WO2005010180A1 - ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法 - Google Patents

ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法 Download PDF

Info

Publication number
WO2005010180A1
WO2005010180A1 PCT/JP2003/009340 JP0309340W WO2005010180A1 WO 2005010180 A1 WO2005010180 A1 WO 2005010180A1 JP 0309340 W JP0309340 W JP 0309340W WO 2005010180 A1 WO2005010180 A1 WO 2005010180A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
base sequence
oligonucleotide
seq
substituted
bases
Prior art date
Application number
PCT/JP2003/009340
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Jun-Ichi Hamada
Tetsuya Moriuchi
Mitsuhiro Tada
Yoko Takahashi
Original Assignee
Hokkaido Technology Licensing Office Co., Ltd.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hokkaido Technology Licensing Office Co., Ltd. filed Critical Hokkaido Technology Licensing Office Co., Ltd.
Priority to AU2003252249A priority Critical patent/AU2003252249A1/en
Priority to JP2005504564A priority patent/JPWO2005010180A1/ja
Priority to PCT/JP2003/009340 priority patent/WO2005010180A1/ja
Publication of WO2005010180A1 publication Critical patent/WO2005010180A1/ja

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Definitions

  • the present invention determines and Z or diagnoses the presence of cancer, the possibility of cancer metastasis, the possibility of cancer invasion, or the degree of progression of cancer by measuring the expression level and expression pattern of the homeobox gene. Methods and kits. Background art
  • the homeobox gene is the master regulator of embryonic morphogenesis and encodes a transcription factor.
  • the HOX gene group a family of homeobox genes, exists on four chromosomes, forming a cluster of 9 to 11 genes on each chromosome.
  • 39 genes belonging to the ⁇ ⁇ ⁇ family have been identified in humans.
  • the 39 ⁇ ⁇ genes exhibit temporally and spatially regulated expression patterns during the morphogenetic process of embryonic development.
  • the ⁇ ⁇ ⁇ gene is responsible for the positional information (address) of the cell, and its expression pattern determines the tissue construction and the function specificity in the expression region.
  • the ⁇ ⁇ ⁇ gene shows a characteristic expression pattern in organs and tissues not only during fetal life but also in adults, and is considered to play a role in tissue construction and maintenance of functions.
  • An object of the present invention is to provide a useful method and kit for determining and Z or diagnosing the presence of cancer, the possibility of cancer metastasis, the possibility of cancer invasion, and the progress of cancer.
  • Phenomena such as disordered tissue architecture, invasion, and metastasis in cancer can be attributed to abnormalities in cell location information (addresses).
  • invasion or metastasis means that cancer cells go out of the primary focus and migrate to the metastatic focus at the address because they cannot live in the wrong address. Therefore, if the location information is determined by the HOX gene, analysis of the expression pattern of the HOX gene in the cancer tissue will reveal the potential of the cancer to metastasize ⁇ Should be.
  • the present inventors proceeded with research based on the above idea, and as a result, by measuring the expression level of the HOX gene and comparing this with the predetermined threshold HOX gene expression level, the presence of cancer, cancer
  • the present inventors have found that the possibility of metastasis, the possibility of cancer invasion, and the degree of progression of cancer can be determined and determined or diagnosed, thereby completing the present invention.
  • the present invention provides a method for determining and Z or diagnosing the presence of cancer, the possibility of cancer metastasis, the possibility of cancer invasion, or the progress of cancer,
  • the expression level of the HOX gene is higher or lower than the threshold HOX gene expression level, the presence of cancer, the possibility of cancer metastasis, the possibility of cancer invasion, or the cancer Is determined to be in progress, and Z or the method by which it is diagnosed.
  • the present invention provides a method for determining and / or diagnosing the presence of cancer, the possibility of cancer metastasis, the possibility of cancer invasion, the degree of cancer progression, comprising means for measuring the expression level of the HOX gene.
  • FIG. 1 shows the results of measuring the expression level of each HOX gene in normal human organs.
  • Figure 2 shows the expression of HOX gene expression in eight thyroid cancer cell lines (IAA, MSA, K ⁇ 119, ROA, KOA ⁇ 2, 8305C, 8505C, TCO-1) and normal thyroid Show the results
  • FIG. 3 shows the results of evaluating the invasive ability of human thyroid cancer cells.
  • FIG. 4 shows the relationship between the invasive ability of human thyroid cells and the expression level of HOX gene.
  • FIG. 5 shows the expression level of the HOX gene in human gastric cancer tissues.
  • FIG. 6 shows the expression level of the HOX gene in human gastric cancer tissues with lymph node metastasis or liver metastasis.
  • FIG. 7 shows the expression level of H-OX gene in human liver cancer tissue.
  • FIG. 8 shows the expression level of HOX gene in human liver cancer tissue due to infiltration and the expression level of HOX gene in human liver cancer tissue at each stage.
  • FIG. 9 shows the expression level of the HOX gene in human breast cancer tissues.
  • FIG. 10 shows the expression levels of HOX genes in human breast cancer tissues by specimen.
  • FIG. 11 shows the expression level of the HOX gene in human colon cancer tissue.
  • FIG. 12 shows the expression level of the HOX gene in human colorectal cancer tissues by specimen.
  • FIG. 13 shows the expression level of the H ⁇ X gene in human colon cancer tissue with liver metastasis.
  • the method or means for measuring the expression level of the HOX gene is not particularly limited as long as its expression can be quantified, but the following method using PCR is preferred. That is, after extracting total RNA from tissues or cells and obtaining cDNA for this total RNA by reverse transcription, the expression level of each HOX gene is measured by quantitative PCR using, for example, the primer pair shown in Table 1. can do.
  • a gene that is stably expressed in cells such as the 0-actin gene or the G3PDH gene, should be used as the partial standard, in order to eliminate variations between samples depending on the initial RNA amount. Can be.
  • the normalized value obtained by dividing the expression level of the X gene by the expression level of these internal standard genes may be used as the H0X gene expression level.
  • Other methods or means for measuring the expression level of the HOX gene include, for example, a method using a DNA chip, a method using an antibody against the H ⁇ X gene product, and the like.
  • a method using a DNA chip or an antibody is convenient and preferable.
  • the threshold HOX gene expression level used in the present invention is not particularly limited as long as the determination and Z or the diagnosis of the present invention can be performed. Examples thereof include, for example, the HOX gene expression level in normal HO X gene expression level in tissues, HO X gene expression level in cancer tissues without metastatic ability and Z or invasive ability, HO X gene expression level in metastatic ability Z or cancer tissue with invasive ability, Examples include the expression level of the HOX gene in at least one stage of cancer tissue selected from the group consisting of stage I to stage IV. Also, for example, when the expression levels of HOX genes are different between normal tissues and cancer tissues, these are obtained in advance, and a cutoff value is arbitrarily set between them, and this is set as a threshold HOX gene expression.
  • the difference in HOX gene expression level between tissues with invasive and non-invasive tissues, tissues with metastatic potential, tissues and tissues with different degrees of progress is determined in advance, and a threshold value is determined between these.
  • the HOX gene expression level can also be set.
  • the expression level of at least one HOX gene in the tissue collected from the subject is higher or lower than the threshold HOX gene expression level that has been preliminarily determined according to the judgment and Z or the purpose of diagnosis.
  • metastasis and invasion it becomes possible to determine and Z or diagnose where metastasis or invasion occurs.
  • the number of HOX genes compared in the present invention is at least one, but is preferably two or more, more preferably three or more, and still more preferably four or more. The greater the number of HOX genes compared, the greater the accuracy of the determination and Z or diagnosis.
  • the cancer targeted by the present invention is not particularly limited as long as it is a disease caused by abnormal cell proliferation.
  • Examples include thyroid cancer, stomach cancer, liver cancer, breast cancer, colon cancer, brain tumor, kidney cancer, knee cancer, Gallbladder 'Biliary tract cancer, lung cancer, prostate cancer, ovarian cancer, uterine cancer, bone weight and the like.
  • the origin of cancers of unknown primary origin can be identified.
  • the present invention will be further described with reference to examples, but the examples are for the purpose of illustration and do not limit the present invention.
  • the nucleotide sequence of the H ⁇ X gene was input into Primer ExPresss (ApliedBios ysternsJap a), and primers were designed by eliminating regions with the highest homology in each HOX gene.
  • the region amplified by the obtained primer pair is designated as S m.1 'n— Wa terman DNA primer, SW src hProgr ams: http: ///ww.dna.affrc.go.jphtdocs/SWsrc/index. html) to confirm that there is no possibility of amplifying other genes.
  • Reverse transcription was carried out at 37 ° C for 2 hours in a total volume of 50 ⁇ L of a reaction solution containing 5 ⁇ M of d ⁇ and 2 ⁇ of random primer to obtain cDNA. Then, using 1 ⁇ L of cDNA, 15 mM Tris-HC1 (pH 8.05), 5 01111; ⁇ 1, 1.5 mM MgCl 2 , 200 ⁇ dNTP, 400 nM plasmid The PCR reaction was performed in a 25 ⁇ L reaction solution containing 0.1 ⁇ L of the immersion solution, Amp 1 iTa QG01 d DNA polymerase (Applied Biosystems Jaan).
  • PCR was performed after initial denaturation at 95 ° C for 10 minutes, followed by 40 seconds at 94 ° C and 40 seconds at 60 ° C. One minute cycle at C was performed for 35 cycles.
  • the PCR product was cloned using the TOP II TA Cloning Kit (In V Itrogen), and then: CR 2.
  • 1—H ⁇ X plasmid vector was obtained.
  • the 8-actin gene and glycerol-13-phosphate dehydrogenase (G3PDH) gene as internal standards were cloned in the same manner to obtain pCR2.1-actin plasmid vector and pCR2.1.
  • G3PDH plasmid vector was obtained.
  • the PCR cycle required for the amount of the PCR reaction product of the target gene to reach a certain amount (0, 3 at the fluorescence intensity of the reporter (SYB RG reen))
  • the number (C t) was plotted to create a calibration curve.
  • the expression of each HOX gene was quantifiable in the range of 5 ⁇ 10 4 to 10 copies.
  • the p CR 2. 1 one ⁇ - Akuchin plasmid Dobekuta first and p CR 2. 1 one G 3 PDH plasmid vector as an internal standard, 5 X 1 0 6 ⁇ 1 0 3 pieces as ⁇ , similar A calibration curve was prepared.
  • TR Izolreagent Invitrogen, Carlsbad, CA.
  • the primer pair shown in Table 1 was combined with QuantiTect TM SYBRG r After the initial denaturation (95.C, 15 minutes), add the een PCR master mix (Q iag en, Toky o) to the reaction mixture in a total volume of 20 B for 15 seconds at 95 C, 30 seconds at 60 ° C, One cycle was performed at 72 ° C for 1 minute, and a cycle of 40 cycles was performed.
  • Q iag en, Toky o een PCR master mix
  • the initial amount was determined from the number of cycles required for the fluorescence intensity of the reporter to become 0.3 by the internal method using a calibration curve. Then, in order to eliminate sample-to-sample variation depending on the initial RNA amount, the initial amount of each HOX gene was normalized to the initial amount of (/ 3-actin gene or G3 PDH gene used as an internal standard ((HOX The initial amount of the gene (the initial amount of Z-actin or G3PDH) XI 00) was taken as the expression level of the HOX gene.
  • Table 2 and FIG. 1 show the results of measuring the expression level of each HOX gene in normal human organs using the above method.
  • Fig. 1 those with the highest expression levels are shown in white, and those with no expression are shown in black.
  • the type of H ⁇ X gene expressed is smaller in the wisteria located on the head side and more in the tail organ.
  • Genes with higher numbers of HOX paralogs eg, HO12, HOX13, etc., which are located on the 5 'side of the HOX cluster) are expressed in the tail II organ. Is high.
  • FIG. 2 shows the results obtained by measuring the expression levels of HOX gene in eight thyroid cancer cell lines (IAA, MSA, K-119, ROA, KOA-2, 8305C, 8505C, TCO-1) and normal thyroid.
  • IAA, MSA, -119, ROA, and KOA-2 are from the Department of Pathology and Control Surgery, graduate School of Medicine, Osaka University, and 8305C, 8505C, and TCO-1 are from The Health Science Researcn Re sources. Obtained from Bank (Sennn an, Japan).
  • normal thyroid gland converts BDB i Obtained from osciences CI onteck Japan (Tokyo, Jaan). From FIG.
  • HOXD9 was expressed in normal thyroid gland, but not in cancer cells.
  • H ⁇ XA10, HOXAll, HOXA13, HOXB9, HO XB13 HOXC10, H ⁇ XC11, HOXC13, HOXD11, HOXD12 are not expressed in normal thyroid gland, However, those expressed in cancer cells were observed.
  • the HOX gene expression level in the normal thyroid gland is defined as the threshold HOX gene expression level. If the HOX D9 expression level is lower than the HOXD9 expression level in the normal thyroid gland, it is determined that thyroid cancer is present and / or Or it will be diagnosed. For example, from FIG. 2, 0.001 to 0.01 can be set as the threshold HOX gene expression level.
  • the H ⁇ X gene expression level in the normal thyroid is defined as the threshold HOX gene expression level, and is expressed as 11. If at least one HOX gene selected from the group consisting of HOXD12 is higher than the corresponding normal thyroid HOX gene expression, it is determined and / or diagnosed that thyroid cancer is present. It becomes. For example, according to FIG.
  • the respective threshold HOX gene expression levels are 0.001 for HOXA10, 0.001 for HOXA11, 0.001 for HOXA13, 0.001 for HOXB9, 0.01 for HOXB9, and HOXB1.
  • 0.001 for HOXC10, 0.001 for HOXC11, 0.001 for HOXC13, 0.0001 for HOXD11, 0.0001 for HOXD11, 0.001 for HOXD12 for 3 Can be set.
  • the invasive ability of the eight strains of thyroid cancer cells in vitro was evaluated by infiltration assay with Matrigel TM , a model of subendothelial basement membrane.
  • the infiltration assay was performed using a chamber (BD Bio Coat Ma trlge 1 Invasion Chamber, Beeton Dickinson, Bedford, MA), which was separated from the top and bottom by an 8 ⁇ m small-pore filter. went.
  • a Matrigel barrier is formed on the upper surface of the filter.
  • 20,000 cancer cells suspended in 500 ⁇ l of the culture solution were placed in the upper chamber, and the lower chamber was infused with the culture solution containing 7501 difibronectin.
  • the invasion ability can be determined and Z or diagnosed with higher accuracy (FIG. 4). That is, the HOX gene expression level in IAA or ROA cells is defined as a threshold HOX gene expression level, and at least one, preferably two, and most preferably three HOX selected from the group consisting of HOXB6, HOXB13, and HOXD4. When the gene expression level is higher than the corresponding threshold HOX gene expression level, it is determined and / or diagnosed as a potentially invasive thyroid cancer.
  • the threshold values of HOXB6, HOXB13, and HOXD4 in IAA cells are 0.002, 0.0007, and 0.0002, respectively, and the threshold values of HOXB6, HOXB13, and HOXD4 in ROA cells are as follows. Can be set to 0.008, 0.0002, and 0.00004, respectively.
  • Figure 5 shows the results of measuring the HOX gene expression level in gastric cancer surgical specimens (21 cancerous parts, 6 non-cancerous parts).
  • the expression levels of HOXB5, HOXB6, HOXB7, HOXB9, H ⁇ XC6, HOXC8, HOXC9, HOXC10, HOXCll in gastric cancer tissues were higher than in non-cancerous tissues. It was significantly higher (Man n-Whitney U test, p ⁇ 0.01).
  • HOXB5, HOXB6, HOXB 7.HOXB9, HOXC6 ⁇ HOXC8, HOXC9, HOXC10, HOXC11 If the expression level of at least one HOX gene selected from the group is higher than the corresponding threshold HOX gene expression level, gastric cancer is determined to be present and to be diagnosed or diagnosed.
  • the thresholds are 0.2 for HOXB5, 0.3 for HOXB6, 0.3 for HOXB7, 0.1 for HOXB9, 0.07 for HOXC6, and 0.04 for H ⁇ XC8.
  • HOXC 9 can be set to 0.05, HOXC 10 to 0.07, and HOXC 11 to 0.07.
  • the level of HOX gene expression in patients without lymph node metastasis is defined as the threshold HOX gene expression level, at least one selected from the group consisting of HOXB5, HOXB6, HOXB7, HOXB8, HOXB9, and HOXD11.
  • the threshold HOX gene expression level at least one selected from the group consisting of HOXB5, HOXB6, HOXB7, HOXB8, HOXB9, and HOXD11.
  • HOXB 6 when the expression level of the gene expressed by (initial amount of HOX gene—initial amount of actin) ⁇ 100 is set between 0.243 and 0.301, Except for one case, the presence or absence of lymph node metastasis was judged and determined or diagnosed.
  • HOXB5 was 0.372 or more
  • HOXB7 was 0.333 or more
  • H03B8 was 0.05 or more, it was judged and / or diagnosed as having lymph node metastasis except for one case each. Cases that showed singular values (st 95 and st 110) also showed singular values in multiple HOX genes, so that micrometastasis to lymph nodes (small metastasis that could not be detected by histological search) Nest formation).
  • the threshold H ⁇ X gene expression levels of HOXB5, HOXB6, HOXB7, HOXB8, and HOXB9 are 372, 0.243, 0.333, 0.05, and 0.084, respectively.
  • HOXD11 expression was significantly higher in patients with liver metastasis (5 cases) than in those without liver metastasis (16 cases) (p ⁇ 0.05).
  • the HOX gene expression level in patients without liver metastasis is defined as the threshold HOX gene expression level, and if the HOXD11 expression level is higher than the corresponding threshold HOX gene expression level, gastric cancer with the potential for liver metastasis It will be determined and / or diagnosed.
  • the threshold for HO 011 for liver metastases can be set to 0.036.
  • Figure 7 shows the results of measuring the HOX gene expression levels in liver cancer tissues (25 cases) and non-cancerous tissues (19 cases). Non-cancerous tissues were histopathologically confirmed as cirrhotic liver, fibrotic liver, chronic hepatitis, An organization diagnosed as usual. According to FIG. 7, the HOX gene expressed in non-cancerous tissues belongs to paralog 2 to paralog 5, and its expression level is extremely low except for HOXB2, HOXB3, and HQXB4. The relative ratio to the expression of 3-actin gene was 0.1% or less. On the other hand, cancer tissues expressed almost all of the HOX gene, but exceptionally, few cancer tissues expressed HOXB6, HOXB9, and HOXD11.
  • the HOX gene expression level in non-cancerous tissues is defined as the threshold HOX gene expression level, HOXA3, HOXA5 s HOXA6, HOXA7, HOXA9, HOXA10, HOXAll, HOXA13, HOXB1, HOXB6s HOXB7, HOXB8 , HOXB 9, HOXB13, HOXC5, HOXC6, HOXC8, HOXC9, HOXC10, HOXC11, HOC12, HOXC13, HOXD1, HOXD3, HOXD4, HOXD8
  • the expression level of at least one HOX gene selected from the group consisting of HOXD9 and HOXD10 is higher than the threshold HOX gene expression level, it is determined and / or diagnosed that liver cancer exists.
  • the threshold values are 0.145 for HOXA3, 0.310 for HOXA5, 0.375 for HOXA6, 0.017 for HOXA7, 0.166 for HOXA9, 0.166 for HOXA10, 0.064 for HOXA10, and HOXA.
  • the level of HOX gene expression in tissues with cancer cell infiltration is defined as the threshold level of HOX gene expression. 13, at least one selected from the group consisting of HOXC4, HOXC5, HOXC8, HOXC9, HOXC10, HOXC11, and HOXD1: when the HOX gene expression level is lower than the threshold HOX gene expression level, He is diagnosed and diagnosed or diagnosed as liver cancer that may invade the vein, hepatic artery, hepatic vein, or bile duct.
  • HOXA2 0.045 for HOXA4, 0.065 for HOXA5, 0.027 for HOXA6, 0.027 for HOXA7, 0.025 for HOXA9, 0.142 for HOXA9, and 0 for HOXA10 06 7, HOXB1 0.025, HOXB5 0.067, HOXB7 0.053, HOXB8 0.017, HOXB13 0.015, HOXC4 0.068, HOXC It is possible to set 0.038 for HOXC8, 0.017 for HOXC8, 0,158 for HOXC9, 0.024 for HOXC10, 0.032 for HOXC11, and 0.043 for HOXD1.
  • a more useful index can be obtained by properly using the expression level of the XD10 gene depending on the purpose, for example, for determining and / or diagnosing normal or liver cancer.
  • the expression of HOXB1 and HOXA4 genes was lower in stage III and IV tissues than in stage I and II ( (p. 0.05) (See Figures 8 (2) and (3)). Therefore, if the expression level of HOX gene in stage I or II is the threshold HOX gene expression level and HOXA4 and / or HOXB1 expression level is lower than the threshold HOX gene expression level, progress to stage III or IV Is determined and / or diagnosed.
  • the threshold value can be set to 0.045 for HOXA4 and 0.059 for HOXB1.
  • Figure 9 shows the results of measuring the HOX gene expression level in breast cancer surgical specimens (26 cancerous parts, 6 non-cancerous parts).
  • the expression levels of HOXAl, HOXA2, HOXA3, HOXA5, HOXA9, HOXD3, HOXD4, HOXD8, HOXD9, and HOXD10 in breast cancer tissues were significantly higher than in non-cancerous tissues. It was low (Mann-Wh itney's U test, p ⁇ 0.01).
  • the expression levels of these 10 HOX genes are shown in a bar graph in FIG. 10 for each sample.
  • the expression level in the cancer tissue is lower than that in the non-cancerous tissue.
  • the expression levels of cancer tissues are lower than those of non-cancerous tissues except for three or four specimens in the cases of ⁇ 1, HOXA3, HOXA9, and HOXD3.
  • the HOX gene expression level in the non-cancerous tissue as the threshold HOX gene expression level at least selected from the group consisting of HOXAl, HOXA2, HOXA3, HOXA5, HOXA9, HOXD3, HOXD4, HOXD8, HOXD9, HOXD10
  • the expression level of one HOX gene is lower than the threshold HOX gene expression level, it is determined and / or diagnosed that breast pain is present.
  • the thresholds are 0.058 for HOXA1, 0.257 for HOXA2, 0.090 for HOXA3, 0.207 for HOXA5, 0.178 for HO XA9, 0.130 for HOXD3, 0.179 for HOXD3, and 0.170 for HOXD4.
  • HOXD 8 0.446, HOXD 9 0.170, H ⁇ XD1 0.03 can be set for 0.
  • Fig. 11 shows the HOX gene expression levels of colorectal cancer hand i specimens (30 cancerous parts, 20 non-cancerous parts). From 1 1, the colon cancer tissue, HOXA9, HOXB 2 expression amount of N HOXB 3 S HOXB 8, HOXB 9 is significantly higher (Ma nn -Wh itney U test compared to noncancerous tissue, p 0.0 1). On the other hand, the expression levels of HOXD1, HOXD3, and HOXD4 were significantly lower than in non-cancerous parts and tissues (p ⁇ 0.01). FIG. 12 shows the expression levels of these eight HOX genes in a dot graph for each sample.
  • the expression level of HOX gene in non-cancerous urban tissues is defined as the threshold HOX gene expression level, and the expression level of at least one HOX gene selected from the group consisting of HOXA9, HOXB2, HOXB3, HOXB8, and HOXB9 is determined as the threshold level. If the HOX gene expression level is higher than the HOX gene expression level and / or the expression level of at least one H ⁇ X gene selected from the group consisting of HOXD1, HOXD3, and HOXD4 is lower than the threshold HOX gene expression level, colorectal cancer If present, it will be judged and Z or diagnosed. For example, as the threshold value, 1.232 for ⁇ 9, 0.660 for HOXB2, 0.703 for HOB3, 0.67 for HOXB8
  • HOXB9 can be set to 0.332, HOXD1 to 0.075, HOXD3 to 0.028, and HOXD4 to 0.103.
  • FIG. 13 shows the results of measuring the HOX gene expression level in cancer tissues with and without liver metastasis (10 cases and 20 cases).
  • HOXA4, HOXB1, HOC12, and HOXC13 expression levels were significantly higher in patients with liver metastases than in those without liver metastases (Mann-Whitney U test). , P ⁇ 0.0 1).
  • the expression level of H ⁇ X gene in patients without liver metastasis is defined as the threshold HOX gene expression level, and the expression of at least one HOX gene selected from the group consisting of HO XA4, HOXB1, HOXC12, and HOXC13 If the amount is higher than the threshold HOX gene expression level, it is determined and Z or diagnosed as colorectal cancer with the possibility of liver metastasis.
  • the expression level of the HOX gene represented by (initial amount of HOX gene / initial amount of j8-actin) X 100 is shown in FIG. 11 between HOXA4 between 0.062 and 0.083, and HOXB1 Is between 0.006 and 0.0007, HOXC12 is between 0.008 and 0.011, HOXC13 is between 0.017 and 0.018, and Set In cases where the expression level of three or more HO X genes exceeded the cut-off value, it was determined and / or diagnosed that liver metastasis was highly likely (70%).
  • the threshold HOX gene expression levels of HOXA4, HOXB1, HOXC12, and HOXC13 were set to 0.062, 0.006, 0.008, and 0.017, respectively, and HOXA4, HOXB1, HOXC12, and HOX At least one, preferably two, more preferably three, most preferably all four selected from the group consisting of C13, when the expression level of the HOX gene is higher than the threshold HOX gene expression level It is determined and Z or diagnosed as colorectal cancer with the possibility of liver metastasis.
  • HOXA1 S79910 TCCTGGAATACCCCATACTTAGCA GCCGCCGCAACTGTTG 0.3
  • HOXB1 X1666 CTCCTCTCCGAGGACAAGGAA CTCTCrTGGGTGGGTTTCTCTTAA
  • HOXB2 X16665 TCCTTGGCCGTCTACTGGAA AGTGGATTAAACGCTAATTCAGTAATACC 0.9
  • HOXB4 NM_024015 TTTRCAGCTTTGGCGAAGATG ACCGAGGCCCGTCTTCTC 0.9 102
  • HOXC4 NM_014620 GGCAGCTACCCCGGGTACT TGTGAGTTATGTnTATAACCTGGTAATGTC 0.9
  • ⁇ - ⁇ represent icr x .

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

（課題）　本発明の課題は、癌の存在、癌の転移の可能性、癌の浸潤の可能性、および癌の進行度を判定および／または診断するための有用な方法およびキットを提供することにある。　（解決手段）　癌の存在、癌の転移の可能性、癌の浸潤の可能性、または癌の進行度を判定する方法であって、（１）被験者から採取した組織の少なくとも１つのＨＯＸ遺伝子の発現量を測定する工程、（２）前記ＨＯＸ遺伝子の発現量を対応する閾値ＨＯＸ遺伝子発現量と比較する工程、を含み、ここで、前記ＨＯＸ遺伝子の発現量が閾値ＨＯＸ遺伝子発現量より高い場合または低い場合に、癌が存在する、癌の転移の可能性がある、癌の浸潤の可能性がある、または、癌が進行している、と判定される方法を用いる。また、ＨＯＸ遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、癌の存在、癌の転移の可能性、癌の浸潤の可能性、癌の進行度を判定するためのキットを用いる。

Description

ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法 技術分野
本発明は、 ホメォボックス遺伝子の発現量および発現パターンを測定することにより、 癌の存在、 癌の転移の可能性、 癌の浸潤の可能性、 または癌の進行度を判定および Zま たは診断する方法、 およびキットに関する。 背景技術
ホメオボックス遺伝子は、 胚発生の形態形成のマスタ一調節遺伝子であり、 転写因子 をコードしている。 ホメォボックス遺伝子の 1ファミリーである HO X遺伝子群は、 4 つの染色体に存在し、 各染色体上には 9から · 1 1個の遺伝子からなるクラスターを形成 している。 現在、 Η Ο Χファミリーに属する遺伝子は、 ヒトでは 3 9個の遺伝子が同定 されている。 3 9個の ΗΟ Χ遺伝子は、 胚発生の形態形成過程では時間的、 空間的に統 制のとれた発現パターンを示す。 Η Ο Χ遺伝子は、 細胞の持つ位置情報 （番地） の担い 手であり、 その発現パターンが発現領域における組織構築や機能の特異化を決定してい る。 Η Ο Χ遺伝子は、 胎生期だけでなく成体においても臓器、 組織に特徴的な発現バタ —ンを示し、 組織構築や機能の維持に一役を担つていると考えられる。
—方、 一般に癌が転移性および Ζまたは浸潤性のものであるかどうかを判定およぴ/ または診断することは容易ではなく、 さらにどの部位に転移するのかを事前に判定およ ぴ Ζまたは診断することは、 事実上不可能である。 また、 癌の存在やその進行度を判定 および Ζまたは診断する方法については、 多くの提案がなされているが、 まだ改善の余 地がある。
ところで、 癌と ΗΟ Χ遺伝子の発現との関連については、 いくつかの報告がなされて いる （例えば、 Cillo C, et al， J. Cell Physiol 188:161-169, 2001； CiUo C, Invasion Metastasis 14:38-49， 1994-95； Tiberi C， et al， Int. J. Cancer 58:608-615， 1994； Calvo R, et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:12776-12781, 2000； Taniguc i Y, et al, Bioscim Ciophys Acta 1132:332-334, 1992) 。 し力 し、 これらの報告には、 HO X遺 伝子の発現量を測定し、 これに基づいて癌の存在、 癌の転移の可能性、 癌の浸潤の可能 性、 癌の進行度を判定および/または診断することについては記载されていない。 また、 複数の H O X遺伝子の発現量を用いることにより、 これらの判定および/または診断の 精度が向上することについても知られていない。 発明の開示
(発明が解決しようとする課題）
本発明の課題は、 癌の存在、 癌の転移の可能性、 癌の浸潤の可能性、 および癌の進行 度を判定および Zまたは診断するための有用な方法およびキットを提供することにある。
(課題を解決するための手段）
癌における組織構築の乱れや浸潤、 転移といった現象は、 細胞の持つ位置情報 （番 地） の異常が原因と捉えることができる。 即ち、 間違った番地には住めないから癌細胞 は原発巣から出て行き、 番地にあった転移巣へ移住するというのが浸潤、 転移であると 考えることができる。 したがって、 HOX遺伝子によって位置情報が決められているの であれば、 癌組織の HO X遺伝子の発現バタ ンを解析すれば、 その癌が転移しやすい の力 \ またどこのβに転移するのかわかるはずである。 本発明者らは、 上記の発想の 下に研究を進めた結果、 H O X遺伝子の発現量を測定し、 これをあらかじめ決定した閾 値 H O X遺伝子の発現量と比較することにより、 癌の存在、 癌の転移の可能性、 癌の浸 潤の可能性、 および癌の進行度を判定およびノまたは診断できることを見出し、 本発明 を完成させた。
即ち、 本発明は、 癌の存在、 癌の転移の可能性、 癌の浸潤の可能性、 または癌の進行 度を判定および Zまたは診断する方法であって、
( 1 ) 被験者から採取した組織の少なくとも 1つの HO X遺伝子の発現量を測定するェ 、
( 2 ) 前記 H O X遺伝子の発現量を対応する閾値 H O X遺伝子発現量と比較する工程、 を含み、
ここで、 前記 HO X遺伝子の発現量が閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合または低い 場合に、 癌が存在する、 癌の転移の可能性がある、 癌の浸潤の可能性がある、 または、 癌が進行している、 と判定および Zまたは診断される方法、 に関連する。
さらに、 本発明は、 HO X遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 癌の存在、 癌の 転移の可能性、 癌の浸潤の可能性、 癌の進行度を判定およびノまたは診断するためのキ ットに関連する。 図面の簡単な説明
図 1は、 ヒトの正常臓器の各 HOX遺伝子の発現量を測定した結果を示す。
図 2は、 甲状腺癌糸 ¾胞株 8株 （IAA， MSA, K~ 119, ROA, KOA~2, 8 305 C, 8505 C, TCO— 1) と正常甲状腺における HOX遺伝子の発現量を測 定した結果を示す
図 3は、 ヒト甲状腺癌細胞の浸潤能を評価した結果を示す。
図 4は、 ヒト甲状腺細胞の浸潤能と HOX遺伝子の発現量との関係を示す。
図 5は、 ヒ ト胃癌組織における HOX遺伝子の発現量を示す。
図 6は、 リンパ節転移または肝転移のあるヒト胃癌組織における H O X遺伝子の発現量 を示す。
—図 7は、 ヒト肝癌組織における H-OX遺伝子の発現量を示す。
図 8は、 浸潤によるヒト肝癌組織における HOX遺伝子の発現量および各進行度におけ るヒ ト肝癌組織における HOX遺伝子の発現量を示す。
図 9は、 ヒト乳癌組織における HOX遺伝子の発現量を示す。
図 10は、 検体別のヒト乳癌組織における HOX遺伝子の発現量を示す。
図 1 1は、 ヒト大腸癌組織における HOX遺伝子の発現量を示す。
図 12は、 検体別のヒト大腸癌組織における HOX遺伝子の発現量を示す。
図 13は、 肝転移のあるヒト大腸癌組織における H〇X遺伝子の発現量を示す。 発明を実施するための最良の形態
本発明において、 HOX遺伝子の発現量を測定する方法または手段としては、 その発 現を定量することができるものであれば特に制限はないが、 PCRを用いた以下の方法 が好ましい。 即ち、 組織または細胞から全 RNAを抽出し、 この全 RNAに対する cD NAを逆転写反応により得た後、 例えば表 1に示されるプライマーペアを用いて定量的 PCRにより各 HOX遺伝子の発現量を測定することができる。 この場合、 最初の RN A量に依存したサンプル間のばらつきをなくすために、 例えば、 0—ァクチン遺伝子ま たは G 3 PDH遺伝子等の細胞内で安定して発現する遺伝子を內部標準として用いるこ とができる。 そして、 これら内部標準遺伝子の発現についても同様の定量を行い、 HO X遺伝子の発現量をこれら内部標準遺伝子の発現量で割つて規格化した値を、 H 0 X遺 伝子発現量として用いてもよい。 また、 HO X遺伝子の発現量を測定する他の方法また は手段としては、 例えば、 DNAチップを用いるものや、 H〇X遺伝子産物に対する抗 体を用いるものなどを挙げることができる。 特に、 本発明のキットに用いる HO X遺伝 子の発現量を測定する手段としては、 D NAチップまたは抗体を用いるものが簡便であ り、 好ましい。
本発明に用いられる閾値 HOX遺伝子発現量としては、 本発明の判定および Zまたは 診断ができるものであれば特に制限はないが、 例えば、 正常な糸且織における HO X遺伝 子の発現量、 癌組織における HO X遺伝子の発現量、 転移能および Zまたは浸潤能を有 しない癌組織の HO X遺伝子の発現量、 転移能おょぴ Zまたは浸潤能を有する癌組織の HO X遺伝子の発現量、 I期ないし I V期からなる群より選ばれる少なくとも 1つの進 行度の癌組織における HO X遺伝子の発現量等を挙げることができる。 また、 例えば、 正常な組織と癌組織との間で H O X遺伝子の発現量が異なる場合、 これらをあらかじめ 求めておき、 これらの間で任意にカットオフ値を設定し、 これを閾値 HO X遺伝子発現 量とすることもできる。 同様に、 浸潤能のある組織とない組織、 転移能のある組織とな レ、組織、 進行度の異なる組織間における H O X遺伝子発現量の違!/、をあらかじめ求めて おき、 これらの間で閾値 H OX遺伝子発現量を設定することもできる。
そして、 被験者から採取した組織の少なくとも 1つの HO X遺伝子発現量が、 判定お よび Zまたは診断の目的に応じてあら力 じめ決定した閾値 H O X遣伝子発現量より高い 場合または低い場合に、 癌が存在する、 癌の転移の可能性がある、 癌の浸潤の可能性が ある、 または、 癌が進行していると判定および Zまたは診断されることとなる。 さらに、 転移や浸潤に関しては、 どの部位に転移や浸潤が起こるのかを判定および Zまたは診断 することも可能となる。
本発明において比較される HO X遺伝子の数としては、 少なくとも 1つであるが、 好 ましくは 2つ以上、 より好ましくは 3つ以上、 さらに好ましくは 4つ以上である。 比較 される HOX遺伝子の数が多いほど、 判定および Zまたは診断の精度が向上することと なる。
本発明で対象となる癌としては、 細胞の増殖異常に起因する疾患であれが特に制限は ないが、 例えば、 甲状腺癌、 胃癌、 肝癌、 乳癌、 大腸癌、 脳腫瘍、 腎臓癌、 膝臓癌、 胆 嚢 '胆道癌、 肺癌、 前立腺癌、 卵巣癌、 子宮癌、 骨肉月重等を挙げることができる。 また、 原発巣不明の癌 （転移巣しか見いだせない癌） についても、 HOX遺伝子の発現を調べ ることにより、 その起源を明らかにすることができるようになる。 以下に実施例を用いて本発明をさらに説明するが、 実施例は例示のためのものであり、 本発明を限定するものではない。 実施例
1. HOX遺伝子の発現量の測定方法
(プライマーペアの設計）
H〇X遺伝子の塩基配列を P r ime r Ex p r e s s (A p l i e d B i o s y s t erns J a p a ) に入力し、 各 HOX遺伝子閬でホモロジ一の高い領域 を排除してプライマーを設計した。 得られたプライマーペアにより増幅される領域を S m.1 ' n— Wa t e r m a n DNA ¾ e r e 、 S W s r c hP r o g r ams ： h t t p ： / / ww. d n a . a f f r c . g o. j p h t d o c s/SWs r c / i n d e x. h tml) で解析し、 他の遺伝子を増幅する可能性のないことを確認 した。
さらに設計したプライマ ' 。、Ύを用いて得られる PCR産物が目的の HO X遺伝子で あることを次のようにして確認した。 まず、 被験者から採取した組織から、 TR I z o 1 r e a g e n t (I nv i t r o g e n, Ca r l s b a d, C A) を レヽて、 全 RNAを抽出した。 そして、 3 i gの全RNAを、 4 U/ Lのモロ-一ゥサギ白血病 ウイノレス転写酵素 （I nv i t r o g en) , 7. 5 mMのジチオスレィトール、 0. 5mMの Mg C 12、 0. 5 μ Μの d Ν Τ Ρ、 2 μΜのランダムプライマーを含んだ-全 量 50 μ Lの反応液中で 3 7 °Cで 2時間反応させて逆転写を行い、 cDNAを得た。 そ して、 1 μ Lの c DNAを用いて、 15mMの T r i s— HC 1 (pH8. 05) 、 5 01111 の；^ 1、 1. 5mMの MgC l 2、 200 μΜの dNTP、 400nMのプラ イマー、 0. 1 υΖμ Lの Amp 1 i T a Q G 0 1 d DNA ポリメラーゼ （A p p l i e d B i o s y s t ems J a a n) を含む 25 μ Lの反応液中で P CR反 応を行った。 PCRは、 95°C、 10分の初期変性を行った後、 94°Cで 40秒、 6 0°Cで 40秒、 72。Cで 1分のサイクルを 35サイクル行った。 PCR産物は、 TOP 〇一 TAクローニングキット （ I n V i t r o g e n) でクローニングし、 ： CR 2. 1— H〇Xプラスミドベクターを得た。 内部標準としての ]8—ァクチン遺伝子およびグ リセロール一 3—ホスフェイトデヒドロゲナーゼ （G 3 PDH) 遺伝子についても同様 にクロー-ングを行い、 p CR2. 1— —ァクチンプラスミドベクターおよび p CR 2. 1一 G 3 P DHプラスミドべクタ一を得た。 これらのプラスミドベクタ—を錄型に して、 DYE n a m i c™ ET ターミネータ一サイクルシークェンシングキット (Am e r s h am B i o s c i e n c e s ^ T o k y o) を用レヽ ンークエンス 応を行い、 シークェンサ一 AB I PR I SM3 77 (A l i e d B i o s y s t ern s J a p a n) で塩基配列を決定した。 その結果、 表 1に示すプライマ一ペア は、 各 HOX遺伝子を特異的に増幅できることを確認した。
(検量線の作成）
上記で得た p CR 2. 1一 H〇Xプラスミドベクタ一の 5 X 104~5個を鎵型とし て、 表 1に示したプライマーペアと Qu a n t i T e x t™S YBRG r e e n PC Rマスターミックス （Q i a g e n, To k y o) を加えた全量 20 /z Lの反応液を、 初期変成 (95°C、 1 5分) の後、 95 °Cで 1 5秒、 60°Cで 30秒、 72 で1分、 を 1サイクルとして、 40サイクルの PC Rによる増幅を行った。 これらの初期の既知 量の対数値に対して、 目的遺伝子の; PC R反応生成物量が一定量 （レポーター （SYB RG r e e n) の蛍光強度で 0, 3) に到達するのに必要な P C Rのサイクル数 (C t ) をプロットし、 検量線を作成した。 各 HOX遺伝子の発現は、 5 X 1 04〜 1 0コ ピ一の範囲で定量可能であった。 また、 内部標準としての p CR 2. 1一 β—ァクチン プラスミ ドベクタ一および p CR 2. 1一 G 3 PDHプラスミ ドベクターについても、 5 X 1 06〜1 03個を錄型として、 同様に検量線を作成した。
(Η Ο X遺伝子発現量の定量）
被験者から採取した組織または細胞から、 TR I z o l r e a g e n t (I n v i t r o g e n, C a r l s b a d, CA) を用いて、 全 RNAを抽出した。 1 μ gの全 RNAを用いて、 T a qMa nRT緩衝液 （Ap p 1 i e d B i o s y s t em s J a p a n) 、 5. 5raMの Mg C l 2、 500 ;uMの dNTP、 2. 5 μΜのランダ ムへキサマー、 0. 411ノ Lの RN a s eインヒビター、 1. 2 5 U/ Lの Mu l t i S c r i b eTM逆転写酵素を含む 1 00 μ Lの反応液中で、 25。Cで 1 0分、 4 8。Cで 30分、 95°Cで 5分間反応させ、 cDNAを得た。 そして、 2 の( 01^ を铸型にして、 表 1に示したプライマーペアと Qu a n t i T e c t™SYBRG r e e n P CRマスターミックス （Q i a g en、 Toky o) を加えた全量 20 乙の 反応液を、 初期変成 （95。C、 15分） の後、 95 Cで 15秒、 60°Cで 30秒、 7 2°Cで 1分を 1サイクルとして、 40サイクルの增幅を行った。
そして、 レポーターの蛍光強度が 0. 3となるのに必要なサイクノレ数から、 検量線を 用いて内揷法により初期量を求めた。 そして、 最初の RNA量に依存したサンプル間の ばらつきをなくすために、 内部標準として用いた /3—ァクチン遺伝子または G3 PDH 遺伝子の初期量で各 HOX遺伝子の初期量を規格化した量 （ （HOX遺伝子の初期量 Z 一ァクチンまたは G 3 PDHの初期量） X I 00) を、 HOX遺伝子の発現量とし た。
なお、 40サイクルの反応終了後、 95。Cで 15秒、 60。Cで 15秒、 95°Cで 15 秒の反応を行い、 解離曲線を描き、 得られた PCR産物が単一の Tm値を持つことを確 認した。 これにより、 表 1に示したプライマーペアを用いて定量的リアルタイム RT— PCRを行つた場合、 プライマーダイマーな-どの非特異的な P C R産物が生じな Vヽこと を確認した。 .
2. ヒト正常 g iにおける HOX遺伝子発現量の測定例
上記の方法を用いて、 ヒトの正常臓器の各 HOX遺伝子の発現量を測定した結果を表 2および図 1に示す。 図 1では、 最も発現量の高いものを白色、 発現のないものを黒色 で表している。 発現している H〇X遺伝子の種類は、 頭部側に位置する藤器ほど少なく、 尾部側の臓器ほど多いことがわかる。 また、 HOXパラログの番号の大きい遺伝子 （例 えば、 HO 12、 HOX13等の、 H O Xクラスタ一のなかでも、 より 5' 側のゲノ ムに位置しているもの） ほど、 尾部側の II器で発現が高いことがわかる。
3. 甲状腺癌細胞株における H O X遺伝子発現量の測定
甲状腺癌細胞株 8株 （IAA, MSA, K—119, ROA, KOA— 2, 8305 C, 8505C, TCO-1) と正常甲状腺における H O X遺伝子発現量を測定した結 杲を図 2に示す。 なお、 IAA, MSA, -119, ROA, KOA—2は、 大阪大 学大学院医学研究科病態制御外科より、 8305C, 8505 C, TCO— 1は、 Th e He a l t h S c i e nc e Re s e a r c n Re s o u r c e s Ba n k (S e nn a n, J a p a n) より得た。 また、 正常甲状腺は、 RNAを B D B i o s c i e n c e s C I o n t e c k J a p a n (To k y o, J a a n) より 得た。 図 2より、 パラログ 9から 1 3の HOX遺伝子の発現に特に差があることがわか つた。 例えば、 HOXD 9は正常甲状腺では発現しているが、 癌細胞では全く発現が見 られなかった。 また、 H〇XA1 0、 HOXAl l、 HOXA1 3, HOXB 9、 HO XB 1 3 HOXC 1 0、 H〇XC 1 1、 HOXC 1 3、 HOXD 1 1 , HOXD 1 2 は正常甲状腺では発現していないが、 癌細胞では発現しているものがみられた。 したが つて、 正常甲状腺における HOX遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量とし、 HOX D 9の発現量が、 正常甲状腺の HOXD 9の発現量より低い場合に、 甲状腺癌が存在す ると判定および/または診断されることとなる。 例えば、 図 2より、 閾値 HOX遺伝子 発現量として、 0. 001〜0. 0 1を設定することができる。 また、 正常甲状腺にお ける H〇X遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量とし、 ΗΟΧΑ10、 ΗΟΧΑ1 1、 HOXA 1 3、 HOXB 9、 HOXB 1 3、 HOXC 1 0、 HOXC 1 1、 HOXC 1 3、 HOXD 1 1 HOXD 1 2からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝 子の発現量が、 対応する正常甲状腺における HOX遺伝子発現量より高い場合に、 甲状 腺癌が存在すると判定および/または診断されることとなる。 例えば、 図 2より、 それ ぞれの閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXA1 0について 0. 00 1、 HOXA1 1について 0. 00 1、 HOXA1 3について 0. 001、 HOXB 9について 0. 0 1、 HOXB 1 3について 0. 0 1、 HOXC 1 0について 0. 00 1、 HOXC 1 1 について 0. 00 1、 HOXC 1 3について 0. 000 1、 HOXD 1 1について 0. 0001、 HOXD 1 2について 0. 001を設定することができる。
次に、 8株の甲状腺癌細胞の i n V i t r oにおける浸潤能を内皮下基底膜のモデ ルであるマトリゲル TMに対する浸潤ァッセィにより評価した。 浸潤ァッセィは、 8 μ mの小孔の開いたフィルターで上下に仕切られたチャンバ一 （BD B i o C o a t Ma t r l g e 1 I n v a s i o n Ch amb e r, B e e t o n D i c k i n s o n, B e d f o r d, MA) を用いて行った。 フィルターの上面には、 あら力 じめ マトリゲルのバリァが形成されている。 500 μ 1の培養液に懸濁した 2万個の癌細胞 を上室に入れ、 下室には 750 1のゥシフイブロネクチンを含んだ培養液を注入した。 24時間 C〇2インキュベーターで培養後、 細胞をホルマリンで固定し、 ギムザ染色を 施し、 フィルター上面の細胞を綿棒で拭い去った。 顕微鏡下でフィルター下面の細胞を 観察し、 200倍の視野あたりの細胞数により浸潤能を評価した。 結果を図 3に示す。 I AAおよび ROA細胞は、 他の 6株に比べ浸潤能が低いことがわかった。 次に、 高浸 潤株と低浸潤株とを区別できる H O X遺伝子を前方選択による特徴選択アルゴリズムに より解析し、 HOXB 6、 HOXB 1 3および HOXD 4を選定した。 いずれの発現も 低浸潤株で低い傾向にある。 そして、 この 3つの遺伝子のうちの 2つ以上、 好ましくは 3つすベてを組み合わせることにより、 浸潤能をより高い精度で判定および Zまたは診 断できるようになった （図 4) 。 即ち、 I AAまたは ROA細胞における HOX遺伝子 発現量を閾値 HOX遺伝子発現量とし、 HOXB 6、 HOXB 1 3, HOXD4からな る群より選ばれる少なくとも 1つの、 好ましくは 2つの、 最も好ましくは 3つの HOX 遺伝子の発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 浸潤する可能性 のある甲状腺癌であると判定および/または診断されることとなる。 例えば、 I AA細 胞における HOXB 6、 HOXB 1 3、 HOXD4の閾値を、 それぞれ 0. 00 2、 0. 00007、 0. 0002と、 RO A細胞における HOXB 6、 HOXB 1 3、 HOX D 4の閾値を、 それぞれ 0. 008、 0. 0002、 0. 00004と、 設定すること ができる。
4. 胃癌における HOX遺伝子発現量の測定
胃癌の手術検体 （癌部 2 1例、 非癌部 6例） の HOX遺伝子発現量を測定した結果を 図 5に示す。 図 5より、 胃癌組織では、 HOXB 5、 HOXB 6、 HOXB 7、 HOX B 9、 H〇XC 6、 HOXC 8、 HOXC 9、 HOXC 1 0, HOXC l lの発現量が、 非癌部組織に比べて有意に高かった （Ma n n-Wh i t n e yの U検定、 pく 0. 0 1) 。 したがって、 非疬部組織の HOX遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXB 5, HOXB 6, HOXB 7. HOXB 9, HOXC 6^ HOXC 8, HOX C 9、 HOXC 1 0、 HOXC 1 1からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺 伝子の発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 胃癌が存在すると 判定およびノまたは診断されることとなる。 例えば、 閾値を HOXB 5について 0. 2、 HOXB 6について 0. 3、 HOXB 7について 0. 3、 HOX B 9について 0. 1、 HOXC 6について 0. 0 7、 H〇XC 8について 0. 04、 HOXC 9について 0. 05、 HOXC 10について 0. 0 7、 HOXC 1 1について 0. 0 7と設定すること ができる。
また、 胃癌組織の中でも、 リンパ節転移のある症例 （1 4例） は、 これのない症例 (7例） に比べ、 HOXB 6 (p < 0. 01) 、 HOXB 5, HOXB 7、 HOXB 8 および HOXB9 (p<0. 05) の発現量が有意に高かった （図 6参照） 。 したがつ て、 リンパ節転移のない症例の HOX遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXB5、 HOXB 6, HOXB 7, HOXB 8, HOXB 9, HOXD1 1からな る群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HO X遺伝子発現量 より高い場合に、 リンパ節転移する可能性のある胃癌であると判定および/または診断 されることとなる。
さらに、 HOXB 6において、 （HOX遺伝子の初期量 —ァクチンの初期量） X 100で表される ΗΟΧ遺伝子の発現量が 0. 243と0. 301の間にカットォ フ値を設定すると、 各群の 1例を除きリンパ節転移の有無を判定およびノまたは診断で きた。 また、 HOXB 5は 0. 372以上、 HOXB 7は 0. 333以上、 H03 B8 は 0. 05以上の場合、 各々 1例を除きリンパ節転移があると判定および/または診断 できた。 なお、 特異値を示した症例 （s t 95および s t 110) は、 複数の HOX遺 伝子において同様に特異値を示すため、 リンパ節に微小転移 （組織学的検索では検出不 可能なほど小さな転移巣の形成） を起こしている可能性も考えられる。 したがって、 H OXB5、 HOXB 6 HOXB 7、 HOXB 8、 HOX B 9の閾値 H〇X遺伝子発現 量を、 それぞれ 372、 0. 243、 0. 333、 0. 05、 0. 084、 として、 HOXB 5、 HOXB 6、 HOXB 7、 HOXB 8、 HOX B 9からなる群より選ばれ る少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 H〇X遺伝子発現量より高い場合に、 リンパ節転移する可能性のある胃癌であると判定および/または診断されることとなる。 また、 胃癌組織の中でも、 肝転移のある症例 （5例） は、 これのない症例 （16例） に比べ、 HOXD 11の発現量が有意に高かった （pく 0. 05) 。 したがって、 肝転 移のない症例の HOX遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXD 1 1の 発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 肝転移する可能性のある 胃癌であると判定および/または診断されることとなる。 例えば、 肝転移に関する HO 011の閾値を0. 036に設定することができる。
5. 肝癌における HOX遺伝子発現量の測定
肝癌組織 （25例） と非癌部組織 （19例） の HOX遺伝子発現量を測定した結果を 図 7に示す。 なお、 非癌部組織は、 病理組織学的に硬変肝、 線維肝、 慢性肝炎および正 常と診断された組織である。 図 7より、 非癌部組織で発現のあった HOX遺伝子は、 パ ラログ 2からパラログ 5に属するものであり、 その発現レベルは、 HOXB 2、 HOX B 3、 HQXB 4を除いて極めて低く、 ]3—ァクチン遺伝子発現との相対比で 0. 1% 以下であった。 一方、 癌組織は、 ほとんどすべての HOX遺伝子を発現していたが、 例 外的に HOXB 6、 HOXB 9、 HOXD 1 1を発現している癌組織はほとんどみられ なかった。 そして、 癌組織と非癌組織の H〇X遺伝子の発現量を比較すると、 3 9個の うち 28個の O X遺伝子の発現量が癌組織にお t、て有意に高!、ことが明らかとなった (Ma nn Wh i t n e yの U検定、 pく 0. 01 ) 。 具体的には、 H〇X A 3、 H OXA5、 HOXA6、 HOXA7 HOXA9、 HOXA1 0、 HOXAl l、 HO XA 1 3 HOXB l、 HOXB 6、 HOXB 7、 HOXB 8, HOXB 9、 HOXB 1 3、 HOXC 5, HOXC 6, HOXC 8, HOXC 9, HOXC 10, HOXC l 1、 HOXC 1 2, HOXC 13. HOXD 1 , HOXD 3, HOXD 4 HOXD 8, HOXD9、 HOXD 1 0の発現量が有意に高く、 特に HOXA9、 HOXC 9, HO XD4、 HOXD 9において、 その差が大きかった。 したがって、 非癌部組織の HOX 遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXA3、 HOXA5s HOXA6、 HOXA7, HOXA 9, HOXA 1 0、 HOXAl l、 HOXA1 3、 HOXB 1 , HOXB 6s HOXB 7, HOXB 8, HOXB 9, HOXB 1 3, HOXC 5, HO XC 6、 HOXC 8、 HOXC 9、 HOXC 1 0、 HOXC 1 1、 HO C 1 2、 HO XC 1 3、 HOXD 1 , HOXD 3、 HOXD4, HOXD 8, HOXD 9, HOXD 10からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺 伝子発現量より高い場合に、 肝癌が存在すると判定および/または診断されることとな る。 例えば、 閾値としては、 HOXA3について 0. 1 45、 HOXA5について 0. 31 0、 HOXA6について 0. 275、 HOXA7について 0. 01 7、 HOXA9 について 0. 1 66、 HOXA 1 0について 0. 064、 HOX A 1 1について 0. 0 21、 HOXA1 3について 0. 266、 HOX B 1について 0. 029、 HOXB 6 について 0. 0 53、 HOXB 7について 0. 066、 HO X B 8について 0. 090、 HOXB 9について 0. 036、 HOXB 1 3について 0. 019、 HOXC 5につい て 0. 290、 HOXC 6について 0. 023、 HOXC 8について 0. 03 1、 HO XC 9について 0. 147、 HOXC 1 0について 0. 02 1、 HOX C 1 1について 0. 036、 HOXC 1 2について 0. 021、 HOX C 1 3について 0. 050、 H OXD iについて 0. 021、 HOXD3について 0. ◦ 28、 HO XD 4について 1 · 486、 HOXD 8について 0. 044、 HO X D 9について 0. 089、 HOXD1 0について 0. 007をそれぞれ設定することができる。
次に、 Ρ¾脈、 肝動脈、 肝静脈、 または胆管への癌細胞浸潤のみられた組織では、 これ がみられなかった組織と比べ、 HOXA5 (p < 0. 01) 、 HOXA2, HOXA4、 HOXA6、 HOXA7、 H〇XA9、 HOXA10, HOXB 1, HOXB 5N HO XB 7、 HOXB 8, HOXB 13, HOXC4、 HOXC 5, HOXC8、 HOXC 9、 HOXC 10、 HOXC 11、 HOXD 1 (p<0. 05) の発現量の低下が認め られた （図 8 (1) 参照） 。 したがって、 癌細胞浸潤のみられた組織の HOX遺伝子発 現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXA2、 HOXA4, HOXA5、 HOX A6、 HOXA7 HOXA9, HOXA10、 HOXB 1 , HOXB 5, HOXB 7、 HOXB 8, HOXB 13, HOXC4、 HOXC 5, HOXC 8, HOXC 9 , HO XC10、 HOXC 1 1、 HOXD 1からなる群より選ばれる少なくとも 1つの: HOX 遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より低い場合に、 門脈、 肝動脈、 肝静脈、 または胆管に浸潤する可能性がある肝癌であると判定および Zまたは診断されることと なる。 例えば、 閾値としては、 HOXA2について 0. 061、 HOXA4について 0. 045、 HOXA5について 0. 065、 HOX A 6について 0. 027、 H O X A 7 について 0. 025、 HOXA9について 0. 142、 HOX A 10について 0. 06 7、 HOXB 1について 0. 025、 HOXB 5について 0. 067、 HOXB 7につ いて 0. 053、 HOXB 8について 0. 01 7、 HOX B 13について 0. 015、 HOXC4について 0. 068、 HOXC 5について 0. 038、 HOX C 8について 0. 017、 HOXC9について 0, 158、 HOXC 10について 0. 024、 HO XC 11について 0. 032、 HOXD 1について 0. 043を設定することができる。 なお、 ここで示した脈管侵襲を伴った肝癌組織における HOX遺伝子のうち、 HOX A5、 HOXA6、 HOXA7、 HOXA9、 HOXA10、 HOXB 1 , HOXB 7、 HOXB 8, HOXB 13 HOXC 5, HOXC 8, HOXC 9, HOXC 10, H OXCl l、 HOXD 1の 15の H〇 X遺伝子の発現量は、 非癌部組織の発現量と同程 度であるため、 これら 15の HOX遺伝子の発現量は、 月干癌と診断されたものについて の脈管侵襲の可能性の判定および/または診断に利用することができる。 そして、 HO XA3、 HOXA11. HOXA13, HOXB 6, HOXB 9, HOXC 6, HOX C12、 HOXC13、 HOXD3、 HOXD4、 HOXD 8, HOXD9および HO
XD10遺伝子の発現量を、 正常か肝癌かを判定および/または診断することに用いる など、 目的に応じた使い分けをすることにより、 より有用な指標とすることができる。 さらに、 癌の進行度を I、 I I期と I I I、 I V期に分けて比較すると、 I I I、 I V期の組織の; HOXB 1および HOXA4遺伝子の発現が、 I、 I I期のものより低か つた （pく 0. 05) (図 8 (2) 、 (3) 参照） 。 したがって、 I期または I I期に おける HOX遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXA4および/また は HOXB 1の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より低い場合に、 I I I期または I V期に進行した肝癌であると判定および/または診断されることとなる。 例えば、 閾値 を HOXA4について 0. 045、 HOXB 1について 0. 059と設定することがで さる。
6. 乳癌における H O X遺伝子発現量の測定
乳癌の手術検体 （癌部 26例、 非癌部 6例） の HOX遺伝子発現量を測定した結果を 図 9に示す。 図 9に示すように、 乳癌組織における HOXAl、 HOXA2、 HOX A 3、 HOXA5、 HOXA9、 HOXD 3, HOXD4、 HOXD 8, HOXD 9, H OXD 10の発現量が、 非癌部組織に比べて有意に低かった （Ma nn— Wh i t n e yの U検定、 pく 0. 01) 。 なお、 これら 10の HOX遺伝子の発現量を検体別に棒 グラフで図 10に示す。 これより、 3、 4例の検体を除き、 非癌部組織の発現量より、 癌分組織の発現量の方が低いことが明らかである。 特に、 ΗΟΧΑ1、 HOXA3、 H OXA9、 HOXD 3では、 3、 4例の検体を除き、 非癌部組織の発現量の最低値より、 癌分組織の発現量の方が低いことが明らかである。 したがって、 非癌部組織における H OX遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXAl、 HOXA2、 HOX A3、 HOXA5, HOXA9, HOXD3、 HOXD4、 HOXD 8, HOXD 9, HOXD 10からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 H O X遺伝子発現量より低レ、場合に、 乳痛が存在すると判定および/または診断される こととなる。 例えば、 閾値として、 HOXA1について 0. 058、 HOXA2につい て 0. 257、 HOXA3について 0. 090、 HOXA5について 0. 278、 HO XA9について 0. 130、 HOXD 3について 0. 179、 HOXD 4について 0. 170、 HOXD 8について 0. 446、 HOXD 9について 0. 170、 H〇XD1 0について 0. 033を設定することができる。
7. 大腸癌における H〇 X遺伝子発現量の測定
大腸癌の手 i検体 （癌部 30例、 非癌部 20例） の HOX遺伝子発現量を図 1 1に示 す。 図 1 1より、 大腸癌組織では、 HOXA9、 HOXB 2N HOXB 3S HOXB 8、 HOXB 9の発現量が、 非癌部組織に比べて有意に高かった （Ma n n -Wh i t n e yの U検定、 pく 0. 0 1) 。 一方、 HOXD l、 HOXD 3、 HOXD4の発現量は、 非癌部,袓織に比べて有意に低かった （p<0. 0 1) 。 なお、 図 1 2に、 これら 8つの HOX遺伝子発現量を検体別に点グラフで示す。 したがって、 非癌都組織における HO X遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HOXA9、 HOXB 2、 HOXB 3、 HOXB 8、 HOXB 9からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の 発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より高い力 および/または、 HOXD l、 HOX D3、 HOXD 4からなる群より選ばれる少なくとも 1つの H〇X遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より低い場合に、 大腸癌が存在すると判定および Zまたは診断 されることとなる。 例えば、 閾値としては、 ΗΌΧΑ9について 1. 232、 HOXB 2について 0. 660、 HO B 3について 0. 703、 HOXB 8について 0. 6 7
8、 HOXB 9について 0. 632、 HOXD 1について 0. 075、 HOXD 3につ いて 0. 028、 HOXD4について 0. 1 03を設定することができる。
また、 癌組織の中で、 肝転移のある症例 （1 0例） とない症例 （20例） について H O X遺伝子発現量を測定した結果を図 1 3に示す。 肝転移症例では、 H O X A 4、 HO XB 1、 HO C 1 2、 HOXC 1 3の発現量が、 肝転移のない症例に比べ有意に高い ことが明らかとなった （Ma nn— Wh i t n e yの U検定、 pく 0. 0 1) 。 したが つて、 肝転移のない症例の H〇X遺伝子発現量を閾値 HOX遺伝子発現量として、 HO XA4、 HOXB 1、 HOXC 1 2、 HOXC 1 3からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 肝転移の可 能性のある大腸癌であると判定および Zまたは診断されることとなる。
さらに、 図 1 1より、 （HOX遺伝子の初期量 /j8—ァクチンの初期量） X 1 00 で表される HOX遺伝子の発現量について、 HOXA4は 0. 062と 0. 08 3の間、 HOXB 1は 0. 006と 0. 00 7の間、 HOXC 1 2は 0. 008と 0. 0 1 1の 間、 HOXC 1 3は 0. 0 1 7と 0. 0 1 8の間、 にそれぞれカツトオフ値を設定する と、 3つ以上の HO X遺伝子においてその発現量がカツトオフ値を上回っている症例は、 肝転移を起こしている可能性が高い （70%) と判定および/または診断できた。 した がって、 HOXA4、 HOXB l、 HOXC12、 HOX C 1 3の閾値 HOX遺伝子発 現量を、 それぞれ 0. 062、 0. 006、 0. 008、 0. 017とし、 HOXA4、 HOXBl、 HOXC12、 HOX C 13からなる群より選ばれる少なくとも 1つの、 好ましくは 2つの、 より好ましくは 3つの、 最も好ましくは 4つすベての、 HOX遺伝 子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 肝転移の可能性のある大腸癌 であると判定および Zまたは診断されることとなる。
なお、 肝転移のない 20例のうちの 2例において、 これらの HOX遺伝子のうちの 3 つの発現量がカットオフ値以上であつたが、 これらについては、 今後肝転移を起こす可 能性があると考えられる。
表 1 定量的リアルタイム RT—PCRを用いてヒト HOX遺伝子を
検出するためのプライマ一^。、了
ブライマー配列（5' to 3') ブライマー 増幅産物の 質伝子 Accession no.
Forward Reverse 濃度 (μΜ) 大きさ（bp)
HOXA1 S79910 TCCTGGAATACCCCATACTTAGCA GCCGCCGCAACTGTTG 0.3
HOXB1 X1666 CTCCTCTCCGAGGACAAGGAA CTCTCrTGGGTGGGTTTCTCTTAA
HOXD1 AF241528 CGACCCCCATCCCTATCTAGAC TGGAACTCGGAAGCCAACTAAA 0.3
HOXA2 M一 006735， ACAGCGAAGGGAAATGTAAAAGC GGGCCCCAGAGACGCTAA 0.3
XM一 040798
HOXB2 X16665 TCCTTGGCCGTCTACTGGAA AGTGGATTAAACGCTAATTCAGTAATACC 0.9
HOXA3 XM_040SQO, TGCAAAAAGCGACCTACTACGA CGTCGGCGCCCAAAG 0.9
NM一 030661 '
HOXB3 U59298 CCTGGCCTGAGAGGTTGCT TCCCGGGCGTGGAATT 0.9
HOXD3 BC008789 CCATAAATCAGCCGCAAGGAT GATGGGTCTCAGACTTACCnTGG 03
HOXA4 NMJ02141 TCCCCATCTGGACCATAATAGG GCAACCAGCACAGACTCTTAACC 0.9 101
HOXB4 NM_024015 TTTRCAGCTTTGGCGAAGATG ACCGAGGCCCGTCTTCTC 0.9 102
HOXC4 NM_014620 GGCAGCTACCCCGGGTACT TGTGAGTTATGTnTATAACCTGGTAATGTC 0.9
XM— 042818 GGCGGGATTCTCTCTCTAAGTATATTATA GAGCGGTGATTTTCATAAGTTTAATGA 92
HOXA5 NM_01 102 TCTCGTTGGCCTAATTCATCTTTT CATTCAGGACAAAGAGATGAACAGAA
106 119
126 790 688116252 7211
101 92
108 72
Figure imgf000018_0001
HOXD12 NM_02J]93 TGTGTGAGCGCAGTCTCTACAGA CGGCCTCAGGT GGAGAAG 0.9 92
HOXA13 XM— 004921 AAATGTACTGCCCCAAAGAGCA ATCCGAGGGATGGGAGACC 03 81
HOXB13 XM一 030437 CCACTGGCTGCTGGACTGTT TATGACTGGGCCAGGTTCTTTG 0.3 US
HOXCJ3 XM一 006804 AAGGTGGTCAGCAAATCGAAAG TGGTACAAAGCGGAGACATAAATAGA 94
HOXD13 XM一 002542 CTGGGCTACGGCTACCACTTC GCGATGACTTGAGCGCATT 0.3 91 β-aclin X .037235 TTGCCGACAGGATGCAGAA GCCGATCCACACGGAGTACT 0.3 101
G3PDH NM_002046 TCACCAGGGCTGCTTTTAACTC 3GAATCATATTGGAACATGTAAACCAT 0.3 101
*全コード配列は、 2つのァクセッション番号に基づいて組立てた。 成人正常臓器における HOX遺伝子の発現プロフィール 発現比 (H0X/G3PDH) X 100
A1 B1 D1 A2 B2 A3 B3 D3 A4 B4 C4 D4 A5
Figure imgf000019_0001
1 -00E-04 1.00E-04 4.33E-02 1. OOE-04 1.36E-02 1. OOE-04 2.87E-03 3.64E-03 1.OOE-04 2.62E-03 2.9 I E - 03 1 .OOE-04 1 .OOE-04
1.00E-04 1.0QE-Q4 1.50E-01 2.83E-03 5.08E-03 4.79E-03 4.1 5E-03 1.22E-02 3.05E-03 3.07E-03 1 .21 E-02 5.57E-03 8.04E-03 1.00E-04 1.00E-04 1.OOE-04 1.52E-02 5.20E-02 1. OOE-04 2.58E-02 1 .OOE-04 4.13E-01 5.84E-02 1 .OOE-04 1 .OOE-04 1 .49E-02 1 .00E-04 1.00E-04 6.50E-03 3.75E-03 1 .75E-02 6.31 E-03 6.78E-03 3.92E-03 1.OOE-04 1.70E-02 6.89E-03 1 .37ΕΌ2 4.30E-03 8.87E-03 1.00E-04. 3.84E-03 8.69E-03 5.88E-02 2.46E-02 1.74E-02 1.OOE-04 1.08E-02 4.1 9E-02 4.1 1 E-03 5.39E-03 5.65E-03 7.69E-03 1 .00E-04 9.31 E-03 6.31 E-02 1.03E-01 1 .19E-01 1.1 9E-01 2.68E-02 3.04E-02 1 .1 5E-01 3.46E-02 8:59E-02 5.20E-02 1 .34E-01 4.37.E-02 2.41 E-02 1 .52E-01 6.31 E-01 3.88E-01 7.14E-01 1 .67E-02 7.67E-02 4.96E-01 3.39E-02 5.77E-02 2.13E-01 1 .23E-01 1 .00E-04 1 .1 E-01 2.16E-01 5.05E-01 2.62E-01 5.48E-01 7.55E-02 2.Ί 5Ε-0Ί 7.40E-01 1 .31 E-01 6.08E-01 3.23E-01 2.45E-02 1 -00E-04 1 .47E-01 2.10E-01 4.57E-01 4.96E-01 4.09E-01 3.59E-02 2.47E-01 8.18E-01 6.05E-02 2.48E-02 8.85E-01 7.47E-04 1 !OOE-04 1 .26E-03 5.90E-03 1 .62E-02 4.42E-02 7.18E-03 6.06.E-03 1.27E-02 1.1 1 E-02 1 .89E-02 3.1 1 E-02 4.48E-02 3.59E-02 Ί .00E-04 9.13E-03 1 .19E-01 1 .96E-01 1.74E-01 1 .1 1 E-01 1.07E-02 1.89E-02 2.81 E-01 2.26E-02 3.96E-02 3.41 E-02 1 .07E-02 1 .OOE-04 4.1 OE-03 .77E-02 9.68E-02 2.54E-02 4.41 E-02 3.21 E-03 8.93E-03 8.92E-02 1.02E-02 1 .72E-02 4.06E-02 3.87E-02 1.OOE-04 6.07E-02 1.94E-01 1 .41 E-01 4.04E-0T 5.95E-01 4.1 8E-02 8.83E-02 5.14E-01 1 .88E-01 1斑- 01 2.52E-01 2.92E-02 1.OOE-04 1.40E-02 1.58E-01 9.85E-01 1.18E-01 2.73E-01 1.13E-01 1 .47E-01 5.68E-01 1 .66E-01 5.37E-01 5.69E+0 1 .00E-04 1 .OOE-04 1 .OOE-04 1 .OOE-04 4.31 E-01 1.67E-02 2.1 5E-01 7.86E-03 1 .OOE-04 4.31 E-01 1 .60E-01 3.86E-02 3.31 E-02 3.1 1 E-02 1.OOE-04 4.82E-02 2.73E-01 7.09E-01 9.68E-01 1.12E+0 7.48E-01 1.24E-01 1.02E+0 3.30E-01 3.02E+0 1 .49E+0 2.63E-02 6.56E-03 1.65E-01 9.01 E-02 5.17E-01 4.59E-01 5.39E-01 3.73E-01 1 .50E-01 6.1 2E-01 3.00E-01 1 .79E+0 8.0ZE-01 7.25E-0Z 1.OOE-04 1.23E-01 1.35E-01 1.94E-01 3.68E-01 8.18E-01 6.37E-02 3.78E-02 4.99E-01 4.04E-02 2.31 E-01 2.76E-0T 4.28E-02 1.OOE-04 2.92E-01 1.36E-01 5.94E-01 4.86E-01 5.69E-01 2.55E-01 6.62E-02 4.74E-01 8.81 E-02 6.38E-01 6.8ZE-01 2.44E-02 3.24E-02 1.52E-01 3.07E-02 1 .62E-01 3.42E-01 7.87E-01 2.50E-01 3.56E-02 4.S2E-01 3.50E-01 5.1 6E-01 7.36E - 02
Ξ-χ 'は 10_xを表す
·拏 5χ - 0 ). x - Ξ
L0-3Zl7 Z0-300 Z0-39Z-2 0+3S9U 10-3Z8-Z ZO-ョ OS' 10-3£9'S 20-3S9-6 Ζ0-32Ζ· I LO-390'Ζ L0-38 S zo-ョ ζε'ζ L0-3S8'L 0+3817· L ίθ-306'ε 20-302' L 20-369'8 10-3ZS'Z L0-3LZ'L L0-38Z-1 LO-ョ 10-39S-L εθ-300'8 10-39 TS
£0-329'9 L0-3SS'P 10-30Γ9 10-360' I εο -ョ εε·ε lO-i08"L tO-38f£ LQ-BIS-Z Z0-3l£'£ tO-38E-L 0+3 L£* I LQ-3Z8'Z L0-360 0+3 0· L 0+ョ L0-30£U to-ョ εε'ε LO-318'L ιο-3εζ L0-3^£'L ζο-3ΐε-9 L0-30l7'6 10-3^ ΓΙ ZO-HLS'S 0+38ΖΊ 0+ョ 1rに !■ 20-ョ LO'S 10—3Z ' L LO-382'ε LO-366'L LO-306'9 10-31^8 L0-38Z LO-388'6 10-380" L ZO-HOZ'9 L0-3Z0' L Ζ0-3Ζ0Έ ζο-3εζ·ε 20-3 LZU tO-39に L 20-369 L0-3SZ'£ to-ョ εε·ε ョ 00· L ZO-iOO'S L0-3£6'L
Z0-308"S Z0-3SVI l0-30i7-£ 10-368 Ζ0-38Ζ'8 LO-39ZH L0-3t マ IQ-3 VZ io-3zrs L0-3SL'L 20-ョ S£マ LO-ョ 66·ε
Z0-3S9"l Z0-3S0'£ 20-3SE-6 20-329'9 ΖΟ-381'ε L0-3£9'L ΙΟ-396'Ζ LO-396'L Z0-3i^8"2 ΖΟ-361'Ζ L0-3£S"S
0-300· I ョ 00· L 20-31 "6 Ζ0-380· L Μ)-300' I εο-ョ εο·9 £0-3 ' 8 Z0-3SSU 20-312'Z εο-ョ 9£·9 0-300' L Z0-38Z"Z £0-3Z9 Hョ 00· I 10-30ΖΊ zo-ョ ζε'ξ 20-3 L9'Z £0-3217-9 20-3" £0-aSS'8 0-ョ 00· L £0-30 "6 ZO-ョ OS'S K>-ョ 00· I ZO-300'8 ZO-380'6 εθ-309 zo-asrz ΖΟ-388'S E0-3L£-9 εο-30に ε ) -ョ S6'8
tO-300" L 0-300· L 20-3^1 Ζ0-329 i70-300' L 20-3 ' 9 Z0-386'S 20 -ョ 6·8 L0-3ZL-L LO-399'9 Ζ0-360Έ zo-azfi
00 ，0-300· t l-ョ 00· L 20-3Z9-8 10-3 IS'S J-300' L L0-3Z0" L Z0-3Z9'9 L0-3Z6' L 20-ョ £6·2 ^0-300· L.
r-l K) -ョ 00· L 0-300· I εο-ョ ·9 ZO-ョ OS'S ^0-300' L Ζ0-3 ' L εθ-369'6 zo-aso-z Ζ0-36 I 20-39£-Z 20-ョ L 0-300· L L0-3LLU
£0-3£8 0-300· L εο-ョ 's L0-3Z0' I frO-300' L Z0-3Se-L £0-ョ0 6 zo-ョ 9·ε Z0-360 tO-300" L tO-HOO' L Z0-369-£ 170-300" L tO-300- L tO-300" I Z0-3 TZ 300· L εο-ョ WZ εο-3εじ εο-39ε-ε 0-300' L Z0-38Z tO-300" L ョ 00' L
0-300' L ^0-300" L 0-ョ 00· L ΖΟ-321'ί 0-300· L 0-300· L tO-300- L tO-aoo- L εο-ョ 9い 9 tO-300- L 0:300· L ' tO-aoo- L 0-300" L 0-300· L 0-300' I ^0-300· L ョ 00· I ^0-300' L 0-300· L 0-300' L 0-300· L Ζ0-3ΖΖΈ 0-300' L ^o-aoo- 1 Z0-398 0-300· t i70-300' L Mhョ 00' I tO-300- 1 ΐ-0-300· I tO-300' L SO-36Z- 1 frO-ョ 00· L £0-3ZS-L £0-3£9-L tO-300' I i^O-300' L Z0-3ZQ- i tO-300" L tO-300- L to-ョ 00· I i70-300- 1 O-300' I o-aoo- 1 O-300' L 0-ョ 00· I W-300' L 0-300· I tO-300" L 0-300· L
Figure imgf000020_0001
60 ea 6V 8Q 90 83 zv 90 99 9V 90 sg .
00 L X (HQdSD/XOH) 襲
z-z
表 2— 3 成人正常臓器における HOX遺伝子の発現プロフィール 発現比 （H0X/G3PDH) X 100
D9 Α10 C10 D10 Α11 C11 D11 C12 D12 Α13 Β13 C13 D13
Ί .00Ε-04 1.00E-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 1.ΟΟΕ-04 1 ,ΟΟΕ-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1 .ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 Ί .00Ε-04 1.00Ε-Ο4 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 .ΟΟΕ-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 1服- 04 1 .00Ε-04 .00Ε-04 1裏- 04 1.00Ε-04 1斑- 04 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε 04 · 1 .ΟΟΕ-04 1 .ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 8.30Ε-03 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1 .ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 1 .ΟΟΕ-04 6.28Ε-03 7.94Ε-03 1 .00Ε-04 1 .Q0E-04 Ζ.56Ε-02 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1裏- 04 1 .00Ε-04 .00Ε-04 1 .Ζ1 Ε-01 1 .00Ε-04 1 .00E-Q4 3.06Ε-03 1 .ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 1 .ΟΟΕ-04 1 ,ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 1 .ΟΟΕ-04 1.ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 1.00Ε-04■ 6.47Ε-02 1 .ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 3.24Ε-03 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1避- 04 1.ΟΟΕ-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 2.58Ε-01 Τ.00Ε-04 1斑- 04 1斑- 04 1 ,οοε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.Q0E-Q4 OOE-04 1.ΟΟΕ-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00E-04 1 .04Ε-01 Λ斑- 04 1.00Ε-04 6.84Ε-03 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1斑- 04 Ί .ΌΟΕ-04 1.00Ε-04 .1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 4.12Ε-02 3.57Ε-03 2.08Ε-01 1.00Ε-04 2.16Ε-03 4.47Ε-03 1斑- 04 1.ΟΟΕ-04 1 ,00Ε-04 1.95Ε-03 1 .ΟΟΕ-04 1.00Ε-.04 1 .00Ε-04 4.10E-02 3.26Ε-02 1.00Ε-04 1斑- 04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 2.36Ε-03 1.00Ε-04 1.00Ε-04 7.96Ε-03 6.1 8Ε-03 1 .0DE-04 1.00Ε-04 3.72Ε-03 1 .00Ε-04 1 .Q0E-04 Ί .00Ε-04 1 ,00Ε-04 5.58Ε-03 6.03Ε-03 1 .00Ε-04 1 .ΟΟΕ-04 5.02Ε-02 6.41 Ε-03 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 .00Ε-04 .90Ε-02 .00Ε-04 .00Ε-04 1.00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε - 04 5.10E-01 2.31 E-02 1 .46Ε-02 Ί .00Ε-04 2.69Ε-02 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 2.1 8Ε-02 1 .00Ε-04 1 .ΟΟΕ-04 1 .00Ε-04 1.19E-01 6.98Ε-02 1 .67Ε-02 1 .Ζ1 Ε-0Ζ 4.40E-01 2.98Ε-0Ζ λ .00Ε-04 6.67Ε-03 1.00Ε-04 1 .13Ε+0 3.17Ε-02 1 .1 8Ε-02 1 .ΟΟΕ-04 4Α6Ε+0 3.85Ε-0Ί 1.20Ε-07 1.19E+0 3.56Ε+0 5.99Ε-02 5.53Ε-01 1.00Ε-04 1.00Ε-04 8.91 Ε-01 1 .00Ε-04 1.00Ε-04 3.75Ε-02 1 .26Ε+0 4.89Ε-02 3.54Ε-01 1.90Ε-01 7.21 Ε-02 2.37Ε-02 4.57Ε-02 1.00Ε-04 1.00Ε-04 6.93Ε-03 1.00Ε-04 1.00Ε-04 1.00Ε-04 大腸 Z.53E-01 8.82Ε-02 5.13Ε-03 4.26Ε-02 3.43E-01 4.45Ε-03 3.99Ε-02 1.00E-04 8.26Ε-03 4.79E-01 6.81 Ε-01 1.00Ε-04 7.74Ε-0Ζ 前立腺 1 .43Ε+0 Ί .55Ε-01 3.59Ε-02 3.40Ε-01 1 .36Ε+0 1 .60Ε-02 3.96Ε-01 1.00Ε-04 3.18Ε-02 2.53Ε+0 8.21 Ε+0 1.ΟΟΕ-04 6.05Ε-01 7.59Ε-01 3.24Ε-03 1.17E-01 6.29Ε-02 5.06Ε-02 2.1 5E-01 5.37Ε-02 1 .32Ε-02 8.61 Ε-02 1 .78Ε-02 1 .09Ε-02 4.17Ε-02 6.77Ε-02
Ε - χは icrxを表す.

Claims

請求の範囲
1. 癌の存在、 癌の転移の可能性、 癌の浸潤の可能性、 または癌の進行度を判定する 方法であって、 ―
(1) 被験者から採取した組織の少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量を測定するェ 程、
( 2 ) 前記 H O X遺伝子の発現量を対応する閾値 H O X遺伝子発現量と比較する工程、 を含み、
ここで、 前記 H O X遣伝子の発現量が閾値 H O X遺伝子発現量より髙レ、場合または低レヽ 場合に、 癌が存在する、 癌の転移の可能性がある、 癌の浸潤の可能性がある、 または、 癌が進行している、 と判定される方法。
2. 少なくとも 2つの HO X遺伝子の発現量を測定する、 請求の範囲第 1項に記載の 方法。
3. 少なくとも 3つの HOX遺伝子の発現量を測定する、 請求の範囲第 1項に記載の 方法。
4. 癌が、 甲状腺癌、 胃癌、 肝癌、 季し癌、 大腸癌からなる群より選ばれる少なくとも 1つである、 請求の範囲第 1項ないし第 3項のいずれかに記載の方法。
5. HOXD9の発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現量より低い場合に、 甲状 腺癌が存在すると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のいずれかに記載の方法。
6. H〇XA10、 HOXA 11 , HOXA13, HOXB9、 HOXB 13、 HO XC 10、 HOXCl l、 HOXC 13、 HOXDl l、 HOXD 12からなる群より 選ばれる少なくとも 1つの HO X遺伝子の発現量が、 対応する閾値 HO X遺伝子発現量 より高い場合に、 甲状腺癌が存在すると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項の いずれかに記載の方法。
7. HOXB 6、 H〇XB 13、 HOXD4からなる群より選ばれる少なくとも 1つ の HOX遺伝子の発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 浸潤す る可能性のある甲状腺癌であると判定される、 請求の範囲第 1項な 、し第 4項のいずれ かに記載の方法。
8. HOXB 6, HOXB l 3、 HOXD 4からなる群より選ばれる少なくとも 2つ の HOX遺伝子の発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 浸潤す る可能性のある甲状腺癌であると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項の!/、ずれ かに記載の方法。
9. H〇XB 6、 HOXB 1 3、 および HO XD 4の発現量が、 対応する閾値 HOX 遺伝子発現量より高い場合に、 浸潤する可能性のある甲状腺癌であると判定される、 請 求の範囲第 1項ないし第 4項の 、ずれかに記載の方法。
10. HOXB 5、 HOXB 6、 HOXB 7、 HOXB 9、 HOXC 6、 HOXC 8、 HOXC 9、 HOXC 1 0 HOX C 1 1からなる群より選ばれる少なくとも 1つの H OX遺伝子の発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 胃癌が存在 すると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のいずれかに記載の方法。
1 1. HOXB 5、 HOXB 6、 HOXB 7、 HOXB 8、 HOXB 9からなる群よ り選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現 量より高い場合に、 リンパ節転移する可能性のある胃癌であると判定される、 請求の範 囲第 1項ないし第 4項のいずれかに記載の方法。
1 2. HOXD 1 1の発現量が、 対応する閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 肝転移する可能性のある胃癌であると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のレヽ ずれかに記載の方法。
1 3. H〇XA3、 HOXA5, HOXA6、 HOXA7, HOXA9, HOXA 1 0、 HOXA 1 1 , HOXA1 3, HOXB 1 , HOXB 6、 HOXB 7 HOXB 8、 HOXB 9、 HOXB 1 3、 HOXC 5、 HOXC 6、 HOXC 8、 HOXC 9 HO X C 1 0、 HOXC 1 1、 HOXC 1 2、 HOXC 1 3、 HOXD 1、 HOXD 3、 H OXD4、 HOXD8、 HOXD9、 HOXD 1 0からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 月干癌が存在 すると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のレ、ずれかに記載の方法。
14. H〇XA9、 HOXC 9, HOXD4、 HOXD 9からなる群より選ばれる少 なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 肝 癌が存在すると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のいずれかに記載の方法。
1 5. HOXA2, HOXA4, HOXA 5, HOXA6, HOXA7、 HOXA9, HOXA10、 HOXB 1 , HOXB 5, HOXB 7, HOXB 8, HOXB 1 3, H OXC4、 HOXC 5, HOXC 8 HOXC 9, HOXC 10, HOXC 1 1 N HO XD 1からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX 遺伝子発現量より低い場合に、 門脈、 肝動脈、 肝静脈、 または胆管に浸潤する可能性が ある肝癌であると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のいずれかに記載の方法。
16. HOXA4および/または HOXB 1の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量よ り低い場合に、 進行した肝癌であると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のい ずれかに記載の方法。
17. HOXAl、 HOXA2、 HOXA3、 HOXA5, HOXA9、 HOXD3、 HOXD4、 HOXD8、 HOXD9、 HOXD 10からなる群より選ばれる少なくと も 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より低い場合に、 乳癌が存 在すると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のレ、ずれかに記載の方法。
18. HOXAl、 HOXA3、 HOXA9、 HOXD 3からなる群より選ばれる少 なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より低い場合に、 乳 癌が存在すると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のいずれかに記載の方法。
19. HOXA 9, H〇XB2、 HOXB3、 HOXB 8、 ΟΧΒ 9.からなる群よ り選ばれる少なくとも 1つの ΗΟΧ遺伝子の発現量が、 閾値 ΗΟΧ遺伝子発現量より高 いか、 および/または、 HOXD l、 HOXD 3, HOXD 4からなる群より選ばれる 少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より低い場合に、 大腸癌が存在すると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のレ、ずれかに記載の方 法。
20. HOXA4, HOXB l、 HOXC12、 HOXC 13からなる群より選ばれ る少なくと 1つの HOX遺伝子の発現量が、 閾値 HOX遺伝子発現量より高い場合に、 肝転移の可能性のある大腸癌であると判定される、 請求の範囲第 1項ないし第 4項のい ずれかに記載の方法。
21. 閾値 HOX遺伝子発現量が、 正常な組織の HOX遺伝子の発現量である、 請求 の範囲第 1項ないし第 6項、 第 10項、 第 13項、 第 14項、 第 17項ないし第 19項 のいずれかに記載の方法。
22. 閾値 HOX遺伝子発現量が、 転移能および Zまたは浸潤能を有しない癌組織の HOX遺伝子の発現量である、 請求の範囲第 1項ないし第 4項、 第 1項ないし第 9項、 第 11項、 第 12項、 第 15項、 第 20項のいずれかに記載の方法。
23. 閾値 HOX遺伝子発現量が、 I期ないし IV期からなる群より選ばれる少なく とも 1つの進行度の癌組織の HOX遺伝子の発現量である、 請求の範囲第 1項ないし第 4項、 第 1 6項のいずれかに記載の方法。
2 4 . 以下からなる群より選ばれる少なくとも 1組のプライマーペアを用いた P C R により HO X遺伝子の発現量を測定する、 請求の範囲第 1項ないし第 2 3項のいずれか に記載の方法：
配列番号 1で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されている 塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 2で表される塩基配列またはそ の 1若しくは 2塩基が置換されてレ、る塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからなるプ ライマ一ペア、
配列番号 3で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されている 塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 4で表される塩基配列またはそ の 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからなるプ ライマーペア、
配列番号 5で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されている 塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 6で表される塩基配列またはそ の 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからなるプ ライマ一ペア、
配列番号 Ίで表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されている 塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 8で表される塩基配列またはそ の 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからなるプ ライマ一ペア、
配列番号 9で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されている 塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 1 0で表される塩基配列または その 1若しくは 2塩基が置換されてレ、る塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからなる プライマーペア、
配列番号 1 1で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 1 2で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 1 3で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてレヽ る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 1 4で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 1 5で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 1 6で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 1 7で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 1 8で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されてレ、る塩基配列を有するォリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 1 9で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 2 0で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 2 1で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 2 2で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 2 3で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 2 4で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 2 5で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 2 6で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 2 7で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 2 8で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、 配列番号 2 9で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 3 0で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 3 1で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 3 2で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されてレ、る塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーぺ了、
配列番号 3 3で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 3 4で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
-配列番号 3 5で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 3 6で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 3 7で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 3 8で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 3 9で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 およぴ配列番号 4 0で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 4 1で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてレヽ る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 4 2で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 4 3で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてレヽ る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 およぴ配列番号 4 4で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマ一ペア、
配列番号 4 5で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 4 6で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 4 7で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が懞換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 4 8で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 4 9で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてレヽ る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 5 0で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置换されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 5 1で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 およぴ配列番号 5 2で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 5 3で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 5 4で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 5 5で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてレ、 る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 5 6で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されてレ、る塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 5 7で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 5 8で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、 配列番号 5 9で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 6 0で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマ一ペア、
配列番号 6 1で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 6 2で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 6 3で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 6 4で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 6 5で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 6 6で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 6 7で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 6 8で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されてレヽる塩基配列を有するォリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 6 9で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 7 0で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 7 1で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 7 2で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 7 3で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてレ、 る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 7 4で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーぺ 7"、
配列番号 75で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 7 6で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア、
配列番号 77で表される塩基配列またはその 1若しくは 2塩基が置換されてい る塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、 および配列番号 78で表される塩基配列また はその 1若しくは 2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからな るプライマーペア。
25. HOX遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 癌の存在、 癌の転移の可能性、 癌の浸潤の可能' |¾、 または癌の進行度を判定するためのキット。
26. HOXD 9, HOXAl 0、 HOXA 1 1、 HOXA 1 3, HOXB 9^ HO XB 1 3、 HOXC 1 0、 HOXC 1 1、 HOXC 1 3、 HOXD 1 1、 HOXD 1 2 力らなる群より選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量を測定する手段を備え た、 甲状腺癌の存在を判定するためのキット。
27. HOXB 6、 HOXB 1 3、 HOXD 4からなる群より選ばれる少なくとも 1 つの HOX遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 浸潤する可能性のある甲状腺癌を 判定するためのキット。
28. HOXB 5、 HOXB 6、 HOXB 7、 HOXB 9、 HOXC 6、 HOXC 8、 HOXC 9、 HOXC 1 0, HOX C 1 1からなる群より選ばれる少なくとも 1つの H OX遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 胃癌の存在を判定するためのキット。
29. HOXB 5, HOXB 6, HOXB 7、 HOXB 8, HOXB 9からなる群よ り選ばれる少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 リンパ節 転移する可能性のある胃癌を判定するためのキット。
30. HOXD 1 1の発現量を測定する手段を備えた、 肝転移する可能性のある胃癌 を判定するためのキット。—
31. HOXA3、 HOXA5, HOXA6, HOXA7, HOXA9、 HOXA 1 0、 HOXAl 1、 HOXA 1 3, HOXB 1 , HOXB 6, HOXB 7、 HOXB 8, HOXB 9, HOXB 1 3, HOXC 5, HOXC 6, HOXC 8, HOXC9、 HO XC10、 HOXC11、 HOXC 12、 HOXC13、 HOXDl、 HOXD3、 H OXD4、 HOXD 8, HOXD9、 HOXD 10からなる群より選ばれる少なくとも 1つの H〇X遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 肝癌の存在を判定するためのキ ット。
32. HOXA2、 HOXA4、 HOXA5、 HOXA6、 HOXA7、 HOXA9、 HOXA10、 HOXBl、 HOXB5、 HOXB 7、 HOXB8、 HOXB 13、 H OXC4, HOXC 5、 HOXC 8、 HOXC 9, HO C 10、 HOXC 11、 HO XDlからなる群より選ばれる少なくとも 1つの HO X遺伝子の発現量を測定する手段 を備えた、 門脈、 肝動脈、 肝静脈、 または胆管に浸潤する可能性がある肝癌を判定する ためのキット。
33. HOX A 4および/または HOXB 1の発現量を測定する手段を備えた、 進行 した肝癌を判定するための^ット。
34. HOXAl、 HOXA2、 HOXA3、 HOXA5、 HOXA9、 HOXD 3, HOXD4、 HOXD 8, HOXD 9, HOXD 10からなる群より選ばれる少なくと も 1つの HOX遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 乳癌の存在を判定するための キット。
35. HOXA 1、 HOXA3, HOXA9, HOXD 3からなる群より選ばれる少 なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 乳癌の存在を判定する ためのキット。
36. HOXA9、 HOXB 2, HOXB 3, HOXB 8, HOXB 9, HOXD 1, HOXD 3, HOXD4からなる群より選ばれる少なくとも 1つの HO X遺伝子の発現 量を測定する手段を備えた、 大腸癌の存在を判定するためのキット。
37. HOXA4, HOXB 1、 HOXC 12、 HOXC 13からなる群より選ばれ る少なくとも 1つの HOX遺伝子の発現量を測定する手段を備えた、 肝転移の可能性の ある大月昜癌を判定するためのキット。
PCT/JP2003/009340 2003-07-23 2003-07-23 ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法 WO2005010180A1 (ja)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
AU2003252249A AU2003252249A1 (en) 2003-07-23 2003-07-23 Method of judging cancer based on the expression of homeobox gene
JP2005504564A JPWO2005010180A1 (ja) 2003-07-23 2003-07-23 ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法
PCT/JP2003/009340 WO2005010180A1 (ja) 2003-07-23 2003-07-23 ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PCT/JP2003/009340 WO2005010180A1 (ja) 2003-07-23 2003-07-23 ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2005010180A1 true WO2005010180A1 (ja) 2005-02-03

Family

ID=34090541

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/JP2003/009340 WO2005010180A1 (ja) 2003-07-23 2003-07-23 ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法

Country Status (3)

Country Link
JP (1) JPWO2005010180A1 (ja)
AU (1) AU2003252249A1 (ja)
WO (1) WO2005010180A1 (ja)

Cited By (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2007267700A (ja) * 2006-03-31 2007-10-18 Kochi Univ Ｈｏｘｂ１３遺伝子のメチル化を指標とする腎細胞癌を含む悪性腫瘍の判定方法
JP2008545417A (ja) * 2005-05-27 2008-12-18 ダナ−ファーバー キャンサー インスティテュート インク． 遺伝子メチル化および発現
JP2009538624A (ja) * 2006-05-31 2009-11-12 オリオン ゲノミクス エルエルシー 癌の診断における遺伝子メチル化の方法
US20110097806A1 (en) * 2008-04-14 2011-04-28 Royal College Of Surgeons In Ireland Method of assessing cancer status in a breast cancer patient
EP2612675A1 (en) * 2006-02-22 2013-07-10 Zhenglun Zhu Treatment of development-related disorders
JP2013535223A (ja) * 2010-08-13 2013-09-12 アリゾナ ボード オブ リージェンツ ア ボディー コーポレート アクティング オン ビハーフ オブ アリゾナ ステイト ユニバーシティ 乳がんの早期発見用バイオマーカー
KR101612356B1 (ko) 2014-06-10 2016-04-15 연세대학교 산학협력단 Hoxb5의 유방암 진단 및 치료 용도
CN106480078A (zh) * 2015-08-27 2017-03-08 上海交通大学医学院附属瑞金医院 一组胃癌腹膜转移标志物及其用途

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105988010B (zh) * 2015-03-03 2021-01-19 江苏太和吉英医药科技有限公司 磷酸化hoxa10作为子宫内膜容受性检测的方法

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2000007632A1 (en) * 1998-08-04 2000-02-17 Diadexus Llc A novel method of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating colon cancer
WO2000016805A1 (en) * 1998-09-23 2000-03-30 Diadexus Llc Method of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating gynecologic cancers and testicular cancer
EP1285970A2 (en) * 2001-06-26 2003-02-26 National Taiwan University Metastasis-associated genes

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2000007632A1 (en) * 1998-08-04 2000-02-17 Diadexus Llc A novel method of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating colon cancer
WO2000016805A1 (en) * 1998-09-23 2000-03-30 Diadexus Llc Method of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating gynecologic cancers and testicular cancer
EP1285970A2 (en) * 2001-06-26 2003-02-26 National Taiwan University Metastasis-associated genes

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CASTRONOVO, V. ET AL.: "Homeobox Genes: Potential Candidates for the Transcriptional Control of the Transformed and Invasive Phenotype", BIOCHEMICAL PHARMACOLOGY, vol. 47, no. 1, 1994, pages 137 - 143, XP002903464 *
CHARIOT, A. ET AL.: "Detection of HOXA1 Expresssion in Human Breast Cancer", BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, vol. 222, 1996, pages 292 - 297, XP002903465 *
CLEMENTE, C. ET AL.: "HOX genes in human cancers", INVASION & METASTASIS, vol. 14, no. 1-6, 1995, pages 38 - 49, XP002903463 *
DE VITA, G. ET AL.: "Expression of Homeobox-containing Genes in Primary and Metastatic Colorectal Cancer", EUR.J. CANCER, vol. 29A, no. 6, 1993, pages 887 - 893, XP002903466 *

Cited By (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2008545417A (ja) * 2005-05-27 2008-12-18 ダナ−ファーバー キャンサー インスティテュート インク． 遺伝子メチル化および発現
US9556430B2 (en) 2005-05-27 2017-01-31 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Gene methylation and expression
US8993227B2 (en) 2006-02-22 2015-03-31 Zhenglun Zhu Cancer prognosis by determining phosphorylation of a Xom polypeptide
EP2612675A1 (en) * 2006-02-22 2013-07-10 Zhenglun Zhu Treatment of development-related disorders
JP2007267700A (ja) * 2006-03-31 2007-10-18 Kochi Univ Ｈｏｘｂ１３遺伝子のメチル化を指標とする腎細胞癌を含む悪性腫瘍の判定方法
JP2009538624A (ja) * 2006-05-31 2009-11-12 オリオン ゲノミクス エルエルシー 癌の診断における遺伝子メチル化の方法
US20110097806A1 (en) * 2008-04-14 2011-04-28 Royal College Of Surgeons In Ireland Method of assessing cancer status in a breast cancer patient
US8501483B2 (en) * 2008-04-14 2013-08-06 University College Dublin, National University Of Ireland, Dublin Method of assessing cancer status in a breast cancer patient
JP2013535223A (ja) * 2010-08-13 2013-09-12 アリゾナ ボード オブ リージェンツ ア ボディー コーポレート アクティング オン ビハーフ オブ アリゾナ ステイト ユニバーシティ 乳がんの早期発見用バイオマーカー
JP2017083455A (ja) * 2010-08-13 2017-05-18 アリゾナ ボード オブ リージェンツ ア ボディー コーポレート アクティング オン ビハーフ オブ アリゾナ ステイト ユニバーシティARIZONA BOARD OF REGENTS, a body corporate acting on behalf of ARIZONA STATE UNIVERSITY 乳がんの早期発見用バイオマーカー
US9857374B2 (en) 2010-08-13 2018-01-02 Arizona Board of Regents, a body corporate acting for and on behalf of Arizona State University Biomarkers for the early detection of breast cancer
US10802026B2 (en) 2010-08-13 2020-10-13 Arizona Board of Regents, a body corporate acting for and on behalf of Arizona State University Biomarkers for the early detection of breast cancer
US11624747B2 (en) 2010-08-13 2023-04-11 Arizona Board Of Regents Biomarkers for the early detection of breast cancer
KR101612356B1 (ko) 2014-06-10 2016-04-15 연세대학교 산학협력단 Hoxb5의 유방암 진단 및 치료 용도
CN106480078A (zh) * 2015-08-27 2017-03-08 上海交通大学医学院附属瑞金医院 一组胃癌腹膜转移标志物及其用途

Also Published As

Publication number Publication date
AU2003252249A1 (en) 2005-02-14
JPWO2005010180A1 (ja) 2006-09-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2022188053A (ja) 胃がん診断用のマイクロｒｎａバイオマーカー
Søreide et al. Evolving molecular classification by genomic and proteomic biomarkers in colorectal cancer: potential implications for the surgical oncologist
KR101437718B1 (ko) 위암의 예후 예측용 마커 및 이를 이용하는 위암의 예후 예측 방법
Vachani et al. A 10-gene classifier for distinguishing head and neck squamous cell carcinoma and lung squamous cell carcinoma
Morton et al. Identification of mRNAs and lincRNAs associated with lung cancer progression using next-generation RNA sequencing from laser micro-dissected archival FFPE tissue specimens
JP2009508493A (ja) すい臓がんを診断するための方法
AU2020265027A1 (en) Microrna marker combination for diagnosing gastric cancer and diagnostic kit
AU2013281355A1 (en) Targeted RNA-seq methods and materials for the diagnosis of prostate cancer
Babion et al. A strategy to find suitable reference genes for miRNA quantitative PCR analysis and its application to cervical specimens
Zhai et al. Whole-miRNome profiling identifies prognostic serum miRNAs in esophageal adenocarcinoma: the influence of Helicobacter pylori infection status
ES2828923T3 (es) Prueba de metilación de ADN para detectar cáncer de próstata
WO2005010180A1 (ja) ホメオボックス遺伝子の発現による癌の判定方法
Perego et al. Concentration and microsatellite status of plasma DNA for monitoring patients with renal carcinoma
KR20190113094A (ko) 대장암 진단 또는 재발 예측을 위한 마이크로RNA-4732-5p 및 이의 용도
CN114107515B (zh) 早期胃癌预后差异基因与复发预测模型
JP2011511635A (ja) 癌標識としての結腸癌関連転写因子１（ｃｃａｔ−１）
WO2008122911A2 (en) Methods and tools for detecting the presence of colorectal adenocarcinoma cells
WO2016136684A1 (ja) 大腸癌の予後診断を補助する方法、記録媒体および判定装置
US20150087549A1 (en) Methods of using tissue biomarkers for indication of progression from barretts esophagus to esophageal adenocarcinoma
CN111485021A (zh) 用于结直肠腺瘤诊断的外泌体rna及其应用
CN114214420B (zh) 外泌体miR-106b-3P、IL1B等在肺癌诊断中的应用
JP6757560B2 (ja) 大腸癌の再発リスク診断を補助する方法、プログラムおよびコンピュータシステム
Axelsson et al. PD46-05 GENETIC ABERRATIONS IDENTIFIED IN FOCAL BARBOTAGES–a COMPLEMENTARY DIAGNOSTIC TOOL IN UPPER TRACT UROTHELIAL CARCINOMA (UTUC)
CN118406766A (zh) 预测ii期和iii期结直肠癌预后临床结果的生物标志物、引物组及检测试剂盒
CN118652978A (zh) 用于在局部晚期直肠癌中预测淋巴结转移的分子标志物组合

Legal Events

Date Code Title Description
AK Designated states

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): AE AG AL AM AT AU AZ BA BB BG BR BY BZ CA CH CN CO CR CU CZ DE DK DM DZ EC EE ES FI GB GD GE GH GM HR HU ID IL IN IS JP KE KG KP KR KZ LC LK LR LS LT LU LV MA MD MG MK MN MW MX MZ NI NO NZ OM PG PH PL PT RO RU SC SD SE SG SK SL SY TJ TM TN TR TT TZ UA UG US UZ VC VN YU ZA ZM ZW

AL Designated countries for regional patents

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): GH GM KE LS MW MZ SD SL SZ TZ UG ZM ZW AM AZ BY KG KZ MD RU TJ TM AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HU IE IT LU MC NL PT RO SE SI SK TR BF BJ CF CG CI CM GA GN GQ GW ML MR NE SN TD TG

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application
WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2005504564

Country of ref document: JP

122 Ep: pct application non-entry in european phase