EINRICHTUNG ZUR DURCHFUHRUNG VON TESTSERIEN
Die Erfindung liegt auf dem Gebiete der Analytik und betrifft eine Einrichtung nach dem Oberbegriff des unabhängigen Patentanspruchs. Die Einrichtung dient zur Durchführung von Testserien, das heisst zur mindestens teilweise parallelen Durchführung von grossen Zahlen gleicher chemisch/physikalischer oder biologischer Reaktionen und/oder Messungen zu analytischen Zwecken mit kleinen bis sehr kleinen Probemengen.
Insbesondere in der Biotechnologie ist es üblich, grosse Zahlen von gleichen derartigen Tests durchzuführen, beispielsweise parallele DNA-Sequenz-Analysen oder „Screening" von Substanzbibliotheken zum Auffinden von Substanzen mit einer spe- zifischen Bioaktivität.
Für derartige Testserien werden üblicherweise sogenannte Mikrotestplatten mit einer rasterartigen Anordnung von Kavitäten zur Aufnahme der Proben und vorzugsweise vollautomatisch betriebene Mehrfachinstrumente verwendet, wobei die Mehrfachinstrumente eine Mehrzahl von Einzelinstrumenten aufweist, deren Anordnung auf das Kavitätenmuster der Testplatten abgestimmt ist. Beispiele derartiger Mehrfachinstrumente sind Reihen oder zweidimensionale Arrays von Pipetten, die relativ zu einer zu behandelnden Platte bewegbar sind.
Aus der Publikation WO-99/36787 (Discovery Technologies) ist beispielsweise eine Anlage bekannt, mit der Stapel von Testplatten entlang vorgegebener Wege von Behandlungsstation zu Behandlungsstation verschoben werden, um in den Behandlungsstationen nacheinander behandelt zu werden. Die Behandlungsstationen sind dabei beispielsweise für die Handhabung von Flüssigkeiten mit den bereits genannten Pipettenanordnungen ausgerüstet oder es sind Inkubatoren oder Messgeräte. Die Einrichtung ist dabei nicht nur einsetzbar für die Durchführung von Testreaktionen in den Kavitäten der Platten und für analytische Messungen an den Reaktionsgemischen sondern auch zur Bereitstellung der Testplatten beispielsweise durch Zufügen je eines Aliquots einer Testsubstanz in jede Kavität der Platte, welche Aliquote von mit entsprechend grösseren Testsubstanz-Mengen beschickten Bibliotheksplatten mit demselben Format entnommen werden.
Die meist verwendeten Testplatten mit Kavitäten und die meist verwendeten Behandlungsstationen zur Behandlung derartiger Platten sind nach den Normen der So- ciety for Biomolecular Screening (SBS) ausgestaltet. Gemäss diesen Normen haben die Platten eine Grosse von 12,7mm x 85,5mm und eine Dicke von 14,35mm. Die Platten weisen auf ihrer oberen Fläche einen Randbereich und einen zentralen Bereich mit einer rasterartigen Anordnung von Kavitäten auf, wobei 8x12=96 oder neuer 16x24=384 oder ganz neu 32x48=1536 Kavitäten vorgesehen sein können und das entsprechende Rastermass (Abstand der Mittelpunkte benachbarter Kavitäten) 9mm, 4,5mm bzw. 2,25mm betragen. Die Form der Kavitäten kann je nach Anwendung variieren.
Die für die Behandlung der Platten vorgesehenen Mehrfachinstrumente (z.B. in Reihen oder in zweidimensionalen Arrays angeordnete Pipetten für die Zugabe oder Entnahme von Flüssigkeiten zu oder aus den Kavitäten) weisen Instrumentenanordnungen auf, in denen die Abstände zwischen benachbarten Instrumenten dem oben genannten, genormten Rastermass entsprechen. Für Instrumente, die eine Anordnung
nach dem mittleren oder dem engsten Raster (Rastermass von 4,5 oder 2,25 mm) aus Platzgründen oder aus anderen Gründen nicht erlauben, werden Instrumentenanordnungen verwendet, die auf einen gröberen Raster (z.B. Rastermass 9 mm) abgestimmt sind. Mit einer derartigen Instrumentenanordnung kann in einem einzigen Einsatz nur eine Untergruppe der Kavitäten (jede vierte oder sechzehnte Kavität) einer Testplatte mit feinerem Kavitätenraster behandelt werden. Für die Behandlung aller Kavitäten einer derartigen Platte wird die Instrumentenanordnung vier bzw. sechzehn Mal eingesetzt, wobei zwischen den Einsätzen entweder die Instrumentenanordnung oder die Platte derart verschoben wird, dass in jedem Einsatz eine weitere der ineinandergeschachtelten Untergruppen von Kavitäten behandelt wird.
In der genannten Art ist es beispielsweise üblich, mit einem für die Behandlung von 96 Kavitäten auf einer Normplatte ausgerüsteten Pipettenanordnung Platten mit 384 Kavitäten zu behandeln, indem die Pipetten viermal eingesetzt werden und die behandelte Platte oder die Pipettenanordnung nach jedem Einsatz um 4,5mm (in x- und in y-Richtung) verschoben wird. Auch eine Platte mit 1536 Kavitäten kann derart behandelt werden, wobei die Pipettenanordnung sechzehn mal eingesetzt wird und nach jedem Einsatz um 2,25mm verschoben wird.
Die genannte Normierung dient nicht nur dazu, verschiedenen Handhabungsgeräte und Testplatten einfach zu einem System zusammenfassen zu können, sondern sie macht es gleichzeitig auch möglich, bei der vorliegenden Entwicklung zu höheren Probendichten auf den Platten in einfacher Weise Systeme zu schaffen, in denen Geräte und Platten verschiedener Generationen miteinander kooperieren können. Dadurch hilft die Normierung Entwicklungssprünge zu vermeiden sowie Investitionen zu verkleinern und über grössere Zeiträume zu verteilen.
Aus der Publikation US-5770860 ist als weitere Entwicklung auch ein Verfahren bekannt geworden, mit dem ausgehend von den genannten, genormten Mikrotestplatten mit Kavitäten Testplatten für massenspektrometrische Untersuchungen hergestellt werden. Diese Testplatten haben die gleich Grosse wie die weiter oben beschriebe- nen Mikrotestplatten aber sie haben keine Kavitäten. Da die für die assenspektro- metrischen Untersuchungen notwendigen Probenmengen sehr klein sind, genügt für eine Untersuchung ein Tröpfchen, in dem die zu untersuchenden Substanzen gelöst sind und das auf der Testplatte positioniert und getrocknet wird. In der genannten Publikation wird nun vorgeschlagen, für die Beschickung der Testplatten mit den Probetröpfchen in der bereits oben für Kavitätenplatten genannten Weise vorzugehen, das heisst mit einer entsprechenden Anordnung von beispielsweise 384 passiven Entnahmemitteln Tröpfchen aus den 384 Kavitäten solcher Platten zu entnehmen und auf der Testplatte zu positionieren, dann die Testplatte um beispielsweise 400 μm zu verschieben und den Vorgang mit folgenden Kavitätenplatten 121 Mal (11 x 11) zu repetieren. Die fertige Testplatte weist dann pro Fläche, die auf der Kavitätenplatte von einer einzigen Kavität belegt ist, 121 Proben auf, das heisst insgesamt 46'464 Proben. Gemäss der genannten Publikation soll es möglich sein, auf einer solchen Testplatte bis zu 86'400 (384x15x15) Proben zu plazieren. Dies entspricht einem Rastermass von 300μm und verlangt eine Positionierungsgenauigkeit im Bereiche von wenigen μm.
Die beiden oben genannten Beispiele zeigen die Richtung der vorliegenden Entwicklung deutlich auf. Diese Entwicklung führt in Verbindung mit immer empfindlicheren, analytischen Messmethoden, die an immer kleineren Probenmengen durchführbar sind, zu immer mehr Proben auf einem Probenträger und zu immer höherer Parallelität. Dadurch können insbesondere Material und sequentiell durchgeführte Handhabungsschritte (z.B. Plattenwechsel in Behandlungsstationen) eingespart werden. Im Moment scheinen dieser Entwicklung Grenzen gesetzt zu sein durch die Zeit, die notwendig ist, um Platten mit derart grossen Probenzahlen herzustellen oder
in seriellen Messverfahren zu analysieren, welche Zeit für empfindliche Probesubstanzen zu lange werden kann. Derartige Grenzen können aber gegen noch grössere Probenzahlen verschoben werden, wenn es möglich wird, für die ganze Probenvorbereitung schon ähnlich hohe Probenzahlen parallel zu behandeln und wenn für die Analysen Parallelverfahren zur Verfügung gestellt werden können. Für optische Analysen stehen für derartige Parallelmessungen mit den CCD- Sensoren bereits Mittel zur Verfügung.
Ein bis anhin wenig beachteter, die oben genannte Entwicklung potentiell begrenzender Faktor ist die sich mit der erhöhten Parallelität vergrössernde Wirkung von Fehlern. Die hochautomatisierten Verfahren insbesondere für parallele Vorbereitung von grossen Probenzahlen sind üblicherweise derart ausgerüstet, dass beim Auftreten einer fehlerhaften Probe auf einer Testplatte das Verfahren oder mindestens alle parallel durchgeführten Schritte davon (insbesondere das Zugeben und Entnehmen von Flüssigkeiten) nicht für eine fehlerhafte Probe allein repetiert werden kann, sondern nur für die ganze, die fehlerhafte Probe aufweisende Platte. Dies bedeutet nicht nur, dass bei erhöhter Probenzahl pro Platte für jede fehlerhafte Probe das Verfahren für mehr Proben repetiert werden muss, sondern es bedeutet auch, dass bei erhöhter Probenzahl pro Platte bei gleicher Fehleranfälligkeit die Wahrscheinlichkeit, dass eine Platte eine fehlerhafte Probe enthält, grösser wird. Je grösser also die Probenzahl pro Platte wird, desto grösser wird bei theoretisch gleich hohem Fehleraufkommen der durch Fehler bedingte Mehraufwand an maschineller Leistung und an Probesubstanzen. Dies führt insbesondere dann zu einem untragbaren Zustand, wenn die Proben schwierig und nur in kleinen Mengen herstellbare Substanzen aus Substanzbibliotheken enthalten.
Es ist zu erwarten, dass die genannte, erhöhte Fehlerauswirkung die Entwicklung zu Platten mit immer mehr Proben kleinerer Probenmengen dann effektiv begrenzt, wenn die kleinere Menge an Probesubstanz, die für einen Test notwendig ist, wett-
gemacht wird oder sogar übertroffen wird durch einen Mehrverbrauch an Probesubstanz, der aus fehlerbedingten Repetitionen resultiert.
Die Erfindung stellt sich nun die Aufgabe, eine Einrichtung zur Durchführung von Testserien zu schafften, welche Einrichtung der Vergrösserung der Fehlerauswir- kung, die der oben beschriebenen Entwicklung gemäss dem Stande der Technik inhärent ist, entgegenwirkt und die trotzdem mit Systemen gemäss dem Stande der Technik mindestens beschränkt kompatibel ist.
Diese Aufgabe wird gelöst durch die Einrichtung, wie sie in den Patentansprüchen definiert ist.
Die erfindungsgemässe Einrichtung umfasst wie bekannte derartige Einrichtungen eine Mehrzahl von Testplatten, die je eine Vielzahl von Proben aufnehmen können, mindestens eine Instrumentenanordnung, mit der eine Vielzahl von Proben parallel behandelbar ist, sowie mindestens ein Positionierungsmittel, mit dessen Hilfe Testplatten und Instrumentenanordnung für die Behandlung relativ zueinander positio- nierbar sind. Dabei sind Testplatten, Instrumentenanordnung und Positionierungsmittel bezüglich Positionskoordinaten und Raster aufeinander abgestimmt. Die Instrumentenanordnung der erfindungsgemässen Einrichtung weist eine rasterartige Instrumentenanordnung, das heisst eine vorgegebene, regelmässige Anordnung von Einzelinstrumenten und einem vorgegebenen ersten Rastermass auf und alle Test- platten weisen einen dem Instrumentenraster geometrisch entsprechenden Kavitäten- raster auf mit dem ersten Rastermass oder mit zweiten Rastermassen, die einem einfachen Bruchteil des ersten Rastermasses entsprechen.
Die Instrumentenanordnung der erfindungsgemässen Einrichtung weist eine erste Grosse auf. Ein erster Teil der Testplatten weist eine Kavitätenanordnung mit derselben ersten Grosse auf und weitere Testplatten weisen zweite Grossen auf, die einem ganzzahligen Vielfachen der ersten Grosse entsprechen. Das Positionierungsmittel ist für Verschiebungsschritte zwischen Instrumentenanordnung und zu behandelnder Testplatte ausgerüstet, welche Verschiebungsschritte so gross sind wie die Abmessungen der Instrumentenanordnung. Durch diese Format-kompensierenden Verschiebungsschritte wird es möglich, nebeneinanderliegende Untergruppen von Kavitäten auf Testplatten mit zweiten Grossen zu behandeln.
Wenn Testplatten vorgesehen sind, deren Kavitätenraster enger ist als der Raster der Instrumentenanordnung, ist das Positionierungsmittel zusätzlich in an sich bekannter Art und Weise für Raster-kompensierende Verschiebungsschritte ausgerüstet, die je einem Bruchteil des Rastermasses entsprechen und die für die Behandlung von ineinandergeschachtelten Untergruppen von Kavitäten dienen.
Mit Hilfe der Format-kompensierenden Verschiebungsschritte werden also nacheinander nebeneinander liegende Untergruppen der Kavitäten einer Testplatte behandelt, während die Raster-kompensierenden Verschiebungsschritte eine aufeinanderfolgende Behandlung von ineinandergeschachtelten Untergruppen von Kavitäten erlauben.
Eine beispielhafte Ausführungsform der erfindungsgemässen Einrichtung weist Testplatten auf, die den gültigen SBS-Normen entsprechen, sowie eine Instrumentenanordnung und Testplatten, deren Instrumenten- bzw. Kavitätenraster eine Grosse haben, die einem einfachen Bruchteil, beispielsweise einem Viertel der Rastergrösse gemäss SBS-Normen entspricht, die also die halbe Länge und die halbe Breite der Norm-Raster haben. Die letztgenannten Testplatten („Viertel-Platten") weisen bei gleichem Rastermass vier mal weniger Kavitäten auf als die genormten Testplatten.
Eine Pipettenanordnung dieser Ausführungsform der erfindungsgemässen Einrichtung weist bei einem Rastermass von 9mm 24 Pipetten (4x6) auf. Das Positionierungsmittel dieser Ausführungsform ist ausgerüstet für je einen Formatkompensierenden Verschiebungs schritt um die Länge und um die Breite des Instru- mentenrasters und für Raster-kompensierende Schritte um 4,5 und 2,25 mm.
Eine weitere, beispielhafte Ausführungsform der erfindungsgemässen Einrichtung weist zusätzlich zu Testplatten gemäss SBS-Normen und gegebenenfalls zusätzlich zu den oben beschriebenen „Viertel-Platten" auch „Viertel-Viertel-Platten" auf, die eine Kavitätenanordnung von einem Viertel der Länge und der Breite der genormten Kavitätenanordnung haben. Die Instrumentenanordnung hat in diesem Falle ein Instrumentenraster mit einem Viertel der Länge und einem Viertel der Breite des Norm-Rasters und das Positionierungsmittel ist ausgerüstet für je drei Formatkompensierende Verschiebungsschritte um die Länge und die Breite der Instrumentenanordnung.
In derselben Art sind auch „Viertel- Viertel- Viertel-Platten etc. und entsprechende Instrumentenanordnungen denkbar.
Wenn die erfindungsgemässe Einrichtung eine Mehrzahl von Instrumentenanordnungen aufweist, von denen ein Teil nicht an die kleinsten Testplatten sondern zum Beispiel an die grössten Testplatten der Einrichtung angepasst sind, sind alle Test- platten ohne Randbereiche um die Kavitätenanordnung auszugestalten. Es ist für diesen Fall auch möglich, nur die grössten der Testplatten mit vollständigen, um alle Kanten laufenden Randbereichen auszugestalten, während die kleineren Platten nur mit Randteilen ausgestaltet sind, derart, dass sie nebeneinander positioniert eine un- terbruchsloses Kavitätenanordnung ergeben, die der Kavitätenanordnung der gröss- ten Platten entspricht.
Der Betrieb einer erfindungsgemässen Einrichtung unterscheidet sich nicht prinzipiell vom Betrieb einer entsprechenden, bekannten Einrichtung beispielsweise gemäss gültiger SBS-Normen. Die Probendichten und deshalb auch die Probengrössen und Probenmengen sind gleich und die durchzuführenden Schritte sind ebenfalls gleich. Vorteile ergeben sich wie bereits erwähnt beim Auftreten von fehlerhaften Proben, die zu Plattenrepetitionen führen, in welchen Plattenrepetitionen bei der Verwendung der kleineren Platten verglichen mit dem Stande der Technik nur ein Bruchteil (beispielsweise ein Viertel oder ein Sechzehntel) an Proben nochmals vorbereitet und gegebenenfalls nochmals analysiert werden muss. Die Instrumentenanordnungen sind kleiner und dadurch günstiger (z.B. CCD-Sensoren) und können eher mit Einwegteilen ausgerüstet werden.
Die erfindungsgemässe Einrichtung wird anhand der folgenden Figuren mehr im Detail beschrieben. Dabei zeigen:
Figur 1 eine beispielhafte Instrumentenanordnung und zwei verschiedene Test- platten einer erfindungsgemässen Einrichtung;
Figur 2 drei Beispiele von Testplatten einer erfindungsgemässen Einrichtung;
Figur 3 beispielhafte Randbereiche von Testplatten für die erfindungsgemässe Einrichtung.
Figur 1 zeigt in einer sehr schematischen Art und Weise eine Pipettenanordnung 1 und zwei verschiedene Testplatten 2 und 3 einer erfindungsgemässen Einrichtung. Die Pipetten 4 der Pipettenanordnung 1 und die Kavitäten 5 der beiden Testplatten 2 und 3 sind alle in einem Raster mit derselben Rastergeometrie und demselben Rastermass angeordnet, wobei sich die Rastergeometrie auf die gegenseitige Anordnung der Pipetten und Kavitäten bezieht und das Rastermass auf die Abstände zwi-
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schen den Mittellinien der Pipetten und Kavitäten. Die grössere Testplatte 1, die beispielsweise eine Testplatte gemäss SBS-Normen ist, ist doppelt so lang und doppelt so breit wie die kleinere Testplatte 3, weist also einen Raster mit viermal grösserer Fläche und mit vier mal mehr Kavitäten auf. Die Pipettenanordnung weist einen Ra- ster auf, der dieselbe Grosse hat wie der Raster der kleineren Testplatte 3.
Zur Behandlung der kleineren Testplatte 3 mit der Pipettenanordnung 1 werden diese wie dargestellt positioniert und wird die Pipettenanordnung 1 auf die Testplatte 3 abgesenkt. Nach der Behandlung wird die Pipettenanordnung 1 angehoben und eine weitere Testplatte gleichen Formats wird positioniert, wie dies auch gemäss dem Stande der Technik durchgeführt wird.
Zur Behandlung der grösseren Testplatte 2 mit der Pipettenanordnung 1 werden diese wie dargestellt positioniert und wird die Pipettenanordnung 1 auf die Testplatte 2 abgesenkt, so dass die Kavitäten des hinteren linken Viertels der Kavitätenanordnung behandelt werden (Position I des Pipettenanordnung). Dann wird die Pipettenanord- nung 1 angehoben und die relative Position von Pipettenanordnung 1 und Testplatte 2 gemäss Pfeil A (Format-kompensierende Verschiebung) verschoben, so dass beim nächsten Absenken das hintere, rechte Viertel der Kavitätenanordnung behandelt werden kann (Position II der Pipettenanordnung). Durch weitere, entsprechende Verschiebungen gemäss Pfeilen B und C werden auch das vordere rechte und das vorde- re linke Viertel der Kavitätenanordnung behandelbar (Positionen III und IV der Pipettenanordnung) und durch eine Verschiebung gemäss Pfeil D wird für die Behandlung einer nächsten gleichen Testplatte wieder der Anfangszustand erstellt (Position I der Pipettenanordnung). Dabei ist offensichtlich die Reihenfolge der Formatkompensierenden Verschiebungs schritte nicht relevant.
Wenn die Pipettenanordnung 1 ein Rastermass aufweist, das doppelt so gross ist wie das Rastermass der Kavitätenanordnung der grösseren und/oder der kleineren Testplatte 2 und 3 sind in jeder Position I, II, III und IV der Pipettenanordnung auch Ra- ster-kompensierende Verschiebungen notwendig, die in der Figur mit der weiteren Pfeilgruppe E angedeutet sind und die für eine Behandlung der grösseren Testplatte 2 den Format-kompensierenden Verschiebungen A, B, C und D überlagert sind. Die Verschiebungssequenz ist dann beispielsweise wie folgt: vier Raster-kompensierende Verschiebungen E, eine Format-kompensierende Verschiebung A, vier Rasterkompensierende Verschiebungen E, eine Format-kompensierende Verschiebung B und so weiter.
Figur 2 zeigt beispielhafte Testplatten 10, 11 und 12 einer erfindungsgemässen Einrichtung. Es handelt sich dabei um eine grösste Testplatte 10 gemäss SBS-Normen mit 8x12 Kavitäten und einem Rastermass von 9mm, um eine mittlere Testplatte 11 („Viertel-Platte") mit einem Viertel der Kavitätenanordnung gemäss SBS-Normen, also mit wiederum 8x12 Kavitäten und mit einem Rastermass von 4,5mm sowie eine kleinste Testplatte 12 („Viertel- Viertel-Platte") mit einem Sechzehntel der Kavitätenanordnung gemäss SBS-Normen, also wiederum 8x12 Kavitäten, und einem Rastermass von 2,25mm.
Damit alle drei in der Figur 2 dargestellten Testplatten 10, 11 und 12 mit Hilfe der- selben Instrumentenanordnung behandelbar sind, muss die Instrumentenanordnung 2x3 Instrumente mit einem Rastermass von 9mm aufweisen. Für die Behandlung der grössten Testplatte 10 sind nur Format-kompensierende Verschiebungen zwischen Testplatte und Instrumentenanordnung notwendig und für die Behandlung der kleinsten Testplatte 12 nur Raster-kompensierende Verschiebungen, während für die Be- handlung der mittleren Testplatte 11 einander überlagerte Format-kompensierende und Raster-kompensierende Verschiebungen notwendig sind.
Aus der Figur 2 ist auch ersichtlich, dass auch kleinere Testplatten als die „Viertel- Viertel-Platten" denkbar sind, wobei die Instrumentenanordnungen in ihrer Grosse immer an die kleinsten Platten einer Einrichtung anzupassen sind.
Figur 3 zeigt noch eine Testplatte 13 mit einem Viertel einer Kavitätenanordnung gemäss SBS-Normen. Diese Platte 13 bzw. vier aufeinander abgestimmte, solche Platten sind auch mit einer Instrumentenanordnung gemäss SBS-Normen behandelbar, wenn sie entsprechend nebeneinander angeordnet sind. Die Figur zeigt auch Schnitte durch beispielhafte Randbereiche und an Randbereiche grenzende Kavitäten 5 der Testplatte 13. Diese Randbereiche sind entlang von zwei aneinander stossenden Kanten der Testplatte gemäss SBS-Normen (Bezugszeichen 14) ausgebildet, entlang der zwei anderen Kanten fehlt jeglicher Randbereich, derart, dass die Platten aneinander geschoben werden können und der Kavitätenraster sich unverändert von der einen Platte auf die andere fortsetzt.