TW202325843A - 用於增強免疫療法的系統和方法 - Google Patents
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Abstract
本公開內容描述了用於免疫療法的系統和方法。與對照細胞(例如,非工程化免疫細胞)相比,免疫細胞可以經工程化以表現出延長的半衰期。與對照細胞相比,免疫細胞可以經工程化以表現出增強的增殖。免疫細胞可以經工程化以有效且特異性地靶向對照細胞以其他方式不足以或無法靶向的患病細胞(例如,癌細胞)。本文公開的工程化免疫細胞可以在離體、體外和在一些情況下在體內進行工程化。可以將離體或體外製備的工程化免疫細胞施用於有需要的物件以治療疾病(例如,骨髓瘤或實體瘤)。工程化免疫細胞對於物件可以是自體的。可替代地,工程化免疫細胞對於物件可以是同種異體的。
Description
癌症(例如,贅生物、腫瘤)是全球主要的死亡原因,每年約有1000萬人死亡。癌症繼續給個人、家庭、社區和國家帶來越來越大的健康、經濟和情感負擔。增加對癌症生物學(例如,特別是癌症免疫生物學)和基因工程的理解促進了過繼細胞療法(例如,細胞免疫療法)的發展,其目的是治療或控制許多不同的癌症。
本公開內容提供了用於治療癌症的方法和系統。本公開內容的一些方面提供了工程化免疫細胞(例如工程化自然殺傷(NK)細胞)及其用於治療癌症(諸如,舉例而言,如惡性血液病或實體瘤)的方法。
在一方面,本公開內容提供了一種工程化NK細胞,其包含:(1)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體;和(2)選自以下的一個或多個成員:
(i)用於與該對照NK細胞相比增強的CD16信號傳導的異源CD16變體,其中該異源CD16變體不結合NKG2D配體;
(ii)與該對照NK細胞相比,表達和/或活性水準降低的內源性CD38;
(iii)表達降低的選自BCL3、CBLB、CDK8、FCER1G、IL17A、IL17F、SHIP1、SOCS1、SOCS2、SOCS3、STAT3、TET3、PTPN6、CD70的一種或多種基因;
(iv)表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體和2B4;
(v)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白(tapasin)、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;以及
(vi)能夠實現該工程化NK細胞死亡的安全開關(safety switch)。
在另一方面,本公開內容提供了一種工程化NK細胞,其包含與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體,其中該啟動性NK受體被配置成結合NKG2D、NKP30、NKP44、NKP46、NKP80和/或DNAM1的抗原,並且其中該啟動性NK受體不包含異源細胞內信號傳導結構域。
在另一方面,本公開內容提供了一種工程化NK細胞,其包含:包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中該抗原選自CD70、CLEC12A、TIM-3、CD9、CD26、TRAIL-R4 (DCR2)和NKG2D配體,其中與缺乏該嵌合多肽受體的對照NK細胞相比,該工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍。
在另一方面,本公開內容提供了一種工程化NK細胞,其包含:(1)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中該抗原是CD38和/或BCMA;和(2)選自以下的一個或多個成員:
(i)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體;
(ii)表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體和2B4;
(iii)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;以及
(iv)能夠實現該工程化NK細胞死亡的安全開關,
其中與缺乏一個或多個成員的對照NK細胞相比,該工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍。
在另一方面,本公開內容提供了一種工程化NK細胞,其包含:(1)表達或活性水準降低的細胞因數抑制因數(SOCS)蛋白;和(2)選自以下的一個或多個成員:
(i)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的內源啟動性NK受體;
(ii)用於與所述對照NK細胞相比增強的白介素信號傳導的異源白介素(IL)細胞因數和/或受體;
(iii)用於與該對照NK細胞相比增強的CD16信號傳導的異源CD16變體,其中該異源CD16變體不結合NKG2D配體;
(iv)與該對照NK細胞相比,表達和/或活性水準降低的內源性CD38;
(v)表達和/或活性降低的選自免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體和2B4;
(vi)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;
(vii)能夠實現該工程化NK細胞死亡的安全開關;以及
(viii)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中該抗原不是NKG2D配體。
在本文公開的組合物中任一種的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化NK細胞表現出對靶細胞增強的細胞毒性。在本文公開的組合物中任一種的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化NK細胞在宿主細胞中誘導降低的免疫應答。
在本文公開的組合物中任一種的一些實施方案中,宿主細胞是免疫細胞。
在另一方面,本公開內容提供了一種方法,其包括:向有需要的物件施用本文公開的組合物中任一種的物件組合物。在一些實施方案中,單獨的治療劑包含化療劑。
通過下面的詳細描述,本公開內容的其他方面和優點對於本領域技術人員將變得顯而易見,其中,僅示出和描述本公開內容的說明性實施方案。將會認識到,本公開內容能夠具有其他和不同的實施方案,並且其若干細節能夠在各種明顯的方面進行修改,所有這些都不脫離本公開內容。因此,附圖和說明書本質上應被認為是說明性的,而不是限制性的。
[援引併入]
本說明書中所提及的所有出版物、專利和專利申請均通過引用併入本文,其程度猶如具體地且單獨地指出每個單獨的出版物、專利或專利申請均通過引用而併入。在通過援引併入的出版物和專利或專利申請與說明書中包含的公開內容相抵觸的程度上,本說明書旨在取代和/或優先於任何此類相抵觸的材料。
[交叉引用]
本申請要求2021年11月3日提交的國際申請號PCT/CN2021/128464和2022年10月10日提交的國際申請號PCT/CN2022/124454的權益,它們通過引用整體併入本文。
雖然本文已經示出並描述了本發明的各種實施方案,但對於本領域技術人員而言明顯的是,這些實施方案僅以示例的方式提供。在不脫離本發明內容的情況下,本領域技術人員將會想到許多變化、改變和替換。應當理解,可以採用本文所述的本發明的實施方案的各種替代方案。
如說明書和請求項中所使用的,單數形式“一”(“a”)、“一個”(“an”)和“所述”(“the”)包括複數引用,除非上下文另外明確指出。例如,術語“嵌合跨膜受體”包括多個嵌合跨膜受體。
術語“約”或“大約”一般意指在本領域普通技術人員測定的特定值的可接受誤差範圍內,該可接受誤差範圍將部分地取決於該值是如何測量或測定的,即,測量系統的限制。例如,根據本領域中的實踐,“約”可以表示在1個或大於1個標準差內。或者,“約”可以表示給定值的至多20%、至多10%、至多5%或至多1%的範圍。或者,特別是關於生物系統或過程,該術語可表示數值的一個數量級內,優選地在值的5倍之內,更優選地在值的2倍之內。在本申請和請求項中描述了特定值之處,除非另有說明,否則應假設術語“約”表示在該特定值可接受的誤差範圍內。
替代方案(例如“或”)的使用應理解為是指替代方案之一、兩者或其任何組合。術語“和/或”應該被理解為是指替代方案之一或兩者。
術語“細胞”通常是指生物細胞。細胞通常是活生物體的基本結構性、功能性和/或生物學單元。細胞可以源自具有一個或多個細胞的任何生物體。一些非限制性實例包括:原核細胞、真核細胞、細菌細胞、古菌細胞、單細胞真核生物體的細胞、原生動物細胞、來自植物的細胞(例如來自植物作物、水果、蔬菜、穀物、大豆、玉米、玉蜀黍、小麥、種子、蕃茄、稻、木薯、甘蔗、南瓜、乾草、馬鈴薯、棉花、大麻、煙草、開花植物、針葉樹、裸子植物、蕨類、石鬆類、角苔、苔類、蘚類的細胞)、藻類細胞(例如,布朗葡萄藻(Botryococcus braunii)、萊茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)、Nannochloropsis gaditana、澱粉核小球藻(Chlorella pyrenoidosa)、展枝馬尾藻(Sargassum patens)C. Agardh等)、海藻(例如海帶)、真菌細胞(例如酵母細胞、來自蘑菇的細胞)、動物細胞、來自無脊椎動物(例如果蠅、刺胞動物、棘皮動物、線蟲等)的細胞、來自脊椎動物(例如魚、兩棲動物、爬行動物、鳥類、哺乳動物)的細胞、來自哺乳動物(例如,豬、牛、山羊、綿羊、齧齒動物、大鼠、小鼠、非人靈長類動物、人類等)的細胞,等等。有時,細胞並非源自天然生物體(例如,細胞可以是合成製備的,有時也稱為人造細胞)。
如本文中可互換使用的,術語“重程式設計”、“去分化”、“增加細胞潛能”或“增加發育潛能”通常是指增加細胞效力或使細胞去分化至較低分化狀態的方法。例如,與處於非重程式設計狀態的相同細胞相比,具有增加的細胞潛能的細胞具有更多的發育可塑性(即,可以分化成更多的細胞類型)。換句話說,重程式設計的細胞是比處於非重程式設計狀態的相同細胞更低的分化狀態的細胞。
術語“分化”通常是指這樣的過程,通過該過程,非特化的(“未定型的”)或更少特化的細胞獲得特化細胞(例如,免疫細胞)的特徵。分化或分化誘導的細胞是在細胞譜系中佔據更多特化的(“定型的”)位置的細胞。術語“定型的”通常是指在分化途徑中已進行到某點的細胞,在該點處,在正常情況下該細胞將繼續分化為特定細胞類型或細胞類型亞類並且在正常情況下不能分化為不同細胞類型或還原為分化程度較低的細胞類型。
術語“多能的”通常是指細胞形成主體或體細胞(即,胚體)的所有譜系的能力。例如,胚胎幹細胞是一種多能幹細胞,其能夠從三個胚層(外胚層、中胚層和內胚層)中的每一個形成細胞。多能性可以是發育潛能的連續體,範圍從不完全或部分地多能的細胞(例如外胚層幹細胞)(其不能產生完整的生物體)到更原始、更多能的細胞(其能夠產生完整的生物體(例如胚胎幹細胞))。
術語“誘導的多能幹細胞”(iPSC)通常是指衍生自分化的細胞(例如,分化的成人、新生兒或胎兒細胞)的幹細胞,該分化的細胞已被誘導或改變(即,重程式設計)為能夠分化為所有三個胚層或真皮層(中胚層、內胚層和外胚層)的組織的細胞。產生的iPSC並不指自然界中發現的細胞。在一些情況下,可以對iPSC進行工程化以直接分化為定型細胞(例如,自然殺傷(NK)細胞。在一些情況下,可以對iPSC進行工程化以首先分化為組織特異性幹細胞(例如,造血幹細胞(HSC)),然後可以將其進一步誘導以分化為定型細胞(例如NK細胞)。
術語“胚胎幹細胞”(ESC)通常是指胚胎囊胚的內部細胞團塊的天然多能幹細胞。胚胎幹細胞是多能的,在發育過程中產生三個主要胚層(外胚層、內胚層和中胚層)的所有衍生物。在一些情況下,可以將ESC工程化為直接分化為定型細胞(例如NK細胞)。在一些情況下,可以對ESC進行工程化以首先分化為組織特異性幹細胞(例如,HSC),然後可以將其進一步誘導以分化為定型細胞(例如NK細胞)。
術語“分離的幹細胞”通常是指從多細胞生物中分離的本文公開的任何類型的幹細胞(例如,ESC、HSC、間充質幹細胞(MSC)等)。例如,HSC可以從哺乳動物的身體(例如人體)中分離出來。在另一個實例中,可以從胚胎中分離出胚胎幹細胞。
術語“分離的”通常是指已經與其原始環境分離的細胞或細胞群。例如,分離的細胞的新環境基本上不含有在“未分離的”參考細胞存在的環境中發現的至少一種組分。分離的細胞可以是從其自然環境中發現的某些或所有組分中去除的細胞,例如從組織或活檢樣品中分離出來的細胞。該術語還包括從非天然存在的環境中發現的細胞中除去的至少一種、一些或所有組分的細胞,例如從細胞培養物或細胞懸液中分離出來的細胞。因此,分離的細胞是從在自然界中發現的或在非天然存在的環境中生長、儲存或生存的至少一種組分(包括其他物質、細胞或細胞群)部分地或完全地分離的。
如本文可互換使用的,術語“造血幹細胞和祖細胞”、“造血幹細胞”、“造血祖細胞”或“造血前體細胞”通常是指細胞,其定型成造血譜系但能夠進一步造血分化(例如分化為NK細胞),並且包括多能造血幹細胞(成血細胞)、髓系祖細胞、巨核系祖細胞、紅細胞祖細胞和淋巴樣祖細胞。造血幹細胞和祖細胞(HSC)是多能幹細胞,其可產生所有血細胞類型,包括髓系(單核細胞和巨噬細胞、嗜中性粒細胞、嗜鹼性粒細胞、嗜酸性粒細胞、紅細胞、巨核細胞/血小板,樹突狀細胞)和淋巴譜系(T細胞、B細胞、NK細胞)。在一些情況下,HSC可以是CD34+造血細胞,其能夠產生成熟的髓系和淋巴樣細胞類型,包括T細胞、NK細胞和B細胞。
術語“免疫細胞”通常是指分化的造血細胞。免疫細胞的非限制性實例可包括NK細胞、T細胞、單核細胞、先天淋巴細胞、腫瘤浸潤性淋巴細胞、巨噬細胞、粒細胞等。
術語“NK細胞”或“自然殺傷細胞”通常是指由CD56或CD16的表達和T細胞受體(CD3)的缺失所定義的外周血淋巴細胞的亞類。在一些情況下,NK細胞,在表型上為CD3-和CD56+,表達NKG2C和CD57中的至少一種(例如,NKG2C、CD57或二者以相同或不同的程度),並任選地表達CD16,但缺乏以下一種或更多種的表達:PLZF、SYK、FceRγ和EAT-2。在一些情況下,分離的CD56+ NK細胞的亞群可表現出CD16、NKG2C、CD57、NKG2D、NCR配體、NKp30、NKp40、NKp46、啟動性和抑制性KIR、NKG2A和/或DNAM-1的表達。
如本文所用的,術語“核苷酸”通常是指鹼基-糖-磷酸的組合。核苷酸可以包括合成核苷酸。核苷酸可以包括合成核苷酸類似物。核苷酸可以是核酸序列(例如去氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA))的單體單元。術語核苷酸可包括核糖核苷三磷酸(三磷酸腺苷(ATP)、三磷酸尿苷(UTP)、三磷酸胞嘧啶(CTP)、三磷酸鳥苷(GTP)),和去氧核糖核苷三磷酸,例如dATP、dCTP、dITP、dUTP、dGTP、dTTP或其衍生物。此類衍生物可包括,例如,[αS]dATP、7-脫氮-dGTP和7-脫氮-dATP及核苷酸衍生物,其賦予含有它們的核酸分子核酸酶抗性。如本文所用的術語核苷酸可表示雙去氧核糖核苷三磷酸(ddNTP)及其衍生物。雙去氧核糖核苷三磷酸的說明性實例可包括但不限於ddATP、ddCTP、ddGTP、ddITP和ddTTP。核苷酸可以是未標記的或通過眾所周知的技術可檢測地標記的。標記也可以用量子點進行。可檢測的標記可以包括例如,放射性同位素、螢光標記、化學發光標記、生物發光標記和酶標記。核苷酸的螢光標記可包括但不限於螢光素、5-羧基螢光素(FAM)、2′7′-二甲氧基-4′5-二氯-6-羧基螢光素(JOE)、羅丹明、6-羧基羅丹明(R6G)、N,N,N′,N′-四甲基-6-羅丹明(TAMRA)、6-羧基-X-羅丹明(ROX)、4-(4′二甲基氨基苯基偶氮)苯甲酸(DABCYL)、Cascade Blue、Oregon Green,德克薩斯紅、花菁和5-(2'-氨基乙基)氨基萘-1-磺酸(EDANS)。螢光標記的核苷酸的具體實例可包括可得自Perkin Elmer, Foster City, Calif.的[R6G]dUTP、[TAMRA]dUTP、[R110]dCTP、[R6G] dCTP、[TAMRA] dCTP、[JOE] ddATP、[R6G] ddATP、[FAM] ddCTP、[R110]ddCTP、[TAMRA]ddGTP、[ROX]ddTTP、[dR6G]ddATP、[dR110]ddCTP、[dTAMRA]ddGTP和[dROX]ddTTP,可得自Amersham, Arlington Heights, Ill.的FluoroLink去氧核苷酸、FluoroLink Cy3-dCTP、FluoroLink Cy5-dCTP、FluoroLink Fluor X-dCTP、FluoroLink Cy3-dUTP和FluoroLink Cy5-dUTP;可得自Boehringer Mannheim, Indianapolis, Ind.的螢光素-15-dATP、螢光素-12-dUTP、四甲基-羅丹明-6-dUTP、IR770-9-dATP、螢光素-12-ddUTP、螢光素-12-UTP和螢光素-15-2′-dATP;和可得自Molecular Probes, Eugene, Oreg.的染色體標記的核苷酸、BODIPY-FL-14-UTP、BODIPY-FL-4-UTP、BODIPY-TMR-14-UTP、BODIPY-TMR-14-dUTP、BODIPY-TR-14-UTP、BODIPY-TR-14-dUTP、Cascade Blue-7-UTP、Cascade Blue-7-dUTP、螢光素-12-UTP、螢光素-12-dUTP、Oregon Green 488-5-dUTP、羅丹明綠-5-UTP、羅丹明綠-5-dUTP、四甲基羅丹明-6-UTP、四甲基羅丹明-6-dUTP、德克薩斯紅-5-UTP、德克薩斯紅-5-dUTP和德克薩斯紅-12-dUTP。核苷酸也可以通過化學修飾來標記或標示。化學修飾的單核苷酸可以是生物素-dNTP。生物素化的dNTP的一些非限制性實例可以包括生物素-dATP(例如,生物-N6-ddATP、生物素-14-dATP)、生物素-dCTP(例如,生物素-11-dCTP、生物素-14-dCTP)和生物素-dUTP(例如,生物素-11-dUTP、生物素-16-dUTP、生物素-20-dUTP)。
術語“多核苷酸”、“寡核苷酸”和“核酸”在本文中可互換地使用,通常是指任何長度的核苷酸的聚合形式,無論是去氧核糖核苷酸還是核糖核苷酸,或其類似物,無論是單鏈、雙鏈還是多鏈形式。多核苷酸對於細胞而言可以是外源的或內源的。多核苷酸可以存在於無細胞的環境中。多核苷酸可以是基因或其片段。多核苷酸可以是DNA。多核苷酸可以是RNA。多核苷酸可以具有任何三維結構,並且可以行使已知或未知的任何功能。多核苷酸可包含一種或多種類似物(例如,改變的骨架、糖或核鹼基)。如果存在的話,對核苷酸結構的修飾可以在聚合物裝配之前或之後賦予。類似物的一些非限制性實例包括:5-溴尿嘧啶、肽核酸、異種核酸、嗎啉代、鎖核酸、二醇核酸、蘇糖核酸、雙去氧核苷酸、蛹蟲草菌素、7-脫氮-GTP、螢光團(例如羅丹明或與糖連接的螢光素)、含硫醇的核苷酸、與生物素連接的核苷酸、螢光鹼基類似物、CpG島、甲基-7-鳥苷、甲基化的核苷酸、肌苷、硫尿苷、假尿苷、二氫尿苷、辮苷和懷俄苷。多核苷酸的非限制性實例包括基因或基因片段的編碼區或非編碼區、從連鎖分析定義的基因座(多個基因座)、外顯子、內含子、信使RNA(mRNA)、轉移RNA(tRNA)、核糖體RNA(rRNA)、短干擾RNA(siRNA)、短髮夾RNA(shRNA)、微RNA(miRNA)、核酶、cDNA、重組多核苷酸、分支多核苷酸、質粒、載體、任何序列的分離DNA、任何序列的分離RNA、包括無細胞DNA(cfDNA)和無細胞RNA(cfRNA)在內的無細胞多核苷酸、核酸探針以及引物。核苷酸的序列可以被非核苷酸組分中斷。
術語“基因”通常是指涉及編碼RNA轉錄物的核酸(例如,DNA諸如基因組的DNA和cDNA)及其相應的核苷酸序列。如本文關於基因組DNA所使用的,該術語包括間插的非編碼區以及調節區,並且可以包括5'和3'末端。在一些用途中,該術語涵蓋轉錄的序列,包括5'和3'非翻譯區(5'-UTR和3'-UTR)、外顯子和內含子。在一些基因中,轉錄的區域將包含編碼多肽的“可讀框”。在該術語的一些用途中,“基因”僅包含編碼多肽所必需的編碼序列(例如,“可讀框”或“編碼區”)。在一些情況中,基因不編碼多肽,例如核糖體RNA基因(rRNA)和轉移RNA(tRNA)基因。在一些情況中,術語“基因”不僅包括轉錄的序列,而且還包括非轉錄的區域,包括上游和下游調節區、增強子和啟動子。基因可以指在生物體基因組中在其天然位置的“內源基因”或天然基因。基因可以是指“外源基因”或非天然基因。非天然基因可以是指通常不存在於宿主生物體中但通過基因轉移而引入該宿主生物體中的基因。非天然基因也可以是指不在生物體基因組中在其天然位置的基因。非天然基因還可以是指包含突變、插入和/或缺失的天然存在的核酸或多肽序列(例如,非天然序列)。
術語“表達”通常是指一種或更多種過程,通過該過程多核苷酸從DNA範本被轉錄(例如,轉錄成mRNA或其他RNA轉錄物)和/或經轉錄的mRNA隨後被翻譯成肽、多肽或蛋白質的過程。轉錄物和編碼的多肽可以統稱為“基因產物”。如果多核苷酸衍生自基因組DNA,則表達可包括在真核細胞中的mRNA的剪接。關於表達,“上調”通常是指相對於其在野生型狀態下的表達水準,多核苷酸(例如,RNA諸如mRNA)和/或多肽序列的升高的表達水準,而“下調”通常是指相對於其在野生型狀態下的表達,多核苷酸(例如,RNA諸如mRNA)和/或多肽序列的降低的表達水準。轉染的基因的表達可以在細胞中暫態或穩定地發生。在“暫態表達”過程中,轉染的基因在細胞分裂過程中不會轉移至子細胞。由於其表達僅限於轉染的細胞,因此基因的表達會隨時間而喪失。相反,當基因與賦予轉染的細胞選擇優勢的另一基因共轉染時,可以發生轉染的基因的穩定表達。這樣的選擇優勢可以是對呈現給細胞的某種毒素的抗性。
如本文可互換使用的,術語“肽”、“多肽”或“蛋白質”通常是指通過(多個)肽鍵連接的至少兩個氨基酸殘基的聚合物。該術語不表示聚合物的特定長度,也不旨在暗示或區分該肽是使用重組技術、化學或酶促合成產生的還是天然存在的。該術語適用於天然存在的氨基酸聚合物以及包含至少一種修飾的氨基酸的氨基酸聚合物。在一些情況下,聚合物可能會被非氨基酸中斷。該術語包括任何長度的氨基酸鏈,包括全長蛋白質,以及具有或不具有二級和/或三級結構(例如結構域)的蛋白質。該術語還涵蓋已經例如通過二硫鍵形成,糖基化、脂化、乙醯化、磷酸化、氧化和任何其他操作(例如與標記組分綴合)而被修飾的氨基酸聚合物。本文所使用的,術語“氨基酸(amino acid)”和“氨基酸(amino acids)”通常是指天然和非天然氨基酸,包括但不限於修飾的氨基酸和氨基酸類似物。修飾的氨基酸可包括天然氨基酸和非天然氨基酸,它們已被化學修飾為包括非天然存在於氨基酸上的基團或化學部分。氨基酸類似物可以是指氨基酸衍生物。術語“氨基酸”包括D-氨基酸和L-氨基酸二者。
如本文中針對多肽所使用的,術語“衍生物”、“變體”或“片段”通常是指與野生型多肽相關的多肽,例如通過氨基酸序列、結構(例如,二級和/或三級)、活性(例如,酶活性)和/或功能。與野生型多肽相比,多肽的衍生物、變體和片段可包含一種或更多種氨基酸變化(例如,突變、插入和缺失)、截短、修飾或其組合。
如本文關於多肽分子(例如,蛋白質)所使用的,術語“工程化”、“嵌合的”或“重組的”通常是指由於基因工程化技術應用於編碼多肽分子的核酸以及表達該多肽分子的細胞或生物體而具有異源氨基酸序列或改變的氨基酸序列的多肽分子。如本文關於多核苷酸分子(例如,DNA或RNA分子)使用的,術語“工程化”或“重組”通常是指由於應用基因工程化技術而具有異源核酸序列或改變的核酸序列的多核苷酸分子。基因工程化技術包括但不限於PCR和DNA克隆技術;轉染、轉化和其他基因轉移技術;同源重組;定點誘變;和基因融合。在一些情況下,工程化的或重組的多核苷酸(例如,基因組DNA序列)可以被基因編輯部分修飾或改變。
術語“基因編輯部分”通常是指可以編輯核酸序列的部分,無論對於包含該核酸序列的細胞是外源的還是內源的。在一些實施方案中,基因編輯部分通過編輯核酸序列而調節基因的表達。在一些情況下,基因編輯部分可以通過編輯基因組DNA序列來調節基因的表達。在一些情況下,基因編輯部分可以通過編輯mRNA範本來調節基因的表達。在一些情況下,編輯核酸序列可以改變基因表達的基礎範本。
可替代地或附加地,基因編輯部分可以通過與可操作地偶聯至該基因的靶序列(或該基因內的靶序列)特異性結合,並調節由DNA(例如染色體DNA或cDNA)產生mRNA,來調節基因的表達或活性。在一些情況下,基因編輯部分可以募集或包含至少一種轉錄因數,其與特定DNA序列結合,從而控制遺傳資訊從DNA到mRNA的轉錄速率。基因編輯部分本身可以與DNA結合並通過物理障礙而調節轉錄,例如防止蛋白質(例如RNA聚合酶)和其他相關蛋白質組裝在DNA範本上。基因編輯部分可以在翻譯水準上調節基因的表達,例如,通過調節由mRNA範本產生的蛋白質。在一些情況下,基因編輯部分可以通過影響mRNA轉錄物的穩定性來調節基因表達。
術語“抗體”通常是指具有免疫球蛋白樣功能的蛋白質結合分子。術語抗體包括抗體(例如,單克隆和多克隆抗體),以及其衍生物、變體和片段。抗體包括但不限於不同類別(即IgA、IgG、IgM、IgD和IgE)和亞類(例如IgG1、IgG2等)的免疫球蛋白(Ig)。其衍生物、變體或片段可以是指保留相應抗體的(例如,完全和/或部分)結合特異性的功能性衍生物或片段。抗原結合片段包括Fab、Fab′、F(ab′)2、可變片段(Fv)、單鏈可變片段(scFv)、微抗體(minibody)、雙抗體(diabody)和單域抗體(“sdAb”或“納米抗體”或“駱駝科”)。術語抗體包括已經過優化、工程化或化學接合的抗體和抗體的抗原結合片段。已優化的抗體的實例包括親和力成熟的抗體。已工程化的抗體的實例包括Fc優化的抗體(例如,在片段可結晶區域中優化的抗體)和多特異性抗體(例如,雙特異性抗體)。
術語“嵌合多肽受體”通常是指包含一個或更多個抗原結合部分的非天然多肽受體,每個抗原結合部分能夠結合特定抗原。嵌合多肽受體可以是單特異性的(即,能夠結合一種類型的特異性抗原)。或者,嵌合多肽受體可以是多特異性的(即,能夠結合兩種或更多種不同類型的特異性抗原)。嵌合多肽受體可以是單價的(即,包含單個抗原結合部分)。或者,嵌合多肽受體可以是多價的(即,包含多個抗原結合部分)。在一些情況下,嵌合多肽受體可以包含T細胞受體(TCR)融合蛋白(TFP)或嵌合抗原受體(CAR)。
術語“抗原結合結構域”通常是指表現出優先結合特定靶抗原的構建體。抗原結合結構域可以是多肽構建體,例如抗體、其修飾、其片段或其組合。抗原結合結構域可以是本文公開的任何抗體或其功能變體。抗原結合結構域的非限制性實例可包括鼠抗體、人抗體、人源化抗體、駱駝Ig、僅鯊魚重鏈抗體(VNAR)、Ig NAR、嵌合抗體、重組抗體或其抗體片段。抗體片段的非限制性實例包括Fab、Fab'、F(ab)'2、F(ab)'3、Fv、單鏈抗原結合片段(scFv)、(scFv)2、二硫鍵穩定化的Fv(dsFv)、微抗體、雙抗體、三抗體(triabody)、四抗體(tetrabody)、單結構域抗原結合片段(sdAb、納米抗體)、僅重組重鏈抗體(VHH)和可維持整個抗體結合特異性的其他抗體片段。
術語“安全開關”通常是指經工程化的多肽構建體,其被設計用於預防細胞療法的潛在毒性或其他不利影響。當在細胞中表達時,安全開關可以誘導宿主細胞死亡,從而使宿主中(例如,物件體內)細胞的活性失活。因此,安全開關可以是自殺部分。在一些情況下,可以對細胞進行程式設計以在其生命週期的某個階段表達自殺部分(例如,按時間程式設計)。在一些情況下,細胞中自殺部分的表達可以是有條件的或可誘導的。在一些實例中,自殺部分的有條件調節(例如,表達)可包括通過小分子介導的翻譯後啟動以及組織特異性和/或時序轉錄調節進行控制。因此,安全開關可以是可誘導的自殺部分。安全開關可以介導對凋亡的誘導、對蛋白合成的抑制、DNA複製、生長停滯、轉錄和轉錄後遺傳調控和/或抗體介導的耗竭。在一些情況下,安全開關可以由外源分子(例如,藥物或前藥)啟動,該外源分子在被啟動時觸發細胞(例如,本文公開的工程化NK細胞)的凋亡和/或細胞死亡。
術語“低免疫調節劑”通常是指細胞中的多肽構建體,其中在施用於宿主身體時細胞中低免疫調節劑提高表達(例如,通過敲入異源基因)或降低表達(例如,通過敲除或敲低內源基因)可以有助於細胞減少或避免來自宿主身體的免疫應答(例如,免疫攻擊,例如適應性免疫排斥)。在一些情況下,可以對細胞(例如,本文公開的工程化NK細胞)進行修飾以表現出提高表達或降低表達的低免疫調節劑,從而在第二次或進一步輸注該細胞進入宿主(即受體)後可以使細胞逃逸宿主免疫攻擊。因此,細胞(i)不會被宿主的免疫系統排斥(例如,抗體介導的補體細胞毒性或抗體依賴性細胞性細胞毒性(ADCC))和/或(ii)與沒有提高表達或降低表達的低免疫調節劑的對照細胞相比,以較慢的速率被宿主的免疫系統排斥。表現出提高表達或降低表達的低免疫調節劑的細胞可以被稱為表現出“低免疫”或“免疫豁免”。例如,本文公開的工程化免疫細胞群(例如工程化NK細胞群)的增強的低免疫(例如,增強的抗ADCC抗性)可以在體外(例如,在人血清或人補體和抗體(例如,SSEA-4抗體)存在下)或體內(例如,在施用於對象的血流後)確定。
在一些情況下,本文公開的免疫細胞(例如,NK細胞)的工程化可以使免疫細胞對免疫排斥(例如,ADCC)的抗性提高至少或高達約5%、至少或高達約10%、至少或高達約15%、至少或高達約20%、至少或高達約25%、至少或高達約30%、至少或高達約40%、至少或高達約50%、至少或高達約60%、至少或高達約70%、至少或高達約80%、至少或高達約85%、至少或高達約90%、至少或高達約95%、至少或高達約100%、至少或高達約150%、至少或高達約200%、至少或高達約300%、至少或高達約400%或至少或高達約500%。
在一些情況下,增強的對免疫排斥(例如,ADCC)的抗性可以在體外在包含至少或高達約5%、至少或高達約10%、至少或高達約15%、至少或高達約20%、至少或高達約25%、至少或高達約30%、至少或高達約40%、至少或高達約50%、至少或高達約60%、至少或高達約70%或至少或高達約80%人補體的培養基中確定。
術語“免疫檢查點抑制劑”通常是指存在於免疫細胞(例如,T細胞、髓樣細胞、NK細胞、B細胞等)的細胞表面上的一組分子,其可以通過下調或抑制免疫細胞對靶細胞諸如癌細胞的免疫應答(即,抗癌或抗腫瘤免疫應答)來調節細胞的免疫應答。靶細胞可以表達存在於免疫細胞表面上的免疫檢查點抑制劑的受體或配體,以與免疫檢查點抑制劑接合並下調或抑制免疫細胞對靶細胞的免疫應答。因此,在一些情況下,下調或抑制免疫檢查點抑制劑在免疫細胞中的表達可以增強或延長免疫細胞對靶細胞的免疫應答。
如本文公開的,外源性白介素可以包含不由細胞或細胞群(例如,工程化免疫細胞,例如本文公開的工程化NK細胞)分泌並且可以人工添加到環境中的白介素。在體外環境中,外源性白介素可以包含添加到培養基中的重組白介素蛋白。在體內環境中(例如,在血漿中),外源性白介素可以包含被施用於有需要的物件的重組白介素蛋白。
如本文所用,術語“持久性”通常是指在將細胞群引入環境後(例如,在體外培養基中、在靜脈內(IV)施用後在血清中等),存在至少一部分細胞群(例如,工程化免疫細胞群,例如本文公開的工程化NK細胞群)保留在環境中。可以通過至少一部分細胞群以可檢測水準保留在環境中的持續時間來確定持久性。在一些實例中,細胞群的持久性可能與環境(例如,培養基、血流等)中細胞群的半衰期相關。在一些情況下,目的細胞群(例如,工程化免疫細胞群,例如工程化NK細胞群)可能不隨時間生長(例如,增殖),並且本文公開的細胞群的持續性水準可以通過測量細胞群的大小隨時間的減小(或其速率)來確定。例如,細胞群在一段時間後(例如,在至少約5天后)在環境中具有比對照細胞群在一段可比時間後在可比環境中具有更高持久性水準(例如,至少高5%)可能表明與對照細胞群相比,該細胞群規模的更高比例(例如,至少高5%)存活。
術語“免疫應答”通常是指從宿主的免疫系統對物體(例如異物)的T細胞介導的和/或B細胞介導的免疫應答。免疫應答的實例包括T細胞應答,例如細胞因數的產生和細胞的細胞毒性。在一些情況下,免疫應答可以通過T細胞啟動,例如抗體產生(體液應答)和細胞因數應答細胞例如巨噬細胞的啟動而間接地實現。
術語“增強的表達”、“增加的表達”或“上調的表達”通常是指相關部分(例如,多核苷酸或多肽)的產生達到高於宿主菌株(例如宿主細胞)中該相關部分的正常表達水準的水準。正常表達水準可以基本上為零(或為空值)或高於零。相關部分可包含宿主菌株的內源基因或多肽構建體。相關部分可包含引入到或引入宿主菌株中的異源基因或多肽構建體。例如,可以將編碼相關多肽的異源基因敲入(KI)到宿主菌株的基因組中用於宿主菌株中該相關多肽的增強的表達。
術語“增強的活性”、“增加的活性”或“上調的活性”通常是指經修飾相關部分(例如,多核苷酸或多肽)的活性達到高於宿主菌株(例如宿主細胞)中該相關部分的正常活性水準的水準。正常活性水準可以基本上為零(或為空值)或高於零。相關部分可包含宿主菌株的多肽構建體。相關部分可包含引入到或引入宿主菌株中的異源多肽構建體。例如,可以將編碼相關多肽的異源基因敲入(KI)到宿主菌株的基因組中用於宿主菌株中相關多肽的增強的活性。
術語“降低的表達”、“減少的表達”或“下調的表達”通常是指相關部分(例如,多核苷酸或多肽)的產生達到低於宿主菌株(例如宿主細胞)中該相關部分的正常表達水準的水準。正常表達水準高於零。相關部分可包含宿主菌株的內源基因或多肽構建體。在一些情況下,相關部分可以在宿主菌株中被敲除或敲低。在一些實例中,相關部分的降低的表達可以包括在宿主菌株中完全抑制這種表達。
術語“降低的活性”、“減少的活性”或“下調的活性”通常是指經修飾相關部分(例如,多核苷酸或多肽)的活性達到低於宿主菌株(例如宿主細胞)中該相關部分的正常活性水準的水準。正常活性水準高於零。相關部分可包含宿主菌株的內源基因或多肽構建體。在一些情況下,相關部分可以在宿主菌株中被敲除或敲低。在一些實例中,相關部分的降低的活性可以包括在宿主菌株中完全抑制這種活性。
如本文可互換使用的,術語“物件”、“個體”或“患者”通常是指脊椎動物,優選為哺乳動物,例如人。哺乳動物包括但不限於鼠類、猿猴、人類、農場動物、運動動物和寵物。還包括體內獲得或體外培養的生物實體的組織、細胞及其後代。
術語“療法”或“治療”通常是指獲得有益或期望結果的方法,包括但不限於治療益處和/或預防益處。例如,治療可以包括施用本文公開的系統或細胞群。治療益處是指對一種或更多種受治療的疾病、病症或症狀的任何治療上相關的改善或效果。為了預防益處,可以將組合物施用於有發生特定疾病、病症或症狀的風險的物件,或施用於報告疾病的一種或更多種生理症狀的物件,即使該疾病、病症或症狀可能尚未顯現。
術語“有效量”或“治療有效量”通常是指組合物的量,例如包含含有本公開內容的系統的免疫細胞例如淋巴細胞(例如,T淋巴細胞和/或NK細胞)的組合物的量,該量足以在施用於有需要的物件時產生所需的活性。在本公開內容的上下文中,術語“治療有效的”通常是指組合物的量足以使通過本公開內容的方法治療的病症的至少一種症狀得以延遲表現、阻止進展、緩解或減輕。
A .概述
T細胞是適應性免疫系統的部分,並且可以被致敏而通過識別外來細胞表面的免疫蛋白(即抗原)來識別特定威脅。相反,NK細胞是固有免疫應答的部分,可以對被認為是“非自我”的各種物體應答。通常,與T細胞不同,NK細胞可以攻擊它們的靶細胞而無需敏化(即,抗原特異性致敏)以消除異物。
衍生自物件(例如,衍生自物件的HSC)的未修飾的NK細胞可以被離體培養和擴增,然後施用給對象作為攻擊其靶細胞(例如癌細胞)的治療。然而,由於半衰期短和/或NK細胞離體或體內的增殖不良,因此可能限制基於NK細胞的療法。此外,未修飾的NK細胞可能無法有效靶向更難治療的癌症,例如骨髓瘤或實體瘤。此外,基於血液來源的幹細胞(例如,HSC)的NK細胞的離體產生可產生NK細胞的有限供應,以用於有效的過繼免疫療法。
因此,對於經獲取和工程化以表現出例如增強的增殖、半衰期和對靶細胞的細胞毒活性的免疫細胞(例如,NK細胞、T細胞等)仍然存在顯著未滿足的需求。
B .工程化免疫細胞
本公開內容描述了用於免疫療法的系統和方法。與對照細胞(例如,非工程化免疫細胞)相比,可以對免疫細胞進行工程化以表現出增強的半衰期。與對照細胞相比,可將免疫細胞工程化以表現出增強的增殖。可以對免疫細胞進行工程化以有效和特異性地靶向患病細胞(例如癌細胞),而其卻是對照細胞不足以或無法靶向的。本文公開的工程化免疫細胞可以進行離體、體外,並且在某些情況下體內工程化。可以將離體或體外製備的工程化免疫細胞施用給有此需要的物件以治療疾病(例如,骨髓瘤或實體瘤)。工程化免疫細胞對於物件可以是自體的。或者,工程化免疫細胞對於物件可以是同種異體的。
在一些情況下,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以衍生自分離的幹細胞(例如分離的ESC)。在一些情況下,本文公開的工程化免疫細胞可以衍生自誘導的幹細胞(例如,iPSC)。
在一些情況下,本文公開的幹細胞(例如,分離的幹細胞、誘導的幹細胞)可以是自體細胞或衍生自自體細胞。自體細胞可以得自患有疾病或懷疑患有該疾病的對象。或者,可以在發現物件患有該疾病之前從該物件獲得自體細胞。在一些情況下,自體細胞可以是同種異體細胞,例如具有降低的免疫原性、減少的數量或不需要免疫抑制藥物的通用幹細胞。自體細胞可獲自健康供體。
在一些情況下,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以是自體細胞。工程化免疫細胞可以得自患有疾病或懷疑患有該疾病的對象。或者,可以在發現物件患有該疾病之前從該物件獲得工程化免疫細胞。在一些情況下,工程化免疫細胞可以是同種異體細胞,例如用於具有降低的免疫原性和減少的數量或不需要免疫抑制藥物的通用同種異體免疫療法。工程化免疫細胞可獲自健康供體。
在一些方面,與對照細胞(例如,非工程化T細胞)相比,可以將T細胞工程化以表現出增強的半衰期。與對照細胞相比,可將T細胞工程化以表現出增強的增殖。可以對T細胞進行工程化以有效和特異性地靶向患病細胞(例如癌細胞),而其卻是對照細胞不足以或無法靶向的。本文公開的工程化T細胞可以進行離體、體外,並且在某些情況下體內工程化。可以將離體或體外製備的工程化T細胞施用給有此需要的物件以治療疾病(例如,骨髓瘤或實體瘤)。工程化T細胞對於物件可以是自體的。或者,工程化免疫細胞對於物件可以是同種異體的。
在一些方面,與對照細胞(例如,非工程化NK細胞)相比,可以將NK細胞工程化以表現出增強的半衰期。與對照細胞相比,可將NK細胞工程化以表現出增強的增殖。可以對NK細胞進行工程化以有效和特異性地靶向患病細胞(例如癌細胞),而其卻是對照細胞不足以或無法靶向的。本文公開的工程化NK細胞可以進行離體、體外,並且在某些情況下體內工程化。可以將離體或體外製備的工程化NK細胞施用給有此需要的物件以治療疾病(例如,骨髓瘤或實體瘤)。工程化NK細胞對於物件可以是自體的。或者,工程化NK細胞對於物件可以是同種異體的。
在一方面,本公開內容提供了一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)。該工程化免疫細胞可以包含或表現出以下的一個或多個成員:
(#1)與對照NK細胞相比,表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體;和/或
(#2)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體(例如,嵌合抗原受體(CAR)、工程化T細胞受體(TCR)等),(例如,任選地,其中抗原不是NKG2D配體);和/或
(#3)表達和/或活性水準降低的細胞因數抑制因數(SOCS)蛋白;和/或
(#4)表達和/或活性水準提高的死亡相關蛋白(DAP);和/或
(#5)用於與對照NK細胞相比增強的CD16信號傳導的異源CD16變體,其中異源CD16變體不結合啟動性NK受體的配體(例如,NKG2D配體);和/或
(#6)與對照NK細胞相比,表達和/或活性水準降低的內源性CD38;和/或
(#7)表達和/或活性水準降低的免疫檢查點抑制劑(例如,PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體、2B4等);和/或
(#8)表達和/或活性水準降低的低免疫調節劑(例如,B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55、CD59等);和/或
(#9)能夠實現工程化NK細胞死亡的安全開關(例如,在刺激(例如暴露於啟動性部分,例如光或抗體)後);和/或
(#10)與對照NK細胞相比,用於增強細胞因數信號傳導的異源細胞因數(例如,白介素(IL))和/或其異源受體。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#1)。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#2)。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及選自(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及選自(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及選自(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及選自(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及選自(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及選自(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及選自(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及選自(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#2)以及(#1)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#3)。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及選自(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及選自(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及選自(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及選自(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及選自(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及選自(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及選自(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及選自(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#3)以及(#2)、(#1)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#4)。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及選自(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及選自(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及選自(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及選自(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及選自(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及選自(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及選自(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及選自(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#4)以及(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#5)。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#5)以及(#2)、(#3)、(#4)、(#1)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#6)。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#6)以及(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#1)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#7)。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及選自由(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#7)以及(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#1)、(#8)、(#9)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#8)。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#8)以及(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#1)、(#9)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#9)。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#9)以及(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#1)和(#10)的所有成員。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含或表現出至少(#10)。工程化免疫細胞可以表現出(#1)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的一個或多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#10)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的兩個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#10)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的三個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#10)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的四個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#10)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的五個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#10)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的六個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#10)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的七個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#10)以及選自(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的八個或更多個成員。工程化免疫細胞可以表現出(#10)以及(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#1)的所有成員。
如本文公開的,包含選自(#1)、(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)與缺乏該一個或多個成員中的至少一個的對照免疫細胞相比,可以表現出增強的活性(例如,持久性或活力、增殖、存活、對靶細胞(例如癌細胞)的細胞毒性、幹細胞性的維持等)。例如,工程化NK細胞可以至少包含表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體,並且與缺乏表達/活性水準提高的啟動性NK受體的對照細胞相比,工程化NK細胞可以表現出對癌症或腫瘤細胞的細胞毒性增加。在另一個實例中,工程化NK細胞可以包含嵌合抗原受體(例如,CAR),該嵌合抗原受體包含能夠結合CD70、CLEC12A、CD9、CD26、TRAIL-R4 (DCR2)、NKG2D配體和/或TIM-3的抗原結合部分,並且與缺乏CAR的對照細胞相比,工程化NK細胞可以表現出對癌症或腫瘤細胞的細胞毒性增加。
如本文公開的,包含選自(#1)、(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)與缺乏該兩個或更多個成員中的至少一個的對照免疫細胞相比,可以表現出增強的活性(例如,活力的持久性、增殖、存活、對靶細胞(例如癌細胞)的細胞毒性、幹細胞性的維持等)。例如,如本文所公開的,工程化NK細胞可以包含(A)表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體和(B)選自(#5)、(#6)、(#7)和(#8)的至少一個或多個成員,並且與缺乏(A)和/或(B)的對照細胞相比,工程化NK細胞可以表現出對癌細胞或腫瘤細胞的細胞毒性增加。在另一個實例中,如本文所公開的,工程化NK細胞可以包含(A)包含能夠結合CD70、CLEC12A和/或TIM-的抗原結合部分的嵌合抗原受體(例如,CAR),以及(B)選自(#1)、(#7)、(#8)和(#9)的至少一個或多個成員,並且與缺乏(A)和/或(B)的對照細胞相比,工程化NK細胞可以表現出對癌細胞或腫瘤細胞的細胞毒性增加。
如本文公開的,與(i)對僅包含兩個或更多個成員中的一個的對照免疫細胞的活性的單獨效應(例如,其單獨增強)和/或(ii)對其活性的單獨效應的總和(例如,其單獨增強的總和)相比,選自(#1)、(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員的任何組合可以誘導對工程化免疫細胞的活性(例如,持久性或活力、增殖、存活、對靶細胞(例如癌細胞)的細胞毒性、幹細胞性的維持等)的協同效應(例如,可以協同增強)。例如,工程化NK細胞可以表現出至少(#1)表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體和(#2)包含能夠與抗原結合的一個或多個抗原結合部分的嵌合多肽受體(例如,CAR),任選地,該抗原不是NKG2D配體,例如BCMA、CD7、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD38、CD70、CD123、Kappa、Lewis Y、ROR1、NY-ESO-1、NY-ESO-2、MART-1和/或gp10。在此類實例中,(#1)和(#2)可以在工程化NK細胞中產生協同效應,使得工程化NK細胞的活性(例如,對癌細胞的細胞毒性)大於(i)經工程化以僅包含(#1)和(#2)中的一個的對照NK細胞中活性的單獨增強和/或(ii)其單獨增強的總和。
如本文公開的,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的增強的活性的非限制性實例可以包括工程化免疫細胞的活力、工程化免疫細胞的增殖(或生長速率)、工程化免疫細胞的存活、對靶細胞(例如癌細胞)的細胞毒性以及工程化免疫細胞(例如,幹細胞樣T細胞)的幹細胞性維持。這種增強的活性可以在體外、離體或體內發生(或可以確定)。與對照免疫細胞中的活性相比,增強的活性可以是至少約1%、至少約2%、至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、至少約95%、至少約100%、至少約120%、至少約150%、至少約200%、至少約300%、至少約400%、至少約500%或更多。與對照免疫細胞中的活性相比,增強的活性可以是至多約100%、至多約99%、至多約95%、至多約90%、至多約85%、至多約80%、至多約75%、至多約70%、至多約60%、至多約50%、至多約40%、至多約30%、至多約25%、至多約20%、至多約15%、至多約10%、至多約5%、至多約2%、至多約1%或更少。與對照免疫細胞相比,增強的活性可以是至少約0.1倍、至少約0.2倍、至少約0.5倍、至少約1倍、至少約2倍、至少約3倍、至少約4倍、至少約5倍、至少約6倍、至少約7倍、至少約8倍、至少約9倍、至少約10倍、至少約15倍、至少約20倍,至少約25倍、至少約30倍、至少約40倍、至少約50倍、至少約100倍、至少約200倍、至少約500倍或更多。與對照免疫細胞相比,增強的活性可以是至多約500倍、至多約200倍、至多約100倍、至多約50倍、至多約40倍、至多約30倍、至多約25倍、至多約20倍、至多約15倍、至多約10倍、至多約9倍、至多約8倍、至多約7倍、至多約6倍、至多約5倍、至多約4倍、至多約3倍、至多約2倍、至多約1倍、至多約0.5倍、至多約0.2倍、至多約0.1倍或更少。
本文公開的協同效應(例如,通過(#1)-(#10)的任何組合)可以比(i)和/或(ii)高至少約1%、至少約2%、至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、至少約95%、至少約100%、至少約120%、至少約150%、至少約200%、至少約300%、至少約400%、至少約500%或更多。協同效應可以比(i)和/或(ii)高至多約100%、至多約99%、95%、至多約90%、至多約85%、至多約80%、至多約75%、至多約70%、至多約60%、至多約50%、至多約40%、至多約30%、至多約25%、至多約20%、至多約15%、至多約10%、至多約5%、至多約2%、至多約1%或更少。協同效應可以比(i)和/或(ii)高至少約0.1倍、至少約0.2倍、至少約0.5倍、至少約1倍、至少約2倍、至少約3倍、至少約4倍、至少約5倍、至少約6倍、至少約7倍、至少約8倍、至少約9倍、至少約10倍、至少約15倍、至少約20倍、至少約25倍、至少約30倍、至少約40倍、至少約50倍、至少約100倍、至少約200倍、至少約500倍或更多。協同效應可以比(i)和/或(ii)高至多約500倍、至多約200倍、至多約100倍、至多約50倍、至多約40倍、至多約30倍、至多約25倍、至多約20倍、至多約15倍、至多約10倍、至多約9倍、至多約8倍、至多約7倍、至多約6倍、至多約5倍、至多約4倍、至多約3倍、至多約2倍、至多約1倍、至多約0.5倍、至多約0.2倍、至多約0.1倍或更少。
如本文公開的,選自(#1)、(#2)、(#3)、(#1)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的兩個或更多個成員的任何組合可以誘導對彼此(例如,A對B具有協同效應,B對A具有協同效應,或兩者)的協同效應(例如,可以協同增強)。如本文公開的,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以至少包含選自(#1)、(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的第一成員和第二成員(例如,不同于第一成員)。第一成員和第二成員之間的協同效應可以使得工程化免疫細胞表現出第一成員的程度大於(i)在僅包含第一成員和第二成員中的一個的對照細胞中第一成員的單獨程度和/或(ii)其單獨程度的總和。可替代地或附加地,第一成員和第二成員之間的協同效應可以使得工程化免疫細胞表現出第一成員的程度大於(i)在僅包含第一成員和第二成員中的一個的對照細胞中第一成員的單獨程度和/或(ii)其單獨程度的總和。第一成員和/或第二成員的程度可以是靶部分的表達、活性和/或其信號傳導的增強程度(例如,(#1)、(#4)、(#5)和/或(#10),如本文公開的)。如本文公開的,第一成員和/或第二成員的程度可以是靶標部分的表達、活性和/或其信號傳導的降低程度(例如,(#3)、(#6)、(#7)和/或(#8),如本文公開的)。如本文公開的,第一成員和/或第二成員的程度可以是靶部分(例如,(#2)、(#5)、(#9)和/或(#10),如本文公開的)的表達和/或活性的程度。
例如,本文公開的工程化NK細胞可以包含表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體(第一成員)和表達和/或活性水準提高的DAP(第二成員)。與(i)在經工程化以僅表現出第一成員和第二成員中的一個的對照NK細胞中啟動性NK受體的表達和/或活性水準提高的單獨程度和/或(ii)其單獨程度的總和相比,第一成員和第二成員之間的協同效應可以使得工程化NK細胞在啟動性NK受體的表達和/或活性水準方面表現出更大程度的提高。可替代地或附加地,與(i)在經工程化以僅表現出第一成員和第二成員中的一個的對照NK細胞中DAP的表達和/或活性水準提高的單獨程度和/或(ii)其單獨程度的總和相比,第一成員和第二成員之間的協同效應可以使得工程化NK細胞在DAP的表達和/或活性水準方面表現出更大程度的提高。
在另一個實例中,本文公開的工程化NK細胞可以包含表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體(第一成員)的和表達和/或活性水準降低的SOCS蛋白(第二成員)。與(i)在經工程化以僅表現出第一成員和第二成員中的一個的對照NK細胞中啟動性NK受體的表達和/或活性水準提高的單獨程度和/或(ii)其單獨程度的總和相比,第一成員和第二成員之間的協同效應可以使得工程化NK細胞在啟動性NK受體的表達和/或活性水準方面表現出更大程度的提高。可替代地或附加地,與(i)在經工程化以僅表現出第一成員和第二成員中的一個的對照NK細胞中SOCS蛋白的表達和/或活性水準降低的單獨程度和/或(ii)其單獨程度的總和相比,第一成員和第二成員之間的協同效應可以使得工程化NK細胞在SOCS蛋白的表達和/或活性水準方面表現出更大程度的降低。
本文公開的兩個成員之間(或兩個或更多個成員之間)對彼此的協同效應的程度可以比(i)和/或(ii)高至少約1%、至少約2%、至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、至少約95%、至少約100%、至少約120%、至少約150%、至少約200%、至少約300%、至少約400%、至少約500%或更多。本文公開的兩個成員之間(或兩個或更多個成員之間)對彼此的協同效應的程度可以比(i)和/或(ii)高至多約100%、至多約99%、95%、至多約90%、至多約85%、至多約80%、至多約75%、至多約70%、至多約60%、至多約50%、至多約40%、至多約30%、至多約25%、至多約20%、至多約15%、至多約10%、至多約5%、至多約2%、至多約1%或更少。本文公開的兩個成員之間(或兩個或更多個成員之間)對彼此的協同效應的程度可以比(i)和/或(ii)高至少約0.1倍、至少約0.2倍、至少約0.5倍、至少約1倍、至少約2倍、至少約3倍、至少約4倍、至少約5倍、至少約6倍、至少約7倍、至少約8倍、至少約9倍、至少約10倍、至少約15倍、至少約20倍、至少約25倍、至少約30倍、至少約40倍、至少約50倍、至少約100倍、至少約200倍、至少約500倍或更多。本文公開的兩個成員之間(或兩個或更多個成員之間)對彼此的協同效應的程度可以比(i)和/或(ii)高至多約500倍、至多約200倍、至多約100倍、至多約50倍、至多約40倍、至多約30倍、至多約25倍、至多約20倍、至多約15倍、至多約10倍、至多約9倍、至多約8倍、至多約7倍、至多約6倍、至多約5倍、至多約4倍、至多約3倍、至多約2倍、至多約1倍、至多約0.5倍、至多約0.2倍、至多約0.1倍或更少。
在一些實施方案中,如本文公開的,與對照NK細胞相比,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含/表現出表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體。啟動性NK受體可以包含NKG2D、NKP30(例如,NKP30A和/或NKP30B同種型)、NKP44、NKP46、其修飾物、其功能變體和/或其組合。啟動性NK受體可以包含NKG2D或其修飾物的至少一部分(例如,其整體的一些)。啟動性NK受體可以包含NKP30或其修飾物的至少一部分(例如,其整體的一些)。啟動性NK受體可以包含NKP44或其修飾物的至少一部分(例如,其整體的一些)。啟動性NK受體可以包含NKP46或其修飾物的至少一部分(例如,其整體的一些)。
在一些情況下,本文公開的啟動性NK受體可以不包含NKG2C。可替代地,啟動性NK受體可以包含NKG2C。
不希望受理論束縛,在一些情況下,本文公開的啟動性NK受體可以包含CD100 (SEMA4D)、CD16 (FcgRIIIA)、CD160 (BY55)、CD244 (2B4、SLAMF4)、CD27、CD94– NKG2C、CD94– NKG2E、CD94-NKG2H、CD96、CRTAM、DAP12、DNAM1 (CD226)、KIR2DL4、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4、KIR2DS5、KIR3DS1、Ly49、NCR、NKG2D (KLRK1、CD314)、NKp30 (NCR3)、NKp44 (NCR2)、NKp46 (NCR1)、NKp80 (KLRF1、CLEC5C)、NTB-A (SLAMF6)、PSGL1、SLAMF7 (CRACC、CS1、CD319)、CD161 (NKR-P1A、NK1.1)、CD94– NKG2A、CD96、CEACAM1、KIR2DL1、KIR2DL2、KIR2DL3、KIR2DL4、KIR2DL5A、KIR2DL5B、KIR3DL1、KIR3DL2、KIR3DL3、KLRG1、LAIR1、LIR1 (ILT2、LILRB1)、Ly49a、Ly49b、NKR-P1A (KLRB1)、SIGLEC-10、SIGLEC-11、SIGLEC-14、SIGLEC-16、SIGLEC-3 (CD33)、SIGLEC-5 (CD170)、SIGLEC-6 (CD327)、SIGLEC-7 (CD328)、SIGLEC-8、SIGLEC-9 (CD329)、SIGLEC-E、SIGLEC-F、SIGLEC-G、SIGLEC-H、TIGIT、其修飾物、其功能變體和/或其組合。
在一些情況下,啟動性NK受體可以是內源性啟動性NK受體。例如,編碼啟動性NK受體的內源基因可以被啟動(例如,通過本文公開的CRISPR-Cas系統)以提高NK受體的表達和/或活性。在一些情況下,啟動性NK受體可以是異源受體。可以將異源啟動性NK受體遞送至工程化免疫細胞,且/或可以將編碼啟動性NK受體的異源基因(或異源多核苷酸序列)遞送至工程化免疫細胞。這種異源基因可以或不可以被整合至工程化免疫細胞的基因組中。在一些情況下,啟動性NK受體可以是融合蛋白,例如,啟動性NK受體的至少一部分(或全部)可以與異源蛋白的至少一部分(或全部)融合。例如,啟動性NK受體可以包含嵌合抗原受體(CAR),其包含(i)啟動性NK受體的抗原結合結構域的至少一部分(例如,啟動性NK受體的細胞外結構域的至少一部分)和(ii)CAR的細胞內信號傳導結構域(例如,第一、第二或第三再生CAR)。在一些情況下,啟動性NK受體可以不是融合蛋白。在一些情況下,啟動性NK受體可以不包含(i)異源跨膜和/或(ii)異源信號傳導結構域(例如,異源細胞內信號傳導結構域)。
在一些實施方案中,啟動性NK受體可以被配置成結合(或能夠結合)NKG2D、NKP30、NKP44和/或NKP46、NKP80和/或DNAM1的抗原或配體。NKG2D的配體的非限制性實例可以包括MIC家族蛋白(例如,MICA、MICB等)和RAET1/ULBP家族蛋白(例如,RAET1E/ULBP4、RAET1G/ULBP5、RAET1H/ULBP2、RAET1/ULBP1、RAET1L/ULBP6、RAET1N/ULBP3、Rae-1、H60、MULT-1等)。NKP30的配體的非限制性實例可以包括BAT3、BAG6、B7-H6和半乳凝素(例如,半乳凝素-3)。NKP44的配體的非限制性實例可以包括混合譜系白血病蛋白(MLL)(例如MLL5,例如21spe-MLL5)、硫酸乙醯肝素(HS)蛋白聚糖(HSPG)、Nidogen糖蛋白(NID)(例如NID1)、增殖細胞核抗原(PCNA)、血小板衍生生長因數(PDGF)(例如,PDGF-DD)和外泌體。NKP46配體的非限制性實例可以包括細胞因數(例如白介素(IL)(例如IL-2、IL-15等))、糖蛋白(例如HSPG)和/或補體因數P(CFP)。NKP80的配體的非限制性實例可以包括AICL和CLEC2B。DNAM1的配體的非限制性實例可以包括CD112和CD155。
工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中啟動性NK受體的提高的表達和/或活性水準可以比對照免疫細胞中的高至少約1%、至少約2%、至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、至少約95%、至少約100%、至少約120%、至少約150%、至少約200%、至少約300%、至少約400%、至少約500%或更多。工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中啟動性NK受體的提高的表達和/或活性水準可以比對照免疫細胞中的高至少約0.1倍、至少約0.2倍、至少約0.5倍、至少約1倍、至少約2倍、至少約3倍、至少約4倍、至少約5倍、至少約6倍、至少約7倍、至少約8倍、至少約9倍、至少約10倍、至少約15倍、至少約20倍、至少約25倍、至少約30倍、至少約40倍、至少約50倍、至少約100倍、至少約200倍、至少約500倍或更多。對照免疫細胞可以是不被誘導表現出編碼啟動性NK受體的內源基因的免疫細胞(例如NK細胞)。對照免疫細胞可以是不包含異源啟動性NK受體或其編碼基因的免疫細胞(例如NK細胞)。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含/表現出包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體(例如,CAR、工程化TCR等)。在一些實施方案中,抗原可以不是本文公開的啟動性NK受體的配體。例如,嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原可以不是NKG2D的配體。在另一個實例中,嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原可以不是NKP30的配體。在另一個實例中,嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原可以不是NKP44的配體。在另一個實例中,嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原可以不是NKP46的配體。
在一些實施方案中,本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原可以是BCMA、CD7、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD38、CD70、CD123、Kappa、Lewis Y、ROR1、NY-ESO-1、NY-ESO-2、MART-1和/或gp10。
在一些實施方案中,本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原可以選自CD70、C型凝集素結構域家族蛋白(例如,CLEC12A)、TIM-3、CD38、CD9、CD26、TRAIL-R4 (DCR2)、NKG2D 配體和BCMA。
在一些實施方案中,本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原包含CD70。在一些實施方案中,本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原包含C型凝集素結構域家族蛋白,例如C型凝集素結構域家族12成員A(CLEC12A或CLL-1)。在一些實施方案中,本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原包含TIM-3。在一些實施方案中,本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原包含CD38。在一些實施方案中,本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原包含BCMA。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性水準降低的SOCS蛋白。SOCS蛋白的非限制性實例可以包括CIS、SOCS-1、SOCS-2、SOCS-3、SOCS-4、SOCS-5、SOCS-6和SOCS-7。例如,SOCS蛋白可以包含SOCS2。SOCS蛋白可以是內源蛋白。例如,可以阻礙或修飾編碼SOCS蛋白的內源基因(例如,通過本文公開的CRISPR-Cas系統,或通過SOCS2蛋白本身的小分子或蛋白抑制劑)以降低SOCS蛋白的表達和/或活性。
工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中SOCS蛋白(例如SOCS2)的降低的表達和/或活性水準可以比對照免疫細胞(例如,未接觸CRISPR/Cas蛋白以阻礙或修飾編碼SOCS蛋白的基因)中的低至少約1%、至少約2%、至少約5%、至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、至少約95%、至少約00%或約100%。工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中SOCS蛋白(例如SOCS2)的降低的表達和/或活性水準可以比對照免疫細胞中的低至少約0.1倍、至少約0.2倍、至少約0.5倍、至少約1倍、至少約2倍、至少約3倍、至少約4倍、至少約5倍、至少約6倍、至少約7倍、至少約8倍、至少約9倍、至少約10倍、至少約15倍、至少約20倍、至少約25倍、至少約30倍、至少約40倍、至少約50倍、至少約100倍、至少約200倍、至少約500倍或更多。
在一些實施方案中,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含(或表現出)表達和/或活性水準提高的DAP。DAP的非限制性實例可以包括DAP-10和DAP-12。在一些情況下,DAP可以是內源性DAP,並且工程化免疫細胞可以被誘導(例如,通過核酸酶系統的作用)以表現出表達或活性水準提高的內源性DAP。例如,工程化免疫細胞可以與如CRISPR-Cas系統接觸(例如,轉染或轉導),該CRISPR-Cas系統包含Cas蛋白和嚮導核酸分子,它們被配置成形成能夠結合(i)編碼內源性DAP或(ii)控制內源性DAP的表達和/或活性的基因的複合物。在一些情況下,DAP可以是異源DAP。可以將異源DAP或其編碼基因遞送(例如,通過轉染、病毒遞送載體、非病毒遞送載體等)至工程化免疫細胞。
在一些實施方案中,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含(或表現出)異源細胞因數(例如,IL)和/或其異源受體,用於與對照NK細胞相比,增強工程化免疫細胞中細胞因數的信號傳導。
如本文公開的,異源細胞因數(例如,異源IL)和/或其異源受體可以是與工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)相同物種的。例如,異源細胞因數(和/或其異源受體)和工程化免疫細胞都可以是人源的。可替代地,異源細胞因數(和/或其異源受體)可以是與工程化免疫細胞不同物種的。
如本文公開的,異源細胞因數(例如,異源IL)和/或其異源受體可以通過使編碼異源細胞因數和/或其異源受體的異源多核苷酸與工程化免疫細胞接觸來將其引入工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)。異源多核苷酸可以被整合至工程化免疫細胞的染色體(例如,核染色體)中。可替代地,異源多核苷酸可以不並且不需要被整合至工程化免疫細胞的染色體中。在實例中,可以將編碼異源細胞因數的mRNA引入(或插入)工程化免疫細胞。
在一些情況下,本文公開的細胞因數可以是IL。本文公開的IL可以包含至少1、2、3、4、5或更多種不同類型的IL。本文公開的IL可以包含至多5、4、3或2種不同類型的IL。可替代地,IL可以是單一類型的IL。IL的非限制性實例可以包括但不限於IL-1、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12、IL-13、IL-14、IL-15、IL-16、IL-17、IL-18、IL-19、IL-20、IL-21、IL-22、IL-23、IL-24、IL-25、IL-26、IL-27、IL-28、IL-29、IL-30、IL-31、IL-32、IL-33、IL-34、IL-35和IL-36。在一些實例中,IL可以包含選自IL2、IL4、IL6、IL7、IL9、IL10、IL11、IL12、IL15、IL18、IL21及其功能修飾物的一個或多個成員。例如,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含本文公開的任何一種IL的異源變體的至少一部分,例如人IL-15(或其編碼基因)。在另一個實例中,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含本文公開的任何一種IL的受體的異源變體的至少一部分,例如人IL-15受體(IL-15R)(或其編碼基因)。
本文公開的異源細胞因數(例如異源IL)可以是分泌型細胞因數。可替代地,異源細胞因數可以不並且不需要由工程化免疫細胞分泌。在這種情況下,例如,異源細胞因數可以結合到工程化免疫細胞的細胞表面。
在一些情況下,本文公開的異源細胞因數(例如,異源IL)可以是分泌型細胞因數。可以將編碼異源細胞因數的表達盒引入工程化免疫細胞。表達盒可以進一步編碼另外的異源多肽,例如異源受體。在表達盒內,編碼異源細胞因數的第一多核苷酸序列和編碼另外的異源多肽(例如異源受體)的第二多核苷酸序列可以通過編碼切割接頭的多核苷酸接頭彼此偶聯。在一些實例中,異源受體可以是異源細胞因數的相應受體(例如,異源IL-15的異源IL-15α或IL-15β)。可替代地,表達盒可以不並且不需要編碼除異源細胞因數之外的任何另外的異源多肽。
本文公開的可切割接頭可以包含自切割肽,例如自切割2A肽。自切割肽可以在微小核糖核酸病毒科病毒家族的成員中找到,包括口瘡病毒屬,例如口蹄疫病毒(FMDV)、馬鼻炎病毒A型(ERAV)、明脈扁刺蛾病毒(Thosea asigna virus)(TaV)和豬捷申病毒-1(PTV-I)、以及心病毒,例如泰勒病毒(Theilovirus)(例如泰勒氏(Theiler's)鼠腦脊髓炎)和腦心肌炎病毒。自切割2A肽的非限制性實例可包括“F2A”、“E2A”、“P2A”、“T2A”及其功能變體。
在一些情況下,本文公開的異源細胞因數(例如,異源IL)可以結合至工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的細胞表面。在一些實例中,可以對工程化免疫細胞進行基因修飾,以便將編碼異源細胞因數的異源多核苷酸序列與編碼工程化免疫細胞的內源跨膜蛋白的基因偶聯。在一個實例中,內源跨膜蛋白可以是異源細胞因數的相應受體(例如,異源IL-15的異源IL-15α或IL-15β)。在一些實例中,可以將編碼異源融合多肽的表達盒引入工程化免疫細胞,該異源融合多肽包含與(ii)異源受體偶聯的(i)異源細胞因數。在此,異源細胞因數可以不並且不需要是從異源受體可切割的。異源受體的非限制性實例可包括異源細胞因數的相應受體(例如,異源IL-15的異源IL-15α或IL-15β),或不同的受體,例如共同的γ鏈(γ
C)受體或其修飾。
本文公開的表達盒可以通過本文公開的基因編輯部分的作用而被整合到工程化細胞(例如,工程化NK細胞)的基因組中。或者,表達盒可以不並且不需要被整合到工程化細胞的基因組中。
本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出涉及異源細胞因數(例如,異源IL,例如異源IL-15)和/或本文公開的異源受體(例如,異源IL受體,例如異源IL-15R)的內源性信號傳導途徑的增強的信號傳導。可以通過許多方法來確定本文公開的內源信號傳導途徑的增強的信號傳導,包括但不限於:(i)下游信號傳導蛋白(例如,用於IL-15/IL-15R的JAK3、STAT3、STAT5等)的磷酸化或(ii)通過免疫印跡或聚合酶鏈反應(PCR)技術的下游基因的表達(例如,用於IL-15/IL-15R的Mcl1、Cdk4/6、Mki67、Tnf、Gzmb、Gzmc、Ifng等)。
在一些情況下,由異源細胞因數和/或異源受體誘導的(例如,由本文公開的異源細胞因數和/或異源受體(例如IL-15/IL-15R)誘導的)內源信號傳導途徑的增強的信號傳導在本公開內容的工程化免疫細胞中可以表徵為與對照細胞相比,下游信號傳導蛋白的磷酸化增加至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些情況下,由異源細胞因數和/或異源受體誘導的(例如,由本文公開的異源細胞因數和/或異源受體(例如IL-15/IL-15R)誘導的)內源信號傳導途徑的增強的信號傳導在本公開內容的工程化免疫細胞中可以表徵為與對照細胞相比,下游基因的表達增加至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的增強的CD16信號傳導(例如,CD16的組成性啟動的信號傳導)可以通過在物件細胞中具有不可切割的CD16變體來實現。CD16(例如,CD16a)是免疫細胞(例如,NK細胞)表達的跨膜蛋白,其與附著於靶細胞的單體IgG結合以啟動免疫細胞並促進抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(ADCC)。在非工程化免疫細胞中,CD16和單體IgG之間的結合可在跨膜結構域附近的切割位元點處誘導CD16蛋白的切割,從而在免疫細胞啟動時調節CD16的細胞表面密度。因此,可以修飾工程化免疫細胞的內源CD16,以增強其信號傳導。或者,可以將CD16的增強的信號傳導變體人工引入到工程化免疫細胞中。
在一些情況下,可以通過本文公開的基因編輯部分的作用而在其胞外域(例如,F176V)中對工程化免疫細胞的編碼CD16的內源基因進行基因修飾,從而與天然CD16相比,修飾的CD16表現出對其靶標(例如,單體IgG)更高的結合親和力。在一些情況下,可以將編碼這種修飾的CD16的異源基因引入細胞。
在一些情況下,工程化免疫細胞的編碼CD16的內源基因可以通過本文公開的基因編輯部分的作用進行基因修飾,從而修飾的CD16是不可切割的,並可以誘導增強的CD16信號傳導。在一些實例中,可以修飾或消除CD16的膜近側區(位置189-212)中的切割位點(例如,位置195-198)(例如,作為不可切割的CD16變體的CD16 S197P變體)。在一些情況下,可以將編碼這種修飾的CD16的異源基因引入細胞。
在一些情況下,可以將編碼異源CD16變體的異源基因引入細胞(即,hnCD16),所述異源CD16變體(i)對其靶標(例如,單體IgG)表現出更高的結合親和力,並且(ii)是不可切割的。在一些實例中,異源CD16變體可以是修飾的CD16,其包含例如F176V和S197P,如本文公開的。在一些實例中,異源CD變體可以是融合受體蛋白,其包含(i)具有滅活的切割位點的CD16的至少一部分和(ii)不同細胞表面蛋白例如糖蛋白(例如CD64)的胞外域,與未修飾的CD16相比,其表現出與靶標(例如單體IgG)的增強的結合。
本文公開的異源基因可以通過本文公開的基因編輯部分的作用而被整合到工程化細胞(例如,工程化NK細胞)的基因組中。或者,異源基因可以不並且不需要被整合到工程化細胞的基因組中。
可以通過多種方法來確定本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的增強的CD16信號傳導,包括但不限於(i)通過免疫印跡下游信號傳導蛋白(例如SHP-1)的磷酸化,或(ii)通過免疫印跡或PCR技術下游基因(例如CD25、IFN-γ、TNF等)的表達。
在一些情況下,本公開內容的工程化免疫細胞(例如,包含hnCD16的工程化NK細胞)的CD16信號傳導可比對照細胞的CD16信號傳導大至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約4倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些情況下,本公開內容的工程化免疫細胞(例如,包含hnCD16的工程化NK細胞)的增強的CD16信號傳導可以表徵為與對照細胞相比,下游信號傳導蛋白的磷酸化增加至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些情況下,本公開內容的工程化免疫細胞(例如,包含hnCD16的工程化NK細胞)的增強的CD16信號傳導可以表徵為與對照細胞相比,下游基因的表達增加至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些情況下,本公開內容的工程化免疫細胞(例如,包含hnCD16的工程化NK細胞)的CD16信號傳導可比對照細胞的CD16信號傳導更延長(例如,啟動的CD16信號傳導的更長的持續時間)至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含降低的內源性細胞因數信號傳導(例如,內源性IL信號傳導,例如內源性IL-17信號傳導)活性。工程化免疫細胞可以衍生自分離的幹細胞(例如,分離的ESC)。可替代地,工程化免疫細胞可以衍生自誘導的幹細胞(例如,iPSC)。
在一些情況下,工程化NK細胞可以用內源性細胞因數信號傳導的抑制劑(例如,小分子抑制劑)進行處理。在一些情況下,工程化NK細胞可以包含表達降低的內源性IL(例如,內源性IL-17)或其內源性受體(例如,通過插入缺失或轉基因突變,通過暫態或永久抑制等)。在一些情況下,工程化NK細胞可以包含表達降低的內源性IL-17。在一些情況下,工程化NK細胞可以包含表達降低的內源性IL-17R。在一些情況下,工程化NK細胞可以包含表達降低的內源性IL-17和內源性IL-17R。
在一些情況下,本文公開的內源性細胞因數可以是內源性IL。本文公開的內源性IL可以包含至少1、2、3、4、5或更多種不同類型的內源性IL。本文公開的內源性IL可包含至多5、4、3或2種不同類型的內源性IL。或者,內源性IL可以是單一類型的內源性IL。內源性IL的非限制性實例可包括但不限於IL-1、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12、IL-13、IL-14、IL-15、IL-16、IL-17、IL-18、IL-19、IL-20、IL-21、IL-22、IL-23、IL-24、IL-25、IL-26、IL-27、IL-28、IL-29、IL-30、IL-31、IL-32、IL-33、IL-34、IL-35和IL-36。在一些實例中,內源性IL可以是IL-17。內源性IL-17的非限制性實例可包括IL-17A、IL-17F及其天然突變。例如,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出IL-17A或IL-17F的降低的表達或活性。
在一些情況下,可以通過本文公開的基因編輯部分的作用來修飾本文公開的編碼內源細胞因數(例如內源IL,例如IL-17)的內源基因。
內源性受體可以是本文公開的任何細胞因數的相應受體(例如,本文公開的任何IL的相應受體)。在一些情況下,內源性受體可以是IL的相應受體(例如,用於IL-7信號傳導的IL-17R)。IL-17R的非限制性實例可包括IL-17RA、IL-17RB、IL-17RC、IL-17RD、IL-17RE及其變體。在一個實例中,內源性IL-17R包括IL-17RA。
在一些情況下,本文公開的內源性細胞因數(例如內源性IL,例如IL-17)或其內源性受體的降低的表達或活性可以通過多種方法確定,包括但不限於:(i)下游信號傳導蛋白(例如用於IL-17的PI3K、Act1、MAP3K、MEK1/2、MKK3/6、MKK4/7、MKK3/6、ERK、p38、JNK等)的磷酸化或(ii)通過免疫印跡或PCT技術下游基因的表達。在一些實例中,IL細胞因數例如IL-17的下游基因可以包括趨化因數(例如,CXCL1、CXCL2、CXCL8、CXCL9、CXCL10、CCL2、CCL20等)、細胞因數(例如,IL-6、TNFa、G-CSF、GM-CSF等)、急性期應答分子(例如SAA、CRP、脂質運載蛋白2/24p3等)和/或酶(例如,金屬蛋白酶,例如MMP1、MMP3、MMP9、MMP13)。
在一些情況下,在本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中內源性細胞因數(例如內源IL,例如IL-17)或其內源受體的降低的表達或活性可以表徵為,與對照細胞相比,內源性細胞因數的下游信號傳導蛋白的磷酸化減少至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些情況下,在本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中內源性細胞因數(例如內源IL,例如IL-17)或其內源受體的降低的表達或活性可以表徵為,與對照細胞相比,內源性細胞因數的下游基因的表達減少至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些情況下,與沒有表現出本文公開的內源性細胞因數信號傳導(例如,內源性IL信號傳導,例如內源性IL-17信號傳導)的降低的活性的對照細胞相比,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出針對定型免疫細胞的特異性細胞標誌物(例如NK細胞標誌物)的增強的表達譜。例如,定型NK細胞的特異性細胞標誌物的非限制性實例可包括CD57或殺傷細胞免疫球蛋白樣受體(KIR)。KIR可包括KIR2D和/或KIR3D。KIR2D可以包括KIR2DL1、KIR2DL2、KIR2DL3、KIR2DL4、KIR2DL5A、KIR2DL5B、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS3、KIR2DS4和/或KIR2DS5。KIR3D可以包括KIR3DL1、KIR3DL2、KIR3DL3和/或KIR3DS1。
本文公開的用於定型免疫細胞的特異性細胞標記物(例如,NK細胞的CD57或KIR)的增強表達譜可以通過多種方法來確定,包括但不限於免疫印跡或PCR技術。
在一些情況下,本公開內容的工程化免疫細胞中用於定型免疫細胞的特異性細胞標誌物(例如,NK細胞CD57或KIR)的表達可以比對照細胞對其的表達高至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約4倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些實施方案中,如本文公開的,在存在腫瘤細胞的情況下,包含選自(#1)、(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)的一個或多個成員的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)與缺乏該一個或多個成員中的至少一個的對照細胞相比可以表現出存活率提高。在一些情況下,在存在腫瘤細胞的情況下,工程化免疫細胞可以比對照細胞的存活時間長至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些實施方案中,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達或活性降低的一種或多種免疫檢查點抑制劑(例如,PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體、2B4等)。一種或多種免疫檢查點抑制劑對於工程化免疫細胞可以是內源的。在實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源性PD1。在另一個實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源性CTLA-4。在另一個實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源性TIM-3。在另一個實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源性KIR2D。在另一個實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源性CD94。在另一個實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源NKG2A。在另一個實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源性TIGIT。在另一個實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源性TGFβ受體。在另一個實例中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達和/或活性降低的內源性2B4。
在一些情況下,免疫檢查點抑制劑(例如,CD94、CD96、TGFβ受體等)在本公開內容的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中的表達或活性降低可以比對照細胞對同一內容的表達低至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約4倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在一些實施方案中,如本文公開的,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達或活性降低的一種或多種低免疫調節劑(例如,一種或多種內源性免疫調節劑多肽)。一種或多種低免疫調節劑可以選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59。
在一些實施方案中,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以表現出表達或活性降低的一種或多種內源性多肽(例如,內源性免疫調節多肽)。一種或多種內源性多肽可以包含BCL3、CBLB、CDK8、FCER1G、IL17A、IL17F、SHIP1、SOCS1、SOCS2、SOCS3、STAT3、TET3、PTPN2、PTPN6和/或CD70的一個或多個成員。可替代地或附加地,一種或多種內源性多肽可以包含NLRC5、RFXANK、RFXAP、CD80、CD7、TAP2、TAP1、TAPBP的一個或多個成員。例如,這種一種或多種內源性多肽在工程化NK細胞中降低的表達或活性可以增強工程化NK細胞的一種或多種特性(例如,持久性或活力、增殖、存活、對靶細胞(例如癌細胞等)的細胞毒性)。例如,這種一種或多種內源性多肽在工程化NK細胞中降低的表達或活性可以增強工程化細胞在次優環境中的持久性。在另一個實例中,這種一種或多種內源性多肽在工程化NK細胞中降低的表達或活性可以增強對免疫排斥(例如,工程化NK細胞的ADCC細胞毒性)的抗性。
在一些情況下,如本文公開的,通過Western印跡或PCT技術所確定,低免疫調節劑(例如內源性低免疫調節劑)在本公開內容的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中的表達或活性可以比在對照細胞中的表達或活性低至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約4倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,與對照細胞相比,該工程化免疫細胞可表現出表達或活性降低的內源性CD38。這樣的工程化免疫細胞可以用於治療患有或懷疑患有白細胞癌例如多發性骨髓瘤(MM)的對象。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,工程化免疫細胞的內源性CD38的表達或活性可以不並且不需要被修飾。這樣的工程化免疫細胞可用於治療患有或懷疑患有非多發性骨髓瘤的疾病(例如,癌症、腫瘤)的對象。
在一些實施方案中,工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含嵌合多肽受體(或至少一種嵌合多肽受體),該嵌合多肽受體(或至少一種嵌合多肽受體)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分,如本公開內容所提供。在一些實例中,工程化免疫細胞可以包含多種不同的嵌合多肽受體以特異性結合多種不同的抗原。在一些實例中,工程化免疫細胞可以包含至少一種嵌合多肽受體,該嵌合多肽受體包含多個抗原結合部分以特異性結合多種不同的抗原。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,工程化免疫細胞可以包含能夠影響工程化免疫細胞的死亡的安全開關。工程化免疫細胞可通過基因編輯部分的作用包含編碼安全開關的基因(例如,整合到免疫細胞的基因組中),如本文公開的。在一些情況下,如果發生不良事件或當不再需要適應性免疫治療時,可以將前藥引入工程化免疫細胞中(例如,施用於包含工程化免疫細胞的物件),並且可以通過安全開關分子來啟動前藥以殺死物件免疫細胞。在一些情況下,安全開關可以包括選自胱天蛋白酶(例如胱天蛋白酶3、7或9)、胸苷激酶、胞嘧啶脫氨酶、修飾的EGFR、B細胞CD20及其功能性變體的一個或更多個成員。在一些情況下,可以通過啟動劑(例如小分子或蛋白質,例如抗體)來啟動安全開關,以進行物件工程化免疫細胞的死亡(或耗竭)的翻譯後、時序和/或位點特異性調節。安全開關及其啟動劑的非限制性實例可以包括胱天蛋白酶9(或胱天蛋白酶3或7)和AP1903;胸苷激酶(TK)和更昔洛韋(GCV);胞嘧啶脫氨酶(CD)和5-氟胞嘧啶(5-FC)。可替代地或附加地,當物件細胞暴露於抗體時,包含被抗體(例如抗EGFR Ab,例如西妥昔單抗)識別的表位的修飾的表皮生長因數受體(EGFR)可用於消耗工程化免疫細胞。在一些情況下,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可包含選自胱天蛋白酶9(胱天蛋白酶3或7)、胸苷激酶、胞嘧啶脫氨酶、修飾的EGFR和B細胞CD20.3的安全開關蛋白。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如工程化NK細胞)的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化免疫細胞可以表現出增強的持久性或存活率(例如,在基本上沒有外源性細胞因數(例如IL-2或IL-5)的環境中;或在具有次優劑量的此類外源性細胞因數的環境中;體外環境;體內環境等)。在一些情況下,通過例如追蹤工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)數量隨時間的變化所確定,本文公開的工程化免疫細胞可以表現出的持久性或存活率(例如,體外、離體或體內)比對照細胞高至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化免疫細胞可以表現出增強的增殖或生長速率(例如,在基本上沒有外源細胞因數(例如IL-2或IL-5)的環境中;或在具有次優劑量的此類外源性細胞因數的環境中;體外環境;體內環境等)。在一些情況下,通過例如追蹤工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)數量隨時間的變化所確定,本文公開的工程化免疫細胞可以表現出的增殖或生長速率(例如,體外、離體或體內)比對照細胞高至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化免疫細胞可以表現出對靶細胞的增強的細胞毒性。在一些情況下,通過例如跟蹤靶細胞群的數量的變化所確定,本文公開的工程化免疫細胞可以對靶細胞或靶細胞群表現出的細胞毒性(例如,體外、離體或體內)比對照細胞大至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化免疫細胞可以從分離的免疫細胞(例如,體外的分離的T細胞和/或B細胞或將工程化免疫細胞施用於宿主後,宿主的免疫細胞)誘導降低的免疫應答。在一些情況下,與暴露於對照細胞時來自分離的免疫細胞的免疫應答相比,如通過例如測量(i)一經暴露於分離的免疫細胞時工程化免疫細胞的初始群體的數量的變化,或(ii)一經暴露於工程化免疫細胞的初始群體時,分離的免疫細胞的細胞因數釋放的變化而確定的,本文公開的工程化免疫細胞可將來自分離的免疫細胞的免疫應答降低至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化免疫細胞可以在暴露於分離的免疫細胞(例如,體外的分離的T細胞和/或B細胞或將工程化免疫細胞施用於宿主時,宿主的免疫細胞)時表現出增強的半衰期。在一些情況下,通過監測隨著時間工程化免疫細胞的數量(例如通過FACS)來確定的,在暴露於分離的免疫細胞(例如體外或體內)時,工程化免疫細胞的半衰期可以比對照細胞的半衰期長至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化免疫細胞可以實現物件身體組織的增強的功能或病理狀況。在一些情況下,與對照細胞或載體(即無細胞)相比,用工程化免疫細胞處理可以實現物件的身體組織的功能或病理狀況增強至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,與對照細胞相比,工程化免疫細胞可以實現物件身體組織的功能或病理狀況的延遲退化。在一些情況下,與對照細胞或載體(即無細胞)相比,用工程化免疫細胞處理可以實現物件的身體組織的功能或病理狀況的退化延遲至少或高達約0.1倍、至少或高達約0.2倍、至少或高達約0.3倍、至少或高達約0.4倍、至少或高達約0.5倍、至少或高達約0.6倍、至少或高達約0.7倍、至少或高達約0.8倍、至少或高達約0.9倍、至少或高達約1倍、至少或高達約2倍、至少或高達約3倍、至少或高達約4倍、至少或高達約5倍、至少或高達約6倍、至少或高達約7倍、至少或高達約8倍、至少或高達約9倍、至少或高達約10倍、至少或高達約20倍、至少或高達約30倍、至少或高達約40倍、至少或高達約50倍、至少或高達約60倍、至少或高達約70倍、至少或高達約80倍、至少或高達約90倍、至少或高達約100倍、至少或高達約500倍、至少或高達約1,000倍、至少或高達約5,000倍或至少或高達約10,000倍。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,身體組織可以包括選自血液、血漿、血清、尿液、外淋巴液、糞便、唾液、精液、羊水、腦脊液、膽汁、汗液、眼淚、痰液、滑膜液、嘔吐物、骨頭、心臟、胸腺、動脈、血管、肺、肌肉、胃、腸、肝、胰腺、脾臟、腎臟、膽囊、甲狀腺、腎上腺、乳腺、卵巢、前列腺、睾丸、皮膚、脂肪、眼、腦、感染組織、患病組織、惡性組織、鈣化組織和健康組織的一種或更多種成員。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,工程化免疫細胞可以誘導針對靶細胞的免疫應答。靶標可以是例如,患病細胞、癌細胞、腫瘤細胞等。
C .工程化免疫細胞的其他方面
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,異源基因可以可操作地偶聯至(例如,用於敲入)組成型、誘導型、時間性、組織特異性和/或細胞類型特異性啟動子。目的啟動子的非限制性實例可以包括CMV、EF1a、PGK、CAG和UBC。插入位元點的非限制性實例可以包括AAVS1、CCR5、ROSA26、膠原蛋白、HTRP、H11、B2M、GAPDH、TCR、RUNX1、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、CIITA、RFXANK、CIITA、RFX5、RFXAP、TCR a或b恒定區、NKG2A、NKG2D、CD38、CIS、CBL-B、SOCS2、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3和TIGIT。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,可以表現出以下一種或更多種內源基因的降低的表達或活性以增強工程化免疫細胞在腫瘤微環境中(即,腫瘤微環境基因或“TME”)的功能。在一些情況下,TME的降低的表達或活性可以增強工程化免疫細胞對靶細胞的免疫活性。在一些情況下,TME基因可以是免疫檢查點抑制劑。TME的非限制性示例可以包括:NKG2A、NKG2D、PD1、CTLA4、LAG3、TIM3、TIGIT、KIR2D、CD94、CD96、TGFβ受體、2B4和SHIP2。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,可以表現出一種或更多種異源基因(例如敲入的)用於例如增強的功能:CD137、CD80、CD86、DAP10(例如,帶有或不帶有點突變)。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,可以表現出一種或更多種以下內源基因的降低的表達或活性用於例如低免疫性:B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB和NKG2DL (例如,ULBP1)。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,可以表現出一種或更多種異源基因(例如敲入的)用於例如低免疫性:HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59。
在本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的一些實施方案中,可以表現出一種或更多種異源基因(例如敲入的):CD3、CD4、CD80、41BBL和CD131。
D .嵌合抗原受體
本公開內容的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含本文公開的嵌合多肽受體(例如,至少1、2、3、4、5或更多種不同類型的嵌合多肽受體)。可將工程化免疫細胞工程化以暫時或永久地表達嵌合多肽受體。在一些情況下,重組嵌合多肽受體可通過例如脂質體而被遞送至工程化免疫細胞,並通過膜融合而被摻入到工程化免疫細胞中。在一些情況下,可以將編碼嵌合多肽受體的異源多核苷酸構建體(例如DNA或RNA)遞送至工程化免疫細胞。可以將編碼異源多核苷酸構建體的異源多核苷酸構建體(即,基因)摻入到工程化免疫細胞的染色體(即染色體基因)中,或者,可以不或不需要整合到本文公開的工程化免疫細胞的染色體中。
嵌合多肽受體可以包含T細胞受體融合蛋白(TFP)。術語“T細胞受體融合蛋白”或“TFP”通常是指重組多肽構建體,所述重組多肽構建體包含(i)一個或更多個抗原結合部分(例如,單特異性或多特異性),(ii)TCR細胞外結構域的至少一部分,(iii)TCR跨膜結構域的至少一部分,和(iv)TCR細胞內結構域的至少一部分。
在一些情況下,本公開內容的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的內源性T細胞受體(TCR)可以被滅活。在一些實例中,工程化免疫細胞的內源TCR的功能可以被抑制劑抑制。在一些實例中,編碼內源TCR的亞基的基因可以(例如,通過本文公開的基因編輯部分的作用而被編輯)被滅活,從而內源TCR被滅活。編碼內源TCR亞基的基因可以是以下一種或更多種:TCRα、TCRβ、CD3ε、CD3δ、CD3γ和CD3ζ。
嵌合多肽受體可以包含嵌合抗原受體(CAR)。術語“嵌合抗原受體”或“CAR”通常是指重組多肽構建體,所述重組多肽構建體包含至少細胞外抗原結合結構域、跨膜結構域和包含衍生自刺激分子的功能信號傳導結構域的細胞質信號傳導結構域(本文也稱為“細胞內或內在信號傳導結構域”)。在一些情況下,刺激分子可以是與T細胞受體複合物相關的ζ鏈。在一些情況下,細胞內信號傳導結構域還包含一個或更多個衍生自至少一種共刺激分子的功能信號傳導結構域。在一些情況下,共刺激分子可包含4-1BB(即,CD137)、CD27和/或CD28。在一方面,CAR在CAR融合蛋白的氨基末端(N-末端)包含任選的前導序列。在一方面,CAR在細胞外抗原識別結構域的N-末端進一步包含前導序列,其中該前導序列任選地在細胞加工和將CAR定位於細胞膜過程中從抗原識別結構域(例如,scFv)切割。
CAR可以是第一代、第二代、第三代或第四代CAR系統、其功能變體或其任何組合。第一代CAR(例如,CD19R或CD19CAR)包括:對特定抗原具有特異性的抗原結合結構域(例如,抗體或其抗原結合片段,例如scFv、Fab片段、VHH結構域或僅重鏈抗體的VH結構域)、衍生自我調整性免疫受體的跨膜結構域(例如CD28受體的跨膜結構域),和衍生自我調整性免疫受體的信號傳導結構域(例如一個或更多個(例如三個)衍生自CD3ζ受體或FcεRIγ的細胞內區域的ITAM結構域)。第二代CAR通過向CAR的細胞內信號傳導結構域部分添加(例如,衍生自與T細胞受體(例如CD28、CD137/4-1BB和CD134/OX40)共同作用的共刺激受體的)共刺激結構域來修飾第一代CAR,這消除了與第一代CAR一起施用的輔因數(例如IL-2)的需要。第三代CAR將多個共刺激結構域添加到CAR的細胞內信號傳導結構域部分(例如CD3ζ-CD28-OX40或CD3ζ-CD28-41BB)。第四代CAR通過向CAR的細胞內信號傳導部分(例如,在一個或更多個共刺激結構域和CD3ζ ITAM結構域之間)添加啟動細胞因數(例如IL-12、IL-23或IL-27)或在CAR誘導的啟動子(例如,NFAT/IL-2最小啟動子)的控制下來修飾第二代或第三代CAR。在一些情況下,CAR可以是與本文公開的第一代、第二代、第三代或第四代CAR系統不同的新一代CAR系統。
本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中的CAR的鉸鏈結構域(例如,細胞外抗原結合結構域和跨膜結構域之間的接頭)可以包含CD3D、CD3E、CD3G、CD3c CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D或T細胞受體多肽的天然或修飾的跨膜區的全長或至少一部分。
本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中的CAR的跨膜結構域可以包含CD3D、CD3E、CD3G、CD3c CD4、CD8、CD8a、CD8b、CD27、CD28、CD40、CD84、CD166、4-1BB、OX40、ICOS、ICAM-1、CTLA-4、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、CD16、IL7、IL12、IL15、KIR2DL4、KIR2DS1、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D或T細胞受體多肽的天然或修飾的跨膜區的全長或至少一部分。
本文公開的CAR的鉸鏈結構域和跨膜結構域(例如,用於工程化免疫細胞,例如工程化NK細胞)可以衍生自相同的蛋白質(例如,CD8)。或者,本文公開的CAR的鉸鏈結構域和跨膜結構域可以衍生自不同的蛋白質。
CAR的信號傳導結構域可包含至少或多達約1個信號傳導結構域、至少或多達約2個信號傳導結構域、至少或多達約3個信號傳導結構域、至少或多達約4個信號傳導結構域、至少或多達約5個信號傳導結構域、至少或多達約6個信號傳導結構域、至少或多達約7個信號傳導結構域、至少或多達約8個信號傳導結構域、至少或多達約9個信號傳導結構域或至少或多達約10個信號傳導結構域。
本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中CAR的信號傳導結構域(例如,細胞內信號傳導結構域的信號傳導肽)可以包含CD3ζ、2B4、DAP10、DAP12、DNAM1、CD137 (41BB)、IL21、IL7、IL12、IL15、NKp30、NKp44、NKp46、NKG2C、NKG2D或其任何組合的多肽的全長或至少一部分。
可替代地或除此之外(即,共刺激結構域),本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中的信號傳導結構域CAR可包含CD27、CD28、4-1BB、OX40、ICOS、PD-1、LAG-3、2B4、BTLA、DAP10、DAP12、CTLA-4或NKG2D或其任何組合的多肽的全長或至少一部分。
在一些情況下,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)包含嵌合多肽受體(例如CAR),該嵌合多肽受體包含至少CD8跨膜結構域和以下一種或更多種:(i)2B4信號傳導結構域和(ii)DAP10信號傳導結構域。在一些情況下,本文公開的工程化細胞(例如,工程化NK細胞)包含嵌合多肽受體(例如,TFP或CAR),該嵌合多肽受體包含至少(i)CD8跨膜結構域、(ii)2B4信號傳導結構域和(iii)DAP10信號傳導結構域。2B4信號傳導結構域的兩側可以是CD8跨膜結構域和DAP10信號傳導結構域。或者,DAP10信號傳導結構域的兩側可以是CD8跨膜結構域和2B4信號傳導結構域。在一些情況下,本文公開的嵌合多肽受體可以進一步包含衍生自CD3ζ的另外的信號傳導結構域。
本文公開的嵌合多肽受體(例如,TFP或CAR)的抗原結合部分的抗原(即,靶抗原)可以是細胞表面標誌物、分泌標誌物或細胞內標誌物。
本文公開的嵌合多肽受體(例如,TFP或CAR)的抗原結合部分的抗原(即靶抗原)的非限制性實例可包括ADGRE2、碳酸酐酶IX(CA1X)、CCRI、CCR4、癌胚抗原(CEA)、CD3ζ、CD5、CD8、CD10、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD44V6、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD99、CD133、CD138、CD269 (BCMA)、CD S、CLEC12A、巨細胞病毒(CMV)感染的細胞的抗原(例如細胞表面抗原)、上皮糖蛋白2(EGP 2)、上皮糖蛋白40(EGP-40)、上皮細胞粘附分子(EpCAM)、EGFRvIII、受體酪氨酸蛋白激酶erb-B2、3、4、EGFIR、EGFR-VIII、ERBB葉酸結合蛋白(FBP)、胎兒乙醯膽鹼受體(AChR)、葉酸受體a、神經節苷脂G2(GD2)、神經節苷脂G3(GD3)、gp100、人類表皮生長因數受體2(HER-2)、人端粒酶逆轉錄酶(hTERT)、ICAM-1、整合素B7、白介素13受體亞基α-2(IL-13Rα2)、κ輕鏈、激酶插入結構域受體(KDR)、κ、路易士A(CA19.9)、路易士Y(LeY)、L1細胞粘附分子(L1-CAM)、LILRB2、MART-1、黑素瘤抗原家族A 1(MAGE-A1)、MICA/B、粘蛋白1(Muc-1)、粘蛋白16(Muc-16)、間皮素(MSLN)、NKCSI、NKG2D配體、c-Met、癌-睾丸抗原NY-ESO-1、NY-ESO-2、癌胚胎抗原(h5T4)、PRAIVIE、前列腺幹細胞抗原(PSCA)、PRAME前列腺特異性膜抗原(PSMA)、ROR1、腫瘤相關糖蛋白72(TAG-72)、TIM-3、TRBCI、TRBC2、血管內皮生長因數R2(VEGF-R2)、Wilms腫瘤蛋白(WT-1)和各種病原體抗原(例如,衍生自能夠引起疾病的病毒、細菌、真菌、寄生蟲和原生動物的病原體抗原)。在一些實例中,病原體抗原衍生自HIV、HBV、EBV、HPV、Lasse病毒、流感病毒或冠狀病毒。
本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原的其他實例可以包括:1-40-β-澱粉樣蛋白、4-1BB、5AC、5T4、啟動素受體樣激酶1、ACVR2B、腺癌抗原、AGS-22M6、甲胎蛋白、血管生成素2、血管生成素3、炭疽毒素、AOC3(VAP-1)、B7-H3、炭疽桿菌炭疽、BAFF、β-澱粉樣蛋白、B淋巴瘤細胞、C242抗原、C5、CA-125、家犬(Canis lupus familiaris)IL31、碳酸酐酶9(CA-IX)、心肌肌球蛋白、CCL11(嗜酸性粒細胞趨化因數-1)、CCR4、CCR5、CD11、CD18、CD125、CD140a、CD147(基礎免疫球蛋白(basigin))、CD15、CD152、CD154(CD40L)、CD19、CD2、CD20、CD200、CD22、CD221、CD25(IL-2受體的α鏈)、CD27、CD274、CD28、CD3、CD3ε、CD30、CD33、CD37、CD38、CD4、CD40、CD40配體、CD41、CD44 v6、CD5、CD51、CD52、CD56、CD6、CD70、CD74、CD79B、CD80、CEA、CEA相關抗原、CFD、ch4D5、CLDN18.2、艱難梭菌、凝集因子A、CSF1R、CSF2、CTLA-4、C-X-C趨化因數受體類型4、巨細胞病毒、巨細胞病毒糖蛋白B、達比加群、DLL4、DPP4、DR5、大腸桿菌志賀氏毒素類型1、大腸桿菌志賀氏毒素類型2、EGFL7、EGFR、內毒素、EpCAM、episialin、ERBB3、大腸桿菌、呼吸道合胞病毒的F蛋白、FAP、纖維蛋白IIβ鏈、纖連蛋白額外結構域B、葉酸水解酶、葉酸受體1、葉酸受體α、捲曲受體、神經節苷脂GD2、GD2、GD3神經節苷脂、磷脂醯肌醇蛋白聚糖3、GMCSF受體α鏈、GPPNB、生長分化因數8、GUCY2C、血凝素、乙型肝炎表面抗原、乙型肝炎病毒、HER1、HER2/neu、HER3、HGF、HHGFR、組蛋白複合物、HIV-1、HLA-DR、HNGF、Hsp90、人分散因數受體激酶、人TNF、人β澱粉樣蛋白、ICAM-1(CD54)、IFN-α、IFN-γ、IgE、IgE Fc區、IGF-1受體、IGF-1、IGHE、IL17A、IL17F、IL20、IL-12、IL-13、IL-17、IL-1β、IL-22、IL-23、IL-31RA、IL-4、IL-5、IL-6、IL-6受體、IL-9、ILGF2、甲型流感血凝素、甲型流感病毒血凝素、胰島素樣生長因數I受體、整合素α4β7、整合素α4、整合素α5β1、整合素α7β7、整合素αIIbβ3、整合素αvβ3、干擾素α/β受體、γ干擾素誘導蛋白、ITGA2、ITGB2(CD18)、KIR2D、Lewis-Y抗原、LFA-1(CD11a)、LINGO-1、脂磷壁酸、LOXL2、L-選擇素(CD62L)、LTA、MCP-1、間皮素、MIF、MS4A1、MSLN、MUC1、粘蛋白CanAg、髓磷脂相關糖蛋白、肌生長抑制素、NCA-90(粒細胞抗原)、神經細胞凋亡調節蛋白酶1、NGF、N-羥乙醯神經氨酸、NOGO-A、Notch受體、NRP1、穴兔(Oryctolagus cuniculus)、OX-40、oxLDL、PCSK9、PD-1、PDCD1、PDGF-Rα、磷酸鈉協同轉運蛋白、磷脂醯絲氨酸、血小板源性生長因數受體β、前列腺癌細胞、銅綠假單胞菌、狂犬病病毒糖蛋白、RANKL、呼吸道合胞病毒、RHD、恒河猴因數、RON、RTN4、骨硬化蛋白(Sclerostin)、SDC1、選擇素P、SLAMF7、SOST、1-磷酸鞘氨醇、金黃色葡萄球菌、STEAP1、TAG-72、T細胞受體、TEM1、腱生蛋白C、TFPI、TGF-β1、TGF-β2、TGF-β、TNF-α、TRAIL-R1、TRAIL-R2、TRAIL-R4 (DCR2)、腫瘤抗原CTAA 16.88、MUC1的腫瘤特異性糖基化、腫瘤相關鈣信號傳導子2、TWEAK受體、TYRP1(糖蛋白75)、VEGFA、VEGFR1、VEGFR2、波形蛋白和VWF。
本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原的其他實例可以包括:707-AP、生物素化分子、a-輔肌動蛋白-4、abl-bcr alb-b3(b2a2)、abl-bcr alb-b4(b3a2)、脂肪分化相關蛋白(adipophilin)、AFP、AIM-2、膜聯蛋白II、ART-4、BAGE、b-連環蛋白、bcr-abl、bcr-abl p190 (e1a2)、bcr-abl p210 (b2a2)、bcr-abl p210 (b3a2)、BING-4、CAG-3、CAIX、CAMEL、胱天蛋白酶-8、CD171、CD19、CD20、CD22、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44v7/8、CDC27、CDK-4、CEA、CLCA2、Cyp-B、DAM-10、DAM-6、DEK-CAN、EGFRvIII、EGP-2、EGP-40、ELF2、Ep-CAM、EphA2、EphA3、erb-B2、erb-B3、erb-B4、ES-ESO-1a、ETV6/AML、FBP、胎兒乙醯膽鹼受體、FGF-5、FN、G250、GAGE-1、GAGE-2、GAGE-3、GAGE-4、GAGE-5、GAGE-6、GAGE-7B、GAGE-8、GD2、GD3、GnT-V、Gp100、gp75、Her-2、HLA-A*0201-R170I、HMW-MAA、HSP70-2 M、HST-2 (FGF6)、HST-2/neu、hTERT、iCE、IL-11Rα、IL-13Rα2、KDR、KIAA0205、K-RAS、L1-細胞粘附分子、LAGE-1、LDLR/FUT、Lewis Y、MAGE-1、MAGE-10、MAGE-12、MAGE-2、MAGE-3、MAGE-4、MAGE-6、MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A6、MAGE-B1、MAGE-B2、蘋果酸酶、乳腺珠蛋白-A(Mammaglobin-A)、MART-1/Melan-A、MART-2、MC1R、M-CSF、間皮素、MUC1、MUC16、MUC2、MUM-1、MUM-2、MUM-3、肌球蛋白、NA88-A、Neo-PAP、NKG2D、NPM/ALK、N-RAS、NY-ESO-1、OA1、OGT、癌胚抗原(h5T4)、OS-9、P 多肽、P15、P53、PRAME、PSA、PSCA、PSMA、PTPRK、RAGE、ROR1、RU1、RU2、SART-1、SART-2、SART-3、SOX10、SSX-2、存活蛋白(Survivin)、存活蛋白-2B、SYT/SSX、TAG-72、TEL/AML1、TGFaRII、TGFbRII、TP1、TRAG-3、TRG、TRP-1、TRP-2、TRP-2/INT2、TRP-2-6b、酪氨酸酶、VEGF-R2、WT1、α-葉酸受體和κ-輕鏈。
本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原的其他實例可以包括抗體、其片段或其變體。此類抗體可以是天然抗體(例如,物件的免疫細胞(例如B細胞)天然分泌的)、合成的抗體或修飾的抗體。在一些情況下,本文公開的嵌合多肽受體的抗原結合部分的抗原可以包括來自下組的抗體的Fc結構域,該組包括:20-(74)-(74)(米拉珠單抗(milatuzumab);維妥珠單抗(veltuzumab))、20-2b-2b、3F8、74-(20)-(20)(米拉珠單抗;維妥珠單抗)、8H9、A33、AB-16B5、阿巴伏單抗、阿昔單抗、阿比特珠單抗(abituzumab)、林妥珠單抗(zlintuzumab)、阿克托單抗(actoxumab)、阿達木單抗、ADC-1013、ADCT-301、ADCT-402、阿德木單抗、阿杜卡奴單抗(aducanumab)、阿非莫單抗、AFM13、阿福圖珠單抗(afutuzumab)、AGEN1884、AGS15E、AGS-16C3F、AGS67E、alacizumab pegol、ALD518、阿侖珠單抗、阿利珠單抗(alirocumab)、戊酸阿替莫單抗、amatuximab、AMG 228、AMG 820、麻安莫單抗(anatumomab mafenatox)、雷星-阿奈妥單抗(Anetumab Ravtansine)、阿尼弗洛姆單抗(anifrolumab)、安蘆珠單抗(anrukinzumab)、APN301、APN311、阿泊珠單抗、APX003/SIM-BD0801(sevacizumab)、APX005M、阿西莫單抗、ARX788、阿斯庫昔單抗(ascrinvacumab)、阿塞珠單抗、ASG-15ME、阿特珠單抗(atezolizumab)、阿替奴單抗(atinumab)、ATL101、atlizumab (還稱為托珠單抗)、阿托木單抗、阿維魯單抗、B-701、貝平珠單抗(bapineuzumab)、巴厘昔單抗、巴維昔單抗、BAY1129980、BAY1187982、貝妥莫單抗、貝戈洛單抗(begelomab)、貝利木單抗、貝那利珠單抗、柏替木單抗、貝西洛索單抗(besilesomab)、Betalutin (177Lu-tetraxetan-tetulomab)、貝伐珠單抗、BEVZ92 (貝伐單抗生物仿製藥)、bezlotoxumab、BGB-A317、BHQ880、BI 836880、BI-505、比西單抗、bimagrumab、bimekizumab、莫比瓦妥單抗(bivatuzumab mertansine)、BIW-8962、博納吐單抗、布洛唑單抗(blosozumab)、BMS-936559、BMS-986012、BMS-986016、BMS-986148、BMS-986178、BNC101、bococizumab、維布妥昔單抗(brentuximab vedotin)、BrevaRex、briakinumab、布羅達單抗(brodalumab)、布洛珠單抗(brolucizumab)、支舒巴單抗(brontictuzumab)、C2-2b-2b、康納單抗(canakinumab)、莫-坎妥珠單抗(cantuzumab mertansine)、拉坎妥珠單抗(Cantuzumab ravtansine)、卡普賽珠單抗(Caplacizumab)、卡羅單抗噴地肽、卡魯單抗(carlumab)、卡妥索單抗(catumaxomab)、CBR96-多柔比星免疫結合物、CBT124(貝伐珠單抗)、CC-90002、CDX-014、CDX-1401、西利珠單抗、賽妥珠單抗、西妥昔單抗、CGEN-15001T、CGEN-15022、CGEN-15029、CGEN-15049、CGEN-15052、CGEN-15092、Ch.14.18、泊西他珠單抗(Citatuzumab bogatox)、西妥木單抗、克拉紮珠單抗(clazakizumab)、克立昔單抗、替可利妥珠單抗(clivatuzumab tetraxetan)、CM-24、codrituzumab、雷星-考妥昔單抗(coltuximab ravtansine)、康妥單抗(conatumumab)、康賽珠單抗(Concizumab)、Cotara(碘I-131地洛妥單抗生物素)、cR6261、克瑞組單抗、DA-3111(曲妥珠單抗生物仿製藥)、達西珠單抗、達利珠單抗、達魯妥珠單抗、培戈-達匹利珠單抗(dapirolizumab pegol)、達雷木單抗、達雷木單抗(Daratumumab Enhanze、daratumumab)、Darleukin、dectrekumab、demcizumab、denintuzumab mafodotin、地諾單抗、德帕妥昔組單抗、地帕西珠單抗(depatuxizumab mafodotin)、德爾羅妥單抗生物素(derlotuximab biotin)、地莫單抗、DI-B4、地努妥昔單抗、地利達武單抗、DKN-01、DMOT4039A、阿托度單抗、曲齊妥單抗、DS-1123、DS-8895、度戈妥珠單抗、dupilumab、度伐魯單抗、度司妥單抗、依美昔單抗、依庫珠單抗、埃巴單抗、依決洛單抗、依法利珠單抗、依芬古單抗、埃迪魯單抗、埃格曼圖姆單抗、埃洛妥珠單抗、依西單抗、艾莫妥單抗、艾米單抗、依那妥單抗、伏馬汀、恩妥單抗、依諾妥珠單抗、enokizumab、enoticumab、恩妥昔單抗、西依匹莫單抗、依普珠單抗、erlizumab、厄妥索單抗、達珠單抗、etrolizumab、evinacumab、evolocumab、exbivirumab、fanolesomab、faralimomab、farletuzumab、fasinumab、FBTA05、felvizumab、fezakinumab、FF-21101、FGFR2抗體-藥物偶聯物、Fibromun、ficlatuzumab、figitumumab、firivumab、法蘭妥單抗、夫來庫單抗、fontolizumab、foralumab、foravirumab、FPA144、fresolimumab、FS102、富拉珠單抗、氟妥昔單抗、加利昔單抗、加尼單抗、甘特珠單抗、加維莫單抗、吉妥單抗、Gerilimzumab、gevokizumab、girentuximab、glembatumumab vedotin、GNR-006、GNR-011、golimumab、gomiliximab、GSK2849330、GSK2857916、GSK3174998、GSK3359609、guselkumab、Hu14.18K322A MAb、hu3S193、Hu8F4、HuL2G7、HuMab-5B1、依巴厘珠單抗、依託單抗、替沙坦、依魯單抗、依達珠單抗、IGN002、IGN523、伊戈伏單抗、IMAB362、IMAB362 (claudiximab)、伊瑪魯單抗、IMC-CS4、IMC-D11、imciromab、imgatuzumab、IMGN529、IMMU-102 (釔Y-90 依普魯單抗)、IMMU-114、ImmuTune IMP701拮抗抗體、INCAGN1876、inclacumab、INCSHR1210、indatuximab ravtansine、indusatumab vedotin、infliximab、依諾莫單抗、奧英妥珠單抗、intetumumab、Ipafricept、IPH4102、依匹莫單抗、依拉妥單抗、伊妥昔單抗、伊司特羅單抗、阿托珠單抗、依克珠單抗、JNJ-56022473、JNJ-61610588、凱利昔單抗、KTN3379、L19IL2/L19TNF、拉貝珠單抗、Labetuzumab Govitecan、LAG525、lambrolizumab、lampalizumab、L-DOS47、來波珠單抗、lemalesomab、lenzilumab、lerdelimumab、Leukotuximab、lexatumumab、libivirumab、lifastuzumab vedotin、ligelizumab、lilotomab satetraxetan、lintuzumab、lirilumab、LKZ145、lodelcizumab、洛基韋單抗、洛洛單抗美沙膽鹼、盧卡單抗、盧利珠單抗、魯米單抗、魯妥珠單抗、LY3164530、mapatumumab、margetuximab、maslimomab、matuzumab、mavrilimumab、MB311、MCS-110、MEDI0562、MEDI-0639、MEDI0680、MEDI-3617、MEDI-551 (inebilizumab)、MEDI-565、MEDI6469、mepolizumab、metelimumab、MGB453、MGD006/S80880、MGD007、MGD009、MGD011、米拉妥珠單抗、米拉妥珠單抗-SN-38、minretumomab、mirvetuximab soravtansine、mitumomab、MK-4166、MM-111、MM-151、MM-302、mogamulizumab、MOR202、MOR208、MORAb-066、莫羅木單抗、莫妥珠單抗、莫妥昔單抗假單抗、莫羅莫納單抗-CD3、tacolatox納可洛單抗、namilumab、埃托-那普妥莫單抗、narnatumab、那他珠單抗、nebacumab、necitumumab、nemolizumab、nerelimomab、nesvacumab、nimotuzumab、諾和單抗、諾非他莫單抗、NOV-10、奧比妥昔單抗、奧比單抗、奧卡珠單抗、奧珠單抗、odulimomab、ofatumumab、olaratumab、olokizumab、omalizumab、OMP-131R10、OMP-305B83、恩妥珠單抗、恩妥昔單抗、奧匹單抗、奧圖單抗單抗、oregovomab、奧曲單抗、奧立單抗、奧曲妥單抗、OX002/MEN1309、奧昔單抗、奧紮尼珠單抗、奧沙利珠單抗、帕吉單抗、帕利珠單抗、帕尼單抗、帕諾單抗、PankoMab-GEX、panobacumab、parsatuzumab、pascolizumab、pasotuxizumab、pateclizumab、派特魯單抗、PAT-SC1、PAT-SM6、派姆單抗、派姆單抗、帕拉珠單抗、帕妥珠單抗、派克珠單抗、PF-05082566(utomilumab)、PF-06647263、PF-06671008、PF-06801591、pidilizumab、pinatuzumab vedotin、pintumomab、placulumab、polatuzumab vedotin、ponezumab、普利利昔單抗、普利妥昔單抗、普利妥單抗、PRO 140、Proxinium、PSMA ADC、雷珠單抗、雷克托瑪單抗、radretumab、rafivirumab、ralpancizumab、ramucirumab、ranibizumab、raxibacumab、refanezumab、regavirumab、REGN1400、REGN2810/SAR439684、瑞利珠單抗、RFM-203、RG7356、RG7386、RG7802、RG7813、RG7841、RG7876、RG7888、RG7986、利洛單抗、rinucumab、利妥昔單抗、RM-1929、RO7009789、robatumumab、roledumab、romosozumab、rontalizumab、羅韋珠單抗、ruplizumab、sacituzumab govitecan、samalizumab、SAR408701、SAR566658、sarilumab、SAT 012、satumomab pendetide、SCT200、SCT400、SEA-CD40、secukinumab、seribantumab、setoxaximab、sevirumab、SGN-CD19A、SGN-CD19B、SGN-CD33A、SGN-CD70A、SGN-LIV1A、西羅妥珠單抗、西法木單抗、siltuximab、simtuzumab、siplizumab、sirukumab、sofituzumab vedotin、solanezumab、solitomab、sonepcizumab、sontuzumab、stamulumab、sulesomab、suvizumab、SYD985、SYM004 (福妥昔單抗和莫妥昔單抗)、Sym015、TAB08、他巴單抗、他卡珠單抗、四氫美沙酮、他克珠單抗、他利珠單抗、他尼珠單抗、他尼單抗、taplitumomab paptox、tarextumab、TB-403、tefibazumab、Teleukin、telimomab aritox、特那妥單抗、替奈昔單抗、替普珠單抗、替普魯單抗、替西魯單抗、替妥洛單抗TG-1303、TGN1412、釷-227-依帕珠單抗偶聯物、替尼單抗、替加妥珠單抗、替拉珠單抗、Tisotumab vedotin、TNX-650、托珠單抗、托拉珠單抗、托沙妥單抗、托西妥瑪單抗、托韋單抗、曲妥單抗、曲妥珠單抗、曲妥珠單抗氨丹參鹼、TRBS07、TRC105、tregalizumab、tremelimumab、trevogrumab、TRPH 011、TRX518、TSR-042、TTI-200.7、西莫白介素單抗、tuvirumab、U3-1565、U3-1784、ublituximab、ulocuplumab、urelumab、urtoxazumab、烏斯替尼單抗、瓦達妥昔單抗他利林、凡多妥珠單抗、維多汀、凡克妥單抗、萬古珠單抗、vapaliximab、varlilumab、vatelizumab、VB6-845、vedolizumab、veltuzumab、vepalimomab、vesencumab、visilizumab、volociximab、vorsetuzumab mafodotin、votumumab、YYB-101、紮魯單抗、紮諾莫單抗、紮妥昔單抗、齊拉莫單抗和佐利馬單抗。
在一些情況下,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可包含嵌合多肽受體(例如,TFP或CAR),該嵌合多肽受體包含抗原結合結構域,並且該抗原結合結構域可以能夠特異性並且優先地結合包含選自BCMA、CD20、CD22、CD30、CD33、CD38、CD70、κ、Lewis Y、NKG2D配體、ROR1、NY-ESO-1、NY-ESO-2、MART-1和gp100中的一種或更多種成員的抗原。NKG2D配體的非限制性實例包括選自由MICA、MICB、ULBP1、ULBP2、ULBP3、ULBP4、ULBP5和ULBP6構成的組中的一種或更多種成員。
在一些情況下,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含嵌合多肽受體(例如TFP或CAR),其包含能夠特異性結合靶細胞抗原的抗原結合結構域,並且工程化免疫細胞可表現出編碼嵌合多肽受體的相同抗原的內源基因的降低的表達或活性。因此,工程化免疫細胞的群體可以例如在施用給有需要的物件時避免互相靶向和殺傷。
在一些情況下,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含嵌合多肽受體(例如,TFP或CAR),該嵌合多肽受體包含抗原結合結構域,並且抗原結合結構域可以能夠特異性並優先地結合CD38。在一些情況下,可以對工程化免疫細胞的編碼CD38的內源基因進行修飾,以實現內源CD38的降低的表達或活性。在一些情況下,包含針對CD38的嵌合多肽受體的物件工程化免疫細胞能夠靶向並實現漿細胞的死亡(或降解)。
在一些情況下,本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以包含嵌合多肽受體(例如,TFP或CAR),該嵌合多肽受體包含抗原結合結構域,並且抗原結合結構域可以能夠特異性並優先地結合CD38。在一些實例中,工程化免疫細胞是衍生自分離的ESC或誘導的幹細胞(例如,iPSC)的工程化NK細胞。在一些情況下,可以對工程化免疫細胞的編碼CD38的內源基因進行修飾,以實現內源CD38的降低的表達或活性。
E .幹細胞
本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以衍生自分離的幹細胞(例如,ESC)或誘導的幹細胞(iPSC)。分離的幹細胞或誘導的幹細胞可以被修飾(例如,基因修飾)以產生工程化免疫細胞。
在一些情況下,可以部分地通過評估細胞的多能性特徵來確定幹細胞(例如,ESC或iPSC)的多能性。多能性特徵可以包括但不限於:(i)多能幹細胞形態;(ii)無限自我更新的潛力;(iii)多能幹細胞標誌物的表達,包括但不限於SSEA1(僅小鼠)、SSEA3/4、SSEA5、TRA1-60/81、TRA1-85、TRA2-54、GCTM-2、TG343、TG30、CD9、CD29、CD133/prominin、CD140a、CD56、CD73、CD90、CD105、OCT4、NANOG、SOX2、CD30和/或CD50;(iv)分化成所有三種體細胞譜系(外胚層、中胚層和內胚層)的能力;(v)由三種體細胞譜系組成的畸胎瘤形成;和(vi)由三種體細胞譜系的細胞組成的胚狀體的形成。
在一些情況下,可以對幹細胞(例如,ESC或iPSC)進行基因修飾以產生(例如,誘導分化為)CD34+造血幹細胞。可以在誘導的造血幹細胞分化之前、之後或期間,對幹細胞進行基因修飾以表達本文公開的任何一種異源多肽(例如,細胞因數、受體等)。可以在誘導的造血幹細胞分化之前、之後或期間對幹細胞進行基因修飾以降低本文公開的內源基因或多肽(例如,細胞因數、受體等)的任何一種的表達或活性。在一些情況下,這樣的基因修飾的CD34+造血幹細胞是本公開內容的任何一種工程化免疫細胞或是其來源。
在一些實例中,本文公開的幹細胞可以在具有ROCKi(Y-27632)(例如,以約10微摩爾(μM))、SCF(例如,以約40納克/毫升(ng/mL)的培養基)、VEGF(例如,以約20 ng/mL的培養基)和BMP-4(例如,以約20 ng/mL的培養基)的APEL培養基中培養以分化為CD34+造血幹細胞。
在一些情況下,可以誘導CD34+造血幹細胞(例如,用本公開內容的任何一種工程化免疫細胞的一種或更多種特徵進行基因修飾)以分化為定型免疫細胞,例如T細胞或NK細胞。因此,在一些情況下,誘導的分化過程產生本公開內容的任何一種工程化NK細胞。
在一些實例中,在IL-3(例如,約5 ng/mL)、IL-7(例如,約20 ng/mL)、IL-15(例如,約10 ng/mL)、SCF(例如,約20 ng/mL)和Flt3L(例如,約10 ng/mL)的存在下培養經基因修飾的CD34+造血幹細胞以分化為CD45+NK細胞。
在一些情況下,CD45+NK細胞可以使用透氣性快速擴增(G-Rex)平臺在例如包含IL-2、mbIL-21 aAPC的培養基中在培養物中擴增。
在一些情況下,本文公開的iPSC衍生的NK細胞可以與一種或更多種包含II-2、IL-15或IL-21的異源細胞因數一起培養。在一些情況下,本文公開的iPSC衍生的NK細胞可以與一種或更多種選自II-2、IL-15和IL-21的異源細胞因數一起培養(例如,用於細胞擴增)。在一些情況下,本文公開的iPSC衍生的NK細胞可以與兩種或更多種選自Il-2、IL-15和IL-21(例如IL-2和IL-15、IL-2和IL-21或IL-15和IL-21)的異源細胞因數一起同時地或以任何順序依次地培養。在一些情況下,本文公開的iPSC衍生的NK細胞可以與II-2、IL-15和IL-21的全部一起同時地或以任何順序依次地培養。
F .基因編輯或遺傳物質遞送
本文公開的基因編輯部分可以包含CRISPR相關多肽(Cas)、鋅指核酸酶(ZFN)、鋅指相關基因調節多肽、轉錄啟動因數樣效應物核酸酶(TALEN)、轉錄啟動因數樣效應物相關基因調控多肽、大範圍核酸酶、自然主轉錄因數、表觀遺傳修飾酶、重組酶、翻轉酶、轉座酶、RNA結合蛋白(RBP)、Argonaute蛋白、其任何衍生物、其任何變體或其任何片段。在一些實施方案中,致動器部分包含Cas蛋白,並且系統還包含與Cas蛋白複合的導向RNA(gRNA)。在一些實施方案中,致動器部分包含與gRNA複合的RBP,其能夠與Cas蛋白形成複合物。在一些實施方案中,gRNA包含靶向片段,其與靶多核苷酸表現出至少80%的序列同一性。在一些實施方案中,Cas蛋白基本上缺乏DNA切割活性。
在一些情況下,合適的基因編輯部分包含CRISPR相關的(Cas)蛋白或Cas核酸酶,其包括I型CRISPR相關的(Cas)多肽、II型CRISPR相關的(Cas)多肽、III型CRISPR相關的(Cas)多肽、IV型CRISPR相關(Cas)多肽、V型CRISPR相關(Cas)多肽和VI型CRISPR相關(Cas)多肽;鋅指核酸酶(ZFN);轉錄啟動因數樣效應物核酸酶(TALEN);大範圍核酸酶;RNA結合蛋白(RBP);CRISPR相關RNA結合蛋白;重組酶;翻轉酶;轉座酶;Argonaute(Ago)蛋白(例如原核Argonaute(pAgo)、古菌Argonaute(aAgo)和真核Argonaute(eAgo));其任何衍生物、其任何變體;及其任何片段。
Cas蛋白的非限制性實例包括:c2c1、C2c2、c2c3、Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas5e (CasD)、Cas6、Cas6e、Cas6f、Cas7、Cas8a、Cas8a1、Cas8a2、Cas8b、Cas8c、Cas9 (Csn1或Csx12)、Cas10、Cas10d、Cas1O、Cas1Od、CasF、CasG、CasH、Cpf1、Csy1、Csy2、Csy3、Cse1 (CasA)、Cse2 (CasB)、Cse3 (CasE)、Cse4 (CasC)、Csc1、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx1O、Csx16、CsaX、Csx3、Csx1、Csx15、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4和Cul966及其同源物或修飾形式。
在一些情況下,本文公開的基因編輯部分可以與另外的功能部分融合(例如,以形成融合部分),並且另外的功能部分的功能的非限制性實例可以包括:甲基轉移酶活性、脫甲基酶活性、歧化酶活性、烷基化活性、脫嘌呤活性、氧化活性、嘧啶二聚體形成活性、整合酶活性、轉座酶活性、重組酶活性、聚合酶活性、連接酶活性、解旋酶活性、光解酶活性或糖基化酶活性、乙醯基轉移酶活性、脫乙醯酶活性、激酶活性、磷酸酶活性、泛素連接酶活性、去泛素化活性、腺苷醯化活性、脫腺苷化活性、SUMO化活性、脫SUMO化活性、核糖基化活性、去核糖基化活性、肉豆蔻醯化活性、重塑活性、蛋白酶活性、氧化還原酶活性、轉移酶活性、水解酶活性、裂解酶活性、異構酶活性、合酶活性、合成酶活性和脫肉豆蔻醯化活性。例如,融合蛋白可以是Cas蛋白與效應物或阻遏物功能部分的融合體。
可替代地或附加地,可以實現基因編輯(例如敲入)或異源遺傳物質的遞送。其他基於病毒和非病毒的基因轉移方法可以用於將核酸引入宿主細胞(例如,本文公開的幹細胞、造血幹細胞等)中。此類方法可用於將編碼本公開內容的多肽分子的核酸施用到培養物中的細胞(或宿主生物體中)。病毒載體遞送系統可以包括DNA和RNA病毒,其在遞送到細胞後可以具有遊離的或整合的基因組。非病毒載體遞送系統可包括DNA質粒、RNA(例如本文所述的載體的轉錄物)、裸核酸以及與遞送載體諸如脂質體複合的核酸。
基於RNA或DNA病毒的系統可用于靶向特定細胞,並將病毒有效載荷轉運到細胞的細胞核。病毒載體可以用於體外處理細胞,並且可以任選地施用修飾的細胞(離體)。或者,可以將病毒載體直接(體內)施用給物件。基於病毒的系統可包括用於基因轉移的逆轉錄病毒、慢病毒、腺病毒、腺相關病毒和單純皰疹病毒載體。利用逆轉錄病毒、慢病毒和腺相關病毒基因轉移方法,整合在宿主基因組中可以發生,其可能導致插入的轉基因的長期表達。
核酸的非病毒遞送方法可包括脂質轉染、核轉染、顯微注射、基因槍、病毒體、脂質體、免疫脂質體、聚陽離子或脂質-核酸綴合物、裸DNA、人工病毒粒子和DNA的試劑增強的吸收。可以使用適合於多核苷酸的有效受體識別脂質轉染的陽離子脂質和中性脂質。
可替代地或附加地,可以使用反義寡核苷酸來抑制或沉默靶基因表達。反義寡核苷酸的非限制性實例可包括短髮夾RNA(shRNA)、微小RNA(miRNA)和小干擾RNA(siRNA)。
G .聯合療法
本公開內容的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以與聯合治療劑組合以治療有需要的物件。在一些情況下,可以在將聯合治療劑施用於物件之前、同時或之後將工程化免疫細胞施用於物件。
在一方面,本公開內容提供了一種組合物,其包含(a)本文公開的任一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)和(b)聯合治療劑(即,單獨的治療劑)(例如,抗體,例如抗CD20抗體或抗PD1抗體)。在一些情況下,工程化免疫細胞可以包含以下一種或更多種:(i)本文公開的異源細胞因數(例如,異源IL,例如IL-15),(ii)本文公開的用於增強的CD16信號傳導的CD16變體,和(iii)本文公開的嵌合多肽受體,該嵌合多肽受體包含能夠與抗原結合的抗原結合部分。在一些實例中,聯合治療劑包括抗CD20抗體。
在一些情況下,工程化免疫細胞可包含本文公開的異源細胞因數(例如IL-15)和以下的一種或兩種:(ii)用於增強CD16信號傳導的CD16變體,和(iii)包含抗原結合部分的嵌合多肽受體。
在一些情況下,工程化免疫細胞可包含用於增強的CD16信號傳導的CD16變體和以下的一種或兩種:(i)異源細胞因數(例如,IL-15)和(iii)包含抗原結合部分的嵌合多肽受體。
在一些情況下,工程化免疫細胞可包含嵌合多肽受體,該嵌合多肽受體包含抗原結合部分和以下的一種或兩種:(i)異源細胞因數(例如IL-15)和(ii)用於增強的CD16信號傳導的CD16變體。
聯合治療劑的非限制性實例可包括:細胞毒性劑、化學治療劑、生長抑制劑、用於放射療法的試劑、抗血管生成劑、凋亡劑、抗微管蛋白劑和其他治療癌症的試劑,例如,抗CD20抗體、抗PD1抗體(例如派姆單抗)血小板衍生的生長因數抑制劑(例如GLEEVEC™(甲磺酸伊馬替尼))、COX-2抑制劑(例如塞來昔布)、干擾素、細胞因數、與以下靶標PDGFR-β、BlyS、APRIL、BCMA受體(多種)、TRAIL/Apo2、其他生物活性劑和有機化學劑等中的一種或更多種結合的拮抗劑(例如,中和抗體)。
術語“細胞毒性劑”通常是指抑制或阻止細胞功能和/或引起細胞破壞的物質。細胞毒性劑的非限制性實例可包括:放射性同位素(例如,At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素)、化學治療劑(例如,甲氨蝶呤、阿黴素)、長春花生物鹼(長春新鹼、長春鹼、依託泊苷)、多柔比星、美法侖、絲裂黴素C、苯丁酸氮芥、柔紅黴素或其他嵌入劑、酶及其片段,例如溶核酶、抗生素和毒素,例如細菌、真菌、植物或動物來源的小分子毒素或酶活性毒素。
化學治療劑的非限制性實例可包括:烷基化劑,例如噻替呱和CYTOXAN®環磷醯胺;烷基磺酸酯,例如白消安、英丙舒凡和呱泊舒凡;氮丙啶類,例如benzodopa、卡波醌、美妥替呱(meturedopa)和uredopa;乙撐亞胺類和甲基三聚氰胺類包括六甲蜜胺、三亞乙基三聚氰胺、三亞乙基磷醯胺、三亞乙基硫代磷醯胺和三羥甲基三聚氰胺;多聚乙醯類(Acetogenins)(尤其是布拉它辛(bullatacin)和布拉它辛酮(bullatacinone));δ-9-四氫大麻酚(屈大麻酚、MARINOL®);β-拉帕醌;拉帕醇;秋水仙素;白樺脂酸;喜樹鹼(包括合成類似物拓撲替康(HYCAMTIN®)、CPT-11(伊立替康、CAMPTOSAR®)、乙醯基喜樹鹼、scopolectin和9-氨基喜樹鹼);苔蘚蟲素;海綿多烯酮類;CC-1065包括其阿多來新、卡折來新和比折來新合成類似物);鬼臼毒素;鬼臼酸;替尼泊苷;隱藻素類(特別地隱藻素1和隱藻素8);朵拉司他汀;倍癌黴素(包括合成類似物、KW-2189和CB1-TM1);艾榴素;水鬼蕉鹼;sarcodictyin;海綿抑制素(spongistatin);氮芥類例如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷醯胺(cholophosphamide)、雌莫司汀、異環磷醯胺、氮芥、鹽酸氧化氮芥、美法侖、新氮芥、苯芥膽甾醇、潑尼莫司汀、曲磷胺、尿嘧啶氮芥;亞硝基脲類例如卡莫司汀、氯脲菌素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀;抗生素,例如烯二炔抗生素;達內黴素(dynemicin)包括達內黴素A;埃斯培拉黴素;以及新抑癌蛋白生色團和相關色素蛋白烯二炔類抗生素生色團)、阿克拉黴素(aclacinomysin)、放線菌素、安麯黴素(authramycin)、重氮絲氨酸、博萊黴素、放線菌素C、卡拉比星(carabicin)、洋紅黴素、嗜癌素、色黴素、放線菌素D、柔紅黴素、地托比星、6-重氮-5-氧代-L-正亮氨酸、ADRIAMYCIN®阿黴素(包括嗎啉基-阿黴素、氰基嗎啉-阿黴素、2-吡咯啉並-阿黴素和去氧阿黴素)、表柔比星、依索比星、伊達比星、麻西羅黴素、絲裂黴素例如絲裂黴素C、黴酚酸、諾加黴素、橄欖黴素、培洛黴素、泊非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素、三鐵阿黴素、羅多比星、鏈黑黴素、鏈脲黴素、殺結核菌素、烏苯美司、淨司他丁、佐柔比星;抗代謝物例如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU);葉酸類似物例如二甲葉酸、甲氨蝶呤、蝶羅呤、三甲曲沙;嘌呤類似物例如氟達拉濱、6-巰基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鳥嘌呤;嘧啶類似物例如安西他濱、阿紮胞苷、6-氮尿苷、卡莫氟、阿糖孢苷、二去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱、氟尿苷;雄激素例如卡普睾酮、丙酸屈他雄酮、環硫雄醇、美雄烷、睾內脂;抗腎上腺激素例如氨魯米特、米托坦、曲洛司坦;葉酸補充劑,例如葉酸;乙醯丙酮;氨基磷醯胺糖苷;氨基乙醯丙酸;烯尿嘧啶;氨苯磺酸;阿莫司汀;比生群;依達曲沙(edatraxate);去氧胺;地美可辛;地嗪酮;依法磷酸酯;醋酸依鉑;埃博黴素;依他糖苷;硝酸鎵;羥基脲;香菇多糖;lonidainine;美登木素生物鹼,例如美登素和安托黴素;米托瓜酮;米托蒽醌;莫潘坦摩爾;硝胺;噴司他汀;蘇木香;吡柔比星;洛氧蒽醌;2-乙基肼;丙卡巴嗪;PSK®多糖複合物(JHS Natural Products, Eugene, Oreg.);丙亞胺;根黴菌素;西佐喃;螺旋鍺;牛磺酸;三嗪酮;2,2',2''-三氯三乙胺 ;單端孢黴烯(尤其是T-2毒素、verracurin A,羅丹定A和胍基定);尿素;長春地辛(ELDISINE®、FILDESIN®);達卡巴嗪;甘露汀;米多巴諾醇;米托內醇;呱泊溴烷;胞嘧啶;阿拉伯糖苷(“Ara-C”);噻替呱;類紫杉醇,例如紫杉烷類包括TAXOL®紫杉醇(Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.)、ABRAXANE™不含克列莫佛,紫杉醇的白蛋白工程化納米粒配方(American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill.)和TAXOTERE®多西他賽(Rhône-Poulenc Rorer, Antony, France);苯丁酸氮芥;吉西他濱(GEMZAR®);6-硫鳥嘌呤;巰基嘌呤;甲氨蝶呤;鉑類似物,如順鉑和卡鉑;長春鹼(VELBAN®);鉑;依託泊苷(VP-16);異環磷醯胺;米托蒽醌;長春新鹼(ONCOVIN®);奧沙利鉑;葉綠素;長春瑞濱(NAVELBINE®);諾維酮;艾達曲塞;道諾黴素;氨基蝶呤;伊班膦酸;拓撲異構酶抑制劑RFS 2000;二氟甲基鳥氨酸(DMFO);維甲酸類例如維甲酸等;卡培他濱(XELODA®);上述任何一種的藥學上可接受的鹽。酸或衍生物;以及以上兩種或多種的組合例如CHOP、環磷醯胺、阿黴素、長春新鹼和潑尼松龍的聯合治療的縮寫、和FOLFOX、奧沙利鉑(ELOXATIN™)聯合5-FU和甲醯四氫葉酸的治療方案的縮寫。另外的化學治療劑包括用作抗體藥物偶聯物的細胞毒劑,例如美登木素生物鹼(例如DM1)和例如澳瑞他汀類MMAE和MMAF。
化學治療劑的實例還可包括“抗激素劑”或“內分泌治療劑”,其作用為調節、減少、阻斷或抑制可促進癌症生長的激素的作用,並且通常呈全身性形式,或全身治療。它們本身可能就是激素。實例包括抗雌激素類和選擇性雌激素受體調節劑(SERM),包括例如,他莫昔芬(包括NOLVADEX®他莫昔芬)、EVISTA® 雷洛西芬、屈洛昔芬、4-羥基他莫昔芬、曲沃昔芬、keoxifene、LY117018、奧那司酮和FARESTON®托瑞米芬;抗孕酮;雌激素受體下調劑(ERD);具有抑制或關閉卵巢功能的藥物,例如Leutinizing激素釋放激素(LHRH)激動劑,例如LUPRON®和ELIGARD)醋酸亮丙瑞林、醋酸戈舍瑞林、醋酸布舍瑞林和tripterelin;其他抗雄激素類,例如氟他胺、尼魯米特和比卡魯胺;以及抑制酶芳香化酶的芳香化酶抑制劑,其可調節腎上腺中的雌激素生成,例如4(5)-咪唑類、氨魯米特、MEGASE®醋酸甲地孕酮、AROMASIN®依西美坦、formestanie、法倔唑、RIVISOR®伏氯唑、FEMARA®來曲唑和ARIMIDEX®阿那曲唑。另外,這種化學治療劑的定義包括雙膦酸鹽,例如氯膦酸鹽(例如BONEFOS®或OSTAC®)、DIDROCAL®依替膦酸鹽、NE-58095、ZOMETA®唑來膦酸/唑來膦酸鹽、FOSAMAX®阿侖膦酸鹽、AREDIA®帕米膦酸鹽、SKELID®替魯膦酸鹽或ACTONEL®利塞膦酸鹽;以及曲沙他濱(1,3-二氧環戊烷核苷胞嘧啶類似物);反義寡核苷酸,特別是那些抑制與粘壁細胞增殖有關的信號傳導途徑中的基因表達的寡核苷酸,例如PKC-α、Raf、H-Ras和表皮生長因數受體(EGFR);疫苗,例如THERATOPE®疫苗和基因治療疫苗,例如ALLOVECTIN®疫苗、LEUVECTIN®疫苗和VAXID®疫苗;LURTOTECAN®拓撲異構酶1抑制劑;ABARELIX®rmRH;二甲苯磺酸拉帕替尼(ErbB-2和EGFR雙酪氨酸激酶小分子抑制劑、也稱為GW572016);以及上述任一種的藥學上可接受的鹽、酸或衍生物。
化療治療劑的實例還可以包括抗體,例如阿侖單抗(Campath)、貝伐單抗(AVASTIN®, Genentech);西妥昔單抗(ERBITUX®, Imclone);帕尼單抗(VECTIBIX®, Amgen)、利妥昔單抗(RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec)、帕妥珠單抗(OMNITARG®, 2C4, Genentech)、曲妥珠單抗(HERCEPTIN®, Genentech)、托西莫單抗(Bexxar, Corixia)和抗體藥物綴合物、吉妥珠單抗奧佐米星(MYLOTARG®, Wyeth)。與本發明的化合物組合作為藥劑具有治療潛力的其他人源化單克隆抗體包括:阿泊珠單抗、阿塞珠單抗、atlizumab、巴匹珠單抗、比伐妥單抗美沙坦、坎圖單抗美沙坦、西地珠單抗、賽妥珠單抗(certolizumab pegol)、cidfusituzumab、cidtuzumab、達克珠單抗、依庫珠單抗、依法珠單抗(efalizumab)、依帕珠單抗、厄利珠單抗、feMzumab、芳妥珠單抗、吉妥珠單抗奧佐米星、奧英妥珠單抗、易普利姆瑪、拉貝珠單抗、林妥珠單抗、馬妥珠單抗、美泊利單抗、莫維珠單抗、motovizumab、那他珠單抗、尼妥珠單抗、nolovizumab、numavizumab、奧瑞珠單抗、奧馬珠單抗、帕利珠單抗、帕考珠單抗、pecfusituzumab、pectuzumab、培克珠單抗、ralivizumab、蘭尼瑞舒單抗、瑞舒單抗、瑞舒單抗、羅維珠單抗、魯普珠單抗、西羅妥珠單抗、西普利珠單抗、舒妥珠單抗、他卡珠單抗四西坦、他多珠單抗、他珠單抗、替非巴珠單抗、托珠單抗、托拉珠單抗、曲妥珠單抗西莫白介素、曲妥珠單抗、umavizumab、烏珠單抗,維西珠單抗和抗白介素12(ABT-874/J695, Wyeth Research and Abbott Laboratories),這是一種經基因修飾以識別白介素12 p40蛋白的專門用於人類序列的重組全長IgG1λ抗體。
化學治療劑的實例還可以包括“酪氨酸激酶抑制劑”,例如EGFR靶向劑(例如,小分子、抗體等);小分子HER2酪氨酸激酶抑制劑,例如可從Takeda獲得的TAK165;CP-724、714、ErbB2受體酪氨酸激酶的口服選擇性抑制劑(Pfizer和OSI);雙重HER抑制劑,例如EKB-569(可從Wyeth獲得),其優先結合EGFR,但抑制HER2和EGFR二者過度表達細胞;拉帕替尼(GSK572016;可從Glaxo-SmithKline獲得)、口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制劑;PKI-166(可從Novartis獲得);泛-HER抑制劑,例如卡奈替尼(CI-1033;Pharmacia);Raf-1抑制劑,例如可從ISIS Pharmaceuticals獲得的可抑制Raf-1信號傳導的反義劑ISIS-5132;非HER靶向的TK抑制劑,例如甲磺酸伊馬替尼(GLEEVEC®,可從Glaxo SmithKline獲得);多靶點酪氨酸激酶抑制劑,例如舒尼替尼(SUTENT®,可從Pfizer獲得);VEGF受體酪氨酸激酶抑制劑,例如瓦他拉尼(PTK787/ZK222584,可從Novartis/Schering AG獲得);MAPK細胞外調節激酶I抑制劑CI-1040(可得自Pharmacia);喹唑啉,例如PD 153035、4-(3-氯苯胺基)喹唑啉;吡啶嘧啶;嘧啶並嘧啶;吡咯並嘧啶類,例如CGP 59326、CGP 60261和CGP 62706;吡唑並嘧啶類、4-(苯氨基)-7H-吡咯並[2,3-d]嘧啶;薑黃素(二阿魏醯甲烷(diferuloyl methane)、4,5-雙(4-氟苯胺基)鄰苯二甲醯亞胺);含有硝基噻吩部分的酪氨酸;PD-0183805(Warner-Lamber);反義分子(例如,與HER編碼核酸結合的分子);喹喔啉(美國專利號5,804,396);tryphostin (美國專利5,804,396);ZD6474(Astra Zeneca);PTK-787(Novartis/Schering AG);泛-HER抑制劑,例如CI-1033(Pfizer);Affinitac(ISIS 3521;Isis/Lilly);甲磺酸伊馬替尼(GLEEVEC®);PKI 166(Novartis);GW2016(Glaxo SmithKline);CI-1033(Pfizer);EKB-569(Wyeth);Semaxinib(Pfizer);ZD6474(AstraZeneca);PTK-787(Novartis/Schering AG);INC-1C11(Imclone);和雷帕黴素(西羅莫司、RAPAMUNE®)。
化學治療劑的實例還可以包括:地塞米松、干擾素、秋水仙鹼、氯苯氨啶、環孢黴素、兩性黴素、甲硝唑、阿侖單抗、阿利維A酸、別嘌呤醇、氨磷汀、三氧化二砷、天冬醯胺酶、BCG活、貝伐單抗、貝沙羅汀、克拉屈濱、氯法拉濱、阿法達貝泊汀、地尼白介素、右雷佐生、阿法依伯汀、厄洛替尼、非格司亭、醋酸組氨瑞林、替伊莫單抗、干擾素α-2a、干擾素α-2b、來那度胺、左旋咪唑、美司鈉、甲氧沙林、諾龍、那拉貝濱、諾非單抗、奧普瑞白介素、帕米膦酸鹽、培加酶、培門冬酶、培非司亭、培美曲塞二鈉、普卡黴素、卟吩姆鈉、拉布立酶、沙格司亭、替莫唑胺、VM-26、6-TG、托瑞米芬、維甲酸、ATRA、戊柔比星、唑來膦酸鹽和唑來膦酸及其藥學上可接受的鹽。
化學治療劑的實例還可以包括氫化可的松、乙酸氫化可的松、乙酸可的松、特戊酸硫氫可的松、曲安奈德、曲安奈德醇、莫米松、安西奈德、布地奈德、地奈德、醋酸氟輕鬆、氟西奈德、倍他米松、倍他米松磷酸鈉、地塞米松、地塞米松磷酸鈉、氟可孕酮、氫化可的松17丁酸酯、氫化可的松17戊酸酯、丙酸倍氯米松、戊酸倍他米松、丙酸倍他米松、潑尼甲酸鹽、氯倍他酮17-丁酸酯、氯倍他索17-丙酸酯、氟果托隆己酸酯、氟果托隆新戊酸酯和氟丁烯乙酸酯:免疫選擇性抗炎肽(ImSAID)、例如苯丙氨酸-穀氨醯胺-甘氨酸(FEG)及其D-異構體(feG)(IMULAN BioTherapeutics、LLC);抗風濕藥、例如硫唑嘌呤、環孢菌素(環孢黴素A)、D-青黴胺、金鹽、羥氯喹、來氟米特米諾環素、柳氮磺吡啶、腫瘤壞死因數α(TNFα)阻滯劑、例如依那西普(ENBREL®)、英夫利昔單抗(REMICADE®)、阿達木單抗(HUMIRA®)、培塞利珠單抗(CIMZIA®)、戈利木單抗(SIMPONI®)、白細胞介素1(IL-1)阻滯劑、例如anakinra(KINERET®)、T細胞共刺激阻滯劑、例如阿巴西普(ORENCIA®)、白介素6(IL-6)阻滯劑、例如托珠單抗(ACTEMERA®);白細胞介素13(IL-13)阻滯劑、如lebrikizumab;干擾素α(IFN)阻滯劑、如羅他珠單抗;β7整聯蛋白阻滯劑、例如rhuMAb β7;IgE途徑阻滯劑、例如抗M1引發劑;分泌的同型三聚體LTa3和膜結合異源三聚體LTa /β2阻滯劑、例如抗淋巴毒素α(LTa);其他研究試劑、如硫鉑、PS-341、丁酸苯酯、ET-18-OCH3或法美基轉移酶抑制劑(L-739749、L-744832);多酚、例如槲皮素、白藜蘆醇、苦味酚、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、茶黃素、黃烷醇、原花青素、樺木酸及其衍生物;自噬抑制劑、例如氯喹;δ-9-四氫大麻酚(屈大麻酚、MARINOL®);β-拉帕酮 拉帕酚 秋水仙鹼;樺木酸 乙醯喜樹鹼、scopolectin和9-氨基喜樹鹼);鬼臼毒素;替加氟(UFTORAL®);貝沙羅汀(TARGRETIN®);雙膦酸鹽、例如氯膦酸鹽(例如BONEFOS®或OSTAC®)、依替膦酸鹽(DIDROCAL®)、NE-58095、唑來膦酸/唑來膦酸鹽(ZOMETA®)、阿侖膦酸鹽(FOSAMAX®)、帕米膦酸鹽(AREDIA®)、替洛膦酸鹽(SKELID® )或利塞膦酸鹽(ACTONEL®);和表皮生長因數受體(EGF-R);疫苗、例如THERATOPE®疫苗;呱氟膦、COX-2抑制劑(例如塞來昔布或依託昔布)、蛋白體抑制劑(例如PS341);CCI-779;替帕米布(R11577);奧拉非尼、ABT510;Bcl-2抑制劑、如奧利美森鈉(GENASENSE®);pixantrone;法尼基轉移酶抑制劑、例如lonafamib(SCH 6636、SARASAR™);以及以上任何一種的藥學上可接受的鹽、酸或衍生物;以及以上兩種或更多種的組合。
術語“生長抑制劑”通常是指在體外或體內抑制細胞(例如,其生長依賴於PD-L1表達的細胞)的生長和/或增殖的化合物或組合物。生長抑制劑可以是顯著降低S期細胞百分比的抑制劑。生長抑制劑的非限制性實例包括阻斷細胞週期進程(在S期以外的地方)的藥劑,例如誘導G1停滯和M期停滯的藥劑。經典的M期阻滯劑包括長春花(長春新鹼和長春鹼)、紫杉烷類和拓撲異構酶II抑制劑,例如蒽環類抗生素多柔比星((8S-順式)-10-[(3-氨基-2,3,6-三去氧基-α-L-來蘇糖基-六吡喃糖基)氧基]-7,8,9,10-四氫-6,8,11-三羥基-8-(羥基乙醯)-1-甲氧基-5,12-萘二酮)、表柔比星、柔紅黴素、依託泊苷和博來黴素。那些阻滯G1的藥劑也溢出到S期阻滯中,例如DNA烷化劑,例如他莫昔芬、潑尼松、達卡巴嗪、氮芥、順鉑、甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶和阿糖胞苷(Ara-C)。紫杉烷類(紫杉醇和多西他賽)是來源於紫杉的抗癌藥。多西他賽(TAXOTERE®,Rhone-Poulenc Rorer)來源於歐洲紫杉,是紫杉醇的半合成類似物(TAXOL®,Bristol-Myers Squibb)。紫杉醇和多西他賽促進微管蛋白二聚體的微管組裝,並通過防止解聚作用來穩定化微管,其導致對細胞的有絲分裂的抑制。
H .產生和使用方法
在一些實施方案中,本公開內容的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)可以從分離的幹細胞(例如,分離的ESC、iPSC等)生成。如本文公開的,(#1)、(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)中的一個或多個成員可以在(並且包括)(a)分離的幹細胞和(b)其分化的免疫細胞狀態(例如,終末分化的免疫細胞狀態,例如終末分化的NK細胞狀態)之間任何階段(或細胞狀態)期間被引入。
在一些情況下,工程化NK細胞可以衍生自iPSC,並且(#1)、(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)中的一個或多個成員可以在(A)iPSC狀態、(B)造血幹細胞狀態和/或(C)NK細胞狀態下被引入細胞。一個或多個成員可以在(A)、(B)和(C)中的一個期間被引入細胞一次。可替代地,一個或多個成員可以在(A)、(B)和(C)的兩個或全部期間被多次引入細胞。
在一些情況下,工程化NK細胞可以衍生自iPSC,並且(#1)、(#2)、(#3)、(#4)、(#5)、(#6)、(#7)、(#8)、(#9)和(#10)中的兩個或更多個成員可以在(A)iPSC狀態、(B)造血幹細胞狀態和/或(C)NK細胞狀態下被引入細胞。可以將兩個或更多個成員在選自(A)、(B)和/或(C)的相同狀態下引入細胞。可替代地,可以將兩個或更多個成員在選自(A)、(B)和/或(C)的不同狀態下引入細胞。例如,iPSC可以(A)經工程化以表現出異源CD16變體以在iPSC狀態下增強CD16信號傳導,(B)隨後分化成造血幹細胞,和(C)經工程化以表現出在分化為NK細胞期間和/或之後表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體。
可使用(例如施用)本公開內容的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)以治療有此需要的物件。物件可以患有或可以懷疑患有病症諸如疾病(例如,癌症、腫瘤、組織變性、纖維化等)。可以從物件獲得細胞(例如,幹細胞或定型成年細胞),並且可以將這種細胞離體培養並進行基因修飾以產生本文公開的任何物件工程化免疫細胞(例如任何工程化NK細胞)。隨後,可以將工程化免疫細胞施用於物件以進行適應性免疫治療。
可以使用至少或高達約1劑、至少或高達約2劑、至少或高達約3劑、至少或高達約4劑、至少或高達約5劑、至少或高達約6劑、至少或高達約7劑、至少或高達約8劑、至少或高達約9劑或至少或高達約10劑本公開內容的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的群體對物件進行治療(例如施用)。
在一方面,本公開內容提供了一種方法,該方法包括:(a)從對象獲得細胞;和(b)從細胞中產生本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)。在一些情況下,從物件獲得的細胞是ESC。在一些情況下,將從物件獲得的細胞(例如成纖維細胞,例如成年皮膚成纖維細胞)修飾並轉化為iPSC。
在一方面,本公開內容提供了一種方法,該方法包括向有此需要的物件施用包含本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)的NK細胞群。在一些情況下,該方法可以進一步包括向物件施用聯合治療劑(例如,化學治療劑、抗CD20抗體等)。
在一方面,本公開內容提供了一種方法,該方法包括向有此需要的物件施用本文公開的任何一種組合物。在一些情況下,組合物可以包含(i)本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)和(ii)聯合治療劑(例如化學治療劑、抗CD20抗體等)。
本文公開的任何一種方法可以用於治療物件的靶細胞、靶組織、目標病症或目標疾病。
目標疾病可以是病毒、細菌和/或寄生蟲感染;炎性和/或自身免疫性疾病;或贅生物,例如癌症和/或腫瘤。
靶細胞可以是患病細胞。患病細胞可能具有改變的代謝、基因表達和/或形態特徵。患病細胞可以是癌細胞、糖尿病細胞和凋亡細胞。患病細胞可以是來自患病物件的細胞。示例性疾病可包括血液疾病、癌症、代謝疾病、眼睛疾病、器官疾病、肌骨失常、心臟病等。
可以使用本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)殺死多種靶細胞。靶細胞可以包括多種細胞類型。靶細胞可以是體外的。靶細胞可以是體內的。靶細胞可以是離體的。靶細胞可以是分離的細胞。靶細胞可以是生物體內的細胞。靶細胞可以是生物體。靶細胞可以是細胞培養物中的細胞。靶細胞可以是細胞集合之一。靶細胞可以是哺乳動物細胞或衍生自哺乳動物細胞。靶細胞可以是齧齒動物細胞或衍生自齧齒動物細胞。靶細胞可以是人類細胞或衍生自人類細胞。靶細胞可以是原核細胞或衍生自原核細胞。靶細胞可以是細菌細胞或可以衍生自細菌細胞。靶細胞可以是古細菌細胞或衍生自古細菌細胞。靶細胞可以是真核細胞或衍生自真核細胞。靶細胞可以是多能幹細胞。靶細胞可以是植物細胞或衍生自植物細胞。靶細胞可以是動物細胞或衍生自動物細胞。靶細胞可以是無脊椎動物細胞或衍生自無脊椎動物細胞。靶細胞可以是脊椎動物細胞或衍生自脊椎動物細胞。靶細胞可以是微生物細胞或衍生自微生物細胞。靶細胞可以是真菌細胞或衍生自真菌細胞。靶細胞可以來自特定的器官或組織。
靶細胞可以是幹細胞或祖細胞。靶細胞可以包括幹細胞(例如成年幹細胞、胚胎幹細胞、誘導的多能幹(iPS)細胞)和祖細胞(例如心臟祖細胞、神經祖細胞等)。靶細胞可包括哺乳動物幹細胞和祖細胞,包括齧齒動物幹細胞、齧齒動物祖細胞、人幹細胞、人祖細胞等。克隆細胞可包含細胞的後代。靶細胞可以包含靶核酸。靶細胞可以在活生物體中。靶細胞可以是基因修飾的細胞。靶細胞可以是宿主細胞。
靶細胞可以是全能幹細胞,然而,在本公開內容的一些實施方案中,可以使用術語“細胞”,但是可以不表示全能幹細胞。靶細胞可以是植物細胞,但在本公開內容的一些實施方案中,可以使用術語“細胞”,但是可以不表示植物細胞。靶細胞可以是多能細胞。例如,靶細胞可以是多能造血細胞,其可以分化為造血細胞譜系中的其他細胞,但是可能不能分化為任何其他非造血細胞。靶細胞可能能夠發育成整個生物體。靶細胞可能能夠或可能無法發育成整個生物體。靶細胞可以是整個生物體。
靶細胞可以是原代細胞。例如,原代細胞的培養物可以傳代0次、1次、2次、4次、5次、10次、15次或更多次。細胞可以是單細胞生物。細胞可以在培養中生長。
靶細胞可以是患病細胞。患病細胞可能具有改變的代謝、基因表達和/或形態特徵。患病細胞可以是癌細胞、糖尿病細胞和凋亡細胞。患病細胞可以是來自患病物件的細胞。示例性疾病可包括血液疾病、癌症、代謝疾病、眼睛疾病、器官疾病、肌骨失常、心臟病等。
如果靶細胞是原代細胞,則可以通過任何方法從個體收穫它們。例如,白細胞可以通過單采、白細胞去除、密度梯度分離等來收穫。來自組織例如皮膚、肌肉、骨髓、脾、肝、胰腺、肺、腸、胃等的細胞可以通過活組織檢查來收穫。可以使用適當的溶液來分散或懸浮收穫的細胞。這樣的溶液通常可以是平衡鹽溶液(例如生理鹽水、磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)、Hank’s平衡鹽溶液等),方便地補充有胎牛血清或其他天然存在的因數和低濃度的可接受的緩衝液。緩衝液可以包括HEPES、磷酸鹽緩衝液、乳酸鹽緩衝液等。細胞可以被立即使用,或者可以將它們儲存(例如通過冷凍)。冷凍的細胞可以被解凍,並且能夠被重複使用。可以將細胞冷凍在DMSO、血清、培養基緩衝液(例如10%DMSO、50%血清、40%緩衝的培養基)中和/或用於在冷凍溫度下保存細胞的一些其他此類普通溶液中。
可以是靶細胞的細胞的非限制性實例包括但不限於:淋巴樣細胞,例如B細胞、T細胞(細胞毒性T細胞、自然殺傷性T細胞、調節性T細胞、輔助T細胞)、自然殺傷細胞、細胞因數誘導的殺傷(CIK)細胞(詳見例如US20080241194);髓樣細胞,例如粒細胞(嗜鹼性粒細胞、嗜酸性粒細胞、嗜中性粒細胞/超細分嗜中性粒細胞)、單核細胞/巨噬細胞、紅細胞(網織紅細胞)、肥大細胞、血小板/巨核細胞、樹突細胞;來自內分泌系統的細胞,包括甲狀腺(甲狀腺上皮細胞、濾泡旁細胞)、甲狀旁腺(甲狀旁腺主細胞、嗜酸性細胞)、腎上腺(嗜鉻細胞)、松果體(松果體細胞)細胞;神經系統的細胞,包括神經膠質細胞(星形膠質細胞、小神經膠質細胞)、大細胞神經分泌細胞、星狀細胞、Boettcher細胞和垂體(促性腺細胞、促皮質激素細胞、促甲狀腺細胞、促生長激素細胞、催乳激素細胞);呼吸系統的細胞,包括肺細胞(I型肺細胞、II型肺細胞)、克拉拉細胞、杯狀細胞、塵細胞;循環系統的細胞,包括心肌細胞、周細胞;消化系統的細胞,包括胃(胃主細胞、壁細胞)、杯狀細胞、帕內特細胞、G細胞、D細胞、ECL細胞、I細胞、K細胞、S細胞;腸內分泌細胞,包括腸嗜鉻細胞、APUD細胞,肝臟(肝細胞、枯否細胞),軟骨/骨/肌肉;骨細胞,包括成骨細胞、骨細胞、破骨細胞、牙齒(成牙骨質細胞、成釉細胞);軟骨細胞,包括成軟骨細胞、軟骨細胞;皮膚細胞,包括滋養細胞(Trichocyte)、角質形成細胞、黑素細胞(痣細胞);肌肉細胞,包括肌細胞;泌尿系統細胞,包括足細胞、近腎小球細胞、球內腎小球系膜細胞/球外腎小球系膜細胞、腎近端腎小管刷緣細胞、緻密斑細胞;生殖系統細胞,包括精子、支援細胞、Leydig細胞、卵子;和其他細胞,包括脂肪細胞、成纖維細胞、腱細胞、表皮角質形成細胞(分化表皮細胞)、表皮基底細胞(幹細胞)、指甲和趾甲的角質形成細胞、甲床基底細胞(幹細胞)、髓質毛幹細胞、皮質毛幹細胞、表皮毛幹細胞、表皮毛根鞘細胞、Huxley層的發根鞘細胞、Henle層的發根鞘細胞、外發根鞘細胞、毛基質細胞(幹細胞)、濕分層屏障上皮細胞,(角膜、舌、口腔、食道、肛管、尿道遠端和陰道的)分層鱗狀上皮的表面上皮細胞、(角膜、舌、口腔、食道、肛管、尿道遠端和陰道的)上皮的基底細胞(幹細胞),尿道上皮細胞(內襯在膀胱和尿道內)、外分泌分泌性上皮細胞、唾液腺黏液細胞(富含多糖的分泌物)、唾液腺漿液細胞(富含糖蛋白酶的分泌物)、舌頭的Von Ebner腺細胞(清洗味蕾)、乳腺細胞(乳汁分泌物)、淚腺細胞(淚液分泌物)、耳中的耵聹腺細胞(蠟分泌物)、外泌汗腺暗細胞(糖蛋白分泌物)、外泌汗腺透明細胞(小分子分泌物)、頂泌汗腺細胞(有氣味的分泌物,對性激素敏感)、眼瞼中的Moll細胞腺(特化的汗腺)、皮脂腺細胞(富集脂質的皮脂分泌物)、鼻腔鮑曼腺細胞(嗅上皮洗液)、十二指腸中的Brunner腺細胞(酶和鹼性粘液)、精囊細胞(分泌精液成分,包括用於精子泳動的果糖)、前列腺細胞(分泌精液成分)、尿道球腺細胞(粘液分泌物)、Bartholin腺細胞(陰道潤滑物分泌物)、Littre腺細胞(粘液分泌物)、子宮內膜細胞(碳水化合物分泌物)、呼吸道和消化道的分離的杯狀細胞(粘液分泌物)、胃粘膜細胞(粘液分泌物)、胃腺產酶細胞(胃蛋白酶原分泌物)、胃腺泌酸細胞(鹽酸分泌物)、胰腺腺泡細胞(碳酸氫鹽和消化酶分泌物)、小腸帕內特細胞(溶菌酶分泌物)、肺的II型肺細胞(表面活性劑分泌物)、肺的克拉拉細胞、激素分泌細胞、垂體前葉細胞、促生長激素細胞、催乳激素細胞、促甲狀腺素細胞、促性腺細胞、促皮質激素細胞、中間垂體細胞、大細胞神經分泌細胞、腸和呼吸道細胞、甲狀腺細胞、甲狀腺上皮細胞、濾泡旁細胞、甲狀旁腺細胞、甲狀旁腺主細胞、嗜酸性細胞、腎上腺細胞、嗜鉻細胞、睾丸Ley dig細胞、卵巢卵泡內膜細胞、破裂卵泡的黃體細胞、粒層細胞、泡膜黃體細胞、近腎小球細胞(腎素分泌物)、腎臟緻密斑細胞、新陳代謝和儲藏細胞、屏障功能細胞(肺、腸、外分泌腺和泌尿生殖道)、腎臟、I型肺細胞(肺內襯空氣空間)、胰管細胞(泡心細胞)、非橫紋導管細胞(汗腺、唾液腺、乳腺等的)、導管細胞(精囊、前列腺等的)、內襯於封閉內腔的上皮細胞、具有推進功能的纖毛細胞、細胞外基質分泌細胞、收縮細胞;骨骼肌細胞、幹細胞、心肌細胞、血液和免疫系統細胞、紅細胞(紅細胞)、巨核細胞(血小板前體)、單核細胞、結締組織巨噬細胞(各種類型)、表皮朗格漢斯細胞、破骨細胞(骨骼中)、樹突細胞(淋巴組織中)、小神經膠質細胞(中樞神經系統中),血液和免疫系統(各種類型)的嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞、嗜鹼性粒細胞、肥大細胞、輔助性T細胞、抑制性T細胞、細胞毒性T細胞、自然殺傷T細胞、B細胞、自然殺傷細胞、網織紅細胞、幹細胞和定型祖細胞,多能幹細胞、全能幹細胞、誘導的多能幹細胞、成年幹細胞、感覺感測器細胞、自主神經元細胞、感覺器官和外周神經元支援細胞、中樞神經系統神經元和神經膠質細胞、晶狀體細胞、色素細胞、黑素細胞、視網膜色素上皮細胞、生殖細胞、卵原細胞/卵母細胞、精細胞、精母細胞、精原細胞(精母細胞幹細胞)、精子、營養細胞、卵泡細胞、支援細胞(睾丸中)、胸腺上皮細胞、間質細胞和間質腎細胞。
特別關注的是癌細胞。在一些實施方案中,靶細胞是癌細胞。癌細胞的非限制性實例包括癌細胞,所述癌包括:棘皮瘤、腺泡細胞癌、聲神經瘤、肢端黑色素瘤、肢端汗腺瘤、急性嗜酸性粒細胞白血病、急性淋巴細胞白血病、急性巨核細胞白血病、急性單核細胞白血病、急性成髓細胞白血病伴成熟、急性髓樣樹突狀細胞白血病、急性髓樣白血病、急性早幼粒細胞白血病、釉質瘤、腺癌、腺樣囊性癌、腺瘤、牙源性腺瘤樣瘤、腎上腺皮質癌、成人T細胞白血病、侵襲性NK細胞白血病、愛滋病相關癌症、愛滋病相關淋巴瘤、腺泡狀軟組織肉瘤、成釉細胞纖維瘤、肛門癌、間變性大細胞淋巴瘤、未分化甲狀腺癌、血管免疫母細胞性T細胞淋巴瘤、血管肌脂肪瘤、血管肉瘤、闌尾癌、星形細胞瘤、非典型畸胎瘤樣橫紋肌瘤、基底細胞癌、基底樣癌、B細胞白血病、B細胞淋巴瘤、貝利尼(Bellini)管癌、膽道癌、膀胱癌、母細胞瘤、骨癌、骨腫瘤、腦幹膠質瘤、腦瘤、乳腺癌、布倫納瘤、支氣管腫瘤、細支氣管肺泡癌、布朗瘤、伯基特淋巴瘤、原發灶未知的癌、類癌瘤、癌、原位癌、陰莖癌、原發灶不明癌、癌肉瘤、巨大淋巴結增生症、中樞神經系統胚胎腫瘤、小腦星形細胞瘤、腦星形細胞瘤、宮頸癌、膽管癌、軟骨瘤、軟骨肉瘤、脊索瘤、絨毛膜癌、脈絡叢乳頭狀瘤、慢性淋巴細胞性白血病、慢性單核細胞白血病、慢性粒細胞性白血病、慢性骨髓增生性疾病、慢性中性粒細胞白血病、透明細胞腫瘤、結腸癌、結腸直腸癌、顱咽管瘤、皮膚T細胞淋巴瘤、德戈斯(Degos)病、隆突性皮膚皮膚肉瘤、皮樣囊腫、增生性小圓形細胞瘤、彌漫性大B細胞淋巴瘤、胚性增生性神經上皮腫瘤、胚胎癌、內膜竇瘤、子宮內膜癌、子宮內膜子宮癌、子宮內膜樣瘤、腸病相關的T細胞淋巴瘤、室管膜母細胞瘤、室管膜瘤、上皮樣肉瘤、紅細胞白血病、食道癌、膀胱尿母細胞瘤、尤因家族肉瘤、尤因家族肉瘤、尤因肉瘤、顱外生殖細胞腫瘤、性腺外生殖細胞腫瘤、肝外膽管癌、乳腺佩吉特病、輸卵管癌、胎中胎、纖維瘤、纖維肉瘤、濾泡性淋巴瘤、甲狀腺濾泡癌、膽囊癌、膽囊癌、神經節膠質瘤、神經節神經瘤、胃癌、胃淋巴瘤、胃腸道癌、胃腸道類癌、胃腸道間質瘤、胃腸道間質瘤、生殖細胞瘤、生殖器瘤、妊娠絨毛膜癌、妊娠滋養細胞腫瘤、骨巨細胞瘤、多形膠質母細胞瘤、神經膠質瘤、腦膠質瘤、腦球瘤、胰高血糖素瘤、性腺母細胞瘤、顆粒細胞瘤、毛細胞白血病、毛細胞白血病、頭頸癌、頭頸癌、心臟癌症、血管母細胞瘤、血管內皮細胞瘤、血管肉瘤、血液系統惡性腫瘤、肝細胞癌、肝脾T細胞淋巴瘤、遺傳性乳腺癌-卵巢癌綜合症、霍奇金淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、下咽喉癌、下丘腦膠質瘤、炎性乳腺癌、眼內黑色素瘤、胰島細胞癌、胰島細胞瘤、少年骨髓單核細胞白血病、卡波濟肉瘤、卡波濟肉瘤、腎臟癌、克拉特金瘤、克魯肯貝格瘤、喉癌、喉癌、惡性黑色素瘤黑色素瘤、白血病、白血病、嘴唇和口腔癌、脂肪肉瘤、肺癌、黃體瘤、淋巴管瘤、淋巴管肉瘤、淋巴上皮瘤、淋巴白血病、淋巴瘤、巨球蛋白血症、惡性纖維組織細胞瘤、惡性纖維組織細胞瘤、骨惡性纖維組織細胞瘤、惡性膠質瘤、惡性間皮瘤、惡性周圍神經鞘瘤、惡性橫紋肌瘤、惡性蠑螈瘤、MALT淋巴瘤、套細胞淋巴瘤、肥大細胞白血病、縱隔生殖細胞瘤、縱隔腫瘤、甲狀腺髓樣癌、髓母細胞瘤、髓母細胞瘤、髓上皮瘤、黑色素瘤、黑色素瘤、腦膜瘤、默克爾細胞癌、間皮瘤、間皮瘤、隱匿性原發性轉移性鱗狀上皮癌、轉移性尿路上皮癌、混合性苗勒氏瘤、單核細胞白血病、口腔癌、粘液性腫瘤、多發性內分泌腫瘤、多發性骨髓瘤、多發性骨髓瘤、真菌病、真菌病、骨髓增生異常疾病、骨髓增生異常綜合症、髓樣白血病、髓樣肉瘤、骨髓增生性疾病、粘液瘤、鼻腔癌、鼻咽癌、鼻咽癌、腫瘤、神經瘤、神經母細胞瘤、神經母細胞瘤、神經纖維瘤、神經瘤、結節性黑色素瘤、非霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、非黑色素瘤皮膚癌、非小細胞肺癌、眼腫瘤、少體星形細胞瘤、少突膠質細胞瘤、腫瘤細胞瘤、視神經鞘膜腦膜瘤、口腔癌、口腔癌、口咽癌、骨肉瘤、骨肉瘤、卵巢癌、卵巢癌、卵巢上皮癌、卵巢生殖細胞腫瘤、卵巢低度惡性潛能腫瘤、乳腺佩吉特病、前列腫瘤、胰腺癌、胰腺癌、乳頭狀甲狀腺癌、乳頭狀瘤病、鼻旁神經膠質瘤、鼻旁竇癌、甲狀旁腺癌、陰莖癌、血管上皮樣細胞瘤、咽癌、嗜鉻細胞瘤、中度分化的脊髓實質實質、成纖維細胞瘤、垂體細胞瘤、垂體腺瘤、垂體瘤、漿細胞瘤、胸膜肺母細胞瘤、多胚細胞瘤、前體T淋巴細胞淋巴瘤、原發性中樞神經系統淋巴瘤、原發性滲出性淋巴瘤、原發性肝細胞癌、原發性肝癌、原發性腹膜癌、原發性神經外胚層腫瘤、前列腺癌、腹膜假單胞菌、直腸癌、腎細胞癌、涉及染色體15上NUT基因的呼吸道癌、視網膜母細胞瘤、橫紋肌瘤、橫紋肌肉瘤、Richter轉化、骶尾部畸胎瘤、唾液腺癌、肉瘤、神經鞘瘤病、皮脂腺癌、繼發性腫瘤、精原細胞瘤、漿液性腫瘤、Sertoli-Leydig細胞瘤、性索間質腫瘤、塞紮裡綜合症、印戒細胞癌、皮膚癌、小藍圓形細胞瘤、小細胞癌、小細胞肺癌、小細胞淋巴瘤、小腸癌、軟組織肉瘤、生長抑素瘤、煤煙疣、脊髓腫瘤、脊髓腫瘤、脾邊緣區淋巴瘤、鱗狀細胞癌、胃癌、淺表黑色素瘤、幕上原始性神經外胚層腫瘤、表面上皮間質瘤、滑膜肉瘤、T細胞急性淋巴細胞白血病、T細胞大顆粒淋巴細胞白血病、T細胞白血病、T細胞淋巴瘤、T細胞淋巴細胞性白血病、畸胎瘤、末期淋巴癌、睾丸癌、卵泡膜細胞瘤、喉癌、胸腺癌、胸腺瘤、甲狀腺癌、腎盂和輸尿管移行細胞癌、移行細胞癌、臍尿管癌、膀胱癌、泌尿生殖道腫瘤、子宮肉瘤、葡萄膜黑色素瘤、陰道癌、弗納-莫里森綜合症、疣狀癌、視覺通路膠質瘤、外陰癌、Waldenstrom巨球蛋白血症、Warthin腫瘤、Wilms腫瘤及其組合。在一些實施方案中,靶向的癌細胞代表癌細胞群內的亞群,例如癌症幹細胞。在一些實施方案中,該癌症是造血譜系的,例如淋巴瘤。抗原可以是腫瘤相關抗原。
在一些情況下,本文公開的靶細胞(例如,B細胞)是與自身免疫疾病有關或被懷疑與自身免疫疾病有關。用本公開內容的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)治療的物件可以患有或可以懷疑患有自身免疫疾病。
自身免疫性疾病的非限制性實例可包括:急性彌漫性腦脊髓炎(ADEM)、急性壞死性出血性腦白質炎、阿狄森氏病、無丙種球蛋白血症、過敏性哮喘、過敏性鼻炎、斑禿、澱粉樣變性、強直性脊柱炎、抗體介導的移植排斥、抗GBM/抗TBM腎炎、抗磷脂綜合症(APS)、自身免疫性血管性水腫、自身免疫性再生障礙性貧血、自身免疫性自主神經功能異常、自身免疫性肝炎、自身免疫性高脂血症、自身免疫性免疫缺陷、自身免疫性內耳疾病(AIED)、自身免疫性心肌炎、自身免疫性胰腺炎、自身免疫性視網膜病、自身免疫性血小板減少性紫癜(ATP)、自身免疫性甲狀腺疾病、自身免疫性蕁麻疹、軸突和神經元神經病、巴羅病、白塞氏病、大皰性類天皰瘡、心肌病、巨大淋巴結增生症、乳糜瀉、恰加斯病、慢性疲勞綜合症、慢性炎性脫髓鞘性多發性神經病(CIDP)、慢性復發性多灶性脊髓炎(CRMO)、Churg-Strauss綜合症、瘢痕性類天皰瘡/良性粘膜類天皰瘡、克羅恩病、Cogans綜合症、冷凝集素疾病、先天性心臟傳導阻滯、柯薩奇心肌炎、CREST疾病、特發性混合性冷球蛋白血症、脫髓鞘性神經病、皰疹樣皮炎、皮肌炎、德維克氏病(視神經脊髓炎)、盤狀紅斑狼瘡、德勒斯勒綜合症、子宮內膜異位症、嗜酸性筋膜炎、結節性紅斑、實驗性過敏性腦脊髓炎、伊萬斯綜合症、纖維肌痛、纖維化肺泡炎、巨細胞動脈炎(顳動脈炎)、腎小球腎炎、肺出血-腎炎綜合症、肉芽腫合併多血管炎(GPA)、Graves病、格林—巴厘綜合症、橋本腦炎、橋本甲狀腺炎、溶血性貧血、過敏性紫癜、妊娠皰疹、低血球蛋白血症、高血球蛋白血症、特發性血小板減少性紫癜(ITP)、IgA腎病、IgG4相關硬化性疾病、免疫調節脂蛋白、包涵體肌炎、炎症性腸病、胰島素依賴型糖尿病(1型)、間質性膀胱炎、青少年關節炎、青少年糖尿病、川崎綜合症、蘭伯特-伊頓綜合症、白細胞碎裂性血管炎、扁平苔蘚、扁平苔蘚硬化、木質結膜炎、線性IgA病(LAD)、狼瘡(SLE)、萊姆病、美尼爾病、顯微鏡下多血管炎、混合性結締組織病(MCTD)、意義未明單克隆丙種球蛋白病(MGUS)、穆倫潰瘍、Mucha-Habermann病、多發性硬化症、重症肌無力、肌炎、發作性睡病、視神經脊髓炎(Devic's)、中性粒細胞減少症、眼瘢痕性類天皰瘡、視神經炎、復發性風濕病、PANDAS(與鏈球菌有關的小兒自身免疫性神經精神疾病)、副腫瘤性小腦變性、陣發性夜間血紅蛋白尿(PNH)、帕-羅二氏綜合症、帕森奇-特納綜合症、睫狀體平坦部炎(周圍葡萄膜炎)、天皰瘡、周圍神經病變、靜脈性腦脊髓炎、惡性貧血、POEMS綜合症、結節性多發炎、I型、II型和III型自身免疫性多腺綜合症、風濕性多肌痛、多發性肌炎、心肌梗塞後綜合症、心包切開術後綜合症、黃體酮皮炎、原發性膽汁性肝硬化、原發性硬化性膽管炎、牛皮癬、牛皮癬關節炎、特發性肺纖維化、壞疽性膿皮病、純紅細胞發育不良、雷諾(Raynauds)現象、反射性交感神經營養不良、萊特爾(Reiter's)綜合症、復發性多發性軟骨炎、不安腿綜合症、腹膜後纖維化、風濕熱、類風濕關節炎、結節病、施密特綜合症、鞏膜炎、硬皮病、斯耶葛籣(Sjogren's)綜合症、精子和睾丸自身免疫、僵人綜合症、亞急性細菌性心內膜炎(SBE)、蘇薩克綜合症、交感性眼炎、高安氏動脈炎、顳動脈炎/巨細胞動脈炎、血小板減少性紫癜(TTP)、Tolosa-Hunt綜合症、橫向脊髓炎、潰瘍性結腸炎、未分化的結締組織病(UCTD)、葡萄膜炎、血管炎、水泡性皮膚病、白癜風、華氏巨球蛋白血症(WM)和韋格納肉芽腫(肉芽腫伴多血管炎(GPA))。
在一些情況下,自身免疫性疾病包括選自包括以下成員的組中的一種或更多種成員:類風濕關節炎、1型糖尿病、系統性紅斑狼瘡(狼瘡或SLE)、重症肌無力、多發性硬化症、硬皮病、艾迪生氏(Addison's)病、大皰性天皰瘡、尋常型天皰瘡、Guillain-Barré綜合症、Sjogren綜合症、皮肌炎、血栓性血小板減少性紫癜、高血球蛋白血症、意義不明的單克隆丙種球蛋白病(MGUS)、華氏巨球蛋白血症(WM)、慢性炎症性脫髓鞘性多發性神經根神經病(CIDP)、橋本氏腦病(HE)、橋本甲狀腺炎、格雷夫斯病、韋格納肉芽腫病和抗體介導的移植排斥反應(例如,用於組織移植、例如腎臟移植)。在實例中,自身免疫性疾病可以是1型糖尿病、狼瘡或類風濕性關節炎。
在一些情況下,目標疾病是急性髓樣白血病(AML)。例如,可以將本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)施用於有此需要的物件以治療AML,所述工程化免疫細胞包含以下一種或更多種:(i)包含能夠與本文公開的抗原(例如,CD33)結合的抗原結合結構域的嵌合多肽受體,(ii)本文公開的異源細胞因數(例如,IL-15),和(iii)本文公開的用於增強的CD16信號傳導的CD16變體。
在一些情況下,目標疾病是非霍奇金淋巴瘤(NHL)。
在一些情況下,目標疾病是慢性淋巴細胞性白血病(CLL)。
在一些情況下,目標疾病是B細胞白血病(BCL)。例如,可以將本文公開的任何一種工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)施用於有此需要的物件以治療BCL,所述工程化免疫細胞包含以下一種或更多種:(i)包含能夠與本文公開的CD19結合的抗原結合結構域的嵌合多肽受體,(ii)本文公開的異源細胞因數(例如,IL-15),和(iii)本文公開的用於增強的CD16信號傳導的CD16變體。
在一些情況下,目標疾病是非小細胞肺癌(NSCLC)。
在一些情況下,靶細胞形成腫瘤(即實體瘤)。用本文的方法治療的腫瘤可導致穩定的腫瘤生長(例如,一個或更多個腫瘤的尺寸增加不超過1%、5%、10%、15%或20%,和/或不轉移)。在一些情況下,腫瘤得以保持穩定至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或更多周。在一些情況下,腫瘤得以保持穩定至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或更多個月。在一些情況下,腫瘤得以保持穩定至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多年。在一些情況下,腫瘤的尺寸或腫瘤細胞的數量減少至少約5%、10%、15%、20%、25、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或更多。在一些情況下,腫瘤被完全消除或減少到低於檢測水準。在一些情況下,物件在治療後至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或更多周保持無腫瘤(例如緩解期)。在一些情況下,物件在治療後至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或更多月保持無腫瘤。在一些情況下,物件在治療後至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多年保持無腫瘤。
[實施例]
實施例 1 :表達和 / 或活性水準提高的啟動性 NK 受體
為了改進的細胞療法(例如,幹細胞療法、適應性免疫療法等),可以對目的細胞進行工程化,使其具有提高的或引入的表達水準的啟動性NK受體。目的細胞可以是幹細胞,例如分離的幹細胞(例如,胚胎幹細胞)或誘導的幹細胞(例如,iPSC)。目的細胞可以是免疫細胞(例如,NK細胞)。此類免疫細胞可以衍生自本文公開的幹細胞。可替代地,此類免疫細胞可以是免疫細胞系(例如,NK細胞系)。
例如,iPSC可以經工程化以生成表現出表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體的工程化NK細胞,例如NKG2D、NKP30、NKP44、NKP46、DNAM1、NKP80或其變體(例如,參見表1)。如圖1、圖13和圖14所示,選自120、130、140、150、160、170、180、190和200的異源多肽,每個異源多肽編碼至少一種啟動性NK受體,可以與iPSC或其分化的細胞衍生物接觸,以生成工程化NK細胞。異源多肽110是不編碼任何啟動性NK受體的對照載體。此類工程化NK細胞可以表現出對癌細胞的細胞毒性增強,例如用於泛癌治療。在一些情況下,選自110、120、130、140、150、160、170、180、190和200的異源多肽可以進一步編碼異源細胞因數和/或其異源受體(例如,IL15RF)。在一些情況下,選自120、130、140、150、160、170、180、190和200的異源多肽可以進一步編碼異源CD16變體以增強CD16信號傳導。
表1
基因 編輯 | 類別 | 描述 | KI或KO | RNA seq(Log2 TPM) 內部對照:GAPDH(13)、ACTB(13) | |||
iNK | eNK D14 | PBNK | CBNK | ||||
NKp80 | 啟動性受體 | NKP80可以作為NK功能的重要的啟動性受體起作用,且增強NKp80表達可以提高NK功能 | KI以提高細胞功能 | 0 | 0 | 8 | 4 |
DNAM1 | DNAM1-1(CD226)是一種細胞表面糖蛋白,其起粘附分子的作用以與啟動性受體協同作用並在與其配體CD155和CD112相互作用以後觸發NK細胞介導的細胞毒性 | KI以提高細胞功能 | 5 | 6 | 4 | 4 | |
NKG2D | NK2族成員D(NKG2D)是一種強的NK細胞啟動性受體,其與配體的接合觸發顆粒釋放和細胞因數產生。NKG2D信號傳導在NK細胞中的功能已主要在該受體被在靶細胞表面上表達的配體接合的背景下進行了研究。 | KI以提高細胞功能 | 8 | 8 | 9 | 10 | |
NKp30 | NKp30介導的應答由特異性配體如腫瘤細胞衍生的B7-H6的結合觸發並涉及細胞毒性介質,包括TNF-α、IFN -γ、穿孔素和顆粒酶的分泌。 | KI以提高細胞功能 | 7 | 7 | 7 | 9 | |
NKp44 | NKP44起在通過啟動的NK細胞的非NHC限制性天然細胞毒性中涉及的觸發性受體的作用並且是NK天然細胞毒性受體之一 | KI以提高細胞功能 | 5 | 4 | 3 | 4 | |
NKp46 | NK細胞上的NKp46受體的接合導致細胞啟動增加,表現為增加的細胞因數產生和溶細胞顆粒的釋放 | KI以提高細胞功能 | 7 | 8 | 7 | 7 |
在一些實例中,選自120、130、140、150、160、170、180、190和200的任何一種異源多肽可以在誘導iPSC分化(例如,分化成造血幹細胞)之前與iPSC接觸(例如,通過轉染或病毒轉導)。如圖14所示,iPSC可以被工程化以表達NK受體。
在一些實例中,選自120、130、140、150、160、170、180、190和200的任何一種異源多肽可以與衍生自iPSC的造血幹細胞接觸(例如,通過轉染或病毒轉導)。
在一些實例中,選自120、130、140、150、160、170、180、190和200的任何一種異源多肽可以與衍生自iPSC的NK細胞接觸(例如,通過轉染或病毒轉導)。
實施例 2 :具有( A )表達和 / 或活性水準提高的 DAP 和( B )表達和 / 或活性水準提高的啟動性 NK 受體的工程化免疫細胞。
為了改進的細胞療法(例如,幹細胞療法、適應性免疫療法等),可以對目的細胞進行工程化,使其具有提高的或引入的表達水準的多個多肽。多個多肽可以是不同的多肽。多個多肽可以彼此互補,例如在表達水準、活性水準等方面。多個多肽可以彼此直接相互作用(例如,直接結合)。可替代地,多個多肽可以不直接相互作用。目的細胞可以是幹細胞,例如分離的幹細胞(例如,胚胎幹細胞)或誘導的幹細胞(例如,iPSC)。目的細胞可以是免疫細胞(例如,NK細胞)。此類免疫細胞可以衍生自本文公開的幹細胞。可替代地,此類免疫細胞可以是免疫細胞系(例如,NK細胞系)。
例如,在本文公開的工程化免疫細胞(例如,工程化NK細胞)中,(A)表達和/或活性水準提高的DAP(例如,DAP10)的存在可以促進或進一步放大(B)表達和/或活性水準提高的啟動性NK受體(例如,NKG2D)。因此,(A)可以在工程化免疫細胞中對(B)產生協同效應,反之亦然。
參考圖2A,用異源多核苷酸210、220和230中的一種修飾293T細胞。異源多核苷酸230編碼異源NKG2D而不編碼異源DAP10。異源多核苷酸220編碼異源DAP10而不編碼異源NKG2D。異源多核苷酸210編碼異源NKG2D和異源DAP10,以檢查NKG2D和DAP10的協同效應。參考圖2B和2C,相對於(i)沒有任何異源多核苷酸修飾的對照293T細胞、(ii)僅用異源NKG2D修飾的293T細胞和(ii)僅用異源DAP10修飾的293T細胞,異源NKG2D和異源DAP10的共表達顯示膜結合的NKG2D的表達提高。因此,細胞(例如293T細胞、iPSC細胞、NK細胞)中異源啟動性NK受體(例如NKG2D)的誘導表達可能依賴於另外的異源蛋白(例如DAP(例如DAP-10))的誘導表達。
實施例 3 :用於急性髓細胞白血病( AML )治療的工程化 NK 細胞。
為了改進的細胞療法(例如,幹細胞療法、適應性免疫療法等),可以用多種修飾對目的細胞進行工程化。目的細胞可以是幹細胞,例如分離的幹細胞(例如,胚胎幹細胞)或誘導的幹細胞(例如,iPSC)。目的細胞可以是免疫細胞(例如,NK細胞)。此類免疫細胞可以衍生自本文公開的幹細胞。可替代地,此類免疫細胞可以是免疫細胞系(例如,NK細胞系)。
例如,可以將工程化NK細胞製備成表現出至少三種修飾:(A)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體(例如,嵌合抗原受體(CAR)、工程化T細胞受體(TCR)等),其中抗原不是啟動性NK受體的配體(例如,不是NKG2D的配體);(B)用於與對照NK細胞相比增強的CD16信號傳導的異源CD16變體,其中異源CD16變體不結合啟動性NK受體的配體(例如,NKG2D配體);以及(C)表達和/或活性降低(例如,通過基因敲除)的內源基因,例如CD33、CD70和/或TIM3。在工程化NK細胞(例如,來自iPSC)的開發過程中,可以按任何順序引入特徵(A)、(B)和(C)。
例如,可以將工程化NK細胞製備成表達由異源多核苷酸310(抗CLL-1 CAR)、320(抗CD33 CAR)、330(抗CD70 CAR)、340(抗CD123 CAR)和/或350(抗TIM3 CAR)中的任一種編碼的異源CAR(圖3A)。工程化NK細胞還可以通過將CD16變體360(CD16-IL15RF融合蛋白)或365(CD16-CD64-IL15RF融合蛋白)插入細胞的內源性CD16基因來進行修飾以表現出增強的CD16信號傳導(圖3B)。工程化NK細胞還可以經修飾以表現出敲除一種或多種免疫調節蛋白,例如370 (CD33)、380 (CD70)和/或390 (TIM3) (圖3C)。通過測試本文公開的不同和多種組合及其對工程化NK細胞活性(例如,持久性或活力、增殖、存活、對靶細胞(例如癌細胞)的細胞毒性等)的效應,可以為不同的應用(例如AML治療)確定不同的最佳組合。
實施例 4 :工程化 CAR NK 細胞
為了改進的細胞療法(例如,適應性免疫療法等),可以對目的細胞進行工程化以包含異源嵌合多肽(例如,嵌合抗原受體),其包含針對靶細胞(例如,癌症或腫瘤細胞)的特異性抗體的抗原結合部分,以表現出針對此類靶細胞的增強的細胞毒性。目的細胞可以是免疫細胞(例如,NK細胞)。此類免疫細胞可以衍生自本文公開的幹細胞。例如,對於衍生自幹細胞的NK細胞,可以在(A)幹細胞狀態(例如,iPSC狀態)、(B)造血幹細胞狀態和/或(C)NK細胞狀態下引入本文公開的一種或多種遺傳修飾。可替代地,此類免疫細胞可以是免疫細胞系(例如,NK細胞系)。
例如,生成表達包含能夠特異性結合CLL01的抗原結合部分的嵌合多肽受體的NK細胞。抗CLL-1 CAR結構設計示意圖如圖4A所示,其中TM是跨膜結構域的縮寫,並且SCFV是單鏈可變片段的縮寫。如圖4B所示,與缺乏抗CLL-1 CAR的野生型(WT)NK92細胞(E/T(效應物/靶標)等於1:1;1:5或1:10)相比,CLL1-CAR NK92細胞對高表達CLL-1的HL60腫瘤細胞表現出靶向細胞毒性。如圖4C所示,與缺乏抗CCL-CAR的NK92細胞相比,在接觸JL60腫瘤細胞後,包含抗CLL-1 CAR的NK92細胞表現出更高的CD107a表達水準。NK細胞參與針對靶標(例如腫瘤和病毒感染)的先天免疫。溶酶體相關膜蛋白-1(LAMP-1或CD107a,在本文中互換使用)可以是NK細胞脫粒的標誌物,並且NK細胞中CD107a表達水準的提高可以指示NK細胞(例如,本文公開的抗CLL-1 CAR NK細胞)的細胞毒活性測定。
實施例 5 :來自 iPSC 的工程化 NK 細胞
iPSC可以被工程化以產生工程化NK細胞,其表現出提高的啟動性NK受體,例如NKG2D、NKP30、NKP44、NKP46或其變體的表達和/或活性水準。如圖5A所示,工程化iPSC分化為工程化NK細胞(超級NK細胞),其中hCD56+細胞與野生型(ANB)(例如,未經遺傳修飾的iPSC衍生的NK細胞)沒有差異。FACS螢光強度顯示工程化NK細胞過表達啟動性NK受體(圖5B)。
實施例 6 : iPSC 衍生的工程化 NK 表現出體外細胞毒性
用啟動性NK受體(例如NKG2D、NKP30)工程化的iPSC分化為工程化NK細胞(超級NK)。以各種NK與實體瘤細胞的比例(例如,10:1、1:1)將超級NK細胞與實體瘤細胞(例如,Calu-3)溫育。與從初始iPSC細胞分化的NK細胞相比,超級NK細胞對實體瘤細胞表現出更優異的細胞毒性(圖6A)。採用與實體瘤細胞(例如,THP1或SKOV3)以1:1比例溫育的超級NK細胞的系列細胞毒性分析顯示超級NK細胞維持對實體瘤細胞的長期細胞毒性的能力(圖6B)。iPSC用多於一種的啟動性NK受體(例如NKG2D和NKP30)進行工程化並分化為NK細胞(超級NK v4.0)。如圖6C所示,超級NKv4.0在與實體瘤細胞(例如THP1或MOLM13)一起溫育時顯示出與衍生自初始iPSC的NK細胞相比更優異的殺傷能力,同時維持NK受體的高表達(圖6D)。
實施例 7 : iPSC 衍生的工程化 NK 表現出體內細胞毒性
給小鼠接種僅用螢光素酶標記的腫瘤細胞(例如,THP1或SKOV3)或與表達NK受體(例如,NKG2D和NKP30)的工程化NK細胞一起接種用螢光素酶標記的腫瘤細胞(例如,THP1或SKOV3)。通過發光強度計算的腫瘤負荷表明,與衍生自初始iPSC的NK細胞相比,表達NK受體的工程化NK細胞(超級NK v4.0)表現出更多的細胞毒性(圖7和8D)。具有超級NK v4.0的小鼠在注射後有體重變化(圖8A),但與僅接種腫瘤細胞的小鼠相比具有更高的存活百分比(圖8B)。如通過外周血中的藥代動力學所測量的,具有高水準的超級NK v4.0的小鼠也維持hCD56+細胞(圖8C)。
實施例 8: 基因敲除以提高 NK 功能
為了改進的細胞療法(例如,適應性免疫療法等),可以敲低涉及抑制NK細胞活性的基因以提高NK功能。目的細胞可以是免疫細胞(例如,NK細胞)。此類免疫細胞可以衍生自本文公開的幹細胞。例如,對於衍生自幹細胞的NK細胞,可以在(A)幹細胞狀態(例如iPSC狀態)、(B)造血幹細胞狀態和/或(C)NK細胞狀態下引入本文公開的一種或多種遺傳修飾。可替代地,此類免疫細胞可以是免疫細胞系(例如,NK細胞系)。
TGFb-R2在NK細胞中被敲除(例如,用靶向TGFb-R2的sgRNA)並與具有不同的TGF-b劑量(例如,10ng/ml和50ng/ml)的GFP標記的腫瘤細胞(例如,THP1細胞)一起在不同時間(例如,在24小時和72小時)溫育。如圖9A和9B所示,在TGF-b處理下敲除TGFb-R2挽救了NK功能,提高了NK細胞毒性功能。在NK細胞中敲除TGFb-R2(圖10A)也挽救了來自TGF-b處理的NKG2D和NKP30表達,如通過FACS所分析的那樣(圖10B)。
CBNK與野生型K562和HLA-E K562細胞以不同的效應細胞與靶細胞比例(例如,E/T比例為4:1、1:1和0.5:1)溫育。細胞毒性測定顯示HLAE抑制NK細胞毒性功能(圖11A)。如圖11B所示,HLA-E K562細胞降低了CD107a+細胞的百分比,這代表了活化的NK細胞的百分比。在CBNK中敲除NKG2A(例如用具有Cas9蛋白的sgRNA)後(圖11C),將敲除NKG2A的細胞與野生型K562和HLA-E K562一起溫育。如圖11D所示,通過細胞毒性測定評估,NKG2A敲除在靶向HLA-E細胞期間挽救NK功能。
SOCS2在iPSC中被敲除。如圖12A所示,工程化iPSC分化為工程化NK細胞(TD,代表各種SOCS2敲除),其中hCD56+細胞與野生型(ANB)(例如,未經遺傳修飾的iPSC衍生的NK細胞)沒有差異,如通過FACS螢光強度定量的那樣(圖12B)。當在同種異體外周血細胞存在下體外培養時,為模擬體內條件,在補充IL-2或IL-15的條件下,工程化SOCS2敲除NK細胞與未修飾的NK細胞相比顯示出更大的持久性(圖12C)。
[實施方案]
以下非限制性實施方案提供了本發明的說明性實例,但不限制本發明的範圍。
實施方案1. 一種工程化NK細胞,其包含:
(1)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體;和/或
(2)選自以下的一個或多個成員:
(i)用於與所述對照NK細胞相比增強的CD16信號傳導的異源CD16變體,其中所述異源CD16變體不結合NKG2D配體;
(ii)與所述對照NK細胞相比,表達和/或活性水準降低的內源性CD38;
(iii)表達降低的選自BCL3、CBLB、CDK8、FCER1G、IL17A、IL17F、SHIP1、SOCS1、SOCS2、SOCS3、STAT3、TET3、PTPN6、CD70的一種或多種基因;
(iv)表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體和2B4;
(v)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;以及
(vi)能夠實現該工程化NK細胞死亡的安全開關。
任選地,其中:
(a)所述工程化NK細胞包含(i)所述異源CD16變體;和/或
(b)所述工程化NK細胞包含(ii) 所述表達和/或活性水準降低的內源性CD38;和/或
(c)所述工程化NK細胞包含(iii) 所述表達降低的選自BCL3、CBLB、CDK8、FCER1G、IL17A、IL17F、SHIP1、SOCS1、SOCS2、SOCS3、STAT3、TET3、PTPN6、CD70的一種或多種基因;和/或
(d)所述工程化NK細胞包含(iv) 所述表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體和2B4;和/或
(e)所述工程化NK細胞包含(v)所述表達和/或活性降低的低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;和/或
(f)所述工程化NK細胞包含(vi)所述安全開關;和/或
(g)所述工程化NK細胞包含選自(i)、(ii)、(iii)、(iv)和(v)的兩個或更多個成員;和/或
(h)其中與缺乏(1)所述表達或活性水準提高的所述啟動性NK受體和/或(2)所述選自(i)-(iv)的一個或多個成員的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多;和/或
(i)其中與缺乏(1)所述表達或活性水準提高的所述啟動性NK受體和/或(2)所述選自(i)-(iv)的一個或多個成員的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出增殖增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多;和/或
(j)進一步包含用於與所述對照NK細胞相比增強的白介素信號傳導的異源白介素(IL)細胞因數和/或受體;和/或
(k)進一步包含包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中所述抗原不是NKG2D配體。
實施方案2. 一種工程化NK 細胞,其包含:
與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體,
其中:
與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.1倍或至少約0.5倍;和/或
所述工程化NK細胞上的所述啟動性NK受體的所述表達或活性水準的提高是比所述對照NK細胞高至少約0.1倍或至少約0.5倍;
任選地,其中:
(a)所述啟動性NK受體不包含異源細胞內信號傳導結構域;和/或
(b)所述啟動性NK受體不包含異源跨膜結構域;和/或
(c)所述啟動性NK受體不包含異源抗原結合結構域。
實施方案3. 一種工程化NK 細胞,其包含:
與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體,其中所述啟動性NK受體被配置成結合NKG2D、NKP30和/或 NKP44、NKP46、NKP80和/或DNAM1的抗原並且其中所述啟動性NK受體不包含異源細胞內信號傳導結構域。
實施方案4. 根據前述實施方案中任一項所述的工程化NK細胞,其中:
(a)所述啟動性NK受體對於所述工程化NK細胞是內源的;
(b)所述工程化NK細胞包含編碼所述啟動性NK受體的異源多核苷酸序列;
(c)與缺乏所述表達或活性水準提高的所述啟動性NK受體的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多;和/或
(d)與缺乏所述表達或活性水準提高的所述啟動性NK受體的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出增殖增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
實施方案5. 一種工程化NK 細胞,其包含:
包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中所述抗原選自CD70、CLEC12A和TIM-3、CD9、CD26、TRAIL-R4 (DCR2)和NKG2D配體,
其中與缺乏所述嵌合多肽受體的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍,
任選地,其中:
(a)所述抗原選自CD70、CLEC12A和TIM-3;和/或
(b)所述抗原是CD70 或TIM-3;和/或
(c)與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多;和/或
(d)與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出增殖增加至少約1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
實施方案6. 一種工程化NK細胞,其包含
(1)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中所述抗原是CD38和/或BCMA;和
(2)選自以下的一個或多個成員:
(i)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體;
(ii) 表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGF β受體和2B4;
(iii)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;和
(iv)能夠實現該工程化NK細胞死亡的安全開關,
其中與缺乏所述一個或多個成員的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍,
任選地,其中:
(a)所述工程化NK細胞包含(i)所述表達或活性水準提高的所述啟動性NK受體;和/或
(b)所述工程化NK細胞包含(ii)所述表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGF β受體和2B4;和/或
(c)所述工程化NK細胞包含(iii)所述表達和/或活性降低的rgw低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;和/或
(d)所述工程化NK細胞包含(iv)所述安全開關;和/或
(e)所述工程化NK細胞包含選自(i)、(ii)、(iii)和(iv)的兩個或更多個成員。
實施方案7. 一種工程化NK 細胞,其包含:
(1)表達或活性水準降低的細胞因數抑制因數(SOCS)蛋白;和
(2)選自以下的一個或多個成員:
(i)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的內源性啟動性NK受體;
(ii)與所述對照NK細胞相比,用於增強的白介素信號傳導的異源白介素(IL)細胞因數和/或受體;
(iii)用於與所述對照NK細胞相比增強的CD16信號傳導的異源CD16變體,其中所述異源CD16變體不結合NKG2D配體;
(iv)與所述對照NK細胞相比,表達和/或活性水準降低的內源性CD38;
(v)表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGF β受體和2B4;
(vi)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;
(vii)能夠實現該工程化NK細胞死亡的安全開關;和
(viii)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中所述抗原不是NKG2D配體。
實施方案8. 根據前述實施方案中任一項所述的工程化NK細胞,其中:
(a)所述NK細胞包含(i)所述表達或活性水準提高的內源性啟動性NK受體;和/或
(b)所述工程化NK細胞包含(ii)所述異源白介素(IL)細胞因數和/或受體;和/或
(c)所述工程化NK細胞包含(iii)所述異源CD16變體;和/或
(d)所述工程化NK細胞包含(iv)所述表達和/或活性水準降低的內源性CD38;和/或
(e)所述工程化NK細胞包含(v)所述表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,該免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGF β受體和2B4;和/或
(f)所述工程化NK細胞包含(vi)所述表達和/或活性降低的低免疫調節劑,該低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;
(g)所述工程化NK細胞包含(vii)所述安全開關;和/或
(h)所述工程化NK細胞包含(viii)所述嵌合多肽受體;和/或
(i)所述工程化NK細胞包含選自(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)、(vi)、(vii)和(viii)的兩個或更多個成員;和/或
(j)與缺乏表達或活性水準降低的所述SOCS蛋白對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多;和/或
(k)與缺乏表達或活性水準降低的所述SOCS蛋白的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出增殖增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多;和/或
(l)所述SOCS蛋白是內源性蛋白;和/或
(m)所述SOCS蛋白選自CIS、SOCS-1、SOCS-2、SOCS-3、SOCS-4、SOCS-5、SOCS-6和SOCS-7;和/或
(n)所述SOCS蛋白是SOCS2;和/或
(o)進一步包含表達或活性水準提高的死亡相關蛋白(DAP), 任選地,其中所述DAP是DAP-10或DAP-12;和/或
(p)所述啟動性NK受體包含NKG2D、NKP30、NKP44、NKP46、NKP80、DNAM1、其修飾物、其功能變體或其組合;和/或
(q)所述啟動性NK受體包含NKG2D或其修飾物;和/或
(r)所述啟動性NK受體包含NKP30或其修飾物;和/或
(s)所述啟動性NK受體包含NKP44或其修飾物;和/或
(t)所述啟動性NK受體包含NKP46或其修飾物;和/或
(u)所述啟動性NK受體包含NKP80或其修飾物;和/或
(v)所述啟動性NK受體包含DNAM1或其修飾物;和/或
(w)所述啟動性NK受體對於所述工程化免疫細胞是異源的;和/或
(x)所述啟動性NK受體是嵌合多肽受體,其至少包含NKG2D、NKP30、NKP44或NKP46、NKP80或DNAM1的胞外部分;和/或
(y)所述啟動性NK受體對於是所述工程化免疫細胞內源的;和/或
(z)所述異源IL細胞因數和/或受體包含IL-15、IL-15R和/或其片段;和/或
(aa)所述抗原不是NKP30配體、NKP44配體和/或NKP46配體、NKP80配體和/或DNAM1配體;和/或
(bb)所述抗原包含BCMA、CD7、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD38、CD70、CD123、Kappa、Lewis Y、ROR1、NY-ESO-1、NY-ESO-2、MART-1和/或gp10;和/或
(cc)與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞群增強的細胞毒活性;和/或
(dd)與所述對照NK細胞相比,所述對靶細胞群增強的細胞毒活性被確定為所述靶細胞群的大小減少至少約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%;和/或
(ee)與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出減小腫瘤大小;和/或
(ff)與所述對照NK細胞相比,所述腫瘤大小減小至少約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%;和/或
(gg)與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞在宿主細胞中誘導降低的免疫應答;和/或
(hh)所述工程化NK細胞用於治療有需要的物件;和/或
(ii)所述工程化NK細胞對於所述物件是同種異體的;和/或
(jj)所述工程化NK細胞對於所述物件是自體的;和/或
(kk)所述工程化NK細胞衍生自分離的幹細胞或誘導的幹細胞;和/或
(ll)所述工程化NK細胞衍生自臍帶血自然殺傷細胞 (CBNK)或外周血自然殺傷細胞(PBNK);和/或
(mm)所述工程化NK細胞用於誘導靶細胞死亡的方法中, 任選地,其中所述靶細胞是癌細胞或腫瘤細胞;和/或
(nn)所述工程化NK細胞用於治療有需要的物件的方法中,其中所述物件患有或疑似患有病症, 任選地,其中:
所述病症是癌症或腫瘤;和/或
所述工程化NK細胞對於所述物件是自體的或同種異體的;和/或
(oo)所述工程化NK細胞用於生產用於誘導靶細胞死亡的藥物,任選地,其中所述靶細胞是癌細胞或腫瘤細胞;和/或
(pp)所述工程化NK細胞用於生產用於治療有需要的物件的藥物,其中所述物件患有或疑似患有病症,任選地,其中所述病症是癌症或腫瘤;和/或
(qq)所述工程化NK細胞 對於所述物件是自體的或同種異體的。
實施方案9. 一種組合物,其包含本文提供的實施方案中的任一項的工程化NK細胞,任選地,其中所述組合物進一步包含單獨的治療劑,進一步任選地,其中所述單獨的治療劑是化療劑。
實施方案10. 一種方法,其包括:
從對象獲得細胞;和
從所述細胞產生本文提供的實施方案中任一項的工程化NK細胞。
實施方案11. 一種方法,其包括:
使所述靶細胞與本文提供的實施方案中任一項的工程化NK細胞接觸,
任選地,其中所述接觸足以誘導殺死所述靶細胞。
實施方案12. 一種治療有需要的物件的方法,其包括施用本文提供的實施方案中任一項的工程化NK細胞,
任選地,其中所述方法進一步包括施用單獨的治療劑,進一步任選地,其中所述單獨的治療劑是化療劑。
實施方案13. 一種將幹細胞轉化為本文提供的實施方案中任一項的工程化NK細胞的方法,其包括:
在體外使所述幹細胞與編碼啟動性NK受體的轉基因核酸接觸,其中所述幹細胞是分離的幹細胞或誘導的幹細胞,以將所述幹細胞轉化為所述工程化NK細胞,
其中,在所述接觸後,與對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出表達或活性水準提高的所述啟動性NK受體。
應當理解,本發明的不同方面可以單獨地、共同地或相互組合地理解。本文描述的本發明的各個方面可以應用於本文公開的任何特定應用。包括本公開內容的工程化免疫細胞的物質組合物可用於方法部分,包括本文公開的使用和產生方法,或反之亦然。
儘管已經在本文中示出和描述了本發明的優選實施方案,但是對於本領域技術人員而言顯而易見的是,這些實施例僅作為實例提供。本發明意在不限於說明書中提供的具體實例。儘管已經參考前述說明書描述了本發明,但是本文中對實施方案的描述和圖示並非意在以限制性的意義來解釋。在不脫離本發明的情況下,本領域技術人員現在將想到許多變化、改變和替換。此外,應當理解,本發明的所有方面都不限於本文所闡述的取決於各種條件和變數的具體描述、構造或相對比例。應該理解,本文描述的本發明的實施方案的各種替代方案可以用於實施本發明。因此,可以想到,本發明還應涵蓋任何這樣的替代、修改、變化或等同形式。以下請求項意在限定本發明的範圍,並且由此涵蓋這些請求項範圍內的方法和結構及其等同物。
本發明的新穎特徵在所附請求項中具體闡述。通過參考以下具體實施方式和附圖,將會對本發明的特徵和優點獲得更好的理解,在具體實施方式中闡述了利用本發明的原理的說明性實施方案,在附圖(在本文也稱為“附圖”和“圖”)中:
圖 1示出了編碼一個或多個基因(例如啟動性NK受體)的核酸載體。
圖 2A示出了編碼啟動性NK受體和/或DAP蛋白的核酸載體。
圖 2B和
2C示出了用來自圖2A的核酸載體中的一個處理的細胞中啟動性NK受體的表達水準。
圖 3A示出了編碼嵌合多肽受體(例如嵌合抗原受體)的核酸載體,該嵌合多肽受體表現出與抗原(例如CLL-1)特異性結合。
圖 3B示出了編碼CD16變體的轉基因的實例,該CD16變體可以插入宿主細胞的基因組中。
圖 3C示出了可以在用於免疫療法的工程化免疫細胞中被抑制的不同內源基因。
圖 4A示出了抗CLL-1嵌合多肽受體(例如,抗CLL-1嵌合抗原受體(CAR))的結構。
圖 4B顯示了抗CLL-1 CAR NK細胞和未修飾的對照NK細胞對表達CLL-1的HL60腫瘤細胞的細胞毒性水準。
圖 4C顯示了與表達CLL-1的HL60腫瘤細胞接觸後,抗CLL-1 CAR NK細胞和未修飾的對照NK細胞中CD107A的表達水準。
圖 5A示出了來自經工程化以提高啟動性NK受體的表達和/或活性水準的iPSC的工程化NK細胞的CD56表達。
圖 5B示出了過表達啟動性NK受體的工程化NK細胞的FACS螢光強度。
圖 6A示出了具有增強的NK受體的工程化NK細胞和衍生自初始iPSC的NK細胞對實體瘤細胞Calu-3的細胞毒性分析。
圖 6B示出了工程化NK細胞和衍生自初始iPSC的NK細胞對THP1和SKOV3的系列細胞毒性分析。
圖 6C示出了工程化NK細胞和未經修飾的對照NK細胞對THP1和MOLM13的細胞毒性分析。
圖 6D示出了在體外殺傷測定期間,與衍生自初始iPSC的NK細胞相比,工程化NK細胞中NKG2D和NKP30的表達譜。
圖 7示出了與注射了未經工程化的NK細胞的小鼠相比,注射了表達NK受體的工程化NK細胞的小鼠的腫瘤負荷。
圖 8A示出了使用SKOV3腫瘤模型注射表達NK受體的工程化NK細胞後小鼠體重的變化。
圖 8B示出了注射或未注射工程化NK細胞的攜帶SKOV3腫瘤的小鼠的存活比例。
圖 8C示出了注射工程化NK細胞的小鼠的外周血中hCD56+細胞的藥代動力學。
圖 8D示出了注射了不同劑量的工程化NK細胞的具有SKOV3的小鼠的腫瘤負荷。
圖 9A示出了與GFP標記的THP1細胞一起溫育的具有TGFb-R2敲除的NK細胞和對照NK細胞的細胞毒性分析,在24小時和72小時具有不同的TGF-b劑量。
圖 9B示出了具有不同的TGF-b劑量的與GFP標記的THP1細胞一起溫育的具有TGFb-R2敲除的NK細胞和對照NK細胞的系列細胞毒性分析。
圖 10A示出了NK細胞中TGFb-R2的敲除效率。
圖 10B示出了用或不用TGF-b處理的具有TGFb-R2敲除的NK細胞中NKG2D和NKP30表達的FACS分析。
圖 11A示出了與不同比例的野生型K562或HLA-E K562溫育的臍帶血自然殺傷細胞(CBNK)的細胞毒性分析。
圖 11B示出了與不同比例的K562、HLA-E K562溫育的CBNK或單獨的CBNK的CD107a測定的結果。
圖 11C示出了敲除NKG2A和敲除HS2(作為對照)的CBNK中NKG2A表達的FACS分析。
圖 11D示出了與不同比例的野生型K562或HLA-E K562溫育的具有NKG2A敲除的CBNK和具有H2S敲除的CBNK的細胞毒性分析。
圖 12A示出了從用SOCS2敲除工程化的iPSC分化的CD45+/CD46+NK細胞的定量。
圖 12B示出了具有SOCS2敲除的工程化NK細胞的FACS螢光強度。
圖 12C示出了在補充有IL-2或IL-15的外周血細胞存在下培養的hCD56+/hC45+NK細胞的數目,以比較具有SOCS2敲除的NK細胞、未修飾的NK細胞和具有CISH敲除的NK細胞的持續性水準。
圖 13示出了編碼DNAM1和TIGIT的核酸載體,並示出了用該核酸載體轉染的293T細胞中TIGIT表達的FACS分析。
圖 14示出了編碼NKP80的核酸載體,並示出了用該核酸載體轉染的iPSC中NKP80表達的FACS分析。
Claims (84)
- 一種工程化NK細胞,其包含: (1)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體;和 (2)選自以下的一個或多個成員: (i)用於與所述對照NK細胞相比增強的CD16信號傳導的異源CD16變體,其中所述異源CD16變體不結合NKG2D配體; (ii)與所述對照NK細胞相比,表達和/或活性水準降低的內源性CD38; (iii)表達降低的選自BCL3、CBLB、CDK8、FCER1G、IL17A、IL17F、SHIP1、SOCS1、SOCS2、SOCS3、STAT3、TET3、PTPN6、CD70的一種或多種基因; (iv)表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,所述免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體和2B4; (v)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,所述低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;以及 (vi)能夠實現所述工程化NK細胞死亡的安全開關。
- 如請求項1之工程化NK細胞,其包含選自(i)、(ii)、(iii)、(iv)和(v)的兩個或更多個成員。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(i)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(ii)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(iii)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(iv)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(v)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與缺乏(1)和/或(2)的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與缺乏(1)和/或(2)的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出增殖增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,進一步包含用於與所述對照NK細胞相比增強的白介素信號傳導的異源白介素(IL)細胞因數和/或受體。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,進一步包含嵌合多肽受體,所述嵌合多肽受體包含能夠與抗原結合的抗原結合部分,其中所述抗原不是NKG2D配體。
- 一種工程化NK細胞,其包含: 與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體,其中所述啟動性NK受體被配置成結合NKG2D、NKP30、NKP44、NKP46、NKP80和/或DNAM1的抗原,並且其中所述啟動性NK受體不包含異源細胞內信號傳導結構域。
- 如請求項12之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體對於所述工程化NK細胞是內源的。
- 如請求項12之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞包含編碼所述啟動性NK受體的異源多核苷酸序列。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與缺乏所述表達或活性水準提高的啟動性NK受體的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與缺乏所述表達或活性水準提高的啟動性NK受體的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出增殖增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
- 一種工程化NK細胞,其包含: 包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中所述抗原選自CD70、CLEC12A和TIM-3、CD9、CD26、TRAIL-R4 (DCR2)和NKG2D配體, 其中與缺乏所述嵌合多肽受體的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述抗原選自CD70、CLEC12A和TIM-3。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述抗原是CD70或TIM-3。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對所述靶細胞的細胞毒性增加至少約1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出所述增殖增加至少約1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
- 一種工程化NK細胞,其包含: (1)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中所述抗原是CD38和/或BCMA;和 (2)選自以下的一個或多個成員: (i)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的啟動性NK受體; (ii)表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,所述免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體和2B4; (iii)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,所述低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59;以及 (iv)能夠實現所述工程化NK細胞死亡的安全開關, 其中與缺乏所述一個或多個成員的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含選自(i)、(ii)、(iii)和(iv)的兩個或更多個成員。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(i)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(ii)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(iii)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(iv)。
- 一種工程化NK細胞,其包含: (1)表達或活性水準降低的細胞因數抑制因數(SOCS)蛋白;和 (2)選自以下的一個或多個成員: (i)與對照NK細胞相比,表達或活性水準提高的內源啟動性NK受體; (ii)用於與所述對照NK細胞相比增強的白介素信號傳導的異源白介素(IL)細胞因數和/或受體; (iii)用於與所述對照NK細胞相比增強的CD16信號傳導的異源CD16變體,其中所述異源CD16變體不結合NKG2D配體; (iv)與所述對照NK細胞相比,表達和/或活性水準降低的內源性CD38; (v)表達和/或活性降低的免疫檢查點抑制劑,所述免疫檢查點抑制劑選自PD1、CTLA-4、TIM-3、KIR2D、CD94、NKG2A、NKG2D、TIGIT、CD96、LAG3、TIGIT、TGFβ受體和2B4; (vi)表達和/或活性降低的低免疫調節劑,所述低免疫調節劑選自B2M、CIITA、TAP1、TAP2、TAP結合蛋白、NLRC5、RFXANK、RFX5、RFXAP、CD80、CD86、ICOSL、CD40L、ICAM1、MICA、MICB、ULBP1、HLA-E、CD47、CD113、PDL1、PDL2、A2AR、HLA-G、TGF-β、CCL21、IL10、CD46、CD55和CD59; (vii)能夠實現所述工程化NK細胞死亡的安全開關;以及 (viii)包含能夠與抗原結合的抗原結合部分的嵌合多肽受體,其中所述抗原不是NKG2D配體。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含選自(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)、(vi)和(viii)的兩個或更多個成員。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(i)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(ii)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(iii)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(iv)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(v)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(vi)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其包含(vii)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與缺乏表達或活性水準降低的所述SOCS蛋白的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞的細胞毒性增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與缺乏表達或活性水準降低的所述SOCS蛋白的對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出增殖增加至少約0.5倍、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或更多。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述SOCS蛋白是內源蛋白。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述SOCS蛋白選自CIS、SOCS-1、SOCS-2、SOCS-3、SOCS-4、SOCS-5、SOCS-6和SOCS-7。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述SOCS蛋白是SOCS2。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其進一步包含表達或活性水準提高的死亡相關蛋白(DAP)。
- 如請求項32之工程化NK細胞,其中所述DAP是DAP-10。
- 如請求項32之工程化NK細胞,其中所述DAP是DAP-12。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體包含NKG2D、NKP30、NKP44、NKP46、NKP80、DNAM1、其修飾物、其功能變體或其組合。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體包含NKG2D或其修飾物。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體包含NKP30或其修飾物。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體包含NKP44或其修飾物。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體包含NKP46或其修飾物。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體包含NKP80或其修飾物。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體包含DNAM1或其修飾物。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體對於所述工程化免疫細胞是異源的。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體是嵌合多肽受體,其至少包含NKG2D、NKP30、NKP44或NKP46、NKP80或DNAM1的胞外部分。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述啟動性NK受體對於所述工程化免疫細胞是內源的。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述異源IL細胞因數和/或受體包含IL-15、IL-15R和/或其片段。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述抗原不是NKP30配體、NKP44配體和/或NKP46配體、NKP80配體和/或DNAM1配體。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述抗原包含BCMA、CD7、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD38、CD70、CD123、Kappa、Lewis Y、ROR1、NY-ESO-1、NY-ESO-2、MART-1和/或gp10。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出對靶細胞群增強的細胞毒活性。
- 如請求項58之工程化NK細胞,其中與所述對照NK細胞相比,所述對靶細胞群增強的細胞毒活性被確定為所述靶細胞群的大小減少至少約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出減小腫瘤大小。
- 如請求項60之工程化NK細胞,其中與所述對照NK細胞相比,所述腫瘤大小減小至少約5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或100%。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中與所述對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞在宿主細胞中誘導降低的免疫應答。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞用於治療有需要的物件。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞對於所述物件是同種異體的。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞對於所述物件是自體的。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞衍生自分離的幹細胞或誘導的幹細胞。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞衍生自臍帶血自然殺傷細胞 (CBNK)或外周血自然殺傷細胞(PBNK)。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞用於誘導靶細胞死亡的方法中,任選地,其中所述靶細胞是癌細胞或腫瘤細胞。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞用於治療有需要的物件的方法中,其中所述物件患有或疑似患有病症。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述病症是癌症或腫瘤。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞對於所述物件是自體的或同種異體的。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞用於生產用於誘導靶細胞死亡的藥物,任選地,其中所述靶細胞是癌細胞或腫瘤細胞。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述工程化NK細胞用於生產用於治療有需要的物件的藥物,其中所述物件患有或疑似患有病症。
- 如前述請求項中任一項之工程化NK細胞,其中所述病症是癌症或腫瘤。
- 一種組合物,其包含前述請求項中任一項的工程化NK細胞。
- 如請求項75之組合物,其進一步包含單獨的治療劑。
- 如請求項76之組合物,其中所述單獨的治療劑是化療劑。
- 一種方法,其包括: 從對象獲得細胞;和 從所述細胞產生前述請求項中任一項的工程化NK細胞。
- 一種殺死靶細胞的方法,其包括: 使所述靶細胞與前述請求項中任一項的工程化NK細胞接觸。
- 如請求項79之方法,其中所述接觸足以誘導殺死所述靶細胞。
- 一種治療有需要的物件的方法,其包括施用前述請求項中任一項的工程化NK細胞。
- 如請求項81之方法,其進一步包括施用單獨的治療劑。
- 如請求項82之方法,其中所述單獨的治療劑是化療劑。
- 一種將幹細胞轉化為工程化NK細胞的方法,其包括: 在體外使所述幹細胞與編碼啟動性NK受體的轉基因核酸接觸,其中所述幹細胞是分離的幹細胞或誘導的幹細胞,以將所述幹細胞轉化為所述工程化NK細胞, 其中,在所述接觸後,與對照NK細胞相比,所述工程化NK細胞表現出表達或活性水準提高的所述啟動性NK受體。
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