WO2000049173A2 - Verfahren und probenträgersystem zur trennung und anreicherung von stoffen in situ - Google Patents

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WO2000049173A2
WO2000049173A2 PCT/EP2000/001201 EP0001201W WO0049173A2 WO 2000049173 A2 WO2000049173 A2 WO 2000049173A2 EP 0001201 W EP0001201 W EP 0001201W WO 0049173 A2 WO0049173 A2 WO 0049173A2
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substances
separation
conductive elements
liquid medium
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Jürgen Bernhagen
Elkin Bentsian
Herwig Brunner
Georg Geiger
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    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C12N15/1006Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers

Definitions

  • the invention relates to a method and a device for the selective separation and enrichment of substances in situ.
  • Separation, isolation and disintegration form a unit in most separation processes in biology and medicine.
  • Biological material is disintegrated in order to subsequently enrich, separate or isolate individual substances or groups of substances or compartments.
  • the isolation of substances from a wide variety of biological materials has been practiced for a long time.
  • the chemically uniform compound i.e. the pure substance
  • Separation methods are therefore one of the most important bases for the identification of substances and their application in the entire life science area. Isolation or separation is often a problem depending on the specific insulation task, for example with regard to the purity of the substance to be isolated.
  • the isolation, separation or disintegration of biological material for example organisms, tissues, biological cells, organelles, micelles, viruses etc., generally represents the first step in the analysis or extraction of cell constituents.
  • Disintegration processes are therefore interesting for a variety of processes and have a correspondingly large potential for being marketed profitably as a product.
  • Disintegration processes are prerequisites for the life science 'areas, for example x genomics', x proteomics' and many others. Processes for the disintegration of biological material are not universal, but are very specifically tailored to the respective requirements. The known methods - mechanical or non-mechanical disintegration methods - are toxic, expensive, time-consuming and labor-intensive and are restricted to certain applications.
  • Common separation and isolation processes include filtration, centrifugation, crystallization, distillation, extraction, electrophoresis, chromatography, and magnetism-based processes.
  • Analytical methods are used to detect certain substances in mixtures, while preparative methods are used to enrich or obtain large quantities of a substance that is as pure as possible.
  • Electroporation generally uses one to a maximum of ten electrical impulses (number of impulses) over the respective treatment period.
  • the electropo- ration is generally carried out under mild conditions, for example at room temperature, the maximum physiologically acceptable temperature of the respective target organism or the target cell must not be exceeded or fallen below (US Pat. No. 5,466,587, US Pat. No. 5,545,130, US Pat. No. 5,547,467, U.S. Patent 5,749,847).
  • pulsed electrical fields are also used in some cases, with the cell contents being released in an uncontrolled manner.
  • pulse numbers of more than 20,000 are used, the field strength, just like in electroporation, usually being above the critical voltage (V c ) of 1 volt across the membrane of the cell to be disrupted.
  • V c critical voltage
  • the temperatures used for the digestion of the biological cells are generally quite high, i.e. they are far above the physiologically suitable temperatures, since the aspect of protecting the cells no longer plays a role and, in contrast, the digestion is accelerated by the use of extreme conditions and be completed (U.S. Patent 5,235,905, U.S. Patent 5,447,733, U.S. Patent 5, 393,541).
  • the invention is therefore based on the technical problem of providing a method for separating and disintegrating substances from and / or on biological materials, which renders time-consuming and expensive sample preparation unnecessary and in a single step for selective release and / or separation of the desired one or more Materials on site - that is, in situ - leads; the process is also intended to be a universal, standardized and thus automated separation or disintegration of biological material, for example organisms, tissues, cells, organelles, micelles, viruses etc., coupled with the release of the ingredients.
  • the present invention solves this problem by providing a method for the selective separation of one or more substances from a mixture of substances present in a liquid medium in situ by means of a stationary and a mobile phase, the stationary phase being part of a biological phase present in the liquid medium
  • Materials and the mobile phase is the liquid medium and the biological material in the liquid medium is exposed to pulsed electrical fields with a field strength of up to 200 V / cm.
  • the mixture of substances to be separated can be present in or outside of the biological material, or in both, before the separation, disintegration, isolation or enrichment according to the invention. That is, the mixture of substances can be present directly in the liquid medium or enclosed in the biological material in the liquid medium.
  • one or more desired substances are released from the biological material, enriched in the liquid medium and can then be removed from the biological material by means of conventional methods such as, for example, centrifugation or filtration be separated from other undesirable substances and / or the biological material.
  • one or more substances are enriched in the biological material so that they are removed from the liquid medium outside the biological material and then the liquid medium outside the biological material is separated from the biological material, for example by centrifugation or filtration.
  • the invention therefore provides that one or more substances are cleaned directly in situ with the biological material, the substance or substances being released in situ in a single step and being separated from other undesirable substances.
  • the present procedure thus combines the steps of cell disruption and substance isolation.
  • the biological material in particular its solid components such as cell skeleton and membranes, serves as a kind of stationary phase, while the liquid medium can be regarded as the mobile phase both inside and outside the biological material.
  • the process is characterized by an extraordinary simplicity and speed, whereby a time-consuming sample preparation associated with a high material requirement before the actual separation step is no longer necessary, as is cell digestion.
  • different types of interactions can be exploited to separate or enrich substances at the same time.
  • the method is a method for separating, isolating and / or disintegrating biological Material in an electric field with a field strength up to 200 V / cm.
  • the method can be used in particular for cell disruption with little expenditure of time and material.
  • the method can be used universally and can be used, for example, to separate pharmacologically interesting proteins or to determine multiple equilibria between different substances in biological systems.
  • the term biological material encompasses spatial units, ie compartments, such as cells, in particular human, animal, plant, yeast or bacterial cells, cell aggregates, residues, encased by one or two-layered lipid or lipoprotein layers or parts thereof, cell compartments such as endoplasmic reticulum, plastids, mitochondria or cell nuclei, fused or divided cells, artificial cell systems, liposomes or other multicomponent systems of natural or synthetic origin.
  • the biological material has a solid component, for example cell skeleton and membranes, also referred to as a stationary phase, and a liquid component, for example cytoplasmic liquid.
  • the separation of one or more substances the preferably essentially osmosis or diffusion-driven, targeted change of concentrations of one or more substances in and outside half of the biological material, in particular the separation of one or more substances from other substances, the one or more substances being selected from a selection of substances also present in the liquid medium, that is to say a mixture of substances. Due to the applied electric field, electrophoretic effects can also serve as a driving force for the enrichment or depletion of a substance, or be exploited.
  • the substance or substances to be separated are understood to mean all substances which can be separated by means of the method according to the invention, in particular nucleic acids such as DNA or RNA, in circular or linear form, proteins or peptides, also in derivatized form such as glycoproteins , or carbohydrates, also in derivatized form such as proteoglycans.
  • nucleic acids such as DNA or RNA
  • proteins or peptides also in derivatized form such as glycoproteins , or carbohydrates, also in derivatized form such as proteoglycans.
  • other substances whether of natural or synthetic origin, can also be separated, such as dyes, metabolites, natural substances, synthetic macromolecules and the like.
  • the term substance does not cover the solvent, for example water.
  • enrichment is understood to mean an increase in concentration and de-enrichment a decrease in concentration.
  • disintegration is understood to mean a process that modifies the orderly state of biological material. infected or initiated or accompanied the modification.
  • a cell in particular one without defects, has a high order status, which can be changed, for example, by lysis processes on the cell membrane, in that compartments of the cell diffuse into the solution surrounding it.
  • a method for separation, in particular for selective separation, and / or enrichment can also be a disintegrating method.
  • a liquid medium is understood to mean a preferably aqueous solution, suspension or emulsion.
  • the composition of the liquid medium within the biological material can differ from the composition outside the biological material, for example, as a plasma within a cell and as a physiological saline solution outside the cell.
  • the present invention is based, inter alia, on the use of pulsed electrical fields for the treatment of biological material, the potential difference generated across the membrane of the biological material preferably below the critical voltage, depending on the biological material itself, on the pulse number, pulse shape, duration of treatment and temperature V c lies so that permanent or transient pores are formed in the membrane with different diameters.
  • V c critical see voltage
  • Extracellular substances can get into the biological material, in particular the cell, through the pores formed, conversely, intracellular substances being released. The release or absorption of the substances depends on the strength and nature of the interactions between these substances and between the substances and the biological material, the service life and the diameter of the pores.
  • the biological material including the possibly existing intracellular matrix of the existing membranes and cell walls, for example tubulins, etc. as "cell skeleton" is involved in the separation.
  • the invention provides a method for a chromatographic-like selective separation of substances in situ by means of a stationary and a mobile phase, the stationary phase being part of the biological material and the mobile phase being a liquid medium, and this being in the liquid medium biological material located is exposed to pulsed electrical fields with field strengths of up to 200 V / cm and the substance or substances of interest are released from the biological material, enriched in the liquid medium outside the biological material and separated from the biological material.
  • the invention therefore advantageously provides that the enrichment or separation takes place in situ, that is to say on site, that is to say in and on the biological material containing the substances of interest, without the biological material being disrupted prior to the separation or enrichment.
  • centrifugation processes can be used which can separate the substance or substances from the biological material.
  • it can also be provided according to the invention to carry out the separation of the biological material from the liquid medium present outside the biological material by filtration, crystallization, extraction, electrophoresis, chromatography or by means of similar processes.
  • the implementation of the in situ separation method according to the invention presupposes the optimization of the various parameters influencing the separation performance, such as the field strength, the number of pulses, the pulse shape, the duration of the treatment, the temperature, the solution, the type of biological material, etc., for each insulation task to be carried out .
  • the invention provides for disintegrating biological material in a sample carrier system, the sample carrier system comprising at least one non-conductive element and at least two conductive elements, a voltage being applied to the conductive elements and the biological material in one electrical field with a field strength of up to 200 V / cm, in particular in a range of 5 to 50 V / cm, is exposed.
  • the electric field acting on the biological material is homogeneous or inhomogeneous. Disintegration or separation preferably takes place organisms, cells or compartments in an inhomogeneous electric field.
  • the electric field line density is locally increased.
  • the disintegration or separation, in particular selective separation of biological material advantageously takes place in an inhomogeneous electrical field in which, for example, the electrical field line density can be increased locally.
  • the number of electrical pulses is over 10.
  • the number of impulses can be determined by the product of treatment duration and frequency.
  • the treatment time can be between a few seconds and a few hours.
  • the frequencies used should be between a few Hz and several GHz.
  • the maximum pulse duration can be limited accordingly by the selected frequency.
  • the pulse duration can be a few nanoseconds, but can advantageously also be in the minute range.
  • the pulsed electrical fields used can have different pulse shapes. For example, exponential or sinusoidal pulse shapes as well as rectangular pulses and / or triangular pulses can be used. It is also advantageous that the voltage of the individual pulse fluctuates in itself, for example sinusoidally. Conveniently, at Use of DC voltage pulses, the pulses are reversed continuously or at time intervals, so that AC voltage pulses can be applied. A superimposition of direct and alternating voltage is also advantageously possible in order to achieve optimal enrichment, separation and / or disintegration.
  • pulse shapes and / or pulse intensities that is to say voltage levels and pulse duration
  • three-phase current that is to say three-phase rotary current
  • sinusoidal AC voltages with a phase difference of 120 ° or 240 ° can be generated.
  • the invention provides for pulse numbers, that is to say pulses per treatment duration of at least 15, preferably from 15 to 19,000, in particular from 5,000 to 12,000.
  • the field strength of the pulses is far below the critical voltage V c , which lies above the membrane or cell wall of the biological material, for example the cell or the liposome.
  • a field strength of the pulses can also be provided which is above the critical voltage V c which is above the Membrane or cell wall of the biological material.
  • the field strength of the pulses is preferably 0 to 200 V / cm, 0.001 to 200 V / cm, 0.01 to 200 V / cm, 20 to 60 V / cm and in particular 30 to 50 V / cm.
  • a second pulse of lower field strength follow a pulse of high electric field strength in order to support electrophoretic effects.
  • the pulses can advantageously be superimposed by means of DC voltage.
  • the invention provides for the chromatographic separation to be carried out at temperatures between -30 and +90 ° C., in particular 50 to 55 ° C.
  • temperatures are preferred which, given the general conditions, are below the temperatures leading to cell disruption and above or below the physiological, that is to say naturally present, temperatures of the biological material.
  • the invention advantageously provides for the disintegration to be carried out at temperatures between 0 and 100 ° C., in particular between 20 and 80 ° C.
  • the invention provides that the treatment period within which the separation is carried out by using pulsed electrical fields is a few seconds, for example 2 to 6 seconds, until hours, for example 3 to 5 hours.
  • the invention provides that the frequency of the pulses is 0.01 Hz to 40 GHz.
  • the invention provides in a further preferred embodiment that the pulse duration is 25 ps to 50 min, in particular 15 ⁇ s.
  • hypoosmolar media are usually used, the conductivity of which is as low as possible. This minimizes electrolytic effects, changes in pH and the release of cytotoxic ions from the electrodes. Since the preservation of the vitality of the cells is the focus of these processes, the composition of the medium is critical. Another reason for using such media in the methods listed is the shape of the cells in hypoosmolar solutions; they round off. This simplifies the calculation of the field strength to be used, which is generally lower for spherical objects in order to reach the critical voltage V c . In addition, the procedures mainly use media that contain optimal potassium concentrations to ensure the vitality of the treated cells.
  • the vitality of the cells is not in the foreground in the in situ separation method according to the invention, preference is given to using isoosmolar media with conductivities which are high compared to the conductivities conventionally used in electroporation, electrophoresis and dielectrophoresis.
  • hypo- or hyper-molar media with comparatively low or high conductivities can also be used. This eliminates the time-consuming "buffering" of the samples in the in-situ separation process.
  • the biological material can be used directly as "raw material”.
  • the conductivity of the medium in the procedure according to the invention, ie the in situ separation process can preferably be from 1 ⁇ S / cm to 2 S / cm, in particular from 5 to 20 mS / cm.
  • Pharmacologically relevant, low molecular weight proteins such as the human macrophage migration inhibitory factor (huMIF) cloned and expressed in E. coli with a relative molecular mass of approx. 12.3 kDa can be purified from corresponding cell suspensions using the in situ separation method according to the invention.
  • the in-situ separation process according to the invention can also be used in the field of bioreactors.
  • the method according to the invention can also be used to determine bond equilibria. the.
  • it is possible to induce pores in liposomes or other biological material with a lifetime and size optimally adapted to the respective equilibrium.
  • This offers the possibility of using the principles of different methods for determining bond equilibria by means of a single method, namely the method according to the invention.
  • liposomes filled with ligands can also be used, and after appropriate permeabilization of these liposomes, the ligands can diffuse freely from the intracellular medium into the extracellular medium until equilibrium is established.
  • the concentration of the ligands in the extracellular medium corresponds to the concentration of the free ligand in the association equilibrium of the intracellular medium.
  • the concentrations of the free and the bound ligand can be determined. It is then possible to determine binding constants while keeping the macromolecule concentration constant at different ligand concentrations.
  • biological cells can also be used instead of liposomes.
  • the invention also relates to the use of pulsed, electrical fields for the selective separation of substances in situ, the substances being enriched either in a liquid medium surrounding a biological material or within the biological material, with pulse numbers of at least preferably being generated during the generation of the pulsed, electrical fields 15, preferably from 15 to 19000, in particular 5000 to 12000, can be used.
  • the samples to be treated are applied to matrices, for example membranes or nonwovens.
  • the matrices can either be in direct contact with the conductive elements or, for example, be separated from the conductive elements via liquid zones.
  • the samples to be treated are not in direct contact with the conductive elements, for example the sample carrier system.
  • the contact can advantageously be interrupted by air, for example in that conductive elements are not immersed in the liquid and / or by sheathing conductive elements with non-conductive elements.
  • certain salts for example chaotropic salts and detergents, enzymes and others, can be used before or during the electrical separation and / or disintegration.
  • salts for example chaotropic salts and detergents, enzymes and others.
  • the combination of a chemical separation, enrichment and / or disintegration with the enrichment, separation and / or disintegration induced or accompanied by electric fields can not only lead to a simple addition of the effects, but also to unexpected and new synergetic effects.
  • Chemicals which change and / or stabilize the specific conductivity of the extracellular phase of the cell membrane and, if appropriate, of the cell interior can advantageously be used. This has an advantageous effect on the potential difference across the cell membrane. This changes, for example, the critical tension across the cell membrane that is necessary to generate pores, discrete lesions and / or ruptures in the cell membrane.
  • Corresponding chemicals which influence and / or modify the fluidity of the cell membranes can also be used. Similar to how the fluidity of the cell membrane is influenced and the value of the critical cell membrane tension is affected in the event of an increase in temperature, chemicals can advantageously also influence the fluidity of the cell membrane, in particular the critical cell membrane tension.
  • chemicals and temperature changes can affect the fluidity of the cell membrane, which affects the value of the critical cell voltage.
  • the chemicals can optionally also have additive, lytic properties.
  • Addition of chemicals to reduce the breakdown of cell contents can advantageously by Addition of chemicals to reduce the breakdown of cell contents.
  • chemical inhibition of nucleases and / or proteases can be advantageous in the production of nucleic acids and / or proteins by electrical cell disruption.
  • other cell constituents such as metabolites, can also be stabilized during and after their release by the electrical cell disruption, in particular during the separation and / or disintegration.
  • the invention also relates to a device which comprises a non-conductive element and at least two conductive elements, in particular electrodes.
  • the non-conductive element is designed as a receiving means and, for example, conductive elements can be connected to the receiving means via a cover such that the sample can be disintegrated in the receiving means.
  • the receiving means comprises a conductive element.
  • the conductive element can have a non-conductive element so that a voltage can be built up, but it is also possible for the receiving means to comprise only a first conductive element and for the second conductive element to be mounted in a cover for the receiving means in such a way that it can be positioned so that it can be operatively connected to the first conductive element designed as a receiving means.
  • the invention also relates to a device for carrying out the method according to the invention, in particular a sample carrier system or an in-situ separating device, this being a preferably essentially box-shaped, in particular cuboid, housing with a base plate, a cover plate, two side walls and two as side walls executed electrodes is executed.
  • the cover plate has at least one opening, it being possible for further openings to be provided in the cover plate and, if appropriate, in the base plate. These openings can each be closed with a filter which serves to separate the separated substance or mixture of substances.
  • the electrodes can be made of aluminum, stainless steel, carbon, platinum, gold or silver or contain these alone or in combination.
  • the sample carrier system according to the invention preferably also comprises a voltage generator, in particular an HVA apparatus ("high voltage apparatus”), a frequency generator and a pulse generator.
  • the metal rods can advantageously be designed as a ball at their end projecting into the sample. Partial or complete insulation of the metal rods or conductive elements of the cover plate of the separating device and / or of the entire separating device and / or of the sample carrier can advantageously be expedient. Separation devices for selective separation and sample carriers for disintegration can advantageously be used for the processes of disintegration, separation and / or isolation. In order to make electrical disintegration arrays compatible with other methods, it is advantageous to use standardized dimensions. It is advantageous, for example, to adapt such an electrical disintegration array or, for example, an individual sample holder to the dimensions of known PCR devices, fluorimeters, spectrophotometers and the like containing sample holders. It is particularly advantageous here to provide transparent areas, for example in the non-conductive elements, in particular in the base plates.
  • FIG. 1 shows schematically the principle on which the invention is based
  • FIG. 2 shows an in situ separating device with an opening in the cover plate in longitudinal section
  • FIG. 3 shows an in-situ separation device with two separate openings in the cover plate in longitudinal section
  • FIG. 4 shows an in situ separating device with an opening in the cover plate and an opening in the base plate, into which a filter is inserted, in a longitudinal section
  • FIG. 5 shows an in-situ separation device with two openings in the cover plate and an opening in the base plate in longitudinal section, an opening in the cover plate and the opening in the base plate being provided with a filter,
  • FIG. 6 shows a cross section through the in situ separation device of FIGS. 2 to 5
  • FIG. 7 shows a cross section through a sample carrier system
  • FIG. 8 shows a cross section through the sample carrier system with a cover
  • FIG. 9 shows a cross section through the sample carrier system with a hydraulic seal
  • FIG. 10 shows a plan view of a chip for the separation and / or disintegration
  • FIG. 11 shows a longitudinal section through sample carrier systems
  • FIG. 12 shows a cross section through individual sample carrier systems
  • FIG. 13 shows a longitudinal section through sample carrier systems, a receiving means comprising conductive elements
  • FIG. 14 shows a longitudinal section through covers for receiving means, these comprising conductive elements
  • FIG. 15 the dependence of the enrichment of a substance on the field strength
  • Figures the dependence of the enrichment of a 16 and 17 substance on the number of impulses
  • Figure 18 shows the dependence of the enrichment of a substance on the duration of treatment
  • Figure 19 shows the dependence of the enrichment of a substance on the separation temperature.
  • FIG. 1 shows a schematic diagram of the sequence of the method according to the invention.
  • An in-situ separation device 12 is shown in two states, the chamber 12 on the left in FIG. 1 being at rest, while the separation device 12 on the right in FIG. 1 is pulsed electrical fields E is exposed.
  • the in situ separating device 12 there is a cell 7 in a liquid medium 5 located outside the cell 7.
  • the cell 7 is composed of the intracellular matrix 9, the liquid medium 10 located within the biological material 7 and the cell wall or cell membrane 8.
  • the stationary phase of the chromatographic system according to the invention is thus formed by the cell membrane 8 and the intracellular matrix 9, while the mobile phase is formed from the liquid medium located inside and outside the biological material 7, the composition of the inside of the biological material medium can be distinguished from that of the medium located outside.
  • the size of the substances S to be separated corresponds to the molecular size of the substances to be separated.
  • the two electrodes 11 of the in situ separating device 12 are also shown.
  • pores 6 are generated in the cell membrane or cell wall 8 of the cells 7 by the influence of pulsed electrical fields E (right chamber).
  • the field strength E is determined from the quotient of the applied voltage and the distance between the electrodes 11 in the in situ separating device 12.
  • the lifespan, number and size of the pores 6 depend, among other things, on the properties of the biological cell 7, their size, shape, structure, the orientation of the cell 7 in the electrical field, the pulsed electrical fields themselves, that is to say the field strength, the number of pulses, the treatment duration of the pulse frequency, the time constant, the pulse duration, the pulse shape, the treatment temperature, the composition of the liquid medium 5, in particular the pH value, the ionic strength, the conductivity, the type of ion, the osmolarity, the concentration of the biological material and, if appropriate, added additive detergents, chaotropes, complexing agents or organic solvents.
  • the chromatographic separation performance of the method according to the invention itself depends on the properties and the resulting interactions of the substances S1, S2, S3, S4 to be separated as well as the stationary and the mobile phase.
  • the relative movement of stationary and mobile phase to one another is responsible for the separation performance of the method according to the invention.
  • the properties of the materials to be separated S1, S2, S3, S4 and the stationary and mobile phase with regard to their ability to enter into electrostatic, hydrophobic, aromatic interactions and H-bridge bonds depends on the composition of the liquid medium 5.
  • the treatment temperature and the properties of the electrical field E used also have an effect.
  • the size of the materials Sl to S4 to be separated is generally independent of these factors.
  • the method according to the invention therefore uses all interactions of the common chromatographic methods such as gel permeation, ion exchange, affinity and hydrophobic interaction chromatography for the separation.
  • composition of the liquid medium inside the biological material 7 and outside of the biological material 7 with regard to osmotic and diffusion-controlled processes is important for the relative movement of stationary versus mobile phase.
  • the invention also utilizes additional electrophoretic effects that occur due to the application of the electric field.
  • the parameters described above influence the speed constant k + of the transition of the substances S1 to S4 from the biological material 7 into the area of the liquid medium 5 located outside the biological material 7.
  • the quotient of k ⁇ and k_ results in an equilibrium distribution K. If the life span of the pores 6 lies below that The apparent equilibrium constant K ap p is present for the duration of the establishment of the equilibrium state.
  • the procedure according to the invention applies to both cases.
  • the mass exchange via the induced pores 6 in the membrane 8 is not limited by their size or shape.
  • the pore diameter and their service life which are defined by the test conditions to be set individually, are used as a molecular sieve.
  • substances also differ in other properties, so that in addition to the separation according to size and shape, other properties of the material are used with the procedure according to the invention.
  • Sl is with the tracellular matrix 9, for example on the cell skeleton or an organelle etc., associated. This substance can therefore not reach the area outside the biological material 7.
  • these changes in concentration are used to separate the substances S2 to S4 from S1, that is to say the selective separation.
  • S2 to S4 can also be separated from one another without a Cell disruption and subsequent cleaning are necessary.
  • the biological material 7, that is to say the stationary phase, together with the liquid medium located in the stationary phase, are separated from the liquid medium located outside the biological material 7, for example by means of centrifugation or filtration .
  • a mixture of S2, S3 and S4 separated from S1 is obtained outside of the biological material 7.
  • FIGS. 2 to 6 represent devices for carrying out the in-situ separation method according to the invention, that is to say sample carrier systems or in-situ separation devices 12.
  • the figures each show the arrangement of the two electrodes 11 with their connections 17 and the electrode spacing 18
  • the voltage, frequency and pulse generators or transmitters used are not shown.
  • the electrode distance 18 in the separating device 12 was 4 mm
  • the electrode material consisted of aluminum
  • the capacitor capacity C was approximately 1.65 nF
  • the resistance of the treatment cell with an E. coli suspension and the HVA apparatus used was approximately 2040 ohms
  • the time constant was approximately 3.4 ⁇ s
  • the pulse shape was designed as an exponential decrease.
  • the exponentially decreasing pulse shape used was generated by a capacitor discharge.
  • the capacitors were electrically charged with a lower current over a longer period of time and with the opposite but always the same current direction, in contrast to the electrical discharge of the capacitors. These electrical discharges generated DC voltage pulses that were crucial for the separation process.
  • rectangular pulses, triangular pulses or sinusoidal pulses can also be used. It is also possible that the voltage of a pulse fluctuates in itself, for example sinusoidally. Furthermore, a constant polarity reversal of the successive pulses is conceivable, so that AC voltage pulses are applied.
  • FIG. 2 shows an in-situ separating device 12 with an opening 15 in the cover plate 13, which is used for Sample entry and sampling is used.
  • the separating device 12 is designed in the shape of a cuboid, the base plate 14 and cover plate 13 of the cuboid being designed as non-conductive elements and two side walls as electrodes 11.
  • the two other side walls 28 and 29 ( Figure 6) are made of non-conductive material.
  • the sample is accordingly transferred to the in-situ separation device 12 and treated with pulsed electric fields E. In this procedure, the sample is centrifuged after its treatment in order to separate the medium located outside the biological material 7 from the medium in the biological material and the biological material itself.
  • this can be done directly with the in situ separating device 12 itself if the in situ separating device 12 has the appropriate dimensions.
  • the supernatant with the desired substance or substances is then removed.
  • the sample can also be centrifuged separately.
  • FIG. 3 essentially shows the same separating device 12 as shown in FIG. 2, but two openings 20 and 21 are provided in the cover plate 13.
  • One opening 20 is used for sample entry, while the other opening 21 is used for sampling.
  • one of the openings 20 or 21 can be used for any pressure compensation that may be required.
  • FIG. 4 shows an in-situ separation device 12 with an opening 15 in the cover plate 13 and an opening 22 in the base plate 14, a filter 23 being arranged in the opening 22.
  • the sample is introduced into the chamber 12 through the opening 15 in the cover plate 13.
  • the pulsed electric field E has been used, the liquid medium located outside the biological material 7 is removed via the filter 23 and the opening 22 in the base plate.
  • the filter 23 it is possible to retain the biological cells and thus the medium in these cells, a continuous separation device without centrifugation and thus a particularly fast and efficient separation process being possible.
  • FIG. 5 essentially shows the in-situ separating device 12 already shown in FIG. 4, but two openings 24, 25 are provided in the cover plate 13, a filter 26 being inserted in the opening 25 and the opening 24 with a cover 50 is lockable.
  • the separation device 12 shown enables the continuous supply of extracellular medium via the opening 25 with the filter 26, with no sample material being introduced into the chamber 12. Rather, the sample can be added separately via the closable opening 24.
  • the liquid medium is removed via a filter 23 which is introduced in the opening 22.
  • FIG. 6 shows a cross section through the chambers of FIGS. 2 to 5, the distance 27 between the side walls 28 and 29 being recognizable.
  • FIG. 7 shows an in-situ separating device 12 designed as a sample carrier system 31, which can be used in particular for disintegration.
  • the sample carrier system comprises at least two conductive elements, for example electrodes 11, which form surfaces arranged parallel to one another, which are designed as a base surface, for example a base plate 14, and a cover plate 13.
  • On the base plate 14 there are at least four vertically arranged side walls 28 and 29 which, together with the base and cover plates 13, 14, form chambers in which the material to be treated can be stored.
  • the electrode spacing 18 can be varied so that the cover plate 13 closes the sample or at least comes into contact with the sample, as a result of which an electrical voltage between the cover plate 13, which can additionally have a bulge projecting into the sample medium, and the base plate 14 via the sample present in liquid medium can be generated.
  • the sample carrier system 31 can be adapted to the conditions of the biological material to be examined and its dimensions. This includes orders of magnitude in the area of microsystem technology and chip technology as well as the currently common carrier systems that are used in laboratories.
  • the sample carrier system 31 - like the in-situ separation device 12 - is made up of conductive elements, the electrodes 11 and non-conductive elements, such as the side walls 28 and 29.
  • the geometry of the sample carrier system can be selected so that, if necessary, both homogeneous and inhomogeneous electric fields are generated can be.
  • the application of the electrical fields takes place via voltage, frequency and pulse generators, which are correspondingly connected to the conductive elements, such as the electrodes 11, of the sample carrier systems 31.
  • conductive elements such as the electrodes 11, of the sample carrier systems 31.
  • FIG. 8 shows a sample carrier system 31, in which it is possible to obtain defined electrode spacings 18 even with sample volumes that are smaller than the volumes of the sample carrier cup 37.
  • the formation of bubbles can be prevented by integrally shaped bulges 33 being integrated into the conductive regions of the cover 35.
  • a convex-shaped tip of the bulge 33 can be advantageous in order to reduce the formation of bubbles, but also, for example, to generate certain forms of electric fields.
  • Bulges 41 with a concave tip are preferably provided with a channel 43 so that possible bubbles can escape.
  • the lowering of the cover 35 leads to the fact that the sample in the liquid medium 5 is displaced laterally through the bulges 33 in the sample holder cup 37.
  • the cross-contamination barriers 39 provide protection against cross-contamination. Furthermore, it can be advantageous to integrate cavities 45 for thermostating the sample carrier systems 31.
  • the cavities 45 can be formed by the side walls 28 and 29 as well as by the electrodes 11 and a closure plate 47. Appropriate connections can be used to provide thermostatted liquids for defined treatment temperatures. It is also advantageously possible to couple non-conductive or preferably conductive elements directly to a thermostat.
  • FIG. 9 shows a sample carrier system 31 with a hydraulic system 49.
  • a hydraulic system 49 In order to be able to build up a certain pressure, which can have an advantageous influence on the electrical disintegration, or to build up a pressure, for example to work in aqueous solutions above 100 ° C. for example advantageous with hydraulic Systems 49 to work that press the cover 35 on the sample cup 37.
  • hydraulic Systems 49 to work that press the cover 35 on the sample cup 37.
  • screw systems are also possible in order to cover the sample carrier system 31. It is advantageous here if the bulges 33 of the cover 35 fit exactly or almost exactly into the sample cup 37 of the sample system 31, so that a closed system is created.
  • guides 50 for example at the upper edge of the sample cup carrier 37, are advantageous.
  • an external hydraulic or screw-like system such a system can also be combined directly with the sample carrier system 31 or with the cover 35, as shown in FIG. 9b.
  • FIG. 10 shows a chip 51 for the electrical disintegration or separation of cells, for example.
  • the chip 51 can be constructed in such a way that a matrix of digestion units 55 can be integrated into its base area 53, which can be a few square millimeters in size but also square centimeters.
  • the digestion units 55 can be constructed from conductive elements 57 and non-conductive elements 59, in the center of which an interior space 61 is provided for the sample application.
  • other methods such as hybridization can also be carried out on the chips 51, for example.
  • the conductive elements 57 and non-conductive elements 59 forming the interiors 61 do not have to be present as a matrix. gene, they can also be designed as individual sample carrier systems 31.
  • the conductive elements 57 are separated from one another by non-conductive elements 59.
  • the conductive elements 57 can also be coated with a non-conductive layer at positions where they come into contact with the liquid medium 5.
  • the dimensions in terms of height, as well as inner and outer dimensions, are variable.
  • the dimensions of the conductive elements 57 and the non-conductive elements 59 are likewise variable.
  • other, for example oval, rectangular, triangular geometric cross sections are of course also conceivable. Where circular or oval or ellipsoidal shapes form inhomogeneous electric fields in which the electric field line density is locally increased, these configurations are therefore to be used advantageously.
  • conductive elements 57 must be present for three phases. This can be achieved, for example, by a hexagonal horizontal cross section with conductive and non-conductive elements.
  • FIG. 11 shows a longitudinal section through sample carrier systems 31.
  • the sample carrier systems are designed as container-like receiving means 60.
  • FIG. 11a shows a receiving means 60 with a rectangular cross section.
  • the side walls 28 and 29 are aligned almost parallel to one another or as a truncated cone tapering towards the bottom.
  • the side walls 28 and 29 are designed as conductive elements 57.
  • the closure plate 61 which seals the receiving means 60 downward, is designed as a non-conductive element.
  • the 11 b shows a receiving means 60 which has a cover 35.
  • the receiving means 60 shows a frustoconical shape tapering towards the bottom.
  • the side walls 28 and 29 are designed as conductive elements 57.
  • the closure plate 61 has an almost semicircular shape in cross section.
  • the end plate 61 is designed as a non-conductive element 59.
  • the cover 35 has a hinge 63 which connects the cover 35 and the receiving means 60.
  • the cover 35 also has a seal 65, which is designed as an inner circumferential wall on the side facing the receiving means. The diameter of the circumferential wall of the seal 65 is selected such that it closes the inner surfaces 67 of the receiving means 60 in such a way that very little or no material can escape.
  • FIG. 12 shows a cross section through individual sample carrier systems 31.
  • the sample carrier systems 31 each have alternating cross-sections of conductive elements 57 and non-conductive elements 59.
  • FIG. 12a shows a receiving means 60 with a round cross section.
  • the conductive elements 57 and the non-conductive elements 59 are arranged opposite one another.
  • FIG. 12b shows a sample carrier system 31 with a square cross section. The respective opposite sides form the non-conductive elements 60 and the conductive elements 57, respectively.
  • FIG. 12 c shows a sample carrier system 31 with a hexagonal horizontal cross section.
  • the sample carrier system 31 shown is suitable for the use of three-phase current.
  • the conductive elements 57 alternate with the non-conductive elements 60 all around the edge.
  • the arrangement of the conductive elements 57 takes place in such a way that phase 1 69 lies opposite one another.
  • Phases 2 71 and phases 3 73 are also arranged so that they are formed opposite one another.
  • the conductive elements 57 can be designed in such a way that they are embedded in the wall 75 or form the wall 75, non-conductive elements 69 being arranged alternately in the wall 75.
  • FIG. 13 shows a longitudinal section through sample carrier systems, with receiving means comprising conductive elements.
  • FIGS. 13a to 13d show cross sections of sample carrier systems 31 in which the entire receiving means 60 is designed as a conductive element 57 or at least one conductive element 57 per receiving means 60 having.
  • the receiving means 60 shown in longitudinal section can represent, for example, a section of a modified microplate system.
  • FIG. 13 a shows a sample carrier system 31 made up of a plurality of receiving means 60 arranged one next to the other and a cover 35.
  • the receiving means 60 are designed throughout as a conductive element 57.
  • conductive elements 57 in the form of rods 77 are attached such that the rods 77 penetrate the cover 35 vertically and protrude into the receiving means 60.
  • FIG. 13 b shows a vertical cross section through a sample carrier system 31, in which the receiving means 60 is not designed continuously as a conductive element 57.
  • the sample cups 37 are connected by non-conductive webs 79.
  • FIG. 13 b furthermore shows that the sample cups 37 designed as conductive elements 57 can be insulated on the inside with a layer 81.
  • This layer 81 can be attached to the inner walls of the side walls 28 or 29 or to the closure plate 61 on the side which points into the sample holder cup 37.
  • the conductive element 57 can also be designed in the form of a conductive membrane 83.
  • the conductive membrane 83 forms the end of the receiving means 60, for example in the form of the closure plate 61.
  • means 60 which are designed with the exception of the closure plate 61 as non-conductive elements 59; the closure plate 61 is designed as a conductive element 57.
  • the closure plate 61 can be flat, concave or convex.
  • FIG. 13d shows a sample carrier system 31 in which the side walls 28, 29 each form the conductive elements 57.
  • the bottom of the respective sample cup 37 is designed in the same way as the webs 79 as a non-conductive element 59; the closure plate 61 can also be designed as a non-conductive membrane 85. Due to this form of arrangement, conductive elements 57 and non-conductive elements 59 are alternately positioned in the sample carrier system 31. A biological sample located in the sample cup 37 could be disintegrated through the side walls 28, 29 designed as conductive elements 57.
  • the vertical cross section shown can be a section of a modified microplate system.
  • FIG. 14 shows a longitudinal section through covers 35 which comprise conductive elements 57.
  • the conductive elements 57 are each introduced vertically into the cover 35.
  • the conductive elements 57 are designed as rods 77.
  • the rods 77 penetrate the cover 35 vertically. It can be provided, for example, that the covers 35 are used as covers for microplates or for modified microplates, as are shown in detail in FIG.
  • the rods 77, which are designed as conductive elements 57, are each mounted in the covers in such a way that their longer end in the direction of the possible union means 60.
  • the end of the rods 77 protruding into the solution can be spherical or, for example, a T-shape.
  • T-shaped here means that a cross bar, which has a shorter length than the bar 77, is attached to the end of the bar 77 that can protrude into the sample, for example at an angle of 90 °.
  • FIG. 14a shows the detail from a cover 35, into which rods 77 are inserted.
  • the rods 77 designed as cylindrical metal rods additionally have conductive plates 87 in the cover 35.
  • the rods 77 can be enclosed by an insulation 89 in the part facing the sample.
  • the insulation 89 is in this case attached in such a way that it also insulates the conductive plate 87 on the side facing the receiving means 60.
  • FIG. 14 b shows conductive elements 57 which are connected to one another via non-conductive elements 59 and can be part of a cover 35, for example for receiving means 60.
  • the conductive elements 57 are designed as rods 77, for example in the form of metal rods which are round in cross section. However, the horizontal cross section of these metal bars can also be rectangular or polygon.
  • the rods 77 designed as metal rods have T-shaped ends 91 at their lower end, which points in the direction of the receiving means 60.
  • FIG. 14 c shows the composite of conductive elements 57 and non-conductive elements 59 shown in FIG. 14 b, the conductive elements 57 partially having insulation 89.
  • the insulation 89 surrounds the rods 77 in such a way that the rods 77 protrude from the insulation 89 on the upward side and the T- in the downward side shaped end 91 is exposed, so is not enclosed by insulation 89.
  • the composite shown in Figure 14c for example as part of a cover 35, has no conductive plate 57.
  • Figure 14c shows a cover 35 into which rods 77 and conductive plates 87 are embedded.
  • the rods 77 for example in the form of cylindrical metal rods, have balls 93 at their lower, longer end, that is to say the part of the rods 77 which projects into the receiving means 60 ends in a spherical configuration.
  • the balls 93 can have the same diameter or different diameters for all rods 77.
  • the composites of conductive elements 57 and non-conductive elements 59 shown in FIG. 14 can be part of a cover 35.
  • This cover 35 can cover, for example, microplates known in the prior art, with at least two conductive elements 57 having to be operatively connected for disintegration per well.
  • the cover 35 can be applied to a sample carrier system 31 such that each individual rod 77 formed in the cover 35 projects into a single receiving means 60, for example a sample holder cup 37. In this case, sample holder cups 37 and conductive elements 47 would be operatively connected.
  • the cover plate 35 with the rods 77 arranged in it be inserted in such a way that a plurality of rods 77 are each operably connected in one and the same sample holder cup 37.
  • the disintegration by means of electrical voltage could take place between the individual rods 77.
  • E. coli cell suspension with a cell concentration between one to ten times 10 9 CFU / ml (colony-forming units) of E. coli strain DH5 ⁇ (with the pETllb high copy plasmid and MIF insert, macrophage) was placed in a separating device 12 according to FIG Migration inhibitory factor) treated with pulsed electrical fields.
  • the E. coli cells were in PBS / EDTA solution with a pH of 7.4.
  • the DNA concentration of the crude extracts was determined in microtiter plates with the fluorescent dye SYBR-Green I (Molecular Probes) using a gel documentation system. For this purpose 50 ⁇ l of a DNA calibration series (0.3 to 5 ⁇ g / ml) in aqueous solution or the respective crude extracts with 200 ⁇ l 5000 times in 10 mM Tris / HCl; 1 mM EDTA solution, pH 7.5 diluted SYBR-Green I mixed. After five minutes, the fluorescence of the samples was determined via the pixel density with excitations of 254 and 365 nm. The Image Tool program was used for this.
  • the protein concentration of the crude extracts was carried out using the BioRad protein assay, which is based on the Bradford protein detection.
  • the BioRad protein reagent concentrate diluted 5 times with water, was used as the reagent solution.
  • the protein solutions were mixed with the reagent solution in a ratio of 1: 4. This corresponds to a micro assay test solution.
  • BSA was dissolved in water and diluted accordingly for the sample solution. After incubation at room temperature for at least 10 minutes, the absorption of the samples at a wavelength of 590 nm was determined using a microtiter plate reader.
  • the separation efficiency of the method according to the invention was therefore determined by determining the protein and DNA concentration of the crude extracts.
  • the value of the lowest variable parameter protein or DNA concentration
  • the ratio of the percentage values of extracellular proteins and extracellular DNA was calculated on the basis of the maximum values.
  • the ratio of the zero values was set to one. This corresponds to the enrichment of proteins against DNA in the liquid medium outside of the biological material. Since certain proteins, mainly due to their size, pass from intracellular to extracellular medium through small pores, DNA, especially genomic DNA, but predominantly only enters the extracellular medium with completely lysed cells, the enrichment also reflects the degree of cell disruption. Cell disruption is of course not desirable in the procedure according to the invention due to a lack of selectivity.
  • the aim was to separate the protein from the DNA, that is to say that protein enrichment in the liquid medium located outside the biological material, that is to say the cells, is desired.
  • the higher the enrichment value for extracellular protein the more protein got out of the cell into the surrounding medium and the more DNA remained in the cell, which, as it were, reflects a low degree of cell disruption.
  • the influence of the treatment temperature was also shown.
  • FIG. 15 shows the dependence of the extracellular protein enrichment on the field strength used.
  • I pulse number 18,000 with a treatment time of 60 minutes, a frequency of 5 Hz and a temperature of 25 ° C, field strengths of 10; 30; 40; 60 V / cm used.
  • a field strength of approximately 7 kV / cm would have been necessary to reach the critical voltage V c .
  • the field strengths used were thus far below the critical voltage V c .
  • a particularly good accumulation of protein in the medium outside the biological material was achieved.
  • this optimal field strength range also depends on the parameters, number of impulses, duration of treatment, frequency, temperature, solution and the biological material itself.
  • FIGS. 16 and 17 relate to the dependence of the extracellular protein enrichment on the pulse number. Since the number of pulses represents the product of treatment duration and frequency, two analyzes, shown in FIGS. 16 and 17, were carried out.
  • the frequency of the pulses was varied with a constant treatment duration, with pulse numbers of 900/9000/18000 and 90000; Frequencies of 0.5 / 5/25 and 50 Hz; a treatment time of 30 minutes; a field strength of 10 V / cm and a temperature of 25 ° C were used. It can be seen from FIG. 16 that under these conditions, in particular with a pulse number of 9000, a particularly good accumulation of protein outside of the biological material in the liquid medium could be achieved.
  • the treatment time was varied at a constant frequency, with pulse numbers of 1500/9000/18000; Treatment times of 5/30 and 60 minutes; a frequency of 5 Hz; a field strength of 40 V / cm and a temperature of 25 ° C were used.
  • FIG. 18 shows the dependence of the extracellular enrichment of protein against DNA with a constant pulse number as a function of the treatment time.
  • Treatment times of 0 / 3.3 / 6.7 / 33.3 and 66.7 minutes were shown; Frequencies of 0 / 2.5 / 5/25 and 50 Hz; a pulse count of 10,000; a field strength of 40 V / cm and a temperature of 25 ° C are selected.
  • treatment times of up to 10 minutes were particularly favorable in order to achieve an enrichment of proteins against DNA.
  • Direct effects of the frequency with regard to the induction of pores only make themselves felt noticeable in frequency orders that influence the pulse shape.
  • An increased frequency in the present exemplary embodiments only had an effect on the maximum achievable field strength in the apparatus used.
  • FIG. 19 illustrates the separation properties of the present method as a function of the temperature.
  • the parameters were selected as follows: temperature 10/30/45/55/50/65 ° C, field strength 24 V / cm; Number of pulses 18000, duration of treatment 6 minutes and frequency 50 Hz.
  • the optimum temperature for the separation of proteins and DNA investigated by way of example is, at approx. 50 ° C., significantly higher than the ambient temperatures that would be used in an electroporation of E. coli. In this system the cells should preferably be disrupted at temperatures above 70 ° C.
  • the optimum temperature of the in situ separation method according to the invention also depends on the parameters field strength, number of pulses, frequency, duration of treatment, solution and biological material itself. It is clear from the available data that substances are separated, in particular according to the principle of a molecular sieve, that is, according to their size. Substances whose size does not allow passage through the pores induced according to the invention are retained. Smaller, low molecular weight substances, on the other hand, pass through the pores into the medium outside the biological material.

Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren und eine Vorrichtung für die Auftrennung von Stoffen aus oder in biologischen Materialien.

Description

Verfahren und Probenträgersystem zur Trennung und Anreicherung von Stoffen in situ
Beschreibung
Die Erfindung betrifft ein Verfahren und eine Vorrichtung zur selektiven Trennung und Anreicherung von Stoffen in situ.
Trennung, Isolation und Desintegration bilden bei den meisten Separations-Verfahren in Biologie und Medizin eine Einheit. Biologisches Material wird desintegriert, um im Folgenden einzelne Stoffe oder Stoffgruppen beziehungsweise Kompartimente anzureichern, zu separieren oder zu isolieren.
Die Isolierung von Stoffen aus den unterschiedlichsten biologischen Materialien wird seit langer Zeit praktiziert. Zur eindeutigen Charakterisierung ebenso wie zur Anwendung in unterschiedlichen Bereichen, wie beispielsweise der Pharmazie oder Medizin, ist in den meisten Fällen die chemisch einheitliche Verbindung, also der reine Stoff, Voraussetzung. Im gesamten life science Bereich stellen Trennmethoden daher eine der wichtigsten Grundlagen zur Identifizierung von Stoffen und deren Anwendung dar. Die Isolierung beziehungsweise Trennung stellt dabei häufig, je nach konkreter Isolierungsaufgabe, beispielsweise hinsichtlich der Reinheit des zu i- solierenden Stoffes, ein Problem dar. Die Isolierung, Trennung oder Desintegration von biologischem Material, zum Beispiel Organismen, Gewebe, biologischen Zellen, Organellen, Micellen, Viren etc., stellt in der Regel den ersten Schritt bei der Analyse oder Gewinnung von Zellinhaltsstof- fen dar. Bei solchen Inhaltsstoffen kann es sich zum Beispiel um Nucleinsäuren, Proteine, Metaboli- te, Farbstoffe etc. handeln. Da die Qualität aller nachfolgenden Schritte von der Desintegration des biologischen Materials bestimmt wird, kommt der Desintegration eine Schlüsselstellung zu. Neue Desintegrationsmethoden sind daher für eine Vielzahl von Verfahren interessant und besitzen ein entsprechend großes Potential, um als Produkt gewinnbringend vermarktet zu werden. Desintegrationsverfahren sind, wie auch vorstehend für die Trennverfahren dargelegt, Voraussetzungen für die life science' Bereiche, beispielsweise xgenomics' , xproteomics' und viele andere. Verfahren zur Desintegration von biologischem Material sind nicht universell, sondern sehr spezifisch auf die jeweiligen Anforderungen ausgerichtet. Die bekannten Verfahren - mechanischen beziehungsweise nichtmechanischen Desintegrationsverfahren - sind toxisch, teuer, zeitaufwendig und arbeitsintensiv sowie auf bestimmte Applikationen beschränkt. Außerdem besteht ein hohes Risiko einer Querkontamination, die einen sehr großen Einfluss auf die Qualität aller nachfolgenden Pro- zessschritte ausübt, vor allem bei empfindlichen Nachweisverfahren, wie beispielsweise den PCR- basierten Nucleinsäurenachweismethoden. Des weiteren ist bei den bekannten mechanischen Verfahren eine Standardisierung und Automatisierung erschwert oder eine Kombination mit Trenn- und Isolationsverfahren kaum möglich.
Zu den gängigen Trenn- und Isolationsverfahren verfahren zählen die Filtration, die Zentrifugation, die Kristallisation, die Destillation, die Extraktion, die Elektrophorese, die Chromatographie und auf Magnetismus beruhende Verfahren.
Schließlich wird zwischen analytischen und präpara- tiven Verfahren unterschieden. Analytische Methoden dienen dem Nachweis von bestimmten Stoffen in Gemischen, während präparative Verfahren zur Anreicherung oder Gewinnung größerer Mengen eines möglichst reinen Stoffes eingesetzt werden.
Der Einsatz gepulster, elektrischer Felder für Trennzwecke ist bisher nicht bekannt.
Bekannt ist vielmehr, im Rahmen der Elektroporation derartige Felder einzusetzen (Prausnitz, M.R. et al., in Biophysical Journal 66 (1994), 1522-1530, US-Patent 5,019,034, US-Patent 5,273,525, US-Patent 5,304,120, US-Patent 5,389,069, US-Patent 5,422,272). Bei der Elektroporation werden über den jeweiligen Behandlungszeitraum in der Regel ein bis maximal zehn elektrische Impulse (Impulszahl) eingesetzt. In Abhängigkeit der Pulsfrequenz liegt die Behandlungsdauer maximal im Sekundenbereich, wobei die Feldstärke der Impulse so gewählt ist, dass die kritische Spannung (Vc, gleich etwa 1 Volt) über der Membran der zur elektroporierenden Zelle überschritten wird (bei kugelförmigen Objekten gilt: v = 3/2 E0r mit r gleich Zellradius) . Die Elektropo- ration wird im allgemeinen unter schonenden Bedingungen, das heißt beispielsweise bei Raumtemperatur, durchgeführt, wobei die maximal physiologisch akzeptable Temperatur des jeweiligen Zielorganismus oder der Zielzelle nicht überschritten oder unterschritten werden darf (US-Patent 5,466,587, US- Patent 5,545,130, US-Patent 5,547,467, US-Patent 5,749, 847) .
Ähnliche Bedingungen werden bei der Zellfusion eingesetzt, wobei auch hier im Vordergrund steht, möglichst schonende Bedingungen zu wählen, um eine hohe Erfolgsrate bei der angestrebten Fusion zu erreichen ("Electroporation and Electrofusion" in: Cell Biology, Plenum Press, New York und London (1989), Herausgeber: Neumann, E., Sowers, A.E. und Jordan, CA. ) .
Schließlich wird für den Komplettaufschluss von biologischen Zellen ebenfalls in manchen Fällen mit gepulsten elektrischen Feldern gearbeitet, wobei die Zellinhaltstoffe unkontrolliert freigesetzt werden. Dabei werden im allgemeinen Impulszahlen von über 20000 eingesetzt, wobei die Feldstärke e- benso wie bei der Elektroporation üblicherweise ü- ber der kritischen Spannung (Vc) von 1 Volt über der Membran der aufzuschließenden Zelle liegt. Die eingesetzten Temperaturen für den Aufschluss der biologischen Zellen sind im allgemeinen recht hoch, das heißt liegen weit über den physiologisch geeigneten Temperaturen, da der Aspekt der Schonung der Zellen keine Rolle mehr spielt und, im Gegensatz dazu, der Aufschluss durch den Einsatz extremer Bedingungen beschleunigt und vervollständigt werden soll (US-Patent 5,235,905, US-Patent 5,447,733, US- Patent 5, 393,541) .
Es ist bisher nicht bekannt, mittels der herkömmlichen Verfahren biologisches Material zu separieren, zu trennen, zu desintegrieren und Stoffe freizusetzen und unmittelbar anzureichern oder zu isolieren, beziehungsweise zu reinigen. Herkömmlichen Verfahren, insbesondere Trennverfahren, geht im allgemeinen eine zeitaufwendige und teure Probenvorbereitung nach dem Zellaufschluss oder der Aufbereitung, insbesondere der Separation und/oder Desintegration, des biologischen Materials voraus. So wird das biologische Material häufig zunächst homogenisiert und aufgeschlossen, um dann weiteren Verarbeitungsschritten und schließlich dem Trennverfahren zugeführt zu werden. Nur in Ausnahmefällen kann das Ho- mogenat direkt einem Trennverfahren unterzogen werden. Üblicherweise wird das Homogenat jedoch anschließend zentrifugiert und der Überstand als Rohextrakt einem Trennverfahren unterzogen, wobei zuvor der pH-Wert, die Ionenstärke und andere Parameter eingestellt werden müssen.
Der Erfindung liegt also das technische Problem zugrunde, ein Verfahren zur Trennung und Desintegration von Stoffen aus und/oder an biologischen Materialien bereitzustellen, das eine zeitaufwendige und teuere Probenvorbereitung unnötig macht und in einem einzigen Arbeitsschritt zur selektiven Freisetzung und/oder Abtrennung des oder der erwünschten Stoffe vor Ort - das heißt in situ - führt; weiterhin soll das Verfahren eine universelle, standardisierte und damit automatisierte Trennung beziehungsweise Desintegration von biologischem Material, zum Beispiel Organismen, Gewebe, Zellen, Organellen, Micellen, Viren etc., gekoppelt mit der Freisetzung der Inhaltstoffe, ermöglichen.
Die vorliegende Erfindung löst dieses Problem, indem ein Verfahren zur selektiven Auftrennung von einem oder mehreren Stoffen aus einem in einem flüssigen Medium vorhandenen Stoffgemisch in situ mittels einer stationären und einer mobilen Phase bereitgestellt wird, wobei die stationäre Phase Bestandteil eines in dem flüssigen Medium befindlichen biologischen Materials und die mobile Phase das flüssige Medium ist und wobei das in dem flüssigen Medium befindliche biologische Material gepulsten elektrischen Feldern mit einer Feldstärke bis 200 V/cm ausgesetzt wird. Das aufzutrennende Stoffgemisch kann vor der erfindungsgemäßen Abtrennung, Desintegration, Isolierung oder Anreicherung in dem oder außerhalb des biologischen Materials vorhanden sein, oder auch in beidem. Das heißt, das Stoffgemisch kann direkt in dem flüssigen Medium oder eingeschlossen in dem biologischen Material im flüssigen Medium vorhanden sein. In bevorzugter Weise werden dabei, das heißt während und/oder nach der Behandlung mit den gepulsten, elektrischen Feldern ein oder mehrere erwünschte Stoffe aus dem biologischen Material freigesetzt, im flüssigen Medium angereichert und können dann vom biologischen Material mittels herkömmlicher Verfahren wie beispielsweise Zentrifugation oder Filtration von anderen, unerwünschten Stoffen und/oder dem biologischen Material abgetrennt werden. In einer weiteren bevorzugten, alternativen Ausführungsform der Er- findung werden ein oder mehrere Stoffe im biologischen Material angereichert, damit dem flüssigen Medium außerhalb des biologischen Materials entzogen und anschließend das flüssige Medium außerhalb des biologischen Materials von dem biologischen Material abgetrennt, beispielsweise durch Zentrifuga- tion oder Filtration.
Die Erfindung sieht in bevorzugter Ausführungsform also vor, dass direkt in situ mit dem biologischen Material eine Reinigung von einem oder mehreren Stoffen durchgeführt wird, wobei der oder die Stoffe in einem einzigen Schritt in situ freigesetzt und von anderen unerwünschten Stoffen getrennt werden. Die vorliegende Verfahrensweise vereinigt in bevorzugter Ausführungsform also die Schritte des Zellaufschlusses und der Stoffisolierung. Dabei dient das biologische Material, insbesondere dessen feste Bestandteile wie Zellskelett und Membranen, als eine Art stationäre Phase, während das flüssige Medium sowohl innerhalb als auch außerhalb des biologischen Materials als die mobile Phase aufgefasst werden kann. Das Verfahren zeichnet sich durch eine außergewöhnliche Einfachheit und Schnelligkeit aus, wobei eine zeitaufwendige mit einem hohen Materialbedarf verbundene Probenvorbereitung vor dem eigentlichen Trennschritt ebenso wenig wie ein Zellaufschluss nicht mehr notwendig sind. In Abhängigkeit des biologischen Materials können verschiedene Arten von Wechselwirkungen zur Trennung oder Anreicherung von Stoffen gleichzeitig ausgenutzt werden.
Das Verfahren ist ein Verfahren zur Separation, I- solation und/oder Desintegration von biologischem Material in einem elektrischen Feld mit einer Feldstärke bis 200 V/cm. Das Verfahren kann insbesondere zum Zellaufschluss mit geringem Zeit- und Materialaufwand genutzt werden.
Das Verfahren ist universell einsetzbar und kann beispielsweise zur Abtrennung pharmakologisch interessanter Proteine oder zur Bestimmung multipler Gleichgewichte zwischen verschiedenen Stoffen in biologischen Systemen verwendet werden.
Im Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung werden unter dem Begriff biologisches Material von ein- oder zweischichtig aufgebauten Lipid- oder Li- poproteinschichten umhüllte räumliche Einheiten, also Kompartimente, wie Zellen, insbesondere menschliche, tierische, pflanzliche, Hefe- oder bakterielle Zellen, Zellaggregate, Reste oder Teile davon, Zellkompartimente wie Endoplasmatisches Re- ticulum, Piastiden, Mitochondrien oder Zellkerne, fusionierte oder in Teilung befindliche Zellen, künstliche Zellsysteme, Liposomen oder andere Mehrkomponentensysteme natürlichen oder synthetischen Ursprungs verstanden. Das biologische Material weist einen festen Bestandteil, zum Beispiel Zellskelett und Membranen, auch als stationäre Phase bezeichnet, und einen flüssigen Bestandteil, zum Beispiel cytoplasmatische Flüssigkeit, auf.
Im Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung wird unter dem Auftrennen eines oder mehrerer Stoffe das, vorzugsweise im wesentlichen Osmose- oder Dif- fusions-getriebene, gezielte Verändern von Konzentrationen eines oder mehrerer Stoffe in und außer- halb des biologischen Materials, insbesondere das Separieren eines oder mehrerer Stoffe von anderen Stoffen, verstanden, wobei der eine oder die mehreren Stoffe aus einer Auswahl ebenfalls in dem flüssigen Medium vorhandener Stoffe, also einem Stoffgemisch, selektiert wird/werden. Durch das anliegende elektrische Feld können auch elektrophoreti- sche Effekte als Antriebskraft für eine An- oder Abreicherung eines Stoffes dienen, beziehungsweise ausgenutzt werden.
Im Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung werden unter dem oder den aufzutrennenden Stoffen sämtliche, mittels des erfindungsgemäßen Verfahrens auftrennbaren Stoffe verstanden, insbesondere Nuc- leinsäuren wie DNA oder RNA, in zirkulärer oder linearer Form, Proteine oder Peptide, auch in deriva- tisierter Form wie Glycoproteine, oder Kohlenhydrate, auch in derivatisierter Form wie Proteoglycane. Selbstverständlich können auch weitere Stoffe, seien sie natürlichen oder synthetischen Ursprungs aufgetrennt werden, wie Farbstoffe, Metaboliten, Naturstoffe, synthetische Makromoleküle und ähnliches. Der Begriff Stoff erfasst zum Beispiel nicht das Lösungsmittel, zum Beispiel Wasser.
Im Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung wird unter Anreichern eine Konzentrationserhöhung und Entreichern eine Konzentrationsverminderung verstanden.
Im Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung wird unter Desintegration ein Prozess verstanden, der den Ordnungszustand von biologischem Material modi- fiziert oder die Modifizierung initiiert oder begleitet. Eine Zelle, insbesondere eine ohne Defekte, weist einen hohen Ordnungszustand auf, der beispielsweise durch Lysevorgänge an der Zellmembran verändert werden kann, indem Kompartimente der Zelle in die sie umgebende Lösung diffundieren. Im Sinne der Erfindung kann ein Verfahren zur Trennung, insbesondere zur selektriven Trennung, und/oder Anreicherung auch ein desintegrierendes Verfahren sein.
Im Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung wird unter flüssigem Medium eine vorzugsweise wässrige Lösung, Suspension oder Emulsion verstanden. Das flüssige Medium kann innerhalb des biologischen Materials in seiner Zusammensetzung von der Zusammensetzung außerhalb des biologischen Materials abweichen, beispielsweise innerhalb einer Zelle als Plasma und außerhalb der Zelle als physiologische Kochsalzlösung ausgeführt sein.
Die vorliegende Erfindung basiert unter anderem auf der Verwendung gepulster elektrischer Felder zur Behandlung von biologischem Material, wobei abhängig vom biologischen Material selbst, von I puls- zahl, Impulsform, Behandlungsdauer und Temperatur die erzeugte Potentialdifferenz über der Membran des biologischen Materials vorzugsweise unterhalb der kritischen Spannung Vc liegt, so dass permanente oder transiente Poren in der Membran mit verschiedenen Durchmessern gebildet werden. Erfindungsgemäß ist es selbstverständlich auch möglich, Potentialdifferenzen über der Membran des biologischen Materials vorzusehen, die oberhalb der kriti- sehen Spannung Vc liegen. Durch die gebildeten Poren können extrazelluläre Stoffe in das biologische Material, insbesondere die Zelle, gelangen, wobei umgekehrt intrazelluläre Stoffe freigesetzt werden. Die Freisetzung beziehungsweise Aufnahme der Stoffe hängt von der Stärke und Art der Wechselwirkungen zwischen diesen Stoffen und zwischen den Stoffen und dem biologischen Material ab, der Lebensdauer sowie dem Durchmesser der Poren. Das biologische Material inklusiv der gegebenenfalls vorhandenen intrazellulären Matrix der vorhandenen Membranen und Zellwände, zum Beispiel Tubuline, etc. als "Zellskelett" ist an der Trennung beteiligt.
Die Erfindung sieht in einer bevorzugten Ausführungsform ein Verfahren zu einer chromatographieartigen selektiven Auftrennung von Stoffen in situ mittels einer stationären und einer mobilen Phase vor, wobei die stationäre Phase Bestandteil des biologischen Materials und die mobile Phase ein flüssiges Medium ist und wobei das in dem flüssigen Medium befindliche biologische Material gepulsten elektrischen Feldern mit Feldstärken bis 200 V/cm ausgesetzt wird und der oder die interessierenden Stoffe aus dem biologischen Material freigesetzt, im flüssigen Medium außerhalb des biologischen Materials angereichert und von dem biologischen Material abgetrennt werden. Die Erfindung sieht also in vorteilhafter Weise vor, dass in situ, das heißt vor Ort, also im und am die interessierenden Stoffe enthaltenen biologischen Material die Anreicherung oder Trennung erfolgt, ohne dass das biologische Material vor der Trennung oder Anreicherung aufgeschlossen werden uss. Zur Abtrennung können erfin- dungsgemäß Zentrifugationsverfahren eingesetzt werden, die den oder die Stoffe von dem biologischen Material abtrennen können. Alternativ kann erfindungsgemäß auch vorgesehen sein, die Abtrennung des biologischen Materials von dem außerhalb des biologischen Materials vorhandenen flüssigen Mediums durch Filtration, Kristallisation, Extraktion, E- lektrophorese, Chromatographie oder mittels ähnlicher Verfahren durchzuführen.
Die Durchführung des erfindungsgemäßen in situ- Trennverfahrens setzt für jede durchzuführende Isolieraufgabe die Optimierung der verschiedenen, die Trennleistung beeinflussender Parameter, wie die Feldstärke, die Impulszahl, die Impulsform, die Behandlungsdauer, die Temperatur, die Lösung, die Art des biologischen Materials etc. voraus.
Die Erfindung sieht in einer bevorzugten Ausführungsform vor, biologisches Material in einem Probenträgersystem zu desintegrieren, wobei das Probenträgersystem mindestens ein nicht-leitendes Element sowie mindestens zwei leitende Elemente um- fasst, wobei an die leitenden Elemente eine Spannung angelegt wird und das biologische Material in einem elektrischen Feld mit einer Feldstärke bis 200 V/cm, insbesondere in einem Bereich von 5 bis 50 V/cm, ausgesetzt wird.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der Erfindung ist das auf das biologische Material einwirkende elektrische Feld homogen oder inhomogen. Vorzugsweise findet die Desintegration oder Tren- nung der Organismen, Zellen oder Kompartimente in einem inhomogenen elektrischen Feld statt.
In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung ist die elektrische Feldliniendichte lokal erhöht. Die Desintegration oder Trennung, insbesondere selektive Trennung von biologischem Material findet vorteilhafterweise in einem inhomogenen elektrischen Feld statt, bei dem beispielsweise lokal die elektrische Feldliniendichte erhöht sein kann.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist es vorteilhaft, wenn die Anzahl der elektrischen Impulse über 10 liegt. Die Impulszahl kann durch das Produkt von Behandlungsdauer und Frequenz bestimmt werden. In Abhängigkeit der zu behandelnden Probe kann die Behandlungsdauer zwischen wenigen Sekunden und einigen Stunden betragen. Die verwendeten Frequenzen sollten hierbei zwischen einigen Hz und mehreren GHz liegen. Durch die gewählte Frequenz kann die maximale Impulsdauer entsprechend eingeschränkt werden. Die Impulsdauer kann einige Nanosekunden betragen, aber mit Vorteil auch im Minutenbereich liegen.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der Erfindung können die verwendeten gepulsten elektrischen Felder verschiedene Impulsformen aufweisen. Beispielsweise können exponentielle oder sinusförmige Impulsformen wie auch Rechtecksimpulse und/oder Dreiecksimpulse eingesetzt werden. Vorteilhaft ist es weiterhin, dass die Spannung des einzelnen Impulses in sich, beispielsweise sinusförmig, schwankt. Zweckmäßigerweise können bei der Verwendung von Gleichspannungsimpulsen die Impulse ständig oder in Zeitintervallen umgepolt werden, so dass Wechselspannungs-Impulse appliziert werden können. Mit Vorteil ist auch eine Überlagerung von Gleich- und Wechselspannung möglich, um eine optimale Anreicherung, Trennung und/oder Desintegration zu erreichen. Es ist beispielsweise auch möglich, verschiedene Impulsformen und/oder Impulsintensitäten, das heißt Spannungsstärken und Impulsdauer variabel zu kombinieren; die Impulsdauer wird bei ex- ponentiellen Impulsformen durch die Zeitkonstante (τ) ausgedrückt: τ = CR (C: Kondensatorkapazität, R: Widerstand) .
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform der Erfindung kann mit der entsprechenden Vorrichtung beispielsweise auch Drehstrom, das heißt Dreipha- sendrehstro , verwendet werden. Somit können beispielsweise sinusförmige Wechselspannungen mit einer Phasendifferenz von 120°, beziehungsweise 240° erzeugt werden.
Die Erfindung sieht dabei in einer bevorzugten Ausführungsform vor, Impulszahlen, das heißt Impulse pro Behandlungsdauer von mindestens 15, vorzugsweise von 15 bis 19000, insbesondere von 5000 bis 12000, einzusetzen. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform liegt die Feldstärke der Impulse weit unterhalb der kritischen Spannung Vc, die über der Membran oder Zellwand des biologischen Materials, zum Beispiel der Zelle oder des Liposoms, liegt. Erfindungsgemäß kann jedoch auch eine Feldstärke der Impulse vorgesehen sein, die oberhalb der kritischen Spannung Vc liegt, die über der Membran oder Zellwand des biologischen Materials anliegt. Bevorzugt liegt die Feldstärke der Impulse bei 0 bis 200 V/cm, 0,001 bis 200 V/cm, 0,01 bis 200 V/cm, 20 bis 60 V/cm und insbesondere bei 30 bis 50 V/cm.
Erfindungsgemäß ist es in bevorzugter Ausführungsform möglich, auf einen Impuls hoher elektrischer Feldstärke einen zweiten Impuls geringerer Feldstärke folgen zu lassen, um so elektrophoretische Effekte zu unterstützen. Vorteilhafterweise können die Impulse mittels Gleichspannung überlagert werden.
Die Erfindung sieht in einer weiteren bevorzugten Ausführungsform vor, die chromatographische Auftrennung bei Temperaturen zwischen -30 und +90 °C, insbesondere 50 bis 55°C, durchzuführen. Insbesondere werden Temperaturen bevorzugt, die bei den gegebenen Rahmenbedingungen unterhalb der zu einem Zellaufschluss führenden Temperaturen und oberhalb beziehungsweise unterhalb der physiologischen, das heißt natürlicherweise vorliegenden Temperaturen des biologischen Materials liegen.
Vorteilhafterweise sieht die Erfindung in einer weiteren bevorzugten Ausführungsform vor, die Desintegration bei Temperaturen zwischen 0 und 100°C, insbesondere zwischen 20 bis 80°C, durchzuführen.
Die Erfindung sieht in einer weiteren bevorzugten Ausführungsform vor, dass die Behandlungsdauer, innerhalb derer die Auftrennung durch den Einsatz gepulster, elektrischer Felder durchgeführt wird, we- nige Sekunden, zum Beispiel 2 bis 6 Sekunden, bis Stunden, zum Beispiel 3 bis 5 Stunden, beträgt.
Die Erfindung sieht in einer weiteren bevorzugten Ausführungsform vor, dass die Frequenz der Impulse 0,01 Hz bis 40 GHz beträgt.
Schließlich sieht die Erfindung in einer weiteren bevorzugten Ausführungsform vor, dass die Impulsdauer 25 ps bis 50 min, insbesondere 15 μs beträgt.
Bei der Elektroporation und Elektrofusion, gegebenenfalls in Kombination mit Dielektrophorese, werden üblicherweise hypoosmolare Medien verwendet, deren Leitfähigkeit möglichst niedrig ist. Dadurch werden elektrolytische Effekte, die Veränderung des pH-Wertes und die Freisetzung cytotoxischer Ionen aus den Elektroden minimiert. Da die Erhaltung der Vitalität der Zellen bei diesen Verfahren im Vordergrund steht ist die Zusammensetzung des Mediums kritisch. Ein weiterer Grund für die Verwendung derartiger Medien bei den aufgeführten Verfahren ist die Form der Zellen in hypoosmolaren Lösungen; sie runden sich ab. Somit wird die Berechnung der einzusetzenden Feldstärke erleichtert, die in der Regel bei kugelförmigen Objekten niedriger ist, um die kritische Spannung Vc zu erreichen. Außerdem werden bei den Verfahren überwiegend Medien verwendet, die optimale Kaliumkonzentrationen enthalten, damit die Vitalität der behandelten Zellen gewährleistet ist. Neben der Osmolarität der Medien und dem Vorhandensein bestimmter Ionen ist die Leitfähigkeit entscheidend. Bei der Elektroporation, E- lektrofusion und Dielektrophorese ist diese in der Regel gering. Im allgemeinen können nur so die Feldstärken erreicht werden, die nötig sind, um die für diese Verfahren erforderliche kritische Spannung Vc zu erzielen.
Da bei dem erfindungsgemäßen in situ-Trennverfahren nicht die Vitalität der Zellen im Vordergrund steht, werden hier vorzugsweise isoosmolare Medien mit gegenüber den bei der Elektroporation, Elektro- fusion und Dielektrophorese üblicherweise verwendeten Leitfähigkeiten hohen Leitfähigkeiten eingesetzt. Es können natürlich auch hypo- oder hyperos- molare Medien mit vergleichsweise niedrigen oder hohen Leitfähigkeiten eingesetzt werden. Dadurch entfällt bei dem in situ-Trennverfahren das aufwendige "Umpuffern" der Proben. Das biologische Material kann direkt als "Rohmaterial" eingesetzt werden. Die Leitfähigkeit des Mediums bei der erfindungsgemäßen Verfahrensweise, also dem in situ- Trennverfahren kann vorzugsweise von 1 μS/cm bis 2 S/cm, insbesondere von 5 bis 20 mS/cm betragen.
Pharmakologisch relevante, niedermolekulare Proteine wie der in E. coli clonierte und exprimierte humane Makrophagen Migration Inhibitory Factor (huMIF) mit einer relativen Molekülmasse von ca. 12,3 kDa können über das erfindungsgemäße in-situ- Trennverfahren aus entsprechenden Zellsuspensionen gereinigt werden. Das erfindungsgemäße in-situ- Trennverfahren kann auch im Bereich von Bioreaktoren eingesetzt werden.
Das erfindungsgemäße Verfahren kann auch zur Bestimmung von Bindungsgleichgewichten verwendet wer- den. Mit dem erfindungsgemäßen Verfahren ist es möglich, in Liposomen oder anderem biologischen Material Poren mit einer für das jeweilige Gleichgewicht optimal angepassten Lebensdauer und Größe zu induzieren. Dies bietet die Möglichkeit, die Prinzipien verschiedener Verfahren zur Bestimmung von Bindungsgleichgewichten mittels eines einzigen Verfahrens, nämlich des vorliegenden erfindungsgemäßen Verfahrens, zu nutzen. Erfindungsgemäß können auch mit Liganden gefüllte Liposomen eingesetzt werden, wobei nach entsprechender Permeabilisierung dieser Liposomen die Liganden bis zur Einstellung eines Gleichgewichtes frei vom intrazellulären Medium ins extrazelluläre Medium diffundieren können. Erfindungsgemäß kann vorgesehen sein, dass sich im extrazellulären Medium Makromoleküle, an das die Liganden binden können, befinden, so dass der Anteil der gebundenen Liganden dem Gleichgewicht entzogen wird und Liganden aus dem intrazellulären Medium weiter nachströmen, bis die freien Anteile der Liganden in beiden Kammern ausgeglichen sind. Nach der Einstellung des Gleichgewichtes entspricht dann die Konzentration der Liganden im extrazellulären Medium der Konzentration des freien Liganden im Assoziationsgleichgewicht des intrazellulären Mediums. Somit können nach der Bestimmung der Liganden- konzentration im intrazellulären und extrazellulären Medium die Konzentrationen des freien und des gebundenen Liganden bestimmt werden. Unter Konstanthaltung der Makromolekülkonzentration bei verschiedenen Ligandenkonzentration ist dann die Bestimmung von Bindungskonstanten möglich. Erfindungsgemäß ist es auch möglich, das Makromolekül im intrazellulären Medium und den Liganden im extrazellulären Medium vorzusehen. Selbstverständlich können statt Liposomen auch biologische Zellen verwendet werden.
Erfindungsgemäß ist es also möglich, die Bindungseigenschaften zelleigener oder exprimierter zellfremder Makromoleküle bezüglich eines bestimmten Liganden in situ zu untersuchen.
Die Erfindung betrifft auch die Verwendung gepulster, elektrischer Felder zur selektiven Trennung von Stoffen in situ, wobei die Stoffe entweder in einem biologisches Material umgebenden flüssigen Medium oder innerhalb des biologischen Materiales angereichert werden, wobei bei der Erzeugung der gepulsten, elektrischen Felder vorzugsweise Impulszahlen von mindestens 15, vorzugsweise von 15 bis 19000, insbesondere 5000 bis 12000, eingesetzt werden.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist vorgesehen, die zu behandelnden Proben auf Matrices, beispielsweise Membranen oder Vliese, aufzubringen. Die Matrices können entweder in direktem Kontakt zu den leitenden Elementen stehen oder beispielsweise über Flüssigkeitszonen von den leitenden Elementen getrennt sein.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der Erfindung ist vorgesehen, dass die zu behandelnden Proben, insbesondere dotierte Matrices oder Flüssigkeiten, die das biologische Material beinhalten, nicht in direktem Kontakt mit den leitenden Elementen, beispielsweise des Probenträgersystems, stehen. Der Kontakt kann vorteilhafterweise durch Luft unterbrochen werden, beispielsweise dadurch, dass leitende Elemente nicht in die Flüssigkeit eingetaucht werden und/oder durch eine Ummantelung leitender Elemente mit nicht leitenden Elementen. Um in den so präparierten Proben insbesondere Feldstärken von bis zu 200 V/cm zu erreichen, ist es vorteilhaft, an den leitenden Elementen gegebenenfalls höhere Spannungen, auch in Abhängigkeit des Abstandes der leitenden Elemente, einzusetzen. Da bei den elektrischen Trenn-, Desintegrations- beziehungsweise Anreicherungsverfahren vorzugsweise gepulste elektrische Felder mit sehr niedrigen Feldstärken eingesetzt werden können oder vorteilhafterweise kein direkter Kontakt der leitenden E- lemente mit der Probe vorhanden sein uss, wird die Wahl des Lösungsmittels nicht eingeschränkt. Es ist beispielsweise möglich, biologisches Material auch in Lösungen mit hohen spezifischen Leitfähigkeiten aufzuschließen beziehungsweise anzureichern oder zu trennen, ohne dass es zu Funkenentladungen kommen kann. Dies eröffnet insbesondere die Möglichkeit, die elektrische Trennung, Anreicherung und/oder Desintegration mit chemischen Verfahren zu kombinieren.
In einer vorteilhaften Ausgestaltung der Erfindung ist vorgesehen, dass bestimmte Salze, beispielsweise chaotrope Salze sowie Detergenzien, Enzyme und andere vor oder während der elektrischen Trennung und/oder Desintegration eingesetzt werden können. Selbstverständlich ist es auch möglich, eine chemi- sehe Nachbehandlung der erhaltenen getrennten oder desintegrierten Proben beziehungsweise Suspensionen durchzuführen. Vorteilhafterweise kann die Kombination einer chemischen Trennung, Anreicherung und/oder Desintegration mit der durch elektrische Felder induzierten oder begleiteten Anreicherung, Trennung und/oder Desintegration nicht nur zu einer einfachen Addition der Effekte führen, sondern auch zu unerwarteten und neuen synergetischen Effekten.
Mit Vorteil können Chemikalien, die die spezifische Leitf higkeit der extrazellulären Phase der Zellmembran und gegebenenfalls des Zellinneren verändern und/oder stabilisieren, eingesetzt werden. Dies wirkt sich vorteilhafterweise auf die Potentialdifferenz über die Zellmembran aus. Dadurch verändert sich beispielsweise die kritische Spannung über die Zellmembran, die notwendig ist, um Poren, diskrete Läsionen und/oder Rupturen in der Zellmembran zu generieren. Außerdem können entsprechende Chemikalien, die die Fluidität der Zellmembranen beeinflussen und/oder modifizieren, eingesetzt werden. Ähnlich wie bei einer Temperaturerhöhung die Fluidität der Zellmembran beeinflusst wird und sich auf den Wert der kritischen Zellmembranspannung auswirkt, so können Chemikalien vorteilhafterweise ebenfalls die Fluidität der Zellmembran, insbesondere die kritische Zellmembranspannung, beeinflussen. Somit können Chemikalien und Temperaturänderungen die Fluidität der Zellmembran beeinflussen, was sich auf den Wert der kritischen Zellspannung auswirkt. Die Chemikalien können gegebenenfalls auch additive, lytische Eigenschaften aufweisen. Des weiteren kann in vorteilhafter Weise durch den Zusatz von Chemikalien der Abbau von Zellinhaltstoffen vermindert werden. So kann beispielsweise die chemische Inhibition von Nucleasen und/oder Proteasen bei der Gewinnung von Nucleinsäuren und/oder Proteinen durch einen elektrischen Zell- aufschluss vorteilhaft sein. Aber auch andere Zell- inhaltsstoffe, wie beispielsweise Metabolite, können so während und nach ihrer Freisetzung durch den elektrischen Zellaufschluss, insbesondere während der Trennung und/oder Desintegration, stabilisiert werden.
Die Erfindung betrifft auch eine Vorrichtung, die ein nicht-leitendes Element sowie mindestens zwei leitende Elemente, insbesondere Elektroden, um- fasst. In einer besonderen Ausführungsform ist vorgesehen, dass das nicht-leitende Element als Aufnahmemittel ausgebildet ist und beispielsweise über eine Abdeckung leitende Elemente mit dem Aufnahmemittel so verbunden werden können, dass die Probe in dem Aufnahmemittel desintegriert werden kann. Es kann jedoch vorteilhafterweise auch vorgesehen sein, dass das Aufnahmemittel ein leitendes Element umfasst. Das leitende Elemente, kann ein nichtleitendes Element aufweisen, so dass eine Spannung aufgebaut werden kann, es ist jedoch auch möglich, dass das Aufnahmemittel nur ein erstes leitendes Element umfasst und das zweite leitende Element, in einer Abdeckung für das Aufnahmemittel so angebracht ist, dass es wirkverbindbar zu dem als Aufnahmemittel ausgebildeten ersten leitenden Element positioniert werden kann. Die Erfindung betrifft auch eine Vorrichtung zur Durchführung des erfindungsgemäßen Verfahrens, insbesondere ein Probenträgersystem oder eine in situ- Trennvorrichtung, wobei dieses als ein vorzugsweise im wesentlichen kastenförmiges, insbesondere qua- derförmiges, Gehäuse mit einer Bodenplatte, einer Deckplatte, zwei Seitenwänden und zwei als Seitenwände ausgeführten Elektroden ausgeführt ist. Die Deckplatte weist zumindest eine Öffnung auf, wobei in der Deckplatte und gegebenenfalls in der Bodenplatte weitere Öffnungen vorgesehen sein können. Diese Öffnungen können jeweils mit einem Filter verschlossen sein, der einer Abtrennung des aufgetrennten Stoffes oder Stoffgemisches dient. Die E- lektroden können aus Aluminium, Edelstahl, Kohle, Platin, Gold oder Silber bestehen oder diese allein oder in Kombination enthalten. Vorzugsweise umfasst das erfindungsgemäße Probenträgersystem auch einen Spannungsgenerator, insbesondere eine HVA-Apparatur ("high voltage apparatus"), einen Frequenzgenerator und einen Impulsgeber.
Um bei der elektrischen selektiven Trennung, Separation und/oder Desintegration einen hohen Probendurchsatz zu ermöglichen, ist es vorteilhaft, Trennvorrichtungen zur Verfügung zu stellen, bei denen mehrere Proben auf einmal behandelt werden können. Dies kann beispielsweise durch verschiedene Formate, wie sie auch in bekannten Microtiterplat- tensystemen verwendet werden, vorteilhaft realisiert werden. Um elektrische Felder zu erzeugen, sind beispielsweise auch neue Arraysysteme vorteilhaft, die beispielsweise aus einem Probenträger und einer Abdeckung bestehen. Leitende und nicht lei- tende Elemente können hierbei vorteilhafterweise durch unterschiedliche Anordnung von leitenden und nicht leitenden Elementen der Probenträger sowie der Abdeckungen aufeinander abgestimmt sein. Beispielsweise können bei den Abdeckungen zylindrische Metallstäbe, mit einer zusätzlichen leitenden Platte in der Abdeckung des Probenträgers oder am Ende des Metallstabes Verwendung finden. Die Metallstäbe können vorteilhafterweise an ihrem in die Probe ragenden Ende als Kugel ausgebildet sein. Mit Vorteil kann eine teilweise oder vollständige Isolierung der Metallstäbe beziehungsweise leitenden Elemente der Abdeckplatte der Trennvorrichtung und/oder der gesamten Trennvorrichtung und/oder des Probenträgers sinnvoll sein. Trennvorrichtungen für die selektive Trennung und Probenträger für die Desintegration können vorteilhafterweise für die Prozesse der Desintegration, Trennung und/oder Isolierung eingesetzt werden. Um elektrische Desintegrationsarrays mit anderen Verfahren kompatibel zu gestalten, ist es vorteilhaft, standardisierte Abmessungen zu verwenden. Es ist beispielsweise von Vorteil, ein solches elektrisches Desintegrationsarray oder beispielsweise einen einzelnen Probenträger auf die Abmessungen von probenträgerhaltigen bekannten PCR Geräten, Fluorimetern, Spektrofotome- tern und ähnlichen anzupassen. Hierbei ist es besonders vorteilhaft, transparente Bereiche, beispielsweise in den nicht leitenden Elementen, insbesondere den Bodenplatten, bereitzustellen.
Weitere vorteilhafte Ausgestaltungsformen der Erfindung ergeben sich aus den Unteransprüchen. Die Erfindung wird anhand der nachstehenden Beispiele sowie der dazugehörenden Figuren näher erläutert .
Die Figuren zeigen:
Figur 1 schematisch das der Erfindung zugrundeliegende Prinzip,
Figur 2 eine in situ-Trennvorrichtung mit einer Öffnung in der Deckplatte im Längsschnitt,
Figur 3 eine in situ-Trennvorrichtung mit zwei getrennten Öffnungen in der Deckplatte im Längsschnitt,
Figur 4 eine in situ-Trennvorrichtung mit einer Öffnung in der Deckplatte und einer Öffnung in der Bodenplatte, in die ein Filter eingesetzt ist im Längsschnitt,
Figur 5 eine in situ-Trennvorrichtung mit zwei Öffnungen in der Deckplatte und einer Öffnung in der Bodenplatte im Längsschnitt, wobei eine Öffnung in der Deckplatte und die Öffnung in der Bodenplatte mit einem Filter versehen sind,
Figur 6 einen Querschnitt durch die in situ- Trennvorrichtung der Figuren 2 bis 5, Figur 7 einen Querschnitt durch ein Probenträgersystem,
Figur 8 einen Querschnitt durch das Probenträgersystem mit einer Abdeckung,
Figur 9 einen Querschnitt durch das Probenträgersystem mit einer hydraulischen Abdichtung,
Figur 10 eine Draufsicht auf einen Chip für die Trennung und/oder Desintegration,
Figur 11 einen Längsschnitt durch Probenträgersysteme,
Figur 12 einen Querschnitt durch einzelne Probenträgersystem,
Figur 13 einen Längsschnitt durch Probenträgersysteme, wobei ein Aufnahmemittel leitende Elemente umfasst,
Figur 14 einen Längsschnitt durch Abdeckungen für Aufnahmemittel, wobei diese leitende Elemente umfassen,
Figur 15 die Abhängigkeit der Anreicherung eines Stoffes von der Feldstärke,
Figuren die Abhängigkeit der Anreicherung eines 16 und 17 Stoffes von der Impulszahl, Figur 18 die Abhängigkeit der Anreicherung eines Stoffes von der Behandlungsdauer und
Figur 19 die Abhängigkeit der Anreicherung eines Stoffes von der Trenntemperatur.
Die Figur 1 stellt in einer Prinzipskizze den Ablauf des erfindungsgemäßen Verfahrens dar. Dargestellt ist eine in situ-Trennvorrichtung 12 in zwei Zuständen, wobei sich die in der Figur 1 linke Kammer 12 im Ruhezustand befindet, während die in der Figur 1 rechte Trennvorrichtung 12 gepulsten elektrischen Feldern E ausgesetzt ist. In der in situ- Trennvorrichtung 12 befindet sich eine Zelle 7 in einem außerhalb der Zelle 7 befindlichen flüssigen Medium 5. Die Zelle 7 setzt sich zusammen aus der intrazellulären Matrix 9, dem innerhalb des biologischen Materials 7 befindlichen flüssigen Medium 10 sowie der Zellwand beziehungsweise Zellmembran 8. Die stationäre Phase des erfindungsgemäßen chromatographischen Systems wird also durch die Zellmembran 8 und die intrazelluläre Matrix 9 gebildet, während die mobile Phase aus dem innerhalb und außerhalb des biologischen Materials 7 befindlichen flüssigen Medium gebildet wird, wobei sich die Zusammensetzung des innerhalb des biologischen Materials befindlichen Medium von der des außerhalb befindlichen Medium durchaus unterscheiden kann. Innerhalb des biologischen Materials befinden sich im Ruhezustand vier verschiedene Stoffe Sl, S2, S3 und S4, wobei Sl mit der Zellwand 8 fest verbunden ist, während S2, S3 und S4 innerhalb des biologischen Materials 7 frei vorliegen. Die dargestellte Größe der zu trennenden Stoffe S entspricht der Molekül- größe der zu trennenden Stoffe. Dargestellt sind ferner auch die beiden Elektroden 11 der in situ- Trennvorrichtung 12.
Nachdem die Zellen 7 in einem geeigneten flüssigen Medium 5 in die in situ-Trennvorrichtung 12 überführt wurden, werden durch den Einfluss gepulster, elektrischer Felder E Poren 6 in der Zellmembran oder Zellwand 8 der Zellen 7 generiert (rechte Kammer) . Die Feldstärke E wird dabei aus dem Quotienten aus angelegter Spannung und dem Abstand der E- lektroden 11 in der in situ-Trennvorrichtung 12 bestimmt. Die Lebensdauer, Anzahl und Größe der Poren 6 hängt unter anderem von den Eigenschaften der biologischen Zelle 7, deren Größe, Form, Struktur, der Orientierung der Zelle 7 im elektrischen Feld, den gepulsten elektrischen Feldern selbst, das heißt der Feldstärke, der Impulszahl, der Behandlungsdauer der Impulsfrequenz, der Zeitkonstante, der Impulsdauer, der Impulsform, der Behandlungstemperatur, der Zusammensetzung des flüssigen Mediums 5, insbesondere dem pH-Wert, der Ionenstärke, der Leitfähigkeit, der Ionenart, der Osmolarität, der Konzentration des biologischen Materials sowie gegebenenfalls zugesetzter additiver Detergenzien, Chaotrope, Komplexbildner oder organischer Lösungsmittel ab. Die chromatographische Trennleistung des erfindungsgemäßen Verfahrens selbst ist abhängig von den Eigenschaften und den daraus resultierenden Wechselwirkungen der zu trennenden Stoffe Sl, S2, S3, S4 sowie der stationären und der mobilen Phase. Zudem ist die relative Bewegung von stationärer und mobiler Phase zueinander für die Trennleistung des erfindungsgemäßen Verfahrens verantwortlich. Die Eigenschaften der zu trennenden Stoffe Sl, S2, S3, S4 und der stationären und mobilen Phase bezüglich ihrer Fähigkeit, elektrostatische, hydrophobe, aromatische Wechselwirkungen und H-Brückenbindungen einzugehen, hängt von der Zusammensetzung des flüssigen Mediums 5 ab. Ebenso wirken sich die Behandlungstemperatur und die Eigenschaften des verwendeten elektrischen Feldes E aus. Die Größe der zu trennenden Stoffe Sl bis S4 ist in der Regel von diesen Faktoren unabhängig. Das erfindungsgemäße Verfahren setzt daher sämtliche Wechselwirkungen der gängigen chromatographischen Verfahren wie Gel- permeations-, Ionentauscher-, Affinitäts- und hydrophobe Interaktionschromatographie für die Trennung ein.
Von Bedeutung für die relative Bewegung von stationärer gegenüber mobiler Phase ist die Zusammensetzung des innerhalb des biologischen Materials 7 und des außerhalb des biologischen Materials 7 befindlichen flüssigen Mediums hinsichtlich osmotischer und Diffusions-kontrollierter Prozesse. Die Erfindung nutzt zudem zusätzlich elektrophoretische Effekte aus, die durch das Anlegen des elektrischen Feldes auftreten.
Die vorstehend beschriebenen Parameter beeinflussen die Geschwindigkeitskonstante k+ des Übergangs der Stoffe Sl bis S4 vom biologischen Material 7 in den außerhalb des biologischen Materials 7 befindlichen Bereich des flüssigen Mediums 5. Das gleiche gilt für die Geschwindigkeitskonstante k_ des Übergangs der Stoffe Sl bis S4 vom außerhalb des biologischen Materials 7 befindlichen flüssigen Medium 5 in den Bereich innerhalb des biologischen Materials 7. Ist die Lebensdauer der Poren 6 ausreichend, um einen Gleichgewichtszustand zuzulassen, ergibt sich aus dem Quotienten von k^ und k_ eine Gleichgewichtsverteilung K. Liegt die Lebensdauer der Poren 6 unterhalb der Dauer der Einstellung des Gleichgewichtszustandes, liegt eine apparente Gleichgewichtskonstante Kapp vor. Die erfindungsgemäße Verfahrensweise trifft auf beide Fallgestaltungen zu. Aufgrund der unterschiedlichen Eigenschaften der Stoffe Sl bis S4 ergeben sich verschiedene Verteilungskonstanten, so dass sich entsprechend dieser Verteilungskonstanten die Konzentrationsverhältnisse der Stoffe Sl bis S4 im Bereich innerhalb des biologischen Materials 7 und außerhalb des biologischen Materials 7 ändern. Erfindungsgemäß wird dies zur Trennung der Stoffe Sl bis S4 voneinander und von den restlichen, nicht dargestellten Stoffen sowie dem biologischen Material 7 ausgenutzt.
Der Figur 1 kann entnommen werden, dass bei den Stoffen Sl, S3 und S4 im Vergleich zu Stoff S2 der Stoffaustausch über die induzierten Poren 6 in der Membran 8 nicht durch ihre Größe oder Form limitiert ist. Erfindungsgemäß werden der Porendurchmesser und deren Lebensdauer, welche durch die individuell einzustellenden Versuchsbedingungen definiert sind, als Molekularsieb ausgenutzt. Abgesehen von der Größe und Form unterscheiden sich Stoffe jedoch auch in anderen Eigenschaften, so dass mit der erfindungsgemäßen Verfahrensweise neben der Trennung nach Größe und Form andere Stoffeigenschaften ausgenutzt werden. So ist Sl mit der in- trazellulären Matrix 9, beispielsweise am Zellskelett oder einer Organelle etc., assoziiert. Dieser Stoff kann daher nicht in den Bereich außerhalb des biologischen Materials 7 gelangen. Daraus folgt, dass k-.l, Kl und damit die Konzentration außerhalb des biologischen Materials 7 [Sl]e = 0 gesetzt werden muss. S3 und S4 sind nicht mit der intrazellulären Matrix 9 assoziiert, liegen also löslich vor. Sie besitzen jedoch unterschiedliche Eigenschaften, beispielsweise bezüglich ihrer Polarisierbarkeit, Hydrophobizität, Aromatizität und Elektrostatik. Unter der Annahme folgender Verhältnisse der Verteilungskonstanten der Stoffe:
Figure imgf000033_0001
ergibt sich bei jeweils der gleichen intrazellulären Ausgangskonzentration ([Sl]ia = [S2]ia = [S3]ia = [S4]ia) und einer extrazellulären Ausgangskonzentration von jeweils Null, folgende intrazelluläre Konzentrationsverteilung nach der Behandlung:
[Sl.ib = [Sl]ia > [S2]ib > [S3]ib > [S4]ib
und damit folgende extrazelluläre Konzentrationsverteilung:
[Sl]βb = 0 < [S2]eb < [S3]e < [S4]eb
Diese Konzentrationsänderungen werden erfindungsgemäß zur Abtrennung der Stoffe S2 bis S4 von Sl, das heißt der selektiven Auftrennung, eingesetzt. Durch geeignete Wahl der Auftrennparameter können auch S2 bis S4 voneinander getrennt werden, ohne dass ein Zellaufschluss und eine nachfolgende Reinigung notwendig sind.
Selbstverständlich ist es erfindungsgemäß mittels des vorstehend beschriebenen Verfahrens auch möglich, Stoffe aus dem flüssigen Medium außerhalb des biologischen Materials 7 voneinander zu trennen, indem selektiv eine Auswahl dieser Stoffe innerhalb des biologischen Materials 7 angereichert wird und somit eine Entreicherung dieses Stoffes oder der Stoffe und eine Anreicherung eines anderen Stoffes oder anderer Stoffe im außerhalb des biologischen Materials 7 befindlichen Medium 5 stattfindet.
Nach dem Einsatz des gepulsten elektrischen Feldes E wird das biologische Material 7, das heißt die stationäre Phase, zusammen mit dem in der stationären Phase befindlichen flüssigen Medium von dem außerhalb des biologischen Materials 7 befindlichen flüssigen Medium, beispielsweise mittels Zentrifu- gation oder Filtration, abgetrennt. Man erhält auf diese Weise ein von Sl abgetrenntes Gemisch aus S2, S3 und S4 außerhalb des biologischen Materials 7.
Die Figuren 2 bis 6 stellen Vorrichtungen zur Durchführung des erfindungsgemäßen in situ- Trennverfahrens dar, also Probenträgersysteme beziehungsweise in situ-Trennvorrichtungen 12. Die Figuren zeigen jeweils die Anordnung der beiden E- lektroden 11 mit deren Anschlüssen 17 und den E- lektrodenabstand 18. Die eingesetzten Spannungs-, Frequenz- und Impulsgeneratoren beziehungsweise -geber sind nicht dargestellt. Der Elektrodenabstand 18 in der Trennvorrichtung 12 betrug 4 mm, das Elektrodenmaterial bestand aus A- luminium, die Kondensatorkapazität C betrug ca. 1,65 nF, der Widerstand der Behandlungszelle mit einer E. coli-Suspension und der eingesetzten HVA- Apparatur circa 2040 Ohm, die Zeitkonstante circa 3,4 μs und die Impulsform war als exponentielle Abnahme ausgeführt.
Die verwendete exponentiell abnehmende Impulsform wurde durch eine Kondensatorentladung erzeugt. Das elektrische Laden der Kondensatoren erfolgte hierbei mit einem niedrigeren Strom über einen längeren Zeitraum und mit entgegengesetzter, aber immer gleicher Stromrichtung, im Gegensatz zur elektrischen Entladung der Kondensatoren. Diese elektrischen Entladungen erzeugten Gleichspannungs- Impulse, die für das Trennverfahren ausschlaggebend waren. Die Impulsdauer wird bei exponentiell abnehmenden Impulsformen durch die Zeitkonstante (τ) ausgedrückt: τ = C R (C: Kondensatorkapazität; R: Widerstand) .
Neben der exponentiell abnehmenden Impulsform können beispielsweise auch Rechteckimpulse, Dreieckimpulse oder sinusförmige Impulse eingesetzt werden. Es ist außerdem möglich, dass die Spannung eines Impulses in sich, beispielsweise sinusförmig, schwankt. Des weiteren ist eine ständige Umpolung der aufeinanderfolgenden Impulse denkbar, so dass Wechselspannungs-Impulse appliziert werden.
Die Figur 2 zeigt eine in situ-Trennvorrichtung 12 mit einer Öffnung 15 in der Deckplatte 13, die zur Probeneingabe und zur Probenentnahme dient. Die Trennvorrichtung 12 ist in der Form eines Quaders ausgebildet, wobei Bodenplatte 14 und Deckplatte 13 des Quaders als nicht-leitende Elemente und zwei Seitenwände als Elektroden 11 ausgeführt sind. Die zwei anderen Seitenwände 28 und 29 (Figur 6) sind aus nicht-leitendem Material. Die Probe wird demge- mäss in die in situ-Trennvorrichtung 12 überführt und mit gepulsten elektrischen Feldern E behandelt. Bei dieser Vorgehensweise wird die Probe nach ihrer Behandlung zentrifugiert, um das außerhalb des biologischen Materials 7 befindliche Medium vom Medium in dem biologischen Material und dem biologischen Material selbst zu trennen. Erfindungsgemäß kann dies bei entsprechender Abmessung der in situ- Trennvorrichtung 12 direkt mit der in situ- Trennvorrichtung 12 selbst erfolgen. Der Überstand mit dem oder den gewünschten Stoffen wird dann abgenommen. Die Zentrifugation der Probe kann, nach der Behandlung mit gepulsten elektrischen Feldern E, auch separat erfolgen.
Die Figur 3 stellt im wesentlichen die gleiche Trennvorrichtung 12 wie in Figur 2 dargestellt dar, wobei jedoch in der Deckplatte 13 zwei Öffnungen 20 und 21 vorgesehen sind. Eine Öffnung 20 dient für die Probeneingabe, während die andere Öffnung 21 für die Probenentnahme genutzt wird. Dadurch wird ein kontinuierlicher Trennprozess möglich. Zudem kann jeweils eine der Öffnungen 20 oder 21 für einen gegebenenfalls erforderlichen Druckausgleich dienen. Die Figur 4 stellt eine in situ-Trennvorrichtung 12 mit einer Öffnung 15 in der Deckplatte 13 und einer Öffnung 22 in der Bodenplatte 14 dar, wobei in der Öffnung 22 ein Filter 23 angeordnet ist. Die Probe wird durch die Öffnung 15 in der Deckplatte 13 in die Kammer 12 gegeben. Nach Einsatz des gepulsten elektrischen Feldes E wird das außerhalb des biologischen Materials 7 befindliche flüssige Medium ü- ber den Filter 23 und die Öffnung 22 in der Bodenplatte entfernt. Mit dem Filter 23 ist es möglich, die biologischen Zellen und somit das in diesen Zellen befindliche Medium zurückzuhalten, wobei eine kontinuierliche Trennvorrichtung ohne Zentrifu- gation und damit ein besonders schnelles und effizientes Auftrennverfahren möglich wird.
Die Figur 5 stellt im wesentlichen die bereits in Figur 4 dargestellte in situ-Trennvorrichtung 12 dar, wobei in der Deckplatte 13 jedoch zwei Öffnungen 24, 25 vorgesehen sind, wobei in der Öffnung 25 ein Filter 26 eingesetzt und die Öffnung 24 mit einem Deckel 50 verschließbar ist. Die dargestellte Trennvorrichtung 12 ermöglicht die kontinuierliche Zuführung extrazellulären Mediums über die Öffnung 25 mit dem Filter 26, wobei kein Probenmaterial in die Kammer 12 eingeführt wird. Die Probe kann vielmehr separat über die verschließbare Öffnung 24 zugegeben werden. Das flüssige Medium wird über einen Filter 23, der in der Öffnung 22 eingebracht ist, entfernt.
Die Figur 6 stellt einen Querschnitt durch die Kammern der Figuren 2 bis 5 dar, wobei der Abstand 27 zwischen den Seitenwänden 28 und 29 erkennbar ist. Figur 7 zeigt eine als Probenträgersystem 31 ausgebildete in situ-Trennvorrichtung 12, die insbesondre für die Desintegration genutzt werden kann. Das Probenträgersystem umfasst mindestens zwei leitende Elemente, beispielsweise Elektroden 11, die parallel zueinander angeordnete Flächen ausbilden, die als eine Grundfläche, beispielsweise eine Bodenplatte 14, und eine Deckplatte 13 ausgeführt sind. Auf der Bodenplatte 14 befinden sich mindestens vier senkrecht angeordnete Seitenwände 28 und 29, die zusammen mit der Boden- und Deckplatte 13, 14 Kammern ausbilden, in denen das zu behandelnde Material gelagert werden kann. Der Elektrodenabstand 18 kann variiert werden, so dass die Deckplatte 13 die Probe verschließt oder zumindest mit der Probe in Kontakt kommt, wodurch eine elektrische Spannung zwischen der Deckplatte 13, die zusätzlich eine in das Probemedium ragende Ausbuchtung aufweisen kann, und der Bodenplatte 14 über die in flüssigem Medium vorliegende Probe erzeugt werden kann. Das Probenträgersystem 31 kann an die Gegebenheiten des zu untersuchenden biologischen Materials und an seine Abmessungen angepasst werden. Dies schließt Größenordnungen des Bereichs der Microsystemtechnik und Chiptechnologie als auch die derzeit gängigen Trägersysteme, die in Labors verwendet werden, ein. Das Probenträgersystem 31 ist - wie die in situ- Trennvorrichtung 12 - aus leitenden Elementen, den Elektroden 11 und nicht leitenden Elementen, wie beispielsweise den Seitenwänden 28 und 29 aufgebaut. Die Geometrie des Probenträgersystems kann so gewählt werden, dass gegebenenfalls sowohl homogene, als auch inhomogene elektrische Felder erzeugt werden können. Die Applikation der elektrischen Felder erfolgt über Spannungs-, Frequenz- und Impulsgeneratoren, die entsprechend mit den leitenden Elementen, wie den Elektroden 11, der Probenträgersysteme 31, verbunden sind. In Anlehnung an Microplattensysteme, mit denen definierte Schichtdicken erzeugt werden können, ist es vorteilhaft, e- lektronische Desintegrationsarrays mit definierten Elektrodenabständen 18 so zu konzipieren, dass die Bildung von Blasen, welche das elektrische Feld beeinflussen können, verhindert werden kann. Hierbei ist es beispielsweise besonders vorteilhaft, konvexe Ausbuchtungen 33 in die leitenden Bereiche, wie die Elektroden 11, der Abdeckung 35 zu integrieren. Die Blasenbildung wird so weitestgehend vermieden, da beim Absenken der Abdeckung 35 das flüssige Medium 5 zur Seite verdrängt wird und seitlich runterlaufen kann. Voraussetzung hierfür ist beispielsweise die Verwendung von Probenvolumina, die größer als das Volumen des Probenträgernäpfchens 37 sind. Aufgrund der Oberflächenspannung bildet sich ein konvexer Meniskus aus, der dann blasenfrei verdrängt werden kann. Um bei diesem Vorgang eine Querkontamination zu verhindern, ist es beispielsweise vorteilhaft, Querkontaminationsbarrieren 39 so anzubringen, dass das flüssige Medium 5 beispielsweise beim Absenken der Abdeckung 35 nicht die benachbarten Probenträgernäpfchen 37 kontaminieren kann.
Die Figur 8 zeigt ein Probenträgersystem 31, bei dem es möglich ist, auch mit Probenvolumina, die geringer als die Volumina des Probenträgernäpfchens 37 sind, definierte Elektrodenabstände 18 zu erhal- ten. Die Blasenbildung kann verhindert werden, indem entsprechend geformte Ausbuchtungen 33 in die leitenden Bereiche der Abdeckung 35 integriert sind. Beispielsweise kann eine konvex geformte Spitze der Ausbuchtung 33 vorteilhaft sein, um die Bildung von Blasen zu vermindern, aber beispielsweise auch um bestimmte Formen elektrischer Felder zu erzeugen. Ausbuchtungen 41 mit konkav geformter Spitze sind vorzugsweise mit einem Kanal 43 versehen, damit mögliche Blasen entweichen können. Das Absenken der Abdeckung 35 führt dazu, dass die Probe in dem flüssigen Medium 5 durch die Ausbuchtungen 33 im Probenträgernäpfchen 37 seitlich verdrängt werden. Sollte es zum Überlaufen kommen, bieten die Querkontaminationsbarrieren 39 Schutz vor Querkontaminationen. Des weiteren kann es vorteilhaft sein, Hohlräume 45 zur Thermostatisierung der Probenträgersysteme 31 zu integrieren. Die Hohlräume 45 können durch die Seitenwände 28 und 29 sowie durch die Elektroden 11 und eine Verschlussplatte 47 gebildet werden. Über entsprechende Anschlüsse können thermostatisierte Flüssigkeiten für definierte Behandlungstemperaturen sorgen. Es ist vorteilhafterweise ebenfalls möglich, nicht leitende oder vorzugsweise leitende Elemente direkt an eine Thermostatisierung zu koppeln.
Die Figur 9 zeigt ein Probenträgersystem 31 mit einem hydraulischen System 49. Um einen bestimmten Druck aufbauen zu können, der einen vorteilhaften Einfluss auf die elektrische Desintegration ausüben kann oder einen Druck aufzubauen, um beispielsweise in wässrigen Lösungen über 100°C zu arbeiten, ist es beispielsweise vorteilhaft, mit hydraulischen Systemen 49 zu arbeiten, die die Abdeckung 35 auf die Probenträgernäpfchen 37 pressen. Es sind jedoch auch Schraubensysteme möglich, um das Probenträgersystem 31 abzudecken. Hierbei ist es vorteilhaft, wenn die Ausbuchtungen 33 der Abdeckung 35 exakt beziehungsweise nahezu exakt in die Probenträgernäpfchen 37 des Probenträgersystems 31 passen, so dass ein geschlossenes System entsteht. Hierbei sind beispielsweise Führungen 50 beispielsweise am oberen Rand des Probennäpfchenträgers 37 vorteilhaft. Statt einem externen hydraulischen oder schraubenartigen System, kann ein solches System auch direkt mit dem Probenträgersystem 31 oder mit der Abdeckung 35 kombiniert sein, wie das in Figur 9b dargestellt ist.
Figur 10 zeigt eine Chip 51 für die elektrische Desintegration oder Trennung von beispielsweise Zellen. Der Chip 51 kann so aufgebaut sein, dass in seine Grundfläche 53, die einige Quadratmillimeter aber auch Quadratzentimeter groß sein kann, eine Matrix von AufSchlusseinheiten 55 integriert sein kann.
Die AufSchlusseinheiten 55 können aus leitenden E- lementen 57 und nicht leitenden Elementen 59 aufgebaut sein, in deren Zentrum ein Innenraum 61 für die Probenapplikation vorgesehen ist. Neben der eigentlichen elektrischen Desintegration und/oder Trennung von Zellen können auf den Chips 51 beispielsweise auch andere Verfahren, wie die Hybridisierung durchgeführt werden. Die Innenräume 61 bildenden leitenden Elemente 57 und nicht leitenden Elemente 59 müssen jedoch nicht als Matrix vorlie- gen, sie können auch als einzelne Probenträgersysteme 31 konzipiert sein. Für die Desintegration ist es vorteilhaft, wenn die leitenden Elemente 57 durch nicht leitende Elemente 59 voneinander getrennt sind. Die leitenden Elemente 57 können jedoch auch an Positionen, wo sie in Kontakt mit dem flüssigen Medium 5 kommen, mit einer nicht leitenden Schicht überzogen sein. Die Abmessungen bezüglich der Höhe, sowie innere und äußere Abmessungen, sind variabel. Ebenfalls variabel sind die Ausdehnungen der leitenden Elemente 57 und der nicht leitenden Elemente 59. Neben kreisförmigen oder quadratischen Ausgestaltungen des horizontalen Querschnitts des Innenraums 61 des Probenträgersystems 31 sind selbstverständlich auch andere, beispielsweise ovale, rechteckige, dreieckige geometrische Querschnitte denkbar. Wobei kreisförmige beziehungsweise ovale oder ellipsoide Formen inhomogene elektrische Felder ausbilden, bei denen die elektrische Feldliniendichte lokal erhöht ist, daher sind diese Ausgestaltungen vorteilhaft einzusetzen. Wird Drehstrom zur Desintegration verwendet, müssen leitende Elemente 57 für drei Phasen vorhanden sein. Dies kann beispielsweise durch einen hexago- nischen horizontalen Querschnitt mit leitenden und nicht leitenden Elementen erzielt werden. Bei den vorstehend genannten Ausführungsformen kann es vorteilhaft sein, Verschlussdeckel, beispielsweise Schnappverschlussdeckel zu integrieren, um das Risiko einer Querkontamination zusätzlich zu vermindern. Drehverschlüsse, die gegebenenfalls mit 0- Ringen versehen sind, sind selbstverständlich ebenfalls vorteilhaft einsetzbar. Figur 11 zeigt einen Längsschnitt durch Probenträgersysteme 31. Die Probenträgersysteme sind als behälterartige Aufnahmemittel 60 ausgestaltet. Figur 11a zeigt ein im Querschnitt rechteckig ausgebildetes Aufnahmemittel 60. Bei diesem Aufnahmemittel 60 sind die Seitenwände 28 und 29 nahezu parallel zueinander ausgerichtet oder als sich zum Boden hin verjüngender Kegelstumpf. Die Seitenwände 28 und 29 sind als leitende Elemente 57 ausgebildet. Die Verschlussplatte 61, die das Aufnahmemittel 60 nach unten abdichtet, ist als nicht-leitendes Element ausgebildet. Figur 11b zeigt ein Aufnahmemittel 60, welches eine Abdeckung 35 aufweist. Das Aufnahme- mittel 60 zeigt eine sich zum Boden hin verjüngende kegelstumpfartige Form. Die Seitenwände 28 und 29 sind als leitende Elemente 57 ausgebildet. Die Verschlussplatte 61 besitzt im Querschnitt eine nahezu halbrunde Form. Die Abschlussplatte 61 ist als nicht leitendes Element 59 ausgebildet. Die Abdeckung 35 besitzt ein Scharnier 63, das Abdeckung 35 und Aufnahmemittel 60 verbindet. Die Abdeckung 35 weist weiterhin eine Abdichtung 65 auf, die als innerer umlaufender Wall auf der dem Aufnahmemittel zugewandten Seite ausgebildet ist. Der Durchmesser des umlaufenden Walls der Abdichtung 65 ist so gewählt, dass er die Innenflächen 67 des Aufnahmemittels 60 so verschließt, dass nur sehr wenig beziehungsweise kein Material entweichen kann. Da das Aufnahmemittel 60 kegelstumpfartig zum Boden hin verjüngend ausgebildet ist, muss die Abdichtung 65 - wie in Figur 11b dargestellt - einen ähnlichen Winkel aufweisen, um einen optimalen Verschluss zu gewährleisten. Figur 12 zeigt einen Querschnitt durch einzelne Probenträgersysteme 31. Die Probenträgersysteme 31 weisen im Querschnitt leitende Elemente 57 und nicht-leitende Elemente 59 jeweils abwechselnd auf. Figur 12a zeigt ein Aufnahmemittel 60 mit einem runden Querschnitt. Die leitenden Elemente 57 und die nicht-leitenden Elemente 59 sind gegenüberliegend angeordnet. Figur 12b zeigt ein Probenträgersystem 31 mit einem quadratischen Querschnitt. Die jeweils gegenüberliegenden Seiten bilden jeweils die nicht-leitenden Elemente 60 und jeweils die leitenden Elemente 57. Figur 12c zeigt ein Probenträgersystem 31 mit einem hexagonalen horizontalen Querschnitt. Das dargestellte Probenträgersystem 31 eignet sich für die Verwendung von Drehstrom. Die leitenden Elemente 57 wechseln sich mit den nichtleitenden Elementen 60 randumlaufend ab. Die Anordnung der leitenden Elemente 57 erfolgt dabei so, dass die Phase 1 69 sich gegenüberliegt. Die Phasen 2 71 und die Phasen 3 73 sind ebenfalls so angeordnet, dass sie gegenüberliegend ausgebildet sind. Die leitenden Elemente 57 können so ausgebildet sein, dass sie in die Wandung 75 eingelassen sind, oder die Wandung 75 bilden, wobei in der Wandung 75 nicht-leitende Elemente 69 alternierend angeordnet sind.
Figur 13 zeigt einen Längsschnitt durch Probenträgersysteme, wobei Aufnahmemittel leitende Elemente umfassen. Die Figuren 13a bis 13d zeigen Querschnitte von Probenträgersystemen 31, bei denen jeweils das gesamte Aufnahmemittel 60 als leitendes Element 57 ausgebildet ist beziehungsweise mindestens ein leitendes Element 57 pro Aufnahmemittel 60 aufweist. Die im Längsschnitt dargestellten Aufnahmemittel 60 können beispielsweise einen Ausschnitt aus einem modifizierten Mikroplattensystem darstellen. Die einzelnen Vertiefungen des Mikroplatten- systems, beispielhaft in der Figur 13 als Aufnahmemittel 60 dargestellt, haben jeweils die Seitenwände 28 und 29 beziehungsweise die Verschlussplatten 61 als leitende Elemente 57 beziehungsweise nichtleitende Elemente 59 ausgebildet. Figur 13a zeigt ein Probenträgersystem 31 aus mehreren aneinander- geordneten Aufnahmemitteln 60 und einer Abdeckung 35. Die Aufnahmemittel 60 sind durchgängig als leitendes Element 57 ausgebildet. In die Abdeckung 35, die als nicht-leitendes Element 59 ausgeführt ist, sind leitende Elemente 57 in Form von Stäben 77 so angebracht, dass die Stäbe 77 die Abdeckung 35 senkrecht durchdringen und in die Aufnahmemittel 60 hineinragen. Figur 13b zeigt einen vertikalen Querschnitt durch ein Probenträgersystem 31, bei dem das Aufnahmemittel 60 nicht durchgängig als leitendes Element 57 ausgebildet ist. Die Probenträgernäpfchen 37 sind durch nicht-leitende Stege 79 verbunden. Figur 13b zeigt weiterhin, dass die als leitende Elemente 57 ausgebildeten Probenträgernäpfchen 37 an der Innenseite mit einer Schicht 81 isoliert sein können. Diese Schicht 81 kann an den Innenwänden der Seitenwände 28 oder 29 beziehungsweise an der Verschlussplatte 61 auf der Seite angebracht sein, die in das Probenträgernäpfchen 37 weist. Die Ausbildung des leitenden Elementes 57 kann auch in Form einer leitenden Membran 83 erfolgen. Die leitende Membran 83 bildet den Abschluss des Aufnahmemittels 60 beispielsweise in Form der Verschlussplatte 61. Die Figur 13c zeigt Aufnahme- mittel 60, die mit Ausnahme der Verschlussplatte 61 als nicht-leitende Elemente 59 ausgeführt sind; die Verschlussplatte 61 ist als leitendes Element 57 ausgebildet. Die Verschlussplatte 61 kann eben, konkav oder konvex angeordnet sein. Figur 13d zeigt ein Probenträgersystem 31, bei dem jeweils die Seitenwände 28, 29 die leitenden Elemente 57 bilden. Der Boden der jeweiligen Probennäpfchen 37 ist e- benso wie die Stege 79 als nicht-leitendes Element 59 ausgebildet; die Verschlussplatte 61 kann auch als nicht-leitende Membran 85 ausgeführt sein. Durch diese Form der Anordnung sind leitende Elemente 57 und nicht-leitende Elemente 59 jeweils abwechselnd in dem Probenträgersystem 31 positioniert. Eine in den Probenträgernäpfchen 37 befindliche biologische Probe könnte durch die als leitende Elemente 57 ausgebildeten Seitenwände 28, 29 desintegriert werden. Der dargestellte vertikale Querschnitt kann ein Ausschnitt aus einem modifizierten Microplattensystem sein.
Figur 14 zeigt einen Längsschnitt durch Abdeckungen 35, die leitende Elemente 57 umfassen. Die leitenden Elemente 57 sind jeweils senkrecht in die Abdeckung 35 eingebracht. Die leitenden Elemente 57 sind hierbei als Stäbe 77 ausgebildet. Die Stäbe 77 durchdringen die Abdeckung 35 senkrecht. Es kann beispielsweise vorgesehen sein, dass die Abdeckungen 35 als Deckel für Microplatten zum Einsatz kommen oder für modifizierte Microplatten, wie sie in Figur 13 ausschnittsweise dargestellt sind. Die Stäbe 77, die als leitenden Elemente 57 ausgeführt sind, werden jeweils in den Abdeckungen so angebracht, dass ihr längeres Ende in Richtung der mög- lichen Aufnahmemittel 60 weist. Das in die Lösung ragende Ende der Stäbe 77 kann kugelförmig oder beispielsweise als T-Form ausgebildet sein. T- förmig heißt hierbei, dass an das in die Probe ragbare Ende des Stabes 77 beispielsweise im Winkel von 90° ein Querstab angebracht ist, der eine geringere Länge als der Stab 77 hat. Figur 14a zeigt den Ausschnitt aus einer Abdeckung 35, in die Stäbe 77 eingebracht sind. Die als zylindrische Metallstäbe ausgebildeten Stäbe 77 weisen in der Abdeckung 35 zusätzlich leitende Platten 87 auf. Die Stäbe 77 können in dem in die Probe weisenden Teil von einer Isolierung 89 umschlossen sein. Die Isolierung 89 ist hierbei so angebracht, dass sie die leitende Platte 87 ebenfalls auf der zu dem Aufnahmemittel 60 weisenden Seite isoliert ist. Figur 14b zeigt leitende Elemente 57, die über nicht-leitende Elemente 59 miteinander verbunden sind und Teil einer Abdeckung 35, beispielsweise für Aufnahmemittel 60, sein können. Die leitenden Elemente 57 sind als Stäbe 77, beispielsweise in Form von im Querschnitt runden Metallstäben, ausgebildet. Der horizontale Querschnitt dieser Metallstäbe kann jedoch auch rechteckig oder polygon sein. Die als Metallstäbe ausgebildeten Stäbe 77 weisen zu ihrem unteren, in Richtung der Aufnahmemittel 60 weisenden, Ende T- förmige Endigungen 91 auf. Figur 14c zeigt den in Abbildung 14b dargestellten Verbund aus leitenden Elementen 57 und nicht-leitenden Elementen 59, wobei die leitenden Elemente 57 zum Teil eine Isolierung 89 aufweisen. Die Isolierung 89 umschließt die Stäbe 77 so, dass auf der nach oben gerichteten Seite die Stäbe 77 aus der Isolierung 89 herausragen und in der nach unten gerichteten Seite die T- förmige Endigung 91 frei liegt, also nicht von einer Isolierung 89 umschlossen ist. Weiterhin weist der in Abbildung 14c dargestellte Verbund, beispielsweise als Teil einer Abdeckung 35, keine leitende Platte 57 auf. Abbildung 14c zeigt eine Abdeckung 35, in die Stäbe 77 und leitende Platten 87 eingelassen sind. Die beispielsweise als zylindrische Metallstäbe ausgebildeten Stäbe 77 weisen an ihrem unteren längeren Ende Kugeln 93 auf, das heißt, der in das Aufnahmemittel 60 ragende Teil der Stäbe 77 endet in einer kugelförmigen Ausbildung. Die Kugeln 93 können bei allen Stäben 77 den gleichen Durchmesser oder aber unterschiedliche Durchmesser aufweisen. Die in Figur 14 dargestellten Verbünde aus leitenden Elementen 57 und nichtleitenden Elementen 59 können Teil einer Abdeckung 35 sein. Diese Abdeckung 35 kann beispielsweise im Stand der Technik bekannte Microplatten abdecken, wobei für die Desintegration pro Well mindestens zwei leitende Elemente 57 wirkverbunden sein müssen. Es ist jedoch auch möglich, dass mit den in Figur 14 dargestellten leitenden Elementen 57 und nicht-leitenden Elementen 59 sowie der leitenden Platte 87 Probenträgersystem 31, wie in Figur 13b, 13c oder 13d dargestellt, abgedeckt werden. Das Aufbringen der Abdeckung 35 auf ein Probenträgersystem 31 kann dabei so erfolgen, dass jeder einzelne in der Abdeckung 35 ausgebildete Stab 77 in ein einziges Aufnahmemittel 60, beispielsweise ein Probenträgernäpfchen 37, hineinragt. Probenträgernäpfchen 37 und leitende Elemente 47 wären in diesem Falle wirkverbindbar angeordnet. Es kann jedoch auch vorgesehen sein, die Abdeckplatte 35 mit dem in ihr angeordneten Stäben 77 so einzusetzen, dass jeweils mehrere Stäbe 77 in ein und demselben Probenträgernäpfchen 37 wirkverbindbar angeordnet sind. Die Desintegration mittels elektrischer Spannung könnte hierbei zwischen den einzelnen Stäben 77 stattfinden.
Beispiel: DNA- und Proteinauftrennung in E. coli
In einer Trennvorrichtung 12 gemäß Figur 2 wurde eine E. coli-Zellsuspension mit einer Zellkonzentration zwischen ein- bis zehnmal 109 KBE/ml (kolonienbildende Einheiten) E. coli-Stamm DH5α (mit dem pETllb High Copy Plasmid und MIF-Insert, Macrophage Migration Inhibitory Factor) mit gepulsten elektrischen Feldern behandelt. Die E. coli- Zellen befanden sich in PBS/EDTA-Lösung mit einem pH-Wert von 7,4.
Ein Aliquot der Zellsuspension von 300 μl wurde in die in situ-Trennvorrichtung 12 pipettiert. Als Negativkontrolle wurde das gleiche Volumen der Zellsuspension in einem Reaktionsgef ß unter entsprechenden Bedingungen inkubiert. Nach der Behandlung mit den gepulsten elektrischen Feldern (vergleiche nachstehende Parametervariationen) wurde die Temperatur der Zellsuspension bestimmt. Anschließend wurde die behandelte Zellsuspension gemischt und aus der Probenkammer abpipettiert . Daran schloss sich eine Zentrifugation von einer Minute mit 13000 rp (16060 g) bei 4°C an, wobei sowohl die mit gepulsten elektrischen Feldern als auch die Negativkontrolle zentrifugiert wurde. Anschließend wurde der Überstand, das heißt der Rohextrakt, abgenommen und untersucht. Dieser Rohextrakt beinhaltet die aus den Zellen freigesetzten Inhaltsstoffe und spiegelt somit die extrazelluläre Konzentration dieser Substanzen wieder.
Die DNA-Konzentration der Rohextrakte wurde in Microtiterplatten mit dem Fluoreszenzfarbstoff SYBR- Green I (Molecular Probes) über eine Geldokumentationsanlage bestimmt. Hierzu wurden 50 μl einer DNA-Eichreihe (0,3 bis 5 μg/ml) in wässriger Lösung beziehungsweise die jeweiligen Rohextrakte mit 200 μl 5000-fach in 10 mM Tris/HCl; 1 mM EDTA-Lösung, pH 7,5 verdünntem SYBR-Green I vermengt. Nach fünf Minuten wurde die Fluoreszenz der Proben bei Anregungen von 254 und 365 nm über die Pixeldichte bestimmt. Hierzu wurde das Programm Image Tool verwendet .
Die Proteinkonzentration der Rohextrakte wurde mit dem BioRad-Protein-Assay, der auf dem Proteinnachweis nach Bradford basiert, durchgeführt. Als Reagenzlösung wurde das BioRad-Proteinreagenz- Konzentrat, 5-fach mit Wasser verdünnt, eingesetzt. Die Proteinlösungen wurden mit der Reagenzlösung im Verhältnis 1:4 versetzt. Dies entspricht einer Mic- ro-Assay-Testlösung. BSA wurde in Wasser gelöst und für die Probenlösung entsprechend verdünnt. Nach einer Inkubation bei Raumtemperatur von mindestens 10 Minuten wurde die Absorption der Proben bei einer Wellenlänge von 590 nm mit einem Microtiterplatten-Lesegerät bestimmt.
Die Trenneffizienz des erfindungsgemäßen Verfahrens wurde also durch Bestimmung der Protein- und DNA- Konzentration der Rohextrakte bestimmt. Der Wert des jeweils niedrigsten variablen Parameters (Protein- beziehungsweise DNA-Konzentration) wurde jeweils gleich Null gesetzt und anhand der Maximalwerte das Verhältnis der prozentualen Werte von extrazellulären Proteinen und extrazellulärer DNA berechnet. Hierbei wurde das Verhältnis der Nullwerte gleich eins gesetzt. Dies entspricht der Anreicherung von Proteinen gegenüber DNA im flüssigen Medium außerhalb des biologischen Materials. Da bestimmte Proteine hauptsächlich aufgrund ihrer Größe durch kleine Poren von intrazellulären ins extrazelluläre Medium übertreten, DNA, im speziellen genomische DNA, jedoch überwiegend nur bei komplett lysierten Zellen in das extrazelluläre Medium gelangt, gibt die Anreicherung auch den Grad des Zellaufschlusses wieder. Ein Zellaufschluss ist bei der erfindungsgemäßen Vorgehensweise aufgrund mangelnder Selektivität natürlich nicht erwünscht.
Gemäß des vorliegenden Beispieles wurde also eine Abtrennung des Proteins von der DNA angestrebt, das heißt, es ist eine Proteinanreicherung im außerhalb des biologischen Materials, das heißt der Zellen, befindlichen flüssigen Mediums erwünscht. Je höher der Anreicherungswert für extrazelluläres Protein, desto mehr Protein gelangte aus der Zelle in das umgebende Medium und desto mehr DNA verblieb in der Zelle, was gleichsam einen geringen Grad an Zellaufschluss widerspiegelt.
In den folgenden Ausführungsbeispielen wurde die Feldstärke, die Impulszahl (Iz) und damit sowohl die Behandlungsdauer (Bd) als auch die Frequenz (Fr) variiert (Iz = Bd • Fr) . Außerdem wurde der Einfluß der Behandlungstemperatur dargelegt.
Die Figur 15 zeigt die Abhängigkeit der extrazellulären Protein-Anreicherung von der eingesetzten Feldstärke. Bei einer I pulszahl von 18000 bei einer Behandlungsdauer von 60 Minuten, einer Frequenz von 5 Hz und einer Temperatur von 25°C wurden Feldstärken von 10; 30; 40; 60 V/cm eingesetzt. Zum Erreichen der kritischen Spannung Vc wäre eine Feldstärke von ca. 7 kV/cm notwendig gewesen. Die eingesetzten Feldstärken lagen damit weit unterhalb der kritischen Spannung Vc. Insbesondere bei einer Feldstärke von 30 bis 50 V/cm wurde eine besonders gute Anreicherung von Protein im außerhalb des biologischen Materials befindlichen Medium erreicht. Dieser optimale Feldstärkebereich hängt jedoch auch von den Parametern, Impulszahl, Behandlungsdauer, Frequenz, Temperatur, Lösung und dem biologischen Material selbst ab.
Die Figuren 16 und 17 betreffen die Abhängigkeit der extrazellulären Proteinanreicherung von der Impulszahl. Da die Impulszahl das Produkt aus Behandlungsdauer und Frequenz darstellt, wurden zwei, in Figur 16 und 17 dargestellte Analysen durchgeführt.
In einem Ausführungsbeispiel (Figur 16) wurde bei konstanter Behandlungsdauer die Frequenz der Impulse variiert, wobei Impulszahlen von 900/9000/18000 und 90000; Frequenzen von 0,5/5/25 und 50 Hz; eine Behandlungsdauer von 30 Minuten; eine Feldstärke von 10 V/cm und eine Temperatur von 25°C eingesetzt wurden. Der Figur 16 kann entnommen werden, dass bei diesen Bedingungen, insbesondere bei einer Impulszahl von 9000, eine besonders gute Anreicherung von Protein außerhalb des biologischen Materials im flüssigen Medium erreicht werden konnte.
In der Figur 17 wurde bei konstanter Frequenz die Behandlungsdauer variiert, wobei Impulszahlen von 1500/9000/18000; Behandlungsdauern von 5/30 und 60 Minuten; eine Frequenz von 5 Hz; eine Feldstärke von 40 V/cm und eine Temperatur von 25°C eingesetzt wurden.
Aus den Figuren 16 und 17 wird deutlich, dass die extrazelluläre Anreicherung von Protein gegenüber DNA und damit die Trenneigenschaften des erfindungsgemäßen in situ-Trennverfahrens einen Bereich optimaler Impulszahlen von 5000 bis 12000 besitzt. Dieser Bereich ist jedoch auch von den Parametern Feldstärken, Behandlungsdauer, Frequenz, Temperatur, Lösung und dem biologischen Material selbst abhängig.
Die Figur 18 stellt die Abhängigkeit der extrazellulären Anreicherung von Protein gegenüber DNA bei konstanter Impulszahl in Abhängigkeit von der Behandlungsdauer dar. Es wurden Behandlungsdauern von 0/3,3/6,7/33,3 und 66,7 Minuten; Frequenzen von 0/ 2,5/5/25 und 50 Hz; eine Impulszahl von 10000; eine Feldstärke von 40 V/cm sowie eine Temperatur von 25°C gewählt. Bei den gewählten Bedingungen waren insbesondere Behandlungsdauern bis zu 10 Minuten günstig, um eine Anreicherung von Proteinen gegenüber DNA zu erreichen. Direkte Effekte der Frequenz bezüglich der Induktion von Poren machen sich erst in Frequenzgrößenordnungen bemerkbar, die Einfluss auf die Impulsform haben. Eine erhöhte Frequenz in den vorliegenden Ausführungsbeispielen hatte bei der verwendeten Apparatur lediglich Auswirkungen auf die maximal erreichbare Feldstärke. Deshalb ist die in Figur 18 dargestellte Abhängigkeit der Anreicherung von Proteinen bei konstanter Impulszahl und damit variabler Frequenz sowie Behandlungsdauer auf die Behandlungsdauer zurückzuführen. Die Daten sind somit mit der Abhängigkeit der Anreicherung von der Impulszahl bei konstanter Frequenz zu kor- relieren (vergleiche Figur 17) .
Die Figur 19 verdeutlicht die Trenneigenschaften des vorliegenden Verfahrens in Abhängigkeit von der Temperatur. In diesem Ausführungsbeispiel wurden die Parameter wie folgt gewählt: Temperatur 10/30/ 45/55/50/65°C, Feldstärke 24 V/cm; Impulszahl 18000, Behandlungsdauer 6 Minuten und Frequenz 50 Hz.
Das Optimum der Temperatur für die beispielhaft untersuchte Trennung von Proteinen und DNA liegt mit ca. 50°C deutlich über den ambienten Temperaturen, die bei einer Elektroporation von E. coli verwendet werden würden. Der Aufschluss der Zellen wäre in diesem System vorzugsweise bei Temperaturen über 70°C durchzuführen. Das Temperaturoptimum der erfindungsgemäßen in situ-Trennverfahren hängt auch von den Parametern Feldstärke, Impulszahl, Frequenz, Behandlungsdauer, Lösung und biologischem Material selbst ab. Aus den vorliegenden Daten wird deutlich, dass Stoffe, insbesondere nach dem Prinzip eines Molekularsiebes, das heißt nach ihrer Größe, getrennt werden. Stoffe, deren Größe keinen Durchtritt durch die erfindungsgemäß induzierten Poren ermöglicht, werden zurückgehalten. Kleinere niedermolekulare Stoffe hingegen gelangen durch die Poren in das außerhalb des biologischen Materials befindliche Medium.

Claims

Ansprüche
1. Verfahren zur selektiven Anreicherung oder Trennung eines oder mehrerer Stoffe aus einem in einem flüssigen Medium befindlichen Stoffgemisch in situ mittels einer stationären und einer mobilen Phase, wobei die stationäre Phase Bestandteil eines biologischen Materials und die mobile Phase ein flüssiges Medium ist und wobei das in dem flüssigen Medium befindliche biologische Material gepulsten, e- lektrischen Feldern mit einer Feldstärke bis 200 V/cm ausgesetzt wird.
2. Verfahren zur Desintegration von biologischem Material in einem Probenträgersystem, umfassend mindestens ein nicht-leitendes Element sowie zwei leitende Elemente, wobei an die leitenden Elemente eine Spannung angelegt wird und das biologische Material einem elektrischen Feld mit einer Feldstärke bis 200 V/cm ausgesetzt wird.
3. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei das elektrische Feld gepulst ist.
4. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei das elektrische Feld homogen oder inhomogen ist.
5. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei eine elektrische Feldliniendichte lokal erhöht ist.
6. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei das elektrische Feld verschiedene Impulsformen aufweist.
7. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Anzahl elektrischer Impulse über zehn liegt.
8. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die elektrische Spannung des einzelnen Impulses in sich schwankt.
9. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei der Impuls ein Gleichspannungs- Impuls und/oder ein Wechselspannungs-Impuls ist.
10. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei das elektrische Feld exponentielle, sinusförmige Impulsformen, Rechtecksimpulse und/oder Dreiecksimpulse aufweist.
11. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei ein Drehstrom, insbesondere ein 3- Phasendrehstrom, verwendet wird.
12. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Impulszahl der gepulsten elektrischen Felder mindestens 15, vorzugsweise 15 bis 19000, insbesondere 5000 bis 12000, beträgt.
13. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Feldstärke der Impulse unterhalb der kritischen Spannung Vc über der Membran des biologischen Materials liegt.
14. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Feldstärke der Impulse bei 30 bis 50 V/cm liegt.
15. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Temperatur bei der biologischen Desintegration bei 0 bis 100°C, insbesondere 20 bis 80°C, liegt.
16. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Temperatur bei der chromatographischen Auftrennung bei -30°C bis +90°C, insbesondere 50 bis 55°C, liegt.
17. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Behandlungsdauer 2 Sekunden bis 5 Stunden beträgt.
18. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Frequenz der Impulse 0,01 Hz bis 40 GHz beträgt.
19. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Impulsdauer 25 ps bis 50 min, insbesondere 15 μs, beträgt.
20. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei während und/oder nach der Behandlung mit dem elektrischen Feld ein oder mehrere Stoffe aus dem biologischen Material freigesetzt werden.
21. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei während und/oder nach der Behandlung mit den gepulsten elektrischen Feldern ein oder mehrere Stoffe aus dem biologischen Material freigesetzt, im flüssigen Medium außerhalb des biologischen Materials angereichert und anschließend vom biologischen Material abgetrennt werden.
22. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei der oder die Stoffe durch Zentrifu- gation des biologischen Materials und des flüssigen Mediums von dem biologischen Material abgetrennt werden.
23. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei der oder die Stoffe durch Filtration von dem biologischen Material abgetrennt werden.
24. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei während und/oder nach der Behandlung mit den gepulsten elektrischen Feldern ein oder mehrere Stoffe im biologischen Material angereichert und dabei dem flüssigen Medium außerhalb des biologischen Materials entzogen werden und anschließend das flüssige Medium von dem biologischen Material abgetrennt wird.
25. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei der Stoff eine Nucleinsäure, insbesondere DNA oder RNA, oder ein Derivat derselben ist.
26. Das Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, wobei der Stoff ein Protein, ein Peptid, ein Koh- lenhydrat, ein Lipid, ein Farbstoff, ein Metabolit oder ein Derivat und/oder eine Kombination derselben ist.
27. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei das biologische Material Organismen, Organe, Gewebe, Organellen, membranumschlossene Kompartimente wie Zellen, insbesondere menschliche, tierische, pflanzliche, Hefe- oder bakterielle Zellen, Viren, Zellkerne, Piastiden, Mitochondrien, Micellen und/oder Liposomen sind.
28. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei das biologische Material in einer Lösung und/oder auf einer Matrix vorliegt.
29. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Lösung eine hohe Leitfähigkeit aufweist.
30. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Matrix in direktem Kontakt zu einem leitenden Element '(57) steht oder über eine Flüssigkeitszone von dem leitenden Element (57) getrennt ist.
31. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei das biologische Material mit dem leitenden Element (57) in Kontakt steht.
32. Das Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die elektrische Trennung und/oder Desintegration in Gegenwart von Chemikalien durchgeführt wird.
33. Das Verfahren nach Anspruch 32, wobei die Chemikalien vor oder nach der erfolgten elektrischen Trennung und/oder Desintegration zugegeben werden.
34. Das Verfahren nach Anspruch 32 und 33, wobei die Chemikalien chaotrope Salze, Detergenzien, Enzyme und/oder fluiditätsmodulierende, lytische, Protease-hemmende und/oder Nuclease-hemmende Chemikalien sind.
35. Probenträgersystem (31), umfassend mindestens ein nicht-leitendes Element (59) sowie mindestens zwei leitende Elemente (57), insbesondere Elektroden (11) .
36. Vorrichtung nach Anspruch 35, umfassend mindestens ein als Aufnahmemittel ausgeführtes nichtleitendes Element (59) und mindestens ein als Abdeckung (35) ausgeführtes leitendes Element (57) .
37. Vorrichtung nach Anspruch 36, wobei die Abdeckung (35) Fortsätze und/oder Vorsprünge (77) umfasst .
38. Vorrichtung nach Anspruch 37, wobei die Fortsätze oder die Vorsprünge (77) mit dem Aufnahmemit- tel (60) wirkverbindbar angeordnet sind.
39. Vorrichtung nach einem der vorhergehenden Ansprüche, umfassend mindestens ein als Aufnahmemittel (60) ausgeführtes leitendes Element (57) .
40. Vorrichtung nach Anspruch 39, wobei das Aufnahmemittel mindestens ein als Abdeckung (35) ausgeführtes leitendes Element (57) umfasst.
41. Vorrichtung nach Anspruch 40, wobei die Abdeckung Fortsätze und/oder Vorsprünge (77) umfasst.
42. Vorrichtung nach Anspruch 41, wobei dei Fortsätze und/oder die Vorsprünge (77) mit dem Aufnahmemittel (60) wirkverbindbar angeordnet sind.
43. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 35 bis 42, wobei die Elektroden (11) aus Aluminium, Gold, Platin, Silber, Gold oder Kohle bestehen oder diese einzeln oder in Kombination enthalten.
44. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 35 bis 43, wobei die nicht leitenden Elemente (59) aus Kunststoff, Glas oder Silicium bestehen oder diese einzeln oder in Kombination enthalten.
45. In situ-Trennvorrichtung (12), umfassend ein Gehäuse aus einer Bodenplatte (14), einer Deckplatte (13), zwei Seitenwänden (28,29) sowie zwei als Seitenwände ausgeführten Elektroden (11), wobei in der Deckplatte (13) zumindest eine Öffnung (15) vorhanden ist.
46. Vorrichtung nach Anspruch 45, wobei die Elektroden (11) aus Aluminium, Edelstahl, Platin, Silber, Gold oder Kohle bestehen oder diese einzeln oder in Kombination enthalten.
47. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 45 und 46, wobei in der Deckplatte (13) zwei Öffnungen (20,21) vorhanden sind.
48. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 45 bis 47, wobei in der Bodenplatte (14) eine Öffnung (22) vorhanden ist.
49. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 45 bis 48, wobei in einer oder mehreren der Öffnungen
(15,20,21,22) Filter (23,26) vorhanden sind.
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