TW202334181A - Ａａｖ蛋白殼變異體及其用途 - Google Patents
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Abstract
本揭露係關於用於製備、使用及/或調配腺相關病毒蛋白殼蛋白變異體之組合物、調配物及方法。
Description
本揭露係關於用於製備、使用及/或調配腺相關病毒蛋白殼蛋白及其變異體之組合物、調配物及方法。
向成人中樞神經系統(CNS)之基因遞送仍然為基因療法中之重大挑戰。具有經改進之腦向性的經工程改造之腺相關病毒(AAV)蛋白殼代表對CNS遞送之局限性之有吸引力的解決方案。
AAV衍生載體因其非致病性、其低免疫原性、至宿主基因體中之低整合率以及在非分裂細胞中之長期轉殖基因表現而成為臨床基因轉移之有前途的工具。然而，某些器官中AAV天然變異體之轉導效率對於臨床應用來說太低，且預先存在之中和抗體的蛋白殼中和可能阻止大部分患者之治療。由於此等原因，已投入了相當大的努力來獲得具有增強特性的蛋白殼變異體。在迄今為止測試的許多方法中，使用蛋白殼變異體之
活體外或
活體內選擇進行的AAV蛋白殼之定向演化已取得了重大進展，該等蛋白殼變異體係藉由使用容易出錯的PCR進行之蛋白殼序列隨機化、各種母血清型之混編或在界定位置處完全隨機化的短肽之插入產生的。
在全身投與時提供具有經改進之特性例如經改進之針對靶細胞或組織之向性的AAV蛋白殼的嘗試已取得有限成功。因此，需要產生AAV蛋白殼之改良方法，且所得AAV蛋白殼用於將目標有效負載遞送至靶細胞或組織，例如CNS細胞或組織、或肌肉細胞或組織。
本揭露至少部分關於用於產生及使用包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒的組合物、調配物及方法。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體具有針對組織或細胞，例如CNS組織、CNS細胞、肌肉組織或肌肉細胞之增強的向性。該向性可用於將有效負載，例如本文所描述之有效負載遞送至細胞或組織以用於治療病症，例如神經或神經退化性病症、肌肉或神經肌肉病症、或神經腫瘤學病症。
因此，在一個態樣中，本揭露提供了一種 AAV蛋白殼變異體，其包含有包含下式之胺基序列：[N1]-[N2]，其中：(i) [N1]包含X1、X2、X3、X4及X5，其中：(a)位置X1為：P、Q、A、H、K、L、R、S或T；(b)位置X2為：L、I、V、H或R；(c)位置X3為：N、D、I、K或Y；(d)位置X4為：G、A、C、R或S；且(e)位置X5為：A、S、T、G、C、D、N、Q、V或Y；並且(ii) [N2]包含胺基酸序列VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VHHY (SEQ ID NO: 4683)；及/或前述(i)及/或(ii)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。在一些實施例中，(a)位置X1為P；(b)位置X2為L；(c)位置X3為N、D、I、K或Y；(d)位置X4為G；且(e)位置X5為A。在一些實施例中，[N2]為或包含VHLY (SEQ ID NO: 4680)。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、L、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q)、位置594處除G之外的胺基酸(例如S、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如S、P、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y)。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置596處除V之外的胺基酸(例如D、F、G、L、A、E或I)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如P、K、R、H、E或L)及/或位置598處除N之外的胺基酸(例如T、K、H、D、Y、S、I或P)。
在另一態樣中，本揭露提供了一種包含以下中之一者、兩者、三者、四者或全部的AAV蛋白殼變異體：(i) [N1]，其中[N1]為或包含：PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGC (SEQ ID NO: 4706)、PLYGA (SEQ ID NO: 4707)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)、PVDGA (SEQ ID NO: 4709)、PLKGA (SEQ ID NO: 4710)、PLNGD (SEQ ID NO: 4711)、KLDGA (SEQ ID NO: 4712)、PHNGA (SEQ ID NO: 4713)、PLNGV (SEQ ID NO: 4714)、PLNAA (SEQ ID NO: 4715)、QLNGY (SEQ ID NO: 4716)、PLDGS (SEQ ID NO: 4717)、LLNGA (SEQ ID NO: 4718)、PLNRA (SEQ ID NO: 4719)、PLIGA (SEQ ID NO: 4720)、PRNGA (SEQ ID NO: 4721)或ALNGS (SEQ ID NO: 4722)；(ii) [N2]，其中[N2]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)；(iii) [N3]，其中[N3]為或包含：AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AQSQ (SEQ ID NO: 4740)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)；(iv) [N4]，其中[N4]為或包含：TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、LSP、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA、TGC、VPP、TPT、TPW、TPP、RPP、TPQ、TPR、TPG、VPA、VPQ、RPG、KGW、TRW、TAR、IPP、RSL、LVP、KGS、VAP、KGG、KAW、PGS、TRL或AGW；及/或(v) [N5]，其中[N5]為或包含：VQN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD、VPN、IQN、VKK、DKN、VKT、VQP、EQN、GQT、FQK、GHN或VPH；且/或其中AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(v)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種包含以下中之一者、兩者、三者、四者或全部的AAV蛋白殼變異體：(i) [N1]，其中[N1]為或包含：PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)或PLDSS (SEQ ID NO: 4705)；(ii) [N2]，其中[N2]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)或VHVY (SEQ ID NO: 4682)；(iii) [N3]，其中[N3]為或包含：AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)或AQSQ (SEQ ID NO: 4740)；(iv) [N4]，其中[N4]為或包含：TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、LSP、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA或TGC；及/或(v) [N5]，其中[N5]為或包含：VQN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD；且/或其中AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(v)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
在另一態樣中，本揭露提供了一種包含[A][B]之AAV蛋白殼變異體，其中[A]包含胺基酸序列PLNGA (SEQ ID NO: 3679)，且[B]包含X1、X2、X3、X4，其中：(i) X1為：V、I、L、A、F、D或G；(ii) X2為：H、N、Q、P、D、L、R或Y；(iii) X3為：L、H、I、R或V；且(iv) X4為Y；且/或其中AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(iv)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種AAV蛋白殼變異體，其包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)且視情況其中AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如A、L、R、V、C、I、K、M、N、P、Q、S)、位置594處除G之外的胺基酸(例如M、S、A、Q、V、T、L、P、H、K、N、I、Y或R)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如S、P、T、A、G、L、Q、H、N、R、K、V、E、F、M、C或Y)。
在另一態樣中，本揭露提供了一種AAV蛋白殼變異體，其包含有包含胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)之胺基序列；且其進一步包含以下中之一者、兩者、三者或全部：(i)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處之胺基酸序列：T、A、L、R、V、C、I、K、M、N、P、Q或S；(ii)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置594處之胺基酸序列：G、M、S、A、Q、V、T、L、P、H、K、N、I、Y或R；及/或(iii)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置595處之胺基酸序列：W、S、P、T、A、G、L、Q、H、N、R、K、V、E、F、M、C或Y；視情況限制條件為相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸不包含胺基酸序列TGW。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種包含X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19之AAV蛋白殼變異體，其中(i) X1為：P、A、D、E、F、G、H、K、L、N、Q、R、S、T或V；(ii) X2為：L、D、E、F、H、I、M、N、P、Q、R、S或V；(iii) X3為：N、A、D、E、G、H、I、K、Q、S、T、V或Y；(iv) X4為：G、A、C、D、E、P、Q、R、S、T、V或W；(v) X5為：A、C、D、E、F、G、H、I、K、N、P、Q、R、S、T、V、W或Y；(vi) X6為：V、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、Q、R、S、T或Y；(vii) X7為：H、A、D、E、G、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V或Y；(viii) X8為：L、A、D、E、F、G、H、I、K、M、N、P、Q、R、S、T、V或Y；(ix) X9為：Y、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、Q、R、S、T、V或W；(x) X10為：A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、N、P、Q、R、S、T、V或Y；(xi) X11為：Q、A、D、E、H、K、L、P、R或T；(xii) X12為：A、D、E、G、H、L、N、P、Q、R、S、T或V；(xiii) X13為：Q、E、H、K、L、P、R或T；(xiv) X14為：T、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、V、W或Y；(xv) X15為：G、A、C、D、E、F、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、W或Y；(xvi) X16為：W、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V或Y；(xvii) X17為：V、A、D、E、F、G、H、I或L；(xviii) X18為：Q、E、H、K、L、P或R；且/或(xix) X19為：N、D、H、I、K、P、S、T或Y。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種包含有包含下式之胺基序列的AAV蛋白殼變異體：[N1]-[N2]，其中：(i) [N1]包含胺基酸序列PLNG (SEQ ID NO: 3678)；且(ii) [N2]包含X1、X2及X3，其中：(a)位置X1為：A、V、T或G；(b)位置X2為：R、K、Q、G或V；且(c)位置X3為：H、A、M、S、T、Q或Y；及/或前述(i)及/或(ii)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
在又另一態樣中，本揭露提供了包含以下中之一者、兩者或全部的AAV蛋白殼變異體：(i) [N1]，其中[N1]為或包含：PLNN (SEQ ID NO: 4752)、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PSAR (SEQ ID NO: 4753)、TLNG (SEQ ID NO: 4754)、PLNM (SEQ ID NO: 4755)、SLNG (SEQ ID NO: 4756)、SING (SEQ ID NO: 4757)、ALNG (SEQ ID NO: 4758)、PLNL (SEQ ID NO: 4759)、PGRQ (SEQ ID NO: 4760)或LVNS (SEQ ID NO: 4761)；(ii) [N2]，其中[N2]為或包含：PGH、VKA、ARM、VKM、VRA、VRS、TRM、VRT、VRM、AKM、VKS、VQM、AVH、TRS、VRQ、AQM、VKY、ART、AGA、VQA、VKT、PVH、GVH、AGH、VGH、TGH或TVR；及/或(iii) [N3]，其中[N3]為或包含：LY、IY、LN、DY、LS或VS；且/或其中AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(v)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
在又另一態樣中，本揭露提供了包含有包含下式之胺基序列的AAV蛋白殼變異體：[B]-[C]，其中：(i) [B]包含X1、X2及X3，其中：(a)位置X1為：P、Q、A、H、K、L、R、S或T；(b)位置X2為：L、I、V、H或R；且(c)位置X3為：N、D、I、K或Y；並且(ii) [C]包含胺基酸序列LY。
在另一態樣中，本揭露提供了一種包含以下中之一者、兩者或全部的AAV蛋白殼變異體：(i) [A]，其中[A]為或包含PLNN (SEQ ID NO: 4752)、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PSAR (SEQ ID NO: 4753)、PLNM (SEQ ID NO: 4755)、SLNG (SEQ ID NO: 4756)、SING (SEQ ID NO: 4757)、PLNL (SEQ ID NO: 4759)或PGRQ (SEQ ID NO: 4760)；(ii) [B]，其中[B]為或包含PGH、VKA、VKM、VRA、VRS、TRM、VRT、VRM、ARM、AKM、VKS、VQM、AVH、TRS、VRQ、AQM、VKY、VQA、VKT、PVH、VGH或TGH；及/或(iii) [C]，其中[C]為或包含LY。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種包含X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9之AAV蛋白殼變異體，其中：(i) X1為：P、T、S、A或L；(ii) X2為：L、S、I、G或V；(iii) X3為：N、A或R；(iv) X4為：N、G、R、M、L、Q或S；(v) X5為：P、V、A、T或G；(vi) X6為：G、K、R、Q或V；(vii) X7為：H、A、M、S、T、Q、Y或R；(viii) X8為：L、I、D或V；且(ix) X9為：Y、N或S。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種AAV蛋白殼變異體，其包含(a)表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列；(b)包含來自表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或(c)相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；或(d)相對於表1A、表1B、表10、表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體不包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸序列TGW。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種AAV蛋白殼變異體，其包含(a) SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列；(b)包含來自SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或(c)相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；(d)相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體不包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸序列TGW。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種AAV蛋白殼變異體，其包含：(a) SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列；(b)包含來自SEQ ID NO: 139-476中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或(c)相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；(d)相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體不包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸序列TGW。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種AAV蛋白殼變異體，其包含(a)表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列；(b)包含來自表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或(c)相對於表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；(d)相對於表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體不包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸序列TGW。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種AAV蛋白殼變異體，其包含(a) SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列；(b)包含來自SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個連續胺基酸的胺基酸序列；或(c)相對於SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；(d)相對於SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。
在另一態樣中，本揭露提供了一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含： SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或來自SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。在一些實施例中，胺基酸序列存在於環VIII中。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586、588或589之後存在。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種肽，其包含(a)表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列；(b)包含來自表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個連續胺基酸的胺基酸序列；(c)相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；或(d)相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基酸序列。在一些實施例中，胺基酸序列不為PLN、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)、PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)及/或PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
在另一態樣中，本揭露提供了一種肽，其包含：SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或來自SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列的3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。在一些實施例中，肽由以下編碼：SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核酸序列；或包含SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼肽之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核酸序列；或包含SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
在另一態樣中，本揭露提供了一種編碼包含以下之AAV蛋白殼變異體之多核苷酸：(a) SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列；(b)包含來自SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或(c)相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；(d)相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基序列；視情況其中：(i) (a)、(b)、(c)及/或(d)之胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586、587、588、589、590、591、592、593、594或595之後存在；或(ii)該胺基酸序列不為PLN、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)、PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)及/或PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之多核苷酸，其中該AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或來自SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。在一些實施例中，多核苷酸包含SEQ ID NO: 4、7、3623-3635中之任一者的核苷酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種包含本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒。在一些實施例中，AAV顆粒包含編碼有效負載之核酸序列。在一些實施例中，AAV顆粒進一步包含病毒基因體，該病毒基因體包含可操作地連接至編碼有效負載之核酸的啟動子。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種製造包含本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒的方法。該方法包含提供包含病毒基因體之宿主細胞及在適合於將病毒基因體包封於AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體中的條件下孵育該宿主細胞，從而製造AAV顆粒。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種將有效負載遞送至細胞或組織(例如CNS細胞、CNS組織、肌肉細胞或肌肉組織)之方法。該方法包含投與有效量的包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種治療患有或經診斷患有遺傳病症，例如單基因病症或多基因病症之個體的方法。該方法包含投與有效量的包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種治療患有或經診斷患有神經病症，例如神經退化性病症之個體的方法。該方法包含投與有效量的包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種治療患有或經診斷患有肌肉病症或神經肌肉病症之個體的方法。該方法包含投與有效量的包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種治療患有或經診斷患有心臟病症，例如如本文所描述之心臟病症(例如心肌病變(例如致心律不整性右心室心肌病變、擴張性心肌病變或肥厚性心肌病變)、鬱血性心衰竭、心搏過速(例如兒茶酚胺多形性心室性心搏過速)、缺血性心臟病及/或心肌梗塞)之個體的方法。該方法包含投與有效量的包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種治療患有或經診斷患有神經腫瘤學病症之個體的方法。該方法包含投與有效量的包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種醫藥調配物，其包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒；(b)緩衝劑(例如Tris)；(c)聚醚(例如丙三醇)；(d)鹽(例如氯化鈉)；以及(e)界面活性劑(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic F-68)。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種醫藥調配物，其包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒；(b)緩衝劑(例如Tris)；(c)糖(例如海藻糖)；(d)鹽(例如氯化鈉)；以及(e)界面活性劑(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic F-68)。
在又另一態樣中，本揭露提供了一種醫藥調配物，其包含：(a) AAV顆粒或其變異體(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)、20 mM或約20 mM Tris、1%或約1%丙三醇、62.5 mM或約62.5 mM氯化鈉，以及0.001%或約0.001% Pluronic F-68；(b) AAV顆粒或其變異體(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)、20 mM或約20 mM Tris、2.5%或約2.5%丙三醇、62.5 mM或約62.5 mM氯化鈉，以及0.001%或約0.001% Pluronic F-68；或(c) AAV顆粒或其變異體(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)、20 mM或約20 mM Tris、5.95%或約5.95%海藻糖、62.5 mM或約62.5 mM氯化鈉，以及0.001%或約0.001% Pluronic F-68。
在一些實施例中，調配物之pH值介於7.8-8.4之間(例如7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3或8.4)。在一些實施例中，調配物之滲透壓介於250-650 mOsm/kg之間(例如介於250-600、250-500、250-450、250-350、300-550、300-500、300-450、300-400、350-400、400-600、400-550、450-600、450-550之間)。在一些實施例中，調配物在-80℃、2-8℃或室溫下儲存1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一年或多年)後保持穩定，表現為滲透壓、病毒效價、佔有率及/或聚集相對於基線(例如儲存之前)之變化(增加或減少)小於50% (例如小於40%、30%、20%、10%或5%)。
在一些實施例中，醫藥調配物中之AAV顆粒或其變異體為本文所描述之AAV顆粒或其變異體(例如，如表3及表4中所描述之TTD-001、TTD-002、TTD-003、TTD-004、TTD-005、TTD-006、TTD-007、TTD-008、TTD-009、TTD-010、TTD-011、TTD-012、TTD-013或TTD-014蛋白殼變異體，或包含例如如表1A、表1B、表2-7、表10、表11或表20中之任一者中所提供之胺基酸序列或其變異體之AAV蛋白殼變異體)。
熟習此項技術者將認識到或能夠僅使用常規實驗來確定本發明之特定實施例的許多等效實施例描述於本文中。此類等效實施例旨在由以下所列舉的實施例涵蓋。
所列舉實施例1. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含有包含下式之胺基序列：
[N1]-[N2]，其中：
(i) [N1]包含X1、X2、X3、X4及X5，其中：
(a) 位置X1為：P、Q、A、H、K、L、R、S或T；
(b) 位置X2為：L、I、V、H或R；
(c) 位置X3為：N、D、I、K或Y；
(d) 位置X4為：G、A、C、R或S；且
(e) 位置X5為：A、S、T、G、C、D、N、Q、V或Y；並且
(ii) [N2]包含胺基酸序列VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VHHY (SEQ ID NO: 4683)；及/或前述(i)及/或(ii)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代；
視情況其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含：
(a) 以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、L、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q)、位置594處除G之外的胺基酸(例如S、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如S、P、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y)；及/或
(b) 以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置596處除V之外的胺基酸(例如D、F、G、L、A、E或I)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如P、K、R、H、E或L)及/或位置598處除N之外的胺基酸(例如T、K、H、D、Y、S、I或P)。
2. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含以下中之一者、兩者、三者、四者或全部：
(i) [N1]，其中[N1]為或包含：PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGC (SEQ ID NO: 4706)、PLYGA (SEQ ID NO: 4707)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)、PVDGA (SEQ ID NO: 4709)、PLKGA (SEQ ID NO: 4710)、PLNGD (SEQ ID NO: 4711)、KLDGA (SEQ ID NO: 4712)、PHNGA (SEQ ID NO: 4713)、PLNGV (SEQ ID NO: 4714)、PLNAA (SEQ ID NO: 4715)、QLNGY (SEQ ID NO: 4716)、PLDGS (SEQ ID NO: 4717)、LLNGA (SEQ ID NO: 4718)、PLNRA (SEQ ID NO: 4719)、PLIGA (SEQ ID NO: 4720)、PRNGA (SEQ ID NO: 4721)或ALNGS (SEQ ID NO: 4722)；
(ii) [N2]，其中[N2]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)；
(iii) [N3]，其中[N3]為或包含：AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AQSQ (SEQ ID NO: 4740)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)；
(iv) [N4]，其中[N4]為或包含：TGW、LSP、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA、TGC、VPP、TPT、TPW、TPP、RPP、TPQ、TPR、TPG、VPA、VPQ、RPG、KGW、TRW、TAR、IPP、RSL、LVP、KGS、VAP、KGG、KAW、PGS、TRL或AGW；及/或
(v) [N5]，其中[N5]為或包含：VQN、VPN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD、IQN、VKK、DKN、VKT、VQP、EQN、GQT、FQK、GHN或VPH；且/或
其中該AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(v)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
3. 如實施例1之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X1為：P、Q、A、S或T；
(b) 位置X2為：L或I；
(c) 位置X3為：N或D；
(d) 位置X4為：G或S；且/或
(e) 位置X5為：A、S、G、T或N。
4. 如實施例1或3之AAV蛋白殼變異體，其中位置X1為P；位置X2為L；位置X3為N；位置X4為G或S；且/或位置X5為A。
5. 如實施例1、3或4之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]包含PL、NG、AL、PI、QL、SL、TL、LN、LD、IN、DG、DS、GA、SA、SS、GG、GN、GS或GT。
6. 如實施例1或3至5中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]包含PLN、ALD、ALN、PIN、PLD、QLN、SLD、SLN、TLN、LNG、LDG、ING、LDS、NGA、DGA、DSA、DSS、NGG、NGN、NGS、NGT。
7. 如實施例1或3至6中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]包含PLNG (SEQ ID NO: 3678)、ALDG (SEQ ID NO: 4762)、ALNG (SEQ ID NO: 4758)、PING (SEQ ID NO: 4763)、PLDG (SEQ ID NO: 4764)、PLDS (SEQ ID NO: 4765)、QLNG (SEQ ID NO: 4766)、SLDG (SEQ ID NO: 4767)、SLNG (SEQ ID NO: 4756)或TLNG (SEQ ID NO: 4754)。
8. 如實施例1至7中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]為或包含PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGC (SEQ ID NO: 4706)、PLYGA (SEQ ID NO: 4707)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)、PVDGA (SEQ ID NO: 4709)、PLKGA (SEQ ID NO: 4710)、PLNGD (SEQ ID NO: 4711)、KLDGA (SEQ ID NO: 4712)、PHNGA (SEQ ID NO: 4713)、PLNGV (SEQ ID NO: 4714)、PLNAA (SEQ ID NO: 4715)、QLNGY (SEQ ID NO: 4716)、PLDGS (SEQ ID NO: 4717)、LLNGA (SEQ ID NO: 4718)、PLNRA (SEQ ID NO: 4719)、PLIGA (SEQ ID NO: 4720)、PRNGA (SEQ ID NO: 4721)或ALNGS (SEQ ID NO: 4722)。
9. 如實施例1至8中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]為或包含ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)或TLNGA (SEQ ID NO: 4708)。
10. 如實施例1至9中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]為或包含PLNGA (SEQ ID NO: 3679)。
11. 如實施例1或3至10中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]包含：
(i) LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、INGAVHLY (SEQ ID NO: 4770)、LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LDSAVHLY (SEQ ID NO: 4771)、LDSSVHLY (SEQ ID NO: 4772)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGGVHLY (SEQ ID NO: 4773)、LNGNVHLY (SEQ ID NO: 4774)、LNGSVHLY (SEQ ID NO: 4775)、LNGTVHLY (SEQ ID NO: 4776)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGAVHIY (SEQ ID NO: 4777)、LDGAVHVY (SEQ ID NO: 4778)或LNGAVHHY (SEQ ID NO: 4779)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6或7個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
12. 如實施例1至11中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]為或包含：
(i) PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、ALDGAVHLY (SEQ ID NO: 4780)、ALNGAVHLY (SEQ ID NO: 4781)、PINGAVHLY (SEQ ID NO: 4782)、PLDGAVHLY (SEQ ID NO: 4783)、PLDSAVHLY (SEQ ID NO: 4784)、PLDSSVHLY (SEQ ID NO: 4785)、PLNGGVHLY (SEQ ID NO: 4786)、PLNGNVHLY (SEQ ID NO: 4787)、PLNGSVHLY (SEQ ID NO: 4788)、PLNGTVHLY (SEQ ID NO: 4789)、QLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4790)、SLDGAVHLY (SEQ ID NO: 4791)、SLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4792)、TLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4793)、PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)、PLDGAVHVY (SEQ ID NO: 4795)或PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
13. 如實施例1至12中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]為或包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
14. 如實施例1至13中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者、三者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置589處除A之外的胺基酸(例如D、S或T)、位置590處除Q之外的胺基酸(例如K、H、L、P或R)、位置591處除A之外的胺基酸(例如P、E或R)及/或位置592處除Q之外的胺基酸(例如H、K或P)。
15. 如實施例1至14中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者、三者或全部：根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置596處除A之外的胺基酸(例如D、S或T)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如K、H、L、P或R)、位置598處除A之外的胺基酸(例如P、E或R)及/或位置599處除Q之外的胺基酸(例如H、K或P)。
16. 如實施例1至13中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置589處之A、位置590處之Q、位置591處之A及/或位置592處之Q；或
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置596處之A、位置597處之Q、位置598處之A及/或位置599處之Q。
17. 如實施例1或3至16之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[N3]，其中[N3]包含X6、X7、X8及X9，其中：
(a) 位置X6為：A、D、S或T；
(b) 位置X7為：Q、K、H、L、P或R；
(c) 位置X8為：A、P、E或R；且
(d) 位置X9為：Q、H、K或P；及/或
前述(a)-(d)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
18. 如實施例17之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X6為：A、D、S；
(b) 位置X7為：Q或K；
(c) 位置X8為：A或P；且/或
(d) 位置X9為：Q。
19. 如實施例17或18之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]包含AQ、SQ、AK、DQ、PQ、QA、QP或KA。
20. 如實施例17至19中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]包含AQA、AQP、SQA、AKA、DQA、QAQ、QPQ或KAQ。
21. 如實施例2或17至20中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AQSQ (SEQ ID NO: 4740)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)。
22. 如實施例2或17至21中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)或DQAQ (SEQ ID NO: 4744)。
23. 如實施例2或17至22中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)。
24. 如實施例2或17至23中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]-[N3]為或包含：
(i) VHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4797)、VHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4798)、VHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4799)、VHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4800)、VHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4801)、VHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4802)、VHVYAQAQ (SEQ ID NO: 4803)或VHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4804)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6或7個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
25. 如實施例2或17至24中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]-[N3]為或包含VHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4797)。
26. 如實施例17至25中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]包含：
(i) ALDGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4805)、ALNGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4806)、PINGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4807)、PLDGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4808)、PLDGAVHLYSQ (SEQ ID NO: 4809)、PLDSAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4810)、PLDSSVHLYAQ (SEQ ID NO: 4811)、PLNGAVHLYAK (SEQ ID NO: 4812)、PLNGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4813)、PLNGAVHLYDQ (SEQ ID NO: 4814)、PLNGAVHLYSQ (SEQ ID NO: 4815)、PLNGGVHLYAQ (SEQ ID NO: 4816)、PLNGNVHLYAQ (SEQ ID NO: 4817)、PLNGSVHLYAQ (SEQ ID NO: 4818)、PLNGTVHLYAQ (SEQ ID NO: 4819)、QLNGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4820)、SLDGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4821)、SLNGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4822)、TLNGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4823)、PLNGAVHIYAQ (SEQ ID NO: 4824)、PLDGAVHVYAQ (SEQ ID NO: 4825)或PLNGAVHHYAQ (SEQ ID NO: 4826)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
27. 如實施例2或17至26中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]為或包含：
(i) PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)、ALDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4827)、ALNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4828)、PINGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4829)、PLDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4830)、PLDGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4831)、PLDGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4832)、PLDSAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4833)、PLDSSVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4834)、PLNGAVHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4835)、PLNGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4837)、PLNGAVHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4838)、PLNGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4839)、PLNGGVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4840)、PLNGNVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4841)、PLNGSVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4842)、PLNGTVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4843)、QLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4844)、SLDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4845)、SLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4846)、TLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4847)、PLNGAVHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4848)、PLDGAVHVYAQAQ (SEQ ID NO: 4849)或PLNGAVHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4850)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
28. 如實施例2或17至27中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]包含PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)。
29. 如實施例1至28中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、L、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q)、位置594處除G之外的胺基酸(例如S、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如S、P、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y)。
30. 如實施例1至28中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之參考序列，位置600處除T之外的胺基酸(例如V、L、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q)、位置601處除G之外的胺基酸(例如S、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y)及/或位置602處除W之外的胺基酸(例如S、P、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y)。
31. 如實施例1至30中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸V、L、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q (例如L)；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸S、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y (例如S)；及/或
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸S、P、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y (例如P)。
32. 如實施例1至31中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸L；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸S；以及
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸P。
33. 如實施例1或3至28中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處之T、位置594處之G及/或位置595處之W；
(ii) 根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之T、位置601處之G及/或位置602處之W。
34. 如實施例1或3至33中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[N4]，其中[N4]包含X10、X11及X12，其中：
(a) 位置X10為：T、V、L、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q；
(b) 位置X11為：G、S、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y；且
(c) 位置X12為：W、S、P、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y；及/或
前述(a)-(c)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
35. 如實施例34之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X10為：T、V、L、A、R、C、S、I、M、N、P、Q；
(b) 位置X11為：G、A、S、T、M、Q、V；且/或
(c) 位置X12為：P、S、W、G、A、Q、T、K、N、R、L、M、H、V、C或E。
36. 如實施例34或25之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X10為：T或L；
(b) 位置X11為：G或S；且/或
(c) 位置X12為：W或P。
37. 如實施例34至36中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]包含LS、TG、LA、LT、SA、SS、TL、TT、TS、TA、TV、VS、AA、AG、AS、AT、CS、CT、IA、IG、IL、IQ、IS、IT、LG、LH、LK、LM、LN、LQ、MA、NA、NM、NS、NT、NV、QA、RA、RG、RI、RL、RM、RN、RQ、RS、RT、RV、SG、SM、ST、SV、TK、TM、TN、TP、TQ、TR、VA、VG、VH、VK、VL、VM、VN、VQ、VR、VT、PG、LV、SP、GW、AP、GR、AL、AW、GG、GS、GP、QP、QS、AH、AN、AQ、AR、GQ、HP、KS、MG、MP、MQ、MS、NP、QQ、QR、SH、SK、SQ、SR、IP、VE、AK、AM、AV、GA、GC、GT、KA、KP、KQ、LP、MK、MN、MT、NQ、PP、QH、QK、QM、QN、QT、RW、SL、VW、GK、GN、NG、RP、SN、GL或VP。
38. 如實施例34至37中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]為或包含TGW、LSP、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA、TGC、VPP、TPT、TPW、TPP、RPP、TPQ、TPR、TPG、VPA、VPQ、RPG、KGW、TRW、TAR、IPP、RSL、LVP、KGS、VAP、KGG、KAW、PGS、TRL或AGW。
39. 如實施例2或34至38中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]為或包含LSP、TGW、LAA、LTP、SAP、SSP、TGR、TLA、TTS、TSP、TAL、TAW、TGG、TGS、TVS、VSP、VSS、AAP AGP、ASP、ATP、CSP、CTP、IAA、IAG、IAS、IGG、IGS、ILG、IQP、IQS、ISG、ISP、ISS、ITP、LAG、LAH、LAN、LAP、LAQ、LAR、LAS、LAT、LGP、LGQ、LGS、LHP、LKS、LMA、LMG、LMP、LMQ、LMS、LNP、LQP、LQQ、LQR、LSH、LSK、LSQ、LSR、LST、LTA、LTN、LTS、MAP、NAQ、NAS、NMQ、NSP、NTP、NVQ、QAP、RAA、RAQ、RAS、RGG、RGS、RIA、RIG、RIP、RLG ,RLS、RMS、RNS、RQP、RSA、RSG、RSP、RSQ、RSS、RST、RTA、RTG、RTL、RTS、RTT、RVE、SAA、SAK、SAM、SAQ、SGP、SMA、SMG、SMQ、SMS、STP、SVA、SVG、TAA、TAG、TAK、TAM、TAN、TAP、TAQ、TAS、TAT、TAV、TGA、TGC、TGP、TGT、TKA、TKP、TKQ、TKS、TLP、TLQ、TMA、TMG、TMK、TMN、TMP、TMQ、TMS、TMT、TNA、TNQ、TNS、TPP、TQH、TQK、TQM、TQN、TQP、TQQ、TQT、TRW、TSA、TSG、TSH、TSK、TSL、TSM、TSQ、TSS、TST、TSV、TTA、TTG、TTK、TTP、TTQ、TTT、TVA、TVG、TVQ、TVW、VAA、VAG、VAK、VAN、VAQ、VAS、VAT、VGG、VGK、VGN、VGS、VHP、VKA、VKP、VKQ、VLP、VLS、VMA、VMQ、VMS、VNA、VNG、VNS、VQA、VQN、VQP、VQQ、VQS、VQT、VRP、VSA、VSG、VSN、VSQ、VSR、VST、VTA、VTG、VTK、VTP、VTS、TGL、PGW、LSG、LSS或LVP。
40. 如實施例2或34至39中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]為或包含TGW。
41. 如實施例2或34至39中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]為或包含LSP。
42. 如實施例1至41中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置596處除V之外的胺基酸(例如D、F、G、L、A、E或I)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如K、R、H、E、L或P)及/或位置598處除N之外的胺基酸(例如T、K、H、D、Y、S、I或P)。
43. 如實施例1至42中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之參考序列，位置603處除V之外的胺基酸(例如D、F、G、L、A、E或I)、位置604處除Q之外的胺基酸(例如K、R、H、E、L或P)及/或位置605處除N之外的胺基酸(例如T、K、H、D、Y、S、I或P)。
44. 如實施例1至43中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V、D、F、G、L、A、E或I；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸K、R、H、E、L或P；及/或
(iii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸N、T、K、H、D、Y、S、I或P。
45. 如實施例1至44中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸K、P、E或H；以及
(iii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸N。
46. 如實施例1或3至45中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[N5]，其中[N5]包含X13、X14及X15，其中：
(a) 位置X13為：V、D、F、G、L、A、E或I；
(b) 位置X14為：Q、K、R、H、E、L或P；且
(c) 位置X15為：N、T、K、H、D、Y、S、I或P；及/或
前述(a)-(c)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
47. 如實施例46之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X13為：V、D、A、F、E、G或L；
(b) 位置X14為：Q、K、R、L或P；且/或
(c) 位置X15為：N、T、K、H、D、I、K、S或P。
48. 如實施例46或47之AAV蛋白殼變異體，其中位置X14為P。
49. 如實施例46或47之AAV蛋白殼變異體，其中位置X14為K。
50. 如實施例46或47之AAV蛋白殼變異體，其中位置X14為E或H。
51. 如實施例46或47之AAV蛋白殼變異體，其中位置X14為Q。
52. 如實施例46至51中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]包含VQ、AQ、DQ、FQ、VL、LQ、EQ、GQ、VP、VR、VK、QN、QS、QT、QK、QH、LN、QI、PN、QD、QP、RN或KN。
53. 如實施例46至52中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]為或包含VQN、VPN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD、IQN、VKK、DKN、VKT、VQP、EQN、GQT、FQK、GHN或VPH。
54. 如實施例46至53中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]為或包含VQN、VKN、AQN、VQS、DQN、VQT、VQK、VQH、FQN、VLN、LQN、VQI、EQN、GQT、VPN、VQD、VQP或VRN。
55. 如實施例46至54中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]為或包含VKN、VPN、VEN或VHN。
56. 如實施例46至54中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]為或包含VQN。
57. 如實施例2或46至56中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]-[N5]為或包含：
(i) TGWVQN (SEQ ID NO: 4851)、TGWVPN (SEQ ID NO: 5000)、LAAVQN (SEQ ID NO: 4852)、LTPVQN (SEQ ID NO: 4853)、SAPVQN (SEQ ID NO: 4854)、SSPVQN (SEQ ID NO: 4855)、TGRVQN (SEQ ID NO: 4856)、TGWAQN (SEQ ID NO: 4857)、TGWVQS (SEQ ID NO: 4858)、TLAVQN (SEQ ID NO: 4859)、TTSVQN (SEQ ID NO: 4860)、TSPVQN (SEQ ID NO: 4861)、TALVQN (SEQ ID NO: 4862)、TAWVQN (SEQ ID NO: 4863)、TGGVQN (SEQ ID NO: 4864)、TGSVQN (SEQ ID NO: 4865)、TGWDQN (SEQ ID NO: 4866)、TVSVQN (SEQ ID NO: 4867)、VSPVQN (SEQ ID NO: 4868)、VSSVQN (SEQ ID NO: 4869)、AAPVQN (SEQ ID NO: 4870)、AGPVQN (SEQ ID NO: 4871)、ASPVQN (SEQ ID NO: 4872)、ATPVQN (SEQ ID NO: 4873)、CSPVQN (SEQ ID NO: 4874)、CTPVQN (SEQ ID NO: 4875)、IAAVQN (SEQ ID NO: 4876)、IAGVQN (SEQ ID NO: 4877)、IASVQN (SEQ ID NO: 4878)、IGGVQN (SEQ ID NO: 4879)、IGSVQN (SEQ ID NO: 4880)、ILGVQN (SEQ ID NO: 4881)、IQPVQN (SEQ ID NO: 4882)、IQSVQN (SEQ ID NO: 4883)、ISGVQN (SEQ ID NO: 4884)、ISPVQN (SEQ ID NO: 4885)、ISSVQN (SEQ ID NO: 4886)、ITPVQN (SEQ ID NO: 4887)、LAGVQN (SEQ ID NO: 4888)、LAHVQN (SEQ ID NO: 4889)、LANVQN (SEQ ID NO: 4890)、LAPVQN (SEQ ID NO: 4891)、LAPVQT (SEQ ID NO: 4892)、LAQVQN (SEQ ID NO: 4893)、LARVQN (SEQ ID NO: 4894)、LASVQN (SEQ ID NO: 4895)、LATVQN (SEQ ID NO: 4896)、LGPVQN (SEQ ID NO: 4897)、LGQVQN (SEQ ID NO: 4898)、LGSVQN (SEQ ID NO: 4899)、LHPVQN (SEQ ID NO: 4900)、LKSVQN (SEQ ID NO: 4901)、LMAVQN (SEQ ID NO: 4902)、LMGVQN (SEQ ID NO: 4903)、LMPVQN (SEQ ID NO: 4904)、LMQVQN (SEQ ID NO: 4905)、LMSVQN (SEQ ID NO: 4906)、LNPVQN (SEQ ID NO: 4907)、LQPVQN (SEQ ID NO: 4908)、LQQVQN (SEQ ID NO: 4909)、LQRVQN (SEQ ID NO: 4910)、LSHVQN (SEQ ID NO: 4911)、LSKVQN (SEQ ID NO: 4912)、LSPVQK (SEQ ID NO: 4913)、LSPVQN (SEQ ID NO: 4914)、LSQVQN (SEQ ID NO: 4915)、LSRVQN (SEQ ID NO: 4916)、LSTVQN (SEQ ID NO: 4917)、LTAVQN (SEQ ID NO: 4918)、LTNVQN (SEQ ID NO: 4919)、LTSVQN (SEQ ID NO: 4920)、MAPVQN (SEQ ID NO: 4921)、NAQVQN (SEQ ID NO: 4922)、NASVQN (SEQ ID NO: 4923)、NMQVQN (SEQ ID NO: 4924)、NSPVQN (SEQ ID NO: 4925)、NTPVQN (SEQ ID NO: 4926)、NVQVQN (SEQ ID NO: 4927)、QAPVQN (SEQ ID NO: 4928)、RAAVQN (SEQ ID NO: 4929)、RAQVQN (SEQ ID NO: 4930)、RASVQN (SEQ ID NO: 4931)、RGGVQN (SEQ ID NO: 4932)、RGSVQN (SEQ ID NO: 4933)、RIAVQN (SEQ ID NO: 4934)、RIGVQN (SEQ ID NO: 4935)、RIPVQN (SEQ ID NO: 4936)、RLGVQN (SEQ ID NO: 4937)、RLSVQN (SEQ ID NO: 4938)、RMSVQN (SEQ ID NO: 4939)、RNSVQN (SEQ ID NO: 4940)、RQPVQN (SEQ ID NO: 4941)、RSAVQN (SEQ ID NO: 4942)、RSGVQN (SEQ ID NO: 4943)、RSPVQN (SEQ ID NO: 4944)、RSQVQN (SEQ ID NO: 4945)、RSSVQN (SEQ ID NO: 4946)、RSTVQN (SEQ ID NO: 4947)、RTAVQN (SEQ ID NO: 4948)、RTGVQN (SEQ ID NO: 4949)、RTLVQN (SEQ ID NO: 4950)、RTSVQN (SEQ ID NO: 4951)、RTTVQN (SEQ ID NO: 4952)、RVEVQN (SEQ ID NO: 4953)、SAAVQN (SEQ ID NO: 4954)、SAKVQN (SEQ ID NO: 4955)、SAMVQN (SEQ ID NO: 4956)、SAQVQN (SEQ ID NO: 4957)、SGPVQN (SEQ ID NO: 4958)、SMAVQN (SEQ ID NO: 4959)、SMGVQN (SEQ ID NO: 4960)、SMQVQN (SEQ ID NO: 4961)、SMSVQN (SEQ ID NO: 4962)、STPVQN (SEQ ID NO: 4963)、SVAVQN (SEQ ID NO: 4964)、SVGVQN (SEQ ID NO: 4965)、TAAVQN (SEQ ID NO: 4966)、TAGVQN (SEQ ID NO: 4967)、TAKVQN (SEQ ID NO: 4968)、TAMVQN (SEQ ID NO: 4969)、TANVQN (SEQ ID NO: 4970)、TAPVQN (SEQ ID NO: 4971)、TAPVQT (SEQ ID NO: 4972)、TAQVQN (SEQ ID NO: 4973)、TASVQN (SEQ ID NO: 4974)、TASVQT (SEQ ID NO: 4975)、TATVQN (SEQ ID NO: 4976)、TAVVQN (SEQ ID NO: 4977)、TAWDQN (SEQ ID NO: 4978)、TAWVQH (SEQ ID NO: 4979)、TAWVQT (SEQ ID NO: 4980)、TGAVQN (SEQ ID NO: 4981)、TGCFQN (SEQ ID NO: 4982)、TGGAQN (SEQ ID NO: 4983)、TGGFQN (SEQ ID NO: 4984)、TGGVLN (SEQ ID NO: 4985)、TGGVQH (SEQ ID NO: 4986)、TGGVQK (SEQ ID NO: 4987)、TGGVQT (SEQ ID NO: 4988)、TGPVQN (SEQ ID NO: 4989)、TGSAQN (SEQ ID NO: 4990)、TGSLQN (SEQ ID NO: 4991)、TGSVQH (SEQ ID NO: 4992)、TGSVQI (SEQ ID NO: 4993)、TGSVQS (SEQ ID NO: 4994)、TGSVQT (SEQ ID NO: 4995)、TGTVQN (SEQ ID NO: 4996)、TGWEQN (SEQ ID NO: 4997)、TGWFQN (SEQ ID NO: 4998)、TGWGQT (SEQ ID NO: 4999)、TGWVQD (SEQ ID NO: 5001)、TGWVQP (SEQ ID NO: 5002)、TGWVQT (SEQ ID NO: 5003)、TGWVRN (SEQ ID NO: 5004)、TKAVQN (SEQ ID NO: 5005)、TKPVQN (SEQ ID NO: 5006)、TKQVQN (SEQ ID NO: 5007)、TKSVQN (SEQ ID NO: 5008)、TLPVQN (SEQ ID NO: 5009)、TLQVQN (SEQ ID NO: 5010)、TMAVQN (SEQ ID NO: 5011)、TMGVQN (SEQ ID NO: 5012)、TMKVQN (SEQ ID NO: 5013)、TMNVQN (SEQ ID NO: 5014)、TMPVQN (SEQ ID NO: 5015)、TMQVQN (SEQ ID NO: 5016)、TMSVKN (SEQ ID NO: 5017)、TMSVQN (SEQ ID NO: 5018)、TMSVQT (SEQ ID NO: 5019)、TMTVQN (SEQ ID NO: 5020)、TNAVQN (SEQ ID NO: 5021)、TNQVQN (SEQ ID NO: 5022)、TNSVQN (SEQ ID NO: 5023)、TPPVQN (SEQ ID NO: 5024)、TQHVQN (SEQ ID NO: 5025)、TQKVQN (SEQ ID NO: 5026)、TQMVQN (SEQ ID NO: 5027)、TQNVQN (SEQ ID NO: 5028)、TQPVQN (SEQ ID NO: 5029)、TQQVQN (SEQ ID NO: 5030)、TQTVQN (SEQ ID NO: 5031)、TRWDQN (SEQ ID NO: 5032)、TSAVQN (SEQ ID NO: 5033)、TSGVQN (SEQ ID NO: 5034)、TSHVQN (SEQ ID NO: 5035)、TSKVQN (SEQ ID NO: 5036)、TSLVQN (SEQ ID NO: 5037)、TSMVQN (SEQ ID NO: 5038)、TSPDQN (SEQ ID NO: 5039)、TSQVQN (SEQ ID NO: 5040)、TSSVQN (SEQ ID NO: 5041)、TSSVQT (SEQ ID NO: 5042)、TSTVQN (SEQ ID NO: 5043)、TSVVQN (SEQ ID NO: 5044)、TTAVQN (SEQ ID NO: 5045)、TTGVQN (SEQ ID NO: 5046)、TTKVQN (SEQ ID NO: 5047)、TTPVQN (SEQ ID NO: 5048)、TTPVQT (SEQ ID NO: 5049)、TTQVQN (SEQ ID NO: 5050)、TTTVQN (SEQ ID NO: 5051)、TVAVQN (SEQ ID NO: 5052)、TVAVQT (SEQ ID NO: 5053)、TVGVQN (SEQ ID NO: 5054)、TVQVQN (SEQ ID NO: 5055)、TVSVKN (SEQ ID NO: 5056)、TVWVQK (SEQ ID NO: 5057)、VAAVQN (SEQ ID NO: 5058)、VAGVQN (SEQ ID NO: 5059)、VAKVQN (SEQ ID NO: 5060)、VANVQN (SEQ ID NO: 5061)、VAQVQN (SEQ ID NO: 5062)、VASVQN (SEQ ID NO: 5063)、VATVQN (SEQ ID NO: 5064)、VGGVQN (SEQ ID NO: 5065)、VGKVQN (SEQ ID NO: 5066)、VGNVQN (SEQ ID NO: 5067)、VGSVQN (SEQ ID NO: 5068)、VHPVQN (SEQ ID NO: 5069)、VKAVQN (SEQ ID NO: 5070)、VKPVQN (SEQ ID NO: 5071)、VKQVQN (SEQ ID NO: 5072)、VLPVQN (SEQ ID NO: 5073)、VLSVQN (SEQ ID NO: 5074)、VMAVQN (SEQ ID NO: 5075)、VMQVQN (SEQ ID NO: 5076)、VMSVQN (SEQ ID NO: 5077)、VNAVQN (SEQ ID NO: 5078)、VNGVQN (SEQ ID NO: 5079)、VNSVQN (SEQ ID NO: 5080)、VQAVQN (SEQ ID NO: 5081)、VQNVQN (SEQ ID NO: 5082)、VQPVQN (SEQ ID NO: 5083)、VQQVQN (SEQ ID NO: 5084)、VQSVQN (SEQ ID NO: 5085)、VQTVQN (SEQ ID NO: 5086)、VRPVQN (SEQ ID NO: 5087)、VSAVQN (SEQ ID NO: 5088)、VSGVQN (SEQ ID NO: 5089)、VSNVQN (SEQ ID NO: 5090)、VSPVQT (SEQ ID NO: 5091)、VSQVQN (SEQ ID NO: 5092)、VSRVQN (SEQ ID NO: 5093)、VSSVQK (SEQ ID NO: 5094)、VSSVQT (SEQ ID NO: 5095)、VSTVQN (SEQ ID NO: 5096)、VTAVQN (SEQ ID NO: 5097)、VTGVQN (SEQ ID NO: 5098)、VTKVQN (SEQ ID NO: 5099)、VTPVQN (SEQ ID NO: 5100)、VTSVQN (SEQ ID NO: 5101)、TGLVQN (SEQ ID NO: 5102)、TGWVKN (SEQ ID NO: 5103)、PGWVQN (SEQ ID NO: 5104)、TGWVQH (SEQ ID NO: 5105)、LSGVQN (SEQ ID NO: 5106)、LSSVQN (SEQ ID NO: 5107)或LVPVQN (SEQ ID NO: 5108)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4或5個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
58. 如實施例2或46至57中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]-[N5]為或包含TGWVQN (SEQ ID NO: 4851)、LSPVKN (SEQ ID NO: 5109)或TGWVPN (SEQ ID NO: 5000)。
59. 如實施例2或46至58之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) [N1]為或包含： PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)或PINGA (SEQ ID NO: 4697)；
(ii) [N2]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VHIY (SEQ ID NO: 4681)；
(iii) [N3]為或包含： AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)或SQAQ (SEQ ID NO: 4738)；
(iv) [N4]為或包含：LSP、TGW、TMS、TTK、TGS、TTS、TSP、TMK、VAQ、TGG、TAW、VKQ、SAP、LSK、LAP、LAQ、VAS、TAK、SAK、TGC、TQK、TGR、TVA、SSP、TTQ、TAQ、RIA、RAS、TTP、LAS、LTP、STP、VSQ、TMQ、TSK、VSP、TVQ、VTA、RQP、ISG、VRP、LGP、TNQ、VQQ、VAN、AAP、RST、TMA、IQP、IAS、TVS、RGS、NSP、LQP、VTG、VMQ、SMA、VGK、IQS、CSP、LQR、TPP、VTK、AGP、LAR、TTT、TLQ、VAK、RAA、TVG、LNP、LSQ、TKP、TNA、LAT、VTP、VQA、CTP、TAG、TSQ、TMN、TST、VKP、ASP、VAA、LKS、IAA、TAA、TKA、VSN、TAP、LMP、LHP、RAQ、LTN、RTT、TSV、TLA、RMS、VGN、LMQ、TAT、VHP、ISS、TRW、TMT、RSS、PGW、RTG、VAT、VTS、VSS、TSS、TNS、VKA、SGP、TGP、TAM、TQP、TQQ、VSR、VLP、LGS、VSA、VLS、TQH、QAP、NAQ、ATP、VQP、TTA、LAA、RSG、LMA、TMP、LAN、VST、SAQ、NTP、TGL、TLP、TAV、RLG、RTL、TQM、ITP、TVW、RSA、TAS、TMG、VQS、ISP、VGG、TAL、LAG、RTA、RSP、LAH、TSL、RLS、LMG、SMQ、TQT、VGS、VSG、VMA、IGG、IAG、LSH、VQT、RNS、TKQ、LGQ、NMQ、NVQ、RGG、VMS、TTG、LSR、MAP、ILG、TGT、TSH、RIG、SAM、TSM、SMG、SMS、TSG、TGA、VNS、VAG、IGS、VNG、LSS、LTA、VQN、TKS、SVG、NAS、TSA、TAN、LTS、RSQ、RIP、LVP、RVE、SVA、LSG、LQQ、LST、SAA、RTS、TQN、VNA或LMS；且/或
(v) [N5]為或包含：VQN、VPN、DQN、VQH、FQN、VQD、VQS、VQT、VRN、AQN、VQP、VKN、VQK、EQN、VQI、LQN、GQT或VLN。
60. 如實施例1、2、8、14至17、21、25、28、29至34、38、40至46、48至51或53中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列包含：
(i) SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
61. 如實施例1至60中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列包含：
(i) SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
62. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含以下中之一者、兩者、三者、四者或全部：
(i) [N1]，其中[N1]為或包含： PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)或PLDSS (SEQ ID NO: 4705)；
(ii) [N2]，其中[N2]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)或VHVY (SEQ ID NO: 4682)；
(iii) [N3]，其中[N3]為或包含： AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)或AQSQ (SEQ ID NO: 4740)；
(iv) [N4]，其中[N4]為或包含：TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、LSP、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA或TGC；及/或
(v) [N5]，其中[N5]為或包含：VQN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN或VQD；且/或
其中該AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(v)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
63. 如實施例2或62之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) [N1]為或包含： PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)或PLDSS (SEQ ID NO: 4705)；
(ii) [N2]為或包含： VHLY (SEQ ID NO: 4680)或VHVY (SEQ ID NO: 4682)；
(iii) [N3]為或包含：AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)或AQSQ (SEQ ID NO: 4740)；
(iv) [N4]為或包含：TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、LSP、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA或TGC；且/或
(v) [N5]為或包含：VQN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN或VQD。
64. 如實施例1、2、9、19、42或63中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列包含：
(i) SEQ ID NO: 140、142-144、148-150、154-158、160、161、163、165、166、168、170、171、173-175、177-179、181、182、184-197、199-214、218-222、224、225、227-241、243-253、255-262、265、267、268、270、271、273、274、276、277、279、282、284-286、288-296、300-310、312、315、317、318、320-323、326、327、331、332、334、336、337、339、340、341、343、344、346、349、351、352、356-363、365-367、369、370、372-376、378-381、383-389、392、393、395、397-400、404、407、408、411、412、415、417、420-430、432、433、435-438、441、442、446-448、451-453、456、458、460、461、465、467-469、471-473、475、476、478、480、482、485、488、490、492、493、495、498、500-503、505、507、509、510、517、522-526、528、535-538、540、543-545、547、551、552、557、559、561、564、568、570、572-574、577、585-588、592-594、596、601、602、605、612、616、619、622、624、627、628、635、640、641、646、658、660、665、666、675、678、680、683、684、689、693、695、707、711、718、719、724、727、735、740、748、751、755、758、759、765、766、768、778、783、787、791、797、801、804、817、821、832、841、852、856、861、862、864、894、906、911、913、924、929、945、959、961、970、975、980、983、988、992、1009、1015、1019、1027、1032、1036、1038、1047、1051、1061、1077、1081、1095或1113中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
65. 如實施例1至64中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]為或包含胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQTGWVPN (SEQ ID NO: 314)。
66. 如實施例1至64中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]為或包含胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQLSPVKN (SEQ ID NO: 566)。
67. 如實施例1至64中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]為或包含胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQTGWVQN (SEQ ID NO: 476)。
68. 如實施例1至64中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]為或包含以下胺基酸序列：
(i) SEQ ID NO: 14-17、40-136、314、325、491、499、529、558、566、576、603、610、625、631、648、649、700、703、720、755、763、765、771、791、804、816、818、819、828、859、864、871、885、946、960、966、978、979、1016、1033、1032、1037、1058、1081、1100、1122或1174-1193中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
69. 如實施例1至68中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]存在於環VIII中。
70. 如實施例2或46至69中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]、[N4]及/或[N5]存在於環VIII中。
71. 如實施例2或46至70中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]存在於環VIII中。
72. 如實施例1至71中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處除A之外的胺基酸及/或位置588處除Q之外的胺基酸。
73. 如實施例1至72中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138或3636編號之位置587處之胺基酸P、Q、A、H、K、L、R、S或T (例如P、Q、A、S或T)；及/或
(ii) 根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置588處之胺基酸L、I、V、H或R (例如L或I)。
74. 如實施例1至73中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置586之後存在。
75. 如實施例1至74中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
76. 如實施例1至75中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
77. 如實施例1至76中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-591。
78. 如實施例2或46至77中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置586之後存在。
79. 如實施例1至78中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]緊隨[N1]之後存在。
80. 如實施例1至79中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]緊隨[N1]之後存在，其中[N1]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
81. 如實施例1至80中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]緊隨[N1]之後存在，其中[N1]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
82. 如實施例1至81中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置592至595。
83. 如實施例1至82中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
84. 如實施例1至83中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在。
85. 如實施例1至84中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
86. 如實施例1至85中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587至595。
87. 如實施例2或14至86中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。
88. 如實施例2或14至87中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]替換根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置589-592 (例如A589、Q590、A591、Q592)。
89. 如實施例2或14至87中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在，且替換位置589-592 (例如A589、Q590、A591、Q592)。
90. 如實施例2或14至89中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置596-599。
91. 如實施例2或14至90中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在。
92. 如實施例2或14至91中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-592 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592)。
93. 如實施例2或14至92中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-592 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592)。
94. 如實施例2或14至93中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-599。
95. 如實施例2或29至94中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置592之後存在。
96. 如實施例2或29至95中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]替換根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593-595 (例如T593、G594、W595)。
97. 如實施例2或29至96中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置592之後存在，且替換位置593-595 (例如T593、G594、W595)。
98. 如實施例2或29至97中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置600-602。
99. 如實施例2或29至97中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]-[N4]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在。
100. 如實施例2或29至97中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]-[N4]替換根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置589-595 (例如A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595)。
101. 如實施例2或29至100中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]-[N4]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之588之後存在，且替換位置589-595 (例如A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595)。
102. 如實施例2或29至101中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]-[N4]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置596-602。
103. 如實施例2或29至102中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在。
104. 如實施例2或29至103中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-595 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595)。
105. 如實施例2或29至104中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-595 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595)。
106. 如實施例2或29至105中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-602。
107. 如實施例2或42至106中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置595之後存在。
108. 如實施例2或42至107中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]替換根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置596-598 (例如V596、Q597、N598)。
109. 如實施例2或42至108中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置595之後存在，且替換位置596-598 (例如V596、Q597、N598)。
110. 如實施例2或42至109中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置603-605。
111. 如實施例2或42至110中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]-[N5]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置600-605。
112. 如實施例2或42至111中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-598 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597、N598)。
113. 如實施例2或42至112中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-598 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597、N598)。
114. 如實施例2或42至113中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-605。
115. 如實施例1至114中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[N1]-[N2]。
116. 如實施例2或14至115中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]。
117. 如實施例2或29至116中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]-[N4]。
118. 如實施例2或42至117中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]。
119. 一種包含[A][B]之AAV蛋白殼變異體，其中[A]包含胺基酸序列PLNGA (SEQ ID NO: 3679)，且[B]包含X1、X2、X3、X4，其中：
(i) X1為：V、I、L、A、F、D或G；
(ii) X2為：H、N、Q、P、D、L、R或Y；
(iii) X3為：L、H、I、R或V；且
(iv) X4為Y；且/或
其中該AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(iv)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代；
視情況其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含：
(a) 以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)；及/或
(b) 以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置596處除V之外的胺基酸(例如D、F、A、E、L、G或I)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如P、K、R、L、H或E)及/或位置598處除N之外的胺基酸(例如H、S、T、P、K、I、D或Y)。
120. 如實施例54之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) X1為V；
(ii) X2為H；
(iii) X3為L、H或I；且
(iv) X4為Y。
121. 如實施例119或120之AAV蛋白殼變異體，其中[B]包含：
(i) VH、VN、VQ、IH、LH、VP、VD、AH、FH、DH、VL、GH、VR、VY、LY、HY、IY、RY、HL、HH、HI、NL、QL、PL、DL、HR、LL、RL、HV或YL；或
(ii) VH、LY、HY、IY、HL、HH或HI。
122. 如實施例119至121中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]包含：
(i) VHL、VHH、VHI、VNL、VQL、IHL、LHL、VPL、VDL、AHL、VHR、FHL、DHL、VLL、GHL、VRL、VHV、VYL、HLY、HHY、HIY、NLY、QLY、PLY、DLY、HRY、LLY、RLY、HVY、YLY；
(ii) VHL、VHH、VHI、HLY、HHY或HIY。
123. 如實施例119至122中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]為或包含：
(i) VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)；或
(ii) VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)或VHIY (SEQ ID NO: 4681)。
124. 如實施例119至123中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]為或包含VHLY (SEQ ID NO: 4680)。
125. 如實施例119至124中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]包含：
(i) PLNGAVH (SEQ ID NO: 3681)、PLNGAVN (SEQ ID NO: 5110)、PLNGAVQ (SEQ ID NO: 5111)、PLNGAIH (SEQ ID NO: 5112)、PLNGALH (SEQ ID NO: 5113)、PLNGAVP (SEQ ID NO: 5114)、PLNGAVD (SEQ ID NO: 5115)、PLNGAAH (SEQ ID NO: 5116)、PLNGAFH (SEQ ID NO: 5117)、PLNGADH (SEQ ID NO: 5118)、PLNGAVL (SEQ ID NO: 5119)、PLNGAGH (SEQ ID NO: 5120)、PLNGAVR (SEQ ID NO: 5121)或PLNGAVY (SEQ ID NO: 5122)；或
(ii) PLNGAVH (SEQ ID NO: 3681)；
(iii) 包含(i)或(ii)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5或6個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iv) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(v) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
126. 如實施例119至125之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]為或包含：
(i) PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)、PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)、PLNGAVNLY (SEQ ID NO: 5123)、PLNGAVQLY (SEQ ID NO: 5124)、PLNGAIHLY (SEQ ID NO: 5125)、PLNGALHLY (SEQ ID NO: 5126)、PLNGAVPLY (SEQ ID NO: 5127)、PLNGAVDLY (SEQ ID NO: 5128)、PLNGAAHLY (SEQ ID NO: 5129)、PLNGAVHRY (SEQ ID NO: 5130)、PLNGAFHLY (SEQ ID NO: 5131)、PLNGADHLY (SEQ ID NO: 5132)、PLNGAVLLY (SEQ ID NO: 5133)、PLNGAGHLY (SEQ ID NO: 5134)、PLNGAVRLY (SEQ ID NO: 5135)、PLNGAVHVY (SEQ ID NO: 5136)或PLNGAVYLY (SEQ ID NO: 5137)；
(ii) PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)或PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)；
(iii) 包含(i)或(ii)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iv) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(v) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
127. 如實施例119至126之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]為或包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
128. 如實施例119至127中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者、三者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置589處除A之外的胺基酸(例如D、S或T)、位置590處除Q之外的胺基酸(例如K、H、L、P或R)、位置591處除A之外的胺基酸(例如P或E)及/或位置592處除Q之外的胺基酸(例如H、K或P)。
129. 如實施例119至128中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者、三者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之參考序列，位置596處除A之外的胺基酸(例如D、S或T)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如K、H、L、P或R)、位置598處除A之外的胺基酸(例如P或E)及/或位置599處除Q之外的胺基酸(例如H、K或P)。
130. 如實施例119至127中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置589處之A、位置590處之Q、位置591處之A及/或位置592處之Q；或
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置596處之A、位置597處之Q、位置598處之A及/或位置599處之Q。
131. 如實施例119至130之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[C]，其中[C]包含X4、X5、X6及X7，其中：
(a) 位置X4為：A、D、S或T；
(b) 位置X5為：Q、K、H、L、P或R；
(c) 位置X6為：A、P或E；且
(d) 位置X7為：Q、H、K或P；及/或
前述(a)-(d)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
132. 如實施例131之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X4為：A、D或S；
(b) 位置X5為Q或K；
(c) 位置X6為A或P；且/或
(d) 位置X7為Q。
133. 如實施例131或132之AAV蛋白殼變異體，其中[C]包含：
(i) AQ、AK、DQ、SQ、AH、AL、AP、AR、TQ、PQ、EQ、QA、QP、KA、HA、QE、LA、PA或RA；或
(ii) AQ、AK、DQ、SQ、PQ、QA、QP或KA。
134. 如實施例131至133中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]包含：
(i) AQA、AQP、AKA、DQA、SQA、AHA、AQE、ALA、APA、ARA、TQA、QAQ、QPQ、KAQ、HAQ、QEQ、QAK、LAQ、PAQ、RAQ、QAH或QAP；或
(ii) AQA、AQP、AKA、DQA、SQA、QAQ、QPQ或KAQ。
135. 如實施例131至134中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]為或包含：
(i) AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)；或
(ii) AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)或SQAQ (SEQ ID NO: 4738)。
136. 如實施例131至135中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)。
137. 如實施例131至136中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B][C]為或包含：
(i) VHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4797)、VHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4804)、VHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4798)、VHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4800)、VHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4801)、VHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4799)、VHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4802)、VHLYAHAQ (SEQ ID NO: 5138)、VNLYAQAQ (SEQ ID NO: 5139)、VQLYAQAQ (SEQ ID NO: 5140)、VHLYAQEQ (SEQ ID NO: 5141)、IHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5142)、LHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5143)、VPLYAQAQ (SEQ ID NO: 5144)、VHLYAQAK (SEQ ID NO: 5145)、VDLYAQAQ (SEQ ID NO: 5146)、AHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5147)、VHRYAQAQ (SEQ ID NO: 5148)、FHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5149)、VHLYALAQ (SEQ ID NO: 5150)、DHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5151)、VHLYAPAQ (SEQ ID NO: 5152)、VHLYARAQ (SEQ ID NO: 5153)、VHLYAQAH (SEQ ID NO: 5154)、VLLYAQAQ (SEQ ID NO: 5155)、VHLYAQAP (SEQ ID NO: 5156)、GHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5157)、VRLYAQAQ (SEQ ID NO: 5158)、VHVYAQAQ (SEQ ID NO: 4803)、VYLYAQAQ (SEQ ID NO: 5159)或VHLYTQAQ (SEQ ID NO: 5160)；
(ii) VHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4797)、VHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4804)、VHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4798)、VHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4800)、VHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4801)、VHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4799)或VHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4802)；
(iii) 包含(i)或(ii)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6或7個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iv) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(v) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
138. 如實施例131至137中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B][C]為或包含VHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4797)。
139. 如實施例131至138中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C]包含：
(i) PLNGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4813)、PLNGAVHHYAQ (SEQ ID NO: 4826)、PLNGAVHLYAK (SEQ ID NO: 4812)、PLNGAVHLYDQ (SEQ ID NO: 4814)、PLNGAVHLYSQ (SEQ ID NO: 4815)、PLNGAVHIYAQ (SEQ ID NO: 4824)、PLNGAVHLYAH (SEQ ID NO: 5161)、PLNGAVNLYAQ (SEQ ID NO: 5162)、PLNGAVQLYAQ (SEQ ID NO: 5163)、PLNGAIHLYAQ (SEQ ID NO: 5164)、PLNGALHLYAQ (SEQ ID NO: 5165)、PLNGAVPLYAQ (SEQ ID NO: 5166)、PLNGAVDLYAQ (SEQ ID NO: 5167)、PLNGAAHLYAQ (SEQ ID NO: 5168)、PLNGAVHRYAQ (SEQ ID NO: 5169)、PLNGAFHLYAQ (SEQ ID NO: 5170)、PLNGAVHLYAL (SEQ ID NO: 5171)、PLNGADHLYAQ (SEQ ID NO: 5172)、PLNGAVHLYAP (SEQ ID NO: 5173)、PLNGAVHLYAR (SEQ ID NO: 5174)、PLNGAVLLYAQ (SEQ ID NO: 5175)、PLNGAGHLYAQ (SEQ ID NO: 5176)、PLNGAVRLYAQ (SEQ ID NO: 5177)、PLNGAVHVYAQ (SEQ ID NO: 5178)、PLNGAVYLYAQ (SEQ ID NO: 5179)或PLNGAVHLYTQ (SEQ ID NO: 5180)；
(ii) PLNGAVHLYAQ (SEQ ID NO: 4813)、PLNGAVHHYAQ (SEQ ID NO: 4826)、PLNGAVHLYAK (SEQ ID NO: 4812)、PLNGAVHLYDQ (SEQ ID NO: 4814)、PLNGAVHLYSQ (SEQ ID NO: 4815)或PLNGAVHIYAQ (SEQ ID NO: 4824)；
(iii) 包含(i)或(ii)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iv) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(v) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
140. 如實施例131至139中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C]為或包含：
(i) PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)、PLNGAVHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4850)、PLNGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4837)、PLNGAVHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4835)、PLNGAVHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4838)、PLNGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4839)、PLNGAVHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4848)、PLNGAVHLYAHAQ (SEQ ID NO: 5181)、PLNGAVNLYAQAQ (SEQ ID NO: 5182)、PLNGAVQLYAQAQ (SEQ ID NO: 5183)、PLNGAVHLYAQEQ (SEQ ID NO: 5184)、PLNGAIHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5185)、PLNGALHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5186)、PLNGAVPLYAQAQ (SEQ ID NO: 5187)、PLNGAVHLYAQAK (SEQ ID NO: 5188)、PLNGAVDLYAQAQ (SEQ ID NO: 5189)、PLNGAAHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5190)、PLNGAVHRYAQAQ (SEQ ID NO: 5191)、PLNGAFHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5192)、PLNGAVHLYALAQ (SEQ ID NO: 5193)、PLNGADHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5194)、PLNGAVHLYAPAQ (SEQ ID NO: 5195)、PLNGAVHLYARAQ (SEQ ID NO: 5196)、PLNGAVHLYAQAH (SEQ ID NO: 5197)、PLNGAVLLYAQAQ (SEQ ID NO: 5198)、PLNGAVHLYAQAP (SEQ ID NO: 5199)、PLNGAGHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5200)、PLNGAVRLYAQAQ (SEQ ID NO: 5201)、PLNGAVHVYAQAQ (SEQ ID NO: 5202)、PLNGAVYLYAQAQ (SEQ ID NO: 5203)或PLNGAVHLYTQAQ (SEQ ID NO: 5204)；
(ii) PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)、PLNGAVHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4850)、PLNGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4837)、PLNGAVHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4835)、PLNGAVHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4838)、PLNGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4839)或PLNGAVHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4848)；
(iii) 包含(i)或(ii)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iv) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(v) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
141. 如實施例131至140中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C]為或包含PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)。
142. 如119至141中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
143. 如119至142中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、3636編號之參考序列，位置600處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置601處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置602處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
144. 如119至143中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者、三者或全部：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K (例如L)；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y (例如S)；及/或
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y (例如P)。
145. 如119至144中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸L；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸S；以及
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸P。
146. 如119至141中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處之T、位置594處之G及/或位置595處之W；
(ii) 根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之T、位置601處之G及/或位置602處之W。
147. 如實施例119至146中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[D]，其中[D]包含X8、X9及X10，其中：
(a) 位置X8為：T、V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K；
(b) 位置X9為：T、M、A、G、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y；且
(c) 位置X10為：K、Q、W、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y；及/或
前述(a)-(c)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
148. 如實施例147之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X8為：T、V、S、L、R、I、A、N、C、Q或M；
(b) 位置X9為：T、M、A、G、K、S、Q、V、I、R、N、P、L或H；且/或
(c) 位置X10為：K、Q、W、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L或E。
149. 如實施例147或148之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X8為：T或L；
(b) 位置X9為：G或S；且/或
(c) 位置X10為：W或P。
150. 如實施例147至149中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]包含：
(i) TT、TM、VA、TA、TG、VK、SA、LS、LA、TQ、TV、RI、RA、LT、ST、TS、VS、VT、RQ、IS、VR、LG、TN、VQ、AA、RS、IQ、IA、RG、NS、LQ、VM、SM、VG、CS、TP、SS、AG、TL、LN、TK、CT、AS、LK、LM、LH、RT、RM、VH、TR、SG、VL、QA、NA、AT、NT、RL、IT、IG、RN、NM、NV、MA、IL、VN、SV、RV、PG、QS、RY、SQ、NQ、LL、LP、AQ、TY、NL、SP、LV、KG、VP、AV、KS、AM、SL、AL、RP、IP、MK、AW、GS、KQ、AP、SK、AK、GC、QK、MQ、QP、GP、QQ、AN、GK、QR、PP、AR、GG、MS、NP、KP、MN、KA、SN、MP、HP、GN、RW、MT、SR、GW、QH、GL、QM、VW、MG、AH、QT、GR、SH、GQ、GT、GA、NG、QN、VE、MM、QL、QG、YS、GM、LR、AF、PQ、SW、QW、YA、ML、GF、PA、PS、PT、GY、GV、PW、PR；或
(ii) TT、TM、VA、TA、TG、VK、SA、LS、LA、TQ、TV、RI、RA、LT、ST、TS、VS、VT、RQ、IS、VR、LG、TN、VQ、AA、RS、IQ、IA、RG、NS、LQ、VM、SM、VG、CS、TP、SS、AG、TL、LN、TK、CT、AS、LK、LM、LH、RT、RM、VH、TR、SG、VL、QA、NA、AT、NT、RL、IT、IG、RN、NM、NV、MA、IL、VN、SV、RV、MK、AQ、AW、GS、KQ、AP、SK、AK、GC、QK、SP、MQ、SQ、QP、RP、GP、NQ、QQ、AN、GK、QS、QR、PP、AR、GG、MS、NP、KP、MN、KS、KA、SN、MP、HP、GN、RW、MT、AM、SR、GW、QH、GL、AV、QM、VW、MG、AL、AH、SL、QT、GR、SH、LP、GQ、GT、GA、NG、QN、IP或VE。
151. 如實施例147至150中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]為或包含：
(i) TGW、LSP、TTK、TMK、VAQ、TAW、TGS、VKQ、SAP、LSK、LAP、LAQ、TAK、SAK、TGC、TQK、TVA、TTQ、TAQ、RIA、RAS、TTP、LTP、STP、TSP、TMQ、TSK、VSQ、VSP、TVQ、VTA、RQP、ISG、VRP、LGP、TNQ、VQQ、VAN、AAP、RST、TMA、IQP、IAS、TVS、RGS、NSP、LQP、VTG、VMQ、SMA、VGK、IQS、CSP、LQR、TPP、VTK、SSP、AGP、LAR、TTT、TGG、TLQ、TMS、VAK、RAA、TVG、LNP、LSQ、TKP、TNA、LAT、VTP、VQA、TTS、CTP、TAG、TSQ、TMN、TST、VKP、ASP、VAA、LKS、IAA、TAA、TKA、VSN、TAP、LMP、LHP、RAQ、LTN、RTT、TSV、RMS、VGN、LMQ、TAT、VHP、ISS、VAS、TRW、TMT、RSS、RTG、VAT、VTS、VSS、TNS、VKA、SGP、TGP、TAM、TQP、TQQ、VSR、VSA、VLS、TQH、LAS、QAP、NAQ、ATP、VQP、TTA、LAA、RSG、LMA、TMP、LAN、VST、SAQ、NTP、TGL、TAV、RLG、RTL、TQM、ITP、TVW、RSA、TAS、TMG、VQS、ISP、VGG、TAL、LAG、RTA、RSP、TLA、LAH、TSL、RLS、LMG、SMQ、TQT、VGS、VSG、VMA、IGG、IAG、TGR、LSH、VQT、RNS、TLP、TKQ、LGQ、NMQ、NVQ、RGG、VMS、TTG、LSR、MAP、ILG、TGT、TSS、TSH、RIG、SAM、TSM、SMG、SMS、TSG、TGA、VNS、VAG、IGS、LGS、VNG、LTA、VQN、TKS、SVG、NAS、TSA、TAN、LTS、RSQ、RIP、RVE、VLP、SVA、LQQ、LST、SAA、RTS、TQN、VNA、LMS、TMM、RSV、TQL、RTP、RQQ、VQG、PGW、STQ、QSP、RYS、TQR、SAG、RQS、SQP、STS、VLG、NQP、LGT、RAG、TGM、LSN、RLP、RQG、RLT、TLR、SAF、SVQ、LLP、RTQ、LPP、AQP、TPQ、TSW、NTT、TTR、TQW、NTQ、TYA、TLS、NLP、ATS、ATQ、LSS、TQA、VMP、NAL、RML、RQL、TLG、TGF、SAL、SQL、LSA、TGQ、TNG、AAA、SAV、LSG、SSR、SPP、LVG、TPA、KGW、VPP、ATG、SAN、SQQ、SSM、AVG、VAP、TPS、RGW、SSL、TYS、TPT、IGW、KSS、TGY、RSL、SVS、TSN、SQM、VPA、AMS、TPG、TGV、VPQ、SLP、ALP、TPW、TPR、SSS、RPP、IPP、AGW或RPG；或
(ii) TTK、TMK、VAQ、TAW、TGS、VKQ、SAP、LSK、LAP、LAQ、TAK、SAK、TGC、TQK、TVA、LSP、TTQ、TAQ、RIA、RAS、TTP、LTP、STP、TSP、TMQ、TSK、VSQ、VSP、TVQ、VTA、RQP、ISG、VRP、LGP、TNQ、VQQ、VAN、AAP、RST、TMA、IQP、IAS、TVS、RGS、NSP、LQP、VTG、VMQ、SMA、VGK、IQS、CSP、LQR、TPP、VTK、SSP、AGP、LAR、TTT、TGG、TLQ、TMS、VAK、RAA、TVG、LNP、LSQ、TKP、TNA、LAT、VTP、VQA、TTS、CTP、TAG、TSQ、TMN、TST、VKP、ASP、VAA、LKS、IAA、TAA、TKA、VSN、TAP、LMP、LHP、RAQ、LTN、RTT、TSV、RMS、VGN、LMQ、TAT、VHP、ISS、VAS、TRW、TMT、RSS、RTG、VAT、VTS、VSS、TNS、VKA、SGP、TGP、TAM、TQP、TQQ、VSR、TGW、VSA、VLS、TQH、LAS、QAP、NAQ、ATP、VQP、TTA、LAA、RSG、LMA、TMP、LAN、VST、SAQ、NTP、TGL、TAV、RLG、RTL、TQM、ITP、TVW、RSA、TAS、TMG、VQS、ISP、VGG、TAL、LAG、RTA、RSP、TLA、LAH、TSL、RLS、LMG、SMQ、TQT、VGS、VSG、VMA、IGG、IAG、TGR、LSH、VQT、RNS、TLP、TKQ、LGQ、NMQ、NVQ、RGG、VMS、TTG、LSR、MAP、ILG、TGT、TSS、TSH、RIG、SAM、TSM、SMG、SMS、TSG、TGA、VNS、VAG、IGS、LGS、VNG、LTA、VQN、TKS、SVG、NAS、TSA、TAN、LTS、RSQ、RIP、RVE、VLP、SVA、LQQ、LST、SAA、RTS、TQN、VNA或LMS。
152. 如實施例147至151中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]為或包含TGW。
153. 如實施例147至151中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]為或包含LSP。
154. 如實施例119至153中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置596處除V之外的胺基酸(例如D、F、A、E、L、G或I)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如R、P、K、L、H或E)及/或位置598處除N之外的胺基酸(例如H、S、T、P、K、I、D或Y)。
155. 如實施例119至154中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之參考序列，位置603處除V之外的胺基酸(例如D、F、A、E、L、G或I)、位置604處除Q之外的胺基酸(例如R、P、K、L、H或E)及/或位置605處除N之外的胺基酸(例如H、S、T、P、K、I、D或Y)。
156. 如實施例119至155中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸D、F、A、E、L、G或I；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸R、P、K、L、H或E；及/或
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸H、S、T、P、K、I、D或Y。
157. 如實施例119至156中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之P、K、E或H。
158. 如實施例119至157中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸K、P、E或H；以及
(iii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸N。
159. 如實施例119至158中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[E]，其中[E]包含X11、X12及X13，其中：
(a) 位置X11為：V、D、F、A、E、L、G或I；
(b) 位置X12為：Q、R、P、K、L、H或E；且
(c) 位置X13為：N、H、S、T、P、K、I、D或Y；及/或
前述(a)-(c)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
160. 如實施例159之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X11為：V、D、F、A、E、L或G；
(b) 位置X12為：Q、R、P、K或L；且/或
(c) 位置X13為：N、H、S、T、P、K、I或D。
161. 如實施例159或160之AAV蛋白殼變異體，其中：
(a) 位置X11為V；
(b) 位置X12為：Q、R、P、K或L；且/或
(c) 位置X13為：N。
162. 如實施例159至161中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中位置X12為P。
163. 如實施例159至161中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中位置X12為K。
164. 如實施例159至161中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中位置X12為E或H。
165. 如實施例159至164中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[E]包含：
(i) VQ、DQ、FQ、VR、VP、VK、AQ、EQ、LQ、GQ、VL、VH、VE、DK、GH、IQ、QN、QH、QS、QT、QP、RN、PN、KN、QK、QI、LN、QD、HN、KT、KK、EN、QY或PH；或
(ii) VQ、DQ、FQ、VR、VP、VK、AQ、EQ、LQ、GQ、VL、QN、QH、QS、QT、QP、RN、PN、KN、QK、QI、LN或QD。
166. 如實施例159至165中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[E]為或包含：
(i) VQN、VPN、VKN、DQN、VQH、FQN、VQS、VQT、VQP、VRN、AQN、VQK、EQN、VQI、LQN、GQT、VLN、VQD、VHN、GQN、VKT、VKK、FQK、VEN、VQY、DKN、GHN、IQN或VPH；或
(ii) VQN、VPN、VKN、DQN、VQH、FQN、VQS、VQT、VQP、VRN、AQN、VQK、EQN、VQI、LQN、GQT、VLN或VQD。
167. 如實施例159至166中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[E]為或包含VQN、VPN或VKN。
168. 如實施例159至167中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[E]為或包含VEN、VHN、VKN或VPN。
169. 如實施例159至168中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D][E]為或包含：
(i) TGWVQN (SEQ ID NO: 4851)、TGWVPN (SEQ ID NO: 5000)、TTKVQN (SEQ ID NO: 5047)、TMKVQN (SEQ ID NO: 5013)、VAQVQN (SEQ ID NO: 5062)、TAWDQN (SEQ ID NO: 4978)、TGSVQH (SEQ ID NO: 4992)、VKQVQN (SEQ ID NO: 5072)、SAPVQN (SEQ ID NO: 4854)、LSKVQN (SEQ ID NO: 4912)、LAPVQN (SEQ ID NO: 4891)、LAQVQN (SEQ ID NO: 4893)、TAKVQN (SEQ ID NO: 4968)、SAKVQN (SEQ ID NO: 4955)、TGCFQN (SEQ ID NO: 4982)、TQKVQN (SEQ ID NO: 5026)、TVAVQN (SEQ ID NO: 5052)、LSPVQN (SEQ ID NO: 4914)、TTQVQN (SEQ ID NO: 5050)、TAQVQN (SEQ ID NO: 4973)、RIAVQN (SEQ ID NO: 4934)、RASVQN (SEQ ID NO: 4931)、TTPVQN (SEQ ID NO: 5048)、LTPVQN (SEQ ID NO: 4853)、STPVQN (SEQ ID NO: 4963)、TSPVQN (SEQ ID NO: 4861)、TMQVQN (SEQ ID NO: 5016)、TSKVQN (SEQ ID NO: 5036)、VSQVQN (SEQ ID NO: 5092)、VSPVQN (SEQ ID NO: 4868)、TVQVQN (SEQ ID NO: 5055)、VTAVQN (SEQ ID NO: 5097)、RQPVQN (SEQ ID NO: 4941)、ISGVQN (SEQ ID NO: 4884)、VRPVQN (SEQ ID NO: 5087)、LGPVQN (SEQ ID NO: 4897)、TNQVQN (SEQ ID NO: 5022)、VQQVQN (SEQ ID NO: 5084)、VANVQN (SEQ ID NO: 5061)、AAPVQN (SEQ ID NO: 4870)、RSTVQN (SEQ ID NO: 4947)、TMAVQN (SEQ ID NO: 5011)、IQPVQN (SEQ ID NO: 4882)、IASVQN (SEQ ID NO: 4878)、TVSVQN (SEQ ID NO: 4867)、RGSVQN (SEQ ID NO: 4933)、NSPVQN (SEQ ID NO: 4925)、LQPVQN (SEQ ID NO: 4908)、VTGVQN (SEQ ID NO: 5098)、VMQVQN (SEQ ID NO: 5076)、SMAVQN (SEQ ID NO: 4959)、VGKVQN (SEQ ID NO: 5066)、IQSVQN (SEQ ID NO: 4883)、CSPVQN (SEQ ID NO: 4874)、LQRVQN (SEQ ID NO: 4910)、TAWVQH (SEQ ID NO: 4979)、TPPVQN (SEQ ID NO: 5024)、VTKVQN (SEQ ID NO: 5099)、SSPVQN (SEQ ID NO: 4855)、AGPVQN (SEQ ID NO: 4871)、LARVQN (SEQ ID NO: 4894)、TTTVQN (SEQ ID NO: 5051)、TGGFQN (SEQ ID NO: 4984)、TLQVQN (SEQ ID NO: 5010)、TMSVQN (SEQ ID NO: 5018)、VAKVQN (SEQ ID NO: 5060)、RAAVQN (SEQ ID NO: 4929)、TVGVQN (SEQ ID NO: 5054)、LNPVQN (SEQ ID NO: 4907)、LSQVQN (SEQ ID NO: 4915)、TKPVQN (SEQ ID NO: 5006)、TNAVQN (SEQ ID NO: 5021)、LATVQN (SEQ ID NO: 4896)、VTPVQN (SEQ ID NO: 5100)、VQAVQN (SEQ ID NO: 5081)、TTSVQN (SEQ ID NO: 4860)、CTPVQN (SEQ ID NO: 4875)、TAGVQN (SEQ ID NO: 4967)、TSQVQN (SEQ ID NO: 5040)、TMNVQN (SEQ ID NO: 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4864)、ISPVQN (SEQ ID NO: 4885)、TGWVKN (SEQ ID NO: 5103)、TGSAQN (SEQ ID NO: 4990)、TGWAQN (SEQ ID NO: 4857)、TMSVQT (SEQ ID NO: 5019)、VGGVQN (SEQ ID NO: 5065)、LAPVQT (SEQ ID NO: 4892)、TALVQN (SEQ ID NO: 4862)、LAGVQN (SEQ ID NO: 4888)、RTAVQN (SEQ ID NO: 4948)、RSPVQN (SEQ ID NO: 4944)、TLAVQN (SEQ ID NO: 4859)、LAHVQN (SEQ ID NO: 4889)、TSLVQN (SEQ ID NO: 5037)、RLSVQN (SEQ ID NO: 4938)、LMGVQN (SEQ ID NO: 4903)、SMQVQN (SEQ ID NO: 4961)、TQTVQN (SEQ ID NO: 5031)、TGWEQN (SEQ ID NO: 4997)、VGSVQN (SEQ ID NO: 5068)、VSGVQN (SEQ ID NO: 5089)、VMAVQN (SEQ ID NO: 5075)、IGGVQN (SEQ ID NO: 4879)、IAGVQN (SEQ ID NO: 4877)、TGRVQN (SEQ ID NO: 4856)、LSHVQN (SEQ ID NO: 4911)、VQTVQN (SEQ ID NO: 5086)、TGWDQN (SEQ ID NO: 4866)、RNSVQN (SEQ ID NO: 4940)、TLPVQN (SEQ ID NO: 5009)、TKQVQN (SEQ ID NO: 5007)、LGQVQN (SEQ ID NO: 4898)、NMQVQN (SEQ ID NO: 4924)、NVQVQN (SEQ ID NO: 4927)、TGSVQI (SEQ ID NO: 4993)、RGGVQN (SEQ ID NO: 4932)、VMSVQN (SEQ ID NO: 5077)、TTGVQN (SEQ ID NO: 5046)、LSPVQK (SEQ ID NO: 4913)、LSRVQN (SEQ ID NO: 4916)、VSSVQK (SEQ ID NO: 5094)、TAPVQT (SEQ ID NO: 4972)、MAPVQN (SEQ ID NO: 4921)、ILGVQN (SEQ ID NO: 4881)、TASVQT (SEQ ID NO: 4975)、TGSLQN (SEQ ID NO: 4991)、TGTVQN (SEQ ID NO: 4996)、TGSVQT (SEQ ID NO: 4995)、TSSVQT (SEQ ID NO: 5042)、TSHVQN (SEQ ID NO: 5035)、RIGVQN (SEQ ID NO: 4935)、TGWGQT (SEQ ID NO: 4999)、SAMVQN (SEQ ID NO: 4956)、TSMVQN (SEQ ID NO: 5038)、SMGVQN (SEQ ID NO: 4960)、SMSVQN (SEQ ID NO: 4962)、TSSVQN (SEQ ID NO: 5041)、TSGVQN (SEQ ID NO: 5034)、TGAVQN (SEQ ID NO: 4981)、VNSVQN (SEQ ID NO: 5080)、VAGVQN (SEQ ID NO: 5059)、IGSVQN (SEQ ID NO: 4880)、LGSVQN (SEQ ID NO: 4899)、VNGVQN (SEQ ID NO: 5079)、LTAVQN (SEQ ID NO: 4918)、VQNVQN (SEQ ID NO: 5082)、TKSVQN (SEQ ID NO: 5008)、SVGVQN (SEQ ID NO: 4965)、TAWVQT (SEQ ID NO: 4980)、NASVQN (SEQ ID NO: 4923)、TSAVQN (SEQ ID NO: 5033)、TMSVKN (SEQ ID NO: 5017)、TANVQN (SEQ ID NO: 4970)、TGWFQN (SEQ ID NO: 4998)、TGGVLN (SEQ ID NO: 4985)、LTSVQN (SEQ ID NO: 4920)、TGWVQT (SEQ ID NO: 5003)、RSQVQN (SEQ ID NO: 4945)、RIPVQN (SEQ ID NO: 4936)、TGWVQD (SEQ ID NO: 5001)、RVEVQN (SEQ ID NO: 4953)、VLPVQN (SEQ ID NO: 5073)、TGGVQK (SEQ ID NO: 4987)、SVAVQN (SEQ ID NO: 4964)、LQQVQN (SEQ ID NO: 4909)、LSTVQN (SEQ ID NO: 4917)、SAAVQN (SEQ ID NO: 4954)、RTSVQN (SEQ ID NO: 4951)、TQNVQN (SEQ ID NO: 5028)、VNAVQN (SEQ ID NO: 5078)、TVAVQT (SEQ ID NO: 5053)或LMSVQN (SEQ ID NO: 4906)；
(iii) 包含(i)或(ii)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4或5個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iv) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(v) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
170. 如實施例159至169中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D][E]為或包含TGWVQN (SEQ ID NO: 4851)、TGWVPN (SEQ ID NO: 5000)或LSPVKN (SEQ ID NO: 5109)。
171. 如實施例159至170中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) [B]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)；
(ii) [C]為或包含： AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)；
(iii) [D]為或包含：TGW、LSP、TTK、TMK、VAQ、TAW、TGS、VKQ、SAP、LSK、LAP、LAQ、TAK、SAK、TGC、TQK、TVA、TTQ、TAQ、RIA、RAS、TTP、LTP、STP、TSP、TMQ、TSK、VSQ、VSP、TVQ、VTA、RQP、ISG、VRP、LGP、TNQ、VQQ、VAN、AAP、RST、TMA、IQP、IAS、TVS、RGS、NSP、LQP、VTG、VMQ、SMA、VGK、IQS、CSP、LQR、TPP、VTK、SSP、AGP、LAR、TTT、TGG、TLQ、TMS、VAK、RAA、TVG、LNP、LSQ、TKP、TNA、LAT、VTP、VQA、TTS、CTP、TAG、TSQ、TMN、TST、VKP、ASP、VAA、LKS、IAA、TAA、TKA、VSN、TAP、LMP、LHP、RAQ、LTN、RTT、TSV、RMS、VGN、LMQ、TAT、VHP、ISS、VAS、TRW、TMT、RSS、RTG、VAT、VTS、VSS、TNS、VKA、SGP、TGP、TAM、TQP、TQQ、VSR、VSA、VLS、TQH、LAS、QAP、NAQ、ATP、VQP、TTA、LAA、RSG、LMA、TMP、LAN、VST、SAQ、NTP、TGL、TAV、RLG、RTL、TQM、ITP、TVW、RSA、TAS、TMG、VQS、ISP、VGG、TAL、LAG、RTA、RSP、TLA、LAH、TSL、RLS、LMG、SMQ、TQT、VGS、VSG、VMA、IGG、IAG、TGR、LSH、VQT、RNS、TLP、TKQ、LGQ、NMQ、NVQ、RGG、VMS、TTG、LSR、MAP、ILG、TGT、TSS、TSH、RIG、SAM、TSM、SMG、SMS、TSG、TGA、VNS、VAG、IGS、LGS、VNG、LTA、VQN、TKS、SVG、NAS、TSA、TAN、LTS、RSQ、RIP、RVE、VLP、SVA、LQQ、LST、SAA、RTS、TQN、VNA、LMS、TMM、RSV、TQL、RTP、RQQ、VQG、PGW、STQ、QSP、RYS、TQR、SAG、RQS、SQP、STS、VLG、NQP、LGT、RAG、TGM、LSN、RLP、RQG、RLT、TLR、SAF、SVQ、LLP、RTQ、LPP、AQP、TPQ、TSW、NTT、TTR、TQW、NTQ、TYA、TLS、NLP、ATS、ATQ、LSS、TQA、VMP、NAL、RML、RQL、TLG、TGF、SAL、SQL、LSA、TGQ、TNG、AAA、SAV、LSG、SSR、SPP、LVG、TPA、KGW、VPP、ATG、SAN、SQQ、SSM、AVG、VAP、TPS、RGW、SSL、TYS、TPT、IGW、KSS、TGY、RSL、SVS、TSN、SQM、VPA、AMS、TPG、TGV、VPQ、SLP、ALP、TPW、TPR、SSS、RPP、IPP、AGW或RPG；且/或
(iv) [E]為或包含：VQN、VPN、VKN、DQN、VQH、FQN、VQS、VQT、VQP、VRN、AQN、VQK、EQN、VQI、LQN、GQT、VLN、VQD、VHN、GQN、VKT、VKK、FQK、VEN、VQY、DKN、GHN、IQN或VPH。
172. 如實施例159至171中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) [B]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)或VHIY (SEQ ID NO: 4681)；
(ii) [C]為或包含：AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)或SQAQ (SEQ ID NO: 4738)；
(iii) [D]為或包含：TGW、LSP、TTK、TMK、VAQ、TAW、TGS、VKQ、SAP、LSK、LAP、LAQ、TAK、SAK、TGC、TQK、TVA、TTQ、TAQ、RIA、RAS、TTP、LTP、STP、TSP、TMQ、TSK、VSQ、VSP、TVQ、VTA、RQP、ISG、VRP、LGP、TNQ、VQQ、VAN、AAP、RST、TMA、IQP、IAS、TVS、RGS、NSP、LQP、VTG、VMQ、SMA、VGK、IQS、CSP、LQR、TPP、VTK、SSP、AGP、LAR、TTT、TGG、TLQ、TMS、VAK、RAA、TVG、LNP、LSQ、TKP、TNA、LAT、VTP、VQA、TTS、CTP、TAG、TSQ、TMN、TST、VKP、ASP、VAA、LKS、IAA、TAA、TKA、VSN、TAP、LMP、LHP、RAQ、LTN、RTT、TSV、RMS、VGN、LMQ、TAT、VHP、ISS、VAS、TRW、TMT、RSS、RTG、VAT、VTS、VSS、TNS、VKA、SGP、TGP、TAM、TQP、TQQ、VSR、VSA、VLS、TQH、LAS、QAP、NAQ、ATP、VQP、TTA、LAA、RSG、LMA、TMP、LAN、VST、SAQ、NTP、TGL、TAV、RLG、RTL、TQM、ITP、TVW、RSA、TAS、TMG、VQS、ISP、VGG、TAL、LAG、RTA、RSP、TLA、LAH、TSL、RLS、LMG、SMQ、TQT、VGS、VSG、VMA、IGG、IAG、TGR、LSH、VQT、RNS、TLP、TKQ、LGQ、NMQ、NVQ、RGG、VMS、TTG、LSR、MAP、ILG、TGT、TSS、TSH、RIG、SAM、TSM、SMG、SMS、TSG、TGA、VNS、VAG、IGS、LGS、VNG、LTA、VQN、TKS、SVG、NAS、TSA、TAN、LTS、RSQ、RIP、RVE、VLP、SVA、LQQ、LST、SAA、RTS、TQN、VNA或LMS；且/或
(iv) [E]為或包含：VQN、VPN、VKN、DQN、VQH、FQN、VQS、VQT、VQP、VRN、AQN、VQK、EQN、VQI、LQN、GQT、VLN或VQD。
173. 如實施例159至172中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]包含：
(i) SEQ ID NO: 143、148、149、151、153、154-158、160-163、166、168、170、171、173-175、177-179、181、182、184-188、191-197、199-210、212-215、217-225、227-231、233、234、236-240、243-262、265、267、268、270-277、279、282、284-286、288-293、295、296、298、300-314、316-327、329、331、332、334、336、337-344、346- 350、352-354、356-365、367、369、371-380、382-385、387、392-394、396、397、399-401、404-411、413-415、417、419-429、432、433、435-437、438、440-442、444-447、450-454、456、458-461、464、465、467-469、471-484、487-495、497、498、500-503、505、507-512、514-517、522-525、528-539、542-545、547、551-555、558-561、563-568、570、573、574、576、579、581、582、584、586、587、591-596、598、601、604、605、606、607、610、612、614-619、624-629、631-636、640、641、645、646、649、650、656、658、661、663、664、666、668、669、670、672、673、674、675、677、679、683、684、686、688、689、691、693、695、696、697、699、700、701、702、704-706、709-714、720、722、725-731、733、736、740、745、749-752、754、755、757、758、760-765、767、768、770、771、773、778-780、783-788、792-794、797-799、801、802、804-806、812、814、815、817、818、820、821、824、828、831、832、834-837、839、840-845、847、848、850-855、857-859、861、862、865、866、869-872、874-876、882-884、887、889-895、897、899、901、903-905、907、908、910、911、913、915、919、920、923、924、926、927、929、931-933、935、937、939-949、952-955、957、958、960、962、964、965、967、971、973、974、976、977、981、985-989、992、994、997-1000、1002、1004、1006-1008、1010、1013、1015、1017、1018、1020、1021、1023-1025、1027、1029-1031、1033-1035、1037-1040、1043、1046、1049、1052、1053、1056、1057、1059、1062、1064、1065、1067、1068、1070、1073、1075、1077-1080、1083-1087、1089、1090、1093、1094、1097、1100、1101、1103、1105-1107、1110-1112、1114-1117、1119、1121、1125、1126、1129、1132、1133、1135中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
174. 如實施例159至173中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]包含：
(i) SEQ ID NO: 139、143、148、149、151、153-158、160-163、166、168、170、171、173-175、177-179、181、182、184-188、191-197、199、200、201-210、212-215、217-225、227-231、233、234、236-240、243-262、265、267、268、270-277、279、282、284-286、288-293、295、296、298、300-314、316-327、329、331、332、334、336、337-344、346-350、352-354、356-365、367、369、371-380、382-385、387、392-394、396、397、399-401、404、405、406-411、413-415、417、419-429、432、433、435-438、440-442、444-447、450- 454、456、458-461、464、465、467-469或471-476中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
175. 如實施例159至174中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]包含胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQTGWVPN (SEQ ID NO: 314)。
176. 如實施例159至174中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]包含胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQLSPVKN (SEQ ID NO: 566)。
177. 如實施例159至174中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]包含胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQTGWVQN (SEQ ID NO: 476)。
178. 如實施例159至177中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]存在於環VIII中。
179. 如實施例159至178中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]、[D]及/或[E]存在於環VIII中。
180. 如實施例159至179中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]存在於環VIII中。
181. 如實施例119至180中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處除A之外的胺基酸及/或位置588處除Q之外的胺基酸。
182. 如實施例119至181中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置587處之胺基酸P；及/或
(ii) 根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置588處之胺基酸L。
183. 如實施例119至182中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
184. 如實施例119至183中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
185. 如實施例119至184中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
186. 如實施例119至185中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-591。
187. 如實施例119至186中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]緊隨[A]之後存在。
188. 如實施例119至187中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]緊隨[A]之後存在，其中[A]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
189. 如實施例119至188中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]緊隨[A]之後存在，其中[A]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
190. 如實施例119至189中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置592至595。
191. 如實施例119至190中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
192. 如實施例119至191中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置586之後存在。
193. 如實施例119至192中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
194. 如實施例119至193中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-595。
195. 如實施例131至194中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。
196. 如實施例131至195中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]替換根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置589-592 (例如A589、Q590、A591、Q592)。
197. 如實施例131至196中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在，且替換位置589-592 (例如A589、Q590、A591、Q592)。
198. 如實施例131至197中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置596-599。
199. 如實施例131至198中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在。
200. 如實施例131至199中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-592 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592)。
201. 如實施例131至200中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-592 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592)。
202. 如實施例131至201中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-599。
203. 如實施例147至202中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置592之後存在。
204. 如實施例147至203中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]替換根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593-595 (例如T593、G594、W595)。
205. 如實施例147至204中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置592之後存在，且替換位置593-595 (例如T593、G594、W595)。
206. 如實施例147至205中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置600-602。
207. 如實施例147至206中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C][D]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在。
208. 如實施例147至207中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C][D]替換根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置589-595 (例如A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595)。
209. 如實施例147至208中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C][D]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之588之後存在，且替換位置589-595 (例如A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595)。
210. 如實施例147至209中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C][D]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置596-602。
211. 如實施例147至210中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D]緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置586之後存在。
212. 如實施例147至211中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-595 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595)。
213. 如實施例147至212中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-595 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595)。
214. 如實施例147至213中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-602。
215. 如實施例159至92中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[E]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置595之後存在。
216. 如實施例159至92中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[E]替換根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置596-598 (例如V596、Q597、N598)。
217. 如實施例159至216中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[E]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置595之後存在，且替換位置596-598 (例如V596、Q597、N598)。
218. 如實施例159至217中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[E]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置603至605。
219. 如實施例159至218中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
220. 如實施例159至219中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-598 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597、N598)。
221. 如實施例159至220中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-598 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597、N598)。
222. 如實施例159至221中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-605。
223. 如實施例119至222中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[A][B]。
224. 如實施例131至223中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[A][B][C]。
225. 如實施例147至224中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[A][B][C][D]。
226. 如實施例159至225中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[A][B][C][D][E]。
227. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)且視情況其中AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如A、L、R、V、C、I、K、M、N、P、Q、S)、位置594處除G之外的胺基酸(例如M、S、A、Q、V、T、L、P、H、K、N、I、Y或R)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如S、P、T、A、G、L、Q、H、N、R、K、V、E、F、M、C或Y)。
228. 如實施例227之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸T、A、L、R、V、C、I、K、M、N、P、Q或S；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸G、M、S、A、Q、V、T、L、P、H、K、N、I、Y或R；及/或
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸W、S、P、T、A、G、L、Q、H、N、R、K、V、E、F、M、C或Y。
229. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)；且其進一步包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸T、A、L、R、V、C、I、K、M、N、P、Q或S；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸G、M、S、A、Q、V、T、L、P、H、K、N、I、Y或R；及/或
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸W、S、P、T、A、G、L、Q、H、N、R、K、V、E、F、M、C或Y；
視情況，限制條件為根據SEQ ID NO: 138編號之位置593-595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600-602處之胺基酸不包含胺基酸序列TGW。
230. 如實施例227至229中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸L；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸S；及/或
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸P。
231. 如實施例227至230中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置593-595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600-602處之胺基酸序列TMS、ASP、LGS、LSS、RST、TAA、TAG、TAL、TAS、TGT、TMA、TQP、TSA、TSP、TST、TVA、TVS、VMS、VSP、VSS、VTP、TGP、VAS、AAA、AAP、AGP、AGW、ALP、AMS、AQP、ATG、ATP、ATQ、ATS、AVG、CSP、CTP、IAA、IAG、IAS、IGG、IGS、IGW、ILG、IPP、IQP、IQS、ISG、ISP、ISS、ITP、KGW、KSS、LAA、LAG、LAH、LAN、LAP、LAQ、LAR、LAS、LAT、LGP、LGQ、LGT、LHP、LKS、LLP、LMA、LMG、LMP、LMQ、LMS、LNP、LPP、LQP、LQQ、LQR、LSA、LSG、LSH、LSK、LSN、LSP、LSQ、LSR、LST、LTA、LTN、LTP、LTS、LVG、MAP、NAL、NAQ、NAS、NLP、NMQ、NQP、NSP、NTP、NTQ、NTT、NVQ、PGW、QAP、QSP、RAA、RAG、RAQ、RAS、RGG、RGS、RGW、RIA、RIG、RIP、RLG、RLP、RLS、RLT、RML、RMS、RNS、RPG、RPP、RQG、RQL、RQP、RQQ、RQS、RSA、RSG、RSP、RSQ、RSS、RSV、RTA、RTG、RTL、RTP、RTQ、RTS、RTT、RVE、RYS、SAA、SAF、SAG、SAK、SAL、SAM、SAN、SAP、SAQ、SAV、SGP、SLP、SMA、SMG、SMQ、SMS、SPP、SQL、SQM、SQP、SQQ、SSL、SSM、SSP、SSR、SSS、STP、STQ、STS、SVA、SVG、SVQ、SVS、TAK、TAM、TAN、TAP、TAQ、TAT、TAV、TAW、TGA、TGC、TGF、TGG、TGL、TGM、TGQ、TGR、TGS、TGV、TGY、TKA、TKP、TKQ、TKS、TLA、TLG、TLP、TLQ、TLR、TLS、TMG、TMK、TMM、TMN、TMP、TMQ、TMT、TNA、TNG、TNQ、TNS、TPA、TPG、TPP、TPQ、TPR、TPS、TPT、TPW、TQA、TQH、TQK、TQL、TQM、TQN、TQQ、TQR、TQT、TQW、TRW、TSG、TSH、TSK、TSL、TSM、TSN、TSQ、TSS、TSV、TSW、TTA、TTG、TTK、TTP、TTQ、TTR、TTS、TTT、TVG、TVQ、TVW、TYA、TYS、VAA、VAG、VAK、VAN、VAQ、VAT、VGG、VGK、VGN、VGS、VHP、VKA、VKP、VKQ、VLG、VLP、VLS、VMA、VMP、VMQ、VNA、VNG、VNS、VPA、VPP、VPQ、VQA、VQG、VQN、VQP、VQQ、VQS、VQT、VRP、VSA、VSG、VSN、VSQ、VSR、VST、VTA、VTG、VTK、VTS或VAP。
232. 如實施例227至231中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置593-595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600-602處之胺基酸序列LSP。
233. 如實施例227至232中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 以下中之一者、兩者、三者或全部：根據SEQ ID NO: 138編號之位置589處除A之外的胺基酸(例如D、S或T)、位置590處除Q之外的胺基酸(例如K、H、L、P或R)、位置591處除A之外的胺基酸(例如P或E)及/或位置592處除Q之外的胺基酸(例如H、K或P)；
(ii) 以下中之一者、兩者、三者或全部：根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置596處除A之外的胺基酸(例如D、S或T)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如K、H、L、P或R)、位置598處除A之外的胺基酸(例如P或E)及/或位置599處除Q之外的胺基酸(例如H、K或P)。
234. 如實施例227至233中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置589處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置596處之胺基酸A、D、S或T；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置590處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置597處之胺基酸Q、K、H、L、P或R；
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置591處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置598處之胺基酸A、E或P；及/或
(iv) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置592處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置599處之胺基酸Q、H、K或P。
235. 如實施例227至234中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含以下胺基酸序列：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置589-592處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置596-599處之AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)；或
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置589-592處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置596-599處之AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)或SQAQ (SEQ ID NO: 4738)。
236. 如實施例227至235中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 以下中之一者、兩者或全部：根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處除V之外的胺基酸(例如G、F、D、L、A、I或E)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如K、R、H、E、L或P)及/或位置598處除N之外的胺基酸(例如H、K、T、I、S、D、P或Y)；或
(ii) 以下中之一者、兩者或全部：根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處除V之外的胺基酸(例如G、F、D、L、A、I或E)、位置604處除Q之外的胺基酸(例如K、R、H、E、L或P)及/或位置605處除N之外的胺基酸(例如H、K、T、I、S、D、P或Y)。
237. 如實施例227至237中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V、G、F、D、L、A、I或E；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸Q、K、R、H、E、L或P；及/或
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸N、H、K、T、I、S、D、P或Y。
238. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，且視情況其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處除V之外的胺基酸(例如G、F、D、L、A、I或E)、位置597處除Q之外的胺基酸(例如K、R、H、E、L或P)及/或位置598處除N之外的胺基酸(例如H、K、T、I、S、D、P或Y)。
239. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，且進一步包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之V、G、F、D、L、A、I或E；
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之Q、K、R、H、E、L或P；及/或
(iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之N、H、K、T、I、S、D、P或Y；
視情況，限制條件為根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置596-598處或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置603-605處之胺基酸不包含胺基酸序列VQN。
240. 如實施例227至239中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸P。
241. 如實施例227至339中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸K。
242. 如實施例227至241中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含以下胺基酸序列：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596-598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603-605處之GQN、VQH、VQK、VQT、VQN、FQN、VKN、VQI、DQN、LQN、VQS、VRN、AQN、IQN、VHN、VLN、VEN、VQD、DKN、EQN、FQK、GHN、GQT、VKK、VKT、VPH、VPN、VQP或VQY；或
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596-598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603-605處之VQN、VQT、VQK、DQN、VQH、FQN、AQN、VLN、LQN、VQI、VQS、EQN、GQT、VPN、VQD、VQP、VRN或VKN。
243. 如實施例227至242中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置596-598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603-605處之胺基酸序列VKN、VPN或VQN。
244. 如實施例227至242中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置596-598處或根據SEQ ID NO: 5、8或363編號之位置603-605處之胺基酸序列VEN或VHN。
245. 如實施例227至244中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) SEQ ID NO: 143、148、149、151、153-158、160-163、166、168、170、171、173-175、177-179、181、182、184-188、191-197、199-210、212-215、217-225、227-231、233、234、236-240、243-262、265、267、268、270-277、279、282、284、285、286、288-293、295、296、298、300-314、316-318、320-327、329、331、332、334、336-344、346-350、352-354、356-367、369、371-380、382-385、387、392-394、396、397、399-401、404-411、413-415、417、419-429、432、433、435-437、438、440-442、444-447、450-453、456、458-461、464、465、467-469、471-478、480-483、487-495、497、498、500-503、505、507-512、515-517、522-525、528-532、534-539、542-545、547、551-554、558-561、563-568、570、573、574、576、579、581、582、584、586、587、592-596、598、601、604-607、610、612、614-619、624-629、631、633-636、640、641、645、646、649、650、658、663、664、666、668、669、672、673、675、679、683、684、686、688、689、691、693、695、697、699、700、704、705、709-712、720、722、726-731、733、736、740、745、749、750-752、754、755、757、758、760-765、767、768、771、778、780、783-787、792、794、797、799-802、804、817、818、821、824、828、831、832、834-837、840-845、847、848、851-853、855、858、861、862、865、869、870-872、874、876、882、883、887、889、890、892-895、897、901、903、904、905、907、910、911、913、915、919、920、923、924、926、927、929、931-933、935、937、940、941、943、945-949、953、955、957、958、960、962、964、965、971、973、974、977、986、988、989、992、994、997、998、1000、1004、1007、1013、1015、1017、1018、1020、1025、1027、1029、1030、1031、1033-1035、1037-1039、1043、1046、1049、1052、1056、1057、1059、1062、1065、1067、1068、1070、1073、1075、1077-1079、1083-1087、1089、1090、1094、1100、1101、1103、1106、1107、1110、1111、1112、1114、1115、1117、1119、1125、1126、1129、1132或1133中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
246. 如實施例227至245中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) SEQ ID NO: 143、148-151、153-158、160-163、166、168、170、171、173-175、177-179、181、182、184-188、191-197、199-210、212-215、217-225、227-231、233、234、236-240、243-262、265、267、268、270-277、279、282、284-286、288-293、295、296、298、300-314、316-318、320-327、329、331、332、334、336、337-339、340-344、346-350、352-354、356-365、367、369、371-380、382-385、387、392-394、396、397、399-401、404-411、413-415、417、419、420-429、432、433、435-438、440-442、444-447、450-453、456、458、459、460、461、464、465、467-469或471-476中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
247. 如實施例227至246中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)存在於環VIII中。
248. 如實施例227至247中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO:3648)相對於根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之參考序列， 緊隨位置586之後存在。
249. 如實施例227至248中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
250. 如實施例227至249中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
251. 如實施例227至111中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-595。
252. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19，其中：
(i) X1為：P、A、D、E、F、G、H、K、L、N、Q、R、S、T或V；
(ii) X2為：L、D、E、F、H、I、M、N、P、Q、R、S或V；
(iii) X3為：N、A、D、E、G、H、I、K、Q、S、T、V或Y；
(iv) X4為：G、A、C、D、E、P、Q、R、S、T、V或W；
(v) X5為：A、C、D、E、F、G、H、I、K、N、P、Q、R、S、T、V、W或Y；
(vi) X6為：V、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、Q、R、S、T或Y；
(vii) X7為：H、A、D、E、G、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V或Y；
(viii) X8為：L、A、D、E、F、G、H、I、K、M、N、P、Q、R、S、T、V或Y；
(ix) X9為：Y、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、Q、R、S、T、V或W；
(x) X10為：A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、N、P、Q、R、S、T、V或Y；
(xi) X11為：Q、A、D、E、H、K、L、P、R或T；
(xii) X12為：A、D、E、G、H、L、N、P、Q、R、S、T或V；
(xiii) X13為：Q、E、H、K、L、P、R或T；
(xiv) X14為：T、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、V、W或Y；
(xv) X15為：G、A、C、D、E、F、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、W或Y；
(xvi) X16為：W、A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V或Y；
(xvii) X17為：V、A、D、E、F、G、H、I或L；
(xviii) X18為：Q、E、H、K、L、P或R；且/或
(xix) X19為：N、D、H、I、K、P、S、T或Y。
253. 如實施例252之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) X1為：P、Q、A、S、T、R、H、L或K；
(ii) X2為：L、I、V、H或R；
(iii) X3為：N、D、K、Y或I；
(iv) X4為：G、S、R、C或A；
(v) X5為：A、S、G、N、T、D、Y、Q、V或C；
(vi) X6為：V、I、L、A、F、D或G；
(vii) X7為：H、N、Q、P、D、L、R或Y；
(viii) X8為：L、H、V、I或R；
(ix) X9為Y；
(x) X10為：A、D、S或T；
(xi) X11為：Q、K、H、L、P或R；
(xii) X12為：A、P、E或S；
(xiii) X13為：Q、K、H或P；
(xiv) X14為：L、T、V、S、R、I、A、N、C、P、Q、M或K；
(xv) X15為：S、G、M、T、A、K、Q、V、I、R、N、P、L、H、Y；
(xvi) X16為：P、W、S、K、Q、G、C、R、A、N、T、V、M、H、L、E、F或Y；
(xvii) X17為：V、D、F、A、E、L、G或I；
(xviii) X18為：Q、R、P、K、L、H或E；且/或
(xix) X19為：N、H、D、S、T、P、K、I或Y。
254. 如實施例252之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) X1為：P、A、S、Q或T；
(ii) X2為L或I；
(iii) X3為N或D；
(iv) X4為G或S；
(v) X5為：A、S、G、N或T；
(vi) X6為V；
(vii) X7為H；
(viii) X8為：L、H、V或I
(ix) X9為Y；
(x) X10為：A、D或S；
(xi) X11為Q或K；
(xii) X12為A或P；
(xiii) X13為Q；
(xiv) X14為：L、T、V、S、R、I、A、N、C、P、Q或M；
(xv) X15為：S、G、M、T、A、K、Q、V、I、R、N、P、L或H；
(xvi) X16為：P、W、S、K、Q、G、C、R、A、N、T、V、M、H、L或E；
(xvii) X17為：V、D、F、A、E、L或G；
(xviii) X18為：Q、R、P、K或L；且/或
(xix) X19為：N、H、D、S、T、P、K或I。
255. 如實施例252至254中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置586之後存在。
256. 如實施例252至255中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-598 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597、N598)。
257. 如實施例252至256中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-598 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597、N598)。
258. 如實施例252至257中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-605。
259.一種AAV蛋白殼變異體，其包含有包含下式之胺基序列：
[N1]-[N2]，其中：
(i) [N1]包含胺基酸序列PLNG (SEQ ID NO: 3678)；且
(ii) [N2]包含X1、X2及X3，其中：
(a) 位置X1為：A、V、T或G；
(b) 位置X2為：R、K、Q、G或V；且
(c) 位置X3為：H、A、M、S、T、Q或Y；及/或
前述(i)及/或(ii)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
260. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) [N1]，其中[N1]為或包含：PLNN (SEQ ID NO: 4752)、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PSAR (SEQ ID NO: 4753)、TLNG (SEQ ID NO: 4754)、PLNM (SEQ ID NO: 4755)、SLNG (SEQ ID NO: 4756)、SING (SEQ ID NO: 4757)、ALNG (SEQ ID NO: 4758)、PLNL (SEQ ID NO: 4759)、PGRQ (SEQ ID NO: 4760)或LVNS (SEQ ID NO: 4761)；
(ii) [N2]，其中[N2]為或包含：PGH、VKA、ARM、VKM、VRA、VRS、TRM、VRT、VRM、AKM、VKS、VQM、AVH、TRS、VRQ、AQM、VKY、ART、AGA、VQA、VKT、PVH、GVH、AGH、VGH、TGH或TVR；及/或
(iii) [N3]，其中[N3]為或包含：LY、IY、LN、DY、LS或VS；且或
其中該AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(v)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
261. 如實施例259之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]包含VK、AR、VR、TR、AK、VQ、AQ、AG、GV、KA、RM、KM、RA、RS、RT、KS、QM、RQ、KY、GA、QA、KT、VH或GH。
262. 如實施例259至261中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]為或包含VKA、ARM、VKM、VRA、VRS、TRM、VRT、VRM、AKM、VKS、VQM、TRS、VRQ、AQM、VKY、ART、AGA、VQA、VKT、GVH、AGH。
263. 如實施例259、261或262中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]包含：
(i) PLNGVK (SEQ ID NO: 5438)、PLNGAR (SEQ ID NO: 5439)、PLNGVR (SEQ ID NO: 5440)、PLNGTR (SEQ ID NO: 5441)、PLNGAK (SEQ ID NO: 5442)、PLNGVQ (SEQ ID NO: 5443)、PLNGAQ (SEQ ID NO: 5444)、PLNGAG (SEQ ID NO: 5445)或PLNGGV (SEQ ID NO: 5446)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4或5個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
264. 如實施例259至263中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]為或包含：
(i) PLNGVKA (SEQ ID NO: 5447)、PLNGARM (SEQ ID NO: 5448)、PLNGVKM (SEQ ID NO: 5449)、PLNGVRA (SEQ ID NO: 5450)、PLNGVRS (SEQ ID NO: 5451)、PLNGTRM (SEQ ID NO: 5452)、PLNGVRT (SEQ ID NO: 5453)、PLNGVRM (SEQ ID NO: 5454)、PLNGAKM (SEQ ID NO: 5455)、PLNGVKS (SEQ ID NO: 5456)、PLNGVQM (SEQ ID NO: 5457)、PLNGTRS (SEQ ID NO: 5458)、PLNGVRQ (SEQ ID NO: 5459)、PLNGAQM (SEQ ID NO: 5460)、PLNGVKY (SEQ ID NO: 5461)、PLNGART (SEQ ID NO: 5462)、PLNGAGA (SEQ ID NO: 5463)、PLNGVQA (SEQ ID NO: 5464)、PLNGVKT (SEQ ID NO: 5465)、PLNGGVH (SEQ ID NO: 5466)、PLNGAGH (SEQ ID NO: 5120)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5或6個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
265. 如實施例259至264中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[N3]，其中[N3]包含X4及X5，其中：
(a) 位置X4為：L、I或D；且
(b) 位置X5為：Y、S或N；及/或
前述(a)或(b)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
266. 如實施例260或265之蛋白殼變異體，其中[N3]為或包含LY、IY、DY、LS或LN。
267. 如實施例265或266之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]-[N3]包含：KAL、RMI、KML、RAL、RSL、RML、RTL、RML、RML、KML、KSL、QML、RSL、RQL、QML、KYL、RTI、GAD、QAL、KTL、VHL、GHL。
268. 如實施例265至267中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]-[N3]包含：
(i) VKAL (SEQ ID NO: 5467)、ARMI (SEQ ID NO: 5468)、VKML (SEQ ID NO: 5469)、VRAL (SEQ ID NO: 5470)、VRSL (SEQ ID NO: 5471)、TRML (SEQ ID NO: 5472)、VRTL (SEQ ID NO: 5473)、VRML (SEQ ID NO: 5474)、ARML (SEQ ID NO: 5475)、AKML (SEQ ID NO: 5476)、VKSL (SEQ ID NO: 5477)、VQML (SEQ ID NO: 5478)、TRSL (SEQ ID NO: 5479)、VRQL (SEQ ID NO: 5480)、AQML (SEQ ID NO: 5481)、VKYL (SEQ ID NO: 5482)、ARTI (SEQ ID NO: 5483)、AGAD (SEQ ID NO: 5484)、VQAL (SEQ ID NO: 5485)、VKTL (SEQ ID NO: 5486)、GVHL (SEQ ID NO: 5487)或AGHL (SEQ ID NO: 5488)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2或3個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
269. 如實施例260或265至268中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]-[N3]為或包含：
(i) VKALY (SEQ ID NO: 5489)、ARMIY (SEQ ID NO: 5490)、VKMLY (SEQ ID NO: 5491)、VRALY (SEQ ID NO: 5492)、VRSLY (SEQ ID NO: 5493)、TRMLY (SEQ ID NO: 5494)、VRTLY (SEQ ID NO: 5495)、VRMLY (SEQ ID NO: 5496)、ARMLY (SEQ ID NO: 5497)、AKMLY (SEQ ID NO: 5498)、VKSLY (SEQ ID NO: 5499)、VQMLY (SEQ ID NO: 5500)、TRSLY (SEQ ID NO: 5501)、VRQLY (SEQ ID NO: 5502)、AQMLY (SEQ ID NO: 5503)、VKYLY (SEQ ID NO: 5504)、ARTIY (SEQ ID NO: 5505)、AGADY (SEQ ID NO: 5506)、VQALY (SEQ ID NO: 5507)、VKTLY (SEQ ID NO: 5508)、GVHLS (SEQ ID NO: 5509)或AGHLN (SEQ ID NO: 5510)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3或4個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
270. 如實施例265至269中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]包含：
(i) PLNGVKAL (SEQ ID NO: 5511)、PLNGARMI (SEQ ID NO: 5512)、PLNGVKML (SEQ ID NO: 5513)、PLNGVRAL (SEQ ID NO: 5514)、PLNGVRSL (SEQ ID NO: 5515)、PLNGTRML (SEQ ID NO: 5516)、PLNGVRTL (SEQ ID NO: 5517)、PLNGVRML (SEQ ID NO: 5518)、PLNGARML (SEQ ID NO: 5519)、PLNGAKML (SEQ ID NO: 5520)、PLNGVKSL (SEQ ID NO: 5521)、PLNGVQML (SEQ ID NO: 5522)、PLNGTRSL (SEQ ID NO: 5523)、PLNGVRQL (SEQ ID NO: 5524)、PLNGAQML (SEQ ID NO: 5525)、PLNGVKYL (SEQ ID NO: 5526)、PLNGARTI (SEQ ID NO: 5527)、PLNGAGAD (SEQ ID NO: 5528)、PLNGVQAL (SEQ ID NO: 5529)、PLNGVKTL (SEQ ID NO: 5530)、PLNGGVHL (SEQ ID NO: 5531)或PLNGAGHL (SEQ ID NO: 5532)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6或7個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
271. 如實施例260或265至270中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]為或包含：
(i) PLNGVKALY (SEQ ID NO: 5533)、PLNGARMIY (SEQ ID NO: 5534)、PLNGVKMLY (SEQ ID NO: 5535)、PLNGVRALY (SEQ ID NO: 5536)、PLNGVRSLY (SEQ ID NO: 5537)、PLNGTRMLY (SEQ ID NO: 5538)、PLNGVRTLY (SEQ ID NO: 5539)、PLNGVRMLY (SEQ ID NO: 5540)、PLNGARMLY (SEQ ID NO: 5541)、PLNGAKMLY (SEQ ID NO: 5542)、PLNGVKSLY (SEQ ID NO: 5543)、PLNGVQMLY (SEQ ID NO: 5544)、PLNGTRSLY (SEQ ID NO: 5545)、PLNGVRQLY (SEQ ID NO: 5546)、PLNGAQMLY (SEQ ID NO: 5547)、PLNGVKYLY (SEQ ID NO: 5548)、PLNGARTIY (SEQ ID NO: 5549)、PLNGAGADY (SEQ ID NO: 5550)、PLNGVQALY (SEQ ID NO: 5551)、PLNGVKTLY (SEQ ID NO: 5552)、PLNGGVHLS (SEQ ID NO: 5553)或PLNGAGHLN (SEQ ID NO: 5554)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
272. 如實施例260或265至271中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中：
(i) [N1]為或包含：PLNG (SEQ ID NO: 3678)；
(ii) [N2]為或包含：VKA、ARM、VKM、VRA、VRS、TRM、VRT、VRM、AKM、VKS、VQM、TRS、VRQ、AQM、VKY、ART、AGA、VQA、VKT、GVH、AGH；且/或
(iii) [N3]為或包含：LY、IY、DY、LS或LN。
273. 如實施例259至272中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]、[N2]及/或[N3]存在於該AAV蛋白殼變異體之環VIII中。
274. 如實施例259至129中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置586之後存在。
275. 如實施例259至274中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
276. 如實施例259至275中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
277. 如實施例259至276中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-590。
278. 如實施例259至27中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]緊隨[N1]之後存在。
279. 如實施例259至278中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置591-593。
280. 如實施例259至279中任一項之AAV蛋白殼變異體，[N1]-[N2]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在。
281. 如實施例259至280中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
282. 如實施例259至281中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
283. 如實施例259至282中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-593。
284. 如實施例260或265至283中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]緊隨[N2]之後存在。
285. 如實施例260或265至284中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置594及595。
286. 如實施例260或265至285中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N2]-[N3]緊隨[N1]之後存在。
287. 如實施例260或265至286中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在。
288. 如實施例260或265至287中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
289. 如實施例260或265至288中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
290. 如實施例260或265至289中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-595。
291. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含有包含下式之胺基序列：
[B]-[C]，其中：
(i) [B]包含X1、X2及X3，其中：
(a) 位置X1為：P、V、A或T；
(b) 位置X2為：G、K、R、Q或V；且
(c) 位置X3為：H、A、M、S、T、Q或Y；並且
(ii) [C]包含胺基酸序列LY。
292. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含以下中之一者、兩者或全部：
(i) [A]，其中[A]為或包含： PLNN (SEQ ID NO: 4752)、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PSAR (SEQ ID NO: 4753)、PLNM (SEQ ID NO: 4755)、SLNG (SEQ ID NO: 4756)、SING (SEQ ID NO: 4757)、PLNL (SEQ ID NO: 4759)或PGRQ (SEQ ID NO: 4760)；
(ii) [B]，其中[B]為或包含：PGH、VKA、VKM、VRA、VRS、TRM、VRT、VRM、ARM、AKM、VKS、VQM、AVH、TRS、VRQ、AQM、VKY、VQA、VKT、PVH、VGH或TGH；及/或
(iii) [C]，其中[C]為或包含：LY。
293. 如實施例291之AAV蛋白殼變異體，其中[B]包含PG、VK、VR、TR、AR、AK、VQ、AV、AQ、PV、VG、TG、GH、KA、KM、RA、RS、RM、RT、KS、QM、VH、RQ、KY、QA或KT。
294. 如實施例291至293中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]為或包含PGH、VKA、VKM、VRA、VRS、TRM、VRT、VRM、ARM、AKM、VKS、VQM、AVH、TRS、VRQ、AQM、VKY、VQA、VKT、PVH、VGH或TGH。
295. 如實施例291、293或294中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]-[C]包含：
(i) GHLY (SEQ ID NO: 4734)、KALY (SEQ ID NO: 5555)、KMLY (SEQ ID NO: 5556)、RALY (SEQ ID NO: 5557)、RSLY (SEQ ID NO: 5558)、RMLY (SEQ ID NO: 5559)、RTLY (SEQ ID NO: 5560)、RMLY (SEQ ID NO: 5559)、RMLY (SEQ ID NO: 5559)、KMLY (SEQ ID NO: 5556)、KSLY (SEQ ID NO: 5561)、QMLY (SEQ ID NO: 5562)、VHLY (SEQ ID NO: 4680)、RSLY (SEQ ID NO: 5558)、RQLY (SEQ ID NO: 5563)、QMLY (SEQ ID NO: 5562)、KYLY (SEQ ID NO: 5564)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、QALY (SEQ ID NO: 5565)、VHLY (SEQ ID NO: 4680)、KTLY (SEQ ID NO: 5566)、VHLY (SEQ ID NO: 4680)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)或VHLY (SEQ ID NO: 4680)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2或3個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
296. 如實施例291至295中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]-[C]為或包含：
(i) PGHLY (SEQ ID NO: 5567)、VKALY (SEQ ID NO: 5489)、VKMLY (SEQ ID NO: 5491)、VRALY (SEQ ID NO: 5492)、VRSLY (SEQ ID NO: 5493)、TRMLY (SEQ ID NO: 5494)、VRTLY (SEQ ID NO: 5495)、VRMLY (SEQ ID NO: 5496)、ARMLY (SEQ ID NO: 5497)、AKMLY (SEQ ID NO: 5498)、VKSLY (SEQ ID NO: 5499)、VQMLY (SEQ ID NO: 5500)、AVHLY (SEQ ID NO: 3687)、TRSLY (SEQ ID NO: 5501)、VRQLY (SEQ ID NO: 5502)、AQMLY (SEQ ID NO: 5503)、VKYLY (SEQ ID NO: 5504)、VQALY (SEQ ID NO: 5507)、VKTLY (SEQ ID NO: 5508)、PVHLY (SEQ ID NO: 5568)、VGHLY (SEQ ID NO: 5569)或TGHLY (SEQ ID NO: 5570)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2或3個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
297. 如實施例291至296中任一項之AAV蛋白殼，其進一步包含[A]，其中[A]包含X4、X5、X6及X7，其中：
(a) 位置X4為P或S；
(b) 位置X5為L、S、I或G；
(c) 位置X6為N、A或R；且
(d) 位置X7為N、G、R、M、L或Q。
298. 如實施例297之AAV蛋白殼變異體，其中[A]包含PL、PS、SL、SI、PG、NN、NG、AR、NM、NL、RQ、LN、SA、IN或GR。
299. 如實施例297或298之AAV蛋白殼變異體，其中[A]包含PLN、PSA、SLN、SIN、PGR、LNN、LNG、SAR、LNM、ING、LNL或GRQ。
300. 如實施例292或297至298之AAV蛋白殼變異體，其中[A]為或包含PLNN (SEQ ID NO: 4752)、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PSAR (SEQ ID NO: 4753)、PLNM (SEQ ID NO: 4755)、SLNG (SEQ ID NO: 4756)、SING (SEQ ID NO: 4757)、PLNL (SEQ ID NO: 4759)或PGRQ (SEQ ID NO: 4760)。
301. 如實施例297至300之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]-[C]包含：
(i) NNPGHLY (SEQ ID NO: 5571)、NGVKALY (SEQ ID NO: 5572)、NGVKMLY (SEQ ID NO: 5573)、NGVRALY (SEQ ID NO: 5574)、NGVRSLY (SEQ ID NO: 5575)、NGTRMLY (SEQ ID NO: 5576)、NGVRTLY (SEQ ID NO: 5577)、NGVRMLY (SEQ ID NO: 5578)、NGARMLY (SEQ ID NO: 5579)、NGAKMLY (SEQ ID NO: 5580)、NGVKSLY (SEQ ID NO: 5581)、NGVQMLY (SEQ ID NO: 5582)、ARAVHLY (SEQ ID NO: 5583)、NGTRSLY (SEQ ID NO: 5584)、NGVRQLY (SEQ ID NO: 5585)、NGAQMLY (SEQ ID NO: 5586)、NGVKYLY (SEQ ID NO: 5587)、NMPGHLY (SEQ ID NO: 5588)、NGVQALY (SEQ ID NO: 5589)、NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)、NGVKTLY (SEQ ID NO: 5590)、NGPVHLY (SEQ ID NO: 5591)、NLVGHLY (SEQ ID NO: 5592)、NLTGHLY (SEQ ID NO: 5593)或RQAVHLY (SEQ ID NO: 5594)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5或6個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
302. 如實施例292或297至301之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]-[C]為或包含：
(i) PLNNPGHLY (SEQ ID NO: 5595)、PLNGVKALY (SEQ ID NO: 5533)、PLNGVKMLY (SEQ ID NO: 5535)、PLNGVRALY (SEQ ID NO: 5536)、PLNGVRSLY (SEQ ID NO: 5537)、PLNGTRMLY (SEQ ID NO: 5538)、PLNGVRTLY (SEQ ID NO: 5539)、PLNGVRMLY (SEQ ID NO: 5540)、PLNGARMLY (SEQ ID NO: 5541)、PLNGAKMLY (SEQ ID NO: 5542)、PLNGVKSLY (SEQ ID NO: 5543)、PLNGVQMLY (SEQ ID NO: 5544)、PSARAVHLY (SEQ ID NO: 5596)、PLNGTRSLY (SEQ ID NO: 5545)、PLNGVRQLY (SEQ ID NO: 5546)、PLNGAQMLY (SEQ ID NO: 5547)、PLNGVKYLY (SEQ ID NO: 5548)、PLNMPGHLY (SEQ ID NO: 5597)、PLNGVQALY (SEQ ID NO: 5551)、SLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4792)、PLNGVKTLY (SEQ ID NO: 5552)、SINGPVHLY (SEQ ID NO: 5598)、PLNLVGHLY (SEQ ID NO: 5599)、PLNLTGHLY (SEQ ID NO: 5600)或PGRQAVHLY (SEQ ID NO: 5601)；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
303. 如實施例292或297至302中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]、[B]及/或[C]存在於該AAV蛋白殼變異體之環VIII中。
304. 如實施例292或297至303中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置586之後存在。
305. 如實施例292或297至304中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
306. 如實施例292或297至305中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
307. 如實施例292或297至129中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-590。
308. 如實施例292或297至307中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]緊隨[A]之後存在。
309. 如實施例291至308中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置591-593。
310. 如實施例292或297至309中任一項之AAV蛋白殼變異體，[A]-[B]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在。
311. 如實施例292或297至310中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
312. 如實施例292或297至311中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
313. 如實施例292或297至312中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-593。
314. 如實施例291至313中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]緊隨[B]之後存在。
315. 如實施例291至314中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[C]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置594及595。
316. 如實施例292或297至315中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[B]-[C]緊隨[A]之後存在。
317. 如實施例292或297至318中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]-[C]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在。
318. 如實施例292或297至319中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]-[C]替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
319. 如實施例292或297至320中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]-[C]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
320. 如實施例292或297至321中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[A]-[B]-[C]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-595。
321. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含有包含位置X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9之胺基酸序列，其中：
(i) X1為：P、T、S、A或L；
(ii) X2為：L、S、I、G或V；
(iii) X3為：N、A或R；
(iv) X4為：N、G、R、M、L、Q或S；
(v) X5為：P、V、A、T或G；
(vi) X6為：G、K、R、Q或V；
(vii) X7為：H、A、M、S、T、Q、Y或R；
(viii) X8為：L、I、D或V；且
(ix) X9為：Y、N或S。
322. 如實施例321之AAV蛋白殼變異體，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置586之後存在。
323. 如實施例321或322之AAV蛋白殼變異體，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
324. 如實施例321至232中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)。
325. 如實施例321至324中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-595。
326. 如實施例259至290中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置589處除A之外的胺基酸(例如V)或位置594處除G之外的胺基酸(例如R)。
327. 如實施例291至320中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置589處除A之外的胺基酸(例如V)或位置595處除W之外的胺基酸(例如S)。
328. 如實施例321至325中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置589處除A之外的胺基酸(例如V)、位置591處除A之外的胺基酸(例如G或V)、位置593處除T之外的胺基酸(例如A)、位置594處除G之外的胺基酸(例如R)或位置595處除W之外的胺基酸(例如S)。
329. 如實施例259至328中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置589處之胺基酸V。
330. 如實施例321、328或329中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置591處之胺基酸G；或
(ii) 相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置591處之胺基酸V。
331. 如實施例321或328至330中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處之胺基酸A。
332. 如實施例259至290、321至326或328至331中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置594處之胺基酸R。
333. 如實施例291至326、327至329中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置595處之胺基酸S。
334. 如實施例259至290、326、329或332中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列包含：
(i) SEQ ID NO: 1140-1151、1153-1157、1159、1161、1163、1166、1167中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
335. 如實施例291至325、327、329或333中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列包含：
(i) SEQ ID NO: 1139、1140、1142-1155、1156、1160、1161-1163、1165或1169-1171中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
336. 如實施例321或328至333之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列包含：
(i) SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列；
(ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；
(iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列；或
(iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
337. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(a) 表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列；
(b) 包含來自表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或
(c) 相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；或
(d) 相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；
視情況其中該AAV蛋白殼變異體不包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸序列TGW。
338. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(a) SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列；
(b) 包含來自SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或
(c) 相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；
(d) 相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列；
視情況其中該AAV蛋白殼變異體不包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸序列TGW。
339. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(a) SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列；
(b) 包含來自SEQ ID NO: 139-476中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或
(c) 相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；
(d) 相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列；
視情況其中該AAV蛋白殼變異體不包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸序列TGW。
340. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(a) 表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列；
(b) 包含來自表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或
(c) 相對於表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；
(d) 相對於表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列；
視情況其中該AAV蛋白殼變異體不包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸序列TGW。
341. 如實施例337或338之AAV蛋白殼變異體，其包含有包含來自SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列。
342. 如實施例337至341中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含有包含來自SEQ ID NO: 314的至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列。
343. 如實施例337至341中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含有包含來自SEQ ID NO: 566的至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列。
344. 如實施例337至339或340中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含有包含來自SEQ ID NO: 139-476中之任一者的至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列。
345. 如實施例337或338之AAV蛋白殼變異體，其包含有包含來自表1B中所提供之序列中之任一者的至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列。
346. 如實施例337或338之AAV蛋白殼變異體，其包含相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
347. 如實施例337至339中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
348. 如實施例337或338之AAV蛋白殼變異體，其包含相對於表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
349. 如實施例337、338或346中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 139-1138，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。
350. 如實施例337、338、346或349中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 314，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；或
(ii) 相對於SEQ ID NO: 314，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。
351. 如實施例337、338、346或349中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 566，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；或
(ii) 相對於SEQ ID NO: 566，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。
352. 如實施例337至339或347中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 139-476，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。
353. 如實施例337、340或348中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含相對於表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。
354. 如實施例337至353中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中4、5、6、7、8或9個連續胺基酸不為PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)、PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)及/或PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
355. 如實施例337、338、341至343、346、349或354之AAV蛋白殼變異體，其包含SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列。
356. 如實施例337、338、341、342、346、349或354之AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 314。
357. 如實施例337、338、341、343、346、349或354之AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 566。
358. 如實施例337至339、344、347、352或354之AAV蛋白殼變異體，其包含SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列。
359. 如實施例337、340、345、348、353或354之AAV蛋白殼變異體，其包含表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列。
360. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(a) SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列；
(b) 包含來自SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個連續胺基酸的胺基酸序列；或
(c) 相對於SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；
(d) 相對於SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。
361. 如實施例337至360中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列存在於環VIII中。
362. 如實施例337至361中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586、587、588、589、590、591、592、593、594或595之後存在。
363. 如實施例337至362中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
364. 如實施例337至363中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
365. 如實施例337至362中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。
366. 如實施例337至362中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置592之後存在。
367. 如實施例337至362中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置595之後存在。
368. 如實施例1至367中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置587處除A之外的胺基酸及位置588處除Q之外的胺基酸。
369. 如實施例337至368中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 以下中之一者、兩者、三者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置589處除A之外的胺基酸、位置590處除Q之外的胺基酸、位置591處除A之外的胺基酸及/或位置592處除Q之外的胺基酸；
(ii) 以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸、位置594處除G之外的胺基酸及/或位置595處除W之外的胺基酸；及/或
(iii) 以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置596處除V之外的胺基酸、位置597處除Q之外的胺基酸及/或位置598處除N之外的胺基酸。
370. 如實施例337至369中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含對應於或根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)。
371. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含對應於或根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)。
372. 如實施例337至371中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 以下中之一者、兩者或全部：根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處除T之外的胺基酸、位置594處除G之外的胺基酸及/或位置595處除W之外的胺基酸；或
(ii) 以下中之一者、兩者或全部：根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處除T之外的胺基酸、位置601處除G之外的胺基酸及/或位置602處除W之外的胺基酸。
373. 如實施例337至372中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處除T之外的胺基酸、位置594處除G之外的胺基酸及位置595處除W之外的胺基酸；
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處除T之外的胺基酸、位置601處除G之外的胺基酸及位置602處除W之外的胺基酸。
374. 如實施例337至373中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 以下中之一者、兩者或全部：根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S及/或位置595處之胺基酸P；或
(ii) 以下中之一者、兩者或全部：根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸L、位置601處之胺基酸S及/或位置602處之胺基酸P。
375. 如實施例337至374中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S及位置595處之胺基酸P；或
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸L、位置601處之胺基酸S及位置602處之胺基酸P。
376. 如實施例337至375中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 以下中之一者、兩者或全部：根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置596處除V之外的胺基酸、位置597處除Q之外的胺基酸及/或位置598處除N之外的胺基酸；或
(ii) 以下中之一者、兩者或全部：根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處除V之外的胺基酸、位置604處除Q之外的胺基酸及/或位置605處除N之外的胺基酸。
377. 如實施例337至376中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處除Q之外的胺基酸。
378. 如實施例337至376中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸P。
379. 如實施例337至376中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸K。
380. 如實施例337至376中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸E或H。
381. 如實施例337至380中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S、位置595處之胺基酸P及位置597處之胺基酸K。
382. 如實施例337至377、379或381中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含對應於或根據胺基酸序列SEQ ID NO: 8或3636編號之位置600處之胺基酸L、位置601處之胺基酸S、位置602處之胺基酸P及位置604處之胺基酸K。
383. 如實施例337至377、379、381或382中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，視情況其中該胺基酸序列緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)；以及
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S、位置595處之胺基酸P及位置597處之胺基酸K。
384. 如實施例337至377、379或381至383中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；以及
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S、位置595處之胺基酸P及位置597處之胺基酸K。
385. 如實施例337至377、379或381至384中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 8或3636編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；以及
(ii) 對應於或根據胺基酸序列SEQ ID NO: 8或3636編號之位置600處之胺基酸L、位置601處之胺基酸S、位置602處之胺基酸P及位置604處之胺基酸K。
386. 如實施例337至378中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸P。
387. 如實施例337至378或386中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含對應於或根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5或3636編號之位置604處之胺基酸P。
388. 如實施例337至378、386或387中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，視情況其中該胺基酸序列緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)；以及
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸P。
389. 如實施例337至378或386至388中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；以及
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸P。
390. 如實施例337至378或386至389中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 5或3636編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；以及
(ii) 對應於或根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5或3636編號之位置604處之胺基酸P。
391. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，視情況其中該胺基酸序列緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)；以及
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S、位置595處之胺基酸P及位置597處之胺基酸K。
392. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；以及
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S、位置595處之胺基酸P及位置597處之胺基酸K。
393. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 8或3636編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；以及
(ii) 對應於或根據胺基酸序列SEQ ID NO: 8或3636編號之位置600處之胺基酸L、位置601處之胺基酸S、位置602處之胺基酸P及位置604處之胺基酸K。
394. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，視情況其中該胺基酸序列緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)；以及
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸P。
395. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；以及
(ii) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸P。
396. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 根據SEQ ID NO: 5或3636編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；以及
(ii) 對應於或根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5或3636編號之位置604處之胺基酸P。
397. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 環I、II、IV及/或VI中之修飾，例如插入、取代(例如保守取代)及/或缺失；及/或
(ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置K449處之取代，例如K449R取代。
398. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 138，包含至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過30、20或10個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基酸序列。
399. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 138，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
400. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。
401. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138。
402. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含由核苷酸序列SEQ ID NO: 137編碼之胺基酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
403. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中編碼該蛋白殼變異體之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 137，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
404. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5或8，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
405. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中編碼該蛋白殼變異體之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 4或7，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
406. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含VP1蛋白、VP2蛋白、VP3蛋白或其組合，視情況其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(i) 對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置138-743之胺基酸序列，例如VP2，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列；
(ii) 對應於SEQ ID NO: 138之位置138-736的胺基酸序列，例如VP2，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列；
(iii) 對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置203-743的胺基酸序列，例如VP3，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列；及/或
(iv) 對應於SEQ ID NO: 138之位置203-736的胺基酸序列，例如VP3，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
407. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5。
408. 如實施例407之AAV蛋白殼變異體，其中編碼該AAV蛋白殼變異體之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQID NO: 4。
409. 一種AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 8。
410. 如實施例409之AAV蛋白殼變異體，其中編碼該AAV蛋白殼變異體之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 7。
411. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其不包含：
(i) 緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在的胺基酸序列TLAVPFK (SEQ ID NO: 1262)；
(ii) 緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586至599，例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598之後存在、具有對應於相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586至594的至少5個連續胺基酸、屬於WO2020223276之表1中所提供之任何胺基酸序列的胺基酸序列，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入；或
(iii) 緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586至599，例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598之後存在、具有對應於相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586至594之至少5個連續胺基酸、屬於任何SEQ ID NO: 1、3、12、13或138的胺基酸序列。
412. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其相對於包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138之參考序列之向性，具有增加之針對CNS細胞或組織，例如腦細胞、腦組織、脊髓細胞或脊髓組織的向性。
413. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其相對於包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3636之參考序列之向性，具有增加之針對CNS細胞或組織，例如腦細胞、腦組織、脊髓細胞或脊髓組織的向性。
414. 如實施例1至413中任一項之AAV蛋白殼變異體，例如當藉由如實例7中所描述之檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 3636相比，該蛋白殼變異體在腦中富集至少約1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5或6倍。
415. 如實施例1至413中任一項之AAV蛋白殼變異體，例如當藉由如實例7中所描述之檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 3636相比，該蛋白殼變異體在腦中富集至少約2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5或6倍。
416. 如實施例62至118、337、340、345、348、353、354或359中任一項之AAV蛋白殼變異體，例如當藉由例如如實例7中所描述之NGS定序檢定進行分析時，該蛋白殼變異體導致每個樣品大於1、2、5、10、20、30、40、50或100個讀數。
417. 如實施例1至416中任一項之AAV蛋白殼變異體，例如與參考序列SEQ ID NO: 138相比，該蛋白殼變異體在至少兩至三種物種，例如非人類靈長類動物及齧齒類動物(例如小鼠)之腦中富集。
418. 如實施例417之AAV蛋白殼變異體，其中該至少兩至三種物種為食蟹獼猴(
Macaca fascicularis)、綠猴(
Chlorocebus sabaeus)、白鬢狨(
Callithrix jacchus)及/或小鼠(例如BALB/c小鼠)。
419. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，該修飾導致以下中之一者、兩者、三者或全部：(1)肝臟向性降低；(2)肝臟中之去靶向表現；(3)肝臟之活性降低；及/或(4)與半乳糖之結合減少。
420. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含：
(i) 相對於根據SEQ ID NO: 138編號之參考序列，在位置N470 (例如N470A)、D271 (例如D271A)、N272 (例如N297A)、Y446 (例如Y446A)、N498 (例如N498Y或N498I)、W503 (例如W530R或W530A)、L620 (例如L620F)或其組合處之修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失；或
(ii) 以下中之一者、兩者、三者、四者、五者或全部：相對於根據SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置470處除N之外的胺基酸(例如A)、位置271處除D之外的胺基酸(例如A)、位置272處除N之外的胺基酸(例如A)、位置446處除Y之外的胺基酸(例如A)及位置498處除N之外的胺基酸(例如Y或I)，以及位置503處除W之外的胺基酸(例如R或A)及位置620處除L之外的胺基酸(例如F)。
421. 一種多核苷酸，其編碼如實施例1至420中任一項之AAV蛋白殼變異體。
422. 如實施例421之多核苷酸，其包含經密碼子最佳化之核苷酸序列。
423. 一種肽，其包含：
(a) 表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列；
(b) 包含來自表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個連續胺基酸的胺基酸序列；
(c) 相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；或
(d) 相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基酸序列；
視情況限制條件為該胺基酸序列不為PLN、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)、PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)及/或PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
424. 一種肽，其包含：
(a) SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列；
(b) 包含來自SEQ ID NO: 139-476中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或
(c) 相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；
(d) 相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基序列；
視情況限制條件為該胺基酸序列不為PLN、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)、PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)及/或PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
425. 一種肽，其包含以下中之一者、兩者、三者、四者或全部：
(i) [N1]，其中[N1]為或包含：PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGC (SEQ ID NO: 4706)、PLYGA (SEQ ID NO: 4707)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)、PVDGA (SEQ ID NO: 4709)、PLKGA (SEQ ID NO: 4710)、PLNGD (SEQ ID NO: 4711)、KLDGA (SEQ ID NO: 4712)、PHNGA (SEQ ID NO: 4713)、PLNGV (SEQ ID NO: 4714)、PLNAA (SEQ ID NO: 4715)、QLNGY (SEQ ID NO: 4716)、PLDGS (SEQ ID NO: 4717)、LLNGA (SEQ ID NO: 4718)、PLNRA (SEQ ID NO: 4719)、PLIGA (SEQ ID NO: 4720)、PRNGA (SEQ ID NO: 4721)或ALNGS (SEQ ID NO: 4722)；
(ii) [N2]，其中[N2]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)；
(iii) [N3]，其中[N3]為或包含：AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AQSQ (SEQ ID NO: 4740)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)；
(iv) [N4]，其中[N4]為或包含：TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、LSP、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA、TGC、VPP、TPT、TPW、TPP、RPP、TPQ、TPR、TPG、VPA、VPQ、RPG、KGW、TRW、TAR、IPP、RSL、LVP、KGS、VAP、KGG、KAW、PGS、TRL或AGW；及/或
(v) [N5]，其中[N5]為或包含：VQN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD、VPN、IQN、VKK、DKN、VKT、VQP、EQN、GQT、FQK、GHN或VPH；且/或
其中該AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(v)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
426. 一種編碼AAV蛋白殼變異體之多核苷酸，該AAV蛋白殼變異體包含：
(a) SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列；
(b) 包含來自SEQ ID NO: 139-476中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸的胺基酸序列；或
(c) 相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；
(d) 相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基序列；
視情況其中：
(i) (a)、(b)、(c)及/或(d)之胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586、587、588、589、590、591、592、593、594或595之後存在；或
(ii) 該胺基酸序列不為PLN、PLNG (SEQ ID NO: 3678)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)、PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)及/或PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
427. 一種編碼AAV蛋白殼變異體之多核苷酸，該AAV蛋白殼變異體包含：
(i) [N1]，其中[N1]為或包含：PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGC (SEQ ID NO: 4706)、PLYGA (SEQ ID NO: 4707)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)、PVDGA (SEQ ID NO: 4709)、PLKGA (SEQ ID NO: 4710)、PLNGD (SEQ ID NO: 4711)、KLDGA (SEQ ID NO: 4712)、PHNGA (SEQ ID NO: 4713)、PLNGV (SEQ ID NO: 4714)、PLNAA (SEQ ID NO: 4715)、QLNGY (SEQ ID NO: 4716)、PLDGS (SEQ ID NO: 4717)、LLNGA (SEQ ID NO: 4718)、PLNRA (SEQ ID NO: 4719)、PLIGA (SEQ ID NO: 4720)、PRNGA (SEQ ID NO: 4721)或ALNGS (SEQ ID NO: 4722)；
(ii) [N2]，其中[N2]為或包含：VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)；
(iii) [N3]，其中[N3]為或包含：AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AQSQ (SEQ ID NO: 4740)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)；
(iv) [N4]，其中[N4]為或包含：TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、LSP、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA、TGC、VPP、TPT、TPW、TPP、RPP、TPQ、TPR、TPG、VPA、VPQ、RPG、KGW、TRW、TAR、IPP、RSL、LVP、KGS、VAP、KGG、KAW、PGS、TRL或AGW；及/或
(v) [N5]，其中[N5]為或包含：VQN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD、VPN、IQN、VKK、DKN、VKT、VQP、EQN、GQT、FQK、GHN或VPH；且/或
其中該AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(v)中胺基酸中之任一者的胺基酸修飾，例如保守取代。
428. 如實施例1至427中任一項之多核苷酸、肽或AAV蛋白殼變異體，其為經分離的，例如重組的。
429. 一種AAV顆粒，其包含如實施例1至420中任一項之AAV蛋白殼變異體或包含如實施例423至425中任一項之肽的AAV蛋白殼變異體。
430. 如實施例429之AAV顆粒，其包含編碼有效負載之核苷酸序列。
431. 如實施例460之AAV顆粒，其中經編碼之有效負載包含治療蛋白或其功能變異體；抗體或抗體片段；酶；基因編輯系統之組分；RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA)；或其組合。
432. 如實施例431之AAV顆粒，其中該治療蛋白或其功能變異體，例如重組蛋白，與神經或神經退化性病症、肌肉或神經肌肉病症、或神經腫瘤學病症相關(例如於其中異常表現)。
433. 如實施例430或431之AAV顆粒，該治療蛋白或其功能變異體選自載脂蛋白E (APOE) (例如ApoE2、ApoE3及/或ApoE4)；人類運動神經元存活因子(SMN) 1或SMN2；葡萄糖腦苷酶(GBA1)；芳族L-胺基酸去羧酶(AADC)；天冬胺酸醯化酶(ASPA)；三肽基肽酶I (CLN2)；β-半乳糖苷酶(GLB1)；N-磺基葡萄糖胺磺基水解酶(SGSH)；N-乙醯基-α-葡萄胺糖苷酶(NAGLU)；艾杜糖醛酸2-硫酸酯酶(IDS)；細胞內膽固醇轉運體(NPC1)；巨軸索蛋白(GAN)；或其組合。
434. 如實施例431之AAV顆粒，其中該抗體或抗體結合片段與以下結合：
(i) CNS相關靶標，例如與神經或神經退化性病症相關之抗原，例如β-澱粉樣蛋白、APOE、tau、SOD1、TDP-43、杭丁頓蛋白(HTT)及/或突觸核蛋白；
(ii) 肌肉或神經肌肉相關靶標，例如與肌肉或神經肌肉病症相關之抗原；或
(iii) 神經腫瘤學相關靶標，例如與神經腫瘤學病症相關之抗原，例如HER2或EGFR (例如EGFRvIII)。
435. 如實施例431之AAV顆粒，其中該酶包含巨核酸酶、鋅指核酸酶、TALEN、重組酶、整合酶、鹼基編輯器、Cas9或其片段。
436. 如實施例431之AAV顆粒，其中基因編輯系統之組分包含CRISPR-Cas系統之一或多種組分。
437. 如實施例436之AAV顆粒，其中該CRISPR-Cas系統之一或多種組分包含Cas9，例如Cas9異種同源物或Cpf1，以及單引導RNA (sgRNA)，視情況其中：
(i) 該sgRNA位於該cas9酶之上游(5')；或
(ii) 該sgRNA位於該cas9酶之下游(3')。
438. 如實施例431之AAV顆粒，其中該RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA)調節，例如抑制CNS相關基因、mRNA及/或蛋白質之表現。
439. 如實施例438之AAV顆粒，其中該CNS相關基因選自SOD1、MAPT、APOE、HTT、C9ORF72、TDP-43、APP、BACE、SNCA、ATXN1、ATXN3、ATXN7、SCN1A-SCN5A、SCN8A-SCN11A或其組合。
440. 如實施例429至439中任一項之AAV顆粒，其包含有包含可操作地連接至編碼該有效負載之核酸序列的啟動子的病毒基因體。
441. 如實施例440之AAV顆粒，其中該啟動子選自人類延長因子1α-次單元(EF1α)、巨細胞病毒(CMV)即刻早期強化子及/或啟動子、雞β-肌動蛋白(CBA)及其衍生物CAG、β葡萄糖醛酸苷酶(GUSB)或泛蛋白C (UBC)、神經元特異性烯醇酶(NSE)、血小板衍生生長因子(PDGF)、血小板衍生生長因子B-鏈(PDGF-β)、細胞間黏著分子2 (ICAM-2)、突觸蛋白(Syn)、甲基-CpG結合蛋白2 (MeCP2)、Ca2+/鈣調蛋白依賴性蛋白激酶II (CaMKII)、促代謝型麩胺酸受體2 (mGluR2)、神經絲輕鏈(NFL)或重鏈(NFH)、β-球蛋白袖珍基因nβ2、前腦啡肽原(PPE)、腦啡肽(Enk)及興奮性胺基酸轉運體2 (EAAT2)、 神經膠質纖維酸性蛋白(GFAP)、髓磷脂鹼性蛋白(MBP)、心血管啟動子(例如αMHC、cTnT及CMV-MLC2k)、肝啟動子(例如hAAT、TBG)、骨骼肌啟動子(例如結蛋白、MCK、C512)或其片段例如截短，或功能變異體。
442. 如實施例440或441之AAV顆粒，其中該啟動子為EF-1a啟動子變異體，例如截短的EF-1a啟動子。
443. 如實施例440至442中任一項之AAV顆粒，其中該啟動子包含SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39中之任一者或表12中所提供之序列中之任一者的核苷酸序列；相對於SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39或表12中所提供之序列中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列；或與SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39中之任一者或表12中所提供之序列中之任一者具有至少80% (例如85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
444. 如實施例440至443中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含polyA信號序列。
445. 如實施例440至444中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含反向末端重複(ITR)序列。
446. 如實施例440至445中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含相對於經編碼之有效負載定位在5'處的ITR序列。
447. 如實施例440至446中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含相對於經編碼之有效負載定位在3'處的ITR序列。
448. 如實施例440至447中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含相對於經編碼之有效負載定位在5'處的ITR序列及相對於經編碼之有效負載定位在3'處的ITR序列。
449. 如實施例440至448中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含強化子、Kozak序列、內含子區及/或外顯子區。
450. 如實施例440至449中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含編碼miR結合位點，例如調節，例如減少由該病毒基因體編碼之抗體分子在表現對應miRNA之細胞或組織中之表現的miR結合位點的核苷酸序列。
451. 如實施例450之AAV顆粒，其中經編碼之miRNA結合位點與在DRG、肝臟、心臟、造血或其組合之細胞或組織中表現的miRNA為互補的，例如完全互補或部分互補的。
452. 如實施例450或451之AAV顆粒，其中經編碼之miR結合位點調節，例如減少經編碼之抗體分子在DRG、肝臟、心臟、造血譜系或其組合之細胞或組織中之表現。
453. 如實施例440至452中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含經編碼之miR結合位點之至少1-5個拷貝，例如至少1、2、3、4或5個拷貝。
454. 如實施例440至453中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含經編碼之miR結合位點之至少3個拷貝，視情況其中所有三個拷貝均包含相同的miR結合位點，或該等拷貝中之至少一者、兩者、三者或全部包含不同的miR結合位點。
455. 如實施例454之AAV顆粒，其中經編碼之miR結合位點之3個拷貝為連續的(例如不由間隔子隔開)，或由間隔子隔開，視情況其中該間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA或相對於GATAGTTA，具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
456. 如實施例440至455中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含經編碼之miR結合位點之至少4個拷貝，視情況其中所有四個拷貝均包含相同的miR結合位點，或該等拷貝中之至少一者、兩者、三者或全部包含不同的miR結合位點。
457. 如實施例456之AAV顆粒，其中經編碼之miR結合位點之4個拷貝為連續的(例如不由間隔子隔開)，或由間隔子隔開，視情況其中該間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA或相對於GATAGTTA，具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
458. 如實施例450至457中任一項之AAV顆粒，其中經編碼之miR結合位點包含miR122結合位點、miR183結合位點、miR-1結合位點、miR-142-3p或其組合，視情況其中：
(i) 經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3672具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(ii) 經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3675具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(iii) 經編碼之miR-1結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 4679，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 4679具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；且/或
(iv) 經編碼之miR-142-3p結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3674，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3674具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
459. 如實施例440至458中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含經編碼之miR122結合位點。
460. 如實施例440至459中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含至少1-5個拷貝，例如miR122結合位點的1、2或3個拷貝，視情況其中各拷貝為連續的(例如不由間隔子隔開)，或各拷貝由間隔子隔開，視情況其中該間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA或相對於GATAGTTA，具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
461. 如實施例459或460之AAV顆粒，其中經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3672具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
462. 如實施例440至461中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含：
(A)(i) 第一經編碼之miR122結合位點，該第一經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3672具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(ii) 第一間隔子，該第一間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或相對於GATAGTTA具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；以及
(iii) 第二經編碼之miR122結合位點，該第二經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3672具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；或
(B)(i) 第一經編碼之miR122結合位點，該第一經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3672具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(ii) 第一間隔子，該第一間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或相對於GATAGTTA具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(iii) 第二經編碼之miR122結合位點，該第二經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3672具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(iv) 第二間隔子，該第二間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或相對於GATAGTTA具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；以及
(v) 第三經編碼之miR122結合位點，該第三經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3672具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
463. 如實施例440至462中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含經編碼之miR183結合位點。
464. 如實施例440至463中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含至少1-5個拷貝，例如miR183結合位點的1、2或3個拷貝，視情況其中各拷貝為連續的(例如不由間隔子隔開)，或各拷貝由間隔子隔開，視情況其中該間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA或相對於GATAGTTA，具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
465. 如實施例463或464之AAV顆粒，其中經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3675具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
466. 如實施例440至465中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含：
(A)(i) 第一經編碼之miR183結合位點，該第一經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3675具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(ii) 第一間隔子，該第一間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或相對於GATAGTTA具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；以及
(iii) 第二經編碼之miR183結合位點，該第二經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3675具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；或
(B)(i) 第一經編碼之miR183結合位點，該第一經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3675具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(ii) 第一間隔子，該第一間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或相對於GATAGTTA具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(iii) 第二經編碼之miR183結合位點，該第二經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3675具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；
(iv) 第二間隔子，該第二間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或相對於GATAGTTA具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；以及
(v) 第三經編碼之miR183結合位點，該第三經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3675具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
467. 如實施例440至467中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含經編碼之miR122結合位點及miR-1結合位點。
468. 如實施例440至468中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體為單股的或自體互補的。
469. 如實施例440至469中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含編碼Rep蛋白，例如非結構蛋白之核苷酸序列，其中該Rep蛋白包含Rep78蛋白、Rep68、Rep52蛋白及/或Rep40蛋白。
470. 如實施例469之AAV顆粒，其中該Rep78蛋白、該Rep68蛋白、該Rep52蛋白及/或該Rep40蛋白由至少一個Rep基因編碼。
471. 如實施例440至470中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含編碼如實施例1至420中任一項之AAV蛋白殼變異體的核酸序列。
472. 如實施例429至471中任一項之AAV顆粒，其為經分離的，例如重組的。
473. 一種載體，其包含編碼如實施例1至420或428中任一項之AAV蛋白殼變異體的多核苷酸、如實施例421、422或426至428中任一項之多核苷酸或編碼如實施例423至425或428中任一項之肽的多核苷酸。
474. 一種細胞，例如宿主細胞，其包含如實施例1至420或428中任一項之AAV蛋白殼變異體、如實施例421、422或426至428中任一項之多核苷酸、如實施例423至425或428中任一項之肽、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒或如實施例273之載體。
475. 如實施例474之細胞，其中該細胞為哺乳動物細胞或昆蟲細胞。
476. 如實施例474或475之細胞，其中該細胞為腦區或脊髓區之細胞，視情況為額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、尾狀核、齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦、殼核、頸脊髓區、胸脊髓區及/或腰脊髓區之細胞。
477. 如實施例474至476中任一項之細胞，其中該細胞為神經元、感覺神經元、運動神經元、星狀細胞、神經膠質細胞或肌肉細胞(例如心臟、隔膜或四頭肌之細胞)。
478. 一種製造AAV顆粒之方法，其包含
(i) 提供包含病毒基因體之宿主細胞；以及
(ii) 在適合於將該病毒基因體包封於如實施例1至420中任一項之AAV蛋白殼變異體或由如實施例421、422或426至428中任一項之多核苷酸編碼之AAV蛋白殼變異體中的條件下孵育該宿主細胞；
從而製造該AAV顆粒。
479. 如實施例478之方法，其進一步包含在步驟(i)之前將包含該病毒基因體之第一核酸分子引入該宿主細胞中。
480. 如實施例478或479之方法，其中該宿主細胞包含編碼該蛋白殼變異體之第二核酸。
481. 如實施例480之方法，其中將該第二核酸分子在該第一核酸分子之前、同時或之後引入該宿主細胞中。
482. 一種醫藥組合物，其包含如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒及醫藥學上可接受之賦形劑。
483. 一種將有效負載遞送至細胞或組織(例如CNS細胞或CNS組織)之方法，其包含投與有效量之如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒。
484. 如實施例483之方法，其中該細胞為腦區或脊髓區之細胞，視情況為額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、尾狀核、齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦、殼核、頸脊髓區、胸脊髓區及/或腰脊髓區之細胞。
485. 如實施例483或484之方法，其中該細胞為神經元、感覺神經元、運動神經元、星狀細胞或肌肉細胞(例如心臟、隔膜或四頭肌之細胞)。
486. 如實施例483至485中任一項之方法，其中該細胞或組織係在個體體內。
487. 如實施例486之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上遺傳病症，例如單基因病症或多基因病症。
488. 如實施例486或487之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上神經病症，例如神經退化性病症。
489. 如實施例486或487之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上肌肉病症或神經肌肉病症。
490. 如實施例486或487之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上神經腫瘤學病症。
491. 一種治療患有或經診斷患有遺傳病症，例如單基因病症或多基因病症之個體的方法，其包含向該個體投與有效量之如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒。
492. 一種治療患有或經診斷患有神經病症，例如神經退化性病症之個體的方法，其包含向該個體投與有效量之如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒。
493. 一種治療患有或經診斷患有肌肉病症或神經肌肉病症之個體的方法，其包含向該個體投與有效量之如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒。
494. 一種治療患有或經診斷患有神經腫瘤學病症之個體的方法，其包含向該個體投與有效量之如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒。
495. 如實施例487至494中任一項之方法，其中該遺傳病症、神經病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症為杭丁頓氏舞蹈症、肌萎縮性脊髓側索硬化症(ALS)、戈謝病、路易氏體失智症、帕金森氏病、脊髓性肌萎縮、阿茲海默氏症或癌症(例如HER2/neu陽性癌或神經膠質母細胞瘤)。
496. 如實施例491至495中任一項之方法，其中治療包含預防該個體之疾病或病症之進展。
497. 如實施例486至496中任一項之方法，其中該個體為人類。
498. 如實施例491至497中任一項之方法，其中該AAV顆粒係靜脈內、經由大池內注射(ICM)、腦內、鞘內、腦室內、經由實質內投與或肌肉內投與至該個體。
499. 如實施例491至498中任一項之方法，其中該AAV顆粒係經由聚焦式超音波(FUS)，例如FUS聯合微氣泡靜脈內投與(FUS-MB)，或MRI引導的FUS聯合靜脈內投與來投與至該個體。
500. 如實施例491至498中任一項之方法，其中該AAV顆粒係靜脈內投與至該個體。
501. 如實施例491至500中任一項之方法，其中該AAV顆粒之投與導致基因、mRNA、蛋白質或其組合之存在、水準及/或活性降低。
502. 如實施例491至501中任一項之方法，其中該AAV顆粒之投與導致基因、mRNA、蛋白質或其組合之存在、水準及/或活性增加。
503. 如實施例491至502中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約6.7e11 VG/kg至2e13 VG/kg (例如6.7e11 VG/kg、2e12 VG/kg、6.7e12 VG/kg或2e13 VG/kg)或約5e11 VG/kg至3e13 VG/kg之劑量投與。
504. 如實施例491至503中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約6.7e10 VG/kg至6.7e12 VG/kg、約1.3e11 VG/kg至3.4e12 VG/kg或約2.2e11 VG/kg至2e12 VG/kg之劑量投與。
505. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約4e11 VG/kg至8e11 VG/kg (例如約6.7e11 VG/kg)之劑量投與。
506. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約6.7e11 VG/kg之劑量投與。
507. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約2e11 VG/kg至2e13 VG/kg、約4e11 VG/kg至1e13 VG/kg、約6.7e11 VG/kg至約6e12 VG/kg之劑量投與。
508. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約1e12 VG/kg至5e12 VG/kg (例如約2e12 VG/kg)之劑量投與。
509. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約2e12 VG/kg之劑量投與。
510. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約6.7e11 VG/kg至6.7e13 VG/kg、約1.3e12 VG/kg至3.4e13 VG/kg或約2.2e12 VG/kg至2e13 VG/kg之劑量投與。
511. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約4e12 VG/kg至8e12 VG/kg (例如約6.7e12 VG/kg)之劑量投與。
512. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約6.7e12 VG/kg之劑量投與。
513. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約2e12 VG/kg至2e14 VG/kg、約4e12 VG/kg至1e14 VG/kg、約6.7e12 VG/kg至約6e13 VG/kg之劑量投與。
514. 如實施例491至277中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約1e13 VG/kg至5e13 VG/kg (例如約2e13 VG/kg)之劑量投與。
515. 如實施例491至514中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以約2e13 VG/kg之劑量投與。
516. 如實施例503至515中任一項之方法，其中該AAV顆粒包含單股病毒基因體。
517. 如實施例503至516中任一項之方法，其中該AAV顆粒係靜脈內投與。
518. 如實施例503至517中任一項之方法，其中例如當藉由實例10中所描述之檢定進行量測時，以2e13 VG/kg之劑量投與該AAV顆粒能夠轉導選自丘腦、尾狀核或殼核之腦區中大於40%的總細胞，以及選自內嗅皮質、聽覺皮質或海馬體之腦區中大於20%的總細胞。
519. 如實施例503至518中任一項之方法，其中例如當藉由實例10中所描述之檢定進行量測時，以6.7e12 VG/kg之劑量投與該AAV顆粒能夠轉導選自丘腦、尾狀核、殼核或小腦之腦區中大於20%的總細胞。
520. 如實施例503至519中任一項之方法，其中例如當藉由實例10中所描述之檢定進行量測時，以2e13 VG/kg之劑量投與該AAV顆粒能夠轉導丘腦、齒狀核及脊髓中大於90%的SMI311陽性神經元。
521. 如實施例503至520中任一項之方法，其中例如當藉由實例10中所描述之檢定進行量測時，以2e12 VG/kg之劑量投與該AAV顆粒能夠以超生理水準表現轉殖基因mRNA。
522. 如實施例503至521中任一項之方法，其中例如當藉由實例10中所描述之檢定進行量測時，以2e12 VG/kg之劑量投與該AAV顆粒能夠轉導中樞神經系統之多個區域(例如腦及/或脊髓之一或多個區域)。
523. 如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、一種包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、一種包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒，其用於將有效負載遞送至細胞或組織之方法中。
524. 如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、一種包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、一種包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒，其用於治療遺傳病症、神經病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症之方法中。
525. 如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、一種包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒、一種包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒，其用於製造藥劑。
526. 如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒的用途，其用於製造藥劑。
527. 如實施例482之醫藥組合物、如實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒的用途，其用於製造用於治療遺傳病症、神經病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症的藥劑。
528. 一種醫藥調配物，其包含：(i) AAV顆粒或其變異體，例如包含如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒(例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒)；(ii)緩衝劑；以及(iii)聚醚，例如一或多種聚醚(例如丙三醇、甘油及聚乙二醇(例如低分子量PEG))。
529. 一種醫藥調配物，其包含：
(i) 如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；
(ii) 緩衝劑(例如tris鹼)；以及
(iii) 聚醚(例如丙三醇、甘油及聚乙二醇(例如低分子量PEG))。
530. 一種醫藥調配物，其包含：(i) AAV顆粒或其變異體，例如包含如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒(例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒)；(ii)緩衝劑(例如tris鹼)；以及(iii)糖，例如海藻糖、蔗糖、乳酮糖、乳糖、麥芽糖、纖維雙醣、殼二糖、麴二糖、黑曲黴糖、異麥芽糖、β,β-海藻糖、α,β-海藻糖、槐糖、海帶二糖、龍膽二糖、松二糖、麥芽酮糖、巴拉金糖、龍膽比烏酮糖(gentiobiulose)、甘露二糖、蜜二糖、車前二糖(melibiulose)、芸香糖、蘆丁糖(rutinulose)或木二糖(xylobiose)。
531. 一種醫藥調配物，其包含：
(i) 如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；
(ii) 緩衝劑(例如tris鹼)；以及
(iii) 糖，例如海藻糖、蔗糖、乳酮糖、乳糖、麥芽糖、纖維雙醣、殼二糖、麴二糖、黑曲黴糖、異麥芽糖、β,β-海藻糖、α,β-海藻糖、槐糖、海帶二糖、龍膽二糖、松二糖、麥芽酮糖、巴拉金糖、龍膽比烏酮糖、甘露二糖、蜜二糖、車前二糖、芸香糖、蘆丁糖或木二糖。
532. 如實施例528至531中任一項之醫藥調配物，其進一步包含鹽。
533. 如實施例528至532中任一項之醫藥調配物，其進一步包含界面活性劑。
534. 一種醫藥調配物，其包含：(a)包含AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒(例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒)；(b)緩衝劑；(c)聚醚；(d)鹽；以及(e)界面活性劑。
535. 一種醫藥調配物，其包含：
(i) 如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；
(ii) 緩衝劑(例如tris鹼)；
(iii) 聚醚(例如丙三醇、甘油及聚乙二醇(例如低分子量PEG))；
(iv) 鹽(例如氯化鈉、氯化鉀或氯化鎂)；以及
(v) 界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic® F-68或F-127))或兩性離子界面活性劑，其中該界面活性劑，例如Pluronic F-68之濃度介於0.0005-0.0015%之間(例如0.0008-0.0012%，例如0.001%或約0.001%))。
536. 一種醫藥調配物，其包含(a)包含AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒(例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒)；(b)緩衝劑；(c)糖；(d)鹽；以及(e)界面活性劑。
537. 一種醫藥調配物，其包含：
(i) 如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；
(ii) 緩衝劑(例如tris鹼)；
(iii) 糖(例如海藻糖、蔗糖、乳酮糖、乳糖、麥芽糖、纖維雙醣、殼二糖、麴二糖、黑曲黴糖、異麥芽糖、β,β-海藻糖、α,β-海藻糖、槐糖、海帶二糖、龍膽二糖、松二糖、麥芽酮糖、巴拉金糖、龍膽比烏酮糖、甘露二糖、蜜二糖、車前二糖、芸香糖、蘆丁糖或木二糖)；
(iv) 鹽(例如氯化鈉、氯化鉀或氯化鎂)；以及
(v) 界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic® F-68或F-127))或兩性離子界面活性劑，其中該界面活性劑，例如Pluronic F-68之濃度介於0.0005-0.0015%之間(例如0.0008-0.0012%，例如0.001%或約0.001%))。
538. 如實施例528至537中任一項之醫藥調配物，其中該緩衝劑能夠維持7.8-8.4 (例如7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3或8.4)之pH。
539. 如實施例528至538中任一項之醫藥調配物，其中該緩衝劑選自Tris鹼、Tris HCl、雙tris丙烷(BTP)、磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)、磷酸鈉(磷酸二氫鈉及/或磷酸氫二鈉)、磷酸鉀(磷酸二氫鉀及/或磷酸氫二鉀)、組胺酸、硼酸、檸檬酸、甘胺酸、HEPES (4-(2-羥乙基)-1-哌嗪乙磺酸)或MOPS (3-(N-嗎啉基)丙磺酸)。
540. 如實施例528至539中任一項之醫藥調配物，其中該緩衝劑為Tris。
541. 如實施例528、529、532至535或538至450中任一項之醫藥調配物，其中該聚醚選自丙三醇、甘油或聚乙二醇(例如低分子量PEG)。
542. 如實施例528、529、532至535或538至541中任一項之醫藥調配物，其中該聚醚為丙三醇。
543. 如實施例528、529、532至535或538至541中任一項之醫藥調配物，其中該聚醚為聚乙二醇(例如低分子量PEG)。
544. 如實施例528、529、532至535或538至543中任一項之醫藥調配物，其中該聚醚以介於以下之濃度存在：
(i) 約0.5-5% (例如0.5-3%、0.5-1.5% (例如0.75-1.25%，例如1%或約1%)或2-3% (例如2.3-2.7%，例如2.5%或約2.5%))；
(ii) 約0.5-1.5% (例如0.75-1.25%，例如1%或約1%)；
(iii) 約2-3% (例如2.3-2.7%，例如2.5%或約2.5%)；或
(iv) 約3-5%。
545. 如實施例528、529、532至535或538至544中任一項之醫藥調配物，其中該聚醚以1%之濃度存在。
546. 如實施例528、592、532至535或538至544中任一項之醫藥調配物，其中該聚醚以2.5%之濃度存在。
547. 如實施例530至533或536至540中任一項之醫藥調配物，其中該糖選自海藻糖、蔗糖、乳酮糖、乳糖、麥芽糖、纖維雙醣、殼二糖、麴二糖、黑曲黴糖、異麥芽糖、β,β-海藻糖、α,β-海藻糖、槐糖、海帶二糖、龍膽二糖、松二糖、麥芽酮糖、巴拉金糖、龍膽比烏酮糖、甘露二糖、蜜二糖、車前二糖、芸香糖、蘆丁糖或木二糖。
548. 如實施例530至533、536至540或457中任一項之醫藥組合物，其中該糖為海藻糖。
549. 如實施例530至533、536至540、457或458中任一項之醫藥組合物，其中該糖：
(i) 以介於約5.5-6.5% (例如5.8-6.2%，例如5.95%或約5.95%)之濃度；或
(ii) 以5.95%之濃度存在。
550. 如實施例532至549中任一項之醫藥調配物，其中該鹽選自氯化鈉、氯化鉀或氯化鎂。
551. 如實施例532至550中任一項之醫藥調配物，其中該鹽為氯化鈉。
552. 如實施例532至551中任一項之醫藥調配物，其中該鹽
(i) 以介於約55-70 mM (例如60-65 mM，例如62.5 mM或約62.5 mM)之濃度；或
(ii) 以62.5 mM之濃度存在。
553. 如實施例533至552中任一項之醫藥調配物，其中該界面活性劑選自：
(a) 陰離子界面活性劑(例如硫酸酯、磺酸酯、磷酸酯及羧酸酯)；
(b) 非離子界面活性劑(例如乙氧基化物、脂肪醇乙氧基化物、烷基酚乙氧基化物(例如壬苯醇醚、Triton X-100)、脂肪酸乙氧基化物、乙氧基化胺及/或脂肪酸醯胺(例如聚乙氧基化牛脂胺、椰油醯胺單乙醇胺、椰油醯胺二乙醇胺)、環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic® F-68或F-127)、脂肪酸與多元醇之酯、脂肪酸烷醇醯胺、乙氧基化脂族酸、乙氧基化脂肪醇、乙氧基化山梨醇脂肪酸酯、乙氧基化甘油酯、與EDTA之乙氧基化嵌段共聚物(乙二胺四乙酸)、乙氧基化環醚加合物、乙氧基化醯胺及咪唑啉加合物、乙氧基化胺加合物、乙氧基化硫醇加合物、與烷基酚之乙氧基化縮合物、基於乙氧基化氮之疏水物、乙氧基化聚氧丙烯、聚合矽酮、氟化界面活性劑及可聚合界面活性劑)；及/或
(c) 兩性離子界面活性劑(例如烷基醯胺甜菜鹼及其胺氧化物、烷基甜菜鹼及其胺氧化物、磺基甜菜鹼、羥基磺基甜菜鹼、兩性甘胺酸鹽、兩性丙酸鹽、平衡的兩性聚羧酸甘胺酸鹽及烷基聚胺基甘胺酸鹽)。
554. 如實施例533至553中任一項之醫藥調配物，其中該界面活性劑為Pluronic F-68。
555. 如實施例533至554中任一項之醫藥調配物，其中該界面活性劑
(i) 以介於0.0005-0.0015% (例如0.0008-0.0012%，例如0.001%或約0.001%)之濃度；或
(ii) 以0.001%之濃度存在。
556. 如實施例528、529、532-535、538至547或550至555中任一項之醫藥調配物，其包含至少兩種、三種或四種聚醚。
557. 如實施例530至533、536至540或547至555中任一項之醫藥調配物，其包含至少兩種、三種或四種糖。
558. 如實施例或532至557中任一項之醫藥調配物，其包含至少兩種、三種或四種鹽。
559. 如實施例533至558中任一項之醫藥調配物，其包含至少兩種、三種或四種界面活性劑。
560. 如實施例528至559中任一項之醫藥調配物，其展現以下特性中之1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或全部：
(a) 如藉由例如如實例9中所描述之pH計評估的，pH在6-9之間的範圍內，例如pH為約6.0、約6.2、約6.4、約6.6、約6.8、約7.0、約7.2、約7.4、約7.6、約7.8、約8.0、約8.1、約8.2、約8.3、約8.4、約8.5、約8.6、約8.7、約8.8、約8.9、約9.0、6.0-8.5、6.0-7.5、6.0-7.0、6.0-6.5、6.5-9.0、6.5-8.5、6.5-8.0、6.5-7.5、6.5-7.0、7.0-9.0、7.0-8.5、7.0-8.0、7.0-7.5、7.5-9.0、7.5-8.5、7.5-8.0、8.0-9.0、8.0-8.9、8.0-8.8、8.0-8.7、8.0-8.6、8.0-8.5、8.0-8.4、8.0-8.3、8.0-8.2、8.0-8.1、7.8-8.5、7.9-8.3或7.9-8.2；
(b) 如藉由例如如實例9中所描述之滲透壓計評估的，如藉由例如如實例9中所描述之滲透壓計評估的，滲透壓(mOsm/kg)在250-650，例如250-650、250-600、250-550、250-500、250-450、250-400、250-350、250-300、300-650、300-600、300-550、300-500、300-450、300-400、300-350、350-650、350-600、350-550、350-500、350-450、350-400、400-650、400-600、400-550、400-500、400-450、450-650、450-600、450-550、450-500、500-650、500-600、500-550、550-650、550-600、310-400、320-400、330-400、340-400、350-400、360-400、370-400、380-400、390-400、300-390、300-380、300-370、300-360、300-350、300-340、300-330、300-320或300-310之間的範圍內；
(c) 如藉由例如如實例9中所描述之qPCR評估的，病毒效價(例如TTD-001效價)＞1×10
12vg/ml，例如＞2×10
12vg/ml、＞4×10
12vg/ml、＞6×10
12vg/ml、＞8×10
12vg/ml、＞1.0×10
13vg/ml、＞1.5×10
13vg/ml、＞2.0×10
13vg/ml、＞2.5×10
13vg/ml、＞3.0×10
13vg/ml、＞3.5×10
13vg/ml、＞4.0×10
13vg/ml、＞4,5×10
13vg/ml、＞5.0×10
13vg/ml、＞5.5×10
13vg/ml、＞6.0×10
13vg/ml、＞6.5×10
13vg/ml、＞7.0×10
13vg/ml、＞7.5×10
13vg/ml、＞8.0×10
13vg/ml、＞8.5×10
13vg/ml、＞9.0×10
13vg/ml、＞9.5×10
13vg/ml、＞1.0×10
14vg/ml、1.0×10
12- 1.0×10
14vg/ml、2×10
12- 1.0×10
14vg/ml、 4.0×10
12- 1.0×10
14vg/ml、 6.0×10
12- 1.0×10
14vg/ml、 8.0×10
12- 1.0×10
14vg/ml、 1.0×10
13- 1.0×10
14vg/ml、 1.5×10
13- 1.0×10
14vg/ml、 2.0×10
13- 1.0×10
14vg/ml、 2.5×10
13- 1.0×10
14vg/ml、3.0×10
13- 1.0×10
14vg/ml、3.5×10
13- 1.0×10
14vg/ml、4.0×10
13- 1.0×10
14vg/ml、4.5×10
13- 1.0×10
14vg/ml、5.0×10
13– 1.0×10
14vg/ml、6.0×10
13- 1.0×10
14vg/ml、7.0×10
13- 1.0×10
14vg/ml、8.0×10
13- 1.0×10
14vg/ml、9.0×10
13- 1.0×10
14vg/ml、 1.0×10
13- 9.0×10
13vg/ml、1.0×10
13- 8.0×10
13vg/ml、1.0×10
13– 7.0×10
13vg/ml、1.0×10
13– 6.0×10
13vg/ml、1.0×10
13– 5.0×10
13vg/ml、1.0×10
13– 4.5×10
13vg/ml、1.0×10
13– 4.0×10
13vg/ml、1.0×10
13– 3.5×10
13vg/ml、1.0×10
13– 3.0×10
13vg/ml、1.0×10
13– 2.5×10
13vg/ml、1.0×10
13– 2.0×10
13vg/ml或1.0×10
13– 1.5×10
13vg/ml；
(d) 如藉由例如如實例9中所描述之SEC-MALS評估的，佔有率(%全蛋白殼)≥30%，例如≥35%、≥40%、≥45%、≥50%、≥55%、≥60%、≥65%、≥70%、≥75%、≥80%、≥85%、≥90%、≥95%、30%-90%、30%-80%、30%-70%、30%-65%、30%-60%、30%-55%、30%-50%、30%-45%、30%-40%、30%-35%、35%-90%、35%-80%、35%-75%、35%-70%、35%-65%、35%-60%、35%-55%、35%-50%、35%-45%、35%-40%、40%-90%、40%-80%、40%-70%、40%-65%、40%-60%、40%-55%、40%-50%、40%-45%、45%-90%、45%-80%、45%-70%、45%-65%、45%-60%、45%-55%、45%-50%、50%-90%、50%-80%、50%-70%、50%-65%、50%-60%、50%-55%、55%-90%、55%-80%、55%-70%、55%-65%、55%-60%、60%-90%、60%-80%、60%-70%、70%-90%、70%-80%或80%-90%；
(e) 如藉由使用如實例9中所描述之粒徑排阻層析(SEC)，例如SEC-FLD/DLS或SEC-MALS的%HMW評估的，聚集≤10%，例如≤9%、≤8%、≤7%、≤6%、≤5%、≤4%、≤3%、≤2%、≤1%、0-10%、0-8%、0-6%、0-5%、0-4%、0-3%、0-2%、0-1%、1-10%、2-10%、3-10%、4-10%、5-10%、1-5%、2-5%或3-5%；
(f) 如藉由例如如實例9中所描述之qPCR評估的，病毒效價高於由包含PBS及0.001% Pluronic F68之調配物(經改質之PBS調配物)支持之病毒效價(例如高至少50%、至少100%、至少250%、至少500%、至少750%、至少1000% (例如一個數量級)、至少2000%、至少4000%、至少6000%、至少8000%、至少10,000% (例如兩個數量級)、至少25,000%、至少50,000%、500-50,000%、1000-50,000%、2500-50,000%、5000-50,000%、7500-50,000%、10,000-50,000%、25,000-50,000%、500-25,000%、1000-25,000%、2500-25,000%、5000-25,000%、7500-25,000%、10,000-25,000%、500-10,000%、1000-10,000%、2500-10,000%、5000-10,000%、7500-10,000%、500-7500%、1000-7500%、2500-7500%、5000-7500%、500-5000%、1000-7500%或2500-5000%)；
(g) 如藉由例如如實例9中所描述之SEC-MALS評估的，佔有率(%全蛋白殼)高於由包含PBS及0.001% Pluronic F68之調配物(經改質之PBS調配物)支持之佔有率(例如相對於經改質之PBS調配物高例如≥10%、≥15%、≥20%、≥25%、≥30%、≥35%、≥40%、≥45%、≥50%、≥55%、≥60%、≥65%、≥70%、≥75%、≥80%、≥85%、≥90%、≥95%、≥100% (例如高至少2倍)、≥125%、≥150%、10-150%、20-150%、30-150%、40-150%、50-150%、60-150%、70-150%、80-150%、90-150%、100-150%、125-150%、10-125%、20-125%、30-125%、40-125%、50-125%、60-125%、70-125%、80-125%、90-125%、100-125%、10-100%、20-100%、30-100%、40-100%、50-100%、60-100%、70-100%、80-100%、90-100%、10-75%、20-75%、30-75%、40-75%、50-75%、60-75%、10-50%、20-50%、30-50%、40-50%或10-25%)；及/或
(h) 如藉由使用如實例9中所描述之粒徑排阻層析(SEC)，例如SEC-FLD/DLS或SEC-MALS的%HMW評估的，聚集小於在多次凍融循環(例如1、2、3、4、5、6次或更多次凍融循環)後，在包含PBS及0.001% Pluronic F68之調配物(經改質之PBS調配物)的情況下觀測到之聚集，例如聚集小於在1、2、3、4、5、6次或更多次凍融循環後，在經改質之PBS調配物的情況下觀測到之聚集至少20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、20-90%、30-90%、40-90%、50-90%、60-90%、70-90%、80-90%、20-80%、30-80%、40-80%、50-80%、60-80%、70-80%、20-70%、30-70%、40-70%、50-70%、60-70%、20-60%、30-60%、40-60%、50-60%、20-50%、30-50%、40-50%、20-40%、30-40%或20-30%。
561. 如實施例528、529、532至535、538至547、550至560中任一項之醫藥調配物，其包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；(b) Tris；(c)丙三醇；(d)氯化鈉；以及(e) Pluronic F-68。
562. 如實施例530至533、536至540、547至555或557至560中任一項之醫藥調配物，其包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；(b) Tris；(c)海藻糖；(d)氯化鈉；以及(e) Pluronic F-68。
563. 如實施例561或562之醫藥調配物，其中Tris之濃度介於10-30 mM之間(例如15-25 mM，例如20 mM或約20 mM)。
564. 如實施例561或563之醫藥調配物，其中丙三醇之濃度介於0.5-1.5%之間(例如0.75-1.25%，例如1%或約1%)。
565. 如實施例561或563之醫藥調配物，其中丙三醇之濃度介於2-3%之間(例如2.3-2.7%，例如2.5%或約2.5%)。
566. 如實施例562或563之醫藥調配物，其中海藻糖之濃度介於5.5-6.5%之間(例如5.8-6.2%，例如5.95%或約5.95%)。
567. 如實施例561至566中任一項之醫藥調配物，其中氯化鈉之濃度介於55-70 mM之間(例如60-65 mM，例如62.5 mM或約62.5 mM)。
568. 如實施例561至567中任一項之醫藥調配物，其中Pluronic F-68之濃度介於0.0005-0.0015%之間(例如0.0008-0.0012%，例如0.001%或約0.001%)。
569. 一種醫藥調配物，其包含：
(i) 如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；
(ii) 緩衝劑，例如Tris鹼，能夠維持7.8-8.4 (例如7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3或8.4)之pH，其中該緩衝劑之濃度介於10-30 mM之間(例如15-25 mM，例如20 mM或約20 mM)；
(iii) 聚醚，例如丙三醇、甘油或聚乙二醇(例如低分子量PEG)，其中該聚醚，例如丙三醇之濃度介於0.5-5%之間(例如0.5-3%、0.5-1.5% (例如0.75-1.25%，例如1%或約1%)或2-3% (例如2.3-2.7%，例如2.5%或約2.5%))；
(iv) 鹽，例如氯化鈉、氯化鉀或氯化鎂，其中該鹽，例如氯化鈉之濃度介於55-70 mM之間(例如60-65 mM，例如62.5 mM或約62.5 mM)；以及
(v) 界面活性劑，例如陰離子界面活性劑、非離子界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic® F-68或F-127))或兩性離子界面活性劑，其中該界面活性劑，例如Pluronic F-68之濃度介於0.0005-0.0015%之間(例如0.0008-0.0012%，例如0.001%或約0.001%))。
570. 一種醫藥調配物，其包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；(b) 20 mM或約20 mM Tris；(c) 1%或約1%丙三醇；(d) 62.5 mM或約62.5 mM氯化鈉；以及(e) 0.001%或約0.001% Pluronic F-68。
571. 一種醫藥調配物，其包含：
(i) 如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；
(ii) 緩衝劑，例如Tris鹼，能夠維持7.8-8.4 (例如7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3或8.4)之pH，其中該緩衝劑之濃度介於10-30 mM之間(例如15-25 mM，例如20 mM或約20 mM)；
(iii) 糖，例如海藻糖、蔗糖、乳酮糖、乳糖、麥芽糖、纖維雙醣、殼二糖、麴二糖、黑曲黴糖、異麥芽糖、β,β-海藻糖、α,β-海藻糖、槐糖、海帶二糖、龍膽二糖、松二糖、麥芽酮糖、巴拉金糖、龍膽比烏酮糖、甘露二糖、蜜二糖、車前二糖、芸香糖、蘆丁糖或木二糖，其中該糖，例如海藻糖之濃度介於5.5-6.5%之間(例如5.8-6.2%，例如5.95%或約5.95%)；
(iv) 鹽，例如氯化鈉、氯化鉀或氯化鎂，其中該鹽，例如氯化鈉之濃度介於55-70 mM之間(例如60-65 mM，例如62.5 mM或約62.5 mM)；以及
(v) 界面活性劑，例如陰離子界面活性劑、非離子界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic® F-68或F-127))或兩性離子界面活性劑，其中該界面活性劑，例如Pluronic F-68之濃度介於0.0005-0.0015%之間(例如0.0008-0.0012%，例如0.001%或約0.001%)。
572. 一種醫藥調配物，其包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；(b) 20 mM或約20 mM Tris；(c) 2.5%或約2.5%丙三醇；(d) 62.5 mM或約62.5 mM氯化鈉；以及(e) 0.001%或約0.001% Pluronic F-68。
573. 一種醫藥調配物，其包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，例如如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒；(b) 20 mM或約20 mM Tris；(c) 5.95%或約5.95%海藻糖；(d) 62.5 mM或約62.5 mM氯化鈉；以及(e) 0.001%或約0.001% Pluronic F-68。
574. 如實施例528至573中任一項之醫藥調配物，其中該調配物之pH介於7.8-8.4之間(例如7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3或8.4)。
575. 如實施例528至574中任一項之醫藥調配物，其中該調配物之滲透壓介於250-550 mOsm/kg之間(例如介於300-550、400-550、250-500、300-500、250-450、300-450或300-400之間)。
576. 如實施例528至575中任一項之醫藥調配物，其中例如如藉由本文所描述之檢定所量測的，該調配物在-80℃、2-8℃或室溫下儲存1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一年或多年)後保持穩定，表現為滲透壓、病毒效價、佔有率及/或聚集相對於基線(例如儲存之前)之變化(增加或減少)小於50% (例如小於40%、30%、20%、10%或5%)。
577. 如實施例528至576中任一項之醫藥調配物，其中：
當該醫藥調配物在-80℃下儲存90天或更長時間時，例如，當藉由十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(例如如實例9中所描述的)評估時，(a)該AAV顆粒之AAV蛋白殼的VP3蛋白與VP2蛋白之比(VP3:VP2)為約25-35:2 (例如25-34:2、25-33:2、25-32:2、25-30:2、25:2、26:2、27:2、28:2、29:2、30:2、31:2、32:2、33:2、34:2或35:2)，
(b) 該AAV顆粒之AAV蛋白殼的VP3蛋白與VP1蛋白之比(VP3:VP1)為約25-35:1 (例如25-34:1、25-33:1、25-32:1、25-30:1、25:1、26:1、27:1、28:1、29:1、30:1、31:1、32:1、33:1、34:1或35:1)，且/或
(c) 該AAV顆粒之AAV蛋白殼的VP3蛋白與VP2及VP1蛋白之比(VP3:VP2:VP1)為約25-35:2:1 (例如25-34:2:1、25-33:2:1、25-32:2:1、25-30:2:1、25:2:1、26:2:1、27:2:1、28:2:1、29:2:1、30:2:1、31:2:1、32:2:1、33:2:1、34:2:1或35:2:1)。
578. 如實施例528至577中任一項之醫藥調配物，其中當該醫藥調配物在-80℃下儲存90天或更長時間時，例如，當藉由十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(例如如實例9中所描述的)評估時，該AAV顆粒之AAV蛋白殼的VP3蛋白與VP2蛋白之比(例如VP3:VP2)、VP3蛋白與VP1蛋白之比(VP3:VP1)或VP3蛋白與VP2及VP1蛋白之比(VP3:VP2:VP1)與參考比(例如基線比，諸如時間0處之比)之差異不超過約25% (例如約20%、約15%、約10%、約5%、約1%、1-25%、1-20%、1-15%、1-10%、1-5%、5-25%、5-20%、5-15%、5-10%、10-25%、10-20%、10-15%、15-25%、15-20%或20-25%)。
579. 如實施例528至578中任一項之醫藥調配物，其中當該醫藥調配物在-80℃下儲存90天或更長時間時，例如，當藉由十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(例如如實例9中所描述的)評估時，該AAV顆粒之AAV蛋白殼之純度為至少95% (例如至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%)。
580. 如實施例528至579中任一項之醫藥調配物，其中當該醫藥調配物在-80℃下儲存90天或更長時間時，例如，當藉由十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(例如如實例9中所描述的)評估時，該AAV顆粒之AAV蛋白殼之純度與參考值(例如基線值，諸如時間0處之值)之差異不超過約5% (例如約4%、約3%、約2%、約1%)。
581. 如實施例528至580中任一項之醫藥調配物，其中：
(a) 當該醫藥調配物在-80℃下儲存90天或更長時間時，例如，當藉由cIEF (例如如實例9中所描述的)評估時，該AAV顆粒之AAV蛋白殼之pI值(例如中心pI值)在5.8-6.5(例如5.8-6.4、5.8-6.3、5.8-6.2、5.8-6.1、5.9-6.4、5.9-6.3、5.9-6.2、5.9-6.1、6.0-6.4、6.0-6.3、6.0-6.2、6.0-6.1、6.1-6.4、6.1-6.3、6.1-6.2、6.2-6.4、6.2-6.3、6.2-6.2或6.3-6.4)之範圍內，
(b) 當該醫藥調配物在-80℃下儲存90天或更長時間時，例如，當藉由cIEF評估 (例如如實例9中所描述的)時，該AAV顆粒之AAV蛋白殼之pI值(例如中心pI值)與參考值(例如基線pI值(例如中心pI值)，諸如時間0處之pI)之差異不超過約10% (例如約9%、約8%、約7%、約6%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%、1-10%、1-8%、1-6%、1-5%、1-4%、1-3%或1-2%)，
(c) 當該醫藥調配物在2-8℃下儲存90天或更長時間時，例如，當藉由cIEF (例如如實例9中所描述的)評估時，該AAV顆粒之AAV蛋白殼之pI值(例如中心pI值)在5.9-6.2 (例如5.9-6.0、5.9-6.1、6.0-6.1、6.0-6.2、6.1-6.2、5.9、6.0、6.1或6.2)之範圍內，且/或
(d) 當該醫藥調配物在2-8℃下儲存90天或更長時間時，例如，當藉由cIEF (例如如實例9中所描述的)評估時，該AAV顆粒之AAV蛋白殼之pI值(例如中心pI值)與參考值(例如基線pI值(例如中心pI值)，諸如時間0處之pI)之差異不超過約10% (例如約9%、約8%、約7%、約6%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%、1-10%、1-8%、1-6%、1-5%、1-4%、1-3%或1-2%)。
582. 如實施例528至581中任一項之醫藥調配物，其中當該醫藥調配物(a)在2-8℃下儲存至少14天(例如14天、30天、60天或90天)、(b)在-80℃下儲存至少14天(例如14天、30天、60天或90天)、(c)在2-8℃下儲存至少14天(例如14天、30天、60天或90天)或(d)經受1-6次凍融循環(例如1-5、1-4、1-3、1-2、2-6、2-5、2-4、2-3、3-6、3-5、3-4、4-6或4-5次凍融循環)時，例如，當藉由如實例9中所描述之qPCR評估時，該AAV病毒效價為至少5×1012 vg/ml (例如至少6×1012 vg/ml、至少7×1012 vg/ml、至少8×1012 vg/ml、至少9×1012 vg/ml、至少1×1013 vg/ml、至少2×1013 vg/ml、至少3×1013 vg/ml、至少4×1013 vg/ml、至少5×1013 vg/ml、至少6×1013 vg/ml、至少7×1013 vg/ml、至少8×1013 vg/ml、至少9×1013 vg/ml、至少1×1014 vg/ml、5×1012 vg/ml至1×1014 vg/ml、5×1012 vg/ml至5×1013 vg/ml、1×1013 vg/ml至1×1014 vg/ml、1×1013 vg/ml至5×1013 vg/ml或5×1012 vg/ml至5×1013 vg/ml)。
583. 如實施例528至582中任一項之醫藥調配物，其中：
(a) 當該醫藥調配物在-80℃下儲存至少30天(例如30天、60天或90天)時，例如，當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，該醫藥調配物中之%高分子量(%HMW)聚集為約10%或更少(例如9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、1-10%、1-9%、1-8%、1-7%、1-6%、1-5%或1-4%)，
(b) 當該醫藥調配物在-80℃下儲存至少30天(例如30天、60天或90天)時，例如，當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，該醫藥調配物中之%HMW聚集與參考值(例如基線%HMW，諸如時間0處之%HMW)之差異不超過約30% (例如約25%、約20%、約15%、約10%或約5%)，
(c) 當該醫藥調配物在室溫下儲存至少30天(例如30天、60天或90天)時，例如，當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，該醫藥調配物中之%HMW聚集為約5%或更少(例如4%、3%、2%、1%、1-5%、1-4%或1-3%)，
(d) 當該醫藥調配物在室溫下儲存至少30天(例如30天、60天或90天)時，例如，當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，該醫藥調配物中之%HMW聚集與參考值(例如基線%HMW，諸如時間0處之%HMW)之差異不超過約30% (例如約25%、約20%、約15%、約10%或約5%)，
(e) 當該醫藥調配物在2-8℃下儲存至少90天(例如90天)時，例如，當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，該醫藥調配物中之%HMW聚集為約5%或更少(例如4%，3%，2%，1%，1-5%，1-4%或1-3%)，
(f) 當該醫藥調配物在2-8℃下儲存至少90天(例如90天)時，例如，當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，該醫藥調配物中之%HMW聚集與參考值(例如基線%HMW，諸如時間0處之%HMW)之差異不超過約30% (例如約25%、約20%、約15%、約10%或約5%)，
(g) 當該醫藥調配物經受一或多次(例如1、2、3、4、5、6次或更多次)凍融循環(例如-80℃至25℃凍融)時，例如，當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，該醫藥調配物中之%HMW聚集為約5%或更少(例如4%、3%、2%、1%、1-5%、1-4%或1-3%)，且/或
(h) 當該醫藥調配物經受一或多次(例如1、2、3、4、5、6次或更多次)凍融循環(例如-80℃至25℃凍融)時，例如，當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，該醫藥調配物中之%HMW聚集與參考值(例如基線%HMW，諸如時間0處之%HMW)之差異不超過約20% (例如約15%、約10%或約5%)。
584. 如實施例528至583中任一項之醫藥調配物，其中：
(a) 當該醫藥調配物在-80℃下儲存至少7天(例如7天、14天或30天)時，例如，當如實例9中所描述的評估時，該AAV顆粒之%全蛋白殼為至少45% (例如至少50%、至少60%、至少70%、45-70%、50-70%、45-60%或45-55%)，
(b) 當該醫藥調配物在-80℃下儲存至少7天(例如7天、14天或30天)時，例如，當如實例9中所描述的評估時，該AAV顆粒之%全蛋白殼與參考值(例如時間0處之基線%全蛋白殼)之差異不超過約10% (例如約5%、約3%、約1%、1-10%、1-5%、1-3%或5-10%)，
(c) 當該醫藥調配物在2-8℃下儲存至少7天(例如7天、14天或30天)時，例如，當如實例9中所描述的評估時，該AAV顆粒之%全蛋白殼為至少35% (例如至少40%、至少45%、至少50%、至少60%、至少70%、35-70%、35-60%、35-50%、35-45%、40-70%、40-60% 40-50%、40-45%、45-70%、45-60%、45-50%、50-70%或50-60%)，
(d) 當該醫藥調配物在2-8℃下儲存至少7天(例如7天、14天或30天)時，例如，當如實例9中所描述的評估時，該AAV顆粒之%全蛋白殼與參考值(例如時間0處之基線%全蛋白殼)之差異不超過約25% (例如約20%、約15%、約10%或約5%)，
(e) 當該醫藥調配物在室溫下儲存至少7天(例如7天、14天或30天)時，例如，當如實例9中所描述的評估時，該AAV顆粒之%全蛋白殼為至少30% (例如至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少60%、至少70%、30-70%、30-60%、30-50%、30-40%、35-70%、35-60%、35-50%、35-40%、40-70%、40-60% 40-50%、45-70%、45-60%、45-50%、50-70%或50-60%)，且/或
(f) 當該醫藥調配物在室溫下儲存至少7天(例如7天、14天或30天)時，例如，當如實例9中所描述的評估時，該AAV顆粒之%全蛋白殼與參考值(例如時間0處之基線%全蛋白殼)之差異不超過約40% (例如約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%或約5%)。
585. 如實施例528至584中任一項之醫藥調配物，其中如所列舉實施例的實施例429至472中任一項之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例1至420或428中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒、包含如所列舉實施例的實施例423至425或428中任一項之肽的AAV顆粒；或如額外列舉實施例的實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如額外列舉實施例的實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒或包含如額外列舉實施例的實施例107之肽的AAV顆粒。
586. 如實施例528至585中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒或其變異體包含有包含以下之AAV蛋白殼變異體：
(i) SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列；
(ii) 相對於SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾之胺基酸序列；
(iii) 相對於SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
587. 如實施例528至586中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒或其變異體包含有包含以下之AAV蛋白殼變異體：
(i) 胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、3636，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列；
(ii) 相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、3636，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列；
(iii) 相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、3636，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
588. 如實施例528至587中任一項之醫藥調配物，其例如以高體積(例如包含超過100 mL之體積)或低體積(例如包含100 mL之體積或包含不超過100 mL之體積)靜脈內投與至個體(例如人類)。
589. 如實施例528至588中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約6.7e11 VG/kg至2e13 VG/kg (例如6.7e11 VG/kg、2e12 VG/kg、6.7e12 VG/kg或2e13 VG/kg)或約5e11 VG/kg至3e13 VG/kg之劑量存在。
590. 如實施例528至589中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約6.7e10 VG/kg至6.7e12 VG/kg、約1.3e11 VG/kg至3.4e12 VG/kg或約2.2e11 VG/kg至2e12 VG/kg之劑量存在。
591. 如實施例528至590中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約4e11 VG/kg至8e11 VG/kg (例如約6.7e11 VG/kg)之劑量存在。
592. 如實施例528至591中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約6.7e11 VG/kg之劑量存在。
593. 如實施例528至592中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約2e11 VG/kg至2e13 VG/kg、約4e11 VG/kg至1e13 VG/kg、約6.7e11 VG/kg至約6e12 VG/kg之劑量存在。
594. 如實施例528至593中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約1e12 VG/kg至5e12 VG/kg (例如約2e12 VG/kg)之劑量存在。
595. 如實施例528至594中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約2e12 VG/kg之劑量存在。
596. 如實施例528至595中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約6.7e11 VG/kg至6.7e13 VG/kg、約1.3e12 VG/kg至3.4e13 VG/kg或約2.2e12 VG/kg至2e13 VG/kg之劑量存在。
597. 如實施例528至596中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約4e12 VG/kg至8e12 VG/kg (例如約6.7e12 VG/kg)之劑量存在。
598. 如實施例528至597中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約6.7e12 VG/kg之劑量存在。
599. 如實施例528至598中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約2e12 VG/kg至2e14 VG/kg、約4e12 VG/kg至1e14 VG/kg、約6.7e12 VG/kg至約6e13 VG/kg之劑量存在。
600. 如實施例528至599中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約1e13 VG/kg至5e13 VG/kg (例如約2e13 VG/kg)之劑量投與。
601. 如實施例528至600中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒以約2e13 VG/kg之劑量投與。
602. 如實施例581至601中任一項之醫藥調配物，其中該AAV顆粒包含單股病毒基因體。
603. 如實施例528至602中任一項之醫藥調配物，其經調配用於靜脈內投與。
604. 一種治療患有或經診斷患有遺傳病症(例如單基因病症或多基因病症)、神經病症(例如神經退化性病症)、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症之個體之方法，該方法包含向該個體投與有效量的如實施例528至603中任一項之醫藥調配物，視情況其中該醫藥調配物例如以高體積(例如包含超過100 mL之體積)或低體積(例如包含100 mL之體積或包含不超過100 mL之體積)靜脈內投與至該個體。
605. 如實施例528至603中任一項之醫藥調配物，其用於治療遺傳病症(例如單基因病症或多基因病症)、神經病症(例如神經退化性病症)、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症之方法中，視情況其中該醫藥調配物適合於例如以高體積(例如包含超過100 mL之體積)或低體積(例如包含100 mL之體積或包含不超過100 mL之體積)靜脈內投與。
606. 如實施例528至603中任一項之醫藥調配物在製造藥劑中之用途，視情況其中該醫藥調配物適合於例如以高體積(例如包含超過100 mL之體積)或低體積(例如包含100 mL之體積或包含不超過100 mL之體積)靜脈內投與。
607. 如實施例528至603中任一項之醫藥調配物在製造藥劑中之用途，該藥劑用於治療遺傳病症(例如單基因病症或多基因病症)、神經病症(例如神經退化性病症)、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症，視情況其中該醫藥調配物適合於例如以高體積(例如包含超過100 mL之體積)或低體積(例如包含100 mL之體積或包含不超過100 mL之體積)靜脈內投與。
608. 如實施例604之方法、如實施例605之供使用的醫藥組合物或如實施例606或607之用途，其經調配用於靜脈內投與。
609. 一種肽，其包含有包含根據實施例1-13、17-28、34-41、46-68或115-118中任一項之式[N1]-[N2]的胺基酸序列。
610. 一種肽，其包含有包含根據實施例119-127、131-141、147-153、159-177或223-226中任一項之式[A][B]的胺基酸序列。
611. 一種肽，其包含有包含根據實施例252至254中任一項之式X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19的胺基酸序列。
612. 一種肽，其包含有包含根據實施例259至272、278、284或286中任一項之式[N1]-[N2]的胺基酸序列。
613. 一種肽，其包含有包含根據實施例291至302、308、314或316中任一項之式[B]-[C]的胺基序列。
614. 一種肽，其包含有包含根據實施例321之位置X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9的胺基酸序列。
615. 如實施例423至425或609至614中任一項之肽，其與活性劑，例如治療劑或診斷劑融合或偶合，例如綴合。
616. 如實施例423至425或609至614中任一項之肽，其中至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽與活性劑，例如治療劑或診斷劑融合或偶合，例如綴合。
617. 如實施例616之肽，其中該至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽包含相同的胺基酸序列。
618. 如實施例616之肽，其中該至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽包含不同的胺基酸序列。
619. 如實施例615至618中任一項之肽，其中該至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽以串聯方式(例如直接或經由連接子間接連接)或以多聚體組態存在。
620. 如實施例423至425或609至619中任一項之肽，其中該肽包含長度為至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、15、20、25、30或35個胺基酸的胺基酸序列。
621. 如實施例615至620中任一項之肽，其中該活性劑為或包含選自蛋白質(例如酶)、抗體分子、核酸分子(例如RNAi劑)或小分子之治療劑。
622. 如實施例615至620中任一項之肽，其中該活性劑為或包含核糖核酸複合體(例如Cas9/gRNA複合體)、質體、封閉式DNA、環狀RNA或mRNA。
623. 如實施例615至620中任一項之肽，其中該活性劑為RNAi劑。
624. 如實施例623之肽，其中該RNAi劑為dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA、反義寡核苷酸劑(ASO)或snoRNA，視情況其中該RNAi劑為siRNA或ASO，其進一步視情況包含至少一種經修飾之核苷酸。
625. 如實施例615至624中任一項之肽，其中該活性劑調節，例如抑制、減少或增加CNS相關基因、mRNA及/或蛋白質之表現。
626. 如實施例615至620中任一項之肽，其中該活性劑為診斷劑，該診斷劑為或包含顯像劑(例如與可偵測部分偶合之蛋白質或小分子化合物)。
627. 如實施例615至626中任一項之肽，其中該肽例如直接或經由連接子間接共價連接至該活性劑。
628. 如實施例615至627中任一項之肽，其中該肽經由連接子與該活性劑綴合。
629. 如實施例628之肽，其中該連接子為可裂解連接子或不可裂解連接子。
630. 如實施例628之肽，其中該可裂解連接子為pH敏感性連接子或酶敏感性連接子。
631. 如實施例629或630之肽，其中：
(i) 該pH敏感性連接子包含肼/腙連接子或雙硫連接子；
(ii) 該酶敏感性連接子包含基於肽之連接子，例如對蛋白酶(例如溶酶體蛋白酶)敏感之肽連接子；或β-葡萄糖醛酸連接子；或
(iii) 該不可裂解連接子為包含硫醚基團或順丁烯二醯亞胺基己醯基之連接子。
632. 如實施例615至631中任一項之肽，其中：
(i) 該肽與該活性劑在轉譯後，例如，使用點擊化學融合或偶合；或
(ii) 該肽與該活性劑經由化學誘導的二聚化融合或偶合。
633. 如實施例615至632中任一項之肽，其中該肽存在於相對於該活性劑之N端。
634. 如實施例615至632中任一項之肽，其中該肽存在於相對於該活性劑之C端。
635. 如實施例615至620、625或627至634中任一項之肽，其中該肽存在於載劑中或偶合至載劑，例如胞泌體、微囊泡或脂質奈米顆粒(LNP)，視情況其中該載劑包含治療劑(例如RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA、反義寡核苷酸劑(ASO)或snoRNA)、mRNA、核糖核蛋白複合體(例如Cas9/gRNA複合體)或circRNA)。
636. 如實施例635之肽，其中該肽存在於該載劑之表面上，視情況其中至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%或80%之該載劑之表面包含至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個根據實施例422至436或609至614中任一項之肽。
637. 如實施例1至420中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該AAV蛋白殼變異體包含有包含來自胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)之至少5、6、7、8或9個連續胺基酸的胺基酸序列，其中：
(i) 5個連續胺基酸包含PLNGA (SEQ ID NO: 3679)；
(ii) 6個連續胺基酸包含PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)；
(iii) 7個連續胺基酸包含PLNGAVH (SEQ ID NO: 3681)；
(iv) 8個連續胺基酸包含PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)；或
(v) 9個連續胺基酸包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，
其中該AAV蛋白殼變異體包含：(a) VP1蛋白，該VP1蛋白包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138或SEQ ID NO: 5、8或3636；(b) VP2蛋白，該VP2蛋白包含SEQ ID NO: 138之位置138-736或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置138-743之胺基酸序列；(c) VP3蛋白，該VP3蛋白包含SEQ ID NO: 138之位置203-736或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置203-743之胺基酸序列；或(d)與(a)-(c)中之胺基酸序列中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。
638. 如實施例1至420或637中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該AAV蛋白殼變異體包含有包含來自胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)的至少5、6、7、8或9個連續胺基酸的胺基酸序列，其中：
(i) 5個連續胺基酸包含PLNGA (SEQ ID NO: 3679)；
(ii) 6個連續胺基酸包含PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)；
(iii) 7個連續胺基酸包含PLNGAVH (SEQ ID NO: 3681)；
(iv) 8個連續胺基酸包含PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)；或
(v) 9個連續胺基酸包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，
其中該AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 5、8或3636中之任一者的胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 5、8或3636中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。
639. 如實施例1至420、637或638中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，該AAV蛋白殼變異體包含一個或兩個，但不超過三個不同胺基酸(例如取代，例如保守取代)，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(a) VP1蛋白，該VP1蛋白包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636；
(b) VP2蛋白，該VP2蛋白包含SEQ ID NO: 138之位置138-736或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置138-743之胺基酸序列；
(c) VP3蛋白，該VP3蛋白包含SEQ ID NO: 138之位置203-736或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置203-743之胺基酸序列；或
(d) 與(a)-(c)中胺基酸序列中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%) 序列一致性的胺基酸序列。
640. 如實施例1至420或637至639中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，該AAV蛋白殼變異體包含一個或兩個，但不超過三個不同胺基酸(例如取代，例如保守取代)，其中該AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者的胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%) 序列一致性的胺基酸序列。
641. 如實施例637至640中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者編號的位置586之後存在，視情況其中該胺基酸替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587及588 (例如A587及Q588)。
642. 如實施例637至641中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中胺基酸序列對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-595。
643. 如實施例1至420中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中相對於胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQLSPVKN (SEQ ID NO: 566)，該AAV蛋白殼變異體包含一個或兩個，但不超過三個不同胺基酸(例如取代，例如保守取代)，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(a) VP1蛋白，該VP1蛋白包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636；
(b) VP2蛋白，該VP2蛋白包含SEQ ID NO: 138之位置138-736或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置138-743之胺基酸序列；
(c) VP3蛋白，該VP3蛋白包含SEQ ID NO: 138之位置203-736或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置203-743之胺基酸序列；或
(d) 與(a)-(c)中胺基酸序列中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%) 序列一致性的胺基酸序列。
644. 如實施例1至420或643中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中相對於胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQLSPVKN (SEQ ID NO: 566)，該AAV蛋白殼變異體包含一個或兩個，但不超過三個不同胺基酸(例如取代，例如保守取代)，其中該AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者的胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%) 序列一致性的胺基酸序列。
645. 如實施例1至420中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中相對於胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQTGWVPN (SEQ ID NO: 314)，該AAV蛋白殼變異體包含一個或兩個，但不超過三個不同胺基酸(例如取代，例如保守取代)，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(a) VP1蛋白，該VP1蛋白包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、138或3636；
(b) VP2蛋白，該VP2蛋白包含SEQ ID NO: 138之位置138-736或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置138-743之胺基酸序列；
(c) VP3蛋白，該VP3蛋白包含SEQ ID NO: 138之位置203-736或SEQ ID NO: 5、8或3636之位置203-743之胺基酸序列；或
(d) 與(a)-(c)中胺基酸序列中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%) 序列一致性的胺基酸序列。
646. 如實施例1至420或645中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中相對於胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQTGWVPN (SEQ ID NO: 314)，該AAV蛋白殼變異體包含一個或兩個，但不超過三個不同胺基酸(例如取代，例如保守取代)，其中該AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者的胺基酸序列，或與SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%) 序列一致性的胺基酸序列。
647. 如實施例643至646中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者編號的位置586之後存在，視情況其中該胺基酸替換根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-598。
648. 如實施例643至647中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中胺基酸序列對應於SEQ ID NO: 5或8之位置587-605。
649. 如實施例643、644、647或648中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 8。
650. 如實施例645至648中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5。
651. 一種AAV顆粒，其包含如實施例637至650中任一項之AAV蛋白殼變異體，視情況其中該AAV顆粒係根據實施例429至472中任一項。
652. 一種治療患有或經診斷患有遺傳病症(例如單基因病症)、多基因病症、神經病症(例如神經退化性病症)、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症之個體之方法，該方法包含向該個體投與有效量的包含如實施例637至650中任一項之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒或如實施例651之AAV顆粒。
653. 一種將有效負載遞送至細胞或組織(例如CNS細胞或CNS組織)之方法，其包含投與有效量的包含如實施例637至650中任一項之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒或如實施例651之AAV顆粒，視情況其中該細胞或組織係在個體體內且進一步視情況其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上遺傳病症(例如單基因病症)、多基因病症、神經病症(例如神經退化性病症)、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症。
額外列舉實施例1. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含：
(a) SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列；
(b) 來自SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；或
(c) 相對於SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列，並且
視情況其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
2. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含：
(a) SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列；
(b) 來自SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；或
(c) 相對於SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列，並且
視情況其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
3. 如實施例1或2之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含來自SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。
4. 如實施例1至3中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中3個連續胺基酸包含PLN。
5. 如實施例1至4中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中4個連續胺基酸包含PLNG (SEQ ID NO: 3678)。
6. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中5個連續胺基酸包含PLNGA (SEQ ID NO: 3679)。
7. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中6個連續胺基酸包含PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)。
8. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中7個連續胺基酸包含PLNGAVH (SEQ ID NO: 3681)。
9. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中8個連續胺基酸包含PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)。
10. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中9個連續胺基酸包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
11. 如實施例1至3中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中3個連續胺基酸包含YST。
12. 如實施例1至3或11中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中4個連續胺基酸包含YSTD (SEQ ID NO: 3690)。
13. 如實施例1至3或11至12中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中5個連續胺基酸包含YSTDE (SEQ ID NO: 3691)或YSTDV (SEQ ID NO: 3700)。
14. 如實施例1至3或11至13中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中6個連續胺基酸包含YSTDER (SEQ ID NO: 3692)或YSTDVR (SEQ ID NO: 3701)。
15. 如實施例1至3中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中3個連續胺基酸包含IVM。
16. 如實施例1至3或15中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中4個連續胺基酸包含IVMN (SEQ ID NO: 3693)。
17. 如實施例1至3或15至16中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中5個連續胺基酸包含IVMNS (SEQ ID NO: 3694)。
18. 如實施例1至3或15至17中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中6個連續胺基酸包含IVMNSL (SEQ ID NO: 3695)。
19. 如實施例1至3或15至18中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中7個連續胺基酸包含IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)。
20. 如實施例1至19中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含相對於SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列。
21. 如實施例1至10或20中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，或相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，具有至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列，視情況其中位置7為H。
22. 如實施例1至3或20中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列RDSPKGW (SEQ ID NO: 3649)，或相對於胺基酸序列RDSPKGW (SEQ ID NO: 3649)，具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列。
23. 如實施例1至3或15至20中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)，或相對於胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)，具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過四個修飾的胺基酸序列。
24. 如實施例1至3、11至14或20中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)，或相對於胺基酸序列YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)，具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列。
25. 如實施例1至3或20中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列RESPRGL (SEQ ID NO: 3652)，或相對於胺基酸序列RESPRGL (SEQ ID NO: 3652)，具有至少一個、兩個或三個修飾但不超過四個修飾，例如取代的序列。
26. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列。
27. 如實施例1至26中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含：
(i) 由SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列編碼之胺基酸序列；或
(ii) 由包含SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。
28. 如實施例1至27中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該AAV蛋白殼變異體之核苷酸序列包含：
(i) SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
29. 如實施例1至10、20至21或26至28中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含由以下編碼之胺基酸序列：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3660，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3660之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
30. 如實施例1至10、20至21或26至29中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該AAV蛋白殼變異體之核苷酸序列包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3660，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3660之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
31. 如實施例1至3、20、22或26至28中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含由以下編碼之胺基酸序列：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3661，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3661之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
32. 如實施例1至3、20、22、26至28或31中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該AAV蛋白殼變異體之核苷酸序列包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3661，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3661之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
33. 如實施例1至3、11至14、20、24或26至28中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含由以下編碼之胺基酸序列：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3662，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3662之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
34. 如實施例1至3、11至14、20、24、26至28或33中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該AAV蛋白殼變異體之核苷酸序列包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3662，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3662之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
35. 如實施例1至3、15至20、23或26至28中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含由以下編碼之胺基酸序列：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3663，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3663之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
36. 如實施例1至3、15至20、23、26至28或35中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該AAV蛋白殼變異體之核苷酸序列包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3663，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3663之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
37. 如實施例1至3、20或25至28中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含由以下編碼之胺基酸序列：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3664，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3664之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
38. 如實施例1至3、20、25至28或37中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該AAV蛋白殼變異體之核苷酸包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3664，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3664之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
39. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列存在於環VIII中。
40. 如實施例1至10、20至21、26至30或39中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
41. 如實施例1至3、15至20、23、26至28、35至36或39中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。
42. 如實施例1至3、11至14、20、22、24至28、31至34、37至38或39中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置589之後存在。
43. 如實施例1至42中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處除「A」之外的胺基酸殘基及/或位置588處除「Q」之外的胺基酸殘基。
44. 如實施例1至10、20至21、26至30、39至40或43中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，其中該胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
45. 如實施例1至3、20、26至28、39至40或43中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列GGTLAVVSL (SEQ ID NO: 3654)，其中該胺基酸序列GGTLAVVSL (SEQ ID NO: 3654)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
46. 如實施例1至3、15至20、23、26至28、35至36、39或41中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)，其中該胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。
47. 如實施例1至3、11至14、20、22、24至28、31至34、37至38、39或42中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含SEQ ID NO: 3649、3650、3652、3653或3655-3659中之任一者的胺基酸序列，其中前述序列中之任一者的胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置589之後存在。
48. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其進一步包含根據SEQ ID NO: 138編號之K449R的胺基酸取代。
49. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其進一步包含環I、II、IV及/或VI中之修飾，例如插入、取代及/或缺失。
50. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含具有胺基酸序列SEQ ID NO: 138之至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾之胺基酸序列。
51. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。
52. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138。
53. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含由核苷酸序列SEQ ID NO: 137，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列編碼之胺基酸序列。
54. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該蛋白殼變異體之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 137，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
55. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含VP1蛋白、VP2蛋白、VP3蛋白或其組合。
56. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含對應於SEQ ID NO: 3636-3647中之任一者的位置138-743的胺基酸序列，例如VP2，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
57. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含對應於SEQ ID NO: 3636-3647中之任一者的位置203-743的胺基酸序列，例如VP3，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
58. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含SEQ ID NO: 3636-3647中之任一者的胺基酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。
59. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含相對於SEQ ID NO: 3636-3647中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。
60. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含由SEQ ID NO: 3623-3635中之任一者的核苷酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。
61. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該蛋白殼變異體之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 3623-3635中之任一者的核苷酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
62. 如實施例1至10、20至21、26至30、39至40、43至44或48至61中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該蛋白殼變異體之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3623，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
63. 如實施例1至3、15至20、23、26至28、35至36、39、41、46或48至61中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該蛋白殼變異體之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3627，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
64. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中編碼該蛋白殼變異體之核苷酸序列經密碼子最佳化。
65. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含如實施例1至10、20至21、26至30、39至40、43至44、48至62或64中任一項之胺基酸序列，且進一步包含與SEQ ID NO: 3636至少95%一致的胺基酸序列。
66. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3636，且視情況其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
67. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含如實施例1至3、20、22、26至28、31至32、39、42、47至61或64中任一項之胺基酸序列，且進一步包含與SEQ ID NO: 3637至少95%一致的胺基酸序列。
68. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3637。
69. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含如實施例1至3、11至12、20、24、26至28、33至34、39、42、47至61或64中任一項之胺基酸序列，且進一步包含與SEQ ID NO: 3638至少95%一致的胺基酸序列。
70. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3638。
71. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含如實施例1至3、15至20、23、26至28、35至36、39、41、46、48至61或63至64中任一項之胺基酸序列，且進一步包含與SEQ ID NO: 3639至少95%一致的胺基酸序列。
72. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3639。
73. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含如實施例1至3、20、25至28、37至39、42、47至61或64中任一項之胺基酸序列，且進一步包含與SEQ ID NO: 3640至少95%一致的胺基酸序列。
74. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3640。
75. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3641。
76. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3642。
77. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3643。
78. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3644。
79. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3645。
80. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3646。
81. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3647。
82. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含由SEQ ID NO: 3623-3635中之任一者之核苷酸序列或與其至少95%一致的核苷酸序列編碼之胺基酸序列，且視情況其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
83. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其不包含緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586、588或589之後存在、具有對應於相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586至594的至少5個連續胺基酸、屬於例如如WO2020223276之表1中所描述之SEQ ID NO: 1-1724中之任一者的插入序列。
84. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其不包含緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在的胺基酸序列TLAVPFK (SEQ ID NO: 1262)。
85. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其相對於包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138之參考序列之向性，具有增加之針對CNS細胞或組織，例如腦細胞、腦組織、脊髓細胞或脊髓組織的向性。
86. 如實施例1至12、15至44、46至74、82至85中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其轉導例如選自齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦及殼核之腦區，視情況其中例如當藉由例如如實例5中所描述之檢定，例如免疫組織化學檢定、qRT-PCR或RT-ddPCR檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，轉導水準高至少5、10、50、100、200、500、1000、2000、5000或10000倍。
87. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如當藉由如實例4中所描述之檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，該蛋白殼變異體在腦中富集至少約5、6、7、8、9或10倍。
88. 如實施例1至14、20至22、24至34、39至40、42至44、47至62、64至70、79至80、82至87中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如當藉由如實例4中所描述之檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，該蛋白殼變異體在腦中富集至少約20、30、40或50倍。
89. 如實施例1至10、20至22、26至32、39至40、42至44、47至62、64至68、82至88中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如當藉由如實例4中所描述之檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，該蛋白殼變異體在腦中富集至少約100、200、300或400倍。
90. 如實施例1至10、20至21、26至30、39至40、43至44、48至62、64至66、82至89中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其將增加水準之病毒基因體遞送至腦區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR或RT-ddPCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，病毒基因體之水準增加至少5、10、20、30、40或50倍。
91. 如實施例1至12、15至44、46至74、82至90中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其將增加水準之有效負載遞送至腦區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR或RT-ddPCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少5、10、50、100、200、500、1,000、2,000、5,000或10,000倍。
92. 如實施例91之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中腦區包含額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體。
93. 如實施例1至12、15至44、46至74、82至92中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其將增加水準之有效負載遞送至脊髓區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少10、20、50、100、200、300、400、500、600、700、800或900倍。
94. 如實施例93之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該脊髓區包含頸、胸及/或腰區。
95. 如實施例1至3、15至20、23、26至28、35至36、39、41、46、48至61、63至64、71至72、82至87或91至94中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其展示出相對於背根神經節(DRG)中之轉導，腦區中之優先轉導。
96. 如實施例1至10、20至21、26至30、39至40、43至44、48至62、64至66、82至94中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該蛋白殼變異體：
(i) 例如當藉由如實例4中所描述之檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，在腦中富集至少約300或400倍；
(ii) 轉導例如選自齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦及殼核之腦區，其中例如當藉由例如如實例5中所描述之檢定，例如免疫組織化學檢定、qRT-PCR或RT-ddPCR檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，轉導水準高至少500、1,000、2,000、5,000或10,000倍；
(iii) 將增加水準之有效負載遞送至腦區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR或RT-ddPCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少500、1,000、2,000、5,000或10,000倍，視情況其中該腦區包含額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體；
(iv) 將增加水準之有效負載遞送至脊髓區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少50、100、200、300、400、500、600、700、800或900倍，視情況其中該脊髓區包含頸、胸及/或腰區；且/或
(v) 將增加水準之病毒基因體遞送至腦區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR或RT-ddPCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，病毒基因體之水準增加至少5、10、20、30、40或50倍，視情況其中該腦區包含額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體。
97. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含：(a)胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)；(b)相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或(c)來自胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；並且其中該蛋白殼變異體：
(i) 例如當藉由如實例4中所描述之檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，在腦中富集至少約300或400倍；
(ii) 轉導例如選自齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦及殼核之腦區，其中例如當藉由例如如實例5中所描述之檢定，例如免疫組織化學檢定、qRT-PCR或RT-ddPCR檢定進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，轉導水準高至少500、1,000、2,000、5,000或10,000倍；
(iii) 將增加水準之有效負載遞送至腦區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR或RT-ddPCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少500、1,000、2,000、5,000或10,000倍，視情況其中該腦區包含額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體；
(iv) 將增加水準之有效負載遞送至脊髓區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少50、100、200、300、400、500、600、700、800或900倍，視情況其中該脊髓區包含頸、胸及/或腰區；且/或
(v) 將增加水準之病毒基因體遞送至腦區，視情況其中例如當藉由檢定，例如qRT-PCR或RT-ddPCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，病毒基因體之水準增加至少5、10、20、30、40或50倍，視情況其中該腦區包含額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體；並且
視情況其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
98. 如實施例1至3、15至20、23、26至28、35至36、39、41、46、48至61、63至64、71至72、82至87或91至95中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該蛋白殼變異體相對於包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138之參考序列的向性，具有增加之針對肌肉細胞或組織，例如心臟細胞的向性。
99. 如實施例1至3、15至20、23、26至28、35至36、39、41、46、48至61、63至64、71至72、82至87、92至95或98中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其將增加水準之有效負載遞送至肌肉區，視情況其中例如當藉由檢定，例如IHC檢定或RT-ddPCR檢定(例如如實例5中所描述的)進行量測時，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少10、15、20、30或40倍。
100. 如實施例98或99之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該肌肉區包含心臟肌肉、四頭肌及/或隔膜肌區。
101. 如實施例98至100中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該肌肉區包含心臟肌肉區，例如心臟心房肌肉區或心臟心室肌肉區。
102. 如前述實施例中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其為經分離的，例如重組的。
103. 一種多核苷酸，其編碼如實施例1至102中任一項之多肽，例如AAV蛋白殼變異體。
104. 如實施例103之多核苷酸，其包含：
(i) 包含SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列；或
(ii) SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。
105. 如實施例103或104之多核苷酸，其包含SEQ ID NO: 3623-3635中之任一者的核苷酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
106. 如實施例125至127中任一項之多核苷酸，其包含經密碼子最佳化之核苷酸序列。
107. 一種肽，其包含：
(a) SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列；
(b) 相對於SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或
(c) 來自SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。
108. 一種AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其包含如實施例107之肽。
109. 一種多核苷酸，其編碼如實施例107之肽。
110. 一種多核苷酸，其編碼包含以下之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體：
(a) SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列；
(b) 相對於SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或
(c) 來自SEQ ID NO: 1725-3622或3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；
視情況其中：
(i) (a)、(b)及/或(c)之胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586、588或589之後存在；且/或
(ii) 經編碼之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
111. 一種多核苷酸，其編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(i) 胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)；
(ii) 相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或
(iii) 來自胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；
視情況其中：
(i) (i)、(ii)及/或(iii)之胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在；
(ii) 經編碼之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K)、位置594處除G之外的胺基酸(例如T、M、A、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如K、Q、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y)。
112. 如實施例111之多核苷酸，其包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3660或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3660之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
113. 一種多核苷酸，其編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(i) 胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)；
(ii) 相對於胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或
(iii) 來自胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；
視情況其中(i)、(ii)及/或(iii)之胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。
114. 如實施例113之多核苷酸，其包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3663，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3663之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
115. 一種多核苷酸，其編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(i) 胺基酸序列RDSPKGW (SEQ ID NO: 3649)；
(ii) 相對於胺基酸序列RDSPKGW (SEQ ID NO: 3649)，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或
(iii) 來自胺基酸序列RDSPKGW (SEQ ID NO: 3649)的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；
視情況其中(i)、(ii)及/或(iii)之胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置589之後存在。
116. 如實施例115之多核苷酸，其包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3661，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3661之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
117. 一種多核苷酸，其編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(i) 胺基酸序列YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)；
(ii) 相對於胺基酸序列YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或
(iii) 來自胺基酸序列YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；
視情況其中(i)、(ii)及/或(iii)之胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置589之後存在。
118. 如實施例117之多核苷酸，其包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3662，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3662之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
119. 一種多核苷酸，其編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(i) 胺基酸序列RESPRGL (SEQ ID NO: 3652)；
(ii) 相對於胺基酸序列RESPRGL (SEQ ID NO: 3652)，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過四個修飾，例如取代的胺基酸序列；或
(iii) 來自胺基酸序列RESPRGL (SEQ ID NO: 3652)的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸；
視情況其中(i)、(ii)及/或(iii)之胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置589之後存在。
120. 如實施例119之多核苷酸，其包含：
(i) 核苷酸序列SEQ ID NO: 3664，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或
(ii) 包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3664之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
121. 如實施例109至120中任一項之多核苷酸，其中該AAV蛋白殼變異體包含：
(i) SEQ ID NO: 3636-3647中之任一者的胺基酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列；或
(ii) 包含SEQ ID NO: 3636-3647中之任一者的胺基酸序列的至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾之胺基酸序列。
122. 如實施例109至121中任一項之多核苷酸，其包含SEQ ID NO: 3623-3635中之任一者的核苷酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
123. 如實施例103至122中任一項之多核苷酸、肽或AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，其為經分離的，例如重組的。
124. 一種AAV顆粒，其包含如實施例1至102或108中任一項之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體。
125. 如實施例124之AAV顆粒，其包含編碼有效負載之核苷酸序列。
126. 如實施例125之AAV顆粒，其中經編碼之有效負載包含治療蛋白或其功能變異體；抗體或抗體片段；酶；基因編輯系統之組分；RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA)；或其組合。
127. 如實施例126之AAV顆粒，其中該治療蛋白或其功能變異體，例如重組蛋白，與神經或神經退化性病症、肌肉或神經肌肉病症、或神經腫瘤學病症相關(例如於其中異常表現)。
128. 如實施例126或127之AAV顆粒，該治療蛋白或其功能變異體選自載脂蛋白E (APOE) (例如ApoE2、ApoE3及/或ApoE4)；人類運動神經元存活因子(SMN) 1或SMN2；葡萄糖腦苷酶(GBA1)；芳族L-胺基酸去羧酶(AADC)；天冬胺酸醯化酶(ASPA)；三肽基肽酶I (CLN2)；β-半乳糖苷酶(GLB1)；N-磺基葡萄糖胺磺基水解酶(SGSH)；N-乙醯基-α-葡萄胺糖苷酶(NAGLU)；艾杜糖醛酸2-硫酸酯酶(IDS)；細胞內膽固醇轉運體(NPC1)；巨軸索蛋白(GAN)；或其組合。
129. 如實施例126之AAV顆粒，其中該抗體或抗體結合片段與以下結合：
(i) CNS相關靶標，例如與神經或神經退化性病症相關之抗原，例如β-澱粉樣蛋白、APOE、tau、SOD1、TDP-43、杭丁頓蛋白(HTT)及/或突觸核蛋白；
(ii) 肌肉或神經肌肉相關靶標，例如與肌肉或神經肌肉病症相關之抗原；或
(iii) 神經腫瘤學相關靶標，例如與神經腫瘤學病症相關之抗原，例如HER2或EGFR (例如EGFRvIII)。
130. 如實施例126之AAV顆粒，其中該酶包含巨核酸酶、鋅指核酸酶、TALEN、重組酶、整合酶、鹼基編輯器、Cas9或其片段。
131. 如實施例126之AAV顆粒，其中基因編輯系統之組分包含CRISPR-Cas系統之一或多種組分。
132. 如實施例126或131之AAV顆粒，其中該CRISPR-Cas系統之一或多種組分包含Cas9，例如Cas9異種同源物或Cpf1，以及單引導RNA (sgRNA)，視情況其中：
(i) 該sgRNA位於該cas9酶之上游(5')；或
(ii) 該sgRNA位於該cas9酶之下游(3')。
133. 如實施例126之AAV顆粒，其中該RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA)調節，例如抑制CNS相關基因、mRNA及/或蛋白質之表現。
134. 如實施例133之AAV顆粒，其中該CNS相關基因選自SOD1、MAPT、APOE、HTT、C9ORF72、TDP-43、APP、BACE、SNCA、ATXN1、ATXN3、ATXN7、SCN1A-SCN5A、SCN8A-SCN11A或其組合。
135. 如實施例124至134中任一項之AAV顆粒，其包含有包含可操作地連接至編碼該有效負載之核酸序列的啟動子的病毒基因體。
136. 如實施例135之AAV顆粒，其中該啟動子選自人類延長因子1α-次單元(EF1α)、巨細胞病毒(CMV)即刻早期強化子及/或啟動子、雞β-肌動蛋白(CBA)及其衍生物CAG、β葡萄糖醛酸苷酶(GUSB)或泛蛋白C (UBC)、神經元特異性烯醇酶(NSE)、血小板衍生生長因子(PDGF)、血小板衍生生長因子B-鏈(PDGF-β)、細胞間黏著分子2 (ICAM-2)、突觸蛋白(Syn)、甲基-CpG結合蛋白2 (MeCP2)、Ca2+/鈣調蛋白依賴性蛋白激酶II (CaMKII)、促代謝型麩胺酸受體2 (mGluR2)、神經絲輕鏈(NFL)或重鏈(NFH)、β-球蛋白袖珍基因nβ2、前腦啡肽原(PPE)、腦啡肽(Enk)及興奮性胺基酸轉運體2 (EAAT2)、 神經膠質纖維酸性蛋白(GFAP)、髓磷脂鹼性蛋白(MBP)、心血管啟動子(例如αMHC、cTnT及CMV-MLC2k)、肝啟動子(例如hAAT、TBG)、骨骼肌啟動子(例如結蛋白、MCK、C512)或其片段例如截短，或功能變異體。
137. 如實施例135或136中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含polyA信號序列。
138. 如實施例135至137中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含反向末端重複(ITR)序列。
139. 如實施例135至138中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含相對於經編碼之有效負載定位在5'處的ITR序列。
140. 如實施例135至139中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含相對於經編碼之有效負載定位在3'處的ITR序列。
141. 如實施例135至140中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含相對於經編碼之有效負載定位在5'處的ITR序列及相對於經編碼之有效負載定位在3'處的ITR序列。
142. 如實施例135至141中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含強化子、Kozak序列、內含子區及/或外顯子區。
143. 如實施例135至142中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含miR結合位點，例如調節，例如減少由該病毒基因體編碼之有效負載在表現對應miRNA之細胞或組織中之表現的miR結合位點。
144. 如實施例135至143中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含miR結合位點之至少1-5個拷貝，例如至少1、2、3、4或5個拷貝。
145. 如實施例135至144中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含miR結合位點之至少3個拷貝，視情況其中所有三個拷貝均包含相同的miR結合位點，或該等拷貝中之至少一者、兩者或全部包含不同的miR結合位點。
146. 如實施例135至144中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含miR結合位點之至少4個拷貝，視情況其中所有四個拷貝均包含相同的miR結合位點，或該等拷貝中之至少一者、兩者、三者或全部包含不同的miR結合位點。
147. 如實施例143至146中任一項之AAV顆粒，其中該miR結合位點包含miR122結合位點、miR183結合位點、miR-142-3p或其組合，視情況其中：
(i) 該miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或具有SEQ ID NO: 3672的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列；
(ii) 該miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或具有SEQ ID NO: 3675的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列；且/或
(iii) 該miR-142-3p結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3674，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或具有SEQ ID NO: 3674的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，但不超過十個修飾的核苷酸序列。
148. 如實施例135至147中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體為單股的。
149. 如實施例135至148中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含編碼Rep蛋白，例如非結構蛋白之核苷酸序列，其中該Rep蛋白包含Rep78蛋白、Rep68、Rep52蛋白及/或Rep40蛋白。
150. 如實施例149之AAV顆粒，其中該Rep78蛋白、該Rep68蛋白、該Rep52蛋白及/或該Rep40蛋白由至少一個Rep基因編碼。
151. 如實施例135至150中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含編碼如實施例1至102或108中任一項之AAV蛋白殼變異體的核酸序列。
152. 如實施例162至189中任一項之AAV顆粒，其為經分離的，例如重組的。
153. 一種載體，其包含編碼如實施例1至102或108中任一項之AAV蛋白殼變異體的多核苷酸、如實施例103至106、109至123中任一項之多核苷酸或編碼如實施例107之肽的多核苷酸。
154. 一種細胞，例如宿主細胞，其包含如實施例1至102或108中任一項之AAV蛋白殼變異體、如實施例103至106、109至123中任一項之多核苷酸、如實施例107之肽、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒或如實施例153之載體。
155. 如實施例154之細胞，其中該細胞為哺乳動物細胞或昆蟲細胞。
156. 如實施例154或155之細胞，其中該細胞為腦區或脊髓區之細胞，視情況為額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、尾狀核、齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦、殼核、頸脊髓區、胸脊髓區及/或腰脊髓區之細胞。
157. 如實施例154或155之細胞，其中該細胞為神經元、感覺神經元、運動神經元、星狀細胞或肌肉細胞(例如心臟、隔膜或四頭肌之細胞)。
158. 一種製造AAV顆粒之方法，其包含
(i) 提供包含病毒基因體之宿主細胞；以及
(ii) 在適合於將該病毒基因體包封於如實施例1或102或108中任一項之AAV蛋白殼變異體或由如實施例103至106或109至123中任一項之多核苷酸編碼之AAV蛋白殼變異體中的條件下孵育該宿主細胞；
從而製造該AAV顆粒。
159. 如實施例158之方法，其進一步包含在步驟(i)之前將包含該病毒基因體之第一核酸分子引入該宿主細胞中。
160. 如實施例158或159之方法，其中該宿主細胞包含編碼該蛋白殼變異體之第二核酸。
161. 如實施例158至160中任一項之方法，其中將該第二核酸分子在該第一核酸分子之前、同時或之後引入該宿主細胞中。
162. 一種醫藥組合物，其包含如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒、或包含如實施例107之肽的AAV顆粒及醫藥學上可接受之賦形劑。
163. 一種將有效負載遞送至細胞或組織(例如CNS細胞、CNS組織、肌肉細胞或肌肉組織)之方法，其包含投與有效量之如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如實施例107之肽的AAV顆粒。
164. 如實施例163之方法，其中該細胞為腦區或脊髓區之細胞，視情況為額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、尾狀核、齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦、殼核、頸脊髓區、胸脊髓區及/或腰脊髓區之細胞。
165. 如實施例163或164之方法，其中該細胞為神經元、感覺神經元、運動神經元、星狀細胞或肌肉細胞(例如心臟、隔膜或四頭肌之細胞)。
166. 如實施例163至165中任一項之方法，其中該細胞或組織係在個體體內。
167. 如實施例166之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上神經病症，例如神經退化性病症。
168. 如實施例166之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上肌肉病症或神經肌肉病症。
169. 如實施例166之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上神經腫瘤學病症。
170. 如實施例166之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上遺傳病症，例如單基因病症或多基因病症。
171. 如實施例166之方法，其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上心臟病症，例如如本文所描述之心臟病症(例如心肌病變(例如致心律不整性右心室心肌病變、擴張性心肌病變或肥厚性心肌病變)、鬱血性心衰竭、心搏過速(例如兒茶酚胺多形性心室性心搏過速)、缺血性心臟病及/或心肌梗塞)。
172. 一種治療患有或經診斷患有遺傳病症，例如單基因病症或多基因病症之個體的方法，其包含投與有效量之如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如實施例107之肽的AAV顆粒。
173. 一種治療患有或經診斷患有神經病症，例如神經退化性病症之個體的方法，其包含投與有效量之如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如實施例107之肽的AAV顆粒。
174. 一種治療患有或經診斷患有肌肉病症或神經肌肉病症之個體的方法，其包含投與有效量之如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如實施例107之肽的AAV顆粒。
175. 一種治療患有或經診斷患有心臟病症，例如如本文所描述之心臟病症(例如心肌病變(例如致心律不整性右心室心肌病變、擴張性心肌病變或肥厚性心肌病變)、鬱血性心衰竭、心搏過速(例如兒茶酚胺多形性心室性心搏過速)、缺血性心臟病及/或心肌梗塞)之個體的方法，其包含投與有效量之如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如實施例107之肽的AAV顆粒。
176. 一種治療患有或經診斷患有神經腫瘤學病症之個體的方法，其包含投與有效量之如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如實施例107之肽的AAV顆粒。
177. 如實施例172至176中任一項之方法，其中治療包含預防該個體之疾病或病症之進展。
178. 如實施例166至177之方法，其中該個體為人類。
179. 如實施例166至178中任一項之方法，其中該AAV顆粒肌肉內、靜脈內、腦內、鞘內、腦室內、經由實質內投與或經由大池內注射(ICM)投與至該個體。
180. 如實施例166至178中任一項之方法，其中該AAV顆粒係經由聚焦式超音波(FUS)，例如FUS聯合微氣泡靜脈內投與(FUS-MB)，或MRI引導的FUS聯合靜脈內投與來投與至該個體。
181. 如實施例166至180中任一項之方法，其中該AAV顆粒係靜脈內投與至該個體。
182. 如實施例163至181中任一項之方法，其中該AAV顆粒之投與導致基因、mRNA、蛋白質或其組合之存在、水準及/或活性降低。
183. 如實施例163至181中任一項之方法，其中該AAV顆粒之投與導致基因、mRNA、蛋白質或其組合之存在、水準及/或活性增加。
184. 如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、一種包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或一種包含如實施例107之肽的AAV顆粒，其用於將有效負載遞送至細胞或組織之方法中。
185. 如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、一種包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或一種包含如實施例107之肽的AAV顆粒，其用於治療遺傳病症、神經病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症、心臟病症或神經腫瘤學病症之方法中。
186. 如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、一種包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒或一種包含如實施例107之肽的AAV顆粒，其用於製造藥劑。
187. 如實施例162之醫藥組合物、如實施例124至152中任一項之AAV顆粒、包含如實施例1至102或108中任一項之蛋白殼變異體的AAV顆粒或包含如實施例107之肽的AAV顆粒的用途，其用於製造用於治療遺傳病症、神經病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症、心臟病症或神經腫瘤學病症的藥劑。
相關申請案
本申請案主張2021年11月17日提交之美國臨時申請案第63/280,417號、2021年12月6日提交之美國臨時申請案第63/286,545號及2022年10月7日提交之美國臨時申請案第63/414,377號之優先權，該等申請案中之每一者的全部內容特此以全文引用之方式併入。
序列表
本申請案含有以XML格式電子方式提交的序列表且特此以全文引用之方式併入。該XML拷貝創建於2022年11月10日，命名為V2071-1132PCT_SL.xml且大小為3,391,526位元組。
本文
尤其描述了包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體的組合物及調配物(例如經最佳化的穩定調配物)，以及製造及使用該等組合物及調配物之方法。大體上，AAV蛋白殼變異體具有針對細胞或組織之增強的向性，例如用於將有效負載遞送至該細胞或組織，例如CNS組織、CNS細胞、肌肉細胞或肌肉組織。
在一些實施例中，本文所揭示之AAV蛋白殼變異體包含AAV9之環VIII中，例如相對於SEQ ID NO: 5、8、138或3636-3647編號之580-599之間的位置處，例如位置587、588、589及/或590處之修飾。在一些實施例中，環(例如環VIII)在本文中可與術語可變區(例如可變區VIII)或VR (例如VR-VIII)互換使用。在一些實施例中，環VIII包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置580-599 (例如胺基酸VATNHQSAQAQAQTGWVQNQ (SEQ ID NO: 1195))。在一些實施例中，環VIII包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置582-593 (例如胺基酸TNHQSAQAQAQT (SEQ ID NO: 1196))。在一些實施例中，環VIII包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-593 (例如胺基酸AQAQAQT (SEQ ID NO: 1197))。在一些實施例中，環VIII包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587-590 (例如胺基酸AQAQ (SEQ ID NO: 4737))。在一些實施例中，環VIII或可變區VIII (VR-VIII)係如DiMattia等人. 「Structural Insights into the Unique Properties of the Adeno-Associated Virus Serotype 9」,
Journal of Virology, 12(86):6947-6958 (該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)中所描述的，例如包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置581-593 (例如ATNHQSAQAQAQT (SEQ ID NO: 1198))。
如下文實例中所證實的，本文所描述之某些AAV蛋白殼變異體示出了優於野生型AAV9的多個優勢，包括(i)靜脈內投與後增加的通過血腦屏障之穿透率，(ii)更廣泛分佈於多個腦區，例如額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體，及/或(iii)升高的在多個腦區中之有效負載表現。不希望受理論所束縛，據信此等優勢可能部分由於AAV蛋白殼變異體通過腦血管分佈之散佈。在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼增強了有效負載向腦之多個區域的遞送，該等區域包括例如額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體。
先前已使用若干種產生具有針對細胞或組織(例如CNS細胞或組織)之增強的向性的AAV蛋白殼之方法。一種方法使用經培養細胞(Grimm等人, 2008，其內容以全文引用之方式併入本文)或
原位動物組織(Lisowski等人, 2014，其內容以全文引用之方式併入本文)與腺病毒之共感染，以便觸發感染性AAV DNA之指數複製。另一方法涉及使用細胞特異性CRE轉殖基因小鼠(Deverman等人, 2016，其內容以全文引用之方式併入本文)，允許特定地在星狀細胞中進行病毒DNA重組，接著回收CRE重組的蛋白殼變異體。兩種方法均取得了有限的成功。
Deverman等人(2016)所用之轉殖基因CRE系統在其他動物物種中具有有限的可處理性，且在小鼠組織中藉由定向演化選擇之AAV變異體在大型動物中不顯示類似的特性。先前描述之轉導特異性方法不適合大型動物研究，因為：1)許多目標組織(例如CNS)不易發生腺病毒共感染，2)特定腺病毒向性自身會使庫分佈偏移，以及3)大型動物通常不適合轉殖基因或基因工程以在界定的細胞類型中表現CRE重組酶。
為瞭解決此等局限性，已開發了一種廣泛適用的功能AAV蛋白殼庫篩選平台，用於非轉殖基因動物中之細胞類型特異性生物淘選，且在所附實例中進行了描述。在TRACER (藉由RNA之細胞類型特異性表現進行之AAV之向性重定向)平台系統中，在不存在輔助病毒共感染之情況下將蛋白殼基因置於細胞類型特異性啟動子之控制下，以驅動蛋白殼mRNA表現。不希望受理論所束縛，據信此RNA驅動之篩選增加了選擇壓力，有利於轉導特定細胞類型之蛋白殼變異體。TRACER平台允許生成AAV蛋白殼庫，從而在不需要轉殖基因動物或輔助病毒共感染之情況下達成在經轉導細胞中經表現之蛋白殼mRNA的特異性回收及次選殖。不希望受理論所束縛，據信由於mRNA轉錄為完全轉導之標誌，因此本文所揭示之方法允許鑑定完全感染性AAV蛋白殼突變體，且除了其較高嚴格性外，此方法亦允許使用經設計以表現處於任何細胞特異性啟動子(諸如但不限於突觸蛋白-1啟動子(神經元)、GFAP啟動子(星狀細胞)、TBG啟動子(肝臟)、CAMK啟動子(骨骼肌)、MYH6啟動子(心肌細胞))之控制下之CAP mRNA的庫來鑑定具有針對特定細胞類型之高向性之蛋白殼。本文描述了使用TRACER方法生成之新穎AAV蛋白殼變異體，其證實在例如CNS細胞、CNS組織、肌肉細胞或肌肉組織中增強的向性。
本揭露之AAV顆粒及有效負載可經遞送至一或多種靶細胞、組織、器官或生物體。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒展現出針對靶細胞類型、組織或器官之增強的向性。作為非限制性實例，AAV顆粒可具有針對中樞或周邊神經系統(分別為CNS及PNS)之細胞及組織或肌肉之細胞及組織的增強的向性。本揭露之AAV顆粒可另外或替代地具有針對細胞類型、組織或器官之降低的向性。
在一些實施例中，AAV包含細小病毒科之小的無包膜二十面體蛋白殼病毒，且特徵在於單股DNA病毒基因體。細小病毒科病毒由兩個亞科組成：感染脊椎動物之細小病毒亞科以及感染無脊椎動物之濃核病毒亞科。細小病毒科包含包括AAV之依賴病毒屬，其能夠在脊椎動物宿主，包括但不限於人類、靈長類動物、牛、犬、馬及綿羊物種中複製。
細小病毒及細小病毒科之其他成員大體上在Kenneth I. Berns, 「Parvoviridae: The Viruses and Their Replication」, FIELDS VIROLOGY (第3版 1996)中之第69章中描述，該文獻之內容以全文引用之方式併入。
在一些實施例中，AAV由於相對簡單之結構、其在不整合至宿主基因體中之情況下及在不複製之情況下感染廣泛範圍的細胞(包括靜止及分裂細胞)之能力及其相對良性的免疫原性特徵而用作生物工具。病毒之基因體可經操縱以含有用於組裝功能性重組病毒或病毒顆粒之最少組分，該功能性重組病毒或病毒顆粒負載有特定組織及所需有效負載或經工程改造以靶向特定組織且表現或遞送所需有效負載。
在一些實施例中，AAV為天然存在的(例如野生型) AAV或重組AAV。在一些實施例中，野生型AAV載體基因體為長度為大約5,000個核苷酸(nt)之線性單股DNA (ssDNA)分子。在一些實施例中，反向末端重複序列(ITR)在5'及3'末端處對病毒基因體加帽，從而為病毒基因體提供複製起源。在一些實施例中，AAV病毒基因體通常包含兩個ITR序列。此等ITR在ssDNA之5'及3'末端處具有由自體互補區(野生型AAV中為145nt)界定之特徵性T形髮夾結構，形成能量上穩定的雙股區。雙股髮夾結構包含多種功能，包括但不限於藉由作為宿主病毒複製細胞之內源性DNA聚合酶複合體之引子來充當DNA複製之起源。
在一些實施例中，野生型AAV病毒基因體進一步包含兩個開放閱讀框之核苷酸序列，一個用於四種非結構Rep蛋白(Rep78、Rep68、Rep52、Rep40，由Rep基因編碼)且一個用於三種蛋白殼或結構蛋白(VP1、VP2、VP3，由蛋白殼基因或Cap基因編碼)。Rep蛋白用於複製及包裝，而蛋白殼蛋白經組裝以產生AAV或AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之蛋白質殼。交替剪接以及交替起始密碼子及啟動子導致自單個開放閱讀框生成四種不同的Rep蛋白，且自單個開放閱讀框生成三種蛋白殼蛋白。儘管其因AAV血清型而異，但作為非限制性實例，對於AAV9/hu.14 (US 7,906,111之SEQ ID NO: 123，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文)，VP1係指胺基酸1-736，VP2係指胺基酸138-736且VP3係指胺基酸203-736。在一些實施例中，對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636-3647中之任一者，VP1包含胺基酸1-743、VP2包含胺基酸138-743且VP3包含胺基酸203-743。換句話說，VP1為全長蛋白殼序列，而VP2及VP3為整體中較短的組分。因此，VP3區中序列之變化亦為VP1及VP2之變化，然而，VP3與母序列相比之百分比差異最大，因為其為三個序列中最短的序列。儘管此處關於胺基酸序列進行描述，但編碼此等蛋白質之核酸序列可類似地描述。三種蛋白殼蛋白一起組裝以產生AAV蛋白殼蛋白。儘管不希望受理論所束縛，但AAV蛋白殼蛋白通常包含1:1:10莫耳比之VP1:VP2:VP3。
本揭露之AAV載體可以重組方式產生，且可基於腺相關病毒(AAV)母序列或參考序列。除了單股AAV病毒基因體(例如ssAAV)之外，本揭露亦提供了自體互補AAV (scAAV)病毒基因體。scAAV載體基因體含有DNA股，該等DNA股黏合在一起以形成雙股DNA。藉由跳過第二股合成，scAAV允許在經轉導細胞中快速表現。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒為scAAV。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒為ssAAV。
用於產生及/或修飾AAV顆粒諸如假型AAV載體之方法在此項技術中揭示(PCT專利公開案第WO200028004號；第WO200123001號；第WO2004112727號；第WO2005005610號；及第WO2005072364號，該等專利公開案中之每一者的內容均以全文引用之方式併入本文)。
如本文所描述的，包含AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)及病毒基因體之本揭露之AAV顆粒具有針對細胞類型或組織(例如CNS細胞類型、區域或組織，或肌肉細胞類型或組織)之增強的向性。
肽
本文揭示了肽，以及包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之相關AAV顆粒，該AAV蛋白殼變異體具有肽以增強或改進靶組織(例如CNS或PNS之細胞)之轉導。在一些實施例中，肽為經分離的，例如重組肽。在一些實施例中，編碼肽之核酸為經分離的，例如重組核酸。
在一些實施例中，肽可增加AAV顆粒向CNS之細胞、區域或組織之分佈。CNS之細胞可為但不限於腦之神經元(例如興奮性、抑制性、運動性、感覺性、自發性、交感性、副交感性、Purkinje、Betz等)、神經膠質細胞(例如小神經膠質細胞、星狀細胞、寡樹突細胞)及/或支持細胞，諸如免疫細胞(例如T細胞)。CNS之組織可為但不限於皮質(例如額葉、頂葉、枕葉、顳葉)、丘腦、下丘腦、紋狀體、殼核、尾狀核、海馬體、內嗅皮質、基底神經節或深小腦核。
在一些實施例中，肽可增加AAV顆粒向PNS之細胞、區域或組織之分佈。PNS之細胞或組織可為但不限於背根神經節(DRG)。
在一些實施例中，肽可在靜脈內投與之後增加AAV顆粒向CNS (例如皮質)之分佈。在一些實施例中，肽可在聚焦式超音波(FUS)，例如FUS聯合微氣泡靜脈內投與(FUS-MB)，或MRI引導的FUS聯合靜脈內投與之後增加AAV顆粒向CNS (例如皮質)之分佈。
在一些實施例中，肽可在靜脈內投與之後增加AAV顆粒向PNS (例如DRG)之分佈。在一些實施例中，肽可在聚焦式超音波(FUS)，例如FUS聯合微氣泡靜脈內投與(FUS-MB)，或MRI引導的FUS聯合靜脈內投與之後將AAV顆粒引導至PNS (例如DRG)。
在一些實施例中，肽可增加AAV顆粒向肌肉之細胞、區域或組織之分佈。在一些實施例中，肌肉為心臟肌肉。在一些實施例中，肽可在靜脈內投與之後增加AAV顆粒向肌肉細胞、區域或組織之分佈。
肽之長度可能不同。在一些實施例中，肽之長度為約3至約20個胺基酸。作為非限制性實例，肽之長度可為3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或3-5、3-8、3-10、3-12、3-15、3-18、3-20、5-10、5-15、5-20、10-12、10-15、10-20、12-20或15-20個胺基酸。在一些實施例中，肽包含約6至12個胺基酸長度，例如約9個胺基酸長度。在一些實施例中，肽包含約5至10個胺基酸長度，例如約7個胺基酸長度。在一些實施例中，肽包含約15至20個胺基酸長度，例如約19個胺基酸長度。
在一些實施例中，肽可包含如表1A中所示之序列。在一些實施例中，肽可包含如表1B中所示之序列。在一些實施例中，肽可包含如表2中所示之序列。在一些實施例中，肽可包含如表7中所示之序列。在一些實施例中，肽可包含如表10中所示之序列。在一些實施例中，肽可包含如表11中所示之序列。在一些實施例中，肽可包含如表20中所示之序列。在一些實施例中，肽包含例如如表2中所描述之肽1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12中之任一者的胺基酸序列。在一些實施例中，肽為經分離的，例如重組的。
表 1A. 例示性肽序列
表 1B. 例示性肽序列
表 2. 例示性肽
| 肽序列 | SEQ ID NO: | 肽序列 | SEQ ID NO: | 肽序列 | SEQ ID NO: | 肽序列 | SEQ ID NO: |
| QLNGAVHLYAQAQLSPVQN | 139 | PLNGAVHLYAQAQTLQVQN | 224 | PLNGAVHLYAQAQTGWVRN | 309 | PLNGAVHLYAQAQTGSVQI | 394 |
| PLDGAVHLYAQPQTGWVQN | 140 | PLNGAVHLYAQAQTMSVQN | 225 | PLNGAVHLYAQAQLAAVQN | 310 | PLNGTVHLYAQAQTGGVQN | 395 |
| QLNGAVHLYAQAQTMSVQN | 141 | QLNGAVHLYAQAQLQPVQN | 226 | PLNGAVHLYAQAQTSPDQN | 311 | PLNGAVHLYAKAQVSPVQN | 396 |
| PLDSSVHLYAQAQTGWVQN | 142 | PLNGAVHLYAQAQVAKVQN | 227 | PLNGAVHLYAQAQRSGVQN | 312 | PLNGAVHLYAQAQRGGVQN | 397 |
| PLNGAVHLYAQAQTTKVQN | 143 | PLNGAVHLYAQAQRAAVQN | 228 | PLNGAVHLYAQAQTGGVQT | 313 | PLNGGVHLYAQAQTGLVQN | 398 |
| PLDGAVHLYAQAQTGSVQN | 144 | PLNGAVHLYAQAQTVGVQN | 229 | PLNGAVHLYAQAQTGWVPN | 314 | PLNGAVHLYAQAQVMSVQN | 399 |
| ALNGAVHLYAQAQTTSVQN | 145 | PLNGAVHLYAQAQLNPVQN | 230 | PLDSAVHLYAQAQTGWVQN | 315 | PLNGAVHLYAQAQTTGVQN | 400 |
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| PLNGAVHLYAQAQTTSVQN | 239 | PLNGAVHLYAQAQVAQVQN | 149 | PLNGAVHLYAQAQTMGVQN | 341 | PLNGAVHLYAQAQTQHVQN | 302 |
| PLNGAVHLYAQAQTLPVQN | 384 | PLNGAVHLYAQAQLAAVQN | 310 | PLNGAVHLYAQAQLGQVQN | 387 | PLNGAVHLYAQAQTGWLQN | 587 |
| HLNGAVHLYAQAQTGWVQN | 665 | PLNGAVHLYAQAQTGWVKN | 765 | PLDGAVHLYAQAQTGSVQN | 144 | PLNGAVHLYAQAQTNQVQN | 194 |
| PLNGAVHLYAQAQVLPVQN | 461 | PLNGAVHLYAQAQRSTVQN | 199 | PLDSAVHLYAQAQTGWVQN | 315 | PLNGAVHLYAQAQLMQVQN | 268 |
| PLNGAVHLYAQAQRGWVQN | 817 | ALDGAVHLYAQAQTGWVQN | 235 | PLNGAVHLYAQAQTSHVQN | 415 | PLNGAVHLYAQAQVNAVQN | 473 |
| PLNGAVHLYAQAQLSGVQN | 689 | PLNGAVHLYAQAQRTLVQN | 334 | PLNGAVHLYAQAQAAPVQN | 197 | PLNGAVHLYAQAQVQTVQN | 380 |
| PLNGAVHLYAQAQLASVQN | 303 | PLNGAVHLYAQAQLGTVQN | 524 | PLNGAVHLYAQAQRSQVQN | 453 | PLNGAVHLYAQAQTQRVQN | 503 |
| PLNGAVHLYAQAQSSPVQN | 219 | PLNGAVHLYAQAQLMSVQN | 475 | PLNGAVHLYAQAQTYSVQN | 832 | PLNGAVHLYAQAQVGKVQN | 210 |
| PLNGAVHLYAQAQLLPVQN | 551 | PLNGAVHLYAQAQLGPVQN | 193 | PLNGAVHLYAQAQITPVQN | 337 | PLNGAVHLYSQAQTGRVQN | 378 |
| ALNGTVHLYAQAQTGWVQN | 724 | PLNGAVHLYAQAQRTSVQN | 471 | PLNGAVHLYAQAQVAKVQN | 227 | PLNGAVHLYAQAQVKQVQN | 154 |
| QLNGAVHLYAQAQTGSVQN | 585 | PLNGAVHLYAQAQSQPVQN | 510 | PLNGAVHLYAQAQTQMVQN | 336 | PLNGGVHLYAQAQTGRVQN | 165 |
| ALNGAVHLYAQAQTGLVQN | 485 | PLNGAVHLYAQAQVLGVQN | 522 | PLNGAVHLYAQAQTKAVQN | 253 | PLDGAVHLYAQPQTGWVQN | 140 |
| PLNGAVHLYAQAQSTSVQN | 517 | PLNGAVHLYAQAQSVSVQN | 894 | PLNGAVHLYAQAQSQQVQN | 778 | PLNGAVHLYAQAQTGWVLN | 751 |
| PLNGAVHLYAQAQTSAVQN | 442 | PLNGAVHLYAQAQTMQVQN | 181 | PLNGAVHLYAQAQISGVQN | 191 | PLNGAVHLYAQAQIQSVQN | 212 |
| PINGAVHLYAQAQTGLVQN | 588 | PLNGAVHLYAQAQSAVVQN | 684 | PLNGAVHLYAQAQVSRVQN | 296 | PLNGAVHLYAQAQLQRVQN | 214 |
| PLNGAVHLYAQAQTTPVQN | 175 | PLNGAVHLYAQAQLAGVQN | 357 | PLNGAVHLYAQAQTGWDQN | 502 | PLNGAVHLYAQAQTMMVQN | 482 |
| PLNGSVHLYAQAQTGLVQN | 660 | SLNGAVHLYAQAQTGRVQN | 388 | ALNGAVHLYAQAQTGRVQN | 241 | PLNGAVHLYAQAQVGNVQN | 267 |
| PLNGAVHLYAQAQSALVQN | 641 | PLNGAVHLYAQAQTGWVQT | 452 | PLNGAVHLYAQAQRTAVQN | 358 | PLNGAVHLYAQAQRIGVQN | 417 |
| PVNGAVHLYAQAQTGLVQN | 526 | PLNGAVHLYAQAQSGPVQN | 290 | PLDGAVHVYAQAQTGWVQN | 430 | PLNGAVHLYAQAQTGWVRN | 309 |
| PLNGAVHLYAQAQLGSVQN | 432 | PLNGAVHLYAQAQTNSVQN | 288 | PLDGAVHLYSQAQTGWVQN | 370 | PLNGAVHLYAQAQSAKVQN | 161 |
| PLNGAVHLYAQAQVTPVQN | 237 | PLNGAVHLYAQAQRLTVQN | 543 | PLNGAVHLYAQAQRMLVQN | 624 | PLNGAVHLYAQAQRIAVQN | 173 |
| PLNGAVHLYAQAQVSAVQN | 300 | ALNGAVHLYAQSQTGWVQN | 1047 | PLNGAVHLYAQAQSQMVQN | 929 | PLNGAVHLYAQAQVQNVQN | 436 |
| PLNGAVHLYAQAQIGWVQN | 852 | PLNGAVHLYAQAQTTQVQN | 170 | PLNGAVHLYAQAQVANVQN | 196 | PLNGAVHLYAQAQNVQVQN | 393 |
| PLNGAVHLYAQAQTGFVQN | 640 | PLNGAVHLYAQAQSAAVQN | 469 | PLNGAVHLYAQAQCTPVQN | 240 | PLNGAVHLYAQAQRIPVQN | 456 |
| PLNGAVHLYAQAQLTPVQN | 177 | PLNGAVHLYAQAQTSVVQN | 262 | PLNGAVHLYAQPQTGLVQN | 326 | PLNGAVHLYAQAQNAQVQN | 305 |
| PLNGAVHLYAQAQTLAVQN | 360 | PLNGAVHLYAQAQRLGVQN | 332 | PLNGAVHLYAQAQISSVQN | 273 | PLNGAVHLYAQAQTGWVQS | 480 |
| QLNGAVHLYAQAQTGGVQN | 719 | PLNGGVHLYAQAQTGGVQN | 983 | PLNGAVHLYAQAQAGPVQN | 220 | PLNGYVHLYAQAQTGWVQN | 1009 |
| PLNGAVHLYAQAQLSAVQN | 658 | PLNGAVHLYAQAQTGWVQK | 635 | PLNGAVHLYAQAQTAKVQN | 160 | PLNGAVHLYAQAQTGWVQY | 841 |
| PLNGAVHLYAQAQTVGVQN | 229 | PLNGAVHLYAQAQRASVQN | 174 | PLNGAVHLYAQAQRTGVQN | 282 | PLNGAVHLYAQAQNMQVQN | 392 |
| PLNGAVHLYAQAQTAPVQN | 256 | PLNGAVHLYAQAQSTQVQN | 498 | PLNGAVHLYAQAQLHPVQN | 258 | PLNGAVHLYAQAQTGWAQN | 349 |
| PLNGAVHLYAQAQTMPVQN | 318 | PLNGAVHLYAQAQCSPVQN | 213 | PLNGAVHLYAQAQTMTVQN | 276 | PLNGAVHLYAQAQTGWVEN | 804 |
| PLNGAVHLYAQAQTSLVQN | 362 | PLNGAVHLYAQAQSAGVQN | 507 | PLNGAVHLYAQAQAQPVQN | 561 | PLNGNVHLYAQAQTGGVQN | 189 |
| PLNGAVHLYAQAQVQSVQN | 343 | PLNGAVHLYAQAQALPVQN | 1038 | PLNGAVHLYAQAQQAPVQN | 304 | PLDGAVHLYAQAQTGGVQN | 150 |
| PLNGAVHLYAQAQSSMVQN | 783 | PLNGAVHLYAQAQVTSVQN | 285 | PLNGAVHLYAQAQRQPVQN | 188 | PLNGAVHLYAQAQTPSVQN | 801 |
| PLNGAVHLYAQAQSLPVQN | 1015 | PLNGAVHLYAQAQISPVQN | 346 | PLNGAVHLYAQAQLKSVQN | 250 | PLNGAVHLYAQAQTGWVQD | 458 |
| PLNGAVHLYAQAQVSQVQN | 184 | PLNGAVHLYAQAQSVGVQN | 438 | PLNGAVHLYAQAQNTTVQN | 568 | PLNGAVHLYAQAQLTNVQN | 260 |
| PLNGAVHLYAQAQRSSVQN | 277 | PLNGAVHLYAQAQLTSVQN | 451 | RLDGAVHLYAQAQTGWVQN | 602 | QLNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1032 |
| PLNGAVHLYAQAQTSTVQN | 246 | PLNGAVHLYAQAQTTTVQN | 222 | PLNGAVHLYAQAQTSKVQN | 182 | PLNGAVHLYAQAQVTKVQN | 218 |
| PLNGAVHLYAQAQVMSVQN | 399 | PLNGAVHLYAQAQRSGVQN | 312 | PLNGSVHLYAQPQTGWVQN | 572 | QLNGAVHLYAQAQTGWVQT | 735 |
| PLNGAVHLYAQAQTTAVQN | 308 | PLNGAVHLYAQAQTQLVQN | 490 | PLNGAVHLYAQAQRYSVQN | 501 | ALNGAVHLYAQAQTGWVQK | 1061 |
| PLNGSVHLYAQAQTGSVQN | 294 | PLNGAVHLYAQAQLNPVQN | 230 | PLNGAVHLYAQAQKSSVQN | 861 | ALNGAVHLYAQAQTGWVQT | 678 |
| PLNGAVHLYAQAQTQPVQN | 293 | PLNGTVHLYAQAQTGGVQN | 395 | PLNGAVHLYAQAQNTPVQN | 323 | QLNGAVHLYAQAQTGWVQK | 980 |
| PLNGAVHLYAQAQLSTVQN | 468 | PLNGAVHLYAQAQTVQVQN | 186 | PLNGAVHLYAQAQVGGVQN | 352 | ALNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1081 |
| PLNGAVHLYAQAQLAPVQN | 157 | PLNGAVHLYAQAQIASVQN | 202 | PLNGAVHLYAQAQIAAVQN | 251 | QLNGAVHLYAQAQTVSVQN | 961 |
| PLNGAVHLYAQAQTVAVQN | 166 | PLNGAVHLYAQAQLAQVQN | 158 | PLNGAVHLYAQAQLMAVQN | 317 | PLDSSVHLYAQAQTGWVQN | 142 |
| PLNGAVHLYAQAQRLSVQN | 363 | PLNGAVHLYAQAQLSRVQN | 404 | PLNGAVHLYAQAQMAPVQN | 407 | PLNGSVHLYAQAQTGWVKN | 791 |
| PLNGAVHLYAQAQTGYVQN | 862 | PLNGAVHLYAQAQLSNVQN | 536 | PLNGAVHLYAQAQVHPVQN | 271 | QLNGAVHLYAQAQTGWDQN | 959 |
| PLNGAVHLYAQAQTSGVQN | 425 | PLNGAVHLYAQAQTTGVQN | 400 | PLNGAVHLYAQAQVLSVQN | 301 | QLNGAVHLYAQAQPGWVQN | 1113 |
| PLNGAVHLYAQAQTAGVQN | 243 | PLNGAVHLYAQAQTSNVQN | 913 | PLNGAVHLYAQAQLANVQN | 320 | PLNGAVHLYAQAQLPPVQN | 559 |
| PLNGAVHLYAQAQVMPVQN | 616 | PLNGAVHLYAQAQSMAVQN | 209 | PLNGAVHLYAQAQATQVQN | 601 | PLNGAVHLYAQAQSPPVQN | 695 |
| PLNGAVHLYAQAQTSQVQN | 244 | PLNGAVHLYAQAQTKSVQN | 437 | PLNGAVHLYAQAQTNAVQN | 234 | PLNGSVHLYAQAQTGWVQK | 748 |
| PLNGAVHLYAQAQTMAVQN | 200 | PLNGAVHLYAQAQSVAVQN | 465 | PLNGAVHLYAQAQTANVQN | 446 | PLNGGVHLYAQAQTGWVKN | 864 |
| PLNGAVHLYAQAQVGSVQN | 372 | PLNGAVHLYAQAQTQQVQN | 295 | PLNGAVHLYAQAQVSNVQN | 255 | PLNGAVHLYAQAQTPAVQN | 727 |
| PLNGAVHLYAQAQTSWVQN | 564 | PLNGAVHLYAQAQVQQVQN | 195 | PLNGAVHLYAQAQAAAVQN | 683 | PVNGAVHLYAQAQTGWVQT | 1051 |
| PLNGAVHLYAQAQTGVVQN | 988 | PLNGAVHLYAQAQRLPVQN | 537 | PLNGAVHLYAQAQAVGVQN | 787 | PLNGSVHLYAQAQTGWVQT | 366 |
| PLNGAVHLYAQAQTGTVQN | 411 | PLNCAVHLYAQAQTGWVQN | 975 | PLNGAVHLYAQAQLTAVQN | 435 | PLNGGVHLYAQAQTGWVQK | 906 |
| PLNGAVHLYAQAQTLGVQN | 628 | PLNGAVHLYAQAQSAMVQN | 420 | PLNGAVHLYAQAQSANVQN | 758 | PLNGAVHLYAQAQTGCVQK | 992 |
| PLNGAVHLYAQAQLMPVQN | 257 | PLNGAVHLYAQAQTAVVQN | 331 | PLNGAVHLYAQAQRAGVQN | 525 | SLNGAVHLYAQAQTGWVQH | 1095 |
| PLNGAVHLYAQAQVQPVQN | 307 | PLNGAVHLYAQAQTQWVQN | 574 | PLNGAVHLYAQAQRQGVQN | 538 | ||
| PLNGAVHLYAQAQTGMVQN | 535 | PLNGAVHLYAQAQSSRVQN | 693 | PLNGAVHLYAQAQTLRVQN | 544 |
| 肽 | SEQ ID NO: | 胺基酸序列 | SEQ ID NO: | 核苷酸序列 |
| 1 | 3648 | PLNGAVHLY | 3660 | ccgcttaatggtgccgtccatctttat |
| 2 | 3649 | RDSPKGW | 3661 | cgtgattctccgaagggttggca |
| 3 | 3650 | YSTDVRM | 3662 | tattctacggatgtgaggatgca |
| 4 | 3651 | IVMNSLK | 3663 | attgttatgaattcgttgaaggc |
| 5 | 3652 | RESPRGL | 3664 | cgggagagtcctcgtgggctgca |
| 6 | 3653 | SFNDTRA | 3665 | agttttaatgatactagggctca |
| 7 | 3654 | GGTLAVVSL | 3666 | ggtggtacgttggccgtcgtgtcgctt |
| 8 | 3655 | YGLPKGP | 3667 | tatgggttgccgaagggtcct |
| 9 | 3656 | STGTLRL | 3668 | tcgactgggacgcttcggctt |
| 10 | 3657 | YSTDERM | 3669 | tattcgacggatgagaggatg |
| 11 | 3658 | YSTDERK | 3670 | tattcgacggatgagaggaag |
| 12 | 3659 | YVSSVKM | 3671 | Tatgtttcgtctgttaagatg |
| 13 | 314 | PLNGAVHLYAQAQTGWVPN | 6 | ccgcttaatggtgccgtccatctttatGCTCAGGCGCAGACCGGCTGGGTTccgAAC |
| 14 | 566 | PLNGAVHLYAQAQLSPVKN | 9 | CCGCTGAATGGTGCGGTGCATCTGTATGCGCAGGCGCAGCTGTCTCCGGTGAAGAAT |
在一些實施例中，肽包含有包含下式[N1]-[N2]之胺基酸序列，其中[N1]包含X1、X2、X3、X4及X5，且[N2]包含胺基酸序列VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VHHY (SEQ ID NO: 4683)。在一些實施例中，[N1]之位置X1為：P、Q、A、H、K、L、R、S或T。在一些實施例中，[N1]之位置X2為：L、I、V、H或R。在一些實施例中，[N1]之位置X3為：N、D、I、K或Y。在一些實施例中，[N1]之位置X4為：G、A、C、R或S。在一些實施例中，[N1]之位置X5為：A、S、T、G、C、D、N、Q、V或Y。在一些實施例中，[N1]包含AL、PI、PL、QL、SL、TL、LN、LD、IN、NG、DG、DS、GA、SA、SS、GG、GN、GS或GT。在一些實施例中，[N1]包含ALD、ALN、PIN、PLD、PLN、QLN、SLD、SLN、TLN、LNG、LDG、ING、LDS、NGA、DGA、DSA、DSS、NGG、NGN、NGS、NGT。在一些實施例中，[N1]為或包含SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGC (SEQ ID NO: 4706)、PLYGA (SEQ ID NO: 4707)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)、PVDGA (SEQ ID NO: 4709)、PLKGA (SEQ ID NO: 4710)、PLNGD (SEQ ID NO: 4711)、KLDGA (SEQ ID NO: 4712)、PHNGA (SEQ ID NO: 4713)、PLNGV (SEQ ID NO: 4714)、PLNAA (SEQ ID NO: 4715)、QLNGY (SEQ ID NO: 4716)、PLDGS (SEQ ID NO: 4717)、LLNGA (SEQ ID NO: 4718)、PLNRA (SEQ ID NO: 4719)、PLIGA (SEQ ID NO: 4720)、PRNGA (SEQ ID NO: 4721)或ALNGS (SEQ ID NO: 4722)。在一些實施例中，[N1]為或包含ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)或TLNGA (SEQ ID NO: 4708)。在一些實施例中，其中[N1]-[N2]包含LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、INGAVHLY (SEQ ID NO: 4770)、LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LDSAVHLY (SEQ ID NO: 4771)、LDSSVHLY (SEQ ID NO: 4772)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGGVHLY (SEQ ID NO: 4773)、LNGNVHLY (SEQ ID NO: 4774)、LNGSVHLY (SEQ ID NO: 4775)、LNGTVHLY (SEQ ID NO: 4776)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGAVHIY (SEQ ID NO: 4777)、LDGAVHVY (SEQ ID NO: 4778)、LNGAVHHY (SEQ ID NO: 4779)。在一些實施例中，[N1]-[N2]為或包含ALDGAVHLY (SEQ ID NO: 4780)、ALNGAVHLY (SEQ ID NO: 4781)、PINGAVHLY (SEQ ID NO: 4782)、PLDGAVHLY (SEQ ID NO: 4783)、PLDSAVHLY (SEQ ID NO: 4784)、PLDSSVHLY (SEQ ID NO: 4785)、PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、PLNGGVHLY (SEQ ID NO: 4786)、PLNGNVHLY (SEQ ID NO: 4787)、PLNGSVHLY (SEQ ID NO: 4788)、PLNGTVHLY (SEQ ID NO: 4789)、QLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4790)、SLDGAVHLY (SEQ ID NO: 4791)、SLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4792)、TLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4793)、PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)、PLDGAVHVY (SEQ ID NO: 4795)、PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分(例如任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸)的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，包含有包含式[N1]-[N2]之胺基酸序列的肽進一步包含[N3]，其包含X6、X7、X8及X9。在一些實施例中，[N3]之位置X6為：A、D、S或T。在一些實施例中，[N3]之位置X7為：Q、K、H、L、P或R。在一些實施例中，[N3]之位置X8為：A、P、E或R。在一些實施例中，[N3]之位置X9為Q、H、K或P。在一些實施例中，[N3]包含AQ、SQ、AK、DQ、PQ、QA、QP或KA。在一些實施例中，[N3]包含AQA、AQP、SQA、AKA、DQA、QAQ、QPQ或KAQ。在一些實施例中，[N3]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AQSQ (SEQ ID NO: 4740)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)。在一些實施例中，[N3]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)或DQAQ (SEQ ID NO: 4744)。在一些實施例中，為或包含ALDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4827)、ALNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4828)、PINGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4829)、PLDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4830)、PLDGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4831)、PLDGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4832)、PLDSAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4833)、PLDSSVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4834)、PLNGAVHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4835)、PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)、PLNGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4837)、PLNGAVHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4838)、PLNGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4839)、PLNGGVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4840)、PLNGNVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4841)、PLNGSVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4842)、PLNGTVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4843)、QLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4844)、SLDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4845)、SLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4846)、TLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4847)、PLNGAVHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4848)、PLDGAVHVYAQAQ (SEQ ID NO: 4849)、PLNGAVHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4850)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分(例如任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個胺基酸，例如連續胺基酸)的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，包含有包含式[N1]-[N2]之胺基酸序列的肽進一步包含[N4]，其包含X10、X11及X12。在一些實施例中，[N4]之位置X10為：T、V、L、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q。在一些實施例中，[N4]之位置X11為：G、S、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y。在一些實施例中，[N4]之位置X12為：W、S、P、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y。在一些實施例中，[N4]包含LS、TG、LA、LT、SA、SS、TL、TT、TS、TA、TV、VS、AA、AG、AS、AT、CS、CT、IA、IG、IL、IQ、IS、IT、LG、LH、LK、LM、LN、LQ、MA、NA、NM、NS、NT、NV、QA、RA、RG、RI、RL、RM、RN、RQ、RS、RT、RV、SG、SM、ST、SV、TK、TM、TN、TP、TQ、TR、VA、VG、VH、VK、VL、VM、VN、VQ、VR、VT、PG、LV、SP、GW、AP、GR、AL、AW、GG、GS、GP、QP、QS、AH、AN、AQ、AR、GQ、HP、KS、MG、MP、MQ、MS、NP、QQ、QR、SH、SK、SQ、SR、IP、VE、AK、AM、AV、GA、GC、GT、KA、KP、KQ、LP、MK、MN、MT、NQ、PP、QH、QK、QM、QN、QT、RW、SL、VW、GK、GN、NG、RP、SN、GL或VP。在一些實施例中，[N4]為或包含TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、LSP、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA、TGC、VPP、TPT、TPW、TPP、RPP、TPQ、TPR、TPG、VPA、VPQ、RPG、KGW、TRW、TAR、IPP、RSL、LVP、KGS、VAP、KGG、KAW、PGS、TRL或AGW。
在一些實施例中，包含有包含式[N1]-[N2]之胺基酸序列的肽進一步包含[N5]，其包含X13、X14及X15。在一些實施例中，[N5]之位置X13為：V、D、F、G、L、A、E或I。在一些實施例中，[N5]之位置X14為：Q、K、R、H、E、L或P。在一些實施例中，[N5]之位置X15為：N、T、K、H、D、Y、S、I或P。在一些實施例中，[N5]包含VQ、AQ、DQ、FQ、VL、LQ、EQ、GQ、VP、VR、VK、QN、QS、QT、QK、QH、LN、QI、PN、QD、QP、RN或KN。在一些實施例中，[N5]為或包含VQN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD、VPN、IQN、VKK、DKN、VKT、VQP、EQN、GQT、FQK、GHN或VPH。在一些實施例中，[N5]為或包含VQN、AQN、VQS、DQN、VQT、VQK、VQH、FQN、VLN、LQN、VQI、EQN、GQT、VPN、VQD、VQP、VRN或VKN。在一些實施例中，[N4]-[N5]為或包含TGWVQN (SEQ ID NO: 4851)、LAAVQN (SEQ ID NO: 4852)、LTPVQN (SEQ ID NO: 4853)、SAPVQN (SEQ ID NO: 4854)、SSPVQN (SEQ ID NO: 4855)、TGRVQN (SEQ ID NO: 4856)、TGWAQN (SEQ ID NO: 4857)、TGWVQS (SEQ ID NO: 4858)、TLAVQN (SEQ ID NO: 4859)、TTSVQN (SEQ ID NO: 4860)、TSPVQN (SEQ ID NO: 4861)、TALVQN (SEQ ID NO: 4862)、TAWVQN (SEQ ID NO: 4863)、TGGVQN (SEQ ID NO: 4864)、TGSVQN (SEQ ID NO: 4865)、TGWDQN (SEQ ID NO: 4866)、TVSVQN (SEQ ID NO: 4867)、VSPVQN (SEQ ID NO: 4868)、VSSVQN (SEQ ID NO: 4869)、AAPVQN (SEQ ID NO: 4870)、AGPVQN (SEQ ID NO: 4871)、ASPVQN (SEQ ID NO: 4872)、ATPVQN (SEQ ID NO: 4873)、CSPVQN (SEQ ID NO: 4874)、CTPVQN (SEQ ID NO: 4875)、IAAVQN (SEQ ID NO: 4876)、IAGVQN (SEQ ID NO: 4877)、IASVQN (SEQ ID NO: 4878)、IGGVQN (SEQ ID NO: 4879)、IGSVQN (SEQ ID NO: 4880)、ILGVQN (SEQ ID NO: 4881)、IQPVQN (SEQ ID NO: 4882)、IQSVQN (SEQ ID NO: 4883)、ISGVQN (SEQ ID NO: 4884)、ISPVQN (SEQ ID NO: 4885)、ISSVQN (SEQ ID NO: 4886)、ITPVQN (SEQ ID NO: 4887)、LAGVQN (SEQ ID NO: 4888)、LAHVQN (SEQ ID NO: 4889)、LANVQN (SEQ ID NO: 4890)、LAPVQN (SEQ ID NO: 4891)、LAPVQT (SEQ ID NO: 4892)、LAQVQN (SEQ ID NO: 4893)、LARVQN (SEQ ID NO: 4894)、LASVQN (SEQ ID NO: 4895)、LATVQN (SEQ ID NO: 4896)、LGPVQN (SEQ ID NO: 4897)、LGQVQN (SEQ ID NO: 4898)、LGSVQN (SEQ ID NO: 4899)、LHPVQN (SEQ ID NO: 4900)、LKSVQN (SEQ ID NO: 4901)、LMAVQN (SEQ ID NO: 4902)、LMGVQN (SEQ ID NO: 4903)、LMPVQN (SEQ ID NO: 4904)、LMQVQN (SEQ ID NO: 4905)、LMSVQN (SEQ ID NO: 4906)、LNPVQN (SEQ ID NO: 4907)、LQPVQN (SEQ ID NO: 4908)、LQQVQN (SEQ ID NO: 4909)、LQRVQN (SEQ ID NO: 4910)、LSHVQN (SEQ ID NO: 4911)、LSKVQN (SEQ ID NO: 4912)、LSPVQK (SEQ ID NO: 4913)、LSPVQN (SEQ ID NO: 4914)、LSQVQN (SEQ ID NO: 4915)、LSRVQN (SEQ ID NO: 4916)、LSTVQN (SEQ ID NO: 4917)、LTAVQN (SEQ ID NO: 4918)、LTNVQN (SEQ ID NO: 4919)、LTSVQN (SEQ ID NO: 4920)、MAPVQN (SEQ ID NO: 4921)、NAQVQN (SEQ ID NO: 4922)、NASVQN (SEQ ID NO: 4923)、NMQVQN (SEQ ID NO: 4924)、NSPVQN (SEQ ID NO: 4925)、NTPVQN (SEQ ID NO: 4926)、NVQVQN (SEQ ID NO: 4927)、QAPVQN (SEQ ID NO: 4928)、RAAVQN (SEQ ID NO: 4929)、RAQVQN (SEQ ID NO: 4930)、RASVQN (SEQ ID NO: 4931)、RGGVQN (SEQ ID NO: 4932)、RGSVQN (SEQ ID NO: 4933)、RIAVQN (SEQ ID NO: 4934)、RIGVQN (SEQ ID NO: 4935)、RIPVQN (SEQ ID NO: 4936)、RLGVQN (SEQ ID NO: 4937)、RLSVQN (SEQ ID NO: 4938)、RMSVQN (SEQ ID NO: 4939)、RNSVQN (SEQ ID NO: 4940)、RQPVQN (SEQ ID NO: 4941)、RSAVQN (SEQ ID NO: 4942)、RSGVQN (SEQ ID NO: 4943)、RSPVQN (SEQ ID NO: 4944)、RSQVQN (SEQ ID NO: 4945)、RSSVQN (SEQ ID NO: 4946)、RSTVQN (SEQ ID NO: 4947)、RTAVQN (SEQ ID NO: 4948)、RTGVQN (SEQ ID NO: 4949)、RTLVQN (SEQ ID NO: 4950)、RTSVQN (SEQ ID NO: 4951)、RTTVQN (SEQ ID NO: 4952)、RVEVQN (SEQ ID NO: 4953)、SAAVQN (SEQ ID NO: 4954)、SAKVQN (SEQ ID NO: 4955)、SAMVQN (SEQ ID NO: 4956)、SAQVQN (SEQ ID NO: 4957)、SGPVQN (SEQ ID NO: 4958)、SMAVQN (SEQ ID NO: 4959)、SMGVQN (SEQ ID NO: 4960)、SMQVQN (SEQ ID NO: 4961)、SMSVQN (SEQ ID NO: 4962)、STPVQN (SEQ ID NO: 4963)、SVAVQN (SEQ ID NO: 4964)、SVGVQN (SEQ ID NO: 4965)、TAAVQN (SEQ ID NO: 4966)、TAGVQN (SEQ ID NO: 4967)、TAKVQN (SEQ ID NO: 4968)、TAMVQN (SEQ ID NO: 4969)、TANVQN (SEQ ID NO: 4970)、TAPVQN (SEQ ID NO: 4971)、TAPVQT (SEQ ID NO: 4972)、TAQVQN (SEQ ID NO: 4973)、TASVQN (SEQ ID NO: 4974)、TASVQT (SEQ ID NO: 4975)、TATVQN (SEQ ID NO: 4976)、TAVVQN (SEQ ID NO: 4977)、TAWDQN (SEQ ID NO: 4978)、TAWVQH (SEQ ID NO: 4979)、TAWVQT (SEQ ID NO: 4980)、TGAVQN (SEQ ID NO: 4981)、TGCFQN (SEQ ID NO: 4982)、TGGAQN (SEQ ID NO: 4983)、TGGFQN (SEQ ID NO: 4984)、TGGVLN (SEQ ID NO: 4985)、TGGVQH (SEQ ID NO: 4986)、TGGVQK (SEQ ID NO: 4987)、TGGVQT (SEQ ID NO: 4988)、TGPVQN (SEQ ID NO: 4989)、TGSAQN (SEQ ID NO: 4990)、TGSLQN (SEQ ID NO: 4991)、TGSVQH (SEQ ID NO: 4992)、TGSVQI (SEQ ID NO: 4993)、TGSVQS (SEQ ID NO: 4994)、TGSVQT (SEQ ID NO: 4995)、TGTVQN (SEQ ID NO: 4996)、TGWEQN (SEQ ID NO: 4997)、TGWFQN (SEQ ID NO: 4998)、TGWGQT (SEQ ID NO: 4999)、TGWVPN (SEQ ID NO: 5000)、TGWVQD (SEQ ID NO: 5001)、TGWVQP (SEQ ID NO: 5002)、TGWVQT (SEQ ID NO: 5003)、TGWVRN (SEQ ID NO: 5004)、TKAVQN (SEQ ID NO: 5005)、TKPVQN (SEQ ID NO: 5006)、TKQVQN (SEQ ID NO: 5007)、TKSVQN (SEQ ID NO: 5008)、TLPVQN (SEQ ID NO: 5009)、TLQVQN (SEQ ID NO: 5010)、TMAVQN (SEQ ID NO: 5011)、TMGVQN (SEQ ID NO: 5012)、TMKVQN (SEQ ID NO: 5013)、TMNVQN (SEQ ID NO: 5014)、TMPVQN (SEQ ID NO: 5015)、TMQVQN (SEQ ID NO: 5016)、TMSVKN (SEQ ID NO: 5017)、TMSVQN (SEQ ID NO: 5018)、TMSVQT (SEQ ID NO: 5019)、TMTVQN (SEQ ID NO: 5020)、TNAVQN (SEQ ID NO: 5021)、TNQVQN (SEQ ID NO: 5022)、TNSVQN (SEQ ID NO: 5023)、TPPVQN (SEQ ID NO: 5024)、TQHVQN (SEQ ID NO: 5025)、TQKVQN (SEQ ID NO: 5026)、TQMVQN (SEQ ID NO: 5027)、TQNVQN (SEQ ID NO: 5028)、TQPVQN (SEQ ID NO: 5029)、TQQVQN (SEQ ID NO: 5030)、TQTVQN (SEQ ID NO: 5031)、TRWDQN (SEQ ID NO: 5032)、TSAVQN (SEQ ID NO: 5033)、TSGVQN (SEQ ID NO: 5034)、TSHVQN (SEQ ID NO: 5035)、TSKVQN (SEQ ID NO: 5036)、TSLVQN (SEQ ID NO: 5037)、TSMVQN (SEQ ID NO: 5038)、TSPDQN (SEQ ID NO: 5039)、TSQVQN (SEQ ID NO: 5040)、TSSVQN (SEQ ID NO: 5041)、TSSVQT (SEQ ID NO: 5042)、TSTVQN (SEQ ID NO: 5043)、TSVVQN (SEQ ID NO: 5044)、TTAVQN (SEQ ID NO: 5045)、TTGVQN (SEQ ID NO: 5046)、TTKVQN (SEQ ID NO: 5047)、TTPVQN (SEQ ID NO: 5048)、TTPVQT (SEQ ID NO: 5049)、TTQVQN (SEQ ID NO: 5050)、TTTVQN (SEQ ID NO: 5051)、TVAVQN (SEQ ID NO: 5052)、TVAVQT (SEQ ID NO: 5053)、TVGVQN (SEQ ID NO: 5054)、TVQVQN (SEQ ID NO: 5055)、TVSVKN (SEQ ID NO: 5056)、TVWVQK (SEQ ID NO: 5057)、VAAVQN (SEQ ID NO: 5058)、VAGVQN (SEQ ID NO: 5059)、VAKVQN (SEQ ID NO: 5060)、VANVQN (SEQ ID NO: 5061)、VAQVQN (SEQ ID NO: 5062)、VASVQN (SEQ ID NO: 5063)、VATVQN (SEQ ID NO: 5064)、VGGVQN (SEQ ID NO: 5065)、VGKVQN (SEQ ID NO: 5066)、VGNVQN (SEQ ID NO: 5067)、VGSVQN (SEQ ID NO: 5068)、VHPVQN (SEQ ID NO: 5069)、VKAVQN (SEQ ID NO: 5070)、VKPVQN (SEQ ID NO: 5071)、VKQVQN (SEQ ID NO: 5072)、VLPVQN (SEQ ID NO: 5073)、VLSVQN (SEQ ID NO: 5074)、VMAVQN (SEQ ID NO: 5075)、VMQVQN (SEQ ID NO: 5076)、VMSVQN (SEQ ID NO: 5077)、VNAVQN (SEQ ID NO: 5078)、VNGVQN (SEQ ID NO: 5079)、VNSVQN (SEQ ID NO: 5080)、VQAVQN (SEQ ID NO: 5081)、VQNVQN (SEQ ID NO: 5082)、VQPVQN (SEQ ID NO: 5083)、VQQVQN (SEQ ID NO: 5084)、VQSVQN (SEQ ID NO: 5085)、VQTVQN (SEQ ID NO: 5086)、VRPVQN (SEQ ID NO: 5087)、VSAVQN (SEQ ID NO: 5088)、VSGVQN (SEQ ID NO: 5089)、VSNVQN (SEQ ID NO: 5090)、VSPVQT (SEQ ID NO: 5091)、VSQVQN (SEQ ID NO: 5092)、VSRVQN (SEQ ID NO: 5093)、VSSVQK (SEQ ID NO: 5094)、VSSVQT (SEQ ID NO: 5095)、VSTVQN (SEQ ID NO: 5096)、VTAVQN (SEQ ID NO: 5097)、VTGVQN (SEQ ID NO: 5098)、VTKVQN (SEQ ID NO: 5099)、VTPVQN (SEQ ID NO: 5100)、VTSVQN (SEQ ID NO: 5101)、TGLVQN (SEQ ID NO: 5102)、TGWVKN (SEQ ID NO: 5103)、PGWVQN (SEQ ID NO: 5104)、TGWVQH (SEQ ID NO: 5105)、LSGVQN (SEQ ID NO: 5106)、LSSVQN (SEQ ID NO: 5107)、LVPVQN (SEQ ID NO: 5108)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分(例如任2、3、4、5或6個胺基酸，例如連續胺基酸)的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]包含SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。在一些實施例中，[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]包含SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，[N2]緊隨[N1]之後存在。在一些實施例中，肽自N端至C端包含[N1]-[N2]。在一些實施例中，肽自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]。在一些實施例中，肽自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]-[N4]。在一些實施例中，肽自N端至C端包含[N1]-[N2] -[N3]-[N4]-[N5]。
在一些實施例中，肽包含具有式[A][B]之胺基酸序列，其中[A]包含胺基酸序列PLNGA (SEQ ID NO: 3679)，且[B]包含X1、X2、X3及X4。在一些實施例中，[B]之位置X1為：V、I、L、A、F、D或G。在一些實施例中，[B]之位置X2為H、N、Q、P、D、L、R或Y。在一些實施例中，[B]之位置X3為L、H、I、R或V。在一些實施例中，[B]之位置X4為Y。在一些實施例中，[B]包含VH、VN、VQ、IH、LH、VP、VD、AH、FH、DH、VL、GH、VR、VY、LY、HY、IY、RY、HL、HH、HI、NL、QL、PL、DL、HR、LL、RL、HV或YL。在一些實施例中，B包含VHL、VHH、VHI、VNL、VQL、IHL、LHL、VPL、VDL、AHL、VHR、FHL、DHL、VLL、GHL、VRL、VHV、VYL、HLY、HHY、HIY、NLY、QLY、PLY、DLY、HRY、LLY、RLY、HVY或YLY。在一些實施例中，[B]為或包含VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)。在一些實施例中，[B]為或包含VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)或VHIY (SEQ ID NO: 4681)。在一些實施例中，[A][B]為或包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)、PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)、PLNGAVNLY (SEQ ID NO: 5123)、PLNGAVQLY (SEQ ID NO: 5124)、PLNGAIHLY (SEQ ID NO: 5125)、PLNGALHLY (SEQ ID NO: 5126)、PLNGAVPLY (SEQ ID NO: 5127)、PLNGAVDLY (SEQ ID NO: 5128)、PLNGAAHLY (SEQ ID NO: 5129)、PLNGAVHRY (SEQ ID NO: 5130)、PLNGAFHLY (SEQ ID NO: 5131)、PLNGADHLY (SEQ ID NO: 5132)、PLNGAVLLY (SEQ ID NO: 5133)、PLNGAGHLY (SEQ ID NO: 5134)、PLNGAVRLY (SEQ ID NO: 5135)、PLNGAVHVY (SEQ ID NO: 5136)或PLNGAVYLY (SEQ ID NO: 5137)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分，例如任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，包含有包含式[A][B]之胺基酸序列的肽進一步包含[C]，其包含X4、X5、X6及X7。在一些實施例中，[C]之位置X4為：A、D、S或T。在一些實施例中，[C]之位置X5為Q、K、H、L、P或R。在一些實施例中，[C]之位置X6為A、P或E。在一些實施例中，[C]之位置X7為Q、H、K或P。在一些實施例中，[C]包含AQ、AK、DQ、SQ、AH、AL、AP、AR、TQ、PQ、EQ、QA、QP、KA、HA、QE、LA、PA或RA。在一些實施例中，[C]包含AQA、AQP、AKA、DQA、SQA、AHA、AQE、ALA、APA、ARA、TQA、QAQ、QPQ、KAQ、HAQ、QEQ、QAK、LAQ、PAQ、RAQ、QAH或QAP。在一些實施例中，[C]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)。在一些實施例中，[C]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)或SQAQ (SEQ ID NO: 4738)。在一些實施例中，[B][C]為或包含VHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4797)、VHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4804)、VHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4798)、VHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4800)、VHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4801)、VHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4799)、VHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4802)、VHLYAHAQ (SEQ ID NO: 5138)、VNLYAQAQ (SEQ ID NO: 5139)、VQLYAQAQ (SEQ ID NO: 5140)、VHLYAQEQ (SEQ ID NO: 5141)、IHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5142)、LHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5143)、VPLYAQAQ (SEQ ID NO: 5144)、VHLYAQAK (SEQ ID NO: 5145)、VDLYAQAQ (SEQ ID NO: 5146)、AHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5147)、VHRYAQAQ (SEQ ID NO: 5148)、FHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5149)、VHLYALAQ (SEQ ID NO: 5150)、DHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5151)、VHLYAPAQ (SEQ ID NO: 5152)、VHLYARAQ (SEQ ID NO: 5153)、VHLYAQAH (SEQ ID NO: 5154)、VLLYAQAQ (SEQ ID NO: 5155)、VHLYAQAP (SEQ ID NO: 5156)、GHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5157)、VRLYAQAQ (SEQ ID NO: 5158)、VHVYAQAQ (SEQ ID NO: 4803)、VYLYAQAQ (SEQ ID NO: 5159)、VHLYTQAQ (SEQ ID NO: 5160)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分，例如任2、3、4、5、6或7個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。在一些實施例中，[A][B][C][D]為或包含PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)、PLNGAVHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4850)、PLNGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4837)、PLNGAVHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4835)、PLNGAVHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4838)、PLNGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4839)、PLNGAVHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4848)、PLNGAVHLYAHAQ (SEQ ID NO: 5181)、PLNGAVNLYAQAQ (SEQ ID NO: 5182)、PLNGAVQLYAQAQ (SEQ ID NO: 5183)、PLNGAVHLYAQEQ (SEQ ID NO: 5184)、PLNGAIHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5185)、PLNGALHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5186)、PLNGAVPLYAQAQ (SEQ ID NO: 5187)、PLNGAVHLYAQAK (SEQ ID NO: 5188)、PLNGAVDLYAQAQ (SEQ ID NO: 5189)、PLNGAAHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5190)、PLNGAVHRYAQAQ (SEQ ID NO: 5191)、PLNGAFHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5192)、PLNGAVHLYALAQ (SEQ ID NO: 5193)、PLNGADHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5194)、PLNGAVHLYAPAQ (SEQ ID NO: 5195)、PLNGAVHLYARAQ (SEQ ID NO: 5196)、PLNGAVHLYAQAH (SEQ ID NO: 5197)、PLNGAVLLYAQAQ (SEQ ID NO: 5198)、PLNGAVHLYAQAP (SEQ ID NO: 5199)、PLNGAGHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5200)、PLNGAVRLYAQAQ (SEQ ID NO: 5201)、PLNGAVHVYAQAQ (SEQ ID NO: 5202)、PLNGAVYLYAQAQ (SEQ ID NO: 5203)、PLNGAVHLYTQAQ (SEQ ID NO: 5204)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分，例如任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，包含有包含式[A][B]之胺基酸序列的肽進一步包含[D]，其包含X8、X9及X10。在一些實施例中，[D]之位置X8為：T、V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K。在一些實施例中，[D]之位置X9為：T、M、A、G、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y。在一些實施例中，[D]之位置X10為：K、Q、W、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y。在一些實施例中，[D]包含TT、TM、VA、TA、TG、VK、SA、LS、LA、TQ、TV、RI、RA、LT、ST、TS、VS、VT、RQ、IS、VR、LG、TN、VQ、AA、RS、IQ、IA、RG、NS、LQ、VM、SM、VG、CS、TP、SS、AG、TL、LN、TK、CT、AS、LK、LM、LH、RT、RM、VH、TR、SG、VL、QA、NA、AT、NT、RL、IT、IG、RN、NM、NV、MA、IL、VN、SV、RV、PG、QS、RY、SQ、NQ、LL、LP、AQ、TY、NL、SP、LV、KG、VP、AV、KS、AM、SL、AL、RP、IP、MK、AW、GS、KQ、AP、SK、AK、GC、QK、MQ、QP、GP、QQ、AN、GK、QR、PP、AR、GG、MS、NP、KP、MN、KA、SN、MP、HP、GN、RW、MT、SR、GW、QH、GL、QM、VW、MG、AH、QT、GR、SH、GQ、GT、GA、NG、QN、VE、MM、QL、QG、YS、GM、LR、AF、PQ、SW、QW、YA、ML、GF、PA、PS、PT、GY、GV、PW、PR。在一些實施例中，[D]為或包含TTK、TMK、VAQ、TAW、TGS、VKQ、SAP、LSK、LAP、LAQ、TAK、SAK、TGC、TQK、TVA、LSP、TTQ、TAQ、RIA、RAS、TTP、LTP、STP、TSP、TMQ、TSK、VSQ、VSP、TVQ、VTA、RQP、ISG、VRP、LGP、TNQ、VQQ、VAN、AAP、RST、TMA、IQP、IAS、TVS、RGS、NSP、LQP、VTG、VMQ、SMA、VGK、IQS、CSP、LQR、TPP、VTK、SSP、AGP、LAR、TTT、TGG、TLQ、TMS、VAK、RAA、TVG、LNP、LSQ、TKP、TNA、LAT、VTP、VQA、TTS、CTP、TAG、TSQ、TMN、TST、VKP、ASP、VAA、LKS、IAA、TAA、TKA、VSN、TAP、LMP、LHP、RAQ、LTN、RTT、TSV、RMS、VGN、LMQ、TAT、VHP、ISS、VAS、TRW、TMT、RSS、RTG、VAT、VTS、VSS、TNS、VKA、SGP、TGP、TAM、TQP、TQQ、VSR、TGW、VSA、VLS、TQH、LAS、QAP、NAQ、ATP、VQP、TTA、LAA、RSG、LMA、TMP、LAN、VST、SAQ、NTP、TGL、TAV、RLG、RTL、TQM、ITP、TVW、RSA、TAS、TMG、VQS、ISP、VGG、TAL、LAG、RTA、RSP、TLA、LAH、TSL、RLS、LMG、SMQ、TQT、VGS、VSG、VMA、IGG、IAG、TGR、LSH、VQT、RNS、TLP、TKQ、LGQ、NMQ、NVQ、RGG、VMS、TTG、LSR、MAP、ILG、TGT、TSS、TSH、RIG、SAM、TSM、SMG、SMS、TSG、TGA、VNS、VAG、IGS、LGS、VNG、LTA、VQN、TKS、SVG、NAS、TSA、TAN、LTS、RSQ、RIP、RVE、VLP、SVA、LQQ、LST、SAA、RTS、TQN、VNA、LMS、TMM、RSV、TQL、RTP、RQQ、VQG、PGW、STQ、QSP、RYS、TQR、SAG、RQS、SQP、STS、VLG、NQP、LGT、RAG、TGM、LSN、RLP、RQG、RLT、TLR、SAF、SVQ、LLP、RTQ、LPP、AQP、TPQ、TSW、NTT、TTR、TQW、NTQ、TYA、TLS、NLP、ATS、ATQ、LSS、TQA、VMP、NAL、RML、RQL、TLG、TGF、SAL、SQL、LSA、TGQ、TNG、AAA、SAV、LSG、SSR、SPP、LVG、TPA、KGW、VPP、ATG、SAN、SQQ、SSM、AVG、VAP、TPS、RGW、SSL、TYS、TPT、IGW、KSS、TGY、RSL、SVS、TSN、SQM、VPA、AMS、TPG、TGV、VPQ、SLP、ALP、TPW、TPR、SSS、RPP、IPP、AGW或RPG。
在一些實施例中，包含有包含式[A][B]之胺基酸序列的肽進一步包含[E]，其包含X11、X12及X13。在一些實施例中，[E]之X11為：V、D、F、A、E、L、G或I。在一些實施例中，[E]之X12為Q、R、P、K、L、H或E。在一些實施例中，[E]之X13為：N、H、S、T、P、K、I、D或Y。在一些實施例中，[E]包含VQ、DQ、FQ、VR、VP、VK、AQ、EQ、LQ、GQ、VL、VH、VE、DK、GH、IQ、QN、QH、QS、QT、QP、RN、PN、KN、QK、QI、LN、QD、HN、KT、KK、EN、QY或PH。在一些實施例中，[E]為或包含VQN、DQN、VQH、FQN、VQS、VQT、VQP、VRN、VPN、VKN、AQN、VQK、EQN、VQI、LQN、GQT、VLN、VQD、VHN、GQN、VKT、VKK、FQK、VEN、VQY、DKN、GHN、IQN或VPH。
在一些實施例中，[A][B][C][D][E]包含SEQ ID NO: 143、148、149、151、153、154-158、160-163、166、168、170、171、173-175、177-179、181、182、184-188、191-197、199-210、212-215、217-225、227-231、233、234、236-240、243-262、265、267、268、270-277、279、282、284-286、288-293、295、296、298、300-314、316-327、329、331、332、334、336、337-344、346- 350、352-354、356-365、367、369、371-380、382-385、387、392-394、396、397、399-401、404-411、413-415、417、419-429、432、433、435-437、438、440-442、444-447、450-454、456、458-461、464、465、467-469、471-484、487-495、497、498、500-503、505、507-512、514-517、522-525、528-539、542-545、547、551-555、558-561、563-568、570、573、574、576、579、581、582、584、586、587、591-596、598、601、604、605、606、607、610、612、614-619、624-629、631-636、640、641、645、646、649、650、656、658、661、663、664、666、668、669、670、672、673、674、675、677、679、683、684、686、688、689、691、693、695、696、697、699、700、701、702、704-706、709-714、720、722、725-731、733、736、740、745、749-752、754、755、757、758、760-765、767、768、770、771、773、778-780、783-788、792-794、797-799、801、802、804-806、812、814、815、817、818、820、821、824、828、831、832、834-837、839、840-845、847、848、850-855、857-859、861、862、865、866、869-872、874-876、882-884、887、889-895、897、899、901、903-905、907、908、910、911、913、915、919、920、923、924、926、927、929、931-933、935、937、939-949、952-955、957、958、960、962、964、965、967、971、973、974、976、977、981、985-989、992、994、997-1000、1002、1004、1006-1008、1010、1013、1015、1017、1018、1020、1021、1023-1025、1027、1029-1031、1033-1035、1037-1040、1043、1046、1049、1052、1053、1056、1057、1059、1062、1064、1065、1067、1068、1070、1073、1075、1077-1080、1083-1087、1089、1090、1093、1094、1097、1100、1101、1103、1105-1107、1110-1112、1114-1117、1119、1121、1125、1126、1129、1132、1133或1135中之任一者的胺基酸序列；包含前述胺基酸序列中之任一者的任何部分的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，[B]緊隨[A]之後存在。在一些實施例中，肽自N端至C端包含[A][B]。在一些實施例中，肽自N端至C端包含[A][B][C]。在一些實施例中，肽自N端至C端包含[A][B][C][D]。在一些實施例中，肽自N端至C端包含[A][B][C][D][E]。
在一些實施例中，肽包含來自SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。
在一些實施例中，肽包含來自SEQ ID NO: 139-476中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。
在一些實施例中，肽包含來自表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。
在一些實施例中，肽包含來自表11中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。
在一些實施例中，肽包含來自表20中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。
在一些實施例中，肽包含來自SEQ ID NO: 1725-3622中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。在一些實施例中，肽包含來自SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。
在一些實施例中，3個連續胺基酸包含PLN。在一些實施例中，4個連續胺基酸包含PLNG (SEQ ID NO: 3678)。在一些實施例中，5個連續胺基酸包含PLNGA (SEQ ID NO: 3679)。在一些實施例中，6個連續胺基酸包含PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含PLNGAVH (SEQ ID NO: 3681)。在一些實施例中，8個連續胺基酸包含PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)。在一些實施例中，9個連續胺基酸包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
在一些實施例中，四個連續胺基酸包含NGAV (SEQ ID NO: 3683)。在一些實施例中，四個連續胺基酸包含GAVH (SEQ ID NO: 3684)。在一些實施例中，五個連續胺基酸包含NGAVH (SEQ ID NO: 3685)。在一些實施例中，五個連續胺基酸包含GAVHL (SEQ ID NO: 3686)。在一些實施例中，五個連續胺基酸包含AVHLY (SEQ ID NO: 3687)。在一些實施例中，六個連續胺基酸包含NGAVHL (SEQ ID NO: 3688)。在一些實施例中，七個連續胺基酸包含NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)。
在一些實施例中，3個連續胺基酸包含YST。在一些實施例中，4個連續胺基酸包含YSTD (SEQ ID NO: 3690)。在一些實施例中，5個連續胺基酸包含YSTDE (SEQ ID NO: 3691)。在一些實施例中，5個連續胺基酸包含YSTDV (SEQ ID NO: 3700)。在一些實施例中，6個連續胺基酸包含YSTDER (SEQ ID NO: 3692)。在一些實施例中，6個連續胺基酸包含YSTDVR (SEQ ID NO: 3701)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含YSTDERM (SEQ ID NO: 3657)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含YSTDERK (SEQ ID NO: 3658)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)。
在一些實施例中，3個連續胺基酸包含IVM。在一些實施例中，4個連續胺基酸包含IVMN (SEQ ID NO: 3693)。在一些實施例中，5個連續胺基酸包含IVMNS (SEQ ID NO: 3694)。在一些實施例中，6個連續胺基酸包含IVMNSL (SEQ ID NO: 3695)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)。
在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，肽包含相對於表1B中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，肽包含相對於表1B中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 1725-3622中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 1725-3622中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含相對於SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，肽包含胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)；相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；；或相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列，視情況其中位置7為H。
在一些實施例中，肽包含胺基酸序列RDSPKGW (SEQ ID NO: 3649)；或相對於胺基酸序列RDSPKGW (SEQ ID NO: 3649)，包含至少一個、兩個或三個修飾但不超過四個修飾，例如取代(保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於胺基酸序列RDSPKGW (SEQ ID NO: 3649)，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，肽包含胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)；或相對於胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)，包含至少一個、兩個或三個修飾但不超過四個修飾，例如取代(保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，肽包含胺基酸序列YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)；或相對於胺基酸序列YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)，包含至少一個、兩個或三個修飾但不超過四個修飾，例如取代(保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於胺基酸序列YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，肽包含胺基酸序列RESPRGL (SEQ ID NO: 3652)；或相對於胺基酸序列RESPRGL (SEQ ID NO: 3652)，包含至少一個、兩個或三個修飾但不超過四個修飾，例如取代(保守取代)、插入或缺失的序列；或相對於胺基酸序列RESPRGL (SEQ ID NO: 3652)，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，肽包含SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列。
在一些實施例中，肽包含SEQ ID NO: 1725-3622中之任一者的胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列。
在一些實施例中，肽可包含與表1A、表1B、表2、表7、表10、表11或表20中所示之序列中之任一者具有50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性的胺基酸序列。
在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3648。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3649。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3650。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3651。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3652。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3653。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3654。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3655。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3656。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3657。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3658。在一些實施例中，肽包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3659。
在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1725。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1726。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1729。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1760。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1769。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 3622。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1798。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1785。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1767。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1734。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1737。在一些實施例中，肽可包含SEQ ID NO: 1819。
在一些實施例中，肽包含由本文所描述之核苷酸序列，例如表2之核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含由相對於SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含由相對於SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含由SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。
在一些實施例中，肽包含由相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3660，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含由相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3660，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含由以下編碼之胺基酸序列：核苷酸序列SEQ ID NO: 3660或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。
在一些實施例中，肽包含由相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3663，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含由相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3663，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，肽包含由以下編碼之胺基酸序列：核苷酸序列SEQ ID NO: 3663或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。
在一些實施例中，編碼本文所描述之肽，例如肽1-12的核苷酸序列包含本文所描述的，例如如表2中所描述之核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之肽的核酸序列包含SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之肽的核酸序列包含相對於SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼肽之核苷酸序列包含相對於SEQ ID NO: 3660-367中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之肽的核苷酸序列為經分離的，例如重組的。
在一些實施例中，編碼本文所描述之肽的核苷酸序列包含相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3660，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼肽之核苷酸序列包含相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3660，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之肽的核酸序列包含有包含以下之核苷酸序列：核苷酸序列SEQ ID NO: 3660或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。
在一些實施例中，編碼本文所描述之肽的核酸包含相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3663，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼肽之核苷酸序列包含相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3663，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之肽的核酸包含有包含以下之核苷酸序列：核苷酸序列SEQ ID NO: 3663或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。
在一些實施例中，本文所描述之肽與活性劑融合或偶合，例如綴合。在一些實施例中，活性劑為治療劑。在一些實施例中，劑為治療劑。在一些實施例中，活性劑包含治療蛋白、抗體分子、酶、基因體編輯系統之一或多種組分、與治療劑融合或偶合(例如共價或非共價地)之Fc多肽及/或RNAi劑(例如dsRNA、反義寡核苷酸(ASO)、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA)。在一些實施例中，治療劑為抗體。在一些實施例中，肽與抗體之Fc區，例如在Fc區之C端或Fc區之N端處融合或偶合，例如綴合(例如直接或間接地)。在一些實施例中，治療劑為RNAi劑。在一些實施例中，RNAi劑為siRNA或ASO。在一些實施例中，ASO或siRNA包含至少一種(例如一或多種或全部)經修飾的核苷酸。在一些實施例中，肽與RNAi劑之至少一股融合或偶合，例如綴合(例如直接或經由連接子間接地)。在一些實施例中，肽與RNAi劑之至少一股之C端例如直接或經由連接子間接綴合。在一些實施例中，肽與RNAi劑之至少一股之內部核苷酸例如直接或經由連接子間接綴合。在一些實施例中，該至少一股為有義股。在一些實施例中，活性劑調節，例如抑制、減少或增加CNS相關基因、mRNA及/或蛋白質之表現。
在一些實施例中，活性劑為診斷劑。在一些實施例中，診斷劑為或包含顯像劑(例如與可偵測部分偶合之蛋白質或小分子化合物)。在一些實施例中，顯像劑包含PET或MRI配體，或與可偵測部分偶合之抗體分子。在一些實施例中，可偵測部分為或包含放射性標記、螢光團、發色團或親和標籤。在一些實施例中，放射性標記為或包含tc99m、碘-123、自旋標記、碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、釕、錳或鐵。在一些實施例中，活性劑為小分子。在一些實施例中，活性劑為核糖核酸複合體(例如Cas9/gRNA複合體)、質體、封閉式DNA、環狀RNA或mRNA。
在一些實施例中，至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽與活性劑，例如治療劑或診斷劑融合或偶合，例如綴合。在一些實施例中，至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽包含相同的胺基酸序列。在一些實施例中，至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽包含不同的胺基酸序列。在一些實施例中，至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽以串聯方式(例如直接或經由連接子間接連接)或以多聚體組態存在。在一些實施例中，肽包含長度為至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、15、20、25、30或35個胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，肽例如直接或經由連接子間接共價連接至活性劑。在一些實施例中，肽經由連接子與活性劑綴合。在一些實施例中，連接子為可裂解連接子或不可裂解連接子。在一些實施例中，可裂解連接子為pH敏感性連接子或酶敏感性連接子。在一些實施例中，pH敏感性連接子包含肼/腙連接子或雙硫連接子。在一些實施例中，酶敏感性連接子包含基於肽之連接子，例如對蛋白酶(例如溶酶體蛋白酶)敏感之肽連接子；或β-葡萄糖醛酸連接子。在一些實施例中，不可裂解連接子為包含硫醚基團或順丁烯二醯亞胺基己醯基之連接子。在一些實施例中，肽與活性劑在轉譯後，例如，使用點擊化學融合或偶合。在一些實施例中，肽與活性劑經由化學誘導的二聚化融合或偶合。在一些實施例中，肽存在於相對於活性劑之N端。在一些實施例中，肽存在於相對於活性劑之C端。
在一些實施例中，肽存在於載劑中或偶合至載劑。在一些實施例中，載劑包含胞泌體、微囊泡或脂質奈米顆粒(LNP)。在一些實施例中，載劑包含治療劑(例如RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA、反義寡核苷酸劑(ASO)或snoRNA)、mRNA、核糖核蛋白複合體(例如Cas9/gRNA複合體)或circRNA)。在一些實施例中，肽存在於載劑之表面上。在一些實施例中，至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%或80%的載劑表面包含至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個本文所描述之肽。
本揭露亦提供了編碼本文所描述之肽以及AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體中之任一者的核酸或多核苷酸，以及包含其之AAV顆粒、載體、細胞及調配物，例如醫藥調配物。
AAV 蛋白殼多肽，例如 AAV 蛋白殼變異體
在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含如表1A、表1B、表2、表7、表10、表11或表20中所描述之肽序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含有包含下式[N1]-[N2]之胺基酸序列，其中[N1]包含X1、X2、X3、X4及X5，且[N2]包含胺基酸序列VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VHHY (SEQ ID NO: 4683)。在一些實施例中，[N1]之位置X1為：P、Q、A、H、K、L、R、S或T。在一些實施例中，[N1]之位置X2為：L、I、V、H或R。在一些實施例中，[N1]之位置X3為：N、D、I、K或Y。在一些實施例中，[N1]之位置X4為：G、A、C、R或S。在一些實施例中，[N1]之位置X5為：A、S、T、G、C、D、N、Q、V或Y。在一些實施例中，[N1]包含AL、PI、PL、QL、SL、TL、LN、LD、IN、NG、DG、DS、GA、SA、SS、GG、GN、GS或GT。在一些實施例中，[N1]包含ALD、ALN、PIN、PLD、PLN、QLN、SLD、SLN、TLN、LNG、LDG、ING、LDS、NGA、DGA、DSA、DSS、NGG、NGN、NGS、NGT。在一些實施例中，[N1]為或包含SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGC (SEQ ID NO: 4706)、PLYGA (SEQ ID NO: 4707)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)、PVDGA (SEQ ID NO: 4709)、PLKGA (SEQ ID NO: 4710)、PLNGD (SEQ ID NO: 4711)、KLDGA (SEQ ID NO: 4712)、PHNGA (SEQ ID NO: 4713)、PLNGV (SEQ ID NO: 4714)、PLNAA (SEQ ID NO: 4715)、QLNGY (SEQ ID NO: 4716)、PLDGS (SEQ ID NO: 4717)、LLNGA (SEQ ID NO: 4718)、PLNRA (SEQ ID NO: 4719)、PLIGA (SEQ ID NO: 4720)、PRNGA (SEQ ID NO: 4721)或ALNGS (SEQ ID NO: 4722)。在一些實施例中，[N1]為或包含ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)或TLNGA (SEQ ID NO: 4708)。在一些實施例中，其中[N1]-[N2]包含LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、INGAVHLY (SEQ ID NO: 4770)、LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LDSAVHLY (SEQ ID NO: 4771)、LDSSVHLY (SEQ ID NO: 4772)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGGVHLY (SEQ ID NO: 4773)、LNGNVHLY (SEQ ID NO: 4774)、LNGSVHLY (SEQ ID NO: 4775)、LNGTVHLY (SEQ ID NO: 4776)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LDGAVHLY (SEQ ID NO: 4768)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGAVHLY (SEQ ID NO: 4769)、LNGAVHIY (SEQ ID NO: 4777)、LDGAVHVY (SEQ ID NO: 4778)、LNGAVHHY (SEQ ID NO: 4779)。在一些實施例中，[N1]-[N2]為或包含ALDGAVHLY (SEQ ID NO: 4780)、ALNGAVHLY (SEQ ID NO: 4781)、PINGAVHLY (SEQ ID NO: 4782)、PLDGAVHLY (SEQ ID NO: 4783)、PLDSAVHLY (SEQ ID NO: 4784)、PLDSSVHLY (SEQ ID NO: 4785)、PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、PLNGGVHLY (SEQ ID NO: 4786)、PLNGNVHLY (SEQ ID NO: 4787)、PLNGSVHLY (SEQ ID NO: 4788)、PLNGTVHLY (SEQ ID NO: 4789)、QLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4790)、SLDGAVHLY (SEQ ID NO: 4791)、SLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4792)、TLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4793)、PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)、PLDGAVHVY (SEQ ID NO: 4795)、PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分(例如任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸)的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，包含有包含式[N1]-[N2]之胺基酸序列的AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含[N3]，其包含X6、X7、X8及X9。在一些實施例中，[N3]之位置X6為：A、D、S或T。在一些實施例中，[N3]之位置X7為：Q、K、H、L、P或R。在一些實施例中，[N3]之位置X8為：A、P、E或R。在一些實施例中，[N3]之位置X9為Q、H、K或P。在一些實施例中，[N3]包含AQ、SQ、AK、DQ、PQ、QA、QP或KA。在一些實施例中，[N3]包含AQA、AQP、SQA、AKA、DQA、QAQ、QPQ或KAQ。在一些實施例中，[N3]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AQSQ (SEQ ID NO: 4740)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)。在一些實施例中，[N3]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)或DQAQ (SEQ ID NO: 4744)。在一些實施例中，為或包含ALDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4827)、ALNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4828)、PINGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4829)、PLDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4830)、PLDGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4831)、PLDGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4832)、PLDSAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4833)、PLDSSVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4834)、PLNGAVHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4835)、PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)、PLNGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4837)、PLNGAVHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4838)、PLNGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4839)、PLNGGVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4840)、PLNGNVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4841)、PLNGSVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4842)、PLNGTVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4843)、QLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4844)、SLDGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4845)、SLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4846)、TLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4847)、PLNGAVHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4848)、PLDGAVHVYAQAQ (SEQ ID NO: 4849)、PLNGAVHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4850)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分(例如任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個胺基酸，例如連續胺基酸)的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，包含有包含式[N1]-[N2]之胺基酸序列的AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含[N4]，其包含X10、X11及X12。在一些實施例中，[N4]之位置X10為：T、V、L、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q。在一些實施例中，[N4]之位置X11為：G、S、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y。在一些實施例中，[N4]之位置X12為：W、S、P、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y。在一些實施例中，[N4]包含LS、TG、LA、LT、SA、SS、TL、TT、TS、TA、TV、VS、AA、AG、AS、AT、CS、CT、IA、IG、IL、IQ、IS、IT、LG、LH、LK、LM、LN、LQ、MA、NA、NM、NS、NT、NV、QA、RA、RG、RI、RL、RM、RN、RQ、RS、RT、RV、SG、SM、ST、SV、TK、TM、TN、TP、TQ、TR、VA、VG、VH、VK、VL、VM、VN、VQ、VR、VT、PG、LV、SP、GW、AP、GR、AL、AW、GG、GS、GP、QP、QS、AH、AN、AQ、AR、GQ、HP、KS、MG、MP、MQ、MS、NP、QQ、QR、SH、SK、SQ、SR、IP、VE、AK、AM、AV、GA、GC、GT、KA、KP、KQ、LP、MK、MN、MT、NQ、PP、QH、QK、QM、QN、QT、RW、SL、VW、GK、GN、NG、RP、SN、GL或VP。在一些實施例中，[N4]為或包含TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、LSP、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA、TGC、VPP、TPT、TPW、TPP、RPP、TPQ、TPR、TPG、VPA、VPQ、RPG、KGW、TRW、TAR、IPP、RSL、LVP、KGS、VAP、KGG、KAW、PGS、TRL或AGW。
在一些實施例中，包含有包含式[N1]-[N2]之胺基酸序列的AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含[N5]，其包含X13、X14及X15。在一些實施例中，[N5]之位置X13為：V、D、F、G、L、A、E或I。在一些實施例中，[N5]之位置X14為：Q、K、R、H、E、L或P。在一些實施例中，[N5]之位置X15為：N、T、K、H、D、Y、S、I或P。在一些實施例中，[N5]包含VQ、AQ、DQ、FQ、VL、LQ、EQ、GQ、VP、VR、VK、QN、QS、QT、QK、QH、LN、QI、PN、QD、QP、RN或KN。在一些實施例中，[N5]為或包含VQN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD、VPN、IQN、VKK、DKN、VKT、VQP、EQN、GQT、FQK、GHN或VPH。在一些實施例中，[N5]為或包含VQN、AQN、VQS、DQN、VQT、VQK、VQH、FQN、VLN、LQN、VQI、EQN、GQT、VPN、VQD、VQP、VRN或VKN。在一些實施例中，[N4]-[N5]為或包含TGWVQN (SEQ ID NO: 4851)、LAAVQN (SEQ ID NO: 4852)、LTPVQN (SEQ ID NO: 4853)、SAPVQN (SEQ ID NO: 4854)、SSPVQN (SEQ ID NO: 4855)、TGRVQN (SEQ ID NO: 4856)、TGWAQN (SEQ ID NO: 4857)、TGWVQS (SEQ ID NO: 4858)、TLAVQN (SEQ ID NO: 4859)、TTSVQN (SEQ ID NO: 4860)、TSPVQN (SEQ ID NO: 4861)、TALVQN (SEQ ID NO: 4862)、TAWVQN (SEQ ID NO: 4863)、TGGVQN (SEQ ID NO: 4864)、TGSVQN (SEQ ID NO: 4865)、TGWDQN (SEQ ID NO: 4866)、TVSVQN (SEQ ID NO: 4867)、VSPVQN (SEQ ID NO: 4868)、VSSVQN (SEQ ID NO: 4869)、AAPVQN (SEQ ID NO: 4870)、AGPVQN (SEQ ID NO: 4871)、ASPVQN (SEQ ID NO: 4872)、ATPVQN (SEQ ID NO: 4873)、CSPVQN (SEQ ID NO: 4874)、CTPVQN (SEQ ID NO: 4875)、IAAVQN (SEQ ID NO: 4876)、IAGVQN (SEQ ID NO: 4877)、IASVQN (SEQ ID NO: 4878)、IGGVQN (SEQ ID NO: 4879)、IGSVQN (SEQ ID NO: 4880)、ILGVQN (SEQ ID NO: 4881)、IQPVQN (SEQ ID NO: 4882)、IQSVQN (SEQ ID NO: 4883)、ISGVQN (SEQ ID NO: 4884)、ISPVQN (SEQ ID NO: 4885)、ISSVQN (SEQ ID NO: 4886)、ITPVQN (SEQ ID NO: 4887)、LAGVQN (SEQ ID NO: 4888)、LAHVQN (SEQ ID NO: 4889)、LANVQN (SEQ ID NO: 4890)、LAPVQN (SEQ ID NO: 4891)、LAPVQT (SEQ ID NO: 4892)、LAQVQN (SEQ ID NO: 4893)、LARVQN (SEQ ID NO: 4894)、LASVQN (SEQ ID NO: 4895)、LATVQN (SEQ ID NO: 4896)、LGPVQN (SEQ ID NO: 4897)、LGQVQN (SEQ ID NO: 4898)、LGSVQN (SEQ ID NO: 4899)、LHPVQN (SEQ ID NO: 4900)、LKSVQN (SEQ ID NO: 4901)、LMAVQN (SEQ ID NO: 4902)、LMGVQN (SEQ ID NO: 4903)、LMPVQN (SEQ ID NO: 4904)、LMQVQN (SEQ ID NO: 4905)、LMSVQN (SEQ ID NO: 4906)、LNPVQN (SEQ ID NO: 4907)、LQPVQN (SEQ ID NO: 4908)、LQQVQN (SEQ ID NO: 4909)、LQRVQN (SEQ ID NO: 4910)、LSHVQN (SEQ ID NO: 4911)、LSKVQN (SEQ ID NO: 4912)、LSPVQK (SEQ ID NO: 4913)、LSPVQN (SEQ ID NO: 4914)、LSQVQN (SEQ ID NO: 4915)、LSRVQN (SEQ ID NO: 4916)、LSTVQN (SEQ ID NO: 4917)、LTAVQN (SEQ ID NO: 4918)、LTNVQN (SEQ ID NO: 4919)、LTSVQN (SEQ ID NO: 4920)、MAPVQN (SEQ ID NO: 4921)、NAQVQN (SEQ ID NO: 4922)、NASVQN (SEQ ID NO: 4923)、NMQVQN (SEQ ID NO: 4924)、NSPVQN (SEQ ID NO: 4925)、NTPVQN (SEQ ID NO: 4926)、NVQVQN (SEQ ID NO: 4927)、QAPVQN (SEQ ID NO: 4928)、RAAVQN (SEQ ID NO: 4929)、RAQVQN (SEQ ID NO: 4930)、RASVQN (SEQ ID NO: 4931)、RGGVQN (SEQ ID NO: 4932)、RGSVQN (SEQ ID NO: 4933)、RIAVQN (SEQ ID NO: 4934)、RIGVQN (SEQ ID NO: 4935)、RIPVQN (SEQ ID NO: 4936)、RLGVQN (SEQ ID NO: 4937)、RLSVQN (SEQ ID NO: 4938)、RMSVQN (SEQ ID NO: 4939)、RNSVQN (SEQ ID NO: 4940)、RQPVQN (SEQ ID NO: 4941)、RSAVQN (SEQ ID NO: 4942)、RSGVQN (SEQ ID NO: 4943)、RSPVQN (SEQ ID NO: 4944)、RSQVQN (SEQ ID NO: 4945)、RSSVQN (SEQ ID NO: 4946)、RSTVQN (SEQ ID NO: 4947)、RTAVQN (SEQ ID NO: 4948)、RTGVQN (SEQ ID NO: 4949)、RTLVQN (SEQ ID NO: 4950)、RTSVQN (SEQ ID NO: 4951)、RTTVQN (SEQ ID NO: 4952)、RVEVQN (SEQ ID NO: 4953)、SAAVQN (SEQ ID NO: 4954)、SAKVQN (SEQ ID NO: 4955)、SAMVQN (SEQ ID NO: 4956)、SAQVQN (SEQ ID NO: 4957)、SGPVQN (SEQ ID NO: 4958)、SMAVQN (SEQ ID NO: 4959)、SMGVQN (SEQ ID NO: 4960)、SMQVQN (SEQ ID NO: 4961)、SMSVQN (SEQ ID NO: 4962)、STPVQN (SEQ ID NO: 4963)、SVAVQN (SEQ ID NO: 4964)、SVGVQN (SEQ ID NO: 4965)、TAAVQN (SEQ ID NO: 4966)、TAGVQN (SEQ ID NO: 4967)、TAKVQN (SEQ ID NO: 4968)、TAMVQN (SEQ ID NO: 4969)、TANVQN (SEQ ID NO: 4970)、TAPVQN (SEQ ID NO: 4971)、TAPVQT (SEQ ID NO: 4972)、TAQVQN (SEQ ID NO: 4973)、TASVQN (SEQ ID NO: 4974)、TASVQT (SEQ ID NO: 4975)、TATVQN (SEQ ID NO: 4976)、TAVVQN (SEQ ID NO: 4977)、TAWDQN (SEQ ID NO: 4978)、TAWVQH (SEQ ID NO: 4979)、TAWVQT (SEQ ID NO: 4980)、TGAVQN (SEQ ID NO: 4981)、TGCFQN (SEQ ID NO: 4982)、TGGAQN (SEQ ID NO: 4983)、TGGFQN (SEQ ID NO: 4984)、TGGVLN (SEQ ID NO: 4985)、TGGVQH (SEQ ID NO: 4986)、TGGVQK (SEQ ID NO: 4987)、TGGVQT (SEQ ID NO: 4988)、TGPVQN (SEQ ID NO: 4989)、TGSAQN (SEQ ID NO: 4990)、TGSLQN (SEQ ID NO: 4991)、TGSVQH (SEQ ID NO: 4992)、TGSVQI (SEQ ID NO: 4993)、TGSVQS (SEQ ID NO: 4994)、TGSVQT (SEQ ID NO: 4995)、TGTVQN (SEQ ID NO: 4996)、TGWEQN (SEQ ID NO: 4997)、TGWFQN (SEQ ID NO: 4998)、TGWGQT (SEQ ID NO: 4999)、TGWVPN (SEQ ID NO: 5000)、TGWVQD (SEQ ID NO: 5001)、TGWVQP (SEQ ID NO: 5002)、TGWVQT (SEQ ID NO: 5003)、TGWVRN (SEQ ID NO: 5004)、TKAVQN (SEQ ID NO: 5005)、TKPVQN (SEQ ID NO: 5006)、TKQVQN (SEQ ID NO: 5007)、TKSVQN (SEQ ID NO: 5008)、TLPVQN (SEQ ID NO: 5009)、TLQVQN (SEQ ID NO: 5010)、TMAVQN (SEQ ID NO: 5011)、TMGVQN (SEQ ID NO: 5012)、TMKVQN (SEQ ID NO: 5013)、TMNVQN (SEQ ID NO: 5014)、TMPVQN (SEQ ID NO: 5015)、TMQVQN (SEQ ID NO: 5016)、TMSVKN (SEQ ID NO: 5017)、TMSVQN (SEQ ID NO: 5018)、TMSVQT (SEQ ID NO: 5019)、TMTVQN (SEQ ID NO: 5020)、TNAVQN (SEQ ID NO: 5021)、TNQVQN (SEQ ID NO: 5022)、TNSVQN (SEQ ID NO: 5023)、TPPVQN (SEQ ID NO: 5024)、TQHVQN (SEQ ID NO: 5025)、TQKVQN (SEQ ID NO: 5026)、TQMVQN (SEQ ID NO: 5027)、TQNVQN (SEQ ID NO: 5028)、TQPVQN (SEQ ID NO: 5029)、TQQVQN (SEQ ID NO: 5030)、TQTVQN (SEQ ID NO: 5031)、TRWDQN (SEQ ID NO: 5032)、TSAVQN (SEQ ID NO: 5033)、TSGVQN (SEQ ID NO: 5034)、TSHVQN (SEQ ID NO: 5035)、TSKVQN (SEQ ID NO: 5036)、TSLVQN (SEQ ID NO: 5037)、TSMVQN (SEQ ID NO: 5038)、TSPDQN (SEQ ID NO: 5039)、TSQVQN (SEQ ID NO: 5040)、TSSVQN (SEQ ID NO: 5041)、TSSVQT (SEQ ID NO: 5042)、TSTVQN (SEQ ID NO: 5043)、TSVVQN (SEQ ID NO: 5044)、TTAVQN (SEQ ID NO: 5045)、TTGVQN (SEQ ID NO: 5046)、TTKVQN (SEQ ID NO: 5047)、TTPVQN (SEQ ID NO: 5048)、TTPVQT (SEQ ID NO: 5049)、TTQVQN (SEQ ID NO: 5050)、TTTVQN (SEQ ID NO: 5051)、TVAVQN (SEQ ID NO: 5052)、TVAVQT (SEQ ID NO: 5053)、TVGVQN (SEQ ID NO: 5054)、TVQVQN (SEQ ID NO: 5055)、TVSVKN (SEQ ID NO: 5056)、TVWVQK (SEQ ID NO: 5057)、VAAVQN (SEQ ID NO: 5058)、VAGVQN (SEQ ID NO: 5059)、VAKVQN (SEQ ID NO: 5060)、VANVQN (SEQ ID NO: 5061)、VAQVQN (SEQ ID NO: 5062)、VASVQN (SEQ ID NO: 5063)、VATVQN (SEQ ID NO: 5064)、VGGVQN (SEQ ID NO: 5065)、VGKVQN (SEQ ID NO: 5066)、VGNVQN (SEQ ID NO: 5067)、VGSVQN (SEQ ID NO: 5068)、VHPVQN (SEQ ID NO: 5069)、VKAVQN (SEQ ID NO: 5070)、VKPVQN (SEQ ID NO: 5071)、VKQVQN (SEQ ID NO: 5072)、VLPVQN (SEQ ID NO: 5073)、VLSVQN (SEQ ID NO: 5074)、VMAVQN (SEQ ID NO: 5075)、VMQVQN (SEQ ID NO: 5076)、VMSVQN (SEQ ID NO: 5077)、VNAVQN (SEQ ID NO: 5078)、VNGVQN (SEQ ID NO: 5079)、VNSVQN (SEQ ID NO: 5080)、VQAVQN (SEQ ID NO: 5081)、VQNVQN (SEQ ID NO: 5082)、VQPVQN (SEQ ID NO: 5083)、VQQVQN (SEQ ID NO: 5084)、VQSVQN (SEQ ID NO: 5085)、VQTVQN (SEQ ID NO: 5086)、VRPVQN (SEQ ID NO: 5087)、VSAVQN (SEQ ID NO: 5088)、VSGVQN (SEQ ID NO: 5089)、VSNVQN (SEQ ID NO: 5090)、VSPVQT (SEQ ID NO: 5091)、VSQVQN (SEQ ID NO: 5092)、VSRVQN (SEQ ID NO: 5093)、VSSVQK (SEQ ID NO: 5094)、VSSVQT (SEQ ID NO: 5095)、VSTVQN (SEQ ID NO: 5096)、VTAVQN (SEQ ID NO: 5097)、VTGVQN (SEQ ID NO: 5098)、VTKVQN (SEQ ID NO: 5099)、VTPVQN (SEQ ID NO: 5100)、VTSVQN (SEQ ID NO: 5101)、TGLVQN (SEQ ID NO: 5102)、TGWVKN (SEQ ID NO: 5103)、PGWVQN (SEQ ID NO: 5104)、TGWVQH (SEQ ID NO: 5105)、LSGVQN (SEQ ID NO: 5106)、LSSVQN (SEQ ID NO: 5107)、LVPVQN (SEQ ID NO: 5108)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分(例如任2、3、4、5或6個胺基酸，例如連續胺基酸)的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體之[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]包含SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。在一些實施例中，[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]包含SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列；相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，[N1]-[N2]存在於AAV蛋白殼變異體之環VIII中。在一些實施例中，[N3]、[N4]及/或[N5]存在於AAV蛋白殼變異體之環VIII中。在一些實施例中，[N]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。在一些實施例中，[N2]緊隨[N1]之後存在。在一些實施例中，[N3]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。在一些實施例中，[N4]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置592之後存在。在一些實施例中，[N5]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置595之後存在。在一些實施例中，[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體自N端至C端包含[N1]-[N2]。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]-[N4]。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含具有式[A][B]之胺基酸序列，其中[A]包含胺基酸序列PLNGA (SEQ ID NO: 3679)，且[B]包含X1、X2、X3及X4。在一些實施例中，[B]之位置X1為：V、I、L、A、F、D或G。在一些實施例中，[B]之位置X2為H、N、Q、P、D、L、R或Y。在一些實施例中，[B]之位置X3為L、H、I、R或V。在一些實施例中，[B]之位置X4為Y。在一些實施例中，[B]包含VH、VN、VQ、IH、LH、VP、VD、AH、FH、DH、VL、GH、VR、VY、LY、HY、IY、RY、HL、HH、HI、NL、QL、PL、DL、HR、LL、RL、HV、或YL。在一些實施例中，B包含VHL、VHH、VHI、VNL、VQL、IHL、LHL、VPL、VDL、AHL、VHR、FHL、DHL、VLL、GHL、VRL、VHV、VYL、HLY、HHY、HIY、NLY、QLY、PLY、DLY、HRY、LLY、RLY、HVY、YLY。在一些實施例中，[B]為或包含VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)。在一些實施例中，[B]為或包含VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)或VHIY (SEQ ID NO: 4681)。在一些實施例中，[A][B]為或包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)、PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)、PLNGAVNLY (SEQ ID NO: 5123)、PLNGAVQLY (SEQ ID NO: 5124)、PLNGAIHLY (SEQ ID NO: 5125)、PLNGALHLY (SEQ ID NO: 5126)、PLNGAVPLY (SEQ ID NO: 5127)、PLNGAVDLY (SEQ ID NO: 5128)、PLNGAAHLY (SEQ ID NO: 5129)、PLNGAVHRY (SEQ ID NO: 5130)、PLNGAFHLY (SEQ ID NO: 5131)、PLNGADHLY (SEQ ID NO: 5132)、PLNGAVLLY (SEQ ID NO: 5133)、PLNGAGHLY (SEQ ID NO: 5134)、PLNGAVRLY (SEQ ID NO: 5135)、PLNGAVHVY (SEQ ID NO: 5136)或PLNGAVYLY (SEQ ID NO: 5137)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分，例如任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，包含有包含式[A][B]之胺基酸序列的AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含[C]，其包含X4、X5、X6及X7。在一些實施例中，[C]之位置X4為：A、D、S或T。在一些實施例中，[C]之位置X5為Q、K、H、L、P或R。在一些實施例中，[C]之位置X6為A、P或E。在一些實施例中，[C]之位置X7為Q、H、K或P。在一些實施例中，[C]包含AQ、AK、DQ、SQ、AH、AL、AP、AR、TQ、PQ、EQ、QA、QP、KA、HA、QE、LA、PA或RA。在一些實施例中，[C]包含AQA、AQP、AKA、DQA、SQA、AHA、AQE、ALA、APA、ARA、TQA、QAQ、QPQ、KAQ、HAQ、QEQ、QAK、LAQ、PAQ、RAQ、QAH或QAP。在一些實施例中，[C]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)。在一些實施例中，[C]為或包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)或SQAQ (SEQ ID NO: 4738)。在一些實施例中，[B][C]為或包含VHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4797)、VHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4804)、VHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4798)、VHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4800)、VHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4801)、VHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4799)、VHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4802)、VHLYAHAQ (SEQ ID NO: 5138)、VNLYAQAQ (SEQ ID NO: 5139)、VQLYAQAQ (SEQ ID NO: 5140)、VHLYAQEQ (SEQ ID NO: 5141)、IHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5142)、LHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5143)、VPLYAQAQ (SEQ ID NO: 5144)、VHLYAQAK (SEQ ID NO: 5145)、VDLYAQAQ (SEQ ID NO: 5146)、AHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5147)、VHRYAQAQ (SEQ ID NO: 5148)、FHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5149)、VHLYALAQ (SEQ ID NO: 5150)、DHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5151)、VHLYAPAQ (SEQ ID NO: 5152)、VHLYARAQ (SEQ ID NO: 5153)、VHLYAQAH (SEQ ID NO: 5154)、VLLYAQAQ (SEQ ID NO: 5155)、VHLYAQAP (SEQ ID NO: 5156)、GHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5157)、VRLYAQAQ (SEQ ID NO: 5158)、VHVYAQAQ (SEQ ID NO: 4803)、VYLYAQAQ (SEQ ID NO: 5159)、VHLYTQAQ (SEQ ID NO: 5160)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分，例如任2、3、4、5、6或7個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。在一些實施例中，[A][B][C][D]為或包含PLNGAVHLYAQAQ (SEQ ID NO: 4836)、PLNGAVHHYAQAQ (SEQ ID NO: 4850)、PLNGAVHLYAQPQ (SEQ ID NO: 4837)、PLNGAVHLYAKAQ (SEQ ID NO: 4835)、PLNGAVHLYDQAQ (SEQ ID NO: 4838)、PLNGAVHLYSQAQ (SEQ ID NO: 4839)、PLNGAVHIYAQAQ (SEQ ID NO: 4848)、PLNGAVHLYAHAQ (SEQ ID NO: 5181)、PLNGAVNLYAQAQ (SEQ ID NO: 5182)、PLNGAVQLYAQAQ (SEQ ID NO: 5183)、PLNGAVHLYAQEQ (SEQ ID NO: 5184)、PLNGAIHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5185)、PLNGALHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5186)、PLNGAVPLYAQAQ (SEQ ID NO: 5187)、PLNGAVHLYAQAK (SEQ ID NO: 5188)、PLNGAVDLYAQAQ (SEQ ID NO: 5189)、PLNGAAHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5190)、PLNGAVHRYAQAQ (SEQ ID NO: 5191)、PLNGAFHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5192)、PLNGAVHLYALAQ (SEQ ID NO: 5193)、PLNGADHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5194)、PLNGAVHLYAPAQ (SEQ ID NO: 5195)、PLNGAVHLYARAQ (SEQ ID NO: 5196)、PLNGAVHLYAQAH (SEQ ID NO: 5197)、PLNGAVLLYAQAQ (SEQ ID NO: 5198)、PLNGAVHLYAQAP (SEQ ID NO: 5199)、PLNGAGHLYAQAQ (SEQ ID NO: 5200)、PLNGAVRLYAQAQ (SEQ ID NO: 5201)、PLNGAVHVYAQAQ (SEQ ID NO: 5202)、PLNGAVYLYAQAQ (SEQ ID NO: 5203)、PLNGAVHLYTQAQ (SEQ ID NO: 5204)；包含其前述胺基酸序列中之任一者的任何部分，例如任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，包含有包含式[A][B]之胺基酸序列的AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含[D]，其包含X8、X9及X10。在一些實施例中，[D]之位置X8為：T、V、S、L、R、I、A、N、C、Q、M、P或K。在一些實施例中，[D]之位置X9為：T、M、A、G、K、S、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y。在一些實施例中，[D]之位置X10為：K、Q、W、S、P、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y。在一些實施例中，[D]包含TT、TM、VA、TA、TG、VK、SA、LS、LA、TQ、TV、RI、RA、LT、ST、TS、VS、VT、RQ、IS、VR、LG、TN、VQ、AA、RS、IQ、IA、RG、NS、LQ、VM、SM、VG、CS、TP、SS、AG、TL、LN、TK、CT、AS、LK、LM、LH、RT、RM、VH、TR、SG、VL、QA、NA、AT、NT、RL、IT、IG、RN、NM、NV、MA、IL、VN、SV、RV、PG、QS、RY、SQ、NQ、LL、LP、AQ、TY、NL、SP、LV、KG、VP、AV、KS、AM、SL、AL、RP、IP、MK、AW、GS、KQ、AP、SK、AK、GC、QK、MQ、QP、GP、QQ、AN、GK、QR、PP、AR、GG、MS、NP、KP、MN、KA、SN、MP、HP、GN、RW、MT、SR、GW、QH、GL、QM、VW、MG、AH、QT、GR、SH、GQ、GT、GA、NG、QN、VE、MM、QL、QG、YS、GM、LR、AF、PQ、SW、QW、YA、ML、GF、PA、PS、PT、GY、GV、PW、PR。在一些實施例中，[D]為或包含TTK、TMK、VAQ、TAW、TGS、VKQ、SAP、LSK、LAP、LAQ、TAK、SAK、TGC、TQK、TVA、LSP、TTQ、TAQ、RIA、RAS、TTP、LTP、STP、TSP、TMQ、TSK、VSQ、VSP、TVQ、VTA、RQP、ISG、VRP、LGP、TNQ、VQQ、VAN、AAP、RST、TMA、IQP、IAS、TVS、RGS、NSP、LQP、VTG、VMQ、SMA、VGK、IQS、CSP、LQR、TPP、VTK、SSP、AGP、LAR、TTT、TGG、TLQ、TMS、VAK、RAA、TVG、LNP、LSQ、TKP、TNA、LAT、VTP、VQA、TTS、CTP、TAG、TSQ、TMN、TST、VKP、ASP、VAA、LKS、IAA、TAA、TKA、VSN、TAP、LMP、LHP、RAQ、LTN、RTT、TSV、RMS、VGN、LMQ、TAT、VHP、ISS、VAS、TRW、TMT、RSS、RTG、VAT、VTS、VSS、TNS、VKA、SGP、TGP、TAM、TQP、TQQ、VSR、TGW、VSA、VLS、TQH、LAS、QAP、NAQ、ATP、VQP、TTA、LAA、RSG、LMA、TMP、LAN、VST、SAQ、NTP、TGL、TAV、RLG、RTL、TQM、ITP、TVW、RSA、TAS、TMG、VQS、ISP、VGG、TAL、LAG、RTA、RSP、TLA、LAH、TSL、RLS、LMG、SMQ、TQT、VGS、VSG、VMA、IGG、IAG、TGR、LSH、VQT、RNS、TLP、TKQ、LGQ、NMQ、NVQ、RGG、VMS、TTG、LSR、MAP、ILG、TGT、TSS、TSH、RIG、SAM、TSM、SMG、SMS、TSG、TGA、VNS、VAG、IGS、LGS、VNG、LTA、VQN、TKS、SVG、NAS、TSA、TAN、LTS、RSQ、RIP、RVE、VLP、SVA、LQQ、LST、SAA、RTS、TQN、VNA、LMS、TMM、RSV、TQL、RTP、RQQ、VQG、PGW、STQ、QSP、RYS、TQR、SAG、RQS、SQP、STS、VLG、NQP、LGT、RAG、TGM、LSN、RLP、RQG、RLT、TLR、SAF、SVQ、LLP、RTQ、LPP、AQP、TPQ、TSW、NTT、TTR、TQW、NTQ、TYA、TLS、NLP、ATS、ATQ、LSS、TQA、VMP、NAL、RML、RQL、TLG、TGF、SAL、SQL、LSA、TGQ、TNG、AAA、SAV、LSG、SSR、SPP、LVG、TPA、KGW、VPP、ATG、SAN、SQQ、SSM、AVG、VAP、TPS、RGW、SSL、TYS、TPT、IGW、KSS、TGY、RSL、SVS、TSN、SQM、VPA、AMS、TPG、TGV、VPQ、SLP、ALP、TPW、TPR、SSS、RPP、IPP、AGW或RPG。
在一些實施例中，包含有包含式[A][B]之胺基酸序列的AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含[E]，其包含X11、X12及X13。在一些實施例中，[E]之X11為：V、D、F、A、E、L、G或I。在一些實施例中，[E]之X12為Q、R、P、K、L、H或E。在一些實施例中，[E]之X13為：N、H、S、T、P、K、I、D或Y。在一些實施例中，[E]包含VQ、DQ、FQ、VR、VP、VK、AQ、EQ、LQ、GQ、VL、VH、VE、DK、GH、IQ、QN、QH、QS、QT、QP、RN、PN、KN、QK、QI、LN、QD、HN、KT、KK、EN、QY或PH。在一些實施例中，[E]為或包含VQN、DQN、VQH、FQN、VQS、VQT、VQP、VRN、VPN、VKN、AQN、VQK、EQN、VQI、LQN、GQT、VLN、VQD、VHN、GQN、VKT、VKK、FQK、VEN、VQY、DKN、GHN、IQN或VPH。
在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體之[A][B][C][D][E]包含SEQ ID NO: 143、148、149、151、153、154-158、160-163、166、168、170、171、173-175、177-179、181、182、184-188、191-197、199-210、212-215、217-225、227-231、233、234、236-240、243-262、265、267、268、270-277、279、282、284-286、288-293、295、296、298、300-314、316-327、329、331、332、334、336、337-344、346-350、352-354、356-365、367、369、371-380、382-385、387、392-394、396、397、399-401、404-411、413-415、417、419-429、432、433、435-437、438、440-442、444-447、450-454、456、458-461、464、465、467-469、471-484、487-495、497、498、500-503、505、507-512、514-517、522-525、528-539、542-545、547、551-555、558-561、563-568、570、573、574、576、579、581、582、584、586、587、591-596、598、601、604、605、606、607、610、612、614-619、624-629、631-636、640、641、645、646、649、650、656、658、661、663、664、666、668、669、670、672、673、674、675、677、679、683、684、686、688、689、691、693、695、696、697、699、700、701、702、704-706、709-714、720、722、725-731、733、736、740、745、749-752、754、755、757、758、760-765、767、768、770、771、773、778-780、783-788、792-794、797-799、801、802、804-806、812、814、815、817、818、820、821、824、828、831、832、834-837、839、840-845、847、848、850-855、857-859、861、862、865、866、869-872、874-876、882-884、887、889-895、897、899、901、903-905、907、908、910、911、913、915、919、920、923、924、926、927、929、931-933、935、937、939-949、952-955、957、958、960、962、964、965、967、971、973、974、976、977、981、985-989、992、994、997-1000、1002、1004、1006-1008、1010、1013、1015、1017、1018、1020、1021、1023-1025、1027、1029-1031、1033-1035、1037-1040、1043、1046、1049、1052、1053、1056、1057、1059、1062、1064、1065、1067、1068、1070、1073、1075、1077-1080、1083-1087、1089、1090、1093、1094、1097、1100、1101、1103、1105-1107、1110-1112、1114-1117、1119、1121、1125、1126、1129、1132、1133或1135中之任一者的胺基酸序列；包含前述胺基酸序列中之任一者的任何部分的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；相對於前述胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，[A][B]存在於AAV蛋白殼變異體之環VIII中。在一些實施例中，[C]、[D]及/或[E]存在於AAV蛋白殼變異體之環VIII中。在一些實施例中，[A]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。在一些實施例中，[B]緊隨[A]之後存在。在一些實施例中，[C]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。在一些實施例中，[D]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置592之後存在。在一些實施例中，[E]相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置595之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體自N端至C端包含[A][B]。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體自N端至C端包含[A][B][C]。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體自N端至C端包含[A][B][C][D]。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體自N端至C端包含[A][B][C][D][E]。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)且視情況進一步包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸(例如A、L、R、V、C、I、K、M、N、P、Q、S)、位置594處除G之外的胺基酸(例如M、S、A、Q、V、T、L、P、H、K、N、I、Y或R)及/或位置595處除W之外的胺基酸(例如S、P、T、A、G、L、Q、H、N、R、K、V、E、F、M、C或Y)。在一些實施例中，相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處之胺基酸為：T、A、L、R、V、C、I、K、M、N、P、Q或S。在一些實施例中，相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置594處之胺基酸為：G、M、S、A、Q、V、T、L、P、H、K、N、I、Y或R。在一些實施例中，相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置595處之胺基酸為：W、S、P、T、A、G、L、Q、H、N、R、K、V、E、F、M、C或Y。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)且進一步包含以下：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處之胺基酸為：T、A、L、R、V、C、I、K、M、N、P、Q或S；相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置594處之胺基酸為：G、M、S、A、Q、V、T、L、P、H、K、N、I、Y或R；及/或相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置595處之胺基酸為：W、S、P、T、A、G、L、Q、H、N、R、K、V、E、F、M、C或Y。在一些實施例中，相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593-595處之胺基酸不包含胺基酸序列TGW。在一些實施例中，胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)存在於AAV蛋白殼變異體之環VIII中。在一些實施例中，胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含來自SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含來自SEQ ID NO: 139-476中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含來自表1B中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含來自表11中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含來自表20中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。
在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 139-1138中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 139-476中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含相對於表1B中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於表1B中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 1139-1172中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基序列。
在一些實施例中，胺基酸序列存在於AAV蛋白殼變異體之環VIII中。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586、587、588、589、590、591、592、593、594或595之後存在。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置592之後存在。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置595之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含來自SEQ ID NO: 1725-3622中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含來自SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列的至少3、4、5、6、7、8或9個連續胺基酸。在一些實施例中，胺基酸序列存在於環VIII中。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586、588或589之後存在。
在一些實施例中，3個連續胺基酸包含PLN。在一些實施例中，4個連續胺基酸包含PLNG (SEQ ID NO: 3678)。在一些實施例中，5個連續胺基酸包含PLNGA (SEQ ID NO: 3679)。在一些實施例中，6個連續胺基酸包含PLNGAV (SEQ ID NO: 3680)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含PLNGAVH (SEQ ID NO: 3681)。在一些實施例中，8個連續胺基酸包含PLNGAVHL (SEQ ID NO: 3682)。在一些實施例中，9個連續胺基酸包含PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)。
在一些實施例中，3個連續胺基酸包含YST。在一些實施例中，4個連續胺基酸包含YSTD (SEQ ID NO: 3690)。在一些實施例中，5個連續胺基酸包含YSTDE (SEQ ID NO: 3691)。在一些實施例中，5個連續胺基酸包含YSTDV (SEQ ID NO: 3700)。在一些實施例中，6個連續胺基酸包含YSTDER (SEQ ID NO: 3692)。在一些實施例中，6個連續胺基酸包含YSTDVR (SEQ ID NO: 3701)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含YSTDERM (SEQ ID NO: 3657)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含YSTDERK (SEQ ID NO: 3658)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含YSTDVRM (SEQ ID NO: 3650)。
在一些實施例中，3個連續胺基酸包含IVM。在一些實施例中，4個連續胺基酸包含IVMN (SEQ ID NO: 3693)。在一些實施例中，5個連續胺基酸包含IVMNS (SEQ ID NO: 3694)。在一些實施例中，6個連續胺基酸包含IVMNSL (SEQ ID NO: 3695)。在一些實施例中，7個連續胺基酸包含IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 1725-3622中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 1725-3622中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。在一些實施例中，胺基酸序列存在於環VIII中。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586、588或589之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)；相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列；或相對於胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列，視情況其中位置7為H。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 1725-3622中之任一者的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 3648-3659中之任一者的胺基酸序列。在一些實施例中，胺基酸序列存在於本文所描述之AAV蛋白殼變異體之環VIII中。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。在一些實施例中，胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置589之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)包含由SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含由相對於SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)包含由相對於SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。
在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體之核酸序列包含相對於SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者，包含核苷酸序列之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)之核苷酸序列包含相對於SEQ ID NO: 3660-3671中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列。
在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3660或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼變異體之核酸序列包含相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3660，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)之核苷酸序列包含相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3660，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列。
在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3663或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼變異體之核酸序列包含相對於SEQ ID NO: 3663，包含核苷酸序列的至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)之核苷酸序列包含相對於核苷酸序列SEQ ID NO: 3663，包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個，但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處之胺基酸P及位置588處之胺基酸L，且進一步包含緊隨位置588之後的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S及/或位置595處之胺基酸P。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽進一步包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸K。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽進一步包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸P。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處除「A」之外的胺基酸殘基及/或位置588處除「Q」之外的胺基酸殘基。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含以下中之一者、兩者、三者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置589處除A之外的胺基酸、位置590處除Q之外的胺基酸、位置591處除A之外的胺基酸及/或位置592處除Q之外的胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置593處除T之外的胺基酸、位置594處除G之外的胺基酸及/或位置595處除W之外的胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含以下中之一者、兩者或全部：相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置596處除V之外的胺基酸、位置597處除Q之外的胺基酸及/或位置598處除N之外的胺基酸。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處除T之外的胺基酸、位置594處除G之外的胺基酸及/或位置595處除W之外的胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處之胺基酸L、位置594處之胺基酸S及/或位置595處之胺基酸P。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處除Q之外的胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸P。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置597處之胺基酸K。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)，其中胺基酸序列PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
在一些實施例中，多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列GGTLAVVSL (SEQ ID NO: 3654)，其中胺基酸序列GGTLAVVSL (SEQ ID NO: 3654)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置586之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)，其中胺基酸序列IVMNSLK (SEQ ID NO: 3651)相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置588之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 3649、3650、3652、3653或3655-3659中之任一者的胺基酸序列，其中前述序列中之任一者的胺基酸序列相對於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列，緊隨位置589之後存在。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置K449處之取代，例如K449R取代。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體進一步包含環I、II、IV及/或VI中之修飾，例如插入、取代及/或缺失。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 138，包含至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體進一步包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 138，具有至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體進一步包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體進一步包含由核苷酸序列SEQ ID NO: 137，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列編碼之胺基酸序列。
在一些實施例中，本揭露之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含如本文所描述之胺基酸序列，例如選自例如如表3及表4中所描述之TTD-001、TTD-002、TTD-003、TTD-004、TTD-005、TTD-006、TTD-007、TTD-008、TTD-009、TTD-010、TTD-011、TTD-012、TTD-013或TTD-014的AAV蛋白殼變異體的胺基酸序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如 AAV蛋白殼變異體包含VP1、VP2及/或VP3蛋白，該蛋白包含本文所描述之胺基酸序列，例如選自例如如表3及表4中所描述之TTD-001、TTD-002、TTD-003、TTD-004、TTD-005、TTD-006、TTD-007、TTD-008、TTD-009、TTD-010、TTD-011、TTD-012、TTD-013或TTD-014的AAV蛋白殼變異體的胺基酸序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含由如本文所描述之核苷酸序列，例如選自例如如表3及表5中所描述之TTD-001、TTD-002、TTD-003、TTD-004、TTD-005、TTD-006、TTD-007、TTD-008、TTD-009、TTD-010、TTD-011、TTD-012、TTD-013或TTD-014的AAV蛋白殼變異體的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。
在一些實施例中，編碼本揭露之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之多核苷酸包含本文所描述之核苷酸序列，例如選自例如如表3及表5中所描述之TTD-001、TTD-002、TTD-003、TTD-004、TTD-005、TTD-006、TTD-007、TTD-008、TTD-009、TTD-010、TTD-011、TTD-012、TTD-013或TTD-014的AAV蛋白殼變異體的核苷酸序列。
表 3. 例示性全長蛋白殼序列
表 4. 例示性全長蛋白殼胺基酸序列
表 5. 例示性全長蛋白殼核酸序列
| 血清型 | VP1 DNA SEQ ID NO: | VP1 PRT SEQ ID NO: | 肽PRT SEQ ID NO: | 肽DNA SEQ ID NO: |
| TTD-001 | 3623 | 3636 | 1725或3648 | 3660 |
| TTD-002 | 3624或3625 | 3637 | 1726或3649 | 3661 |
| TTD-003 | 3626 | 3638 | 1729或3650 | 3662 |
| TTD-004 | 3627 | 3639 | 1760或3651 | 3663 |
| TTD-005 | 3628 | 3640 | 1769或3652 | 3664 |
| TTD-006 | 3629 | 3641 | 3622或3653 | 3665 |
| TTD-007 | 3630 | 3642 | 1798或3654 | 3666 |
| TTD-008 | 3631 | 3643 | 1785或3655 | 3667 |
| TTD-009 | 3632 | 3644 | 1767或3656 | 3668 |
| TTD-010 | 3633 | 3645 | 1734或3657 | 3669 |
| TTD-011 | 3634 | 3646 | 1737或3658 | 3670 |
| TTD-012 | 3635 | 3647 | 1819或3659 | 3671 |
| TTD-013 | 4 | 5 | 314 | 6 |
| TTD-014 | 7 | 8 | 566 | 9 |
| 名稱及註釋 | SEQ ID NO: | 胺基酸序列 |
| TTD-0019mer肽，帶下劃線，在位置587處起始(緊隨位置586之後)； 743 aa | 3636 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQS PLNGAVHLY AQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0027mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨位置589之後)； 743 aa | 3637 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA RDSPKGW QAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0037mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨位置589之後)； 743 aa | 3638 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA YSTDVRM QAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0047mer肽，帶下劃線，在位置589處起始(緊隨位置588之後)； 743 aa | 3639 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQ IVMNSLK AQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0057mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨位置589之後)； 743 aa | 3640 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA RESPRGL QAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0067mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨589之後)；743 aa | 3641 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA SFNDTRA QAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0079mer肽，帶下劃線，在位置587處起始(緊隨位置586之後)； 743 aa | 3642 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQS GGTLAVVSL AQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0087mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨589之後)；743 aa | 3643 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA YGLPKGP QAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0097mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨589之後)；743 aa | 3644 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA STGTLRL QAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0107mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨589之後)；743 aa | 3645 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA YSTDERMQ AQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0117mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨589之後)；743 aa | 3646 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA YSTDERK QAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| TTD-0127mer肽，帶下劃線，在位置590處起始(緊隨589之後)；743 aa | 3647 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQA YVSSVKM QAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
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| TTD-0149mer肽，帶下劃線，在位置587處起始(緊隨位置586之後)；位置600、601、602及604處之修飾； 743 aa | 8 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQS PLNGAVHLY AQAQ LSP V K NQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| 名稱及註釋 | SEQ ID NO: | NT 序列 |
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| TTD-0127mer肽，帶下劃線 | 3635 | atggctgccgatggttatcttccagattggctcgaggacaaccttagtgaaggaattcgcgagtggtgggctttgaaacctggagcccctcaacccaaggcaaatcaacaacatcaagacaacgctcgaggtcttgtgcttccgggttacaaataccttggacccggcaacggactcgacaagggggagccggtcaacgcagcagacgcggcggccctcgagcacgacaaggcctacgaccagcagctcaaggccggagacaacccgtacctcaagtacaaccacgccgacgccgagttccaggagcggctcaaagaagatacgtcttttgggggcaacctcgggcgagcagtcttccaggccaaaaagaggcttcttgaacctcttggtctggttgaggaagcggctaagacggctcctggaaagaagaggcctgtagagcagtctcctcaggaaccggactcctccgcgggtattggcaaatcgggtgcacagcccgctaaaaagagactcaatttcggtcagactggcgacacagagtcagtcccagaccctcaaccaatcggagaacctcccgcagccccctcaggtgtgggatctcttacaatggcttcaggtggtggcgcaccagtggcagacaataacgaaggtgccgatggagtgggtagttcctcgggaaattggcattgcgattcccaatggctgggggacagagtcatcaccaccagcacccgaacctgggccctgcccacctacaacaatcacctctacaagcaaatctccaacagcacatctggaggatcttcaaatgacaacgcctacttcggctacagcaccccctgggggtattttgacttcaacagattccactgccacttctcaccacgtgactggcagcgactcatcaacaacaactggggattccggcctaagcgactcaacttcaagctcttcaacattcaggtcaaagaggttacggacaacaatggagtcaagaccatcgccaataaccttaccagcacggtccaggtcttcacggactcagactatcagctcccgtacgtgctcgggtcggctcacgagggctgcctcccgccgttcccagcggacgttttcatgattcctcagtacgggtatctgacgcttaatgatggaagccaggccgtgggtcgttcgtccttttactgcctggaatatttcccgtcgcaaatgctaagaacgggtaacaacttccagttcagctacgagtttgagaacgtacctttccatagcagctacgctcacagccaaagcctggaccgactaatgaatccactcatcgaccaatacttgtactatctctcaaagactattaacggttctggacagaatcaacaaacgctaaaattcagtgtggccggacccagcaacatggctgtccagggaagaaactacatacctggacccagctaccgacaacaacgtgtctcaaccactgtgactcaaaacaacaacagcgaatttgcttggcctggagcttcttcttgggctctcaatggacgtaatagcttgatgaatcctggacctgctatggccagccacaaagaaggagaggaccgtttctttcctttgtctggatctttaatttttggcaaacaaggaactggaagagacaacgtggatgcggacaaagtcatgataaccaacgaagaagaaattaaaactactaacccggtagcaacggagtcctatggacaagtggccacaaaccaccagagtgcacaggct tatgtttcgtctgttaagatg caggcgcagaccggctgggttcaaaaccaaggaatacttccgggtatggtttggcaggacagagatgtgtacctgcaaggacccatttgggccaaaattcctcacacggacggcaactttcacccttctccgctgatgggagggtttggaatgaagcacccgcctcctcagatcctcatcaaaaacacacctgtacctgcCgatcctccaacggccttcaacaaggacaagctgaactctttcatcacccagtattctactggccaagtcagcgtggagatcgagtgggagctgcagaaggaaaacagcaagcgGtggaacccggagatccagtacacttccaactattacaagtctaataatgttgaatttgctgttaatactgaaggtgtatatagtgaaccccgccccattggcaccagatacctgactcgtaatctgtaa |
| TTD-013 | 4 | ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGT ccgcttaatggtgccgtccatctttat GCTCAGGCGCAGACCGGCTGGGTT ccg AACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCCGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGGTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA |
| TTD-014 | 7 | ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAgGTcGCtACGAATCATCAGTCT CCGCTGAATGGTGCGGTGCATCTGTATGCGCAGGCGCAGCTGTCTCCGGTGAAGAAT caaggaatacttccgggtatgGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCCGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGGTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA |
在一些實施例中，編碼本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體的多核苷酸包含SEQ ID NO:4、7、3623-3635中之任一者的核苷酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之AAV蛋白殼變異體之多核苷酸包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3623，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之AAV蛋白殼變異體之多核苷酸包含核苷酸序列SEQ ID NO: 4，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之AAV蛋白殼變異體之多核苷酸包含核苷酸序列SEQ ID NO: 7，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之AAV蛋白殼變異體之多核苷酸包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3627，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。在一些實施例中，編碼本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之核酸序列為經密碼子最佳化的。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含VP2蛋白，其包含對應於SEQ ID NO :5、8、3636-3647中之任一者的位置138-743的胺基酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼包含VP3蛋白，其包含對應於SEQ ID NO :5、8、3636-3647中之任一者的位置203-743的胺基酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個修飾，取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過30、20或10個修飾，取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，具有至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3636，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 3636，包含至少一個、兩個或三個修飾，取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過30、20或10個修飾，取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 3636，具有至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5，包含至少一個、兩個或三個修飾，取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過30、20或10個修飾，取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5，具有至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列SEQ ID NO: 8，或與其具有至少80% (例如至少約85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 8，包含至少一個、兩個或三個修飾，取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過30、20或10個修飾，取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 8，具有至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體相對於包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138之參考序列之向性，具有增加之針對CNS細胞或組織，例如腦細胞、腦組織、脊髓細胞或脊髓組織的向性。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體相對於包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3636之參考序列之向性，具有增加之針對CNS細胞或組織，例如腦細胞、腦組織、脊髓細胞或脊髓組織的向性。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體轉導例如選自齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦及殼核之腦區。在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，該腦區之轉導水準大至少5、10、50、100、200、500、1,000、2,000、5,000或10,000倍。
在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體在腦中富集至少約5、6、7、8、9或10倍。在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，本文所描述之AAV蛋白殼變異體在腦中富集至少約20、30、40或50倍。在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，本文所描述之AAV蛋白殼變異體在腦中富集至少約100、200、300或400倍。
在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 3636相比，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體在腦中富集至少約2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5或6倍。在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 3636相比，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體在腦中富集至少約1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5或6倍。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體將增加水準之病毒基因體遞送至腦區。在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，病毒基因體之水準增加至少5、10、20、30、40或50倍。在一些實施例中，腦區包含額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體將增加水準之有效負載遞送至腦區。在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少5、10、50、100、200、500、1,000、2,000、5,000或10,000倍。在一些實施例中，腦區包含額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、殼核、丘腦、小腦皮質、齒狀核、尾狀核及/或海馬體。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體將增加水準之有效負載遞送至脊髓區。在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載之水準增加至少10、20、50、100、200、300、400、500、600、700、800或900倍。在一些實施例中，脊髓區包含頸、胸及/或腰區。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體展示出相對於背根神經節(DRG)中之轉導，腦區中之優先轉導。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體相對於包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138之參考序列之向性，具有增加之針對肌肉細胞或組織，例如心臟細胞或組織的向性。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體將增加水準之有效負載遞送至肌肉區。在一些實施例中，與參考序列SEQ ID NO: 138相比，有效負載增加至少10、15、20、30或40倍。在一些實施例中，肌肉區包含心臟肌肉、四頭肌及/或隔膜肌區。在一些實施例中，肌肉區包含心臟肌肉區，例如心臟心房肌肉區或心臟心室肌肉區。
在一些實施例中，例如當藉由NGS定序檢定進行分析時，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體導致每個樣品大於1、2、5、10、20、30、40、50或100個讀數。
在一些實施例中，本揭露之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體具有針對肝臟之降低的向性。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，該修飾導致肝臟中向性(例如去靶向)及/或活性降低。在一些實施例中，肝臟中降低的向性係與不包含修飾的其他類似的蛋白殼，例如野生型蛋白殼多肽相比。在一些實施例中，所描述之AAV蛋白殼變異體包含修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，該修飾導致以下特性中之一或多者：(1)肝臟中降低的向性；(2)肝臟中去靶向表現；(3)肝臟中降低的活性；及/或(4)與半乳糖之結合減少。在一些實施例中，特性(1)-(3)中之任一者或全部之減低係與不包含修飾的其他類似的AAV蛋白殼變異體相比。例示性修飾提供於WO 2018/119330；Pulicherla等人. (2011)
Mol. Ther.19(6): 1070-1078；Adachi等人. (2014)
Nature Communications5(3075), DOI: 10.1038/ncomms4075；以及Bell等人. (2012)
J. Virol.86(13): 7326-33中；該等文獻之內容特此以全文引用之方式併入。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於根據SEQ ID NO: 138編號之參考序列，在位置N470 (例如N470A)、D271 (例如D271A)、N272 (例如N297A)、Y446 (例如Y446A)、N498 (例如N498Y或N498I)、W503 (例如W530R或W530A)、L620 (例如L620F)或其組合處之修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含以下中之一者、兩者、三者、四者、五者或全部：相對於根據SEQ ID NO: 138編號之參考序列，位置470處除N之外的胺基酸(例如A)、位置271處除D之外的胺基酸(例如A)、位置272處除N之外的胺基酸(例如A)、位置446處除Y之外的胺基酸(例如A)及位置498處除N之外的胺基酸(例如Y或I)，以及位置503處除W之外的胺基酸(例如R或A)及位置620處除L之外的胺基酸(例如F)。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於根據SEQ ID NO: 138編號之參考序列，在位置N470 (例如N470A)、D271 (例如D271A)、N272 (例如N297A)、Y446 (例如Y446A)及W503 (例如W530R或W530A)處之修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含N498 (例如N498Y)及L620 (例如L620F)處之修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失。
在一些實施例中，本文所包含之AAV蛋白殼變異體包含如Adachi等人. (2014)
Nature Communications5(3075), DOI: 10.1038/ncomms4075中所描述之修飾，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入。改變或不改變至少腦、肝臟、心臟、肺及/或腎臟中之組織轉導的例示性修飾可在展示用Adachi等人(
同上)之AAV9-AA-VBCLib獲得之AAV Barcode-Seq資料的補充資料2中找到，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入。
在一些實施例中，本揭露之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體為經分離的，例如重組的。在一些實施例中，編碼本揭露之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之多核苷酸為經分離的，例如重組的。
在本文所引用及/或描述之DNA及RNA序列中之任一者中，單字母符號具有以下描述：A代表腺嘌呤；C代表胞嘧啶；G代表鳥嘌呤；T代表胸腺嘧啶；U代表尿嘧啶；W代表弱鹼基，諸如腺嘌呤或胸腺嘧啶；S代表強核苷酸，諸如胞嘧啶及鳥嘌呤；M代表胺基核苷酸，諸如腺嘌呤及胞嘧啶；K代表酮基核苷酸，諸如鳥嘌呤及胸腺嘧啶；R代表嘌呤腺嘌呤及鳥嘌呤；Y代表嘧啶胞嘧啶及胸腺嘧啶；B代表任何非A之鹼基(例如胞嘧啶、鳥嘌呤及胸腺嘧啶)；D代表任何非C之鹼基(例如腺嘌呤、鳥嘌呤及胸腺嘧啶)；H代表任何非G之鹼基(例如腺嘌呤、胞嘧啶及胸腺嘧啶)；V代表任何非T之鹼基(例如腺嘌呤、胞嘧啶及鳥嘌呤)；N代表任何核苷酸(其不為間隙)；且Z代表零。
在本文所引用及/或描述之胺基酸序列中之任一者中，單字母符號具有以下描述：G (Gly)代表甘胺酸；A (Ala)代表丙胺酸；L (Leu)代表白胺酸；M (Met)代表甲硫胺酸；F (Phe)代表苯丙胺酸；W (Trp)代表色胺酸；K (Lys)代表離胺酸；Q (Gln)代表麩醯胺酸；E (Glu)代表麩胺酸；S (Ser)代表絲胺酸；P (Pro)代表脯胺酸；V (Val)代表纈胺酸；I (Ile)代表異白胺酸；C (Cys)代表半胱胺酸；Y (Tyr)代表酪胺酸；H (His)代表組胺酸；R (Arg)代表精胺酸；N (Asn)代表天門冬醯胺酸；D (Asp)代表天門冬胺酸；T (Thr)代表蘇胺酸；B (Asx)代表天門冬胺酸或天門冬醯胺酸；J (Xle)代表白胺酸或異白胺酸；O (Pyl)代表吡咯離胺酸；U (Sec)代表硒半胱胺酸；X (Xaa)代表任何胺基酸；且Z (Glx)代表麩醯胺酸或麩胺酸。
本文亦提供了編碼上文所描述之AAV蛋白殼變異體中之任一者的多核苷酸序列以及包含其之AAV顆粒、載體、細胞及調配物，例如醫藥調配物。
AAV 血清型及蛋白殼
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒可包含來自任何天然或重組AAV血清型之蛋白殼多肽或其變異體。AAV血清型之不同之處可在於諸如但不限於以下之特徵：包裝、向性、轉導及免疫原性特徵。儘管不希望受理論所束縛，但據信在一些實施例中，AAV蛋白殼蛋白，例如AAV蛋白殼變異體可調節，例如指導AAV顆粒針對特定組織之向性。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，允許在靜脈內投與之後穿透血腦屏障。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體允許在聚焦式超音波(FUS)，例如FUS聯合微氣泡靜脈內投與(FUS-MB)，或MRI引導的FUS聯合靜脈內投與之後穿透血腦屏障。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體允許增加之向腦區之分佈。在一些實施例中，腦區包含額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、尾狀核、齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦、殼核或其組合。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體允許相對於背根神經節(DRG)中之轉導，腦區中之優先轉導。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體允許增加之向脊髓區之分佈。在一些實施例中，脊髓區包含頸脊髓區、胸脊髓區及/或腰脊髓區。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體，適用於肌肉內投與及/或肌肉纖維轉導。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體允許增加之向肌肉區之分佈。在一些實施例中，肌肉區包含心臟肌肉、四頭肌、隔膜肌區或其組合。在一些實施例中，肌肉區包含心臟肌肉區，例如心臟心房肌肉區或心臟心室肌肉區。
在一些實施例中，用於轉譯本文所描述之AAV VP1蛋白殼蛋白，例如蛋白殼變異體之起始密碼子可為如美國專利第US8163543號中所描述之CTG、TTG或GTG，該專利之內容以全文引用之方式併入本文。
本揭露係關於由蛋白殼(Cap)基因編碼之結構蛋白殼蛋白(包括VP1、VP2及VP3)。此等蛋白殼蛋白形成病毒載體(諸如AAV)之外部蛋白質結構殼(例如蛋白殼)。由Cap多核苷酸合成之VP蛋白殼蛋白大體上包括甲硫胺酸作為肽序列中之第一胺基酸(Met1)，該第一胺基酸與對應Cap核苷酸序列中之起始密碼子(AUG或ATG)相關。然而，第一甲硫胺酸(Met1)殘基或大體上任何第一胺基酸(AA1)在多肽合成之後或期間由蛋白質加工酶諸如Met-胺基肽酶裂解為常見的。此「Met/AA剪切」過程通常與多肽序列中第二胺基酸(例如丙胺酸、纈胺酸、絲胺酸、蘇胺酸等)之對應乙醯化相關。Met剪切通常在VP1及VP3蛋白殼蛋白之情況下發生，但亦可在VP2蛋白殼蛋白之情況下發生。
在Met/AA剪切不完全之情況下，可產生包含病毒蛋白殼之一或多種(一種、兩種或三種)VP蛋白殼蛋白的混合物，該等VP蛋白殼蛋白中之一些可包括Met1/AA1胺基酸(Met+/AA+)，且該等VP蛋白殼蛋白中之一些可由於Met/AA剪切而缺乏Met1/AA1胺基酸(Met-/AA-)。有關蛋白殼蛋白中Met/AA剪切之進一步論述，參見Jin等人. Direct Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Analysis for Complete Characterization of Recombinant Adeno-Associated Virus Capsid Proteins.
Hum Gene Ther Methods. 2017年10月 28(5):255-267；Hwang等人. N-Terminal Acetylation of Cellular Proteins Creates Specific Degradation Signals.
Science. 2010年2月19日. 327(5968): 973–977；該等文獻之內容各自以全文引用之方式併入本文。
根據本揭露，對蛋白殼蛋白，例如AAV蛋白殼變異體之引用不限於經剪切的(Met-/AA-)或未經剪切的(Met+/AA+)，且可在上下文中指獨立的蛋白殼蛋白、由蛋白殼蛋白之混合物構成之病毒蛋白殼及/或編碼、描述、產生或導致本揭露之蛋白殼蛋白的多核苷酸序列(或其片段)。對蛋白殼蛋白或蛋白殼多肽(諸如VP1、VP2或VP2)之直接引用亦可包含包括Met1/AA1胺基酸之VP蛋白殼蛋白(Met+/AA+)以及由於Met/AA剪切而缺乏Met1/AA1胺基酸的對應VP蛋白殼蛋白(Met-/AA-)。
此外，根據本揭露，對分別包含或編碼一或多種包括Met1/AA1胺基酸之蛋白殼蛋白(Met+/AA+)的特異性SEQ ID NO: (無論為蛋白質或核酸)之引用應理解為教示缺乏Met1/AA1胺基酸之VP蛋白殼蛋白，如在評論序列時，顯而易見地，該序列為僅缺乏第一個所列出的胺基酸(無論是否為Met1/AA1)的任何序列。
作為非限制性實例，對長度為736個胺基酸且包括由AUG/ATG起始密碼子編碼之「Met1」胺基酸的VP1多肽序列(Met+)之引用亦可理解為教示長度為735個胺基酸且不包括736個胺基酸Met+序列之「Met1」胺基酸的VP1多肽序列(Met-)。作為第二非限制性實例，對長度為736個胺基酸且包括由任何NNN起始密碼子編碼之「AA1」胺基酸的VP1多肽序列(AA1+)之引用亦可理解為教示長度為735個胺基酸且不包括736個胺基酸AA1+序列之「AA1」胺基酸的VP1多肽序列(AA1-)。
對由VP蛋白殼蛋白形成之病毒蛋白殼之引用(諸如對特異性AAV蛋白殼血清型之引用)可併有包括Met1/AA1胺基酸之VP蛋白殼蛋白(Met+/AA1+)，由於Met/AA1-剪切而缺乏Met1/AA1胺基酸的對應VP蛋白殼蛋白(Met-/AA1-)，以及其組合(Met+/AA1+及Met-/AA1-)。
作為非限制性實例，AAV蛋白殼血清型可包括VP1 (Met+/AA1+)、VP1 (Met-/AA1-)或VP1 (Met+/AA1+)與VP1 (Met-/AA1-)之組合。AAV蛋白殼血清型亦可包括VP3 (Met+/AA1+)、VP3 (Met-/AA1-)或VP3 (Met+/AA1+)與VP3 (Met-/AA1-)之組合；且亦可包括類似的視情況選用之VP2 (Met+/AA1)與VP2 (Met-/AA1-)之組合。
額外 AAV 序列
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586、588或589之後的SEQ ID NO: 139-1172、1725-3622或3648-3659中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個連續胺基酸。
在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含相對於SEQ ID NO: 138編號的或對應於任何其他AAV血清型(例如AAV1、AAV2、AAV3、AAV3b、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh32.33、AAVrh74、SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 11、PHP.N、PHP.B或如WO 2021/230987 (該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)之表6中所提供之AAV血清型)中之等效位置，緊隨位置586、588或589之後的表1A、表1B、表2、表7、表10、表11或表20中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19個連續胺基酸。在一些實施例中，表1A、表1B、表2、表7、表10、表11或表20中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19個連續胺基酸替換根據SEQ ID NO: 138編號的或對應於任何其他AAV血清型(例如AAV1、AAV2、AAV3、AAV3b、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh32.33、AAVrh74、SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 11、PHP.N、PHP.B或如WO 2021/230987 (該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)之表6中所提供之AAV血清型)中之等效位置，位置A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597及/或N598中之至少一者、兩者、三者、四者、五者、六者、七者、八者、九者、十者、十一者或全部。在一些實施例中，表1A、表1B、表2、表7、表10、表11或表20中所提供之胺基酸序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19個連續胺基酸替換根據SEQ ID NO: 138編號的或對應於任何其他AAV血清型(例如AAV1、AAV2、AAV3、AAV3b、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh32.33、AAVrh74、SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 11、PHP.N、PHP.B或如WO 2021/230987 (該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)之表6中所提供之AAV血清型)之等效位置，位置A587、Q588或位置A587及Q588兩者。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號的或對應於任何其他AAV血清型(例如AAV1、AAV2、AAV3、AAV3b、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh32.33、AAVrh74、SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 11、PHP.N、PHP.B或如WO 2021/230987 (該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)之表6中所提供之AAV血清型)之等效位置，位置A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597及/或N598中之一者、兩者、三者、四者、五者、六者、七者、八者、九者、十者、十一者或全部處除野生型之外的胺基酸，例如天然胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號的或對應於任何其他AAV血清型(例如AAV1、AAV2、AAV3、AAV3b、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh32.33、AAVrh74、SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 11、PHP.N、PHP.B或如WO 2021/230987 (該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)之表6中所提供之AAV血清型)之等效位置，位置A587、Q588或位置A587及Q588兩者處除野生型之外的胺基酸，例如天然胺基酸。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號的或對應於任何其他AAV血清型(例如AAV1、AAV2、AAV3、AAV3b、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh32.33、AAVrh74、SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 11、PHP.N、PHP.B或如WO 2021/230987 (該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)之表6中所提供之AAV血清型)之等效位置，位置A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597及/或N598中之一者、兩者、三者、四者、五者、六者、七者、八者、九者、十者、十一者或全部處之修飾，例如取代。在一些實施例中，AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號的或對應於任何其他AAV血清型(例如AAV1、AAV2、AAV3、AAV3b、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAVrh8、AAVrh10、AAVrh32.33、AAVrh74、SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 11、PHP.N、PHP.B或如WO 2021/230987 (該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)之表6中所提供之AAV血清型)之等效位置，位置A587、Q588或位置A587及Q588兩者處之修飾，例如取代。
在本文所描述之實施例中之任一者中，包含對應於相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586至599，例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598的5個連續胺基酸之位置可藉由以下來鑑別：提供參考序列與査詢序列之比對，其中參考序列為SEQ ID NO: 138，且鑑別對應於査詢序列中與參考序列中之位置586至599 (例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598)對應之位置的殘基。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體不包含緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586、588或589之後存在、具有對應於位置586至599 (例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598)的至少5個連續胺基酸、屬於WO2020223276之表1中之胺基酸序列中之任一者的胺基酸序列，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體不包含緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586、588或589之後存在、對應於位置586至599 (例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598)的至少5個連續胺基酸、屬於SEQ ID NO: 138的胺基酸序列。在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體不包含緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586、588或589之後存在、具有對應於位置586至599 (例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598)的至少5個連續胺基酸、屬於SEQ ID NO: 12的胺基酸序列。在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體不包含緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586、588或589之後存在、具有對應於位置586至599 (例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598)的至少5個連續胺基酸、屬於SEQ ID NO: 13的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)或母AAV蛋白殼可位於除對應於位置586至599 (例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598)的5個連續胺基酸之外的、屬於SEQ ID NO: 1的位置處。在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體不包含緊隨相對於SEQ ID NO: 138編號之位置586、588或589之後存在、具有對應於位置586至599 (例如586至594、587至595、588至596、589至597、590至598)的至少5個連續胺基酸、屬於SEQ ID NO: 3的胺基酸序列。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體不包含緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在的胺基酸序列TLAVPFK (SEQ ID NO: 1262)。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽或AAV蛋白殼變異體可包含VOY101蛋白殼多肽、AAVPHP.B (PHP.B)蛋白殼多肽、AAVPHP.N (PHP.N)蛋白殼多肽、AAV1蛋白殼多肽、AAV2蛋白殼多肽、AAV5蛋白殼多肽、AAV9蛋白殼多肽、AAV9 K449R蛋白殼多肽、AAVrh10蛋白殼多肽或其功能變異體。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體包含表6中AAV蛋白殼多肽中之任一者的胺基酸序列，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的胺基酸序列。在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼多肽之核苷酸序列包含表6中核苷酸序列中之任一者，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。
在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼多肽或AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列SEQ ID NO: 138或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽或AAV蛋白殼變異體包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 138，包含至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過30、20或10個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽或AAV蛋白殼變異體包含由核苷酸序列SEQ ID NO: 137或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列編碼之胺基酸序列。在一些實施例中，編碼AAV蛋白殼多肽或AAV蛋白殼變異體之核苷酸序列包含核苷酸序列SEQ ID NO: 137或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽或AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置K449處之取代，例如K449R取代。
在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽或AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列SEQ ID NO: 11或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的胺基酸序列。在一些實施例中，AAV蛋白殼多肽或AAV蛋白殼變異體包含相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 11，包含至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過30、20或10個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的胺基酸序列，視情況其中位置449不為R。
表 6. AAV 序列
AAV 顆粒之病毒基因體
| 血清型 | SEQ ID NO: | 序列 |
| VOY101 | 1 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSDGTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| VOY201 | 3 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| AAV9/hu.14 K449R | 11 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| AAV9/hu.14 WT (胺基酸) | 138 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| AAV9/hu.14 WT (DNA) | 137 | ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGCCCAAGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA |
| PHP.B | 12 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
| PHP.N | 13 | MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSDGTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL |
在一些實施例中，如本文所描述的包含本文所描述之AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)的AAV顆粒可用於將病毒基因體遞送至組織(例如CNS、DRG及/或肌肉)。在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)的AAV顆粒可用於將病毒基因體遞送至組織或細胞，例如CNS、DRG或肌肉細胞或組織。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒為重組AAV顆粒。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒為經分離的AAV顆粒。
病毒基因體可編碼任何有效負載，諸如但不限於多肽(例如治療多肽)、抗體、酶、RNAi劑及/或基因編輯系統之組分。在一個實施例中，本文所描述之AAV顆粒用於在靜脈內遞送後將有效負載遞送至CNS之細胞。在另一實施例中，本文所描述之AAV顆粒用於在靜脈內遞送後將有效負載遞送至DRG之細胞。在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒用於在靜脈內遞送後將有效負載遞送至肌肉(例如心臟肌肉)之細胞。
在一些實施例中，包含如本文所描述的AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)之AAV顆粒的病毒基因體包含有包含編碼有效負載之轉殖基因的核酸。在一些實施例中，病毒基因體包含反向末端重複(ITR)序列。在一些實施例中，病毒基因體包含兩個ITR序列，例如，一個在病毒基因體之5’末端(例如相對於經編碼有效負載之5’)，且另一個在病毒基因體的3’末端(例如相對於經編碼有效負載之3’)。在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒的病毒基因體(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體)可包含調節元件(例如啟動子)、非轉譯區(UTR)、miR結合位點、多腺苷酸化序列(polyA)、填充物或填充子序列、內含子及/或連接子序列，例如用於增強轉殖基因表現。
在一些實施例中，病毒基因體組分經選擇及/或經工程改造以表現靶組織(例如CNS組織、肌肉組織(例如心臟)或DRG)中之有效負載。
病毒基因體組分：反向末端重複序列 (ITR)
在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)之AAV顆粒包含有包含ITR之病毒基因體及編碼有效負載之轉殖基因。在一些實施例中，病毒基因體具有兩個ITR。在一些實施例中，兩個ITR在5’及3’末端處側接編碼有效負載之核苷酸序列。在一些實施例中，ITR充當包含用於複製之識別位點的複製起源。在一些實施例中，ITR包含可為互補且對稱排列之序列區。在一些實施例中，摻入如本文所描述之病毒基因體中的ITR可由天然存在的多核苷酸序列或以重組方式衍生的多核苷酸序列構成。
在一些實施例中，ITR可具有與選自已知血清型中之任一者或其變異體的蛋白殼多肽(例如蛋白殼變異體)相同的血清型。在一些實施例中，ITR可具有與蛋白殼不同的血清型。在一個實施例中，病毒基因體包含兩個ITR序列區，其中ITR具有彼此相同的血清型。在另一實施例中，病毒基因體包含兩個ITR序列區，其中ITR具有不同的血清型。非限制性實例包括具有與蛋白殼相同之血清型的ITR中之零個、一個或兩個。在一個實施例中，AAV顆粒之病毒基因體的兩個ITR均為AAV2 ITR。
獨立地，各ITR之長度可為約100至約150個核苷酸。ITR可為約100-105個核苷酸長度、106-110個核苷酸長度、111-115個核苷酸長度、116-120個核苷酸長度、121-125個核苷酸長度、126-130個核苷酸長度、131-135個核苷酸長度、136-140個核苷酸長度、141-145個核苷酸長度或146-150個核苷酸長度。在一個實施例中，ITR之長度為140-142個核苷酸。ITR長度之非限制性實例為102、105、130、140、141、142、145個核苷酸長度。
病毒基因體組分：啟動子
在一個實施例中，病毒基因體之有效負載區包含至少一個增強有效負載靶標特異性及表現之元件(參見例如Powell等人. Viral Expression Cassette Elements to Enhance Transgene Target Specificity and Expression in Gene Therapy, 2015；其內容以全文引用之方式併入本文)。增強有效負載靶標特異性及表現之元件之非限制性實例包括啟動子、內源miRNA、轉錄後調節元件(PRE)、多腺苷酸化(PolyA)信號序列及上游強化子(USE)、CMV強化子及內含子。
在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒包含有包含核酸之病毒基因體，該核酸包含編碼有效負載之轉殖基因，其中轉殖基因可操作地連接至啟動子。在一些實施例中，啟動子為物種特異性啟動子、誘導型啟動子、組織特異性或細胞週期特異性的(Parr等人,
Nat. Med.3:1145-9 (1997)；其內容以全文引用之方式併入本文)。
在一些實施例中，啟動子可為天然存在的或非天然存在的。啟動子之非限制性實例包括來自病毒、植物、哺乳動物或人類之啟動子。在一些實施例中，啟動子可為來自人類細胞或系統之彼等啟動子。在一些實施例中，啟動子可為截短或突變的，例如啟動子變異體。
在一些實施例中，啟動子為無處不在的啟動子，例如能夠在多個組織中表現。在一些實施例中，啟動子為人類延長因子1α-次單元(EF1α)啟動子、巨細胞病毒(CMV)即刻早期強化子及/或啟動子、雞β-肌動蛋白(CBA)啟動子及其衍生物CAG、β葡萄糖醛酸苷酶(GUSB)啟動子或泛蛋白C (UBC)啟動子。在一些實施例中，啟動子為細胞或組織特異性啟動子，例如能夠在中樞或周邊神經系統之組織或細胞、其內之區域(例如額葉皮質)及/或其中的細胞亞群(例如興奮性神經元)中表現。在一些實施例中，啟動子為細胞類型特異性啟動子，其能夠在興奮性神經元(例如麩胺酸)、抑制性神經元(例如GABA能)、交感或副交感神經系統之神經元、感覺神經元、背根神經節之神經元、運動神經元或神經系統之支持細胞(諸如小神經膠質細胞、星狀細胞、寡樹突細胞及/或許旺氏細胞(Schwann cell))中表現有效負載 。
在一些實施例中，啟動子為肝啟動子(例如hAAT、TBG)、骨骼肌特異性啟動子(例如結蛋白、MCK、C512)、B細胞啟動子、單核球啟動子、白血球啟動子、巨噬細胞啟動子、胰臟腺泡細胞啟動子、內皮細胞啟動子、肺組織啟動子及/或心臟或心血管啟動子(例如αMHC、cTnT及CMV-MLC2k)。
在一些實施例中，啟動子為用於在中樞神經系統之細胞或組織中表現有效負載之組織特異性啟動子。在一些實施例中，啟動子為突觸蛋白(Syn)啟動子、麩醯胺酸囊泡轉運體(VGLUT)啟動子、囊泡GABA轉運體(VGAT)啟動子、小白蛋白(PV)啟動子、鈉通道Na
v1.8啟動子、酪胺酸羥化酶(TH)啟動子、膽鹼乙醯轉移酶(ChaT)啟動子、甲基CpG結合蛋白2 (MeCP2)啟動子、
Ca2+/鈣調蛋白依賴性蛋白激酶II (CaMKII)啟動子、促代謝型麩胺酸受體2 (mGluR2)啟動子、神經絲輕鏈(NFL)或重鏈(NFH)啟動子、神經元特異性烯醇化酶(NSE)啟動子、β-球蛋白袖珍基因nβ2啟動子、前腦啡肽原(PPE)啟動子、腦啡肽(Enk)啟動子及興奮性胺基酸轉運體2 (EAAT2)啟動子。在一些實施例中，啟動子為能夠在星狀細胞中表現之細胞類型特異性啟動子，例如神經膠質原纖維酸性蛋白(GFAP)啟動子及EAAT2啟動子。在一些實施例中，啟動子為能夠在寡樹突細胞中表現之細胞類型特異性啟動子，例如髓磷脂鹼性蛋白(MBP)啟動子。
在一些實施例中，啟動子為GFAP啟動子。在一些實施例中，啟動子為突觸蛋白(syn或syn1)啟動子或其片段。
在一些實施例中，啟動子包含胰島素啟動子或其片段。
在一些實施例中，本文所描述之病毒基因體之啟動子(例如包含在包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒內)包含例如如表12中所提供之EF-1α啟動子或其變異體。在一些實施例中，EF-1α啟動子包含SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39中之任一者或表12中所提供之序列中之任一者的核苷酸序列；相對於SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39或表12中所提供之序列中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代的核苷酸序列；或與SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39中之任一者或表12中所提供之序列中之任一者具有至少70% (例如80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
表 12 例示性啟動子變異體
病毒基因體組分：非轉譯區 (UTR)
| 描述 | 序列 | SEQ ID NO: |
| EF1a啟動子(內含子帶下劃線) | CGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAG GTAAGTGCCGTGTGTGGTTCCCGCGGGCCTGGCCTCTTTACGGGTTATGGCCCTTGCGTGCCTTGAATTACTTCCACCTGGCTGCAGTACGTGATTCTTGATCCCGAGCTTCGGGTTGGAAGTGGGTGGGAGAGTTCGAGGCCTTGCGCTTAAGGAGCCCCTTCGCCTCGTGCTTGAGTTGAGGCCTGGCCTGGGCGCTGGGGCCGCCGCGTGCGAATCTGGTGGCACCTTCGCGCCTGTCTCGCTGCTTTCGATAAGTCTCTAGCCATTTAAAATTTTTGATGACCTGCTGCGACGCTTTTTTTCTGGCAAGATAGTCTTGTAAATGCGGGCCAAGATCTGCACACTGGTATTTCGGTTTTTGGGGCCGCGGGCGGCGACGGGGCCCGTGCGTCCCAGCGCACATGTTCGGCGAGGCGGGGCCTGCGAGCGCGGCCACCGAGAATCGGACGGGGGTAGTCTCAAGCTGGCCGGCCTGCTCTGGTGCCTGGCCTCGCGCCGCCGTGTATCGCCCCGCCCTGGGCGGCAAGGCTGGCCCGGTCGGCACCAGTTGCGTGAGCGGAAAGATGGCCGCTTCCCGGCCCTGCTGCAGGGAGCTCAAAATGGAGGACGCGGCGCTCGGGAGAGCGGGCGGGTGAGTCACCCACACAAAGGAAAAGGGCCTTTCCGTCCTCAGCCGTCGCTTCATGTGACTCCACGGAGTACCGGGCGCCGTCCAGGCACCTCGATTAGTTCTCGAGCTTTTGGAGTACGTCGTCTTTAGGTTGGGGGGAGGGGTTTTATGCGATGGAGTTTCCCCACACTGAGTGGGTGGAGACTGAAGTTAGGCCAGCTTGGCACTTGATGTAATTCTCCTTGGAATTTGCCCTTTTTGAGTTTGGATCTTGGTTCATTCTCAAGCCTCAGACAGTGGTTCAAAGTTTTTTTCTTCCATTTCAGGTGTCGTGA | 19 |
| miniEF1a | GCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACGCGTAAG | 20 |
| 啟動子變異體1 | GCATG | |
| 啟動子變異體2 | GGTGGAGAAGAGCATG | 22 |
| 啟動子變異體3 | GTCATCACTGAGGTGGAGAAGAGCATG | 23 |
| 啟動子變異體4 | CGTGAG | |
| 啟動子變異體5 | GT | |
| 啟動子變異體6 | GCTCCGGT | |
| 啟動子變異體19 | GCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAG | 27 |
| 啟動子變異體20 | GCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACGC | 28 |
| 啟動子變異體7 | GTAAG | |
| 啟動子變異體8 | GTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACGCGTAAG | 30 |
| 啟動子變異體9 | GCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACGCGTAAG | 31 |
| 啟動子變異體10 | CGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACGCGTAAG | 32 |
| 啟動子變異體11 | CGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAG | 33 |
| 啟動子變異體12 | GCATGCGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACGCGTAAG | 34 |
| 啟動子變異體13 | GCATGCGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAG | 35 |
| 啟動子變異體14 | GGTGGAGAAGAGCATGCGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACGCGTAAG | 36 |
| 啟動子變異體15 | GGTGGAGAAGAGCATGCGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAG | 37 |
| 啟動子變異體16 | GTCATCACTGAGGTGGAGAAGAGCATGCGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACGCGTAAG | 38 |
| 啟動子變異體18 | GTCATCACTGAGGTGGAGAAGAGCATGCGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAG | 39 |
在一些實施例中，基因之野生型非轉譯區(UTR)經轉錄但不經轉譯。通常，5'UTR自轉錄起始位點起始且在起始密碼子處結束，並且3' UTR緊隨終止密碼子之後起始，且延續直至轉錄終止信號。
通常在特異性靶器官(例如CNS組織、肌肉或DRG)之經大量表現之基因中發現的特徵件可經工程改造至UTR中以增強穩定性及蛋白質產生。作為非限制性實例，通常在腦中表現之來自mRNA的5' UTR (例如杭丁頓蛋白)可用於本文所描述之AAV顆粒的病毒基因體中，以增強在神經元細胞或中樞神經系統之其他細胞中之表現。
儘管不希望受理論所束縛，但野生型5’非轉譯區(UTR)包括在轉譯起始中起作用的特徵件。通常已知為參與使核糖體引發許多基因之轉譯之過程的Kozak序列通常包括在5' UTR中。Kozak序列具有一致CCR(A/G)CCAUGG，其中R為起始密碼子(ATG)上游三個鹼基處的嘌呤(腺嘌呤或鳥嘌呤)，該R後跟另一『G』。
在一個實施例中，病毒基因體中之5'UTR包括Kozak序列。
在一個實施例中，病毒基因體中之5'UTR不包括Kozak序列。
儘管不希望受理論所束縛，但已知野生型3’ UTR中嵌有腺苷段及尿苷段。此等富含AU之標籤在轉換率高的基因中特別普遍。基於其序列特點及功能特性，富含AU元件(ARE)可分為三類(Chen等人, 1995，其內容以全文引用之方式併入本文)：I類ARE，諸如但不限於c-Myc及MyoD，在富含U之區域內含有AUUUA模體的若干個分散拷貝。II類ARE，諸如但不限於GM-CSF及TNF-a，具有兩種或更多種重疊的UUAUUUA(U/A)(U/A)九聚體。III類ARE，諸如但不限於c-Jun及生肌蛋白，定義不太明確。此等富含U之區域不含AUUUA模體。已知與ARE結合之大多數蛋白質使信使不穩定，而ELAV家族之成員(最顯著地為HuR)已證明可增加mRNA之穩定性。HuR與所有三類ARE結合。將HuR特異性結合位點工程改造至核酸分子之3’ UTR中將導致HuR結合，從而導致活體內訊息穩定。
3’ UTR富含AU之元件(ARE)之引入、移除或修飾可用於調節多核苷酸之穩定性。當對特異性多核苷酸(例如病毒基因體之有效負載區)進行工程改造時，可引入ARE之一或多個拷貝以使多核苷酸之穩定性降低，從而限制所得蛋白質之轉譯且減少其產生。同樣，可鑑別出ARE且將其移除或使其突變，以增加細胞內穩定性，從而增加所得蛋白質之轉譯及產生。
在一個實施例中，病毒基因體之3' UTR可包括用於模板化添加poly-A尾之寡核苷酸(dT)序列。
在一個實施例中，病毒基因體可包括至少一個miRNA種子、結合位點或全序列。微小RNA (或miRNA或miR)為19-25個核苷酸非編碼RNA，其與核酸靶標之位點結合，且藉由降低核酸分子穩定性或藉由抑制轉譯來下調基因表現。在一些實施例中，微小RNA序列包含種子區，例如成熟微小RNA之位置2-8之區域中的序列，該種子區與核酸之miRNA靶序列具有沃森-克里克(Watson-Crick)序列完全或部分互補性。
在一個實施例中，病毒基因體可經工程改造以包括、改變或移除至少一個miRNA結合位點、全序列或種子區。
來自此項技術中已知的任何基因的任何UTR均可摻入AAV顆粒之病毒基因體中。此等UTR或其部分之置放取向可與選擇其之基因相同，或其取向或位置可改變。在一個實施例中，AAV顆粒的病毒基因體中所用之UTR可倒置、縮短、加長、用此項技術中已知的一或多個其他5’ UTR或3’ UTR製成。如本文所用，術語「改變」在與UTR相關時意謂UTR已以某種方式相對於參考序列發生了變化。舉例而言，3'或5' UTR可如上文所教示藉由取向或位置之變化來相對於野生型或天然UTR改變，或可藉由包括額外的核苷酸、核苷酸缺失、核苷酸交換或轉位來改變。
在一個實施例中，AAV顆粒之病毒基因體包含至少一個人工UTR，其不為野生型UTR之變異體。
在一個實施例中，AAV顆粒之病毒基因體包含選自轉錄本家族之UTR，該轉錄本家族之蛋白質共用共同功能、結構、特點或特性。
病毒基因體組分：多腺苷酸化序列
本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)的AAV顆粒)之病毒基因體可包含多腺苷酸化序列。在一些實施例中，AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)的AAV顆粒)之病毒基因體包含編碼有效負載的核苷酸序列的3'末端與3'ITR的5'末端之間的多腺苷酸化序列。
病毒基因體組分：內含子
在一些實施例中，如本文所描述之AAV顆粒(例如，包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)之病毒基因體包含增強有效負載靶標特異性及表現的元件(參見例如Powell等人.
Viral Expression Cassette Elements to Enhance Transgene Target Specificity and Expression in Gene Therapy, Discov. Med, 2015, 19(102): 49-57；其內容以全文引用之方式併入本文)，諸如內含子。內含子之非限制性實例包括MVM (67-97 bp)、F.IX截短內含子1 (300 bp)，β-球蛋白SD/免疫球蛋白重鏈剪接受體(250 bp)、腺病毒剪接供體/免疫球蛋白剪接受體(500 bp)、SV40晚期剪接供體/剪接受體(19S/16S) (180 bp)及雜交腺病毒剪接供體/IgG剪接受體(230 bp)。
病毒基因體組分：填充子序列
在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒(例如，包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)之病毒基因體包含改進包裝效率及表現之元件，諸如填充子或填充物序列。填充子序列之非限制性實例包括白蛋白及/或α-1抗胰蛋白酶。任何已知的病毒、哺乳動物或植物序列均可經操縱以用作填充子序列。
在一個實施例中，填充子或填充物序列之長度可為約100-3500個核苷酸。填充子序列之長度可為約100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、1900、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、2800、2900或3000個核苷酸。
病毒基因體組分： miRNA
在一些實施例中，病毒基因體包含編碼miRNA之序列，以減少有效負載在組織或細胞(例如DRG (背根神經節)，或其他神經節之神經元，諸如交感或副交感神經系統之彼等神經元)中之表現。在一些實施例中，miRNA (例如miR183、miR182及/或miR96)可在病毒基因體中經編碼以調節，例如減少病毒基因體在DRG神經元中之表現。作為另一非限制性實例，miR-122 miRNA可在病毒基因體中經編碼以調節，例如減少病毒基因體在肝臟中之表現。在一些實施例中，miRNA (例如miR-142-3p)可在病毒基因體中經編碼以調節，例如減少病毒基因體在造血譜系之細胞或組織，包括例如免疫細胞(例如抗原呈現細胞或APC，包括樹突細胞(DC)、巨噬細胞及B淋巴球)中之表現。在一些實施例中，miRNA (例如miR-1)可在病毒基因體中經編碼以調節，例如減少病毒基因體在心臟細胞或組織中之表現。
病毒基因體組分： miR 結合位點
本文所揭示之AAV病毒顆粒之組織或細胞特異性表現可藉由引入組織或細胞特異性調節序列(例如啟動子、強化子、微小RNA結合位點(例如去靶向位點))來增強。不希望受理論所束縛，據信經編碼之miR結合位點可基於對應的內源微小RNA (miRNA)或對應的受控外源miRNA在組織或細胞(例如非靶向細胞或組織)中之表現來調節，例如預防、遏制或以其他方式抑制目標基因在本文所揭示之病毒基因體上之表現。在一些實施例中，miR結合位點調節，例如減少由本文所描述之AAV顆粒之病毒基因體編碼之有效負載在表現對應mRNA之細胞或組織中之表現。
在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒的病毒基因體包含編碼微小RNA結合位點(例如去靶向位點)之核苷酸序列。在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒的病毒基因體包含編碼miR結合位點、微小RNA結合位點系列(miR BS)或其反向補體之核苷酸序列。
在一些實施例中，編碼miR結合位點系列或miR結合位點之核苷酸序列位於病毒基因體之3'-UTR區(例如相對於編碼有效負載之核苷酸序列的3') (例如在polyA序列之前)，病毒基因體之5'-UTR區(例如相對於編碼有效負載之核苷酸序列的5')或兩者中。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列包含miR結合位點(miR BS)之至少1-5個拷貝，例如至少1-3、2-4、3-5、1、2、3、4、5個或更多個拷貝。在一些實施例中，所有拷貝均為相同的，例如包含相同的miR結合位點。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列內之miR結合位點為連續的且不由間隔子隔開。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列內之miR結合位點由間隔子例如非編碼序列隔開。在一些實施例中，間隔子之核苷酸長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子編碼序列或其反向補體包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列包含miR結合位點(miR BS)之至少1-5個拷貝，例如至少1-3、2-4、3-5、1、2、3、4、5個或更多個拷貝。在一些實施例中，拷貝中之至少1、2、3、4、5個或全部為不同的，例如包含不同的miR結合位點。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列內之miR結合位點為連續的且不由間隔子隔開。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列內之miR結合位點由間隔子例如非編碼序列隔開。在一些實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點與宿主細胞中之miR實質上一致(例如至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%或100%一致)。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點包含與宿主細胞中之miR的至少1、2、3、4或5個錯配或不超過6、7、8、9或10個錯配。在一些實施例中，錯配的核苷酸為連續的。在一些實施例中，錯配的核苷酸為不連續的。在一些實施例中，錯配的核苷酸發生在miR結合位點之種子區結合序列之外，諸如在miR結合位點之一端或兩端處。在一些實施例中，miR結合位點與宿主細胞中之miR 100%一致。
在一些實施例中，編碼miR結合位點之核苷酸序列與宿主細胞中之miR實質上互補(例如至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、99%或100%互補)。在一些實施例中，編碼miR結合位點之核苷酸序列的互補序列包含與宿主細胞中之miR的至少1、2、3、4或5個錯配或不超過6、7、8、9或10個錯配。在一些實施例中，錯配的核苷酸為連續的。在一些實施例中，錯配的核苷酸為不連續的。在一些實施例中，錯配的核苷酸發生在miR結合位點之種子區結合序列之外，諸如在miR結合位點之一端或兩端處。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點與宿主細胞中之miR 100%互補。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點或序列區之長度為至少約10至約125個核苷酸，例如，長度為至少約10至50個核苷酸、10至100個核苷酸、50至100個核苷酸、50至125個核苷酸或100至125個核苷酸。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點或序列區之長度為至少約7至約28個核苷酸，例如長度為至少約8-28個核苷酸、7-28個核苷酸、8-18個核苷酸、12-28個核苷酸、20-26個核苷酸、22個核苷酸、24個核苷酸或26個核苷酸，且視情況包含與miRNA之種子序列(例如miR122、miR142、miR183或miR1)互補(例如完全或部分互補)的至少一個連續區(例如7或8個核苷酸)。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點與在肝臟或肝細胞中表現之miR (諸如miR122)互補(例如完全或部分互補)。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點或經編碼之miR結合位點系列包含miR122結合位點序列。在一些實施例中，經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列ACAAACACCATTGTCACACTCCA (SEQ ID NO: 3672)，或與SEQ ID NO: 3672具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、至少95%、至少99%或100%序列一致性，或具有SEQ ID NO: 3672之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列，例如其中該修飾可導致經編碼之miR結合位點與對應miRNA之間的錯配。在一些實施例中，病毒基因體包含經編碼之miR122結合位點(例如經編碼之miR122結合位點系列)之至少2、3、4或5個拷貝，視情況其中經編碼之miR122結合位點系列包含核苷酸序列： ACAAACACCATTGTCACACTCCACACAAACACCATTGTCACACTCCACACAAACACCATTGTCACACTCCA (SEQ ID NO: 3673)，或與SEQ ID NO: 3673具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、至少95%、至少99%或100%序列一致性，或具有SEQ ID NO: 3673之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列，例如其中該修飾可導致經編碼之miR結合位點與對應miRNA之間的錯配。在一些實施例中，經編碼之miR122結合位點中之至少兩者直接連接，例如不經由間隔子。在其他實施例中，經編碼之miR122結合位點中之至少兩者由間隔子(例如長度為1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸)隔開，該間隔子位於兩個或更多個連續的經編碼之miR122結合位點序列之間。在實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子編碼序列或其反向補體包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列包含具有或不具有間隔子之miR122結合位點之至少3-5個拷貝(例如4個拷貝)，其中間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點與在心臟中表現之miR互補(例如完全或部分互補)。在實施例中，經編碼之miR結合位點或經編碼之miR結合位點系列包含miR-1結合位點。在一些實施例中，經編碼之miR-1結合位點包含核苷酸序列ATACATACTTCTTTACATTCCA (SEQ ID NO: 4679)，與SEQ ID NO: 4679具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、至少95%、至少99%或100%序列一致性，或具有SEQ ID NO: 4679之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列，例如其中該修飾可導致經編碼之miR結合位點與對應miRNA之間的錯配。在一些實施例中，病毒基因體包含經編碼之miR-1結合位點(例如經編碼之miR-1結合位點系列)之至少2、3、4或5個拷貝。在一些實施例中，經編碼之miR-1結合位點之至少2、3、4或5個拷貝(例如2或3個拷貝)為連續的(例如不由間隔子隔開)或由間隔子隔開。在一些實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子序列包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點與在造血譜系(包括免疫細胞(例如抗原呈現細胞或APC，包括樹突細胞(DC)、巨噬細胞及B淋巴球))中表現之miR互補(例如完全或部分互補)。在一些實施例中，與在造血譜系中表現之miR互補之經編碼之miR結合位點包含例如US 2018/0066279中所揭示之核苷酸序列，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文。
在實施例中，經編碼之miR結合位點或經編碼之miR結合位點系列包含miR-142-3p結合位點序列。在一些實施例中，經編碼之miR-142-3p結合位點包含核苷酸序列TCCATAAAGTAGGAAACACTACA (SEQ ID NO: 3674)，與SEQ ID NO: 4674具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、至少95%、至少99%或100%序列一致性，或具有SEQ ID NO: 4674之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列，例如其中該修飾可導致經編碼之miR結合位點與對應miRNA之間的錯配。在一些實施例中，病毒基因體包含經編碼之miR-142-3p結合位點(例如經編碼之miR-142-3p結合位點系列)之至少2、3、4或5個拷貝。在一些實施例中，經編碼之miR-142-3p結合位點之至少2、3、4或5個拷貝(例如2或3個拷貝)為連續的(例如不由間隔子隔開)或由間隔子隔開。在一些實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子序列包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點與在DRG (背根神經節)神經元中表現之miR (例如miR183、miR182及/或miR96結合位點)互補(例如完全互補或部分互補)。在一些實施例中，與在DRG神經元中表現之miR互補之經編碼之miR結合位點包含例如WO2020/132455中所揭示之核苷酸序列，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點或經編碼之miR結合位點系列包含miR183結合位點序列。在一些實施例中，經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列AGTGAATTCTACCA
GTGCCATA (SEQ ID NO: 3675)，或與SEQ ID NO: 3675具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、至少95%、至少99%或100%序列一致性，或具有SEQ ID NO: 3675之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列，例如其中該修飾可導致經編碼之miR結合位點與對應miRNA之間的錯配。在一些實施例中，與種子序列互補的序列對應於經編碼之miR-183結合位點序列之帶雙下劃線的。在一些實施例中，病毒基因體包含經編碼之miR183結合位點(例如經編碼之miR183結合位點)之至少2、3、4或5個拷貝(例如至少2或3個拷貝)。在一些實施例中，經編碼之miR183結合位點之至少2、3、4或5個拷貝(例如2或3個拷貝)為連續的(例如不由間隔子隔開)或由間隔子隔開。在一些實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，間隔子序列包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點或經編碼之miR結合位點系列包含miR182結合位點序列。在一些實施例中，經編碼之miR182結合位點包含核苷酸序列AGTGTGAGTTCTACCATTGCCAAA (SEQ ID NO: 3676)，與SEQ ID NO: 3676具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、至少95%、至少99%或100%序列一致性，或具有SEQ ID NO: 3676之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的序列，例如其中該修飾可導致經編碼之miR結合位點與對應miRNA之間的錯配。在一些實施例中，病毒基因體包含經編碼之miR182結合位點(例如經編碼之miR182結合位點系列)之至少2、3、4或5個拷貝。在一些實施例中，經編碼之miR182結合位點之至少2、3、4或5個拷貝(例如2或3個拷貝)為連續的(例如不由間隔子隔開)或由間隔子隔開。在一些實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，間隔子序列包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。
在某些實施例中，經編碼之miR結合位點或經編碼之miR結合位點系列包含miR96結合位點序列。在一些實施例中，經編碼之miR96結合位點包含核苷酸序列AGCAAAAATGTGCTAGTGCCAAA (SEQ ID NO: 3677)，與SEQ ID NO: 3677具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、至少95%、至少99%或100%序列一致性，或具有SEQ ID NO: 3677之至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的序列，例如其中該修飾可導致經編碼之miR結合位點與對應miRNA之間的錯配。在一些實施例中，病毒基因體包含經編碼之miR96結合位點(例如經編碼之miR96結合位點系列)之至少2、3、4或5個拷貝。在一些實施例中，經編碼之miR96結合位點之至少2、3、4或5個拷貝(例如2或3個拷貝)為連續的(例如不由間隔子隔開)或由間隔子隔開。在一些實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。在一些實施例中，間隔子序列包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列包含miR122結合位點、miR-1、miR142結合位點、miR183結合位點、miR182結合位點、miR96結合位點或其組合。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列包含miR122結合位點、miR142結合位點、miR183結合位點、miR182結合位點、miR96結合位點或其組合之至少2、3、4或5個拷貝。在一些實施例中，經編碼之miR結合位點中之至少兩者直接連接，例如不經由間隔子。在其他實施例中，經編碼之miR結合位點中之至少兩者由間隔子(例如長度為1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸)隔開，該間隔子位於兩個或更多個連續的經編碼之miR結合位點序列之間。在實施例中，間隔子之長度為至少約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子編碼序列或其反向補體包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列包含miR-1、miR122結合位點、miR142結合位點、miR183結合位點、miR182結合位點、miR96結合位點中之至少兩者、三者、四者、五者或全部之組合的至少2-5個拷貝(例如2或3個拷貝)，其中系列內之miR結合位點中之每一者為連續的(例如不由間隔子隔開)或由間隔子隔開。在一些實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子序列包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。
在一些實施例中，經編碼之miR結合位點系列包含miR-122結合位點及miR-1結合位點之組合的至少2-5個拷貝(例如2或3個拷貝)，其中系列內之miR結合位點中之每一者為連續的(例如不由間隔子隔開)或由間隔子隔開。在一些實施例中，間隔子之長度為約1至6個核苷酸或約5至10個核苷酸，例如約7-8個核苷酸或約8個核苷酸。在一些實施例中，間隔子序列包含(i) GGAT；(ii) CACGTG；(iii) GCATGC中之一或多者或(i)-(iii)中之一或多者的重複。在一些實施例中，間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA，或具有GATAGTTA的至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)、插入或缺失的核苷酸序列。
基因體大小
在一個實施例中，本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可包含單股或雙股病毒基因體。病毒基因體之大小可為小、中等、大或最大的大小。如上所述，病毒基因體可包含啟動子及polyA尾。
在一個實施例中，病毒基因體可為小的單股病毒基因體。小的單股病毒基因體之大小可為2.1至3.5 kb，諸如但不限於大小可為約2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4及3.5 kb。
在一個實施例中，病毒基因體可為小的雙股病毒基因體。小的雙股病毒基因體之大小可為1.3至1.7 kb，諸如但不限於大小可為約1.3、1.4、1.5、1.6及1.7 kb。
在一個實施例中，病毒基因體可為中等的單股病毒基因體。中等的單股病毒基因體之大小可為3.6至4.3 kb，諸如但不限於大小可為約3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.1、4.2及4.3 kb。
在一個實施例中，病毒基因體可為中等的雙股病毒基因體。中等的雙股病毒基因體之大小可為1.8至2.1 kb，諸如但不限於大小可為約1.8、1.9、2.0及2.1 kb。
在一個實施例中，病毒基因體可為大的單股病毒基因體。大的單股病毒基因體之大小可為4.4至6.0 kb，諸如但不限於大小可為約4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9及6.0 kb。
在一個實施例中，病毒基因體可為大的雙股病毒基因體。大的單股病毒基因體之大小可為2.2至3.0 kb，諸如但不限於大小可為約2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9及3.0 kb。
有效負載
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)包含有包含編碼有效負載之核酸的病毒基因體。在一些實施例中，經編碼之有效負載為RNAi劑或多肽。本揭露之有效負載可為但不限於肽、多肽、蛋白質、抗體、RNAi劑等。
在一些實施例中，編碼有效負載之核苷酸序列可包含編碼及非編碼核酸序列之組合。在一些實施例中，編碼有效負載之核苷酸序列可對編碼或非編碼RNA進行編碼。
在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)包含編碼有效負載之核酸。在一些實施例中，經編碼之有效負載包含治療蛋白、抗體、酶、基因體編輯系統之一或多種組分及/或RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA)。在一些實施例中，經編碼之有效負載調節，例如增加或減少例如細胞或組織中之基因、mRNA、蛋白質或其組合的存在、水準及/或活性。
多肽
在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼多肽(例如AAV蛋白殼變異體)之AAV顆粒的經編碼之有效負載包含多肽、蛋白質或肽，例如本文所描述之多肽、蛋白質或肽。編碼有效負載之核酸可編碼任何已知基因及/或其重組版本的產物。在一些實施例中，編碼有效負載之核酸可編碼載脂蛋白E (APOE) (諸如但不限於ApoE2、ApoE3及/或ApoE4)之至少一個等位基因。在一個實施例中，編碼有效負載之核酸編碼ApoE2 (cys112、cys158)蛋白或其片段或變異體。在一個實施例中，編碼有效負載之核酸編碼ApoE3 (cys112、arg158)蛋白或其片段或變異體。在一個實施例中，編碼有效負載之核酸編碼ApoE4 (arg112、arg158)。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含芳族L-胺基酸去羧酶(AADC)蛋白。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含抗體或其片段。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含人類運動神經元存活因子(SMN) 1或SMN2蛋白，或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載區包含葡萄糖腦苷酶(GBA1)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含顆粒蛋白前驅物或前顆粒蛋白(GRN)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含天冬胺酸醯胺酶(ASPA)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含三肽基肽酶I (CLN2)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含β-半乳糖苷酶(GLB1)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含N-磺基葡萄糖胺磺基水解酶(SGSH)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含N-乙醯基-α-葡萄胺糖苷酶(NAGLU)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含艾杜糖醛酸2-硫酸酯酶(IDS)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含細胞內膽固醇轉運體(NPC1)蛋白或其片段或變異體。作為另一非限制性實例，經編碼之有效負載包含巨軸索蛋白(GAN)蛋白或其片段或變異體。編碼本文所描述之多肽的AAV病毒基因體可用於人類疾病、病毒、感染獸醫學應用之領域以及各種
活體內及
活體外環境中。
由本文所描述之病毒基因體編碼的有效負載多肽之胺基酸序列可轉譯為整個多肽、複數個多肽或多肽片段，該等多肽可獨立地由一或多種核酸、核酸片段或前述中之任一者之變異體編碼。
抗體及抗體結合片段
在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒的經編碼之有效負載包含抗體或抗體結合片段。在一些實施例中，抗體可為全抗體、其片段或任何功能變異體。作為非限制性實例，抗體可為天然抗體(例如具有兩個重鏈及兩個輕鏈)、重鏈可變區、輕鏈可變區、重鏈恆定區、輕鏈恆定區、Fab、Fab'、F(ab')
2、Fv或scFv片段、雙功能抗體、線性抗體、單鏈抗體、多特異性抗體、細胞內抗體、一或多個重鏈互補決定區(CDR)、一或多個輕鏈CDR、雙特異性抗體、單株抗體、多株抗體、人源化抗體、抗體模擬物、抗體變異體、小型化抗體、一體抗體、最大抗體及/或嵌合抗原受體。經編碼之抗體或抗體結合片段可用於治療神經疾病、神經退化性病症、肌肉疾病、神經肌肉病症、神經腫瘤學病症或與中樞及/或周邊神經系統相關的任何病症。
在一些實施例中，AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)之病毒基因體可包含核酸，該核酸已經工程改造以使得能夠或增強抗體或其抗體結合片段之表現。
在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒的有效負載之經編碼之抗體包含至少一種免疫球蛋白可變域序列。抗體可包括例如全長成熟抗體及抗體的抗原結合片段。舉例而言，抗體可包括重(H)鏈可變域序列(VH)及輕(L)鏈可變域序列(VL)。在另一實例中，抗體包括兩個重(H)鏈可變域序列及兩個輕(L)鏈可變域序列，從而形成兩個抗原結合位點，諸如Fab、Fab’、F(ab’)2、Fc、Fd、Fd’、Fv、單鏈抗體(例如scFv)、單可變域抗體、雙功能抗體(Dab) (二價及雙特異性)及嵌合(例如人源化)抗體，該等抗體可藉由修飾全抗體或使用重組DNA技術從頭合成的抗體產生。此等功能抗體片段(例如抗體結合片段)保留了與其各別抗原或受體選擇性結合的能力。
在一些實施例中，抗體結合片段包含完整抗體或其重組變異體之至少一部分，且係指足以使抗體片段識別且特異性結合靶標諸如抗原的抗原結合域，例如完整抗體之抗原決定可變區。抗原結合片段之實例包括：(i) Fab片段，一種由VL、VH、CL及CH1域組成之一價片段；(ii) F(ab')2片段，一種包含在鉸鏈區處藉由雙硫橋連接之兩個Fab片段的二價片段；(iii)由VH及CH1域組成之Fd片段；(iv)由抗體單臂的VL及VH域組成的Fv片段；(v)由VH域組成的雙功能抗體(dAb)片段；(vi)駱駝科或駱駝化可變域；(vii)單鏈Fv (scFv)，參見例如Bird等人. (1988) Science 242:423-426；及Huston等人. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883)；以及(viii)單域抗體。此等抗體片段係使用熟習此項技術者已知的習知技術獲得的，且以與完整抗體相同的方式篩選片段的實用性。抗體片段亦可摻入單域抗體、最大抗體、微型抗體、奈米抗體、細胞內抗體、雙功能抗體、三功能抗體、四功能抗體、v-NAR及雙scFv (參見例如Hollinger及Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136, 2005)。
在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒之有效負載的經編碼之抗體包含多特異性抗體，例如其包含複數個免疫球蛋白可變域序列，其中該複數個的第一免疫球蛋白可變域序列對第一抗原決定基具有結合特異性，而該複數個的第二免疫球蛋白可變域序列對第二抗原決定基具有結合特異性。在一些實施例中，第一及第二抗原決定基位於同一抗原(例如同一蛋白質(或多聚體蛋白質之次單元))上。在一些實施例中，第一及第二抗原決定基重疊。在一些實施例中，第一及第二抗原決定基並不重疊。在一些實施例中，第一及第二抗原決定基位於不同的抗原(例如不同的蛋白質(或多聚體蛋白質的不同次單元))上。在一些實施例中，多特異性抗體包含第三、第四或第五免疫球蛋白可變域。在一些實施例中，多特異性抗體為雙特異性抗體、三特異性抗體或四特異性抗體。
在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒之有效負載的經編碼之多特異性抗體為經編碼之雙特異性抗體。雙特異性抗體對不超過兩種抗原具有特異性。雙特異性抗體之特徵在於對第一抗原決定基具有結合特異性的第一免疫球蛋白可變域序列及對第二抗原決定基具有結合特異性的第二免疫球蛋白可變域序列。在一些實施例中，第一及第二抗原決定基位於同一抗原(例如同一蛋白質(或多聚體蛋白質之次單元))上。在一些實施例中，第一及第二抗原決定基重疊。在一些實施例中，第一及第二抗原決定基並不重疊。在一些實施例中，第一及第二抗原決定基位於不同的抗原(例如不同的蛋白質(或多聚體蛋白質的不同次單元))上。
由本文所描述之AAV顆粒之病毒基因體編碼的抗體或抗體結合片段可為但不限於與β-澱粉樣蛋白、APOE、tau、SOD1、TDP-43、杭丁頓蛋白及/或突觸核蛋白結合的抗體或抗體片段。在一些實施例中，經編碼之有效負載包含與神經腫瘤學相關靶標(例如HER2、EGFR(例如EGFRvIII))結合的抗體或抗體片段。在一些實施例中，經編碼之有效負載包含與HER2/neu結合的抗體。在一些實施例中，經編碼之有效負載包含與β-澱粉樣蛋白結合的抗體。在一些實施例中，經編碼之有效負載包含與tau結合的抗體。
基因編輯系統
在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒的經編碼之有效負載包含基因編輯系統或其一或多種組分。在一些實施例中，基因編輯系統包含編碼蛋白質的核酸序列，該等蛋白質具有酶活性以(i)在DNA或RNA序列中選擇性誘導雙股或單股斷裂，或(ii)在DNA或RNA中不存在雙股或單股斷裂之情況下取代、插入或缺失DNA或RNA序列之特定鹼基或一組鹼基。在一些實施例中，基因編輯系統包括但不限於CRISPR-Cas系統(包括不同的Cas或Cas相關核酸酶)、鋅指核酸酶、巨核酸酶、TALEN或鹼基編輯器。在一些實施例中，基因編輯系統包含例如在不存在外源核酸酶或酶實體之情況下由細小病毒載體引入之轉殖基因的染色體整合。
RNAi 劑
在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒的經編碼之有效負載包含RNAi劑，例如本文所描述之RNAi劑。在一些實施例中，包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒的病毒基因體的經編碼之有效負載包含RNAi劑，該RNAi諸如但不限於dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA。在一些實施例中，經編碼之有效負載包含RNAi劑以用於抑制SOD1、MAPT、APOE、HTT、C9ORF72、TDP-43、APP、BACE、SNCA、ATXN1、ATXN3、ATXN7、SCN1A-SCN5A或SCN8A-SCN11A基因、蛋白質及/或mRNA的表現。在一些實施例中，由本文所描述之病毒基因體編碼之RNAi劑抑制SOD1、MAPT、APOE、HTT、C9ORF72、TDP-43、APP、BACE、SNCA、ATXN1、ATXN3、ATXN7、SCN1A-SCN5A或SCN8A-SCN11A。
包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒可包含編碼RNAi劑之病毒基因體，該RNAi劑靶向基因的mRNA以調節，例如干擾基因表現及/或蛋白質產生。
在一些實施例中，RNAi劑可在基因之核苷酸序列內的單核苷酸多型性(SNP)或變異體的位置處靶向基因。
RNAi劑可為siRNA雙螺旋體，其中siRNA雙螺旋體含有雜交在一起以形成雙螺旋結構之反義股(引導股)及有義股(過客股)，其中反義股與靶基因之核酸序列互補，且其中有義股與靶基因之核酸序列同源。在一些態樣中，反義股之5’末端具有5’磷酸基團，而有義股之3’末端含有3’羥基。在其他態樣中，在各股之3'末端處不存在、存在一個或2個核苷酸突出。
靶向目標基因之siRNA雙螺旋體的各股之長度可為約19至25、19至24或19至21個核苷酸，較佳長度為約19個核苷酸、20個核苷酸、21個核苷酸、22個核苷酸、23個核苷酸、24個核苷酸或25個核苷酸。
在一個實施例中，siRNA或dsRNA包括至少兩個彼此互補的序列。dsRNA包括具有第一序列之有義股及具有第二序列之反義股。反義股包括一個核苷酸序列，該序列與編碼靶基因之mRNA的至少一部分實質上互補，且互補區之長度為30個核苷酸或更少且至少為15個核苷酸。大體上，dsRNA之長度為19至25、19至24或19至21個核苷酸。在一些實施例中，dsRNA之長度為約15至約25個核苷酸，而在其他實施例中，dsRNA之長度為約25至約30個核苷酸。在一些實施例中，dsRNA之長度為約15個核苷酸、長度為16個核苷酸、長度為17個核苷酸、長度為18個核苷酸、19個核苷酸、20個核苷酸、21個核苷酸、22個核苷酸、23個核苷酸、24個核苷酸、長度為25個核苷酸、長度為26個核苷酸、長度為27個核苷酸、長度為28個核苷酸、長度為29個核苷酸或長度為30個核苷酸。
在一些實施例中，經編碼之RNAi劑為siRNA。
在一些實施例中，諸如當藉由此項技術中已知的技術檢定時，RNAi劑(例如本文所描述之RNAi劑)將基因、mRNA及/或蛋白質之表現抑制至少10%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%或至少40%或更多。在一些實施例中，RNAi劑將基因、mRNA及蛋白質之表現抑制50%-100%，例如30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%及100%。
在一些實施例中，向有需要治療及/或改善疾病(例如神經病症或與中樞或周邊神經系統相關的任何疾病)的個體投與本文所描述的包含編碼靶向目標基因之RNAi劑的病毒基因體的AAV顆粒。
siRNA 之設計
本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)可包含編碼siRNA分子(例如siRNA雙螺旋體或經編碼之dsRNA)的病毒基因體，該siRNA分子靶向目標基因且遏制靶基因表現、mRNA表現及蛋白質產生。在一些態樣中，siRNA分子經設計且用於剔除細胞中之靶基因變異體，例如在神經疾病中鑑別之轉錄本。在一些態樣中，siRNA分子經設計且用於減弱細胞中之靶基因變異體。
此項技術中已經提出了一些設計siRNA (用於插入本文所描述之AAV顆粒的病毒基因體中)之指南。此等指南通常建議生成靶向待靜默基因中之區域之19個核苷酸雙螺旋區、對稱的2-3個核苷酸3'突出、5-磷酸及3-羥基基團。可控制siRNA序列偏好之其他規則包括但不限於(i)反義股5'末端處之A/U；(ii)有義股5'末端處之G/C；(iii)反義股之5'端三分之一中之至少五個A/U殘基；以及(iv)不存在長度超過9個核苷酸之任何GC段。根據此類考慮，可容易地設計出遏制哺乳動物靶基因表現所必需的高效siRNA分子以及靶基因之特定序列。
在一個實施例中，有義及/或反義股係基於歐洲專利公開案第EP1752536號中所概述之方法及規則設計的，該公開案之內容以全文引用之方式併入本文。作為非限制性實例，序列之3'端鹼基為腺嘌呤、胸腺嘧啶或尿嘧啶。作為非限制性實例，序列之5'端鹼基為鳥嘌呤或胞嘧啶。作為非限制性實例，3'端序列包含富含腺嘌呤、胸腺嘧啶及尿嘧啶之一或多個鹼基的七個鹼基。
在一個實施例中，siRNA分子包含有義股及互補反義股，其中兩股雜交在一起以形成雙螺旋結構。反義股與靶mRNA序列具有足夠的互補性，以指導靶標特異性RNAi，例如siRNA分子具有足以藉由RNAi機制或過程觸發對靶mRNA的破壞的序列。
在一些實施例中，反義股及靶mRNA序列具有100%互補性。反義股可與靶mRNA序列之任何部分互補。有義序列之一致性抑或反義序列之同源性均不需要與靶標100%互補。
在其他實施例中，反義股及靶mRNA序列包含至少一個錯配。作為非限制性實例，反義股及靶mRNA序列具有至少50-90%、50-95%、50-99%、60-70%、60-80%、60-90%、60-95%、60-99%、70-80%、70-90%、70-95%、70-99%、80-90%、80-95%、80-99%、90-95%、90-99%或95-99%互補性。
siRNA分子可具有約10-50個或更多個核苷酸之長度，例如各股包含10-50個核苷酸(或核苷酸類似物)。較佳地，siRNA分子股之長度在各股中為約15-30，例如15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個核苷酸，其中一股與靶區域充分互補。在一個實施例中，siRNA分子之長度為約19至25、19至24或19至21個核苷酸。
在一些實施例中，siRNA分子可為合成的RNA雙螺旋體，其包含約19個核苷酸至約25個核苷酸以及3'末端處之兩個突出核苷酸。
siRNA分子可包含反義序列及有義序列，或其片段或變異體。作為非限制性實例，反義序列及有義序列具有至少50-90%、50-95%、50-99%、60-70%、60-80%、60-90%、60-95%、60-99%、70-80%、70-90%、70-95%、70-99%、80-90%、80-95%、80-99%、90-95%、90-99%或95-99%互補性。
有義及反義序列可在其長度之實質部分內完全互補。在其他實施例中，有義序列及反義序列可在獨立地股長度之至少50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%或99%內70%、80%、90%、95%或99%互補。
在一些實施例中，siRNA雙螺旋體之有義股及反義股係藉由短間隔序列連接，導致稱為短髮夾RNA (shRNA)之莖環結構的表現。髮夾係由切丁酶識別且裂解，從而產生成熟的siRNA分子。
在一些實施例中，siRNA分子以及相關的間隔子及/或側接區一旦經設計，即可由本文所描述之AAV顆粒的病毒基因體編碼，以遞送至細胞。
分子骨架
在一些實施例中，siRNA分子可在調節性多核苷酸中經編碼，該多核苷酸亦包含分子骨架。
在一些實施例中，包含有效負載(例如siRNA、miRNA或本文所描述之其他RNAi劑)之調節性多核苷酸包括分子骨架，其包含5’側接序列、環區及/或3’側接區。在一些實施例中，5'或3'側接區可具有任意長度且可為野生型微小RNA序列或其一部分，或可為完全人工的。3'側接序列可能在大小及起源上與5'側接序列相似。任一側接序列可能不存在。在一個實施例中，5'及3'側接序列均不存在。3'側接序列可視情況含有一或多個CNNC模體，其中「N」代表任何核苷酸。在一些實施例中，環包含至少一個UGUG模體。在一些實施例中，UGUG模體位於環之5'末端處。在一些實施例中，5'及3'側接序列為相同的序列。在一些實施例中，該等側接序列在與彼此比對時相差2%、3%、4%、5%、10%、20%或30%以上。
在一些實施例中，調節性多核苷酸包含莖環結構。在一些實施例中，調節性多核苷酸以5'至3'順序包含：5'側接序列、引導股序列、環區、過客股序列及3'側接序列。在一些實施例中，調節性多核苷酸以5'至3'順序包含：5'側接序列、過客股序列、環區、引導股序列及3'側接序列。
在一個實施例中，分子骨架包含雙重功能靶向調節性多核苷酸。
在一個實施例中，分子骨架可包含此項技術中已知的一或多種連接子。連接子可將區域或一個分子骨架彼此隔開。作為非限制性實例，分子骨架可為多順反子。
在一個實施例中，調節性多核苷酸係使用以下特性中之至少一者設計：環變異體、種子錯配/凸起/搖擺變異體、莖錯配、環變異體及基底莖錯配變異體、種子錯配及基底莖錯配變異體、莖錯配及基莖錯配變異體、種子搖擺及基底莖搖擺變異體、或莖序列變異體。
AAV 產生
本文所揭示之病毒產生描述了用於產生AAV顆粒(具有經增強、經改進及/或經增加的針對靶組織之向性) (例如可用於接觸靶細胞以遞送有效負載之包含AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)之製程及方法。
在一些實施例中，本文揭示了製造本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的方法，該方法包含：(i)提供包含本文所描述之病毒基因體的宿主細胞以及(ii)在適合於將病毒基因體包封於AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體(例如表3、表4或表5中所列之AAV蛋白殼變異體))中的條件下孵育宿主細胞，從而製造AAV顆粒。在一些實施例中，該方法包含在步驟(i)之前將包含病毒基因體之第一核酸引入細胞中。在一些實施例中，宿主細胞包含編碼AAV蛋白殼變異體之第二核酸。在一些實施例中，將第二核酸分子在第一核酸分子之前、同時或之後引入宿主細胞中。在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒為經分離的AAV顆粒。在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒為重組AAV顆粒。
此項技術中已知的任何方法均可用於製備AAV顆粒。在一些實施例中，AAV顆粒係在哺乳動物細胞(例如HEK293)中產生。在另一實施例中，AAV顆粒係在昆蟲細胞(例如Sf9)中產生。
製造AAV顆粒之方法為此項技術中熟知的且在例如以下中描述：美國專利第US6204059號、第US5756283號、第US6258595號、第US6261551號、第US6270996號、第US6281010號、第US6365394號、第US6475769號、第US6482634號、第US6485966號、第US6943019號、第US6953690號、第US7022519號、第US7238526號、第US7291498號及第US7491508號、第US5064764號、第US6194191號、第US6566118號、第US8137948號或國際公開案第WO1996039530號、第WO1998010088號、第WO1999014354號、第WO1999015685號、第WO1999047691號、第WO2000055342號、第WO2000075353號及第WO2001023597號；Methods In Molecular Biology, Richard編, Humana Press, NJ (1995)；O'Reilly等人, Baculovirus Expression Vectors, A Laboratory Manual, Oxford Univ. Press (1994)；Samulski等人,
J. Vir.63:3822-8 (1989)；Kajigaya等人,
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Vir.272:382-93 (2000)；該等文獻中之每一者的內容以全文引用之方式併入本文。在一些實施例中，AAV顆粒係使用國際專利公開案WO2015191508中所描述之方法製備，該公開案之內容以全文引用之方式併入本文。
治療應用
本揭露提供了一種用於治療個體(包括人類個體)之疾病、病症及/或病狀的方法，該方法包含向個體投與本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體(例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)之AAV顆粒，或向個體投與所描述的組合物(包括本文所描述之醫藥組合物)中之任一者。
在一些實施例中，向個體防治性地投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，以預防疾病發作。在另一實施例中，投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)以治療疾病或其症狀(例如減輕疾病或其症狀之影響)。在又另一實施例中，投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)以治癒(消除)疾病。在另一實施例中，投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)以預防或減緩疾病之進展。在又另一實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)用於逆轉疾病之有害影響。疾病狀態及/或進展可藉由此項技術中已知的標準方法確定或監測。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善遺傳病症，例如體染色體顯性遺傳病症、體染色體隱性遺傳病症、X性聯顯性遺傳病症、X性聯隱性遺傳病症或Y性聯遺傳病症。在一些實施例中，遺傳病症為單基因病症或多基因病症。在一些實施例中，治療遺傳病症(例如單基因病症)包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。
在一些實施例中，本文提供了用於治療個體之神經病症及/或神經退化性病症之方法，該方法包含向個體投與有效量的本文所描述之醫藥組合物或包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，例如複數種顆粒。在一些實施例中，治療神經病症及/或神經退化性病症包含預防該神經病症及/或神經病症。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善神經疾病及/或病症。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善tau蛋白病。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)用於治療、防治、緩解或改善阿茲海默氏症。在一些實施例中，治療阿茲海默氏症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體的AAV顆粒編碼的有效負載包含ApoE2蛋白、ApoE4蛋白、ApoE3蛋白、BDNF蛋白、CYP46A1蛋白、Klotho蛋白、分形趨化因子(FKN)蛋白、腦啡肽酶蛋白(NEP)、CD74蛋白、小窩蛋白-1或其組合或變異體。在一些實施例中，治療阿茲海默氏症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)來減少tau基因及/或蛋白質、突觸核蛋白基因及/或蛋白質或其組合或變異體之表現。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體的AAV顆粒編碼的有效負載包含與tau或突觸核蛋白結合之抗體、用於抑制tau或突觸核蛋白之RNAi劑、用於改變tau或突觸核蛋白表現之基因編輯系統(例如CRISPR-Cas系統)或其組合。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)用於治療、防治、緩解或改善額顳失智症。在一些實施例中，治療額顳失智症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含前顆粒蛋白蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善弗里德希氏運動失調症(Friedreich’s ataxia)或由共濟蛋白(frataxin protein)喪失或部分喪失引起的任何疾病。在一些實施例中，治療弗里德希氏運動失調症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善帕金森氏病。在一些實施例中，治療帕金森氏病包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體的AAV顆粒編碼的有效負載包含AADC蛋白、GAD蛋白、GDNF蛋白、TH-GCH1蛋白、GBA蛋白、AIMP2-DX2蛋白或其組合或變異體。在一些實施例中，治療帕金森氏病包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因減弱療法或基因編輯療法(例如剔除、壓抑或矯正)。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含調節物(例如RNAi劑或CRISPR-Cas系統)以改變α-突觸核蛋白基因、mRNA及/或蛋白質，或其變異體之表現。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善AADC缺乏症。在一些實施例中，治療AADC缺乏症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含AADC蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善脊髓側索硬化症(ALS)。在一些實施例中，治療ALS包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體的AAV顆粒編碼的有效負載包含TDP-43蛋白、UPF1蛋白、C9orf72蛋白、CCNF蛋白、HSF1蛋白、因子H蛋白、NGF蛋白、ADAR2蛋白、GDNF蛋白、VEGF蛋白、HGF蛋白、NRTN蛋白、AIMP2-DX2蛋白或其組合或變異體。在一些實施例中，治療ALS包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因減弱療法或基因編輯療法(例如剔除、壓抑或矯正)。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含調節物(例如RNAi劑或CRISPR-Cas系統)以改變SOD1或C9ORF72基因、mRNA及/或蛋白質，或其組合或變異體之表現。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善杭丁頓氏舞蹈症。在一些實施例中，治療ALS包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因減弱(例如剔除)療法或基因編輯療法(例如剔除、壓抑或矯正)。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含調節物(例如RNAi劑或CRISPR-Cas系統)以改變HTT基因、mRNA及/或蛋白質，或其變異體之表現。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善脊髓性肌萎縮。在一些實施例中，治療脊髓性肌萎縮包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含SMN1蛋白、SMN2蛋白或其組合或變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善多系統萎縮。在一些實施例中，治療多系統萎縮包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善戈謝病(GD) (例如1型GD、2型GD或3型GD)。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善與GBA突變相關之帕金森氏病。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善路易氏體失智症(DLB)。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善腦白質失養症，例如亞歷山大病、體染色體顯性腦白質失養症伴自主神經疾病(ADLD)、腎上腺腦白質失養症(ALD)、卡納萬病、腦腱性黃色瘤病(CTX)、異染性腦白質失養症(MLD)、家族性腦中葉硬化症或雷夫敘姆病。在一些實施例中，治療MLD包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含ARSA蛋白或其變異體。在一些實施例中，治療ALD包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含ABCD-1蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善巨腦性腦白質病(MLC)。在一些實施例中，治療MLC包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含MLC1蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善克拉伯病(Krabbe disease)。在一些實施例中，治療克拉伯病包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含GALC蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善黏多糖病，例如I型(MPS I)、II型(MPS II)、IIIA型(MPS IIIA)、IIIB型(MPS IIIB)或IIIC型(MPS IIIC)。在一些實施例中，治療黏多糖病包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法或基因編輯療法(例如增強或矯正)。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體的AAV顆粒編碼或矯正的有效負載包含IDUA蛋白、IDS蛋白、SGSH蛋白、NAGLU蛋白、HGSNAT蛋白或其組合或變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善巴登氏病/NCL。在一些實施例中，治療巴登氏病/NCL包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體的AAV顆粒編碼的有效負載包含CLN1蛋白、CLN2蛋白、CLN3蛋白、CLN5蛋白、CLN6蛋白、CLN7蛋白、CLN8蛋白或其組合或變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善雷特氏症候群(Rett Syndrome)。在一些實施例中，治療雷特氏症候群包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含MeCP2蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善安格爾曼氏症候群。在一些實施例中，治療安格爾曼氏症候群包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含UBE3A蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善脆弱X染色體症候群。在一些實施例中，治療脆弱X染色體症候群包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含Reelin蛋白、DgkK蛋白、FMR1蛋白或其組合或變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善卡納萬病。在一些實施例中，治療卡納萬病包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含ASPA蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善神經節苷脂症，例如GM1神經節苷脂症或GM2神經節苷脂症(例如泰-薩二氏山多夫病(Tay Sachs Sandhoff))。在一些實施方案中，治療神經節苷脂症(例如GM1神經節苷脂症或GM2神經節苷脂症(例如泰-薩二氏山多夫病))包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含GLB1蛋白、HEXA蛋白、HEXB蛋白、GM2A蛋白或其組合或變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善GM3合成酶缺乏症。在一些實施例中，治療GM3合成酶缺乏症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含ST3GAL5蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善尼曼匹克症(Niemann-Pick disorder)，例如尼曼匹克A或尼曼匹克C1 (NPC-1)。在一些實施例中，治療尼曼匹克症(例如尼曼匹克A或尼曼匹克C1 (NPC-1))包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含ASM蛋白、NPC1蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善神經鞘瘤(例如神經瘤)。在一些實施例中，治療神經鞘瘤(例如神經瘤)包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含凋亡蛋白酶-1蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善結節性硬化症，例如1型結節性硬化症或2型結節性硬化症。在一些實施例中，治療結節性硬化症(例如1型結節性硬化症或2型結節性硬化症)包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含TSC1蛋白、TSC2蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善CDKL5缺乏症。在一些實施例中，治療CDKL5缺乏症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含CDKL5蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善夏馬杜三氏症(Charcot-Marie-Tooth disorder)，例如1X型夏馬杜三氏(CMT1X)症、2A型夏馬杜三氏(CMT2A)症或4J型夏馬杜三氏(CMT4J)症。在一些實施例中，治療夏馬杜三氏症(例如1X型夏馬杜三氏(CMT1X)症、2A型夏馬杜三氏(CMT2A)症或4J型夏馬杜三氏(CMT4J)症)包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含GJB1蛋白、MFN2蛋白、FIG4蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善天門冬葡萄糖胺尿症(AGU)。在一些實施例中，治療AGU包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含AGA蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善利伊症候群(Leigh Syndrome)。在一些實施例中，治療利伊症候群包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含SURF1蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善癲癇症。在一些實施例中，治療癲癇症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體的AAV顆粒編碼的有效負載包含NPY/Y2蛋白、甘丙胺素蛋白、強啡肽蛋白、AIMP2-DX2蛋白、SLC6A1蛋白、SLC13A5蛋白、KCNQ2蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善卓飛症候群。在一些實施例中，治療卓飛症候群包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含SCN1a蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善杜興氏肌肉失養症(DMD)。在一些實施例中，治療DMD包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法或增強(例如外顯子跳過之矯正)，或基因編輯療法(例如增強或矯正)。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼或矯正的有效負載包含肌肉萎縮蛋白基因及/或蛋白質、肌營養相關蛋白基因及/或蛋白質、或GALGT2基因及/或蛋白質、或濾泡抑素基因及/或蛋白質，或其組合或變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善龐貝症(Pompe Disease)。在一些實施例中，治療龐貝症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體之AAV顆粒編碼的有效負載包含GAA蛋白或其變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善肢帶肌肉失養症(LGMD2A)。在一些實施例中，治療LGMD2A包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。在一些實施例中，由包含本文所描述之蛋白殼變異體的AAV顆粒編碼的有效負載包含CAPN-3蛋白、DYSF蛋白、SGCG蛋白、SGCA蛋白、SGCB蛋白、FKRP蛋白、ANO5蛋白或其組合或變異體。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善慢性或神經性病變疼痛。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善與中樞神經系統相關之疾病。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善與周邊神經系統相關之疾病。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善個體之神經腫瘤學病症。在一些實施例中，治療神經腫瘤學病症包含預防該神經腫瘤學病症。在一些實施例中，神經腫瘤學病症包含原發性CNS起源(例如CNS細胞、組織或區域)之癌症，或CNS細胞、組織或區域中之轉移性癌症。原發性CNS癌症之實例可為神經膠瘤(其可包括神經膠質母細胞瘤(亦稱為多形性神經膠質母細胞瘤)、星狀細胞瘤、寡樹突神經膠質細胞瘤及室管膜瘤以及混合性神經膠瘤)、腦脊髓膜瘤、神經管胚細胞瘤、神經瘤及原發性CNS淋巴瘤(在腦、脊髓或腦膜中)等。轉移性癌症之實例包括起源於另一組織或器官之癌症，例如乳癌、肺癌、淋巴瘤、白血病、黑素瘤(皮膚癌)、結腸癌、腎癌、前列腺癌或轉移至腦之其他類型。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善與HER2之表現相關的疾病，例如與HER2過表現相關之疾病。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善HER2陽性癌。在一些實施例中，HER2陽性癌為HER2陽性實性瘤。另外或替代地，HER2陽性癌可為局部晚期或轉移性HER2陽性癌。在一些情況下，HER2陽性癌為HER2陽性乳癌或HER2陽性胃癌。在一些實施例中，HER2陽性癌選自由以下組成之群：HER2陽性胃食管交界癌、HER2陽性大腸直腸癌、HER2陽性肺癌(例如HER2陽性非小細胞肺癌)、HER2陽性胰臟癌、HER2陽性大腸直腸癌、HER2陽性膀胱癌、HER2陽性唾腺管癌、HER2陽性卵巢癌(例如HER2陽性上皮性卵巢癌)或HER2陽性子宮內膜癌。在一些情況下，HER2陽性癌為前列腺癌。在一些實施例中，HER2陽性癌已轉移至中樞神經系統(CNS)。在一些情況下，轉移的HER2癌已經形成CNS腫瘤。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善個體之肌肉病症及/或神經肌肉病症。在一些實施例中，治療肌肉病症及/或神經肌肉病症包含預防該肌肉病症及/或神經肌肉病症。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善個體之心臟病(cardiac disease/heart disease)及/或適用於改善(例如增強)個體之心臟功能之方法。在一些實施例中，心臟病為心肌病變(例如致心律不整性右心室心肌病變、擴張性心肌病變或肥厚性心肌病變)、鬱血性心衰竭、心搏過速(例如兒茶酚胺多形性心室性心搏過速)、缺血性心臟病及/或心肌梗塞。在一些實施例中，心臟病為與LAMP2B、MYBPC3、TNNI3、LMNA、BAG3、DWORF、PKP2、Cx43、TAZ、CASQ2、SERCA2a、I-1c、S100A1及/或ARC、S100A1、ASCL1、miR133、Mydelta3、Sav或其組合或變異體之表現(例如異常表現)相關的疾病。在一些實施例中，治療本文所描述之心臟病症包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。
在一些實施例中，心臟病為遺傳病症，例如體染色體顯性遺傳病症、體染色體隱性遺傳病症或X性聯隱性遺傳病症。在一些實施例中，心肌病變為遺傳病症，例如與選自TTN、LMNA、MYH7、MYH6、SCN5A、TNNT2、RBM20、TNNI3、MYL2、MYL3、PKP2、DSP、DSG2、DSC2、JUP或其組合之基因中之異常(例如突變、插入、重排及/或缺失)相關的遺傳病症。在一些實施例中，心臟病症為擴張性心肌病變，例如與選自TTN、LMNA、MIH7、BAG3、MIPN、TNNT2、SCN5A、RBN20、TNPO、LAMA4、VCL、LDB3、TCAP、PSEN1/2、ACTN2、CRYAB、TPM1、ABCC9、ACTC1、PDLIM3、ILK、TNNC1、TNNI3、PLN、DES、SGCD、CSRP3、MIH6、EYA4、ANKRD1、DMD、GATAD1、TAZ/G4.5或其組合之基因中之異常(例如突變、插入、重排及/或缺失)相關的擴張性心肌病變。在一些實施例中，心臟病症為肥厚性心肌病變，例如與選自MYH7、TNNT2、TNNI3、TPM1、MYL2、MYL3、ACTC1、CSRP3、TTN、ACTN2、MYH6、TCAP、TNNC1或其組合之基因中之異常(例如突變、插入、重排及/或缺失)相關的肥厚性心肌病變。在一些實施例中，心臟病症為致心律不整性心室心肌病變，例如與選自PKP2、DSG2、DSP、RYR2、DSC2、TGFB3、TMEM43、DES、TTN、LMNA或其組合之基因中之異常(例如突變、插入、重排及/或缺失)相關的致心律不整性心室心肌病變。
在一些實施例中，向患有本文所描述之疾病或症狀中之至少一者的個體投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。在一些實施例中，向患有或經診斷患有本文所描述之疾病或病症之個體投與本揭露之AAV顆粒。
可用本揭露之AAV顆粒或其醫藥組合物治療任何神經疾病或病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症及/或神經腫瘤學病症，該等疾病或病症包括但不限於透明隔缺乏、酸性脂肪酶病、酸性麥芽糖酶缺乏症、獲得性癲癇失語症、急性瀰漫性腦脊髓炎、注意力不足過動症(ADHD)、艾迪氏瞳(Adie's Pupil)、艾迪氏症候群、腎上腺腦白質失養症、胼胝體發育不全、失認症、艾卡迪症候群(Aicardi Syndrome)、艾卡迪-古蒂埃症候群病症(Aicardi-Goutieres Syndrome Disorder)、AIDS-神經併發症、亞歷山大病、阿爾帕特氏病(Alpers' Disease)、交替性半身不遂、阿茲海默氏症、脊髓側索硬化症(ALS)、無腦、動脈瘤、安格爾曼氏症候群、血管瘤病、缺氧症、抗磷脂質症候群、失語症、運用失能症、蜘蛛膜囊腫、蛛網膜炎、阿諾德-希阿里畸形(Arnold-Chiari Malformation)、動靜脈畸形、亞斯伯格症候群(Asperger Syndrome)、運動失調、運動失調毛細血管擴張症、運動失調及小腦或脊髓小腦性退化、心房震顫及中風、注意力缺陷過動症、泛自閉症障礙、自主神經機能異常、背痛、巴爾特症候群(Barth Syndrome)、巴登氏病、貝克爾氏肌強直、貝雪氏病(Bechet’ s Disease)、伯耳氏癱(Bell's Palsy)、良性自發性瞼痙攣、良性局部肌萎縮、良性顱內高血壓、伯羅二氏症候群(Bernhardt-Roth Syndrome)、賓斯旺格氏病(Binswanger's Disease)、瞼痙攣、布洛赫-蘇茲貝格症候群(Bloch-Sulzberger Syndrome)、臂神經叢出生損傷、臂神經叢損傷、布拉德伯里-埃格爾斯頓症候群(Bradbury-Eggleston Syndrome)、腦及脊髓腫瘤、腦動脈瘤、腦損傷、布朗-塞加爾症候群(Brown-Sequard Syndrome)、延髓性癱瘓、延髓脊肌肉萎縮、大腦體染色體顯性動脈瘤伴皮質下梗塞及腦白質病(CADASIL)、卡納萬病、腕隧道症候群、灼痛、海綿狀瘤、海綿狀血管瘤、海綿狀畸形、中樞頸髓症候群、中樞脊髓症候群、中樞疼痛症候群、橋腦中央髓鞘溶解症、頭部病症、神經醯胺酶缺乏症、小腦退化、小腦發育不全、腦動脈瘤、腦動脈硬化、腦萎縮、腦型腳氣病、腦型海綿狀畸形、大腦巨大畸形、大腦缺氧、腦性麻痺、大腦-眼睛-面部-骨骼症候群(COFS)、夏馬杜三氏病、嘉里畸形(Chiari Malformation)、膽固醇酯貯積病、舞蹈症、舞蹈症-棘細胞增殖、慢性發炎脫髓鞘性多發神經病變(CIDP)、慢性正坐性不耐症、慢性疼痛、II型科凱恩氏症候群、科芬-勞里症候群、側腦室枕角擴大畸形、昏迷、複雜性區域疼痛症候群、同心圓性硬化(巴洛氏硬化(Baló's sclerosis))、先天性兩側面癱、先天性肌無力、先天性肌病變、先天性血管海綿狀畸形、皮質基底退化、顱動脈炎、顱縫線封閉過早、克里腦炎(Cree encephalitis)、庫賈氏病(Creutzfeldt-Jakob Disease)、慢性進行性外眼肌麻痹、累積外傷混亂、庫欣氏症候群(Cushing's Syndrome)、細胞肥大包涵體病、細胞巨大病毒感染、舞眼舞足症候群、丹迪-沃克症候群(Dandy-Walker Syndrome)、道森病、德莫西氏症候群(De Morsier's Syndrome)、代-克二氏麻痺(Dejerine-Klumpke Palsy)、失智症、多發性梗塞失智症、語義性失智症、皮質下失智症、路易氏體失智症、脫髓鞘病、齒狀小腦運動失調、牙底萎縮、皮肌炎、發展性運動障礙、德維克氏症候群(Devic's Syndrome)、糖尿病性神經病變、彌漫性硬化、遠端遺傳性運動神經病變、卓飛症候群、自主神經障礙、書寫障礙、閱讀障礙、吞嚥困難、運動障礙、共濟不能小腦肌陣攣、進行性小腦共濟不能、緊張不足、早期嬰兒癲癇性腦病變、空蝶鞍症候群、腦炎、昏睡性腦炎、腦膨出、腦脊髓炎、腦病變、腦病變(家族性嬰幼期)、大腦三叉神經性血管瘤病、癲癇、癲癎性半身不遂、發作性運動失調、Erb氏麻痺、Erb-Duchenne二氏及Dejerine-Klumpke二氏麻痺、自發性震顫、橋腦外髓鞘溶解症、Faber氏病、Fabry氏病、Fahr氏症候群、昏厥、家族性自主神經障礙、家族性血管瘤、家族性自發性基底神經節鈣化、家族性週期性癱瘓、家族性痙攣性麻痹、Farber氏病、熱性癲癇、纖維肌性發育不全、費雪症候群(Fisher Syndrome)、嬰兒鬆弛症候群、足垂症、弗里德希氏運動失調症、額顳葉失智症、戈謝病、廣義神經節苷脂病(GM1、GM2)、Gerstmann氏症候群、Gerstmann-Straussler-Scheinker三氏病、巨軸索神經病變、巨細胞動脈炎、巨細胞包涵體病、球狀細胞腦白質失養症、舌咽神經痛、肝醣儲積症、格巴二氏症候群(Guillain-Barré Syndrome)、Hallervorden-Spatz二氏病、頭部損傷、頭痛、連續偏頭痛、半面痙攣、交替性半身不遂、遺傳性神經病變、遺傳性痙攣性截癱、多神經炎型遺傳性運動失調、帶狀泡疹、耳部帶狀泡疹、平山症候群(Hirayama Syndrome)、Holmes-Adie二氏症候群、前腦無裂畸形、HTLV-1相關脊髓病變、休斯症候群(Hughes Syndrome)、杭丁頓氏舞蹈症、Hurler症候群、腦內積水、水腦症、常壓性水腦症、脊髓積水、高皮質醇症、嗜睡症、張力過度、低張症、缺氧症、免疫介導的腦脊髓炎、包涵體肌炎、色素失禁症、嬰兒低張症、嬰兒神經軸突退化、嬰兒植烷酸貯積病、嬰兒雷夫敘姆病、嬰兒痙攣、發炎性肌病變、枕骨裂腦露畸形、腸性脂質失養症、顱內囊腫、顱內高壓、艾薩克斯症候群(Isaacs' Syndrome)、朱伯特症候群(Joubert Syndrome)、Kearns-Sayre二氏症候群、Kennedy氏症候群、Kinsbourne症候群、Kleine-Levin二氏症候群、Klippel-Feil二氏症候群、Klippel-Trenaunay二氏症候群(KTS)、Klüver-Bucy二氏症候群、Korsakoff氏健忘症候群、Krabbe氏病、Kugelberg-Welander二氏病、庫魯病、Lambert-Eaton二氏肌無力症候群、Landau-Kleffner二氏症候群、股外側皮膚神經壓迫、外側延髓症候群、學習障礙、利伊氏病、Lennox-Gastaut二氏症候群、Lesch-Nyhan二氏症候群、腦白質失養症、Levine-Critchley二氏症候群、路易體失智症、Lichtheim氏病、儲脂症、類脂質蛋白沉積症、平腦畸形、閉鎖症候群、Lou Gehrig氏病、狼瘡-神經後遺症、萊姆病-神經併發症、溶體儲積症、Machado-Joseph二氏病、巨腦畸形、巨頭畸形、Melkersson-Rosenthal二氏症候群、腦膜炎、腦膜炎及腦炎、Menkes氏病、感覺異常性股痛、異染性腦白質失養症、小頭畸形、偏頭痛、Miller-Fisher二氏症候群、小中風、粒線體異常引發之肌肉病變、粒線體DNA缺乏症候群、Moebius症候群、單體肌萎縮、Morvan症候群、運動神經元疾病、毛毛樣血管疾病、黏脂貯積病、黏多糖貯積病、多發性梗塞失智症、多灶性運動神經病變、多發性硬化症、多系統萎縮、多系統萎縮伴起立性低血壓、肌肉萎縮症、先天性肌無力、重症肌無力、髓鞘裂解性瀰漫性硬化症、脊髓炎、嬰兒肌痙攣腦病變、肌陣攣、肌陣攣性癲癇、肌病變、先天性肌病變、甲狀腺機能亢進性肌病變、肌強直、先天性肌僵直、嗜睡症、NARP (神經病變、運動失調及色素性視網膜炎)、神經棘細胞增多症、伴有腦鐵積聚之神經退化、神經退化性疾病、神經纖維瘤病、抗精神病藥惡性綜合症候群、AIDS的神經併發症、萊姆病的神經併發症、巨細胞病毒感染的神經後果、龐貝病的神經表現、狼瘡的神經後遺症、視神經脊髓炎、神經性肌強直、神經元蠟狀脂褐質症、神經元遷移病症、神經性病變疼痛、遺傳性神經病變、神經病變、神經類肉瘤病、神經系梅毒、神經毒性、海綿狀痣、尼曼-匹克二氏病、O'Sullivan-McLeod二氏症候群、枕骨神經痛、Ohtahara症候群、橄欖體橋腦小腦萎縮、視性肌陣攣、起立性低血壓、過度使用症候群、慢性疼痛、泛酸激酶相關神經退化、伴腫瘤症候群、感覺異常、帕金森氏症、陣發性舞蹈指痙病、陣發性偏頭痛、Parry-Romberg氏病、家族性腦中葉硬化症、II型Pena-Shokeir症候群、神經周圍囊腫、腓骨肌萎縮、週期性癱瘓、周邊神經病變、腦室周圍白質軟化症、持續性植物狀態、廣泛性發展障礙、植烷酸貯積病、匹克症、神經擠壓、梨狀症候群、腦垂腺腫瘤、多發性肌炎、龐貝病、孔洞腦、小兒麻痹症後症候群、疱疹後神經痛、感染後腦脊髓炎、姿勢性低血壓症、姿勢性直立心搏過速症候群、姿勢性心搏過速症候群、原發性牙本質萎縮、原發性側索硬化症、原發進行性失語症、普里昂疾病(Prion Disease)、進行性延髓性癱瘓、進行性半面萎縮、進行性運動性運動失調、進行性多灶性腦白質病、進行性肌肉萎縮、進展性硬化性脊髓灰質炎、進行性核上神經麻痺症、臉孔失認症、假延髓性癱瘓、假Torch症候群、假弓蟲病症候群、腦假瘤、心因性運動、Ramsay-Hunt症候群I、Ramsay-Hunt症候群II、Rasmussen氏腦炎、反射性交感神經失養症症候群、雷夫敘姆病、嬰兒雷夫敘姆病、重複性運動障礙、重複性應激損傷、不寧腿症候群、反轉錄病毒相關脊髓病變、Rett症候群、Reye氏症候群、風濕性腦炎、Riley-Day二氏症候群、薦神經根囊腫、聖維特斯舞蹈病(Saint Vitus Dance)、唾液腺疾病、山多夫病(Sandhoff Disease)、希爾德氏病(Schilder's Disease)、裂腦症、Seitelberger病、癲癇病症、語義性失智症、腦室中隔缺損合併視神經發育不全、嬰兒嚴重肌痙攣癲癇症(SMEI)、嬰兒搖晃症候群、帶狀疱疹、Shy-Drager症候群、Sjögren氏症候群、睡眠呼吸中止、睡眠病、Sotos症候群、肌肉僵直、脊柱裂、脊髓梗塞、脊髓損傷、脊髓腫瘤、脊髓性肌肉萎縮、脊髓小腦性運動失調、脊髓小腦性萎縮、脊髓小腦性退化、偶發運動失調、Steele-Richardson-Olszewski三氏症候群、僵體症候群、紋狀黑質退化、中風、Sturge-Weber症候群、亞急性硬化性泛腦炎、皮質下動脈硬化性腦病變、短暫單側神經痛樣(SUNCT)頭痛、吞嚥病症、Sydenham氏舞蹈症、昏厥、梅毒性脊髓硬化症、脊髓積水空洞症、脊髓空洞症、全身性紅斑性狼瘡、脊髓癆、遲延性運動障礙、Tarlov囊腫、泰-薩二氏病、顳動脈炎、脊髓栓系症候群、Thomsen氏肌強直、胸腔出口症候群、甲狀腺機能亢進性肌病、三叉神經痛、Todd氏麻痹、妥瑞症(Tourette Syndrome)、暫時性腦缺血、傳染性海綿狀腦病、橫貫性脊髓炎、創傷性腦損傷、顫抖、三叉神經神經痛、熱帶痙攣性麻痹、Troyer症候群、結節性硬化症、血管性勃起腫瘤、中樞及周邊神經系統之血管炎症候群、維生素B12缺乏症、埃克諾莫氏病(Von Economo’s Disease)、林-希二氏病(Von Hippel-Lindau Disease) (VHL)、von Recklinghausen氏病、Wallenberg氏症候群、韋-霍二氏病(Werdnig-Hoffman Disease)、韋尼克-科爾薩科夫症候群(Wernicke-Korsakoff Syndrome)、韋斯特症候群(West Syndrome)、頸椎受傷、Whipple氏病、威廉氏症候群(Williams Syndrome)、威爾遜病(Wilson Disease)、Wolman氏病、X-性聯脊髓及球狀肌肉萎縮。
醫藥組合物及調配物
根據本揭露，包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒可製備為醫藥組合物。在一些實施例中，醫藥組合物包含至少一種活性成分。在一些實施例中，醫藥組合物包含醫藥學上可接受之賦形劑。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可使用賦形劑調配以：(1)增加穩定性；(2)增加細胞轉染或轉導；(3)允許有效負載之持續或延遲表現；(4)改變生物分佈(例如將病毒顆粒靶向特定組織或細胞類型)；(5)增加經編碼蛋白之轉譯；(6)改變經編碼蛋白之釋放曲線；及/或(7)允許有效負載之可調節表現。本揭露之調配物可包括但不限於鹽水、脂質體、脂質奈米顆粒、聚合物、肽、蛋白質、用病毒載體轉染之細胞(例如用於轉移或移植至個體體內)及其組合。
在一些實施例中，活性成分(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)、醫藥學上可接受之賦形劑及/或根據本揭露之醫藥組合物中之任何額外成分的相對量可視所治療個體之身份、體型及/或病狀，且進一步視組合物投與之途徑而變化。舉例而言，組合物可包含0.1%至99% (w/w)之間的活性成分。藉助於實例，組合物可包含0.1%至100%之間，例如0.5%至50%之間、1%-30%之間、5%-80%之間、至少80% (w/w)的活性成分。
在一些實施例中，包含本文所描述之AAV顆粒的醫藥組合物可在具有或不具有醫藥學上可接受之賦形劑之情況下包含AAV蛋白殼變異體及編碼有效負載(例如本文所描述之有效負載)之病毒基因體。
在一些實施例中，本揭露亦提供了適合於向個體(例如人類)投與之醫藥組合物。在一些實施例中，向個體(例如人類)投與醫藥組合物。
本文亦提供了調配物，例如用於例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體(例如包含本文(例如，在表1A、表1B、表2至表7、表10至表11或表20中之任一者中)所描述之胺基酸序列，或胺基酸序列SEQ ID NO: 3636或其變異體的AAV蛋白殼變異體)的AAV顆粒及其變異體之經最佳化的穩定調配物。不希望受理論所束縛，據信在一些實施例中，此類調配物優於習知調配物(例如基於PBS之調配物)，例如在各種儲存條件下之穩定性、支持病毒濃度＞1×10
13vg/ml之能力，且在廣泛範圍的參數內具有合乎需要的特徵，諸如pH、pI、滲透壓、滲透壓、佔用率(例如%全蛋白殼)及聚集。
在一些實施例中，調配物包含緩衝劑。緩衝劑之非限制實例包括例如Tris鹼、Tris Hcl、雙tris丙烷(BTP)、磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)、磷酸鈉(磷酸二氫鈉及/或磷酸氫二鈉)、磷酸鉀(磷酸二氫鉀及/或磷酸氫二鉀)、組胺酸、硼酸、檸檬酸、甘胺酸、HEPES (4-(2-羥乙基)-1-哌嗪乙磺酸)及MOPS (3-(N-嗎啉基)丙磺酸)。在一些實施例中，緩衝劑為Tris。
在一些實施例中，調配物包含鹽。鹽之非限制性實例包括例如氯化鈉、氯化鉀、氯化鎂。在一些實施例中，鹽為氯化鈉。
在一些實施例中，調配物包含聚醚，例如具有低分子量(例如200-500)之聚醚。聚醚之非限制性實例包括例如丙三醇、甘油及PEG (例如低分子量PEG，例如PEG-300)。在一些實施例中，聚醚為丙三醇。在一些實施例中，聚醚為PEG (例如低分子量PEG，例如PEG-300)。
在一些實施例中，調配物之組分中之至少一者為糖，諸如雙醣或糖替代物。糖(例如雙醣糖)之非限制性實例包括海藻糖、蔗糖、乳酮糖、乳糖、麥芽糖、海藻糖、纖維雙醣、殼二糖、麴二糖、黑曲黴糖、異麥芽糖、β,β-海藻糖、α,β-海藻糖、槐糖、海帶二糖、龍膽二糖、松二糖、麥芽酮糖、巴拉金糖、龍膽比烏酮糖、甘露二糖、蜜二糖、車前二糖、芸香糖、蘆丁糖、蔗糖及木二糖。糖替代物之非限制性實例為山梨糖醇。在一些實施例中，糖為海藻糖。
在一些實施例中，調配物包含界面活性劑，例如陰離子、兩性離子或非離子界面活性劑。陰離子界面活性劑之非限制性實例包括例如硫酸酯、磺酸酯、磷酸酯及羧酸酯。非離子界面活性劑之非限制性實例包括例如乙氧基化物、脂肪醇乙氧基化物、烷基酚乙氧基化物(例如壬苯醇醚、Triton X-100)、脂肪酸乙氧基化物、乙氧基化胺及/或脂肪酸醯胺(例如聚乙氧基化牛脂胺、椰油醯胺單乙醇胺、椰油醯胺二乙醇胺)、環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic® F-68或F-127)、脂肪酸與多元醇之酯、脂肪酸烷醇醯胺、乙氧基化脂族酸、乙氧基化脂肪醇、乙氧基化山梨醇脂肪酸酯、乙氧基化甘油酯、與EDTA之乙氧基化嵌段共聚物(乙二胺四乙酸)、乙氧基化環醚加合物、乙氧基化醯胺及咪唑啉加合物、乙氧基化胺加合物、乙氧基化硫醇加合物、與烷基酚之乙氧基化縮合物、基於乙氧基化氮之疏水物、乙氧基化聚氧丙烯、聚合矽酮、氟化界面活性劑及可聚合界面活性劑。兩性離子界面活性劑之非限制性實例包括例如烷基醯胺甜菜鹼及其胺氧化物、烷基甜菜鹼及其胺氧化物、磺基甜菜鹼、羥基磺基甜菜鹼、兩性甘胺酸鹽、兩性丙酸鹽、平衡的兩性聚羧酸甘胺酸鹽及烷基聚胺基甘胺酸鹽。在一些實施例中，界面活性劑為泊洛沙姆，例如Pluronic® F-68或F-127。在一些實施例中，界面活性劑為Pluronic® F-68。
在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)緩衝劑(例如Tris)以及(c)聚醚(例如丙三醇)。
在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)緩衝劑(例如Tris)以及(c)糖(例如海藻糖)。
在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)緩衝劑(例如Tris)，(c)聚醚(例如丙三醇)以及(d)鹽(例如氯化鈉)。
在一些實施例中，調配物包含(a)如本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)緩衝劑(例如Tris)，(c)糖(例如海藻糖)以及(d)鹽(例如氯化鈉)。
在一些實施例中，調配物包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)緩衝劑(例如Tris)，(c)聚醚(例如丙三醇)以及(d)界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物)。
在一些實施例中，調配物包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)緩衝劑(例如Tris)，(c)糖(例如海藻糖)以及(d)界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物)。
在一些實施例中，調配物包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)緩衝劑(例如Tris)，(c)鹽(例如氯化鈉)，(d)聚醚(例如丙三醇)以及(e)界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物)。
在一些實施例中，調配物包含(a) AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)緩衝劑(例如Tris)，(c)鹽(例如氯化鈉)，(d)糖(例如海藻糖)以及(e)界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物)。
在一些實施例中，調配物為水性調配物。在一些實施例中，調配物為等滲溶液(例如包含約270-310 mOsm/L滲透壓的溶液)。在一些實施例中，調配物包含大於310 mOsm/L的滲透壓。
在一些實施例中，本文所描述之調配物中之緩衝劑為Tris。緩衝劑為弱酸或弱鹼，當用於調配物中時，即使在將另一酸或鹼添加至調配物中之後，該弱酸或弱鹼亦將調配物之pH值維持在所選值附近。在一些實施例中，緩衝劑能夠將pH值維持在7.8-8.4 (例如7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3或8.4)。在一些實施例中，緩衝劑(例如Tris)以1-50 mM之間，例如約1 mM、約5 mM、約10 mM、約15 mM、約20 mM、約25 mM、約30 mM、約35 mM、約40 mM、約50 mM、1-40 mM、1-30 mM、1-20 mM、1-10 mM、5-40 mM、5-35 mM、5-30 mM、5-25 mM、5-20 mM、5-15 mM、5-10 mM、10-40 mM、10-35 mM、10-30 mM、10-25 mM、10-20 mM、10-15 mM、15-40 mM、15-35 mM、15-30 mM、15-25 mM、15-20 mM、20-50 mM、20-40 mM、20-35 mM、20-30 mM、20-25 mM、25-50 mM、25-40 mM、25-35 mM、25-30 mM、30-50 mM、30-40 mM、30-35 mM、40-50 mM、45-50 mM之濃度存在。在一些實施例中，調配物包含濃度為15-25 mM之Tris，例如20 mM Tris或約20 mM Tris。
在一些實施例中，本文所描述之調配物中之鹽為氯化鈉。在一些實施例中，鹽(例如氯化鈉)以30-80mM之間，例如約40 mM、約45 mM、約50 mM、約55 mM、約60 mM、約65 mM、約70 mM、約75 mM、約80 mM、40-80 mM、50-80 mM、60-80 mM、70-80 mM、40-70 mM、50-70 mM、60-70 mM、40-65 mM、50-65 mM或60-65 mM之濃度存在。在一些實施例中，鹽以70-135 mM，例如70-90 mM或70-100 mM之間之濃度存在。在一些實施例中，調配物包含濃度為60-65 mM之氯化鈉，例如62.5 mM氯化鈉或約62.5 mM氯化鈉。
在一些實施例中，本文所描述之調配物中之聚醚為丙三醇。在一些實施例中，聚醚(例如丙三醇)以0.25%-5%之間，例如約0.25%、約0.5%、約1%、約1.5%、約2.0%、約2.5%、約3.0%、約3.5%、約4.0%、約4.5%、約5%、0.5-5.0%、1.0-5.0%、1.5%-5.0%、2.0%-5.0%、2.5%-5.0%、3.0-5.0%、3.5-5.0%、4.0-5.0%、4.5-5.0%、0.25-4.0%、0.5-4.0%、1.0-4.0%、1.5-4.0%、2.0-4.0%、2.5-4.0%、3.0-4.0%、3.5-4.0%、0.25-3.5%、0.5-3.5%、1.0-3.5%、1.5-3.5%、2.0-3.5%、2.5-3.5%、3.0-3.5%、0.25-3.0%、0.5-3.0%、1.0-3.0%、1.5-3.0%、2.0-3.0%、2.5-3.0%、0.25-2.5%、0.5-2.5%、1.0-2.5%、1.5-2.5%、2.0-2.5%、0.25-2.0%、0.5-2.0%、1.0-2.0%、1.5-2.0%、0.25-1.5%、0.5-1.5%、1.0-1.5%、0.25-1.0%、0.5-1.0%、0.75-3.0%、0.75-1.25%或2.25-2.75%之濃度存在。在一些實施例中，聚醚以約3%-7.5%，例如約3-7%、4-7%、4.5-7.5%、4.5-7%、5-7.5%、5-7%、5.5-7.5%、5.5-7%、6-7.5%、6-7%、6.5-7%、6.5-7.5%、5-6%、5-6.5%、5.5-6.5%、5.5-6%、4-6.5%、4-6%、3-5%、3-5.5%、3-6%、3-6.5%、3-4%、3.5-7%或3.5-7.5%之濃度存在。在一些實施例中，調配物包含濃度為約0.75-1.25%、2.25-2.75%或3-5%的丙三醇。在一些實施例中，調配物包含濃度為1%或約1%之丙三醇。在一些實施例中，調配物包含濃度為2.5%或約2.5%之丙三醇。在一些實施例中，調配物中之聚醚為甘油。
在一些實施例中，本文所描述之調配物中之聚醚為聚乙二醇(PEG)。在一些實施例中，PEG為低分子量PEG。在一些實施例中，PEG之分子量為≤300，例如≤290、≤280、≤270、≤260、≤250、≤240、≤230、≤220、≤210、≤200、200-500、250-500、300-500、350-500、400-500、450-500、200-450、250-450、300-450、350-450、400-450、200-400、250-400、300-400、350-400、200-350、250-350、300-350、200-300、250-300、275-325或290-310。在一些實施例中，調配物包含分子量為275-325之PEG。在一些實施例中，調配物包含分子量為300或約300 (例如PEG-300)之PEG。
在一些實施例中，本文所描述之調配物中之糖為海藻糖。在一些實施例中，糖(例如海藻糖)以3%-9%之間，例如約3%、約3.5%、約4.0%、約4.5%、約5%、約5.5%、約6%、約6.5%、約7.0%、約7.5%、約8.0%、約8.5%、約9.0%、3.5-9.0%、4.0-9.0%、4.5-9.0%、5.0-9.0%、5.5-9.0%、6.0-9.0%、6.5-9.0%、7.0-9.0%、7.5-9.0%、8.0-9.0%、8.5-9.0%、3.0-8.0%、3.5-8.0%、4.0-8.0%、4.5-8.0%、5.0-8.0%、5.5-8.0%、6.0-8.0%、6.5-8.0%、7.0-8.0%、7.5-8.0%、3.0-7.5%、3.5-7.5%、4.0-7.5%、4.5-7.5%、5.0-7.5%、5.5-7.5%、6.0-7.5%、6.5-7.5%、7.0-7.5%、3.0-7.0%、3.5-7.0%、4.0-7.0%、4.5-7.0%、5.0-7.0%、5.5-7.0%、6.0-7.0%、6.5-7.0%、3.0-6.5%、3.5-6.5%、4.0-6.5%、4.5-6.5%、5.0-6.5%、5.5-6.5%、6.0-6.5%、3.0-6.0%、3.5-6.0%、4.0-6.0%、4.5-6.0%、5.0-6.0%、5.5-6.0%、3.0-5.5%、3.5-5.5%、4.0-5.5%、4.5-5.5%、5.0-5.5%、3.0-5.0%、3.5-5.0%、4.0-5.0%、4.5-5.0%、3.0-4.5%、3.5-4.5%、3.0-4.5%、3.0-4.0%、3.5-4.0%、5.75-6.25、5.8-6.2或5.9-6.1之濃度存在。在一些實施例中，調配物包含濃度為5.8-6.2%之海藻糖。在一些實施例中，調配物包含濃度為5.95%或約5.95%之海藻糖。
在一些實施例中，本文所描述之調配物包含糖，例如海藻糖，其總分子量(Da)按密度(g/cm
3)相同，例如假設飽和等效於100%丙三醇，v/v。在一些實施例中，調配物中之丙三醇之密度為1.26g/cm
3(例如1.60%當量)。在一些實施例中，調配物中之海藻糖之密度為1.58 g/cm
3(例如5.95%當量)。
在一些實施例中，本文所描述之調配物中之界面活性劑為Pluronic F68。在一些實施例中，界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物，諸如泊洛沙姆(例如Pluronic F68))以0.0002-0.002%，例如0.0004-0.002%、0.0006-0.002%、0.0008-0.002%、0.001-0.002%、0.0012-0.002%、0.0014-0.002%、0.0016-0.002%、0.0018-0.002%、0.0002-0.0018%、0.0004-0.0018%、0.0006-0.0018%、0.0008-0.0018%、0.001-0.0018%、0.0012-0.0018%、0.0014-0.0018%、0.0016-0.0018%、0.0002-0.0016%、0.0004-0.0016%、0.0006-0.0016%、0.0008-0.0016%、0.001-0.0016%、0.0012-0.0016%、0.0014-0.0016%、0.0002-0.0014%、0.0004-0.0014%、0.0006-0.0014%、0.0008-0.0014%、0.001-0.0014%、0.0012-0.0014%、0.0002-0.0012%、0.0004-0.0012%、0.0006-0.0012%、0.0008-0.0012%、0.001-0.0012%、0.0002-0.0010%、0.0004-0.0010%、0.0006-0.0010%、0.0008-0.0010%、0.0002-0.0008%、0.0004-0.0008%、0.0006-0.0008%、0.0002-0.0006%、0.0004-0.0006%、0.0002-0.0004%或0.0009-0.0011%之間之濃度(w/v)存在。在一些實施例中，調配物包含濃度為0.0008-0.0012%之Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含濃度為0.001%或約0.001%之Pluronic F68。
在一些實施例中，本文所提供之調配物展現以下特性中之一者、兩者、三者、四者、五者、六者、七者或全部：(a)如藉由例如如實例9中所描述之pH計評估的，pH在6-9之間的範圍內，例如pH為約6.0、約6.2、約6.4、約6.6、約6.8、約7.0、約7.2、約7.4、約7.6、約7.8、約8.0、約8.1、約8.2、約8.3、約8.4、約8.5、約8.6、約8.7、約8.8、約8.9、約9.0、6.0-8.5、6.0-7.5、6.0-7.0、6.0-6.5、6.5-9.0、6.5-8.5、6.5-8.0、6.5-7.5、6.5-7.0、7.0-9.0、7.0-8.5、7.0-8.0、7.0-7.5、7.5-9.0、7.5-8.5、7.5-8.0、8.0-9.0、8.0-8.9、8.0-8.8、8.0-8.7、8.0-8.6、8.0-8.5、8.0-8.4、8.0-8.3、8.0-8.2、8.0-8.1、7.8-8.5、7.9-8.3或7.9-8.2；(b)如藉由例如如實例9中所描述之滲透壓計評估的，滲透壓(mOsm/kg)在250-650，例如250-650、250-600、250-550、250-500、250-450、250-400、250-350、250-300、300-650、300-600、300-550、300-500、300-450、300-400、300-350、350-650、350-600、350-550、350-500、350-450、350-400、400-650、400-600、400-550、400-500、400-450、450-650、450-600、450-550、450-500、500-650、500-600、500-550、550-650、550-600、310-400、320-400、330-400、340-400、350-400、360-400、370-400、380-400、390-400、300-390、300-380、300-370、300-360、300-350、300-340、300-330、300-320或300-310之間的範圍內；(c)如藉由例如如實例9中所描述之qPCR評估的，病毒效價(例如TTD-001效價)＞1x10
12vg/ml，例如＞2×10
12vg/ml、＞4×10
12vg/ml、＞6×10
12vg/ml、＞8×10
12vg/ml、＞1.0×10
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13vg/ml、＞5.5×10
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14vg/ml、2×10
12- 1.0×10
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12- 1.0×10
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13vg/ml或1.0×10
13– 1.5×10
13vg/ml；(d)如藉由例如如實例9中所描述之SEC-MALS評估的，佔有率(%全蛋白殼)≥30%，例如≥35%、≥40%、≥45%、≥50%、≥55%、≥60%、≥65%、≥70%、≥75%、≥80%、≥85%、≥90%、≥95%、30%-90%、30%-80%、30%-70%、30%-65%、30%-60%、30%-55%、30%-50%、30%-45%、30%-40%、30%-35%、35%-90%、35%-80%、35%-75%、35%-70%、35%-65%、35%-60%、35%-55%、35%-50%、35%-45%、35%-40%、40%-90%、40%-80%、40%-70%、40%-65%、40%-60%、40%-55%、40%-50%、40%-45%、45%-90%、45%-80%、45%-70%、45%-65%、45%-60%、45%-55%、45%-50%、50%-90%、50%-80%、50%-70%、50%-65%、50%-60%、50%-55%、55%-90%、55%-80%、55%-70%、55%-65%、55%-60%、60%-90%、60%-80%、60%-70%、70%-90%、70%-80%或80%-90%；(e)如藉由使用如實例9中所描述之粒徑排阻層析(SEC)，例如SEC-FLD/DLS或SEC-MALS的%HMW評估的，聚集≤10%，例如≤9%、≤8%、≤7%、≤6%、≤5%、≤4%、≤3%、≤2%、≤1%、0-10%、0-8%、0-6%、0-5%、0-4%、0-3%、0-2%、0-1%、1-10%、2-10%、3-10%、4-10%、5-10%、1-5%、2-5%或3-5%；(f)如藉由例如如實例9中所描述之qPCR評估的，病毒效價高於由包含PBS及0.001% Pluronic F68之調配物(經改質之PBS調配物)支持之病毒效價(例如高至少50%、至少100%、至少250%、至少500%、至少750%、至少1000% (例如一個數量級)、至少2000%、至少4000%、至少6000%、至少8000%、至少10,000% (例如兩個數量級)、至少25,000%、至少50,000%、500-50,000%、1000-50,000%、2500-50,000%、5000-50,000%、7500-50,000%、10,000-50,000%、25,000-50,000%、500-25,000%、1000-25,000%、2500-25,000%、5000-25,000%、7500-25,000%、10,000-25,000%、500-10,000%、1000-10,000%、2500-10,000%、5000-10,000%、7500-10,000%、500-7500%、1000-7500%、2500-7500%、5000-7500%、500-5000%、1000-7500%或2500-5000%)；(g)如藉由例如如實例9中所描述之SEC-MALS評估的，佔有率(%全蛋白殼)高於由包含PBS及0.001% Pluronic F68之調配物(經改質之PBS調配物)支持之佔有率(例如相對於經改質之PBS調配物高例如≥10%、≥15%、≥20%、≥25%、≥30%、≥35%、≥40%、≥45%、≥50%、≥55%、≥60%、≥65%、≥70%、≥75%、≥80%、≥85%、≥90%、≥95%、≥100% (例如高至少2倍)、≥125%、≥150%、10-150%、20-150%、30-150%、40-150%、50-150%、60-150%、70-150%、80-150%、90-150%、100-150%、125-150%、10-125%、20-125%、30-125%、40-125%、50-125%、60-125%、70-125%、80-125%、90-125%、100-125%、10-100%、20-100%、30-100%、40-100%、50-100%、60-100%、70-100%、80-100%、90-100%、10-75%、20-75%、30-75%、40-75%、50-75%、60-75%、10-50%、20-50%、30-50%、40-50%或10-25%)；(h)如藉由使用如實例9中所描述之粒徑排阻層析(SEC)，例如SEC-FLD/DLS或SEC-MALS的%HMW評估的，聚集小於在多次凍融循環(例如1、2、3、4、5、6次或更多次凍融循環)後，在包含PBS及0.001% Pluronic F68之調配物(經改質之PBS調配物)的情況下觀測到之聚集，例如聚集小於在1、2、3、4、5、6次或更多次凍融循環後，在經改質之PBS調配物的情況下觀測到之聚集≥20%、≥25%、≥30%、≥35%、≥40%、≥45%、≥50%、≥55%、≥60%、≥65%、≥70%、≥75%、≥80%、≥85%、≥90%、20-90%、30-90%、40-90%、50-90%、60-90%、70-90%、80-90%、20-80%、30-80%、40-80%、50-80%、60-80%、70-80%、20-70%、30-70%、40-70%、50-70%、60-70%、20-60%、30-60%、40-60%、50-60%、20-50%、30-50%、40-50%、20-40%、30-40%或20-30%。
在一些實施例中，在例如-80℃、2-8℃、室溫下儲存(例如儲存1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年))期間及/或在多次凍融循環(例如1-6次凍融循環)後，前述特性(a)-(h)中之1、2、3、4、5、6、7者或全部8者保持不變。在一些實施例中，相對於時間0 (例如儲存及/或凍融之前的調配物)，在儲存及/或多次凍融循環(例如1、2、3、4、5、6次或更多次凍融循環)期間，前述特性(a)-(h)中之1、2、3、4、5、6、7者或全部8者之值變化不超過50%，例如變化不超過45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%或5%。
在一些實施例中，當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(例如如實例9中所描述的)評估時，(a) AAV顆粒之AAV蛋白殼的VP3蛋白與VP2蛋白之比(VP3:VP2)為約25-35:2、約25-34:2、約25-33:2、約25-32:2、約25-30:2、約25:2、約26:2、約27:2、約28:2、約29:2、約30:2、約31:2、約32:2、約33:2、約34:2或約35:2；(b) AAV顆粒之AAV蛋白殼的VP3蛋白與VP1蛋白之比(VP3:VP1)為約25-35:1 (例如25-34:1、25-33:1、25-32:1、25-30:1、25:1、26:1、27:1、28:1、29:1、30:1、31:1、32:1、33:1、34:1或35:1)；且/或(c) AAV顆粒之AAV蛋白殼的VP3蛋白與VP2及VP1蛋白之比(VP3:VP2:VP1)為約25-35:2:1 (例如25-34:2:1、25-33:2:1、25-32:2:1、25-30:2:1、25:2:1、26:2:1、27:2:1、28:2:1、29:2:1、30:2:1、31:2:1、32:2:1、33:2:1、34:2:1或35:2:1)。
在一些實施例中，當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(例如如實例9中所描述的)評估時，AAV顆粒之AAV蛋白殼的VP3蛋白與VP2蛋白之比(亦即VP3:VP2)、VP3蛋白與VP1蛋白之比(VP3:VP1)或VP3蛋白與VP2及VP1蛋白之比(VP3:VP2:VP1)與參考比(例如基線比，諸如時間0處之比)之差異不超過約25% (例如約20%、約15%、約10%、約5%、約1%、1-25%、1-20%、1-15%、1-10%、1-5%、5-25%、5-20%、5-15%、5-10%、10-25%、10-20%、10-15%、15-25%、15-20%或20-25%)。
在一些實施例中，當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(例如如實例9中所描述的)評估時，AAV顆粒之AAV蛋白殼的純度為至少95% (例如至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%)。
在一些實施例中，當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(例如如實例9中所描述的)評估時，AAV顆粒之AAV蛋白殼的純度與參考值(例如基線值，諸如時間0處之值)之差異不超過約5% (例如約4%、約3%、約2%、約1%)。
在一些實施例中，(a)當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由cIEF (例如如實例9中所描述的)評估時，AAV顆粒之AAV蛋白殼的pI值(例如中心pI值)在5.8-6.5 (例如5.8-6.4、5.8-6.3、5.8-6.2、5.8-6.1、5.9-6.4、5.9-6.3、5.9-6.2、5.9-6.1、6.0-6.4、6.0-6.3、6.0-6.2、6.0-6.1、6.1-6.4、6.1-6.3、6.1-6.2、6.2-6.4、6.2-6.3、6.2-6.2或6.3-6.4)範圍內；(b)當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由cIEF (例如如實例9中所描述的)評估時，AAV顆粒之AAV蛋白殼的pI值(例如中心pI值)與參考值(例如基線pI值(例如中心pI值)，諸如時間0處之pI)之差異不超過約10% (例如約9%、約8%、約7%、約6%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%、1-10%、1-8%、1-6%、1-5%、1-4%、1-3%或1-2%)；(c)當醫藥調配物在2-8℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由cIEF (例如如實例9中所描述的)評估時，AAV顆粒之AAV蛋白殼的pI值(例如中心pI值)在5.9-6.2範圍內(例如5.9-6.0、5.9-6.1、6.0-6.1、6.0-6.2、6.1-6.2、5.9、6.0、6.1或6.2)；且/或(d)當醫藥調配物在2-8℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由cIEF (例如如實例9中所描述的)評估時，AAV顆粒之AAV蛋白殼的pI值(例如中心pI值)與參考值(例如基線pI值(例如中心pI值)，諸如時間0處之pI)之差異 不超過約10% (例如約9%、約8%、約7%、約6%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%、1-10%、1-8%、1-6%、1-5%、1-4%、1-3%或1-2%)。
在一些實施例中，當醫藥組合物(a)在2-8℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)；(b)在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)；(c)在2-8℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)；或(d)經受1-6次凍融循環(例如1-5、1-4、1-3、1-2、2-6、2-5、2-4、2-3、3-6、3-5、3-4、4-6、4-5、1、2、3、4、5、6次或更多次凍融循環)時，例如當藉由如實例9中所描述之qPCR評估時，AAV病毒效價為至少5 x 10
12vg/ml (例如至少6×10
12vg/ml、至少7×10
12vg/ml、至少8×10
12vg/ml、至少9×10
12vg/ml、至少1×10
13vg/ml、至少2×10
13vg/ml、至少3×10
13vg/ml、至少4×10
13vg/ml、至少5×10
13vg/ml、至少6×10
13vg/ml、至少7×10
13vg/ml、至少8×10
13vg/ml、至少9×10
13vg/ml、至少1×10
14vg/ml、5×10
12vg/ml至1×10
14vg/ml、5×10
12vg/ml至5×10
13vg/ml、1×10
13vg/ml至1×10
14vg/ml、1×10
13vg/ml至5×10
13vg/ml或5×10
12vg/ml至5×10
13vg/ml)。
在一些實施例中，(a)當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，醫藥調配物中之%高分子量(%HMW)聚集為約10%或更少(例如9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、1-10%、1-9%、1-8%、1-7%、1-6%、1-5%或1-4%)；(b)當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，醫藥調配物中之%HMW聚集與參考值(例如基線%HMW，諸如時間0處之%HMW)之差異不超過約30% (例如約25%、約20%、約15%、約10%或約5%)；(c)當醫藥調配物在室溫下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，醫藥調配物中之%HMW聚集為約5%或更少(例如4%、3%、2%、1%、1-5%、1-4%或1-3%)；(d)當醫藥調配物在室溫下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，醫藥調配物中之%HMW聚集與參考值(例如基線%HMW，諸如時間0處之%HMW)之差異不超過約30% (例如約25%、約20%、約15%、約10%或約5%)；(e)當醫藥調配物在2-8℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，醫藥調配物中之%HMW聚集為約5%或更少(例如4%、3%、2%、1%、1-5%、1-4%或1-3%)；(f)當醫藥調配物在2-8℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，醫藥調配物中之%HMW聚集與參考值(例如基線%HMW，諸如時間0處之%HMW)之差異不超過約30% (例如約25%、約20%、約15%、約10%或約5%)；(g)當經受一或多次(例如1-5、1-4、1-3、1-2、2-6、2-5、2-4、2-3、3-6、3-5、3-4、4-6、4-5、1、2、3、4、5、6次或更多次)凍融循環(例如-80℃至25℃凍融)時，例如當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，醫藥調配物中之%HMW聚集為約5%或更少(例如4%、3%、2%、1%、1-5%、1-4%或1-3%)；且/或(h)當經受一或多次(例如1-5、1-4、1-3、1-2、2-6、2-5、2-4、2-3、3-6、3-5、3-4、4-6、4-5、1、2、3、4、5、6次或更多次)凍融循環(例如-80℃至25℃凍融)時，例如當藉由粒徑排阻層析(例如如實例9中所描述的)評估時，醫藥調配物中之%HMW聚集與參考值(例如基線%HMW，諸如時間0處之%HMW)之差異不超過約20% (例如約15%、約10%或約5%)。
在一些實施例中，(a)當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當如實例9中所描述的評估時，AAV顆粒之%全蛋白殼為至少45% (例如至少50%、至少60%、至少70%、45-70%、50-70%、45-60%或45-55%)；(b)當醫藥調配物在-80℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當如實例9中所描述的評估時，AAV顆粒之%全蛋白殼與參考值(例如時間0處之基線%全蛋白殼)之差異不超過約10% (例如約5%、約3%、約1%、1-10%、1-5%、1-3%或5-10%)；(c)當醫藥調配物在2-8℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當如實例9中所描述的評估時，AAV顆粒之%全蛋白殼為至少35% (例如至少40%、至少45%、至少50%、至少60%、至少70%、35-70%、35-60%、35-50%、35-45%、40-70%、40-60% 40-50%、40-45%、45-70%、45-60%、45-50%、50-70%或50-60%)；(d)當醫藥調配物在2-8℃下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當如實例9中所描述的評估時，AAV顆粒之%全蛋白殼與參考值(例如時間0處之基線%全蛋白殼)之差異不超過約25% (例如約20%、約15%、約10%或約5%)；(e)當醫藥調配物在室溫下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當如實例9中所描述的評估時，AAV顆粒之%全蛋白殼為至少30% (例如至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少60%、至少70%、30-70%、30-60%、30-50%、30-40%、35-70%、35-60%、35-50%、35-40%、40-70%、40-60% 40-50%、45-70%、45-60%、45-50%、50-70%或50-60%)；且/或(f)當醫藥調配物在室溫下儲存例如 1天、2天、3天、4天、5天、6天、1週、2週、3週、1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月或更長時間(例如一或多年)時，例如當如實例9中所描述的評估時，AAV顆粒之%全蛋白殼與參考值(例如時間0處之基線%全蛋白殼)之差異不超過約40% (例如約35%、約30%、約25%、約20%、約15%、約10%或約5%)。
在一些實施例中，本文所描述之調配物以高濃度及/或高滲透壓儲存。在一些實施例中，用於儲存之調配物包含3-7.5%的丙三醇。在一些實施例中，將調配物在使用前稀釋，例如充分稀釋以達成丙三醇在調配物中之濃度為約5.95%。
在一些實施例中，調整聚醚之濃度以達成250-550範圍內之滲透壓(mOsm/kg)。在一些實施例中，調配物包含導致滲透壓在250-550，例如250-350、250-400、300-400、350-450或450-550mOsm/kg範圍內之濃度的丙三醇(或等效物)。在一些實施例中，調配物包含濃度為0.75-1.25%或2.25-2.75%之丙三醇。在一些實施例中，調配物包含濃度為1%或約1%之丙三醇。在一些實施例中，調配物包含濃度為2.5%或約2.5%之丙三醇。在一些實施例中，丙三醇可由足以達成所需範圍(例如250-550之間)內之滲透壓之量的甘油或PEG (例如分子量為≤300之PEG)替換。
在一些實施例中，調整糖之濃度以達成250-550範圍內之滲透壓(mOsm/kg)。在一些實施例中，調配物包含導致滲透壓在250-550，例如250-350、250-400、300-400、350-450或450-550mOsm/kg範圍內之濃度的海藻糖(或等效物)。在一些實施例中，調配物包含濃度為5.8-6.2%之海藻糖。在一些實施例中，調配物包含濃度為5.95%或約5.95%之海藻糖。在一些實施例中，海藻糖可由足以達成所需範圍內之滲透壓之量的不同糖替換。
在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) Tris，(c)丙三醇，(d)氯化鈉以及(e)泊洛沙姆。
在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 10-30 mM Tris，(c) 0.5-1.5%丙三醇，(d) 55-70 mM氯化鈉以及(e) 0.0005-0.0015% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 15-25 mM Tris，(c) 0.8%-1.2%丙三醇，(d) 60-65 mM氯化鈉以及(e) 0.0008-0.0012% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)約20 mM Tris，(c)約1.0%丙三醇，(d)約62.5 mM氯化鈉以及(e)約0.001% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 20 mM Tris，(c) 1.0%丙三醇，(d) 62.5 mM氯化鈉以及(e) 0.001% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物之pH在7.8-8.5，例如8.0-8.3範圍內。在一些實施例中，調配物之pH為8.0、8.1、8.2、8.3、8.4或8.5，或pH為約8.0、8.1、8.2、8.3、8.4或8.5。在一些實施例中，調配物之滲透壓(mOsm/kg)在250-500 (例如250-400或250-350)範圍內。
在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 10-30 mM Tris，(c) 2.0-3.0%丙三醇，(d) 55-70 mM氯化鈉以及(e) 0.0005-0.0015% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 15-25 mM Tris，(c) 2.3%-2.7%丙三醇，(d) 60-65 mM氯化鈉以及(e) 0.0008-0.0012% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)約20 mM Tris，(c)約2.5%丙三醇，(d)約62.5 mM氯化鈉以及(e)約0.001% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 20 mM Tris，(c) 2.5%丙三醇，(d) 62.5 mM氯化鈉以及(e) 0.001% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物之pH在7.8-8.5，例如8.0-8.3範圍內。在一些實施例中，調配物之pH為8.0、8.1、8.2、8.3、8.4或8.5，或pH為約8.0、8.1、8.2、8.3、8.4或8.5。在一些實施例中，調配物之滲透壓(mOsm/kg)在400-650 (例如450-600或450-550)範圍內。
在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 10-30 mM Tris，(c) 5.5-6.5%海藻糖，(d) 55-70 mM氯化鈉以及(e) 0.0005-0.0015% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 15-25 mM Tris，(c) 5.8-6.2%海藻糖，(d) 60-65 mM氯化鈉以及(e) 0.0008-0.0012% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b)約20 mM Tris，(c)約5.95%海藻糖，(d)約62.5 mM氯化鈉以及(e)約0.001% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物包含(a)本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，(b) 20 mM Tris，(c) 5.95%海藻糖，(d) 62.5 mM氯化鈉以及(e) 0.001% Pluronic F68。在一些實施例中，調配物之pH在7.8-8.5，例如8.0-8.3範圍內。在一些實施例中，調配物之pH為8.0、8.1、8.2、8.3、8.4或8.5，或pH為約8.0、8.1、8.2、8.3、8.4或8.5。在一些實施例中，調配物之滲透壓(mOsm/kg)在250-500 (例如250-400或250-350)範圍內。
在一些實施例中，前述調配物之組分經在例如如實例9中所描述之各種儲存條件下實質上不影響調配物之特性(例如前述特性(a)-(e)中之1、2、3、4者或全部5者)的等效組分替換。舉例而言，在一些實施例中，Tris經不同的緩衝劑(例如雙tris丙烷(BTP)或基於PBS之緩衝劑(例如PBS))替換。在一些實施例中，氯化鈉經不同的鹽(例如氯化鉀)替換。在一些實施例中，丙三醇經不同的聚醚(例如甘油或PEG (例如，分子量≤300之PEG))替換。在一些實施例中，Pluronic F68經另一環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如Pluronic F127)替換。可使用本文(例如在實例9中)所描述之檢定及方法測試替換的組分是否對調配物之特性(例如pH、滲透壓、AAV效價、佔用率、聚集)有影響。
本文所描述之調配物包含本文所描述之AAV顆粒或其變異體，例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體(例如AAV9蛋白殼變異體)的AAV顆粒。在一些實施例中，調配物包含有包含例如如表3及表4中所提供之TTD-001、TTD-002、TTD-003、TTD-004、TTD-005、TTD-006、TTD-007、TTD-008、TTD-009、TTD-010、TTD-011、TTD-012、TTD-013或TTD-014中之任一者的AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒。在一些實施例中，調配物包含有包含表1A、表1B、表2至表7、表10至表11或表20中之任一者中的胺基酸序列或其變異體之AAV蛋白殼變異體。在一些實施例中，調配物包含AAV蛋白殼變異體，該AAV蛋白殼變異體包含SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，或與其具有至少70% (例如至少約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性之序列；相對於SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列；或相對於SEQ ID NO: 5、8、3636-3647中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，本文所描述之調配物包含有包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，該AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列SEQ ID NO: 3636，或與其具有至少70% (例如至少約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性之序列；相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 3636，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列；或相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 3636，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，本文所描述之調配物包含有包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，該AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5，或與其具有至少70% (例如至少約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性之序列；相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列；或相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，本文所描述之調配物包含有包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒，該AAV蛋白殼變異體包含胺基酸序列SEQ ID NO: 8，或與其具有至少70% (例如至少約75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性之序列；相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 8，包含至少一個、兩個或三個修飾，但不超過30、20或10個修飾的胺基酸序列；或相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 8，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
在一些實施例中，向個體(例如人類)靜脈內投與本文所描述之調配物(例如包含有包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒或其變異體)。在一些實施例中，待靜脈內投與之調配物為等滲溶液(例如包含270-310 mOsm/L滲透壓的溶液)。在一些實施例中，待靜脈內投與之調配物為包含高於310 mOsm/L滲透壓之溶液。在一些實施例中，調配物係以高體積(例如大於100 mL之體積)投與。在一些實施例中，待以高體積(例如大於100 mL之體積)投與(例如靜脈內)之調配物包含濃度為約0.5-3% (例如約1-2%)之丙三醇及/或約270-310 mOsm/L之滲透壓。在一些實施例中，高體積包含高於100 mL之體積。在一些實施例中，調配物係以低體積(例如100 mL之體積或低於100 mL之體積)投與。在一些實施例中，待以低體積(例如100 mL之體積或低於100 mL之體積)投與(例如靜脈內)之調配物包含濃度為約3-5%之丙三醇及/或高於310 mOsm/L之滲透壓。在一些實施例中，低體積包含100 mL。在一些實施例中，低體積包含不超過100 mL。
投與
在一些實施例中，可藉由遞送途徑，例如局部遞送途徑或全身遞送途徑向個體投與本文所揭示之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。
在一些實施例中，可經由使得能夠穿過血腦屏障、血管屏障或其他上皮屏障之途徑投與本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。在一些實施例中，可以任何適合的形式(以液體溶液或懸浮液形式、以適合於液體溶液之固體形式或以液體溶液中之懸浮液形式)投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。在一些實施例中，AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可用任何適當的且醫藥學上可接受之賦形劑調配。
在一些實施例中，肌肉內、靜脈內、腦內、鞘內、腦室內、經由實質內投與或經由大池內注射(ICM)投與本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。
在一些實施例中，可經由單一投與途徑向個體遞送本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。在一些實施例中，可經由多部位投與途徑向個體遞送本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，個體可在2、3、4、5或超過5個部位處經投與。
在一些實施例中，經由推注輸注來投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。在一些實施例中，經由幾分鐘、幾小時或幾天之時段內的持續遞送來投與本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，輸注速率可視個體、分佈、調配物及/或另一遞送參數而變化。在一些實施例中，使用控制釋放來投與本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，使用持續釋放(例如符合特定時間段內之釋放速率之釋放曲線)來投與本揭露之AAV顆粒。
在一些實施例中，AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可藉由超過一種投與途徑來遞送。作為組合投與之非限制性實例，AAV顆粒可藉由鞘內及腦室內，或藉由靜脈內及實質內投與來遞送。
靜脈內投與
在一些實施例中，可藉由全身投與向個體投與本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。在一些實施例中，全身投與為靜脈內投與。在另一實施例中，全身投與為動脈內投與。在一些實施例中，可藉由靜脈內投與向個體投與本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，靜脈內投與可藉由皮下遞送來達成。在一些實施例中，經由聚焦式超音波(FUS)，例如FUS聯合微氣泡靜脈內投與(FUS-MB)，或MRI引導的FUS聯合靜脈內投與向個體投與AAV顆粒(例如如Terstappen等人. (Nat Rev Drug Discovery, doi.org/10.1038/s41573-021-00139-y (2021))中所描述的，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文。在一些實施例中，向個體靜脈內投與AAV顆粒。在一些實施例中，個體為人類。
向 CNS 之投與
在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可藉由直接注射至腦中來遞送。作為非限制性實例，腦遞送可藉由海馬體內投與來進行。在一些實施例中，可藉由實質內投與向個體投與本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，實質內投與係針對中樞神經系統之組織。在一些實施例中，可藉由顱內遞送向個體投與本揭露之AAV顆粒(參見例如美國專利第8119611號；該專利之內容以全文引用之方式併入本文)。在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒可藉由注射至CSF路徑中來遞送。遞送至CSF路徑之非限制性實例包括鞘內及腦室內投與。在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒可經由大池內(ICM)注射來投與。
在一些實施例中，可藉由全身遞送向腦遞送本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。作為非限制性實例，全身遞送可藉由血管內投與來進行。作為非限制性實例，全身或血管內投與可為靜脈內的。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可藉由眼內遞送途徑來遞送。眼內投與之非限制性實例包括玻璃體內注射。
肌肉內投與
在一些實施例中，本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可藉由肌肉內投與來遞送。不希望受理論所束縛，據信在一些實施例中，肌肉細胞之多核性質為AAV遞送後之基因轉導提供了優勢。在一些實施例中，肌肉細胞能夠表現具有適當轉譯後修飾的重組蛋白。不希望受理論所束縛，據信在一些實施例中，具有血管結構之肌肉組織的富集允許轉移至血流及全身輸送。肌肉內投與之實例包括全身(例如靜脈內)、皮下或直接投與至肌肉中。在一些實施例中，投與超過一次注射。在一些實施例中，可藉由肌肉內遞送途徑來遞送本揭露之AAV顆粒。(參見例如美國專利第6506379號；該專利之內容以全文引用之方式併入本文)。肌肉內投與之非限制性實例包括靜脈內注射或皮下注射。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)經投與至個體且轉導個體之肌肉。作為非限制性實例，藉由肌肉內投與來投與AAV顆粒。在一些實施例中，可藉由皮下投與向個體投與本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，肌肉內投與係經由全身遞送來進行。在一些實施例中，肌肉內投與係經由靜脈內遞送來進行。在一些實施例中，肌肉內投與係經由直接注射至肌肉中來進行。
在一些實施例中，肌肉係藉由投與(例如肌肉內投與)來轉導。在一些實施例中，肌肉內遞送包含在一個部位處之投與。在一些實施例中，肌肉內遞送包含在超過一個部位處之投與。在一些實施例中，肌肉內遞送包含在兩個、三個、四個或更多個部位處之投與。在一些實施例中，肌肉內遞送與至少一種其他投與方法組合。
在一些實施例中，可藉由周邊注射向個體投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。周邊注射之非限制性實例包括腹膜內、肌肉內、靜脈內、結膜或關節注射。此項技術中揭示了AAV載體之周邊投與可轉運至中樞神經系統，例如轉運至運動神經元(例如美國專利公開案第US20100240739號及第US20100130594號；該等公開案中之每一者之內容以全文引用之方式併入本文)。
在一些實施例中，可藉由實質內投與向個體投與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)。在一些實施例中，實質內投與係針對肌肉組織。在一些實施例中，如Bright等人 2015 (Neurobiol Aging. 36(2):693-709)所描述的遞送本揭露之AAV顆粒，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文。在一些實施例中，向個體之腓腸肌投與本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，向個體之股二頭肌投與本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，向脛骨前肌投與本揭露之AAV顆粒。在一些實施例中，向比目魚肌投與本揭露之AAV顆粒。
貯存投與
如本文所描述的，在一些實施例中，將本揭露之醫藥組合物及/或AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)係在用於延長釋放之貯存器中調配。大體上，特定器官或組織經靶向用於投與。
在一些實施例中，本揭露之醫藥組合物及/或AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)在空間上保留在靶組織內或靶組織附近。提供了向哺乳動物個體之靶組織提供醫藥組合物、AAV顆粒的方法，該等方法係藉由在使得醫藥組合物及/或AAV顆粒實質上保留在靶組織(其包含一或多個靶細胞)內，例如使得組合物之至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%、99.99%或大於99.99%保留在靶組織內之條件下，使靶組織與醫藥組合物及/或AAV顆粒接觸來進行。在一些實施例中，保留係藉由量測進入靶細胞或複數個靶細胞之醫藥組合物及/或AAV顆粒的量來確定的。舉例而言，在投與後之一段時間，向個體投與的醫藥組合物及/或AAV顆粒之至少1%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%、99.99%或大於99.99%存在於細胞內。舉例而言，肌肉內注射至個體可使用包含本揭露之醫藥組合物及/或AAV顆粒以及轉染試劑的水性組合物進行，且保留係藉由量測存在於肌肉細胞或複數個肌肉細胞中之醫藥組合物及/或AAV顆粒的量來確定的。
在一些實施例中，本文揭示了向個體之組織提供本揭露之醫藥組合物及/或AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的方法，該等方法係藉由在使得醫藥組合物及/或AAV顆粒實質上保留在組織內之條件下，使組織(包含細胞，例如複數個細胞)與醫藥組合物及/或AAV顆粒接觸來進行。在一些實施例中，本文所描述之醫藥組合物及/或AAV顆粒包含足夠量的活性成分以使得在至少一個細胞中產生目標效果。在一些實施例中，醫藥組合物及/或AAV顆粒大體上包含一或多種細胞滲透劑。在一些實施例中，本揭露提供了在具有或不具有醫藥學上可接受之載劑的裸調配物(諸如不具有細胞滲透劑或其他劑)。
治療方法
本揭露中提供了用於將本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)引入(例如遞送至)細胞中之方法。在一些實施例中，該方法包含向該等細胞中以足以調節，例如增加靶基因、mRNA及/或蛋白質之產生的量引入本文所描述之AAV顆粒或載體。在一些實施例中，該方法包含向該等細胞中以足以調節，例如減少靶基因、mRNA及/或蛋白質之表現的量引入本文所描述之AAV顆粒或載體。在一些態樣中，細胞可為神經元，諸如但不限於運動神經元、海馬體神經元、內嗅神經元、丘腦神經元、皮質神經元、感覺神經元、交感神經元或副交感神經元，以及神經膠細胞，諸如星狀細胞、小神經膠質細胞及/或寡樹突細胞。在其他態樣中，細胞可為肌肉細胞，例如膈膜、四頭肌或心臟(例如心房或心室)細胞。
本揭露中揭示了用於治療需要治療之個體中與蛋白質例如靶蛋白之功能/存在異常(例如不足或增加)相關之神經疾病/病症或神經退化性病症、肌肉或神經肌肉病症或神經腫瘤學病症的方法。
在一些實施例中，該方法包含向個體投與有效量的包含本揭露之AAV顆粒的組合物。作為非限制性實例，AAV顆粒可增加靶基因表現、增加靶蛋白產生，從而減少個體中神經疾病之一或多種症狀，以使得個體得到治療性治療。
在其他實施例中，該方法包含向個體投與治療有效量的包含AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)之組合物，該等AAV顆粒包含具有編碼一或多種siRNA分子之核酸序列的病毒基因體。作為非限制性實例，siRNA分子可靜默靶基因表現、抑制靶蛋白產生，且減少個體中神經疾病之一或多種症狀，以使得個體得到治療性治療。
在一些實施例中，經由全身投與向個體之中樞神經系統投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)的組合物。在一些實施例中，全身投與為靜脈內(IV)注射。在一些實施例中，藉由聚焦式超音波(FUS)，例如FUS聯合微氣泡靜脈內投與(FUS-MB)，或MRI引導的FUS聯合靜脈內投與來投與本文所描述之AAV顆粒或包含本文所描述之AAV顆粒的醫藥組合物。
在一些實施例中，靜脈內投與包含本文所描述之AAV顆粒的組合物。在一些實施例中，以約6.7e11 VG/kg至2e13 VG/kg (例如6.7e11 VG/kg、2e12 VG/kg、6.7e12 VG/kg或2e13 VG/kg)或約5e11 VG/kg至3e13 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約6.7e10 VG/kg至6.7e12 VG/kg、約1.3e11 VG/kg至3.4e12 VG/kg或約2.2e11 VG/kg至2e12 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。
在一些實施例中，以約4e11 VG/kg至8e11 VG/kg (例如約6.7e11 VG/kg)之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約6.7e11 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約2e11 VG/kg至2e13 VG/kg、約4e11 VG/kg至1e13 VG/kg、約6.7e11 VG/kg至約6e12 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約1e12 VG/kg至5e12 VG/kg (例如約2e12 VG/kg)之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約2e12 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約6.7e11 VG/kg至6.7e13 VG/kg、約1.3e12 VG/kg至3.4e13 VG/kg或約2.2e12 VG/kg至2e13 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約4e12 VG/kg至8e12 VG/kg (例如6.7e12 VG/kg)之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約6.7e12 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約2e12 VG/kg至2e14 VG/kg、約4e12 VG/kg至1e14 VG/kg、約6.7e12 VG/kg至約6e13 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約1e13 VG/kg至5e13 VG/kg (例如2e13 VG/kg)之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，以約2e13 VG/kg之劑量投與AAV顆粒。在一些實施例中，AAV顆粒包含單股病毒基因體。
在一些實施例中，以2e13 VG/kg之劑量投與AAV顆粒能夠轉導選自丘腦、尾狀核或殼核之腦區中大於40%的總細胞，以及選自內嗅皮質、聽覺皮質或海馬體之腦區中大於20%的總細胞。在一些實施例中，以6.7e12 VG/kg之劑量投與AAV顆粒能夠轉導選自丘腦、尾狀核、殼核或小腦之腦區中大於20%的總細胞。在一些實施例中，以2e13 VG/kg之劑量投與AAV顆粒能夠轉導丘腦、齒狀核及脊髓中大於90%的SMI311陽性神經元。在一些實施例中，以2e12 VG/kg之劑量投與AAV顆粒能夠以超生理水準表現轉殖基因mRNA。在一些實施例中，以2e12 VG/kg之劑量投與AAV顆粒能夠轉導中樞神經系統之多個區域(例如腦及/或脊髓之一或多個區域)。
在一些實施例中，經由腦室內投與向個體之中樞神經系統投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)的組合物。在一些實施例中，經由大池內注射(ICM)投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合物。
在一些實施例中，經由腦室內注射及靜脈內注射向個體之中樞神經系統投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合物。
在一些實施例中，經由ICM注射及靜脈內注射以每個個體特定劑量向個體之中樞神經系統投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合物。作為非限制性實例，經由ICM注射以每個個體1×10
4VG之劑量投與AAV顆粒。作為非限制性實例，經由IV注射以每個個體2×10
13VG之劑量投與AAV顆粒。
在一些實施例中，向個體之中樞神經系統投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合物。在其他實施例中，向個體之CNS組織(例如個體之殼核、海馬體、丘腦或皮質)投與包含本揭露之AAV顆粒的組合物。
在一些實施例中，經由實質內注射向個體之中樞神經系統投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合物。實質內注射之非限制性實例包括殼核內、皮質內、丘腦內、紋狀體內、海馬體內或注射至內嗅皮質中。
在一些實施例中，經由實質內注射及靜脈內注射向個體之中樞神經系統投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合物。
在一些實施例中，經由腦室內注射、實質內注射及靜脈內注射向個體之中樞神經系統投與包含本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合物。
在一些實施例中，經由靜脈內注射向個體之肌肉投與包含本揭露之複數個顆粒中之一AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合物。在一些實施例中，經由肌肉內注射向個體之肌肉投與包含本揭露之複數個顆粒中之一AAV顆粒的組合物。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可遞送至特定類型的細胞中，包括但不限於丘腦神經元、海馬體神經元、內嗅神經元、皮質神經元、運動神經元、感覺神經元、興奮性神經元、抑制性神經元、交感神經元或副交感神經元；神經膠質細胞，包括寡樹突細胞、星狀細胞及小神經膠質細胞；及/或神經元周圍的其他細胞，諸如T細胞。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒可遞送至肌肉細胞，例如四頭肌、膈膜、肝臟及/或心臟(例如心房或心室)的細胞中。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒，可遞送至中腦之細胞或區域中。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒，可遞送至腦幹之細胞或區域中。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒，可遞送至殼核、海馬體、丘腦及/或皮質中之神經元中。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於遺傳病症(例如體染色體顯性遺傳病症、體染色體隱性遺傳病症、X性聯顯性遺傳病症、X性聯隱性遺傳病症或Y性聯遺傳病症)之療法。在一些實施例中，遺傳病症為單基因病症或多基因病症。在一些實施例中，治療遺傳病症(例如單基因病症)包含使用本文所描述之AAV顆粒(例如包含本文所描述之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒)進行基因替代療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於神經疾病之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於tau蛋白病之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於阿茲海默氏症之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於脊髓側索硬化症之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於杭丁頓氏舞蹈症之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於帕金森氏症之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於戈謝病(GD) (例如1型GD、2型GD或3型GD)之療法。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於與GBA突變相關之帕金森氏症之療法。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於路易氏體失智症(DLB)之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於脊髓性肌肉萎縮之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於腦白質失養症，例如亞歷山大病、體染色體顯性腦白質失養症伴自主神經疾病(ADLD)、卡納萬病、腦腱性黃色瘤病(CTX)、異染性腦白質失養症(MLD)、家族性腦中葉硬化症或雷夫敘姆病的療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於弗里德希氏運動失調症之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於慢性或神經性疼痛之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於與HER2之表現相關之疾病，例如與HER2過表現相關之疾病的療法。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)適用於治療、防治、緩解或改善HER2陽性癌。在一些實施例中，HER2陽性癌為HER2陽性實性瘤。另外或替代地，HER2陽性癌可為局部晚期或轉移性HER2陽性癌。在一些情況下，HER2陽性癌為HER2陽性乳癌或HER2陽性胃癌。在一些實施例中，HER2陽性癌選自由以下組成之群：HER2陽性胃食管交界癌、HER2陽性大腸直腸癌、HER2陽性肺癌(例如HER2陽性非小細胞肺癌)、HER2陽性胰臟癌、HER2陽性大腸直腸癌、HER2陽性膀胱癌、HER2陽性唾腺管癌、HER2陽性卵巢癌(例如HER2陽性上皮性卵巢癌)或HER2陽性子宮內膜癌。在一些情況下，HER2陽性癌為前列腺癌。在一些實施例中，HER2陽性癌已轉移至中樞神經系統(CNS)。在一些情況下，轉移的HER2癌已經形成CNS腫瘤。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於神經腫瘤學病症之療法。在一些實施例中，神經腫瘤學病症為原發性CNS起源的癌症(例如CNS細胞及/或CNS組織之癌症)。在一些實施例中，神經腫瘤學病症為CNS細胞、CNS區及/或CNS組織中之轉移性癌症。原發性CNS癌症之實例可為神經膠瘤(其可包括神經膠質母細胞瘤(亦稱為多形性神經膠質母細胞瘤)、星狀細胞瘤、寡樹突神經膠質細胞瘤及室管膜瘤以及混合性神經膠瘤)、腦脊髓膜瘤、神經管胚細胞瘤、神經瘤及原發性CNS淋巴瘤(在腦、脊髓或腦膜中)等。轉移性癌症之實例包括起源於另一組織或器官之癌症，例如乳癌、肺癌、淋巴瘤、白血病、黑素瘤(皮膚癌)、結腸癌、腎癌、前列腺癌或轉移至腦之其他類型。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於肌肉病症或神經肌肉病症之療法。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如複數個顆粒可用作用於個體之心臟病(cardiac disease/heart disease)的療法及/或改善(例如增強)心臟功能之方法。在一些實施例中，心臟病為心肌病變(例如致心律不整性右心室心肌病變、擴張性心肌病變或肥厚性心肌病變)、鬱血性心衰竭、心搏過速(例如兒茶酚胺多形性心室性心搏過速)、缺血性心臟病及/或心肌梗塞。
在一些實施例中，相對於對照(例如在接受AAV顆粒之前個體體內的靶基因、mRNA及/或mRNA水準)，向個體投與本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可增加個體體內之該等基因、mRNA及/或蛋白質水準。在個體體內，諸如但不限於在個體之CNS、CNS區或CNS之特定細胞，或肌肉、肌肉區或肌肉之細胞中，靶基因、mRNA及/或蛋白質水準可增加約30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%及100%或至少20-30%、20-40%、20-50%、20-60%、20-70%、20-80%、20-90%、20-95%、20-100%、30-40%、30-50%、30-60%、30-70%、30-80%、30-90%、30-95%、30-100%、40-50%、40-60%、40-70%、40-80%、40-90%、40-95%、40-100%、50-60%、50-70%、50-80%、50-90%、50-95%、50-100%、60-70%、60-80%、60-90%、60-95%、60-100%、70-80%、70-90%、70-95%、70-100%、80-90%、80-95%、80-100%、90-95%、90-100%或95-100%。在一些實施例中，CNS之細胞包含星狀細胞、小神經膠質細胞、皮質神經元、海馬體神經元、DRG及/或交感神經元、感覺神經元、寡樹突細胞、運動神經元或其組合。作為非限制性實例，AAV顆粒可使靶蛋白之基因、mRNA及/或蛋白質水準增加相對於基線之倍數增加。在一些實施例中，AAV顆粒導致靶基因、mRNA或蛋白質水準升高5-6倍。
在一些實施例中，相對於對照(例如在接受AAV顆粒之前個體體內的基因、mRNA及/或mRNA水準)，向個體投與本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)，例如包含編碼siRNA分子或抗體或抗體片段之核酸的AAV顆粒可減少個體體內之靶基因、mRNA及/或蛋白質水準。在個體體內，諸如但不限於在個體之CNS、CNS區或CNS之特定細胞，或肌肉、肌肉區或肌肉之細胞中，靶基因、mRNA及/或蛋白質水準可減少約30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%及100%或至少20-30%、20-40%、20-50%、20-60%、20-70%、20-80%、20-90%、20-95%、20-100%、30-40%、30-50%、30-60%、30-70%、30-80%、30-90%、30-95%、30-100%、40-50%、40-60%、40-70%、40-80%、40-90%、40-95%、40-100%、50-60%、50-70%、50-80%、50-90%、50-95%、50-100%、60-70%、60-80%、60-90%、60-95%、60-100%、70-80%、70-90%、70-95%、70-100%、80-90%、80-95%、80-100%、90-95%、90-100%或95-100%。在一些實施例中，CNS之細胞包含星狀細胞、小神經膠質細胞、皮質神經元、海馬體神經元、DRG及/或交感神經元、感覺神經元、寡樹突細胞、運動神經元或其組合。作為非限制性實例，AAV顆粒可使靶蛋白之基因、mRNA及/或蛋白質水準減少相對於基線之倍數減少。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可用於增加個體體內之靶蛋白且減少神經疾病之症狀。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可用於減少個體體內之靶蛋白且減少神經疾病之症狀。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可用於減少功能能力及日常生活活動的減退，如藉由標準評價系統(諸如但不限於總功能能力(TFC)量表)量測的。
在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼多肽，例如AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可用於改進用於量測神經疾病之症狀的任何評估的效能。此類評估包括但不限於ADAS-cog (阿茲海默氏症評估量表-認知)、MMSE (簡易精神狀態檢查)、GDS (老人憂鬱量表)、FAQ (功能活動問卷)、ADL (日常生活活動)、GPCOG (全科醫師認知評估)、Mini-Cog、AMTS (簡易智力測試量表)、畫鈡測試、6-CIT (6項認知障礙測試)、TYM (測試記憶力)、MoCa (蒙特利爾認知評估)、ACE-R (阿登布魯克認知評估)、MIS (記憶障礙篩查)、BADLS (布里斯托爾日常生活活動量表)、巴式指數、功能獨立性量度、工具性日常活動、IQCODE (老年人認知減退之訊息問卷)、神經精神評估量表(Neuropsychiatric Inventory)、科恩-曼斯菲爾激動情緒行為量表(The Cohen-Mansfield Agitation Inventory)、BEHAVE-AD、EuroQol、健康調查簡表36 (Short Form-36)及/或MBR照顧者壓力量表(MBR Caregiver Strain Instrument)，或如Sheehan B (Ther Adv Neurol Disord. 5(6):349-358 (2012))中所描述之其他測試中之任一者，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文。
在一些實施例中，本發明組合物作為單獨治療劑或作為組合治療劑投與以治療神經疾病/病症或神經退化性病症、肌肉病症或神經肌肉病症及/或神經腫瘤學病症。
編碼靶蛋白之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可與一或多種其他治療劑組合使用。在一些實施例中，組合物可在額外治療劑或醫療程序同時、之前或之後投與。一般而言，各劑將以針對該劑確定的劑量及/或時程表投與。
可與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)組合使用的治療劑可為小分子化合物，其為抗氧化劑、抗炎劑、抗細胞凋亡劑、鈣調節劑、抗麩胺酸劑、結構蛋白抑制劑、參與肌肉功能之化合物及參與金屬離子調節之化合物。作為非限制性實例，組合療法可與一或多種神經保護劑組合，該一或多種神經保護劑諸如對運動神經元退化之神經保護作用已經測試的小分子化合物、生長因子及激素。
可與本文所描述之AAV顆粒組合使用的經測試用於治療神經疾病之化合物包括但不限於膽鹼酯酶抑制劑(多奈派齊(donepezil)、卡巴拉汀(rivastigmine)、加蘭他敏(galantamine))、NMDA受體拮抗劑(諸如美金剛(memantine))、抗精神病藥、抗憂鬱劑、抗發厥藥(例如用於肌陣攣之偉伯益酸鈉及左乙拉西坦)、分泌酶抑制劑、澱粉樣蛋白聚集抑制劑、銅或鋅調節劑、BACE抑制劑、tau聚集抑制劑(諸如亞甲藍、酚噻嗪、蒽醌、N-苯胺或羅丹明)、微管穩定劑(諸如NAP、紫杉醇(taxol/paclitaxel))、激酶或磷酸酶抑制劑(諸如靶向GSK3β之抑制劑(鋰)或靶向PP2A之抑制劑)、用Aβ肽或tau磷酸-抗原決定基免疫、抗tau或抗澱粉樣蛋白抗體、多巴胺耗乏劑(例如用於舞蹈病之丁苯那嗪)、苯二氮平(例如用於肌陣攣、舞蹈病、緊張不足、強直及/或痙攣之可那氮平)、多巴胺之胺基酸前驅物(例如用於強直之左旋多巴)、骨骼肌鬆弛劑(例如用於強直及/或痙攣之巴氯芬(baclofen)、替紮尼定(tizanidine))、用於神經肌肉接合處引起肌肉麻痹之乙醯膽鹼釋放之抑制劑(例如用於磨牙症及/或緊張不足之肉毒桿菌毒素)、非典型抗精神症藥(例如用於精神病及/或應激之奧氮平及喹硫平，用於精神病、舞蹈病及/或應激之利培酮、舒必利及氟哌啶醇，用於治療抗性精神病之氯氮平，用於具有顯著陰性症狀之精神病的阿立哌唑)、選擇性血清素再攝取抑制劑(SSRI) (例如用於憂鬱、焦慮、強迫性行為及/或應激之西酞普蘭、氟西汀、帕羅西汀、舍曲林、米氮平、文拉法辛)、安眠藥(例如用於改變的睡眠-清醒週期之佐匹克隆(xopiclone)及/或吡唑坦)、抗驚厥藥(例如用於狂躁或輕躁症之偉伯益酸鈉及卡巴氮)及情緒穩定劑(例如用於狂躁或輕躁症之鋰)。
神經滋養因子可用於與本揭露之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)的組合療法中以治療神經疾病。大體上，神經滋養因子經定義為促進神經元存活、生長、分化、增殖及/或成熟，或刺激神經元活性增加之物質。在一些實施例中，本發明方法進一步包含將一或多種滋養因子遞送至需要治療之個體中。滋養因子可包括但不限於IGF-I、GDNF、BDNF、CTNF、VEGF、Colivelin、紮利羅登、促甲狀腺素釋放激素及ADNF，以及其變異體。
在一個態樣中，本文所描述之AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)可與諸如以下之表現神經滋養因子的AAV顆粒共投與：AAV-IGF-I (參見例如Vincent等人,
Neuromolecular medicine, 2004, 6, 79-85；該文獻之內容以全文引用之方式併入本文)及AAV-GDNF (參見例如Wang等人,
J Neurosci., 2002, 22, 6920-6928；該文獻之內容以全文引用之方式併入本文)。
在一些實施例中，向個體投與AAV顆粒(例如包含AAV蛋白殼變異體之AAV顆粒)將調節(例如增加或減少)靶蛋白在個體中之表現，且調節(例如增加或減少)靶蛋白之存在、水準、活性及/或表現將減少個體之神經疾病/病症或神經退化性病症、肌肉病症或神經肌肉病症、及/或神經腫瘤學病症之影響及/或症狀。
定義
除非另外定義，否則本文所用之所有技術及科學術語均具有與本發明所屬領域之一般熟習此項技術者通常所理解之相同含義。
除非相反指示或另外自上下文中明顯看出，否則諸如「一(a/an)」及「該(等)」之冠詞可能意謂一個(種)或超過一個(種)。除非相反指示或另外自上下文中明顯看出，否則若群組成員中之一個、超過一個或全部存在於、參與給定產物或製程或以其他方式與給定產物或製程相關，則在群組之一或多個成員之間包括「或」之申請專利範圍或實施方式視為滿足的。本揭露包括其中群組中之恰好一個成員存在於、參與給定產物或製程或以其他方式與給定產物或製程相關的實施例。本揭露包括其中超過一個或整個群組成員均存在於、參與給定產物或製程或以其他方式與給定產物或製程相關的實施例。
亦應注意，術語「包含」意圖為開放的，且允許但不要求包括額外元素或步驟。當在本文中使用術語「包含」時，因此亦涵蓋且揭示術語「由……組成」及「基本上由……組成」。
在給定範圍之情況下，包括端點。此外，應理解，除非另外指示或另外自上下文及一般熟習此項技術者之理解顯而易見，否則在本揭露之不同實施例中，表示為範圍的值可假設在所述範圍內的任何特定值或子範圍，除非上下文清楚地另外指示，否則直至範圍下限之單位之十分之一。
腺相關病毒：如本文所用，術語「腺相關病毒」或「AAV」係指依賴病毒屬之成員或其變異體，例如功能變異體。在一些實施例中，AAV為野生型或天然存在的。在一些實施例中，AAV為重組的。
AAV 顆粒：如本文所用，「AAV顆粒」係指包含AAV蛋白殼(例如AAV蛋白殼變異體)及多核苷酸(例如病毒基因體或載體基因體)之顆粒或病毒粒子。在一些實施例中，AAV顆粒之病毒基因體包含至少一個有效負載區及至少一個ITR。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒為包含AAV變異體之AAV顆粒。在一些實施例中，AAV顆粒能夠將編碼有效負載之核酸(例如有效負載區)遞送至細胞，通常為哺乳動物(例如人類)細胞。在一些實施例中，本揭露之AAV顆粒可以重組方式產生。在一些實施例中，AAV顆粒可來源於本文所描述的或此項技術中已知的任何血清型，包括血清型之組合(例如「假型」AAV)或來源於各種基因體(例如單股或自體互補的)。在一些實施例中，AAV顆粒可為複製缺陷及/或經靶向的。應理解，即使未明確敘述，對本揭露之AAV顆粒之提及亦包括其醫藥組合物。
投與：如本文所用，術語「投與」係指向個體提供醫藥劑或組合物。
改善：如本文所用，術語「改善(amelioration/ameliorating)」係指減輕病狀或疾病之至少一個指標的嚴重程度。舉例而言，在神經退化性病症之情況下，改善包括減少神經元損失。
擴增子：如本文所用，「擴增子」可指形成為擴增事件例如PCR之產物的任何RNA或DNA片段。在一些實施例中，全長蛋白殼擴增子可用作下一代定序(NGS)庫生成之模板。全長蛋白殼擴增子可用於選殖至DNA庫中，以進行任何額外輪數的如本文所描述之AAV選擇。
動物：如本文所用，術語「動物」係指動物界之任何成員。在一些實施例中，「動物」係指處於任何發育階段之人類。在一些實施例中，「動物」係指處於任何發育階段之非人類動物。在某些實施例中，非人類動物為哺乳動物(
例如齧齒動物、小鼠、大鼠、兔子、猴子、狗、貓、綿羊、牛、靈長類動物或豬)。在一些實施例中，動物包括但不限於哺乳動物、鳥、爬行動物、兩棲動物、魚類及蠕蟲。在一些實施例中，動物為轉殖基因動物、經基因工程改造之動物或純系。
反義股：如本文所用，術語siRNA分子之「反義股」或「第一股」或「引導股」係指與經靶向以靜默之基因之mRNA的約10-50個核苷酸，例如約15-30、16-25、18-23或19-22個核苷酸之區段實質上互補的股。反義股或第一股具有與所需靶mRNA序列足夠互補的序列，以指導靶標特異性靜默，例如足以藉由RNAi機制或過程觸發對所需靶mRNA之破壞的互補性。
大約：如本文所用，如應用於一或多個目標值之術語「大約」或「約」係指與規定參考值相似之值。在某些實施例中，除非另外規定或另外自上下文中顯而易見，否則術語「大約」或「約」係指在任一方向上(大於或小於)落入規定參考值之25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或更小內之值的範圍(此類數字將超出可能值之100%的情況除外)。
生物淘選：如本文所用，術語「生物淘選」係指AAV蛋白殼庫選擇過程，該過程包含向細胞及/或個體投與具有增強的組織特異性及/或細胞類型特異性轉導之AAV顆粒；自該經轉導的組織特異性及/或細胞類型特異性中提取由該AAV顆粒編碼之核苷酸；以及使用所提取的核苷酸以選殖至核苷酸庫中來產生AAV顆粒以用於其後續輪。
蛋白殼：如本文所用，術語「蛋白殼」係指病毒顆粒(例如AAV顆粒)之外部，例如蛋白質殼，其實質上(例如＞50%、＞60%、＞70%、＞80%、＞90%、＞95%、＞99%或100%)為蛋白質。在一些實施例中，蛋白殼為包含本文所描述之AAV蛋白殼蛋白(例如VP1、VP2及/或VP3多肽)的AAV蛋白殼。AAV蛋白殼蛋白可為野生型AAV蛋白殼蛋白或變異體，例如來自野生型或參考蛋白殼蛋白之結構及/或功能變異體，在本文中稱為「AAV蛋白殼變異體」。在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼變異體具有包封，例如囊封病毒基因體之能力且/或能夠進入細胞，例如哺乳動物細胞中。在一些實施例中，本文所描述之AAV蛋白殼變異體與野生型AAV蛋白殼(例如對應的野生型蛋白殼)之向性相比可具有經改良的向性。
互補及實質上互補：如本文所用，術語「互補」係指多核苷酸與彼此形成鹼基對之能力。鹼基對通常由反平行多核苷酸股中之核苷酸單元之間的氫鍵形成。互補的多核苷酸股可以沃森-克里克方式(例如A與T、A與U、C與G)或以任何其他允許形成雙螺旋體之方式形成鹼基對。如熟習此項技術者所知，當使用RNA而非DNA時，尿嘧啶而非胸腺嘧啶為認為與腺嘌呤互補之鹼基。然而，當在本揭露之上下文中表示U時，除非另外說明，否則隱含了取代T之能力。完美互補性或100%互補性係指一個多核苷酸股之各核苷酸單元可與第二個多核苷酸股之核苷酸單元一起形成氫鍵之情形。不完美互補性係指兩個股之核苷酸單元中之一些而非全部可與彼此形成氫鍵之情形。舉例而言，對於兩個20-mer，若各股上僅兩個鹼基對可與彼此形成氫鍵，則多核苷酸股展現出10%的互補性。在相同實例中，若各股上18個鹼基對可與彼此形成氫鍵，則多核苷酸股展現出90%的互補性。如本文所用之術語「互補」可涵蓋完全互補、部分互補或實質上互補。如本文所用，術語「實質上互補」意謂siRNA具有足以結合所需靶mRNA且觸發靶mRNA之RNA靜默之序列(例如在反義股中)。「完全互補」、「完美互補性」或「100%互補性」係指一個多核苷酸股或寡核苷酸股之各核苷酸單元可與第二個多核苷酸股或寡核苷酸股之核苷酸單元 鹼基配對之情形。
控制元件：如本文所用，「控制元件」、「調節控制元件」或「調節序列」係指提供接受者細胞中編碼序列之複製、轉錄及轉譯之啟動子區域、聚腺苷酸化信號、轉錄終止序列、上游調節域、複製起源、內部核糖體進入位點(「IRES」)、強化子及諸如此類。並非所有此等控制元件均需要始終存在，只要所選編碼序列能夠在適當宿主細胞中進行複製、轉錄及/或轉譯即可。
遞送：如本文所用，「遞送」係指遞送AAV顆粒、化合物、物質、實體、部分、貨物或有效負載之行為或方式。
元件：如本文所用，術語「元件」係指實體之單獨部分。在一些實施例中，元件可為摻入較長多核苷酸序列中的具有特定目的之多核苷酸序列。
囊封：如本文所用，術語「囊封」意謂包封、包圍或包裹。作為實例，蛋白殼蛋白(例如AAV蛋白殼變異體)通常囊封病毒基因體。在一些實施例中，囊封於蛋白殼(例如AAV蛋白殼變異體)內涵蓋蛋白殼之100%覆蓋率，以及小於100%覆蓋率，例如95%、90%、85%、80%、70%、60%或更低。舉例而言，例如在進入細胞之前，間隙或不連續可存在於蛋白殼中，只要病毒基因體保留在蛋白殼中即可。
有效量：如本文所用，術語劑之「有效量」為足以實現有益或所需結果例如臨床結果之量，因而，「有效量」視其應用之背景而定。舉例而言，在投與治療癌症之劑的情況下，劑之有效量為例如與在未投與該劑之情況下而獲得之反應相比，足以達成如本文所定義之癌症治療的量。
表現：如本文所用，核酸序列之「表現」係指以下事件中之一或多者： (1)自DNA序列產生RNA模板(
例如藉由轉錄)；(2)加工RNA轉錄本(
例如藉由剪接、編輯、5'帽形成及/或3'末端加工)；(3)將RNA轉譯成多肽或蛋白質；以及(4)多肽或蛋白質之轉譯後修飾。
調配物：如本文所用，「調配物」包括至少一種AAV顆粒(活性成分)及賦形劑，及/或非活性成分。
片段：如本文所用，「片段」係指部分。舉例而言，抗體片段可包含CDR、或重鏈可變區、或scFv等。
同
源性： 如本文所用，術語「同源性」係指聚合物分子之間，例如多核苷酸分子(
例如DNA分子及/或RNA分子)之間及/或多肽分子之間的整體相關性。在一些實施例中，若聚合物分子之序列至少為25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%一致或相似，則認為該等聚合物分子與彼此「同源」。術語「同源」必然係指至少兩個序列(多核苷酸或多肽序列)之間的比較。根據本揭露，若兩個多核苷酸序列編碼的多肽對於具有至少約20個胺基酸之至少一段為至少約50%、60%、70%、80%、90%、95%或甚至99%，則該兩個多核酸序列視為同源的。在一些實施例中，同源多核苷酸序列之特徵在於編碼具有至少4-5個獨特指定之胺基酸之段的能力。對於長度小於60個核苷酸之多核苷酸序列，同源性係由編碼具有至少4-5個獨特指定之胺基酸之段的能力確定。根據本揭露，若兩個蛋白質對於具有至少約20個胺基酸之至少一段為至少約50%、60%、70%、80%或90%一致，則兩個蛋白質序列視為同源的。
一致性： 如本文所用，術語「一致性」係指聚合物分子之間，
例如多核苷酸分子(
例如DNA分子及/或RNA分子)之間及/或多肽分子之間的整體相關性。舉例而言，可藉由出於最佳比較之目的來比對兩個序列來計算兩個多核苷酸序列之百分比一致性(
例如出於比較目的，可在第一及第二核酸序列中之一或兩者中引入間隙，以進行最佳比對，且可忽略非一致序列)。在某些實施例中，出於比較目的而比對之序列的長度為參考序列長度之至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或100%。隨後比較對應核苷酸位置處之核苷酸。當第一序列中之位置由與第二序列中之對應位置相同的核苷酸佔據時，該等分子在該位置處為一致的。考慮到為了對兩個序列進行最佳比對而需要引入之間隙數量及各間隙長度，兩個序列之間的百分比一致性隨序列共用之一致位置數量變化。序列之比較及兩個序列之間的百分比一致性之確定可使用數學演算法來完成。舉例而言，兩個核苷酸序列之間的百分比一致性可使用諸如以下文獻中所描述之彼等方法的方法來確定：Computational Molecular Biology
,Lesk, A. M.,編, Oxford University Press, New York, 1988；Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W.,編, Academic Press, New York, 1993；Sequence Analysis in Molecular Biology
,von Heinje, G., Academic Press, 1987；Computer Analysis of Sequence Data, 第I部分, Griffin, A. M.,及Griffin, H. G.,編, Humana Press, New Jersey, 1994；以及Sequence Analysis Primer, Gribskov, M.及Devereux, J.,編, M Stockton Press, New York, 1991；該等文獻中之每一者的內容以全文引用之方式併入本文。舉例而言，兩個核苷酸序列之間的百分比一致性可使用已併入ALIGN程式(版本2.0)中之Meyers及Miller (CABIOS, 1989, 4:11-17)之演算法，使用PAM120權重殘基表、為12之間隙長度罰分及為4之間隙罰分來確定。替代地，可GCG軟體包中之GAP程式、使用用NWSgapdna.CMP矩陣來確定兩個核苷酸序列之間的百分比一致性。通常用於確定序列之間百分比一致性之方法包括但不限於Carillo, H.,及Lipman, D., SIAM J Applied Math., 48:1073 (1988)中所揭示之彼等方法；該文獻以引用之方式併入本文。用於確定一致性之技術編入公開可用之電腦程式中。用以確定兩個序列之間的同源性之例示性電腦軟體包括但不限於GCG程式包(Devereux, J.,
等人 .,
Nucleic Acids Research, 12(1), 387 (1984))、BLASTP、BLASTN以及FASTA (Altschul, S. F.
等人 .,
J. Molec. Biol., 215, 403 (1990))。
抑制基因之表現：如本文所用，片語「抑制基因之表現」意謂導致基因表現產物之量減少。表現產物可為自基因轉錄之RNA (
例如mRNA)或由自基因轉錄之mRNA轉譯的多肽。通常，mRNA水準之降低導致自其轉譯之多肽水準降低。表現水準可使用用於量測mRNA或蛋白質之標準技術確定。
反向末端重複：如本文所用，術語「反向末端重複」或「ITR」係指用於將多核苷酸序列包裝至病毒蛋白殼中之順式調節元件。
經分離的：如本文所用，術語「經分離的」係指自天然狀態改變或移除(例如自與其在天然狀態上相關的組分中之至少一些改變或移除)的物質或實體。舉例而言，天然存在於活體動物中之核酸或肽不為「經分離的」，但自其天然狀態之共存物質部分或完全分離出的相同核酸或肽為「經分離的」。經分離的核酸或蛋白質可以實質上純化的形式存在，或可存在於非天然環境，例如宿主細胞中。此類多核苷酸可為載體之一部分，且/或此類多核苷酸或多肽可為組合物之一部分，且仍為經分離的，因為此種載體或組合物不為自然界中發現其之環境的一部分。在一些實施例中，經分離的核酸為重組的，例如摻入載體中。
庫：如本文所用，術語「庫」係指線性多肽、多核苷酸、病毒顆粒或病毒載體之多樣化集合。作為實例，庫可為DNA庫或AAV蛋白殼庫。
分子骨架：如本文所用，「分子骨架」為形成序列或結構基礎(據此設計或製備後續分子)之框架或起始分子。
神經疾病：如本文所用，「神經疾病」為與中樞或周邊神經系統及其組成部分(例如神經元)相關之任何疾病。
正交演化：如本文所用，術語「正交演化」係指一種方法，其中在一組任何數量之可來自不同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中投與AAV顆粒以用於第一輪如本文所描述之AAV選擇，且其中在一組任何數量之可來自不同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中或在一組任何數量之可來自相同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中進行任何額外，亦即後續AAV選擇輪數。
開放閱讀框：如本文所用，「開放閱讀框」或「ORF」係指在給定閱讀框中不含有終止密碼子的序列。
顆粒：如本文所用，「顆粒」為由至少兩種組分(蛋白質蛋白殼及包封於蛋白殼內之多核苷酸序列)構成之病毒。
有效負載區：如本文所用，「有效負載區」為編碼本揭露之一或多種「有效負載」之任何核酸序列(例如在病毒基因體內)。作為非限制性實例，有效負載區可為AAV顆粒之病毒基因體內的核酸序列，該核酸序列編碼有效負載，其中有效負載為RNAi劑或多肽。本揭露之有效負載可為但不限於肽、多肽、蛋白質、抗體、RNAi劑等。
多肽：如本文所用，「多肽」意謂最常藉由肽鍵連接在一起之胺基酸殘基(天然或非天然)的聚合物。如本文所用，該術語係指具有任何大小、結構或功能之蛋白質、多肽及肽。在一些情況下，經編碼之多肽小於約50個胺基酸，則將多肽稱為肽。若多肽為肽，則其將為至少約2、3、4或至少5個胺基酸殘基長。因此，多肽包括基因產物、天然存在之多肽、合成多肽、同源物、異種同源物、同種同源物、前述物之片段及其他等效物、變異體及類似物。多肽可為單分子或可為多分子複合體，諸如二聚體、三聚體或四聚體。該等多肽亦可包含單鏈或多鏈多肽，且可為締合的或連接的。術語多肽亦可應用於胺基酸聚合物，其中一或多個胺基酸殘基為對應天然存在之胺基酸的人工化學類似物。
多肽變異體：術語「多肽變異體」係指其胺基酸序列與天然序列或參考序列不同之分子。與天然序列或參考序列相比，胺基酸序列變異體可在胺基酸序列內之某些位置處具有取代、缺失及/或插入。在一些實施例中，變異體包含與天然序列或參考序列具有至少約50%、至少約80%或至少約90%一致性(同源性)的序列。
肽：如本文所用，「肽」小於或等於 50 個胺基酸長，例如為約5、10、15、20、25、30、35、40、45或50個胺基酸長。
醫藥學上可接受的：本文所採用之片語「醫藥學上可接受的」係指在合理的醫學診斷範圍內；適用於與人類及動物組織接觸而無過度毒性、刺激性、過敏反應或其他問題或併發症；與合理的效益/風險比相稱的彼等化合物、材料、組合物及/或劑型。
預防： 如本文所用，術語「預防(preventing/prevention)」係指部分或完全延遲感染、疾病、病症及/或病狀之發作；部分或完全延遲特定感染、疾病、病症及/或病狀之一或多種症狀、特點或臨床表現之發作；部分或完全延遲特定感染、疾病、病症及/或病狀之一或多種症狀、特點或表現之發作；部分或完全延遲感染、特定疾病、病症及/或病狀之進展；及/或降低發展與感染、疾病、病症及/或病狀相關之病理學的風險。
防治性：如本文所用，「防治性」係指用於預防疾病擴散之治療或作用過程。
防治：如本文所用，「防治」係指為維持健康且預防疾病擴散而採取之措施。
區域 (Region) ：如本文所用，術語「區域」係指區帶或一般區域(area)。在一些實施例中，當提及蛋白質或蛋白質模組時，區域可包含沿蛋白質或蛋白質模組之胺基酸的線性序列，或可包含三維區域、抗原決定基及/或抗原決定基簇。在一些實施例中，區域包含末端區域。如本文所用，術語「末端區域」係指位於給定劑之末端或終端的區域。當提及蛋白質時，末端區域可包含N端及/或C端。
在一些實施例中，當提及多核苷酸時，區域可包含沿多核苷酸之核酸的線性序列，或可包含三維區域、二級結構及/或三級結構。在一些實施例中，區域包含末端區域。如本文所用，術語「末端區域」係指位於給定劑之末端或終端的區域。當提及多核苷酸時，末端區域可包含5’端及/或3’端。
RNA 或 RNA 分子：如本文所用，術語「RNA」或「RNA分子」或「核糖核酸分子」係指核糖核苷酸之聚合物；術語「DNA」或「DNA分子」或「去氧核糖核酸分子」係指去氧核糖核苷酸之聚合物。DNA及RNA可天然地合成，例如分別藉由DNA複製及DNA之轉錄；或以化學方式合成。DNA及RNA可為單股的(亦即分別為ssRNA或ssDNA)或多股的(例如雙股，亦即分別為dsRNA及dsDNA)。如本文所用，術語「mRNA」或「信使RNA」係指編碼一或多個多肽鏈之胺基酸序列的單股RNA。
RNA 干擾或 RNAi ：如本文所用，術語「RNA干擾」或「RNAi」係指由RNA分子介導之序列特異性調節機制，其導致抑制或干擾或「靜默」對應的蛋白質編碼基因之表現。RNAi已在許多類型之生物體(包括植物、動物及真菌)中觀測到。RNAi天然存在於細胞中以移除外來RNA (例如病毒RNA)。天然RNAi經由自遊離dsRNA中裂解之片段前進，該等片段將降解機制引導到其他類似的RNA序列。RNAi由RNA誘導之靜默複合體(RISC)控制，且由細胞之細胞質中之短/小dsRNA分子起始，在該細胞質中該等分子與催化RISC組分argonaute相互作用。dsRNA分子可外源性地引入細胞中。外源dsRNA藉由活化核糖核酸酶蛋白切丁酶來起始RNAi，該切丁酶結合且裂解dsRNA以產生具有21-25個鹼基對之雙股片段，其中各端上有幾個不成對的突出鹼基。此等短的雙股片段稱為小干擾RNA (siRNA)。
RNAi 劑：如本文所用，術語「RNAi劑」係指可誘導抑制、干擾或「靜默」靶基因及/或其蛋白質產物表現之RNA分子或其衍生物。RNAi劑可剔除(幾乎消除或消除)表現，或減弱(衰減或減少)表現。RNAi劑可為但不限於dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA。
miR 結合位點：如本文所用，「miR結合位點」包含能夠經由完全或部分雜交全部或部分結合、或經由完全或部分雜交全部或部分結合至微小RNA (miR)之核酸序列(無論為RNA或DNA，例如不同之處在於RNA之「U」或DNA中之「T」)。通常，此種結合在反向補體取向上發生在miR與miR結合位點之間。在一些實施例中，miR結合位點係自編碼miR結合位點之AAV載體基因體轉錄。
在一些實施例中，miR結合位點可經串聯編碼或轉錄。此類「miR結合位點系列」或「miR BSs」可包括兩個或更多個具有相同或不同核酸序列之miR結合位點。
間隔子：如此處所用，「間隔子」大體上為位於兩個或更多個連續miR結合位點序列之間的長度為例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸之任何所選核酸序列。間隔子之長度亦可超過10個核苷酸，例如20、30、40或50個或超過50個核苷酸。
樣品：如本文所用，術語「樣品」或「生物樣品」係指其組織、細胞、核酸或組成部分之子集(例如體液，包括但不限於血液、血清、黏液、淋巴液、滑液、腦脊液、唾液、羊水、羊膜血、尿液、陰道液及精液)。
自體互補病毒顆粒：如本文所用，「自體互補病毒顆粒」為由至少兩種組分(蛋白質蛋白殼及包封於蛋白殼內之自體互補病毒基因體)構成之顆粒。
有義股：如本文所用，術語siRNA分子之「有義股」或「第二股」或「過客股」係指與反義股或第一股互補之股。siRNA分子之反義股及有義股雜交以形成雙螺旋結構。如本文所用，「siRNA雙螺旋體」包括與經靶向以靜默之基因之mRNA的約10-50個核苷酸之區段具有足夠互補性的siRNA股及具有足夠互補性以與其他siRNA股形成雙螺旋體之siRNA股。
相似性： 如本文所用，術語「相似性」係指聚合物分子之間，
例如多核苷酸分子(
例如DNA分子及/或RNA分子)之間及/或多肽分子之間的整體相關性。聚合物分子與彼此之百分比相似性的計算可採用與計算百分比一致性相同的方式進行，不同之處在於百分比相似性之計算考慮了此項技術中所理解的保守取代。
短干擾 RNA 或 siRNA ：如本文所用，術語「短干擾RNA」、「小干擾RNA」或「siRNA」係指能夠引導或介導RNAi之包含約5-60個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)的RNA分子(或RNA類似物)。較佳地，siRNA分子包含約15-30個之間的核苷酸或核苷酸類似物，諸如約16-25個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)、約18-23個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)、約19-22個之間的核苷酸(或核苷酸類似物) (例如19、20、21或22個核苷酸或核苷酸類似物)、約19-25個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)及約19-24個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)。術語「短」siRNA係指包含5-23個核苷酸，較佳21個核苷酸(或核苷酸類似物)，例如19、20、21或22個核苷酸之siRNA。術語「長」siRNA係指包含24-60個核苷酸，較佳約24-25個核苷酸，例如23、24、25或26個核苷酸之siRNA。在一些情況下，短siRNA可包括少於19個核苷酸，例如16、17或18個核苷酸，或少至5個核苷酸，前提條件為較短的siRNA保留介導RNAi之能力。同樣，在一些情況下，長siRNA可包括超過26個核苷酸，例如27、28、29、30、35、40、45、50、55個或甚至60個核苷酸，前提條件為較長的siRNA保留介導RNAi或轉譯抑制，而無需進一步加工，例如酶促加工成短siRNA之能力。siRNA可為單股RNA分子(ss-siRNA)或包含雜交以形成稱為siRNA雙螺旋體之雙螺旋結構之有義股及反義股的雙股RNA分子(ds-siRNA)。
個體：如本文所用，術語「個體」或「患者」係指
例如出於實驗、診斷、防治及/或治療目的而可投與根據本揭露之組合物之任何生物體。典型個體包括動物(
例如哺乳動物，諸如小鼠、大鼠、兔子、非人類靈長類動物及人類)及/或植物。
實質上： 如本文所用，術語「實質上」係指展現目標特徵或特性之完全或接近完全範圍或程度的定性條件。生物技術中之一般技術者將理解生物及化學現象極少(若存在)達至完成及/或進行至完成或達成或避免絕對結果。因此，術語「實質上」在本文中用於捕獲在許多生物及化學現象中固有的完全性之潛在缺乏。
靶細胞：如本文所用，「靶細胞」或「靶組織」係指任一或多種目標細胞。細胞可
活體外、
活體內、
原位或在生物體之組織或器官中發現。生物體可為動物，較佳為哺乳動物、更佳為人類且最佳為患者。
治療劑：術語「治療劑」係指在向個體投與時具有治療、診斷及/或防治作用且/或引起所需生物及/或藥理學作用之任何劑。
治療有效量：如本文所用，術語「治療有效量」意謂當向罹患或易患感染、疾病、病症及/或病狀之個體投與時，足以治療感染、疾病、病症及/或病狀、改善其症狀、對其進行診斷、預防及/或延遲其發作的待遞送之劑(
例如核酸、藥物、治療劑、診斷劑、防治劑
等)之量。在一些實施例中，治療有效量以單劑量提供。
治療有效結果：如本文所用，術語「治療有效結果」意謂在罹患或易患感染、疾病、病症及/或病狀之個體中足以治療感染、疾病、病症及/或病狀、改善其症狀、對其進行診斷、預防及/或延遲其發作的結果。
治療： 如本文所用，術語「治療」係指部分或完全減緩、改善、改進、緩解感染、疾病、病症及/或病狀、延遲其發作、抑制其進展、降低其嚴重程度及/或降低其一或多種症狀或特點之發生率。舉例而言，「治療」癌症可指抑制腫瘤之存活、生長及/或擴散。出於降低發展與疾病、病症及/或病狀相關之病理學之風險的目的，可向未展現疾病、病症及/或病狀之徵象的個體，及/或向僅展現出疾病、病症及/或病狀之早期徵象的個體投與治療。
保守胺基酸取代：如本文所用，「保守胺基酸取代」為其中胺基酸殘基經具有相似側鏈之胺基酸殘基替換的取代。此項技術中已定義了具有相似側鏈之胺基酸殘基家族。此等家族包括具有以下之胺基酸：鹼性側鏈(例如離胺酸、精胺酸、組胺酸)、酸性側鏈(例如天門冬胺酸、麩胺酸)、不帶電荷的極性側鏈(例如甘胺酸、天門醯胺酸、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)、非極性側鏈(如丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)、β-分支側鏈(例如蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及芳香族側鏈(例如酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。
變異體：如本文所用，術語「變異體」係指具有與參考序列實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%序列一致性)的胺基酸或核苷酸序列之多肽或多核苷酸。在一些實施例中，變異體為功能變異體。
功能變異體：如本文所用，術語「功能變異體」係指具有參考序列之至少一種活性的多肽變異體或多核苷酸變異體。
插入變異體：當提及多肽時，「插入變異體」為例如緊鄰胺基酸序列中之一位置或緊隨其後插入有一或多個胺基酸之變異體。「緊鄰胺基酸」或「緊隨胺基酸之後」意謂與胺基酸之α-羧基或α-胺基官能基相連。
缺失變異體：當提及多肽時，「缺失變異體」係指相對於參考蛋白缺失一或多個胺基酸之變異體。
載體：如本文所用，術語「載體」係指轉運、轉導或以其他方式充當異源分子之載劑的任何分子或部分。在一些實施例中，載體可為質體。在一些實施例中，載體可為病毒。AAV顆粒為載體之實例。本揭露之載體可以重組方式產生，且可基於及/或可包含腺相關病毒(AAV)母序列或參考序列。異源分子可為多核苷酸及/或多肽。
病毒基因體：如本文所用，術語「病毒基因體」或「載體基因體」係指囊封於AAV顆粒中之核酸序列。病毒基因體包含具有編碼有效負載之至少一個有效負載區及至少一個ITR之核酸序列。
等效實施例及範圍
本文引用之每項專利、專利申請案及公開案之揭示內容均特此以全文引用之方式併入本文。熟習此項技術者將認識到或能夠僅使用常規實驗來確定根據本文所描述之本揭露之特定實施例的許多等效實施例。本揭露之範圍不意欲局限於上述說明書，而係如隨附申請專利範圍所闡述的。
另外，應理解，落入先前技術內之本揭露之任何特定實施例可明確地自申請專利範圍中之任一或多者中排除。因為此類實施例被認為係一般熟習此項技術者已知的，因此可對其進行排除，即使本文未明確規定排除。本揭露之組合物的任何特定實施例(例如任何抗生素、治療性或活性成分；任何產生方法；任何使用方法；等等)可出於任何原因(無論是否與先前技術之存在有關)自任一或多項申請專利範圍中排除。
應理解，所用字詞為描述性字詞而非限制性字詞，且可在不偏離本揭露在其更廣泛態樣中之真實範圍及精神之情況下，在所附申請專利範圍之範圍內進行更改。
儘管本揭露已相對於幾個所描述之實施例以一定程度及一定特殊性進行了描述，但並不意欲將其限於任何此類要目或實施例或任何特定實施例，而應參考所附申請專利範圍進行解釋，以便根據先前技術提供對此類申請專利範圍的儘可能最廣泛的解釋，且因此有效地涵蓋本揭露之預期範圍。
本揭露藉由以下非限制性實例進一步說明。
實例 實例 1. 肽顯示蛋白殼庫組態
肽顯示蛋白殼庫係藉由將隨機化n-mer胺基酸(諸如但不限於5-mer、6-mer、7-mer及/或9-mer胺基酸)插入任何AAV蛋白殼血清型(包括AAV5、AAV6或AAV-DJ8，以及AAV9蛋白殼及/或其變異體)之表面暴露的高變環I、環IV、環VI及/或環VIII區來組態。編碼肽顯示蛋白殼庫之基因視所需的向性而處於任何啟動子(例如神經元特異性突觸蛋白啟動子(SYN或Syn)或星狀細胞特異性GFAP啟動子)之控制下。
肽顯示蛋白殼庫經進一步組態，使得n-mer肽插入遵循連續(contiguous/continuous)設計及/或非連續(noncontiguous/noncontinuous)或分裂設計，或其組合，其中插入位置係使用滑動窗口演算法來定位。作為非限制性實例，肽插入可為AAV9 6-mer連續肽插入，其滑動窗起源於任何胺基酸位置，例如胺基酸454-461。作為另一非限制性實例，肽插入可為AAV9 3-mer肽分裂設計或連續肽插入，其滑動窗起源於任何胺基酸位置，例如胺基酸586-588。作為又另一非限制性實例，肽插入可為AAV9 6-mer及/或7-mer肽連續肽插入，其滑動窗起源於任何胺基酸位置，例如胺基酸585-590。
任何數量之此類經組態的肽顯示蛋白殼庫可合併於細胞及/或個體，包括非人類靈長類動物(NHP)細胞及/或個體中，且經由任何途徑(包括但不限於IV及/或ICM注射)以任何VG/細胞及/或VG/個體劑量投與至任何組織(例如中樞神經系統組織)。作為非限制性實例，六個經組態的肽顯示蛋白殼庫經合併且經由1×10
14VG/NHP劑量之靜脈內投與來投與至NHP之中樞神經系統。作為另一非限制性實例，六個庫合併且經由腦室內投與，諸如但不限於2×10
13a VG/NHP劑量之作為大池內注射(ICM)的腦室內投與來投與至NHP之中樞神經系統。
實例 2. 非人類靈長類 AAV 蛋白殼庫之鑑別及設計
根據與WO2020072683中所描述之方法相似或等效的方法開發且實施用於非人類靈長類動物(NHP)之經增加神經系統組織轉導的TRACER RNA驅動的庫選擇，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文，尤其係關於TRACER方法。
生成的AAV庫例如AAV9庫係藉由任何途徑以每隻動物給定的VG劑量投與至NHP。向許多組NHP投與源自野生型AAV9側接序列之啟動子驅動(例如SYN驅動或GFAP驅動)的庫，而其他組則接受含有野生型、PHP.eB衍生或其他AAV血清型序列的合併庫。一段時間後，自組織諸如但不限於脊髓及腦組織中提取RNA。使RNA製劑經受mRNA富集。將經富集的mRNA逆轉錄為cDNA。cDNA經擴增。該方法可自組織樣品中回收豐富的擴增子。
全長蛋白殼擴增子用作NGS庫生成以及選殖至DNA庫中之模板以進行接下來的或後續輪之生物淘選。可進行任意輪數之AAV選擇。在AAV選擇輪中，獨特蛋白殼變異體之總數可能下降一倍量。蛋白殼庫可在任何步驟中與本文描述之任何其他蛋白殼庫合併或組合。
在RNA回收及PCR擴增之後，進行系統的NGS富集分析。評價蛋白殼富集率，包括與基準之比較及序列收斂性。
使用本文所描述之任何方法對肽庫候選物進行評價及最佳化，且例如使用與WO2020072683中所描述之方法相似或等效的方法進行，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文，尤其實例8、9及10之標的物。生成排名靠前的肽變異體且如WO2020072683中所描述評價轉導功效，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文，尤其實例10、12及13之標的物。
實例 3. 正交演化 AAV 蛋白殼庫之鑑別及設計
該研究涉及正交演化之用途其中可在一組任何數量之可來自不同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中投與AAV顆粒以用於第一輪AAV選擇，且其中在一組任何數量之可來自不同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中或在一組任何數量之可來自相同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中進行任何額外，亦即後續AAV選擇輪數，如圖2中所示。
根據與WO2020072683中所描述之方法類似或等效的方法開發及實施用於一組任何數量之可來自不同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中經增加之神經系統組織轉導之基於TRACER之RNA驅動的庫選擇，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文，尤其實例7之標的物。以每個個體及/或細胞之給定VG劑量，藉由任何途徑向非人類靈長類動物(NHP)、囓齒動物(例如大鼠)及/或細胞(例如人類腦微血管內皮細胞或hBMVEC)投與所生成的AAV庫，例如AAV9庫，用於第一輪AAV選擇(生物淘選)。向許多組NHP、囓齒動物及/或細胞投與源自野生型AAV9序列之啟動子驅動(例如SYN驅動或GFAP驅動)的庫，而其他組則接受含有野生型、PHP.eB衍生或其他AAV血清型序列之合併庫。一段時間後，自組織諸如但不限於脊髓及腦組織中提取RNA。使RNA製劑經受mRNA富集。將經富集的mRNA逆轉錄為cDNA。cDNA經擴增。該方法可自組織樣品中回收豐富的擴增子。
全長蛋白殼擴增子用作NGS庫生成以及選殖至DNA庫中之模板以進行接下來的或後續輪之生物淘選。在如用於上文所描述之第一輪中的一組任何數量之可來自不同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中或在如用於上文所描述之第一輪中的一組任何數量之可來自相同物種及/或品系之細胞類型及/或個體類型中進行後續輪之生物淘選。進行任意輪數之選擇。在AAV選擇輪中，獨特蛋白殼變異體之總數可能下降一倍量。蛋白殼庫可在任何步驟中與本文描述之任何其他蛋白殼庫合併或組合。
在RNA回收及PCR擴增之後，進行系統的NGS富集分析。評價蛋白殼富集率，包括與基準之比較及序列收斂性。
使用本文所描述之任何方法對肽庫候選物進行評價及最佳化，且例如使用與WO2020072683中所描述之方法相似或等效的方法進行，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文。生成排名靠前的肽變異體且如WO2020072683所示評價轉導功效。
實例 4. TRACER AAV 庫之 NHP 高通量篩選
如WO2020072683中所描述的基於TRACER之方法適用於非人類靈長類動物(NHP)中，該文獻之內容以全文引用之方式併入本文。正交演化法(例如NHP及BMVEC)與NHP中之NGS高通量篩選組合。簡言之，向非人類靈長類動物(NHP)靜脈內投與由突觸蛋白或GFAP啟動子驅動之AAV9起始庫以用於反覆進行
活體內AAV選擇(生物淘選)。所有庫均以每隻動物1e14VG (大約3e13VG/kg)之劑量靜脈內注射。正交地，使用相同的起始庫在hBMVEC細胞中進行生物淘選。在第二輪NHP中之生物淘選中，僅使用由突觸蛋白啟動子驅動之庫。一段時間(例如1個月)後，自神經組織(例如腦及脊髓)中提取RNA。在RNA回收及RT-PCR擴增之後，進行系統NGS富集分析，且鑑別表7中所示之肽。評價蛋白殼富集率，包括計算例如P2/P1讀數之比及與基準(例如AAV9)之比較。
表7中示出了相對於基準AAV9，所鑑別肽之P3 NHP腦中的候選庫富集資料。資料以倍數富集之形式提供。相對於AAV9，五十一個變異體展示出超過10倍之富集。表7中不包括相對於AAV9具有0.0富集之變異體。
表 7. NHP NGS AAV9 富集
| 肽序列 | SEQ ID NO: | 相對於AAV9 之倍數富集 | 肽序列 | SEQ ID NO: | 相對於AAV9 之倍數富集 |
| PLNGAVHLYA | 1725 | 473.7 | AQAQPPSARY | 2280 | 0.7 |
| AQARDSPKGW | 1726 | 214 | AQAGLQGTAA | 2281 | 0.7 |
| LTNGAVRDRP | 1727 | 134.4 | AQPQGSSTFA | 2282 | 0.7 |
| VQAFTHDSRG | 1728 | 88.6 | TQYRAVEGQA | 2283 | 0.7 |
| AQAYSTDVRM | 1729 | 84.8 | AQAISTQLAG | 2284 | 0.7 |
| AQAYSTDVRI | 1730 | 83.8 | AQLGSNISHA | 2285 | 0.7 |
| AQAFTAAERM | 1731 | 74.9 | AQTGLSGTVA | 2286 | 0.7 |
| AQTHLQIGVA | 1732 | 54.6 | AQRVDSSGRA | 2287 | 0.7 |
| AQSNAVLSLA | 1733 | 51.6 | AQAGLALNPN | 2288 | 0.7 |
| AQAYSTDERM | 1734 | 41.4 | AQFYSDNSLA | 2289 | 0.7 |
| AQAYSTDVRL | 1735 | 31.7 | AQAVGAPQRL | 2290 | 0.7 |
| AQATVSTLRM | 1736 | 31.5 | AQASYDDGRA | 2291 | 0.7 |
| AQAYSTDERK | 1737 | 31.2 | SSFAAVATAA | 2292 | 0.6 |
| AQAYSTDMRM | 1738 | 30.4 | AQSTLSMPLA | 2293 | 0.6 |
| VVNGAVLHVA | 1739 | 29.8 | AQASLHAPRP | 2294 | 0.6 |
| AQAYSTDVTM | 1740 | 29.7 | HAVAAVSYPA | 2295 | 0.6 |
| AQAHLQIGVA | 1741 | 23 | AQTSPVMVQA | 2296 | 0.6 |
| FLDPAVSSKA | 1742 | 22.6 | AQADITSTIS | 2297 | 0.6 |
| AQAYVSTLRM | 1743 | 21.9 | AQAAGVAMLY | 2298 | 0.6 |
| AQAQTGPPLK | 1744 | 20.1 | AQASVSTLRK | 2299 | 0.6 |
| EQASRLPTPG | 1745 | 20 | MDLKAVSSRA | 2300 | 0.6 |
| AQASVSTMRM | 1746 | 19.7 | AQASLSTLRM | 2301 | 0.6 |
| TDYSAVRLGA | 1747 | 18 | AQPRSPLPMA | 2302 | 0.6 |
| TQAYSTDVRM | 1748 | 17.9 | GQYADVSSYA | 2303 | 0.6 |
| AQALPSNERL | 1749 | 17.4 | LVGGAVVVPA | 2304 | 0.6 |
| AQAYSTDVRT | 1750 | 16.4 | AQAQSARPLA | 2305 | 0.6 |
| AQSSLPEMVA | 1751 | 16.2 | AQSLHPSTTA | 2306 | 0.6 |
| AQAGEQSTRL | 1752 | 16.1 | AQFQTDLSRA | 2307 | 0.6 |
| AQASNDVGRA | 1753 | 15.4 | RTELAVGLSA | 2308 | 0.6 |
| AQATFTASEY | 1754 | 15.3 | AQVVDNSPLA | 2309 | 0.6 |
| AKAHAGTIYS | 1755 | 14.9 | AQAVSSDSMH | 2310 | 0.6 |
| AQARTIDQCC | 1756 | 14.8 | AQASPALHTL | 2311 | 0.6 |
| AQEYNSNPKA | 1757 | 14.5 | GQYAAVASYA | 2312 | 0.6 |
| AQVVDNSTHA | 1758 | 14.5 | AQLWQSRVDA | 2313 | 0.6 |
| AQATLSVPLK | 1759 | 14.4 | GTFSAVQSTA | 2314 | 0.6 |
| AQIVMNSLKA | 1760 | 12.5 | AQAILSTIEV | 2315 | 0.6 |
| AQATMSQTMA | 1761 | 12.5 | AQNVVSTLRA | 2316 | 0.6 |
| AQALTQDERW | 1762 | 12 | AQAMLAVSPG | 2317 | 0.6 |
| AQAQLSTLRP | 1763 | 11.6 | AQATDSLVAR | 2318 | 0.6 |
| AQVVMGISVA | 1764 | 11.4 | AQASPQSSHG | 2319 | 0.6 |
| AQAYTTDVRM | 1765 | 11.4 | AQATPVHDTL | 2320 | 0.6 |
| AQHIDSMRPP | 1766 | 11.3 | LRSSAVGTAA | 2321 | 0.6 |
| AQASTGTLRL | 1767 | 11.1 | MGRGAVLDTA | 2322 | 0.6 |
| AQHRALDYYA | 1768 | 11 | AQSHLIPTPA | 2323 | 0.6 |
| AQARESPRGL | 1769 | 10.9 | AQAVLKAPIN | 2324 | 0.6 |
| AQALLAGTRV | 1770 | 10.7 | AQKIAPAFLA | 2325 | 0.6 |
| TKIQAVPWNA | 1771 | 10.7 | AGNVAVLPHA | 2326 | 0.6 |
| AQASLSSTRP | 1772 | 10.6 | AQSLGTGLHD | 2327 | 0.6 |
| AQAMGSRSDQ | 1773 | 10.4 | AQAHAMSSRP | 2328 | 0.6 |
| AQAAQGTYRG | 1774 | 10.3 | AQQGKFDMRA | 2329 | 0.6 |
| SQENAVFSKA | 1775 | 10.3 | AQALSGDGTR | 2330 | 0.6 |
| AQALSLSTRP | 1776 | 9.8 | AQTHLQIAVA | 2331 | 0.6 |
| AQAAAGTLRD | 1777 | 9.7 | AQRTQGSSWA | 2332 | 0.6 |
| AQASRLPTPG | 1778 | 9.5 | AIGSAVDLRA | 2333 | 0.6 |
| AQAGSLSERG | 1779 | 9.5 | AQAQLASGTL | 2334 | 0.6 |
| AQSKGDGFTA | 1780 | 9.4 | AQALVSAGAL | 2335 | 0.6 |
| GAGTAVTATA | 1781 | 9.3 | AQATESVPLK | 2336 | 0.6 |
| AQAQGSSSVG | 1782 | 8.8 | AQVYNSNPKA | 2337 | 0.6 |
| AQAYSTDARM | 1783 | 8.8 | AQRTTYPSSA | 2338 | 0.6 |
| ERAHAVTGLA | 1784 | 8.5 | AQAMFQQAST | 2339 | 0.6 |
| AQAYGLPKGP | 1785 | 8.4 | AQPDALVIRA | 2340 | 0.6 |
| AQAYSTEVRM | 1786 | 8.4 | AQARDISMRG | 2341 | 0.6 |
| AQAGVSTALH | 1787 | 8.2 | AQMSFGSTLA | 2342 | 0.6 |
| AQSYSTDVRM | 1788 | 8.1 | RLLSAVDQQA | 2343 | 0.6 |
| AQPLMSHTDA | 1789 | 7.9 | AQTTRSIENA | 2344 | 0.6 |
| AQAAALASRP | 1790 | 7.9 | AQVSDFSSRA | 2345 | 0.5 |
| AQAAITSTIS | 1791 | 7.8 | AQAHSRVNTE | 2346 | 0.5 |
| AQPANDGLRA | 1792 | 7.5 | AQAYSTDLRM | 2347 | 0.5 |
| AQDYSTDVRM | 1793 | 7.4 | AQALNGSAYS | 2348 | 0.5 |
| AQATLGYSTA | 1794 | 7.4 | TQYGAVEAQA | 2349 | 0.5 |
| AQATLGTIRV | 1795 | 7.3 | AQAHAGTIYS | 2350 | 0.5 |
| AQAGASDMVH | 1796 | 7 | AQDPHSMRPA | 2351 | 0.5 |
| AQAVSGTVRS | 1797 | 6.9 | AQASANIHSS | 2352 | 0.5 |
| GGTLAVVSLA | 1798 | 6.9 | AQASLQAVSM | 2353 | 0.5 |
| AQAYSADVRM | 1799 | 6.8 | AQSSHPAMVA | 2354 | 0.5 |
| AQAFAMPKGL | 1800 | 6.6 | AQANLQPRGA | 2355 | 0.5 |
| AQALVSTSRP | 1801 | 6.6 | AQAVGSSPRG | 2356 | 0.5 |
| AQASFQQAST | 1802 | 6.6 | AQTSAPSALA | 2357 | 0.5 |
| AQAMTGNDRS | 1803 | 6.3 | AQAVQLQNRG | 2358 | 0.5 |
| AQASTQSPPG | 1804 | 6.1 | AQAQGSGMVS | 2359 | 0.5 |
| NARSAVESLA | 1805 | 6.1 | AQAYPSSKSG | 2360 | 0.5 |
| AQITVSHTTA | 1806 | 6 | AQAVSDYGRG | 2361 | 0.5 |
| AQALAGYDKA | 1807 | 6 | AQMSLGATRA | 2362 | 0.5 |
| AQSTSHDTRA | 1808 | 5.9 | AQAFLNSASA | 2363 | 0.5 |
| AQAIQDRTVV | 1809 | 5.8 | AQALPSNARL | 2364 | 0.5 |
| AQSKTTLTLA | 1810 | 5.7 | AQANVSVRRE | 2365 | 0.5 |
| AQASMGTVRL | 1811 | 5.7 | AQAGASVMVH | 2366 | 0.5 |
| AQHSDTLTRA | 1812 | 5.5 | AQSLAKDQSA | 2367 | 0.5 |
| AQKEMYTSVA | 1813 | 5.5 | AQILSALSSA | 2368 | 0.5 |
| AQASPSQPLL | 1814 | 5.4 | AQSVHLSLAA | 2369 | 0.5 |
| AQAYAGTIYS | 1815 | 5.3 | AQALSASSFL | 2370 | 0.5 |
| AQARSLEPVI | 1816 | 5.3 | AQTSQLNQTA | 2371 | 0.5 |
| TQAGVSTAVH | 1817 | 5.2 | AQSNLFPTPA | 2372 | 0.5 |
| AQNTLSLSLA | 1818 | 5.2 | AQAHGRSFDT | 2373 | 0.5 |
| AQAYVSSVKM | 1819 | 5.2 | AQLGSNTILA | 2374 | 0.5 |
| AQAATSPRLG | 1820 | 5.1 | AQASMNSAKA | 2375 | 0.5 |
| GYLTAVQPQA | 1821 | 5 | AQRQAVEQSA | 2376 | 0.5 |
| LNNLAVGMTA | 1822 | 5 | AQASTGTLRH | 2377 | 0.5 |
| AQTVSVHVRA | 1823 | 5 | AQGPTYPNVA | 2378 | 0.5 |
| AQINGLVTTA | 1824 | 4.9 | AQAGPTTSKA | 2379 | 0.5 |
| AQAAITTTIS | 1825 | 4.8 | AQATTYRGMA | 2380 | 0.5 |
| AQASTFVTTI | 1826 | 4.7 | AQVTNRGMPA | 2381 | 0.5 |
| AQALYDNVPL | 1827 | 4.6 | AQAISGQAAW | 2382 | 0.5 |
| AQAAAGTWKG | 1828 | 4.6 | AQAFRGEDKG | 2383 | 0.5 |
| AQATTGTLRS | 1829 | 4.6 | AQQSMPRFVA | 2384 | 0.5 |
| GQYAADSSYA | 1830 | 4.5 | AQAGVKSTRL | 2385 | 0.5 |
| AQAGIATVRT | 1831 | 4.5 | AQATGSILLA | 2386 | 0.5 |
| AQALGHELRA | 1832 | 4.5 | AQASGHSSFS | 2387 | 0.5 |
| AQAREAIPQG | 1833 | 4.4 | AQTANDGLRA | 2388 | 0.5 |
| AQAMSGTLRM | 1834 | 4.4 | AQASQLALLA | 2389 | 0.5 |
| AQAVDRVRPP | 1835 | 4.4 | AQLVDRVPRA | 2390 | 0.5 |
| AQAPVNNDRG | 1836 | 4.3 | AQHSNGYVHA | 2391 | 0.5 |
| AQAQQVAGTM | 1837 | 4.3 | AQAAPSSSDS | 2392 | 0.5 |
| AQAEPRDTRA | 1838 | 4.3 | AQAMQRSSSA | 2393 | 0.5 |
| AQRLSEQGVA | 1839 | 4.2 | AQAASGRPTC | 2394 | 0.5 |
| AQASEGIQLS | 1840 | 4.1 | AQPRPGDSRA | 2395 | 0.5 |
| AQRQGPDPLA | 1841 | 4.1 | AQRDRANGIA | 2396 | 0.5 |
| AQVTLGSAKA | 1842 | 4.1 | AQVLAISLSA | 2397 | 0.5 |
| AQAGASLGLA | 1843 | 4 | AQAGMRDPRM | 2398 | 0.5 |
| AQAFTQDERW | 1844 | 4 | AQASSNSSRA | 2399 | 0.5 |
| AQASQTTVRS | 1845 | 4 | MHRDAVSGVA | 2400 | 0.5 |
| AQARVSSNGV | 1846 | 3.9 | AQAEMKNMPP | 2401 | 0.5 |
| AQGPLSGLRA | 1847 | 3.9 | AQSGSLLASA | 2402 | 0.5 |
| AQAYGGQSLG | 1848 | 3.9 | AQAFASQSRG | 2403 | 0.5 |
| AQANLGTVRQ | 1849 | 3.9 | AQALHLPTLQ | 2404 | 0.5 |
| AQARSDTRGL | 1850 | 3.8 | AQAKTGGMNT | 2405 | 0.5 |
| AQAGSDGPRL | 1851 | 3.8 | ISLNAVSGKA | 2406 | 0.5 |
| TDGAAVVMRA | 1852 | 3.8 | AQGVHGHYVA | 2407 | 0.5 |
| SGITAVPLHA | 1853 | 3.8 | AQAYSKDVRM | 2408 | 0.5 |
| AQAAAVGHLP | 1854 | 3.7 | VPSIAVSSHA | 2409 | 0.5 |
| AQRVEPKWIA | 1855 | 3.7 | AQSSRHDDLA | 2410 | 0.5 |
| AQAVASSPYA | 1856 | 3.7 | AQANGSGSRG | 2411 | 0.5 |
| TQYGAVEGQD | 1857 | 3.7 | AQVGIADRRA | 2412 | 0.5 |
| AQAKSHTLEG | 1858 | 3.6 | AQARGMESML | 2413 | 0.5 |
| AQTHLQIVVA | 1859 | 3.6 | AQAGVSTAGH | 2414 | 0.5 |
| AQKNEHGMLA | 1860 | 3.6 | AQVSTRNLIA | 2415 | 0.5 |
| AQITVSHTRA | 1861 | 3.6 | AQAVPRLTAG | 2416 | 0.5 |
| AQARLAPKGL | 1862 | 3.6 | AQRHMELQEA | 2417 | 0.5 |
| KTPGAVSTTA | 1863 | 3.6 | SQSRAVVWEA | 2418 | 0.5 |
| AQAFSGTIKS | 1864 | 3.6 | QSHTAVSSLA | 2419 | 0.5 |
| PLNGAVNLYA | 1865 | 3.5 | AKASVSTLRM | 2420 | 0.5 |
| AQALTQDERC | 1866 | 3.5 | AQASGSSQWA | 2421 | 0.5 |
| AQATAQVQRS | 1867 | 3.4 | AQPNAQYMKA | 2422 | 0.5 |
| AQTPALINLA | 1868 | 3.4 | AQAMGTGSSL | 2423 | 0.5 |
| AQASDRSPLL | 1869 | 3.4 | AQAFSTSQLT | 2424 | 0.5 |
| AQITVSHTMA | 1870 | 3.3 | AQAKDQSQRL | 2425 | 0.4 |
| AQATGTHLMG | 1871 | 3.3 | AQVGGNGSRA | 2426 | 0.4 |
| LDGGAVVVTA | 1872 | 3.3 | AQANGASRAV | 2427 | 0.4 |
| LTNGAVRDRA | 1873 | 3.2 | QVNKAVLDFA | 2428 | 0.4 |
| AQARGSDLRD | 1874 | 3.2 | AQETLSSTRA | 2429 | 0.4 |
| AQATFGTQRI | 1875 | 3.2 | GVYGAVHSSA | 2430 | 0.4 |
| AQALPQTNRP | 1876 | 3.1 | AQTITIENVA | 2431 | 0.4 |
| AQARSNDPVL | 1877 | 3.1 | AQALMKIADG | 2432 | 0.4 |
| AQAYLAVQNG | 1878 | 3.1 | AQANVSLQAA | 2433 | 0.4 |
| AQATQSTLRP | 1879 | 3.1 | AQSTTSHLRA | 2434 | 0.4 |
| AQALGGFGPQ | 1880 | 3.1 | AQLSNLVSVA | 2435 | 0.4 |
| LVGQAVGSRA | 1881 | 3.1 | AQANSTPTRQ | 2436 | 0.4 |
| AQSIANVVVA | 1882 | 3 | AQQRGDRAAA | 2437 | 0.4 |
| AQASPSVSRP | 1883 | 3 | AQARLGQSVG | 2438 | 0.4 |
| AQTVVVSTTA | 1884 | 3 | AQQLTYGSSA | 2439 | 0.4 |
| VKEQAVSVMA | 1885 | 3 | AQPAEKQYSA | 2440 | 0.4 |
| AQQATGTFRA | 1886 | 3 | AQAMPRSRGD | 2441 | 0.4 |
| AQAQGSSSGG | 1887 | 3 | AQGLSGRALA | 2442 | 0.4 |
| AQAHAVGPQG | 1888 | 3 | AQARVTAVDA | 2443 | 0.4 |
| AQRLETKETA | 1889 | 3 | AQVGVSTAVA | 2444 | 0.4 |
| AQLAQGIGVA | 1890 | 3 | AQTGVTSAQA | 2445 | 0.4 |
| AQAVQSSFTI | 1891 | 3 | AQALVTSSEK | 2446 | 0.4 |
| AQATYTASEY | 1892 | 2.9 | AQASPHSSMA | 2447 | 0.4 |
| AQTSSQNLKA | 1893 | 2.9 | AQALTQDEMW | 2448 | 0.4 |
| AQLVPSVAMA | 1894 | 2.9 | AQAFSTQQRL | 2449 | 0.4 |
| AQASPSAFAG | 1895 | 2.9 | AQAGSQVTQA | 2450 | 0.4 |
| AQALALVSAS | 1896 | 2.9 | AQQSTLALKA | 2451 | 0.4 |
| AQASVGTTYT | 1897 | 2.9 | AQALNGSHAA | 2452 | 0.4 |
| AQARVSSSGT | 1898 | 2.9 | AQATEGHLRS | 2453 | 0.4 |
| NSMGAVLGAA | 1899 | 2.9 | AQPMANMLMA | 2454 | 0.4 |
| AQHTDTLTRA | 1900 | 2.9 | PSTSAVSQKA | 2455 | 0.4 |
| AQPNLQPRGA | 1901 | 2.8 | AQAPPSSTEM | 2456 | 0.4 |
| AQADRHSSIV | 1902 | 2.8 | AQRERVDLAA | 2457 | 0.4 |
| SPSVAVPSQA | 1903 | 2.8 | AQASVTLPRT | 2458 | 0.4 |
| AQPGIVSTIA | 1904 | 2.8 | AQAYPSSSKA | 2459 | 0.4 |
| AQAQHSVGLP | 1905 | 2.7 | AQAHSGSAIP | 2460 | 0.4 |
| AQTNSGAILA | 1906 | 2.7 | AQSPSQSLKA | 2461 | 0.4 |
| AQDSYDVGRA | 1907 | 2.7 | AQATPPATSP | 2462 | 0.4 |
| EQAQGSSSVG | 1908 | 2.7 | CLGAAVNQCA | 2463 | 0.4 |
| AQAGVSTAVQ | 1909 | 2.7 | VLGQAVRDKA | 2464 | 0.4 |
| AQARDMLPLQ | 1910 | 2.7 | AQAQKANNVG | 2465 | 0.4 |
| AQAMVGTLRG | 1911 | 2.7 | AQTLLPVNGA | 2466 | 0.4 |
| AQPNVVSTLA | 1912 | 2.7 | AQAHGTIQRG | 2467 | 0.4 |
| AQAGHVVTSD | 1913 | 2.7 | TVYTAVGVSA | 2468 | 0.4 |
| AQAYTTDERM | 1914 | 2.7 | LGRGAVLDMA | 2469 | 0.4 |
| TAVSAVQVMA | 1915 | 2.6 | AQANVRSDQM | 2470 | 0.4 |
| AQAAAGTLRV | 1916 | 2.6 | AQARDSQKGW | 2471 | 0.4 |
| VSNEAVHARA | 1917 | 2.6 | AQTPGSRSAA | 2472 | 0.4 |
| AQVLPQSLSA | 1918 | 2.6 | AQALPSNARQ | 2473 | 0.4 |
| AQASVSTLRM | 1919 | 2.6 | AQASATSVVH | 2474 | 0.4 |
| AQAGLLLSVA | 1920 | 2.5 | AQINLGTMRA | 2475 | 0.4 |
| AQANLVTGPL | 1921 | 2.5 | AQVYNNTSAA | 2476 | 0.4 |
| AQASQHSSMA | 1922 | 2.5 | AQASANLTRG | 2477 | 0.4 |
| GYSSAVSSVA | 1923 | 2.5 | AQLRTDYTRA | 2478 | 0.4 |
| AQVGVSPAVA | 1924 | 2.5 | AQAYSTDVKM | 2479 | 0.4 |
| DGTLAVPFKA | 1925 | 2.5 | AQTSQLYQPA | 2480 | 0.4 |
| AQAPPTSTAM | 1926 | 2.5 | AQALTQEERW | 2481 | 0.4 |
| AQATPANVRG | 1927 | 2.5 | LPNGAVRDRA | 2482 | 0.4 |
| AQAGSSNFLS | 1928 | 2.5 | VTGSAVAGIA | 2483 | 0.4 |
| AQLLAQDIRA | 1929 | 2.5 | AQAFSTDVRM | 2484 | 0.4 |
| AQPSSDGYRA | 1930 | 2.5 | AQAHGPTSGV | 2485 | 0.4 |
| AQALIGTLRT | 1931 | 2.5 | AQAGVGLPIA | 2486 | 0.4 |
| SVHGAVGILA | 1932 | 2.5 | AQVNSGQARA | 2487 | 0.4 |
| AQPYVVSGAA | 1933 | 2.4 | AQAQTGPPMK | 2488 | 0.4 |
| AQWTHNITAA | 1934 | 2.4 | AQARLAPVAC | 2489 | 0.3 |
| PTNAAVRTNA | 1935 | 2.4 | LSIGAVASMA | 2490 | 0.3 |
| AHAYSTDVRM | 1936 | 2.4 | AQAQDLGVMR | 2491 | 0.3 |
| PLAAAVGMKA | 1937 | 2.4 | PTGLAVTSPA | 2492 | 0.3 |
| AQARDNSVML | 1938 | 2.4 | AQSASTSWSA | 2493 | 0.3 |
| AQAQFPRNGG | 1939 | 2.4 | AQNGSNVRNA | 2494 | 0.3 |
| GALNAVNGVA | 1940 | 2.4 | AQASISSSAT | 2495 | 0.3 |
| AQASHQQGVP | 1941 | 2.4 | AQNSHAHLAA | 2496 | 0.3 |
| SYQSAVVPQA | 1942 | 2.3 | AQAVGVKQFF | 2497 | 0.3 |
| AQSIMGTIRA | 1943 | 2.3 | AQAHLSPTHA | 2498 | 0.3 |
| AQAYVSQAQG | 1944 | 2.3 | AQPAYGSSYA | 2499 | 0.3 |
| AQATGNQAHF | 1945 | 2.3 | AQAHQARSGS | 2500 | 0.3 |
| AQVTVGTPIA | 1946 | 2.3 | AQAHTSPTQR | 2501 | 0.3 |
| AQAQTSTFRG | 1947 | 2.3 | AQAATPSSSR | 2502 | 0.3 |
| SVHMAVTVSA | 1948 | 2.2 | AQAHNSYPKV | 2503 | 0.3 |
| AQAQSTLNLG | 1949 | 2.2 | AQSSLGSSLA | 2504 | 0.3 |
| AQDQTGPPLK | 1950 | 2.2 | AQALSRSNVG | 2505 | 0.3 |
| HLAHAVSTAA | 1951 | 2.2 | AQASLSSLSG | 2506 | 0.3 |
| AQALARDSSF | 1952 | 2.2 | AQHGSSEFTA | 2507 | 0.3 |
| AQLLSGTLKA | 1953 | 2.2 | AQSALVAGVA | 2508 | 0.3 |
| AQASLLPTPG | 1954 | 2.2 | AQASSSSLRP | 2509 | 0.3 |
| AQPMAGQSTA | 1955 | 2.2 | AQTARDTGFA | 2510 | 0.3 |
| AQARSLEPDI | 1956 | 2.2 | KSVQAVRDPA | 2511 | 0.3 |
| AQFVTGNQDA | 1957 | 2.2 | AQAGSHSSVS | 2512 | 0.3 |
| AQATFKTSVP | 1958 | 2.1 | VRAHAVTGLA | 2513 | 0.3 |
| LNARAVEGPA | 1959 | 2.1 | ASHTAVGEFA | 2514 | 0.3 |
| AQALPNSGRP | 1960 | 2.1 | AQIRSEWRDA | 2515 | 0.3 |
| AQALNGSPEA | 1961 | 2.1 | AQQLARVSGA | 2516 | 0.3 |
| AQATSLHPLP | 1962 | 2 | AQAAITSTNS | 2517 | 0.3 |
| AQAVQPPLKN | 1963 | 2 | AQARDAVQLP | 2518 | 0.3 |
| AQAMLSGTRI | 1964 | 2 | AQAKELVSTS | 2519 | 0.3 |
| AQHVDLASKA | 1965 | 2 | AQGIAETLSA | 2520 | 0.3 |
| AQASFATMRP | 1966 | 2 | AQLGSGFSTA | 2521 | 0.3 |
| AQAMPLNARS | 1967 | 2 | AQNAKELERA | 2522 | 0.3 |
| AQALVGQMRG | 1968 | 2 | AQTHLQNGVA | 2523 | 0.3 |
| VVNGAVLHLA | 1969 | 2 | SGNLAVGTPA | 2524 | 0.3 |
| AQAQTAPPLK | 1970 | 2 | AQPSPGTSVA | 2525 | 0.3 |
| AQGHGDLHRA | 1971 | 2 | AQSSAAAGRA | 2526 | 0.3 |
| AQAADRSPVH | 1972 | 2 | AQAGISAAIM | 2527 | 0.3 |
| GALNAVTGVA | 1973 | 2 | AQALGYHQTG | 2528 | 0.3 |
| AQAERMASLG | 1974 | 1.9 | NAGQAVAARA | 2529 | 0.3 |
| AQAPPTTTRL | 1975 | 1.9 | AQPFGGSGYA | 2530 | 0.3 |
| AQAAVGQTLA | 1976 | 1.9 | AQAGSPSRLC | 2531 | 0.3 |
| AQSLGTGMHA | 1977 | 1.9 | AQARTIGTIA | 2532 | 0.3 |
| AQSLGSPALA | 1978 | 1.9 | AQVVSVSSRA | 2533 | 0.3 |
| AQASVSVTRP | 1979 | 1.9 | AQAGQARSMG | 2534 | 0.3 |
| AQATMSHTMA | 1980 | 1.9 | AQATRGVTAG | 2535 | 0.3 |
| AQAVQSLTVG | 1981 | 1.9 | AQQSNGYGRA | 2536 | 0.3 |
| AQSQTGTYRA | 1982 | 1.9 | AQASLAPLKS | 2537 | 0.3 |
| AQSLASVYAA | 1983 | 1.9 | AQPGANHNGA | 2538 | 0.3 |
| STKLAVHEQA | 1984 | 1.9 | LGRGAVPDTA | 2539 | 0.3 |
| AQSHLFPTPA | 1985 | 1.9 | AQHFQTASLA | 2540 | 0.3 |
| AQGTWSSSEA | 1986 | 1.9 | AQAPAGHHTR | 2541 | 0.3 |
| AQTPQGLTKA | 1987 | 1.9 | AQPSVQNSMA | 2542 | 0.3 |
| AQVSLGTQYA | 1988 | 1.9 | AQAKLSGHVS | 2543 | 0.3 |
| AQDSRLPTPG | 1989 | 1.8 | AQFGTSSPSA | 2544 | 0.3 |
| ASIQAVGVKA | 1990 | 1.8 | AQASHISSVR | 2545 | 0.3 |
| AQATMSEQRL | 1991 | 1.8 | AQALSRNGIG | 2546 | 0.3 |
| TAQAAVQGMA | 1992 | 1.8 | AQASAQVQRS | 2547 | 0.3 |
| AQAFNAAERM | 1993 | 1.8 | AQGGPHLQAA | 2548 | 0.3 |
| AQINFLSGVA | 1994 | 1.8 | AQAQSDSAFR | 2549 | 0.3 |
| PQHLAVSSEA | 1995 | 1.8 | AQTYSTDVRM | 2550 | 0.3 |
| AQALGNFPAV | 1996 | 1.8 | LARGAVLDTA | 2551 | 0.3 |
| AQANASTVRV | 1997 | 1.8 | AQASPHTLRS | 2552 | 0.3 |
| AQRIVDLTTA | 1998 | 1.8 | AQHSDTQTRA | 2553 | 0.3 |
| VRQVAVEGVA | 1999 | 1.8 | AQATPSPSAS | 2554 | 0.3 |
| AQAPASSQKL | 2000 | 1.8 | AQNQVTYSKA | 2555 | 0.3 |
| AQQIDSMRPA | 2001 | 1.7 | AQHTSVVYGA | 2556 | 0.3 |
| AQAHGTSSLF | 2002 | 1.7 | AQAQVSQMSH | 2557 | 0.3 |
| AQVNSGIALA | 2003 | 1.7 | SFLRAVKNDA | 2558 | 0.3 |
| AQLHLAETRA | 2004 | 1.7 | AQAYSTDVGM | 2559 | 0.3 |
| AQALTHDERW | 2005 | 1.7 | AKTPALINLA | 2560 | 0.3 |
| NTVRAVIMEA | 2006 | 1.7 | VSTAAVSSAA | 2561 | 0.3 |
| AQAYVAGSRP | 2007 | 1.7 | AQAPITSTIS | 2562 | 0.3 |
| AQDRAFVVSA | 2008 | 1.7 | AQTNLQTRGA | 2563 | 0.3 |
| AQAQEKQVFS | 2009 | 1.7 | AQATRLPTPG | 2564 | 0.3 |
| AQACVSTAVH | 2010 | 1.7 | PQHLAVSSAA | 2565 | 0.2 |
| AQAFTHDSRG | 2011 | 1.7 | AQASPHPSRP | 2566 | 0.2 |
| AQASHQGTVG | 2012 | 1.7 | AQAQPAGQRG | 2567 | 0.2 |
| AQAVLVTEQG | 2013 | 1.7 | AQPQRQGVQA | 2568 | 0.2 |
| AQAVVSTAVH | 2014 | 1.7 | AQHVAGSSNA | 2569 | 0.2 |
| AQATSRETKG | 2015 | 1.7 | AQVPIQMGVA | 2570 | 0.2 |
| YQQPAVSSRA | 2016 | 1.6 | AQATVSVPLK | 2571 | 0.2 |
| AQANMGLSLS | 2017 | 1.6 | AQISVSHTRA | 2572 | 0.2 |
| AQWTSSMSEA | 2018 | 1.6 | SLVGPVAQMA | 2573 | 0.2 |
| AQASISIMST | 2019 | 1.6 | AQPRLNLTEA | 2574 | 0.2 |
| AQASVAPLTC | 2020 | 1.6 | AQASQEYSRL | 2575 | 0.2 |
| AQLVTVEKQA | 2021 | 1.6 | AQKSLAFDSA | 2576 | 0.2 |
| AQAATAGEKL | 2022 | 1.6 | AQALGHSHHC | 2577 | 0.2 |
| AQALSHGPGG | 2023 | 1.6 | AQAAQTGRPI | 2578 | 0.2 |
| AQSNAHIEIA | 2024 | 1.6 | AQASGTSVRQ | 2579 | 0.2 |
| AQARSSSTGI | 2025 | 1.6 | AQAMGTASYC | 2580 | 0.2 |
| AQAVGGDVTR | 2026 | 1.6 | AQISHNHPQA | 2581 | 0.2 |
| AQAPRTVYQG | 2027 | 1.6 | AQAYSTYVRM | 2582 | 0.2 |
| AQALHNLGPA | 2028 | 1.6 | AQVGKLDIRA | 2583 | 0.2 |
| VRMGAVSDNA | 2029 | 1.6 | AQLKQGGINA | 2584 | 0.2 |
| AQAFRTSQFT | 2030 | 1.6 | AQASAHFREP | 2585 | 0.2 |
| AQSSATMQRA | 2031 | 1.5 | AQALDTVLSA | 2586 | 0.2 |
| AQTLAETYRA | 2032 | 1.5 | GAGTAVGNIA | 2587 | 0.2 |
| AQANGSIVLN | 2033 | 1.5 | AQANGSATYA | 2588 | 0.2 |
| AQARVADQLP | 2034 | 1.5 | AQTQLAQQKA | 2589 | 0.2 |
| AQAVKQGLYE | 2035 | 1.5 | AQYVTTVSPA | 2590 | 0.2 |
| AQAFSDGLKS | 2036 | 1.5 | SQFSAVTVTA | 2591 | 0.2 |
| AQVSVTPVKA | 2037 | 1.5 | AQAASDSFRY | 2592 | 0.2 |
| VNGRAVSMMA | 2038 | 1.5 | AQASPASVTR | 2593 | 0.2 |
| SLVGAVAQMA | 2039 | 1.5 | AQARDSGMFL | 2594 | 0.2 |
| AQARVSPVGL | 2040 | 1.5 | AQSKTTLTLS | 2595 | 0.2 |
| AQSNTTLTLA | 2041 | 1.5 | AQLVQESLSA | 2596 | 0.2 |
| AQTSTEHLRA | 2042 | 1.5 | AQAALKSLAG | 2597 | 0.2 |
| AQAGMGINLP | 2043 | 1.5 | AQAVPNQGQK | 2598 | 0.2 |
| AQANAHSLTL | 2044 | 1.5 | AQALSRSSLG | 2599 | 0.2 |
| AQARFTTTEM | 2045 | 1.5 | AQAGSVMSRV | 2600 | 0.2 |
| AQLGYQEVKA | 2046 | 1.4 | AQMATVTPMA | 2601 | 0.2 |
| AQAGQHASVF | 2047 | 1.4 | AQARTASGID | 2602 | 0.2 |
| AQATGSNPRG | 2048 | 1.4 | SHSSAVSHPA | 2603 | 0.2 |
| AQAPVSPSIP | 2049 | 1.4 | AQADRMRTTA | 2604 | 0.2 |
| AQTTLGVGTA | 2050 | 1.4 | AQNAQNRALA | 2605 | 0.2 |
| AQASHLVSLA | 2051 | 1.4 | AQAASNAYSS | 2606 | 0.2 |
| AQAPLTGLSV | 2052 | 1.4 | AQATFQQAST | 2607 | 0.2 |
| AQVSTSTLRA | 2053 | 1.4 | AQVYTISTPA | 2608 | 0.2 |
| AQVQLGTLKA | 2054 | 1.4 | AQTVIAVGVA | 2609 | 0.2 |
| AQAHVSVSER | 2055 | 1.4 | LARGAVPPTA | 2610 | 0.2 |
| AQLLLSGQTA | 2056 | 1.4 | AQMLQTSVLA | 2611 | 0.2 |
| TTSSAVLTPA | 2057 | 1.4 | AQARQVSPLL | 2612 | 0.2 |
| AQFGADTVNA | 2058 | 1.4 | AQAGQMSNAR | 2613 | 0.2 |
| AQTFSSDNLA | 2059 | 1.4 | AQTPALIKLA | 2614 | 0.2 |
| AQIHPANSRA | 2060 | 1.4 | AQAYTTDVRK | 2615 | 0.2 |
| AQSIGQFPVA | 2061 | 1.3 | VVKGAVLHVA | 2616 | 0.2 |
| AQVISPENLA | 2062 | 1.3 | AQDTVSVPLK | 2617 | 0.2 |
| AQALSAISAT | 2063 | 1.3 | AQKGAPSLQA | 2618 | 0.2 |
| AQAGVSASQM | 2064 | 1.3 | AQASYDVGRA | 2619 | 0.2 |
| AQASTKTPLP | 2065 | 1.3 | AQGPLSGMRA | 2620 | 0.2 |
| AQAPPSTTAM | 2066 | 1.3 | AQALGTSVPA | 2621 | 0.2 |
| AQAVSSDRMH | 2067 | 1.3 | AQVNKGASTA | 2622 | 0.2 |
| AQAGSVTMRL | 2068 | 1.3 | AQLTRTSPVA | 2623 | 0.2 |
| AQAVLLGGAV | 2069 | 1.3 | AQADAALRFS | 2624 | 0.2 |
| AQAQRDMVTT | 2070 | 1.3 | AQVQLVVSPA | 2625 | 0.2 |
| AQAHHGSSLG | 2071 | 1.3 | AQAYSSDVRM | 2626 | 0.2 |
| VLSSAVGQRA | 2072 | 1.3 | AQARSGLSLP | 2627 | 0.2 |
| AQAAGSVLLG | 2073 | 1.3 | AQNGHKFTAA | 2628 | 0.2 |
| AQAYPTDVRM | 2074 | 1.3 | AQGLSSATKA | 2629 | 0.2 |
| AQWSRDAQSA | 2075 | 1.3 | AQGTWSTVKA | 2630 | 0.2 |
| AQQGLDMGRA | 2076 | 1.3 | AQASGVGGRI | 2631 | 0.2 |
| AQAAQNHALV | 2077 | 1.3 | AQTSYPAQKA | 2632 | 0.2 |
| AQRSQIVEVA | 2078 | 1.3 | AQNAVPTHSA | 2633 | 0.2 |
| AQMSDVSGRA | 2079 | 1.3 | AQSYPEITRA | 2634 | 0.2 |
| AKALTQDERW | 2080 | 1.3 | AQTGLSTSSA | 2635 | 0.2 |
| AQAVSSSTLT | 2081 | 1.3 | AQYDTHNFAA | 2636 | 0.2 |
| AQPSRLPTPG | 2082 | 1.3 | AQAVLSSVIQ | 2637 | 0.2 |
| RTSTAVLDFA | 2083 | 1.3 | AQDSAVALMA | 2638 | 0.2 |
| AQDLSSSIRA | 2084 | 1.3 | AQATGKGALP | 2639 | 0.2 |
| AQLLDGLTSA | 2085 | 1.3 | AQNSRSGHDA | 2640 | 0.2 |
| AQALIGLSKP | 2086 | 1.3 | AQAFQKEPSV | 2641 | 0.2 |
| AQASGTVRPP | 2087 | 1.2 | AQAGSTSGKM | 2642 | 0.2 |
| AQLLDTRYKA | 2088 | 1.2 | AQRDQAHSQA | 2643 | 0.2 |
| AQAPNTSFTA | 2089 | 1.2 | AQAASALSGR | 2644 | 0.2 |
| AQTHLQIGVD | 2090 | 1.2 | AQARHSSLLP | 2645 | 0.2 |
| AQRLDTSQVA | 2091 | 1.2 | AQGPGTSYLA | 2646 | 0.2 |
| AQRTQDTLSA | 2092 | 1.2 | FLAPAVSSKA | 2647 | 0.2 |
| AQADIQSHAL | 2093 | 1.2 | AQAGPQCSSC | 2648 | 0.2 |
| PNMNAVGIKA | 2094 | 1.2 | AQALTQHERW | 2649 | 0.2 |
| AQAGVSTAVH | 2095 | 1.2 | AQAIRSSERV | 2650 | 0.2 |
| AQASGKTFIG | 2096 | 1.2 | AQAVHSSSVY | 2651 | 0.2 |
| AQAGVQSTRL | 2097 | 1.2 | AQSSRTALAA | 2652 | 0.2 |
| AQAQGAYPLV | 2098 | 1.2 | AQITFSHTRA | 2653 | 0.2 |
| AQPYSTDVRM | 2099 | 1.2 | AQALTLSGGL | 2654 | 0.2 |
| SSSVAVVTLA | 2100 | 1.2 | AQAGKTLSVL | 2655 | 0.2 |
| AQTYNGLNKA | 2101 | 1.2 | AQASRSNLDN | 2656 | 0.2 |
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| AQRGSENEKA | 2103 | 1.2 | AQQSVAYNVA | 2658 | 0.2 |
| PITNAVLKTA | 2104 | 1.2 | AQHTLRLSSA | 2659 | 0.2 |
| TNSYAVSSPA | 2105 | 1.2 | AQAGGTPNKL | 2660 | 0.2 |
| PYQTAVAGAA | 2106 | 1.1 | AQAFQSLTLA | 2661 | 0.2 |
| GPALAVLGRA | 2107 | 1.1 | AQAVALSHQE | 2662 | 0.2 |
| LSISAVPAKA | 2108 | 1.1 | AQMLASGIPA | 2663 | 0.2 |
| AQTLGPLPHA | 2109 | 1.1 | AQNRALDSYA | 2664 | 0.2 |
| AQAQQPLAHV | 2110 | 1.1 | AQASGSTTRN | 2665 | 0.2 |
| AQTDGAWSKA | 2111 | 1.1 | AQARGDGYVA | 2666 | 0.2 |
| AQALSGPPSI | 2112 | 1.1 | DARVAVLDFA | 2667 | 0.2 |
| AQASSPSTRG | 2113 | 1.1 | AQAVASQVSR | 2668 | 0.2 |
| AQASLASNRP | 2114 | 1.1 | AQARGPSPAT | 2669 | 0.2 |
| AQNMALSTVA | 2115 | 1.1 | AQHRALDSYD | 2670 | 0.2 |
| AQHSDTMTRA | 2116 | 1.1 | AQLIDSTSRA | 2671 | 0.2 |
| AQAMPRYPPL | 2117 | 1.1 | AQAQTLSRGS | 2672 | 0.2 |
| AQHIDSMSPA | 2118 | 1.1 | AQFRSAITSA | 2673 | 0.2 |
| AQALPGTSRV | 2119 | 1.1 | AQANMTKQSL | 2674 | 0.2 |
| AQAKSTQDVQ | 2120 | 1.1 | AQNAGSTSRA | 2675 | 0.2 |
| AQPLVSASKA | 2121 | 1.1 | VLGSAVTGRA | 2676 | 0.2 |
| AQAMSGTLRK | 2122 | 1.1 | AQPMLQSSSA | 2677 | 0.2 |
| AQTLILGAHA | 2123 | 1.1 | AQLGTPSLSA | 2678 | 0.2 |
| AQAGQARSQG | 2124 | 1.1 | AQATAHTGVP | 2679 | 0.2 |
| AQRKDLSLVA | 2125 | 1.1 | AQAVGRDNRL | 2680 | 0.2 |
| AQALSAPMSL | 2126 | 1.1 | AQATSASVWA | 2681 | 0.2 |
| TNSLAVGMRA | 2127 | 1.1 | AQAGSEASLR | 2682 | 0.2 |
| AQAPIGTVRP | 2128 | 1.1 | AQANQNRTAF | 2683 | 0.2 |
| FIQAAVSSSA | 2129 | 1.1 | AQASAQVKRS | 2684 | 0.2 |
| AQAEKPTHLL | 2130 | 1.1 | AQATSGVHHP | 2685 | 0.2 |
| AQALSGDTTR | 2131 | 1.1 | AQTHMQIGVA | 2686 | 0.2 |
| AQAYIASGGT | 2132 | 1.1 | AQSHIFPTPA | 2687 | 0.2 |
| QLNQAVGTLA | 2133 | 1.1 | AQLFHTGSPA | 2688 | 0.2 |
| AQASGALDRP | 2134 | 1.1 | LASRAVVGTA | 2689 | 0.2 |
| AQAQDTALRA | 2135 | 1.1 | AQALLRVGVG | 2690 | 0.2 |
| AQAQAGMARG | 2136 | 1.1 | AQITLPSGTA | 2691 | 0.2 |
| AQAQGSSAVG | 2137 | 1.1 | AQAEKSLGRQ | 2692 | 0.2 |
| AQLLRDIGPA | 2138 | 1.1 | AQTSNTTTRA | 2693 | 0.2 |
| VDRGAVTQMA | 2139 | 1.1 | AQAHTQASYM | 2694 | 0.2 |
| AQAVNVSKGS | 2140 | 1.1 | AQERGASSSA | 2695 | 0.2 |
| SVNTAVESLA | 2141 | 1.1 | AQATPSSTAM | 2696 | 0.2 |
| AQARLPHTSS | 2142 | 1.1 | AQSTVNRTYA | 2697 | 0.2 |
| AQRNGSEVVA | 2143 | 1.1 | AQAGHGPSTR | 2698 | 0.2 |
| AQATDRVDRP | 2144 | 1.1 | AQLSLVPLQA | 2699 | 0.2 |
| AQASLSRERT | 2145 | 1.1 | AQLHSPIPSA | 2700 | 0.2 |
| AQAYSTHVRM | 2146 | 1.1 | AQSLARDGLA | 2701 | 0.2 |
| AQHLSAGPTA | 2147 | 1.1 | AQAPPSSPAM | 2702 | 0.2 |
| LNGGAVSLRA | 2148 | 1 | TQYGAVERQA | 2703 | 0.1 |
| AQAYGVSSVT | 2149 | 1 | AQAGQARSLA | 2704 | 0.1 |
| AQFGSAVQLA | 2150 | 1 | AQPVGRVPPA | 2705 | 0.1 |
| AQAPPTSTRL | 2151 | 1 | AQAREQRGPV | 2706 | 0.1 |
| AQVSTNWPKA | 2152 | 1 | AQKTSLLWEA | 2707 | 0.1 |
| AQTSTDLSRA | 2153 | 1 | AQGSGKNLIA | 2708 | 0.1 |
| AQAHSTDVRM | 2154 | 1 | AQASEGHQLS | 2709 | 0.1 |
| AQATLTGHVS | 2155 | 1 | AQALHAGHHP | 2710 | 0.1 |
| AQATTQGALT | 2156 | 1 | AQSKRDDPSA | 2711 | 0.1 |
| AQAAKASDRT | 2157 | 1 | AQTSRELRMA | 2712 | 0.1 |
| AQGNEHGGRA | 2158 | 1 | AQALPASGAR | 2713 | 0.1 |
| AQALSTSLLL | 2159 | 1 | AQSNALLSLA | 2714 | 0.1 |
| AQASLGSTYL | 2160 | 1 | AQASPVVGVS | 2715 | 0.1 |
| AQAFSTVGAV | 2161 | 1 | AQARGDSYMA | 2716 | 0.1 |
| AQLNGLVTTA | 2162 | 1 | AQAGASSLTV | 2717 | 0.1 |
| AQASVRTLRM | 2163 | 1 | AQALRPVNGT | 2718 | 0.1 |
| AQATMSRPWQ | 2164 | 1 | AQVRSGPTLA | 2719 | 0.1 |
| AQSSLPAMVA | 2165 | 1 | AQFPPLSRSA | 2720 | 0.1 |
| RETVAVGQYA | 2166 | 1 | AQVARGTVQA | 2721 | 0.1 |
| AQAFGSEGRS | 2167 | 1 | AQTSTQSPPG | 2722 | 0.1 |
| SSGTAVEHRA | 2168 | 1 | AQARDGMNVR | 2723 | 0.1 |
| FGTNAVIPRA | 2169 | 1 | AQAVSRNVVV | 2724 | 0.1 |
| AQAGQARSLG | 2170 | 1 | AQHTATRSVA | 2725 | 0.1 |
| AQSFSSDNMA | 2171 | 1 | AQAVREDGHA | 2726 | 0.1 |
| AQMNGLTGKA | 2172 | 1 | TNSSAVAASA | 2727 | 0.1 |
| AQQNGKQHLA | 2173 | 1 | AQATFQLAST | 2728 | 0.1 |
| AQHIDSIRPA | 2174 | 1 | AQAHHQQTSL | 2729 | 0.1 |
| AQAADRLSTL | 2175 | 1 | AQGQHAHMMA | 2730 | 0.1 |
| AQFGLKDIRA | 2176 | 1 | AQATSSLHVL | 2731 | 0.1 |
| AQAHQGGATL | 2177 | 1 | AQAPNSGLAM | 2732 | 0.1 |
| AQATYNSPKP | 2178 | 1 | SASRAVLDFA | 2733 | 0.1 |
| AQAMSNMLRN | 2179 | 0.9 | AQARGEQRFV | 2734 | 0.1 |
| VPISAVMSTA | 2180 | 0.9 | AQTHLQIRVA | 2735 | 0.1 |
| AQHSLGNTVA | 2181 | 0.9 | AQAPPSSKAM | 2736 | 0.1 |
| AQATSALSRL | 2182 | 0.9 | AQIVSKAMPA | 2737 | 0.1 |
| AQADRQTFPV | 2183 | 0.9 | AQASVRNNPS | 2738 | 0.1 |
| AQAVNSMSIG | 2184 | 0.9 | AQAESRVAAL | 2739 | 0.1 |
| AQALAIVSKN | 2185 | 0.9 | LTNGAVRDRT | 2740 | 0.1 |
| AQGQLQERFA | 2186 | 0.9 | AQGRLAGSLA | 2741 | 0.1 |
| AQFNGASAHA | 2187 | 0.9 | AQAGQDSARR | 2742 | 0.1 |
| AQLGGQSPVA | 2188 | 0.9 | AQAASRLGAV | 2743 | 0.1 |
| AQANGAYTDN | 2189 | 0.9 | AQALARGMAS | 2744 | 0.1 |
| AQNLSSSEPA | 2190 | 0.9 | AQASRGLSMG | 2745 | 0.1 |
| AQSAIVLTTA | 2191 | 0.9 | AQAQASSYGS | 2746 | 0.1 |
| ITRSAVPDVA | 2192 | 0.9 | AKASRLPTPG | 2747 | 0.1 |
| GALKAVTGVA | 2193 | 0.9 | AQSLSRASTA | 2748 | 0.1 |
| AQAVGQDYLR | 2194 | 0.9 | AQASTFVQTI | 2749 | 0.1 |
| AQVTLNTPLA | 2195 | 0.9 | AQASSKVVAA | 2750 | 0.1 |
| AQALTQDDRW | 2196 | 0.9 | AQAYRNGEAA | 2751 | 0.1 |
| AQAYSTNVRM | 2197 | 0.9 | AQAYSTGVRM | 2752 | 0.1 |
| AQAVAAPASL | 2198 | 0.9 | AQAVSSRSMG | 2753 | 0.1 |
| AQANPVSIMS | 2199 | 0.9 | AQARGGLATP | 2754 | 0.1 |
| AQASMQAVKD | 2200 | 0.9 | AQAGHSGVRA | 2755 | 0.1 |
| AQAVGGHSVA | 2201 | 0.9 | AQPSYHGGAA | 2756 | 0.1 |
| AQAVAASTRL | 2202 | 0.9 | AQRVNQVSTA | 2757 | 0.1 |
| GGTHAVSSFA | 2203 | 0.9 | AQAAFQQAST | 2758 | 0.1 |
| AQAADSSGFR | 2204 | 0.9 | AQAVPGSPRA | 2759 | 0.1 |
| AQQSHVPQTA | 2205 | 0.9 | AQLSLSPLAA | 2760 | 0.1 |
| AQARVGNTNV | 2206 | 0.9 | AQANMTVRVS | 2761 | 0.1 |
| AQTVSYSDLA | 2207 | 0.9 | AQATRSSGDP | 2762 | 0.1 |
| AQAEHGLARS | 2208 | 0.9 | AQVASNATRA | 2763 | 0.1 |
| AQASNYPVAA | 2209 | 0.9 | AQTNQQPRGA | 2764 | 0.1 |
| VLLSAVGMAA | 2210 | 0.9 | AQRLQNDHLA | 2765 | 0.1 |
| AQALSGQNRG | 2211 | 0.9 | AQAPVQLGRP | 2766 | 0.1 |
| AQAWGQETRQ | 2212 | 0.9 | AQRQGPDTLA | 2767 | 0.1 |
| AQGYSTDVRM | 2213 | 0.9 | AQHTLSNHMA | 2768 | 0.1 |
| AQAGSVMSRE | 2214 | 0.8 | AQLSGMVNRA | 2769 | 0.1 |
| AQAGSLSARG | 2215 | 0.8 | AQDRQVSSRA | 2770 | 0.1 |
| AQATALAPKS | 2216 | 0.8 | AQRQLSTSLA | 2771 | 0.1 |
| AQAIRQNGSS | 2217 | 0.8 | AQQRPTVSFA | 2772 | 0.1 |
| AQLQDNLQLA | 2218 | 0.8 | AQAKPHSQLD | 2773 | 0.1 |
| AKAYSTDVRM | 2219 | 0.8 | AQAGRVNHPP | 2774 | 0.1 |
| AQSVDRTLLA | 2220 | 0.8 | AQAINSQSMR | 2775 | 0.1 |
| AQAGQNSRLP | 2221 | 0.8 | AQYSTAVMSA | 2776 | 0.1 |
| AQTNLQPRGA | 2222 | 0.8 | SQARAVERSA | 2777 | 0.1 |
| PNTIAVGQRA | 2223 | 0.8 | AQAYKSSSVG | 2778 | 0.1 |
| AQAHATLSLS | 2224 | 0.8 | AQASTPGLYP | 2779 | 0.1 |
| NHLRAVGSPA | 2225 | 0.8 | AQSRTSMLAA | 2780 | 0.1 |
| AQETDRNLRA | 2226 | 0.8 | AQLFSSNMPA | 2781 | 0.1 |
| AQARAETSGS | 2227 | 0.8 | AQAYCTDVRM | 2782 | 0.1 |
| AQHRELDSYA | 2228 | 0.8 | AQTMSRGFVA | 2783 | 0.1 |
| AQRHTSDVLA | 2229 | 0.8 | AQALNGYPAA | 2784 | 0.1 |
| AQVGQTSSWA | 2230 | 0.8 | AQAQTGHPLK | 2785 | 0.1 |
| AQANSAALLM | 2231 | 0.8 | AQASSNSQYR | 2786 | 0.1 |
| AQAIIERTAT | 2232 | 0.8 | AQAAIKSTIS | 2787 | 0.1 |
| AQSSRYEEKA | 2233 | 0.8 | AQSTLNLRPA | 2788 | 0.1 |
| QATGAVNPRA | 2234 | 0.8 | AQATLSPGSG | 2789 | 0.1 |
| AQASYSVSVG | 2235 | 0.8 | AQANGSGTGR | 2790 | 0.1 |
| AQQGHTVNNA | 2236 | 0.8 | STSLAVAGRA | 2791 | 0.1 |
| AQASLPISTR | 2237 | 0.8 | AQASNLSAYR | 2792 | 0.1 |
| AQHIDSMRPT | 2238 | 0.8 | AQASRQVLVA | 2793 | 0.1 |
| AQAQDTENMR | 2239 | 0.8 | NEVRAVFFEA | 2794 | 0.1 |
| RTGAAVTGAA | 2240 | 0.8 | AKAQGSSSVG | 2795 | 0.1 |
| AQASSVRGMG | 2241 | 0.8 | ARGSAVQSQA | 2796 | 0.1 |
| AQPGIESTIA | 2242 | 0.8 | AVRVAVSSSA | 2797 | 0.1 |
| AQHVDLDSKA | 2243 | 0.8 | AQAFSTSQFK | 2798 | 0.1 |
| AQATTVPALG | 2244 | 0.8 | AQGTSSQRTA | 2799 | 0.1 |
| AQVNPTPQKA | 2245 | 0.8 | AQATMSQTIA | 2800 | 0.1 |
| AQAGYISSAS | 2246 | 0.8 | AQSANRSTLA | 2801 | 0.1 |
| AQTLILGDPA | 2247 | 0.8 | AQRDLAHSKA | 2802 | 0.1 |
| AQAASGLTMM | 2248 | 0.8 | AQASKVGLYA | 2803 | 0.1 |
| AQALERPPSG | 2249 | 0.8 | AQAYYTDVRM | 2804 | 0.1 |
| TTYDAVHSKA | 2250 | 0.8 | AQAGLRDPRA | 2805 | 0.1 |
| AQAMLDSANG | 2251 | 0.7 | AQAFSQATGA | 2806 | 0.1 |
| AQAMHQTDKF | 2252 | 0.7 | AQVAGMSVRA | 2807 | 0.1 |
| KSTVAVQSVA | 2253 | 0.7 | AQAGQSSFTI | 2808 | 0.1 |
| AQATAGTLIG | 2254 | 0.7 | AQKEMRSQGA | 2809 | 0.1 |
| GLKSAVTHVA | 2255 | 0.7 | AQNYSSGVRA | 2810 | 0.1 |
| AQAHSAYQGA | 2256 | 0.7 | AQITVSYTRA | 2811 | 0.1 |
| AQSFSSDNLA | 2257 | 0.7 | AQAQQPRSSI | 2812 | 0.1 |
| AQLNMAASVA | 2258 | 0.7 | WTSGAVPGKA | 2813 | 0.1 |
| AQFSQAYNAA | 2259 | 0.7 | AQFKPSQVIA | 2814 | 0.1 |
| AQHLTAGLRA | 2260 | 0.7 | RQGQAVGSSA | 2815 | 0.1 |
| AQAHTVSPHL | 2261 | 0.7 | AQSISPHYAA | 2816 | 0.1 |
| GILGAVLPRA | 2262 | 0.7 | AQARSLNEYK | 2817 | 0.1 |
| AQHNSSSLLA | 2263 | 0.7 | AQAASSRLMA | 2818 | 0.1 |
| AQAPQVAGTM | 2264 | 0.7 | AQAYSTDGRM | 2819 | 0.1 |
| AQHQDSRPMA | 2265 | 0.7 | AQASVPRVMG | 2820 | 0.1 |
| AQRFQETGLA | 2266 | 0.7 | AQGQMPRYPA | 2821 | 0.1 |
| AQLTVSHTRA | 2267 | 0.7 | AQASSGMKPC | 2822 | 0.1 |
| AQANLRTTMG | 2268 | 0.7 | AQPLRSSLSA | 2823 | 0.1 |
| AQAGLRDPRM | 2269 | 0.7 | AQNSASQSQA | 2824 | 0.1 |
| AQHLLHGTAA | 2270 | 0.7 | AQGHLSGLRA | 2825 | 0.1 |
| RNQGAVASLA | 2271 | 0.7 | AQRAQSGVAA | 2826 | 0.1 |
| AQAGSSSVTW | 2272 | 0.7 | AQANPRLQDK | 2827 | 0.1 |
| AQPHLQIGVA | 2273 | 0.7 | AQAPRTATLG | 2828 | 0.1 |
| AQANSGAVLA | 2274 | 0.7 | AQRTASLSQA | 2829 | 0.1 |
| AQLLGDAVKA | 2275 | 0.7 | AQGNPGLLRA | 2830 | 0.1 |
| SSGNAVSSLA | 2276 | 0.7 | MSSHAVGNRA | 2831 | 0.1 |
| AQVSVTMALA | 2277 | 0.7 | AQLAPKASPA | 2832 | 0.1 |
| AQYHTRGFAA | 2278 | 0.7 | AQTTQGRERA | 2833 | 0.1 |
| AQSTTKGTLA | 2279 | 0.7 | AQASGKSTSS | 2834 | 0.1 |
| AQAPHQHSMK | 2835 | 0.1 |
來自NHP生物淘選之肽變異體子集展示出相對於AAV9及PHP.B對照極強烈且一致的富集。此外，SEQ ID NO: 1725之肽不僅在腦中展示出相對於AAV9之強富集，且亦在脊髓中展示出強富集，因為其導致在脊髓中相對於AAV9 125.6倍的富集。在移除最不可靠的變異體後，鑑別出一組22個相對於AAV9，富集因數在7倍至＞400倍範圍內之變異體。將此等變異體交叉參考經平行篩選的非合成PCR擴增庫，且12個候選物在兩項檢定中均展示出可靠的富集及高度一致性。在此等變異體中，保留5個在兩項檢定中富集得分最高且在動物及組織中一致性最高的候選物以進行個別評價。如上表3中所示，候選蛋白殼標記為TTD-001、TTD-002、TTD-003、TTD-004及TTD-005。
在3輪NHP中AAV9肽插入庫篩選後，許多蛋白殼在穿透血腦屏障(BBB)方面優於其母蛋白殼AAV9。包含肽之蛋白殼中之一些在來自相同動物之不同腦組織樣品中及在不同動物中均展示出高富集得分及高一致性。亦觀測到NNK及NNM密碼子中之一致性。22個蛋白殼變異體在腦組織中展現出相對於AAV9，在7倍至＞400倍範圍內的富集因數。此等變異體中之大多數在脊髓中亦表現出相對於AAV9高達125倍的高富集因數。在此等變異體中，選擇5個具有不同插入序列之候選物以作為個別蛋白殼進行進一步評價。
實例 5. 個別蛋白殼表徵
此等實驗之目標為確定在NHP (食蟹獼猴)中之血管內輸注之後相對於AAV9，選自實例4中所描述之研究中的5個蛋白殼候選物中之每一者的轉導水準及空間分佈。如上表3中所示，5個所選蛋白殼候選物為TTD-001 (SEQ ID NO: 3623及3636，包含SEQ ID NO: 1725或3648)、TTD-002 (SEQ ID NO: 3624、3625及3637，包含SEQ ID NO: 1726或3649)、TTD-003 (SEQ ID NO: 3626及3638，包含SEQ ID NO: 1729或3650)、TTD-004 (SEQ ID NO: 3627及3639，包含SEQ ID NO: 1760或3651)以及TTD-005 (SEQ ID NO: 3628及3640，包含SEQ ID NO: 1769或3652)。
生成具有此等5個蛋白殼中之每一者之AAV顆粒，該等蛋白殼囊封編碼融合至HA標籤之有效負載(有效負載-HA)的轉殖基因，且藉由HEK293T細胞中之三重轉染由全長CMV/雞β肌動蛋白啟動子驅動，並且在醫藥學上可接受之溶液中經調配。
藉由向兩(2)隻NHP雌性以2e13 VG/kg之劑量靜脈內提供AAV顆粒調配物，對各測試蛋白殼及AAV9對照進行測試。生命週期為14天，且隨後收集一組CNS及周邊組織用於定量轉殖基因mRNA、轉殖基因蛋白及病毒DNA (生物分佈)。亦收集樣品，將其固定及包埋石蠟以進行免疫組織化學染色。
在藉由qRT-PCR及RT-ddPCR進行RNA定量之首次篩選中，自腦之各個區域(皮質、紋狀體、海馬體、小腦)、脊髓切片、肝臟及心臟由3-mm衝頭提取總RNA，且藉由qRT-PCR使用對合成CAG外顯子-外顯子接合具有特異性之專有Taqman組進行分析。食蟹獼猴TBP (TATA盒結合蛋白)用作持家基因。資料示於WO2021230987之圖6A、圖6B及圖6C中，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入。
TRACER蛋白殼在至少一隻動物中展示相對於AAV9，所有腦區中之RNA表現增加。在蛋白殼TTD-003及TTD-004之情況下，觀測到腦轉導中之最高且最一致的增加(8倍至200倍，視各種解剖位置而定)。在此初步篩選中，由於交錯動物給藥，不評估TTD-001。在全腦切片中一致地觀測到大約10倍至12倍的增加(等同於多個區域之平均值)，該倍數與下一代定序(NGS)檢定中所指示之值一致。為了提高資料之穩健性，與qRT-PCR並行進行微滴數位RT-PCR (ddPCR)，且確認如WO2021230987之圖7中所示之qPCR資料所指示的趨勢，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入。
有趣的是，在脊髓及背根神經節中進行之RNA定量表明蛋白殼變異體之間存在重要差異。脊髓轉導概況與腦一致，其中在TTD-003及TTD-004蛋白殼之情況下有強烈且一致之增加，但有趣的是，DRG轉導表明TTD-004蛋白殼之實質去靶向，而TTD-003蛋白殼展示出強烈增加之RNA表現，如WO2021230987之圖8中所示，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入。
自與RNA相同的腦組織中提取總DNA，且藉由ddPCR使用對CMV啟動子序列具有特異性之Taqman組來量測生物分佈。RNAseP基因用作拷貝數參考。每個細胞之載體基因體(VG)值係藉由qPCR及ddPCR確定。在大多數腦區中觀測到TTD-004蛋白殼之生物分佈增加，但令人驚訝的是，與AAV9相比，其他候選物均未展示出顯著增加。此種與RNA定量資料的明顯矛盾可能表明，一些蛋白殼在附著後機制而非CNS實質中之嚴格載體易位中表現出相對於AAV9之改進的特性。有趣的是，DNA分析證實了DRG中TTD-004蛋白殼之實質去靶向(WO2021230987之圖9A至圖9D，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入)。
為了進一步探索蛋白殼變異體TTD-004之性質，由自心房、心室、四頭肌、肝臟(左及右)及膈膜收集的組織完成病毒基因體(VG)定量，且將其與如在相同組織中由AAV9遞送之載體基因體存在進行了比較。資料展示於WO2021230987之圖10A及圖10B中，該文獻之內容特此以全文引用之方式併入。
對於TTD-003及TTD-004，初始免疫組織化學分析展現，有效負載-HA之存在程度高於在於小腦組織，包括於齒狀核中之AAV9遞送的情況下中觀測到之程度。免疫組織化學證實，與TTD-003及AAV9相比，蛋白殼變異體TTD-004之背根神經節去靶向。
變異體中之每一者之資料經編譯為每組織每個蛋白殼變異體之平均mRNA (相對於TBP之倍數)或DNA (每細胞之VG)定量，分別如下表8及圖1A至圖1B以及圖2A至圖2B中所示。
表 8. 例示性蛋白殼變異體之表徵
| 量度 | 組織 | AAV9 | TTD-001 | TTD-002 | TTD-003 | TTD-004 | TTD-005 |
| mRNA | 額葉皮質 | 0.000325065 | 2.7232575 | 0.000768179 | 0.006268831 | 0.007076252 | 0.002204024 |
| mRNA | 感覺皮質 | 0.001486245 | 3.400055 | 0.00417739 | 0.006788644 | 0.010976612 | 0.004139604 |
| mRNA | 運動皮質 | 0.00063318 | 9.00819 | 0.001050247 | 0.009954825 | 0.010522399 | 0.002942249 |
| mRNA | 殼核 | 0.000612759 | 3.557205 | 0.001395549 | 0.011832671 | 0.011476176 | 0.001150153 |
| mRNA | 丘腦 | 0.002610992 | 2.863635 | 0.013937891 | 0.101411445 | 0.07565653 | 0.01100289 |
| mRNA | 小腦皮質 | 0.00133497 | 1.3439 | 0.008517779 | 0.006396677 | 0.012964181 | 0.004382119 |
| mRNA | 齒狀核 | 0.001364954 | 0.963955 | - | - | - | - |
| mRNA | 尾狀核 | 0.000352281 | 1.3026 | - | 0.003259804 | 0.00634117 | - |
| mRNA | 海馬體 | 0.000311824 | 0.407015 | - | - | - | - |
| mRNA | SC-頸部 | 0.012205449 | 11.877762 | 0.022004264 | 0.026994764 | 0.088316491 | 0.005773054 |
| mRNA | SC-胸部 | 0.048833465 | 2.9974295 | 0.004360318 | 0.035118928 | 0.020543776 | 0.005629959 |
| mRNA | SC-腰部 | 0.029887407 | 7.969603 | 0.056231995 | 0.016033388 | 0.047713563 | 0.026324154 |
| mRNA | DRG-頸部 | 0.74570895 | 9.274951 | 0.007897714 | 2.47872652 | 0.280868887 | 0.008122233 |
| mRNA | DRG-胸部 | 0.5559061 | 5.22606 | 0.006456564 | 8.721845271 | 0.104701895 | - |
| mRNA | DRG-腰部 | 1.089758 | 17.308436 | 0.008247771 | 2.271300217 | 0.426704698 | 0.119974244 |
| mRNA | 肺 | 0.004807149 | 0.000546842 | - | - | 0.013744781 | - |
| mRNA | 胰臟 | - | - | - | - | - | - |
| mRNA | 結腸 | 0.017962678 | 0.005041385 | - | - | 0.183862903 | - |
| mRNA | 腎 | 0.043825993 | 0.006649157 | - | - | 0.041234576 | - |
| mRNA | 肝 | 0.674478605 | 0.253188648 | - | - | 2.578654807 | - |
| mRNA | 腎上腺 | - | - | - | - | - | - |
| mRNA | 脾 | 0.014066875 | 0.000955981 | - | - | 0.013435626 | - |
| mRNA | 心臟 | 1.323389668 | 0.132477314 | - | - | 5.587929805 | - |
| mRNA | 四頭肌 | 0.116623509 | - | - | - | 4.527799743 | - |
| mRNA | 隔膜 | 0.250001109 | - | - | - | 1.936435215 | - |
| DNA | 額葉皮質 | 0.07713 | 2.104843 | 0.10252 | 0.068367 | 0.380429 | 0.1257545 |
| DNA | 感覺皮質 | 0.093003 | 2.679886 | 0.07443 | 0.034016 | 0.2670975 | 0.132503 |
| DNA | 運動皮質 | 0.08796 | 4.3437625 | 0.0913085 | 0.094401 | 0.318999 | 0.1110695 |
| DNA | 殼核 | 0.0581365 | 3.07904 | 0.12326 | 0.1497635 | 0.2731175 | 0.0715295 |
| DNA | 丘腦 | 0.0524055 | 2.076863 | 0.0664225 | 0.090511 | 0.214999 | 0.086863 |
| DNA | 小腦皮質 | 0.014238 | 0.186361 | 0.0092915 | 0.009578 | 0.0356345 | 0.0128655 |
| DNA | 齒狀核 | 0.025042 | 0.1861975 | 0.210238 | 0.041906 | 0.106107 | 0.055287 |
| DNA | 尾狀核 | 0.079294 | 3.9433175 | - | 0.0529005 | 0.2451035 | - |
| DNA | 海馬體 | 0.095436 | 1.760891 | 0.205433 | 0.368645 | 1.335324 | 0.432829 |
| DNA | SC-頸部 | 0.0376 | 1.143863 | 0.061085 | 0.061535 | 0.07573 | 0.05885 |
| DNA | SC-胸部 | 0.02692 | 0.933734 | 0.025955 | 0.05011 | 0.064915 | 0.0355 |
| DNA | SC-腰部 | 0.03615 | 0.992728 | 0.019125 | 0.034175 | 0.085165 | 0.051475 |
| DNA | DRG-頸部 | 0.0765 | 0.14319 | 0.08196 | 0.13722 | 0.04115 | 0.071625 |
| DNA | DRG-胸部 | 0.165865 | 0.172363 | 0.07202 | 0.133455 | 0.04444 | 0.03139 |
| DNA | DRG-腰部 | 0.218725 | 0.385712 | 0.146115 | 0.153205 | 0.032875 | 0.12034 |
| DNA | 肺 | 1.085639916 | 3.72 | 0.958576278 | 0.700015423 | 1.22442329 | 0.919823152 |
| DNA | 胰臟 | 0.256670617 | 20.535 | 0.320558325 | 0.240633195 | 0.067860607 | 0.004802583 |
| DNA | 結腸 | 0.053867646 | 3.405 | 1.179065405 | 0.348969617 | 0.116867365 | 0.015288464 |
| DNA | 腎 | 0.896656371 | 26.635 | 4.861362029 | 0.532746958 | 0.386522209 | 7.973793288 |
| DNA | 肝 | 207.332334 | 217.64 | 111.910319 | 193.8349405 | 448.5980021 | 213.0317219 |
| DNA | 腎上腺 | 1.647725996 | 0.69 | 1.561129869 | 1.871878 | 1.269473156 | 0.847293047 |
| DNA | 脾 | 14.93815481 | 20.43565 | 51.70294001 | 22.79095714 | 6.514778227 | 45.91987284 |
| DNA | 心臟 | 2.012377817 | 14.49 | 0.757528914 | 1.780956673 | 3.814571986 | 0.44694144 |
| DNA | 四頭肌 | 0.724278943 | 1.285 | 0.476250457 | 1.366015493 | 5.611203726 | 0.646197937 |
| DNA | 隔膜 | - | 1.06 | - | - | - | - |
當經計算為相對於AAV9之倍數時，資料如下表9，及圖3A及圖3B以及圖4A及圖4B中所示。
表 9. 例示性蛋白殼變異體之表徵
| 量度 | 組織 | AAV9 | TTD-001 | TTD-002 | TTD-003 | TTD-004 | TTD-005 |
| mRNA | 額葉皮質 | 1.0 | 8378 | 2.4 | 19.3 | 21.8 | 6.8 |
| mRNA | 感覺皮質 | 1.0 | 2288 | 2.8 | 4.6 | 7.4 | 2.8 |
| mRNA | 運動皮質 | 1.0 | 14227 | 1.7 | 15.7 | 16.6 | 4.6 |
| mRNA | 殼核 | 1.0 | 5805 | 2.3 | 19.3 | 18.7 | 1.9 |
| mRNA | 丘腦 | 1.0 | 1097 | 5.3 | 38.8 | 29.0 | 4.2 |
| mRNA | 小腦皮質 | 1.0 | 1007 | 6.4 | 4.8 | 9.7 | 3.3 |
| mRNA | 齒狀核 | 1.0 | 706 | - | - | - | - |
| mRNA | 尾狀核 | 1.0 | 3698 | - | - | - | - |
| mRNA | 海馬體 | 1.0 | 1305 | - | - | - | - |
| mRNA | SC-頸部 | 1.0 | 973 | 1.8 | 2.2 | 7.2 | 0.5 |
| mRNA | SC-胸部 | 1.0 | 61 | 0.1 | 0.7 | 0.4 | 0.1 |
| mRNA | SC-腰部 | 1.0 | 267 | 1.9 | 0.5 | 1.6 | 0.9 |
| mRNA | DRG-頸部 | 1.0 | 12 | 0.0 | 3.3 | 0.4 | 0.0 |
| mRNA | DRG-胸部 | 1.0 | 9 | 0.0 | 15.7 | 0.2 | - |
| mRNA | DRG-腰部 | 1.0 | 16 | 0.0 | 2.1 | 0.4 | 0.1 |
| mRNA | 肺 | 1.0 | 0.11 | - | - | 2.9 | - |
| mRNA | 胰臟 | - | - | - | - | - | - |
| mRNA | 結腸 | 1.0 | 0.28 | - | - | 10.2 | - |
| mRNA | 腎 | 1.0 | 0.15 | - | - | 0.9 | - |
| mRNA | 肝 | 1.0 | 0.38 | - | - | 3.8 | - |
| mRNA | 腎上腺 | - | - | - | - | - | - |
| mRNA | 脾 | 1.0 | 0.07 | - | - | 1.0 | - |
| mRNA | 心臟 | 1.0 | 0.10 | - | - | 4.2 | - |
| mRNA | 四頭肌 | 1.0 | - | - | - | 38.8 | - |
| mRNA | 隔膜 | 1.0 | - | - | - | 7.7 | - |
| DNA | 額葉皮質 | 1.0 | 27.29 | 1.3 | 0.9 | 4.9 | 1.6 |
| DNA | 感覺皮質 | 1.0 | 28.82 | 0.8 | 0.4 | 2.9 | 1.4 |
| DNA | 運動皮質 | 1.0 | 49.38 | 1.0 | 1.1 | 3.6 | 1.3 |
| DNA | 殼核 | 1.0 | 52.96 | 2.1 | 2.6 | 4.7 | 1.2 |
| DNA | 丘腦 | 1.0 | 39.63 | 1.3 | 1.7 | 4.1 | 1.7 |
| DNA | 小腦皮質 | 1.0 | 13.09 | 0.7 | 0.7 | 2.5 | 0.9 |
| DNA | 齒狀核 | 1.0 | 7.44 | 8.4 | 1.7 | 4.2 | 2.2 |
| DNA | 尾狀核 | 1.0 | 49.73 | - | 0.7 | 3.1 | - |
| DNA | 海馬體 | 1.0 | 18.45 | 2.2 | 3.9 | 14.0 | 4.5 |
| DNA | SC-頸部 | 1.0 | 30.42 | 1.6 | 1.6 | 2.0 | 1.6 |
| DNA | SC-胸部 | 1.0 | 34.69 | 1.0 | 1.9 | 2.4 | 1.3 |
| DNA | SC-腰部 | 1.0 | 27.46 | 0.5 | 0.9 | 2.4 | 1.4 |
| DNA | DRG-頸部 | 1.0 | 1.87 | 1.1 | 1.8 | 0.5 | 0.9 |
| DNA | DRG-胸部 | 1.0 | 1.04 | 0.4 | 0.8 | 0.3 | 0.2 |
| DNA | DRG-腰部 | 1.0 | 1.76 | 0.7 | 0.7 | 0.2 | 0.6 |
| DNA | 肺 | 1.0 | 3.43 | 0.9 | 0.6 | 1.1 | 0.8 |
| DNA | 胰臟 | 1.0 | 80.01 | 1.2 | 0.9 | 0.3 | 0.0 |
| DNA | 結腸 | 1.0 | 63.21 | 21.9 | 6.5 | 2.2 | 0.3 |
| DNA | 腎 | 1.0 | 29.70 | 5.4 | 0.6 | 0.4 | 8.9 |
| DNA | 肝 | 1.0 | 1.05 | 0.5 | 0.9 | 2.2 | 1.0 |
| DNA | 腎上腺 | 1.0 | 0.42 | 0.9 | 1.1 | 0.8 | 0.5 |
| DNA | 脾 | 1.0 | 1.37 | 3.5 | 1.5 | 0.4 | 3.1 |
| DNA | 心臟 | 1.0 | 7.20 | 0.4 | 0.9 | 1.9 | 0.2 |
| DNA | 四頭肌 | 1.0 | 1.77 | 0.7 | 1.9 | 7.7 | 0.9 |
| DNA | 隔膜 | - | - | - | - | - | - |
與AAV9相比且藉由qRT-PCR量測並且正規化至TBP，蛋白殼變異體TTD-001展示出遞送至腦的有效負載-HA水準增加了超過5,000倍。在所量測的所有CNS組織中，與AAV9相比，TTD-001展示出顯著增強的有效負載-HA之遞送。
表8及表9中概述之脊髓及背根神經節量測值的圖形表示展示於圖5A至圖5B、圖6A至圖6B、圖7A至圖7B及圖8A至圖8B中。
固定腦組織之免疫組織化學揭露藉由齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體、丘腦及殼核之TTD-001測試的兩隻NHP中均發生了顯著的轉導。相比之下，齒狀核、小腦皮質、大腦皮質、海馬體、丘腦及殼核之AAV9轉導似乎可忽略不計。因此，TTD-001在NHP中靜脈內投與後在腦中展現出廣泛而穩健的表現及分佈。在背根神經節中，TTD-001及AAV9均展示出相似的IHC模式。此等染色之影像如圖9A至圖9E中所示。
對蛋白殼變異體TTD-004之DRG去靶向性質(如上所述)的免疫組織化學支持如圖10A至圖10B中所示。
由變異體蛋白殼或AAV9遞送至周邊組織之病毒基因體的生物分佈的圖形表示如圖11A至圖11B中所示。
實例 6. 心臟中之個別蛋白殼表徵
此實例表徵了TTD-001 (SEQ ID NO: 3623及3636，包含SEQ ID NO: 1725或3648)及TTD-004 (SEQ ID NO: 3627及3639，包含SEQ ID NO: 1760或3651)蛋白殼變異體在心臟肌肉中之轉導水準及空間分佈。
生成具有囊封編碼融合至HA標籤之有效負載(有效負載-HA)的轉殖基因，且藉由全長CMV/雞β肌動蛋白啟動子驅動之TTD-001及TTD-004蛋白殼變異體或野生型AAV9蛋白殼多肽對照中之每一者的AAV顆粒。向2隻雌性NHP以2e13 VG/kg之劑量靜脈內投與包含TTD-001或TTD-004蛋白殼變異體或野生型AAV9蛋白殼對照之AAV顆粒。在AAV顆粒投與後第14天，收集心臟組織，將其固定且包埋石蠟以進行免疫組織化學染色。使用抗HA抗體(Cell Signal Technology)以對心臟組織進行染色，以可視化所研究之AAV蛋白殼變異體的轉導及分佈。收集且分析左心室及右心室樣品。
如圖12A至圖12C中所示，在左心室(圖12B)及右心室(圖12C)中，固定心臟組織及心肌細胞之免疫組織化學展現出藉由TTD-001及TTD-004進行之轉導。然而，與TTD-001及野生型AAV9對照相比，TTD-004在心臟之左心室及右心室區導致最大的轉導(圖12B至圖12C)，如藉由IHC染色增加所證明的那樣。TTD-001及野生型AAV9對照在心臟之兩個區域中均展現出相似的轉導水準，如由相似的IHC染色模式所證明的那樣。此等資料表明，TTD-001及TTD-004蛋白殼變異體均可用以轉導有效負載，例如本文所描述之有效負載及/或將該有效負載遞送至心臟肌肉。
實例 7. NHP 中之 TTD-001 蛋白殼之成熟
此實例描述了TTD-001 (SEQ ID NO: 3623 (DNA)及3636(胺基酸)，包含SEQ ID NO: 1725或3648)蛋白殼變異體之成熟，以進一步增強其在中樞神經系統中之轉導及生物分佈，且進一步演化AAV蛋白殼變異體。使用兩種方法來使TTD-001蛋白殼序列成熟，以便在包含於蛋白殼變異體之環VIII內之肽插入內或周圍隨機化及突變。在第一個成熟方法中，三個連續胺基酸之組在TTD-001序列中之誘變區隨機化，該誘變區跨越根據SEQ ID NO: 3636編號之位置587至位置602。在第二個成熟方法中，誘變引子用於以低頻引入點突變，該等點突變分散於TTD-001序列中之在根據SEQ ID NO: 3636編號之位置587至位置602範圍內之誘變區內。將由TTD-001之各成熟方法產生的AAV蛋白殼變異體合併在一起，用於隨後在NHP (食蟹獼猴及狨)中進行測試及表徵。
將由TTD-001成熟之AAV蛋白殼變異體產生的經合併之成熟AAV蛋白殼變異體庫注射至兩隻食蟹獼猴(cynomolgus macaque/
Macaca fascicularis)、兩隻絨猿(狨)中。生活一段時間後，分離NHP之腦且自每隻NHP三個樣品中提取RNA。在RNA回收及RT-PCR擴增後，進行系統的NGS富集分析，以計算相對於對應TTD-001對照的倍數富集率，且鑑別了變異體內所含之肽。計算六個樣品中各肽之變異係數(CV)，且鑑別出CV值＜1之肽，因為此等肽為自兩隻NHP分離之腦樣品中的5/6或6/6中可靠偵測到之肽。亦定量了所研究樣品中針對各肽之平均讀數數。此等TTD-001成熟的蛋白殼變異體及其肽序列提供於
表 10 (食蟹獼猴(cynomolgus macaque/
Macaca fascicularis))及
表 20(絨猿(狨))中。
如
表 10中所示，在食蟹獼猴(cynomolgus macaque/
Macaca fascicularis)中，大約338個TTD-001成熟蛋白殼變異體相對於未成熟的TTD-001對照展現出更高的表現，且幾個變異體相對於未成熟的TTD-001對照展現出大於兩倍的富集。此外，在食蟹獼猴之腦中相對於未成熟的TTD-001蛋白殼具有最大倍數富集的TTD-001成熟蛋白殼變異體中包含的肽中，觀測到變異體序列中之修飾出現在C端部分，尤其在對應於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之參考序列的位置593-595的殘基處。另外，
表 10中靠前的肽中之378種之每個樣品平均讀數值為1或更高，表明回收了更多的功能蛋白殼材料，這可能指示聚集較少。
如
表 20中所示，許多TTD-001成熟蛋白殼變異體在狨猿之腦中展現出相對於AAV9及未成熟的TTD-001對照展現出增加的表現。大約967個TTD-001成熟變異體相對於未成熟的TTD-001對照在狨猿之腦中展現出增加的表現，其中296個變異體相對於未成熟的TTD-001對照展示出至少10倍或更高的富集。大約850個TTD-001成熟變異體相對於AAV9在狨猿之腦中展現出增加的表現，其中222個變異體相對於AAV9展示出至少10倍或更高的富集。關於狨猿中展現出增加的表現之彼等TTD-001成熟變異體，觀測到大多數TTD-001成熟變異體包含根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604 (例如Q604)處或根據SEQ ID NO: 138編號之位置597 (Q597)處除Q之外的胺基酸(例如E、H、K或P)，使得該等TTD-001成熟變異體在其C末端包含三聯體「VEN」、「VHN」、「VKN」或「VPN」(對應於SEQ ID: 138之位置596-598或SEQ ID NO: 5、8及3636之位置603-605)。相對於AAV9，此等TTD-001成熟變異體中之許多亦在食蟹獼猴之腦中展現出增加的表現(
表 20)，該等TTD-001成熟變異體包括包含序列PLNGAVHLYAQAQLSPVKN (SEQ ID NO: 566)之TTD-001成熟蛋白殼變異體及包含序列PLNGAVHLYAQAQTGWVPN (SEQ ID NO: 314)之TTD-001成熟蛋白殼變異體。
亦計算了食蟹獼猴中TTD-001成熟變異體之DRG、心臟、肌肉(四頭肌)及肝臟中相對於AAV9及TTD-001的表現之倍數變化。DRG中之倍數變化展示於
表 20中，其中幾種變異體展示出DRG中相對於AAV9減少或相當之表現。此等變異體亦在心臟、肌肉及肝臟中展現出相對於AAV9相當或更低之表現。
綜上所述，此等資料表明，在兩種成熟方法之後，與對應的未成熟TTD-001蛋白殼變異體相比，在NHP (食蟹獼猴(cynomolgus macaque/
Macaca fascicularis))及狨猿(狨))中產生了具有顯著增強之CNS向性之具有環VIII修飾的成熟TTD-001蛋白殼變異體，其已在NHP腦中展現出顯著的相對於AAV9之倍數富集。
表 10. NHP ( 食蟹獼猴 ) 之腦中 TTD-001 成熟 AAV 蛋白殼變異體之 NGS 倍數富集
表 20. 食蟹獼猴之腦及 DRG 以及狨猿之腦中 TTD-001 成熟 AAV 蛋白殼變異體之 NGS 倍數富集
實例 8. 小鼠中 TTD-001 蛋白殼之成熟
| 肽序列 | SEQ ID NO: | CV | 相對於 TTD-001 之倍數 富集 | 平均讀數 | 肽序列 | SEQ ID NO: | CV | 相對於 TTD-001 之倍數 富集 | 平均讀數 |
| QLNGAVHLYAQAQLSPVQN | 139 | 0.206 | 5.617 | 0.09 | QLNGYVHLYAQAQTGWVQN | 1138 | 0.513 | 0.626 | 0.09 |
| PLDGAVHLYAQPQTGWVQN | 140 | 0.829 | 5.133 | 4.02 | QLNGAVHLYAQAQTTGVQN | 639 | 0.845 | 0.626 | 0.09 |
| QLNGAVHLYAQAQTMSVQN | 141 | 0.770 | 4.088 | 0.09 | PLNGAVHLYAQAQTGFVQN | 640 | 0.602 | 0.625 | 39.96 |
| PLDSSVHLYAQAQTGWVQN | 142 | 0.882 | 3.891 | 1.4 | PLNGAVHLYAQAQSALVQN | 641 | 0.536 | 0.625 | 42.62 |
| PLNGAVHLYAQAQTTKVQN | 143 | 0.879 | 3.879 | 5.47 | ALNGAVHLYAQAQTGWDQN | 642 | 0.278 | 0.624 | 0.75 |
| PLDGAVHLYAQAQTGSVQN | 144 | 0.586 | 3.835 | 11.08 | QLNGAVHLYAQAQISGVQN | 643 | 0.636 | 0.623 | 0.09 |
| ALNGAVHLYAQAQTTSVQN | 145 | 0.865 | 3.765 | 0.09 | QLNGAVHLYAQAQRGSVQN | 644 | 0.520 | 0.623 | 0.14 |
| PLNGSVHLYAQAQTMSVQN | 146 | 0.509 | 3.708 | 0.09 | PLNGAVHLYAQAQTGWVKT | 645 | 0.270 | 0.622 | 0.19 |
| QLNGAVHLYAQAQTSPVQN | 147 | 0.310 | 3.638 | 0.14 | PLNGAVHLYAQAQSQLVQN | 646 | 0.554 | 0.619 | 27.62 |
| PLNGAVHLYAQAQTMKVQN | 148 | 0.547 | 3.634 | 5.61 | PLNGSVHLYAQAQTGWGQN | 647 | 0.202 | 0.617 | 0.33 |
| PLNGAVHLYAQAQVAQVQN | 149 | 0.397 | 3.550 | 21.87 | QLNGAVHLYAQAQTGWVPN | 648 | 0.632 | 0.616 | 0.14 |
| PLDGAVHLYAQAQTGGVQN | 150 | 0.771 | 3.509 | 2.29 | PLNGAVHLYAKAQTGWVKN | 649 | 0.305 | 0.615 | 0.33 |
| PLNGAVHLYAQAQTAWDQN | 151 | 0.344 | 3.373 | 0.09 | PLNGAVHLYAHAQTGWGQN | 650 | 0.164 | 0.615 | 0.09 |
| PLNGSVHLYAQAQTGWDQN | 152 | 0.190 | 3.335 | 0.23 | ALNGAVHLYAQAQTGWVQH | 651 | 0.330 | 0.613 | 0.61 |
| PLNGAVHLYAQAQTGSVQH | 153 | 0.235 | 3.287 | 0.14 | PLNGSVHLYAQAQIASVQN | 652 | 0.585 | 0.612 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQVKQVQN | 154 | 0.564 | 3.259 | 4.25 | ALNGAVHLYAQAQTAMVQN | 653 | 0.416 | 0.611 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQSAPVQN | 155 | 0.763 | 3.239 | 24.54 | TLNGAVHLYAQAQTMAVQN | 654 | 0.316 | 0.610 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQLSKVQN | 156 | 0.591 | 3.156 | 6.73 | PHNGAVHLYAQAQVSSVQN | 655 | 0.476 | 0.609 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQLAPVQN | 157 | 0.587 | 3.107 | 31.03 | PLNGAVQLYAQAQTAPVQN | 656 | 0.693 | 0.606 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQLAQVQN | 158 | 0.416 | 3.061 | 15.33 | PLNGSVHLYAQAQKGSVQN | 657 | 0.282 | 0.605 | 0.09 |
| QLNGAVHLYAQAQVASVQN | 159 | 0.295 | 3.051 | 0.09 | PLNGAVHLYAQAQLSAVQN | 658 | 0.574 | 0.605 | 39.3 |
| PLNGAVHLYAQAQTAKVQN | 160 | 0.877 | 2.998 | 8.97 | PINGAVHLYAQAQVSAVQN | 659 | 0.489 | 0.605 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQSAKVQN | 161 | 0.678 | 2.971 | 3.27 | PLNGSVHLYAQAQTGLVQN | 660 | 0.514 | 0.604 | 43.37 |
| PLNGAVHLYAQAQTGCFQN | 162 | 0.095 | 2.962 | 0.09 | PLNGAVHIYAQAQTGWFQN | 661 | 0.223 | 0.604 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQTQKVQN | 163 | 0.705 | 2.958 | 5.51 | SLNGAVHLYAQAQIASVQN | 662 | 0.293 | 0.603 | 0.09 |
| PLNGSVHLYAQAQTTSVQN | 164 | 0.529 | 2.873 | 0.09 | PLNGAVHLYAQEQTVSVQN | 663 | 0.220 | 0.601 | 0.14 |
| PLNGGVHLYAQAQTGRVQN | 165 | 0.820 | 2.858 | 4.25 | PLNGAVHLYAQAQTMQVQT | 664 | 0.737 | 0.601 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTVAVQN | 166 | 0.410 | 2.854 | 30.94 | HLNGAVHLYAQAQTGWVQN | 665 | 0.338 | 0.600 | 56.78 |
| ALNGAVHLYAQAQSSPVQN | 167 | 0.542 | 2.851 | 0.09 | PLNGAVHLYAQAQTGQVQN | 666 | 0.400 | 0.600 | 24.02 |
| PLNGAVHLYAQAQLSPVQN | 168 | 0.313 | 2.820 | 63.28 | QLNGAVHLYAQAQTGWVQD | 667 | 0.596 | 0.599 | 0.19 |
| QLNGAVHLYAQAQTTSVQN | 169 | 0.846 | 2.769 | 0.14 | PLNGAVHLYDQAQVAQVQN | 668 | 0.526 | 0.599 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTTQVQN | 170 | 0.334 | 2.719 | 18.37 | PLNGAVHLYAQAQTSPVKN | 669 | 0.515 | 0.598 | 0.19 |
| PLNGAVHLYAQAQTAQVQN | 171 | 0.523 | 2.707 | 25.84 | PLNGAIHLYAQAQTSPVQN | 670 | 0.383 | 0.595 | 0.09 |
| QLNGAVHLYAQAQTVAVQN | 172 | 0.195 | 2.682 | 0.09 | PLNGSVHLYAQAQTAMVQN | 671 | 0.578 | 0.595 | 0.19 |
| PLNGAVHLYAQAQRIAVQN | 173 | 0.682 | 2.652 | 3.27 | PLNGAVHLYAQAQLSQVQT | 672 | 0.370 | 0.594 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQRASVQN | 174 | 0.340 | 2.634 | 17.34 | PLNGAVHLYAQAQTGSVLN | 673 | 0.310 | 0.594 | 0.19 |
| PLNGAVHLYAQAQTTPVQN | 175 | 0.400 | 2.620 | 45.19 | PLNGAIHLYAQAQTASVQN | 674 | 0.428 | 0.593 | 0.09 |
| QLNGAVHLYAQAQLASVQN | 176 | 0.474 | 2.613 | 0.09 | PLNGAVHLYAQAQTNGVQN | 675 | 0.785 | 0.592 | 6.68 |
| PLNGAVHLYAQAQLTPVQN | 177 | 0.528 | 2.574 | 39.86 | PLNGSVHLYAQAQTGWVQY | 676 | 0.334 | 0.591 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQSTPVQN | 178 | 0.519 | 2.572 | 26.5 | PLNGALHLYAQAQTSPVQN | 677 | 0.463 | 0.590 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTSPVQN | 179 | 0.335 | 2.562 | 72.81 | ALNGAVHLYAQAQTGWVQT | 678 | 0.399 | 0.589 | 1.59 |
| QLNGAVHLYAQAQVSQVQN | 180 | 0.428 | 2.528 | 0.09 | PLNGAVHLYAQAQTGWVKK | 679 | 0.193 | 0.586 | 0.47 |
| PLNGAVHLYAQAQTMQVQN | 181 | 0.625 | 2.523 | 19.96 | QLNGAVHLYAQAQTGWVQN | 680 | 0.630 | 0.584 | 1450 |
| PLNGAVHLYAQAQTSKVQN | 182 | 0.458 | 2.476 | 8.32 | PLNGDVHLYAQAQTVAVQN | 681 | 0.630 | 0.580 | 0.09 |
| SLNGAVHLYAQAQVSPVQN | 183 | 0.282 | 2.417 | 0.09 | PLNGGVHLYAQAQPGWVQN | 682 | 0.501 | 0.580 | 0.47 |
| PLNGAVHLYAQAQVSQVQN | 184 | 0.259 | 2.411 | 34.72 | PLNGAVHLYAQAQAAAVQN | 683 | 0.897 | 0.579 | 7.66 |
| PLNGAVHLYAQAQVSPVQN | 185 | 0.721 | 2.404 | 63.42 | PLNGAVHLYAQAQSAVVQN | 684 | 0.618 | 0.579 | 19.72 |
| PLNGAVHLYAQAQTVQVQN | 186 | 0.586 | 2.389 | 15.56 | TLNGAVHLYAQAQRSSVQN | 685 | 0.646 | 0.578 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQVTAVQN | 187 | 0.476 | 2.367 | 13.65 | PLNGAVHLYAQAQPGWVQH | 686 | 0.214 | 0.578 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQRQPVQN | 188 | 0.715 | 2.353 | 8.74 | PLDGAVHLYAQAQTLSVQN | 687 | 0.214 | 0.577 | 0.09 |
| PLNGNVHLYAQAQTGGVQN | 189 | 0.732 | 2.346 | 2.38 | PLNGAVHLYAQAQTASDQN | 688 | 0.310 | 0.575 | 0.19 |
| PLDGAVHLYAQAQTAWVQN | 190 | 0.697 | 2.339 | 7.06 | PLNGAVHLYAQAQLSGVQN | 689 | 0.633 | 0.575 | 53.51 |
| PLNGAVHLYAQAQISGVQN | 191 | 0.785 | 2.331 | 9.91 | TLNGAVHLYAQAQTVAVQN | 690 | 0.463 | 0.572 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQVRPVQN | 192 | 0.794 | 2.324 | 6.22 | PLNGAVHLYAQEQVASVQN | 691 | 0.293 | 0.572 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQLGPVQN | 193 | 0.722 | 2.299 | 20.47 | PVNGAVHLYAQAQTGWAQN | 692 | 0.873 | 0.572 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTNQVQN | 194 | 0.404 | 2.290 | 4.91 | PLNGAVHLYAQAQSSRVQN | 693 | 0.567 | 0.570 | 14.07 |
| PLNGAVHLYAQAQVQQVQN | 195 | 0.291 | 2.240 | 14.39 | PLNGSVHLYAQAQLGSVQN | 694 | 0.551 | 0.569 | 0.19 |
| PLNGAVHLYAQAQVANVQN | 196 | 0.520 | 2.238 | 9.21 | PLNGAVHLYAQAQSPPVQN | 695 | 0.565 | 0.568 | 1.22 |
| PLNGAVHLYAQAQAAPVQN | 197 | 0.664 | 2.200 | 10.75 | PLNGAVHHYAQAQTTSVQN | 696 | 0.605 | 0.567 | 0.14 |
| QLNGAVHLYAQAQVAQVQN | 198 | 0.388 | 2.199 | 0.09 | PLNGAVHLYDQAQSTPVQN | 697 | 0.832 | 0.567 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQRSTVQN | 199 | 0.487 | 2.195 | 21.59 | QLNGAVHLYAQAQTGWVRN | 698 | 0.529 | 0.567 | 0.37 |
| PLNGAVHLYAQAQTMAVQN | 200 | 0.334 | 2.190 | 29.72 | PLNGAVHLYAQAQVQPVQT | 699 | 0.597 | 0.563 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQIQPVQN | 201 | 0.838 | 2.182 | 7.1 | PLNGAVHLYAQAQTSSVKN | 700 | 0.416 | 0.562 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQIASVQN | 202 | 0.567 | 2.181 | 15.52 | PLNGALHLYAQAQTASVQN | 701 | 0.301 | 0.560 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTVSVQN | 203 | 0.172 | 2.176 | 76.22 | PLNGAVHHYAQAQSAPVQN | 702 | 0.731 | 0.558 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQRGSVQN | 204 | 0.585 | 2.156 | 12.43 | PLNGSVHLYAQAQTGWVHN | 703 | 0.169 | 0.556 | 0.47 |
| PLNGAVHLYAQAQNSPVQN | 205 | 0.376 | 2.143 | 12.85 | PLNGAVHLYAQAQLSPLQN | 704 | 0.519 | 0.556 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQLQPVQN | 206 | 0.363 | 2.131 | 24.3 | PLNGAVHLYAKAQVTPVQN | 705 | 0.841 | 0.554 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQVTGVQN | 207 | 0.550 | 2.125 | 11.68 | PLNGAVNLYAQAQTQPVQN | 706 | 0.278 | 0.554 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQVMQVQN | 208 | 0.810 | 2.121 | 11.26 | SLNGAVHLYAQAQTGLVQN | 707 | 0.518 | 0.553 | 92.07 |
| PLNGAVHLYAQAQSMAVQN | 209 | 0.697 | 2.104 | 14.86 | PLDGSVHLYAQAQTGGVQN | 708 | 0.366 | 0.552 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQVGKVQN | 210 | 0.611 | 2.104 | 4.49 | PLNGAVHLYDQAQTLPVQN | 709 | 0.528 | 0.552 | 0.09 |
| ALNGAVHLYAQAQSAPVQN | 211 | 0.652 | 2.101 | 0.09 | PLNGAVHLYAQAQVSQVQK | 710 | 0.441 | 0.551 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQIQSVQN | 212 | 0.498 | 2.101 | 3.97 | PLNGAVHLYAQAQLVGVQN | 711 | 0.425 | 0.551 | 13.97 |
| PLNGAVHLYAQAQCSPVQN | 213 | 0.537 | 2.097 | 17.15 | PLNGAVHLYAQEQTSSVQN | 712 | 0.390 | 0.549 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQLQRVQN | 214 | 0.821 | 2.079 | 3.97 | PLNGAVHIYAQAQTVAVQN | 713 | 0.435 | 0.549 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTAWVQH | 215 | 0.330 | 2.063 | 0.09 | PLNGAVNLYAQAQVTPVQN | 714 | 0.831 | 0.548 | 0.14 |
| PLDGAVHLYAQAQTGWDQN | 216 | 0.650 | 2.062 | 0.09 | TLNGAVHLYAQAQTMSVQN | 715 | 0.252 | 0.547 | 0.19 |
| PLNGAVHLYAQAQTPPVQN | 217 | 0.411 | 2.062 | 0.89 | TLNGAVHLYAQAQTLAVQN | 716 | 0.341 | 0.541 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQVTKVQN | 218 | 0.635 | 2.054 | 1.68 | PINGAVHLYAQAQVAQVQN | 717 | 0.341 | 0.540 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQSSPVQN | 219 | 0.556 | 2.033 | 50.94 | PLNGQVHLYAQAQTGWVQN | 718 | 0.885 | 0.540 | 12.57 |
| PLNGAVHLYAQAQAGPVQN | 220 | 0.793 | 2.015 | 9.07 | QLNGAVHLYAQAQTGGVQN | 719 | 0.892 | 0.540 | 39.63 |
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| PLNGSVHLYAQAQTSSVQN | 287 | 0.353 | 1.683 | 0.14 | PLNGAVHLYAQAQTSPVQK | 786 | 0.502 | 0.479 | 0.23 |
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| PLNGAVHLYAQAQTAMVQN | 292 | 0.537 | 1.660 | 22.9 | PLNGSVHLYAQAQTGWVKN | 791 | 0.175 | 0.475 | 1.4 |
| PLNGAVHLYAQAQTQPVQN | 293 | 0.358 | 1.628 | 32.11 | PLNGAVHLYDQAQVAPVQN | 792 | 0.812 | 0.475 | 0.09 |
| PLNGSVHLYAQAQTGSVQN | 294 | 0.533 | 1.625 | 32.76 | PLNGAVNLYAQAQVSSVQN | 793 | 0.460 | 0.473 | 0.19 |
| PLNGAVHLYAQAQTQQVQN | 295 | 0.519 | 1.625 | 14.44 | PLNGAVHLYAQAQTLPVQK | 794 | 0.646 | 0.472 | 0.09 |
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| PLNGAVHLYAQAQVLSVQN | 301 | 0.593 | 1.604 | 7.8 | PINGAVHLYAQAQTGWVQS | 800 | 0.768 | 0.464 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTQHVQN | 302 | 0.861 | 1.601 | 5.05 | PLNGAVHLYAQAQTPSVQN | 801 | 0.454 | 0.464 | 2.24 |
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| PLNGAVHLYAQAQQAPVQN | 304 | 0.649 | 1.581 | 8.83 | PLNGNVHLYAQAQTGWVQK | 803 | 0.415 | 0.462 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQNAQVQN | 305 | 0.577 | 1.574 | 3.08 | PLNGAVHLYAQAQTGWVEN | 804 | 0.167 | 0.462 | 2.62 |
| PLNGAVHLYAQAQATPVQN | 306 | 0.760 | 1.567 | 12.81 | PLNGAVNLYAQAQTTPVQN | 805 | 0.371 | 0.461 | 0.19 |
| PLNGAVHLYAQAQVQPVQN | 307 | 0.544 | 1.567 | 28.13 | PLNGAVNLYAQAQLSQVQN | 806 | 0.489 | 0.461 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTTAVQN | 308 | 0.537 | 1.563 | 33.13 | SLNGAVHLYAQAQVMSVQN | 807 | 0.263 | 0.460 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQTGWVRN | 309 | 0.455 | 1.561 | 3.46 | QLNGAVHLYAQAQTGWVQS | 808 | 0.622 | 0.458 | 0.33 |
| PLNGAVHLYAQAQLAAVQN | 310 | 0.357 | 1.561 | 21.83 | PINGAVHLYAQAQTGWFQN | 809 | 0.534 | 0.457 | 0.19 |
| PLNGAVHLYAQAQTSPDQN | 311 | 0.418 | 1.555 | 0.09 | PLNGDVHLYAQAQVSSVQN | 810 | 0.419 | 0.456 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQRSGVQN | 312 | 0.393 | 1.553 | 16.36 | PLNGGVHLYAQAQTGWVQS | 811 | 0.482 | 0.456 | 0.28 |
| PLNGAVHLYAQAQTGGVQT | 313 | 0.218 | 1.551 | 0.65 | PLNGAVNLYAQAQRSTVQN | 812 | 0.559 | 0.456 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTGWVPN | 314 | 0.274 | 1.546 | 0.93 | ALNGAVHLYAQAQTGWVQY | 813 | 0.298 | 0.455 | 0.14 |
| PLDSAVHLYAQAQTGWVQN | 315 | 0.833 | 1.539 | 10.89 | PLNGAVHHYAQAQTAAVQN | 814 | 0.170 | 0.455 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQTTPVQT | 316 | 0.496 | 1.537 | 0.09 | PLNGAVHRYAQAQTGWVQH | 815 | 0.346 | 0.454 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQLMAVQN | 317 | 0.540 | 1.535 | 7.94 | QLNGAVHLYAQAQTGWVHN | 816 | 0.627 | 0.453 | 0.37 |
| PLNGAVHLYAQAQTMPVQN | 318 | 0.596 | 1.532 | 36.69 | PLNGAVHLYAQAQRGWVQN | 817 | 0.861 | 0.452 | 56.6 |
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| PLNGAVHLYAQAQSMGVQN | 422 | 0.781 | 1.148 | 13.09 | PHNGAVHLYAQAQTTSVQN | 921 | 0.849 | 0.371 | 0.09 |
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| PLNGAVHLYAQAQRAGVQN | 525 | 0.637 | 0.882 | 7.57 | PLNGAVNLYAQAQSMSVQN | 1024 | 0.682 | 0.312 | 0.09 |
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| PLNGGVHLYAQAQTGWVQH | 527 | 0.529 | 0.881 | 0.33 | QLNGAVHLYAQAQTGWAQN | 1026 | 0.595 | 0.311 | 0.47 |
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| PLNGAVHLYAQAQTLGVQN | 628 | 0.754 | 0.645 | 28.79 | QLNGAVHLYAQAQSALVQN | 1127 | 0.409 | 0.272 | 0.23 |
| PLNGAVHLYAQAQLGPVQT | 629 | 0.889 | 0.645 | 0.09 | PLNGVVHLYAQAQTGWVQK | 1128 | 0.422 | 0.272 | 0.09 |
| PLNGGVHLYAQAQTGWVQD | 630 | 0.554 | 0.644 | 0.14 | PLNGAVHLYAQAHTGWGQN | 1129 | 0.534 | 0.272 | 0.14 |
| PLNGAVHLYAQAQTGSVKN | 631 | 0.205 | 0.640 | 0.98 | PLNGDVHLYAQAQRSLVQN | 1130 | 0.638 | 0.272 | 0.09 |
| PLNGAVNLYAQAQLASVQN | 632 | 0.332 | 0.635 | 0.09 | PLNGNVHLYAQAQTVWVQN | 1131 | 0.711 | 0.272 | 0.09 |
| PLNGAVHLYDQAQVSSVQN | 633 | 0.307 | 0.634 | 0.14 | PLNGAVHLYAQAPTGWVQH | 1132 | 0.332 | 0.272 | 0.23 |
| PLNGAVHLYAQAQTMSDQN | 634 | 0.355 | 0.632 | 0.14 | PLNGAVHLYSQAQTGWGQN | 1133 | 0.725 | 0.271 | 0.23 |
| PLNGAVHLYAQAQTGWVQK | 635 | 0.337 | 0.630 | 17.48 | ALNGSVHLYAQAQTGWVQT | 1134 | 0.729 | 0.271 | 0.09 |
| PLNGAVHLYAQAQLASVKN | 636 | 0.203 | 0.630 | 0.09 | PLNGAVQLYAQAQRSTVQN | 1135 | 0.347 | 0.271 | 0.09 |
| PLNGGVHLYAQAQTGWGQN | 637 | 0.490 | 0.628 | 0.23 | PLNGTVHLYAQAQTGTVQN | 1136 | 0.434 | 0.271 | 0.28 |
| QLNGSVHLYAQAQTGWVQT | 638 | 0.844 | 0.627 | 0.09 | PLNGTVHLYAQAQTGWVQI | 1137 | 0.549 | 0.271 | 0.37 |
| 序列 | SEQ ID NO | 食蟹獼猴之腦 | 食蟹獼猴之DRG | 狨猿之腦 | |||
| 相對於AAV9 之倍數 變化 | 相對於TTD-001 之倍數變化 | 相對於AAV9 之倍數變化 | 相對於TTD-001 之倍數變化 | 相對於AAV9 之倍數 變化 | 相對於TTD-001 之倍數 變化 | ||
| ALNGAVHLYAQAQTGWVEN | 1122 | 12.707 | 0.274 | 0.000 | 0.000 | 420.579 | 571.155 |
| PINGAVHLYAQAQTGWVEN | 40 | 8.716 | 0.188 | 2.100 | 13.718 | 573.779 | 779.203 |
| PLNGAVHLNAQAQTGWVEN | 41 | 0.919 | 0.020 | 2.175 | 14.212 | 677.878 | 920.572 |
| PLNGAVHLYAQAQSGWVEN | 42 | 5.5051 | 0.119 | 0.000 | 0.000 | 263.098 | 357.292 |
| PLNGAVHLYAQAQTAWVEN | 43 | 8.721 | 0.188 | 0.827 | 5.405 | 236.026 | 320.528 |
| PLNGAVHLYAQAQTGCVEN | 44 | 4.126 | 0.089 | 0.245 | 1.603 | 475.164 | 645.282 |
| PLNGAVHLYAQAQTGGVEN | 871 | 18.851 | 0.406 | 0.491 | 3.206 | 288.900 | 392.332 |
| PLNGAVHLYAQAQTGLVEN | 45 | 5.050 | 0.109 | 0.000 | 0.000 | 541.666 | 735.593 |
| PLNGAVHLYAQAQTGSVEN | 818 | 20.878 | 0.450 | 2.856 | 18.662 | 571.096 | 775.559 |
| PLNGAVHLYAQAQTGWVEN | 804 | 21.437 | 0.462 | 1.362 | 8.901 | 381.679 | 518.327 |
| PLNGSVHLYAQAQTGWVEN | 499 | 43.595 | 0.939 | 2.334 | 15.248 | 490.137 | 665.615 |
| PVNGAVHLYAQAQTGWVEN | 46 | 6.311 | 0.136 | 0.000 | 0.000 | 506.376 | 687.669 |
| QLNGAVHLYAQAQTGWVEN | 603 | 32.086 | 0.691 | 0.000 | 0.000 | 290.854 | 394.985 |
| SLNGAVHLYAQAQTGWVEN | 47 | 8.707 | 0.188 | 2.111 | 13.795 | 302.059 | 410.202 |
| TLNGAVHLYAQAQTGWVEN | 48 | 0.707 | 0.015 | 0.624 | 4.074 | 254.330 | 345.385 |
| ALNGAVHLYAQAQTGWVHN | 819 | 20.878 | 0.450 | 0.667 | 4.356 | 232.682 | 315.986 |
| PHNGAVHLYAQAQTGWVHN | 49 | 3.604 | 0.078 | 4.410 | 28.816 | 177.855 | 241.530 |
| PINGAVHLYAQAQTGWVHN | 50 | 6.387 | 0.138 | 1.083 | 7.076 | 124.477 | 169.043 |
| PLKGAVHLYAQAQTGWVHN | 51 | 0.986 | 0.021 | 0.516 | 3.368 | 118.166 | 160.472 |
| PLNGAAHLYAQAQTGWVHN | 52 | 0.757 | 0.016 | 1.024 | 6.693 | 91.230 | 123.892 |
| PLNGADHLYAQAQTGWVHN | 53 | 0.842 | 0.018 | 0.540 | 3.529 | 15.514 | 21.069 |
| PLNGAGHLYAQAQTGWVHN | 54 | 1.198 | 0.026 | 1.451 | 9.479 | 106.338 | 144.409 |
| PLNGALHLYAQAQTGWVHN | 55 | 2.023 | 0.044 | 0.000 | 0.000 | 148.895 | 202.202 |
| PLNGAVDLYAQAQTGWVHN | 56 | 3.104 | 0.067 | 0.000 | 0.000 | 149.296 | 202.747 |
| PLNGAVHHYAQAQTGWVHN | 57 | 2.959 | 0.064 | 1.184 | 7.735 | 162.209 | 220.283 |
| PLNGAVHIYAQAQTGWVHN | 58 | 2.284 | 0.049 | 0.000 | 0.000 | 160.204 | 217.560 |
| PLNGAVHLDAQAQTGWVHN | 59 | 0.667 | 0.014 | 0.333 | 2.175 | 298.308 | 405.108 |
| PLNGAVHLNAQAQTGWVHN | 60 | 2.297 | 0.050 | 2.821 | 18.432 | 417.906 | 567.525 |
| PLNGAVHLSAQAQTGWVHN | 61 | 1.946 | 0.042 | 1.987 | 12.982 | 427.101 | 580.011 |
| PLNGAVHLYAKAQTGWVHN | 62 | 7.514 | 0.162 | 0.000 | 0.000 | 75.629 | 102.705 |
| PLNGAVHLYAQAKTGWVHN | 63 | 2.441 | 0.053 | 0.998 | 6.522 | 78.923 | 107.179 |
| PLNGAVHLYAQAQAGWVHN | 64 | 1.527 | 0.033 | 0.000 | 0.000 | 132.644 | 180.133 |
| PLNGAVHLYAQAQRGWVHN | 65 | 4.707 | 0.101 | 0.000 | 0.000 | 24.765 | 33.632 |
| PLNGAVHLYAQAQSGWVHN | 66 | 3.622 | 0.078 | 0.000 | 0.000 | 117.858 | 160.053 |
| PLNGAVHLYAQAQTAWVHN | 946 | 16.279 | 0.351 | 0.452 | 2.953 | 234.444 | 318.380 |
| PLNGAVHLYAQAQTGCVHN | 67 | 4.347 | 0.094 | 0.356 | 2.328 | 255.533 | 347.018 |
| PLNGAVHLYAQAQTGGVHN | 491 | 44.261 | 0.954 | 1.261 | 8.238 | 175.856 | 238.815 |
| PLNGAVHLYAQAQTGLVHN | 68 | 6.977 | 0.150 | 0.000 | 0.000 | 140.966 | 191.435 |
| PLNGAVHLYAQAQTGSVHN | 576 | 34.946 | 0.753 | 2.147 | 14.025 | 187.304 | 254.363 |
| PLNGAVHLYAQAQTGWVHN | 755 | 23.437 | 0.505 | 0.865 | 5.655 | 192.126 | 260.911 |
| PLNGAVHLYAQAQVSAVHN | 69 | 8.212 | 0.177 | 0.000 | 0.000 | 319.448 | 433.817 |
| PLNGAVHLYAQEQTGWVHN | 70 | 2.986 | 0.064 | 0.000 | 0.000 | 93.114 | 126.451 |
| PLNGAVHLYAQGQTGWVHN | 71 | 1.725 | 0.037 | 0.000 | 0.000 | 26.926 | 36.566 |
| PLNGAVHLYDQAQTGWVHN | 72 | 1.514 | 0.033 | 0.279 | 1.822 | 142.794 | 193.917 |
| PLNGAVHLYGQAQTGWVHN | 73 | 1.401 | 0.030 | 0.000 | 0.000 | 116.707 | 158.491 |
| PLNGAVHLYSQAQTGWVHN | 74 | 9.806 | 0.211 | 0.000 | 0.000 | 100.716 | 136.775 |
| PLNGAVHRYAQAQTGWVHN | 75 | 5.991 | 0.129 | 0.000 | 0.000 | 13.869 | 18.834 |
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| PLNGAVQLYAQAQTGWVHN | 79 | 2.338 | 0.050 | 1.085 | 7.091 | 105.426 | 143.170 |
| PLNGGVHLYAQAQTGWVHN | 979 | 15.473 | 0.333 | 0.626 | 4.090 | 185.552 | 251.984 |
| PLNGSVHLYAQAQTGWVHN | 703 | 25.824 | 0.556 | 1.283 | 8.381 | 360.426 | 489.465 |
| PLNGTVHLYAQAQTGWVHN | 80 | 10.315 | 0.222 | 0.000 | 0.000 | 159.224 | 216.229 |
| PRNGAVHLYAQAQTGWVHN | 81 | 2.842 | 0.061 | 1.016 | 6.636 | 163.614 | 222.192 |
| PVNGAVHLYAQAQTGWVHN | 82 | 8.023 | 0.173 | 0.761 | 4.971 | 402.937 | 547.197 |
| QLNGAVHLYAQAQTGWVHN | 816 | 21.018 | 0.453 | 0.794 | 5.185 | 344.539 | 467.890 |
| SLNGAVHLYAQAQTGWVHN | 83 | 8.378 | 0.181 | 1.286 | 8.399 | 211.470 | 287.181 |
| TLNGAVHLYAQAQTGWVHN | 84 | 1.270 | 0.027 | 0.252 | 1.648 | 136.758 | 185.720 |
| ALNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1081 | 13.477 | 0.290 | 0.084 | 0.546 | 9.629 | 13.077 |
| ALNGAVNLYAQAQTGWVKN | 85 | 4.203 | 0.091 | 0.000 | 0.000 | 3.919 | 5.323 |
| KLNGAVHLYAQAQTGWVKN | 86 | 7.153 | 0.154 | 0.000 | 0.000 | 9.576 | 13.004 |
| PHNGAVHLYAQAQTGWVKN | 87 | 1.248 | 0.027 | 0.378 | 2.467 | 5.661 | 7.688 |
| PINGAVHLYAQAQTGWVKN | 88 | 7.644 | 0.165 | 0.143 | 0.933 | 7.560 | 10.267 |
| PLKGAVHLYAQAQTGWVKN | 89 | 0.748 | 0.016 | 0.103 | 0.675 | 7.088 | 9.626 |
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| PLNGALHLYAQAQTGWVKN | 859 | 19.306 | 0.416 | 0.059 | 0.387 | 19.870 | 26.984 |
| PLNGAVDLYAQAQTGWVKN | 94 | 0.937 | 0.020 | 0.000 | 0.000 | 5.016 | 6.812 |
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| PLNGAVHLSAQAQTGWVKN | 99 | 0.653 | 0.014 | 0.523 | 3.415 | 16.268 | 22.092 |
| PLNGAVHLYAEAQTGWVKN | 100 | 0.752 | 0.016 | 0.000 | 0.000 | 0.825 | 1.120 |
| PLNGAVHLYAHAQTGWVKN | 101 | 8.658 | 0.187 | 0.345 | 2.253 | 1.734 | 2.355 |
| PLNGAVHLYAKAQTGWVKN | 649 | 28.559 | 0.615 | 0.278 | 1.817 | 1.532 | 2.081 |
| PLNGAVHLYALAQTGWVKN | 102 | 2.311 | 0.050 | 0.000 | 0.000 | 9.892 | 13.433 |
| PLNGAVHLYAPAQTGWVKN | 103 | 3.766 | 0.081 | 0.000 | 0.000 | 5.697 | 7.737 |
| PLNGAVHLYAQAETGWVKN | 104 | 0.360 | 0.008 | 0.213 | 1.394 | 2.738 | 3.718 |
| PLNGAVHLYAQAQKGWVKN | 105 | 7.865 | 0.169 | 0.099 | 0.648 | 1.486 | 2.018 |
| PLNGAVHLYAQAQLSPVKN | 566 | 36.293 | 0.782 | 0.000 | 0.000 | 134.753 | 182.997 |
| PLNGAVHLYAQAQLSSVKN | 960 | 15.955 | 0.344 | 0.000 | 0.000 | 51.408 | 69.813 |
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| PLNGAVHLYAQAQSSSVKN | 109 | 5.856 | 0.126 | 0.169 | 1.107 | 10.452 | 14.194 |
| PLNGAVHLYAQAQTACVKN | 110 | 4.473 | 0.096 | 0.000 | 0.000 | 14.173 | 19.247 |
| PLNGAVHLYAQAQTASVKN | 763 | 23.248 | 0.501 | 0.000 | 0.000 | 11.433 | 15.526 |
| PLNGAVHLYAQAQTAWVKN | 828 | 20.599 | 0.444 | 0.333 | 2.174 | 6.667 | 9.054 |
| PLNGAVHLYAQAQTEWVKN | 111 | 0.721 | 0.016 | 0.000 | 0.000 | 14.566 | 19.781 |
| PLNGAVHLYAQAQTGAVKN | 112 | 8.239 | 0.178 | 0.000 | 0.000 | 10.794 | 14.659 |
| PLNGAVHLYAQAQTGCVKN | 113 | 8.144 | 0.175 | 0.222 | 1.452 | 14.865 | 20.187 |
| PLNGAVHLYAQAQTGGVKN | 529 | 40.644 | 0.876 | 0.167 | 1.092 | 8.407 | 11.417 |
| PLNGAVHLYAQAQTGLVKN | 114 | 10.090 | 0.217 | 0.145 | 0.945 | 10.946 | 14.864 |
| PLNGAVHLYAQAQTGRVKN | 1100 | 13.059 | 0.281 | 0.000 | 0.000 | 2.607 | 3.541 |
| PLNGAVHLYAQAQTGSVKN | 631 | 29.707 | 0.640 | 0.516 | 3.369 | 7.169 | 9.735 |
| PLNGAVHLYAQAQTGWVKN | 765 | 23.167 | 0.499 | 0.260 | 1.700 | 10.937 | 14.852 |
| PLNGAVHLYAQAQTLSVKN | 720 | 25.032 | 0.539 | 1.771 | 11.569 | 10.981 | 14.913 |
| PLNGAVHLYAQAQTRWVKN | 1033 | 14.369 | 0.310 | 1.308 | 8.546 | 1.210 | 1.643 |
| PLNGAVHLYAQAQTSSVKN | 700 | 26.099 | 0.562 | 0.000 | 0.000 | 29.844 | 40.528 |
| PLNGAVHLYAQAQTSTVKN | 1037 | 14.347 | 0.309 | 0.000 | 0.000 | 12.484 | 16.953 |
| PLNGAVHLYAQAQTSWVKN | 115 | 4.212 | 0.091 | 0.000 | 0.000 | 34.651 | 47.056 |
| PLNGAVHLYAQAQTVAVKN | 625 | 30.131 | 0.649 | 0.000 | 0.000 | 22.666 | 30.781 |
| PLNGAVHLYAQAQTVSVKN | 325 | 69.266 | 1.492 | 0.231 | 1.508 | 22.335 | 30.332 |
| PLNGAVHLYAQAQTVWVKN | 771 | 22.784 | 0.491 | 0.000 | 0.000 | 1.612 | 2.189 |
| PLNGAVHLYAQAQVSAVKN | 610 | 31.581 | 0.680 | 0.354 | 2.310 | 21.595 | 29.326 |
| PLNGAVHLYAQAQVSPVKN | 558 | 37.158 | 0.801 | 0.000 | 0.000 | 40.525 | 55.033 |
| PLNGAVHLYAQEQTGWVKN | 116 | 7.694 | 0.166 | 0.000 | 0.000 | 1.548 | 2.102 |
| PLNGAVHLYAQSQTGWVKN | 117 | 7.014 | 0.151 | 0.000 | 0.000 | 5.931 | 8.054 |
| PLNGAVHLYDQAQTGWVKN | 118 | 2.761 | 0.059 | 0.146 | 0.956 | 7.745 | 10.518 |
| PLNGAVHLYEQAQTGWVKN | 119 | 7.658 | 0.165 | 0.000 | 0.000 | 7.124 | 9.675 |
| PLNGAVHLYGQAQTGWVKN | 120 | 0.874 | 0.019 | 0.000 | 0.000 | 5.745 | 7.802 |
| PLNGAVHLYSQAQTGLVKN | 121 | 6.910 | 0.149 | 0.000 | 0.000 | 11.682 | 15.865 |
| PLNGAVHLYSQAQTGWVKN | 122 | 7.536 | 0.162 | 0.245 | 1.599 | 4.415 | 5.996 |
| PLNGAVHLYTQAQTGWVKN | 123 | 0.595 | 0.013 | 0.166 | 1.086 | 10.157 | 13.793 |
| PLNGAVHPYAQAQTGWVKN | 124 | 0.788 | 0.017 | 0.178 | 1.162 | 3.527 | 4.790 |
| PLNGAVHRSLQAQTGWVKN | 125 | 0.153 | 0.003 | 0.449 | 2.931 | 7.938 | 10.780 |
| PLNGAVHRYAQAQTGWVKN | 126 | 1.878 | 0.040 | 0.000 | 0.000 | 2.446 | 3.322 |
| PLNGAVHVYAQAQTGWVKN | 127 | 1.937 | 0.042 | 0.123 | 0.802 | 7.871 | 10.689 |
| PLNGAVLLYAQAQTGWVKN | 128 | 4.149 | 0.089 | 0.211 | 1.379 | 3.878 | 5.266 |
| PLNGAVNLYAQAQTGCVKN | 129 | 3.505 | 0.076 | 0.000 | 0.000 | 1.145 | 1.555 |
| PLNGAVNLYAQAQTGWVKN | 130 | 4.586 | 0.099 | 0.262 | 1.710 | 2.124 | 2.884 |
| PLNGAVNLYDQAQTGWVKN | 131 | 2.486 | 0.054 | 0.000 | 0.000 | 9.468 | 12.858 |
| PLNGAVPLYAQAQTGWVKN | 132 | 1.622 | 0.035 | 0.000 | 0.000 | 7.002 | 9.509 |
| PLNGAVQLYAQAQTGWVKN | 133 | 2.014 | 0.043 | 0.381 | 2.487 | 11.888 | 16.145 |
| PLNGAVRSTAQAQTGWVKN | 134 | 0.505 | 0.011 | 0.662 | 4.326 | 24.950 | 33.883 |
| PLNGAVSLRAQAQTGWVKN | 135 | 0.725 | 0.016 | 1.267 | 8.277 | 6.291 | 8.543 |
| PLNGAVSSRAQAQTGWVKN | 136 | 0.739 | 0.016 | 1.091 | 7.130 | 19.478 | 26.452 |
| PLNGDVHLYAQAQTGCVKN | 14 | 2.905 | 0.063 | 0.000 | 0.000 | 10.919 | 14.829 |
| PLNGDVHLYAQAQTGWVKN | 15 | 2.559 | 0.055 | 0.235 | 1.539 | 9.737 | 13.224 |
| PLNGGVHLYAQAQTGWVKN | 864 | 19.077 | 0.411 | 0.292 | 1.905 | 4.576 | 6.214 |
| PLNGPVHLYAQAQTGWVKN | 16 | 2.216 | 0.048 | 0.000 | 0.000 | 5.169 | 7.019 |
| PLNGSVHLYAQAQTGCVKN | 17 | 5.707 | 0.123 | 0.000 | 0.000 | 21.281 | 28.900 |
| PLNGSVHLYAQAQTGWVKN | 791 | 22.050 | 0.475 | 0.184 | 1.202 | 13.110 | 17.803 |
| PLNGTVHLYAQAQTGWVKN | 978 | 15.482 | 0.334 | 0.000 | 0.000 | 17.576 | 23.868 |
| PLNSAVHLYAQAQTGWVKN | 1174 | 1.468 | 0.032 | 0.000 | 0.000 | 3.674 | 4.989 |
| PLSGAVHLYAQAQTGWVKN | 1175 | 0.680 | 0.015 | 0.000 | 0.000 | 8.111 | 11.015 |
| PPNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1176 | 0.829 | 0.018 | 0.546 | 3.567 | 9.008 | 12.233 |
| PRNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1177 | 1.194 | 0.026 | 0.421 | 2.751 | 9.143 | 12.417 |
| PVNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1178 | 8.167 | 0.176 | 0.145 | 0.946 | 11.979 | 16.268 |
| QLNGAVHIYAQAQTGWVKN | 1179 | 6.982 | 0.150 | 0.000 | 0.000 | 14.405 | 19.563 |
| QLNGAVHLYAQAQTGCVKN | 1180 | 2.446 | 0.053 | 0.000 | 0.000 | 14.453 | 19.627 |
| QLNGAVHLYAQAQTGLVKN | 1181 | 7.518 | 0.162 | 0.000 | 0.000 | 1.613 | 2.190 |
| QLNGAVHLYAQAQTGSVKN | 966 | 15.815 | 0.341 | 1.130 | 7.380 | 3.272 | 4.443 |
| QLNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1032 | 14.378 | 0.310 | 0.137 | 0.893 | 10.495 | 14.253 |
| QLNGAVHLYDQAQTGWVKN | 1182 | 2.378 | 0.051 | 0.000 | 0.000 | 1.224 | 1.663 |
| RLNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1183 | 3.131 | 0.067 | 0.000 | 0.000 | 4.894 | 6.646 |
| SINGAVHLYAQAQTGWVKN | 1184 | 1.234 | 0.027 | 0.409 | 2.671 | 4.660 | 6.328 |
| SLNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1185 | 6.104 | 0.132 | 0.328 | 2.143 | 11.122 | 15.104 |
| SLNGAVNLYAQAQTGWVKN | 1186 | 1.387 | 0.030 | 0.833 | 5.444 | 5.215 | 7.083 |
| TLNGAVHLYAQAQTGWVKN | 1187 | 2.176 | 0.047 | 0.108 | 0.707 | 5.355 | 7.272 |
| TLNGAVNLYAQAQTGWVKN | 1188 | 1.333 | 0.029 | 0.000 | 0.000 | 1.292 | 1.754 |
| PLNGAVHHYAQAQTGWVPN | 1189 | 0.937 | 0.020 | 0.000 | 0.000 | 982.466 | 1334.208 |
| PLNGAVHLNAQAQTGWVPN | 1190 | 3.698 | 0.080 | 3.072 | 20.072 | 5448.821 | 7399.606 |
| PLNGAVHLSAQAQTGWVPN | 1191 | 3.356 | 0.072 | 3.362 | 21.966 | 5527.158 | 7505.989 |
| PLNGAVHLYAQAQTGCVPN | 1192 | 8.959 | 0.193 | 0.969 | 6.329 | 3019.591 | 4100.664 |
| PLNGAVHLYAQAQTGWVPN | 314 | 71.770 | 1.546 | 2.071 | 13.534 | 2408.300 | 3270.518 |
| PLNGAVNLYAQAQTGWVPN | 1193 | 5.356 | 0.115 | 1.809 | 11.822 | 2103.432 | 2856.501 |
| PLNGTVHLYAQAQTGWVPN | 885 | 18.270 | 0.394 | 0.000 | 0.000 | 4688.758 | 6367.425 |
| PVNGAVHLYAQAQTGWVPN | 1016 | 14.568 | 0.314 | 0.000 | 0.000 | 1269.496 | 1724.000 |
| QLNGAVHLYAQAQTGWVPN | 648 | 28.572 | 0.616 | 0.000 | 0.000 | 14152.524 | 19219.405 |
| SLNGAVHLYAQAQTGWVPN | 1058 | 13.914 | 0.300 | 1.876 | 12.256 | 1800.081 | 2444.545 |
| PLNGAVHLYAQAQTGWVQN | 476 | 46.410 | 1 | 0.153 | 1 | 0.736 | 1 |
| AQAQAQTGWVQN | 1194 | 1 | 0.0215 | 1 | 6.533 | 1 | 1.358 |
此實例描述了小鼠中TTD-001 (SEQ ID NO: 3623 (DNA)及3636 (胺基酸)，包含SEQ ID NO: 1725或3648)蛋白殼變異體之成熟以進一步增強其在中樞神經系統中之轉導及生物分佈，且演化AAV蛋白殼變異體。使用兩種方法來使TTD-001蛋白殼序列成熟，以便在包含於蛋白殼變異體之環VIII內之肽插入內或周圍隨機化及突變。在第一個成熟方法中，三個連續胺基酸之組在TTD-001序列中之誘變區隨機化，該誘變區跨越根據SEQ ID NO: 3636編號之位置587至位置602。在第二個成熟方法中，誘變引子用於以低頻引入點突變，該等點突變分散於TTD-001序列中之在根據SEQ ID NO: 3636編號之位置587至位置602範圍內之誘變區內。將由TTD-001之各成熟方法產生的AAV蛋白殼變異體合併在一起，用於隨後在小鼠中進行測試及表徵。
將由TTD-001成熟AAV蛋白殼變異體產生的經合併之成熟AAV蛋白殼變異體庫注射至3隻小鼠中。生活一段時間後，分離小鼠之腦且提取RNA。在RNA回收及RT-PCR擴增後，進行系統的NGS富集分析，以計算相對於AAV9對照的倍數富集率，且鑑別了變異體內所含之肽。計算自小鼠分離之樣品中各肽之變異係數(CV)，且鑑別出CV值＜1之肽，因為此等肽為自小鼠分離之腦樣品中的大多數或全部中可靠偵測到之肽。此等TTD-001成熟蛋白殼變異體及其肽序列提供於表11中。
超過3000個TTD-001成熟蛋白殼變異體相對於野生型AAV9對照展現出增加的表現。如表11中所示，相對於野生型AAV9對照，大約34個展現出大於十倍的富集。此外，在小鼠腦中相對於野生型AAV9對照蛋白殼具有最大倍數富集的TTD-001成熟蛋白殼變異體中包含的肽中，觀測到變異體序列中之修飾出現在序列中部，尤其在對應於根據胺基酸序列SEQ ID NO: 3636編號之參考序列的位置591-593的殘基處。
綜上所述，此等資料表明，在兩種成熟方法之後，與野生型AAV9對照蛋白殼相比，在小鼠中產生了具有顯著增強之CNS向性之具有環VIII修飾的成熟TTD-001蛋白殼變異體。
表 11. 小鼠之腦中 TTD-001 成熟 AAV 蛋白殼變異體之 NGS 倍數富集
實例 9. rAAV 顆粒調配物之最佳化
| 肽序列 | SEQ ID NO: | CV | 相對於 AAV9 之倍數富集 | 肽序列 | SEQ ID NO: | CV | 相對於 AAV9 之倍數富集 |
| PLNNPGHLYAQAQTGW | 1139 | 0.696 | 94.10 | PLNGARTIYAQAQTGW | 1157 | 0.371 | 17.48 |
| PLNGVKALYAQAQTGW | 1140 | 0.047 | 78.63 | TLNGAVHLNAQGQTGW | 1158 | 0.891 | 16.19 |
| PLNGARMIYAQAQTGW | 1141 | 0.530 | 66.48 | PLNGAGADYAQAQTGW | 1159 | 0.768 | 15.41 |
| PLNGVKMLYAQAQTGW | 1142 | 0.203 | 60.88 | PLNMPGHLYAQAQTGW | 1160 | 0.729 | 14.98 |
| PLNGVRALYAQAQTGW | 1143 | 0.674 | 60.72 | PLNGVQALYAQAQTGW | 1161 | 0.359 | 13.56 |
| PLNGVRSLYAQAQTGW | 1144 | 0.400 | 52.99 | SLNGAVHLYVQAQTGS | 1162 | 0.866 | 12.73 |
| PLNGTRMLYAQAQTGW | 1145 | 0.517 | 50.75 | PLNGVKTLYAQAQTGW | 1163 | 0.239 | 12.54 |
| PLNGVRTLYAQAQTGW | 1146 | 0.698 | 42.02 | SLNGAVHLSAQAQAGW | 1164 | 0.920 | 12.45 |
| PLNGVRMLYAQAQTGW | 1147 | 0.678 | 31.62 | SINGPVHLYAQAQTGW | 1165 | 0.409 | 12.14 |
| PLNGARMLYAQAQTGW | 1148 | 0.186 | 30.79 | PLNGGVHLSVQAQTGW | 1166 | 0.979 | 12.10 |
| PLNGAKMLYAQAQTGW | 1149 | 0.318 | 28.20 | PLNGAGHLNAQAQTRW | 1167 | 0.983 | 11.71 |
| PLNGVKSLYAQAQTGW | 1150 | 0.284 | 27.59 | ALNGAVHVSAQAQTGW | 1168 | 0.645 | 10.75 |
| PLNGVQMLYAQAQTGW | 1151 | 0.316 | 27.39 | PLNLVGHLYAQAQTGW | 1169 | 0.872 | 10.63 |
| PSARAVHLYAQAQTGW | 1152 | 0.893 | 24.75 | PLNLTGHLYAQAQTGW | 1170 | 0.341 | 10.38 |
| PLNGTRSLYAQAQTGW | 1153 | 0.459 | 21.66 | PGRQAVHLYAQAQTGW | 1171 | 0.971 | 10.13 |
| PLNGVRQLYAQAQTGW | 1154 | 0.190 | 20.62 | LVNSTVRLNAQVQTGW | 1172 | 0.878 | 10.04 |
| PLNGAQMLYAQAQTGW | 1155 | 0.295 | 19.61 | AQAQAQTGW | 1173 | 0.299 | 1.0 |
| PLNGVKYLYAQAQTGW | 1156 | 0.842 | 19.25 |
該實驗之目的為獲得可支持病毒濃度＞1×10
13vg/mL、最大限度地減少聚集(例如至如藉由SEC-FLD評估的＜5%)且在各種儲存條件下將滲透壓維持在一定範圍內(例如對於等滲溶液為約250-600 mOsm/kg)之調配物。在此等實驗中使用了具有SEAP/GFP有效負載之AAV9變異體(TTD-001)。
改變用於包含AAV9蛋白殼或AAV9蛋白殼變異體(或其變異體) (例如本文所描述之AAV蛋白殼變異體)之治療性重組AAV顆粒的基於經改質PBS的調配物(PBS及0.001% Pluronic F68，pH7.4)的各種參數(包括賦形劑、擁擠劑、pH及滲透壓)且如下文所論述的測試其影響。
在各種條件下(包括在-80℃、2-8℃、室溫(25℃)下儲存以及在多次凍融循環下)測試新調配物之穩定性。亦如下檢查了調配物之其他特性：pH (pH計)、滲透壓(滲透壓計)、VP1,2,3 %純度(十二烷基硫酸鈉毛細管凝膠電泳(CE-SDS))、pI/表面電荷(毛細管等電聚焦(CIEF))、載體效價(qPCR)、次μm聚集(粒徑排阻層析-螢光偵測(SEC-FLD)/動態光散射(DLS))及%佔用率(SEC-MALS)。
所測試調配物之組分展示於
表 12中。
表 12. 調配物組分
| 經改質的PBS | PBS，pH 7.4 0.001% Pluronic F-68 |
| 1%丙三醇 | 20 mM Tris，pH 8.0 62.5 mM NaCl 1%丙三醇 0.001% Pluronic F-68 |
| 2.5%丙三醇 | 20 mM Tris，pH 8.0 62.5 mM NaCl 2.5%丙三醇 0.001% Pluronic F-68 |
| 5.95%海藻糖 | 20 mM Tris，pH 8.0 62.5 mM NaCl 5.95%海藻糖 0.001% Pluronic F-68 |
如下進行緩衝液交換樣品中之TTD-001的VP1,2,3比及%純度的分析。簡言之，將100 μl樣品與350μl SDS樣品緩衝液組合，且添加至預處理的Amicon Ultra 0.5 ml離心旋轉過濾器(10 kDa)中。旋轉樣品，將過濾器倒置至新的收集管中且旋轉，且用SDS樣品緩衝液將體積提高至95 μl。向各樣品中添加2μl之10 kDa內標物及5μL碘乙醯胺(IAM)，並且藉由加熱至70℃持續3分鐘，隨後冷卻至室溫來將其烷基化。隨後將樣品轉移至內部裝有PCR管的CE小瓶中，以藉由CE-SDS進行分析。
除了經改質的PBS中之樣品(其信號明顯低於其他樣品，可能係由於聚集後材料損失)外，所有緩衝液交換樣品均保留了原始起始材料之VP1,2,3比。緩衝液交換調配物在時間0處及3個月(樣品儲存在-80℃及2-8℃下)處之特性展示於
表 13中(VP比及%純度)。在-80℃下儲存3個月對VP比或%純度無影響。在2-8℃下儲存時，2週內對蛋白殼結構產生了重大影響，表現為CESDS電泳圖中出現額外峰(可能為剪切的VP)及總體%純度之降低(
表 13)。平均VP比亦發生了偏移，VP1水準下降，可能係由於VP1含量較高的蛋白殼損失增加。在各條件下，CESDS電泳圖中經改質的PBS調配物之信號仍低一個數量級(藉由效價差異反映)，表明降解係普遍的。
表13. 蛋白殼參數
*VP比顯示為VP3:VP2:VP1
| 樣品 | t=0 | t=3 個月(-80℃) | t=3 個月(2-8℃) | |||
| VP 比* | % 純度 | VP 比 | % 純度 | VP 比 | % 純度 | |
| 經改質的PBS | 32:2:1 | 100 | 47:2:1 | 93.6 | 54:2:1 | 100 |
| 5.95%海藻糖 | 32:2:1 | 100 | 34:2:1 | 97.3 | 82:3:1 | 61.3 |
| 2.5%丙三醇 | 31:2:1 | 100 | 32:2:1 | 100 | 60:3:1 | 81.6 |
| 1%丙三醇 | 30:2:1 | 100 | 28:2:1 | 100 | 57:3:1 | 87.7 |
表 14示出了如藉由cIEF評估的已經緩衝液交換的樣品之pI參數(中心pI值、pI範圍及面積%)。簡言之，將10 μl各樣品與200 μl的cIEF主混合液混合。同時，將200 μl的cIEF主混合液添加至1.0 μl的pI標記5.5、7.0及9.5中。離心調配物樣品及標記標準物，且將200 µl之各樣品及標記標準物添加至內部裝有PCR管之CE小瓶中，以藉由cIEF進行分析。
除了導致信號顯著損失(如qPCR量測中所反映的)以及移向更高的pI值的經改質的PBS調配物外，三種調配物(5.95%海藻糖、2.5%丙三醇及1%丙三醇)保留了與原始材料相同的電荷曲線，在預期的pI範圍內具有強信號。
表 14. pI 參數
| 樣品 | t=0 | t=3 個月(-80℃) | t=3 個月(2-8℃) | ||||||
| 中心pI 值 | pI 範圍 | 面積% | 中心pI 值 | pI 範圍 | 面積% | 中心pI 值 | pI 範圍 | 面積% | |
| 經改質的PBS | 7.4 | 7.1-7.8 | 100.0 | 6.5 | 6.2-7.5 | 100.0 | 6.4 | 6.2-6.6 | 100.0 |
| 5.95%海藻糖 | 6.5 | 6.2-6.7 | 100.0 | 6.2 | 6.0-6.5 | 100.0 | 6.0 | 5.9-6.2 | 100.0 |
| 2.5%丙三醇 | 6.5 | 6.2-6.7 | 100.0 | 6.2 | 6.0-6.5 | 100.0 | 6.0 | 5.9-6.2 | 100.0 |
| 1%丙三醇 | 6.4 | 6.2-6.7 | 100.0 | 6.2 | 5.8-6.6 | 100.0 | 6.0 | 5.9-6.2 | 100.0 |
表 15-19及
圖 13A 至圖 13D、
圖 14A 至圖 14D以及
圖 15A 至圖 15D示出了所測試調配物及TTD-001顆粒之各種特性，包括pH值、滲透壓、效價、聚集及佔有率。使用pH計評估pH且藉由滲透壓計評估滲透壓。
藉由qPCR測定各樣品之病毒效價。簡言之，將5 μl各樣品與95 μl的DNA酶反應混合物(QPCR DNA酶緩衝液中之0.3 mg/mL的DNA酶 I)在96孔PCR盤中組合，且在37℃下孵育1小時以移除任何外部DNA。向各樣品中添加125 μl蛋白酶K混合物(QPCR蛋白酶K緩衝液中之0.96 mg/mL蛋白酶K及20mM EDTA)。將盤在55℃下孵育1小時且在95℃下孵育10分鐘，以使DNA酶 I失活且使蛋白殼變性，從而釋放DNA。將4 μl各樣品及標準物與16 μl的qPCR主混合液(1.25x Taqman快速高級主混合液，於無核酸酶水中之1.25x 引子探針混合物)組合。將盤置於光週期計480儀器內，且使用以下循環程式：變性(95℃持續10分鐘)、循環45次(95℃持續10秒，60℃持續10秒，72℃持續10秒)。接著在最後一步採集螢光信號。使用光週期計480軟體處理資料，以生成以vg/ml為單位之效價值。
在SYBR金螢光染色之鹼性變性條件下，使用瓊脂糖凝膠運行量測條帶數及相對強度方面之基因體完整性。簡言之，將1%瓊脂糖凝膠澆注在1xTris醋酸EDTA (TAE)溶液中。將10 µl各樣品與10μl的2x變性上樣染料組合，且將樣品加熱至95℃持續10分鐘並且冷卻至室溫。由此，將10 μl各樣品混合物與作為尺寸梯之5 μl的generuler一起載入各別孔中。將凝膠在2-8℃下在40V下運行16小時。用1xTAE溶液洗滌後，使用SYBR金溶液對其進行染色且使用藍色濾光片(460 nm)顯像。使用image J軟體確定尺寸及條帶強度。
如表及
圖 13A 至圖 13G所示，與經改質的PBS調配物(包括在-80℃、2-8℃及室溫下儲存，以及在多輪凍融下之樣品)相比，添加丙三醇及海藻糖在各種穩定性測試中提高了病毒效價及基因體完整性。當將效價值繪製為時間之函數且分為各個溫度組時，含丙三醇之調配物及含海藻糖之調配物能夠在各條件下(亦即在-80℃、2-8℃、25℃下及在6次凍融循環下)維持1E+13 VG/ml之效價(
圖 13E)。此外，在-80℃及2-8℃條件下，此等效價在第90天維持不變(
圖 13F及
圖 13G)。在DNA變性凝膠分析中，儘管所有樣品均展示兩種DNA物種(4.0及3.0 kbp)，但與經改質的PBS調配物相比，含丙三醇之調配物(1%及2.5%)及含5.95%海藻糖之調配物的主要DNA物種強度更大。對於在2週及6次凍融循環內之時間點，未觀測到含丙三醇之調配物及含海藻糖之調配物的強度之顯著損失或額外物種之出現。
使用SEC-FLD及SEC-MALS評估聚集(%HMW)及佔用率(%全AAV蛋白殼)。該檢定利用粒徑排阻層析以將AAV單體與HMW聚集體分離，從而使用螢光信號之積分量化後者。使用線上多角度光散射結合折射率量測來確定聚集體之莫耳質量、幾何形狀及蛋白質分數。藉由使用280 nm處消光係數的差異來量測%全，以將單體的莫耳質量分解為蛋白質(蛋白殼)及有效負載(DNA)之貢獻。簡言之，將樣品添加至HPLC小瓶中，且在4℃下載入HPLC自動進樣器中。將樣品在具有以下HPLC方法參數之7.8×300 mm，500 Å管柱上運行：儀器方法(SEC 260及280)、泵(1.0 ml/min SEC移動相(2×DPBS，pH7.5))、注射(50 µl的H
2O，調配物緩衝液，參考標準物或樣品)、運行時間(20 min)、DAD UV (280 nM)、VWD UV (260 nM)、FLD (Ex=280 Em=350，PMT增益=8)、管柱溫度(25℃)。使用Chemstation分析資料(螢光信號)。在4.5至10分鐘內手動積分信號，且使用分裂峰函數分割積分面積以分離單體(通常RT=7.0 min)及HMW峰(通常RT=6.1 min)。對兩個UV信號(260及280 nm)重複積分及峰分割。在重複進樣中將螢光跡線之%HMW及A260/280值取平均值。
在聚集方面，在某些條件下，例如在-80℃下儲存30天及50天(
圖 14A及
圖 14E)及在多次凍融循環後(
圖 14D)的樣品中，含丙三醇之調配物(1%及2.5%)展示出比經改質的PBS調配物及含5.95%海藻糖之調配物更少的rAAV顆粒聚集。在-80℃下，基於丙三醇之調配物在3個月時間內之%HMW聚集體的水準無變化，而含海藻糖之調配物及含mPBS之調配物在約2週時開始%HMW急劇增加(
圖 14A及
圖 14E)。在於2-8℃下儲存之樣品中，在含海藻糖之調配物中觀測到聚集水準立即增加，且在2週後亦在含丙三醇之調配物中觀測到聚集水準增加；在儲存90天之樣品中，含丙三醇之調配物及含海藻糖之調配物的rAAV顆粒聚集均低於經改質的PBS調配物(
圖 14B及
圖 14F)。在於室溫下儲存的樣品中，相對於含丙三醇之調配物(1%及2.5%)，含5.95%海藻糖之調配物在早期亦展示出更高的聚集(
圖 14C)。在多次凍融循環中，含丙三醇之調配物保持穩定，表明在-80℃下儲存具有良好的相容性。含海藻糖之調配物及經改質的PBS調配物在兩次凍融循環後均展示出%HMW的顯著增加(
圖 14D)。
關於佔用率，如表
及圖 15A 至圖 15D中所示，含丙三醇之調配物(1%及和2.5%)大體上相對於經改質的PBS調配物展示出更高的佔用率(%全AAV)，尤其在測試儲存條件下的稍後時間點。儘管含5.95%海藻糖之調配物亦在-80℃時展示出與丙三醇調配物相似的佔用率，但在2-8℃及25℃之後期時間點觀測到損失。基於丙三醇之媒劑中的病毒物質儲存在-80℃，或受6次凍融循環攻擊，在三個月內維持%全蛋白殼(
圖 15A及
圖 15E)。當儲存在2-8℃時，含海藻糖之調配物及經改質的PBS調配物分別在2週及1個月時展示佔用率減少(貨物損失)(
圖 15B 及圖 15F)。在2-8℃下儲存比在25℃下儲存之影響更小，在此等分組之間的區別更大。在室溫下，含海藻糖之調配物在1週後開始損失佔用率，而丙三醇調配物可維持其完整性長達2週。濃度為2.5%之丙三醇媒劑在25℃下保持50%的%全蛋白殼值長達1個月(
圖 15C)。
對於各調配物，所有條件均未展示可藉由肉眼檢查觀測到之溶液狀態變化。緩衝特性之量測(
表 15-19)表明與目標pH或滲透壓無偏差，其中對於mPBS、1%丙三醇、2.5%丙三醇及5.95%海藻糖媒劑，滲透壓之平均值分別為408、309、536及378 mOsmo/kg。
總體而言，含丙三醇之調配物優於經改質的PBS調配物，因為含丙三醇之調配物在測試條件下長時間保持穩定，同時保持合乎需要的特性(例如高病毒效價、較少的聚集及較高的%全蛋白殼)。含5.95%海藻糖之調配物在許多測試條件下亦長時間保持穩定。
表 15. 經改質的 PBS 調配物之穩定性
表 16. 1% 丙三醇調配物之穩定性
表 17. 2.5% 丙三醇調配物之穩定性
*由於採樣誤差導致讀數無效
表 18. 5.95% 海藻糖調配物之穩定性
表 19. 在多次凍融循環下調配物之穩定性
實例 10. 非人類靈長類動物 (NHP) 中之 TTD-001 的劑量反應評價
| 調配物 | 條件 | 時間( 天數) | 媒劑 | 有效負載 | 佔有率 | DLS | SEC | ||||
| pH | Osmo | qPCR | 主要DNA 物種強度 | % 全 | rH | %pd | % 強度 | % HMW | |||
| 經改質的PBS | -80℃ | t0 | 7.3 | 393 | 2.47E+11 | 3914 | 38.2 | 14.8 | 11.5 | 100 | 3.6 |
| 1 | 7.3 | 390 | 4.45E+11 | 4298 | 57.2 | 12.7 | 4 | 100 | 3.8 | ||
| 2 | 7.3 | 390 | 2.51E+12 | 4016 | 61.1 | 13.2 | 10 | 100 | 3.8 | ||
| 5 | 7.4 | 497 | 4.08E+12 | 4416 | 54.2 | 13.9 | 11.9 | 100 | 3.7 | ||
| 7 | 7.4 | 393 | 2.24E+12 | 3838 | 49.6 | 12.3 | 7 | 100 | 4.3 | ||
| 14 | 7.4 | 436 | 3.10E+12 | 3943 | 44.2 | 15.4 | 8 | 100 | 5.0 | ||
| 30 | 7.2 | 365 | 2.12E+12 | 38.2 | 14.2 | 11.8 | 100 | 14.2 | |||
| 60 | 7.2 | 389 | 9.09E+11 | 32.4 | 13.0 | 8.7 | 100 | 15.7 | |||
| 90 | 7.3 | 401 | 1.66E+12 | 50.5 | 15.2 | 9.5 | 94.6 | 14.1 | |||
| 2-8℃ | 1 | 7.0 | 401 | 1.23E+12 | 4468 | 32.1 | 14.7 | 11.2 | 100 | 3.8 | |
| 2 | 7.3 | 394 | 1.59E+12 | 3291 | 65.1 | 15 | 10.2 | 100 | 3.6 | ||
| 5 | 7.4 | 395 | 4.57E+12 | 2909 | 46.8 | 14.7 | 11.2 | 100 | 3.7 | ||
| 7 | 7.3 | 392 | 1.52E+12 | 3767 | 46.8 | 14.8 | 10.7 | 100 | 3.6 | ||
| 14 | 7.4 | 443 | 3.45E+12 | 3836 | 49.3 | 15.2 | 9.3 | 100 | 4.7 | ||
| 30 | 7.3 | 407 | 3.37E+12 | 21.0 | 13.4 | 10.7 | 100 | 4.3 | |||
| 60 | 7.2 | 403 | 2.75E+12 | 65.9 | 13.3 | 10.5 | 100 | 4.3 | |||
| 90 | 7.1 | 411 | 2.53E+12 | 41.2 | 14.6 | 11.2 | 100 | 6.2 | |||
| 25℃ | 1 | 7.2 | 401 | 1.22E+12 | 4027 | 15.2 | 14.2 | 11.9 | 100 | 3.6 | |
| 2 | 7.3 | 442 | 9.13E+11 | 2840 | 51.7 | 13.7 | 11.6 | 100 | 3.6 | ||
| 5 | 7.4 | 418 | 4.38E+12 | 2827 | 51.3 | 13.8 | 11.9 | 100 | 4.0 | ||
| 7 | 7.3 | 419 | 1.12E+12 | 2789 | 47.1 | 14.6 | 11.3 | 100 | 4.2 | ||
| 14 | 7.3 | 391 | 3.15E+12 | 3256 | 44.9 | 14.9 | 10.5 | 100 | 6.7 | ||
| 30 | 7.2 | 413 | 3.64E+12 | 15.9 | 14.9 | 10.4 | 100 | 8.0 |
| 調配物 | 條件 | 時間( 天數) | 媒劑 | 有效負載 | 佔有率 | DLS | SEC | ||||
| pH | Osmo | qPCR | 主要DNA 物種強度 | % 全 | rH | %pd | % 強度 | % HMW | |||
| 1%丙三醇 | -80℃ | t0 | 8.1 | 284 | 2.43E+12 | 9437 | 52.4 | 15.1 | 9.9 | 100 | 3.9 |
| 1 | 8.1 | 291 | 4.23E+12 | 6522 | 51.0 | 15.1 | 9.7 | 100 | 4.0 | ||
| 2 | 8.2 | 278 | 1.08E+13 | 4865 | 54.2 | 14.3 | 11.8 | 100 | 3.9 | ||
| 5 | 8.2 | 467 | 2.59E+13 | 5844 | 52.6 | 13 | 8.4 | 100 | 3.8 | ||
| 7 | 8.2 | 400 | 4.47E+12 | 4661 | 52.1 | 15.1 | 11.4 | 100 | 4.0 | ||
| 14 | 8.2 | 337 | 2.52E+13 | 5843 | 52.9 | 15.1 | 9.7 | 100 | 5.0 | ||
| 30 | 8.2 | 264 | 1.02E+13 | 53.2 | 15.7 | 7.8 | 100 | 3.9 | |||
| 60 | 8.0 | 284 | 5.81E+12 | 53.5 | 13.2 | 10.0 | 100 | 4.2 | |||
| 90 | 7.9 | 278 | 1.24E+13 | 52.0 | 14.0 | 11.6 | 100 | 4.0 | |||
| 2-8℃ | 1 | 8.1 | 288 | 3.78E+12 | 5667 | 51.9 | 15.1 | 10.2 | 100 | 4.0 | |
| 2 | 8.1 | 345 | 7.01E+12 | 6223 | 53.5 | 14.5 | 11.5 | 100 | 4.0 | ||
| 5 | 8.1 | 288 | 1.74E+13 | 6150 | 51.9 | 14.6 | 11.4 | 100 | 3.9 | ||
| 7 | 8.1 | 313 | 3.12E+12 | 5314 | 52.5 | 14.4 | 11.7 | 100 | 4.3 | ||
| 14 | 8.2 | 307 | 4.10E+13 | 5483 | 52.1 | 15.3 | 8.6 | 100 | 5.5 | ||
| 30 | 8.1 | 294 | 1.06E+13 | 49.4 | 14.7 | 11.1 | 100 | 8.4 | |||
| 60 | 8.0 | 291 | 9.36E+12 | 39.1 | 14.1 | 11.5 | 100 | 11.4 | |||
| 90 | 8.0 | 291 | 9.18E+12 | 42.6 | 13.6 | 11.2 | 100 | 4.5 | |||
| 25℃ | 1 | 8.1 | 287 | 3.35E+12 | 6607 | 38.2 | 15 | 10.2 | 100 | 3.9 | |
| 2 | 8.1 | 300 | 2.93E+12 | 7244 | 52.8 | 15 | 10.3 | 100 | 3.9 | ||
| 5 | 8.2 | 291 | 1.65E+13 | 6906 | 52.4 | 15.2 | 9.5 | 100 | 4.3 | ||
| 7 | 8.2 | 315 | 2.77E+12 | 5812 | 50.3 | 15.2 | 9.7 | 100 | 4.7 | ||
| 14 | 8.2 | 302 | 2.03E+13 | 6362 | 46.1 | 15.3 | 11.2 | 100 | 7.3 | ||
| 30 | 8.1 | 302 | 9.25E+12 | 34.5 | 15 | 10.5 | 100 | 4.4 |
| 調配物 | 條件 | 時間( 天數) | 媒劑 | 有效負載 | 佔有率 | DLS | SEC | ||||
| pH | Osmo | qPCR | 主要DNA 物種強度 | % 全 | rH | %pd | % 強度 | % HMW | |||
| 2.5%丙三醇 | -80℃ | t0 | 8.1 | 512 | 3.67E+12 | 5425 | 54.6 | 15.7 | 5.5 | 100 | 3.9 |
| 1 | 8.1 | 516 | 2.21E+12 | 4661 | 51.2 | 15.3 | 8.7 | 100 | 3.9 | ||
| 2 | 8.1 | 523 | 3.94E+12 | 5063 | 54.2 | 14.5 | 11.5 | 100 | 3.8 | ||
| 5 | 8.1 | 612 | 2.29E+13 | 4862 | 51.5 | 15.9 | 3.5 | 100 | 3.8 | ||
| 7 | 8.2 | 637 | 2.68E+12 | 4639 | 52.3 | 15.6 | 6.6 | 100 | 3.8 | ||
| 14 | 8.2 | 614 | 2.27E+13 | 4344 | 52.8 | 15.9 | 2.8 | 100 | 4.9 | ||
| 30 | 8.2 | 479 | 1.44E+13 | 52.7 | 15.8 | 4.2 | 100 | 3.7 | |||
| 60 | 8.0 | 523 | 6.30E+12 | 53.5 | 15.2 | 9.1 | 100 | 3.9 | |||
| 90 | 8.0 | 525 | 1.25E+13 | 54.0 | 15.2 | 8.6 | 100 | 4.0 | |||
| 2-8℃ | 1 | 8.1 | 511 | 5.64E+12 | 4777 | 54.6 | 14 | 11.9 | 100 | 3.9 | |
| 2 | 8.2 | 536 | 3.94E+12 | 4568 | 53.9 | 15.5 | 7.5 | 100 | 3.9 | ||
| 5 | 8.2 | 517 | 2.15E+13 | 4591 | 52.1 | 15.6 | 6.5 | 100 | 3.9 | ||
| 7 | 8.2 | 542 | 2.95E+12 | 4770 | 51.5 | 15.9 | 13.4 | 100 | 4.1 | ||
| 14 | 8.2 | 514 | 2.88E+13 | 4368 | 50.7 | 13.8 | 11.7 | 100 | 6.7* | ||
| 30 | 8.2 | 534 | 1.30E+13 | 42.2 | 16.5 | 11.4 | 100 | 12.8* | |||
| 60 | 8.0 | 531 | 1.02E+13 | 35.1 | 16.1 | 4.7 | 100 | 6.9 | |||
| 90 | 8.0 | 531 | 9.81E+12 | 35.6 | 15.6 | 6.6 | 100 | 3.4 | |||
| 25℃ | 1 | 8.1 | 512 | 2.60E+12 | 4109 | 54.3 | 15.9 | 3 | 100 | 3.9 | |
| 2 | 8.1 | 563 | 4.90E+12 | 3860 | 54.4 | 15.6 | 6.7 | 100 | 4.0 | ||
| 5 | 8.1 | 518 | 2.03E+13 | 4323 | 52.4 | 15.9 | 3.6 | 100 | 4.2 | ||
| 7 | 8.1 | 512 | 2.93E+12 | 5126 | 48.2 | 15.5 | 7.5 | 100 | 4.5 | ||
| 14 | 8.2 | 514 | 2.30E+13 | 4046 | 49.9 | 16 | 12.5 | 100 | 4.8 | ||
| 30 | 8.2 | 546 | 1.34E+13 | 47.5 | 16.2 | 17.8 | 100 | 5.4 |
| 調配物 | 條件 | 時間( 天數) | 媒劑 | 有效負載 | 佔有率 | DLS | SEC | ||||
| pH | Osmo | qPCR | 主要DNA 物種強度 | % 全 | rH | %pd | % 強度 | % HMW | |||
| 5.95%海藻糖 | -80℃ | t0 | 8.0 | 324 | 3.57E+12 | 4648 | 53.4 | 16.5 | 8.4 | 100 | 4.0 |
| 1 | 8.1 | 330 | 2.97E+12 | 5553 | 43.9 | 15.7 | 5.3 | 100 | 4.0 | ||
| 2 | 8.1 | 341 | 3.62E+12 | 4960 | 54.9 | 15.7 | 6 | 100 | 3.9 | ||
| 5 | 8.1 | 426 | 1.57E+13 | 5454 | 52.9 | 16.6 | 9.2 | 100 | 3.9 | ||
| 7 | 8.3 | 453 | 1.44E+12 | 5481 | 52.8 | 15.7 | 6.2 | 100 | 4.0 | ||
| 14 | 8.2 | 440 | 9.29E+12 | 4950 | 53.5 | 15.9 | 2.3 | 100 | 5.2 | ||
| 30 | 8.2 | 290 | 2.14E+13 | 51.4 | 17.2 | 11.17 | 100 | 7.1 | |||
| 60 | 8.0 | 320 | 5.31E+12 | 47.6 | 14.2 | 11.9 | 93.2 | 8.5 | |||
| 90 | 7.9 | 315 | 1.08E+13 | 47.5 | 17.4 | 13.0 | 100 | 8.1 | |||
| 2-8℃ | 1 | 8.0 | 329 | 1.01E+12 | 5665 | 45.7 | 17.2 | 11.7 | 100 | 6.9 | |
| 2 | 8.1 | 363 | 2.85E+12 | 6226 | 49.4 | 16.6 | 9.2 | 100 | 7.0 | ||
| 5 | 8.2 | 330 | 1.02E+13 | 5775 | 51.1 | 16.1 | 4.5 | 100 | 7.7 | ||
| 7 | 8.2 | 327 | 1.82E+12 | 6138 | 48.1 | 14.3 | 11.8 | 100 | 10.2 | ||
| 14 | 8.2 | 327 | 7.21E+12 | 6384 | 44.4 | 17.9 | 12.8 | 100 | 11.9 | ||
| 30 | 8.2 | 337 | 1.34E+13 | 39.3 | 16.2 | 6.32 | 100 | 8.9 | |||
| 60 | 8.0 | 330 | 8.87E+12 | 36.7 | 15.5 | 7.2 | 100 | 5.3 | |||
| 90 | 7.6 | 333 | 8.82E+12 | 35.3 | 13.7 | 10.0 | 95.25 | 3.0 | |||
| 25℃ | 1 | 8.0 | 330 | 1.58E+12 | 5422 | 41.7 | 15.7 | 5.6 | 100 | 7.2 | |
| 2 | 8.1 | 386 | 3.10E+12 | 5304 | 50.3 | 18.2 | 20.3 | 100 | 10.5 | ||
| 5 | 8.2 | 333 | 7.52E+12 | 7266 | 41.5 | 16.6 | 9.1 | 100 | 10.9 | ||
| 7 | 8.2 | 327 | 1.20E+12 | 6889 | 38.4 | 17.9 | 13 | 100 | 8.1 | ||
| 14 | 8.2 | 328 | 4.63E+12 | 6431 | 35.0 | 15.6 | 6.3 | 100 | 4.0 | ||
| 30 | 8.0 | 340 | 8.29E+12 | 32.5 | 17 | 14.78 | 100 | 2.3 |
| 調配物 | 凍融 | 媒劑 | 有效負載 | 佔有率 | DLS | SEC | ||||
| pH | Osmo | qPCR | 主要DNA 物種強度 | % 全 | rH | %pd | % 強度 | % HMW | ||
| 經改質的PBS | 0 | 7.4 | 305 | 1.18E+12 | 4321 | 38.2 | 14.8 | 11.5 | 100 | 3.6 |
| 1 | 7.3 | 439 | 2.63E+12 | 6340 | 57.2 | 14.9 | 10.48 | 100 | 3.8 | |
| 2 | 6.9 | 334 | 2.46E+12 | 5436 | 49.1 | 17.3 | 32.11 | 99 | 13.0 | |
| 3 | 7.2 | 344 | 2.68E+12 | 5512 | 49.4 | 17.9 | 27.49 | 94.6 | 12.2 | |
| 4 | 7.4 | 370 | 2.40E+12 | 5323 | 40.1 | 14 | 52.38 | 60.2 | 13.0 | |
| 5 | 7.4 | 341 | 2.58E+12 | 5324 | 51.9 | 15.6 | 17.56 | 91.2 | 12.2 | |
| 6 | 7.5 | 342 | 2.00E+12 | 5371 | 46.8 | 15.2 | 9.33 | 93.7 | 11.4 | |
| 1%丙三醇 | 0 | 8.1 | 284 | 6.84E+12 | 5973 | 51.5 | 16.5 | 8.4 | 100 | 3.9 |
| 1 | 8.2 | 295 | 1.65E+13 | 5411 | 51.0 | 15.1 | 9.64 | 100 | 4.0 | |
| 2 | 8.2 | 269 | 1.45E+13 | 5632 | 52.8 | 14.9 | 10.62 | 100 | 3.9 | |
| 3 | 8.0 | 283 | 1.35E+13 | 5954 | 52.2 | 14.5 | 15.1 | 96.2 | 4.1 | |
| 4 | 8.1 | 295 | 1.32E+13 | 6108 | 51.3 | 15.1 | 9.88 | 100 | 4.1 | |
| 5 | 8.1 | 548 | 1.47E+13 | 6283 | 51.7 | 14.7 | 11.06 | 100 | 4.3 | |
| 6 | 8.1 | 269 | 1.22E+13 | 6833 | 51.7 | 14 | 11.87 | 100 | 3.9 | |
| 2.5%丙三醇 | 0 | 8.1 | 512 | 7.58E+12 | 8712 | 50.1 | 15.7 | 5.5 | 100 | 3.9 |
| 1 | 8.2 | 553 | 1.51E+13 | 9004 | 51.2 | 16.3 | 7.38 | 100 | 3.9 | |
| 2 | 8.2 | 484 | 1.30E+13 | 9476 | 52.2 | 15.3 | 8.88 | 100 | 4.0 | |
| 3 | 8.1 | 512 | 1.60E+13 | 9392 | 51.2 | 16 | 15.1 | 100 | 4.0 | |
| 4 | 8.1 | 505 | 1.44E+13 | 9433 | 51.6 | 15.4 | 8.08 | 100 | 4.1 | |
| 5 | 8.1 | 490 | 1.57E+13 | 9145 | 51.3 | 14.3 | 11.8 | 100 | 4.2 | |
| 6 | 8.2 | 490 | 1.51E+13 | 10967 | 51.7 | 16 | 10.58 | 100 | 4.0 | |
| 5.95%海藻糖 | 0 | 8.2 | 311 | 5.22E+12 | 8962 | 52.6 | 15.1 | 9.9 | 100 | 4.0 |
| 1 | 8.2 | 318 | 1.36E+13 | 12692 | 43.9 | 18 | 12.1 | 100 | 4.0 | |
| 2 | 8.3 | 307 | 1.45E+13 | 11357 | 48.5 | 17.3 | 11.46 | 100 | 7.7 | |
| 3 | 8.1 | 326 | 1.36E+13 | 11217 | 45.6 | 16 | 0.86 | 100 | 12.7 | |
| 4 | 8.0 | 324 | 1.34E+13 | 8817 | 46.4 | 17.4 | 15.08 | 100 | 14.6 | |
| 5 | 8.1 | 311 | 1.49E+13 | 8326 | 46.7 | 17.1 | 10.97 | 100 | 13.5 | |
| 6 | 8.2 | 318 | 2.35E+13 | 9011 | 47.6 | 15.8 | 4.66 | 100 | 10.4 |
此實例研究了包含TTD-001蛋白殼變異體(SEQ ID NO: 3623 (DNA)及3636(胺基酸)，包含SEQ ID NO: 1725或3648))之AAV顆粒的最小劑量，該劑量足以經由靜脈內全身遞送在成年食蟹獼猴(cynomolgus macaque/
Macaca fascicularis)的中樞神經系統中達成有效負載(例如單股有效負載)之近生理表現。
在無處不在的CBA啟動子之控制下，將包含有包含編碼血球凝集素(HA)標記之NHP蛋白的單股病毒基因體的TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒以在30倍範圍內之各種劑量(包括6.7e11 VG/kg、2e12 VG/kg、6.7e12 VG/kg及2e13 VG.kg)靜脈內注射至成年雄性NHP (食蟹獼猴) (n=3，5-7歲)中。生命期為28天且隨後收集各種CNS及周邊組織，用於藉由RT-qPCR量測轉殖基因mRNA表現、藉由ddPCR量測病毒DNA水準、藉由ELISA量測轉殖基因蛋白表現且藉由免疫組織化學(用抗HA抗體染色)量測生物分佈。
以2e12 VG/kg及以上之劑量，在NHP之脊髓及腦中偵測到廣泛的轉殖基因表現，尤其在殼核、丘腦、蒼白球及腦幹中(
表 21-23及
圖 16A 至圖 16D)。病毒DNA及mRNA在所有NHP中均容易地偵測到，且展示出一致的劑量反應(
表 21 、表 22及
圖 16A 至圖 16D)。
更具體地，在腦中，在皮質區域(額葉、運動及體感覺)、尾狀核、殼核、丘腦、黑質、蒼白球、海馬體、扁桃腺、下丘腦、小腦皮質及齒狀核中觀測到包含TTD-001蛋白殼之AAV顆粒的劑量依賴性分佈。另外，對於所投與的各劑量，包含TTD-001蛋白殼之AAV顆粒在各腦區(包括皮質以及更深的腦區，諸如尾狀核、殼核、丘腦、黑質、蒼白球、海馬體、扁桃腺、下丘腦及齒狀核)中之分佈相當(
表 21；
圖 16A)。
關於脊髓，在頸部、胸部及腰部脊髓區觀測到包含TTD-001蛋白殼之AAV顆粒的劑量依賴性分佈，且各給藥組在所有此等區域之相對分佈相似。如
表 21及
圖 16A所示，在DRG中量測到低生物分佈，但在頸部、胸部及腰部DRG區觀測到包含TTD-001蛋白殼之AAV顆粒的劑量依賴性分佈，且各給藥組在所有DRG區之相對分佈相似。
關於周邊組織，在肝、聽覺及外股肌(肌肉)中觀測到包含TTD-001蛋白殼之AAV顆粒的劑量依賴性分佈(
圖 16A及
表 21)。
表 21. 靜脈內投與各種劑量的包含 TTD-001 蛋白殼之 AAV 顆粒後，藉由 ddPCR 定量病毒基因體 ( 生物分佈 )
| 劑量(VG/kg) | 腦中病毒基因體之定量(VG/二倍體細胞) | ||||||
| 額葉皮質 | 運動皮質 | 體感覺皮質 | 尾狀核 | 殼核 | 丘腦 | 齒狀核 | |
| 6.7e11 | 0.01 | 0.11 | 0.07 | 0.16 | 0.13 | 0.17 | 0.03 |
| 2e12 | 2.0 | 1.72 | 0.92 | 1.27 | 0.89 | 1.16 | 0.42 |
| 6.7e12 | 4.5 | 4.20 | 3.44 | 3.44 | 2.74 | 3.04 | 2.27 |
| 2e13 | 6.7 | 7.50 | 3.04 | 6.32 | 4.94 | 6.34 | 4.14 |
| 劑量(VG/kg) | 黑質 | 蒼白球 | 海馬體 | 扁桃體 | 下丘腦 | 小腦皮質 | |
| 6.7e11 | 0.12 | 0.10 | 0.1 | 0.16 | 0.14 | 0.02 | |
| 2e12 | 1.12 | 1.28 | 2.1 | 2.83 | 1.77 | 0.13 | |
| 6.7e12 | 2.33 | 2.47 | 2.6 | 4.38 | 2.37 | 0.53 | |
| 2e13 | 5.81 | 4.43 | 5.5 | 6.13 | 4.63 | 4.18 | |
| 劑量(VG/kg) | 脊髓及DRG中病毒基因體之定量(VG/二倍體細胞) | ||||||
| 頸脊髓 | 胸脊髓 | 腰脊髓 | 頸DRG | 胸DRG | 腰DRG | ||
| 6.7e11 | 0.06 | 0.03 | 0.05 | 0.002 | 0.003 | 0.007 | |
| 2e12 | 0.74 | 0.42 | 0.64 | 0.007 | 0.006 | 0.019 | |
| 6.7e12 | 1.35 | 0.94 | 1.58 | 0.015 | 0.022 | 0.033 | |
| 2e13 | 5.35 | 3.48 | 6.48 | 0.060 | 0.079 | 0.070 | |
| 劑量(VG/kg) | 周邊組織中病毒基因體之定量(VG/二倍體細胞) | ||||||
| 心臟 | 肝 | 腎 | 外股肌(肌肉) | ||||
| 6.7e11 | 0.11 | 1.2 | 0.04 | 0.002 | |||
| 2e12 | 0.10 | 12.4 | 0.71 | 0.02 | |||
| 6.7e12 | 0.30 | 68.5 | 1.18 | 0.06 | |||
| 2e13 | 0.56 | 132.3 | 0.84 | 0.15 |
另外，在腦、脊髓、DRG及周邊組織中觀測到包含TTD-001蛋白殼之AAV顆粒的劑量依賴性轉殖基因mRNA表現(
圖 16B；
表 22)。最低劑量的包含TTD-001蛋白殼蛋白之AAV顆粒導致比高30倍的劑量之野生型AAV9更高的轉殖基因mRNA及蛋白質表現。轉殖基因mRNA與匹配的內源轉錄本之比較表明，2e12VG/kg之劑量足以達成中樞神經系統(CNS)之超生理水準，同時在肝臟及背根神經節(DRG)中展示出低轉導(
表 22；
圖 16C)。
表 22. 靜脈內投與各種劑量的包含 TTD-001 蛋白殼之 AAV 顆粒後，藉由 RT-qPCR 定量轉殖基因 mRNA
表 23. 靜脈內投與各種劑量的包含 TTD-001 蛋白殼之 AAV 顆粒後，藉由 ELISA 定量周邊組織中之總轉殖基因蛋白表現
| 相對於持家基因之轉殖基因 mRNA | |||||
| 組織 | 劑量 (VG/kg) | ||||
| 6.7e11 VG/kg | 2e12 VG/kg | 6.7e12 VG/kg | 2e13 VG/kg | ||
| 額葉皮質 | 0.02 | 0.29 | 3.42 | 4.51 | |
| 運動皮質 | 0.2 | 1.65 | 9.42 | 26.5 | |
| 殼核 | 0.11 | 0.38 | 1.76 | 2.52 | |
| 齒狀核 | 0.01 | 0.26 | 4.38 | 15.8 | |
| 頸脊髓 | 0.07 | 0.63 | 2.25 | 8.26 | |
| 胸脊髓 | 0.06 | 0.72 | 2.00 | 5.37 | |
| 腰脊髓 | 0.10 | 0.83 | 6.71 | 27.22 | |
| 頸DRG | 0.02 | 0.29 | 0.99 | 3.58 | |
| 胸DRG | 0.01 | 0.28 | 1.08 | 4.36 | |
| 腰DRG | 0.02 | 0.56 | 2.21 | 4.44 | |
| 心臟 | 0.002 | 0.33 | 5.37 | 11.45 | |
| 肝 | 0.04 | 0.3 | 1.43 | 2.22 | |
| 轉殖基因 mRNA 與內源轉錄本 ( 相對於媒劑對照之倍數變化 ) | |||||
| 組織 | 劑量 (VG/kg) | ||||
| 媒劑 | 6.7e11 VG/kg | 2e12 VG/kg | 6.7e12 VG/kg | 2e13 VG/kg | |
| 額葉皮質 | 1.0 | 0.97 | 2.04 | 12.79 | 17.04 |
| 運動皮質 | 1.0 | 2.3 | 9.4 | 42.0 | 118.3 |
| 殼核 | 1.0 | 1.59 | 3.00 | 11.25 | 16.57 |
| 齒狀核 | 1.0 | 0.7 | 1.7 | 17.0 | 59.9 |
| 頸脊髓 | 1.0 | 1.18 | 2.65 | 12.57 | 43.16 |
| 胸脊髓 | 1.0 | 1.07 | 2.26 | 10.61 | 27.96 |
| 腰脊髓 | 1.0 | 1.16 | 3.06 | 31.30 | 122.75 |
| 頸DRG | 1.0 | 1.0 | 1.63 | 3.24 | 9.09 |
| 胸DRG | 1.0 | 0.98 | 1.4 | 3.02 | 7.72 |
| 腰DRG | 1.0 | 1.05 | 2.3 | 4.78 | 11.72 |
| 心臟 | 1.0 | 1.34 | 1.67 | 6.55 | 13.57 |
| 肝 | 1.0 | 0.9 | 1.2 | 2.8 | 3.2 |
| 劑量(VG/kg) | 頸DRG ( 相對於媒劑之轉殖基因ng/mL) | 心臟 ( 相對於媒劑之轉殖基因ng/mL) | 肝 ( 相對於媒劑之轉殖基因ng/mL) |
| 媒劑 | 1.0 | 1.0 | 1.0 |
| 6.7e11 | 1.1 | 1.0 | 0.87 |
| 2e12 | 1.5 | 1.04 | 1.00 |
| 6.7e12 | 1.7 | 2.23 | 0.93 |
| 2e13 | 7.4 | 3.69 | 1.24 |
藉由免疫組織化學(IHC)，在所有所投與劑量下，尤其在中等至高劑量(2e12 VG/kg、6.7e12 VG/kg及2e13 VG/kg)下，與AAV9相比，在NHP之多個腦區中觀測到包含TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒的廣泛轉導。藉由IHC，在腦中(尤其在顳葉皮質、尾狀核、殼核、丘腦、黑質、海馬體及小腦中)觀測到包含TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒的劑量依賴性表現。在形態學上，在此等腦區中之神經元(包括小腦皮質中之Purkinje神經元及小腦核深處之神經元)的神經元細胞體及神經氈中觀測到轉殖基因表現。在腦幹中，在各種結構(包括薄束核、楔束核及下橄欖複合體)中觀測到轉殖基因表現。
在NHP之脊髓中，藉由IHC量測時，在頸部、腰部及胸部區域中亦觀測到劑量依賴性轉導，其中在6.7e12 VG/kg及2e13 VG/kg劑量下，出現最強烈且廣泛的染色。在2e12 VG/kg之較低劑量下，亦觀測到脊髓中運動神經元之大量染色。此外，脊髓中TTD-001蛋白殼之細胞向性在所有研究區域(例如頸部、胸部及腰部)中，在所有劑量下似乎主要為神經元及神經氈。
在NHP之DRG中，在頸部、腰部及胸部區域中亦觀測到劑量依賴性轉導，其中在6.7e12 VG/kg及2e13 VG/kg劑量下，出現最強染色。2e12 VG/kg之較低劑量展示出顯著較少的染色，且與以2e13 VG/kg之較高劑量投與的包含AAV9蛋白殼之顆粒相當。DRG中TTD-001蛋白殼之細胞向性在所有研究區域中，在所有劑量下似乎主要為神經元。
包含TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒的轉導亦藉由IHC在NHP之各種周邊組織中進行量測。在肝臟中，所觀測到之轉導變化更大，但似乎遵循劑量依賴性趨勢，且似乎低於以2e13 VG/kg之劑量投與的包含AAV9蛋白殼之顆粒。在所有測試劑量下，在四頭肌中觀測到最小染色。在心臟中，亦觀測到轉導之劑量依賴性趨勢。
另外，定量在所研究之劑量下，在用包含TTD-001蛋白殼之AAV顆粒轉導後，腦及/或脊髓中各種細胞之染色。如
圖 17B中所示，2e13 VG/kg之劑量足以在高度寬鬆的腦區(丘腦、尾狀核、殼核)中轉導
＞40%的總細胞，且在不太寬鬆的區域(內嗅皮質、聽覺皮質、海馬體)中轉導＞20%的總細胞。即使在6.7e12之較低劑量下，該劑量亦足以轉導丘腦、尾狀核、殼核及小腦中＞20%的細胞(
圖 17A)。
如圖 17C中所示，2e13 VG/kg之劑量亦導致丘腦、齒狀核及脊髓中＞90%的SMI311陽性神經元之轉導。
總之，此等資料表明，包括TTD-001之變異體AAV蛋白殼可藉由在低劑量下保持強大的療效來達成其治療指數的大幅提高。
圖1A及圖1B示出了呈相對於TBP (持家基因)之倍數形式之腦轉殖基因mRNA表現(RT-ddPCR)。
圖2A及圖2B示出了呈每個細胞載體基因體數形式之腦病毒DNA生物分佈(ddPCR)。
圖3A及圖3B示出了呈相對於AAV9之倍數形式之腦轉殖基因mRNA表現(RT-ddPCR)。
圖4A及圖4B示出了呈相對於AAV9之倍數形式之腦病毒DNA生物分佈(ddPCR)。
圖5A及圖5B示出了呈相對於TATA盒結合蛋白之倍數形式之脊髓(圖5A)及DRG (圖5B)轉殖基因mRNA表現。
圖6A及圖6B示出了呈每個細胞載體基因體數形式之脊髓(圖6A)及DRG (圖6B)病毒基因體分佈。
圖7A及圖7B示出了呈相對於AAV9之倍數形式之脊髓(圖7A)及DRG (圖7B) mRNA表現。
圖8A及圖8B示出了呈相對於AAV9之倍數形式之脊髓(圖8A)及DRG (圖8B)病毒基因體生物分佈。
圖9A、圖9B、圖9C、圖9D及圖9E示出了如藉由齒狀核(圖9A)、小腦皮質(圖9B)、皮質(圖9C)、腦幹、海馬體、丘腦及殼核(圖9D)以及背根神經節(圖9E)之免疫組織化學分析確定的TTD-001及AAV9的腦轉導概況的影像。
圖10A及圖10B示出了與AAV9相比的蛋白殼變異體TTD-004之DRG去靶向特徵的免疫組織化學影像。
圖11A及圖11B示出了以每個細胞載體基因體數形式定量之周邊組織中之病毒基因體生物分佈。
圖12A、圖12B及圖12C示出了在靜脈內投與包含TTD-001蛋白殼變異體、TTD-004蛋白殼變異體或野生型AAV9對照蛋白殼多肽之AAV顆粒後第14天雌性NHP之心臟的免疫組織化學影像。圖12A提供了心臟肌肉之一系列全域影像，圖12B提供了心臟左心室之一系列影像，且圖12C提供了心臟右心室之一系列影像。對於圖12A至圖12C中之各系列影像，左上圖示出了投與包含TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒之後的染色，右上圖示出了投與包含TTD-004蛋白殼變異體之AAV顆粒之後的染色，且下圖示出了投與包含野生型AAV9對照蛋白殼變異體之AAV顆粒之後的染色。
圖13A至圖13D示出了在-80℃ (圖13A)、2-8℃ (圖13B)及室溫(圖13C)下儲存指定持續時間之後及在指定數目之凍融循環之後(圖13D)，具有SEAP/GFP有效負載之TTD-001的藉由qPCR之病毒效價。圖13E示出了在指定的儲存及凍融條件下，具有SEAP/GFP有效負載之TTD-001的藉由qPCR之總體病毒效價。圖13F及圖13G示出了分別在-80℃及2-8℃下儲存長達90天之後，具有SEAP/GFP有效負載之TTD-001的藉由qPCR之病毒效價。
圖14A至圖14D示出了在-80℃ (圖14A)、2-8℃ (圖14B)及室溫(圖14C)下儲存指定持續時間之後，及在指定數目之凍融循環之後(圖14D)，具有SEAP/GFP有效負載之TTD-001的如藉由粒徑排阻層析(SEC)評估之%高分子量聚集。圖14E及圖14F示出了分別在-80℃及2-8℃下儲存長達90天之後，具有SEAP/GFP有效負載之TTD-001的如藉由SEC評估之%高分子量聚集。
圖15A至圖15D示出了在-80℃ (圖15A)、2-8℃ (圖15B)及室溫(圖15C)下儲存指定持續時間之後，及在指定數目之凍融循環之後(圖15D)，具有SEAP/GFP有效負載之TTD-001的如藉由粒徑排阻層析-多角度光散射(SEC-MALS)評估之%佔有率(例如%全蛋白殼)。圖15E及圖15F示出了分別在-80℃及2-8℃下儲存長達90天之後，具有SEAP/GFP有效負載之TTD-001的如藉由SEC-MALS評估之%佔有率(例如%全蛋白殼)。
圖16A為示出了在靜脈內投與不同劑量的包含TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒之後，NHP之各種中樞神經系統及周邊組織中每個二倍體細胞之病毒基因體拷貝數的定量的一系列圖式。圖16B為示出了在靜脈內投與不同劑量的包含TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒之後，NHP之各種中樞神經系統及周邊組織中相對於持家基因之轉殖基因mRNA之定量的一系列圖式。圖16C為示出了在靜脈內投與不同劑量的包含TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒之後，NHP之各種中樞神經系統及周邊組織中相對於內源基因之轉殖基因mRNA(呈相對於媒劑之倍數變化形式之轉殖基因mRNA)之定量的一系列圖式。圖16D為示出了在靜脈內投與不同劑量的包含TTD-001蛋白殼變異體之AAV顆粒之後，NHP之頸DRG、心臟及肝臟中蛋白質之定量的一系列圖式。
圖17A為示出了在靜脈內投與6.7e12 VG/kg劑量之包含TTD-001蛋白殼變異體的AAV顆粒之後，NHP之各個腦區中經轉導細胞之百分比(%HA陽性細胞)的圖式。圖17B為示出了在靜脈內投與2e13 VG/kg劑量之包含TTD-001蛋白殼變異體的AAV顆粒之後，NHP之各個腦區中經轉導細胞之百分比(%HA陽性細胞)的圖式。圖17C為示出了在靜脈內投與2e13 VG/kg劑量之包含TTD-001蛋白殼變異體的AAV顆粒之後，NHP之丘腦、齒狀核及脊髓中神經元轉導之百分比(SMI311+細胞中%HA細胞)的圖式。
TW202334181A_111143828_SEQL.xml
Claims (59)
- 一種AAV蛋白殼變異體，其包含有包含下式之胺基序列： [N1]-[N2]，其中： (i) [N1]包含X1、X2、X3、X4及X5，其中： (a) 位置X1為：P、Q、A、H、K、L、R、S或T； (b) 位置X2為：L、I、V、H或R； (c) 位置X3為：N、D、I、K或Y； (d) 位置X4為：G、A、C、R或S；且 (e) 位置X5為：A、S、T、G、C、D、N、Q、V或Y；並且 (ii) [N2]包含胺基酸序列VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VHHY (SEQ ID NO: 4683)；或前述(i)及/或(ii)中胺基酸中之任一者的取代，例如保守取代； 其中[N1]-[N2]自N端至C端，緊隨根據SEQ ID NO: 5、8或3636中之任一者編號之位置586之後存在；並且 其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含(a)-(c)中之一者、兩者或全部： (a) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸L、T、V、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q，位置601處之胺基酸S、G、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y，及位置602處之胺基酸P、W、S、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y，其中該AAV蛋白殼變異體不包含根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600-602處的胺基酸序列TGW； (b) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V、D、F、G、L、A、E或I，位置604處之胺基酸K、P、Q、R、H、E或L，及胺基酸N、T、K、H、D、Y、S、I或P，其中該AAV蛋白殼變異體不包含根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603-605處的胺基酸序列VQN；及/或 (c) 以下中之一者、兩者、三者、四者或全部：位置X1處除P之外的胺基酸、位置X2處除L之外的胺基酸、位置X3處除N之外的胺基酸、位置X4處除G之外的胺基酸或位置X5處除A之外的胺基酸。
- 如請求項1之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]包含PLNGA (SEQ ID NO: 3679)、SLNGA (SEQ ID NO: 4684)、QLNGA (SEQ ID NO: 4685)、ALNGA (SEQ ID NO: 4686)、PLNGS (SEQ ID NO: 4687)、PVNGA (SEQ ID NO: 4688)、PLNGG (SEQ ID NO: 4689)、PLNGT (SEQ ID NO: 4690)、PLDGA (SEQ ID NO: 4691)、QLNGS (SEQ ID NO: 4692)、PLNGN (SEQ ID NO: 4693)、SLDGA (SEQ ID NO: 4694)、HLNGA (SEQ ID NO: 4695)、ALNGT (SEQ ID NO: 4696)、PINGA (SEQ ID NO: 4697)、ALDGA (SEQ ID NO: 4698)、PLNCA (SEQ ID NO: 4699)、PLNGQ (SEQ ID NO: 4700)、PLDSA (SEQ ID NO: 4701)、RLDGA (SEQ ID NO: 4702)、QLNGN (SEQ ID NO: 4703)、PLNGY (SEQ ID NO: 4704)、PLDSS (SEQ ID NO: 4705)、PLNGC (SEQ ID NO: 4706)、PLYGA (SEQ ID NO: 4707)、TLNGA (SEQ ID NO: 4708)、PVDGA (SEQ ID NO: 4709)、PLKGA (SEQ ID NO: 4710)、PLNGD (SEQ ID NO: 4711)、KLDGA (SEQ ID NO: 4712)、PHNGA (SEQ ID NO: 4713)、PLNGV (SEQ ID NO: 4714)、PLNAA (SEQ ID NO: 4715)、QLNGY (SEQ ID NO: 4716)、PLDGS (SEQ ID NO: 4717)、LLNGA (SEQ ID NO: 4718)、PLNRA (SEQ ID NO: 4719)、PLIGA (SEQ ID NO: 4720)、PRNGA (SEQ ID NO: 4721)或ALNGS (SEQ ID NO: 4722)，或前述胺基酸序列中之任一者的取代，例如保守取代。
- 如請求項1或2之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]包含： (i) PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、ALDGAVHLY (SEQ ID NO: 4780)、ALNGAVHLY (SEQ ID NO: 4781)、PINGAVHLY (SEQ ID NO: 4782)、PLDGAVHLY (SEQ ID NO: 4783)、PLDSAVHLY (SEQ ID NO: 4784)、PLDSSVHLY (SEQ ID NO: 4785)、PLNGGVHLY (SEQ ID NO: 4786)、PLNGNVHLY (SEQ ID NO: 4787)、PLNGSVHLY (SEQ ID NO: 4788)、PLNGTVHLY (SEQ ID NO: 4789)、QLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4790)、SLDGAVHLY (SEQ ID NO: 4791)、SLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4792)、TLNGAVHLY (SEQ ID NO: 4793)、PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)、PLDGAVHVY (SEQ ID NO: 4795)或PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)； (ii) 包含(i)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列； (iii) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個取代(例如保守取代)之胺基酸序列；或 (iv) 相對於(i)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
- 如請求項1至3中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[N3]，其中[N3]包含X6、X7、X8及X9，其中： (a) 位置X6為：A、D、S或T； (b) 位置X7為：Q、K、H、L、P或R； (c) 位置X8為：A、P、E或R；且 (d) 位置X9為：Q、H、K或P；或前述(a)-(d)中胺基酸中之任一者的取代，例如保守取代。
- 如請求項4之AAV蛋白殼變異體，其中[N3]包含AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AQSQ (SEQ ID NO: 4740)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)，或前述胺基酸序列中之任一者的取代，例如保守取代。
- 如請求項1至5中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[N4]，其中[N4]包含X10、X11及X12，其中： (a) 位置X10為：L、T、V、R、S、A、C、I、K、M、N、P或Q； (b) 位置X11為：S、G、A、T、M、V、Q、L、H、I、K、N、P、R或Y；且 (c) 位置X12為：P、W、S、G、A、Q、L、M、K、C、E、F、H、R、T、V或Y；或前述(a)-(c)中胺基酸中之任一者的取代，例如保守取代。
- 如請求項6之AAV蛋白殼變異體，其中[N4]包含： (i) LSP、TGW、TGL、TGS、TGG、TAW、TGR、TAS、LSS、TSS、SSL、SSS、TLS、TVS、VSS、TSP、VSP、TMS、VAS、TAL、TTS、TLP、VLP、RGW、LSG、LAS、SSP、LLP、STS、TSA、TTP、SAL、LGS、VTP、VSA、IGW、TGF、LTP、TLA、LSA、TVG、TAP、TMP、TSL、VQS、SSM、SLP、VSQ、RSS、TST、VMS、TTA、TQP、LST、LAP、TVA、RLS、TGY、TSG、TAG、VMP、TSQ、TMA、VGS、TSW、TGV、TGT、TLG、LMP、VQP、TGM、SMS、SQL、IGS、RSV、TAA、STP、LSQ、TAQ、TGP、ASP、VSG、SAP、TLQ、LQP、TAT、TGQ、ATS、IGG、VAA、TSM、TVW、TAM、TGA、VAT、QSP、TQA、VQA、RSP、LAT、VAQ、LAA、RST、RTL、LGT、LMS、LGP、RTS、SQP、VLG、SVS、TMQ、SAV、LAG、SGP、TNS、RLT、TTQ、SAA、TSV、RLG、RAS、STQ、CSP、SAG、ALP、VTS、ISP、SVG、LTS、TTT、RSG、TQL、LNP、TVQ、IAS、LAQ、LSR、LSN、TTG、TSN、SMA、TKS、SVA、TQQ、VQQ、RLP、SAM、TAV、TQW、SSR、TQT、VNS、RSA、LMG、RQS、LVG、VTA、RTT、SMG、VMA、TKP、SAQ、NSP、ATP、VAG、RGS、VKP、RMS、NLP、NAL、RTP、RQL、VQG、VTG、VST、NAS、RVE、ATG、AMS、RNS、VMQ、SMQ、LQQ、TMG、LGQ、TSH、AAP、RSQ、TYS、ITP、VAK、TQM、TKA、SQQ、ISG、VSR、RTA、RML、SQM、VAN、CTP、ISS、AGP、TAK、RTG、LHP、TMT、AQP、QAP、RQP、LKS、NTT、TSK、RYS、KSS、NTP、VGG、IAA、LMA、MAP、VHP、VLS、LAN、ATQ、TNA、TAN、VSN、AAA、AVG、LTA、SAN、RAG、RQG、TLR、LSH、SAF、RAA、IQP、ILG、VNG、SVQ、LSK、TNG、RTQ、TMN、RGG、TTR、VRP、VKA、LAR、NQP、TMK、TYA、TQK、TTK、IAG、TQN、LAH、NTQ、RQQ、RAQ、TKQ、TQH、TNQ、LMQ、VNA、VQT、TQR、VGK、VKQ、IQS、LQR、TMM、VGN、RIG、SAK、RIA、VQN、NVQ、RIP、NAQ、NMQ、TPS、LTN、VTK、PGW、LPP、SPP、TPA、TGC、VPP、TPT、TPW、TPP、RPP、TPQ、TPR、TPG、VPA、VPQ、RPG、KGW、TRW、TAR、IPP、RSL、LVP、KGS、VAP、KGG、KAW、PGS、TRL或AGW，或前述胺基酸序列中之任一者的取代，例如保守取代； (ii) LSP；或 (iii) TGW。
- 如請求項1至7中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[N5]，其中[N5]包含X13、X14及X15，其中： (a) 位置X13為：V、D、F、G、L、A、E或I； (b) 位置X14為：K、P、Q、R、H、E或L；且 (c) 位置X15為：N、T、K、H、D、Y、S、I或P；或前述(a)-(c)中胺基酸中之任一者的取代，例如保守取代。
- 如請求項8之AAV蛋白殼變異體，其中[N5]包含： (i) VQN、VPN、VKN、VQT、VQK、DQN、VQH、GQN、VQI、VHN、FQN、LQN、VLN、VRN、VQS、VQY、AQN、VEN、VQD、IQN、VKK、DKN、VKT、VQP、EQN、GQT、FQK、GHN或VPH，或前述胺基酸序列中之任一者的取代，例如保守取代； (ii) VKN、VPN、VEN或VHN；或 (iii) VQN。
- 如請求項8或9之AAV蛋白殼變異體，其中[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]包含： (i) SEQ ID NO: 139-475或477-1138中之任一者的胺基酸序列； (ii) 胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQLSPVKN (SEQ ID NO: 566)； (iii) 胺基酸序列PLNGAVHLYAQAQTGWVPN (SEQ ID NO: 314)； (iv) SEQ ID NO: 14-17、40-136、314、325、491、499、529、558、566、576、603、610、625、631、648、649、700、703、720、755、763、765、771、791、804、816、818、819、828、859、864、871、885、946、960、966、978、979、1016、1033、1032、1037、1058、1081、1100、1122或1174-1193中之任一者的胺基酸序列； (v) 包含(i)-(iv)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列； (vi) 相對於(i)-(iv)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個取代(例如保守取代)之胺基酸序列；或 (vii) 相對於(i)-(iv)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
- 如請求項8至10中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]，其中： (i) [N1]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)； (ii) [N2]緊隨[N1]之後存在； (iii) [N3]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在，且替換位置589-592 (例如A589、Q590、A591、Q592)； (iv) [N4]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置592之後存在，且替換位置593-595 (例如T593、G594、W595)； (v) [N5]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置595之後存在，且替換位置596-598 (例如V596、Q597、N598)；且/或 (vi) [N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-598 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597、N598)。
- 如請求項8至11中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中： (i) 該AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處除A之外的胺基酸及/或位置588處除Q之外的胺基酸； (ii) [N1]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-591； (iii) [N2]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置592至595； (iv) [N3]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置596-599； (v) [N4]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置600-602； (vi) [N5]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置603-605；且/或 (vii) [N1]-[N2]-[N3]-[N4]-[N5]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-605。
- 一種包含[A][B]之AAV蛋白殼變異體，其中[A]包含胺基酸序列PLNGA (SEQ ID NO: 3679)，且[B]包含X1、X2、X3、X4，其中： (i) X1為：V、I、L、A、F、D或G； (ii) X2為：H、N、Q、P、D、L、R或Y； (iii) X3為：L、H、I、R或V；且 (iv) X4為Y；或其中該AAV蛋白殼變異體包含前述(i)-(iv)中胺基酸中之任一者的取代，例如保守取代； 其中[N1]-[N2]自N端至C端，緊隨根據SEQ ID NO: 5、8、138或3636中之任一者編號之位置586之後存在；並且 其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含(a)-(c)中之一者、兩者或全部： (a) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8、3636編號之位置600處之胺基酸L、T、V、S、R、I、A、N、C、Q、M、P或K，位置601處之胺基酸S、G、T、M、A、K、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y，及/或位置602處之P、W、K、Q、S、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y，其中該AAV蛋白殼變異體不包含根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600-602處的胺基酸序列TGW； (b) 根據胺基酸序列SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V、D、F、A、E、L、G或I，位置604處之胺基酸K、P、Q、R、L、H或E，及/或位置605處之胺基酸N、H、S、T、P、K、I、D或Y，其中該AAV蛋白殼變異體不包含根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603-605處的胺基酸序列VQN；及/或 (c) 以下中之一者、兩者、三者或全部：位置X1處除V之外的胺基酸、位置X2處除H之外的胺基酸、位置X3處除L之外的胺基酸及/或位置X4處之Y。
- 如請求項13之AAV蛋白殼變異體，其中[B]為或包含： (i) VHLY (SEQ ID NO: 4680)、VHHY (SEQ ID NO: 4683)、VHIY (SEQ ID NO: 4681)、VNLY (SEQ ID NO: 4724)、VQLY (SEQ ID NO: 4729)、IHLY (SEQ ID NO: 4730)、LHLY (SEQ ID NO: 4727)、VPLY (SEQ ID NO: 4723)、VDLY (SEQ ID NO: 4731)、AHLY (SEQ ID NO: 4732)、VHRY (SEQ ID NO: 4725)、FHLY (SEQ ID NO: 4726)、DHLY (SEQ ID NO: 4728)、VLLY (SEQ ID NO: 4733)、GHLY (SEQ ID NO: 4734)、VRLY (SEQ ID NO: 4735)、VHVY (SEQ ID NO: 4682)或VYLY (SEQ ID NO: 4736)，或前述胺基酸序列中之任一者的取代，例如保守取代；或 (ii) VHLY (SEQ ID NO: 4680)。
- 如請求項13或14之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B]包含： (i) PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)、PLNGAVHHY (SEQ ID NO: 4796)、PLNGAVHIY (SEQ ID NO: 4794)、PLNGAVNLY (SEQ ID NO: 5123)、PLNGAVQLY (SEQ ID NO: 5124)、PLNGAIHLY (SEQ ID NO: 5125)、PLNGALHLY (SEQ ID NO: 5126)、PLNGAVPLY (SEQ ID NO: 5127)、PLNGAVDLY (SEQ ID NO: 5128)、PLNGAAHLY (SEQ ID NO: 5129)、PLNGAVHRY (SEQ ID NO: 5130)、PLNGAFHLY (SEQ ID NO: 5131)、PLNGADHLY (SEQ ID NO: 5132)、PLNGAVLLY (SEQ ID NO: 5133)、PLNGAGHLY (SEQ ID NO: 5134)、PLNGAVRLY (SEQ ID NO: 5135)、PLNGAVHVY (SEQ ID NO: 5136)或PLNGAVYLY (SEQ ID NO: 5137)； (ii) PLNGAVHLY (SEQ ID NO: 3648)； (iii) 包含(i)或(ii)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7或8個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列； (iv) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個取代(例如保守取代)之胺基酸序列；或 (v) 相對於(i)或(ii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
- 如請求項13至15中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[C]，其中[C]包含X4、X5、X6及X7，其中： (a) 位置X4為：A、D、S或T； (b) 位置X5為：Q、K、H、L、P或R； (c) 位置X6為：A、P或E；且 (d) 位置X7為：Q、H、K或P； 或前述(a)-(d)中胺基酸中之任一者的取代，例如保守取代。
- 如請求項16之AAV蛋白殼變異體，其中[C]為或包含： (i) AQAQ (SEQ ID NO: 4737)、AQPQ (SEQ ID NO: 4739)、AKAQ (SEQ ID NO: 4741)、DQAQ (SEQ ID NO: 4744)、SQAQ (SEQ ID NO: 4738)、AHAQ (SEQ ID NO: 4742)、AQEQ (SEQ ID NO: 4748)、AQAK (SEQ ID NO: 4746)、ALAQ (SEQ ID NO: 4749)、APAQ (SEQ ID NO: 4745)、ARAQ (SEQ ID NO: 4750)、AQAH (SEQ ID NO: 4747)、AQAP (SEQ ID NO: 4743)或TQAQ (SEQ ID NO: 4751)，或前述胺基酸序列中之任一者的取代，例如保守取代；或 (ii) AQAQ (SEQ ID NO: 4737)。
- 如請求項1至17中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含： (i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸L；根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸S；以及根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸P；或 (ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置593處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置600處之胺基酸T；根據SEQ ID NO: 138編號之位置594處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置601處之胺基酸G；以及根據SEQ ID NO: 138編號之位置595處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置602處之胺基酸W。
- 如請求項13至18中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[D]，其中[D]包含X8、X9及X10，其中： (a) 位置X8為：L、T、V、S、R、I、A、N、C、Q、M、P或K； (b) 位置X9為：S、G、T、M、A、K、Q、V、I、R、N、P、L、H或Y；且 (c) 位置X10為：P、W、K、Q、S、C、A、G、N、T、R、V、M、H、L、E、F或Y；或前述(a)-(c)中胺基酸中之任一者的取代，例如保守取代。
- 如請求項13至19中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中[D]為或包含： (i) LSP、TGW、TTK、TMK、VAQ、TAW、TGS、VKQ、SAP、LSK、LAP、LAQ、TAK、SAK、TGC、TQK、TVA、TTQ、TAQ、RIA、RAS、TTP、LTP、STP、TSP、TMQ、TSK、VSQ、VSP、TVQ、VTA、RQP、ISG、VRP、LGP、TNQ、VQQ、VAN、AAP、RST、TMA、IQP、IAS、TVS、RGS、NSP、LQP、VTG、VMQ、SMA、VGK、IQS、CSP、LQR、TPP、VTK、SSP、AGP、LAR、TTT、TGG、TLQ、TMS、VAK、RAA、TVG、LNP、LSQ、TKP、TNA、LAT、VTP、VQA、TTS、CTP、TAG、TSQ、TMN、TST、VKP、ASP、VAA、LKS、IAA、TAA、TKA、VSN、TAP、LMP、LHP、RAQ、LTN、RTT、TSV、RMS、VGN、LMQ、TAT、VHP、ISS、VAS、TRW、TMT、RSS、RTG、VAT、VTS、VSS、TNS、VKA、SGP、TGP、TAM、TQP、TQQ、VSR、VSA、VLS、TQH、LAS、QAP、NAQ、ATP、VQP、TTA、LAA、RSG、LMA、TMP、LAN、VST、SAQ、NTP、TGL、TAV、RLG、RTL、TQM、ITP、TVW、RSA、TAS、TMG、VQS、ISP、VGG、TAL、LAG、RTA、RSP、TLA、LAH、TSL、RLS、LMG、SMQ、TQT、VGS、VSG、VMA、IGG、IAG、TGR、LSH、VQT、RNS、TLP、TKQ、LGQ、NMQ、NVQ、RGG、VMS、TTG、LSR、MAP、ILG、TGT、TSS、TSH、RIG、SAM、TSM、SMG、SMS、TSG、TGA、VNS、VAG、IGS、LGS、VNG、LTA、VQN、TKS、SVG、NAS、TSA、TAN、LTS、RSQ、RIP、RVE、VLP、SVA、LQQ、LST、SAA、RTS、TQN、VNA、LMS、TMM、RSV、TQL、RTP、RQQ、VQG、PGW、STQ、QSP、RYS、TQR、SAG、RQS、SQP、STS、VLG、NQP、LGT、RAG、TGM、LSN、RLP、RQG、RLT、TLR、SAF、SVQ、LLP、RTQ、LPP、AQP、TPQ、TSW、NTT、TTR、TQW、NTQ、TYA、TLS、NLP、ATS、ATQ、LSS、TQA、VMP、NAL、RML、RQL、TLG、TGF、SAL、SQL、LSA、TGQ、TNG、AAA、SAV、LSG、SSR、SPP、LVG、TPA、KGW、VPP、ATG、SAN、SQQ、SSM、AVG、VAP、TPS、RGW、SSL、TYS、TPT、IGW、KSS、TGY、RSL、SVS、TSN、SQM、VPA、AMS、TPG、TGV、VPQ、SLP、ALP、TPW、TPR、SSS、RPP、IPP、AGW或RPG，或前述胺基酸序列中之任一者的取代，例如保守取代； (ii) LSP；或 (iii) TGW。
- 如請求項1至20中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含： (i) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V；根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸K、P、E或H；以及根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸N； (ii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V；根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸K；以及根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸N； (iii) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V；根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸P；以及根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸N；或 (iv) 根據SEQ ID NO: 138編號之位置596處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置603處之胺基酸V；根據SEQ ID NO: 138編號之位置597處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置604處之胺基酸Q；以及根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置598處或根據SEQ ID NO: 5、8或3636編號之位置605處之胺基酸N。
- 如請求項13至21中任一項之AAV蛋白殼變異體，其進一步包含[E]，其中[E]包含X11、X12及X13，其中： (a) 位置X11為：V、D、F、A、E、L、G或I； (b) 位置X12為：K、P、Q、R、L、H或E；且 (c) 位置X13為：N、H、S、T、P、K、I、D或Y；或前述(a)-(c)中胺基酸中之任一者的取代，例如保守取代。
- 如請求項22之AAV蛋白殼變異體，其中[E]包含： (i) VQN、DQN、VQH、FQN、VQS、VQT、VQP、VRN、VPN、VKN、AQN、VQK、EQN、VQI、LQN、GQT、VLN、VQD、VHN、GQN、VKT、VKK、FQK、VEN、VQY、DKN、GHN、IQN或VPH，或前述胺基酸序列中之任一者的取代，例如保守取代；或 (ii) VKN、VPN或VQN。
- 如請求項22或23之AAV蛋白殼變異體，其中[A][B][C][D][E]包含： (i) SEQ ID NO: 143、148、149、151、153、154-158、160-163、166、168、170、171、173-175、177-179、181、182、184-188、191-197、199-210、212-215、217-225、227-231、233、234、236-240、243-262、265、267、268、270-277、279、282、284-286、288-293、295、296、298、300-314、316-327、329、331、332、334、336、337-344、346-350、352-354、356-365、367、369、371-380、382-385、387、392-394、396、397、399-401、404-411、413-415、417、419-429、432、433、435-437、438、440-442、444-447、450-454、456、458-461、464、465、467-469、471-475、477-484、487-495、497、498、500-503、505、507-512、514-517、522-525、528-539、542-545、547、551-555、558-561、563-568、570、573、574、576、579、581、582、584、586、587、591-596、598、601、604、605、606、607、610、612、614-619、624-629、631-636、640、641、645、646、649、650、656、658、661、663、664、666、668、669、670、672、673、674、675、677、679、683、684、686、688、689、691、693、695、696、697、699、700、701、702、704-706、709-714、720、722、725-731、733、736、740、745、749-752、754、755、757、758、760-765、767、768、770、771、773、778-780、783-788、792-794、797-799、801、802、804-806、812、814、815、817、818、820、821、824、828、831、832、834-837、839、840-845、847、848、850-855、857-859、861、862、865、866、869-872、874-876、882-884、887、889-895、897、899、901、903-905、907、908、910、911、913、915、919、920、923、924、926、927、929、931-933、935、937、939-949、952-955、957、958、960、962、964、965、967、971、973、974、976、977、981、985-989、992、994、997-1000、1002、1004、1006-1008、1010、1013、1015、1017、1018、1020、1021、1023-1025、1027、1029-1031、1033-1035、1037-1040、1043、1046、1049、1052、1053、1056、1057、1059、1062、1064、1065、1067、1068、1070、1073、1075、1077-1080、1083-1087、1089、1090、1093、1094、1097、1100、1101、1103、1105-1107、1110-1112、1114-1117、1119、1121、1125、1126、1129、1132、1133、1135中之任一者的胺基酸序列； (ii) PLNGAVHLYAQAQLSPVKN (SEQ ID NO: 566)； (iii) PLNGAVHLYAQAQTGWVPN (SEQ ID NO: 314)； (iv) 包含(i)-(iii)中胺基酸序列之任何部分，例如其任2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個胺基酸，例如連續胺基酸的胺基酸序列； (v) 相對於(i)-(iii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個取代(例如保守取代)之胺基酸序列；或 (vi) 相對於(i)-(iii)中胺基酸序列中之任一者，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列。
- 如請求項22至24中任一項之AAV蛋白殼變異體，其自N端至C端包含[A][B][C][D][E]，其中： (i) [A]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587及588 (例如A587及Q588)； (ii) [B]緊隨[A]之後存在； (iii) [C]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置588之後存在，且替換位置589-592 (例如A589、Q590、A591、Q592)； (iv) [D]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置592之後存在，且替換位置593-595 (例如T593、G594、W595)； (v) [E]緊隨根據胺基酸序列SEQ ID NO: 138編號之位置595之後存在，且替換位置596-598 (例如V596、Q597、N598)；且/或 (vi) [A][B][C][D][E]緊隨根據SEQ ID NO: 138編號之位置586之後存在，且替換位置587-598 (例如A587、Q588、A589、Q590、A591、Q592、T593、G594、W595、V596、Q597、N598)。
- 如請求項22至25中任一項之AAV蛋白殼變異體，其中： (i) 該AAV蛋白殼變異體包含根據SEQ ID NO: 138編號之位置587處除A之外的胺基酸及/或位置588處除Q之外的胺基酸； (ii) [A]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-591； (iii) [B]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置592至595； (iv) [C]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置596-599； (v) [D]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置600-602； (vi) [E]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置603-605；且/或 (vii) [A][B][C][D][E]對應於SEQ ID NO: 5、8或3636之位置587-605。
- 如請求項1至26中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含： (i) 對應於SEQ ID NO: 8之位置203-743的胺基酸序列，例如VP3，或與其具有至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列； (ii) 對應於SEQ ID NO: 8之位置138-743的胺基酸序列，例如VP2，或與其具有至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列； (iii) 胺基酸序列SEQ ID NO: 8 (例如VP1)，或與其具有至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之胺基酸序列； (iv) 相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 8，包含至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過30、20或10個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基酸序列；及/或 (v) 相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 8，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
- 如請求項1至26中任一項之AAV蛋白殼變異體，其包含： (i) 對應於SEQ ID NO: 5之位置203-743的胺基酸序列，例如VP3，或與其具有至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列； (ii) 對應於SEQ ID NO: 5之位置138-743的胺基酸序列，例如VP2，或與其具有至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之序列； (iii) 胺基酸序列SEQ ID NO: 5 (例如VP1)，或與其具有至少90%、95%、96%、97%、98%或99%序列一致性之胺基酸序列； (iv) 相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5，包含至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過30、20或10個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基酸序列；及/或 (v) 相對於胺基酸序列SEQ ID NO: 5，包含至少一個、兩個或三個，但不超過30、20或10個不同胺基酸的胺基酸序列。
- 一種AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 8編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；且 其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含 (a) VP1蛋白，該VP1蛋白包含胺基酸序列SEQ ID NO: 8； (b) VP2蛋白，該VP2蛋白包含SEQ ID NO: 8之位置138-743的胺基酸序列； (c) VP3蛋白，該VP3蛋白包含SEQ ID NO: 8之位置203-743的胺基酸序列；或 (d) 與(a)-(c)中胺基酸序列中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%) 序列一致性的胺基酸序列；且 其中該AAV蛋白殼變異體不包含根據SEQ ID NO: 8編號之位置600-603處的胺基酸序列TGW；或根據SEQ ID NO: 8編號之位置603-605處的胺基酸序列VQN。
- 一種AAV蛋白殼變異體，其包含根據SEQ ID NO: 5編號之位置587處之胺基酸P、位置588處之胺基酸L及緊隨位置588之後存在的胺基酸序列NGAVHLY (SEQ ID NO: 3689)；且 其中該AAV蛋白殼變異體進一步包含 (a) VP1蛋白，該VP1蛋白包含胺基酸序列SEQ ID NO: 5； (b) VP2蛋白，該VP2蛋白包含SEQ ID NO: 5之位置138-743的胺基酸序列； (c) VP3蛋白，該VP3蛋白包含SEQ ID NO: 5之位置203-743的胺基酸序列；或 (d) 與(a)-(c)中胺基酸序列中之任一者具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%) 序列一致性的胺基酸序列；且 其中該AAV蛋白殼變異體不包含根據SEQ ID NO: 5編號之位置600-603處的胺基酸序列TGW；或根據SEQ ID NO: 5編號之位置603-605處的胺基酸序列VQN。
- 一種多核苷酸，其編碼如請求項1至30中任一項之AAV蛋白殼變異體。
- 如請求項31之多核苷酸，其包含核苷酸序列SEQ ID NO: 4或7，或與SEQ ID NO: 4或7具有至少90% (例如至少約95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
- 一種肽，其包含： (a) 表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列； (b) 包含來自表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個連續胺基酸的胺基酸序列； (c) 相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個不同胺基酸的胺基酸序列；或 (d) 相對於表1A、表1B、表10或表20中所提供之序列中之任一者的胺基酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的胺基酸序列； 其中該肽，例如至少1-5個肽，例如至少1、2、3、4或5個肽與活性劑，例如治療劑或診斷劑融合或偶合，例如綴合，視情況其中： (i) 該至少1-5個，例如至少1、2、3、4或5個肽以串聯方式(例如直接或經由連接子間接連接)或以多聚體組態存在； (ii) 該肽包含長度為至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、15、20、25、30或35個胺基酸的胺基酸序列； (iii) 該肽存在於相對於該活性劑之N端； (iv) 該肽存在於相對於該活性劑之C端； (v) 該活性劑為或包含選自蛋白質(例如酶)、抗體分子、核酸分子(例如RNAi劑)或小分子之治療劑； (vi) 該活性劑為或包含核糖核酸複合體(例如Cas9/gRNA複合體)、質體、封閉式DNA、環狀RNA或mRNA； (vii) 該活性劑為RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA、反義寡核苷酸劑(ASO)或snoRNA，視情況其中該RNAi劑為siRNA或ASO，其視情況包含至少一種經修飾的核苷酸)； (viii) 該活性劑調節，例如抑制、減少或增加CNS相關基因、mRNA及/或蛋白質之表現；且/或 (ix) 該活性劑為診斷劑，該診斷劑為或包含顯像劑(例如與可偵測部分偶合之蛋白質或小分子化合物)。
- 一種AAV顆粒，其包含如請求項1至30中任一項之AAV蛋白殼變異體，或由如請求項31或32之多核苷酸編碼之AAV蛋白殼變異體。
- 如請求項34之AAV顆粒，其包含編碼有效負載之核苷酸序列，視情況其中該經編碼之有效負載包含治療蛋白或其功能變異體；抗體或抗體片段；酶；基因編輯系統之組分；RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA)；或其組合。
- 如請求項35之AAV顆粒，其中： (i) 該治療蛋白或其功能變異體，例如重組蛋白，與神經或神經退化性病症、肌肉或神經肌肉病症或神經腫瘤學病症相關(例如於其中異常表現)，視情況其中該治療蛋白或其功能變異體選自載脂蛋白E (APOE) (例如ApoE2、ApoE3及/或ApoE4)；人類運動神經元存活因子(SMN) 1或SMN2；葡萄糖腦苷酶(GBA1)；芳族L-胺基酸去羧酶(AADC)；天冬胺酸醯化酶(ASPA)；三肽基肽酶I (CLN2)；β-半乳糖苷酶(GLB1)；N-磺基葡萄糖胺磺基水解酶(SGSH)；N-乙醯基-α-葡萄胺糖苷酶(NAGLU)；艾杜糖醛酸2-硫酸酯酶(IDS)；細胞內膽固醇轉運體(NPC1)；巨軸索蛋白(GAN)；或其組合； (ii) 該抗體或抗體結合片段與以下結合： (a) CNS相關靶標，例如與神經或神經退化性病症相關之抗原，例如β-澱粉樣蛋白、APOE、tau、SOD1、TDP-43、杭丁頓蛋白(HTT)及/或突觸核蛋白； (b) 肌肉或神經肌肉相關靶標，例如與肌肉或神經肌肉病症相關之抗原；或 (c) 神經腫瘤學相關靶標，例如與神經腫瘤學病症相關之抗原，例如HER2或EGFR (例如EGFRvIII)； (iii) 該酶包含巨核酸酶、鋅指核酸酶、TALEN、重組酶、整合酶、鹼基編輯器、Cas9或其片段； (iv) 基因編輯系統之該組分包含CRISPR-Cas系統之一或多種組分，視情況其中該CRISPR-Cas系統之該一或多種組分包含Cas9，例如Cas9異種同源物或Cpf1，以及單引導RNA (sgRNA)，其中： (a) 該sgRNA位於該cas9酶之上游(5')；且/或 (b) 該sgRNA位於該cas9酶之下游(3')；且/或 (v) 該RNAi劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前驅miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA)調節，例如抑制CNS相關基因、mRNA及/或蛋白質之表現，視情況其中該CNS相關基因選自SOD1、MAPT、APOE、HTT、C9ORF72、TDP-43、APP、BACE、SNCA、ATXN1、ATXN3、ATXN7、SCN1A-SCN5A、SCN8A-SCN11A或其組合。
- 如請求項34至36中任一項之AAV顆粒，其包含有包含可操作地連接至編碼該有效負載之核酸序列的啟動子的病毒基因體，視情況其中： (i) 該啟動子選自人類延長因子1α-次單元(EF1α)、巨細胞病毒(CMV)即刻早期強化子及/或啟動子、雞β-肌動蛋白(CBA)及其衍生物CAG、β葡萄糖醛酸苷酶(GUSB)或泛蛋白C (UBC)、神經元特異性烯醇酶(NSE)、血小板衍生生長因子(PDGF)、血小板衍生生長因子B-鏈(PDGF-β)、細胞間黏著分子2 (ICAM-2)、突觸蛋白(Syn)、甲基-CpG結合蛋白2 (MeCP2)、Ca2+/鈣調蛋白依賴性蛋白激酶II (CaMKII)、促代謝型麩胺酸受體2 (mGluR2)、神經絲輕鏈(NFL)或重鏈(NFH)、β-球蛋白袖珍基因nβ2、前腦啡肽原(PPE)、腦啡肽(Enk)及興奮性胺基酸轉運體2 (EAAT2)、 神經膠質纖維酸性蛋白(GFAP)、髓磷脂鹼性蛋白(MBP)、心血管啟動子(例如αMHC、cTnT及CMV-MLC2k)、肝啟動子(例如hAAT、TBG)、骨骼肌啟動子(例如結蛋白、MCK、C512)或其片段例如截短，或功能變異體； (ii) 該啟動子為EF-1a啟動子變異體，例如截短的EF-1a啟動子；或 (iii) 該啟動子包含SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39中之任一者或表12中所提供之序列中之任一者的核苷酸序列；相對於SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39或表12中所提供之序列中之任一者或表8中所提供之序列中之任一者的核苷酸序列，包含至少一個、兩個或三個但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；或與SEQ ID NO: 19、20、22、23、27、28、30-39中之任一者或表12中所提供之序列中之任一者具有至少80% (例如85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)序列一致性的核苷酸序列。
- 如請求項35之AAV顆粒，其中該病毒基因體進一步包含： (i) polyA信號序列； (ii) 反向末端重複(ITR)序列，視情況其中該ITR序列相對於該經編碼之有效負載定位在5'且/或該ITR序列相對於該經編碼之有效負載定位在3'； (iii) 強化子、Kozak序列、內含子區及/或外顯子區； (iv) 編碼miR結合位點，例如調節，例如減少由該病毒基因體編碼之抗體分子在表現對應miRNA之細胞或組織中之表現的miR結合位點的核苷酸序列，視情況其中該經編碼之miR結合位點調節，例如減少該經編碼之抗體分子在DRG、肝臟、心臟、造血譜系或其組合之細胞或組織中的表現；及/或 (v) 編碼Rep蛋白，例如非結構蛋白之核苷酸序列，其中該Rep蛋白包含Rep78蛋白、Rep68、Rep52蛋白及/或Rep40蛋白，視情況其中該Rep78蛋白、該Rep68蛋白、該Rep52蛋白及/或該Rep40蛋白由至少一個Rep基因編碼。 該病毒基因體進一步包含polyA信號序列。
- 如請求項38之AAV顆粒，其中該病毒基因體包含： (i) 該經編碼之miR結合位點之至少1-5個拷貝，例如至少1、2、3、4或5個拷貝； (ii) 經編碼之miR結合位點之至少3個拷貝，視情況其中： (a) 所有三個拷貝均包含相同的miR結合位點，或該等拷貝中之至少一者、兩者、三者或全部包含不同的miR結合位點；且/或 (b) 該等經編碼之miR結合位點之該3個拷貝為連續的(例如不由間隔子隔開)，或由間隔子隔開，視情況其中該間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA或相對於核苷酸序列GATAGTTA，具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；或 (iii) 經編碼之miR結合位點之至少4個拷貝，視情況其中 (a) 所有四個拷貝均包含相同的miR結合位點，或該等拷貝中之至少一者、兩者、三者或全部包含不同的miR結合位點；且/或 (b) 該等經編碼之miR結合位點之4個拷貝為連續的(例如不由間隔子隔開)，或由間隔子隔開，視情況其中該間隔子包含核苷酸序列GATAGTTA或相對於核苷酸序列GATAGTTA，具有至少一個、兩個或三個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過四個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
- 如請求項38或39之AAV顆粒，其中該經編碼之miR結合位點包含miR122結合位點、miR183結合位點、miR-1結合位點、miR-142-3p或其組合，視情況其中： (i) 該經編碼之miR122結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3672，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3672具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列； (ii) 該經編碼之miR183結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3675，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3675具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列； (iii) 該經編碼之miR-1結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 4679，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 4679具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列；且/或 (iv) 該經編碼之miR-142-3p結合位點包含核苷酸序列SEQ ID NO: 3674，或與其實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的核苷酸序列；或相對於SEQ ID NO: 3674具有至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾，例如取代(例如保守取代)，但不超過十個修飾，例如取代(例如保守取代)的核苷酸序列。
- 如請求項37至40中任一項之AAV顆粒，其中該病毒基因體： (i) 為單股的； (ii) 為自體互補的；且/或 (iii)進一步包含編碼如請求項1至30中任一項之AAV蛋白殼變異體的核酸。
- 如前述請求項中任一項之AAV蛋白殼變異體、多核苷酸、肽或AAV顆粒，其為經分離的，例如重組的。
- 一種載體，其包含編碼如請求項1至30或4中任一項之AAV蛋白殼變異體的多核苷酸，或如請求項31、32或42中任一項之多核苷酸。
- 一種細胞，例如宿主細胞，其包含如請求項1至30或42中任一項之AAV蛋白殼變異體、如請求項31、32或42中任一項之多核苷酸、如請求項33或42之肽、如請求項34至42中任一項之AAV顆粒或如請求項43之載體，視情況其中： (i) 該細胞為哺乳動物細胞或昆蟲細胞； (ii) 該細胞為腦區或脊髓區之細胞，視情況為腦幹、海馬體或丘腦之細胞；且/或 (iii) 該細胞為神經元、感覺神經元、運動神經元、星狀細胞、神經膠質細胞、寡樹突細胞或肌肉細胞(例如心臟、隔膜或四頭肌之細胞)。
- 一種製造AAV顆粒之方法，其包含 (i) 提供包含病毒基因體之宿主細胞；以及 (ii) 在適合於將該病毒基因體包封於如請求項1至30或42中任一項之AAV蛋白殼變異體或由如請求項31、32或42中任一項之多核苷酸編碼之AAV蛋白殼變異體中的條件下孵育該宿主細胞； 從而製造該AAV顆粒。
- 一種醫藥組合物，其包含如請求項34至42中任一項之AAV顆粒、包含如請求項1至30或42中任一項之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒，以及醫藥學上可接受之賦形劑。
- 一種醫藥調配物，其包含如請求項34至42中任一項之AAV顆粒、包含如請求項1至30或42中任一項之AAV蛋白殼變異體的AAV顆粒；且進一步包含： (i) 緩衝劑(例如tris鹼)；及聚醚，例如一或多種聚醚(例如丙三醇、甘油及聚乙二醇(例如低分子量PEG))； (ii) 緩衝劑(例如tris鹼)；聚醚(例如丙三醇、甘油及聚乙二醇(例如低分子量PEG))；鹽(例如氯化鈉、氯化鉀或氯化鎂)；及界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic® F-68或F-127))或兩性離子界面活性劑，其中該界面活性劑，例如Pluronic F-68之濃度介於0.0005-0.0015%之間(例如0.0008-0.0012%，例如0.001%或約0.001%))； (iii) 緩衝劑(例如tris鹼)；糖(例如海藻糖、蔗糖、乳酮糖、乳糖、麥芽糖、纖維雙醣、殼二糖、麴二糖、黑曲黴糖、異麥芽糖、β,β-海藻糖、α,β-海藻糖、槐糖、海帶二糖、龍膽二糖、松二糖、麥芽酮糖、巴拉金糖、龍膽比烏酮糖(gentiobiulose)、甘露二糖、蜜二糖、車前二糖(melibiulose)、芸香糖、蘆丁糖(rutinulose)或木二糖(xylobiose))；鹽(例如氯化鈉、氯化鉀或氯化鎂)；及界面活性劑(例如環氧乙烷/環氧丙烷共聚物(例如泊洛沙姆，諸如Pluronic® F-68或F-127))或兩性離子界面活性劑，其中該界面活性劑，例如Pluronic F-68之濃度介於0.0005-0.0015%之間(例如0.0008-0.0012%，例如0.001%或約0.001%))；或 (iv) 緩衝劑(例如tris鹼)；糖(例如海藻糖、蔗糖、乳酮糖、乳糖、麥芽糖、纖維雙醣、殼二糖、麴二糖、黑曲黴糖、異麥芽糖、β,β-海藻糖、α,β-海藻糖、槐糖、海帶二糖、龍膽二糖、松二糖、麥芽酮糖、巴拉金糖、龍膽比烏酮糖、甘露二糖、蜜二糖、車前二糖、芸香糖、蘆丁糖或木二糖)； 視情況其中該AAV顆粒以以下之劑量存在： (a) 6.7e11 VG/kg至2e13 VG/kg (例如6.7e11 VG/kg、2e12 VG/kg、6.7e12 VG/kg或2e13 VG/kg)或約5e11 VG/kg至3e13 VG/kg； (b) 約6.7e10 VG/kg至6.7e12 VG/kg、約1.3e11 VG/kg至3.4e12 VG/kg或約2.2e11 VG/kg至2e12 VG/kg； (c) 約4e11 VG/kg至8e11 VG/kg (例如約6.7e11 VG/kg)； (d) 約2e11 VG/kg至2e13 VG/kg、約4e11 VG/kg至1e13 VG/kg、約6.7e11 VG/kg至約6e12 VG/kg； (e) 約1e12 VG/kg至5e12 VG/kg (例如約2e12 VG/kg)； (f) 約6.7e11 VG/kg至6.7e13 VG/kg、約1.3e12 VG/kg至3.4e13 VG/kg或約2.2e12 VG/kg至2e13 VG/kg； (g) 約4e12 VG/kg至8e12 VG/kg (例如約6.7e12 VG/kg)； (h) 約2e12 VG/kg至2e14 VG/kg、約4e12 VG/kg至1e14 VG/kg、約6.7e12 VG/kg至約6e13 VG/kg；或 (i) 約1e13 VG/kg至5e13 VG/kg (例如約2e13 VG/kg)。
- 一種將有效負載遞送至細胞或組織(例如CNS細胞或CNS組織)之方法，其包含投與有效量之如請求項46之醫藥組合物、如請求項47之醫藥調配物、或如請求項34至42中任一項之AAV顆粒、或包含如請求項1至30或42中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒。
- 如請求項48之方法，其中該細胞為: (i) 腦區或脊髓區之細胞，視情況為額葉皮質、感覺皮質、運動皮質、尾狀核、小腦皮質、大腦皮質、腦幹、海馬體或丘腦之細胞； (ii) 神經元、感覺神經元、運動神經元、星狀細胞、神經膠質細胞或寡樹突細胞；及/或 (iii) 在個體體內，視情況其中該個體患有、已經診斷患有或有風險患上神經病症例如神經退化性病症、神經腫瘤學病症、肌肉病症或神經肌肉病症。
- 一種治療患有或經診斷患有神經病症例如神經退化性病症、神經腫瘤學病症、肌肉病症或神經肌肉病症之個體的方法，該方法包含向該個體投與有效量之如請求項46之醫藥組合物、如請求項47之醫藥調配物、如請求項34至42中任一項之AAV顆粒或包含如請求項1至30或42中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒。
- 如請求項49或50之方法，其中該神經病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症為杭丁頓氏舞蹈症、肌萎縮性脊髓側索硬化症(ALS)、戈謝病、路易氏體失智症、帕金森氏病、脊髓性肌萎縮、阿茲海默氏症、腦白質失養症(例如亞歷山大病、體染色體顯性腦白質失養症伴自主神經疾病(ADLD)、卡納萬病、腦腱性黃色瘤病(CTX)、異染性腦白質失養症(MLD)、家族性腦中葉硬化症或雷夫敘姆病)或癌症(例如HER2/neu陽性癌或神經膠質母細胞瘤)。
- 如請求項50或51之方法，其中治療包含預防該個體中該疾病或病症之進展，視情況其中該個體為人類。
- 如請求項49至52中任一項之方法，其中該AAV顆粒係藉由以下方式投與至該個體： (i) 靜脈內、經由大池內注射(ICM)、腦內、鞘內、腦室內、經由實質內投與或肌肉內； (ii) 經由聚焦式超音波(FUS)，例如FUS聯合微氣泡靜脈內投與(FUS-MB)，或MRI引導的FUS聯合靜脈內投與；或 (iii) 靜脈內。
- 如請求項49至53中任一項之方法，其中該AAV顆粒係以以下之劑量投與至該個體： (a) 約6.7e11 VG/kg至2e13 VG/kg (例如6.7e11 VG/kg、2e12 VG/kg、6.7e12 VG/kg或2e13 VG/kg)或約5e11 VG/kg至3e13 VG/kg； (b) 約6.7e10 VG/kg至6.7e12 VG/kg、約1.3e11 VG/kg至3.4e12 VG/kg或約2.2e11 VG/kg至2e12 VG/kg； (c) 約4e11 VG/kg至8e11 VG/kg (例如約6.7e11 VG/kg)； (d) 約2e11 VG/kg至2e13 VG/kg、約4e11 VG/kg至1e13 VG/kg、約6.7e11 VG/kg至約6e12 VG/kg； (e) 約1e12 VG/kg至5e12 VG/kg (例如約2e12 VG/kg)； (f) 約6.7e11 VG/kg至6.7e13 VG/kg、約1.3e12 VG/kg至3.4e13 VG/kg或約2.2e12 VG/kg至2e13 VG/kg； (g) 約4e12 VG/kg至8e12 VG/kg (例如約6.7e12 VG/kg)； (h) 約2e12 VG/kg至2e14 VG/kg、約4e12 VG/kg至1e14 VG/kg、約6.7e12 VG/kg至約6e13 VG/kg；或 (i) 約1e13 VG/kg至5e13 VG/kg (例如約2e13 VG/kg)。
- 如請求項46之醫藥組合物、如請求項47之醫藥調配物、如請求項34至42中任一項之AAV顆粒或一種包含如請求項1至30或42中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒，其用於將有效負載遞送至細胞或組織之方法中。
- 如請求項46之醫藥組合物、如請求項47之醫藥調配物、如請求項34至42中任一項之AAV顆粒或一種包含如請求項1至30或42中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒，其用於治療神經病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症之方法中。
- 如請求項46之醫藥組合物、如請求項47之醫藥調配物、如請求項34至42中任一項之AAV顆粒或一種包含如請求項1至30或42中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒，其用於製造藥劑。
- 如請求項46之醫藥組合物、如請求項47之醫藥調配物、如請求項34至42中任一項之AAV顆粒或包含如請求項1至30或42中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒的用途，其用於製造用於治療神經病症、神經退化性病症、肌肉病症、神經肌肉病症或神經腫瘤學病症之藥劑。
- 如請求項46之醫藥組合物、如請求項47之醫藥調配物、或如請求項34至42中任一項之AAV顆粒、包含如請求項1至30或4中任一項之蛋白殼變異體之AAV顆粒的用途，其用於製造藥劑。
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