーカータンパク質を検出する場合、本件方法における判定用試料としては、上記液性試料が好ましい。
 本件方法により大腸がんの有無を判定する場合、用いるバイオマーカータンパク質としては、本件バイオマーカータンパク質であれば特に制限されないが、大腸がんの有無を効果的に判定できるため、24種類のタンパク質(S39A4_HUMAN、LRC15_HUMAN、BST1_HUMAN、ANTR1_HUMAN、PXMP4_HUMAN、LTBP2_HUMAN、MXRA7_HUMAN、MFAP2_HUMAN、TMM97_HUMAN、AMPE_HUMAN、F210B_HUMAN、FA73B_HUMAN、TSN9_HUMAN、GPC6_HUMAN、GGT5_HUMAN、SGMR1_HUMAN、TM41A_HUMAN、B3A2_HUMAN、FCERG_HUMAN、NEP_HUMAN、5NTD_HUMAN、PEX13_HUMAN、SPIT2_HUMAN、及びUBAC2_HUMAN)が好ましく、特に6種類のタンパク質(LRC15_HUMAN、BST1_HUMAN、PXMP4_HUMAN、GGT5_HUMAN、SGMR1_HUMAN、及びTM41A_HUMAN)を好適に例示することができる。
 本件方法により大腸がんの悪性度を判定する場合、用いるバイオマーカータンパク質としては、本件バイオマーカータンパク質であれば特に制限されないが、大腸がんの悪性度を効果的に判定できるため、28種類のタンパク質(S39A4_HUMAN、LRC15_HUMAN、BST1_HUMAN、ANTR1_HUMAN、PXMP4_HUMAN、LTBP2_HUMAN、MFAP2_HUMAN、AMPE_HUMAN、FA73B_HUMAN、TSN9_HUMAN、GPC6_HUMAN、EPHX4_HUMAN、GGT5_HUMAN、SGMR1_HUMAN、TM41A_HUMAN、B3A2_HUMAN、FCERG_HUMAN、NEP_HUMAN、GCNT3_HUMAN、ENTP2_HUMAN、SPX3_HUMAN、5NTD_HUMAN、PEX13_HUMAN、SPIT2_HUMAN、UBAC2_HUMAN、TLCD1_HUMAN、F173A_HUMAN、及びTM45B_HUMAN)が好ましく、上記提供者が大腸がん患者であるとき、大腸がんの再発を効果的に予測することができるため、これらの中でも7種類のタンパク質(GCNT3_HUMAN、ENTP2_HUMAN、5NTD_HUMAN、PEX13_HUMAN、TLCD1_HUMAN、F173A_HUMAN、及びTM45B_HUMAN)がより好ましく、特に5種類のタンパク質(GCNT3_HUMAN、ENTP2_HUMAN、TLCD1_HUMAN、F173A_HUMAN、及びTM45B_HUMAN)を好適に例示することができる。
 本件方法において、被験者から採取された判定用試料中の、本件バイオマーカータンパク質の発現量や、該タンパク質をコードするmRNA若しくはcDNAの発現量が、対照試料における発現量と比較して増加している場合、被験者が大腸がんに罹患している可能性が高い、或いは被験者の大腸がんの悪性度が高いと判定することができ、また、被験者から採取された判定用試料中の、本件バイオマーカータンパク質の発現量や、該タンパク質をコードするmRNA若しくはcDNAの発現量が、対照試料における発現量と比較して増加していない場合、被験者が大腸がんに罹患している可能性が低い、或いは被験者の大腸がんの悪性度が低いと判定することができる。
 上記対照試料としては、健常者由来の組織、細胞、血液、唾液、腹水、尿などの試料の他、医師等当業者が通常用いる基準に照らして明らかにがん化していないと判断される組織、細胞、器官等の非液性試料や血液、唾液、腹水、尿等の液性試料を例示することができる。また、これら対照試料は、採取された後に、判定用試料と同様の処理が施された対照試料であることが好ましい。
 本件方法において、本件バイオマーカータンパク質の発現量を検出・定量する方法としては、本件バイオマーカータンパク質の一部又は全部を特異的に検出できる方法であればどのような方法であってもよく、具体的には、本件バイオマーカータンパク質を構成するペプチドを検出する質量分析法や、本件バイオマーカータンパク質を特異的に認識する抗体を用いた免疫学的測定法を挙げることができる。なお、本件バイオマーカータンパク質のアミノ酸配列情報は、本件バイオマーカータンパク質のUniProtKBアクセッション番号を基に、EBI(http://www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html)のデータベースで検索することにより得ることができる。
 上記免疫学的測定法としては、免疫組織化学染色法、ELISA法、EIA法、RIA法、ウェスタンブロッティング法等を好適に例示することができる。また、上記質量分析法とは、ペプチド試料を、イオン源を用いて気体状のイオンとし(イオン化)、分析部において、真空中で運動させ電磁気力を用いて、あるいは飛行時間差によりイオン化したペプチド試料を質量電荷比に応じて分離し、検出できる質量分析計を用いた測定方法のことをいい、イオン源を用いてイオン化する方法としては、EI法、CI法、FD法、FAB法、MALDI法、ESI法などの方法を適宜選択することができ、また、分析部において、イオン化したペプチド試料を分離する方法としては、磁場偏向型、四重極型、イオントラップ型、飛行時間(TOF)型、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴型などの分離方法を適宜選択することができる。また、2以上の質量分析法を組み合わせたタンデム型質量分析(MS/MS)やトリプル四重極型質量分析を利用することができる。また、サンプルがリン酸化したペプチドを含む試料の場合、質量分析計へのサンプル導入前に、サンプルを鉄イオン固定化アフィニティークロマトグラフィー(Fe-IMAC)を用いて濃縮することができる。また、液体クロマトグラフ(LC)やHPLCにより、本件バイオマーカータンパク質を構成するペプチドを分離・精製してサンプルとすることができる。また、検出部やデータ処理方法も適宜選択することができる。なお、質量分析法を用いて本件バイオマーカータンパク質を構成するペプチドを質量分析法で検出・定量する場合、かかるペプチドと同一のアミノ酸配列からなる、濃度が既知の安定同位体で標識したペプチドを内部標準とすることができる。かかる安定同位体標識ペプチドとしては、検出する本件バイオマーカータンパク質を構成するペプチドにおけるアミノ酸の1個以上が、15N,13C,18O,及びHのいずれか1以上を含む安定同位体標識ペプチドであれば、アミノ酸の種類、位置、数などは適宜選択することができ、かかる安定同位体標識ペプチドは、安定同位元素により標識されたアミノ酸を用いてF-moc法(Amblard., et al. Methods Mol Biol.298:3-24(2005))等の適当な手段で化学合成することができるが、iTRAQ(登録商標)試薬、ICAT(登録商標)試薬、ICPL(登録商標)試薬、NBS(登録商標)試薬などの標識試薬を用いて作製することもできる。
 本件方法において、本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNA又はcDNAの発現量を検出・定量する方法としては、本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNA又はcDNAの一部若しくは全部を特異的に検出できる方法であればどのような方法であってもよく、具体的には、判定用試料中の細胞における全RNAを抽出・精製し、本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNAに相補的な塩基配列からなるプローブを用いたノーザンブロッティング法で検出する方法や、判定用試料中の細胞における全RNAを抽出・精製し、逆転写酵素を用いてcDNAを合成した後、本件バイオマーカータンパク質をコードするcDNAを特異的に増幅するプライマー対を用いた、競合的PCR法、リアルタイムPCR法等の定量PCR法で検出する方法や、判定用試料中の細胞における全RNAを精製し、逆転写酵素を用いてcDNAを合成した後、ビオチン(biotin)やジゴキシゲニン(digoxigenin)などでcDNAをラベルし、蛍光物質が標識されたビオチンに対する親和性の高いアビジン(avidin)やジゴキシゲニンを認識する抗体などで間接的にcDNAを標識した後、ガラス、シリコン、プラスチックなどのハイブリダイゼーションに使用可能な支持体上に固定化された、本件バイオマーカータンパク質をコードするcDNAに相補的な塩基配列からなるプローブを用いたマイクロアレイで検出する方法等を挙げることができる。
 本件キット1における抗体としては、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体などの抗体であってもよく、また、この中には、F(ab’)、Fab、diabody、Fv、ScFv、Sc(Fv)などの抗体の一部からなる抗体断片も含まれる。また、上記本件キット1には、本件バイオマーカータンパク質のアミノ酸残基に結合した本件キット1における抗体を検出するための、蛍光物質、酵素等の標識物質をコンジュゲートした2次抗体を含めることや、本件キット1における抗体とは異なるエピトープと反応する少なくとも1種類の抗体を含めることができる。また、本件キット1には、必要と目的に応じた緩衝液、pH調整剤、反応容器等をさらに備えたものであってもよい。
 本件キット2におけるプライマーとしては、本件バイオマーカータンパク質をコードするcDNAの上流又は下流の配列と一部とアニーリングしうる相補的なプライマー(対)であれば、プライマー配列の長さ、かかるcDNAとアニーリングする部位、増幅するcDNAの長さ等は、DNAの増幅効率や特異性を考慮して適宜選択することができる。例えば、プライマー配列の長さとしては、15~30塩基を選択することができ、また、増幅するcDNAの長さとしては、100~300塩基を選択することができる。なお、本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNAやcDNAの配列情報は、本件バイオマーカータンパク質のUniProtKBアクセッション番号を基に、EBI(http://www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html)のデータベースで検索し、NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/)のデータベースにリンクすることにより得ることができる。
 本件キット2におけるプローブとしては、本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNA又はcDNAの一部若しくは全部がハイブリダイゼーションするプローブであれば、プローブの長さ、かかるスプライシングバリアントとハイブリダイズする部位等は、ハイブリダイゼーションの効率や特異性を考慮して適宜選択することができる。
 本件キット1や本件キット2の標識物における標識物質としては、ペルオキシダーゼ(例えば、horseradish peroxidase)、アルカリフォスファターゼ、β-D-ガラクトシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、グルコ-ス-6-ホスフェートデヒドロゲナーゼ、アルコール脱水素酵素、リンゴ酸脱水素酵素、ペニシリナーゼ、カタラーゼ、アポグルコースオキシダーゼ、ウレアーゼ、ルシフェラーゼ若しくはアセチルコリンエステラーゼ等の酵素、フルオレスセインイソチオシアネート、フィコビリタンパク、希土類金属キレート、ダンシルクロライド若しくはテトラメチルローダミンイソチオシアネート等の蛍光物質、緑色蛍光タンパク質(Green Fluorescence Protein;GFP)、シアン蛍光タンパク質(Cyan Fluorescence Protein;CFP)、青色蛍光タンパク質(Blue Fluorescence Protein;BFP)、黄色蛍光タンパク質(Yellow Fluorescence Protein;YFP)、赤色蛍光タンパク質(Red Fluorescence Protein;RFP)、ルシフェラーゼ(luciferase)等の蛍光タンパク質、H 、14C、125I若しくは131I等の放射性同位体、ビオチン、アビジン、又は化学発光物質を挙げることができる。
 上記他の形態の本件方法における大腸がんに罹患したモデル動物としては、大腸がんを自然に罹患したモデル動物であってもよいし、がん遺伝子や大腸がん原因遺伝子(APC、RAS、P53等)の変異体や大腸特異的発がん物質(azoxymethane[AOM]、2-amino-1-methyl-6-phenylimidazo[4, 5-b]pyridine[PhIP]、1, 2-dimethylhydrazine[DMH]等)などを用いて大腸がんを誘導したモデル動物であってもよく、或いは市販のモデル動物であってもよい。市販のモデル動物としては、具体的に大腸がんモデルマウス(C57BL/6J-ApcMin/J)(ジャクソン研究所)を挙げることができる。上記モデル動物としてマウスの他、ラット、ハムスター、モルモット、サル、ウシ、ブタ、ウマ、ウサギ、ヒツジ、ヤギ、ネコ、イヌ等の非ヒト哺乳動物モデルを例示することができる。
 上記他の形態の本件方法において、本件バイオマーカータンパク質のオーソログの発現量を検出・定量する方法としては、本件バイオマーカータンパク質のオーソログの一部又は全部を特異的に検出できる方法であればどのような方法であってもよく、具体的には、本件バイオマーカータンパク質のオーソログを構成するペプチドを検出する上述の質量分析法や、本件バイオマーカータンパク質のオーソログを特異的に認識する抗体を用いた上述の免疫学的測定法を挙げることができる。また、上記他の形態の本件方法において、本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNA又はcDNAの発現量を検出・定量する方法としては、本件バイオマーカータンパク質をコードするmRNA又はcDNAの一部若しくは全部を特異的に検出できる方法であればどのような方法であってもよく、具体的には、上述の方法を挙げることができる。なお、本件バイオマーカータンパク質のオーソログの遺伝情報やアミノ酸配列情報は、NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/)等のデータベースを検索し、適宜入手することができる。例えば、本件バイオマーカータンパク質のオーソログがマウス、ラット等において知られている。
 以下、実施例により本発明をより具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの例示に限定されるものではない。
1.プロテオミクス解析を用いた大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の同定
 大腸がんのバイオマーカーを探索するために、大腸がん患者組織から膜タンパク質画分を調製し、タンパク質の網羅的な定量解析を行った。
1-1 方法(膜タンパク質画分の調製とプロテオミクス解析)
 大腸良性腫瘍(ポリープ)6検体(コントロール群)と大腸がん組織12検体(大腸がん群)(転移無し6検体[大腸がん無転移群]と転移有り6検体[大腸がん転移群])の合計18検体をホモジュナイザーで破砕し、低速遠心で核や未破砕の細胞を除いた後、超高速遠心を行い、得られた沈殿画分を膜タンパク質画分とした。膜タンパク質画分を、界面活性剤(デオキシコール酸やラウロイルサルコシン酸)を含む溶液で可溶化し、トリプシン消化後、酢酸エチルを加え、酸性条件にすること(相間移動溶解法[PTS法])で質量分析の際に悪影響となる界面活性剤を除いた。脱塩精製後得られたペプチドサンプルは、iTRAQ試薬(エービーサイエックス)で同位体標識ラベル後、SCXカラム(アジレント・テクノロジーズ社)により分画を行い、LTQ-Orbitrap XL質量分析計(サーモフィッシャーサイエンティフィック)を用いたiTRAQショットガンプロテオミクス解析により、タンパク質の定量・同定を行った(図1)。
1-2 結果
 iTRAQ定量解析により、5566種類のタンパク質が同定され、その中の1567種類のタンパク質は膜貫通ドメイン(領域)を有する膜タンパク質であることが推定された(表1)。また、遺伝子オントロジー(Gene Ontology;GO)解析の結果、5566種類のタンパク質のうち5287種類のタンパク質が注釈付け(アノテーション)され、その中の3087種類のタンパク質は生体膜(membrane)に局在し、652種類のタンパク質は細胞外(extra cellular)に局在するタンパク質であることが推定された(表1)。これら膜タンパク質又は細胞外分泌タンパク質の中から、コントロール群と大腸がん群間で、又は大腸がん無転移群と大腸がん転移群間で有意な発現変化(増加又は減少)を示す、354種類のタンパク質が見いだされた(表2)。これらを大腸がんバイオマーカー候補タンパク質として同定した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
2.SRM法を用いた大腸がんバイオマーカータンパク質の同定
 実施例1に記載の方法により同定した大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の中から、大腸がんを判定できるバイオマーカーを同定するために、SRM法を用いた解析を行った。
2-1 方法(SRM法を用いた相対定量解析)
 354種類の大腸がんバイオマーカー候補タンパク質のうち、(A)コントロール群と比較して大腸がん無転移群で2倍以上の増加(p値0.1未満)が認められた66種類のタンパク質、(B)大腸がん無転移群と比較して大腸がん転移群で2倍以上の増加(p値0.1未満)が認められた10種類のタンパク質、(C)コントロール群と比較して大腸がん無転移群で2倍以上の減少(p値0.1未満)(ただし、大腸がん無転移群と比較して大腸がん転移群で1.4倍以下の増加)が認められた13種類のタンパク質、(D)大腸がん無転移群と比較して大腸がん転移群で2倍以上の減少(p値0.1未満)が認められた6種類のタンパク質、(E)コントロール群と比較して大腸がん転移群で2倍以上の増加(p値0.1未満)が認められた10種類のタンパク質の、計105種類の大腸がんバイオマーカー候補タンパク質に着目し、以下のとおりSRM法を用いた解析を行った。
 上記105種類の大腸がんバイオマーカー候補タンパク質のアミノ酸配列情報を基に、SRM法で特異的に検出されるペプチド(トリプシン消化断片)を1又は2種類ずつ選択し、それぞれに対するペプチドと同じアミノ酸配列からなる安定同位体標識ペプチド(SIペプチド)をグライナーバイオ-ワンから購入し、内部標準ペプチドとして用いた。上記実施例1に記載の方法により膜タンパク質画分を単離し、トリプシン消化後、上記105種類の大腸がんバイオマーカー候補タンパク質の内部標準ペプチドを混合し、TSQ Vantage質量分析計を用いたSRM法により相対定量解析を行った。
2-2 結果
 上記105種類の大腸がんバイオマーカー候補タンパク質のうち、90種類のタンパク質について、大腸がんの進行に伴う有意な発現変化(増加又は減少)、すなわち2倍以上の発現変化(p値0.1未満)、又は1.5倍以上の発現変化(p値0.05未満)が認められた。かかる90種類のタンパク質の中から、(1)コントロール群と大腸がん無転移群間でほとんど発現変化が認められないが、大腸がん転移群で発現増加が認められる、(2)コントロール群と比べ大腸がん無転移群で発現増加が認められる(ただし、大腸がん無転移群と比べ大腸がん転移群で有意に発現低下が認められない)、(3)大腸がんバイオマーカーとして報告のない、の選択基準(1)~(3)を満たす31種類のタンパク質を大腸がんバイオマーカータンパク質として同定した。上記実施例1に示したiTRAQ定量解析による解析結果のうち、かかる31種類の大腸がんバイオマーカータンパク質に関するものを表3及び図2~8(「iTRAQ」)に示す。上記31種類のタンパク質のUniProtIDは以下のとおりである。
PXMP4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y6I8)
LRC15_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8TF66)
BST1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q10588)
FA73B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q7L4E1)
EPHX4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8IUS5)
GGT5_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P36269)
SGMR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q99720)
TM41A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96HV5)
B3A2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P04920)
NEP_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P08473)
GCNT3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O95395)
ENTP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y5L3)
5NTD_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P21589)
PEX13_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q92968)
UBAC2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NBM4)
TLCD1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96CP7)
F173A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9BQD7)
TM45B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96B21)
MXRA7_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P84157)
MFAP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P55001)
F210B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96KR6)
TSN9_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O75954)
SPX3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NCC5)
S39A4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q6P5W5)
ANTR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9H6X2)
LTBP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q14767)
TMM97_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q5BJF2)
AMPE_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q07075)
GPC6_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y625)
SPIT2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O43291)
FCERG_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P30273)
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
 また、SRM法による相対定量解析に用いた定量対象ペプチド(「SRM-1」及び「SRM-2」)のアミノ酸配列を表4に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
 また、上記実施例2に示したSRM法を用いた相対定量解析による解析結果のうち、上記31種類の大腸がんバイオマーカータンパク質に関するものを表5及び図2~8(「SRM-1」及び「SRM-2」)に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
[考察] 本発明により同定された大腸がんバイオマーカータンパク質は、前がん病変であるポリープに比べてがん組織で発現の上昇が認められたことから、大腸がんの早期診断用バイオマーカーとしても有用である。また、特に転移に伴う有意な発現上昇が認められた5種類の大腸がんバイオマーカータンパク質(GCNT3_HUMAN、ENTP2_HUMAN、TLCD1_HUMAN、F173A_HUMAN、及びTM45B_HUMAN)については、大腸がんを含めたがんの再発予測マーカーとしても有用である。さらに、5種類の大腸がんバイオマーカータンパク質(MFAP2_HUMAN、ENTP2_HUMAN、LTBP2_HUMAN、GPC6_HUMAN、及びSPIT2_HUMAN)は、細胞外に分泌されることが予想されることから(表3の「extra」)、かかるタンパク質の発現を血液、唾液、腹水、尿等の液性試料で検出できることが期待される。
 本発明によると、大腸がんを精度よく判定することが可能となるため、がん診断分野やがん治療分野で有用である。

Claims (3)

  1.  以下の[タンパク質群]における、少なくとも1つ以上のタンパク質又は該タンパク質をコードするmRNA若しくはcDNAの発現の増加を検出することを特徴とする、大腸がんの判定方法。
    [タンパク質群]
    PXMP4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y6I8)
    LRC15_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8TF66)
    BST1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q10588)
    FA73B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q7L4E1)
    EPHX4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8IUS5)
    GGT5_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P36269)
    SGMR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q99720)
    TM41A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96HV5)
    B3A2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P04920)
    NEP_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P08473)
    GCNT3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O95395)
    ENTP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y5L3)
    5NTD_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P21589)
    PEX13_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q92968)
    UBAC2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NBM4)
    TLCD1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96CP7)
    F173A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9BQD7)
    TM45B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96B21)
    MXRA7_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P84157)
    MFAP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P55001)
    F210B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96KR6)
    TSN9_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O75954)
    SPX3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NCC5)
    S39A4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q6P5W5)
    ANTR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9H6X2)
    LTBP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q14767)
    TMM97_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q5BJF2)
    AMPE_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q07075)
    GPC6_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y625)
    SPIT2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O43291)
    FCERG_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P30273)
  2.  以下の[タンパク質群]における、少なくとも1つ以上のタンパク質に特異的に結合する抗体、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする大腸がんの診断用キット。
    [タンパク質群]
    PXMP4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y6I8)
    LRC15_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8TF66)
    BST1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q10588)
    FA73B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q7L4E1)
    EPHX4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8IUS5)
    GGT5_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P36269)
    SGMR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q99720)
    TM41A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96HV5)
    B3A2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P04920)
    NEP_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P08473)
    GCNT3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O95395)
    ENTP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y5L3)
    5NTD_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P21589)
    PEX13_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q92968)
    UBAC2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NBM4)
    TLCD1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96CP7)
    F173A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9BQD7)
    TM45B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96B21)
    MXRA7_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P84157)
    MFAP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P55001)
    F210B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96KR6)
    TSN9_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O75954)
    SPX3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NCC5)
    S39A4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q6P5W5)
    ANTR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9H6X2)
    LTBP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q14767)
    TMM97_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q5BJF2)
    AMPE_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q07075)
    GPC6_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y625)
    SPIT2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O43291)
    FCERG_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P30273)
  3.  以下の[タンパク質群]における、少なくとも1つ以上のタンパク質をコードするmRNA又はcDNAの発現を検出するためのプライマー若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする大腸がんの診断用キット。
    [タンパク質群]
    PXMP4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y6I8)
    LRC15_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8TF66)
    BST1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q10588)
    FA73B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q7L4E1)
    EPHX4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8IUS5)
    GGT5_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P36269)
    SGMR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q99720)
    TM41A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96HV5)
    B3A2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P04920)
    NEP_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P08473)
    GCNT3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O95395)
    ENTP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y5L3)
    5NTD_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P21589)
    PEX13_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q92968)
    UBAC2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NBM4)
    TLCD1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96CP7)
    F173A_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9BQD7)
    TM45B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96B21)
    MXRA7_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P84157)
    MFAP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号P55001)
    F210B_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q96KR6)
    TSN9_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号O75954)
    SPX3_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q8NCC5)
    S39A4_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q6P5W5)
    ANTR1_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9H6X2)
    LTBP2_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q14767)
    TMM97_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q5BJF2)
    AMPE_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q07075)
    GPC6_HUMAN(UniProtKBアクセッション番号Q9Y625)
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